CN108546761B - 一种用于口腔鳞癌***转移预测的检测试剂盒 - Google Patents

一种用于口腔鳞癌***转移预测的检测试剂盒 Download PDF

Info

Publication number
CN108546761B
CN108546761B CN201810415762.6A CN201810415762A CN108546761B CN 108546761 B CN108546761 B CN 108546761B CN 201810415762 A CN201810415762 A CN 201810415762A CN 108546761 B CN108546761 B CN 108546761B
Authority
CN
China
Prior art keywords
squamous cell
gene
oral squamous
detection kit
cell carcinomas
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Active
Application number
CN201810415762.6A
Other languages
English (en)
Other versions
CN108546761A (zh
Inventor
曹巍
陈万涛
邹欣
冯芝恩
吴坤
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Ninth Peoples Hospital Shanghai Jiaotong University School of Medicine
Original Assignee
Ninth Peoples Hospital Shanghai Jiaotong University School of Medicine
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Ninth Peoples Hospital Shanghai Jiaotong University School of Medicine filed Critical Ninth Peoples Hospital Shanghai Jiaotong University School of Medicine
Priority to CN201810415762.6A priority Critical patent/CN108546761B/zh
Publication of CN108546761A publication Critical patent/CN108546761A/zh
Application granted granted Critical
Publication of CN108546761B publication Critical patent/CN108546761B/zh
Active legal-status Critical Current
Anticipated expiration legal-status Critical

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/118—Prognosis of disease development
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/158—Expression markers

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Hospice & Palliative Care (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Oncology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

本发明涉及基因检测技术领域，公开了一种用于口腔鳞癌***转移预测的检测试剂盒，包括7种基因：PDGFRA、PLAU、SOX9、SPP1、CDKN2A、CASP1、MAL的上、下游引物序列。本发明还公开了一种筛选用于口腔鳞癌***转移预测的基因或基因组合的方法。本发明的检测试剂盒，能客观、准确、灵敏地预测口腔鳞癌***转移情况，从而有助于提高口腔鳞癌患者生存率。

