RU97100857A - Одновременное определение, идентификация и дифференциация эубактериальных таксонов с помощью гибридизационного анализа - Google Patents

Одновременное определение, идентификация и дифференциация эубактериальных таксонов с помощью гибридизационного анализа

Info

Publication number
RU97100857A
RU97100857A RU97100857/13A RU97100857A RU97100857A RU 97100857 A RU97100857 A RU 97100857A RU 97100857/13 A RU97100857/13 A RU 97100857/13A RU 97100857 A RU97100857 A RU 97100857A RU 97100857 A RU97100857 A RU 97100857A
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
seq
icg
probe
probes
sample
Prior art date
Application number
RU97100857/13A
Other languages
English (en)
Other versions
RU2154106C2 (ru
Inventor
Герт Яннес
Руди Россо
Хеверсвин Хюго Ван
Original Assignee
Иннодженетикс Н.В.
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Иннодженетикс Н.В. filed Critical Иннодженетикс Н.В.
Publication of RU97100857A publication Critical patent/RU97100857A/ru
Application granted granted Critical
Publication of RU2154106C2 publication Critical patent/RU2154106C2/ru

Links

Claims (53)

1. Способ определения и идентификации по меньшей мере одного микроорганизма или одновременного определения нескольких микроорганизмов в образце, включающий стадии:
(i) при необходимости высвобождения, выделения и/или концентрирования полинуклеиновых кислот из микроорганизма (ов), определяемого в образце;
(ii) при необходимости амплификации 16S-23S рРНК спейсерной области или ее части из микроорганизма (ов), определяемого в образце, с помощью по меньшей мере одной подходящей пары праймеров;
(iii) гибридизации полинуклеиновых кислот, полученных на стадиях (i) или (ii), с набором зондов, включающим по меньшей мере два зонда, в одинаковых условиях гибридизации и отмывки, при этом указанные зонды выбраны из последовательностей, приведенных в Таблице 1а, или их эквивалентов, и/или из таксон-специфических зондов, принадлежащих любой из спейсерных последовательностей, представленных на фиг. 1-103, при этом указанный таксон-специфический зонд выбран таковым, что он способен гибридизоваться в тех же самых условиях гибридизации и отмывки, что и по меньшей мере один из зондов Таблицы 1а;
(iv) детектирования гибридов, образованных на стадии (iii);
(v) идентификации присутствующего в образце микроорганизма (ов) на основании разностных гибридизационных сигналов, полученных на стадии (iv).
2. Способ по п.1, отличающийся тем, что указанный образец представляет собой образец, взятый из дыхательного тракта, и набор зондов, определенных на стадии (iii), включает по меньшей мере один зонд, выбранный из следующих спейсерных зондов:
MYC-ICG-1: ACTGGATAGTGGTTGCGAGCATCTA (SEQ ID NO 1)
MYC-ICG-22: CTTCTGAATAGTGGTTGCGAGCATCT (SEQ ID NO 2)
MTB-ICG-1: GGGTGCATGACAACAAAGTTGGCCA (SEQ ID NO 3)
MTB-ICG-2: GACTTGTTCCAGGTGTTGTCCCAC (SEQ ID NO 4)
MTB-ICG-3: CGGCTAGCGGTGGCGTGTTCT (SEQ ID NO 5)
MAI-ICG-1: CAACAGCAAATGATTGCCAGACACAC (SEQ ID NO 6)
MIL-ICG-11: GAGGGGTTCCCGTCTGTAGTG (SEQ ID NO 7)
MIL-ICG-22: TGAGGGGTTCTCGTCTGTAGTG (SEQ ID NO 8)
MAC-ICG-1: CACTCGGTCGATCCGTGTGGA (SEQ ID NO 9)
MAV-ICG-1: TCGGTCCGTCCGTGTGGAGTC (SEQ ID NO 10)
MAV-ICG-22: GTGGCCGGCGTTCATCGAAA (SEQ ID NO 11)
MIN-ICG-1: GCATAGTCCTTAGGGCTGATGCGTT (SEQ ID NO 12)
MIN-ICG-2: GCTGATGCGTTCGTCGAAATGTGTA (SEQ ID NO 13)
MIN-ICG-22: CTGATGCGTTCGTCGAAATGTGT (SEQ ID NO 14)
MIN-ICG-222: TGATGCGTTCGTCGAAATGTGT (SEQ ID NO 15)
MIN-ICG-2222: GGCTGATGCGTTCGTCGAAATGTGTAA (SEQ ID NO 16)
MAL-ICG-1: ACTAGATGAACGCGTAGTCCTTGT (SEQ ID NO 17)
MHEF-ICG-1: TGGACGAAAACCGGGTGCACAA (SEQ ID NO 18)
MAH-ICG-1: GTGTAATTTCTTTTTTAACTCTTGTGTGTAAGTAAGTG (SEQ ID NO 19)
MCO-ICG-11: TGGCCGGCGTGTTCATCGAAA (SEQ ID NO 20)
MTH-ICG-11: GCACTTCAATTGGTGAAGTGCGAGCC (SEQ ID NO 21)
MTH-ICG-2: GCGTGGTCTTCATGGCCGG (SEQ ID NO 22)
MEF-ICG-11: ACGCGTGGTCCTTCGTGG (SEQ ID NO 23)
MSC-ICG-1: TCGGCTCGTTCTGAGTGGTGTC (SEQ ID NO 24)
MKA-ICG-1: GATGCGTTTGCTACGGGTAGCGT (SEQ ID NO 25)
MKA-ICG-2: GATGCGTTGCCTACGGGTAGCGT (SEQ ID NO 26)
MKA-ICG-3: ATGCGTTGCCCTACGGGTAGCGT (SEQ ID NO 27)
MKA-ICG-4: CGGGCTCTGTTCGAGAGTTGTC (SEQ ID NO 28)
MKA-iCG-5: CCCTCAGGGATTTTCTGGGTGTTG (SEQ ID NO 182)
MKA-ICG-6: GGACTCGTCCAAGAGTGTTGTCC (SEQ ID NO 183)
MKA-ICG-7: TCGGGCTTGGCCAGAGCTGTT (SEQ ID NO 184)
MKA-ICG-8: GGGTGCGCAACAGCAAGCGA (SEQ ID NO 185)
MKA-ICG-9: GATGCGTTGCCCCTACGGG (SEQ ID NO 186)
MKA-ICG-10: CCCTACGGGTAGCGTGTTCTTTTG (SEQ ID NO 187)
MCH-ICG-1: GGTGTGGACTTTGACTTCTGAATAG (SEQ ID NO 29)
MCH-ICG-2: CGGCAAAACGTCGGACTGTCA (SEQ ID NO 30)
MCH-ICG-3: GGTGTGGTCCTTGACTTATGGATAG (SEQ ID NO 210)
MGO-ICG-1: AACACCCTCGGGTGCTGTCC (SEQ ID NO 31)
MGO-ICG-2: GTATGCGTTGTCGTTCGCGGC (SEQ ID NO 32)
MGO-ICG-5: CGTGAGGGGTCATCGTCTGTAG (SEQ ID NO 33)
MUL-ICG-1: GGTTTCGGGATGTTGTCCCACC (SEQ ID NO 175)
MGV-ICG-1: CGACTGAGGTCGACGTGGTGT (SEQ ID NO 176)
MGV-ICG-2: GGTGTTTGAGCATTGAATAGTGGTTGC (SEQ ID NO 177)
MGV-ICG-3: TCGGGCCGCGTGTTCGTCAAA (SEQ ID NO 211)
MXE-ICG-1: GTTGGGCAGCAGGCAGTAACC (SEQ ID NO 178)
MSI-ICG-1: CCGGCAACGGTTACGTGTTC (SEQ ID NO 179)
MFO-ICG-1: TCGTTGGATGGCCTCGCACCT (SEQ ID NO 180)
MFO-ICG-2: ACTTGGCGTGGGATGCGGGAA (SEQ ID NO 181)
MML-ICG-1: CGGATCGATTGAGTGCTTGTCCC (SEQ ID NO 188)
MML-ICG-2: TCTAAATGAACGCACTGCCGATGG (SEQ ID NO 189)
MCE-ICG-1: TGAGGGAGCCCGTGCCTGTA (SEQ ID NO 190)
MHP-ICG-1: CATGTTGGGCTTGATCGGGTGC (SEQ ID NO 191)
PA-ICG 1: TGGTGTGCTGCGTGATCCGAT (SEQ ID NO 34)
PA-ICG 2: TGAATGTTCGTGGATGAACATTGATT (SEQ ID NO 35)
PA-ICG 3: CACTGGTGATCATTCAAGTCAAG (SEQ ID NO 36)
PA-ICG 4: TGAATGTTCGT(G/A)(G/A)ATGAACATTGATTTCTGGTC (SEQ ID NO 37)
PA-ICG 5: CTCTTTCACTGGTGATCATTCAAGTCAAG (SEQ ID NO 38)
MPN-ICG 1: ATCGGTGGTAAATTAAACCCAAATCCCTGT (SEQ ID NO 49)
MPN-ICG 2: CAGTTCTGAAAGAACATTTCCGCTTCTTTC (SEQ ID NO 50)
MGE-ICG 1: CACCCATTAATTTTTTCGGTGTTAAAACCC (SEQ ID NO 51)
Mycoplasma-ICG: CAAAACTGAAAACGACAATCTTTCTAGTTCC (SEQ ID NO 52)
STAU-ICG 1: TACCAAGCAAAACCGAGTGAATAAAGAGTT (SEQ ID NO 53)
STAU-ICG 2: CAGAAGATGCGGAATAACGTGAC (SEQ ID NO 54)
STAU-ICG 3: AACGAAGCCGTATGTGAGCATTTGAC (SEQ ID NO 55)
STAU-ICG 4: GAACGTAACTTCATGTTAACGTTTGACTTAT (SEQ ID NO 56)
ACI-ICG 1: GCTTAAGTGCACAGTGCTCTAAACTGA (SEQ ID NO 57)
ACI-ICG 2: CACGGTAATTAGTGTGATCTGACGAAG (SEQ ID NO 58)
и более предпочтительно из следующих спейсерных зондов:
MYC-ICG-1: ACTGGATAGTGGTTGCGAGCATCTA (SEQ ID NO 1)
MYC-ICG-22: CTTCTGAATAGTGGTTGCGAGCATCT (SEQ ID NO 2)
MTB-ICG-1: GGGTGCATGACAACAAAGTTGGCCA (SEQ ID NO 3)
MTB-ICG-2: GACTTGTTCCAGGTGTTGTCCCAC (SEQ ID NO 4)
MTB-ICG-3: CGGCTAGCGGTGGCGTGTTCT (SEQ ID NO 5)
MAI-ICG-1: CAACAGCAAATGATTGCCAGACACAC (SEQ ID NO 6)
MIL-ICG-11: GAGGGGTTCCCGTCTGTAGTG (SEQ ID NO 7)
MIL-ICG-22: TGAGGGGTTCTCGTCTGTAGTG (SEQ ID NO 8)
MAC-ICG-1: CACTCGGTCGATCCGTGTGGA (SEQ ID NO 9)
MAV-ICG-1: TCGGTCCGTCCGTGTGGAGTC (SEQ ID NO 10)
MAV-ICG-22: GTGGCCGGCGTTCATCGAAA (SEQ ID NO 11)
MIN-ICG-1: GCATAGTCCTTAGGGCTGATGCGTT (SEQ ID NO 12)
MAL-ICG-1: ACTAGATGAACGCGTAGTCCTTGT (SEQ ID NO 17)
MCO-ICG-11: TGGCCGGCGTGTTCATCGAAA (SEQ ID NO 20)
MTH-ICG-11: GCACTTCAATTGGTGAAGTGCGAGCC (SEQ ID NO 21)
MTH-ICG-2: GCGTGGTCTTCATGGCCGG (SEQ ID NO 22)
MEF-ICG-11: ACGCGTGGTCCTTCGTGG (SEQ ID NO 23)
MSC-ICG-1: TCGGCTCGTTCTGAGTGGTGTC (SEQ ID NO 24)
MKA-ICG-3: ATGCGTTGCCCTACGGGTAGCGT (SEQ ID NO 27)
MKA-ICG-4: CGGGCTCTGTTCGAGAGTTGTC (SEQ ID NO 28)
MKA-ICG-5: CCCTCAGGGATTTTCTGGGTGTTG (SEQ IE NO 182)
MKA-ICG-6: GGACTCGTCCAAGAGTGTTGTCC (SEQ ID NO 183)
MKA-ICG-7: TCGGGCTTGGCCAGAGCTGTT (SEQ ID NO 184)
MKA-ICG-8: GGGTGCGCAACAGCAAGCGA (SEQ ID NO 185)
MKA-ICG-9: GATGCGTTGCCCCTACGGG (SEQ ID NO 186)
MKA-ICG-10: CCCTACGGGTAGCGTGTTCTTTTG (SEQ ID NO 187)
MCH-ICG-1: GGTGTGGACTTTGACTTCTGAATAG (SEQ ID NO 29)
MCH-ICG-2: CGGCAAAACGTCGGACTGTCA (SEQ ID NO 30)
MCH-ICG-3: GGTGTGGTCCTTGACTTATGGATAG (SEQ ID NO 210)
MGO-ICG-5: CGTGAGGGGTCATCGTCTGTAG (SEQ ID NO 33)
MUL-ICG-1: GGTTTCGGGATGTTGTCCCACC (SEQ ID NO 175)
MGV-ICG-1: CGACTGAGGTCGACGTGGTGT (SEQ ID NO 176)
MGV-ICG-2: GGTGTTTGAGCATTGAATAGTGGTTGC (SEQ ID NO 177)
MGV-ICG-3: TCGGGCCGCGTGTTCGTCAAA (SEQ ID NO 211)
MXE-ICG-1: GTTGGGCAGCAGGCAGTAACC (SEQ ID NO 178)
MSI-ICG-1: CCGGCAACGGTTACGTGTTC (SEQ ID NO 179)
MFO-ICG-1: TCGTTGGATGGCCTCGCACCT (SEQ ID NO 180)
MFO-ICG-2: ACTTGGCGTGGGATGCGGGAA (SEQ ID NO 181)
