RU2816856C2

RU2816856C2 - Антитела, нацеленные на epn1

Info

Publication number: RU2816856C2
Application number: RU2021112131A
Authority: RU
Inventors: Мэттью К. РОБИНСОН
Original assignee: Иммуноми, Инк.
Priority date: 2018-10-02
Filing date: 2019-10-02
Publication date: 2024-04-05

Abstract

Изобретение относится к области биотехнологии, а именно к выделенному антителу, или его антигенсвязывающему фрагменту, которое связывается с белком, Эпсином-1 (EPN1), а также к конъюгату и композиции, его содержащим. Также раскрыты выделенная молекула нуклеиновой кислоты, кодирующая VHС антитела или его антигенсвязывающего фрагмента, выделенная молекула нуклеиновой кислоты, кодирующая VLC антитела или его антигенсвязывающего фрагмента, а также вектор и клетка, его содержащие. Изобретение эффективно для ингибирования роста или метастазирования опухоли, содержащей клетки, экспрессирующие EPN1, а также для лечения онкологического заболевания или гиперпластического расстройства, содержащего клетки, экспрессирующие EPN1. 12 н. и 14 з.п. ф-лы, 17 ил., 6 табл., 7 пр.

Description

Область техники

[0001] Область этого изобретения относится к терапевтическим средствам на основе антител для лечения или детектирования онкологического заболевания.

Уровень техники

[0002] Адаптивная иммунная система человека отвечает как через клеточные (Т-клетки), так и через гуморальные (В-клетки) процессы. Гуморальный ответ приводит к отбору и клональной амплификации В-клеток, которые экспрессируют связанные с поверхностью молекулы иммуноглобулина (Ig), способные связываться с антигенами. Процессы соматической гипермутации и переключения классов происходят одновременно с клональной амплификацией. Вместе эти процессы приводят к получению секретируемых антител, которые аффинно созрели по отношению к антигену-мишени и содержат константный домен, принадлежащий к одному из четырех основных классов (M, D, A, G или E). Каждый класс антител (IgM, IgD, IgA, IgG и IgE) определенным образом взаимодействует с клеточной иммунной системой. Признаки антител, у которых созрела аффинность к антигену-мишени, могут включать: 1) изменения нуклеотида и последующей аминокислоты относительно гена зародышевой линии, 2) высокую аффинность связывания с антигеном-мишенью, 3) селективность связывания с антигеном-мишенью по сравнению с другими белками.

[0003] Хорошо известно, что у онкологических пациентов может развиваться иммунный ответ против антигенов опухолевых клеток. Эти антигены могут быть результатом либо генетических изменений в опухоли, которые приводят к мутированным белкам либо к аберрантной презентации в остальном нормальных белков иммунной системе. Аберрантная презентация может происходить через процессы, которые включают, помимо прочего, эктопическую экспрессию неонатальных белков, неправильную локализацию внутриклеточных белков на поверхности клетки или лизис клеток. Аберрантная экспрессия ферментов, которая приводит к изменениям гликозилирования белков, также может приводить к образованию чужеродных антигенов, которые распознаются гуморальной иммунной системой.

[0004] Антитела, которые селективно связываются с белками, связанными с заболеванием, в том числе с белками, связанными с опухолями, доказали свою эффективность в модулировании функций своих белков-мишеней способами, которые приводят к терапевтической эффективности. Способность иммунной системы человека создавать ответы антител против мутированных или иным образом аберрантных белков предполагает, что иммунные ответы пациентов могут включать антитела, которые способны распознавать и модулировать функцию критических факторов опухоли.

[0005] Мембранный трафик способствует регуляции широкого спектра клеточных процессов. Интернализация рецепторов клеточной поверхности является критическим механизмом для соответствующей модуляции передачи сигналов, опосредованной рецептором фактора роста. Интернализация через везикулы, покрытые клатрином, представляет собой один из путей интернализации рецепторов, имеющих отношение к опухоли, с поверхности клетки. Загрузка этих рецепторов в покрытые клатрином ямки (CCP) для последующей интернализации в покрытых клатрином везикулах является одной из первых стадий пути. Загрузка рецепторов в CCP частично диктуется взаимодействием с адапторными молекулами, такими как Epsin-1 (EPN1).

[0006] EPN1 представляет собой белок приблизительно 60,3 кДа, который локализуется на клеточных мембранах. Он содержит P1 (4,5) P2-, убиквитин- и клатрин/AP-2-взаимодействующие домены. Нокдаун эндогенной экспрессии EPN1, сверхэкспрессия мутантных форм EPN1 или обработка клеток агентами, предназначенными для блокирования взаимодействия EPN1 с его карго-молекулами, могут ингибировать интернализацию известной CCP-зависимой карго-молекулы. Примеры такой карго-молекулы представляют собой VEGFR и ERBB3.

Сущность изобретения

[0007] Изобретение относится к антителам, специфичным к белку, эпсину 1 (EPN1), включая EPN1-специфические антитела с каркасом VH и VL и комплементарными областями, коррелирующими с SEQ ID NO: 4 и 8, соответственно, или их фрагментами, а также к EPN1-специфическим антитела с одной или более областями, определяющими комплементарность, («CDR»), H-CDR1, H-CDR2, H-CDR3, L-CDR1, L-CDR2 и L-CDR3, соответствующими SEQ ID NO: 9-14, соответственно.

[0008] Композиции и способы лечения, улучшения состояния или диагностики различных типов онкологических заболеваний, характеризующихся опухолевыми клетками, экспрессирующими EPN1, также предусмотрены изобретением. Варианты осуществления вышеуказанных композиций и способов включают встречающиеся в природе антитела против EPN1, их фрагменты, их варианты. Например, варианты осуществления антител по изобретению включают, но не ограничиваются ими, однодоменные антитела, фрагменты Fab, фрагменты Fab', фрагменты F(ab)'2, одноцепочечные белки Fv (scFv) и стабилизированные дисульфидом Fv-белки («dsFv»). В различных вариантах осуществления антитела по изобретению могут содержать модификации аминокислотной последовательности, которые сохраняют остатки, необходимые для правильного сворачивания и стабилизации между областями VH и VL, а также сохраняют низкую pI и низкую токсичность молекул. Антитела, используемые в способах лечения или диагностики по изобретению, в некоторых вариантах осуществления могут быть конъюгированы с эффекторными молекулами, включая терапевтические агенты, диагностические агенты или молекулы, увеличивающие период полужизни и биодоступность.

[0009] Антитела по изобретению могут быть получены с помощью различных рекомбинантных систем экспрессии. Такие системы включают векторные системы экспрессии хозяина, которые можно использовать для экспрессии антитела по изобретению путем трансформации или трансфекции клеток соответствующими нуклеотидными кодирующими последовательностями для антитела по изобретению. В различных вариантах осуществления система экспрессии клеток-хозяев может модулировать экспрессию встроенных последовательностей, кодирующих антитело по изобретению, или модифицировать и процессировать генный продукт антитела, если желательно.

[0010] Как указано выше, антитела против EPN1 по изобретению можно использовать в композициях и способах предотвращения, лечения или улучшения состояния у пациента онкологического заболевания, такого как, например, рак легких или меланома. Соответственно, в различных вариантах осуществления изобретения терапевтически эффективное количество антитела вводят пациенту в количестве, достаточном для ингибирования роста, репликации или метастазирования опухолевых клеток или для ингибирования признака или симптома онкологического заболевания. В этих вариантах осуществления антитела входят в состав композиций, которые подходят для способа введения композиции пациенту.

[0011] Что касается композиций и способов применения антител по изобретению для диагностики или мониторинга наличия у пациента онкологического заболевания, детектирование онкологического заболевания может быть выполнено in vitro в некоторых вариантах осуществления или in vivo в других вариантах осуществления. Вариант осуществления изобретения также может представлять собой набор для детектирования EPN1-положительных клеток. Такой набор обычно будет содержать композицию антител по изобретению, буферы и реагенты для конкретного применения, для которого предназначен набор, и инструктивные материалы.

Краткое Описание Фигур

[0012] Фиг.1 представляет собой микрофотографию, показывающую детектирование продуцируемого гибридомой антитела против EPN1, PR045-2H11, связанного с пулом живых интактных линий опухолевых клеток. Меченные флуорофором вторичные козьи антитела против человеческого IgG использовали в комбинации с системой LI-COR Odyssey® Saimaging для детектирования связывания антител, продуцируемых PR045-2H11.

[0013] На Фиг. 2 показан количественный анализ флуоресцентных сигналов, наблюдаемых в подмножестве лунок, изображенных на Фиг. 1. Сплошные черные столбцы представляют потенциальные положительные результаты скрининга, пунктирные столбцы представляют фоновый сигнал, незакрашенные столбцы представляют лунки с положительным контролем.

[0014] На Фигуре 3 показана зависимая от концентрации кривая связывания, наблюдаемая для связывания IMM20059 с интактными линиями клеток рака легкого A549 с помощью проточной цитометрии с помощью прибора Attune™ NxT (Life Technologies). Связывание IMM20059 с интактными клетками выявляли с помощью меченных флуорофором вторичных антител против человеческого белка.

[0015] На Фигуре 4 показана зависимая от концентрации кривая связывания, наблюдаемая для связывания IMM20059 с интактными клетками гепатоцеллюлярной карциномы Huh7 с помощью проточной цитометрии с помощью прибора Attune™ NxT (Life Technologies). Связывание IMM20059 с интактными клетками детектировали с помощью меченных флуорофором вторичных антител против человеческого белка.

[0016] На Фигуре 5 показано сканированное изображение разрешения SDS-PAGE иммунопреципитации IMM20059 белка 65 кДа как в жестких условиях отмывки (200 мМ и 300 мМ NaCl), так и в условиях отсутствия отмывки.

[0017] На Фиг. 6 показаны результаты количественного дот-блоттинга, отражающие селективность IMM20059 в отношении EPN1 по сравнению с его гомологом EPN2. Связывание IMM20059 анализировали дот-блотингом в отношении возрастающих концентраций рекомбинантного EPN1 или EPN2.

[0018] На Фиг. 7 показан анализ проточной цитометрии родительских HEK293 и EPN1-/- варианта HEK293, созданного нокаутом на основе CRISPR. Фиксированные и пермеабилизованные клетки окрашивали либо IMM20059, либо коммерческим mAb против EPN1. Связывание детектировали с помощью меченного флуорофором вторичного антитела против человеческого белка.

[0019] Фиг. 8 представляет собой микрофотографию, показывающую картину окрашивания иммунофлуоресценции, наблюдаемую для IMM20059 против линии клеток рака легкого человека H460. Связывание детектировали с помощью меченного флуорофором вторичного антитела против человеческого белка.

[0020] Фиг.9 представляет собой микрофотографию, показывающую профиль окрашивания иммунофлуоресценции, наблюдаемый для моноклонального антитела против EPN1 против линии клеток рака легкого человека H460. Связывание детектировали с помощью меченного флуорофором вторичного антитела против мышиного белка.

[0021] Фиг. 10 представляет собой полученную из PyMOL презентацию домена N-концевой гомологии эпсина (ENTH) молекулы EPN1 крысы (RCSB PDB: 1edu), который на 100% консервативен относительно EPN1 человека на уровне аминокислотной последовательности. Остатки на темно-сером графическом изображении содержат пептиды протеолитического происхождения, идентифицированные как сшивающие с IMM20059. Остатки на светло-серой вкладке находятся за пределами сшитых пептидов. Остатки в сферах представляют собой аминокислоты, сшитые непосредственно с IMM20059.

[0022] Фиг. 11 представляет собой полученную из PyMOL презентацию домена N-концевой гомологии эпсина (ENTH) молекулы EPN1 крысы (RCSB PDB: 1edu), который на 100% консервативен относительно EPN1 человека на уровне аминокислотной последовательности. Остатки на темно-сером графическом изображении содержат пептиды протеолитического происхождения, идентифицированные как сшивающие с IMM20059. Остатки на светло-серой вкладке находятся за пределами сшитых пептидов. Остатки в сферах представляют собой аминокислоты, которые различаются между человеческим EPN1 и человеческим EPN2. Их положение в сайте связывания IMM20059 обеспечивает обоснование специфичности в отношении EPN1 по сравнению с EPN2.

[0023] Фиг. 12 представляет собой полученную из PyMOL презентацию домена N-концевой гомологии эпсина (ENTH) молекулы EPN1 крысы (RCSB PDB: 1edu), который на 100% консервативен относительно к EPN1 человека на уровне аминокислотной последовательности. Остатки на темно-сером графическом изображении содержат пептиды протеолитического происхождения, идентифицированные как сшивающие с IMM20059. Остатки на светло-серой вкладке находятся за пределами сшитых пептидов. Остатки в сферах представляют собой аминокислоты, которые различаются между человеческим EPN1 и человеческим EPN2. Их положение в сайте связывания IMM20059 обеспечивает обоснование специфичности в отношении EPN1 по сравнению с EPN3.

[0024] Фиг.13 представляет собой выравнивание множества аминокислотных последовательностей EPN1 человека, крысы и мыши. Подчеркнутая область домена ENTH в человеческом EPN1 соответствует аминокислотным пептидам, которые составляют сайт связывания IMM20059. EPN1 мыши и крысы на 100% идентичны EPN1 человека в этой области, что дает обоснование перекрестной реактивности с EPN1 мыши.

[0025] Фиг. 14 представляет собой выравнивание множества аминокислотных последовательностей EPN1, EPN2 и EPN3 человека. EPN1 человека на 56,7% и 49,6% идентичен EPN2 и EPN3 человека, соответственно.

[0026] Фиг. 15 показывает анализ проточной цитометрии, демонстрирующий, что IMM20059 перекрестно реагирует с мышиным антигеном EPN1. Было проведено поверхностное и внутриклеточное окрашивание клеток клеточных линий мышиных NIH3T3 и MFE296 человека. Поверхностное и внутриклеточное связывание IMM20059 наблюдали в пулах обеих клеточных линий. Коммерчески доступное антитело против EPN1, о котором известно, что оно перекрестно реагирует как с мышиным, так и с человеческим EPN1, связывалось аналогично с клеткам NIH3T3 и MFE296. Однако коммерческое антитело не могло взаимодействовать с EPN1 на клеточной поверхности в обоих пулах клеток.

[0027] На Фиг. 16 показаны результаты анализа клеточной пролиферации, демонстрирующие, что варианты EPN1-/- HEK293 пролиферируют медленнее, чем родительские клетки HEK293.

[0028] Фиг.17 представляет собой график, изображающий рост опухоли, наблюдаемый на модели опухоли меланомы B16F0, выращенной на мышах C57Bl/6. Когорты животных получали еженедельно посредством внутрибрюшинной инъекции (IP) контроля изотипа (пунктирная линия, черные кружки), антитела против CTLA4 (пунктирная линия, черный квадрат) или IMM20059 (сплошная линия, черный треугольник) в дозе 10 мг/кг.

Подробное описание

[0029] Описанное в настоящем документе изобретение относится к композициям и способам, связанным с антителами, которые содержат аминокислотную последовательность, соответствующую SEQ ID NO: 4 или ее части и SEQ ID NO: 8 или ее части. Действительно, антитело по изобретению может включать: аминокислотную последовательность, которая имеет по меньшей мере 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или 100% идентичности последовательности с аминокислотной последовательностью, соответствующей SEQ ID NO: 4 или ее части; аминокислотную последовательность, которая имеет по меньшей мере 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или 100% идентичности последовательности с аминокислотной последовательностью, соответствующий SEQ ID NO: 8 или его части; или их обе.

