CN110114477A - 用于使用总的和特异性无细胞dna评估风险的方法 - Google Patents
用于使用总的和特异性无细胞dna评估风险的方法 Download PDFInfo
- Publication number
- CN110114477A CN110114477A CN201780081587.5A CN201780081587A CN110114477A CN 110114477 A CN110114477 A CN 110114477A CN 201780081587 A CN201780081587 A CN 201780081587A CN 110114477 A CN110114477 A CN 110114477A
- Authority
- CN
- China
- Prior art keywords
- value
- amount
- cell
- dna
- report
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Pending
Links
- 238000000034 method Methods 0.000 title claims abstract description 424
- 230000003321 amplification Effects 0.000 claims description 54
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 claims description 54
- 210000002381 plasma Anatomy 0.000 claims description 30
- 238000002560 therapeutic procedure Methods 0.000 claims description 29
- 238000003753 real-time PCR Methods 0.000 claims description 26
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 claims description 16
- 239000008280 blood Substances 0.000 claims description 16
- 238000012544 monitoring process Methods 0.000 claims description 16
- 230000003409 anti-rejection Effects 0.000 claims description 15
- 230000000747 cardiac effect Effects 0.000 claims description 15
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 claims description 12
- 208000015181 infectious disease Diseases 0.000 claims description 12
- 238000012546 transfer Methods 0.000 claims description 11
- 238000002054 transplantation Methods 0.000 claims description 10
- 238000013459 approach Methods 0.000 claims description 9
- 230000008859 change Effects 0.000 claims description 7
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 claims description 7
- 238000007481 next generation sequencing Methods 0.000 claims description 7
- 201000010099 disease Diseases 0.000 claims description 6
- 230000002924 anti-infective effect Effects 0.000 claims description 5
- 230000003115 biocidal effect Effects 0.000 claims description 5
- 238000004393 prognosis Methods 0.000 claims description 5
- 230000009467 reduction Effects 0.000 claims description 4
- 210000002966 serum Anatomy 0.000 claims description 4
- 238000002650 immunosuppressive therapy Methods 0.000 claims description 3
- 150000003431 steroids Chemical class 0.000 claims 2
- 210000000080 chela (arthropods) Anatomy 0.000 claims 1
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 abstract description 246
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 abstract description 242
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 abstract description 242
- 238000005259 measurement Methods 0.000 abstract description 40
- 206010052779 Transplant rejections Diseases 0.000 abstract description 10
- 239000000203 mixture Substances 0.000 abstract description 9
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 248
- 239000000523 sample Substances 0.000 description 94
- 108700028369 Alleles Proteins 0.000 description 50
- 238000011282 treatment Methods 0.000 description 24
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 description 19
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 17
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 14
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 14
- 230000008569 process Effects 0.000 description 13
- -1 DNA) of specificity Chemical class 0.000 description 12
- 230000002441 reversible effect Effects 0.000 description 12
- 230000006870 function Effects 0.000 description 11
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 description 11
- 239000002253 acid Substances 0.000 description 10
- 239000000975 dye Substances 0.000 description 10
- 238000011156 evaluation Methods 0.000 description 10
- 238000003205 genotyping method Methods 0.000 description 10
- 210000000056 organ Anatomy 0.000 description 10
- 238000004422 calculation algorithm Methods 0.000 description 9
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 9
- 238000013500 data storage Methods 0.000 description 8
- 238000003745 diagnosis Methods 0.000 description 8
- 238000009826 distribution Methods 0.000 description 8
- 239000000463 material Substances 0.000 description 8
- 238000012545 processing Methods 0.000 description 8
- 238000003860 storage Methods 0.000 description 8
- 241000840267 Moma Species 0.000 description 7
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 description 7
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 description 7
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 description 7
- 238000001514 detection method Methods 0.000 description 6
- 238000002474 experimental method Methods 0.000 description 6
- 239000008186 active pharmaceutical agent Substances 0.000 description 5
- 230000006378 damage Effects 0.000 description 5
- 229940079593 drug Drugs 0.000 description 5
- 239000003814 drug Substances 0.000 description 5
- 230000003287 optical effect Effects 0.000 description 5
- 239000000047 product Substances 0.000 description 5
- 238000001228 spectrum Methods 0.000 description 4
- CMSMOCZEIVJLDB-UHFFFAOYSA-N Cyclophosphamide Chemical compound ClCCN(CCCl)P1(=O)NCCCO1 CMSMOCZEIVJLDB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 206010040047 Sepsis Diseases 0.000 description 3
- RJURFGZVJUQBHK-UHFFFAOYSA-N actinomycin D Chemical compound CC1OC(=O)C(C(C)C)N(C)C(=O)CN(C)C(=O)C2CCCN2C(=O)C(C(C)C)NC(=O)C1NC(=O)C1=C(N)C(=O)C(C)=C2OC(C(C)=CC=C3C(=O)NC4C(=O)NC(C(N5CCCC5C(=O)N(C)CC(=O)N(C)C(C(C)C)C(=O)OC4C)=O)C(C)C)=C3N=C21 RJURFGZVJUQBHK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 238000003556 assay Methods 0.000 description 3
- 238000004364 calculation method Methods 0.000 description 3
- 230000001413 cellular effect Effects 0.000 description 3
- 238000005119 centrifugation Methods 0.000 description 3
- 230000004087 circulation Effects 0.000 description 3
- 239000000284 extract Substances 0.000 description 3
- 230000001605 fetal effect Effects 0.000 description 3
- 238000001914 filtration Methods 0.000 description 3
- 210000002216 heart Anatomy 0.000 description 3
- 239000003018 immunosuppressive agent Substances 0.000 description 3
- 239000003112 inhibitor Substances 0.000 description 3
- 238000003908 quality control method Methods 0.000 description 3
- 238000013139 quantization Methods 0.000 description 3
- 238000012216 screening Methods 0.000 description 3
- 238000000926 separation method Methods 0.000 description 3
- 239000013589 supplement Substances 0.000 description 3
- 208000030090 Acute Disease Diseases 0.000 description 2
- 241000208340 Araliaceae Species 0.000 description 2
- 208000017667 Chronic Disease Diseases 0.000 description 2
- 108010014303 DNA-directed DNA polymerase Proteins 0.000 description 2
- 102000016928 DNA-directed DNA polymerase Human genes 0.000 description 2
- 102100034343 Integrase Human genes 0.000 description 2
- FBOZXECLQNJBKD-ZDUSSCGKSA-N L-methotrexate Chemical compound C=1N=C2N=C(N)N=C(N)C2=NC=1CN(C)C1=CC=C(C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O)C=C1 FBOZXECLQNJBKD-ZDUSSCGKSA-N 0.000 description 2
- ZZIKIHCNFWXKDY-UHFFFAOYSA-N Myriocin Natural products CCCCCCC(=O)CCCCCCC=CCC(O)C(O)C(N)(CO)C(O)=O ZZIKIHCNFWXKDY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- NWIBSHFKIJFRCO-WUDYKRTCSA-N Mytomycin Chemical compound C1N2C(C(C(C)=C(N)C3=O)=O)=C3[C@@H](COC(N)=O)[C@@]2(OC)[C@@H]2[C@H]1N2 NWIBSHFKIJFRCO-WUDYKRTCSA-N 0.000 description 2
- PVNIIMVLHYAWGP-UHFFFAOYSA-N Niacin Chemical compound OC(=O)C1=CC=CN=C1 PVNIIMVLHYAWGP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 description 2
- 238000012408 PCR amplification Methods 0.000 description 2
- 235000005035 Panax pseudoginseng ssp. pseudoginseng Nutrition 0.000 description 2
- 235000003140 Panax quinquefolius Nutrition 0.000 description 2
- 229930182558 Sterol Natural products 0.000 description 2
- MWPLVEDNUUSJAV-UHFFFAOYSA-N anthracene Chemical compound C1=CC=CC2=CC3=CC=CC=C3C=C21 MWPLVEDNUUSJAV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 229940121375 antifungal agent Drugs 0.000 description 2
- 230000008901 benefit Effects 0.000 description 2
- 239000012472 biological sample Substances 0.000 description 2
- 238000001574 biopsy Methods 0.000 description 2
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 2
- 239000003795 chemical substances by application Substances 0.000 description 2
- 239000005482 chemotactic factor Substances 0.000 description 2
- 239000003086 colorant Substances 0.000 description 2
- 229960004397 cyclophosphamide Drugs 0.000 description 2
- 230000007423 decrease Effects 0.000 description 2
- 238000013461 design Methods 0.000 description 2
- 238000012631 diagnostic technique Methods 0.000 description 2
- 239000000539 dimer Substances 0.000 description 2
- BFMYDTVEBKDAKJ-UHFFFAOYSA-L disodium;(2',7'-dibromo-3',6'-dioxido-3-oxospiro[2-benzofuran-1,9'-xanthene]-4'-yl)mercury;hydrate Chemical compound O.[Na+].[Na+].O1C(=O)C2=CC=CC=C2C21C1=CC(Br)=C([O-])C([Hg])=C1OC1=C2C=C(Br)C([O-])=C1 BFMYDTVEBKDAKJ-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 2
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 2
- 238000000295 emission spectrum Methods 0.000 description 2
- 238000000605 extraction Methods 0.000 description 2
- 239000012530 fluid Substances 0.000 description 2
- OVBPIULPVIDEAO-LBPRGKRZSA-N folic acid Chemical compound C=1N=C2NC(N)=NC(=O)C2=NC=1CNC1=CC=C(C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O)C=C1 OVBPIULPVIDEAO-LBPRGKRZSA-N 0.000 description 2
- 239000012634 fragment Substances 0.000 description 2
- 235000008434 ginseng Nutrition 0.000 description 2
- JYGXADMDTFJGBT-VWUMJDOOSA-N hydrocortisone Chemical compound O=C1CC[C@]2(C)[C@H]3[C@@H](O)C[C@](C)([C@@](CC4)(O)C(=O)CO)[C@@H]4[C@@H]3CCC2=C1 JYGXADMDTFJGBT-VWUMJDOOSA-N 0.000 description 2
- 238000002513 implantation Methods 0.000 description 2
- 230000006872 improvement Effects 0.000 description 2
- 230000004054 inflammatory process Effects 0.000 description 2
- NOESYZHRGYRDHS-UHFFFAOYSA-N insulin Chemical compound N1C(=O)C(NC(=O)C(CCC(N)=O)NC(=O)C(CCC(O)=O)NC(=O)C(C(C)C)NC(=O)C(NC(=O)CN)C(C)CC)CSSCC(C(NC(CO)C(=O)NC(CC(C)C)C(=O)NC(CC=2C=CC(O)=CC=2)C(=O)NC(CCC(N)=O)C(=O)NC(CC(C)C)C(=O)NC(CCC(O)=O)C(=O)NC(CC(N)=O)C(=O)NC(CC=2C=CC(O)=CC=2)C(=O)NC(CSSCC(NC(=O)C(C(C)C)NC(=O)C(CC(C)C)NC(=O)C(CC=2C=CC(O)=CC=2)NC(=O)C(CC(C)C)NC(=O)C(C)NC(=O)C(CCC(O)=O)NC(=O)C(C(C)C)NC(=O)C(CC(C)C)NC(=O)C(CC=2NC=NC=2)NC(=O)C(CO)NC(=O)CNC2=O)C(=O)NCC(=O)NC(CCC(O)=O)C(=O)NC(CCCNC(N)=N)C(=O)NCC(=O)NC(CC=3C=CC=CC=3)C(=O)NC(CC=3C=CC=CC=3)C(=O)NC(CC=3C=CC(O)=CC=3)C(=O)NC(C(C)O)C(=O)N3C(CCC3)C(=O)NC(CCCCN)C(=O)NC(C)C(O)=O)C(=O)NC(CC(N)=O)C(O)=O)=O)NC(=O)C(C(C)CC)NC(=O)C(CO)NC(=O)C(C(C)O)NC(=O)C1CSSCC2NC(=O)C(CC(C)C)NC(=O)C(NC(=O)C(CCC(N)=O)NC(=O)C(CC(N)=O)NC(=O)C(NC(=O)C(N)CC=1C=CC=CC=1)C(C)C)CC1=CN=CN1 NOESYZHRGYRDHS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 210000003734 kidney Anatomy 0.000 description 2
