RU2809853C2 - Идентификация и анализ образцов микроорганизмов путем быстрого инкубирования и обогащения нуклеиновых кислот - Google Patents
Идентификация и анализ образцов микроорганизмов путем быстрого инкубирования и обогащения нуклеиновых кислот Download PDFInfo
- Publication number
- RU2809853C2 RU2809853C2 RU2021108235A RU2021108235A RU2809853C2 RU 2809853 C2 RU2809853 C2 RU 2809853C2 RU 2021108235 A RU2021108235 A RU 2021108235A RU 2021108235 A RU2021108235 A RU 2021108235A RU 2809853 C2 RU2809853 C2 RU 2809853C2
- Authority
- RU
- Russia
- Prior art keywords
- nucleic acids
- spp
- sample
- propargyl
- nucleoside
- Prior art date
Links
- 244000005700 microbiome Species 0.000 title claims abstract description 125
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 title claims description 192
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 title claims description 186
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 title claims description 186
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 title claims description 11
- 238000011534 incubation Methods 0.000 title description 2
- 238000000034 method Methods 0.000 claims abstract description 176
- 239000002777 nucleoside Substances 0.000 claims abstract description 125
- 150000003833 nucleoside derivatives Chemical class 0.000 claims abstract description 117
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 claims abstract description 108
- 239000004599 antimicrobial Substances 0.000 claims abstract description 36
- 230000035755 proliferation Effects 0.000 claims abstract description 27
- 230000012010 growth Effects 0.000 claims abstract description 25
- 230000002062 proliferating effect Effects 0.000 claims abstract description 20
- 230000000694 effects Effects 0.000 claims abstract description 14
- 230000000813 microbial effect Effects 0.000 claims description 182
- 239000000523 sample Substances 0.000 claims description 148
- 238000002372 labelling Methods 0.000 claims description 69
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 claims description 63
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 claims description 61
- -1 cefatrizin Chemical compound 0.000 claims description 48
- YBJHBAHKTGYVGT-ZKWXMUAHSA-N (+)-Biotin Chemical group N1C(=O)N[C@@H]2[C@H](CCCCC(=O)O)SC[C@@H]21 YBJHBAHKTGYVGT-ZKWXMUAHSA-N 0.000 claims description 45
- 241000894006 Bacteria Species 0.000 claims description 41
- 239000013068 control sample Substances 0.000 claims description 38
- 108091032973 (ribonucleotides)n+m Proteins 0.000 claims description 36
- 241000700605 Viruses Species 0.000 claims description 36
- 238000002493 microarray Methods 0.000 claims description 33
- 230000014509 gene expression Effects 0.000 claims description 29
- 239000003463 adsorbent Substances 0.000 claims description 28
- 229960002685 biotin Drugs 0.000 claims description 27
- 239000011616 biotin Substances 0.000 claims description 27
- 239000007787 solid Substances 0.000 claims description 27
- 229940045145 uridine Drugs 0.000 claims description 27
- 239000011324 bead Substances 0.000 claims description 25
- 206010040047 Sepsis Diseases 0.000 claims description 23
- 235000020958 biotin Nutrition 0.000 claims description 23
- 101710163270 Nuclease Proteins 0.000 claims description 22
- 241000233866 Fungi Species 0.000 claims description 21
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 claims description 21
- 239000002126 C01EB10 - Adenosine Substances 0.000 claims description 18
- FFMYATCXVUMCBW-LUQPRHOASA-N F[C@@]1([C@@H](O[C@@H]([C@H]1O)CO)N1C(=O)NC(=O)C(=C1)C#C)O Chemical compound F[C@@]1([C@@H](O[C@@H]([C@H]1O)CO)N1C(=O)NC(=O)C(=C1)C#C)O FFMYATCXVUMCBW-LUQPRHOASA-N 0.000 claims description 18
- 229960005305 adenosine Drugs 0.000 claims description 18
- 239000003242 anti bacterial agent Substances 0.000 claims description 18
- 239000000758 substrate Substances 0.000 claims description 18
- 229940029575 guanosine Drugs 0.000 claims description 17
- XQFRJNBWHJMXHO-RRKCRQDMSA-N IDUR Chemical compound C1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]1N1C(=O)NC(=O)C(I)=C1 XQFRJNBWHJMXHO-RRKCRQDMSA-N 0.000 claims description 16
- 208000006454 hepatitis Diseases 0.000 claims description 16
- 208000015181 infectious disease Diseases 0.000 claims description 16
- 206010022000 influenza Diseases 0.000 claims description 16
- CDEURGJCGCHYFH-DJLDLDEBSA-N 5-ethynyl-2'-deoxyuridine Chemical compound C1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]1N1C(=O)NC(=O)C(C#C)=C1 CDEURGJCGCHYFH-DJLDLDEBSA-N 0.000 claims description 15
- 235000017388 Geotrichum candidum Nutrition 0.000 claims description 15
- 229940121375 antifungal agent Drugs 0.000 claims description 15
- 230000027455 binding Effects 0.000 claims description 15
- 239000003795 chemical substances by application Substances 0.000 claims description 15
- 108010033040 Histones Proteins 0.000 claims description 14
- 238000012650 click reaction Methods 0.000 claims description 14
- 230000007613 environmental effect Effects 0.000 claims description 14
- QCWBIPKYTBFWHH-FDDDBJFASA-N 1-[(2r,3r,4s,5r)-3,4-dihydroxy-5-(hydroxymethyl)oxolan-2-yl]-5-ethynylpyrimidine-2,4-dione Chemical compound O[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]1N1C(=O)NC(=O)C(C#C)=C1 QCWBIPKYTBFWHH-FDDDBJFASA-N 0.000 claims description 13
- 108010090804 Streptavidin Proteins 0.000 claims description 13
- WOVKYSAHUYNSMH-RRKCRQDMSA-N 5-bromodeoxyuridine Chemical compound C1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]1N1C(=O)NC(=O)C(Br)=C1 WOVKYSAHUYNSMH-RRKCRQDMSA-N 0.000 claims description 12
