CN106167825A - 一种黄颡鱼生长特性相关的微卫星标记及其检测和应用 - Google Patents

Abstract

本发明公开了一种黄颡鱼生长特性相关的微卫星标记及其检测和应用；即在黄颡鱼GH序列上找到4个微卫星位点，通过筛选特异引物扩增微卫星位点，分析其与生长性状的关联性，找到对生长性状有利的优势基因型。结果表明其中有三个位点与生长性状有显著或极显著相关，位点GA与体重、体长、体高、体厚有显著关联，与全长、尾柄高有极显著关联，其中CD为优势基因型；位点TCTT与头长、尾柄高有显著关联，其中BD为优势基因型；位点AC与体厚、头长有显著关联，其中DD为优势基因型，利用本发明所述引物扩增得到的4个微卫星位点都具有较高的遗传多样性，且与生长性状有着显著或极显著的关联性，本发明对于分子育种实践具有十分重要的意义。

Description

一种黄颡鱼生长特性相关的微卫星标记及其检测和应用

技术领域

本发明涉及分子标记遗传育种技术领域，更具体地，涉及一种黄颡鱼生长特性相关的微卫星标记及其检测和应用。

背景技术

黄颡鱼是我国广泛养殖的小型淡水经济鱼类；因其肉质细嫩、营养丰富、含肉率高深受消费者欢迎，黄颡鱼繁殖亲本主要是野生捕捞或培养数代的种群，没有经过人工选育，其生长速度、抗病能力和养殖性能较弱，因此开展黄颡鱼的两种选育工作具有实际的意义。

目前已有许多学者在黄颡鱼遗传育种方面进行了大量的研究，并取得了不少成果。随着生物技术的发展，鱼类遗传育种技术有了越来越多的方法，分子标记主要是指能够反映个体生物或群体间基因组中某些差异性的基因片段，具有多态性高、分布广泛、共显性等一系列优势，在鱼类遗传育种和遗传连锁图谱构建、亲缘关系鉴定、种质资源研究等方面具有广泛的应用。

微卫星标记（microsatellite），又称为短串联重复序列（short tandem repeats，STRs）或简单重复序列（SSRs），是均匀分布于真核生物基因组中的简单重复序列，由2～6个核苷酸的串联重复片段构成，由于重复单位的重复次数在个体间呈高度变异性并且数量丰富。每个微卫星DNA 都由核心序列和侧翼序列组成，其核心序列呈串联重复排列，侧翼DNA序列位于核心序列的两端，为保守的特异单拷贝序列，能使微卫星特异地定位于染色体常染色质区的特定部位。

微卫星标记是以PCR为基础的第二代分子标记，迄今为止，微卫星标记技术在重要经济鱼类已得到广泛的应用，成为研究群体遗传多样性、群体遗传结构、遗传图谱构建、功能基因定位及 QTL 分析等的一项重要技术。利用分子标记培育生长性状优良的高产品种是提高经济效益的重要途径之一，获得与黄颡鱼生长特性相关的基因及基因位点可辅助高产黄颡鱼的选育，目前还没有与黄颡鱼生长特性相关的基因及基因位点的报道。

发明内容

本发明所要解决的技术问题是克服现有技术存在的上述缺陷，提供一种与黄颡鱼生长特性相关的微卫星标记。

本发明的第二个目的是提供用于特异性检测上述微卫星标记的引物。

本发明的第三个目的是提供上述微卫星标记的应用。

本发明的目的是通过以下技术方案予以实现的：

一种用于扩增与黄颡鱼生长特性相关的微卫星的引物，引物的核苷酸序列如SEQ IDNO：4～9所示，其中，引物SEQ ID NO：4和SEQ ID NO：5扩增的微卫星片段的重复基序为（GA）_n1，n1的取值范围为17～35，所述微卫星片段与黄颡鱼的体重、全长、体长、体高、体厚、尾柄高相关；引物SEQ ID NO：6和SEQ ID NO：7扩增的微卫星片段的重复基序为（TCTT）_n2，n2的取值范围为6～14，所述微卫星片段与黄颡鱼的头长、尾柄高相关；引物SEQ ID NO：8和SEQ ID NO：9扩增的微卫星片段的重复基序为（AC）_n3，n3的取值范围为25～35，所述微卫星片段与黄颡鱼的体厚、头长相关。

