Claims (33)
1. Способ подтверждения результатов секвенирования, включающий стадии: получения последовательности нуклеиновой кислоты, с использованием СПГ; идентификации набора зондов, которые являются комплементарными и не абсолютно комплементарными последовательности нуклеиновой кислоты; гибридизации зондов с нуклеиновой кислотой в условиях, которые позволяют отдифференцировать полные соответствия от несоответствий по одному основанию; подтверждения того, что зонды не имеют абсолютного соответствия с нуклеиновой кислотой.1. A method for confirming sequencing results, comprising the steps of: obtaining a nucleic acid sequence using LNG; identifying a set of probes that are complementary and not completely complementary to the nucleic acid sequence; hybridization of probes with nucleic acid in conditions that allow to differentiate full compliance from inconsistencies on one basis; confirming that the probes do not have absolute correspondence with the nucleic acid.
2. Способ по п.1, где СПГ является СПГ Формата I. 2. The method according to claim 1, where the LNG is LNG format I.
3. Способ по п.1, где СПГ является СПГ Формата III. 3. The method according to claim 1, where the LNG is LNG Format III.
4. Способ по п.1, где набор зондов не является абсолютно комплементарным последовательности нуклеиновой кислоты. 4. The method according to claim 1, where the set of probes is not completely complementary to the nucleic acid sequence.
5. Способ подтверждения результатов секвенирования, включающий стадии: получения последовательности нуклеиновой кислоты с использованием СПГ; отбора, по крайней мере, одного праймера для нуклеиновой кислоты; секвенирования нуклеиновой кислоты с праймером с использованием Сэнгер-секвенирования; сравнения последовательности нуклеиновой кислоты, полученной СПГ, с последовательностью нуклеиновой кислоты, полученной Сэнгер-секвенированием. 5. A method for confirming sequencing results, comprising the steps of: obtaining a nucleic acid sequence using LNG; selecting at least one primer for a nucleic acid; nucleic acid sequencing with primer using Sanger sequencing; comparing the nucleic acid sequence obtained by LNG with the nucleic acid sequence obtained by Sanger sequencing.
6. Способ упорядочения множества Sfs из последовательности нуклеиновой кислоты, включающий стадии: получения последовательности нуклеиновой кислоты с использованием СПГ; идентификации множества праймеров от последовательности множества Sfs, в результате чего эти праймеры могут инициировать реакцию репликации на нуклеиновой кислоте, которая будет считываться через точку ветвления, секвенирование нуклеиновой кислоты с праймерами с использованием Сэнгер-секвенирования; сравнения последовательности нуклеиновой кислоты, полученной Сэнгер-секвенированием вокруг точки ветвления, с последовательностями Sfs, и, тем самым, определения порядка расположения этих Sfs. 6. A method for sequencing a plurality of Sfs from a nucleic acid sequence, comprising the steps of: obtaining a nucleic acid sequence using LNG; identifying the set of primers from the sequence of the set of Sfs, with the result that these primers can initiate a replication reaction on the nucleic acid, which will be read through the branch point, sequencing of the nucleic acid with the primers using Sanger sequencing; comparing the nucleic acid sequence obtained by Sanger sequencing around the branch point with the Sfs sequences, and thereby determining the order of arrangement of these Sfs.
7. Множество зондов для анализа нуклеиновой кислоты, где это множество зондов используют для определения нуклеиновой кислоты в условиях, при которых множество зондов может быть отдифференцировано друг от друга. 7. A plurality of nucleic acid assay probes, where this plurality of probes are used to determine a nucleic acid under conditions where a plurality of probes can be differentiated from each other.
8. Зонды по п.7, где нуклеиновая кислота имеет известную последовательность, и зонды помечены меткой. 8. The probes according to claim 7, where the nucleic acid has a known sequence, and the probes are labeled.
9. Множество зондов по п.7, где множество зондов помечено множеством различных меток, в результате чего эти зонды могут быть отдифференцированы друг от друга по различным меткам, связанным с зондами. 9. The plurality of probes according to claim 7, wherein the plurality of probes are labeled with a plurality of different labels, with the result that these probes can be differentiated from each other by different labels associated with the probes.
10. Набор зондов для анализа нуклеиновой кислоты, включающий множество пулов зондов, где каждый пул используют для определения нуклеиновой кислоты, и где множество зондов помечено множеством различных меток, в результате чего зонды в каждом пуле могут быть отдифференцированы друг от друга по различным меткам, связанным с зондами. 10. A set of probes for analyzing nucleic acid, including a plurality of pools of probes, where each pool is used to determine nucleic acid, and where many probes are marked with many different labels, with the result that the probes in each pool can be differentiated from each other by different labels associated with probes.
