CN109337916B - 一种稻瘟菌modip基因及其应用 - Google Patents
一种稻瘟菌modip基因及其应用 Download PDFInfo
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Abstract
本发明公开了一种稻瘟菌MODIP基因及其应用。稻瘟菌MODIP基因的核苷酸序列如SEQ ID NO.1的第127‑2547位所示,编码的蛋白的氨基酸序列如SEQ ID NO.3所示。稻瘟菌MODIP基因可用于调控稻瘟菌菌丝生长、分生孢子的产生以及对水稻的致病性。实验证明,稻瘟菌MODIP基因被潮霉素磷酸转移酶基因(hph)和荧光蛋白基因(SGFP)置换后,所得到的稻瘟菌敲除突变体的菌丝生长速度和产孢量明显低于于野生型稻瘟菌;致病性实验表明,稻瘟菌敲除突变体在水稻叶片上不能形成明显病斑;MODIP基因的缺失可导致稻瘟菌对水稻侵染能力的下降。本发明所提供的MODIP基因及其应用在稻瘟病的防控方面具有重要意义。
Description
技术领域
本发明属于生物基因工程技术领域,具体涉及一种稻瘟菌MODIP基因及其应用。
背景技术
由稻瘟病菌(Magnaporthe oryzae)引起的稻瘟病是水稻生产上最重要的病害之一,在我国各稻区均有发生。稻瘟病常年均有不同程度的发生,流行年份重病地区一般减产10-20%,重的达40-50%,甚至颗粒无收。稻瘟菌主要以菌丝体和分生孢子作为初侵染源,并以初侵染形成病斑上产生的分生孢子通过气流传播引起再侵染。稻瘟病菌成功侵染水稻主要包括多个连续的过程:分生孢子萌发、芽管伸长、附着胞形成、侵染钉分化和侵染性菌丝扩展等。其中,稻瘟菌的产孢量和分生孢子的萌发等与稻瘟病的发生密切相关。
发明内容
本发明的目的是提供一种稻瘟菌MODIP基因及其应用。
本发明的第一个目的是提供一种稻瘟菌MODIP基因,其核苷酸序列如SEQ ID NO.1的第127-2547位所示。
本发明的第二个目的是提供所述的稻瘟菌MODIP基因编码的蛋白,其氨基酸序列如SEQ ID NO.3所示。
本发明的第三个目的是提供所述的稻瘟菌MODIP基因在降低稻瘟菌致病力中的应用。
优选,所述的稻瘟菌MODIP基因在降低稻瘟菌对水稻的致病力中的应用。
本发明的第四个目的是提供所述的稻瘟菌MODIP基因在调控稻瘟菌气生菌丝生长、分生孢子产生和/或分生孢子萌发中的应用。
本发明通过克隆稻瘟菌野生型ZC13的MODIP基因,并制备敲除MODIP基因的稻瘟菌敲除突变体△MODIP,稻瘟菌MODIP基因被潮霉素磷酸转移酶基因(hph)和荧光蛋白基因(SGFP)置换。结果表明,将MODIP基因从稻瘟菌中成功敲除后,所获稻瘟菌敲除突变体△MODIP的气生菌丝生长减缓、分生孢子产生减少、分生孢子萌发减缓。进一步的实验证明,稻瘟菌敲除突变体△MODIP在水稻叶片上不能形成明显病斑,对水稻侵染能力下降,对水稻的致病力减弱。本发明所提供的MODIP基因及其应用在稻瘟病的防控方面具有重要意义。
附图说明
图1是稻瘟菌MODIP基因的敲除载体构建示意图。
图2是部分稻瘟菌潮霉素阳性转化子MODIP基因的PCR检测,其中:泳道M:DNAmarker;泳道1:稻瘟菌野生型;泳道2-9:稻瘟菌的不同转化子。
图3是部分稻瘟菌潮霉素阳性转化子A-hph基因的PCR检测,其中:泳道M:DNAmarker;泳道1:稻瘟菌野生型;泳道2-9:稻瘟菌敲除突变体的不同转化子。
图4是稻瘟菌敲除突变体△MODIP(A)与野生型(B)的菌落形态。
图5是稻瘟菌敲除突变体△MODIP与野生型的菌落直径比较,其中,MoZC13表示稻瘟菌野生型,MoZC13-△Dip表示稻瘟菌敲除突变体△MODIP。
图6是稻瘟菌敲除突变体△MODIP与野生型的产孢量比较,其中,MoZC13表示稻瘟菌野生型,MoZC13-△Dip表示稻瘟菌敲除突变体△MODIP。
图7是稻瘟菌敲除突变体△MODIP与稻瘟菌野生型的分生孢子萌发率比较,其中,MoZC13表示稻瘟菌野生型,MoZC13-△Dip表示稻瘟菌敲除突变体△MODIP。
图8是稻瘟菌敲除突变体△MODIP分生孢子的GFP观察,其中:A,暗场;B,明场;,其中,MoZC13表示稻瘟菌野生型,MoZC13-△Dip表示稻瘟菌敲除突变体△MODIP。
图9是稻瘟菌敲除突变体△MODIP对水稻的致病性测定,其中a:清水对照;b:稻瘟菌野生型;c:稻瘟菌敲除突变体△MODIP。
具体实施方式
以下实施例是对本发明的进一步说明,而不是对本发明的限制。
