CN108148920B - 辣椒细胞核雄性不育相关基因的功能型分子标记及其应用 - Google Patents

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Abstract

本发明公开了辣椒细胞核雄性不育相关基因的功能型分子标记及其应用。本发明所提供的特异引物对由用于扩增特异DNA片段的两条引物组成；所述特异DNA片段中具有辣椒基因组中引物InDel‑12F和引物InDel‑12R组成的引物对的靶序列；引物InDel‑12F为序列表的序列3所示的单链DNA分子，引物InDel‑12R为序列表的序列4所示的单链DNA分子。应用本发明提供的分子标记InDel‑12，能快速筛选出细胞核雄性不育的辣椒品种。本发明具有重要的理论意义和经济价值。

Description

辣椒细胞核雄性不育相关基因的功能型分子标记及其应用
技术领域
本发明属于植物分子育种领域，具体涉及辣椒细胞核雄性不育相关基因的功能型分子标记及其应用。
背景技术
辣椒(Capsicum annuum L.)为茄科(Solanaceae)辣椒属草本植物，别名番椒、海椒、辣茄、辣子等，是我国人民喜食、栽培面积最大的蔬菜种类之一。据统计，全球的辣椒种植面积已过5000万亩，年产量3700万吨，是世界上最大的调味料作物。在我国，辣椒种植以超过2000万亩，占世界辣椒面积的35％，占全国蔬菜面积的10％，仅次于全国大白菜的种植面积。辣椒的经济总产值超过700亿元，产值和效益位居蔬菜作物之首(中国蔬菜流通协会)。当前，我国主推的辣椒品种大多为杂种一代，辣椒杂种优势的利用具有重要的经济价值和社会价值。
辣椒杂种优势非常明显，利用雄性不育系制种可以省去人工去雄，有效地降低杂种种子生产成本，保证种子的纯度，并有利于保护知识产权。大多数蔬菜作物自然突变的雄性不育仅有一种遗传类型，但在辣椒上同时存在细胞核雄性不育型和核质互作不育型(即细胞质雄性不育型)，因此辣椒是研究植物雄性不育育性表达的试验材料。辣椒细胞质雄性不育(cytoplasmic male sterility，CMS)育性由细胞质和细胞核基因共同控制，可以育成100％不育的雄性不育系，使用较方便，但父本的恢复基因主要分布在小果型辣椒中，普遍栽培的大果型辣椒中恢复系较难找到，选育优良的杂交品种较困难。辣椒细胞核雄性不育(genic male sterility，GMS)育性仅受细胞核基因控制，不受细胞质影响，目前报道的大多为1对隐性核基因控制，只能育成雄性不育两用系，在制种时需拨除50％的可育株，但辣椒细胞核雄性不育育性较稳定，遗传简单便于利用，且普通的自交系均能使杂种的育性全部恢复，育种中父本来源广泛，便于育成优良的杂交品种。所以，对辣椒GMS育性基因进行精细定位，并解析细胞核雄性不育关键基因的分子机理，对提高辣椒雄性不育的育种效率，降低育种制种成本，促进辣椒杂种优势的利用具有重要的理论和应用价值。
目前，国内外还没有对辣椒GMS育性基因进行精细定位，也没有可以在育种工作中实用应用的分子标记，辣椒GMS两用系的选育和转育工作还是采用经典的回交育种方法，如果按一年二个世代，选育两用系的周期长达6-7年，如果能开发GMS相关的分子标记，则可使选育和转育时间缩短到3年，这样就可以显著地提高育种的效率。
发明内容
本发明所要解决的技术问题是提供用于鉴定待测辣椒是细胞核雄性可育还是细胞核雄性不育的分子标记。
为解决上述技术问题，本发明首先提供了特异引物对。
本发明所提供的特异引物对，可由用于扩增特异DNA片段的两条引物组成；所述特异DNA片段中具有辣椒基因组中引物InDel-12F和引物InDel-12R组成的引物对的靶序列；
所述引物InDel-12F可为如下a1)或a2)：
a1)序列表的序列3所示的单链DNA分子；
a2)将序列3经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列3具有相同功能的DNA分子；
所述引物InDel-12R可为如下a3)或a4)：