MML-ICG-1: CGGATCGATTGAGTGCTTGTCCC (SEQ ID NO 188)
MML-ICG-2: TCTAAATGAACGCACTGCCGATGG (SEQ ID NO 189)
MCE-ICG-1: TGAGGGAGCCCGTGCCTGTA (SEQ ID NO 190)
MHP-ICG-1: CATGTTGGGCTTGATCGGGTGC (SEQ ID NO 191)
PA-ICG 1: TGGTGTGCTGCGTGATCCGAT (SEQ ID NO 34)
PA-ICG 4: TGAATGTTCGT(G/A)(G/A)ATGAACATTGATTTCTGGTC (SEQ ID NO 37)
PA-ICG 5: CTCTTTCACTGGTGATCATTCAAGTCAAG (SEQ ID NO 38)
MPN-ICG 1: ATCGGTGGTAAATTAAACCCAAATCCCTGT (SEQ ID NO 49)
MPN-ICG 2: CAGTTCTGAAAGAACATTTCCGCTTCTTTC (SEQ ID NO 50)
MGE-ICG 1: CACCCATTAATTTTTTCCCTCTTAAAACCC (SEQ ID NO 51)
Mycoplasma-ICG: CAAAACTGAAAACGACAATCTTTCTAGTTCC (SEQ ID NO 52)
STAU-ICG 1: TACCAAGCAAAACCGAGTGAATAAAGAGTT (SEQ ID NO 53)
STAU-ICG 2: CAGAAGATGCGGAATAACGTGAC (SEQ ID NO 54)
STAU-ICG 3: AACGAAGCCGTATGTGAGCATTTGAC (SEQ ID NO 55)
STAU-ICG 4: GAACGTAACTTCATGTTAACGTTTGACTTAT (SEQ ID NO 56)
ACI-ICG 1: GCTTAAGTGCACAGTGCTCTAAACTGA (SEQ ID NO 57)
ACI-ICG 2: CACGGTAATTAGTGTGATCTGACGAAG (SEQ ID NO 58)
или эквивалентов указанных зондов, и/или указанный набор зондов включает по меньшей мере один таксон-специфический зонд, принадлежащий последовательности спейсерной области одного из определяемых в указанном образце микроорганизмов, при этом последовательность указанной спейсерной области выбирается из любой из последовательностей, представленных согласно SEQ ID NO 76-106, 157-174, 124, 125, 111-115, 139-144 или 126-130, и при этом указанные зонды или эквиваленты возможно используются в сочетании с любым зондом, с помощью которого можно определить по меньшей мере один из следующих организмов: Haemophilus influenzae. Streptococcus pneumoniae, Moraxella catarrhalis или Bordetella pertussis.
3. Способ по п.1, отличающийся тем, что указанный образец представляет собой образец, взятый из спинномозговой жидкости, и набор зондов, определенных на стадии (iii), включает по меньшей мере один зонд, выбранный из следующих спейсерных зондов:
MYC-ICG-1: ACTGGATAGTGGTTGCGAGCATCTA (SEQ ID NO 1)
MYC-ICG-22: CTTCTGAATAGTGGTTGCGAGCATCT (SEQ ID NO 2)
MTB-ICG-1: GGGTGCATGACAACAAAGTTGGCCA (SEQ ID NO 3)
MTB-ICG-2: GACTTGTTCCAGGTGTTGTCCCAC (SEQ ID NO 4)
MTB-ICG-3: CGGCTAGCGGTGGCGTGTTCT (SEQ ID NO 5)
LIS-ICG 1: CAAGTAACCGAGAATCATCTGAAAGTGAATC (SEQ ID NO 39)
LMO-ICG 1: AAACAACCTTTACTTCGTAGAAGTAAATTGGTTAAG (SEQ ID NO 40)
LMO-ICG 2: TGAGAGGTTAGTACTTCTCAGTATGTTTGTTC (SEQ ID NO 41)
LMO-ICG 3: AGGCACTATGCTTGAAGCATCGC (SEQ ID NO 42)
LISP-ICG 1: CGTTTTCATAAGCGATCGCACGTT (SEQ ID NO 212)
и предпочтительно из следующих спейсерных зондов:
MYC-ICG-1: ACTGGATAGTGGTTGCGAGCATCTA (SEQ ID NO 1)
MYC-ICG-22: CTTCTGAATAGTGGTTGCGAGCATCT (SEQ ID NO 2)
MTB-ICG-1: GGGTGCATGACAACAAAGTTGGCCA (SEQ ID NO 3)
MTB-ICG-2: GACTTGTTCCAGGTGTTGTCCCAC (SEQ ID NO 4)
MTB-ICG-3: CGGCTAGCGGTGGCGTGTTCT (SEQ ID NO 5)
LIS-ICG 1: CAAGTAACCGAGAATCATCTGAAAGTGAATC (SEQ ID NO 39)
LMO-ICG 3: AGGCACTATGCTTGAAGCATCGC (SEQ ID NO 42)
LISP-ICG 1: CGTTTTCATAAGCGATCGCACGTT (SEQ ID NO 212)
или эквивалентов указанных зондов, и/или указанный набор зондов включает по меньшей мере один таксон-специфический зонд, принадлежащий последовательности спейсерной области одного из определяемых в указанном образце микроорганизмов, при этом последовательность указанной спейсерной области выбирается из любой из последовательностей, представленных согласно SEQ ID NO 116, 118-121 или 213-215, и при этом указанные зонды или эквиваленты возможно используются в сочетании с любым зондом, с помощью которого можно определить по меньшей мере один из следующих организмов: Neisseria meningitidis, Haemophilus influenzae или Streptococcus pneumoniae.
4. Способ по п.1, отличающийся тем, что указанный образец представляет собой образец, взятый из мочеполового тракта, и набор зондов, определенных на стадии (iii), включает по меньшей мере один зонд, выбранный из следующих спейсерных зондов:
CHTR-ICG 1: GGAAGAAGCCTGAGAAGGTTTCTGAC (SEQ ID NO 45)
CHTR-ICG 2: GCATTTATATGTAAGAGCAAGCATTCTATTTCA (SEQ ID NO 46)
CHTR-ICG 3: GAGTAGCGTGGTGAGGACGAGA (SEQ ID NO 47)
CHTR-ICG 4: GAGTAGCGCGGTGAGGACGAGA (SEQ ID NO 201)
CHPS-ICG 1: GGATAACTGTCTTAGGACGGTTTGAC (SEQ ID NO 48)
MGE-ICG 1: CACCCATTAATTTTTTCGGTGTTAAAACCC (SEQ ID NO 51)
Mycoplasma-ICG: CAAAACTGAAAACGACAATCTTTCTAGTTCC (SEQ ID NO 52)
или эквивалентов указанных зондов, и/или указанный набор зондов включает по меньшей мере один таксон-специфический зонд, принадлежащий последовательности спейсерной области одного из определяемых в указанном образце микроорганизмов, при этом последовательность указанной спейсерной области выбирается из любой из последовательностей, представленных согласно SEQ ID NO 122, 123, 197, 124 или 125, при этом указанные зонды или эквиваленты возможно используются в сочетании с любым зондом, с помощью которого можно определить по меньшей мере один из следующих организмов: Neisseria gonorrho-еае, Haemophilus ducreyi или Streptococcus agalactiae.
5. Способ по п.1, отличающийся тем, что указанный образец представляет собой образец, взятый из пищи, и набор зондов, определенных на стадии (iii), включает по меньшей мере один зонд, выбранный из следующих спейсерных зондов:
LIS-ICG 1: CAAGTAACCGAGAATCATCTGAAAGTGAATC (SEQ ID NO 39)
LMO-ICG 1: AAACAACCTTTACTTCCTACAACTAAATTCCTTAAC (SEQ ID NO 40)
LMO-ICG 2: TGAGAGGTTAGTACTTCTCAGTATGTTTGTTC (SEQ ID NO 41)
LMO-ICG 3: AGGCACTATGCTTGAAGCATCGC (SEQ ID NO 42)
LIV-ICG 1: GTTAGCATAAATAGGTAACTATTTATGACACAAGTAAC (SEQ ID NO 43)
LSE-ICG 1: AGTTAGCATAAGTAGTGTAACTATTTATGACACAAG (SEQ ID NO 44)
LISP-ICG 1: CGTTTTCATAAGCGATCGCACGTT (SEQ ID NO 212)
STAU-ICG 1: TACCAAGCAAAACCGAGTGAATAAAGAGTT (SEQ ID NO 53)
STAU-ICG 2: CAGAAGATGCGGAATAACGTGAC (SEQ ID NO 54)
STAU-ICG 3: AACGAAGCCGTATGTGAGCATTTGAC (SEQ ID NO 55)
STAU-ICG 4: GAACGTAACTTCATGTTAACGTTTGACTTAT (SEQ ID NO 56)
BRU-ICG 1: CGTGCCGCCTTCGTTTCTCTTT (SEQ ID NO 59)
BRU-ICG 2: TTCGCTTCGGGGTGGATCTGTG (SEQ ID NO 60)
BRU-ICG 3: GCGTAGTAGCGTTTGCGTCGG (SEQ ID NO 193)
BRU-ICG 4: CGCAAGAAGCTTGCTCAAGCC (SEQ ID NO 194)
SALM-ICG 1: CAAAACTGACTTACGAGTCACGTTTGAG (SEQ ID NO 61)
SALM-ICG 2: GATGTATGCTTCGTTATTCCACGCC (SEQ ID NO 62)
STY-ICG 1: GGTCAAACCTCCAGGGACGCC (SEQ ID NO 63)
SED-ICG 1: GCGGTAATGTGTGAAAGCGTTGCC (SEQ ID NO 64)
YEC-ICG 1: GGAAAAGGTACTGCACGTGACTG (SEQ ID NO 198)
YEC-ICG 2: GACAGCTGAAACTTATCCCTCCG (SEQ ID NO 199)
YEC-ICG 3: GCTACCTGTTGATGTAATGAGTCAC (SEQ ID NO 200)
и предпочтительно из следующих спейсерных зондов:
LIS-ICG 1: CAAGTAACCGAGAATCATCTGAAAGTGAATC (SEQ ID NO 39)
LMO-ICG 3: AGGCACTATGCTTGAAGCATCGC (SEQ ID NO 42)
LISP-ICG 1: CGTITTCATAAGCGATCGCACGTT (SEQ ID NO 212)
STAU-ICG 1: TACCAAGCAAAACCGAGTGAATAAAGAGTT (SEQ ID NO 53)
STAU-ICG 2: CAGAAGATGCGGAATAACGTGAC (SEQ ID NO 54)
STAU-ICG 3: AACGAAGCCGTATGTGAGCATTTGAC (SEQ ID NO 55)
STAU-ICG 4: GAACGTAACTTCATGTTAACGTTTGACTTAT (SEQ ID NO 56)
BRU-ICG 2: TTCGCTTCGGGGTGGATCTGTG (SEQ ID NO 60)
BRU-ICG 3: GCGTAGTAGCGTTTGCGTCGG (SEQ ID NO 193)
BRU-ICG 4: CGCAAGAAGCTTGCTCAAGCC (SEQ ID NO 194)
SALM-ICG 1: CAAAACTGACTTACGAGTCACGTTTGAG (SEQ ID NO 61)
YEC-ICG 1: GGAAAAGGTACTGCACGTGACTG (SEQ ID NO 198)
YEC-ICG 2: GACAGCTGAAACTTATCCCTCCG (SEQ ID NO 199)
YEC-ICG 3: GCTACCTGTTGATGTAATGAGTCAC (SEQ ID NO 200)
или эквивалентов указанных зондов, и/или указанный набор зондов включает по меньшей мере один таксон-специфический зонд, принадлежащий последовательности спейсерной области одного из определяемых в указанном образце микроорганизмов, при этом последовательность указанной спейсерной области выбирается из любой из последовательностей, представленных согласно SEQ ID NO 116, 118-121, 213-215, 139-144, 131, 132, 154, 133-138, 195 или 196, при этом указанные зонды или эквиваленты возможно используются в сочетании с любым зондом, с помощью которого можно определить штаммы вида Campylobacter.
6. Способ по п.1, отличающийся тем, что указанный образец представляет собой образец, взятый из желудочно-кишечного тракта пациента, и набор зондов, определенных на стадии (iii), включает по меньшей мере один зонд, выбранный из следующих спейсерных зондов:
SALM-ICG 1: CAAAACTGACTTACGAGTCACGTTTGAG (SEQ ID NO 61)
SALM-ICG 2: GATGTATGCTTCGTTATTCCACGCC (SEQ ID NO 62)
STY-ICG 1: GGTCAAACCTCCAGGGACGCC (SEQ ID NO 63)
SED-ICG 1: GCGGTAATGTGTGAAAGCGTTGCC (SEQ ID NO 64)
