TWI472344B - RNA干擾(RNAi)所媒介之與腫瘤壞死因子α(TNFα)相關之病況的抑制作用 - Google Patents
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Description
本申請案主張2006年5月19日提申之共審查美國臨時專利申請案編號60/801,788,名為RNA干擾(RNAi)所媒介之與腫瘤壞死因子α-(TNFα)相關之病況的抑制作用,的利益,其之內文係特別地於本文中被併入以作為參考資料。
本發明係關於干擾RNA組成物用於靜默腫瘤壞死因子α(TNFα)的領域,其係藉由靜默TNFα細胞表面受體TNF受體-1(TNFR1)mRNA,或TNFα轉化酵素(TACE/ADAM17)mRNA。靜默此等TNFα標的對於具有一種TNFα相關的病況或處於發展此一病況的風險下之病人的治療是有用的。
發炎一般而言是以一種標準的抗發炎的攝生法予以治療,包括類固醇及/或非類固醇抗發炎藥(NSAIDS)。過敏性結膜炎、眼睛發炎、皮膚炎、鼻炎,以及氣喘在歷史上已經以一種口部的、鼻內的或是局部的抗組織胺的攝生法予以治療,除了或是口部的或鼻內的類固醇之外。全身性的治療典型地需要更高的濃度之要被投藥的藥物化合物的以提供一種有效的濃度以到達需要的治療位置。抗組織胺化合物被知道具有中樞神經系統活性;睡意和黏膜的乾燥是抗組織胺使用之一種常見的副作用。類固醇和NSAIDS具有潛在的副作用,包括:眼內壓增加、白內障、青光眼或是角膜融解。
乾眼症,也知道為乾性結膜炎(conjunctivitis sicca)或乾性角膜結膜炎(keratoconjunctivitis sicca),是一種常見的眼科異常涉及眼睛前的淚膜(pre-ocular tear film)的瓦解,導致該眼睛的暴露的外表面之脫水。迄今,乾眼症已經以人工淚液之局部的投藥予以治療。此等溶液的一些含有類似黏膜的(mucomimetic)物質以暫時地取代或是補充黏蛋白缺失的病人體內之黏蛋白層。甲基潑尼松龍(methylprednisolone)的使用已經被提議於一種短期的“脈衝”治療中以治療乾眼症的惡化。被提議的“脈衝”療法對於避免與發炎病況之傳統的類固醇療法有關的併發症,例如:增加的眼內壓和白內障的形成,是需要的。
該細胞激素TNFα是乾眼症和葡萄膜炎的抗發炎療法之一種標的。於一種淚腺發炎誘發的乾眼症之兔的模式中,角膜染色的抑制和淚液瓦解時間(tear breakup time)的恢復已經藉由眼部表面TNFα的位準之特定的調整予以達成。乾眼症療法係藉由抑制TNFα合成(RDP58)或藉由利用一種單株抗體(REMICADE)或是一種可溶性受體(ENBREL)而專一地中和TNFα而產生。各個此等針對治療之TNFα導致以局部的眼部抗發炎類固醇獲得的功效的位準。
McSwiggen等人之美國專利公開案2005/0227935,公開於2005年10月13日,係關於之RNA干擾媒介TNF和TNF受體基因的表現之抑制作用。然而,該公開案沒有教示任何如本文中提供的RNA干擾之特定的標的序列。
本發明之實施例滿足本技藝中對於乾眼症和發炎之另外的製劑和治療方法的需要以及提供其等之任擇的療法。
本發明之實施例提供一種TNFα相關的病況之高度有效能且有效的治療、預防或干預,而沒有與類固醇或是NSAIDS有關的副作用。於一種態樣中,本發明的方法包括治療具有一種TNFα相關的病況或是處於發展一種TNFα相關的病況的風險之一個個體,其係藉由投藥靜默TACE mRNA或TNFR1 mRNA的表現之干擾RNA,從而各別地干擾該前驅體至TNFα的蛋白質分解加工,或是干擾TNFα與其之細胞表面受體的結合,藉此減弱TNFα的活性以及預防關於細胞凋亡(apoptosis)和發炎之一級聯的事件。
一種TNFα相關的病況包括以下病況,例如:乾眼症和TNFα相關的免疫病況。一種TNFα相關的免疫病況包括以下病況,例如:眼睛發炎、過敏性結膜炎、皮膚炎、鼻炎,和氣喘,舉例而言,以及包括起因於TNFα的活性之該等細胞的變化,其直接或間接地導致該TNFα相關的免疫病況。一種TNFα相關的病況特別地包括TNFα相關的眼部病況,例如:乾眼症、過敏性結膜炎,和眼睛發炎。於本文中提供的干擾RNA提供用於靜默該TNFα對準TACE mRNA或TNFR1 mRNA,而避免由於非專一性製劑之非所欲的副作用。
一種減弱該個體的TACE mRNA的表現之方法是本發明的一個實施例。該方法包含投藥一種組合物至該個體,該組合物包含具有19至49個核苷酸的一長度之一有效量的干擾RNA和一種藥學上可接受的載劑,該干擾RNA包含與一個mRNA的3'端之倒數第二的13個核苷酸具有至少90%的序列互補性,或是至少90%的序列同一性之至少13個連續的核苷酸的一個區域,該mRNA係對應於序列辨識編號:3、序列辨識編號:14-序列辨識編號:58,以及序列辨識編號:155-序列辨識編號:201的任何一個。TACE mRNA的表現因此被減弱。
一種於需要該治療之一個個體體內治療一種TNFα相關的病況的方法是本發明的一個實施例。該方法包含投藥一種組合物至該個體,該組合物包含具有19至49個核苷酸的一長度之一有效量的干擾RNA,和一種藥學上可接受的載劑,其中該干擾RNA包含與一個mRNA的3'端之倒數第二的13個核苷酸具有至少90%的序列互補性,或是至少90%的序列同一性之至少13個連續的核苷酸的一個區域,該mRNA係對應於序列辨識編號:3、序列辨識編號:14-序列辨識編號:58,以及序列辨識編號:155-序列辨識編號:201的任何一個。該TNFα相關的病況因此被治療。
於本發明的又另一個實施例中,一種藉由減弱該個體的TACE mRNA或是TNFR1 mRNA的表現而減弱一個個體的TNFα的活性的方法包含:投藥一種包含具有的一長度之一有效量的19至49個核苷酸之干擾RNA和一種藥學上可接受的載劑之組合物至該個體,以及該干擾RNA包含一種意義核苷酸股、一種反義核苷酸股,和至少19個核苷酸之至少接近完美的連續互補的一個區域,該反義股在生理條件之下雜交至對應於序列辨識編號:1的mRNA的一個部分,其包含:核苷酸297,333,334,335,434,470,493,547,570,573,618,649,689,755,842,844,846,860,878,894,900,909,910,913,942,970,984,1002,1010,1053,1064,1137,1162,1215,1330,1334,1340,1386,1393,1428,1505,1508,1541,1553,1557,1591,1592,1593,1597,1604,1605,1626,1632,1658,1661,1691,1794,1856,1945,1946,1947,1958,2022,2094,2100,2121,2263,2277,2347,2349,2549,2578,2595,2606,2608,2629,2639,2764,2766,2767,2769,3027,3028,3261,3264,3284,3313,3317,3332,或3337,或是該反義股在生理條件之下雜交至對應於序列辨識編號:2的mRNA的一個部分,其係開始於核苷酸124,328,387,391,393,395,406,421,423,444,447,455,459,460,467,469,470,471,475,479,513,517,531,543,556,576,587,588,589,595,601,602,611,612,651,664,667,668,669,677,678,785,786,788,791,792,804,813,824,838,843,877,884,929,959,960,961,963,964,965,970,973,974,1000,1002,1013,1026,1053,1056,1057,1058,1161,1315,1318,1324,1357,1360,1383,1393,1420,1471,1573,1671,2044,2045,2046,2047,2048,2089,2090,2091,2092,或2098。TACE mRNA的表現於該等實施例中被減弱,於該處該反義股雜交至對應於如上舉出之序列辨識編號:1的mRNA的一個部分。TNFR1 mRNA的表現於該等實施例中被減弱,於該處該反義股雜交至對應於如上舉出之序列辨識編號:2的mRNA的一個部分。
一種於需要該治療之一個個體體內治療一種TNFα相關的病況的方法是本發明的一個實施例,該方法包含投藥一種組合物至該個體,該組合物包含具有19至49個核苷酸的一長度之一有效量的干擾RNA,和一種藥學上可接受的載劑,該干擾RNA包含一種意義核苷酸股、一種反義核苷酸股,和至少19個核苷酸之至少接近完美的連續互補的一個區域;其中該反義股在生理條件之下雜交至對應於序列辨識編號:1的mRNA的一個部分,其包含:核苷酸297,333,334,335,434,470,493,547,570,573,618,649,689,755,842,844,846,860,878,894,900,909,910,913,942,970,984,1002,1010,1053,1064,1137,1162,1215,1330,1334,1340,1386,1393,1428,1505,1508,1541,1553,1557,1591,1592,1593,1597,1604,1605,1626,1632,1658,1661,1691,1794,1856,1945,1946,1947,1958,2022,2094,2100,2121,2263,2277,2347,2349,2549,2578,2595,2606,2608,2629,2639,2764,2766,2767,2769,3027,3028,3261,3264,3284,3313,3317,3332,或是337。該TNFα相關的病況因此被治療。
