WO2008105105A1 - 生体物質解析チップ、生体物質解析キットおよびこれらを用いる生体物質解析法 - Google Patents

生体物質解析チップ、生体物質解析キットおよびこれらを用いる生体物質解析法 Download PDF

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WO2008105105A1
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biological material
monomer
functional group
analysis chip
probe
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Kazunori Okano
Kenji Yasuda
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On-Chip Cellomics Consortium
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    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6813Hybridisation assays
    • C12Q1/6834Enzymatic or biochemical coupling of nucleic acids to a solid phase
    • GPHYSICS
    • G01MEASURING; TESTING
    • G01NINVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/5005Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving human or animal cells
    • G01N33/5091Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving human or animal cells for testing the pathological state of an organism
    • GPHYSICS
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    • G01NINVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
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    • G01N33/50Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/53Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
    • G01N33/574Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer
    • G01N33/57484Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer involving compounds serving as markers for tumor, cancer, neoplasia, e.g. cellular determinants, receptors, heat shock/stress proteins, A-protein, oligosaccharides, metabolites

Definitions

  • the present invention relates to a biological material analysis chip, a biological material analysis kit, and a biological material analysis method for quantitatively measuring mRNA or protein that is a gene product expressed in a tissue that is a cell or a cell aggregate.
  • mRNA which is a gene transcription product
  • examining proteins translated from mRNA A promising method for examining mRNA is a DNA probe array in which a large number of DNA probes are divided and fixed on a solid surface, or a DNA probe chip (actually, oligonucleotide derivatives are immobilized) Therefore, it is sometimes called an “origo chip”).
  • RNA components are extracted from a sufficiently large amount of cell samples in advance, cDNA is synthesized by reverse transcription using reverse transcriptase, and amplified by PCR amplification or cRNA synthesis. Do.
  • a large amount of labeled DNA strand is obtained by incorporating labeled dNTP during the complementary strand synthesis.
  • the mainstream method is to obtain a fluorescently labeled DNA strand by incorporating aminoallyl dNTP and then reacting a fluorescent dye with an amino group.
  • the fluorescently labeled DNA chain thus obtained is hybridized with a so-called DNA probe array to analyze various expressed genes.
  • On a DNA probe array it is usually high in the form of a small spot of tens to 1550 m ⁇ .
  • the DNA probe is fixed to the density to increase the target c DNA capture speed and enable highly sensitive detection.
  • Each of these chips has a structure in which a large number of probes are arranged in an array on a flat surface such as a slide glass. Which probe is in which position is generally indexed only at the physical position where the probe is fixed.
  • fluorescent dyes are overwhelmingly often used for labeling in the case of DNA chips, but a method that uses electrochemiluminescence for detection as an electrical signal using the Dedox (redox) reaction is also practical. It has become.
  • a protein chip concept in which antibodies and antigens are immobilized on a substrate in an array instead of a DNA probe has been put into practical use.
  • the sample serum reacts with a device on which tens to hundreds of antigens (allergens) that cause allergies are immobilized on the substrate, and specifically captures IgM present in the serum that causes an antigen-antibody reaction with each antigen.
  • An allergen test system that detects enzyme allergens by measuring enzyme activity in combination with chemiluminescence and reacting with an enzyme-labeled secondary antibody bound to IgM has been put to practical use for medical testing.
  • the protein chip also increases the capture speed of the analyte by immobilizing antibodies and antigens at a high density on the solid surface for high-sensitivity detection.
  • the analyte to be measured captured on the protein chip is detected by a chemiluminescence or bioluminescence system using an enzyme label.
  • various methods have been put into practical use, such as fluorescent label detection, electrochemiluminescence detection, and mass spectrometry analysis.
  • an antibody for capturing an antigen exists on the electrode surface.
  • Sun A ruthenium complex is used as a label for the Deutsch antibody (Clin. Chera., 37, 1534-1539 (1991)).
  • Ruthenium is oxidized on the surface of the electrode and emits light when the ruthenium electrons, which are in the excited state when they are reduced by the redox reaction of TP ⁇ and reduced to the ground state.
  • an affinity probe for capturing biological material on a substrate (hereinafter, the generic term for substances used to bind to biological material and obtain some information useful for analysis of biological material is called an affinity probe.
  • a biological organic substance such as a DNA probe or an antibody, and there are the following problems in fixing these glass substrates to the substrate. That is,
  • Affinity probe density cannot be controlled. In general, it tends to be thought that a substrate with an affinity probe of any density can be obtained by controlling the concentration of the affinity probe at the time of immobilization and the immobilization time, but this is actually difficult to control. There are many and. In the conventional technology (Analyt i cal Biochemi stry 202, 120-125 (1992)), the affinity density of the affinity probe is controlled by coexisting with a different biological substance when the affinity probe is immobilized. . If you try to fix the affinity probe to the substrate surface in a dilute state, you will have island-like areas with high density and surrounding areas with low density.
  • the affinity probe immobilized on the substrate There is an optimum condition for the density of the affinity probe immobilized on the substrate. For this reason, it becomes necessary to arbitrarily control the affinity probe density.
  • a functional residue is introduced onto the surface of an inorganic glass or silicon wafer by using a silane force pulling reaction, and an affinity probe is immobilized on the functional residue.
  • the silane coupling reaction depends on the surface state of the substrate, and is not necessarily an optimal method for fixing the affinity probe uniformly.
  • An object of the present invention is to provide a probe for capturing a biological material having a more uniform density on the substrate surface. It is to provide a biological material analysis chip capable of performing quantitative measurement in a minute region by fixing at a degree, a biological material analysis kit using the same, and a biological material analysis method using these.
  • the present invention provides the following biological material analysis chip, biological material analysis kit, and biological material analysis method.
  • a solid chip having a substrate and a residue for capturing a predetermined biological substance (third functional group) on one surface of the substrate, and polymerizing two types of monomers on one surface of the substrate
  • a polymer layer having a first monomer having two first functional groups and a second monomer having two second functional groups for polymerization.
  • a biological material analysis chip characterized by having a structure having a third functional group on one of the first monomer and the second monomer, wherein the structures are polymerized so as to be substantially alternately arranged.
  • a diamine is reacted with the carboxyl group to introduce amine to the surface of the solid chip, and the amine introduced to the solid surface is disothocyanate.
  • the biological material analysis chip according to (4) or (5) above which has a structure in which an isothiocyanate residue is introduced on the surface of a solid chip by reacting with a solid.
  • a solid chip having a residue for capturing a predetermined biological substance has a polymer layer prepared by polymerizing two types of monomers on the surface of the solid chip, and at least The polymer layer substantially includes a first monomer having two first functional groups in the two monomers for polymerization and a second monomer having two second functional groups for polymerization in two locations.
  • a cell component analysis chip in which a molecule to be trapped (probe for capturing biological material) is covalently immobilized, and a predetermined biological material captured by the molecule immobilized on the third functional group And a biological material containing a label for identifying the biological material.
  • a biological material analysis kit characterized by
  • a solid chip having a residue (third functional group) for capturing a predetermined biological substance has a polymer layer prepared by polymerizing two types of monomers on the surface of the solid chip, and at least The polymer layer substantially includes a first monomer having two first functional groups in the two monomers for polymerization and a second monomer having two second functional groups for polymerization in two locations.
  • a buffer solution containing biological material For adding a buffer solution containing biological material to the space on the surface of the cell constituent material analysis chip to which the molecule (probe for capturing biological material) is covalently fixed, and is present on the surface of the cell constituent material analysis chip.
  • a step of capturing a predetermined biological material with the molecule of the step a step of binding the biological material labeled with nanoparticles for binding to the predetermined biological material and identifying the predetermined biological material, the surface of the cell component analysis chip
  • a biological material analysis chip including a substrate equipped with a biological material capturing probe
  • a polymer layer comprising a polymer comprising a dimeric unit formed from a first monomer and a second monomer is provided on the surface of the substrate;
  • a biological material analysis chip wherein a biological material capturing probe is bound to the first monomer or the second monomer.
  • the first monomer has two first functional groups, and the second monomer has two second functional groups,
  • the dimer is formed by combining one of the first functional groups of the first monomer and one of the second functional groups of the second monomer, and the remaining second of the dimer.