YEC-ICG 1: GGAAAAGGTACTGCACGTGACTG (SEQ ID NO 198)
YEC-ICG 2: GACAGCTGAAACTTATCCCTCCG (SEQ ID NO 199)
YEC-ICG 3: GCTACCTGTTGATGTAATGAGTCAC (SEQ ID NO 200)
и предпочтительно из следующих спейсерных зондов:
SALM-ICG 1: CAAAACTGACTTACGAGTCACGTTTGAG (SEQ ID NO 61)
YEC-ICG 1: GGAAAAGGTACTGCACGTGACTG (SEQ ID NO 198)
YEC-ICG 2: GACAGCTGAAACTTATCCCTCCG (SEQ ID NO 199)
YEC-ICG 3: GCTACCTGTTGATGTAATGAGTCAC (SEQ ID NO 200)
или эквивалентов указанных зондов, и/или указанный набор зондов включает по меньшей мере один таксон-специфический зонд, принадлежащий последовательности спейсерной области одного из определяемых в указанном образце микроорганизмов, при этом последовательность указанной спейсерной области выбирается из любой из последовательностей, представленных согласно SEQ ID NO 133-138 или 195-196, при этом указанные зонды или эквиваленты возможно используются в сочетании с любым зондом, с помощью которого можно определить штаммы вида Campylobacter.
7. Способ по п.1 для определения и идентификации в образце одного или нескольких штаммов вида и подвида Mycobacterium, при котором стадия (iii) включает гибридизацию по меньшей мере с одним из следующих зондов:
MYC-ICG-1: ACTGGATAGTGGTTGCGAGCATCTA (SEQ ID NO 1)
MYC-ICG-22: CTTCTGAATAGTGGTTGCGAGCATCT (SEQ ID NO 2)
MTB-ICG-1: GGGTGCATGACAACAAAGTTGGCCA (SEQ ID NO 3)
MTB-ICG-2: GACTTGTTCCAGGTG1TGTCCCAC (SEQ ID NO 4)
MTB-ICG-3: CGGCTAGCGGTGGCGTGTTCT (SEQ ID NO 5)
MAI-ICG-1: CAACAGCAAATGATTGCCAGACACAC (SEQ ID NO 6)
MIL-ICG-11: GAGGGGTTCCCGTCTGTAGTG (SEQ ID NO 7)
MIL-ICG-22: TGAGGGGTTCTCGTCTGTAGTG (SEQ ID NO 8)
MAC-ICG-1: CACTCGGTCGATCCGTGTGGA (SEQ ID NO 9)
MAV-ICG-1: TCGGTCCGTCCGTGTGGAGTC (SEQ ID NO 10)
MAV-ICG-22: GTGGCCGGCGTTCATCGAAA (SEQ ID NO 11)
MIN-ICG-1: GCATAGTCCTTAGGGCTGATGCGTT (SEQ ID NO 12)
MIN-ICG-2: GCTGATGCGTTCGTCGAAATGTGTA (SEQ ID NO 13)
MIN-ICG-22: CTGATGCGTTCGTCGAAATGTGT (SEQ ID NO 14)
MIN-ICG-222: TGATGCGTTCGTCGAAATGTGT (SEQ ID NO 15)
MIN-ICG-2222: GGCTGATGCGTTCGTCGAAATGTGTAA (SEQ ID NO 16)
MAL-ICG-1: ACTAGATGAACGCGTAGTCCTTGT (SEQ ID NO 17)
MHEF-ICG-1: TGGACGAAAACCGGGTGCACAA (SEQ ID NO 18)
MAH-ICG-1: GTGTAATTTCTTTTTTAACTCTTGTGTGTAAGTAAGTG (SEQ ID NO 19)
MCO-ICG-11: TGGCCGGCGTGTTCATCGAAA (SEQ ID NO 20)
MTH-ICG-11: GCACTTCAATTGGTGAAGTGCGAGCC (SEQ ID NO 21)
MTH-ICG-2: GCGTGGTCTTCATGGCCGG (SEQ ID NO 22)
MEF-ICG-11: ACGCGTGGTCCTTCGTGG (SEQ ID NO 23)
MSC-ICG-1: TCGGCTCGTTCTGAGTGGTGTC (SEQ ID NO 24)
MKA-ICG-1: GATGCGTTTGCTACGGGTAGCGT (SEQ ID NO 25)
MKA-ICG-2: GATGCGTTGCCTACGGGTAGCGT (SEQ ID NO 26)
MKA-ICG-3: ATGCGTTGCCCTACGGGTAGCGT (SEQ ID NO 27)
MKA-ICG-4: CGGGCTCTGTTCGAGAGTTGTC (SEQ ID NO 28)
MKA-ICG-5: CCCTCAGGGATTTTCTGGGTGTTG (SEQ ID NO 182)
MKA-ICG-6: GGACTCGTCCAAGAGTGTTGTCC (SEQ ID NO 183)
MKA-ICG-7: TCGGGCTTGGCCAGAGCTGTT (SEQ ID NO 184)
MKA-ICG-8: GGGTGCGCAACAGCAAGCGA (SEQ ID NO 185)
MKA-ICG-9: GATGCGTTGCCCCTACGGG (SEQ ID NO 186)
MKA-ICG-10: CCCTACCCCTACCCTCTTCTTTTG (SEQ ID NO 187)
MCH-ICG-1: GGTGTGGACTTTGACTTCTGAATAG (SEQ ID NO 29)
MCH-ICG-2: CGGCAAAACGTCGGACTGTCA (SEQ ID NO 30)
MGO-ICG-1: AACACCCTCGGGTGCTGTCC (SEQ ID NO 31)
MGO-ICG-2: GTATGCGTTGTCGTTCGCGGC (SEQ ID NO 32)
MGO-ICG-5: CGTGAGGGGTCATCGTCTGTAG (SEQ ID NO 33)
MUL-ICG-1: GGTTTCGGGATGTTGTCCCACC (SEQ ID NO 175)
MGV-ICG-1: CGACTGAGGTCGACGTGGTGT (SEQ ID NO 176)
MGV-ICG-2: GGTGTTTGAGCATTGAATAGTGGTTGC (SEQ ID NO 177)
MXE-ICG-1: GTTGGGCAGCAGGCAGTAACC (SEQ ID NO 178)
MSI-ICG-1: CCGGCAACGGTTACGTGTTC (SEQ ID NO 179)
MFO-ICG-1: TCGTTGGATGGCCTCGCACCT (SEQ ID NO 180)
MFO-ICG-2: ACTTGGCGTGGGATGCGGGAA (SEQ ID NO 181)
MML-ICG-1: CGGATCGATTGAGTGCTTGTCCC (SEQ ID NO 188)
MML-ICG-2: TCTAAATGAACGCACTGCCGATGG (SEQ ID NO 189)
MCE-ICG-1: TGAGGGAGCCCGTGCCTGTA (SEQ ID NO 190)
MHP-ICG-1: CATGTTGGGC1TGATCGGGTGC (SEQ ID NO 191)
и более предпочтительно с по меньшей мере одним зондом из следующей более узкой группы спейсерных зондов:
MYC-ICG-1: ACTGGATAGTGGTTGCGAGCATCTA (SEQ ID NO 1)
MYC-ICG-22: CTTCTGAATAGTGGTTGCGAGCATCT (SEQ ID NO 2)
MTB-ICG-1: GGGTGCATGACAACAAAGTTGGCCA (SEQ ID NO 3)
MTB-ICG-2: GACTTGTTCCAGGTGTTGTCCCAC (SEQ ID NO 4)
MTB-ICG-3: CGGCTAGCGGTGGCGTGTTCT (SEQ ID NO 5)
MAI-ICG-1: CAACAGCAAATGATTGCCAGACACAC (SEQ ID NO 6)
MIL-ICG-11: GAGGGGTTCCCGTCTGTAGTG (SEQ ID NO 7)
MIL-ICG-22: TGAGGGGTTCTCGTCTGTAGTG (SEQ ID NO 8)
MAC-ICG-1: CACTCGGTCGATCCGTGTGGA (SEQ ID NO 9)
MAV-ICG-1: TCGGTCCGTCCGTGTGGAGTC (SEQ ID NO 10)
MAV-ICG-22: GTGGCCGGCGTTCATCGAAA (SEQ ID NO 11)
MIN-ICG-1: GCATAGTCCTTAGGGCTGATGCGTT (SEQ ID NO 12)
MAL-ICG-1: ACTAGATGAACGCGTAGTCCTTGT (SEQ ID NO 17)
MCO-ICG-11: TGGCCGGCGTGTTCATCGAAA (SEQ ID NO 20)
MTH-ICG-11: GCACTTCAATTGGTGAAGTGCGAGCC (SEQ ID NO 21)
MTH-ICG-2: GCGTGGTCTTCATGGCCGG (SEQ ID NO 22)
MEF-ICG-11: ACGCGTGGTCCTTCGTGG (SEQ ID NO 23)
MSC-ICG-1: TCGGCTCGTTCTGAGTGGTGTC (SEQ ID NO 24)
MKA-ICG-3: ATGCGTTGCCCTACGGGTAGCGT (SEQ ID NO 27)
MKA-ICG-4: CGGGCTCTGTTCGAGAGTTGTC (SEQ ID NO 28)
MKA-ICG-5: CCCTCAGGGATTTTCTGGGTGTTG (SEQ ID NO 182)
MKA-ICG-6: GGACTCGTCCAAGAGTGTTGTCC (SEQ ID NO 183)
MKA-ICG-7: TCGGGCTTGGCCAGAGCTGTT (SEQ ID NO 184)
MKA-ICG-8: GGGTGCGCAACAGCAAGCGA (SEQ ID NO 185)
MKA-ICG-9: GATGCGTTGCCCCTACGGG (SEQ ID NO 186)
MKA-ICG-10: CCCTACGGGTAGCGTGTTCTTTTG (SEQ ID NO 187)
MCH-ICG-1: GGTGTGGACTTTGACTTCTGAATAG (SEQ ID NO 29)
MCH-ICG-2: CGGCAAAACGTCGGACTGTCA (SEQ ID NO 30)
MCH-ICG-3: GGTGTGGTCCTTGACTTATGGATAG (SEQ ID NO 210)
MGO-ICG-5: CGTGAGGGGTCATCGTCTGTAG (SEQ ID NO 33)
MUL-ICG-1: GGTTTCGGGATGTTGTCCCACC (SEQ ID NO 175)
MGV-ICG-1: CGACTGAGGTCGACGTGGTGT (SEQ ID NO 176)
MGV-ICG-2: GGTGTTTGAGCATTGAATAGTGGTTGC (SEQ ID NO 177)
MGV-ICG-3: TCGGGCCGCGTGTTCGTCAAA (SEQ ID NO 211)
MXE-ICG-1: GTTGGGCAGCAGGCAGTAACC (SEQ ID NO 178)
MSI-ICG-1: CCGGCAACGGTTACGTGTTC (SEQ ID NO 179)
MFO-ICG-1: TCGTTGGATGGCCTCGCACCT (SEQ ID NO 180)
MFO-ICG-2: ACTTGGCGTGGGATGCGGGAA (SEQ ID NO 181)
MML-ICG-1: CGGATCGATTGAGTGCTTGTCCC (SEQ ID NO 188)
MML-ICG-2: TCTAAATGAACGCACTGCCGATGG (SEQ ID NO 189)
MCE-ICG-1: TGAGGGAGCCCGTGCCTGTA (SEQ ID NO 190)
MHP-ICG-1: CATGTTGGGCTTGATCGGGTGC (SEQ ID NO 191)
или с эквивалентами указанных зондов, и/или с любым зондом из SEQ ID NO 76-110 или 157-174, обеспечивающим специфическую гибридизацию указанного зонда с видом Mycobacterium.
8. Способ по п.7 для определения и идентификации в образце одного или нескольких комплексных штаммов Mycobacterium tuberculosis, при котором стадия (iii) включает гибридизацию по меньшей мере с одним из следующих зондов:
MTB-ICG-1: GGGTGCATGACAACAAAGTTGGCCA (SEQ ID NO 3)
MTB-ICG-2: GACTTGTTCCAGGTGTTGTCCCAC (SEQ ID NO 4)
MTB-ICG-3: CGGCTAGCGGTGGCGTGTTCT (SEQ ID NO 5)
или с эквивалентами вышеупомянутых зондов, и/или с любым зондом из SEQ ID NO 76, обеспечивающим специфическую гибридизацию указанного зонда с комплексом M.tuberculosis.
9. Способ по п. 7 для определения и идентификации одного или более штаммов Mycobacterium из MAIS-комплекса, при котором стадия (iii) включает гибридизацию по меньшей мере с одним из следующих зондов:
MAI-ICG-1: CAACAGCAAATGATTGCCAGACACAC (SEQ ID NO 6)
MIL-ICG-11: GAGGGGTTCCCGTCTGTAGTG (SEQ ID NO 7)
MIL-ICG-22: TGAGGGGTTCTCGTCTGTAGTG (SEQ ID NO 8)
MAC-ICG-1: CACTCGGTCGATCCGTGTGGA (SEQ ID NO 9)
MAV-ICG-1: TCGGTCCGTCCGTGTGGAGTC (SEQ ID NO 10)
MAV-ICG-22: GTGGCCGGCGTTCATCGAAA (SEQ ID NO 11)
MIN-ICG-1: GCATAGTCCTTAGGGCTGATGCGTT (SEQ ID NO 12)
MIN-ICG-2: GCTGATGCGTTCGTCGAAATGTGTA (SEQ ID NO 13)
MIN-ICG-22: CTGATGCGTTCGTCGAAATGTGT (SEQ ID NO 14)
MIN-ICG-222: TGATGCGTTCGTCGAAATGTGT (SEQ ID NO 15)
MIN-ICG-2222: GGCTGATGCGTTCGTCGAAATGTGTAA (SEQ ID NO 16)
MAL-ICG-1: ACTAGATGAACGCGTAGTCCTTGT (SEQ ID NO 17)
MHEF-ICG-1: TGGACGAAAACCGGGTGCACAA (SEQ ID NO 18)
MAH-ICG-1: GTGTAATTTCTTTTTTAACTCTTGTGTGTAAGTAAGTG (SEQ ID NO 19)
MCO-ICG-11: TGGCCGGCGTGTTCATCGAAA (SEQ ID NO 20)
MTH-ICG-11: GCACTTCAATTGGTGAAGTGCGAGCC (SEQ ID NO 21)
MTH-ICG-2: GCGTGGTCTTCATGGCCGG (SEQ ID NO 22)
MEF-ICG-11: ACGCGTGGTCCTTCGTGG (SEQ ID NO 23)
MSC-ICG-1: TCGGCTCGTTCTGAGTGGTGTC (SEQ ID NO 24)
или с эквивалентами указанных зондов, и/или с любым зондом из SEQ ID NO 77-100 или 108-110, обеспечивающим специфическую гибридизацию указанного зонда со штаммами MAIS-комплекса.
10. Способ по п.9 для определения и идентификации в образце одного или более штаммов M. avium и M. paratuberculosis, при котором стадия (iii) включает гибридизацию по меньшей мере с одним из следующих зондов:
MAV-ICG-1: TCGGTCCGTCCGTGTGGAGTC (SEQ ID NO 10)
MAV-ICG-22: GTGGCCGGCGTTCATCGAAA (SEQ ID NO 11)
или с эквивалентами указанных зондов, и/или с любым зондом из SEQ ID NO 77 и 78, обеспечивающим специфическую гибридизацию указанного зонда с M. avium и M. paratuberculosis.
11. Способ по п.9 для определения и идентификации в образце одного или более штаммов Mycobacterium intracellulare и MIC-штаммов, при котором стадия (iii) включает гибридизацию по меньшей мере с одним из следующих зондов:
MAI-ICG-1: CAACAGCAAATGATTGCCAGACACAC (SEQ ID NO 6)
MIL-ICG-11: GAGGGGTTCCCGTCTGTAGTG (SEQ ID NO 7)
MIL-ICG-22: TGAGGGGTTCTCGTCTGTAGTG (SEQ ID NO 8)
MAC-ICG-1: CACTCGGTCGATCCGTGTGGA (SEQ ID NO 9)
MIN-ICG-1: GCATAGTCCTTAGGGCTGATGCGTT (SEQ ID NO 12)
MIN-ICG-2: GCTGATGCGTTCGTCGAAATGTGTA (SEQ ID NO 13)
MIN-ICG-22: CTGATGCGTTCGTCGAAATGTGT (SEQ ID NO 14)
MIN-ICG-222: TGATGCGTTCGTCGAAATGTGT (SEQ ID NO 15)
MIN-ICG-2222: GGCTGATGCGTTCGTCGAAATGTGTAA (SEQ ID NO 16)
MAL-ICG-1: ACTAGATGAACGCGTAGTCCTTGT (SEQ ID NO 17)
MHEF-ICG-1: TGGACGAAAACCGGGTGCACAA (SEQ ID NO 18)
MAH-ICG-1: GTGTAATTTCTTTTTTAACTCTTGTGTGTAAGTAAGTG (SEQ ID NO 19)
MCO-ICG-11: TGGCCGGCGTGTTCATCGAAA (SEQ ID NO 20)
MTH-ICG-11: GCACTTCAATTGGTGAAGTGCGAGCC (SEQ ID NO 21)
MTH-ICG-2: GCGTGGTCTTCATGGCCGG (SEQ ID NO 22)
MEF-ICG-11: ACGCGTGGTCCTTCGTGG (SEQ ID NO 23)
или с эквивалентами указанных зондов, и/или с любым зондом из SEQ ID NO 79, 80, 81, 82, 83, 84, 85, 86, 87, 88, 89, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98 или 99, обеспечивающим специфическую гибридизацию указанного зонда со штаммами M. intracellulare и MTC-штаммами.
12. Способ по п.9 для определения и идентификации в образце одного или более штаммов Mycobacterium intracellulare, при котором стадия (iii) включает гибридизацию со следующим зондом:
MIN-ICG-1: GCATAGTCCTTAGGGCTGATGCGTT (SEQ ID NO 12)
или с эквивалентами указанного зонда, и/или с любым зондом из SEQ ID NO 89, обеспечивающим специфическую гибридизацию указанного зонда с M. intracellulare.
13. Способ по п.9 для определения и идентификации в образце одного или более штаммов Mycobacterium scrofulaceum, при котором стадия (iii) включает гибридизацию со следующим зондом:
MSC-ICG-1: TCGGCTCGTTCTGAGTGGTGTC (SEQ ID NO 24)
или с эквивалентами указанного зонда, и/или с любым зондом из SEQ ID NO 100, обеспечивающим специфическую гибридизацию указанного зонда со штаммами M. scrofulaceum.
14. Способ по п.7 для определения и идентификации в образце одного или более штаммов Mycobacterium kansasii, при котором стадия (iii) включает гибридизацию по меньшей мере с одним из следующих зондов:
MKA-ICG-1: GATGCGTTTGCTACGGGTAGCGT (SEQ ID NO 25)
MKA-ICG-2: GATGCGTTGCCTACGGGTAGCGT (SEQ ID NO 26)
MKA-ICG-3: ATGCGTTGCCCTACGGGTAGCGT (SEQ ID NO 27)
MKA-ICG-4: CGGGCTCTGTTCGAGAGTTGTC (SEQ ID NO 28)
MKA-ICG-5: CCCTCAGGGATTTTCTGGGTGTTG (SEQ ID NO 182)
MKA-ICG-6: GGACTCGTCCAAGAGTGTTGTCC (SEQ ID NO 183)
MKA-ICG-7: TCGGGCTTGGCCAGAGCTGTT (SEQ ID NO 184)
MKA-ICG-8: GGGTGCGCAACAGCAAGCGA (SEQ ID NO 185)
MKA-ICG-9: GATGCGTTGCCCCTACGGG (SEQ ID NO 186)
MKA-ICG-10: CCCTACGGGTAGCGTGTTCTTTTG (SEQ ID NO 187)
и более предпочтительно с:
MKA-ICG-3: ATGCGTTGCCCTACGGGTAGCGT (SEQ ID NO 27)
MKA-ICG-4: CGGGCTCTGTTCGAGAGTTGTC (SEQ ID NO 28)
MKA-ICG-5: CCCTCAGGGATTTTCTGGGTGTTG (SEQ ID NO 182)
MKA-ICG-6: GGACTCGTCCAAGAGTGTTGTCC (SEQ ID NO 183)
MKA-ICG-7: TCGGGCTTGGCCAGAGCTGTT (SEQ ID NO 184)
MKA-ICG-8: GGGTGCGCAACAGCAAGCGA (SEQ ID NO 185)
MKA-ICG-9: GATGCGTTGCCCCTACGGG (SEQ ID NO 186)
MKA-ICG-10: CCCTACGGGTAGCGTGTTCTTTTG (SEQ ID NO 187)
или с эквивалентами указанных зондов, и/или с любым зондом из SEQ ID NO 101, 167, 168 или 169, обеспечивающим специфическую гибридизацию указанного зонда со штаммами M. kansasii.
15. Способ по п.7 для определения и идентификации в образце одного или более штаммов Mycobacterium chelonae, при котором стадия (iii) включает гибридизацию по меньшей мере с одним из следующих зондов:
MCH-ICG-1: GGTGTGGACTTTGACTTCTGAATAG (SEQ ID NO 29)
MCH-ICG-2: CGGCAAAACGTCGGACTGTCA (SEQ ID NO 30)
MCH-ICG-3: GGTGTGGTCCTTGACTTATGGATAG (SEQ ID NO 210)
или с эквивалентами вышеупомянутых зондов, и/или с любым зондом из SEQ ID NO 102, 103 или 174, обеспечивающим специфическую гибридизацию указанного зонда с M. chelonae.
16. Способ по п.7 для определения и идентификации в образце одного или более штаммов Mycobacterium gordonae, при котором стадия (iii) включает гибридизацию по меньшей мере с одним из следующих зондов:
MGO-ICG-1: AACACCCTCGGGTGCTGTCC (SEQ ID NO 31)
MGO-ICG-2: GTATGCGTTGTCGTTCGCGGC (SEQ ID NO 32)
MGO-ICG-5: CGTGAGGGGTCATCGTCTGTAG (SEQ ID NO 33)
и наиболее предпочтительно с:
MGO-ICG-5: CGTGAGGGGTCATCGTCTGTAG (SEQ ID NO 33)
или с эквивалентами указанных зондов, и/или с любым зондом из SEQ ID NO 104, 105 или 106, обеспечивающим специфическую гибридизацию указанного зонда с M. gordonae.
17. Способ по п.7 для определения и идентификации в образце одного или более штаммов Mycobacterium ulcerans или M. marinum, при котором стадия (iii) включает гибридизацию со следующим зондом:
MUL-ICG-1: GGTTTCGGGATGTTGTCCCACC (SEQ ID NO 175)
или с эквивалентами указанного зонда, и/или с любым зондом из SEQ ID NO 157, обеспечивающим специфическую гибридизацию указанного зонда с M. ulcerans и M. marinum.
18. Способ по п.7 для определения и идентификации в образце одного или более штаммов Mycobacterium genavense, при котором стадия (iii) включает гибридизацию по меньшей мере с одним из следующих зондов:
MGV-ICG-1: CGACTGAGGTCGACGTGGTGT (SEQ ID NO 176)
MGV-ICG-2: GGTGTTTGAGCATTGAATAGTGGTTGC (SEQ ID NO 177)
MGV-ICG-3: TCGGGCCGCGTGTTCGTCAAA (SEQ ID NO 211)
или с эквивалентами вышеупомянутых зондов, и/или с любым зондом из SEQ ID NO 158, 159, 160, 161 или 162, обеспечивающим специфическую гибридизацию указанного зонда с M. genavense.
19. Способ по п.7 для определения и идентификации в образце одного или более штаммов Mycobacterium xenopi, при котором стадия (iii) включает гибридизацию со следующим зондом:
MXE-ICG-1: GTTGGGCAGCAGGCAGTAACC (SEQ ID NO 178)
или с эквивалентами указанного зонда, и/или с любым зондом из SEQ ID NO 163, обеспечивающим специфическую гибридизацию указанного зонда с M. xenopi.
20. Способ по п.7 для определения и идентификации в образце одного или более штаммов Mycobacterium simiae, при котором стадия (iii) включает гибридизацию со следующим зондом:
MSI-ICG-1: CCGGCAACGGTTACGTGTTC (SEQ ID NO 179)
или с эквивалентами указанного зонда, и/или с любым зондом из SEQ ID NO 164 или 165, обеспечивающим специфическую гибридизацию указанного зонда с M. simiae.
21. Способ по п.7 для определения и идентификации в образце одного или более штаммов Mycobacterium fortuitum, при котором стадия (iii) включает гибридизацию по меньшей мере с одним из следующих зондов:
MFO-ICG-1: TCGTTGGATGGCCTCGCACCT (SEQ ID NO 180)
MFO-ICG-2: ACTTGGCGTGGGATGCGGGAA (SEQ ID NO 181)
или с эквивалентами указанных зондов, и/или с любым зондом из SEQ ID NO 166, обеспечивающим специфическую гибридизацию указанного зонда с M. fortuitum.
22. Способ по п.7 для определения и идентификации в образце одного или более штаммов Mycobacterium celatum, при котором стадия (iii) включает гибридизацию со следующим зондом:
MCE-ICG-1: TGAGGGAGCCCGTGCCTGTA (SEQ ID NO 190)
или с эквивалентами указанного зонда, и/или с любым зондом из SEQ ID NO 170, обеспечивающим специфическую гибридизацию указанного зонда с M. celatum.
23. Способ по п.7 для определения и идентификации в образце одного или более штаммов Mycobacterium haemophilum, отличающийся тем, что стадия (iii) включает гибридизацию со следующим зондом:
MHP-ICG-1: CATGTTGGGCTTGATCGGGTGC (SEQ ID NO 191)
или с эквивалентами указанного зонда, и/или с любым зондом из SEQ ID NO 171, 172 или 173, обеспечивающим специфическую гибридизацию указанного зонда с M. haemophilum.
24. Способ по п.7 для определения и идентификации в образце одного или более штаммов Mycobacterium, при котором стадия (iii) включает гибридизацию по меньшей мере с одним из следующих зондов:
MYC-ICG-1: ACTGGATAGTGGTTGCGAGCATCTA (SEQ ID NO 1)
