TW200930382A - LNA antagonists targeting the androgen receptor - Google Patents
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Description
200930382 九、發明說明: 【發明所屬之技術領域】 本發明提供用於調節雄激素受體表現之化合物、組合物 及方法。詳言之,本發明係關於募聚化合物(寡聚物),其 靶向細胞中之雄激素受體mRNA,從而引起雄激素受體之 表現降低。雄激素受體表現之降低有益於多種醫學病症, 諸如癌症,特定言之***癌或乳癌。 本申請案根據35 U.S.C. § 119(e)主張2007年11月26曰申 ❹.请之美國臨時申請案第60/990,125號之權益,該案之揭示 内容係以全文引用的方式併入本文中。 【先前技術】 雄激素受體("AR")為一種類型之核受體,其係藉由結合 雄性激素睪固酮或二氫睪固酮中任一者而經活化。雄激素 受體之主要功能係作為調控基因表現之Dn A結合轉錄因 子。然而,雄激素受體亦具有與DNA結合無關之額外功 能。雄激素受體與孕鲖受體最緊密相關,且較高劑量之孕 〇 酮可阻斷雄激素受體。 儘管在人類體内AR基因為單一複本且見於Xqiu 2位置 處之X染色體上’但該受體自身係以兩個同功異型物(A及 B)形式存在。AR-A為缺乏前187個胺基酸(N端截短)之87 kDa蛋白質。同功異型物AR-B為全長11 〇 kDa型式。 雄激素與雄激素受體之結合誘發受體構形變化,從而引 起熱休克蛋白解離、二聚化及自細胞溶質轉運至細胞核, 在細胞核中雄激素受體二聚體與稱為激素反應元件之特定 136444.doc 200930382 Γ)ΝΑ序列結合。視與其他核蛋白之相互作用而定,八汉控 制基因表現,即增加或減少特定基因(諸如胰島素樣生長 因子I(IGF-l))之轉錄。 雄激素受體亦可經由與細胞質中信號轉導蛋白之相互作 用而具有細胞質活性。與細胞質雄激素受體結合之雄激素 可引起與基因轉錄無關之細胞功能急劇變化(例如離子轉 運)’以及(例如)經由介導其他信號轉導路徑,藉此影響其 他轉錄因子之活性來間接影響基因轉錄。 ® 已於若干疾病中指示雄激素受體之過度表現或突變雄激 素受體基因之表現,該等疾病諸如癌症,包括***癌及 乳癌,以及其他病症,諸如聚麩胺酸鹽疾病(M〇nks等人, PNAS’ 2007年旧2曰,在線公開)、脫髮、良性***增 生、脊髓性肌肉萎縮及甘迺迪病。 WO 97/11170描述一種治療經診斷患有良性***增生 或***癌之患者的方法,其包含投與選擇性雜交至雄激 素受體mRNA之反義寡核苷酸。揭示3個具有27至29個核苷 ® 酸之反義寡核苷酸序列。 US 0’733,776及EP 0 692 972描述一種藉由應用包含雜交 至雄激素受體基因之反義核酸之脂質體來治療雄激素性脫 髮的方法。未提供具有特異性序列且靶向雄激素受體之反 義分子》 US 2005/0164970描述一種使用靶向雄激素受體mRNA之 siRNA複合物來治療***癌之方法。 WO 2005/027833描述一種治療***癌之方法,其包含 136444.doc 200930382 對患者投與包含12-40個嗎啉基次單位之寡核苦酸。 WO 2001/083740描述一種靶向人類雄激素受體之具有u 至20個鄰接單位的不帶電嗎啉基主鏈之反義化合物。^ 嗎啉基反義化合物經由與核酸靶結合來阻斷其他分子 (諸如在mRNA煎接或轉譯起始中所涉及之分子)通向m^NA 而起作用。 US 7,067,256描述-種明顯介導雄激素受體失活之核糖 核酸酶❶提供靶向雄激素受體mRNA區之19_核苷酸rna反 ❹ 義分子。 然而’儘管應WRNA、含嗎#基之反義寡核苦酸及核 糖核酸酶,但上述雄激素受體抑制劑均無法在活體内且以 藥理學上可接受之劑量成功地有效下調雄激素受體。 ,本發明提供一類含有鎖核酸("LNA”)單體且靶向雄激素 又體mRNA上的尤其有效靶位點之新穎雄激素受體拮抗 劑。 【發明内容】 ® 本發明提供具有1〇 5〇個單體(諸如1〇 3〇個單體)之寡聚 物,其包含具有1〇_5〇個單體(諸如1〇 3〇個單體)之第一 品其中第區的序列與編碼哺乳動物雄激素受體之核酸
(諸如哺礼動物雄激素受體基因或mRNA,諸如具有SEQ ID NO.l中所述序列之核酸或其天然產生之變異體)的靶區之 反向互補序列至少80%(例如85%、90%、95%、98%或 99%)—致〇阳A 你 U此’舉例而言,募聚物雜交至具有SEQ ID N〇:l中所示序列之單鏈核酸分子區。 136444.doc 200930382 本發明提供一種包含本發明募聚物及至少一個共價連接 至該寡聚物之非核苷酸或非聚核苷酸部分之共軛物。 本發明提供一種包含本發明寡聚物或共軛物及醫藥學上 可接受之稀釋劑、載劑、鹽或佐劑之醫藥組合物。 本發明提供本發明寡聚物或共軛物,其係用作藥劑,諸 如用於治療如本文中所揭示之疾病或醫學病症,諸如過度 增生性病症’諸如癌症或其他過度增生性病症。 本發明k供本發明募聚物或共輛物之用途,其係用於製 ® 造用於治療如本文中所揭示之疾病或病症(諸如過度增生 性病症’諸如癌症)之藥劑。 本發明提供一種治療如本文中所揭示之疾病或病症(諸 如過度增生性病症,諸如癌症)之方法,該方法包含對患 有或易患該疾病或病症之患者投與本發明寡聚物、共軛物 或醫藥組合物。 本發明提供一種抑制表現雄激素受體之細胞中的雄激素 受體之方法,該方法包含對該細胞投與本發明募聚物或共 軛物以便實現對該細胞中雄激素受體表現之抑制。 本發明提供一種具有10_50個單體之寡聚物,其包含具 有10-50個鄰接單體之第一區,其中驗基序列與編碼哺乳 動物雄激素受體之核酸的靶區之反向互補序列至少8〇% 一 致。 本發明另外提供-種包含本發明寡聚物之共扼物,該共 軛物包含至少一個共價連接至本發明寡聚物之非核苷酸或 非聚核苷酸部分("共軛部分")。 136444.doc 200930382 本發明提供包含本發明寡聚物或共軛物及醫藥學上可接 受之稀釋劑、載劑、鹽或佐劑之醫藥組合物。 本發明另外提供本發明寡聚物,其係用於藥物。 本發明另外提供本發明寡聚物之用途,其係用於製造用 於治療本文中所提及之一或多種疾病(諸如選自由癌症(諸 如乳癌或***癌)、脫髮、良性***增生、脊髓性肌 肉萎縮、甘迺迪病及聚麩胺酸鹽病組成之群的疾病)之藥 劑。 © 本發明另外提供本發明寡聚物,其係用於治療本文中所 提及之一或多種疾病,諸如選自由癌症(諸如乳癌或前列 腺癌)、脫髮、良性***增生、脊髓性肌肉萎縮、甘迺 迪病及聚麩胺酸鹽病組成之群的疾病。 亦提供包含本發明募聚物之醫藥及其他組合物。另外提 供下調細胞或組織中之AR表現之方法,其包含使該等細 胞或組織在活體外或活體内與本發明寡聚物、共軛物或組 合物中之一或多者接觸。 〇 亦揭示藉由對懷疑患有或易患與AR表現或過度表現相 關之疾病或病狀的非人類動物或人類投與治療或預防有效 量之本發明寡聚物、共軛物或醫藥組合物中之一或多者來 治療該動物或人類之方法。此外,亦提供使用寡聚物來抑 制AR表現及治療與AR活性相關之疾病的方法。 本發明提供一種治療選自由下列疾病組成之群之疾病的 方法:癌症(諸如乳癌或***癌)、脫髮、良性***增 生、脊髓性肌肉萎縮、甘迺迪病及聚麩胺酸鹽病,該方法 136444.doc 200930382 包含對有需要之患者投與有效量之一或多種寡聚物、共扼 物或其醫藥組合物。 本發明提供抑制(例如藉由下調)細胞或組織中之AR表現 之方法,該方法包含以下步驟:使細胞或組織與有效量之 一或多種寡聚物、共軛物或其醫藥組合物接觸,以實現 AR表現之下調。 【實施方式】 募聚物
本發明採用寡聚化合物(本文中稱為寡聚物),其係用於 調節編碼哺乳動物雄激素受體之核酸分子(諸如seq NO:1中所示之雄激素受體核酸)及編碼哺乳動物雄激素受 體之該等核酸分子之天然產生的變異體之功能。本發明上 下文中之術語”募聚物”係指藉由共價鍵結兩個或兩個以上 單體而形成之分子(亦即寡核普酸)。在一些實施財,募 聚物包含1〇-30個共價連接之單體或由1〇_3〇個共價連接之 單體組成。 術語”單體,,包括天然產生於核酸中且不含有經修飾之糖 或經修飾之核驗基的核芽及脫氧核皆(總稱為"核普"),亦 即核糖或脫氧核糖共價鍵結至天然產生、未經修飾之核驗 基(驗基)部分(亦㈣呤及㈣雜環腺^、㈣吟、_ 咬、胸料或尿㈣)之化合物,及作為天然產生於核酸 中或並非天然產生於核酸中之核苦的,,核苦類似物”,其中 糖部分不為核糖或脫氧核糖(諸如雙環糖或2,經修飾糖,、 如2·經取代糖)或驗基部分經㈣(例如5_甲基胞喷幻或兩 136444.doc •10- 200930382 者皆滿足》 "RNA單體"為含有核糖及未經修飾核驗基之核苷。 ” DNA單體"為含有脫氧核糖及未經修飾核鹼基之核苷。 "鎖核酸單體"、"鎖單體"或"LNA單體"為如下文進一步 描述之具有雙環糖之核苷類似物。 術語"相應核苷類似物"及"相應核苷"表示核苷類似物中 之鹼基部分與核苷中之鹼基部分一致。舉例而言,當,,枝 發"含有與腺嘌呤相連接之2-脫氧核糖時,”相應核普類似 〇 物"含有(例如)連接至腺嘌呤鹼基部分之經修飾糖。 術語"寡聚物”、”寡聚化合物"及"寡聚核苷酸"在本發明 上下文中可互換使用,且係指藉由(例如)以鱗酸酯基(在核 苷之間形成磷酸二酯鍵)或硫代磷酸酯基(在核苷之間形成 硫代磷酸酯鍵)共價鍵結兩個或兩個以上鄰接單體而形成 的分子《寡聚物係由1〇_5〇個單體(諸如1〇_3〇個單體)組成 或包含10-50個單體(諸如10-30個單體)。 在一些實施例中,募聚物包含如本文中所提及之核苷或 ® 核苷類似物或其混合物。"LNA募聚物"或”LNA寡核苷酸" 係指含有一或多個LNA單體之寡核苷酸。 視情況包括於寡聚物内之核苷類似物可與相應核苷類似 地起作用或可具有特定改良之功能。一些或所有單體為核 苷類似物之寡聚物由於該等募聚物之若干所需特性(諸如 穿透細胞膜之能力,對胞外及/或胞内核酸酶之優良抗性 及對核酸靶之高親和力及特異性)而通常優於原生形式。例 如,對於賦予上述若干特性而言,LNA單體為尤其較佳的。 136444.doc 200930382 在各種實施例中,寡聚物内存在之一或多種核苷類似物 之功能對於相應天然核苷為"靜止,,或”等效,,的,亦即對募 聚物用以抑制靶基因表現之路徑無功能效應。然而,若 (例如)該等"等效"核苷類似物之製造較容易或較便宜,或 在儲存或製造條件下更穩定或可併入標籤或標記,則該等 等效”核苷類似物仍為適用的。然而,該等類似物通常藉 由(例如)對靶核酸之靶區產生增加的結合親和力及/或對胞 内核酸酶產生增加之抗性及/或更易轉運至細胞中而對募 ® 聚物用以抑制表現之路徑具有功能效應》 因此,在各種實施例中,本發明募聚物包含核苷單體及 至少一個核苷類似物單體,諸如LNA單體或其他核苷類似 物單體。 術語"至少一個"包含大於或等於1之整數,諸如丨、2、 3、4、5、6、7、8、9、1〇、u、12、13、14、15、16、 17、18、19、20等。在各種實施例中,諸如當提及本發明 化合物之核酸或蛋白靶時,術語"至少一個"包括術語"至 β少兩個”及”至少三個"及"至少四個同樣,在一些實施例 中,術s吾至少兩個"包含術語"至少三個"及"至少四個"。 在一些實施例中,募聚物包含10、u、12、13、14、 15、16、17、18、19、2〇、21、22、23、24、25、%、 27、28、29及30個鄰接單體或由該等單體組成。 在一些實施例中,寡聚物包含10-22個鄰接單體,諸如 12-18個鄰接單體,諸如13_17或12_16個鄰接單體,諸如 13、14、15、16個鄰接單體,或由該等單體組成。 136444.doc -12- 200930382 在某些實施例中,募聚物包含10、11、12、13或14個鄰 接單體或由該等單體組成。 在各種實施例中,本發明寡聚物係由不超過22個單體 (諸如不超過20個單體,諸如不超過18個單體,諸如15、 16或17個單體)組成。在一些實施例中’本發明寡聚物包 含少於20個單體。 在各種實施例中’本發明化合物不包含RNA單體。 在各種實施例中,本發明化合物為直鏈分子或合成時為 ® 直鍵的。在該等實施例中,寡聚物為單鏈分子且通常不包 含具有(例如)至少3、4或5個鄰接單體之短區,該等短區與 同一养聚物内之另一區域互補,使得寡聚物形成内部雙鏈 體。在一些實施例中’寡聚物本質上不為雙鏈的,亦即不 為 siRNA。 在一些實施例中’本發明寡聚物係由鄰接單體段組成, 其序列係藉由本文中所揭示之SEq ID NO來鑑別(參見例如 表卜3) ^在其他實施例中,募聚物包含第一區(該區係由鄰 ® 接單體段組成)及一或多個由至少一個額外單體組成之額 外區域。在一些實施例中,第一區之序列係藉由本文中所 揭示之SEQ ID NO來鑑別。 間陈想(gapmer)設計 通常,本發明寡聚物為間隙體。 "間隙體"為包含如下文中進一步描述能夠募集RNAse(例 如RNAseH)之鄰接單體段之寡聚物,該等鄰接單體段諸如 本文中稱作區域B之具有至少6或7個DNA單體之區域,其 136444.doc -13· 200930382 在其5,及3·端側接分別稱為區域AAC之區域,區 :八及C各自包含㈣類似物,諸如親和力增強核苦類似 物(諸如W個核㈣似物)或由該等核㈣似物組成。 ❹ Ο 、通常’間隙體自5,至3,包含區域A_B_C,或視情況包含區 域A-B-C-D或D-A-B-C,其中:區域A係由至少一個核㈣ 似物(諸如至少一個LNA單體),諸如W個核普類似物(諸 如LNA單體)組成或包含該至少一個核普類似物;且區域b 係由食t*夠|集RNAse(在與諸如㈣财把之乾RNA分子之互 補乾區形成雙鍵體時)之至少五個鄰接單體(諸如dna單體) 組成或包含該等鄰接單體;區域〇係由至少一個核皆類似 物(諸如至少一個LNA單體),諸如〗_6個核普類似物(諸如 LNA單體)組成或包含該至少一個核苷類似物;且區域 D(右存在)係由i、2或3個單體(諸如DNA單體)組成或包含 1、2或3個單體。 在各種實施例中’區域A係由1、2、3、4、5或6個核苷 類似物(諸如LNA單體),諸如2-5個核苷類似物,諸如2_5 個LNA單體,諸如3或4個核苷類似物,諸如3或4個lna單 體組成;及/或區域C係由1、2、3、4、5或6個核苷類似 物’諸如LNA單體,諸如2-5個核苷類似物,諸如2_5個 LNA單體’諸如3或4個核苷類似物,諸如3或4個LNA單體 組成。 在某些實施例中,區域B係由5、6、7、8、9、10、11或 12個能夠募集RNAse之鄰接單體,或6-10或7-9個(諸如8 個)能夠募集RNAse之鄰接單體組成或包含該等鄰接單體。 136444.doc 14 200930382 在某些實施例中,區域B係由至少一個DNA單體,諸如卜 12個DNA單體,較佳4-12個DNA單體,更佳6_10個DNA單 體,諸如7-10個DNA單體,最佳8、9或1〇個DNA單體組成 或包含該至少一個DNA單體。 在各種實施例中,區域A係由3或4個核苷類似物(諸如 LNA單體)組成,區域b係由7、8、9或1(Hg)DNA單體組 成,且區域C係由3或4個核苷類似物(諸如LNA單體)組 成。該等設計包括(A-B-C) 3-10-3、3-10-4、4-10-3、3-9-❹ 3、3-9-4、4-9-3、3-8-3、3-8-4、4-8-3、3-7-3、3-7-4、4- 7-3且可另外包括區域D,區域D可具有丨或2個單體(諸如 DNA單體)。 其他間隙體設計係揭示於WO 2004/046160中,該專利係 以引用的方式併入本文中。 以引用的方式併入之美國臨時申請案6〇/977 4〇9提及"短 體(shortmer)"間隙體寡聚物。在一些實施例中,本文中所 提供之寡聚物可為該等短體間隙體。 ® 在某些實施例中,募聚物係由10、U、12、13或14個鄰 接單體組成,其中寡聚物區具有模式(5i_3,)a_b_c或視情 況A-B-C-D或D-A-B-C,其中:區域a係由1、2或3個核苷 類似物單體(諸如LNA單體)組成;區域b係由7、8或9個在 與互補RNA分子(諸如mRNA靶)形成雙鏈體時能夠募集 RNAse之鄰接單體組成;且區域c係由丨、2或3個核苷類似 物單體(諸如LNA單體)組成。若存在區域d,則區域D係由 單一 DNA單體組成。 136444.doc -15- 200930382 在某些實施例中,區域Α係由1個LNA單體組成。在某些 實施例中’區域A係由2個LNA單體組成。在某些實施例 中’區域A係由3個LNA單體組成。在某些實施例中,區域 C係由1個LNA單體組成《在某些實施例中,區域^係由2個 LNA單體組成。在某些實施例中,區域C係由3個LNA單體 組成。在某些實施例中,區域B係由7個核苷單體組成。在 某些實施例中,區域B係由8個核苷單體組成。在某些實施 例中,區域B係由9個核苷單體組成。在某些實施例中,區 域B包含1-9個DNA單體,諸如2、3、4、5、6、7或8個 DNA單體《在某些實施例中,區域B係由DNA單體組成。 在某些實施例中,區域B包含至少一個呈a_L構型之LNA單 體,諸如2、3、4、5、6、7、8或9個呈a-L構型之LNA單 體。在某些實施例中,區域B包含至少一個a_L_氧基LNA 單體。在某些實施例中,區域B中所有呈a_L構型單 體均為a-L-氧基LNA單元。在某些實施例中,存在於AB_ ❹ C區中之單體數目係選自由以下組成之群(核苷類似物單 體-區域B-核苷類似物單體):、182、281、2_8_ 2 、 3-8-3 、 2-8-3 、 3-8-2 、 4-8-1 、 4-8-2 、 1-8-4 、 2-8-4 或1-9-1、1-9-2、2-9-1、2-9-2、2-9-3、3_9-2、1-9-3、3-9-1、 4-9-1、1-9-4或 1-HM、Μ。。、2_1(M、21〇 2、ι ι〇·3、 3-10-1。在某些實施例中,存在於本發明寡聚物之A 區中之單體數目係選自由以下組成之群:、 2-7-2、3-7-3、2-7-3、3-7-2、3-7-4及心7_3。在某些實施 例中’區域A及C各自係由兩個⑶八單體組成且區域B係由 136444.doc • 16- 200930382 8或9個核苷單體(較佳DNA單體)組成。 在各種實施例中,其他間隙體設計包括區域A及/或c由 3、4、5或6個核苷類似物,諸如含有2,-〇_曱氧基乙基_核 糖(2·-ΜΟΕ)之單體或含有2'-氟-脫氧核糖之單體組成且區 域Β由8、9、10、11或12個核苷(諸如DNA單體)組成之彼 等設計,其中區域A-B-C具有5-10-5或4-12-4個單體。其他 間隙體設計係揭示於以引用的方式併入本文中之w〇 2007/146511A2 中。 〇 核苷間健 本文中所述之募聚物單體係經由鍵結基團偶合在一起。 合適地,經由鍵結基團將各單體連接至3,相鄰單體。 術語”鍵結基團"或"核苷間鍵"意謂能夠將兩個鄰接單體 共價偶合在一起之基團。特定及較佳實例包括鱗酸酯基 (在相鄰核苷單體之間形成填酸二酯)及硫代磷酸酯基(在相 鄰核音単體之間形成硫代鱗酸醋鍵)。 合適之鍵結基團包括PCT/DK2006/000512中列出之基 ❹ 團’例如PCT/DK2〇06/000512(以引用的方式併入本文中) 第34頁第一段中列出之基團。 在各種實施例中’較佳將鍵結基團由其正常峨酸二酯修 飾為對核酸酶侵襲更具抗性之形式,諸如硫代磷酸酯或硼 烧鱗酸酯,此二者可藉由RNase Η裂解,從而許可靶基因 表現之RNase介導的反向抑制。 在一些實施例中’如本文中所提供之合適含硫(s)鍵結 基團為較佳的。在各種實施例中,硫代磷酸酯鍵結基團尤 136444.doc •17· 200930382 其對於間隙體之間隙區(B)而言為較佳的。在某些實施例 中’使用硫代磷酸酯鍵將側接區(A及C)中之單體連接在_ 起。在各種實施例中,使用硫代磷酸酯鍵將區域八或c連 接至區域D,及將區域D内之單體連接在一起。 在各種實施例中,特定言之(例如)當使用核苷類似物來 保護區域A及C内之鍵結基團免於核酸内切酶降解時(諸如 當區域A及C包含LNA單體時),區域A、B及C包含不同於 硫代磷酸酯基之鍵結基團(諸如磷酸二酯鍵)。 〇 在各種實施例中’藉助於硫代磷酸酯基將寡聚物之相鄰 單體彼此連接。 認為在具有硫代磷酸酯主鏈,尤其在核苷類似物單體之 間或與核苷類似物單體相鄰(通常在區域A及/或c中)具有 硫代磷酸酯鍵結基團之募聚物中包涵磷酸二酯鍵(諸如一 或兩個鍵)可改質募聚物之生物可用性及/或生物分配(參見 WO 2008/053314,其係以引用的方式併入本文中)。 在一些實施例中(諸如在以上所提及之實施例中),若合 ® 適且未特定指出,則所有剩餘鍵結基團為磷酸二酯基或硫 代磷酸酯基,或其混合物。 在一些實施例中,所有核苷間鍵結基團均為硫代磷酸酯 基。 當提及特定間隙體寡核苷酸序列(諸如本文中所提供之 彼等序列)時,應瞭解在各種實施例中’當鍵為硫代磷酸 S旨鍵時,尤其對於核苷類似物(諸如LNA單體)之間之鍵而 言’可使用替代鍵,諸如可使用本文中所揭示之彼等鍵, 136444.doc -18- 200930382 例如可使用磷酸酯(磷酸二酯)鍵。同樣,在各種實施例 中’當提及特定間隙體寡核苷酸序列(諸如本文中所提供 之彼等序列)時,當區域c中一或多個單體包含5_曱基胞嘧 咬驗基時’彼區域中之其他單體可含有未經修飾之胞嘧咬 驗基。 把核酸 術語"核酸"與"聚核苷酸"在本文中可互換使用且係定義 為藉由共價鍵結如上所述之兩個或兩個以上單體而形成之 Ο 分子。包括2個或2個以上單體之"核酸,,可具有任何長度, 且該術語對於具有本文中所述長度之”募聚物"為通用的。 術語"核酸"及”聚核苦酸"包括單鏈、雙鏈、部分雙鏈及環 狀分子。 如本文中所使用之術語"靶核酸"係指編碼哺乳動物雄激 素受體多肽(諸如人類雄激素受體)之DNA或RNA(例如 mRNA或前體mRNA),諸如具有SEQ出n〇:i中所示序列 之核酸及該等核酸之天然產生的等位基因變異體。在某此 罾實施例中,哺乳動物雄激素受體為小鼠雄激素受體。在一 些實施例中’例如當用於研究或診斷時,"靶核酸”為源自 以上舰或RNA核酸乾之cDNA或合成募核苦酸。本發明 之寡聚物通常能夠雜交至靶核酸β " 例示性乾核酸包括編碼哺乳動物雄激素受體之核酸(且 有下表所示之GenBank寄存編號)以及其相應蛋白質序列^ 136444.doc -19- 200930382