[0030] Используемый в настоящем описании термин «идентичность последовательностей» относится к сходству между двумя или более последовательностями аминокислот или нуклеиновых кислот. Идентичность последовательностей обычно измеряется с точки зрения процентной идентичности (или сходства, или гомологии); чем выше процент, тем более похожи две последовательности. Помимо содержания аминокислотной последовательности, соответствующей SEQ ID NO: 4 или 8, антитело по изобретению также специфически связывается с EPN1, антигеном, экспрессируемым на поверхности различных клеток карциномы, включая клетки карциномы эпителиального происхождения. Следовательно, описанные в настоящем документе антитела могут быть включены в композиции, которые применимы для способов диагностики или лечения различных типов онкологических заболеваний, характеризующихся опухолевыми клетками, экспрессирующими EPN1.

[0031] Что касается структуры, то «антитело» по изобретению относится к полипептидному лиганду, состоящему, по меньшей мере, из вариабельной области легкой цепи или тяжелой цепи иммуноглобулина, которая специфически связывается с эпитопом антигена. Например, антитело может представлять собой молекулу иммуноглобулина, состоящую из тяжелой и легкой цепей, каждая из которых имеет вариабельную область, соответственно, называемую вариабельной областью тяжелой («VH») и вариабельной областью легкой («VL») цепи. Вместе VH-область и VL-область образуют вариабельный фрагмент «Fv», который отвечает за специфическое связывание антитела с его антигеном.

[0032] Антитело по изобретению может быть интактным иммуноглобулином, или вариантом иммуноглобулина, или частью иммуноглобулина. Встречающийся в природе иммуноглобулин имеет две тяжелые (H) цепи и две легкие (L) цепи, каждая из которых содержит константную область и вариабельную область, и которые связаны между собой дисульфидными связями. Есть два типа легких цепей, которые называются лямбда («λ») и каппа («κ»). Существует пять основных классов тяжелых цепей, также известных как изотипы, которые определяют функциональную активность молекулы антитела: IgM, IgD, IgG, IgA и IgE. Помимо вариабельного домена тяжелая цепь также содержит три константных домена (CH1, CH2, CH3). Константные области Ab могут опосредовать связывание иммуноглобулина с тканями или факторами хозяина, включая различные клетки иммунной системы (например, эффекторные клетки) и первый компонент (C1q) классической системы комплемента.

[0033] Вариабельные области легкой и тяжелой цепей содержат «каркасные» области, перемежающиеся тремя гипервариабельными областями, называемыми областями, определяющими комплементарность («CDR»). CDR несут основную ответственность за связывание с эпитопом антигена. Последовательности каркасных областей различных легких или тяжелых цепей относительно консервативны внутри вида и служат для позиционирования и выравнивания CDR в трехмерном пространстве. Три CDR каждой цепи обычно обозначаются CDR1, CDR2 и CDR3, пронумерованные последовательно, начиная с N-конца, и часто идентифицируются по цепи, в которой расположена конкретная CDR. Соответственно, CDR тяжелой цепи обозначены H-CDR1, H-CDR2 и H-CDR3; аналогично CDR легкой цепи обозначают L-CDR1, L-CDR2 и L-CDR3. Антигенсвязывающий фрагмент, один константный и один вариабельный домен как тяжелой, так и легкой цепи называют Fab-фрагментом. Фрагмент F(ab)'2 содержит два фрагмента Fab и может быть получен путем расщепления молекулы иммуноглобулина ниже ее шарнирной области.

[0034] Аминокислотные последовательности каркасных и комплементарных областей VH и VL антитела по изобретению коррелируют с SEQ ID NO: 4 и 8, соответственно. В частности, на основе системы нумерации базы данных ImMunoGeneTics («IMGT») (Lefranc, M.-P. et al., Nucleic Acids Research, 27, 209-212 (1999)), H-CDR1, HCDR2 и H-CDR3 соответствуют остаткам 26-33 (SEQ ID NO: 9), 51-58 (SEQ ID NO: 10) и 97-113 (SEQ ID NO: 11) из SEQ ID NO: 4. Аналогичные аминокислотные последовательности L-CDR1, L-CDR2 и L-CDR3 антитела по изобретению соответствуют остаткам 27-32 (SEQ ID NO: 12), 50-56 (SEQ ID NO: 13) и 89- 96 (SEQ ID NO: 14) из SEQ ID NO: 8. Антитело по изобретению содержит по меньшей мере одну из вышеуказанных последовательностей CDR; поэтому комбинация CDR антитела может представлять собой, например: (H-CDR1 и L-CDR1); (H-CDR2 и L-CDR2); (H-CDR3 и L-CDR3); (H-CDR1, L-CDR1, H-CDR2 и L-CDR2); (H-CDR1, L-CDR1, H-CDR3 и L-CDR3); (H-CDR2, L-CDR2, H-CDR3 и L-CDR3); или (H-CDR1, L-CDR1, H-CDR2, L-CDR2, H-CDR3 и L-CDR3).

[0035] Антитела по изобретению представляют собой моноклональные антитела, что означает, что антитело продуцируется одной клональной популяцией B-лимфоцитов, клональной популяцией гибридомных клеток или клональной популяцией клеток, которые были трансфецированы генами одного антитела или их частями. Моноклональные антитела получают способами, известными специалистам в данной области, например, путем получения гибридных антителообразующих клеток из слияния миеломных клеток с иммунными лимфоцитами.

[0036] Моноклональные антитела по изобретению также обычно представляют собой гуманизированные моноклональные антитела. Более конкретно, «человеческое» антитело, также называемое «полностью человеческим» антителом, по изобретению, представляет собой антитело, которое включает человеческие каркасные области и CDR из человеческого иммуноглобулина. Например, каркас и CDR антитела происходят из одной и той же исходной аминокислотной последовательности тяжелой цепи человека или легкой цепи человека, или обеих. Альтернативно, каркасные области могут происходить от одного человеческого антитела и быть сконструированы таким образом, чтобы включать CDR из другого человеческого антитела.

[0037] Антитело по изобретению также может быть фрагментом иммуноглобулина. Примеры вариантов иммуноглобулинов, которые считаются антителами по изобретению, включают однодоменные антитела (такие как антитела с доменом VH), фрагменты Fab, фрагменты Fab', фрагменты F(ab)'2, одноцепочечные белки Fv (scFv), и стабилизированные дисульфидом белки Fv («dsFv»). Однодоменное антитело VH представляет собой фрагмент иммуноглобулина, состоящий из вариабельного домена тяжелой цепи. Fab-фрагмент содержит моновалентный антигенсвязывающий фрагмент иммуноглобулина, который может быть получен путем расщепления цельного антитела ферментом папаином с получением интактной легкой цепи и части одной тяжелой цепи. Точно так же Fab'-фрагмент также содержит моновалентный антигенсвязывающий фрагмент иммуноглобулина, который может быть получен путем расщепления цельного антитела ферментом пепсином с последующим восстановлением с получением интактной легкой цепи и части тяжелой цепи. На одну молекулу иммуноглобулина получают два Fab'-фрагмента. Фрагмент (Fab')2 представляет собой димер двух Fab'-фрагментов, который может быть получен обработкой цельного антитела ферментом пепсином без последующего восстановления, так что мономеры Fab' удерживаются вместе двумя дисульфидными связями. Фрагмент Fv представляет собой генетически сконструированный фрагмент, содержащий вариабельную область легкой цепи и вариабельную область тяжелой цепи, экспрессированные в виде двух цепей. Одноцепочечное (sc) антитело, такое как scFv-фрагмент, представляет собой генетически сконструированную молекулу, содержащую VL-область легкой цепи, VH-область тяжелой цепи, связанные подходящим полипептидным линкером в виде генетически слитой одноцепочечной молекулы. Димер одноцепочечного антитела, такого как антитело scFV2, представляет собой димер scFV и может также называться «миниантитело». Вариант dsFvs также содержит VL-область иммуноглобулина и VH-область, но цепи были подвергнуты мутации для введения дисульфидной связь для стабилизации ассоциации цепей.

[0038] Специалист в данной области поймет, что можно получить консервативные варианты антител. Такие консервативные варианты, используемые во фрагментах антител, таких как фрагменты dsFv или фрагменты scFv, будут сохранять критические аминокислотные остатки, необходимые для правильной сборки и стабилизации между областями VH и VL, и будут сохранять характеристики заряда остатков для сохранения низкой pI и низкой токсичности молекул. Аминокислотные замены, такие как по большей мере одна, по большей мере две, по большей мере три, по большей мере четыре или по большей мере пять аминокислотных замен, могут быть выполнены в областях VH и VL для увеличения выхода. Таблицы консервативных аминокислотных замен, содержащие функционально похожие аминокислоты, хорошо известны обычному специалисту в данной области. Следующие шесть групп аминокислот являются примерами аминокислот, которые считаются консервативными заменами друг друга: i) аланин (A), серин (S) и треонин (T); ii) аспарагиновая кислота (D) и глутаминовая кислота (E); iii) аспарагин (N) и глутамин (Q); iv) аргинин (R) и лизин (K); v) изолейцин (I), лейцин (L), метионин (M) и валин (V); и vi) фенилаланин (F), тирозин (Y) и триптофан (W).

[0039] Антитело по изобретению может также включать «меченый» домен CH3 иммуноглобулина для облегчения обнаружения биологического вещества на фоне эндогенных антител. Более конкретно, меченый домен CH3 представляет собой эпитоп гетерогенного антитела, который был включен в одну или более структурных петель AB, EF или CD домена CH3 с происхождением из человеческого IgG. Метки CH3 предпочтительно включены в структурный контекст антитела подкласса IgG1, другие подклассы человеческого IgG, включая IgG2, IgG3 и IgG4, также доступны в соответствии с изобретением. Меченые эпитопом домены CH3, также называемые «каркасами CH3», могут быть включены в любое антитело по изобретению, имеющее константную область тяжелой цепи, обычно в форме Fc-части иммуноглобулина. Примеры меток каркаса CH3 и способы их включения в антитела раскрыты в заявке на патент РСТ № PCT/US19/32780. Антитела, используемые для детектирования меченых эпитопом каркасов CH3, обычно обозначаются в настоящем описании «детекторными антителами». Кроме того, антитело или антигенсвязывающий фрагмент могут содержат каркас CH3, содержащий по меньшей мере одну модификацию аминокислотной последовательности домена CH3 дикого типа, полученную из Fc-области иммуноглобулина.

[0040] Терапевтическая и диагностическая эффективность антитела по изобретению коррелирует с его аффинностью связывания с его антигеном-мишенью. Аффинность связывания можно рассчитать с помощью модификации метода Скэтчарда, описанного Frankel et al., Mol. Immunol., 16: 101-106, 1979. Альтернативно, аффинность связывания можно измерить по скорости диссоциации антитела от его антигена. Для измерения аффинности связывания также можно использовать различные другие методы, включая, например, поверхностный плазмонный резонанс (SPR), конкурентный радиоиммуноанализ, ИФА и проточную цитометрию.

[0041] Антитело, которое «специфически связывается с» антигеном, представляет собой антитело, которое связывается с антигеном с высокой аффинностью и не связывается в значительной степени с другими неродственные антигенами. Высокоаффинное связывание антитела с его антигеном опосредуется связывающим взаимодействием одной или более CDR антитела с эпитопом, также известным как антигенная детерминанта антигена-мишени. Эпитопы представляют собой определенные химические группы или пептидные последовательности в молекуле, которые являются антигенными, что означает, что они способны вызывать специфический иммунный ответ. Эпитоп, который специфически связывается с антителом по изобретению, может, например, содержаться в белке, экспрессируемом клетками одного или типов типов онкологических заболеваний. Обычно антитело проявляет «высокоаффинное связывание», если значение его константы диссоциации («KD») составляет 50 нМ или меньше. Следовательно, антитело по изобретению демонстрирует высокоаффинное связывание, если KD между антителом и эпсином 1 («EPN1») или его частью, которая содержит эпитоп антитела по изобретению, составляет 50 нМ или меньше. Например, антитело по изобретению демонстрирует высокоаффинное связывание с EPN1, если значение KD составляет 40 нМ или меньше, 30 нМ или меньше, 20 нМ или меньше, 10 нМ или меньше, 9 нМ или меньше, 8 нМ или меньше, 7 нМ или меньше, 6 нМ или меньше, 5 нМ или меньше, 4 нМ или меньше, 3 нМ или меньше, 2 нМ или меньше, или 1 нМ или меньше.

[0042] Высокоаффинное связывание антитела по изобретению можно, например, описать в отношении его связывания с клеткой, которая экспрессирует EPN1. Более конкретно, антитело по изобретению демонстрирует высокоаффинное связывания с клетками, экспрессирующими EPN1, если оно демонстрирует значение половины максимальной эффективной концентрации (ЕС50), составляющей 10 нМ или меньше, 9 нМ или меньше, 8 нМ или меньше, 7 нМ или меньше, 6 нМ или меньше, 5 нМ или меньше, 4 нМ или меньше, 3 нМ или меньше, 2 нМ или меньше, или 1 нМ или меньше.

[0043] Терапевтические и диагностические применения антител по изобретению могут включать иммуноконъюгаты. Как описано в настоящем документе, иммуноконъюгат представляет собой химерную молекулу, которая включает эффекторную молекулу, связанную с антителом по изобретению. Как упоминается в настоящем описании, эффекторная молекула представляет собой часть иммуноконъюгата, которая предназначена для оказания желаемого эффекта на клетку, на которую нацелен иммуноконъюгат, или эффекторная молекула может служить для увеличения периода полужизни или биодоступности антитела по изобретению. Общие примеры эффекторных молекул включают терапевтические агенты (такие как токсины и химиотерапевтические лекарственные средства), диагностические агенты (такие как детектируемые маркеры) и молекулы, увеличивающие период полужизни и биодоступность (такие как липиды).

[0044] Эффекторные молекулы могут быть связаны с антителом по изобретению с использованием любого количества способов, известных специалистам в данной области, включая средства ковалентного и нековалентного связывания. Процедура присоединения эффекторной молекулы к антителу может варьироваться в зависимости от химической структуры эффектора. Полипептиды обычно содержат множество функциональных групп, таких как группа карбоновой кислоты (COOH), группа свободного амина (-NH2) и сульфгидрильная (SH) группа, которые доступны для реакции с подходящей функциональной группой на антителе, что приводит к связыванию эффекторной молекулы. Альтернативно, антитело по изобретению можно модифицириовать, чтобы экспонириовать или присоединить дополнительные реакционноспособные функциональные группы. Модификация может включать присоединение любой из ряда известных линкерных молекул. Линкер может быть любой молекулой, используемой для присоединения антитела к эффекторной молекуле. Например, линкер может образовывать ковалентные связи как с антителом, так и с эффекторной молекулой. Подходящие линкеры хорошо известны специалистам в данной области и включают, но не ограничиваются ими, углеродные линкеры с прямой или разветвленной цепью, гетероциклические углеродные линкеры или пептидные линкеры. Если эффекторная молекула представляет собой полипептиды, линкеры могут быть присоединены к составляющим аминокислотам через их боковые группы, например, через дисульфидную связь с цистеином, или с альфа-углеродами аминогрупп и карбоксильных групп концевых аминокислот. Рекомбинантная технология может использоваться для превращения двух или более полипептидов, включая линкерные пептиды, в одну непрерывную полипептидную молекулу.

