RU97100857A - Одновременное определение, идентификация и дифференциация эубактериальных таксонов с помощью гибридизационного анализа - Google Patents
Одновременное определение, идентификация и дифференциация эубактериальных таксонов с помощью гибридизационного анализаInfo
- Publication number
- RU97100857A RU97100857A RU97100857/13A RU97100857A RU97100857A RU 97100857 A RU97100857 A RU 97100857A RU 97100857/13 A RU97100857/13 A RU 97100857/13A RU 97100857 A RU97100857 A RU 97100857A RU 97100857 A RU97100857 A RU 97100857A
- Authority
- RU
- Russia
- Prior art keywords
- seq
- icg
- probe
- probes
- sample
- Prior art date
Links
- 241001112695 Clostridiales Species 0.000 title 1
- 230000004069 differentiation Effects 0.000 title 1
- 239000000523 sample Substances 0.000 claims 172
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 claims 80
- 244000005700 microbiome Species 0.000 claims 12
- 229920002973 ribosomal RNA Polymers 0.000 claims 7
- 241000186359 Mycobacterium Species 0.000 claims 6
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 claims 5
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 claims 5
- 241000589562 Brucella Species 0.000 claims 4
- 229940038705 Chlamydia trachomatis Drugs 0.000 claims 4
- 241000606153 Chlamydia trachomatis Species 0.000 claims 4
- 241000186781 Listeria Species 0.000 claims 4
- 241000186364 Mycobacterium intracellulare Species 0.000 claims 4
- 241000607447 Yersinia enterocolitica Species 0.000 claims 4
- 238000005406 washing Methods 0.000 claims 4
- 230000003321 amplification Effects 0.000 claims 3
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 claims 3
- 229920000023 polynucleotide Polymers 0.000 claims 3
- 241000589291 Acinetobacter Species 0.000 claims 2
- 241000588626 Acinetobacter baumannii Species 0.000 claims 2
- 241000589876 Campylobacter Species 0.000 claims 2
- 241000606161 Chlamydia Species 0.000 claims 2
- 241001647378 Chlamydia psittaci Species 0.000 claims 2
- 229940047650 Haemophilus influenzae Drugs 0.000 claims 2
- 241000606768 Haemophilus influenzae Species 0.000 claims 2
- 229940115931 Listeria monocytogenes Drugs 0.000 claims 2
- 241000186779 Listeria monocytogenes Species 0.000 claims 2
- 241000186367 Mycobacterium avium Species 0.000 claims 2
- 241000187482 Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis Species 0.000 claims 2
- 241001134667 Mycobacterium celatum Species 0.000 claims 2
- 241000187478 Mycobacterium chelonae Species 0.000 claims 2
- 241000186365 Mycobacterium fortuitum Species 0.000 claims 2
- 241001509451 Mycobacterium genavense Species 0.000 claims 2
- 241000187484 Mycobacterium gordonae Species 0.000 claims 2
- 241001147828 Mycobacterium haemophilum Species 0.000 claims 2
- 241000186363 Mycobacterium kansasii Species 0.000 claims 2
- 241000187492 Mycobacterium marinum Species 0.000 claims 2
- 241000187490 Mycobacterium scrofulaceum Species 0.000 claims 2
- 241000187489 Mycobacterium simiae Species 0.000 claims 2
- 241001302239 Mycobacterium tuberculosis complex Species 0.000 claims 2
- 241000187917 Mycobacterium ulcerans Species 0.000 claims 2
- 241000187494 Mycobacterium xenopi Species 0.000 claims 2
- 241000204031 Mycoplasma Species 0.000 claims 2
- 241000202934 Mycoplasma pneumoniae Species 0.000 claims 2
- 241000589516 Pseudomonas Species 0.000 claims 2
- 229940055023 Pseudomonas aeruginosa Drugs 0.000 claims 2
- 241000589517 Pseudomonas aeruginosa Species 0.000 claims 2
- 241000607142 Salmonella Species 0.000 claims 2
- 206010039447 Salmonellosis Diseases 0.000 claims 2
- 241000191940 Staphylococcus Species 0.000 claims 2
- 229940076185 Staphylococcus aureus Drugs 0.000 claims 2
- 241000191967 Staphylococcus aureus Species 0.000 claims 2
- 229940037645 Staphylococcus epidermidis Drugs 0.000 claims 2
- 241000191963 Staphylococcus epidermidis Species 0.000 claims 2
- 241000194017 Streptococcus Species 0.000 claims 2
- 229940031000 Streptococcus pneumoniae Drugs 0.000 claims 2
- 241000193998 Streptococcus pneumoniae Species 0.000 claims 2
- 229940098232 Yersinia enterocolitica Drugs 0.000 claims 2
- 241000894007 species Species 0.000 claims 2
- 229940052491 Bordetella pertussis Drugs 0.000 claims 1
- 241000588832 Bordetella pertussis Species 0.000 claims 1
- 210000001175 Cerebrospinal Fluid Anatomy 0.000 claims 1
- 210000001035 Gastrointestinal Tract Anatomy 0.000 claims 1
- 241000588655 Moraxella catarrhalis Species 0.000 claims 1
- 241000204051 Mycoplasma genitalium Species 0.000 claims 1
- 229940013390 Mycoplasma pneumoniae Drugs 0.000 claims 1
- 241000204003 Mycoplasmatales Species 0.000 claims 1
- 241000588652 Neisseria gonorrhoeae Species 0.000 claims 1
- 229940052778 Neisseria meningitidis Drugs 0.000 claims 1
- 241000588650 Neisseria meningitidis Species 0.000 claims 1
- 229940030998 Streptococcus agalactiae Drugs 0.000 claims 1
- 241000193985 Streptococcus agalactiae Species 0.000 claims 1
- 240000008042 Zea mays Species 0.000 claims 1
- 241000606834 [Haemophilus] ducreyi Species 0.000 claims 1
- 239000000470 constituent Substances 0.000 claims 1
- 238000002955 isolation Methods 0.000 claims 1
- 239000012528 membrane Substances 0.000 claims 1
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 claims 1
- 210000002345 respiratory system Anatomy 0.000 claims 1
- 239000007787 solid Substances 0.000 claims 1
- 239000000758 substrate Substances 0.000 claims 1
Claims (53)
1. Способ определения и идентификации по меньшей мере одного микроорганизма или одновременного определения нескольких микроорганизмов в образце, включающий стадии:
(i) при необходимости высвобождения, выделения и/или концентрирования полинуклеиновых кислот из микроорганизма (ов), определяемого в образце;
(ii) при необходимости амплификации 16S-23S рРНК спейсерной области или ее части из микроорганизма (ов), определяемого в образце, с помощью по меньшей мере одной подходящей пары праймеров;
(iii) гибридизации полинуклеиновых кислот, полученных на стадиях (i) или (ii), с набором зондов, включающим по меньшей мере два зонда, в одинаковых условиях гибридизации и отмывки, при этом указанные зонды выбраны из последовательностей, приведенных в Таблице 1а, или их эквивалентов, и/или из таксон-специфических зондов, принадлежащих любой из спейсерных последовательностей, представленных на фиг. 1-103, при этом указанный таксон-специфический зонд выбран таковым, что он способен гибридизоваться в тех же самых условиях гибридизации и отмывки, что и по меньшей мере один из зондов Таблицы 1а;
(iv) детектирования гибридов, образованных на стадии (iii);
(v) идентификации присутствующего в образце микроорганизма (ов) на основании разностных гибридизационных сигналов, полученных на стадии (iv).
(i) при необходимости высвобождения, выделения и/или концентрирования полинуклеиновых кислот из микроорганизма (ов), определяемого в образце;
(ii) при необходимости амплификации 16S-23S рРНК спейсерной области или ее части из микроорганизма (ов), определяемого в образце, с помощью по меньшей мере одной подходящей пары праймеров;
(iii) гибридизации полинуклеиновых кислот, полученных на стадиях (i) или (ii), с набором зондов, включающим по меньшей мере два зонда, в одинаковых условиях гибридизации и отмывки, при этом указанные зонды выбраны из последовательностей, приведенных в Таблице 1а, или их эквивалентов, и/или из таксон-специфических зондов, принадлежащих любой из спейсерных последовательностей, представленных на фиг. 1-103, при этом указанный таксон-специфический зонд выбран таковым, что он способен гибридизоваться в тех же самых условиях гибридизации и отмывки, что и по меньшей мере один из зондов Таблицы 1а;
(iv) детектирования гибридов, образованных на стадии (iii);
(v) идентификации присутствующего в образце микроорганизма (ов) на основании разностных гибридизационных сигналов, полученных на стадии (iv).
2. Способ по п.1, отличающийся тем, что указанный образец представляет собой образец, взятый из дыхательного тракта, и набор зондов, определенных на стадии (iii), включает по меньшей мере один зонд, выбранный из следующих спейсерных зондов:
MYC-ICG-1: ACTGGATAGTGGTTGCGAGCATCTA (SEQ ID NO 1)
MYC-ICG-22: CTTCTGAATAGTGGTTGCGAGCATCT (SEQ ID NO 2)
MTB-ICG-1: GGGTGCATGACAACAAAGTTGGCCA (SEQ ID NO 3)
MTB-ICG-2: GACTTGTTCCAGGTGTTGTCCCAC (SEQ ID NO 4)
MTB-ICG-3: CGGCTAGCGGTGGCGTGTTCT (SEQ ID NO 5)
MAI-ICG-1: CAACAGCAAATGATTGCCAGACACAC (SEQ ID NO 6)
MIL-ICG-11: GAGGGGTTCCCGTCTGTAGTG (SEQ ID NO 7)
MIL-ICG-22: TGAGGGGTTCTCGTCTGTAGTG (SEQ ID NO 8)
MAC-ICG-1: CACTCGGTCGATCCGTGTGGA (SEQ ID NO 9)
MAV-ICG-1: TCGGTCCGTCCGTGTGGAGTC (SEQ ID NO 10)
MAV-ICG-22: GTGGCCGGCGTTCATCGAAA (SEQ ID NO 11)
MIN-ICG-1: GCATAGTCCTTAGGGCTGATGCGTT (SEQ ID NO 12)
MIN-ICG-2: GCTGATGCGTTCGTCGAAATGTGTA (SEQ ID NO 13)
MIN-ICG-22: CTGATGCGTTCGTCGAAATGTGT (SEQ ID NO 14)
MIN-ICG-222: TGATGCGTTCGTCGAAATGTGT (SEQ ID NO 15)
MIN-ICG-2222: GGCTGATGCGTTCGTCGAAATGTGTAA (SEQ ID NO 16)
MAL-ICG-1: ACTAGATGAACGCGTAGTCCTTGT (SEQ ID NO 17)
MHEF-ICG-1: TGGACGAAAACCGGGTGCACAA (SEQ ID NO 18)
MAH-ICG-1: GTGTAATTTCTTTTTTAACTCTTGTGTGTAAGTAAGTG (SEQ ID NO 19)
MCO-ICG-11: TGGCCGGCGTGTTCATCGAAA (SEQ ID NO 20)
MTH-ICG-11: GCACTTCAATTGGTGAAGTGCGAGCC (SEQ ID NO 21)
MTH-ICG-2: GCGTGGTCTTCATGGCCGG (SEQ ID NO 22)
MEF-ICG-11: ACGCGTGGTCCTTCGTGG (SEQ ID NO 23)
MSC-ICG-1: TCGGCTCGTTCTGAGTGGTGTC (SEQ ID NO 24)
MKA-ICG-1: GATGCGTTTGCTACGGGTAGCGT (SEQ ID NO 25)
MKA-ICG-2: GATGCGTTGCCTACGGGTAGCGT (SEQ ID NO 26)
MKA-ICG-3: ATGCGTTGCCCTACGGGTAGCGT (SEQ ID NO 27)
MKA-ICG-4: CGGGCTCTGTTCGAGAGTTGTC (SEQ ID NO 28)
MKA-iCG-5: CCCTCAGGGATTTTCTGGGTGTTG (SEQ ID NO 182)
MKA-ICG-6: GGACTCGTCCAAGAGTGTTGTCC (SEQ ID NO 183)
MKA-ICG-7: TCGGGCTTGGCCAGAGCTGTT (SEQ ID NO 184)
MKA-ICG-8: GGGTGCGCAACAGCAAGCGA (SEQ ID NO 185)
MKA-ICG-9: GATGCGTTGCCCCTACGGG (SEQ ID NO 186)
MKA-ICG-10: CCCTACGGGTAGCGTGTTCTTTTG (SEQ ID NO 187)
MCH-ICG-1: GGTGTGGACTTTGACTTCTGAATAG (SEQ ID NO 29)
MCH-ICG-2: CGGCAAAACGTCGGACTGTCA (SEQ ID NO 30)
MCH-ICG-3: GGTGTGGTCCTTGACTTATGGATAG (SEQ ID NO 210)
MGO-ICG-1: AACACCCTCGGGTGCTGTCC (SEQ ID NO 31)
MGO-ICG-2: GTATGCGTTGTCGTTCGCGGC (SEQ ID NO 32)
MGO-ICG-5: CGTGAGGGGTCATCGTCTGTAG (SEQ ID NO 33)
MUL-ICG-1: GGTTTCGGGATGTTGTCCCACC (SEQ ID NO 175)
MGV-ICG-1: CGACTGAGGTCGACGTGGTGT (SEQ ID NO 176)
MGV-ICG-2: GGTGTTTGAGCATTGAATAGTGGTTGC (SEQ ID NO 177)
MGV-ICG-3: TCGGGCCGCGTGTTCGTCAAA (SEQ ID NO 211)
MXE-ICG-1: GTTGGGCAGCAGGCAGTAACC (SEQ ID NO 178)
MSI-ICG-1: CCGGCAACGGTTACGTGTTC (SEQ ID NO 179)
MFO-ICG-1: TCGTTGGATGGCCTCGCACCT (SEQ ID NO 180)
MFO-ICG-2: ACTTGGCGTGGGATGCGGGAA (SEQ ID NO 181)
MML-ICG-1: CGGATCGATTGAGTGCTTGTCCC (SEQ ID NO 188)
MML-ICG-2: TCTAAATGAACGCACTGCCGATGG (SEQ ID NO 189)
MCE-ICG-1: TGAGGGAGCCCGTGCCTGTA (SEQ ID NO 190)
MHP-ICG-1: CATGTTGGGCTTGATCGGGTGC (SEQ ID NO 191)
PA-ICG 1: TGGTGTGCTGCGTGATCCGAT (SEQ ID NO 34)
PA-ICG 2: TGAATGTTCGTGGATGAACATTGATT (SEQ ID NO 35)
PA-ICG 3: CACTGGTGATCATTCAAGTCAAG (SEQ ID NO 36)
PA-ICG 4: TGAATGTTCGT(G/A)(G/A)ATGAACATTGATTTCTGGTC (SEQ ID NO 37)
PA-ICG 5: CTCTTTCACTGGTGATCATTCAAGTCAAG (SEQ ID NO 38)
MPN-ICG 1: ATCGGTGGTAAATTAAACCCAAATCCCTGT (SEQ ID NO 49)
MPN-ICG 2: CAGTTCTGAAAGAACATTTCCGCTTCTTTC (SEQ ID NO 50)
MGE-ICG 1: CACCCATTAATTTTTTCGGTGTTAAAACCC (SEQ ID NO 51)
Mycoplasma-ICG: CAAAACTGAAAACGACAATCTTTCTAGTTCC (SEQ ID NO 52)
STAU-ICG 1: TACCAAGCAAAACCGAGTGAATAAAGAGTT (SEQ ID NO 53)
STAU-ICG 2: CAGAAGATGCGGAATAACGTGAC (SEQ ID NO 54)
STAU-ICG 3: AACGAAGCCGTATGTGAGCATTTGAC (SEQ ID NO 55)
STAU-ICG 4: GAACGTAACTTCATGTTAACGTTTGACTTAT (SEQ ID NO 56)
ACI-ICG 1: GCTTAAGTGCACAGTGCTCTAAACTGA (SEQ ID NO 57)
ACI-ICG 2: CACGGTAATTAGTGTGATCTGACGAAG (SEQ ID NO 58)
и более предпочтительно из следующих спейсерных зондов:
MYC-ICG-1: ACTGGATAGTGGTTGCGAGCATCTA (SEQ ID NO 1)
MYC-ICG-22: CTTCTGAATAGTGGTTGCGAGCATCT (SEQ ID NO 2)
MTB-ICG-1: GGGTGCATGACAACAAAGTTGGCCA (SEQ ID NO 3)
MTB-ICG-2: GACTTGTTCCAGGTGTTGTCCCAC (SEQ ID NO 4)
MTB-ICG-3: CGGCTAGCGGTGGCGTGTTCT (SEQ ID NO 5)
MAI-ICG-1: CAACAGCAAATGATTGCCAGACACAC (SEQ ID NO 6)
MIL-ICG-11: GAGGGGTTCCCGTCTGTAGTG (SEQ ID NO 7)
MIL-ICG-22: TGAGGGGTTCTCGTCTGTAGTG (SEQ ID NO 8)
MAC-ICG-1: CACTCGGTCGATCCGTGTGGA (SEQ ID NO 9)
MAV-ICG-1: TCGGTCCGTCCGTGTGGAGTC (SEQ ID NO 10)
MAV-ICG-22: GTGGCCGGCGTTCATCGAAA (SEQ ID NO 11)
MIN-ICG-1: GCATAGTCCTTAGGGCTGATGCGTT (SEQ ID NO 12)
MAL-ICG-1: ACTAGATGAACGCGTAGTCCTTGT (SEQ ID NO 17)
MCO-ICG-11: TGGCCGGCGTGTTCATCGAAA (SEQ ID NO 20)
MTH-ICG-11: GCACTTCAATTGGTGAAGTGCGAGCC (SEQ ID NO 21)
MTH-ICG-2: GCGTGGTCTTCATGGCCGG (SEQ ID NO 22)
MEF-ICG-11: ACGCGTGGTCCTTCGTGG (SEQ ID NO 23)
MSC-ICG-1: TCGGCTCGTTCTGAGTGGTGTC (SEQ ID NO 24)
MKA-ICG-3: ATGCGTTGCCCTACGGGTAGCGT (SEQ ID NO 27)
MKA-ICG-4: CGGGCTCTGTTCGAGAGTTGTC (SEQ ID NO 28)
MKA-ICG-5: CCCTCAGGGATTTTCTGGGTGTTG (SEQ IE NO 182)
MKA-ICG-6: GGACTCGTCCAAGAGTGTTGTCC (SEQ ID NO 183)
MKA-ICG-7: TCGGGCTTGGCCAGAGCTGTT (SEQ ID NO 184)
MKA-ICG-8: GGGTGCGCAACAGCAAGCGA (SEQ ID NO 185)
MKA-ICG-9: GATGCGTTGCCCCTACGGG (SEQ ID NO 186)
MKA-ICG-10: CCCTACGGGTAGCGTGTTCTTTTG (SEQ ID NO 187)
MCH-ICG-1: GGTGTGGACTTTGACTTCTGAATAG (SEQ ID NO 29)
MCH-ICG-2: CGGCAAAACGTCGGACTGTCA (SEQ ID NO 30)
MCH-ICG-3: GGTGTGGTCCTTGACTTATGGATAG (SEQ ID NO 210)
MGO-ICG-5: CGTGAGGGGTCATCGTCTGTAG (SEQ ID NO 33)
MUL-ICG-1: GGTTTCGGGATGTTGTCCCACC (SEQ ID NO 175)
MGV-ICG-1: CGACTGAGGTCGACGTGGTGT (SEQ ID NO 176)
MGV-ICG-2: GGTGTTTGAGCATTGAATAGTGGTTGC (SEQ ID NO 177)
MGV-ICG-3: TCGGGCCGCGTGTTCGTCAAA (SEQ ID NO 211)
MXE-ICG-1: GTTGGGCAGCAGGCAGTAACC (SEQ ID NO 178)
MSI-ICG-1: CCGGCAACGGTTACGTGTTC (SEQ ID NO 179)
MFO-ICG-1: TCGTTGGATGGCCTCGCACCT (SEQ ID NO 180)
MFO-ICG-2: ACTTGGCGTGGGATGCGGGAA (SEQ ID NO 181)
MML-ICG-1: CGGATCGATTGAGTGCTTGTCCC (SEQ ID NO 188)
MML-ICG-2: TCTAAATGAACGCACTGCCGATGG (SEQ ID NO 189)
MCE-ICG-1: TGAGGGAGCCCGTGCCTGTA (SEQ ID NO 190)
MHP-ICG-1: CATGTTGGGCTTGATCGGGTGC (SEQ ID NO 191)
PA-ICG 1: TGGTGTGCTGCGTGATCCGAT (SEQ ID NO 34)
PA-ICG 4: TGAATGTTCGT(G/A)(G/A)ATGAACATTGATTTCTGGTC (SEQ ID NO 37)
PA-ICG 5: CTCTTTCACTGGTGATCATTCAAGTCAAG (SEQ ID NO 38)
MPN-ICG 1: ATCGGTGGTAAATTAAACCCAAATCCCTGT (SEQ ID NO 49)
MPN-ICG 2: CAGTTCTGAAAGAACATTTCCGCTTCTTTC (SEQ ID NO 50)
MGE-ICG 1: CACCCATTAATTTTTTCCCTCTTAAAACCC (SEQ ID NO 51)
Mycoplasma-ICG: CAAAACTGAAAACGACAATCTTTCTAGTTCC (SEQ ID NO 52)
STAU-ICG 1: TACCAAGCAAAACCGAGTGAATAAAGAGTT (SEQ ID NO 53)
STAU-ICG 2: CAGAAGATGCGGAATAACGTGAC (SEQ ID NO 54)
STAU-ICG 3: AACGAAGCCGTATGTGAGCATTTGAC (SEQ ID NO 55)
STAU-ICG 4: GAACGTAACTTCATGTTAACGTTTGACTTAT (SEQ ID NO 56)
ACI-ICG 1: GCTTAAGTGCACAGTGCTCTAAACTGA (SEQ ID NO 57)
ACI-ICG 2: CACGGTAATTAGTGTGATCTGACGAAG (SEQ ID NO 58)
или эквивалентов указанных зондов, и/или указанный набор зондов включает по меньшей мере один таксон-специфический зонд, принадлежащий последовательности спейсерной области одного из определяемых в указанном образце микроорганизмов, при этом последовательность указанной спейсерной области выбирается из любой из последовательностей, представленных согласно SEQ ID NO 76-106, 157-174, 124, 125, 111-115, 139-144 или 126-130, и при этом указанные зонды или эквиваленты возможно используются в сочетании с любым зондом, с помощью которого можно определить по меньшей мере один из следующих организмов: Haemophilus influenzae. Streptococcus pneumoniae, Moraxella catarrhalis или Bordetella pertussis.
