CN107034306B - 一组snp位点基因分型引物及其在小麦品种鉴定中的应用 - Google Patents
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Abstract
本发明公开了一组SNP位点基因分型引物及其在小麦品种鉴定中的应用。本发明提供了用于检测16个SNP位点的产品在小麦品种鉴定中的应用;所述16个SNP位点如表2所示。本发明还保护用于检测所述16个SNP位点的引物组合。本发明为小麦品种室内快速鉴定提供了技术支撑。
Description
技术领域
本发明涉及一组SNP位点基因分型引物及其在小麦品种鉴定中的应用。
背景技术
SNP(single nucleotide polymorphism),即单核苷酸多态性,具有分布密度高、遗传稳定性强、检测通量高、数据容易整合和标准化等特点,被认为是最有效DNA标记方法之一,在作物的品种鉴定中得到应用,也被国际植物新品种保护联盟(UPOV)被推荐作为品种鉴定和数据库构建的优选标记。目前针对SNP的分型检测方法有多种,不同的方法在检测通量及成本上差异较大,其中KASP分型法是比较经济适用的方法之一,具有位点扩展性性强、操作便捷、结果容易分析等特点,尤其适合大量样本的少量SNP位点的分析。
发明内容
本发明的目的是提供一组小麦SNP位点基因分型引物及其在小麦品种鉴定中的应用。
本发明提供了一种用于检测16个SNP位点的产品在小麦品种鉴定中的应用;
所述16个SNP位点如下所示:
第1个SNP位点:小麦基因组中序列表中序列1自5’端第51位核苷酸,该SNP为T/C多态;
第2个SNP位点:小麦基因组中序列表中序列2自5’端第51位核苷酸,该SNP为A/C多态;
第3个SNP位点:小麦基因组中序列表中序列3自5’端第51位核苷酸,该SNP为T/C多态;
第4个SNP位点:小麦基因组中序列表中序列4自5’端第51位核苷酸,该SNP为A/G多态;
第5个SNP位点:小麦基因组中序列表中序列5自5’端第51位核苷酸,该SNP为T/C多态;
第6个SNP位点:小麦基因组中序列表中序列6自5’端第51位核苷酸,该SNP为A/G多态;
第7个SNP位点:小麦基因组中序列表中序列7自5’端第51位核苷酸,该SNP为A/C多态;
第8个SNP位点:小麦基因组中序列表中序列8自5’端第51位核苷酸,该SNP为T/C多态;
第9个SNP位点:小麦基因组中序列表中序列9自5’端第51位核苷酸,该SNP为T/G多态;
第10个SNP位点:小麦基因组中序列表中序列10自5’端第51位核苷酸,该SNP为T/G多态;
第11个SNP位点:小麦基因组中序列表中序列11自5’端第51位核苷酸,该SNP为A/C多态;
第12个SNP位点:小麦基因组中序列表中序列12自5’端第51位核苷酸,该SNP为A/G多态;
第13个SNP位点:小麦基因组中序列表中序列13自5’端第51位核苷酸,该SNP为A/G多态;
第14个SNP位点:小麦基因组中序列表中序列14自5’端第51位核苷酸,该SNP为T/G多态;
第15个SNP位点:小麦基因组中序列表中序列15自5’端第51位核苷酸,该SNP为T/C多态;
第16个SNP位点:小麦基因组中序列表中序列16自5’端第51位核苷酸,该SNP为T/C多态。
所述“用于检测16个SNP位点的产品”为引物组合;所述引物探针组合由16个引物组组成;
引物组1由引物F1-1、引物F1-2和引物R1组成;所述引物F1-1为序列表的序列17所示的单链DNA分子;所述引物F1-2为序列表的序列18所示的单链DNA分子;所述引物R1为序列表的序列19所示的单链DNA分子;
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本发明还保护所述引物组合。
本发明还保护所述引物组合在小麦品种鉴定中的应用。
本发明还保护所述引物组合的试剂盒,所述试剂盒的用途为鉴定小麦品种。
本发明保护一种鉴定小麦品种的方法(方法甲),包括如下步骤:检测待测小麦品种在所述16个SNP位点上的基因型;根据基因型确定待鉴定小麦的品种。
本发明还保护一种鉴定小麦品种的方法(方法乙),包括如下步骤:提取待鉴定小麦品种的基因组DNA;利用所述引物组合对所述基因组DNA分别进行所述16个SNP位点的检测,从而获得待测小麦品种在所述16个SNP位点上的基因型数据;根据基因型数据确定待鉴定小麦的品种。
所述方法乙具体包括如下步骤:(1)提取待鉴定小麦品种的基因组DNA;(2)以步骤(1)得到的基因组DNA为模板,依次采用所述引物组合中的每个SNP位点对应的各条引物对模板进行KASP PCR扩增;(3)对步骤(2)得到的扩增的荧光信号进行收集和分析,获得待测小麦品种在所述16个SNP位点上的基因型数据,根据基因型数据确定待鉴定小麦的品种。
所述KASP PCR反应体系具体可为:PCR混合液(KASP 2×Master Mix)(英国Laboratory of the Government Chemist,货号:KBS-1016-002)2.5μL,正向引物1和正向引物2各0.2μL(终浓度0.2μM),反向引物0.3μL(终浓度0.3μM),模板0.5μL(DNA含量为25-50ng/μL),ddH2O 1.3μL,总体积5μL。
所述KASP PCR扩增可在ABI-ViiA7实时荧光定量PCR仪上进行,由仪器自带的ViiATM7Software v1.2.2软件对扩增的荧光信号进行收集和分析(参照软件使用说明书)。
本发明还保护一种用于鉴定小麦品种的试剂盒,包括权利要求所述引物组合及记载有所述方法乙的说明书。