- 239000007791 liquid phase Substances 0.000 description 2
- 239000003120 macrolide antibiotic agent Substances 0.000 description 2
- 230000008774 maternal effect Effects 0.000 description 2
- 239000011159 matrix material Substances 0.000 description 2
- 230000007246 mechanism Effects 0.000 description 2
- 229960000485 methotrexate Drugs 0.000 description 2
- 238000002493 microarray Methods 0.000 description 2
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 2
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 2
- ZZIKIHCNFWXKDY-GNTQXERDSA-N myriocin Chemical compound CCCCCCC(=O)CCCCCC\C=C\C[C@@H](O)[C@H](O)[C@@](N)(CO)C(O)=O ZZIKIHCNFWXKDY-GNTQXERDSA-N 0.000 description 2
- 238000003752 polymerase chain reaction Methods 0.000 description 2
- 239000007787 solid Substances 0.000 description 2
- 150000003432 sterols Chemical class 0.000 description 2
- 235000003702 sterols Nutrition 0.000 description 2
- 230000001225 therapeutic effect Effects 0.000 description 2
- 230000000930 thermomechanical effect Effects 0.000 description 2
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 description 2
- KFTLBUWBQDMTSQ-JNCWMXRTSA-N (4s,4as,5ar,12ar)-4-(dimethylamino)-n-[2-(dimethylamino)acetyl]-1,10,11,12a-tetrahydroxy-3,12-dioxo-4a,5,5a,6-tetrahydro-4h-tetracene-2-carboxamide Chemical compound C1C2=CC=CC(O)=C2C(O)=C(C2=O)[C@@H]1C[C@@H]1[C@@]2(O)C(O)=C(C(=O)NC(=O)CN(C)C)C(=O)[C@H]1N(C)C KFTLBUWBQDMTSQ-JNCWMXRTSA-N 0.000 description 1
- NOIRDLRUNWIUMX-UHFFFAOYSA-N 2-amino-3,7-dihydropurin-6-one;6-amino-1h-pyrimidin-2-one Chemical compound NC=1C=CNC(=O)N=1.O=C1NC(N)=NC2=C1NC=N2 NOIRDLRUNWIUMX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- UYGKMSUDBLULNG-UHFFFAOYSA-N 3-[(2-oxo-1,3-oxazolidin-5-yl)methyl]thiophene-2-carboxamide Chemical class S1C=CC(CC2OC(=O)NC2)=C1C(=O)N UYGKMSUDBLULNG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 101150037123 APOE gene Proteins 0.000 description 1
- 241000224489 Amoeba Species 0.000 description 1
- 241000894006 Bacteria Species 0.000 description 1
- 108020004256 Beta-lactamase Proteins 0.000 description 1
- 108010006654 Bleomycin Proteins 0.000 description 1
- 229930186147 Cephalosporin Natural products 0.000 description 1
- 206010009192 Circulatory collapse Diseases 0.000 description 1
- PMATZTZNYRCHOR-CGLBZJNRSA-N Cyclosporin A Chemical compound CC[C@@H]1NC(=O)[C@H]([C@H](O)[C@H](C)C\C=C\C)N(C)C(=O)[C@H](C(C)C)N(C)C(=O)[C@H](CC(C)C)N(C)C(=O)[C@H](CC(C)C)N(C)C(=O)[C@@H](C)NC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@H](CC(C)C)N(C)C(=O)[C@H](C(C)C)NC(=O)[C@H](CC(C)C)N(C)C(=O)CN(C)C1=O PMATZTZNYRCHOR-CGLBZJNRSA-N 0.000 description 1
- 108010036949 Cyclosporine Proteins 0.000 description 1
- 238000007400 DNA extraction Methods 0.000 description 1
- 238000013382 DNA quantification Methods 0.000 description 1
- 108010092160 Dactinomycin Proteins 0.000 description 1
- 206010051055 Deep vein thrombosis Diseases 0.000 description 1
- KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N EDTA Chemical compound OC(=O)CN(CC(O)=O)CCN(CC(O)=O)CC(O)=O KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108010049047 Echinocandins Proteins 0.000 description 1
- 241000196324 Embryophyta Species 0.000 description 1
- LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N Ethanol Chemical compound CCO LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 241000233866 Fungi Species 0.000 description 1
- 108091092584 GDNA Proteins 0.000 description 1
- 208000031448 Genomic Instability Diseases 0.000 description 1
- PEDCQBHIVMGVHV-UHFFFAOYSA-N Glycerine Chemical compound OCC(O)CO PEDCQBHIVMGVHV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 102000004877 Insulin Human genes 0.000 description 1
- 108090001061 Insulin Proteins 0.000 description 1
- 108010061833 Integrases Proteins 0.000 description 1
- 102000014150 Interferons Human genes 0.000 description 1
- 108010050904 Interferons Proteins 0.000 description 1
- 108700012912 MYCN Proteins 0.000 description 1
- 101150022024 MYCN gene Proteins 0.000 description 1
- 238000007476 Maximum Likelihood Methods 0.000 description 1
- 108700026495 N-Myc Proto-Oncogene Proteins 0.000 description 1
- 102100030124 N-myc proto-oncogene protein Human genes 0.000 description 1
- 229940123424 Neuraminidase inhibitor Drugs 0.000 description 1
- 206010029260 Neuroblastoma Diseases 0.000 description 1
- 101800001014 Non-structural protein 5A Proteins 0.000 description 1
- 102100030569 Nuclear receptor corepressor 2 Human genes 0.000 description 1
- 101710153660 Nuclear receptor corepressor 2 Proteins 0.000 description 1
- 229930182555 Penicillin Natural products 0.000 description 1
- 101800004937 Protein C Proteins 0.000 description 1
- 229940123573 Protein synthesis inhibitor Drugs 0.000 description 1
- 108010092799 RNA-directed DNA polymerase Proteins 0.000 description 1
- 208000001647 Renal Insufficiency Diseases 0.000 description 1
- 102100036546 Salivary acidic proline-rich phosphoprotein 1/2 Human genes 0.000 description 1
- 101800001700 Saposin-D Proteins 0.000 description 1
- 108091081021 Sense strand Proteins 0.000 description 1
- 206010040070 Septic Shock Diseases 0.000 description 1
- 208000007107 Stomach Ulcer Diseases 0.000 description 1
- 241001655322 Streptomycetales Species 0.000 description 1
- QJJXYPPXXYFBGM-LFZNUXCKSA-N Tacrolimus Chemical compound C1C[C@@H](O)[C@H](OC)C[C@@H]1\C=C(/C)[C@@H]1[C@H](C)[C@@H](O)CC(=O)[C@H](CC=C)/C=C(C)/C[C@H](C)C[C@H](OC)[C@H]([C@H](C[C@H]2C)OC)O[C@@]2(O)C(=O)C(=O)N2CCCC[C@H]2C(=O)O1 QJJXYPPXXYFBGM-LFZNUXCKSA-N 0.000 description 1
- 239000004098 Tetracycline Substances 0.000 description 1
- 206010060872 Transplant failure Diseases 0.000 description 1
- 206010047249 Venous thrombosis Diseases 0.000 description 1
- 208000027418 Wounds and injury Diseases 0.000 description 1
- 241000607479 Yersinia pestis Species 0.000 description 1
- 230000002159 abnormal effect Effects 0.000 description 1
- 150000007513 acids Chemical group 0.000 description 1
- 230000004913 activation Effects 0.000 description 1
- 230000002411 adverse Effects 0.000 description 1
- 229940100198 alkylating agent Drugs 0.000 description 1
- 239000002168 alkylating agent Substances 0.000 description 1
- 229940126575 aminoglycoside Drugs 0.000 description 1
- 210000003484 anatomy Anatomy 0.000 description 1
- 239000005557 antagonist Substances 0.000 description 1
- 230000000843 anti-fungal effect Effects 0.000 description 1
- 230000000340 anti-metabolite Effects 0.000 description 1
- 230000000692 anti-sense effect Effects 0.000 description 1
- 230000002155 anti-virotic effect Effects 0.000 description 1
- 239000003146 anticoagulant agent Substances 0.000 description 1
- 229940127219 anticoagulant drug Drugs 0.000 description 1
- 239000003429 antifungal agent Substances 0.000 description 1
- 229940124572 antihypotensive agent Drugs 0.000 description 1
- 239000003409 antileprotic agent Substances 0.000 description 1
- 229940100197 antimetabolite Drugs 0.000 description 1
- 239000002256 antimetabolite Substances 0.000 description 1
- 229940045719 antineoplastic alkylating agent nitrosoureas Drugs 0.000 description 1
- 239000003972 antineoplastic antibiotic Substances 0.000 description 1
- 229940045985 antineoplastic platinum compound Drugs 0.000 description 1
- 230000006907 apoptotic process Effects 0.000 description 1
- 238000003491 array Methods 0.000 description 1
- 229940092117 atgam Drugs 0.000 description 1
- QVGXLLKOCUKJST-UHFFFAOYSA-N atomic oxygen Chemical compound [O] QVGXLLKOCUKJST-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- LMEKQMALGUDUQG-UHFFFAOYSA-N azathioprine Chemical compound CN1C=NC([N+]([O-])=O)=C1SC1=NC=NC2=C1NC=N2 LMEKQMALGUDUQG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000011324 bead Substances 0.000 description 1
- 230000006399 behavior Effects 0.000 description 1
- 102000006635 beta-lactamase Human genes 0.000 description 1
- 102000023732 binding proteins Human genes 0.000 description 1
- 108091008324 binding proteins Proteins 0.000 description 1
- 239000012620 biological material Substances 0.000 description 1
- 229960001561 bleomycin Drugs 0.000 description 1
- OYVAGSVQBOHSSS-UAPAGMARSA-O bleomycin A2 Chemical compound N([C@H](C(=O)N[C@H](C)[C@@H](O)[C@H](C)C(=O)N[C@@H]([C@H](O)C)C(=O)NCCC=1SC=C(N=1)C=1SC=C(N=1)C(=O)NCCC[S+](C)C)[C@@H](O[C@H]1[C@H]([C@@H](O)[C@H](O)[C@H](CO)O1)O[C@@H]1[C@H]([C@@H](OC(N)=O)[C@H](O)[C@@H](CO)O1)O)C=1N=CNC=1)C(=O)C1=NC([C@H](CC(N)=O)NC[C@H](N)C(N)=O)=NC(N)=C1C OYVAGSVQBOHSSS-UAPAGMARSA-O 0.000 description 1
- 239000010836 blood and blood product Substances 0.000 description 1
- 229940125691 blood product Drugs 0.000 description 1
- 210000000988 bone and bone Anatomy 0.000 description 1
- 229940041011 carbapenems Drugs 0.000 description 1
- 210000002230 centromere Anatomy 0.000 description 1
- 229940124587 cephalosporin Drugs 0.000 description 1
- 150000001780 cephalosporins Chemical class 0.000 description 1
- 238000012512 characterization method Methods 0.000 description 1
- 210000000349 chromosome Anatomy 0.000 description 1
- 229960001265 ciclosporin Drugs 0.000 description 1
- 238000004140 cleaning Methods 0.000 description 1
- 238000004891 communication Methods 0.000 description 1
- 230000000052 comparative effect Effects 0.000 description 1
- 238000010276 construction Methods 0.000 description 1
- 239000003246 corticosteroid Substances 0.000 description 1
- 230000001351 cycling effect Effects 0.000 description 1
- 229930182912 cyclosporin Natural products 0.000 description 1
- 239000000824 cytostatic agent Substances 0.000 description 1
- 230000001085 cytostatic effect Effects 0.000 description 1
- 229960000640 dactinomycin Drugs 0.000 description 1
- CFCUWKMKBJTWLW-UHFFFAOYSA-N deoliosyl-3C-alpha-L-digitoxosyl-MTM Natural products CC=1C(O)=C2C(O)=C3C(=O)C(OC4OC(C)C(O)C(OC5OC(C)C(O)C(OC6OC(C)C(O)C(C)(O)C6)C5)C4)C(C(OC)C(=O)C(O)C(C)O)CC3=CC2=CC=1OC(OC(C)C1O)CC1OC1CC(O)C(O)C(C)O1 CFCUWKMKBJTWLW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000009792 diffusion process Methods 0.000 description 1
- 229940042399 direct acting antivirals protease inhibitors Drugs 0.000 description 1
- 208000035475 disorder Diseases 0.000 description 1
- 229940056176 drotrecogin alfa Drugs 0.000 description 1
- 235000013399 edible fruits Nutrition 0.000 description 1
- 150000002148 esters Chemical class 0.000 description 1
- 239000004744 fabric Substances 0.000 description 1
- 229940064302 folacin Drugs 0.000 description 1
- 235000019152 folic acid Nutrition 0.000 description 1
- 239000011724 folic acid Substances 0.000 description 1
- 201000005917 gastric ulcer Diseases 0.000 description 1
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 description 1