一種於需要該治療之一個個體體內治療一種TNFα相關的眼部病況的方法是本發明的一個實施例,該方法包含投藥一種組合物至該個體,該組合物包含具有19至49個核苷酸的一長度之一有效量的干擾RNA,和一種藥學上可接受的載劑,該干擾RNA包含一種意義核苷酸股、一種反義核苷酸股,和至少19個核苷酸之至少接近完美的連續互補的一個區域;其中該反義股在生理條件之下雜交至對應於序列辨識編號:2的mRNA的一個部分,其包含:核苷酸124,328,387,391,393,395,406,421,423,444,447,455,459,460,467,469,470,471,475,479,513,517,531,543,556,576,587,588,589,595,601,602,611,612,651,664,667,668,669,677,678,785,786,788,791,792,804,813,824,838,843,877,884,929,959,960,961,963,964,965,970,973,974,1000,1002,1013,1026,1053,1056,1057,1058,1161,1315,1318,1324,1357,1360,1383,1393,1420,1471,1573,1671,2044,2045,2046,2047,2048,2089,2090,2091,2092,或2098。該TNFα相關的病況因此被治療。
一種具有19至49個核苷酸的一長度之第二干擾RNA於一個進一步的實施例中也能被投藥至該個體;該第二干擾RNA包含:一種意義核苷酸股、一種反義核苷酸股,和至少19個核苷酸之至少接近完美的互補的一個區域,其中該第二干擾RNA的該反義股在生理條件之下雜交至對應於包含如上舉出的一核苷酸之序列辨識編號:1的mRNA的一個部分,或是在該處該反義股在生理條件之下雜交至對應於序列辨識編號:2的mRNA的一個部分,其係開始於核苷酸124,328,387,391,393,395,406,421,423,444,447,455,459,460,467,469,470,471,475,479,513,517,531,543,556,576,587,588,589,595,601,602,611,612,651,664,667,668,669,677,678,785,786,788,791,792,804,813,824,838,843,877,884,929,959,960,961,963,964,965,970,973,974,1000,1002,1013,1026,1053,1056,1057,1058,1161,1315,1318,1324,1357,1360,1383,1393,1420,1471,1573,1671,2044,2045,2046,2047,2048,2089,2090,2091,2092,或2098。
當一種第一干擾RNA對準序列辨識編號:1時,該第二干擾RNA可以對準序列辨識編號:1或序列辨識編號:2,以及相反地,當一種第一干擾RNA對準序列辨識編號:2時,該第二干擾RNA可以對準序列辨識編號:1或序列辨識編號:2。於進一步的實施例中,一種第三、第四,或是更多個干擾RNA可以被投藥。
本發明的一個另外的實施例是一種於需要該治療之一個個體體內治療一種TNFα相關的病況的方法,該方法包含投藥一種組合物至該個體,該組合物包含一種經由RNA干擾而向下調控一種TACE基因的表現之雙股的siRNA分子,其中該siRNA分子的各股以長度獨立地是大約19至大約27個核苷酸;以及該siRNA分子的一股包含一種核苷酸序列,其係具有實質的互補於對應於該TACE基因的一個mRNA,藉此該siRNA分子經由RNA干擾而指示該mRNA的***。
本發明的一個另外的實施例是一種於需要該治療之一個個體體內治療一種TNFα相關的眼部病況的方法,該方法包含投藥一種組合物至該個體,該組合物包含一種經由RNA干擾而向下調控一種TNFR1基因的表現之雙股的siRNA分子,其中該siRNA分子的各股以長度獨立地是大約19至大約27個核苷酸;以及該siRNA分子的一股包含一種核苷酸序列,其係具有實質的互補於對應於該TNFR1基因的一個mRNA,藉此該siRNA分子經由RNA干擾而指示該mRNA的***。
一種減弱該個體的TACE mRNA之表現的方法是一個進一步的實施例,該方法包含投藥含有一有效量的一種單股干擾RNA和一種藥學上可接受的載劑之一種組合物至該個體。該單股干擾RNA具有19至49個核苷酸的一長度以及在生理條件之下雜交至對應於序列辨識編號:1的mRNA的一個部分,其包含:核苷酸297,333,334,335,434,470,493,547,570,573,618,649,689,755,842,844,846,860,878,894,900,909,910,913,942,970,984,1002,1010,1053,1064,1137,1162,1215,1330,1334,1340,1386,1393,1428,1505,1508,1541,1553,1557,1591,1592,1593,1597,1604,1605,1626,1632,1658,1661,1691,1794,1856,1945,1946,1947,1958,2022,2094,2100,2121,2263,2277,2347,2349,2549,2578,2595,2606,2608,2629,2639,2764,2766,2767,2769,3027,3028,3261,3264,3284,3313,3317,3332,是3337,以及該干擾RNA具有與對應於序列辨識編號:1之mRNA的雜交部分之至少接近完美的連續互補的一個區域。TACE mRNA的表現藉此被減弱。
本發明包括作為一個進一步的實施例之包含一種干擾RNA的一種組合物,該干擾RNA具有19至49個核苷酸的一長度,且包含對應於序列辨識編號:3,序列辨識編號:14-序列辨識編號:58,和序列辨識編號:155-序列辨識編號:201,或是其之一互補物的任何一個之一種核苷酸序列;以及一種藥學上可接受的載劑。
本發明包括作為一個進一步的實施例之包含一種干擾RNA的一種組合物,該干擾RNA主要由對應於序列辨識編號:59-序列辨識編號:69,序列辨識編號:71-序列辨識編號:92,和序列辨識編號:94-序列辨識編號:154,或是其之一互補物的任何一個的一種核苷酸序列所組成;以及一種藥學上可接受的載劑。
如本文中所說明的該等實施例於一種用於減弱TACE mRNA或TNFR1 mRNA的表現的藥物之製備的任何用途作為一種減弱TNFα的活性的方法以及藉此治療一種本文中提出的TNFα相關的病況也是本發明的一個實施例。
為了如上列舉的方式與本發明的其他的優點和目的被獲得,以上簡要地說明的本發明之一種更特定的說明將參照其之特定的實施例而被提出,其等係被闡釋於附隨的圖示中。瞭解到此等圖示只描寫本發明的典型實施例以及因而不被認為是其之範疇的限制,本發明將以額外的明確性和細節、經由利用附圖予以說明,其中:第1圖提供以TNFR1 siRNAs #1,#2,#3,和#4,以及一種無RISC的對照siRNA,各10 nM、1 nM,和0.1 nM;10 nM之一種非對準的對照siRNA(NTC2);以及一種緩衝液的對照(-siRNA)予以轉染的GTM-3細胞之一種TNFR1西方墨點。箭頭指示55-kD之一種TNFR1和42-kDa之肌動蛋白帶的位置。
被列舉於本文中之參考資料,其等提供例示的過程或是其他的於本文中提出的該等細節之補充的程度,被具體地併入以作為參考資料。
本技藝中具有通常技藝的那些人,按照本揭示,將明瞭於本文中所揭示的實施例之明顯的修飾的能被做到而不背離本發明的精神和範疇。於本文中所揭示的實施例的全部能按照本揭示、在沒有過度實驗的情況下被做到且執行。本發明的全部範疇被置於本揭示以及其之均等的實施例中。本說明書不應被解釋成不適當地限制本發明有權力保護的完整範疇。
於本文中顯示的細節係經由實施例且僅僅為了本發明之較佳實施例的闡釋討論之目的,以及為了提供據信是最有用的事物和容易地瞭解本發明的各種實施例之原理與概念的態樣之說明的緣故而被呈現。就這一點而言,比本發明的基本的瞭解所需要的細節更詳盡之本發明的結構上的細節沒有企圖要顯示,詳細說明與圖示及/或實施例一起使得本發明的數種形式可以如何實際被實施對於本技藝中具有技藝的那些人是明顯的。
以下的定義和解釋係意指且意欲於任何進一步的解釋中是控制的,除非於以下的實施例中被清楚和明確地修飾,或是當意義的應用使得任何解釋無意義或是實質上無意義時。於該術語的解釋會使其無意義或是實質上無意義的情況下,定義應由Webster's Dictionary,第3版中取得。
如本文中所使用的,全部的百分比是以重量計之百分比,除非另外陳述。
如本文中所使用的以及除非另外指出,該等術語“一(a)”和“一(an)”是用來意指“一個”,“至少一個”或“一或多種”。
術語“乾眼症”,也知道為乾性結膜炎(conjunctivitis sicca)或乾性角膜結膜炎(keratoconjunctivitis sicca),是一種涉及眼前的淚膜之瓦解的常見的眼科異常,導致眼睛暴露的外表面之脫水。
本文中所使用的術語“眼睛發炎”,包括虹膜炎、葡萄膜炎、上鞏膜炎、鞏膜炎、角膜炎、眼內炎、眼瞼發炎,和醫源性發炎病況,舉例而言。
本文中所使用的術語“過敏性結膜炎”係提及結膜的發炎,其係內襯於眼瞼且覆蓋鞏膜的暴露表面之脆弱的膜。術語“過敏性結膜炎”包括,舉例而言,異位性(atopic)角膜結膜炎、***突結膜炎、枯草熱結膜炎、常年性過敏性結膜炎,和春季角膜結膜炎。
本文中所使用的術語“皮膚炎”係提及皮膚的發炎以及包括,舉例而言,過敏性接觸性皮膚炎、蕁麻疹、缺脂性皮膚炎(於下肢的乾燥皮膚)、異位性皮膚炎,接觸性皮膚炎包括:刺激性接觸性皮膚炎和野葛(urushiol)誘發的接觸性皮膚炎、濕疹、重力性皮膚炎(gravitational dermatitis)、錢幣狀皮膚炎、外耳炎、口圍皮膚炎,以及脂漏性皮膚炎。
本文中所使用的術語“鼻炎”係提及鼻子黏膜的發炎以及包括,舉例而言,過敏性鼻炎、異位性鼻炎、刺激性鼻炎、嗜伊紅性非過敏性鼻炎、藥物性鼻炎,以及嗜中性鼻竇炎。
