CN109371138B

CN109371138B - 基于甲基化修饰的肿瘤标记物stamp-ep4

Info

Publication number: CN109371138B
Application number: CN201811634286.3A
Authority: CN
Inventors: 李振艳; 罗怀兵
Original assignee: Shanghai Epiprobe Biotechnology Co Ltd
Current assignee: Shanghai Epiprobe Biotechnology Co Ltd
Priority date: 2018-12-29
Filing date: 2018-12-29
Publication date: 2022-10-25
Anticipated expiration: 2038-12-29
Also published as: JP2022516890A; US20220177972A1; JP7399169B2; EP3950945A4; EP3950945A1; WO2020135861A1; CN109371138A

Abstract

本发明提供了一种甲基化肿瘤标记物STAMP‑EP4及其应用，属于疾病诊断标记物领域。本发明提供了甲基化肿瘤标记物STAMP‑EP4在制备肿瘤诊断试剂中的应用。本发明所述肿瘤标记物STAMP‑EP4，在所有肿瘤类型中均高甲基化，对应的正常组织中均低甲基化，具有非常高的敏感性与特异性，检测所述STAMP‑EP4的引物可用于制备肿瘤诊断试剂盒。

Description

基于甲基化修饰的肿瘤标记物STAMP-EP4

技术领域

本发明属于疾病诊断标记物领域，更具体地，本发明涉及基于甲基化修饰的肿瘤标记物STAMP(Specific Tumor Aligned Methylation of Pan-cancer)。

背景技术

肿瘤被认为是一种遗传性疾病的观念在本领域持续几十年。人类几次***的大规模测序证实了癌组织中体细胞的突变数量明显少于预期，这些结果暗示了癌症并非简单的遗传性疾病。

为了实现肿瘤的诊断，近年来许多新型的肿瘤标记物被发现并用于临床诊断。1980年之前，肿瘤标记物主要是一些激素、酶类、蛋白质等细胞分泌物，例如癌胚抗原(CEA)、甲胎抗原(AFP)等可以作为胃癌和肝癌等多种肿瘤的标记物，糖类抗原125(CA125)可以作为***的标记物，***特异性抗原(PSA)可作为***癌标记物，目前这一类肿瘤标记物虽然临床仍在用，但其敏感性与准确性已难以满足临床需求。

越来越多的证据表明，表观遗传调控的细小变化在肿瘤中的重要作用。表观遗传学是研究基因在不发生DNA序列改变的情况下，基因功能发生的可遗传的变化，并最终导致了表型的变化的一门学科。表观遗传学主要包括DNA甲基化(DNA methylation)，组蛋白修饰(Histone modification)，microRNA水平变化等生化过程。DNA甲基化是表观遗传学机制之一，其是指生物体内在DNA甲基转移酶(DNA methyltransferase，DMT)的催化下，以S-腺苷甲硫氨酸(SAM)为甲基供体，将甲基转移到特定的碱基上的过程。在哺乳动物中DNA甲基化主要发生在5’-CpG-3’的C上，生成5-甲基胞嘧啶(5mC)。

液体活检技术是以血中循环肿瘤细胞或循环肿瘤DNA为检测靶标对肿瘤进行诊断和预测的技术。该技术存在诸多不足：首先，敏感性与特异性不够高，肿瘤本身有很大的异质性，包含多种亚型的细胞群，而临床样本尤其是血液样本，肿瘤DNA所占比例非常小，现有的肿瘤标记物难以满足临床要求的敏感性，在临床容易造成误诊；其次，一种标记物只针对一种或少数几种肿瘤有较好效果，而血液中的DNA来源非常复杂，因此现有的肿瘤标记物无法应对复杂的肿瘤来源、转移等问题。由于这些复杂情况的存在，使得很多DNA甲基化肿瘤标记物在应用于临床时难以有统一的使用标准，严重影响标记物的敏感度以及准确性。

综上，在肿瘤诊断领域中，亟待发现和研究更多的新型肿瘤标记物，从而为肿瘤的诊断提供更多的途径。

发明内容

本发明的目的在于提供以DNA甲基化修饰作为肿瘤标记物，利用肿瘤中特异性位点异常高甲基化现象来检测肿瘤的方法。

在本发明的第一方面，提供分离的多核苷酸，包括：(a)SEQ ID NO:1所示核苷酸序列的多核苷酸；(b)SEQ ID NO:2所示核苷酸序列的多核苷酸；(c)上述(a)～(b)的多核苷酸的片段，且其中存在至少1个修饰的CpG位点(如2～54个或2～204个，更具体如3，5，10，15，20，25，30，35，40，45，50，60，80，100，120，140，160，180，200个)；(d)与上述(a)～(c)的多核苷酸或片段互补的核酸(如SEQ ID NO:5或SEQ ID NO:6所示核苷酸序列的多核苷酸)。

在一个优选例中，所述修饰包括5-甲基化修饰、5-羟甲基化修饰、5-醛甲基化修饰或5-羧甲基化修饰。

在本发明的第二方面，提供分离的多核苷酸，其由所述的多核苷酸转变而来，对应于前述第一方面的序列，其修饰的CpG位点的胞嘧啶C不变，非修饰的胞嘧啶转为T或U。

在一个优选例中，其由对应于前述第一方面的多核苷酸经过亚硫酸氢盐或重亚硫酸氢盐处理转变而来。在另一优选例中，所述的多核苷酸包括：(e)SEQ ID NO:3或SEQ IDNO:7所示核苷酸序列的多核苷酸；(f)SEQ ID NO:4或SEQ ID NO:8所示核苷酸序列的多核苷酸；(g)上述(e)～(f)的多核苷酸的片段，且其中存在至少1个修饰的CpG位点(如2～54个或2～204个，更具体如3，5，10，15，20，25，30，35，40，45，50，60，80，100，120，140，160，180，200个)。

在本发明的第三方面，提供前述第一方面或第二方面所述的多核苷酸的用途，用于制备肿瘤的检测试剂或试剂盒。

在一个优选例中，所述肿瘤包括(但不限于)：血液***肿瘤如白血病，淋巴瘤，多发性骨髓瘤；消化***肿瘤如食道癌(食管癌)，胃癌，结直肠癌，肝癌，胰腺癌，胆管及胆囊癌；呼吸***肿瘤如肺癌，胸膜瘤；神经***肿瘤如胶质瘤，神经母细胞瘤，脑膜瘤；头颈部肿瘤如口腔癌，舌癌，喉癌，鼻咽癌；妇科及生殖***肿瘤如乳腺癌，卵巢癌，***，外阴癌，睾丸癌，***癌，***癌；泌尿***肿瘤如肾癌，膀胱癌，皮肤及其他***如皮肤癌、黑色素瘤、骨肉瘤，脂肪肉瘤，甲状腺癌。

在另一优选例中，所述肿瘤的样本包括：组织样本、石蜡包埋样本、血液样本、胸腔积液样本以及肺泡灌洗液样本、腹水及灌洗液样本、胆汁样本、粪便样本、尿液样本、唾液样本、痰液样本、脑脊液样本、细胞涂片样本、宫颈刮片或刷片样本、组织及细胞活检样本。

在本发明的第四方面，提供一种制备肿瘤检测试剂的方法，所述方法包括：提供前述第一方面或第二方面所述的多核苷酸，以所述多核苷酸的全长或片段作为靶序列，设计特异性检测该靶序列的CpG位点修饰情况的检测试剂；其中，所述的靶序列中存在至少1个(如2～54个或2～204个，更具体如3，5，10，15，20，25，30，35，40，45，50，60，80，100，120，140，160，180，200个)修饰的CpG位点；较佳地，所述的检测试剂包括(但不限于)：引物，探针。