- 238000010353 genetic engineering Methods 0.000 description 1
- 239000003862 glucocorticoid Substances 0.000 description 1
- 229930182470 glycoside Natural products 0.000 description 1
- 150000002338 glycosides Chemical class 0.000 description 1
- 238000001631 haemodialysis Methods 0.000 description 1
- 230000036541 health Effects 0.000 description 1
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 description 1
- 229960000890 hydrocortisone Drugs 0.000 description 1
- 230000008629 immune suppression Effects 0.000 description 1
- 229960003444 immunosuppressant agent Drugs 0.000 description 1
- 230000001861 immunosuppressant effect Effects 0.000 description 1
- 230000001771 impaired effect Effects 0.000 description 1
- 229940073062 imuran Drugs 0.000 description 1
- 238000000126 in silico method Methods 0.000 description 1
- 238000001802 infusion Methods 0.000 description 1
- 208000014674 injury Diseases 0.000 description 1
- 229940125396 insulin Drugs 0.000 description 1
- 230000003993 interaction Effects 0.000 description 1
- 229940079322 interferon Drugs 0.000 description 1
- 210000000936 intestine Anatomy 0.000 description 1
- 238000001990 intravenous administration Methods 0.000 description 1
- 150000002500 ions Chemical class 0.000 description 1
- 238000002955 isolation Methods 0.000 description 1
- 239000003835 ketolide antibiotic agent Substances 0.000 description 1
- 201000006370 kidney failure Diseases 0.000 description 1
- 238000011005 laboratory method Methods 0.000 description 1
- 230000002045 lasting effect Effects 0.000 description 1
- 210000004185 liver Anatomy 0.000 description 1
- 235000019689 luncheon sausage Nutrition 0.000 description 1
- 210000004072 lung Anatomy 0.000 description 1
- 230000005980 lung dysfunction Effects 0.000 description 1
- 229940041033 macrolides Drugs 0.000 description 1
- TWRXJAOTZQYOKJ-UHFFFAOYSA-L magnesium chloride Substances [Mg+2].[Cl-].[Cl-] TWRXJAOTZQYOKJ-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 1
- 229910001629 magnesium chloride Inorganic materials 0.000 description 1
- 206010025482 malaise Diseases 0.000 description 1
- 238000001840 matrix-assisted laser desorption--ionisation time-of-flight mass spectrometry Methods 0.000 description 1
- 238000000691 measurement method Methods 0.000 description 1
- 238000005399 mechanical ventilation Methods 0.000 description 1
- HAWPXGHAZFHHAD-UHFFFAOYSA-N mechlorethamine Chemical compound ClCCN(C)CCCl HAWPXGHAZFHHAD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000001404 mediated effect Effects 0.000 description 1
- 238000002844 melting Methods 0.000 description 1
- 230000008018 melting Effects 0.000 description 1
- GLVAUDGFNGKCSF-UHFFFAOYSA-N mercaptopurine Chemical compound S=C1NC=NC2=C1NC=N2 GLVAUDGFNGKCSF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229960001428 mercaptopurine Drugs 0.000 description 1
- HPNSFSBZBAHARI-UHFFFAOYSA-N micophenolic acid Natural products OC1=C(CC=C(C)CCC(O)=O)C(OC)=C(C)C2=C1C(=O)OC2 HPNSFSBZBAHARI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- CFCUWKMKBJTWLW-BKHRDMLASA-N mithramycin Chemical compound O([C@@H]1C[C@@H](O[C@H](C)[C@H]1O)OC=1C=C2C=C3C[C@H]([C@@H](C(=O)C3=C(O)C2=C(O)C=1C)O[C@@H]1O[C@H](C)[C@@H](O)[C@H](O[C@@H]2O[C@H](C)[C@H](O)[C@H](O[C@@H]3O[C@H](C)[C@@H](O)[C@@](C)(O)C3)C2)C1)[C@H](OC)C(=O)[C@@H](O)[C@@H](C)O)[C@H]1C[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](C)O1 CFCUWKMKBJTWLW-BKHRDMLASA-N 0.000 description 1
- 229960004857 mitomycin Drugs 0.000 description 1
- 229940087004 mustargen Drugs 0.000 description 1
- 229960000951 mycophenolic acid Drugs 0.000 description 1
- HPNSFSBZBAHARI-RUDMXATFSA-N mycophenolic acid Chemical compound OC1=C(C\C=C(/C)CCC(O)=O)C(OC)=C(C)C2=C1C(=O)OC2 HPNSFSBZBAHARI-RUDMXATFSA-N 0.000 description 1
- 239000002077 nanosphere Substances 0.000 description 1
- 239000013642 negative control Substances 0.000 description 1
- 229960003512 nicotinic acid Drugs 0.000 description 1
- 235000001968 nicotinic acid Nutrition 0.000 description 1
- 239000011664 nicotinic acid Substances 0.000 description 1
- 239000002726 nonnucleoside reverse transcriptase inhibitor Substances 0.000 description 1
- 239000002777 nucleoside Substances 0.000 description 1
- 150000003833 nucleoside derivatives Chemical class 0.000 description 1
- 229940124636 opioid drug Drugs 0.000 description 1
- 230000004768 organ dysfunction Effects 0.000 description 1
- 229910052760 oxygen Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000001301 oxygen Substances 0.000 description 1
- 210000000496 pancreas Anatomy 0.000 description 1
- 150000002960 penicillins Chemical class 0.000 description 1
- 239000000137 peptide hydrolase inhibitor Substances 0.000 description 1
- 239000012071 phase Substances 0.000 description 1
- 150000003058 platinum compounds Chemical class 0.000 description 1
- 229960003171 plicamycin Drugs 0.000 description 1
- 238000010837 poor prognosis Methods 0.000 description 1
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 description 1
- 238000004321 preservation Methods 0.000 description 1
- 230000002265 prevention Effects 0.000 description 1
- 230000037452 priming Effects 0.000 description 1
- 230000002035 prolonged effect Effects 0.000 description 1
- 229960000856 protein c Drugs 0.000 description 1
- 239000000007 protein synthesis inhibitor Substances 0.000 description 1
- 238000000746 purification Methods 0.000 description 1
- 239000002212 purine nucleoside Substances 0.000 description 1
- 150000003212 purines Chemical class 0.000 description 1
- 150000003230 pyrimidines Chemical class 0.000 description 1
- 238000011002 quantification Methods 0.000 description 1
- 238000004445 quantitative analysis Methods 0.000 description 1
- 150000007660 quinolones Chemical class 0.000 description 1
- ZAHRKKWIAAJSAO-UHFFFAOYSA-N rapamycin Natural products COCC(O)C(=C/C(C)C(=O)CC(OC(=O)C1CCCCN1C(=O)C(=O)C2(O)OC(CC(OC)C(=CC=CC=CC(C)CC(C)C(=O)C)C)CCC2C)C(C)CC3CCC(O)C(C3)OC)C ZAHRKKWIAAJSAO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000001846 repelling effect Effects 0.000 description 1
- 238000012958 reprocessing Methods 0.000 description 1
- 230000000717 retained effect Effects 0.000 description 1
- 239000004065 semiconductor Substances 0.000 description 1
- 230000035945 sensitivity Effects 0.000 description 1
- 230000036303 septic shock Effects 0.000 description 1
- 235000015170 shellfish Nutrition 0.000 description 1
- 206010040560 shock Diseases 0.000 description 1
- 239000002911 sialidase inhibitor Substances 0.000 description 1
- 238000002922 simulated annealing Methods 0.000 description 1
- 229960002930 sirolimus Drugs 0.000 description 1
- QFJCIRLUMZQUOT-HPLJOQBZSA-N sirolimus Chemical compound C1C[C@@H](O)[C@H](OC)C[C@@H]1C[C@@H](C)[C@H]1OC(=O)[C@@H]2CCCCN2C(=O)C(=O)[C@](O)(O2)[C@H](C)CC[C@H]2C[C@H](OC)/C(C)=C/C=C/C=C/[C@@H](C)C[C@@H](C)C(=O)[C@H](OC)[C@H](O)/C(C)=C/[C@@H](C)C(=O)C1 QFJCIRLUMZQUOT-HPLJOQBZSA-N 0.000 description 1
- 239000002002 slurry Substances 0.000 description 1
- 241000894007 species Species 0.000 description 1
- 238000007619 statistical method Methods 0.000 description 1
- 238000006467 substitution reaction Methods 0.000 description 1
- 238000007460 surgical drainage Methods 0.000 description 1
- 238000001356 surgical procedure Methods 0.000 description 1
- 208000011580 syndromic disease Diseases 0.000 description 1
- 229960001967 tacrolimus Drugs 0.000 description 1
- QJJXYPPXXYFBGM-SHYZHZOCSA-N tacrolimus Natural products CO[C@H]1C[C@H](CC[C@@H]1O)C=C(C)[C@H]2OC(=O)[C@H]3CCCCN3C(=O)C(=O)[C@@]4(O)O[C@@H]([C@H](C[C@H]4C)OC)[C@@H](C[C@H](C)CC(=C[C@@H](CC=C)C(=O)C[C@H](O)[C@H]2C)C)OC QJJXYPPXXYFBGM-SHYZHZOCSA-N 0.000 description 1
- 210000003411 telomere Anatomy 0.000 description 1
- 108091035539 telomere Proteins 0.000 description 1
- 102000055501 telomere Human genes 0.000 description 1
- 235000019364 tetracycline Nutrition 0.000 description 1
- 150000003522 tetracyclines Chemical class 0.000 description 1
- 229940040944 tetracyclines Drugs 0.000 description 1
- 229960004089 tigecycline Drugs 0.000 description 1
- 150000003852 triazoles Chemical class 0.000 description 1
- 239000005526 vasoconstrictor agent Substances 0.000 description 1
- 230000009385 viral infection Effects 0.000 description 1
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Substances O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6809—Methods for determination or identification of nucleic acids involving differential detection
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
- C12Q1/6851—Quantitative amplification
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2560/00—Nucleic acid detection
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Zoology (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Immunology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Pathology (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
本发明涉及用于通过测量对象中总的和特异性无细胞核酸(例如DNA)来评估风险的方法和组合物。本文中提供的方法和组合物可用于确定病症(例如移植物排斥)的风险。
Description
相关申请的交叉引用
本申请依据35U.S.C.§119(e)、§120和§365(c)要求于2016年11月2日提交的美国临时申请No.62/416,689和2017年4月29日提交的国际申请No.PCT/US2017/030293的申请日权益，其各自内容通过引用整体并入本文。
技术领域
本发明涉及用于通过测量对象中总的和特异性无细胞核酸(例如无细胞DNA)来评估风险的方法和组合物。本文中提供的方法和组合物可以用于确定病症(例如移植物排斥或其他不良移植结果)的风险。
背景技术
检测和量化样品中低水平核酸的能力可允许早期检测病症，例如移植物排斥或其他不良移植结果。然而，用于核酸群体的定量分析的当前方法是有限的。
发明内容
在一个方面，提供了评估来自对象的一个或更多个样品的方法，其包括确定来自对象的一个或更多个样品中总的无细胞核酸(例如DNA)的量的值，并且确定来自对象的一个或更多个样品中特异性无细胞核酸(例如DNA)的量的值。在一个实施方案中，所述方法还包括提供来自对象的一个或更多个样品中总的无细胞核酸(例如DNA)的量的值和来自对象的一个或更多个样品中特异性无细胞核酸(例如DNA)的量的值。
在本文中提供的任一种方法或报告的一个实施方案中，所述方法还包括获得来自对象的一个或更多个样品。
在本文中提供的任一种方法的一个实施方案中，总的无细胞核酸(例如DNA)的量的值和特异性无细胞核酸(例如DNA)的量的值在报告中提供。
在本文中提供的任一种方法或报告的一个实施方案中，总的无细胞核酸(例如DNA)的量的值和特异性无细胞核酸(例如DNA)的量的值来自在手术的14小时内采集的一个或更多个样品。在本文中提供的任一种方法或报告的一个实施方案中，总的无细胞核酸(例如DNA)的量的值和特异性无细胞核酸(例如DNA)的量的值来自在手术的24小时内采集的一个或更多个样品。在本文中提供的任一种方法或报告的一个实施方案中，手术是移植手术。在本文中提供的任一种方法或报告的一个实施方案中，总的无细胞核酸(例如DNA)的量的值和特异性无细胞核酸(例如DNA)的量的值来自在横断钳闭(cross-clamp)移除的14小时内采集的一个或更多个样品。在本文中提供的任一种方法或报告的一个实施方案中，总的无细胞核酸(例如DNA)的量的值和特异性无细胞核酸(例如DNA)的量的值来自在横断钳闭移除的24小时内采集的一个或更多个样品。在本文中提供的任一种方法或报告的一个实施方案中，横断钳闭移除是移植，例如心脏移植。
在一个实施方案中，所提供的任一种方法可还包括确定来自对象的一个或更多个其他样品中总的无细胞核酸(例如DNA)的量的值，并且确定来自对象的一个或更多个其他样品中特异性无细胞核酸(例如DNA)的量的值，其中一个或更多个其他样品来自后续时间点。在本文中提供的任一种方法或报告的一个实施方案中，后续时间点是至少一天之后。在本文中提供的任一种方法或报告的一个实施方案中，后续时间点是至少1、2、3、4、5或6天之后。在本文中提供的任一种方法或报告的一个实施方案中，后续时间点是至少一周之后。在本文中提供的任一种方法或报告的一个实施方案中，后续时间点是至少两周之后。在本文中提供的任一种方法或报告的一个实施方案中，后续时间点是一个月之后。
在一个实施方案中，本文中提供的任一种方法可还包括确定来自对象的一个或更多个另外的样品中总的无细胞核酸(例如DNA)的量的值，并且确定来自对象的一个或更多个另外的样品中特异性无细胞核酸(例如DNA)的量的值，其中一个或更多个另外的样品来自一个或更多个其他后续时间点。在本文中提供的任一种方法或报告的一个实施方案中，一个或更多个其他后续时间点是以一周的间隔。在本文中提供的任一种方法或报告的一个实施方案中，一个或更多个其他后续时间点是以两周的间隔。在本文中提供的任一种方法或报告的一个实施方案中，一个或更多个其他后续时间点是按月间隔。