本文中所使用的術語“氣喘”係提及空氣通道的發炎,其導致自鼻子和嘴輸送空氣至肺部的氣道的狹窄化以及包括,舉例而言,過敏性氣喘、異位性氣喘、異位性支氣管性IgE-媒介的氣喘、支氣管性氣喘、細支氣管炎(bronchiolytis)、氣腫性氣喘、自發性氣喘、運動誘發的氣喘、由環境因子造成的外因性氣喘、初發的氣喘、由病理生理障礙造成的內因性氣喘、非過敏性氣喘、非異位性氣喘,以及氣喘嬰兒症候群(wheezy infant syndrome)。
片語“與對應於(一種序列鑑定儀)的任何一個之一個mRNA的3'端之倒數第二的13個核苷酸具有至少90%的序列互補性,或是至少90%的序列同一性之至少13個連續的核苷酸的一個區域”允許一個核苷酸取代。2個核苷酸取代(亦即,11/13=85%同一性/互補)是不被包括於此一片語的。
術語“同一性百分比”說明於一種第一核酸分子中之連續的核苷酸的百分比,其係與一種第二核酸分子中之相同長度的一組連續的核苷酸相同。術語“互補百分比”說明於一種第一核酸分子中之連續的核苷酸的百分比,其係於華生-克里克(Watson-Crick)意義上能與一種第二核酸分子中之一組連續的核苷酸鹼基配對。
如本文中所使用的,術語“雜交”意指和提及一種方法,其中具有互補的或是接近互補的鹼基序列之單股核酸互相作用以形成被稱為雜化物(hybrid)之氫鍵結的錯合物。雜交反應是敏感且選擇性的。活體外,雜交的專一性(亦即,嚴苛)是舉例而言,藉由預雜交和雜交溶液內的鹽或是甲醯胺的濃度,以及藉由雜交溫度予以控制的;此等程序是本技藝中熟知的。特別地,嚴苛係藉由降低鹽的濃度、增加甲醯胺的濃度,或是升高雜交溫度而被增加。
舉例而言,高嚴苛的條件能發生在37℃至42℃、於大約50%的甲醯胺下。降低的嚴苛條件能發生在30℃至35℃、於大約35%至25%的甲醯胺下。雜交嚴苛的條件之實例係被提供於Sambrook,J.,1989,Molecular Cloning:A Laboratory Manual
,Cold Spring Harbor Laboratory Press,Cold Spring Harbor,N.Y。進一步的嚴苛的雜交條件之實例包括400 mM NaCl,40 mM PIPES pH 6.4,1 mM EDTA,50℃或70℃歷時12-16小時接著清洗,或是於1XSSC內在70℃或是於1XSSC、50%的甲醯胺內在50℃下雜交,接著於0.3XSSC內在70℃下清洗,或是於4XSSC內在70℃或於4XSSC、50%的甲醯胺內在50℃下雜交,接著於1XSSC內在67℃下清洗。關於雜交之溫度是低於該雜化物的熔化溫度(Tm
)大約5-10℃,長度介於19和49個鹼基對之間的雜化物之Tm
係利用以下的計算予以決定:Tm
℃=81.5+16.6(log10
[Na+])+0.41(% G+C)-(600/N),N是於該雜化物內的鹼基數目,以及[Na+]是於該雜交緩衝液中之鈉離子的濃度。
除非另外指出,本文中所列舉的核酸序列係以一種於5'至3'的方向書寫。本文中所使用的術語“核酸”係提及DNA或RNA或是其之一種經修飾的形式,包含存在於DNA(腺嘌呤“A”、胞嘧啶“C”、鳥糞嘌呤“G”、胸腺嘌呤“T”)或是RNA(腺嘌呤“A”、胞嘧啶“C”、鳥糞嘌呤“G”、尿嘧啶“U”)中之嘌呤或嘧啶鹼基。本文中提供的干擾RNA可以包含“T”鹼基,特別地在3'端,即使“T”鹼基不天然地存在於RNA內。“核酸”包括術語“寡核苷酸”和“聚核苷酸”以及能提及一種單股的分子或一種雙股的分子。一種雙股的分子係藉由介於A和T鹼基、C和G鹼基之間,以及介於A和U鹼基之間的華生-克里克鹼基配對予以形成。一種雙股的分子的股可以具有部分的、實質的或是完全的彼此互補以及將形成一種雙股雜化物,其之結合力量係取決於該序列鹼基的本質和互補的程度。
一個mRNA序列係容易地自對應的DNA序列的序列演繹出。舉例而言,序列辨識編號:1提供對應於TACE的mRNA之DNA的意義股序列。以“U”鹼基取代“T”鹼基的mRNA序列與DNA意義股序列是一樣的。因而,TACE的mRNA序列係由序列辨識編號:1得知以及TNFR1的mRNA係由序列辨識編號:2得知。
RNA干擾(RNAi)是一種方法,藉由其雙股的RNA(dsRNA)被使用來靜默基因的表現。縱然不希望被理論所束縛,RNAi係藉由一種類RNaseIII(RNaseIII-like)酵素,切塊酶(dicer),而開始較長的dsRNAs的***成為小干擾RNA(siRNAs)。SiRNAs是長度通常大約19至28個核苷酸,或20至25個核苷酸,或21至22個核苷酸以及常常含有2-核苷酸3'懸突(overhang),和5'磷酸與3'氫氧基端之dsRNAs。siRNA的一股被併入至一種核糖核蛋白(ribonucleoprotein)複合物內,其被知道為RNA誘發的靜默複合物(RISC)。RISC使用此siRNA股以鑑定至少部分地互補於被併入的siRNA股之mRNA分子,以及接而切開此等標的mRNAs或是抑制其等之轉譯。因而,被併入至RISC的siRNA股被知道為引導股(guide strand)或反義股。另一個siRNA股,知道為隨從股(passenger strand)或該意義股,係自siRNA被消除以及至少部分地與該標的mRNA同源。本技藝中具有通常技藝的那些人將承認,原則上,一種siRNA的任一股能被併入至RISC以及作用為一種引導股。然而,siRNA的設計(如,在所欲的引導股之5'端之降低的siRNA雙股安定性)能有助於所欲的引導股的併入至RISC。
RISC媒介的具有至少部分地互補於引導股之一種序列的mRNA***導致該mRNA和由此mRNA編碼的對應蛋白的穩定狀態的位準之降低。任擇地,RISC亦能經由轉譯抑制而降低對應蛋白的表現而不***該標的mRNA。其他的RNA分子和類RNA分子也能與RISC互相作用以及靜默基因的表現。能與RISC互相作用的其他的RNA分子之實例包括:短髮夾RNA(short hairpin RNA)(shRNA)、單股siRNAs、微RNA(miRNA),以及切塊酶-受質27-mer雙股。本文中所使用的術語“siRNA”係提及一種雙股干擾RNA,除非另外指出。能與RISC互相作用之類RNA分子之實例包括:含有一或多種化學修飾的核苷酸之RNA分子、一或多種去氧核糖核苷酸,及/或一或多種非磷酸二酯連接。為了本討論的目的,全部的能與RISC互相作用以及參與RISC媒介之基因表現的變化之RNA或是類RNA分子將被提及為“干擾RNA”。SiRNAs、shRNAs、miRNAs,以及切塊酶-受質27-mer雙股,因而,是“干擾RNA”的次組。
本發明的實施例之干擾RNA似乎以催化方式作用於標的mRNA的***,亦即,干擾RNA能夠以亞化學計量的量造成標的mRNA的抑制作用的。當相較於反意義療法,在此等***條件下需要顯著地較少的干擾RNA來提供一種治療效力。
本發明係關於干擾RNA於抑制TNFα細胞表面受體TNF受體-1(TNFR1)或是TNFα轉化酵素(TACE/ADAM17,於本文中被稱呼為“TACE”)的表現之用途,其之抑制降低腫瘤壞死因子α(TNFα)的活性。TNFα的結合至其之細胞表面受體,TNF受體-1(TNFR1),活化一種發出信號的級聯,其影響各種的細胞的反應,包括:細胞凋亡和發炎。TNFα自身最初係以一種去活的、膜結合的前驅體表現。TNFα的活化形式自細胞表面的釋放係需要藉由TNFα轉化酵素(TACE/ADAM17),‘一類解聚素和金属蛋白酶’(A Disintegrin And Metalloprotease)(ADAM)家族的一員,之前驅體之蛋白質分解的加工。
依據本發明,TNFR1 mRNA、TACE mRNA,或TNFR1和TACE mRNA二者的表現之抑制有效地降低TNFα的作用。再者,於本文中提出之外源提供的或是內源表現的干擾RNA於靜默TNFR1 mRNA或TACE mRNA是特別有效的。
腫瘤壞死因子α轉化酵素mRNA(TACE/ADAM17):GenBank資料庫提供TACE的DNA序列為登錄編號NM_003183,其被提供於“序列表”為序列辨識編號:1。序列辨識編號:1提供DNA的意義股序列,其係對應於編碼TACE的mRNA(除了“T”鹼基代替“U”鹼基之外)。TACE的編碼序列係自核苷酸184-2658。
以上列舉的TACE mRNA序列之均等物係任擇的剪接形式、對偶基因的形式、同功酶,或是其等之一種同源。一種同源是一種來自另一種哺乳動物的物種之腫瘤壞死因子α轉化酵素mRNA,其係與序列辨識編號:1是同源的(亦即,一種同源基因(ortholog))。
腫瘤壞死因子受體-1 mRNA(TNFR1):GenBank資料庫提供TNFR1的DNA序列為登錄編號NM_001065,其被提供於“序列表”為序列辨識編號:2。序列辨識編號:2提供DNA的意義股序列,其係對應於編碼TNFR1的mRNA(除了“T”鹼基代替“U”鹼基之外)。TNFR1之編碼序列係自核苷酸282-1649。
以上列舉的TNFR1mRNA序列之均等物係任擇的剪接形式、對偶基因的形式、同功酶,或是其等之一種同源。一種同源是一種來自另一種哺乳動物的物種之腫瘤壞死因子受體-1 mRNA,其係與序列辨識編號:2是同源的(亦即,一種同源基因)。
一種mRNA的減弱表現:片語,本文中所使用的“一種mRNA的減弱表現”,意指投藥或是表現一數量的干擾RNA(如,一種siRNA以降低標的mRNA之轉譯成為蛋白,不是經由mRNA***就是經由轉譯的直接抑制。該標的mRNA或對應蛋白的表現之降低通常被提及為“降低(knock-down)”以及係以相對於一種非對準的對照RNA(如,一種非對準的對照siRNA)的投藥或表現之後存在的位準報告。一種數量的表現之降低,包括以及介於50%和100%之間,是被本文中的實施例預期的。然而,此等降低的位準為了本發明的目的而被達成不是必要的。於一個實施例中,一種對準TACE mRNA或TNFR1 mRNA之單一的干擾RNA係被投藥。於其他的實施例中,2或多種對準TACE mRNA或TNFR1 mRNA之干擾RNA係被投藥。於進一步的實施例中,對準TACE mRNA和TNFR1 mRNA的各個之干擾RNA係被組合或於一時間間隔內予以投藥以便於具有重疊的效力。