在本发明的第五方面，提供试剂或组合的试剂，其特异性检测靶序列的CpG位点修饰情况，所述的靶序列是前述第一方面或第二方面任一所述的多核苷酸的全长或片段，其中存在至少1个(如2～54个或2～204个，更具体如3，5，10，15，20，25，30，35，40，45，50，60，80，100，120，140，160，180，200个)修饰的CpG位点。

在一个优选例中，所述的试剂或组合的试剂针对包含所述靶序列的基因序列(基于所述基因序列而设计)，所述的基因序列包括基因Panel或基因群组。

在另一优选例中，所述的检测试剂包括：引物，探针。

在另一优选例中，所述的引物选自下组：SEQ ID NO:9和10所示的引物；SEQ IDNO:11和12所示的引物；SEQ ID NO:13和14所示的引物；SEQ ID NO:15和16所示的引物；SEQID NO:17和18所示的引物。

在本发明的第六方面，提供本发明的第五方面所述的试剂或组合的试剂的用途，用于制备检测肿瘤的试剂盒；较佳地，所述的肿瘤包括(但不限于)：消化***肿瘤如食道癌(食管癌)，胃癌，结直肠癌，肝癌，胰腺癌，胆管及胆囊癌；呼吸***肿瘤如肺癌，胸膜瘤；血液***肿瘤如白血病，淋巴瘤，多发性骨髓瘤；妇科及生殖***肿瘤如乳腺癌，卵巢癌，***，外阴癌，睾丸癌，***癌，***癌；神经***肿瘤如胶质瘤，神经母细胞瘤，脑膜瘤；头颈部肿瘤如口腔癌，舌癌，喉癌，鼻咽癌；泌尿***肿瘤如肾癌，膀胱癌，皮肤及其他***如皮肤癌、黑色素瘤、骨肉瘤，脂肪肉瘤，甲状腺癌。

在本发明的第七方面，提供一种检测试剂盒，其包括：容器，以及位于容器中的前面所述的试剂或试剂组合；较佳地，每一种试剂位于一个独立的容器中。

在另一优选例中，所述的试剂盒中还包括：亚硫酸氢盐或重亚硫酸氢盐，DNA纯化试剂，DNA提取试剂，PCR扩增试剂和/或使用说明书(标明检测操作步骤和结果判定标准)。

在本发明的第八方面，提供一种体外检测样品的甲基化谱式的方法，包括：(i)提供样品，提取核酸；(ii)检测(i)的核酸中靶序列的CpG位点修饰情况，所述的靶序列是前述第一方面所述的多核苷酸或由其转变而来的前述第二方面所述的多核苷酸。

在一个优选例中，步骤(3)中，分析的方法包括：焦磷酸测序法、重亚硫酸盐转化测序法、甲基化芯片法、qPCR法、数字PCR法、二代测序法、三代测序法、全基因组甲基化测序法、DNA富集检测法、简化亚硫酸氢盐测序技术、HPLC法、MassArray、甲基化特异PCR、或它们的组合以及本发明所示序列中部分或全部甲基化位点的组合基因群组体外检测方法及体内示踪检测方法。并且，其它其他甲基化检测方法及未来新开发的甲基化检测方法也可被应用于本发明中。

在另一优选例中，步骤(ii)包括：(1)对(i)的产物进行处理，使其中未发生修饰的胞嘧啶转化为尿嘧啶；较佳地，所述修饰包括5-甲基化修饰、5-羟甲基化修饰、5-醛甲基化修饰或5-羧甲基化修饰；较佳地，利用亚硫酸氢盐或重亚硫酸氢盐处理步骤(i)所述的核酸；(2)分析经(1)处理的核酸中所述的靶序列的CpG位点的修饰情况。

在另一优选例中，所述的甲基化谱式异常是指该多核苷酸CpG中的C发生高度甲基化。

在另一优选例中，所述的甲基化谱式的方法不以直接获得疾病的诊断结果为目的，或不是诊断性的方法。

在本发明的第九方面，提供一种肿瘤诊断试剂盒，包括利用本发明的第一方面或第二方面所示序列设计的引物对以及包含该序列的基因Panel或基因群组，通过DNA甲基化状态检测获取正常细胞和肿瘤细胞的特征。

本发明的其它方面由于本文的公开内容，对本领域的技术人员而言是显而易见的。

附图说明

图1、SEQ ID NO:1中001-054甲基化位点在正常肝细胞与肝癌细胞中甲基化程度差异。

图2、SEQ ID NO:2中001-044甲基化位点在正常肝细胞与肝癌细胞中甲基化程度差异。

图3、SEQ ID NO:2中045-125甲基化位点在正常肝细胞与肝癌细胞中甲基化程度差异。

图4、SEQ ID NO:2中126-204甲基化位点在正常肝细胞与肝癌细胞中甲基化程度差异。

图5、在乳腺癌临床样本中，STAMP-EP4在实验组中甲基化值显著高于癌旁组织；其中，p<0.001。

图6、在白血病临床样本中，STAMP-EP4在实验组中甲基化值显著高于非癌组织；其中，p<0.01。

图7、在结直肠癌临床样本中，STAMP-EP4在实验组中甲基化值显著高于癌旁组织；其中，p<0.001。

图8、在肝癌临床样本中，STAMP-EP4在实验组中甲基化值显著高于癌旁组织；其中，p<0.01。

图9、在肺癌临床样本中，STAMP-EP4在实验组中甲基化值显著高于癌旁组织；其中，p<0.01。

图10、在胰腺癌临床样本中，STAMP-EP4在实验组中甲基化值显著高于癌旁组织；其中，p<0.01。

图11、在食管癌临床样本中，STAMP-EP4在实验组中甲基化值显著高于癌旁组织；其中，p<0.01。

具体实施方式

本发明人致力于肿瘤标记物的研究，经过广泛的研究筛选，提供一种通用型的DNA甲基化肿瘤标记物STAMP(Specific Tumor Aligned Methylation of Pan-cancer)，在正常的组织中STAMP处于低甲基化状态，在肿瘤组织中STAMP呈高甲基化状态，可用于临床肿瘤的检测，以及用于作为设计肿瘤诊断试剂的基础。

术语

如本文所用，“分离的”是指物质从其原始环境中分离出来(如果是天然的物质，原始环境即是天然环境)。如活体细胞内的天然状态下的多核苷酸和多肽是没有分离纯化的，但同样的多核苷酸或多肽如从天然状态中同存在的其他物质中分开，则为分离纯化的。

如本文所用，“样本”或“样品”包括从任何个体或分离的组织、细胞或体液(如血浆)中获得的、适合于DNA甲基化状态检测的物质。

如本文所用，“高(度)甲基化”是指在一个基因序列中CpG存在高度甲基化、羟甲基化、醛甲基化或羧甲基化修饰。例如，以甲基化特异PCR(MSP)分析手段而言，以甲基化特异性引物所进行的PCR反应可获得阳性的PCR结果即可认为该受试的DNA(基因)区处于高甲基化状态。例如，以实时定量甲基化特异性PCR而言，高甲基化状态的判定可根据其对照样品的甲基化状态的相对值分析统计学差异。