以上任一所述小麦品种具体可为表1中所示的小麦品种。
本发明通过SNP芯片技术筛选出适合品种鉴定的多态性SNP位点,根据SNP位点DNA序列信息设计KASP分型引物,再利用KASP分型技术对44个审定小麦品种进行了鉴定分析,评价引物鉴别能力,构建了一组适合小麦品种鉴定SNP位点组合及快速分型方法,为小麦品种室内快速鉴定提供技术支撑。
附图说明
图1为44个小麦品种BS00074301_51位点的基因分型图。
图2为16个SNP位点对44个小麦品种遗传聚类分析结果图。
具体实施方式
以下的实施例便于更好地理解本发明,但并不限定本发明。下述实施例中的实验方法,如无特殊说明,均为常规方法。下述实施例中所用的试验材料,如无特殊说明,均为自常规生化试剂商店购买得到的。
实施例中的44个小麦品种见表1。表1中的所有品种均可从北京种子管理站农作物标准样品库获得。
表1 44个小麦品种及来源
实施例1、用于小麦品种鉴定的SNP位点的开发
取22个小麦常规种(编号1-22)和2个杂交种(编号7,8)及其亲本作为位点筛选材料,按照Illumina公司提供的基于光纤微珠芯片Infinium技术的操作流程进行,利用小麦Illumina 90K全基因组SNP芯片对这28个小麦品种进行分型鉴定,用IScan芯片扫描仪扫描分型结果,获得原始数据。用GenomeStudio软件进行数据分析,获得待测样品SNP位点的基因型数据。
结果显示,在81587个SNP位点中,平均数据获得率(Call rate值)为92.8%,其中16499个位点表现出多态性(表现为2或3种基因型),多态性位点比率为20.2%。根据多态性位点数据缺失率(低于5%)、重复性、信号强度、以及是否符合遗传规律,筛选出3467个SNP位点作为小麦品种鉴定的候选位点,并从中挑选16个基因型分布较为均匀(每种基因型比率不小于5%)的SNP位点(见表2)。
表2 SNP位点信息
实施例2、用于小麦品种鉴定的引物的开发
针对实施例1筛选得到的16个SNP位点设计引物,具体如表3所示。
每个SNP位点共有3个引物,包括正向引物1、正向引物2和反向引物。
表3中的各条引物在使用时均以工作液的形式加入至反应体系中,引物在工作液的浓度均为5μM。
实施例3、小麦品种鉴定
1、提取表1中各小麦品种的基因组DNA。
2、以步骤1得到的基因组DNA为模板,依次采用表3中每个SNP位点对应的各条引物对模板进行KASP PCR扩增。
KASP PCR反应体系(5μL):PCR混合液(KASP 2×Master Mix)(英国Laboratory ofthe Government Chemist,货号:KBS-1016-002)2.5μL,正向引物1和正向引物2各0.2μL(终浓度0.2μM),反向引物0.3μL(终浓度0.3μM),模板0.5μL(DNA含量为25-50ng/μL),ddH2O1.3μL。
扩增反应在ABI-ViiA7实时荧光定量PCR仪上进行,由ViiATM7Software v1.2.2对扩增的荧光信号进行收集和分析。采用PowerMarker 3.25软件计算SNP位点的多态性信息含量(PIC),NTSYS-pc Version 2.0软件计算品种间的遗传相似性系数并进行遗传聚类分析。
44个小麦品种在表2中编号为11的BS00074301_51位点的分型图如图1所示。遗传聚类分析结果如图2所示(图2中,右侧数字对应表1中的小麦品种编号)。结果显示16个SNP位点在这些品种中的平均数据获得率为98.6%,多态性信息量(PIC)变幅为0.34-0.375之间,平均为0.365(表2),均为中高度多态性信息引物。品种间遗传相似性系数介于0.167-0.96之间,平均遗传相似性系数为0.522,遗传聚类分析结果显示44个小麦品种之间至少有1个以上差异位点,说明该16个SNP位点组合具有较强的品种鉴别能力,能正确将44个小麦品种鉴别开,适合小麦品种鉴定。
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gaacttgggc gcatctggcc tggcgaccac ttctgtgtcg t 101
<210> 12
<211> 101
<212> DNA
<213> 小麦
<220>
<221> misc_feature
<222> (51)..(51)
<223> n is a or c
<400> 12
atttgggcga ttgtgataca ttccctggta gtttcaccag ctgcctagaa ntctattaag 60
tttgattttg ctatgctcgt tccagttgtt gatgcattgc a 101
<210> 13
<211> 101
<212> DNA
<213> 小麦
<220>
<221> misc_feature
<222> (51)..(51)
<223> n is a or g
<400> 13
ccctccctca tcggttgccg tccatactcg ttcttatgca tacaatacat ncttgctgca 60
aatgatttct ctcttataaa ctttagggtt aattctggtg g 101
<210> 14
<211> 101
<212> DNA
<213> 小麦
<220>
<221> misc_feature
<222> (51)..(51)
<223> n is g or t
<400> 14
ggctcaactg agattaattc tgttcggttc ttgtgctcat gcttgtctac ncctcagtat 60