[0045] Терапевтические агенты, которые могут быть конъюгированы с антителом по изобретению, включают, но не ограничиваются ими, нуклеиновые кислоты, белки, пептиды, аминокислоты или производные, гликопротеины, радиоизотопы, липиды, углеводы, рекомбинантные вирусы или низкомолекулярные лекарственные средства. Терапевтические и диагностические фрагменты нуклеиновых кислот включают антисмысловые нуклеиновые кислоты, модифицированные олигонуклеотиды для ковалентного поперечного сшивания с одинарной или дуплексной ДНК и триплексообразующие олигонуклеотиды.

[0046] В некоторых вариантах осуществления терапевтические агенты могут также быть химиотерапевтическими агентами. Как упоминается в настоящем документе, химиотерапевтический агент представляет собой любой химический агент, включая радиоактивные агенты, с терапевтической полезностью при лечении заболеваний, характеризующихся аномальным ростом клеток. Такие заболевания включают опухоли, новообразования и рак, а также заболевания, характеризующиеся гиперпластическим ростом. Например, иммуноконъюгат по изобретению можно вводить пациенту как часть схемы лечения по меньшей мере одного типа онкологического заболевания или другого гиперпластического расстройства. Химиотерапевтическая молекула может быть непосредственно конъюгирована с антителом по изобретению или может быть включена в связанную систему инкапсуляции, такую как липосома или мицелла, которая содержит терапевтическую композицию, такую как лекарственное средство, нуклеиновую кислоту (такую как антисмысловая нуклеиновая кислота) или другой терапевтический фрагмент, который можно защитить от прямого экспонирования с системой кровообращения. Способы получения липосом, прикрепленных к антителам, хорошо известны специалистам в данной области (см., например, Пат. США № 4957735; и Connor et al., Pharm Ther 28: 341-365, 1985).

[0047] Как указано выше, терапевтические агенты по изобретению также могут быть токсинами. Примеры токсинов, которые могут быть связаны с антителом по изобретению, включают, но не ограничиваются ими, абрин, рицин, экзотоксин Pseudomonas («РЕ», такой как РЕ35, РЕ37, РЕ38 и РЕ40), дифтерийный токсин («DT»), ботулотоксин, сапорин, рестриктоцин, гелонин, буганин и их модифицированные токсины. Однако в целом токсин в контексте изобретения представляет собой молекулу, токсичную для клетки.

[0048] В некоторых случаях желательно освободить эффекторную молекулу от антитела, когда иммуноконъюгат достигнет своего сайта-мишени. Следовательно, в этих обстоятельствах иммуноконъюгаты будут содержать расщепляемые связи вблизи сайта-мишени. Расщепление линкера для высвобождения эффекторной молекулы из антитела по изобретению может быть вызвано ферментативной активностью или условиями, которым подвергается иммуноконъюгат, либо внутри клетки-мишени, либо поблизости от сайта-мишени. Альтернативно, после специфического связывания своего антигена-мишени антитело по изобретению может быть интернализовано клеткой, экспрессирующей антиген-мишень.

[0049] Терапевтические антитела по изобретению, включая терапевтические иммуноконъюгаты, можно использовать в способах предотвращения, лечения или улучшения состояния при заболевании у пациента. Более конкретно, терапевтические антитела по изобретению можно использовать для предотвращения, лечения или облегчения онкологического заболевания, например рака легких или меланомы. «Предотвращение» заболевания относится к ингибированию полного развития заболевания. «Лечение» относится к терапевтическому вмешательству, которое облегчает признак или симптом заболевания или патологического состояния после того, как оно начало развиваться, например, уменьшение опухолевой нагрузки или уменьшение размера метастазов. «Улучшение» относится к уменьшению количества или тяжести признаков или симптомов заболевания, такого как онкологическое заболевание. Способ предотвращения, лечения или облегчения онкологического заболевания может потребовать введения композиции, содержащей эффективное количество антитела по изобретению, пациенту для ингибирования роста или метастазирования опухоли, включающий выбор пациента с онкологическим заболеванием, при котором экспрессируется антиген-мишень антитела. Введенное антитело контактирует с опухолевыми клетками, другими словами, оно находится в прямой физической ассоциации с опухолевыми клетками, где антитело может связываться со своей мишенью и проводить цитотоксическую терапию.

[0050] «Онкологическое заболевание» относится к широкой группе различных заболеваний, характеризующихся неконтролируемым ростом аномальных клеток в организме. Нерегулируемое деление и рост клеток приводит к образованию злокачественных опухолей, которые проникают в соседние ткани, а также могут метастазировать в отдаленные части тела через лимфатическую систему или кровоток. «Злокачественное новообразование» или «опухолевая ткань» может включать опухоль. Примеры онкологических заболеваний, которые можно лечить способами настоящего раскрытия, включают, но не ограничиваются ими, рак легкого, такой как плоскоклеточная карцинома легкого, рак печени, такой как гепатоцеллюлярная карцинома, и рак кожи, такой как меланома. Действительно, способы по настоящему изобретению могут быть использованы для уменьшения размера опухоли или метастазов, или того и другого, опухоли, происходящей, например, из злокачественного новообразования, выбранного из рака легких, печени, кожи, груди, колоректального рака, гастроэзофагеального рака, рака яичников, рака предстательной железы, рака почек, рака мочевого пузыря, рака щитовидной железы, плоскоклеточной карпциномы головы и шеи, рака поджелудочной железы, В-клеточной лимфомы, множественной миеломы, неходжкинской лимфомы (NHL), острого миелоидного лейкоза (AML), острого лимфобластного лейкоза (ALL), болезни Ходжкина, или неходжкинской лимфомы (NHL).

[0051] В различных способах по изобретению терапевтически эффективное количество антитела вводят пациенту в количестве, достаточном для ингибирования роста, репликации или метастазирования опухолевых клеток или для ингибирования признака или симптома онкологического заболевания. Подходящие пациенты могут включать пациентов с диагностированным онкологическим заболеванием, при котором опухолевые клетки экспрессируют антиген-мишень антитела по изобретению. Терапевтически эффективное количество антитела по изобретению будет зависеть от тяжести онкологического заболевания и общего состояния здоровья пациента. Терапевтически эффективное количество антитела - это количество, которое обеспечивает либо субъективное облегчение симптома(ов), либо объективно идентифицируемое улучшение, как отмечает клиницист или другой квалифицированный специалист.

[0052] Антитела по изобретению, которые вводят нуждающимся в этом пациентам, приготовлено в виде композиции. Более конкретно, антитела могут быть приготовлены для системного введения или местного введения, такого как внутриопухолевое введение. Например, антитело по изобретению может быть приготовлено для парентерального введения, такого как внутривенное введение. Композиции могут быть приготовлены в виде стандартных лекарственных форм для введения пациенту. Количество и время введения остаются на усмотрение лечащего врача для достижения желаемого результата.

[0053] Введение антител по изобретению также может сопровождаться введением других противоопухолевых агентов, таких как химиотерапевтический агент, или терапевтического лечения, такого как хирургическая резекция опухоли. Любой подходящий противоопухолевый агент можно вводить в комбинации с описанными в настоящем документе антителами. Примеры противоопухолевых агентов включают, но не ограничиваются ими, химиотерапевтические агенты, такие как, например, митотические ингибиторы, алкилирующие агенты, антиметаболиты, интеркалирующие антибиотики, ингибиторы факторов роста, ингибиторы клеточного цикла, ферменты, ингибиторы топоизомеразы, агенты против выживания, модификаторы биологического ответа, антигормоны (например, антиандрогены) и антиангиогенные агенты. Другие противоопухолевые методы лечения включают лучевую терапию и другие антитела, которые специфически нацелены на опухолевые клетки.

[0054] Композиции для введения могут включать раствор антитела, растворенного в фармацевтически приемлемом носителе, таком как носитель на основе водного раствора. В общем, природа носителя будет зависеть от конкретного применяемого способа введения. Например, парентеральные составы обычно содержат жидкости для инъекций, которые включают фармацевтически и физиологически приемлемые жидкости, такие как вода, физиологический раствор, сбалансированные солевые растворы, водная декстроза или глицерин в качестве носителя. Для твердых композиций, таких как формы порошка, пилюль, таблеток или капсул, обычные нетоксичные твердые носители могут включать, например, фармацевтические категории маннита, лактозы, крахмала или стеарата магния. В дополнение к биологически нейтральным носителям фармацевтические композиции для введения могут содержать небольшие количества нетоксичных вспомогательных веществ, таких как смачивающие или эмульгирующие агенты, консерванты, буферные агенты pH и тому подобное, например ацетат натрия или монолаурат сорбитана. Вышеупомянутые растворы носителей стерильны и, как правило, не содержат нежелательных веществ, и их можно стерилизовать обычными, хорошо известными методами стерилизации. Композиции могут содержать фармацевтически приемлемые вспомогательные вещества, необходимые для приближения к физиологическим условиям, такие как регуляторы pH и буферные агенты, а также агенты, регулирующие токсичность, такие как ацетат натрия, хлорид натрия, хлорид калия, хлорид кальция и лактат натрия. Концентрация антитела в этих составах может широко варьироваться и будет выбираться, прежде всего, на основе объемов жидкости, вязкости, массы тела пациента и т. п. в соответствии с конкретным выбранным способом введения и потребностями пациента.

[0055] Варианты введения антитела по изобретению включают, но не ограничиваются этим, введение путем медленной инфузии или путем внутривенного введения или болюса. Перед введением композиция антитела по изобретению может быть предоставлена в лиофилизированной форме и регидратирована в стерильном растворе до желаемой концентрации перед введением. Затем раствор антитела можно добавить в инфузионный пакет, содержащий 0,9% хлорида натрия, USP, и в некоторых случаях ввести в дозировке от 0,5 до 15 мг/кг массы тела. В одном примере введения композиции антител по изобретению вводят более высокую нагрузочную дозу с последующими поддерживающими дозами на более низком уровне. Например, начальная загрузочная доза 4 мг/кг может вливаться в течение примерно 90 минут, а затем еженедельно вводят поддерживающую дозу в течение 4-8 недель по 2 мг/кг в течение 30 минут, если предыдущая доза хорошо переносилась.

[0056] Композиции антител по изобретению также могут представлять собой составами с контролируемым высвобождением. Парентеральные составы с контролируемым высвобождением, например, могут быть изготовлены в виде имплантатов или масляных инъекций. Системы частиц, включая микросферы, микрочастицы, микрокапсулы, нанокапсулы, наносферы и наночастицы, также могут быть использованы для доставки композиций антител по изобретению. Микрокапсулы, как здесь упоминается, содержат антитело по изобретению в качестве центрального компонента ядра. В микросферах антитело по изобретению диспергировано по всей частице. Частицы, микросферы и микрокапсулы размером менее чем примерно 1 мкм обычно называют наночастицами, наносферами и нанокапсулами, соответственно.

[0057] Как описано выше, антитела по изобретению также могут быть полезны для диагностики или мониторинга наличия патологического состояния, такого как онкологическое заболевание, но не ограничиваясь этим. Более конкретно, способы по изобретению полезны для детектирования экспрессии антигенной мишени антитела по изобретению. Детектирование может быть in vitro или in vivo. Для диагностического детектирования in vitro может использоваться любой образец ткани, включая, помимо прочего, ткань из биопсийных, аутопсийных и патологических образцов. Биологические образцы включают срезы тканей, например замороженные срезы, взятые для гистологических целей. Биологические образцы также включают жидкости организма, такие как кровь, сыворотка, плазма, мокрота, спинномозговая жидкость или моча.

[0058] Способ определяет, имеется ли у пациента онкологическое заболевание, путем контактирования образца, такого как биопсия, взятого от пациента, с антителом по изобретению; и детектирование связывания антитела с его антигеном-мишенью, присутствующим в образце. Увеличение связывания антитела с его антигеном-мишенью в образце по сравнению со связыванием антитела в контрольном образце указывает на наличие у пациента онкологического заболевания, например рака легких, такого как плоскоклеточный рак легкого, или гепатоцеллюлярная карцинома, или меланома, или любой другой тип онкологического заболевания, включая различные онкологические заболевания, раскрытые выше, при которых экспрессируются антиген-мишень EPN1 антитела по изобретению. Как правило, контрольный образец представляет собой образец от пациента, не страдающего онкологическим заболеванием.

[0059] Диагностические методы различаются по чувствительности и специфичности. «Чувствительность» диагностического анализа представляет собой процент заболевших индивидуумов, у которых результат теста положительный (процент истинно положительных результатов). «Специфичность» диагностического анализа равна единице минус количество ложноположительных результатов, где частота ложноположительных результатов определяется как доля тех, у кого нет заболевания, но у которых результат теста положительный. Хотя конкретный диагностический метод может не обеспечить окончательной диагностики состояния, его достаточно, если метод дает положительное указание, которое помогает в диагностике. «Прогностический» - это вероятность развития (например, тяжести) патологического состояния, такого как рак печени или метастаз.

[0060] Антитела по изобретению могут быть связаны с детектируемой меткой с образованием иммуноконъюгатов, которые можно использовать в качестве диагностических агентов. Детектируемая метка, упомянутая в настоящем описании, представляет собой соединение или композицию, которые прямо или косвенно конъюгированы с антителом по изобретению с целью облегчения детектирования молекулы, которая коррелирует с наличием заболевания, такой как, например, антиген опухолевых клеток, который является антигенной мишенью антитела по изобретению. Детектируемые метки, пригодные для таких целей, хорошо известны в данной области и включают: радиоактивные изотопы, такие как ³⁵S, ¹¹C, ¹³N, ¹⁵O, ¹⁸F, ¹⁹F, технеций-99m (^"99mTc), ¹³¹I, ³H, ¹⁴C, ¹⁵N, ⁹⁰Y, ¹¹¹In и ¹²⁵I; флуорофоры; хемилюминесцентные агенты; ферментные метки, такие как пероксидаза хрена, бета-галактозидаза, люцифераза, щелочная фосфатаза; биотинильные группы; заранее определенные полипептидные эпитопы, распознаваемые вторичным репортером, такие как парные последовательности «лейциновой молнии», сайты связывания для вторичных антител, металлсвязывающие домены, эпитопные метки и магнитные агенты, такие как хелаты гадолиния. Меченое антитело по изобретению также может обозначаться «меченым антителом». Для некоторых антител по изобретению метки прикреплены с помощью спейсеров различной длины для уменьшения потенциальных стерических затруднений.