a3)序列表的序列4所示的单链DNA分子；
a4)将序列4经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列4具有相同功能的DNA分子。
所述特异引物对具体可由所述引物InDel-12F和所述引物InDel-12R组成。
所述特异引物对的功能可为如下b1)-b7)中的任一种：
b1)鉴定待测辣椒携带等位基因A和/或等位基因a；
b2)辅助筛选携带所述等位基因A且不携带所述等位基因a的辣椒品种；
b3)辅助筛选携带所述等位基因a且不携带所述等位基因A的辣椒品种；
b4)辅助筛选携带所述等位基因a且携带所述等位基因A的辣椒品种；
b5)辅助鉴定待测辣椒是否细胞核雄性可育；
b6)辅助筛选细胞核雄性不育的辣椒品种；
b7)辅助筛选细胞核雄性可育的辣椒品种。
所述特异引物对用于扩增下述与辣椒细胞核雄性可育相关的分子标记InDel-12。
本发明还保护一种试剂盒，包括上述任一所述特异引物对。
所述试剂盒中还可包括用于PCR扩增的常规试剂和/或用于基因组提取的常规试剂和/或用于琼脂糖凝胶电泳的常规试剂。
所述试剂盒的功能可为如下b1)-b7)中的任一种：
b1)鉴定待测辣椒携带等位基因A和/或等位基因a；
b2)辅助筛选携带所述等位基因A且不携带所述等位基因a的辣椒品种；
b3)辅助筛选携带所述等位基因a且不携带所述等位基因A的辣椒品种；
b4)辅助筛选携带所述等位基因a且携带所述等位基因A的辣椒品种；
b5)辅助鉴定待测辣椒是否细胞核雄性可育；
b6)辅助筛选细胞核雄性不育的辣椒品种；
b7)辅助筛选细胞核雄性可育的辣椒品种。
本发明还保护上述任一所述特异引物对或上述任一所述试剂盒的应用，可为如下b1)-b7)中的任一种：
b1)鉴定待测辣椒携带等位基因A和/或等位基因a；
b2)辅助筛选携带所述等位基因A且不携带所述等位基因a的辣椒品种；
b3)辅助筛选携带所述等位基因a且不携带所述等位基因A的辣椒品种；
b4)辅助筛选携带所述等位基因a且携带所述等位基因A的辣椒品种；
b5)辅助鉴定待测辣椒是否细胞核雄性可育；
b6)辅助筛选细胞核雄性不育的辣椒品种；
b7)辅助筛选细胞核雄性可育的辣椒品种。
本发明还保护与辣椒细胞核雄性可育相关的分子标记InDel-12，可为以待测辣椒的基因组DNA为模板，采用上述任一所述特异引物对扩增得到的DNA片段。所述分子标记InDel-12具体可为所述等位基因A和/或所述等位基因a。
本发明还保护所述分子标记InDel-12的应用，可为如下b5)-b7)中的任一种：
b5)辅助鉴定待测辣椒是否细胞核雄性可育；
b6)辅助筛选细胞核雄性不育的辣椒品种；
b7)辅助筛选细胞核雄性可育的辣椒品种。
应用所述分子标记InDel-12辅助鉴定待测辣椒是否细胞核雄性可育的方法如下：如果所述待测辣椒基因组中具有所述等位基因A、待测辣椒细胞核雄性可育；如果所述待测辣椒基因组中不具有所述等位基因A、待测辣椒细胞核雄性不育。
应用所述分子标记InDel-12辅助筛选细胞核雄性不育的辣椒品种的方法如下：如果所述待测辣椒基因组中不具有所述等位基因A、待测辣椒为候选的细胞核雄性不育的辣椒品种，否则待测辣椒不为候选的细胞核雄性不育的辣椒品种。
应用所述分子标记InDel-12辅助筛选细胞核雄性可育的辣椒品种的方法如下：如果所述待测辣椒基因组中具有所述等位基因A、待测辣椒为候选的细胞核雄性可育的辣椒品种，否则待测辣椒不为候选的细胞核雄性可育的辣椒品种。
所述等位基因A和/或所述等位基因a也属于本发明的保护范围。
本发明还保护所述等位基因A和/或所述等位基因a的应用，可为如下b5)-b7)中的任一种：
b5)辅助鉴定待测辣椒是否细胞核雄性可育；
b6)辅助筛选细胞核雄性不育的辣椒品种；
b7)辅助筛选细胞核雄性可育的辣椒品种。
本发明还保护一种检测待测辣椒是否细胞核雄性可育的方法，可包括如下步骤：检测待测辣椒的基因型为基因型MsMs、基因型Msms还是基因型msms，基因型MsMs或基因型Msms的辣椒细胞核雄性可育，基因型msms的辣椒细胞核雄性不育；