ctccaccccg aggtagtcca cgacgccctg caccgcgacg t 101
<210> 15
<211> 101
<212> DNA
<213> 小麦
<220>
<221> misc_feature
<222> (51)..(51)
<223> n is c or t
<400> 15
attattccgt tcatgattct tgtttcgtga gcgcgattaa catatgttca nacatagata 60
gataatataa gacacagaga tcgatcggct caactgagat t 101
<210> 16
<211> 101
<212> DNA
<213> 小麦
<220>
<221> misc_feature
<222> (51)..(51)
<223> n is c or t
<400> 16
ctgctgcatt gctggcagaa ccgctggacg gtatttccga ccaccgcggt ntttgcctta 60
gcatgcatct cgcagacctt gtgacgccga tggtaatcct t 101
<210> 17
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223>
<400> 17
gaatttgcgg agcatccagg ca 22
<210> 18
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223>
<400> 18
aatttgcgga gcatccaggc g 21
<210> 19
<211> 27
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223>
<400> 19
ttccaatctt tggcaccata accactt 27
<210> 20
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223>
<400> 20
cttggtagtt tggttcgcct 20
<210> 21
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223>
<400> 21
ctcttggtag tttggttcgc cg 22
<210> 22
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223>
<400> 22
cacaaagcag caacaaacac gaccta 26
<210> 23
<211> 31
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223>
<400> 23
gatcattttc tagttcttga attgcaactt t 31
<210> 24
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223>
<400> 24
atcattttct agttcttgaa ttgcaacttc 30
<210> 25
<211> 29
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223>
<400> 25
acgcagagca atgcatactt ctaaagaaa 29
<210> 26
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223>
<400> 26
gtgtctcgtg tgcgacccca t 21
<210> 27
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223>
<400> 27
gtctcgtgtg cgaccccac 19
<210> 28
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223>
<400> 28
aagtaggtgt gtggaggcac acttt 25
<210> 29
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223>
<400> 29
caactccaag tggcagtgaa ggt 23
<210> 30
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223>
<400> 30
aactccaagt ggcagtgaag gc 22
<210> 31
<211> 27
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223>
<400> 31
gaggttaaca cttctcaaac cgaggta 27
<210> 32
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223>
<400> 32
aactaagggc tagcagttcc aca 23
<210> 33
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223>
<400> 33
actaagggct agcagttcca cg 22
<210> 34
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223>
<400> 34
ctccttcatg gttttcctct cagctt 26