[0061] Диагностический метод, включающий стадию использования антитела по изобретению, может в некоторых случаях представлять собой иммуноанализ. Хотя детали иммуноанализов могут варьироваться в зависимости от конкретного используемого формата, способ детектирования антигенной мишени антитела по изобретению в биологическом образце обычно включает стадии контактирования биологического образца с антителом, которое специфически реагирует с антигеном, в иммунологически реактивных условиях с образованием иммунного комплекса. Присутствие образовавшегося иммунного комплекса можно детектировать прямо или косвенно. Другими словами, антитело по изобретению может действовать как первичное антитело (1° Ab) в диагностическом методе, а меченое антитело, специфичное для антитела по изобретению, функционирует как антитело 2° Ab. В случае косвенного детектирования иммунного комплекса использование антитела по изобретению для диагностического метода также будет включать использование меченого вторичного антитела (2° Ab) для детектирования связывания первичного антитела - антитела по изобретению - с его антигеном-мишенью. Подходящие детектируемые метки для вторичных антител включают метки, описанные выше, для антител по изобретению, меченных напрямую. 2° Ab, используемое в диагностическом способе по изобретению, также может быть «детекторным антителом», как определено выше, для использования в сочетании с антителом по изобретению, которое содержит метку эпитопа CH3, как описано в Заявка на патент РСТ № PCT/US19/32780.

[0062] Антитела по изобретению также можно использовать для сортировки клеток, активируемых флуоресценцией (FACS). FACS-анализ популяции клеток использует множество цветовых каналов, каналы детектирования малоуглового и тупоуглового светорассеяния и каналы импеданса, среди других более сложных уровней детектирования, для разделения или сортировки клеток (см. Пат. США № 5061620).

[0063] Реагенты, используемые в диагностическом применении антитела по изобретению, как описано выше, могут быть предоставлены в наборе для детектирования антигена-мишени антитела по изобретению в биологическом образце, таком как образец крови или образец ткани. Такой набор можно использовать для подтверждения диагноза онкологического заболевания у пациента. Например, диагностический набор, содержащий антитело по изобретению, можно использовать для выполнения гистологического исследования опухолевых клеток в образце ткани, полученном при биопсии. В более конкретном примере набор может включать антитела по изобретению, которые можно использовать для детектирования клеток рака легкого в ткани или клетках, полученных при выполнении биопсии легкого. В альтернативном конкретном примере набор может включать антитела по изобретению, которые можно использовать для детектирования клеток гепатоцеллюлярной карциномы при биопсии печени. Кроме того, в альтернативном конкретном примере набор может включать антитела по изобретению, которые могут использоваться для детектирования меланомы в ткани или клетках, полученных при выполнении биопсии.

[0064] Наборы для детектирования антигена-мишени антитела по изобретению обычно включают антитело по изобретению в форме моноклонального антитела или его фрагмента, такого как фрагмент scFv, домен VH или Fab. Антитело может быть немеченым или меченым детектируемым маркером, таким как флуоресцентная, радиоактивная или ферментативная метка, как описано выше. Набор также обычно включает инструкции, раскрывающие способы применения антитела по изобретению. Инструкции могут быть написаны в электронной форме, такой как портативный жесткий диск, и материалы также могут быть визуальными, например видеофайлами. Инструкции могут также относиться к веб-сайтам или ссылкам на прикладное программное обеспечение, такое как мобильное устройство или компьютерное «приложение», которое предоставляет инструкции. Набор может также включать дополнительные компоненты для облегчения конкретного применения, для которого предназначен набор. Например, набор может также содержать средства обнаружения метки (такие как ферментные субстраты для ферментативных меток, наборы фильтров для детектирования флуоресцентных меток, соответствующие вторичные метки, такие как вторичное антитело, и т. п.). Буферы и другие реагенты, которые обычно используются в способах использования антител по изобретению для диагностических целей, также могут быть включены в набор по изобретению.

[0065] Антитела по изобретению могут быть получены с помощью различных рекомбинантных систем экспрессии. Другими словами, антитела могут быть получены путем экспрессии последовательностей нуклеиновых кислот, кодирующих их аминокислотные последовательности, в культуре живых клеток. «Выделенное» антитело по изобретению представляет собой антитело, которое было по существу отделено или очищено от других биологических компонентов окружающей среды, таких как клетка, белки и органеллы. Например, антитело может быть выделено, если оно очищено до степени: i) более чем 95%, 96%, 97%, 98% или 99% по массе белка, как определено методом Лоури, и, альтернативно, до более чем 99% по массе; ii) до степени, достаточной для получения по меньшей мере 15 остатков N-концевой или внутренней аминокислотной последовательности с использованием секвенатора с вращающимся стаканом; iii) до гомогенности с помощью SDS-PAGE в восстанавливающих или не восстанавливающих условиях с использованием окрашивания кумасси синим или серебром. Выделенное антитело также может быть антителом по изобретению, которое находится in situ в рекомбинантных клетках, поскольку по меньшей мере один компонент естественного окружения антитела не будет присутствовать. Обычно, однако, выделенное антитело будет получено с помощью по меньшей мере одной стадии очистки.

[0066] Для экспрессии антитела по изобретению можно использовать различные векторные системы экспрессии в хозяине путем трансформации или трансфекции клеток соответствующими нуклеотидными кодирующими последовательностями антитела по изобретению. Примеры экспрессирующих клеток-хозяев включают, но не ограничиваются ими: бактерии, такие как E.coli и B. Subtilis, которые можно трансфецировать кодирующими последовательностями антител, содержащимися в рекомбинантной ДНК бактериофага, плазмидной ДНК или экспрессирующих векторах космидной ДНК; Дрожжи, такие как Saccharomyces и Pichia, трансформированные рекомбинантными экспрессирующими векторами дрожжей, содержащими кодирующие последовательности антитела; Системы клеток насекомых, инфицированные экспрессирующими векторами рекомбинантных вирусов, такими как бакуловины, содержащие последовательности, кодирующие антитела; Системы растительных клеток, инфицированные рекомбинантными экспрессирующими вирусными векторами, такими как вирус мозаики цветной капусты («CaMV») или вирус табачной мозаики («TMV»), содержащие последовательности, кодирующие антитела; и клеточные системы млекопитающих, такие как, но не ограничиваясь ими, COS, клетки яичника китайского хомяка («СНО»), ExpiCHO, клетки почек новорожденного хомяка («ВНК»), HEK293, Expi293, 3T3, клетки NSO, несущие рекомбинантные экспрессионные конструкции, содержащие промоторы, происходящие из генома клеток млекопитающих, такие как промотор металлотионеина или промотор фактора элонгации I альфа, или из вирусов млекопитающих, такие как поздний промотор аденовируса и промотор 7.5K вируса осповакцины. Например, клетки млекопитающих, такие как эмбриональные клетки почки человека 293 (HEK293) или их производные, такие как Expi293, в сочетании с вектором с двойным промотором, который включает промоторы фактора элонгации 1 альфа мыши и крысы для экспрессии фрагментов тяжелой и легкой цепей, соответственно, представляет собой эффективную систему экспрессии антител по изобретению, которую можно преимущественно выбрать в зависимости от применения, предназначенного для экспрессируемой молекулы антитела.

[0067] Когда необходимо получить большое количество антитела по изобретению для получения фармацевтической композиции антитела, могут быть желательны векторы, которые управляют экспрессией на высоком уровне легко очищаемых продуктов слияния белков. Такие векторы включают, но не ограничиваются ими: вектор pUR278 (Ruther et al. EMBO J. 2: 1791 (1983)), в котором последовательность, кодирующая антитело, может быть лигирована индивидуально в вектор в рамке с кодирующей областью lac Z, так что образуется слитый белок; вектор plN (Inouye & Inouye, Nucleic Acids Res. 13: 3101-3109 (1985), и Van Heeke & Schuster, J. Biol. Chem. 24: 5503-5509 (1989)); векторы pGEX для слияния антител по изобретению с глутатион-S-трансферазой («GST»). Слитый белок GST и антитела по изобретению и полипептидной метки является растворимым и может быть легко очищен от лизированных клеток путем адсорбции и связывания с матриксными гранулами глутатион-агарозы с последующей элюцией в присутствии свободного глутатиона. Векторы pGEX, напротив, предназначены для включения сайтов расщепления протеазой тромбина или фактора Ха, так что клонированный продукт целевого гена - антитела по изобретению - может высвобождаться от фрагмента GST.

[0068] Также может быть выбрана система экспрессирующих клеток-хозяев, которая модулирует экспрессию встроенной последовательности (последовательностей), кодирующих антитело по изобретению, или модифицирует и процессирует продукт гена, как необходимо. Например, модификации, включая гликозилирование и процессинг, такие как расщепление белковых продуктов, могут быть важны для функции белка. Действительно, разные клетки-хозяева обладают характерными и специфическими механизмами посттрансляционного процессинга и модификации белков и генных продуктов. С этой целью можно использовать эукариотические клетки-хозяева, которые обладают подходящим клеточным механизмом для правильного процессинга первичного транскрипта, а также гликозилирования и фосфорилирования генного продукта по изобретению.

[0069] Вектор, используемый для получения антитела по изобретению, включает молекулу нуклеиновой кислоты, кодирующую по меньшей мере часть этого конкретного антитела. Например, такая последовательность нуклеиновой кислоты может содержать последовательность ДНК, соответствующую SEQ ID NO: 3, или ее части. Таким образом, первая нуклеиновая кислота, кодирующая по меньшей мере часть антитела по изобретению, которая функционально связана со второй последовательностью нуклеиновой кислоты, которая находится в функциональной связи с первой последовательностью нуклеиновой кислоты, такой как промотор, представляет собой нуклеиновую кислоту по изобретению. Функциональная связь существует, если связанная промоторная последовательность влияет на транскрипцию или экспрессию кодирующей последовательности. Обычно функционально связанные последовательности ДНК являются смежными и могут также присоединяться к двум или более областям, кодирующим белок, в одной и той же рамке считывания.

[0070] Когда нуклеиновая кислота, содержащая последовательность ДНК по настоящему изобретению, по существу отделена или очищена от других биологических компонентов в окружающей среде, таких как клетка, другие хромосомные и внехромосомные ДНК и РНК, белки и органеллы, ее можно рассматривать как «выделенную нуклеиновую кислоту» по изобретению. Например, нуклеиновая кислота, очищенная стандартными методами очистки, представляет собой выделенную нуклеиновую кислоту.

[0071] Нуклеиновые кислоты по изобретению также включают вырожденные варианты нуклеотидов, кодирующих антитело по изобретению. Более конкретно, «вырожденный вариант» относится к полинуклеотиду, который кодирует антитело по изобретению, но является вырожденным в результате генетического кода. В соответствии с изобретением включены все вырожденные нуклеотидные последовательности, если аминокислотная последовательность кодируемого антитела специфически связывается с антигенной мишенью антитела по изобретению.

Примеры

[0072] В следующих примерах описано выделение и характеристика антитела IMM20059, которое связывается с EPN1.

[0073] Пример 1. Выделение гибридомы человека, продуцирующей антитело, которое связывается с поверхностью интактных опухолевых клеток человека. На Фиг. 1 показано детектирование антител, продуцируемых клетками гибридомы PR045-2H11, которые были получены путем слияния человеческих В-клеток, выделенных из лимфатического узла пациента с раком головы и шеи, с линией клеток-партнеров слияния B5-6T. Слияние человеческих В-клеток с В5-6Т-клетками осуществляли методом электрослияния, по существу, как описано в патенте США № 8999707 («Способ получения гибридных клеток, которые экспрессируют полезные антитела»). После слияния гиридомы высевали на чашки и оставляли для роста в течение примерно двух недель. Кондиционированные среды из IgG-положительных гибридом затем собирали и проверяли на способность антител связываться с поверхностью линий опухолевых клеток. Связывание продуцируемых PR045-2H11 Ab с пулами живых, интактных линий опухолевых клеток детектировали с помощью меченых флуорофором козьих вторичных антител против IgG человека в комбинации с системой визуализации LI-COR Odyssey™ Sa, сконфигурированной для 96-луночных планшетов. Перед скринингом опухолевые клетки смешивали в равных пропорциях, аликвоты пулов помещали в 96-луночные планшеты и оставляли для прикрепления на 24-48 часов. Супернатанты гибридом разбавляли средой, содержащей азид натрия, до конечной концентрации 0,1%. Для оценки активности в скрининговом анализе использовали три различных положительных контроля: 1) смесь антител против базигина, против EGFR и против ERBB2 (BCH) в равных соотношениях помещали в 3-точечные серийные разведения 1:5, начиная с концентрации 100 нг/мл каждая; 2) двухточечное титрование смеси mAb против CEA и против интегрина, содержащей 100 нг/мл или 20 нг/мл каждого антитела; и 3) одна концентрация mAb против CD29 (500 нг/мл). Одно вторичное антитело использовали в качестве отрицательного контроля. Комбинация контролей обеспечила диапазон абсолютных интенсивностей сигнала как для пулов клеточных линий, так и для диапазона детектирования прибора LI-COR. Сигналы детектирования для PR045-2H11 показали увеличение сигнала на 177% по сравнению с исходным положительным контролем. Все лунки, содержащие гибридомы, которые показали, по меньшей мере, 15% увеличение сигнала по сравнению с исходным положительным контролем, представлены на Фигуре 2.

[0074] Пример 2. Гибридома PR045-2H11 продуцирует IgG с вариабельными доменами IGHV3/IGK. Нуклеотидные последовательности, кодирующие вариабельные домены тяжелой цепи (VH) и вариабельные домены легкой цепи (VL) антител, продуцируемых PR045-2H11, были получены с помощью RT-PCR-амплификации РНК, выделенной из клеток гибридомы PR045-2H11, и полученную кДНК антитела подвергали реакциям секвенирования. SEQ ID NO: 1 соответствует VH, а SEQ ID NO: 5 соответствует VL Ab, продуцируемых PR045-2H11. Используемая в настоящем описании стратегия ПЦР не была разработана для амплификации областей, соответствующих самой крайней 5’-части каркаса 1 вариабельных доменов. Назначение генов тяжелой цепи V Ig (IGHV) и локуса каппа иммуноглобулина (IGKL) было предсказано на основе гомологии с известными последовательностями генов зародышевой линии и использовано в качестве суррогатов для истинных 5’-концов последовательностей VH и VL.

[0075] Кодирующая область доменов VH и VL имеет признаки соматической гипермутации, отличаясь от последовательностей зародышевой линии на 15 и 14 нуклеотидов, соответственно. Полноразмерный фрагмент экспрессии PR045-2H11 VH (SEQ ID NO: 3) был создан с использованием последовательности зародышевой линии, соответствующей 5'-концу каркаса 1 IGHV3-48*02. Полноразмерный фрагмент экспрессии PR045-2H11 VL (SEQ ID NO: 7) был получен с использованием последовательности зародышевой линии, соответствующей 5’-концу каркаса 1 IGKV3-11*01. Фрагменты, соответствующие доменам SEQ ID NO: 3 и SEQ ID NO: 7, были синтезированы с дополнительными 5’- и 3’-удлинениями для облегчения клонирования по Гибсону в экспрессирующий вектор IgG1 с двойным промотором. Фрагменты, соответствующие доменам SEQ ID NO: 3 и SEQ ID NO: 7, были синтезированы с дополнительными 5’- и 3’-удлинениями для облегчения клонирования по Гибсону в экспрессирующий вектор IgG1 с двойным промотором. Точно так же фрагменты ДНК, кодирующие VH (SEQ ID NO: 4) и VL (SEQ ID NO: 8) PR045-2H11, были клонированы в двухвекторную систему экспрессии IgG1 человека. Полноразмерные аминокислотные последовательности тяжелой и легкой цепей, кодируемые обеими векторными системами, соответствуют SEQ ID NO 15 и SEQ ID NO: 16, соответственно.