  • the polymer is formed by combining one functional group or the remaining second functional group with the second functional group or the first functional group of another dimer, (10)
  • the first monomer is a dicyanate monomer having the structure NCS— — NCS (R 1 is an arbitrary residue), and the second monomer is NH 2 — R 2 — NH 2 (R The biological material analysis chip according to (13) above, wherein 2 is a diamine monomer having a structure of any residue.
  • the biological material analysis chip according to (10) above.
  • the first monomer or the second monomer is a third functional group. Further equipped with a group
  • the biological substance capturing probe is bonded to the first monomer or the second monomer via the third functional group, according to any one of the above (10) to (15) Biomaterial analysis chip.
  • the biological material capturing probe includes a fourth functional group bonded thereto, and the fourth functional group and the third functional group are bonded to each other, whereby the biological material capturing probe is The biological material analysis chip according to any one of (16) to (18), which is bound to the first monomer or the second monomer.
  • the biological material analysis chip according to any one of ( ⁇ 0) to (19), wherein the biological material capturing probe is a polynucleotide, a polypeptide, or an antibody.
  • (2 2) Includes the biological material analysis chip according to any one of (10) to (2 1), and a labeling substance for labeling the biological material bound to the biological material capturing probe.
  • Biological material analysis kit includes
  • a biological material analysis method including a step of analyzing a biological material using the biological material analysis chip according to any one of (10) to (21).
  • the present invention provides a biological material analysis chip in which biological material capturing probes are uniformly fixed on a substrate. According to the present invention, it is possible to minimize the influence of a decrease in the ability to capture biological material due to steric hindrance of the biological material capturing probe itself. According to the present invention, it is possible to control the density of the biological material capturing probe by changing the type of monomer constituting the polymer layer. The present invention enables quantitative analysis with improved accuracy of biological substances in a test sample.
  • FIG. 1 is a diagram showing an example of a biological material analysis chip suitable for carrying out the present invention.
  • FIG. 1 (A) is a plan view showing a biological material analysis chip according to an embodiment of the present invention
  • FIG. 1 (B) is a cross-sectional view taken in the direction of the arrow at the position A—A in FIG. 1 (A). .
  • FIG. 2 (A) shows a polymer thin film obtained by reacting and polymerizing an alkyl disoocyanate as the first monomer and diaminophenylacetic acid as the second monomer in an equimolar ratio formed on the upper surface of the substrate 1.
  • FIG. 2B is a schematic diagram showing a planar structure of the polymer thin film layer 21.
  • FIG. 2B is a schematic diagram showing a cross-sectional structure of the layer 21.
  • FIG. 3 schematically shows how the third functional group 2 6 of the polymer thin film layer 2 1 formed on the surface of the substrate 1 and the functional group 3 3 of the 5 'end portion 3 2 of the DNA probe 3 1 bind to each other.
  • FIG. 3 schematically shows how the third functional group 2 6 of the polymer thin film layer 2 1 formed on the surface of the substrate 1 and the functional group 3 3 of the 5 'end portion 3 2 of the DNA probe 3 1 bind to each other.
  • FIG. 4 is a diagram showing a process for detecting mRNA using the substrate shown in FIGS.
  • Figures 5 (A) to (D) show the process of detecting raRNA using a DNA microarray in which multiple DNA probes are fixed at the same spot position and the DNA probes are different at each spot position.
  • a biological material analysis chip including a substrate provided with a biological material capturing probe.
  • This biological material analysis chip includes a polymer layer including a polymer including a dimer duet formed from a first monomer and a second monomer on a surface of a substrate.
  • the biological substance-capturing probe is bound to the first monomer or the second monomer.
  • biological substance means DNA, a polynucleotide such as RNA (for example, mRNA that is a gene transcription product), or a protein or peptide that is a translation product of DNA, or an antigen, an antibody, etc. This shall mean the test substance in the biological sample.
  • polymer refers to a polymer of a chemical substance for constituting a polymer layer for capturing a biological substance.
  • the polymer used in the present invention is a heteropolymer formed by polymerizing a dimer formed from a first monomer and a second monomer as a minimum repeating unit.
  • the “biological substance capturing probe” functions as a binding means for capturing a biological substance in one layer of the polymer.
  • a polynucleotide having a complementary sequence that can hybridize with it can be used as a probe for capturing the biological material.
  • an antibody that specifically binds to the antigen can be used as a biological material capturing probe.
  • the biological material capture probe typically binds to the first monomer or the second monomer in the polymer via an anchor means such as a specific functional group. Can be combined with the polymer layer.
  • a polymer layer is introduced onto the substrate surface, and this polymer layer has a functional group (third functional group) for immobilizing biological substance capturing probes at regular intervals. Should be designed as follows. At this time, what is important is how to align the third functional group to fix the probe for capturing biological substances.
  • one having a polymerized thin film made of a polymer layer prepared by polymerizing two kinds of monomers is prepared. This is because the polymer layer alternately arranges the first monomer having the first functional group for polymerization at two locations and the second monomer having the second functional group for polymerization at two locations.
  • the polymerized structure has a structure having a probe binding residue (third functional group) for capturing a biological substance on one of the first monomer and the second monomer. Specifically, diisocyanate as a first monomer and diamine as a second monomer are reacted with each other at an equimolar ratio and polymerized on a substrate.
  • the first functional group is the isocyanate group and the second functional group is the amino group.
  • diisocyanate for example, an alkyl diisocyanate or a phenolic diisocyanate can be used.
  • a monomer in which a third functional group is introduced into the side chain of diisocyanate or diamine may be used for binding a probe for capturing a biological substance.
  • a monomer in which a carboxyl group is introduced as a third functional group in the side chain of a diamine is used.
  • a polymer in which diisocyanates and diamines are alternately bonded is obtained. Therefore, the carboxyl group as the third functional group is present in the side chain of the diamine portion of the dimeric unit consisting of diisocyanates and diamines. For this reason, it becomes possible to fix the probe for capturing a biological substance on the polymer at regular intervals via the third functional group.
  • the polymerized thin film at this time is called polyurea.
  • the distance between the carboxyl groups (third functional groups) to be introduced can be adjusted by adjusting the length of the main chains of dissocyanates and diamines, which can use the existing vacuum deposition method.
  • the This also allows the formation of a thin film with functional groups on gold and platinum electrodes, which had previously been difficult to introduce functional groups (third functional groups) on the surface; And you can. ⁇ .
  • a biological substance-capturing probe having an amino group can be directly immobilized on a carboxyl group introduced onto the substrate using a calpositimide activator.
  • a primary amine residue can be introduced into the side chain carboxyl group in high yield. . That is, primary amines are arranged on the substrate surface at almost regular intervals.
  • the primary amine is modified with 1,4-diphenylene isothiocyanate described in Nucleic Acids Research, 27, 1970-1977 (1999) and CHEMBI0CHEM2, 686-694 (2001), and isothiocyanate group is introduced on the surface.
  • a DNA probe with an amino group (fourth functional group) at the 5 'end (part of the spacer: 10 bases on the 5 ' end side plus a portion that reacts with the target cDNA: average length of 3 2 bases) React.
  • the reaction conditions are detailed in the above document.
  • a substrate on which DNA probes are fixed at intervals of about 9 nm can be obtained.
  • the ⁇ third functional group '' used in the present invention is not limited to one consisting of a single type of residue, but is a reactive residue formed from a combination or combination of multiple types of residues. It shall also mean a group.
  • any polymer that periodically has a residue capable of introducing a reactive group capable of immobilizing a polynucleotide peptide as a probe on the side chain can be used.
  • An acid anhydride having a structure such as 4,4'-hexafluoroisopropylidenebisphthalic anhydride can be used.
  • Such a polymer is a polyimide.
  • Polyimide generally uses such bisphthalic anhydride and bismamino compounds. Or, for example, diaminophenylacetic acid having a long carboxyl group or a monomer having a rubonic acid residue at the aliphatic position of an aliphatic diamine such as 1,10-diaminodecane and a terephthaloyl dichloride which is a diacid chloride monomer.
  • Polyamide that forms a film on the substrate by vapor deposition polymerization of the mouth lid can be used.
  • various reactive residues may be introduced into the long-chain aliphatic diamine.
  • FIG. 1 is a diagram showing an example of a biological material analysis chip suitable for carrying out the present invention.
  • FIG. 1 (A) is a plan view showing a biological material analysis chip according to an embodiment of the present invention
  • FIG. 1 (B) is a cross-sectional view taken in the direction of the arrow at the position AA in FIG. 1 (A).
  • the biological material analysis chip 100 creates a polymer thin film layer 21 for fixing an affinity functional group on the upper surface of the glass substrate 1.
  • a Teflon (registered trademark) layer 2 2 is printed on the polymer layer 2 1. Therefore, the polymer layer 21 on the surface is divided as shown in 2 3 in the figure. This compartment can hold one cell at 50 X 50 ⁇ m.
