发明内容
本发明的主要目的在于提供一种检测痕量混合人源DNA样本13个CODIS STR基因座的试剂、试剂盒与其应用,以克服现有技术中的不足。
为实现前述发明目的,本发明采用的技术方案包括:
本发明实施例提供了一种检测痕量混合人源DNA样本13个CODIS STR基因座的试剂,其包含针对13个CODIS STR基因座和1个性别基因座的扩增引物,其中,所述13个CODISSTR基因座分别为TPOX、D3S1358、FGA、D5S818、CSF1PO、D8S1179、D7S820、TH01、vWA、D13S317、D16S539、D18S51和D21S11,所述性别基因座为Amelogenin;所述扩增引物的序列分别如SEQ ID NO:1~SEQ ID NO:28所示。
在一些实施方案中,每个所述CODIS STR基因座和性别基因座各对应一对引物序列。
具体的,针对所述TPOX基因座扩增的上游引物和下游引物的序列分别如SEQ IDNO:1和SEQ ID NO:2所示,针对所述D3S1358基因座扩增的上游引物和下游引物的序列分别如SEQ ID NO:3和SEQ ID NO:4所示,针对所述FGA基因座扩增的上游引物和下游引物的序列分别如SEQ ID NO:5和SEQ ID NO:6所示,针对所述D5S818基因座扩增的上游引物和下游引物的序列分别如SEQ ID NO:7和SEQ ID NO:8所示,针对所述CSF1PO基因座扩增的上游引物和下游引物的序列分别如SEQ ID NO:9和SEQ ID NO:10所示,针对所述D8S1179基因座扩增的上游引物和下游引物的序列分别如SEQ ID NO:11和SEQ ID NO:12所示,针对所述D7S820基因座扩增的上游引物和下游引物的序列分别如SEQ ID NO:13和SEQ ID NO:14所示,针对所述TH01基因座扩增的上游引物和下游引物的序列分别如SEQ ID NO:15和SEQ IDNO:16所示,针对所述vWA基因座扩增的上游引物和下游引物的序列分别如SEQ ID NO:17和SEQ ID NO:18所示,针对所述D13S317基因座扩增的上游引物和下游引物的序列分别如SEQID NO:19和SEQ ID NO:20所示,针对所述D16S539基因座扩增的上游引物和下游引物的序列分别如SEQ ID NO:21和SEQ ID NO:22所示,针对所述D18S51基因座扩增的上游引物和下游引物的序列分别如SEQ ID NO:23和SEQ ID NO:24所示,针对所述D21S11基因座扩增的上游引物和下游引物的序列分别如SEQ ID NO:25和SEQ ID NO:26所示,针对所述Amelogenin基因座扩增的上游引物和下游引物的序列分别如SEQ ID NO:27和SEQ ID NO:28所示。
在一些实施方案中,每个所述CODIS STR基因座的扩增子范围小于270bp,优选为71~270bp。
本发明实施例还提供了一种检测痕量混合人源DNA样本13个CODIS STR基因座的试剂盒,其包括前述的检测痕量混合人源DNA样本13个CODIS STR基因座的试剂。
在一些实施方案中,所述试剂盒还包括PCR扩增检测的常规组件,所述PCR扩增检测的常规组件包括Taq DNA聚合酶、PCR反应缓冲液和超纯水。
进一步的,所述PCR反应缓冲液包括20~50mM氯化钾、pH值为8.0~9.2的50~100mM Tris-HCl、1.5~2.5mM镁离子、1.0~2.0mM脱氧核糖核苷三磷酸和2~10v/v%二甲基亚砜。
