CN101970688A

CN101970688A - 遗传标记和相关上位相互作用的使用方法

Info

Publication number: CN101970688A
Application number: CN2008801157027A
Authority: CN
Inventors: 杜峰行; 爱德华·J·卡吉尔; 迈克尔·D·路易斯; 迈克尔·D·格罗斯
Original assignee: Pfizer Inc
Current assignee: Pfizer Inc
Priority date: 2007-09-12
Filing date: 2008-09-08
Publication date: 2011-02-09
Also published as: CA2698379A1; EP2201133A4; WO2009035560A1; JP2010538643A; BRPI0816776A2; US20110123983A1; MX2010002759A; EP2201133A1; AU2008300011A1

Abstract

本发明提供了用于改善包括产乳动物中的改良的适合度和生产力的期望动物性状的方法。本发明还提供了用于确定有关于适合度和/或生产力相关的多个标记的产乳动物基因型的方法。本发明还提供了用于选择或分配动物用于如后代测试或核心畜群育种等预定用途，用于潜在亲本动物用于育种和用于生产改良的后代动物的方法。上述方法中的每一种都可以通过并入多个SNP之间的相互作用效应来进一步改进。

Description

遗传标记和相关上位相互作用的使用方法

优先权要求

本申请要求提交于2007年9月12日的美国临时申请第60/971,750号的权益，本文通过参考并入其全部内容。

序列表的并入

与本文同时提交了包含175个核苷酸序列的序列表，该序列表包含创建于09/05/08的84,218字节(在Microsoft中测定)的名为pa_CandGeneInteractionEffects2_annotated.ST25.txt的文件，本文通过参考并入其全部内容。

技术领域

本发明涉及对乳牛中的期望特征的提高。更具体而言，本发明涉及基因和遗传标记在用遗传标记来改善乳牛适合度和/或生产力性状的方法中的使用，包括多个遗传标记的同时应用和这些标记处的特定等位基因之间的相互作用。

背景技术

乳品工业的未来活力和竞争力取决于对牛奶生产力(例如，牛奶、脂肪、蛋白产量、脂肪％、蛋白％和泌乳持久力)、健康(例如，体细胞计数、乳腺炎发病率)、繁殖力(例如，受孕率、发情期表现、产犊间歇和公牛不归率)、产犊容易性(例如，直接产犊容易性和母畜产犊容易性)、寿命(例如，生产寿命)和功能性构造(例如，***支撑、合适的足和腿的形状、合适的臀部角度等)的连续改善。不幸的是，效率性状往往不利地与适合度性状相关。尽管在商品化牛群中适合度性状都具有某种程度的基础遗传变异，选择带有优异的遗传优点的育种动物的准确性对于它们中的许多而言是较低的，这是因为较低的遗传力和无法在候选动物上有效测定性状成本。另外，许多生产力和适合度性状仅能在雌性上测定。因此，对这些性状的常规选择的准确性是中低等的并且通过选择进行遗传改变的能力有限，尤其是对于适合度性状而言。

另外，在多个基因座处的特定等位基因之间存在频繁的相互作用，这使对遗传优点的预测混乱。换言之，等位基因的组合对于性状的效果可能不是严格的加合性的，而是协同性的(或拮抗性的)。在缺乏对这些相互作用的理解下，对遗传优点的先验估计显然更加困难和更不准确。

基因组学提供了通过发现负责遗传变异的基因或与基因相连的遗传标记来更大地改善生产力和适合度性状的可能性，并且可以将其用于更直接和准确的选择。已经报道了接近1000个与生产力和适合度性状相关的标记(对于已报道的QTL的可搜索数据库，参见www.bovineqtl.tamu.edu/)，然而，QTL位置的分辨率仍然较低，这使得难以将这些QTL在工业规模上用于标记辅助选择(MAS)中。仅有少数QTL已经用强推定性或得到良好确证的以下因果突变进行了完全表征：染色体14上的DGAT1(Grisard等，2002；Winter等，2002；Kuhn等，2004)、染色体20上的GHR(Blott等，2003)、染色体6上的ABCG2(Cohen-Zinder等，2005)或SPP1(Schnabel等，2005)。然而，这些发现较为罕有且仅解释了小部分生产力性状的遗传差异，而尚未完全表征任何控制适合度性状的基因。更成功的策略采用了其中用足够的分辨率测绘了QTL的整个牛基因组的全基因组高密度扫描的应用来解释有关生产力和适合度性状的大部分遗传变异。

世界各地的产奶用牛群主要源自已知具有高生产水平的荷斯坦(Holstein)种或荷斯坦-弗里塞(Holstein-Friesian)种。然而，荷斯坦种的高生产水平也已经与其更大的产犊难度和降低的繁殖力水平相联系。尚不清楚的是，这些不利的相关性是否是由于多效基因效应或仅仅是由于连锁基因。如果是后者，有可能利用标记知识来选择含有来自数个连锁基因的有利等位基因的有利重组物，所述有利等位基因往往频率极低而使得用传统选择无法取得较大进展。由于荷斯坦种质已经在全球销售和运输了数十年，荷斯坦种已经有效地成为一个保持于相对中等的近交率(inbreeding rate)的大全球种群。此外，这类大种群的经数代选择的远交性质已使得能够打破除了在相对较短距离内(即，少于数厘摩)以外的连锁不平衡(Hayes等，2006)。另外，作为在具有不同育种目标的几个国家中选择的结果，相对较近的基因座之间的连锁不平衡可能因已经通过数代的全球选择和育种成为混血种的亚群内的偏移的影响而较为易变。考虑到连锁不平衡的这种模式，需要非常密集的标记覆盖率来以足够的精确性细调QTL位置以便找到与其处于非常紧密的连锁不平衡的标记。因此，与QTL处于非常紧密的连锁不平衡的标记对于有效的种群范围MAS或全基因组选择(WGS)至关重要。

大多数生产力和适合度性状是定量性的，因而受到具有中小级别效果的数百个QTL的控制。因为，为了表征足够的QTL以便解释这些性状的大多数变异，必须用一组以高分辨率(即，大于1标记/cM)定位至基因组的标记扫描整个基因组；也称作全基因组分析。

此外，必须在MAS中使用足够数目的QTL以便在没有近亲或动物自身的表型记录时能准确预测该动物的育种值。本文说明了这种用以发现和精细定位解释生产力和适合度性状的变异的QTL的高密度全基因组标记定位图(marker map)的应用。大量的所得连锁标记可以用于包括全基因组选择(WGS)(Meuwissen等，Genetics 2001)的数种标记选择方法或标记辅助选择方法中以针对这些性状改善种群的遗传优点并在乳品工业中制造价值。

与可以通过一个因果突变完全解释的某些简单性状不同，许多生产力和适合度性状需要大量标记以准确预测动物的表型性能。定量表型通常涉及多个基因、多个途径和复杂的相互作用。在某些情况下，该复杂性导致极其难以预测的标记之间的相互作用。

几乎没有研究已经对候选基因SNP之间的相互作用对于乳品性状中的定量变异的贡献进行了研究。对于这些相互作用研究的缺乏可能有几种原因。首先，不同的候选基因通常被不同的小组研究，而不同候选基因的基因型收集于不同的动物；大多数候选基因研究都集中在发现/确认性状与其感兴趣的SNP的关联上；相互作用影响的研究通常需要更大的样本大小。

然而，定量性状的表达是多个生理学途径(例如，脂代谢、食欲/饱腹感等)相互作用的结果，且每个生理学途径中往往有大量基因参与。因此，似乎合理的是，与其参与相同或不同途径的基因之间有某种程度的相互作用，和与其一部分遗传定量变异是因为这类相互作用而造成的。

本发明人已经鉴定了与奶牛的重要基因中的新型性状相关的标记，以及这些基因之间的包括上位效应的多种相互作用的效果，这可用于显著改善遗传评估、预测和选择的准确性。

发明内容

本部分提供了对本发明的非穷尽性总结。

本发明的各个实施方式提供了用于评估在动物基因组中的一个或多个位置处的动物基因型的方法。在这些实施方式的各个方面，在DNA片段(等位基因)内含有至少两个选自“表格与序列列表”中所述的SNP的SNP的位置对动物基因型进行评估。对于表1和3中所列的每个SNP，有关SNP位置、SNP长度和等位基因的细节可以见于表4中。

本发明的其它实施方式提供了用于针对生产力和/或适合度性状根据动物的的预测标记育种值来分配待用动物的方法。本发明的该实施方式的各个方面提供了包括如下步骤的方法：a)分析两个以上的多态性处的动物基因组序列(其中所分析的等位基因各自包含至少两个SNP)以确定这些多态性的每一个处的动物基因型；b)分析针对每个多态性所确定的基因型以确定存在的SNP的等位基因；c)基于动物在所分析的两个以上多态性处的基因型来分配待用动物。该实施方式的各个方面提供了基于在本发明所公开的两个以上多态性处的动物基因型与所需表型之间的有利关联来分配待用动物的方法。替代性地，所述方法提供了由于动物具有两个以上的与不必要的表型相关或者不与所需表型相关的SNP等位基因而不分配该动物用于特定用途。

本发明的其它实施方式提供了选择动物用于育种以产生后代的方法。这些方法的各个方面包括：A)确定两个以上的基因座处的至少两个可能的亲本动物的基因型，其中至少两个所分析的基因座含有选自表1和3所述SNP的SNP的等位基因。B)对于至少两只动物分析两个以上的位置处的所确定的基因型以确定存在的SNP等位基因。C)将所分析的等位基因与两种以上表型相关联。D)分配至少两只动物以用于生产后代。替代性实施方式包括分析两个以上的基因座处的动物基因型，其中该分析包括评估相互作用效应。

本发明的其它实施方式提供了子代动物(后代动物)的生产方法。本发明该实施方式的各方面提供了包括如下的方法：使已通过本文所述的方法选择用于育种的动物进行育种以产生子代。子代可以通过纯天然方法或者通过使用任何适当的技术手段来生产，所述技术手段包括但不限于：人工授精、胚胎移植(ET)、多***胚胎移植(MOET)、体外受精(IVF)或其任何组合。

本发明的其它实施方式提供了选择动物用于育种以产生后代的方法，其中在分析中应用了多个标记之间的相互作用效应。

定义

提供以下定义以辅助本领域技术人员更容易地理解和认知本发明的全部范围。但是，如下文所提供的定义中所表明，除非明确指明，所提供的定义并非是有意排他性的。更确切地说，它们是提供给本领域熟练技术人员以集中于本发明的各种说明性实施方式上的优选定义。

如本文所用的术语“等位基因关联”优选是指：f(A_i)与f(B_j)的乘积得到的f(A_iB_j)的非随机偏差，由r²＞0.2具体限定该非随机偏差，其中r²从相当大的动物样本(例如，≥100)中测定并且定义为

r^{2} = \frac{{[f (A_{1} B_{1}) - f (A_{1}) f (B_{1})]}^{2}}{f (A_{1}) (1 - f (A_{1})) (f (B_{1}) (1 - f (B_{1}))}

[等式1]

其中A₁表示一个基因座处的等位基因，表示另一个基因座处的等位基因；f(A₁B₁)是指同时具有A₁和B₁的频率，f(A₁)是A₁的频率，f(B₁)是种群中B₁的频率。

如本文所用，术语“分配待用动物”和“分配使用”优选是指决定如何将动物在畜群内使用或者将其从畜群中移除以便实现所需的畜群管理目标。例如，可能将动物分配用作育种动物或分配用于作为非育种动物销售(例如，分配为待作为肉用销售的动物)。在本发明的某些方面，可以将动物分配用于育种程序内具有非常具体目标(例如，生产力或适合度)的亚组中。于是，即使在分配用于育种目的的动物组内，还有针对实现更具体和/或专门化的育种目的的用途的更具体的分配。

如本文所述，术语“动物”优选是指奶牛。

如本文所述，“适合度(fitness)”优选是指包括但不限于以下的性状：妊娠率(PR)、子系妊娠率(DPR)、生产寿命(PL)、体细胞计数(SCC)和体细胞评分(SCS)。PR和DPR是指非妊娠动物在每个21日周期中怀孕的百分比。PL计算为每个泌乳期的产奶月数，将所有泌乳期的产奶月数相加直到将奶牛从畜群移除(剔除或死亡)。SCS＝log₂(SCC/100,000)+3，其中SCC是每毫升牛奶中的体细胞。

如本文所用，术语“生长”是指与动物的尺寸/重量的增加有关的各种参数的测定。

如本文所用，术语“连锁不平衡(linkage disequilibrium)”优选是指其中在相同染色体上存在A₁和B₁(如上文等位基因关联的定义中所用)的等位基因关联。

如本文所用，术语“标记辅助选择(MAS)”优选是指基于系谱和表型数据的可能组合中的标记信息的动物选择。

如本文所用，术语“标记育种值(MBV)”和“预测标记育种值(PMBV)”是指对关于特定性状而言且基于其基因型的动物遗传传递能力的估计。

如本文所用，术语“天然育种”优选是指在受精过程中在没有人的干预时使动物交配。换言之，不使用如人工授精或胚胎移植等机械或技术性方法。该术语不涉及亲本动物的选择。

如本文所述，术语“净优点”优选是指包括几种通常测定的性状的复合指标，所述性状根据典型生产设定中的相对经济值而进行衡量并被表达为相对于工业基础的每只奶牛的终生经济价值。净优点指标的实例包括但不限于美国的$NM或TPI、加拿大的LPI等(计算这些指标的公式是本领域内公知的，例如，$NM可见于USDA/AIPL的网站：www.aipl.arsusda.gov/reference.htm)。

如本文所用，术语“预测值”优选是指基于动物的基因型和系谱对动物的育种值或传递能力的估计。

如本文所用，“生产力”和“生产”优选是指产生包括但不限于以下的性状：总乳产率、乳脂百分比、乳脂产率、乳蛋白百分比、乳蛋白产率、终生总产量、挤奶速度和泌乳持续性。

如本文所用，术语“定量性状(quantitative trait)”用于指代受多个(两个以上，往往是很多个)基因控制的性状，每个基因贡献出较小至中等的对该新性状的影响。通常在正常分步之后进行对定量性状的观察。

如本文所用，术语“定量性状基因座(QTL)”用于描述含有影响定量性状的多态性的基因座。

如本文所用，术语“繁殖材料”包括但不限于***、***、卵子和受精卵。

如本文所用，术语“单核苷酸多态性”或“SNP”是指在种群内是多态性的动物基因组中的位置。即，在种群内，某些个体动物在该位置具有一种碱基类型，而其它动物具有不同的碱基。例如，SNP可以指其中某些动物在其DNA序列中具有“G”而其它动物具有“T”的基因组中的位置。

如本文所用，术语“在严格条件下杂交”和“严格杂交条件”优选是指其中“探针”与其靶标序列以比与其它序列可检测的更大程度杂交(例如，至少比背景高5倍)的条件。严格条件是靶标序列依赖性的，且会根据多核苷酸的结构而有差异。通过控制杂交和/或洗涤条件的严格性，可以鉴定出与探针100％互补的靶标序列(同源探测)。替代性地，可以对严格条件进行调节以允许序列中一定程度的错配从而可检测到较低程度的相似性(异源探测)。

通常，严格条件是其中盐浓度在7.0～8.3的pH下小于约1.5M Na离子、通常为约0.01M～1.0M Na离子浓度(或其它离子)且温度对于短探针(例如，10～50个核苷酸)至少为30℃而对于长探针(例如，大于50个核苷酸)至少为60℃的条件。也可以以添加如甲酰胺等去稳定剂来调节严格性。低严格条件的实例包括用30％～35％甲酰胺、1M NaCl、1％ SDS(十二烷基硫酸钠)的缓冲溶液在37℃杂交以及在50℃～55℃的2×SSC(20×SSC＝3.0MNaCl/0.3M柠檬酸三钠)中洗涤。中等严格条件的实例包括在40％～45％甲酰胺、1M NaCl、1％ SDS中于37℃杂交以及在55℃～60℃的0.5×SSC～1×SSC中洗涤。高严格条件的实例包括在50％甲酰胺、1M NaCl、1％ SDS中于37℃杂交以及在60℃～65℃的0.1×SSC中洗涤。杂交持续时间一般小于约24小时，通常为约4小时～约12小时。

特异性通常是杂交后洗涤的函数，关键因素在于最终洗涤溶液的离子强度和温度。对于DNA-DNA杂交物而言，热熔点(T_m)可以由Meinkoth和Wahl(1984)Anal.Biochem.138：267-284的以下等式估算：T_m＝81.5℃+16.6(logM)+0.41(GC％)-0.61(甲酰胺％)-500/L；其中M是单价阳离子的摩尔浓度，GC％是DNA中鸟嘌呤和胞嘧啶核苷酸的百分比，甲酰胺％是杂交溶液中甲酰胺的百分比，而L是以碱基对计的杂交物长度。T_m是50％的互补靶标序列与完美匹配的探针(在所限定的离子强度和pH下)杂交时的温度。每1％的错配使T_m下降约1℃；因而，可以调节T_m、杂交条件和/或洗涤条件来与所需同一性的序列进行杂交。例如，如果寻求具有90％同一性的序列，则可以使T_m减小10℃。通常，将严格条件选择为在限定的离子强度和pH下比特定序列及其互补物的T_m低约5℃。

然而，高度严格条件可以利用在低于热熔点(T_m)1℃、2℃、3℃或4℃时的杂交和/或洗涤；中等严格条件可以利用在低于热熔点(T_m)6℃、7℃、8℃、9℃或10℃时的杂交和/或洗涤；低严格条件可以利用在低于热熔点(T_m)11℃、12℃、13℃、14℃、15℃或20℃时的杂交和/或洗涤。使用上述等式、杂交和洗涤条件和所需T_m，本领域技术人员应该理解，已固有地描述了杂交严格性和/或洗涤溶液的变化。如果所需错配程度导致T_m低于45℃(水溶液)或32℃(甲酰胺溶液)，优选增加SSC浓度以便可以使用更高的温度。核酸杂交的详尽指引可见于Tijssen(1993)Laboratory Techniques inBiochemistry and Molecular Biology--Hybridization with Nucleic Acid Probes，第I部分，第2章(Elsevier，N.Y.)；和Ausubel等编著，(1995)Current Protocolsin Molecular Biology，第2章(Greene Publishing and Wiley-Interscience，NewYork)中。也参见Sambrook等，(1989)Molecular Cloning：A Laboratory Manual(第2版，Cold Spring Harbor Laboratory Press，Plainview，N.Y.)。

如本文所用，术语“标记育种值(MBV)”和“预测标记育种值(PMBV)”分别是指基于动物的基因型的就生产力性状或适合度性状而言的动物遗传传递能力的估计。

如本文所用，术语“全基因组分析”优选是指在高标记密度(即约1标记/cM)的整个基因组的QTL定位过程和处在与QTL的种群范围连锁不平衡的标记物的检测。

如本文所用，术语“全基因组选择(WGS)”优选是指基于基因组范围的标记辅助选择(MAS)过程，其中以中等至较高的密度(例如，约1标记/1cM～1标记/5cM)跨越整个基因组、或以中等至较高的密度跨越QTL区、或者与QTL直接相邻或将其侧包围的标记解释了极大部分的控制两种以上性状的遗传变异。

如本文所用，术语“相互作用效应”优选是指第一标记的预测表型效果根据第二标记的等位基因状态的改变。例如，如果SNP1在SNP2为A时对于阳性等位基因关联具有10的效果估计值，而SNP1在SNP2为T时对于阳性等位基因关联具有5的效果估计值，则10～5的效果估计值变化将被认为是相互作用效应。基于标记的相互作用效应必须涉及至少两个标记。

如本文所用，术语“上位相互作用”优选是指基因的等位基因之间的相互作用，例如，当一个基因的作用被一个或数个独立分类(但可能相连)的基因修饰的时候。

具体实施方式

本发明的各个实施方式提供了评估在动物基因组中的一个以上位置处的动物(尤其是乳畜)的基因型的方法。本发明的这些实施方式的各方面提供了包括确定在包含单核苷酸多态性(SNP)的一个以上位置(基因座)处的动物基因组序列的方法。具体而言，本发明提供了通过确定对于选自表1和3所述SNP的一个以上SNP中的每一个而言针对SNP的两个以上等位基因中何者存在来评估动物基因型的方法。

在这些实施方式的优选方面，对动物基因型进行评估以确定对于选自表1和3所述SNP的10个以上SNP而言存在哪个等位基因。此外，针对对应于2个、10个、100个、200个、500个或1000个以上的SNP(其中至少两个描述于表1和3中)的位置确定动物基因型。在本发明的某些实施方式中，两个SNP之间的相互作用被用于分析动物的基因型。

在本实施方式的其它方面，就至少已显示出与生产力和/或适合度相关的一个以上SNP(与这些性状相关的SNP列表见表1)而言分析动物的基因型。此外，本发明的实施方式提供了用于对2个以上、10个以上、10个以上、50个以上、100个以上、200个以上或500个以上或者1000个以上的SNP进行基因分型的方法，其中所述SNP中的至少一个已被确定为与如表1所述的生产力或适合度性状显著相关。

本发明的各方面还提供了全基因组分析和全基因组选择(WGS)(即为基于基因组范围的标记辅助选择(MAS))。本发明的该实施方式的各个方面提供了其中针对所分析的标记物以中等至较高密度跨越动物的整个基因组的全基因组分析或WGS。即，采用平均以至少约1次/1厘摩～1次/5厘摩出现的标记来分析动物基因组。而且，本发明确定在包括2个以上、10个以上、10个以上、50个以上、100个以上、200个以上、500个以上或1000个以上的标记的用于进行全基因组分析或WGS的标记中，至少一个标记选自表1和3所述的标记。在该实施方式的优选方面，所述标记可以与适合度或生产力性状相关，或者可以与适合度和生产力性状两者均相关。

在本发明的任何实施方式中，SNP基因座处的基因组序列可以通过与本发明相容的任何方法来确定。合适的方法是本领域技术人员公知的，并且包括但不限于直接测序、通过合成测序、引物延伸、基质辅助激光解吸/离子化-时间飞行(MALDI-TOF)质谱、聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性、微阵列/多重阵列***(例如，可获自Affymetrix，Santa Clara，California的那些微阵列/多重阵列***)和等位基因特异性杂交。

本发明的其它实施方式提供了用于根据动物的生产力或适合度预测值来分配动物用于后续应用(例如，用作销售用于肉品或乳品目的的公畜或母畜)的方法。本发明的该实施方式的各个方面包括针对选自表1和3所述的SNP的至少两个SNP确定至少两个动物基因型(针对两个以上SNP确定动物基因型的方法如上所述)。因此，可以基于一个以上、2个以上、10个以上、10个以上、50个以上、100个以上、300个以上、500个以上或1000个以上的SNP处的动物基因型来确定动物的使用分配。动物的分配还可以包括对至少两个SNP之间的相互作用效应的分析。