[0076] Пример 3: IMM20059, рекомбинантная форма Ab PR045-2H11, связывается с поверхностью линий опухолевых клеток. Полноразмерное антитело IgG1, содержащее VH- и VL-домены PR045-2H11 Ab, экспрессировали рекомбинантно путем транзиторной трансфекции в клеточные линии млекопитающих, такие как клетки яичника китайского хомяка (CHO) и эмбриональные клетки почки человека (HEK), или производные этих клеточных линий, используя стандартные условия. Рекомбинантное антитело, обозначенное как IMM20059, очищали из кондиционированной среды с помощью аффинной хроматографии, заменяли буфер на PBS и анализировали на активность проточной цитометрией. IMM20059 проявлял связывающую активность, соответствующую исходному антителу, продуцируемому гибридомой PR045-2H11. IMM20059 в разной степени связывается с поверхностями клеток, включенных в панель человеческих опухолевых клеток, иммортализованных нормальных человеческих клеточных линий и опухолевых мышиных клеточных линий мыши (Таблица 1). Как изображено на Фиг. 3 и 4, IMM20059 демонстрирует насыщающееся связывание с поверхностью клеток клеточных линий аденокарциномы легкого A549 и гепатоцеллюлярной карциномы Huh7, соответственно, при анализе с помощью проточной цитометрии. IMM20059 связывается с A549 и Huh7 с EC50 0,9 и 1,3 мкг/мл, соответственно. Эти значения соответствуют значениям EC50 в диапазоне 6-9 нМ.

Таблица 1: Связывание IMM20059 с различными клеточными линиями

Опухолевая клеточная линия человека	MFI	STD	Нормальная клеточная линия человека	MFI	STD	Опухолевая клеточная линия мыши	MFI	STD
OE21	46	27	MRC5	9	N/A	4T1	8	0
HepG2	39	47	CCD841con	8	N/A	EMT6	6	3
H460	30	5	HEK293	5	N/A	CT-26	6	4
Huh7	26	9	BJ	3	N/A	B16F0	5	2
P29 Clone1	21	N/A
H1735	21	6
22Rv1	20	4
WM1366	17	2
MFE296	17	10
OVCAR3	16	N/A
H660	16	2
SKMEL28	15	1
769p	14	11
A431	14	10
SW480	13	6
CAL27	13	13
RT4	12	N/A
DMS114	12	11
LNCAP	11	1
ES2	9	6
CAOV3	8	N/A
A549	8	4
TOV112D	7	4
786o	7	N/A
ACHN	7	N/A
PC3	7	1
FLO1	6	2
HT29	6	6
Calu6	6	3
T47D	5	2
OE19	5	3
NTERA	5	N/A
HCT116	5	2
SCC15	5	N/A
A375	5	3
FADU	5	3
DU145	4	0
MDAMB231	4	N/A
N87	4	N/A
WM3211	3	N/A
HeLa	3	1
PSN1	3	N/A
HT1197	3	N/A
H522	3	2
MCF7	2	N/A
HCT15	2	N/A

MFI=средний показатель флуоресценции выше контроля изотипа; STD=стандартное отклонение; N/A=не выполнялось достаточное количество раз, чтобы получить STD

[0077] Пример 4. IMM20059 связывается с EPN1. Эксперименты по иммунопреципитации, проведенные для идентификации антигена-мишени, связанного с IMM20059, последовательно идентифицировали полосу белка приблизительно 65 кДа (Фиг. 5). Масс-спектрометрический анализ полосы иммунопреципитации идентифицировал белок как EPN1. Способность IMM20059 связываться с EPN1 была подтверждена в серии анализов in vitro. Как показано на Фигуре 6, IMM20059 селективно, дозозависимым образом, связывается с рекомбинантным EPN1 по сравнению с его гомологом EPN2.

[0078] Затем IMM20059 подвергали скринингу с использованием анализа перекрестной реактивности антител с высокой специфичностью на микрочипе CDI Human Proteome (HuProt). В этом анализе белки, соответствующие примерно 80% протеома человека, наносили в нативном формате на микрочип и использовали для исследования специфичности IMM20059. Более конкретно, IMM20059 (1 мкг/мл) инкубировали в течение ночи при 4°C против нативного CDI HuProt чипа с EPN1 (Origene, номер по каталогу TP307099), добавленным к чипу в качестве дополнительного контроля. Микропланшеты промывали, и связывание IMM20059 было обнаружено с помощью вторичного антитела против H+L, конъюгированного с Alexa-647. Неспецифические сигналы, связанные с вторичным антителом, исключались из любого анализа. Селективное связывание с белками-мишенями анализировали по комбинации общей интенсивности сигнала, Z-балла для определения воспроизводимости связывания с репликами на каждом планшете и S-балла для определения разницы в селективности по сравнению с возможными мишенями. S-балл > 3 между лучшим вариантом и занимающим второе место считается показателем специфичности для лучшего варианта.

[0079] Как показано в Таблице 2. IMM20059 связывался как с EPN1, обычно находящемуся на чипе, так и с добавленным контрольным EPN1, как два из шести лучших вариантов на чипе. Интенсивность сигнала превышала максимальный порог для каждого из этих шести белков, предполагая возможность некоторой перекрестной реактивности с альтернативными белками. IMM20059 показал селективность к EPN1 по сравнению с EPN3 в анализе High-Spec. EPN3 присутствует на белковом чипе, но не проявляет селективного связывания.

Таблица 2. Связывание IMM20065 с протеомом человека в формате белкового микрочипа

CDI Нативный чип
Ранг	Белок	Z-балл	S-балл	F635
1	EPN1	50,022	0	65535
2	EPN1	50,022	0	65535
3	SF3B4	50,022	0	65535
4	RALGDS	50,022	0	65535
5	MAPK7	50,022	0	65535
6	C4orf19	50,022	12,593	65535
7	WIPF1	37,429	9,67	49060
8	SH3BP1	27,759	6,119	36409
9	RBM12	21,64	2,134	28404
10	DBN1	19,506	0,708	25611

[0080] Основанное на CRISPR нарушение гена EPN1 в клетках HEK293 лишает IMM20059 способности связываться с этими клетками. Анализ на основе проточной цитометрии фиксированных и пермеабилизованных родительских клеток и EPN1 -/- клеток проводили с IMM20059 и коммерчески доступным антителом против EPN1. Оба антитела демонстрируют эквивалентный уровень связывания с родительскими клетками HEK293, которое теряется в клоне EPN1 -/- (Фиг. 7). Остаточное связывание с клоном EPN1 -/- как коммерческими mAb против EPN1, так и IMM20059 предполагает, что либо клон на самом деле представляет собой смешанную популяцию, которая включает клетки, экспрессирующие EPN1, либо эти два антитела в одинаковой степени перекрестно реактивны с белком-мишенью, отличным от EPN1.

[0081] IMM20059 и коммерчески доступные мышиные антитела против huEPN1 использовали в качестве первичных антител для визуализации локализации EPN1 в клетках клеточной линии рака легкого человека H460. В соответствии с известной мембранной локализацией EPN1 оба антитела демонстрировали окрашивание мембраны при визуализации с помощью иммунофлуоресценции с использованием меченных флуорофором вторичных антител с соответствующей видоспецифичностью для детектирования связанных первичных антител (Фиг. 7 и 8).

[0082] Силу взаимодействия с рекомбинантным EPN1 дополнительно определяли поверхностным плазмонным резонансом на BIAcore2000 при 25°C в стандартном рабочем буфере (10 мМ HEPES, 150 мМ NaCl, 0,005% Tween-20, 0,2 мг/мл BSA, pH 7,4). Поверхности Протеина А регенерировали между циклами связывания с помощью 150 мМ фосфорной кислоты. IMM20059 или контроль изотипа были захвачены на сенсорной поверхности CM5/Протеин A для генерации поверхности связывания и контроля; IMM20059 был захвачен примерно при 200 и 450 RU, контроль изотипа был захвачен с плотностью примерно 600 RU. Связывание рекомбинантного EPN1 с каждой из трех поверхностей тестировали в трех экземплярах, используя серию трехкратных разведений, начиная с 33,3 нМ в качестве самой большой концентрации. Связывание EPN1 наблюдали как с поверхностью IMM20059 с высокой (450 RU), так и с низкой (200 RU) плотностью. Никакого связывания с контрольной поверхностью изотипа не наблюдалось в этих условиях при любой тестируемой концентрации. Данные двойного вычитания, полученные из связывания, измеренного с поверхностью 450 RU IMM20059, соответствовали модели связывания 1:1. Как показано в Таблице 3, IMM20059 продемонстрировал воспроизводимое связывание с EPN1 со средней KD 950 +/- 10 пМ.

Таблица 3 Параметры связывания, определенные для IMM20059/EPN1 при 25°C

Тест	k _a (M ^-1 с ^-1 )	k _d (с ^-1 )	K _D (пM)
1	7,3(2)e5	7,05(7)e-1	960(20)
2	7,87(7)e5	7,36(7)e-4	940(10)
3	7,6(1)e5	7,21(8)e-4	950(10)
Среднее	7,6[3]e5	7,2[2]e-4	950[10]
Цифры в скобках - это ошибки в последних знаках для соответствий, определенных в отдельных тестах. Цифры в квадратных скобках - экспериментальные ошибки, определенные в трех тестах.

[0083] В соответствии с данными о связывании дотблотинга, анализ SPR продемонстрировал, что IMM20059 избирательно связывается с EPN1 по сравнению с EPN2. IMM20059 был захвачен с четырьмя различными поверхностными плотностями (500, 1000, 2600 и 2800 RU) на сенсорном чипе CM5/Протеин A с использованием 10 мМ HEPES, pH 7,4, 150 мМ NaCl, 0,005% Tween-20, 0,2 мг/мл BSA в качестве рабочего буфера. EPN1 (Origene Cat # TP307099) или EPN2 (Origene Cat # TP310899) разбавляли в рабочем буфере как до 200 нМ, так и до 20 нМ и анализировали на способность связываться с иммобилизованным IMM20059 при 25°C. Во всех этих условиях IMM20059 прочно связывался с EPN1 (Таблица 3), но не демонстрировал никакого связывания с EPN2. Однако, как подробно описано в Таблице 4, наблюдаемые скорости диссоциации для связывания с EPN1 зависели от поверхностной плотности IMM20059, причем скорость диссоциации на поверхности 500RU была в 2,4 раза выше, чем скорость диссоциации, измеренная на поверхности с плотностью 2800 RU. Эти данные предполагают возможность того, что EPN1 может быть мультимеризующимся либо в растворе, либо при связывании с поверхностью чипа, что может вызывать эффект авидности к связывающему взаимодействию и изменять кажущуюся KD взаимодействия.

Таблица 4 Связывание EPN1 с различной поверхностной плотностью IMM20059

Плотность (RU)	k _a (M ^-1 с ^-1 )	k _d (с ^-1 )	K _D (пM)
2800	2,93(2)e5	2,43(5)e-4	827(2)
2600	2,54(3)e5	2,67(8)e-4	1050(3)
1000	2,98(3)e5	4,54(8)e-4	1521(3)
500	2,44(4)e5	5,87(1)e-4	2404(5)
Цифры в скобках - это ошибки в последних знаках для соответствий, определенных в отдельных тестах.

[0084] Связывание EPN1 с IMM20059 оценивали, когда антитело захватывали в стандартном рабочем буфере на поверхность сенсорного чипа C1/Протеин A при плотности приблизительно 50 RU. Предполагается, что комбинация карбоксиметилированной, свободной от матрикса поверхности чипа C1 и низкой плотности IMM20059 ограничит активное связывание. Серия трехкратных разведений EPN1 до 200 нМ в рабочем буфере пропускалась по поверхности при 25°C, и было показано, что он связывается с поверхностью IMM20059 с сопоставимой скоростью ассоциации (Таблица 5). Однако наблюдаемая скорость диссоциации была примерно на порядок выше в этих условиях, что приводило к примерно 10-кратному снижению измеренной собственной аффинности связывания.

Таблица 5. Параметры связывания, определенные для IMM20059/EPN1 при 25°C на чипе C1/Протеин A

антиген	k _a (M ^-1 с ^-1 )	k _d (с ^-1 )	K _D (нM)
EPN1	2,99(8)e5	3,03(1)e-3	10,1(3)
Цифры в скобках - это ошибки в последних знаках для соответствий, определенных в отдельных тестах.

[0085] Пример 5. IMM20059 связывается с остатками внутри высококонсервативной области EPN1. Эксперименты по перекрестному связыванию были проведены для определения с высоким разрешением эпитопа на EPN1, который связывается IMM20059. Слитый белок GST-EPN1 (NovusBiologicals, № по каталогу H00029924-P01; SEQ ID NO: 17) служил в качестве антигена-мишени для экспериментов по перекрестному связыванию. Белковый комплекс IMM20059/EPN1 был сформирован, инкубирован с дейтерированными сшивающими агентами и подвергнут мультиферментативному расщеплению трипсином, химотрипсином, ASP-N, эластазой и термолизином. После обогащения перекрестно связанными пептидами образцы анализировали масс-спектрометрией высокого разрешения (nLC-LTQ-Orbitrap MS), а полученные данные анализировали с использованием программного обеспечения XQuest и Stavrox.

[0086] Анализ MS/MS nLC-orbitrap обнаружил восемь перекрестно связанных пептидов между EPN1 и IMM20059 (Таблица 6). Взаимодействия картируются на двух областях домена N-концевой гомологии эпсина («ENTH») EPN1, причем перекрестные связи были идентифицированы в аминокислотных положениях 101, 111, 124, 135 и 141 SEQ ID NO: 18. Физическое расположение этих перекрестных связей в домене ENTH моделировали в кристаллической структуре домена EPN1 ENTH крысы (RCSB PDB: 1EDU). EPN1 человека на 100% идентичен по домену ENTH и более чем на 96% в целом идентичен EPN1 крысы и мыши (Фиг. 13). Как изображено на Фигуре 10, остатки, идентифицированные как перекрестно связывающиеся с EPN1, находятся на одной стороне домена ENTH в физической близости друг к другу.

[0087] В отличие от идентичности, наблюдаемой в EPN1 между видами, человеческий EPN1 только на 56,7% и 49,6% идентичен человеческому EPN2 и EPN3, соответственно (Фиг. 14). Как показано на Фиг. 11 и 12, ряд аминокислотных различий картирован на интерфейсе, идентифицированном как связывающийся с IMM20059. Эти различия служат обоснованием селективности IMM20059 для EPN1 по сравнению с EPN2 или EPN3.