如本文所用，所述的肿瘤包括但不限于：消化***肿瘤如食道癌(食管癌)，胃癌，结直肠癌，肝癌，胰腺癌，胆管及胆囊癌；妇科及生殖***肿瘤如乳腺癌，卵巢癌，***，外阴癌，睾丸癌，***癌，***癌；血液***肿瘤如白血病，淋巴瘤，多发性骨髓瘤；呼吸***肿瘤如肺癌，胸膜瘤；神经***肿瘤如胶质瘤，神经母细胞瘤，脑膜瘤；头颈部肿瘤如口腔癌，舌癌，喉癌，鼻咽癌；泌尿***肿瘤如肾癌，膀胱癌，皮肤及其他***如皮肤癌、黑色素瘤、骨肉瘤，脂肪肉瘤，甲状腺癌。

基因标记物

为了寻找对于诊断肿瘤有用的靶标，本发明人经过了广泛而深入的研究，确定了STAMP-EP4这一靶标。STAMP-EP4基因序列区域的甲基化状态在肿瘤组织和非肿瘤组织之间存在显著的差异，只要检测到其中一个上述基因的启动子区域发生异常的甲基化状态(高度甲基化)，即可判定该受检者为肿瘤高危人员。并且，STAMP-EP4呈现的这种在在肿瘤组织和非肿瘤组织之间存的显著差异广谱地存在于各种种类的肿瘤中，包括实体瘤以及非实体瘤。

因此，本发明提供了分离的多核苷酸，所述的多核苷酸来自于人基因组，具有SEQID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:5(为SEQ ID NO:1的反向互补序列)或SEQ ID NO:6(为SEQ ID NO:2的反向互补序列)所示的核苷酸序列，在肿瘤患者的肿瘤细胞内，该多核苷酸序列中，多处5’-CpG-3’的碱基C位置上，生成5-甲基胞嘧啶(5mC)。本发明也包含SEQ IDNO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:5或SEQ ID NO:6所示核苷酸序列的多核苷酸的片段，且其中存在至少1个(如2～54个或2～204个，更具体如3，5，10，15，20，25，30，35，40，45，50，60，80，100，120，140，160，180，200个)甲基化CpG位点。上述的多核苷酸或片段也可以应用于设计检测试剂或检测试剂盒。

在本发明的一些具体实施例中，所述的多核苷酸的片段例如是：包含SEQ ID NO:2中第132～164位碱基的片段(包含SEQ ID NO：2中010～015号CpG位点)；包含SEQ ID NO:2中起始于第1位、终止于第500～529位碱基的片段(含有SEQ ID NO：2中1～44号CpG位点)；包含SEQ ID NO:2中起始于第501～530位、终止于第1213～1228位碱基的片段(含有SEQ IDNO：2中45～125号CpG位点)；包含SEQ ID NO:2中起始于第1214～1229位、终止于第1848位碱基的片段(含有SEQ ID NO：2中126～204号CpG位点)。上述片段的反义链也是可用的。并且，这些片段是本发明的较佳实施方式的举例，根据本发明提供的信息，也可以选择其它的片段。

此外，包含SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:5或SEQ ID NO:6所示核苷酸序列或序列片段的基因Panel或基因群组也被包含在本发明中。针对所述的基因Panel或基因群组，也可以通过DNA甲基化状态检测获取正常细胞和肿瘤细胞的特征。

上述的多核苷酸可以作为基因组中人们分析甲基化状态的关键区域，通过各种本领域已知的技术来分析它们的甲基化状态。任何可用于分析甲基化状态的技术均可被应用于本发明中。

上述的多核苷酸在经过亚硫酸氢盐或重亚硫酸氢盐处理后，其中未发生甲基化的胞嘧啶转化为尿嘧啶，而发生甲基化的胞嘧啶保持不变。

因此，本发明还提供了上述多核苷酸经过亚硫酸氢盐或重亚硫酸氢盐处理后获得的多核苷酸，包括：SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:7或SEQ ID NO:8所示核苷酸序列的多核苷酸。这些多核苷酸也可以应用于设计检测试剂或检测试剂盒。

本发明也包含上述多核苷酸或其反义链经过亚硫酸氢盐或重亚硫酸氢盐处理后获得的多核苷酸的片段，且其中存在至少1个甲基化CpG位点(如2～54个或2～204个，更具体如3，5，10，15，20，25，30，35，40，45，50，60，80，100，120，140，160，180，200个)。反义链中各个CpG位点相应于正义链的编号是根据本发明所提供的内容易于获得的。

检测试剂及试剂盒

基于本发明的新发现，还提供了基于所述的多核苷酸序列设计的检测试剂，用于体外检测样品中多核苷酸的甲基化谱式。本领域已知的确定基因组的序列及甲基化状态的检测方法和试剂均可被应用于本发明中。

因此，本发明提供了一种制备肿瘤检测试剂的方法，包括：提供所述的多核苷酸，以所述多核苷酸的全长或片段作为靶序列，设计特异性检测该靶序列的检测试剂；其中，所述的靶序列中存在至少1个甲基化CpG位点。

本发明所述的检测试剂包括但不限于：引物，探针，等等。

所述的试剂例如是引物对，在得知了多核苷酸的序列后，设计引物是本领域技术人员已知的，两个引物在将被扩增的目标基因特定序列的两侧(包含CpG序列在内，与其中CpG互补为针对原为甲基化的基因区，而与其中TpG互补为针对原为去甲基化的基因区)。应理解，根据本发明的新发现，针对所述靶序列上的不同位置的CpG位点或其组合，本领域技术人员可以设计出多种引物或探针或其它类型的检测试剂，这些均应被包含在本发明的技术方案中。在本发明的优选实施例中，所述的引物选自下组：SEQ ID NO:9和10所示的引物；SEQ ID NO:11和12所示的引物；SEQ ID NO:13和14所示的引物；SEQ ID NO:15和16所示的引物；SEQ ID NO:17和18所示的引物。

所述的试剂也可以是试剂组合(引物组合)，包括多于一组的引物，从而可分别扩增上述的多条多核苷酸。

本发明还提供了体外检测样品中多核苷酸的甲基化谱式的试剂盒，该试剂盒包括：容器，以及位于容器中的上述引物对。

此外，所述的试剂盒中还可包括用于提取DNA、DNA纯化、PCR扩增等所需的各种试剂。

此外，所述的试剂盒中还可包括使用说明书，其中标明检测操作步骤和结果判定标准，以便于本领域技术人员应用。

检测方法

测定多核苷酸的甲基化谱式可通过已有的技术(如甲基化特异性PCR(MSP)或实时定量甲基化特异性PCR，Methylight)来进行，或其它仍在发展中和将被开发出来的技术来进行。

检测甲基化水平时也可使用定量甲基化特异性PCR(QMSP)的方法。这种方法是基于一种荧光PCR的持续性的光学监控，其较MSP方法更为敏感。其通量高并避免了用电泳方法对其结果进行分析。

其他可用的技术还有：焦磷酸测序法、重亚硫酸盐转化测序法、qPCR法、二代测序法、全基因组甲基化测序法、DNA富集检测法、简化亚硫酸氢盐测序技术或HPLC法以及组合基因群组检测法等该领域常规方法。应理解，在本发明的新揭示的基础上，本领域公知的这些技术以及即将发展的一些技术，均可被应用于本发明中。

作为本发明的优选方式，还提供了一种体外检测样品中多核苷酸的甲基化谱式的方法。所述的方法基于的原理是：亚硫酸氢盐或重亚硫酸氢盐可以将未甲基化的胞嘧啶转化为尿嘧啶，在后续的PCR扩增过程中转变为胸腺嘧啶，而甲基化的胞嘧啶保持不变；因而，经过亚硫酸氢盐或重亚硫酸氢盐处理多核苷酸后，甲基化的位点产生类似于一个C/T的多核苷酸多态性(SNP)。基于上述原理来鉴定检测样品中多核苷酸的甲基化谱式，可以有效区分出甲基化与非甲基化的胞嘧啶。