本发明提供了其中唯一进行的分析是对表1和3所述SNP的基因型的分析的实施方式。其它实施方式提供了其中将本文所公开的SNP分析与任何其它所需类型的基因组分析或表型分析(例如，除本发明所公开的那些遗传标记以外的其它任何遗传标记的分析)结合的方法。而且，所分析的SNP可以选自仅与生产力相关、仅与适合度相关的那些SNP，或者可以对选自适合度和生产力的任何所需组合的SNP进行分析。与各种性状相关的SNP列于表1中。

根据本发明的这些实施方式的各个方面，一旦已经对所选SNP确定了动物的基因序列，就对该信息进行评估以确定对于至少两个所选SNP所存在的SNP等位基因。优选的是，对于所有已确定的SNP评估动物的等物基因互补物。最后，基于动物对于两个以上的所评估的SNP位置的基因型来分配动物的使用。优选的是，考虑到动物在每个所评估的SNP处的基因型而进行分配，但其分配可以基于所评估的SNP的任何一个或多个亚组。

根据本发明的这些实施方式的各个方面，一旦已经对所选SNP确定了动物的基因序列，就对该信息进行评估以确定对于至少两个所选SNP所存在的SNP等位基因。优选的是，对于所有已确定的SNP评估动物的等物基因互补物。进行SNP的等位基因取向分析，且分析结果优选包括与至少一个相互作用效应有关的信息。最后，基于动物对于两个以上的所评估的SNP位置的基因型来分配动物的使用。优选的是，考虑到动物在每个所评估的SNP处的基因型而进行分配，但其分配可以基于所评估的SNP的任何一个或多个亚组。

可以基于任何合适标准进行分配。对于任何SNP而言，可以根据等位基因之一是否与所需特征相关/关联或是否与不需要的特征相关来进行决定。此外，该决定可以优选包括与多个标记之间的相互作用效应相关的信息。该决定往往取决于育种或畜群管理目标。可以通过任何合适的方法来确定与所需表型特征相关的等位基因。这些相关性的确定方法是本领域内公知的；而且，这些方法的使用的各方面通常描述于下文“实施例”中。

可能与本发明的SNP相关的表型性状包括但不限于适合度性状和生产力性状。适合度性状包括但不限于：妊娠率(PR)、子系妊娠率(DPR)、生产寿命(PL)、体细胞计数(SCC)和体细胞评分(SCS)。生产力性状包括但不限于：总乳产率、乳脂百分比、乳脂产率、乳蛋白百分比、乳蛋白产率、终生总产量、挤奶速度和泌乳持续性。

根据本发明该实施方式的各个方面，动物的使用分配可以对具有所需基因型的动物施加阳性选择(例如，针对生产力性状选择具有所需基因型的动物)、阴性选择具有不需要的基因型的动物(例如，将具有不需要的基因型的动物从畜群中剔除)或这些方法的任意组合。根据本发明的该实施方式的优选方面，经鉴定为具有与所需基因型相关的SNP等位基因的动物被分配用于与该表型相一致的应用(例如，基于与适合度阳性相关的表型而分配用于育种)。替代性地，没有与所需基因型阳性相关的SNP基因型的动物不被分配用于与那些具有与该性状的阳性相关性的动物相同的应用。

本发明的其它实施方式提供了用于选择潜在亲本动物(即分配用于育种)以改善潜在子代中的适合度和/或生产力的方法。本发明的该实施方式的各个方面包括针对选自表1和3所述的SNP的至少两个SNP确定至少两个动物基因型。此外，对于是否和如何将动物用作潜在亲本动物的决定可以基于该动物在包括表1和3所述SNP中的至少一个的两个以上、2个以上、10个以上、50个以上、100个以上、300个以上或500个以上的SNP处的基因型。而且，如同其它的使用分配类型那样，本发明的这些实施方式的各个方面提供了其中唯一进行的分析是对动物针对表1和3所述的两个以上SNP进行基因分型的方法。这些实施方式的其它方面提供了其中将本文所公开的两个以上的SNP分析与任何其它所需基因组分析或表型分析(例如，除本发明公开的那些遗传标记物以外的其它任何遗传标记物的分析)组合的方法。而且，所分析的SNP均可选自仅与适合度性状相关或仅与生产力性状相关的那些SNP。相反地，可以对选自这些性状或其它性状的任何所需组合的SNP进行分析。

根据本发明的这些实施方式的各个方面，一旦所选SNP的位点处的动物基因序列已被确定，就对该信息进行评估以确定对于至少两个所选SNP所存在的SNP等位基因。优选对所有测序SNP的动物等物基因互补物进行评估。另外，对动物的等位基因互补物进行分析并将其与动物后代会表达两个以上的表型性状的概率相关联。最后，基于对于所评估的两个以上SNP位置的动物基因型和动物可将所需基因型/等位基因传给其后代的概率来将动物分配用于育种应用。优选的是，考虑到所评估的每个SNP的动物基因型处的动物基因型来进行育种分配。然而，动物的育种分配可以基于所评估的SNP的任何一个或多个亚组。

育种分配可以基于任何合适的标准进行。例如，可以进行育种分配以便增加增强种群中单个特定期望特征优于其它特征(例如，增加的适合度，甚至特异性地降低作为适合度的一部分的体细胞评分(SCS))的概率；替代性地，可以进行选择以便基于性状组合使总产量一般性地最大化。选定的分配取决于育种目标。属于适合度内的子范畴特别包括：子代妊娠率(DPR)、生产寿命(PL)和体细胞评分。属于生产力的子范畴特别包括：乳脂百分比、乳脂产率、总乳产率、乳蛋白百分比和总乳蛋白。

本发明的其它实施方式提供了生产后代动物的方法。根据本发明该实施方式的各个方面，用于生产后代的动物是那些已根据本发明的任何实施方式分配用于育种的动物。使用动物来生产后代的本领域技术人员可以进行必要的分析，或者替代性地，生产后代的本领域技术人员可以获得已经由本领域其它技术人员分析的动物。后代可以通过任何适当方法生产，所述方法包括但不限于：(i)天然育种，(ii)人工授精，(iii)体外受精(IVF)或(iv)从动物收集***/***和/或至少两个卵子并让其分别与来自第二动物的卵子或***/***接触以通过任何方式产生孕体。

根据本发明该实施方式的优选方面，通过包括天然育种的方法来产生后代。在该实施方式的其它方面，通过包括使用标准人工授精(AI)、体外受精、多***胚胎抑制(MOET)或其任意组合的方法来生产后代。

本发明的其它实施方式提供了包括分配动物用于育种目的并从该动物收集/分离遗传材料的方法：其中遗传材料包括但不限于：***、***、卵子、受精卵、血液、组织、血清、DNA和RNA。

可以理解，本发明所提供的方法和信息的最高效和有效的应用采用计算机程序和/或包括全部或一部分的本发明中公开的序列的可电子登入的数据库。于是，本发明的各个实施方式提供了包括全部或一部分的对应于表1和3所述的至少两个SNP的序列的数据库。在这些实施方式的优选方面，所述数据库包括表1和3中所述的1个以上、5个以上、10个以上、20个以上、50个以上或基本所有的SNP。

此外还可以理解，本发明所提供的方法和信息的有效分析和应用将采用自动基因分型；特别是当评估大量标记时(例如，100个)。可以使用包括但不限于使用微阵列的本领域内已知的任何合适方法来进行这种基因分型。

本发明的其它实施方式提供了其中通过两种以上的计算机可执行程序来登入两个以上的SNP序列数据库的方法。这类方法包括但不限于：通过程序来使用数据库以分析SNP与表型性状或其它用户限定的性状(例如，使用两种以上的如基因表达水平、蛋白表达水平或化学概况等度量测定的性状)之间的相关性，和用于分配动物用于育种或售卖的程序。

本发明的其它实施方式提供了包括从已被分配用于育种的动物收集遗传材料的方法。其中，所述动物已通过作为本发明一部分公开的任何方法而分配用于育种。

本发明的其它实施方式提供了用于确定样品中存在何种SNP等位基因的诊断试剂盒或其它诊断装置；其中所述SNP选自表1和3所述的SNP。在本发明的该实施方式的各个方面，所述试剂盒或装置提供了有助于决定是否存在对应于所述SNP的核酸的试剂/仪器。这类试剂盒或装置还可以有助于确定所存在的SNP等位基因。在本发明的该实施方式的某些方面，所述试剂盒或装置包含适用于DNA扩增(例如，通过聚合酶链式反应)的至少两个核酸寡核苷酸。在本发明的其它方面，所述试剂盒或装置包含能在严格条件下与表1和3中所述的至少两个SNP处的至少两个等位基因特异性杂交的纯化核酸片段。

在本发明的该实施方式的特别优选方面，所述试剂盒或装置包含能够确定样品中所存在的表1和3所述的两个以上SNP的等位基因的至少两个核酸阵列(例如，DNA微阵列)。本发明的该实施方式的优选方面提供了能够针对两个以上的SNP同时确定样品中所存在的等位基因的DNA微阵列。优选的是，所述DNA微阵列能够针对10个以上、50个以上、100个以上、200个以上、500个以上或1000个以上的SNP确定样品中所存在的SNP等位基因。这类阵列的制备方法是本领域技术人员已知的，且这类阵列可商购(例如，来自Affymetrix，Santa Clara，California)。

与表中所述的任何SNP由等位基因关联的适合度和/或生产力的遗传标记可以通过本领域技术人员已知的任何适合方法进行鉴定。例如，可以使用对于表中所述任何SNP序列特异的探针来筛选基因组库。通过这种方式，可以鉴定出包含至少该序列的一部分的克隆体，然后可以确定多达300k碱基(300kilobases)的3’和/或5’侧翼染色体序列。通过这种方式，可鉴定出与表中所述SNP有等位基因关联的遗传标记。

本发明的其它实施方式提供了用于鉴定可能与表型变异相关的基因的方法。根据这些实施方式的各个方面，可以通过本领域技术人员公知的方法来确定与特定表型变异相关的SNP的染色***置。一旦确定了染色***置，就可以对疑似参与确定该表型的基因进行分析。这类基因可以通过对该染色体的相邻部分进行测序或通过与人类遗传图谱(或其它物种的已知遗传图谱)的类似部分进行比较而鉴定出来。保守基因簇存在的早期实例在Womack(1987)中进行了综述，其中观察到定位至一个物种中的相同染色体的基因定位至其它紧密相关物种中的相同染色体。随着定位图分辨率的改善，发表了对保守染色体区内的基因结合和顺序的保留的报道(例如，Grosz等，1992)。更近期以来，大规模放射杂交体定位和BAC序列已经产生了人类与牛基因组之间(Everts-van der Wind等，2005)、人类基因组与猪基因组之间(Yasue等，2006)以及脊椎动物基因组当中(Demars等，2006)的染色体规模的比较定位预测。

本发明的其它实施方式提供了用于鉴定作为两个以上的定量性状基因座(QTL)的挤出的因果突变的方法。本发明的该实施方式的各个方面提供了对处在与表1和3所述的两个以上SNP的等位基因关联中的QTL的鉴定。一旦这些SNP被鉴定出，本领域熟练技术人员就能够鉴定处在临近这些SNP的位置的突变。此外，本领域技术人员能鉴定位于所鉴定的SNP临近位置处的基因并评估这些基因以便选择有可能含有所述因果突变的那些基因。一旦这些基因得到鉴定，就可以分析这些基因和周围序列所存在的突变，从而鉴定所述因果突变。

此外，一旦已将与表型变异相关的基因鉴定出，就能通过研究相互作用效应来改善分析的准确性。在QTL中不存在相互作用效应时，可以利用单个QTL的边际效应来进行更快的遗传改良。一般而言，可以估计各个等位基因或基因型的育种值并将所估计的育种值与动物的多基因育种值联合用于作出育种决定。

在存在相互作用效应时，由来自多个QTL的多态性构成的单体型的真育种值不同于在每个QTL处的单个多态性的育种值的总和。因此，设计用于不存在非等位基因相互作用的情况的上述方法不是最理想的。替代性地，应该估计单体型或基因型配制的育种值以进行遗传改良的优化。

使用单体型的种群频率来估计单体型的育种值。在存在种群范围的连锁不平衡时，单体型的频率不同于对应等位基因频率的产物。在这种情况下，更适当的是使用单体型频率以用于育种值估计。

在育种程序中适当使用相互作用的其它益处来自单体型的真育种值与对应等位基因的育种值之和的差异。差异的大小由相互作用的幅度和相互作用的QTL之间的种群范围连锁不平衡的程度决定。

相互作用效应还可以用于产生遗传性优异的杂交育种或杂交动物以用于更高效的商业生产。举例而言，假设基因型A₁A₂B₁B₂是最佳基因型且优于基因型A₁A₂和B₁B₂的育种值(和基因型值)的总和。利用它的一种方式是用基因型A₁A₁B₁B₁和A₂A₂B₂B₂分别创建两系。这两系可以来自不同的品种以创建一个理想的杂交育种，或者来自现存品种群内以创建理想的杂交种。从这两系创建的杂交育种或杂交种都会具有基因型A₁A₂B₁B₂，从而提高了商业生产效率。

相互作用效应也可以用在计算机交配程序内以产生遗传性优异的子代以用于更高效的商业生产。举例而言，假设基因型A₁A₂B₁B₂是最佳基因型并且优于基因型A₁A₂和B₁B₂的育种值(和基因型值)的总和。利用它的一种方式是鉴定出具有基因型A₁A₁B₁B₁和A₂A₂B₂B₂的母牛和公牛。当在交配程序中将潜在配偶排序后，在计算估计的潜在子代的育种值时也可以包括相互作用效应。例如，对于具有A₁A₁B₁B₁的个体，具有A₂A₂B₂B₂基因型的潜在配偶从有利相互作用而言将具有额外的配种值。当然，可以将这一思路扩展用于具有有利或不利相互作用的多组基因座之间的多重相互作用。由于在正常人工授精应用中管理如此量的信息将会极为困难，因而可以使用计算机配种来管理和优化配种。

如上所述(参见第15页第20行-25行)，可以在现存育种群内创建两个不同亚系以便通过使这两个亚系杂交来创建理想杂交种，从而所有商用子代都具有基因型A₁A₂B₁B₂，这提高了商业生产效率。然而，优化用于使多重相互作用的相互作用时期最大化的亚系的创建可能非常复杂。一个解决方案是使用计算机交配来创建理想的亚系以用于优化杂交种的生产中的最终使用。根据不同性状的最终商业价值，可以创建数个亚系来优化相互作用效应以用于不同的育种目标。

实施例

本发明包括了以下实施例以展示本发明的一般实施方式。本领域技术人员应该理解，下文实施例中公开的技术代表了本发明人所发现的在本发明的实践中很好地起作用的技术，因而可以认为其构成了本发明的优选实施方式。然而，根据本公开，本领域技术人员应该理解，在不背离本发明的情况下可以在所公开的具体实施方式中进行许多变化而仍然获得相似的或类似的结果。

根据本公开，本文公开和要求的所有组合物和方法可以在不进行不必要的实验的情况下制备和执行。尽管已经就优选实施方式而言对本发明的组合物和方法进行了说明，然而对于本领域技术人员显而易见的是，可以在不背离本发明的概念和范围的情况下应用各种变化。

实施例1：确定遗传标记与表型性状之间的关联

基于基因组范围的基因基础定量性状(定量性状基因座：QTL)的同时发现和精细定位需要密集覆盖整个基因组的遗传标记。如本实施例中所述，从具有在牛基因组中的此前估计位置的微卫星(microsatellite)标记和单核苷酸多态性(SNP)标记、以及从具有在牛基因组中的基于与人类序列的同源性和人类/牛比较定位图的推断位置的SNP标记构建了全基因组的密集覆盖的标记定位图。开发了作为CRIMAP软件(Green等，Washington UniversitySchool of Medicine，St.Louis，1990)的扩展的新连锁定位软件包以使得能够在血统明确的家畜群中的基因组范围上进行更有效的密集分布的标记的定位(Liu和Grosz，Abstract C014；Grapes等，Abstract W244；2006 Proceedings ofthe XIV Plant and Animal Genome Conference，www.intl-pag.org)。新连锁定位工具建立于CRIMAP中编程的基本定位原则上以通过较大系谱的配分、染色体指派的自动化和两点连锁分析以及将子定位图合并为完整染色体来提高效率。所得的全基因组发现图(WGDM)包括6,966个标记和长度为3,290cM的定位图并且平均定位图密度为2.18标记/cM。标记之间的平均间隔为0.47cM且最大间隔为7.8cM。该定位图为有助于乳牛中的生产力和适合度变异的QTL的全基因组分析和精细定位提供了基础。

发现和定位种群

用于发现和定位种群的***可以采取许多形式。用于确定种群范围的标记/QTL关联的最有效策略包括在允许对非遗传效应的解释且包含有关于受测个体的系谱的信息的设计中收集具有表型测定的感兴趣的个体的较大且遗传多样性的样品。在本实施例中，使用了遵循孙代设计(Weller等，1990)的后代群来发现和定位QTL：来自荷斯坦种的种群各有平均具有6.1个基因分型的雄性子代的529只公畜，且每个雄性子代平均具有4216个带有产奶数据的雌性子代。从约3,200只荷斯坦公牛和来自其它产乳品种的约350只公牛收集DNA样品；代表多个公畜和祖父代公畜家系。

表型分析

受到评估的产乳性状包括如乳产量(“MILK”)(磅)、脂肪产量(“FAT”)(磅)、脂肪百分比(“FATPCT”)(％)、生产寿命(“PL”)(月)、体细胞评分(“SCS”)(Log)、子代妊娠率(“DPR”)(％)、蛋白产量(“PROT”)(磅)、蛋白百分比(“PROTPCT”)(％)和净价值(net merit)(“NM”)(美元)等传统性状。这些性状是受性别限制的，这是因为在雄性动物上无法测定个体表型。相反，定义为PTA(预测传递能力)的这些性状的遗传价值使用所有近亲的表型来估计。大多数产乳公牛是用相当大数量的雌性子代(例如，＞50)测试过的后代，且其PTA估计值比个体乳牛表型数据通常更加准确或更准确得多。对于美国荷斯坦种群的传统产乳性状的遗传评估每季度由USDA进行。性状、遗传评估步骤和评估中所用遗传参数的详细说明可见于USDA AIPL网站(www.aipl.arsusda.gov)。重要的是应注意到，本实施例中评估的产乳性状不是独立的：FAT和PROT分别是MILK和FATPCT、以及MILK和PROTPCT的复合性状。NM是基于蛋白产量、脂肪产量、生产寿命、体细胞评分、子代妊娠率、产犊难度和数类性状而计算的指标性状。蛋白产量和脂肪产量共同占＞50％的NM，而乳产量、脂肪含量和蛋白含量的值由蛋白产量和脂肪产量来说明。

从2005年11月公布于AIPL网站的USDA评估下载了带有后代测试数据的所有公牛的PTA数据。使用以下两个模型来分析PTA数据：

y_ij＝s_i+PTAd_ij [等式2]

y_i＝μ+β₁(SPTA)_i+PTAd_i [等式3]

其中y_i(y_ij)是第i只公牛的PTA(第i只公畜的第j个子代的PTA)；s_i是第i只公畜的效应；(SPTA)_i是整个样本的第i只公牛的公畜PTA；μ是种群平均值；PTAd_i(PTAd_ij)是残余公牛PTA。

等式2称作公畜模型，其中将公畜作为固定因子进行拟合。在所有美国荷斯坦后代受测公牛中，相当大量的公畜仅有非常少量的后代受测子代(例如，某些仅有一个子代)，在这些情况中将公畜作为固定因子拟合是显然不合需要的。公知的是，在前几十年中美国荷斯坦畜群已经在传统产乳性状上得到了稳定和快速的遗传进步，这暗示着公畜的效应可能部分地通过拟合公牛的出生年份来得到解释。对于具有少于10个后代受测子代的公畜，在等式2中用子代的出生年份替代公畜。等式3称作SPTA模型，其中将公畜的PTA拟合为协变量。使用线性回归来估计残余PTA(PTAd_i或PTAd_ij)。

SNP-性状关联分析

在本实例中，在上述发现种群中使用基于个体有序基因型的概率的统计分析进行连锁不平衡(LD)定位，所述概率是在所观测标记基因型的条件下估计的。第一步是在祖父代公畜的标记基因型数据和子代标记基因型数据的条件下估计在所有连锁标记处的公畜有序基因型概率。随着系谱的大小和复杂性以及连锁标记的数目的增加，确切计算很快在计算上变得无法实现。例如，当公畜具有k个连锁杂合基因座时，对于所有连锁基因座总共存在2k个有序基因型。使用基于似然比(likelihood ratio)测试开发的逐步程序来估计在所有连锁标记处的公畜有序基因型。

如下在侧翼信息化标记的条件下估计感兴趣的基因座处的有序基因型的概率：

P (H_{sik} H_{dlk} | M) = \underset{a}{Σ} \underset{b}{Σ} P (H_{sa} H_{db} | M) * P (H_{sik} H_{dlk} | H_{sa} H_{db}, M)

[等式4]

其中P(H_saH_db|M)是在所观测的基因型数据M的条件下在所有连锁基因座处具有一对单体型(或有序基因型)H_saH_db的公畜的概率，P(H_sikH_dlk|H_saH_db，M)是在所有连锁基因座处的公畜有序基因型H_saH_db和所观测基因型数据M的条件下具有在感兴趣的基因座处的有序基因型H_sikH_dlk的子代的概率。

为了确定单体型概率与性状表型之间的关联，通过设定染色体间距的最大长度以及所包括的标记的最小数目和最大数目来定义各个染色体上相邻(和/或非相邻)标记的单体型。显而易见，必须设定相似的参数来形成或定义用于单体型评估的标记基因座的组。通过采用以下模型的回归法评估了经预调节的性状表型与单体型(或单体型对，另称为有序基因型)之间的关联：

{PTAd}_{k} = \underset{i}{Σ} β_{si} P (H_{sik}) + e_{k}

[等式5]

{PTAd}_{k} = \underset{i}{Σ} β_{di} P (H_{dik}) + e_{k}

[等式6]

{PTAd}_{k} = \underset{i}{Σ} β_{si} [P (H_{sik}) + P (H_{dik})] + e_{k}

[等式7]

{PTAd}_{k} = \underset{i}{Σ} β_{si} [P (H_{sik} H_{djk}) + P (H_{sjk} H_{dik})] + e_{k}

[等式8]