Description

一种用于口腔鳞癌***转移预测的检测试剂盒
技术领域
本发明涉及基因检测技术领域，尤其涉及一种用于口腔鳞癌***转移预测的检测试剂盒。
背景技术
口腔鳞癌是口腔颌面部最为常见的恶性肿瘤之一，晚期口腔鳞癌5年生存率低，其中***转移是口腔鳞癌患者生存预测的独立预测指标。提高口腔鳞癌患者***转移预测水平，是临床上提高口腔鳞癌患者生存率的主要方式之一。
目前口腔鳞癌***转移预测仍然依赖于影像学和临床专科医师检测。由于医师专业水平存在地域及培训教育水平等方面的差异，临床上***转移预测准确性和特异性都不高。
随着精准医学的发展，以分子分型诊断的技术越来越受到重视。目前最为成熟的分子分型诊断技术是使用即时聚合酶链式反应(Real-time Polymerase Chain Reaction)技术检测基因表达，来作为生物分子标志物(基因或基因组合)，主要是利用其高通量的特征，既保证了检测过程的可靠准确，也提高了检测结果的可信度，且这类预测基因在人体其他部位恶性肿瘤中多有报道，但在口腔鳞癌中未见报道。
目前主流筛选候选标志基因分子的手段一般是高通量方法初筛，然后再用即时聚合酶链式反应进行验证，方法稳定，技术上比较成熟，但也容易出现一些假阳性结果；利用探针法检测候选基因分子，在提升检测特异性的同时，也会降低实验灵敏度，一定程度上会存在漏诊率，且不同批次样本与实验试剂之间也会存在一些差异，而影响结果。人体是一个复杂的体系，单一基因预测存在一定的误诊及漏诊率，只有检测出肿瘤来源的基因，并对其进行分析才能更好的诊断和预测。
因此，为提高口腔鳞癌患者***转移预测的准确性和特异性，本领域的技术人员致力于寻找用于口腔鳞癌***转移预测的生物分子标志物(基因或基因组合)，开发出一种能用于口腔鳞癌***转移预测的检测试剂盒。
发明内容
有鉴于现有技术的上述缺陷，本发明所要解决的技术问题是确定能预测口腔鳞癌患者***转移的生物分子标志物(基因或基因组合)，开发出一种能用于口腔鳞癌***转移预测的检测试剂盒，提高口腔鳞癌患者***转移预测的准确性和特异性。
为实现上述目的，本发明提供了一种能用于口腔鳞癌***转移预测的检测试剂盒，包括7种基因：PDGFRA、PLAU、SOX9、SPP1、CDKN2A、CASP1、MAL的上、下游引物序列。
进一步地，还包括以下基因的引物，所述以下基因选自：p21、CYP3A5、IER3、IGFBP5、TFPI2、CTSL1、TGM3、FOS、CCNG2、IL1RN、STAT1、Nexin、MMP1、NMU、Integrina6中任意一一种、两种或两种以上。
进一步地，还包括作为内参照的管家基因的引物。
进一步地，所述管家基因为β-actin。
进一步地，还包括：总RNA抽提试剂、和/或PCR反转录试剂、和/或PCR定量试剂。
进一步地，所述总RNA抽提试剂包括TRIzol试剂。
本发明还提供了一种筛选用于口腔鳞癌***转移预测的基因或基因组合的方法，包括以下步骤：
步骤一、筛选出口腔鳞癌相关差异表达基因，合成所述口腔鳞癌相关差异表达基因的引物并制成检测试剂盒，所述口腔鳞癌相关差异表达基因包括：PDGFRA、PLAU、SOX9、SPP1、CDKN2A、CASP1、MAL；
步骤二、分别采集口腔鳞癌***转移阳性、阴性患者的肿瘤组织，利用步骤一制成的检测试剂盒定量检查肿瘤组织中所述口腔鳞癌相关差异表达基因的表达水平，其中检验过程中基因扩增的反应条件一致且退火温度均为60℃；
步骤三、选出***转移相关候选基因，入选条件为：基因在肿瘤组织中表达水平，按有/无***转移分组后差异倍数≥±1.5和t检验P＜0.05确定；
步骤四、对所述候选基因单独及不同组合方式应用ROC曲线分析和逐步logistic回归分析，确定口腔鳞癌***转移预测的基因或者基因组合。
进一步地，在步骤一中，筛选所述口腔鳞癌相关差异表达基因的方法包括：对原发性口腔鳞癌肿瘤组织和配对的自体正常组织进行基因表达谱芯片检测，通过统计学方法筛选获得口腔鳞癌相关差异表达基因；和/或从与口腔鳞癌相关的基因表达谱芯片研究文献中筛选获得口腔鳞癌相关差异表达基因。
本发明还提供了PDGFRA、PLAU、SOX9、SPP1、CDKN2A、CASP1、MAL基因组合在制备用于口腔鳞癌***转移预测的检测试剂盒中的应用。
本发明还提供了PDGFRA、PLAU、SOX9、SPP1、CDKN2A、CASP1、MAL和以下基因的基因组合在制备用于口腔鳞癌***转移预测的检测试剂盒中的应用，所述以下基因选自：p21、CYP3A5、IER3、IGFBP5、TFPI2、CTSL1、TGM3、FOS、CCNG2、IL1RN、STAT1、Nexin、MMP1、NMU、Integrina6中任意一一种、两种或两种以上。
与现有技术相比：本发明是首次提出的用于口腔鳞癌***转移预测的检测试剂盒，能客观、准确、灵敏地预测口腔鳞癌***转移情况，从而有助于提高口腔鳞癌患者生存率。
以下将结合附图对本发明的构思、具体实施及产生的技术效果作进一步说明，以充分地了解本发明的目的、特征和效果。
附图说明
图1是本具体实施方式中PDGFRA+PLAU+SOX9+SPP1+CDKN2A+CASP1+MAL基因组合的ROC曲线。
具体实施方式
