TW201343176A - 使用ｉｌ－１７拮抗劑治療乾癬性關節炎之方法 - Google Patents

Abstract

本揭示內容係關於用於治療乾癬性關節炎(PsA)之新穎預測性方法及個別化療法。具體而言，本揭示內容係關於基於PsA患者傾向於對使用IL-17拮抗劑(例如，IL-17抗體，例如蘇金單抗(secukinumab))之治療具有有利反應藉由向該PsA患者選擇性投與該IL-17拮抗劑來治療該患者之方法。本文亦揭示用於預測PsA患者將對使用IL-17拮抗劑(例如，IL-17抗體，例如蘇金單抗)之治療具有反應之可能性之診斷方法。

Description

使用IL-17拮抗劑治療乾癬性關節炎之方法

本揭示內容係關於用於治療亁癬性關節炎(PsA)患者之新穎個別化療法及方法。

相關申請案

本申請案主張2011年11月21日提出申請之***專利申請案第370/2011號及2012年4月16日提出申請之美國臨時專利申請案第61/624,564號(其全部內容皆以引用方式併入本文中)之優先權。

PsA係屬於通稱為脊椎關節炎(SpA)之病狀範圍之免疫介導之慢性發炎性疾病。儘管SpA具有不同臨床表現，但懷疑在患有SpA之個體中具有共同之環境及遺傳因素(Turkiewicz及Moreland(2007)Arthritis Rheum 56(4)：1051-66；Gladman(2009)Dermatol Ther.22：40-55)。最近，藉由大規模單核苷酸多態性(SNP)掃描研究中之發現來驗證該後一觀點，其中先前與克羅恩氏病(Crohn`s disease)及亁癬(皆可與脊椎關節炎共存之疾病)有關之IL23R變體引起產生強直性脊柱炎之風險(Barrett等人(2008)Nat Genet.40(8)：955-62)。

PsA係涵蓋一系列重疊臨床實體之頻繁性及慢性疾病，包含亁癬及關節疼痛(Moll及Wright(1973)Semin Arthritis Rheum 3：55-78)。約10-40%之亁癬患者患有PsA。最新工作旨在界定用於臨床試驗中之標準化募集之更為嚴格之分 類標準(Taylor等人(2006)Arthritis Rheum 54：2665-73)。PsA與較大發病率及失能有關，且由此構成重大之社會經濟負擔。與先前之認識相比，其不僅更為常見，且亦更加嚴重(Gladman DD(2004)Psoriatic arthritis.Harris等人編輯，Kelly`s Textbook of Rheumatology第7版，Philadelphia：Saunders，第1154-64頁)。大部分患者在發生有關關節炎之前患有亁癬且將對其皮膚病進行治療。將NSAID用於肌肉骨骼疼痛症狀。

傳統疾病改良抗風濕藥物(DMARD)包含胺甲喋呤(methotrexate)(MTX)、柳氮磺吡啶(sulfasalazine)、環孢黴素(cyclopsorine)及來氟米特(leflunomide)且並不適於諸多患者，此乃因該等藥物僅部分地控制確立之疾病(Mease PJ(2008)Psoriatic Arthritis.Klippel等人編輯，Primer on Rheumatic Diseases。第13版，New York：Springer Science，第170-192頁)。若干組證據支持T細胞與PSA之發病顯著有關之觀點。CD4+及CD8+記憶細胞存在於表現活化標記物之皮膚損傷以及發炎滑膜中且具有寡株性擴增之特性。(Curran等人(2004)J Immunol 172：1935-44 1935-44；Tassiulas等人(1999)Hum Immunol 60：479-491)。臨床試驗已顯示T細胞靶向療法在PsA中之效能(環孢黴素A、CTLA4 Ig、阿來塞普(alefacept))。亦成功引入TNF阻斷療法以治療PsA患者(Mease PJ等人(2000)Lancet 356：385-90)。儘管已獲得該等成就，但PsA患者存在關於更佳地控制疾病及除僅僅阻止發炎性過程外長期預防結構損害之未 滿足臨床需求。此外，用於對於抗TNF-α藥劑具有不耐性或不恰當反應之患者之當前治療選擇有限。

蘇金單抗(secukinumab)(AIN457)係抑制介白素-17A活性之高親和力完全人類單株抗人類抗體。在近期PsA概念驗證(PoC)研究(AIN457A2206)(實例1)中，蘇金單抗呈現為PsA患者之潛在治療方式。然而，因患者對於生物治療之反應可變且期望避免提供患者對其具有抗性之藥物，故需要研發治療PsA之首先鑑別彼等最可能自所選生物治療受益之患者之方法。

儘管若干單核苷酸多態性(SNP)與PsA疾病狀態有關(Strange等人(2010)Nat.Genet.42(11)985-990；Huffmeier等人(2010)Nat.Genet 42(11)996-9；Ellinghaus等人(2010)Nat.Genet 42(11)991-5)，但迄今為止尚未鑑別出能預測PsA患者是否將對特定藥物(例如，IL-17拮抗劑)具有反應之生物標記物。本文提供用於藉由鑑別彼等在治療PsA期間最可能對於IL-17之拮抗作用具有有利反應之患者來治療PsA之新穎預測性方法及個別化療法，其可最大化PsA群體中之IL-17拮抗作用之益處並最小化其中之風險。此發現部分地係基於以下測定結果：1)攜帶至少一種rs240993「T」等位基因(在本文中稱為「PsA無反應等位基因」，其與TRAF3IP2(TRAF3相互作用蛋白2)連接)之PsA患者顯示，其相對於並不攜帶任一rs240993「T」等位基因之PsA患者(亦即，rs240993 「C」等位基因純合患者)具有減小之反應；2)攜帶至少一種HLA-DRB1^＊04等位基因(在本文中稱為「PsA反應等位基因」)之PsA患者顯示，其相對於並不攜帶任一HLA-DRB1^＊04等位基因之PsA患者對於蘇金單抗具有改良反應；且3)攜帶至少一種TNFSF15(腫瘤壞死因子(配體)超家族成員15)rs4263839「A」等位基因(在本文中亦稱為「PsA反應等位基因」)之PsA患者顯示，其相對於並不攜帶任一rs4263839「A」等位基因之PsA患者對於蘇金單抗具有改良反應。

因此，預計測試個體中至少一種PsA無反應等位基因及/或至少一種PsA反應等位基因之存在將用於各種藥物遺傳學產物及涉及鑑別更可能對於IL-17拮抗作用具有反應之個體之方法中，且有助於醫師決定是否向PsA患者開出IL-17拮抗劑(例如，蘇金單抗)之處方。因此，本揭示內容之一目標係提供藉由向患者投與治療有效量之IL-17拮抗劑(例如，IL-17抗體，例如蘇金單抗)來治療PsA之方法，前提係該患者並不具有PsA無反應等位基因或前提係該患者具有PsA反應等位基因。本揭示內容之另一目標係提供鑑別更可能對使用IL-17拮抗劑(例如，IL-17抗體，例如AINI457抗體(蘇金單抗))之PsA治療具有反應之患者的方法，其係藉由測定患者是否具有PsA無反應等位基因或PsA反應等位基因來達成。本揭示內容之另一目標係提供測定PsA患者將對使用IL-17拮抗劑(例如，IL-17抗體，例 如蘇金單抗)之治療具有反應之可能性的方法，其係藉由測定患者是否存在PsA無反應等位基因或PsA反應等位基因。

基於上述目標及發現，本文揭示選擇性治療PsA患者之各種方法。在一些實施例中，該等方法包括分析來自患者之生物試樣是否存在(或不存在)PsA無反應等位基因或PsA反應等位基因；且然後若患者並不具有PsA無反應等位基因或若患者具有PsA反應等位基因，則向患者選擇性投與治療有效量之IL-17拮抗劑(例如，蘇金單抗)。

本文亦揭示各種預測PsA患者將對使用IL-17拮抗劑(例如，蘇金單抗)之治療具有反應之可能性之方法。在一些實施例中，該等方法包括分析來自患者之生物試樣中PsA無反應等位基因之存在，其中存在PsA無反應等位基因指示患者將對使用IL-17拮抗劑之治療具有反應之可能性降低。在一些實施例中，該等方法包括分析來自患者之生物試樣中PsA反應等位基因之存在，其中存在PsA反應等位基因指示患者將對使用IL-17拮抗劑之治療具有反應之可能性增加。

在較佳實施例中，IL-17拮抗劑係IL-17結合分子，較佳係人類抗體，最佳係蘇金單抗。

其他方法、用途及套組提供於下列闡述及隨附申請專利範圍中。彼等熟習此項技術者根據下列闡述及隨附申請專利範圍將明瞭本揭示內容之其他特徵、優點及態樣。

術語「包括」涵蓋「包含」以及「由...組成」，例如，「包括」X之組合物可排他性地由X組成或可包含其他事物，例如X+Y。

術語「分析」用於指鑑別、篩選、探測、測試、量測或測定之行為，該行為可藉由任一習用方式實施。舉例而言，可藉由使用ELISA分析、北方墨點(Northern blot)、成像、血清分型、細胞分型、基因測序、表型分析、單倍型分析、免疫組織化學法、西方墨點(western blot)、質譜等分析試樣中特定遺傳或蛋白質標記物之存在。術語「檢測」(及諸如此類)意指自給定來源提取特定資訊之行為。術語「分析」及「測定」涵蓋物質轉換，例如，藉助使生物試樣(例如，血樣或其他組織試樣)經受物理測試該試樣自一種狀態至另一狀態之轉換。

術語「獲得」意指以任一方式(例如，藉由物理幹預(例如，活體組織檢查、抽血)或非物理幹預(例如，經由伺服器傳輸資訊)等)取得(例如，獲取)所有權。

片語「分析生物試樣...」及諸如此類用於意指可測試(直接或間接)試樣中給定PsA無反應等位基因或PsA反應等位基因之存在或不存在。應理解，在物質之存在表示一種機率且物質之不存在表示不同可能性之情況下，則該物質之存在或不存在可用於引導治療決定。舉例而言，可藉由測定患者基因組中PsA無反應等位基因之實際存在性或藉由測定患者基因組中PsA無反應等位基因之不存在來測定患者是否具有PsA無反應等位基因。在該等情形下，測定 患者是否存在PsA無反應等位基因。所揭示方法尤其涉及測定特定個體是否具有PsA無反應等位基因或PsA反應等位基因。藉由鑑別患者是否存在rs240993無反應等位基因、HLA-DRB1^＊04等位基因或rs4263839反應等位基因來進行此測定。該等測定中之每一者(亦即，存在或不存在)本身提供患者之等位基因狀態，且由此該等測定中之每一者等效地指示特定個體是否對於IL-17拮抗作用具有更有利反應或不具反應。

應理解，本文所揭示PsA無反應等位基因(rs240993無反應等位基因)之雜交或純合患者不太可能對於IL-17拮抗作用具有有利反應。因此，為提供關於反應性降低之指示，僅需要分析生物試樣之一種PsA無反應等位基因，但顯而易見可分析兩種PsA無反應等位基因。類似地，應理解，本文所揭示PsA反應等位基因(HLA-DRB1^＊04等位基因及rs4263839反應等位基因)之雜交或純合患者更可能對於IL-17拮抗作用具有有利反應。因此，為提供關於反應性降低之指示，僅需要分析生物試樣之一種PsA反應等位基因，但顯而易見可分析兩種PsA反應等位基因。

除非上下文另外指明，否則與數值x相關之術語「約」意指+/- 10%。詞語「實質上」不排除「完全」，例如，「實質上不含」Y之組合物可完全不含Y。若需要，則詞語「實質上」可自本揭示內容之定義省略。

本文所用之「IL-17拮抗劑」係指能夠拮抗(例如，減小、抑制、降低、延遲)IL-17功能、表現及/或信號傳導 (例如，藉由阻斷IL-17與IL-17受體之結合)的分子。IL-17拮抗劑之非限制性實例包含IL-17結合分子及IL-17受體結合分子。在所揭示方法、方案、套組、過程、用途及組合物之一些實施例中，採用IL-17拮抗劑。

「IL-17結合分子」意指能夠僅結合人類IL-17抗原或聯合其他分子之任一分子。可藉由標準方法(定性分析)展示結合反應，該等方法包含(例如)結合分析、競爭分析或用於測定IL-17與其受體結合之抑制的生物分析或任一種類之結合分析，參照使用具有不相關特異性但理想地具有相同同種型之抗體(例如抗CD25抗體)的陰性對照測試。IL-17結合分子之非限制性實例包含小分子、IL-17受體誘餌及由B細胞或雜交瘤所產生結合IL-17之抗體及嵌合抗體、CDR移植之抗體或人類抗體或其任一片段(例如F(ab')₂及Fab片段)以及單鏈或單一結構域抗體。較佳地，IL-17結合分子拮抗(例如減小、抑制、降低、延遲)IL-17功能、表現及/或信號傳導。在所揭示方法、方案、套組、過程、用途及組合物之一些實施例中，採用IL-17結合分子。

「IL-17受體結合分子」意指能夠僅結合人類IL-17受體或聯合其他分子之任一分子。可藉由標準方法(定性分析)展示結合反應，該等方法包含(例如)結合分析、競爭分析或用於測定IL-17受體與IL-17結合之抑制的生物分析或任一種類之結合分析，參照使用具有不相關特異性但理想地具有相同同種型之抗體(例如抗CD25抗體)的陰性對照測試。IL-17受體結合分子之非限制性實例包含小分子、IL- 17誘餌及由B細胞或雜交瘤所產生針對IL-17受體之抗體及嵌合抗體、CDR移植之抗體或人類抗體或其任一片段(例如F(ab')₂及Fab片段)以及單鏈或單一結構域抗體。較佳地，IL-17受體結合分子拮抗(例如減小、抑制、降低、延遲)IL-17功能、表現及/或信號傳導。在所揭示方法、方案、套組、過程、用途及組合物之一些實施例中，採用IL-17受體結合分子。

術語「抗體」在本文中提及時包含全抗體及其任一抗原結合部分或單鏈。天然「抗體」係包括由二硫鍵互連之至少兩條重(H)鏈及兩條輕(L)鏈的糖蛋白。各重鏈包括重鏈可變區域(本文縮寫為V_H)及重鏈恆定區域。重鏈恆定區域包括三個結構域：CH1、CH2及CH3。各輕鏈包括輕鏈可變區域(本文縮寫為VL)及輕鏈恆定區域。輕鏈恆定區域包括一個結構域CL。可將V_H及V_L區域進一步細分成高度可變區域(稱為超變區域或互補決定區域(CDR))及較為保守之區域(稱為框架區域(FR))，二者間雜排列。各V_H及V_L由三個CDR及四個FR構成，其自胺基端至羧基端按下列順序排列：FR1、CDR1、FR2、CDR2、FR3、CDR3、FR4。重鏈及輕鏈之可變區域含有與抗原相互作用之結合結構域。抗體之恆定區域可調介免疫球蛋白與宿主組織或因子(包含免疫系統之各種細胞(例如效應細胞)及經典互補系統之第一組份(Clq))的結合。在所揭示方法、方案、套組、過程、用途及組合物之一些實施例中，採用針對IL-17或IL-17受體之抗體，較佳採用針對IL-17之抗體(例如，蘇金單 抗)。

本文所用之術語抗體之「抗原結合部分」係指保持特異性結合至抗原(例如，IL-17)之能力的抗體片段。已展示，抗體之抗原結合功能可由全長抗體片段來實施。術語抗體之「抗原結合部分」內所涵蓋結合片段之實例包含Fab片段，即由V_L、V_H、CL及CH1結構域組成之單價片段；F(ab')2片段，即包括兩個在鉸鏈區域由二硫橋鍵連接之Fab片段的二價片段；由V_H及CH1結構域組成之Fd片段；由抗體單臂之V_L及V_H結構域組成的Fv片段；dAb片段(Ward等人，(1989)Nature 341：544-546)，其由V_H結構域組成；及分離CDR。實例性抗原結合位點包含蘇金單抗之CDR，如SEQ ID NO：1-6及11-13(表3)中所述，較佳為重鏈CDR3。另外，儘管Fv片段之兩個結構域(V_L及V_H)係由單獨基因編碼，但可使用重組方法藉由合成連接體使該兩個結構域結合在一起，該合成連接體使該兩個結構域能夠形成V_L及V_H區域配對形成單價分子的單一蛋白鏈(稱為單鏈Fv(scFv)；例如，參見Bird等人，1988 Science 242：423-426；及Huston等人，1988 Proc.Natl.Acad.Sci.85：5879-5883)。該等單鏈抗體亦意欲涵蓋在術語「抗體」內。使用彼等熟習此項技術者已知之習用技術獲得單鏈抗體及抗原結合部分。在所揭示方法、方案、套組、過程、用途及組合物之一些實施例中，採用單鏈抗體或針對IL-17(例如蘇金單抗)或IL-17受體之抗體之抗原結合部分。

本文所用之「分離抗體」係指實質上不含具有不同抗原 特異性之其他抗體的抗體(例如，特異性結合IL-17之分離抗體實質上不含特異性結合除IL-17以外之抗原的抗體)。本文所用之術語「單株抗體」或「單株抗體組合物」係指具有單一分子組成之抗體分子製劑。本文所用之術語「人類抗體」意欲包含具有可變區域之抗體，在該等可變區域中框架區域及CDR區域二者均衍生自人類來源之序列。 「人類抗體」未必由人類、人類組織或人類細胞產生。本揭示內容之人類抗體可包含並非由人類序列編碼之胺基酸殘基(例如，藉由活體外隨機誘變或定點誘變或藉由在重組抗體基因期間在活體內於接合處之N-核苷酸添加或藉由活體外體細胞突變引入之突變)。在所揭示方法、方案、套組、過程、用途及組合物之一些實施例中，IL-17拮抗劑係人類抗體、分離抗體及/或單株抗體。

術語「IL-17」係指IL-17A(先前稱為CTLA8)，且包含來自不同物種(例如，人類、小鼠及猴)之野生型IL-17A、IL-17A之多晶形變體及IL-17A之功能等效物。本發明之IL-17A的功能等效物與野生型IL-17A(例如人類IL-17A)之整體序列一致性較佳為至少約65%、75%、85%、95%、96%、97%、98%或甚至99%，且實質上保持由人類真皮成纖維母細胞誘導產生IL-6之能力。

術語「K_D」意欲係指特定抗體-抗原相互作用之解離速率。本文所用之術語「K_D」意欲係指解離常數，其係自K_d與K_a之比率(亦即K_d/K_a)獲得且以莫耳濃度(M)表示。可使用業內充分確立之方法測定抗體之K_D值。測定抗體之K_D 的方法係藉由使用表面電漿共振或使用生物感測器系統(例如Biacore®系統)。在一些實施例中，IL-17拮抗劑(例如IL-17結合分子(例如IL-17抗體或其抗原結合片段，例如蘇金單抗)或IL-17受體結合分子(例如IL-17受體抗體或其抗原結合片段))以約100 pM至250 pM之K_D結合人類IL-17。

術語「親和力」係指單一抗原性位點處抗體與抗原之間之相互作用強度。在每一抗原性位點內，抗體「臂」之可變區域經由弱的非共價力在多個位點處與抗原相互作用；相互作用愈大，則親和力愈強。業內已知用於評估抗體對不同物種之IL-17之結合親和力的標準分析，包含(例如)ELISA、西方墨點及RIA。亦可藉由業內已知之標準分析(例如藉由Biacore分析)評價抗體之結合動力學(例如，結合親和力)。

本文所用之術語「個體」及「患者」包含任一人類或非人類動物。術語「非人類動物」包含所有脊椎動物，例如哺乳動物及非哺乳動物，例如非人類靈長類動物、羊、狗、貓、馬、牛、雞、兩棲動物、爬行動物等。

應理解，如根據業內已知方法確定並在本文中闡述之「抑制」一或多種該等IL-17功能性質(例如，生物化學、免疫化學、細胞、生理學或其他生物活性或諸如此類)之抗體與特定活性相對於在不存在抗體情況下(或在存在不相關特異性之對照抗體時)看到的活性在統計學上顯著降低有關。抑制IL-17活性之抗體影響統計學上顯著降低， 例如，降低所量測參數之至少10%、至少50%、80%或90%，且在所揭示方法、用途、過程、套組及組合物之某些實施例中，所用IL-17抗體可將IL-17功能活性抑制大於95%、98%或99%。

本文所用之「抑制IL-6」係指IL-17拮抗劑(例如蘇金單抗)降低自原代人類真皮成纖維母細胞產生IL-6的能力。原代人類(真皮)成纖維母細胞中IL-6之產生取決於IL-17(Hwang等人，(2004)Arthritis Res Ther；6：R120-128)。簡言之，在不同濃度之具有Fc部分之IL-17結合分子或人類IL-17受體存在下使用重組IL-17刺激人類真皮成纖維母細胞。嵌合抗CD25抗體Simulect(巴利昔單抗(basiliximab))可方便地用作陰性對照。在刺激16 h之後取上清液並藉由ELISA分析IL-6。在如上所述測試、亦即關於由人類真皮成纖維母細胞中之hu-IL-17誘導之IL-6產生來量測該抑制活性時，本文所揭示IL-17拮抗劑(例如，IL-17結合分子(例如IL-17抗體或其抗原結合片段，例如蘇金單抗)或IL-17受體結合分子(例如IL-17抗體或其抗原結合片段))通常具有約50 nM或更小(例如，約0.01 nM至約50 nM)之抑制IL-6產生(在1 nM人類IL-17存在下)的IC₅₀。在所揭示方法、方案、套組、過程、用途及組合物之一些實施例中，IL-17拮抗劑(例如，IL-17結合分子(例如IL-17抗體或其抗原結合片段，例如蘇金單抗)或IL-17受體結合分子(例如IL-17抗體或其抗原結合片段))及其功能衍生物如上文所定義抑制IL-6產生之IC₅₀為約20 nM或更小、更佳約10 nM或 更小、更佳約5 nM或更小、更佳約2 nM或更小、更佳約1 nM或更小。