优选地，引物SEQ ID NO：4和SEQ ID NO：5扩增的微卫星片段的溶解温度为56℃，片段大小为311bp；引物SEQ ID NO：6和SEQ ID NO：7扩增的微卫星片段的溶解温度为61℃，片段大小为272bp，引物SEQ ID NO：8和SEQ ID NO：9扩增的微卫星片段的溶解温度为56℃，片段大小为220bp。

申请人通过研究发现，用上述微卫星引物扩增样本，能特异的扩增出微卫星标记（或者叫做微卫星位点），这些微卫星标记与黄颡鱼的生长形状密切相关，因此可用于黄颡鱼的分子育种。

本发明还提供含有所述微卫星引物的试剂盒。

根据本发明实施例，可以通过检测上述微卫星标记，能够有效的确定黄颡鱼的全长性状，因此，本发明还提供所述微卫星引物或者所述试剂盒在黄颡鱼遗传育种中的应用。

本发明还提供一种检测黄颡鱼全长性状的方法，包括以下步骤：

S1. 提取样本DNA；

S2. 利用权利要求1或2所述SEQ ID NO：4～9的引物扩增样本DNA，分析样本DNA中微卫星标记的类型和基因型，确定黄颡鱼的全长性状。

本发明还提供一种选育优良黄颡鱼的方法，包括以下步骤：

S1. 提取样本DNA；

S2. 利用权利要求1或2所述SEQ ID NO：4～9的引物扩增样本DNA，分析样本DNA中微卫星标记的类型和基因型；

S3. 结果判断：若样本DNA中含重复基序（GA）_n1，则选择基因型为CD的样本为优良黄颡鱼；若样本DNA中含重组基序（TCTT）_n2，则选择基因型为BD的样本为优良黄颡鱼；若样本DNA中含重复基序（AC）_n3，则选择基因型为DD的样本为优良黄颡鱼。

与现有技术相比，本发明具有以下有益效果：

本发明首次获得黄颡鱼GH基因全长序列，通过SSRHunter软件在GH序列上查找到4个微卫星位点，通过SAS软件GLM模型首次分析黄颡鱼微卫星位点与生长性状的关联性，经方差分析检验呈显著性差异的位点，利用 Duncan 法对显著性差异位点的基因型进行多重比较，找到对生长性状有利的优势基因型。检验结果为：其中有三个位点与生长性状有显著或极显著相关，位点GA与体重、体长、体高、体厚有显著关联，与全长、尾柄高有极显著关联，其中CD为优势基因型；位点TCTT与头长、尾柄高有显著关联，其中BD为优势基因型；位点AC与体厚、头长有显著关联（P＜0.05），其中DD为优势基因型，本试验的微卫星位点与生长性状有显著关联性的概率更大，这可能由于新发现的4个微卫星位于GH基因上，其多态性对黄颡鱼的生长发育有着直接的影响。本研究发现的4个微卫星位点都具有较高的遗传多样性，且位点GA、TCTT、AC都与生长性状有着显著或极显著的关联性，本发明对于分子育种实践具有十分重要的意义。

附图说明

图1为普通扩增PCR结果，其中，图1（1）为位点AT、GA引物电泳结果；图1（2）为位点TCTT、AC引物电泳结果；最左条带为MarkerDL2000，从上至下条带大小分别2000bp、1000bp、750bp、500bp、250bp、100bp。

图2为微卫星分子标记PCR产物在ABI3730xl上的分型结果；其中，图1（1）为AT位点分型；1（2）为GA位点分型；1（3）为TCTT位点分型；1（4）为AC位点分析。

具体实施方式

下面将结合说明书附图和具体实施例进一步说明本发明的内容，但不应理解为对本发明的限制。不背离本发明精神和实质的情况下，对本发明方法、步骤、条件所作的修改或替换，均属于本发明的范围。若无特别说明，实施例中所用的实验方法均为本领域技术人员所熟知的常规方法和技术，试剂或材料均为通过商业途径得到。

本发明采用同源克隆的方法获得黄颡鱼GH全长（序列如SEQ ID NO：1所示），共3117bp，5个外显子（从5’端开始分别称为外显子1、外显子2、外显子3、外显子4和外显子5），4个内含子（从5’端开始分别称为内含子1、内含子2、内含子3、内含子4），5’UTR为165bp，3’UTR为485bp。

实施例1 微卫星位点的筛选及分型

利用SSRHunter软件搜索黄颡鱼GH基因全长序列中的微卫星位点，确定微卫星位点类型、所在位置及长度等信息。采用Primer Premier 5.0 软件在SSRs位点上下游150bp左右设计上下游引物。引物信息见表1。