MYC-ICG-22: CTTCTGAATAGTGGTTGCGAGCATCT (SEQ ID NO 2)
или с эквивалентами указанных зондов.
25. Способ по п.1 для определения и идентификации в образце одного или более штаммов Mycoplasma, при котором стадия (iii) включает гибридизацию по меньшей мере с одним из следующих зондов:
MPN-ICG-1: ATCGGTGGTAAATTAAACCCAAATCCCTGT (SEQ ID NO 49)
MPN-ICG-2: CAGTTCTGAAAGAACATTTCCGCTTCTTTC (SEQ ID NO 50)
MGE-ICG-1: CACCCATTAATTTTTTCGGTGTTAAAACCC (SEQ ID NO 51)
Mycoplasma-ICG: CAAAACTGAAAACGACAATCTTTCTAGTTCC (SEQ ID NO 52)
или с эквивалентами указанных зондов, и/или с любым зондом из SEQ ID NO 124 или 125, обеспечивающим специфическую гибридизацию указанного зонда с видом Mycoplasma.
26. Способ по п.25 для определения и идентификации в образце одного или более штаммов Mycoplasma pneumoniae, при котором стадия (iii) включает гибридизацию по меньшей мере с одним из следующих зондов:
MPN-ICG-1: ATCGGTGGTAAATTAAACCCAAATCCCTGT (SEQ ID NO 49)
MPN-ICG-2: CAGTTCTGAAAGAACATTTCCGCTTCTTTC (SEQ ID NO 50)
или с эквивалентами указанных зондов, и/или с любым зондом из SEQ ID NO 125, обеспечивающим специфическую гибридизацию указанного зонда с видом Mycoplasma pneumoniae.
27. Способ по п.25 для определения и идентификации в образце одного или более штаммов Mycoplasma genitalium, при котором стадия (iii) включает гибридизацию со следующим зондом:
MGE-ICG-1: CACCCATTAATTTTTTCGGTGTTAAAACCC (SEQ ID NO 51)
или с эквивалентами указанного зонда, и/или с любым зондом из SEQ ID NO 124, обеспечивающим специфическую гибридизацию указанного зонда с видом Mycoplasma genitalium.
28. Способ по п.1 для определения и идентификации в образце одного или более штаммов Pseudomonas, при котором стадия (iii) включает гибридизацию по меньшей мере с одним из следующих зондов:
PA-ICG-1: TGGTGTGCTGCGTGATCCGAT (SEQ ID NO 34)
PA-ICG-2: TGAATGTTCGTGGATGAACATTGATT (SEQ ID NO 35)
PA-ICG-3: CACTGGTGATCATTCAAGTCAAG (SEQ ID NO 36)
PA-ICG-4: TGAATGTTCGT(G/A)(G/A)ATGAACATTGATTTCTGGTC (SEQ ID NO 37)
PA-ICG-5: CTCTTTCACTGGTGATCATTCAAGTCAAG (SEQ ID NO 38)
или с эквивалентами указанных зондов, и/или с любым зондом из SEQ ID NO 111, 112, 113, 114 или 115, обеспечивающим специфическую гибридизацию указанного зонда со штаммами Pseudomonas.
29. Способ по п.28 для определения и идентификации в образце одного или более штаммов Pseudomonas aeruginosa, при котором стадия (iii) включает гибридизацию по меньшей мере с одним из следующих зондов:
PA-ICG-1: TGGTGTGCTGCGTGATCCGAT (SEQ ID NO 34)
PA-ICG-2: TGAATGTTCGTGGATGAACATTGATT (SEQ ID NO 35)
PA-ICG-3: CACTGGTGATCATTCAAGTCAAG (SEQ ID NO 36)
PA-ICG-4: TGAATGTTCGT(G/A)(G/A)ATGAACATTGATTTCTGGTC (SEQ ID NO 37)
PA-ICG-5: CTCTTTCACTGGTGATCATTCAAGTCAAG (SEQ ID NO 38)
и наиболее предпочтительно по меньшей мере с одним из следующих зондов:
PA-ICG-1: TGGTGTGCTGCGTGATCCGAT (SEQ ID NO 34)
PA-ICG-4: TGAATGTTCGT(G/A)(G/A)ATGAACATTGATTTCTGGTC (SEQ ID NO 37)
PA-ICG-5: CTCTTTCACTGGTGATCATTCAAGTCAAG (SEQ ID NO 38)
или с эквивалентами указанных зондов, и/или с любым зондом из SEQ ID NO 111, обеспечивающим специфическую гибридизацию указанного зонда с Pseudomonas aeruginosa.
30. Способ по п.1 для определения и идентификации в образце одного или более видов Staphylococcus, при котором стадия (iii) включает гибридизацию по меньшей мере с одним из следующих зондов:
STAU-ICG-1: TACCAAGCAAAACCGAGTGAATAAAGAGTT (SEQ ID NO 53)
STAU-ICG-2: CAGAAGATGCGGAATAACGTGAC (SEQ ID NO 54)
STAU-ICG-3: AACGAAGCCGTATGTGAGCATTTGAC (SEQ ID NO 55)
STAU-ICG-4: GAACGTAACTTCATGTTAACGTTTGACTTAT (SEQ ID NO 56)
или с эквивалентами указанных зондов, и/или с любым зондом из SEQ ID NO 139, 140, 141, 142, 143 или 144, обеспечивающим специфическую гибридизацию указанного зонда с видом Staphylococcus.
31. Способ по п.30 для определения и идентификации в образце одного или более штаммов Staphylococcus aureus, при котором стадия (iii) включает гибридизацию по меньшей мере с одним, а предпочтительно с обоими из следующих зондов:
STAU-ICG-3: AACGAAGCCGTATGTGAGCATTTGAC (SEQ ID NO 55)
STAU-ICG-4: GAACGTAACTTCATGTTAACGTTTGACTTAT (SEQ ID NO 56)
или с эквивалентами указанных зондов, и/или с любым зондом из SEQ ID NO 139, 140, 141, 142 или 143, обеспечивающим специфическую гибридизацию указанного зонда с Staphylococcus aureus.
32. Способ по п.30 для определения и идентификации в образце одного или более штаммов Staphylococcus epidermidis, отличающийся тем, что стадия (iii) включает гибридизацию с любым зондом из SEQ ID NO 44, обеспечивающим специфическую гибридизацию с Staphylococcus epidermidis.
33. Способ по п.1 для определения и идентификации в образце одного или более штаммов Acinetobacter, при котором стадия (iii) включает гибридизацию по меньшей мере с одним из следующих зондов:
ACI-ICG-1: GCTTAAGTGCACAGTGCTCTAAACTGA (SEQ ID NO 57)
ACI-ICG-2: CACGGTAATTAGTGTGATCTGACGAAG (SEQ ID NO 58)
или с эквивалентами указанных зондов, и/или с любым зондом из SEQ ID NO 126, 127, 128, 129 или 130, обеспечивающим специфическую гибридизацию указанного зонда с видом Acinetobacter.
34. Способ по п.33 для определения и идентификации в образце одного или более штаммов Acinetobacter baumanii, при котором стадия (iii) включает гибридизацию по меньшей мере с одним из следующих зондов:
ACI-ICG-1: GCTTAAGTGCACAGTGCTCTAAACTGA (SEQ ID NO 57)
ACI-ICG-2: CACGGTAATTAGTGTGATCTGACGAAG (SEQ ID NO 58)
или с эквивалентами указанных зондов, и/или с любым зондом из SEQ ID NO 126, обеспечивающим специфическую гибридизацию указанного зонда с Acinetobacter baumanii.
35. Способ по п.1 для определения и идентификации в образце одного или более штаммов Listeria, при котором стадия (iii) включает гибридизацию по меньшей мере с одним из следующих зондов:
LIS-ICG-1: CAAGTAACCGAGAATCATCTGAAAGTGAATC (SEQ ID NO 39)
LMO-ICG-1: AAACAACCTTTACTTCGTAGAAGTAAATTGGTTAAG (SEQ ID NO 40)
LMO-ICG-2: TGAGAGGTTAGTACTTCTCAGTATGTTTGTTC (SEQ ID NO 41)
LMO-ICG-3: AGGCACTATGCTTGAAGCATCGC (SEQ ID NO 42)
LIV-ICG-1: GTTAGCATAAATAGGTAACTATTTATGACACAAGTAAC (SEQ ID NO 43)
LSE-ICG-1: AGTTAGCATAAGTAGTGTAACTATTTATGACACAAG (SEQ ID NO )
LISP-ICG-1: CGTTTTCATAAGCGATCGCACGTT (SEQ ID NO 212)
и наиболее предпочтительно по меньшей мере с одним из следующих зондов:
LIS-ICG-1: CAAGTAACCGAGAATCATCTGAAAGTGAATC (SEQ ID NO 39)
LMO-ICG-3: AGGCACTATGCTTGAAGCATCGC (SEQ ID NO 42)
LISP-ICG-1: CGTTTTCATAAGCGATCGCACGTT (SEQ ID NO 212)
или с эквивалентами указанных зондов, и/или с любым зондом из SEQ ID NO 116, 118, 119, 120, 121, 213, 214 или 215, обеспечивающим специфическую гибридизацию указанного зонда с видом Listeria.
36. Способ по п.35 для определения и идентификации в образце одного или более штаммов Listeria monocytogenes, при котором стадия (iii) включает гибридизацию по меньшей мере с одним из следующих зондов:
LMO-ICG-1: AAACAACCTTTACTTCGTAGAAGTAAATTGGTTAAG (SEQ ID NO 40)
LMO-ICG-2: TGAGAGGTTAGTACTTCTCAGTATGTTTGTTC (SEQ ID NO 41)
LMO-ICG-3: AGGCACTATGCTTGAAGCATCGC (SEQ ID NO 42)
и наиболее предпочтительно со следующим зондом:
LMO-ICG-3: AGGCACTATGCTTGAAGCATCGC (SEQ ID NO 42)
или с эквивалентами указанных зондов, и/или с любым зондом из SEQ ID NO 118 или 120, обеспечивающим специфическую гибридизацию указанного зонда с Listeria monocytogenes.
37. Способ по п.1 для определения и идентификации в образце одного или более штаммов Brucella, при котором стадия (iii) включает гибридизацию по меньшей мере с одним из следующих зондов:
BRU-ICG-1: CGTGCCGCCTTCGTTTCTCTTT (SEQ ID NO 59)
BRU-ICG-2: TTCGCTTCGGGGTGGATCTGTG (SEQ ID NO 60)
BRU-ICG-3: GCGTAGTAGCGTTTGCGTCGG (SEQ ID NO 193)
BRU-ICG-4: CGCAAGAAGCTTGCTCAAGCC (SEQ ID NO 194)
и наиболее предпочтительно со следующим зондом:
BRU-ICG-2: TTCGCTTCGGGGTGGATCTGTG (SEQ ID NO 60)
BRU-ICG-3: GCGTAGTAGCGTTTGCGTCGG (SEQ ID NO 193)
BRU-ICG-4: CGCAAGAAGCTTGCTCAAGCC (SEQ ID NO 194)
или с эквивалентами указанных зондов, и/или с любым зондом из SEQ ID NO 131, 132 или 154, обеспечивающим специфическую гибридизацию указанного зонда со штаммами Brucella.
38. Способ по п.1 для определения и идентификации в образце одного или более штаммов Salmonella, при котором стадия (iii) включает гибридизацию по меньшей мере с одним из следующих зондов:
SALM-ICG-1: CAAAACTGACTTACGAGTCACGTTTGAG (SEQ ID NO 61)
SALM-ICG-2: GATGTATGCTTCGTTATTCCACGCC (SEQ ID NO 62)
STY-ICG-1: GGTCAAACCTCCAGGGACGCC (SEQ ID NO 63)
SED-ICG-1: GCGGTAATGTGTGAAAGCGTTGCC (SEQ ID NO 64)
и наиболее предпочтительно со следующим зондом:
SALM-ICG-1: CAAAACTGACTTACGAGTCACGTTTGAG (SEQ ID NO 61)
или с эквивалентами указанных зондов, и/или с любым зондом из SEQ ID NO 133, 134, 135, 136, 137 или 138, обеспечивающим специфическую гибридизацию указанного зонда со штаммами Salmonella.
39. Способ по п.1 для определения и идентификации в образце одного или более штаммов Chlamydia, при котором стадия (iii) включает гибридизацию по меньшей мере с одним из следующих зондов:
CHTR-ICG-1: GGAAGAAGCCTGAGAAGGTTTCTGAC (SEQ ID NO 45)
CHTR-ICG-2: GCATTTATATGTAAGAGCAAGCATTCTATTTCA (SEQ ID NO 46)
CHTR-ICG-3: GAGTAGCGTGGTGAGGACGAGA (SEQ ID NO 47)
CHTR-ICG-4: GAGTAGCGCGGTGAGGACGAGA (SEQ ID NO 201)
CHPS-ICG-1: GGATAACTGTCTTAGGACGGTTTGAC (SEQ ID NO 48)
или с эквивалентами указанных зондов, и/или с любым зондом из SEQ ID NO 122, 123 или 197, обеспечивающим специфическую гибридизацию указанного зонда со штаммами Chlamydia.
40. Способ по п.39 для определения и идентификации в образце одного или более штаммов Chlamydia trachomatis, при котором стадия (iii) включает гибридизацию по меньшей мере с одним из следующих зондов:
CHTR-ICG-1: GGAAGAAGCCTGAGAAGGTTTCTGAC (SEQ ID NO 45)
CHTR-ICG-2: GCATTTATATGTAAGAGCAAGCATTCTATTTCA (SEQ ID NO 46)
CHTR-ICG-3: GAGTAGCGTGGTGAGGACGAGA (SEQ ID NO 47)
CHTR-ICG-4: GAGTAGCGCGGTGAGGACGAGA (SEQ ID NO 201)
или с эквивалентами указанных зондов, и/или с любым зондом из SEQ ID NO 123 или 197, обеспечивающим специфическую гибридизацию указанного зонда с Chlamydia trachomatis.
41. Способ по п.39 для определения и идентификации в образце одного или более штаммов Chlamydia psittaci, при котором стадия (iii) включает гибридизацию по меньшей мере со следующим зондом:
CHPS-ICG-1: GGATAACTGTCTTAGGACGGTTTGAC (SEQ ID NO 48)
или с эквивалентами указанного зонда, и/или с любым зондом из SEQ ID NO 122, обеспечивающим специфическую гибридизацию указанного зонда со штаммами Chlamydia psittaci.
42. Способ по п.1 для определения и идентификации в образце одного или более штаммов Streptococcus, при котором стадия (iii) включает гибридизацию с любым зондом из SEQ ID NO 145, 146, 147, 148, 149, 150, 151, 152 или 153, обеспечивающим специфическую гибридизацию указанного зонда со штаммами Streptococcus.
43. Способ по п.1 для специфического определения и идентификации в образце Chlamydia trachomatis, при котором стадия (ii) включает амплификацию спейсерной области 16S23S рРНК или ее части с использованием по меньшей мере одного из следующих праймеров:
CHTR-P1: AAGGTTTCTGACTAGGTTGGGC (SEQ ID NO 69)
CHTR-P2: GGTGAAGTGCTTGCATGGATCT (SEQ ID NO 70)
или эквивалентов данных праймеров, при этом указанные эквиваленты, отличающиеся по последовательности от упомянутых выше праймеров заменой одного или более нуклеотидов, по-прежнему сохраняют способность специфически амплифицировать спейсерную область Chlamydia trachomatis или ее часть.
44. Способ по п.1 для специфического определения и идентификации в образце вида Listeria, при котором стадия (ii) включает амплификацию спейсерной области 16S-23S рРНК или ее части с использованием по меньшей мере одного из следующих праймеров:
LIS-P1: ACCTGTGAGTTTTCGTTCTTCTC (SEQ ID NO 71)
LIS-P2: CTATTTGTTCAGTTTTGAGAGGTT (SEQ ID NO 72)
LIS-P3: ATTTTCCGTATCAGCGATGATAC (SEQ ID NO 73)
LIS-P4: ACGAAGTAAAGGTTGTTTTTCT (SEQ ID NO 74)
LIS-P5: GAGAGGTTACTCTCTTTTATGTCAG (SEQ ID NO 75)
LIS-P6: CTTTTATGTCAGATAAAGTATGCAA (SEQ ID NO 202)
LIS-P7: CGTAAAAGGGTATGATTATTTG (SEQ ID NO 203)
или эквивалентов данных праймеров, при этом указанные эквиваленты, отличающиеся по последовательности от упомянутых выше праймеров заменой одного или более нуклеотидов, по-прежнему сохраняют способность специфически амплифицировать спейсерную область вида Listeria или ее часть.
45. Способ по п.1 для специфического определения и идентификации в образце вида Mycobacterium, при котором стадия (ii) включает амплификацию спейсерной области 16S-23S рРНК или ее части с использованием по меньшей мере одного из следующих праймеров:
MYC-P1: TCCCTTGTGGCCTGTGTG (SEQ ID NO 65)
MYC-P2: TCCTTCATCGGCTCTCGA (SEQ ID NO 66)
MYC-P3: GATGCCAAGGCATCCACC (SEQ ID NO 67)
MYC-P4: CCTCCCACGTCCTTCATCG (SEQ ID NO 68)
MYC-P5: CCTGGGTTTGACATGCACAG (SEQ ID NO 192)
или эквивалентов данных праймеров, при этом указанные эквиваленты, отличающиеся по последовательности от упомянутых выше праймеров заменой одного или более нуклеотидов, по-прежнему сохраняют способность специфически амплифицировать спейсерную область вида Mycobacterium или ее часть.
46. Состав, включающий по меньшей мере один из зондов или праймеров, определенных в пп.1-45 и 51-53.
47. Зонд, определенный в любом из пп.1-42 и 51.
48. Праймер, определенный в любом из пп.43-45 и 52 и 53.
49. Способ обратной гибридизации, включающий любой из зондов, определенных в пп.1-42 и 51, в котором указанные зонды иммобилизуются в известных позициях на твердой подложке, более предпочтительно на мембранной полоске.
50. Набор для определения и идентификации по меньшей мере одного микроорганизма или одновременного определения и идентификации различных микроорганизмов в образце, включающий следующие компоненты:
(i) при необходимости по меньшей мере одну подходящую пару праймеров, позволяющую проводить амплификацию спейсерной области 16S-23S рРНК или ее части;
(ii) по меньшей мере один из зондов, определенных в пп. от 1 до 42 и в 51;
(iii) буфер или компоненты, необходимые для приготовления буфера, позволяющего проведение реакции гибридизации между указанными зондами и присутствующими в образце полинуклеиновыми кислотами или продуктами их амплификации;
(iv) раствор или компоненты, необходимые для приготовления раствора, позволяющего проведение отмывки образовавшихся гибридов в соответствующих условиях отмывки;
(v) при необходимости, средство для детекции гибридов, образовавшихся в предшествующей реакции гибридизации.
51. Способ по п.1 для определения и идентификации в образце одного или более штаммов Yersinia enterocolitica, при котором стадия (iii) включает гибридизацию по меньшей мере с одним из следующих зондов:
YEC-ICG-1: GGAAAAGGTACTGCACGTGACTG (SEQ ID NO 198)
YEC-ICG-2: GACAGCTGAAACTTATCCCTCCG (SEQ ID NO 199)
YEC-ICG-3: GCTACCTGTTGATGTAATGAGTCAC (SEQ ID NO 200)
или с эквивалентами указанных зондов, и/или с любым зондом из SEQ ID NO 195 или 196, обеспечивающим специфическую гибридизацию указанного зонда со штаммами Yersinia enterocolitica.
52. Способ по п.1 для специфического определения и идентификации в образце вида Brucella, при котором стадия (ii) включает амплификацию спейсерной области 16S-23S рРНК или ее части с использованием по меньшей мере одного из следующих праймеров:
BRU-P1: TCGAGAATTGGAAAGAGGTC (SEQ ID NO 204)
BRU-P2: AAGAGGTCGGATTTATCCG (SEQ ID NO 205)
BRU-P3: TTCGACTGCAAATGCTCG (SEQ ID NO 206)
BRU-P4: TCTTAAAGCCGCATTATGC (SEQ ID NO 207)
или эквивалентов данных праймеров, при этом указанные эквиваленты, отличающиеся по последовательности от упомянутых выше праймеров заменой одного или более нуклеотидов, по-прежнему сохраняют способность специфически амплифицировать спейсерную область вида Brucella или ее часть.
53. Способ по п.1 для специфического определения и идентификации в образце вида Yersinia enterocolitica, при котором стадия (ii) включает амплификацию спейсерной области 16S-23S рРНК или ее части с использованием по меньшей мере одного из следующих праймеров:
YEC-P1: CCTAATGATATTGATTCGCG (SEQ ID NO 208)
YEC-P2: ATGACAGGTTAATCCTTACCCC (SEQ ID NO 209)
или эквивалентов данных праймеров, при этом указанные эквиваленты, отличающиеся по последовательности от упомянутых выше праймеров заменой одного или более нуклеотидов, по-прежнему сохраняют способность специфически амплифицировать спейсерную область вида Yersinia enterocolitica или ее часть.
RU97100857/14A 1994-06-24 1995-06-23 Одновременное определение, идентификация и дифференциация эубактериальных таксонов с помощью гибридизационного анализа RU2154106C2 (ru)