在本文中提供的任一种方法的一个实施方案中，总的无细胞核酸(例如DNA)的量的值和特异性无细胞核酸(例如DNA)的量的值在报告中提供。在本文中提供的任一种方法或报告的一个实施方案中，总的无细胞核酸(例如DNA)的量的值和特异性无细胞核酸(例如DNA)的量的值在报告中分别提供。在本文中提供的任一种方法或报告的一个实施方案中，总的无细胞核酸(例如DNA)的量的值和特异性无细胞核酸(例如DNA)的量的值在独立的图中提供，所述图示出了随时间的每种所述量的值。在本文中提供的任一种方法或报告的一个实施方案中，总的无细胞核酸(例如DNA)的量的值和特异性无细胞核酸(例如DNA)的量的值在报告中一起提供。在本文中提供的任一种方法或报告的一个实施方案中，总的无细胞核酸(例如DNA)的量的值和特异性无细胞核酸(例如DNA)的量的值在报告中的相同的图中提供。在本文中提供的任一种方法或报告的一个实施方案中，所述图是散点图。在本文中提供的任一种方法或报告的一个实施方案中，总的无细胞核酸(例如DNA)的量的值和特异性无细胞核酸(例如DNA)的量的值在报告中分别提供并且一起提供。在本文中提供的任一种方法或报告的一个实施方案中，总的无细胞核酸(例如DNA)的量的值和特异性无细胞核酸(例如DNA)的量的值在独立的图中提供，所述图示出了随时间的每种所述量的值，并且总的无细胞核酸(例如DNA)的量的值和特异性无细胞核酸(例如DNA)的量的值在报告中的另一个图中一起提供。在本文中提供的任一种方法或报告的一个实施方案中，所述另一个图是散点图。
在本文中提供的任一种方法或报告的一个实施方案中，对象是移植物接受者，例如儿科移植物接受者。在本文中提供的任一种方法或报告的一个实施方案中，移植物接受者是心脏移植物接受者。在本文中提供的任一种方法或报告的一个实施方案中，对象是儿科心脏移植物接受者。
在本文中提供的任一种方法或报告的一个实施方案中，特异性无细胞核酸(例如DNA)是供体特异性无细胞核酸(例如DNA)。在本文中提供的任一种方法或报告的一个实施方案中，使用PCR例如实时PCR测量总的无细胞核酸(例如DNA)。在本文中提供的任一种方法或报告的一个实施方案中，使用下一代测序方法或基于错配扩增的定量方法测量特异性无细胞核酸(例如DNA)。
在一个方面，提供了评估对象中的风险的方法，其包括获得来自对象的一个或更多个样品中总的无细胞核酸(例如DNA)的量的值，获得来自对象的一个或更多个样品中特异性无细胞核酸(例如DNA)的量的值，以及评估对象中的风险。
在本文中提供的任一种方法的一个实施方案中，所述方法还包括获得来自对象的一个或更多个样品。在本文中提供的任一种方法的一个实施方案中，所述方法还包括提供来自对象的一个或更多个样品。
在本文中提供的任一种方法或报告的一个实施方案中，一个或更多个样品来自在手术14小时内的对象。在本文中提供的任一种方法或报告的一个实施方案中，一个或更多个样品来自在手术24小时内的对象。在本文中提供的任一种方法或报告的一个实施方案中，手术是移植手术。在本文中提供的任一种方法或报告的一个实施方案中，一个或更多个样品来自在横断钳闭移除的14小时内的对象。在本文中提供的任一种方法或报告的一个实施方案中，一个或更多个样品来自在横断钳闭移除的24小时内的对象。在所提供的任一种方法或报告的一个实施方案中，横断钳闭移除是移植手术，例如心脏移植手术。
在本文中提供的任一种方法的一个实施方案中，总的无细胞核酸(例如DNA)的量的值和特异性无细胞核酸(例如DNA)的量的值从报告中获得。
在本文中提供的任一种方法的一个实施方案中，所述方法还包括获得来自对象的一个或更多个其他样品中总的无细胞核酸(例如DNA)的量的值，并且获得来自对象的一个或更多个其他样品中特异性无细胞核酸(例如DNA)的量的值，其中一个或更多个其他样品来自后续时间点。
在本文中提供的任一种方法的一个实施方案中，所述方法还包括获得和/或提供来自对象的一个或更多个其他样品。在本文中提供的任一种方法或报告的一个实施方案中，后续时间点是至少一天之后。在本文中提供的任一种方法或报告的一个实施方案中，后续时间点是至少1、2、3、4、5或6天之后。在本文中提供的任一种方法或报告的一个实施方案中，后续时间点是至少一周之后。在本文中提供的任一种方法或报告的一个实施方案中，后续时间点是至少两周之后。在本文中提供的任一种方法或报告的一个实施方案中，后续时间点是一个月之后。
在本文中提供的任一种方法的一个实施方案中，所述方法还包括获得来自对象的一个或更多个另外的样品中总的无细胞核酸(例如DNA)的量的值，并且获得来自对象的一个或更多个另外的样品中特异性无细胞核酸(例如DNA)的量的值，其中一个或更多个另外的样品来自一个或更多个其他后续时间点。
在本文中提供的任一种方法的一个实施方案中，所述方法还包括获得和/或提供来自对象的一个或更多个另外的样品。
在本文中提供的任一种方法或报告的一个实施方案中，一个或更多个其他后续时间点是以一周的间隔。在本文中提供的任一种方法或报告的一个实施方案中，一个或更多个其他后续时间点是以两周的间隔。在本文中提供的任一种方法或报告的一个实施方案中，一个或更多个其他后续时间点是按月间隔。
在本文中提供的任一种方法的一个实施方案中，总的无细胞核酸(例如DNA)的量的值和特异性无细胞核酸(例如DNA)的量的值从报告中获得。在本文中提供的任一种方法或报告的一个实施方案中，总的无细胞核酸(例如DNA)的量的值和特异性无细胞核酸(例如DNA)的量的值在报告中分别提供。在本文中提供的任一种方法或报告的一个实施方案中，总的无细胞核酸(例如DNA)的量的值和特异性无细胞核酸(例如DNA)的量的值在独立的图中提供，所述图示出了随时间的每种所述量的值。在本文中提供的任一种方法或报告的一个实施方案中，总的无细胞核酸(例如DNA)的量的值和特异性无细胞核酸(例如DNA)的量的值在报告中一起提供。在本文中提供的任一种方法或报告的一个实施方案中，总的无细胞核酸(例如DNA)的量的值和特异性无细胞核酸(例如DNA)的量的值在报告中的相同的图中提供。在本文中提供的任一种方法或报告的一个实施方案中，所述图是散点图。在本文中提供的任一种方法或报告的一个实施方案中，总的无细胞核酸(例如DNA)的量的值和特异性无细胞核酸(例如DNA)的量的值在报告中分别提供并且一起提供。在本文中提供的任一种方法或报告的一个实施方案中，总的无细胞核酸(例如DNA)的量的值和特异性无细胞核酸(例如DNA)的量的值在独立的图中提供，所述图示出了随时间的每种所述量的值，并且总的无细胞核酸(例如DNA)的量的值和特异性无细胞核酸(例如DNA)的量的值在报告中的另一个图中一起提供。在本文中提供的任一种方法或报告的一个实施方案中，所述另一个图是散点图。
在本文中提供的任一种方法或报告的一个实施方案中，在其中提供的报告或图包括一个或更多个阈值的指示。在本文中提供的任一种方法或报告的一个实施方案中，在报告或其图中指示的供体特异性无细胞核酸(例如DNA)的阈值为0.8％、0.9％、1％、1.1％、1.2％、1.3％或更大。在本文中提供的任一种方法或报告的一个实施方案中，在报告或其图中指示的总的无细胞核酸(例如DNA)的阈值为10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、35、40、45、50ng/mL血浆或更大。在本文中提供的任一种方法或报告的一个实施方案中，在报告或其图中指示的供体特异性无细胞核酸(例如DNA)的阈值为0.8％、0.9％、1％、1.1％、1.2％、1.3％或更大，并且在报告或其图中指示的总的无细胞核酸(例如DNA)的阈值为10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、35、40、45、50ng/mL血浆或更大。在本文中提供的任一种方法或报告的一个实施方案中，在报告或其图中指示的供体特异性无细胞核酸(例如DNA)的阈值为0.8％并且在报告或其图中指示的总的无细胞核酸(例如DNA)的阈值为15ng/mL血浆。
在本文中提供的任一种方法或报告的一个实施方案中，对象是移植物接受者。在本文中提供的任一种方法或报告的一个实施方案中，移植物接受者是心脏移植物接受者。在本文中提供的任一种方法或报告的一个实施方案中，对象是儿科心脏移植物接受者。
在本文中提供的任一种方法或报告的一个实施方案中，特异性无细胞核酸(例如DNA)是供体特异性无细胞核酸(例如DNA)。
在本文中提供的任一种方法或报告的一个实施方案中，当总的无细胞核酸(例如DNA)的量的值高于阈值并且特异性无细胞核酸(例如DNA)的量的值高于阈值时，指示移植对象中的排斥或者其他不良结果或不良预后(例如死亡)。在本文中提供的任一种方法的一个实施方案中，当总的无细胞核酸(例如DNA)的量的值高于阈值并且特异性无细胞核酸(例如DNA)的量的值高于阈值时，向对象施用或建议治疗例如抗排斥治疗和/或进行或建议进一步或增加监测对象。在本文中提供的任一种方法的一个实施方案中，抗排斥治疗包括类固醇和/或住院。在本文中提供的任一种方法或报告的一个实施方案中，当总的无细胞核酸(例如DNA)的量的值高于阈值并且特异性无细胞核酸(例如DNA)的量的值低于阈值时，指示感染。在本文中提供的任一种方法的一个实施方案中，当总的无细胞核酸(例如DNA)的量的值高于阈值并且特异性无细胞核酸(例如DNA)的量的值低于阈值时，向对象施用或建议抗感染治疗和/或进行或建议进一步或增加监测对象。在本文中提供的任一种方法的一个实施方案中，抗感染治疗包括免疫抑制治疗的减少或改变或者抗生素。在本文中提供的任一种方法或报告的一个实施方案中，当总的无细胞核酸(例如DNA)的量的值低于阈值并且特异性无细胞核酸(例如DNA)的量的值高于阈值时，指示早期排斥。在本文中提供的任一种方法的一个实施方案中，当总的无细胞核酸(例如DNA)的量的值低于阈值并且特异性无细胞核酸(例如DNA)的量的值高于阈值时，向对象施用或建议抗排斥治疗和/或进行或建议进一步或增加监测对象。在本文中提供的任一种方法的一个实施方案中，抗排斥治疗包括类固醇。在本文中提供的任一种方法的一个实施方案中，抗排斥治疗不包括住院。在本文中提供的任一种方法或报告的一个实施方案中，当总的无细胞核酸(例如DNA)的量的值低于阈值并且特异性无细胞核酸(例如DNA)的量的值低于阈值时，不指示临床病症。在本文中提供的任一种方法的一个实施方案中，当总的无细胞核酸(例如DNA)的量的值低于阈值并且特异性无细胞核酸(例如DNA)的量的值低于阈值时，进行或建议进一步或减少监测对象。
在本文中提供的任一种方法的一个实施方案中，所述监测对象包括本文中提供的任一种方法。
在本文中提供的任一种方法或报告的一个实施方案中，样品包括血液、血浆或血清。
在一个方面，提供了包括本文中提供的任一种或更多种值的报告。在一个实施方案中，报告包括来自对象的一个或更多个样品中总的无细胞核酸(例如DNA)的量的值和来自对象的一个或更多个样品中特异性无细胞核酸(例如DNA)的量的值。在所提供的任一种方法或报告的一个实施方案中，总的无细胞核酸(例如DNA)的量的值和特异性无细胞核酸(例如DNA)的量的值来自在手术的14小时内采集的一个或更多个样品。在所提供的任一种方法或报告的一个实施方案中，总的无细胞核酸(例如DNA)的量的值和特异性无细胞核酸(例如DNA)的量的值来自在手术的24小时内采集的一个或更多个样品。在所提供的任一种方法或报告的一个实施方案中，手术是移植手术。在所提供的任一种方法或报告的一个实施方案中，总的无细胞核酸(例如DNA)的量的值和特异性无细胞核酸(例如DNA)的量的值来自在横断钳闭移除的14小时内采集的一个或更多个样品。在所提供的任一种方法或报告的一个实施方案中，总的无细胞核酸(例如DNA)的量的值和特异性无细胞核酸(例如DNA)的量的值来自在横断钳闭移除的24小时内采集的一个或更多个样品。
在所提供的任一种报告的一个实施方案中，报告还包括来自对象的一个或更多个其他样品中总的无细胞核酸(例如DNA)的量的值和来自对象的一个或更多个其他样品中特异性无细胞核酸(例如DNA)的量的值，其中一个或更多个其他样品来自不同的例如后续时间点。在本文中提供的任一种方法或报告的一个实施方案中，后续时间点是至少一天之后。在本文中提供的任一种方法或报告的一个实施方案中，后续时间点是至少1、2、3、4、5或6天之后。在所提供的任一种方法或报告的一个实施方案中，后续时间点是至少一周之后。在所提供的任一种方法或报告的一个实施方案中，后续时间点是至少两周之后。在所提供的任一种方法或报告的一个实施方案中，后续时间点是一个月之后。
在所提供的任一种报告的一个实施方案中，报告还包括来自对象的一个或更多个另外的样品中总的无细胞核酸(例如DNA)的量的值和来自对象的一个或更多个另外的样品中特异性无细胞核酸(例如DNA)的量的值，其中一个或更多个另外的样品来自一个或更多个其他时间点，例如后续时间点。在所提供的任一种方法或报告的一个实施方案中，一个或更多个其他后续时间点是以一周的间隔。在所提供的任一种方法或报告的一个实施方案中，一个或更多个其他后续时间点是以两周的间隔。在所提供的任一种方法或报告的一个实施方案中，一个或更多个其他后续时间点是按月间隔。
在所提供的任一种方法或报告的一个实施方案中，来自对象(例如在手术之前或一些其他更早的时间点)的总的无细胞核酸(例如DNA)的基线量和来自对象(例如在手术之前或一些其他更早的时间点)的特异性无细胞核酸(例如DNA)的量的值通过本文中提供的任一种方法获得和/或例如在所提供的任一种报告中提供。
在所提供的任一种方法或报告的一个实施方案中，总的无细胞核酸(例如DNA)的量的值和特异性无细胞核酸(例如DNA)的量的值在报告中分别提供。在所提供的任一种方法或报告的一个实施方案中，总的无细胞核酸(例如DNA)的量的值和特异性无细胞核酸(例如DNA)的量的值在独立的图中提供，所述图示出了随时间的每种所述量的值。在所提供的任一种方法或报告的一个实施方案中，总的无细胞核酸(例如DNA)的量的值和特异性无细胞核酸(例如DNA)的量的值在报告中一起提供。在所提供的任一种方法或报告的一个实施方案中，总的无细胞核酸(例如DNA)的量的值和特异性无细胞核酸(例如DNA)的量的值在报告中的相同的图中提供。在所提供的任一种方法或报告的一个实施方案中，所述图是散点图。在所提供的任一种方法或报告的一个实施方案中，总的无细胞核酸(例如DNA)的量的值和特异性无细胞核酸(例如DNA)的量的值在报告中分别提供并且一起提供。在所提供的任一种方法或报告的一个实施方案中，总的无细胞核酸(例如DNA)的量的值和特异性无细胞核酸(例如DNA)的量的值在独立的图中提供，所述图示出了随时间的每种所述量的值，并且总的无细胞核酸(例如DNA)的量的值和特异性无细胞核酸(例如DNA)的量的值在报告中的另一个图中一起提供。在所提供的任一种方法或报告的一个实施方案中，所述另一个图是散点图。
在所提供的任一种方法或报告的一个实施方案中，对象是移植物接受者。在所提供的任一种方法或报告的一个实施方案中，移植物接受者是心脏移植物接受者。在所提供的任一种方法或报告的一个实施方案中，对象是儿科心脏移植物接受者。
在所提供的任一种方法或报告的一个实施方案中，特异性无细胞核酸(例如DNA)是供体特异性无细胞核酸(例如DNA)。
在所提供的任一种方法或报告的一个实施方案中，使用PCR例如实时PCR测量总的无细胞核酸(例如DNA)。
在所提供的任一种方法或报告的一个实施方案中，使用下一代测序方法或基于错配扩增的定量方法测量特异性无细胞核酸(例如DNA)。
在本文中提供的任一种方法或报告的一个实施方案中，基于错配扩增的定量方法是本文中提供的这样的方法的任一种。在本文中提供的任一种方法或报告的一个实施方案中，这样的错配方法包括：对于多种单核苷酸变体(single nucleotide variant，SNV)靶标中的每一种，获得来自用至少一种引物对对样品或其部分例如通过聚合酶链式反应(polymerase chain reaction，PCR)进行的核酸扩增的结果，其中所述至少一种引物对包含正向引物和反向引物，其中所述至少一种引物对包含具有相对于SNV靶标的一个序列(例如，等位基因)的3’错配(例如，倒数第二位错配)然而相对于SNV靶标的另一序列(例如，等位基因)的3’双错配的引物，并且特异性地扩增SNV靶标的一个序列(例如，等位基因)。
在本文中提供的任一种方法或报告的一个实施方案中，这样的错配方法还包括：对于每种SNV靶标，获得来自用至少一种另一引物对进行定量测定的结果，其中所述至少一种另一引物对包含正向引物和反向引物，其中所述至少一种另一引物对特异性地扩增SNV靶标的另一序列(例如，等位基因)。
在本文中提供的任一种方法或报告的一个实施方案中，这样的错配方法包括：对于多种单核苷酸变体(SNV)靶标中的每一种，用至少两种引物对对样品或其部分例如通过PCR进行核酸扩增，其中每种引物对包含正向引物和反向引物，其中所述至少两种引物对中的一种包含相对于SNV靶标的一个序列(例如，等位基因)的3’错配(例如，倒数第二位)然而相对于SNV靶标的另一序列(例如，等位基因)的3’双错配，并且特异性地扩增SNV靶标的一个序列(例如，等位基因)，并且所述至少两种引物对中的另一种特异性地扩增SNV靶标的另一序列(例如，等位基因)。
在本文中提供的任一种方法或报告的一个实施方案中，这样的错配方法包括：对于多种单核苷酸变体(SNV)靶标中的每一种，获得来自用至少两种引物对对样品或其部分进行的例如通过PCR的核酸扩增的结果，其中每种引物对包含正向引物和反向引物，其中所述至少两种引物对中的一种包含相对于SNV靶标的一个序列(例如，等位基因)的3’错配(例如，倒数第二位)然而相对于SNV靶标的另一序列(例如，等位基因)的3’双错配，并且特异性地扩增SNV靶标的一个序列(例如，等位基因)，并且所述至少两种引物对中的另一种特异性地扩增SNV靶标的另一序列(例如，等位基因)。
在本文中提供的任一种方法或报告的一个实施方案中，这样的错配方法包括：获得来自用本文中提供的至少一种引物对(例如至少两种引物对)对样品进行的核酸扩增(例如PCR)的结果，其中每种引物对包含正向引物和反向引物；基于特异性核酸和/或非特异性核酸的基因型选择信息性结果；以及基于信息性结果确定样品中非特异性核酸的量。在本文中提供的任一种方法或报告的一个实施方案中，这样的错配方法还包括鉴定多种SNV靶标。在本文中提供的任一种方法或报告的一个实施方案中，这样的错配方法还包括推断非特异性核酸的基因型。
在本文中提供的任一种方法或报告的一个实施方案中，这样的错配方法包括获得来自以下的结果：1)对于多种SNV靶标中的每一种，用至少一种引物对(例如至少两种引物对)对样品或其部分进行的核酸扩增(例如PCR)，其中每种引物对包含正向引物和反向引物，其中至少一种(例如至少两种)引物对中的一种包含相对于SNV靶标的一个序列(例如，等位基因)的3’错配(例如，倒数第二位)然而相对于SNV靶标的另一序列(例如，等位基因)的3’双错配，并且特异性地扩增SNV靶标的一个序列(例如，等位基因)，以及2)基于特异性基因型和/或可能的非特异性基因型的预测来确定信息性结果。在任一种这样的错配方法的一个实施方案中，当存在至少两种引物对时，另一引物对特异性地扩增每种SNV靶标的另一序列(例如，等位基因)，并且用每种SNV靶标的另一引物对来获得定量结果。
在本文中提供的任一种方法或报告的一个实施方案中，这样的错配方法包括获得来自以下的结果：1)对于多种SNV靶标中的每一种，用至少两种引物对对样品或其部分进行的核酸扩增(例如PCR)，其中每种引物对包含正向引物和反向引物，其中所述至少两种引物对中的一种包含相对于SNV靶标的一个序列(例如，等位基因)的3’错配(例如，倒数第二位)然而相对于SNV靶标的另一序列(例如，等位基因)的3’双错配，并且特异性地扩增SNV靶标的一个序列(例如，等位基因)，并且所述至少两种引物对中的另一种特异性地扩增SNV靶标的另一序列(例如，等位基因)，以及2)基于特异性基因型和/或可能的非特异性基因型的预测来确定信息性结果。
在本文中提供的任一种方法或报告的一个实施方案中，这样的错配方法还包括每种SNV靶标的至少一种另一引物对和/或以此用核酸扩增(例如PCR)来获得结果。在任一种这样的错配方法的一个实施方案中，所述至少一种另一引物对包含相对于SNV靶标的另一序列(例如，等位基因)的3’错配(例如，倒数第二位)然而相对于SNV靶标的一个序列(例如，等位基因)的3’双错配，并且特异性地扩增SNV靶标的另一序列(例如，等位基因)。
在本文中提供的任一种方法或报告的一个实施方案中，这样的错配方法还包括基于所述结果评估特异性核酸的量。
在任一种这样的错配方法的一个实施方案中，所述结果是信息性结果。
在任一种这样的错配方法的一个实施方案中，所述方法还包括选择扩增(例如PCR扩增)的信息性结果。在任一种这样的错配方法的一个实施方案中，对所选择的信息性结果求平均值，例如中位数平均值。在任一种这样的错配方法的一个实施方案中，可以用稳健统计学(Robust Statistics)进一步分析所述结果。在任一种这样的错配方法的一个实施方案中，可以用标准偏差(例如稳健标准偏差和/或变异系数，例如稳健变异系数，或％变异系数，例如％稳健变异系数)进一步分析所述结果。
在任一种这样的错配方法的一个实施方案中，基于非特异性核酸和/或特异性核酸的基因型选择核酸扩增(例如PCR)的信息性结果。
在任一种这样的错配方法的一个实施方案中，所述方法还包括获得非特异性核酸和/或特异性核酸的基因型。
在任一种这样的错配方法的一个实施方案中，所述方法还包括基于特异性基因型和/或可能的非特异性基因型的预测来选择信息性结果。在任一种这样的错配方法的一个实施方案中，当非特异性核酸的基因型未知或未获得时，所述方法还包括基于可能的非特异性基因型的预测来评估结果。在任一种这样的错配方法的一个实施方案中，所述方法包括基于信息性结果和预测的样品中非特异性核酸的量。在任一种这样的错配方法的一个实施方案中，用最大期望值法(expectation-maximization)算法来进行评估或预测。在任一种这样的错配方法的一个实施方案中，最大期望值法用于预测可能的非特异性基因型。
在任一种这样的错配方法的一个实施方案中，使用最大似然法(maximumlikelihood)计算非特异性核酸的量。
在本文中提供的任一种方法或报告的一个实施方案中，特异性无细胞核酸(例如DNA)的量是特异性核酸与总核酸或非特异性核酸的比或百分比。
在任一种这样的错配方法的一个实施方案中，存在每种SNV靶标至少一种引物对、至少两种引物对、至少三种引物对、至少四种引物对或更多。在任一种这样的错配方法的一个实施方案中，多种SNV靶标是至少45、48、50、55、60、65、70、75、80、85或90或更多种。在任一种这样的错配方法的一个实施方案中，多种SNV靶标是至少90、95或更多种靶标。在任一种这样的错配方法的一个实施方案中，多种SNV靶标是少于90、95或更多种靶标。在任一种这样的错配方法的一个实施方案中，多种SNV靶标是少于105或100种靶标。
在任一种这样的错配方法的一个实施方案中，错配的引物是正向引物。在任一种这样的错配方法的一个实施方案中，每种SNV靶标的引物对的反向引物是相同的。
在任一种这样的错配方法的一个实施方案中，所述方法还包括从样品中提取核酸。
在任一种这样的错配方法的一个实施方案中，所述方法还包括另外的扩增步骤。在任一种这样的错配方法的一个实施方案中，在用错配引物进行扩增以定量之前进行扩增。
在一个实施方案中，本文中提供的方法的任一个实施方案可以是所提供的任一个报告的一个实施方案。在一个实施方案中，本文中提供的报告的任一个实施方案可以是本文中提供的任一种方法的一个实施方案。
附图说明
附图并非旨在按比例绘制。所述附图仅是举例说明性的，并且不是使得能够实现本公开内容所需要的。
图1提供了可用于基于错配扩增的定量测定(例如PCT申请No.PCT/US2016/030313的那些，其测定通过引用整体并入本文)的“MOMA”引物的示例性非限制性图。在聚合酶链式反应(PCR)测定中，预期发生包含SNV A的序列的延伸，使得检测SNV A，其可随后进行量化。然而，由于双错配而预期不发生SNV B的延伸。
图2示出了来自重建实验的结果，证明了使用错配扩增方法测量无细胞DNA的能力。
图3提供了用错配扩增方法用来自移植物接受者患者的血浆样品测量的无细胞DNA百分比。所有数据均来自已经进行组织活检的患者。暗点表示排斥。
图4提供了来自错配扩增方法的关于血浆样品的另外的数据。在移植手术之后，供体百分比水平下降。
图5提供了在抽血时具有或不具有感染治疗的对象中总的无细胞DNA测量的数据。
图6提供了两个独立的图，示出了如何在报告中可以显示随时间的总的无细胞核酸(例如DNA)的值和特异性无细胞核酸(例如DNA)的值的一个实例。
图7提供了一个图(散点图)，示出了如何在报告中可以一起显示对于不同时间点的总的无细胞核酸(例如DNA)的值和特异性无细胞核酸(例如DNA)的值的一个实例。预期当认为总的无细胞DNA和特异性无细胞DNA二者的值都高时，可能发生排斥并且指示驱动移植对象的炎性过程或者不良结果或预后。当认为总的无细胞DNA高但不认为特异性无细胞DNA高时，可能在对象中发生感染而不是排斥。然而，当认为总的无细胞DNA低以及认为特异性无细胞DNA高时，可能对象处于排斥的早期阶段，否则将被认为是无症状的。可能仍然需要抗排斥治疗。最后，当认为总的无细胞DNA和特异性无细胞DNA二者都低时，预期尽管可能仍需要继续监测患者，但不需要治疗。
图8示出了可以用其操作一些实施方案的计算机***的一个实例。