<210> 35
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223>
<400> 35
atgtattgtc aaatacaaac acgccttaat 30
<210> 36
<211> 28
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223>
<400> 36
gtattgtcaa atacaaacac gccttaag 28
<210> 37
<211> 29
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223>
<400> 37
tgcagacgat tcatttggac tcagtaatt 29
<210> 38
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223>
<400> 38
ccgacgcatt atcttgtatg ttgca 25
<210> 39
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223>
<400> 39
cgacgcatta tcttgtatgt tgcg 24
<210> 40
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223>
<400> 40
agggcgtcaa accagggatg aaata 25
<210> 41
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223>
<400> 41
agcgagctag agaggaagtg aaat 24
<210> 42
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<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223>
<400> 42
gcgagctaga gaggaagtga aac 23
<210> 43
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223>
<400> 43
tcgctgtcca tcattcacct gctt 24
<210> 44
<211> 27
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223>
<400> 44
ccagattcca tagttctgat tcttcat 27
<210> 45
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223>
<400> 45
cagattccat agttctgatt cttcag 26
<210> 46
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223>
<400> 46
ttgccgggtg gatgtccgga at 22
<210> 47
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223>
<400> 47
cgcccaagtt catgtccgca t 21
<210> 48
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223>
<400> 48
cgcccaagtt catgtccgca g 21
<210> 49
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223>
<400> 49
cgtccagtaa gctgtgaaga aggaa 25
<210> 50
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223>
<400> 50
gtagtttcac cagctgccta gaaa 24
<210> 51
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223>
<400> 51
agtttcacca gctgcctaga ag 22
<210> 52
<211> 29
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223>
<400> 52
ctggaacgag catagcaaaa tcaaactta 29
<210> 53
<211> 29
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223>
<400> 53
ttataagaga gaaatcattt gcagcaagt 29
<210> 54
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<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223>
<400> 54
ataagagaga aatcatttgc agcaagc 27
<210> 55
<211> 29
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223>
<400> 55
cgtccatact cgttcttatg catacaata 29
