CN110157711B - 一种人的srebp1基因编码区全长分段克隆的方法 - Google Patents

一种人的srebp1基因编码区全长分段克隆的方法 Download PDF

Info

Publication number
CN110157711B
CN110157711B CN201910104768.6A CN201910104768A CN110157711B CN 110157711 B CN110157711 B CN 110157711B CN 201910104768 A CN201910104768 A CN 201910104768A CN 110157711 B CN110157711 B CN 110157711B
Authority
CN
China
Prior art keywords
fragment
pcr
srebp1
carrying
cloning
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Active
Application number
CN201910104768.6A
Other languages
English (en)
Other versions
CN110157711A (zh
Inventor
付常振
刘庆平
王仁军
路遥
兰佳欣
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Dalian University
Original Assignee
Dalian University
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Dalian University filed Critical Dalian University
Priority to CN201910104768.6A priority Critical patent/CN110157711B/zh
Publication of CN110157711A publication Critical patent/CN110157711A/zh
Application granted granted Critical
Publication of CN110157711B publication Critical patent/CN110157711B/zh
Active legal-status Critical Current
Anticipated expiration legal-status Critical

Links

Classifications

    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07KPEPTIDES
    • C07K14/00Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
    • C07K14/435Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans
    • C07K14/46Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans from vertebrates
    • C07K14/47Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans from vertebrates from mammals
    • YGENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
    • Y02TECHNOLOGIES OR APPLICATIONS FOR MITIGATION OR ADAPTATION AGAINST CLIMATE CHANGE
    • Y02ATECHNOLOGIES FOR ADAPTATION TO CLIMATE CHANGE
    • Y02A50/00TECHNOLOGIES FOR ADAPTATION TO CLIMATE CHANGE in human health protection, e.g. against extreme weather
    • Y02A50/30Against vector-borne diseases, e.g. mosquito-borne, fly-borne, tick-borne or waterborne diseases whose impact is exacerbated by climate change

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Gastroenterology & Hepatology (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Toxicology (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

本发明公开了一种人的srebp1基因编码区全长分段克隆的方法,该方法包括以下步骤:A1步骤,srebp1基因CDS区分段扩增PCR引物的设计;A2步骤,srebp1基因片段S1与S2的PCR扩增;A3步骤,S1与S2片段的克隆;A4步骤,T‑S1和T‑S2的双酶切与纯化;A5步骤,E‑S1与ET‑S2的片段的连接;本发明为srebp1基因的过表达、干扰序列筛选等以srebp1基因CDS区基因序列为基础的研究与应用提供一种有效的方法。