所述基因型MsMs为待测辣椒含有所述等位基因A且不含有所述等位基因a；所述基因型Msms为待测辣椒含有所述等位基因A和所述等位基因a；所述基因型msms为待测辣椒品种含有所述等位基因a且不含有所述等位基因A。
上述方法中，所述“检测待测辣椒的基因型为基因型MsMs、基因型Msms还是基因型msms”可为K1)或K2)：
K1)以待测辣椒的基因组DNA为模板，采用所述特异引物对进行PCR扩增，得到PCR扩增产物；如果所述PCR扩增产物中具有176bp的片段且不具有169bp的片段、待测辣椒的基因型为基因型MsMs，如果所述PCR扩增产物中具有176bp和169bp的片段、待测辣椒的基因型为基因型Msms，如果所述PCR扩增产物中具有169bp的片段且不具有176bp的片段、待测辣椒的基因型为基因型msms；
K2)以待测辣椒的基因组DNA为模板，采用所述特异引物对进行PCR扩增，然后进行测序；如果PCR扩增产物含有序列表中的序列5所示的核苷酸序列且不含有序列表中的序列6所示的核苷酸序列、待测辣椒的基因型为基因型MsMs，如果PCR扩增产物含有序列表中的序列5所示的核苷酸序列和序列表中的序列6所示的核苷酸序列、待测辣椒的基因型为基因型Msms，如果PCR扩增产物含有序列表中的序列6所示的核苷酸序列且不含有序列表中的序列5所示的核苷酸序列、待测辣椒的基因型为基因型msms。
本发明还保护一种检测待测辣椒携带所述等位基因A和/或所述等位基因a的方法，可为G1)或G2)：
G1)以待测辣椒的基因组DNA为模板，采用所述特异引物对进行PCR扩增，得到PCR扩增产物；如果所述PCR扩增产物中具有176bp的片段且不具有169bp的片段、待测辣椒携带所述等位基因A且不携带所述等位基因a，如果所述PCR扩增产物中具有176bp和169bp的片段、待测辣椒携带所述等位基因A和所述等位基因a，如果所述PCR扩增产物中具有169bp的片段且不具有176bp的片段、待测辣椒携带所述等位基因a且不携带所述等位基因A；
G2)以待测辣椒的基因组DNA为模板，采用所述特异引物对进行PCR扩增，然后进行测序；如果PCR扩增产物含有序列表中的序列5所示的核苷酸序列且不含有序列表中的序列6所示的核苷酸序列、待测辣椒携带所述等位基因A且不携带所述等位基因a，如果PCR扩增产物含有序列表中的序列5所示的核苷酸序列和序列表中的序列6所示的核苷酸序列、待测辣椒携带所述等位基因A和所述等位基因a，如果PCR扩增产物含有序列表中的序列6所示的核苷酸序列且不含有序列表中的序列5所示的核苷酸序列、待测辣椒携带所述等位基因a且不携带所述等位基因A。
上述任一所述等位基因A可为如下c1)或c2)或c3)或c4)：
c1)序列表中序列1所示的DNA分子；
c2)序列表中序列5所示的DNA分子；
c3)在严格条件下与c1)或c2)限定的DNA序列杂交且具有相同功能的DNA分子；
c4)与c1)或c2)限定的DNA序列具有90％以上同源性且具有相同功能的DNA分子。
上述任一所述等位基因a可为如下d1)或d2)或d3)或d4)：
d1)序列表中序列2所示的DNA分子；
d2)序列表中序列6所示的DNA分子；
d3)在严格条件下与d1)或d2)限定的DNA序列杂交且具有相同功能的DNA分子；
d4)与d1)或d2)限定的DNA序列具有90％以上同源性且具有相同功能的DNA分子。
上述任一所述辅助鉴定待测辣椒是否细胞核雄性可育具体可为辅助鉴定待测辣椒品种是否细胞核雄性可育。
本发明公开了与辣椒细胞核雄性可育相关的基因及其等位变异形式：等位基因A和等位基因a。在此基础上提供了鉴定等位基因A和等位基因a的特异引物对以及等位变异序列与辣椒是否细胞核雄性可育的关系。基因型MsMs或基因型Msms的辣椒细胞核雄性可育，基因型msms的辣椒细胞核雄性不育；所述基因型MsMs为待测辣椒含有所述等位基因A且不含有所述等位基因a；所述基因型Msms为待测辣椒含有所述等位基因A和所述等位基因a；所述基因型msms为待测辣椒品种含有所述等位基因a且不含有所述等位基因A。应用本发明提供的分子标记，能快速筛选出细胞核雄性可育的辣椒材料，从而加速辣椒新品种的育成步伐。本发明具有重要的理论意义和经济价值。