<210> 56
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223>
<400> 56
gttcttgtgc tcatgcttgt ctact 25
<210> 57
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223>
<400> 57
cttgtgctca tgcttgtcta cg 22
<210> 58
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223>
<400> 58
ggactacctc ggggtggaga ta 22
<210> 59
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223>
<400> 59
cgtgagcgcg attaacatat gttcat 26
<210> 60
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223>
<400> 60
gtgagcgcga ttaacatatg ttcac 25
<210> 61
<211> 29
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223>
<400> 61
agccgatcga tctctgtgtc ttatattat 29
<210> 62
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223>
<400> 62
gtatttccga ccaccgcggt a 21
<210> 63
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223>
<400> 63
gtatttccga ccaccgcggt g 21
<210> 64
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223>
<400> 64
tctgcgagat gcatgctaag gcaaa 25
Claims (6)
1.引物组合,由16个引物组组成;
引物组1由引物F1-1、引物F1-2和引物R1组成;所述引物F1-1为序列表的序列17所示的单链DNA分子;所述引物F1-2为序列表的序列18所示的单链DNA分子;所述引物R1为序列表的序列19所示的单链DNA分子;
引物组2由引物F2-1、引物F2-2和引物R2组成;所述引物F2-1为序列表的序列20所示的单链DNA分子;所述引物F2-2为序列表的序列21所示的单链DNA分子;所述引物R2为序列表的序列22所示的单链DNA分子;
引物组3由引物F3-1、引物F3-2和引物R3组成;所述引物F3-1为序列表的序列23所示的单链DNA分子;所述引物F3-2为序列表的序列24所示的单链DNA分子;所述引物R3为序列表的序列25所示的单链DNA分子;
引物组4由引物F4-1、引物F4-2和引物R4组成;所述引物F4-1为序列表的序列26所示的单链DNA分子;所述引物F4-2为序列表的序列27所示的单链DNA分子;所述引物R4为序列表的序列28所示的单链DNA分子;
引物组5由引物F5-1、引物F5-2和引物R5组成;所述引物F5-1为序列表的序列29所示的单链DNA分子;所述引物F5-2为序列表的序列30所示的单链DNA分子;所述引物R5为序列表的序列31所示的单链DNA分子;
引物组6由引物F6-1、引物F6-2和引物R6组成;所述引物F6-1为序列表的序列32所示的单链DNA分子;所述引物F6-2为序列表的序列33所示的单链DNA分子;所述引物R6为序列表的序列34所示的单链DNA分子;
引物组7由引物F7-1、引物F7-2和引物R7组成;所述引物F7-1为序列表的序列35所示的单链DNA分子;所述引物F7-2为序列表的序列36所示的单链DNA分子;所述引物R7为序列表的序列37所示的单链DNA分子;
引物组8由引物F8-1、引物F8-2和引物R8组成;所述引物F8-1为序列表的序列38所示的单链DNA分子;所述引物F8-2为序列表的序列39所示的单链DNA分子;所述引物R8为序列表的序列40所示的单链DNA分子;
引物组9由引物F9-1、引物F9-2和引物R9组成;所述引物F9-1为序列表的序列41所示的单链DNA分子;所述引物F9-2为序列表的序列42所示的单链DNA分子;所述引物R9为序列表的序列43所示的单链DNA分子;
引物组10由引物F10-1、引物F10-2和引物R10组成;所述引物F10-1为序列表的序列44所示的单链DNA分子;所述引物F10-2为序列表的序列45所示的单链DNA分子;所述引物R10为序列表的序列46所示的单链DNA分子;
引物组11由引物F11-1、引物F11-2和引物R11组成;所述引物F11-1为序列表的序列47所示的单链DNA分子;所述引物F11-2为序列表的序列48所示的单链DNA分子;所述引物R11为序列表的序列49所示的单链DNA分子;
引物组12由引物F12-1、引物F12-2和引物R12组成;所述引物F12-1为序列表的序列50所示的单链DNA分子;所述引物F12-2为序列表的序列51所示的单链DNA分子;所述引物R12为序列表的序列52所示的单链DNA分子;
引物组13由引物F13-1、引物F13-2和引物R13组成;所述引物F13-1为序列表的序列53所示的单链DNA分子;所述引物F13-2为序列表的序列54所示的单链DNA分子;所述引物R13为序列表的序列55所示的单链DNA分子;