Description

一种人的srebp1基因编码区全长分段克隆的方法
技术领域
本发明属于生物技术领域,具体涉及一种人的srebp1基因编码区全长分段克隆的方法。
背景技术
固醇调节元件结合蛋白-1c(Sterol regμlatory element binding protein-1c:SREBP-1c)是SREBPs家族中的一员,在人的肝脏、白色脂肪组织等组织中高表达,具有典型的碱性螺旋-环-螺旋亮氨酸拉链结构域,主要负责激活脂肪酸和甘油三酯的从头合成(Eberle et al.,2004;Muller-Wieland et al.,2012;Shimomura etal.,1997;Wang etal.,1994),研究表明,SREBP-1c调节的脂肪酸与甘油三酯的从头合成,主要是通过与下游靶基因启动子中的SRE(5’-TCACNCCAC-3’)序列的结合,从而调控靶基因的转录(Shimano,2001)。其靶基因包括脂肪酸合酶(FASN)、乙酰辅酶A羧化酶α(ACCα)、硬酯酰辅酶A去饱和酶1(SCD1)、脂肪酸结合蛋白3(FABP3)在内的负责脂肪酸从头合成的关键限速酶基因、脂肪酸转运的关键蛋白基因等酶(Kim and Spiegelman,1996;Liang et al.,2002;Muller-Wieland et al.,2012;Shao and Espenshade,2012;Xiao and Song,2013)。此外,SREBP-1c还能与PPARγ以及CCAAT增强子结合蛋白家族(CCAAT enhancer binding proteins,C/EBPs)共同调控脂肪细胞的分化(Kim et al.,1998)。大量研究发现,srebp-1c异常表达导致的脂代谢紊乱与非酒精性脂肪肝、肥胖、血脂异常、动脉粥样硬化、糖尿病、癌症等诸多疾病具有显著的相关性,甚至是疾病发生的主要诱因(Shimano and Sato,2017;Tao et al.,2019;Varghese et al.,2018;Wang etal.,2018;Zhang et al.,2017)。
人的srebp-1c基因定位于17号染色体上,其CDS区全长3525nt,编码1174个氨基酸残基,G/C含量为65.3%,PCR扩增得到srebp-1c mRNA CDS区全长是对其功能研究的基础,由于其CDS区较长,并且GC含量相对较高,扩增起来具有一定的难度,即使更换多种高保真扩增酶均未成功,然而一些普通酶扩增虽然能够实现扩增,但是连接载体后,经测序发现有碱基的突变,不能使用,因此,使用直接扩增法未能得到有效的srebp1基因序列,很难实现对CDS区全长的一次性扩增。
发明内容
为弥补现有技术的不足,本发明通过降低单次扩增长度以提高扩增成功率,应用分段克隆法得到人的srebp1基因编码区(CDS)序列全长,并构建到克隆载体上,为srebp1基因的过表达、干扰序列筛选等以srebp1基因CDS区序列为基础的研究与应用提供一种有效的方法。
为了实现上述目的,本发明采取如下的技术解决方案:
一种人的srebp1基因CDS区分段克隆的方法,包括以下步骤:
A1步骤,srebp1基因CDS区分段扩增PCR引物的设计;
A2步骤,srebp1基因片段S1与S2的PCR扩增;
A3步骤,S1与S2片段的克隆;
A4步骤,T-S1和T-S2的双酶切与纯化;
A5步骤,E-S1与ET-S2的片段的连接;
所述A1步骤,srebp1基因CDS区分段扩增PCR引物的设计的具体步骤为:
从GenBank中下载人srebp1(Accession NO.NM_004176)mRNA序列,对CDS区序列中限制酶酶切位点分析发现,在CDS区的第2149-2154位为BglII酶切位点,以此酶切位点为分界点,设计分段扩增引物,引物序列如下:
①S1片段引物