附图说明
图1为实施例1步骤二中A的实验结果。
图2为实施例2中步骤一的实验结果。
图3为实施例2中步骤二的实验结果。
具体实施方式
以下的实施例便于更好地理解本发明，但并不限定本发明。下述实施例中的实验方法，如无特殊说明，均为常规方法。下述实施例中所用的试验材料，如无特殊说明，均为自常规生化试剂商店购买得到的。以下实施例中的定量试验，均设置三次重复实验，结果取平均值。
辣椒细胞核不育两用系09C460AB和09C460A均记载于如下文献中：刘辰等.辣椒GMS育性相关候选基因的克隆和表达分析[J].中国农业科学，2014，47(16):3264-3276.0.
实施例1、分子标记InDel-12的开发和多态性检测
一、分子标记InDel-12的开发
1、统计定位群体中各个单株的花粉育性
以辣椒细胞核不育两用系09C460AB为试验材料(可育株和不育株为近等基因系)，获得1110个单株组成的定位群体。分别统计定位群体中各个单株的花粉育性。
2、分子标记InDel-12的开发
(1)取步骤1获得的定位群体的可育单株，混池，得到可育池。每个可育池的单株数为30株。
(2)取步骤1获得的定位群体的不育单株，混池，得到不育池。每个不育池的单株数为30株。
(3)将每个可育池或不育池进行重测序。
利用可育池和不育池的重测序结果定位候选基因。本发明的发明人在对大量序列分析的基础上，发现在辣椒细胞核不育两用系09C460AB中该候选基因存在两种等位变异形式：一种如序列表中序列1所示(命名为等位基因A)，一种如序列表中序列2所示(命名为等位基因a)。与等位基因A相比，等位基因a存在一个7bp缺失。7bp缺失核苷酸序列为5’-AAACTAA-3’。
基于该候选基因的两种等位变异形式，将辣椒细胞核不育两用系09C460AB分为两种基因型：基因型Msms(等位基因A和等位基因a杂合)和基因型msms(等位基因a纯合)。
(4)基于该候选基因的两种等位变异形式，开发分子标记InDel-12。
扩增分子标记InDel-12的核苷酸序列如下所示：
引物InDel-12F：5’-GCCTGAAGTTCAAGTGGCTC-3’(序列表中的序列3)；
引物InDel-12R：5’-CCACAGATGCAGTAACAAGCA-3’(序列表中的序列4)。
二、多态性检测
A、多态性检测一
1、采用改良CTAB法提取待测辣椒的基因组DNA。
2、以步骤1的基因组DNA为模板，用步骤一中引物InDel-12F和引物InDel-12R组成的引物对进行PCR扩增，得到PCR扩增产物。
PCR反应体系(20μL)：模板(含基因组DNA 100ng)1μL、10×Buffer(Takara公司的产品)2μL、dNTPs(Takara公司的产品)0.8μL、DNA聚合酶0.4μL、引物InDel-12F(10μmol/L)和引物InDel-12R(10μmol/L)各0.2μL和ddH2O 15.4μL。
PCR反应条件：94℃ 5min；94℃ 30s，55℃ 30s，72℃ 30s，32个循环；72℃ 5min。
3、取步骤2得到的PCR扩增产物(2μL)，进行7％非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测，硝酸银染色，根据染色结果进行如下判断：
如果PCR扩增产物的带型为带型A(显示一条带，为176bp)，则待测辣椒的基因型为基因型MsMs；
如果PCR扩增产物的带型为带型B(显示两条带，分别为176bp和169bp)，则待测辣椒的基因型为基因型Msms；
如果PCR扩增产物的带型为带型C(显示一条带，为169bp)，则待测辣椒的基因型为基因型msms。
