定義 如本文中所使用，術語「投與(administer/administering/administration)」如本文中所使用指代植入、吸收、攝取、注入、吸入或以其他方式引入本發明化合物或其醫藥組合物。 如本文中所使用，術語「促效劑」可用於指代其存在、位準、水準、類型或形式與另一藥劑(亦即，受促效的藥劑)之增加的位準或活性相關之藥劑、狀況或事件。大體而言，促效劑可為或包括任何化學物質類別之藥劑，包括例如小分子、多肽、核酸、碳水化合物、脂、金屬及/或展示相關活化活性之任何其他實體。在一些實施例中，促效劑可為直接的(在此情況下，其直接對其靶標發揮其影響)；在一些實施例中，促效劑可為間接的(在此情況下，其藉由除與其靶標結合外，例如藉由與靶標之調節子相互作用以使得更改靶標之位準或活性來發揮其影響)。 術語「生物樣本」指代包括以下之任何樣本：組織樣本(諸如組織切片及組織之穿刺活檢)；細胞樣本(例如，細胞學抹片(諸如子宮頸抹片(Pap smear)或血液抹片)或藉由顯微切割獲得之細胞之樣本)；整個有機體之樣本(諸如酵母或細菌之樣本)；或細胞碎片、片段或細胞器(諸如藉由裂解細胞及以離心或以其他方式分離其組分而獲得)。生物樣本之其他實例包括血液、血清、尿液、***、糞便物質、腦脊髓液、間質液、黏液、淚液、汗液、膿、活檢組織(例如，藉由外科活檢或穿刺活檢獲得)、乳頭抽出物、乳汁、***液、唾液、拭子(諸如，口腔拭子)或含有源自第一生物樣本之生物分子的任何物質。生物樣本亦包括轉殖基因的彼等生物樣本，諸如轉殖基因卵母細胞、***細胞、囊胚、胚胎、胎兒、供體細胞或細胞核。在一些態樣中，來自患有AML、MDS或MM之個體的生物樣本為骨髓抽出物。 如本文中所使用，術語「生物標記」指代其存在、位準或形式與所關注之特定生物學事件或狀態相關的實體，因此將其視為該事件或狀態之「標記」。僅給出少許實例，在一些實施例中，生物標記可為或包含特定疾病病況或階段的或可罹患特定疾病、病症或病狀之可能性的標記。在一些實施例中，生物標記可為或包含特定疾病或治療結果或其可能性之標記。因此，對於所關注之相關生物學事件或狀態，在一些實施例中，生物標記為預測性的，在一些實施例中，生物標記為預後的，在一些實施例中，生物標記為診斷性的。生物標記可為任何化學物質類別之實體。舉例而言，在一些實施例中，生物標記可為或包含核酸、多肽、脂質、碳水化合物、小分子、無機試劑(例如，金屬或離子)或其組合。在一些實施例中，生物標記為細胞表面標記。在一些實施例中，生物標記為胞內生物標記。在一些實施例中，生物標記發現於細胞外部 (例如，在細胞外部分泌或以其他方式產生或存在，例如在諸如血液、尿液、淚液、唾液、腦脊髓液等之體液中)。在一些實施例中，術語指代具有特定腫瘤、腫瘤子類別、腫瘤階段等之特徵的基因表現產物。替代地或另外，在一些實施例中，特定標記之存在或位準與例如可具有特定類別之腫瘤之特徵的特定信號傳導路徑之活性(或活性位準)相關。存在或不存在生物標記之統計顯著性可視特定生物標記而變化。在一些實施例中，生物標記之偵測具有高度特異性，此係由於其反映腫瘤屬於特定子類別之高機率。此特異性可能以敏感性為代價(例如，即使腫瘤為將預期表現生物標記之腫瘤仍可能出現陰性結果)。在一些實施例中，生物標記包含RARA生物標記(例如，一或多種RARA生物標記(例如，一或多種
RARA
基因組分或產物之存在、位準、形式及/或活性，包括例如
RARA
超強化子強度、序數分級或盛行分級及RARA mRNA位準或盛行分級))。在一些實施例中，生物標記包含IRF8生物標記(例如，一或多種
IRF8
基因組分或產物之存在、位準、形式及/或活性，包括例如
IRF8
超強化子強度、序數分級或盛行分級及IRF8 mRNA位準或盛行分級)。在一些實施例中，生物標記指代一或多種生物標記(諸如RARA生物標記或IRF8生物標記)之組合。 如本文中所使用之術語「共投與(co-administer/co-administering)」在投與療法(例如，RARA促效劑及CD38特異性抗體)之情形下指示，一種療法可在個體患病過程期間與另外一或多種療法組合使用。在一些實施例中，療法之投與係同時存在的或同時發生的，意謂一種治療之傳遞在第二種治療之傳遞開始時仍在進行。在其他實施例中，一種治療之傳遞在另一種治療之傳遞開始之前結束。在任一情況之一些實施例中，治療由於組合投與而更有效。舉例而言，第二種治療更有效，例如，在第二種治療較少進行之情況下發現等效作用，或第二種治療比在無在第一種治療存在下投與第二種治療時將發現的更大程度地減輕症狀，或在第一種治療中發現類似情況。在一些實施例中，傳遞使得症狀減輕，或與病症相關之其他參數大於在無另一治療存在下傳遞的一種治療所將觀測到的參數。兩種治療之作用可為部分相加的，完全相加的或大於相加的。傳遞可使得所傳遞之第一治療之作用在傳遞第二治療時仍可偵測。此處，可在相同或分開的組合物中同時或依次投與RARA促效劑及CD38特異性抗體。對於依次投與，首先可投與RARA促效劑且其次可投與CD38特異性抗體或可顛倒投與次序。 如本文中所使用，術語「病狀」、「疾病」及「病症」可互換使用。 本文中所描述之化合物(諸如RARA促效劑及/或CD38特異性抗體)之「有效量」指代足以引出所要生物反應(亦即，治療病狀)之量。如一般技術者將瞭解，本文中所描述之化合物(諸如RARA促效劑及/或CD38特異性抗體)之有效量可視如所要生物學端點、化合物之藥物動力學、正經治療之病狀、投藥模式及個體之年齡及健康狀況等此類因素而變化。在一些實施例中，有效量涵蓋治療性及預防性治療。在其他實施例中，有效量僅涵蓋治療性治療。舉例而言，在治療癌症中，有效量之本發明化合物或組合物可減小腫瘤負荷或停止腫瘤之生長或擴散。 預期投與之「個體」包括但不限於人類(亦即，任何年齡組之男性或女性，例如兒科個體(例如，嬰兒、兒童、青年)或成人個體(例如，年輕人、中年人或老年人))及/或其他非人類動物，例如哺乳動物(例如，靈長類動物(例如，食蟹獼猴、恆河猴)；商業相關的哺乳動物，諸如牛、豬、馬、羊、山羊、貓及/或狗)及鳥類(例如，商業相關的鳥類，諸如雞、鴨、鵝及/或火雞)。在某些實施例中，動物為哺乳動物。動物可為雄性或雌性且處於任何發育階段。非人類動物可為轉殖基因動物。在某些實施例中，個體為人類。 本文中所描述之化合物(諸如RARA促效劑及/或CD38特異性抗體)之「治療有效量」為足以在治療病狀中提供治療效益或足以延緩或最小化與該病狀相關聯之一或多種症狀的量。在一些實施例中，治療有效量為足以在治療病狀中提供治療效益或足以最小化與該病狀相關聯之一或多種症狀的量。治療有效量之化合物意謂單獨或與其他療法組合，在治療病狀中提供治療效益之一定量之治療劑。術語「治療有效量」可涵蓋改良整個療法、減輕或避免病狀之症狀或病因，或增強另一治療劑之治療功效的量。 如本文中所使用，術語「治療(treatment/treat/treating)」指代逆轉、減緩、延緩本文中所描述之「病理性病狀」(例如，疾病、病症或病狀，或其一或多種病徵或症狀)之發作，或抑制該「病理性病狀」之進程。在一些實施例中，「治療(treatment/treat/treating)」要求疾病、病症或病狀之病徵或症狀已發展或已觀測到。在其他實施例中，可在無疾病或病狀之病徵或症狀存在下投與治療。舉例而言，可在症狀發作之前向易感個體投與治療(例如，依據症狀歷史及/或依據遺傳性因素或其他易感性因素)。亦可在症狀已消退之後繼續治療，例如以延緩或預防復發。 術語「
RARA
基因」指代編碼官能性視黃酸受體-α基因且特定言之不包括包含
RARA
基因之全部或部分的基因融合之基因組DNA序列。在一些實施例中，
RARA
基因位於基因組結構hg19中之chr17:38458152-38516681。 術語「
IRF8
基因」指代編碼干擾素共同序列結合蛋白質或其剪接變異體且特定言之不包括包含
IRF8
基因之全部或部分的基因融合之基因組DNA序列。在一些實施例中，
IRF8
基因位於基因組結構hg19中之chr16:85862582-85990086。 術語「強化子」指代基因組DNA之用於調節距多達1 Mbp遠之基因之區域。強化子可與基因編碼區域重疊，但通常不由其組成。強化子通常由轉錄因子結合且藉由特定組織蛋白標記指定。 術語「超強化子」指代含有組織蛋白標記及/或轉錄蛋白質相對於特定細胞中之其他強化子的不對稱份額之強化子之子組。由於此，預測由超強化子調節的基因對該細胞之功能具有高度重要性。超強化子通常係藉由基於強度來排序細胞中之全部強化子及使用諸如ROSE (https://bitbucket.org/young_computation/rose)之可用軟體來測定具有比細胞中之中位強化子顯著更高強度的強化子之子集來測定(參見例如，美國專利9,181,580，其以引用之方式併入本文中)。 如本文中所使用之術語「強度」在提及強化子或超強化子之部分時意謂針對經分析之基因組DNA片段之長度繪製的H3K27Ac或其他基因組標記讀段之數目之曲線下的面積。因此，「強度」為由量測給定鹼基對處之標記而產生的信號在定義經選擇以量測之區域之鹼基對跨度內的積分。 術語指定值(例如，與
RARA
基因相關聯之超強化子之強度)之「盛行分級」意謂等於或大於特定值之群體百分比。舉例而言，與測試細胞中之
RARA
基因相關聯之超強化子的強度之35%盛行分級意謂群體之35%具有強度等於或大於測試細胞之
RARA
基因強化子。 術語指定值(例如，與
RARA