其中，PTAd_k是在公畜模型下的等式3中定义的第k只公牛的预调节PTA，且其可在SPTA模型下用等式3中定义的PTAdi替代，而e_k是残余；P(H_sik)和P(H_dik)是作为单体型i的个体k的父系单体型和母系单体型的概率；P(H_sikH_dik)是具有能用等式4估计的父系单体型i和母系单体型j的个体k的概率；所有β对应于回归系数。等式5、6、7和8分别被设计来模拟父系单体型、母系单体型、加合性单体型和基因型效应。

使用最小二乘法来估计单体型或单体型对在表型性状上的效应，并用常规F测试来测试该效应的显著性。基于每个半同胞家系内的表型置换(20,000)进行置换检验以估计I型误差率(p值)。

实施例2：多个遗传标记之间的相互作用效应的分析

来自候选基因的SNP聚类：主要由于较小的有效种群大小和较强的选择的原因，在动物种群中来自紧密相连的SNP的等位基因通常是相关的(例如，Farnir等，2000；Du等，2007)。显然，如果两个SNP处在完美LD中，它们与感兴趣的性状的关联以及与其感兴趣的性状上的其它SNP的相互作用都将相似，这不会提供多少额外的统计证据。因此，有用的是在对单一基因处的多个SNP进行基因分型时将来自相同候选基因的SNP聚类(clustering)。

性状表型预调节：该研究集中与传统产乳性状，包括乳产量(“MILK”)(磅)、脂肪产量(“FAT”)(磅)、脂肪百分比(“FATPCT”)(％)、生产寿命(“PL”)(月)、体细胞评分(“SCS”)(Log)、子代妊娠率(“DPR”)(％)、蛋白产量(“PROT”)(磅)、蛋白百分比(“PROTPCT”)(％)和净价值(“NM”)(美元)。这些性状是受性别限制的，这是因为在雄性动物上无法测定个体表型。相反，定义为PTA(预测传递能力)的这些性状的遗传价值使用所有近亲的表型来估计。大多数产乳公牛是用相当大数量的雌性子代(例如，＞50)测试过的后代，且其PTA估计值比个体乳牛表型数据通常更加准确或更准确得多。对于美国荷斯坦种群的传统产乳性状的遗传评估每季度由USDA进行。性状、遗传评估步骤和评估中所用遗传参数的详细说明可见于USDA AIPL网站(http://aipl.arsusda.gov)。重要的是应注意到，本实施例中评估的产乳性状不是独立的：FAT和PROT分别是MILK和FATPCT、以及MILK和PROTPCT的复合性状。NM是基于蛋白产量、脂肪产量、生产寿命、体细胞评分、子代妊娠率、产犊难度和数类性状而计算的指标性状。

从公布于AIPL网站的2007年2月USDA评估下载了带有后代测试数据的所有公牛的PTA数据。使用以下两个模型来分析PTA数据：

y_ij＝s_i+PTAd_ij [等式9]

y_i＝μ+β₁(SPTA)_i+PTAd_i [等式10]

等式9称作公畜模型，其中将公畜作为固定因子进行拟合。在所有美国荷斯坦后代受测公牛中，相当大量的公畜仅有非常少量的后代受测子代(例如，某些仅有一个子代)，在这些情况中将公畜作为固定因子拟合是显然不合需要的。公知的是，在前几十年中美国荷斯坦畜群已经在传统产乳性状上得到了稳定和快速的遗传进步，这暗示着公畜的效应可以部分地通过拟合公牛的出生年份来得到解释。对于具有少于10个后代受测子代的公畜，在等式9中用子代的出生年份替代公畜。等式10称作SPTA模型，其中将公畜的PTA拟合为协变量。使用SAS PROC GLM法来估计残余PTA(PTAd_i或PTAd_ij)并将其用于本研究的进一步候选基因分析中。

候选基因相互作用分析：使用以下线性模型分析了每个产乳性状的SNP与残余PTA的关联：

{PTAd}_{i} = Σ_{j = 1}^{2} Σ_{k = 1}^{n_{gj}} I_{ijk} β_{jk} + Σ_{h = 1}^{n_{g 2}} Σ_{k = 1}^{n_{g 1}} I_{i 1 k} * I_{i 2 h} δ_{kh} + e_{i}

[等式11]

其中，PTAd_i是在公畜模型下的等式10中定义的第i只公牛的预调节PTA，且能被SPTA模型下的等式9中定义的PTAd_i替代；n_gj是在SNPj(j＝1，2)处的无序基因型的数目；e_i是残余效应；β_k是基因型指示物I_ijk的效应，δ_kh是第1个SNP处的基因型指示物I_ilk与第2个SNP处的基因型指示物I_i2h之间的相互作用效应；且基因型指示物I_ijk被定义为

[等式12]

总体分析由两步组成。首先使用所有由USDA评估的公牛对原始PTA数据进行预调节(等式9和10)，然后使用等式11来分析经预调节的PTA以进行SNP与性状之间的统计关联。等式9和11的组合以及等式10和11的组合分别称为公畜模型和SPTA模型。

该分析的结果如表1中所示。

实施例3：使用单核苷酸多态性(SNP)改善子代性状

为了改善种群对于选定的性状的平均遗传价值，可以在选择育种动物时使用与该性状显著相关的两个以上的标记。在每个发现的基因座的情形中，在具有有利QTL等位基因的种群范围LD中使用拥有标记等位基因(或多个标记等位基因的单体型)的动物将增加用于育种的动物的育种值、随时间推移增加该QTL等位基因在种群中的频率并由此增加该种群对于该性状的平均遗传价值。可以将这一增加的遗传价值散布至商业种群以完全实现价值。

例如，后代测试方案能通过将标记用于筛选幼年公牛而极大改善了其遗传进步速率或分级(graduation)成功率。通常，后代测试程序会使用系谱信息和近亲的表现来以约0.5的准确性选择幼年公牛作为候选者进入该程序。然而，通过添加标记信息，可以以高得多的准确性来筛选和选择幼公牛。在该实施例中，可以采用处在与QTL的连锁不平衡中的基因组范围标记组来筛选来自潜在公牛母亲及其雄性子代的DNA样本，并可以收缩具有最佳标记概况图的公牛母亲候选者以用于与特定公牛交配。如果采用超数***和胚胎移植(ET)，则每个公牛母亲每次冲洗步骤都能产生一组5～10个子代。然后可以将标记组再次用于选择最佳雄性子代作为候选者以用于后代测试程序。如果使用基因组范围标记，则据估计标记选择的准确性能达到最高0.85(Meuwissen等，2001)。这一额外准确性能被用来极大改善进入后代测试程序的候选者的遗传价值并由此增加将可销售的经后代测试的公牛成功分级的概率。这一信息还能被用于通过减少受测幼年公牛候选者的数量同时维持相同的成功分级者的数量来减少程序成本。在极端情况下，可以使用非常准确的标记育种值(MBV)在根本无需后代测试的情况下将来自幼年公畜的***直接销售。出于现在可以将幼犊从***而不是4.5～5岁时开始销售，可以将世代间隔减少超过一半且获益率能增加多达68.3％(Schrooten等，2004)。随着对后代测试的需求的消除，人工授精工业的遗传改良成本将大大改善(Schaeffer，2006)。

在一个替代性实例中，可以维持集中的或分散的牛遗传核心(GN)种群来生产用于后代测试或基于MBV直接销售的幼年公牛。假设将前10％～15％的雌性用作超数***和胚胎抑制(MOET)方案中的ET供体，可以预测1000只乳牛的GN畜群每年会产生大约3000个子代。然而，标记能改变MOET方案和体外胚胎制备的有效性。此前已据证实，MOET核心方案从额外遗传收益的角度而言是有前途的，但对核心畜群以及幼年动物的有限信息的操作成本已限制了广泛的采用。但采用标记信息时，可以比以前更准确得多地选择幼犊从而导致世代间隔的极大减小和遗传响应速率的提高。这对于MOET核心中却方案尤其正确，因为此前全同胞的育种值会完全相同，但采用标记信息可以在寿命早期鉴定出最佳全同胞。标记信息还能帮助限制近交，这是因为更少的选择压力被放在系谱信息上而更多的选择压力在个体标记信息上。早期研究(Meuwissen和van Arendonk，1992)发现，当在核心畜群情况下采用标记时具有高达26％额外遗传收益的优势；然而，常规后代测试的益处要少得多。

连同MAS，雌性选择也能成为遗传改良的重要来源，特别是如果标记解释了显著量的遗传变异的话。通过在植入前对胚胎的标记测试可以获得更高的效率(Bredbacka，2001)。这将使得能够在胚胎上产生相当大的选择从而具有可以在植入之前弃去较差标记概况的胚胎并减少接受者成本。这还可增加核心畜群的成本有效性，因为胚胎预选择将使得能用较小的核心畜群获得等同的进步。替代性地，这在公牛进入后代测试之前提供了进一步的预选择机会并且据预测遗传响应速率比常规后代测试要快上高达31％(Schrooten等，2004)。

使用SNP来估计育种值和在GN中进行选择的第一步是从将成为候选者的所有子代收集DNA，所述候选者将用于选择作为GN中的种畜或其它商业种群中的种畜(在本实施例中，每年在GN中产生3,000个子代)。一种方法是在出生后不久从每只牛犊获取少量耳组织、毛发样本或血液置于标记(条纹码标记)的试管中。可以在动物达到育种年龄以前将从这些组织提取的DNA用于测试基本无限数量的SNP标记并可将结果包括在选择决定中。

用于将确定为处在具有有价值的QTL等位基因的种群范围LD(参见实施例1)中的标记(或标记单体型)并入选择决定的一种方法是基于经典定量遗传学和选择指标理论(Falconer和Mackay，1996；Dekkers和Chakraborty，2001)。为了估计标记在用于选择的靶标种群中的效果，可以在将标记拟合为固定效应或作为协变量(等位基因拷贝数上的表型回归)时用混合动物模型来分析具有对感兴趣的性状的表型测定值的动物的随机样本。可以使用来自任一个标记效应拟合方法的结果来推导等位基因取代效应，和相应地推导标记的育种值：

α₁＝q[a+d(q-p)] [等式13]

α₂＝-p[a+d(q-p)] [等式14]

α＝a+d(q-p) [等式15]

g_A1A1＝2(α₁) [等式16]

g_A1A2＝(α₁)+(α₂) [等式17]

g_A2A2＝2(α₂) [等式18]

其中，α₁和α₂分别是等位基因1和2的平均效应；α是等位基因取代的平均效应；p和q分别是等位基因种群中的频率；a和d分别是加合性效应和显性效应；g_A1A1、g_A1A2和g_A2A2分别是具有标记基因型A1A1、A1A2和A2A2的动物的(标记)育种值。动物的总性状育种值是对于所考虑的每个标记(或单体型)的育种值与残余多基因育种值之和：

{EBV}_{ij} = Σ {\hat{g}}_{j} + {\hat{U}}_{i}

[等式19]

其中，EBV_ij是第i只动物的估计性状育种值，

是从j＝1到j＝n相加的标记育种值(其中N是受考虑的标记(单体型)的总数)，而

是拟合标记基因型后的第i只动物的多基因育种值。

可以将这些方法容易地扩展以估计对于多重性状的选择候选者的育种值，对于每个性状的育种值包括来自多个标记(单体型)的信息，均处在选择指标理论的背景和设定每个性状的相对重要性的特定育种目标之内。也存在其它方法用于在估计多个性状的育种值时对标记信息进行优化，这些方法包括负责标记和QTL之间的重组的随机模型(例如，Fernando和Grossman，1989)和对在全基因组选择中所有发现的标记信息的潜在性包括(Meuwissen等，Genetics 2001)。通过这些方法中的任何一种可以将本文报道的已被确定处在具有有价值的QTL等位基因的种群范围LD中的标记用于在乳品工业中提供更高的选择准确性、更大的遗传改良速率和更大的价值积累。

实施例4：使用具有相互作用效应的多个SNP改良子代性状

为了说明相互作用效应在育种程序中的使用，考虑在两个双等位基因QTL(由A和B表示)处的两个因果突变。令A₁和A₂以及B₁和B₂分别为QTL A和B的两个等位基因。模拟两种相互作用和主要效应的一种方式是拟合所有基因型配置的效应：

y_i＝∑β(A_tA_j；B_sB_k)I(A_tA_j；B_sB_k)+a_i+ε_i [等式20]

其中a_i表示多基因随机效应；(A_tA_j；B_sB_k)表示由A和B处的基因型构成的基因型配置；β(A_tA_j；B_sB_k)是基因型配置(A_tA_j；B_sB_k)的回归系数；I(A_tA_j；B_sB_k)是如下定义的指标函数：

[等式21]

等式[20]可以用于检测和利用相互作用效应。等式20中的基因型配置(A_tA_j；B_sB_k)的效应可以被拟合为固定效应或随机效应。

由来自每个QTL的一个等位基因组成的单体型的育种值可以使用下式进行计算：

α(A_iB_j)＝β(A_iA₁；B_jB₁)f(A₁B₁)+β(A_iA₁；B_jB₂)f(A₁B₂)

[等式22]

+β(A_iA₂；B_jB₁)f(A₂B₁)+β(A_iA₂；B_jB₂)f(A₂B₂)

其中，f(A_kB_s)(k，s＝1，2)表示单体型A_kB_s的频率。应该注意，f(A_kB_s)不等于在种群范围的连锁不平衡存在时的对应等位基因频率的产物。

具有(A_iA_j；B_kB_s)基因型配置的动物的育种值可以如下计算：

BV(A_iA_j；B_kB_s)＝2[p(A_iB_k)α(A_iB_k)+p(A_iB_s)α(A_iB_s)

[等式23]

+p(A_jB_k)α(A_jB_k)+p(A_jB_s)α(A_jB_s)]

其中，p(A_iB_j)是由该动物产生的具有配子单体型的配子的概率。应该注意，所有可能的单体型的概率之和等于1，且在基因型配置在两个基因座处均为杂合的情况下p(A_iB_j)的值是QTLA和B之间的重组分数的函数。为了进一步解释连锁效应，考虑具有A₁B₁/A₂B₂基因型的动物(即由单体型A₁B₁和A₂B₂组成)。该动物的四种不同单体型的概率可以如下计算：

p(A₁B₁)＝p(A₂B₂)＝0.5(1-θ_AB) [等式24]

和

p(A₁B₂)＝p(A₂B₁)＝0.5θ_AB [等式25]

其中，θ_AB表示基因座A和B之间的重组分数。

可以以与常规多基因育种值相同的方式将基因型配置的育种值用于遗传改良目的。

应该注意，可以使用各种统计模型来估计相互作用效应。还应注意，可以将上述步骤轻易扩展用于具有多个等位基因和/或多个基因座的情形(例如，通过在等式20中包括所有可能的基因型配置)。

实施例5：SNP的鉴定

如果核酸序列包含至少20个连续的包含表1和3以及序列表所述的多态性和/或与之相邻的核苷酸，则该核酸序列含有本发明的SNP。替代性地，在其中较短的连续核苷酸序列在牛基因组中是独特的情况下，可以通过包含表1和3以及序列表所述的多态性或与之相邻的较短的连续核苷酸片段来鉴定本发明的SNP。通常，SNP位点的特征在于其中包含有多态位点(polymorphic site)的共有序列、多态位点的位置和多态位点处的各种等位基因。“共有序列”是指构建为在比对的序列簇的每个核苷酸位置处一致的DNA序列。这些簇通常用于鉴定基因座的等位基因中的SNP和得失位(Indel)(***/缺失)多态性。共有序列可以基于基因座处的DNA链，并且使用简并代码来描述基因座中每个SNP等位基因的任意一个的核苷酸碱基或者两个SNP等位基因(IUPAC代码：M代表A或C；R代表A或G；W代表A或T；S代表C或G；Y代表C或T；K代表G或T；V代表A或C或G；H代表A或C或T；D代表A或G或T；B代表C或G或T；N代表A或C或G或T；此处采用的其它代码包括：I代表“-”或A；O代表“-”或C；E代表“-”或G；L代表“-”或T；其中“-”是指缺失)。因此，尽管共有序列可能不是实际DNA序列的拷贝，但共有序列可用于准确地设计用于基因座中的实际多态性的引物和探针。

这些SNP具有如下核酸序列：所述核酸序列具有与包含所述多态性或与之相邻的动物DNA片段的任一条链中相同数目的核苷酸的序列的至少90％的序列同一性(identity)、更优选为至少95％的序列同一性、甚至对于某些等位基因至少98％且在某些情况下至少99％的序列同一性。这种动物DNA片段的一条链的核苷酸序列可见于由SEQ ID NO：1～SEQ ID NO：175构成的组中的序列。通过多态性的真实特性可以理解，对于某些等位基因而言，在多态位点自身处不存在同一性。因此，可以对排除于多态性序列之外的序列确定序列同一性。每个基因座中的多态性如表1和3中所述。

下文显示了彼此匹配的公共牛SNP的实例：

经确定，SNP ss38333809与ss38333810相同，这是因为来自各序列的41个碱基(多态位点处于中间)与另一个完全匹配(匹配长度＝41，同一性＝100％)。

ss38333809：tcttacacatcaggagatagytccgaggtggatttctacaa

|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||

ss38333810：tcttacacatcaggagatagytccgaggtggatttctacaa

ss38333809是SEQ ID NO：172，ss38333810是SEQ ID NO：173

经确定，SNP ss38333809与ss38334335相同，这是因为来自各序列的41个碱基(多态位点处于中间)与另一个除一个碱基外均匹配(匹配长度＝41，同一性＝97％)。

ss38333809：tcttacacatcaggagatagytccgaggtggatttctacaa

|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||

ss38334335：tcttacacatcaggagatggytccgaggtggatttctacaa

ss38333809是SEQ ID NO：174，SS38334335是SEQ ID NO：175

实施例6：对生产性状的定量和遗传评估

可以通过测定每次挤奶时或仅在一定时间间隔时的乳牛的奶和乳组成来对生产性状进行定量。在USDA产量评估中，产乳数据由乳牛牛群改良协会(DHIA)使用ICAR认可方法进行收集。遗传评估包括采用已知公畜且初次产犊在1960年以后的所有乳牛和出生年在1950以后的谱系。少于350天的泌乳期被延长至305天。针对产犊时畜龄、产犊月份、每日挤奶次数、此前开放天数和不均匀变化的影响来预先调节所有记录。使用单性状BLUP重复性模型来进行遗传评估。该模型包括管理组(畜群×年×季外加注册状态)、产次(parity)×畜龄的固定效果和永久环境和公畜互动对畜群的随机效果。每年评估和发布4次PTA(2月、5月、8月和11月)。相对于5年逐步基础(即作为与2000年出生的所有乳牛的平均值的差异)来计算PTA。对于具有有着有效泌乳记录的10个雌性子代的公牛，发布公牛PTA以便估计雌性子代的表现。

实施例7.对雌性子代(乳牛)和公畜的PTA的繁殖性状的定量

对如产犊容易性(CE)、死产发生率(SB)和子代妊娠率(DPR)等繁殖能力的定量和遗传评估。产犊容易性测定特定乳牛(雌性子代)容易地产犊的能力。CE由场主在1～5的规模上进行评分，1意味着未遇到问题或未观察到的分娩，而5意味着极其困难。公畜的CE PTA表达为初次分娩的子代母牛的难产百分比(％DBH)，其中难产是被评为需要相当大的外力或极为困难的那些分娩(5分体系中为4或5)。SB由场主在1～3的规模上进行评分，1意味着牛犊出生时存活并且产后48小时仍存活，2意味着牛犊出生时死亡，而3表明牛犊在出生时存活但在产后48小时内死亡。2和3的SB评分被合并为一个类别以用于评估。公畜的SB PTA表达为子代母牛的死产百分比(％SBH)，其中死产牛犊是被评为出生时死亡或出生时存活但在出生48小时内死亡的那些牛犊(3分体系中为2或3)。妊娠率是开放天数(产犊和成功育种之间的天数)的函数。DPR被定义为非妊娠乳牛(子代)在每个21日周期中怀孕的百分比。DPRPTA为“1”表示来自该公畜的雌性子代比具有0的DPRPTA的公牛在该发情周期中怀孕的容易性高出1％。

实施例8：对生产寿命(PL)的定量和遗传评估

生产寿命(PL)被定义为在自愿或非自愿剔除(因健康或繁殖力问题)而移除或死亡之前乳牛在产乳畜群中保留的时长。PL通常以天数、月数或从初次产犊至该乳牛离开畜群(因死亡、剔除或出于非乳用目的销售)当日的产乳天数(DIM)来测定。由于某些乳牛在收集数据时仍然存活，将它们的记录进行推想(VanRaden，P.M.和E.J.H.Klaaskate.1993)或作为经删减处理(Ducrocq，1987)。针对PL的USDA遗传评估包括在1960年以后初次产犊的所有乳牛(对于谱系而言出生于1950年以后)。考虑了在评估之前至少3年出生、具有有效公畜ID和初次泌乳记录的乳牛。在7岁龄时认为PL完全。对于因其仍然存活、或处于乳用目的销售或畜群中断测试而没有机会达到7岁龄的乳牛将记录扩展。处于乳用目的销售或处于中断测试的畜群中的乳牛如果其有机会达到3岁龄则得到扩展的记录；否则将其记录废弃。遗传评估方法是单性状BLUP动物模型。该统计模型包括管理组(基于首次泌乳的畜群和出生日期)和畜群互动对公畜的效果。相对于5年逐步基础(即作为与2000年出生的所有乳牛的平均PL的差异)来计算公畜的PL PTA。

实施例9：对子代(乳牛)和公畜PTA中的体细胞评分的定量

通过计算log₂(SCC/100,000)+3来进行体细胞评分(SCS)定量，其中SCC是来自乳牛(子代)的每毫升乳中的体细胞数。公畜的SCS PTA被表达为从为零的SCS PTA的偏差。

实施例10：候选基因内的新型SNP相关性的发现

动物样品和基因分型。从USDA AIPL网站(http://aipl.arsusda.gov)下载具有NAAB代码的共3145只荷斯坦乳牛以形成用于本研究的资源种群。将来自10个候选基因(瘦素、pou1F1、κ酪蛋白、骨桥蛋白、β2-肾上腺素能受体、生长激素受体、蛋白酶抑制剂、抗乳腺癌蛋白、甘油二酯酰基转移酶)的共22个SNP(单核苷酸多态性)用ABI Taqman平台进行内部基因分型或利用各种化学方法进行外部基因分型(Genaissance Pharmaceuticals，Inc.，New Haven，CT)。