降低通常係藉由利用定量聚合酶連鎖反應(qPCR)擴增而測量mRNA的位準,或是藉由透過西方墨點或酵素連結免疫吸附分析(ELISA)而測量蛋白的位準來予以評估。分析蛋白的位準提供mRNA***以及轉譯抑制作用二者的一評估。另外用於測量的技術降低包括RNA溶液雜交、核酸酶保護作用(nuclease protection)、北方雜交、以一種微陣列之基因表現的監測、抗體的結合、放射免疫分析,以及螢光激活細胞分析。
TACE或TNFR1的抑制作用也可以被的於活體外藉由如以下說明的評估,舉例而言,於人類角膜上皮細胞內之標的mRNA的位準或標的蛋白的位準接著TACE-或TNFR1-干擾RNA的轉染而予以決定。
於一個人類或哺乳動物體內之由於TACE mRNA的表現或TNFR1 mRNA的表現之抑制作用之TNFα的活性的抑制作用也被推斷出,其係藉由觀察一種TNFα相關的病況症狀的一種改善,例如:關於乾眼症、過敏性結膜炎、眼睛發炎、皮膚炎、鼻炎,或氣喘的症狀之改善。舉例而言,於乾眼症症狀、水腫、發癢、發炎,或是對環境挑戰的耐受性的任何一種之改善係表明TNFα活性的抑制作用。
干擾RNA:於本發明的一個實施例中,干擾RNA(如,siRNA)具有一種意義股和一種反義股,以及該意義與反義股包含至少19個核苷酸之至少接近完美的連續互補之一個區域。於本發明的一個另外的實施例中,干擾RNA(如,siRNA)具有一種意義股和一種反義股,以及該反義股包含對於TACE mRNA或TNFR1 mRNA的一種標的序列之至少19個核苷酸的至少接近完美的連續互補的一個區域,以及該意義股包含各別地具有TACE mRNA或TNFR1 mRNA的一種標的序列之至少19個核苷酸的至少接近完美的連續同一性的一個區域。於本發明的一個另外的實施例中,該干擾RNA包含至少13、14、15、16、17,或18個連續的核苷酸的一個區域,其各別地與於一個mRNA之中的該對應的標的序列之3'端的倒數第二的13、14、15、16、17,或18個核苷酸具有序列互補的百分比或是,具有序列同一性的百分比。
干擾RNA的各股長度包含19至49個核苷酸,以及可以包含19,20,21,22,23,24,25,26,27,28,29,30,31,32,33,34,35,36,37,38,39,40,41,42,43,44,45,46,47,48,或49個核苷酸的一長度。
一種siRNA的反義股是該siRNA的主動引導劑,因為該反義股係被併入至RISC,從而允許RISC以鑑定具有用於***或轉譯抑制之至少部分互補於該反義siRNA股的標的mRNA。
於本發明之實施例中,於一個標的mRNA序列之內的干擾RNA的標的序列(如,siRNA標的序列)係利用可得的設計工具予以選擇。對應於一種TACE或TNFR1標的序列之干擾RNA接而藉由表現該標的mRNA之細胞的轉染接著如以上說明的降低之評估來測試。
用於選擇siRNA標的序列的技術係由以下提供:於2004年5月6日修訂之Tuschl,T.等人的“The siRNA User Guide”,其係於洛克斐勒大學的網站上可得;於Ambion的網站上之技術會報#506,“siRNA Design Guidelines”,Ambion Inc.股份有限公司;以及其他網站為主的設計工具,舉例而言,Invitrogen、Dharmacon、Integrated DNA Technologies、Genscript,或是Proligo網站。起始的搜尋參數能包括介於35%和55%之間的G/C含量以及介於19和27個核苷酸之間的siRNA長度。該標的序列可以是位於mRNA之編碼區域或是於5'或3'未轉譯的區域內。
TACE mRNA的一個19-核苷酸DNA標的序列的一個實施例是存在於序列辨識編號:1的核苷酸297至315:5'-GCTCTCAGACTACGATATT-3'
序列辨識編號:3
。
用於對準序列辨識編號:3的一個對應的mRNA序列以及具有21-核苷酸股和一種2-核苷酸3'懸突之本發明的一種siRNA是:5'-GCUCUCAGACUACGAUAUUNN-3'
序列辨識編號:4 3'-NNCGAGAGUCUGAUGCUAUAA-5'
序列辨識編號:5
。
各“N”殘基能是任何核苷酸(A,C,G,U,T)或是經修飾的核苷酸。該3'端能具有介於且包括:1、2、3、4、5,和6之間的數目的“N”殘基。於2股中任1股的“N”殘基可以是相同的殘基(如,UU,AA,CC,GG,或TT)或是其等可能是不同的(如,AC,AG,AU,CA,CG,CU,GA,GC,GU,UA,UC,或UG)。3'懸突可能是相同的或是其等可能是不同的。於一個實施例中,2股具有一個3'UU懸突。
用於對準序列辨識編號:3的一個對應的mRNA序列以及於各股上具有21-核苷酸股和一種3'UU懸突之本發明的一種siRNA是:5'-GCUCUCAGACUACGAUAUUUU-3'
序列辨識編號:6 3'-UUCGAGAGUCUGAUGCUAUAA-5'
序列辨識編號:7
。
該干擾RNA也可能具有一種核苷酸的5'懸突或是其可以具有平端。用於對準序列辨識編號:3的一個對應的mRNA序列以及具有19-核苷酸股和平端之本發明的一種siRNA是:5'-GCUCUCAGACUACGAUAUU-3'
序列辨識編號:8 3'-CGAGAGUCUGAUGCUAUAA-5'
序列辨識編號:9
。
一種雙股干擾RNA(如,一種siRNA)的股可以被連接以形成一種髮夾或莖環(stem-loop)結構(如,一種shRNA)。對準序列辨識編號:3的一個對應的mRNA序列以及具有一種19 bp雙股的莖區域和一種3'UU懸突之本發明的一種shRNA是:序列辨識編號:10
。
N是一種核苷酸A、T、C、G、U,或是本技藝中具有通常技藝的一個人所知道的一種經修飾的形式。於環中的核苷酸N的數目是介於且包括:3至23,或5至15,或7至13,或4至9,或9至11之間的一數目,或者核苷酸N的數目是9。於環中的核苷酸的一些可能涉及與環中的其他核苷酸之鹼基對的互動。能被使用以形成環的寡核苷酸序列之實例包括5'-UUCAAGAGA-3'(Brummelkamp,T.R.et al.
(2002)Science
296:550)以及5'-UUUGUGUAG-3'(Castanotto,D.et al.
(2002)RNA
8:1454)。將被本技藝中具有通常技藝的一個人承認:形成的單鏈寡核苷酸會形成包含能夠與RNAi機轉互相作用的一個雙股區域之一種莖環或髮夾結構。
以上鑑定的siRNA標的序列能在3'端被延伸以幫助切塊酶-受質27-mer雙股(dicer-substrate 27-mer duplexes)的設計。於該TACE DNA序列(序列辨識編號:1)鑑定的該19-核苷酸DNA標的序列(序列辨識編號:3)的6個核苷酸之延伸產生一種存在於序列辨識編號:1的核苷酸297至321之25-核苷酸DNA標的序列。5'-GCTCTCAGACTACGATATTCTCTCT-3'
序列辨識編號:11
。
用於對準序列辨識編號:11的一個對應的mRNA序列之本發明的一種切塊酶-受質27-mer雙股是:5'-GCUCUCAGACUACGAUAUUCUCUCU-3'
序列辨識編號:12 3'-UUCGAGAGUCUGAUGCUAUAAGAGAGA-5'
序列辨識編號:13
。
在該意義股的3'端之2個核苷酸(亦即,序列辨識編號:12的CU核苷酸)可以是提升加工的去氧核苷酸。自19-21核苷酸標的序列之切塊酶-受質27-mer雙股的設計,例如:本文中提供的,係由the Integrated DNA Technologies(IDT)網站和由Kim,D.-H.等人,(February,2005)Nature Biotechnology
23:2;222-226進一步被討論。
當干擾RNA係藉由化學合成生產時,在1或2股的5'端之核苷酸的5'的位置之磷酸化(當存在時)能提高siRNA的效力和結合的RISC錯合物之專一性,但是不是需要的因磷酸化能在細胞內發生。
表1列出序列辨識編號:1的TACE DNA標的序列之實例,由此本發明的siRNA係以如上提出的方式被設計。TACE編碼腫瘤壞死因子α轉化酵素,如上指出的。
表2列出序列辨識編號:2的TNFR1 DNA標的序列之實例,由此本發明的siRNA係以如上提出的方式設計。TNFR1編碼腫瘤壞死因子α受體-1,如上指出的。
如以上的實施例中所列舉的,本技藝中具有通常技藝的一個人能夠利用被提供於表1或2中的標的序列資訊來設計具有比表中提供的該等序列更短或更長的長度之干擾RNA,以及藉由參照序列辨識編號:1或序列辨識編號:2內的序列位置且添加或刪失各別地互補或是接近互補於序列辨識編號:1或序列辨識編號:2之核苷酸。
由siRNA和干擾RNA的其他形式所導引之標的RNA***反應係為高度序列特異性的。一般而言,含有序列上同一於該標的mRNA的一部分之一種意義核苷酸股以及完全地互補於該標的mRNA的一部分之一種反義核苷酸股的siRNA是本文中列舉的用於mRNA的抑制作用之siRNA實例。然而,介於該反義siRNA股和該標的mRNA之間的,或是介於該反義siRNA股和該意義siRNA股之間的100%序列的互補對於實施本發明是不需要的。因而,舉例而言,本發明允許由於基因突變、股多形性(strain polymorphism),或是演化趨異(evolutionary divergence)而預期的序列變異。
於本發明的一個實施例中,siRNA的反義股具有與標的mRNA至少接近完美的連續的互補性之至少19個核苷酸。“接近完美的”,如本文中所使用的,意指siRNA的反義股係“實質地互補於”,以及siRNA的意義股係“實質地同一於”該標的mRNA的至少一部分。“同一性”,如本技藝中具有通常技藝的一個人所知道的,係為介於核苷酸序列之間的序列關係的程度,當藉由配對介於序列之間的核苷酸之順序和同一性時予以決定。於一個實施例中,一種具有與標的mRNA序列80%以及介於80%高至100%之間的互補性,舉例而言,85%、90%或95%的互補性,之siRNA的反義股被認為是接近完美的互補性且可以被使用於本發明中。“完美的”連續的互補性係為相鄰的鹼基對之標準的華生-克里克鹼基配對。“至少接近完美的”連續性的互補性包括如本文中所使用之“完美的”互補性。用於決定同一性或是互補性之電腦的方法被設計以鑑定核苷酸序列的配對之最大程度,舉例而言,BLASTN(Altschul,S.F.,et al.