实施例1
1、实验材料
1.1供试菌株及植物
稻瘟菌小种为广东省优势小种ZC13,供试水稻为籼稻品系CO39(不含已知抗稻瘟病基因)。
1.2宿主菌及质粒载体
克隆载体为pMD18-T vector,基因敲除载体为双元载体pCT74。
2、实验方法及结果
2.1稻瘟菌MODIP基因的克隆
根据MODIP基因的核苷酸序列,在起始密码子和终止密码子处分别设计该基因的上游和下游同源扩增引物Dip-F/Dip-R,序列如下:Dip-F:5’-GAGCAAAAGGTTGGACGATATAAGC-3’;Dip-R:5’-TCTACGGGTCTCACACAAGTAAATG-3’。采用CTAB法抽提稻瘟菌野生型(Z C13)基因组DNA;取1μL的基因组DNA,用引物Dip-F/Dip-R进行PCR扩增。其反应体系为:
PCR反应条件为:94℃反应5min;94℃反应1min,56℃反应1min,72℃反应1min,共35个循环;72℃反应10min。
PCR产物用1%的琼脂糖凝胶电泳检测,其片段大小约为2700bp,符合预期。将产物进行测序,其核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示,共2731bp。经分析,MODIP基因的核苷酸序列如SEQ ID NO.1的第127-2547位所示,MODIP基因的蛋白质编码区的核苷酸序列如SEQ IDNO.2所示,其编码的蛋白的氨基酸序列如SEQ ID NO.3所示。
2.2 MODIP基因的T载体连接及转化
参考pMDTM 18-T Vector Cloning Kit(TakaRa公司)试剂盒方法进行MODIP基因的载体连接。取1μL pMD18-T载体,加入4μL上述PCR产物和5μL solution I,于16℃连接过夜。取连接产物10μL加入到100μL大肠杆菌DH 5α感受态细胞中,冰上放置30min;42℃水浴中热击90s,冰上冷却5min;加入800μL LB液体培养基,于37℃、150rpm振荡培养1.5h;于4000rpm离心5min,将沉淀涂布于LB培养基(含50μg/mL Amp);于37℃培养16-24h;观察菌落生长状况,挑取白色菌落进行筛选。
2.3稻瘟菌敲除载体的构建
在MODIP基因的上游和下游各选取长度大小为1 000bp左右的序列,并设计引物(表1)。
表1稻瘟菌MODIP基因上游序列和下游序列同源片段的扩增引物
以稻瘟菌基因组DNA为模板,分别用引物MODIP-upF和MODIP-upR、引物MODIP-downF和MODIP-downR扩增获得MODIP基因的上游同源片段(A片段)和下游同源片段(B片段)(图1)。
用Kpn I、Apa I分别酶切pCT74质粒和T载体上的MODIP上游同源臂,酶切产物回收后用T4连接酶连接;将pCT74-DIP上游同源臂和MODIP下游同源臂用EcoR I和Spe I双酶切,酶切产物回收后用T4连接酶连接;将其转化大肠杆菌DH5α,经菌落PCR和双酶切鉴定,结果表明稻瘟菌MODIP的上下游同源臂都已连接到pCT74质粒抗性基因hph的两端,所获产物(含A-hph-B基因片段)即为稻瘟菌MODIP基因敲除载体。
2.4稻瘟菌原生质体的转化和敲除突变体的获得
用Kpn I和Spe I双酶切敲除载体,将约2μg的A-hph-B基因片段加入稻瘟菌原生质体,冰浴20min;加入1mL PTC缓冲液,室温放置20min,于4℃下3500rpm离心10min;用4mL液体再生培养基(酵母提取物6g,水解酪蛋白6g,蔗糖200g,蒸馏水定容至1L)重悬沉淀,于28℃下100rpm震荡培养16-18h;再加入40mL再生固体培养基(上述再生培养基加1.5%琼脂粉和200μg/mL潮霉素),混匀倒板,于28℃黑暗培养3-4d;挑取抗性转化子,转移到含有200μg/mL潮霉素的见里培养基(酵母浸膏5g,可溶性淀粉10g,琼脂粉17g,蒸馏水定容至1L),于28℃黑暗培养3-4d,进行第二次筛选验证。共获得了具有潮霉素抗性的阳性转化子276个。
2.5稻瘟菌敲除突变体的验证
将潮霉素抗性培养基上获得的276个稻瘟菌阳性转化子提取基因组DNA进行PCR验证分析。用引物DIP-F/DIP-R进行基因片段MODIP的PCR扩增,结果(部分结果如图2所示)表明,共有268个扩增到约2700bp的目的基因,说明这268个转化子仍含有MODIP基因,为假阳性转化子;有8个转化子没有扩增到MODIP基因,说明这8个转化子不含有MODIP基因,为可能的稻瘟菌敲除突变体。