S1-F:TAT gcggcc gc CACC ATGGACGAGCCACCCTTCAGC
NotI Kozak
S1-R:CAAGGCCCGTGGGAGACTGGTC
②S2片段引物
S2-F:AAGGAAAAAA gcggccgc AGGGGATGCCGTGTCTGTG
NotI
S2-R:GC tctaga GGGGACACGGGGTCTACCTG
XbaI
进一步的,所述的步骤A2具体为:
A2.1步骤,HepG2细胞总RNA的提取及反转录;
A2.2步骤,S1片段的PCR扩增;
A2.3步骤,S2片段的PCR扩增;
其中:A2.1步骤,HepG2细胞总RNA的提取及反转录;
用TRIZOL方法提取HepG2细胞的总RNA,然后反转成cDNA,反转录的体系与条件为:5×g DNA Eraser Buffer 2μl,gDNA Eraser 1μl,Toral RNA 1μg,补RNase Free dH2O至10μl,轻轻吹打混匀,PCR仪上42℃保温2min,然后向上述反应液中加入PrimeScriptRTEnzyme Mix I 1μl,RT Primer Mix 1μl,5×PrimeScript Buffer 2 4μl,RNase FreedH2O 4μl,共20μl,PCR仪上37℃保温15min,85℃保温5s,待温度降至4℃取出cDNA液-20℃保存备用。
A2.2步骤,S1片段的PCR扩增;
用KOD-Plus-Ver.2试剂盒PCR扩增srebp1基因的S1片段,PCR反应体系为:cDNA(50-100ng/μl)1.2μl,引物S1-F和S1-R各0.6μl,10×PCR Buffer 2μl,25mM MgSO4 1.2μl,2mM dNTPs 2μl,KOD-Plus-(1U/μl)1μl,补充ddH2O至20μl;PCR扩增条件为:95℃预变性3min,33个循环反应(95℃30s,66℃30s,72℃90s),72℃10min,取3μl的反应液琼脂糖凝胶电泳检测,琼脂糖凝胶回收纯化S1片段,-20℃保存备用。
A2.3步骤,S2片段的PCR扩增;
PCR反应条件为95℃预变性3min,33个循环反应(95℃30s,65℃30s,72℃90s),72℃10min,其他操作步骤同A2.2。
进一步的,所述A3步骤,S1与S2片段的克隆包括:
A3.1步骤,S1片段的T-A克隆;
A3.2步骤,S2片段的T-A克隆;
其中,A3.1步骤,S1片段的T-A克隆;
取胶回收的S1片段5μl(100-500ng/μl),加入2×Taq PCR Mix 5μl,72℃反应10min,结束后取2μl加入到连接体系中(19-T Simple Vector 1μl,Solution I 5μl,ddH2O 2μl),16℃连接过夜,热激法转化DH5α感受态细胞,涂布到含有氨苄霉素(100ng/μl)的固体LB平板上,12-16h后挑取单克隆菌落,过夜摇菌,提取质粒后用BglII和NotI双酶酶切质粒,电泳检测,并送测序公司测序进一步鉴定,得到S1片段的T-A克隆载体T-S1。
A3.2步骤,S2片段的T-A克隆;
取胶回收的S2片段5μl,加入2×Taq PCR Mix 5μl,72℃反应10min,结束后取2μl加入到连接体系中(19-T Simple Vector 1μl,Solution I 5μl,ddH2O 2μl),16℃连接过夜,热激法转化DH5α感受态细胞,涂布到含有氨苄霉素(100ng/μl)的固体LB平板上,12-16h后挑取单克隆菌落过夜摇菌,提取质粒后用NotI和XbaI双酶酶切质粒,电泳检测,并送测序公司测序进一步鉴定得到S2片段的T-A克隆载体T-S2。
进一步的,所述A4步骤,T-S1和T-S2的双酶切与纯化包括;
A4.1步骤,T-S1的双酶切与纯化;
A4.2步骤,T-S2的双酶切与纯化;
其中,A4.1步骤,T-S1的双酶切与纯化;具体操作如下:
取10μg T-S1质粒,用BglII和NotI限制酶过夜酶切,胶回收一条约2200bp的DNA片段,即T-S1的双酶切后的目的产物,命名为E-S1,-20℃保存备用。
A4.2步骤,T-S2的双酶切与纯化;具体操作如下:
取10μg T-S2质粒,用BglII和NotI限制酶过夜酶切,胶回收一条包含T载体和S2片段的总长度约4000bp的DNA片段,即T-S2的双酶切后的目的产物,命名为ET-S2,-20℃保存备用。
所述A5步骤,E-S1与ET-S2片段的连接;具体操作步骤如下:
E-S1和ET-S2各取50ng,然后加入T4 DNA Ligase 1μl,10×T4 DNA LigaseBuffer 1μl,补充ddH2O至10μl,16℃过夜连接,热激法转化DH5α感受态细胞,涂布至含有氨苄霉素(100ng/μl)的固体LB平板上,12-16h后挑取单克隆菌落过夜摇菌,提取质粒后用XbaI和NotI限制酶酶切质粒,电泳检测,将酶切鉴定正确的质粒送测序公司测序。鉴定正确后即得含有srebp1基因CDS区全长的T克隆载体(T-srebp1)。
有益效果:为克服现有技术中人的SREBP-1c基因CDS区较长,并且GC含量相对较高,一般情况下很难实现对CDS区全长的一次性扩增的缺陷,本发明通过设计酶切位点,应用分段克隆法得到人的srebp1基因CDS区序列全长,并构建到克隆载体上,为srebp1基因的过表达、干扰序列筛选等以srebp1基因CDS区序列为基础的研究与应用提供一种有效的方法。
附图说明
图1是HepG2细胞总RNA的电泳检测。
图2是PCR扩增技术流程示意图。
图3是S1和S2片段PCR扩增产物电泳检测。
图4是T-S1和T-S2质粒双酶切鉴定。
图5是T-S1和T-S2双酶切胶回收鉴定。
图6是T-srebp1双酶切鉴定。
图7是部分测序图。
图8是部分测序结果与NCBI公布序列的比对图。
具体实施方式
下面结合附图和实施例对本发明进行详细描述,在以下的实施例中,如无特殊说明,采用的材料均为本领域公知的材料。
实施例
A1步骤,srebp1基因CDS区分段扩增PCR引物的设计;
A2步骤,srebp1基因片段S1与S2的PCR扩增;
A3步骤,S1与S2片段的克隆;
A4步骤,T-S1和T-S2的双酶切与纯化;
A5步骤,E-S1与ET-S2的片段的连接。
第一步:srebp1基因CDS区分段扩增PCR引物的设计
从GenBank中下载人srebp1(Accession NO.NM_004176)mRNA序列,对CDS区序列中限制酶酶切位点分析发现,在CDS区的第2149-2154位为BglII酶切位点,以此酶切位点为分界点,设计分段PCR扩增引物,引物序列如下:
①S1片段引物
S1-F:TAT gcggcc gc CACC ATGGACGAGCCACCCTTCAGC
NotI Kozak
S1-R:CAAGGCCCGTGGGAGACTGGTC
②S2片段引物
S2-F:AAGGAAAAAA gcggccgc AGGGGATGCCGTGTCTGTG
NotI
S2-R:GC tctaga GGGGACACGGGGTCTACCTG
XbaI
由于分段法扩增的技术难题在于如何分段及分段数量,因此,本发明首先将srebp1分成两段,然后再连接成一条完整的srebp1序列,在此过程需要借助限制酶,对于限制酶的选择起到关键作用,BglII对srebp1来说是单酶切位点并且在中间或者靠近中间位置,因此选择BglII作为分界点。
第二步:srebp1基因片段S1与S2的PCR扩增
2.1HepG2细胞总RNA的提取及反转录;
用TRIZOL方法提取HepG2细胞的总RNA,具体操作步骤如下:
1)取35mm培养皿中生长状态良好的HepG2细胞,去除培养液,用1×PBS清洗一次;