(1990)J.Mol.Biol.
215:403-410)。
介於一個標的mRNA(意義股)和一種siRNA的一股(意義股)之間的關係是同一性。一種siRNA的意義股亦被稱為一隨從股,設若存在的話。介於一個標的mRNA(意義股)和一種siRNA的另一股(反義股)之間的關係是互補性。一種siRNA的反義股亦被稱為一引導股。
於一種核酸序列中以5'至3'的方向被寫下之倒數第二的鹼基是在最後的鹼基之後的,亦即,在3'鹼基之後的鹼基。以5'至3'的方向被寫下之一種核酸序列的倒數第二的13個鹼基是在3'鹼基之後的一種序列之最後的13個鹼基以及不包括3'鹼基。同樣地,以5'至3'的方向被寫下之一種核酸序列的倒數第二的14、15、16、17,或18個鹼基各別地是在3'鹼基之後的一種序列之最後的14、15、16、17,或18個鹼基以及不包括3'鹼基。
於本發明的一個實施例中,連續的核苷酸的區域是至少13個連續的核苷酸的一個區域,其具有與一個mRNA的3'端之倒數第二的13個核苷酸至少90%的序列互補性,或是至少90%的序列同一性,對應於藉由各序列鑑定儀鑑定的序列。
於本發明的一個實施例中,連續的核苷酸的區域是至少14個連續的核苷酸的一個區域,其具有與一個mRNA的3'端之倒數第二的14個核苷酸至少85%的序列互補性,或是至少85%的序列同一性,對應於藉由各序列鑑定儀鑑定的序列。2個核苷酸取代(亦即,12/14=86%同一性/互補性)係被包括於此一說法中。
於本發明的一個另外的實施例中,連續的核苷酸的區域是至少15、16、17,或18個連續的核苷酸的一個區域,其具有與一個mRNA的3'端之倒數第二的14個核苷酸至少80%的序列互補性,或是至少80%的序列同一性,對應於藉由各序列鑑定儀鑑定的序列。3個核苷酸取代係被包括於此一說法中。
對應於序列辨識編號:1或序列辨識編號:2的mRNA之內的標的序列可以是於該mRNA的5'或是3'未轉譯的區域以及於該mRNA的編碼區域內。
雙股干擾RNA的股之1個或2個可以具有自1至6個核苷酸的一種3'懸突,其可以是核糖核苷酸或去氧核糖核苷酸或是其等之一種混合物。該懸突的核苷酸不是鹼基配對的。於本發明的一個實施例中,該干擾RNA包含TT或UU的一種3'懸突。於本發明的另一個實施例中,該干擾RNA包含至少一個平端。末端通常具有一個5'磷酸基團或是一個3'氫氧基基團。於其他的實施例中,該反義股具有一個5'磷酸基團,以及該意義股具有一個5'氫氧基基團。於又其他的實施例中,末端係藉由其他分子或官能基團之共價加成予以進一步的修飾。
雙股的siRNA的意義與反義股可以是如以上說明的於2個單一股之一雙股的形成或是可以是一個單一分子,於該處互補的區域是鹼基配對的以及係藉由一個髮夾環而被共價地連結以形成一個單一股。據信該髮夾係藉由被稱為切塊酶的一種蛋白而於細胞內被***開以形成2個各別的鹼基配對的RNA分子之一種干擾RNA。
干擾RNA可以藉由一或多種核苷酸的加入、刪除、取代或修飾而不同於天然存在的RNA。非核苷酸材料可以被結合至干擾RNA,不論是在5'端、3'端,或是內部地。此等修飾通常被設計以增加該等干擾RNA的核酸酶抗性,以改善細胞的攝入,以提高細胞的對準,以協助追蹤該干擾RNA,以進一步改善安定性,或是以降低干擾素途徑的活化之潛力。舉例而言,干擾RNA可以在懸突的末端包含一個嘌呤核苷酸。依靠,舉例而言,一種吡咯啶連接子之膽固醇的結合至一種siRNA分子的意義股的3'端也提供一種siRNA的安定性。
進一步修飾包括,舉例而言:一種3'端的生物素分子,一種已知具有細胞穿透性質之肽,一種奈米粒子,一種擬肽(peptidomimetic),一種螢光染料,或是一種樹狀體(dendrimer)。
於本發明之實施例中之核苷酸可以於其等之鹼基部分、其等之糖部分,或是於分子的磷酸部分和官能被修飾。修飾包括舉例而言:烷基、胺基、脫氮(deaza)、鹵素、氫氧基、硫醇基團,或是其等之一組合之取代。核苷酸可以以帶有更大的安定性之類似物予以取代,例如:以一種去氧核糖核苷酸取代一種核糖核苷酸,或是具有糖修飾,例如:以舉例而言2'胺基基團、2'O-甲基基團、2'甲氧乙基基團,或是一種2'-O,4'-C亞甲基架橋予以取代的2'OH基團。核苷酸的一種嘌呤或嘧啶類似物之實例包括一種黃嘌呤(xanthine)、一種亞黃嘌呤(hypoxanthine)、一種氮雜嘌呤(azapurine)、一種甲硫基腺嘌呤、7-脫氮-腺苷(adenosine)以及O-和N-經修飾的核苷酸。核苷酸的磷酸基團可以藉由以氮或硫(硫代磷酸酯(phosphorothioates))取代該磷酸基團的一或多個氧而予以修飾。修飾對於,舉例而言,提高功能、改善安定性或滲透性,或是指示局部化或對準是有用的。
可能有非互補於序列辨識編號:1或序列辨識編號:2的一個部分之反義干擾RNA股的一個區域或區域(regions)存在。非互補區域可以是在一個互補區域的3'、5'或2端或是介於2個互補區域之間。
干擾RNA可以是藉由化學合成、藉由活體外轉錄,或是藉由以切塊酶或是帶有相似活性的另一種合適的核酸酶之更長的雙股的RNA的***而外源地產生。化學合成的干擾RNA,其係利用一種慣用的DNA/RNA合成儀而自保護的核苷亞磷胺(ribonucleoside phosphoramidites)生產的,可以獲得自化學品供應商,例如:A mbion Inc.(Austin,TX),Invitrogen(Carlsbad,CA),或是Dharmacon(Lafayette,CO)。干擾RNA係藉由舉例而言,以一種溶劑或樹脂予以萃取、沈澱、電泳、色層分析,或是其等之一組合予以純化。任擇地,干擾RNA可以不被使用,設若任何純化要避免由於樣品處理之損失。
干擾RNA也能被內源地表現,其等係來自質體或病毒表現載體或是來自最小的表現卡匣,舉例而言,包含一或多種啟動子和該干擾RNA之一種合適的模版或模版(templates)之PCR產生的片段。商業上可得的shRNA之質體為主的表現載體之實例包括pSilencer系列的成員(Ambion,Austin,TX)以及pCpG-siRNA(InvivoGen,San Diego,CA)。用於干擾RNA的表現之病毒載體可以衍生自各種的病毒,包括:腺病毒、腺病毒相關病毒、慢病毒(lentivirus)(如,HIV、FIV,和EIAV),以及疱疹病毒。商業上可得的shRNA表現之病毒載體之實例包括pSilencer adeno(Ambion,Austin,TX)和pLenti6/BLOCK-iTTM
-DEST(Invitrogen,Carlsbad,CA)。病毒載體的選擇、自該載體表現該干擾RNA的方法以及投遞該病毒載體的方法係於本技藝中的一個人之通常技藝之內。用於PCR-產生的shRNA表現卡匣的生產之套組之實例包括Silencer Express(Ambion,Austin,TX)和siXpress(Mirus,Madison,WI)。一種第一干擾RNA可以經由來自一種能夠表現該第一干擾RNA的第一表現載體之活體內表現而予以投藥,以及一種第二干擾RNA可以經由來自一種能夠表現該第二干擾RNA的第二表現載體之活體內表現而予以投藥,或是2種干擾RNA可以經由來自一種能夠表現2種干擾RNA之單一表現載體的活體內表現而予以投藥。
干擾RNA可以由本技藝中具有通常技藝的那些人已知的各種真核的啟動子予以表現,包括:pol III啟動子,例如:U6或H1啟動子,或是pol II啟動子,例如:細胞巨大病毒啟動子。本技藝中具有通常技藝的那些人將承認此等啟動子也能被改造以允許該干擾RNA之可誘發的表現。
在生理條件下之雜交:於本發明之某些實施例中,一種干擾RNA的一種反義股於活體內與一種mRNA雜交作為RISC錯合物的部分。
舉例而言,高嚴苛的條件能在37℃至42℃、在大約50%的甲醯胺下發生。降低的嚴苛的條件能在30℃至35℃、在大約35%至25%的甲醯胺下發生。雜交之嚴苛的條件之實例係被提供於Sambrook,J.,1989,Molecular Cloning:A Laboratory Manual
,Cold Spring Harbor Laboratory Press,Cold Spring Harbor,N.Y.。嚴苛的雜交條件之進一步的實例包括400 mM NaCl,40 mM PIPES pH 6.4,1 mM EDTA,50℃或70℃歷時12-16小時,接著清洗,或是於1XSSC、在70℃下,或於1XSSC、在50℃,50%的甲醯胺內雜交,接著於0.3XSSC在70℃下清洗,或是於4XSSC、在70℃下,或於4XSSC在50℃,50%的甲醯胺內雜交,接著於1XSSC在67℃下清洗。雜交的溫度是低於該雜化物熔化溫度(Tm
)的大約5-10℃,長度介於19和49個鹼基對之間的雜化物之Tm
係利用以下的計算予以決定:Tm
℃=81.5+16.6(log10
[Na+])+0.41(% G+C)-(600/N),其中N是於該雜化物內的鹼基數目,以及[Na+]是於該雜交緩衝液中的鈉離子濃度。
以上說明的活體外雜交分析提供一種預測是否介於一種候選siRNA和一種個標的之間的結合將具有特異性之方法。然而,於RISC錯合物的背景中,一種標的之特異性***也能以一種不顯示關於活體外雜交之高嚴苛的反義股而發生。
單股干擾RNA:如上舉出的,干擾RNA最後像單一股一樣作用。單股(ss)干擾RNA已經被發現造成mRNA靜默,儘管比雙股的RNA較不有效。因而,本發明之實施例亦提供一種ss干擾RNA的投藥,其在生理條件之下雜交至序列辨識編號:1或序列辨識編號:2的一個部分以及具有各別地與序列辨識編號:1或序列辨識編號:2之雜交部分至少接近完美的連續的互補性之至少19個核苷酸的一個區域。表1或表2的ss干擾RNA具有19至49個核苷酸的一長度,如同關於如上舉出的ds干擾RNA。該ss干擾RNA具有一個5'磷酸或是在5'的位置原位或活體內被磷酸化。術語“5'磷酸化的”係被用於說明,舉例而言,聚核苷酸或寡核苷酸,其等在該聚核苷酸或寡核苷酸的5'端具有經由酯連接而被附著至糖(如,核糖、去氧核糖,或是其之一種類似物)的C5氫氧基之一個磷酸基團。
SS干擾RNA係化學地或藉由活體外轉錄被合成或是自載體或表現卡匣而被內源地表現,如同ds干擾RNA。5'磷酸基團可以經由一種激酶而被加入,或是一個5'磷酸可以是一個RNA的核酸酶***的結果。遞送係.如同ds干擾RNA。於一個實施例中,具有保護性末端和核酸酶抗性修飾之ss干擾RNA係被投藥用於靜默。SS干擾RNA可以被乾燥用於儲存或是被溶解於一種水溶液。該溶液可以含有緩衝液或鹽以抑制黏合(annealing)或是用於安定。
髮夾干擾RNA:一種髮夾干擾RNA是一種單一分子(如,一種單一寡核苷酸鏈),其包含一種干擾RNA的意義與反義股二者於一種莖環或髮夾結構中(如,一種shRNA)。舉例而言,shRNA能自DNA載體被表現,其中編碼一種意義干擾RNA股之DNA寡核苷酸係藉由一種短的間隔子而被連接至編碼反向互補的反義干擾RNA之股DNA寡核苷酸。設若對於被選擇的表現載體是需要的話,3'端T's和核苷酸形成限制位置可以被添加。形成的RNA轉錄品向自身後方折疊以形成一種莖環結構。
投藥的模式:干擾RNA可以經由以下方式遞送:氣溶膠、頰的、皮膚的、皮內的、吸入的、肌肉內的、鼻內的、眼內的、肺內的、靜脈內的、腹膜內的、鼻的、眼睛的、口部的、耳的、非經腸的、貼片、皮下的、舌下的、局部的,或是經皮的投藥,舉例而言。
投藥可以藉由眼睛的組織投藥而直接地到眼睛,例如:眼周的、結膜的、結膜下(subtenon)、前房內(intracameral)、玻璃體內(intravitreal)、眼內的、視網膜下、結膜下、球後、管內,或是脈絡膜上腔投藥;藉由注射,藉由利用一種導管或其他的配置裝置而直接地施加到眼睛,例如:一種視網膜的小丸、眼內的鑲嵌物、栓劑或是一種包含一種多孔的、無孔的,或是凝膠狀的材料之植入物;藉由局部的眼部滴劑或軟膏;或是藉由於窟窿中(cul-de-sac)或被植入於鄰近鞏膜(transscleral)或是於眼睛之內的一種緩慢釋放的裝置。前房內注射可以經由角膜進入前房(anterior chamber)以允許該製劑到達小樑組織。管內注射可以是進入排掉許萊姆氏管(Schlemm's canal)或是進入許萊姆氏管之靜脈收集器管道(venous collector channel)。