本研究中所用的所有SNP都具有两个等位基因，从而对于每个SNP产生总共3个无序基因型(两个纯合子和一个杂合子)。如果对于次等位基因(minor allele)而言少于300只公牛是纯合的，则可以将该次等位基因纯合子类与杂合子合并以形成复合基因型(基因型iiij是指基因型ii和ij两者)或将其从分析中排除。因此，可以使用原始基因型、复合基因型和在具有最少出现的基因型的公牛数小于300时将最少出现的基因型排除的数据进行分析。

性状基因型预调节。受分析的性状包括乳产量(“MILK”)(磅)、脂肪产量(“FAT”)(磅)、脂肪百分比(“FATPCT”)(％)、生产寿命(“PL”)(月)、体细胞评分(“SCS”)(Log)、子代妊娠率(“DPR”)(％)、蛋白产量(“PROT”)(磅)、蛋白百分比(“PROTPCT”)(％)和净价值(“NM”)(美元)。这些性状是受性别限制的，并将这些性状的遗传价值定义为PTA(预测传递能力)且使用所有近亲的基因型进行估计。评估中所用的性状、遗传评估步骤和遗传参数的具体说明可见于USDA AIPL网站(http://aipl.arsusda.gov)。值得注意的是，本研究中所评估的产乳性状并非独立性的。

具有后代测试数据的所有公牛的PTA数据均下载自2005年11月发布于AIPL站点的USDA评估。使用以下两个模型来分析PTA数据：

y_ij＝s_i+PTAd_ij [等式26]

y_i＝μ+β₁(SPTA)_i+PTAd_i [等式27]

其中y_i(y_ij)是第i只公牛的PTA(第i只公畜的第j只雄性子代的PTA)；s_i是第i只公畜的效应；(SPTA)_i是整个样本的第i只公牛的公畜PTA；μ是种群平均值；PTAd_i(PTAd_ij)是残余公牛PTA。

等式26称作公畜模型，其中将公畜作为固定因子进行拟合。对于具有少于10个后代受测子代的公畜，在等式26中用子代的出生年份替代公畜。等式27称作SPTA模型，其中将公畜的PTA拟合为协变量。使用SAS PROCGLM程序来估计残余PTA(PTAd_i或PTAd_ij)并将其用于本研究中的进一步候选基因分析。

候选基因分析。使用以下线性模型来分析每个产乳性状的SNP和残余PTA之间的相关性：

PTAd_i＝μ+β₁x_i+e_i [等式28]

{PTAd}_{i} = Σ_{k = 1}^{n_{g}} I_{ik} β_{k} + e_{i}

[等式29]

其中，PTAd_i是如在公畜模型下的等式26中定义的第i只公牛的预调节PTA，并且可以由SPTA模型下的等式27中定义的PTAd_i所替代；x_i是第i只公牛具有的特定SNP等位基因的拷贝数，而β₂是x_i的回归系数；n_g是无序基因型的数目；e_i是残余效应；而是基因型指示物I_ik的效应，I_ik定义如下：

[等式30]

总体分析由两步组成。首先用由USDA评估的所有公牛对原始PTA数据进行预调节(等式26和27)，然后用等式28和29分析经预调节的PTA的SNP与性状之间的统计相关性。等式26和28、26和29、27和28以及27和29的组合分别称为公畜_等位基因、公畜_基因型、SPTA_等位基因、SPTA_基因型模型。

通过加合性(＝(G_ii-G_jj)/2)、显性(＝G_ij-(G_ii-G_jj)/2)或两种基因型之间的差异来描述SNP在性状上的效果，其中i和j是指SNP的两个等位基因，而G_ij代表基因型ij的平均值。

该分析的结果如表1和序列表中所示。性状的缩写包括以下：包括妊娠率(PR)、子代妊娠率(DPR)、生产寿命(PL)、体细胞计数(SCC)和体细胞评分(SCS)的适合度性状；和包括总乳产量(MY)、乳脂百分比(FP)、乳脂产量(FY)、乳蛋白百分比(PP)、乳蛋白产量(PY)、终身总产量(PL)和净价值(NM)的生产力性状。

表1：下表描述由本文所述的实验得到的基因、标记物、性状相关性和相互作用效应

基因_1

标记物1

标记物1的SEQ_ID^＊

基因_2

标记物2

标记物2的SEQ_ID^＊

相关性状

PI

NBQA_00010

12

n/a

DPR

PI

NBQA_00010

12

SPP1

NBGA_00003

2

FP，MY，PP

PI

NBGA_00004

3

n/a

DPR

PI

NBGA_00004

3

SPP1

NBGA_00003

2

FP，MY，PP

PI

NBQA_00004

7

SPP1

NBGA_00003

2

FP，PP

PI

NBQA_00007

10

SPP1

NBGA_00003

2

FP，PP

PI

NBGA_00005

4

SPP1

NBGA_00003

2

FP，MY，PY

POU1F1

NBQA_00003

6

n/a

PL，SCS

POU1F1

NBQA_00003

6

SPP1

NBGA_00003

2

FY，SCS

RCN3

bRCN3_CG_143

87

n/a

DPR，PY

RIM2

bRIM2_G5152A

103

n/a

DPR，SCS

SPP1

NBGA_00003

2

n/a

DPR，PL，SCS

TLE4

bTLE4_G611A

139

n/a

MY，NM，PL，PY

^*包括位置、长度、SEQ ID号和等位基因等每个多态性的细节见表4和序列表。

实施例11：CATSPER、CD14、IGF2R、LIF、OSM、RCN3、RIM2和TLE4基因中的新标记物的发现以及与产乳性状的相关性

使用3000只荷斯坦公牛进行全基因组扫描以鉴定所有牛染色体上的产乳性状的定量性性状基因座(QTL)。本发明考虑染色体BTA07(CD14)、BTA08(TLE4)、BTA09(IGF2R)、BTA14(RIM2)、BTA17(LIF，OSM)、BTA18(RCN3)和BTA29(CATSPER)上的QTL(和选定的候选基因)。将据发现与产乳性状相关的用于全基因组扫描中的SNP的侧翼序列被用于针对公共牛基因组序列集合的BLAST。鉴定与QTL SNP位置邻近或远离(约5cM内)的基因并进行研究以确定推定功能。对于染色体BTA07、BTA08、BTA09、BTA14、BTA17、BTA18和BTA29上的选定QTL而言，分别选择候选基因CD14、TLE4、IGF2R、RIM2、LIF和OSM、RCN3以及CATSPER以进行新型标记物发现。基因和NCBI基因ID号如下表2中所示(www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez？db＝Gene)。

表2：下表描述与NCBI基因ID号相关的基因

基因	NCBI基因ID
		CATSPER	523556
CD14	281048
		IGF2R	281849
LIF	280840
		OSM	319086
RCN3	522073
		RIM2	535674
TLE4	508893
		ABCG2	536203
ADRB2	281605
		CSN3	281728
DGAT1	282609
		GHR	280805
LEP	280836
		PI	280699
POU1F1	282315
		SPP1	281499

将从3000只用于全基因组扫描的荷斯坦公牛中选择的共23只公牛用作发现组以通过对候选基因的测序和比较所有23个样品之间的前向和反向链序列来鉴定新型遗传标记物。使用标准规程来从***提取所有荷斯坦牛DNA。使用标准实验室PCR来扩增含有测序用基因的编码区和调节区的DNA片段。进行标准直接PCR产物测序并在ABI 3730xl自动测序仪(AppliedBiosystems，Foster City，CA)上进行解析。

为了进行相关性分析，通过在108只其它荷斯坦牛的小组(88只选自用于全基因组扫描的3000只，20只是该108只动物组所特有的)中进行测序来对使用23只荷斯坦牛的小组在候选基因中发现的遗传标记物进行基因分型。将108只动物组的基因型与来自23只动物发现组的基因型合并为每个遗传标记物共131个基因型。如上所述进行相关性分析。

该实验导致对CD14、TLE4、IGF2R、RIM2、LIF和OSM、RCN3以及CATSPER中及周围的相关性的定量确认以及鉴定出大量SNP。相关性研究的结果还描述于表1和序列表中，而表3和序列表中鉴定了新型多态性。在每个情形中，与每个多态性的位置、长度和等位基因有关的细节描述于表4中。

表3：下表包含上述实验产生的新型标记物、基因名称和SEQ ID号的列表

基因	标记物名称	SEQ_ID^＊
			CATSPER	bCATSPER_CT_238	24
CATSPER	bCATPSER_TC_275	19
			CATSPER	bCATSPER_A250G	20
CATSPER	bCATSPER_A514T	21
			CATSPER	bCATSPER_C562A	23
CATSPER	bCATSPER_CT_376	25
			CATSPER	bCATSPER_GA_38	26
CATSPER	bCATSPER_AG_176	22
			CD14	bCD14_C-5T	31
CD14	bCD14_A439C	28
			CD14	bCD14_A523G	29
CD14	bCD14_A933G	30

CD14	bCD14_A1216G	27
			基因	标记物名称	SEQ_ID^＊
CD14	bCD14_T1236G	32
			IGF2R	bIGF2R_GA_444	60
IGF2R	bIGF2R_GA_167	50
			IGF2R	bIGF2R_AG_448	37
IGF2R	bIGF2R_T2898C	67
			IGF2R	bIGF2R_T5091C	70
IGF2R	bIGF2R_CT_365	44
			IGF2R	bIGF2R_I1_77	65
IGF2R	bIGF2R_GC_54	62
			IGF2R	bIGF2R_TG_151	77
IGF2R	bIGF2R_TC_107	72
			IGF2R	bIGF2R_CA_173	39
IGF2R	bIGF2R_CT_541	47
			IGF2R	bIGF2R_GT_125	63
IGF2R	bIGF2R_GA_115	49
			IGF2R	bIGF2R_GA_92	61
IGF2R	bIGF2R_AG_228	35
			IGF2R	bIGF2R_GA_199	51
IGF2R	bIGF2R_GA_363	56

IGF2R	bIGF2R_T3526C	68
			IGF2R	bIGF2R_AG_103	33
IGF2R	bIGF2R_T3975C	69
			IGF2R	bIGF2R_CT_338	42
IGF2R	bIGF2R_TC_348	75
			IGF2R	bIGF2R_AG_280	36
IGF2R	bIGF2R_CT_489	46
			IGF2R	bIGF2R_CG_42	40
IGF2R	bIGF2R_GA_364	57
			IGF2R	bIGF2R_CT_387	45
IGF2R	bIGF2R_TC_287	74
			IGF2R	bIGF2R_TC_358	76
IGF2R	bIGF2R_CT_349	43
			IGF2R	bIGF2R_GA_201	52
IGF2R	bIGF2R_CT_239	41
			IGF2R	bIGF2R_C5748T	38
IGF2R	bIGF2R_GA_310	54
			IGF2R	bIGF2R_GA_408	58
IGF2R	bIGF2R_GA_433	59
			IGF2R	bIGF2R_AG_104	34
IGF2R	bIGF2R_GA_114	48

IGF2R	bIGF2R_GA_332	55
			IGF2R	bIGF2R_T6569C	71
IGF2R	bIGF2R_GA_218	53
			IGF2R	bIGF2R_TC_221	73
IGF2R	bIGF2R_I1_407	64
			IGF2R	bIGF2R_I2_263	66
IGF2R	bIGF2R_TG_460	78
			LIF	bLIF_C393T	81
基因	标记物名称	SEQ_ID^＊
			LIF	bLIF_G884A	82
LIF	bLIF_G972T	83
			LIF	bLIF_A1093G	79
LIF	bLIF_C1613T	80
			OSM	bOSM_A290G	84
OSM	bOSM_G662A	85
			RCN3	bRCN3_CT_347	90
RCN3	bRCN3_CT_248	88
			RCN3	bRCN3_TC_173	91
RCN3	bRCN3_A574G	86
			RCN3	bRCN3_CT_287	89
RCN3	bRCN3_CG_143	87

RIM2	bRIM2_AG_124	92
			RIM2	bRIM2_CT_531	99
RIM2	bRIM2_CT_699	100
			RIM2	bRIM2_CT_376	97
RIM2	bRIM2_AG_347	94
			RIM2	bRIM2_GA_140	105
RIM2	bRIM2_AG_153	93
			RIM2	bRIM2_GT_149	107
RIM2	bRIM2_TC_230	109
			RIM2	bRIM2_TG_667	112
RIM2	bRIM2_GT_99	108
			RIM2	bRIM2_GA_125	104
RIM2	bRIM2_C2963G	95
			RIM2	bRIM2_TC_360	110
RIM2	bRIM2_CT_121	96
			RIM2	bRIM2_CT_442	98
RIM2	bRIM2_TG_472	111
			RIM2	bRIM2_GA_494	106
RIM2	bRIM2_G5152A	103
			RIM2	bRIM2_D1_421	101
RIM2	bRIM2_D2_85	102

TLE4	bTLE4_TG_251	170
			TLE4	bTLE4_TC_200	162
TLE4	bTLE4_AC_114	115
			TLE4	bTLE4_TC_149	160
TLE4	bTLE4_TC_79	168
			TLE4	bTLE4_AG_212	118
TLE4	bTLE4_AG_458	121
			TLE4	bTLE4_AT_152	123
TLE4	bTLE4_C453T	126
			TLE4	bTLE4_G358T	137
TLE4	bTLE4_T475C	155
			TLE4	bTLE4_GA_102	143
TLE4	bTLE4_TC_319	165
			TLE4	bTLE4_AC_108	114
TLE4	bTLE4_CG_116	128
			基因	标记物名称	SEQ_ID^＊
TLE4	bTLE4_GA_205	145
			TLE4	bTLE4_GC_374	149
TLE4	bTLE4_GT_382	152
			TLE4	bTLE4_TA_247	157
TLE4	bTLE4_GT_248	150

TLE4	bTLE4_TC_276	163
			TLE4	bTLE4_TC_353	166
TLE4	bTLE4_AG_89	122
			TLE4	bTLE4_TG_132	169
TLE4	bTLE4_C563A	127
			TLE4	bTLE4_G611A	139
TLE4	bTLE4_TC_198	161
			TLE4	bTLE4_G848A	141
TLE4	bTLE4_G913C	142
			TLE4	bTLE4_A988G	113
TLE4	bTLE4_C1072T	125
			TLE4	bTLE4_T1215C	154
TLE4	bTLE4_TC_315	164
			TLE4	bTLE4_TA_328	159
TLE4	bTLE4_CT_96	133
			TLE4	bTLE4_GA_107	144
TLE4	bTLE4_GT_365	151
			TLE4	bTLE4_CT_167	130
TLE4	bTLE4_TC_423	167
			TLE4	bTLE4_AG_161	117
TLE4	bTLE4_AG_307	120

TLE4	bTLE4_CT_480	131
			TLE4	bTLE4_AG_260	119
TLE4	bTLE4_TA_291	158
			TLE4	bTLE4_CG_414	129
TLE4	bTLE4_AG_134	116
			TLE4	bTLE4_G750A	140
TLE4	bTLE4_GC_199	148
			TLE4	bTLE4_AT_262	124
TLE4	bTLE4_GA_568	146
			TLE4	bTLE4_TA_141	156
TLE4	bTLE4_TG_571	171
			TLE4	bTLE4_CT_627	132
TLE4	bTLE4_GA_66	147
			TLE4	bTLE4_G560A	138
TLE4	bTLE4_I51_7	153
			TLE4	bTLE4_D615_2	136
TLE4	bTLE4_D296_2	134
			TLE4	bTLE4_D393_1	135

表4.下表更详细地描述表1和3中所列多态性，包括SEQ ID号、多态性位置和等位基因

SEQ_ID	基因	标记物名称	多态性起点	多态性终点	等位基因1	等位基因2
							1	DGAT1	NBGA_00001	308	309	AA	GC
2	SPP1	NBGA_00003	307	307	T	-
							3	PI	NBGA_00004	63	63	C	T
4	PI	NBGA_00005	232	232	C	T
							5	LEP	NBQA_00001	306	306	C	G
6	POU1F1	NBQA_00003	240	240	A	G
							7	PI	NBQA_00004	198	198	A	G
8	GHR	NBQA_00005	244	244	A	T
							9	GHR	NBQA_00006	365	365	G	T
10	PI	NBQA_00007	81	81	C	G
							11	LEP	NBQA_00009	247	247	A	G
12	PI	NBQA_00010	78	78	G	T
							13	LEP	NBQA_00011	214	214	A	G
14	CSN3	NBQA_00012	37	37	A	C
							15	ADRB2	NBQA_00015	1247	1247	G	T
16	ADRB2	NBQA_00016	692	692	A	C
							17	LEP	NBQA_00017	176	176	A	G
18	GHR	NBQA_00018	276	276	A	G
							19	CATSPER	bCATPSER_TC_275	72	72	T	C
20	CATSPER	bCATSPER_A250G	72	72	A	G
							21	CATSPER	bCATSPER_A514T	72	72	A	T
22	CATSPER	bCATSPER_AG_176	72	72	A	G
							23	CATSPER	bCATSPER_C562A	72	72	C	A
24	CATSPER	bCATSPER_CT_238	72	72	C	T
							25	CATSPER	bCATSPER_CT_376	72	72	C	T
26	CATSPER	bCATSPER_GA_38	72	72	G	A

27	CD14	bCD14_A1216G	72	72	A	G
							28	CD14	bCD14_A439C	72	72	A	C
29	CD14	bCD14_A523G	72	72	A	G
							30	CD14	bCD14_A933G	72	72	A	G
31	CD14	bCD14_C-5T	72	72	C	T
							32	CD14	bCD14_T1236G	72	72	T	G
33	IGF2R	bIGF2R_AG_103	72	72	A	G
							34	IGF2R	bIGF2R_AG_104	72	72	A	G
35	IGF2R	bIGF2R_AG_228	72	72	A	G
							36	IGF2R	bIGF2R_AG_280	72	72	A	G
37	GF2R	bIGF2R_AG_448	72	72	A	G
							38	IGF2R	bIGF2R_C5748T	72	72	C	T
39	IGF2R	bIGF2R_CA_173	72	72	C	A
							40	IGF2R	bIGF2R_CG_42	72	72	C	G
41	IGF2R	bIGF2R_CT_239	72	72	C	T
							42	IGF2R	bIGF2R_CT_338	72	72	C	T
43	IGF2R	bIGF2R_CT_349	72	72	C	T
							44	IGF2R	bIGF2R_CT_365	72	72	C	T
45	IGF2R	bIGF2R_CT_387	72	72	C	T
							46	IGF2R	bIGF2R_CT_489	72	72	C	T
SEQ_ID	基因	标记物名称	多态性起点	多态性终点	等位基因1	等位基因2
							47	IGF2R	bIGF2R_CT_541	72	72	C	T
48	IGF2R	bIGF2R_GA_114	72	72	G	A
							49	IGF2R	bIGF2R_GA_115	72	72	G	A
50	IGF2R	bIGF2R_GA_167	72	72	G	A
							51	IGF2R	bIGF2R_GA_199	72	72	G	A
52	IGF2R	bIGF2R_GA_201	72	72	G	A
							53	IGF2R	bIGF2R_GA_218	72	72	G	A

54	IGF2R	bIGF2R_GA_310	72	72	G	A
							55	IGF2R	bIGF2R_GA_332	72	72	G	A
56	IGF2R	bIGF2R_GA_363	72	72	G	A
							57	IGF2R	bIGF2R_GA_364	72	72	G	A
58	IGF2R	bIGF2R_GA_408	72	72	G	A
							59	IGF2R	bIGF2R_GA_433	72	72	G	A
60	IGF2R	bIGF2R_GA_444	72	72	G	A
							61	IGF2R	bIGF2R_GA_92	72	72	G	A
62	IGF2R	bIGF2R_GC_54	72	72	G	C
							63	IGF2R	bIGF2R_GT_125	72	72	G	T
64	IGF2R	bIGF2R_I1_407	72	72	A	-
							65	IGF2R	bIGF2R_I1_77	72	72	T	-
66	IGF2R	bIGF2R_I2_263	72	73	CC	-
							67	IGF2R	bIGF2R_T2898C	72	72	T	C
68	IGF2R	bIGF2R_T3526C	72	72	T	C
							69	IGF2R	bIGF2R_T3975C	72	72	T	C
70	IGF2R	bIGF2R_T5091C	72	72	T	C
							71	IGF2R	bIGF2R_T6569C	72	72	T	C
72	IGF2R	bIGF2R_TC_107	72	72	T	C
							73	IGF2R	bIGF2R_TC_221	72	72	T	C
74	IGF2R	bIGF2R_TC_287	72	72	T	C
							75	IGF2R	bIGF2R_TC_348	72	72	T	C
76	IGF2R	bIGF2R_TC_358	72	72	T	C
							77	IGF2R	bIGF2R_TG_151	72	72	T	G
78	IGF2R	bIGF2R_TG_460	72	72	T	G
							79	LIF	bLIF_A1093G	72	72	A	G
80	LIF	bLIF_C1613T	72	72	C	T
							81	LIF	bLIF_C393T	72	72	C	T

82	LIF	bLIF_G884A	72	72	G	A
							83	LIF	bLIF_G972T	72	72	G	T
84	OSM	bOSM_A290G	72	72	A	G
							85	OSM	bOSM_G662A	72	72	G	A
86	RCN3	bRCN3_A574G	72	72	A	G
							87	RCN3	bRCN3_CG_143	72	72	C	G
88	RCN3	bRCN3_CT_248	72	72	C	T
							89	RCN3	bRCN3_CT_287	72	72	C	T
90	RCN3	bRCN3_CT_347	72	72	C	T
							91	RCN3	bRCN3_TC_173	72	72	T	C
92	RIM2	bRIM2_AG_124	72	72	A	G
							93	RIM2	bRIM2_AG_153	72	72	A	G
94	RIM2	bRIM2_AG_347	72	72	A	G
							95	RIM2	bRIM2_C2963G	72	72	C	G
96	RIM2	bRIM2_CT_121	72	72	C	T
							SEQ_ID	基因	标记物名称	多态性起点	多态性终点	等位基因1	等位基因2
97	RIM2	bRIM2_CT_376	72	72	C	T
							98	RIM2	bRIM2_CT_442	72	72	C	T
99	RIM2	bRIM2_CT_531	72	72	C	T
							100	RIM2	bRIM2_CT_699	72	72	C	T
101	RIM2	bRIM2_D1_421	72	72	G	-
							102	RIM2	bRIM2_D2_85	72	73	TC	-
103	RIM2	bRIM2_G5152A	72	72	G	A
							104	RIM2	bRIM2_GA_125	72	72	G	A
105	RIM2	bRIM2_GA_140	72	72	G	A
							106	RIM2	bRIM2_GA_494	72	72	G	A
107	RIM2	bRIM2_GT_149	72	72	G	T
							108	RIM2	bRIM2_GT_99	72	72	G	T