  • Poly T (T 3 0) is fixed on the polymer thin film layer 21 as a biological material capturing probe, Comprehensive capture of mRNA can be achieved.
  • the polymer thin film layer 21 is polymerized by reacting an alkyl dissocyanate as the first monomer and diaminophenol acetic acid as the second monomer in an equimolar ratio.
  • the polymer thin film is a urea resin thin film.
  • the alkyl diisocyanate for example, hexamethylene diisocyanate can be used.
  • the third functional group is a carboxy group of diaminophenylacetic acid, which is the second monomer.
  • the existing vacuum deposition method can be used.
  • the polyurea thin film 21 formed on the substrate in this way has a structure in which alkyl dissociates and diaminophenylacetic acid monomers react alternately to form a side chain carboxylic acid group at relatively uniform intervals. It will be. By adjusting the length of the alkyl group, the interval between the carboxyl groups to be introduced can be adjusted. In addition, this makes it possible to form a thin film having a functional group on an electrode such as gold or platinum, which has conventionally been difficult to introduce a functional group on the surface.
  • a probe having an amino group as the third functional group may be directly fixed to the carboxyl group introduced onto the substrate using a calpositimide activator.
  • a primary amine residue can be introduced into the side chain carboxyl group in high yield. That is, first-class amines are arranged on the substrate surface at almost regular intervals. It will be in the state.
  • polyurea having a carboxyl group is formed on the substrate 1 and used, but in addition to this, a residual group capable of immobilizing a polynucleotide or peptide serving as a probe on the side chain can be introduced.
  • Any polymer having a periodic group can be used.
  • the acid anhydride one having a structure such as 4,4′-hexafluoroisopropylidenebisphthalic anhydride can be used.
  • a polymer is a polyimide.
  • Polyimide generally uses bisphthalic anhydride and bisamino compounds. Or, for example, a monomer having a carboxylic acid residue in an aliphatic position of an aliphatic diamine such as diaminophenylacetic acid having a carboxyl group or 1,10-diaminodecane and a terephthaloyl dichloride which is a diacid chloride monomer are used.
  • Polyamide that forms a film on a substrate by vapor deposition polymerization can be used.
  • various reactive residues may be introduced into the long-chain aliphatic diamine.
  • the vapor deposition polymerization can be performed according to existing methods such as those described in Jpn. J. Appl. Phys. 33, L1721-L1724 (.1994) and Thin Sol id Films, 215, 94-97 (1992).
  • the vaporization condition of the monomer to be used may be taken into consideration.
  • Fig. 2 (A) shows the first monomer formed on the upper surface of substrate 1 by vapor deposition polymerization.
  • Fig. 2 (B) is a schematic diagram showing the cross-sectional structure of the polymer thin film layer 21 obtained by reacting and polymerizing ananol diisocyanate and diaminophenylacetic acid as the second monomer in an equimolar ratio.
  • FIG. 2 is a schematic diagram showing a planar structure of a polymer thin film layer 21.
  • the polymer thin film layer 21 includes a first monomer portion 2 2 and a second monomer portion 2 3, a first functional group 2 4 of the first monomer portion 2 2, and a second monomer portion 2 3.
  • the two functional groups 2 5 are linked to each other to form a chain structure of two monomers polymerized alternately.
  • the second monomer portion 23 has a third functional group 26 as a side chain.
  • Polymer layer thin film 2 1 is weakly bonded to the substrate surface 2 7, and the silanol group on the glass surface of substrate 1 and the pi-electron of the functional group on the polymer side are covalently bonded to a very small part 2 8 Presumed to be ringing. As can be seen with reference to FIG.
  • the first functional group 2 4 of the first monomer portion 2 2 and the second functional group 2 5 of the second monomer portion 2 3 are linked to each other.
  • the chain structure of two monomers that are alternately polymerized does not all line up in parallel, so the third functional group 26 6 force S is not evenly and orderly arranged.
  • both inverted and tilted are mixed.
  • the second monomer portion 23 having the third functional group 26 is arranged with the first monomer portion 22 being interposed, the third functional group 26 has a tendency to gather forcefully. It is possible to prevent it from being loosely distributed.
  • Figure 3 shows how the 3rd functional group 2 6 of the polymer thin film layer 2 1 formed on the surface of the substrate 1 and the 4th functional group 3 3 of the 5 'end portion 3 2 of the DNA probe 3 1 bind to each other.
  • the functional group 33 is composed of an amino group, a strong lpoxyl group, and the like.
  • the functional group 33 can be an amino group.
  • the functional group 33 can be a carboxyl group.
  • the combination of the third functional group and the fourth functional group is not limited to those exemplified here.
  • the first monomer 2 2 and the second monomer 2 3 are alternately polymerized.
  • the distance between the third functional group 26, which is the side chain of the second monomer 23 is almost constant, so the DNA probe 31 that binds to the third functional group 26 is also almost constant. It becomes an interval.
  • the distance between the different chains can be expected to be almost constant.
  • FIG. 4 is a diagram showing the process of detecting mRNA through the substrate shown in Fig.1-3.
  • a sample solution 41 obtained by crushing cells is arranged on the upper surface of the polymer thin film layer 21 on the upper surface of the substrate 1, and in the sample solution 41, mRNA 43 and protein 4 are provided.
  • FIG. 5 is a cross-sectional view schematically showing a state where 5 is dispersed.
  • Solution 41 should be a so-called P B S that does not contain EDTA.
  • Probe 31 is fixed to the surface of polymer thin film layer 21 on the upper surface of substrate 1.
  • probe 31 is made of poly-T. Since mRNA is the measurement target, a cell-permeable RNase inhibitor is placed in the droplet in advance to prevent degradation of mRNA as much as possible.
  • FIG. 4 (B) is a diagram schematically showing a state in which time has elapsed from the state of FIG. 4 (A). As time elapses, mRNA43 is hyper-presed to the poly T probe 31 on the substrate. It takes about 4 hours to capture the substrate surface to the poly A probe by mRNA hybridization.
  • FIG. 4C is a view for explaining a method of identifying the mRNA group 43 captured by the poly T probe 31 on the upper surface of the polymer thin film layer 21 on the upper surface of the substrate 1.
  • the substrate 1 having the mRNA group captured by the poly-T probe 31 shown in FIG. 4 (B) 1 is mixed with 50 mM phosphate buffer containing 0.5% SDS and 0.1 M NaCl. Wash with pH 7.4 to remove any material that did not hybridize to Poly T probe 31 on substrate 1.
  • a labeled probe mixed solution 51 is added to identify this.
  • the label probe used is a gold nanoparticle with a different particle size bound to a DNA probe having a different DNA sequence.
  • DNA probes 6 3 and 10 nm gold nanoparticles 5 4 and 15 nm gold nanoparticles 5 4 This shows a state where a solution 51 containing 3 types of DNA probes 65 and 5 labeled with 55 is added onto the substrate.
  • Solution 51 contains 0.5% SDS and 0.1 M NaCl 50 mM mM acid buffer pH 7. The composition is 4.
  • the probe 31 is fixed to the surface of the polymer thin film layer 21 on the upper surface of the substrate 1.
  • Poly T is used as the probe 31, and a normal DNA chip is used.
  • a plurality of sequences of DNA probes are spotted on the surface of the polymer thin film layer 21 as shown in FIG. That is, each probe is spotted using an inkjet apparatus on the surface where the isothiocyanate residues prepared as described above are arranged at almost regular intervals.
  • the spot size is 1 ⁇ m ⁇ , and each spot is arranged at 2 m pitch.
  • three types of capture DNA probes are fixed to each spot as a mixture, and three different types of nanoparticles as described above are attached to the detection DNA probes corresponding to the capture probes. Use the label.
  • Fig. 5 (A) shows a cross-sectional view of an example of a DNA microarray in which three types of DNA probes using the present invention are fixed at the same spot position, and different DNA probes are fixed for each spot.
  • Three groups and three different probes 9 3— 1, 9 3-2 ⁇ , 9 3— 3 are fixed separately to the spot areas 9 2 and 9 3. Add sample mixture 9 1 and incubate at 50 ° C for 2 hours.
  • Sample mixture 91 is a single-stranded cDNA mixture, for example, obtained by reverse transcription of a leukocyte-derived mRNA mixture.
  • the solvent is 50 mM phosphate buffer (pH 7.4) containing 0.5% SDS. After completion of the reaction, wash with 50 mM phosphate buffer (pH 7.4) containing 0.5% SDS.
  • Figure 5 (B) shows the state in which cDNA was captured by the probe on the surface of layer 21 on the substrate (different cDNAs 1 0 2— l, 1 0 2— 2, 1 0 2— 3 were spotted).
  • the hybrid DNA is hybridized to the corresponding DNA probe in spot area 9 2
  • c DN 1 0 3— 2, 1 0 3— 3 is hybridized to the corresponding probe in spot area 9 3.
  • Probe 9 in spot 9 3-1 The cDNA corresponding to is not present in the sample. Therefore, no trace of hybridization was observed in any spot area.
  • Figure 5 (C) shows the c DN captured by the probe on the surface of layer 2 1 on the substrate.
  • the second DNA probes are complementary to single-stranded cDNAs 1 0 2 1 1, 1 0 2—2, 1 0 2—3, 1 0 3—1, 1 0 3—2, 1 0 3—3, respectively. It has a sequence (cDNA 10 3-1 is not drawn in the figure because it is not included in the sample).
  • the reaction is carried out in 50 mM phosphate buffer (PH 7.4) 95 containing 0.5% SDS; 55 minutes at 55 ° C.
  • the gold nanoparticle-labeled DNA probe mixture is heated in advance at 90 ° C for 5 seconds, cooled to 55 ° C, and immediately dropped onto the substrate. Wash with 50 mM phosphate buffer (pH 7.4) containing 0.5% SDS.
  • Figure 5 (D) shows the gold nanoparticle 1 1 2— 1, 1 1 2-2, 1 1 2-3, 1 1 3— 2, 1 1 3 — according to the cDNA sequence in each spot area on the substrate.
  • the DNA probe labeled with 3 is hybridized.
  • the surface of the substrate is scanned with an operation electron microscope or an atomic force microscope, and gold nanoparticles bound to each spot area are reinforced by particle size.
  • mRNAs expressed in cells can be detected at the molecular level.
  • the present invention relates to a biological material analysis chip, a biological material analysis kit, a biological material analysis method, and the like for quantitatively measuring mRNA or protein that is a gene product expressed in a tissue that is a cell or a cell aggregate. Useful as.