投藥可以經由,舉例而言,局部的耳的滴劑或軟膏,耳內或是被植入鄰近耳朵之緩慢釋放的裝置而直接地進入耳朵。局部的投藥包括耳的肌肉內的、鼓室內(intratympanic cavity)和耳蝸內注射投藥途徑。再者,製劑能藉由以下方式而被投藥至內耳:一種止血海綿(gelfoam)或相似的吸收劑的放置,以及黏附的產物,浸泡干擾RNA於中/內耳的窗膜或鄰近結構。
投藥可以是直接地進入肺部,經由,舉例而言,一種氣溶膠化製備物,以及透過經由舉例而言,一種吸入器或一種噴霧器而吸入。
另外的投藥模式的包括錠劑、藥片,和膠囊,其等之全部能夠由本技藝中具有通常技藝的一個人予以配方。
個體:需要關於一種TNFα相關的病況或處於發展一種TNFα相關的病況於風險中之治療的一個個體是一個人類或其他的哺乳動物,其具有一種TNFα相關的免疫病況或具有乾眼症或是處於發展一種TNFα相關的免疫病況或乾眼症的風險。一種TNFα相關的免疫病況包括,舉例而言,過敏性結膜炎、眼睛發炎、皮膚炎、鼻炎,或是氣喘,其係與本文中列舉的非所欲或不適當的TNFα活性有關。
與一種TNFα相關的病況有關之眼睛的結構可以包括眼睛、視網膜、脈絡膜、晶體、角膜、小樑組織、虹膜、視神經、視神經頭(optic nerve head)、鞏膜、水漾腔(aqueous chamber)、玻璃狀房(vitreous chamber)、睫狀體,或是後房(posterior segment),舉例而言。
與此等異常有關的耳的結構可以包括:內耳、中耳、外耳、鼓室或膜、耳蝸,或耳咽管,舉例而言。
與此等異常有關的肺的結構可以包括:鼻子、嘴、咽頭、喉頭、支氣管、氣管、隆線(分隔開右和左主支氣管的開口之***),以及肺,特別地下部肺,例如:細支氣管和肺泡。
一個體也可以是一個耳的細胞、一個肺的細胞、一個眼睛的細胞、細胞培養物、器官或是一種體表外(ex vivo)器官或組織。
配方和劑量:藥學配方包含以重量計高至99%之本發明的干擾RNA,或是其等之鹽,其係混合以一種生理上可接受的載劑媒介,例如:水、緩衝液、食鹽水、甘胺酸、透明質酸、甘露糖醇,以及類似物。
本發明的干擾RNA係被投藥為溶液、懸浮液,或是製劑。以下是由本發明所實施之可能的配方之實例。
一般而言,本發明的實施例之干擾RNA的一有效量導致在標的細胞的表面之細胞外濃度自100 pM至1000 nM,或自1 nM至400 nM,或自5 nM至大約100 nM,或是大約10 nM。需要達成此局部濃度之劑量將端視一些因子而變化,包括:遞送的方法、遞送的位置、介於遞送位置和標的細胞或組織之間的細胞層數目、是否遞送是局部或是全身性的,等等。遞送位置之濃度可能是相當更高於其在該標的細胞或組織的表面。局部的組合物係被遞送至標的器官的表面每天1至4次,或是一種長期的遞送時間表,例如:每日、每週、每2週、每月,或是更長,根據一個熟習此藝的臨床醫生之例行判斷。該配方的pH是大約pH 4-9,或pH 4.5至pH 7.4。
以針對對於TACE mRNA或TNFR1 mRNA之siRNA的病人之治療性治療被預期藉由增加行動的持續期間而對於小分子治療是有益的,藉此允許較少頻率的給藥和較大的病人依從性。
一種配方的一有效量可以取決於以下因素,例如:該個體的年齡、種族,以及性別,TNFα相關的病況之嚴重程度,標的基因轉錄品/蛋白轉換的速率,干擾RNA的潛力,以及干擾RNA的安定性,舉例而言。於一個實施例中,該干擾RNA係被局部地遞送至一種標的器官以及以一種治療劑量到達含有TACE mRNA或TNFR1 mRNA的組織藉此改善一種TNFα相關的進程。
可接受的載劑:一種可接受的載劑係提及以下載劑,其造成至多,很少到沒有眼睛的刺激,設若需要的話提供適合的保存,以及以一種均一的劑量遞送一或多種本發明的干擾RNA。本發明之實施例的干擾RNA的投藥之一種可接受的載劑包括陽離子脂質為主的(cationic lipid-based)轉染試劑:TransIT-TKO(Mirus Corporation,Madison,WI),LIPOFECTIN,Lipofectamine,OLIGOFECTAMINETM
(Invitrogen,Carlsbad,CA),或是DHARMAFECTTM
(Dharmacon,Lafayette,CO);聚陽離子,例如:polyethyleneimine;陽離子肽,例如:Tat、polyarginine,或Penetratin(Antp peptide);或是脂質體。脂質體係自標準的形成囊泡的脂質(vesicle-forming lipid)和一種固醇,例如:膽固醇,而被形成,以及可以包括一種對準分子,例如:對於舉例而言,內皮細胞表面抗原具有結合親合性之一種單株抗體。再者,脂質體可以是聚乙烯二醇化(PEGylated)的脂質體。
干擾RNA可以是於溶液內、於懸浮液內,或是於生物可蝕性或非生物可蝕性遞送裝置內被遞送。該等干擾RNA能單獨地或是作為被限定的、共價共軛物之組份被遞送。該等干擾RNA亦能複合以陽離子脂質、陽離子肽,或是陽離子聚合物;複合以具有核酸結合性質之蛋白、稠合蛋白,或是蛋白區域(如,魚精蛋白);或是被封裝於奈米粒子內。組織或是細胞特異性遞送能藉由一種適當的對準部分的包括予以達成,例如:一種抗體或抗體片段。
關於眼的、耳的,或是肺部的遞送,一種干擾RNA可以被組合以眼科、眼睛,或肺可接受的保存劑,共溶劑,界面活性劑,黏性增進劑,滲透增進劑,緩衝液,氯化鈉,或是水以形成一種水性、無菌的懸浮液或溶液。溶液配方可以藉由溶解干擾RNA於一種生理上可接受的等滲壓的水性緩衝液內而製備。再者,該等溶液可以包括一種可接受的界面活性劑以協助溶解該抑制劑。增黏劑(Viscosity building agent),例如:羥甲基纖維素、羥乙基纖維素、甲基纖維素、聚乙烯吡咯啶酮(polyvinylpyrrolidone),或是類似物可以被添加至本發明的該等組合物以改善該化合物的滯留。
為了製備一種無菌的軟膏配方,該干擾RNA係被結合以一種適當的載體內之一種保存劑,例如:礦物油、液態羊毛脂,或是白色礦脂。無菌的凝膠配方可以藉由懸浮該干擾RNA於一種親水的鹼基內予以製備,該親水的鹼基係自,舉例而言,CARBOPOL-940(BF Goodrich,Charlotte,NC),或類似物之組合所製備,依據本技藝中已知的方法。VISCOAT(Alcon Laboratories,Inc.,Fort Worth,TX)可以被使用於眼內的注射,舉例而言。本發明的其他組合物可以含有滲透增進劑,例如:氫化蓖麻油聚氧乙烯(cremephor)和TWEEN80(聚氧乙烯山梨糖醇單月桂酸酯,Sigma Aldrich,St.Louis,MO),於干擾RNA在有興趣的器官或組織內之滲透性較差的情況中。
套組:本發明之實施例提供一種套組,其包括用於減弱如於本文中列舉的一種mRNA於一個細胞中的表現之試劑。該套組含有一種siRNA或一種shRNA表現載體。關於siRNA和非病毒shRNA表現載體,該套組也可以含有一種轉染試劑或其他適合的遞送載體。關於病毒shRNA表現載體,該套組可以含有病毒載體及/或關於病毒載體的生產之必須組份(如,一種包裝細胞株以及包含病毒載體模版和關於包裝之額外的協助載體的一種載體)。該套組也可以含有陽性和陰性的對照siRNAs或shRNA表現載體(如,一種非對準性對照siRNA或是一種對準一種非相關的mRNA之siRNA)。該套組也可以含有用於評估預期的標的基因之降低的試劑(如,用於定量PCR之引子和探針以偵測該標的mRNA及/或西方墨點的對抗該對應蛋白之抗體)。任擇地,該套組可以包含一個siRNA序列或一個shRNA序列以及需要用來藉由活體外轉錄而產生siRNA或是要建構一種shRNA表現載體之指示與材料。
一種以套組形式之藥學組合係進一步被提供,其包括,於包裝的組合中,適合以封閉的限制以容納一種容器構件之一種載劑構件,以及一種第一容器構件,其包括:一種干擾RNA組成物和一種可接受的載劑。此等套組能進一步包括,設若所欲的話,一或多種各種慣用的藥學套組組份,例如:舉例而言,具有一或多種藥學上可接受的載劑之容器,額外的容器等等,對於本技藝中具有技藝的那些人將會是容易明白的。指出要被投藥的組份之數量、投藥的指導方針,及/或混合該等組份的指導方針之印出的指示,不論是夾頁或貼紙,也能被包括於該套組內。
TACE-或TNFR1-干擾RNA降低於,舉例而言,人類角膜上皮細胞內之內源的TACE或TNFR1表現的位準之能力係如下地於活體外被評估。經轉形的人類角膜上皮細胞,舉例而言,CEPI-17細胞株(Offordet al.
(1999)Invest Ophthalmol Vis Sci. 40
:1091-1101),在轉染前24 h係被平放於KGM角化細胞培養基(Cambrex,East Rutherford,NJ)內。轉染利用DharmaFECTTM
1(Dharmacon,Lafayette,CO),依據製造者的指示,以範圍自0.1 nM-100 nM的TACE-或TNFR1-干擾RNA濃度予以執行。非對準的對照干擾RNA和核纖層蛋白A/C(1amin A/C)干擾RNA(Dharmacon)係被使用作為對照。標的mRNA的位準係藉由qPCR、在轉染後24 h予以評估,其係利用,舉例而言,TAQMAN順向和反向引子以及一種包含標的位置之探針組(Applied Biosystems,Foster City,CA)。標的蛋白的位準可以在大概轉染後72 h,舉例而言,藉由西方墨點予以評估(實際時間取決於蛋白轉換率)。自培養的細胞之RNA及/或蛋白單離的標準的技術對於本技藝中具有技藝的那些人是熟知的。為了降低非特異性、脫靶效應(off-target effect)的機會,於標的基因表現生產所欲的降低位準之TACE-或TNFR1干擾RNA的最低的可能濃度係被使用。
本技藝中具有通常技藝的那些人,按照本揭示,將明瞭本文中所揭示的該等實施例之明顯的修飾的能被做到而不背離本發明的精神和範疇。於本文中所揭示的該等實施例的全部按照本揭示能被做到且實施而不需過度實驗。本發明的最大範疇係開始於本揭示和其之均等實施例。本說明書不應被解釋成過度地縮小本發明有權力的最大保護範疇。
縱然本發明的一個特定的實施例已經被顯示和被說明,很多的變化和供選擇的實施例將在本技藝中具有技藝的那些人心理出現。於是,打算本發明只在附隨的申請專利範圍方面被限制。
本發明可以以其他的形式被實施而不背離其精神或是必要特徵。被說明的實施例在所有方面只被認為是闡釋之用以及非限制性的。因而,本發明的範疇,係由附隨的申請專利範圍而非由前述的說明所指出。在申請專利範圍的均等意義與範圍之內的全部的申請專利範圍之變化係要被包含於其等的範疇之內的。再者,本文中所提及的全部的公開文件、專利,和申請案係於此被併入以作為參考資料,猶如其等之全部出現一樣。
用於專一地靜默GTM-3
細胞中的TNFR1
之干擾RNA
本研究檢查的TNFR1干擾RNA對於降低經培養的GTM-3細胞內之內源的TNFR1蛋白表現的位準之能力。
GTM-3細胞的轉染(Pang,I.H.等人,1994.Curr.Eye Res.
13:51-63)係利用TNFR1 siRNA之標準的活體外的濃度(0.1-10 nM)、siCONTROL無RISC siRNA #1,或是siCONTROL非對準的siRNA #2(NTC2)以及DHARMAFECT#1轉染試劑(Dharmacon,Lafayette,CO)予以完成。全部的siRNA被溶解於1X siRNA緩衝液內,一種20 mM KCl、6 mM HEPES(pH 7.5)、0.2 mM MgCl2
