CN101415842A - 牛***炎抗性的qtl - Google Patents

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CN101415842A CNA2007800120105A CN200780012010A CN101415842A CN 101415842 A CN101415842 A CN 101415842A CN A2007800120105 A CNA2007800120105 A CN A2007800120105A CN 200780012010 A CN200780012010 A CN 200780012010A CN 101415842 A CN101415842 A CN 101415842A
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莫根斯·桑多·隆德
克里斯蒂安·本迪克森
高塔姆·萨哈娜
彼得·索伦森
瑟伦·斯文森
博·汤姆森
本特·弗卢杰尔·玛格兰
艾曼·马哈穆德·萨布里
英格里德·莉娜·安德生-埃克伦德
希勒米·约翰娜·维克基
特希·卡塔林纳·伊苏-托鲁
塞利亚·玛丽亚·维塔拉
尼娜·弗雷德里卡·舒尔曼
尼古拉·黑斯廷斯
约翰·刘易斯·威廉·威廉斯
约翰·亚瑟·伍尔莱姆斯
艾娜-伊莎贝尔·费尔南德斯·阿维拉
哈尔伽·维纳拉斯
瑟杰·瓦尔维
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MTT AGRIFOOD RESEARCH FINLAND
Aarhus Universitet
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ESTONIAN UNIVERSITY OF LIFE SCIENCES
MTT AGRIFOOD RESEARCH FINLAND
Aarhus Universitet
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Abstract

本发明涉及用于确定受试牛中***炎抗性的方法，其中***炎抗性包括抗亚临床***炎和临床***炎两者的抗性。具体地说，本发明的方法涉及鉴定遗传标记和/或数量性状位点(QTL)以确定受试牛中的***炎抗性。***炎抗性的确定涉及特定的微卫星状况的分辨。而且，本发明涉及用于检测与***炎抗性相关的遗传标记的试剂盒。本发明的方法和试剂盒能够用于选择用于育种目的的受试牛。因此，本发明提供了遗传选择具有***炎抗性的受试牛，由此产生对***炎敏感性较低的牛。

Description

牛***炎抗性的QTL
发明领域
本发明涉及确定受试牛***炎抗性的方法，其包括检测位于牛染色体BTA9和BTA11上的至少一个遗传标记。而且，本发明涉其用于检测存在或不存在至少一个与***炎抗性有关的遗传标记的诊断试剂盒。
发明背景
***炎是由于感染或创伤导致的母牛的乳腺或***的炎症。***炎被认为是经济上重要的牛的疾病。
该病可以由多种原因引起。***炎的主要原因是由微生物经***末端侵入乳腺引起的。
***炎可以是临床的或亚临床的，亚临床感染先于临床表现。临床***炎(CM)可以通过观察红的和肿胀的乳腺即红肿的***，和通过凝乳块的产生的视觉检测。一旦发现，将***炎牛的奶与大桶分开，这样就不会影响总的奶质量。
亚临床***炎是由高体细胞数(SCS)、正常体温或高体温、培养后检测呈阳性的奶样品表征的***炎类型。因此，亚临床***炎不能通过***的肿胀或通过观察乳腺或产生的奶的视觉检测。因为这个原因，农场主没有转移来自患亚临床***炎的牛的奶的选择。然而，同没有感染的牛比，这是低质量的奶，并能因此污染大桶中的其余的奶。
***炎可以通过用体细胞数(SCS)检测，其中对来自牛的奶样品进行体细胞(白细胞)存在的分析。体细胞是牛的天然防御机制的部分，当***感染时，细胞数增加。奶样品中的体细胞数可以通过滚球粘度计和库尔特计数器(coulter counter)间接的估计。
由于***炎导致牛奶和奶制品数量和质量下降，因此，***炎造成农场主和奶业的经济损失。因此，确定牛***炎抗性的遗传基础的能力对奶业，不但在日常奶生产和而且在饲养管理、选择具有***炎抗性的受试牛方面具有巨大的经济重要性。遗传选择具有提高的***炎抗性的受试牛，其会生产不易感染***炎的牛的方法会是期望的。
识别遗传性状的遗传决定簇的一个方法是用连锁不平衡(LD)图谱，其旨在利用历史重组子并显示在包括奶牛的一些牲畜类中，同人类相比，其遍布在很长的染色体段中(Farnir等人，2000)。一旦作图后，数量性状位点(QTL)能够有用地用于标记辅助的选择。
连锁不平衡
连锁不平衡反映了回溯至历史的重组事件，多个家族内的LD图谱的使用增加了图谱的分辨率。当在群中观察的单倍型与通过将每个单倍型中的单个遗传标记的频率一起相乘预测的单倍型频率不一致时，LD便存在。在这个方面，术语单倍型指存在于一个染色体上的一套紧密连锁的遗传标记，其倾向于一起遗传。为了LD作图有效，遗传标记的密度需要与给定群中的LD延伸的距离相容。用很多遗传标记(284个常染色体微卫星标记)在奶牛种群中进行的LD研究中，显示LD遍布几十厘摩的染色体内标记(Farnir等人，2000)。同样地，Georges，M(2000)报道与牲畜的特定表型相连的遗传标记的位置基本上具有20-30cM的置信区间(相当于可能是500-1000个基因)(George，M.，2000)。为了使用具有高置信区间的特定目的区域的图谱，连锁不平衡的存在被考虑在内。
在本发明中，与临床***炎和/或SCS相关的定量性状位点已经被鉴定在牛染色体BTA9上，并提供确定受试牛是否抗***炎的方法。
发明概述
能够选择具有增加的***炎抗性的受试牛在养牛业中具有重要的经济利益，并因此避免了与患有***炎的动物相关的经济损失。本发明可以检测抵抗***病毒的遗传易感性。本发明提供了基于与***炎抗性相关和/或连锁的遗传标记，确定受试牛抗***炎的方法。
因此，本发明的一方面涉及确定受试牛抗***炎的方法，其包括检测在来自受试牛的样品中存在或不存在至少一个遗传标记，其与指示***炎抗性的至少一个性状连锁，其中所述至少一个遗传标记位于牛染色体BTA9上的两侧为和包括多态性微卫星标记C6orf93和inra084的区域，和/或BTA11上的两侧为和包括多态性微卫星标记HELMTT43和BM3501的区域，其中所述的至少一个遗传标记的存在或不存在指示了所述受试牛或其后代的***炎抗性。
本发明的第二个方面涉及诊断试剂盒，其用于检测在受试牛中存在或不存在至少一个与***炎抗性有关的遗传标记，其包括至少一个寡核苷酸序列及其结合，其中核苷酸序列选自SEQ ID NO.：1到SEQ ID NO.：192的任意一个序列和/或他们的任意的结合。
附图说明
图1：关于丹麦红牛(Danish Red)家族***炎抗性特征的BTA9的基因组扫描。数字指“家畜登记数”。X-轴表示根据在该分析中所用的位置，用摩尔根(Morgan)表达的染色体距离。Y-轴表示用F值表达的QTL分析的检验统计量。
图2：关于丹麦红牛家族体细胞数特征的BTA9的基因组扫描。数字指“家畜登记数”。X-轴表示根据在该分析中所用的位置用摩尔根表达的染色体距离。Y-轴表示用F值表达的QTL分析的检验统计量。
图3：关于芬兰艾尔郡牛(Finnish ayrshire)家族抗***炎特征的BTA9的基因组扫描。数字指“家畜登记数”。X-轴表示根据在该分析中所用的位置用摩尔根表达的染色体距离。Y-轴表示用F值表达的QTL分析的检验统计量。
图4：关于芬兰艾尔郡牛家族体细胞数特征的BTA9的基因组扫描。数字指“家畜登记数”。X-轴表示根据在该分析中所用的位置用摩尔根表达的染色体距离。Y-轴表示用F值表达的QTL分析的检验统计量。
图5a和5b：关于瑞典红白花牛(Swedish Red and White)家族抗***炎特征的BTA9的基因组扫描。数字指“家畜登记数”。X-轴表示根据在该分析中所用的位置用摩尔根表达的染色体距离。Y-轴表示用F值表达的QTL分析的检验统计量。
图6a和6b：关于瑞典红白花牛家族体细胞数特征的BTA9的基因组扫描。数字指“家畜登记数”。X-轴表示根据在该分析中所用的位置用摩尔根表达的染色体距离。Y-轴表示用F值表达的QTL分析的检验统计量。
图7：关于丹麦荷尔斯坦牛(Danish Holstein)家族抗***炎特征的BTA9的基因组扫描。数字指“家畜登记数”。X-轴表示根据在该分析中所用的位置用摩尔根表达的染色体距离。Y-轴表示用F值表达的QTL分析的检验统计量。
图8：关于丹麦荷尔斯坦牛家族体细胞数特征的BTA9的基因组扫描。数字指“家畜登记数”。X-轴表示根据在该分析中所用的位置用摩尔根表达的染色体距离。Y-轴表示用F值表达的QTL分析的检验统计量。
图9：***炎抗性性状的QTL曲线，其显示了在丹麦红牛中位于标记BMS2819和INRA144之间在74.08cM处的LDLA/LD峰。X-轴表示根据在该分析中所用的位置用摩尔根表达的染色体距离。Y-轴表示QTL分析的似然比检验统计量。
图10：体细胞数性状的QTL曲线，其显示了在丹麦红牛中位于标记BMS2819和INRA144之间在74.075cM处的LDLA峰。X-轴表示根据在该分析中所用的位置用摩尔根表达的染色体距离。Y-轴表示QTL分析的似然比检验统计量。
图11：***炎抗性性状的QTL曲线，其显示了在芬兰艾尔郡品种中标记BM4208和INRA144之间的LDLA峰。X-轴表示根据在该分析中所用的位置用摩尔根表达的染色体距离。Y-轴表示QTL分析的似然比检验统计量。
图12：***炎抗性性状的QTL曲线，其显示了在结合的芬兰艾尔郡牛和丹麦红牛中位于标记BMS2819和INRA144之间的LDLA/LD峰。X-轴表示根据在该分析中所用的位置用摩尔根表达的染色体距离。Y-轴表示QTL分析的似然比检验统计量。
图13：***炎抗性性状的QTL曲线，其显示了在瑞典红白花牛中在60-80cM的标记BMS2819和INRA144之间的LA峰。X-轴表示根据在该分析中所用的位置用摩尔根表达的染色体距离。Y-轴表示QTL分析的似然比检验统计量。
图14：瑞典红白花牛的QTL曲线，其显示了标记BMS2819和INRA084之间的LDLA峰。X-轴表示根据在该分析中所用的位置用摩尔根表达的染色体距离。Y-轴表示QTL分析的似然比检验统计量。
图15：***炎抗性性状的QTL曲线，其显示了在芬兰艾尔郡牛、丹麦红牛和瑞典红白花牛的结合分析中的标记BMS4208和INRA144之间的LDLA/LA峰。X-轴表示根据在该分析中所用的位置用摩尔根表达的染色体距离。Y-轴表示QTL分析的似然比检验统计量。
图16：丹麦荷尔斯坦牛***炎抗性性状的QTL曲线。X-轴表示根据在该分析中所用的位置用摩尔根表达的染色体距离。Y-轴表示QTL分析的似然比检验统计量。
图17：在丹麦红牛中在74.08cM处对***炎抗性的单倍型效应。单倍型效应在y轴上，单倍型数在x轴上。开始有大量的雌性单倍型群，接着为雄性单倍型。
图18：在芬兰艾尔郡牛中在74.08cM处对***炎抗性的单倍型效应。单倍型效应在y轴上，单倍型数在x轴上。开始有大量的雌性单倍型群，接着为雄性单倍型。
图19：在结合的丹麦红和芬兰艾尔郡牛中在74.08cM处单倍型对***炎抗性的影响。单倍型效应在y轴上，单倍型数在x轴上。开始有大量的雌性单倍型群，接着为雄性单倍型。
图20：在结合的丹麦红和芬兰艾尔郡和瑞典红白花牛中在74.08cM处单倍型对***炎抗性的影响。单倍型效应在y轴上，单倍型数在x轴上。开始有大量的雌性单倍型群，接着为雄性单倍型。
图21：涉及芬兰艾尔郡牛家族的临床***炎性状特征的BTA11基因组扫描。数字指“家畜登记数”。X-轴表示根据在该分析中所用的位置用摩尔根表达的染色体距离。Y-轴表示用F值表达的QTL分析的检验统计量。
图22：涉及芬兰艾尔郡牛家族的体细胞数性状特征的BTA11基因组扫描。数字指“家畜登记数”。X-轴表示根据在该分析中所用的位置用摩尔根表达的染色体距离。Y-轴表示用F值表达的QTL分析的检验统计量。
图23：涉及瑞典红白花牛家族的临床***炎性状特征的BTA11基因组扫描。数字指“家畜登记数”。X-轴表示根据在该分析中所用的位置用摩尔根表达的染色体距离。Y-轴表示用F值表达的QTL分析的检验统计量。
图24：涉及瑞典红白花牛家族的体细胞数性状特征的BTA11基因组扫描。数字指“家畜登记数”。X-轴表示根据在该分析中所用的位置用摩尔根表达的染色体距离。Y-轴表示用F值表达的QTL分析的检验统计量。
图25：涉及一个丹麦红牛、八个芬兰艾尔郡牛和四个瑞典红白花牛家族的临床***炎性状特征的BTA11基因组扫描。数字指“家畜登记数”。X-轴表示根据在该分析中所用的位置用摩尔根表达的染色体距离。Y-轴表示用F值表达的QTL分析的检验统计量。
图26：涉及一个丹麦红牛、八个芬兰艾尔郡牛和四个瑞典红白花牛家族的体细胞数性状特征的BTA11基因组扫描。数字指“家畜登记数”。X-轴表示根据在该分析中所用的位置用摩尔根表达的染色体距离。Y-轴表示用F值表达的QTL分析的检验统计量。
图27：显示芬兰艾尔郡牛LDLA/LD峰的临床***炎性状的QTL曲线，X-轴表示根据在该分析中所用的位置用摩尔根表达的染色体距离。Y-轴表示QTL分析的似然比检验统计量。
图28：显示芬兰艾尔郡牛中四个标记单倍型的LDLA/LD峰的临床***炎性状的QTL曲线，X-轴表示根据在该分析中所用的位置用摩尔根表达的染色体距离。Y-轴表示QTL分析的似然比检验统计量。
图29：显示芬兰艾尔郡牛中LA、LDLA和LD曲线的体细胞数性状的QTL曲线，X-轴表示根据在该分析中所用的位置用摩尔根表达的染色体距离。Y-轴表示QTL分析的似然比检验统计量。
图30：显示瑞典红白花牛中LA、LDLA和LD曲线的体细胞数性状的QTL曲线，X-轴表示根据在该分析中所用的位置用摩尔根表达的染色体距离。Y-轴表示QTL分析的似然比检验统计量。
图31：显示了在北欧红牛品种14个家族的结合分析中LA、LDLA和LD曲线的临床***炎性状的QTL曲线，X-轴表示根据在该分析中所用的位置用摩尔根表达的染色体距离。Y-轴表示QTL分析的似然比检验统计量。
图32：显示了在14个家族的结合分析中来自三个北欧红牛的QTL曲线的体细胞数性状的QTL曲线，X-轴表示根据在该分析中所用的位置用摩尔根表达的染色体距离。Y-轴表示QTL分析的似然比检验统计量。
图33：在芬兰艾尔郡牛中在17.8cM处对临床***炎的4标记单倍型效应。单倍型效应在y-轴上，单倍型数在x轴上。开始有大量的雌性单倍型群，其后有雄性单倍型。
发明详述
本发明涉及奶牛中***炎抗性的遗传决定簇。***炎的发生，临床和亚临床的***炎都涉及奶业的重大经济损失。因此，识别那些具有抗***炎遗传易感性的受试牛具有经济利益。具有这样的遗传易感性的受试牛是期望性状的携带者，这些性状能够传递到其后代。
术语“受试牛”指任何品种的牛并应该包括母牛和公牛，无论是成年的还是新生的牛。该术语表示非具体年龄的动物。受试牛的一个例子是荷尔斯坦(Holstein)牛品种成员。在一个优选的实施方式中，受试牛是荷尔斯坦弗里斯牛(Holstein-Friesian)种群成员。在另一个实施方式中，受试牛是HolsteinSwartbont牛种群成员。在另一个实施方式中，受试牛是德国HolsteinSchwarzbunt牛种群成员。在另一个实施方式中，受试牛是美国荷尔斯坦牛种群成员。在一个实施方式中，受试牛是红白荷尔斯坦花牛品种成员。在另一个实施方式中，受试牛是德国Holstein Schwarzbunt牛种群成员。在一个实施方式中，受试牛是任何家族成员，其包括荷尔斯坦牛品种成员。在一个优选的实施方式中，受试牛是丹麦红牛种群成员。在另一个优选的实施方式中，受试牛是芬兰艾尔郡牛种群成员。在另一个实施方式中，受试牛是瑞典红白花牛种群成员。在进一步的实施方式中，受试牛是丹麦荷尔斯坦种群成员。在另一个实施方式中，受试牛是瑞典红白花牛种群成员。在另一个实施方式中，受试牛是北欧红牛种群成员。
在本发明的一个实施方式中，受试牛选自由瑞典红白花牛、丹麦红牛、芬兰艾尔郡牛、荷尔斯坦弗里斯牛、丹麦荷尔斯坦牛和北欧红牛构成的组。在本发明的另一个实施方式中，受试牛选自由芬兰艾尔郡牛和瑞典红白花牛构成的组。在本发明的另一个实施方式中，受试牛选自芬兰艾尔郡牛和瑞典红白花牛构成的组。
在一个实施方式中，受试牛选自表1a所示的品种组。
表1a ICRA(国际动物编码委员会)指定的品种名称和品种代码
 