除非另外指明，否則術語「衍生物」用於定義本揭示內容IL-17拮抗劑(例如，IL-17結合分子(例如IL-17抗體或其抗原結合片段，例如蘇金單抗)或IL-17受體結合分子(例如IL-17受體抗體或其抗原結合片段))(例如指定序列，例如可變結構域)的胺基酸序列變體及共價修飾(例如聚乙二醇化、去醯胺化、羥基化、磷酸化、甲基化等)。「功能衍生物」包含與所揭示IL-17拮抗劑(例如，IL-17結合分子)具有共同之定性生物活性之分子。功能衍生物包含如本文所揭示IL-17拮抗劑之片段及肽類似物。片段包括在本揭示內容之多肽(例如指定序列)之序列內的區域。本文所揭示IL-17拮抗劑之功能衍生物(例如蘇金單抗之功能衍生物)較佳包括V_H及/或V_L結構域，該等結構域與本文所揭示IL-17結合分子之V_H及/或V_L序列(例如，表3之V_H及/或V_L序列)的整體序列一致性為至少約65%、75%、85%、95%、96%、97%、98%或甚至99%；且實質上保持結合人類IL-17或(例如)抑制IL-17誘導之人類真皮成纖維母細胞的IL-6產生的能力。

片語「實質上一致」意指相關胺基酸或核苷酸序列(例如V_H或V_L結構域)與特定參考序列相比一致或具有非實質性差別(例如，經由保守胺基酸取代)。非實質性差別包含微小胺基酸變化，例如在指定區域(例如，V_H或V_L結構域)之5個胺基酸序列中之1個或2個取代。在抗體情形下，第 二抗體與該抗體具有相同特異性且具有至少50%之親和力。與本文所揭示序列實質上一致之序列(例如，至少約85%序列一致性)亦為本申請案之一部分。在一些實施例中，IL-17抗體衍生物(例如，蘇金單抗衍生物，例如，蘇金單抗生物相似抗體)相對於所揭示序列之序列一致性可約90%或更高，例如，90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更高。

就天然多肽及其功能衍生物而言，「一致性」在本文中定義為在比對序列且若需要引入缺口以達成最大百分比一致性且不將任一保守取代視為序列一致性之一部分後，候選序列中與相應天然多肽之殘基一致之胺基酸殘基的百分比。N-或C-末端延伸或***均不應理解為減小一致性。用於比對之方法及電腦程式已眾所周知。百分比一致性可藉由標準比對算法測定，例如由Altshul等人((1990)J.Mol.Biol.,215：403 410)所述之基本區域比對搜尋工具(Basic Local Alignment Search Tool)(BLAST)；Needleman等人((1970)J.Mol.Biol.,48：444 453)之算法；或Meyers等人((1988)Comput.Appl.Biosci.,4：11 17)之算法。參數之集合可為Blosum 62分值矩陣，空位罰分為12，延伸空位罰分為4，且移碼空位罰分為5。兩個胺基酸或核苷酸序列之間之百分比一致性亦可使用E.Meyers及W.Miller((1989)CABIOS,4：11-17)之算法使用PAM120重量剩餘表來測定，該算法已納入ALIGN程式(2.0版)中，空位長度罰分為12且空位罰分為4。

「胺基酸」係指所有天然L-α-胺基酸，例如且包含D-胺基酸片語「胺基酸序列變體」係指與本揭示內容序列相比胺基酸序列中具有一些差別之分子。本揭示內容多肽(例如指定序列)之胺基酸序列變體仍具有結合人類IL-17或(例如)抑制IL-17誘導之人類真皮成纖維母細胞之IL-6產生的能力。胺基酸序列變體包含取代變體(彼等已去除至少一個胺基酸殘基且在本揭示內容多肽之相同位置上***不同胺基酸以代替該至少一個胺基酸殘基者)、***變體(彼等在與本揭示內容多肽之特定位置上的胺基酸直接毗鄰處***一或多個胺基酸者)及缺失變體(彼等已去除本發明多肽中之一或多個胺基酸者)。

術語「醫藥上可接受」意指不干擾活性成份之生物活性之有效性的無毒材料。

與化合物(例如IL-17結合分子或另一藥劑)相關之術語「投與」用於係指藉由任一途徑向患者遞送該化合物。

如本文所使用，「治療有效量」係指IL-17拮抗劑(例如，IL-17結合分子(例如IL-17抗體或其抗原結合片段，例如蘇金單抗)或IL-17受體結合分子(例如IL-17抗體或其抗原結合片段))之量，該量在單一劑量或多劑量投與患者(例如人類)時有效治療、預防病症或復發性病症之至少一個症狀、防止該症狀發作、治癒該症狀、延遲該症狀、減小該症狀之嚴重性、改善該症狀或使患者之存活期延長超過不存在該治療時之預期存活期。在用於單獨投與之個別活性成份(例如IL-17拮抗劑，例如蘇金單抗)時，該術語係指該 單獨成份。在用於組合時，不論係組合、連續或同時投與，該術語係指活性成份產生治療效應之組合量。

術語「治療」(「treatment」或「treat」)係指預防性或防止性治療以及治癒性或疾病減輕性治療，包含治療處於感染疾病或懷疑感染疾病之風險的患者以及有病或已診斷患有疾病或醫學病狀之患者，且該等術語包含阻抑臨床復發。可將該治療投與患有醫學病症或最終可獲取病症之患者以預防、治癒病症或復發性病症之一或多個症狀、延遲該症狀發作、減小該症狀之嚴重性或對該症狀進行改善或使患者之存活期延長超過不存在該治療時之預期存活期。

片語「對於治療具有反應」用於意指患者在遞送特定治療(例如，IL-17結合分子(例如，蘇金單抗))後展示來自該治療之臨床上有意義之益處。在PsA之情形下，可藉由各種標準(例如，ACR20、ACR50、ACR70、DAS28等)量測該益處(參見實例1)。所有該等標準皆係PsA患者是否對於給定治療具有反應之可接受量度。片語「對於治療具有反應」意欲理解為具有相對性而非絕對反應。舉例而言，預測具有PsA無反應等位基因之患者自使用IL-17拮抗劑之治療獲得之益處小於並不具有PsA無反應等位基因的患者。類似地，預測具有PsA反應等位基因之患者自使用IL-17拮抗劑之治療獲得之益處大於並不具有PsA反應等位基因的患者。PsA無反應等位基因之該等非攜帶者及PsA反應等位基因之攜帶者對使用IL-17拮抗劑之治療具有更有利反應，且可簡稱為在使用IL-17拮抗劑時「對於治療具有反 應」。

片語「接收數據」用於意指藉由任一可用方式(例如，口述、以電子方式(例如，藉由電子郵件、編碼於磁盤上或其他媒介)、書寫等)獲得資訊所有權。

如本文所使用，片語「亁癬性關節炎」及其縮寫「PsA」係指屬於統稱為血清陰性脊椎關節炎(SpA)之病狀範圍之免疫介導之慢性發炎性疾病。可使用CASPAR標準(Taylor等人(2006)Arthritis Rheum 54：2665-73)來診斷PsA患者。

如本文所使用，提及患者之「選擇」及「所選」用於意指，基於(因)特定患者具有預定標準(舉例而言，患者並不具有PsA無反應等位基因或患者具有PsA反應等位基因)，自較大患者群特定選擇特定患者。類似地，「選擇性治療PsA患者」係指向基於(因)特定患者具有預定標準(舉例而言，患者並不具有PsA無反應等位基因或患者具有PsA反應等位基因)自較大患者群特定選擇之PsA患者提供治療。類似地，「選擇性投與」係指向基於(因)特定患者具有預定標準(例如，特定遺傳或其他生物標記物)自較大患者群特定之PsA患者投與藥物。選擇、選擇性治療及選擇性投與意指，基於患者之生物學特徵向患者遞送用於PsA之個別化療法，而非僅基於患有PsA疾病遞送標準治療方案。

如本文所使用，「預測」表明本文所闡述之方法提供資訊以使得健康護理提供者能夠測定患有PsA之個體將對使用IL-17結合分子之治療具有反應或具有更有利反應的可 能性。其並不係指能夠100%精確地預測反應。而是，熟習此項技術者應理解，其係指具有增加之機率。

如本文所使用，「可能性」及「可能」係事件有多大可能發生之量度。其可與「機率」互換使用。可能性係指不僅係推測但不足以確定性之機率。因此，若適當人員在考慮各種情形後使用常識、訓練或經驗推斷出某一事件有可能發生，則該事件係可能的。在一些實施例中，確定可能性後，可使用IL-17結合分子治療(或繼續治療，或使用增加之劑量繼續治療)患者，或可不使用IL-17結合分子治療(或停止治療，或以降低之劑量繼續治療)患者。

片語「增加之可能性」係指事件發生之機率增加。舉例而言，本文之一些方法使得可預測患者與具有PsA無反應等位基因之PsA患者或並不具有PsA反應等位基因之PsA患者相比是否顯示以下情形：對使用IL-17結合分子之治療具有增加之反應可能性或對使用IL-17結合分子之治療具有增加之更佳反應可能性。

片語「降低之可能性」係指事件發生之機率降低。舉例而言，本文之方法使得可預測患者與並不具有PsA無反應等位基因之PsA患者或並不具有PsA反應等位基因之PsA患者相比是否顯示以下情形：對使用IL-17結合分子之治療具有降低之反應可能性或對使用IL-17結合分子之治療具有降低之更佳反應可能性。

如本文所使用，「SNP」係指「單核苷酸多態性」。單核苷酸多態性係基因組(或其他共用序列)中之單一核苷酸在 生物物種之成員之間或在個體中之成對染色體之間有所不同時出現的DNA序列差異。大部分SNP僅具有兩個等位基因，且一個通常在群體中更為常見。SNP可存在於基因之外顯子或內含子中，基因之上游或下游未轉譯區域中，或存在於純基因組位置(亦即，未轉錄位置)中。在SNP發生於基因之編碼區域中時，SNP可因遺傳密碼之冗餘而沉默(亦即，同義多態性)，或SNP可改變所編碼多肽之序列(亦即，非同義多態性)。在本揭示內容中，SNP係藉由單核苷酸多態性數據庫(Single Nucleotide Polymorphism Database，dbSNP)rs編號(例如，rs4263839)來標識。dbSNP係由國家生技資訊中心(National Center for Biotechnology Information，NCBI)聯合國家人類基因組研究院(National Human Genome Research Institute，NHGRI)研發及主管之關於不同物種內及不同物種之間之遺傳差異的免費公用檔案。

多態性位點(例如SNP)通常位於所關注群體之基因組中之保守序列的後方或前方，且因此可參照夾在多態性位點兩側之共有核酸序列(例如，30至60個核苷酸，其在SNP之情形下統稱為「SNP上下文序列(context sequence)」)對多態性位點進行定位。本文所揭示SNP之上下文序列可參見可在www.ncbi.nlm.nih.gov/snp獲得之NCBI SNP數據庫。另一選擇為，多態性位點之位置可藉由其在參考序列(例如，GeneBank貯存物)中相對於基因起點、mRNA轉錄物、BAC純系或甚至相對於蛋白質轉譯之起始密碼子 (ATG)的位置來確定。熟習此項技術者理解，在所關注群體中每一個體中，特定多態性位點之位置可能並不準確出現於參考或上下文序列中之相同位置，此乃因與共有或參考序列相比，在該個體中存在一或多個***或缺失。在向熟習此項技術者提供擬檢測多態性位點處之交互等位基因之標識及出現該多態性位點之參考序列或上下文序列中之一者或兩者時，熟習此項技術者熟知用於檢測任一給定個體中多態性位點處之交互等位基因之設計穩健之特異性精確分析。因此，熟習此項技術者應理解，藉由參照參考或上下文序列中(或相對於此一序列中之起始密碼子)之特定位置詳細說明本文所闡述任一多態性位點之位置僅係出於方便起見，且在使用本文所闡述基因分型方法或業內熟知之其他基因分型方法中之任一者測試存在或不存在本發明遺傳標記物之任一個體中，任一明確列舉之核苷酸位置按字面含義包含相同多態性位點在相同基因座中實際上定位之任何核苷酸位置。

如實例中所展示，已確定攜帶至少一種與TRAF3IP2(TRAF3相互作用蛋白2)連接之rs240993「T」等位基因(在本文中稱為「PsA無反應等位基因」)之PsA患者相對於並不攜帶任一rs240993「T」等位基因之PsA患者顯示減小的反應。rs240993多態性位於TRAF3IP2下游之REV3L基因中。如本文所使用，「REV3L」係指人類REV3L基因(亦稱為「REV3」)，其編碼作為DNA聚合酶ζ之催化性亞單位之約350-kDa蛋白質(REV3)。如本文所使用，「TRAF3IP2」 係指人類TRAF3IP2基因，其編碼ACT1(亦稱為銜接蛋白質CIKS)，ACT1係與TRAF蛋白(腫瘤壞死因子受體相關性因子，例如TRAF3及TRAF6)相互作用以活化NF-B或Jun激酶之蛋白質。(例如參見Wu等人(2010)Adv.Exp.Med.Biol.946：223-35)。ACT1亦在IL-17信號傳導中發揮重要作用。舉例而言，Qian等人(2007)Nat.Immunol.8(3)247-56發現，在使用IL-17刺激後，ACT1被募集至IL-17R中，且消除星狀膠質細胞及腸上皮細胞中之ACT1使得發炎相關基因之IL-17誘導之表現有所減小。在Zhu等人(2010)J.Exp.Med.207(12)2647-2662之最新報導中，其報導TRAF3係IL-17受體(IL-17R)信號傳導之受體鄰近性負調節劑。Zhu等人展示，TRAF3大大阻抑IL-17誘導之NF-B及***素活化之蛋白激酶活化及隨後之發炎性細胞因子及趨化因子產生。

如圖2中所展示，存在跨越REV3L及TRAF3IP2之展示高連鎖不平衡(LD)之區域，從而表明rs240993可「標誌」TRAF3IP2中之因果SNP。在最新出版物中，Strange等人(2010)Nat.Genet.42(11)985-990報導，rs240993 T等位基因(其係染色體6q21區域)與亁癬疾病風險有關(亦參見Chandran(2012)Clinic Rev Allerg Immunol.DOI：10.1007/s12016-012-8303-5)。作者指出，在此染色體區域內具有4種已知基因，其中TRAF3IP2因其涉及IL-17依賴性NF-β活化及Th17介導之發炎性反應而較為顯著。某些其他TRAF3IP2 SNP亦展示與PsA及亁癬有關(Huffmeier等人 (2010)Nat.Genet 42(11)996-9；Ellinghaus等人(2010)Nat.Genet 42(11)991-5)。

如本文所使用，「rs240993」係指位於人類REV3L基因之內含子內之T/C/A/G SNP(GeneBank登錄號：NM_002912.3)。rs240993多態性位點位於染色體位置111673714(NCBI基因組構築體37.3；GRCh37.p5，其係片段重疊群NT_025741.15之位置15843171)處。

本文所用之片語「PsA無反應等位基因」係指位於rs240993多態性位點處之T等位基因(在非編碼鏈之情形下係A等位基因，亦稱為「rs240993無反應等位基因」)。在所揭示方法、用途及套組之一些實施例中，患者具有至少一種PsA無反應等位基因。

如實例中所展示，已確定，攜帶至少一種TNFSF15(腫瘤壞死因子(配體)超家族成員15)rs4263839「A」等位基因(在本文中亦稱為「PsA反應等位基因」)之PsA患者顯示，其相對於並不攜帶任一rs4263839「A」等位基因之PsA患者對於蘇金單抗具有改良反應。「TNFSF15」係指人類腫瘤壞死因子(配體)超家族成員15之基因，其編碼TNF超家族配體TL1A(亦稱為VEGI)。TL1A係屬於腫瘤壞死因子(TNF)配體家族之細胞因子且充分表現於內皮細胞中。(Sethi等人(2009)Adv.Exp.Med.Biol.647：207-15)。可藉由發炎性刺激(例如，TNF及IL-1α)誘導TL1A表現，且繼而活化多個細胞信號傳導路徑，包含NF-B、STAT3、JNK、p38 MAPK及p42/p44 MAPK(Sethi等人)。VEGI阻抑內皮細 胞及腫瘤細胞之增殖，誘導樹突狀細胞之成熟並誘導破骨細胞發生(Sethi等人)。TL1A與活化CD4 T細胞上之死亡受體3(DR3)之結合提供共刺激信號(其藉由誘導T-輔助17細胞之增殖及分化來擴增發炎性反應)，且產生干擾素-γ及IL-17。(Pappu等人(2008)J Exp Med 205：1049-62；Meylan等人(2008)Immunity 29：79-89)。TNFSF15基因發現於染色體9上。

如本文所使用，「rs4263839」係指位於認為與若干細胞系中之轉錄調節有關之區域中人類TNFSF15基因之內含子內之A/G SNP(Zucchelli等人(2011)Gut 60(12)：1671-1)。rs4263839之G等位基因與增加之發炎性腸症候群風險(勝算比為1.37)有關。(Zucchelli等人；Barrett等人(2008)Nat Genet.40(8)：955-62)。rs4263839多態性位點位於GRCh37.p5之位置117566440處，該位置係片段重疊群NT_008470.19之位置46730972，且係人類TNFSF15基因中闡述為GeneBank登錄號：NG_011488.2之位置6969。

如實例中所展示，已確定，攜帶至少一種HLA-DRB1^＊04等位基因(在本文中稱為「PsA反應等位基因」)之PsA患者顯示，其相對於並不攜帶任一HLA-DRB1^＊04等位基因之PsA患者對於蘇金單抗具有改良反應。「HLA」係指人類白血球抗原。HLA位於染色體6p21.31上且端視單倍型覆蓋約3.6 Mbp之區域。HLA分子係由三組基因：HLA I類、HLA II類及HLA III類基因編碼。HLA I類蛋白質係由基因HLA-A、HLA-B及HLA-C編碼。HLA II類蛋白質係由 基因HLA-DR、HLA-DQ、HLA-DP、HLA-DM、HLA-DOA及HLA-DOB編碼。HLA II類蛋白質係互補系統之一部分。多態性HLA I類基因HLA-A、HLA-B及HLA-C及II類基因HLA-DR、HLA-DQ及HLA-DP編碼各種蛋白質(例如參見hla.alleles.org/proteins/class2.html)及各種抗原(例如參見hla.alleles.org/antigens/recognised_serology.html)。

HLA II類分子係由兩個跨膜多肽(α及β鏈)組成。β鏈與α鏈相比更具多態性，且通常按β鏈進行HLA分型(例如，HLA-DRB1至DRB9)。根據2010世界衛生組織HLA系統因子命名委員會(WHO Nomenclature Committee for Factors of the HLA System)來進行HLA等位基因命名(Marsh等人(2010)Tissue Antigens 75：291-455；Marsh等人(2010)Bone Marrow Transplantation 45：846-8)。使用若干數位來標識HLA等位基因。藉由符號^＊將特定HLA基因座(HLA-A、HLA-B、HLA-C、HLA-DR、HLA-DQ及HLA-DP)與兩個數位分開，此指定抗原之血清學等效物(此水平闡述「類型」或「等位基因組」)。根據一實例，HLA-DRB1^＊04代表來自HLA-DRB1基因座之等位基因組。此「二數位」解析度表示由各種編碼類似抗原(例如，HLA-DR4血清學抗原)或具有高序列同源性之等位基因組成之等位基因組(例如，來自HLA-DRB1基因座之等位基因組)。隨後係冒號及另外兩個或三個數位，此標識特異性編碼蛋白(此水平闡述「亞型」或「等位基因亞型」)。根據一實例，HLA-DRB1^＊04：01係HLA-DRB1^＊04等位基因組內編碼具有 特定胺基酸序列之HLA-DR β鏈之特異性等位基因。此「四數位」解析度表示等位基因組內使所編碼多肽產物之胺基酸序列具有差異之特定基因組序列差異。可使用其他冒號及數字進一步定義等位基因，該等冒號及數字指示等位基因之編碼區域內之同義DNA取代，或指示非編碼區域中之DNA差異(9數位水平)。

「HLA-DRB1^＊04等位基因組」係指來自HLA-DRB1基因座之由各種編碼HLA-DR4血清學抗原或具有高序列同源性之等位基因組成之等位基因組(或類型)。

「HLA-DRB1^＊04等位基因」或「HLA-DRB1^＊04等位基因組中之等位基因」係指HLA-DRB1^＊04等位基因組內之等位基因，例如，HLA-DRB1^＊04：01、HLA-DRB1^＊04：05等。實例性HLA-DRB1^＊04等位基因之非限制性IMG/HLA數據庫(EMBL-EBI數據庫之一部分)參考編號展示於表1中，其序列可經由www.ebi.ac.uk/imgt/hla/nomenclature/index.html獲得。