基因相關聯之超強化子之強度)之「盛行截止」意謂定義群體之兩個子集(例如，反應者及無反應者)之間的分隔線之盛行分級。因此，等於或高於(亦即，較低百分比值)盛行截止之盛行分級定義群體的一個子集；並且低於(例如，較高百分比值)盛行截止之盛行分級定義群體之另一子集。 術語「截止」及「截止值」意謂分析法中所量測之定義群體之兩個子集(例如，反應者及無反應者)之間的分隔線之值。因此，等於或高於截止值之值定義群體的一個子集；並且低於截止值之值定義群體的另一子集。 術語「臨限值」及「臨限值位準」意謂定義群體之兩個子集(例如，反應者及無反應者)之間的分隔線之位準。臨限值位準可為盛行截止或截止值。 術語「群體」或「樣本之群體」意謂合理地反映在較大群組中量測之值的分佈之不同樣本之足夠數目(例如，至少30、40、50或更多)。樣本群體中之各樣本可為細胞株、獲自生物之生物樣本(例如，活檢或體液樣本)或獲自異種移植之樣本(例如，藉由植入細胞株或病患樣本在小鼠中生長之腫瘤)，其中各樣本來自患有相同疾病、病狀或病症之生物或來自呈現相同疾病、病狀或病症之細胞株或異種移植物。 術語指定值之「序數分級」意謂該值相比於其他值之集合之排序。舉例而言，就與測試細胞中之RARA基因相關聯之超強化子相比於測試細胞中之其他超強化子之強度而言，100之序數分級意謂測試細胞中之其他99種超強化子具有比與RARA基因相關聯之超強化子更大的強度。 術語「排序」意謂各值自最高至最低或自最低至最高的排序。
RARA 及 IRF8
本發明提供用於例如藉由以下來用與CD38特異性抗體組合之RARA促效劑治療患有癌症(例如，非APL AML、MDS或MM)之個體的方法：測定RARA生物標記及/或IRF8生物標記之盛行率(例如，測定一或多種
RARA
或
IRF8
基因組分或產物之位準、強度、序數分級、盛行分級及/或活性，包括例如
RARA
或
IRF8
超強化子強度、序數分級或盛行分級及RARA或IRF8 mRNA位準或盛行分級)，以及因此共投與RARA促效劑及CD38特異性抗體。 視黃酸受體亞型α (RARA)為在未結合或由拮抗劑結合時充當轉錄抑制子及充當促效劑結合狀態下之基因活化劑的核激素受體。RARA之天然配位體為由維生素A產生之視黃酸，亦稱為全反視黃酸(ATRA)。 超強化子(SE)為調節關鍵細胞識別基因(包括惡性細胞中之致癌基因)之大型高度活性染色質區域。使用基因控制平台，SE在60個原發性AML病患樣本中經鑑別為能夠發現新的腫瘤弱點之全基因組。在病患樣本之中顯現差異存在的SE中之一者與編碼RARA之
RARA
基因相關聯。 使用預先分析
RARA
強化子之強度及序數之不同AML細胞株及病患樣本，發現干擾素反應因子8 (IRF8) mRNA位準與RARA類似在病患群體中上調。IRF8為已知對造血至關重要且其信號傳導缺失造成未成熟骨髓細胞之異常增殖的干擾素反應性轉錄因子。在AML中，觀測到IRF8過度表現且其可與不佳臨床結果相關。不管此上調如何，IRF8信號傳導實際上藉由抑制的轉錄輔因子及在IRF8信號傳導處於SE驅動抑制狀態中時潛在地RARA來削弱。此外，干擾素-α自身(IRF之上游信號傳導配位體)在AML中呈現促分化作用及與RARA路徑之信號傳導串話(cross-talk)。 本發明描述RARA促效劑(例如，他米巴羅汀)可以RARA或IRF8 SE依賴性方式在非APL AML、MDS或MM中誘發CD38上調之最新發現。另外，其提供尤其適用於基於對共投與他米巴羅汀及CD38特異性抗體之可能反應而特徵化、鑑別、選擇或分層病患的各種組合物及方法。
RARA 及 IRF8 超強化子鑑別及臨限值 位準之測定
本文中所描述的係藉由在測定RARA生物標記及/或IRF8生物標記之存在(例如，測定一或多種
RARA
或
IRF8
基因組分或產物之盛行率、位準、形式及/或活性，包括例如
RARA
或
IRF8
超強化子強度、序數分級或盛行分級及RARA或IRF8 mRNA位準或盛行分級)後投與RARA促效劑(例如，他米巴羅汀)及CD38特異性抗體來治療癌症之方法。 強化子或超強化子之鑑別可藉由此項技術中已知之各種方法來達成，例如，如Cell 2013, 155, 934-947及PCT/US2013/066957中所描述，兩者皆以引用之方式併入本文中。在一些實施例中，超強化子之鑑別藉由自病患中之癌症樣本(例如，自活檢)獲得細胞材料及DNA來達成。強化子量測之重要量度以二維形式進行：在其內連續地偵測基因組標記(例如，H3K27Ac)之DNA長度，以及基因組標記在沿構成量值之該DNA跨度上之各鹼基對處的編譯發生率。由長度及量值分析之積分產生的曲線下面積(「AUC」)之量測測定強化子之強度。係
IRF8
或
RARA
超強化子相對於用於本發明之一個態樣中之對照組的強度來測定個體是否將對RARA促效劑(例如，他米巴羅汀)及CD38特異性抗體起反應。對熟習此項技術者將容易地顯而易見的係，若在其內偵測基因組標記之DNA長度對
RARA
或
IRF8
與對照組兩者而言係相同的，則
RARA
或
IRF8
超強化子相對於對照組之量值的比率將等效於強度，且亦可用於測定個體是否將對RARA促效劑及CD38特異性抗體起反應。在一些實施例中，在與其他樣本進行比較之前將細胞中之
RARA
或
IRF8
強化子之強度歸一化。歸一化係藉由與已知包含在全部細胞中以類似位準呈現之普遍存在的超強化子或強化子之同一細胞中之區域進行比較來達成。此類普遍存在的超強化子區域之一個實例為MALAT1超強化子基因座(chr11:65263724-65266724) (基因組結構hg19)。 已經由H3K27Ac ChIP-seq方法測定存在與位於chr17:38458152-38516681 (基因組結構hg19)處之
RARA
基因相關聯之超強化子基因座。ChIP定序(亦稱為ChIP-seq)用於分析蛋白質與DNA之相互作用。ChIP-seq將染色質免疫沈澱(ChIP)與大規模並行DNA定序組合以鑑別DNA相關蛋白質之結合位點。其可用以精確定位所關注之任何蛋白質之全局結合位點。此前，晶片上ChIP (ChIP-on-chip)為用以研究此等蛋白質-DNA關係之最常見技術。成功的ChIP-seq取決於許多因素，包括音波處理強度及方法、緩衝液組成、抗體品質及細胞數目；參見例如，T. Furey, Nature Reviews Genetics 13, 840-852 (2012年12月)；M.L. Metzker, Nature Reviews Genetics 11, 31-46 (2010年1月)；以及P.J Park, Nature Reviews Genetics 10, 669-680 (2009年10月)。除H3K27Ac外之可用以使用ChIP-seq鑑別超強化子之基因組標記包括P300、CBP、BRD2、BRD3、BRD4、介質複合物之組分(J Loven等人，Cell, 153(2):320-334, 2013)、組織蛋白3離胺酸4單甲基化(H3K4me1)或其他組織特異性強化子連接轉錄因子(E Smith及A Shilatifard, Nat Struct Mol Biol, 21(3):210-219, 2014) (S Pott及Jason Lieb, Nature Genetics, 47(1):8-12, 2015)。 在一些實施例中，細胞株或病患樣本之全部基因組之H3K27ac或其他標記ChIP-seq資料超強化子定位已存在。在此等實施例中，吾人將僅判定位於chr17:38458152-38516681 (基因組結構hg19)基因座處之此類定位中之強化子或超強化子之強度或序數分級是否等於或大於預定臨限值位準。 應理解，
RARA
、
IRF8
及
MALAT1
之特定染色體位置對於不同基因組結構及/或對於不同細胞類型可不同。然而，鑒於本說明書，熟習此項技術者可藉由定位於對應於基因組結構hg 19中之
RARA
及/或
MALAT1
基因座的此類其他基因組結構特異性序列中而測定此類不同位置。 鑑別超強化子之其他方法包括染色質免疫沈澱(JE Delmore等人，Cell, 146(6)904-917, 2011)及晶片陣列(ChIP-chip)，及使用相同免疫沈澱基因組標記及與chr17:38458152-38516681 (基因組結構hg19)
RARA
基因座或chr16:85862582-85990086 (基因組結構hg19)
IRF8
基因座雜交之寡核苷酸序列的染色質免疫沈澱後接qPCR (ChIP-qPCR)。在ChIP-chip之情況下，如同其他基於陣列之技術一樣，通常藉由由探針與輸入分析樣本之雜交產生的螢光強度偵測信號。對於ChIP-qPCR，將僅在嵌入PCR反應中所產生的雙鏈DNA之後會發出螢光的染料用於量測模版之擴增。 在一些實施例中，細胞是否具有大於必要臨限值位準之
RARA
或
IRF8
超強化子之測定藉由將測試細胞中之
RARA
或
IRF8
強化子強度與已知對RARA或IRF8不起反應的細胞(「對照細胞」)中之對應
RARA
或
IRF8
強度進行比較來達成。對照細胞較佳為與測試細胞相同之細胞類型。在此等實施例之一個態樣中，對照細胞為HCC1143中之此類細胞。 在一些實施例中，細胞是否具有大於必要臨限值位準之
RARA
或
IRF8
超強化子強度之測定藉由將測試細胞中之
RARA
或
IRF8
強化子強度與細胞樣本群體中之對應
RARA
或
IRF8
強度進行比較來達成，其中細胞樣本中之各者獲自不同來源(亦即，不同個體、不同細胞株、不同異種移植)。在此等實施例之一些態樣中，僅來自個體之原發腫瘤細胞樣本用於測定臨限值位準。在此等實施例之一些態樣中，群體中之樣本中之至少一些已進行對特異性RARA促效劑及CD38特異性抗體之反應測試，以便建立：a)對特異性RARA促效劑及CD38特異性抗體起反應的群體中之樣本之最低
RARA