Abstract

本発明は、生体物質捕捉用プローブを基板表面により均一な密度で固定することで微小な領域で、定量測定を行うことのできる生体物質解析チップとこれを用いる生体物質解析キットおよびこれらを用いる生体物質解析法を提供する。

Description

明細書 生体物質解析チップ、 生体物質解析キッ トおよびこれらを用いる生体物 質解析法 技術分野
本発明は細胞ないし細胞集合体である組織で発現している遺伝子産物 である mRNAないしタンパク質を定量的に計測するための生体物質解 析チップ、 生体物質解析キッ トおよび生体物質解析方法に関する。 背景技術
ゲノム計画の進展とともに D N Aレベルで生体を理解し、 病気の診断 や生命現象の理解をしよう とする動きが活発化してきた。 生命現象の理 解や遺伝子の働きを調べるには遺伝子の発現状況を調べることが有効で ある。 遺伝子の発現状況を調べるに'は遺伝子の転写産物である mRNA を調べる方法と mRN Aから翻訳されるタンパク質を調べる方法がある。 mRNAを調べる有力な方法として、 固体表面上に数多くの DNAプロ ープを種類毎に区分けして固定した DNAプローブアレー、 あるいは D N Aプローブチップ (実際には固定されているのはオリ ゴヌクレオチド の誘導体であるのでオリ ゴチップと呼ぶこともある) がある。 DNAプ ローブァレーを用いる mRN A検查では、 予め十分多量な細胞検体から RN A成分を抽出し、 リバース トランスタリプターゼによる逆転写反応 で c DNAを合成し、 P C R増幅や c R N A合成により増幅を行う。 ま た相補鎖合成時に標識 d NT Pを取り込ませて多量の標識 D N A鎖を得 る。 最近ではアミノアリル d NT Pを取り込ませて、 その後にアミノ基 に蛍光色素を反応させて蛍光標識 D N A鎖を得る方法が主流となってい る。 このよ うにして得られた蛍光標識 DN A鎖をいわゆる DN Aプロ一 ブァレーとハイプリダイズさせて各種発現遺伝子の解析を行う。 DNA プロ一プアレー上には通常数十から 1 5 0 m φの微小スポッ ト状に高 密度に D N Aプローブを固定して標的 c D N A捕捉速度を高め、 高感度 検出ができるようにしている。
D N Aチップを作るには光化学反応と半導体工業でよく用いられるリ ソグラフィーを用いて区画された多数のセルに設計された配列のオリゴ マーを一塩基ずつ合成して行く方法 (Sc ience 251, 767-773 (1991) ) 、 あるいは D N Aプローブゃタンパク質プローブを各区画に一つ一つ植え 込んでレヽく方法 (Proc. Nat l . Acad. Sc i . USA 93, 4613-4918 (1996) ) などがある。 ,
これらチップは、 いずれもスライ ドガラスなどの平面上に多数のプロ ーブをアレイ状に整列させた構造をしている。 どのプローブがどの位置 にあるかは、 プローブが固定されている物理的な位置のみでィンデクシ ングされるのが一般的である。 検出には、 D N Aチップの類では標識物 に蛍光色素を用いるケースが圧倒的に多いが、 電気化学発光を用いるケ ースゃ Dedox (酸化還元) 反応を用いて電気信号として検出する方法も 実用化している。
D N Aプローブのかわりに抗体や抗原を基板上にァレイ状に固定した プロティンチップの概念も実用化されている。 基板上にアレルギーを起 こす数十から数百の抗原 (アレルゲン) を固定したデバイスに検体血清 を反応させ、 各抗原と抗原抗体反応を起こす血清中に存在する I g Mを 特異的に捕捉し、 I g Mに結合すさ酵素標識 2次抗体を反応させ、 酵素 活性を化学発光と組み合わせることで測定して、 ア レルゲンを検出する ァレルゲン検査用のシステムが医療検查用に実用化されている。 プロテ ィンチップにおいても、 高感度検出を行うために固体表面に抗体や抗原 を高密度に固定することで測定対象物質の捕捉速度を高めている。
プロテインチップ上に捕捉した測定対象物質の検出には、 酵素標識物 を用いて化学発光ないし生物発光の系で検出するケースが多い。 そのほ 力 、 蛍光標識検出や、 電気化学発光検出、 質量分析器による分析を行う ケースと多様な方法が実用化されている。
電気化学発光法では、 電極表面に抗原捕捉用の抗体が存在する。 サン ドイッチ用抗体の標識物にはルテニウム錯体を用いる(Clin. Chera. , 37, 1534-1539 (1991)) 。 電極表面ではルテニウムが酸化され、 T P Αのレ ドックス反応とカツプルさせて還元するときに励起状態となつたルテ - ゥムの電子が基底状態に落ちる時に光を発する。
本発明に関連するところでは、 生体物質検出法の一つでプロテインチ ップと類似の技術であるサンドィツチィムノアッセィ法において、 標識 物に粒子を用いて測定対象物質を分子計数する方法が報告されている (Analytical .Biochemistry 202, 1-20- 125 (1992) ) 。 発明の開示
上記従来技術では、 DN Aプローブチップあるいはプロテインチップ を用いる遺伝子転写産物である mRN Aや翻訳産物であるタンパク質の 識別や検出法に関してはよく検討されており、 何らかの方法で溶液状の 試料が準備できていればそれなりに測定ができる。 また、 出願人の一人 により特許出願されている特願 2 0 0 4— 2 2 6 3 6 1、 特願 2 0 04 — 2 9 7 1 9 4あるいは特願 2 0 0 4— 3 1 8 7 7 0に開示されている ように、 mRNAや DNAマイクロアレイの分野においてもナノ粒子を 用いて解析する方法が提案されている。
しかしながら、生体物質を基板上に捕捉するための親和性プローブ(以 下生体物質に結合して生体物質の解析に有用な何らかの情報を得るため に使われる物質の総称を親和性プローブと呼ぶことにする) は、 DNA プローブや抗体などの生体有機物であるので、 これらのガラスゃシリコ ンの基板への固定には下記の問題がある。 すなわち、
1 ) 親和性プローブを基板上に固定するために物理的な吸着や共有結合 形成を用いるが、 吸着反応と共有結合反応のいずれも基板表面の状態に 依存するために均一な固定が困難であるケースが多い。
2 ) 親和性プローブの基板上への固定の 3次元的な向きの制御ができな い。 すなわち、 溶液中の測定対象生体物質を捕捉するための親和性部位 を測定対象生体物質と反応する方角に向けて固定することが難しい。 こ のため、親和性プローブ自身の立体障害で測定対象の捕捉量が低下する。
3 ) 親和性プローブの密度がコントロールできない。 一般的に、 固定時 の親和性プローブ濃度や固定時間をコントロールすることで任意の密度 の親和性プローブを固定した基板が得られると思われがちであるが、 実 際には制御が難 しいこ と が多い。 上言己従来技術 (Analyt i cal Biochemi stry 202, 120 - 125 (1992) ) では、 親和性プローブの固定時に これとは異なる生体物質を共存させて実際の親和性プローブ固定密度を コントロールしている。 親和性プロ'ーブを希薄状態で基板表面に固定し ようとすると、 島状に密度の高いところと周りの密度の薄いところがで きてしまう。
4 ) あるいは、 上記 1 ) から 3 ) の問題に関連するが、 親和性プローブ の固定ェリァが狭くなると各エリァで親和性プローブの固定量が異なる ようになり、 定量的な測定に害を及ぼす可能性がある。 さらに、 親和性 プローブの固定ェリァが狭くなると蛍光法のように親和性プローブェリ ァ全体の蛍光強度を測定し、 その蛍光強度を基に試料中の目的生体物質 の量を定量解析することができなくなる。 このために、 上記従来技術 (Anal yt i ca l Bi ochemi stry 202, 120— 125 ( 1992) ) あるいは特許出願 発明のように基板上に捕捉した目的生体物質にナノ粒子を結合させてこ れを計数する方法を取るわけであるが、 親和性プローブが均一について いないと、 部位ごとに結合するナノ粒子の数が異なることになり、 計数 による定量検出精度が当然低下することになる。
基板に固定する親和性プローブ密度には最適条件が存在する。 このた めに、親和性プローブ密度を任意にコント口ールする必要性が出てくる。 従来のプローブ固定法ではシラン力ップリング反応を用いて無機質で あるガラスやシリ コンウェハー表面に官能性残基を導入し、 この官能性 残基に親和性プローブを固定する方法が多用されている。 しかしながら シランカップリング反応は、 基板の表面状態に依存し、 必ずしも均一に 親和性プローブを固定する方法として最適なものではない。
本発明の目的は、 生体物質捕捉用プローブを基板表面により均一な密 度で固定することで微小な領域で、 定量測定を行うことのできる生体物 質解析チップとこれを用いる生体物質解析キッ トおよびこれらを用いる 生体物質解析法を提供することにある。
したがって、 本発明は、 以下の生体物質解析用チップ、 生体物質解析 用キッ トおよび生体物質解析方法を提供する。
( 1 ) 基板と、 該基板の一つの表面に所定の生体物質の捕捉用残基 (第 3の官能基) を有する固体チップであり、 上記基板の一つの表面に 2種 類のモノマーを重合させて調製する 'ポリマー層を有し、 上記ポリマー層 の内、 第 1の官能基を 2箇所に有する第 1のモノマーと重合用の第 2の 官能基を 2箇所に有する第 2のモノマーを実質的に交互に配するように 重合した構造で、 上記第 1のモノマーおよび上記第 2のモノマーの片方 に第 3の官能基を持つ構造であることを特徴とする生体物質解析チップ。
( 2 ) 上記第 1のモノマーと第 2のモノマーの組み合わせが N C S— R !-NC S (R iは任意の残基) の構造を有するジィソシアナ一トモノマ 一と NH2— R 2— NH2 (R2は任意の残基) の構造を有するジァミン モノマーでポリマー層とがポリ尿素ある上記 ( 1 ) 記載の生体物質解析 チップ。
( 3 ) 上記第 1のモノマーと第 2のモノマーの組み合わせが R — C = O—〇一 0 = C_R2あるいは — C = 0— 0— 0 = C— R2— C = 0 -0-0= C -R3 (R 〜R 3は任意の残基) の構造を有する酸無水物 と NH2— R 5— NH2 (R5は任意の残基) の構造を有するジァミ ンモ ノマーで、 ポリマー層がポリアミ ドないしポリイミ ドある上記 (1 ) ま たは上記 (2) 記載の生体物質解析チップ。
(4) 上記第 3の官能基がカルボキシル基である上記 ( 1 ) ないし上記 (3) のいずれかに記載の生体物質解析チップ。
( 5) 上記カルボキシル基にィソチオシアン酸が導入された構造である 上記 (4) 記載の生体物質解析チップ。
(6) 上記カルボキシル基にジアミン類を反応させて固体チップ表面に ァミンを導入し、 上記固体表面に導入したァミンにヂィソチオシアナ一 ト類を反応させて固体チップ表面にィソチオシアナ一ト残基を導入した 構造の上記 (4 ) または上記 (5 ) 記載の生体物質解析チップ。