为了实现微卫星多态性的荧光半自动检测，需要对普通引物的5’或者3’端进行荧光修饰基团的标记。荧光引物扩增得到的PCR产物在96孔毛细管3730xl DNA分析仪上进行电泳检测，荧光基团在激光的作用下会发出有颜色的光，***自动收集不同颜色的荧光信息，最终获得PCR产物的数据信息。

利用表1中的引物进行普通PCR扩增反应，以摸索引物最佳的反应条件，反应体系为表2。

PCR反应程序：预变性94 ℃ 5 min；38个循环（变性94 ℃ 30 s，Tm根据不同的引物有所不同，退火51～56 ℃ 30s，延伸72 ℃ 25s）；后延伸72 ℃ 10 min，4 ℃ forever。产物进行2%琼脂凝胶电泳检测，电泳结束后使用凝胶成像***拍照并保存；整个过程避光操作，将能扩增出目的条带的PCR产物用锡箔纸包上送华大基因公司进行分型检测。

本实验选择了3种荧光修饰基团，AT和AC位点选择FAM（green、绿色）、GA位点是HEX（yellow、黄色）、TCTT位点是TAMRA（yellow-orange、橘黄色）。

结果表明：在GH基因上检测到4个微卫星，位点分布在内含子1、内含子3、3’UTR，都属于单纯SSR，核心序列分别为（AT）n、（GA）n1、（TCTT）n2、（AC）n3。分别命名为AT、GA、TCTT、AC。在荧光引物合成之前，先用普通引物进行PCR扩增以检验引物扩增的质量，然后再合成荧光引物，并在上游（或下游）引物的5’端标记荧光基团，通过图1可以看出每个SSRs位点能够找到多个退火温度的对应值且证明这4个SSRs位点能被扩增。

利用微卫星PCR产物应用96-毛细管3730xl DNA分析仪进行SSRs的基因型判定，具体步骤为：

（1）稀释SSR的PCR扩增产物：取一块96孔PCR板，每孔加入10ul ddH₂O，然后每孔加入样品1ul（多管混和也是如此操作）。稀释度非固定，视每次SSR扩增产物的浓度而定。稍离心混匀。

（2）配制内标ROX500混和液：取一个1.5ml 离心管，加入改为1020ul Hi-DiFormamide及60ul ROX500，涡旋振荡混匀（每个反应的试剂量比例为 Hi-Di Formamide：ROX500 = 8.5ul：0.5ul）。

（3）另取一块新的96孔PCR板，每孔加入样品稀释混合液1ul，然后再每孔分别加入9ul ROX500混和液，稍离心混匀。

（4）样品变性，95℃ 4分钟， 4℃ 1分钟。

（5）上测序仪3730xl电泳。

（6）应用软件GeneMapper ID v3.1软件对电泳的重现性、片段的分析结果以及基因分型结果进行检查，最后输出结果，如图2。

其中主峰旁边的小峰是影子峰，在凝胶电泳中则称为影子带/鬼影带，是因为在Taq酶的滑动错配造成的。从上至下STRs分型结果为：

AT：荧光标记为FAM，分子量大小为252是纯合子；

GA：荧光标记为HEX，分子量大小为321，342是杂合子；

TCTT：荧光标记为TAMRA，分子量大小为286是纯合子；

AC：荧光标记为FAM，分子量大小为216，230是杂合子。

实施例2 SSRs等位基因及分布

本实施例实验样本共160尾，位点AT检测到3个等位基因，位点TCTT和位点AC检测到4个等位基因，位点GA检测到5个等位基因。各位点的等位基因及分布见表3。

实施例3 SSRs遗传生长特性分析

研究中4个SSR多态位点的黄颡鱼群体遗传特性分析见表4。4个位点的平均杂合度为0.5661，位点AT和TCTT为中度多态，位点GA和AC为高度多态，说明这4个微卫星的多态性较高。