本发明所述的方法包括：包括：(a)提供样品，提取基因组DNA；(b)利用亚硫酸氢盐或重亚硫酸氢盐处理步骤(a)所述的基因组DNA，从而基因组DNA中未甲基化的胞嘧啶转化为尿嘧啶；(c)分析经步骤(b)处理的基因组DNA中是否存在甲基化谱式异常。

本发明的方法可用于：(i)对受试者样品进行检测，分析受试者是否患有肿瘤；(ii)区分肿瘤高危人群。所述的方法也可以是不以获得直接的疾病诊断结果为目的的情形。

在本发明的优选实施例中，通过PCR扩增及焦磷酸测序法检测DNA甲基化，本领域人员应理解，实际应用中并不限于该方法，其它DNA甲基化检测方法亦可。在进行PCR扩增中，所应用的引物也不限于是实施例中所提供的。

由于基因组DNA经过重亚硫酸盐处理后，非甲基化的胞嘧啶转变为尿嘧啶，在后续的PCR过程中又转换为胸腺嘧啶，会降低基因组的序列复杂度，使得PCR扩增出特异目标片段的难度增大。因此优选地可采用巢式PCR扩增，设计***与内围两对引物，进行两轮PCR扩增反应，以第一轮的扩增产物作为第二轮扩增的模板，可以有效提高扩增的效率与特异性。然而应理解，本发明中可用的检测方法并不限于此。

经过针对临床样本的研究验证，本发明的方法用于诊断临床肿瘤时，准确性非常高。本发明可应用于肿瘤辅助诊断、疗效判定、预后监测等等领域，具有很高的临床应用价值。

下面结合具体实施例，进一步阐述本发明。应理解，这些实施例仅用于说明本发明而不用于限制本发明的范围。下列实施例中未注明具体条件的实验方法，通常按照常规条件如J.萨姆布鲁克等编著，分子克隆实验指南，第三版，科学出版社，2002中所述的条件，或按照制造厂商所建议的条件。

实施例1、针对STAMP-EP4检测的核酸序列

提供STAMP-EP4肿瘤标记物的序列1，如下SEQ ID NO:1(chr6:391206-391694/hg19)所示，其中下划线标示碱基为甲基化CpG位点，下划线下面的数字表示该位点的编号。

提供STAMP-EP4肿瘤标记物的序列2，如下SEQ ID NO:2(chr6:391780-393627/hg19)所示，其中下划线标示碱基为甲基化CpG位点，下划线下面的数字表示该位点的编号。

上述SEQ ID NO:1序列经重亚硫酸盐处理后序列如下SEQ ID NO:3(其中Y代表C或U)：

上述SEQ ID NO:2序列经重亚硫酸盐处理后序列如下SEQ ID NO:4(其中Y代表C或U)：

上述SEQ ID NO:1所示核苷酸序列的反向互补序列如下SEQ ID NO:5：

CGGGGCGGGGCGCCGAGGCCTGTGGGGGCCGGGGGTTGGACTGGGGAGAGGGACTTTGCAAGCCGAGAGCCGGGGCCGGCCGGGCGGGCGAGCCTCAGGGCCGGCGTGAAGGCTGGGGGCTGCCGCGGCCGGGGTGGGGTTCCCGC GCCCTTGGCGACCCTCCGCGCGCCGCGCCCGGAGAGCGCACCTCCAGCCGGGCGCGCGCCGCTTCGGGGACTGTCACTGGGGCCGTTTCCCGCGAAGGGCGAGGTGCGAAATGCGAATCTCGCCTTTGCGCCAGGACCTCAGGAGGCCAGTCAATCACTAAACTGCAGCGATGTGGCCAGGGCGGGAAATGGGGGGCGTGTAGTAGCGGGAATCTGGTGCGAAGGGGACTTCGCTTTGCAGAGCGTGTAACGGAAGACGGAGGAATGGTCCAAAGAGAACTGGAGGTGGAGGTTGCGGGAGCACCCTC GGCAAGGCCATCACCGGGAACCCTGCCTCTCCGCG

上述SEQ ID NO:2所示核苷酸序列的反向互补序列如下SEQ ID NO:6：

上述SEQ ID NO:5序列经重亚硫酸盐处理后序列(其中Y代表C或U)如下SEQ IDNO:7(其中Y代表C或U)：

YGGGGYGGGGYGUYGAGGUUTGTGGGGGUYGGGGGTTGGAUTGGGGAGAGGGAUTTTGUAAGUYGAGAGUYGGGGUYGGUYGGGYGGGYGAGUUTUAGGGUYGGYGTGAAGGUTGGGGGUTGUYGYGGUYGGGGTGGGGTTUUYGY GUUUTTGGYGAUUUTUYGYGYGUYGYGUUYGGAGAGYGUAUUTUUAGUYGGGYGYGYGUYGUTTYGGGGAUTGTUAUTGGGGUYGTTTUUYGYGAAGGGYGAGGTGYGAAATGYGAATUTYGUUTTTGYGUUAGGAUUTUAGGAGGUUAGTUAATUAUTAAAUTGUAGYGATGTGGUUAGGGYGGGAAATGGGGGGYGTGTAGTAGYGGGAATUTGGTGYGAAGGGGAUTTYGUTTTGUAGAGYGTGTAAYGGAAGAYGGAGGAATGGTUUAAAGAGAAUTGGAGGTGGAGGTTGYGGGAGUAUUUTY GGUAAGGUUATUAUYGGGAAUUUTGUUTUTUYGYG

上述SEQ ID NO:6序列经重亚硫酸盐处理后序列(其中Y代表C或U)如下SEQ IDNO:8(其中Y代表C或U)：

实施例2、STAMP-EP4 CpG位点在肿瘤细胞与非肿瘤细胞的甲基化差异验证——亚硫酸氢盐处理后测序法(BSP-Bisulfite Sequencing PCR)

1.提取肝癌细胞系HepG2与正常肝细胞系基因组DNA；

2.分别用重亚硫酸盐处理提取的HepG2与正常肝细胞系基因组DNA，作为后续PCR扩增的模板；本实验中用ZYMO Research公司的EZ DNA Methylation-Gold Kit，货号D5006；但本发明不限于该试剂盒；

3.分别根据SEQ ID NO:1或2的序列设计扩增引物(SEQ ID NO:9～16；表1)，针对不同序列区域，常规方法进行扩增。

4.PCR扩增之后，2％琼脂糖凝胶电泳检测PCR片段特异性，切胶回收目的片段，连接***T载体，转化感受态大肠杆菌，涂菌板，第二天挑克隆测序，每个片段挑取10个克隆进行Sanger测序。

表1、BSP引物

SEQ ID NO:1中001-054甲基化位点在正常肝细胞与肝癌细胞中甲基化程度差异的测定结果如图1。

SEQ ID NO:2中001-044甲基化位点在正常肝细胞与肝癌细胞中甲基化程度差异的测定结果如图2。

SEQ ID NO:2中045-125甲基化位点在正常肝细胞与肝癌细胞中甲基化程度差异的测定结果如图3。

SEQ ID NO:2中126-204甲基化位点在正常肝细胞与肝癌细胞中甲基化程度差异的测定结果如图4。

上述结果显示，SEQ ID NO:1，SEQ ID NO:2区域肝癌细胞系甲基化水平显著高于肝正常细胞系。

实施例3、STAMP-EP4在肿瘤与非肿瘤临床组织样本中的甲基化差异验证—焦磷酸测序法

1.获取临床样本：从临床获取癌旁/非癌-癌样本，癌旁样本作为对照组，肿瘤样本作为肿瘤检测实验组；

2.DNA提取：分别提取实验组和对照组DNA；本实验用酚氯仿抽提法，但不限于该方法；

3.重亚硫酸盐处理：以重亚硫酸盐处理提取的DNA样本，严格按照步骤操作；本实验中用ZYMO Research公司的EZ DNA Methylation-Gold Kit，货号D5006，但不限于该试剂盒；