MYC-ICG-1: ACTGGATAGTGGTTGCGAGCATCTA (SEQ ID NO 1)
MYC-ICG-22: CTTCTGAATAGTGGTTGCGAGCATCT (SEQ ID NO 2)
MTB-ICG-1: GGGTGCATGACAACAAAGTTGGCCA (SEQ ID NO 3)
MTB-ICG-2: GACTTGTTCCAGGTGTTGTCCCAC (SEQ ID NO 4)
MTB-ICG-3: CGGCTAGCGGTGGCGTGTTCT (SEQ ID NO 5)
MAI-ICG-1: CAACAGCAAATGATTGCCAGACACAC (SEQ ID NO 6)
MIL-ICG-11: GAGGGGTTCCCGTCTGTAGTG (SEQ ID NO 7)
MIL-ICG-22: TGAGGGGTTCTCGTCTGTAGTG (SEQ ID NO 8)
MAC-ICG-1: CACTCGGTCGATCCGTGTGGA (SEQ ID NO 9)
MAV-ICG-1: TCGGTCCGTCCGTGTGGAGTC (SEQ ID NO 10)
MAV-ICG-22: GTGGCCGGCGTTCATCGAAA (SEQ ID NO 11)
MIN-ICG-1: GCATAGTCCTTAGGGCTGATGCGTT (SEQ ID NO 12)
MIN-ICG-2: GCTGATGCGTTCGTCGAAATGTGTA (SEQ ID NO 13)
MIN-ICG-22: CTGATGCGTTCGTCGAAATGTGT (SEQ ID NO 14)
MIN-ICG-222: TGATGCGTTCGTCGAAATGTGT (SEQ ID NO 15)
MIN-ICG-2222: GGCTGATGCGTTCGTCGAAATGTGTAA (SEQ ID NO 16)
MAL-ICG-1: ACTAGATGAACGCGTAGTCCTTGT (SEQ ID NO 17)
MHEF-ICG-1: TGGACGAAAACCGGGTGCACAA (SEQ ID NO 18)
MAH-ICG-1: GTGTAATTTCTTTTTTAACTCTTGTGTGTAAGTAAGTG (SEQ ID NO 19)
MCO-ICG-11: TGGCCGGCGTGTTCATCGAAA (SEQ ID NO 20)
MTH-ICG-11: GCACTTCAATTGGTGAAGTGCGAGCC (SEQ ID NO 21)
MTH-ICG-2: GCGTGGTCTTCATGGCCGG (SEQ ID NO 22)
MEF-ICG-11: ACGCGTGGTCCTTCGTGG (SEQ ID NO 23)
MSC-ICG-1: TCGGCTCGTTCTGAGTGGTGTC (SEQ ID NO 24)
MKA-ICG-1: GATGCGTTTGCTACGGGTAGCGT (SEQ ID NO 25)
MKA-ICG-2: GATGCGTTGCCTACGGGTAGCGT (SEQ ID NO 26)
MKA-ICG-3: ATGCGTTGCCCTACGGGTAGCGT (SEQ ID NO 27)
MKA-ICG-4: CGGGCTCTGTTCGAGAGTTGTC (SEQ ID NO 28)
MKA-iCG-5: CCCTCAGGGATTTTCTGGGTGTTG (SEQ ID NO 182)
MKA-ICG-6: GGACTCGTCCAAGAGTGTTGTCC (SEQ ID NO 183)
MKA-ICG-7: TCGGGCTTGGCCAGAGCTGTT (SEQ ID NO 184)
MKA-ICG-8: GGGTGCGCAACAGCAAGCGA (SEQ ID NO 185)
MKA-ICG-9: GATGCGTTGCCCCTACGGG (SEQ ID NO 186)
MKA-ICG-10: CCCTACGGGTAGCGTGTTCTTTTG (SEQ ID NO 187)
MCH-ICG-1: GGTGTGGACTTTGACTTCTGAATAG (SEQ ID NO 29)
MCH-ICG-2: CGGCAAAACGTCGGACTGTCA (SEQ ID NO 30)
MCH-ICG-3: GGTGTGGTCCTTGACTTATGGATAG (SEQ ID NO 210)
MGO-ICG-1: AACACCCTCGGGTGCTGTCC (SEQ ID NO 31)
MGO-ICG-2: GTATGCGTTGTCGTTCGCGGC (SEQ ID NO 32)
MGO-ICG-5: CGTGAGGGGTCATCGTCTGTAG (SEQ ID NO 33)
MUL-ICG-1: GGTTTCGGGATGTTGTCCCACC (SEQ ID NO 175)
MGV-ICG-1: CGACTGAGGTCGACGTGGTGT (SEQ ID NO 176)
MGV-ICG-2: GGTGTTTGAGCATTGAATAGTGGTTGC (SEQ ID NO 177)
MGV-ICG-3: TCGGGCCGCGTGTTCGTCAAA (SEQ ID NO 211)
MXE-ICG-1: GTTGGGCAGCAGGCAGTAACC (SEQ ID NO 178)
MSI-ICG-1: CCGGCAACGGTTACGTGTTC (SEQ ID NO 179)
MFO-ICG-1: TCGTTGGATGGCCTCGCACCT (SEQ ID NO 180)
MFO-ICG-2: ACTTGGCGTGGGATGCGGGAA (SEQ ID NO 181)
MML-ICG-1: CGGATCGATTGAGTGCTTGTCCC (SEQ ID NO 188)
MML-ICG-2: TCTAAATGAACGCACTGCCGATGG (SEQ ID NO 189)
MCE-ICG-1: TGAGGGAGCCCGTGCCTGTA (SEQ ID NO 190)
MHP-ICG-1: CATGTTGGGCTTGATCGGGTGC (SEQ ID NO 191)
PA-ICG 1: TGGTGTGCTGCGTGATCCGAT (SEQ ID NO 34)
PA-ICG 2: TGAATGTTCGTGGATGAACATTGATT (SEQ ID NO 35)
PA-ICG 3: CACTGGTGATCATTCAAGTCAAG (SEQ ID NO 36)
PA-ICG 4: TGAATGTTCGT(G/A)(G/A)ATGAACATTGATTTCTGGTC (SEQ ID NO 37)
PA-ICG 5: CTCTTTCACTGGTGATCATTCAAGTCAAG (SEQ ID NO 38)
MPN-ICG 1: ATCGGTGGTAAATTAAACCCAAATCCCTGT (SEQ ID NO 49)
MPN-ICG 2: CAGTTCTGAAAGAACATTTCCGCTTCTTTC (SEQ ID NO 50)
MGE-ICG 1: CACCCATTAATTTTTTCGGTGTTAAAACCC (SEQ ID NO 51)
Mycoplasma-ICG: CAAAACTGAAAACGACAATCTTTCTAGTTCC (SEQ ID NO 52)
STAU-ICG 1: TACCAAGCAAAACCGAGTGAATAAAGAGTT (SEQ ID NO 53)
STAU-ICG 2: CAGAAGATGCGGAATAACGTGAC (SEQ ID NO 54)
STAU-ICG 3: AACGAAGCCGTATGTGAGCATTTGAC (SEQ ID NO 55)
STAU-ICG 4: GAACGTAACTTCATGTTAACGTTTGACTTAT (SEQ ID NO 56)
ACI-ICG 1: GCTTAAGTGCACAGTGCTCTAAACTGA (SEQ ID NO 57)
ACI-ICG 2: CACGGTAATTAGTGTGATCTGACGAAG (SEQ ID NO 58)
и более предпочтительно из следующих спейсерных зондов:
MYC-ICG-1: ACTGGATAGTGGTTGCGAGCATCTA (SEQ ID NO 1)
MYC-ICG-22: CTTCTGAATAGTGGTTGCGAGCATCT (SEQ ID NO 2)
MTB-ICG-1: GGGTGCATGACAACAAAGTTGGCCA (SEQ ID NO 3)
MTB-ICG-2: GACTTGTTCCAGGTGTTGTCCCAC (SEQ ID NO 4)
MTB-ICG-3: CGGCTAGCGGTGGCGTGTTCT (SEQ ID NO 5)
MAI-ICG-1: CAACAGCAAATGATTGCCAGACACAC (SEQ ID NO 6)
MIL-ICG-11: GAGGGGTTCCCGTCTGTAGTG (SEQ ID NO 7)
MIL-ICG-22: TGAGGGGTTCTCGTCTGTAGTG (SEQ ID NO 8)
MAC-ICG-1: CACTCGGTCGATCCGTGTGGA (SEQ ID NO 9)
MAV-ICG-1: TCGGTCCGTCCGTGTGGAGTC (SEQ ID NO 10)
MAV-ICG-22: GTGGCCGGCGTTCATCGAAA (SEQ ID NO 11)
MIN-ICG-1: GCATAGTCCTTAGGGCTGATGCGTT (SEQ ID NO 12)
MAL-ICG-1: ACTAGATGAACGCGTAGTCCTTGT (SEQ ID NO 17)
MCO-ICG-11: TGGCCGGCGTGTTCATCGAAA (SEQ ID NO 20)
MTH-ICG-11: GCACTTCAATTGGTGAAGTGCGAGCC (SEQ ID NO 21)
MTH-ICG-2: GCGTGGTCTTCATGGCCGG (SEQ ID NO 22)
MEF-ICG-11: ACGCGTGGTCCTTCGTGG (SEQ ID NO 23)
MSC-ICG-1: TCGGCTCGTTCTGAGTGGTGTC (SEQ ID NO 24)
MKA-ICG-3: ATGCGTTGCCCTACGGGTAGCGT (SEQ ID NO 27)
MKA-ICG-4: CGGGCTCTGTTCGAGAGTTGTC (SEQ ID NO 28)
MKA-ICG-5: CCCTCAGGGATTTTCTGGGTGTTG (SEQ IE NO 182)
MKA-ICG-6: GGACTCGTCCAAGAGTGTTGTCC (SEQ ID NO 183)
MKA-ICG-7: TCGGGCTTGGCCAGAGCTGTT (SEQ ID NO 184)
MKA-ICG-8: GGGTGCGCAACAGCAAGCGA (SEQ ID NO 185)
MKA-ICG-9: GATGCGTTGCCCCTACGGG (SEQ ID NO 186)
MKA-ICG-10: CCCTACGGGTAGCGTGTTCTTTTG (SEQ ID NO 187)
MCH-ICG-1: GGTGTGGACTTTGACTTCTGAATAG (SEQ ID NO 29)
MCH-ICG-2: CGGCAAAACGTCGGACTGTCA (SEQ ID NO 30)
MCH-ICG-3: GGTGTGGTCCTTGACTTATGGATAG (SEQ ID NO 210)
MGO-ICG-5: CGTGAGGGGTCATCGTCTGTAG (SEQ ID NO 33)
MUL-ICG-1: GGTTTCGGGATGTTGTCCCACC (SEQ ID NO 175)
MGV-ICG-1: CGACTGAGGTCGACGTGGTGT (SEQ ID NO 176)
MGV-ICG-2: GGTGTTTGAGCATTGAATAGTGGTTGC (SEQ ID NO 177)
MGV-ICG-3: TCGGGCCGCGTGTTCGTCAAA (SEQ ID NO 211)
MXE-ICG-1: GTTGGGCAGCAGGCAGTAACC (SEQ ID NO 178)
MSI-ICG-1: CCGGCAACGGTTACGTGTTC (SEQ ID NO 179)
MFO-ICG-1: TCGTTGGATGGCCTCGCACCT (SEQ ID NO 180)
MFO-ICG-2: ACTTGGCGTGGGATGCGGGAA (SEQ ID NO 181)
MML-ICG-1: CGGATCGATTGAGTGCTTGTCCC (SEQ ID NO 188)
MML-ICG-2: TCTAAATGAACGCACTGCCGATGG (SEQ ID NO 189)
MCE-ICG-1: TGAGGGAGCCCGTGCCTGTA (SEQ ID NO 190)
MHP-ICG-1: CATGTTGGGCTTGATCGGGTGC (SEQ ID NO 191)
PA-ICG 1: TGGTGTGCTGCGTGATCCGAT (SEQ ID NO 34)
PA-ICG 4: TGAATGTTCGT(G/A)(G/A)ATGAACATTGATTTCTGGTC (SEQ ID NO 37)
PA-ICG 5: CTCTTTCACTGGTGATCATTCAAGTCAAG (SEQ ID NO 38)
MPN-ICG 1: ATCGGTGGTAAATTAAACCCAAATCCCTGT (SEQ ID NO 49)
MPN-ICG 2: CAGTTCTGAAAGAACATTTCCGCTTCTTTC (SEQ ID NO 50)
MGE-ICG 1: CACCCATTAATTTTTTCCCTCTTAAAACCC (SEQ ID NO 51)
Mycoplasma-ICG: CAAAACTGAAAACGACAATCTTTCTAGTTCC (SEQ ID NO 52)
STAU-ICG 1: TACCAAGCAAAACCGAGTGAATAAAGAGTT (SEQ ID NO 53)
STAU-ICG 2: CAGAAGATGCGGAATAACGTGAC (SEQ ID NO 54)
STAU-ICG 3: AACGAAGCCGTATGTGAGCATTTGAC (SEQ ID NO 55)
STAU-ICG 4: GAACGTAACTTCATGTTAACGTTTGACTTAT (SEQ ID NO 56)
ACI-ICG 1: GCTTAAGTGCACAGTGCTCTAAACTGA (SEQ ID NO 57)
ACI-ICG 2: CACGGTAATTAGTGTGATCTGACGAAG (SEQ ID NO 58)
или эквивалентов указанных зондов, и/или указанный набор зондов включает по меньшей мере один таксон-специфический зонд, принадлежащий последовательности спейсерной области одного из определяемых в указанном образце микроорганизмов, при этом последовательность указанной спейсерной области выбирается из любой из последовательностей, представленных согласно SEQ ID NO 76-106, 157-174, 124, 125, 111-115, 139-144 или 126-130, и при этом указанные зонды или эквиваленты возможно используются в сочетании с любым зондом, с помощью которого можно определить по меньшей мере один из следующих организмов: Haemophilus influenzae. Streptococcus pneumoniae, Moraxella catarrhalis или Bordetella pertussis.
3. Способ по п.1, отличающийся тем, что указанный образец представляет собой образец, взятый из спинномозговой жидкости, и набор зондов, определенных на стадии (iii), включает по меньшей мере один зонд, выбранный из следующих спейсерных зондов:
MYC-ICG-1: ACTGGATAGTGGTTGCGAGCATCTA (SEQ ID NO 1)
MYC-ICG-22: CTTCTGAATAGTGGTTGCGAGCATCT (SEQ ID NO 2)
MTB-ICG-1: GGGTGCATGACAACAAAGTTGGCCA (SEQ ID NO 3)
MTB-ICG-2: GACTTGTTCCAGGTGTTGTCCCAC (SEQ ID NO 4)
MTB-ICG-3: CGGCTAGCGGTGGCGTGTTCT (SEQ ID NO 5)
LIS-ICG 1: CAAGTAACCGAGAATCATCTGAAAGTGAATC (SEQ ID NO 39)
LMO-ICG 1: AAACAACCTTTACTTCGTAGAAGTAAATTGGTTAAG (SEQ ID NO 40)
LMO-ICG 2: TGAGAGGTTAGTACTTCTCAGTATGTTTGTTC (SEQ ID NO 41)
LMO-ICG 3: AGGCACTATGCTTGAAGCATCGC (SEQ ID NO 42)
LISP-ICG 1: CGTTTTCATAAGCGATCGCACGTT (SEQ ID NO 212)
и предпочтительно из следующих спейсерных зондов:
MYC-ICG-1: ACTGGATAGTGGTTGCGAGCATCTA (SEQ ID NO 1)
MYC-ICG-22: CTTCTGAATAGTGGTTGCGAGCATCT (SEQ ID NO 2)
MTB-ICG-1: GGGTGCATGACAACAAAGTTGGCCA (SEQ ID NO 3)
MTB-ICG-2: GACTTGTTCCAGGTGTTGTCCCAC (SEQ ID NO 4)
MTB-ICG-3: CGGCTAGCGGTGGCGTGTTCT (SEQ ID NO 5)
LIS-ICG 1: CAAGTAACCGAGAATCATCTGAAAGTGAATC (SEQ ID NO 39)
LMO-ICG 3: AGGCACTATGCTTGAAGCATCGC (SEQ ID NO 42)
LISP-ICG 1: CGTTTTCATAAGCGATCGCACGTT (SEQ ID NO 212)
или эквивалентов указанных зондов, и/или указанный набор зондов включает по меньшей мере один таксон-специфический зонд, принадлежащий последовательности спейсерной области одного из определяемых в указанном образце микроорганизмов, при этом последовательность указанной спейсерной области выбирается из любой из последовательностей, представленных согласно SEQ ID NO 116, 118-121 или 213-215, и при этом указанные зонды или эквиваленты возможно используются в сочетании с любым зондом, с помощью которого можно определить по меньшей мере один из следующих организмов: Neisseria meningitidis, Haemophilus influenzae или Streptococcus pneumoniae.
MYC-ICG-1: ACTGGATAGTGGTTGCGAGCATCTA (SEQ ID NO 1)
MYC-ICG-22: CTTCTGAATAGTGGTTGCGAGCATCT (SEQ ID NO 2)
MTB-ICG-1: GGGTGCATGACAACAAAGTTGGCCA (SEQ ID NO 3)
MTB-ICG-2: GACTTGTTCCAGGTGTTGTCCCAC (SEQ ID NO 4)
MTB-ICG-3: CGGCTAGCGGTGGCGTGTTCT (SEQ ID NO 5)
LIS-ICG 1: CAAGTAACCGAGAATCATCTGAAAGTGAATC (SEQ ID NO 39)
LMO-ICG 1: AAACAACCTTTACTTCGTAGAAGTAAATTGGTTAAG (SEQ ID NO 40)
LMO-ICG 2: TGAGAGGTTAGTACTTCTCAGTATGTTTGTTC (SEQ ID NO 41)
LMO-ICG 3: AGGCACTATGCTTGAAGCATCGC (SEQ ID NO 42)
LISP-ICG 1: CGTTTTCATAAGCGATCGCACGTT (SEQ ID NO 212)
и предпочтительно из следующих спейсерных зондов:
MYC-ICG-1: ACTGGATAGTGGTTGCGAGCATCTA (SEQ ID NO 1)
MYC-ICG-22: CTTCTGAATAGTGGTTGCGAGCATCT (SEQ ID NO 2)
MTB-ICG-1: GGGTGCATGACAACAAAGTTGGCCA (SEQ ID NO 3)
MTB-ICG-2: GACTTGTTCCAGGTGTTGTCCCAC (SEQ ID NO 4)
MTB-ICG-3: CGGCTAGCGGTGGCGTGTTCT (SEQ ID NO 5)
LIS-ICG 1: CAAGTAACCGAGAATCATCTGAAAGTGAATC (SEQ ID NO 39)
LMO-ICG 3: AGGCACTATGCTTGAAGCATCGC (SEQ ID NO 42)
LISP-ICG 1: CGTTTTCATAAGCGATCGCACGTT (SEQ ID NO 212)
или эквивалентов указанных зондов, и/или указанный набор зондов включает по меньшей мере один таксон-специфический зонд, принадлежащий последовательности спейсерной области одного из определяемых в указанном образце микроорганизмов, при этом последовательность указанной спейсерной области выбирается из любой из последовательностей, представленных согласно SEQ ID NO 116, 118-121 или 213-215, и при этом указанные зонды или эквиваленты возможно используются в сочетании с любым зондом, с помощью которого можно определить по меньшей мере один из следующих организмов: Neisseria meningitidis, Haemophilus influenzae или Streptococcus pneumoniae.