- 241000203069 Archaea Species 0.000 claims description 12
- WOVKYSAHUYNSMH-UHFFFAOYSA-N BROMODEOXYURIDINE Natural products C1C(O)C(CO)OC1N1C(=O)NC(=O)C(Br)=C1 WOVKYSAHUYNSMH-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 12
- 238000006736 Huisgen cycloaddition reaction Methods 0.000 claims description 12
- 239000002299 complementary DNA Substances 0.000 claims description 12
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 claims description 11
- 241000221204 Cryptococcus neoformans Species 0.000 claims description 10
- 230000006820 DNA synthesis Effects 0.000 claims description 10
- 241000144128 Lichtheimia corymbifera Species 0.000 claims description 10
- 241000187479 Mycobacterium tuberculosis Species 0.000 claims description 10
- 241000322250 Neotestudina rosatii Species 0.000 claims description 10
- 235000013305 food Nutrition 0.000 claims description 10
- 238000005406 washing Methods 0.000 claims description 10
- ILZDIASZHUIPSA-JJNLEZRASA-N (2r,3r,4s,5r)-2-(6-amino-2-ethynylpurin-9-yl)-5-(hydroxymethyl)oxolane-3,4-diol Chemical compound C1=NC=2C(N)=NC(C#C)=NC=2N1[C@@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O)[C@H]1O ILZDIASZHUIPSA-JJNLEZRASA-N 0.000 claims description 9
- KYJLJOJCMUFWDY-UUOKFMHZSA-N (2r,3r,4s,5r)-2-(6-amino-8-azidopurin-9-yl)-5-(hydroxymethyl)oxolane-3,4-diol Chemical compound [N-]=[N+]=NC1=NC=2C(N)=NC=NC=2N1[C@@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O)[C@H]1O KYJLJOJCMUFWDY-UUOKFMHZSA-N 0.000 claims description 9
- JCLIMDWHRZIHMW-QYVSTXNMSA-N (2r,3s,4r,5r)-2-(hydroxymethyl)-5-[6-(prop-2-ynylamino)purin-9-yl]oxolane-3,4-diol Chemical compound O[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]1N1C2=NC=NC(NCC#C)=C2N=C1 JCLIMDWHRZIHMW-QYVSTXNMSA-N 0.000 claims description 9
- IFVJLCHSLGMHEY-QYYRPYCUSA-N (2r,3s,4r,5r)-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-azido-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-ol Chemical compound C1=NC=2C(N)=NC=NC=2N1[C@@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O)[C@H]1N=[N+]=[N-] IFVJLCHSLGMHEY-QYYRPYCUSA-N 0.000 claims description 9
- RKSLVDIXBGWPIS-UAKXSSHOSA-N 1-[(2r,3r,4s,5r)-3,4-dihydroxy-5-(hydroxymethyl)oxolan-2-yl]-5-iodopyrimidine-2,4-dione Chemical compound O[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]1N1C(=O)NC(=O)C(I)=C1 RKSLVDIXBGWPIS-UAKXSSHOSA-N 0.000 claims description 9
- NCZFDEBKMUJQQO-FDDDBJFASA-N 4-amino-1-[(2r,3r,4s,5r)-3,4-dihydroxy-5-(hydroxymethyl)oxolan-2-yl]-5-ethynylpyrimidin-2-one Chemical compound C1=C(C#C)C(N)=NC(=O)N1[C@H]1[C@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO)O1 NCZFDEBKMUJQQO-FDDDBJFASA-N 0.000 claims description 9
- HMJSYXIPNSASJY-DJLDLDEBSA-N 4-amino-5-ethynyl-1-[(2r,4s,5r)-4-hydroxy-5-(hydroxymethyl)oxolan-2-yl]pyrimidin-2-one Chemical compound C1=C(C#C)C(N)=NC(=O)N1[C@@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O)C1 HMJSYXIPNSASJY-DJLDLDEBSA-N 0.000 claims description 9
- WXYPHRGYUKZYFQ-TURQNECASA-N 5-(3-azidopropyl)-1-[(2R,3R,4S,5R)-3,4-dihydroxy-5-(hydroxymethyl)oxolan-2-yl]pyrimidine-2,4-dione Chemical compound OC[C@H]1O[C@H]([C@H](O)[C@@H]1O)n1cc(CCCN=[N+]=[N-])c(=O)[nH]c1=O WXYPHRGYUKZYFQ-TURQNECASA-N 0.000 claims description 9
- ZAFBFGDCEFQDFD-JXOAFFINSA-N 5-(azidomethyl)-1-[(2R,3R,4S,5R)-3,4-dihydroxy-5-(hydroxymethyl)oxolan-2-yl]pyrimidine-2,4-dione Chemical compound N(=[N+]=[N-])CC=1C(NC(N([C@H]2[C@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO)O2)C=1)=O)=O ZAFBFGDCEFQDFD-JXOAFFINSA-N 0.000 claims description 9
- AGFIRQJZCNVMCW-UAKXSSHOSA-N 5-bromouridine Chemical compound O[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]1N1C(=O)NC(=O)C(Br)=C1 AGFIRQJZCNVMCW-UAKXSSHOSA-N 0.000 claims description 9
- YEEGMPUOCRQFRV-IBCQBUCCSA-N 5-ethynyl-1-[(2r,3s,4r,5r)-3-fluoro-4-hydroxy-5-(hydroxymethyl)oxolan-2-yl]pyrimidine-2,4-dione Chemical compound F[C@H]1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]1N1C(=O)NC(=O)C(C#C)=C1 YEEGMPUOCRQFRV-IBCQBUCCSA-N 0.000 claims description 9
- 241000195493 Cryptophyta Species 0.000 claims description 9
- 241000526686 Paracoccidioides brasiliensis Species 0.000 claims description 9
- 125000000304 alkynyl group Chemical group 0.000 claims description 9
- 239000007850 fluorescent dye Substances 0.000 claims description 9
- 241001480037 Microsporum Species 0.000 claims description 8
- 239000002253 acid Substances 0.000 claims description 8
- IVRMZWNICZWHMI-UHFFFAOYSA-N azide group Chemical group [N-]=[N+]=[N-] IVRMZWNICZWHMI-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 8
- 238000013467 fragmentation Methods 0.000 claims description 8
- 238000006062 fragmentation reaction Methods 0.000 claims description 8
- 238000003384 imaging method Methods 0.000 claims description 8
- 229960001225 rifampicin Drugs 0.000 claims description 8
- 230000003115 biocidal effect Effects 0.000 claims description 7
- 239000008187 granular material Substances 0.000 claims description 7
- 229960004716 idoxuridine Drugs 0.000 claims description 7
- 238000012360 testing method Methods 0.000 claims description 7
- BLSQLHNBWJLIBQ-OZXSUGGESA-N (2R,4S)-terconazole Chemical compound C1CN(C(C)C)CCN1C(C=C1)=CC=C1OC[C@@H]1O[C@@](CN2N=CN=C2)(C=2C(=CC(Cl)=CC=2)Cl)OC1 BLSQLHNBWJLIBQ-OZXSUGGESA-N 0.000 claims description 6
- 108020004465 16S ribosomal RNA Proteins 0.000 claims description 6
- MIXIIJCBELCMCZ-VWLOTQADSA-N 99a996378y Chemical compound O1CCC2=CC=NC3=C2C1=CC=C3C1=C([C@H](OC(C)(C)C)C(O)=O)C(C)=NC2=CC=CC=C21 MIXIIJCBELCMCZ-VWLOTQADSA-N 0.000 claims description 6
- 108090001008 Avidin Proteins 0.000 claims description 6