Applications Claiming Priority (4)

Application Number Priority Date Filing Date Title
EP94870106.5 1994-06-24
EP94870106 1994-06-24
EP95870032.0 1995-04-07
EP95870032 1995-04-07

Publications (2)

Publication Number Publication Date
RU97100857A true RU97100857A (ru) 1999-02-27
RU2154106C2 RU2154106C2 (ru) 2000-08-10

Family

ID=26137770

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU97100857/14A RU2154106C2 (ru) 1994-06-24 1995-06-23 Одновременное определение, идентификация и дифференциация эубактериальных таксонов с помощью гибридизационного анализа

Country Status (14)

Country Link
US (4) US6025132A (ru)
EP (5) EP1091004B1 (ru)
JP (1) JP3833703B2 (ru)
AT (2) ATE423853T1 (ru)
AU (1) AU2924695A (ru)
BR (1) BR9508101A (ru)
CA (1) CA2193101C (ru)
CZ (1) CZ291483B6 (ru)
DE (2) DE69535923D1 (ru)
DK (1) DK0769068T3 (ru)
ES (2) ES2250971T3 (ru)
HK (1) HK1037687A1 (ru)
RU (1) RU2154106C2 (ru)
WO (1) WO1996000298A1 (ru)

Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
RU2455364C2 (ru) * 2010-07-02 2012-07-10 Федеральное государственное образовательное учреждение высшего профессионального образования "Белгородская государственная сельскохозяйственная академия" Способ идентификации микобактерий с помощью полимеразной цепной реакции

Families Citing this family (66)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
EP0452596A1 (en) * 1990-04-18 1991-10-23 N.V. Innogenetics S.A. Hybridization probes derived from the spacer region between the 16S and 23S rRNA genes for the detection of non-viral microorganisms
ES2250971T3 (es) 1994-06-24 2006-04-16 Innogenetics N.V. Deteccion, identificacion y diferenciacion simultaneas de taxones eubacterianos utilizando un ensayo de hibridacion.
US6001564A (en) * 1994-09-12 1999-12-14 Infectio Diagnostic, Inc. Species specific and universal DNA probes and amplification primers to rapidly detect and identify common bacterial pathogens and associated antibiotic resistance genes from clinical specimens for routine diagnosis in microbiology laboratories
US20020055101A1 (en) 1995-09-11 2002-05-09 Michel G. Bergeron Specific and universal probes and amplification primers to rapidly detect and identify common bacterial pathogens and antibiotic resistance genes from clinical specimens for routine diagnosis in microbiology laboratories
US5994066A (en) * 1995-09-11 1999-11-30 Infectio Diagnostic, Inc. Species-specific and universal DNA probes and amplification primers to rapidly detect and identify common bacterial pathogens and associated antibiotic resistance genes from clinical specimens for routine diagnosis in microbiology laboratories
US5849488A (en) * 1996-02-27 1998-12-15 Oulutech Ltd. DNA-sequence-based diagnosis of mastitis from a milk sample
US20100267012A1 (en) 1997-11-04 2010-10-21 Bergeron Michel G Highly conserved genes and their use to generate probes and primers for detection of microorganisms
US20030049636A1 (en) 1999-05-03 2003-03-13 Bergeron Michel G. Species-specific, genus-specific and universal DNA probes and amplification primers to rapidly detect and identify common bacterial and fungal pathogens and associated antibiotic resistance genes from clinical specimens for diagnosis in microbiology laboratories
US6465638B2 (en) * 1997-06-25 2002-10-15 Ortho-Clinical Diagnostics, Inc. Multiplexed PCR assay for detecting disseminated Mycobacterium avium complex infection
US7060458B1 (en) * 1997-08-14 2006-06-13 Wyeth Nucleic acid and amino acid sequences relating to Staphylococcus epidermidis for diagnostics and therapeutics
DE19739611A1 (de) * 1997-09-09 1999-03-11 Biotecon Ges Fuer Biotechnologische Entwicklung & Consulting Mbh Nucleinsäure-Sequenzen und Verfahren zum Nachweis von Bakterien der Gattung Pseudomonas
WO1999022023A2 (de) * 1997-10-29 1999-05-06 Mira Diagnostica Gmbh Verfahren zum nachweis von mikroorganismen
US6004754A (en) * 1998-01-21 1999-12-21 Becton Dickinson And Company DNA sequence, related probes and primers for the detection of Streptococcus agalactiae
US6261769B1 (en) * 1998-03-31 2001-07-17 The United States Of America As Represented By The Secretary Of Agriculture Intergenic spacer target sequence for detecting and distinguishing Chlamydial species or strains
DE69939388D1 (de) * 1998-09-24 2008-10-02 Innogenetics Nv Identizierung von microorganismen,die akute atemwegsinfektionen verursachen
GB9904804D0 (en) * 1999-03-02 1999-04-28 King S College London Identification of bacteria
US6821770B1 (en) * 1999-05-03 2004-11-23 Gen-Probe Incorporated Polynucleotide matrix-based method of identifying microorganisms
US20030207313A1 (en) * 1999-05-29 2003-11-06 Kim Cheol Min Oligonucleotide for detection and identification of Mycobacteria
BR0014370A (pt) * 1999-09-28 2002-11-05 Infectio Diagnostic Inc Genes altamente conservados e seu uso para gerar sondas de ácido nucléico e preparadores de amplificação especìficos em espécie, especìfico em gênero, especìficos em famìlia, especìficos em grupo e universais para rapidamente detectar e identificar microorganismos algais, amebianos, bacterianos, fúngicos e parasitas de espécimes clìnicos para diagnose
US6261785B1 (en) 2000-07-27 2001-07-17 Becton, Dickinson And Company Amplification and detection of Bordetella pertussis
NZ523715A (en) * 2000-07-27 2004-07-30 Univ Australian A set of oligonucleotide probes 'promiscuous' probes that hybridise to target sequences common to more than one of the target polynucleotides
US7214780B2 (en) * 2001-11-02 2007-05-08 Gen-Probe Incorporated Probes, compositions and kits for determining the presence of Mycoplasma pneuomoniae in a test sample
AU2003206830A1 (en) * 2002-02-04 2003-09-02 Vermicon Ag Methods for specific rapid detection of pathogenic food-relevant bacteria
CN105349657A (zh) 2002-12-06 2016-02-24 霍夫曼-拉罗奇有限公司 病原生物的多种分析检测
JP2006508671A (ja) * 2002-12-06 2006-03-16 イノジェネティックス・ナムローゼ・フェンノートシャップ ハイブリダイゼーションアッセイを使用する真正細菌群の検出、同定および区別
EP1426447A1 (en) * 2002-12-06 2004-06-09 Roche Diagnostics GmbH Method for the detection of pathogenic gram positive bacteria selected from the genera Staphylococcus, Enterococcus and Streptococcus
US20060134618A1 (en) 2002-12-06 2006-06-22 Hilde De Henau Detection, identification and differentiation of eubacterial taxa using a hybridization assay
WO2004059281A2 (en) * 2002-12-16 2004-07-15 Avery Dennison Corporation Analyte detecting article and method
US7967756B2 (en) * 2003-09-18 2011-06-28 Cardiac Pacemakers, Inc. Respiratory therapy control based on cardiac cycle
TWI361490B (en) * 2003-09-05 2012-04-01 Renesas Electronics Corp A semiconductor device and a method of manufacturing the same
WO2005045074A2 (en) * 2003-11-05 2005-05-19 Stichting Voor De Technische Wetenschappen Means and methods for classifying cyanobacteria
WO2005054516A2 (en) * 2003-11-26 2005-06-16 Advandx, Inc. Peptide nucleic acid probes for analysis of certain staphylococcus species
US8227192B2 (en) 2003-11-26 2012-07-24 Advandx, Inc. Peptide nucleic acid probes for analysis of certain Staphylococcus species
EP1692512B1 (en) * 2003-12-09 2012-09-05 bioMérieux, Inc. Methods for detecting bacterial pathogens
US7387883B2 (en) * 2003-12-09 2008-06-17 Biomerieux, Inc Methods for detecting bacterial pathogens
EP1692511B1 (en) * 2003-12-09 2012-09-19 bioMerieux, Inc. Method for recovering microorganisms from a sample
KR100615424B1 (ko) * 2004-01-14 2006-08-25 김철민 마이코플라즈마 및 유사 균종의 유전자형 감별을 위한올리고뉴클레오티드, 이를 포함하는 마이크로어레이와이를 이용한 균종 검출 방법
JP4969250B2 (ja) * 2004-02-06 2012-07-04 イノジェネティックス・ナムローゼ・フェンノートシャップ スペーサー領域を使用するプロテウス種の検出、同定、および区別
JP4788942B2 (ja) * 2004-02-23 2011-10-05 独立行政法人産業技術総合研究所 特定生物種検出のためのデオキシリボザイム
US7332597B2 (en) 2004-06-28 2008-02-19 University Of Kentucky Research Foundation Primers and probe to identify mycobacterium tuberculosis complex
US7309589B2 (en) 2004-08-20 2007-12-18 Vironix Llc Sensitive detection of bacteria by improved nested polymerase chain reaction targeting the 16S ribosomal RNA gene and identification of bacterial species by amplicon sequencing
KR100850193B1 (ko) * 2004-08-28 2008-08-04 주식회사 진인 모든 세균의 감별을 위한 세균 특이적, 속 특이적 및 종특이적 올리고뉴클레오티드, 이를 포함하는 진단 키트, 및이를 이용한 검출 방법
US20060099618A1 (en) * 2004-09-30 2006-05-11 Innogenetics, N.V. Detection, identification and differentiation of Serratia species using the spacer region
JP4813215B2 (ja) * 2005-03-08 2011-11-09 三星電子株式会社 プローブセットの設計方法、それにより設計されたプローブセット、前記プローブセットを備えるマイクロアレイ、前記方法をコンピュータが実行可能にするプログラムを記録したコンピュータ読み取り可能な記録媒体、および前記プローブセットを利用した標的配列の同定方法
US20060252069A1 (en) * 2005-04-21 2006-11-09 Zhang Kunyan Pcr for mrsa sccmec typing
US7855051B2 (en) * 2005-09-12 2010-12-21 Research & Diagnostic Systems, Inc. Mycoplasma detection method and composition
US7819615B2 (en) * 2005-12-06 2010-10-26 Hewlett-Packard Development Method and apparatus for finishing sheets for a bound document
US7531309B2 (en) 2005-12-06 2009-05-12 Michigan State University PCR based capsular typing method
KR100707213B1 (ko) * 2006-03-21 2007-04-13 삼성전자주식회사 마이크로어레이용 프로브 선택 방법 및 장치
US20100047781A1 (en) * 2006-05-16 2010-02-25 Kirin Beer Kabushiki Kaisha Primer set for detection of dekkera yeast or brettanomyces yeast
RU2348695C2 (ru) 2006-05-23 2009-03-10 Закрытое акционерное общество "Молекулярно-медицинские технологии" Дифференцирующий и специфический олигонуклеотиды для идентификации последовательностей днк инфекционных агентов в биологических материалах, способ видовой идентификации инфекционных агентов, биочип и набор для осуществления этого способа
US20100167951A1 (en) * 2007-01-08 2010-07-01 Medigenes Co., Ltd. Dna chip for detection of staphylococcus aureus
US20100167956A1 (en) * 2007-01-08 2010-07-01 Medigenes Co., Ltd. Dna chip for detection of escherichia coli
US8017337B2 (en) 2007-04-19 2011-09-13 Molecular Detection, Inc. Methods, compositions and kits for detection and analysis of antibiotic-resistant bacteria
ITMI20071410A1 (it) * 2007-07-13 2009-01-14 Univ Firenze Test in biologia molecolare su campioni biologici per la diagnosi e tipizzazione di germi causa di malattie invasive
EP2271771A2 (en) * 2008-04-01 2011-01-12 Metametrix Clinical Laboratory Process and method for monitoring gastrointestinal microbiota
US20090253128A1 (en) * 2008-04-03 2009-10-08 Centers For Disease Control Department Of Healthy Nucleotide sequence for identifying of acinetobacter bacteria, and method and kit of identification of acinetobacter bacteria
DK2362915T3 (en) * 2008-11-07 2017-03-27 Dupont Nutrition Biosci Aps CRISPR SEQUENCES OF BIFIDOBACTERIA
US9115407B2 (en) 2008-12-10 2015-08-25 University Of Washington Ratiometric pre-rRNA analysis
RU2486251C2 (ru) * 2011-08-25 2013-06-27 Учреждение Российской академии наук Институт биохимии им. А.Н. Баха РАН (ИНБИ РАН) Способ идентификации и дифференциации прокариотических организмов
TWI614345B (zh) 2012-06-22 2018-02-11 Taichung Veterans General Hospital 檢測數種非結核分枝桿菌、結核分枝桿菌及其抗藥性之探針、晶片、套組與方法
PL223163B1 (pl) * 2012-10-04 2016-10-31 Gdański Univ Medyczny Zestaw sond i starterów do wykrywania bakterii z gatunku Acinetobacter baumannii, sposób oraz zestaw do analizy próbek medycznych i środowiskowych
TWI470083B (en) * 2012-10-23 2015-01-21 Oligonucleotide probe and biochip for identifying mycobacteria and the identification method thereof
CN109929937B (zh) * 2019-04-01 2023-04-21 广东省科学院动物研究所 龟嗜皮菌特异性鉴定引物、试剂盒及其鉴定方法
CN111647675A (zh) * 2020-06-03 2020-09-11 张家口富熙生物科技有限公司 一种用于rna恒温扩增检测布氏杆菌的引物和探针、试剂盒及检测方法
RU2765829C1 (ru) * 2021-04-27 2022-02-03 Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования «Казанская государственная академия ветеринарной медицины имени Н.Э. Баумана» (RU) Набор высокоспецифичных олигонуклеотидных праймеров и зондов для детекции и дифференциации нетуберкулезных микобактерий