( 7 ) 所定の生体物質の捕捉用残基 (第 3の官能基) を有する固体チッ プが、 上記固体チップ表面に 2種類のモノマーを重合させて調製するポ リマー層を有し、 少なくても上記ポリマー層が重合用の上記 2つのモノ マーの内第 1の官能基を 2箇所に有する第 1のモノマーと重合用の第 2 の官能基を 2箇所に有する第 2のモノマーを実質的に交互に配するよう に重合した構造で、 上記 2つのモノ'マーの内少なく とも 1種のモノマー に第 3の官能基を持つ構造で、 上記第 3の官能基に所定の生体物質を捕 捉するための分子 (生体物質捕捉用プローブ) が共有結合で固定した細 胞構成物質解析チップと、 上記第 3の官能基に固定した分子に捕捉され た所定の生体物質に結合し該所定の生体物質を特定するための標識物を 含む生体物質とを有することを特徴とする生体物質解析キット。
( 8 ) 上記標識物が 5から 3 0 0 n mのナノ粒子からなる上記 (7 ) 記 載の生体物質解析キッ ト。 .
( 9 ) 所定の生体物質の捕捉用残基 (第 3の官能基) を有する固体チッ プが、 上記固体チップ表面に 2種類のモノマーを重合させて調製するポ リマー層を有し、 少なくても上記ポリマー層が重合用の上記 2つのモノ マーの内第 1の官能基を 2箇所に有する第 1のモノマーと重合用の第 2 の官能基を 2箇所に有する第 2のモノマーを実質的に交互に配するよう に重合した構造で、 上記 2つのモノマーの内少なく とも 1種のモノマー に第 3の官能基を持つ構造で、 上記第 3の官能基に所定の生体物質を捕 捉するための分子 (生体物質捕捉用プローブ) が共有結合で固定した細 胞構成物質解析チップの表面上の空間に生体物質を含む緩衝液を添加す る工程、 上記細胞構成物質解析チップ表面に存在し共有結合で固定され た生体物質を捕捉するための分子で所定の生体物質を捕捉する工程、 該 所定の生体物質と結合し該所定の生体物質を特定するためのナノ粒子で 標識された生体物質を結合する工程、 細胞構成物質解析チップの表面に 固定されるナノ粒子を計数する工程、 からなることを特徴とする生体物 質解析法。
( 1 0 ) 生体物質捕捉用プローブを備えた基板を含む生体物質解析用チ ップであって、
第 1のモノマーおよび第 2のモノマーから形成される 2量体のュニッ トを含むポリマーを含むポリマー層を基板の表面に備え、
生体物質捕捉用プローブが、 上記第 1 のモノマーまたは上記第 2のモ ノマーに結合している、 生体物質解析用チップ。
( 1 1 ) 上記ポリマー層が、 ポリ尿素、 ポリアミ ドまたはポリイミ ドを 含む、 上記 (1 0) に記載の生体物質解析用チップ。
( 1 2 ) 上記第 1 のモノマーが 2つの第 1 の官能基を備え、 上記第 2の モノマーが 2つの第 2の官能基を備えており、
上記第 1 のモノマーの第 1 の官能基の 1つと上記第 2のモノマーの第 2の官能基の 1つとが結合することによって、 上記 2量体が形成され、 上記 2量体の残りの第 1の官能基または残りの第 2の官能基が、 それ ぞれ別の 2量体の第 2の官能基または第 1の官能基と結合することによ つて、 上記ポリマーが形成される、 上記 ( 1 0 ) に記載の生体物質解析 用チップ。
( 1 3 ) 上記第 1の官能基がィ ソシアナー ト基であり、 上記第 2の官能 基がアミノ基である、 上記 ( 1 2 ) に記載の生体物質解析用チップ。
( 1 4 )上記第 1のモノマーが N C S— — N C S (R 1は任意の残基) の構造を有するジィ ソシアナ一トモノマーであり、 上記第 2のモノマー が NH2— R 2— NH 2 (R 2は任意の残基) の構造を有するジァミンモ ノマーである、 上記 ( 1 3 ) に記載の生体物質解析用チップ。
( 1 5 )上記第 1のモノマーが — C = 0— O— 0 = C— R 2あるいは R 1 - C = 0- 0- 0 = C - R 2- C = 0- 0 - 0 = C - R 3 ( 〜 は任意の残基) の構造を有する酸無水物であり、 上記第 2のモノマーが NH 2- R 5 -NH2 (R 5は任意の残基) の構造を有するジァミンモノ マーである、 上記 ( 1 0 ) に記載の生体物質解析用チップ。
( 1 6 ) 上記第 1 のモノマーまたは上記第 2のモノマーが、 第 3の官能 基をさらに備え、 '
上記第 3の官能基を介して、 上記生体物質捕捉用プローブが上記第 1 のモノマーまたは上記第 2のモノマーに結合している、 上記 ( 1 0) 〜 ( 1 5 ) のいずれかに記載の生体物質解析用チップ。
( 1 7) 上記第 3の官能基が、 カルボキシル基である、 上記 ( 1 6 ) に 記載の生体物質解析用チップ。
( 1 8 ) 上記第 3の官能基が、 アミノ基である、 上記 ( 1 6 ) に記載の 生体物質解析用チップ。 .
( 1 9 ) 上記生体物質捕捉用プローブがそれに結合した第 4の官能基を 含み、上記第 4の官能基と上記第 3の官能基とが結合することによって、 上記生体物質捕捉用プローブが上記第 1のモノマーまたは上記第 2のモ ノマーに結合している、 上記 ( 1 6 ) 〜 ( 1 8) のいずれかに記載の生 体物質解析用チップ。
( 2 0 ) 上記生体物質捕捉用プローブが、 ポリヌクレオチド、 ポリぺプ チド、 または抗体である、 上記 ( Γ 0) 〜 ( 1 9) のいずれかに記載の 生体物質解析用チップ。
(2 1 ) 上記ポリマー層を含む生体物質解析用エリアが、 上記基板上に アレイ状に形成されている、 上記 ( 1 0) 〜 ( 2 0) のいずれかに記載 の生体物質解析用チップ。
( 2 2 ) 上記 ( 1 0) 〜 ( 2 1 ) のいずれかに記載の生体物質解析用チ ップ、 および上記生体物質捕捉用プローブに結合した生体物質を標識す るための標識物質を含む、 生体物質解析用キッ ト。 ·
( 2 3 ) 上記標識物質が、 粒径が 5〜 3 0 0 n mの範囲の金ナノ粒子を 含む、 上記 (2 2) に記載の生体物質解析用キット。
( 2 4 ) 上記 ( 1 0) 〜 ( 2 1 ) のいずれかに記載の生体物質解析用チ ップを用いて生体物質を解析する工程を含む、 生体物質解析方法。
( 2 5 ) 上記 ( 1 0) 〜 (2 1 ) のいずれかに記載の生体物質解析用チ ップの上記ポリマー層に、 生体物質を含む試料溶液を接触させる工程、 上記ポリマー層に捕捉された生体物質を標識する工程、 および 上記標識された生体物質を検出または定量する工程、
を含む、 上記 (2 4) に記載の方法。 本発明により、 生体物質捕捉用プローブが基板上へ均一に固定された 生体物質解析用チップが提供される。 本発明により、 生体物質捕捉用プ ローブ自体の立体障害による生体物質の捕捉能力の低下の影響を極力な くすることができる。 本発明によれば、 ポリマー層を構成するモノマー の種類を変化させることによって生'体物質捕捉用プローブの密度を制御 することが可能となる。 本発明により、 被験試料中の生体物質の精度の 向上した定量解析が可能となる。 図面の簡単な説明
図 1は、 本発明を実行するに好適な生体物質解析チップの 1例を示す 図である。 図 1 (A) は本発明の一実施形態の生体物質解析チップを示 す平面図、 図 1 (B) は図 1 (A) ·の A— A位置で矢印方向に見た断面 図である。
図 2 (A) は、 基板 1の上面に蒸着重合で形成された第 1のモノマー としてアルキルジィソシアナ一トと第 2のモノマーとしてジァミノフエ ニル酢酸を等モル比で反応させ重合させたポリマー薄膜層 2 1の断面構 造を示す模式図であり、 図 2 (B)' は、 ポリマー薄膜層 2 1の平面構造 を示す模式図である。
図 3は、 基板 1の表面に形成されたポリマー薄膜層 2 1の第三の官能 基 2 6 と D N Aプローブ 3 1の 5 ' 末端部分 3 2の官能基 3 3とが結合 する様子を模式的に示す図である。
図 4 (A) 〜 (D) は、 図:!〜 3に示す基板を用いて、 mRNAを検 出する工程を示す図である。
図 5 (A) 〜 (D) は、 複数の D N Aプローブを同一スポッ ト位置に 固定し、 各スポッ ト位置で DNAプローブを異なるものとした DNAマ イクロアレイを用いて、 raRN Aを検出する工程を示す図である。 発明を実施するための最良の形態
本発明の一つの実施形態によれば、 生体物質捕捉用プローブを備えた 基板を含む生体物質解析用チップが提供される。 この生体物質解析用チ ップは、 第 1のモノマーおよび第 2のモノマーから形成される 2量体の ュエツ トを含むポリマーを含むポリマー層を基板の表面に備える。 生体 物質捕捉用プローブは、 前記第 1のモノマーまたは前記第 2のモノマー に結合してい.る。 ·.
本明細書中、 「生体物質」 とは、 D N A、 R N A (例えば、 遺伝子転 写産物である m R N A ) の様なポリヌク レオチド、 または D N Aの翻訳 産物であるタンパク質もしくはペプチド、 または抗原、 抗体等の生体試 料中の被験物質をいうものとする。
本明細書中、 「ポリマー」 は、 生体物質を捕捉するためのポリマー層 を構成するための化学物質の重合体をいう。 本発明において使用するポ リマーは、 第 1 のモノマーと第 2のモノマーとから形成される 2量体が 最小の繰り返し単位として重合して形成されたへテロポリマーである。 本明細書中、 「生体物質捕捉用プローブ」 は、 生体物質を上記ポリマ 一層に捕捉するための結合手段として機能し、生体物質の種類に応じて、 ポリヌクレオチド、 ポリペプチド、 抗体、 抗原等であり得る。 例えば、 生体物質が m R N Aである場合、 とれとハイブリダィズし得る相補的な 配列を有するポリヌクレオチドが生体物質捕捉用プローブとして使用し 得る。 あるいは、 生体物質が、 抗原である場合には、 これに特異的に結 合する抗体を生体物質捕捉用プローブとして使用することができる。 生 体物質捕捉用プローブは、 典型的には、 上記ポリマー中の第 1のモノマ —または第 2のモノマーに対して、 例えば、 特定の官能基のようなアン カー手段を介して、 結合することによって、 上記ポリマー層と結合する ことができる。
本発明では、 ガラスゃシリコン基板表面の S i — O Hないし S i = 0 あるいは、 金属表面の M e—〇 Hや M e = O (M e :金属原子) のよう な残基に直接反応するようなシラン力ップリングを用いることはしない このような表面に存在する一 O Hや = 0残基は表面状態により存在する 量が異なるので、 本質的に均一な活性基を導入することが困難と考えた からである。 そこで、 基板表面の状態に依存せずに生体物質捕捉用プロ —ブを固定する残基を導入する必要がある。 'これには、 基板表面状態に かかわらず、 ポリマー層を基板表面に導入し、 このポリマ一層が一定間 隔で生体物質捕捉用プローブを固定するための官能基 (第 3の官能基) を持つように設計すればよい。 このとき重要なのは、 いかにして生体物 質捕捉用プロ一ブを固定するための第 3の官能基の間隔をそろえるかで ある。