4. Способ по п.1, отличающийся тем, что указанный образец представляет собой образец, взятый из мочеполового тракта, и набор зондов, определенных на стадии (iii), включает по меньшей мере один зонд, выбранный из следующих спейсерных зондов:
CHTR-ICG 1: GGAAGAAGCCTGAGAAGGTTTCTGAC (SEQ ID NO 45)
CHTR-ICG 2: GCATTTATATGTAAGAGCAAGCATTCTATTTCA (SEQ ID NO 46)
CHTR-ICG 3: GAGTAGCGTGGTGAGGACGAGA (SEQ ID NO 47)
CHTR-ICG 4: GAGTAGCGCGGTGAGGACGAGA (SEQ ID NO 201)
CHPS-ICG 1: GGATAACTGTCTTAGGACGGTTTGAC (SEQ ID NO 48)
MGE-ICG 1: CACCCATTAATTTTTTCGGTGTTAAAACCC (SEQ ID NO 51)
Mycoplasma-ICG: CAAAACTGAAAACGACAATCTTTCTAGTTCC (SEQ ID NO 52)
или эквивалентов указанных зондов, и/или указанный набор зондов включает по меньшей мере один таксон-специфический зонд, принадлежащий последовательности спейсерной области одного из определяемых в указанном образце микроорганизмов, при этом последовательность указанной спейсерной области выбирается из любой из последовательностей, представленных согласно SEQ ID NO 122, 123, 197, 124 или 125, при этом указанные зонды или эквиваленты возможно используются в сочетании с любым зондом, с помощью которого можно определить по меньшей мере один из следующих организмов: Neisseria gonorrho-еае, Haemophilus ducreyi или Streptococcus agalactiae.
CHTR-ICG 1: GGAAGAAGCCTGAGAAGGTTTCTGAC (SEQ ID NO 45)
CHTR-ICG 2: GCATTTATATGTAAGAGCAAGCATTCTATTTCA (SEQ ID NO 46)
CHTR-ICG 3: GAGTAGCGTGGTGAGGACGAGA (SEQ ID NO 47)
CHTR-ICG 4: GAGTAGCGCGGTGAGGACGAGA (SEQ ID NO 201)
CHPS-ICG 1: GGATAACTGTCTTAGGACGGTTTGAC (SEQ ID NO 48)
MGE-ICG 1: CACCCATTAATTTTTTCGGTGTTAAAACCC (SEQ ID NO 51)
Mycoplasma-ICG: CAAAACTGAAAACGACAATCTTTCTAGTTCC (SEQ ID NO 52)
или эквивалентов указанных зондов, и/или указанный набор зондов включает по меньшей мере один таксон-специфический зонд, принадлежащий последовательности спейсерной области одного из определяемых в указанном образце микроорганизмов, при этом последовательность указанной спейсерной области выбирается из любой из последовательностей, представленных согласно SEQ ID NO 122, 123, 197, 124 или 125, при этом указанные зонды или эквиваленты возможно используются в сочетании с любым зондом, с помощью которого можно определить по меньшей мере один из следующих организмов: Neisseria gonorrho-еае, Haemophilus ducreyi или Streptococcus agalactiae.
5. Способ по п.1, отличающийся тем, что указанный образец представляет собой образец, взятый из пищи, и набор зондов, определенных на стадии (iii), включает по меньшей мере один зонд, выбранный из следующих спейсерных зондов:
LIS-ICG 1: CAAGTAACCGAGAATCATCTGAAAGTGAATC (SEQ ID NO 39)
LMO-ICG 1: AAACAACCTTTACTTCCTACAACTAAATTCCTTAAC (SEQ ID NO 40)
LMO-ICG 2: TGAGAGGTTAGTACTTCTCAGTATGTTTGTTC (SEQ ID NO 41)
LMO-ICG 3: AGGCACTATGCTTGAAGCATCGC (SEQ ID NO 42)
LIV-ICG 1: GTTAGCATAAATAGGTAACTATTTATGACACAAGTAAC (SEQ ID NO 43)
LSE-ICG 1: AGTTAGCATAAGTAGTGTAACTATTTATGACACAAG (SEQ ID NO 44)
LISP-ICG 1: CGTTTTCATAAGCGATCGCACGTT (SEQ ID NO 212)
STAU-ICG 1: TACCAAGCAAAACCGAGTGAATAAAGAGTT (SEQ ID NO 53)
STAU-ICG 2: CAGAAGATGCGGAATAACGTGAC (SEQ ID NO 54)
STAU-ICG 3: AACGAAGCCGTATGTGAGCATTTGAC (SEQ ID NO 55)
STAU-ICG 4: GAACGTAACTTCATGTTAACGTTTGACTTAT (SEQ ID NO 56)
BRU-ICG 1: CGTGCCGCCTTCGTTTCTCTTT (SEQ ID NO 59)
BRU-ICG 2: TTCGCTTCGGGGTGGATCTGTG (SEQ ID NO 60)
BRU-ICG 3: GCGTAGTAGCGTTTGCGTCGG (SEQ ID NO 193)
BRU-ICG 4: CGCAAGAAGCTTGCTCAAGCC (SEQ ID NO 194)
SALM-ICG 1: CAAAACTGACTTACGAGTCACGTTTGAG (SEQ ID NO 61)
SALM-ICG 2: GATGTATGCTTCGTTATTCCACGCC (SEQ ID NO 62)
STY-ICG 1: GGTCAAACCTCCAGGGACGCC (SEQ ID NO 63)
SED-ICG 1: GCGGTAATGTGTGAAAGCGTTGCC (SEQ ID NO 64)
YEC-ICG 1: GGAAAAGGTACTGCACGTGACTG (SEQ ID NO 198)
YEC-ICG 2: GACAGCTGAAACTTATCCCTCCG (SEQ ID NO 199)
YEC-ICG 3: GCTACCTGTTGATGTAATGAGTCAC (SEQ ID NO 200)
и предпочтительно из следующих спейсерных зондов:
LIS-ICG 1: CAAGTAACCGAGAATCATCTGAAAGTGAATC (SEQ ID NO 39)
LMO-ICG 3: AGGCACTATGCTTGAAGCATCGC (SEQ ID NO 42)
LISP-ICG 1: CGTITTCATAAGCGATCGCACGTT (SEQ ID NO 212)
STAU-ICG 1: TACCAAGCAAAACCGAGTGAATAAAGAGTT (SEQ ID NO 53)
STAU-ICG 2: CAGAAGATGCGGAATAACGTGAC (SEQ ID NO 54)
STAU-ICG 3: AACGAAGCCGTATGTGAGCATTTGAC (SEQ ID NO 55)
STAU-ICG 4: GAACGTAACTTCATGTTAACGTTTGACTTAT (SEQ ID NO 56)
BRU-ICG 2: TTCGCTTCGGGGTGGATCTGTG (SEQ ID NO 60)
BRU-ICG 3: GCGTAGTAGCGTTTGCGTCGG (SEQ ID NO 193)
BRU-ICG 4: CGCAAGAAGCTTGCTCAAGCC (SEQ ID NO 194)
SALM-ICG 1: CAAAACTGACTTACGAGTCACGTTTGAG (SEQ ID NO 61)
YEC-ICG 1: GGAAAAGGTACTGCACGTGACTG (SEQ ID NO 198)
YEC-ICG 2: GACAGCTGAAACTTATCCCTCCG (SEQ ID NO 199)
YEC-ICG 3: GCTACCTGTTGATGTAATGAGTCAC (SEQ ID NO 200)
или эквивалентов указанных зондов, и/или указанный набор зондов включает по меньшей мере один таксон-специфический зонд, принадлежащий последовательности спейсерной области одного из определяемых в указанном образце микроорганизмов, при этом последовательность указанной спейсерной области выбирается из любой из последовательностей, представленных согласно SEQ ID NO 116, 118-121, 213-215, 139-144, 131, 132, 154, 133-138, 195 или 196, при этом указанные зонды или эквиваленты возможно используются в сочетании с любым зондом, с помощью которого можно определить штаммы вида Campylobacter.
LIS-ICG 1: CAAGTAACCGAGAATCATCTGAAAGTGAATC (SEQ ID NO 39)
LMO-ICG 1: AAACAACCTTTACTTCCTACAACTAAATTCCTTAAC (SEQ ID NO 40)
LMO-ICG 2: TGAGAGGTTAGTACTTCTCAGTATGTTTGTTC (SEQ ID NO 41)
LMO-ICG 3: AGGCACTATGCTTGAAGCATCGC (SEQ ID NO 42)
LIV-ICG 1: GTTAGCATAAATAGGTAACTATTTATGACACAAGTAAC (SEQ ID NO 43)
LSE-ICG 1: AGTTAGCATAAGTAGTGTAACTATTTATGACACAAG (SEQ ID NO 44)
LISP-ICG 1: CGTTTTCATAAGCGATCGCACGTT (SEQ ID NO 212)
STAU-ICG 1: TACCAAGCAAAACCGAGTGAATAAAGAGTT (SEQ ID NO 53)
STAU-ICG 2: CAGAAGATGCGGAATAACGTGAC (SEQ ID NO 54)
STAU-ICG 3: AACGAAGCCGTATGTGAGCATTTGAC (SEQ ID NO 55)
STAU-ICG 4: GAACGTAACTTCATGTTAACGTTTGACTTAT (SEQ ID NO 56)
BRU-ICG 1: CGTGCCGCCTTCGTTTCTCTTT (SEQ ID NO 59)
BRU-ICG 2: TTCGCTTCGGGGTGGATCTGTG (SEQ ID NO 60)
BRU-ICG 3: GCGTAGTAGCGTTTGCGTCGG (SEQ ID NO 193)
BRU-ICG 4: CGCAAGAAGCTTGCTCAAGCC (SEQ ID NO 194)
SALM-ICG 1: CAAAACTGACTTACGAGTCACGTTTGAG (SEQ ID NO 61)
SALM-ICG 2: GATGTATGCTTCGTTATTCCACGCC (SEQ ID NO 62)
STY-ICG 1: GGTCAAACCTCCAGGGACGCC (SEQ ID NO 63)
SED-ICG 1: GCGGTAATGTGTGAAAGCGTTGCC (SEQ ID NO 64)
YEC-ICG 1: GGAAAAGGTACTGCACGTGACTG (SEQ ID NO 198)
YEC-ICG 2: GACAGCTGAAACTTATCCCTCCG (SEQ ID NO 199)
YEC-ICG 3: GCTACCTGTTGATGTAATGAGTCAC (SEQ ID NO 200)
и предпочтительно из следующих спейсерных зондов:
LIS-ICG 1: CAAGTAACCGAGAATCATCTGAAAGTGAATC (SEQ ID NO 39)
LMO-ICG 3: AGGCACTATGCTTGAAGCATCGC (SEQ ID NO 42)
LISP-ICG 1: CGTITTCATAAGCGATCGCACGTT (SEQ ID NO 212)
STAU-ICG 1: TACCAAGCAAAACCGAGTGAATAAAGAGTT (SEQ ID NO 53)
STAU-ICG 2: CAGAAGATGCGGAATAACGTGAC (SEQ ID NO 54)
STAU-ICG 3: AACGAAGCCGTATGTGAGCATTTGAC (SEQ ID NO 55)
STAU-ICG 4: GAACGTAACTTCATGTTAACGTTTGACTTAT (SEQ ID NO 56)
BRU-ICG 2: TTCGCTTCGGGGTGGATCTGTG (SEQ ID NO 60)
BRU-ICG 3: GCGTAGTAGCGTTTGCGTCGG (SEQ ID NO 193)
BRU-ICG 4: CGCAAGAAGCTTGCTCAAGCC (SEQ ID NO 194)
SALM-ICG 1: CAAAACTGACTTACGAGTCACGTTTGAG (SEQ ID NO 61)
YEC-ICG 1: GGAAAAGGTACTGCACGTGACTG (SEQ ID NO 198)
YEC-ICG 2: GACAGCTGAAACTTATCCCTCCG (SEQ ID NO 199)
YEC-ICG 3: GCTACCTGTTGATGTAATGAGTCAC (SEQ ID NO 200)
или эквивалентов указанных зондов, и/или указанный набор зондов включает по меньшей мере один таксон-специфический зонд, принадлежащий последовательности спейсерной области одного из определяемых в указанном образце микроорганизмов, при этом последовательность указанной спейсерной области выбирается из любой из последовательностей, представленных согласно SEQ ID NO 116, 118-121, 213-215, 139-144, 131, 132, 154, 133-138, 195 или 196, при этом указанные зонды или эквиваленты возможно используются в сочетании с любым зондом, с помощью которого можно определить штаммы вида Campylobacter.
6. Способ по п.1, отличающийся тем, что указанный образец представляет собой образец, взятый из желудочно-кишечного тракта пациента, и набор зондов, определенных на стадии (iii), включает по меньшей мере один зонд, выбранный из следующих спейсерных зондов:
SALM-ICG 1: CAAAACTGACTTACGAGTCACGTTTGAG (SEQ ID NO 61)
SALM-ICG 2: GATGTATGCTTCGTTATTCCACGCC (SEQ ID NO 62)
STY-ICG 1: GGTCAAACCTCCAGGGACGCC (SEQ ID NO 63)
SED-ICG 1: GCGGTAATGTGTGAAAGCGTTGCC (SEQ ID NO 64)
YEC-ICG 1: GGAAAAGGTACTGCACGTGACTG (SEQ ID NO 198)
YEC-ICG 2: GACAGCTGAAACTTATCCCTCCG (SEQ ID NO 199)
YEC-ICG 3: GCTACCTGTTGATGTAATGAGTCAC (SEQ ID NO 200)
и предпочтительно из следующих спейсерных зондов:
SALM-ICG 1: CAAAACTGACTTACGAGTCACGTTTGAG (SEQ ID NO 61)
YEC-ICG 1: GGAAAAGGTACTGCACGTGACTG (SEQ ID NO 198)
YEC-ICG 2: GACAGCTGAAACTTATCCCTCCG (SEQ ID NO 199)
YEC-ICG 3: GCTACCTGTTGATGTAATGAGTCAC (SEQ ID NO 200)
или эквивалентов указанных зондов, и/или указанный набор зондов включает по меньшей мере один таксон-специфический зонд, принадлежащий последовательности спейсерной области одного из определяемых в указанном образце микроорганизмов, при этом последовательность указанной спейсерной области выбирается из любой из последовательностей, представленных согласно SEQ ID NO 133-138 или 195-196, при этом указанные зонды или эквиваленты возможно используются в сочетании с любым зондом, с помощью которого можно определить штаммы вида Campylobacter.
SALM-ICG 1: CAAAACTGACTTACGAGTCACGTTTGAG (SEQ ID NO 61)
SALM-ICG 2: GATGTATGCTTCGTTATTCCACGCC (SEQ ID NO 62)
STY-ICG 1: GGTCAAACCTCCAGGGACGCC (SEQ ID NO 63)
SED-ICG 1: GCGGTAATGTGTGAAAGCGTTGCC (SEQ ID NO 64)
YEC-ICG 1: GGAAAAGGTACTGCACGTGACTG (SEQ ID NO 198)
YEC-ICG 2: GACAGCTGAAACTTATCCCTCCG (SEQ ID NO 199)
YEC-ICG 3: GCTACCTGTTGATGTAATGAGTCAC (SEQ ID NO 200)
и предпочтительно из следующих спейсерных зондов:
SALM-ICG 1: CAAAACTGACTTACGAGTCACGTTTGAG (SEQ ID NO 61)
YEC-ICG 1: GGAAAAGGTACTGCACGTGACTG (SEQ ID NO 198)
YEC-ICG 2: GACAGCTGAAACTTATCCCTCCG (SEQ ID NO 199)
YEC-ICG 3: GCTACCTGTTGATGTAATGAGTCAC (SEQ ID NO 200)
или эквивалентов указанных зондов, и/или указанный набор зондов включает по меньшей мере один таксон-специфический зонд, принадлежащий последовательности спейсерной области одного из определяемых в указанном образце микроорганизмов, при этом последовательность указанной спейсерной области выбирается из любой из последовательностей, представленных согласно SEQ ID NO 133-138 или 195-196, при этом указанные зонды или эквиваленты возможно используются в сочетании с любым зондом, с помощью которого можно определить штаммы вида Campylobacter.