- 229940124527 BI 224436 Drugs 0.000 claims description 6
- ULGZDMOVFRHVEP-RWJQBGPGSA-N Erythromycin Chemical compound O([C@@H]1[C@@H](C)C(=O)O[C@@H]([C@@]([C@H](O)[C@@H](C)C(=O)[C@H](C)C[C@@](C)(O)[C@H](O[C@H]2[C@@H]([C@H](C[C@@H](C)O2)N(C)C)O)[C@H]1C)(C)O)CC)[C@H]1C[C@@](C)(OC)[C@@H](O)[C@H](C)O1 ULGZDMOVFRHVEP-RWJQBGPGSA-N 0.000 claims description 6
- 241000588724 Escherichia coli Species 0.000 claims description 6
- JGSARLDLIJGVTE-MBNYWOFBSA-N Penicillin G Chemical compound N([C@H]1[C@H]2SC([C@@H](N2C1=O)C(O)=O)(C)C)C(=O)CC1=CC=CC=C1 JGSARLDLIJGVTE-MBNYWOFBSA-N 0.000 claims description 6
- 102000007056 Recombinant Fusion Proteins Human genes 0.000 claims description 6
- 108010008281 Recombinant Fusion Proteins Proteins 0.000 claims description 6
- NCDNCNXCDXHOMX-UHFFFAOYSA-N Ritonavir Natural products C=1C=CC=CC=1CC(NC(=O)OCC=1SC=NC=1)C(O)CC(CC=1C=CC=CC=1)NC(=O)C(C(C)C)NC(=O)N(C)CC1=CSC(C(C)C)=N1 NCDNCNXCDXHOMX-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 6
- 241000589884 Treponema pallidum Species 0.000 claims description 6
- 239000003443 antiviral agent Substances 0.000 claims description 6
- 229950004159 bictegravir Drugs 0.000 claims description 6
- SOLUWJRYJLAZCX-LYOVBCGYSA-N bictegravir Chemical compound C([C@H]1O[C@@H]2CC[C@@H](C2)N1C(=O)C1=C(C2=O)O)N1C=C2C(=O)NCC1=C(F)C=C(F)C=C1F SOLUWJRYJLAZCX-LYOVBCGYSA-N 0.000 claims description 6
- 238000003766 bioinformatics method Methods 0.000 claims description 6
- MYSWGUAQZAJSOK-UHFFFAOYSA-N ciprofloxacin Chemical compound C12=CC(N3CCNCC3)=C(F)C=C2C(=O)C(C(=O)O)=CN1C1CC1 MYSWGUAQZAJSOK-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 6
- WHBIGIKBNXZKFE-UHFFFAOYSA-N delavirdine Chemical compound CC(C)NC1=CC=CN=C1N1CCN(C(=O)C=2NC3=CC=C(NS(C)(=O)=O)C=C3C=2)CC1 WHBIGIKBNXZKFE-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 6
- NOPFSRXAKWQILS-UHFFFAOYSA-N docosan-1-ol Chemical compound CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCO NOPFSRXAKWQILS-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 6
- 229960002542 dolutegravir Drugs 0.000 claims description 6
- RHWKPHLQXYSBKR-BMIGLBTASA-N dolutegravir Chemical compound C([C@@H]1OCC[C@H](N1C(=O)C1=C(O)C2=O)C)N1C=C2C(=O)NCC1=CC=C(F)C=C1F RHWKPHLQXYSBKR-BMIGLBTASA-N 0.000 claims description 6
- 229960001627 lamivudine Drugs 0.000 claims description 6
- JTEGQNOMFQHVDC-NKWVEPMBSA-N lamivudine Chemical compound O=C1N=C(N)C=CN1[C@H]1O[C@@H](CO)SC1 JTEGQNOMFQHVDC-NKWVEPMBSA-N 0.000 claims description 6
- NQDJXKOVJZTUJA-UHFFFAOYSA-N nevirapine Chemical compound C12=NC=CC=C2C(=O)NC=2C(C)=CC=NC=2N1C1CC1 NQDJXKOVJZTUJA-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 6
- ZJAOAACCNHFJAH-UHFFFAOYSA-N phosphonoformic acid Chemical compound OC(=O)P(O)(O)=O ZJAOAACCNHFJAH-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 6
- 108090000765 processed proteins & peptides Proteins 0.000 claims description 6
- 230000002441 reversible effect Effects 0.000 claims description 6
- 229960000311 ritonavir Drugs 0.000 claims description 6
- NCDNCNXCDXHOMX-XGKFQTDJSA-N ritonavir Chemical compound N([C@@H](C(C)C)C(=O)N[C@H](C[C@H](O)[C@H](CC=1C=CC=CC=1)NC(=O)OCC=1SC=NC=1)CC=1C=CC=CC=1)C(=O)N(C)CC1=CSC(C(C)C)=N1 NCDNCNXCDXHOMX-XGKFQTDJSA-N 0.000 claims description 6
- UCSJYZPVAKXKNQ-HZYVHMACSA-N streptomycin Chemical compound CN[C@H]1[C@H](O)[C@@H](O)[C@H](CO)O[C@H]1O[C@@H]1[C@](C=O)(O)[C@H](C)O[C@H]1O[C@@H]1[C@@H](NC(N)=N)[C@H](O)[C@@H](NC(N)=N)[C@H](O)[C@H]1O UCSJYZPVAKXKNQ-HZYVHMACSA-N 0.000 claims description 6
- 229960000580 terconazole Drugs 0.000 claims description 6
- JSRREMIKIHJGAA-JTQLQIEISA-N (6s)-2-[(3-chloro-4-fluorophenyl)methyl]-8-ethyl-10-hydroxy-n,6-dimethyl-1,9-dioxo-6,7-dihydropyrazino[5,6]pyrrolo[1,3-b]pyridazine-4-carboxamide Chemical compound N1([C@@H](C)CN(C2=O)CC)C2=C(O)C(C2=O)=C1C(C(=O)NC)=NN2CC1=CC=C(F)C(Cl)=C1 JSRREMIKIHJGAA-JTQLQIEISA-N 0.000 claims description 5
- 241000235389 Absidia Species 0.000 claims description 5
- 241000187362 Actinomadura Species 0.000 claims description 5
- 241000157202 Actinomadura pelletieri Species 0.000 claims description 5
- 241000186046 Actinomyces Species 0.000 claims description 5
- 241000186041 Actinomyces israelii Species 0.000 claims description 5
- 241000829453 Alphapolyomavirus Species 0.000 claims description 5
- 241000710929 Alphavirus Species 0.000 claims description 5
- 241000893451 Arthroderma Species 0.000 claims description 5
- 241000228197 Aspergillus flavus Species 0.000 claims description 5
- 241001225321 Aspergillus fumigatus Species 0.000 claims description 5
- 241000193738 Bacillus anthracis Species 0.000 claims description 5
- 241000193755 Bacillus cereus Species 0.000 claims description 5
- 241001518086 Bartonella henselae Species 0.000 claims description 5
- 241000606108 Bartonella quintana Species 0.000 claims description 5
- 241000235579 Basidiobolus Species 0.000 claims description 5
- 241000829450 Betapolyomavirus Species 0.000 claims description 5
- 241000335423 Blastomyces Species 0.000 claims description 5
- 206010005098 Blastomycosis Diseases 0.000 claims description 5
- 241000124740 Bocaparvovirus Species 0.000 claims description 5
- 241000588832 Bordetella pertussis Species 0.000 claims description 5
- 241000180135 Borrelia recurrentis Species 0.000 claims description 5
- 241001148604 Borreliella afzelii Species 0.000 claims description 5
- 241000589969 Borreliella burgdorferi Species 0.000 claims description 5
- 241001148605 Borreliella garinii Species 0.000 claims description 5
- 241000589567 Brucella abortus Species 0.000 claims description 5
- 241001509299 Brucella canis Species 0.000 claims description 5