在一些实施例中,在所述试剂盒中,针对所述TPOX基因座扩增的上游引物和下游引物的浓度均为0.20~0.75μM,针对所述D3S1358基因座扩增的上游引物和下游引物的浓度均为0.20~0.50μM,针对所述FGA基因座扩增的上游引物和下游引物的浓度均为0.10~0.50μM,针对所述D5S818基因座扩增的上游引物和下游引物的浓度均为0.10~0.50μM,针对所述CSF1PO基因座扩增的上游引物和下游引物的浓度均为0.50~1.5μM,针对所述D8S1179基因座扩增的上游引物和下游引物的浓度均为1.0~3.0μM,针对所述D7S820基因座扩增的上游引物和下游引物的浓度均为0.50~1.0μM,针对所述TH01基因座扩增的上游引物和下游引物的浓度均为0.1~1.0μM,针对所述vWA基因座扩增的上游引物和下游引物的浓度均为0.10~1.0μM,针对所述D13S317基因座扩增的上游引物和下游引物的浓度均为1.0~2.0μM,针对所述D16S539基因座扩增的上游引物和下游引物的浓度均为1.0~3.0μM,针对所述D18S51基因座扩增的上游引物和下游引物的浓度均为0.10~1.0μM,针对所述D21S11基因座扩增的上游引物和下游引物的浓度均为0.50~1.5μM,针对所述Amelogenin基因座扩增的上游引物和下游引物的浓度均为1.0~1.5μM。
本发明实施例还提供了一种CODIS STR基因座复合扩增体系,其包括前述的检测痕量混合人源DNA样本13个CODIS STR基因座的试剂盒。
本发明实施例还提供了前述的检测痕量混合人源DNA样本13个CODIS STR基因座的试剂盒在制备用于检测痕量混合人源DNA样本13个CODIS STR基因座的方法的产品中的用途,所述的检测方法包括:
提供前述的试剂盒;
将待检测的人源DNA样品、13个CODIS STR基因座和1个性别基因座的扩增引物,以及PCR扩增检测的常规组件混合均匀,之后进行PCR扩增。
在一些实施方案中,所述PCR扩增的条件包括:
预变性,包括:在98℃温度条件下变性保温30s;
PCR循环,包括:
首先进行30~40个循环,每个循环包括:依次在98℃下变性保温10s,60℃退火保温30s,72℃延伸保温30s;
其后,在72℃下延伸保温10min。
在一些实施方案中,所述人源DNA样本包括来自于人类的唾液、毛发、血液、骨骼、牙齿、指甲、脱落细胞等中的任意一种,但不限于此。
本发明实施例还提供了前述的检测痕量混合人源DNA样本13个CODIS STR基因座的试剂或试剂盒或CODIS STR基因座复合扩增体系在法医个体识别、亲子鉴定或遗传学分析领域中的应用,例如,可以对案件中的痕量混合型和降解型DNA进行个体识别和身份鉴定。
与现有技术相比,本发明有益效果至少在于:
1)本发明所选择的13个CODIS STR基因座相互之间独立,且不存在连锁效应,体系中不存在非特异性扩增,这13个CODIS可以与现行的商业化试剂盒的基因座和公安部数据库相匹配,达到分析结果的适用性;
2)本发明提供了检测痕量混合人源DNA样本13个CODIS STR基因座的方法,可以对单个DNA分子进行扩增和检测,针对案件现场采集样本的普遍性质,本发明设计的复合扩增体系包含的所有STR基因座扩增子范围在71-270bp,在保证***效能的前提下,可以增加的降解/断裂的DNA模板的检出率,适用于检测含量低至3.3pg的DNA样本,可以对案件现场采集含量很低且降解非常严重以及多个个体的混合样本进行基因型分析,适用于案件现场多个样本混合的情况,解决了常规常染色体STR检测混合DNA样本时影子带的干扰,可广泛应用于法医个体识别、亲子鉴定以及其他群体遗传学分析等领域;
3)本发明使用单分子扩增方法,在根本上提高了检测限,可以检测到含量低至1拷贝的DNA分子。
具体实施方式
如前所述,鉴于现有技术的诸多缺陷,本案发明人经长期研究和大量实践,得以提出本发明的技术方案。
本发明要解决的其中一个问题为设计miniSTR分析技术的引物,使得13个CODIS位点的扩增产物在71-270bp之间,本发明的引物设计主要使用oligo 7和premier 5.0并用NCBI blast对特异性进行分析,设计过程中确保所有引物的退火温度在60℃左右,并用thermofisher primer analyzer在线工具对所设计引物之间的相互作用进行分析,确保引物之间的相互作用对体系的影响,对所有相互之间存在影响的引物进行重新设计。