7. Способ по п.1 для определения и идентификации в образце одного или нескольких штаммов вида и подвида Mycobacterium, при котором стадия (iii) включает гибридизацию по меньшей мере с одним из следующих зондов:
MYC-ICG-1: ACTGGATAGTGGTTGCGAGCATCTA (SEQ ID NO 1)
MYC-ICG-22: CTTCTGAATAGTGGTTGCGAGCATCT (SEQ ID NO 2)
MTB-ICG-1: GGGTGCATGACAACAAAGTTGGCCA (SEQ ID NO 3)
MTB-ICG-2: GACTTGTTCCAGGTG1TGTCCCAC (SEQ ID NO 4)
MTB-ICG-3: CGGCTAGCGGTGGCGTGTTCT (SEQ ID NO 5)
MAI-ICG-1: CAACAGCAAATGATTGCCAGACACAC (SEQ ID NO 6)
MIL-ICG-11: GAGGGGTTCCCGTCTGTAGTG (SEQ ID NO 7)
MIL-ICG-22: TGAGGGGTTCTCGTCTGTAGTG (SEQ ID NO 8)
MAC-ICG-1: CACTCGGTCGATCCGTGTGGA (SEQ ID NO 9)
MAV-ICG-1: TCGGTCCGTCCGTGTGGAGTC (SEQ ID NO 10)
MAV-ICG-22: GTGGCCGGCGTTCATCGAAA (SEQ ID NO 11)
MIN-ICG-1: GCATAGTCCTTAGGGCTGATGCGTT (SEQ ID NO 12)
MIN-ICG-2: GCTGATGCGTTCGTCGAAATGTGTA (SEQ ID NO 13)
MIN-ICG-22: CTGATGCGTTCGTCGAAATGTGT (SEQ ID NO 14)
MIN-ICG-222: TGATGCGTTCGTCGAAATGTGT (SEQ ID NO 15)
MIN-ICG-2222: GGCTGATGCGTTCGTCGAAATGTGTAA (SEQ ID NO 16)
MAL-ICG-1: ACTAGATGAACGCGTAGTCCTTGT (SEQ ID NO 17)
MHEF-ICG-1: TGGACGAAAACCGGGTGCACAA (SEQ ID NO 18)
MAH-ICG-1: GTGTAATTTCTTTTTTAACTCTTGTGTGTAAGTAAGTG (SEQ ID NO 19)
MCO-ICG-11: TGGCCGGCGTGTTCATCGAAA (SEQ ID NO 20)
MTH-ICG-11: GCACTTCAATTGGTGAAGTGCGAGCC (SEQ ID NO 21)
MTH-ICG-2: GCGTGGTCTTCATGGCCGG (SEQ ID NO 22)
MEF-ICG-11: ACGCGTGGTCCTTCGTGG (SEQ ID NO 23)
MSC-ICG-1: TCGGCTCGTTCTGAGTGGTGTC (SEQ ID NO 24)
MKA-ICG-1: GATGCGTTTGCTACGGGTAGCGT (SEQ ID NO 25)
MKA-ICG-2: GATGCGTTGCCTACGGGTAGCGT (SEQ ID NO 26)
MKA-ICG-3: ATGCGTTGCCCTACGGGTAGCGT (SEQ ID NO 27)
MKA-ICG-4: CGGGCTCTGTTCGAGAGTTGTC (SEQ ID NO 28)
MKA-ICG-5: CCCTCAGGGATTTTCTGGGTGTTG (SEQ ID NO 182)
MKA-ICG-6: GGACTCGTCCAAGAGTGTTGTCC (SEQ ID NO 183)
MKA-ICG-7: TCGGGCTTGGCCAGAGCTGTT (SEQ ID NO 184)
MKA-ICG-8: GGGTGCGCAACAGCAAGCGA (SEQ ID NO 185)
MKA-ICG-9: GATGCGTTGCCCCTACGGG (SEQ ID NO 186)
MKA-ICG-10: CCCTACCCCTACCCTCTTCTTTTG (SEQ ID NO 187)
MCH-ICG-1: GGTGTGGACTTTGACTTCTGAATAG (SEQ ID NO 29)
MCH-ICG-2: CGGCAAAACGTCGGACTGTCA (SEQ ID NO 30)
MGO-ICG-1: AACACCCTCGGGTGCTGTCC (SEQ ID NO 31)
MGO-ICG-2: GTATGCGTTGTCGTTCGCGGC (SEQ ID NO 32)
MGO-ICG-5: CGTGAGGGGTCATCGTCTGTAG (SEQ ID NO 33)
MUL-ICG-1: GGTTTCGGGATGTTGTCCCACC (SEQ ID NO 175)
MGV-ICG-1: CGACTGAGGTCGACGTGGTGT (SEQ ID NO 176)
MGV-ICG-2: GGTGTTTGAGCATTGAATAGTGGTTGC (SEQ ID NO 177)
MXE-ICG-1: GTTGGGCAGCAGGCAGTAACC (SEQ ID NO 178)
MSI-ICG-1: CCGGCAACGGTTACGTGTTC (SEQ ID NO 179)
MFO-ICG-1: TCGTTGGATGGCCTCGCACCT (SEQ ID NO 180)
MFO-ICG-2: ACTTGGCGTGGGATGCGGGAA (SEQ ID NO 181)
MML-ICG-1: CGGATCGATTGAGTGCTTGTCCC (SEQ ID NO 188)
MML-ICG-2: TCTAAATGAACGCACTGCCGATGG (SEQ ID NO 189)
MCE-ICG-1: TGAGGGAGCCCGTGCCTGTA (SEQ ID NO 190)
MHP-ICG-1: CATGTTGGGC1TGATCGGGTGC (SEQ ID NO 191)
и более предпочтительно с по меньшей мере одним зондом из следующей более узкой группы спейсерных зондов:
MYC-ICG-1: ACTGGATAGTGGTTGCGAGCATCTA (SEQ ID NO 1)
MYC-ICG-22: CTTCTGAATAGTGGTTGCGAGCATCT (SEQ ID NO 2)
MTB-ICG-1: GGGTGCATGACAACAAAGTTGGCCA (SEQ ID NO 3)
MTB-ICG-2: GACTTGTTCCAGGTGTTGTCCCAC (SEQ ID NO 4)
MTB-ICG-3: CGGCTAGCGGTGGCGTGTTCT (SEQ ID NO 5)
MAI-ICG-1: CAACAGCAAATGATTGCCAGACACAC (SEQ ID NO 6)
MIL-ICG-11: GAGGGGTTCCCGTCTGTAGTG (SEQ ID NO 7)
MIL-ICG-22: TGAGGGGTTCTCGTCTGTAGTG (SEQ ID NO 8)
MAC-ICG-1: CACTCGGTCGATCCGTGTGGA (SEQ ID NO 9)
MAV-ICG-1: TCGGTCCGTCCGTGTGGAGTC (SEQ ID NO 10)
MAV-ICG-22: GTGGCCGGCGTTCATCGAAA (SEQ ID NO 11)
MIN-ICG-1: GCATAGTCCTTAGGGCTGATGCGTT (SEQ ID NO 12)
MAL-ICG-1: ACTAGATGAACGCGTAGTCCTTGT (SEQ ID NO 17)
MCO-ICG-11: TGGCCGGCGTGTTCATCGAAA (SEQ ID NO 20)
MTH-ICG-11: GCACTTCAATTGGTGAAGTGCGAGCC (SEQ ID NO 21)
MTH-ICG-2: GCGTGGTCTTCATGGCCGG (SEQ ID NO 22)
MEF-ICG-11: ACGCGTGGTCCTTCGTGG (SEQ ID NO 23)
MSC-ICG-1: TCGGCTCGTTCTGAGTGGTGTC (SEQ ID NO 24)
MKA-ICG-3: ATGCGTTGCCCTACGGGTAGCGT (SEQ ID NO 27)
MKA-ICG-4: CGGGCTCTGTTCGAGAGTTGTC (SEQ ID NO 28)
MKA-ICG-5: CCCTCAGGGATTTTCTGGGTGTTG (SEQ ID NO 182)
MKA-ICG-6: GGACTCGTCCAAGAGTGTTGTCC (SEQ ID NO 183)
MKA-ICG-7: TCGGGCTTGGCCAGAGCTGTT (SEQ ID NO 184)
MKA-ICG-8: GGGTGCGCAACAGCAAGCGA (SEQ ID NO 185)
MKA-ICG-9: GATGCGTTGCCCCTACGGG (SEQ ID NO 186)
MKA-ICG-10: CCCTACGGGTAGCGTGTTCTTTTG (SEQ ID NO 187)
MCH-ICG-1: GGTGTGGACTTTGACTTCTGAATAG (SEQ ID NO 29)
MCH-ICG-2: CGGCAAAACGTCGGACTGTCA (SEQ ID NO 30)
MCH-ICG-3: GGTGTGGTCCTTGACTTATGGATAG (SEQ ID NO 210)
MGO-ICG-5: CGTGAGGGGTCATCGTCTGTAG (SEQ ID NO 33)
MUL-ICG-1: GGTTTCGGGATGTTGTCCCACC (SEQ ID NO 175)
MGV-ICG-1: CGACTGAGGTCGACGTGGTGT (SEQ ID NO 176)
MGV-ICG-2: GGTGTTTGAGCATTGAATAGTGGTTGC (SEQ ID NO 177)
MGV-ICG-3: TCGGGCCGCGTGTTCGTCAAA (SEQ ID NO 211)
MXE-ICG-1: GTTGGGCAGCAGGCAGTAACC (SEQ ID NO 178)
MSI-ICG-1: CCGGCAACGGTTACGTGTTC (SEQ ID NO 179)
MFO-ICG-1: TCGTTGGATGGCCTCGCACCT (SEQ ID NO 180)
MFO-ICG-2: ACTTGGCGTGGGATGCGGGAA (SEQ ID NO 181)
MML-ICG-1: CGGATCGATTGAGTGCTTGTCCC (SEQ ID NO 188)
MML-ICG-2: TCTAAATGAACGCACTGCCGATGG (SEQ ID NO 189)
MCE-ICG-1: TGAGGGAGCCCGTGCCTGTA (SEQ ID NO 190)
MHP-ICG-1: CATGTTGGGCTTGATCGGGTGC (SEQ ID NO 191)
или с эквивалентами указанных зондов, и/или с любым зондом из SEQ ID NO 76-110 или 157-174, обеспечивающим специфическую гибридизацию указанного зонда с видом Mycobacterium.
MYC-ICG-1: ACTGGATAGTGGTTGCGAGCATCTA (SEQ ID NO 1)
MYC-ICG-22: CTTCTGAATAGTGGTTGCGAGCATCT (SEQ ID NO 2)
MTB-ICG-1: GGGTGCATGACAACAAAGTTGGCCA (SEQ ID NO 3)
MTB-ICG-2: GACTTGTTCCAGGTG1TGTCCCAC (SEQ ID NO 4)
MTB-ICG-3: CGGCTAGCGGTGGCGTGTTCT (SEQ ID NO 5)
MAI-ICG-1: CAACAGCAAATGATTGCCAGACACAC (SEQ ID NO 6)
MIL-ICG-11: GAGGGGTTCCCGTCTGTAGTG (SEQ ID NO 7)
MIL-ICG-22: TGAGGGGTTCTCGTCTGTAGTG (SEQ ID NO 8)
MAC-ICG-1: CACTCGGTCGATCCGTGTGGA (SEQ ID NO 9)
MAV-ICG-1: TCGGTCCGTCCGTGTGGAGTC (SEQ ID NO 10)
MAV-ICG-22: GTGGCCGGCGTTCATCGAAA (SEQ ID NO 11)
MIN-ICG-1: GCATAGTCCTTAGGGCTGATGCGTT (SEQ ID NO 12)
MIN-ICG-2: GCTGATGCGTTCGTCGAAATGTGTA (SEQ ID NO 13)
MIN-ICG-22: CTGATGCGTTCGTCGAAATGTGT (SEQ ID NO 14)
MIN-ICG-222: TGATGCGTTCGTCGAAATGTGT (SEQ ID NO 15)
MIN-ICG-2222: GGCTGATGCGTTCGTCGAAATGTGTAA (SEQ ID NO 16)
MAL-ICG-1: ACTAGATGAACGCGTAGTCCTTGT (SEQ ID NO 17)
MHEF-ICG-1: TGGACGAAAACCGGGTGCACAA (SEQ ID NO 18)
MAH-ICG-1: GTGTAATTTCTTTTTTAACTCTTGTGTGTAAGTAAGTG (SEQ ID NO 19)
MCO-ICG-11: TGGCCGGCGTGTTCATCGAAA (SEQ ID NO 20)
MTH-ICG-11: GCACTTCAATTGGTGAAGTGCGAGCC (SEQ ID NO 21)
MTH-ICG-2: GCGTGGTCTTCATGGCCGG (SEQ ID NO 22)
MEF-ICG-11: ACGCGTGGTCCTTCGTGG (SEQ ID NO 23)
MSC-ICG-1: TCGGCTCGTTCTGAGTGGTGTC (SEQ ID NO 24)
MKA-ICG-1: GATGCGTTTGCTACGGGTAGCGT (SEQ ID NO 25)
MKA-ICG-2: GATGCGTTGCCTACGGGTAGCGT (SEQ ID NO 26)
MKA-ICG-3: ATGCGTTGCCCTACGGGTAGCGT (SEQ ID NO 27)
MKA-ICG-4: CGGGCTCTGTTCGAGAGTTGTC (SEQ ID NO 28)
MKA-ICG-5: CCCTCAGGGATTTTCTGGGTGTTG (SEQ ID NO 182)
MKA-ICG-6: GGACTCGTCCAAGAGTGTTGTCC (SEQ ID NO 183)
MKA-ICG-7: TCGGGCTTGGCCAGAGCTGTT (SEQ ID NO 184)
MKA-ICG-8: GGGTGCGCAACAGCAAGCGA (SEQ ID NO 185)
MKA-ICG-9: GATGCGTTGCCCCTACGGG (SEQ ID NO 186)
MKA-ICG-10: CCCTACCCCTACCCTCTTCTTTTG (SEQ ID NO 187)
MCH-ICG-1: GGTGTGGACTTTGACTTCTGAATAG (SEQ ID NO 29)
MCH-ICG-2: CGGCAAAACGTCGGACTGTCA (SEQ ID NO 30)
MGO-ICG-1: AACACCCTCGGGTGCTGTCC (SEQ ID NO 31)
MGO-ICG-2: GTATGCGTTGTCGTTCGCGGC (SEQ ID NO 32)
MGO-ICG-5: CGTGAGGGGTCATCGTCTGTAG (SEQ ID NO 33)
MUL-ICG-1: GGTTTCGGGATGTTGTCCCACC (SEQ ID NO 175)
MGV-ICG-1: CGACTGAGGTCGACGTGGTGT (SEQ ID NO 176)
MGV-ICG-2: GGTGTTTGAGCATTGAATAGTGGTTGC (SEQ ID NO 177)
MXE-ICG-1: GTTGGGCAGCAGGCAGTAACC (SEQ ID NO 178)
MSI-ICG-1: CCGGCAACGGTTACGTGTTC (SEQ ID NO 179)
MFO-ICG-1: TCGTTGGATGGCCTCGCACCT (SEQ ID NO 180)
MFO-ICG-2: ACTTGGCGTGGGATGCGGGAA (SEQ ID NO 181)
MML-ICG-1: CGGATCGATTGAGTGCTTGTCCC (SEQ ID NO 188)
MML-ICG-2: TCTAAATGAACGCACTGCCGATGG (SEQ ID NO 189)
MCE-ICG-1: TGAGGGAGCCCGTGCCTGTA (SEQ ID NO 190)
MHP-ICG-1: CATGTTGGGC1TGATCGGGTGC (SEQ ID NO 191)
и более предпочтительно с по меньшей мере одним зондом из следующей более узкой группы спейсерных зондов:
MYC-ICG-1: ACTGGATAGTGGTTGCGAGCATCTA (SEQ ID NO 1)
MYC-ICG-22: CTTCTGAATAGTGGTTGCGAGCATCT (SEQ ID NO 2)
MTB-ICG-1: GGGTGCATGACAACAAAGTTGGCCA (SEQ ID NO 3)
MTB-ICG-2: GACTTGTTCCAGGTGTTGTCCCAC (SEQ ID NO 4)
MTB-ICG-3: CGGCTAGCGGTGGCGTGTTCT (SEQ ID NO 5)
MAI-ICG-1: CAACAGCAAATGATTGCCAGACACAC (SEQ ID NO 6)
MIL-ICG-11: GAGGGGTTCCCGTCTGTAGTG (SEQ ID NO 7)
MIL-ICG-22: TGAGGGGTTCTCGTCTGTAGTG (SEQ ID NO 8)
MAC-ICG-1: CACTCGGTCGATCCGTGTGGA (SEQ ID NO 9)
MAV-ICG-1: TCGGTCCGTCCGTGTGGAGTC (SEQ ID NO 10)
MAV-ICG-22: GTGGCCGGCGTTCATCGAAA (SEQ ID NO 11)
MIN-ICG-1: GCATAGTCCTTAGGGCTGATGCGTT (SEQ ID NO 12)
MAL-ICG-1: ACTAGATGAACGCGTAGTCCTTGT (SEQ ID NO 17)
MCO-ICG-11: TGGCCGGCGTGTTCATCGAAA (SEQ ID NO 20)
MTH-ICG-11: GCACTTCAATTGGTGAAGTGCGAGCC (SEQ ID NO 21)
MTH-ICG-2: GCGTGGTCTTCATGGCCGG (SEQ ID NO 22)
MEF-ICG-11: ACGCGTGGTCCTTCGTGG (SEQ ID NO 23)
MSC-ICG-1: TCGGCTCGTTCTGAGTGGTGTC (SEQ ID NO 24)
MKA-ICG-3: ATGCGTTGCCCTACGGGTAGCGT (SEQ ID NO 27)
MKA-ICG-4: CGGGCTCTGTTCGAGAGTTGTC (SEQ ID NO 28)
MKA-ICG-5: CCCTCAGGGATTTTCTGGGTGTTG (SEQ ID NO 182)
MKA-ICG-6: GGACTCGTCCAAGAGTGTTGTCC (SEQ ID NO 183)
MKA-ICG-7: TCGGGCTTGGCCAGAGCTGTT (SEQ ID NO 184)
MKA-ICG-8: GGGTGCGCAACAGCAAGCGA (SEQ ID NO 185)
MKA-ICG-9: GATGCGTTGCCCCTACGGG (SEQ ID NO 186)
MKA-ICG-10: CCCTACGGGTAGCGTGTTCTTTTG (SEQ ID NO 187)
MCH-ICG-1: GGTGTGGACTTTGACTTCTGAATAG (SEQ ID NO 29)
MCH-ICG-2: CGGCAAAACGTCGGACTGTCA (SEQ ID NO 30)
MCH-ICG-3: GGTGTGGTCCTTGACTTATGGATAG (SEQ ID NO 210)
MGO-ICG-5: CGTGAGGGGTCATCGTCTGTAG (SEQ ID NO 33)
MUL-ICG-1: GGTTTCGGGATGTTGTCCCACC (SEQ ID NO 175)
MGV-ICG-1: CGACTGAGGTCGACGTGGTGT (SEQ ID NO 176)
MGV-ICG-2: GGTGTTTGAGCATTGAATAGTGGTTGC (SEQ ID NO 177)
MGV-ICG-3: TCGGGCCGCGTGTTCGTCAAA (SEQ ID NO 211)
MXE-ICG-1: GTTGGGCAGCAGGCAGTAACC (SEQ ID NO 178)
MSI-ICG-1: CCGGCAACGGTTACGTGTTC (SEQ ID NO 179)
MFO-ICG-1: TCGTTGGATGGCCTCGCACCT (SEQ ID NO 180)
MFO-ICG-2: ACTTGGCGTGGGATGCGGGAA (SEQ ID NO 181)
MML-ICG-1: CGGATCGATTGAGTGCTTGTCCC (SEQ ID NO 188)
MML-ICG-2: TCTAAATGAACGCACTGCCGATGG (SEQ ID NO 189)
MCE-ICG-1: TGAGGGAGCCCGTGCCTGTA (SEQ ID NO 190)
MHP-ICG-1: CATGTTGGGCTTGATCGGGTGC (SEQ ID NO 191)
или с эквивалентами указанных зондов, и/или с любым зондом из SEQ ID NO 76-110 или 157-174, обеспечивающим специфическую гибридизацию указанного зонда с видом Mycobacterium.
8. Способ по п.7 для определения и идентификации в образце одного или нескольких комплексных штаммов Mycobacterium tuberculosis, при котором стадия (iii) включает гибридизацию по меньшей мере с одним из следующих зондов:
MTB-ICG-1: GGGTGCATGACAACAAAGTTGGCCA (SEQ ID NO 3)
MTB-ICG-2: GACTTGTTCCAGGTGTTGTCCCAC (SEQ ID NO 4)
MTB-ICG-3: CGGCTAGCGGTGGCGTGTTCT (SEQ ID NO 5)
или с эквивалентами вышеупомянутых зондов, и/или с любым зондом из SEQ ID NO 76, обеспечивающим специфическую гибридизацию указанного зонда с комплексом M.tuberculosis.
MTB-ICG-1: GGGTGCATGACAACAAAGTTGGCCA (SEQ ID NO 3)
MTB-ICG-2: GACTTGTTCCAGGTGTTGTCCCAC (SEQ ID NO 4)
MTB-ICG-3: CGGCTAGCGGTGGCGTGTTCT (SEQ ID NO 5)
или с эквивалентами вышеупомянутых зондов, и/или с любым зондом из SEQ ID NO 76, обеспечивающим специфическую гибридизацию указанного зонда с комплексом M.tuberculosis.
9. Способ по п. 7 для определения и идентификации одного или более штаммов Mycobacterium из MAIS-комплекса, при котором стадия (iii) включает гибридизацию по меньшей мере с одним из следующих зондов:
MAI-ICG-1: CAACAGCAAATGATTGCCAGACACAC (SEQ ID NO 6)
MIL-ICG-11: GAGGGGTTCCCGTCTGTAGTG (SEQ ID NO 7)
MIL-ICG-22: TGAGGGGTTCTCGTCTGTAGTG (SEQ ID NO 8)
MAC-ICG-1: CACTCGGTCGATCCGTGTGGA (SEQ ID NO 9)
MAV-ICG-1: TCGGTCCGTCCGTGTGGAGTC (SEQ ID NO 10)
MAV-ICG-22: GTGGCCGGCGTTCATCGAAA (SEQ ID NO 11)
MIN-ICG-1: GCATAGTCCTTAGGGCTGATGCGTT (SEQ ID NO 12)
MIN-ICG-2: GCTGATGCGTTCGTCGAAATGTGTA (SEQ ID NO 13)
MIN-ICG-22: CTGATGCGTTCGTCGAAATGTGT (SEQ ID NO 14)
MIN-ICG-222: TGATGCGTTCGTCGAAATGTGT (SEQ ID NO 15)
MIN-ICG-2222: GGCTGATGCGTTCGTCGAAATGTGTAA (SEQ ID NO 16)
MAL-ICG-1: ACTAGATGAACGCGTAGTCCTTGT (SEQ ID NO 17)
MHEF-ICG-1: TGGACGAAAACCGGGTGCACAA (SEQ ID NO 18)
MAH-ICG-1: GTGTAATTTCTTTTTTAACTCTTGTGTGTAAGTAAGTG (SEQ ID NO 19)
MCO-ICG-11: TGGCCGGCGTGTTCATCGAAA (SEQ ID NO 20)
MTH-ICG-11: GCACTTCAATTGGTGAAGTGCGAGCC (SEQ ID NO 21)
MTH-ICG-2: GCGTGGTCTTCATGGCCGG (SEQ ID NO 22)
MEF-ICG-11: ACGCGTGGTCCTTCGTGG (SEQ ID NO 23)
MSC-ICG-1: TCGGCTCGTTCTGAGTGGTGTC (SEQ ID NO 24)
или с эквивалентами указанных зондов, и/или с любым зондом из SEQ ID NO 77-100 или 108-110, обеспечивающим специфическую гибридизацию указанного зонда со штаммами MAIS-комплекса.