Таблица 6. Перекрестно связанные пептиды, идентифицированные между IMM20059 и EPN1

Последовательности связанных пептидов	Фермент для расщепления	IMM20059 пептиды			EPN1 пептиды
Последовательности связанных пептидов	Фермент для расщепления	Аминокислоты	Вариабельный домен	CDR	EPN1 пептиды
GLEWVSYISSNSTTIYYADSVKGRFTISR (SEQ ID NO: 19)- ENMYAVQTLK(SEQ ID NO: 26)	Трипсин	44-72	HC	H2	98-107
YNWLTFGGGTK (SEQ ID NO: 20)- DFQYVDR(SEQ ID NO: 27)	Трипсин	92-102	LC	L3	108-114
GLEWVSYISSNSTTIYYADSVKGR (SEQ ID NO: 21)- DFQYVDRDGK(SEQ ID NO: 28)	Трипсин	44-67	HC	H2	108-117
ATGIPAR (SEQ ID NO: 22)-DGKDQGVNVREK(SEQ ID NO: 29)	Трипсин	55-61	LC	L2	115-126
LSCAASGFTFSIHSLNWVR (SEQ ID NO: 23)-DQGVNVREK(SEQ ID NO: 30)	Трипсин	20-38	HC	H1	118-126
ATLSCR (SEQ ID NO: 24)- AKQLVALLRDEDR(SEQ ID NO: 31)	Трипсин	19-24	LC	L1	127-139
SIHSLNW (SEQ ID NO: 25)-RDEDRLREERAHALKTKEKL(SEQ ID NO: 32)	Химотрипсин	30-36	HC	H1	135-154

Подчеркнутые пептидные последовательности в каждом комплексе соответствуют последовательности, полученной из IMM20059. Пептиды, соответствующие SEQ ID NO: 21 и 28, были идентифицированы через два отдельных перекрестно связанных вида. Нумерация аминокислот дана относительно SEQ ID NO: 16, 18 и 20.

[0088] Идентичность аминокислот EPN1 мыши и человека в пределах сайта связывания IMM20059 позволяет предположить, что IMM20059 может связываться с EPN1 мыши. Этот прогноз согласуется со связыванием на основе проточной цитометрии, наблюдаемым против линий опухолевых клеток мыши (Таблица 1). Фиг.15 демонстрирует, что поверхностный пул EPN1 как на клетках клеточной линии человека MFE296, так и на клетках клеточной линии мыши NIH/3T3 представляет собой долю от общего клеточного EPN1. Клетки либо окрашивали как живые клетки, чтобы идентифицировать поверхностный EPN1, либо пермеабилизировали для идентификации как поверхностных, так и внутриклеточных пулов. IMM20059 и коммерчески доступное моноклональное антитело против EPN1 (клон C-11) демонстрировали сходные паттерны окрашивания.

[0089] Пример 6. Потеря активности EPN1 ингибирует рост клеток. Множественные клоны, содержащие нокауты гена EPN1 на основе CRISPR, анализировали в анализах пролиферации клеток. Как показано на Фиг. 16, все клоны продемонстрировали статистически значимое снижение скорости роста клеток по сравнению с родительскими клетками HEK293. Это подтверждает гипотезу о том, что нарушение функции EPN1, потенциально с подходом на основе антител, может замедлить рост опухолевых клеток.

[0090] Пример 7. IMM20059 замедляет рост опухоли в сингенной модели меланомы. Модель меланомы B16F0, выращенная в виде сингенной опухоли на мышах C57Bl/6, использовалась для оценки влияния IMM20059 на рост опухоли. Мышей, несущих привитые опухоли B16F10 (n>8/на когорту), обрабатывали еженедельной внутрибрюшинной инъекцией IMM20059 в дозе 10 мг/кг и рассчитывали средний объем опухоли с помощью штангенциркуля. Как показано на Фиг. 17, рост опухолей, обработанных IMM20059, был значительно замедлен по сравнению с ростом опухолей, обработанных носителем. Антитело, нацеленное на CTLA4, клинически значимую контрольную точку иммуноонкологии, которая, как известно, умеренно ингибирует рост опухолей B16F10, использовали в качестве положительного контроля в этом эксперименте.

Список последовательностей

SEQ ID NO: 1- V_H PR045-2H11, нуклеотидная последовательность

gactctcctgtgcagcctctggattcaccttcagtatccatagcctgaattgggtccgccaggctccagggaagggactggagtgggtttcgtatattagtagtaacagtacTACCATATATTACGCAGACTCTGTGAAGGGCCGATTCACCATCTCCAGAGACAATGCCAAGGACTCCCTGTATCTGCAAATGAACAGCCTCAGAGACGAGGACACGGCTGTATATTACTGTGCGAGAGACtactactgtactggtggtacctgcttctttcttcctgacctctggggccggggagccctggtcaccgtctcctcagcctccaccaagggcccatcggtcttccccctggcgc

SEQ ID NO: 2- V_H PR045-2H11, аминокислотная последовательность

LSCAASGFTFSIHSLNWVRQAPGKGLEWVSYISSNSTTIYYADSVKGRFTISRDNAKDSLYLQMNSLRDEDTAVYYCARDYYCTGGTCFFLPDLWGRGALVTVSSASTKKGPSVFPLA

SEQ ID NO: 3- V_H PR045-2H11, нуклеотидная последовательность фрагмента экспрессии

acaggcgcgcactccgaggtgcagctggtggagtctgggggaggcttggtacagcctggggggtccctgagactctcctgtgcagcctctggattcaccttcagtatccatagcctgaattgggtccgccaggctccagggaagggactggagtgggtttcgtatattagtagtaacagtacTACCATATATTACGCAGACTCTGTGAAGGGCCGATTCACCATCTCCAGAGACAATGCCAAGGACTCCCTGTATCTGCAAATGAACAGCCTCAGAGACGAGGACACGGCTGTATATTACTGTGCGAGAGACtactactgtactggtggtacctgcttctttcttcctgacctctggggccggggagccctggtcaccgtctcctcagcctccaccaagggcccatc

SEQ ID NO: 4 - V_H PR045-2H11, аминокислотная последовательность фрагмента экспрессии

EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSIHSLNWVRQAPGKGLEWVSYISSNSTTIYYADSVKGRFTISRDNAKDSLYLQMNSLRDEDTAVYYCARDYYCTGGTCFFLPDLWGRGALVTVSSASTKGPSVFPL

SEQ ID NO: 5- V_LPR045-2H11, нуклеотидная последовательность

aagagccaccctctcctgcagggccagtcagaatatcagcaacttcttagcctggtaCCAACACAAACCTGGCCAGGCTCCCAGGCTCCTCATCTATGATGCATCCATCAGGGCCACTGGCATCCCAGCCAGGTTCAGTGGCAGTGGGTCTGGGACAGACTTCAGTCTCACCATCAGCAGCCTGGAGCCTGAAGATTTTGCAGTTTATTTCTGTCAGCAGCGTTACAACTGGCTCACTTTCGgcggagggaccaaggtagagatcaaacgaactgtggctgcaccatctgtcttcatct

SEQ ID NO: 6- V_L PR045-2H11, аминокислотная последовательность

RATLSCRASQNISNFLAWYQHKPGQAPRLLIYDASIRATGIPARFSGSGSGTDFSLTISSLEPEDFAVYFCQQRYNWLTFGGGTKVEIKRTVAAPSVFI

SEQ ID NO: 7- V_L PR045-2H11, нуклеотидная последовательность фрагмента экспрессии

tcagatacctccggagaaattgtgttgacacagtctccagccaccctgtctttgtctccaggggaaagagccaccctctcctgcagggccagtcagaatatcagcaacttcttagcctggtaCCAACACAAACCTGGCCAGGCTCCCAGGCTCCTCATCTATGATGCATCCATCAGGGCCACTGGCATCCCAGCCAGGTTCAGTGGCAGTGGGTCTGGGACAGACTTCAGTCTCACCATCAGCAGCCTGGAGCCTGAAGATTTTGCAGTTTATTTCTGTCAGCAGCGTTACAACTGGCTCACTTTCGgcggagggaccaaggtagagatcaaacgaactgtggctg

SEQ ID NO: 8 - V_L PR045-2H11, аминокислотная последовательность фрагмента экспрессии

EIVLTQSPATLSLSPGERATLSCRASQNISNFLAWYQHKPGQAPRLLIYDASIRATGIPARFSGSGSGTDFSLTISSLEPEDFAVYFCQQRYNWLTFGGGTKVEIKRTVA

SEQ ID NO: 9 - H-CDR1

SIHSLN

SEQ ID NO: 10 - H-CDR2

YISSNSTTIYYADSVKG

SEQ ID NO: 11 - H-CDR3

DYYCTGGTCFFLPDL

SEQ ID NO: 12 - L-CDR1

RASQNISNFLA

SEQ ID NO: 13 - L-CDR2

DASIRAT

SEQ ID NO: 14 - L-CDR3

QQRYNWLT

SEQ ID NO: 15 - IMM20059 АМИНОКИСЛОТНАЯ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЬ ТЯЖЕЛОЙ ЦЕПИ

EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSIHSLNWVRQAPGKGLEWVSYISSNSTTIYYADSVKGRFTISRDNAKDSLYLQMNSLRDEDTAVYYCARDYYCTGGTCFFLPDLWGRGALVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSRDELTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPGK

SEQ ID NO: 16 - IMM20059 АМИНОКИСЛОТНАЯ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЬ ЛЕГКОЙ ЦЕПИ

EIVLTQSPATLSLSPGERATLSCRASQNISNFLAWYQHKPGQAPRLLIYDASIRATGIPARFSGSGSGTDFSLTISSLEPEDFAVYFCQQRYNWLTFGGGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

SEQ ID NO: 17 - GST-EPN1

MESPILGYWKIKGLVQPTRLLLEYLEEKYEEHLYERDEGDKWRNKKFELGLEFPNLPYYIDGDVKLTQSMAIIRYIADKHNMLGGCPKERAEISMLEGAVLDIRYGVSRIAYSKDFETLKVDFLSKLPEMLKMFEDRLCHKTYLNGDHVTHPDFMLYDALDVVLYMDPMCLDAFPKLVCFKKRIEAIPQIDKYLKSSKYIAWPLQGWQATFGGGDHPPKSDLEVLFQGPLETSLYKKAGTMSTSSLRRQMKNIVHNYSEAEIKVREATSNDPWGPSSSLMSEIADLTYNVVAFSEIMSMIWKRLNDHGKNWRHVYKAMTLMEYLIKTGSERVSQQCKENMYAVQTLKDFQYVDRDGKDQGVNVREKAKQLVALLRDEDRLREERAHALKTKEKLAQTATASSAAVGSGPPPEAEQAWPQSSGEEELQLQLALAMSKEEADQEERIRRGDDLRLQMAIEESKRETGGKEESSLMDLADVFTAPAPAPTTDPWGGPAPMAAAVPTAAPTSDPWGGPPVPPAADPWGGPAPTPASGDPWRPAAPAGPSVDPWGGTPAPAAGEGPTPDPWGSSDGGVPVSGPSASDPWTPAPAFSDPWGGSPAKPSTNGTTAGGFDTEPDEFSDFDRLRTALPTSGSSAGELELLAGEVPARSPGAFDMSGVRGSLAEAVGSPPPAATPTPTPPTRKTPESFLGPNAALVDLDSLVSRPGPTPPGAKASNPFLPGGGPATGPSVTNPFQPAPPATLTLNQLRLSPVPPVPGAPPTYISPLGGGPGLPPMMPPGPPAPNTNPFLL

SEQ ID NO: 18 -EPN1

MSTSSLRRQMKNIVHNYSEAEIKVREATSNDPWGPSSSLMSEIADLTYNVVAFSEIMSMIWKRLNDHGKNWRHVYKAMTLMEYLIKTGSERVSQQCKENMYAVQTLKDFQYVDRDGKDQGVNVREKAKQLVALLRDEDRLREERAHALKTKEKLAQTATASSAAVGSGPPPEAEQAWPQSSGEEELQLQLALAMSKEEADQEERIRRGDDLRLQMAIEESKRETGGKEESSLMDLADVFTAPAPAPTTDPWGGPAPMAAAVPTAAPTSDPWGGPPVPPAADPWGGPAPTPASGDPWRPAAPAGPSVDPWGGTPAPAAGEGPTPDPWGSSDGGVPVSGPSASDPWTPAPAFSDPWGGSPAKPSTNGTTAGGFDTEPDEFSDFDRLRTALPTSGSSAGELELLAGEVPARSPGAFDMSGVRGSLAEAVGSPPPAATPTPTPPTRKTPESFLGPNAALVDLDSLVSRPGPTPPGAKASNPFLPGGGPATGPSVTNPFQPAPPATLTLNQLRLSPVPPVPGAPPTYISPLGGGPGLPPMMPPGPPAPNTNPFLL

SEQ ID NO: 19 - IMM20059 (ак44-72)

GLEWVSYISSNSTTIYYADSVKGRFTISR

SEQ ID NO: 20 - IMM20059 (ак92-102)

YNWLTFGGGTK

SEQ ID NO: 21 - IMM20059 (ак44-67)

GLEWVSYISSNSTTIYYADSVKGR

SEQ ID NO: 22 - IMM20059 (ак55-61)

ATGIPAR

SEQ ID NO: 23- IMM20059 (ак20-38)

LSCAASGFTFSIHSLNWVR

SEQ ID NO: 24 - IMM20059 (ак19-24)

ATLSCR

SEQ ID NO: 25 - IMM20059 (ак30-36)

SIHSLNW

SEQ ID NO: 26 - EPN1 (ак98-107)

ENMYAVQTLK

SEQ ID NO: 27 - EPN1 (ак108-114)

DFQYVDR

SEQ ID NO: 28 - EPN1 (ак108-117)

DFQYVDRDGK

SEQ ID NO: 29 - EPN1 (ак115-126)

DGKDQGVNVREK

SEQ ID NO: 30 - EPN1 (ак118-126)

DQGVNVREK

SEQ ID NO: 31 - EPN1 (ак127-139)

AKQLVALLRDEDR

SEQ ID NO: 32 - EPN1 (ак135-154)

RDEDRLREERAHALKTKEKL

--->

СПИСОК ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ

<110> ИММУНОМИ, ИНК.