取上述8个不含有MODIP基因的转化子,以及12个仍含有MODIP基因的转化子,进行基因组DNA的提取,用基因片段A-hph特异性引物A-hph-F/A-hph-R(A-hph-F:AACAAGCTCTCGACTATGCCC,A-hph-R:TTTAGTCGTCCAGGCGGTG)进行PCR扩增。结果(部分结果如图3所示)表明,在上述8个不含有MODIP基因的稻瘟菌阳性转化子中,均扩增出了约1800bp的A-hph目的片段,进一步证实这8个转化子为稻瘟菌敲除突变体的阳性转化子。而在上述扩增到MODIP基因的12个转化子中,有8个没有扩增到1800bp的目的片段,说明这8个转化子不含有潮霉素基因,即这8个转化子为假的阳性转化子。另有4个扩增到1800bp的目的片段,说明这4个转化子为稻瘟菌的随机***突变体。
上述的PCR扩增,用接种针挑取菌丝,用KOD FX酶进行PCR反应。
所述的PCR反应体系如下:
PCR反应条件为:94℃反应5min;98℃反应10s,56℃反应30s,68℃反应1min,共35个循环;68℃反应7min,94℃反应5min获得扩增产物。
2.6稻瘟菌菌落形态的观察和生长速度的测量
取稻瘟菌野生型菌株和突变体△MODIP菌株菌块(直径0.5cm),接种于PDA培养基上,28℃黑暗培养。分别在第3d、5d、7d、9d、11d时测量菌落直径,观察菌落形态。
将稻瘟菌野生型和突变体△MODIP于PDA培养基中培养11d后,对其菌落形态和生长速率进行了分析。结果表明,稻瘟菌野生型的气生菌丝浓密,菌落颜色呈灰褐色,黑色素沉积多;而突变体△MODIP的气生菌丝较稀疏,菌落颜色呈现黄白色,黑色素沉积减少(图4)。与野生型相比,突变体△MODIP的菌落生长速度明显缓慢(图5)。
2.7稻瘟菌产孢量和分生孢子萌发率的测定
取稻瘟菌野生型菌株和突变体△MODIP菌株菌块(直径0.5cm),接种于直径为8.5cm的稻瘟菌产孢培养基中(西红柿燕麦培养基:含燕麦40g,加入500mL蒸馏水,煮沸1h,过滤残渣,滤液中加入纯西红柿汁150mL,0.06g碳酸钙,2.5%-3%琼脂粉,双蒸水定容至1L),于28℃下光照培养14d。培养14d后,进行了产孢量分析。结果(图6)表明,稻瘟菌野生型的产孢量为(1.68±0.04)×107个/皿,而突变体△MODIP的产孢量为(5.2±0.04)×106个/皿,明显低于野生型的产孢量。每皿加入5mL无菌水清洗分生孢子,用四层擦镜纸过滤后即为分生孢子悬浮液,用血球计数板进行计数。将分生孢子悬浮液置于玻片上,观察不同时间段的分生孢子的萌发情况。用荧光显微镜观察分生孢子中GFP的表达情况。结果表明(图7),4h时稻瘟菌野生型的孢子萌发率为50%,突变体△MODIP的孢子萌发率为30%;8h时,稻瘟菌野生型的孢子萌发率为90%,突变体△MODIP的孢子萌发率仅为56%;12h时,稻瘟菌野生型的孢子萌发率为95%,突变体△MODIP的孢子萌发率为70%;上述结果表明突变体△MODIP的分生孢子萌发较稻瘟菌野生型明显滞后。用荧光显微镜对突变体△MODIP的荧光信号进行了观察,结果表明突变体△MODIP分生孢子中有特异的荧光信号(图8),而野生型中不能观察到荧光信号。
2.8稻瘟菌分生孢子的及稻瘟病菌分生孢子的致病力实验
取5叶期水稻幼苗的第5片叶,置于培养皿内保湿。用浓度为1×105个/mL的稻瘟菌分生孢子悬浮液(含0.02%Tween20)接种。于28℃黑暗放置24h,再于28℃光照培养3-7d后进行观察。结果表明,稻瘟菌野生型接种7d后,水稻叶片上出现了大量病斑;而稻瘟菌突变体△MODIP接种7d后,不能形成明显病斑(图9)。该结果说明敲除MODIP基因后,稻瘟菌致病力明显下降。
序列表
<110> 华南农业大学
<120> 一种稻瘟菌MODIP基因及其应用
<160> 3
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 2731
<212> DNA
<213> 稻瘟病菌(Magnaporthe oryzae)
<400> 1
gagcaaaagg ttggacgata taagcttgca gcctgcccag ctttgcccag tcgcaaccta 60
cagcttctca cgccttggct gccttgagta ttgcttgttc cgacgatcct tgtcgaacta 120