強化子強度(「最低反應者」)；及/或b)對特異性RARA促效劑及CD38特異性抗體起反應的群體中之樣本之最低
IRF8
強化子強度(「最低反應者」)；及視情況c)對特異性RARA促效劑及CD38特異性抗體不起反應的群體中之樣本之最高
RARA
強化子強度(「最高無反應者」)及/或d)對特異性RARA促效劑及CD38特異性抗體不起反應的群體樣本中之之最高
IRF8
強化子強度(「最高無反應者」)。在此等實施例中，
RARA
或
IRF8
強化子強度(大於該強度時測試細胞將視為對該特異性RARA促效劑及CD38特異性抗體起反應)之截止設定為：i)等於或至多大於群體中最低反應者之
RARA
或
IRF8
強化子強度5%；或ii)等於或至多大於群體中最高無反應者之
RARA
或
IRF8
強化子強度5%；或iii)群體中最低反應者與最高無反應者之
RARA
或
IRF8
強化子強度之間的值。 應理解，在上述實施例中，通常並非群體中之所有樣本均需要對RARA促效劑及CD38特異性抗體之反應進行測試，但均量測所有樣本之
RARA
或
IRF8
強化子強度。在一些實施例中，樣本基於
RARA
或
IRF8
強化子強度排序。上文所闡述之用以建立截止之三種方法之樣本的選擇將視群體中之最低反應者與最高無反應者之間的
RARA
或
IRF8
強化子強度差及目標為最小化偽陽性之數目抑或為最小化遺漏潛在反應樣本或個體之機率而定。當最低反應者與最高無反應者之間的差較大時(例如，當許多樣本未進行測試落在
RARA
或
IRF8
強化子強度之排序之最低反應者與最高無反應者之間的反應時)，截止通常設定為等於或至多大於群體中最低反應者之
RARA
或
IRF8
強化子強度5%。此截止最大化潛在反應者之數目。當此差較小時(例如，當少許樣本或無樣本未進行測試落在
RARA
或
IRF8
強化子強度之排序之最低反應者與最高無反應者之間的反應時)，截止通常設定為最低反應者與最高無反應者之
RARA
或
IRF8
強化子強度之間的值。此截止最小化偽陽性之數目。當最高無反應者之
RARA
或
IRF8
強化子強度高於最低反應者時，截止通常設定為等於或至多大於群體中最高無反應者之
RARA
或
IRF8
強化子強度5%之值。此方法亦最小化偽陽性之數目。 在一些實施例中，細胞是否具有大於必要臨限值位準之
RARA
或
IRF8
超強化子強度之測定藉由將測試細胞中之
RARA
強化子強度的序數與細胞樣本群體中之
RARA
或
IRF8
強化子強度之序數進行比較來達成，其中細胞樣本中之各者獲自不同來源(亦即，不同個體、不同細胞株、不同異種移植)。在此等實施例之中，群體中之樣本中之至少一些已進行對特異性RARA促效劑之反應測試，以便建立：a)對特異性RARA促效劑及CD38特異性抗體起反應的群體中之樣本之最低
RARA
強化子強度(「最低序數反應者」)；b)對特異性RARA促效劑及CD38特異性抗體起反應的群體中之樣本之最低
IRF8
強化子強度序數(「最低序數反應者」)；及視情況c)對特異性RARA促效劑及CD38特異性抗體不起反應的群體中之樣本之最高
RARA
強化子強度序數(「最高序數無反應者」)；及/或d)對特異性RARA促效劑及CD38特異性抗體不起反應的群體中之樣本之最高
RARA
強化子強度序數(「最高序數無反應者」)。在此等實施例中，
RARA
或
IRF8
強化子強度(大於該強度時測試細胞將視為對該特異性RARA促效劑及CD38特異性抗體起反應)之截止設定為：i)等於或至多大於群體中最低序數反應者之
RARA
或
IRF8
強化子強度5%；或ii)等於或至多大於群體中最高序數無反應者之
RARA
或
IRF8
強化子強度5%；或iii)群體中最低序數反應者與最高序數無反應者之
RARA
或
IRF8
強化子強度之間的值。 應理解，在上述實施例中，通常並非群體中之所有樣本均需要進行對RARA促效劑及CD38特異性抗體之反應測試，但均量測所有樣本之
RARA
或
IRF8
強化子強度，且建立
RARA
或
IRF8
強化子相比於同一樣本中之其他強化子之序數。序數通常藉由量測細胞中之所有其他強化子之強度及測定
RARA
或
IRF8
強化子相比於其他強化子在強度方面具有何種排序(亦即，序數)來獲得。 在一些實施例中，樣本基於
RARA
強化子強度之序數來排序。在一些實施例中，樣本基於
IRF8
強化子強度之序數來排序。上文所闡述之用以建立截止之方法之樣本的選擇將視群體中之最低序數反應者與最高序數無反應者之間的
RARA
或
IRF8
強化子強度序數差及截止經設計以最小化偽陽性抑或最大化反應者之數目而定。當此差較大時(例如，當許多樣本未進行測試落在
RARA
或
IRF8
強化子強度序數之排序最低序數反應者與最高序數無反應者之間的反應時)，截止通常設定為等於或至多大於群體中最低序數反應者之
RARA
或
IRF8
強化子強度序數5%。當此差較小時(例如，當少數樣本或無樣本未進行測試落在
RARA
或
IRF8
強化子強度序數之排序最低序數反應者與最高序數無反應者之間的反應時)，截止通常設定為最低序數反應者與最高序數無反應者之
RARA
或
IRF8
強化子強度序數之間的值。當最高序數無反應者之
RARA
或
IRF8
強化子強度序數高於最低反應者之
RARA
或
IRF8
強化子強度序數時，截止通常設定為等於或至多大於群體中最高序數無反應者之
RARA
或
IRF8
強化子強度序數5%之值。 在將測試細胞或樣本與群體進行比較之實施例的一些態樣中，將針對群體所獲得之一或多個截止值(例如，
RARA
強化子強度或
RARA
強化子序數及/或
IRF8
強化子強度或
IRF8
強化子序數)轉換成盛行分級，且將截止表示為具有截止值或更高(亦即，盛行截止)的群體之百分比。在不受理論限制之情況下，申請人認為測試樣本之盛行分級將類似，無論用於測定
RARA
或
IRF8
強化子強度之方法如何。因此，針對一個參數(例如，
RARA
強化子強度序數或
IRF8
強化子強度序數)所測定之盛行截止是便攜型的且可應用於另一參數(例如，RARA mRNA位準或IRF8 mRNA位準)以測定該另一參數之截止值。此允許測定任何參數之截止值而不必以實驗方式測定此類參數之位準與對RARA促效劑及CD38特異性抗體之反應之間的相關性。
RARA 及 IRF8 mRNA 位準測定
本發明提供用於在RARA生物標記及/或IRF8生物標記存在時用RARA促效劑(例如，他米巴羅汀)及CD38特異性抗體治療癌症之方法。已測定
RARA
及/或
IRF8
超強化子基因座之鑑別允許吾人使用RNA轉錄物來測定敏感性而非超強化子位準以測定對RARA促效劑及CD38特異性抗體之敏感性。來自超強化子基因座自身之RNA轉錄物可經定量且與該基因座處之超強化子位準極其良好相關。亦已展示，編碼RARA之mRNA轉錄物亦與對單獨RARA促效劑或與CD38特異性抗體組合之敏感性相關，且因此mRNA位準可用以鑑別將對此療法組合起反應之細胞。因此，在一些實施例中，RARA或IFR8 mRNA位準而非超強化子強度或序數分級可用於測定對RARA促效劑及CD38特異性抗體之敏感性。 在一些實施例中，來自超強化子基因座之RNA轉錄位準使用定量技術來定量，該等定量技術將樣本中之
RARA
或
IRF8
強化子RNA轉錄位準與已知對RARA促效劑及CD38特異性抗體不起反應的細胞或細胞株中之對應
RARA
或
IRF8
強化子RNA轉錄位準進行比較。此類方法包括用於讀段與強化子通讀相關聯之eRNA (N Hah等人，PNAS, 112(3):E297-302, 2015)的基於RNA陣列或定序之方法，以及RNA qPCR。 在替代實施例中，使用RNA-Seq或RNA-qPCR技術將個體中(亦即，腫瘤樣本中、癌細胞樣本中、血液樣本中等)之RARA或IRF8 mRNA位準與患有相同疾病或病狀之個體群體中之RARA或IRF8 mRNA位準進行比較以鑑別對RARA促效劑及CD38特異性抗體的反應者。在此等實施例中，群體中之樣本中之至少一些已進行對特異性RARA促效劑及CD38特異性抗體之反應測試，以便建立：a)對特異性RARA促效劑及CD38特異性抗體起反應的群體中之樣本之最低RARA mRNA位準(「最低mRNA反應者」)；及/或b)對特異性RARA促效劑及CD38特異性抗體起反應的群體中之樣本之最低IRF8 mRNA位準(「最低mRNA反應者」)；及視情況c)對特異性RARA促效劑及CD38特異性抗體不起反應的群體中之樣本之最高RARA mRNA位準(「最高mRNA無反應者」)；及/或d)對特異性RARA促效劑及CD38特異性抗體不起反應的群體中之樣本之IRF8 mRNA最高位準(「最高mRNA無反應者」)。在此等實施例中，RARA或IRF8 mRNA位準(大於該位準時測試細胞將視為對該特異性RARA促效劑及CD38特異性抗體起反應)之截止設定為：i)等於或至多大於群體中最低mRNA反應者之RARA或IRF8 mRNA位準5%；或ii)等於或至多大於群體中最高mRNA無反應者之RARA或IRF8 mRNA位準5%；或iii)群體中最低mRNA反應者與最高mRNA無反應者之RARA或IRF8 mRNA位準之間的值。 在一些實施例中，並非群體中之所有樣本均需要進行對RARA促效劑及CD38特異性抗體之反應測試，但均量測所有樣本之RARA或IRF8 mRNA位準。在一些實施例中，樣本基於RARA mRNA位準排序。在一些實施例中，樣本基於IRF8 mRNA位準排序。上文所闡述之用以建立截止之三種方法之樣本的選擇將視群體中之最低mRNA反應者與最高mRNA無反應者之間的RARA或IRF8 mRNA位準差及截止經設計以最小化偽陽性抑或最大化潛在反應者之數目而定。當此差較大時(例如，當許多樣本未進行測試落在RARA或IRF8 mRNA位準之排序最低mRNA反應者與最高mRNA無反應者之間的反應時)，截止通常設定為等於或至多大於群體中最低mRNA反應者之RARA或IRF8 mRNA位準5%。當此差較小時(例如，當少數樣本或無樣本未進行測試落在RARA或IRF8 mRNA位準之排序最低mRNA反應者與最高mRNA無反應者之間的反應時)，截止通常設定為最低mRNA反應者與最高mRNA無反應者之RARA或IRF8 mRNA位準之間的值。當最高mRNA無反應者之RARA或IRF8 mRNA位準高於最低mRNA反應者時，截止通常設定為等於或至多大於群體中最高mRNA無反應者之RARA或IRF8 mRNA位準5%之值。 在一些實施例中，群體基於RARA mRNA位準排序。在一些實施例中，群體基於IRF8 mRNA位準排序。在此等實施例中，量測各樣本中之RARA或IRF8 mRNA位準且將其與細胞中之所有其他mRNA之mRNA位準進行比較以獲得RARA或IRF8 mRNA位準之序數分級。隨後，基於RARA或IRF8 mRNA序數分級之截止基於群體中之樣本而測定，以與先前針對測定