的水溶液。對照樣品包括一種緩衝液的對照,其中siRNA的體積係以相等體積的1X siRNA緩衝液(-siRNA)予以取代。利用一種抗TNFR1抗體(Santa Cruz Biotechnology,Santa Cruz,CA)之西方墨點係被執行以評估TNFR1蛋白表現。該等TNFR1 siRNA是對於以下標的具有專一性之雙股的干擾RNA:siTNFR1 #1對準序列CAAAGGAACCUACUUGUAC(序列辨識編號:202),序列辨識編號:96係衍生自其;siTNFR1 #2對準序列GAGCUUGAAGGAACUACUA(序列辨識編號:203),序列辨識編號:97係衍生自其;siTNFR1 #3對準序列CACAGAGCCUAGACACUGA(序列辨識編號:204),序列辨識編號:98係衍生自其;siTNFR1 #4對準序列UCCAAGCUCUACUCCAUUG(序列辨識編號:205),序列辨識編號:99係衍生自其。如於第1圖中的數據所顯示的,siTNFR1 #1、siTNFR1#2,和siTNFR1 #3 siRNA相對於對照siRNA在10 nM和1 nM的濃度顯著地降低TNFR1蛋白表現,但是在0.1 nM展現出降低的效力。siTNFR1 #2和siTNFR1 #3 siRNA是特別有效的。siTNFR1 #4 siRNA亦如預期地於TNFR1蛋白表現上顯示出一種濃度依賴的降低。
第1圖提供以TNFR1 siRNAs #1,#2,#3,和#4,以及一種無RISC的對照siRNA,各10 nM、1 nM,和0.1 nM;10 nM之一種非對準的對照siRNA(NTC2);以及一種緩衝液的對照(-siRNA)予以轉染的GTM-3細胞之一種TNFR1西方墨點。箭頭指示55-kD之一種TNFR1和42-kDa之肌動蛋白帶的位置。
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<223> 帶有3'NN之反義股
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<221> misc_RNA
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<223> 核糖核苷酸
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<221> misc_特徵
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<223> 核糖核苷酸
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<221> misc_feature
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<213> 人造物
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<212> DNA
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<223> 標的序列
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<212> DNA
<213> 人造物
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<223> 標的序列
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<212> DNA
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<223> 標的序列
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<212> DNA
<213> 人造物
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<223> 標的序列
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<223> 標的序列
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<220>
<223> 標的序列
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<210> 100
<211> 19
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<220>
<223> 標的序列
<400> 100
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<211> 19
<212> DNA
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<220>
<223> 標的序列
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<211> 19
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<220>
<223> 標的序列
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<223> 標的序列
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<223> 標的序列
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<223> 標的序列
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<223> 標的序列
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<223> 標的序列
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<212> DNA
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<223> 標的序列
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<220>
<223> 標的序列
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<223> 標的序列
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<223> 標的序列
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<223> 標的序列
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<220>
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<223> 標的序列
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<220>
<223> 標的序列
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<220>
<223> 標的序列
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<212> DNA
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<223> 標的序列
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<212> DNA
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<220>
<223> 標的序列
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<220>
<223> 標的序列
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<220>
<223> 標的序列
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<220>
<223> 標的序列
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<211> 19
<212> DNA
<213> 人造物
<220>
<223> 標的序列
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<211> 19
<212> DNA
<213> 人造物
<220>
<223> 標的序列
<400> 170
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<211> 19
<212> DNA
<213> 人造物
<220>
<223> 標的序列
<400> 171
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<211> 19
<212> DNA
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<220>
<223> 標的序列
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<211> 19
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<220>
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<220>
<223> 標的序列
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<220>
<223> 標的序列
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<220>
<223> 標的序列
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<220>
<223> 標的序列
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<212> DNA
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<220>
<223> 標的序列
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<220>
<223> 標的序列
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<220>
<223> 標的序列
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<220>
<223> 標的序列
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<212> DNA
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<220>
<223> 標的序列
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<212> DNA
<213> 人造物
<220>
<223> 標的序列
<400> 183
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<212> DNA
<213> 人造物
<220>
<223> 標的序列
<400> 184
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<212> DNA
<213> 人造物
<220>
<223> 標的序列
<400> 185
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<211> 19
<212> DNA
<213> 人造物
<220>
<223> 標的序列
<400> 186