GenBank寄存編號核酸 (mRNA/cDNA序列) GenBank寄存編號多肽 (推斷) 人類 NM_000044 NP—000035 小鼠 NM_013476 NP_038504 恆河猴 ΝΜ_001032911 ΝΡ_001028083 認為上文揭示之核酸GenBank寄存編號係指cDNA序列而 非mRNA序列本身。成熟mRNA序列可直接源自胸嘴咬驗 基(T)經尿嘧啶鹼基(U)置換之相應cDNA序列。 術語”其天然產生之變異體"係指天然存在於指定分類群 ® 内的雄激素受體多肽或核酸序列(諸如哺乳動物,諸如小 鼠、猴且較佳地人類AR)之變異體。通常,當提及聚核苷 酸之"天然產生之變異體"時,該術語亦涵蓋藉由染色體易 位或複製而產生之見於染色體X:66.68-66.87 Mb處的編碼 雄激素受體之基因組DNA及RNA(諸如源自其之mRNA)之 任何等位基因變異體。”天然產生之變異體”亦可包括源自 替代性剪接雄激素受體mRNA之變異體。當提及特異性多 肽序列時,(例如)該術語亦包括蛋白質之天然產生形式, ❹ 因此該蛋白質可(例如)藉由共轉譯或轉譯後修飾(諸如信號 肽裂解、蛋白水解裂解、糖基化等)而經加工。 認為人類雄激素受體基因展現與疾病表型相關之等位基 因變異(Mooney等人,NAR 15; 31(8) 2003)。舉例而言, (CAG)n重複擴張與聚麩胺醯胺擴張病症相關。其他特徵化 等位基因變異體包括(GGC)n5核苷酸重複序列及單一核苷 酸多態現象R726L、T887A及L710H,其中已展示後兩個 單一核苷酸多態現象與其他類固醇配位體之AR受體混雜 136444.doc -20- 200930382 增強相關。在一實施例巾,"〇"在5_31之範圍内。低於22之 CAG重複與非洲裔美國男性***癌之危險增加相關。 在各種實施例中,靶核酸為包含(CAG)n三核苷酸重複序 列或(GGC)n二核苷酸重複序列之八尺等位基因變異體。在 其他實施例中,靶核酸為包含—或多個單一核苷酸多態現 象(包括R726L、T887A及L710H)之AR等位基因變異體。 在某些實施例中’本文中所述之寡聚物藉由寡聚物單體 與靶核酸單體之間的Watson-Crick鹼基配對、Hoogsteen氫 ® 鍵、Ή或反向H〇0§steen氫鍵結而結合至乾核酸區("起區")。 該結合亦稱為,•雜交"。除非另有所指,否則藉由互補鹼基 (亦即腺嘌呤與胸嘧啶(DNA)或尿嘧啶(rna)及鳥嘌呤與胞 嘧啶)之Wats〇n-Crick配對進行結合,且寡聚物結合至靶 區’此係因轉聚物的序列與&區之反向纟補序列序列一 致或部分-致;為達成本文中之目的,據稱募聚物與把區 "互補"或"部分互補”,且冑聚物彳列與乾區序列之”互補性” 百分比為與靶區序列的反向互補序列之"一致性"百分比。 β 除非上下文中明確說明,否則本文中·.靶區"為具有使用 下文所述之比對程式及參數,與指定寡聚物(或其區域)的 序列之反向互補序列最佳比對之序列的靶核酸區。 在測定本發明寡聚物(或其區域)與編碼哺乳動物雄激素 受體之核酸靶區(諸如本文中所揭示者)的"互補"度時, 將"互補"度(亦為”同源性”)表述為寡聚物(或其區域)序列與 與其最佳比對之乾區序列的反向互補序列之間的一致性百 分比。該百分比係藉由計數2個序列之間經比對為一致之 136444.doc 200930382 鹼基數目,除以寡聚物中鄰接單體之總數且乘以100來計 算。在該比較中,若存在間隙,則較佳地該等間隙僅為錯 配,而非間隙内的單體數目在本發明寡聚物與靶區之間有 所不同之區域。 為達成本發明目的,可使用標準設定使用Clustaiw演算 法來測定胺基酸及聚核普酸比對、序列一致性百分比及互 補度:參見http://www.ebi.ac.uk/emboss/align/index.html, 方法.EMBOSS :水(局部):缺口 =1 〇.〇,間隙延伸=〇 5, ❹ 使用Blosum 62(蛋白質)或關於核苷酸/核鹼基序列使用 DNAful 卜 應瞭解,視情形而定,”錯配”係指序列不一致性(例如募 聚物之核驗基序列與其所結合之靶區的反向互補序列之 間;例如兩個經比對之編碼入尺的核酸之鹼基序列之間), 或係指序列非互補性(例如寡聚物與其所結合之靶區之 間)。 已知雄激素受體調控若干基因之表現,該等基因諸如選 ❹自由蛋白質激酶以(PRKCD)、糙胱甘肽S轉移酶θ2 (GSTT2)、瞬時受體電位陽離子通道子族ν成員3 (TRPV3)、》比嘻琳_5_羧酸還原酶1 (pYCR1)及鳥胺酸轉胺 酶(OAT)組成之群之基因。藉由八尺調控之該等基因在本文 中稱為"雄激素受體(AR)靶基因"。在各種實施例中,本發 明募聚物能夠抑制(諸如藉由下調)表現或能夠表現(亦即藉 由減輕細胞中AR靶基因之AR抑制)AR靶基因之細胞中的 一或多種AR靶基因之表現。 136444.doc -22- 200930382 靶向雄激素受體mRNA之寡聚物可雜交至沿靶mRNA核 酸之任何位點,諸如5'未轉譯前導子、外顯子、内含子及 3'未轉譯尾。然而,靶向雄激素受體mRNA之寡聚物最好 雜交至成熟mRNA形式之靶核酸。 合適地,本發明寡聚物或其共軛物能夠下調雄激素受體 基因之表現。在各種實施例中,本發明募聚物(或共軛物) 可通常在哺乳動物細胞(諸如人類細胞)中實現雄激素受體 之抑制。在某些實施例中,本發明寡聚物或其共軛物與靶 0 核酸結合且與投與寡聚物之前的即刻表現水平相比實現 AR mRNA表現之至少10%或20%抑制,更佳與投與寡聚物 之前的即刻AR表現水平相比實現至少30%、40%、50%、 60%、70%、80%、90°/〇或95%抑制。在一些實施例中,當 使用約0.04 nM至約25 nM,諸如約0.8 nM至約20 nM之募 聚物或共輊物時,可見該抑制。 在各種實施例中,mRNA表現之抑制小於100%(亦即小 於表現之完全抑制),諸如小於98%抑制、小於95%抑制、 Φ 小於90%抑制、小於80%抑制,諸如小於70%抑制。在各 種實施例中,基因表現之調節可藉由(例如)藉助於諸如 SDS-PAGE之方法,隨後使用對抗靶蛋白而產生之合適抗 體進行西方墨點法來量測蛋白質含量而測定。或者,表現 水平之調節可藉由(例如)藉助於北方墨點法或定量RT-PCR 來量測mRNA含量而測定。當經由mRNA含量來量測時, 在使用適當劑量(諸如約0.04 nM至約25 nM,諸如約0.8 nM至約20 nM)時之下調水平在各種實施例中通常為不存 136444.doc -23- 200930382 在本發明化合物或共軛物之情況下正常水平的ι〇·2〇%水 平。 因此,本發明提供一種下調或抑制表現雄激素受體蛋白 及/或mRNA之細胞中雄激素受體蛋白及^tmRNA的表現之 方法,該方法包含使細胞與有效量之本發明寡聚物或共輕 物接觸以下調或抑制細胞中雄激素受體蛋白及,或爪舰之 表現。合適地,細胞為哺乳動物細胞,諸如人類細胞。在 一些實施例中,接觸可在活體外進行。在一些實施例中, 〇 接觸可在活體内進行。 寡聚物序列 在一些實施例中,本發明寡聚物具有與選自*SEQ ID NOS:2-22組成之群之序列一致之序列。與具有*sEQ NO:2-22中所述序列之寡聚物結合的人類AR Mrna (cDna) 之靶區展示於圖4中(粗體及加下劃線,具有以上指出之相 應寡聚物SEQ ID NO)。 另外提供含有與一或多種本發明募聚物互補或部分互補 ® 之無區之靶核酸(例如編碼AR之DNA或inRNA)。在某些實 施例中,寡聚物與AR靶區之變異體,諸如等位基因變異 體(諸如存在於基因座Xqll_12處之AR基因)結合。在一此 實施例中,AR靶區之變異體與野生型ar之靶區具有至少 60%,更佳至少70%,更佳至少80%,更佳至少85%,更佳 至少90% ’更佳至少91%,至少92%,至少93%,$小 王少 94%,至少95°/〇序列一致性。因此,在其他實施例中本 發明寡聚物具有在與選自由SEQ ID NOs:2-22組成之群之 136444.doc 24- 200930382 序列比較時在1、2或3個驗基處不同之序列。通常,與ar 靶區之變異體結合之本發明寡聚物能夠抑制(例如藉由下 調)AR。 在其他實施例中,本發明寡聚物為LNA募聚物,例如彼 等具有以SEQ ID NOs:44-80展示之序列之寡聚物。在各種 實施例中,本發明寡聚物為雄激素受體mRNA及蛋白質表 現之有效抑制劑。在各種實施例中,本發明寡聚物為具有 序列 SEQ ID NO:58 或 SEQ ID NO:77 之 LNA 募聚物。 © 在各種實施例中,募聚物包含具有與SEQ ID ΝΟ:1之乾 區的反向互補序列序列一致或部分一致之驗基序列的區域 或由該區域組成。在各種實施例中,寡聚物包含具有選自 由SEQ ID NO:2-22及86-106組成之群之序列的區域或由該 區域組成。 在某些實施例中,寡聚物包含具有與編碼哺乳動物雄激 素受體之核酸的靶區完全互補(充分互補)之鹼基序列的區 域或由該區域組成。 〇 然而’在一些實施例中,募聚物與AR乾核酸之最佳比 對靶區相比包括1、2、3或4個(或4個以上)錯配,且仍與把 區充分結合以實現對AR mRNA或蛋白質表現之抑制。錯 配對Watson-Crick氫鍵結雙鏈體之失穩作用可(例如)藉由 增加之寡聚物長度及/或增加之存在於募聚物内之核苦類 似物(諸如LNA單體)的數目來補償。 在各種實施例中,寡聚物驗基序列與(例如)編喝哺乳動 物雄激素受體之靶核酸的最佳比對靶區之鹼基序列相比包 136444.doc -25- 200930382 含不超過3個(諸如不超過2個)錯配。 在一些實施例中’寡聚物鹼基序列與編碼哺乳動物雄激 素受體之核酸的最佳比對把區之驗基序列相比包含不超過 單個錯配。 在各種實施例中’本發明募聚物或其第一區之鹼基序列 較佳與選自由SEQ ID NOS :2-22及86-106組成之群之鹼基 序列至少80%—致,諸如至少85〇/〇 ’至少9〇%,至少91%, 至少92。/。’至少93%,至少94%,至少95%,至少96%— ❹ 致,諸如100%—致。 在某些實施例中,本發明寡聚物或其第一區之鹼基序列 與以SEQ ID ΝΟ:1呈現之靶區的反向互補序列之鹼基序列 至少80%一致’諸如至少85%,至少90%,至少91%,至少 92% ’至少93% ’至少94%,至少95%,至少96%—致,至 少97%—致’至少98%一致,至少99〇/〇一致,諸如ι〇〇0/〇一 致。 在各種實施例中,本發明募聚物或其第一區之鹼基序列 ® 較佳與SEQ ID ΝΟ:1之乾區至少80%互補,諸如至少85% ’ 至少90% ’至少91%,至少92%,至少93%,至少94。/。,至 少95%,至少96%互補,至少97%互補,至少98%互補至 少99%互補,諸如1〇〇%互補(充分互補)。
在一些實施例中,募聚物(或其第一區)具有選自由SEQ ID NOs:2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、 14、15、16、17、18、19、20、21及22組成之群或選自由 至少 10 個 SEQ ID N〇s:2、3、4、5、6、7、8、9、10、 I36444.doc -26- 200930382 11 、 12 、 13 、 14 、 15 、 16、 17 、 18 、 、 μ 。 Λ 、20、21 及 22之鄰 接單體組成之群的鹼基序列。在其他實施例中,當與所選 序列或其區域最佳比對時,本發明寡聚物或其第一區之序 列包含不同於具有序列SEQ ID N〇s:2、3、4、5、6、7、 8、9、10、U、12、13、14、15、16、17、18、19、2〇、 21或22或至少10個其鄰接單體之序列之寡聚物中的彼等鹼 基部分之一、二或三個鹼基部分。
在一些實施例中,寡聚物(或其第一區)具有選自由SEQ 0 ID NOs:86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、 96、 97、98、99、100、101、1〇2、1〇3、104、1〇5及 1〇6
組成之群之鹼基序列,或至少1 〇個其鄰接單體之序列。在 其他實施例中,當與所選序列或其區域最佳比對時,募聚 物(或其第一區)之序列包含不同於具有序列SEQ ID NOs:86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、 97、 98、99、100、101、102、103、104、105 或 106 或至 少10個其鄰接單體之序列之寡聚物中的彼等鹼基部分之 © —、二或三個鹼基部分。 在各種實施例中,寡聚物包含12、13、14、15或16個具 有一致地存在於選自由SEQ ID No:2、3、4、5、6、7、 8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、 21及22組成之群之序列中之鹼基序列的鄰接單體之區域。 在其他實施例中,寡聚物包括包含不同於具有序列SEQ ID NOs:2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、 15、16、17、18、19、20、21或22之寡聚物中的彼等鹼基 136444.doc •27- 200930382 部分之一、二或三個鹼基部分之區域。 在一些實施例中,該區域由u、12、13、14、15、16、 Π、18、19、20、21'22'23'24、25 26 27 28或29 個鄰接單體,諸如12_22個,諸如ΐ2_ΐ8個單體組成。合適 地,在-些實施例中,該區域與本發明寡聚物具有相同長 度。 在一些實施例中’募聚物在5,或3,端包含額外單體,諸 如在寡聚物之5’端及/或3’端獨立地具有不與靶區互補之 Ο I、2、3、4或5個額外單體。在各種實施例中,本發明募 聚物包含與靶互補之區域,該區域在5,及/或3,處側接額外 單體。在一些實施例中,額外5,或3,單體為核苷,諸如 DNA或RNA單體。在各種實施例中,5ι或3,單體表示如本 文中間隙體寡聚物之上下文中所提及之區域D。 在某些實施例中,本發明募聚物由具有根據SEQ m NO:2,諸如SEQ ID NO:44或根據具有至少1〇個其鄰接單 體(諸如11、12、13、14、15或16個其鄰接單體)之區域之 © 核鹼基序列的鄰接單體組成或包含該等鄰接單體。 在某些實施例中’本發明寡聚物由具有根據SEQ m NO:3’諸如SEQ ID NO:45或根據具有至少i〇個其鄰接單 體(諸如11、12、13、14、15或16個其鄰接單體)之區域之 核鹼基序列的鄰接單體組成或包含該等鄰接單體。 在某些實施例中,本發明寡聚物由具有根據SEQ ID NO:4,諸如SEQ ID NO:46或根據具有至少ι〇個其鄰接單 體(諸如11、12、13、14、15或16個其鄰接單體)之區域之 136444.doc • 28 - 200930382 核驗基序列的鄰接單體組成或包含該等鄰接單體。 在某些實施例中,本發明寡聚物由具有根據SEQ ID NO:5,諸如SEQ ID NO:47或根據具有至少1〇個其鄰接單 體(諸如11、12、13、14、15或16個其鄰接單體)之區域之 核驗基序列的鄰接單體組成或包含該等鄰接單體。 在某些實施例中’本發明募聚物由具有根據SEq ID NO:6,諸如SEQ ID NOs:48、49或50或根據具有至少ι〇個 其鄰接單體(諸如11、12、13、14、15或16個其鄰接單體) 〇 之區域之核鹼基序列的鄰接單體組成或包含該等鄰接單 體。 在某些實施例中,本發明募聚物由具有根據SEQ ID NO:7,諸如SEQ ID N〇S:51、52或53或根據具有至少10個 其鄰接單體(諸如11、12、13、14、15或16個其鄰接單體) 之區域之核鹼基序列的鄰接單體組成或包含該等鄰接單 體。 在某些實施例中,本發明募聚物由具有根據SEQ m O NO.8諸如SEQ ID NOs:54、55或56或根據具有至少10個 其鄰接單體(諸如11、12、13、14、15或16個其鄰接單體) 之區域之核鹼基序列的鄰接單體組成或包含該等鄰接單 體。 在某些實施例中,本發明寡聚物由具有根據SEQ m NO_9,諸如SEQ ID NO:57或根據具有至少1〇個其鄰接單 體(諸如11、I2、13、14、15或16個其鄰接單體)之區域之 核驗基序列的鄰接單體組成或包含該等鄰接單體。 I36444.doc -29- 200930382 在某些實施例中’本發明寡聚物由具有根據SEQ ID NChlO ’諸如seQ ID NOs:58、59或60或根據具有至少1〇個 其鄰接單體(諸如11、12、13、14、15或16個其鄰接單體) 之區域之核驗基序列的鄰接單體組成或包含該等鄰接單 體。 在某些實施例中,本發明募聚物由具有根據SEQ m ΝΟ:11 ’諸如SEQ ID NO:61或根據具有至少1〇個其鄰接單 體(諸如11、12、13、14、15或16個其鄰接單體)之區域之 〇 核驗基序列的鄰接單體組成或包含該等鄰接單體。 在某些實施例中,本發明寡聚物由具有根據SEQ ID NO: 12,諸如SEQ ID NO:62或根據具有至少1〇個其鄰接單 體(諸如11、12、13、14、15或16個其鄰接單體)之區域之 核驗基序列的鄰接單體組成或包含該等鄰接單體。 在某些實施例中,本發明募聚物由具有根據SEQ m NO:13,諸如SEQ ID NOs:63、64或65或根據具有至少1〇個 其鄰接單體(諸如11、12、13、14、15或16個其鄰接單體) ❹ 之區域之核鹼基序列的鄰接單體組成或包含該等鄰接單 體。 在某些實施例中,本發明寡聚物由具有根據SEQ ID NO:14 ’諸如SEQ ID NO:66或根據具有至少i〇個其鄰接單 體(諸如11、12、13、14、15或Ιό個其鄰接單體)之區域之 核驗基序列的鄰接單體組成或包含該等鄰接單體。 在某些實施例中,本發明寡聚物由具有根據SEQ m NO.15 ’諸如SEQ ID NO:67或根據具有至少i〇個其鄰接單 136444.doc •30· 200930382 體(諸如11、12、13、14、15或16個其鄰接單體)之區域之 核鹼基序列的鄰接單體組成或包含該等鄰接單體。 在某些實施例中,本發明寡聚物由具有根據SEQ ID NO:16 ’諸如SEQ ID NO:68或根據具有至少10個其鄰接單 體(諸如11、12、13、14、15或16個其鄰接單體)之區域之 核鹼基序列的鄰接單體組成或包含該等鄰接單體。 在某些實施例中,本發明寡聚物由具有根據SEq ID NO:17,諸如SEQ ID NOs:69、70或71或根據具有至少1〇個 ❹ 其鄰接單體(諸如11、12、13、14、15或16個其鄰接單體) 之區域之核驗基序列的鄰接單趙組成或包含該等鄰接單 體。 在某些實施例中,本發明寡聚物由具有根據SEQ ID NO: 18 ’諸如SEQ ID NO:72,或根據其至少1〇個鄰接單體 (諸如其11、12、13、14、15或16個鄰接單體)之區域之核 鹼基序列的鄰接單體組成或包含該等鄰接單體。 在某些實施例中,本發明募聚物由具有根據SEq ID ® NO:19,諸如SEQ TD NOs:73、74或75,或根據其至少10個 鄰接單體(諸如其11、12、13、14、15或16個鄰接單體)之 區域之核鹼基序列的鄰接單體組成或包含該等鄰接單體。 在某些實免例中’本發明寡聚物由具有根據SEQ ID NO: 20 ’諸如SEQ ID NO:76,或根據其至少l〇個鄰接單體 (諸如其11、12、I3、14、15或16個鄰接單體)之區域之核 鹼基序列的鄰接單體組成或包含該等鄰接單體。
在某些實施例中’本發明寡聚物由具有根據SEQ ID 136444.doc ” 200930382 NO:21,諸如SEQ ID NOs:77、78或79,或根據其至少l〇個 鄰接單體(諸如其11、12、13、14、15或16個鄰接單體)之 區域之核鹼基序列的鄰接單體組成或包含該等鄰接單體。 在某些實施例中’本發明寡聚物由具有根據SEq ID NO:22 ’諸如SEQ ID NO:80 ’或根據其至少ι〇個鄰接單體 (諸如其11、12、13、14、15或16個鄰接單體)之區域之核 驗基序列的鄰接單體組成或包含該等鄰接單體。 核苷及核苷類似物 ❹ 在各種實施例中’存在於寡聚物中之至少一個單體為含 有一種經修飾鹼基之核苷類似物’該經修飾鹼基諸如一種 選自5-甲基胞鳴咬、異胞喷咬、假異胞鳴咬、溴尿响 咬、5-丙炔基尿嘧啶、6-胺基嘌呤、2-胺基嘌呤、肌苷、 二胺基嘌呤、2-氣-6-胺基嘌呤、黃嘌呤及次黃嘌呤之驗 基。 在各種實施例中,存在於寡聚物中之至少一個單體為含 有一種經修飾糖之核苷類似物。 ® 在一些實施例中,寡聚物之至少2個鄰接單體之間的鍵 不為碟酸二g旨鍵。 在某些實施例中,募聚物包括至少一個具有經修飾鹼基 之單體,至少一個具有經修飾糖之單體(其可為同一單體) 及至少一個非天然產生之單體間鍵。 核苷類似物之特定實例係由(例如)Freier & Ahmann; 胸乂々Μ 1997, 25,
Deve/opmeW,2000,3(2),293-213及流程 136444.doc -32- 200930382
ι(其中一些核苷類 〇 〇
硫代碟酸醋 似物係展
〇*|~〇· 2'〇-甲基 示為核苷酸)描述: Ί ί» Β 2,·ΜΟΕ 0=Ρ-0'
A 叶σ 2’-氟基 Β Β 2,·ΑΡ ΝΗ2 y°〇、N〜 Η hna
CeNA
PNA
Ν 0=4-0· Β 3··胺基雄酸酯
〇=P—N i \ 嗎啉基 y 〇=p-bh3'
蝴烷磷酸酯 流程1 因此,养聚物可包含天然產生之核苷之簡單序列(較佳 DNA單體,且亦可能為RNA單體或核苷與一或多種核苷類 似物之組合)或由該序列組成。在一些實施例中,該等核 普類似物合適地增強寡聚物對靶核酸之靶區之親和力。 合適及較佳核苷類似物之實例係描述於PCT/DK2006/000512 136444.doc -33- 200930382 中或於其中經參考。 在一些實施例中’核苷類似物包含經修飾以提供2,_取代 基之糖基部分,諸如2,-〇-烷基-核糖、2,-胺基-脫氧核糖及 2 -氣-脫乳核糖。 在一些實施例中,核苷類似物包含由於橋聯結構而產生 雙環糖(LNA)之糖,其增強結合親和力且亦可提供一些核 酸酶抗性増加。在各種實施例中,LNA單體係選自氧基_ LNA(諸如β-D-氧基-LNA及α-L-氧基-LNA)及/或胺基· O LNA(諸如β-D-胺基-LNA及a-L-胺基-LNA)及/或硫基_ LNA(諸如β_£)_硫基_LNA及a-L-硫基-LNA)及/或ENA(諸如 β-D-ENA及a-L-ENA)。在某些實施例中,LNA單體為β-D-氧基-LNA。LNA單體在下文中進一步描述。 在各種實施例中,於寡聚物中併入親和力增強核势類似 物(諸如LNA單體或含有2,-經取代糖之單體)或併入經修飾 之鍵結基團提供增加之核酸酶抗性。在各種實施例中,併 入親和力增強核苷類似物使得募聚物尺寸降低,且亦降低 ® 特異性結合至靶序列的靶區之寡聚物尺寸。 在一些實施例中,寡聚物包含至少2個核苷類似物。在 一些實施例中,寡聚物包含3-8個核苷類似物,例如6或7 個核苷類似物。在各種實施例中’至少一個核苷類似物為 鎖核酸(LNA)單體;例如’至少3個或至少4個或至少5個戍 至少6個或至少7個或8個核苷類似物為LNA單體。在一此 實施例中,所有核苷類似物均為LNA單體。 S忍為當提及較佳募聚物驗基序列時,在某些實施例中, 136444.doc -34- 200930382 寡聚物包含相應核苷類似物,諸如相應lna單體或其他相 應核苷類似物,其提高寡聚物/靶區雙鏈體之雙鏈體穩定 性(Tm)(亦即增強核苷類似物之親和力)。 在各種實施例中,募聚物鹼基序列與靶區鹼基序列之間 之任何錯配(亦即非互補性)(若存在)較佳位於除含有親和 力增強核苷類似物之寡聚物區域(例如區域A或C)以外之區 域中’諸如位於如本文中所提及之區域B内,及/或位於如 本文中所提及之區域D内及/或位於由DNA單體組成之區域 〇 内及/或位於與靶區互補之寡聚物區的5,或3,區域中。 在一些實施例中,存在於本發明寡聚物内之核苷類似物 (諸如本文中所述之區域A及C)獨立地選自(例如):含有2,_ 〇-院基-核糖之單體、含有2'-胺基-脫氧核糖之單體、含有 2’-氟-脫氧核糖之單體、LNA單體、含有***糖之單體 ("ANA單體")、含有2·-氟-***糖之單體、含有d_阿糖_ 己酷醇糖之早體("HNA單體")、如Christensen (2002) Nucl Acids. Res.30:4918-4925(以引用的方式併入本文中)中所定 © 義之***單體及2,-0-甲氧基乙基·核糖(2%〇幻糖。在一些 實施例中,僅存在一種存在於本發明寡聚物或其區域中之 以上類型之核苷類似物。 在某些實施例中,核苷類似物含有2,MOE糖、2,-氣-脫 氧核糖或LNA糖且因而,本發明寡核苷酸可包含獨立地選 自此三種類型之核苷類似物。在某些含有核苷類似物之募 聚物實施例中’該等核苷類似物中之至少一者含有 MOE_核糖,諸如2、3、4、5、6、7、8、9或 1〇種含有2,_ 136444.doc •35- 200930382 moe-核糖之核苷類似物。在一些實施例中,至少一種核 苷類似物含有2'-氟-脫氧核糖,諸如2、3、4、5、6、7、 8、9或10種含有氟-DNA核苷酸糖之核苷類似物。 在各種實施例中,本發明募聚物包含至少一個鎖核酸 (LNA)單體’諸如1、2、3、4、5、6、7或8個LNA單體, 諸如3-7或4-8個LNA單體或3、4、5、6或7個LNA單體。在 各種實施例中,所有核苷類似物均為LNA單體。在某些實 施例中’募聚物包含兩個β-D-氧基-LNA單體及以下LNA單 〇 體中之一或多者:呈β-D或α-L構型之硫基-LNA單體、胺 基-LNA單體、氧基-LNA單體及/或ΕΝΑ單體或其組合。在 某些實施例中,寡聚物中所有LNA單體之胞嘧啶鹼基部分 均為5-曱基胞嘧啶。在本發明之某些實施例中,募聚物包 含LNA及DNA單體。通常,LNA與DNA單體之總和為1〇_ 25,較佳10-20 ’甚至更佳12-16。在本發明之一些實施例 中,寡聚物或其區域係由至少一個LNA單體組成且剩餘單 體為DNA單體。在某些實施例中,寡聚物僅包含lnA單體 ® 及視情況具有經修飾的鍵結基團(諸如硫代碳酸酯基)之核 苷(諸如RNA或DNA單體,最佳為DNA單體)。 在各種實施例中,存在於寡聚物中之至少一種核皆類似 物具有選自由下列各物組成之群之經修飾鹼基:5 -甲基胞 嘧啶、異胞嘧啶、假異胞嘧啶、5-溴尿嘧啶、5-丙炔基尿 嘧啶、6-胺基嘌呤、2-胺基嘌呤、肌苷、二胺基嘌吟及2_ 氯-6-胺基嘌岭。
LNA 136444.doc •36· 200930382
術語"LNA單體”係指含有雙環糖之核苷類似物("LNA 糖)。術語"LNA寡核苷酸"及"LNA寡聚物"係指含有一或 多個LNA單體之寡聚物。 用於本發明寡核苷酸化合物中之LNA較佳具有通式I之 結構:
其中 X係選自-〇-、-S-、-N(Rn*)-、-C(R6R_6*) · B係選自氫、視情況經取代之烷氧基、視情況經取 代之Cw烷基、視情況經取代之Ci *醯氧基、核鹼基、 DNA嵌入劑、光化學活性基團、熱化學活性基團、螯合 基、報導基及配位體; P表示至後一單體之核苷間鍵或5,-端基之基團位置,該 核苷間鍵或5’-端基視情況包括取代基以或同樣適用之取代 基R5* ; P*表示至前一單體之核苷間鍵或3ι_端基; R4與R2合起來表示由選自下列各物之1_4個基團/原子 組成之雙基:_C(RaRb)_、_C(Ra) = C(Rb)_、_c(Ra)=N ' 、-Si(Ra)2-、-S-、_S〇2_、_N(Ra)-及 >〇Z, 其中Z係選自-〇-、_S_及-N(Ra)_,且^及妒各自獨立地 選自:氫、視情況經取代之Cl l2烷基、視情況經取代之c 136444.doc •37· 200930382 烯基、視情況經取代之C2·〗2炔基、羥基、Cm2烷氧基、c2.12 烧氧基烧基、c2-12烯氧基、竣基、Cm2烧氧基幾基、CN12 院基叛基、甲醯基、芳基、芳氧基-幾基、芳氧基、芳基 羰基、雜芳基、雜芳氧基-羰基、雜芳氧基、雜芳基幾 基、胺基、單及二(Cw烷基)胺基、胺曱醯基、單及二(C| 6 炫•基)-胺基-幾基、胺基-Ci-6烧基-胺基幾基、單及二((^ 6 烷基)胺基-Cm烷基-胺基羰基、Cm烷基-羰基胺基、胺甲 醯胺基、Ci_6烷醯氧基、磺醯基、C!·6烷基磺醯氧基、硝 ❹ 基、4氮基、硫基、Ci_6烧硫基、鹵素、DNA嵌入劑、光 化學活性基團、熱化學活性基團、螯合基、報導基及配位 體’其中芳基及雜芳基可視情況經取代且其中兩個成對 取代基Ra及Rb可合起來表示視情況經取代之亞曱基 ( = CH2),且 所存在之取代基R”、R2、R3、R5、R”、R6及R6*各自獨 立地選自:氫、視情況經取代之C〗-12烷基、視情況經取代 之C 2 - 1 2婦基、視情況經取代之Cm快基、經基、Ci-12烧氧 ® 基、C2·!2烧氧基烷基、C2-12烯氧基、羧基、CN12烧氧基羰 基、C^2烷基羰基、曱醯基、芳基、芳氧基-羰基、芳氧 基、芳基羰基、雜芳基、雜芳氧基-羰基、雜芳氧基、雜 芳基羰基、胺基、單及二(Cw烷基)胺基、胺曱醯基、單 及二(Cw烷基)-胺基-羰基、胺基-Cw烷基-胺基羰基、單 及二(Ct·6烷基)胺基-Ck烷基·胺基羰基、CN6烷基·羰基胺 基、胺甲醯胺基、Cw烷醯氧基、磺醯基、cN6烷基磺醯氧 基、硝基、疊氮基、硫基、Ci.6烷硫基、鹵素、DNA嵌入 136444.doc -38- 200930382 劑、光化學活性基團、熱化學活性基團、螯合基、報導基 及配位體,其中芳基及雜芳基可視情況經取代且其中兩個 成對取代基可合起來表示侧氧基、硫酮基、亞胺基或視情 況經取代之亞甲基或可合起來形成由視情況經一或多個選 自-〇-、_S-及-(NRn)-之雜原子/基團中斷及/或終止之卜5個 碳原子伸烷基鏈組成的螺雙基,其中妙選自氫及C14院 基,且其中兩個相鄰(不成對)取代基可表示產生雙鍵之額 外鍵’且RN (當存在且並未包括於雙基中時)係選自氫及 ❹ Cl·4烧基,及其驗性鹽及酸加成鹽。 在一些實施例中’ R”係選自Η、-CH3、-CH2-CH3 、-ch2-o-ch3 及-ch=ch2。 在各種實施例中,R4*及R2*合起來表示選自下列各基團 之雙基:-C(RaRb)_0-、-C(RaRb)-C(R;cRd)-〇-、-C(RaRb)_ C(RcRd)-C(ReRf)-0-、-C(RaRb)-〇-C(ReRd)-、-C(RaRb)-〇_ C(RcRd)-〇- 、-C(RaRb)-C(ReRd)- 、-C(RaRb)-C(RcRd). C(ReRf)- x -C(Ra) = C(Rb)-C(RcRd)- > -C(RaRb)-N(Rc)-® 、-C(RaRb)-C(RcRd)-N(Re)_、-C(RaRb)-N(Rc)-〇-及-C(RaRb)-S- 、-C(RaRb)-C(RcRd)-S-,其中 Ra、Rb、RC、Rd、RiRf& 自獨立地選自氫、視情況經取代之Cl_12烷基、視情況經取 代之Cm烯基、視情況經取代之C2〇2炔基、羥基、(^ ^烷 氧基、Cm烷氧基烷基、(:2·12烯氧基、羧基、(^_12烷氧基 幾基、CN12烷基羰基、曱醯基、芳基、芳氧基羰基、芳 氧基、芳基羰基、雜芳基、雜芳氧基-羰基、雜芳氧基、 雜芳基羰基、胺基、單及二(cK6烷基)胺基、胺甲醯基、 136444.doc •39- 200930382 單及二(c〗-6烷基)-胺基-羰基、胺基-c^烷基-胺基羰基、 單及二(C!·6烷基)胺基-Cw烷基-胺基羰基、Cw烷基-羰基 胺基、胺曱醯胺基、Cw烷醯氧基、磺醯基、Cl_6烷基磺醯 氧基、硝基、疊氮基、硫基、Cl_6烷硫基、鹵素、DNA嵌 入劑、光化學活性基團、熱化學活性基團、螯合基、報導 基及配位體’其中芳基及雜芳基可視情況經取代且其中兩 個成對取代基Ra及Rb可合起來表示視情況經取代之亞甲基 (=CH2) 〇 〇 在另一實施例中,r4*及R2*合起來表示選自下列各基團 之雙基(二價基團):_(:112-〇-、-(^2_8-、-(:112-1^11-、-(:112-N(CH3)- ' -CH2-CH2-0- ' -CH2-CH(CH3)- ' -CH2-CH2-S- ' -CH2-CH2-NH- ' -CH2-CH2-CH2- ' -CH2-CH2-CH2-0- ' -CH2-CH2-CH(CH3)- ' -CH=CH-CH2- ' -CH2-0-CH2-〇- ' -CH2-NH-0. > -CH2-N(CH3)-〇- s -CH2-O-CH2- ' -CH(CH3)-O-、-CH(CH2-〇-CH3)_〇-。 對於所有對掌性中心而言,不對稱基團可以及或s定向呈 現。 較佳地,用於本發明寡聚物中之LNA單體包含至少一個 根據以下任一式之LNA單體:
136444.doc 200930382 其中 Y 為-Ο-、-0-CH2-、-S-、-NH-或 N(RH) ; Z 及 Z* 獨 立地選自核苷酸間鍵、端基或保護基;B構成天然或非天 然核苷酸鹼基部分,且RH係選自氫及Cw烷基。 特定較佳之LNA單體係展示於流程2中:
B z β-D-氧基-LNA
-B
B z β-D-硫基-LNA
B-D-ENA
β-D-胺基-LNA 流程2 術語”硫基-LNA"係指以上通式中之Y係選自S或-CH2-S-之LNA單體。硫基-LNA可呈β-D或α-L構型。 術語”胺基-LNA"係指以上通式中之Y係選自-N(H)-、 N(R)-、CH2-N(H)-及-CH2-N(R)-之 LNA單體,其中 R係選 自氫及Cw烷基。胺基-LNA可呈β-D或a-L-構型。 136444.doc -41 - 200930382 術語"氧基-LNA"係指以上通式中之γ表示·〇_或·CH2〇_ 之LNA單艎。氧基_lna可呈p_D或aL構型。 術语’ ENA"係指以上通式中之Y為-CH2-0-之LNA單體 (其中-CHz-O-之氧原子連接至相對於鹼基8之2,-位置上卜 在各種實施例中,LNA單體係選自卜D_氧基_LNA單體及 a-L·氧基-LNA單體、β-D·胺基_LNA單體及p_D_硫基_lna 單體,特定言之β-D-氧基-LNA單體。 在本發明上下文中,術語"Cl_4烷基"意謂直鏈或支鏈飽 Ο 和烴鏈(其中該鏈具有一至四個碳原子),諸如甲基、乙 基、正丙基、異丙基、正丁基、異丁基、第二丁基及第三 丁基。 RNAse Η募集 在些實施例中’寡聚物經由非RNase介導之無mRNA 降解’諸如藉由轉譯位阻或其他機制而起作用;然而,在 各種實施例中,本發明募聚物能夠募集内切核糖核酸酶 (RNase),諸如 RNase Η。 通常’养聚物包含具有至少6個,諸如至少7個鄰接單 體,諸如至少8個或至少9個鄰接單體,包括7、8、9、 10、11、12、13、14、15或16個鄰接單體之區域,該區域 在與靶RNA之靶區形成雙鏈體時能夠募集RNase。如在如 本文中所述之間隙體的上下文中所提及,能夠募集RNAse 之寡聚物區域可為區域B。在一些實施例中,能夠募集 RN A s e之寡聚物區域(諸如區域B )係由1〇、11、12、13、 14、15、16、17、18、19或20個單體組成。 136444.doc -42 200930382 EP 1 222 309提供活體外測定RNaseH活性之方法,其可 用以測定本發明寡聚物募集RNaseH之能力。若在與RNA 靶之互補區接觸時,寡聚物具有如使用EP 1 222 309(以引 用的方式併入本文中)實例91-95所提供之方法,以 pmol/1/min形式量測為具有相同驗基序列,但僅含有DNA 單體而不具有2'取代’其中所有單體之間均具有硫代磷酸 S旨鍵結基團之寡核苷酸的至少1%(諸如至少5%,諸如至少 10%或小於20%)之初始速率,則認為該寡聚物能夠募集 ◎ RNaseH 〇 在一些實施例中’若在與RNA靶之互補靶區及RNaseH 接觸時,如使用EP 1 222 309實例91-95所提供之方法以 pmol/1/min形式量測之RNaseH初始速率為使用具有相同驗 基序列,但僅含有DNA單體而不具有2'取代,其中所有單 體之間均具有硫代磷酸酯鍵結基團之募核苷酸所測定的初 始速率之小於1%,諸如小於5%,諸如小於1〇%或小於 20°/。’則認為寡聚物本質上無法募集RNaseH。
© 在其他實施例中,若在與RNA靶之互補靶區及RNaseH 接觸時,如使用EP 1 222 309實例91-95所提供之方法以 pmol/1/min形式量測之RNaseIi初始速率為使用具有相同鹼 基序列,但僅含有DNA單體而不具有2,取代,其中所有單 體之間均具有硫代磷酸酿鍵結基團之寡核苷酸所測定的初 始速率之至少20%,諸如至少4〇。/。,諸如至少6〇%,諸如 至少80%’則認為募聚物能夠募集RNaseH。 通常,與靶RNA之互補靶區形成雙鏈體且能夠募集 136444.doc -43· 200930382 RNase之募聚物區域含有DNA單體及LNA單體且與乾區升》 成DNA/RNA樣雙鏈體。LNA單體較佳呈a_L構型,尤其較 佳為a-L-氧基LNA。 在各種實施例中,本發明寡聚物包含核苷及核皆類似 物’且為間隙體、端體(headmer)或混合體(mixmer)形式。 "端體"係定義為包含第一區及與其鄰接之第二區的募聚 物,其中第二區之最5,處單體連接至第一區之最3,處單 趙。第一區包含鄰接之非RNase募集性核苷類似物段且第 〇 二區包含鄰接的可藉由RNase識別及裂解之DNA單體或核 苷類似物單體段(諸如至少7個鄰接單體)。 "尾部體(tailmer)"係定義為包含第一區及與其鄰接之第 二區的募聚物,其中第二區之最5’處單體連接至第一區之 最3處單體。第一區包含鄰接之可藉由RNase識別及裂解 之DN A單體或核苷類似物單體段(諸如至少7個鄰接單體) 且第二區包含鄰接之非RNase募集性核苷類似物段。 稱為"混合體"之其他"嵌合"寡聚物係由⑴可藉由RNase © 識別及裂解之DNA單體或核苷類似物單體與(U)非RNase募 集性核苷類似物單體之替代組合物組成。 在一些實施例中,除增強寡聚物對靶區之親和力以外, 一些核苷類似物亦介導RNase(例如RNase H)結合及裂解。 由於α-L-LNA單體在某種程度上募集RNaseH活性,故在一 些實施例中,含有α-L-LNA單體之寡聚物的間隙區(例如, 如本文中所提及之區域B)係由可藉由RNaseH識別及裂解 之少量單體組成,且引入混合體構造之加強靈活性。 136444.doc 200930382 共輛物 在本揭示案之上下文中,術語"共軛物"表示藉由使如本 文中所述之寡聚物共價連接("共軛至一或多個自身不為 核酸或單體之部分("共軛部分")而形成之化合物。該等共 輛部分之實例包括巨分子化合物’諸如蛋白質、脂肪酸 鏈、糖殘基、醣蛋白、聚合物或其組合。通常,蛋白質可 為用於靶蛋白之抗體。典型聚合物可為聚乙二醇。 因此,本文中提供包含如本文中所述之寡聚物及至少一 〇 個共價連接至該寡聚物之不為核酸或單體的共軛部分之共 軛物。因此,在如本文中所揭示,本發明寡聚物由具有指 定鹼基序列之鄰接單體組成的某些實施例中,共軛物亦可 包含至少一個共價連接至寡聚物之共軛部分。 在本發明之各種實施例中,將寡聚物共軛至增加募聚化 合物的細胞吸收之部分上。W0 2〇〇7/〇31〇91提供合適配位 體及共軛物,其係以引用的方式併入本文中。 在各種實施例中,共軛(至共軛部分)可增加本發明募聚 〇 物之活性、細胞分布或細胞吸收。該等部分包括(但不限 於)抗體、多肽、脂質部分(諸如膽固醇部分)、膽酸、硫醚 (例如己基-S-三苯甲基硫醇)、硫代膽固醇、脂族鏈(例如癸 二醇或十一基殘基)、磷脂(例如二_十六基_rac_甘油或丨,2_ 二十六基-rac-甘油基-3-h-膦酸三乙銨)、多元胺或聚乙 :醇鏈、金剛烧乙酸、掠櫚基部分、十人胺或己基胺基_ 罗炭基-羥膽固醇部分。 在某些實施例中,將本發明寡聚物共概至活性藥物物 136444.doc •45· 200930382 質,例如阿司匹靈(aspirin)、布洛芬(ibupr〇fen)、磺胺藥 (sulfa drug)、抗糖尿病劑、抗菌劑或抗生素。 在某些實施例中,共軛部分為固醇(諸如膽固醇)。 在各種實施例中,共軛部分包含帶正電荷之聚合物(諸 如長度為(例如)1-50 ’諸如2-20,諸如3-10個胺基酸殘基 的帶正電荷之肽)及/或聚伸烧基氧化物(諸如聚乙二醇 (PEG)或聚丙二醇)或由其組成(參見以引用的方式併入本 文中之WO 2008/034123)。合適地,可將帶正電荷之聚合 〇 物(諸如聚伸院基氧化物)經由連接子(諸如wo 2008/034123中所述之可釋放連接子)連接至本發明寡聚 物。 舉例而言,以下部分可用於本發明共輛物:
❹ 經活化募聚物 如本文中所使用之術語"經活化寡聚物"係指與至少一個 官能部分共價連接(亦即官能化)之本發明募聚物,該官能 部分允許券聚物共價鍵結至一或多個共概部分(亦即自身 不為核酸或皁體之部分)以形成本文中所述之共輕物。通 常,官能部分包含能夠經由(例如)腺嘌呤鹼基之31_經基咬 環外NH2基、較佳具有親水性之間隔基及能夠結合至共扼 136444.doc -46 · 200930382 部分之端基(例如胺基、硫氫基或羥基)共價鍵結至寡聚物 之化學基團。在一些實施例中,此端基不受保護,例如為 NH2基。在其他實施例中,端基係(例如)藉由任何合適保 護基(諸如由 Theodora W. Greene及 Peter α M. Wuts描述於 "Protective Groups in 〇rganic Synthesis"第 3版(J〇hn & Sons,1999)中之保護基)來保護。合適羥基保護基之實 例包括酯(諸如乙酸乙酯)、芳烷基(諸如苄基、二苯曱基或 三苯甲基)及四氫哌喃基。合適胺基保護基之實例包括苄 © 基、α_甲基苄基、二苯甲基、三苯甲基、苄氧基羰基、第 二丁氧基羰基及諸如三氣乙醯基或三氟乙醯基之醯基。 在一些實施例中,官能部分為自裂解的。在其他實施例 中,官能部分為生物可降解的。參見例如美國專利第 7,〇87,229號,其全文係以引入的方式併入本文中。 在一些實施例中,本發明寡聚物在5,端經官能化以使得 共輕部分共價連接至寡聚物之5·端。在其他實施例中,本 發明募聚物可在3 ’端經官能化。在其他實施例中,本發明 ® 寡I物可沿主鏈或在雜環驗基部分上經官能化。在其他實 施例中,本發明募聚物可在獨立選自5,端、3,端、主鏈及 驗基之一個以上位置處經官能化。 在一些實施例中,本發明之經活化寡聚物係藉由在合成 期間併入共價連接至官能部分之一或多個單體而合成的。 在其他實施例中,本發明之經活化寡聚物係使用未經官能 化之單體來合成且募聚物係在合成完成後經官能化。 在一些實施例中,募聚物係使用含有胺基烷基連接子之 136444.doc • 47· 200930382 受阻酯經官能化,其中烷基部分具有式(CH2)w,其中…為 介於1至10之範圍内、較佳為約6之整數,其中烷基胺基之 烷基部分可為直鏈或支鏈,且其中官能基係經由酯基(_〇_ c(o)-(ch2)wnh)連接至寡聚物。 在其他實施例中,寡聚物係使用含有(CH2)w_硫氫基(SH) 連接子之受阻酯經官能化’其中W為介於1至1〇之範圍内、 較佳為約6之整數,其中烷基胺基之烷基部分可為直鏈或 支鍵’且其中官能基係經由酯基(_〇_c(〇)_(CH2)wSH)連接 © 至养聚物。在一些實施例中,將經硫氫基活化之寡核苷酸 與聚合物部分(諸如聚乙二醇或肽)共軛(經由形成雙硫 鍵)。 如上所述含有受阻酯之經活化募聚物可藉由此項技術中 已知之任何方法且詳言之藉由pCT公開案第WO 2008/034122號及其中實例(其全文係以引用的方式併入本 文中)中所揭示之方法來合成。 共價連接至至少一個官能部分之經活化寡聚物可藉由此 ® 項技術中已知之任何方法且詳言之藉由美國專利公開案第 2004/0235773號(其全文係以引用的方式併入本文中)及 Zhao 等人(2007) J· Controlled Release 119:143-152 以及 Zhao 等人(2005) Bioconjugate Chem· 16:758-766 中所揭示 之方法來合成。 在其他實施例中,本發明寡聚物係藉由藉助於大艎上如 美國專利第4,962,029號及第4,914,210號所述之官能化試劑 (亦即具有胺基磷酸酯基之一端經由親水性間隔基鏈連接 136444.doc -48- 200930382 至相反端的大體上直鏈試劑,其包含經保護或未經保護之 硫氫基、胺基或羥基)將硫氫基、胺基或羥基引入募聚物 中而經官能化。該等試劑主要與寡聚物之羥基反應。在一 些實施例中’該等經活化募聚物具有與寡聚物之5,_羥基偶 合之官能化試劑。在其他實施例中,經活化寡聚物具有與 3 -經基偶合之官能化試劑。在其他實施例中,本發明之經 活化养聚物具有偶合至寡聚物主鍵上之羥基之官能化試 劑。在其他實施例中,本發明寡聚物係使用一種以上如美 〇 國專利第4’962,029號及第4,914,210號(其全文係以引用的 方式併入本文中)所述之官能化試劑經官能化。合成該等 官能化試劑且將其併入單體或募聚物中之方法係揭示於美 國專利第4,962,029號及第4,914,210號中。 在一些實施例中’使用胺基磷酸二烯基酯衍生物使固相 結合寡聚物之5·端經官能化,隨後經由Dieis_Alder環加合 反應將去保護之寡聚物與(例如)胺基酸或肽共輛。 在各種實施例中,將含有2’-糖修飾(諸如經2'_胺基甲酸 ® 醋取代之糖或2'-(〇-戊基-N-鄰苯二醯亞胺基)_脫氧核糖)之 單體併入寡聚物中促進將共軛部分共價連接至寡聚物之糖 上。在其他實施例中,在一或多個單體之2'位置處具有含 胺基連接子之寡聚物係使用諸如5,-二曱氧基三苯甲基_2,_ 0-(e-鄰苯二醯亞胺基胺基戊基)_2'-脫氧腺苷_3,_n,N_二異 丙基·氰基乙氧基胺基攝酸酯之試劑來製備。參見例如
Manoharan等人,Tetrahedron Letters, 1991,34 7171。 在其他實施例中’本發明寡聚物在核鹼基上(包括在\6 136444.doc •49- 200930382 嘌呤胺基上,在鳥嘌呤之環外N2上或在胞嘧啶之N4或5位 置上)具有含胺之官能部分。在各種實施例中,該官能化 可藉由使用已在募聚物合成中經官能化之市售試劑來達 成。 一些官能部分為可購得的,例如異源雙官能及同源雙官 能連接部分可購自Pierce Co· (Rockford,111.)。其他可購得 之連接基團為5’·胺基-修飾劑C6及3’-胺基-修飾劑試劑,兩 者皆可購自 Glen Research Corporation (Sterling,Va.)。5·-Q 胺基-修飾劑C6亦可以Aminolink-2構自ABI (Applied Biosystems Inc.,Foster City, Calif.),且 3'-胺基-修飾劑亦 可購自 Clontech Laboratories Inc· (Palo Alto,Calif.)。 組合物 在各種實施例中,將本發明寡聚物用於醫藥調配物及組 合物中。合適地,該等組合物包含醫藥學上可接受之稀釋 劑、載劑、鹽或佐劑。PCT/DK2006/000512提供合適且較 佳之醫藥學上可接受之稀釋劑、載劑及佐劑(其係以引用 ® 的方式併入本文中)。合適劑量、調配物、投藥途徑、組 合物、劑型、與其他治療劑之組合、前藥調配物亦提供於 PCT/DK2006/000512中(其亦係以引用的方式併入本文 中)。調配及投藥技術之細節亦可見於最近版本之 "REMINGTON'S PHARMACEUTICAL SCIENCES" (Maack Publishing Co, Easton Pa.)中。 在一些實施例中,將本發明寡聚物共價連接至共軛部分 以有助於經由細胞膜傳遞募聚物。有助於經由細胞膜傳遞 136444.doc -50- 200930382 寡聚物之共軛部分之實例為親脂性部分,諸如膽固醇。在 各種實施例中’將本發明寡聚物與脂質調配物一起調配, 該等脂質調配物形成脂質艘’諸如Lipofectamine 2000或 Lipofectamine RNAiMAX,兩者皆可購自 Invitr〇gen。在一 些實施例中,將本發明寡聚物與一或多種脂質樣非天然產 生小分子("類脂(lipidoid)")之混合物一起調配。類脂庫可 藉由習知合成化學方法來合成,且可檢定各種量及組合之 類月曰以研發藉由所選投藥途徑有效傳遞特定尺寸之募聚物 Ο 至靶組織的媒劑。合適類脂庫及組合物可見於(例如)Akinc 等人(2008) Nature Biotechnol,其可獲自以引用的方式併入本文 中之 http://www.natoe.com/nbt/joumal/vaop/ncmrent/abs/nbtl402.html <> 如本文中所使用之術語"醫藥學上可接受之鹽"係指保留 本文中所鑑別之化合物的所需生物活性且展現可接受水平 之不當毒性作用的鹽。該等鹽之非限制性實例可與有機胺 基酸一起形成且可為與金屬陽離子(諸如鋅、鈣、鉍、 鋇、鎂、鋁、銅、鈷、鎳、鎘、鈉、鉀及其類似物),或 ® 與由氨、N,N’-二苄基伸乙基-二胺、D·葡糖胺、四乙銨或 乙二胺形成之陽離子一起形成之鹼加成鹽;或((;)(&)與(1)) 之組合,例如丹寧酸鋅鹽或其類似物。 在某些實施例中’本發明醫藥組合物除本發明寡聚物或 共輛物以外亦包含其他活性成份,包括適用於治療癌症 (諸如***癌或乳癌)之活性劑,特定言之用於習知抗雄 激素療法之藥劑。 在一些實施例中,額外活性劑為阻斷受體位點處雄激素 136444.doc -51 · 200930382 結合之非類固醇抗雄激素(NSAA)或抑制睪丸產生之雄激 素至閹割水平之黃體釋素類似物(LHrh-A)。 當與作為組合雄激素阻斷療法的部分之Lhrh-A —起使 用時,諸如CASODEX之NSAA有助於抑制***癌細胞之 生長。在一實施例中,本發明提供組合雄激素阻斷療法, 其特徵在於該療法包含投與本發明醫藥組合物及NS A A及/ 或LHRH-A藥劑,在某些實施例中,該藥劑係在投與本發 明醫藥組合物之前、期間或之後投與。 〇 本發明亦提供部分之套組,其中第一部分包含至少一種 本發明募聚物、共軛物及/或醫藥組合物且另一部分包含 非類固醇抗雄激素及/或黃體釋素類似物。因此,設想部 分之套組可用於如本文中所提及之治療方法中,其中該方 法包含同時或相繼投與第一部分及另一部分。 應用 如本文中所使用之術語"治療”係指治療存在之疾病(例 如,如下文所提及之疾病或病症)或預防疾病(亦即預防)。 ® 因此’認為在某些實施例中’ ”治療"包括預防。 在各種實施例中,可將本發明寡聚物用作用於(例如)診 斷、治療及預防之研究試劑。 在一些實施例中,該等寡聚物可用於研究目的以特定抑 制細胞中及實驗動物體内雄激素受體蛋白之表現(通常藉 由降解或抑制AR mRNA且藉此防止蛋白質形成),藉此促 進靶之功能分析或其作為治療介入靶之適用性的鑑定。 在某些實施例中,寡聚物可用於診斷以藉由北方墨點 136444.doc -52- 200930382 雜交或類似技術來伯測且定量細胞及組織中之雄 激素受體表現。 來治療實施例中’藉由投與有效量之本發明寡聚物 懷疑患有可藉由調節雄激素受體表現來治療之疾病 p=?非人類動物或人類。另外提供藉由投與治療或預 !之本發明寡聚物、共軛物或組合物中的一或多者 懷疑患有或傾向於患與雄激素受餘現㈣之疾病 或病狀的哺乳動物(諸如治療人類)之方法。 缸从、t施例巾本發明亦提供所述本發明化合物或共 =物之用途’其係用於製造用於治療如本文中所提及之病 症的藥劑或用於治療如本文令所提及之病症之方法。 在各種實施财,本發明亦提供治療如本文中所提及之 =症之方法’該方法包含對有需要之患者投與如本文中所 :之本發明化合物及/或本發明共輛物及/或本發明组 合物。 在某些治療實施例中,待治療病症為癌症,諸如*** f或乳癌。在各種實施例中,根據本發明該疾病或病狀之 /口療可與一或多種其他抗癌治療(諸如放 療法或免疫療法)組合。 淨决化學 乂在某些其他實施例中,待治療之病症係選自脫髮、良性 月J歹J腺增生、脊趙性肌肉萎縮及甘迺迪病及聚麵胺酸鹽疾 病。 、 在各種實施例中,疾病或病症與八尺基因或蛋白質產物 136444.doc •53- 200930382 與AR相關或相互作用之基因的突變相關。因此,在各種 實施例中,靶mRNA為突變形式之AR序列,例如其包含一 或多個單點突變或三核苷酸重複(triplet repeat^ 在其他實施例中,疾病或病症與異常水平之突變形式雄 激素受體相關。在各種實施例中,疾病或病症與異常水平 之野生型形式AR相關。 在各種實施例中,本發明係關於調節雄激素受體靶基因 (亦即藉由AR調控之基因)之基因產物表現之方法。該八& Ο 受體靶基因產物係選自由蛋白質激酶(PRKCD)、麵胱甘 肽S-轉移酶Θ2 (GSTT2)、瞬時受體電位陽離子通道子族v 成員3 (TRPV3)、吡咯啉_5_羧基化還原酶j (pYCR1)及烏胺 酸胺基轉移酶(0AT)組成之群。在一些實施例中,調節ar 靶基因致使靶基因之表現或活性增加。在其他實施例中, 調節AR靶基因致使靶基因之表現或活性降低。 本發明另外提供本發明化合物之用途,其係用於製造用 於/〇療本文中所揭示之任何及所有病狀之藥劑。 β 在各種實施例中’本發明係、關於治療患有或易患與異常 水平之雄激素受體mRNA或蛋白質相關之病狀的哺乳動物 之方法,其包含對該哺乳動物投與治療有效量之包含一或 多個LNA單體之本發明募聚物或其共軛物。 本發明所關注之態樣係關於如本文中所定義之寡聚物 (化合物)或如本文中所定義之共軛物的用途,其係用於製 備用於治療如上文所揭示之病狀之藥劑。 在各種實施例中,本發明涵蓋預防或治療疾病之方法, 136444.doc -54· 200930382 八匕3對需要該療法之人類投與治療有效量之本發明募聚 物或其共軛物^ 在某些實施例中’本發明之LNA寡聚物或其共軛物係在 短時段内投與而非持續投與。 在本發明之某些實施例中,將寡聚物(化合物)連接至共 軛部分(例如)以增加寡聚物之細胞吸收。在一實施例中, 共軛部分為固醇(諸如膽固醇)。 