本发明在所包含的13个位点TPOX、D3S1358、FGA、D5S818、CSF1PO、D8S1179、D7S820、TH01、vWA、D13S317、D16S539、D18S51和D21S11的核心序列上游和下游各设计一对引物,片段分布范围为71-270bp,扩增体系中包含上述设计的所有引物的混合物,且体系中不存在非特异性扩增。
具体的,本发明设计一个短串联重复序列的检测痕量混合人源DNA样本13个CODISSTR基因座的试剂,其中包含14对引物,可同时检测13个CODIS位点TPOX、D3S1358、FGA、D5S818、CSF1PO、D8S1179、D7S820、TH01、vWA、D13S317、D16S539、D18S51和D21S11,和一个性别位点Amelogenin。
所述引物分别为:
所述扩增TPOX的上游引物序列如SEQ ID NO1所示;
所述扩增TPOX的下游引物序列如SEQ ID NO2所示;
所述扩增D3S1358的上游引物序列如SEQ ID NO3所示;
所述扩增D3S1358的下游引物序列如SEQ ID NO4所示;
所述扩增FGA的上游引物序列如SEQ ID NO5所示;
所述扩增FGA的下游引物序列如SEQ ID NO6所示;
所述扩增D5S818的上游引物序列如SEQ ID NO7所示;
所述扩增D5S818的下游引物序列如SEQ ID NO8所示;
所述扩增CSF1PO的上游引物序列如SEQ ID NO9所示;
所述扩增CSF1PO的下游引物序列如SEQ ID NO10所示;
所述扩增D8S1179的上游引物序列如SEQ ID NO11所示;
所述扩增D8S1179的下游引物序列如SEQ ID NO12所示;
所述扩增D7S820的上游引物序列如SEQ ID NO13所示;
所述扩增D7S820的下游引物序列如SEQ ID NO14所示;
所述扩增TH01的上游引物序列如SEQ ID NO15所示;
所述扩增TH01的下游引物序列如SEQ ID NO16所示;
所述扩增vWA的上游引物序列如SEQ ID NO17所示;
所述扩增vWA的下游引物序列如SEQ ID NO18所示;
所述扩增D13S317的上游引物序列如SEQ ID NO19所示;
所述扩增D13S317的下游引物序列如SEQ ID NO20所示;
所述扩增D16S539的上游引物序列如SEQ ID NO21所示;
所述扩增D16S539的下游引物序列如SEQ ID NO22所示;
所述扩增D18S51的上游引物序列如SEQ ID NO23所示;
所述扩增D18S51的下游引物序列如SEQ ID NO24所示;
所述扩增D21S11的上游引物序列如SEQ ID NO25所示;
所述扩增D21S11的下游引物序列如SEQ ID NO26所示;
所述扩增Amelogenin的上游引物序列如SEQ ID NO27所示;
所述扩增Amelogenin的下游引物序列如SEQ ID NO28所示。
其中,本发明包含的STR位点信息如表1所示:
表1 本发明包含的STR位点信息
基因座 |
染色体定位 |
核心序列信息 |
TPOX |
2p25.3(1.472Mb) |
AATG |
CSF1PO |
5q33.1(149.436Mb) |
AGAT |
D3S1358 |
3p21.31(45.557Mb) |
TCTA Complex |
FGA |
4q28(155.866Mb) |
TTTC Complex |
D5S818 |
5q23.2(123.139Mb) |
AGAT |
D8S1179 |
8q24.13(125.976Mb) |
TCTA Complex |
D7S820 |
7q21.11(83.433Mb) |
GATA |
TH01 |
11p15.5(2.149Mb) |
AATG |
vWA |
12p13.31(5.963Mb) |
TCTA Complex |
D13S317 |
13q31.1(81.62Mb) |
TATC |
D16S539 |
16q24.1(84.944Mb) |
GATA |
D18S15 |