品种                                              品种代码                 国家品种名称条款
阿邦当斯牛(Abondance)                                AB                           -
蒂罗尔灰牛(Tyrol Grey)                               AL                          2.2
安格斯牛(Angus)                                      AN                          2.1
奥贝克牛(Aubrac)                                     AU
艾尔郡牛(Ayrshire)                                   AY                          2.1
比利时蓝牛(Belgian Blue)                             BB
布朗德—安奎坦牛(Blonde d′Aquitaine)                BD
皮麦斯肉牛(Beefmaster)                               BM
婆罗福特牛(Braford)                                  BO
婆罗门牛(Brahman)                                    BR
 
布兰格斯莱牛(Brangus)                                BN
瑞士褐牛(Brown Swiss)                                BS                            2.1
契安尼娜牛(Chianina)                                 CA
夏洛莱牛(Charolais)                                  CH
德克斯特牛(Dexter)                                   DR
盖洛维牛(Galloway)                                   GA                            2.2
格恩西牛(Guernsey)                                   GU
格尔布威牛(Gelbvieh)                                 GV
原产地赫里福德牛(Hereford，homed)                    HH
无角赫里福德牛(Hereford，polled)                     HP
高原牛(Highland Cattle)                              HI
荷尔斯坦牛                                           HO                            2.2
泽西牛(Jersey)                                       JE
利木赞牛(Limousin)                                   LM
蔓安菇牛(Maine-Anjou)                                MA
墨瑞灰牛(Murray-Grey)                                MG
蒙贝利亚牛(Montbeliard)                              MO
Marchigiana                                          MR
诺曼底牛(Normandy)                                   NO**
皮德蒙牛(Piedmont)                                   PI                            2.2
Pinzgau                                              PZ
欧洲红奶牛品种(European Red Dairy                    [RE]*                         2.1，2.2Breed)
罗马诺拉牛(Romagnola)                                RN
荷尔斯坦红白花牛                                     RW***                         2.2
塞莱尔牛(Salers)                                     SL*
圣格鲁迪牛(Santa Gertrudis)                          SG
南德温牛(South Devon)                                SD
短角牛(Shorthorn)                                    [SH]*                         2.2
西门塔尔牛(Simmental)                                SM                            2.2
沙希华牛(Sahiwal)                                    SW
塔朗泰兹牛(Tarentaise)                               TA
威尔士黑牛(Welsh Black)                              WB
水牛(中国水牛(Bubalis bubalis))                      BF
*新品种代码**先前代码的改变，因为法语中的已有代码***美国提议的WW
在一个实施方式中，受试牛是选自表1b所示的品种组
表1b 品种名称
 
                                        国家品种名称英文名称                          国家名称
安格斯牛                         包括            阿伯丁安格斯牛加拿大安格斯牛美国安格斯牛德国安格斯牛艾尔郡牛                         包括            在以下国家的艾尔郡牛：澳大利亚加拿大哥伦比亚
 
                                                 捷克共和国芬兰肯尼亚新西兰挪威(NRF)俄罗斯南非瑞典(SRB)和SAB英国美国津巴布韦比利时蓝牛                  法国：               Blanc-bleu Belge佛兰德：             Witblauw Ras van Belgic瑞士褐牛                    德国                 布劳恩公牛(Braunvieh)意大利               Razza Bruna法国                 布朗牛(Brune)西班牙               Bruna Parda Alpina塞尔维亚-克罗地亚    Slovenacko belo捷克                 Hnedy Karpatsky罗马尼亚             Shivitskaja俄罗斯               Bruna保加利亚             Blgarska kafyava欧洲红奶牛品种              包括                 丹麦红牛盎格鲁牛(Angeln)瑞典红白花牛挪威红白花牛爱沙尼亚红牛拉脱维亚褐牛立陶宛红牛白俄罗斯红牛波兰低地红牛(Polish RedL owland)
在一个实施方式中，受试牛是选自表1c所示的品种组。
表1c 品种名称
Figure A200780012010D0016102603QIETU
Figure A200780012010D0017102704QIETU
术语“遗传标记”指牛染色体上DNA的各种核苷酸序列(多态性)，并将一个等位基因与另一个区分。各种核苷酸序列可以通过本技术领域技术人员已知的方法识别，例如通过用如在扩增方法中的特定寡核苷酸和/或观察大小的差异。然而，各种寡核苷酸序列也可以通过测序或例如限制性片段长度多态性分析检测。各种核苷酸序列可以通过缺失、***、重复和/或点突变给出。
遗传标记的一种类型是微卫星标记，其与数量性状位点连锁。微卫星标记指在相互之后重复的短序列。在短序列中，是例如一个核苷酸，如两个核苷酸，例如三个核苷酸，如四个核苷酸，例如五个核苷酸，如六个核苷酸，例如七个核苷酸，如八个核苷酸，例如九个核苷酸，如十个核苷酸。然而，有时发生变化，并且重复的个数可以增加或者减少。多态性微卫星标记的具体定义和位点可以在USDA遗传图谱中发现(Kappes等人1997；或通过连接到美国肉畜研究中心http://www.marc.usda.gov/)。
此外，可以理解的是，本发明的遗传标记的核苷酸序列与受试牛的***炎抗性性状遗传连锁。因此，也可以理解遗传标记的个数可以产生于DNA区域(一个或多个)的核苷酸序列，其两侧为和具有根据本发明所述的方法的遗传标记。
术语“数量性状位点(QTL)”是与特定的性状有关(如植株高度)的DNA区域。尽管不必是基因本身，QTL是DNA的一段序列，其与是所述性状基础的基因紧密连锁。
术语“***炎”在本申请中被用于描述例如通过如高的体细胞数(SCS)表征的亚临床***炎和临床***炎表征。
术语“***炎抗性”和“抗***炎”是可互换使用的，并且涉及一些受试牛不像其它受试牛一样易感***炎的事实。当如在本发明中进行一些受试牛的分析，以确定与***炎抗性有关的遗传标记时，暗示抗***炎的性状可以通过在所分析的受试牛中与临床***炎和/或亚临床***炎发生连锁的遗传标记的存在或不存在进行观察。可以理解的是，***炎抗性包括抗性性状，其影响受试牛或其后代的***健康。因此，公牛的***炎抗性通过其雌性后代在身体上显示。
对***炎抗性评分
对公牛的女儿进行***炎抗性和SCC评分。体细胞数(SCS)被定义为log10转化的来自牛奶记录方案的体细胞数数值(以10,000/mL)的平均值。平均值取自生小牛后10到180的时期。用忽略家族结构的单性状最佳线性无偏预测(BLUP)动物模型，计算雄性儿子性状的估计育种值(estimated breedingvalue)(EBV)。这些EBV在QTL中使用。在个体性状中使用的女儿登记为：
在丹麦牛中的临床***炎：第一次产仔后-5到50天期间临床***炎的治疗病例。
在瑞典和芬兰牛中的临床***炎：第一次产仔后-7到150天期间临床***炎的治疗病例。
在丹麦牛中的SCS：第一次产仔后在10-180天期间的平均SCS。
在瑞典牛中的SCS：第一次产仔后在10-150天期间的平均SCS。
在芬兰牛中的SCS：第一次产仔后在10-305天期间的平均SCS。
在本发明的一个实施方式中，此处所述的方法和试剂盒涉及***炎抗炎抗性。在本发明的另一个实施方式中，此处所述的方法和试剂盒涉及临床***炎抗性。在另一个实施方式中，本发明的方法和试剂盒涉及亚临床***炎抗性，如通过体细胞数检测。在另一个实施方式中，本发明的方法和试剂盒主要涉及如通过体细胞数检测的与亚临床***炎抗性结合的临床***炎抗性。
样品
根据本发明的方法包括分析受试牛的样品，其中所述样品可以是能够提供用于所述方法中的牛遗传材料的任何合适的样品。如果需要，牛遗传材料可以如从血液样品、组织样品(例如脾、颊部涂片)、身体表面剪下之物(头发或指甲)、牛奶和/或***中提取、分离和纯化。样品可以是新鲜的或冷冻的。
本发明的序列多态性包括至少一个核苷酸差异，如至少两个核苷酸差异，如至少三个核苷酸差异，如至少四个核苷酸差异，如至少五个核苷酸差异，如至少六个核苷酸差异，如至少七个核苷酸差异，如至少八个核苷酸差异，如至少九个核苷酸差异，如至少10个核苷酸差异。所述核苷酸差异包括核苷酸不同、缺失和/或***或它们的任意结合。
孙女设计
孙女设计包括对育种中已经广泛使用的祖公畜和已经产生后代的祖公畜的儿子进行分析来自DNA基的标记的数据。与DNA标记数据一起使用的表型数据来自儿子的女儿。这样的表型数据可以是如产奶特征、涉及产仔、肉质量或疾病的特征。一组女儿已经遗传了来自它们父亲的一个等位基因，然而第二组女儿已经遗传了来自它们父亲的其它等位基因。通过比较来自这两组数据，可以获得特定的染色体片段是否携带影响所述性状的一个或多个基因的信息。可以断定QTL是否存在于该染色体片段内。
进行孙女设计的前提是获得详细的表型数据。在本发明中，这样的数据已经是可获得的(http://www.lr.dk/kvaeg/diverse/principles.pdf)。
QTL是数量性状位点的缩写形式。赋予个体数量性状的基因可以通过观察看起来好像有一个或多个基因位于该染色体片段内的染色体片段，以间接的方式发现。
相反，当一个或两个亲本和它们的后代的一些DNA标记已经确定时，DNA标记可以直接被用于提供从亲本遗传给一个或多个它们后代的性状的信息。标记可以被用于计算与DNA标记相连的染色体的遗传史。
染色体区域和标记
BTA是牛常染色体(Bos Taurus autosome)的缩写。
本发明的一个方面涉及确定受试牛***炎抗性的方法，其包括检测在来自所述受试牛的样品中存在或不存在至少一个与至少一个指示***炎抗性性状相连的遗传标记，其中所述至少一个遗传标记位于牛染色体BTA9上的两侧为并包括多态性微卫星标记C6orf93和inra084的区域，和/或BTA11上的两侧为和包括多态性微卫星标记HELMTT43和BM3501的区域，其中所述的至少一个遗传标记的存在或不存在指示了所述受试牛或其后代的***炎抗性。
由于此处所述的连锁不平衡的概念，本发明也涉及确定受试牛的***炎抗性，其中至少一个遗传标记与牛抗***炎性状连锁。
为了确定受试牛中的***炎抗性，可以理解的是，在本发明中可以使用大于一个的遗传标记。例如，至少一个遗传标记可以是至少两个或以上遗传标记的结合，这样可以增加准确性，如至少三个遗传标记，例如四个遗传标记，如至少五个遗传标记，例如六个遗传标记，如至少七个遗传标记，例如八个遗传标记，如至少九个遗传标记，例如十个遗传标记。
所述至少一个遗传标记可以位于至少一个牛染色体上，如两个染色体、如三个染色体、如四个染色体、如五个染色体和/或六个染色体。所述至少一个遗传标记可以位于牛染色体9上。然而，所述至少一个遗传标记可以是位于不同染色体上的标记的结合。
所述至少一个遗传标记可以选自此处所示的表中的任何的单个标记。
在本发明的一个实施方式中，所述至少一个遗传标记位于牛染色体BTA9上。在一个实施方式中，所述至少一个遗传标记位于牛染色体BTA9的两侧为并包括标记C6orf93和rgs17的区域。在本发明的一个实施方式中，所述至少一个遗传标记位于牛染色体BTA9的大约69.35cM到大约79.8cM(根据该分析中所用的位置)的区域。所述至少一个遗传标记选自由表1d所示的标记组成的组。
表1d
 
BTA9上的标记 分析中使用的位置(cM)             相对位置(cM)http://www.marc.usda.gov/
C6orf93* 69.35 -
DIK4986 69.4 84.258
mm12e6* 69.45 84.258
PEX3* 69.5 -
 
DEAD21 69.55 -
BMS2251 71.3 86.58
EPM2A* 72.1
BM7234 72.3 88.136
BM4208 73.9 90.69
BMS2819 73.95 90.98
INRA144 74.2 90.98
INRA084 74.5 90.98
rgs17* 79.8 -
*表示BTA9的没有列在MARC标记图上的标记。
在本发明的另一个实施方式中，所述至少一个遗传标记位于牛染色体BTA9上。在一个实施方式中，所述至少一个遗传标记位于牛染色体上BTA9的两侧为并包括标记C6orf93和inra084的区域。在本发明的一个实施方式中，所述至少一个遗传标记位于牛染色体BTA9的大约69.35cM到大约74.5cM(根据该分析中所用的位置)的区域。根据MARC标记图谱，遗传标记inra084的位置是90.98。所述至少一个遗传标记选自由表2所示的标记组成的组。
表2
 
BTA9上的标记 分析中使用的位置(cM) 相对位置(cM)http://www.marc.usda.gov/
C6orf93* 69.35 -
DIK4986 69.4 84.258
mm12e6* 69.45 84.258
PEX3* 69.5 -
DEAD21 69.55 -
BMS2251 71.3 86.58
EPM2A* 72.1
BM7234 72.3 88.136
BM4208 73.9 90.69
BMS2819 73.95 90.98
INRA144 74.2 90.98
INRA084 74.5 90.98
*表示BTA9的在MARC标记图上没有列出的标记。
在进一步的实施方式中，所述至少一个遗传标记位于牛染色体BTA9的两侧为并包括标记bms2251和inra 084的区域。在本发明的一个实施方式中，所述至少一个遗传标记位于牛染色体BTA9的大约71.3cM到大约74.5cM(根据该分析中所用的位置)的区域和根据MARC标记图谱的大约86.58cM到大约90.98cM的区域。所述至少一个遗传标记选自由表3所示的标记组成的组。
表3
 
BTA9上的标记 分析中使用的位置(cM) 相对位置(cM)http://www.marc.usda.gov/
BMS2251 71.3 86.58
EPM2A* 72.1
BM7234 723 88.136
BM4208 73.9 90.69
BMS2819 73.95 90.98
INRA144 742 90.98
INRA084 74.5 90.98
*表示BTA9的在MARC标记图上没有列出的标记。
在另一个实施方式中，所述至少一个遗传标记位于牛染色体BTA9的两侧为并包括标记bms 2251和inra 144的区域。在本发明的一个实施方式中，所述至少一个遗传标记位于牛染色体BTA9的大约71.3cM到大约74.2cM(根据该分析中所用的位置)的区域和根据MARC标记图谱的大约86.58cM到大约90.98cM的区域。所述至少一个遗传标记选自由表4所示的标记组成的组。
表4
 
BTA9上的标记 分析中使用的位置(cM) 相对位置(cM)http://www.marc.usda.gov/
BMS2251 71.3 86.58
EPM2A* 72.1
BM7234 723 88.136
BM4208 73.9 90.69
BMS2819 73.95 90.98
INRA144 74.2 90.98
*表示BTA9的在MARC标记图上没有列出的标记。
在另一个实施方式中，所述至少一个遗传标记位于牛染色体BTA9的两侧为并包括标记bm7234和inra 084的区域。在本发明的一个实施方式中，所述至少一个遗传标记位于牛染色体BTA9的大约72.3cM到大约74.5cM(根据该分析中所用的位置)的区域和根据MARC标记图谱的大约88.136cM到大约90.98cM的区域。所述至少一个遗传标记选自由表5所示的标记组成的组。
表5
 
BTA9上的标记 分析中使用的位置(cM) 相对位置(cM)http://www.marc.usda.gov/
BM7234 72.3 88.136
BM4208 73.9 90.69
BMS2819 73.95 90.98
INRA144 742 90.98
INRA084 74.5 90.98
*表示BTA9的在MARC标记图上没有列出的标记。
在进一步的实施方式中，所述至少一个遗传标记位于牛染色体BTA9的两侧为并包括标记bm7234和inra144的区域。在本发明的一个实施方式中，所述至少一个遗传标记位于牛染色体BTA9的大约72.3cM到大约74.2cM(根据该分析中所用的位置)的区域和根据MARC标记图谱的大约88.136cM到大约90.98cM的区域。所述至少一个遗传标记选自由表6所示的标记组成的组。
表6
 
BTA9上的标记 分析中使用的位置(cM) 相对位置(cM)http://www.marc.usda.gov/
BM7234 723 88.136
BM4208 73.9 90.69
BMS2819 73.95 90.98
INRA144 74.2 90.98
*表示BTA9的在MARC标记图上没有列出的标记。
在进一步的实施方式中，所述至少一个遗传标记位于牛染色体BTA9的两侧为并包括标记bm7234和bms2819的区域。在本发明的一个实施方式中，所述至少一个遗传标记位于牛染色体BTA9的大约72.3cM到大约73.95cM(根据该分析中所用的位置)的区域和根据MARC标记图谱的大约88.136cM到大约90.98cM的区域。所述至少一个遗传标记选自由表7所示的标记组成的组。
表7
 
BTA9上的标记 分析中使用的位置(cM) 相对位置(cM)http://www.marc.usda.gov/
BM7234 72.3 88.136
BM4208 73.9 90.69
BMS2819 73.95 90.98
*表示BTA9的在MARC标记图上没有列出的标记。
在另一个实施方式中，所述至少一个遗传标记位于牛染色体BTA9的两侧为并包括标记bm7234和bm4208的区域。在本发明的一个实施方式中，所述至少一个遗传标记位于牛染色体BTA9的大约72.3cM到大约73.9cM(根据该分析中所用的位置)的区域和根据MARC标记图谱的大约88.136cM到大约90.69cM的区域。所述至少一个遗传标记选自由表8所示的标记组成的组。
表8
 