本発明においては、 2種類のモノマーを重合させて調製するポリマー 層でできた重合生成薄膜を有するものを作成することとする。 これは、 前記ポリマー層が重合用の第 1の官能基を 2箇所に有する第 1のモノマ 一と重合用の第 2の官能基を 2箇所に有する第 2のモノマーを交互に配 するように重合した構造で、 前記第 1のモノマーおよび前記第 2のモノ マーの片方に生体物質捕捉用プローブ結合残基 (第 3の官能基) を持つ 構造をしている。 具体的には、 基板に第 1のモノマーとしてジイソシァ ナート類と第 2のモノマーとしてジアミン類を等モル比で反応させ重合 させる。 このケースでは、 第 1の官能基はイソシアナ一ト基、 第 2の官 能基はァミノ基ということになる。 ジイソシアナ一トとしてはたとえば アルキルジイソシアナ一トゃフエ二レンジィソシアナ一ト類を用いるこ とができる。 また、 生体物質捕捉用プローブ結合用にはジイソシアナ一 ト類かジァミン類の側鎖に第 3の官能基を導入したモノマーを用いれば よい。
例えば、 ジァミン類の側鎖に第 3の官能基としてカルボキシル基を導 入したモノマーを用いる。 これを基板表面で重合させると、 ジイソシァ ナート類とジァミン類が交互に結合したポリマーが得られる。 よって第 3の官能基としてのカルボキシル基はジィソシアナート類とジアミン類 からなる 2量体ュニッ トのジアミン部分の側鎖に存在することになる。 このため、 第 3の官能基を介してポリマー上に一定間隔で生体物質捕捉 用プローブを固定することが可能となる。 このときの重合生成薄膜はポ リ尿素ということになる。 重合条件に関しては、 既存の真空蒸着法を用 いることができるジィソシアナ一ト類とジァミン類の主鎖の長さを調製 することで導入するカルボキシル基 (第 3の官能基) の間隔を調製でき る。 また、 これにより、 従来は表面に官能基 (第 3の官能基) を導入す ることが困難であった金や白金などの電極上にも自在に官能基を持つ薄 膜を形成する;!とができる.。 ·.
基板上に導入したカルボキシル基に対してカルポジィミ ド系の活性化 剤を用いてアミノ基 (第 4の官能基) を有する生体物質捕捉用プローブ を直接固定することができる。 あるいは、 この側鎖カルボキシル基にジ シク口へキシルカルポジィミ ド系の活性化剤存在下でエチレンジァミン を反応させると、 高収率で側鎖カルボキシル基に一級ァミン残基を導入 することができる。 すなわち基板表面には一級アミンがほぼ一定間隔で 並んだ状態となる。 次に Nucleic Acids Research, 27, 1970-1977(1999) および CHEMBI0CHEM2, 686 - 694 (2001)記載の 1, 4一フエ二レンヂイソ チオシアナ一トで一級ァミンを修飾し、 表面にイソチオシアナ一ト基を 導入する。 最後に 5 ' 末端にアミノ基 (第 4の官能基) を有する DNA プローブ (スぺーサ一部 : 5 ' 末端側 1 0塩基プラスターゲットの c D NAと反応する部分 :平均 3 2塩基長) を反応させる。 この反応条件は 上記文献に詳しい。 上記方法で DN Aプローブが約 9 nm間隔で固定さ れた基板が得られる。 このように、 本発明に使用される.「第 3の官能基」 は、 一種類の残基からなるものに限定されず、 複数種の残基の結合また は組み合わせから形成される反応性残基をも意味するものとする。
カルボキシル基をもつポリ尿素を基板上に形成する例のほか、 側鎖に プローブとなるポリヌクレオチドゃぺプチドなどを固定できるような反 応基を導入できる残基を周期的に持つポリマーであればいずれも利用す ることができる。 たとえば、 2種のモノマーの組み合わせが R — C二 0-0-0 = C- R2-^R 1 -C = 0- 0- 0 = C - R2- C = 0- 0- 0 = C -R 3 (R Rgは任意の残基) の構造を有する酸無水物と NH 2— R 5— NH2 (R 5は任意の残基) の構造を有するジァミンモノマー で、 R 5にカルボキシル基を有するジァミノフエ-ル酢酸モノマーを用 いることができる。 酸無水物としては、 4 , 4 ' —へキサフルォロイソ プロピリデンビスフタル酸無水物のような構造のものを用いることがで さる。
このようなポリマーは、 すなわちポリイミ ドである。 ポリイミ ドはー 般的にこのよ.うなビス無水フタル酸とビスァミノ化合物を用いる。 ある いは、 たとえば長カルボキシル基を有するジァミノフエニル酢酸あるい は 1, 1 0—ジァミノデカンのような脂肪族ジァミ ンの脂肪族位置に力 ルボン酸残基を有するモノマーとジ酸クロリ ドモノマーであるテレフタ ロイルジク口リ ドを蒸着重合により基板上に膜形成を行うポリアミ ドを 利用するこ とができる。 プローブ固定用には長鎖脂肪族ジァミンに各種 反応性残基を導入しておけばよい。 蒸着重合と しては既存の方法、 たと えば、 Jpn. J . Appl. Phys. 33, L1721-L1724 (1994) ^ Thin Solid Films, 215, 94-97 (1992)記載の方法に準じて、 使用するモノマーの気化条件を 考慮して行えばよい。 以下、本発明の好適な実施形態について図面を参照しながら説明する。 図 1は本発明を実行するに好適な生体物質解析チップの 1例を示す図 である。 図 1 (A) は本発明の一実施形態にかかる生体物質解析チップ を示す平面図、 図 1 (B) は図 1 (A) の A— A位置で矢印方向に見た 断面図である。
この生体物質解析チップ 1 0 0は、 ガラス基板 1の上面に親和性官能 基を固定するためのポリマー薄膜層 2 1を作成する。 ポリマー層 2 1の 上にはテフロン (登録商標) 層 2 2がプリントされている。 したがって 表面に出ているポリマー層 2 1は図の 2 3のような区画となっている。 この区画は 5 0 X 5 0 μ mで細胞 1個を収納できる。 ポリマー薄膜層 2 1の上には生体物質捕捉用プローブとしてポリ T (T 3 0) を固定し、 m R N Aを網羅的に捕捉するよ うにすることができる。 あるいは、 上記 「発明の開示」 に記載した D N Aプローブ (スぺーサ一部 : 5, 末端側 1 0塩基 +ターゲッ トの m R N Aないし c D Aと反応する部分 : 平均 3 2塩基長) を固定することで特定の m R N Aあるいは c D N Aを捕捉 するようなチップを得ることができる。 もちろん通常の D N Aチップの ように複数の D N Aプローブをスポッ トした構造とする。 ポリマー層 2 1の周りには、 必要に応じて、 試料溶液の周辺への流出を防止するため の仕切り 5が存在する。 仕切り 5は樹脂などで構成され得る。
まず、 基板 1 の上面に形成する親和性官能基を固定するためのポリマ 一薄膜層について説明する。 ポリマー薄膜層 2 1は第 1のモノマーとし てアルキルジィソシアナ一トと第 2のモノマーとしてジァミノフエ-ル 酢酸を等モル比で反応させ重合させる。 すなわちポリマー薄膜と しては 尿素樹脂薄膜という ことになる。 アルキルジィ ソシアナ一トとしては、 例えば、へキサメチレンジイソシアナ一トを用いることができる。また、 第 3の官能基は第 2のモノマーであるジァミノフヱニル酢酸のカルボキ シル基ということになる。 重合条件に関しては、 既存の真空蒸着法を用 いることができる。
このようにして基板上に形成したポリ尿素薄膜 2 1はアルキルジィソ シアナ一トとジァミノフエニル酢酸モノマーが交互に反応して形成する 構造のため、 側鎖のカルボン酸基が比較的そろった間隔で存在すること になる。 アルキル基の長さを調製することで導入するカルボキシル基の 間隔を調製できる。 また、 これにより、 従来は表面に官能基を導入する ことが困難であった金や白金などの電極上にも官能基を持つ薄膜を形成 することができる。 基板上に導入したカルボキシル基に対してカルポジ イミ ド系の活性化剤を用いて第 3の官能基としてアミノ基を有するプロ ーブを直接固定してもよい。 あるいは、 この側鎖カルボキシル基にジシ ク口へキシルカルボジィ ミ ド系の活性化剤存在下でエチレンジァミンを 反応させると、 高収率で側鎖カルボキシル基に一級ァミン残基を導入す ることができる。 すなわち基板表面には一級ァミンがほぼ一定間隔で並 んだ状態となる。
次 に Nuclei c Ac i ds Research, 27, 1970-1977 (1999) お よ び CHEMBI0CHEM2, 686- 694 (2001)記載の 1, 4一フエ二レンヂイ ソチオシ アナ一トで一級ァミンを修飾し、 表面にィソチオシアナ一ト基を導入す る。最後に 5 ' 末端にァミ ノ基を有するポリ T ( T 3 0 ) を反応させる。 この反応条件は上記文献に詳しい。 上記方法でポリ Tが約 9 n m間隔で 固定された基板が得られる。
本実施形態では、 カルボキシル基をもつポリ尿素を基板 1上に形成し て用いたが、 このほかにも、 側鎖にプローブとなるポリヌク レオチドや ペプチドなどを固定できるような反応基を導入できる残基を周期的に持 つポリマーであれば利用することができる。 たとえば、 2種のモノマー の組み合わせが — C = 0— O— 0 = C— R 2— R 3— C =〇一 O— O = C一 R 4の構造を有する酸無水物 (R i〜R 4は任意の残基) と N H 2 一 R 5— N H 2の構造を有するジァミンモノマー(R 5は任意の残基)で、 R 5にカルボキシル基を有するジアミ ノフエニル酢酸モノマーを用いる ことができる。 酸無水物と しては、 4, 4 ' 一へキサフルォロイソプロピ リデンビスフタル酸無水物のよ うな構造のものを用いることができる。 このよ うなポリマーは、 すなわちポリイ ミ ドである。 ポリイ ミ ドは一般 的にこのようなビス無水フタル酸とビスアミノ化合物を用いる。 あるい は、たとえばカルボキシル基を有するジァミノフエニル酢酸あるいは 1 , 1 0—ジァミノデカンのよ うな脂肪族ジァミンの脂肪族位置にカルボン 酸残基を有するモノマーとジ酸クロ リ ドモノマーであるテレフタロイル ジク口 リ ドを蒸着重合により基板上に膜形成を行うポリアミ ドを利用す ることができる。 プローブ固定用には長鎖脂肪族ジァミンに各種反応性 残基を導入しておけばよい。 蒸着重合と しては既存の方法、 たとえば、 Jpn. J . Appl. Phys. 33, L1721-L1724 (.1994) や Thin Sol i d Fi lms, 215, 94-97 (1992)記載の方法に準じて、 使用するモノマーの気化条件を考慮 して行えばよい。
図 2 ( A ) は、 基板 1 の上面に蒸着重合で形成された第 1 のモノマー としてァノレキルジィソシアナ一トと第 2のモノマーとしてジァミノフエ ニル酢酸を等モル比で反応させ重合させたポリマー薄膜層 2 1の断面構 造を示す模式図であり、 図 2 ( B ) は、 ポリマー薄膜層 2 1の平面構造 を示す模式図である。