2)向皿中加入1ml的RNAiso Plus,轻微晃动,使RNAiso Plus均匀分布于细胞表面,室温静置2min,用移液枪反复吹打细胞2min;
3)转移裂解液至离心管中;室温静置5min;
4)加入氯仿200μl,震荡混匀至乳白色;
5)12000×g 4℃离心15min;
6)转移上清液至另一新的离心管中;
7)向上清液中加入等体积的异丙醇,上下颠倒混匀,室温静置10min;
8)12000×g 4℃离心10min,白色沉淀即为RNA;
9)小心弃上清,加入1ml 75%乙醇,上下颠倒数次,7500×g 4℃离心5min,弃去上清,重复此步骤1次;
10)打开离心管盖,室温干燥沉淀几分钟,加入50μl RNase-free ddH2O溶解RNA;
11)取2μl用于琼脂糖凝胶电泳检测,另取2μl用多功能酶标仪测量浓度,剩余冰置备用。
将提取的总RNA反转录成cDNA,具体操作步骤如下:
去除基因组DNA体系如表1.1-1,
表1.1-1去除基因组DNA反应
补RNase Free ddH2O至总体积10μL,轻轻吹打混匀,PCR仪上42℃保温2min,取出后冰上放置,随后在此该体系中加入10μL的反转录体系(表1.1-2);
表1.1-2反转录体系
总体积20μL,PCR仪上37℃保温15min,85℃保温5s,待温度降至4℃取出,将cDNA放置-20℃保存备用。
2.2 S1片段的PCR扩增,具体操作步骤如下;
用KOD-Plus-Ver.2试剂盒PCR扩增srebp1基因的S1片段,PCR反应体系如表2.2-1;
表2.2-1 PCR反应体系
然后将PCR反应体系在PCR仪器上按照特定的反应条件(表2.2-2)进行扩增。
表2.2-2 PCR反应条件
取3μl的PCR反应产物琼脂糖凝胶电泳检测,-20℃保存备用。
2.3S2片段的PCR扩增;
S2片段的PCR扩增反应体系与S1片段的PCR扩增反应体系相同,反应条件见表2.3-1;
取3μl的PCR反应产物琼脂糖凝胶电泳检测,-20℃保存备用。
表2.3-1PCR反应条件
第三步,S1与S2片段的克隆包括:
3.1S1片段的T-A克隆;
胶回收的方法纯化S1片段,操作步骤如下
1)将PCR产物用1%琼脂糖凝胶电泳,约40min,S1条带与杂带分开;
2)紫外灯下,切取含S1条带的琼脂糖并称重,捣碎后放入1.5mL离心管中,按琼脂糖胶质量:Binding Buffer(XP2)=1g:1ml的比例加入适量Binding Buffer(XP2);
3)混匀后,50-60℃水浴,每2-3min左右颠倒混匀一次,直至琼脂糖胶块完全溶化;
4)吸取步骤3中的混合液移至DNA吸附柱,10000×g离心1min;
5)加300μL Binding Buffer(XP2),13000×g离心1min;
6)去除套管内液体,加入700μL SPW Wash Buffer,12000×g离心30s;
7)重复步骤6)一次;
8)吸附柱置于新套管,12000×g离心2min,弃去套管;
9)吸附柱置于新的1.5ml离心管中,加入65℃预热的ddH2O(30-50μL)室温静置2min,12000×g离心1min,1.5ml离心管中透明溶液即为纯化的S1片段。
取纯化的S1片段5μl(100 -500ng/μl),加入2×Taq PCR Mix 5μl,72℃加“A”反应10min,然后进行连接,连接体系见表3.1-1;
表3.1-1连接体系
16℃过夜连接,热激法转化DH5α感受态细胞,然后涂布到含有氨苄霉素(100ng/μl)的固体LB平板上,12-16h后挑取单克隆菌落过夜摇菌,提取质粒,多功能酶标仪测定浓度后,取1μg用BglII和NotI双酶酶切鉴定,酶切反应体系见表3.1-2;
表3.1-2酶切体系
37℃保温2h,电泳检测,将酶切鉴定正确的质粒送测序公司测序。测序结果正确后即得到S1片段的克隆载体,命名为T-S1。
3.2S2片段的T-A克隆;