BTA9上的标记 分析中使用的位置(cM) 相对位置(cM)http://www.marc.usda.gov/
BM7234 72.3 88.136
BM4208 73.9 90.69
*表示BTA9的在MARC标记图上没有列出的标记。
在进一步的实施方式中，所述至少一个遗传标记位于牛染色体BTA9的两侧为并包括标记bms2819和inra144的区域。在本发明的一个实施方式中，所述至少一个遗传标记位于牛染色体BTA9的大约73.95cM到大约74.2cM(根据该分析中所用的位置)的区域和根据MARC标记图谱的大约90.98cM到大约90.98cM的区域。所述至少一个遗传标记选自由表9所示的标记组成的组。
表9
 
BTA9上的标记 分析中使用的位置(cM) 相对位置(cM)http://www.marc.usda.gov/
BMS2819 73.95 90.98
INRA144 74.2 90.98
*表示BTA9的在MARC标记图上没有列出的标记。
在另一个实施方式中，所述至少一个遗传标记位于牛染色体BTA9的两侧为并包括标记bms2819和inra084的区域。在本发明的一个实施方式中，所述至少一个遗传标记位于牛染色体BTA9的大约73.95cM到大约74.5cM(根据该分析中所用的位置)的区域和根据MARC标记图谱的大约90.98cM到大约90.98cM的区域。所述至少一个遗传标记选自由表10所示的标记组成的组。
表10
 
BTA9上的标记 分析中使用的位置(cM) 相对位置(cM)http://www.marc.usda.gov/
BMS2819 73.95 90.98
INRA144 742 90.98
INRA084 745 90.98
*表示BTA9的在MARC标记图上没有列出的标记。
在本发明的另一个实施方式中，所述至少一个遗传标记位于牛染色体BTA9上。在一个实施方式中，所述至少一个遗传标记位于牛染色体上BTA9的两侧为并包括标记表明bm4208和inra144的区域。在本发明的一个实施方式中，所述至少一个遗传标记位于牛染色体BTA9的大约73.9cM到大约74.2cM(根据该分析中所用的位置)的区域和根据MARC标记图谱的大约90.69cM到大约90.98cM的区域。所述至少一个遗传标记选自由表11所示的标记组成的组。
表11
 
BTA9上的标记 分析中使用的位置(cM) 相对位置(cM)http://www.marc.usda.gov/
BM4208 73.9 90.69
BMS2819 73.95 90.98
INRA144 74.2 90.98
INRA084 74.5 90.98
*表示BTA9的在MARC标记图上没有列出的标记。
在进一步的实施方式中，所述至少一个遗传标记位于牛染色体BTA9的两侧为并包括标记inra 144和inra 084的区域。在本发明的一个实施方式中，所述至少一个遗传标记位于牛染色体BTA9的大约74.2cM到大约74.5cM(根据该分析中所用的位置)的区域和根据MARC标记图谱的大约90.98cM到大约90.98cM的区域。所述至少一个遗传标记选自由表12所示的标记组成的组。
表12
 
BTA9上的标记 分析中使用的位置(cM) 相对位置(cM)http://www.marc.usda.gov/
INRA144 74.2 90.98
INRA084 74.5 90.98
*表示BTA9的在MARC标记图上没有列出的标记。
在进一步的实施方式中，所述至少一个遗传标记位于牛染色体BTA9的两侧为并包括标记bms2251和bm7234的区域。在本发明的一个实施方式中，所述至少一个遗传标记位于牛染色体BTA9的大约71.3cM到大约72.3cM(根据该分析中所用的位置)的区域和根据MARC标记图谱的大约86.58cM到大约88.136cM的区域。所述至少一个遗传标记选自由表13所示的标记组成的组。
表13
 
BTA9上的标记 分析中使用的位置(cM) 相对位置(cM)http://www.marc.usda.gov/
BMS2251 71.3 86.58
EPM2A* 72.1
BM7234 72.3 88.136
*表示BTA9的在MARC标记图上没有列出的标记。
在另一个实施方式中，所述至少一个遗传标记位于牛染色体BTA9的两侧为并包括标记EPM2A和bm7234的区域。在本发明的一个实施方式中，所述至少一个遗传标记位于牛染色体BTA9的大约72.1cM到大约72.3cM(根据该分析中所用的位置)的区域，并且对bm7234来说，根据MARC标记图谱的大约88.136cM的区域。所述至少一个遗传标记选自由表14所示的标记组成的组。
表14
 
BTA9上的标记 分析中使用的位置(cM) 相对位置(cM)http://www.marc.usda.gov/
EPM2A* 72.1
BM7234 72.3 88.136
*表示BTA9的在MARC标记图上没有列出的标记。
在本发明的一个实施方式中，所述至少一个遗传标记位于牛染色体BTA9上。在一个实施方式中，所述至少一个遗传标记位于牛染色体BTA9的两侧为并包括标记inra144和rgs17的区域。在本发明的一个实施方式中，所述至少一个遗传标记位于牛染色体BTA9的大约74.2cM到大约79.8cM(根据该分析中所用的位置)的区域，其中根据MARC标记图谱的inra 144的位置是90.98cM。所述至少一个遗传标记选自由表15所示的标记组成的组。
表15
 
BTA9上的标记 分析中使用的位置(cM) 相对位置(cM)http://www.marc.usda.gov/
INRA144 74.2 90.98
INRA084 74.5 90.98
rgs17* 79.8 -
*表示BTA9的在MARC标记图上没有列出的标记。
在本发明的一个实施方式中，所述至少一个遗传标记位于牛染色体BTA9上。在一个实施方式中，所述至少一个遗传标记位于牛染色体BTA9的两侧为并包括标记inra084和rgs17的区域。在本发明的一个实施方式中，所述至少一个遗传标记位于牛染色体BTA9的大约74.5cM到大约79.8cM(根据该分析中所用的位置)的区域，其中根据MARC标记图谱的inra084的位置是90.68cM的区域。所述至少一个遗传标记选自由表16所示的标记组成的组。
表16
 
BTA9上的标记 分析中使用的位置(cM) 相对位置(cM)http://www.marc.usda.gov/
INRA084 74.5 90.98
rgs17* 79.8 -
*表示BTA9的在MARC标记图上没有列出的标记。
在本发明的一个实施方式中，所述至少一个遗传标记位于牛染色体BTA11上。在一个实施方式中，所述至少一个遗传标记位于牛染色体BTA11的两侧为并包括标记HELMTT43和BM3501的区域。在本发明的一个实施方式中，所述至少一个遗传标记位于牛染色体BTA11的大约2.249cM到大约97.223cM的区域。所述至少一个遗传标记选自由表17所示的标记组成的组。
表17
 
BTA11上的标记 分析中使用的位置(cM) 相对位置(cM)http://www.marc.usda.gov/genome/cattle/cattle.html
HELMTT43 0.0 2.249
ZAP70* 54 -
MAP4K4* 10.5 -
IL18RA* 12.3 -
MNB-40 16.0 19.440
AUP1* 17.6 -
BM716 17.9 19.440
 
DIK2653 18.1 20.135
BMS2569 18.3 21.082
BMS2325 18.5 21.082
BMS1953 18.8 21.537
DIK4637 19.4 22.527
UMBTL103 21.8 23.829
BP38 22.6 24.617
MNB-70 228 24.617
BM2818 26.5 30.009
BM304 30.0 33.597
INRA177 32.5 35.098
UMBTL20 327 34.802
RM96* 38.0 -
INRA131 43.6 47.289
BM7169 46.8 50.312
BMS1716 50.2 54581
BM6445 55.1 61.570
CD8B* 56.9 -
MB110 59.6 68.679
MS2177 61.0 69.415
HELMTT44* 61.2 -
DIK5170 61.4 70.143
RM150 61.8 70.143
TGLA58 63.1 73.136
TGLA340 65.8 75.208
BM8118 67.2 77.063
BMS2047 68.8 78457
BMS1048 69.5 81.065
BMS989 78.9 92.179
BM3501 85.2 97.223
*这些标记没有列在BTA11的MARC标记图谱上，但由本发明人鉴定。其适用于此处的所有的表。
在本发明的另一个实施方式中，所述至少一个遗传标记位于牛染色体BTA11上。在一个实施方式中，所述至少一个遗传标记位于牛染色体BTA11的两侧为并包括标记HELMTT43和INRA177的区域。在本发明的一个实施方式中，所述至少一个遗传标记位于牛染色体BTA11的大约2.249cM到大约35.098cM的区域。所述至少一个遗传标记选自由表18所示的标记组成的组。
表18
 
BTA11上的标记 分析中使用的位置(cM) 相对位置(cM)http://www.marc.usda.gov/genome/cattle/cattle.html
HELMTT43 0.0 2.249
ZAP70* 5.4 -
MAP4K4* 10.5 -
IL18RA* 12.3 -
MNB-40 16.0 19.440
AUP1* 17.6 -
BM716 17.9 19.440
DIK2653 18.1 20.135
BMS2569 18.3 21.082
BMS2325 18.5 21.082
BMS1953 18.8 21.537
DIK4637 19.4 22.527
UMBTL103 21.8 23829
BP38 22.6 24.617
MNB-70 22.8 24.617
BM2818 26.5 30.009
BM304 30.0 33.597
INRA177 325 35.098
在进一步的实施方式中，所述至少一个遗传标记位于牛染色体BTA11的两侧为并包括标记HELMTT43和MNB-70的区域。在本发明的一个实施方式中，所述至少一个遗传标记位于牛染色体BTA11的大约2.249cM到大约24.617cM的区域。所述至少一个遗传标记选自由表19所示的标记组成的组。
表19
 
BTA11上的标记 分析中使用的位置(cM) 相对位置(cM)http://www.marc.usda.gov/genome/cattle/cattle.html
HELMTT43 0.0 2.249
ZAP70* 5.4 -
MAP4K4* 10.5 -
IL18RA* 12.3 -
MNB-40 16.0 19.440
AUP1* 17.6 -
BM716 17.9 19.440
DIK2653 18.1 20.135
BMS2569 18.3 21.082
BMS2325 18.5 21.082
BMS1953 18.8 21.537
DIK4637 19.4 22.527
 
UMBTL103 21.8 23.829
BP38 22.6 24.617
MNB-70 22.8 24.617
在另一个实施方式中，所述至少一个遗传标记位于牛染色体BTA11的两侧为并包括标记MNB-40和MNB-70的区域。在本发明的一个实施方式中，所述至少一个遗传标记位于牛染色体BTA11的大约19.440cM到大约24.617cM的区域。所述至少一个遗传标记选自由表20所示的标记组成的组。
表20
 
BTA11上的标记 分析中使用的位置(cM) 相对位置(cM)http://www.marc.usda.gov/genome/cattle/cattle.html
MNB-40 16.0 19.440
AUP1* 17.6 -
BM716 17.9 19.440
DIK2653 18.1 20.135
BMS2569 18.3 21.082
BMS2325 18.5 21.082
BMS1953 18.8 21.537
DIK4637 19.4 22.527
UMBTL103 21.8 23.829
BP38 22.6 24.617
MNB-70 22.8 24.617
在另一个实施方式中，所述至少一个遗传标记位于牛染色体BTA11的两侧为并包括标记BP38和INRA131的区域。在本发明的一个实施方式中，所述至少一个遗传标记位于牛染色体BTA11的大约24.617cM到大约47.289cM的区域。所述至少一个遗传标记选自由表21所示的标记组成的组。
表21
 
BTA11上的标记 分析中使用的位置(cM) 相对位置(cM)http://www.marc.usda.gov/genome/cattle/cattle.html
BP38 22.6 24.617
MNB-70 22.8 24.617
BM2818 26.5 30.009
BM304 30.0 33.597
INRA177 325 35.098
UMBTL20 32.7 34.802
RM96* 38.0 -
INRA131 43.6 47.289
在进一步的实施方式中，所述至少一个遗传标记位于牛染色体BTA11的两侧为并包括标记BM2818和INRA177的区域。在本发明的一个实施方式中，所述至少一个遗传标记位于牛染色体BTA11的大约30.009cM到大约35.098cM的区域。所述至少一个遗传标记选自由表22所示的标记组成的组。
表22
 
BTA11上的标记 分析中使用的位置(cM) 相对位置(cM)http://www.marc.usda.gov/genome/cattle/cattle.html
BM2818 26.5 30.009
BM304 30.0 33.597
INRA177 32.5 35.098
在进一步的实施方式中，所述至少一个遗传标记位于牛染色体BTA11的两侧为并包括标记BMS1953和BM2818的区域。在本发明的一个实施方式中，所述至少一个遗传标记位于牛染色体BTA11的大约21.537cM到大约30.009cM的区域。所述至少一个遗传标记选自由表23所示的标记组成的组。
表23
 
BTA11上的标记 分析中使用的位置(cM) 相对位置(cM)http://www.marc.usda.gov/genome/cattle/cattle.html
BMS1953 18.8 21.537
DIK4637 19.4 22.527
UMBTL103 21.8 23.829
BP38 22.6 24.617
MNB-70 22.8 24.617
BM2818 26.5 30.009
在另一个实施方式中，所述至少一个遗传标记位于牛染色体BTA11的两侧为并包括标记HELMTT43和ZAP70的区域。在本发明的一个实施方式中，所述至少一个遗传标记位于牛染色体BTA11的大约2.249cM(根据MARC标记图谱)到大约5.4cM(根据该分析中所用的位置)的区域。所述至少一个遗传标记选自由表24所示的标记组成的组。
表24
 
BTA11上的标记 分析中使用的位置(cM) 相对位置(cM)http://www.marc.usda.gov/genome/cattle/cattle.html
HELMTT43 0.0 2.249
ZAP70* 54 -
在另一个实施方式中，所述至少一个遗传标记位于牛染色体BTA11的两侧为并包括标记ZAP70和IL18RA的区域。在本发明的一个实施方式中，所述至少一个遗传标记位于牛染色体BTA11的大约5.4cM到大约12.3cM(根据该分析中所用的位置)的区域。所述至少一个遗传标记选自由表25所示的标记组成的组。
表25
 
BTA11上的标记 分析中使用的位置(cM) 相对位置(cM)http://www.marc.usda.gov/genome/cattle/cattle.html
ZAP70* 5.4 -
MAP4K4* 10.5 -
IL18RA* 12.3 -
在本发明的另一个实施方式中，所述至少一个遗传标记位于牛染色体BTA11的两侧为并包括标记INRA131和BM6445的区域。在本发明的一个实施方式中，所述至少一个遗传标记位于牛染色体BTA11的大约47.289cM到大约61.570cM的区域。所述至少一个遗传标记选自由表26所示的标记组成的组。
表26
 
BTA11上的标记 分析中使用的位置(cM) 相对位置(cM)http://www.marc.usda.gov/genome/cattle/cattle.html
INRA131 43.6 47.289
BM7169 46.8 50.312
BMS1716 50.2 54.581
BM6445 55.1 61.570
在本发明的另一个实施方式中，所述至少一个遗传标记位于牛染色体BTA11的两侧为并包括标记BM304和BM7169的区域。在本发明的一个实施方式中，所述至少一个遗传标记位于牛染色体BTA11的大约33.597cM到大约50.312cM的区域。所述至少一个遗传标记选自由表27所示的标记组成的组。
表27
 
BTA11上的标记 分析中使用的位置(cM) 相对位置(cM)http://www.marc.usda.gov/genome/cattle/cattle.html
BM304 30.0 33.597
INRA177 32.5 35.098
 
UMBTL20 32.7 34.802
RM96* 38.0 -
INRA131 43.6 47.289
BM7169 46.8 50.312
在本发明的另一个实施方式中，所述至少一个遗传标记位于牛染色体BTA11的两侧为并包括标记BM7169和DIK5170的区域。在本发明的一个实施方式中，所述至少一个遗传标记位于牛染色体BTA11的大约50.312cM到大约70.143cM的区域。所述至少一个遗传标记选自由表28所示的标记组成的组。
表28
 
BTA11上的标记 分析中使用的位置(cM) 相对位置(cM)http://www.marc.usda.gov/genome/cattle/cattle.html
BM7169 46.8 50.312
BMS1716 50.2 54.581
BM6445 55.1 61.570
CD8B* 56.9 -
MB110 59.6 68.679
MS2177 61.0 69.415
HELMTT44* 61.2 -
DIK5170 61.4 70.143
在进一步的实施方式中，所述至少一个遗传标记位于牛染色体BTA11的两侧为并包括标记BM6445和BMS1048的区域。在本发明的一个实施方式中，所述至少一个遗传标记位于牛染色体BTA11的大约61.570cM到大约81.065cM的区域。所述至少一个遗传标记选自由表29所示的标记组成的组。
表29
 
BTA11上的标记 分析中使用的位置(cM) 相对位置(cM)http://www.marc.usda.gov/genome/cattle/cattle.html
BM6445 55.1 61.570
CD8B* 56.9 -
MB110 59.6 68.679
MS2177 61.0 69.415
HELMTT44* 61.2 -
DIK5170 61.4 70.143
RM150 61.8 70.143
TGLA58 63.1 73.136
TGLA340 65.8 75.208
 