图9提供了一个图(散点图)，示出了如何在报告中可以一起显示总的无细胞核酸(例如DNA)的值和特异性无细胞核酸(例如DNA)的值的一个实例。在该实例中，分析了68个样品；三角形指示死亡的结果。
具体实施方式
本公开内容的一些方面涉及用于评估对象中的风险的方法。在一些实施方案中，可以使用对象中总的无细胞核酸(例如DNA)的量的一种或更多种值和特异性无细胞核酸(例如DNA)的量的一种或更多种值的组合来评估风险。可以多次使用本文中提供的方法或本领域中已知的方法获得随时间的这样的值。还包括可以包括这些值的一种或更多种的报告。这样的报告可以为临床医生提供有价值的信息。在一些实施方案中，临床医生然后可以评估对象中的风险。
本文中提供的“风险”是指对象(例如移植物接受者)中存在或不存在任何不期望的病症(例如移植物排斥、感染)，或者存在或不存在这样的病症的可能性提高。本文中提供的“风险升高”是指对象中存在任何不期望的病症，或者存在这样的病症的可能性提高。本文中提供的“风险降低”是指对象中不存在任何不期望的病症，或者存在这样的病症的可能性降低(或不存在的可能性提高)。例如，植入移植物(例如，心脏移植物)之后早期检测排斥可以促进治疗并改善临床结果。移植物排斥仍然是移植失败和晚期死亡的主要原因，并且通常需要终身监视监测。已证明用免疫抑制治疗治疗移植物排斥可改善治疗结果，特别是如果排斥是早期检测到的。
因此，在所提供的任一种方法的一些实施方案中，对象是移植物接受者，并且风险是与移植相关的风险。在所提供的任一种方法的一些实施方案中，与移植相关的风险是对象中的移植物排斥、移植的解剖学问题或移植物的损伤、感染、或者其他不良结果或预后的风险。在所提供的任一种方法的一些实施方案中，移植物的损伤是初始或持续性损伤。在所提供的任一种方法的一些实施方案中，与移植相关的风险是急性病症或慢性病症。在所提供的任一种方法的一些实施方案中，急性病症是移植物排斥，包括细胞排斥或抗体介导的排斥。在所提供的任一种方法的一些实施方案中，慢性病症是移植物血管病变。在所提供的任一种方法的一些实施方案中，与移植相关的风险指示损伤的严重性。
本文中使用的“移植”是指为了替换接受者的受损或缺失的器官的目的，将器官从供体移至接受者。移植物可以是一个器官或多于一个器官。在一些实施方案中，术语“移植物”是指移植的器官，并且从使用该术语的上下文中可清楚这样的含义。可以移植的器官的一些实例包括但不限于：心脏、肾脏、肾、肝、肺、胰腺、肠等。本文中提供的任一种方法或报告可用于来自已经历了本文中提供的任一种或更多种器官的移植的对象的样品。
本文中使用的来自对象的样品可以是生物样品。这样的生物样品的一些实例包括全血、血浆、血清等。
在一些方面，所述方法包括用于确定总的无细胞核酸(例如DNA)的量的值和特异性无细胞核酸(例如DNA)的量的值的步骤。本文中使用的“值”是表达关于“量”的信息的任何指示。所述指示可以是量的绝对值或相对值。本文中使用的“量”是指无细胞核酸(例如DNA)的量。此外，所述值可以是量、频率、比、百分比等。
在一些情况下，所述值可以与“阈值”进行比较。本文中使用的“阈值”是指指示病症的状态、存在或不存在或者风险的存在或不存在的任何预定水平或水平范围。阈值可以采用多种形式。其可以是单个截止值，例如中位数或平均值。其可基于比较组来建立，例如在一个确定组中的风险是另一个确定组中的风险的两倍的情况下。其可以是一个范围，例如在以下情况下：将受试群体平等地(或不平等地)分为组，例如低风险组、中等风险组和高风险组；或者分为四个象限，最低象限是具有最低风险的对象，并且最高象限是具有最高风险的对象。阈值可以取决于所选择的特定群体。例如，表面健康的群体将具有不同的“正常”范围。作为另一个实例，可由在状态、病症或风险存在之前或者在治疗过程之后的基线值确定阈值。这样的基线可指示对象中与所测试风险或病症不相关的正常或其他状态。在一些实施方案中，阈值可以是进行测试的对象的基线值。因此，所选择的预定值可将对象所属的类别纳入考虑之中。本领域普通技术人员仅用常规实验即可选择合适的范围和类别。
在关于心脏移植物接受者的本文中提供的任一种方法的一些实施方案中，供体特异性无细胞DNA的这样的阈值等于或大于0.8％、0.9％或1％，其中分别地，高于的水平指示风险升高，并且其中等于或低于的水平指示风险降低。在关于心脏移植物接受者的本文中提供的任一种方法的一些实施方案中，这样的阈值等于大于1.1％、1.2％或1.3％，其中分别地，高于的水平指示风险升高，并且其中等于或低于的水平指示风险降低。
在本文中提供的任一种方法的一些实施方案中，例如关于移植对象的风险，例如感染或其他不期望的结果，总的无细胞DNA的这样的阈值可以大于或等于10、11、12、13、14、15、20、25、30、35、40、45或50ng/mL，例如每mL血浆。在本文中提供的任一种方法的一些实施方案中，总的无细胞DNA的这样的阈值可以大于或等于50ng/mL血浆。在本文中提供的任一种方法的一些实施方案中，总的无细胞DNA的这样的阈值可以大于或等于100ng/mL血浆。在本文中提供的任一种方法的一些实施方案中，总的无细胞DNA的这样的阈值可以是基因组当量/mL，例如每mL血浆。在本文中提供的任一种方法的一些实施方案中，例如关于风险，例如感染，总的无细胞DNA的这样的阈值可以是2,800基因组当量/mL，例如每mL血浆。在本文中提供的任一种方法的一些实施方案中，例如关于风险，例如对于脓毒症，总的无细胞DNA的这样的阈值可以是14,000基因组当量/mL，例如每mL血浆。
本文中使用的“特异性无细胞核酸”是指无细胞核酸(例如DNA)的子集，其通常以低水平在总的无细胞核酸(例如DNA)内。在一些实施方案中，特异性无细胞核酸(例如DNA)是供体特异性(donor-specific，DS)的无细胞核酸(例如DNA)。DS cf-DNA是指可能从移植器官脱落的DNA，其序列与捐献移植器官的供体的基因型相匹配(全部或部分)。本文中使用的“DS cf-DNA”可以指DS cf-DNA群体中的某些序列，其中所述序列可以与接受者cf-DNA区分开(例如，在特定核苷酸位置具有不同的序列)，或者其可以指整个DS cf-DNA群体。“总的无细胞核酸”是存在于细胞外(例如在对象的血液、血浆、血清等中)的核酸类型(例如DNA)的总和。不希望受任何特定理论或机制的束缚，认为这样的核酸是从细胞释放的，例如通过细胞的凋亡。在本文中提供的任一种方法或报告的一些实施方案中，“特异性无细胞核酸”是指对于对象是非天然的或是非野生型的那些。非特异性无细胞核酸是对于对象是天然的或在这样的情况下是野生型的那些。
无细胞核酸(例如DNA)的量的值可以通过本文中提供的任一种方法“获得”，并且获得步骤可以包括通过参考或本文中提供的其他方式并入本文的任一种方法。本文中使用的“获得”是指通过其可以获取相应信息或材料的任何方法。因此，相应信息或材料可以通过实验方法获取。在一些实施方案中，相应材料可以用多种实验或实验室方法来创建、设计等。相应信息或材料还可以通过给予或提供信息(例如在报告中)或材料来获取。在一些实施方案中，材料可通过商业手段(即通过购买)来给予或提供。
如本文中提供的，风险可以使用来自对象的一个或更多个样品中总的无细胞核酸(例如DNA)的量的一个或更多个值以及特异性无细胞核酸(例如DNA)的量的一个或更多个值的组合来确定。在一些实施方案中，这样的方法还包括基于值的组合评价与在对象中的移植相关的风险。在一些实施方案中，本文中提供的任一种方法可以包括使总的量和/或特异性无细胞核酸(例如DNA)的量的值的提高与病症(例如移植物排斥)的风险升高相关联。在本文中提供的任一种方法的一些实施方案中，相关联包括将总的和特异性无细胞核酸(例如DNA)的水平(例如，浓度、比或百分比)与阈值进行比较以鉴定风险升高或降低的对象。
例如，当总的无细胞DNA的量的值高于阈值并且特异性无细胞DNA的量的值高于阈值时，指示排斥或者其他不良后果或预后。作为另一个实例，当总的无细胞DNA的量的值高于阈值并且特异性无细胞DNA的量的值低于阈值时，指示感染。作为另一个实例，当总的无细胞DNA的量的值低于阈值并且特异性无细胞DNA的量的值高于阈值时，指示早期或无症状排斥。作为又一个实例，当总的无细胞DNA的量的值低于阈值并且特异性无细胞DNA的量的值低于阈值时，指示无临床病症，并且可以或可以不向对象进行或建议进一步监测对象。
因此，还可以随时间监测水平的变化。在器官移植中，这可以形成针对排斥或与其相关的病症的风险的个体化非侵入性筛选测试的基础。在本文中提供的任一种方法的一个实施方案中，所述方法还可包括用于评价病症例如移植物排斥、移植损伤等的另外的测试。另外的测试可以是本文中提供的任一种方法。在一些实施方案中，对于移植物接受者，另外的测试是确定来自对象的样品中总的无细胞核酸(例如DNA)和特异性无细胞核酸(例如DNA)的量的值。另外，此类方法可以有助于治疗或疗法的选择、施用和/或监测。
可指示治疗。因此，本文中提供的任一种方法可包括向对象治疗或建议治疗(在一些实施方案中，包括向对象提供关于治疗的信息)的一个或更多个步骤。例如，在指示排斥的情况下，可以施用抗排斥治疗。“施用”等意指以直接或间接药理学有用的方式向对象提供材料。因此，该术语包括指导(例如开处方)对象或另一方来施用材料。可通过本领域已知的任何方法(参见，例如，Harrison’s Principle of Internal Medicine，McGraw HillInc.)完成治疗或疗法的施用。优选地，治疗或疗法的施用以治疗有效量进行。用于不同施用途径的组合物是本领域已知的(参见例如E.W.Martin的Remington’s PharmaceuticalSciences)。
在本文中提供的任一种方法的一些实施方案中，所述方法还可包括基于量确定治疗方案。本文中使用的“确定治疗方案”是指确定用于治疗对象的作用过程。在本文中提供的任一种方法的一个实施方案中，确定治疗方案包括确定合适的治疗或关于提供给对象的合适治疗的信息。在本文中提供的任一种方法的一些实施方案中，所述确定包括向对象提供合适的治疗或关于合适治疗的信息。本文中使用的关于治疗或疗法或监测的信息可以以书面形式或电子形式提供。在一些实施方案中，可将信息提供为计算机可读指令。在一些实施方案中，可口头提供信息。
抗排斥治疗包括例如免疫抑制剂。免疫抑制剂包括但不限于皮质类固醇(例如，***龙或氢化可的松)、糖皮质激素、细胞抑制剂、烷化剂(例如氮芥(环磷酰胺)、亚硝基脲、铂化合物、环磷酰胺(Cytoxan))、抗代谢物(例如叶酸类似物如甲氨蝶呤、嘌呤类似物例如硫唑嘌呤和巯嘌呤、嘧啶类似物和蛋白质合成抑制剂)、细胞毒性抗生素(例如放线菌素、蒽环霉素、丝裂霉素C、博来霉素、光辉霉素)、抗体(例如抗CD20，抗-IL-1、抗IL-2Rα、抗T细胞或抗CD-3单克隆抗体和多克隆抗体，例如Atgam和即复宁(Thymoglobuline)、作用于免疫亲和蛋白的药物、环孢素、他克莫司、西罗莫司、干扰素、阿片类药物、TNF-结合蛋白、霉酚酸酯、芬戈莫德和多球壳菌素(myriocin)。在一些实施方案中，抗排斥治疗包括血液转移或骨髓移植。治疗还可以包括用于治疗全身病症(例如脓毒症)的疗法。脓毒症的治疗可以包括静脉内输液、抗生素、外科引流、早期目标定向治疗(EGDT)，血管加压药(vasopressors)、类固醇、活化蛋白C、屈曲可净α(drotrecogin alfa(活化的)、氧气和器官功能障碍的合适的支持物。这可包括肾衰竭中的血液透析，肺功能障碍中的机械通气，血液制品的输注，以及用于循环衰竭的药物和流体治疗。确保足够的营养-优选通过肠内摄食，但如果有必要，通过肠外营养-也可以包括特别是在长期疾病期间。另一些相关治疗可以包括胰岛素和药物以预防深静脉血栓形成和胃溃疡。
在其中指示感染的一些实施方案中，用于治疗移植物的接受者的治疗还可以包括用于治疗细菌、真菌和/或病毒感染的治疗。这样的治疗包括抗生素。另一些实例包括但不限于阿米巴苷、氨基糖苷类、驱虫剂、抗真菌药、唑类抗真菌药、棘白菌素、多烯、二芳基喹啉、酰肼衍生物、烟酸衍生物、利福霉素衍生物、链霉菌衍生物、抗病毒剂、趋化因子接受者拮抗剂、整合酶链转移抑制剂、神经氨酸酶抑制剂、NNRTI、NS5A抑制剂、核苷逆转录酶抑制剂(NRTI)、蛋白酶抑制剂、嘌呤核苷、碳青霉烯类、头孢菌素、甘氨酰环素、leprostatics、林可霉素衍生物、大环内酯衍生物、酮内酯类、大环内酯类、唑烷酮类抗生素、青霉素类、β-内酰胺酶类抑制剂、喹诺酮类、磺胺类和四环素类。另一些这样的治疗是本领域普通技术人员已知的。本文中提供的任一种方法可以包括向对象施用或建议抗感染治疗(在一些实施方案中，包括向对象提供关于治疗的信息)。在一些实施方案中，抗感染治疗可以是免疫抑制剂治疗中的量或频率的降低或者施用于对象的免疫抑制剂治疗的改变。
已经发现，对临床医生特别有用的是包括本文中提供的值的报告。因此，在一个方面，提供了这样的报告。报告可以是口头、书面(或硬拷贝)或电子形式，例如为可被可视化或显示的形式。在一些实施方案中，本文中提供的每个测定的“原始”结果在报告中提供，并且从该报告中可以采取进一步的步骤来分析总的无细胞核酸(例如DNA)和特异性无细胞核酸(例如DNA)的量。在另一些实施方案中，该报告提供了总的无细胞核酸(例如DNA)和特异性无细胞核酸(例如DNA)的量的多个值。例如，多个值可来自在不同时间采集的样品。在所提供的任一种方法或报告的一些实施方案中，总的无细胞核酸(例如DNA)和特异性无细胞核酸(例如DNA)在单独的报告中提供。在本文中提供的任一种方法或报告的另一些实施方案中，总的无细胞核酸(例如DNA)和特异性无细胞核酸(例如DNA)在相同的报告中提供。
报告可被格式化以显示关于阈值的值和/或包括一个或更多个阈值。这样的布置或呈现可为临床医生提供更快速和更容易的解释。例如，可使用图上的线或阴影或一些其他指示符来指示一个或更多个阈值，该指示符允许人们能够被告知阈值和/或将阈值与报告上的一个或更多个其他值进行比较。在所提供的任一个报告的一些实施方案中，指示符可简单地是作为阈值的一个或更多个值的任何标识。在所提供的任一个报告的一些实施方案中，总的无细胞核酸(例如DNA)的值和/或特异性无细胞核酸(例如DNA)的值然后可基于与指示的阈值的比较来解释，例如通过它们相对于阈值指示符的位置、值的简单比较等。例如，如果该图是包含总的无细胞核酸(例如DNA)和特异性无细胞核酸(例如DNA)的值的散点图，并且阈值用线等指定，则可以形成象限，其可指示对象中的风险。作为另一个实例，如果该图是随时间提供总的无细胞核酸(例如DNA)或特异性无细胞核酸(例如DNA)的值的图并且指示阈值(例如用线或其它指示符)，则可将图中的核酸的值与一个或更多个阈值的指示进行比较。本文中提供的任一个报告或其图可包括阈值的任何一个或更多个指示符。
报告还可显示测定结果的数字输出。以这种方式，在一些实施方案中，临床医生可随时间评价对象的治疗需求或监测对象的需求。
因此，在本文中提供的任一种方法中，所述方法可以包括在另一个时间点或时机评价对象中总的无细胞核酸(例如DNA)和特异性无细胞核酸(例如DNA)的量。例如，可在一个或更多个后续时间评价对象中总的无细胞核酸(例如DNA)或特异性无细胞核酸(例如DNA)的量，例如1、2、3、4、5或6天，或者1、2或3周，或者1、2、3、4、5、6、7、8、9、10或11个月，或者从较早的时间点起一年。在所提供的任一种方法的一些实施方案中，可每天、每两周、每周、每两个月或每月评价对象中的总的无细胞核酸(例如DNA)和特异性无细胞核酸(例如DNA)的量，持续一段时间，例如3、6或9个月或者1、2或更多年。可以使用本文中提供的任一种方法进行这样的评价。
本文中提供了用于确定总的无细胞核酸(例如DNA)以及特异性无细胞核酸(例如DNA)的方法，或该方法是本领域中已知的其他方法。例如，PCT申请No.PCT/US2016/030313的方法可用于确定本文中提供的样品中的特异性无细胞核酸(例如DNA)的量的值。因此，本文中提供的任一种方法可包括PCT申请No.PCT/US2016/030313中描述的任一种方法的步骤并且这样的方法和步骤通过引用并入本文。
在一些实施方案中，可使用任何合适的下一代或高通量测序和/或基因分型技术来分析总的无细胞核酸(例如DNA)以及特异性无细胞核酸(例如DNA)。下一代和高通量测序和/或基因分型技术的实例包括但不限于大规模平行标记测序、polony测序、454焦磷酸测序、Illumina(Solexa)测序、SOLiD测序、离子半导体测序、DNA纳米球测序、heliscope单分子测序、单分子实时(SMRT)测序、和选定区域的数字分析(DANSRTM)(参见，例如，Stein RA(2008年9月1日).“Next-Generation Sequencing Update”.GeneticEngineering&Biotechnology News 28(15)；Quail，Michael；Smith，Miriam E；Coupland，Paul；Otto，Thomas D；Harris，Simon R；Connor，Thomas R；Bertoni，Anna；Swerdlow，Harold P；Gu，Yong(2012年1月1日).“A tale of three next generation sequencingplatforms：comparison of Ion torrent，pacific biosciences and illumina MiSeqsequencers”.BMC Genomics 13(1)：341；Liu，Lin；Li，Yinhu；Li，Siliang；Hu，Ni；He，Yimin；Pong，Ray；Lin，Danni；Lu，Lihua；Law，Maggie(2012年1月1日).“Comparison ofNext-Generation Sequencing Systems”.Journal of Biomedicine and Biotechnology2012：1-11；Qualitative and quantitative genotyping using single base primerextension coupled with matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometryMethods Mol Biol.2009；578：307-43；ChuT，Bunce K，Hogge WA，Peters DG.A novel approach toward the challenge ofaccurately quantifying fetal DNA in maternal plasma.Prenat Diagn 2010；30：1226-9；和Suzuki N，Kamataki A，Yamaki J，Homma Y.Characterization of circulatingDNA in healthy human plasma.Clinica chimica acta；International Journal ofClinical Chemistry 2008；387：55-8)。
同样地，美国公开No.2015-0086477-A1的无细胞DNA的测量方法也通过引用并入本文，并且这样的方法可以作为本文中提供的任一种方法的一部分包括在内，以用于确定无细胞核酸(例如DNA)的量的值。
在本文中提供的任一种方法的一些实施方案中，PCR是定量PCR，意味着可以确定核酸的量。定量PCR包括实时PCR、数字PCR、TAQMANTM等。在本文中提供的任一种方法的一些实施方案中，PCR是“实时PCR”。这样的PCR是指其中可以在扩增过程仍进行的同时在液相中监测反应动力学的PCR反应。与常规PCR相比，实时PCR提供了实时同时检测或量化扩增反应的能力。基于来自特定染料的荧光强度的提高，甚至在扩增达到其平台期之前可以确定靶标的浓度。
使用多种探针可以扩展单探针实时PCR的能力。多路复用实时PCR使用多个基于探针的测定，其中每个测定可以具有经独特的荧光染料标记的特定探针，使得对每个测定观察到不同的颜色。实时PCR仪器可以区分由不同染料产生的荧光。不同的探针可以用各自具有独特的发射谱的不同染料标记。谱信号用离散的光学装置收集，通过一系列滤光器组，并由检测器阵列收集。染料之间的谱重叠可通过使用纯染料谱通过矩阵代数对实验数据去卷积(deconvolute)进行校正。其他方法对于本领域普通技术人员来说是明显的。
如上所述，在一些实施方案中，本文中提供的任一种方法可包括“错配扩增方法”或“基于错配扩增的定量测定”等步骤，以确定特异性无细胞核酸(例如DNA)的量的值。在本文中提供的任一种方法的一些实施方案中，基于错配扩增的定量测定是用本文所述的MOMA引物扩增核酸的任何定量测定，并且可以确定核酸的量。此类方法包括来自多种SNV靶标的多个扩增。这样的方法包括PCT申请No.PCT/US2016/030313的方法，并且本文中提供的任一种方法可包括PCT申请No.PCT/US2016/030313中所述的任一种方法的步骤并且这样的方法和步骤通过引用并入本文。在本文中提供的任一种方法的一些实施方案中，通过使用一种或更多种统计学方法，包括中位数、稳健标准偏差、稳健变异系数和不一致值，可使用这样的多重扩增的结果来确定样品中非天然核酸的量。在本文中提供的任一种方法的一些实施方案中，基于错配扩增的定量测定是用本文所述的MOMA引物扩增核酸的任何定量测定，并且可以确定核酸的量。
可获得用于这样的测定的引物，并且本文中提供的任一种方法可以包括获得用于进行定量测定的一种或更多种引物对的步骤。通常，引物具有有利于其用于量化核酸的量的独特特性。例如，引物对的正向引物可以在3’核苷酸(例如倒数第二个3’核苷酸)处错配。在提供的任一种方法或组合物的一些实施方案中，这种错配位于3’核苷酸处但与SNV位置相邻。在提供的任一种方法或组合物的一些实施方案中，引物相对于SNV位置的错配定位如图1所示。通常，这样的正向引物即使具有3’错配也能在扩增反应中产生扩增产物(与合适的反向引物联合)，从而允许扩增并导致检测到具有相应SNV的核酸。如果特定SNV不存在并且存在相对于SNV靶标的另一等位基因的双错配，则通常不会产生扩增产物。优选地，在本文中提供的任一种方法的一些实施方案中，对于每种SNV靶标，获得以下引物对，通过所述引物对，可发生每种等位基因的特异性扩增而不扩增其他等位基因。“特异性扩增”是指扩增靶标的特定等位基因，而基本上不扩增另外的核酸或不扩增在背景或噪声以上的另外核酸序列。在一些实施方案中，特异性扩增仅导致扩增特定等位基因。
本文中使用的“单核苷酸变体”是指其中在单个核苷酸处存在序列变异的核酸序列。在一些实施方案中，SNV是双等位基因SNV，意指SNV存在一个主要等位基因和一个次要等位基因。在一些实施方案中，SNV可具有多于两种等位基因，例如在群体内。通常，“次要等位基因”是指对于基因座而言在一组核酸中频率较低的等位基因，而“主要等位基因”是指在一组核酸中频率较高的等位基因。在一些实施方案中，本文中提供的方法可以定量核酸混合物中主要和次要等位基因的核酸，甚至在低水平存在时也是如此。
其中存在序列同一性变异的核酸序列(例如SNV)通常被称为“靶标”。本文中使用的“SNV靶标”是指其中例如在个体群体中在单个核苷酸处存在序列变异的核酸序列。SNV靶标具有多于一种等位基因，并且在一些优选的实施方案中，SNV靶标是双等位基因的。在本文中提供的任一种方法的一些实施方案中，SNV靶标是SNP靶标。在这些实施方案的一些中，SNP靶标是双等位基因的。已经发现，通过用对SNV靶标具有特异性的引物进行基于扩增的定量测定(例如PCR测定)可以甚至在极低水平下量化核酸。在一些实施方案中，通过用多种SNV靶标的引物尝试基于扩增的定量测定(例如定量PCR测定)来确定核酸的量。“多种SNV靶标”是指多于一种SNV靶标，其中对于每种靶标存在至少两种等位基因。优选地，在一些实施方案中，预期每种SNV靶标是双等位基因的，并且对SNV靶标的每种等位基因具有特异性的引物对用于特异性地扩增每种等位基因的核酸，其中如果样品中存在特定等位基因的核酸，则发生扩增。
在本文中提供的任一种方法的一些实施方案中，对于双等位基因的每种SNV靶标，存在两种引物对，每种对两种等位基因之一具有特异性，并且因此具有相对于其将要扩增之等位基因的单个错配并且具有相对于其不扩增之等位基因的双错配(如果这些等位基因的核酸存在的话则是同样)。在本文中提供的任一种方法的一些实施方案中，错配引物是正向引物。在本文中提供的任一种方法的一些实施方案中，用于每种SNV靶标的两种引物对中的反向引物是相同的。
这些概念可以用于设计用于本文中提供的任一种方法的引物对。应理解，正向和反向引物被设计成结合相对链(例如有义链和反义链)以扩增模板的特定基因座的片段。引物对的正向和反向引物可被设计成扩增任意合适尺寸的核酸片段以检测例如根据本公开内容之SNV靶标的等位基因的存在。本文中提供的任一种方法可以包括用于获得如本文中描述的一种或更多种引物对的一个或更多个步骤。