在各種實施例中,本發明係關於治療異常水平之雄激素 〇 受體之方法,該方法包含對需要該治療之患者投與本發明 募聚物或其共軛物或醫藥組合物,且另外包含投與另一化 學治療劑。在一些實施例中,化學治療劑係與寡聚物共 軛,存在於醫藥組合物中或以獨立調配物形式投與。 本發明亦係關於用作藥劑之如本文中所定義之寡聚物、 組合物或共軛物。 本發明另外係關於如本文中所定義之化合物、組合物或 共軛物之用途,其係用於製造用於治療異常水平之雄激素 ® 受體或突變形式ar(諸如等位基因變異體,諸如與本文中 所提及之一疾病相關的變異體)的表現之藥劑。 此外’在各種實施例中,本發明係關於治療患有選自以 下之疾病或病狀之個體的方法:癌症(諸如乳癌或*** 癌)、脫髮、良性***增生、脊髓性肌肉萎縮、甘迴迪 病及聚麩胺酸鹽病,該方法包含對有需要之個體投與如本 文中所定義之醫藥組合物的步驟。 合適劑量、調配物、投藥途徑、組合物、劑型、與其他 136444.doc -55- 200930382 治療劑之組合、前藥調配物亦提供於PcT/DK2〇()6/()()()5i2 中’該案係以引用的方式併入本文中。 本發明亦提供醫藥組合物,其包含如本文中所述之化合 物或共軛物或共軛物及醫藥學上可接受之稀釋劑、載劑或 佐劑。PCT/DK2006/000512提供合適且較佳之醫藥學上可 接受之稀釋劑、載劑及佐劑(其係以引用的方式併入本文 中)。 實施例 G 以下本發明實施例可與本文中所述之其他實施例組合使 用。 1. 長度在io-so個核鹼基之間之寡聚物,其包含具有共 計10-50個核驗基的鄰接核驗基序列,其中該鄰接核驗基 序列與編碼哺乳動物雄激素受體之核酸相應區至少80。/〇同 源。 2. 如實施例1之寡聚物’其中該寡聚物包含至少一個 LNA單元。 ® 3·如實施例1或2之寡聚物,其中該鄰接核鹼基序列包 含不超過3個(諸如不超過2個)與編碼哺乳動物雄激素受體 之核酸相應區之錯配。 4.如實施例3之寡聚物,其中該鄰接核鹼基序列包含 不超過單個與編碼哺乳動物雄激素受體之核酸相應區之錯 配。 5·如實施例4之寡聚物,其中該鄰接核鹼基序列不包 含與編碼哺乳動物雄激素受體之核酸相應區之錯配(亦即 136444.doc -56- 200930382 互補)。 6·如實施例1-5中任一項之寡聚物,其中募聚物之核 鹼基序列由鄰接核鹼基序列組成。 7·如實施例1-6中任一項之寡聚物,其中編碼哺乳動物 雄激素受體之核酸為人類雄激素受體核苷酸序列,諸如 SEQ ID NO 1,或其天然產生之等位基因變異體。 8·如實施例1-7中任一項之募聚物,其中該鄰接核鹼基、 序列與人類雄激素受體核酸序列及非人類哺乳動物雄激素 〇 受體核酸序列(諸如小鼠雄激素受體核酸序列)之相應區皆 互補。 9·如實施例1至8中任一項之寡聚物,其中該鄰接核鹼 基序列包含具有至少7個核驗基殘基之鄰接子序列,該子 序列在與互補雄激素受體靶RNA形成雙鏈體時能夠募集 RNaseH。 10.如實施例9之寡聚物,其中該鄰接核鹼基序列包含 具有至少8個、至少9個或至少1〇個核鹼基殘基之鄰接子序 © 列’該子序列在與互補雄激素受體靶RNA形成雙鍵體時能 夠募集RNaseH。 Π·如實施例9或10中任一項之寡聚物,其中該鄰接子 序列長度為至少9個或至少10個核鹼基,諸如長度為至少 12個核驗基或至少14個核驗基,諸如14、15或16個核驗基 殘基,該子序列在與互補雄激素受體靶RNA形成雙鏈體時 能夠募集RNaseH。 12.如實施例卜11中任一實施例之寡聚物,其中該寡聚 136444.doc -57- 200930382 物與一或多種非核鹼基化合物共軛。 13. 如實施例1-12中任一項之寡聚物,其中該寡聚物具 有10-22個核鹼基之長度。 14. 如實施例1-13中任一項之寡聚物,其中該寡聚物具 有12-18個核鹼基之長度。 15. 如實施例1-14中任一項之寡聚物,其中該募聚物具 有14、15或16個核鹼基之長度。 16·如實施例1-15中任一項之寡聚物,其中該連績核鹼 ❹ 基序列對應於以選自由SEQ ID NO 86-106組成之群之核酸 序列呈現的鄰接核苷酸序列。 17. 如實施例1-16中任一項之寡聚物,其中該寡聚物或 鄰接核鹼基序列包含或選自以選自由SEQ ID NO 2-22組成 之群之核苷酸序列呈現的相應核鹼基序列。 18. 如實施例1-17中任一項之寡聚物,其中該鄰接核鹼 基序列包含至少一種親和力增強核苷酸類似物。 19. 如實施例18之寡聚物,其中該鄰接核鹼基序列包含 ® 共計2、3、4、5、0、7、8、9或10種親和力增強核苷酸類 似物,諸如5與8種之間之親和力增強核苷酸類似物。 20. 如實施例1-19中任一項之寡聚物,其包含至少一種 親和力增強核苷酸類似物’其中剩餘核鹼基係選自由DNa 核苷酸及RNA核苷酸組成之群,較佳為DNA核苷酸。 21. 如實施例1-20中任一項之募聚物,其中該募聚物包 含一種式A-B-C及視情況式A-B-C-D(5'至3,方向)之核驗基 序列,其中: 136444.doc 58 - 200930382 (a) 由或包含至少一個核苷酸類似物組成,諸如j、 2、3、4、5或6個核苷酸類似物,較佳2-5個核苷酸類似 物,較佳2、3或4個核苷酸類似物,最佳2、3或4個連續核 苷酸類似物,及 (b) 由或包含至少五個連續核驗基組成,其能夠募 集RNAseH(當與互補RNA分子,諸如ARmRNA|e•形成雙鏈 體時)’諸如DNA核驗基,諸如5、6、7、8、9、10、11咬 12個連續核驗基’其能夠募集rn As eH,或6-10個或7-9個 〇 (諸如8個)連續核鹼基,其能夠募集RNAseH,及 (c) 由或包含至少一個核苷酸類似物組成,諸如1、 2、3、4、5或ό個核苷酸類似物,較佳2-5個核苷酸類似 物,諸如2、3或4個核苷酸類似物,最佳2、3或4個連續核 苷酸類似物,及 (d) 當存在時,由或包含較佳一或多個DNA核苷酸 組成’諸如1-3或1-2個DNA核苷酸。 22·如實施例21之募聚物,其中區域a係由或包含2、3 ® 或4個連續核普酸類似物組成。 23’如實施例21-22中任一項之募聚物,其中區域b係由 或包含7、8、9或1〇個連續〇ΝΑ核苷酸或相等核鹼基組 成“其與諸如雄激素受體mRNA靶之互補RNA形成雙鏈 體時’能夠募集RNAseH。 24·如實施例21-23中任一項之寡聚物,其中區域◦係由 3 含2 3或4個連續核苷酸類似物組成。 25·如實施例21-24中任一項之募聚物,其中區域D(若存 136444.doc -59· 200930382 在)係由一或兩個DNA核苷酸組成。 26. 如實施例21-25中任一項之寡聚物,其中: (a) 由或包含3個鄰接核苷酸類似物組成; (b) 由或包含7、8、9或10個鄰接DNA核苷酸或相等 核驗基組成,當其與諸如雄激素受體mRNA靶之互補RNA 形成雙鏈體時,能夠募集RNAseH; (e) 由3個鄰接核苷酸類似物組成或包含該等鄰接核 苷酸類似物; 〇 (d)(若存在)由一或兩個DNA核苷酸組成。 27. 如實施例26之寡聚物,其中該鄰接核鹼基序列係由 1()、11、12、13或14個核鹼基組成,且其中·· (a) 由1、2或3個鄰接核苷酸類似物組成; (b) 由7、8或9個在與諸如雄激素受體mRNA靶之互 補RNA形成雙鏈體時能夠募集RNAseH之連續DNA核苷酸 或等效核鹼基組成; 由1、2或3個鄰接核苷酸類似物組成; ❹ (d)(若存在)由一個DNA核苷酸組成。 28_如實施例21-27中任一項之募聚物,其中B包含至少 —個呈α-L構型之LNA核鹼基,諸如a-L-氧基LNA。 29.如實施例1-28中任一項之募聚物,其中核苷酸類似 物係獨立地或共同選自由鎖核酸(LNA)單元、2,-〇_垸基_ RNA單元、2,_〇Me_RNA單元、2,-胺基-DNA單元、2,-羞 * DNA單元、PNA單·元、HNA單元及INA單元組成之群。 30·如實施例29之募聚物,其中所有核苷酸類似物均為 136444.doc 200930382 LNA單元。 3 L如實施例1-30中任一項之募聚物,其包含i、2、3、 4、5、6、7、8、9或1(H@LNA單元,諸如2與8個之間之核 苷酸LNA單元。 32·如實施例29-31令任一項之寡聚物,其中LNA係獨立 地選自呈β-D及a_L構型或其組合形式之氧基·LNA、硫基_ LNA及胺基_LNA。 33·如實施例32之募聚物,其中LNA均為β_〇_氧基_ LNA。 34.如實施例21-33中任一項之寡聚物,其中區域八及〇 之核皆酸類似物或核鹼基為β-D-氧基-LNA。 35‘如實施例1-34中任一項之寡聚物,其中存在於寡聚 物中之至少一個核鹼基為選自由下列各物組成之群之經修 飾核驗基:5-曱基胞嘧啶、異胞嘧啶、假異胞嘧啶、5_溴 尿續咬、5-丙炔基尿嘧啶、6-胺基嘌呤、2-胺基嘌呤、肌 苦、二胺基嘌呤及2-氣-6-胺基嘌呤。 36.如實施例1-35中任一項之募聚物,其中該募聚物與 相應哺乳動物雄激素受體mRNA以至少50〇CiTm雜交。 37·如實施例1-36中任一項之寡聚物,其中該寡聚物與 相應哺乳動物雄激素受體mRNA以不超過80°CiTm雜交。 38.如實施例1-37中任一項之寡聚物,其中該等核苷間 鍵係獨立地選自由下列各物組成之群:磷酸二酯、硫代磷 酸酯及硼烷磷酸酯。 39·如實施例38之寡聚物,其中該寡聚物包含至少一個 136444.doc -61 - 200930382 硫代磷酸酯核苷間鍵。 40. 如實施例39之寡聚物’其中與DNA或RNA單元相鄰 或在DNA或RNA單元之間或在區域B内之核苷間鍵為硫代 碟酸醋鍵。 41. 如實施例39或40之寡聚物,其中至少一對連續核苦 酸類似物之間之鍵為磷酸二酯鍵。 42·如實施例39或40之寡聚物,其中連續核苷酸類似物 之間之所有鍵均為磷酸二酯鍵。 © 43.如實施例42之募聚物,其中所有核苷間鍵均為硫代 碟酸S旨鍵。 44. 一種共軛物,其包含如實施例1-43中任一項之募聚 物及至少一種共價連接至該化合物之非核苦酸或非聚核皆 酸部分。 仏_種醫藥組合物’其包含如實施例⑷中任一項所 定義之寡聚物或如實施例44中所定義之共軛物,及醫藥學 上可接受之稀釋劑、載劑、鹽或佐劑。 ❿46.如45之醫藥組合物’其中該寡聚物係以前藥形式構 醫藥組合物,其另外包含選自由 治療劑:非類固醇抗雄激素及黃 47.如實施例45或46之 下列各物組成之群之另一 體釋素類似物。 48. 施一種如實施例“43中任-項所定義之募聚物或如實 :中所定義之共輕物的用途,其係用於製造用於治療 選自由下列疾病組成之群的疾病或病症之藥劑:癌症(諸 136444.doc -62- 200930382 如乳癌或***癌)、脫髮、良性***增生、脊髓性肌 肉萎縮、甘迺迪病及聚麩胺酸鹽病。 49.如實施例1-43中任一項所定義之寡聚物或如實施例 44中所定義之共軛物,其係用於治療選自由下列疾病組成 之群之疾病或病症:癌症(諸如乳癌或***癌)、脫髮、 良性***增生、脊髓性肌肉萎縮、甘迺迪病及聚麩胺酸 鹽病。 50· —種治療選自由下列疾病組成之群之疾病或病症的 〇 方法:癌症(諸如乳癌或***癌)、脫髮、良性***增 生、脊髓性肌肉萎縮、甘迺迪病及聚麵胺酸鹽病,該方法 包含對有需要之患者投與如實施例i _43中任一項所定義之 寡聚物’或如實施例44所定義之共軛物或如實施例45-47 中任一項所定義之醫藥組合物。 5 1. —種治療癌症(諸如***癌或乳癌)之方法,該方 法包含對有需要之患者投與如實施例i _43中任一項所定義 之寡聚物或如實施例44所定義之共軛物或如實施例45_47 ® 中任一項所定義之醫藥組合物。 52. —種降低或抑制細胞或組織中雄激素受體表現之方 法’該方法包含使該細胞或組織與如實施例丨_43中任一項 所定義之化合物,或如實施例44所定義之共軛物或如實施 例45-47中任一項所定義之醫藥組合物接觸,使得雄激素 受體之表現降低或受到抑制之步驟。 調節藉由雄激素受體(亦即雄激素受體靶)調控之基因在 表現該基因之細胞中的表現之方法,該方法包含使該細胞 136444.doc •63· 200930382 或組織與如實施例1-43中任一項所定義之化合物,或如實 施例44中所定義之共軛物或如實施例45-47中任一項所定 義之醫藥組合物接觸,使得調節雄激素受體靶之表現的步 實例 實例1 :單《合成 LNA單體基本組份及衍生物係根據公開之程序及其中所 引用之參考文獻來製備(參見WO 07/031 〇81及其中所引用 〇 之參考文獻)。 實例2 :募核苷酸合成 寡核苷酸係根據WO 07/031081中所述之方法來合成。表 1展示本發明之反義募核苷酸序列之實例。表2及3展示本 發明之反義寡核苷酸(募聚物)之實例。 實例3 :募核苷酸之設計 根據本發明,設計一系列靶向人類雄激素受體mRNA之 不同區域的募聚物(GenBank寄存編號NM一000044 ’ SEQ ID © ΝΟ:1)。 展示於下表1中之SEQ ID NOS:2-22為經設計以靶向人類 雄激素受體mRNA之寡聚物序列。表中指示鞋1核酸之把 區0 表1 斥羹1核苷酸序列- 長度 靶位點 SEQ ID NO 序列(5’-3’) (驗基) NM_000044 一 _ 16 1389-1404 SE〇 ID NO:2 GAGAACCATCCTCACC SEQ ID NO:3 GGACCAGGTAGCCTGT____ 16 1428-1443 SEQ ID NO:4 CCCCTGGACTCAGATG ____ 16 1881-1896 136444.doc • 64· 200930382
SE〇 ID NO:5 GCACAAGGAGTGGGAC 16 1954-1969 SEQ ID NO:6 GCTGTGAAGAGAGTGT 16 2422-2437 SEQ ID NO:7 TTTGACACAAGTGGGA 16 2663-2678 SEQ ID NO:8 GTGACACCCAGAAGCT 16 2813-2828 SEQIDNO:9 CATCCCTGCTTCATAA 16 2975-2990 SEQ ID NO: 10 ACCAAGTTTCTTCAGC 16 3008-3023 SEQ ID NO: 11 CTTGGCCCACTTGACC 16 3263-3278 SEQ ID NO: 12 TCCTGGAGTTGACATT 16 3384-3399 SEQ ID NO: 13 CACTGGCTGTACATCC 16 3454-3469 SEQ ID NO: 14 CATCCAAACTCTTGAG 16 3490-3505 SEQ ID NO: 15 GCTTTCATGCACAGGA 16 3529-3544 SEQ ID NO: 16 GAAGTTCATCAAAGAA 16 3594-3609 SEQ ID NO: 17 AGTTCCTTGATGTAGT 16 3616-3631 SEQ ID NO: 18 TTGCACAGAGATGATC 16 3809-3824 SEQ ID NO: 19 GATGGGCTTGACTTTC 16 3845-3860 SE〇 ID NO:20 CAGGCAGAAGACATCT 16 3924-3939 SE〇 ID NO:21 CCCAAGGCACTGCAGA 16 3960-3975 SEQ ID NO:22 GCTGACATTCATAGCC 16 3114-3129 SEQ ID NO:86 TGGGGAGAACCATCCTCACCCTGC 24 1385-1408 SEQ ID NO:87 TCCAGGACCAGGTAGCCTGTGGGG 24 1424-1447 SEQ ID NO:88 TGTTCCCCTGGACTCAGATGCTCC 24 1877-1990 SEQ ID NO:89 TGGGGCACAAGGAGTGGGACGCAC 24 1950-1973 SE〇 ID NO:90 TTCGGCTGTGAAGAGAGTGTGCCA 24 2418-2441 SE〇IDNO:91 CGCTTTTGACACAAGTGGGACTGG 24 2659-2682 SE〇 ID NO:92 CATAGTGACACCCAGAAGCTTCAT 24 2809-2832 SEQ ID NO:93 GAGTCATCCCTGCTTCATAACATT 24 2971-2994 SEQIDNO:94 GATTACCAAGTTTCTTCAGCTTCC 24 3004-3027 SEQ ID NO:95 AGGCCTTGGCCCACTTGACCACGT 24 3259-3282 SEQIDNO.-96 AGCATCCTGGAGTTGACATTGGTG 24 3380-3403 SE〇 ID NO:97 GACACACTGGCTGTACATCCGGGA 24 3450-3473 SE〇IDNO:98 GAGCCATCCAAACTCTTGAGAGAG 24 3486-3509 SEQ ID NO:99 CAGTGCTTTCATGCACAGGAATTC 24 3525-3548 SEQ ID NO: 100 ATTCGAAGTTCATCAAAGAATTTT 24 3590-3613 SEQ ID NO: 101 ATCGAGTTCCTTGATGTAGTTCAT 24 3612-3635 SEQ ID NO: 102 GCACTTGCACAGAGATGATCTCTG 24 3805-3828 SEQ ID NO: 103 AATAGATGGGCTTGACTTTCCCAG 24 3841-3864 SEQ ID NO: 104 ATAACAGGCAGAAGACATCTGAAA 24 3920-3943 SEQ ID NO: 105 ATTCCCCAAGGCACTGCAGAGGAG 24 3956-3979 SEQ ID NO: 106 ATGGGCTGACATTCATAGCCTTCA 24 3110-3133
在展示於下表2中之SEQ ID NOs:23-43中,大寫黑體字 母指示核苷類似物單體(例如β-D-氧基LNA單體)且下標"s" 表示單體之間的硫代磷酸酯鍵結基團。不存在下標"s"(若 存在此情形)指示磷酸二酯鍵結基團。小寫字母表示DNA 136444.doc • 65· 200930382 單體。 表2 募核苷酸設計 SEQ ID NO 序列(5’-3〇 SEQ ID NO:23 5 -(¾ A>sG.sa.sajsc*scrsa_stsc*scstscsAsCsC-3 ’ SEQ ID NO:24 5 •GgG*sAescsc*sasg'sg,stsasgscsc'sTsGgT-3 SEQIDNO:25 5 CsCs〇scstsg,sgsa,scstsc,saggsA,sTsG-3 SEQ ID NO:26 5l-G.sCsA.sc.s%g•綱gstsgsgsG.sA-se-3' SEQ ID NO:27 5 -GgOgPgggtgggagagggagggagggTg.GgT-3 SEQ ID NO:28 5 'TgTgTgggagCgagCgagagggtgggGgGgA-S SEQ ID NO:29 5 ~G,sPsG*sagCsasCgC*scsasg,sagagGs〇sT-3 SEQ ID NO:30 5 •CsAesPscsc,scstsg,scststsc,sa*sPsA*sA-3 SEQIDNO:31 5 A's〇s〇sa'sasgstststsCgtstsCgAesG*sC-3 SEQ ID NO:32 SEQ ID NO:33 SEQ ID NO:34 5 "C^AgOgtgggggCgtgggtgagCgagT^OgC-S SEQ ID NO:35 5 ^sAgPgCgCgagagagCgtgCgtgtgGgAgG-S SEQ ID NO:36 5l-Gg〇sPststscsa'stsgsCgagCsa*sGsGsA-3 SEQ ID NO:37 5 "GgAgAgggtgtgCgagtgCgaga^agGgAgA-3 SEQIDNO:38 5 "AgGgPgtgCgCgtgtggjgagtgggtgAgGgT-S SEQIDNO:39 5l-TsTsG-sc-sa-scsa-sgsa-sg-sa-stsgsA-sTs€-3' SEQ ID NO:40 5 "GgAgTgggggggCgtgtgggagCgtgTgTgC-S SEQIDNO:41 5 •CsA*sG.sg'sc*sa.sgsa:sa:sgsa.scisa.sTsC>sT-3 SEQIDNO:42 5 •Cs〇sQsa'saggsgscsa*scstsgscsA*sG,sA-3 SEQ ID NO:43 5 - Gs Cs Ts gs as cs as ts ts cs as ts as Gs Cs C -3 實例4:活體外模型:細胞培養物 可於多種細胞類型中之任一者中測試反義寡核苷酸對靶 核酸表現之效應,其限制條件為靶核酸係以可量測之含量 136444.doc -66- 200930382 存在。靶可内源性地表現或藉由瞬時或穩定轉染編碼該靶 之核酸來表現。常規地,可使用(例如)北方墨點分析、實 時PCR、核糖核酸酶保護檢定來測定靶核酸之表現水平。 以下細胞類型係為說明性目的而提供,但常規地亦可使用 其他細胞類型,其限制條件為靶係於所選細胞類型中表 現。 在如下所述之適當培養基中培養細胞,且將其維持在 37°C、95-98%濕度及5% C02下。使細胞常規地每週繼代2-❹ 3次。 A549 在 DMEM (Sigma) +10% 胎牛血清(FBS) +2 mM Glutamax 1+建它黴素(gentamicin)(25 pg/ml)中培養人類肺 癌細胞株A5439。 MCF7在 EagleMEM (Sigma) +10%胎牛血清(FBS) +2 mM Glutamax I + 1χΝΕΑΑ+建它黴素(25 pg/ml)中培養人類乳 癌細胞株MCF7。 實例5 :活體外模型:以反義募核苷酸治療 Ο 使用陽離子脂質體調配物LipofectAMINE 2000 (Gibco)作 為轉染媒劑,以寡聚物治療列於實例4中之細胞株。將細 胞接種於6孔細胞培養盤(NUNC)中且在80-90%長滿時進行 治療。所使用之寡聚物濃度在1 nM至1 6 nM最終濃度之範 圍内。寡聚物-脂質複合物之調配基本上係如製造者所述 使用不含血清之OptiMEM (Gibco)及最終脂質濃度為5 pg/mL之LipofectAMINE 2000來進行。將細胞在37°C下培 育4小時且藉由移除含有募聚物之培養基來終止治療。洗 136444.doc -67- 200930382 滌細胞且添加含血清之培養基。在募聚物治療後,使細胞 恢復20小時,隨後將其收集以供RNA分析。 實例6 :活體外模型:RNA提取及cDNA合成 總RNA分離及第一鏈合成 如上所述且根據製造者說明書使用Qiagen RNeasy套組 (Qiagen目錄號:741 04)自經轉染之細胞提取總RNA。第一 鏈合成係根據製造者說明書使用來自Ambion之逆轉錄酶試 劑來進行。 © 對於各樣本而言,用不含RNase之H20將0.5 pg總RNA之 體積調節至10·8 μΐ且將其與2 μΐ隨機十量體(decamer)(50 μΜ)及4 μΐ dNTP混合物(2·5 mM各dNTP)混合且加熱至70°C 歷時3 min,其後使樣本於木上快速冷卻。在樣本於冰上 冷卻後,向各樣本中添加2 μΐ 10x緩衝液RT、1 μΐ MMLV 逆轉錄酶(100 U/μΙ)及0.25 μΐ RNase抑制劑(10 U/μΙ),隨後 在42°C下培育60 min,在95°C下使酶熱失活10 min且接著 使樣本冷卻至4°C。 © 實例7 :活體外模型:藉由實時PCR來分析雄激素受體表 現之寡核苷酸抑制 雄激素受體表現之反義調節可以此項技術中已知之各種 方式來檢定。舉例而言,雄激素受體mRNA水平可藉由(例 如)北方墨點分析、競爭性聚合酶鏈反應(PCR)或實時PCR 來定量。目前,實時定量PCR為較佳的。可對總細胞RNA 或mRNA進行RNA分析。 RNA分離及RNA分析之方法(諸如北方墨點分析)為此項 136444.doc -68 - 200930382 技術中之常規方法且係教示於(例如)Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley and Sons 中 ° 實時定量(PCR)可便利地使用可購自Applied Biosystems 之市售多色實時PCR偵測系統(Multi-Color Real Time PCR Detection System)來實現。 雄激素受艎mRNA水平之實時定量PCR分析 樣本中人類雄激素受體mRNA之量係根據製造者說明書 使用人類雄激素受體ABI Prism Pre-Developed TaqMan檢 ❹ 定試劑(Applied Bio systems 目錄號Hs001711 72_ml)來定 量。 將甘油醛-3-磷酸脫氫酶(GAPDH) mRNA量用作使樣本 製備中的任何變異標準化之内源性對照。 樣本中人類GAPDH mRNA之量係根據製造者說明書使 用人類GAPDH ABI Prism Pre-Developed TaqMan檢定試劑 (Applied Biosystems 目錄號4310884E)來定量。 實時定量PCR為此項技術中熟知之技術且係教示於(例 ❹ 如)Heid等人,Real time quantitative PCR,Genome Research (1996),6:986-994 中。