BM8118 67.2 77.063
BMS2047 68.8 78.457
BMS1048 69.5 81.065
在进一步的实施方式中，所述至少一个遗传标记位于牛染色体BTA11的两侧为并包括标记MB110和BMS2047的区域。在本发明的一个实施方式中，所述至少一个遗传标记位于牛染色体BTA11的大约68.679cM到大约78.457cM的区域。所述至少一个遗传标记选自由表30所示的标记组成的组。
表30
 
BTA11上的标记 分析中使用的位置(cM) 相对位置(cM)http://www.marc.usda.gov/genome/cattle/cattle.html
MB110 59.6 68.679
MS2177 61.0 69.415
HELMTT44* 61.2 -
DIK5170 61.4 70.143
RM150 61.8 70.143
TGLA58 63.1 73.136
TGLA340 65.8 75.208
BM8118 67.2 77.063
BMS2047 68.8 78.457
在本发明的一个实施方式中，所述至少一个遗传标记位于牛染色体BTA11上。在一个实施方式中，所述至少一个遗传标记位于牛染色体BTA11的两侧为并包括标记IL18RA和BM2818的区域。在本发明的一个实施方式中，所述至少一个遗传标记位于牛染色体BTA11的大约12.3cM(根据该分析中所用的位置)到大约30.009cM(根据MARC标记图谱)的区域。所述至少一个遗传标记选自由表31所示的标记组成的组。
表31
 
BTA11上的标记 分析中使用的位置(cM) 相对位置(cM)http://www.marc.usda.gov/genome/cattle/cattle.html
IL18RA* 12.3 -
MNB-40 16.0 19.440
AUP1* 17.6 -
BM716 17.9 19.440
DIK2653 18.1 20.135
BMS2569 18.3 21.082
BMS2325 18.5 21.082
BMS1953 18.8 21.537
 
DIK4637 19.4 22.527
UMBTL103 21.8 23.829
BP38 22.6 24.617
MNB-70 22.8 24.617
BM2818 26.5 30.009
在本发明的一个实施方式中，所述至少一个遗传标记位于牛染色体BTA11上。在一个实施方式中，所述至少一个遗传标记位于牛染色体BTA11的两侧为并包括标记BM2818和BM7169的区域。在本发明的一个实施方式中，所述至少一个遗传标记位于牛染色体BTA11的大约30.009cM到大约50.312cM的区域。所述至少一个遗传标记选自由表32所示的标记组成的组。
表32
 
BTA11上的标记 分析中使用的位置(cM) 相对位置(cM)http://www.marc.usda.gov/genome/cattle/cattle.html
IL18RA* 12.3 -
BM2818 26.5 30.009
BM304 30.0 33.597
INRA177 32.5 35.098
UMBTL20 32.7 34.802
RM96* 38.0 -
INRA131 43.6 47.289
BM7169 46.8 50.312
在本发明的另一个实施方式中，所述至少一个遗传标记位于牛染色体BTA11上。在一个实施方式中，所述至少一个遗传标记位于牛染色体BTA11的两侧为并包括标记MAP4K4和BM2818的区域。在本发明的一个实施方式中，所述至少一个遗传标记位于牛染色体BTA11的大约10.5cM(根据该分析中所用的位置)到大约30.009cM(根据MARC标记图谱)的区域。所述至少一个遗传标记选自由表33所示的标记组成的组。
表33
 
BTA11上的标记 分析中使用的位置(cM) 相对位置(cM)http://www.marc.usda.gov/genome/cattle/cattle.html
MAP4K4* 10.5 -
IL18RA* 12.3 -
MNB-40 16.0 19.440
AUP1* 17.6 -
BM716 17.9 19.440
 
DIK2653 18.1 20.135
BMS2569 18.3 21.082
BMS2325 18.5 21.082
BMS1953 18.8 21.537
DIK4637 19.4 22.527
UMBTL103 21.8 23.829
BP38 22.6 24.617
MNB-70 22.8 24.617
BM2818 26.5 30.009
在本发明的另一个实施方式中，所述至少一个遗传标记位于牛染色体BTA11上。在一个实施方式中，所述至少一个遗传标记位于牛染色体BTA11的两侧为并包括标记IL18RA和UMBTL103的区域。在本发明的一个实施方式中，所述至少一个遗传标记位于牛染色体BTA11的大约12.3cM(根据该分析中所用的位置)到大约23.829cM(根据MARC标记图谱)的区域。所述至少一个遗传标记选自由表34所示的标记组成的组。
表34
 
BTA11上的标记 分析中使用的位置(cM) 相对位置(cM)http://www.marc.usda.gov/genome/cattle/cattle.html
IL18RA* 12.3 -
MNB-40 16.0 19.440
AUP1* 17.6 -
BM716 17.9 19.440
DIK2653 18.1 20.135
BMS2569 18.3 21.082
BMS2325 18.5 21.082
BMS1953 18.8 21.537
DIK4637 19.4 22.527
UMBTL103 21.8 23.829
在本发明的另一个实施方式中，所述至少一个遗传标记位于牛染色体BTA11上。在一个实施方式中，所述至少一个遗传标记位于牛染色体BTA11的两侧为并包括标记MNB-40和DIK2653的区域。在本发明的一个实施方式中，所述至少一个遗传标记位于牛染色体BTA11的大约19.440cM到大约20.135cM的区域。所述至少一个遗传标记选自由表35所示的标记组成的组。
表35
 
BTA11上的标记 分析中使用的位置(cM) 相对位置(cM)http://www.marc.usda.gov/genome/cattle/cattle.html
MNB-40 16.0 19.440
AUP1* 17.6 -
BM716 17.9 19.440
DIK2653 18.1 20.135
在本发明的另一个实施方式中，所述至少一个遗传标记位于牛染色体BTA11上。在一个实施方式中，所述至少一个遗传标记位于牛染色体BTA11的两侧为并包括标记BM716和DIK4637的区域。在本发明的一个实施方式中，所述至少一个遗传标记位于牛染色体BTA11的大约19.440cM到大约22.527cM的区域。所述至少一个遗传标记选自由表36所示的标记组成的组。
表36
 
BTA11上的标记 分析中使用的位置(cM) 相对位置(cM)http://www.marc.usda.gov/genome/cattle/cattle.html
BM716 17.9 19.440
DIK2653 18.1 20.135
BMS2569 18.3 21.082
BMS2325 18.5 21.082
BMS1953 18.8 21.537
DIK4637 19.4 22.527
在本发明的另一个实施方式中，所述至少一个遗传标记位于牛染色体BTA11上。在一个实施方式中，所述至少一个遗传标记位于牛染色体BTA11的两侧为并包括标记BM716和BMS2569的区域。在本发明的一个实施方式中，所述至少一个遗传标记位于牛染色体BTA11的大约19.440cM到大约21.082cM的区域。所述至少一个遗传标记选自由表37所示的标记组成的组。
表37
 
BTA11上的标记 分析中使用的位置(cM) 相对位置(cM)http://www.marc.usda.gov/genome/cattle/cattle.html
BM716 17.9 19.440
DIK2653 18.1 20.135
BMS2569 18.3 21.082
在本发明的另一个实施方式中，所述至少一个遗传标记位于牛染色体BTA11上。在一个实施方式中，所述至少一个遗传标记位于牛染色体BTA11的两侧为并包括标记BMS2325和DIK4637的区域。在本发明的一个实施方式中，所述至少一个遗传标记位于牛染色体BTA11的大约21.082cM到大约22.527cM的区域。所述至少一个遗传标记选自由表38所示的标记组成的组。
表38
 
BTA11上的标记 分析中使用的位置(cM) 相对位置(cM)http://www.marc.usda.gov/genome/cattle/cattle.html
BMS2325 18.5 21.082
BMS1953 18.8 21.537
DIK4637 19.4 22.527
在本发明的另一个实施方式中，所述至少一个遗传标记位于牛染色体BTA11上。在一个实施方式中，所述至少一个遗传标记位于牛染色体BTA11的两侧为并包括标记IL18RA和AUP1的区域。在本发明的一个实施方式中，所述至少一个遗传标记位于牛染色体BTA11的大约12.3cM(根据该分析中所用的位置)到大约17.6cM(根据该分析中所用的位置)的区域。所述至少一个遗传标记选自由表39所示的标记组成的组。
表39
 
BTA11上的标记 分析中使用的位置(cM) 相对位置(cM)http://www.marc.usda.gov/genome/cattle/cattle.html
IL18RA* 12.3 -
MNB-40 16.0 19.440
AUP1* 17.6 -
在本发明的另一个实施方式中，所述至少一个遗传标记位于牛染色体BTA11上。在一个实施方式中，所述至少一个遗传标记位于牛染色体BTA11的两侧为并包括标记IL18RA和MNB-40的区域。在本发明的一个实施方式中，所述至少一个遗传标记位于牛染色体BTA11的大约12.3cM(根据该分析中所用的位置)到大约19.440cM(根据MARC标记图谱)的区域。所述至少一个遗传标记选自由表40所示的标记组成的组。
表40
 
BTA11上的标记 分析中使用的位置(cM) 相对位置(cM)http://www.marc.usda.gov/genome/cattle/cattle.html
IL18RA* 12.3 -
MNB-40 16.0 19.440
在本发明的另一个实施方式中，所述至少一个遗传标记位于牛染色体BTA11上。在一个实施方式中，所述至少一个遗传标记位于牛染色体BTA11的两侧为并包括标记MNB-40和AUP1的区域。在本发明的一个实施方式中，所述至少一个遗传标记位于牛染色体BTA11的大约19.440cM(根据MARC标记图谱)到大约17.6cM(根据该分析中所用的位置)的区域。所述至少一个遗传标记选自由表41所示的标记组成的组。
表41
 
BTA11上的标记 分析中使用的位置(cM) 相对位置(cM)http://www.marc.usda.gov/genome/cattle/cattle.html
MNB-40 16.0 19.440
AUP1* 17.6 -
在本发明的另一个实施方式中，所述至少一个遗传标记位于牛染色体BTA11上。在一个实施方式中，所述至少一个遗传标记位于牛染色体BTA11的包括标记IL18RA的区域。在本发明的一个实施方式中，所述至少一个遗传标记位于牛染色体BTA11的大约12.3cM(根据该分析中所用的位置)的区域。所述至少一个遗传标记示于表42。
表42
 
BTA11上的标记 分析中使用的位置(cM) 相对位置(cM)http://www.marc.usda.gov/genome/cattle/cattle.html
IL18RA* 12.3 -
在本发明的一个实施方式中，所述至少一个遗传标记位于牛染色体BTA11上。在一个实施方式中，所述至少一个遗传标记位于牛染色体BTA11的包括标记MNB-40的区域。在本发明的一个实施方式中，所述至少一个遗传标记位于牛染色体BTA11的大约16.0cM(根据该分析中所用的位置)的区域。所述至少一个遗传标记示于表43。
表43
 
BTA11上的标记 分析中使用的位置(cM) 相对位置(cM)http://www.marc.usda.gov/genome/cattle/cattle.html
MNB-40 16.0 19.440
在本发明的一个实施方式中，所述至少一个遗传标记位于牛染色体BTA11上。在一个实施方式中，所述至少一个遗传标记位于牛染色体BTA11的包括标记AUP1的区域。在本发明的一个实施方式中，所述至少一个遗传标记位于牛染色体BTA11的大约17.6cM(根据该分析中所用的位置)的区域。所述至少一个遗传标记示于表44。
表44
 
BTA11上的标记 分析中使用的位置(cM) 相对位置(cM)http://www.marc.usda.gov/genome/cattle/cattle.html
AUP1* 17.6 -
在本发明的一个实施方式中，所述至少一个遗传标记位于牛染色体BTA11上。在一个实施方式中，所述至少一个遗传标记位于牛染色体BTA11的两侧为并包括标记DIK4637和UMBTL103的区域。在本发明的一个实施方式中，所述至少一个遗传标记位于牛染色体BTA11的大约22.527cM到大约23.829cM(根据MARC标记图谱)的区域。所述至少一个遗传标记选自由表45所示的标记组成的组。
表45
 
BTA11上的标记 分析中使用的位置(cM) 相对位置(cM)http://www.marc.usda.gov/genome/cattle/cattle.html
DIK4637 19.4 22.527
UMBTL103 21.8 23.829
在本发明的一个实施方式中，所述至少一个遗传标记位于牛染色体BTA11上。在一个实施方式中，所述至少一个遗传标记位于牛染色体BTA11的包括标记DIK4637的区域。在本发明的一个实施方式中，所述至少一个遗传标记位于牛染色体BTA11的大约22.527cM(根据MARC标记图谱)的区域。所述至少一个遗传标记示于表46。
表46
 
BTA11上的标记 分析中使用的位置(cM) 相对位置(cM)http://www.marc.usda.gov/genome/cattle/cattle.html
DIK4637 19.4 22.527
在本发明的一个实施方式中，所述至少一个遗传标记位于牛染色体BTA11上。在一个实施方式中，所述至少一个遗传标记位于牛染色体BTA11的包括标记UMBTL103的区域。在本发明的一个实施方式中，所述至少一个遗传标记位于牛染色体BTA11的大约23.829cM(根据MARC标记图谱)的区域。所述至少一个遗传标记示于表47。
表47
 
BTA11上的标记 分析中使用的位置(cM) 相对位置(cM)http://www.marc.usda.gov/genome/cattle/cattle.html
UMBTL103 21.8 23.829
在本发明的另一个实施方式中，所述至少一个遗传标记是标记的结合，其中BTA9的任何区域和标记与BTA11的任何区域和标记结合，如上它处所述。
引物
根据本发明可以使用的引物显示在表50中。表50指定的引物对可以单独或与表50所列的一个或以上的引物对结合使用。
这样的引物或探针的设计对具有普通技术的分子生物学人员是显而易见的。这样的引物是任何的合宜长度如长达50个碱基、达40个碱基、更合宜的达30个碱基，如8-25或8-15个碱基长。一般地这样的引物包括与所述区域的相应的野生型或变异***点完全互补的碱基序列。然而，如果需要，可以引入一个或以上的错配，只要寡核苷酸探针的识别能力没有过分地受到影响。本发明的引物/探针可以携带一个或以上的标记，以便于检测。
在一个实施方式中，所述引物和/或探针能够杂交到和/或扩增杂交到由此处所示的标记描述的含有单核苷酸多态性的序列。
本发明的引物核苷酸序列进一步包括：(a)在严谨条件下杂交到包括包括遗传标记序列或其互补序列或RNA产物的任何核苷酸序列，如在大约45℃下在6×氯化钠/柠檬酸钠(SSC)中杂交到杂交到滤膜结合的DNA，接着在大约50-65℃下，在0.2×SSC/0.1％十二烷基硫酸钠(SDS)中洗涤一次或以上，或(b)在高度严谨条件下，例如在大约45℃下在6×SSC中杂交到杂交到滤膜结合的核酸上，接着在大约68℃下，在0.1×SSC/0.2％ SDS中洗涤一次或以上，或在本技术领域技术人员显而易见的其它杂交条件下(见，如Ausubel F.M.等人，eds.，1989，Current Protocols in Molecular Biology，Vol.I，GreenPublishing Associaates，Inc.，和John Wiley & sons，Inc.，New York，pp.6.3.1-6.36和2.10.3)。优选地，杂交到上述的(a)和(b)的核苷酸序列的核酸分子是包括基因组DNA核酸分子的互补物的序列，其包括遗传标记序列或互补序列或其RNA产物。
本发明的核酸分子是脱氧寡核苷酸(“寡核苷酸”)，其在高度严谨或严谨条件下杂交到上述的核酸分子上。一般地，长度在14和70个核苷酸之间的探针的解链温度用下式计算：
Tm(℃)＝81.5+16.6(log[一价阳离子(摩尔)])+0.41(％G+C)-(500/N)
其中N是探针的长度。如果杂交在含有甲酰胺的溶液中进行，那么解链温度用方程式Tm(℃)＝81.5+16.6(log[一价阳离子(摩尔)])+0.41(％G+C)-(0.61％甲酰胺)-(500/N)计算，其中N是探针的长度。一般地，杂交在低于Tm(对DNA-DNA杂交物)大约20-25度或在低于Tm(对RNA-DNA杂交物)10-15度下进行。
示例性的高度严谨条件可以指，如在6 x SSC/0.05％的焦磷酸钠中在37℃下(对大约14碱基的寡核苷酸)、在48℃下(对大约17碱基的寡核苷酸)、在55℃下(对大约20碱基的寡核苷酸)和在60℃下(对大约23碱基的寡核苷酸)进行洗涤。
因此，本发明进一步提供了检测本发明的多态性的核苷酸引物或探针。评价可以用至少一个核酸引物或探针进行，如DNA、RNA引物或探针或核酸类似物如肽核酸(PNA)或锁定核酸(LNA)。
根据本发明的一个方面，提供了等位基因特异性的寡核苷酸探针，其能够检测在所述区域的一个或多个位置的多态性。
所述等位基因特异性的寡核苷酸探针优选地是5-50个核苷酸，更优选地为大约5-35核苷酸，更优选地为大约5-30核苷酸，更优选地为至少9个核苷酸。
连锁的确定
为了检测遗传标记是否存在于遗传材料中，可以利用本技术领域的技术人员公知的标准方法，如使用核酸扩增。为了确定遗传标记是否遗传连锁到***炎抗性性状，可以利用置换试验(Doerge and Churchill，1996)，或者可以采用Piepho方法(Piepho，2001)。Doerge和Churchill(1996)已经充分地描述了置换试验的原理，而Piepho充分地描述了Piepho方法(2001)。显著性连锁存在于使用回归方法进行的家族分析内，使用置换试验获得了10000次置换(Doerge and Churchill，1996)。在5％染色体显著水平的阀值被认为是在遗传标记与***炎抗性和体细胞计数性状之间的显著性证据。另外，证实了在不同的雄性家族中的QTL。对用方差分量方法进行的跨家族分析和多性状分析，使用Piepho方法确定显著性水平(Piepho，2001)。5％染色体显著性水平上的阀值被认为是在遗传标记与***炎抗性和体细胞计数性状之间的连锁的显著性证据。
试剂盒
本发明的另一个方面涉及诊断试剂盒，其用于检测在受试牛中存在或不存在至少一个与***炎抗性相关的遗传标记，其包括至少至少一个寡核苷酸序列和它们的结合，其中所述核苷酸序列选自SEQ ID NO：1到NO：192中的任何序列和/或它们的任意结合。
根据本发明，确定受试牛的基因型以建立那些受试牛的***炎抗性的遗传定子，可以根据DNA和/或RNA的分析。一个例子是基因组DNA，其可以用此处所述的标准DNA提取方法提供。所述基因组DNA可以用标准的技术如聚合酶链反应并使用多态性标记区域对应于(互补)的寡核苷酸引物分离和扩增。可以包括扩增反应前的纯化DNA的附加步骤。因此，用于建立***炎抗性和体细胞数特征的诊断试剂盒包括单独包装的选自表xx中所示的序列组的至少一个寡核苷酸序列和它们的任意的结合。
实施例
动物
动物材料由孙女设计组成，其具有39个父本家族，其后代试验儿子总数为1513个，来自四个乳牛品种，即丹麦荷尔斯坦牛(DH)和丹麦红牛(DR)、芬兰艾尔郡牛(FA)和瑞典红白花牛(SRB)。这39个家族由D5H、9DR、11FA和14SRB祖公畜家族组成。每祖公畜的儿子的个数在16到161之间，平均家族的大小为38.8。
基因组DNA的纯化
根据以下方案从***中纯化基因组DNA：
解冻***细管后，用一对剪刀将管的两端切去，将细管的内容转移到1.5ml eppendorf离心管中。用1ml的0.9％NaCl冲洗细管到离心管中。接着在2000rpm下离心所述离心管5分钟，接着除去上清液。此洗涤步骤重复两次。
接着将300μl的缓冲液S(10mM Tris HCI pH8,100mM NaCl，10mMEDTA pH8；0，5％ SDS)、20μl的1M DTT和20μl链霉蛋白酶(20mg/ml)(Boehringer)加到离心管中。混合后，将离心管慢慢旋转温育过夜，接着加入180μl饱和NaCI，然后剧烈搅动15秒。在11000rpm下离心所述离心管15分钟。将0.4ml的上清液转移到2ml的离心管中并加入1ml 96％甲醇，通过缓慢旋转离心管完成混合。接着在11000rpm离心所述离心管10分钟。通过倒掉液体除去上清液，用70％乙醇(0.2ml)洗涤沉淀，并在11000rpm下再离心10分钟。倒掉乙醇，干燥沉淀并重悬于0.5ml TE缓冲液)在55℃下静置30分钟。
扩增程序
使用供应商(GeneChoice)提供的TEMPase(GeneChoice)聚合酶和反应缓冲液I在8μl的体积中进行PCR反应。一般各多重PCR包括5个不同的标记，1μlDNA、0.1μl TEMPase酶、0.2mM dNTPs、1.2mMMgCI2和0.3μM各引物。
所述PCR混合物在94℃下15min进行初始变性(对TEMPase)。然后将样品在递降条件下循环10个循环，即每个循环温度降低1℃(94℃变性30＂，67℃退火45＂，72℃延伸30＂)，然后将样品在正常条件下循环20个循环(94℃变性30＂，58℃退火45＂，72℃延伸30＂)，通过72℃30′的一个循环结束PCR循环，将PCR机器编程以将样品永远冷却在4℃下。
用于检测标记的引物的核苷酸序列示于表50中。核苷酸序列从5′端列出。
表50
 