該等序列之全部內容以引用方式併入本文中。

「HLA-DRB1^＊04等位基因產物」包含HLA-DRB1^＊04等位基因之核酸產物及HLA-DRB1^＊04等位基因之多肽產物。「HLA-DRB1^＊04等位基因之多肽產物」係指藉由HLA-DRB1^＊04等位基因編碼之多肽、藉由HLA-DRB1^＊04等位基因編碼之多肽片段及HLA-DR4血清學抗原。「HLA-DRB1^＊04等位基因之核酸產物」係指HLA-DRB1^＊04等位基因之任一DNA(基因組、cDNA等)或RNA產物(例如，mRNA前體、mRNA、微小RNA等)及其片段。

「HLA-DR4血清型」係指患者中表現HLA-DRB1^＊04等位基因之多肽產物之血清型(例如，HLA-DR4血清學抗原)。

如本文所使用，rs4263839多態性位點處之等位基因(在非編碼鏈之情形下係T等位基因，亦稱為「rs4263839反應等位基因」)及HLA-DRB1^＊04等位基因組統稱為「PsA反應等位基因」。在所揭示方法、用途及套組之一些實施例中，患者具有至少一種PsA反應等位基因，例如，至少一種rs4263839反應等位基因及/或至少一種HLA-DRB1^＊04等位基因組中之等位基因。

如熟習此項技術者所認識到，含有特定SNP之核酸試樣可為互補雙鏈分子，且由此提及有義鏈上之特定位點亦係指互補反義鏈上之相應位點。類似地，在提及針對一個染色體鏈之兩個拷貝上之SNP所獲得之特定基因型時，其等效於針對另一鏈之兩個拷貝上之相同SNP所獲得之互補基因型。因此，舉例而言，關於TNFSF15基因之編碼鏈上 rs4263839多態性位點之G/A基因型等效於關於非編碼鏈上該多態性位點之C/T基因型。

如本文所使用，片語「候選PsA反應標記物」係指表2中所展示之多態性位點及等位基因，其可用於進一步將對使用IL-17拮抗劑之治療具有增加(或降低)之反應可能性之患者分級。應理解，表2中之候選PsA反應標記物可單獨使用或與所揭示PsA無反應等位基因及PsA反應等位基因組合使用以預測PsA患者對於IL-17結合分子(例如，蘇金單抗)之反應。在一些實施例中，分析來自患者之生物試樣中PsA無反應等位基因及/或PsA反應等位基因及視情況候選PsA反應標記物之存在。

如本文所使用，「基因組序列」係指基因組中存在之DNA序列，且包含等位基因內之區域、等位基因本身或含有所關注等位基因之染色體之較大DNA序列。

PsA無反應等位基因、候選PsA反應標記物及PsA反應等位基因之產物包含核酸產物及多肽產物。「多肽產物」係指由PsA無反應等位基因或PsA反應等位基因編碼之多肽及其片段。「核酸產物」係指PsA無反應等位基因或PsA反應等位基因之任一DNA(例如，基因組、cDNA等)或RNA(例如，mRNA前體、mRNA、miRNA等)產物及其片段。

「等效遺傳標記物」係指與所關注等位基因有關之遺傳標記物，例如，其顯示連鎖不平衡(LD)或與所關注等位基因處於遺傳連鎖狀態。等效遺傳標記物可用於測定患者是否具有PsA無反應等位基因及/或PsA反應等位基因，而不本身直接探詢來自患者之生物試樣中之PsA無反應等位基因及/或PsA反應等位基因。存在有助於測定關於特定SNP之LD之各種程式，例如，HaploBlock(可在bioinfo.cs.technion.ac.il/haploblock/中獲得)、HapMap、WGA Viewer。關於與rs4263839有關之LD之資訊可參見Zucchelli等人(2011)Gut 60(12)：1671-1。亦可藉由檢測HLA-DRB^＊04等位基因之等效遺傳標記物(其可為(例 如)SNP(單核苷酸多態性)、微衛星標記物、另一HLA等位基因(例如，HLA-DQB1等位基因)或其他種類之遺傳多態性)來測定HLA-DRB1^＊04等位基因組中之等位基因。舉例而言，與HLA-DRB1^＊04等位基因相同之單體型上之遺傳標記物(而非HLA-DRB1^＊04等位基因本身)之存在可指示患者對使用IL-17結合分子之治療具有反應之可能性。HLA II類區域內之重組及連鎖不平衡之論述提供於Begovich等人(1992)J.Immunology 148：249-58中。

術語「探針」係指用於特異性檢測另一物質(例如，與PsA無反應等位基因或PsA反應等位基因相關之物質)之任一物質組合物。探針可為與PsA無反應等位基因或PsA反應等位基因之基因組序列或PsA無反應等位基因或PsA反應等位基因之核酸產物(例如，基因組DNA或mRNA)特異性雜交之寡核苷酸(包含偶聯寡核苷酸)。偶聯寡核苷酸係指共價結合至發色團或含有配體之分子(例如，抗原)之寡核苷酸，其對於受體分子(例如，對於抗原具有特異性之抗體)具有高特異性。探針亦可為(例如，與另一引子一起)用於擴增PsA無反應等位基因或PsA反應等位基因內之特定區域之PCR引子。另外，探針可為特異性結合至該等等位基因之多肽產物之抗體。另外，探針可為能夠檢測(例如，結合或雜交)PsA無反應等位基因或PsA反應等位基因之等效遺傳標記物之任一物質組合物。在較佳實施例中，探針與所關注等位基因之核酸序列(較佳係基因組DNA)特異性雜交或與其多肽序列特異性結合。

片語「特異性雜交」用於指在嚴格雜交條件下雜交。嚴格條件已為彼等熟習此項技術者所習知且可參見Current Protocols in Molecular Biology,John Wiley & Sons,N.Y.(1989),6.3.1-6.3.6。在該參考文獻中闡述水性及非水性方法且可使用任一方法。嚴格雜交條件之一實例係在約45℃下於6X氯化鈉/檸檬酸鈉(SSC)中雜交，隨後在50℃下於0.2X SSC、0.1% SDS中至少洗滌一次。嚴格雜交條件之第二實例係在約45℃下於6X SSC中雜交，隨後在55℃下於0.2X SSC、0.1% SDS中至少洗滌一次。嚴格雜交條件之另一實例係在約45℃下於6X SSC中雜交，隨後在60℃下於0.2X SSC、0.1% SDS中至少洗滌一次。嚴格雜交條件之另一實例係在約45℃下於6X SSC中雜交，隨後在65℃下於0.2X SSC、0.1% SDS中至少洗滌一次。高嚴格條件包含在65℃下於0.5 M磷酸鈉、7% SDS中雜交，隨後在65℃下於0.2X SSC、0.1% SDS中至少洗滌一次。

片語「核酸區域」用於指示較大核酸序列內之較小序列。舉例而言，基因係染色體區域，外顯子係基因區域等。

在多肽背景中，術語「特異性結合」用於意指探針結合給定多肽靶(例如，PsA無反應等位基因之多肽產物)而非隨機結合不期望多肽。然而，「特異性結合」並不排除一些與不期望多肽之交叉反應性，只要該交叉反應性並不干擾探針用於量測給定多肽靶之存在或不存在之能力即可。

術語「能夠」用於意指達成給定結果之能力，舉例而 言，能夠檢測特定物質之存在之探針意指探針可用於檢測特定物質。

「寡核苷酸」係指短核苷酸序列，例如，2-100個鹼基。

本文所用之術語「生物試樣」係指來自患者之試樣，其可用於鑑別、診斷、預測或監測之目的。較佳試樣包含滑液、血液、血液源產物(例如血沉棕黃層、血清及血漿)、淋巴、尿、眼淚、唾液、毛球細胞、腦脊髓液、頰部拭子(buccal swab)、糞便、滑液、滑膜細胞、痰或組織試樣。此外，熟習此項技術者應認識到，較易於遵循分餾或純化程序分析一些試樣，例如，自全血分離DNA。

片語「先前已對PsA進行治療」及「具有先前PsA治療」及諸如此類用於意指先前經受PsA療法(例如，使用抗PsA藥劑)之患者，舉例而言，患者對於先前PsA療法、抗PsA藥劑或治療方案無效、係不恰當反應者或不耐受。該等患者包含彼等先前使用NSAID、DMARD(例如，胺甲喋呤(MTX))、皮質類固醇及/或生物製劑(例如TNFα拮抗劑)等治療者。片語「先前未對PsA進行治療」用於意指先前未經受PsA治療之患者，亦即，患者係「幼稚」的。如本文所使用，將先前未使用TNFα拮抗劑治療PsA之患者稱為「TNFα拮抗劑幼稚」。在所揭示方法及用途之一些實施例中，患者具有先前PsA治療。在所揭示方法及用途之一些實施例中，患者係TNFα拮抗劑幼稚。

如本文所使用，片語「PsA藥劑」係指通常開出處方以 用於PsA患者之藥物，例如，NSAID(例如，吲哚美辛(indomethacin)、萘普生(naproxen)、舒林酸(sulindac)、雙氯芬酸(diclofenac)、阿司匹林(aspirin)、氟比洛芬(flurbiprofen)、奧沙普秦(oxaprozin)、雙水楊酯(salsalate)、氟苯水楊酸(difunisal)、吡羅昔康(piroxicam)、依託度酸(etodolac)、甲氯滅酸的結合鹼(meclofenamate)、布洛芬(ibuprophen)、非諾洛芬(fenoprofen)、酮洛芬(ketoprofen)、萘丁美酮(nabumetone)、托美丁(tolmetin)、水楊酸膽鹼鎂、COX-2抑制劑[例如，塞來考昔(celecoxib)])、TNFα拮抗劑(依那西普(etanercept)、阿達木單抗(adalimumab)、英利昔單抗(infliximab)、戈利木單抗(golimumab))、DMARDS(例如，柳氮磺吡啶、胺甲喋呤)、環孢黴素、類視色素及皮質類固醇。在所揭示方法及用途之一些實施例中，PsA患者之等位基因狀態驅使臨床醫師在兩種替代性療法之間進行選擇，亦即，使用IL-17拮抗劑(例如，蘇金單抗)治療PsA患者或使用不同PsA藥劑(例如，DMARD)治療患者。

術語對先前PsA療法「無效」係指：(1)患者無有意義之臨床益處(原發性效能缺乏)；(2)患者具有可量測且有意義之反應，但反應可更佳，例如，未達成低PsA疾病活動度或PsA緩解(亦稱為「反應不足」)；(3)患者在初始良好反應後惡化(繼發性效能損失)；及(4)患者具有良好反應但由於副作用而停止(亦稱為「不耐受」)。展示TNFα拮抗劑反應不足(TNF-IR)或不耐受TNFα拮抗劑之患者可視為TNF無 效。展示MTX反應不足(MTX-IR)或不耐受MTX之患者可視為MTX無效。展示DMARD反應不足(DMARD-IR)或不耐受DMARD之患者可視為DMARD無效。展示NSAID反應不足(NSAID-IR)或不耐受NSAID之患者可視為NSAID無效。在所揭示方法及用途之一些實施例中，患者對於先前PsA治療無效、係不恰當反應者或不耐受。

IL-17拮抗劑

各種所揭示醫藥組合物、方案、過程、用途、方法及套組利用IL-17拮抗劑(例如，IL-17結合分子(例如IL-17抗體或其抗原結合片段，例如蘇金單抗)或IL-17受體結合分子(例如IL-17受體抗體或其抗原結合片段))。

在一實施例中，IL-17拮抗劑(例如，IL-17結合分子(例如，IL-17抗體或其抗原結合片段，例如，蘇金單抗))包括至少一個免疫球蛋白重鏈可變結構域(V_H)，其包括超變區域CDR1、CDR2及CDR3，該CDR1具有胺基酸序列SEQ ID NO：1，該CDR2具有胺基酸序列SEQ ID NO：2，且該CDR3具有胺基酸序列SEQ ID NO：3。在一實施例中，IL-17拮抗劑(例如，IL-17結合分子(例如，IL-17抗體或其抗原結合片段，例如，蘇金單抗))包括至少一個免疫球蛋白輕鏈可變結構域(V_L')，其包括超變區域CDR1'、CDR2'及CDR3'，該CDR1'具有胺基酸序列SEQ ID NO：4，該CDR2'具有胺基酸序列SEQ ID NO：5且該CDR3'具有胺基酸序列SEQ ID NO：6。在一實施例中，IL-17拮抗劑(例如，IL-17結合分子(例如，IL-17抗體或其抗原結合片段，例如，蘇金單抗)) 包括至少一個免疫球蛋白重鏈可變結構域(V_H)，其包括超變區域CDR1-x、CDR2-x及CDR3-x，該CDR1-x具有胺基酸序列SEQ ID NO：11，該CDR2-x具有胺基酸序列SEQ ID NO：12，且該CDR3-x具有胺基酸序列SEQ ID NO：13。

在一實施例中，IL-17拮抗劑(例如IL-17結合分子(例如，IL-17抗體或其抗原結合片段，例如蘇金單抗))包括至少一個免疫球蛋白V_H結構域及至少一個免疫球蛋白V_L結構域，其中：a)免疫球蛋白V_H結構域包括(例如，在序列中)：i)超變區域CDR1、CDR2及CDR3，該CDR1具有胺基酸序列SEQ ID NO：1，該CDR2具有胺基酸序列SEQ ID NO：2，且該CDR3具有胺基酸序列SEQ ID NO：3；或ii)超變區域CDR1-x、CDR2-x及CDR3-x，該CDR1-x具有胺基酸序列SEQ ID NO：11，該CDR2-x具有胺基酸序列SEQ ID NO：12，且該CDR3-x具有胺基酸序列SEQ ID NO：13；且b)免疫球蛋白V_L結構域包括(例如，在序列中)超變區域CDR1'、CDR2'及CDR3'，該CDR1'具有胺基酸序列SEQ ID NO：4，該CDR2'具有胺基酸序列SEQ ID NO：5，且該CDR3'具有胺基酸序列SEQ ID NO：6。

在一實施例中，IL-17拮抗劑(例如IL-17結合分子(例如，IL-17抗體或其抗原結合片段，例如蘇金單抗))包括：a)包括闡述為SEQ ID NO：8之胺基酸序列的免疫球蛋白重鏈可變結構域(V_H)；b)包括闡述為SEQ ID NO：10之胺基酸序列的免疫球蛋白輕鏈可變結構域(V_L)；c)包括含闡述為SEQ ID NO：8之胺基酸序列的免疫球蛋白V_H結構域及包括 闡述為SEQ ID NO：10之胺基酸序列的免疫球蛋白V_L結構域；d)包括闡述為SEQ ID NO：1、SEQ ID NO：2及SEQ ID NO：3之超變區域的免疫球蛋白V_H結構域；e)包括闡述為SEQ ID NO：4、SEQ ID NO：5及SEQ ID NO：6之超變區域的免疫球蛋白V_L結構域；f)包括闡述為SEQ ID NO：11、SEQ ID NO：12及SEQ ID NO：13之超變區域的免疫球蛋白V_H結構域；g)包括闡述為SEQ ID NO：1、SEQ ID NO：2及SEQ ID NO：3之超變區域的免疫球蛋白V_H結構域及包括闡述為SEQ ID NO：4、SEQ ID NO：5及SEQ ID NO：6之超變區域的免疫球蛋白V_L結構域；或h)包括闡述為SEQ ID NO：11、SEQ ID NO：12及SEQ ID NO：13之超變區域的免疫球蛋白V_H結構域及包括闡述為SEQ ID NO：4、SEQ ID NO：5及SEQ ID NO：6之超變區域的免疫球蛋白V_L結構域。

為便於參考，基於Kabat定義並如由X射線分析所測定並使用Chothia及合作者之方式，於下表3中提供蘇金單抗單株抗體之超變區域的胺基酸序列。

在較佳實施例中，恆定區域結構域較佳亦包括適宜人類恆定區域結構域，例如，如「Sequences of Proteins of Immunological Interest」，Kabat E.A.等人，US Department of Health and Human Services,Public Health Service,National Institute of Health所述。編碼蘇金單抗之VL之DNA闡述於SEQ ID NO：9中。編碼蘇金單抗之VH之DNA闡述於SEQ ID NO：7中。

在一些實施例中，IL-17拮抗劑(例如，IL-17結合分子(例如，IL-17抗體或其抗原結合片段，例如，蘇金單抗))包括SEQ ID NO：10之三個CDR。在其他實施例中，IL-17拮抗劑包括SEQ ID NO：8之三個CDR。在其他實施例中，IL-17拮抗劑包括SEQ ID NO：10之三個CDR及SEQ ID NO：8之三個CDR。根據Chothia及Kabat定義，SEQ ID NO：8及SEQ ID NO：10之CDR可參見表3。

在一些實施例中，IL-17拮抗劑(例如，IL-17結合分子(例如，IL-17抗體或其抗原結合片段，例如，蘇金單抗))包括SEQ ID NO：15之輕鏈。在其他實施例中，IL-17拮抗劑包括SEQ ID NO：17之重鏈。在其他實施例中，IL-17拮抗劑包括SEQ ID NO：15之輕鏈及SEQ ID NO：17之重結構域。在一些實施例中，IL-17拮抗劑包括SEQ ID NO：15之三個CDR。在其他實施例中，IL-17拮抗劑包括SEQ ID NO：17之三個CDR。在其他實施例中，IL-17拮抗劑包括SEQ ID NO：15之三個CDR及SEQ ID NO：17之三個CDR。根據Chothia及Kabat定義，SEQ ID NO：15及SEQ ID NO：17之CDR可參見表3。將編碼蘇金單抗之輕鏈之DNA闡述為SEQ ID NO：14。將編碼蘇金單抗之重鏈之DNA闡述為SEQ ID NO：16。

超變區域可與任一種類之框架區域(較佳為人類來源)連接。適宜框架區域闡述於Kabat E.A.等人，ibid中。較佳重鏈框架係人類重鏈框架，例如蘇金單抗抗體之框架。其序列由(例如)FR1(SEQ ID NO：8之胺基酸1至30)、FR2(SEQ ID NO：8之胺基酸36至49)、FR3(SEQ ID NO：8之胺基酸67至98)及FR4(SEQ ID NO：8之胺基酸117至127)區域組成。藉由X射線分析考慮蘇金單抗之決定超變區域，另一較佳重鏈框架之序列由FR1-x(SEQ ID NO：8之胺基酸1至25)、FR2-x(SEQ ID NO：8之胺基酸36至49)、FR3-x(SEQ ID NO：8之胺基酸61至95)及FR4(SEQ ID NO：8之胺基酸119至127)區域組成。輕鏈框架之序列以類似方式由FR1'(SEQ ID NO：10之胺基酸1至23)、FR2'(SEQ ID NO：10之胺基酸36至50)、FR3'(SEQ ID NO：10之胺基酸58至89)及FR4'(SEQ ID NO：10之胺基酸99至109)區域組成。

在一實施例中，IL-17拮抗劑(例如IL-17結合分子(例如，IL-17抗體或其抗原結合片段，例如蘇金單抗))係選自人類抗IL-17抗體，該抗體至少包括：a)免疫球蛋白重鏈或其片段，其包括可變結構域，該可變結構域之序列中包括 人類重鏈之超變區域CDR1、CDR2及CDR3及其恆定部分或片段；該CDR1具有胺基酸序列SEQ ID NO：1，該CDR2具有胺基酸序列SEQ ID NO：2，且該CDR3具有胺基酸序列SEQ ID NO：3；及b)免疫球蛋白輕鏈或其片段，其包括可變結構域，該可變結構域之序列中包括人類輕鏈之超變區域CDR1'、CDR2'及CDR3'及其恆定部分或片段，該CDR1'具有胺基酸序列SEQ ID NO：4，該CDR2'具有胺基酸序列SEQ ID NO：5，且該CDR3'具有胺基酸序列SEQ ID NO：6。

在一實施例中，IL-17拮抗劑(例如IL-17結合分子(例如，IL-17抗體或其抗原結合片段，例如蘇金單抗))係選自單鏈結合分子，該單鏈結合分子包括抗原結合位點，其包括：a)第一結構域，其序列中包括超變區域CDR1、CDR2及CDR3，該CDR1具有胺基酸序列SEQ ID NO：1，該CDR2具有胺基酸序列SEQ ID NO：2，且該CDR3具有胺基酸序列SEQ ID NO：3；及b)第二結構域，其包括超變區域CDR1'、CDR2'及CDR3'，該CDR1'具有胺基酸序列SEQ ID NO：4，該CDR2'具有胺基酸序列SEQ ID NO：5，且該CDR3'具有胺基酸序列SEQ ID NO：6；及c)肽連接體，其連接第一結構域之N-末端及第二結構域之C-末端或第一結構域之C-末端及第二結構域之N-末端。