貧時PCR 將來自如實例6中所述而進行之第一鏈合成之cDNA稀釋 2-20倍,且使用來自 Applied Biosystems 之 Taqman 7500 FAST或7900 FAST藉由實時定量PCR進行分析。將引子及 探針與2 X Taqman Fast Universal PCR母體混合物 (2x)(Applied Biosystems 目錄號 4364103)混合且添加至 4 μΐ 136444.doc -69- 200930382 cDNA中,直至1〇 μ1之最終體積。一式兩份分析各樣本 藉由檢定已於由表現所關注RNA之細胞株純化之材料 備的cDNA之2倍稀釋物而產生標準曲線。使用無菌只2〇來 ,隨 替代cDNA用於無模板對照。PCR程式:95Ό歷時3〇秒’ 後進行40次以下循環:95。(:,3秒;60°C,20-30秒β使用 Applied Biosystems Fast System SDS軟體 1.3.1.21.版本戈 SDS軟體2·3版本,由經計算之閾值循環來測定靶mRNA之 相對量。 〇 實例8:活«外分析:藉由募核苷酸化合物來反義抑制人 類雄激素受體mRNA表現 在1、4及16 nM之濃度下評估表3中呈現之寡核苷酸降低 雄激素受體mRNA表現之潛力(參見圖1及2)。 表3中之資料係以在16 nM下相對於模擬轉染細胞之下調 百分比來呈現。小寫字母表示DNA單體,粗體大寫字母表 示β-D-氧基-LNA單體。LNA單體中之所有胞嘧啶鹼基均為 5-甲基胞嘧啶。下標”s”表示硫代磷酸酯鍵。 ❹ 表3 藉由寡核苷酸抑制人類雄激素受髏mRNA表現 測試物質 序列(5’-3’) 雄激素受 體之抑制 百分比· MCF7 雄激素 受艎之 抑制百 A549 1 SEQ ID NO:44 5 *OsA_sG.sa.sa„sa-st:sc*sc>stscisA.sC>sC-3, 80.1 63.8 SEQ ID NO:45 89.0 88.2 SEQIDNO:46 5 ^s〇s〇sc'stsg,sgsa^cstsc,sasg,s AgTsG-31 89.4 82.8 SEQIDNO:47 5l-G,sc,sAsc'sasas&sg'sa's^stsg'sg'sGsAse*3, 83.1 77.7 136444.doc 70· 200930382 表3藉由募核苷酸抑制人類雄激素受體mRNA表現 測試物質 序列(5’-3〇 雄激素受 癥之和制 百分比-MCF7 雄激素 受體之 抑制百 谷比- A549 SEQ ID NO:48 5 ~G*s〇sTjsg'stsg'sasasg,sasg*sa,,sg'sTsGesT-3 93.8 96.7 SEQ ID NO:49 5-〇sTsG'stsgsasa*sg,sasgsasgsTsG-3 n.d. n.d. I SEQ ID NO:50 n.d. n.d· I SEQIDNO:51 96.9 95.5 I SEQIDNO:52 5l-TsTsG-sa-scsa-scsasasgstsgsG-sG-3' n.d. n.d. I SEQ ID NO:53 5l-TsGsasc*sasc*sa]gasg*st:sGsG_3 n.d. n.d. I SEQ ID NO:54 ^ ^s^s^sascsas^scscsas^sasas^*s^s^"^ 95.4 98.3 SEQ ID NO:55 5l-TsGsA-sc-sa-scscsc-sa-s&sa-sa-sG-sC-3' n.d. n.d. I I SEQ ID NO:56 5l* GsAscsascscscsas&sasAsG-3, n.d. n.d. SEQIDNO:57 5 OgAgTgCgCgCgtgggCrgtgtgCgagTgjAgA-S 89.5 88.9 SEQ ID NO:58 5 A*s〇s〇sagasgstststsc,ststscsA,sG*sC-3 95.6 98.9 SEQ ID NO:59 n.d. n.d. SEQ ID NO:60 5 l-〇sAsa*sgstststsc*ststsCsA-3 n.d. n.d. I SEQIDNO:61 ^ ^s^s^s^s^scs^scsas^sVs^s^*s^s^'^ 86.7 93.3 SEQ ID NO:62 81.3 93.0 SEQ ID NO:63 5 -C^A*sCstsgsgscstsgstsagCsagTsCsC-3 90.9 98.4 SEQ ID NO:64 5l-A*s〇sTsgsgscstsgstsa*sCgagTsC-3 n.d. n.d. SEQ ID NO:65 5l-〇sPsgsgsc*stsgstsa*scsAesT-3 n.d. n.d. I SEQ ID NO:66 5 〇sAesTscscsaesagasc,stsc,ststsGsA'sG-3 79.8 95.3 SEQ ID NO:67 5 Ges〇sTststgc,sastggscsagCsa*s〇sGgA-3 83.5 97.0 SEQ ID NO:68 5l-G.sA.sA.sgststs^a_stsesa概 GsA.sA-3' 88.2 85.6 SEQ ID NO:69 5 -A,sGesTstsc,scststsg,sastsgstsA,sQsT-3 92.7 94.0 I SEQ ID NO:70 5 l-&s^sT*scsc*ststsgsa'stsg,sTsAesG-3 n.d. n.d. SEQ ID NO:71 S^TgTgCgCgtgtgggagtgggTgA-S n.d. n.d. I SEQ ID NO:72 5l-TsTsG#scsagCsa,sgsagg'sagtsg,sAjsTsC-3 79.2 90.4 136444.doc -71 - 200930382 表3 藉由寡核苷酸抑制人類雄激素受體mRNA表現 測試物質 序列(S’-3') 雄激素受 磕之和制 百分比· MCF7 雄激素 受»之 #制百 分比-A549 SEQ ID NO:73 5v-GsA*sTsg,sgfsg'scststsg,sagCstsTsTsC-3 91.1 97.3 SEQIDNO:74 5l- AgPggjjgjggjgCgtgtggjga^CgtgTgT-3 n.d. n.d. SEQ ID NO:75 5l-TsGjsg]sg]sc,ststsgsagCsTsT-3 n.d. n.d. SEQ ID NO:76 5l-〇sA^Gsgscsa^gsas^gsa^csasPsesT-3' 85.9 94.3 SEQ ID NO:77 5l-CsCsCsa^gsg"scsa^stsgs(rsA-sGsA-3, 93.0 98.5 SEQ ID NO:78 n.d. n.d. SEQ ID NO:79 5 -C5A*sa^gg,sg,sc,sascstsgsCsA-3 n.d. n.d. SEQ ID NO:80 5 - GgCgTgggagCgagtgtgCgagtgagGgCjC-S1 n!dT — n.d. 如表3中所示,具有SEQ ID NOs:48、51, ----J * 54、58、 ------ 63、 69、73及77中所陳述序列之寡核苷酸證實在此等實驗中& 16 nM下對A549及MCF7細胞中的雄激素受體mRNA表現具 有超過90%之抑制。
在某些實施例中,基於所測試之反義寡聚物序歹彳& < 計,但與(例如)表3中所展示之彼等寡聚物相比具有(例如) 不同長度(較短或較長)及/或單短含量(例如核; ㈡胡似物頬 型及/或數量)之募聚物亦可提供合適的雄激素受體 衣現之 抑制。 酸化合物來反義抑制小 實例9:活艘内分析:藉由募核苷 鼠雄激素受艎mRNA肝臟表現 v. q3dx4)(5| 4 使裸小鼠服用100 mg/kg寡核苷酸(i. 鼠之 SEQ 理食 組規模)。將反義寡核苷酸(SEQ ID:48、SEQ m • ^ 1 \ ID:58、SEQ ID:63、SEQ ID:77)溶解於磷酸幾緩 Ί衝生 136444.doc -72- 200930382 鹽水中。最後給藥後24 h處死動物且對肝臟組織取樣且隨 後將其儲存於RNA中直至RNA提取及QPCR分析。提取總 RNA且使用小鼠AR QPCR檢定(目錄Mm01238475_ml, Applied Biosystems)藉由如實例7中所述之QPCR來量測肝 臟樣本中之AR mRNA表現。使結果標準化至小鼠 GAPDH(目錄號 4352339E,Applied Biosystems)且相對於 經生理食鹽水治療之對照物來定量降低。表4中之資料係 以相對於經生理食鹽水治療之動物之下調百分比來呈現。 表4 AR mRNA表現之活艎内降低 化合物 肝臟(KD%) 生理食鹽水 0 SEQ ID: 51 100 mg/kg 65.0+/-12.6 SEQ ID: 58 100 mg/kg 95.2+/- 1.0 SEQ ID: 77 100 mg/kg 91.9+/-3.9 如表4卡所示,100 mg/kg之SEQ ID NOs:58及77募核普 酸證實在此等實驗中對小鼠肝細胞中之雄激素受體mRNA 表現具有超過90%之抑制。 Q 實例10 :活艎外分析··人類雄激素受艘mRNA之反義抑制 增生性活細胞之量測(MTS檢定) 在轉染前一天將LNCaP***癌及A549肺癌細胞以每孔 150,000個細胞之密度接種於6孔培養盤中。在〇14£14 (Sigma) +10%胎牛血清(FBS) +2 mM Glutamax 1+建它黴素 (25 pg/ml)中培養A549細胞,而在RPMI 1640培養基 (Sigma) +10%胎牛血清(FBS) +2 mM Glutamax 1+建它黴素 (25 pg/ml)中培養LNCaP細胞。第二天,移除培養基,隨 136444.doc • 73- 200930382 後添加 1.2 ml含有 5 pg/ml Lipofectamine2000 之 OptiMEM (Invitrogen)。將細胞培育7 min,隨後添加0.3 ml稀釋於 OptiMEM中之募核苷酸。最終募核苷酸濃度為4 nM及16 nM。治療4小時後.,移除培養基且使細胞胰蛋白酶化且將 其以每孔5000個細胞之密度接種於透明96孔培養盤 (Scientific Orange第 1472030100號)中之 100 μΐ培養基中。 在藉由添加10 μΐ四哇鑌化合物[3-(4,5-二甲基-2-基)-5-(3-羧基甲氧基苯基)-2-(4-磺苯基)-2H-四唑鑌,内鹽;MTS] ^ 及電子偶合試劑(吩嗪乙基硫酸鹽;PES)(CellTiter 96® AQueous One Solution Cell Proliferation Assay, Promega) 所指示之時間量測活細胞。於Powerwave(Biotek Instruments)中,在49〇 nm下量測活細胞。相對時間/h對 OD490 nm量測值緣圖。。如圖13及圖14 所示,SEQ ID NOs:58及77之募核苷酸抑制LNCaP*** 及A549肺癌細胞之生長。 實例11:活體外分析:藉由反義抑制人類雄激素受體 © mRNA所達成之卡斯蛋白酶3/7活性
在轉染前一天將LNCaP***癌細胞及A549肺癌細胞以 每孔150,000個細胞之密度接種於6孔培養盤中。在DMEM (Sigma) +10%胎牛血清(FBS)+2 mM Glutamax I +建它黴素 (25 pg/ml)中培養A549細胞,而在RPMI 1640培養基 (Sigma) +10%胎牛血清(FBS) +2 mM Glutamax 1+建它黴素 (25 pg/ml)中培養LNCaP細胞。次曰移除培養基,隨後添 加 1.2 ml 含有 5 pg/ml Lipofectamine2000 之 OptiMEM 136444.doc •74- 200930382 (Invitrogen)。將細胞培育7 min,隨後添加0.3 ml稀釋於 OptiMEM中之寡核苷酸。最終募核苷酸濃度為4 nM及16 nM。治療4小時後,移除培養基且使細胞胰蛋白酶化且將 其以每孔5000個細胞之密度接種於白色96孔培養盤(Nunc) 中之100 μΐ培養基中。在藉由添加1〇〇 μΐ卡斯蛋白酶-Glo 3/7檢定(Promega)所指示之時間量測卡斯蛋白酶3/7活性。 卡斯蛋白酶3/7活性係使用光度計來量測。在三個不同時 間點14 h、48 h及72 h量測卡斯蛋白酶3/7活性(參見圖15及 ❹ 圖16)。如圖15及圖16所示,SEQ ID NOs:58及77之寡核苷 酸在LNCaP***及A549肺癌細胞中皆誘發卡斯蛋白酶 3/7活性。 實例12 :活鳢外分析:在***癌細胞株LNCaP及肺癌細 胞株A549中藉由募核苷酸化合物來反義抑制人類雄激素受 艘mRNA表現 在0.5、1、2、4、8及10 nM濃度下評估寡核苷酸降低雄 激素受體mRNA表現之潛力(參見圖11)。在轉染前一天將 ❹ LNCaP***癌細胞及A549肺癌細胞以每孔150,000個細 胞之密度接種於6孔培養盤中。在DMEM (Sigma) +10%胎 牛血清(FBS) +2 mM Glutamax 1+建它黴素(25 pg/ml)中培 養A549細胞。在RPMI 1640培養基(sigma) +10%胎牛血清 (FBS) +2 mM Glutamax 1+建它黴素(25 pg/ml)中培養 LNCaP細胞。第二天,移除培養基,隨後添加丨2 mi含有5 pg/ml Lipofectamine2000之OptiMEM (Invitrogen)。將細胞 培育7 min’隨後添加0.3 ml稀釋於OptiMEM中之寡核苷 136444.doc -75- 200930382 酸。最終寡核苷酸濃度為〇·5、1、2、4、8及16 nM。洗滌 細胞且添加含血清之培養基。在寡聚物治療後,使細胞恢 復20小時,隨後將其收集以供RNA分析。RNA分離、 cDNA合成及qPCR之程序係如實例5、6及7中所描述。如 圖11及12中所示,SEQ ID NOs:58及77之募核苷酸在肺癌 細胞株A549及雄激素受體依賴性LNCaP***癌細胞株中 均有效降低AR mRNA表現。 實例13 :活體内分析:反義募核苷酸對小鼠體内PSA水平 Q 及雄激素依賴性***腫瘤生長之效應 在研究中使用平均重27.3±2.4 g之六至七週大之雄性無 胸腺 nu/nu 小鼠(Harlan Sprague Dawley)。使一千萬個 22RV1細胞(雄激素獨立性***癌株)懸浮於1:1比率之 PBS (Gibco#14190)及 Matrigel (BD#356234)中,將其皮下 注射至各小鼠體内。當腫瘤達到150-200 mm3之平均體積 時,將小鼠分為九個實驗組。當平均腫瘤尺寸達到 152.66±27.97 mm3時,靜脈内注射200 μΐ寡聚物。每隔3天 〇 給予共計5個劑量之寡聚物。使用與募聚物相同之給藥方 案來給予對照媒劑。在第16日,處死小鼠且將血液收集於 EDTA系帶管(laced tube)中且旋轉5 min。接著,使50 μΐ上 清液經受使用來自Salem, ALPCO Diagnostics之ELISΑ套組 (PSAHU-L01)進行之PSA檢定。實驗結果展示於圖17中。 在研究中使用平均重27.3 土 2.4 g之六至七週大之雄性無 胸腺 nu/nu 小鼠(Harlan Sprague Dawley)。使一千萬個 22RV1細胞(雄激素獨立性***癌株)懸浮於1:1比率之 136444.doc -76- 200930382 PBS (Gibco#14190)及 Matrigel (BD#356234)中,將其皮下 注射至各小鼠體内。當腫瘤達到150-200 mm3之平均體積 時,將小鼠分為九個實驗組。當平均腫瘤尺寸達到 152.66±27·97 mm3時,靜脈内注射200 μΐ募聚物。每隔3天 給予共計5個劑量之寡聚物。使用與寡聚物相同之給藥方 案給予對照媒劑。各小鼠之腫瘤體積係藉由用測徑規進行 二維量測來測定且使用下式:腫瘤體積=(長度X寬度2)/2來 計算。實驗結果展示於圖18中。 0 實例14 :製備募聚物與聚乙二醇之共輛物 具有如SEQ ID ΝΟ:48或SEQ ID ΝΟ:63所示之序列的募 聚物係藉由使用常規胺基磷酸酯化學反應將以諸如Fmoc之 阻斷基團阻斷的胺基烷基(諸如己-1-胺)連接至寡聚物之5· 磷酸酯基,氧化所得化合物,使其去保護且將其純化而在 5·端經官能化,以獲得分別具有式(IA)及(IB)之官能化寡 聚物:
-1>-〇-GeMeC,TIg,tfigea8a8gsa8ge^g8T,G,T—OH (ΙΑ)
—I—〇—MeCeA,MeC,tBgBgscsteg»te^ceaeTsHeClMeC一〇H (IB) 其中粗體大寫字母表示核苷類似物單體,小寫字母表示 DNA單體,下標”s"表示硫代磷酸酯鍵且MeC表示5-甲基胞 在室溫下,將經活化PEG(諸如式(II)所示之PEG ·· 136444.doc -77- 200930382
(Π) 其中PEG部分之平均分子量為12,000)與各式(ΙΑ)及(IB)化 合物於PBS緩衝液中之溶液在獨立容器中攪拌12小時。以 二氣甲烷萃取反應溶液三次且將經合併有機層經硫酸鎂乾 燥且過濾,且在減壓下蒸發溶劑。將所得殘餘物溶解於再 蒸餾水中且負載於陰離子交換管柱上。以水溶離未反應之 PEG連接子且以NH4HC03溶液溶離產物。將含有純產物之 溶離份混合且凍乾以產生分別如式(IIIA)及(IIIB)所示之共 輛物 SEQ ID NOs:48 及 63 :
其中經由可釋放連接子將各SEQ ID NOs:48及63募聚物連 接至平均分子量為12,000之PEG聚合物上。 可使用如上所述之方法以具有SEQ ID NOs:51、58及77 中所示序列之募聚物製成的PEG聚合物共軛物之化學結構 分別以式(IVA)、(IVB)及(IVC)展示: 136444.doc • 78- 200930382
mPE^^ MeCiM^C1MeCsa*2fegsg*Ce%c81eg5C*AfGiA-OH
σ (TVQ 其中粗體大寫字母表示β-D-氧基-LNA單體,小寫字母表示 DNA單體,下標"s"表示硫代磷酸酯鍵且MeC表示5-甲基胞 可於此方法中分別用以製造式(IVA)、(IVB)及(IVC)所示 之共輛物之經活化寡聚物具有式(VA)、(VB)及(VC)中所示 之化學結構: 0
II
,〇-P-0--OH
0· (VA)
A,*fcC,MeCeaBa8gBteteteCetBtsCeA,G,HeC-〇H (VB)
一丫一〇-MeC«w^:,MeC«^g8g8c8^c8tegsceA^3^一OH σ (VC) 【圖式簡單說明】 圖1 :使用實時PCR,在轉染後24小時在1、4及16 nM之 濃度下評估表3中所呈現之寡核苷酸在MCF7細胞中降低雄 激素受體mRNA之潛力。使所有結果標準化至GAPDH且以 136444.doc -79- 200930382 未經治療對照物之百分數來展示Ar mRNA之抑制。所展 示之結果為三個獨立實驗之平均值。 明2 :使用實時PCR,在轉染後24小時在1、4及16 nM之 濃度下評估表3中所呈現之募核苷酸在A549細胞中降低雄 激素受體mRNA之潛力。使所有結果標準化至GAPDH且以 未經治療對照物之百分數來展示Ar mRNA之抑制。所展 示之結果為三個獨立實驗之平均值。 圖3 :人類雄激素受體mRNA序列(GenBank寄存編號: ❹ NM-000044)與小鼠雄激素受體mRNA序列(GenBank寄存編 號:NM_013476)之序列比對。 圓4 :本發明寡聚物所靶向之人類ar mRNA之目前較佳 乾區(cDNA)的位置。儘管已展示16體(1611^1·)靶位點,但 在一些實施例中,此等靶區在所示靶區之5,或3,處包含額 外4個單體’亦即其為包含多達24個鄰接單體之靶區。 圖S : SEQ ID NO: 1智人雄激素受體(二氫睪固酮受體; 睪丸女性化;脊髓延髓肌肉萎縮;甘迺迪病)(AR),轉錄 © 變異體1,mRNA。(GenBank寄存編號:NM_000044) « 明6 : SEQ ID NO 81 :小鼠雄激素受體mRNA序列。 圈7 : SEQ ID NO 82 :恆河猴雄激素受體mRNA序列。 圓8 : SEQ ID NO 83:智人雄激素受體蛋白胺基酸序 列。 圏9 : SEQ ID NO 84 :小鼠雄激素受體蛋白胺基酸序 列。 圓10 : SEQ.ID NO 85 :恆河猴雄激素受體蛋白胺基酸序 136444.doc •80- 200930382 列。 圖 11 :轉染後 24 h,LNCaP 中之 AR mRNA。 圓12 :轉染後24 h,A549中之AR mRNA。 圖13 :細胞增生檢定-A549,轉染後時程。 圖14 :細胞增生檢定-轉染後時程。 囷15 :轉染後24、48或72小時,LNCaP細胞中之卡斯蛋 白酶3 / 7活性。 圓16 :轉染後24、48或72小時,A549細胞中之卡斯蛋白 ^ 酶3 / 7活性。 圖17 :活體内寡聚物治療後血漿中之平均PSA。 圖18 .腫瘤生長之活體内抑制。 136444.doc -81 - 200930382 序列表 <110>丹麥商聖塔莉斯製藥公司 <120>靶向雄激素受體之鎖核酸(LNA)拮抗劑
<130> 1043WO <140 097145706 <141> 2008-11-26 <150> US 60/990125 <151> 2007-11-26 <160> 106 <170> Patentln version 3.5 <210> 1 <211> 4314 <212> DNA <213> 智人
<400> 1 cgagatcccg agaggaggcg aagggacgca cggcggcttc ctgctaaaga ctcctcctct ccgcagctgc gcccccccgc ttggctgcga ctggggagcg accctctgtt agccagagat caaaaacaaa cttcagtgga catcttttga cttgtccacc tggttgctcc gactaccgca agggaagtag gggtctaccc gcgtgcgcga ctcccggcgc agcagcagca agcagcaggg tcctggatga gaggttgcgt tgccagcacc ccactttccc gcaccatgca ggagagcgag cttcgaccat tgggtgtgga acgccccact aatgcaaagg attccccttt gcagcgctgc agtccggagc tggctctggc tggagaaccc gggagccagc acagagggaa ccacgccagc gaagccgccg ctcggaggaa ccaccccgcc ctcagtcggc ccccgtcggc gcgggcgagc gcttcagcac ttcccccact caaaagatga aaagccgaaa cactgaattt atctaccctt gtgtgtcttc cgcaagtttc tcatcacagc gtggaagatt tcggccgccg agtgatccag cagtttgctg gcagcagcag tgaggatggt ggaacagcaa cccagagcct tccggacgag cggcttaagc actccttcag ggaggcctcg ttctgacaac ggcgttggag tttgggagtt ttctctgcta caagggaggt agcagggagc actggacgag cggaccgccg gctggactac ttgctgggag aaagggccga cccagcccgg cccggagctg gcaaggaaag tccccccacc tactctcagc ccagcgctgc tagctgcaca tgcagccacg ctctctccac aaaggcagtc taaaagaaaa ggaaggtgga caagtattaa ttctgcacga cttctctgga ctgttgaact cagccaagct tccaagacct aacccgggcc ctgctgcagc cagcagcagc tctccccaag ccttcacagc ggagccgccg gatgactcag agctgctccg caacagcagc ggggctccca gccaaggagt catctgagtc ccacccgctg gacgacagcg tacaccaaag tccgggacac gcagctgcgt ccccctccgc ggcagcgcct agcgggacgg gctagccgct ctccagcgac ccctttcctc tgcctggtag ctgccttccc caacccccct cagcccgagt ttgcaaagaa acccgcctgg ctcctcctgc aggtcttcag agataataac ggattttgtt gagacagact gactttgagg gcttcccgca cttctgagca caaggatgga accgaggagc ccaggcaccc agcagcagca agcaagagac cccatcgtag cgcagtcggc tggccgccag ctgccccatc ctgaccttaa aggaagcagt cttcctccaa tgtgtaaggc caggggaaca tgcgtcccac caggcaagag ggctagaagg ttgaactgcc accagagtcg cgcctcccca