<120> Антитела, нацеленные на EPN1

<130> 172.0002-WO00

<150> 62/740,092

<151> 2018-10-02

<160> 32

<170> PatentIn version 3.5

<210> 1

<211> 354

<212> ДНК

<213> Homo sapiens

<400> 1

gactctcctg tgcagcctct ggattcacct tcagtatcca tagcctgaat tgggtccgcc

60

aggctccagg gaagggactg gagtgggttt cgtatattag tagtaacagt actaccatat

120

attacgcaga ctctgtgaag ggccgattca ccatctccag agacaatgcc aaggactccc

180

tgtatctgca aatgaacagc ctcagagacg aggacacggc tgtatattac tgtgcgagag

240

actactactg tactggtggt acctgcttct ttcttcctga cctctggggc cggggagccc

300

tggtcaccgt ctcctcagcc tccaccaagg gcccatcggt cttccccctg gcgc

354

<210> 2

<211> 118

<212> Белок

<213> Homo sapiens

<400> 2

Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Ile His Ser Leu Asn

1 5 10 15

Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val Ser Tyr Ile

20 25 30

Ser Ser Asn Ser Thr Thr Ile Tyr Tyr Ala Asp Ser Val Lys Gly Arg

35 40 45

Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ala Lys Asp Ser Leu Tyr Leu Gln Met

50 55 60

Asn Ser Leu Arg Asp Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys Ala Arg Asp

65 70 75 80

Tyr Tyr Cys Thr Gly Gly Thr Cys Phe Phe Leu Pro Asp Leu Trp Gly

85 90 95

Arg Gly Ala Leu Val Thr Val Ser Ser Ala Ser Thr Lys Lys Gly Pro

100 105 110

Ser Val Phe Pro Leu Ala

115

<210> 3

<211> 407

<212> ДНК

<213> Homo sapiens

<400> 3

acaggcgcgc actccgaggt gcagctggtg gagtctgggg gaggcttggt acagcctggg

60

gggtccctga gactctcctg tgcagcctct ggattcacct tcagtatcca tagcctgaat

120

tgggtccgcc aggctccagg gaagggactg gagtgggttt cgtatattag tagtaacagt

180

actaccatat attacgcaga ctctgtgaag ggccgattca ccatctccag agacaatgcc

240

aaggactccc tgtatctgca aatgaacagc ctcagagacg aggacacggc tgtatattac

300

tgtgcgagag actactactg tactggtggt acctgcttct ttcttcctga cctctggggc

360

cggggagccc tggtcaccgt ctcctcagcc tccaccaagg gcccatc

407

<210> 4

<211> 135

<212> Белок

<213> Homo sapiens

<400> 4

Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly

1 5 10 15

Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Ile His

20 25 30

Ser Leu Asn Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val

35 40 45

Ser Tyr Ile Ser Ser Asn Ser Thr Thr Ile Tyr Tyr Ala Asp Ser Val

50 55 60

Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ala Lys Asp Ser Leu Tyr

65 70 75 80

Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Asp Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys

85 90 95

Ala Arg Asp Tyr Tyr Cys Thr Gly Gly Thr Cys Phe Phe Leu Pro Asp

100 105 110

Leu Trp Gly Arg Gly Ala Leu Val Thr Val Ser Ser Ala Ser Thr Lys

115 120 125

Gly Pro Ser Val Phe Pro Leu

130 135

<210> 5

<211> 299

<212> ДНК

<213> Homo sapiens

<400> 5

aagagccacc ctctcctgca gggccagtca gaatatcagc aacttcttag cctggtacca

60

acacaaacct ggccaggctc ccaggctcct catctatgat gcatccatca gggccactgg

120

catcccagcc aggttcagtg gcagtgggtc tgggacagac ttcagtctca ccatcagcag

180

cctggagcct gaagattttg cagtttattt ctgtcagcag cgttacaact ggctcacttt

240

cggcggaggg accaaggtag agatcaaacg aactgtggct gcaccatctg tcttcatct

299

<210> 6

<211> 99

<212> Белок

<213> Homo sapiens

<400> 6

Arg Ala Thr Leu Ser Cys Arg Ala Ser Gln Asn Ile Ser Asn Phe Leu

1 5 10 15

Ala Trp Tyr Gln His Lys Pro Gly Gln Ala Pro Arg Leu Leu Ile Tyr

20 25 30

Asp Ala Ser Ile Arg Ala Thr Gly Ile Pro Ala Arg Phe Ser Gly Ser

35 40 45

Gly Ser Gly Thr Asp Phe Ser Leu Thr Ile Ser Ser Leu Glu Pro Glu

50 55 60

Asp Phe Ala Val Tyr Phe Cys Gln Gln Arg Tyr Asn Trp Leu Thr Phe

65 70 75 80

Gly Gly Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys Arg Thr Val Ala Ala Pro Ser

85 90 95

Val Phe Ile

<210> 7

<211> 346

<212> ДНК

<213> Homo sapiens

<400> 7

tcagatacct ccggagaaat tgtgttgaca cagtctccag ccaccctgtc tttgtctcca

60

ggggaaagag ccaccctctc ctgcagggcc agtcagaata tcagcaactt cttagcctgg

120

taccaacaca aacctggcca ggctcccagg ctcctcatct atgatgcatc catcagggcc

180

actggcatcc cagccaggtt cagtggcagt gggtctggga cagacttcag tctcaccatc

240

agcagcctgg agcctgaaga ttttgcagtt tatttctgtc agcagcgtta caactggctc

300

actttcggcg gagggaccaa ggtagagatc aaacgaactg tggctg

346

<210> 8

<211> 110

<212> Белок

<213> Homo sapiens

<400> 8

Glu Ile Val Leu Thr Gln Ser Pro Ala Thr Leu Ser Leu Ser Pro Gly

1 5 10 15

Glu Arg Ala Thr Leu Ser Cys Arg Ala Ser Gln Asn Ile Ser Asn Phe

20 25 30

Leu Ala Trp Tyr Gln His Lys Pro Gly Gln Ala Pro Arg Leu Leu Ile

35 40 45

Tyr Asp Ala Ser Ile Arg Ala Thr Gly Ile Pro Ala Arg Phe Ser Gly

50 55 60

Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Ser Leu Thr Ile Ser Ser Leu Glu Pro

65 70 75 80

Glu Asp Phe Ala Val Tyr Phe Cys Gln Gln Arg Tyr Asn Trp Leu Thr

85 90 95

Phe Gly Gly Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys Arg Thr Val Ala

100 105 110

<210> 9

<211> 6

<212> Белок

<213> Homo sapiens

<400> 9

Ser Ile His Ser Leu Asn

1 5

<210> 10

<211> 17

<212> Белок

<213> Homo sapiens

<400> 10

Tyr Ile Ser Ser Asn Ser Thr Thr Ile Tyr Tyr Ala Asp Ser Val Lys

1 5 10 15

Gly

<210> 11

<211> 15

<212> Белок

<213> Homo sapiens

<400> 11

Asp Tyr Tyr Cys Thr Gly Gly Thr Cys Phe Phe Leu Pro Asp Leu

1 5 10 15

<210> 12

<211> 11

<212> Белок

<213> Homo sapiens

<400> 12

Arg Ala Ser Gln Asn Ile Ser Asn Phe Leu Ala

1 5 10

<210> 13

<211> 7

<212> Белок

<213> Homo sapiens

<400> 13

Asp Ala Ser Ile Arg Ala Thr

1 5

<210> 14

<211> 8

<212> Белок

<213> Homo sapiens

<400> 14

Gln Gln Arg Tyr Asn Trp Leu Thr

1 5

<210> 15

<211> 454

<212> Белок

<213> Homo sapiens

<400> 15

Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly

1 5 10 15

Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Ile His

20 25 30

Ser Leu Asn Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val

35 40 45

Ser Tyr Ile Ser Ser Asn Ser Thr Thr Ile Tyr Tyr Ala Asp Ser Val

50 55 60

Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ala Lys Asp Ser Leu Tyr

65 70 75 80

Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Asp Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys

85 90 95

Ala Arg Asp Tyr Tyr Cys Thr Gly Gly Thr Cys Phe Phe Leu Pro Asp

100 105 110

Leu Trp Gly Arg Gly Ala Leu Val Thr Val Ser Ser Ala Ser Thr Lys

115 120 125

Gly Pro Ser Val Phe Pro Leu Ala Pro Ser Ser Lys Ser Thr Ser Gly

130 135 140

Gly Thr Ala Ala Leu Gly Cys Leu Val Lys Asp Tyr Phe Pro Glu Pro

145 150 155 160

Val Thr Val Ser Trp Asn Ser Gly Ala Leu Thr Ser Gly Val His Thr

165 170 175

Phe Pro Ala Val Leu Gln Ser Ser Gly Leu Tyr Ser Leu Ser Ser Val

180 185 190

Val Thr Val Pro Ser Ser Ser Leu Gly Thr Gln Thr Tyr Ile Cys Asn

195 200 205

Val Asn His Lys Pro Ser Asn Thr Lys Val Asp Lys Lys Val Glu Pro

210 215 220

Lys Ser Cys Asp Lys Thr His Thr Cys Pro Pro Cys Pro Ala Pro Glu

225 230 235 240

Leu Leu Gly Gly Pro Ser Val Phe Leu Phe Pro Pro Lys Pro Lys Asp

245 250 255

Thr Leu Met Ile Ser Arg Thr Pro Glu Val Thr Cys Val Val Val Asp

260 265 270

Val Ser His Glu Asp Pro Glu Val Lys Phe Asn Trp Tyr Val Asp Gly

275 280 285

Val Glu Val His Asn Ala Lys Thr Lys Pro Arg Glu Glu Gln Tyr Asn

290 295 300

Ser Thr Tyr Arg Val Val Ser Val Leu Thr Val Leu His Gln Asp Trp

305 310 315 320

Leu Asn Gly Lys Glu Tyr Lys Cys Lys Val Ser Asn Lys Ala Leu Pro

325 330 335

Ala Pro Ile Glu Lys Thr Ile Ser Lys Ala Lys Gly Gln Pro Arg Glu

340 345 350

Pro Gln Val Tyr Thr Leu Pro Pro Ser Arg Asp Glu Leu Thr Lys Asn

355 360 365

Gln Val Ser Leu Thr Cys Leu Val Lys Gly Phe Tyr Pro Ser Asp Ile

370 375 380

Ala Val Glu Trp Glu Ser Asn Gly Gln Pro Glu Asn Asn Tyr Lys Thr

385 390 395 400

Thr Pro Pro Val Leu Asp Ser Asp Gly Ser Phe Phe Leu Tyr Ser Lys

405 410 415

Leu Thr Val Asp Lys Ser Arg Trp Gln Gln Gly Asn Val Phe Ser Cys

420 425 430

Ser Val Met His Glu Ala Leu His Asn His Tyr Thr Gln Lys Ser Leu

435 440 445

Ser Leu Ser Pro Gly Lys

450

<210> 16

<211> 213

<212> Белок

<213> Homo sapiens

<400> 16

Glu Ile Val Leu Thr Gln Ser Pro Ala Thr Leu Ser Leu Ser Pro Gly

1 5 10 15

Glu Arg Ala Thr Leu Ser Cys Arg Ala Ser Gln Asn Ile Ser Asn Phe

20 25 30

Leu Ala Trp Tyr Gln His Lys Pro Gly Gln Ala Pro Arg Leu Leu Ile

35 40 45

Tyr Asp Ala Ser Ile Arg Ala Thr Gly Ile Pro Ala Arg Phe Ser Gly

50 55 60

Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Ser Leu Thr Ile Ser Ser Leu Glu Pro

65 70 75 80

Glu Asp Phe Ala Val Tyr Phe Cys Gln Gln Arg Tyr Asn Trp Leu Thr

85 90 95

Phe Gly Gly Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys Arg Thr Val Ala Ala Pro