本研究在96-毛细管ABI3730xl对SSRs进行分型，利用SAS软件中的一般线性模型（GLM），对微卫星位点基因型与黄颡鱼主要生长性状（体重、全长、体长、体高、体厚、头长、尾柄长、尾柄高）进行关联分析，经方差分析检验呈显著性差异的位点，使用 Duncan法进行多重比较。结果表明：位点AT中各基因型之间的生长性状无显著差异（表5）。位点GA中，基因型BE和CD体重显著重于基因型AB(P<0. 05)；基因型BE、DD、EE全长显著长于基因型AB(P<0.05)，且基因型CD全长极显著长于基因型AB(P<0. 01)； 基因型BE、CD、EE体长显著长于基因型AB(P<0. 05)； 基因型BE、CD体高显著高于基因型AB(P<0. 05)；基因型CD体厚显著厚于基因型AB和BB(P<0. 05)；基因型BB、BC、BD、CD、DD、EE尾柄高显著高于基因型AB(P<0. 05)，且基因型BE尾柄高极显著高于基因型AB(P<0. 01) （表6和表7）。

位点TCTT中，基因型CC头长显著长于基因型BB(P<0. 05)；基因型BD尾柄高显著高于基因型AB(P<0. 05) （表8和表9）。位点AC中，基因型CC和DD体厚显著厚于基因型AA(P<0.05)；基因型BB、CC、CD、DD头长显著长于基因型BD(P<0. 05) （表10和11）。

注:同一行不同小写字母表示差异显著(P<0. 05)，同一行不同大写字母表示差异极显著(P<0. 01)。

在黄颡鱼GH基因上共找到SSRs位点4个，研究表明位点AT与生长性状无关联；位点GA与体重、体长、体高、体厚有显著关联（P＜0.05），与全长、尾柄高有极显著关联（P＜0.01），共有八种基因型，其中CD为优势基因型；位点TCTT与头长、尾柄高有显著关联（P＜0.05），共有7种基因型，其中BD为优势基因型；位点AC与体厚、头长有显著关联（P＜0.05），共有6种基因型，其中DD为优势基因型。

对比例1

在设计微卫星引物时，每对引物都设计了两对，命名方式为：位点-F1/R1，共四个微卫星位点AT、GA、TCTT、AC。红色标注为最终扩增PCR引物，并进行荧光修饰。

发明人根据4个微卫星设计引物时，设计了很多引物对，下面给出的引物均不能特异性扩增微卫星位点，并不能用于基因分型。

SEQ ID NO：10（AT-F1）：5'-GCTCTGTTACCTGATGAA-3'

SEQ ID NO：11（AT-R1）：5'-TGAGTATTGAAGCACTTT-3'

SEQ ID NO：12（GA-F2）：5'-GAGGGAAACCTGAGGAAGA-3'

SEQ ID NO：13（GA-R2）：5'-GGTGAATGGAGGAGAATAA-3'

SEQ ID NO：14（TCTT-F2）：5'-GATCCCTGGATTCCAACT-3'

SEQ ID NO：15（TCTT-R2）：5'-AGCACCATCGTGAAACTG-3'

SEQ ID NO：16（AC-F1）：5'-AAAATCCACCACTAGACC-3'