4.引物设计：根据STAMP-EP4序列SEQ ID NO：2特点，设计PCR扩增引物与焦磷酸测序引物，检测SEQ ID NO：2中10-15号CpG位点的甲基化值，作为STAMP-EP4甲基化值的代表，PCR引物扩增序列、焦磷酸测序引物序列、焦磷酸测序上机检测序列以及检测位点如SEQ IDNO 17-20所示(表2)；

5.PCR扩增及琼脂糖凝胶电泳：以重亚硫酸盐处理后的样本作为PCR的产物，进行PCR扩增，扩增后的产物通过琼脂糖凝胶电泳鉴定PCR扩增的特异性；

6.焦磷酸测序：通过QIAGEN公司的Pyro Mark Q96 ID焦磷酸测序仪进行检测，严格按照说明书步骤进行操作；

7.STAMP-EP4甲基化值计算：焦磷酸测序可以独立检测出目标区域内单个CpG位点的甲基化情况，计算所有CpG位点甲基化平均值作为STAMP-EP4在该样本中的甲基化值；

8.结果分析：比较癌旁/非癌对照组与肿瘤实验组STAMP-EP4甲基化值。

表2、Pyro引物

实施例4、STAMP-EP4：乳腺癌临床样本验证-焦磷酸测序法

临床获取5例乳腺癌癌旁样本作为对照组，获取5例乳腺癌组织样本作为实验组，按照以上实施例3的焦磷酸检验步骤，比较对照组与实验组STAMP-EP4甲基化水平。

结果如图5所示，在乳腺癌临床样本中，STAMP-EP4在实验组中甲基化值显著高于癌旁组织。

实施例5、STAMP-EP4：白血病临床样本验证-焦磷酸测序法

从临床获取8例白血病骨髓涂片样本作为实验组，另获取8例非白血病骨髓涂片样本作为对照组，按照以上实施例3的焦磷酸检验步骤，比较对照组与实验组STAMP-EP4甲基化水平。

结果如图6所示，在白血病临床样本中，STAMP-EP4在实验组中甲基化值显著高于非癌组织。

实施例6、STAMP-EP4：结直肠癌临床样本验证-焦磷酸测序法

临床获取8例结直肠癌癌旁样本作为对照组，获取8例结直肠癌样本作为实验组，按照以上实施例3的焦磷酸检验步骤，分析STAMP-EP4甲基化水平。

结果如图7所示，在结直肠癌临床样本中，STAMP-EP4在实验组中甲基化值显著高于癌旁组织。

实施例7、STAMP-EP4：肝癌临床样本验证-焦磷酸测序法

临床获取8例肝癌癌旁样本作为对照组，获取8例肝癌样本作为实验组，按照以上实施例3的焦磷酸检验步骤，分析STAMP-EP4甲基化水平。

结果如图8所示，在肝癌临床样本中，STAMP-EP4在实验组中甲基化值显著高于癌旁组织。

实施例8、STAMP-EP4：肺癌临床样本验证-焦磷酸测序法

临床获取4例肺癌癌旁样本作为对照组，获取4例肺癌样本作为实验组，按照以上实施例3的焦磷酸检验步骤，分析STAMP-EP4甲基化水平。

结果如图9所示，在肺癌临床样本中，STAMP-EP4在实验组中甲基化值显著高于癌旁组织。

实施例9、STAMP-EP4：胰腺癌临床样本验证-焦磷酸测序法

临床获取4例胰腺癌癌旁样本作为对照组，获取4例胰腺癌样本作为实验组，按照以上实施例3的焦磷酸检验步骤，分析STAMP-EP4甲基化水平。

结果如图10所示，在胰腺癌临床样本中，STAMP-EP4在实验组中甲基化值显著高于癌旁组织。

实施例10、STAMP-EP4：食管癌临床样本验证-焦磷酸测序法

临床获取10例食管癌癌旁样本作为对照组，获取10例食管癌样本作为实验组，按照以上实施例3的焦磷酸检验步骤，分析STAMP-EP4甲基化水平。

结果如图11所示，在食管癌临床样本中，STAMP-EP4在实验组中甲基化值显著高于癌旁组织。

在本发明提及的所有文献都在本申请中引用作为参考，就如同每一篇文献被单独引用作为参考那样。此外应理解，在阅读了本发明的上述讲授内容之后，本领域技术人员可以对本发明作各种改动或修改，这些等价形式同样落于本申请所附权利要求书所限定的范围。

序列表

<110> 上海奕谱生物科技有限公司

<120> 基于甲基化修饰的肿瘤标记物STAMP-EP4

<130> 18A293

<160> 20

<170> SIPOSequenceListing 1.0

<210> 1

<211> 489

<212> DNA

<213> 智人(Homo sapiens)

<400> 1

cgcggagagg cagggttccc ggtgatggcc ttgccgaggg tgctcccgca acctccacct 60

ccagttctct ttggaccatt cctccgtctt ccgttacacg ctctgcaaag cgaagtcccc 120

ttcgcaccag attcccgcta ctacacgccc cccatttccc gccctggcca catcgctgca 180

gtttagtgat tgactggcct cctgaggtcc tggcgcaaag gcgagattcg catttcgcac 240

ctcgcccttc gcgggaaacg gccccagtga cagtccccga agcggcgcgc gcccggctgg 300

aggtgcgctc tccgggcgcg gcgcgcggag ggtcgccaag ggcgcgggaa ccccaccccg 360

gccgcggcag cccccagcct tcacgccggc cctgaggctc gcccgcccgg ccggccccgg 420

ctctcggctt gcaaagtccc tctccccagt ccaacccccg gcccccacag gcctcggcgc 480

cccgccccg 489

<210> 2

<211> 1848

<212> DNA

<213> 智人(Homo sapiens)