109	RIM2	bRIM2_TC_230	72	72	T	C
							110	RIM2	bRIM2_TC_360	72	72	T	C
111	RIM2	bRIM2_TG_472	72	72	T	G
							112	RIM2	bRIM2_TG_667	72	72	T	G
113	TLE4	bTLE4_A988G	72	72	A	G
							114	TLE4	bTLE4_AC_108	72	72	A	C
115	TLE4	bTLE4_AC_114	72	72	A	C
							116	TLE4	bTLE4_AG_134	72	72	A	G
117	TLE4	bTLE4_AG_161	72	72	A	G
							118	TLE4	bTLE4_AG_212	72	72	A	G
119	TLE4	bTLE4_AG_260	72	72	A	G
							120	TLE4	bTLE4_AG_307	72	72	A	G
121	TLE4	bTLE4_AG_458	72	72	A	G
							122	TLE4	bTLE4_AG_89	72	72	A	G
123	TLE4	bTLE4_AT_152	72	72	A	T
							124	TLE4	bTLE4_AT_262	72	72	A	T
125	TLE4	bTLE4_C1072T	72	72	C	T
							126	TLE4	bTLE4_C453T	72	72	C	T
127	TLE4	bTLE4_C563A	72	72	C	A
							128	TLE4	bTLE4_CG_116	72	72	C	G
129	TLE4	bTLE4_CG_414	72	72	C	G
							130	TLE4	bTLE4_CT_167	72	72	C	T
131	TLE4	bTLE4_CT_480	72	72	C	T
							132	TLE4	bTLE4_CT_627	72	72	C	T
133	TLE4	bTLE4_CT_96	72	72	C	T
							134	TLE4	bTLE4_D296_2	72	73	CT	-
135	TLE4	bTLE4_D393_1	72	72	C	-
							136	TLE4	bTLE4_D615_2	72	73	TT	-

137	TLE4	bTLE4_G358T	72	72	G	T
							138	TLE4	bTLE4_G560A	72	72	G	A
139	TLE4	bTLE4_G611A	72	72	G	A
							140	TLE4	bTLE4_G750A	72	72	G	A
141	TLE4	bTLE4_G848A	72	72	G	A
							142	TLE4	bTLE4_G913C	72	72	G	C
143	TLE4	bTLE4_GA_102	72	72	G	A
							144	TLE4	bTLE4_GA_107	72	72	G	A
145	TLE4	bTLE4_GA_205	72	72	G	A
							146	TLE4	bTLE4_GA_568	72	72	G	A
SEQ_ID	基因	标记物名称	多态性起点	多态性终点	等位基因1	等位基因2
							147	TLE4	bTLE4_GA_66	72	72	G	A
148	TLE4	bTLE4_GC_199	72	72	G	C
							149	TLE4	bTLE4_GC_374	72	72	G	C
150	TLE4	bTLE4_GT_248	72	72	G	T
							151	TLE4	bTLE4_GT_365	72	72	G	T
152	TLE4	bTLE4_GT_382	72	72	G	T
							153	TLE4	bTLE4_I51_7	72	78	TAACTTT	-
154	TLE4	bTLE4_T1215C	72	72	T	C
							155	TLE4	bTLE4_T475C	72	72	T	C
156	TLE4	bTLE4_TA_141	72	72	T	A
							157	TLE4	bTLE4_TA_247	72	72	T	A
158	TLE4	bTLE4_TA_291	72	72	T	A
							159	TLE4	bTLE4_TA_328	72	72	T	A
160	TLE4	bTLE4_TC_149	72	72	T	C
							161	TLE4	bTLE4_TC_198	72	72	T	C
162	TLE4	bTLE4_TC_200	72	72	T	C
							163	TLE4	bTLE4_TC_276	72	72	T	C

164	TLE4	bTLE4_TC_315	72	72	T	C
							165	TLE4	bTLE4_TC_319	72	72	T	C
166	TLE4	bTLE4_TC_353	72	72	T	C
							167	TLE4	bTLE4_TC_423	72	72	T	C
168	TLE4	bTLE4_TC_79	72	72	T	C
							169	TLE4	bTLE4_TG_132	72	72	T	G
170	TLE4	bTLE4_TG_251	72	72	T	G
							171	TLE4	bTLE4_TG_571	72	72	T	G

参考文献

本文中通过参考具体并入本申请上下文中引用的参考文献。

非专利文献

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US5374523	牛生长激素的等位基因变异体：用于乳牛中优异乳产品的遗传标记物(Allelic variants ofbovine somatotropin gene：genetic marker forsuperior milk production in bovine)	Collier，Robert J.；Hauser，Scott D.；Krivi，Gwen G.；Lucy，Matthew C.	12/20/94
				US5582987	通过检测bola-dr3外显子2中的多态性来测试牛对持续性淋巴细胞增生症的抗性或易感性的方法(Methods for testing bovine forresistance or susceptibility to persistentlymphocytosis by detecting polymorphism inbola-dr3 exon2)	Lewin，Harris A.；vanEijk，Michiel J.T.	12/10/96
专利/公开号	题目	发明人	公布日期
				US5614364	用于改善牛的产乳性状的遗传标记物(Genetic marker for improved milk productiontraits in cattle)	Tuggle，Christopher K.；Freeman，Albert E.	3/25/97
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US2003039737A1	具有理想特性的产奶乳牛群及其生产和使用方法(Population of dairy cows producing milkwith desirable characteristics and methods ofmaking and using same)	Cooper，Garth J.S.	2/27/03
				US2004076977A1	使用甘油二脂酰基转移酶基因dgatl的针对改善乳产的牛的标记物辅助选择(Markerassisted selection of bovine for improved milkproduction using diacylglycerol acyltransferasegene dgatl)	Georges，Michel AlphonseJulien；Coppieters，Wonter Herman Robert；Grisart，BernardMarie-Josee Jean；Shell，Russell Grant；Jean Reid，Suzanne；Ford，ChristineAnn；Spelman，RichardJohn	4/22/04
US2004115701A1	多基因病症的风险评估方法(Method for riskassessment for polygenic disorders)	Comings，DavidE.\|MacMurray，James P.	6/17/2004
				US2004234986A1	针对哺乳动物的乳脂含量素质和/或其肉花纹素质的哺乳动物测试方法(Method of testing amammal for its predisposition for fat content ofmilk and/or its predisposition for meatmarbling)	Fries，Hans-Rudolf；Winter，Andreas	11/25/04

US2004241723A1	用于改善产乳畜群的蛋白和乳生产的***和方法(Systems and methods for improvingprotein and milk production of dairy herds)	Marquess，Foley LeighShaw；Laarveld，Bernard；CleverlyBuchanan，Fiona；VanKessel，Andrew Gerald；Schmutz，Sheila Marie；Waldner，Cheryl；Christensen，David	12/2/04
				US2004254104A1	针对改善的乳组成的牛标记物辅助选择(Marker assisted selection of bovine forimproved milk composition)	Blott，Sarah；Kim，Jong-Joo；Schmidt-Kuntzel，Anne；Cornet，Anne；Berzi，Paulette；Cambisano，Nadine；Grisart，Bernard；Karim，Latifa；Simon，Patricia；Georges，Michel；Farnir，Frederic；Coppieters，Wouter；Moisio，Sirja；Vilkki，Johanna；Spelman，Richard；Johnson，Dave；Ford，Christine；Snell，Russell	12/16/04
US2005015827A1	QTL“随时定位作图”(QTL″mappingas-you-go″)	Podlich，Dean\|Cooper，Mark\|Winkler，Chris	1/20/2005

专利/公开号	题目	发明人	公布日期
				US2005123929A1	用于遗传检测牛中改善乳产性状的方法和组合物(Methods and compositions for geneticallydetecting improved milk production traits incattle)	Khatib，Hasan	6/9/05
US2005136440A1	通过分析pit-1和κ-酪蛋白基因的多态性来鉴定动物的乳产品质的方法(Method foridentifying animals for milk production qualitiesby ahalysing the polymorphism of the pit-1 andkappa-casein genes)	Renaville，Robert；Gengler，Nicolas	6/23/05
				US2005137805A1	遗传鉴定优秀有蹄类哺乳动物的基因表达模式(Gene expression profiles that identifygenetically elite ungulate mammals)	Lewin，Harris A.；Liu，Zonglin；Rodriguez-Zas，Sandra；Everts，RobinE.	6/23/05
US2005153317A1	干扰育种和管理非牛类家畜的性状的方法和***(Methods and systems for inferring traits tobreed and manage non-beef livestock)	DeNise，Sue；Rosenfeld，David；Kerr，Richard；Bates，Stephen；Holm，Tom	7/14/05
				US2006037090A1	针对期望基因型或潜在表型性质选择动物(Selecting animals for desired genotypic orpotential phenotypic properties)	Andersson，Leif；Andersson，Goran；Georges，Michel；Buys，Nadine	2/16/06

US2006094011A1	改变乳的脂肪酸组成的方法(Method foraltering fatty acid composition of milk)	Morris，ChristopherAnthony；Tate，Michael Lewis	5/4/06
				US2006121472A1	$h(a)sl-酪蛋白基因5’端等位基因状态的确定方法(Method for determining the allelic state ofthe 5′-end of the $g(a)sl-casein gene)	Prinzenberg，Eva-Maria；Erhardt，George	6/8/06
US2006166244A1	牛的乳产增加用DNA标记物(Dna markers forincreased milk production in cattle)	Schnabel，Robert D.；Sonstegard，Tad S.；Van Tassell，Curtis P.；Ashwell，Melissa S.；Taylor，Jeremy F.	7/27/06
				US2007026493A1	利用基因型信息优化动物生产的***和方法(System and method for optimizing animalproduction usig genotype information)	Paszek；AdamA.\|Burghardi；SteveR.\|Cook；DavidA.\|Engelke；GregoryL.\|Giesting；DonaldW.\|Knudson；BrianJ.\|McGoogan；BruceB，\|Messman；MichaelA.\|Newcomb；Mark D.\|vande Ligt；Jennifer L.G.	10/10/2002

WO 02/080079A2	用于检测复杂性状疾病中的遗传相互作用的***和方法(System and Method for theDetection of Genetic Interactions in ComplexTrait Diseases)	Balmain，Alan；Healey，Lee Anne；Reijerse，Fidel	10/10/02
				专利/公开号	题目	发明人	公布日期
WO0236824A1	使用甘油二酯酰基转移酶基因dgatl的用于改善乳产的牛的标记物辅助选择(Markerassisted selection of bovine for improved milkproduction using diacylglycerol acyltransferasegene dgat1)	GEORGES，MICHEL，ALPHONSE，JULIEN；COPPIETERS，WOUTER，HERMAN，ROBERT；GRISART，BERNARD，MARIE-JOSEE，JEAN；SNELL，RUSSELL，GRANT；REID，SUZANNE，JEAN；FORD，CHRISTINE，ANN；SPELMAN，RIcharD，JOHN	5/10/02

WO03104492A1	用于改善乳组成的牛的标记物辅助选择(Marker assisted selection of bovine forimproved milk composition)	BLOTT，SARAH；KIM，JONG-JOO；SCHMIDT-KUNTZEL，ANNE；CORNET，ANNE；BERZI，PAULETTE；CAMBISANO，NADINE；GRISART，BERNARD；KARIM，LATIFA；SIMON，PATRICIA；GEORGES，MICHEL；FARNIR，FREDERIC；COPPIETERS，WOUTER；MOISIO，SIRJA；VILKKI，JOHANNA；JOHNSON，DAVE；SPELMAN，RIcharD；FORD，CHRISTINE；SNELL，RUSSELL	12/18/03
				WO04004450A1	改变乳的脂肪酸组成的方法(Method foraltering fatty acid composition of milk)	MORRIS，ChristopherAnthony；TATE，Michael Lewis	1/15/04

WO04048609A2	基于生长激素受体基因的用于选择具有特定乳产能力的动物的方法和试剂盒(Methodsand kits for the selection of animals havingcertain mild production capabilities，based onthe analysis of a polymorphism in thesomatotropin receptor gene)	RENAVILLE，Robert；PARMENTIER，Isabelle	6/10/04
				WO04083456A1	用于改善产乳畜群的蛋白和乳生产的***和方法(Systems and methods for improvingprotein and milk production of dairy herds)	MARQUESS，Foley，Leigh，Shaw；LAARVELD，Bernard；CLEVERLYBUCHANAN，Fiona；VAN KESSEL，Andrew，Gerald；SCHMUTZ，Sheila，Marie；WALDNER，Cheryl；CHRISTENSEN，David	9/30/04
WO05007881A2	改善牛的生产特性(Improving productioncharacteristics of cattle)	SCHMUTZ，SHEILAMARIE；GOODALL，JULIE JANINE	1/27/05
				WO05030789A1	用于改善产乳特性的肾上腺素能受体SNP(Adrenergic receptor snp for improved milkingcharacteristics)	COLLIER，Robert，J.；LOHIUS，Michael；GROSZ，Michael	4/7/05
专利/公开号	题目	发明人	公布日期

WO05040400A2	用于干扰性状以管理非牛类家畜的方法和***(Methods and systems for inferring traits tomanage non-beef livestock)	DENISE，Sue，K.；ROSENFELD，David；KERR，Richard；BATES，Stephen；HOLM，Tom	5/6/05
				WO05056758A2	用于遗传检测牛的改善的乳产性状的方法和组合物(Methods and compositions forgenetically detecting improved milk productiontraits in cattle)	KHATIB，Hasan	6/23/05
WO05089122A2	具有减少的体脂和增加的体密度的动物(Animals with reduced body fat and increasedbone density)	JOHNSON，Geoffrey，B.；PLATT，Jeffrey，L.；JOHNSON，Joel，W.	9/29/05
				WO06076563A2	用于增加牛的乳产的DNA标记物(Dnamarkers for increased milk production in cattle)	SCHNABEL，Robert，D.；SONSTEGARD，Tad，S.；VAN TASSELL，Curtis，P.；ASHWELL，Melissa，S.；TAYLOR，Jeremy，F.	7/20/06
WO06094774A2	反后代定位作图(REVERSE PROGENYMAPPING)	DIRKS，Robert，Helene，Ghislain\|SCHUT，Johannes，Wilhelmus	9/14/2006
				WO9213102A1	牛科多态DNA标记物(Polymorphic DNAmarkers in bovidae)	Georges，Michel；MASSEY，Joseph，M.	8/6/92

WO9319204A1	牛等位基因和遗传标记物及其测试和使用方法(Bovine alleles and genetic markers andmethods of testing of and using same)	LEWIN，Harris，A.；VAN EIJK，Michiel，J.，T.	9/30/93
				WO9403641A1	乳牛生产优异性用遗传标记物(Geneticmarker for dairy cattle production superiority)	COLLIER，Robert，Joseph；HAUSER，Scott，David；KRIVI，Gwen，Grabowski；LUCY，Matthew，Christian	2/17/94
WO9849887A1	具有影响产量的上位基因的大豆(SOYBEANHAVING EPISTATIC GENES AFFECTINGYIELD)	LARK，Karl，G.\|ORF，James\|CHASE，Kevin\|ADLER，Fred	11/12/1998

序列表

<110>孟山都科技有限责任公司

杜峰行

爱德华.J.卡吉尔

迈克尔.D.路易斯

迈克尔.D.格罗斯

<120>遗传标记和相关上位相互作用的使用方法

<130>37-21(55252)A/PCT

<150>US 60/971,750

<151>2007-09-12

<160>175

<170>PatentIn version 3.3

<210>1

<211>660

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(308)..(309)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>1

cccccgcccc cgcccccgcc cacgctgtct cggccacggg cagcgcgggg ggcgtggcct 60

gagcttgcct ctcccacagt gggctccgtg ctggccctga tggtctacac catcctcttc 120

ctcaagctgt tctcctaccg ggacgtcaac ctctggtgcc gagagcgcag ggctggggcc 180

aaggccaagg ctggtgaggg ctgcctcggg ctggggccac tgggctgcca cttgcctcgg 240

gaccggcagg ggctcggctc acccccgacc cgccccctgc cgcttgctcg tagctttggc 300

aggtaagnng gccaacgggg gagctgccca gcgcaccgtg agctaccccg acaacctgac 360

ctaccgcggt gaggatcctg ccgggggctg gggggactgc ccggcggcct ggcctgctag 420

ccccgccctc ccttccagat ctctactact tcctcttcgc ccccaccctg tgctacgagc 480

tcaacttccc ccgctccccc cgcatccgaa agcgcttcct gctgcggcga ctcctggaga 540

tggtgaggcg gggcctcgcg ggccagggtg ggcgggcctg ccggcacccg gcaccggggc 600

tcagctcact gtccgcttgc ttccttcccc agctgttcct cacccagctc caggtggggc 660

<210>2

<211>720

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(307)..(307)

<223>n是a、c、g、t或缺失，如表4中所述

<400>2

taaataggag ctgacatcct acatagggcc atttataata aataggctat tataataaat 60

agggccattt atctttactc tcaccttttg catgattctt acaatggaag cgtgagataa 120

atgaatagtg caatctccat ttcacaactg agaaaggtag atgaagaggt taagtaatct 180

tgaaacaata ttaaatgttt aaaatgaact cagagctctg ctacccctaa cttctgttcc 240

aatattcaac cttcatccat aattttcttt caaacacctt ttaaatgccc attaaagttt 300

ttttttnaat atagaatttt tattttctta ttcagtaacc aattttatat atcctgagag 360

aaaaattaga aaatgacaat taagaaatct aagccagtcc ttcagagaca tgcaaattat 420

cctgttgaca tacagtataa aaatcttata tccgatctca ttacaataaa ccattccatt 480

tagagttaat acaaatcatg actacctttt tctcctaaaa atcttaataa ttgttaacat 540

acaattaaat atggttaaaa tatgcagggt atttgcaaat atgtgggagg tatttttagt 600

tttacacatt ctaattcact taaatctctc aaaaacccca cgaactctgc atttgacaga 660

tgaagaaaca agtatagata ggctaaatga tttgcccaag gtcacacacc taatttgtgc 720

<210>3

<211>180

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(63)..(63)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<220>

<221>misc_feature

<222>(78)..(78)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>3

atataccacc atttggctca tcagtccaac accagcaaca tcttcttctc ccccgtgagc 60

atngcttcag cctttgcnat gctctccctg ggagccaagg gcaacactca cactgagatc 120

ctgaagggcc tgggtttcaa cctcactgag ctcgcagagg ctgagatcca caaaggcttt 180

<210>4

<211>480

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(232)..(232)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>4

ggcccttgag aggctctgca ggacaagagg atggccctga ttctaatatc ctctgaccct 60

gggcatagag gaactaaaag tggaataaac caaagtgtga gagcaggggg agagggcacc 120

aactggaaag aacaaccgga aaaggaagct ctttcaactc tgtgactttt ttttttttca 180

ctacagttct gccaatttac atttgcccaa actgtccatt tctgaaacgt angatctaaa 240

aagtgtcctg ggcgatgtgg gcatcaccga ggtcttcagc gatagggctg acctctcagg 300

gatcaccaag gaacagcctc tgaaggtgtc caaggtgagt gtgtccctga cgtctgtagg 360

tcagaatgca tgcggggcca cagctctggg gcgaggctga ggaaggggca gagggatgca 420

ggcacgccag cagaccaagg cccctgagga atgccatcgc tccacaacga cggcagtgtg 480

<210>5

<211>661

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(306)..(306)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>5

tggttgtttt gcttttaata attatctatt aaagaaagga aggatattgt actatatgtt 60

tgtgaggtca gaaattgtta gcattgacca tgatttataa ttacatggcc actaaaaagg 120

ttggacaaca actaaatgtt cagcatagga aattagtaag ttattgaaaa tcacatagca 180

gcaatatgca cacattaaaa attatgttgt aaagtaatat ttaatgatgt aggaaaataa 240

ctttattttg tgagctggaa agaaccggat tataaaatgg tatgtgtttt ctgatcacac 300

acattncaat caatacacac actcacacca aaatatacat tatcactatt gggagtagga 360

tcaggaatct ttaagctctt ctttgtgctt ttctgctttt cataaaaaca tctacagggg 420

acttccctgg tggtccagtg gctaagactc cctgctttca aatgcagggg ccccaggttc 480

gatatctggt cagggaactg aactgggtcc cgcatgccgc agctaagagt tctcatgctg 540

cgactaaaca tcctgcctgc tgaaactaag gcctggaact gtcaaataaa gaaatgtttc 600

ttttaaagaa gtgtctacaa tgaaattaca ttttgaagaa aatctttcct cctctccgcc 660

t 661

<210>6

<211>420

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(240)..(240)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>6

tgcccccaaa tgagaacaaa ttattggcat ataactttaa gaatagcata aatgtgtaca 60

tttgaaatga aacgaatgtg tcttgaatcc tcatacattt tcttaccagt cccgtctatt 120

ttgtctttga tccaaactcc taaatgtttg tgcacatgtt ttgtggtgac aatgctggga 180

aacacagcaa caggacttca ttattctgtt ccttcctgtc attatggaaa ccagtcatcn 240

acctatggcg tgatggcagg taagaaaaat tgtctttaca tgtaagattg agtttgggga 300

cgcttggatg cattttctgg gtcgaaggga atcttgacca gagtgtatca tgaaattcag 360

atctcctaac cttagaaatt gctgctaaat ccaccactta ctataatggt ccctgatctg 420

<210>7

<211>300

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(198)..(198)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>7

gtcagtggcc aagggactca ctgtatggtc tgatccaggc atggtaccct tctctcttgc 60

aggataatgg cactctccat cacgcggggc cttctgctgc tggcagccct gtgctgcctg 120

gcccccatct ccctggctgg agttctccaa ggacacgctg tccaagagac agatgataca 180

tcccaccagg aagcagcntg ccacaagatt gcccccaacc tggccaactt tgccttcagc 240

atataccacc atttggctca tcagtccaac accagcaaca tcttcttctc ccccgtgagc 300

<210>8

<211>480

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(244)..(244)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>8

agtggataga ggtgttctta gaaaatacta agtaattgca ttctatttca gtggctatca 60

agtgaaatca ttgactttac tagatgaata caaattagga agttttatgt ggaacaggag 120

aatgagatat aaacttcaac tgttcatagt tctgtgagat attatttttg tgtttttcag 180

atttccagtt tccatggttc ttaattatta tctttggaat acttgggcta gcagtgacat 240

tatntttact catattttct aaacagcaaa ggtaagtgtg atataaccta ctctgatatg 300

ttttgccagt tatttagcaa atgtccatgt ttccattttt tgtttgatgt tttcttttgt 360

gaatcctgag tgaagtgttt catcaaccca gtgaaacgtt atcgctctac atttacatct 420

ttgttgtgtc cacagagaga caacacaggt ctcagtttta tctggaaagt tgcataggat 480

<210>9

<211>720

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(365)..(365)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>9

ctgtgccatt caatgggtag ctcataggaa atcaaagaaa agctatggca tgattttgtt 60

cagttggtct gtgctcacat agccacatga tgagagaaac tctttgtcag gcaagggcag 120

ggcagtcgca ttgagtacga ggccctgtgg agactgtact atatgaatgg aggtataatc 180

tgggacaggt atctcagaac ttggaacatg ttctgctgtc cccgacctcc cagctgtagt 240

ggtaaggctt tctgtggtgg tgtaaatgtc ttcctggtta aagcttggct ctacgtgtga 300

ttcagcctcg acatgagggg ccagggcaat gtactttttg gcgtctacct cgcagaagta 360

agcgntgtcc acgatgaagt tagcttggca gggtgtgacc acttctgggt gcgtgtcaca 420

ctgggggttc ccagtcttat tcttttggcc tggggaaagg accacatttc ctgctggtgt 480

aatgtcgctt acctgggcat aaaaatcaat gtttgccaat gaacttggat tgctgagctg 540

tgtatggaca gcttgatgag ttgactcagt tccaccaatg agaagtggtc ttggtttgtt 600

ttcctctact aggataacac tgggctgctg gctagcaggg gcagcatcat tagaaggtga 660

attattttga ttcttctgat caaggcatga gatatctgct tcccctttta acctttgtgg 720

<210>10

<211>346

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(81)..(81)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>10

ctgaagggcc tgggtttcaa cctcactgag ctcgcagagg ctgagatcca caaaggcttt 60

cagcatcttc tccacaccct naaccagcca aaccaccagc tgcaactgac cactggcaat 120

ggtctgttca tcaatgagag tgcaaagcta gtggatacgt ttttggagga tgtcaagaac 180

ctgtatcact ccgaagcctt ctccatcaac ttcagggatg ctgaggaggc caagaagaag 240

atcaacgatt atgtagagaa gggaagccat ggaaaaattg tggagttggt aaaggttctt 300

gacccaaaca cagtttttgc tctggtgaat tacatttcct ttaaag 346

<210>11

<211>480

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(247)..(247)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>11

ggagagtgag aaggcgggag gcaagggaag tggaggagga gaggagctgt ctttatgcca 60

ggggggcgtc caggccactg gggccctgtg caaggctgca cagcctcctc cgccagcctc 120

tggggtcccc cacgggatgg ccacggttct acctcgtctc ccagtccctc cctaccgtgt 180

gtgagatgtc attgatcctg gtgacaattg tcttgatgag ggttttggtg tcatcctgga 240

ccttgcngat gggcacagcc tccacgtaag acagataggg ccaaagccac aggaatcgat 300

acaggggtcc acagcgcatt ttccttcccg ggatgggctt ctggggcctg aaaacagaag 360

aaaccacacg tggcacatcg tcgatctccg agaacaccca cgtgctccgt taccacccgc 420

atccaggtct tcagatgcgg ataacaacaa gatttgctgt ctgccatggc tatcatctcc 480

<210>12

<211>180

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(63)..(63)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<220>