待测辣椒为可育池或不育池时，实验结果见图1(M为DNA marker，F为可育池，S为不育池)。结果表明，分子标记InDel-12在两池间具有稳定的多态性，且该分子标记InDel-12所扩增出的条带清晰，在两池间差异明显。可育池的基因型为基因型Msms，不育池的基因型为基因型msms。
B、多态性检测二
1、同步骤A中1。
2、同步骤A中2。
3、将步骤2得到的PCR扩增产物进行测序，根据测序结果进行如下判断：
如果PCR扩增产物含有序列表中的序列5所示的核苷酸序列且不含有序列表中的序列6所示的核苷酸序列，则待测辣椒的基因型为基因型MsMs；
如果PCR扩增产物含有序列表中的序列5所示的核苷酸序列和序列表中的序列6所示的核苷酸序列，则待测辣椒的基因型为基因型Msms；
如果PCR扩增产物含有序列表中的序列6所示的核苷酸序列且不含有序列表中的序列5所示的核苷酸序列，则待测辣椒的基因型为基因型msms。
待测辣椒为可育池或不育池时，得到的实验结果与多态性检测一中的实验结果完全一致。
上述结果表明，步骤一开发的分子标记InDel-12具有较高的多态性。应用该分子标记可区分含有等位基因A纯合的辣椒材料、等位基因a纯合的辣椒材料、和、等位基因A和等位基因a杂合的辣椒材料。
三、遗传连锁分析
利用分子标记InDel-12分析定位群体的1110个单株的基因型，并结合定位群体的田间育性表型鉴定结果进行遗传连锁分析。
结果表明，分子标记InDel-12与辣椒细胞核雄性不育基因共分离，为一个基因标记。采用分子标记InDel-12检测待测辣椒的基因型，然后进行如下判断：
如果基因型为基因型MsMs或基因型Msms，待测辣椒的细胞核雄性可育；
如果基因型为基因型msms，待测辣椒的细胞核雄性不育。
实施例2、分子标记InDel-12的应用
一、应用一
待测辣椒为46份已知基因型为基因型MsMs的辣椒自交系和品种(见表1)。所有辣椒自交系和品种公众可以从中国农业大学园艺学院获得。
表1
Figure BDA0001513944040000081
Figure BDA0001513944040000091
1、按照实施例2中多态性检测一的方法对待测辣椒进行基因分型。
2、将待测辣椒样本种植于大田，常规田间管理，成熟后，观察花粉育性。
步骤1的实验结果见图2(M为DNA marker，F为可育池，S为不育池，其余为46份辣椒自交系和品种)。结果表明，待测辣椒的PCR扩增产物的带型均为带型A(显示一条带，为176bp)，待测辣椒的基因型均为基因型MsMs；预测待测辣椒的细胞核雄性可育。
步骤3的田间实验表明，待测辣椒的花粉育性均表现为可育。
结果表明，采用本发明提供的分子标记InDel-12检测待测辣椒是否细胞核雄性可育，检测结果与田间实验结果完全一致。
二、应用二
以09C460A为母本，上海圆C(记载与如下文献中：米志波，利用分子标记辅助选择辣椒胞质雄性不育恢复基因，中国农业大学硕士毕业论文，2014)为父本进行杂交，得到杂交F1；然后杂交F1进行自交，得到510个F2群体。将这510个F2群体作为待测辣椒，进行下述实验。
1、按照实施例2中多态性检测一的方法对待测辣椒进行基因分型。
部分实验结果见图3(M为DNA marker，F为可育池，S为不育池，其余为部分F2群体)。结果表明，510个F2群体的基因型为基因型MsMs、基因型Msms或基因型msms，基因型MsMs或基因型Msms的待测辣椒(共380株)的细胞核雄性可育，基因型msms的待测辣椒(共130株)的细胞核雄性不育。
2、将待测辣椒种植于大田，常规田间管理，成熟后，观察花粉育性。
实验结果见表2。
表2
可育株 不育株 预期分离比 χ2-test
380 130 3:1 0.065
结果表明，采用本发明提供的分子标记InDel-12检测待测辣椒是否细胞核雄性可育，检测结果与田间实验结果完全一致。
上述结果表明，检测待测辣椒的基因型，基因型MsMs或基因型Msms的辣椒细胞核雄性可育，基因型msms的辣椒细胞核雄性不育。因此，采用实施例1开发的分子标记InDel-12可以筛选细胞核雄性可育的辣椒品种或细胞核雄性不育的辣椒品种。
<110> 中国农业大学