tcaatcatgc atgttaccag gagcttgttg gcggcggtcg ccctgcccgt cgcctgggcc 180
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ggagtgagtt gaaactggtc aattgatgtg atatccgcgt gtccggttag tgactaatca 300
ttgcattgca ggaatttgct ctcttcacag ccaacaagta ctctttcgag tcgggttctc 360
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<210> 2
<211> 2157
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<211> 718
<212> PRT
<213> 稻瘟病菌(Magnaporthe oryzae)
<400> 3
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Trp Ala Ile Thr Pro Glu Ala Met Leu Ser Ala Asn Arg Tyr Ser Asp
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Ala Val Pro Asn Pro Ser Gly Glu Phe Ala Leu Phe Thr Ala Asn Lys
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Tyr Ser Phe Glu Ser Gly Ser Arg Gln Asn Trp Trp Asn Ile Leu Asp
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115 120 125
Tyr Ser Gly Leu Lys Ala Ala Arg Thr Ser Ser Gly Asp Ile Asn Phe
130 135 140
Leu Leu Thr Ala Lys Ala Tyr Pro Asn Gly Thr Val Tyr Asn Glu Gln
145 150 155 160
Leu Ala Thr Lys Ala Arg Ser Ser Ala Asn Ile Tyr Thr Ser Leu Tyr
165 170 175
Pro Arg His Trp Asp Tyr Trp Leu Thr Pro Gln Lys Asn Ala Val Phe
180 185 190
Gly Gly Val Leu Lys Ser Gly Ser Ser Gly Tyr Ser Leu Ser Gly Asn
195 200 205
Leu Thr Asn Tyr Val Thr Gly Ile Cys Asp Val Ile Cys Ala Glu Ser
210 215 220
Pro Tyr Asp Leu Asn Gly Ala Ser Asp Tyr Glu Leu Ser Pro Asp Gly
225 230 235 240
Ser Lys Val Ala Phe Met Thr Lys Asp Ile Gly Leu Pro Leu Ala Asn
245 250 255
Thr Thr Ser Thr Gln Ile Tyr Leu Val Pro Phe Thr Gly Thr Ala Lys
260 265 270
Asp Ala Val Pro Ile Asn Pro Arg Ser Ser Ser Ala Lys Tyr Pro Glu
275 280 285
Ala Gln Gly Ala Ser Ala Ser Pro Phe Phe Ser Pro Asp Ser Ser Lys
290 295 300
Ile Ala Tyr Val Gln Met Asn Gly Ile Asn Tyr Glu Ser Asp Arg Ser
305 310 315 320
Ile Leu Tyr Val Ala Asp Ala Asn Gly Asp Lys Glu Lys Gly Phe Asn
325 330 335
Ile Thr Arg Leu Ala Gly Asp Trp Asp Arg Ala Pro Gly Ser Ala Lys
340 345 350