S2片段的T-A克隆方法与S1片段的T-A克隆方法相同,但在克隆载体鉴定时使用的限制酶是NotI和XbaI。
第四步,T-S1和T-S2的双酶切与纯化;
4.1T-S1的双酶切与纯化;
取T-S1质粒10μg,用BglII和NotI双酶酶切,酶切体系见表4.1-1,
表4.1-1T-S1双酶切反应体系
37℃保温2h,胶回收一条约2200bp的DNA片段,命名为E-S1,-20℃保存备用。
4.2T-S2的双酶切与纯化;
取T-S2质粒10μg,用BglII和NotI双酶酶切,酶切体系见表4.2-1,
表4.2-1T-S2双酶切反应体系
37℃酶切反应2h,胶回收一条约4000bp的DNA片段,命名为ET-S2,-20℃保存备用。
第五步E-S1与ET-S2的连接;
E-S1和ET-S2各取50-100ng,进行连接,连接体系见表5-1;
表5-1E-S1与ET-S2的连接体系
16℃过夜连接,热激法转化DH5α感受态细胞,涂布至含有氨苄霉素(100ng/μl)的固体LB平板上,12-16h后挑取单克隆菌落过夜摇菌,提取质粒后用XbaI和NotI双酶酶切,电泳检测,将酶切鉴定正确的质粒送测序公司测序。测序正确的质粒即含有srebp1基因CDS区全长的T克隆载体,命名为T-srebp1。
第六步 结果验证
6.1HepG2细胞总RNA的提取及反转录;
用TRIZOL方法提取HepG2细胞的总RNA,电泳检测可见明显的3条带,从下至上依次是5.8s,18s,28s(图1)。然后反转成cDNA,-20℃保存备用。
6.2S1和S2片段的PCR扩增;
PCR扩增srebp1基因的S1片段和S2片段,PCR扩增技术流程示意图如图2,PCR产物琼脂糖凝胶电泳检测(图3),图3的1和2孔为S1片段电泳结果,2200bp处为S1片段,下方1000bp处条带为杂带;图3的3和4孔为S2片段电泳结果,1300bp处为S2片段,与预期结果均相符。
6.3S1与S2片段的T-A克隆:
胶回收S1和S2片段,加“A”后分别与19-T Simple Vector连接,构建T-S1和T-S2克隆载体。T-S1用BglII/NotI双酶切鉴定,T-S2用BglII/XbaI双酶切鉴定,双酶切产物电泳结果见图4,图4中1和2号孔为T-S2双酶切产物电泳结果,显示在2692bp与1312bp处分别有一条条带,与预期结果相符;图4中3和4孔为T-S1双酶切产物电泳结果,显示在2692与2164bp分别有一条条带,与预期结果相符。
6.4T-S1和T-S2双酶切检测与纯化
T-S1和T-S2均用BglII和NotI双酶酶切,酶切产物琼脂糖凝胶电泳,结果见图5。图5中1和2孔为T-S2双酶切结果,可见一条约4000bp的条带,与预期相符,并胶回收纯化此条带,即ET-S2。图5中3和4孔为T-S1双酶酶切结果,可见一条约2700bp的条带与一条约2200bp的条带,与预期相符,胶回收纯化2200bp的条带,即E-S1;
6.5E-S1片段与ET-S2片段连接
E-S1和ET-S2连接后转化转化DH5α感受态细胞,经挑菌、摇菌提取质粒,用NotI和XbaI双酶酶切鉴定(图6)见,图6中1号和2号孔均为E-S1和ET-S2连接后的质粒,显示在约3500bp与2700bp分别有一条带,其中3500bp条带包含了srebp1基因CDS区全长,最终T-srebp1构建成功。
实验过程中,每步载体的构建,在提取质粒双酶切鉴定正确后需测序鉴定,以确保得到的srebp1基因CDS区序列与NCBI公布的一致。部分测序结果见图7,部分测序结果与NCBI公布序列的比对结果见图8。
以上所述,仅为本发明创造较佳的具体实施方式,但本发明创造的保护范围并不局限于此,任何熟悉本技术领域的技术人员在本发明创造披露的技术范围内,根据本发明创造的技术方案及其发明构思加以等同替换或改变,都应涵盖在本发明创造的保护范围之内。