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atgtctgaag aaagggaagt aagagggaga acagataaaa ggaagacaat tgatggtgaa 120
gttaaagaat acaaatccaa gaaccttaat gctgagagaa agaggcgtca aaaacttagt 180
gaaaggctac ttgaattgcg ctcattagtc ccaaacatta caaatatgac aaaagaaacc 240
ataatcactg atgccatcac ttacattagg gagctacaaa caaatgtgga ctacctaagc 300
gagcagcttc ttgaaatgga ggcaactcat gcagaacaat tggagacaaa aaatgaagtg 360
attatcgata ctgcagagga tatgggtaaa tggggcatag agcctgaagt tcaagtggct 420
cacattggtc caactaagct ttggataaaa atagtctgcc agaagaaaag aggtggattt 480
actaaactaa tggagacaat gaatgttctt ggatttgatc ttaatgacac cagtgtcact 540
gcctccagag gagctctgct tgttactgca tctgtggagg tggttcgcgg tggactaaat 600
gaagctaatc aaatcagaga gatcttgctg gagatcatcc gcggaatcta g 651
<210> 2
<211> 644
<212> DNA
<213> 辣椒（Capsicum annuum L.）
<400> 2
atggtcgtaa ttaagtgtgg taaaatggaa ttccccaaga gcccatttga tgattcacac 60
atgtctgaag aaagggaagt aagagggaga acagataaaa ggaagacaat tgatggtgaa 120
gttaaagaat acaaatccaa gaaccttaat gctgagagaa agaggcgtca aaaacttagt 180
gaaaggctac ttgaattgcg ctcattagtc ccaaacatta caaatatgac aaaagaaacc 240
ataatcactg atgccatcac ttacattagg gagctacaaa caaatgtgga ctacctaagc 300
gagcagcttc ttgaaatgga ggcaactcat gcagaacaat tggagacaaa aaatgaagtg 360
attatcgata ctgcagagga tatgggtaaa tggggcatag agcctgaagt tcaagtggct 420
cacattggtc caactaagct ttggataaaa atagtctgcc agaagaaaag aggtggattt 480
acttggagac aatgaatgtt cttggatttg atcttaatga caccagtgtc actgcctcca 540
gaggagctct gcttgttact gcatctgtgg aggtggttcg cggtggacta aatgaagcta 600
atcaaatcag agagatcttg ctggagatca tccgcggaat ctag 644
<210> 3
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223>
<400> 3
gcctgaagtt caagtggctc 20
<210> 4
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223>
<400> 4