标记名称 正向引物反向引物 SEQ ID NO.：
BTA9：
BMS2151 F AACGGCTTTCACTTTCTTGCR CTGGGTGAACAAATGGGC SEQ ID NO.：1SEQ ID NO.：2
ETH225 F GATCACCTTGCCACTATTTCCTR ACATGACAGCCAGCTGCTACT SEQ ID NO.：3SEQ ID NO.：4
BM2504 F CAGCTTTCCATCCCCTTTCR CTCCCATCCCAAACACAGAC SEQ ID NO.：5SEQ ID NO.：6
DIK2892 F TTGACCCTGAAAGATGTCCAR CACGGTTTATCAGCTTGGGTA SEQ ID NO.：7SEQ ID NO.：8
 
DIK3002 F AAATGGAGGTAATGAAATAAAATAR CAAACCCATGGACTGTAACCT SEQ ID NO.：9SEQ ID NO.：10
DIK3003 F ACTTTCAGTTTTGGGCTGACR TGTCACTAGGTAAATTGGTG SEQ ID NO.：11SEQ ID NO.：12
RM216 F TTCTGCAATGTTGAGCTTCAAGR GATCTGAAAAAGAAATGAATAGA SEQ ID NO.：13SEQ ID NO.：14
BMS817 F TGGGAAAGTTGGCAAATGR TTGTGATACCTGAAATGGTCAA SEQ ID NO.：15SEQ ID NO.：16
BMS555 F GGAAAGAGTAGGTGATICCCTGR ATTTAATTGTCATCCCAGGTGA SEQ ID NO.：17SEQ ID NO.：18
lama4 F TTAAAGCAATTTAGGGAGCTTAR CTAGTATCTAAAATGAACAGAA SEQ ID NO.：19SEQ ID NO.：20
DIK 5142 F TGGGTAAGTGGGAAAGGATGR CTCAGCCAGGTTGTCCTCTC SEQ ID NO.：21SEQ ID NO.：22
slc16a10 F CAGGTACACAGTAAAGACAGAR CTGCTTTGGGGGCACAGTCA SEQ ID NO.：23SEQ ID NO.：24
DIK4 268 F ATAAGGGTGCACTGGCAGAAR GCAGTCCAGGGGATTGTAAA SEQ ID NO.：25SEQ ID NO.：26
DIK 4950 F AGTGCCTGGCAGGTATTGAAR CCTCGGTTTCCCAATCATTA SEQ ID NO.：27SEQ ID NO.：28
CSSM025 F GTAGTTATCAAAATAAGAATGCTTR TATGTTTTCCTTTTGGTTGAATAG SEQ ID NO.：29SEQ ID NO.：30
DIK 2810 F TCTGAAACCTGGAGGAGGAGR GAAACTTCCACCACCCTCAA SEQ ID NO.：31SEQ ID NO.：32
DIK 5364 F CCTCTGAAACCCCAGACTTGR AAAAACCCAAAACAACACACAA SEQ ID NO.：33SEQ ID NO.：34
DIK2741 F TCCCCAAATTCTGATGACTCTR TCAGCCCTTAAAACGTAAGCA SEQ ID NO.：35SEQ ID NO.：36
TGLA261 F TCAAATCTCATTCTCTCCAGAAGGCR CCAACTTATATTAGGCACAATGTCC SEQ ID NO.：37SEQ ID NO.：38
ILSTS013 F CTTGATCCTTATAGAACTGGR ACACAAAATCAGATCAGTGG SEQ ID NO.：39SEQ ID NO.：40
UWCA9 F CCTTCTCTGAATTTTTGTTGAAAGCR GGACAGAAGTGAGTGACTGAGA SEQ ID NO.：41SEQ ID NO.：42
BMS1148 F TTAAATGGGACCAGATAAATAGGAR AAATGAGAACCAGATAAGCCTAAA SEQ ID NO.：43SEQ ID NO.：44
DIK 4912 F AAGAAGTAGAGCGGGGGAAGR GAATGCCAAGCATCCCTTAC SEQ ID NO.：45SEQ ID NO.：46
DIK 5130 F TTGCACTGATCTCTGCTAAAGTGR TCTCCCCACAACATCATTCA SEQ ID NO.：47SEQ ID NO.：48
DIK 2303 F GGAAAGACAAGAGGGTGCTGR TGTTGCAAAAAGCAAATTTCA SEQ ID NO.：49SEQ ID NO.：50
DIK 4720 F CATGATATTTACCCTGTGTGTGCR GAGGAGCTGGAGGGCTAAAG SEQ ID NO.：51SEQ ID NO.：52
BM4204 F GGGTAGGAGCTTTTGTAGGTG SEQ ID NO.：53
 
R GCCATCACCCTTCTCTTATATG SEQ ID NO.：54
DIK 4926 F ATGACTCCTGGAGCAGAACCR GAAGAGTAAGCTGTATTTTTCATGC SEQ ID NO.：55SEQ ID NO.：56
BMS1909 F ACTTGTTAGGAGGGCTATTGTTAAR CCACATACACCACCAACATTAA   SEQ ID NO.：57SEQ ID NO.：58
BMS1290 F TTGGCACTTACTACCTCATATGTTR TTTTCTGGATGTTGAGCCTATT   SEQ ID NO.：59SEQ ID NO.：60
TGLA73 F GAGAATCACCTAGAGAGGCAR CTTTCTCTTTAAATTCTATATGGT SEQ ID NO.：61SEQ ID NO.：62
BMS2753 F TCAAAAAGTTGGACATGACTGAR AGGTTTTCAAATGAGAGACTTTTC SEQ ID NO.：63SEQ ID NO.：64
TNF F GGAGGGTGTGCTTGAAAGAGR GCTGGCGTTCTCTCTCGTAT SEQ ID NO.：65SEQ ID NO.：66
BMS1724 F GACTTGCCCCAATCCTACTGR ATTTCAGGTTTGTTGGTTCCC SEQ ID NO.：67SEQ ID NO.：68
DIK2145 F TGGTGCTCTGGGAACATAGACR ATCACAGTGGCCTGAACACA  SEQ ID NO.：69SEQ ID NO.：70
BM7209 F TTTTCTGCTCATGCTTCAGTGR GCAGGCTATAGTCCATGACATC SEQ ID NO.：71SEQ ID NO.：72
SLU2 F GGGTTCTGTTTGCTTTTCTTCR CTAGCACTGGCAGGTAGATTCT SEQ ID NO.：73SEQ ID NO.：74
C6orf93 F CTCGGTGATGTTTTTGCTGAR CGCCCCAGCTCTTTCTAGTT SEQ ID NO.：75SEQ ID NO.：76
DIK4986 F GGGATGAACATTGAGGGTTGR CATGATCAAGATGGGGGAAG SEQ ID NO.：77SEQ ID NO.：78
Mm12e6 F CAAGACAGGTGTTTCAATCTR ATCGACTCTGGGGGATGATGT SEQ ID NO.：79SEQ ID NO.：80
PEX3 F TTTTGCGAGTCCAGTTAAACAR GGAAAAGCCAGAGCAAAATG  SEQ ID NO.：81SEQ ID NO.：82
DEAOC1 F TTCCTAGGCCTGTGCTCATTR TGGACCAGGCATAAGGATTT SEQ ID NO.：83SEQ ID NO.：84
BMS2251 F AACGGCTTTCACTTTCTTGCR CTGGGTGAACAAATGGGC   SEQ ID NO.：85SEQ ID NO.：86
EPM2A F GCGGCCGCGTTGAGAGR TTCCACTTTATGATGAGCAGGTTC SEQ ID NO.：87SEQ ID NO.：88
BM7234 F TTCACTGATTGTCATTCCCTAGAR TAAGCAAATAAATGGTGCTAGTCA SEQ ID NO.：89SEQ ID NO.：90
BM4208 F TCAGTACACTGGCCACCATGR CACTGCATGCTTTTCCAAAC SEQ ID NO.：91SEQ ID NO.：92
BMS2819 F GCTCACAGGTTCTGAGGACTCR AACTTGAAGAAGGAATGCTGAG SEQ ID NO.：93SEQ ID NO.：94
INRA144 F TCGGTGTGGGAGGTGACTACATR TGCTGGTGGGCTCCGTCACC   SEQ ID NO.：95SEQ ID NO.：96
INRA084 F CTAAAGCTTTCCTCCATCTCR CCTGGTGATGTTTGGATGTC SEQ ID NO.：97SEQ ID NO.：98
 
rgs17 F CATGAAACACAAACATAAATGGGAR GGGACCAAAAATACATCACAGTA SEQ ID NO.：99SEQ ID NO.：100
ESR1 F GCTGCTGGAGATGCTGGATR TGATTCACGTCCTCTGGAGGT SEQ ID NO.：101SEQ ID NO.：102
BMS2295 F GCTCTGGTGACCCAGGTGR CTGGCAGGAGATGAGAGGAG SEQ ID NO.：103SEQ ID NO.：104
BM3215 F TGCATCAACTAAGCCACACTGR TTACTCGCTGGTTTTCTGGG SEQ ID NO.：105SEQ ID NO.：106
bvil203 F CGAGTTCGAGGCCATGTGAAR CGGAGCAGGGAGAGGGT SEQ ID NO.：107SEQ ID NO.：108
Aridlb F CTGTTCTATTCCCTATACTGR ATTATCATGCATACACTTTGA SEQ ID NO.：109SEQ ID NO.：110
Pig F CAGGGTGACAGCGGCGGGCCR GAAGTACCGAGTTTATTTTCAACAAAT SEQ ID NO.：111SEQ ID NO.：112
tgfsnp123 F CAAGACCGGCCTGAGCTACAAGAGR GTGCGGTGGATGAGTGGGGACAG SEQ ID NO.：113SEQ ID NO.：114
BMS1943 F ATCAGTCGTTCCCAGAATGTCR TTGATATCCTCTCTGTCAAGCC SEQ ID NO.：115SEQ ID NO.：116
BMS1967 F GGGCAGATGTGAGTAATTTICCR AACTGAGCTGTATGGTGGACG SEQ ID NO.：117SEQ ID NO.：118
BTA11：
HELMTT43 F GGTTACAGTCCATGAGTTTGCAAAGR ACAGAGGTGGGGTAGACTTTT SEQ ID NO.：119SEQ ID NO.：120
ZAP70 F GGAGCTACGGAGTCACCATGTR GTAGGTCCAGCAATCGCTCAT SEQ ID NO.：121SEQ ID NO.：122
MAP4K4 F CAAAGAGTGGGTCTCAACATGAATCR GGGCTGGGCCTGCTC SEQ ID NO.：123SEQ ID NO.：124
IL18RA F CAGAAGTCTTGCCTGGGAAGTCR CCGTGTCTGCCTCTTGTGA SEQ ID NO.：125SEQ ID NO.：126
MNB-40 F CAGCCTCCTTCATACTCCTTCTR GGGGAAGGGAGCAGATTGTA SEQ ID NO.：127SEQ ID NO.：128
AUP1 F CCCTGTCCTGACGTCTGTTTR CACAACCAAGGGAAAAGGAA SEQ ID NO.：129SEQ ID NO.：130
BM716 F AGTACTTGGCTTGCTTIGCTCR TTAAATTTCCATCTCACCCTGG SEQ ID NO.：131SEQ ID NO.：132
DIK2653 F ATGGCCGTCCATTCAGATACR CCTCCCTGTGGTTTATGGAA SEQ ID NO.：133SEQ ID NO.：134
BMS2569 F AGAGAGGCCAAAGCTGGGR TTTCCTTGGGCTTCAGGAG SEQ ID NO.：135SEQ ID NO.：136
BMS2325 F TCCATCTTGCAGAAGTGTGCR AGGGCCAGGAATGCTAGTG SEQ ID NO.：137SEQ ID NO.：138
BMS1953 F TGCTGTAGGAGAAAATAAAGCAGR TTTGCTGAGAGGACTTTGAGA SEQ ID NO.：139SEQ ID NO.：140
DIK4637 F TGTGCTCTAAAGCTTGACCTGR TCAGCTGGTTGAGGGTTCTC SEQ ID NO.：141SEQ ID NO.：142
 