Trp Ser His Asp Gly Glu Thr Ile Tyr Ala Asp Ala Ala Asp Leu Gly
355 360 365
His Ser Arg Val Phe Ala Val Pro Leu Thr Ala Gly Asp Ser Tyr Val
370 375 380
Pro Lys Asn Ile Thr Asp Gln Gly Ser Val Ala Gly Phe Tyr Pro Leu
385 390 395 400
Pro Asp Gly Ser Val Leu Val Ser Asp Ser Lys Ile Trp Ser Ser Arg
405 410 415
Asp Ile His Thr Val Ser Gly Glu Gly Lys Gly Ser Thr Lys Val Tyr
420 425 430
Phe Gln Ala Asn Leu Ala Asp Ser Glu Leu Ala Gly Leu Ser Ser Ala
435 440 445
Asp Val Ser Glu Phe Tyr Tyr Ser Ser Asn Thr Thr Glu Asn Lys Gln
450 455 460
Gln Ala Trp Val Ile Arg Pro Ala Gly Phe Asp Ser Thr Lys Lys Tyr
465 470 475 480
Pro Leu Ala Phe Ile Thr His Gly Gly Pro Gln Gly Ala His Ser Asn
485 490 495
Thr Trp Ser Thr Arg Trp Asn Phe Lys Val Trp Ala Asp Gln Gly Tyr
500 505 510
Val Val Val Ala Pro Asn Pro Thr Ala Ser Thr Gly Phe Gly Gln Asn
515 520 525
Leu Thr Asp Ala Val Ser Gly Arg Trp Arg Thr Val Tyr Trp Asp Ile
530 535 540
Val His Ala Trp Glu Tyr Val Arg Asp Asn Leu Asp Tyr Val Asp Thr
545 550 555 560
Glu Asn Gly Ile Glu Ala Gly Ala Ser Phe Gly Gly Tyr Met Thr Asn
565 570 575
Tyr Ile Gln Gly Gln Pro Leu Gly Arg Glu Phe Lys Ala Leu Val Thr
580 585 590
His Asp Gly Val Thr Ser Thr Leu Asn Gln Tyr Ala Thr Asp Glu Leu
595 600 605
Trp Phe Met Asn His Asp Phe Asn Gly Pro Phe Asn Gln Ser Ser Asn
610 615 620
Glu Pro Gly Ser Pro Tyr Tyr Asp Trp Asn Pro Leu Arg Tyr Ile Asp
625 630 635 640
Asn Trp Ala Thr Pro His Phe Val Ile His Asn Asp Leu Asp Tyr Arg
645 650 655
Leu Pro Val Ser Glu Gly Val Met Leu Phe Asn Leu Leu Gln Val Lys
660 665 670
Gly Val Pro Ser Lys Phe Leu Asn Phe Pro Asp Glu Asn His Trp Val
675 680 685
Thr Lys Pro Glu Asn Ser Leu Val Trp His Thr Glu Ile Phe Asn Phe
690 695 700
Ile Asn Tyr Tyr Ser Gly Val Asp Asn Ser Thr Ser Pro Phe
705 710 715
Claims (2)
1.稻瘟菌MODIP基因在降低稻瘟菌致病力中的应用,所述的稻瘟菌MODIP基因,其核苷酸序列如SEQ ID NO.1的第127-2547位所示。
2.根据权利要求1所述的应用,其特征在于,为所述的稻瘟菌MODIP基因在降低稻瘟菌对水稻的致病力中的应用。
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