18q21.33(59.100Mb) |
AGAA |
D21S11 |
12q21.1(19.476Mb) |
TCTA Complex |
Amelogenin |
Xp22.1–22.3and Y |
NA |
本发明的检测痕量混合人源DNA样本13个CODIS STR基因座的试剂中的引物序列分别如下表2所示:
表2 引物序列
本发明所选择的13个CODIS STR基因座相互之间独立,且不存在连锁效应,体系中不存在非特异性扩增,这13个CODIS可以与现行的商业化试剂盒的基因座和公安部数据库相匹配,达到分析结果的适用性。
本发明实施例的另一个方面提供了一种检测痕量混合人源DNA样本13个CODISSTR基因座的试剂盒,其包括前述的检测痕量混合人源DNA样本13个CODIS STR基因座的试剂。
在一些实施例中,所述试剂盒还包括PCR扩增检测的常规组件,所述PCR扩增检测的常规组件包括Taq DNA聚合酶、PCR反应缓冲液和超纯水。
进一步的,所述PCR反应缓冲液包括20~50mM氯化钾、pH值为8.0~9.2的50~100mM Tris-HCl、1.5~2.5mM镁离子、1.0~2.0mM脱氧核糖核苷三磷酸(dNTP)和2~10v/v%二甲基亚砜(DMSO)。
在一些实施例中,在所述试剂盒中,针对所述TPOX基因座扩增的上游引物和下游引物的浓度均为0.20~0.75μM,针对所述D3S1358基因座扩增的上游引物和下游引物的浓度均为0.20~0.50μM,针对所述FGA基因座扩增的上游引物和下游引物的浓度均为0.10~0.50μM,针对所述D5S818基因座扩增的上游引物和下游引物的浓度均为0.10~0.50μM,针对所述CSF1PO基因座扩增的上游引物和下游引物的浓度均为0.50~1.5μM,针对所述D8S1179基因座扩增的上游引物和下游引物的浓度均为1.0~3.0μM,针对所述D7S820基因座扩增的上游引物和下游引物的浓度均为0.5~1.0μM,针对所述TH01基因座扩增的上游引物和下游引物的浓度均为0.10~1.0μM,针对所述vWA基因座扩增的上游引物和下游引物的浓度均为0.10~1.0μM,针对所述D13S317基因座扩增的上游引物和下游引物的浓度均为1.0~2.0μM,针对所述D16S539基因座扩增的上游引物和下游引物的浓度均为1.0~3.0μM,针对所述D18S51基因座扩增的上游引物和下游引物的浓度均为0.10~1.0μM,针对所述D21S11基因座扩增的上游引物和下游引物的浓度均为0.50~1.5μM,针对所述Amelogenin基因座扩增的上游引物和下游引物的浓度均为1.0~1.5μM。
本发明实施例的另一个方面提供了一种CODIS STR基因座复合扩增体系,其包括前述的检测痕量混合人源DNA样本13个CODIS STR基因座的试剂盒。
本发明实施例的另一个方面还提供了前述的试剂盒在制备用于检测痕量混合人源DNA样本13个CODIS STR基因座的方法的产品中的用途,所述的检测方法包括:
提供前述的检测痕量混合人源DNA样本13个CODIS STR基因座的试剂盒;
将待检测的人源DNA样品、13个CODIS STR基因座和1个性别基因座的扩增引物,以及PCR扩增检测的常规组件混合均匀,之后进行PCR扩增。
其中,所述扩增体系扩增时的反应条件为:
第一步:98℃变性30秒,第二步:98℃变性10秒,第三步:60℃退火30秒,第四步:72℃延伸30秒,重复第二步到第四步三十次,最后72℃延伸10分钟。
其中,所述适用于多种类型的人源DNA样本包括来自于人类的唾液、毛发、血液、骨骼、牙齿、指甲、脱落细胞等,但不限于此。
由于在同一PCR反应体系中存在28条引物的相互影响,为了达到PCR产物的均一性,对体系中的引物浓度Taq DNA聚合酶、dNTP、镁离子、缓冲液中一价阳离子的浓度、DMSO的加入量进行优化,确保体系最优。
优化后的各试剂加入量为Taq DNA聚合酶1U、50mM一价阳离子浓度、1.5mM镁离子、1.0mM脱氧核糖核苷三磷酸(dNTP)和2v/v%二甲基亚砜(DMSO)。