gggcggctgc tccggagcaa ccagtgctgt agccaacgcc ttcggtgaag gactgacggc cccctccccc caccaccctt ttgcagagag ggctcttagg ttaggctgca cttccccacc tagccaaaaa tcagttctta tttttctttt gtgagcctag ctgtcagagc ggtgggcagc agagaagggg agtgcagtta tttccagaat agaggccgcg gcagcagcag tagccccagg aggccccaca cctggagtgc caaggggctg cacgttgtcc agacatcctg atccgaaggc ggacaattac agtgtcggtg gcttcggggg tccttgtgcc cactgaagat cgagagccta gtctaccctg cgactactac tccccacgct ggcggcgcag gcccagaggc acaggagccg tcttgcagcg tttttaaaag tgcctttgtc gtcttctctc ctccccaccc gtaactccct agccaggcga cgcggagaga ccgagtgcgg acaaaacaaa tttgcaccta aagatctggg cagggcagat gctttttgcg tagctgcagc aggcggggta gggctgggaa ctgttccaga agcgcagcac cagcagcagc cagcagcagc ggctacctgg caccccgaga ccgcagcagc ctgctgggcc agcgaggcca agcagcagcg ttagggggca tccatgggcc gattgcatgt ccattggccg actgctgagt ggctgctctg tctctctaca aactttccac cgcatcaagc tgccgctatg gggacctggc gagcctgcat ggcgcgggtg cagcgggacc cggttctggg tcaccctcag ccgccgcttc ctcatcctgg cacactctct tcacagccga agaaggccag ttgtatggac 60 120 180 240 300 360 420 480 540 600 660 720 780 840 900 960 1020 1080 1140 1200 1260 1320 1380 1440 1500 1560 1620 1680 1740 1800 I860 1920 1980 2040 2100 2160 2220 2280 2340 2400 2460 136444-序列表.doc 200930382 Ο cgtgtggtgg tggtgggggt gcggcggcgg cggcgaggcg ggctggcggg ccaggaaagc tgagcagagt gccctatccc atagctactc cggaccttac ccattgacta ttactttcca ggtgtcacta tggagctctc aagggaaaca gaagtacctg ggaaaaattg tccatcttgt cccggaagct gaagaaactt ccaccagccc cactgaggag aatgtcagcc catctttctg gacacgacaa caaccagccc gagagagaca gcttgtacac tacacgtgga cgaccagatg ccatgggctg gcgatccttc tggttttcaa tgagtaccgc ggcacctctc tcaagagttt aagcactgct actcttcagc atgaacttcg aatgaactac atcccacatc ctgctcaaga ctattgcgag agagctgcat gcgtggactt tccggaaatg ctgggaaagt caagcccatc caccccagct catgccccct ctgcagtgcc ttggggaatt attctatttg ctgggctttt atctaaccct cccatggcac tgaatggtgt tgtatgcctt tgcttgttta cagcactact ggaagtttag agagctaaga <210> 2 <211> 16 <212> DNA <213〉 人工 ggtggcggcg gcggcggcgg ggagctgtag ccccctacgg gacttcaccg cacctgatgt agtcccactt gtgtcaaaag ggggacatgc gtttggagac ccccagaaga cctgcctgat acatgtggaa gctgcaaggt tgcgccagca gaaatgattg cgtcttcgga aatgttatga ggtaatctga aactacagga acaacccaga agctgacagt aatgtcctgg aagccattga gactcctttg cagccttgct gtggtcaagt gggccaaggc gctgtcattc agtactcctg accaatgtca actccaggat atgcacaagt cccggatgta ggatggctcc aaatcacccc attattccag tggatgggct atcaaggaac tcgatcgtat cgcttctacc agctcaccaa cagttcactt ttgacctgct atggcagaga tcatctctgt tatttccaca cccagtgaag ttcagatgtc ttctgcctgt tcctctattg atgtacagtc tttttctctt tctctccttt cttcagactt tgcttcccat taaatctgtg atgatcctca ctgtgccagc cacacaaacg ttatctgggg aaatcaaaac cggcggcggc ggcggcggcg ctacactcgg ccccctcagg gtggtaccct ggcggcatgg cgaaatgggc ccctggatgg tgccagggac catgttttgc ctgtggagat gaagcttctg cttcttcaaa agagccgctg cactattgat aaattccgaa agcagggatg actctgggag ggaaggagag gcttccagca gtcacacatt gaaggctatg gccaggtgta gtgtgtgctg ctctagcctc aatgaactgg cttgcctggc ttccgcaact gatggggctc atggtgtttg gctctacttc gcccctgatc cagccagtgt gtccgaatga ccaggaattc ctgtgcatga gaaaaatcaa aaattctttg cattgcatgc aaaagaaaaa gctcctggac tccgtgcagc aatcaagtca cacatggtga gcaagtgccc aagatccttt cattggaaac cctatttccc tataactctg cactactcct tgtcatgaac atgttcctga ctttttcttc ttccctccct tgtggctcct atctgtgttt tatggcccag tgtcaagttg tttacttatc ttatgccacg aaaaacaagc aaac 2520 2580 2640 2700 2760 2820 2880 2940 3000 3060 3120 3180 3240 3300 3360 3420 3480 3540 3600 3660 3720 3780 3840 3900 3960 4020 4080 4140 4200 4260 4314 <220> <223> LNA寡聚物序列/募聚物序列基元 <220>
<221> misc_feature <222> (1).7(16) <223> 核苷酸或核苷酸類似物-視情況硫代磷酸酯 <400> 2 16 gagaaccatc ctcacc <210> 3 <211> 16 <212> DNA <213> 人工 <220> <223> LNA募聚物序列/募聚物序列基元 <220> <221> misc一feature <222> (1).7(16) <223>核苷酸或核苷酸類似物-視情況硫代磷酸醋 2- 136444-序列表.doc 200930382 <400> 3 ggaccaggta gcctgt <210> 4 <211> <212> <213> 16 DNA 人工 <220> <223> LNA募聚物序列/寡聚物序列基元 <220> <221> <222> <223> misc feature (1) -7(16) 核苷酸或核苷酸類似物-視情況硫代磷酸酯 <400> 4 cccctggact cagatg <210> 5 <211> <212> 〇 <213> 16 DNA 人工 <220> <223> LNA寡聚物序列/寡聚物序列基元 <220> <221> <222> <223> revise feature (1).7(16) 核苷酸或核苷酸類似物-視情況硫代磷酸酯 <400> 5 gcacaaggag tgggac <210> 6 <211> <212> <213> 16 DNA 人工 <220> <223> LNA寡聚物序列/寡聚物序列基元 〇 <220〉 ^ <221> <222> <223> misc feature (1) -T(16) 核苷酸或核苷酸類似物-視情況硫代磷酸酯 <400> 6 gctgtgaaga gagtgt <210> <211〉 <212> <213> 7 16 DNA 人工 <220> <223> LNA募聚物序列/寡聚物序列基元 <220> <221> raise feature 136444-序列表,doc 16200930382 <222〉 (1)..(16)<223> 核苷酸或核苷酸類似物-視情況硫代填酸酯 <400> 7 tttgacacaa gtggga <210> 8 <211> 16 <212> DNA <213> 人工 <220><223> LNA寡聚物序列/寡聚物序列基元
<220> <221> misc_feature <222> (1).7(16)<223> 核苷酸或核苷酸類似物〜視情況硫代磷酸酯 <400> 8 gtgacaccca gaagct <210> 9 <211> 16 <212> DNA <213〉 人工 16 <220><223> LNA寡聚物序列/寡聚物序列基元 <220> <221> misc—feature <222> (1).7(16)<223> 核苷酸或核苷酸類似物-視情況硫代鱗酸酯 <400> 9 catccctgct tcataa 16
<210> 10 <211> 16 <212> DNA <213> 人工 <220><223> LNA寡聚物序列/寡聚物序列基元 <220> <221> misc_feature <222> (1).7(16)<223> 核苷酸或核苷酸類似物-視情況硫代碟酸酯 <400> 10 accaagtttc ttcagc 16 <210> 11 <211〉 16 <212> DNA <213> 人工 <220><223> LNA寡聚物序列/寡聚物序列基元 136444-序列表.doc -4- 16200930382
<220> <221> raise feature <222> (1).7(16) <223> 核苷酸或核苷酸類似物-視情況硫代磷酸酯 <400> 11 cttggcccac ttgacc <210> 12 <211> 16 <212> DNA <213> 人工 <220> <223> LNA寡聚物序列/募聚物序列基元 <220> <221> misc feature <222> (1).:(16) <223> 核苷酸或核苷酸類似物-視情況硫代磷酸酯 <400> 12 tcctggagtt gacatt <210> 13 <211> 16 <212> DNA <213> 人工; <220> <221> misc feature <222> (1).7(16) <223> 核苷酸或核苷酸類似物-視情況硫代磷酸酯 <400> 13 cactggctgt acatcc 16 16 <210> <211> <212> <213> 14 16 DNA 人工 ❹ <220> <223> LNA寡聚物序列/寡聚物序列基元 <220> <221> <222> <223> misc_feature (1).7(16)核苷酸或核苷酸類似物-視情況硫代磷酸酯 14 catccaaact cttgag <210> 15 <211> 16 <212> DNA <213> 人工 <220><223> LNA募聚物序列/募聚物序列基元 <400> 16 136444-序列表.doc 16 200930382 16
<220> <221> misc feature <222> (1).7(16) <223> 核苷酸或核苷酸類似物-視情況硫代磷酸酯 <400> 15 gctttcatgc acagga <210> 16 <211> 16 <212> DNA <213> 人工 <220> <223> LNA募聚物序列/寡聚物序列基元 <220> <221> misc feature <222> (1).7(16) <223> 核苷酸或核苷酸類似物-視情況硫代磷酸酯 <400> 16 gaagttcatc aaagaa <210> 17 <211> 16 <212> DNA <213> 人工 16 <220> <223> LNA寡聚物序列/寡聚物序列基元 <220> <221> misc—feature <222> (1).7(16) <22;3>核苷酸或核苷酸類似物-視情況硫代磷酸酯 <400> 17 16 agttccttga tgtagt
<210> 18 <211> 16 <212> DNA <213> 人工 <220> <223> LNA募聚物序列/寡聚物序列基元 <400> 18 16 ttgcacagag atgatc <210> 19 <211> 16 <212> DNA <213> 人工 <220> <223> LNA募聚物序列/寡聚物序列基元 <220> 136444-序列表,doc 200930382 <221> <222> <223> misc feature (1).7(16) 核苷酸或核苷酸類似物-視情況硫代磷酸酯 <400> 19 gatgggcttg actttc <210> 20 <211> <212> <213> 16 DNA 人工 <220> <223> LNA募聚物序列/寡聚物序列基元 <400> 20 caggcagaag acatct <210> 21 <211> <212> 赢 <213> ❹ <220> <223> 16 DNA 人工 LNA募聚物序列/募聚物序列基元 <220> <221> <222> <223> misc feature ¢1).7(16) 核苷酸或核苷酸類似物-視情況硫代磷酸酯 <400> 21 cccaaggcac tgcaga <210> 22 <211> <212> <213> 16 DNA 人工 <220> <223> LNA寡聚物序列/寡聚物序列基元 <220> V <221> <222> <223> misc feature (1).7(16) 核苷酸或核苷酸類似物-視情況硫代碟酸酯 <400> 22 gctgacattc atagcc <210> 23 <211> <212> <213> 16 DNA 人工 <220> <223> LNA募聚物序列/寡聚物序列基元 <220> <221> <222> misc feature (1).7(16) 136444-序列表.doc 16 200930382
<223> 3-10-3間隙體-視情況硫代磷酸酯 <400> 23 gagaaccatc ctcacc <210> 24 <211〉 16 <212> DNA <213> 人工 <220> <223> LNA寡聚物序列/寡聚物序列基元 <220> <221> raise feature <222> (1)-7(16) <223> 3-10-3間隙體-視情況硫代磷酸醋 <400> 24 ggaccaggta gcctgt <210> 25 <211> 16 <212> DNA <213> 人工 <220> <223> LNA寡聚物序列/寡聚物序列基元 <220> <221> misc feature <222> (1).7(16) <223> 3-10-3間隙體-視情況硫代磷酸酯 16 <400> 25 16 cccctggact cagatg <210> 26 <211> 16 <212> DNA <213> 人工
<220> <223> LNA寡聚物序列/寡聚物序列基元 <220> <221> misc—feature <222> (1).7(16) <223> 3-10-3間隙體-視情況硫代磷酸酯 <400> 26 gcacaaggag tgggac 16 <210> 27 <211> 16 <212> DNA <213> 人工 <220> <223> LNA寡聚物序列/寡聚物序列基元 13 6444-序列表.doc 200930382 <220> <221> <222> <223> misc_feature (1) .7(16)3-10-3間隙體-視情況硫代磷酸酯 <400> 27 gctgtgaaga gagtgt <210> <211> <212> <213> 28 16 DNA 人工 <220><223> LNA寡聚物序列/寡聚物序列基元 <220> <221> <222> <223> misc—feature (1) .7(16)3-10-3間隙體-視情沉硫代磷酸酿 〇 <400> 28 tttgacacaa gtggga <210> <211> <212> <213> 29 16 DNA 人工 <220><223> LNA寡聚物序列/寡聚物序列基元 > > > > 0 12 3 2 2 2 2 2 2 2 2 < < < < misc一feature (1).T(16)3-10-3間隙體-視情況硫代磷酸® <400> 29 gtgacaccca gaagct <210> 30 <211> 16 <212> DNA <213> 人工 ❾ <220><223> LNA募聚物序列/募聚物序列基元 <220> <221> misc_feature<222> (1).7(16)<223> 3-10_3間隙體-視情況硫代磷酸酿 <400> 30 catccctgct tcataa <210> 31 <211> 16 <212> DNA <213> 人工 136444-序列表.doc 16 200930382
<220> <223> LNA募聚物序列/寡聚物序列基元 <220> <221> misc feature <222> (1) .7(16) <223〉 3-10-3間隙體-視情況硫代構酸酯 <400> 31 accaagtttc ttcagc <210> 32 <211> 16 <212> DNA <213> 人工 <220> <223> LNA寡聚物序列/寡聚物序列基元 <220> <221> misc feature <222> (1).7(16) <223> 3-10-3間隙體-視情況硫代磷酸酯 <400> 32 cttggcccac ttgacc <210> 33 <211> 16 <212> DNA <213> 人工 <220> <223> LNA寡聚物序列/寡聚物序列基元 <220> <221> misc feature <222> (1).7(16) <223> 3-10-3間隙體-視情況硫代磷酸酯 <400> 33 tcctggagtt gacatt <210> 34 <211> 16 <212> DNA <213> 人工 <220> <223> LNA寡聚物序列/寡聚物序列基元 <220> <221> misc feature <222> (1).7(16) <223> 3-10-3間隙體-視情況硫代磷酸酯 <400> 34 cactggctgt acatcc <210> 35 16 16 136444-序列表.doc 10- 16 200930382
<211> 16 <212> DNA <213> 人工 <220> <223> LNA寡聚物序列/寡聚物序列基元 <220> <221> misc feature <222> (1).7(16) <223> 3-10-3間隙體-視情況硫代磷酸酯 <400> 35 catccaaact cttgag <210> 36 <211> 16 <212> DNA <213> 人工 <220> <223> LNA寡聚物序列/寡聚物序列基元 <220> <221> misc feature <222> (1).7(16) <223> 3-10-3間隙體-視情況硫代磷酸酯 <400> 36 gctttcatgc acagga <210> 37 <211> 16 <212> DNA <213> 人工 <220> <223> LNA寡聚物序列/寡聚物序列基元 16 16 <220> <221> misc feature <222> (1).7(16) <223> 3-10-3間隙體-視情況琉代磷酸酯 <400> 37 gaagttcatc aaagaa <210> 38 <211> 16 <212> DNA <213> 人工 <220> <223> LNA寡聚物序列/寡聚物序列基元 <220> <221> misc feature <222> (1).Τ(1β) <223> 3-10-3間隙體-視情況硫代填酸酯 16 136444-序列表.doc -11 - 200930382 <400> 38 agttccttga tgtagt
ο > > > > 0 12 3 X 1 1 1 2 2 2 2 < V < < Α η 9 6 Ν Jw 3 1 D人 <220> <223> LNA寡聚物序列/寡聚物序列基元 <220> <221> misc—feature<222> (1).7(16)<223〉 3-10-3間隙體-視情況硫代鱗酸醋 <400> 39 ttgcacagag atgatc > > > > 0 12 3 X 1 1 1 2 2 2 2 < < < < 40 16 DNA 人工 <220> <223> LNA寡聚物序列/寡聚物序列基元 <220> <221> misc feature <222> (1) .T(16) <223> 3-10-3間隙體-視情況硫代填酸酿 <400> 40 gatgggcttg actttc <210> 41 <211> 16 <212> DNA <213> 人工 <220> <223> LNA寡聚物序列/寡聚物序列基元 > > > > 0 12 3 2 2 2 2 2 2 2 2 < < < < misc_feature (1)·Τ(16)3-10-3間隙體-視情況硫代磷酸醋 <400> 41 caggcagaag acatct <210> 42 <211> 16 <212> DNA <213> 人工 <220> <223〉 LNA募聚物序列/募聚物序列基元 <220> <221> misc feature 136444-序列表.doc 16200930382 <222> (1) - . (16) <223> 3-10-3間隙體-視情況硫代磷酸酯 <400> 42 cccaaggcac tgcaga <210> 43 <211> 16 <212> DNA <213> 人工 <220> <223> LNA寡聚物序列/寡聚物序列基元 <220> <221> misc feature <222> (1).7(16) <223> 3-10-3間隙體-視情況硫代填酸酯 <400> gctgaca <210> <211> <212> <213> 43 ittc atagcc 44 16 DNA 人工 16 <220> <223> <220> <221> <222> <223> LNA寡聚物序列/寡聚物序列基元
misc_feature (1).7(16) 3-10-3 LNA間隙體-完全硫代磷酸酯 44 <400> gagaaccatc ctcacc <210〉 45 <211> 16 <212> DNA <213> 人工 <220> <223> LNA 寡聚物序列/募聚物序列基元 <220> <221> misc :feature <222> (1) 7(16) <223> 3-10-3 LNA間隙體-完全硫代磷酸酯 <400> 45 ggaccaggta gcctgt <210> 46 <211> 16 <212> DNA <213> 人工 <220> <223> LNA寡聚物序列/寡聚物序列基元 16 16 136444-序列表.doc -13 - 16 200930382