SEQ ID NO：17（AC-R1）：5'-ACTCACCAACACCACAGA-3'。

SEQUENCE LISTING

<110> 华南农业大学

<120> 一种黄颡鱼生长特性相关的微卫星标记及其检测和应用

<130>

<160> 17

<170> PatentIn version 3.3

<210> 1

<211> 3117

<212> DNA

<213> GH基因序列

<400> 1

tgatgttatt gtggaaggtg tgaggtgtct catgtcgatg cattaagcat gtagagatca 60

ggtataaaaa ttggacctgc tagcaggagg gaaatcattg tctgaaagtc ggcgtctgat 120

ttttcagtga aaattcgaac caagtttctt cagagagatt ctaaaatggc tcgaggtaag 180

gctctgacct ggtgttacat tacgactgtg atgttacagt gaggaacttt tattgaygtt 240

tttgttttat aagattacta ttagattttc aaattacttt ctgtataaaa tccaccacta 300

gacctgtttt attttgtgcc taatttcaga attatccttg tagatgtatc ctcacagtac 360

acacacacac acacacacac acacacacac acacacacac acacacacac acacacacat 420

actgtatatg cattatataa tgtatgctac tctcctgctg ttcttcctct tccacagggt 480

tagtgttgct ctctgtggtg ttggtgagtt tgttctttag ccaaggcgcg acatttgaga 540

accagaggct cttcaacaac gccgtcattc gtgtgcaaca ccttcatcag ctggctgcca 600

agatgatgga tgactttgta agctgacttt acatcattta cagatgttta gtttactgaa 660

gtatgcttta gctaacatgg ttgctgtgct gcaaatataa aggaggaagc tctgttacct 720

gatgaacgca aacagctcag caagatcttc cccctgagtt tctgcaactc ggactccatc 780

gaagctccgg caggcaaaga cgagacccag aaaagctctg tgagtcacaa aactgcctca 840

agaattcatg cgattttaat atatatatat ttaaagatat ttgttattgt gataacgaat 900

ttggtgattt aatgatcatt agctgtgaca caaatgattt aaaggagcaa tatgtaatat 960

ataaaagtgc ttcaatactc ataaaaaatt gaatcatgtc aaagatgctt taaaatgttc 1020

aaaaaaatgt aataaagtag ttgttttact gtttttacag tttctttgat taaggcttct 1080

acttaattaa ttacccaata aaatatcccc cccccaatat ttaaatgttt cttaaaagaa 1140

ataactaaaa aacattactt tttctgaatt ttttaagagt agccctgcaa tgcaaggtat 1200

ctattttaaa gtttcagtta acatttttct ggcccagaaa caagctccac tgtttttttt 1260

tttttttgta aaaggcagct taagagtcaa acatgtctag ctagtagttg atgttttcat 1320

tgctctctta gcgtgatgaa tattgtgatt tacgtgctac agtctcatgc taaagatcgt 1380

ttataagcaa acatgagcat cggagagaag aatactgctt tgcatctctg tgaactttaa 1440

acgagtctgt tttttaacca ggtgctgaag ctactgcaca cttcctaccg tctgatcgag 1500

tcatgggagt tccccagcaa gaacctcggc aaccctaacc atatctctga gaagctggct 1560

gacctgaaga tgggcatcgg cgtgcttatc gaggtgagca cgagcgccac agatcagaca 1620

ccgagtcact gcaatgtgtg cagggagaac agaagagtta atagaatgtg ttagttaaca 1680

tgtatgagta tgtatttccc gtatggacct gtgtgcacaa aaatgatgtt ttgtacaact 1740

tggatgaaag tgtttttttt gtgtcattcc ccatccattt ctctataact aatacatgct 1800

ctggtgctct gggtggctca gaacttgcga tctaagtaca agacttagca gtacaagaaa 1860

cccgtcagtt cattcagcta tatgcggttt taaaacttaa aactaatcag aatagtagct 1920

atttatttac tgttggtaga atctgaccgt tcattcattc aatggaaaag ttggtaaggt 1980

aataataatg taacttttgt aactgtaagt ttgcagttct gatcaattga aataatttta 2040

atcattaaaa tgtaaatgtt tacaccatat gttgtagtct caggaggata aactcttcat 2100

accttccagc cctattaacg tccccggctc agacccggag ctctgctcct ttacacatga 2160

gtgaaattta aacagtaaca attattagta ttatttagat cattttctcc agtattgtag 2220

tttttatata gcgcaggttg gatttattta actcctacat gttaataaac acaataacca 2280

acaggcgtac ttaaggtggt cgttatttat gatcaattca tgtattgtta ttataaagtg 2340

tttcagttat gcagtatgat aaagtttagt gaaaattgtc tagttttatt gtagcaaggc 2400