UMBTL103 F TCTCCTTCATAGCTGGCATCTR TTGGATGGCATCACTGACTTG SEQ ID NO.：143SEQ ID NO.：144
BP38 F CCAAATGATGGTTCAAGTTTGR GCTCATGATAAAGGGAATTCAG SEQ ID NO.：145SEQ ID NO.：146
MNB-70 F TAATGAGCAGACCCACACAGR ACCATTGGCTCTCCTAGGTC SEQ ID NO.：147SEQ ID NO.：148
BM2818 F TTCTGTGGTTGAAGAGTGTTCCR CAATGGCTAAGAGGTCCAGTG SEQ ID NO.：149SEQ ID NO.：150
BM304 F CTGGTGTTCCTTTCATATCAACCR GGCACGTACTAACCTGTAAAACC SEQ ID NO.：151SEQ ID NO.：152
INRA177 F TCCAAAAGTTTCGTGACATATTGR CACCAGGCTTCTCTGTTGAA SEQ ID NO.：153SEQ ID NO.：154
UMBTL20 F TTCCATGTCACAGATAGCCTCR ACATTATCACAAGACACCAGC SEQ ID NO.：155SEQ ID NO.：156
RM96 F TCGCAAAAAGTTGGACAAGACTR TTAGCAGGGTGCCTGACACTT SEQ ID NO.：137SEQ ID NO.：158
INRA131 F GGTAAAATCCTGCAAAACACAGR TGACTGTATAGACTGAAGCAAC SEQ ID NO.：159SEQ ID NO.：160
BM7169 F TGGTATGTAGTTACAGCAGCCCR CCATTGAAACAGACATGAATGC SEQ ID NO：161SEQ ID NO.：162
BMS1716 F GTGGGTTGGAGAGGTACAAGR AGAAATGGCCTTGAGAAAGAG SEQ ID NO.：163SEQ ID NO.：164
BM6445 F GTGTCTGTCAAAAGATGAATGGR GACAACTGCTTCTCGTTGGG SEQ ID NO.：165SEQ ID NO.：166
CD8B F GAAGTTGACTGTGCATGGAAATCCR GGCAGGCTTCACATTTTGGA SEQ ID NO.：167SEQ ID NO.：168
MB110 F ACACATACACACACACGCACAR TGGCTGCTCAAAAAATAGCA SEQ ID NO.：169SEQ ID NO.：170
MS2177 F TTTGAAGGAGTAAGCACTCTGTR CAGACACAACTGAAGCAACTC SEQ ID NO.：171SEQ ID NO.：172
HELMTT44 F CACTTAGCCACCTGAAATAGATR AGCAACTGCCACTTCACTTC SEQ ID NO.：173SEQ ID NO.：174
DIK5170 F TTTGGACTTGCCAAACCTCR TCAGAGCAACAGAACTAATAAGA SEQ ID NO.：175SEQ ID NO.：176
RM150 F GAACAGTGGTTACCTGTCTGTCR CTGCCTAACCTTCCTGGCGTC SEQ ID NO.：177SEQ ID NO.：178
TGLA58 F TTCTACTCTCCAGCCTCCTCCR GTTGGCTCCAAGAGCAAGTC SEQ ID NO.：179SEQ ID NO.：180
TGLA340 F CAGGCCTTCACCAACAGTTCACTGAR GATTCCACAGTGCCAGACCCAAGCC SEQ ID NO.：181SEQ ID NO.：182
BM8118 F TCCTACTTTTGCATTCCAGTCCR ACCACTAAAGTCAAAGAAGCCG SEQ ID NO.：183SEQ ID NO.：184
BMS2047 F ACTATGGACATTTGGGGCAGR AGTAGGTGGAGATCAAGGATGC SEQ ID NO.：185SEQ ID NO.：186
BMS1048 F GTTTGATACTATGTCCCTTTGTGTG SEQ ID NO.：187
 
R GAGTAGCTGCCCCTGTTCTC SEQ ID NO.：188
BMS989 F TTTGAGAACTTTTGTTTCTGAGCR TTATTTTGCTTTTCTGATTTTGTG SEQ ID NO.：189SEQ ID NO.：190
BM3501 F CCAACGGGTTAAAAGCACTGR TTCCTGTTCCTTCCTCATCTG SEQ ID NO.：191SEQ ID NO.：192
标记和图谱
对本研究的BTA9来说，从肉畜研究中心网站(www.marc.usda.gov/genome/genome.html)选择45个微卫星标记。由于BTA9与HSA6q直向同源，所以沿着HSA6q选择28个公布的基因和EST(Ctgf、Vip、Vil2、Rgs17、Ros1、Slc16a10、Oprm、igf2r、Esr1、Deadc1、Pex3、C6orf93、Ifngr1、Shprh、Epm2a、AK094944、AK094379、Utrn、Tnf、plg、arid1b、lama4、hivep2、C6orf055、CITED2、RP1-172K10、AIG1和GRM)用于SNPs和微卫星筛选。也在全家系确定了本研究中鉴定的8个新微卫星标记和29个SNP的基因型，以通过连锁分析制作BTA9的致密图谱。
在本研究中，从BTA11的连锁图谱的总共37个标记中，从肉畜研究中心网站(http://www.marc.usda.gov/genome/cattle/cattle.html)选择30个微卫星标记。
辐射杂交(RH)面板信息
从牛序列设计特异的引物，以对基因和包括MARC微卫星的微卫星作图。沿着染色体9，在牛RH面板上使用了总共120多个标记。65个基因和34个微卫星显示了在牛DNA上成功的扩增了具有合适大小的带和在仓鼠上没有扩增。它们定型在3000辐射面板Roslin/Cambridge牛RH面板上(Williamsetal.2002)。在总体积位为20μl含有25ng的RH细胞系DNA、0.5μM的各引物、200μM的dNTPs、3mM的MgCl2和0.5U的Taq聚合酶(BIOLine)中进行PCR扩增。反应条件是递降的，开始为94℃ 3分钟，接着为40循环的93℃ 30秒、65-45℃递降30秒、每循环降低0.5℃和72℃1分钟，最后的延伸步骤为72℃ 5分钟。电泳PCR反应物：10μl的PCR产物加载到溴化乙锭染色的微凝胶上(2.5％的琼脂糖)上并通过两个独立的观察者对扩增子的存在或不存在得分。当来自重复的型之间或不同观察者的得分之间有严重的偏差时，重复PCR反应和凝胶电泳。当几个杂交的结果仍然模糊时，弃去标记物。
通过使用针对标记的RHMAPPER(Soderlund等人，1998)，用以前已经被定型在牛WGRH面板上的标记，进行两点连锁分析，将标记分配到牛染色体上(Williams等人，2002)。接着用Williams等人(2002)所述的Carthegene软件(Schiex.，2002)构建RH图。在牛染色体9上，我们具有含150个标记的辐射杂交图的信息。
用CRIMAP 2.4软件(Green等人，1990)估计标记顺序和图距。为了构建我们的连锁图谱，我们首先根据MARC图顺序放置微卫星标记标记，接着运行CRIMAP的BUILD选项以放置剩余的标记，新的微卫星和SNP标记已经插在具有最高似然的位置。
MARC(www.marc.usda.gov/genome/genome.html)、Ensembl(http://www.ensembl.org/Bos_taurus/index.html)和辐射杂交(RH)信息已经被考虑在内，以重新考虑标记的放置。使用的根据本发明的BTA9的QTL图谱的最终连锁图包括表51所列的59个标记。
使用的根据本发明的BTA11的QTL图谱的最终连锁图包括表52所列的37个标记。
以下表格显示了用于相关QTL的标记。关于标记的任何附加信息可以在http://www.marc.usda.gov/′、http://www.ensembl.org/Bos_taurus/index.html和′http://www.ncbi.nih.govl′中获得。
表51
 
BTA9上的标记 分析中使用的位置(cM) 相对位置：(cM)http://www.marc.usda.gov/
BMS2151 0 4.892
ETH225 7.4 12.754
BM2504 25.3 30.92
DIK2892 25.35 30.92
DIK3002 32.7 36.542
DIK3003 32.75 36.542
RM216 32.8 37.087
BMS817 36.6 42.489
BMS555 37.4 43.818
lama4* 37.6 -
DIK 5142 37.75 43.818
slc16a10* 37.78 -
 
DIK4 268 37.81 45.152
DIK 4950 37.84 45.152
CSSM025 37.87 45.739
DIK 2810 37.9 45.739
DIK 5364 38.2 45.739
DIK 2741 39.75 49.659
TGLA261 39.8 49.659
ILSTS013* 39.85 -
UWCA9 39.9 49.996
BMS1148 39.95 50.923
DIK 4912 42.45 51.855
DIK 5130 42.5 52.296
DIK 2303 42.55 52.352
DIK 4720 43.3 53.966
BM4204 45.1 55.414
DIK4926 47.6 57.088
BMS1909 49.8 59.516
BMS1290 53.8 64.935
TGLA73 63.3 77.554
BMS2753 65.4 79.249
TNF* 65.45 -
BMS1724 67.15 80.265
DIK 2145 67.2 80.265
BM7209 67.6 81.569
SLU2 68.8 -
C6orf93* 69.35 -
DIK 4986 69.4 84.258
Mm12e6* 69.45 84.258
PEX3* 69.5 -
DEAOC1 69.5 -
BMS2251 71.3 86.58
EPM2A* 72.1 -
BM7234 72.3 88.136
BM4208 73.9 90.69
BMS2819 73.95 90.98
INRA144 74.2 90.98
INRA084 74.5 90.98
rgs17* 79.8 -
ESR1* 79.85 -
BMS2295 82.2 98.646
BM3215 83.2 101.647
bvi1203* 86.5 -
Aridlb* 86.6 -
Pig* 89.4 -
 
tgfsnp123* 89.45 -
BMS1943 92.5 103.708
BMS1967 97.7 109.287
*这些标记没有在BTA9的MARC标记图上列出。
表52
 