在一些实施方案中，用至少40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、91、92、93、94、95或更多种靶标的引物对进行基于扩增的定量测定(例如定量PCR)。在一些实施方案中，用少于105、104、103、102、101、100、99、98或97种靶标的引物对进行定量测定。在一些实施方案中，用40至105、45至105、50至105、55至105、60至105、65至105、70至105、75至105、80至105、85至105、90至105、90至104、90至103、90至102、90至101、90至100、90至99、91至99、92至99、93、99、94至99、95至99或90至95种靶标的引物对获得足够的信息性结果。在一些实施方案中，用40至99、45至99、50至99、55至99、60至99、65至99、70至99、75至99、80至99、85至99、90至99、90至99、90至98、90至97或90至96种靶标的引物对获得足够的信息性结果。在另一些实施方案中，用40至95、45至95、50至95、55至95、60至95、65至95、70至95、75至95、80至95、85至95或90至95种靶标的引物对获得足够的信息性结果。在另一些实施方案中，用40至90、45至90、50至90、55至90、60至90、65至90、70至90、75至90、80至90或85至90种靶标的引物对获得足够的信息性结果。在另一些实施方案中，用40至85、45至85、50至85、55至85、60至85、65至85、70至85、75至85或80至85的引物对获得足够的信息性结果。在另一些实施方案中，用40至80、45至80、50至80、55至80、60至80、65至80、70至80或75至80的引物对获得足够的信息性结果。在另一些实施方案中，用40至75、45至75、50至75、55至75、60至75、65至75或70至75种靶标的引物对获得足够的信息性结果。
通常，本文中提供的“信息性结果”是可以用于对样品中特异性天然或非特异性核酸的水平进行量化的结果。信息性结果可以排除其中天然核酸对特定SNV靶标是杂合的以及“无调用(no call)”或错误调用结果的结果。在提供的任一种方法的一些实施方案中，特异性天然和/或非特异性核酸的量分别代表核酸的全部信息性结果的平均值。在本文中提供的任一种方法的一些实施方案中，平均值以绝对量或百分比给出。优选地，在本文中提供的任一种方法的一些实施方案中，平均值是中位数。在本文中提供的任一种方法的另一些实施方案中，平均值是截尾均值(trimmed mean)。本文中使用的“截尾均值”是指去除最低报告靶标(例如两个最低)联合最高报告靶标(例如两个最高)。在本文中提供的任一种方法的另一些实施方案中，平均值是均值。
在本文中提供的任一种方法的一些实施方案中，该方法还可包括使用稳健统计学(例如，BD FACSDivaTM软件)来分析结果。在一些这样的实施方案中，可在结束时使用这种统计作为结果的质量检查。在一些这样的实施方案中，统计可指示可需要重新运行样本或者应该丢弃一些结果。在一些实施方案中，本文中提供的任一种方法可包括这样的步骤，通过该步骤可计算标准偏差，例如稳健标准偏差(Robust Standard Deviation，rSD)；和/或变异系数，例如稳健变异系数(Robust Coefficient ofVariation，rCV)；或％变异系数，例如％稳健变异系数。
如本文中所用，稳健SD基于各个数据点相对于总体的中位数的偏差。它可如下计算：
rSD＝({|Xi-中位数x|}的中位数)×1.4826
值1.4826是一个常数因子，它将所得的稳健值调整为等同于正态总体分布。因此，对于正态分布的群体，SD和rSD是相等的。
类似地，稳健CV和稳健CV百分比可分别如下计算：
rCV＝rSD/中位数x，且％rCV＝rSD/中位数x×100％。
因此，在本文中提供的任一种方法中，最终量可至少部分地通过使用标准偏差(例如rSD)和/或变异系数(例如rCV)或％变异系数(例如％rCV)对结果进行分析来确定。
在本文中提供的任一种方法的一些实施方案中，该方法还可包括使用不一致值(dQC)。例如，可评价接受者纯合和非信息性靶标的平均次要等位基因比例，以针对样品混淆(mixup)和污染提供保护。根据非特异性等位基因噪声，这些应理论上理解为几乎为零。如果在收集或处理过程中发生样品交换，则使用错误的接受者基因型，dQC在假定的非信息性靶标上立即标记达50％或100％的读数。dQC还可捕获样品污染和可能的基因组不稳定性。通常来说，健康样品的dQC将低于0.5％。
根据需要，特异性核酸的量(例如比或百分比)可用主要和次要等位基因的量以及基因型来确定。在本文中提供的任一种方法的一些实施方案中，可以基于预先基因分型(例如，分别为接受者和/或供体)来确定等位基因。用于基因分型的方法是本领域公知的。这样的方法包括测序，例如下一代、杂交、微阵列、其他分离技术或PCR测定。本文中提供的任一种方法可以包括获得这样的基因型的步骤。
应理解，本文中所述的引物对可用于多路复用PCR测定。因此，在一些实施方案中，引物对被设计成在PCR反应中与其他引物对相容。例如，引物对可被设计成在PCR反应中与至少2种、至少5种、至少10种、至少20种、至少30种、至少40种等其他引物对相容。如本文中使用的，如果引物对能够在同一PCR反应中扩增其靶标，则其在PCR反应中是“相容的”。在一些实施方案中，如果在同一PCR反应中多路复用进行时，引物对扩增其靶核酸(例如DNA)被抑制不超过1％、不超过2％、不超过5％、不超过10％、不超过15％、不超过20％、不超过25％、不超过30％、不超过35％、不超过40％、不超过45％、不超过50％或不超过60％，则所述引物对是相容的。引物对可由于多种原因而不相容，所述原因包括但不限于引物二聚体的形成和与模板上的脱靶位点结合，这可能干扰另外的引物对。因此，本公开内容的引物对可被设计成避免与其他引物对形成二聚体或限制脱靶结合位点的数目。用于设计用于多路复用PCR测定的引物的示例性方法是本领域中已知的和在本文中别处描述。
在本文中提供的任一种方法的一些实施方案中，定量测定包括定量PCR测定。定量PCR包括实时PCR、数字PCR、TAQMANTM等。在本文中提供的任一种方法的一些实施方案中，PCR是“实时PCR”。这样的PCR是指其中可以在扩增过程仍进行的同时在液相中监测反应动力学的PCR反应。与常规PCR相比，实时PCR提供了实时在扩增反应中同时检测或量化的能力。基于来自特定染料的荧光强度的提高，甚至在扩增达到其平台期之前可以确定靶标的浓度。
使用多种探针可扩展单探针实时PCR的能力。多路复用实时PCR使用多个基于探针的测定，其中每个测定可具有用独特的荧光染料标记的特定探针，使得对于每个测定观察到不同的颜色。实时PCR仪器可区分由不同染料产生的荧光。不同的探针可用各自具有独特的发射谱的不同染料进行标记。谱信号可用离散的光学装置收集，通过一系列滤光器组，并由检测器阵列收集。染料之间的谱重叠可通过使用纯染料谱通过矩阵代数对实验数据去卷积来进行校正。
在本文中提供的任一种方法中，PCR可以是数字PCR。数字PCR涉及将经稀释的扩增产物分配到多个离散的测试位点中，使得大多数的离散测试位点包含零个或一个扩增产物。然后，分析扩增产物以提供样品中所选目的基因组区域的频率的表示。每个离散测试位点分析一个扩增产物产生每个离散测试位点的二元“是或否”结果，从而允许对所选目的基因组区域进行量化，并且确定所选目的基因组区域相对于彼此的相对频率。在某些方面，作为补充或替代，可使用对应于来自预定区域的基因组区域的扩增产物进行多重分析。可使用来自对两个或更多个预定区域进行分析的结果来量化和确定扩增产物的相对频率数目。使用两个或更多个预定区域来确定样品中的频率通过例如扩增效率的变异而降低偏差的可能性，这通过单次检测测定可以不那么明显。使用数字PCR量化DNA的方法是本领域中已知的，并且先前已经在例如美国专利公开号US20140242582中进行描述。
本文中提供的任一种方法可包括从获自对象(例如移植物的接受者)的样品提取核酸(例如无细胞DNA)。这样的提取可使用本领域中已知或本文中另外提供的任何方法(参见例如Current Protocols in Molecular Biology，最新版本，或QIAamp循环核酸试剂盒或其他合适的可商购获得试剂盒)来进行。描述了用于从血液分离无细胞DNA的示例性方法。从对象收集包含抗凝剂(例如EDTA或DTA)的血液。使包含cf-DNA的血浆与血液中存在的细胞分离(例如，通过离心或过滤)。可进行任选的第二分离以从血浆中除去任何剩余的细胞(例如，第二离心或过滤步骤)。然后，可使用本领域中已知的任何方法，例如使用商用试剂盒(例如由Qiagen生产的那些)来提取cf-DNA。用于提取cf-DNA的其他示例性方法也是本领域中已知的(参见例如Cell-Free Plasma DNA as a Predictor of Outcome in SevereSepsis and Septic Shock.Clin.Chem.2008，第54卷，第1000-1007页；Prediction ofMYCN Amplification in Neuroblastoma Using Serum DNA and Real-TimeQuantitative Polymerase Chain Reaction.JCO 2005，第23卷，第5205-5210页；Circulating Nucleic Acids in Blood of Healthy Male and FemaleDonors.Clin.Chem.2005，第51卷第1317-1319页；Use of Magnetic Beads for PlasmaCell-free DNA Extraction：Toward Automation of Plasma DNA Analysis forMolecular Diagnostics.Clin.Chem.2003，第49卷，第1953-1955页；Chiu RWK，Poon LLM，Lau TK，Leung TN，Wong EMC，Lo YMD.Effects of blood-processing protocols onfetal and total DNA quantification in maternal plasma.Clin Chem 2001；47：1607-1613；和Swinkels等Effects of Blood-Processing Protocols on Cell-free DNAQuantification in Plasma.Clinical Chemistry，2003，第49卷，第3期，525-526)。
在本文中提供的任一种方法的一些实施方案中，进行早期的另外扩增步骤。扩增的示例性方法如下，并且这样的方法可包括在本文中提供的任一种方法中。对于约100种靶标使用Q5 DNA聚合酶在PCR中扩增约15ng的无细胞血浆DNA，其中合并的引物总共为6uM。样品进行约35个循环。反应总共为25ul。在扩增后，可使用数种方法清洗样品，包括AMPURE珠净化、珠纯化、或者简单的Exosap it或Zymo。
本发明的不同方面可单独地、组合或以前文中所述实施方案中未具体讨论的多种布置使用，并且因此其应用不限于在先描述中所述的或附图中举例说明的组分的细节和布置。例如，一个实施方案中描述的方面可以以任何方式与其他实施方案中描述的方面组合。
此外，本发明的一些实施方案可作为一种或更多种方法实施，其实例已提供。作为方法的一部分执行的动作可以以任何合适的方式排序。因此，可构建其中动作以不同于所举例说明的顺序执行的实施方案，其可包括同时进行一些动作，即使在举例说明性实施方案中被示为顺序动作。
在权利要求书中使用例如“第一”、“第二”、“第三”等的序数术语来修饰权利要求要素并非自身暗示一个权利要求要素相对于另一个具有任何优先权、优先性或顺序或者其中执行方法动作的时间顺序。这样的术语仅用作标记以区分具有某一名称的一个权利要求要素与具有相同名称(除序数术语的使用之外)的另一个要素。
本文中使用的用语和术语是出于描述的目的，并且不应被认为是限制性的。“包括”、“包含”、“具有”、“含有”、“涉及”及其变化形式的使用意味着涵盖其后列出的项目和附加项目。
已经详细描述了本发明的数个实施方案，本领域技术人员将容易想到不同的修改和改进。这样的修改和改进旨在落入本发明的精神和范围内。因此，前面的描述仅是作为示例，而不是旨在是限制性的。以下描述提供了本文中提供的方法的一些实例。
实施例
实施例1-错配扩增测定(MOMA)
SNV靶标选择
如目前所述，根据本公开内容的用于多路复用的靶标的鉴定可包括一个或更多个以下步骤。首先，可在数个种族对照群体(Hardy-Weinberg p＞0.25)上(不包括已知的困难区域)筛选高度杂合的SNP。困难区域包括患者中可能异常的综合征区和低复杂性的区域，包括染色体的着丝粒和端粒。然后可在计算机中(in silico)设计期望长度的靶标片段。具体地，可设计跨越每个SNP的70bp窗口的两个20至26bp引物。然后可使用BLAST将所有候选引物查询到GCRh37。可保留那些被发现具有足够特异性的引物，并监测脱靶的命中，特别是在片段的3’末端。可分析脱靶候选物命中之将在尺寸选择后还存在的成对片段生成。然后可对选择的引物进行计算机多路复用评价。引物的计算解链温度和鸟嘌呤-胞嘧啶百分比(GC％)可用于过滤中等范围序列。迭代遗传算法和模拟退火可用于选择与400种靶标相容的候选引物，最终导致选择800种引物。可产生800种引物并在常见溶液中在共同的解链温度下物理地测试多路复用能力。具体地，可基于多路复用筛选中的均匀扩增和中等读取深度窗口来过滤引物。可使用表现最佳的多路复用SNP为MOMA设计了48种测定。每种SNP可具有在四种错配选择处以WT/MUT中设计的探针；每次测定8种探针。可在70bp富集的片段内设计新的嵌套引物。最后，可实验性地扩增引物以评价扩增效率(使用TAQMANTM，一式三份，8种探针×48个测定)。每种测定的先验基因分型信息
例如，使用每种所测定的SNP处已知或可能的天然或非天然基因型，选择信息性测定的子集。注意，可在非天然是任何其他基因型的情况下使用对象纯合位点。另外，如果非天然的基因型未知，则可被推断。还可通过测序、SNP微阵列或在已知的0％(纯净接受者)样品上应用MOMA测定来了解基因型。
多路复用测定性能的后处理分析
可在整个实验组中评估患者特异性MOMA探针偏倚。可细化迭代选择以进行最终的非天然百分比调用。
重建实验
可使用具有已知混合比例的重建血浆样品评价测定的灵敏度和精密度。具体地，可评价1∶10、1∶20、1∶100、1∶200和1∶1000的比例。通常来说，在一些实施方案中，可如本文中所述使用针对95种SNV靶标的引物。
为了在没有非天然基因型信息的情况下工作，可执行以下程序以推断血浆样品中的非天然特异性无细胞DNA的信息性测定并允许对其进行定量。可在完整信息情境中评价所有测定的性能。因此，该程序假定在每次测定时有干净的AA/AB/BB基因型和每种定量的无偏倚行为。在天然基因型的情况下，可选择已知在对象中纯合的测定。污染可归因于非天然核酸，并且测定收集产生三模态分布(tri-modal distribution)，其中三簇测定对应于非信息性、半信息性和完全信息性测定。通过足够数目的接受者纯合测定，可假设存在供体完全信息性测定。
如果天然基因型是纯合的并且是已知的，则如果观察到不是非天然基因型的测量，那么真正非天然纯合的探针将具有最高的簇并且等于猜测，而非天然杂合的那些将是猜测的一半。可绘制概率分布，并且可以使用最大期望值法算法(EM)来推断非天然基因型。这可用于推断本文中提供的任一种方法中的非天然基因型频率。
因此，EM算法用于在所有所测定的SNV靶标处推断最可能的非天然基因型。利用推断的非本地基因型，量化可如完整信息情境中那样进行。EM可开始于假设在测定中发现的次要等位基因比例遵循三态分布，对于对象和非天然的每种组合一种，假设所有测定在对象中是“AA”(或从“BB”翻转而大部分没有损失)。在所有非天然基因型都是未知的情况下，可从知识引导得到(bootstrap)任何表现出几乎为零的次要等位基因的测定都是非天然AA，并且最高的是非天然BB。记录所有非天然基因型的初始猜测，并计算每个簇的均值。强制使非天然BB测定的均值是非天然AB的两倍限制了搜索。然后，该算法基于聚类和内置假设重新分配猜测的非天然基因型。该过程是迭代的，直至不再进行任何更改。最终结果是一组给出其与背景的测量差异最可能的非天然基因型。通常来说，每种靶标都落入模型中；如果在最大化之后结果在组之间可能会被抛到一边。
重建实验的结果表明概念验证(图2)。其中针对纯合子接受者存在纯合供体的一个靶标是完全信息性的(阴影数据点)。其中针对纯合子接受者存在杂合供体的另一靶标是半信息性的(空心数据点)。此外，如本文所述用错配方法分析来自移植物接受者患者的血浆样品(图3)。所有数据均来自已经进行组织活检的患者。暗点表示排斥。图4中示出的另外的数据表明，本文中提供的错配方法与实际血浆样品一起使用。移植手术后，供体百分比水平下降。使用如本文中所述的95种SNV靶标的引物。
实施例2-示例性测定
基因分型
基于多路复用等位基因特异性定量PCR的测定可以用于计算供体分数(DF)作为cf-DNA的百分比。选择一组高频SNP，因为它们能够可靠地区分等位基因。简单地说，将15ng总cf-DNA添加到具有将外源标准品掺入每个样品中的多路复用文库主混合物(4.5E+03拷贝)，并在包含0.005U Q5(NEB)DNA聚合酶、0.2mM dNTP，3μM 96种靶标的正向引物库、3μM96种靶标的反向引物库，最终浓度为2mM MgCl2的25μl反应中通过PCR扩增35个循环。
循环条件可以是98℃持续30秒，然后是35个循环的98℃持续10秒、55℃持续40秒和72℃持续30秒。然后可以在72℃下孵育2分钟来完成，然后在4℃下储存。用ExoSAP-IT(Thermo Fisher Scientific)通过在37℃下孵育15分钟然后在80℃下孵育15分钟来清洁10微升的最终反应。然后用保存缓冲液稀释文库，并进行基因分型处理或储存在-80℃。定量基因分型(qGT)从38μl的1∶100稀释的1∶100稀释的保存文库开始进行并在RocheLightCycler480平台(Roche Diagnostics，Indianapolis，IN)上用适当的对照和校准物一式两份运行3μl反应。使用一种过程在每个靶基因座上将接受者或供体的基因组DNA(gDNA)分配为三种可能的基因型之一(即纯合AA、杂合AB和纯合BB)。
供体分数(特异性)分析
杂合的DNA来源的标准曲线用于对每种靶标的等位基因进行量化。质量控制过程可以用于评估每个标准曲线和样品扩增。可量化的靶标可以进行解释。可接受性标准可以包括历史扩增形状、等位基因特异性PCR测定相对于第二等位基因的特异性、信噪比、标准曲线组的斜率和r平方、对照的扩增和阴性对照的污染。
利用每种靶标处的接受者和/或供体可能的基因型的标记(例如纯合AA、杂合AB和纯合BB)，可以将信息性靶标定义为接受者已知纯合并且供体具有不同基因型的那些靶标。在供体是纯合的并且与接受者不同的情况下，靶标被称为完全信息性，因为观察到的B等位基因的比大约是总的DF水平。在供体是杂合的情况下，靶标被称为半信息性，因为A和B等位基因二者都有贡献，所测量的贡献是双倍的。计算信息性和质量控制通过的等位基因之比的中位数并报告为总cf-DNA的DF(％)。
每个定量基因分型过程都可以产生两种质量控制量度，即rCV和dQC。使用信息性和可量化靶标的分布来计算正则化的稳健变异系数(rCV)。首先，将稳健标准偏差(rSD)计算为中位次要种类比例的中位数绝对差异。rSD在经过正则化之后除以中位数，将其转换为变异系数。rCV测量围绕其中位数的测定靶标的扩散，并可用作精密度或样品质量的度量。dQC是一种不一致性质量检查，例如评价接受者纯合和非信息性靶标的平均次要等位基因比例(可作为防止污染的保护措施)。
实施例3-总的无细胞DNA的确定
在一些实施方案中，确定总的无细胞DNA(cf-DNA)。在10ml无细胞DNA血液收集管(BCT)管(Streck，Omaha，NE)中收集3至10毫升(ml)的抗凝血液。通过离心将血浆从全血分离并储存在-80℃直至DNA提取。可使用ReliaPrepTM HT Circulating Nucleic Acid Kit，Custom(Promega，Madison，WI)进行cf-DNA提取。
如前所述，通过定量实时PCR一式三份评估来自血浆的总cf-DNA含量(Hidestrand等，Influence of temperature during transportation on cell-free DNAanalysis.Fetal Diagn Ther 31，122-128(2012))。PCR分析在Applied BiosystemsQuantStudio7 Flex实时PCR***(Thermo Fisher Scientific，Waltham，MA)上进行。
实施例4-使用总的无细胞DNA和特异性无细胞DNA评价风险
如图7所示，可以在报告中的多个时间点一起显示总的无细胞核酸(例如DNA)的值和特异性无细胞核酸(例如DNA)的值。
图9显示了示出两种类型数据的报告的另一个实例。分析了68名患者的数据。正如预期的那样，当总的无细胞DNA和特异性无细胞DNA的值都被认为高时，指示可能发生排斥并且驱动炎性过程(右上象限)或者不良结果或预后，例如死亡。当总的无细胞DNA被认为高，但特异性无细胞DNA不高时，可能在对象中发生感染而不是排斥(左上象限)。然而，当总的无细胞DNA被认为低，同时特异性无细胞DNA被认为高时，很可能是对象处于排斥的早期阶段，否则将会被认为是无症状的(右下象限)。仍然需要抗排斥治疗和/或进一步监测。最后，当总的无细胞DNA和特异性无细胞DNA都被认为低时，预期没有必要进行治疗，尽管仍有必要继续对患者进行监测(左下象限)。
实施例5-计算机实现的实施方案的实施例
在一些实施方案中，上述诊断技术可通过执行一种或更多种软件设施的一种或更多种计算装置来实现以随时间分析对象的样品、测量样品中的无细胞核酸(例如DNA)并基于一个或更多个样品产生诊断结果。图8示出了可用其操作一些实施方案的计算机***的一个实例，但应理解，实施方案不限于使用图8中所示类型的***来操作
图8的计算机***包括对象802和可从对象806获得样品806的临床医生804。如从前述应理解的，样品806可以是用于对象802的任何合适的生物材料样品，其可用于测量对象802(包括血液样品)中无细胞核酸(例如DNA)的存在。可将样品806提供给分析装置808，普通技术人员将从前述内容中理解其将分析样品808以确定(包括评估)样品806和/或对象802中总的无细胞核酸(例如DNA)的量和特异性无细胞核酸(例如DNA)的量。为了便于举例说明，将分析装置808描绘为单个装置，但应理解，分析装置808可采用任何合适的形式，并且在一些实施方案中，可作为多个装置实现。为了确定样品806和/或对象802中的无细胞核酸(例如DNA)的量，分析装置808可执行上述任何技术，并且不限于进行任何特定的分析。分析装置808可包含一个或更多个处理器以执行在软件中实现的分析设施，其可驱动处理器以操作其他硬件并接收由其他硬件执行的任务的结果以确定分析的总结果(其可以是样品806和/或对象802中的无细胞核酸(例如DNA)的量)。分析设施可存储在装置808的一个或更多个计算机可读存储介质(例如存储器)中。在另一些实施方案中，本文中描述的用于分析样品的技术可部分地或完全地在一个或更多个专用计算机组件(例如专用集成电路(Application Specific Integrated Circuits，ASIC))中实现，或者通过可代替软件实施的任何其他合适形式的计算机组件来实现。
在一些实施方案中，临床医生804可直接将样品806提供给分析装置808，并且除了从对象802获得样品806之外还可操作装置808，而在另一些实施方案中，装置808可在地理上位于远离临床医生804的位置，并且对象802和样品806可需要被运送或以其他方式转移至分析装置808的位置。在一些实施方案中，样品806可(例如，经由任何合适的界面输入)与样品806和/或对象802、获得样品806的日期和/或时间、或者描述或识别样品806之其他信息的标识符一起提供给分析装置808。
在一些实施方案中，分析装置808可配置成将对样品806执行的分析的结果提供给计算装置810，所述计算装置810可包括可作为数据库或其他合适的数据存储的数据存储810A来实现。在一些实施方案中，计算装置810可作为一种或更多种服务器实现，包括作为例如云服务提供商的分布式计算平台的一种或更多种物理和/或虚拟机。在另一些实施方案中，装置810可作为台式或膝上型个人计算机、智能移动电话、平板计算机、专用硬件装置或其他计算装置实现。
在一些实施方案中，分析装置808可经由一种或更多种有线和/或无线、本地和/或广域计算机通信网络(包括因特网)将其分析结果传送至装置810。可使用任何合适的协议传达分析的结果，并且可与描述或识别样品806的信息，例如样品806和/或对象802的标识符或获得样品806的日期和/或时间一起传送。