<221>misc_feature

<222>(78)..(78)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>12

atataccacc atttggctca tcagtccaac accagcaaca tcttcttctc ccccgtgagc 60

atngcttcag cctttgcnat gctctccctg ggagccaagg gcaacactca cactgagatc 120

ctgaagggcc tgggtttcaa cctcactgag ctcgcagagg ctgagatcca caaaggcttt 180

<210>13

<211>360

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(214)..(214)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>13

atggtgtatc cttccatgga tattcttttt ctgtccttca tatatccatt tccttaaaaa 60

aaaaagtgtg caggccttcc ttggtggtac agtggatgag aatccgcctg ccagtgcagg 120

gacatgggat cggtccctgg ttgaggaaga ttccacatgc tgggagcaac aaaggccgtg 180

tgacacggct cccgagccca agctctagag cctntgtgtt gcaaccgctg agtccctggg 240

cacctggagc ctatgctcca caacaggaga agctgccaca gtgagaagct tgcacattgc 300

aatgaagacc cagcatagca aaaaataaat aaattaatta aaaatatata tatttaaggg 360

<210>14

<211>69

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(37)..(37)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>14

ccgaagcagt agagagcact gtagctactc tagaagnttc tccagaagtt attgagagcc 60

cacctgaga 69

<210>15

<211>2356

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(7)..(7)

<223>n是a、c、g或t

<220>

<221>misc_feature

<222>(47)..(47)

<223>n是a、c、g或t

<220>

<221>misc_feature

<222>(115)..(115)

<223>n是a、c、g或t

<220>

<221>misc_feature

<222>(231)..(231)

<223>n是a、c、g或t

<220>

<221>misc_feature

<222>(301)..(301)

<223>n是a、c、g或t

<220>

<221>misc_feature

<222>(334)..(334)

<223>n是a、c、g或t

<220>

<221>misc_feature

<222>(559)..(559)

<223>n是a、c、g或t

<220>

<221>misc_feature

<222>(790)..(790)

<223>n是a、c、g或t

<220>

<221>misc_feature

<222>(1129)..(1129)

<223>n是a、c、g或t

<220>

<221>misc_feature

<222>(1217)..(1217)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<220>

<221>misc_feature

<222>(1247)..(1247)

<223>n是a、c、g或t

<220>

<221>misc_feature

<222>(1342)..(1342)

<223>n是a、c、g或t

<220>

<221>misc_feature

<222>(1441)..(1441)

<223>n是a、c、g或t

<220>

<221>misc_feature

<222>(1647)..(1647)

<223>n是a、c、g或t

<220>

<221>misc_feature

<222>(1665)..(1665)

<223>n是a、c、g或t

<220>

<221>misc_feature

<222>(1786)..(1786)

<223>n是a、c、g或t

<220>

<221>misc_feature

<222>(1815)..(1815)

<223>n是a、c、g或t

<220>

<221>misc_feature

<222>(1988)..(1988)

<223>n是a、c、g或t

<400>15

ttacagnagt gagtcatttg tactacaatt cctcccttgt gaatcantgc tatcactggg 60

cacagtacct tgctggttca caaagttttc ggtgcctggg gggtcttcac acagnagttc 120

actgtctttc tcctccccca ggtgatatcc actctgttcc cctgtgtagt cagtcctgtc 180

attgctgttg ctggagcagc cattcccata ggccttcaat gaagacctgc ncaggcagag 240

aagctcctgg aaggcaatcc tgaaatctgg gctccggcag tagataaggg gattgaaagc 300

ngagttgatg tagcccaacc agtttagaag gatntatatt tccttacgga tgaggttatc 360

cttgatcacg tgcacaatgt tgacaatgaa gaagggcagc cagcacaggg tgaaagtgcc 420

catgataatg cctaaagtct tgagggcttt gtgttccttc aagtagaact tggaggtcct 480

gcgttgtcct agaccgctcc gcccatcctg ctccacttga ctgacgtttt gggcatggaa 540

gcggccctca gatttgtcna tcttctggag ctgccttttg gccacctgga acaccctgga 600

gtagacgaag accatgacca ccaggggaag gtagaaggac acaatggagg aggcaatggc 660

atagggttgg ttcgtgaaga agtcacagca ggtttcctta gcatagcagt tgatggcttc 720

cttgtggctg gcccggtacc agtgcatctg aatgggtaag aaggaggtaa ggccagacac 780

gatccacacn atcaaaatga ccacccgggc cttattcttg gtcagcaggc actgatactt 840

gaagggtgac gtgatggcta agtagcgatc cacagcgatc acgcacaagg tctcaatgct 900

ggccgtgacg cataacacgt caatggaagt ccaaaactca caccagaagt tgccaaaagt 960

ccacattttc atgaggatgt ggcaggcccc aaagggcacc actgccaggc ccatgaccag 1020

gtcagcacag gccagggagg tgatgaagta gttggtgacc gtctggagac gctcaaactt 1080

ggcaatggct gtgatgacta gcacgtttcc aaacacgatg gccaggacna taagcgacat 1140

gaggatgccc atgcccacaa cccaggcctc gtcccgttcc agcgtgacgt tttggtccgg 1200

cgcgtggctt gcgttgngcg ccagcaaaaa gacgctgcgg ttcccgngct gccccatggc 1260

gcgcaggctg gcaggtgagc gcacaggctg ccggcgcacc agccgccctc agcgagcgga 1320

cctccggcgg ggcgctgcgg gnagcaagcg agcacctgga agactcattc agcggccgtg 1380

ggtgggtgtg ggtgtggtag gggtgcgtgg tgcactcagc tccggggcta ctctgggctc 1440

ncagtgcctg tcagttcagc cagttccagc ttgcgctctg gagaagccgt ctctgagtgc 1500

gcgctgtccg ttatgtgccc aggactttag gggaactgcc ctccccgtga cgtgctacaa 1560

ctttcaacca atagaacgcg ggaagcccca aaggggcgag gcccacgccc tctcccgccc 1620

cttccctccc ttctcctgcc tgctccnggg gctggcccgg gcggnaccca actgctctag 1680

gagggcgggt cggccaccat tccctcgggg ctctctcggc tggccccgga ggctgaagcc 1740

ggctctggcg agcttaccag ccaactagaa ggtgccagtt ctttcntgac tgctacctgt 1800

ctgcctgggg cgccngtgcg gcttggtctc agggtagatg gcaatactcc ggcactccct 1860

cgcattcgga aatagatgat cgtgcccacc gagacacgca caggcaggcg cactgtaccc 1920

cgacatacat gcttagactt atacggaacc acagccacag acactcagac acacccatcc 1980

agcgcacnaa cgagcgcgca ggcacagaag ccgactggca caaagtcacc cctgtccaac 2040

acaagagaca tggccaggag caaaccagga gcacccggaa gcataaagac acggacatac 2100

agacaaaaaa agtaaacaaa tagcatacaa acgcccactt ggaggcaagc agtgtgccac 2160

agagaaggac ttccccatct ggatattcca aactctttac ccttgccccc tggacatcca 2220

ctccatcttc cccagtacac aggactcatg gtatattccc tttcagacat ttggcaagac 2280

cacaggtggt gactttagca gcagccaatt tcctcagcat gcttgctgtc cagtactttt 2340

ggtgccctcc cttggg 2356

<210>16

<211>2356

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(369)..(369)

<223>n是a、c、g或t

<220>

<221>misc_feature

<222>(542)..(542)

<223>n是a、c、g或t

<220>

<221>misc_feature

<222>(571)..(571)

<223>n是a、c、g或t

<220>

<221>misc_feature

<222>(692)..(692)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<220>

<221>misc_feature

<222>(710)..(710)

<223>n是a、c、g或t

<220>

<221>misc_feature

<222>(916)..(916)

<223>n是a、c、g或t

<220>

<221>misc_feature

<222>(1015)..(1015)

<223>n是a、c、g或t

<220>

<221>misc_feature

<222>(1110)..(1110)

<223>n是a、c、g或t

<220>

<221>misc_feature

<222>(1140)..(1140)

<223>n是a、c、g或t

<220>

<221>misc_feature

<222>(1228)..(1228)

<223>n是a、c、g或t

<220>

<221>misc_feature

<222>(1567)..(1567)

<223>n是a、c、g或t

<220>

<221>misc_feature

<222>(1798)..(1798)

<223>n是a、c、g或t

<220>

<221>misc_feature

<222>(2023)..(2023)

<223>n是a、c、g或t

<220>

<221>misc_feature

<222>(2056)..(2056)

<223>n是a、c、g或t

<220>

<221>misc_feature

<222>(2126)..(2126)

<223>n是a、c、g或t

<220>

<221>misc_feature

<222>(2242)..(2242)

<223>n是a、c、g或t

<220>

<221>misc_feature

<222>(2310)..(2310)

<223>n是a、c、g或t

<220>

<221>misc_feature

<222>(2350)..(2350)

<223>n是a、c、g或t

<400>16

cccaagggag ggcaccaaaa gtactggaca gcaagcatgc tgaggaaatt ggctgctgct 60

aaagtcacca cctgtggtct tgccaaatgt ctgaaaggga atataccatg agtcctgtgt 120

actggggaag atggagtgga tgtccagggg gcaagggtaa agagtttgga atatccagat 180

ggggaagtcc ttctctgtgg cacactgctt gcctccaagt gggcgtttgt atgctatttg 240

tttacttttt ttgtctgtat gtccgtgtct ttatgcttcc gggtgctcct ggtttgctcc 300

tggccatgtc tcttgtgttg gacaggggtg actttgtgcc agtcggcttc tgtgcctgcg 360

cgctcgttng tgcgctggat gggtgtgtct gagtgtctgt ggctgtggtt ccgtataagt 420

ctaagcatgt atgtcggggt acagtgcgcc tgcctgtgcg tgtctcggtg ggcacgatca 480

tctatttccg aatgcgaggg agtgccggag tattgccatc taccctgaga ccaagccgca 540

cnggcgcccc aggcagacag gtagcagtca ngaaagaact ggcaccttct agttggctgg 600

taagctcgcc agagccggct tcagcctccg gggccagccg agagagcccc gagggaatgg 660

tggccgaccc gccctcctag agcagttggg tnccgcccgg gccagccccn ggagcaggca 720

ggagaaggga gggaaggggc gggagagggc gtgggcctcg cccctttggg gcttcccgcg 780

ttctattggt tgaaagttgt agcacgtcac ggggagggca gttcccctaa agtcctgggc 840

acataacgga cagcgcgcac tcagagacgg cttctccaga gcgcaagctg gaactggctg 900

aactgacagg cactgngagc ccagagtagc cccggagctg agtgcaccac gcacccctac 960

cacacccaca cccacccacg gccgctgaat gagtcttcca ggtgctcgct tgctncccgc 1020

agcgccccgc cggaggtccg ctcgctgagg gcggctggtg cgccggcagc ctgtgcgctc 1080

acctgccagc ctgcgcgcca tggggcagcn cgggaaccgc agcgtctttt tgctggcgcn 1140

caacgcaagc cacgcgccgg accaaaacgt cacgctggaa cgggacgagg cctgggttgt 1200

gggcatgggc atcctcatgt cgcttatngt cctggccatc gtgtttggaa acgtgctagt 1260

catcacagcc attgccaagt ttgagcgtct ccagacggtc accaactact tcatcacctc 1320

cctggcctgt gctgacctgg tcatgggcct ggcagtggtg ccctttgggg cctgccacat 1380

cctcatgaaa atgtggactt ttggcaactt ctggtgtgag ttttggactt ccattgacgt 1440

gttatgcgtc acggccagca ttgagacctt gtgcgtgatc gctgtggatc gctacttagc 1500

catcacgtca cccttcaagt atcagtgcct gctgaccaag aataaggccc gggtggtcat 1560

tttgatngtg tggatcgtgt ctggccttac ctccttctta cccattcaga tgcactggta 1620

ccgggccagc cacaaggaag ccatcaactg ctatgctaag gaaacctgct gtgacttctt 1680

cacgaaccaa ccctatgcca ttgcctcctc cattgtgtcc ttctaccttc ccctggtggt 1740

catggtcttc gtctactcca gggtgttcca ggtggccaaa aggcagctcc agaagatnga 1800

caaatctgag ggccgcttcc atgcccaaaa cgtcagtcaa gtggagcagg atgggcggag 1860

cggtctagga caacgcagga cctccaagtt ctacttgaag gaacacaaag ccctcaagac 1920

tttaggcatt atcatgggca ctttcaccct gtgctggctg cccttcttca ttgtcaacat 1980

tgtgcacgtg atcaaggata acctcatccg taaggaaata tanatccttc taaactggtt 2040

gggctacatc aactcngctt tcaatcccct tatctactgc cggagcccag atttcaggat 2100

tgccttccag gagcttctct gcctgngcag gtcttcattg aaggcctatg ggaatggctg 2160

ctccagcaac agcaatgaca ggactgacta cacaggggaa cagagtggat atcacctggg 2220

ggaggagaaa gacagtgaac tnctgtgtga agacccccca ggcaccgaaa actttgtgaa 2280

ccagcaaggt actgtgccca gtgatagcan tgattcacaa gggaggaatt gtagtacaaa 2340

tgactcactn ctgtaa 2356

<210>17

<211>382

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(176)..(176)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>17

catttaaata atgtcatgtt attcacacta atgttcttgc cccctgcctc cacatttttt 60

ttttggaaaa atttaaatct ccacaataca cttataagga aaaatggcat tacaaatgtc 120

catgtaccat tgcccaattt taaccattat taatctcact tctttcacct agtatntcta 180

gaatacaatt tcttaccaat acacaggatt gtgccaatca ttttagagtc agcgtatgtt 240

tcatttcaca gatgcaccat aatcaatcta accataatgt tagatacata atgttgttaa 300

ttaatagact caaaagtact tattggagca cagtgtgagt atatttgtgg gagatttctt 360

gataaataga attgttgaat tc 382

<210>18

<211>518

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(95)..(95)

<223>n是a、c、g或t

<220>

<221>misc_feature

<222>(196)..(196)

<223>n是a、c、g或t

<220>

<221>misc_feature

<222>(219)..(219)

<223>n是a、c、g或t

<220>

<221>misc_feature

<222>(234)..(234)

<223>n是a、c、g或t

<220>

<221>misc_feature

<222>(248)..(248)

<223>n是a、c、g或t

<220>

<221>misc_feature

<222>(276)..(276)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<220>

<221>misc_feature

<222>(422)..(422)