<400> 2

cgctgccctc agctccgagt ccagggcgag gtaagggctg gagtcgggca ggaggagggg 60

tgtgaggctg ataccagaga ggacccggag cgcgaaccag aggttcgacc tccagggcag 120

cgcagggtac cccggcttcg gagcgggaag ggagcgcgcc ccgtcctgga gctccgactc 180

ccaccccatc tgcgctgagc cggaggcgct ggtttgggct ccaaggcccg cctccttggc 240

tctgcccgag cctccccgcc tgccctccgc gctcctgcga cggggtcgcc acaagctgga 300

cgggatgagc taaccggact gtcggggccc caggagtggc tgaggcgggg ccgtccaagg 360

cacccacaca agacggcaca actgcctgcg agaaacaggc ccggccctgt ggaccccaat 420

ccgaggctcc ttcccctgct cttcgttcct aaggggccca agctcacggc ggcctccggc 480

gcggtgctca cccgctggcg caggaggagg aggagctcca catttgggtc gctccgagcc 540

ttgcgtgcgg tggcctagcc ggcctggcgc ggtccctgcc tcccaggctc cgcagctgtc 600

gtcgccctct cccgcgccct ccccgcctcc gctctcccgg gcctgctccg gggtccggcg 660

gacgctctgc gcgcggaatc ccccgtactg gggctgcagc ccccgcgtct gcgccacttg 720

tcgtttgcag agcccactta gtgcgcgcta gctgggcagg gataggggtc ctattcgggg 780

cgaagggtct ggatgcgagc agagaaagcg gagggtggag gaacccgggg ctgcgcccct 840

ggaacgcccg gccgcaggcg aggtcctccg cgcgtggagg ccgccagggg agtggaaact 900

gacagagtcg cggggaaggg gcgagaagcg ggttgggagt gagcgaaggc aagcgagagc 960

tgcgagtgag tgcggaagga gggccaggag gggtggcggc tgggtgggga gagagggtgc 1020

aagacgagcg gcgcgtgtcg ggagcctttg ggctgcgggt gcgttacagg agagcaggcg 1080

ggtaggagcc ttcgcggggg ccgagctcgg aaggcggacg gctgtgcccg cccaggggat 1140

gcgcccgggc cggccgcgaa ggtgccttct tccgggggcc cggacgaccc tgacacggca 1200

cgcgcgcgct tcgcagcctc aaagactccg gggcctcgtg gtcactggcg caggggatcg 1260

gggcggggtg cccggagtgc ggtgcctcgt ggctgaaggg cagctcttct ccccgcagtg 1320

cagagcagag cgggcggagg accccgggcg cgggcgcgga cggcacgcgg ggcatgaacc 1380

tggagggcgg cggccgaggc ggagagttcg gcatgagcgc ggtgagctgc ggcaacggga 1440

agctccgcca gtggctgatc gaccagatcg acagcggcaa gtaccccggg ctggtgtggg 1500

agaacgagga gaagagcatc ttccgcatcc cctggaagca cgcgggcaag caggactaca 1560

accgcgagga ggacgccgcg ctcttcaagg tctccggcct cgggagccgg cgggggcgcg 1620

ccggggaggg cccagagaca gagcccgggg tccccggcgc cgcctccgag gcgagcccag 1680

gggaccgcgc ggggcggacg ggcgggcggc ggaggcatca ggtggcgtcg ccggagccgc 1740

aggaggagga aaggaggcct cggctctcag cgggaccgcg ggggccggga gccgggtcct 1800

gggcgcgtgg aggctgcagg gaaaccgctg aaggcccggc cgggcccg 1848

<210> 3

<211> 489

<212> DNA/RNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(489)

<223> SEQ ID NO:1序列经重亚硫酸盐处理后序列

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(489)

<223> y is C or U

<400> 3

ygyggagagg uagggttuuy ggtgatgguu ttguygaggg tgutuuygua auutuuauut 60

uuagttutut ttggauuatt uutuygtutt uygttauayg ututguaaag ygaagtuuuu 120

ttyguauuag attuuyguta utauayguuu uuuatttuuy guuutgguua uatygutgua 180

gtttagtgat tgautgguut uutgaggtuu tggyguaaag gygagattyg uatttyguau 240

utyguuutty gygggaaayg guuuuagtga uagtuuuyga agyggygygy guuyggutgg 300

aggtgygutu tuygggygyg gygygyggag ggtyguuaag ggygygggaa uuuuauuuyg 360

guygygguag uuuuuaguut tuayguyggu uutgagguty guuyguuygg uygguuuygg 420

ututyggutt guaaagtuuu tutuuuuagt uuaauuuuyg guuuuuauag guutyggygu 480

uuyguuuyg 489

<210> 4

<211> 1848

<212> DNA/RNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(1848)

<223> SEQ ID NO:2序列经重亚硫酸盐处理后序列

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(1848)

<223> y is C or U

<400> 4

ygutguuutu agutuygagt uuagggygag gtaagggutg gagtygggua ggaggagggg 60

tgtgaggutg atauuagaga ggauuyggag ygygaauuag aggttygauu tuuaggguag 120

yguagggtau uuygguttyg gagygggaag ggagygyguu uygtuutgga gutuygautu 180

uuauuuuatu tgygutgagu yggaggygut ggtttgggut uuaagguuyg uutuuttggu 240

tutguuygag uutuuuyguu tguuutuygy gutuutgyga yggggtyguu auaagutgga 300

ygggatgagu taauyggaut gtygggguuu uaggagtggu tgaggygggg uygtuuaagg 360

uauuuauaua agaygguaua autguutgyg agaaauaggu uygguuutgt ggauuuuaat 420

uygaggutuu ttuuuutgut uttygttuut aagggguuua agutuayggy gguutuyggy 480

gyggtgutua uuygutggyg uaggaggagg aggagutuua uatttgggty gutuygaguu 540

ttgygtgygg tgguutaguy gguutggygy ggtuuutguu tuuuaggutu yguagutgty 600

gtyguuutut uuygyguuut uuuyguutuy gututuuygg guutgutuyg gggtuyggyg 660

gaygututgy gygyggaatu uuuygtautg gggutguagu uuuygygtut gyguuauttg 720

tygtttguag aguuuautta gtgygyguta gutggguagg gataggggtu utattygggg 780

ygaagggtut ggatgygagu agagaaagyg gagggtggag gaauuygggg utgyguuuut 840

ggaayguuyg guyguaggyg aggtuutuyg ygygtggagg uyguuagggg agtggaaaut 900

gauagagtyg yggggaaggg gygagaagyg ggttgggagt gagygaaggu aagygagagu 960

tgygagtgag tgyggaagga ggguuaggag gggtggyggu tgggtgggga gagagggtgu 1020

aagaygagyg gygygtgtyg ggaguutttg ggutgygggt gygttauagg agaguaggyg 1080

ggtaggaguu ttygyggggg uygagutygg aaggyggayg gutgtguuyg uuuaggggat 1140

gyguuygggu ygguygygaa ggtguuttut tuyggggguu yggaygauuu tgauayggua 1200

ygygygygut tyguaguutu aaagautuyg ggguutygtg gtuautggyg uaggggatyg 1260

gggyggggtg uuyggagtgy ggtguutygt ggutgaaggg uagututtut uuuyguagtg 1320

uagaguagag ygggyggagg auuuygggyg ygggygygga ygguaygygg gguatgaauu 1380

tggagggygg ygguygaggy ggagagttyg guatgagygy ggtgagutgy gguaayggga 1440

agutuyguua gtggutgaty gauuagatyg auagygguaa gtauuuyggg utggtgtggg 1500

agaaygagga gaagaguatu ttuyguatuu uutggaagua ygyggguaag uaggautaua 1560

auygygagga ggayguygyg ututtuaagg tutuygguut ygggaguygg ygggggygyg 1620

uyggggaggg uuuagagaua gaguuygggg tuuuyggygu yguutuygag gygaguuuag 1680

gggauygygy ggggyggayg ggygggyggy ggagguatua ggtggygtyg uyggaguygu 1740

aggaggagga aaggagguut yggututuag ygggauygyg gggguyggga guygggtuut 1800

gggygygtgg aggutguagg gaaauygutg aagguuyggu yggguuyg 1848

<210> 5

<211> 489

<212> DNA/RNA

<213> 智人(Homo sapiens)

<400> 5

cggggcgggg cgccgaggcc tgtgggggcc gggggttgga ctggggagag ggactttgca 60

agccgagagc cggggccggc cgggcgggcg agcctcaggg ccggcgtgaa ggctgggggc 120

tgccgcggcc ggggtggggt tcccgcgccc ttggcgaccc tccgcgcgcc gcgcccggag 180

agcgcacctc cagccgggcg cgcgccgctt cggggactgt cactggggcc gtttcccgcg 240

aagggcgagg tgcgaaatgc gaatctcgcc tttgcgccag gacctcagga ggccagtcaa 300

tcactaaact gcagcgatgt ggccagggcg ggaaatgggg ggcgtgtagt agcgggaatc 360

tggtgcgaag gggacttcgc tttgcagagc gtgtaacgga agacggagga atggtccaaa 420

gagaactgga ggtggaggtt gcgggagcac cctcggcaag gccatcaccg ggaaccctgc 480

ctctccgcg 489

<210> 6

<211> 1848

<212> DNA/RNA

<213> 智人(Homo sapiens)