11. Набор зондов по п.9, где множеством различных меток является множество различных радиоактивных изотопов. 11. A set of probes according to claim 9, where many different labels are many different radioactive isotopes.
12. Набор зондов по п.9, где множеством различных меток является множество различных флуоресцентных молекул. 12. A set of probes according to claim 9, where a variety of different labels is a variety of different fluorescent molecules.
13. Набор зондов по п.9, где множеством различных меток является множество различных ЭММ. 13. A set of probes according to claim 9, where many different labels are many different EMMs.
14. Набор зондов по п.10, где множеством различных меток является множество различных радиоактивных изотопов. 14. A set of probes of claim 10, where a variety of different labels is a variety of different radioactive isotopes.
15. Набор зондов по п.10, где множеством различных меток является множество различных флуоресцентных молекул. 15. A set of probes of claim 10, where a variety of different labels is a variety of different fluorescent molecules.
16. Набор зондов по п.10, где множеством различных меток является множество различных ЭММ. 16. A set of probes of claim 10, where a variety of different labels is a variety of different EMMs.
17. Способ анализа нуклеиновой кислоты, включающий стадии:
получения массива олигонуклеотидных зондов; введения образца нуклеиновой кислоты в массив; добавления множества меченных зондов в массив в условиях, которые позволяют отдифференцировать абсолютные соответствия от несоответствий по одному основанию; добавления лигазы к массиву; инкубирования лигазы, меченных зондов, образца нуклеиновой кислоты образца и зондов массива в условиях, при которых меченный зонд может быть лигирован с зондами массива в том случае, когда меченный зонд является смежным с зондом массива на образце нуклеиновой кислоты; и детекции меченных зондов, которые лигированы с массивом.17. The method of analysis of nucleic acid, which includes stages:
obtaining an array of oligonucleotide probes; introducing a sample of nucleic acid into an array; adding a set of labeled probes to an array in conditions that allow you to differentiate absolute correspondences from inconsistencies on one basis; adding ligases to the array; incubating the ligase labeled with the probes, the sample nucleic acid sample and the array probes under conditions where the labeled probe can be ligated with the array probes when the labeled probe is adjacent to the array probe on the nucleic acid sample; and detection of labeled probes that are ligated to the array.
18. Способ по п.17, который, кроме того, включает стадию удаления нелигированного меченного зонда, после стадии инкубирования. 18. The method according to claim 17, which furthermore comprises the step of removing the non-ligated, labeled probe, after the incubation step.
19. Способ по п.18, где указанная нуклеиновая кислота имеет известную последовательность, а множество зондов помечено меткой. 19. The method of claim 18, wherein said nucleic acid has a known sequence, and a plurality of probes are labeled.
20. Способ по п.19, где указанную метку выбирают из группы, включающей радиоактивный изотоп, флуоресцентную молекулу и ЭММ. 20. The method of claim 19, wherein said label is selected from the group consisting of a radioactive isotope, a fluorescent molecule, and an EMM.
21. Способ по п.18, где множество зондов помечено множеством различных меток, в результате чего зонды могут быть отдифференцированы друг от друга по различным меткам, связанным с этими зондами. 21. The method of claim 18, wherein a plurality of probes are labeled with a plurality of different labels, with the result that the probes can be differentiated from each other by different labels associated with these probes.
22. Способ по п.21, где множеством различных меток является множество различных радиоактивных изотопов. 22. The method according to claim 21, wherein a plurality of different labels are a plurality of different radioactive isotopes.
23. Способ по п.21, где множеством различных меток является множество различных флуоресцентных молекул. 23. The method according to claim 21, wherein a plurality of different labels are a plurality of different fluorescent molecules.
24. Способ по п.21, где множеством различных меток является множество различных ЭММ. 24. The method of claim 21, wherein a plurality of different labels is a plurality of different EMMs.
25. Метод анализа множества нуклеиновых кислот, включающий стадии: получения образца, содержащего множество нуклеиновых кислот, где целевая нуклеиновая кислота присутствует, по крайней мере, в отношении одна часть к девяносто девяти частям нуклеиновой кислоты, которая является гомологичной мишени и отличается от этой мишени, по крайней мере, одним нуклеотидом; отбора набора зондов, которые идентифицируют целевую нуклеиновую кислоту; смешивания образца и зондов в условиях, которые позволяют отдифференцировать полные соответствия от несоответствий по одному основанию; определения того, обнаруживают ли эти зонды полное соответствие с нуклеиновой кислотой в образце. 25. A method of analyzing a variety of nucleic acids, comprising the steps of: obtaining a sample containing a plurality of nucleic acids, where the target nucleic acid is present, at least in relation to one part to ninety-nine parts of the nucleic acid, which is homologous to the target and differs from this target, at least one nucleotide; selecting a set of probes that identify the target nucleic acid; mixing the sample and probes under conditions that allow you to differentiate full compliance from non-conformities on one basis; determining whether these probes are fully consistent with the nucleic acid in the sample.