MAI-ICG-1: CAACAGCAAATGATTGCCAGACACAC (SEQ ID NO 6)
MIL-ICG-11: GAGGGGTTCCCGTCTGTAGTG (SEQ ID NO 7)
MIL-ICG-22: TGAGGGGTTCTCGTCTGTAGTG (SEQ ID NO 8)
MAC-ICG-1: CACTCGGTCGATCCGTGTGGA (SEQ ID NO 9)
MAV-ICG-1: TCGGTCCGTCCGTGTGGAGTC (SEQ ID NO 10)
MAV-ICG-22: GTGGCCGGCGTTCATCGAAA (SEQ ID NO 11)
MIN-ICG-1: GCATAGTCCTTAGGGCTGATGCGTT (SEQ ID NO 12)
MIN-ICG-2: GCTGATGCGTTCGTCGAAATGTGTA (SEQ ID NO 13)
MIN-ICG-22: CTGATGCGTTCGTCGAAATGTGT (SEQ ID NO 14)
MIN-ICG-222: TGATGCGTTCGTCGAAATGTGT (SEQ ID NO 15)
MIN-ICG-2222: GGCTGATGCGTTCGTCGAAATGTGTAA (SEQ ID NO 16)
MAL-ICG-1: ACTAGATGAACGCGTAGTCCTTGT (SEQ ID NO 17)
MHEF-ICG-1: TGGACGAAAACCGGGTGCACAA (SEQ ID NO 18)
MAH-ICG-1: GTGTAATTTCTTTTTTAACTCTTGTGTGTAAGTAAGTG (SEQ ID NO 19)
MCO-ICG-11: TGGCCGGCGTGTTCATCGAAA (SEQ ID NO 20)
MTH-ICG-11: GCACTTCAATTGGTGAAGTGCGAGCC (SEQ ID NO 21)
MTH-ICG-2: GCGTGGTCTTCATGGCCGG (SEQ ID NO 22)
MEF-ICG-11: ACGCGTGGTCCTTCGTGG (SEQ ID NO 23)
MSC-ICG-1: TCGGCTCGTTCTGAGTGGTGTC (SEQ ID NO 24)
или с эквивалентами указанных зондов, и/или с любым зондом из SEQ ID NO 77-100 или 108-110, обеспечивающим специфическую гибридизацию указанного зонда со штаммами MAIS-комплекса.
10. Способ по п.9 для определения и идентификации в образце одного или более штаммов M. avium и M. paratuberculosis, при котором стадия (iii) включает гибридизацию по меньшей мере с одним из следующих зондов:
MAV-ICG-1: TCGGTCCGTCCGTGTGGAGTC (SEQ ID NO 10)
MAV-ICG-22: GTGGCCGGCGTTCATCGAAA (SEQ ID NO 11)
или с эквивалентами указанных зондов, и/или с любым зондом из SEQ ID NO 77 и 78, обеспечивающим специфическую гибридизацию указанного зонда с M. avium и M. paratuberculosis.
MAV-ICG-1: TCGGTCCGTCCGTGTGGAGTC (SEQ ID NO 10)
MAV-ICG-22: GTGGCCGGCGTTCATCGAAA (SEQ ID NO 11)
или с эквивалентами указанных зондов, и/или с любым зондом из SEQ ID NO 77 и 78, обеспечивающим специфическую гибридизацию указанного зонда с M. avium и M. paratuberculosis.
11. Способ по п.9 для определения и идентификации в образце одного или более штаммов Mycobacterium intracellulare и MIC-штаммов, при котором стадия (iii) включает гибридизацию по меньшей мере с одним из следующих зондов:
MAI-ICG-1: CAACAGCAAATGATTGCCAGACACAC (SEQ ID NO 6)
MIL-ICG-11: GAGGGGTTCCCGTCTGTAGTG (SEQ ID NO 7)
MIL-ICG-22: TGAGGGGTTCTCGTCTGTAGTG (SEQ ID NO 8)
MAC-ICG-1: CACTCGGTCGATCCGTGTGGA (SEQ ID NO 9)
MIN-ICG-1: GCATAGTCCTTAGGGCTGATGCGTT (SEQ ID NO 12)
MIN-ICG-2: GCTGATGCGTTCGTCGAAATGTGTA (SEQ ID NO 13)
MIN-ICG-22: CTGATGCGTTCGTCGAAATGTGT (SEQ ID NO 14)
MIN-ICG-222: TGATGCGTTCGTCGAAATGTGT (SEQ ID NO 15)
MIN-ICG-2222: GGCTGATGCGTTCGTCGAAATGTGTAA (SEQ ID NO 16)
MAL-ICG-1: ACTAGATGAACGCGTAGTCCTTGT (SEQ ID NO 17)
MHEF-ICG-1: TGGACGAAAACCGGGTGCACAA (SEQ ID NO 18)
MAH-ICG-1: GTGTAATTTCTTTTTTAACTCTTGTGTGTAAGTAAGTG (SEQ ID NO 19)
MCO-ICG-11: TGGCCGGCGTGTTCATCGAAA (SEQ ID NO 20)
MTH-ICG-11: GCACTTCAATTGGTGAAGTGCGAGCC (SEQ ID NO 21)
MTH-ICG-2: GCGTGGTCTTCATGGCCGG (SEQ ID NO 22)
MEF-ICG-11: ACGCGTGGTCCTTCGTGG (SEQ ID NO 23)
или с эквивалентами указанных зондов, и/или с любым зондом из SEQ ID NO 79, 80, 81, 82, 83, 84, 85, 86, 87, 88, 89, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98 или 99, обеспечивающим специфическую гибридизацию указанного зонда со штаммами M. intracellulare и MTC-штаммами.
MAI-ICG-1: CAACAGCAAATGATTGCCAGACACAC (SEQ ID NO 6)
MIL-ICG-11: GAGGGGTTCCCGTCTGTAGTG (SEQ ID NO 7)
MIL-ICG-22: TGAGGGGTTCTCGTCTGTAGTG (SEQ ID NO 8)
MAC-ICG-1: CACTCGGTCGATCCGTGTGGA (SEQ ID NO 9)
MIN-ICG-1: GCATAGTCCTTAGGGCTGATGCGTT (SEQ ID NO 12)
MIN-ICG-2: GCTGATGCGTTCGTCGAAATGTGTA (SEQ ID NO 13)
MIN-ICG-22: CTGATGCGTTCGTCGAAATGTGT (SEQ ID NO 14)
MIN-ICG-222: TGATGCGTTCGTCGAAATGTGT (SEQ ID NO 15)
MIN-ICG-2222: GGCTGATGCGTTCGTCGAAATGTGTAA (SEQ ID NO 16)
MAL-ICG-1: ACTAGATGAACGCGTAGTCCTTGT (SEQ ID NO 17)
MHEF-ICG-1: TGGACGAAAACCGGGTGCACAA (SEQ ID NO 18)
MAH-ICG-1: GTGTAATTTCTTTTTTAACTCTTGTGTGTAAGTAAGTG (SEQ ID NO 19)
MCO-ICG-11: TGGCCGGCGTGTTCATCGAAA (SEQ ID NO 20)
MTH-ICG-11: GCACTTCAATTGGTGAAGTGCGAGCC (SEQ ID NO 21)
MTH-ICG-2: GCGTGGTCTTCATGGCCGG (SEQ ID NO 22)
MEF-ICG-11: ACGCGTGGTCCTTCGTGG (SEQ ID NO 23)
или с эквивалентами указанных зондов, и/или с любым зондом из SEQ ID NO 79, 80, 81, 82, 83, 84, 85, 86, 87, 88, 89, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98 или 99, обеспечивающим специфическую гибридизацию указанного зонда со штаммами M. intracellulare и MTC-штаммами.
12. Способ по п.9 для определения и идентификации в образце одного или более штаммов Mycobacterium intracellulare, при котором стадия (iii) включает гибридизацию со следующим зондом:
MIN-ICG-1: GCATAGTCCTTAGGGCTGATGCGTT (SEQ ID NO 12)
или с эквивалентами указанного зонда, и/или с любым зондом из SEQ ID NO 89, обеспечивающим специфическую гибридизацию указанного зонда с M. intracellulare.
MIN-ICG-1: GCATAGTCCTTAGGGCTGATGCGTT (SEQ ID NO 12)
или с эквивалентами указанного зонда, и/или с любым зондом из SEQ ID NO 89, обеспечивающим специфическую гибридизацию указанного зонда с M. intracellulare.
13. Способ по п.9 для определения и идентификации в образце одного или более штаммов Mycobacterium scrofulaceum, при котором стадия (iii) включает гибридизацию со следующим зондом:
MSC-ICG-1: TCGGCTCGTTCTGAGTGGTGTC (SEQ ID NO 24)
или с эквивалентами указанного зонда, и/или с любым зондом из SEQ ID NO 100, обеспечивающим специфическую гибридизацию указанного зонда со штаммами M. scrofulaceum.
MSC-ICG-1: TCGGCTCGTTCTGAGTGGTGTC (SEQ ID NO 24)
или с эквивалентами указанного зонда, и/или с любым зондом из SEQ ID NO 100, обеспечивающим специфическую гибридизацию указанного зонда со штаммами M. scrofulaceum.
14. Способ по п.7 для определения и идентификации в образце одного или более штаммов Mycobacterium kansasii, при котором стадия (iii) включает гибридизацию по меньшей мере с одним из следующих зондов:
MKA-ICG-1: GATGCGTTTGCTACGGGTAGCGT (SEQ ID NO 25)
MKA-ICG-2: GATGCGTTGCCTACGGGTAGCGT (SEQ ID NO 26)
MKA-ICG-3: ATGCGTTGCCCTACGGGTAGCGT (SEQ ID NO 27)
MKA-ICG-4: CGGGCTCTGTTCGAGAGTTGTC (SEQ ID NO 28)
MKA-ICG-5: CCCTCAGGGATTTTCTGGGTGTTG (SEQ ID NO 182)
MKA-ICG-6: GGACTCGTCCAAGAGTGTTGTCC (SEQ ID NO 183)
MKA-ICG-7: TCGGGCTTGGCCAGAGCTGTT (SEQ ID NO 184)
MKA-ICG-8: GGGTGCGCAACAGCAAGCGA (SEQ ID NO 185)
MKA-ICG-9: GATGCGTTGCCCCTACGGG (SEQ ID NO 186)
MKA-ICG-10: CCCTACGGGTAGCGTGTTCTTTTG (SEQ ID NO 187)
и более предпочтительно с:
MKA-ICG-3: ATGCGTTGCCCTACGGGTAGCGT (SEQ ID NO 27)
MKA-ICG-4: CGGGCTCTGTTCGAGAGTTGTC (SEQ ID NO 28)
MKA-ICG-5: CCCTCAGGGATTTTCTGGGTGTTG (SEQ ID NO 182)
MKA-ICG-6: GGACTCGTCCAAGAGTGTTGTCC (SEQ ID NO 183)
MKA-ICG-7: TCGGGCTTGGCCAGAGCTGTT (SEQ ID NO 184)
MKA-ICG-8: GGGTGCGCAACAGCAAGCGA (SEQ ID NO 185)
MKA-ICG-9: GATGCGTTGCCCCTACGGG (SEQ ID NO 186)
MKA-ICG-10: CCCTACGGGTAGCGTGTTCTTTTG (SEQ ID NO 187)
или с эквивалентами указанных зондов, и/или с любым зондом из SEQ ID NO 101, 167, 168 или 169, обеспечивающим специфическую гибридизацию указанного зонда со штаммами M. kansasii.
MKA-ICG-1: GATGCGTTTGCTACGGGTAGCGT (SEQ ID NO 25)
MKA-ICG-2: GATGCGTTGCCTACGGGTAGCGT (SEQ ID NO 26)
MKA-ICG-3: ATGCGTTGCCCTACGGGTAGCGT (SEQ ID NO 27)
MKA-ICG-4: CGGGCTCTGTTCGAGAGTTGTC (SEQ ID NO 28)
MKA-ICG-5: CCCTCAGGGATTTTCTGGGTGTTG (SEQ ID NO 182)
MKA-ICG-6: GGACTCGTCCAAGAGTGTTGTCC (SEQ ID NO 183)
MKA-ICG-7: TCGGGCTTGGCCAGAGCTGTT (SEQ ID NO 184)
MKA-ICG-8: GGGTGCGCAACAGCAAGCGA (SEQ ID NO 185)
MKA-ICG-9: GATGCGTTGCCCCTACGGG (SEQ ID NO 186)
MKA-ICG-10: CCCTACGGGTAGCGTGTTCTTTTG (SEQ ID NO 187)
и более предпочтительно с:
MKA-ICG-3: ATGCGTTGCCCTACGGGTAGCGT (SEQ ID NO 27)
MKA-ICG-4: CGGGCTCTGTTCGAGAGTTGTC (SEQ ID NO 28)
MKA-ICG-5: CCCTCAGGGATTTTCTGGGTGTTG (SEQ ID NO 182)
MKA-ICG-6: GGACTCGTCCAAGAGTGTTGTCC (SEQ ID NO 183)
MKA-ICG-7: TCGGGCTTGGCCAGAGCTGTT (SEQ ID NO 184)
MKA-ICG-8: GGGTGCGCAACAGCAAGCGA (SEQ ID NO 185)
MKA-ICG-9: GATGCGTTGCCCCTACGGG (SEQ ID NO 186)
MKA-ICG-10: CCCTACGGGTAGCGTGTTCTTTTG (SEQ ID NO 187)
или с эквивалентами указанных зондов, и/или с любым зондом из SEQ ID NO 101, 167, 168 или 169, обеспечивающим специфическую гибридизацию указанного зонда со штаммами M. kansasii.
15. Способ по п.7 для определения и идентификации в образце одного или более штаммов Mycobacterium chelonae, при котором стадия (iii) включает гибридизацию по меньшей мере с одним из следующих зондов:
MCH-ICG-1: GGTGTGGACTTTGACTTCTGAATAG (SEQ ID NO 29)
MCH-ICG-2: CGGCAAAACGTCGGACTGTCA (SEQ ID NO 30)
MCH-ICG-3: GGTGTGGTCCTTGACTTATGGATAG (SEQ ID NO 210)
или с эквивалентами вышеупомянутых зондов, и/или с любым зондом из SEQ ID NO 102, 103 или 174, обеспечивающим специфическую гибридизацию указанного зонда с M. chelonae.
MCH-ICG-1: GGTGTGGACTTTGACTTCTGAATAG (SEQ ID NO 29)
MCH-ICG-2: CGGCAAAACGTCGGACTGTCA (SEQ ID NO 30)
MCH-ICG-3: GGTGTGGTCCTTGACTTATGGATAG (SEQ ID NO 210)
или с эквивалентами вышеупомянутых зондов, и/или с любым зондом из SEQ ID NO 102, 103 или 174, обеспечивающим специфическую гибридизацию указанного зонда с M. chelonae.
16. Способ по п.7 для определения и идентификации в образце одного или более штаммов Mycobacterium gordonae, при котором стадия (iii) включает гибридизацию по меньшей мере с одним из следующих зондов:
MGO-ICG-1: AACACCCTCGGGTGCTGTCC (SEQ ID NO 31)
MGO-ICG-2: GTATGCGTTGTCGTTCGCGGC (SEQ ID NO 32)
MGO-ICG-5: CGTGAGGGGTCATCGTCTGTAG (SEQ ID NO 33)
и наиболее предпочтительно с:
MGO-ICG-5: CGTGAGGGGTCATCGTCTGTAG (SEQ ID NO 33)
или с эквивалентами указанных зондов, и/или с любым зондом из SEQ ID NO 104, 105 или 106, обеспечивающим специфическую гибридизацию указанного зонда с M. gordonae.
MGO-ICG-1: AACACCCTCGGGTGCTGTCC (SEQ ID NO 31)
MGO-ICG-2: GTATGCGTTGTCGTTCGCGGC (SEQ ID NO 32)
MGO-ICG-5: CGTGAGGGGTCATCGTCTGTAG (SEQ ID NO 33)
и наиболее предпочтительно с:
MGO-ICG-5: CGTGAGGGGTCATCGTCTGTAG (SEQ ID NO 33)
или с эквивалентами указанных зондов, и/или с любым зондом из SEQ ID NO 104, 105 или 106, обеспечивающим специфическую гибридизацию указанного зонда с M. gordonae.
17. Способ по п.7 для определения и идентификации в образце одного или более штаммов Mycobacterium ulcerans или M. marinum, при котором стадия (iii) включает гибридизацию со следующим зондом:
MUL-ICG-1: GGTTTCGGGATGTTGTCCCACC (SEQ ID NO 175)
или с эквивалентами указанного зонда, и/или с любым зондом из SEQ ID NO 157, обеспечивающим специфическую гибридизацию указанного зонда с M. ulcerans и M. marinum.
MUL-ICG-1: GGTTTCGGGATGTTGTCCCACC (SEQ ID NO 175)
или с эквивалентами указанного зонда, и/или с любым зондом из SEQ ID NO 157, обеспечивающим специфическую гибридизацию указанного зонда с M. ulcerans и M. marinum.
18. Способ по п.7 для определения и идентификации в образце
одного или более штаммов Mycobacterium genavense, при котором стадия (iii) включает гибридизацию по меньшей мере с одним из следующих зондов:
MGV-ICG-1: CGACTGAGGTCGACGTGGTGT (SEQ ID NO 176)
MGV-ICG-2: GGTGTTTGAGCATTGAATAGTGGTTGC (SEQ ID NO 177)
MGV-ICG-3: TCGGGCCGCGTGTTCGTCAAA (SEQ ID NO 211)
или с эквивалентами вышеупомянутых зондов, и/или с любым зондом из SEQ ID NO 158, 159, 160, 161 или 162, обеспечивающим специфическую гибридизацию указанного зонда с M. genavense.
MGV-ICG-1: CGACTGAGGTCGACGTGGTGT (SEQ ID NO 176)
MGV-ICG-2: GGTGTTTGAGCATTGAATAGTGGTTGC (SEQ ID NO 177)
MGV-ICG-3: TCGGGCCGCGTGTTCGTCAAA (SEQ ID NO 211)
или с эквивалентами вышеупомянутых зондов, и/или с любым зондом из SEQ ID NO 158, 159, 160, 161 или 162, обеспечивающим специфическую гибридизацию указанного зонда с M. genavense.
19. Способ по п.7 для определения и идентификации в образце одного или более штаммов Mycobacterium xenopi, при котором стадия (iii) включает гибридизацию со следующим зондом:
MXE-ICG-1: GTTGGGCAGCAGGCAGTAACC (SEQ ID NO 178)
или с эквивалентами указанного зонда, и/или с любым зондом из SEQ ID NO 163, обеспечивающим специфическую гибридизацию указанного зонда с M. xenopi.
MXE-ICG-1: GTTGGGCAGCAGGCAGTAACC (SEQ ID NO 178)
или с эквивалентами указанного зонда, и/или с любым зондом из SEQ ID NO 163, обеспечивающим специфическую гибридизацию указанного зонда с M. xenopi.
20. Способ по п.7 для определения и идентификации в образце одного или более штаммов Mycobacterium simiae, при котором стадия (iii) включает гибридизацию со следующим зондом:
MSI-ICG-1: CCGGCAACGGTTACGTGTTC (SEQ ID NO 179)
или с эквивалентами указанного зонда, и/или с любым зондом из SEQ ID NO 164 или 165, обеспечивающим специфическую гибридизацию указанного зонда с M. simiae.
MSI-ICG-1: CCGGCAACGGTTACGTGTTC (SEQ ID NO 179)
или с эквивалентами указанного зонда, и/или с любым зондом из SEQ ID NO 164 или 165, обеспечивающим специфическую гибридизацию указанного зонда с M. simiae.
21. Способ по п.7 для определения и идентификации в образце одного или более штаммов Mycobacterium fortuitum, при котором стадия (iii) включает гибридизацию по меньшей мере с одним из следующих зондов:
MFO-ICG-1: TCGTTGGATGGCCTCGCACCT (SEQ ID NO 180)
MFO-ICG-2: ACTTGGCGTGGGATGCGGGAA (SEQ ID NO 181)
или с эквивалентами указанных зондов, и/или с любым зондом из SEQ ID NO 166, обеспечивающим специфическую гибридизацию указанного зонда с M. fortuitum.
MFO-ICG-1: TCGTTGGATGGCCTCGCACCT (SEQ ID NO 180)
MFO-ICG-2: ACTTGGCGTGGGATGCGGGAA (SEQ ID NO 181)
или с эквивалентами указанных зондов, и/или с любым зондом из SEQ ID NO 166, обеспечивающим специфическую гибридизацию указанного зонда с M. fortuitum.
22. Способ по п.7 для определения и идентификации в образце одного или более штаммов Mycobacterium celatum, при котором стадия (iii) включает гибридизацию со следующим зондом:
MCE-ICG-1: TGAGGGAGCCCGTGCCTGTA (SEQ ID NO 190)
или с эквивалентами указанного зонда, и/или с любым зондом из SEQ ID NO 170, обеспечивающим специфическую гибридизацию указанного зонда с M. celatum.
MCE-ICG-1: TGAGGGAGCCCGTGCCTGTA (SEQ ID NO 190)
или с эквивалентами указанного зонда, и/или с любым зондом из SEQ ID NO 170, обеспечивающим специфическую гибридизацию указанного зонда с M. celatum.