RARA
或
IFR8
超強化子強度序數截止所描述的相同之方式測試該等樣本對RARA促效劑之反應。隨後，直接使用所測定的RARA或IRF8 mRNA序數截止或將其用於測定盛行截止，隨後使用其中之任一者來分層對RARA促效劑及CD38特異性抗體有潛在反應的額外樣本。 在一些實施例中，使用基於如上文所描述之
RARA
強化子強度或
RARA
強化子強度序數、或
IRF8
強化子強度或
IRF8
強化子強度序數而建立的盛行截止來測定RARA或IRF8 mRNA位準之截止。在此等實施例之一些態樣中，量測群體之mRNA位準，且將事先測定之盛行截止應用於該群體以測定mRNA截止位準。在此等實施例之一些態樣中，建立群體之RARA或IRF8 mRNA位準之排序標準曲線，且將預定盛行截止應用於該標準曲線以測定RARA或IRF8 mRNA截止位準。 在將測試細胞或樣本與群體進行比較之實施例的一些態樣中，將所獲得之群體之截止mRNA位準值轉換成盛行分級，且將mRNA位準截止表示為具有截止值或更高(亦即，盛行截止)的群體之百分比。 在不受理論限制之情況下，申請人認為測試樣本之盛行分級及群體之盛行截止將類似，無論用於測定IRF8或RARA mRNA位準之方法如何。 在此等實施例之一些態樣中，若個體之RARA或IRF8 mRNA位準對應於如藉由群體中之RARA或IRF8 mRNA位準所測定之79%、78%、77%、76%、75%、74%、73%、72%、71%、70%、69%、68%、67%、66%、65%、64%、63%、62%、61%、60%、59%、58%、57%、56%、55%、54%、53%、52%、51%、50%、49%、48%、47%、46%、45%、44%、43%、42%、41%、40%、39%、38%、37%、36%、35%、34%、33%、32%、31%、30%、29%、28%、27%、26%、25%、24%、23%、22%、21%或20%的群體之盛行分級，則該個體經鑑別為RARA促效劑反應者。在此等實施例之一個態樣中，基於針對
RARA
或
IRF8
強化子強度建立的盛行截止而建立截止值。在此等實施例之一替代態樣中，基於針對
RARA
或
IRF8
強化子強度序數建立的盛行截止而建立截止值。在此等實施例之另一替代態樣中，基於RARA或IRF8 mRNA位準而建立截止值。在此等實施例之其他更特定態樣中，基於針對
RARA
或
IRF8
強化子強度序數測定的盛行值而建立AML病患之截止值，且該盛行值用於測定RARA或IRF8 mRNA位準之截止值。在此等實施例之甚至更特定態樣中，使用在25至45%之間(例如，在25至30%、25至35%、25至40%、30至35%、30至40%、35至45%、35至40%、31至35%、32至35%、33至35%、34至35%、31至36%、32至36%、33至36%、34至36%或35至36%之間)的盛行截止來測定AML病患之截止值。在此等實施例之其他甚至更特定態樣中，使用36%之盛行值來測定AML病患之截止值。在此等實施例之又其他甚至更特定態樣中，使用25%之盛行值來測定AML病患之截止值。 在另其他實施例中，可將群體分為三個群組--反應者、部分反應者及無反應者，且設定兩個截止值或盛行截止值。部分反應者群組可包括反應者及無反應者，以及對RARA促效劑及CD38特異性抗體之反應不如反應者群組高之彼等群體成員。在此等實施例中，測定兩個截止值或盛行截止值。當在群體中最高RARA或IRF8 mRNA無反應者之RARA或IRF8 mRNA位準高於最低RARA mRNA反應者時，此分層類型可尤其適用。在此情境下，反應者與部分反應者之間的截止位準或盛行截止設定為等於或至多大於最高RARA或IRF8 mRNA無反應者之RARA或IRF8 mRNA位準5%；並且部分反應者與無反應者之間的截止位準或盛行截止設定為等於或至多大於最低RARA或IRF8 mRNA反應者之RARA或IRF8 mRNA位準5%。是否應向部分反應者投與RARA促效劑及CD38特異性抗體之判定將視治療醫師之判斷及/或管制機構之核准而定。 定量細胞或生物樣本中之特異性RNA序列之方法為此項技術中已知，且包括但不限於諸如用於由NanoString Technologies提供的服務及產品之螢光雜交、基於陣列之技術(Affymetrix)、如用SYBR® Green (Life Technologies)或TaqMan®技術(Life Technologies)之逆轉錄酶qPCR、RNA定序(例如，RNA-seq)、如與RNAscope® (Advanced Cell Diagnostics)一起使用之RNA雜交及信號放大，或北方墨點法(northern blot)。 在此等實施例之一些態樣中，在進行比較之前將測試細胞及對照細胞兩者或群體之所有成員中之RNA轉錄物(mRNA或另一
RARA
或
IRF8
轉錄物)之位準歸一化。歸一化涉及藉由在兩者細胞中之等效位準下與原生於及其親本之另一RNA轉錄物(例如，GADPH mRNA、18S RNA)，或與在超強化子強度測定之前「外加」至細胞中之每一者之樣本中的固定位準之外源RNA比較來調整
RARA
或
IRF8
RNA轉錄物之所測定位準(J Lovén等人，Cell, 151(3):476-82 (2012); J Kanno等人，BMC Genomics 7:64 (2006); J Van de Peppel等人，EMBO Rep 4:387-93 (2003))。
RARA 促效劑及靶向 CD38 之
抗體 本發明提供例如在鑑別出RARA或IRF8生物標記時用與CD38特異性抗體組合之RARA促效劑治療患有癌症(例如，非APL AML、MDS或MM)之個體之方法。
RARA 促效劑
用以治療鑑別為具有與
RARA
基因相關聯之超強化子之病患的RARA促效劑之選擇可自此項技術中已知之任何RARA促效劑中作出。較佳地為，用於本發明方法中之RARA促效劑對
RARA
具有特異性且針對RaR之其他形式(例如，RaR-ß及RaR-γ)具有顯著較低(至少低10×、至少低100×、至少低1,000×、至少低10,000×、至少低100,000×)促效活性。 在一些實施例中，RARA促效劑係選自揭示於以下美國專利中之任一者或屬於該等專利中之任一者中所闡述的類別內之任何化合物：US 4,703,110、US 5,081,271、US 5,089,509、US 5,455,265、US 5,759,785、US 5,856,490、US 5,965,606、US 6,063,797、US 6,071,924、US 6,075,032、US 6,187,950、US 6,355,669、US 6,358,995及US 6,387,950，其中之每一者以引用之方式併入本文中。 在一些實施例中，RARA促效劑係選自以下表1中所闡述的已知RARA促效劑中之任一者，或其醫藥學上可接受之鹽，或前述之溶劑合物或水合物： 表1.適用於本發明之例示性RARA促效劑。
在一些實施例中，RARA促效劑為他米巴羅汀。在一些實施例中，RARA促效劑為
(AGN-195183)。
CD38 特異性抗體
CD38為涉及許多代謝功能(包括細胞外核苷酸之分解代謝、受體介導之黏著、遷移調節及各種信號傳導事件)之跨膜糖蛋白。靶向CD38之抗體可調節此等功能中之任一者，由此促進RARA促效劑在癌症治療中之療效。在一些實施例中，CD38特異性抗體可識別及/或結合至CD38片段之任何部分。CD38特異性抗體可包含單株抗體、人類化抗體或人類抗體。針對CD38具有特異性之例示性抗體包括伊薩土西單抗(isatuximab)、達土木單抗、MOR202、Ab79、Ab19及EPR4106。在一些實施例中，CD38特異性抗體為達土木單抗。
治療方案
本發明之方法理論上適用於治療表徵為與RARA生物標記或IRF8生物標記(例如，一或多種
RARA
或
IRF8
基因組分或產品之存在、位準、形式及/或活性，包括例如
RARA
或
IRF8
超強化子強度、序數分級或盛行分級及
RARA
或IRF8 mRNA位準或盛行分級)相關聯之癌症。超強化子相關
RARA
或
IRF8
基因可在某些類型之癌症中比其他類型之癌症中更普遍。本發明特定言之係關於AML (例如，不表徵為涉及
RARA
基因之染色體易位的非APL AML及呈其他形式之AML)以及MDS及MM之治療。在一些實施例中，待治療之疾病為不表徵為涉及