BTA11上的标记 分析中使用的位置(cM) 相对位置：(cM)http://www.marc.usda.gov/
HELMTT43 0.0 2.249
ZAP70* 5.4 -
MAP4K4* 10.5 -
IL18RA* 12.3 -
MNB-40 16.0 19.440
AUP1* 17.6 -
BM716 17.9 19.440
DIK2653 18.1 20.135
BMS2569 18.3 21.082
BMS2325 18.5 21.082
BMS1953 18.8 21.537
DIK4637 19.4 22.527
UMBTL103 21.8 23.829
BP38 22.6 24.617
MNB-70 22.8 24.617
BM2818 26.5 30.009
BM304 30.0 33.597
INRA177 32.5 35.098
UMBTL20 32.7 34.802
RM96* 38.0 -
INRA131 43.6 47.289
BM7169 46.8 50.312
BMS1716 50.2 54.581
BM6445 55.1 61.570
CD8B* 56.9 -
MB110 59.6 68.679
MS2177 61.0 69.415
HELMTT44* 61.2 -
DIK5170 61.4 70.143
RM150 61.8 70.143
TGLA58 63.1 73.136
TGLA340 65.8 75.208
BM8118 67.2 77.063
BMS2047 68.8 78457
BMS1048 69.5 81.065
BMS989 78.9 92.179
BM3501 85.2 97.223
*这些标记没有在BTA11的MARC标记图上列出。
表型数据
对公牛的女儿的***炎抗性和SCS打分。用单性状最佳线性无偏预测(BLUP)动物模型，忽略家族结构计算儿子的性状的估计育种值(EBV)。这些EBV用于QTL分析。用于单个性状的所述女儿登记是：
丹麦牛中的临床***炎：在第一次生小牛的前5天到后50天时间治疗的临床***炎病例。
瑞典和芬兰牛中的临床***炎：在第一次生小牛的前7天到后150天时间的治疗的临床***炎病例。
丹麦牛中的SCS：在第一次生小牛后10-180天时间的平均SCS。
瑞典牛中的SCS：在第一次生小牛后10-150天时间的平均SCS。
芬兰牛中的SCS：在第一次生小牛后10-305天时间的平均SCS。
实施例1
BTA9
统计分析
下述的一些统计方法被用于确定与***炎以及由此的***炎抗性相关或相连的遗传标记。
QTL分析
通过将家族的遗传标记定型到染色体区域，连锁分析(LA)被用于鉴定QTL，所述染色体区域与系谱内的疾病或性状值相关，其比概率期望要高。这样的连锁区域更可能含有因果遗传变异体。用系列模型分析数据。最初，在家族内分析对所有性状使用多点回归方法的单个性状模型。用方差分量方法分析家族内具有显著效应的染色体，以证实跨家族中发现的QTL和QTL的表征。
回归分析
用EM算法估计标记处的群等位基因频率。随后假定等位基因频率是已知的，且没有误差。基于子代的标记类型确定雄畜的阶段。随后假定该阶段是已知的，且没有误差。用来自染色体上的所有标记的信息同时使用Haldane的作图函数(Haldane，1919)计算各个图谱位置的分离概率。将表型回归到分离概率上。用置换试验计算显著性阀值(Churchill和Doerge，1994)。
方差分量方法
用方差分量(VC)基方法进行全家族连锁分析(
Figure A200780012010D0054105214QIETU
等人，2003)。在用VC的LA中，在任何两个建立者单倍型(Hs和Hm)之间的QTL等位基因之间的血缘同一(IBD)概率被假定为零，即建立者单倍型是不相关的(Meuwissen等人2002)。公畜单倍型和儿子的父本遗传的单倍型被用于计算继承来自公畜的父本或母本的QTL等位基因的概率(Freyer等人2004)，并用递归算法计算IBD矩阵(Wang等人，1995)。在沿着染色体的每个矩阵分类的中点计算IBD矩阵，其被用于随后的方差分量估计方法中。QTL解释的总的加性遗传方差分数估计为2σ2 h/(2σ2 h+σ2 u)，其中σ2 h和σ2 u分别对应于与单倍型效应和加性多基因效应相关的方差分量。
方差分量分析。单一性状的单一QTL分析。
每个性状用连锁分析单独分析。全模型可以表达为：
y＝Xβ+Zu+Wq+e，                  (1)
其中y是n个EBV的向量，X是已知的设计矩阵，β是未知的固定效应的向量，其在这种情况下仅仅是这个意思，Z是涉及个体的矩阵，u是加性多基因效应的向量，W是涉及各个体记录与其未知的加性QTL效应的已知矩阵，q是未知的个体加性QTL效应的向量，e是残数向量。随机变量u、q和e被假定为多元正态分布的和相互独立的(Lund等人2003)。
多性状多QTL分析
进行多性状分析。模型(1)可以延伸到多性状QTL模型，如根据Lund等人，2003所述的模型(2)。
用下面的具有nq QTL的线性混合模型将性状模型化。
y = μ + Za + Σ i = 1 n q Wh i + e , - - - ( 2 )
其中y是观察n个儿子的t性状记录的向量，μ是所有性状平均数的向量，Z和W是连接每个儿子的观察值与其多基因和QTL效应的已知矩阵，a是公畜及其儿子的多基因效应的向量，hi是对i′th QTL的公畜及其儿子的QTL单倍性效应，e是残数的向量。随机变量a、hi和e被假定为多元正态分布(MVN)的并相互不相关。具体地说，a是MVN
Figure A200780012010D00551
hi是MVN
Figure A200780012010D00552
Figure A200780012010D00553
和e是MVN
Figure A200780012010D00554
矩阵G、K和E包括由于多基因效应、QTL效应和残效导致的性状的方差和协方差。符号
Figure A200780012010D00555
代表Kronecker乘积。A是加性关系矩阵，其描述多基因效应内的协方差结构，IBDi是血缘同一(IBD)矩阵，其描述包括对i′th QTL的效应内的协方差结构，I是单位矩阵。
结合的连锁和连锁不平衡分析
在结合的连锁和连锁不平衡分析中，用Meuwissen和Goddard(2001)所述的方法计算在任何两个建立者单倍型的QTL等位基因之间的IBD概率。该方法基于聚结理论(Hudson，1985)，估计在推定的QTL条件下在两侧标记的状态一致(IBS)的情形下，两个单倍型为IBD的概率。简而言之，在QTL的IBD的概率是基于围绕等位基因的标记单倍型的相似性的，所述等位基因围绕所述位置：即在该位置附近的许多(非)相同的标记等位基因暗示在图谱位置的高(低)的IBD概率。实际的IBD概率水平受到有效群的大小Ne的影响。假定单倍型具有共有的标记等位基因，计算几代之前在当代碱基和任意碱基代之间聚结的概率，Tg(Hudson，1985)。从观察数据不容易估计Tg和Ne。模拟研究表明QTL位置的估计对Ne和Tg的选择相对不敏感(Meuwissen和Goddard，2000)。因此，我们使用值Tg＝100和Ne＝100。考虑用10标记窗计算IBD概率。我们也使用4标记窗计算在LDLA峰区域的IBD概率，以检测是否4标记足以再现已经通过10标记单倍型鉴定的峰。建立者单倍型被分为功能不同的群。我们用(1-IBDij)作为距离测量，并用层次聚类算法平均连锁产生有根树状图，其代表在所有建立者单倍型之间的遗传关系。从根向下扫描树，切割去树枝直到节点，这样所有的聚结单倍型具有距离测量(1-IBDij)<Tc。群被定义为聚结为共同节点的单倍型组。群内的单倍型被假定为携带相同的QTL等位基因(IBD概率＝1.0)，而来自不同的群的单倍型携带不同的QTL等位基因，并因此被认为是独立的(IBD概率＝0)。因此，对应于连锁不平衡信息的IBD矩阵的上部分是对应于不同的建立者单倍型的单位矩阵。用递归算法建立对应于儿子的亲代单倍型连锁信息的IBD矩阵的下部分(Wang等人，1995)。在每个标记区间的中点计算IBD矩阵，并将其用于随后的方差分量估计程序中。
参数估计
用平均信息约束最大似然算法估计方差分量(Jensen等人，1997)。关于与模型中的随机效应相关的方差分量进行最大化约束似然。在一组特定位置上最大化约束似然序列产生了QTL位置的约束似然曲线(
Figure A200780012010D0054105214QIETU
等人，2003)。在沿着染色体的每个标记分类的中点估计参数。
显著性水平
用快速方法计算方差分量分析的显著阀值，以计算控制基因组水平类型I误差的大概阀值水平(Piepho，2001)。对QTL存在的假设检验是基于似然比检验(LRT)统计量的渐近分布的，LRT＝-21n(L简化-L全)，其中L简化和L全分别是在简化模型和全模型下的最大的似然。简化模型总是排除所分析的染色体的QTL效应。该方法是置换程序的替代，适用于复杂的情况。它需要来自沿着染色体的每个假定QTL位置的LRT、染色体数、LRT的自由度(df)(df＝H全的参数的个数-H简化的参数的个数)和染色体水平的I型误差率。5％染色体水平的显著性水平被认为是显著的。
BTA9结果
在表53中，提供了对BTA9的回归分析的结果。图1到8给出了回归分析的QTL图。方差分量方法被用于跨家族QTL分析的QTL。图9到16显示在基于方差分量的方法中QTL的LD、LDLA和LD曲线。图17到20显示单倍性效应。
丹麦红牛
家族内回归分析显示对CM和SCS的QTL在DR品种的两个家族是分离的。两个性状的QTL不位于相同的区间。在使用VC方法的跨家族连锁分析中，QTL效应是不显著的。用LDLA和LD分析，观察到高的QTL峰在标记BMS2819和INRA144之间的74.08cM。在LD分析中的峰LRT(13.6)比在结合的LDLA分析中观察的峰LRT(8.51)高。该QTL分别解释了44％和22％的CM的加性遗传方差和表型方差。在默认情况下，10标记单倍型(5个标记在假定位置的各侧)被用于估计位置的IBD概率。我们也用4标记单倍型即2个标记在假定位置的各侧，并观察了这些4标记单倍型(BM4208-BMS2819-INRA144-INRA084)内的相似LDLA/LD峰。在该品种中的这些4标记分类中也观察到了SCS的LDLA结合峰。具有IBD概率0.90或以上的母畜单倍型被聚类到一起。在聚类前DR有305个建立者单倍型，聚类后减少到54个群。五个群具有大于5％的频率，并且最大的群具有10％的频率，五个公畜单倍型也被聚类到最大的群中。估计了对这54个单倍型和从公畜接收的单倍型的单倍型效应。鉴定了与高的和低的***炎抗性关联的单倍型。
芬兰艾尔郡牛
当在芬兰艾尔郡牛家族内进行家族内回归分析时，发现影响CM和SCS的QTL是分离的。CM的QTL位于58到79cM的区间内。影响SCS的QTL位于32到44cM之间，峰LRT统计量在37cM。在观察到LA曲线上的CMQTL的LDLA结合峰在标记BM4208-BMS2819-INRA144内。在相同的区域也观察到CM的LD峰。在LA曲线上在标记DIK2810和DIK5364之间的38cM观察到SCs的一个LDLA峰。在74cM的QTL解释了CM中的4％的总方差，该QTL显示对FA中的SCS没有影响。在38cM的QTL解释了SCS中的18％的总方差，其对CM具有很小的作用。在CM的最高LDLA峰，即在标记BM4208和BMS2819之间的中间区间中，当使用0.90的聚类概率时，442个建立者单倍型被归类到38个群中。有9个具有高于5％的频率的群。最大的群具有14％的频率。鉴定了与高和低***炎抗性相关的单倍型。
瑞典红白花牛
类似于DR和FA牛，当进行家族内回归分析时，也观察到影响CM和SCS的QTL在瑞典红白花牛的BTA9上分离。CM和SCS的QTL位于相同的区间。在跨家族LA分析中，CM QTL是显著的(P<0.01)。在跨家族LA分析中，SCS QTL是不显著的。SCS的峰LRT在73cM。在跨家族LA分析中，CM QTL的峰检验统计量在67.4cM，其中QTL区间在59和81cM之间。尽管LRT统计量在跨家族LA分析中是高度显著的，但对SRB牛中的该QTL，在LA曲线中没有观察到LDLA峰。在LA分析中的峰LRT统计量位置，QTL方差是CM性状总方差的25％。对DR和FA品种的CM QTL的LDLA峰落入在SRB观察到的LA曲线中。尽管对CM在SRB数据中没有观察到LDLA峰，但是标记区间中有一些SRB中的聚类，DR和FA中的峰位于所述标记区间。例如，在BM4208-BMS2819之间的中间区间中，其中最高的LDLA峰位于FA，并且在临近区间的DR峰(BMS2819-INRA144)中，分别有SRB的400个总建立者单倍型中的37个和48个群。
丹麦荷尔斯坦牛
在家族内回归分析中，影响CM和SCS的QTL在显示的丹麦荷尔斯坦牛中也是分离的。在用VC方法进行的跨家族LA分析中，CM QTL是显著的(P<0.01)。虽然在LV曲线中观察到小的LDLA峰，但是对DH中的QTL没有观察到令人信服的LD峰。在LA中对CM QTL的最高的LRT统计量在42.9cM，LRT统计量为10.6，并且QTL区间分布很大，从29伸展到51cM。CM QTL的一个小的LD峰与在DR和FA群中在74cM观察的LD峰一致。SCC QTL在48.7cM具有峰检验统计量，具有44和58cM区间。由在各自的LA中占据最高峰的QTL解释的部分总方差分别是对CM和SCS的27和17％。对CM的最高的LD峰在73.35cM，其为观察DR的高LD峰的区域。在DH没有观察到SCS的LD峰。
跨品种分析
品种内LA、LDLA和LD分析显示影响CM的QTL在一个以上群中的大约74cM处分离。因此，结合研究中的全部不同品种的数据进行跨品种QTL分析。跨品种QTL分析的结果示于表20、21和22。当进行品种内分析时，DR和FA牛中对CM QTL的LDLA峰位于临近的标记区间中。当分析DR和FA的结合数据时，观察到标记分类(BMS2819-INRA144)中高的CM的LDLA峰，并且其也与LD峰一致。FA和SRB数据的结合分析没有给出任何更高的LA曲线中的LDLA峰，然而，在74cM的同样的标记区间中观察到LD峰。结合DR、FA和SRB的数据的分析也给出了在相同区域即BM4208-BMS2819-INRA144的LA上的更高的LDLA峰。LD峰也在相同的位置，这验证了在LA上的更高的LDLA峰。DR和FA的联合分析显示在标记DIK2810和DIK5364之间的38cM的SCS QTL高LDLA峰。在FA和SRB的结合分析中也观察到了对SCS QTL的相同位置的LDLA峰。然而，当DR、FA和SRB在一起分析时，这个LDLA峰消失。
多性状分析
SCS是***炎抗性的指示性状。期望的是，与CM有关的许多基因也对SCS产生影响。因此，进行CM和SCS的多性状分析以检验BTA9上分离的QTL是否对所述两个性状具有多效作用，或者它们是否是连锁的QTL。虽然DR数据的单性状LDLA分析显示了在相同标记区间即在BMS2819和INRA144之间的CM和SCS的LDLA峰，但是2性状的结合分析给出了标记SLU2和C6orf93之间的在69.1cM处的LDLA峰。在品种内分析中，FA、SR不显示具有影响CM和SCS的QTL的模型的LDLA峰。然而，当三个品种DR、FA和SRB结合并用2性状模型分析时，在标记区间INRA144和INRA084中观察到具有LRT统计量19.7的LDLA峰。
单倍型分析
上述的QTL精细作图结果指出了在4标记区，BM4208-BMS2819-INRA144-INRA084内的对CM的QTL分离。因此研究了在标记BMS2819和INRA144之间的中点的建立者单倍型聚类和单倍型效应。该研究在品种内进行，也在全部三个品种DR、FA和SRB间进行，因为这三个品种它们的起源相关。鉴定了与高和低的***炎抗性相关的单倍型。
表53 使用回归区间分析的家族连锁分析
Figure A200780012010D00591
Figure A200780012010D00601
表54.
用方差分量方法进行的全家族连锁分析(LA)的汇总
Figure A200780012010D00611
表55.
使用方差分量方法进行的连锁不平衡和连锁分析(LDLA)的汇总
Figure A200780012010D00612
表56.
使用方差分量方法进行的全家族连锁不平衡(LD)的汇总
Figure A200780012010D00613
实施例2
BTA11
统计分析
下述的一些统计方法被用于确定与***炎以及由此的***炎抗性相关或相连的遗传标记。
QTL分析
通过将家族的遗传标记定型到染色体区域，连锁分析(LA)被用于鉴定QTL，所述染色体区域与系谱内的疾病或性状值相关，其比概率期望要高。这样的连锁区域更可能含有因果遗传变异体。用系列模型分析数据。使用了三个互补方法：(i)通过基于回归的方法用GDQTL软件(B.Guldbrandsten，2005 personal communication)进行的半同胞家系分析(Haley和Knott，1992)；(ii)用方差分量方法进行的跨家族连锁分析，和(iii)用方差分量方法进行的结合的连锁不平衡连锁分析(LDLA)。每个家族用GDQTL单个分析，以确定公畜的每个性状的QTL分离状况。置换检验(n＝10,000)被用于确定每个公畜的染色体水平的显著性水平(Churchill和Doerge，1994)。下一步是使用基于方差分量的方法进行的跨家族连锁分析(
Figure A200780012010D0054105214QIETU
等人，2003)，其结合来自对QTL分离的家族的数据集，而不管性状和QTL位置。用Piepho(2001)提出的方法计算阀值。第三步是结合的LDLA分析(Lund等人，2003)，其包括所有的分离和不分离的家族。分析多性状和多QTL模型以从连锁的QTL分离多效的QTL。当在一个以上的品种中的BTA11的相同区域观察到QTL分离时，结合全品种数据进行LDLA分析。
方差分量方法
用方差分量(VC)基方法进行全家族连锁分析(
Figure A200780012010D0054105214QIETU
等人，2003)。在用VC的LA中，在任何两个建立者单倍型(Hs和Hm)的QTL等位基因之间的血缘同一(IBD)概率被假定为零，即建立者单倍型是不相关的(Meuwissen等人2002)。公畜单倍型和儿子的父本遗传的单倍型被用于计算继承来自公畜的父本或母本的QTL等位基因的概率(Freyer等人2004)，并用递归算法计算IBD矩阵(Wang等人，1995)。在沿着染色体的每个矩阵分类的中点计算IBD矩阵，其被用于随后的方差分量估计方法中。由QTL解释的总的加性遗传方差部分估计为2σ2 h/(2σ2 h+σ2 u)其中σ2 h和σ2 u分别对应于与单倍型效应和加性多基因效应相关的方差分量。
方差分量分析单一性状的单一QTL分析。
每个性状用连锁分析单独分析。全模型可以表达为：
y＝Xβ+Zu+Wq+e，                 (1)
其中y是n个EBV的向量，X是已知的设计矩阵，β是未知的固定效应的向量，其在这种情况下仅仅是这个意思，Z是涉及个体的矩阵，u是加性多基因效应的向量，W是涉及各个体的记录与其未知的加性QTL效应的已知矩阵，q是个体的未知的加性QTL效应的向量，e是残数向量。随机变量u、q和e被假定为多元正态分布的和相互独立的(Lund等人2003)。
多性状多QTL分析
进行多性状分析。模型(1)可以延伸到多性状QTL模型，如根据Lund等人，2003所述的模型(2)。
用下面的具有nqQTL的线性混合模型将性状模型化。
y = &mu; + Za + &Sigma; i = 1 n q Wh i + e , - - - ( 2 )
其中y是t性状记录的n个儿子的观察的向量，μ是所有性状平均数的向量，Z和W是连接每个儿子的观察值与其多基因和QTL效应的已知矩阵，a是公畜及其儿子的多基因效应的向量，hi是公畜及其儿子的对i′th QTL的单倍性效应，e是残数的向量。随机变量a、hi和e被认为多元正态分布(MVN)的并相互不相关。具体地说，a是MVN
Figure A200780012010D00632
hi是MVN
Figure A200780012010D00633
和e是MVN
Figure A200780012010D00634
矩阵G、K和E包括性状内的方差和协方差，所述性状是由于多基因效应、QTL效应和残效导致的。符号
Figure A200780012010D00635
代表Kronecker乘积。A是加性关系矩阵，其描述多基因效应内的协方差结构，IBDi是血缘同一(IBD)矩阵，其描述对i′th QTL的效应内的协方差结构，I是单位矩阵。
回归分析
用EM算法估计标记处的群等位基因频率。随后假定等位基因频率是已知的，且没有误差。基于子代的标记类型确定公畜阶段。随后假定该阶段是已知的，且没有误差。用来自染色体上的所有标记的信息同时使用Haldane的作图函数(Haldane，1919)计算各个图谱位置的分离概率。将表型回归到分离概率上。用置换试验计算显著性阀值(Churchill和Doerge，1994)。
参数估计
用平均信息约束最大似然算法估计方差分量(Jensen等人，1997)。关于与模型中的随机效应相关的方差分量进行最大化约束似然。在一群具***置上最大化约束似然序列产生了QTL位置的约束似然曲线(
Figure A200780012010D0054105214QIETU
等人，2003)。在沿着染色体的每个标记分类的中点估计参数。QTL解释的总的加性遗传方差分数估计为2σ2 h/(2σ2 h+σ2 u)，其中σ2 h和σ2 u分别对应于与单倍型效应和加性多基因效应相关的方差分量。
IBD概率估计
连锁分析：在任何两个建立者单倍型(Hs和Hm)的QTL等位基因之间的IBD概率被假定为零，即建立者单倍型是不相关的(Meuwissen等人2002)。公畜单倍型和儿子的父本遗传的单倍型被用于计算继承来自公畜的父本或母本的QTL等位基因的概率，并用递归算法计算IBD矩阵(Wang等人，1995)。在沿着染色体的每2cM区间计算IBD矩阵，其被用于随后的方差分量估计方法中。
结合的连锁和连锁不平衡分析
在结合的连锁和连锁不平衡分析中，用Meuwissen和Goddard(2001)所述的方法计算在任何两个建立者单倍型的QTL等位基因之间的IBD概率。该方法基于聚结理论(Hudson，1985)，在推定的QTL条件下，在两侧标记的状态一致(IBS)的情形下估计两个单倍型为IBD的概率。简而言之，在QTL的IBD的概率是基于围绕等位基因的标记单倍型的相似性的基础上，所述等位基因围绕位置：即在该位置附近的许多(非)相同的标记等位基因暗示在图谱位置的高(低)的IBD概率。实际的IBD概率水平受到有效群的大小Ne的影响。假定单倍型具有共有的标记等位基因，计算几代之前在当代碱基和任意碱基代之间聚结的概率，Tg(Hudson，1985)。从观察数据不容易估计Tg和Ne。模拟研究表明QTL位置的估计对Ne和Tg的选择相对不敏感(Meuwissen和Goddard，2000)。因此，我们使用值Tg＝100和Ne＝100。考虑同10标记窗计算IBD概率。我们也使用不同的标记窗例如6标记、4标记等计算在LDLA峰区域的IBD概率，以检测更少的标记是否足以解释通过10标记单倍型检测的QTL方差。建立者单倍型被分为不同的群。我们用(1-IBDij)作为距离测量，并用层次聚类算法平均连锁产生有根树状图，其代表在所有建立者单倍型之间的遗传关系。从根向下扫描树，切割去树枝直到节点，这样所有的聚结单倍型具有距离测量(1-IBDij)<Tc。群定义为聚结为共同节点的单倍型组。群内的单倍型被认为为携带相同的QTL等位基因(IBD概率＝1.0)，而来自不同群的单倍型携带不同的QTL等位基因，并因此被认为是独立的(IBD概率＝0)。因此，对应于连锁不平衡信息的IBD矩阵的上部分是对应于不同的建立者单倍型的单位矩阵。用递归算法建立对应于儿子的父代单倍型连锁信息的IBD矩阵的下部分(Wang等人，1995)。在各标记中点的区间计算IBD矩阵，并将其用于随后的方差分量估计程序中。
显著性水平
用快速方法计算方差分量分析的显著性阀值，以计算控制基因组水平类型I误差的大概阀值水平(Piepho，2001)。对存在QTL的假设检验是基于似然比检验(LRT)统计量的渐近分布的基础上，LRT＝-21n(L简化-L全)，其中L简化和L全分别是在简化模型和全模型下的最大的似然。简化模型总是排除所分析的染色体的QTL效应。该方法是置换程序的替代，适用于复杂的情况。它需要来自沿着染色体的各假定QTL位置的LRT、染色体数、LRT的自由度(df)(df＝H全的参数的个数-H简化的参数的个数)和染色体水平的I型误差率。5％染色体水平的显著性水平被认为是显著的。
BTA11结果
表57显示了来自BTA11的回归分析的结果。采用方差分量方法的LA分析结果示于表58中；LDLA结果示于表59中，LD分析结果示于表60中。图21(FA)、图23(SRB)和图25(结合红)示出了对临床***炎性状进行的回归分析的QTL曲线；图22(FA)、图24(SRB)和图26(结合红)示出了对体细胞数性状的QTL曲线。方差分量方法被用于检测跨家族QTL分析的QTL。在使用对临床***炎的LA、LDLA和LD的基于方差分量的方法获得的QTL曲线示于图27(FA)、图28(具有对IBD的4标记窗的FA)和图31(结合红)。对性状SCS的LA、LDLA和LD分析中的QTL曲线示于图29(FA)、图30(SRB)和图32(结合红)中。大群对临床***炎性状在具有4标记单倍型的芬兰艾尔郡牛中最高LDLA峰的影响示于图33。
芬兰艾尔郡牛
采用回归分析进行的对BTA11的所有八个芬兰艾尔郡牛(FA)半同胞家系的分析获得在5％水平显著的2个QTL。影响临床***炎的QTL位于11.3cM，影响体细胞数的QTL位于64.1cM。一个家族对***炎QTL是显著的，而其它两个家族达到显著阀值。这三个家族中的QTL区间是重叠的，尽管延伸巨大的区域。两个芬兰艾尔郡牛对SCS QTL是显著的，这两个家族中QTL的位置间距6cM。采用方差分量方法进行的跨家族连锁分析在14.2cM具有最高的似然比检验统计量(LRT)5.74。当进行结合连锁不平衡和连锁分析(LDLA)时，在16.8cM具有明显的QTL峰，在标记MNB-40和AUP1之间其LRT＝11.82。尽管对临床***炎的LD分析的最高LRT在标记DIK4637和UMBTL103之间的20.6cM，但是也有LD(LRT＝3.18)在MNB-40和AUP1之间的证据。由在最高的LDLA峰的QTL解释的部分临床***炎方差是总方差的15％。在默认情况下10标记窗被用于估计IBD概率。用4标记窗(图28)重复LDLA分析。在标记AUP1和BM716之间的17.8cM观察到明显的QTL峰(LRT＝9.7)。在该4标记之间的该区间是2.1cM。两个芬兰艾尔郡牛公畜家族对在区域55到70cM的SCS QTL是分离的。在包括所有FA家族的多重回归分析中，最可能的QTL位置是64.1cM。用方差分量的LA分析在62.8cM具有最高的LRT(6.6)。QTL区间很宽。由于在该区域中没有观察到LD，所以LDLA分析不能缩小QTL区间。多效QTL模型，即影响BTA11上的临床***炎性状和SCS的QTL没有聚合。两个连锁的QTL模型其临床***炎QTL位于14.2cM，SCS QTL位于61.6cM，並具有LRT16.62。因此，可得出2QTL在BTA11上是分离的，每个影响一个性状。
瑞典红白花牛
跨瑞典红白花牛(SRB)家族的多点回归分析显示影响SCS的QTL在BTA11上是分离的并且QTL的最可能的位置是61.2cM。对QTL来说，两个家族是显著的。这两个家族中的QTL的位置相距20cM(59.8和40.4cM)。当用方差分量方法在SRB中进行跨家族连锁分析时，对SCS的QTL区间是很大的。LDLA分析不能使QTL区间变小，因为在QTL区间内缺少足够的LD。运行2-QTL模型以检测是否有影响位于30到70cM区域之间的SCS的两个连锁的QTL。影响SCS的在61.2cM的QTL是固定的，并且扫描该区域以观察另一个影响SCS的QTL。然而，在该区域没有发现影响SCS的第二个QTL的显示。该QTL对SRB牛的***炎抗性没有多效效应。
跨品种分析
瑞典红白花牛品种与北欧艾尔郡牛品种紧密相关(Holmberg和Andersson-Eklund，2004)。观察到在BTA11上影响SCS的QTL在FA(62.8cM)和SRB(61.4cM)上是分离的。因此，结合来自这两个品种的数据用于BTA11上的QTL精细作图。观察到一个丹麦红牛(DR)家族的BTA11上的临床***炎的QTL在56.0cM和SCS的QTL在66.9cM分离。丹麦红牛也与FA和SRB历史相关。因此，13个FA和SRB家族被包括在DR家族用于进行BTA11的联合分析。用方差分量进行的临床***炎性状跨家族连锁分析在14.2cM具有最高的LRT(4.72)。联合红牛数据分析比FA内分析具有更低的LA峰的原因是由于包括SRB和DR家族，对QTL来说，它们在BTA11的近端没有分离。红牛结合数据的LDLA峰在16.8cM(LRT＝10.1)。虽然在红牛数据中有在18.2cM的LD的最高的显示，但是有LD在标记MNB-40和AUP1之间具有最高LDLA峰(LRT＝3.8)的显示。
在结合红牛的数据分析中影响SCS的QTL具有大的区间(20cM)。用方差分量进行的连锁分析中的LRT在62.4cM处是14.6。最高的LDLA峰是在标记MS2177和HELMTT44之间的61.4cM。LDLA分析比LA分析具有更低的LRT的原因是由于在SCS QTL区间内缺少LD。虽然从家族内和跨家族连锁分析(回归和采用方差分量)在BTA11上有SCS QTL分离的强烈的显示，但是QTL位置的缩小是不可能的，因为QTL区间内缺乏LD。
单倍型效应的估计
用4标记窗的LDLA分析将临床***炎QTL定位在标记AUP1和BM716之间的17.8cM。FA、SRB和一个DR家族的联合分析表明在该位置的QTL信息主要来自芬兰艾尔郡牛。因此，只在芬兰艾尔郡牛上研究了在标记AUP1和BM716之间的中点的群及其影响。在该位置340个建立者单倍型被聚结为63个群。有八个具有频率高于5％的群，并且最大的群具有9.7％的频率。一个具有32个单倍型的包括两个祖公畜单倍型的群具有-0.13的表型的标准偏差估计效应。
在BTA11对临床***炎性状和SCS进行的QTL精细作图证实了影响临床***炎的一个QTL在芬兰艾尔郡牛中是分离的，和影响SCS的一个QTL在芬兰艾尔郡牛和瑞典红白花牛中是都分离的。LDLA分析将临床***炎精细作图到2.1cM的区间。影响BTA11上的SCS的QTL不能被精细作图，因为缺乏QTL区间内的连锁不平衡。
单倍型分析
上述的QTL精细作图结果指出了在4标记区MNB-40-AUP1-BM716-DIK2653内的对CM的QTL分离。因此在标记AUP1和BM716之间的中点研究了建立者单倍型聚类和单倍型效应。上述的QTL精细作图结果也指出了在4标记区BM304-INRA177-UMBTL20-RM96INRA177内的SCS的QTL分离。因此，分别在标记INRA177和UMBTL20之间的中点研究了建立者单倍型聚类和单倍型效应。
这在FA内进行。鉴定了与高和低***炎抗性相关的单倍型，见表61和表62。
表57 采用回归区间分析的家族连锁分析
Figure A200780012010D00681
*(1-[p值])＝染色体显著水平
表58.采用方差分量方法进行的跨家族连锁分析(LA)结果汇总
Figure A200780012010D00692
表59.采用方差分量方法进行的连锁不平衡和连锁分析(LDLA)结果汇总
Figure A200780012010D00693
表60.采用方差分量方法进行的跨家族连锁不平衡(LD)分析结果汇总
Figure A200780012010D00694
             表61.BTA11、17.8cM(第6区间)、CM、FA
等位基因/等位基因结合(标记     建立者        单倍型中祖公     效应
MNB-40-AUP1-BM716-DIK2653)    单倍型的总数  畜等位基因数
294/296/300/304-10-171-238       33             1            -0.0695
294/298/302/304-10-175-238       32             2            +0.0792
292/294-30-167-244               30             2            -0.1275
292/304-30-173-238               28             2            +0.0357
290/302-10-167-240               23             1            +0.0916
290/294/298/300/302              20             1            -0.0310
298/300-30-167-256               19             1            -0.0431
     表62.BTA11、32.65cM(第19区间)、SCS、FA-4标记单倍型
等位基因/等位基因结合(标记         建立者        单倍型中祖        效应
BM304-INRA177-UMBTL20-RM96)       单倍型的总    公畜等位基
                                    数              因数
105/109/115/123-99-224-130/124      82               2            -0.1401
105/109/115/123-93-228-124/134      35               2            -0.0189
105/123-93-220-124/134              33               3            +0.1658
109/115/123-93-236-124/130          31               1            +0.0939
123-101-238-124                     24               1            -0.0900
105/123-97-236-120/124/130          19               2            -0.0458