23. Способ по п.7 для определения и идентификации в образце одного или более штаммов Mycobacterium haemophilum, отличающийся тем, что стадия (iii) включает гибридизацию со следующим зондом:
MHP-ICG-1: CATGTTGGGCTTGATCGGGTGC (SEQ ID NO 191)
или с эквивалентами указанного зонда, и/или с любым зондом из SEQ ID NO 171, 172 или 173, обеспечивающим специфическую гибридизацию указанного зонда с M. haemophilum.
MHP-ICG-1: CATGTTGGGCTTGATCGGGTGC (SEQ ID NO 191)
или с эквивалентами указанного зонда, и/или с любым зондом из SEQ ID NO 171, 172 или 173, обеспечивающим специфическую гибридизацию указанного зонда с M. haemophilum.
24. Способ по п.7 для определения и идентификации в образце одного или более штаммов Mycobacterium, при котором стадия (iii) включает гибридизацию по меньшей мере с одним из следующих зондов:
MYC-ICG-1: ACTGGATAGTGGTTGCGAGCATCTA (SEQ ID NO 1)
MYC-ICG-22: CTTCTGAATAGTGGTTGCGAGCATCT (SEQ ID NO 2)
или с эквивалентами указанных зондов.
MYC-ICG-1: ACTGGATAGTGGTTGCGAGCATCTA (SEQ ID NO 1)
MYC-ICG-22: CTTCTGAATAGTGGTTGCGAGCATCT (SEQ ID NO 2)
или с эквивалентами указанных зондов.
25. Способ по п.1 для определения и идентификации в образце одного или более штаммов Mycoplasma, при котором стадия (iii) включает гибридизацию по меньшей мере с одним из следующих зондов:
MPN-ICG-1: ATCGGTGGTAAATTAAACCCAAATCCCTGT (SEQ ID NO 49)
MPN-ICG-2: CAGTTCTGAAAGAACATTTCCGCTTCTTTC (SEQ ID NO 50)
MGE-ICG-1: CACCCATTAATTTTTTCGGTGTTAAAACCC (SEQ ID NO 51)
Mycoplasma-ICG: CAAAACTGAAAACGACAATCTTTCTAGTTCC (SEQ ID NO 52)
или с эквивалентами указанных зондов, и/или с любым зондом из SEQ ID NO 124 или 125, обеспечивающим специфическую гибридизацию указанного зонда с видом Mycoplasma.
MPN-ICG-1: ATCGGTGGTAAATTAAACCCAAATCCCTGT (SEQ ID NO 49)
MPN-ICG-2: CAGTTCTGAAAGAACATTTCCGCTTCTTTC (SEQ ID NO 50)
MGE-ICG-1: CACCCATTAATTTTTTCGGTGTTAAAACCC (SEQ ID NO 51)
Mycoplasma-ICG: CAAAACTGAAAACGACAATCTTTCTAGTTCC (SEQ ID NO 52)
или с эквивалентами указанных зондов, и/или с любым зондом из SEQ ID NO 124 или 125, обеспечивающим специфическую гибридизацию указанного зонда с видом Mycoplasma.
26. Способ по п.25 для определения и идентификации в образце одного или более штаммов Mycoplasma pneumoniae, при котором стадия (iii) включает гибридизацию по меньшей мере с одним из следующих зондов:
MPN-ICG-1: ATCGGTGGTAAATTAAACCCAAATCCCTGT (SEQ ID NO 49)
MPN-ICG-2: CAGTTCTGAAAGAACATTTCCGCTTCTTTC (SEQ ID NO 50)
или с эквивалентами указанных зондов, и/или с любым зондом из SEQ ID NO 125, обеспечивающим специфическую гибридизацию указанного зонда с видом Mycoplasma pneumoniae.
MPN-ICG-1: ATCGGTGGTAAATTAAACCCAAATCCCTGT (SEQ ID NO 49)
MPN-ICG-2: CAGTTCTGAAAGAACATTTCCGCTTCTTTC (SEQ ID NO 50)
или с эквивалентами указанных зондов, и/или с любым зондом из SEQ ID NO 125, обеспечивающим специфическую гибридизацию указанного зонда с видом Mycoplasma pneumoniae.
27. Способ по п.25 для определения и идентификации в образце одного или более штаммов Mycoplasma genitalium, при котором стадия (iii) включает гибридизацию со следующим зондом:
MGE-ICG-1: CACCCATTAATTTTTTCGGTGTTAAAACCC (SEQ ID NO 51)
или с эквивалентами указанного зонда, и/или с любым зондом из SEQ ID NO 124, обеспечивающим специфическую гибридизацию указанного зонда с видом Mycoplasma genitalium.
MGE-ICG-1: CACCCATTAATTTTTTCGGTGTTAAAACCC (SEQ ID NO 51)
или с эквивалентами указанного зонда, и/или с любым зондом из SEQ ID NO 124, обеспечивающим специфическую гибридизацию указанного зонда с видом Mycoplasma genitalium.
28. Способ по п.1 для определения и идентификации в образце одного или более штаммов Pseudomonas, при котором стадия (iii) включает гибридизацию по меньшей мере с одним из следующих зондов:
PA-ICG-1: TGGTGTGCTGCGTGATCCGAT (SEQ ID NO 34)
PA-ICG-2: TGAATGTTCGTGGATGAACATTGATT (SEQ ID NO 35)
PA-ICG-3: CACTGGTGATCATTCAAGTCAAG (SEQ ID NO 36)
PA-ICG-4: TGAATGTTCGT(G/A)(G/A)ATGAACATTGATTTCTGGTC (SEQ ID NO 37)
PA-ICG-5: CTCTTTCACTGGTGATCATTCAAGTCAAG (SEQ ID NO 38)
или с эквивалентами указанных зондов, и/или с любым зондом из SEQ ID NO 111, 112, 113, 114 или 115, обеспечивающим специфическую гибридизацию указанного зонда со штаммами Pseudomonas.
PA-ICG-1: TGGTGTGCTGCGTGATCCGAT (SEQ ID NO 34)
PA-ICG-2: TGAATGTTCGTGGATGAACATTGATT (SEQ ID NO 35)
PA-ICG-3: CACTGGTGATCATTCAAGTCAAG (SEQ ID NO 36)
PA-ICG-4: TGAATGTTCGT(G/A)(G/A)ATGAACATTGATTTCTGGTC (SEQ ID NO 37)
PA-ICG-5: CTCTTTCACTGGTGATCATTCAAGTCAAG (SEQ ID NO 38)
или с эквивалентами указанных зондов, и/или с любым зондом из SEQ ID NO 111, 112, 113, 114 или 115, обеспечивающим специфическую гибридизацию указанного зонда со штаммами Pseudomonas.
29. Способ по п.28 для определения и идентификации в образце одного или более штаммов Pseudomonas aeruginosa, при котором стадия (iii) включает гибридизацию по меньшей мере с одним из следующих зондов:
PA-ICG-1: TGGTGTGCTGCGTGATCCGAT (SEQ ID NO 34)
PA-ICG-2: TGAATGTTCGTGGATGAACATTGATT (SEQ ID NO 35)
PA-ICG-3: CACTGGTGATCATTCAAGTCAAG (SEQ ID NO 36)
PA-ICG-4: TGAATGTTCGT(G/A)(G/A)ATGAACATTGATTTCTGGTC (SEQ ID NO 37)
PA-ICG-5: CTCTTTCACTGGTGATCATTCAAGTCAAG (SEQ ID NO 38)
и наиболее предпочтительно по меньшей мере с одним из следующих зондов:
PA-ICG-1: TGGTGTGCTGCGTGATCCGAT (SEQ ID NO 34)
PA-ICG-4: TGAATGTTCGT(G/A)(G/A)ATGAACATTGATTTCTGGTC (SEQ ID NO 37)
PA-ICG-5: CTCTTTCACTGGTGATCATTCAAGTCAAG (SEQ ID NO 38)
или с эквивалентами указанных зондов, и/или с любым зондом из SEQ ID NO 111, обеспечивающим специфическую гибридизацию указанного зонда с Pseudomonas aeruginosa.
PA-ICG-1: TGGTGTGCTGCGTGATCCGAT (SEQ ID NO 34)
PA-ICG-2: TGAATGTTCGTGGATGAACATTGATT (SEQ ID NO 35)
PA-ICG-3: CACTGGTGATCATTCAAGTCAAG (SEQ ID NO 36)
PA-ICG-4: TGAATGTTCGT(G/A)(G/A)ATGAACATTGATTTCTGGTC (SEQ ID NO 37)
PA-ICG-5: CTCTTTCACTGGTGATCATTCAAGTCAAG (SEQ ID NO 38)
и наиболее предпочтительно по меньшей мере с одним из следующих зондов:
PA-ICG-1: TGGTGTGCTGCGTGATCCGAT (SEQ ID NO 34)
PA-ICG-4: TGAATGTTCGT(G/A)(G/A)ATGAACATTGATTTCTGGTC (SEQ ID NO 37)
PA-ICG-5: CTCTTTCACTGGTGATCATTCAAGTCAAG (SEQ ID NO 38)
или с эквивалентами указанных зондов, и/или с любым зондом из SEQ ID NO 111, обеспечивающим специфическую гибридизацию указанного зонда с Pseudomonas aeruginosa.
30. Способ по п.1 для определения и идентификации в образце одного или более видов Staphylococcus, при котором стадия (iii) включает гибридизацию по меньшей мере с одним из следующих зондов:
STAU-ICG-1: TACCAAGCAAAACCGAGTGAATAAAGAGTT (SEQ ID NO 53)
STAU-ICG-2: CAGAAGATGCGGAATAACGTGAC (SEQ ID NO 54)
STAU-ICG-3: AACGAAGCCGTATGTGAGCATTTGAC (SEQ ID NO 55)
STAU-ICG-4: GAACGTAACTTCATGTTAACGTTTGACTTAT (SEQ ID NO 56)
или с эквивалентами указанных зондов, и/или с любым зондом из SEQ ID NO 139, 140, 141, 142, 143 или 144, обеспечивающим специфическую гибридизацию указанного зонда с видом Staphylococcus.
STAU-ICG-1: TACCAAGCAAAACCGAGTGAATAAAGAGTT (SEQ ID NO 53)
STAU-ICG-2: CAGAAGATGCGGAATAACGTGAC (SEQ ID NO 54)
STAU-ICG-3: AACGAAGCCGTATGTGAGCATTTGAC (SEQ ID NO 55)
STAU-ICG-4: GAACGTAACTTCATGTTAACGTTTGACTTAT (SEQ ID NO 56)
или с эквивалентами указанных зондов, и/или с любым зондом из SEQ ID NO 139, 140, 141, 142, 143 или 144, обеспечивающим специфическую гибридизацию указанного зонда с видом Staphylococcus.
31. Способ по п.30 для определения и идентификации в образце одного или более штаммов Staphylococcus aureus, при котором стадия (iii) включает гибридизацию по меньшей мере с одним, а предпочтительно с обоими из следующих зондов:
STAU-ICG-3: AACGAAGCCGTATGTGAGCATTTGAC (SEQ ID NO 55)
STAU-ICG-4: GAACGTAACTTCATGTTAACGTTTGACTTAT (SEQ ID NO 56)
или с эквивалентами указанных зондов, и/или с любым зондом из SEQ ID NO 139, 140, 141, 142 или 143, обеспечивающим специфическую гибридизацию указанного зонда с Staphylococcus aureus.
STAU-ICG-3: AACGAAGCCGTATGTGAGCATTTGAC (SEQ ID NO 55)
STAU-ICG-4: GAACGTAACTTCATGTTAACGTTTGACTTAT (SEQ ID NO 56)
или с эквивалентами указанных зондов, и/или с любым зондом из SEQ ID NO 139, 140, 141, 142 или 143, обеспечивающим специфическую гибридизацию указанного зонда с Staphylococcus aureus.
32. Способ по п.30 для определения и идентификации в образце одного или более штаммов Staphylococcus epidermidis, отличающийся тем, что стадия (iii) включает гибридизацию с любым зондом из SEQ ID NO 44, обеспечивающим специфическую гибридизацию с Staphylococcus epidermidis.
33. Способ по п.1 для определения и идентификации в образце одного или более штаммов Acinetobacter, при котором стадия (iii) включает гибридизацию по меньшей мере с одним из следующих зондов:
ACI-ICG-1: GCTTAAGTGCACAGTGCTCTAAACTGA (SEQ ID NO 57)
ACI-ICG-2: CACGGTAATTAGTGTGATCTGACGAAG (SEQ ID NO 58)
или с эквивалентами указанных зондов, и/или с любым зондом из SEQ ID NO 126, 127, 128, 129 или 130, обеспечивающим специфическую гибридизацию указанного зонда с видом Acinetobacter.
ACI-ICG-1: GCTTAAGTGCACAGTGCTCTAAACTGA (SEQ ID NO 57)
ACI-ICG-2: CACGGTAATTAGTGTGATCTGACGAAG (SEQ ID NO 58)
или с эквивалентами указанных зондов, и/или с любым зондом из SEQ ID NO 126, 127, 128, 129 или 130, обеспечивающим специфическую гибридизацию указанного зонда с видом Acinetobacter.
34. Способ по п.33 для определения и идентификации в образце одного или более штаммов Acinetobacter baumanii, при котором стадия (iii) включает гибридизацию по меньшей мере с одним из следующих зондов:
ACI-ICG-1: GCTTAAGTGCACAGTGCTCTAAACTGA (SEQ ID NO 57)
ACI-ICG-2: CACGGTAATTAGTGTGATCTGACGAAG (SEQ ID NO 58)
или с эквивалентами указанных зондов, и/или с любым зондом из SEQ ID NO 126, обеспечивающим специфическую гибридизацию указанного зонда с Acinetobacter baumanii.
ACI-ICG-1: GCTTAAGTGCACAGTGCTCTAAACTGA (SEQ ID NO 57)
ACI-ICG-2: CACGGTAATTAGTGTGATCTGACGAAG (SEQ ID NO 58)
или с эквивалентами указанных зондов, и/или с любым зондом из SEQ ID NO 126, обеспечивающим специфическую гибридизацию указанного зонда с Acinetobacter baumanii.
35. Способ по п.1 для определения и идентификации в образце одного или более штаммов Listeria, при котором стадия (iii) включает гибридизацию по меньшей мере с одним из следующих зондов:
LIS-ICG-1: CAAGTAACCGAGAATCATCTGAAAGTGAATC (SEQ ID NO 39)
LMO-ICG-1: AAACAACCTTTACTTCGTAGAAGTAAATTGGTTAAG (SEQ ID NO 40)
LMO-ICG-2: TGAGAGGTTAGTACTTCTCAGTATGTTTGTTC (SEQ ID NO 41)
LMO-ICG-3: AGGCACTATGCTTGAAGCATCGC (SEQ ID NO 42)
LIV-ICG-1: GTTAGCATAAATAGGTAACTATTTATGACACAAGTAAC (SEQ ID NO 43)
LSE-ICG-1: AGTTAGCATAAGTAGTGTAACTATTTATGACACAAG (SEQ ID NO )
LISP-ICG-1: CGTTTTCATAAGCGATCGCACGTT (SEQ ID NO 212)
и наиболее предпочтительно по меньшей мере с одним из следующих зондов:
LIS-ICG-1: CAAGTAACCGAGAATCATCTGAAAGTGAATC (SEQ ID NO 39)
LMO-ICG-3: AGGCACTATGCTTGAAGCATCGC (SEQ ID NO 42)
LISP-ICG-1: CGTTTTCATAAGCGATCGCACGTT (SEQ ID NO 212)
или с эквивалентами указанных зондов, и/или с любым зондом из SEQ ID NO 116, 118, 119, 120, 121, 213, 214 или 215, обеспечивающим специфическую гибридизацию указанного зонда с видом Listeria.
LIS-ICG-1: CAAGTAACCGAGAATCATCTGAAAGTGAATC (SEQ ID NO 39)
LMO-ICG-1: AAACAACCTTTACTTCGTAGAAGTAAATTGGTTAAG (SEQ ID NO 40)
LMO-ICG-2: TGAGAGGTTAGTACTTCTCAGTATGTTTGTTC (SEQ ID NO 41)
LMO-ICG-3: AGGCACTATGCTTGAAGCATCGC (SEQ ID NO 42)
LIV-ICG-1: GTTAGCATAAATAGGTAACTATTTATGACACAAGTAAC (SEQ ID NO 43)
LSE-ICG-1: AGTTAGCATAAGTAGTGTAACTATTTATGACACAAG (SEQ ID NO )
LISP-ICG-1: CGTTTTCATAAGCGATCGCACGTT (SEQ ID NO 212)
и наиболее предпочтительно по меньшей мере с одним из следующих зондов:
LIS-ICG-1: CAAGTAACCGAGAATCATCTGAAAGTGAATC (SEQ ID NO 39)
LMO-ICG-3: AGGCACTATGCTTGAAGCATCGC (SEQ ID NO 42)
LISP-ICG-1: CGTTTTCATAAGCGATCGCACGTT (SEQ ID NO 212)
или с эквивалентами указанных зондов, и/или с любым зондом из SEQ ID NO 116, 118, 119, 120, 121, 213, 214 или 215, обеспечивающим специфическую гибридизацию указанного зонда с видом Listeria.
36. Способ по п.35 для определения и идентификации в образце одного или более штаммов Listeria monocytogenes, при котором стадия (iii) включает гибридизацию по меньшей мере с одним из следующих зондов:
LMO-ICG-1: AAACAACCTTTACTTCGTAGAAGTAAATTGGTTAAG (SEQ ID NO 40)
LMO-ICG-2: TGAGAGGTTAGTACTTCTCAGTATGTTTGTTC (SEQ ID NO 41)
LMO-ICG-3: AGGCACTATGCTTGAAGCATCGC (SEQ ID NO 42)
и наиболее предпочтительно со следующим зондом:
LMO-ICG-3: AGGCACTATGCTTGAAGCATCGC (SEQ ID NO 42)
или с эквивалентами указанных зондов, и/или с любым зондом из SEQ ID NO 118 или 120, обеспечивающим специфическую гибридизацию указанного зонда с Listeria monocytogenes.
LMO-ICG-1: AAACAACCTTTACTTCGTAGAAGTAAATTGGTTAAG (SEQ ID NO 40)
LMO-ICG-2: TGAGAGGTTAGTACTTCTCAGTATGTTTGTTC (SEQ ID NO 41)
LMO-ICG-3: AGGCACTATGCTTGAAGCATCGC (SEQ ID NO 42)
и наиболее предпочтительно со следующим зондом:
LMO-ICG-3: AGGCACTATGCTTGAAGCATCGC (SEQ ID NO 42)
или с эквивалентами указанных зондов, и/или с любым зондом из SEQ ID NO 118 или 120, обеспечивающим специфическую гибридизацию указанного зонда с Listeria monocytogenes.
37. Способ по п.1 для определения и идентификации в образце одного или более штаммов Brucella, при котором стадия (iii) включает гибридизацию по меньшей мере с одним из следующих зондов:
BRU-ICG-1: CGTGCCGCCTTCGTTTCTCTTT (SEQ ID NO 59)
BRU-ICG-2: TTCGCTTCGGGGTGGATCTGTG (SEQ ID NO 60)
BRU-ICG-3: GCGTAGTAGCGTTTGCGTCGG (SEQ ID NO 193)
BRU-ICG-4: CGCAAGAAGCTTGCTCAAGCC (SEQ ID NO 194)
и наиболее предпочтительно со следующим зондом:
BRU-ICG-2: TTCGCTTCGGGGTGGATCTGTG (SEQ ID NO 60)
BRU-ICG-3: GCGTAGTAGCGTTTGCGTCGG (SEQ ID NO 193)
BRU-ICG-4: CGCAAGAAGCTTGCTCAAGCC (SEQ ID NO 194)
или с эквивалентами указанных зондов, и/или с любым зондом из SEQ ID NO 131, 132 или 154, обеспечивающим специфическую гибридизацию указанного зонда со штаммами Brucella.
BRU-ICG-1: CGTGCCGCCTTCGTTTCTCTTT (SEQ ID NO 59)
BRU-ICG-2: TTCGCTTCGGGGTGGATCTGTG (SEQ ID NO 60)
BRU-ICG-3: GCGTAGTAGCGTTTGCGTCGG (SEQ ID NO 193)
BRU-ICG-4: CGCAAGAAGCTTGCTCAAGCC (SEQ ID NO 194)
и наиболее предпочтительно со следующим зондом:
BRU-ICG-2: TTCGCTTCGGGGTGGATCTGTG (SEQ ID NO 60)
BRU-ICG-3: GCGTAGTAGCGTTTGCGTCGG (SEQ ID NO 193)
BRU-ICG-4: CGCAAGAAGCTTGCTCAAGCC (SEQ ID NO 194)
или с эквивалентами указанных зондов, и/или с любым зондом из SEQ ID NO 131, 132 или 154, обеспечивающим специфическую гибридизацию указанного зонда со штаммами Brucella.