RARA
基因之染色體易位的非APL AML、MDS或MM。在一些實施例中，待治療之疾病為不表徵為涉及
IRF8
基因之染色體易位的非APL AML、MDS或MM。 在一些實施例中，待用RARA促效劑(例如，他米巴羅汀)及CD38特異性抗體治療之個體患有復發性或難治性非APL AML。若個體：a)並未在誘導化學療法之第一週期之後顯示部分反應；或b)並未在誘導化學療法之第二週期之後顯示完全反應；或c)在習知化學療法之後復發；或d)在進行單一幹細胞移植後復發，則將其歸類為患有復發性或難治性非APL AML。在一些實施例中，待用RARA促效劑(例如，他米巴羅汀)及CD38特異性抗體治療之個體患有難治性MM。 在其他實施例中，待用RARA促效劑(例如，他米巴羅汀)治療之個體為不合適的老年人個體。如本文中所使用之術語「不合適的老年人」意謂個體為至少60歲且由醫師判定為非標準誘導療法之候選者的人類。 在一些實施例中，向個體共投與RARA促效劑(例如，他米巴羅汀)及CD38特異性抗體(例如，達土木單抗)。在一些實施例中，RARA促效劑(例如，他米巴羅汀)與CD38特異性抗體(例如，達土木單抗)同時投與。在一些實施例中，RARA促效劑(例如，他米巴羅汀)及CD38特異性抗體(例如，達土木單抗)彼此在約1小時至約48小時內投與。在一些實施例中，RARA促效劑(例如，他米巴羅汀)及CD38特異性抗體(例如，達土木單抗)彼此在以下時間內投與：約1分鐘、約2分鐘、約5分鐘、約10分鐘、約15分鐘、約20分鐘、約30分鐘、約45分鐘、約1小時、約1.5小時、約2小時、約3小時、約4小時、約5小時、約6小時、約8小時、約10小時、約12小時、約16小時、約20小時、約24小時、約36小時或約48小時。 在一些實施例中，病患群體包括接受癌症(例如，非APL AML、MDS或MM)治療之先前療法的一或多個個體(例如，包含多個個體或由多個個體組成)。在一些實施例中，病患群體包括未接受癌症(例如，非APL AML、MDS或MM)治療之先前療法的一或多個個體(例如，包含多個個體或由多個個體組成)。在一些實施例中，病患群體包含未接受非APL AML、MDS或MM治療之先前療法的病患或由該等病患組成。 在一些實施例中，接受先前療法之病患可能已接受選自由化學療法、免疫療法、放射療法、姑息療護、手術及其組合組成之群的先前療法。在一些實施例中，病患已接受移植。在一些實施例中，病患已接受標準細胞毒性化學療法。在一些實施例中，標準細胞毒性化學療法包括阿糖胞苷及/或蒽環黴素。在一些實施例中，標準細胞毒性化學療法可包括額外化學療法及/或造血幹細胞移植(HSCT)。在一些實施例中，病患已接受低甲基化藥劑。在一些實施例中，病患已接受來那度胺(lenalidomide)。 在一些實施例中，病患群體包括已接受及/或正接受其他療法例如以使得除了CD38特異性抗體外與其他療法(例如化學療法藥劑)組合投與RARA促效劑療法(例如，他米巴羅汀)組合物的一或多個個體(例如，包含多個個體或由多個個體組成)。在一些實施例中，此類其他療法可包含癌症(例如，如本文中所描述)、疼痛、噁心、便秘等之療法、與癌症療法相關聯之一或多個副作用(例如，搔癢症、掉髮、失眠等)之療法或其任何組合，或由其組成。本發明提供一種治療非APL AML、MDS或MM之方法，其包含用治療有效量之RARA促效劑療法(例如，他米巴羅汀)或其醫藥學上可接受之鹽及CD38特異性抗體治療鑑別為患有非APL AML、MDS或MM之病患。 在一些實施例中，本發明提供一種治療先前以包含化學療法之治療方案治療的病患之非APL AML、MDS或MM之方法，該治療藉由向此類病患投與治療有效量之RARA促效劑(例如，他米巴羅汀)及CD38特異性抗體進行。在一些實施例中，本發明提供一種用於無標準療法存在之治療病患之非APL AML、MDS或MM的方法。在一些實施例中，本發明提供一種用於治療不適合於標準療法之病患的方法。 在一些實施例中，病患或病患群體可不為(例如，可不包括)有對他米巴羅汀之成份過敏的先前歷史之病患。在一些實施例中，病患或病患群體可不為(例如，可不包括)正接受維生素A調配物之病患。在一些實施例中，病患或病患群體可不為(例如，可不包括)患有維生素A過多症之病患。 在一些實施例中，病患或病患群體可不為(例如，可不包括)老年病患。在一些實施例中，病患或病患群體可為或包括一或多個老年病患。在一些實施例中，當與一或多個較年輕病患進行比較時，老年病患可經更頻繁監測以偵測可能不良事件(包括例如，低位準之血清白蛋白及/或血漿中之較高濃度之游離藥物等)。在一些實施例中，可對經測定呈現此類不良事件之一或多個症狀的老年病患減少、暫停及/或終止RARA促效劑及/或CD38特異性抗體之投與。
劑量形式及給藥方案
大體而言，以治療有效量使用與良好醫學實踐一致且適合於相關藥劑及個體之醫藥組合物及給藥方案來調配、給藥及投與根據本發明使用之各活性劑(例如，RARA促效劑或CD38特異性抗體)。原則上，可藉由此項技術中已知之任何適當方法投與治療性組合物，投與包含但不限於經口、經黏膜、吸入、局部、經頰、經鼻、經直腸或非經腸投與(例如，靜脈內、輸注、瘤內、結節內、皮下、腹膜內、肌肉內、皮內、經皮或投與之其他類型)。在一些實施例中，RARA促效劑(例如，他米巴羅汀)將經口投與。在一些實施例中，CD38特異性抗體將經靜脈內投與。 在一些實施例中，特定活性劑之給藥方案可涉及間歇或連續投與，例如以在正接受療法之個體中所關注之一或多種組織或體液中達成特定所要藥物動力學圖譜或其他暴露模式。 在一些實施例中，以組合投與之不同藥劑可經由不同傳遞途徑及/或根據不同時程投與。替代地或另外，在一些實施例中，一或多種劑量之第一活性劑大致上與一或多種其他活性劑同時投與，且在一些實施例中，該一或多種劑量之第一活性劑經由常見路線及/或作為單一組合物之部分與一或多種其他活性劑一起投與。 在最佳化給定治療方案之途徑及/或給藥時程時考慮之因素可包括例如：正經治療之特定適應症、個體之臨床病狀(例如，年齡、整體健康狀況、所接受之先前療法及/或對其之反應等)、藥劑之傳遞位點、藥劑性質、藥劑投與模式及/或途徑、存在或不存在組合療法及開業醫師已知之其他因素。舉例而言，在癌症治療中，正經治療之適應症之相關特徵可尤其包括癌症類型、階段、部位等中之一或多者。 在一些實施例中，特定醫藥組合物及/或所用給藥方案之一或多個特徵可隨時間推移而調節(例如，增加或減小任何個體劑量中之有效量，增加或減小給藥之間的時間間隔等)，例如以便最佳化所要治療效果或反應。 大體而言，根據本發明之活性劑之給藥之類型、量及頻率由在向哺乳動物(較佳人類)投與一或多種相關藥劑時應用之安全及療效要求來控制。大體而言，與未觀測到療法相比，此類給藥特徵經選擇以提供特定且通常可偵測之治療反應。 在本發明之上下文中，例示性期望治療反應可包括但不限於：腫瘤生長、腫瘤大小、轉移、與腫瘤相關聯之症狀及副作用中之一或多者之抑制及/或減小，以及腫瘤細胞凋亡增加、一或多種細胞標記或循環標記之治療相關的減少或增加及類似者。此類準則可藉由各種免疫學、細胞學及揭示於文獻中之其他方法中之任一者容易地評定。 在一些實施例中，基於誘導性標記之時序及/或臨限值表現量，可能需要調適給藥方案，且特定言之需要設計連續給藥方案，無論針對特定類型之腫瘤、特定腫瘤、特定病患群體(例如，攜載遺傳標記之病患群體)及/或特定病患。在一些此類實施例中，治療性給藥方案可與在療法之前及/或期間評估一或多種誘導性標記之表現的偵測方法組合或依據該偵測方法進行調整。 在一些實施例中，RARA促效劑(例如，他米巴羅汀)療法方案包含約1 mg/m
2
、2 mg/m
2
、3 mg/m
2
、4 mg/m
2
、5 mg/m
2
、6 mg/m
2
、7 mg/m
2
、8 mg/m
2
、9 mg/m
2
、10 mg/m
2
、11 mg/m
2
、12 mg/m
2
、13 mg/m
2
、14 mg/m
2
、15 mg/m
2
、16 mg/m
2
之至少一個(或包括一個或恰好由一個組成)劑量，或RARA促效劑(例如，他米巴羅汀)之此等值中之任兩者之間的劑量。在一些實施例中，RARA促效劑(例如，他米巴羅汀)療法方案包含在1 mg/m
2
與50 mg/m
2
之間的劑量。在一些實施例中，RARA促效劑(例如，他米巴羅汀)療法方案包含在5 mg/m
2
與25 mg/m
2
之間的劑量。在一些實施例中，RARA促效劑(例如，他米巴羅汀)療法方案包含在5 mg/m
2
與15 mg/m
2
之間的劑量。在一些實施例中，RARA促效劑(例如，他米巴羅汀)療法方案包含12 mg/m
2
之劑量。在一些實施例中，RARA促效劑(例如，他米巴羅汀)療法方案包含6 mg/m
2
之劑量。 在一些實施例中，RARA促效劑(例如，他米巴羅汀)療法方案包含他米巴羅汀組合物之複數個劑量。在一些此類實施例中，他米巴羅汀療法方案包含例如2個、5個、10個、20個、30個、60個、90個、180個、365個劑量或此等值中之任兩者之間的多個劑量，及/或包含重複劑量模式(例如，至少一個兩個日劑量之週期，該週期可重複，視情況用替代投與或視情況不投與一段時間來隔開不同週期)。在一些實施例中，他米巴羅汀療法方案一日投與兩次。在一些實施例中，他米巴羅汀療法方案一日投與一次。在一些實施例中，他米巴羅汀療法方案包含6 mg/m
2
至12 mg/m
2