- 241001148106 Brucella melitensis Species 0.000 claims description 5
- 241001148111 Brucella suis Species 0.000 claims description 5
- 241001534149 Cadophora Species 0.000 claims description 5
- 241000589875 Campylobacter jejuni Species 0.000 claims description 5
- 241000222122 Candida albicans Species 0.000 claims description 5
- 241000710190 Cardiovirus Species 0.000 claims description 5
- 241000282693 Cercopithecidae Species 0.000 claims description 5
- 241000905906 Cercospora apii Species 0.000 claims description 5
- 241001647372 Chlamydia pneumoniae Species 0.000 claims description 5
- 241001647378 Chlamydia psittaci Species 0.000 claims description 5
- 241000606153 Chlamydia trachomatis Species 0.000 claims description 5
- 241000123346 Chrysosporium Species 0.000 claims description 5
- 241000222290 Cladosporium Species 0.000 claims description 5
- 241000193163 Clostridioides difficile Species 0.000 claims description 5
- 241000193155 Clostridium botulinum Species 0.000 claims description 5
- 241000193468 Clostridium perfringens Species 0.000 claims description 5
- 241000193449 Clostridium tetani Species 0.000 claims description 5
- 241000223205 Coccidioides immitis Species 0.000 claims description 5
- 241000204955 Colorado tick fever virus Species 0.000 claims description 5
- 241000186227 Corynebacterium diphtheriae Species 0.000 claims description 5
- 241001632249 Cosavirus Species 0.000 claims description 5
- 201000007336 Cryptococcosis Diseases 0.000 claims description 5
- 241001522864 Cryptococcus gattii VGI Species 0.000 claims description 5
- 241000235556 Cunninghamella elegans Species 0.000 claims description 5
- 241001190084 Cyclovirus Species 0.000 claims description 5
- 241000701022 Cytomegalovirus Species 0.000 claims description 5
- 241000829448 Deltapolyomavirus Species 0.000 claims description 5
- 241001663879 Deltaretrovirus Species 0.000 claims description 5
- 241001533413 Deltavirus Species 0.000 claims description 5
- 241000702421 Dependoparvovirus Species 0.000 claims description 5
- 241001115402 Ebolavirus Species 0.000 claims description 5
- 241001262659 Emmonsia Species 0.000 claims description 5
- 241000968075 Emmonsiella Species 0.000 claims description 5
- XQSPYNMVSIKCOC-NTSWFWBYSA-N Emtricitabine Chemical compound C1=C(F)C(N)=NC(=O)N1[C@H]1O[C@@H](CO)SC1 XQSPYNMVSIKCOC-NTSWFWBYSA-N 0.000 claims description 5
- 241000194032 Enterococcus faecalis Species 0.000 claims description 5
- 241000194031 Enterococcus faecium Species 0.000 claims description 5
- 241000709661 Enterovirus Species 0.000 claims description 5
- 241001480508 Entomophthora Species 0.000 claims description 5
- 241001480036 Epidermophyton floccosum Species 0.000 claims description 5
- 241000121268 Erythroparvovirus Species 0.000 claims description 5
- 241000710831 Flavivirus Species 0.000 claims description 5
- 241000122862 Fonsecaea Species 0.000 claims description 5
- 241000589602 Francisella tularensis Species 0.000 claims description 5
- 241001663880 Gammaretrovirus Species 0.000 claims description 5
- 241000606768 Haemophilus influenzae Species 0.000 claims description 5
- 241000133258 Haplosporangium Species 0.000 claims description 5
- 241000590002 Helicobacter pylori Species 0.000 claims description 5
- 241000035314 Henipavirus Species 0.000 claims description 5
- 241000709721 Hepatovirus A Species 0.000 claims description 5
- 241000228402 Histoplasma Species 0.000 claims description 5
- 241000228404 Histoplasma capsulatum Species 0.000 claims description 5
- 241000441853 Hormiscium Species 0.000 claims description 5
- 241000441510 Hormodendrum Species 0.000 claims description 5
- 241000701085 Human alphaherpesvirus 3 Species 0.000 claims description 5
- 241001221585 Keratinomyces Species 0.000 claims description 5
- 241001468006 Kobuvirus Species 0.000 claims description 5
- 241000438908 Langeronia Species 0.000 claims description 5
- 241001518426 Ledantevirus Species 0.000 claims description 5
- 241000589242 Legionella pneumophila Species 0.000 claims description 5
- 241000713666 Lentivirus Species 0.000 claims description 5
- 241000589929 Leptospira interrogans Species 0.000 claims description 5
- 241001135196 Leptospira noguchii Species 0.000 claims description 5
- 241001135198 Leptospira santarosai Species 0.000 claims description 5
- 241001135200 Leptospira weilii Species 0.000 claims description 5
- 241000186779 Listeria monocytogenes Species 0.000 claims description 5
- 241000989306 Lophophyton gallinae Species 0.000 claims description 5
- 241000701043 Lymphocryptovirus Species 0.000 claims description 5
- 241000711828 Lyssavirus Species 0.000 claims description 5
- 229940124528 MK-2048 Drugs 0.000 claims description 5
- 241001444195 Madurella Species 0.000 claims description 5
- 241000555688 Malassezia furfur Species 0.000 claims description 5
- 241001058043 Mamastrovirus Species 0.000 claims description 5
- 241001601781 Mammarenavirus Species 0.000 claims description 5
- 241001115401 Marburgvirus Species 0.000 claims description 5
- 241000701244 Mastadenovirus Species 0.000 claims description 5
- 241000712079 Measles morbillivirus Species 0.000 claims description 5
- 241000375796 Medicopsis romeroi Species 0.000 claims description 5
- 241000351643 Metapneumovirus Species 0.000 claims description 5
- 241001363490 Monilia Species 0.000 claims description 5
- 241000235395 Mucor Species 0.000 claims description 5
- 241000711386 Mumps virus Species 0.000 claims description 5
- 241000186362 Mycobacterium leprae Species 0.000 claims description 5