<223>n是a、c、g或t

<400>18

ctcatcaagc tgtccataca cagctcagca atccaagttc attggcaaac attgattttt 60

atgcccaggt aagcgacatt acaccagcag gaaangtggt cctttcccca ggccaaaaga 120

ataagactgg gaacccccag tgtgacacgc acccagaagt ggtcacaccc tgccaagcta 180

acttcatcgt ggacancgct tacttctgcg aggtagacnc caaaaagtac attnccctgg 240

cccctcangt cgaggctgaa tcacacatag agccangctt taaccaggaa gacatttaca 300

tcaccacaga aagccttacc actacagctg ggaggtcggg gacagcagaa catgttccaa 360

gttctgagat acctgtccca gattatacct ccattcatat agtacagtct ccacagggcc 420

tngtactcaa tgcgactgcc ctgcccttgc ctgacaaaga gtttctctca tcatgtggct 480

atgtgagcac agaccaactg aacaaaatca tgccatag 518

<210>19

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>19

cctagaagcc ccgtctgatg gttaggtgat taggygagac aggttatcca ggaagggctc 60

ttttgggccc angtgttaag ctttcctcat tccagggttc ccagcatagt ctcagatcaa 120

tcttccatgt ctgcaaaggc tca 143

<210>20

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>20

agtcccacca tcatggctta tcccatcatc gtggtggacc tcaccaccct gatgaattcc 60

aagacttcca tngcaatgtc ttctcccacc atgcccaccg ctcctatcac tcccccaatc 120

atggtgagtc ccaccatcat ggt 143

<210>21

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>21

ggaggtcccg ccaacacagg gagcccaacc accatggtgg gtttcatcac cacgctgagg 60

ttcctgacta tngtgggctc catcgccaaa gtgaggctta ccaccataag gactccacgm 120

aatctagtag ccgctcccac ctc 143

<210>22

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>22

ggtgggtaga gatggggcct ggatgtctgt gtgtagcggg agcccctgaa ctgcccagag 60

gtgacaaaag cngggggtgt tggtgctgga agggctgtgg gcctgggcac ggggcctggg 120

cagcagtctg tgacacccag gca 143

<210>23

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>23

accacgctga ggttcctgac tatwgtgggc tccatcgcca aagtgaggct taccaccata 60

aggactccac gnaatctagt agccgctccc acctcagtga ggcctatcat catggtgggc 120

accaccacag aaggcctacc tcc 143

<210>24

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>24

atcatagagg ggagaattcc ataagaagtc aggctttcct agaagccccg tctgatggtt 60

aggtgattag gngagacagg ttatccagga agggctcttt tgggcccayg tgttaagctt 120

tcctcattcc agggttccca gca 143

<210>25

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>25

aacctcggaa agctgccctg aagaagacga gcacgttcag aagcgcaaag gtgcgtcttg 60

agctcacccc tnacccccaa ctccagctgc ctggcccagg ttccagacct gagtcaggcc 120

tggcgtgtcc ttcacaaggc tcg 143

<210>26

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>26

gcatggagtg taagagcctg agcccctgaa atatgctcaa atcccaagca gactggcacc 60

tgcaaggcag gntcaagcct tggcttctat accagtgcag gacaagcatg cctgcccctg 120

agtgagctga cagcaggcag gcc 143

<210>27

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>27

ggaatgaatt ggctcagatt gccctggctc cgggagaccc tcgccaggac atctcaacca 60

accagccttc tnccccatcc ttattaaaat cktaaacagc agatccgtgt cattgactca 120

gcagatgttt actgggcaca gtg 143

<210>28

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>28

aggacctgga ggtaaccggc ccaacgcccc cgacgcctct ggaagccgct gggcctgcgc 60

tcaccaccct cngtctccgt aacgtatcgt ggacaacagg aggtgcctgg ctcggcgaac 120

tgcagcagtg gctcaagcct ggg 143

<210>29

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>29

tatcgtggac aacaggaggt gcctggctcg gcgaactgca gcagtggctc aagcctgggc 60

tcagggtgct gnacattgcc caagcacact cgcttgcctt tccgtgcgca gggctctcca 120

ccttcgaggc gctcaccacc cta 143

<210>30

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>30

caagtgccta agggactgcc ccctaagctc agcgtgcttg atctcagctg caacaagcta 60

agcagggagc cncggcgaga cgagctgccc gaggtaaatg acctgactct ggacggaaat 120

ccctttctgg accctggagc cct 143

<210>31

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>31

gccactgtaa aggaaagaat ccacagtcca gccgacaacc agagagagag gcagaggctc 60

tgagaatcta cngactatgg tgagagtatg ttcttggggc cgaagcgtgg gctatttggg 120

gaaccttagg aacaggcttg ggc 143

<210>32

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>32

gccctggctc cgggagaccc tcgccaggac atctcaacca accagccttc trccccatcc 60

ttattaaaat cntaaacagc agatccgtgt cattgactca gcagatgttt actgggcaca 120

gtgctggaca gggaatccat tat 143

<210>33

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>33

gctgtccatg tacttctctc atggaggtga agagttgcgt gtccatcctg ctaccttctg 60

actcccttct tnagtggatg agcatgtgct gagcgctggt ttccgttgca gggctccccg 120

acctttcagc tccagaacga ctg 143

<210>34

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>34

gagttgtgac ccccggtctc ctctggccat gcaggtagtg acgtgggctg ggtgcgagtc 60

accaggctgg cngtgctgac crccagggag atgagtctcc agagccactt ctgaccttga 120

ggctcctagg atgccctaga gat 143

<210>35

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>35

cctccctttt caagtctcct ctgagtggca gaggtccccc agaggagtgt acccggagca 60

tgcgggtggg ancccacggg cccctgcccg ccggcagggc tttctgaagc ccctgtgccg 120

gtctttgcgt agggtgggcg ggg 143

<210>36

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>36

gcgagaaggg gttagtctac ctcagcgtgt gcggggacaa cgagaactgc gccaacggcg 60

tgggtgagtg cngcctgccc tccacgcccc ccctccagcg aagagatcag atgccttcat 120

cggcagcaat cctcttgggg tca 143

<210>37

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>37

actcgggggc ctgtcaggtg tccaggaggc aagtgaccac tctgcgatcc gggcgttccc 60

tcgggtgtcc cntgcgcgcg gatgtcctcc tccaggacag gtctgccgcc tgccgacgtc 120

cttccccgac gagcctttaa acc 143

<210>38

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>38

gtggataatc ggggtcactc tgatttcccc ttcccagaaa ctgaggacgg cgagccgtgt 60

gtgttcccct tngtgttcaa cgggaagagc tacgaggagt gtgttgtgga gagcagggcc 120

aggctctggt gcgcgaccac cgc 143

<210>39

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>39

tcgccytccc gcgcccactg tgtggagatc ctcctgccca ggtcctggca acccccatgc 60

tcctagtgtt gnccagcgct ggtcccgcta tcttttctga gaaacacttg gcttgtttta 120

gtgataggaa gtcttggaac ttg 143

<210>40

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>40

cacgtggtgg ggggtggtgg ttgatccacc tttagtgcgt ttctcgttca gcctaaatcc 60

tcgcggtgac tnctggtcag tggtcaggag ctcagttgtt gtagatgcca acccagaggt 120

gtgtttcccg tctgatagac cga 143

<210>41

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>41

aggagggtga gctctcaggc aagtgcacgg cccrtggaca gagctccgcc ttcctgctcg 60

tgccccccac anccccagcg ctggccttgc cccccccctg gagacccagt cacagcgcgg 120

ggcggtgtct ccgcaggtga ccc 143

<210>42

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>42

gtccaccgag cactacctca tcaacgtgtg caagtccctg tccccgcagg ctggctcagg 60

tgagcggggg gngcgggggc tyggggctcg tagggagttt gtgggggaga aagggagtca 120

ggacggattc ttcgaagtca tgt 143

<210>43

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>43

ctccctcacg gacgaacagc tgtactacag cttcaacctg tccagcctct ccaagagcac 60

cttcaaggta angccgtgcc ccagagcccg tgacctcggg gcccctgcca cctggcgtca 120

ctctcaggct cctctgtgtg tta 143

<210>44

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>44

ctacgacctg cggctgctct cgtccctcac cggctcctgg tccttcgtcc acaacggagc 60

ctcgtgagta cntcccccta ccagcctgcc ggctgtgtcc gtcgccccga cgggrcgagt 120

gtgcggcgct tcaagctccr att 143

<210>45

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>45

ggccccccga tagtgagtgt ggggcccgag ggcagaggtc gccccgcarg gggtttcagc 60

ggccccccca gngtgtcgtg tgtcttgctg tcggtggaga gtcttcaggc agaacgaatg 120

gggacgtgag ctgggactct gtg 143

<210>46

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>46

cctggacaag cgcacgtgca cgcttttctt ctcctggcac acacccctgg cctgcgagca 60

gacggtgagt cnggggcggc ccagcccacc caacctaggg gccttccact tctcccatgg 120

gtcctggggc accccaccca ctt 143

<210>47

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>47

gcctcgtaaa ggcgggggaa gagaagaaag cgggtgaagg cagggctcgt gactttctgg 60

agtgaggaaa gngagggagg ttctgctgta ggtgacacag aaactggggc ggtccccggg 120

gagaagctgt cacgttgtct ggc 143

<210>48

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>48

ccccggtctc ctctggccat gcaggtagtg acgtgggctg ggtgcgagtc accaggctgg 60

crgtgctgac cnccagggag atgagtctcc agagccactt ctgaccttga ggctcctagg 120

atgccctaga gataacgtca gtt 143

<210>49

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>49

tgtcactgca gaggtgtggg ggcagtccca agtatgcaga gaggtctgtg tcttgtaagg 60

ctagagagga gncgcggtgg gccagcctct gggggcgttt gataggcagt gcaccttccc 120

ttcttatttc tctaaccact tag 143

<210>50

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>50

tctggcctgg gggccctctg atctctgggc ctggagccct gagcttgttg gcctgcacgg 60

ctgccccagg gntcccgtcc tgtgtgccga ctggcggtcc tggcgtctct cacgtcatgg 120

gcactctctc cctttctacc tga 143

<210>51

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>51

gtgccagaca ggcgtgggcg atgctctgtc cctgccatgt cctccgggac tgggtttgaa 60

tgtgcctctt cncccctttc attcccgcag gtctgctcca tcaaggaccc caacagcggg 120

tacgtgtttg atctgaaccc act 143

<210>52

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>52

gggagtggcc agggcatcgc gctctgcagg gggggacaag gagggtgagc tctcaggcaa 60

gtgcacggcc cntggacaga gctccgcctt cctgctcgtg ccccccacay ccccagcgct 120

ggccttgccc cccccctgga gac 143

<210>53

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>53

ccgtggccgc cggcggaggc gcggtcgcca ggccgagcag cctcagcgag gtcgggttgc 60

gagctcggcc gngcycggcc gcgagcgccg agggcggcag gcgaggcccg gccggcctgg 120

cacgcggcct ggtcgggcgg act 143

<210>54

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>54

cgacagagac cacgagtggg gcttctgcaa gcactgtaag tggacacgcc ggggcccccg 60

ctggccggcg cngtagccct gcgcctggag gttctcttcc tggactgtcc acgttagtgg 120

cagcgcctct ggtgcatgtg gtg 143

<210>55

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>55

cgtctgctgt catcgagctg acctgtgcca agacagtggg gcggccttcg ttcacgaggt 60

gagggtgcgg gntaccccac cccagggggt agctgggcgc tgggcgggct gggcccccgt 120

cagaactcct ccccgcggtt tct 143

<210>56

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>56

ggtyttgggc atcgggaaga cgtttctggt aagacttgcg gggtgcactc tgatttgcct 60

tggaaggatg gnaggaggca cagagctcac cctcatctcg tgacagggga ggcaggtgtc 120

cttaggagcc tcccagggca cgg 143

<210>57

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>57

ccgtgtgcaa ggttcccgtg gacggccccc cgatagtgag tgtggggccc gagggcagag 60

gtcgccccgc anggggtttc agcggccccc ccagcgtgtc gtgtgtcttg ctgtcggtgg 120

agagtcttca ggcagaacga atg 143

<210>58

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>58

ttcgtccaca acggagcctc gtgagtacyt ccccctacca gcctgccggc tgtgtccgtc 60

gccccgacgg gncgagtgtg cggcgcttca agctccratt ctgaaggtgg cacagcctca 120

ggcctctgct cgggcaggcc tgg 143

<210>59

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>59

tacytccccc taccagcctg ccggctgtgt ccgtcgcccc gacgggrcga gtgtgcggcg 60

cttcaagctc cnattctgaa ggtggcacag cctcaggcct ctgctcgggc aggcctggtg 120

cattccaggg ggtttggaag cag 143

<210>60

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>60

ccctgcctca gggcgggcgc tgcaggtcag acgggaggac gctgtggctg tcccaggcct 60

gtgcgcttcg cnaagcccct tctcgtgtgt ccccctttcc ttagcctcag actccttgtt 120

ctacacctcg gaggcggacg agt 143

<210>61

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>61

ctgctgtgca taatgaaaca cccactgtgt cagtagtgaa gaacacagtt ggtctctcca 60

gagggaaagc tnacagccac gtgtgttcgc agggctcgta ctctgagacc gtctccatca 120

gcaacctggg ggtggcgaag acg 143

<210>62

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>62

agtgcctttc tggccgtgaa acccaccgta gccttttcaa ggtcattgta ttgtggttgt 60

ggtcccgctt cncacacact ggtggttcat tcggccagga attgtgggct ctgactcggg 120

cgttgggtga acacggcagg aag 143

<210>63

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>63

gaggaaaaaa tgtcccacct ctttctaaat gctggctttg ggtaacgagc cccttctctg 60

ccgtccttcc cntgtgtgtg tgtgtgtgtg tgtgtgtgtg tgtgtgtgtg tcccgagatt 120

aggaggaaga taactctaca tac 143

<210>64

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g、t或缺失，如表4中所述

<400>64

gatgagtgcg gtggtggcca gaagataata acaaatataa cactcatgtg caaaccaggt 60

acaaatgaaa cncaaaatca gaaagcgcgg ggtctcccgg gctcctgcca ggggcgcccg 120

agcattctct gtttgctgcg ttt 143

<210>65

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g、t或缺失，如表4中所述

<400>65

tttagagagg aagtggtcgt gcagccttgt gggctgaaac gcacttggcc agctgggctg 60

tgtttgtttt gntttgttag atggtttatg attttgttcc ttgtcctccc gacagctttt 120

ctaagaactt aagtttacat ggt 143

<210>66

<211>144

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(73)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>66

cacggcccrt ggacagagct ccgccttcct gctcgtgccc cccacayccc cagcgctggc 60

cttgcccccc cnntggagac ccagtcacag cgcggggcgg tgtctccgca ggtgacccga 120

ggcccgcaca cctacagtgt gggg 144

<210>67

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>67

tccatcaagg accccaacag cgggtacgtg tttgatctga acccactgaa caattcccga 60

ggatacgtgg tnttgggcat cgggaagacg tttctggtaa gacttgcggg gtgcactctg 120

atttgccttg gaaggatggr agg 143

<210>68

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>68

tggtgacgga agacagcaag ttgaacctag gcgtcgtgca gatcagtcct caggtgggcg 60

ccaacgggtc cntgagcctc gtctacgtca acggggacaa gtgcaagaac cagcgtttct 120

ccaccaggat aaacctcgag tgt 143

<210>69

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_faature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>69

tcttcggcag gtctgtttaa tcagaagctg acctacgaga atggggtgct gaagatgaac 60

tacaccgggg gngacacctg ccacaaggtg taccagcgtt ccaccaccat ctttttctac 120

tgcgaccgca gcacgcaggc ggt 143

<210>70

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>70

ccactcatcc accgcaccgg gggttacgaa gcatacgatg agagtgagga cgacggctcc 60

gacaccagcc cngacttcta catcaacatc tgccagccgc tcaaccccat gcacgggttg 120

gcctgccccg ccggcacggc cgt 143

<210>71

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>71

attcagcgcc tctggggacg tgagaaccaa cggggacagg tacatctacg agatccagct 60

gtcgtccatc angggctcca gcagccccgc ctgctctggg gccagcatct gccagaggaa 120

ggccaacgac cagcacttca gtc 143

<210>72

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>72

atgaagggag ctgggccttg aagccgcggc gctgacggtg gatccgggtc tggcgtgggg 60

gtggggtcgc cntcccgcgc ccactgtgtg gagatcctcc tgcccaggtc ctggcaaccc 120

ccatgctcct agtgttgmcc agc 143

<210>73

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>73

tggccgccgg cggaggcgcg gtcgccaggc cgagcagcct cagcgaggtc gggttgcgag 60

ctcggccgrg cncggccgcg agcgccgagg gcggcaggcg aggcccggcc ggcctggcac 120

gcggcctggt cgggcggact ctg 143

<210>74

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>74

cttcaactac acctcactga tcacgttcca ctgtaagcgg ggcgtgagca tggtaagtgg 60

gcaccggtgt angaggcacc ggtgtgcggg ccggccagcc agagccggag gccctcgaag 120

cctgcctcgg acgaaggctg ccy 143

<210>75

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>75

cactacctca tcaacgtgtg caagtccctg tccccgcagg ctggctcagg tgagcggggg 60

gygcgggggc tnggggctcg tagggagttt gtgggggaga aagggagtca ggacggattc 120

ttcgaagtca tgtcactctc tga 143

<210>76

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>76

ygaggcaccg gtgtgcgggc cggccagcca gagccggagg ccctcgaagc ctgcctcgga 60

cgaaggctgc cngtgtccac agcgcctgcc tcgcaccgtg tgctgtcagt ggtgtgtgga 120

atcactgcag gccctcagtt tag 143

<210>77

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>77

ggaattgtgg gctctgactc gggcgttggg tgaacacggc aggaaggggt gagtgaggtg 60

gtggtggaga angcccgtcc ccagggcaag gtcggtggcg tctccatgcc gtcgggccag 120

cccagcctct cctgcacccc acg 143

<210>78

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>78

ggcagattcc actcaagtca aagtggccgg gagaccccag aacctgaccc tccggtgggt 60

atggcccccg cntgactctc aagggtgtcc tgcatgtccc tgtgaagcct aacacactcc 120

cctgccagat gcctgcttcc att 143

<210>79

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>79

ggtctggttg gagctcaggc agcctggagg ggctgggatc cggaaggacc cttggctcct 60

acaggtatgg cnagttggaa gtctagaacg ggagctgtgg tttgagatgc tgccttgctt 120

gggcaagact ggggagttca ggc 143

<210>80

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>80

ggttcctgga gcagggggac ggtgggagtt gaggtcaggg tctcagaagc ctgagagcca 60

agagtgctgt gngcctgact cagcatgatt gtctatttat tttgatgccc tatttatatt 120

aacttattgg tgcttcaaat ggc 143

<210>81

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>81

atcatcgcgt acctgggcgc ctccctgggc aacatcacga gagaccagaa ggtcctcaac 60

ccctacgccc anggcctgca cagcaagctg agcaccacgg ccgacgtcct gcggggtctg 120

ctcagcaacg tgctctgccg ctt 143

<210>82

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>82

ccccttcttc tgggagacta cagccgggca cgcagtgtcg ggctggagtt tggcccctga 60

ctcatcccct cngccagggt ctttgtgagc aaaccccgaa agttgtctct ggcgaccctg 120

accacggggt gagacagcag ggg 143

<210>83

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>83

gcaaaccccg aaagttgtct ctggcgaccc tgaccacggg gtgagacagc aggggtcggg 60

ggcactaacc cncgaccccc cagcagaatg accaccatca gtgccttggc tgaccttgaa 120

aggtctggtt ggagctcagg cag 143

<210>84

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>84

gcgcccgggg gactttccca gcgaggatgc cctgtggagg ctcagcaggc aggacttcct 60

gcagaccctc ancaccacac tgggcctcat ccttcgcatg ctgagtgccc tgcagcagga 120

cctcccggaa gcagcccacc aac 143

<210>85

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>85

gggggagaga cagggccgca gccgcagaca cagcccctgc cgggccctga agaggggggc 60

ccgcaggaca cngcccttcc cggagatcag gagactcgcg cccaggggcc agccgccccg 120

gtagcctttg gggtgcccctgcc 143

<210>86

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>86

agccagcctg ggtgcagacc gagcgggagc agttccggga cttccgggat ctgaacaagg 60

acgggaagct gnacgggagt gaggtgggcc actgggtgct gccccccgcc caggaccagc 120

ccctggtgga ggccaaccac tta 143

<210>87

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>87

tgagggatca cccctttctc actggcagag tctcccagcc cagaccaagg ccccccgaca 60

tcaggctcag cntccaaagg cctccactaa ccccccagct ccaaatctga gcttcatccc 120

acacaacgga gaaacacacc cct 143

<210>88

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>88

cttggcctct cgaccaccag ggacgtctct atggctcaga atattatcta cagctcttga 60

gaggaactta angaccaaac tcctattatt ttgtcctgtt tgactgcttt cctctgtttc 120

tgcattttct cagccccgat gcc 143

<210>89

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>89

gctgacctgg ggcgccccag tggccaggcc cccacctgtc cagccctgca ggaggtggac 60

accgacctca gngtccccct gcccctgggc gctccacgga ctcaccactg ggtcaacttc 120

tttccctgag acactgcagc ccc 143

<210>90

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>90

ttccctcaca tgcgggacat tgtgattgct gtgagtgggg cctgaggaat ccggcttctt 60

acctcccttc cngggaccta ggcttctgac gccaagactt gcgtcccagc gtttaccttg 120

ggggccccag tgcccaccct cca 143

<210>91

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>91

tgaaaggccc gggatccgga aatgtcagaa ccaggctggg aggtcccggg aaccgcccct 60

gatgtcaccc cntctcgccc ccgactcccc catcccagct gacctgtaca cggcggagcc 120

cggggaggag gagccagcct ggg 143

<210>92

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>92

tttatgccat tggagctgtt ctcagtatgt ttcttattcc ataacggtgc ttgtgttcta 60

caaaattgat tncagtttga gattgcattt gtttcgagtg cattttgtga agttaggttt 120

tctttctaag attatcattg ctg 143

<210>93

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>93

tcattttgca ttgtcctgtt ataatataga ttgataattg tcataatagt agttcctart 60

actttttaaa cnatttcttg tttttttttt ttctttttct gtcgtttcag agatatacct 120

agaatacctg acagcacaca cac 143

<210>94

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>94

catcctggaa tccaaacctg aaccacaggt ggagcttgtt gtttcaaggc ctattgggtg 60

agttaatctg antactttca gttcagttca gttccgttca gtcgctcagt cgtgtctgac 120

tctttgcgac ctcgtgaatt gca 143

<210>95

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>95

gtttattaag atatttaatg gatcttgcta tttcagtcga aatgtggagc agggacttcg 60

agggacacgc tntgctatag gacattataa tacaattagc cgaatggata gacaccgtgt 120

catggatgac cattattctc cag 143

<210>96

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>96

catatatttc aagaggtttg atggaaagga tttccacaag tcactggcaa tatcaccaag 60

tatttattga tntaaaagga agttattaat accaggcaat aaaagagctt accatctccc 120

aaaatactga tgatatgtat ggt 143

<210>97

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>97

aagatggaag tgtacctcga gattcaggag caatgcttgg cttgaaggta tgtgatgaaa 60

tatgtgagat gntctatatt ccttatagat ttatcagaaa agcaaaagat ataataactc 120

tataccaact tagtgttttt ttt 143

<210>98

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>98

cccaccccgt ctgtgagcag gagctccttc ctcctgtcct ctgcagatgg cagtttgtac 60

gtctgtcaca tntgcggtct tgactctgct tctttcctat ttggcctcct agtgggcttc 120

cataagcaaa gctcctagtc aga 143

<210>99

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>99

acagttgaca gctcatcttc ctctggagag ttcataatca gatatccaga cagcactagt 60

tgataacaac cnacttctac ctctctccaa atcagccttt gaaaaatgct tagattgaac 120

agaggtttat gaggctgaac tca 143

<210>100

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>100

tagttcttaa ctgattttta aaaggaaaat aagcttactt caaagcacaa aaacatctta 60

aatttaacta gnttgacctc tgaaatataa tacaggctgt ttcatgattt cattttctaa 120

taaataaaat gattaattta aaa 143

<210>101

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g、t或缺失，如表4中所述

<400>101

aggtaagcac tatattctaa tcatacattt gcctgtaatt aataagagtt tttcttttag 60

gctgtatttc tnagtagtcc cttaataggt attacaacct ttgtttttaa gttctttaat 120

ggtgctaatt atgtgaataa aat 143

<210>102

<211>144

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(73)