Family Cites Families (24)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US571095A (en) * 1896-11-10 Air-brake
FR651505A (fr) 1928-03-20 1929-02-20 Dispositif de blocage pour tambours d'enroulement
US4508823A (en) * 1980-05-08 1985-04-02 Microlife Technics, Inc. Gene splicing method and products produced therefrom
DK275685D0 (da) * 1985-06-18 1985-06-18 Benzon As Alfred Stabilisering af biologiske systemer
US5212059A (en) * 1988-01-11 1993-05-18 Microprobe Corporation Oligonucleotide probes for the detection of periodontal pathogens
DE68925457T2 (de) * 1988-04-20 1996-06-13 Fuso Yakuhin Kogyo K K Diagnoseverfahren für infektionskrankheiten sowie verfahren zum nachweis und identifizierung von mikroorganismen
IE81145B1 (en) * 1989-04-20 2000-05-03 Thomas Gerard Barry Generation of specific probes for target nucleotide sequences
FR2651505B1 (fr) * 1989-09-06 1994-07-22 Pasteur Institut Fragments d'acides nucleiques derives d'un genome de mycobacterie appropriee, leurs applications dans le diagnostic des infections a mycobacteries et plasmides contenant lesdits fragments.
CA2033718A1 (en) * 1990-01-19 1991-07-20 Ronald M. Atlas Process for detection of water-borne microbial pathogens and indicators of human fecal contamination in water samples and kits therefor
EP0452596A1 (en) * 1990-04-18 1991-10-23 N.V. Innogenetics S.A. Hybridization probes derived from the spacer region between the 16S and 23S rRNA genes for the detection of non-viral microorganisms
US5536638A (en) * 1990-04-18 1996-07-16 N.V. Innogenetics S.A. Hybridization probes derived from the spacer region between the 16S and 23S rRNA genes for the detection of Neisseria gonorrhoeae
US5627032A (en) * 1990-12-24 1997-05-06 Ulanovsky; Levy Composite primers for nucleic acids
EP0497464A1 (en) 1991-01-31 1992-08-05 Amoco Corporation Rapid microbial diagnostics by in situ hybridization in aqueous suspension
ZA92278B (en) * 1991-02-01 1992-10-28 Akzo Nv 3-quinuclidine derivatives
US5521300A (en) * 1991-08-13 1996-05-28 Norval B. Galloway Oligonucleotides complementary to mycobacterial nucleic acids
FR2683227B1 (fr) * 1991-10-31 1994-03-04 Pasteur Institut Sequences nucleotidiques hybridant avec les souches bacteriennes du complexe mycobacterium avium-intracellulare, leur utilisation comme amorces oligonucleotidiques et sondes nucleiques.
IL103935A0 (en) * 1991-12-04 1993-05-13 Du Pont Method for the identification of microorganisms by the utilization of directed and arbitrary dna amplification
US5631130A (en) * 1994-05-13 1997-05-20 Abbott Laboratories Materials and methods for the detection of Mycobacterium tuberculosis
US5712095A (en) * 1994-06-16 1998-01-27 Becton Dickinson And Company Rapid and sensitive detection of antibiotic-resistant mycobacteria using oligonucleotide probes specific for ribosomal RNA precursors
ES2250971T3 (es) * 1994-06-24 2006-04-16 Innogenetics N.V. Deteccion, identificacion y diferenciacion simultaneas de taxones eubacterianos utilizando un ensayo de hibridacion.
WO1996019585A1 (en) * 1994-12-20 1996-06-27 Heidelberg Repatriation Hospital Typing of microorganisms
US6593114B1 (en) * 1996-01-05 2003-07-15 Human Genome Sciences, Inc. Staphylococcus aureus polynucleotides and sequences
US6737248B2 (en) * 1996-01-05 2004-05-18 Human Genome Sciences, Inc. Staphylococcus aureus polynucleotides and sequences
US5849488A (en) * 1996-02-27 1998-12-15 Oulutech Ltd. DNA-sequence-based diagnosis of mastitis from a milk sample

Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
RU2455364C2 (ru) * 2010-07-02 2012-07-10 Федеральное государственное образовательное учреждение высшего профессионального образования "Белгородская государственная сельскохозяйственная академия" Способ идентификации микобактерий с помощью полимеразной цепной реакции

Similar Documents

Publication Publication Date Title
RU97100857A (ru) Одновременное определение, идентификация и дифференциация эубактериальных таксонов с помощью гибридизационного анализа
CA2193101A1 (en) Simultaneous detection, identification and differentiation of eubacterial taxa using a hybridization assay
Tevere et al. Detection of Mycobacterium tuberculosis by PCR amplification with pan-Mycobacterium primers and hybridization to an M. tuberculosis-specific probe
Jonas et al. Detection and identification of Mycobacterium tuberculosis directly from sputum sediments by amplification of rRNA
Roth et al. Molecular diagnosis of tuberculosis: current clinical validity and future perspectives
AU659657B2 (en) Mycobacterium primers and probes
Kox et al. PCR assay based on DNA coding for 16S rRNA for detection and identification of mycobacteria in clinical samples
US5521300A (en) Oligonucleotides complementary to mycobacterial nucleic acids
De Beenhouwer et al. Detection and identification of mycobacteria by DNA amplification and oligonucleotide-specific capture plate hybridization
Somoskovi et al. Laboratory diagnosis of nontuberculous mycobacteria
KR950008574B1 (ko) 미코박테리아 프라이머 및 탐침
Lim et al. Genotypic identification of pathogenic Mycobacterium species by using a nonradioactive oligonucleotide probe
US20130065231A1 (en) Primer and Probe for Use In Detection of Mycobacterium Kansasii and Method for Detection of Mycobacterium Kansasii Using The Same
WO2000073436A1 (en) Oligonucleotide for detection and identification of mycobacteria
US7271781B2 (en) Multiplex hybridization system for identification of pathogenic mycobacterium and method of use
CN110168109B (zh) 检测及鉴定结核菌和非结核菌感染的诊断方法及结核杆菌对利凡平耐药性的确认及其试剂组
Patel et al. PCR-enzyme-linked immunosorbent assay and partial rRNA gene sequencing: a rational approach to identifying mycobacteria
kamali Kakhki et al. Development of a cost-effective line probe assay for rapid detection and differentiation of mycobacterium species: a pilot study
US20060088833A1 (en) Detection of mycobacteria in clinical material
JP4769041B2 (ja) 抗酸菌属細菌同定キット
Lebrun et al. Use of INNO-LIPA assay for rapid identification of mycobacteria
Sechi et al. Simple and rapid identification of different species of Mycobacteria by PCR
Hong et al. Identification of Mycobacterium tuberculosis by PCR-linked reverse hybridization using specific rpoB oligonucleotide probes
US6951718B1 (en) rpoB gene fragments and a method for the diagnosis and identification of Mycobacterium tuberculosis and non-tuberculosis Mycobacterial strains
KR101426119B1 (ko) 실시간 중합효소연쇄반응법과 융해곡선분석을 이용하는 마이코박테리아의 동정 방법