另一選擇為，用於所揭示方法中之IL-17拮抗劑(例如，IL-17結合分子(例如，IL-17抗體或其抗原結合片段))可包括本文藉由序列所闡述之IL-17結合分子之衍生物(例如， 蘇金單抗之聚乙二醇化形式)。另一選擇為，用於所揭示方法中之IL-17拮抗劑(例如，IL-17結合分子(例如，IL-17抗體或其抗原結合片段))之V_H或V_L結構域可具有與本文所闡述之V_H或V_L結構域(例如，彼等闡述於SEQ ID NO：8及10中者)實質上相同的V_H或V_L結構域。本文所揭示之人類IL-17抗體可包括與闡述為SEQ ID NO：17者實質上相同之重鏈及/或與闡述為SEQ ID NO：15實質上相同之輕鏈。本文所揭示之人類IL-17抗體可包括含有SEQ ID NO：17之重鏈及含有SEQ ID NO：15之輕鏈。本文所揭示之人類IL-17抗體可包括：a)一個重鏈，其包括可變結構域，該可變結構域具有與SEQ ID NO：8中所展示者實質上相同之胺基酸序列及人類重鏈之恆定部分；及b)一個輕鏈，其包括可變結構域，該可變結構域具有與SEQ ID NO：10中所展示者實質上相同之胺基酸序列及人類輕鏈之恆定部分。另一選擇為，用於所揭示方法中之IL-17拮抗劑(例如，IL-17結合分子(例如，IL-17抗體或其抗原結合片段))可為本文所闡述參考IL-17結合分子之胺基酸序列變體。在衍生物及變體之所有該等情形下，IL-17拮抗劑能夠以約50 nM或更小、約20 nM或更小、約10 nM或更小、約5 nM或更小、約2 nM或更小、或更佳約1 nM或更小之該分子之濃度將約1 nM(=30 ng/ml)人類IL-17之活性抑制50%，該抑制活性係關於由人類真皮成纖維母細胞中之hu-IL-17誘導之IL-6產生來量測。

可以各種分析(包含如WO 2006/013107中所述之該等分 析)方便地測試對IL-17與其受體之結合的抑制。術語「至相同程度」意指在本文所提及之一種分析中，參考分子及衍生物分子在統計基礎上呈現基本上一致之IL-17抑制活性(參見WO 2006/013107之實例1)。舉例而言，在如WO 2006/013107之實例1中所述分析時，本文所揭示IL-17結合分子抑制人類IL-17(在人類真皮成纖維母細胞中對人類IL-17誘導之IL-6產生之抑制)之IC₅₀通常比相應參考分子之IC₅₀低約10 nM，更佳低約9 nM、8 nM、7 nM、6 nM、5 nM、4 nM、3 nM、2 nM或約1 nM，較佳地實質上相同。另一選擇為，所用分析可為可溶性IL-17受體(例如，WO 2006/013107之實例1的人類IL-17 R/Fc構築體)及本揭示內容之IL-17拮抗劑對IL-17結合的競爭性抑制分析。

本揭示內容亦包含IL-17拮抗劑(例如，IL-17結合分子(例如IL-17抗體或其抗原結合片段，例如蘇金單抗))，其中CDR1、CDR2、CDR3、CDR1-x、CDR2-x、CDR3-x、CDR1'、CDR2'或CDR3'或框架之胺基酸殘基中之一或多者(通常僅幾個，例如，1至4個)藉由(例如)相應DNA序列之突變(例如定點誘變)而改變。本揭示內容包含編碼該等經改變IL-17拮抗劑之DNA序列。特定而言，本揭示內容包含IL-17結合分子，其中CDR1'或CDR2'之一或多個殘基已自SEQ ID NO：4(針對CDR1')及SEQ ID NO：5(針對CDR2')中所示殘基發生改變。

本揭示內容亦包含對人類IL-17具有結合特異性之IL-17拮抗劑(例如，IL-17結合分子(例如IL-17抗體或其抗原結 合片段，例如蘇金單抗))，特定而言係能夠抑制IL-17與其受體結合之IL-17抗體及能夠以約50 nM或更小、約20 nM或更小、約10 nM或更小、約5 nM或更小、約2 nM或更小或更佳約1 nM或更小之該分子之濃度將1 nM(=30 ng/ml)人類IL-17之活性抑制50%(該抑制活性係關於由人類真皮成纖維母細胞中之hu-IL-17誘導之IL-6產生來量測)的IL-17抗體。

在一些實施例中，IL-17拮抗劑(例如IL-17抗體，例如蘇金單抗)結合成熟人類IL-17之表位，該表位包括Leu74、Tyr85、His86、Met87、Asn88、Val124、Thr125、Pro126、Ile127、Val128、His129。在一些實施例中，IL-17抗體(例如蘇金單抗)結合成熟人類IL-17之表位，該表位包括Tyr43、Tyr44、Arg46、Ala79、Asp80。在一些實施例中，IL-17抗體(例如蘇金單抗)結合具有兩條成熟人類IL-17鏈之IL-17同源二聚體的表位，該表位包括一條鏈上之Leu74、Tyr85、His86、Met87、Asn88、Val124、Thr125、Pro126、Ile127、Val128、His129及另一條鏈上之Tyr43、Tyr44、Arg46、Ala79、Asp80。用於定義該等表位之殘基編號方案係基於作為成熟蛋白之第一胺基酸的殘基(亦即，無23個胺基酸N-末端信號肽且以甘胺酸開始之IL-17A)。未成熟IL-17A之序列闡述於Swiss-Prot條款Q16552中。在一些實施例中，IL-17抗體之K_D為約100 pM至200 pM。在一些實施例中，IL-17抗體用於活體外中和約0.67 nM人類IL-17A之生物活性的IC₅₀為約0.4 nM。在一 些實施例中，皮下(s.c.)投與之IL-17抗體之絕對生物利用度在約60%至約80%範圍內，例如約76%。在一些實施例中，IL-17拮抗劑(例如，IL-17結合分子(例如IL-17抗體，例如蘇金單抗)或IL-17受體結合分子(例如IL-17受體抗體))之消除半衰期為約4週(例如，約23天至約35天、約23天至約30天，例如約30天)。在一些實施例中，IL-17拮抗劑(例如，IL-17結合分子(例如IL-17抗體，例如蘇金單抗)或IL-17受體結合分子(例如IL-17受體抗體))之T_max為約7至8天。

用於所揭示方法、用途、套組等中之尤佳IL-17拮抗劑(例如，IL-17結合分子(例如IL-17抗體或其抗原結合片段，例如蘇金單抗)或IL-17受體結合分子(例如IL-17抗體或其抗原結合片段))係人類抗體，尤其如WO 2006/013107之實例1及2中所述之蘇金單抗。蘇金單抗係IgG1/同種型之重組高親和力的完全人類單株抗人類介白素-17A(IL-17A，IL-17)抗體，其當前在臨床試驗中用於治療免疫介導之發炎性病狀。蘇金單抗(例如參見WO 2006/013107及WO 2007/117749)對IL-17具有極高親和力，亦即K_D為約100 pM至200 pM且活體外中和約0.67 nM人類IL-17A之生物活性的IC₅₀為約0.4 nM。因此，蘇金單抗以約1：1之莫耳比抑制抗原。此高結合親和力使得蘇金單抗抗體尤其適於治療應用。另外，已確定蘇金單抗具有極長半衰期，亦即約4週，此允許在投與之間存在延長時段，此為在治療慢性長期病症(例如RA)時的特殊性質。

其他用於所揭示方法、套組及用途中之較佳IL-17抗體 係彼等闡述於以下中者：美國專利第8,057,794號、第8,003,099號、第8,110,191號及第7,838,638號及美國公開專利申請案第20120034656號及第20110027290號。

診斷方法及產生可傳輸形式之資訊的方法

所揭示方法用於治療、預防或改善PsA以及預測PsA患者對使用IL-17拮抗劑(例如，蘇金單抗)之治療具有具有反應之可能性。該等方法尤其採用測定患者是否在來自患者之試樣中存在(或不存在)PsA無反應等位基因或PsA反應等位基因。

可藉由任一適應習用方式(例如，西方墨點、免疫組織化學法、北方墨點、ELISA、質譜(例如，SELDI-TOF、LC、奈米級LC、UV-MALDI)、免疫空乏等)分析來自患者之生物試樣中PsA無反應等位基因或PsA反應等位基因(及/或候選PsA反應標記物)之之存在或不存在。本發明並不限於用於評價來自患者之生物試樣中PsA無反應等位基因或PsA反應等位基因(及/或候選PsA反應標記物)之存在或不存在之分析的類型。實際上，出於本發明之目的，可採用可用於測定患者之基因型狀態或來自患者之生物試樣中之mRNA或蛋白質含量(若適宜)之任一熟知分析。

本發明亦並不限於生物試樣之來源，此乃因可使用許多生物試樣來鑑別PsA無反應等位基因或PsA反應等位基因(及/或候選PsA反應標記物)之存在或不存在，例如，血液、滑液、血沉棕黃層、血清、血漿、淋巴、糞便、尿、眼淚、唾液、腦脊髓液、頰部拭子、痰或組織。本發明亦 並不限於用於鑑別PsA無反應等位基因或PsA反應等位基因(及/或候選PsA反應標記物)之存在或不存在之生物試樣內之來源。應認識到，可分析自生物試樣獲得之基因組DNA以檢測PsA無反應等位基因或PsA反應等位基因，或可分析自生物試樣獲得之PsA無反應等位基因或PsA反應等位基因之產物，例如，核酸產物(例如，DNA、mRNA前體、mRNA、微小RNA等)及多肽產物(例如，所表現之蛋白質)。

如先前所闡述，已確定：1)攜帶至少一種rs240993「T」等位基因(其與TRAF3IP2連接)之PsA患者顯示相對於並不攜帶至少一種rs240993「T」等位基因之PsA患者具有減小之反應；2)攜帶至少一種HLA-DRB1^＊04等位基因之PsA患者顯示相對於並不攜帶至少一種HLA-DRB1^＊04等位基因之PsA患者對於蘇金單抗具有改良反應；且3)攜帶至少一種TNFSF15 rs4263839「A」等位基因之PsA患者顯示相對於並不攜帶至少一種rs4263839「A」等位基因之PsA患者對於蘇金單抗具有改良反應。rs240993 SNP及rs4263839 SNP皆發現於內含子中，從而可藉由探詢(例如)mRNA前體或基因組DNA來測定患者之等位基因狀態。然而，可藉由分析基因組DNA、RNA及/或血清學蛋白質來測定HLA-DRB1^＊04等位基因之存在或不存在。因此，熟習此項技術者應理解，可藉由分析PsA無反應等位基因或PsA反應等位基因之核酸產物(例如，DNA或RNA)、PsA反應等位基因之多肽產物(在HLA-DRB1^＊04等位基因之情 形下)或PsA無反應等位基因或PsA反應等位基因之等效遺傳標記物來鑑別個體是否具有PsA無反應等位基因或PsA反應等位基因(或候選PsA反應標記物)。在較佳實施例中，分析PsA無反應等位基因或PsA反應等位基因之基因組序列以測定個體是否具有PsA無反應等位基因或PsA反應等位基因。

可藉由業內常用之各種基因分型技術中之任一者來檢測PsA無反應等位基因或PsA反應等位基因(或候選PsA反應標記物)之存在或不存在。通常，該等基因分型技術採用一或多種與含有所關注多態性位點(例如，SNP)之區域互補或毗鄰所關注多態性位點(例如，SNP)之寡核苷酸。通常基於上下文序列或參考序列來設計用於基因分型所關注特定多態性位點之寡核苷酸之序列。

諸多方法及器件已為熟習此項技術者所熟知以鑑別PsA無反應等位基因或PsA反應等位基因(或候選PsA反應標記物)之存在或不存在。可藉由業內熟知之方法(例如，苯酚/氯仿提取、來自GentAS Systems(Qiagen,CA)之PUREGENE DNA®純化系統)自生物試樣來製備用於SNP檢測之DNA(基因組及cDNA)。檢測DNA序列可包含檢驗位於該區域內之有義鏈或反義鏈處之核苷酸。可使用序列特異性探針自藉由PCR獲得之DNA(基因組或cDNA)來檢測患者中PsA無反應等位基因之存在或不存在，該等序列特異性探針係(例如)來自Taqman、Beacons、Scorpions之水解探針或檢測PsA無反應等位基因或PsA反應等位基因(或候選 PsA反應標記物)之雜交探針。為檢測SNP，可設計序列特異性探針，從而其與所關注等位基因之基因組DNA或(在一些情形下)所關注RNA特異性雜交。舉例而言，用於rs4263839之序列特異性引子及探針可參見Zucchelli等人(2011)Gut 60：1671-77。可基於發現於NCBI SNP數據庫(可在www.ncbi.nlm.nih.gov/snp中獲得)中之上下文序列來設計用於SNP之其他引子及探針。該等探針可經標記用於由特異性結合探針之第二可檢測分子直接檢測或接觸。亦可藉由DNA結合劑檢測PCR產物。然後可藉由業內可用之任一DNA測序方法對該等PCR產物進行測序。另一選擇為，可藉由使用任一測序方法(例如但不限於桑格測序(Sanger-based sequencing)、焦磷酸測序或二代測序)進行測序來檢測等位基因之存在或不存在(Shendure J.及Ji,H.,Nature Biotechnology(1998)，第26卷，Nr 10，第1135-1145頁)。用於SNP之優化等位基因辨別分析可購自Applied Biosystems(Foster City,California，美國)。

可應用各種熟知技術來探詢特定SNP，包含(例如)基於雜交之方法，例如動態等位基因特異性雜交(DASH)基因分型、經由分子信標之SNP檢測(Abravaya K.等人(2003)Clin Chem Lab Med.41：468-474)、Luminex xMAP技術、Illumina Golden Gate技術及市售高密度寡核苷酸SNP陣列(舉例而言，Affymetrix Human SNP 5.0 GeneChip實施可在500,000個人類SNP中基因分型之全基因組分析)、來自Illumina之BeadChip套組(例如，Human 660W-Quad及 Human 1.2M-Duo)；基於酶之方法，例如限制片段長度多態性(RFLP)、基於PCR之方法(例如，四引子ARMS-PCR)、Invader分析、(Olivier M.(2005)Mutat Res.573(1-2)：103-10)、各種引子延伸分析(納入檢測格式中，例如，MALDI-TOF質譜、電泳、墨點及類ELISA方法)、Taqman分析及寡核苷酸連接酶分析；及其他擴增後方法，例如，單股構形多態性分析(Costabile等人(2006)Hum.Mutat.27(12)：1163-73)、溫度梯度凝膠電泳(TGGE)、變性高效液相層析、高解析度熔解分析、DNA失配-結合蛋白分析(例如，來自嗜熱水生菌(Thermus aquaticus)之MutS蛋白以不同親和力結合不同單一核苷酸失配且可用於毛細管電泳中以區分所有6組失配)、SNPLex®(可自Applied Biosystems獲得之專有SNP檢測系統)、毛細管電泳、質譜及各種測序方法(例如焦磷酸測序及二代測序)等。用於SNP基因分型之商業套組包含(例如)Fluidigm Dynamic Array® IFC(Fluidigm)、TaqMan® SNP基因分型分析(Applied Biosystems)、MassARRAY® iPLEX Gold(Sequenom)、Type-it Fast® SNP探針PCR套組(Quiagen)等。

在一些實施例中，使用雜交分析檢測患者中等位基因或SNP之存在或不存在。在雜交分析中，基於來自試樣之核酸與互補核酸分子(例如，寡核苷酸探針)雜交之能力來測定遺傳標記物之存在或不存在。可使用各種雜交分析。在一些分析中，藉由使結合探針可視化(例如，北方或南方分析)直接檢測探針與所關注序列之雜交。在該等分析 中，分離DNA(南方分析)或RNA(北方分析)。然後使用一系列在基因組中很少裂解且並不接近所分析標記物中之任一者之限制酶來裂解DNA或RNA。然後分離(例如，在瓊脂糖凝膠上)DNA或RNA，並轉移至膜中。使經標記(例如，藉由納入放射線核苷酸或結合劑(例如，SYBR® Green))之一或多個探針與膜在低-、中-或高嚴格條件下接觸。去除未結合探針且藉由使經標記探針可視化來檢測結合之存在。在一些實施例中，可使用諸如MassARRAY系統(Sequenom,San Diego,California，美國)等陣列來將個體基因分型。

業內已知分析、檢測、量測、鑑別及/或測定HLA等位基因及等位基因區域之各種方法。可在低、中等或高解析度下進行HLA分型。低解析度HLA分型係指以兩數位水平報告之等位基因(例如，HLA-DRB1^＊04)。當即使已以四數位水平對患者進行分型亦存在一定模糊程度時，發生中等解析度HLA分型。該等中等解析度類型可源自基於序列特異性PCR(SSP)之分型，其中使用初始PCR引子組進行測試將得到特定人員可能具有之一系列可能基因型(可能需要使用等位基因特異性引子之其他組合進一步測試及/或對純系進行選殖及測序才可獲得明確類型)。然而，端視HLA分型之臨床及/或研究目的，其他實驗室測試可達成高水平(亦即，4數位)解析度。

可藉由基於抗體之血清學測試達成低解析度HLA分型。可使用分子方法(基於DNA之方法)達成高解析度。HLA分 型之該等方法包含(例如)DNA擴增技術(例如PCR及其變體)、直接測序、與Luminex xMAP®技術聯用之序列特異性寡核苷酸(SSO)雜交、序列特異性引子(SSP)分型、基於序列之分型(SBT)。亦可修改傳統基因分型方法(例如，用於HLA分型中者)以用於SNP基因分型或用於鑑別PsA無反應等位基因、PsA反應等位基因及某些候選PsA反應標記物。該等傳統方法包含(例如)DNA擴增技術(例如PCR及其變體)、直接測序、與Luminex xMAP®技術聯用之SSO雜交、SSP分型及SBT。

序列特異性寡核苷酸(SSO)分型使用PCR靶擴增，將PCR產物與株粒上之一組固定序列特異性寡核苷酸雜交，藉由顏色形成檢測結合探針之擴增產物，隨後進行數據分析。彼等熟習此項技術者應理解，可使用各種市售套組實施所闡述序列特異性寡核苷酸(SSO)雜交，例如彼等由One Lambda公司(Canoga Park,CA)提供者或與Luminex®技術(Luminex，公司，TX)聯用之Lifecodes HLA分型套組(Tepnel Life Sciences公司)。LABType® SSO係逆SSO(rSSO)DNA分型解決方案，其使用序列特異性寡核苷酸(SSO)探針及顏色編碼之微球體來鑑別HLA等位基因。藉由聚合酶鏈反應(PCR)擴增靶DNA且然後與株粒探針陣列雜交。該分析發生於96孔PCR板之單一孔中；因此，可一次性處理96份試樣。

序列特異性引子(SSP)分型係基於PCR之技術，其使用序列特異性引子用於基於DNA之HLA分型。SSP方法係基於 以下原理：在受控PCR條件下，只有與靶序列具有完全匹配序列之引子才可得到擴增產物。設計等位基因序列特異性引子對來選擇性擴增對單一等位基因或等位基因組具有特異性之靶序列。可在瓊脂糖凝膠上使PCR產物可視化。匹配存在於所有試樣中之非等位基因序列之對照引子對用作內部PCR對照以驗證PCR擴增之效率。彼等熟習此項技術者應理解，可使用各種市售套組(例如Olerup SSP^TM套組(Olerup,PA)或(Invitrogen)，或Allset及^TMGold DQA1低解析度SSP(Invitrogen))實施使用所闡述序列特異性引子分型之低、中及高解析度基因分型。

基於序列之分型(SBT)係基於以下過程：PCR靶擴增，隨後係PCR產物測序及數據分析。

在一些情形下，亦可使用RNA(例如，成熟mRNA、mRNA前體)來測定等位基因及SNP之存在或不存在。可使用業內已知之任一方法來分析自給定基因轉錄之mRNA序列，包含但不限於北方墨點分析、核酸酶保護分析(NPA)、原位雜交、逆轉錄-聚合酶鏈反應(RT-PCR)、RT-PCR ELISA、基於TaqMan之定量RT-PCR(基於探針之定量RT-PCR)及基於SYBR green之定量RT-PCR。在一實例中，mRNA含量檢測涉及使分離之mRNA與可與由HLA-DRB1^＊04等位基因編碼之mRNA雜交之寡核苷酸接觸。核酸探針通常可為(例如)全長cDNA或其部分(例如長度為至少7、15、30、50或100個核苷酸之寡核苷酸)且足以在嚴格條件下與mRNA特異性雜交。mRNA與探針之雜交表明 所論述標記物得以表現。在一種格式中，將RNA固定於固體表面上並(例如)藉由使分離之RNA在瓊脂糖凝膠上移動並將mRNA自凝膠轉移至膜(例如硝酸纖維素)上與探針接觸。將擴增引子定義為可附著至基因之5'或3'區域(分別加及減鏈或反之亦然)且在其間含有較短區域之核酸分子對，一般而言，擴增引子之長度為約10至30個核苷酸且側接有長度為約50至200個核苷酸之區域。在適當條件及使用適當試劑下，該等引子允許擴增包括側接該等引子之核苷酸序列之核酸分子。可藉由任一適宜方法檢測PCR產物，包含但不限於凝膠電泳及使用DNA特異性染色劑染色或與經標記探針雜交。

在一實施例中，藉由使用(例如)基於PCR之分析或逆轉錄酶PCR(RT-PCR)量測RNA含量來測定患者中之HLA-DRB1^＊04等位基因組中等位基因之存在。在另一態樣中，可利用使用競爭性模板之標準化混合物之定量RT-PCR。

在一些實施例中，可藉由分析HLA-DRB^＊04等位基因之多肽產物來測定患者中之HLA-DRB1^＊04等位基因組中等位基因之存在或不存在。可使用業內已知之任一方法檢測HLA-DRB1^＊04等位基因之多肽產物(HLA-DR4血清學抗原)，包含但不限於免疫細胞化學染色、ELISA、流式細胞術、西方墨點、分光光度測定、HPLC及質譜。在一些實施例中，基於血清學之HLA分型使用抗原特異性血清來測定患者之HLA類型。