<400> 6

cgggcccggc cgggccttca gcggtttccc tgcagcctcc acgcgcccag gacccggctc 60

ccggcccccg cggtcccgct gagagccgag gcctcctttc ctcctcctgc ggctccggcg 120

acgccacctg atgcctccgc cgcccgcccg tccgccccgc gcggtcccct gggctcgcct 180

cggaggcggc gccggggacc ccgggctctg tctctgggcc ctccccggcg cgcccccgcc 240

ggctcccgag gccggagacc ttgaagagcg cggcgtcctc ctcgcggttg tagtcctgct 300

tgcccgcgtg cttccagggg atgcggaaga tgctcttctc ctcgttctcc cacaccagcc 360

cggggtactt gccgctgtcg atctggtcga tcagccactg gcggagcttc ccgttgccgc 420

agctcaccgc gctcatgccg aactctccgc ctcggccgcc gccctccagg ttcatgcccc 480

gcgtgccgtc cgcgcccgcg cccggggtcc tccgcccgct ctgctctgca ctgcggggag 540

aagagctgcc cttcagccac gaggcaccgc actccgggca ccccgccccg atcccctgcg 600

ccagtgacca cgaggccccg gagtctttga ggctgcgaag cgcgcgcgtg ccgtgtcagg 660

gtcgtccggg cccccggaag aaggcacctt cgcggccggc ccgggcgcat cccctgggcg 720

ggcacagccg tccgccttcc gagctcggcc cccgcgaagg ctcctacccg cctgctctcc 780

tgtaacgcac ccgcagccca aaggctcccg acacgcgccg ctcgtcttgc accctctctc 840

cccacccagc cgccacccct cctggccctc cttccgcact cactcgcagc tctcgcttgc 900

cttcgctcac tcccaacccg cttctcgccc cttccccgcg actctgtcag tttccactcc 960

cctggcggcc tccacgcgcg gaggacctcg cctgcggccg ggcgttccag gggcgcagcc 1020

ccgggttcct ccaccctccg ctttctctgc tcgcatccag acccttcgcc ccgaatagga 1080

cccctatccc tgcccagcta gcgcgcacta agtgggctct gcaaacgaca agtggcgcag 1140

acgcgggggc tgcagcccca gtacggggga ttccgcgcgc agagcgtccg ccggaccccg 1200

gagcaggccc gggagagcgg aggcggggag ggcgcgggag agggcgacga cagctgcgga 1260

gcctgggagg cagggaccgc gccaggccgg ctaggccacc gcacgcaagg ctcggagcga 1320

cccaaatgtg gagctcctcc tcctcctgcg ccagcgggtg agcaccgcgc cggaggccgc 1380

cgtgagcttg ggccccttag gaacgaagag caggggaagg agcctcggat tggggtccac 1440

agggccgggc ctgtttctcg caggcagttg tgccgtcttg tgtgggtgcc ttggacggcc 1500

ccgcctcagc cactcctggg gccccgacag tccggttagc tcatcccgtc cagcttgtgg 1560

cgaccccgtc gcaggagcgc ggagggcagg cggggaggct cgggcagagc caaggaggcg 1620

ggccttggag cccaaaccag cgcctccggc tcagcgcaga tggggtggga gtcggagctc 1680

caggacgggg cgcgctccct tcccgctccg aagccggggt accctgcgct gccctggagg 1740

tcgaacctct ggttcgcgct ccgggtcctc tctggtatca gcctcacacc cctcctcctg 1800

cccgactcca gcccttacct cgccctggac tcggagctga gggcagcg 1848

<210> 7

<211> 489

<212> DNA/RNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(489)

<223> SEQ ID NO:5序列经重亚硫酸盐处理后序列

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(489)

<223> y is c or u

<400> 7

yggggygggg yguygagguu tgtggggguy gggggttgga utggggagag ggautttgua 60

aguygagagu ygggguyggu ygggygggyg aguutuaggg uyggygtgaa ggutgggggu 120

tguygygguy ggggtggggt tuuygyguuu ttggygauuu tuygygyguy gyguuyggag 180

agyguauutu uaguygggyg ygyguygutt yggggautgt uautgggguy gtttuuygyg 240

aagggygagg tgygaaatgy gaatutyguu tttgyguuag gauutuagga gguuagtuaa 300

tuautaaaut guagygatgt gguuagggyg ggaaatgggg ggygtgtagt agygggaatu 360

tggtgygaag gggauttygu tttguagagy gtgtaaygga agayggagga atggtuuaaa 420

gagaautgga ggtggaggtt gygggaguau uutygguaag guuatuauyg ggaauuutgu 480

ututuygyg 489

<210> 8

<211> 1848

<212> DNA/RNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(1848)

<223> SEQ ID NO:6序列经重亚硫酸盐处理后序列

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(1848)