Claims (2)

1.一种人的srebp1基因编码区分段克隆的方法,其特征在于,包括以下步骤:
A1步骤,srebp1基因CDS区分段扩增PCR引物的设计;
A2步骤,srebp1基因片段S1与S2的PCR扩增;
A3步骤,S1与S2片段的克隆;
A4步骤,T-S1和T-S2的双酶切与纯化;
A5步骤,E-S1与ET-S2的片段的连接;
其中,A1步骤中,从GenBank中下载人srebp1 mRNA序列,在CDS区的第2149-2154位为BglII酶切位点,以此酶切位点为分界点,设计分段扩增引物,引物序列如下:
①S1片段引物
S1-F:TAT gcggcc gc CACC ATGGACGAGCCACCCTTCAGC
NotI Kozak
S1-R:CAAGGCCCGTGGGAGACTGGTC
②S2片段引物
S2-F:AAGGAAAAAA gcggccgc AGGGGATGCCGTGTCTGTG
NotI
S2-R:GC tctaga GGGGACACGGGGTCTACCTG
XbaI
所述A2步骤包括:
A2.1步骤,HepG2细胞总RNA的提取及反转录:
用TRIZOL方法提取HepG2细胞的总RNA,然后反转成cDNA,反转录的体系与条件为:5×gDNA Eraser Buffer 2μl,gDNA Eraser 1μl,Toral RNA 1μg,补RNase Free dH2O至10μl;PCR仪上42℃保温2min,然后向上述反应液中加入PrimeScriptRT Enzyme Mix I 1μl,RTPrimer Mix 1μl,5×PrimeScript Buffer 24μl,RNase Free dH2O 4μl,共20μl,PCR仪上37℃保温15min,85℃保温5s,待温度降至4℃取出cDNA液-20℃保存备用;
A2.2步骤,S1片段的PCR扩增:
用KOD-Plus-Ver.2试剂盒PCR扩增srebp1基因的S1片段,PCR反应体系为:cDNA 1.2μl,引物S1-F和S1-R各0.6μl,10×PCRBuffer 2μl,25mM MgSO41.2μl,2mM dNTPs 2μl,KOD-Plus-(1U/μl)1μl,补充ddH2O至20μl;PCR扩增条件为:95℃预变性3min,依次以条件95℃30s,66℃30s,72℃90s进行33个循环反应,然后于72℃10min,取3μl的反应液琼脂糖凝胶电泳检测,琼脂糖凝胶回收纯化S1片段,-20℃保存备用;
A2.3步骤,S2片段的PCR扩增:
用KOD-Plus-Ver.2试剂盒PCR扩增srebp1基因的S2片段,PCR反应体系为:cDNA1.2μl,引物S2-F和S2-R各0.6μl,10×PCR Buffer 2μl,25mM MgSO41.2μl,2mM dNTPs 2μl,KOD-Plus-(1U/μl)1μl,补充ddH2O至20μl;PCR扩增条件为:95℃预变性3min,33个循环反应(95℃30s,65℃30s,72℃90s),72℃10min,取3μl的反应液琼脂糖凝胶电泳检测,琼脂糖凝胶回收纯化S2片段,-20℃保存备用;
所述A3步骤包括:
A3.1步骤,S1片段的T-A克隆:
取胶回收的S1片段5μl,加入2×Taq PCR Mix 5μl,72℃反应10min,结束后取2μl加入到连接体系中,16℃连接过夜,热激法转化DH5α感受态细胞,涂布到含有氨苄霉素100ng/μl的固体LB平板上,12-16h后挑取单克隆菌落过夜摇菌,提取质粒后用BglII和NotI双酶酶切质粒,电泳检测,并送测序公司测序进一步鉴定,得到S1片段的T-A克隆载体T-S1;
A3.2步骤,S2片段的T-A克隆:
取胶回收的S2片段5μl,加入2×Taq PCR Mix 5μl,72℃反应10min,结束后取2μl加入到连接体系中,16℃连接过夜,热激法转化DH5α感受态细胞,涂布到含有氨苄霉素100ng/μl的固体LB平板上,12-16h后挑取单克隆菌落过夜摇菌,提取质粒后用NotI和XbaI双酶酶切质粒,电泳检测,并送测序公司测序进一步鉴定得到S2片段的T-A克隆载体T-S2;
所述A4步骤包括:
A4.1步骤,T-S1的双酶切与纯化:取10μg T-S1质粒,用BglII和NotI限制酶过夜酶切,胶回收一条约2200bp的DNA片段,即T-S1的双酶切后的目的产物,命名为E-S1,-20℃保存备用;
A4.2步骤,T-S2的双酶切与纯化:取10μg T-S2质粒,用BglII和NotI限制酶过夜酶切,胶回收一条包含T载体和S2片段约4000bp的DNA片段,即T-S2的双酶切后的目的产物,命名为ET-S2,-20℃保存备用;
所述A5步骤具体执行以下操作:
E-S1和ET-S2各取50ng,然后加入T4 DNA Ligase 1μl,10×T4 DNA Ligase Buffer 1μl,补充ddH2O至10μl,16℃过夜连接,热激法转化DH5α感受态细胞,涂布至含有氨苄霉素的固体LB平板上,12-16h后挑取单克隆菌落过夜摇菌,提取质粒后用XbaI和NotI限制酶酶切质粒,电泳检测,将酶切鉴定正确的质粒送测序公司测序,鉴定正确后即得含有srebp1基因CDS区全长的T克隆载体T-srebp1。
2.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,所述A3.1步骤和A3.2步骤中,连接体系为19-T Simple Vector 1μl,Solution I 5μl,ddH2O 2μl。
CN201910104768.6A 2019-02-01 2019-02-01 一种人的srebp1基因编码区全长分段克隆的方法 Active CN110157711B (zh)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN201910104768.6A CN110157711B (zh) 2019-02-01 2019-02-01 一种人的srebp1基因编码区全长分段克隆的方法