之總劑量，分為每日兩次經口給藥。 在一些實施例中，CD38特異性抗體(例如，達土木單抗)療法方案包含約0.5 mg/kg、1 mg/kg、2 mg/kg、5 mg/kg、7.5 mg/kg、10 mg/kg、11 mg/kg、12 mg/kg、13 mg/kg、14 mg/kg、15 mg/kg、16 mg/kg、17 mg/kg、18 mg/kg、19 mg/kg、20 mg/kg、25 mg/kg、30 mg/kg、35 mg/kg、40 mg/kg、45 mg/kg、50 mg/kg之至少一個(或包括一個或恰好由一個組成)劑量，或CD38特異性抗體(例如，達土木單抗)之此等值中之任兩者之間的劑量。在一些實施例中，CD38特異性抗體(例如，達土木單抗)療法方案包含在1 mg/kg與100 mg/kg之間的劑量。在一些實施例中，CD38特異性抗體(例如，達土木單抗)療法方案包含在5 mg/kg與50 mg/kg之間的劑量。在一些實施例中，CD38特異性抗體(例如，達土木單抗)療法方案包含在10 mg/kg與20 mg/kg之間的劑量。 在一些實施例中，CD38特異性抗體(例如，達土木單抗)療法方案包含達土木單抗組合物之複數個劑量。在一些此類實施例中，達土木單抗療法方案包含例如2個、5個、10個、20個、30個、60個、90個、180個、365個劑量或此等值中之任兩者之間的多個劑量，及/或包含重複劑量模式(例如，至少一個兩個日劑量之週期，該週期可重複，視情況用替代投與或視情況不投與一段時間來隔開不同週期)。在一些實施例中，達土木單抗療法方案一週投與一次。在一些實施例中，達土木單抗療法方案一週至多投與一次。在一些實施例中，達土木單抗療法方案每兩週投與一次。在一些實施例中，達土木單抗療法方案包含10 mg/kg至20 mg/kg之總劑量，一週至多一次。
調配物
如本文中所使用，醫藥組合物係指化合物(諸如他米巴羅汀或CD38特異性抗體)與其他化學組分(諸如載劑、穩定劑、稀釋劑、分散劑、懸浮劑、增稠劑及/或賦形劑)的混合物。醫藥組合物有助於向有機體投與化合物。含有化合物之醫藥組合物可藉由此項技術中已知之包括但不限於以下之任何習知形式及路徑以治療有效量投與：靜脈內、經口、經直腸、氣霧劑、非經腸、經眼、經肺、經皮、經***、經耳、經鼻及局部投與。 對於經口投與，化合物可藉由組合活性化合物與此項技術中熟知的醫藥學上可接受之載劑或賦形劑來容易地調配。此類載劑准許本文中所描述之化合物調配成用於待治療之個體口服攝取之錠劑、散劑、丸劑、糖衣藥丸、膠囊、液體、凝膠、糖漿劑、酏劑、漿液、懸浮液及其類似物。大體而言，賦形劑(諸如填充劑、崩解劑、滑動劑、界面活性劑、再結晶抑制劑、潤滑劑、顏料、結合劑、調味劑等)可出於慣例目的且以不影響組合物之特性之典型的量使用。在一些實施例中，賦形劑為乳糖水合物、玉米澱粉、羥基丙基纖維素及/或硬脂酸鎂中之一或多者。在一些實施例中，他米巴羅汀可用乳糖水合物、玉米澱粉、羥基丙基纖維素及/或硬脂酸鎂中之一或多者調配。 他米巴羅汀之可接受調配物之鑑別可藉由此項技術中已知之各種方法來達成，例如，如US 20100048708中所描述，其以引用之方式併入本文中。
經包裝醫藥組合物
本發明之經包裝醫藥組合物包含寫入***物或標記物，其包含在患有癌症且已經測定具有與強度或序數分級等於或大於臨限值位準，或RARA mRNA位準等於或大於臨限值位準之
RARA
基因相關聯之超強化子的個體中使用RARA促效劑及靶向CD38之抗體的說明。如上文中所詳細描述，在來自診斷為患有相同疾病之個體或與該疾病(其中醫藥組合物經指示用於治療該疾病)相同之疾病的細胞株或異種移植模型之樣本群體中測定臨限值位準。說明可黏附或以其他方式附著至包含RARA促效劑及靶向CD38之抗體的容器。替代地，說明及包含RARA促效劑之容器將彼此分開，但一起存在於單個包裝、盒子或其他類型之容器中。 經包裝醫藥組合物之說明將通常由批准RARA促效劑及靶向CD38之抗體之治療使用的政府機構授權或推薦。說明可包含測定超強化子是否與
RARA
或
IRF8
基因相關聯之特定方法，以及測定與
RARA
或
IRF8
基因相關聯之強化子是否為超強化子之定量方法，測定RARA或IRF8 mRNA位準之定量方法；及/或超強化子或RARA或IRF8 mRNA之臨限值位準，在該臨限值位準下用經包裝RARA促效劑及靶向CD38之抗體進行之治療經推薦及/或假定治療有效。在一些態樣中，說明指導向RARA或IRF8 mRNA位準落在已量測RARA或IRF8 mRNA位準之群體的至少第30個百分位中之個體投與組合物。在一些態樣中，若個體之RARA或IRF8 mRNA位準盛行分級為已量測RARA或IRF8 mRNA位準之群體的79%、78%、77%、76%、75%、74%、73%、72%、71%、70%、69%、68%、67%、66%、65%、64%、63%、62%、61%、60%、59%、58%、57%、56%、55%、54%、53%、52%、51%、50%、49%、48%、47%、46%、45%、44%、43%、42%、41%、40%、39%、38%、37%、36%、35%、34%、33%、32%、31%、30%、29%、28%、27%、26%、25%、24%、23%、22%、21%或20%，則該個體經鑑別為RARA促效劑反應者。在一些態樣中，說明指導，向RARA或IRF8 mRNA位準已藉由特定檢定來量測之個體投與組合物。 說明可視情況包含給藥資訊，經批准用RARA促效劑及/或靶向CD38之抗體治療之癌症類型，關於RARA促效劑及/或靶向CD38之抗體之物理化學資訊；關於RARA促效劑及/或靶向CD38之抗體之藥物動力學資訊；或藥物-藥物相互作用資訊。在一些態樣中，說明指導向診斷為患有非APL AML之個體投與組合物。在一些態樣中，說明指導向診斷為患有非APL MM之個體投與組合物。在一些態樣中，醫藥組合物包含他米巴羅汀。在一些態樣中，醫藥組合物包含AGN-195183。在一些態樣中，醫藥組合物包含達土木單抗。在一些實施例中，醫藥組合物包含他米巴羅汀及達土木單抗兩者。 實例 為了能更全面地理解本文中所描述之發明，闡述以下實例。提供本申請案中所描述之合成及生物實例以說明本文提供之化合物、醫藥組合物及方法，且並不應理解為以任何方式限制其範疇。
實例 1 . RARA RNA 及蛋白質表現量之量測
採用表現量量測來確定所標記之
RARA
基因的mRNA位準。mRNA位準與強化子位準良好相關且因此亦對RARA促效劑具預測敏感性。吾人使用如下文所闡述之量測RNA之各種手段。
I . 基於陣列之技術。
用三等份批次之1x10
6
個細胞評估HCC1143及AU565中之表現量。遵循製造商之方案，使用Trizol®自細胞提取RNA並使用mirVana
TM
RNA純化套組純化RNA (兩者均來自Life Technologies)。在Dana Farber Cancer Institute Microarray Core (http://mbcf.dfci.harvard.edu/)之Affymetrix PrimeView
TM
陣列上讀出RNA位準。 圖1展示使用以上方案來量測之他米巴羅汀反應性(Au565)及非反應性(HCC1143)細胞株中之各種RAR亞型的mRNA表現量。在反應性細胞株中RARA mRNA之表現比非反應性細胞株高8倍，而RaR-ß及RaR-γ之表現在該等細胞株之間並無顯著差異。此確定RARA mRNA表現分析與
RARA
超強化子強度及對RARA促效劑之敏感性相關，以及表明RARA mRNA位準可用以預測對此類促效劑之敏感性。
II . RNA - Seq
。RARA表現量藉由RNA-Seq定量。執行Poly-A RNA-Seq且使用rsem v1.2.21軟體(rsem-calculate-expression；參數 = -p 4 --samtools-sort-mem 3G --ci-memory 3072 --bowtie-chunkmbs 1024 --quiet --output-genome-bam --bowtie2 --bowtie2-path /data/devtools/bowtie2-2.0.5 --strand-specific)將讀段與HG19轉錄組進行比對，且隨後使用相同rsem程式組(rsem-parse-alignments, rsem-build-read-index, rsem-run-em)進行並以每百萬轉錄物(TPM)報告mRNA定量，其表示對所偵測之每百萬個轉錄物指定基因的轉錄物數目之估計。隨後針對各樣本提取所有蛋白質編碼基因且將其記分一起進行分位數歸一化。吾人處理所有來自PDX模型之AML病患樣本、原發性AML病患樣本及AML細胞株並將其一起歸一化以產生通用mRNA記分。標繪值展示48個原發性AML病患的RARA之log2 (TPM+1)位準(y軸)對於超強化子強度(
RARA
/MALAT1)(圖1)。
實例 2 . AML 中之 RARA 超強化子強度序數分級截止
使用H3K27Ac及ChIP-Seq來分析95個AML樣本(病患樣本及AML細胞株(包括SigM5、MV411、HEL及Kasumi1)兩者)之整體強化子/超強化子圖譜。在樣本中之每一者中，測定
RARA
相關強化子相比於相同細胞中之其他強化子及超強化子在強度(如藉由H3K27Ac所量測)方面之序數分級，且所測定的序數分級標繪在排序條形圖上(圖2)。在MV411中，測定
RARA
相關強化子為第133最強強化子。MV411為經確認具有最低超強化子強度序數之他米巴羅汀反應性細胞株。在HEL中，測定
RARA
相關強化子為第155最強強化子。HEL為經確認具有最高超強化子強度序數之他米巴羅汀非反應性細胞株。根據此等值，吾人設定
RARA
強化子強度序數截止為150 (在HEL序數與MV411序數之間的值)。 如自吾人對來自人類個體之70個原發性AML細胞樣本之分析所測定，36%之彼等樣本具有至少在彼等細胞中為第150最強的