<223>n是a、c、g、t或缺失，如表4中所述

<400>102

cagttcagtt gccttgcttc attgttcttc ttttacattt ttgacgaagt ccaagtctgg 60

agtaatctct tnnttgacag atggttttga tctaaattat ccaagttctc tctaattacc 120

tactgaagaa aaaaatgact gaac 144

<210>103

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>103

tgttataagt gaaggactga cgtcctggga agcatcaggt gaaaagcaag agaccaaaga 60

cgaggtctag gncagaacgt cagccctccc ccggactaga caggagcagc cggtccaaag 120

tgacgacgtg agcagtggca gac 143

<210>104

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>104

aggaagatcc cctggaggaa gaaatggcaa cccattccag tatttktgct tggaaaatcc 60

catggacaga gnagcctgga gggctacagt ccatgcaagt cacaaagagt tggacaggaa 120

tgaagcaatt agcaggcaca cac 143

<210>105

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>105

tacacagttt tgttcatttt gcattgtcct gttataatat agattgataa ttgtcataat 60

agtagttcct antacttttt aaacratttc ttgttttttt tttttctttt tctgtcgttt 120

cagagatata cctagaatac ctg 143

<210>106

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>106

agtcctctcc ccagctgaaa ttcttgggga acttccaagc agtggccagk gctataaagc 60

tgtacacact anggaactat gctgaatgta ataaaccata atggaaaaaa aatatgaaaa 120

aaagccaaca cagtttcctt taa 143

<210>107

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>107

ccttattata gcaatgtaat tattatgtgc atgttaataa actatcaaat tagatcataa 60

aaatttcaag anatttgtca aagtaaaata tctgaattaa actctccatt cattgaagtt 120

attatagcat atccttttaa gtt 143

<210>108

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>108

agagatccgg cttccatctc tggctcagga agatcccctg gaggaagaaa tggcaaccca 60

ttccagtatt tntgcttgga aaatcccatg gacagagrag cctggagggc tacagtccat 120

gcaagtcaca aagagttgga cag 143

<210>109

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>109

agtaaaatat ctgaattaaa ctctccattc attgaagtta ttatagcata tccttttaag 60

ttaactgcaa tntactaagt gaagtttata ttctgtgcta atatcaggat aagagaatgg 120

gccaaaggtt gggaatgtaa gca 143

<210>110

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>110

ttattgatga aatattatcc ttgtaaaaag tagaaaataa agcatatata aacaatttaa 60

ttgtattggg cnggggtcat ctctgtgatg attctaaaaa tgtaattcac cagaaattgc 120

ttttgaatca ttacatggaa aag 143

<210>111

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>111

atggagtcaa acattctctt ccagtcctct ccccagctga aattcttggg gaacttccaa 60

gcagtggcca gngctataaa gctgtacaca ctarggaact atgctgaatg taataaacca 120

taatggaaaa aaaatatgaa aaa 143

<210>112

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>112

tacttataaa gtttaacata ggcataatga ttcctaggaa tcaaaacagt gacagtaaat 60

gctttgctat tntttttaaa cccatttcaa atgtttataa tatagatgat tttattctat 120

atcaatttta tattgtgtgg att 143

<210>113

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>113

gattggccat tgtcacctgt gagtagtgtt ggctggcctc tggccctggt tgacagttgg 60

ttacaatcct gnctgtgttg ccttccctca gagggatgca gcttatagac tgggcagttc 120

tggttggtgg ctcctgcttc tgg 143

<210>114

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>114

gaggaagggt gggccagtag gagaggcctg aagtttaatg tctcttaatt ttcttaatta 60

gaatgcattt cntctcttgs aaaaatatta catcataaag tttttgttca acataatctt 120

ctttaaattt taagggggct caa 143

<210>115

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>115

tatgtgaact atattcagaa atacatgaaa tacgatgcaa agtagaaatt atgygtattt 60

accaragatc cngggatgat gagtttcatc aagttagagg tgtaaaccag cctctttgac 120

aattagaacc tttgtaaact tat 143

<210>116

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>116

ttgcctggaa aatcccatgg actgaggaac ccagcaggct acatccatga ggatgcgtag 60

agtctgacac gnctgaagtg acttagyacg cacgcatgca ggcatcaatg cggagtgggt 120

cgggggagrc ctgtctsctc tta 143

<210>117

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>117

ctgttttgtt ccaaagccct gttagctggc agacccactt aagcccatac accagcactc 60

aaaaatcagg gntgccaaaa atgatgaaag ctcagccttg atggggcttc ccaggtgact 120

cttgtaaaga acctacctgc caa 143

<210>118

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>118

tacttttgtg agttattctc ttagattctg tgtcttaagg tggcttttag tttattaagc 60

tgaagatact cntagagtgt tcttcctgat gtaccatcat tggaaggatg katattttgg 120

tttaggtgag gcttttatgt ttg 143

<210>119

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>119

tgaaagaact acagttagag tagtggtttt gcaactgact tgatcaatag ccttagtaaa 60

gtccaggctg gntttcagac taggatctag aattttttct cawtttgagg tactgtgatt 120

tataatgtta ggaataactg act 143

<210>120

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>120

aagagactta agagacccaa tccctgggtt gggaagatcc cctggaggag ggcatggcaa 60

cccactccag tnttcttggc gggagaatca catggacaga ggaggctgca ggctgcagtc 120

cacagggtca caaagagtcg gac 143

<210>121

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>121

tatagaaatg cacaagcagg taagctatta tttctttata agtgttttaa atgacagtaa 60

ctgtgcactt tngaaaggaa gttgtatgtt ttgcagtttg attctgcacg tttttgtggc 120

cacctgtatt ttaaaagtcc atg 143

<210>122

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>122

aaactagaaa tgtgccaggc tatggaggaa agtattctga gattaaagtt ttgctgcaga 60

aaatctacac antggacctt tgtatgtgca gatggttgag aattaacttt accckatcta 120

aacacatatt taaatataaa ggg 143

<210>123

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>123

gtcactgcct ccttctaatg ggcttgctga tgatagtttg cctcttcctt aggaaatact 60

cctgccagaa tntaaagtgt gttttaatat cagcctgcta atatttcggg aatttgtaac 120

cagctgactg ttctctttat tgc 143

<210>124

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>124

rcctgtctsc tcttaacagc ttggtgagcg tatactaaga gcaaaaagga gataaagtct 60

catgtgattt tnaaaaatga cagggttaaa tgactggtca tctctcaatt ctgctttcct 120

ttctaattcc agagctcttc ggt 143

<210>125

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>125

ccctcagagg gatgcagctt atagactggg cagttctggt tggtggctcc tgcttctggt 60

gtccctgggc cnagcaccct gtcttcctct ttgttgccct cagcttctgc aatccttttg 120

catgacgtat gcagggtcta ctg 143

<210>126

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>126

ggggtacgtg gcctttccat tttagctctg atcatcttag tgtttgtcac tggctctctc 60

tcgctctctc tntaaatttt gttcaattga agaggcaaaa ggcagtagag gatcacacag 120

tgaaatggag cactttgcct tca 143

<210>127

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>127

cagcctcgac tgagaatgtg acatgtgacc tttttatttt ttagagaacg tgacttttat 60

atgttttaga gncaaaacca ctttctactc ctgatagttg aaattggaga ccaaacgagg 120

agaactttac agggtcctgt cag 143

<210>128

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>128

gtgggccagt aggagaggcc tgaagtttaa tgtctcttaa ttttcttaat tagaatgcat 60

ttcmtctctt gnaaaaatat tacatcataa agtttttgtt caacataatc ttctttaaat 120

tttaaggggg ctcaatattt att 143

<210>129

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>129

cttttattac caaagcagtt aggatttcca tataatagga ttcatatatt ttattatttt 60

ttttattttc antttgtttc tgtcctcttt agcttttatt agacattacc ttcttttttt 120

caatatacca atatgtgttt act 143

<210>130

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>130

gagaataagc ttctgttttc agccacctgg tttgtgggag tttgcttggc agccctagta 60

aactaatata gntcccaaga gttaagttta tctgtcagtt ttgtttcatc atcaggatag 120

ttagtaattg ccatgtgata cta 143

<210>131

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>131

gctttgatga tctgattcag aattatgcta ctttaacatt catgtaaggt ttctgttgta 60

cacttagttg tnttcatttt taattaccaa gagtggaagt aggcaacata atctttctcc 120

tcttaagtgc ttttaaaagt ctt 143

<210>132

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>132

cacatggcaa cccackgcag tattcttgcc tggagaatcc catggacaga ggagcctggt 60

gggctacagc cngtggggtt gcaaagactt agatacgtcc aagtgactga cactttcctc 120

actttcacgg tctttctttg cgt 143

<210>133

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>133

atagaaatta gtaggaatta tgtgaactat attcagaaat acatgaaata cgatgcaaag 60

tagaaattat gngtatttac caragatccm gggatgatga gtttcatcaa gttagaggtg 120

taaaccagcc tctttgacaa tta 143

<210>134

<211>144

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(73)

<223>n是a、c、g、t或缺失，如表4中所述

<400>134

gcgatacctc caaacctgac aggcattcca ggaggaaagc cgtgagtacc aagctctgtg 60

cctcgtgttc anngtgtgtc tgggccctca ctggcccttt agactctgag aactactggg 120

cagtgttggc aagttccttc agct 144

<210>135

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g、t或缺失，如表4中所述

<400>135

aggtacagtc cctgtgctca ggctccagga atatagtggt gaaaaggaca gaaatgttta 60

ctgtcctggg gntcaacgtt ttatttttat tggggaagag acacattcat tgcaggatta 120

acaatgatga aattgcttca gtg 143

<210>136

<211>144

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(73)

<223>n是a、c、g、t或缺失，如表4中所述

<400>136

ttttactaac cattcacatt taagatagtt tgtcctctcc aaattggccg ctgctttcac 60

agtgtgactc tnngttctta acaaatttgc tagtatattt acatgatcca actgtaagga 120

aaaaagatct gtgtttaatg tttc 144

<210>137

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>137

ctatcacatg gacatggtct gccagtgcct ctgaccccac acccttcggg gcttcagcct 60

cctgccattc cncccattgg tagcagtgcc ggccttctgg ccctctccag tgccctggga 120

ggccagtccc accttccaat taa 143

<210>138

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>138

agcattaaac ataaataact tctagtatgc ttatttctaa ttctttgttt tgctggcttt 60

agtttttttt tnactgtgcc actccttata tatattaaga cttatagttt tattcaaggg 120

agattgttgt taaaaagtca cgt 143

<210>139

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>139

aatactgatt tatttgcagc tccttctctt caggctgagt gcacagcagt gtcatgaggt 60

gagagtcggt cngtcttggg cttggcaggg tgcgtctgag ggaacaagga cacttgcatc 120

atctggatgc agggggtaca cag 143

<210>140

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>140

tagagtctga cacgrctgaa gtgacttagy acgcacgcat gcaggcatca atgcggagtg 60

ggtcggggga gncctgtcts ctcttaacag cttggtgagc gtatactaag agcaaaaagg 120

agataaagtc tcatgtgatt ttw 143

<210>141

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>141

acattttggt ttctcttact tttgtatcta gaaagtatct catatataac tttcccctaa 60

gaaaaattaa anttctagta taacttaaat ttggcttatt gtcagacact gaaaccacag 120

gctcagaata cagttasagt gat 143

<210>142

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>142

attaaarttc tagtataact taaatttggc ttattgtcag acactgaaac cacaggctca 60

gaatacagtt anagtgattg gccattgtca cctgtgagta gtgttggctg gcctctggcc 120

ctggttgaca gttggttaca atc 143

<210>143

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>143

gaaaatattt atactccagt gcacactttt gcgtcagttt cattttatag ttcctcacgc 60

cagagtaggg tntattttga aatcgtatat aatcattcaa gatgagtctg ggagtaagta 120

tctgtgtagc ttggaaacca ggg 143

<210>144

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>144

taggaattat gtgaactata ttcagaaata catgaaatac gatgcaaagt agaaattatg 60

ygtatttacc anagatccmg ggatgatgag tttcatcaag ttagaggtgt aaaccagcct 120

ctttgacaat tagaaccttt gta 143

<210>145

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>145

aagtttttgt tcaacataat cttctttaaa ttttaagggg gctcaatatt tatttgttta 60

aactggaatt tnaattttag aagcatttgt ttctcaaaat gtagataacc caggcagttg 120

gggttttaac actcacttcc ctt 143

<210>146

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>146

ttaccaacca aaactagacc acaagataac attctaggag agaaaactag ttaatacagt 60

tgtagttgag tntcagttgg ctgactgaaa gcctgtgttt gcaggtgagt gagccaggaa 120

acagtgtttg atctggcaac cga 143

<210>147

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>147

gtttttttag tccgaatcaa gcacctagca cttaccctgt ctgacacata gtaggtgttc 60

agtaaattaa gncaaatgtt tgaaccttga tgaaagctta aatgactttt gcaaacatta 120

aaataagctt atttgaatta cag 143

<210>148

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>148

gacacgrctg aagtgactta gyacgcacgc atgcaggcat caatgcggag tgggtcgggg 60

gagrcctgtc tnctcttaac agcttggtga gcgtatacta agagcaaaaa ggagataaag 120

tctcatgtga ttttwaaaaa tga 143

<210>149

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>149

gccagccttc ctatgggggg cccatattct gaatgtctct gtgtacttcc caatggtgtc 60

acgaagactt tntgctgcak tgcaccaaga agagtctttc ttatgatgag ggaataggta 120

gaagaatgac atctaggttt gca 143

<210>150

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>150

attaatatag tgatctttta aatgggtgta ggcctttttt ttttctttct ggtggaattg 60

attgagcagt wnaacatgaa tcttcccaga atggaccccy atgagatact ttttaatgtt 120

tctaaacaga aagttgaggt ggt 143

<210>151

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>151

accagatggt agcctggcat ttttgttatg gaggtttctg ttcttgagaa caccttgcat 60

aatttcagtg cntacatact cccattcctc atcactgtac cagaactgca acagcctctt 120

gatctgactc tttggcagag aat 143

<210>152

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>152

tcctatgggg ggcccatatt ctgaatgtct ctgtgtactt cccaatggtg tcacgaagac 60

tttstgctgc antgcaccaa gaagagtctt tcttatgatg agggaatagg tagaagaatg 120

acatctaggt ttgcatgtat gtt 143

<210>153

<211>149

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(78)

<223>n是a、c、g、t或缺失，如表4中所述

<400>153

tttctgaaat tatgtcaaag gtagcttggt gctctgtgga tctggtcaag tagtaattaa 60

ttttaattaa tnnnnnnnac agaaaagttg acatctgtgt tatttattat ttagtagaga 120

tcaaatttga caagtgtgtg attttatgt 149

<210>154

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>154

ctttcctgga agttaacgaa aatatctaaa aggcagctta gtatagagtg aaaacatgca 60

cttgtagcca cngtcatggg ttctaggcag gtctactgcc tgctctcttt gtgatcttgg 120

acaataataa taaaaagtaa tta 143

<210>155

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>155

gccggccttc tggccctctc cagtgccctg ggaggccagt cccaccttcc aattaaagat 60

gagaagaagc ancatgacag tgatcaccaa agaggtgagt gattttctca gaatgtctgt 120

ctggtatcac ctgtctgctg ctg 143

<210>156

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>156

taaaataaat atgataaatt ttgtagtatt tttattgacc tcgatactga atattttcta 60

cagcaatttg angagtctta acagtctgtt ccagaacatt ttttgctcct aagctattga 120

agacttctgg cttgaaacgt cca 143

<210>157

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>157

cattaatata gtgatctttt aaatgggtgt aggccttttt tttttctttc tggtggaatt 60

gattgagcag tnkaacatga atcttcccag aatggacccc yatgagatac tttttaatgt 120

ttctaaacag aaagttgagg tgg 143

<210>158

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>158

caactgactt gatcaatagc cttagtaaag tccaggctgg rtttcagact aggatctaga 60

attttttctc antttgaggt actgtgattt ataatgttag gaataactga ctttaaagct 120

tctcttttat taccaaagca gtt 143

<210>159

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>159

gaggatgaga tggctggatg gcatcaccga ctcaatggac atgagtttga atgaactcyg 60

ggagttggtg anggacaggg aggcctggtg tgctgcggtt catggcgtcg caaagagttg 120

gacacgactg agtgactgga cta 143

<210>160

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>160

catggactga ggaacccagc aggctacatc catgaggatg cgtagagtct gacacgrctg 60

aagtgactta gnacgcacgc atgcaggcat caatgcggag tgggtcgggg gagrcctgtc 120

tsctcttaac agcttggtga gcg 143

<210>161

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>161

tatacatgaa ttggcagtaa gtgattttag aaatgtttgt ttacctttgg aatatattac 60

atgattttta anatgttgtt tccttttcag attattttct gtagaagtcc ataagaagta 120

tttgcttttg tgggaggagt cca 143

<210>162

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>162

tggacatttt tttggtcacc ataatgccct cgatcacttg ataattcctt gatagcttct 60

agcttctaat anctagccta caaacagatt tctatgatta tttcaaataa ttggtttgca 120

agagtttccc tccttttaaa att 143

<210>163

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>163

taggcctttt ttttttcttt ctggtggaat tgattgagca gtwkaacatg aatcttccca 60

gaatggaccc cnatgagata ctttttaatg tttctaaaca gaaagttgag gtggtggtag 120

gcggggctga aggctgtgca taa 143

<210>164

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>164

gaaggggatg acagaggatg agatggctgg atggcatcac cgactcaatg gacatgagtt 60

tgaatgaact cngggagttg gtgawggaca gggaggcctg gtgtgctgcg gttcatggcg 120

tcgcaaagag ttggacacga ctg 143

<210>165

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>165

gatcatttta tttggtgagg agaaacagaa tggtgtgtat tctggggctt taataggaag 60

gatccaaggc anctgcttgt cacttggcca tccagtaccc acgttcatgt gcccattgta 120

agccctggat ttagaggctg aac 143

<210>166

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>166

atacttttta atgtttctaa acagaaagtt gaggtggtgg taggcggggc tgaaggctgt 60

gcataacgat gntctttata atactcagaa ggttaaatgt ggataaacac tgaaaacaag 120

gcttcagaaa agcctcagta tta 143

<210>167

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>167

gtggtcaggt gcttctcaaa agtggtaatg agtgtggatt cagcaatgtc agtaggtagg 60

gggtgggcct gngatgctgc atttcttaca agctctcaga agatctcatg gctgctggac 120

agtgaaccat accttgagta acg 143

<210>168

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>168

aacttgcctg ctgtgcctag gaattagagt ccatagagta ccacattttc atcagacctt 60

tgtgagtcat cngcttgtga tgtacaaaga tccttggagg tgttaagaat gctatgtttg 120

agcttgattt tcttactttt gtg 143

<210>169

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>169

taaagttttg ctgcagaaaa tctacacart ggacctttgt atgtgcagat ggttgagaat 60

taactttacc cnatctaaac acatatttaa atataaaggg aatttcgtta ttgcagatag 120

ttcagcctcg actgagaatg tga 143

<210>170

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>170

gtggctttta gtttattaag ctgaagatac tcrtagagtg ttcttcctga tgtaccatca 60

ttggaaggat gnatattttg gtttaggtga ggcttttatg tttgcttggg gacattttga 120

acaaactagg aagcttgttt gat 143

<210>171

<211>143

<212>DNA

<213>牛

<220>

<221>misc_feature

<222>(72)..(72)

<223>n是a、c、g或t，如表4中所述

<400>171

tgcaggagac ataagagaca tgggtttgat ccctcggtct ggaagagtcc caggagcaca 60

tggcaaccca cngcagtatt cttgcctgga gaatcccatg gacagaggag cctggtgggc 120

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<210>172

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<212>DNA

<213>猪

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<213>猪

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<213>猪

<400>175

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Claims

1.一种根据每只动物针对生产力和/或适合度的预测标记育种值来分配一只或多只动物的用途的方法，所述方法包括：

a.评估一只或多只动物以确定每只动物在一个或多个基因座处的基因型；其中至少一个基因座包含具有至少两个等位基因变异体且选自表1所述单核苷酸多态性(SNP)的SNP；

b.在选自表1所述SNP的一个或多个SNP处分析所确定的至少一个受评估动物的基因型以确定存在的等位基因变异体；

c.将所述等位基因变异体与表1所述的至少一个生产力性状或适合度性状相关联；

d.根据所确定的基因型分配所述动物的用途。

2.如权利要求1所述的方法，其中所述分析还包括对表1所述的至少一种相互作用效应的分析。

3.如权利要求1或2所述的方法，其中在含有选自表1所述SNP的SNP的两个以上基因座处对所述动物基因型进行评估。

4.如权利要求1或2所述的方法，其中在10个以上基因座处对所述动物基因型进行评估。

5.如权利要求1或2所述的方法，其中在100个以上基因座处对所述动物基因型进行评估。

6.如权利要求1或2所述的方法，其中在200个以上基因座处对所述动物基因型进行评估。

7.如权利要求1或2所述的方法，其中将评估的SNP与选自妊娠率(PR)、雌性子代妊娠率(DPR)、生产寿命(PL)、体细胞计数(SCC)和体细胞评分(SCS)的适合度性状相关联。

8.如权利要求1或2所述的方法，其中将评估的SNP与选自总乳产量、乳脂百分比、乳脂产量、乳蛋白百分比、乳蛋白产量、终生总产量、产乳速度和泌乳持续性的生产力性状相关联。

9.如权利要求1或2所述的方法，所述方法包括全基因组分析。

10.一种选择一只或多只育种用潜在亲本动物以改善潜在子代的适合度和/或生产力的方法：

a.确定在至少一个基因组基因座处的至少一个潜在亲本动物的基因型；其中至少一个基因座含有具有至少两个等位基因变异体并且选自表1所述单核苷酸多态性(SNP)的SNP；

b.针对选自表1所述SNP的一个或多个SNP分析所确定的至少一个受评估动物的基因型以确定存在的等位基因；

c.将所鉴定的等位基因与适合度和/或生产力表型相联系；

d.基于动物的基因型将至少一个动物分配用于育种用途。

11.如权利要求10所述的方法，其中所述分析包括对表1所述的相互作用效应的至少一次评估。

12.如权利要求10或11所述的方法，其中在含有选自表1所述SNP的SNP的五个以上基因座处对潜在亲本动物的基因型进行评估。

13.如权利要求10或11所述的方法，其中在10个以上基因座处对潜在亲本动物的基因型进行评估，所述10个以上基因座包括含有选自表1所述SNP的SNP的至少2个基因座。

14.如权利要求10所述的方法，其中在20个以上基因座处对潜在亲本动物的基因型进行评估，所述20个以上基因座包括含有选自表1所述SNP的SNP的至少2个基因座。

15.如权利要求10或11所述的方法，其中选择所述潜在亲本动物以改善潜在子代的适合度。

16.如权利要求10或11所述的方法，其中选择所述潜在亲本动物以改善潜在子代的生产力。

17.如权利要求10或11所述的方法，所述方法包括全基因组分析。

18.一种生产后代动物的方法，所述方法包括：

a)对已根据权利要求1或2所述的方法被分配用于育种的至少一个潜在亲本动物进行鉴定；

b)通过包括以下方法在内的方法从所分配的动物生产后代：

i)天然育种；

ii)人工授精；

iii)体外受精；和/或

iv)从动物收集***/***或至少两个卵子并通过任何方式将其分别与来自第二动物的卵子或***/***接触以产生孕体。

19.如权利要求18所述的方法，所述方法包括通过天然育种生产后代。

20.如权利要求18所述的方法，所述方法包括通过人工授精、胚胎移植和/或体外受精来生产子代。

21.如权利要求18所述的方法，其中在含有选自表1所述SNP的SNP的两个以上基因座处对潜在亲本动物的基因型进行评估。

22.如权利要求18所述的方法，其中在含有选自表1所述SNP的SNP的五个以上基因座处对潜在亲本动物的基因型进行评估。

23.如权利要求18所述的方法，其中在10个以上基因座处对潜在亲本动物的基因型进行评估，所述10个以上基因座包括含有选自表1所述SNP的SNP的至少两个基因座。

24.如权利要求18所述的方法，其中在20个以上基因座处对潜在亲本动物的基因型进行评估，所述20个以上基因座包括含有选自表1所述SNP的SNP的至少两个基因座。

25.如权利要求18所述的方法，其中选择所述潜在亲本动物以改善子代的适合度。

26.如权利要求18所述的方法，其中选择所述潜在亲本动物以改善子代的生产力。

27.如权利要求18～26中任一项所述的方法，所述方法还包括全基因组分析。

28.一种用于确定存在至少100个多态性的等位基因的核酸阵列；其中所述阵列包含能在严格条件下与选自以下多态性的一个或多个多态性进行杂交的一个或多个核酸序列：

a.表3和序列表中所述的多态性；和/或

b.位于表3中所述的基因中的多态性。

29.如权利要求28所述的核酸阵列，其中所述阵列包含选自以下多态性的两个以上多态性：

a.表3和序列表中所述的多态性；和/或

b.位于表3中所述的基因中的多态性。

30.如权利要求29所述的核酸阵列，其中所述阵列包含选自以下多态性的五个以上多态性：

a.表3和序列表中所述的多态性；和/或

b.位于表3中所述的基因中的多态性。

31.一种评估在10个以上基因组基因座处的动物基因型的方法，其中至少一个基因座包含选自表3和序列表中所述多态性的多态性。

32.如权利要求31所述的方法，其中在10个以上基因座处对动物基因型进行评估，其中至少两个基因座包含选自表3和序列表中所述多态性的多态性。

33.如权利要求31所述的方法，其中在20个以上基因座处对动物基因型进行评估，其中至少两个基因座包含选自表3和序列表中所述多态性的多态性。

34.如权利要求31～33中任一项所述的方法，所述方法包括全基因组分析。