- 241000187917 Mycobacterium ulcerans Species 0.000 claims description 5
- 241000202934 Mycoplasma pneumoniae Species 0.000 claims description 5
- 241001443590 Naganishia albida Species 0.000 claims description 5
- 241000995680 Nannizzia Species 0.000 claims description 5
- 241000893976 Nannizzia gypsea Species 0.000 claims description 5
- 241000588652 Neisseria gonorrhoeae Species 0.000 claims description 5
- 241000588650 Neisseria meningitidis Species 0.000 claims description 5
- 241000187654 Nocardia Species 0.000 claims description 5
- 241001263478 Norovirus Species 0.000 claims description 5
- 241000896238 Oidium Species 0.000 claims description 5
- 241000713112 Orthobunyavirus Species 0.000 claims description 5
- 241000150452 Orthohantavirus Species 0.000 claims description 5
- 241000700732 Orthohepadnavirus Species 0.000 claims description 5
- 241000745675 Orthohepevirus Species 0.000 claims description 5
- 241000150218 Orthonairovirus Species 0.000 claims description 5
- 241001432884 Orthopneumovirus Species 0.000 claims description 5
- 241000700629 Orthopoxvirus Species 0.000 claims description 5
- 241000222051 Papiliotrema laurentii Species 0.000 claims description 5
- 241000700639 Parapoxvirus Species 0.000 claims description 5
- 241000991583 Parechovirus Species 0.000 claims description 5
- 241000682735 Pegivirus Species 0.000 claims description 5
- 241000222831 Phialophora <Chaetothyriales> Species 0.000 claims description 5
- 241000713137 Phlebovirus Species 0.000 claims description 5
- 241001326499 Piedraia hortae Species 0.000 claims description 5
- 241000233872 Pneumocystis carinii Species 0.000 claims description 5
- 241000142787 Pneumocystis jirovecii Species 0.000 claims description 5
- 241000589517 Pseudomonas aeruginosa Species 0.000 claims description 5
- 241000701037 Rhadinovirus Species 0.000 claims description 5
- 241000293824 Rhinosporidium seeberi Species 0.000 claims description 5
- 241000606701 Rickettsia Species 0.000 claims description 5
- 241000405732 Rosavirus Species 0.000 claims description 5
- 241000122129 Roseolovirus Species 0.000 claims description 5
- 241000702670 Rotavirus Species 0.000 claims description 5
- 241000710799 Rubella virus Species 0.000 claims description 5
- 241001352312 Salivirus Species 0.000 claims description 5
- 241000293871 Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi Species 0.000 claims description 5
- 241000293869 Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium Species 0.000 claims description 5
- 241000369757 Sapovirus Species 0.000 claims description 5
- 241000223598 Scedosporium boydii Species 0.000 claims description 5
- 241001279813 Sepedonium Species 0.000 claims description 5
- 241000607760 Shigella sonnei Species 0.000 claims description 5
- 241000700584 Simplexvirus Species 0.000 claims description 5
- 241001478894 Sphaerotilus Species 0.000 claims description 5
- 241001085826 Sporotrichum Species 0.000 claims description 5
- 241001279361 Stachybotrys Species 0.000 claims description 5
- 241001279364 Stachybotrys chartarum Species 0.000 claims description 5
- 241000191967 Staphylococcus aureus Species 0.000 claims description 5
- 241000191963 Staphylococcus epidermidis Species 0.000 claims description 5
- 241001147691 Staphylococcus saprophyticus Species 0.000 claims description 5
- 241000193985 Streptococcus agalactiae Species 0.000 claims description 5
- 241000193998 Streptococcus pneumoniae Species 0.000 claims description 5
- 241000193996 Streptococcus pyogenes Species 0.000 claims description 5
- 208000002474 Tinea Diseases 0.000 claims description 5
- 241000130764 Tinea Species 0.000 claims description 5
- 241000711517 Torovirus Species 0.000 claims description 5
- 241000006364 Torula Species 0.000 claims description 5
- 241000223238 Trichophyton Species 0.000 claims description 5
- 241000223230 Trichosporon Species 0.000 claims description 5
- 241000202921 Ureaplasma urealyticum Species 0.000 claims description 5
- 241000711970 Vesiculovirus Species 0.000 claims description 5
- 241000607447 Yersinia enterocolitica Species 0.000 claims description 5
- 241000607479 Yersinia pestis Species 0.000 claims description 5
- 241000607477 Yersinia pseudotuberculosis Species 0.000 claims description 5
- 229940065181 bacillus anthracis Drugs 0.000 claims description 5
- 229940092524 bartonella henselae Drugs 0.000 claims description 5
- 229940092523 bartonella quintana Drugs 0.000 claims description 5
- 229940056450 brucella abortus Drugs 0.000 claims description 5
- 229940038698 brucella melitensis Drugs 0.000 claims description 5
- ABJKWBDEJIDSJZ-UHFFFAOYSA-N butenafine Chemical compound C=1C=CC2=CC=CC=C2C=1CN(C)CC1=CC=C(C(C)(C)C)C=C1 ABJKWBDEJIDSJZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 5
- 229960002962 butenafine Drugs 0.000 claims description 5
- 229950005928 cabotegravir Drugs 0.000 claims description 5
- WCWSTNLSLKSJPK-LKFCYVNXSA-N cabotegravir Chemical compound C([C@H]1OC[C@@H](N1C(=O)C1=C(O)C2=O)C)N1C=C2C(=O)NCC1=CC=C(F)C=C1F WCWSTNLSLKSJPK-LKFCYVNXSA-N 0.000 claims description 5
- 229940095731 candida albicans Drugs 0.000 claims description 5
- 229940038705 chlamydia trachomatis Drugs 0.000 claims description 5
- 229940032049 enterococcus faecalis Drugs 0.000 claims description 5
- 229940023064 escherichia coli Drugs 0.000 claims description 5
- 239000006260 foam Substances 0.000 claims description 5
- 229940118764 francisella tularensis Drugs 0.000 claims description 5
- 229940047650 haemophilus influenzae Drugs 0.000 claims description 5
- 229940037467 helicobacter pylori Drugs 0.000 claims description 5