<220> <221> misc feature <222> (1) .7(16) <223> 3-10-3 LNA間隙體-完全硫代磷酸醋 <400> 46 cccctggact cagatg <210> 47 <211〉 16 <212> DNA <213> 人工 <220> <223> LNA寡聚物序列/寡聚物序列基元 <220> <221> misc feature <222> (1) .7(16) <223> 3-10-3 LNA間隙體-完全硫代磷酸酯 <400> 47 gcacaaggag tgggac <210> 48 <211> 16 <212〉 DNA <213> 人工 <220> <223> LNA寡聚物序列/寡聚物序列基元 16
<220> <221> misc feature <222> (1).7(16) <223> 3-10-3 LNA間隙體-完全硫代磷酸酯 <400> 48 gctgtgaaga gagtgt <210> 49 <211> 14 <212> DNA <213> 人工 <220> <223> LNA寡聚物序列/寡聚物序列基元 <220> <221> misc feature <222> (1).7(14) <223> 3-9-2 LNA間隙體-完全硫代磷酸酯 <400> 49 ctgtgaagag agtg <210> 50 <211> 12 <212> DNA 16 136444-序列表.doc 14- 14 200930382 <213> 人工 <220> <223> LNA寡聚物序列/寡聚物序列基元 <220> <221> misc_feature <222> (1).7(12) <223> 2-8-2 LNA間隙體-完全硫代磷酸酉旨 <400> 50 12 tgtgaagaga gt <210> 51 <211> 16 <212> DNA <213> 人工 <220> <223> LNA募聚物序列/寡聚物序列基元
<220> <221> misc_feature <222> (1).7(16) <223> 3-10-3 LNA間隙體-完全硫代磷酸酯 <400> 51 16 tttgacacaa gtggga <210> 52 <211> 14 <212> DNA <213> 人工 <220> <223> LNA寡聚物序列/寡聚物序列基元 <220> <221> misc—feature <222> (1).7(14) <223> 3-9-2 LNA間隙體-完全硫代磷酸酿
<400> 52 ttgacacaag tggg 14 <210〉 53 <211> 12 <212> DNA <213> 人工 <220> <223> LNA寡聚物序列/寡聚物序列基元 <220> <221> misc_feature <222> (1).7(12) <223〉 2-8-2 LNA間隙體-完全硫代磷酸醋 <400> 53 tgacacaagt gg 15- 136444-序列表.doc 12 200930382 <210> 54 <211> <212> <213> 16 DNA 人工 <220> <223> lna募聚物序列/募聚物序列基元 <220> <221> <222> <223> mi sc feature (1) .7(16) 3-10-3 LNA間隙體-完全硫代磷酸酯 <400> 54 gtgacaccca gaagct 16 <210> 55 <211> <212> <213> 14 DNA 人工 <220> <223> LNA寡聚物序列/寡聚物序列基元 <220> <221> <222> <223> misc feature (1)-Τ(14) 3-9-2 LNA間隙髏-完全硫代磷酸酯 <400> 55 tgacacccag aagc 14 <210> 56 <211> <212> <213> 12 DNA 人工 <220> <223> LNA寡聚物序列/寡聚物序列基元 <220> <221> <222> <223〉 misc feature (1)·了(12) 2-8-2 LNA間陈體-完全硫代磷酸酯 <400> 56 gacacccaga ag 12 <210> 57 <211> <212> <213> 16 DNA 人工 <220> <223> LNA寡聚物序列/寡聚物序列基元 <220> <221> <222> <223> misc feature ¢1) .7(16) 3-10-3 LNA間隙體-完全硫代磷酸酯 16- 13 6444-序列表.doc 16200930382 <400> 57 catccctgct tcataa <210> 58 <211> 16 <212> DNA <213> 人工 <220> <223> LNA寡聚物序列/寡聚物序列基元 <220> <221> misc一feature<222> (1).7(16) <223> 3-10-3 LNA間隙體-完全硫代磷酸酯 <400> 58 accaagtttc ttcagc 16
<210> 59 <211> 14 <212> DNA <213> 人工 <220><223> LNA寡_聚物序列/寡聚物序列基元 <220> <221> misc—feature <222> (1).7(14) <223〉 3-9-2 LNA間隙體-完全硫代磷酸酯 <400〉 59 ccaagtttct tcag 14 <210> 60 <211> 12 <212> DNA <213> 人工
<220> <223> LNA寡聚物序列/募聚物序列基元 <220> <221> misc一feature <222> (1).7(12) <223> 2-8-2 LNA間隙體-完全硫代磷酸酯 <400> 60 caagtttctt ca 12 <210> 61 <211> 16 <212> DNA <213> 人工 <220> <223> LNA寡聚物序列/寡聚物序列基元 <220> 136444-序列表.doc -17- 16 200930382
<221> raise :feature <222> (1)..(16) <223> 3-10-3 LNA間隙體-完全硫代磷酸酯 <400> 61 cttggcccac ttgacc <210> 62 <211> 16 <212> DNA <213> 人工 <220> <223> LNA寡聚物序列/寡聚物序列基元 <220> <221> misc :feature <222> ⑴··(16) <223> 3-10-3 LNA間隙體-完全硫代磷酸酯 <400> 62 tcctggagtt gacatt <210> 63 <211> 16 <212> DNA <213> 人工 <220> <223> LNA寡聚物序列/寡聚物序列基元 <220> <221> misc feature <222> (1).7(16) <223> 3-10-3 LNA間隙體-完全硫代填酸酯 <400> 63 cactggctgt acatcc <210> 64 <211> 14 <212> DNA <213> 人工 <220> <223> LNA 寡聚物序列/寡聚物序列基元 <220> <221> misc feature <222> (1).7(14) <223> 3-9- -2 LNA間隙體-完全硫代磷酸酯 <400> 64 actggctgta catc <210> 65 <211> 12 <212> DNA <213> 人工 <220> 16 16 136444-序列表.doc -18- 14 12 200930382 <223> lna寡聚物序列/寡聚物序列基元 <220> <221> misc_feature <222> (1).7(12) <223> 2-8-2 LNA間陈體-完全硫代磷酸酯 <400> 65 ctggctgtac at <210> <211> <212> <213> <220> <223> 66 16 DNA 人工 LNA寡聚物序列/寡聚物序列基元 ❹ <220> <221> <222> <223> <400> misc_feature (1).7(16) 3-10-3 LNA間隙體-完全硫代磷酸酯 66 catccaaact cttgag <210> 67 <211> 16 <212> DNA <213> 人工 <220> <223> LNA寡聚物序列/寡聚物序列基元 <220> <221> misc—feature <222> (1).7(16) <223> 3-10-3 LNA間隙體-完全硫代磷酸酉旨 <400> 67 gctttcatgc acagga 68 16 DNA 人工 16 16 <210> <211> <212> <213> <220> <223> <220> <221> <222> <223> LNA募聚物序列/募聚物序列基元
misc_feature (1).7(16) 3-10-3 LNA間隙體-完全硫代磷酸酯 68 gaagttcatc aaagaa <210> 69 <211> 16 <212> DNA <400> 136444-序列表.doc 19- 16 200930382 <213> 人工 <220> <223> LNA募聚物序列/寡聚物序列基元 <220> <221> <222> <223> misc feature (1)-7(16) 3-10-3 LNA間隙體-完全硫代磷酸酯 <400> 69 agttccttga tgtagt <210> 70 <211> <212> <213> 14 DNA 人工 <220> <223> LNA寡聚物序列/寡聚物序列基元 <220> ^ <221> <222> <223> mlsc feature (1).7(14) 3-9-2 LNA間隙體-完全硫代磷酸酯 <220> <221> <222> <223> misc feature (1).7(14) 3-9-2 LNA間隙體-完全硫代磷酸酯 <400> 70 gttccttgat gtag <210> 71 <211> <212> <213> 12 DNA 人工 <220> <223> LNA寡聚物序列/寡聚物序列基元 @ <220> <221> <222> <223> misc feature (1).7(12) 2-8-2 LNA間隙艘-完全硫代磷酸酯 <400> 71 ttccttgatg ta <210> 72 <211> <212> <213> 16 DNA 人工 <220> <223> LNA寡聚物序列/募聚物序列基元 <220> <221> raise feature 136444-序列表.doc 16 200930382 <222> (1)..(16) <223> 3-10-3 LNA間隙體-完全硫代磷酸酯 <400> 72 ttgcacagag atgatc <210> 73 <211> 16 <212> DNA <213> 人工 <220> <223> LNA寡聚物序列/寡聚物序列基元 <220> <221> misc—feature <222> (1).7(16) <223〉 3-10-3 LNA間隙體-完全硫代磷酸醋
<400> 73 gatgggcttg actttc <210> 74 <211> 14 <212> DNA <213> 人工 <220> <223> LNA 寡聚物序列/寡聚物序列基元 <220> <221> misc feature <222> (1). .(14) <223> 3-9- •2 LNA間隙體-完全硫代磷酸酯 <400> 74 atgggcttga cttt 16 14 <210> 75 <211〉 12 <212> DNA <213> 人工
<223> LNA寡聚物序列/寡聚物序列基元 <220> <221> misc—feature <222> (1).7(12) <223> 2-8-2 LNA間隙體-完全硫代磷酸醋 <400> 75 tgggcttgac tt <210> 76 <211> 16 <212> DNA <213> 人工 <220> <223> LNA募聚物序列/寡聚物序列基元 136444-序列表.doc -21 - 12 16 200930382 <220> <221> <222> <223> misc_feature (1).7(16) 3-10-3 Ι·ΝΑ間隙體-完全硫代磷酸酯 <400> 76 caggcagaag acatct 77 16 DNA 人工 <210> <211> <212> <213> <220> <223> LNA寡聚物序列/寡聚物序列基元 〇 <220> <221> <222> mi sc_feature (1).7(16) <223> 3-10-3 LNA間隙體-完全硫代礙酸酯 <400> 77 cccaaggcac tgcaga 16
> > > > 0 12 3 一—I -—_ ?—I -—I 2 2 2 2 < V V V 78 14
DNA 人工 ◎
<220> <223> LNA寡聚物序列/寡聚物序列基元 <220> <221> misc feature <222> (1).7(14) <223> 3-9-2 LNA間隙體-完全硫代磷酸酯 <400> 78 ccaaggcact gcag <210> 79 <211> 12 <212> DNA <213> 人工 <220> <223> LNA寡聚物序列/寡聚物序列基元 <220> <221> misc feature <222> (1).7(12) <223> 2-8-2 LNA間隙體-完全硫代鱗酸酯 <400> 79 caaggcactg ca <210> 80 <211> 16 <212> DNA 14 136444-序列表.doc ·22· 12 200930382 <213> 人工 <220> <223> LNA募聚物序列/募聚物序列基元 <220> <221> raise—feature <222> (1).7(16) <223> 3-10-3 LNA間隙體-完全硫代磷酸酯 <400> 80 gctgacattc atagee 16 <210> 81 <211> 2999 <212> DNA <213>小家鼠
<400> 81 gaattcggtg gaagctacag acaagctcaa ggatggaggt gcagttaggg ctgggaaggg tctacccacg gcccccatcc aagacctatc gaggagegtt ccagaatctg ttccagagcg tgegegaage gatccagaac ccgggcccca ggcaccctga ggccgctaac atagcacctc ccggcgcctg tttacagcag aggeaggaga ctagcccccg geggeggegg cggcagcagc acactgagga tggttctcct caagcccaca tcagaggccc cacaggctac ctggccctgg aggaggaaca gcagccttca cagcagcagg cagcctccga gggccaccct gagageaget gcctccccga gcctggggcg gccaccgctc ctggcaaggg gctgccgcag cagccaccag ctcctccaga tcaggatgac tcagctgccc catccacgtt gtccctgctg ggccccactt tcccaggctt aagcagctgc tccgccgaca ttaaagacat tttgaaegag gccggcacca tgcaacttct teageageag caacaacagc agcagcacca acagcagcac caacagcacc aacagcagca ggaggtaatc teegaaggea gcagcgcaag agccagggag gccacggggg ctccctcttc ctccaaggat agttacctag ggggcaattc aaccatatct gacagtgcca aggagttgtg taaagcagtg tctgtgtcca tgggattggg tgtggaagca ttggaacatc tgagtccagg ggaacagctt cggggagact gcatgtacgc gtcgctcctg ggaggtccac ccgcggtgcg tcccactcct tgtgcgccgc tgcccgaatg caaaggtctt cccctggacg aaggcccagg caaaagcact gaagagactg ctgagtattc ctctttcaag ggaggttacg ccaaaggatt ggaaggtgag agcttggggt gctctggcag cagtgaagca ggtagctctg ggacacttga gatcccgtcc tctctgtctc tgtataaatc tggagcacta gaegaggeag cagcatacca gaategegae tactacaact ttccgctggc tctgtccggg ccgccgcacc ccccgccccc tacccatcca cacgcccgta tcaagctgga gaacccattg gactacggca gcgcctgggc tgeggeggea gcgcaatgcc gctatgggga cttgggtagt ctacatggag ggagtgtagc cgggcccagc actggatcgc ccccagccac cacctcttct tcctggcata ctctcttcac agctgaagaa ggccaattat atgggccagg aggcgggggc ggeageagea gcccaagcga tgccgggcct gtagccccct atggctacac tcggccccct caggggctga caagccagga gagtgactac tctgcctccg aagtgtggta tcctggtgga gttgtgaaca gagtacccta tcccagtccc aattgtgtca aaagtgaaat gggaccttgg atggagaact actccggacc ttatggggac atgcgtttgg acagtaccag ggaccatgtt ttacccatcg actattactt tccaccccag aagacctgcc tgatctgtgg agatgaaget tctggctgtc actacggagc tctcacttgt ggcagctgca aggtettett caaaagagcc gctgaaggga aacagaagta tctatgtgcc agcagaaacg attgtaccat tgataaattt cggaggaaaa attgcccatc ttgtcgtctc cggaaatgtt atgaageagg gatgactctg ggagctcgta agctgaagaa acttggaaat ctaaaactac aggaggaagg agaaaactcc aatgctggca gccccactga ggacccatcc cagaagatga ctgtatcaca cattgaaggc tatgaatgtc agcctatctt tettaaegte ctggaagcca ttgagccagg agtggtgtgt gccggacatg acaacaacca accagattcc tttgctgcct tgttatctag cctcaatgag ettggagaga ggcagcttgt gcatgtggtc aagtgggcca aggccttgcc tggcttccgc aacttgcatg tggatgacca gatggcggtc attcagtatt cctggatggg actgatggta tttgccatgg gttggcggtc cttcactaat gtcaactcca ggatgeteta ctttgcacct gacttggttt tcaatgagta ccgcatgcac aagtctcgga tgtacagcca gtgtgtgagg atgaggcacc tgtctcaaga gtttggatgg ctccaaataa ccccccagga attcctgtgc atgaaageae tgctgctctt cagcattatt ccagtggatg ggctgaaaaa tcaaaaattc tttgatgaac ttcgaatgaa ctacatcaag gaactcgatc gcatcattgc atgcaaaaga aagaatccca 60 120 180 240 300 360 420 480 540 600 660 720 780 840 900 960 1020 1080 1140 1200 1260 1320 1380 1440 1500 1560 1620 1680 1740 1800 1860 1920 1980 2040 2100 2160 2220 2280 2340 2400 2460 2520 136444·序列表.doc -23- 200930382 catcctgctc caagagagct actttcctga aagtcaagcc caccttgttc agtgccttgg ctatttcctg ggcacatttt aaggcgcttc gcatcagttc aatgatggca catctatttc cctttccaga gggaaattcc ggcttctcct gaatctgctg taccagctca acttttgacc gagatcatct cacacacagt tgtcttctgc tctactgatg tctttttttt cgtattgtgg ccaagctcct tgctaatcaa ctgtgcaagt gaagatttgg ctgttatata tacagtctgt tcttcttccc ctcctgcctt ggattctgtg gtcccatatg gcccaagatc aaaccctaat actctgcact cgtgaacagg tccctctttc tgttttgatt cagcctattg gtgagcgtgg ctttctggga acccaaaacc acttctctgc ttcctcagtt accctcccat tctgttgta 2580 2640 2700 2760 2820 2880 2940 2999 <210> 82 <211> 3175 <212> DNA <213> 獼猴 <400> 82 o o cccaaaaaat taataactca attcttgttt acagactgtg tttgaggctg tcccgcaggt ctgagcaaga ggatggaggt gaggagcttt ggcacccaga agcagcaaga cccaagccca cacagcctca ccgccgtggc actcagctgc gctccgccga agcagcagga ctcccacttc aggagctgtg tgagtccagg ccgctgtgcg acagcgcagg ccaaagggct ggacacttga ctgcgtacca ctccaccgcc gcgcctgggc cgggtgcagc ctctcttcac gtggcggcgg ggccacctca ctggcggcat gcccctggat accatgtttt atgaagcttc aaagagccgc ataaattccg tgactctggg aggcttccag ttgaaggcta tggtgtgtgc tcaatgaact gcttccgcaa tcatggtgtt ttgcccctga gtgtccgaat aaaaacaaac gttcttattt tttcttttaa agcctagcag tcagagcgct gggcagctag gaaggggagg gcagttaggg ccagaatctg ggccgcgagc aactagcccc tcgtagaggc gtcagccccg cgccggcaag cccatccacg ccttaaagac agcagtatcc ctccaaggac taaggcagtg ggaacagctt tcccactccg caagagcact agaaggcgag actgccgtcc gagtcgcgac tccccatccc ggctgcggcg gggacccggc agccgaagaa cggcggcggc ggggctggcg ggtgagcaga ggatagctac gccaattgac tgggtgtcac tgaagggaaa aaggaaaaat agcccggaag caccaccagc tgaatgtcag tggacatgac gggagagaga cttacacgtg tgccatgggc tctggttttc gaggcacctc aaaaacaaaa gcacctactt gatcgggcat ggcagatctt ttttgcgtgg ctgcagcgac cggggtaagg ctggggaggg ttccagagcg gcagcacctc cggcaacagc cccacaggct gagtgccacc gggctgccgc ttgtctctgc atcctgagcg gaaggcagca aattacttag tcggtgtcca cggggggatt tgtgccccat gaagatactg agcctaggct accctgtctc tactacaact cacgctcgca gcgcagtgcc