檢測試樣中HLA-DRB1^＊04等位基因之多肽產物之一種 方法係藉助探針，該探針係能夠與標記物蛋白特異性相互作用之結合蛋白。較佳地，可使用經標記抗體、其結合部分或其他結合配偶體。抗體可為單株或多株來源，或可以生物合成方式產生。結合配偶體亦可為天然分子或以合成方式產生。使用業內所闡述之標準蛋白質檢測方法測定複合蛋白質之量。免疫學分析設計、理論及方案之詳細綜述可參見業內之諸多文件，包含Practical Immunology,Butt,W.R.編輯，Marcel Dekker,New York,1984。可利用各種分析並使用經標記抗體來檢測蛋白質。直接標記包含附接至抗體之螢光或發光標誌、金屬、染料、放射性核素及諸如此類。間接標記包含業內熟知之各種酶，例如鹼性磷酸酶、過氧化氫酶及諸如此類。在一步驟分析中，將HLA-DRB1^＊04等位基因之多肽產物(若存在)固定並與經標記抗體一起培育。經標記抗體結合至固定靶分子。洗滌以去除未結合分子之後，針對標記分析試樣。

本揭示內容亦涵蓋使用對於蛋白質或多肽具有特異性之固定抗體。可將抗體固定於各種固體載體上，例如磁性或層析基質顆粒、分析地點之表面(例如微量滴定孔)、固體基質材料之部件(例如塑膠、耐綸、紙)及諸如此類。可藉由在固體載體上以陣列形式塗覆抗體或複數種抗體來製備分析條帶。然後可將此條帶浸泡至測試試樣中且然後經由洗滌及檢測步驟快速處理以生成可量測信號(例如著色斑點)。

在兩步驟分析中，可將HLA-DRB1^＊04等位基因之固定 多肽產物與未標記抗體一起培育。然後使未標記抗體複合物(若存在)結合至對於未標記抗體具有特異性之第二經標記抗體。洗滌試樣並分析標記之存在。用於標記抗體之標記物選擇將端視應用而有所變化。然而，熟習此項技術者可易於確定標記物之選擇。可使用放射性原子、酶、發色團或螢光部分或比色標誌標記之抗體。標誌性標記之選擇亦取決於期望之檢測限制。酶分析(ELISA)通常容許檢測藉由酶標誌複合物與酶受質之相互作用形成之著色產物。放射性原子之一些實例包含³²P、¹²⁵I、³H及¹⁴P。酶之一些實例包含辣根過氧化物酶、鹼性磷酸酶、β-半乳糖苷酶及葡萄糖-6-磷酸脫氫酶。發色團部分之一些實例包含螢光素及若丹明(rhodamine)。可藉由業內已知之方法使抗體偶聯至該等標記。舉例而言，可藉助偶合劑(例如二醛、碳化二亞胺、二馬來醯亞胺及諸如此類)使酶及發色團分子偶聯至抗體。另一選擇為，偶聯可經由配體-受體對發生。一些適宜配體-受體對包含(例如)生物素-抗生物素或-鏈黴抗生物素及抗體-抗原。

在一態樣中，本揭示內容涵蓋使用夾心式技術來檢測生物試樣中HLA-DRB1^＊04等位基因之多肽產物。該技術需要兩種能夠結合所關注蛋白質之抗體：舉例而言，一種固定於固體載體上且一種在溶液中處於游離狀態，但使用某一可容易檢測之化合物進行標記。可用於第二抗體之化學標記之實例包含但不限於放射性同位素、螢光化合物及酶或在暴露於反應物或酶受質時生成著色或電化學活性產物 之其他分子。在將含有HLA-DRB1^＊04等位基因之多肽產物之試樣置於此系統中時，多肽產物結合至固定抗體及經標記抗體。結果得到位於載體表面上之「夾心式」免疫複合物。藉由洗滌掉未結合試樣組份及過量經標記抗體並量測在載體表面上與蛋白質複合之經標記抗體之量來檢測複合蛋白。夾心式免疫分析具有高度特異性且極其敏感，前提係使用具有良好檢測限制之標記。

較佳地，藉由放射線免疫分析或酶聯免疫分析、競爭性結合酶聯免疫分析、斑點墨點、西方墨點、層析、較佳地高效液相層析(HPLC)或業內已知之其他分析來檢測試樣中HLA-DRB1^＊04等位基因之多肽產物之存在。可直接或間接檢測抗體與蛋白質或多肽之特異性免疫學結合。

熟習此項技術者通常實踐斑點墨點以使用抗體作為探針來檢測期望蛋白質(Promega Protocols and Applications Guide，第二版，1991，第263頁，Promega公司)。使用斑點墨點裝置將試樣施加至膜上。將經標記探針與膜一起培育，且檢測蛋白質之存在。

熟習此項技術者已熟知西方墨點分析(Sambrook等人，Molecular Cloning,A Laboratory Manual，1989，第3卷，第18章，Cold Spring Harbor實驗室)。在西方墨點中，藉由SDS-PAGE分離試樣。將凝膠轉移至膜中。將膜與經標記抗體一起培育以用於檢測期望蛋白質。

亦可使用細胞分型進行HLA分型。代表性細胞分析係混合淋巴球培養法(MLC)，其用於測定HLA II類之類型。在 檢測HLA差異時，細胞分析較血清分型更為敏感。此乃因未由異型抗血清識別之微小差異可刺激T細胞。此分型稱為Dw類型。在細胞學上將經血清分型之DR4定義為DR4 Dw4、Dw10、Dw13、Dw14、Dw15。用以實施HLA分型之各種方法之綜述可參見Howell等人(2009)J Clin Pathol 2010 63：387-390。用於HLA分型之套組可自以下獲得：例如，Biotest AG,Dreiech，德國；Qiagen GmbH，德國；One Lambda公司，Canoga Park,CA；Tepnel公司，Stamford,CT；Olerup,PA；Luminex公司，Austin,TX；Abbot Molecular,IL等。

上文所闡述之分析涉及例如但不限於步驟：免疫墨點、免疫擴散、免疫電泳或免疫沈澱。在一些實施例中，使用自動分析儀(例如，PCR機器或自動測序機器)測定HLA-DRB1^＊04等位基因組中等位基因之存在或不存在。

亦可藉由檢測其等效遺傳標記物來鑑別PsA無反應等位基因、PsA反應等位基因或候選PsA反應標記物，該等效遺傳標記物可為(例如)另一SNP(單核苷酸多態性)、微衛星標記物、另一等位基因或其他種類之遺傳多態性。舉例而言，與PsA無反應等位基因相同之單體型上之遺傳標記物(而非PsA無反應等位基因本身)之存在可指示患者對使用IL-17拮抗劑之治療具有反應之可能性。若一個基因座處一種等位基因之存在往往會預測另一基因座處另一等位基因之存在，則相同染色體上不同基因座處之兩個特定等位基因視為處於連鎖不平衡(LD)。該等變體(在本文中稱 為連接變體或替代變體)可為與所關注之較佳反應等位基因處於高LD之任一變體類型(例如，SNP、***或缺失)。候選連接變體可為當前已知之多態性之等位基因。熟習此項技術者可易於使用業內用於研究多態性之任一熟知技術來鑑別其他候選連接變體。

可使用業內已知之任一LD量測來測定所關注等位基因與候選連接變體之間之LD程度。在適當選擇之試樣中易於根據經驗使用業內已知用於測定任兩個等位基因(例如，不同PS處之核苷酸之間)是否處於連鎖不平衡之各種技術來測定基因組區域中之LD模式(例如參見GENETIC DATA ANALYSIS II,Weir,Sineuer Associates公司，Publishers,Sunderland,MA 1996)。熟習此項技術者可易於選擇何種測定LD之方法最適應於特定群體試樣大小及基因組區域。連鎖不平衡之一最常用量度係r，其係來使用由Devlin等人闡述之公式進行計算(Genomics,29(2)：311-22(1995))。「r」係使用第一基因座處之等位基因X預測相同染色體上第二基因座處存在等位基因Y之準確性的量度。在準確預測時，該量度僅達到1.0(例如，在存在Y且僅在存在Y時，存在X)。

較佳地，連接變體之基因座係約200千鹼基、更佳地100千鹼基、更佳地約10 kb之跨越本文所揭示一個多態性位點之基因組區域。其他連接變體係彼等與較佳反應等位基因之LD具有以下r2值(如在適宜參考群體中所量測)者：至少0.75、更佳地至少0.80、甚至更佳地至少0.85或至少 0.90、更佳地至少0.95及最佳地1.0。用於此r量測之參考群體可為一般群體、使用IL-17拮抗劑之群體、經診斷患有之IL-17拮抗劑展示效能之特定病狀之群體(例如PsA患者)或其成員自我鑒定為屬於相同種族(例如高加索人、非洲裔美國人、西班牙人、拉丁美洲人、美國原住民及諸如此類)之群體或該等種類之任一組合。較佳地，參考群體反映擬使用IL-17拮抗劑治療之患者群體之遺傳多樣性。

熟習此項技術者應認識到，可單獨分析PsA無反應等位基因或PsA反應等位基因，或同時亦分析其他遺傳序列(例如，候選PsA反應標記物)。舉例而言，熟習此項技術者可分析試樣中之一種以上PsA無反應等位基因、一種以上PsA反應等位基因、一種以上候選PsA反應標記物及其任一組合。因此，在本揭示內容之一態樣中，提供可在已知位置處與探針特異性雜交或結合之陣列，該等探針之序列對應於基因產物，例如，基因組DNA、cDNA、mRNA、cRNA、多肽及其片段。因此，可使用此一陣列同時分析來自患者之生物試樣中之PsA無反應等位基因、PsA反應等位基因及候選PsA反應標記物。

在實施本文所闡述需要測定PsA無反應等位基因或PsA反應等位基因之存在之方法中之任一者時，可藉由查閱含有關於患者遺傳組合物之足夠資訊之數據儲存庫來進行該測定以測定患者是否具有所關注標記物。較佳地，數據儲存庫列示個體中存在(或不存在)之基因型。數據儲存庫可包含個體之患者記錄、醫學數據卡、可藉由電腦或其他電 子或非電子媒介(可在掃描儲存適當資訊或遺傳數據)獲得之檔案(例如，平ASCII檔案)。如本文所使用，醫學數據卡係可攜式儲存器件，例如磁性數據卡、智能卡(其具有板上處理單元且由諸如Siemens of Munich，德國等供貨商出售)或快閃記憶卡。若數據儲存庫係可藉由電腦獲得之檔案，則該等檔案可位於各種媒介上，包含：伺服器、用戶端，硬碟、CD、DVD、個人數位助理(例如手掌領航員(Palm Pilot))、磁帶、壓縮磁碟、電腦內部ROM(唯讀記憶體)或網際網路或全球資訊網。熟習此項技術者應明瞭用於儲存可由電腦獲得之檔案之其他媒介。

通常，在測定PsA無反應等位基因或PsA反應等位基因之存在後，可告知醫師或遺傳顧問或患者或其他研究者結果。具體而言，可將該結果編製(cast)於可傳輸形式之資訊中，可將該資訊傳送或傳輸至其他研究者或醫師或遺傳顧問或患者。此一形式可有所變化且可有形或無形。關於所測試個體中PsA無反應等位基因或PsA反應等位基因之存在的結果可以描述性報告書、圖表、照片、圖解、影像或任一其他視覺形式來體現。舉例而言，PCR產物之凝膠電泳之影像可用於闡釋該等結果。展示在個體等位基因中出現變體之位置之圖表亦用於指示測試結果。報告書及視覺形式可記錄於有形媒介(例如紙、電腦可讀媒介(例如軟磁碟、壓縮磁碟等))或無形媒介(例如，呈網際網路或內部網路上之電子郵件或網址形式之電子媒介)上。此外，關於所測試個體中PsA無反應等位基因或PsA反應等位基因 之存在的結果亦可以聲音形式記錄或經由任一適宜媒介(例如類比或數位電纜線路、光纖電纜等)經由電話、傳真、無線行動電話、網際網路電話及諸如此類傳輸。所有該等形式(有形及無形)均可構成「可傳輸形式之資訊」。因此，關於測試結果之資訊及數據可在世界任一地方產生且可傳輸至不同位置。舉例而言，在國外實施基因分型分析時，可以上述可傳輸形式產生並編製關於測試結果之資訊及數據。因此，可將呈可傳輸形式之測試結果輸入美國。因此，本揭示內容亦涵蓋產生關於個體中PsA無反應等位基因或PsA反應等位基因之存在之可傳輸形式之資訊的方法。此資訊形式可用於預測PsA患者對使用IL-17拮抗劑之治療之反應性。

本文揭示預測PsA患者將對使用IL-17拮抗劑之治療具有反應之可能性之方法，其包括分析來自患者之生物試樣中PsA無反應等位基因之存在或PsA反應等位基因之存在，其中：a)PsA無反應等位基因之存在指示患者將對使用IL-17拮抗劑之治療具有反應之可能性降低；且b)PsA反應等位基因之存在指示患者將對使用IL-17拮抗劑之治療具有反應之可能性增加。

在一些實施例中，該方法進一步包括獲得來自患者之生物試樣之步驟，其中獲得步驟係在分析步驟之前實施。

在所揭示方法之一些實施例中，分析生物試樣中PsA無反應等位基因之存在，且另外，其中PsA無反應等位基因係rs240993無反應等位基因。

在所揭示方法之一些實施例中，分析生物試樣中PsA反應等位基因之存在，且另外，其中PsA反應等位基因係rs4263839反應等位基因。

在所揭示方法之一些實施例中，分析生物試樣中PsA反應等位基因之存在，且另外，其中PsA反應等位基因係HLA-DRB1^＊04等位基因組中之等位基因。

在上述方法之一些實施例中，可藉由分析生物試樣中之核酸產物、多肽產物或等效遺傳標記物(視情形)來檢測所關注等位基因之存在或不存在。所關注等位基因可為rs240993無反應等位基因、HLA-DRB1^＊04等位基因及/或rs4263839反應等位基因。在上述方法之一些實施例中，另外分析生物試樣中至少一種選自由以下組成之群之候選PsA反應標記物(表2)之存在：IL13 SNP、IL17A SNP、IL23R SNP、IL12B SNP、TNIP1 SNP、TNFAIP3 SNP、STAT2 SNP、SPATA2 SNP、LCE3A SNP及ERAP SNP、TRAF3IP2 SNP、HLA-C等位基因、HLA-B等位基因(例如，HLA-C^＊0602)、rs20541、rs1974226、rs11209026、rs2082412、rs17728338、rs610604、rs2066808、rs2201841、rs495337、rs4085613、rs10484554、rs7747909、rs30187、rs27434、rs27524、rs33980500、rs12188300。

在上述方法之一些實施例中，生物試樣係選自由以下組成之群：滑液、血液、血清、糞便、血漿、尿、眼淚、唾液、腦脊髓液、白血球試樣及組織試樣。在上述方法之一些實施例中，藉由選自由以下組成之群之技術檢測所關注 等位基因之存在(或不存在)：北方墨點分析、聚合酶鏈反應(PCR)、逆轉錄-聚合酶鏈反應(RT-PCR)、基於TaqMan之分析、直接測序、動態等位基因特異性雜交、高密度寡核苷酸SNP陣列、限制片段長度多態性(RFLP)分析、引子延伸分析、寡核苷酸連接酶分析、單股構形多態性分析、溫度梯度凝膠電泳(TGGE)、變性高效液相層析、高解析度熔解分析、DNA失配-結合蛋白分析、SNPLex®、毛細管電泳、南方墨點、免疫分析、免疫組織化學法、ELISA、流式細胞術、西方墨點、HPLC及質譜。可藉由使用「自動分析儀」實施分析，自動分析儀係可用於測定所關注等位基因之存在或不存在之任一機器。例如，PCR機器、自動測序儀、光譜儀、密度計、板讀數儀、閃爍計數器等。

治療方法及IL-17拮抗劑之用途

所揭示方法容許臨床醫師向AS患者提供個別化療法，亦即，其容許測定是否使用IL-17拮抗劑治療PsA患者或是否使用不同PsA藥劑(例如，NSAID、TNFα拮抗劑、DMARD或皮質類固醇)治療PsA患者。以此方式，在受PsA困擾之患者之整個群體中，臨床醫師可最大化IL-17拮抗作用之益處並最小化其風險。應理解，IL-17拮抗劑(例如，IL-17結合分子(例如，IL-17抗體或其抗原結合片段，例如，蘇金單抗))或IL-17受體結合分子(例如，IL-17抗體或其抗原結合片段)可用於治療、預防或改善PsA(例如，體徵及症狀以及結構變化，預防進一步之關節侵蝕，改良關節結構等)，尤其在不具有PsA無反應等位基因或具有 PsA反應等位基因之PsA患者中。

IL-17拮抗劑(例如，IL-17結合分子(例如IL-17抗體或其抗原結合片段，例如蘇金單抗)或IL-17受體結合分子(例如IL-17抗體或其抗原結合片段))可活體外或離體使用，或納入醫藥組合物中並活體內投與個體(例如，人類患者)以治療、改善或預防(例如)並不具有PsA無反應等位基因或具有PsA反應等位基因之PsA患者之PsA。醫藥組合物可經調配以與其既定投與途徑相容(例如，經口組合物通常包含惰性稀釋劑或食用載劑)。投與途徑之其他非限制性實例包含非經腸(例如靜脈內)、皮內、皮下、經口(例如吸入)、經皮(局部)、經黏膜及直腸投與。與每一既定途徑相容之醫藥組合物已為業內所熟知。

IL-17拮抗劑(例如，IL-17結合分子(例如IL-17抗體或其抗原結合片段，例如蘇金單抗)或IL-17受體結合分子(例如IL-17抗體或其抗原結合片段))在與醫藥上可接受之載劑組合時可用作醫藥組合物。此一組合物除IL-17拮抗劑外亦可含有載劑、各種稀釋劑、填充劑、鹽、緩衝劑、穩定劑、增溶劑及業內熟知之其他材料。載劑之特性取決於投與途徑。用於所揭示方法中之醫藥組合物亦可含有用於治療特定靶向病症之其他治療劑。舉例而言，醫藥組合物亦可包含抗發炎劑。該等其他因子及/或藥劑可包含於醫藥組合物中以與IL-17結合分子產生協同效應，或由IL-17拮抗劑(例如，IL-17結合分子(例如，IL-17抗體或其抗原結合片段，例如，蘇金單抗))或IL-17受體結合分子(例如， IL-17抗體或其抗原結合片段)造成之副作用最小化。

所揭示方法中所用之醫藥組合物可以習用方式製得。在一實施例中，醫藥組合物係以凍乾形式提供。為即刻投與，將本發明組合物溶於適宜水性載劑中，例如，注射用無菌水或無菌緩衝生理鹽水。若考慮到期望製備藉由輸注(而非以濃注方式)投與的較大體積溶液，則可較佳地在調配時將人類血清白蛋白或患者自身肝素化血液納入鹽水中。所存在過量此生理惰性蛋白可藉由吸附至容器壁及用於輸注溶液之輸液管來防止抗體損失。若使用白蛋白，則適宜濃度為佔鹽水溶液之0.5重量%至4.5重量%。其他調配物包含液體或凍乾調配物。

通常將抗體(例如，IL-17之抗體)調配成備用於非經腸投與之水性形式或用於在投與之前使用適宜稀釋劑重構之凍乾物形式，在所揭示方法及用途之一些實施例中，將IL-17拮抗劑(例如，IL-17抗體，例如蘇金單抗)調配成凍乾物。適宜凍乾物調配物可重構於小液體體積(例如，2 ml或更小)中以容許皮下投與並可為溶液提供低程度之抗體聚集。現已廣泛使用抗體作為藥物之活性成份，包含產品HERCEPTIN^TM(曲司佐單抗(trastuzumab))、RITUXAN^TM(利妥昔單抗(rituximab))、SYNAGIS^TM(帕利珠單抗(palivizumab))等。將抗體純化至醫藥級之技術已為業內所熟知。在藉由靜脈內、皮膚或皮下注射投與治療有效量之IL-17拮抗劑(例如，IL-17結合分子(例如，IL-17抗體或其抗原結合片段，例如，蘇金單抗))或IL-17受體結合分子(例如，IL-17 抗體或其抗原結合片段)時，IL-17拮抗劑呈無致熱原非經腸可接受溶液之形式。靜脈內、皮膚或皮下注射之醫藥組合物除IL-17拮抗劑外亦可含有等滲媒劑，例如氯化鈉、林格氏右旋糖、右旋糖及氯化鈉、乳酸林格氏液或業內已知之其他媒劑。

當然，適當劑量將端視以下而變化：例如，欲採用之特定IL-17拮抗劑(例如，IL-17結合分子(例如IL-17抗體或其抗原結合片段，例如蘇金單抗)或IL-17受體結合分子(例如IL-17抗體或其抗原結合片段))、宿主、投與方式及所治療病狀之性質及嚴重性及患者已經受之先前治療的性質。最後，主要健康護理提供者將決定治療每一個別患者所用之IL-17拮抗劑之量。在一些實施例中，主要健康護理提供者可投與低劑量之IL-17拮抗劑並觀察患者反應。在其他實施例中，投與患者之IL-17拮抗劑之初始劑量較高，且隨後劑量下降(downward)滴定直至出現復發跡象為止。可投與IL-17拮抗劑之較大劑量直至患者獲得最佳治療效應，且通常不會進一步增大該劑量。