引物组14由引物F14-1、引物F14-2和引物R14组成;所述引物F14-1为序列表的序列56所示的单链DNA分子;所述引物F14-2为序列表的序列57所示的单链DNA分子;所述引物R14为序列表的序列58所示的单链DNA分子;
引物组15由引物F15-1、引物F15-2和引物R15组成;所述引物F15-1为序列表的序列59所示的单链DNA分子;所述引物F15-2为序列表的序列60所示的单链DNA分子;所述引物R15为序列表的序列61所示的单链DNA分子;
引物组16由引物F16-1、引物F16-2和引物R16组成;所述引物F16-1为序列表的序列62所示的单链DNA分子;所述引物F16-2为序列表的序列63所示的单链DNA分子;所述引物R16为序列表的序列64所示的单链DNA分子。
2.权利要求1所述的引物组合在小麦品种鉴定中的应用。
3.含有权利要求1所述的引物组合的试剂盒,所述试剂盒的用途为鉴定小麦品种。
4.一种鉴定小麦品种的方法,包括如下步骤:检测待测小麦品种在16个SNP位点上的基因型;根据基因型确定待鉴定小麦的品种;
所述16个SNP位点如下所示:
第1个SNP位点:小麦基因组中序列表中序列1自5’端第51位核苷酸,该SNP为T/C多态;
第2个SNP位点:小麦基因组中序列表中序列2自5’端第51位核苷酸,该SNP为A/C多态;
第3个SNP位点:小麦基因组中序列表中序列3自5’端第51位核苷酸,该SNP为T/C多态;
第4个SNP位点:小麦基因组中序列表中序列4自5’端第51位核苷酸,该SNP为A/G多态;
第5个SNP位点:小麦基因组中序列表中序列5自5’端第51位核苷酸,该SNP为T/C多态;
第6个SNP位点:小麦基因组中序列表中序列6自5’端第51位核苷酸,该SNP为A/G多态;
第7个SNP位点:小麦基因组中序列表中序列7自5’端第51位核苷酸,该SNP为A/C多态;
第8个SNP位点:小麦基因组中序列表中序列8自5’端第51位核苷酸,该SNP为T/C多态;
第9个SNP位点:小麦基因组中序列表中序列9自5’端第51位核苷酸,该SNP为T/G多态;
第10个SNP位点:小麦基因组中序列表中序列10自5’端第51位核苷酸,该SNP为T/G多态;
第11个SNP位点:小麦基因组中序列表中序列11自5’端第51位核苷酸,该SNP为A/C多态;
第12个SNP位点:小麦基因组中序列表中序列12自5’端第51位核苷酸,该SNP为A/G多态;
第13个SNP位点:小麦基因组中序列表中序列13自5’端第51位核苷酸,该SNP为A/G多态;
第14个SNP位点:小麦基因组中序列表中序列14自5’端第51位核苷酸,该SNP为T/G多态;
第15个SNP位点:小麦基因组中序列表中序列15自5’端第51位核苷酸,该SNP为T/C多态;
第16个SNP位点:小麦基因组中序列表中序列16自5’端第51位核苷酸,该SNP为T/C多态。
5.一种鉴定小麦品种的方法,包括如下步骤:提取待鉴定小麦品种的基因组DNA;利用权利要求1所述的引物组合对所述基因组DNA分别进行16个SNP位点的检测,从而获得待测小麦品种在所述16个SNP位点上的基因型数据;根据基因型数据确定待鉴定小麦的品种;
所述16个SNP位点如下所示:
第1个SNP位点:小麦基因组中序列表中序列1自5’端第51位核苷酸,该SNP为T/C多态;
第2个SNP位点:小麦基因组中序列表中序列2自5’端第51位核苷酸,该SNP为A/C多态;
第3个SNP位点:小麦基因组中序列表中序列3自5’端第51位核苷酸,该SNP为T/C多态;
第4个SNP位点:小麦基因组中序列表中序列4自5’端第51位核苷酸,该SNP为A/G多态;
第5个SNP位点:小麦基因组中序列表中序列5自5’端第51位核苷酸,该SNP为T/C多态;
第6个SNP位点:小麦基因组中序列表中序列6自5’端第51位核苷酸,该SNP为A/G多态;
第7个SNP位点:小麦基因组中序列表中序列7自5’端第51位核苷酸,该SNP为A/C多态;
第8个SNP位点:小麦基因组中序列表中序列8自5’端第51位核苷酸,该SNP为T/C多态;
第9个SNP位点:小麦基因组中序列表中序列9自5’端第51位核苷酸,该SNP为T/G多态;
第10个SNP位点:小麦基因组中序列表中序列10自5’端第51位核苷酸,该SNP为T/G多态;
第11个SNP位点:小麦基因组中序列表中序列11自5’端第51位核苷酸,该SNP为A/C多态;
第12个SNP位点:小麦基因组中序列表中序列12自5’端第51位核苷酸,该SNP为A/G多态;
第13个SNP位点:小麦基因组中序列表中序列13自5’端第51位核苷酸,该SNP为A/G多态;
第14个SNP位点:小麦基因组中序列表中序列14自5’端第51位核苷酸,该SNP为T/G多态;
第15个SNP位点:小麦基因组中序列表中序列15自5’端第51位核苷酸,该SNP为T/C多态;
第16个SNP位点:小麦基因组中序列表中序列16自5’端第51位核苷酸,该SNP为T/C多态。
6.一种用于鉴定小麦品种的试剂盒,包括权利要求1所述的引物组合及记载有权利要求5所述方法的说明书。
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CN105256044A (zh) * | 2015-11-03 | 2016-01-20 | 中国农业科学院作物科学研究所 | 一种基于单核苷酸多态性的小麦分子条形码 |
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