以下参考说明书附图介绍本发明的优选实施例，使其技术内容更加清楚和便于理解。本发明可以通过许多不同形式的实施例来得以体现，本发明的保护范围并非仅限于文中提到的实施例。
本实施例中试剂盒，包括总RNA(核糖核酸)抽提试剂(厂家：赛默飞世尔科技(中国)有限公司，货号：15596018)、PCR反转录试剂(厂家：赛默飞世尔科技(中国)有限公司，货号：4374967)、PCR定量试剂(厂家：赛默飞世尔科技(中国)有限公司，货号：11736059)。试剂盒还包括，应用Primer 5.0软件设计的下述78个口腔鳞癌相关差异表达基因的上、下游引物序列，选择β-actin管家基因作为内参照，所有引物均由上海生工生物有限公司合成。
对采集到的200mg人新鲜组织采用TRIzol试剂(厂家：Invitrogen公司)进行总RNA抽提，将抽提得到的总RNA利用带有核糖核酸酶抑制剂的High-Capacity cDNA ReverseTranscription Kit(译名：高容量cDNA逆转录试剂盒，厂家：赛默飞世尔科技(中国)有限公司，货号：4374967)进行反转录。
对Real-time PCR条件进行优化：要求所有基因扩增的反应条件一致且退火温度均为60℃。这一步是本试剂盒的关键步骤之一，这一步利用退火温度的一致性，大大提高了试剂盒检测过程中的特异性。
将反转录得到的样本，进行探针法定量PCR反应，得到口腔鳞癌相关基因的相对表达值，进行统计分析。
本实施例中试剂盒的具体制备过程还包括：
(1)筛选口腔鳞癌相关差异表达基因
通过对22例原发性口腔鳞癌组织和配对的自体正常组织进行Affymetrix HU95基因表达谱芯片(芯片生产者为美国Affymetrix公司)检测和7种统计学方法(T-test，Wilcoxon rank-sum,paired t-test,Significant Analysis of Microaary,PredictParameter Value function of Gene Spring software,Mininum Distance to ModalRanking,WEighted Punishment on Overlap)筛选获得了口腔鳞癌差异基因表达谱，结合临床肿瘤标本在基因转录和蛋白水平上验证确定了38个口腔鳞癌相关差异表达基因。
再采用“微阵列分析(microarray analysis)”和“头颈鳞癌(head and necksquamous cell carcinoma)”或“口腔鳞癌(oral squamous cell carcinoma)”为主题词在美国国立生物信息中心网站上的公众数据库(Pubmed)中检索查阅了2000-2018年期间报道的与口腔鳞癌密切相关的基因表达谱芯片研究文献42篇。与上述38个口腔鳞癌相关差异基因相对比并查找新的口腔鳞癌相关基因。查找文献中口腔鳞癌差异基因具体标准为：①4篇以上文献报道该基因是口腔鳞癌相关差异表达基因，且该基因在所有文献中升高或降低趋势一致；②在表达谱芯片中，该基因的肿瘤相对于正常组织表达的差异倍数大于2倍和P＜0.05。最终筛选到78个口腔鳞癌相关差异表达基因，其中上调基因45个，下调基因33个。这些基因分布于各种肿瘤相关信号通路，GO分类发现这些基因广泛参与各项重要生理功能调控，包括免疫反应、炎症反应、生长发育、周期调控、细胞骨架、应激反应、细胞凋亡、细胞增殖调控和细胞黏附等。
应用Primer 5.0软件设计这78个口腔鳞癌相关差异表达基因上、下游引物序列，选择β-actin管家基因作为内参照，所有引物均由上海生工生物有限公司合成。
(2)选出口腔鳞癌***转移相关的候选基因
收集120例口腔鳞癌患者的新鲜肿瘤组织，其中***转移阳性患者64例；阴性53例；缺失3例。在基因扩增的反应条件一致且退火温度均为60℃情况下，通过qRT-PCR技术(即时定量PCR)检测这120例口腔鳞癌患者肿瘤组织中上述78个口腔鳞癌相关差异表达基因的表达水平，并筛选出与***转移相关基因。***转移相关基因入选条件为：基因在肿瘤组织中表达水平(Log2-ΔCt值)，按有/无***转移分组后差异倍数≥±1.5和t检验P＜0.05确定。选出符合入选条件的候选基因共22个。
(3)确定口腔鳞癌***转移相关的预测基因
将这些符合条件的22个候选基因应用ROC曲线分析和逐步logistic回归分析结果的ROC曲线下面积(AUC)，对候选基因单独及不同组合方式的敏感性、特异性等进行比较分析，具体结果见表1。
表1
分析结果显示：“PDGFRA+PLAU+SOX9+SPP1+CDKN2A+CASP1+MAL”基因组合是预测***转移的最佳基因组合(或者生物标志物组合)，AUC：0.769，95％CI：0.675-0.846，cut-off值的敏感度为71.2％、特异度为74.5％，其中上调基因为PLAU、SPP1、CDKN2A、SOX9和PDGFRA；下调基因为CASP1和MAL，图1为“PDGFRA+PLAU+SOX9+SPP1+CDKN2A+CASP1+MAL”基因组合的ROC曲线。
以上详细描述了本发明的较佳具体实施例。应当理解，本领域的普通技术无需创造性劳动就可以根据本发明的构思作出诸多修改和变化。因此，凡本技术领域中技术人员依本发明的构思在现有技术的基础上通过逻辑分析、推理或者有限的实验可以得到的技术方案，皆应在由权利要求书所确定的保护范围内。