100 105 110

Ser Val Phe Ile Phe Pro Pro Ser Asp Glu Gln Leu Lys Ser Gly Thr

115 120 125

Ala Ser Val Val Cys Leu Leu Asn Asn Phe Tyr Pro Arg Glu Ala Lys

130 135 140

Val Gln Trp Lys Val Asp Asn Ala Leu Gln Ser Gly Asn Ser Gln Glu

145 150 155 160

Ser Val Thr Glu Gln Asp Ser Lys Asp Ser Thr Tyr Ser Leu Ser Ser

165 170 175

Thr Leu Thr Leu Ser Lys Ala Asp Tyr Glu Lys His Lys Val Tyr Ala

180 185 190

Cys Glu Val Thr His Gln Gly Leu Ser Ser Pro Val Thr Lys Ser Phe

195 200 205

Asn Arg Gly Glu Cys

210

<210> 17

<211> 790

<212> Белок

<213> Искусственный

<220>

<223> GST-EPN1_слияние

<400> 17

Met Glu Ser Pro Ile Leu Gly Tyr Trp Lys Ile Lys Gly Leu Val Gln

1 5 10 15

Pro Thr Arg Leu Leu Leu Glu Tyr Leu Glu Glu Lys Tyr Glu Glu His

20 25 30

Leu Tyr Glu Arg Asp Glu Gly Asp Lys Trp Arg Asn Lys Lys Phe Glu

35 40 45

Leu Gly Leu Glu Phe Pro Asn Leu Pro Tyr Tyr Ile Asp Gly Asp Val

50 55 60

Lys Leu Thr Gln Ser Met Ala Ile Ile Arg Tyr Ile Ala Asp Lys His

65 70 75 80

Asn Met Leu Gly Gly Cys Pro Lys Glu Arg Ala Glu Ile Ser Met Leu

85 90 95

Glu Gly Ala Val Leu Asp Ile Arg Tyr Gly Val Ser Arg Ile Ala Tyr

100 105 110

Ser Lys Asp Phe Glu Thr Leu Lys Val Asp Phe Leu Ser Lys Leu Pro

115 120 125

Glu Met Leu Lys Met Phe Glu Asp Arg Leu Cys His Lys Thr Tyr Leu

130 135 140

Asn Gly Asp His Val Thr His Pro Asp Phe Met Leu Tyr Asp Ala Leu

145 150 155 160

Asp Val Val Leu Tyr Met Asp Pro Met Cys Leu Asp Ala Phe Pro Lys

165 170 175

Leu Val Cys Phe Lys Lys Arg Ile Glu Ala Ile Pro Gln Ile Asp Lys

180 185 190

Tyr Leu Lys Ser Ser Lys Tyr Ile Ala Trp Pro Leu Gln Gly Trp Gln

195 200 205

Ala Thr Phe Gly Gly Gly Asp His Pro Pro Lys Ser Asp Leu Glu Val

210 215 220

Leu Phe Gln Gly Pro Leu Glu Thr Ser Leu Tyr Lys Lys Ala Gly Thr

225 230 235 240

Met Ser Thr Ser Ser Leu Arg Arg Gln Met Lys Asn Ile Val His Asn

245 250 255

Tyr Ser Glu Ala Glu Ile Lys Val Arg Glu Ala Thr Ser Asn Asp Pro

260 265 270

Trp Gly Pro Ser Ser Ser Leu Met Ser Glu Ile Ala Asp Leu Thr Tyr

275 280 285

Asn Val Val Ala Phe Ser Glu Ile Met Ser Met Ile Trp Lys Arg Leu

290 295 300

Asn Asp His Gly Lys Asn Trp Arg His Val Tyr Lys Ala Met Thr Leu

305 310 315 320

Met Glu Tyr Leu Ile Lys Thr Gly Ser Glu Arg Val Ser Gln Gln Cys

325 330 335

Lys Glu Asn Met Tyr Ala Val Gln Thr Leu Lys Asp Phe Gln Tyr Val

340 345 350

Asp Arg Asp Gly Lys Asp Gln Gly Val Asn Val Arg Glu Lys Ala Lys

355 360 365

Gln Leu Val Ala Leu Leu Arg Asp Glu Asp Arg Leu Arg Glu Glu Arg

370 375 380

Ala His Ala Leu Lys Thr Lys Glu Lys Leu Ala Gln Thr Ala Thr Ala

385 390 395 400

Ser Ser Ala Ala Val Gly Ser Gly Pro Pro Pro Glu Ala Glu Gln Ala

405 410 415

Trp Pro Gln Ser Ser Gly Glu Glu Glu Leu Gln Leu Gln Leu Ala Leu

420 425 430

Ala Met Ser Lys Glu Glu Ala Asp Gln Glu Glu Arg Ile Arg Arg Gly

435 440 445

Asp Asp Leu Arg Leu Gln Met Ala Ile Glu Glu Ser Lys Arg Glu Thr

450 455 460

Gly Gly Lys Glu Glu Ser Ser Leu Met Asp Leu Ala Asp Val Phe Thr

465 470 475 480

Ala Pro Ala Pro Ala Pro Thr Thr Asp Pro Trp Gly Gly Pro Ala Pro

485 490 495

Met Ala Ala Ala Val Pro Thr Ala Ala Pro Thr Ser Asp Pro Trp Gly

500 505 510

Gly Pro Pro Val Pro Pro Ala Ala Asp Pro Trp Gly Gly Pro Ala Pro

515 520 525

Thr Pro Ala Ser Gly Asp Pro Trp Arg Pro Ala Ala Pro Ala Gly Pro

530 535 540

Ser Val Asp Pro Trp Gly Gly Thr Pro Ala Pro Ala Ala Gly Glu Gly

545 550 555 560

Pro Thr Pro Asp Pro Trp Gly Ser Ser Asp Gly Gly Val Pro Val Ser

565 570 575

Gly Pro Ser Ala Ser Asp Pro Trp Thr Pro Ala Pro Ala Phe Ser Asp

580 585 590

Pro Trp Gly Gly Ser Pro Ala Lys Pro Ser Thr Asn Gly Thr Thr Ala

595 600 605

Gly Gly Phe Asp Thr Glu Pro Asp Glu Phe Ser Asp Phe Asp Arg Leu

610 615 620

Arg Thr Ala Leu Pro Thr Ser Gly Ser Ser Ala Gly Glu Leu Glu Leu

625 630 635 640

Leu Ala Gly Glu Val Pro Ala Arg Ser Pro Gly Ala Phe Asp Met Ser

645 650 655

Gly Val Arg Gly Ser Leu Ala Glu Ala Val Gly Ser Pro Pro Pro Ala

660 665 670

Ala Thr Pro Thr Pro Thr Pro Pro Thr Arg Lys Thr Pro Glu Ser Phe

675 680 685

Leu Gly Pro Asn Ala Ala Leu Val Asp Leu Asp Ser Leu Val Ser Arg

690 695 700

Pro Gly Pro Thr Pro Pro Gly Ala Lys Ala Ser Asn Pro Phe Leu Pro

705 710 715 720

Gly Gly Gly Pro Ala Thr Gly Pro Ser Val Thr Asn Pro Phe Gln Pro

725 730 735

Ala Pro Pro Ala Thr Leu Thr Leu Asn Gln Leu Arg Leu Ser Pro Val

740 745 750

Pro Pro Val Pro Gly Ala Pro Pro Thr Tyr Ile Ser Pro Leu Gly Gly

755 760 765

Gly Pro Gly Leu Pro Pro Met Met Pro Pro Gly Pro Pro Ala Pro Asn

770 775 780

Thr Asn Pro Phe Leu Leu

785 790

<210> 18

<211> 550

<212> Белок

<213> Homo sapiens

<400> 18

Met Ser Thr Ser Ser Leu Arg Arg Gln Met Lys Asn Ile Val His Asn

1 5 10 15

Tyr Ser Glu Ala Glu Ile Lys Val Arg Glu Ala Thr Ser Asn Asp Pro

20 25 30

Trp Gly Pro Ser Ser Ser Leu Met Ser Glu Ile Ala Asp Leu Thr Tyr

35 40 45

Asn Val Val Ala Phe Ser Glu Ile Met Ser Met Ile Trp Lys Arg Leu

50 55 60

Asn Asp His Gly Lys Asn Trp Arg His Val Tyr Lys Ala Met Thr Leu

65 70 75 80

Met Glu Tyr Leu Ile Lys Thr Gly Ser Glu Arg Val Ser Gln Gln Cys

85 90 95

Lys Glu Asn Met Tyr Ala Val Gln Thr Leu Lys Asp Phe Gln Tyr Val

100 105 110

Asp Arg Asp Gly Lys Asp Gln Gly Val Asn Val Arg Glu Lys Ala Lys

115 120 125

Gln Leu Val Ala Leu Leu Arg Asp Glu Asp Arg Leu Arg Glu Glu Arg

130 135 140

Ala His Ala Leu Lys Thr Lys Glu Lys Leu Ala Gln Thr Ala Thr Ala

145 150 155 160

Ser Ser Ala Ala Val Gly Ser Gly Pro Pro Pro Glu Ala Glu Gln Ala

165 170 175

Trp Pro Gln Ser Ser Gly Glu Glu Glu Leu Gln Leu Gln Leu Ala Leu

180 185 190

Ala Met Ser Lys Glu Glu Ala Asp Gln Glu Glu Arg Ile Arg Arg Gly

195 200 205

Asp Asp Leu Arg Leu Gln Met Ala Ile Glu Glu Ser Lys Arg Glu Thr

210 215 220

Gly Gly Lys Glu Glu Ser Ser Leu Met Asp Leu Ala Asp Val Phe Thr

225 230 235 240

Ala Pro Ala Pro Ala Pro Thr Thr Asp Pro Trp Gly Gly Pro Ala Pro

245 250 255

Met Ala Ala Ala Val Pro Thr Ala Ala Pro Thr Ser Asp Pro Trp Gly

260 265 270

Gly Pro Pro Val Pro Pro Ala Ala Asp Pro Trp Gly Gly Pro Ala Pro

275 280 285

Thr Pro Ala Ser Gly Asp Pro Trp Arg Pro Ala Ala Pro Ala Gly Pro

290 295 300

Ser Val Asp Pro Trp Gly Gly Thr Pro Ala Pro Ala Ala Gly Glu Gly

305 310 315 320

Pro Thr Pro Asp Pro Trp Gly Ser Ser Asp Gly Gly Val Pro Val Ser

325 330 335

Gly Pro Ser Ala Ser Asp Pro Trp Thr Pro Ala Pro Ala Phe Ser Asp

340 345 350

Pro Trp Gly Gly Ser Pro Ala Lys Pro Ser Thr Asn Gly Thr Thr Ala

355 360 365

Gly Gly Phe Asp Thr Glu Pro Asp Glu Phe Ser Asp Phe Asp Arg Leu

370 375 380

Arg Thr Ala Leu Pro Thr Ser Gly Ser Ser Ala Gly Glu Leu Glu Leu

385 390 395 400

Leu Ala Gly Glu Val Pro Ala Arg Ser Pro Gly Ala Phe Asp Met Ser

405 410 415

Gly Val Arg Gly Ser Leu Ala Glu Ala Val Gly Ser Pro Pro Pro Ala

420 425 430

Ala Thr Pro Thr Pro Thr Pro Pro Thr Arg Lys Thr Pro Glu Ser Phe

435 440 445

Leu Gly Pro Asn Ala Ala Leu Val Asp Leu Asp Ser Leu Val Ser Arg

450 455 460

Pro Gly Pro Thr Pro Pro Gly Ala Lys Ala Ser Asn Pro Phe Leu Pro

465 470 475 480

Gly Gly Gly Pro Ala Thr Gly Pro Ser Val Thr Asn Pro Phe Gln Pro

485 490 495

Ala Pro Pro Ala Thr Leu Thr Leu Asn Gln Leu Arg Leu Ser Pro Val

500 505 510

Pro Pro Val Pro Gly Ala Pro Pro Thr Tyr Ile Ser Pro Leu Gly Gly

515 520 525

Gly Pro Gly Leu Pro Pro Met Met Pro Pro Gly Pro Pro Ala Pro Asn

530 535 540

Thr Asn Pro Phe Leu Leu

545 550

<210> 19

<211> 29

<212> Белок

<213> Homo sapiens

<400> 19

Gly Leu Glu Trp Val Ser Tyr Ile Ser Ser Asn Ser Thr Thr Ile Tyr

1 5 10 15

Tyr Ala Asp Ser Val Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg

20 25

<210> 20

<211> 11

<212> Белок

<213> Homo sapiens

<400> 20

Tyr Asn Trp Leu Thr Phe Gly Gly Gly Thr Lys

1 5 10

<210> 21

<211> 24

<212> Белок

<213> Homo sapiens

<400> 21

Gly Leu Glu Trp Val Ser Tyr Ile Ser Ser Asn Ser Thr Thr Ile Tyr

1 5 10 15

Tyr Ala Asp Ser Val Lys Gly Arg

20

<210> 22

<211> 7

<212> Белок

<213> Homo sapiens

<400> 22

Ala Thr Gly Ile Pro Ala Arg

1 5

<210> 23

<211> 19

<212> Белок

<213> Homo sapiens

<400> 23

Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Ile His Ser Leu Asn

1 5 10 15

Trp Val Arg

<210> 24

<211> 6

<212> Белок

<213> Homo sapiens

<400> 24

Ala Thr Leu Ser Cys Arg

1 5

<210> 25

<211> 7

<212> Белок

<213> Homo sapiens

<400> 25

Ser Ile His Ser Leu Asn Trp

1 5

<210> 26

<211> 10

<212> Белок

<213> Homo sapiens

<400> 26

Glu Asn Met Tyr Ala Val Gln Thr Leu Lys

1 5 10

<210> 27

<211> 7

<212> Белок

<213> Homo sapiens

<400> 27

Asp Phe Gln Tyr Val Asp Arg

1 5

<210> 28

<211> 10

<212> Белок

<213> Homo sapiens

<400> 28

Asp Phe Gln Tyr Val Asp Arg Asp Gly Lys

1 5 10

<210> 29

<211> 12

<212> Белок

<213> Homo sapiens

<400> 29

Asp Gly Lys Asp Gln Gly Val Asn Val Arg Glu Lys

1 5 10

<210> 30

<211> 9

<212> Белок

<213> Homo sapiens

<400> 30

Asp Gln Gly Val Asn Val Arg Glu Lys

1 5

<210> 31

<211> 13

<212> Белок

<213> Homo sapiens

<400> 31

Ala Lys Gln Leu Val Ala Leu Leu Arg Asp Glu Asp Arg

1 5 10

<210> 32

<211> 20

<212> Белок

<213> Homo sapiens

<400> 32

Arg Asp Glu Asp Arg Leu Arg Glu Glu Arg Ala His Ala Leu Lys Thr

1 5 10 15

Lys Glu Lys Leu

20

<---

Claims

1. Выделенное антитело, или его антигенсвязывающий фрагмент, которое связывается с белком, Эпсином-1 (EPN1), содержащее следующие последовательности области, определяющей комплементарность (CDR):

CDR-H1, соответствующую SEQ ID NO: 9;

CDR-H2, соответствующую SEQ ID NO: 10;

CDR-H3, соответствующую SEQ ID NO: 11;

CDR-L1, соответствующую SEQ ID NO: 12;

CDR-L2, соответствующую SEQ ID NO: 13; и

CDR-L3, соответствующую SEQ ID NO: 14.

2. Антитело, или антигенсвязывающий фрагмент, по п.1, содержащее следующие последовательности вариабельной области тяжелой цепи (VHC) и вариабельной области легкой цепи (VLC), где:

А) VHC содержит аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере на 90% гомологична аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 4; и

B) VLC содержит аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере на 90% гомологична аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 8.

3. Антитело, или антигенсвязывающий фрагмент, по п.1 или 2, где K_D между антителом, или антигенсвязывающим фрагментом, и EPN1 составляет 50 нМ или менее.

4. Антитело, или антигенсвязывающий фрагмент, по п.3, где K_D составляет 1 нМ или менее.

5. Антитело, или антигенсвязывающий фрагмент, по п.1 или 2, где антитело, или фрагмент, интернализуется клеткой после связывания с антигеном, экспрессируемым на поверхности клетки.

6. Антигенсвязывающий фрагмент по п.1 или 2, где антигенсвязывающий фрагмент представляет собой одноцепочечный фрагмент (sc)Fv-Fc.

7. Антитело, или антигенсвязывающий фрагмент, по п.1 или 2, где антитело, или антигенсвязывающий фрагмент, содержит каркас CH3, содержащий по меньшей мере одну модификацию аминокислотной последовательности домена CH3 дикого типа, полученную из Fc-области иммуноглобулина.

8. Антигенсвязывающий фрагмент по п.1 или 2, где выделенный антигенсвязывающий фрагмент включает фрагмент Fv, scFv, Fab, F(ab')2 или Fab', диантитело или любой фрагмент, период полужизни которого может быть увеличен.

9. Антитело, или антигенсвязывающий фрагмент, по п.1 или 2, где антитело, или фрагмент, является моноклональным.

10. Антитело, или антигенсвязывающий фрагмент, по п.9, где антитело, или антигенсвязывающий фрагмент, является человеческим или гуманизированным.

11. Выделенный иммуноконъюгат для лечения онкологического заболевания или гиперпластического расстройства, содержащего клетки, экспрессирующие EPN1, где конъюгат содержит антитело, или антигенсвязывающий фрагмент, по п.1 и эффекторную молекулу.

12. Выделенный иммуноконъюгат по п.11, где эффекторная молекула представляет собой лекарственное средство.

13. Выделенный иммуноконъюгат по п.11, где эффекторная молекула представляет собой токсин.

14. Выделенный иммуноконъюгат по п.11, где эффекторная молекула представляет собой радиоактивное лекарственное средство.

15. Фармацевтическая композиция для лечения онкологического заболевания или гиперпластического расстройства, содержащего клетки, экспрессирующие EPN1, где композиция содержит терапевтически эффективное количество выделенного антитела, или антигенсвязывающего фрагмента, по п.1 или 2, или выделенного иммуноконъюгата по любому из пп.11-14 в фармацевтически приемлемом носителе.

16. Конъюгат для детекции, где конъюгат содержит антитело, или антигенсвязывающий фрагмент, по п.1 или 2 или иммуноконъюгат по любому из пп.11-14 и метку.

17. Конъюгат по п.16, где метка представляет собой флуоресцентную, ферментативную или радиоактивную метку.

18. Способ лечения пациента, страдающего по меньшей мере одним типом онкологического заболевания, содержащим клетки, экспрессирующие EPN1, где способ включает введение пациенту терапевтически эффективного количества композиции по п.15, тем самым осуществляя лечение онкологического заболевания у пациента.

19. Способ ингибирования роста или метастазирования опухоли, содержащей клетки, экспрессирующие EPN1, где способ включает введение пациенту терапевтически эффективного количества композиции по п.15, тем самым ингибируя опухолевый рост или метастазирование.

20. Способ по п.18 или 19, где тип онкологического заболевания представляет собой карциному легкого, меланому или гепатоцеллюлярную карциному.

21. Выделенная молекула нуклеиновой кислоты, кодирующая VHС антитела, или его антигенсвязывающего фрагмента, по п.1 или 2.

22. Выделенная молекула нуклеиновой кислоты, кодирующая VLC антитела, или его антигенсвязывающего фрагмента, по п.1 или 2.

23. Вектор экспрессии, содержащий выделенную молекулу нуклеиновой кислоты по п.21, функционально связанную с промотором.

24. Выделенный вектор экспрессии, содержащий выделенную молекулу нуклеиновой кислоты по п.22, функционально связанную с промотором.

25. Выделенная клетка-хозяин для получения VHC антитела, или его антигенсвязывающего фрагмента, которое связывается с EPN1, где клетка трансформирована вектором экспрессии по п.23.

26. Выделенная клетка-хозяин для получения VHC антитела, или его антигенсвязывающего фрагмента, которое связывается с EPN1, где клетка трансформирована вектором экспрессии по п.24.