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<211> 19
<212> DNA
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<220>
<223> 標的序列
<400> 187
<210> 188
<211> 19
<212> DNA
<213> 人造物
<220>
<223> 標的序列
<400> 188
<210> 189
<211> 19
<212> DNA
<213> 人造物
<220>
<223> 標的序列
<400> 189
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<211> 19
<212> DNA
<213> 人造物
<220>
<223> 標的序列
<400> 190
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<211> 19
<212> DNA
<213> 人造物
<220>
<223> 標的序列
<400> 191
<210> 192
<211> 19
<212> DNA
<213> 人造物
<220>
<223> 標的序列
<400> 192
<210> 193
<211> 19
<212> DNA
<213> 人造物
<220>
<223> 標的序列
<400> 193
<210> 194
<211> 19
<212> DNA
<213> 人造物
<220>
<223> 標的序列
<400> 194
<210> 195
<211> 19
<212> DNA
<213> 人造物
<220>
<223> 標的序列
<400> 195
<210> 196
<211> 19
<212> DNA
<213> 人造物
<220>
<223> 標的序列
<400> 196
<210> 197
<211> 19
<212> DNA
<213> 人造物
<220>
<223> 標的序列
<400> 197
<210> 198
<211> 19
<212> DNA
<213> 人造物
<220>
<223> 標的序列
<400> 198
<210> 199
<211> 19
<212> DNA
<213> 人造物
<220>
<223> 標的序列
<400> 199
<210> 200
<211> 19
<212> DNA
<213> 人造物
<220>
<223> 標的序列
<400> 200
<210> 201
<211> 19
<212> DNA
<213> 人造物
<220>
<223> 標的序列
<400> 201
<210> 202
<211> 19
<212> RNA
<213> 人造物
<220>
<223> 標的序列
<400> 202
<210> 203
<211> 19
<212> RNA
<213> 人造物
<220>
<223> 標的序列
<400> 203
<210> 204
<211> 19
<212> RNA
<213> 人造物
<220>
<223> 標的序列
<400> 204
<210> 205
<211> 19
<212> RNA
<213> 人造物
<220>
<223> 標的序列
<400> 205
Claims (12)
- 一種具有19至49個核苷酸長度之干擾RNA,其中該干擾RNA靶定對應於序列辨識編號:3、序列辨識編號:14-序列辨識編號:58,以及序列辨識編號:155-序列辨識編號:201之任何一者的mRNA,其係用於治療或預防有該需要的個體中與TNFα相關的眼睛病況,其中該病況為乾眼症、過敏性結膜炎,或眼睛發炎。
- 一種具有19至49個核苷酸長度的干擾RNA,該干擾RNA包含:一意義核苷酸股、一反義核苷酸股,以及一至少19個核苷酸且具有至少90%連續互補性的區域;其中該反義股在高度嚴苛條件之下雜交至對應於序列辨識編號:1的mRNA的一個部分,其包含:核苷酸297,333,334,335,434,470,493,547,570,573,618,649,689,755,842,844,846,860,878,894,900,909,910,913,942,970,984,1002,1010,1053,1064,1137,1162,1215,1330,1334,1340,1386,1393,1428,1505,1508,1541,1553,1557,1591,1592,1593,1597,1604,1605,1626,1632,1658,1661,1691,1794,1856,1945,1946,1947,1958,2022,2094,2100,2121,2263,2277,2347,2349,2549,2578,2595,2606,2608,2629,2639,2764,2766,2767,2769,3027,3028,3261,3264,3284,3313,3317,3332或3337,其係用於治療或預防有該需要 的個體中與TNFα相關的眼睛病況,其中該病況為乾眼症、過敏性結膜炎或眼睛發炎。
- 一種具有19至49個核苷酸長度的干擾RNA,該干擾RNA包含:一意義核苷酸股、一反義核苷酸股,以及一至少19個核苷酸且具有至少90%連續互補性的區域;其中該反義股在高度嚴苛條件之下雜交至對應於序列辨識編號:2的mRNA的一個部分,其開始於核苷酸124,328,387,391,393,395,406,421,423,444,447,455,459,460,467,469,470,471,475,479,513,517,531,543,556,576,587,588,589,595,601,602,611,612,651,664,667,668,669,677,678,785,786,788,791,792,804,813,824,838,843,877,884,929,959,960,961,963,964,965,970,973,974,1000,1002,1013,1026,1053,1056,1057,1058,1161,1315,1318,1324,1357,1360,1383,1393,1420,1471,1573,1671,2044,2045,2046,2047,2048,2089,2090,2091或2092,其係用於治療或預防有該需要的個體中與TNFα相關的眼睛病況,其中該病況為乾眼症、過敏性結膜炎或眼睛發炎。
- 如申請專利範圍第2項之干擾RNA,其進一步包括一具有19至49個核苷酸長度的第二干擾RNA,以及包括:一意義核苷酸股、一反義核苷酸股,以及一至少19個核苷酸且具有至少90%連續互補性的區域; 其中該反義股在高度嚴格條件之下雜交至對應於序列辨識編號:2的mRNA的一個部分,其開始於核苷酸124,328,387,391,393,395,406,421,423,444,447,455,459,460,467,469,470,471,475,479,513,517,531,543,556,576,587,588,589,595,601,602,611,612,651,664,667,668,669,677,678,785,786,788,791,792,804,813,824,838,843,877,884,929,959,960,961,963,964,965,970,973,974,1000,1002,1013,1026,1053,1056,1057,1058,1161,1315,1318,1324,1357,1360,1383,1393,1420,1471,1573,1671,2044,2045,2046,2047,2048,2089,2090,2091或2092。
- 如申請專利範圍第3項之干擾RNA,其進一步包括一具有19至49個核苷酸長度的第二干擾RNA:一意義核苷酸股、一反義核苷酸股,以及一至少19個核苷酸且具有至少90%連續互補性的區域;其中該反義股在生理條件之下雜交至對應於序列辨識編號:1的mRNA的一個部分,其包含:核苷酸297,333,334,335,434,470,493,547,570,573,618,649,689,755,842,844,846,860,878,894,900,909,910,913,942,970,984,1002,1010,1053,1064,1137,1162,1215,1330,1334,1340,1386,1393,1428,1505,1508,1541,1553,1557,1591,1592,1593,1597,1604,1605,1626,1632,1658,1661,1691,1794,1856,1945,1946,1947,1958,2022,2094,2100,2121,2263,2277,2347, 2349,2549,2578,2595,2606,2608,2629,2639,2764,2766,2767,2769,3027,3028,3261,3264,3284,3313,3317,3332或3337,其中該干擾RNA係用於投藥至個體之眼部。
- 如申請專利範圍第2或3項之干擾RNA,其中該意義核苷酸股和該反義核苷酸股係藉由一種套環核苷酸股予以連接。
- 一種雙股的siRNA分子在製備用於治療或預防與TNFα相關的眼睛病況之藥物的用途,該雙股的siRNA分子經由RNA干擾而向下調控一種TACE基因的表現,其中該病況為乾眼症、過敏性結膜炎,或眼睛發炎,其中:該siRNA分子的各股在長度上係獨立地大約19至大約27個核苷酸;以及該siRNA分子的一股包含一種核苷酸序列,其具有對應於該TACE基因之一種mRNA的實質互補性,藉此該siRNA分子經由RNA干擾而指示該mRNA的***。
- 一種雙股的siRNA分子在製備用於治療或預防與TNFα相關的眼睛病況之藥物的用途,該雙股的siRNA分子經由RNA干擾而向下調控一種TNFR1基因的表現,其中該病況為乾眼症、過敏性結膜炎,或眼睛發炎,其中:該siRNA分子的各股在長度上係獨立地大約19至大約27個核苷酸;以及 該siRNA分子的一股包含一種核苷酸序列,其具有對應於該TNFR1基因之一種mRNA的實質互補性,藉此該siRNA分子經由RNA干擾而指示該mRNA的***。
- 一種具有19至49個核苷酸長度的單股干擾RNA,其中該單股干擾RNA在高度嚴苛條件之下雜交至對應於序列辨識編號:1的mRNA的一個部分,其包含:核苷酸297,333,334,335,434,470,493,547,570,573,618,649,689,755,842,844,846,860,878,894,900,909,910,913,942,970,984,1002,1010,1053,1064,1137,1162,1215,1330,1334,1340,1386,1393,1428,1505,1508,1541,1553,1557,1591,1592,1593,1597,1604,1605,1626,1632,1658,1661,1691,1794,1856,1945,1946,1947,1958,2022,2094,2100,2121,2263,2277,2347,2349,2549,2578,2595,2606,2608,2629,2639,2764,2766,2767,2769,3027,3028,3261,3264,3284,3313,3317,3332或3337,以及該干擾RNA具有與對應於序列辨識編號:1的mRNA的雜交部分至少90%連續互補性的一個區域,其係用於治療或預防有該需要的個體中與TNFα相關的眼睛病況,其中該病況為乾眼症、過敏性結膜炎或眼睛發炎。
- 如申請專利範圍第1至3項中任一項之干擾RNA,其中該干擾RNA係經由一種能夠表現該干擾RNA之表現載體的活體內表現而予以投藥。
- 如申請專利範圍第3項之干擾RNA,其中該干擾RNA係 藉由一種能夠在活體內表現該干擾RNA之表現載體來投予,且其中siRNA分子之各股獨立地為大約19至大約25個核苷酸長,或在為大約19至大約21個核苷酸長。
- 如申請專利範圍第1至3項中任一項之干擾RNA,其中該干擾RNA是一種shRNA或一種siRNA。
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