RARA
超強化子(圖3)。因此，盛行截止設定為36%。當基於RARA或IRF8 mRNA量測而鑑別對他米巴羅汀之潛在AML反應者時，亦將相同盛行截止用作RARA mRNA盛行截止。 吾人亦藉由
RARA
強化子與MALAT1強化子之比率(「歸一化強化子強度」)來定量擴增之AML細胞組的強化子。繪製此歸一化強化子強度值對於對他米巴羅汀之敏感性，吾人確認
RARA
強化子強度比率大於1的6個細胞株中之5個係反應性的，而強化子小於此位準之7個細胞株中僅4個係反應性的(圖5)。 當截止移動至1.4或更高之歸一化強化子強度時，所有細胞株(4個中之4個)均係反應性的。
實例 3 . AML 中之 RARA 超強化子強度序數分級截止與 RARA mRNA 位準相關
將用於測定36%
RARA
超強化子強度序數盛行截止之AML病患樣本分成兩組--盛行分級為36%或更高(亦即，較低%值)之彼等樣本，及盛行分級低於36% (亦即，較高%值)之彼等樣本--並使用如實例1中所描述之RNA-seq來分析該等樣本之RARA mRNA位準。結果展示於圖5A中。在
RARA
超強化子強度序數之36%盛行分級或更高之群組比低於該盛行分級之群組具有統計顯著較高位準之RARA mRNA (p＜0.001)。此再次確認在超強化子位準方面測定之盛行截止亦可用作mRNA位準之盛行截止。 吾人亦使用RNA-seq來測定11個不同AML細胞株中之RARA mRNA位準且將mRNA位準與對他米巴羅汀之敏感性進行比較。將所測試之AML細胞株基於其對他米巴羅汀之敏感性或不敏感性分成兩個不同群組。對他米巴羅汀敏感之細胞株全部均具有由RNAseq量測之＞10 TPM之RARA mRNA，而三個不敏感的細胞株具有低於此截止位準之位準(圖5B)。
實例 4 ： 非 APL AML 細胞株中之 IRF8 mRNA 位準與對 RARA 促效劑之反應相關
吾人使用Affymetrix GeneChip
®
PrimeView
™
人類基因表現陣列來檢查此等AML細胞株中之七個(四個對他米巴羅汀敏感--NOMO-1、AML3、MV-4-11及Sig-M5；及三個對他米巴羅汀不敏感--KG1a、OCI-M1及Kasumi-1)之其他mRNA，該其他mRNA可能在他米巴羅汀敏感細胞株中尤其較高，且將IRF8 mRNA鑑別為潛在候選者。吾人接著定量此等七個AML細胞株以及藉由執行如下文所闡述之RNA-seq分析進行對他米巴羅汀之敏感性測試的若干其他AML細胞株中之每一者之IRF8 mRNA位準。前七個細胞株之結果展示於圖6中。有趣的是，NOMO-1確實不具有高RARA mRNA位準，但對他米巴羅汀起反應。NOMO-1具有較高IRF8 mRNA位準之事實幫助說明此表面上的不一致性且進一步驗證IRF8 mRNA位準預測對他米巴羅汀之反應之用途。以與描述於實例1中之方式類似之方式進行RNA分離、製備及RNA-seq資料處理。吾人接著將對他米巴羅汀之敏感性與IRF8 mRNA位準進行比較，如圖6及表2中所展示。 表2：AML細胞株IRF8 mRNA位準及他米巴羅汀抗增殖效力
*HL60為APL細胞株。 如自上表可見，除HL60之外的所有他米巴羅汀反應性細胞株均具有在分析中高於190 TPM (log
2
(7.57))之IRF8 mRNA位準，而所有非反應性細胞株均具有小於16.5 TPM (log
2
(4.03))之IRF8 mRNA位準。在無IRF8 mRNA之相應的高位準(6.73 TPM)之情況下HL60對他米巴羅汀之反應表明，IRF8 mRNA位準與他米巴羅汀敏感性之間的相關性可能對APL無效，且因此可更好地適合於分層患有非APL AML之個體。圖7移除HL60之資料點。 表3展示除如log
2
值所闡述之IRF8 mRNA值以外的與表2類似之資料，且展示Sig-M5及THP-1細胞株之額外資料。 表3.表示為log
2
值之AML細胞株mRNA位準及他米巴羅汀抗增殖效力
*HL60為APL細胞株。
實例 5 ： RARA 促效劑治療之 IRF8 mRNA 臨限值之測定
AML細胞株結果表明RNA-Seq分析中之截止值在15.5與190 TPM之間(亦即，在log
2
(4.03)與log
2
(7.57)之間)。吾人選擇AML病患樣本(由Stanford University惠贈)之群體以便檢查IRF mRNA位準之分佈及基於該截止值測定盛行截止值。吾人添加該AML細胞株群體且隨後產生排序圖。圖8展示組合的病患樣本/AML細胞株群體中之IRF8 mRNA位準之排序分佈。吾人測定25%之盛行截止對應於近似log
2
(7)之IRF8 mRNA值。
實例 6 ： IRF8 mRNA 與 RARA mRNA 位準之相關性
吾人接著將AML細胞株及病患群體中之IRF8與RARA mRNA位準進行比較以測定相關性。圖9展示對他米巴羅汀起反應的一些細胞株具有相對低RARA mRNA，但具有高位準之IRF8 mRNA。圖10展示病患子組亦展現高IRF8 mRNA位準，但展現相對低RARA mRNA位準，且反之亦然。此支撐若任一mRNA位準大於臨限值，則量測病患中之IRF8及RARA mRNA兩者及選擇該病患用於用RARA促效劑(諸如他米巴羅汀)治療可最佳化可治療病患群體之想法。
實例 7 ： 由他米巴羅汀在 AML 細胞株中進行之 RARA mRNA 依賴性 CD38 誘導
吾人藉由量測由CD38-FITC抗體染色之細胞表面平均螢光強度(MFI)來在他米巴羅汀治療之後監測細胞表面CD38表現之誘導。圖11A展示以50 nmol/L之濃度進行72 h他米巴羅汀治療並不誘導RARA mRNA低細胞株Kasumi中之CD38表現(CD38
-
)。圖11B表明在他米巴羅汀治療RARA mRNA高細胞株MV411 72 h之後，整個細胞群體表現高位準之CD38 (CD38
HI
)。此外，在圖11C中，OCI-AML3 (RARA mRNA高)在基線處具有低CD38 MFI (CD38
DIM
)。在他米巴羅汀治療後，進一步誘導CD38表現且細胞群體變成CD38
HI
。圖11D展示72h他米巴羅汀治療並不誘導另一RARA mRNA低細胞株OCI-M1中之CD38表現(CD38
-
)。此等資料指示由他米巴羅汀進行之CD38
HI
誘導可由RARA mRNA位準預測。此等結果在圖11E中描繪為條形圖，其展示在治療之前及之後在各細胞株中偵測之CD38 mRNA表現之位準。圖11F展示，在他米巴羅汀治療之前及之後展示之基於FACS之CD38
HI
細胞之百分比。在圖11E及圖11F中，亦展示APL細胞株NB4。
實例 8 ： RARA mRNA 預測在他米巴羅汀及達土木單抗組合療法之後之 AML 細胞株 MV411 之 NK 細胞 介導之細胞毒性
為了功能性地評估他米巴羅汀及達土木單抗組合之療效，用他米巴羅汀治療具有不同RARA mRNA位準之AML細胞株72小時，接著用人類NK細胞與達土木單抗或對照抗體共培養。接著在38 h共培養時程期間，NK細胞增殖及腫瘤細胞死亡以相差進行成像。圖12A至圖12D為在以下治療條件下共培養分析中之RARA mRNA高MV411細胞株之相差影像的代表性影像：圖12A) 72 h DMSO MV411細胞株治療前及38 h共培養對照抗體治療。圖12B) 72 h SY1425 (50nM) MV411細胞株治療前及38 h共培養對照抗體治療。圖12C) 72 h DMSO MV411細胞株治療前及38 h共培養達土木單抗治療。圖12D) 72 h SY1425 (50nM) MV411細胞株治療前及38 h共培養達土木單抗治療。
實例 9 ： RARA mRNA 位準預測在他米巴羅汀及達土木單抗組合療法之後之 AML 細胞株之 NK 細胞 介導之細胞毒性
藉由磷脂結合蛋白V染色腫瘤細胞來進行的NK細胞介導之腫瘤細胞死亡的動力學量測支撐以下發現：他米巴羅汀及達土木單抗治療組合相比於單一藥劑治療使得在僅一些AML細胞株(圖13A至圖13C)中腫瘤細胞死亡增加。與RARA mRNA高AML細胞株(亦即，OCI-AML3及MV411)而非RARA mRNA低AML細胞株(亦即，OCI-M1) (圖11B至圖11D)中之CD38表現之誘導增加的組合之此等資料支撐以下結論：他米巴羅汀以RARA mRNA依賴性方式誘導CD38
HI
表現型，此為在達土木單抗治療之後有效的NK細胞介導之腫瘤細胞死亡所需的。
實例 10 ： 共培養分析中之 NK 細胞 活化僅在他米巴羅汀及達土木單抗組合治療之後發生 ， 如藉由 NK 細胞 IFN γ 分泌所測定。
干擾素γ (IFNγ)分泌為NK細胞活化之指示。在AML細胞株及NK細胞共培養38 h之後遵循所指示之治療條件定量IFNγ分泌(圖14)。相比於單一藥劑治療條件，在用他米巴羅汀及達土木單抗組合治療之後僅在RARA mRNA高AML細胞株(MV411及OCI-AML3)及NK細胞共培養分析中觀測到IFNγ位準顯著增加。另外，此等為在他米巴羅汀治療之後顯示CD38
HI
表現型的唯一細胞株。此等資料進一步支撐指示有效NK細胞活化之磷脂結合蛋白V定量(圖12A至圖12D及圖13)需要組合治療。
實例 11 ： 他米巴羅汀增加多發性骨髓瘤細胞中之 CD38 表現之強度。
達土木單抗臨床上經批准用於治療多發性骨髓瘤(MM)。然而，歸因於低位準之CD38表現，僅一部分此等病患反應。吾人在此處證明他米巴羅汀增加已CD38
HI
之多發性骨髓瘤細胞株(MM1S)中之CD38
HI
表現型(圖15A)且可增加CD38
-