38. Способ по п.1 для определения и идентификации в образце одного или более штаммов Salmonella, при котором стадия (iii) включает гибридизацию по меньшей мере с одним из следующих зондов:
SALM-ICG-1: CAAAACTGACTTACGAGTCACGTTTGAG (SEQ ID NO 61)
SALM-ICG-2: GATGTATGCTTCGTTATTCCACGCC (SEQ ID NO 62)
STY-ICG-1: GGTCAAACCTCCAGGGACGCC (SEQ ID NO 63)
SED-ICG-1: GCGGTAATGTGTGAAAGCGTTGCC (SEQ ID NO 64)
и наиболее предпочтительно со следующим зондом:
SALM-ICG-1: CAAAACTGACTTACGAGTCACGTTTGAG (SEQ ID NO 61)
или с эквивалентами указанных зондов, и/или с любым зондом из SEQ ID NO 133, 134, 135, 136, 137 или 138, обеспечивающим специфическую гибридизацию указанного зонда со штаммами Salmonella.
SALM-ICG-1: CAAAACTGACTTACGAGTCACGTTTGAG (SEQ ID NO 61)
SALM-ICG-2: GATGTATGCTTCGTTATTCCACGCC (SEQ ID NO 62)
STY-ICG-1: GGTCAAACCTCCAGGGACGCC (SEQ ID NO 63)
SED-ICG-1: GCGGTAATGTGTGAAAGCGTTGCC (SEQ ID NO 64)
и наиболее предпочтительно со следующим зондом:
SALM-ICG-1: CAAAACTGACTTACGAGTCACGTTTGAG (SEQ ID NO 61)
или с эквивалентами указанных зондов, и/или с любым зондом из SEQ ID NO 133, 134, 135, 136, 137 или 138, обеспечивающим специфическую гибридизацию указанного зонда со штаммами Salmonella.
39. Способ по п.1 для определения и идентификации в образце одного или более штаммов Chlamydia, при котором стадия (iii) включает гибридизацию по меньшей мере с одним из следующих зондов:
CHTR-ICG-1: GGAAGAAGCCTGAGAAGGTTTCTGAC (SEQ ID NO 45)
CHTR-ICG-2: GCATTTATATGTAAGAGCAAGCATTCTATTTCA (SEQ ID NO 46)
CHTR-ICG-3: GAGTAGCGTGGTGAGGACGAGA (SEQ ID NO 47)
CHTR-ICG-4: GAGTAGCGCGGTGAGGACGAGA (SEQ ID NO 201)
CHPS-ICG-1: GGATAACTGTCTTAGGACGGTTTGAC (SEQ ID NO 48)
или с эквивалентами указанных зондов, и/или с любым зондом из SEQ ID NO 122, 123 или 197, обеспечивающим специфическую гибридизацию указанного зонда со штаммами Chlamydia.
CHTR-ICG-1: GGAAGAAGCCTGAGAAGGTTTCTGAC (SEQ ID NO 45)
CHTR-ICG-2: GCATTTATATGTAAGAGCAAGCATTCTATTTCA (SEQ ID NO 46)
CHTR-ICG-3: GAGTAGCGTGGTGAGGACGAGA (SEQ ID NO 47)
CHTR-ICG-4: GAGTAGCGCGGTGAGGACGAGA (SEQ ID NO 201)
CHPS-ICG-1: GGATAACTGTCTTAGGACGGTTTGAC (SEQ ID NO 48)
или с эквивалентами указанных зондов, и/или с любым зондом из SEQ ID NO 122, 123 или 197, обеспечивающим специфическую гибридизацию указанного зонда со штаммами Chlamydia.
40. Способ по п.39 для определения и идентификации в образце одного или более штаммов Chlamydia trachomatis, при котором стадия (iii) включает гибридизацию по меньшей мере с одним из следующих зондов:
CHTR-ICG-1: GGAAGAAGCCTGAGAAGGTTTCTGAC (SEQ ID NO 45)
CHTR-ICG-2: GCATTTATATGTAAGAGCAAGCATTCTATTTCA (SEQ ID NO 46)
CHTR-ICG-3: GAGTAGCGTGGTGAGGACGAGA (SEQ ID NO 47)
CHTR-ICG-4: GAGTAGCGCGGTGAGGACGAGA (SEQ ID NO 201)
или с эквивалентами указанных зондов, и/или с любым зондом из SEQ ID NO 123 или 197, обеспечивающим специфическую гибридизацию указанного зонда с Chlamydia trachomatis.
CHTR-ICG-1: GGAAGAAGCCTGAGAAGGTTTCTGAC (SEQ ID NO 45)
CHTR-ICG-2: GCATTTATATGTAAGAGCAAGCATTCTATTTCA (SEQ ID NO 46)
CHTR-ICG-3: GAGTAGCGTGGTGAGGACGAGA (SEQ ID NO 47)
CHTR-ICG-4: GAGTAGCGCGGTGAGGACGAGA (SEQ ID NO 201)
или с эквивалентами указанных зондов, и/или с любым зондом из SEQ ID NO 123 или 197, обеспечивающим специфическую гибридизацию указанного зонда с Chlamydia trachomatis.
41. Способ по п.39 для определения и идентификации в образце одного или более штаммов Chlamydia psittaci, при котором стадия (iii) включает гибридизацию по меньшей мере со следующим зондом:
CHPS-ICG-1: GGATAACTGTCTTAGGACGGTTTGAC (SEQ ID NO 48)
или с эквивалентами указанного зонда, и/или с любым зондом из SEQ ID NO 122, обеспечивающим специфическую гибридизацию указанного зонда со штаммами Chlamydia psittaci.
CHPS-ICG-1: GGATAACTGTCTTAGGACGGTTTGAC (SEQ ID NO 48)
или с эквивалентами указанного зонда, и/или с любым зондом из SEQ ID NO 122, обеспечивающим специфическую гибридизацию указанного зонда со штаммами Chlamydia psittaci.
42. Способ по п.1 для определения и идентификации в образце одного или более штаммов Streptococcus, при котором стадия (iii) включает гибридизацию с любым зондом из SEQ ID NO 145, 146, 147, 148, 149, 150, 151, 152 или 153, обеспечивающим специфическую гибридизацию указанного зонда со штаммами Streptococcus.
43. Способ по п.1 для специфического определения и идентификации в образце Chlamydia trachomatis, при котором стадия (ii) включает амплификацию спейсерной области 16S23S рРНК или ее части с использованием по меньшей мере одного из следующих праймеров:
CHTR-P1: AAGGTTTCTGACTAGGTTGGGC (SEQ ID NO 69)
CHTR-P2: GGTGAAGTGCTTGCATGGATCT (SEQ ID NO 70)
или эквивалентов данных праймеров, при этом указанные эквиваленты, отличающиеся по последовательности от упомянутых выше праймеров заменой одного или более нуклеотидов, по-прежнему сохраняют способность специфически амплифицировать спейсерную область Chlamydia trachomatis или ее часть.
CHTR-P1: AAGGTTTCTGACTAGGTTGGGC (SEQ ID NO 69)
CHTR-P2: GGTGAAGTGCTTGCATGGATCT (SEQ ID NO 70)
или эквивалентов данных праймеров, при этом указанные эквиваленты, отличающиеся по последовательности от упомянутых выше праймеров заменой одного или более нуклеотидов, по-прежнему сохраняют способность специфически амплифицировать спейсерную область Chlamydia trachomatis или ее часть.
44. Способ по п.1 для специфического определения и идентификации в образце вида Listeria, при котором стадия (ii) включает амплификацию спейсерной области 16S-23S рРНК или ее части с использованием по меньшей мере одного из следующих праймеров:
LIS-P1: ACCTGTGAGTTTTCGTTCTTCTC (SEQ ID NO 71)
LIS-P2: CTATTTGTTCAGTTTTGAGAGGTT (SEQ ID NO 72)
LIS-P3: ATTTTCCGTATCAGCGATGATAC (SEQ ID NO 73)
LIS-P4: ACGAAGTAAAGGTTGTTTTTCT (SEQ ID NO 74)
LIS-P5: GAGAGGTTACTCTCTTTTATGTCAG (SEQ ID NO 75)
LIS-P6: CTTTTATGTCAGATAAAGTATGCAA (SEQ ID NO 202)
LIS-P7: CGTAAAAGGGTATGATTATTTG (SEQ ID NO 203)
или эквивалентов данных праймеров, при этом указанные эквиваленты, отличающиеся по последовательности от упомянутых выше праймеров заменой одного или более нуклеотидов, по-прежнему сохраняют способность специфически амплифицировать спейсерную область вида Listeria или ее часть.
LIS-P1: ACCTGTGAGTTTTCGTTCTTCTC (SEQ ID NO 71)
LIS-P2: CTATTTGTTCAGTTTTGAGAGGTT (SEQ ID NO 72)
LIS-P3: ATTTTCCGTATCAGCGATGATAC (SEQ ID NO 73)
LIS-P4: ACGAAGTAAAGGTTGTTTTTCT (SEQ ID NO 74)
LIS-P5: GAGAGGTTACTCTCTTTTATGTCAG (SEQ ID NO 75)
LIS-P6: CTTTTATGTCAGATAAAGTATGCAA (SEQ ID NO 202)
LIS-P7: CGTAAAAGGGTATGATTATTTG (SEQ ID NO 203)
или эквивалентов данных праймеров, при этом указанные эквиваленты, отличающиеся по последовательности от упомянутых выше праймеров заменой одного или более нуклеотидов, по-прежнему сохраняют способность специфически амплифицировать спейсерную область вида Listeria или ее часть.
45. Способ по п.1 для специфического определения и идентификации в образце вида Mycobacterium, при котором стадия (ii) включает амплификацию спейсерной области 16S-23S рРНК или ее части с использованием по меньшей мере одного из следующих праймеров:
MYC-P1: TCCCTTGTGGCCTGTGTG (SEQ ID NO 65)
MYC-P2: TCCTTCATCGGCTCTCGA (SEQ ID NO 66)
MYC-P3: GATGCCAAGGCATCCACC (SEQ ID NO 67)
MYC-P4: CCTCCCACGTCCTTCATCG (SEQ ID NO 68)
MYC-P5: CCTGGGTTTGACATGCACAG (SEQ ID NO 192)
или эквивалентов данных праймеров, при этом указанные эквиваленты, отличающиеся по последовательности от упомянутых выше праймеров заменой одного или более нуклеотидов, по-прежнему сохраняют способность специфически амплифицировать спейсерную область вида Mycobacterium или ее часть.
MYC-P1: TCCCTTGTGGCCTGTGTG (SEQ ID NO 65)
MYC-P2: TCCTTCATCGGCTCTCGA (SEQ ID NO 66)
MYC-P3: GATGCCAAGGCATCCACC (SEQ ID NO 67)
MYC-P4: CCTCCCACGTCCTTCATCG (SEQ ID NO 68)
MYC-P5: CCTGGGTTTGACATGCACAG (SEQ ID NO 192)
или эквивалентов данных праймеров, при этом указанные эквиваленты, отличающиеся по последовательности от упомянутых выше праймеров заменой одного или более нуклеотидов, по-прежнему сохраняют способность специфически амплифицировать спейсерную область вида Mycobacterium или ее часть.
46. Состав, включающий по меньшей мере один из зондов или праймеров, определенных в пп.1-45 и 51-53.
47. Зонд, определенный в любом из пп.1-42 и 51.
48. Праймер, определенный в любом из пп.43-45 и 52 и 53.
49. Способ обратной гибридизации, включающий любой из зондов, определенных в пп.1-42 и 51, в котором указанные зонды иммобилизуются в известных позициях на твердой подложке, более предпочтительно на мембранной полоске.
50. Набор для определения и идентификации по меньшей мере одного микроорганизма или одновременного определения и идентификации различных микроорганизмов в образце, включающий следующие компоненты:
(i) при необходимости по меньшей мере одну подходящую пару праймеров, позволяющую проводить амплификацию спейсерной области 16S-23S рРНК или ее части;
(ii) по меньшей мере один из зондов, определенных в пп. от 1 до 42 и в 51;
(iii) буфер или компоненты, необходимые для приготовления буфера, позволяющего проведение реакции гибридизации между указанными зондами и присутствующими в образце полинуклеиновыми кислотами или продуктами их амплификации;
(iv) раствор или компоненты, необходимые для приготовления раствора, позволяющего проведение отмывки образовавшихся гибридов в соответствующих условиях отмывки;
(v) при необходимости, средство для детекции гибридов, образовавшихся в предшествующей реакции гибридизации.
(i) при необходимости по меньшей мере одну подходящую пару праймеров, позволяющую проводить амплификацию спейсерной области 16S-23S рРНК или ее части;
(ii) по меньшей мере один из зондов, определенных в пп. от 1 до 42 и в 51;
(iii) буфер или компоненты, необходимые для приготовления буфера, позволяющего проведение реакции гибридизации между указанными зондами и присутствующими в образце полинуклеиновыми кислотами или продуктами их амплификации;
(iv) раствор или компоненты, необходимые для приготовления раствора, позволяющего проведение отмывки образовавшихся гибридов в соответствующих условиях отмывки;
(v) при необходимости, средство для детекции гибридов, образовавшихся в предшествующей реакции гибридизации.
51. Способ по п.1 для определения и идентификации в образце одного или более штаммов Yersinia enterocolitica, при котором стадия (iii) включает гибридизацию по меньшей мере с одним из следующих зондов:
YEC-ICG-1: GGAAAAGGTACTGCACGTGACTG (SEQ ID NO 198)
YEC-ICG-2: GACAGCTGAAACTTATCCCTCCG (SEQ ID NO 199)
YEC-ICG-3: GCTACCTGTTGATGTAATGAGTCAC (SEQ ID NO 200)
или с эквивалентами указанных зондов, и/или с любым зондом из SEQ ID NO 195 или 196, обеспечивающим специфическую гибридизацию указанного зонда со штаммами Yersinia enterocolitica.
YEC-ICG-1: GGAAAAGGTACTGCACGTGACTG (SEQ ID NO 198)
YEC-ICG-2: GACAGCTGAAACTTATCCCTCCG (SEQ ID NO 199)
YEC-ICG-3: GCTACCTGTTGATGTAATGAGTCAC (SEQ ID NO 200)
или с эквивалентами указанных зондов, и/или с любым зондом из SEQ ID NO 195 или 196, обеспечивающим специфическую гибридизацию указанного зонда со штаммами Yersinia enterocolitica.
52. Способ по п.1 для специфического определения и идентификации в образце вида Brucella, при котором стадия (ii) включает амплификацию спейсерной области 16S-23S рРНК или ее части с использованием по меньшей мере одного из следующих праймеров:
BRU-P1: TCGAGAATTGGAAAGAGGTC (SEQ ID NO 204)
BRU-P2: AAGAGGTCGGATTTATCCG (SEQ ID NO 205)
BRU-P3: TTCGACTGCAAATGCTCG (SEQ ID NO 206)
BRU-P4: TCTTAAAGCCGCATTATGC (SEQ ID NO 207)
или эквивалентов данных праймеров, при этом указанные эквиваленты, отличающиеся по последовательности от упомянутых выше праймеров заменой одного или более нуклеотидов, по-прежнему сохраняют способность специфически амплифицировать спейсерную область вида Brucella или ее часть.
BRU-P1: TCGAGAATTGGAAAGAGGTC (SEQ ID NO 204)
BRU-P2: AAGAGGTCGGATTTATCCG (SEQ ID NO 205)
BRU-P3: TTCGACTGCAAATGCTCG (SEQ ID NO 206)
BRU-P4: TCTTAAAGCCGCATTATGC (SEQ ID NO 207)
или эквивалентов данных праймеров, при этом указанные эквиваленты, отличающиеся по последовательности от упомянутых выше праймеров заменой одного или более нуклеотидов, по-прежнему сохраняют способность специфически амплифицировать спейсерную область вида Brucella или ее часть.
53. Способ по п.1 для специфического определения и идентификации в образце вида Yersinia enterocolitica, при котором стадия (ii) включает амплификацию спейсерной области 16S-23S рРНК или ее части с использованием по меньшей мере одного из следующих праймеров:
YEC-P1: CCTAATGATATTGATTCGCG (SEQ ID NO 208)
YEC-P2: ATGACAGGTTAATCCTTACCCC (SEQ ID NO 209)
или эквивалентов данных праймеров, при этом указанные эквиваленты, отличающиеся по последовательности от упомянутых выше праймеров заменой одного или более нуклеотидов, по-прежнему сохраняют способность специфически амплифицировать спейсерную область вида Yersinia enterocolitica или ее часть.
YEC-P1: CCTAATGATATTGATTCGCG (SEQ ID NO 208)
YEC-P2: ATGACAGGTTAATCCTTACCCC (SEQ ID NO 209)
или эквивалентов данных праймеров, при этом указанные эквиваленты, отличающиеся по последовательности от упомянутых выше праймеров заменой одного или более нуклеотидов, по-прежнему сохраняют способность специфически амплифицировать спейсерную область вида Yersinia enterocolitica или ее часть.