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN201910104768.6A CN110157711B (zh) 2019-02-01 2019-02-01 一种人的srebp1基因编码区全长分段克隆的方法

Publications (2)

Publication Number Publication Date
CN110157711A CN110157711A (zh) 2019-08-23
CN110157711B true CN110157711B (zh) 2023-10-24

Family

ID=67645351

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN201910104768.6A Active CN110157711B (zh) 2019-02-01 2019-02-01 一种人的srebp1基因编码区全长分段克隆的方法

Country Status (1)

Country Link
CN (1) CN110157711B (zh)

Citations (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
TW200918509A (en) * 2007-08-30 2009-05-01 Pfizer Prod Inc Pharmaceutical compounds and derivatives
EP2292742A1 (en) * 2009-08-31 2011-03-09 Rheinische Friedrich-Wilhelms-Universität Bonn New nucleic acid molecules and polypeptides involved in lipid metabolism
CN104126006A (zh) * 2011-11-28 2014-10-29 索拉兹米公司 包括原藻脂质通路基因的基因工程化的微生物株系
CN108367009A (zh) * 2016-03-30 2018-08-03 雀巢产品技术援助有限公司 包含维生素的组合物及其用途

Patent Citations (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
TW200918509A (en) * 2007-08-30 2009-05-01 Pfizer Prod Inc Pharmaceutical compounds and derivatives
EP2292742A1 (en) * 2009-08-31 2011-03-09 Rheinische Friedrich-Wilhelms-Universität Bonn New nucleic acid molecules and polypeptides involved in lipid metabolism
CN104126006A (zh) * 2011-11-28 2014-10-29 索拉兹米公司 包括原藻脂质通路基因的基因工程化的微生物株系
CN108367009A (zh) * 2016-03-30 2018-08-03 雀巢产品技术援助有限公司 包含维生素的组合物及其用途

Non-Patent Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
奶牛 SREBP1 蛋白在乳腺上皮细胞的表达定位及对 SCD1 基因启动子的转录调控;韩立强等;《中国农业科学》;20161231;第49卷(第24期);第4797-4805页 *

Also Published As

Publication number Publication date
CN110157711A (zh) 2019-08-23

Similar Documents

Publication Publication Date Title
Baumann et al. Transcription: new insights from studies on Archaea
WO2009058285A3 (en) PORCINE DC-SIGN, ICAM-3 AND LSECtin AND USES THEREOF
CN113265408B (zh) 一种三七DOF转录因子基因PnDof1及其应用
CN114829600A (zh) 植物mad7核酸酶及其扩大的pam识别能力
Mishra et al. Constitutive over-expression of rice ClpD1 protein enhances tolerance to salt and desiccation stresses in transgenic Arabidopsis plants
CN110157711B (zh) 一种人的srebp1基因编码区全长分段克隆的方法
Ambartsumian et al. Characterization of two splice variants of metastasis-associated human mts1 gene
JP2018536400A (ja) ドリメノールシンターゼiii
Azevedo et al. Sub-plastidial localization of two different phage-type RNA polymerases in spinach chloroplasts
Gupta et al. Two novel arginine/serine (SR) proteins in maize are differentially spliced and utilize non-canonical splice sites
Obermeier et al. Gene expression profiling via LongSAGE in a non-model plant species: a case study in seeds of Brassica napus
CN101490079A (zh) 植物生长和耐逆性相关同功酶及其编码基因与应用
CN108218969A (zh) 甘薯花青素转运相关蛋白IbGSTF4及其编码基因与应用
CN112359045A (zh) 一种类胡萝卜素代谢途径相关基因及应用
CN112877332A (zh) 一种由双荧光素酶报告基因检测鸡ripk2启动子活性的方法
Bolle et al. Mono-and dicotyledonous plant-specific RNA editing sites are correctly edited in both in organello systems
CN105524928A (zh) 桃PpeAMT1;1基因、转运蛋白、表达载体及其构建方法
CN111500592A (zh) GAPC1基因mRNA在葫芦科砧穗间运输的鉴定方法
CN1285872A (zh) 与植物疾病抗性相关的基因
CN117821462B (zh) 基因编辑修复阿尔兹海默症相关psen1位点突变
CN110627884B (zh) 一个双孢蘑菇乙烯受体蛋白Ab143539
EP1034274A2 (en) Plant homologs of yeast pad1, yeast crm1, and human jab1: regulators of ap-1 type transcription factor activity
CN114106124B (zh) 一种能够提高蒜氨酸含量的大蒜AsNAC1转录因子基因及其应用
CN113005106B (zh) 玉米耐低温基因ZmCIPK10.1在提高植物抗寒性中的应用
KR100974302B1 (ko) 페투인이 발현된 감자 식물체

Legal Events

Date Code Title Description
PB01 Publication
PB01 Publication
SE01 Entry into force of request for substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination
GR01 Patent grant
GR01 Patent grant