本发明的热循环参数优化:分别对预变性、变性、退火、延伸、终延伸的温度和时间进行优化,确保体系扩增效率最高,特异性最好。
本发明实施例还提供了前述的检测痕量混合人源DNA样本13个CODIS STR基因座的试剂或试剂盒或CODIS STR基因座复合扩增体系在法医个体识别、亲子鉴定或遗传学分析领域中的应用,例如,可以对案件中的痕量混合型和降解型DNA进行个体识别和身份鉴定。
以下结合若干较佳实施例对本发明的技术方案作进一步的解释说明,但其中的实验条件和设定参数不应视为对本发明基本技术方案的局限。并且本发明的保护范围不限于下述的实施例。
实施例1
1.样本采集:
来自公安局采集案件现场的混合脱落细胞擦拭物
2.DNA提取:
使用磁珠法对脱落细胞擦拭物进行提取
3.PCR体系构建:
将各个反应组分进行涡旋混匀后,短暂离心收集,配置成PCR反应混合液,分装PCR反应混合液,分装19μL到PCR反应管中,最后向反应体系中加入1μL的DNA溶液,涡旋混匀后,离心收集,液滴制作,Barcord标记放入PCR仪进行反应。
组分名称 |
加入体积 |
2 ⅹ PCR反应缓冲液 |
10μL |
5ⅹ引物组合 |
2μL |
Taq DNA 聚合酶 |
0.2μL |
DNA模板 |
1μL |
超纯水 |
6.8μL |
4.热循环参数
第一步:98℃变性30秒,第二步:98℃变性10秒,第三步:60℃退火30秒,第四步:72℃延伸30秒,重复第二步到第四步三十次,最后72℃延伸10分钟。
5.扩增产物纯化,涡旋磁珠和缓冲液,向20μL PCR产物中补加TE Buffer至40μL,加入72μL的磁珠,用移液器吹打10次,室温孵育5分钟,离心收集溶液后,放在磁力架上放置1分钟,弃掉上清,加入200μL新鲜配置的乙醇溶液,室温孵育30秒,弃掉上清,乙醇再洗一次,之后开盖室温晾干乙醇,加入40μL的超纯水,涡旋混匀30秒,室温孵育1分钟,离心收集溶液,放在磁力架上,收集上清至新的离心管中。
6.纯化后的文库进行在Illumina平台进行测序,稀释文库并使其变形,准备好要实用的预填充试剂,参考试剂制备指南,将文库混合液装到试剂盒的制定槽内,在软件界面上设置参数,连接到BaseSpace,清洗并彻底干燥流动槽表面,装入流动槽,装入PR2瓶,装入试剂盒,启动运行。
7.生物信息分析,运行结束后,MiSeq Reporter分析软件会自动启动,以执行二级分析,包括对准和变异检出,用Sequencer进行数据读取处理和Barcode聚类,通过匹配扩增产物的引物序列进行分组,读取Barcode通过读取Barcode的特异序列进行聚类,随后通过主要文本和补充信息中的描述进行生物信息分析。
8.通过上述分析,得到了混合样本中的13个CODIS基因座以及性别位点的STR分型。通过与疑似犯罪嫌疑人的分型比对,找到了分型可以完全匹配的犯罪嫌疑人。
本实施例还通过其它业界习用方法验证了本发明试剂盒和检测方法的准确性,但本发明方法显然有更高的效率,可以对单个DNA分子进行扩增和检测,在保证***效能的前提下,可以增加的降解/断裂的DNA模板的检出率。
藉由上述技术方案,本发明所选择的13个CODIS STR基因座相互之间独立,且不存在连锁效应,可以与现行的商业化试剂盒的基因座和公安部数据库相匹配,达到分析结果的适用性;同时本发明可以对单个DNA分子进行扩增和检测,在保证***效能的前提下,可以增加的降解/断裂的DNA模板的检出率,可广泛应用于法医个体识别、亲子鉴定以及其他群体遗传学分析等领域。
最后,还需要说明的是,术语“包括”、“包含”或者其任何其他变体意在涵盖非排他性的包含,从而使得包括一系列要素的过程、方法、物品或者设备不仅包括那些要素,而且还包括没有明确列出的其他要素,或者是还包括为这种过程、方法、物品或者设备所固有的要素。
本领域技术人员应当理解,以上所述本发明的具体实施方式,并不构成对本发明保护范围的限定。任何根据本发明的技术构思所作出的各种其他相应的改变与变形,均应包含在本发明权利要求的保护范围内。