tctgggtcac ggccagttgt gcaggcgagg ggccaggaag gtgccctatc tccggacctt tattactttc tatggagctc cagaagtacc tgtccatctt ctgaagaaac cccactgagg cccatctttc aacaaccagc cagcttgtac gacgaccaga tggcgatcct aatgagtacc tctcaagagt caaaacaaaa ccagtggaca cttttgaatc gtccaccgtg ttgctcccgc taccgcatca gaagtaggtg tctaccctcg tgcgcgaagt ccggcgccag agcagcagca acctggtcct ccgagagagg agcagctgcc tgggccccac aggccagcac gcagcgggag agggcacttc tgggcttggg gcatgtacgc tggccgaatg ctgagtattc gctctggcag tctacaagtc ttccactggc tcaagctgga gctatgggga cctcagcggc atggaccgtg cgggagctgt gcgacttcac ccagtcccac acggggacat caccccagaa tcacatgtgg tgtgtgccag gccgtcttcg ttggtaatct agacagccca tgaatgtcct ccgactcctt atgtggtcaa tggctgtcat tcaccaatgt gcatgcacaa ttggatggct aaaacgaata ctgaatttgg tacccctcaa tgtcttcttt aagtttcctt tcacagcctg gaagattcag gccgccgtcc gatccagaac tttgcagcag gcagggtgag ggatgaggaa ttgcgtccca agcacctccg tttccccggc catgcaactc agcgagggag gaccatttct tgtggaggcg cccagttttg caaaggttct ccctttcaag cgctgcagca cggagcactg tctggccggg gaacccgctg cctggcgagc cgcttcctca tggtggtggg agccccctac cgcacctgat ttgtgtcaaa gcgtttggag gacctgcctg aagctgcaag cagaaatgat gaaatgttat gaaactacag gaagctgaca ggaggccatt cgcagccttg gtgggccaag tcagtactcc caactccagg atcccggatg ccaaatcacc aagaaaaagg aaggtggagg gtgttaagag tgcaggagac ctctggagct ttgaactctt ccaagctcaa aagacctacc ccgggcccca cagcagcagc gatggttctc cagcagcctt gagcctggag gacgaggatg ttaagcagct cttcagcaac gcctcggggg gacagcgcca ttggagcatc ggagttccac ctgctagacg ggaggttaca gggagctccg gacgaggcag ccgccgcccc gactatggca ctgcatggcg tcctggcaca ggcggcggcg ggctacactc gtgtggtacc agcgagatgg actgccaggg atctgtggag gtcttcttca tgcactattg gaagcaggga gaggaaggag gtgtcacaca gagccaggtg ctctctagcc gccttgcctg tggatggggc atgctctact tacagccagt ccccaggaat 60 120 180 240 300 360 420 480 540 600 660 720 780 840 900 960 1020 1080 1140 1200 1260 1320 1380 1440 1500 1560 1620 1680 1740 1800 1860 1920 1980 2040 2100 2160 2220 2280 2340 2400 2460 2520 2580 2640 2700 2760 • 24· 136444·序列表.doc 200930382 tcctgtgcat gaaagcgctg ctactcttca gcattattcc agtggatggg ctgaaaaatc aaaaattctt tgatgaactt cgaatgaact acatcaagga actcgatcgt atcattgcat gcaaaagaaa aaatcccaca tcctgctcaa ggcgtttcta ccagctcacc aagctcctgg actccgtgca gcctattgcg agagagctgc atcagttcac ttttgacctg ctaatcaagt cacacatggt gagcgtggac tttccggaaa tgatggcaga gatcatctct gtgcaagtgc ccaagatcct ttctgggaaa gtcaagccca tctatttcca cacccagtga agcattggaa atccctattt cctcacccca gctcatgccc cctttcagat gtcttctgcc tgtta <210> 83 <211> 920 <212> PRT <213> 智人 <400> 83
Met Glu Val Gin Leu Gly Leu Gly Arg Val Tyr Pro Arg Pro Pro Ser 15 10 15
Lys Thr Tyr Arg Gly Ala Phe Gin Asn Leu Phe Gin Ser Val Arg Glu 20 25 30
Val lie Gin Asn Pro Gly Pro Arg His Pro Glu Ala Ala Ser Ala Ala 35 40 45
Pro Pro Gly Ala Ser Leu Leu Leu Leu Gin Gin Gin Gin Gin Gin Gin 50 55 60
Gin Gin Gin Gin Gin Gin Gin Gin Gin Gin Gin Gin Gin Gin Gin Gin 65 70 75 80
Glu Thr Ser Pro Arg Gin Gin Gin Gin Gin Gin Gly Glu Asp Gly Ser 85 90 95
Pro Gin Ala His Arg Arg Gly Pro Thr Gly Tyr Leu Val Leu Asp Glu 100 105 110
Glu Gin Gin Pro Ser Gin Pro Gin Ser Ala Leu Glu Cys His Pro Glu 115 120 125
Arg Gly Cys Val Pro Glu Pro Gly Ala Ala Val Ala Ala Ser Lys Gly 130 135 140
Leu Pro Gin Gin Leu Pro Ala Pro Pro Asp Glu Asp Asp Ser Ala Ala 145 150 155 160
Pro Ser Thr Leu Ser Leu Leu Gly Pro Thr Phe Pro Gly Leu Ser Ser 165 170 175
Cys Ser Ala Asp Leu Lys Asp lie Leu Ser Glu Ala Ser Thr Met Gin 180 185 190
Leu Leu Gin Gin Gin Gin Gin Glu Ala Val Ser Glu Gly Ser Ser Ser 195 200 205
Gly Arg Ala Arg Glu Ala Ser Gly Ala Pro Thr Ser Ser Lys Asp Asn 210 215 220
Tyr Leu Gly Gly Thr Ser Thr lie Ser Asp Asn Ala Lys Glu Leu Cys 225 230 235 240
Lys Ala Val Ser Val Ser Met Gly Leu Gly Val Glu Ala Leu Glu His 25- 2820 2880 2940 3000 3060 3120 3175 13 6444·序列表.doc 200930382 245 250 255
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Leu Gly Val Pro Pro Ala Val Arg Pro Thr Pro Cys Ala Pro Leu Ala 275 280 285
Glu Cys Lys Gly Ser Leu Leu Asp Asp Ser Ala Gly Lys Ser Thr Glu 290 295 300
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Leu Asp Glu Ala Ala Ala Tyr Gin Ser Arg Asp Tyr Tyr Asn Phe Pro 355 360 365
Leu Ala Leu Ala Gly Pro Pro Pro Pro Pro Pro Pro Pro His Pro His 370 375 380
Ala Arg lie Lys Leu Glu Asn Pro Leu Asp Tyr Gly Ser Ala Trp Ala 385 390 395 400
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Leu lie Cys Gly Asp Glu Ala Ser Gly Cys His Tyr Gly Ala Leu Thr 26· 136444-序列表.doc 200930382 565 570 575
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Gly Ala Pro Ser Ser Ser Lys Asp Ser Tyr Leu Gly Gly Asn Ser Thr 210 215 220 lie Ser Asp Ser Ala Lys Glu Leu Cys Lys Ala Val Ser Val Ser Met 225 230 235 240 •28· 136444-序列表.doc 200930382
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Ser Leu Ser Leu Tyr Lys Ser Gly Ala Leu Asp Glu Ala Ala Ala Tyr 340 345 350 ❹
Gin Asn Arg Asp Tyr Tyr Asn Phe Pro Leu Ala Leu Ser Gly Pro Pro 355 360 365
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<220> <2 21> misc_feature <222> (1).7(24) <223> 核苷酸或核苷酸類似物-視情況硫代填酸酯 <400> 92 24 catagtgaca cccagaagct teat <210> 93 <211> 24 <212> DNA <213> 人工 <220> <223> LNA寡聚物序列/寡聚物序列基元 <220> <221> raise feature 35- 13 6444-序列表.doc 200930382 <222> <223> (1)..(24) 核苷酸或核苷酸類似物-視情況硫代磷酸酯 <400> 93 gagtcatccc tgcttcataa catt 24 <210> 94 <211> <212> <213> 24 DNA 人工 <220> <223> LNA寡聚物序列/寡聚物序列基元 <220> <221> <222> <223> misc feature (1)-7(24) 核苷酸或核苷酸類似物-視情況硫代磷酸酯 <400> 94 gattaccaag tttcttcagc ttcc 24 <210> <211〉 <212> <213> 95 24 DNA 人工 <220> <223> LNA寡聚物序列/寡聚物序列基元 <220> <221> <222> <223> misc feature (1).7(24) 核苷酸或核苷酸類似物-視情況硫代磷酸酯 <400> 95 aggccttggc ccacttgacc acgt 24 <210> 96 <211> <212> <213> 24 DNA 人工 <220> <223> LNA募聚物序列/募聚物序列基元 <220> <221> <222> <223> misc feature (1).7(24) 核苷酸或核苷酸類似物-視情況硫代填酸酯 <400> 96 agcatcctgg agttgacatt ggtg 24 <210> 9Ί <211> <212> <213> 24 DNA 人工 <220> <223> LNA募聚物序列/寡聚物序列基元 36- 13 6444-序列表.doc 24200930382 <220> <221> <222> <223> misc—feature (1).7(24)核苷酸或核苷酸類似物-視情況硫代磷酸酯 <400> 97 gacacactgg ctgtacatcc ggga <210> <211> <212> <213> 98 24 DNA 人工 <220><223> LNA募聚物序列/寡聚物序列基元 <220> <221> <222> <223> misc—feature (1).7(24)核苷酸或核苷酸類似物-視情況硫代磷酸酯 〇 <400> 98 gagccatcca aactcttgag agag 24 9 4^^ 9 2 D人 > > > > 0 12 3 111—II 2 2 2 2 V V < < <220><223> LNA寡聚物序列/寡聚物序列基元 <220> <221> <222> <223> misc_feature(1)-7(24)核苷酸或核苷酸類似物-視情況硫代磷酸酯 <400> 99 cagtgctttc atgcacagga attc 24 ❹ <210> <211> <212> <213> 100 24 DNA 人工 <220><223> LNA寡聚物序列/募聚物序列基元 <220> <221> <222> <223> misc—feature (1).7(24)核苷酸或核苷酸類似物-視情況硫代磷酸酯 <400> 100 attcgaagtt catcaaagaa tttt <210> <211> <212> <213> 101 24 DNA 人工 136444-序列表.doc 37- 24 24200930382 <220> <223> LNA寡聚物序列/寡聚物序列基元 <220> <221> misc—feature <222> (1).7(24)<223> 核苷酸或核苷酸類似物-視情況硫代磷酸酯 <400> 101 atcgagttcc ttgatgtagt teat <210> 102 <211> 24 <212> DNA <213> 人工 <220><223> LNA寡聚物序列/寡聚物序列基元
<220> <221> misc_feature <222> (1).7(24)<223> 核苷酸或核苷酸類似物-視情況硫代磷酸酯 <400> 102 gcacttgcac agagatgatc tetg 24 <210> 103 <211> 24 <212> DNA <213> 人工 <220> <223> LNA寡聚物序列/寡聚物序列基元 <220> <221> misc—feature <222> ¢1).7(24)<223> 核苷酸或核苷酸類似物-視情況硫代磷酸酯 <400> 103 aatagatggg ettgaettte ccag 24
<210> 104 <211> 24 <212> DNA <213〉 人工 <220> <223> LNA寡聚物序列/寡聚物序列基元 <220> <221> misc—feature <222> (1).7(24)<223> 核苷酸或核苷酸類似物-視情況硫代磷酸酯 <400> 104 ataacaggca gaagacatct gaaa 136444-序列表.doc -38 - 24 200930382 <210> 105 <211> 24 <212> DNA <213> 人工 <220> <223> LNA募聚物序列/寡聚物序列基元 <220> <221> misc—feature <222> (1).7(24) <223〉 核苷酸或核苷酸類似物-視情況硫代磷酸醋 <400> 105 attccccaag gcactgcaga ggag 24 <210> 106 <211> 24 <212> DNA <213> 人工
<220> <223> LNA寡聚物序列/寡聚物序列基元 <220> <221> misc_feature <222> (1).7(24) <223> 核苷酸或核苷酸類似物-視情況硫代磷酸醋 <400> 106 atgggctgac attcatagcc ttca 24 ◎ 136444-序列表.doc -39-
Claims (1)
- 200930382 十、申請專利範圍: 1. 一種由10至30個鄰接(contigu〇us)單體組成之寡聚物其 中相鄰單體係藉由磷酸酯基或硫代磷酸酯基共價連接, 其中該募聚物包含至少10個鄰接單體之第一區; 其中該第一區之至少一個單體為核苷類似物; 其中該第一區之序列與哺乳動物雄激素受體基因或哺 乳動物雄激素受體mRNA的最佳比對(aiigne(j)把區之反 向互補序列至少80% —致。 〇 2*如叫求項1之寡聚物,其中該第一區之序列與SEQ ID NOs:2-22、44-80或86-106中存在之至少1〇個鄰接單體之 區域的序列至少80%—致。 3.如s青求項1之募聚物’其中該第一區之序列與SEq id no 94 ' SEQ ID NO 58、SEQ ID NO 105或 SEQ ID NO 77 中 存在之至少10個鄰接單體之區域的序列至少80%一致。 4·如s青求項2之募聚物,其中該第一區之序列與SEq ID NO:58或77中存在之至少ι〇個鄰接單體之區域的序列至 Q 少80%—致。 5. 如請求項1或2之寡聚物,其中該第一區之序列與哺乳動 物雄激素受體基因或哺乳動物雄激素受體mRNA之反向 互補序列之最佳比對區的序列相比時,該第一區之序列 包含0至2個錯配。 6. 如請求項丨_5中任一項之寡聚物,其中該寡聚物之第一區 係由10至18個鄰接單體組成。 7. 如請求項6之寡聚物’其中該寡聚物之第一區係由16個 136444.doc 200930382 鄰接單體組成。 8. 如請求項μ中任一項之寡聚物,其中各核苦類似物係竭 立地選自由LNA單體、含有2,_〇·烷基-核糖之單體、含 有2-〇·甲基-核糖之單體、含有2,_胺基_脫氧核糖之單體 及含有2,氟·脫氧核糖之單體組成之群。 9. 如明求項8之寡聚物,其中該核苷類似物為單體。 10. 如請求項1之寡聚物,其中該寡聚物為間隙體, 且其中該間隙體自5'端至3'端包含: 〇 (1)由卜6個鄰接單體組成之區域A,其中至少一個單 體為核苦類似物, (u)區域B,其5’端共價連接至區域a之3,端,且由5 12個鄰接單體組成,其中至少一個單體為核苷;及 (in)區域C,其5,端共價連接至區域b之3,端,且由U6 個鄰接單體組成,其中至少一個單體為核苷類似物。 11·如請求項10之募聚物,其中該寡聚物為間隙體且其中 該間隙體自5,端至31端包含: ® (1)由2-5個鄰接單體組成之區域a,其中所有單體均 為核苦類似物, (1〇區域B,其5’端共價連接至區域a之3,端,且由6_ 10個鄰接單體組成,其中所有單體均為核苷;及 ΟΠ)區域C ’其5’端共價連接至區域B之3,端,且由2_5 個鄰接單體組成,其中所有單體均為核苷類似物。 12.如凊求項10或11之寡聚物’其中所有核苷類似物均為 LNA單艟。 136444.doc 200930382 13. 14. 〇 15. 16. 17. ❹ 18. 如請求項1之寡聚物,其中該募聚物係選自: 5l"A'sMecsMeCsasa-sgstststscststsc-sA-sGsMeC-3,(SEQIDNO:58) ; ^ ci Μβρ, JVle Me °s c.sa.sa,s&sgsAa.sc*stsgsesA.sGsA-3,(SEQIDNO:77), 其中大寫字母表示β-D-氧基-LNA單體,小寫字母表示 DNA單體’下標"s"表示硫代磷酸酯鍵,Mec表示含有% 甲基胞嘧啶鹼基之β_Ε>_氧基_LNA單體。 如请求項1 · 13中任一項之寡聚物,其抑制表現雄激素受 體之細胞中人類雄激素受體基因或mRNA之表現。 一種共概物’其包含如請求項1-13中任一項之寡聚物共 價連接於至少一個不為核酸或單體之部分。 一種醫藥組合物,其包含如請求項卜13中任一項之募聚 物或如請求項15之共軛物及醫藥學上可接受之稀釋劑、 載劑、鹽或佐劑。 一種抑制細胞中雄激素受體表現之方法,其包含使該細 胞與有效量之一種由10至30個鄰接單體組成的寡聚物接 觸’其中相鄰單體係藉由填酸酯基或硫代麟酸酯基共價 連接, 其中該寡聚物包含至少10個鄰接單體之第一區; 其中該第一區之至少一個單體為核苷類似物; 其中該第一區之序列與哺乳動物雄激素受體基因或哺 乳動物雄激素受體mRNA的最佳比對乾區之反向互補序 列至少80%—致。 一種抑制細胞中雄激素受體表現之方法,其包含使該細 胞與有效量之如請求項15之共軛物接觸。 136444.doc 200930382 19. 一種抑制哺乳動物組織中雄激素受體表現之方法,其包 含使該组織與有效量之一種由1〇至30個鄰接單體組成的 寡聚物接觸, 其中相鄰單體係藉由磷酸酯基或硫代磷酸酯基共價連 接, ^ 其中該募聚物包含至少10個鄰接單體之第一區; 其中該第一區之至少一個單體為核苷類似物; 其中該第一區之序列與哺乳動物雄激素受體基因或哺 Ο 乳動物雄激素受體mRNA的最佳比對靶區之反向互補序 列至少80%—致》 20. —種抑制哺乳動物組織中雄激素受體表現之方法,其包 含使該組織1與有效量之如請求項15之共輛物接觸。 21. —種抑制哺乳動物細胞或組織中雄激素受體靶基因表現 之方法’其包含使該細胞或組織與有效量之一種由1〇至 30個鄰接單體組成的寡聚物接觸, 其中相鄰單體係藉由麟酸酯基或硫代鱗酸酯基共價連 〇 接, 其中該募聚物包含至少10個鄰接單體之第一區及至少 10個鄰接單體之第二區,其中該第一區與該第二區相同 或不同; 其中該第一區之至少一個單體及該第二區之至少一個 單體為核苷類似物; 其中該第一區之序列與哺乳動物雄激素受體基因或哺 乳動物雄激素受體mRNA的最佳比對靶區之反向互補序 136444.doc 200930382 列至少80%—致;且 其中該雄激素受體把基因係選自由蛋白質激酶^基 因、麩胱甘肽S-轉移酶e2基因、瞬時受體電位陽離子通 道子族(subfamUy) V成員3基因"比洛琳_5邊酸還原酶i 基因及鳥胺酸轉胺酶基因組成之群。 22. —種抑制哺乳動物組織中雄激素受體靶基因表現之方 法,該雄激素受體靶基因係選自由蛋白質激酶以基因、 麵胱甘肽S轉移酶Θ2基因' 瞬時受體電位陽離子通道子 © 成員3基因、0比略嘛·5·叛酸還原酶1基因及鳥胺酸轉 胺酶基因組成之群,該方法包含使該組織與有效量之如 請求項15之共軛物接觸。 23. —種治療哺乳動物癌症之方法,其包含對該哺乳動物投 與有效量之一種由10至30個鄰接單體組成的寡聚物其 中相鄰單體係藉由磷酸酯基或硫代磷酸酯基共價連接, 其中該寡聚物包含至少10個鄰接單體之第一區; 其中該第一區之至少一個單體為核苷類似物; ® 其中該第一區之序列與哺乳動物雄激素受體基因或哺 乳動物雄激素受體mRNA的最佳比對靶區之反向互補序 列至少80%—致。 24. 如請求項23之方法,其中該癌症為乳癌或***癌。 25. —種治療哺乳動物病症之方法’其包含對該哺乳動物投 與有效量之一種由10至30個鄰接單體組成的募聚物,其 中相鄰單體係藉由磷酸酯基或硫代磷酸酯基共價連接, 其中該募聚物包含至少10個鄰接單體之第一區; I36444.doc 200930382 其中該第一區之至少一個單體為核苷類似物; 其中該第一區之序列與哺乳動物雄激素受體基因或哺 乳動物雄激素受體mRNA的最佳比對靶區之反向互補序 列至少80%—致;且 其中該病症係選自由禿髮、良性***增生、脊趙性 肌肉萎縮及甘迺迪(Kennedy)病及聚麩胺酸鹽疾病組成之 群。 26. —種由10至30個鄰接單體組成之活化寡聚物,其中相鄰 ❹ 單體係藉由磷酸酯基或硫代磷酸酯基共價連接,其中該 活化寡聚物包含至少一個官能基共價連接於一或多個獨 立地選自核糖之5'端、3,端、2,-OH及鹼基之位置。 ❹ 136444.doc
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