- 150000007857 hydrazones Chemical class 0.000 claims description 5
- 229940115932 legionella pneumophila Drugs 0.000 claims description 5
- 201000006506 lobomycosis Diseases 0.000 claims description 5
- 229960004742 raltegravir Drugs 0.000 claims description 5
- CZFFBEXEKNGXKS-UHFFFAOYSA-N raltegravir Chemical compound O1C(C)=NN=C1C(=O)NC(C)(C)C1=NC(C(=O)NCC=2C=CC(F)=CC=2)=C(O)C(=O)N1C CZFFBEXEKNGXKS-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 5
- 208000023504 respiratory system disease Diseases 0.000 claims description 5
- 229940115939 shigella sonnei Drugs 0.000 claims description 5
- 241000894007 species Species 0.000 claims description 5
- 229940031000 streptococcus pneumoniae Drugs 0.000 claims description 5
- 229940098232 yersinia enterocolitica Drugs 0.000 claims description 5
- 241000045671 Falciformispora senegalensis Species 0.000 claims description 4
- 241000711549 Hepacivirus C Species 0.000 claims description 4
- 241000187747 Streptomyces Species 0.000 claims description 4
- 241000607626 Vibrio cholerae Species 0.000 claims description 4
- 239000003429 antifungal agent Substances 0.000 claims description 4
- ZAIPMKNFIOOWCQ-UEKVPHQBSA-N cephalexin Chemical compound C1([C@@H](N)C(=O)N[C@H]2[C@@H]3N(C2=O)C(=C(CS3)C)C(O)=O)=CC=CC=C1 ZAIPMKNFIOOWCQ-UEKVPHQBSA-N 0.000 claims description 4
- 238000003776 cleavage reaction Methods 0.000 claims description 4
- 229960003586 elvitegravir Drugs 0.000 claims description 4
- JUZYLCPPVHEVSV-LJQANCHMSA-N elvitegravir Chemical compound COC1=CC=2N([C@H](CO)C(C)C)C=C(C(O)=O)C(=O)C=2C=C1CC1=CC=CC(Cl)=C1F JUZYLCPPVHEVSV-LJQANCHMSA-N 0.000 claims description 4
- 230000007017 scission Effects 0.000 claims description 4
- 229940118696 vibrio cholerae Drugs 0.000 claims description 4
- XMAYWYJOQHXEEK-OZXSUGGESA-N (2R,4S)-ketoconazole Chemical compound C1CN(C(=O)C)CCN1C(C=C1)=CC=C1OC[C@@H]1O[C@@](CN2C=NC=C2)(C=2C(=CC(Cl)=CC=2)Cl)OC1 XMAYWYJOQHXEEK-OZXSUGGESA-N 0.000 claims description 3
- MQHLMHIZUIDKOO-OKZBNKHCSA-N (2R,6S)-2,6-dimethyl-4-[(2S)-2-methyl-3-[4-(2-methylbutan-2-yl)phenyl]propyl]morpholine Chemical compound C1=CC(C(C)(C)CC)=CC=C1C[C@H](C)CN1C[C@@H](C)O[C@@H](C)C1 MQHLMHIZUIDKOO-OKZBNKHCSA-N 0.000 claims description 3
- NKRAIOQPSBRMOV-NRMKKVEVSA-N (2r,3r,4r,5r)-2-(4-aminopyrrolo[2,3-d]pyrimidin-7-yl)-3-ethynyl-5-(hydroxymethyl)oxolane-3,4-diol Chemical compound C1=CC=2C(N)=NC=NC=2N1[C@@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O)[C@]1(O)C#C NKRAIOQPSBRMOV-NRMKKVEVSA-N 0.000 claims description 3
- IRZRJANZDIOOIF-GAJNKVMBSA-N (2r,3r,4r,5r)-2-(4-aminopyrrolo[2,3-d]pyrimidin-7-yl)-5-(hydroxymethyl)-3-methyloxolane-3,4-diol Chemical compound C[C@@]1(O)[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]1N1C2=NC=NC(N)=C2C=C1 IRZRJANZDIOOIF-GAJNKVMBSA-N 0.000 claims description 3
- AMFDITJFBUXZQN-KUBHLMPHSA-N (2s,3s,4r,5r)-2-(4-amino-5h-pyrrolo[3,2-d]pyrimidin-7-yl)-5-(hydroxymethyl)pyrrolidine-3,4-diol Chemical compound C=1NC=2C(N)=NC=NC=2C=1[C@@H]1N[C@H](CO)[C@@H](O)[C@H]1O AMFDITJFBUXZQN-KUBHLMPHSA-N 0.000 claims description 3
- VCOPTHOUUNAYKQ-WBTCAYNUSA-N (3s)-3,6-diamino-n-[[(2s,5s,8e,11s,15s)-15-amino-11-[(6r)-2-amino-1,4,5,6-tetrahydropyrimidin-6-yl]-8-[(carbamoylamino)methylidene]-2-(hydroxymethyl)-3,6,9,12,16-pentaoxo-1,4,7,10,13-pentazacyclohexadec-5-yl]methyl]hexanamide;(3s)-3,6-diamino-n-[[(2s,5s,8 Chemical compound N1C(=O)\C(=C/NC(N)=O)NC(=O)[C@H](CNC(=O)C[C@@H](N)CCCN)NC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@@H](N)CNC(=O)[C@@H]1[C@@H]1NC(N)=NCC1.N1C(=O)\C(=C/NC(N)=O)NC(=O)[C@H](CNC(=O)C[C@@H](N)CCCN)NC(=O)[C@H](CO)NC(=O)[C@@H](N)CNC(=O)[C@@H]1[C@@H]1NC(N)=NCC1 VCOPTHOUUNAYKQ-WBTCAYNUSA-N 0.000 claims description 3
- CNPVJJQCETWNEU-CYFREDJKSA-N (4,6-dimethyl-5-pyrimidinyl)-[4-[(3S)-4-[(1R)-2-methoxy-1-[4-(trifluoromethyl)phenyl]ethyl]-3-methyl-1-piperazinyl]-4-methyl-1-piperidinyl]methanone Chemical compound N([C@@H](COC)C=1C=CC(=CC=1)C(F)(F)F)([C@H](C1)C)CCN1C(CC1)(C)CCN1C(=O)C1=C(C)N=CN=C1C CNPVJJQCETWNEU-CYFREDJKSA-N 0.000 claims description 3
- SGKRLCUYIXIAHR-AKNGSSGZSA-N (4s,4ar,5s,5ar,6r,12ar)-4-(dimethylamino)-1,5,10,11,12a-pentahydroxy-6-methyl-3,12-dioxo-4a,5,5a,6-tetrahydro-4h-tetracene-2-carboxamide Chemical compound C1=CC=C2[C@H](C)[C@@H]([C@H](O)[C@@H]3[C@](C(O)=C(C(N)=O)C(=O)[C@H]3N(C)C)(O)C3=O)C3=C(O)C2=C1O SGKRLCUYIXIAHR-AKNGSSGZSA-N 0.000 claims description 3
- FFTVPQUHLQBXQZ-KVUCHLLUSA-N (4s,4as,5ar,12ar)-4,7-bis(dimethylamino)-1,10,11,12a-tetrahydroxy-3,12-dioxo-4a,5,5a,6-tetrahydro-4h-tetracene-2-carboxamide Chemical compound C1C2=C(N(C)C)C=CC(O)=C2C(O)=C2[C@@H]1C[C@H]1[C@H](N(C)C)C(=O)C(C(N)=O)=C(O)[C@@]1(O)C2=O FFTVPQUHLQBXQZ-KVUCHLLUSA-N 0.000 claims description 3
- GUXHBMASAHGULD-SEYHBJAFSA-N (4s,4as,5as,6s,12ar)-7-chloro-4-(dimethylamino)-1,6,10,11,12a-pentahydroxy-3,12-dioxo-4a,5,5a,6-tetrahydro-4h-tetracene-2-carboxamide Chemical compound C1([C@H]2O)=C(Cl)C=CC(O)=C1C(O)=C1[C@@H]2C[C@H]2[C@H](N(C)C)C(=O)C(C(N)=O)=C(O)[C@@]2(O)C1=O GUXHBMASAHGULD-SEYHBJAFSA-N 0.000 claims description 3
- MMQXRUYUBYWTDP-KEIGCJKLSA-N (5s,6r,7r)-3-(acetyloxymethyl)-7-[[(2z)-2-(2-amino-1,3-thiazol-4-yl)-2-methoxyiminoacetyl]amino]-5,8-dioxo-5$l^{4}-thia-1-azabicyclo[4.2.0]oct-2-ene-2-carboxylic acid Chemical compound N([C@@H]1C(N2[C@@H]1[S@](CC(COC(C)=O)=C2C(O)=O)=O)=O)C(=O)\C(=N/OC)C1=CSC(N)=N1 MMQXRUYUBYWTDP-KEIGCJKLSA-N 0.000 claims description 3
- FMZXNVLFJHCSAF-DNVCBOLYSA-N (6R,7R)-3-[(4-carbamoyl-1-pyridin-1-iumyl)methyl]-8-oxo-7-[(1-oxo-2-thiophen-2-ylethyl)amino]-5-thia-1-azabicyclo[4.2.0]oct-2-ene-2-carboxylate Chemical compound C1=CC(C(=O)N)=CC=[N+]1CC1=C(C([O-])=O)N2C(=O)[C@@H](NC(=O)CC=3SC=CC=3)[C@H]2SC1 FMZXNVLFJHCSAF-DNVCBOLYSA-N 0.000 claims description 3