<223> y is c or u

<400> 8

yggguuyggu yggguuttua gyggtttuuu tguaguutuu aygyguuuag gauuyggutu 60

uygguuuuyg yggtuuygut gagaguygag guutuutttu utuutuutgy ggutuyggyg 120

ayguuauutg atguutuygu yguuyguuyg tuyguuuygy gyggtuuuut gggutyguut 180

yggaggyggy guyggggauu uygggututg tututggguu utuuuyggyg yguuuuyguy 240

ggutuuygag guyggagauu ttgaagagyg yggygtuutu utygyggttg tagtuutgut 300

tguuygygtg uttuuagggg atgyggaaga tgututtutu utygttutuu uauauuaguu 360

yggggtautt guygutgtyg atutggtyga tuaguuautg gyggaguttu uygttguygu 420

agutuauygy gutuatguyg aaututuygu utygguyguy guuutuuagg ttuatguuuy 480

gygtguygtu ygyguuygyg uuyggggtuu tuyguuygut utgututgua utgyggggag 540

aagagutguu uttuaguuay gagguauygu autuygggua uuuyguuuyg atuuuutgyg 600

uuagtgauua ygagguuuyg gagtutttga ggutgygaag ygygygygtg uygtgtuagg 660

gtygtuyggg uuuuyggaag aagguauutt ygygguyggu uygggyguat uuuutgggyg 720

gguauaguyg tuyguuttuy gagutygguu uuygygaagg utuutauuyg uutgututuu 780

tgtaayguau uyguaguuua aaggutuuyg auaygyguyg utygtuttgu auuutututu 840

uuuauuuagu yguuauuuut uutgguuutu uttuyguaut uautyguagu tutyguttgu 900

uttygutuau tuuuaauuyg uttutyguuu uttuuuygyg aututgtuag tttuuautuu 960

uutggygguu tuuaygygyg gaggauutyg uutgygguyg ggygttuuag gggyguaguu 1020

uygggttuut uuauuutuyg utttututgu tyguatuuag auuuttyguu uygaatagga 1080

uuuutatuuu tguuuaguta gygyguauta agtgggutut guaaaygaua agtggyguag 1140

aygygggggu tguaguuuua gtayggggga ttuygygygu agagygtuyg uyggauuuyg 1200

gaguagguuy gggagagygg aggyggggag ggygygggag agggygayga uagutgygga 1260

guutgggagg uagggauygy guuagguygg utagguuauy guayguaagg utyggagyga 1320

uuuaaatgtg gagutuutuu tuutuutgyg uuagygggtg aguauygygu yggagguygu 1380

ygtgaguttg gguuuuttag gaaygaagag uaggggaagg aguutyggat tggggtuuau 1440

aggguygggu utgtttutyg uagguagttg tguygtuttg tgtgggtguu ttggaygguu 1500

uyguutuagu uautuutggg guuuygauag tuyggttagu tuatuuygtu uaguttgtgg 1560

ygauuuygty guaggagygy ggaggguagg yggggaggut yggguagagu uaaggaggyg 1620

gguuttggag uuuaaauuag yguutuyggu tuagyguaga tggggtggga gtyggagutu 1680

uaggaygggg ygygutuuut tuuygutuyg aaguyggggt auuutgygut guuutggagg 1740

tygaauutut ggttygygut uygggtuutu tutggtatua guutuauauu uutuutuutg 1800

uuygautuua guuuttauut yguuutggau tyggagutga ggguagyg 1848

<210> 9

<211> 27

<212> DNA/RNA

<213> 引物(Primer)

<400> 9

ttagtgagtg ygatgttttt taaatat 27

<210> 10

<211> 29

<212> DNA/RNA

<213> 引物(Primer)

<400> 10

ataaaactct ctaaaacraa acctaaaac 29

<210> 11

<211> 32

<212> DNA/RNA

<213> 引物(Primer)

<400> 11

gtatttttag ttttatygtt ygattttggg at 32

<210> 12

<211> 28

<212> DNA/RNA

<213> 引物(Primer)

<400> 12

ccaaatataa aactcctcct cctcctac 28

<210> 13

<211> 29

<212> DNA/RNA

<213> 引物(Primer)

<400> 13

taggaggagg aggagtttta tatttgggt 29

<210> 14

<211> 31

<212> DNA/RNA

<213> 引物(Primer)

<400> 14

aaccacraaa ccccraaatc tttaaaacta c 31

<210> 15

<211> 34

<212> DNA/RNA

<213> 引物(Primer)

<400> 15

gtgttttttt tygggggtty ggaygatttt gata 34

<210> 16

<211> 30

<212> DNA/RNA

<213> 引物(Primer)

<400> 16

aacccctcaa acctttaacc rcccttcccc 30

<210> 17

<211> 26

<212> DNA/RNA

<213> 引物(Primer)

<400> 17

gatttttagg gtagygtagg gtattt 26

<210> 18

<211> 30

<212> DNA/RNA

<213> 引物(Primer)

<400> 18

caaataaaat aaaaatcraa actccaaaac 30

<210> 19

<211> 26

<212> DNA/RNA

<213> 引物(Primer)

<400> 19

gatttttagg gtagygtagg gtattt 26

<210> 20

<211> 45

<212> DNA/RNA

<213> 引物(Primer)

<400> 20

yggtttygga gygggaaggg agygygttty gttttggagt ttyga 45

Claims

1.检测分离的多核苷酸的CpG位点甲基化水平的试剂在制备检测肿瘤的试剂或试剂盒中的用途，其特征在于，所述分离的多核苷酸选自(a)-(d)：

(a) SEQ ID NO: 2所示核苷酸序列的多核苷酸；

(b) SEQ ID NO: 2中第132～164位所示的多核苷酸片段；

(c) 与上述(a)的多核苷酸完全互补的多核苷酸，其核苷酸序列如SEQ ID NO: 6所示；

(d) 与(b)的多核苷酸片段完全互补的多核苷酸片段；

所述肿瘤为肝癌、乳腺癌、白血病、结直肠癌、肺癌、胰腺癌或食管癌。

2.如权利要求1所述的用途，其特征在于，所述检测分离的多核苷酸的CpG位点甲基化水平的试剂是引物或探针。

3.如权利要求2所述的用途，其特征在于，所述引物是核苷酸序列如SEQ ID NO: 11和12所示的引物，SEQ ID NO: 13和14所示的引物，SEQ ID NO: 15和16所示的引物。

4.如权利要求2所述的用途，其特征在于，所述引物是核苷酸序列如SEQ ID NO: 17和SEQ ID NO: 18所示的引物。

5.如权利要求1所述的用途，其特征在于，将选自(a)-(d)的多核苷酸进行转变，使其修饰的CpG位点的胞嘧啶C不变、非修饰的胞嘧啶转为T或U；之后进行检测。

6.如权利要求5所述的用途，其特征在于，将(a)的多核苷酸进行转变后，获得SEQ IDNO: 4所示核苷酸序列的多核苷酸。

7.如权利要求5所述的用途，其特征在于，将(c)的多核苷酸进行转变后，获得SEQ IDNO: 8所示核苷酸序列的多核苷酸。

8.如权利要求1所述的用途，其特征在于，所述肿瘤的样本包括：组织样本、石蜡包埋样本、血液样本、胸腔积液样本以及肺泡灌洗液样本、腹水及灌洗液样本、胆汁样本、粪便样本、尿液样本、唾液样本、痰液样本、脑脊液样本、细胞涂片样本、宫颈刮片或刷片样本、组织及细胞活检样本。

9.一种制备肿瘤检测试剂的方法，其特征在于，所述方法包括：提供选自(a)-(d)的分离的多核苷酸：

(a) SEQ ID NO: 2所示核苷酸序列的多核苷酸；

(b) SEQ ID NO: 2中第132～164位所示的多核苷酸片段；

(d) 与(b)的多核苷酸片段完全互补的多核苷酸片段；

以所述多核苷酸作为靶序列，设计特异性检测该靶序列的CpG位点修饰情况的检测试剂；所述肿瘤为肝癌、乳腺癌、白血病、结直肠癌、肺癌、胰腺癌或食管癌。

10.如权利要求9所述的制备肿瘤检测试剂的方法，其特征在于，所述的检测试剂包括：引物或探针。

11.如权利要求10所述的方法，其特征在于，所述检测试剂为核苷酸序列如SEQ ID NO:11和12所示的引物，SEQ ID NO: 13和14所示的引物，SEQ ID NO: 15和16所示的引物。

12.如权利要求10所述的方法，其特征在于，所述检测试剂为核苷酸序列如SEQ ID NO:17和18所示的引物。

13.一种体外检测样品甲基化谱式的方法，其特征在于，所述方法不是诊断性的方法，包括：

(i) 提供样品，提取核酸；

(ii) 检测(i)的核酸中靶序列的CpG位点修饰情况，所述的靶序列是选自(a)-(d)的分离的多核苷酸：

(a) SEQ ID NO: 2所示核苷酸序列的多核苷酸；

(b) SEQ ID NO: 2中第132～164位所示的多核苷酸片段；

(d) 与(b)的多核苷酸片段完全互补的多核苷酸片段。

14.如权利要求13所述的方法，其特征在于，步骤(ii)中，分析的方法包括：甲基化芯片法、qPCR法、数字PCR法、二代测序法、三代测序法、全基因组甲基化测序法、DNA富集检测法、HPLC法、MassArray、甲基化特异PCR、或它们的组合。

15.如权利要求13所述的方法，其特征在于，步骤(ii)包括：

(1) 对(i)的产物进行处理，使其中未发生修饰的胞嘧啶转化为尿嘧啶；

(2) 分析经(1)处理的核酸中所述的靶序列的CpG位点的修饰情况。

16.如权利要求15所述的方法，其特征在于，(1)中，利用重亚硫酸盐处理步骤(i)所述的核酸。