26. Устройство для анализа нуклеиновой кислоты, включающее: первый массив нуклеиновых кислот; второй массив нуклеиновых кислот; материал, который расположен между первым и вторым массивами, который предотвращает смешивание нуклеиновых кислот в первом массиве с нуклеиновыми кислотами во втором массиве. 26. A device for analyzing nucleic acid, comprising: a first array of nucleic acids; second array of nucleic acids; a material that is located between the first and second arrays, which prevents the mixing of nucleic acids in the first array with nucleic acids in the second array.
27. Устройство по п. 26, где нуклеиновыми кислотами во втором массиве являются меченными олигонуклеотидными зондами. 27. The device according to claim 26, where the nucleic acids in the second array are labeled oligonucleotide probes.
28. Устройство по п.27, где нуклеиновыми кислотами в первом массиве является множеством образца нуклеиновых кислот. 28. The device according to claim 27, where the nucleic acids in the first array are a plurality of sample of nucleic acids.
29. Способ анализа целевой нуклеиновой кислоты, включающий стадии: получения массива связанных зондов с известной последовательностью, иммобилизованных на субстрате; получение массива меченных зондов с известной последовательностью; получения материала, который помещают между массивами связанных и меченных зондов, и который предотвращает смешивание зондов в массивах связанных и меченных зондов; добавления целевой нуклеиновой кислоты к меченным зондам; удаления материала, находящегося между связанными и меченными зондами для того, чтобы меченные зонды, связанные зонды и целевые нуклеиновые кислоты смешивались вместе в условиях, которые позволяют отдифференцировать абсолютные соответствия от несоответствий по одному основанию; соединения связанного и меченного зондов, которые гибридизуются со смежными сайтами в целевой нуклеиновой кислоте; детекции меченного зонда, который был соединен с массивом связанных зондов. 29. A method for analyzing a target nucleic acid, comprising the steps of: obtaining an array of related probes with a known sequence immobilized on a substrate; obtaining an array of labeled probes with a known sequence; obtaining material that is placed between arrays of bonded and labeled probes, and which prevents the probes from mixing in arrays of bonded and labeled probes; add target nucleic acid to labeled probes; removing material between bonded and labeled probes so that labeled probes, associated probes, and target nucleic acids are mixed together under conditions that allow you to differentiate absolute correspondences from inconsistencies on the same basis; compounds bound and labeled probes that hybridize with contiguous sites in the target nucleic acid; detecting a labeled probe that has been connected to an array of connected probes.
30. Способ анализа, целевой нуклеиновой кислоты, включающей стадии: получения массива связанных зондов с известной последовательностью, иммобилизованных на субстрате; получения массива меченных зондов с известной последовательностью; получения материала, который помещают между массивами связанных и меченных зондов, и который предотвращает смешивание зондов в массивах связанных и меченных зондов; удаления материала, находящегося между связанными и меченными зондами для того, чтобы меченные зонды и связанные зонды смешивались вместе; добавления целевой нуклеиновой кислоты к меченным и связанным зондам в условиях, которые позволяют отдифференцировать абсолютные соответствия от несоответствий по одному основанию; лигирования связанного и меченного зондов, которые гибридизуются со смежными сайтами в целевой нуклеиновой кислоте; детекции меченного зонда, который был лигирован с массивом связанных зондов. 30. The method of analysis, the target nucleic acid, comprising the steps of: obtaining an array of related probes with a known sequence immobilized on a substrate; obtaining an array of labeled probes with a known sequence; obtaining material that is placed between arrays of bonded and labeled probes, and which prevents the probes from mixing in arrays of bonded and labeled probes; removing material between bonded and labeled probes so that labeled probes and associated probes are mixed together; add the target nucleic acid to labeled and bound probes under conditions that allow you to differentiate absolute correspondences from non-conformances by one base; ligating bound and labeled probes that hybridize with contiguous sites in the target nucleic acid; detecting a labeled probe that has been ligated to an array of related probes.