在實踐本揭示內容之一些治療方法或用途時，向患者(例如哺乳動物(例如人類))投與治療有效量之IL-17拮抗劑(例如，IL-17結合分子(例如IL-17抗體或其抗原結合片段，例如蘇金單抗)或IL-17受體結合分子(例如IL-17抗體或其抗原結合片段))。儘管應理解所揭示方法端視PsA無反應等位基因或PsA反應等位基因之存在(或不存在)向PsA患者提供不同治療，但此並不排除若患者最終使用IL-17 拮抗劑進行治療則該IL-17拮抗劑療法必定係單一療法。實際上，若選擇患者用於使用IL-17拮抗劑進行治療，則可根據本揭示內容之方法單獨或與其他藥劑及療法組合投與IL-17拮抗劑(例如，蘇金單抗)以用於治療PsA患者，例如，與至少一種其他PsA藥劑組合，該至少一種其他PsA藥劑係(例如)免疫阻抑劑、疾病改良抗風濕藥物(DMARD)(例如，MTX)、疼痛控制藥物(例如，曲馬多(tramadol)或撲熱息痛(paracetamol))、類固醇(例如，強的松(prednisone))、非類固醇抗發炎藥(NSAID)、細胞因子拮抗劑、骨合成代謝物、骨吸收抑制劑及其組合(例如，雙重及三重療法)。IL-17拮抗劑在與一或多種其他藥劑共投與時可與另一藥劑同時投與或依序投與。若依序投與，則主治醫師將決定投與IL-17拮抗劑以及其他藥劑之適當順序以及用於共遞送之適當劑量。

與蘇金單抗組合用於治療PsA患者之非類固醇抗發炎藥及疼痛控制劑包含丙酸衍生物、乙酸衍生物、烯醇酸衍生物、芬那酸衍生物(fenamic acid derivative)、Cox抑制劑，例如，魯米考昔(lumiracoxib)、布洛芬、非諾洛芬、酮洛芬、氟比洛芬、奧沙普秦、吲哚美辛、舒林酸、依託度酸、酮咯酸(ketorolac)、萘丁美酮、阿司匹林、萘普生、伐地考昔(valdecoxib)、依託考昔(etoricoxib)、MK0966(羅非考昔(rofecoxib))、對乙醯胺基酚(acetominophen)、塞來考昔、雙氯芬酸、曲馬多、吡羅昔康、美洛昔康(meloxicam)、替諾昔康(tenoxicam)、屈噁昔康(droxicam)、 氯諾昔康(lornoxicam)、伊索昔康(isoxicam)、甲芬那酸(mefanamic acid)、甲氯芬那酸(meclofenamic acid)、氟芬那酸(flufenamic acid)、托芬那酸(tolfenamic)、伐地考昔(valdecoxib)、帕瑞考昔(parecoxib)、依託度酸、吲哚美辛、阿司匹林、布洛芬、非羅考昔(firocoxib)。與IL-17拮抗劑(例如蘇金單抗)組合用於治療並不具有PsA無反應等位基因之AS患者之DMARD包含胺甲蝶呤(MTX)、抗瘧疾藥物(例如，羥氯喹(hydroxychloroquine)及氯喹(chloroquine))、柳氮磺吡啶、來氟米特、硫唑嘌呤(azathioprine)、環孢黴素、氯金化鈉(gold salt)、米諾環素(minocycline)、環磷醯胺(cyclophosphamide)、D-青黴胺(D-penicillamine)、米諾環素、金諾芬(auranofin)、他克莫司(tacrolimus)、硫代苯酸金鈉(myocrisin)、苯丁酸氮芥(chlorambucil)。與IL-17拮抗劑(例如蘇金單抗)組合用於治療並不具有PsA無反應等位基因之PsA患者之類固醇(例如糖皮質激素)包含強的松龍(Prednisolone)、強的松、***(dexamethasone)、考的松(cortisol)、可的松(cortisone)、氫化可的松(hydrocortisone)、甲基強的松龍(methylprednisolone)、倍他米松(betamethasone)、曲安西龍(triamcinolone)、倍氯米松(beclometasome)、氟氫可的松(fludrocottisone)、去氧皮質酮(deoxycorticosterone)、醛固酮(aldosterone)。

與IL-17拮抗劑(例如，蘇金單抗)組合用於治療PsA患者之生物藥劑包含：阿達木單抗(Humira®)、依那西普 (Enbrel®)、英利昔單抗(Remicade®；TA-650)、賽妥珠單抗(CERTOLIZUMAB PEGOL)(Cimzia®；CDP870)、戈利木單抗(Simponi®；CNTO148)、阿那基斯(ANAKINAS)(Kineret®)、利妥昔單抗(Rituxan®；MabThera®)、阿巴西普(ABATACEPT)(Orencia®)、塔西單抗(TOCILIZUMAB)(RoActemAS/Actemra®)、整合素拮抗劑(TYSABRI®(natalizumab))、IL-1拮抗劑(ACZ885(Ilaris)、阿那基斯(Kineret®))、CD4拮抗劑、其他IL-17拮抗劑(LY2439821、RG4934、AMG827、SCH900117、R05310074、MEDI-571、CAT-2200)、IL-23拮抗劑、IL-20拮抗劑、IL-6拮抗劑、TNFα拮抗劑(例如，TNFα拮抗劑或TNFα受拮抗劑，例如，培那西普(pegsunercept)等)、BLyS拮抗劑(例如，阿塞西普(Atacicept)、Benlysta®/LymphoStat-B®(貝利單抗(belimumab)))、P38抑制劑、CD20拮抗劑(奧瑞珠單抗(Ocrelizumab)、奧法姆單抗(Ofatumumab)(Arzerra®))、干擾素γ拮抗劑(芳妥珠單抗(Fontolizumab))。

可以非經腸、靜脈內(例如，至肘前或其他周邊靜脈)、肌內或經皮下方式方便地投與IL-17拮抗劑(例如蘇金單抗)。使用本揭示內容醫藥組合物之靜脈內(i.v.)療法的持續時間將端視所治療疾病之嚴重性及每一個別患者之情況及個人反應而有所變化。亦涵蓋使用本揭示內容醫藥組合物之皮下(s.c.)療法。健康護理提供者將確定使用本揭示內容醫藥組合物之靜脈內或皮下療法之適當持續時間及療法 之投與時間。

用於治療並不具有PsA無反應等位基因或具有PsA反應等位基因之PsA患者之較佳投藥及治療方案(包含誘導及維持方案)提供於PCT申請案第PCT/US2011/064307號中，其全部內容以引用方式併入本文中。

應理解，對於某些患者(例如，對使用IL-17拮抗劑(例如，IL-17結合分子(例如，IL-17抗體或其抗原結合片段，例如，蘇金單抗)或IL-17受體結合分子(例如，IL-17抗體或其抗原結合片段))之治療顯示反應不足之患者)而言，可能需要劑量遞增(例如，在誘導及/或維持期期間)。因此，蘇金單抗之皮下劑量可大於皮下約75 mg至約300 mg，例如約80 mg、約100 mg、約125 mg、約175 mg、約200 mg、約250 mg、約350 mg、約400 mg等；類似地，靜脈內劑量可大於約10 mg/kg，例如約11 mg/kg、12 mg/kg、15 mg/kg、20 mg/kg、25 mg/kg、30 mg/kg、35 mg/kg等。亦應理解，對於某些患者(例如，對使用IL-17拮抗劑(例如蘇金單抗)之治療顯示不良事件或不良反應之患者)而言，亦可需要劑量減少(例如，在誘導及/或維持期期間)。因此，蘇金單抗之劑量可小於皮下約75 mg至約300 mg，例如約25 mg、約50 mg、約80 mg、約100 mg、約125 mg、約175 mg、約200 mg、250 mg等；類似地，靜脈內劑量可小於約10 mg/kg，例如約9 mg/kg、8 mg/kg、5 mg/kg、4 mg/kg、3 mg/kg、2 mg/kg、1 mg/kg等。

本文揭示選擇性治療PsA患者之方法，其包括：a)基於 患者具有PsA反應等位基因或基於患者不具有PsA無反應等位基因，向患者選擇性投與治療有效量之IL-17拮抗劑；或b)基於患者不具有PsA反應等位基因或基於患者具有PsA無反應等位基因，向患者選擇性投與治療有效量之不同PsA藥劑。

本文揭示選擇性治療PsA患者之方法，其包括：a)基於患者具有HLA-DRB1^＊04等位基因組中之等位基因，向患者選擇性投與治療有效量之IL-17拮抗劑；或b)基於患者不具有HLA-DRB1^＊04等位基因組中之等位基因，向患者選擇性投與治療有效量之不同PsA藥劑。

本文揭示選擇性治療PsA患者之方法，其包括：a)基於患者具有rs4263839反應等位基因，向患者選擇性投與治療有效量之IL-17拮抗劑；或b)基於患者不具有rs4263839反應等位基因，向患者選擇性投與治療有效量之不同PsA藥劑。

本文揭示選擇性治療PsA患者之方法，其包括：a)基於患者不具有rs240993無反應等位基因，向患者選擇性投與治療有效量之IL-17拮抗劑；或b)基於患者具有rs240993無反應等位基因，向患者選擇性投與治療有效量之不同PsA藥劑。

在所揭示方法之一些實施例中，PsA藥劑係選自由以下組成之群：NSAID、TNFα拮抗劑、柳氮磺吡啶、胺甲喋呤、皮質類固醇及其組合。

本文揭示使用IL-17拮抗劑選擇性治療PsA患者之方法， 其包括：a)基於患者具有PsA反應等位基因或基於患者不具有PsA無反應等位基因，選擇使用IL-17拮抗劑進行治療之患者；及b)然後，向患者投與治療有效量之IL-17拮抗劑。

本文揭示使用IL-17拮抗劑選擇性治療PsA患者之方法，其包括：a)分析來自患者之生物試樣中PsA反應等位基因或PsA無反應等位基因之存在或不存在；及b)然後，向患者選擇性投與以下物質：i.基於來自患者之生物試樣具有PsA反應等位基因或基於來自患者之生物試樣不具有PsA無反應等位基因，向患者投與治療有效量之IL-17拮抗劑；或ii.基於來自患者之生物試樣不具有PsA反應等位基因或基於來自患者之生物試樣具有PsA無反應等位基因，投與治療有效量之不同PsA藥劑。

本文揭示使用IL-17拮抗劑選擇性治療PsA患者之方法，其包括：a)分析來自患者之生物試樣中PsA反應等位基因或PsA無反應等位基因之存在或不存在；b)然後，基於來自患者之生物試樣具有PsA反應等位基因或基於來自患者之生物試樣不具有PsA無反應等位基因，選擇用於使用IL-17拮抗劑進行治療之患者；及c)然後，向患者投與治療有效量之IL-17拮抗劑。

在所揭示方法之一些實施例中，藉由以下方式來檢測PsA無反應等位基因或PsA反應等位基因：分析生物試樣中PsA無反應等位基因或PsA反應等位基因之核酸產物、PsA無反應等位基因或PsA反應等位基因之多肽產物或PsA 無反應等位基因或PsA反應等位基因之等效遺傳標記物。在所揭示方法之一些實施例中，藉由分析生物試樣中PsA無反應等位基因或PsA反應等位基因之基因組序列來檢測PsA無反應等位基因或PsA反應等位基因。

在所揭示方法之一些實施例中，分析生物試樣中PsA無反應等位基因之存在，且另外，其中PsA無反應等位基因係rs240993無反應等位基因。在所揭示方法之一些實施例中，分析生物試樣中PsA反應等位基因之存在，且另外，其中PsA反應等位基因係rs4263839反應等位基因。在所揭示方法之一些實施例中，分析生物試樣中PsA反應等位基因之存在，且另外，其中PsA反應等位基因係HLA-DRB1^＊04等位基因組中之等位基因。

在所揭示方法之一些實施例中，患者先前並未進行PsA治療或係TNFα拮抗劑幼稚。

在所揭示方法之一些實施例中，另外分析生物試樣中至少一種選自由以下組成之群之候選PsA反應標記物之存在：HLA-C^＊0602、rs20541、rs1974226、rs11209026、rs2082412、rs17728338、rs610604、rs2066808、rs2201841、rs495337、rs4085613、rs10484554、rs7747909、rs30187、rs27434、rs27524、rs33980500及rs12188300。

在所揭示方法之一些實施例中，生物試樣係選自由以下組成之群：滑液、血液、血清、糞便、血漿、尿、眼淚、唾液、腦脊髓液、白血球試樣及組織試樣。

在所揭示方法之一些實施例中，藉由選自由以下組成之 群之技術檢測至少一種PsA無反應等位基因之存在或PsA反應等位基因之存在：北方墨點分析、聚合酶鏈反應(PCR)、逆轉錄-聚合酶鏈反應(RT-PCR)、基於TaqMan之分析、直接測序、動態等位基因特異性雜交、高密度寡核苷酸SNP陣列、限制片段長度多態性(RFLP)分析、引子延伸分析、寡核苷酸連接酶分析、單股構形多態性分析、溫度梯度凝膠電泳(TGGE)、變性高效液相層析、高解析度熔解分析、DNA失配-結合蛋白分析、SNPLex®、毛細管電泳、南方墨點、免疫分析、免疫組織化學法、ELISA、流式細胞術、西方墨點、HPLC及質譜。

在所揭示方法之一些實施例中，投與步驟包括向該患者經靜脈內投與兩個或三個約10 mg/kg之劑量的IL-17拮抗劑，每一該等劑量皆係每隔一週投與一次。

在所揭示方法之一些實施例中，投與步驟包括經皮下每週、每月兩次(每隔一週一次)、每月、每兩個月或每三個月向患者投與約75 mg-約300 mg之IL-17拮抗劑。

本文揭示用於治療PsA之IL-17拮抗劑，其特徵在於基於患者具有PsA反應等位基因或基於該患者不具有PsA無反應等位基因向該患者投與治療有效量之IL-17拮抗劑。

在所揭示用途之一些實施例中，基於患者具有rs4263839反應等位基因，向該患者投與治療有效量之IL-17拮抗劑。

在所揭示用途之一些實施例中，基於患者具有HLA-DRB1^＊04等位基因組中之等位基因，向該患者投與治療有 效量之IL-17拮抗劑。

在所揭示用途之一些實施例中，基於患者不具有rs240993無反應等位基因，向該患者投與治療有效量之IL-17拮抗劑。

本文揭示用於治療PsA之IL-17拮抗劑，其特徵在於：a)基於患者具有PsA反應等位基因或基於患者不具有PsA無反應等位基因選擇患者使用IL-17拮抗劑進行治療；及b)然後向患者投與治療有效量之IL-17拮抗劑。

本文揭示用於治療PsA之IL-17拮抗劑，其特徵在於：a)分析生物試樣中PsA無反應等位基因之存在或不存在或PsA反應等位基因之存在或不存在；及b)基於來自患者之生物試樣不具有PsA無反應等位基因或基於來自患者之生物試樣具有PsA反應等位基因，向患者選擇性投與治療有效量之IL-17拮抗劑。

本文揭示用於治療PsA患者之IL-17拮抗劑，其特徵在於：a)分析生物試樣中PsA無反應等位基因之存在或不存在或PsA反應等位基因之存在或不存在；b)基於來自患者之生物試樣具有PsA反應等位基因或基於來自患者之生物試樣不具有PsA無反應等位基因，選擇患者用於使用IL-17拮抗劑進行治療；及c)向患者選擇性投與治療有效量之IL-17拮抗劑。

在所揭示用途之一些實施例中，向有需要之PsA患者經靜脈內投與三個劑量之約10 mg/kg之IL-17拮抗劑，三個劑量中之每一者係每隔一週遞送一次。

在所揭示用途之一些實施例中，每週、每月兩次(每隔一週一次)、每月、每兩個月或每三個月向PsA患者經皮下投與約75 mg-約300 mg劑量之IL-17拮抗劑。

本文揭示用於製造用於治療PsA患者之藥劑之IL-17拮抗劑，其中基於不具有PsA無反應等位基因選擇患者用於治療或其中基於具有PsA反應等位基因選擇患者用於治療。

本文揭示用於製造藥劑之IL-17拮抗劑，該藥劑用於治療特徵在於不具有PsA無反應等位基因之患者或特徵在於具有PsA反應等位基因之患者之PsA，其中該藥劑經調配以包括容器，每一容器皆具有：足夠量之IL-17拮抗劑以容許遞送至少約75 mg-約150 mg IL-17拮抗劑/單位劑量；或足夠量之IL-17拮抗劑以容許遞送至少約10 mg IL-17拮抗劑/kg患者重量/單位劑量。本文亦揭示用於製造藥劑之IL-17拮抗劑，該藥劑用於治療特徵在於不具有PsA無反應等位基因之患者或特徵在於具有PsA反應等位基因之患者之PsA，其中將該藥劑調配為容許以下之劑量：靜脈內遞送約10 mg IL-17拮抗劑/kg患者重量/單位劑量；或皮下遞送約75 mg-約150 mg IL-17拮抗劑/單位劑量。

本文揭示選擇用於使用IL-17拮抗劑治療PsA之患者之活體外測試方法，其包括測定患者是否不具有PsA無反應等位基因或測定患者是否具有至少一種PsA反應等位基因，其中患者對於下列方案具有改良之治療反應：a)向患者投與三個劑量之約10 mg/kg之IL-17拮抗劑，該等劑量中之每一者皆係每隔一週遞送一次；及a)然後在第8週期間開始 每月兩次、每月、每兩個月或每三個月向患者投與約75 mg-約300 mg IL-17拮抗劑。

本文揭示選擇用於使用IL-17拮抗劑治療PsA之患者之活體外測試方法，其包括測定患者是否不具有PsA無反應等位基因或測定患者是否具有至少一種PsA反應等位基因，其中患者對於下列方案具有改良之治療反應：a)向患者投與5個劑量之約75 mg-約300 mg之IL-17拮抗劑，該等劑量中之每一者皆係每週遞送一次；及b)然後在第8週期間開始每月兩次、每月、每兩個月或每三個月向患者投與約75 mg-約300 mg之IL-17拮抗劑。

本文亦揭示治療PsA患者之方法，其包括接收關於在自該患者獲得之生物試樣中存在PsA無反應等位基因或存在PsA反應等位基因之數據；及向患者選擇性投與治療有效量之IL-17拮抗劑(若患者並不具有PsA無反應等位基因)或向PsA患者投與治療有效量之IL-17拮抗劑(若患者具有PsA反應等位基因)。片語「接收數據」用於意指藉由任一可用方式(例如，口述、以電子方式(例如，藉由電子郵件、編碼於磁盤上或其他媒介)、書寫等)獲得資訊所有權。

一些上文方法進一步包括在分析步驟之前自患者獲得生物試樣之步驟。

如本文所使用，片語「具有足量IL-17拮抗劑以容許遞送[指定劑量]之容器」用於意指給定容器(例如，小瓶、筆、注射器)中佈置有可用於提供期望劑量之體積的IL-17拮抗劑(例如，作為醫藥組合物之一部分)。根據一實例， 若期望劑量為75 mg，則臨床醫師可使用含有濃度為25 mg/ml之IL-17抗體調配物之容器的3 ml、含有濃度為37.5 mg/ml之IL-17抗體調配物之容器的2 ml、含有濃度為75 mg/ml之IL-17抗體調配物之容器的1 ml、含有濃度為150 mg/ml之IL-17抗體調配物之容器的0.5 ml等。在每一該情形下，該等容器所具有IL-17拮抗劑之量皆足以容許遞送期望之75 mg劑量。

如本文所使用，片語「調配為容許[投與途徑]遞送[指定劑量]之劑量」用於意指可經由指定投與途徑(例如，皮下或靜脈內)使用給定醫藥組合物提供期望劑量之IL-17拮抗劑(例如IL-17抗體，例如蘇金單抗)。根據一實例，若期望皮下劑量為75 mg，則臨床醫師可使用濃度為37.5 mg/ml之2 ml IL-17抗體調配物、濃度為75 mg/ml之1 ml IL-17抗體調配物、濃度為150 mg/ml之0.5 ml IL-17抗體調配物等。在每一該情形下，該等IL-17抗體調配物之濃度高至足以容許皮下遞送IL-17抗體。皮下遞送通常需要遞送小於約2 ml之體積、較佳約1 ml或更小之體積。

套組

本發明亦涵蓋用於檢測來自患者之生物試樣(測試試樣)中之PsA無反應等位基因或PsA反應等位基因之套組。該等套組可用於預測PsA患者是否可能對使用IL-17拮抗劑(例如，IL-17結合分子(例如，IL-17抗體或其抗原結合片段，例如，蘇金單抗)或IL-17受體結合分子(例如，IL-17抗體或其抗原結合片段))之治療具有反應(或具有較高反 應)。舉例而言，套組可包括能夠檢測生物試樣中PsA無反應等位基因或PsA反應等位基因、彼等等位基因之產物及/或彼等等位基因之等效遺傳標記物之存在(或不存在)的探針(例如，寡核苷酸、抗體、經標記化合物或其他試劑)。套組亦可包括預測患者將對使用IL-17拮抗劑之治療具有反應之可能性之說明書，其中PsA無反應等位基因之存在指示患者將對使用IL-17拮抗劑之治療具有反應之可能性降低，且其中PsA反應等位基因之存在指示患者將對使用IL-17拮抗劑之治療具有反應之可能性增加。