Claims (80)

1.确定受试牛***炎抗性的方法，其包括检测所述受试牛样品中存在或不存在至少一个与指示***炎抗性的至少一个性状连锁的遗传标记，其中所述至少一个遗传标记位于牛染色体BTA9的两侧为并包括多态性微卫星标记C6orf93和inra084的区域，和/或BTA11的两侧为并包括多态性微卫星标记HELMTT43和BM3501的区域，其中所述至少一个遗传标记的存在或不存在指示了所述受试牛或其后代的***炎抗性。
2.根据权利要求1的用于确定受试牛***炎抗性的方法，其包括检测受试牛样品存在或不存在至少一个与指示***炎抗性的至少一个性状连锁的遗传标记，其中所述至少一个遗传标记位于牛染色体BTA9的两侧为并包括多态性微卫星标记C6orf93和inra084的区域，其中所述至少一个遗传标记的存在或不存在指示了所述受试牛或其后代的***炎抗性。
3.根据权利要求1的方法，其中至少一个遗传标记与牛的***炎抗性性状连锁。
4.根据权利要求1的方法，其中至少一个遗传标记位于BTA9的两侧为并包括遗传标记C6orf93和inra084的区域。
5.根据权利要求1的方法，其中至少一个遗传标记位于BTA9的两侧为并包括遗传标记bms2251和inra084的区域。
6.根据权利要求1的方法，其中至少一个遗传标记位于BTA9的两侧为并包括遗传标记bm7234和inra144的区域。
7.根据权利要求1的方法，其中至少一个遗传标记位于BTA9的两侧为并包括遗传标记bms2819和inra144的区域。
8.根据权利要求1的方法，其中至少一个遗传标记位于BTA9的两侧为并包括遗传标记bms2251和inra144的区域。
9.根据权利要求1的方法，其中至少一个遗传标记位于BTA9的两侧为并包括遗传标记bms2819和inra084的区域。
10.根据权利要求1的方法，其中至少一个遗传标记位于BTA9的两侧为并包括遗传标记bm7234和bms2819的区域。
11.根据权利要求1的方法，其中至少一个遗传标记位于BTA9的两侧为并包括遗传标记bm7234和bm4208的区域。
12.根据权利要求1的方法，其中至少一个遗传标记位于BTA9的两侧为并包括遗传标记inra144和rgs17的区域。
13.根据权利要求1的方法，其中至少一个遗传标记位于BTA9的两侧为并包括遗传标记inra144和inra084的区域。
14.根据权利要求1的方法，其中至少一个遗传标记位于BTA9的两侧为并包括遗传标记inra084和rgs17的区域。
15.根据权利要求1的方法，其中至少一个遗传标记位于两侧为并包括遗传标记bm4208和inra144的区域。
16.根据权利要求1的方法，其中至少一个遗传标记位于两侧为并包括遗传标记bm7234和inra084的区域。
17.根据权利要求1的方法，其中至少一个遗传标记位于两侧为并包括遗传标记EPM2A和bm7234的区域。
18.根据权利要求1的方法，其中至少一个遗传标记位于两侧为并包括遗传标记bms2251和bm7234的区域。
19.根据权利要求1的方法，其中至少一个遗传标记是微卫星标记C6orf93。
20.根据权利要求1的方法，其中至少一个遗传标记是微卫星标记DIK4986。
21.根据权利要求1的方法，其中至少一个遗传标记是微卫星标记mm12e6。
22.根据权利要求1的方法，其中至少一个遗传标记是微卫星标记PEX3。
23.根据权利要求1的方法，其中至少一个遗传标记是微卫星标记DEAD21。
24.根据权利要求1的方法，其中至少一个遗传标记是微卫星标记BMS2251。
25.根据权利要求1的方法，其中至少一个遗传标记是微卫星标记EPM2A。
26.根据权利要求1的方法，其中至少一个遗传标记是微卫星标记BM7234。
27.根据权利要求1的方法，其中至少一个遗传标记是微卫星标记BM4208。
28.根据权利要求1的方法，其中至少一个遗传标记是微卫星标记BMS2819。
29.根据权利要求1的方法，其中至少一个遗传标记是微卫星标记INRA144。
30.根据权利要求1的方法，其中至少一个遗传标记是微卫星标记INRA084。
31.根据权利要求1的方法，其中至少一个遗传标记是微卫星标记rgs17。
32.根据权利要求1的方法，其中至少一个遗传标记是遗传标记的结合。
33.根据权利要求1的方法，其中至少一个遗传标记位于BTA9的69.35cM到74.5cM的区域。
34.根据权利要求1的方法，其中至少一个遗传标记位于BTA9的71.3cM到74.5cM的区域。
35.根据权利要求1的方法，其中至少一个遗传标记位于BTA9的72.3cM到74.5cM的区域。
36.根据权利要求1的方法，其中至少一个遗传标记位于BTA9的73.95cM到74.5cM的区域。
37.根据权利要求19的方法，其中扩增微卫星标记C6orf93的引物对是SEQ ID NO.：75和SEQ ID NO.：76。
38.根据权利要求22的方法，其中扩增微卫星标记PEX3的引物对是SEQ ID NO.：81和SEQ ID NO.：82。
39.根据权利要求25的方法，其中扩增微卫星标记EPM2A的引物对是SEQ ID NO.：87和SEQ ID NO.：88。
40.根据权利要求31的方法，其中扩增微卫星标记rgs17的引物对是SEQ ID NO.：99和SEQ ID NO.：100。
41.根据权利要求1的确定受试牛***炎抗性的方法，其中至少一个遗传标记位于牛染色体11的两侧为并包括多态性微卫星标记HELMTT43和BM3501的区域，其中至少一个遗传标记与***炎抗性连锁，所述方法包括检测来自受试牛的遗传材料存在或不存在至少一个与指示***炎抗性的至少一个性状连锁的遗传标记，其中存在所述的至少一个遗传标记表明显示***炎抗性和/或产生显示***炎抗性的后代。
42.根据权利要求1的方法，其中至少一个遗传标记位于BTA11的两侧为并包括遗传标记HELMTT43和INRA177的区域。
43.根据权利要求1的方法，其中至少一个遗传标记位于BTA11的两侧为并包括遗传标记HELMTT43和MNB-70的区域。
44.根据权利要求1的方法，其中至少一个遗传标记位于BTA11的两侧为并包括遗传标记MNB-40和MNB-70的区域。
45.根据权利要求1的方法，其中至少一个遗传标记位于BTA11的两侧为并包括遗传标记BP38和INRA131的区域。
46.根据权利要求1的方法，其中至少一个遗传标记位于BTA11的两侧为并包括遗传标记BM2818和INRA177的区域。
47.根据权利要求1的方法，其中至少一个遗传标记位于BTA11的两侧为并包括遗传标记BMS1953和BM2818的区域。
48.根据权利要求1的方法，其中至少一个遗传标记位于BTA11的两侧为并包括遗传标记HELMTT43和ZAP70的区域。
49.根据权利要求1的方法，其中至少一个遗传标记位于BTA11的两侧为并包括遗传标记ZAP70和IL18RA的区域。
50.根据权利要求1的方法，其中至少一个遗传标记位于BTA11的两侧为并包括遗传标记INRA131和BM6445的区域。
51.根据权利要求1的方法，其中至少一个遗传标记位于BTA11的两侧为并包括遗传标记BM304和BM7169的区域。
52.根据权利要求1的方法，其中至少一个遗传标记位于BTA11的两侧为并包括遗传标记BM7169和DIK5170的区域。
53.根据权利要求1的方法，其中至少一个遗传标记位于两侧为并包括遗传标记BM6445和BMS1048的区域。
54.根据权利要求1的方法，其中至少一个遗传标记位于两侧为并包括遗传标记MB110和BMS2047的区域。
55.根据权利要求1的方法，其中至少一个遗传标记位于两侧为并包括遗传标记IL18RA和BM2818的区域。
56.根据权利要求1的方法，其中至少一个遗传标记位于两侧为并包括遗传标记BM2818和BM7169的区域。
57.根据权利要求1的方法，其中至少一个遗传标记位于两侧为并包括遗传标记BMS2325和DIK4637的区域。
58.根据权利要求1的方法，其中至少一个遗传标记位于两侧为并包括遗传标记IL18RA和AUP1的区域。
59.根据权利要求1的方法，其中至少一个遗传标记位于两侧为并包括遗传标记DIK4637和UMBTL103的区域。
60.根据权利要求1的方法，其中至少一个遗传标记是微卫星标记IL18RA。
61.根据权利要求1的方法，其中至少一个遗传标记是微卫星标记MNB-40。
62.根据权利要求1的方法，其中至少一个遗传标记是微卫星标记UAP1。
63.根据权利要求1的方法，其中至少一个遗传标记是微卫星标记DIK4637。
64.根据权利要求1的方法，其中至少一个遗传标记是微卫星标记UMBTL103。
65.根据权利要求1的方法，其中至少一个遗传标记是微卫星标记INRA177。
66.根据权利要求1的方法，其中至少一个遗传标记是微卫星标记UMBTL20。
67.根据权利要求1的方法，其中至少一个遗传标记是微卫星标记BM716。
68.根据权利要求1的方法，其中至少一个遗传标记是微卫星标记DIK2653。
69.根据权利要求1的方法，其中至少一个遗传标记是微卫星标记BM2818。
70.根据权利要求1的方法，其中至少一个遗传标记是遗传标记的结合。
71.根据权利要求1的方法，其中至少一个遗传标记位于BTA11的2.249cM到97.223cM的区域。
72.根据权利要求1的方法，其中至少一个遗传标记位于BTA11的2.249cM到35.098cM的区域。
73.根据权利要求1的方法，其中至少一个遗传标记位于BTA11的19.440cM到23.829cM的区域。
74.根据权利要求60的方法，其中扩增微卫星标记IL18RA的引物对是SEQ ID NO.：125和SEQ ID NO.：126。
75.根据权利要求61的方法，其中扩增微卫星标记MNB-40的引物对是SEQ ID NO.：127和SEQ ID NO.：128。
76.根据权利要求63的方法，其中扩增微卫星标记DIK4637的引物对是SEQ ID NO.：141和SEQ ID NO.：142。
77.根据权利要求64的方法，其中扩增微卫星标记UMBTL103的引物对是SEQ ID NO.：143和SEQ ID NO.：144。
78.根据权利要求1的方法，其中至少一个遗传标记与导致***炎的基因连锁。
79.选择用于育种目的的受试牛的方法，所述方法包括通过权利要求1中的方法确定***健康特征。
80.用于检测受试牛中存在或不存在至少一个与***炎抗性相关的遗传标记的诊断试剂盒，其包括至少一个寡核苷酸序列和它们的结合，其中寡核苷酸序列选自SEQ ID NO.：1到SEQ ID NO.：192中的任意一个序列和/或它们的任意结合。
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