ポリマー薄膜層 2 1は、 第 1のモノマー部分 2 2 と第 2のモノマー部 分 2 3が、 第 1のモノマー部分 2 2の第 1の官能基 2 4と第 2のモノマ 一部分 2 3の第 2の官能基 2 5 とがお互いに連結し、 交互に重合した二 つのモノマーの連鎖構造となっている。 第 2のモノマー部分 2 3には側 鎖として第 3の官能基 2 6が存在する。 ポリマー層薄膜 2 1は基板表面 との間での弱い結合 2 7 と、 基板 1のガラス表面のシラノール基とポリ マー側の官能基のパイ電子がごく一部分で共有結合した状態 2 8でアン 力リングしていると推定される。 図 2 ( B ) を参照して分かるように、 第 1のモノマー部分 2 2の第 1の官能基 2 4と第 2のモノマ一部分 2 3 の第 2の官能基 2 5 とがお互いに連結し、 交互に重合した二つのモノマ 一の連鎖構造は、 全てが、 平行に整然と並ぶわけではないので、 第 3の 官能基 2 6力 S、 均等に、 整然と配列されるわけではない。 すなわち、 図 2 ( B ) に示すように、 反転したもの、 傾いたものが混在する。 しかし、 第 3の官能基 2 6を有する第 2のモノマー部分 2 3は、 第 1のモノマー 部分 2 2を介在させて配列されることになるので、第 3の官能基 2 6力 むやみに集まったり、閑散と分布してしまったりすることは防止できる。 図 3は、 基板 1の表面に形成されたポリマー薄膜層 2 1の第 3の官能 基 2 6と D N Aプローブ 3 1の 5 ' 末端部分 3 2の第 4の官能基 3 3と が結合する様子を模式的に示す図である。 官能基 3 3は、 アミノ基、 力 ルポキシル基などで構成される。 例えば、 官能基 2 6がカルボキシル基 である場合には、 官能基 3 3は、 ァミノ基が使用され得る。 あるいは、 例えば、 官能基 2 6がァミノ基である場合には、 官能基 3 3は、 カルボ キシル基が使用され得る。 第 3の官能基および第 4の官能基の組み合わ せはここに例示したものに限定されない。 ここで、 ポリマー薄膜層 2 1 は、 第 1のモノマー 2 2と第 2のモノマー 2 3が交互に重合しているの で、 分子レベルで見ると第 2のモノマー 2 3の側鎖である第 3の官能基 2 6の間隔はほぼ一定となり、 したがって第 3の官能基 2 6に結合する D N Aプローブ 3 1もほぼ一定間隔となる。 もちろんポリマー鎖同士の 2次元的な広がりも考える必要があるが、 側鎖のカルボキシル基 (図 2 (A) では第 3の官能基 2 6に相当) のマイナス荷電の反発力により、 図 2 (B) に示すように、 異なる鎖の間隔もほぼ一定となることが期待 できる。
図 4は、 図.1 — 3に示す基板を甩いて、 mR N Aを検出する工程を示 す図である。図 4 (A)は基板 1の上面のポリマー薄膜層 2 1の上面に、 例えば、 細胞を破砕して得られた試料溶液 4 1を配し、 試料溶液 4 1中 には mRNA4 3やタンパク質 4 5が分散した様子を模視的に示す断面 図である。 溶液 4 1はいわゆる P B Sで E D T Aは含まないものを使用 する。 基板 1の上面のポリマー薄膜層 2 1の表面にプローブ 3 1が固定 されている。 ここではプローブ 3 1はポリ Tからなるものを使用する。 mRN Aが測定対象であるので液滴'中に細胞浸透性の RN a s eインヒ ビターを予め入れておき、 mR N Aの分解を極力防ぐ。
図 4 (B) は、 図 4 (A) の状態から時間が経過した状態を模視的に 示す図である。 時間が経過するのに応じて、 mRNA4 3は基板上のポ リ Tプローブ 3 1にハイプリダイズする。 m R N Aのハイブリダイゼー ションによる基板表面のポリ Aプローブへの捕捉には 4時間程度を要す る。
図 4 (C) は、 基板 1の上面のポリマー薄膜層 2 1の上面のポリ Tプ ローブ 3 1に捕捉された mRN A群 4 3を識別する方法を説明する図で ある。 まず、 図 4 (B) に示すポリ Tプローブ 3 1に捕捉された mRN A群を有する基板 1を 0. 5 % S D Sと 0. l MのN a C l を含む5 0 mMリン酸緩衝液 p H 7. 4で洗浄し、 基板 1上のポリ Tプローブ 3 1 にハイブリダィズしなかった物を除去する。 次いで、 ポリ Tプローブ 3 1にハイブリダィズした mR N A群 4 3は、 種々の異なったものがある ので、 これを識別するための標識プローブの混合溶液 5 1を添加する。 ここでは、 標識プローブとしては異なる粒子径の金ナノ粒子に異なる D N A配列を持つ DN Aプローブを結合させたものを用いる。 図では模式 的に粒径が 5 n mの金ナノ粒子 5 3で標言龍した D N Aプローブ 6 3、 1 0 n mの金ナノ粒子 5 4で標識した D N Aプローブ 6 4、 1 5 n mの金 ナノ粒子 5 5で標識した DN Aプローブ 6 5の 3種を含む溶液 5 1を基 板上に加えた状態を表す。 金ナノ粒子標識 D N Aプローブの非特異的な 吸着を防ぐために、 溶液 5 1は 0. 5 % S D Sと 0. 1 Mの N a C l を 含む 5 0 mM.yン酸緩衝液 p H 7. 4の組成としている。
1時間 4 5 °Cでインキュベーションした後、 同一の緩衝液で洗浄後、 さらに 1 0 mMの N a C 1 を含むクェン酸緩衝液 p H 7で洗浄する。 こ の状態で基板上には、 ポリ Tプローブ 3 1にハイブリダィズした m R N A群とポリ Tプローブ 3 1に捕捉された各 niR N Aにハイブリダイズし た標識プローブ 6 3, 6 4, 6 5が 3体結合した状態になっている。 標 識プローブ 6 3, 6 4 , 6 5には、 走査型電子顕微鏡や操作型原子間力 顕微鏡で容易に識別できる粒子径の'異なる金ナノ粒子標識物 5 3、 5 4、 5 5が結合している。 したがって、 金ナノ粒子 5 3、 5 4、 5 5を、 粒 子径を区別しながらカウントすることで、 基板 1上のポリ Tプローブ 3 1に捕捉された mRN Aの種類と量を測定することができる。
区画 2 1は 5 Χ 5 μ πιと微小なため、 そこに固定できるプローブ数と しては限られた数となってしまう。' 各区画ごとのプローブ固定量を一定 に保と う とすると、 基板表面の状態に固定量が依存するような方法は取 ることができない。 本方法を用いることで、 基板表面のプローブ分子間 隔をほぼ 9 n mに保つことができる。 このため 5 X 5 μ m程度のスポッ トでのプローブ固定量のばらつきは従来法の C V= 3 0 %程度から本発 明により C V = 7 %程度まで少なくすることができる。 次に、 本発明の一実施形態による識別能力について説明する。
基板 1の上面のポリマー薄膜層 2 1の表面にプローブ 3 1が固定され るが、 プロープ 3 1 としてポリ Tを用いることとし、 通常の D NAチッ プの様に複数の配列の D N Aプローブをポリマー薄膜層 2 1の表面にス ポッ トして用いる例を考える。 すなわち、 上述したようにして調製した イソチオシアナ一ト残基がほぼ一定間隔になるように配された表面にィ ンクジエツ ト装置を用いて各プロープをスポッ トする。 スポッ トの大き さは 1 μ m ψ と し、 各スポッ トが 2 mピッチで並んでいるとする。 また、 各スポットに 3種類の捕捉用 D N Aプローブをミクスチヤ一と して固定し、 各々捕捉用プロ一ブに対応する検出用の D N Aプローブに 上述のように 3種類の異なる粒子径のナノ粒子を標識したものを用いる とする。
図 5 (A) に本発明を用いる 3種類の DN Aプローブを同一スポッ ト 位置に固定し、 スポッ トごとに異なる D N Aプローブを固定した D N A マイクロアレイの例を断面図で示す。 基板 1の上には蒸着重合で作成し た反応性残基がほぼ等間隔で並んだ層 2 1の活性基を利用して 3種のプ ローブ 9 2— 1 , 9 2 - 2 , 9 2— 3のグループと、 これらとは異なる 3種のプローブ 9 3— 1 , 9 3 - 2·, 9 3— 3がスポッ トエリア 9 2 と 9 3に別個に固定されている。 試料混合液 9 1 を添加して 2時間 5 0°C でィンキュベーショ ンする。 試料混合液 9 1は 1本鎖状態の c D N A混 合物で、 たとえば白血球由来の mR N A混合物を逆転写して得たもので ある。 溶媒は 0. 5 % S D Sを含む 5 0 mMのリ ン酸緩衝液 (p H 7. 4) である。 反応終了後、 0. 5 % S D Sを含む 5 0 mMのリ ン酸緩衝 液 ( p H 7. 4 ) で洗浄する。
図 5 (B) に基板上の層 2 1の表面のプローブに c DNAが捕捉され た状態を (示す。 異なる c DNA 1 0 2— l, 1 0 2— 2, 1 0 2— 3 がスポッ トエリア 9 2の対応する D N Aプローブにハイプリダイズ、 c DN 1 0 3— 2 , 1 0 3— 3がスポッ トエリア 9 3の対応するプローブ にハイブリダィズしている。 スポッ ト 9 3のプローブ 9 3 - 1に対応し ている c D N Aは試料中に存在しないケースで、 このためいずれのスポ ッ トエリァにもハイブリダイズした痕跡は見られない。
図 5 (C) に、 基板上の層 2 1の表面のプローブに捕捉された c DN Aが 3種の異なる粒子径 5、 1 0、 1 5 mの金ナノ粒子を標識した第 2の DNAプローブ 1 1 2— 1 , 1 1 2— 2, 1 1 2— 3、 1 1 3— 1、 1 1 3— 2、 1 1 2— 3 と反応させるためにリン酸緩衝液 9 5を添加し た状態を示す。 第 2の D N Aプローブはそれぞれ 1本鎖 c D N A 1 0 2 一 1, 1 0 2— 2, 1 0 2— 3 , 1 0 3— 1, 1 0 3— 2, 1 0 3— 3 に相補な配列を有する ( c DNA 1 0 3— 1は試料中に含まれないので 図には描かれていない) 。 反応は 0. 5 % S D Sを含む 5 0 mMのリン 酸緩衝液 (P.H 7. 4) 9 5中で、; 5 5°Cで 3 0分間行う。 金ナノ粒子 標識 DN Aプローブの混合液は予め 9 0°C 5秒加熱し、 5 5 °Cに冷却し て直ちに基板上に滴下する。 0. 5 % S D Sを含む 5 0 mMのリン酸緩 衝液 ( p H 7. 4 ) で洗浄する。
図 5 (D) に、 基板上の各スポッ トエリアに c DNA配列に従い金ナ ノ粒子 1 1 2— 1 , 1 1 2 - 2 , 1 1 2 - 3 , 1 1 3— 2, 1 1 3— 3 で標識した D N Aプローブがハイブリダィズした状態を示す。 操作型電 子顕微鏡か原子間力顕微鏡で基板表面をスキャンして、 各スポッ トエリ ァに結合している金ナノ粒子を粒径別に力ゥントする。
区画 2 1は 5 X 5 μ mと微小なため、 そこに固定できるプロ一ブ数と しては限られた数となってしまう。 各区画ごとに 3種類のプローブを固 定しょうとすると更に固定量のばらつき変動が大きくなる。 本方法を用 いることで、 基板表面のプローブ分子間隔をほぼ 9 nmに保つことがで きる。 3種類のプローブを固定すると、 5 X 5 μ m程度のスポッ トでの プローブ固定量のばらつきは従来法の CV= 4 0%程度から本発明によ り C V = 1 0 %程度まで少なくすることができる。
以上、 本発明の例示的実施形態を説明したが、 種々の変更、 改変、 お よび改良が当業者に容易に想起される。 上記は、 本発明の原理を例示的 に示したものに過ぎず、 当業者であれば、 本発明の範囲および精神から 逸脱することなく、 様々な改変を為し得る。 産業上の利用可能性 本発明により、 細胞内発現している mRN Aゃタンパク質を分子レべ ルで検出できるようになる。 本発明は、 細胞ないし細胞集合体である組 織で発現している遺伝子産物である mRN Aないしタンパク質を定量的 に計測するための生体物質解析チップ、 生体物質解析キッ トおよび生体 物質解析方法等として有用である。