探針可(視情形)與以下各項特異性雜交：PsA無反應等位基因或PsA反應等位基因之核酸產物、PsA無反應等位基因或PsA反應等位基因之多肽產物或編碼PsA無反應等位基因或PsA反應等位基因之等效遺傳標記物之核酸區域。實例性探針係與rs240993或rs4263839多態性位點特異性雜交或識別HLA-DRB1^＊04等位基因之寡核苷酸或偶聯寡核苷酸、PCR引子以及用於擴增rs240993、rs4263839多態性位點或HLA-DRB1^＊04等位基因(例如，來自DNA、cDNA、mRNA等)之另一引子、能夠區分由所揭示等位基因編碼之多肽產物之抗體(例如，能夠結合HLA-DR4血清學抗原之抗體)、引子-延伸寡核苷酸、等位基因特異性引子、等位基因特異性引子之組合、等位基因特異性探針及引子延伸引子等。視情況，套組可含有靶向內部控制等位基因(其可為存在於一般群體中之任一等位基因)之探針。設計之內部控制等位基因之檢測以確保套組之性能。所揭 示套組亦可包括(例如)緩衝劑、防腐劑或蛋白質穩定劑。套組亦可包括用於檢測可檢測試劑(例如，酶或受質)所需之組件。套組亦可含有可分析並與所含測試試樣進行比較之對照試樣或一系列對照試樣。套組之每一組件通常包封於個別容器內，且所有各種容器皆與使用說明書一起位於單一包裝內。

該等套組亦可包括IL-17拮抗劑(例如，IL-17結合分子(例如，IL-17抗體或其抗原結合片段，例如，蘇金單抗)或IL-17受體結合分子(例如，IL-17抗體或其抗原結合片段)，例如，呈液體或凍乾形式)或包括IL-17拮抗劑之醫藥組合物(如上所述)。另外，該等套組可包括用於投與IL-17拮抗劑之構件(例如，注射器及小瓶、預填充注射器、預填充筆)及使用說明書。該等套組可含有用於治療PsA之其他治療劑(如上所述)，例如其與所包封IL-17拮抗劑(例如蘇金單抗)組合遞送。

片語「用於投與之構件」用於指示用於向患者全身性投與藥物之任一可用器具，包含但不限於預填充注射器、小瓶及注射器、注射筆、自動注射器、靜脈內滴注器及靜脈內袋、幫浦等。使用該等物項，患者可自投與藥物(亦即，自身投與藥物)或醫師可投與藥物。

概述

應理解，在上述方法、治療方案、套組、用途及醫藥組合物中，熟習此項技術者可分析除標記物以外之項目。舉例而言，經構想，臨床醫師可選擇分析單一患者中之 TRAF3IP2 SNP、TNFSF15 SNP、HLA-DRB1^＊04等位基因及其組合。在一些實施例中，甚至可分析生物標記物之其他組合，例如，其他遺傳標記物(候選PsA反應標記物)、轉錄標記物(例如，源自血液血液之mRNA/miRNA、PBMC、活檢樣品等)及蛋白質及細胞標記物(例如，血清或糞便中之蛋白質生物標記物及Th17及Treg細胞)。

在所揭示方法、治療、方案、用途及套組之一些實施例中，IL-17拮抗劑係IL-17結合分子或IL-17受體結合分子。在所揭示方法、治療、方案、用途及套組之一些實施例中，IL-17結合分子或IL-17受體結合分子係IL-17結合分子。

在所揭示方法、治療、方案、用途及套組之一些實施例中，IL-17結合分子係選自由以下組成之群：a)結合IL-17之表位之IL-17抗體，該表位包括Leu74、Tyr85、His86、Met87、Asn88、Val124、Thr125、Pro126、Ile127、Val128、His129；b)結合IL-17之表位之IL-17抗體，該表位包括Tyr43、Tyr44、Arg46、Ala79、Asp80；c)結合具有兩條成熟IL-17蛋白質鏈之IL-17同源二聚體之表位的IL-17抗體，該表位包括一條鏈上之Leu74、Tyr85、His86、Met87、Asn88、Val124、Thr125、Pro126、Ile127、Val128、His129及另一條鏈上之Tyr43、Tyr44、Arg46、Ala79、Asp80；d)結合具有兩條成熟IL-17蛋白質鏈之IL-17同源二聚體之表位的IL-17抗體，該表位包括一條鏈上之Leu74、Tyr85、His86、Met87、Asn88、Val124、 Thr125、Pro126、Ile127、Val128、His129及另一條鏈上之Tyr43、Tyr44、Arg46、Ala79、Asp80，其中IL-17結合分子之K_D為約100 pM至200 pM，且其中IL-17結合分子之活體內半衰期為約23天至約35天；及e)包括選自由以下組成之群之抗體之IL-17抗體：i)包括闡述為PsA SEQ ID NO：8之胺基酸序列的免疫球蛋白重鏈可變結構域(V_H)；ii)包括闡述為PsA SEQ ID NO：10之胺基酸序列的免疫球蛋白輕鏈可變結構域(V_L)；iii)包括闡述為PsA SEQ ID NO：8之胺基酸序列的免疫球蛋白V_H結構域及包括闡述為PsA SEQ ID NO：10之胺基酸序列的免疫球蛋白V_L結構域；iv)包括闡述為PsA SEQ ID NO：1、SEQ ID NO：2及SEQ ID NO：3之超變區域的免疫球蛋白V_H結構域；v)包括闡述為PsA SEQ ID NO：4、SEQ ID NO：5及SEQ ID NO：6之超變區域的免疫球蛋白V_L結構域；vi)包括闡述為PsA SEQ ID NO：11、SEQ ID NO：12及SEQ ID NO：13之超變區域的免疫球蛋白V_H結構域；vii)包括闡述為PsA SEQ ID NO：1、SEQ ID NO：2及SEQ ID NO：3之超變區域的免疫球蛋白V_H結構域及包括闡述為PsA SEQ ID NO：4、SEQ ID NO：5及SEQ ID NO：6之超變區域的免疫球蛋白V_L結構域；及viii)包括闡述為PsA SEQ ID NO：11、SEQ ID NO：12及SEQ ID NO：13之超變區域的免疫球蛋白V_H結構域及包括闡述為PsA SEQ ID NO：4、SEQ ID NO：5及SEQ ID NO：6之超變區域的免疫球蛋白V_L結構域。

在所揭示方法、治療、方案、用途及套組之一些實施例 中，IL-17結合分子係抗體。

在所揭示方法、治療、方案、用途及套組之一些實施例中，抗體係蘇金單抗。

揭示內容之一或多個實施例之細節闡述於上述隨附闡述中。儘管任一類似或等效於彼等本文所述方法及材料之方法及材料皆可用於本揭示內容之實踐或測試中，但目前所述係較佳方法及材料。根據闡述及申請專利範圍可清楚地瞭解本揭示內容之其他特徵、目標及優點。在說明書及隨附申請專利範圍中，除非上下文另外明確指明，否則單數形式包含複數個指示物。除非另外定義，否則本文所用之所有技術及科學術語皆具有與熟習本揭示內容所屬技術者通常所理解意義相同之意義。本說明書中所引用之所有專利及出版物均以引用方式併入。提供下列實例以更全面地闡釋本揭示內容之較佳實施例。該等實例絕不應理解為限制所揭示專利內容之範圍，其係藉由隨附申請專利範圍界定。

實例 實例1：概念驗證PSA試驗CAIN4572206

實例1.1-研究設計CAIN4572206

基於當前倡導之臨床試驗分類標準(CASPAR)，此係使用10 mg/kg AIN457之多個劑量(2次輸注，相隔3週)治療診斷患有主動性PsA之患者之隨機、雙盲、安慰劑對照、多中心概念驗證研究。試驗示意圖展示於圖1中。招收患有中等至嚴重亁癬性關節炎之滿足下列標準之患者：(i)診斷 亁癬性關節炎之CASPAR標準(Taylor W等人(2006)Arthritis Rheum 54：2665-73)；且具有如下修改：至少三個周邊關節腫脹及壓痛，(ii)PGA40，(iii)發炎性疼痛40；(iv)經至少三個月以最大耐受劑量給予至少一種DMARD未充分控制疾病；(v)RF100 IU且CCP ELISA測試呈陰性。效能評估係基於符合OMERACT 8知情(consensus)之下列合格評價範圍：1.涉及周邊關節(使用68/68關節計數之ACR反應標準，PsARC(Clegg等人(1996)Arthritis Rheum 39：2013-20)，且在關節計數中包含DIP關節，亦即78/76關節計數)；DAS28；2.皮膚評價(PASI評分)(Feldman及Krueger(2005)Ann.Rheum.Dis.64：ii65-ii68)；3.疼痛(VAS)；4.功能：SF36身體組件；5.藉由VAS(PGA)進行患者整體評價；及6. HAQ。

壓痛78關節計數及腫脹76關節計數

將腳之遠端指間關節及手之腕掌關節添加至68壓痛及66腫脹關節之常用ACR關節計數中，以分別得到78及76關節計數。因此，針對壓痛進行評價之關節包含手之遠端指間關節、近端指間關節及掌指關節及腳之蹠趾關節、腕掌及腕關節(單獨計數)、肘關節、肩關節、肩鎖關節、胸鎖關節、髖部關節、膝蓋關節、距脛關節及跗骨間關節。除髖關節外，針對腫脹評價所有該等關節。將關節壓痛及腫脹評級為存在(1)或不存在(0)。ACR評分系統中之其他個別要素(即患者疼痛之VAS評分、患者整體評價、醫師整體評價、健康評價問卷(HAQ)及急性期反應物、C-反應蛋白 (CRP)或紅血球沉降率(ESR))與在類風濕性關節炎之標準試驗中之使用方式相同。為獲得ACR 20、50或70反應，壓痛及腫脹關節計數及5種個別要素評分(患者疼痛之VAS評分、醫師及患者整體評價、失能量測(HAQ)及急性期反應物(ESR或CRP))中之三種應分別改良至少20%、50%或70%。

除ACR及PsARC外，基於針對壓痛及腫脹對下列28個關節進行評價來計算DAS28：掌指I-V(10)、拇指指間(2)、手近端指間II-V(8)、腕(2)、肘(2)、肩(2)及膝蓋(2)。

ACR20、ACR50、ACR70反應者定義

在且僅在符合下列三個條件時將個體定義為ACR20反應者：1.其壓痛關節數(基於68個關節)具有20%之改良；2.其腫脹關節數(基於66個關節)具有20%之改良；3.其下列5個領域中之三個具有20%之改良：

˙患者整體評價(以VAS標度0-100量測)

˙醫師整體評價(以VAS標度0-100量測)

˙疼痛(以VAS標度0-100量測)

˙失能(如藉由健康評價問卷所量測)

˙急性期反應物(如藉由CRP所量測)

以類似方式定義ACR50及ACR70反應者，其中分別改良50%及70%。

PsARC反應者之定義

在且僅在個體中下列四個因素中之兩者(其中至少一個因素為關節計數)具有改良及且剩餘因素並不惡化時，將 個體定義為PsARC反應者

˙患者整體評價(0-100 VAS標度，將改良定義為降低至少20個單位)

˙醫師整體評價(0-100 VAS標度，將改良定義為降低至少20個單位)

˙壓痛78關節計數(將改良定義為降低至少30%)

˙腫脹76關節計數(將改良定義為降低至少30%)

藉由治療組及時間點匯總符合四個反應者定義中之每一者之個體之比例。呈現該等比例隨時間流逝之繪圖。

DAS28評分

使用下列等式衍生DAS28評分：DAS28=0.56^＊ (壓痛28)+0.28(腫脹28)+0.36^＊loge(CRP+1)+0.014^＊GH+0.96，其中壓痛28=壓痛關節計數(基於28個關節)，腫脹28=腫脹關節計數(基於28個關節)，CRP=C-反應蛋白(以mg/L形式量測)，且GH=患者整體評價(以VAS標度0-100形式量測)

患者之疼痛強度評價

使用介於無疼痛至無法忍受之疼痛之間之100 mm VAS實施患者之疼痛評價。在試驗主持人處，量測距離標度左側邊緣之距離(以mm表示)且將該值輸入eCRF中。

患者之疾病活性整體評價

在回答「在過去一週，你的總體健康情況受影響有多嚴重」的問題之後，使用介於不嚴重至極嚴重之間之100 mm VAS實施患者之疾病活性整體評價。在試驗主持人處，量 測距離標度左側邊緣之距離(以mm表示)且將該值輸入eCRF中。

醫師之疾病活性整體評價

在回答問題「考慮到疾病影響你患者之所有方式，在標度上劃出其今天之病狀如何之刻線」之後，使用介於無疾病活性至最大疾病活性之間之100 mm VAS實施醫師之疾病活性整體評價。為增強客觀性，在其自身對特定患者實施評價時，醫師不能知曉該患者之疾病活性整體評價。然後，試驗主持人量測距離標度左側邊緣之距離(以mm表示)且將該值輸入eCRF中。

C-反應蛋白(CRP)

獲得用於此評價之血液以鑑別發炎之存在，測定其嚴重性並監測對於治療之反應。因該測試之結果可對研究人員揭盲，故提供來自中心實驗室之結果以僅用於篩選及基線。在鎖定數據庫後僅揭示在治療期間收集之試樣之CRP結果。

紅血球沉降率(ESR)

獲得血液以量測ESR，其有助於診斷發炎性疾病且用於監測疾病活性及對於療法之反應。在局部使用由中心實驗室供應之標準套組量測ESR。

疾病活性評分28(DAS28)及緩解患者

根據所述評價時間表實施DAS28(Aletaha D,Smolen J(2005).Clin.Exp.Rheumatol；23(5，增刊39)：S100-S108；Aletaha等人(2005).Arthritis Rheum.；52(9)：2625-36)。在 第6及24(研究結束)週時測定緩解患者(DAS282.6)之百分比。

馬斯垂克強直性脊柱炎肌腱末端病評分(Mastricht Ankylosing Spondylitis Enthesis Score)(MASES)

自曼德指數(Mander index)研發馬斯垂克強直性脊柱炎肌腱末端病評分(MASES)(Heuft-Dorenbosch L等人(2003)Ann Rheum Dis 62：127-32；Gladman DD(2007)Curr Rheumatol Rep 9：455-60)，且包含13個位點之評價。MASES指數中所包含之肌腱末端病位點係：第1肋骨軟骨、第7肋骨軟骨、髂後上棘、髂前上棘、髂脊(上述位點皆在兩側評價)、第5腰椎棘突、近端跟腱(proximal Achilles)(兩側)。

SPARCC(SpA加拿大研究協會)

SPARCC(加拿大SpA研究協會)(Maksymowych等人(2003)J.Rheumatology 30：1356-63)評估18個肌腱末端病位點：內上髁及外上髁肱骨、崗上肌***、近端跟腱、大轉子、內側及外側股骨髁、蹠腱膜***、體骨之四頭肌***、髕骨下極、脛骨結節。

利茲指(趾)炎儀器(Leeds Dactylitis Instrument)(LDI)

基礎型利茲指(趾)炎儀器(LDI)(Helliwell等人(2005)J Rheumatol 32：1745-50)量測受影響指(趾)之周長與對側手或腳上指(趾)之周長的比率，其使用10%之最小差異來界定指(趾)炎指(趾))。使用LDI之改良形式(其係二元評分，1為壓痛，0為無壓痛)，將周長之比率乘以壓痛評分。若 認為涉及兩側，則將數值與表中所提供之數據進行比較。此改良稱為基礎型LDI且將應用於此研究中。LDI需要工具來量測指(趾)周長(可自www.rehaboutlet.com,Miami,FL，美國獲得)。

亁癬面積及嚴重性指數(PASI)

PASI(Feldman及Krueger(2005)Ann.Rheum.Dis.64：ii65-ii68)評價四個體表區(頭、軀幹以及上肢及下肢)上之亁癬程度及紅斑(plaque erythema)、脫屑及厚度之程度。PASI評分闡釋體表區受紅斑、脫屑及厚度影響之程度及該等量度之嚴重性。評分介於0(無疾病)至72(最大疾病)之間。

實例1.2-蘇金單抗改良亁癬性關節炎之體徵及症狀

CAIN4572206評價蘇金單抗抑制介白素-17A(用於治療亁癬性關節炎(PsA)之新穎靶)之安全性及初級效能。將符合CASPAR標準之42名主動性PsA患者以2：1隨機接受兩個蘇金單抗(10 mg/kg)或安慰劑之注射(相隔3週給予)。主要效能終點係第6週時接受活性成份與安慰劑之ACR20反應者之比例(單側p<0.01)。35(83.3%)名患者(25名接受蘇金單抗，10名接受安慰劑)完成研究。5名患者(4名接受蘇金單抗且1名接受安慰劑)因違反方案而自效能分析排除，且7名患者(3名接受蘇金單抗且4名接受安慰劑)因缺乏效能或反悔而過早停止。在包含以下參數之組之間平衡人口統計學及基線特性：平均±SD SJC(蘇金單抗對安慰劑)：8.3±5.6對9.5±5.4；TJC 23.5±19.4對22.6±11.0；DAS28 4.8±1.2對4.8±1.2；MASES 3.0±4.1對3.4±2.3。共存亁癬、先前TNFi暴露及與DMARDS之共投藥分別存在於23、11及21名患者(對於蘇金單抗而言)及11、5及10名患者(對於安慰劑而言)中。關於蘇金單抗對安慰劑之ACR20反應者為39%對23%(P=0.27，在第6週)、39%對15%(在第12週)、43%對18%(在第28週)。關於蘇金單抗對安慰劑之ACR50及ACR70反應者在第6週時分別為17%對8%及9%對0%。在第6週時關於蘇金單抗之CRP減小(基線對第6週之中值[範圍]：4.9[0.3,43.0]對3.0[0.2,15.2])大於安慰劑(6.2[1.3,39.7]對5.0[0.8,29.6])。

不良事件(AE)之總比率在蘇金單抗(26，93%)對安慰劑(11，79%)中相當。在4名蘇金單抗患者中報告7個嚴重AE且在安慰劑患者中報告1個嚴重AE。16名(57%)服用蘇金單抗之患者及7名(50%)服用安慰劑之患者報告有感染。總而言之，未遇到主要終點，但患者在直至第28週中展示臨床評分及CRP值之快速及持續改良。蘇金單抗之安全性特徵較為有利。該等發現保證了進一步實施PsA之較大階段III臨床試驗，其係作為CAIN457F2306進行。

實例2：用於亁癬性關節炎試驗CAIN457A2206中之藥物遺傳學(PG)分析之材料及方法

實例2.1：試樣及處理

在40名參與研究之同意實驗之患者中對DNA進行基因分型。使用27名接受蘇金單抗之患者用於藥物遺傳學(PG)分析。

在個別試驗位點收集來自同意實驗之患者之血樣且然後運輸至Covance(Geneva，瑞士)。使用PUREGENE D-50K DNA分離套組(Gentra,Minneapolis,MN，美國)自Covance之血液提取每一患者之基因組DNA並運輸至Novartis進行基因分型。

對報告為與PsA或相關疾病風險有關之14個SNP以及觀察到與其他適應症中之蘇金單抗反應有關之5個SNP進行基因分型。使用TaqMan特定設計分析(Assays-by-Design)及特定需要分析(Assays-on-Demand)(Applied Biosystems,Foster City,CA)在ABI 7900HT序列檢測系統上實施TaqMan®基因分型。根據製造商說明書，在實驗中使用至多20 ng基因組DNA。

考慮到THLA-C^＊0602等位基因係PsA之主要遺傳風險因子，故亦選擇其用於基因分型。此外，在測試中包含HLA-DRB1^＊04等位基因組(2-數位等位基因)，此乃因先前在類風濕性關節炎試驗中發現其與對於蘇金單抗治療具有不同反應。使用序列特異性寡核苷酸雜交(SSO)方法測試研究中來自同意實驗之患者之所有DNA試樣。簡言之，藉由使用具有Luminex IS200儀器之LABType® HD B及DRB1分型測試(One lambda公司，CA)根據製造商說明書實施SSO實驗。藉由使用HLA Fusion® 2.0軟體(One Lambda)指定HLA基因型。

實例2.2：統計學分析

個別地測試所有變體，亦即，在模型中一次僅包含1個 變體。使用標準加和效應編碼針對臨床終點測試所有HLA等位基因：端視個體攜帶之HLA等位基因之拷貝數，針對HLA等位基因將個體編碼為0、1或2。所有相關性測試皆係用於加和等位基因效應之雙尾單點測試。

血統(ancestry)係遺傳相關性研究中之常見混淆因素。A2206中之所有27名蘇金單抗治療患者皆係高加索人。所運行之分析僅包含高加索人蘇金單抗治療患者(N=27)。

在A2206試樣(N=27)中僅使用蘇金單抗治療患者進行遺傳分析。零假設係基因型變化之係數等於零，且呈現相應p值。拒絕零假設意味著推斷出基因型可預測對蘇金單抗之反應，如藉由特定臨床終點所量測。

在安慰劑組中，僅一名患者達到ACR50且僅兩名患者達到ACR20。因此，並不在安慰劑組中運行分析。

在(SAS Institute公司，Cary,NC，美國)中實施所有統計學測試。使用邏輯回歸精確測試利用Lancaster's mid-p校正(SAS 9.2 PROC LOGISTIC)在第6週/第24週時單獨分析效能變量ACR20、ACR50及ACR70，其中使用效能終點作為依賴性變量，使用SNP或HLA等位基因組基因型(如上文所編碼)作為獨立性變量(固定效應)。使用ANCOVA模型(SAS 9.2 PROC GLM)在第6週/第24週時單獨分析效能變量DAS28，其中使用效能終點作為依賴性變量，使用SNP或HLA等位基因組基因型(如上文所編碼)作為獨立性變量(固定效應)，且使用基線DAS28評分及性別作為固定效應共變量。