多發性骨髓瘤細胞株至中等狀態(HUNS1) (圖15B)。基於先前的AML實驗，吾人預測此將可能增加CD38
HI
高個體對CD38治療性抗體針對免疫介導之死亡之反應。
實例 12 ： CD38HI 表現型中之他米巴羅汀增加進一步使 MM 細胞株對達土木單抗依賴性 NK 細胞 介導之細胞毒性敏感。
為了研究用他米巴羅汀治療MM細胞株是否會增加對CD38抗體治療之敏感性，吾人重複先前所描述之與HUNS1及MM1S MM細胞株之NK細胞共培養分析。圖16表明在他米巴羅汀及達土木單抗組合治療之後，相比於單一藥劑抗CD38抗體治療增加MM1S腫瘤細胞死亡，如藉由磷脂結合蛋白V染色所定量。吾人藉由直接監測在此分析中治療38 h之後由IFNγ分泌之NK細胞活化來進一步確認此(圖17)。達成高CD38強度之多發性骨髓瘤細胞株MM1S展示回應於組合治療之強力細胞殺滅。
實例 13 ： 他米巴羅汀誘導原發性非 APL AML 及 MDS 病患樣本中之 CD38HI 表現型。
為了確認AML細胞株中之CD38
HI
位準之他米巴羅汀誘導可趨近於AML及MDS病患樣本，吾人將獲自15個不同AML或MDS病患之PBMC與50 nM他米巴羅汀或與作為陰性對照的DMSO一起培養。吾人測試治療24 h及48 h後之成活力及CD38誘導，如藉由流動式細胞測量術所量測。分析具有至少10%成活力之樣本之CD38位準。結果展示於圖18A中。大部分病患樣本(11/15)展示治療24小時後CD38
HI
細胞之增加。一個病患樣本展示無反應(病患4)且三個病患樣本在24 h之後不滿足成活力標準(病患2、6及10)。48 h小時之後，已在48 h之後展示CD38誘導之四個額外病患樣本不再滿足成活力標準且經排除(病患3、7、9及14)。除無反應者病患4之外的所有剩餘病患樣本在48 h後展示CD38位準之進一步誘導。 吾人接著量測此等病患子組(病患1、5、11、12及13)中之RARA及IRF8 mRNA位準兩者，該病患子組表示展示一些反應的病患，在48 h之後仍存活，且表示AML及MDS兩者。如圖18B中所展示，展示如藉由RNA qPCR所量測之RARA mRNA及/或IRF8 mRNA之較高位準(dCq值愈低，mRNA位準愈高)的彼等病患樣本相比於具有較低RARA mRNA及/或IRF8 mRNA之樣本在他米巴羅汀治療後顯示更大百分比的CD38
HI
。 針對AML病患樣本所觀測到之CD38誘導位準與獲自高RARA RNA AML細胞株之結果良好相關(例如，比較圖19C至圖19D中之病患樣本AML_1與AML細胞株MV411中他米巴羅汀誘導之CD38 MFI)。對於兩者而言，他米巴羅汀造成與達土木單抗敏感性多發性骨髓瘤細胞株及多發性骨髓瘤病患中所觀測到的類似，表現型CD38
HI
表現型增加(例如，比較圖19A至圖19B中之病患樣本MM_1與多發性骨髓瘤細胞株MM1S)。基於此相關性，本發明人認為高RARA mRNA AML病患將受益於RARA特異性促效劑(諸如他米巴羅汀)及抗CD38抗體(諸如達土木單抗)之組合治療。
實例 15 ： 他米巴羅汀造成比具有高 RARA 或 IRF8 位準之 AML 細胞株異種移植中之 ATRA 更大的 CD38 誘導之增加。
已報告ATRA造成比HL-60細胞(通常表徵為APL之AML細胞株)中之他米巴羅汀更大的CD38位準之誘導(A Uruno等人，2011, J Leuk Biol, 90，第235至247頁)。吾人意欲比較具有RARA或IRF8 mRNA之不同位準的非APL AML細胞株中之ATRA與他米巴羅汀之CD38誘導效果。在此實驗中，吾人使用MV411、THP-1或Kasumi-1之小鼠異種移植。MV411具有高位準之RARA mRNA及IRF8 mRNA (亦即，大於臨限值)，而THP-1具有高位準之IRF-8 mRNA。認為Kasumi-1細胞具有低於臨限值之IRF8及RARA位準。 細胞株中之每一者在活體外在37℃下在含5% CO
2
之空氣氛圍中保持為適當介質(THP-1細胞：補充有10%加熱不活化胎牛血清及0.05 mM β-巰基乙醇之RPMI1640介質；MV4-11細胞：補充有10%加熱不活化胎牛血清之IMDM介質；Kasumi-1細胞：補充有20%加熱不活化胎牛血清之RPMI1640介質)中之懸浮培養物。為腫瘤接種收集在指數生長期中生長之細胞且計數。 所有小鼠在腫瘤細胞接種之前經γ輻射(200 rad) 24 h。各小鼠在右側腹區域用適當腫瘤細胞株(THP-1細胞：含1×10
7
個細胞之0.1 ml PBS (1:1基質膠)；MV4-11細胞：含5×10
6
個細胞之0.1 ml PBS (1:1基質膠)；Kasumi-1細胞：含1×10
7
個細胞之0.1 ml PBS (1:1基質膠))進行皮下接種以用於腫瘤發育。當平均腫瘤大小達至近似100至200 mm
3
時，開始用他米巴羅汀、ATRA或媒劑治療。將小鼠分成3個群組，每群組九隻，且每一個群組經口投與藥物(ATRA 4 mg/kg；他米巴羅汀3 mg/kg)或僅媒劑BID持續至多28天。腫瘤細胞接種之日期表示為第0天。使用測徑規每週兩次以二維量測腫瘤體積，且使用以下式以mm
3
為單位表示體積：V = 0.5
a
×
b 2
，其中
a
及
b
分別為腫瘤之長度及寬度。在分組之後，在第7天、第14天及第21天每群組殺死三隻小鼠(總共研究4週)。收集腫瘤之一半以用於嵌入至FFPE嵌段中以用於免疫組織化學(IHC)染色，且收集腫瘤之另一半以用於對腫瘤細胞之CD38 FACS分析。利用BOND RX自動染色儀使用針對CD38之C端之抗CD38抗體執行IHC染色(clone SP149; Abcam; Cat. No. ab183326)。在pH 9.0的EDTA緩衝液中以1:100稀釋抗體，且隨後與腫瘤切片一起培育20分鐘。使用DAB及製造商之結合聚合物精細偵測套組產生信號。 如圖20A中所見，7日之後，經他米巴羅汀治療之MV4-11異種移植小鼠展示大於200之平均螢光強度(MFI)，其中藉由FACS分析超過80%腫瘤細胞為CD38
HI
。經ATRA治療之MV4-11異種移植小鼠展示略微大於100之MFI，其中近似70%腫瘤細胞為CD38
HI
。用抗CD38抗體進行之腫瘤切片的免疫組織化學染色確認在此異種移植模型中他米巴羅汀優於ATRA之出人意料及未預期的優越性(圖20B)。此趨勢在3週時變得甚至更明顯。如圖20C中所展示，在三週時，在經他米巴羅汀治療之MV4-11異種移植中超過60%腫瘤細胞保持CD38
HI
，其中MFI約為110，而在經ATRA治療之異種移植物中少於20%腫瘤細胞保持CD38
HI
，其中MFI約為50。圖20D展示三週之後腫瘤細胞之免疫組織化學染色，此確認他米巴羅汀優於ATRA之優越性。 如圖21中所展示，亦在THP-1細胞中觀測到7日後他米巴羅汀在誘導CD38中之優越性。儘管經ATRA治療之異種移植展示相比於他米巴羅汀類似的CD38
HI
細胞百分比，但他米巴羅汀治療相比於ATRA (~175)產生更高的MFI (大於200)。對比而言，Kasumi-1細胞展示用任一治療之極少量CD38誘導(圖22)。一週後各類型之異種移植與各類型之治療之免疫組織化學比較展示於圖23中。
等效物及範疇
在實施例中，除非相反地指示或另外自上下文顯而易見，否則諸如「一(a/an)」及「該(the)」之冠詞可意謂一或大於一。除非相反地指示或另外自上下文顯而易見，否則在群組之一或多個成員之間包括「或」之實施例或描述視為滿足一個、大於一個或所有群組成員存在於、用於給定產物或方法中或另外與給定產物或方法相關之情況。本發明包括群組中恰好一個成員存在於、用於給定產物或方法中或另外與給定產物或方法相關之實施例。本發明包括多於一個或所有的群組成員存在於、用於給定產物或方法中或另外與給定產物或方法相關之實施例。 此外，本發明涵蓋其中來自所列實施例中之一或多者之一或多個限制、要素、條款及描述性術語引入另一實施例中的所有變化、組合及排列。舉例而言，視另一實施例而定之任何實施例可經修改成包括在視同一基礎實施例而定的任何其他實施例中發現之一或多個限制。在要素如所列，例如呈馬庫什(Markush)組格式呈現之情況下，亦揭示要素之各子組，且可自該組移除任何要素。應瞭解，大體而言，在本發明或本發明之態樣稱為包含具體要素及/或特徵時，本發明或本發明態樣之某些實施例由此類要素及/或特徵組成或主要由此類要素及/或特徵組成。出於簡單的目的，彼等實施例尚未具體地以詞語闡述在本文中。亦應注意，術語「包含」及「含有」意欲為開放性的且容許包括額外要素或步驟。當給出範圍時，包括端點。此外，除非另外指示或另外自上下文及一般技術者的理解顯而易見，否則表示為範圍之值可在本發明之不同實施例中採用所陳述範圍內之任何特定值或子範圍，除非上下文另外明確規定，否則達到該範圍下限之+分之一單位。 本申請案係關於各種頒予之專利、公開之專利申請案、期刊文章及其他出版物，以上所有者均以引用之方式併入本文中。若任何併入之參考文獻與本說明書之間存在衝突，則應以本說明書為準。另外，本發明之屬於先前技術之任何特定實施例可明確地自實施例中之任何一或多者排除。因為此類實施例被認為係一般技術者所已知的，所以其可經排除，即使未在本文中明確地闡述該排除。本發明之任何特定實施例可出於任何原因自任何實施例排除，無論是否與先前技術之存在相關。 熟習此項技術者僅使用常規實驗將認識到或能夠確定本文中所描述之特定實施例之許多等效物。本文中所描述之本發明實施例之範疇並不意欲限於以上描述，而實際上如隨附實施例中所闡述。一般技術者將瞭解，可在不脫離如以下實施例所定義之本發明之精神或範疇的情況下對本說明書作出各種改變及修改。