Claims

請求の範囲
1. 基板と、 該基板の一つの表面に所定の生体物質の捕捉用残基 (第 3 の官能基) を有する固体チップであり、 前記基板の一つの表面に 2種類 のモノマーを重合させて調製するポリマー層を有し、 前記ポリマー層の 内、 第 1の官能基を 2箇所に有する第 1のモノマーと重合用の第 2の官 能基を 2箇所に有する第 2のモノマーを実質的に交互に配するように重 合した構造で、 前記第 1のモノマ ^および前記第 2のモノマーの片方に 第 3の官能基を持つ構造であることを特徴とする生体物質解析チップ。
2. 前記第 1のモノマーと第 2のモノマーの組み合わせが N C S— Rェ 一 NC S (R iは任意の残基) の構造を有するジイソシアナ一トモノマ 一と NH2— R2— NH2 (R2は任意の残基) の構造を有するジァミン モノマーでポリマー層とがポリ尿素ある請求項 1記載の生体物質解析チ ップ。
3. 前記第 1のモノマーと第 2のモノマーの組み合わせが R _ C = O 一 O— 0 = C— R2あるいは — C = 0— O— 0 = C— R2_ C = 0— 0-0 = C -R3 (R 〜 3は任意の残基) の構造を有する酸無水物と NH2 - R 5 -NH 2 (R 5は任意の残基) の構造を有するジァミンモノ マーで、 ポリマー層がポリアミ ドないしポリイミ ドある請求項 1または 請求項 2記載の生体物質解析チップ。
4. 前記第 3の官能基がカルボキシル基である請求項 1ないし請求項 3 のいずれかに記載の生体物質解析チップ。 .
5. 前記カルボキシル基にィソチオシァン酸が導入された構造である請 求項 4記載の生体物質解析チップ。
6. 前記カルボキシル基にジァミ ン類を反応させて固体チップ表面にァ ミンを導入し、 前記固体表面に導入したアミンにヂィソチオシアナート 類を反応させて固体チップ表面にィソチオシアナ一ト残基を導入した構 造の請求項 4または請求項 5記載の生体物質解析チップ。
7. 所定の生体物質の捕捉用残基 (第 3の官能基) を有する固体チップ 、 前記固体チップ表面に 2種類のモノマーを重合させて調製するポリ マー層を有し、 少なくても前記ポリマー層が重合用の前記 2つのモノマ 一の内第 1 の官能基を 2箇所に有する第 1 のモノマーと重合用の第 2の 官能基を 2箇所に有する第 2のモノマーを実質的に交互に配するように 重合した構造で、 前記 2つのモノマーの内少なく とも 1種のモノマーに 第 3の官能基を持つ構造で、 前記第 3の官能基に所定の生体物質を捕捉 するための分子 (生体物質捕捉用プローブ) が共有結合で固定した細胞 構成物質解析チップと、 前記第 3の ,官能基に固定した分子に捕捉された 所定の生体物質に結合し該所定の生体物質を特定するための標識物を含 む生体物質とを有することを特徴とする生体物質解析キッ ト。
8 . 前記標識物が 5から 3 0 0 n mのナノ粒子からなる請求項 7記載の 生体物質解析キッ ト。
9 . 所定の生体物質の捕捉用残基 (第 3の官能基) を有する固体チップ 力 前記固体チップ表面に 2種類のモノマーを重合させて調製するポリ マー層を有し、 少なくても前記ポリ'マー層が重合用の前記 2つのモノマ 一の内第 1 の官能基を 2箇所に有する第 1 のモノマーと重合用の第 2の 官能基を 2箇所に有する第 2のモノマーを実質的に交互に配するように 重合した構造で、 前記 2つのモノマーの内少なく とも 1種のモノマーに 第 3の官能基を持つ構造で、 前記第 3の官能基に所定の生体物質を捕捉 するための分子 (生体物質捕捉用プローブ) が共有結合で固定した細胞 構成物質解析チップの表面上の空間に生体物質を含む緩衝液を添加する 工程、 前記細胞構成物質解析チップ表面に存在し共有結合で固定された 生体物質を捕捉するための分子で所定の生体物質を捕捉する工程、 該所 定の生体物質と結合し該所定の生体物質を特定するためのナノ粒子で標 識された生体物質を結合する工程、 細胞構成物質解析チップの表面に固 定されるナノ粒子を計数する工程、 からなることを特徴とする生体物質 解析法。
1 0 . 生体物質捕捉用プローブを備えた基板を含む生体物質解析用チッ プであって、 第 1のモノマ一およぴ第 2のモノマーから形成される 2量体のュニッ トを含むポリマーを含むポリマー層を基板の表面に備え、
生体物質捕捉用プローブが、 前記第 1のモノマーまたは前記第 2のモ ノマーに結合している、 生体物質解析用チップ。
1 1. 前記ポリマー層が、 ポリ尿素、 ポリアミ ドまたはポリイミ ドを含 む、 請求項 1 0に記載の生体物質解析用チップ。
1 2. 前記第 1のモノマーが 2つの第 1の官能基を備え、 前記第 2のモ ノマーが 2つの第 2の官能基を備えており、
前記第 1のモノマーの第 1の官能基の 1つと前記第 2のモノマーの第 2の官能基の 1つとが結合することによって、 前記 2量体が形成され、 前記 2量体の残りの第 1の官能基または残りの第 2の官能基が、 それ ぞれ別の 2量体の第 2の官能基または第 1の官能基と結合することによ つて、 前記ポリマーが形成される、 請求項 1 0に記載の生体物質解析用 チップ。
1 3. 前記第 1の官能基がイソシァ'ナート基であり、 前記第 2の官能基 がァミノ基である、 請求項 1 2に記載の生体物質解析用チップ。
1 4. 前記第 1のモノマーが NC S— R — NC S は任意の残基) の構造を有するジィソシアナ一トモノマーであり、 前記第 2のモノマ一 が NH2— R 2— NH2 (R 2は任意の残基) の構造を有するジァミンモ ノマーである、 請求項 1 3に記載の生体物質解析用チップ。
1 5. 前記第 1のモノマーが — C = 0— O— 0 = C— R2あるいは R 1 -C = 0- 0- 0 = C- R2-C = 0- 0- 0 = C- R3 (R1〜R3は 任意の残基) の構造を有する酸無水物であり、 前記第 2のモノマーが N H2-R5-NH2 (R 5は任意の残基) の構造を有するジァミ ンモノマ 一である、 請求項 1 0に記載の生体物質解析用チップ。
1 6. 前記第 1のモノマーまたは前記第 2のモノマーが、 第 3の官能基 をさらに備え、
前記第 3の官能基を介して、 前記生体物質捕捉用プローブが前記第 1 のモノマーまたは前記第 2のモノマーに結合している、 請求項 1 0〜 1 5のいずれかに記載の生体物質解析用チップ。
1 7 . 前記第 3の官能基が、 カルボキシル基である、 請求項 1 6に記載 の生体物質解析用チップ。
1 8 . 前記第 3の官能基が、 アミノ基である、 請求項 1 6に記載の生体 物質解析用チップ。
1 9 . 前記生体物質捕捉用プローブがそれに結合した第 4の官能基を含 み、 前記第 4の官能基と前記第 3の官能基とが結合することによって、 前記生体物質揷捉用プローブが前記第 1のモノマーまたは前記第 2のモ ノマーに結合している、 請求項 1 6〜 1 8のいずれかに記載の生体物質 解析用チップ。
2 0 . 前記生体物質捕捉用プローブが、 ポリヌクレオチド、 ポリぺプチ ド、 または抗体である、 請求項 1 0〜 1 9のいずれかに記載の生体物質 解析用チップ。
2 1 . 前記ポリマー層を含む生体物質解析用エリアが、 前記基板上にァ レイ状に形成されている、 請求項 1 ' 0〜 2 0のいずれかに記載の生体物 質解析用チップ。
2 2 . 請求項 1 0〜 2 1のいずれかに記載の生体物質解析用チップ、 お よび前記生体物質捕捉用プローブに結合した生体物質を標識するための 標識物質を含む、 生体物質解析用キッ ト。
2 3 . 前記標識物質が、 粒径が 5〜 3 0 0 n mの範囲の金ナノ粒子を含 む、 請求項 2 2に記載の生体物質解析用キッ ト。
2 4 . 請求項 1 0〜 2 1のいずれかに記載の生体物質解析用チップを用 いて生体物質を解析する工程を含む、 生体物質解析方法。
2 5 . 請求項 1 0〜 2 1のいずれかに記載の生体物質解析用チップの前 記ポリマー層に、 生体物質を含む試料溶液を接触させる工程、
前記ポリマー層に捕捉された生体物質を標識する工程、 および 前記標識された生体物質を検出または定量する工程、
を含む、 請求項 2 4に記載の方法。
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Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JP2012504412A (ja) * 2008-10-01 2012-02-23 コーニンクレッカ フィリップス エレクトロニクス エヌ ヴィ 支持体上の核酸の検査及び品質管理方法

Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JP2004226361A (ja) 2003-01-27 2004-08-12 Utsue Valve Service Kk 排水トラップ
JP2004297194A (ja) 2003-03-25 2004-10-21 Sumitomo Electric Ind Ltd リング型lanの断線検出方法、リング型lanシステム、及びリング型lanシステムの中継局
JP2004318770A (ja) 2003-04-10 2004-11-11 Takasago Dento Kogyo Kk 不法侵入者作業妨害装置

Family Cites Families (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JP3829491B2 (ja) * 1998-08-27 2006-10-04 株式会社日立製作所 プローブチップ、プローブチップ作成方法、試料検出方法、及び試料検出装置
US20040132166A1 (en) * 2001-04-10 2004-07-08 Bioprocessors Corp. Determination and/or control of reactor environmental conditions
AU2002330851A1 (en) * 2001-06-06 2002-12-23 Reytech Corporation Functionalized fullerenes, their method of manufacture and uses thereof

Patent Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JP2004226361A (ja) 2003-01-27 2004-08-12 Utsue Valve Service Kk 排水トラップ
JP2004297194A (ja) 2003-03-25 2004-10-21 Sumitomo Electric Ind Ltd リング型lanの断線検出方法、リング型lanシステム、及びリング型lanシステムの中継局
JP2004318770A (ja) 2003-04-10 2004-11-11 Takasago Dento Kogyo Kk 不法侵入者作業妨害装置

Non-Patent Citations (13)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
ANALYTICAL BIOCHEMISTRY, vol. 202, 1992, pages 120 - 125
CHEMBIOCHEM, vol. 2, 2001, pages 686 - 694
CLIN. CHEM., vol. 37, 1991, pages 1534 - 1539
JPN. J. APPL. PHYS., vol. 33, 1994, pages L1721 - L1724
KIRA A. ET AL.: "Direct formation of homogeneous DNA-probe surface on polyimide thin film by vapor deposition polymerization", MICROPROCESSES AND NANOTECHNOLOGY CONFERENCE (ISSS-4), no. 27P-7-51, 26 October 2005 (2005-10-26) - 28 October 2005 (2005-10-28), pages 204, XP010894475 *
KIRA A. ET AL.: "Homogeneous DNA-probe surface on polymer thin film on glass chip by vapor deposition polymerization", INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON SURFACE SCIENCE AND NANOTECHNOLOGY (ISSS-4), no. P1-143, 14 November 2005 (2005-11-14) - 17 November 2005 (2005-11-17), pages 184, XP003024493 *
KIRA A. ET AL.: "Kin'itsu na Probe Koteika Yo Hyomen to shite no Jochaku Hugo ni yoru Poly Nyosomaku no Hyola", DAI 43 KAI THE BIOPHYSICAL SOCIETY OF JAPAN KOEN YOKOSHU, no. 2P322, 23 November 2005 (2005-11-23) - 25 November 2005 (2005-11-25), XP003024494 *
KIRA A. ET AL.: "Quantitative evalution of polyurea thin film method by vapor deposition polymerization for formation of uniformly arranged even interval reactive substrates on DNA chip.", BIOPHYS. J. (50TH BIOPHYSICAL SOCIETY MEETING ABSTRACTS), vol. 90, no. 1444-POS, 2006, XP003024495 *
NUCLEIC ACIDS RESEARCH, vol. 27, 1999, pages 1970 - 1977
PROC. NATL. ACAD. SCI. USA, vol. 93, 1996, pages 4613 - 4918
SCIENCE, vol. 251, 1991, pages 767 - 773
See also references of EP2133422A4
THIN SOLID FILMS, vol. 215, 1992, pages 94 - 97

Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JP2012504412A (ja) * 2008-10-01 2012-02-23 コーニンクレッカ フィリップス エレクトロニクス エヌ ヴィ 支持体上の核酸の検査及び品質管理方法

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