- OCLRGULJISNUQS-OXQOHEQNSA-N (6r,7r)-3-(acetyloxymethyl)-7-[[3-(2-chlorophenyl)-5-methyl-1,2-oxazole-4-carbonyl]amino]-8-oxo-5-thia-1-azabicyclo[4.2.0]oct-2-ene-2-carboxylic acid Chemical compound N([C@H]1[C@@H]2N(C1=O)C(=C(CS2)COC(=O)C)C(O)=O)C(=O)C1=C(C)ON=C1C1=CC=CC=C1Cl OCLRGULJISNUQS-OXQOHEQNSA-N 0.000 claims description 3
- QFTZCQVZVRVDTD-DNVCBOLYSA-N (6r,7r)-3-methyl-8-oxo-7-[[2-[4-(1,4,5,6-tetrahydropyrimidin-2-yl)phenyl]acetyl]amino]-5-thia-1-azabicyclo[4.2.0]oct-2-ene-2-carboxylic acid Chemical compound N([C@H]1[C@@H]2N(C1=O)C(=C(CS2)C)C(O)=O)C(=O)CC(C=C1)=CC=C1C1=NCCCN1 QFTZCQVZVRVDTD-DNVCBOLYSA-N 0.000 claims description 3
- XSPUSVIQHBDITA-KXDGEKGBSA-N (6r,7r)-7-[[(2e)-2-(2-amino-1,3-thiazol-4-yl)-2-methoxyiminoacetyl]amino]-3-[(5-methyltetrazol-2-yl)methyl]-8-oxo-5-thia-1-azabicyclo[4.2.0]oct-2-ene-2-carboxylic acid Chemical compound S([C@@H]1[C@@H](C(N1C=1C(O)=O)=O)NC(=O)/C(=N/OC)C=2N=C(N)SC=2)CC=1CN1N=NC(C)=N1 XSPUSVIQHBDITA-KXDGEKGBSA-N 0.000 claims description 3
- RULITNAIJFZYLO-UEKVPHQBSA-N (6r,7r)-7-[[(2r)-2-amino-2-(3-chloro-4-hydroxyphenyl)acetyl]amino]-3-methyl-8-oxo-5-thia-1-azabicyclo[4.2.0]oct-2-ene-2-carboxylic acid Chemical compound C1([C@@H](N)C(=O)N[C@H]2[C@@H]3N(C2=O)C(=C(CS3)C)C(O)=O)=CC=C(O)C(Cl)=C1 RULITNAIJFZYLO-UEKVPHQBSA-N 0.000 claims description 3
- SBUCDZYLTRYMFG-PBFPGSCMSA-N (6r,7r)-7-[[(2r)-2-amino-2-(4-hydroxyphenyl)acetyl]amino]-3-[(5-methyl-1,3,4-thiadiazol-2-yl)sulfanylmethyl]-8-oxo-5-thia-1-azabicyclo[4.2.0]oct-2-ene-2-carboxylic acid Chemical compound S1C(C)=NN=C1SCC1=C(C(O)=O)N2C(=O)[C@@H](NC(=O)[C@H](N)C=3C=CC(O)=CC=3)[C@H]2SC1 SBUCDZYLTRYMFG-PBFPGSCMSA-N 0.000 claims description 3
- WDLWHQDACQUCJR-ZAMMOSSLSA-N (6r,7r)-7-[[(2r)-2-azaniumyl-2-(4-hydroxyphenyl)acetyl]amino]-8-oxo-3-[(e)-prop-1-enyl]-5-thia-1-azabicyclo[4.2.0]oct-2-ene-2-carboxylate Chemical compound C1([C@@H](N)C(=O)N[C@H]2[C@@H]3N(C2=O)C(=C(CS3)/C=C/C)C(O)=O)=CC=C(O)C=C1 WDLWHQDACQUCJR-ZAMMOSSLSA-N 0.000 claims description 3
- VDFFPBOAOLQAJV-SUYBPPKGSA-N (6r,7r)-7-[[(2r)-2-hydroxy-2-phenylacetyl]amino]-3-[(5-methyl-1,3,4-thiadiazol-2-yl)sulfanylmethyl]-8-oxo-5-thia-1-azabicyclo[4.2.0]oct-2-ene-2-carboxylic acid Chemical compound S1C(C)=NN=C1SCC1=C(C(O)=O)N2C(=O)[C@@H](NC(=O)[C@H](O)C=3C=CC=CC=3)[C@H]2SC1 VDFFPBOAOLQAJV-SUYBPPKGSA-N 0.000 claims description 3
- CUCFRCCRYQDMNM-PXIRVSTKSA-N (6r,7r)-7-[[(2z)-2-(2-amino-1,3-thiazol-5-yl)-2-(2-oxopyrrolidin-3-yl)oxyiminoacetyl]amino]-8-oxo-3-(pyridin-1-ium-1-ylmethyl)-5-thia-1-azabicyclo[4.2.0]oct-2-ene-2-carboxylate Chemical compound S1C(N)=NC=C1C(\C(=O)N[C@@H]1C(N2C(=C(C[N+]=3C=CC=CC=3)CS[C@@H]21)C([O-])=O)=O)=N\OC1C(=O)NCC1 CUCFRCCRYQDMNM-PXIRVSTKSA-N 0.000 claims description 3
- JXHWKLWIYBATLL-GMIKGCRTSA-N (6r,7r)-7-[[2-[(z)-2-cyanoethenyl]sulfanylacetyl]amino]-3-[(1-methyltetrazol-5-yl)sulfanylmethyl]-8-oxo-5-thia-1-azabicyclo[4.2.0]oct-2-ene-2-carboxylic acid Chemical compound CN1N=NN=C1SCC1=C(C(O)=O)N2C(=O)[C@@H](NC(=O)CS\C=C/C#N)[C@H]2SC1 JXHWKLWIYBATLL-GMIKGCRTSA-N 0.000 claims description 3
- UQWYUAURRDNBKR-BXUZGUMPSA-N (6r,7r)-8-oxo-7-[(2-thiophen-2-ylacetyl)amino]-3-(1h-1,2,4-triazol-5-ylsulfanylmethyl)-5-thia-1-azabicyclo[4.2.0]oct-2-ene-2-carboxylic acid Chemical compound O=C([C@@H](NC(=O)CC=1SC=CC=1)[C@H]1SC2)N1C(C(=O)O)=C2CSC1=NC=NN1 UQWYUAURRDNBKR-BXUZGUMPSA-N 0.000 claims description 3
- RXZBMPWDPOLZGW-XMRMVWPWSA-N (E)-roxithromycin Chemical compound O([C@@H]1[C@@H](C)C(=O)O[C@@H]([C@@]([C@H](O)[C@@H](C)C(=N/OCOCCOC)/[C@H](C)C[C@@](C)(O)[C@H](O[C@H]2[C@@H]([C@H](C[C@@H](C)O2)N(C)C)O)[C@H]1C)(C)O)CC)[C@H]1C[C@@](C)(OC)[C@@H](O)[C@H](C)O1 RXZBMPWDPOLZGW-XMRMVWPWSA-N 0.000 claims description 3
- MPIPASJGOJYODL-SFHVURJKSA-N (R)-isoconazole Chemical compound ClC1=CC(Cl)=CC=C1[C@@H](OCC=1C(=CC=CC=1Cl)Cl)CN1C=NC=C1 MPIPASJGOJYODL-SFHVURJKSA-N 0.000 claims description 3
- QKDHBVNJCZBTMR-LLVKDONJSA-N (R)-temafloxacin Chemical compound C1CN[C@H](C)CN1C(C(=C1)F)=CC2=C1C(=O)C(C(O)=O)=CN2C1=CC=C(F)C=C1F QKDHBVNJCZBTMR-LLVKDONJSA-N 0.000 claims description 3
- XUBOMFCQGDBHNK-JTQLQIEISA-N (S)-gatifloxacin Chemical compound FC1=CC(C(C(C(O)=O)=CN2C3CC3)=O)=C2C(OC)=C1N1CCN[C@@H](C)C1 XUBOMFCQGDBHNK-JTQLQIEISA-N 0.000 claims description 3
- UBCHPRBFMUDMNC-UHFFFAOYSA-N 1-(1-adamantyl)ethanamine Chemical compound C1C(C2)CC3CC2CC1(C(N)C)C3 UBCHPRBFMUDMNC-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 3
- AFNXATANNDIXLG-SFHVURJKSA-N 1-[(2r)-2-[(4-chlorophenyl)methylsulfanyl]-2-(2,4-dichlorophenyl)ethyl]imidazole Chemical compound C1=CC(Cl)=CC=C1CS[C@H](C=1C(=CC(Cl)=CC=1)Cl)CN1C=NC=C1 AFNXATANNDIXLG-SFHVURJKSA-N 0.000 claims description 3
- ZCJYUTQZBAIHBS-UHFFFAOYSA-N 1-[2-(2,4-dichlorophenyl)-2-{[4-(phenylsulfanyl)benzyl]oxy}ethyl]imidazole Chemical compound ClC1=CC(Cl)=CC=C1C(OCC=1C=CC(SC=2C=CC=CC=2)=CC=1)CN1C=NC=C1 ZCJYUTQZBAIHBS-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 3
- OCAPBUJLXMYKEJ-UHFFFAOYSA-N 1-[biphenyl-4-yl(phenyl)methyl]imidazole Chemical compound C1=NC=CN1C(C=1C=CC(=CC=1)C=1C=CC=CC=1)C1=CC=CC=C1 OCAPBUJLXMYKEJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 3
- LEZWWPYKPKIXLL-UHFFFAOYSA-N 1-{2-(4-chlorobenzyloxy)-2-(2,4-dichlorophenyl)ethyl}imidazole Chemical compound C1=CC(Cl)=CC=C1COC(C=1C(=CC(Cl)=CC=1)Cl)CN1C=NC=C1 LEZWWPYKPKIXLL-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 3
- QXHHHPZILQDDPS-UHFFFAOYSA-N 1-{2-[(2-chloro-3-thienyl)methoxy]-2-(2,4-dichlorophenyl)ethyl}imidazole Chemical compound S1C=CC(COC(CN2C=NC=C2)C=2C(=CC(Cl)=CC=2)Cl)=C1Cl QXHHHPZILQDDPS-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 3