實例3：PsA試驗CAIN457A2206中之PG分析結果

實例3.1：蘇金單抗治療患者中遺傳變體與蘇金單抗效能之相關性

測試總共21個遺傳多態性(包含19個SNP及2個HLA等位基因組)中與效能終點之相關性。基於在出版物中報導了與PsA或相關疾病之相關性之強力證據，選擇15個遺傳多態性用於分析，假設疾病SNP可鑑別可導致對於療法之不同反應之不同疾病亞型。基於在其他適應症中與蘇金單抗之相關性，選擇6個其他遺傳多態性用於分析。

在21個變體中，SNP rs240993 T等位基因具有最佳p值，其中在27名蘇金單抗治療患者中與第24週時之較低百分比ACR50有關之標稱p值為0.015(表7)。此SNP亦與第24週時之ACR70(p值=0.021，表7)及第6週時之DAS28(p值=0.057，表6)有關。相對於並不攜帶任一rs240993 T等位基因之PsA患者，具有至少一種rs240993 T等位基因之患者顯示減小之反應。SNP rs240993 T等位基因與亁癬疾病之相關性已由亁癬協會及威康信託基金會病例控制協會2(Psoriasis Consortium & the Wellcome Trust Case Control Consortium 2)(Strange等人，2010)確定，其使得此SNP與基因TRAF3IP2產生相關性。TRAF3IP2編碼ACT1，ACT1係IL17依賴性NF-B活化及Th17介導之發炎性反應所必需之銜接蛋白(May等人(2011)Nat Immunol.12(9)：813-5)。應注意，此SNP在物理上位於REV3L基因之內含子區域中，該REV3L基因係接近TRAF3IP2下游之基因。如圖2中所展 示，存在跨越REV3L及TRAF3IP2之高連鎖不平衡區域，如藉由高R平方值及低重組比率所展示。假設rs240993可標誌TRAF3IP2基因中之因果SNP。

HLA-DRB1^＊04等位基因組亦展示在第24週時與ACR70(p值=0.016)及ACR50(p值=0.050)具有標稱顯著之相關性(表7)。PsA中HLA-DRB1^＊04等位基因組與蘇金單抗反應之間之相關性與在RA中所觀察到之趨勢相同(PCT申請案第PCT/US2011/064307號，其全部內容以引用方式併入本文中)。相對於並不攜帶任一HLA-DRB1^＊04等位基因之PsA患者，攜帶至少一種HLA-DRB1^＊04等位基因之患者顯示對於蘇金單抗具有改良反應。

另外，腫瘤壞死因子樣配體(TL1A)基因之內含子中之SNP rs4263839 A等位基因與較高百分比第6週之ACR50(p值=0.034，表6)及第24週之ACR70(p值=0.056，表7)有關。相對於並不攜帶任一rs4263839 A等位基因之PsA患者，攜帶至少一種rs4263839 A等位基因之患者顯示對於蘇金單抗具有改良反應。rs4263839 G等位基因經鑑別與發炎性腸疾病之易感性有關(Barrett等人(2008)Nat Genet.40(8)：955-62)。此多態性亦顯示在16名蘇金單抗治療患者中與糞便鈣衛蛋白(S100A8/S100A9)反應具有高度顯著相關性性(在對多個對比進行邦弗朗尼校正(Bonferroni correction)之後，在排列測試中p=0.00035)。先前已確定次要等位基因A之不存在與克羅恩氏病患者之惡化有關(亦即，糞便鈣衛蛋白濃度增加)(數據未展示)，此處在PsA患者中觀察到相 同趨勢。TL1A基因編碼驅動各種自體免疫發炎過程中之病原性T細胞之細胞因子(Bayry等人(2010)Nat Rev Rheumatol.6(2)：67-8。)。

最後，IL17A之3'UTR區域中之SNP rs7747909與第6週之ACR70有關(p值=0.031，表6)。然而，PsA中rs7747909與蘇金單抗反應之間之相關性類風濕性關節炎患者中所觀察到者(數據未展示)具有相反方向。

表6：展示來自相關性測試之每一遺傳變體在第6週對ACR20、ACR50、ACR70及DAS28之p值。(NC：OR不可計算)

實例3.2：蘇金單抗治療PsA患者中SNP rs240993(與TRAF3IP2連接)等位基因對於蘇金單抗反應之效應

27名蘇金單抗治療患者中之9名具有rs240993主要等位基因C之兩個拷貝。如表8中所展示，攜帶rs240993主要等位基因C之兩個拷貝之個體在第24週時具有最高ACR20、ACR50及ACR70反應率，其次係雜交個體(彼等攜帶一個T等位基因之拷貝及一個C等位基因之拷貝者)。攜帶rs240993次要等位基因T(rs240993無反應等位基因)之兩個拷貝之患者在第24週時具有最低ACR20、ACR50及ACR70反應率。

實例3.3：蘇金單抗治療PsA患者中HLA-DRB1 ^＊ 04等位基因組對於蘇金單抗反應之效應

27名蘇金單抗治療患者中之5名攜帶至少一個HLA-DRB1^＊04等位基因組之拷貝。如表9中所展示，攜帶至少一個HLA-DRB1^＊04等位基因之拷貝之個體在第24週時具有較佳ACR20、ACR50及ACR70反應率。並不攜帶HLA- DRB1^＊04等位基因之患者在第24週時具有較低ACR20、ACR50及ACR70反應率。

實例3.4：在蘇金單抗治療PsA之患者中組合SNPrs240993(與TRAF3IP2連接)等位基因及HLA-DRB1 ^＊ 04等位基因組對於蘇金單抗反應之效應

27名蘇金單抗治療患者中之12名攜帶rs240993次要等位基因C之兩個拷貝或HLA-DRB1^＊04等位基因之至少一個拷貝。如表10中所展示，攜帶rs240993次要等位基因C之兩個拷貝或HLA-DRB1^＊04等位基因之至少一個拷貝之個體在第24週時具有較佳ACR20、ACR50及ACR70反應率。並不攜帶rs240993 CC基因型或HLA-DRB1^＊04等位基因之至少一個拷貝之患者在第24週時具有較低ACR20、ACR50及ACR70反應率。

實例3.5：蘇金單抗治療之PsA患者中TL1A SNP rs4263839等位基因對於蘇金單抗反應之效應

27名蘇金單抗治療患者中之14名攜帶rs4263839次要等位基因A之至少一個拷貝。如表11中所展示，攜帶rs4263839次要等位基因A(rs4263839反應等位基因)之兩個拷貝之個體在第24週時具有最高ACR20、ACR50及ACR70反應率，其次係雜交個體(彼等攜帶G等位基因之一個拷貝及A等位基因之一個拷貝者)。並不攜帶rs4263839次要等位基因A之患者在第24週時具有最低ACR20、ACR50及ACR70反應率。

表11：展示在第24週時達到給定終點(ACR20、ACR50、ACR70)之蘇金單抗治療患者之數量及百分比，其中藉由rs4263839風險等位基因之基因型組進行分組。

實例4：關於PGx及PsA試驗CAIN4572206之結論

已展示，相對於並不攜帶至少一種rs240993 T等位基因之PsA患者，攜帶至少一種rs240993 T等位基因之PsA患者顯示對於蘇金單抗具有減小之反應；相對於並不攜帶至少一種HLA-DRB1^＊04等位基因之PsA患者，攜帶至少一種HLA-DRB1^＊04等位基因之PsA患者顯示對於蘇金單抗具有改良反應，且相對於並不攜帶至少一種rs4263839 A等位基因之PsA患者，攜帶至少一種rs4263839 A等位基因之PsA患者顯示對於蘇金單抗具有改良反應。僅基於某些SNP可能與患者產生PsA疾病之可能性增加之事實有關，不能預測該等藥物基因組學發現。舉例而言，如表6及7中所展示，與PsA疾病有關之各種其他SNP不能預測PsA患者對使用蘇金單抗之IL-17拮抗作用之反應-包含rs12188300、rs33980500、rs20541、rs2066808等。根據缺乏不可預知性之另一實例，眾所周知，編碼共用表位(SE)之HLA-DRB1等位基因賦予產生類風濕性關節炎(RA)之較高風險(Gonzalez-Gay等人(2002)Sem.Arthritis.Rheum.31：355-60；Fries等人(2002)Arthritis and Rheumatism 46：2320-29；van der Helm-van Mil等人(2006)Arthritis and Rheum.54：1117-21)。然而，通常認為，即使可使用SE預測患者將對使用蘇金單抗之治療具有有利反應之可能性增加(PCT申 請案第PCT/US2011/064307號，其全部內容以引用方式併入本文中)，攜帶SE不能預測RA患者是否將對使用TNFα拮抗劑(例如依那西普及英利昔單抗)之治療具有反應(Emery及Dorner(2011)Ann.Rhem.Dis.70：2063-2070；Potter等人(2009)Ann.Rheum.Dis.68：69-74)。因此，不能僅基於患者是否攜帶與特定疾病有關之等位基因來預測患者將對藥物有反應之程度。

圖1展示CAIN457A2206臨床試驗設計。

圖2展示跨越REV3L及TRAF3IP2之具有高連鎖不平衡(LD)之區域，此表明SNP rs240993可實際上「標誌」TRAF3IP2中之因果SNP。

<110> 瑞士商諾華公司

<120> 使用IL-17拮抗劑治療亁癬性關節炎之方法

<130> 55077

<140> 101121031

<141> 2012/06/13

<150> Iraq 370/2011

<151> 2011-11-21

<150> US 61/624,564

<151> 2012-04-16

<160> 17

<170> PatentIn version 3.5

<210> 1

<211> 5

<212> PRT

<213> 人工

<220>

<223> CDR1=AIN457之重鏈之超變區域1

<400> 1

<210> 2

<211> 17

<212> PRT

<213> 人工

<220>

<223> CDR2=AIN457之重鏈之超變區域2

<400> 2

<210> 3

<211> 18

<212> PRT

<213> 人工

<220>

<223> CDR3=AIN457之重鏈之超變區域3

<400> 3

<210> 4

<211> 12

<212> PRT

<213> 人工

<220>

<223> CDR1'=AIN457之輕鏈之超變區域1

<400> 4

<210> 5

<211> 7

<212> PRT

<213> 人工

<220>

<223> CDR2'=AIN457之輕鏈之超變區域2

<400> 5

<210> 6

<211> 9

<212> PRT

<213> 人工

<220>

<223> CDR3'=AIN457之輕鏈之超變區域3

<400> 6

<210> 7

<211> 381

<212> DNA

<213> 智人

<220>

<221> CDS

<222> (1)..(381)

<400> 7

<210> 8

<211> 127

<212> PRT

<213> 智人

<400> 8

<210> 9

<211> 327

<212> DNA

<213> 智人

<220>

<221> CDS

<222> (1)..(327)

<400> 9

<210> 10

<211> 109

<212> PRT

<213> 智人

<400> 10

<210> 11

<211> 10

<212> PRT

<213> 人工

<220>

<223> CDR1-x=AIN457之重鏈之超變結構域x

<400> 11

<210> 12

<211> 11

<212> PRT

<213> 人工

<220>

<223> CDR2-x=AIN457之重鏈x之超變結構域

<400> 12

<210> 13

<211> 23

<212> PRT

<213> 人工

<220>

<223> CDR3-x=AIN457之重鏈之超變結構域x

<400> 13

<210> 14

<211> 711

<212> DNA

<213> 智人

<220>

<221> CDS

<222> (1)..(708)

<400> 14

<210> 15

<211> 236

<212> PRT

<213> 智人

<400> 15

<210> 16

<211> 783

<212> DNA

<213> 智人

<220>

<221> CDS

<222> (1)..(780)

<400> 16

<210> 17

<211> 260

<212> PRT

<213> 智人

<400> 17

Claims (27)

1. 一種IL-17拮抗劑在製造用於選擇性治療亁癬性關節炎(PsA)患者之藥劑中之用途，其中：a)基於該患者具有PsA反應等位基因或基於該患者不具有PsA無反應等位基因，向該患者選擇性投與治療有效量之IL-17拮抗劑；或b)基於該患者不具有PsA反應等位基因或基於該患者具有PsA無反應等位基因，向該患者選擇性投與治療有效量之IL-17拮抗劑。
2. 如請求項1之用途，其中：a)基於該患者具有HLA-DRB1^＊04等位基因組中之等位基因，向該患者選擇性投與該IL-17拮抗劑；或b)基於該患者不具有該HLA-DRB1^＊04等位基因組中之等位基因，向該患者選擇性投與不同PsA藥劑。
3. 如請求項1之用途，其中：a)基於該患者具有rs4263839反應等位基因，向該患者選擇性投與該IL-17拮抗劑；或b)基於該患者不具有rs4263839反應等位基因，向該患者選擇性投與不同PsA藥劑。
4. 如請求項1之用途，其包括：a)基於該患者不具有rs240993無反應等位基因，向該患者選擇性投與該IL-17拮抗劑；或b)基於該患者具有rs240993無反應等位基因，向該患者選擇性投與不同PsA藥劑。
5. 如請求項1至4中任一項之用途，其中該不同PsA藥劑係選自由以下組成之群：NSAID、TNFα拮抗劑、柳氮磺吡啶(sulfasalazine)、胺甲喋呤(methotrexate)、皮質類固醇及其組合。
6. 一種IL-17拮抗劑在製造用於選擇性治療PsA患者之藥劑中之用途，其中：a)分析來自該患者之生物試樣中PsA反應等位基因或PsA無反應等位基因之存在或不存在；且b)然後：i.基於來自該患者之該生物試樣具有PsA反應等位基因或基於來自該患者之該生物試樣不具有PsA無反應等位基因，向該患者投與治療有效量之該IL-17拮抗劑；或ii.基於來自該患者之該生物試樣不具有PsA反應等位基因或基於來自該患者之該生物試樣具有PsA無反應等位基因，向該患者投與治療有效量之不同PsA藥劑。
7. 如請求項6之用途，其中藉由分析該生物試樣中該PsA無反應等位基因或該PsA反應等位基因之核酸產物、該PsA反應等位基因之多肽產物或該PsA無反應等位基因或該PsA反應等位基因之等效遺傳標記物來檢測該PsA無反應等位基因或該PsA反應等位基因。
8. 如請求項7之用途，其中藉由分析該生物試樣中該PsA無反應等位基因或該PsA反應等位基因之基因組序列來檢 測該PsA無反應等位基因或該PsA反應等位基因。
9. 如請求項6之用途，其中分析該生物試樣中PsA無反應等位基因之存在，且另外，其中該PsA無反應等位基因係rs240993無反應等位基因。
10. 如請求項6之用途，其中分析該生物試樣中PsA反應等位基因之存在，且另外，其中該PsA反應等位基因係rs4263839反應等位基因。
11. 如請求項6之用途，其中分析該生物試樣中PsA反應等位基因之存在，且另外，其中該PsA反應等位基因係該HLA-DRB1^＊04等位基因組中之等位基因。
12. 如請求項1至4或6中任一項之用途，其中該患者先前並未進行PsA治療或係TNFα拮抗劑幼稚。
13. 如請求項6之用途，其中另外分析該生物試樣中至少一種選自由以下組成之群之候選PsA反應標記物之存在：HLA-C^＊0602、rs20541、rs1974226、rs11209026、rs2082412、rs17728338、rs610604、rs2066808、rs2201841、rs495337、rs4085613、rs10484554、rs7747909、rs30187、rs27434、rs27524、rs33980500及rs12188300。
14. 如請求項6之用途，其中該生物試樣係選自由以下組成之群：滑液、血液、血清、糞便、血漿、尿、眼淚、唾液、腦脊髓液、白血球試樣及組織試樣。
15. 如請求項6之用途，其中藉由選自由以下組成之群之技術檢測該至少一種PsA無反應等位基因之存在或該PsA反 應等位基因之存在：北方墨點(Northern blot)分析、聚合酶鏈反應(PCR)、逆轉錄-聚合酶鏈反應(RT-PCR)、基於TaqMan之分析、直接定序、動態等位基因特異性雜交、高密度寡核苷酸SNP陣列、限制片段長度多態性(RFLP)分析、引子延伸分析、寡核苷酸連接酶分析、單股構形多態性分析、溫度梯度凝膠電泳(TGGE)、變性高效液相層析、高解析度熔解分析、DNA失配-結合蛋白分析、SNPLex®、毛細管電泳、南方墨點(Southernblot)、免疫分析、免疫組織化學法、ELISA、流式細胞術、西方墨點(Western blot)、HPLC及質譜。
16. 如請求項1至4或6中任一項之用途，其中該IL-17拮抗劑係用於以約10 mg/kg之兩個或三個劑量經靜脈內投與，該等劑量中之每一者皆係每隔一週投與一次。
17. 如請求項1至4或6中任一項之用途，其中該IL-17拮抗劑係用於以約75 mg至約300 mg每週、每月兩次(每隔一週一次)、每月、每兩個月或每三個月經皮下投與。
18. 一種預測PsA患者將對使用IL-17拮抗劑之治療具有反應之可能性之方法，其包括分析來自該患者之生物試樣中PsA無反應等位基因之存在或PsA反應等位基因之存在，其中：a)該PsA無反應等位基因之存在指示該患者將對使用該IL-17拮抗劑之治療具有反應之可能性降低；且b)該PsA反應等位基因之存在指示該患者將對使用該IL-17拮抗劑之治療具有反應之可能性增加。
19. 如請求項18之方法，其進一步包括自該患者獲得該生物試樣之步驟，其中該獲得步驟係在該分析步驟之前實施。
20. 如請求項18或19之方法，其中分析該生物試樣中PsA無反應等位基因之存在，且另外，其中該PsA無反應等位基因係rs240993無反應等位基因。
21. 如請求項18或19之方法，其中分析該生物試樣中PsA反應等位基因之存在，且另外，其中該PsA反應等位基因係rs4263839反應等位基因。
22. 如請求項18或19之方法，其中分析該生物試樣中PsA反應等位基因之存在，且另外，其中該PsA反應等位基因係該HLA-DRB1^＊04等位基因組中之等位基因。
23. 如請求項1至4、6或18中任一項之方法或用途，其中該IL-17拮抗劑係IL-17結合分子或IL-17受體結合分子。
24. 如請求項23之方法或用途，其中該IL-17結合分子或IL-17受體結合分子係IL-17結合分子。
25. 如請求項24之方法或用途，其中該IL-17結合分子係選自由以下組成之群：a)結合IL-17之表位的IL-17抗體，該表位包括Leu74、Tyr85、His86、Met87、Asn88、Val124、Thr125、Pro126、Ile127、Val128、His129；b)結合IL-17之表位的IL-17抗體，該表位包括Tyr43、Tyr44、Arg46、Ala79、Asp80；c)結合具有兩條成熟IL-17蛋白質鏈之IL-17同源二聚體 的表位之IL-17抗體，該表位包括一條鏈上之Leu74、Tyr85、His86、Met87、Asn88、Val124、Thr125、Pro126、Ile127、Val128、His129及另一條鏈上之Tyr43、Tyr44、Arg46、Ala79、Asp80；d)結合具有兩條成熟IL-17蛋白質鏈之IL-17同源二聚體的表位之IL-17抗體，該表位包括一條鏈上之Leu74、Tyr85、His86、Met87、Asn88、Val124、Thr125、Pro126、Ile127、Val128、His129及另一條鏈上之Tyr43、Tyr44、Arg46、Ala79、Asp80，其中該IL-17結合分子具有約100 pM至200 pM之K_D，且其中該IL-17結合分子具有約23天至約35天之活體內半衰期；及e)IL-17抗體，其包括選自由以下組成之群之抗體：i)包括闡述為PsA SEQ ID NO：8之胺基酸序列的免疫球蛋白重鏈可變結構域(V_H)；ii)包括闡述為PsA SEQ ID NO：10之胺基酸序列的免疫球蛋白輕鏈可變結構域(V_L)；iii)包括該闡述為PsA SEQ ID NO：8之胺基酸序列的免疫球蛋白V_H結構域及包括該闡述為PsA SEQ ID NO：10之胺基酸序列的免疫球蛋白V_L結構域；iv)包括闡述為PsA SEQ ID NO：1、SEQ ID NO：2及SEQ ID NO：3之超變區域的免疫球蛋白V_H結構域；v)包括闡述為PsA SEQ ID NO：4、SEQ ID NO：5及SEQ ID NO：6之超變區域的免疫球蛋白V_L結構域；vi)包括闡述為PsA SEQ ID NO：11、SEQ ID NO：12 及SEQ ID NO：13之超變區域的免疫球蛋白V_H結構域；vii)包括該等闡述為PsA SEQ ID NO：1、SEQ ID NO：2及SEQ ID NO：3之超變區域的免疫球蛋白V_H結構域及包括該等闡述為PsA SEQ ID NO：4、SEQ ID NO：5及SEQ ID NO：6之超變區域的免疫球蛋白V_L結構域；及viii)包括該等闡述為PsA SEQ ID NO：11、SEQ ID NO：12及SEQ ID NO：13之超變區域的免疫球蛋白V_H結構域及包括該等闡述為PsA SEQ ID NO：4、SEQ ID NO：5及SEQ ID NO：6之超變區域的免疫球蛋白V_L結構域。
26. 如請求項25之方法或用途，其中該IL-17結合分子係抗體。
27. 如請求項26之方法或用途，其中該抗體係蘇金單抗(secukinumab)。