ccacagatgc agtaacaagc a 21
<210> 5
<211> 176
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223>
<400> 5
gcctgaagtt caagtggctc acattggtcc aactaagctt tggataaaaa tagtctgcca 60
gaagaaaaga ggtggattta ctaaactaat ggagacaatg aatgttcttg gatttgatct 120
taatgacacc agtgtcactg cctccagagg agctctgctt gttactgcat ctgtgg 176
<210> 6
<211> 169
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223>
<400> 6
gcctgaagtt caagtggctc acattggtcc aactaagctt tggataaaaa tagtctgcca 60
gaagaaaaga ggtggattta cttggagaca atgaatgttc ttggatttga tcttaatgac 120
accagtgtca ctgcctccag aggagctctg cttgttactg catctgtgg 169

Claims (4)

1.特异引物对或包括特异引物对的试剂盒的应用，为如下b1）-b7）中的任一种：
b1）鉴定待测辣椒携带等位基因A和/或等位基因a；
b2）辅助筛选携带所述等位基因A且不携带所述等位基因a的辣椒品种；
b3）辅助筛选携带所述等位基因a且不携带所述等位基因A的辣椒品种；
b4）辅助筛选携带所述等位基因a且携带所述等位基因A的辣椒品种；
b5）辅助鉴定待测辣椒是否细胞核雄性可育；
b6）辅助筛选细胞核雄性不育的辣椒品种；
b7）辅助筛选细胞核雄性可育的辣椒品种；
所述等位基因A为如下c2）：
c2）序列表中序列5所示的DNA分子；
所述等位基因a为如下d2）：
d2）序列表中序列6所示的DNA分子；
所述特异引物对由引物InDel-12F和引物InDel-12R组成；
所述引物InDel-12F为序列表的序列3所示的单链DNA分子；
所述引物InDel-12R为序列表的序列4所示的单链DNA分子。
2.检测权利要求1中所述等位基因A和所述等位基因a的基因型的试剂的应用，为如下b5）-b7）中的任一种：
b5）辅助鉴定待测辣椒是否细胞核雄性可育；
b6）辅助筛选细胞核雄性不育的辣椒品种；
b7）辅助筛选细胞核雄性可育的辣椒品种。
3.一种检测待测辣椒是否细胞核雄性可育的方法，包括如下步骤：检测待测辣椒的基因型为基因型MsMs、基因型Msms还是基因型msms，基因型MsMs或基因型Msms的辣椒细胞核雄性可育，基因型msms的辣椒细胞核雄性不育；
所述基因型MsMs为待测辣椒含有权利要求1中所述等位基因A且不含有所述等位基因a；所述基因型Msms为待测辣椒含有权利要求1中所述等位基因A和所述等位基因a；所述基因型msms为待测辣椒品种含有权利要求1中所述等位基因a且不含有所述等位基因A。
4.一种检测待测辣椒携带权利要求1中所述等位基因A和/或所述等位基因a的方法，为以待测辣椒的基因组DNA为模板，采用权利要求1中所述特异引物对进行PCR扩增，然后进行测序；
如果PCR扩增产物含有序列表中的序列5所示的核苷酸序列且不含有序列表中的序列6所示的核苷酸序列、待测辣椒携带所述等位基因A且不携带所述等位基因a，如果PCR扩增产物含有序列表中的序列5所示的核苷酸序列和序列表中的序列6所示的核苷酸序列、待测辣椒携带所述等位基因A和所述等位基因a，如果PCR扩增产物含有序列表中的序列6所示的核苷酸序列且不含有序列表中的序列5所示的核苷酸序列、待测辣椒携带所述等位基因a且不携带所述等位基因A。
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