Claims (8)

1.PDGFRA、PLAU、SOX9、SPP1、CDKN2A、CASP1和MAL的基因组合在制备用于口腔鳞癌***转移预测的检测试剂盒中的应用。
2.PDGFRA、PLAU、SOX9、SPP1、CDKN2A、CASP1、MAL和以下基因的基因组合在制备用于口腔鳞癌***转移预测的检测试剂盒中的应用，所述以下基因选自：p21、CYP3A5、IER3、IGFBP5、TFPI2、CTSL1、TGM3、FOS、CCNG2、IL1RN、STAT1、Nexin、MMP1、NMU、Integrina6中任意一种、两种或两种以上。
3.如权利要求1所述的应用，其特征在于，所述检测试剂盒包括检测7种基因：PDGFRA、PLAU、SOX9、SPP1、CDKN2A、CASP1、MAL的上、下游引物序列。
4.如权利要求3所述的应用，其特征在于，所述检测试剂盒还包括检测以下基因的引物，所述以下基因选自：
p21、CYP3A5、IER3、IGFBP5、TFPI2、CTSL1、TGM3、FOS、CCNG2、IL1RN、STAT1、Nexin、MMP1、NMU、Integrina6中任意一种、两种或两种以上。
5.如权利要求3或4所述的应用，其特征在于，所述检测试剂盒还包括作为内参照的管家基因的引物。
6.如权利要求5所述的应用，其特征在于，所述管家基因为β-actin。
7.如权利要求3或4所述的应用，其特征在于，所述检测试剂盒还包括：总RNA抽提试剂、和/或PCR反转录试剂、和/或PCR定量试剂。
8.如权利要求7所述的应用，其特征在于，所述总RNA抽提试剂包括TRIzol试剂。
CN201810415762.6A 2018-05-03 2018-05-03 一种用于口腔鳞癌***转移预测的检测试剂盒 Active CN108546761B (zh)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN201810415762.6A CN108546761B (zh) 2018-05-03 2018-05-03 一种用于口腔鳞癌***转移预测的检测试剂盒

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN201810415762.6A CN108546761B (zh) 2018-05-03 2018-05-03 一种用于口腔鳞癌***转移预测的检测试剂盒

Publications (2)

Publication Number Publication Date
CN108546761A CN108546761A (zh) 2018-09-18
CN108546761B true CN108546761B (zh) 2019-08-13

Family

ID=63513456

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN201810415762.6A Active CN108546761B (zh) 2018-05-03 2018-05-03 一种用于口腔鳞癌***转移预测的检测试剂盒

Country Status (1)

Country Link
CN (1) CN108546761B (zh)