计算装置810可包括一种或更多种处理器以执行在软件中实现的诊断设施，其可驱动处理器来执行本文中描述的诊断技术。诊断设施可存储在装置810的一种或更多种计算机可读存储介质(例如存储器)中。在另一些实施方案中，本文中描述的用于分析样品的技术可部分地或全部地在一种或更多种专用计算机组件(例如专用集成电路(ASIC))中，或通过可代替软件实现的任何其他合适形式的计算机组件来实现。
诊断设施可接收分析的结果以及描述或识别样品806的信息，并且可将该信息存储在数据存储810A中。该信息可与对于对象802的其他信息相关联地存储在数据存储810A中，例如在关于对象802的先前样品的信息先前由诊断设施接收和存储的情况下。关于多个样品的信息可使用通用标识符(common identifier)(例如对象802的标识符)来关联。在一些情况下，数据存储810A可包括用于多个不同对象的信息。
还可操作诊断设施以分析由用户输入识别的特定对象802的一个或更多个样品806的分析结果，以确定对象802的诊断。诊断可以是对象802患有、可能患有或可能在将来发生特定病症的风险的结论。诊断设施可使用上述任何多种实例来确定诊断，包括通过将针对特定样品806确定的无细胞核酸(例如DNA)的量与一个或更多个阈值进行比较，或者通过比较对样品806确定的无细胞核酸(例如DNA)的量随时间相对于一个或更多个阈值随时间的变化。例如，诊断设施可以通过将一个或更多个样品806的无细胞核酸(例如DNA)的总量与一个阈值进行比较并将同一样品806的特异性无细胞核酸(例如DNA)的量与另一个阈值进行比较来确定对象802的病症的风险。基于与阈值的比较，诊断设施可产生指示对象802的病症的风险的输出。
如从前述应理解的，在一些实施方案中，诊断设施可配置有不同的阈值，可将无细胞核酸(例如DNA)的量与其进行比较。例如，不同的阈值可对应于不同的人口统计组(年龄、性别、种族、经济类别、病史中特定操作/病症/其他的存在或不存在，或其他人口统计类别)、不同的病症和/或其他参数或参数的组合。在这样的一些实施方案中，诊断设施可配置成选择与其比较无细胞核酸(例如DNA)的量的阈值，其中不同的阈值存储在计算装置810的存储器中。因此，在基于人口统计组阈值不同的一些实施方案中，可基于对象802的人口统计信息进行选择，并且在这些情况下，可将对象802的人口统计信息提供给诊断设施或使用对象802的标识符通过诊断设施检索(来自另一个计算装置，或可以是与数据存储810A相同或不同的数据储存或来自任何其他合适的来源)。作为替代或补充，可基于待确定风险的条件来进行选择，并且诊断设施可在确定风险之前接收作为输入的条件并使用该条件来选择确定风险的基础的阈值。应理解，在支持多个阈值的一些实施方案中，诊断设施不限于以任何特定方式选择阈值。
在一些实施方案中，诊断设施可配置为输出以向用户呈现用户界面，该用户界面包括对象802的风险的诊断和/或诊断的基础。诊断的基础可包括例如对于对象802在一个或更多个样品806中检测的无细胞核酸(例如DNA)的量。在一些实施方案中，用户界面可包括上面讨论的结果、值、量、图等的任何实例。它们可以包括随时间的结果、值、量等。例如，在一些实施方案中，用户界面可包含类似于图6和/或图7和/或图9中所示的图。在这种情况下，在一些情况下，可对图进行注释以向用户指示图的不同区域如何可对应于可以从图中显示的数据的分析产生的不同诊断。例如，可将图的数据所针对的阈值进行比较以确定分析可施加至图上。在图7或图9的图的情况下，这可包括向图添加两条线，将图分成四个象限，其中一条线指示x轴上的阈值，另一条线指示y轴上的阈值。在一些实施方案中，作为替代或补充，象限可被阴影化，例如具有不同透明度和/或颜色的阴影。在诊断设施评估多于两个阈值的实施方案中，可通过线和/或阴影指示多于四个区域。
与可能通过其他用户界面提供的相比，包括图7或图9的图，尤其是线条和/或阴影的用户界面可向用户提供直观得多且更快速评阅的界面从而基于无细胞核酸(例如DNA)的量确定对象802的风险。例如，基于图7或图9的用户界面可比仅基于图6的用户界面直观得多且更快速评阅。这样，使用图7或图9的图对用户界面可能具有特定和实质的益处。与可能通过其他用户界面提供的相比，包括图6和图7或图9的图，尤其是线条和/或阴影的用户界面也可以向用户提供直观得多且更快速评阅的界面从而基于无细胞核酸(例如DNA)的量确定对象802的风险。图6和图7或图9的组合可直观得多且更快速评阅。因此，使用这两个图的用户界面可具有特定和实质的益处。然而，应理解，实施方案不限于用任何特定用户界面来实现。
在一些实施方案中，诊断设施可将诊断或用户界面输出至可由对象802和/或临床医生(可以是临床医生804或其他临床医生)操作的一种或更多种其他计算装置814(包括装置814A、814B)。诊断设施可经由网络812将诊断和/或用户界面传送至装置814。
根据本文中描述的原理操作的技术可以以任何合适的方式实现。上面讨论中包括一系列流程图，示出了基于无细胞核酸(例如DNA)的量的分析来确定病症风险之多种方法的步骤和动作。上面讨论的处理和决策块(decision block)表示可包括在执行这些多种过程的算法中的步骤和动作。从这些过程导出的算法可作为与一种或更多种单用途或多用途处理器的操作集成并指导其操作的软件来实现，可作为功能等效电路(例如数字信号处理(Digital Signal Processing，DSP)电路或应用型专用集成电路(Application-SpecificIntegrated Circuit，ASIC))来实现，或者可以以任何其他合适的方式实现。应理解，实施方案不限于任何特定电路或任何特定编程语言或编程语言类型的任何特定语法(syntax)或操作。相反，本领域技术人员可使用上面的描述来制造电路或实现计算机软件算法以执行实施本文中描述的技术类型的特定装置的处理。还应理解的是，除非本文中另有指示，否则上述步骤和/或动作的特定顺序仅是举例说明可被实现的算法，并且可在本文中描述的原理的实现和实施方案中变化。
因此，在一些实施方案中，本文中描述的技术可体现为作为软件(包括作为应用软件、***软件、固件、中间件、嵌入代码或任何其他合适类型的计算机代码)的计算机可执行指令来实现。这样的计算机可执行指令可使用许多合适的编程语言和/或编程或脚本工具中的任一种来编写，并且还可被编译为在框架或虚拟机上执行的可执行机器语言代码或中间代码。
当本文中描述的技术体现为计算机可执行指令时，这些计算机可执行指令可以以任何合适的方式实现，包括作为多种功能设施，每种功能设施提供一种或更多种操作以完成根据这些技术操作的算法的执行。然而，实例化的“功能设施”是计算机***的结构组件，当用一种或更多种计算机集成并由其执行时，使得一种或更多种计算机执行特定的操作角色。功能设施可以是软件元素的一部分或全部。例如，功能设施可根据过程、或作为离散过程，或作为任何其他合适的处理单元来实现。如果本文中描述的技术作为多种功能设施来实现，则每种功能设施可以以其自己的方式实现；所有这些都不需要以同样的方式实现。另外，这些功能设施可并行和/或串行地执行(如果适当的话)，并且可使用正在执行它们的计算机上的共享存储器，使用消息传递协议，或者以任何其他合适的方式在彼此之间传递信息。
一般来说，功能设施包括执行特定任务或实现特定抽象数据类型的例程、程序、对象、组件、数据结构等。通常来说，功能设施的功能可根据期望在它们运行的***中组合或分布。在一些实现中，执行本文中技术的一个或更多个功能设施可一起形成完整的软件包。在一些作为替代的实施方案中，这些功能设施可适于与其他不相关的功能设施和/或过程交互以实现软件程序应用。
本文中已经描述了用于执行一个或更多个任务的一些示例性功能设施。然而，应理解，所描述的功能设施和任务划分仅是举例说明可实现本文中描述的示例性技术的功能设施的类型，并且实施方案不限于以任何特定数目、划分或功能设施的类型来实现。在一些实现中，所有功能可在单个功能设施中实现。还应理解，在一些实现中，本文中描述的一些功能设施可与其他功能设施一起实现或与其他功能设施分开实现(即，作为单个单元或单独的单元)，或者可以不实现这些功能设施中的一些。
在一些实施方案中，实现本文中描述的技术的计算机可执行指令(当作为一个或更多个功能设施或以任何其他方式实现时)可在一个或更多个计算机可读介质上编码以向介质提供功能。计算机可读介质包括磁介质例如硬盘驱动器，光学介质例如光盘(CompactDisk，CD)或数字通用盘(Digital Versatile Disk，DVD)，持久或非持久性固态存储器(例如，闪存、磁性RAM等)或任何其他合适的存储介质。这样的计算机可读介质可以以任何合适的方式实现，包括作为计算装置的一部分或作为独立的单独存储介质。如本文中使用的，“计算机可读介质”(也称为“计算机可读存储介质”)是指有形存储介质。有形存储介质为非暂时性的并且具有至少一个物理结构组件。在如本文中使用的“计算机可读介质”中，至少一个物理结构组件具有至少一个物理特性，该特性可在创建具有嵌入信息的介质的过程、在其上记录信息的过程、或用信息编码介质的任何其他过程期间以某种方式改变。例如，可在记录过程期间改变计算机可读介质的物理结构的一部分的磁化状态。
在其中技术可体现为计算机可执行指令的一些但非全部实现中，这些指令可在任何合适的计算机***中操作的一个或更多个合适的计算装置上执行，包括图8的示例性计算机***，或者可对一个或更多个计算装置(或一个或更多个计算装置的一个或更多个处理器)进行编程以执行计算机可执行指令。计算装置或处理器可被编程为当指令以可访问计算装置或处理器的方式，例如在数据存储器(例如，片上高速缓存或指令寄存器、通过总线访问的计算机可读存储介质等)中存储时，执行指令。包括这些计算机可执行指令的功能设施可与以下集成并指导其操作：单个多用途可编程数字计算装置、共享处理能力并且联合执行本文中描述的技术的两个或更多个多用途计算装置的协调***、专用于执行本文中所述技术的单个计算装置或计算装置的协调***(共址或地理上分布式)、用于执行本文中所述技术的一个或更多个现场可编程门阵列(Field-Programmable Gate Array，FPGA)或任何其他合适的***。
已经描述了以电路和/或计算机可执行指令实现这些技术的实施方案。应理解，一些实施方案可以是其中已经提供了至少一个实例的方法的形式。作为方法的一部分执行的动作可以以任何合适的方式排序。因此，可构造一些实施方案，其中动作以不同于所示的顺序执行，这可包括同时执行某些动作，即使所述动作在举例说明性实施方案中作为顺序动作示出。在另一些方面，本文中提供了前述任一个，包括前述装置、***、实施方案、方法、技术、算法、介质、硬件、软件、接口、处理器、显示器、网络、输入、输出或其任意组合。
Claims (102)
1.评估来自对象的一个或更多个样品的方法，其包括：
确定来自所述对象的一个或更多个样品中总的无细胞DNA的量的值，并且
确定来自所述对象的一个或更多个样品中特异性无细胞DNA的量的值。
2.权利要求1所述的方法，其中所述方法还包括获得来自所述对象的一个或更多个样品。
3.权利要求1或2所述的方法，其中所述方法还包括提供来自所述对象的一个或更多个样品中所述总的无细胞DNA的量的值和来自所述对象的一个或更多个样品中所述特异性无细胞DNA的量的值。
4.权利要求3所述的方法，其中所述总的无细胞DNA的量的值和所述特异性无细胞DNA的量的值在报告中提供。
5.权利要求1至4中任一项所述的方法，其中在手术的24小时内采集的一个或更多个样品中确定所述总的无细胞DNA的量的值和所述特异性无细胞DNA的量的值。
6.权利要求5所述的方法，其中所述手术是移植手术。
7.权利要求1至6中任一项所述的方法，其中在横断钳闭移除的24小时内采集的一个或更多个样品中确定所述总的无细胞DNA的量的值和所述特异性无细胞DNA的量的值。
8.前述权利要求中任一项所述的方法，其还包括：
确定来自所述对象的一个或更多个其他样品中总的无细胞DNA的量的值，并且
确定来自所述对象的一个或更多个其他样品中特异性无细胞DNA的量的值，
其中所述一个或更多个其他样品来自后续时间点。
9.权利要求8所述的方法，其中所述后续时间点是至少一周之后。
10.权利要求9所述的方法，其中所述后续时间点是至少两周之后。
11.权利要求10所述的方法，其中所述后续时间点是一个月之后。
12.权利要求8至11中任一项所述的方法，其还包括：
确定来自所述对象的一个或更多个另外的样品中总的无细胞DNA的量的值，并且
确定来自所述对象的一个或更多个另外的样品中特异性无细胞DNA的量的值，
其中所述一个或更多个另外的样品来自一个或更多个其他后续时间点。
13.权利要求12所述的方法，其中所述一个或更多个其他后续时间点是以一周的间隔。
14.权利要求12所述的方法，其中所述一个或更多个其他后续时间点是以两周的间隔。
15.权利要求12所述的方法，其中所述一个或更多个其他后续时间点是按月间隔。
16.权利要求8至15中任一项所述的方法，其中所述总的无细胞DNA的量的值和所述特异性无细胞DNA的量的值在报告中提供。
17.权利要求16所述的方法，其中所述总的无细胞DNA的量的值和所述特异性无细胞DNA的量的值在所述报告中分别提供。
18.权利要求17所述的方法，其中所述总的无细胞DNA的量的值和所述特异性无细胞DNA的量的值在独立的图中提供，所述图示出了随时间的每种所述量的值。
19.权利要求16所述的方法，其中所述总的无细胞DNA的量的值和所述特异性无细胞DNA的量的值在所述报告中一起提供。
20.权利要求19所述的方法，其中所述总的无细胞DNA的量的值和所述特异性无细胞DNA的量的值在所述报告中的相同的图中提供。
21.权利要求20所述的方法，其中所述图是散点图。
22.权利要求16所述的方法，其中所述总的无细胞DNA的量的值和所述特异性无细胞DNA的量的值在所述报告中分别提供并且一起提供。
23.权利要求22所述的方法，其中所述总的无细胞DNA的量的值和所述特异性无细胞DNA的量的值在独立的图中提供，所述图示出了随时间的每种所述量的值，并且所述总的无细胞DNA的量的值和所述特异性无细胞DNA的量的值在所述报告中的另一个图中一起提供。
24.权利要求23所述的方法，其中所述另一个图是散点图。
25.前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述对象是移植物接受者。
26.权利要求25所述的方法，其中所述移植物接受者是心脏移植物接受者。
27.权利要求26所述的方法，其中所述对象是儿科心脏移植物接受者。
28.前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述特异性无细胞DNA是供体特异性无细胞DNA。
29.前述权利要求中任一项所述的方法，其中使用PCR例如实时PCR测量所述总的无细胞DNA。
30.前述权利要求中任一项所述的方法，其中使用下一代测序方法或错配扩增方法测量所述特异性无细胞DNA。
31.评估对象中的风险的方法，其包括：
获得来自所述对象的一个或更多个样品中总的无细胞DNA的量的值，
获得来自所述对象的一个或更多个样品中特异性无细胞DNA的量的值，以及
评估所述对象中的风险。
32.权利要求31所述的方法，其中所述方法还包括获得来自所述对象的一个或更多个样品。
33.权利要求31所述的方法，其中所述方法还包括提供来自所述对象的一个或更多个样品。
34.权利要求32或33所述的方法，其中所述一个或更多个样品来自手术24小时内的所述对象。
35.权利要求34所述的方法，其中所述手术是移植手术。
36.权利要求31至35中任一项所述的方法，其中所述一个或更多个样品来自在横断钳闭移除的24小时内的所述对象。
37.权利要求31至36中任一项所述的方法，其中所述总的无细胞DNA的量的值和所述特异性无细胞DNA的量的值从报告中获得。
38.权利要求31至37中任一项所述的方法，其还包括：
获得来自所述对象的一个或更多个其他样品中总的无细胞DNA的量的值，并且
获得来自所述对象的一个或更多个其他样品中特异性无细胞DNA的量的值，
其中所述一个或更多个其他样品来自后续时间点。
39.权利要求38所述的方法，其中所述方法还包括获得和/或提供来自所述对象的所述一个或更多个其他样品。
40.权利要求38或39所述的方法，其中所述后续时间点是至少一周之后。
41.权利要求40所述的方法，其中所述后续时间点是至少两周之后。
42.权利要求41所述的方法，其中所述后续时间点是一个月之后。
43.权利要求38至42中任一项所述的方法，其还包括：
获得来自所述对象的一个或更多个另外的样品中总的无细胞DNA的量的值，并且
获得来自所述对象的一个或更多个另外的样品中特异性无细胞DNA的量的值，
其中所述一个或更多个另外的样品来自一个或更多个其他后续时间点。
44.权利要求43所述的方法，其中所述方法还包括获得和/或提供来自所述对象的一个或更多个另外的样品。
45.权利要求43或44所述的方法，其中所述一个或更多个其他后续时间点是以一周的间隔。
46.权利要求43或44所述的方法，其中所述一个或更多个其他后续时间点是以两周的间隔。
47.权利要求43或44所述的方法，其中所述一个或更多个其他后续时间点是按月间隔。
48.权利要求38至47中任一项所述的方法，其中所述总的无细胞DNA的量的值和所述特异性无细胞DNA的量的值从报告中获得。
49.权利要求48所述的方法，其中所述总的无细胞DNA的量的值和所述特异性无细胞DNA的量的值在所述报告中分别提供。
50.权利要求49所述的方法，其中所述总的无细胞DNA的量的值和所述特异性无细胞DNA的量的值在独立的图中提供，所述图示出了随时间的每种所述量的值。
51.权利要求48所述的方法，其中所述总的无细胞DNA的量的值和所述特异性无细胞DNA的量的值在所述报告中一起提供。
52.权利要求51所述的方法，其中所述总的无细胞DNA的量的值和所述特异性无细胞DNA的量的值在所述报告中的相同的图中提供。
53.权利要求52所述的方法，其中所述图是散点图。
54.权利要求48所述的方法，其中所述总的无细胞DNA的量的值和所述特异性无细胞DNA的量的值在所述报告中分别提供并且一起提供。
55.权利要求54所述的方法，其中所述总的无细胞DNA的量的值和所述特异性无细胞DNA的量的值在独立的图中提供，所述图示出了随时间的每种所述量的值，并且所述总的无细胞DNA的量的值和所述特异性无细胞DNA的量的值在所述报告中的另一个图中一起提供。
56.权利要求55所述的方法，其中所述另一个图是散点图。
57.权利要求31至56中任一项所述的方法，其中所述对象是移植物接受者。
58.权利要求57所述的方法，其中所述移植物接受者是心脏移植物接受者。
59.权利要求58所述的方法，其中所述对象是儿科心脏移植物接受者。
60.权利要求31至59中任一项所述的方法，其中所述特异性无细胞DNA是供体特异性无细胞DNA。
61.前述权利要求中任一项所述的方法，其中当所述总的无细胞DNA的量的值高于阈值并且所述特异性无细胞DNA的量的值高于阈值时，指示排斥或者不良结果或预后。
62.前述权利要求中任一项所述的方法，其中当所述总的无细胞DNA的量的值高于阈值并且所述特异性无细胞DNA的量的值高于阈值时，向所述对象施用或建议抗排斥治疗，或者进行或建议进一步监测。
63.权利要求62所述的方法，其中所述抗排斥治疗包括类固醇和/或住院。
64.前述权利要求中任一项所述的方法，其中当所述总的无细胞DNA的量的值高于阈值并且所述特异性无细胞DNA的量的值低于阈值时，指示感染。
65.前述权利要求中任一项所述的方法，其中当所述总的无细胞DNA的量的值高于阈值并且所述特异性无细胞DNA的量的值低于阈值时，向所述对象施用或建议抗感染治疗，或者进行或建议进一步监测。
66.权利要求65所述的方法，其中所述抗感染治疗包括免疫抑制治疗的减少或改变或者抗生素。
67.前述权利要求中任一项所述的方法，其中当所述总的无细胞DNA的量的值低于阈值并且所述特异性无细胞DNA的量的值高于阈值时，指示早期排斥。
68.前述权利要求中任一项所述的方法，其中当所述总的无细胞DNA的量的值低于阈值并且所述特异性无细胞DNA的量的值高于阈值时，向所述对象施用或建议抗排斥治疗，或者进行或建议进一步监测。
69.权利要求68所述的方法，其中所述抗排斥治疗包括类固醇。
70.权利要求68或69所述的方法，其中所述抗排斥治疗不包括住院。
71.前述权利要求中任一项所述的方法，其中当所述总的无细胞DNA的量的值低于阈值并且所述特异性无细胞DNA的量的值低于阈值时，不指示临床病症。
72.前述权利要求中任一项所述的方法，其中当所述总的无细胞DNA的量的值低于阈值并且所述特异性无细胞DNA的量的值低于阈值时，向所述对象进行或建议进一步监测该对象。
73.权利要求72所述的方法，其中所述监测该对象包括权利要求1至60中任一项所述的方法。
74.前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述样品包括血液、血浆或血清。
75.报告，其包括：
来自对象的一个或更多个样品中总的无细胞DNA的量的值，和
来自所述对象的一个或更多个品中特异性无细胞DNA的量的值。
76.权利要求75所述的报告，其中所述总的无细胞DNA的量的值和所述特异性无细胞DNA的量的值来自手术的24小时内采集的一个或更多个样品。
77.权利要求76所述的报告，其中所述手术是移植手术。
78.权利要求75至77中任一项所述的报告，其中所述总的无细胞DNA的量的值和所述特异性无细胞DNA的量的值来自横断钳闭移除的24小时内采集的一个或更多个样品。
79.权利要求75至78中任一项所述的报告，其还包括：
来自所述对象的一个或更多个其他样品中总的无细胞DNA的量的值，和
来自所述对象的一个或更多个其他样品中特异性无细胞DNA的量的值，
其中所述一个或更多个其他样品来自后续时间点。
80.权利要求79所述的报告，其中所述后续时间点是至少一周之后。
81.权利要求80所述的报告，其中所述后续时间点是至少两周之后。
82.权利要求81所述的报告，其中所述后续时间点是一个月之后。
83.权利要求79至82中任一项所述的报告，其还包括：
来自所述对象的一个或更多个另外的样品中总的无细胞DNA的量的值，和
来自所述对象的一个或更多个另外的样品中特异性无细胞DNA的量的值，
其中所述一个或更多个另外的样品来自一个或更多个其他后续时间点。
84.权利要求83所述的报告，其中所述一个或更多个其他后续时间点是以一周的间隔。
85.权利要求83所述的报告，其中所述一个或更多个其他后续时间点是以两周的间隔。
86.权利要求83所述的报告，其中所述一个或更多个其他后续时间点是按月间隔。
87.权利要求75至86中任一项所述的报告，其中所述总的无细胞DNA的量的值和所述特异性无细胞DNA的量的值在所述报告中分别提供。
88.权利要求87所述的报告，其中所述总的无细胞DNA的量的值和所述特异性无细胞DNA的量的值在独立的图中提供，所述图示出了随时间的每种所述量的值。
89.权利要求88所述的报告，其中所述总的无细胞DNA的量的值和所述特异性无细胞DNA的量的值在所述报告中一起提供。
90.权利要求89所述的报告，其中所述总的无细胞DNA的量的值和所述特异性无细胞DNA的量的值在所述报告中的相同的图中提供。
91.权利要求90所述的报告，其中所述图是散点图。
92.权利要求75至86中任一项所述的报告，其中所述总的无细胞DNA的量的值和所述特异性无细胞DNA的量的值在所述报告中分别提供并且一起提供。
93.权利要求92所述的报告，其中所述总的无细胞DNA的量的值和所述特异性无细胞DNA的量的值在独立的图中提供，所述图示出了随时间的每种所述量的值，并且所述总的无细胞DNA的量的值和所述特异性无细胞DNA的量的值在所述报告中的另一个图中一起提供。
94.权利要求93所述的报告，其中所述另一个图是散点图。
95.权利要求75至94中任一项所述的报告，其中所述对象是移植物接受者。
96.权利要求95所述的报告，其中所述移植物接受者是心脏移植物接受者。
97.权利要求96所述的报告，其中所述对象是儿科心脏移植物接受者。
98.权利要求75至97中任一项所述的报告，其中所述特异性无细胞DNA是供体特异性无细胞DNA。
99.权利要求75至98中任一项所述的报告，其中使用PCR例如实时PCR测量所述总的无细胞DNA。
100.权利要求75至99中任一项所述的报告，其中使用下一代测序方法或错配扩增方法测量所述特异性无细胞DNA。
101.权利要求1至30中任一项所述的方法，其还包括确定所述对象中的风险和/或提供所述对象中风险水平的指示。
102.报告，其包括：
权利要求1至74中所述的任一种方法的值，
其中所述值根据本文中提供的报告中提供值的任一种方式在所述报告中提供。
Applications Claiming Priority (5)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| US201662416689P | 2016-11-02 | 2016-11-02 | |
| US62/416,689 | 2016-11-02 | ||