31. Способ анализа целевой нуклеиновой кислоты, включающей стадии: получения массива связанных зондов с известной последовательностью, иммобилизованных на субстрате, где некоторые связанные зонды комплементарны множеству первых частей целевой нуклеиновой кислоты; получения массива меченных зондов с известной последовательностью, где некоторые меченные зонды комплементарны множеству вторых частей целевой нуклеиновой кислоты, и где специфические вторые части являются смежными со специфическими первыми частями; получения материала, который помещают между массивами связанных и меченных зондов, и который предотвращает смешивание зондов в массивах связанных и меченных зондов; добавления целевой нуклеиновой кислоты кислоты к меченным зондам; удаления материала, находящегося между связанными и меченными зондами, для того, чтобы меченные зонды, связанные зонды и целевые нуклеиновые кислоты смешивались вместе в условиях, которые позволяют отдифференцировать абсолютные соответствия от несоответствий по одному основанию; соединения связанных и меченных зондов, которые являются связанными в специфических первых и вторых частях в целевой нуклеиновой кислоте; детекции меченного зонда, который был соединен с массивом связанных зондов. 31. A method for analyzing a target nucleic acid, comprising the steps of: obtaining an array of connected probes with a known sequence immobilized on a substrate, where some associated probes are complementary to the set of the first parts of the target nucleic acid; obtaining an array of labeled probes with a known sequence, where some labeled probes are complementary to the set of second parts of the target nucleic acid, and where the specific second parts are adjacent to the specific first parts; obtaining material that is placed between arrays of bonded and labeled probes, and which prevents the probes from mixing in arrays of bonded and labeled probes; add the target nucleic acid to the labeled probes; removing material between bonded and labeled probes so that labeled probes, associated probes and target nucleic acids are mixed together under conditions that allow you to differentiate absolute correspondences from inconsistencies on the same basis; compounds of bound and labeled probes that are bound in specific first and second parts in the target nucleic acid; detecting a labeled probe that has been connected to an array of connected probes.
32. Способ анализа целевой нуклеиновой кислоты, включающей стадии: получения массива связанных зондов с известной последовательностью, иммобилизованных на субстрате, где некоторые связанные зонды комплементарны множеству первых частей целевой нуклеиновой кислоты; получения массива меченных зондов с известной последовательностью, где некоторые меченные зонды комплементарны множеству вторых частей целевой нуклеиновой кислоты, и где специфические вторые части являются смежными со специфическими первыми частями; получения материала, который помещают между массивами связанных и меченных зондов, и который предотвращает смешивание зондов в массивах связанных и меченных зондов; удаления материала, находящегося между связанными и меченными зондами, для того, чтобы меченные зонды и связанные зонды смешивались вместе; добавления целевой нуклеиновой кислоты кислоты к меченным зондам и связанным зондам в условиях, которые позволяют отдифференцировать абсолютные соответствия от несоответствий по одному основанию; соединения связанных и меченных зондов, которые являются связанными в специфических первых и вторых частях в целевой нуклеиновой кислоте; детекции меченного зонда, который был соединен с массивом связанных зондов. 32. A method for analyzing a target nucleic acid, comprising the steps of: obtaining an array of connected probes with a known sequence immobilized on a substrate, where some associated probes are complementary to the set of the first parts of the target nucleic acid; obtaining an array of labeled probes with a known sequence, where some labeled probes are complementary to the set of second parts of the target nucleic acid, and where the specific second parts are adjacent to the specific first parts; obtaining material that is placed between arrays of bonded and labeled probes, and which prevents the probes from mixing in arrays of bonded and labeled probes; removing material between bonded and labeled probes so that labeled probes and associated probes are mixed together; add the target nucleic acid to the labeled probes and related probes under conditions that allow you to differentiate absolute correspondences from inconsistencies on one base; compounds of bound and labeled probes that are bound in specific first and second parts in the target nucleic acid; detecting a labeled probe that has been connected to an array of connected probes.
33. Способ анализа целевой нуклеиновой кислоты, включающей стадии: получения массива связанных целевых нуклеиновых кислот; получения массива меченных зондов с известной последовательностью; получения материала, который помещают между массивами связанных и меченных зондов, и который предотвращает смешивание целевой нуклеиновой кислоты и меченных зондов; удаления материала, находящегося между связанными и меченными зондами, для того, чтобы меченные зонды, связанные целевые нуклеиновые кислоты смешивались вместе в условиях, которые позволяют отдифференцировать абсолютные соответствия от несоответствий по одному основанию; определения, какие из меченных зондов, формируют полное соответствие с целевой ДНК. 33. A method for analyzing a target nucleic acid, comprising the steps of: obtaining an array of related target nucleic acids; obtaining an array of labeled probes with a known sequence; obtaining material that is placed between arrays of bound and labeled probes, and which prevents the target nucleic acid and labeled probes from mixing; removing material located between the bound and labeled probes so that the labeled probes, the bound target nucleic acids are mixed together under conditions that allow you to differentiate the absolute correspondences from the discrepancies on the same basis; determine which of the labeled probes form a complete match with the target DNA.