Families Citing this family (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN109738640B (zh) * 2019-01-18 2022-04-19 上海交通大学医学院附属第九人民医院 组合物及其试剂盒、生物芯片和应用
CN113278704A (zh) * 2021-07-22 2021-08-20 北京泱深生物信息技术有限公司 用于口腔鳞癌诊断的标志物及产品

Family Cites Families (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN1852974A (zh) * 2003-06-09 2006-10-25 密歇根大学董事会 用于治疗和诊断癌症的组合物和方法
CN101246169B (zh) * 2007-05-23 2012-07-25 四川大学 口腔鳞癌诊断试剂、试剂盒及防治药物
CN107356757B (zh) * 2017-07-05 2019-08-30 石河子大学 一种口腔鳞癌早期诊断试剂、试剂盒、检测方法及应用

Also Published As

Publication number Publication date
CN108546761A (zh) 2018-09-18

Similar Documents

Publication Publication Date Title
CN109478231A (zh) 帮助区别良性和恶性放射线照相明显肺结节的方法和组合物
CN105219844B (zh) 一种筛查十一种疾病的基因标志物组合、试剂盒以及疾病风险预测模型
CN104024436B (zh) 用于***癌分类的标志物基因
CN108531597A (zh) 一种用于口腔鳞癌早期诊断的检测试剂盒
CN106795565A (zh) 用于评估肺癌状态的方法
CN104046624B (zh) 用于肺癌预后的基因及其应用
CN108603887A (zh) 非酒精性脂肪肝疾病(nafld)和非酒精性脂肪性肝炎(nash)生物标记及其用途
US20170059581A1 (en) Methods for diagnosis and prognosis of inflammatory bowel disease using cytokine profiles
CN109371137A (zh) 检测食管癌患者血清中hsa_circ_0007986作为新型生物标记物方法及应用
JP2023524016A (ja) 結腸細胞増殖性障害を特定するためのｒｎａマーカと方法
CN115798712B (zh) 一种诊断待测者是否是乳腺癌的***以及生物标志物
US20230073731A1 (en) Gene expression analysis techniques using gene ranking and statistical models for identifying biological sample characteristics
CN108546761B (zh) 一种用于口腔鳞癌***转移预测的检测试剂盒
WO2021006279A1 (en) Data processing and classification for determining a likelihood score for breast disease
WO2015154715A1 (en) A method of diagnosis, prognosis or treatment of a cancer
US20220042106A1 (en) Systems and methods of using cell-free nucleic acids to tailor cancer treatment
CN108949969A (zh) 长链非编码rna在结直肠癌中的应用
WO2015079060A2 (en) Mirnas as advanced diagnostic tool in patients with cardiovascular disease, in particular acute myocardial infarction (ami)
US20220042109A1 (en) Methods of assessing breast cancer using circulating hormone receptor transcripts
CN105018585A (zh) 一种预测甲状腺肿瘤良恶性的试剂盒
CN111172285A (zh) 用于胰腺癌早期诊断和/或预后监测的miRNA组及其应用
EP2730922B1 (en) Method and system for detecting lymphosarcoma in cats using biomarkers
US20220042108A1 (en) Systems and methods of assessing breast cancer
US20240093306A1 (en) Micro rna liver cancer markers and uses thereof
TWI676688B (zh) 辨識細胞種類型之方法及系統

Legal Events

Date Code Title Description
PB01 Publication
PB01 Publication
SE01 Entry into force of request for substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination
GR01 Patent grant
GR01 Patent grant
EE01 Entry into force of recordation of patent licensing contract

Application publication date: 20180918

Assignee: Shanghai Nao Biotechnology Co.,Ltd.

Assignor: SHANGHAI NINTH PEOPLE'S HOSPITAL SHANGHAI JIAOTONG University SCHOOL OF MEDICINE

Contract record no.: X2022310000075

Denomination of invention: A detection kit for prediction of lymph node metastasis in oral squamous cell carcinoma

Granted publication date: 20190813

License type: Exclusive License

Record date: 20220824

EE01 Entry into force of recordation of patent licensing contract