| USPCT/US2017/030293 | 2017-04-29 | ||
| PCT/US2017/030293 WO2017190106A1 (en) | 2016-04-29 | 2017-04-29 | Multiplexed optimized mismatch amplification (moma)-target number |
| PCT/US2017/059808 WO2018085603A1 (en) | 2016-11-02 | 2017-11-02 | Methods for assessing risk using total and specific cell-free dna |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| CN110114477A true CN110114477A (zh) | 2019-08-09 |
Family
ID=62076613
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| CN201780081587.5A Pending CN110114477A (zh) | 2016-11-02 | 2017-11-02 | 用于使用总的和特异性无细胞dna评估风险的方法 |
Country Status (10)
| Country | Link |
|---|---|
| US (1) | US20190367972A1 (zh) |
| EP (1) | EP3535413A1 (zh) |
| JP (1) | JP2019534016A (zh) |
| CN (1) | CN110114477A (zh) |
| AU (1) | AU2017355464A1 (zh) |
| CA (1) | CA3042696A1 (zh) |
| EA (1) | EA201991105A1 (zh) |
| IL (1) | IL266382A (zh) |
| MX (1) | MX2019005199A (zh) |
| WO (1) | WO2018085603A1 (zh) |
Cited By (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN110177874A (zh) * | 2016-11-02 | 2019-08-27 | 威斯康星州立大学医学院 | 用于使用错配扩增和统计方法来评估风险的方法 |
Families Citing this family (23)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US9424392B2 (en) | 2005-11-26 | 2016-08-23 | Natera, Inc. | System and method for cleaning noisy genetic data from target individuals using genetic data from genetically related individuals |
| US10316362B2 (en) | 2010-05-18 | 2019-06-11 | Natera, Inc. | Methods for simultaneous amplification of target loci |
| US11339429B2 (en) | 2010-05-18 | 2022-05-24 | Natera, Inc. | Methods for non-invasive prenatal ploidy calling |
| US11332785B2 (en) | 2010-05-18 | 2022-05-17 | Natera, Inc. | Methods for non-invasive prenatal ploidy calling |
| US11322224B2 (en) | 2010-05-18 | 2022-05-03 | Natera, Inc. | Methods for non-invasive prenatal ploidy calling |
| US11408031B2 (en) | 2010-05-18 | 2022-08-09 | Natera, Inc. | Methods for non-invasive prenatal paternity testing |
| US11939634B2 (en) | 2010-05-18 | 2024-03-26 | Natera, Inc. | Methods for simultaneous amplification of target loci |
| CA2798758C (en) | 2010-05-18 | 2019-05-07 | Natera, Inc. | Methods for non-invasive prenatal ploidy calling |
| US11326208B2 (en) | 2010-05-18 | 2022-05-10 | Natera, Inc. | Methods for nested PCR amplification of cell-free DNA |
| US9677118B2 (en) | 2014-04-21 | 2017-06-13 | Natera, Inc. | Methods for simultaneous amplification of target loci |
| US20190010543A1 (en) | 2010-05-18 | 2019-01-10 | Natera, Inc. | Methods for simultaneous amplification of target loci |
| CA2824387C (en) | 2011-02-09 | 2019-09-24 | Natera, Inc. | Methods for non-invasive prenatal ploidy calling |
| CN113774132A (zh) | 2014-04-21 | 2021-12-10 | 纳特拉公司 | 检测染色体片段中的突变和倍性 |
| EP3294906B1 (en) | 2015-05-11 | 2024-07-10 | Natera, Inc. | Methods for determining ploidy |
| WO2018067517A1 (en) | 2016-10-04 | 2018-04-12 | Natera, Inc. | Methods for characterizing copy number variation using proximity-litigation sequencing |
| US10011870B2 (en) | 2016-12-07 | 2018-07-03 | Natera, Inc. | Compositions and methods for identifying nucleic acid molecules |
| JP2020524519A (ja) * | 2017-06-20 | 2020-08-20 | ザ メディカル カレッジ オブ ウィスコンシン，インコーポレイテッドＴｈｅ Ｍｅｄｉｃａｌ Ｃｏｌｌｅｇｅ ｏｆ Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ， Ｉｎｃ． | 全セルフリーｄｎａによる移植合併症リスクの評価 |
| JP2021520816A (ja) | 2018-04-14 | 2021-08-26 | ナテラ， インコーポレイテッド | 循環腫瘍ｄｎａの個別化された検出を用いる癌検出およびモニタリングの方法 |
| WO2019217918A1 (en) * | 2018-05-10 | 2019-11-14 | The Medical College Of Wisconsin, Inc. | Multiplexed optimized mismatch amplification (moma)-cancer risk assessment with non-cancer associated targets |
| US11525159B2 (en) | 2018-07-03 | 2022-12-13 | Natera, Inc. | Methods for detection of donor-derived cell-free DNA |
| US11931674B2 (en) | 2019-04-04 | 2024-03-19 | Natera, Inc. | Materials and methods for processing blood samples |
| WO2021207244A1 (en) * | 2020-04-06 | 2021-10-14 | The Medical College Of Wisconsin, Inc. | Methods for assessing the severity of, and for inhibiting, pro-inflammatory responses with total cell-free dna |
| WO2022182878A1 (en) * | 2021-02-25 | 2022-09-01 | Natera, Inc. | Methods for detection of donor-derived cell-free dna in transplant recipients of multiple organs |
Citations (7)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| WO2013159035A2 (en) * | 2012-04-19 | 2013-10-24 | Medical College Of Wisconsin, Inc. | Highly sensitive surveillance using detection of cell free dna |
| WO2014194113A2 (en) * | 2013-05-29 | 2014-12-04 | Chronix Biomedical | Detection and quantification of donor cell-free dna in the circulation of organ transplant recipients |
| WO2016001411A1 (en) * | 2014-07-03 | 2016-01-07 | Multiplicom N.V. | Methods for non-invasive detection of transplant health or rejection |
| WO2016063122A1 (en) * | 2014-10-20 | 2016-04-28 | INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) | Methods for screening a subject for a cancer |
| WO2016123698A1 (en) * | 2015-02-06 | 2016-08-11 | Uti Limited Partnership | Diagnostic assay for post-transplant assessment of potential rejection of donor organs |
| CN107849604A (zh) * | 2015-04-30 | 2018-03-27 | 威斯康星州立大学医学院 | 用于评估无细胞dna的多重优化错配扩增(moma)实时pcr |
| CN109661476A (zh) * | 2016-04-29 | 2019-04-19 | 威斯康星州立大学医学院 | 用于评估胎儿健康的多重优化错配扩增(moma)实时pcr |
Family Cites Families (6)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| JP2013509883A (ja) * | 2009-11-06 | 2013-03-21 | ザ ボード オブ トラスティーズ オブ ザ リーランド スタンフォード ジュニア ユニバーシティ | 臓器移植患者における移植片拒絶反応の非侵襲的診断方法 |
| JP5842811B2 (ja) * | 2010-03-24 | 2016-01-13 | 凸版印刷株式会社 | 競合プライマーによる標的塩基配列の検出方法 |
| US10131947B2 (en) * | 2011-01-25 | 2018-11-20 | Ariosa Diagnostics, Inc. | Noninvasive detection of fetal aneuploidy in egg donor pregnancies |
| US20140242582A1 (en) | 2013-02-28 | 2014-08-28 | Ariosa Diagnostics, Inc. | Detection of genetic abnormalities using ligation-based detection and digital pcr |
| DK3117012T3 (da) * | 2014-03-14 | 2019-05-13 | Caredx Inc | Fremgangsmåder til overvågning af immunosuppressive terapier hos en transplantmodtager |
| CA2985134A1 (en) * | 2014-05-09 | 2015-11-12 | Sebastian Gromminger | Detection of dna that originates from a specific cell-type and related methods |
-
2017
- 2017-11-02 CA CA3042696A patent/CA3042696A1/en not_active Abandoned
- 2017-11-02 EP EP17808237.6A patent/EP3535413A1/en active Pending
- 2017-11-02 CN CN201780081587.5A patent/CN110114477A/zh active Pending
- 2017-11-02 JP JP2019523590A patent/JP2019534016A/ja active Pending
- 2017-11-02 US US16/347,180 patent/US20190367972A1/en not_active Abandoned
- 2017-11-02 MX MX2019005199A patent/MX2019005199A/es unknown
- 2017-11-02 WO PCT/US2017/059808 patent/WO2018085603A1/en unknown
- 2017-11-02 AU AU2017355464A patent/AU2017355464A1/en not_active Abandoned
- 2017-11-02 EA EA201991105A patent/EA201991105A1/ru unknown
-
2019
- 2019-05-01 IL IL266382A patent/IL266382A/en unknown
Patent Citations (7)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| WO2013159035A2 (en) * | 2012-04-19 | 2013-10-24 | Medical College Of Wisconsin, Inc. | Highly sensitive surveillance using detection of cell free dna |
| WO2014194113A2 (en) * | 2013-05-29 | 2014-12-04 | Chronix Biomedical | Detection and quantification of donor cell-free dna in the circulation of organ transplant recipients |
| WO2016001411A1 (en) * | 2014-07-03 | 2016-01-07 | Multiplicom N.V. | Methods for non-invasive detection of transplant health or rejection |
| WO2016063122A1 (en) * | 2014-10-20 | 2016-04-28 | INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) | Methods for screening a subject for a cancer |
| WO2016123698A1 (en) * | 2015-02-06 | 2016-08-11 | Uti Limited Partnership | Diagnostic assay for post-transplant assessment of potential rejection of donor organs |
| CN107849604A (zh) * | 2015-04-30 | 2018-03-27 | 威斯康星州立大学医学院 | 用于评估无细胞dna的多重优化错配扩增(moma)实时pcr |
| CN109661476A (zh) * | 2016-04-29 | 2019-04-19 | 威斯康星州立大学医学院 | 用于评估胎儿健康的多重优化错配扩增(moma)实时pcr |
Non-Patent Citations (12)
Cited By (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN110177874A (zh) * | 2016-11-02 | 2019-08-27 | 威斯康星州立大学医学院 | 用于使用错配扩增和统计方法来评估风险的方法 |
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| MX2019005199A (es) | 2019-10-14 |
| WO2018085603A1 (en) | 2018-05-11 |
| IL266382A (en) | 2019-06-30 |
| JP2019534016A (ja) | 2019-11-28 |
| EP3535413A1 (en) | 2019-09-11 |
| US20190367972A1 (en) | 2019-12-05 |
| EA201991105A1 (ru) | 2020-01-27 |
| AU2017355464A1 (en) | 2019-05-30 |
| CA3042696A1 (en) | 2018-05-11 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| CN110114477A (zh) | 用于使用总的和特异性无细胞dna评估风险的方法 | |
| AU2021204489B2 (en) | Methods of monitoring immunosuppressive therapies in a transplant recipient | |
| US20210277449A1 (en) | Non-invasive diagnosis of graft rejection in organ transplant patients | |
| US20210139988A1 (en) | Assessing conditions in transplant subjects using donor-specific cell-free dna | |
| Snyder et al. | Universal noninvasive detection of solid organ transplant rejection | |
| CN109661475A (zh) | 多重优化错配扩增(moma)靶标数目 | |
| JP2022544604A (ja) | がん検体において細胞経路調節不全を検出するためのシステム及び方法 | |
| WO2015069933A1 (en) | Circulating cell-free dna for diagnosis of transplant rejection | |
| CN110177874A (zh) | 用于使用错配扩增和统计方法来评估风险的方法 | |
| Butler et al. | Circulating tumor DNA dynamics using patient-customized assays are associated with outcome in neoadjuvantly treated breast cancer | |
| EP3146077A1 (en) | Tissue molecular signatures of kidney transplant rejections | |
| Piening et al. | Whole transcriptome profiling of prospective endomyocardial biopsies reveals prognostic and diagnostic signatures of cardiac allograft rejection | |
| Chen et al. | Cell-free DNA detection of tumor mutations in heterogeneous, localized prostate cancer via targeted, multiregion sequencing | |
| Archer et al. | Pretransplant kidney transcriptome captures intrinsic donor organ quality and predicts 24-month outcomes | |
| AU2019264951A1 (en) | Genome-wide classifiers for detection of subacute transplant rejection and other transplant conditions | |
| van Eijs et al. | Highly multiplexed spatial analysis identifies tissue-resident memory T cells as drivers of ulcerative and immune checkpoint inhibitor colitis | |
| EP4396377A1 (en) | Methods of predicting long-term outcome in kidney transplant patients using pre-transplantation kidney transcriptomes | |
| JP2021516962A (ja) | バリアント検出の改善 |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| PB01 | Publication | ||
| PB01 | Publication | ||
| SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
| SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
| RJ01 | Rejection of invention patent application after publication |
Application publication date: 20190809 |
|
| RJ01 | Rejection of invention patent application after publication |