Applications Claiming Priority (4)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
EP94870106.5 | 1994-06-24 | ||
EP94870106 | 1994-06-24 | ||
EP95870032.0 | 1995-04-07 | ||
EP95870032 | 1995-04-07 |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
RU97100857A true RU97100857A (ru) | 1999-02-27 |
RU2154106C2 RU2154106C2 (ru) | 2000-08-10 |
Family
ID=26137770
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
RU97100857/14A RU2154106C2 (ru) | 1994-06-24 | 1995-06-23 | Одновременное определение, идентификация и дифференциация эубактериальных таксонов с помощью гибридизационного анализа |
Country Status (14)
Country | Link |
---|---|
US (4) | US6025132A (ru) |
EP (5) | EP1091004B1 (ru) |
JP (1) | JP3833703B2 (ru) |
AT (2) | ATE423853T1 (ru) |
AU (1) | AU2924695A (ru) |
BR (1) | BR9508101A (ru) |
CA (1) | CA2193101C (ru) |
CZ (1) | CZ291483B6 (ru) |
DE (2) | DE69535923D1 (ru) |
DK (1) | DK0769068T3 (ru) |
ES (2) | ES2250971T3 (ru) |
HK (1) | HK1037687A1 (ru) |
RU (1) | RU2154106C2 (ru) |
WO (1) | WO1996000298A1 (ru) |
Cited By (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
RU2455364C2 (ru) * | 2010-07-02 | 2012-07-10 | Федеральное государственное образовательное учреждение высшего профессионального образования "Белгородская государственная сельскохозяйственная академия" | Способ идентификации микобактерий с помощью полимеразной цепной реакции |
Families Citing this family (66)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
EP0452596A1 (en) * | 1990-04-18 | 1991-10-23 | N.V. Innogenetics S.A. | Hybridization probes derived from the spacer region between the 16S and 23S rRNA genes for the detection of non-viral microorganisms |
ES2250971T3 (es) | 1994-06-24 | 2006-04-16 | Innogenetics N.V. | Deteccion, identificacion y diferenciacion simultaneas de taxones eubacterianos utilizando un ensayo de hibridacion. |
US6001564A (en) * | 1994-09-12 | 1999-12-14 | Infectio Diagnostic, Inc. | Species specific and universal DNA probes and amplification primers to rapidly detect and identify common bacterial pathogens and associated antibiotic resistance genes from clinical specimens for routine diagnosis in microbiology laboratories |
US20020055101A1 (en) | 1995-09-11 | 2002-05-09 | Michel G. Bergeron | Specific and universal probes and amplification primers to rapidly detect and identify common bacterial pathogens and antibiotic resistance genes from clinical specimens for routine diagnosis in microbiology laboratories |
US5994066A (en) * | 1995-09-11 | 1999-11-30 | Infectio Diagnostic, Inc. | Species-specific and universal DNA probes and amplification primers to rapidly detect and identify common bacterial pathogens and associated antibiotic resistance genes from clinical specimens for routine diagnosis in microbiology laboratories |
US5849488A (en) * | 1996-02-27 | 1998-12-15 | Oulutech Ltd. | DNA-sequence-based diagnosis of mastitis from a milk sample |
US20100267012A1 (en) | 1997-11-04 | 2010-10-21 | Bergeron Michel G | Highly conserved genes and their use to generate probes and primers for detection of microorganisms |
US20030049636A1 (en) | 1999-05-03 | 2003-03-13 | Bergeron Michel G. | Species-specific, genus-specific and universal DNA probes and amplification primers to rapidly detect and identify common bacterial and fungal pathogens and associated antibiotic resistance genes from clinical specimens for diagnosis in microbiology laboratories |
US6465638B2 (en) * | 1997-06-25 | 2002-10-15 | Ortho-Clinical Diagnostics, Inc. | Multiplexed PCR assay for detecting disseminated Mycobacterium avium complex infection |
US7060458B1 (en) * | 1997-08-14 | 2006-06-13 | Wyeth | Nucleic acid and amino acid sequences relating to Staphylococcus epidermidis for diagnostics and therapeutics |
DE19739611A1 (de) * | 1997-09-09 | 1999-03-11 | Biotecon Ges Fuer Biotechnologische Entwicklung & Consulting Mbh | Nucleinsäure-Sequenzen und Verfahren zum Nachweis von Bakterien der Gattung Pseudomonas |
WO1999022023A2 (de) * | 1997-10-29 | 1999-05-06 | Mira Diagnostica Gmbh | Verfahren zum nachweis von mikroorganismen |
US6004754A (en) * | 1998-01-21 | 1999-12-21 | Becton Dickinson And Company | DNA sequence, related probes and primers for the detection of Streptococcus agalactiae |
US6261769B1 (en) * | 1998-03-31 | 2001-07-17 | The United States Of America As Represented By The Secretary Of Agriculture | Intergenic spacer target sequence for detecting and distinguishing Chlamydial species or strains |
DE69939388D1 (de) * | 1998-09-24 | 2008-10-02 | Innogenetics Nv | Identizierung von microorganismen,die akute atemwegsinfektionen verursachen |
GB9904804D0 (en) * | 1999-03-02 | 1999-04-28 | King S College London | Identification of bacteria |
US6821770B1 (en) * | 1999-05-03 | 2004-11-23 | Gen-Probe Incorporated | Polynucleotide matrix-based method of identifying microorganisms |
US20030207313A1 (en) * | 1999-05-29 | 2003-11-06 | Kim Cheol Min | Oligonucleotide for detection and identification of Mycobacteria |
BR0014370A (pt) * | 1999-09-28 | 2002-11-05 | Infectio Diagnostic Inc | Genes altamente conservados e seu uso para gerar sondas de ácido nucléico e preparadores de amplificação especìficos em espécie, especìfico em gênero, especìficos em famìlia, especìficos em grupo e universais para rapidamente detectar e identificar microorganismos algais, amebianos, bacterianos, fúngicos e parasitas de espécimes clìnicos para diagnose |
US6261785B1 (en) | 2000-07-27 | 2001-07-17 | Becton, Dickinson And Company | Amplification and detection of Bordetella pertussis |
NZ523715A (en) * | 2000-07-27 | 2004-07-30 | Univ Australian | A set of oligonucleotide probes 'promiscuous' probes that hybridise to target sequences common to more than one of the target polynucleotides |
US7214780B2 (en) * | 2001-11-02 | 2007-05-08 | Gen-Probe Incorporated | Probes, compositions and kits for determining the presence of Mycoplasma pneuomoniae in a test sample |
AU2003206830A1 (en) * | 2002-02-04 | 2003-09-02 | Vermicon Ag | Methods for specific rapid detection of pathogenic food-relevant bacteria |
CN105349657A (zh) | 2002-12-06 | 2016-02-24 | 霍夫曼-拉罗奇有限公司 | 病原生物的多种分析检测 |
JP2006508671A (ja) * | 2002-12-06 | 2006-03-16 | イノジェネティックス・ナムローゼ・フェンノートシャップ | ハイブリダイゼーションアッセイを使用する真正細菌群の検出、同定および区別 |
EP1426447A1 (en) * | 2002-12-06 | 2004-06-09 | Roche Diagnostics GmbH | Method for the detection of pathogenic gram positive bacteria selected from the genera Staphylococcus, Enterococcus and Streptococcus |
US20060134618A1 (en) | 2002-12-06 | 2006-06-22 | Hilde De Henau | Detection, identification and differentiation of eubacterial taxa using a hybridization assay |
WO2004059281A2 (en) * | 2002-12-16 | 2004-07-15 | Avery Dennison Corporation | Analyte detecting article and method |
US7967756B2 (en) * | 2003-09-18 | 2011-06-28 | Cardiac Pacemakers, Inc. | Respiratory therapy control based on cardiac cycle |
TWI361490B (en) * | 2003-09-05 | 2012-04-01 | Renesas Electronics Corp | A semiconductor device and a method of manufacturing the same |
WO2005045074A2 (en) * | 2003-11-05 | 2005-05-19 | Stichting Voor De Technische Wetenschappen | Means and methods for classifying cyanobacteria |
WO2005054516A2 (en) * | 2003-11-26 | 2005-06-16 | Advandx, Inc. | Peptide nucleic acid probes for analysis of certain staphylococcus species |
US8227192B2 (en) | 2003-11-26 | 2012-07-24 | Advandx, Inc. | Peptide nucleic acid probes for analysis of certain Staphylococcus species |
EP1692512B1 (en) * | 2003-12-09 | 2012-09-05 | bioMérieux, Inc. | Methods for detecting bacterial pathogens |
US7387883B2 (en) * | 2003-12-09 | 2008-06-17 | Biomerieux, Inc | Methods for detecting bacterial pathogens |
EP1692511B1 (en) * | 2003-12-09 | 2012-09-19 | bioMerieux, Inc. | Method for recovering microorganisms from a sample |
KR100615424B1 (ko) * | 2004-01-14 | 2006-08-25 | 김철민 | 마이코플라즈마 및 유사 균종의 유전자형 감별을 위한올리고뉴클레오티드, 이를 포함하는 마이크로어레이와이를 이용한 균종 검출 방법 |
JP4969250B2 (ja) * | 2004-02-06 | 2012-07-04 | イノジェネティックス・ナムローゼ・フェンノートシャップ | スペーサー領域を使用するプロテウス種の検出、同定、および区別 |
JP4788942B2 (ja) * | 2004-02-23 | 2011-10-05 | 独立行政法人産業技術総合研究所 | 特定生物種検出のためのデオキシリボザイム |
US7332597B2 (en) | 2004-06-28 | 2008-02-19 | University Of Kentucky Research Foundation | Primers and probe to identify mycobacterium tuberculosis complex |
US7309589B2 (en) | 2004-08-20 | 2007-12-18 | Vironix Llc | Sensitive detection of bacteria by improved nested polymerase chain reaction targeting the 16S ribosomal RNA gene and identification of bacterial species by amplicon sequencing |
KR100850193B1 (ko) * | 2004-08-28 | 2008-08-04 | 주식회사 진인 | 모든 세균의 감별을 위한 세균 특이적, 속 특이적 및 종특이적 올리고뉴클레오티드, 이를 포함하는 진단 키트, 및이를 이용한 검출 방법 |
US20060099618A1 (en) * | 2004-09-30 | 2006-05-11 | Innogenetics, N.V. | Detection, identification and differentiation of Serratia species using the spacer region |
JP4813215B2 (ja) * | 2005-03-08 | 2011-11-09 | 三星電子株式会社 | プローブセットの設計方法、それにより設計されたプローブセット、前記プローブセットを備えるマイクロアレイ、前記方法をコンピュータが実行可能にするプログラムを記録したコンピュータ読み取り可能な記録媒体、および前記プローブセットを利用した標的配列の同定方法 |
US20060252069A1 (en) * | 2005-04-21 | 2006-11-09 | Zhang Kunyan | Pcr for mrsa sccmec typing |
US7855051B2 (en) * | 2005-09-12 | 2010-12-21 | Research & Diagnostic Systems, Inc. | Mycoplasma detection method and composition |
US7819615B2 (en) * | 2005-12-06 | 2010-10-26 | Hewlett-Packard Development | Method and apparatus for finishing sheets for a bound document |
US7531309B2 (en) | 2005-12-06 | 2009-05-12 | Michigan State University | PCR based capsular typing method |
KR100707213B1 (ko) * | 2006-03-21 | 2007-04-13 | 삼성전자주식회사 | 마이크로어레이용 프로브 선택 방법 및 장치 |
US20100047781A1 (en) * | 2006-05-16 | 2010-02-25 | Kirin Beer Kabushiki Kaisha | Primer set for detection of dekkera yeast or brettanomyces yeast |
RU2348695C2 (ru) | 2006-05-23 | 2009-03-10 | Закрытое акционерное общество "Молекулярно-медицинские технологии" | Дифференцирующий и специфический олигонуклеотиды для идентификации последовательностей днк инфекционных агентов в биологических материалах, способ видовой идентификации инфекционных агентов, биочип и набор для осуществления этого способа |
US20100167951A1 (en) * | 2007-01-08 | 2010-07-01 | Medigenes Co., Ltd. | Dna chip for detection of staphylococcus aureus |
US20100167956A1 (en) * | 2007-01-08 | 2010-07-01 | Medigenes Co., Ltd. | Dna chip for detection of escherichia coli |
US8017337B2 (en) | 2007-04-19 | 2011-09-13 | Molecular Detection, Inc. | Methods, compositions and kits for detection and analysis of antibiotic-resistant bacteria |
ITMI20071410A1 (it) * | 2007-07-13 | 2009-01-14 | Univ Firenze | Test in biologia molecolare su campioni biologici per la diagnosi e tipizzazione di germi causa di malattie invasive |
EP2271771A2 (en) * | 2008-04-01 | 2011-01-12 | Metametrix Clinical Laboratory | Process and method for monitoring gastrointestinal microbiota |
US20090253128A1 (en) * | 2008-04-03 | 2009-10-08 | Centers For Disease Control Department Of Healthy | Nucleotide sequence for identifying of acinetobacter bacteria, and method and kit of identification of acinetobacter bacteria |
DK2362915T3 (en) * | 2008-11-07 | 2017-03-27 | Dupont Nutrition Biosci Aps | CRISPR SEQUENCES OF BIFIDOBACTERIA |
US9115407B2 (en) | 2008-12-10 | 2015-08-25 | University Of Washington | Ratiometric pre-rRNA analysis |
RU2486251C2 (ru) * | 2011-08-25 | 2013-06-27 | Учреждение Российской академии наук Институт биохимии им. А.Н. Баха РАН (ИНБИ РАН) | Способ идентификации и дифференциации прокариотических организмов |
TWI614345B (zh) | 2012-06-22 | 2018-02-11 | Taichung Veterans General Hospital | 檢測數種非結核分枝桿菌、結核分枝桿菌及其抗藥性之探針、晶片、套組與方法 |
PL223163B1 (pl) * | 2012-10-04 | 2016-10-31 | Gdański Univ Medyczny | Zestaw sond i starterów do wykrywania bakterii z gatunku Acinetobacter baumannii, sposób oraz zestaw do analizy próbek medycznych i środowiskowych |
TWI470083B (en) * | 2012-10-23 | 2015-01-21 | Oligonucleotide probe and biochip for identifying mycobacteria and the identification method thereof | |
CN109929937B (zh) * | 2019-04-01 | 2023-04-21 | 广东省科学院动物研究所 | 龟嗜皮菌特异性鉴定引物、试剂盒及其鉴定方法 |
CN111647675A (zh) * | 2020-06-03 | 2020-09-11 | 张家口富熙生物科技有限公司 | 一种用于rna恒温扩增检测布氏杆菌的引物和探针、试剂盒及检测方法 |
RU2765829C1 (ru) * | 2021-04-27 | 2022-02-03 | Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования «Казанская государственная академия ветеринарной медицины имени Н.Э. Баумана» (RU) | Набор высокоспецифичных олигонуклеотидных праймеров и зондов для детекции и дифференциации нетуберкулезных микобактерий |
Family Cites Families (24)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US571095A (en) * | 1896-11-10 | Air-brake | ||
FR651505A (fr) | 1928-03-20 | 1929-02-20 | Dispositif de blocage pour tambours d'enroulement | |
US4508823A (en) * | 1980-05-08 | 1985-04-02 | Microlife Technics, Inc. | Gene splicing method and products produced therefrom |
DK275685D0 (da) * | 1985-06-18 | 1985-06-18 | Benzon As Alfred | Stabilisering af biologiske systemer |
US5212059A (en) * | 1988-01-11 | 1993-05-18 | Microprobe Corporation | Oligonucleotide probes for the detection of periodontal pathogens |
DE68925457T2 (de) * | 1988-04-20 | 1996-06-13 | Fuso Yakuhin Kogyo K K | Diagnoseverfahren für infektionskrankheiten sowie verfahren zum nachweis und identifizierung von mikroorganismen |
IE81145B1 (en) * | 1989-04-20 | 2000-05-03 | Thomas Gerard Barry | Generation of specific probes for target nucleotide sequences |
FR2651505B1 (fr) * | 1989-09-06 | 1994-07-22 | Pasteur Institut | Fragments d'acides nucleiques derives d'un genome de mycobacterie appropriee, leurs applications dans le diagnostic des infections a mycobacteries et plasmides contenant lesdits fragments. |
CA2033718A1 (en) * | 1990-01-19 | 1991-07-20 | Ronald M. Atlas | Process for detection of water-borne microbial pathogens and indicators of human fecal contamination in water samples and kits therefor |
EP0452596A1 (en) * | 1990-04-18 | 1991-10-23 | N.V. Innogenetics S.A. | Hybridization probes derived from the spacer region between the 16S and 23S rRNA genes for the detection of non-viral microorganisms |
US5536638A (en) * | 1990-04-18 | 1996-07-16 | N.V. Innogenetics S.A. | Hybridization probes derived from the spacer region between the 16S and 23S rRNA genes for the detection of Neisseria gonorrhoeae |
US5627032A (en) * | 1990-12-24 | 1997-05-06 | Ulanovsky; Levy | Composite primers for nucleic acids |
EP0497464A1 (en) | 1991-01-31 | 1992-08-05 | Amoco Corporation | Rapid microbial diagnostics by in situ hybridization in aqueous suspension |
ZA92278B (en) * | 1991-02-01 | 1992-10-28 | Akzo Nv | 3-quinuclidine derivatives |
US5521300A (en) * | 1991-08-13 | 1996-05-28 | Norval B. Galloway | Oligonucleotides complementary to mycobacterial nucleic acids |
FR2683227B1 (fr) * | 1991-10-31 | 1994-03-04 | Pasteur Institut | Sequences nucleotidiques hybridant avec les souches bacteriennes du complexe mycobacterium avium-intracellulare, leur utilisation comme amorces oligonucleotidiques et sondes nucleiques. |
IL103935A0 (en) * | 1991-12-04 | 1993-05-13 | Du Pont | Method for the identification of microorganisms by the utilization of directed and arbitrary dna amplification |
US5631130A (en) * | 1994-05-13 | 1997-05-20 | Abbott Laboratories | Materials and methods for the detection of Mycobacterium tuberculosis |
US5712095A (en) * | 1994-06-16 | 1998-01-27 | Becton Dickinson And Company | Rapid and sensitive detection of antibiotic-resistant mycobacteria using oligonucleotide probes specific for ribosomal RNA precursors |
ES2250971T3 (es) * | 1994-06-24 | 2006-04-16 | Innogenetics N.V. | Deteccion, identificacion y diferenciacion simultaneas de taxones eubacterianos utilizando un ensayo de hibridacion. |
WO1996019585A1 (en) * | 1994-12-20 | 1996-06-27 | Heidelberg Repatriation Hospital | Typing of microorganisms |
US6593114B1 (en) * | 1996-01-05 | 2003-07-15 | Human Genome Sciences, Inc. | Staphylococcus aureus polynucleotides and sequences |
US6737248B2 (en) * | 1996-01-05 | 2004-05-18 | Human Genome Sciences, Inc. | Staphylococcus aureus polynucleotides and sequences |
US5849488A (en) * | 1996-02-27 | 1998-12-15 | Oulutech Ltd. | DNA-sequence-based diagnosis of mastitis from a milk sample |
-
1995
- 1995-06-23 ES ES95924923T patent/ES2250971T3/es not_active Expired - Lifetime
- 1995-06-23 AU AU29246/95A patent/AU2924695A/en not_active Abandoned
- 1995-06-23 CZ CZ19963819A patent/CZ291483B6/cs not_active IP Right Cessation
- 1995-06-23 DE DE69535923T patent/DE69535923D1/de not_active Expired - Lifetime
- 1995-06-23 DK DK95924923T patent/DK0769068T3/da active
- 1995-06-23 BR BR9508101A patent/BR9508101A/pt not_active IP Right Cessation
- 1995-06-23 EP EP01200042A patent/EP1091004B1/en not_active Expired - Lifetime
- 1995-06-23 JP JP50280496A patent/JP3833703B2/ja not_active Expired - Lifetime
- 1995-06-23 EP EP95924923A patent/EP0769068B1/en not_active Expired - Lifetime
- 1995-06-23 AT AT01200042T patent/ATE423853T1/de not_active IP Right Cessation
- 1995-06-23 AT AT95924923T patent/ATE306560T1/de active
- 1995-06-23 ES ES01200042T patent/ES2323161T3/es not_active Expired - Lifetime
- 1995-06-23 US US08/765,332 patent/US6025132A/en not_active Expired - Lifetime
- 1995-06-23 CA CA2193101A patent/CA2193101C/en not_active Expired - Lifetime
- 1995-06-23 EP EP01200046A patent/EP1098007A1/en not_active Withdrawn
- 1995-06-23 RU RU97100857/14A patent/RU2154106C2/ru active
- 1995-06-23 DE DE69534516T patent/DE69534516T2/de not_active Expired - Lifetime
- 1995-06-23 WO PCT/EP1995/002452 patent/WO1996000298A1/en active IP Right Grant
- 1995-06-23 EP EP01200037A patent/EP1088899A3/en not_active Withdrawn
- 1995-06-23 EP EP01200045A patent/EP1098006A1/en not_active Withdrawn
-
1999
- 1999-11-29 US US09/448,894 patent/US6312903B1/en not_active Expired - Lifetime
-
2001
- 2001-08-17 US US09/931,486 patent/US6811978B2/en not_active Expired - Fee Related
- 2001-10-11 HK HK01107138.7A patent/HK1037687A1/xx not_active IP Right Cessation
-
2004
- 2004-07-21 US US10/895,114 patent/US7390623B2/en not_active Expired - Fee Related
Cited By (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
RU2455364C2 (ru) * | 2010-07-02 | 2012-07-10 | Федеральное государственное образовательное учреждение высшего профессионального образования "Белгородская государственная сельскохозяйственная академия" | Способ идентификации микобактерий с помощью полимеразной цепной реакции |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
RU97100857A (ru) | Одновременное определение, идентификация и дифференциация эубактериальных таксонов с помощью гибридизационного анализа | |
CA2193101A1 (en) | Simultaneous detection, identification and differentiation of eubacterial taxa using a hybridization assay | |
Tevere et al. | Detection of Mycobacterium tuberculosis by PCR amplification with pan-Mycobacterium primers and hybridization to an M. tuberculosis-specific probe | |
Jonas et al. | Detection and identification of Mycobacterium tuberculosis directly from sputum sediments by amplification of rRNA | |
Roth et al. | Molecular diagnosis of tuberculosis: current clinical validity and future perspectives | |
AU659657B2 (en) | Mycobacterium primers and probes | |
Kox et al. | PCR assay based on DNA coding for 16S rRNA for detection and identification of mycobacteria in clinical samples | |
US5521300A (en) | Oligonucleotides complementary to mycobacterial nucleic acids | |
De Beenhouwer et al. | Detection and identification of mycobacteria by DNA amplification and oligonucleotide-specific capture plate hybridization | |
Somoskovi et al. | Laboratory diagnosis of nontuberculous mycobacteria | |
KR950008574B1 (ko) | 미코박테리아 프라이머 및 탐침 | |
Lim et al. | Genotypic identification of pathogenic Mycobacterium species by using a nonradioactive oligonucleotide probe | |
US20130065231A1 (en) | Primer and Probe for Use In Detection of Mycobacterium Kansasii and Method for Detection of Mycobacterium Kansasii Using The Same | |
WO2000073436A1 (en) | Oligonucleotide for detection and identification of mycobacteria | |
US7271781B2 (en) | Multiplex hybridization system for identification of pathogenic mycobacterium and method of use | |
CN110168109B (zh) | 检测及鉴定结核菌和非结核菌感染的诊断方法及结核杆菌对利凡平耐药性的确认及其试剂组 | |
Patel et al. | PCR-enzyme-linked immunosorbent assay and partial rRNA gene sequencing: a rational approach to identifying mycobacteria | |
kamali Kakhki et al. | Development of a cost-effective line probe assay for rapid detection and differentiation of mycobacterium species: a pilot study | |
US20060088833A1 (en) | Detection of mycobacteria in clinical material | |
JP4769041B2 (ja) | 抗酸菌属細菌同定キット | |
Lebrun et al. | Use of INNO-LIPA assay for rapid identification of mycobacteria | |
Sechi et al. | Simple and rapid identification of different species of Mycobacteria by PCR | |
Hong et al. | Identification of Mycobacterium tuberculosis by PCR-linked reverse hybridization using specific rpoB oligonucleotide probes | |
US6951718B1 (en) | rpoB gene fragments and a method for the diagnosis and identification of Mycobacterium tuberculosis and non-tuberculosis Mycobacterial strains | |
KR101426119B1 (ko) | 실시간 중합효소연쇄반응법과 융해곡선분석을 이용하는 마이코박테리아의 동정 방법 |