ttataaagtc actctgctca ctccataggg atgtctggac ggacagacca gcatggacga 2460

gaacgacgct ctggctccgc cattcgagga tttctaccag accttgagcg agggaaacct 2520

gaggaagagc ttccgtctgc tgtcctgctt caagaaggac atgcacaagg tggagaccta 2580

tctaagcgtg gccaagtgca ggagatccct ggattccaac tgcaccctgt agaatgagag 2640

agagagagag agagagagag agagagagag attgattgat tgattgacta gtcacagtct 2700

gggatctctc caggcatgac tatcatcttt ctttctttct ttctttcctt ttgtttcttt 2760

gggtttaatt tctgtcttta tgtatttatt ctcctccatt cacctgttta acagatttct 2820

ccatctcagc aaccttaagg atgtaacata tgggaccagt ttcacgatgg tgctatgcaa 2880

attcagcttt atatcaaata acgaataaga aaatggatta aacgtaatta atttagaaat 2940

ggacgaggac gctcctggct aatgaatgta aaatattcag agggtatatt ttcctatcaa 3000

agtctatact cttctaattt taattatggc ctatttctgt gtgaagcttt gactgtctct 3060

gtgtgaaaat ctctctcatt gcttttttgt ggatttccaa taaacctaat ccctggg 3117

<210> 2

<211> 18

<212> DNA

<213> AT-F

<400> 2

gtttctgcaa ctcggact 18

<210> 3

<211> 18

<212> DNA

<213> AT-R

<400> 3

gcatctttga catgattc 18

<210> 4

<211> 18

<212> DNA

<213> GA-F

<400> 4

ctaccagacc ttgagcga 18

<210> 5

<211> 18

<212> DNA

<213> GA-R

<400> 5

ggtgaatgga ggagaata 18

<210> 6

<211> 19

<212> DNA

<213> TCTT-F

<400> 6

gatccctgga ttccaactg 19

<210> 7

<211> 19

<212> DNA

<213> TCTT-R

<400> 7

tagcaccatc gtgaaactg 19

<210> 8

<211> 17

<212> DNA

<213> AC-F

<400> 8

aatccaccac tagacct 17

<210> 9

<211> 17

<212> DNA

<213> AC-R

<400> 9

ctcaccaaca ccacaga 17

<210> 10

<211> 18

<212> DNA

<213> AT-F1

<400> 10

gctctgttac ctgatgaa 18

<210> 11

<211> 18

<212> DNA

<213> AT-R1

<400> 11

tgagtattga agcacttt 18

<210> 12

<211> 19

<212> DNA

<213> GA-F2

<400> 12

gagggaaacc tgaggaaga 19

<210> 13

<211> 19

<212> DNA

<213> GA-R2

<400> 13

ggtgaatgga ggagaataa 19

<210> 14

<211> 18

<212> DNA

<213> TCTT-F2

<400> 14

gatccctgga ttccaact 18

<210> 15

<211> 18

<212> DNA

<213> TCTT-R2

<400> 15

agcaccatcg tgaaactg 18

<210> 16

<211> 18

<212> DNA

<213> AC-F1

<400> 16

aaaatccacc actagacc 18

<210> 17

<211> 18

<212> DNA

<213> AC-R1

<400> 17

actcaccaac accacaga 18

Claims (6)

1.一种用于扩增与黄颡鱼生长特性相关的微卫星的引物，其特征在于，引物的核苷酸序列如SEQ ID NO：4～9所示，其中，引物SEQ ID NO：4和SEQ ID NO：5扩增的微卫星片段的重复基序为（GA）_n1，n1的取值范围为17～35，所述微卫星片段与黄颡鱼的体重、全长、体长、体高、体厚、尾柄高相关；引物SEQ ID NO：6和SEQ ID NO：7扩增的微卫星片段的重复基序为（TCTT）_n2，n2的取值范围为6～14，所述微卫星片段与黄颡鱼的头长、尾柄高相关；引物SEQID NO：8和SEQ ID NO：9扩增的微卫星片段的重复基序为（AC）_n3，n3的取值范围为25～35，所述微卫星片段与黄颡鱼的体厚、头长相关。

2. 根据权利要求1所述的用于黄颡鱼生长特性分析的微卫星引物，其特征在于，引物SEQ ID NO：4和SEQ ID NO：5扩增的微卫星片段的溶解温度为56℃，片段大小为311bp；引物SEQ ID NO：6和SEQ ID NO：7扩增的微卫星片段的溶解温度为61℃，片段大小为272bp，引物SEQ ID NO：8和SEQ ID NO：9扩增的微卫星片段的溶解温度为56℃，片段大小为220bp。

3.含有权利要求1或2所述微卫星引物的试剂盒。

4.权利要求1或2所述微卫星引物或者权利要求3所述试剂盒在黄颡鱼遗传育种中的应用。

5.一种检测黄颡鱼全长性状的方法，其特征在于，包括以下步骤：

S1. 提取样本DNA；

S2. 利用权利要求1或2所述SEQ ID NO：4～9的引物扩增样本DNA，分析样本DNA中微卫星标记的类型和基因型，确定黄颡鱼的全长性状。

6.一种选育优良黄颡鱼的方法，其特征在于，包括以下步骤：

S1. 提取样本DNA；

S2. 利用权利要求1或2所述SEQ ID NO：4～9的引物扩增样本DNA，分析样本DNA中微卫星标记的类型和基因型；

S3. 结果判断：若样本DNA中含重复基序（GA）_n1，则选择基因型为CD的样本为优良黄颡鱼；若样本DNA中含重组基序（TCTT）_n2，则选择基因型为BD的样本为优良黄颡鱼；若样本DNA中含重复基序（AC）_n3，则选择基因型为DD的样本为优良黄颡鱼。