- JLGKQTAYUIMGRK-UHFFFAOYSA-N 1-{2-[(7-chloro-1-benzothiophen-3-yl)methoxy]-2-(2,4-dichlorophenyl)ethyl}imidazole Chemical compound ClC1=CC(Cl)=CC=C1C(OCC=1C2=CC=CC(Cl)=C2SC=1)CN1C=NC=C1 JLGKQTAYUIMGRK-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 3
- VHVPQPYKVGDNFY-DFMJLFEVSA-N 2-[(2r)-butan-2-yl]-4-[4-[4-[4-[[(2r,4s)-2-(2,4-dichlorophenyl)-2-(1,2,4-triazol-1-ylmethyl)-1,3-dioxolan-4-yl]methoxy]phenyl]piperazin-1-yl]phenyl]-1,2,4-triazol-3-one Chemical compound O=C1N([C@H](C)CC)N=CN1C1=CC=C(N2CCN(CC2)C=2C=CC(OC[C@@H]3O[C@](CN4N=CN=C4)(OC3)C=3C(=CC(Cl)=CC=3)Cl)=CC=2)C=C1 VHVPQPYKVGDNFY-DFMJLFEVSA-N 0.000 claims description 3
- ZIAOVIPSKUPPQW-UHFFFAOYSA-N 3-chloro-5-[1-[(4-methyl-5-oxo-1h-1,2,4-triazol-3-yl)methyl]-2-oxo-4-(trifluoromethyl)pyridin-3-yl]oxybenzonitrile Chemical compound N1C(=O)N(C)C(CN2C(C(OC=3C=C(C=C(Cl)C=3)C#N)=C(C=C2)C(F)(F)F)=O)=N1 ZIAOVIPSKUPPQW-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 3
- XDMUFNNPLXHNKA-ZTESCHFWSA-N 4-[(1r,3as,5ar,5br,7ar,11as,11br,13ar,13br)-3a-[2-(1,1-dioxo-1,4-thiazinan-4-yl)ethylamino]-5a,5b,8,8,11a-pentamethyl-1-prop-1-en-2-yl-1,2,3,4,5,6,7,7a,11,11b,12,13,13a,13b-tetradecahydrocyclopenta[a]chrysen-9-yl]benzoic acid Chemical compound C([C@]1(C)[C@H]2CC[C@H]3[C@@]([C@@]2(CC[C@H]1C1(C)C)C)(C)CC[C@]2(CC[C@H]([C@H]32)C(=C)C)NCCN2CCS(=O)(=O)CC2)C=C1C1=CC=C(C(O)=O)C=C1 XDMUFNNPLXHNKA-ZTESCHFWSA-N 0.000 claims description 3
- HSBKFSPNDWWPSL-VDTYLAMSSA-N 4-amino-5-fluoro-1-[(2s,5r)-5-(hydroxymethyl)-2,5-dihydrofuran-2-yl]pyrimidin-2-one Chemical compound C1=C(F)C(N)=NC(=O)N1[C@@H]1C=C[C@H](CO)O1 HSBKFSPNDWWPSL-VDTYLAMSSA-N 0.000 claims description 3
- WZRJTRPJURQBRM-UHFFFAOYSA-N 4-amino-n-(5-methyl-1,2-oxazol-3-yl)benzenesulfonamide;5-[(3,4,5-trimethoxyphenyl)methyl]pyrimidine-2,4-diamine Chemical compound O1C(C)=CC(NS(=O)(=O)C=2C=CC(N)=CC=2)=N1.COC1=C(OC)C(OC)=CC(CC=2C(=NC(N)=NC=2)N)=C1 WZRJTRPJURQBRM-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 3
- WUWFMDMBOJLQIV-UHFFFAOYSA-N 7-(3-aminopyrrolidin-1-yl)-1-(2,4-difluorophenyl)-6-fluoro-4-oxo-1,4-dihydro-1,8-naphthyridine-3-carboxylic acid Chemical compound C1C(N)CCN1C(C(=C1)F)=NC2=C1C(=O)C(C(O)=O)=CN2C1=CC=C(F)C=C1F WUWFMDMBOJLQIV-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 3
- MPORYQCGWFQFLA-ONPDANIMSA-N 7-[(7s)-7-amino-5-azaspiro[2.4]heptan-5-yl]-8-chloro-6-fluoro-1-[(1r,2s)-2-fluorocyclopropyl]-4-oxoquinoline-3-carboxylic acid;trihydrate Chemical compound O.O.O.C([C@H]1N)N(C=2C(=C3C(C(C(C(O)=O)=CN3[C@H]3[C@H](C3)F)=O)=CC=2F)Cl)CC11CC1.C([C@H]1N)N(C=2C(=C3C(C(C(C(O)=O)=CN3[C@H]3[C@H](C3)F)=O)=CC=2F)Cl)CC11CC1 MPORYQCGWFQFLA-ONPDANIMSA-N 0.000 claims description 3
- IDVQGNMSSHPZSJ-UHFFFAOYSA-N 7-methylsulfanyl-3-nitro-6h-[1,2,4]triazolo[5,1-c][1,2,4]triazin-4-one Chemical compound N1=C([N+]([O-])=O)C(=O)N2NC(SC)=NC2=N1 IDVQGNMSSHPZSJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 3
- GSDSWSVVBLHKDQ-UHFFFAOYSA-N 9-fluoro-3-methyl-10-(4-methylpiperazin-1-yl)-7-oxo-2,3-dihydro-7H-[1,4]oxazino[2,3,4-ij]quinoline-6-carboxylic acid Chemical compound FC1=CC(C(C(C(O)=O)=C2)=O)=C3N2C(C)COC3=C1N1CCN(C)CC1 GSDSWSVVBLHKDQ-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 3
- DPSPPJIUMHPXMA-UHFFFAOYSA-N 9-fluoro-5-methyl-1-oxo-6,7-dihydro-1H,5H-pyrido[3,2,1-ij]quinoline-2-carboxylic acid Chemical compound C1CC(C)N2C=C(C(O)=O)C(=O)C3=C2C1=CC(F)=C3 DPSPPJIUMHPXMA-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 3
- APKFDSVGJQXUKY-KKGHZKTASA-N Amphotericin-B Natural products O[C@H]1[C@@H](N)[C@H](O)[C@@H](C)O[C@H]1O[C@H]1C=CC=CC=CC=CC=CC=CC=C[C@H](C)[C@@H](O)[C@@H](C)[C@H](C)OC(=O)C[C@H](O)C[C@H](O)CC[C@@H](O)[C@H](O)C[C@H](O)C[C@](O)(C[C@H](O)[C@H]2C(O)=O)O[C@H]2C1 APKFDSVGJQXUKY-KKGHZKTASA-N 0.000 claims description 3
- 108010064760 Anidulafungin Proteins 0.000 claims description 3
- WZPBZJONDBGPKJ-UHFFFAOYSA-N Antibiotic SQ 26917 Natural products O=C1N(S(O)(=O)=O)C(C)C1NC(=O)C(=NOC(C)(C)C(O)=O)C1=CSC(N)=N1 WZPBZJONDBGPKJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 3
- AXRYRYVKAWYZBR-UHFFFAOYSA-N Atazanavir Natural products C=1C=C(C=2N=CC=CC=2)C=CC=1CN(NC(=O)C(NC(=O)OC)C(C)(C)C)CC(O)C(NC(=O)C(NC(=O)OC)C(C)(C)C)CC1=CC=CC=C1 AXRYRYVKAWYZBR-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 3
- 108010019625 Atazanavir Sulfate Proteins 0.000 claims description 3
- 108010001478 Bacitracin Proteins 0.000 claims description 3
- MGQLHRYJBWGORO-LLVKDONJSA-N Balofloxacin Chemical compound C1[C@H](NC)CCCN1C1=C(F)C=C2C(=O)C(C(O)=O)=CN(C3CC3)C2=C1OC MGQLHRYJBWGORO-LLVKDONJSA-N 0.000 claims description 3
- OTXAMWFYPMNDME-FQQWJMKMSA-N CC[C@@H]1C[C@]1(NC(=O)[C@@H]1C[C@H](CN1C(=O)[C@@H](NC(=O)O[C@@H]1C[C@@H]2C[C@@H]2C1)C(C)(C)C)Oc1cc(nc2c(Cl)c(OCCN3CCOCC3)ccc12)-c1csc(NC(C)C)n1)C(O)=O Chemical compound CC[C@@H]1C[C@]1(NC(=O)[C@@H]1C[C@H](CN1C(=O)[C@@H](NC(=O)O[C@@H]1C[C@@H]2C[C@@H]2C1)C(C)(C)C)Oc1cc(nc2c(Cl)c(OCCN3CCOCC3)ccc12)-c1csc(NC(C)C)n1)C(O)=O OTXAMWFYPMNDME-FQQWJMKMSA-N 0.000 claims description 3
- QAGYKUNXZHXKMR-UHFFFAOYSA-N CPD000469186 Natural products CC1=C(O)C=CC=C1C(=O)NC(C(O)CN1C(CC2CCCCC2C1)C(=O)NC(C)(C)C)CSC1=CC=CC=C1 QAGYKUNXZHXKMR-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 3
- 108010065839 Capreomycin Proteins 0.000 claims description 3
- 108010020326 Caspofungin Proteins 0.000 claims description 3
- UQLLWWBDSUHNEB-CZUORRHYSA-N Cefaprin Chemical compound N([C@H]1[C@@H]2N(C1=O)C(=C(CS2)COC(=O)C)C(O)=O)C(=O)CSC1=CC=NC=C1 UQLLWWBDSUHNEB-CZUORRHYSA-N 0.000 claims description 3
- VWFCHDSQECPREK-LURJTMIESA-N Cidofovir Chemical compound NC=1C=CN(C[C@@H](CO)OCP(O)(O)=O)C(=O)N=1 VWFCHDSQECPREK-LURJTMIESA-N 0.000 claims description 3
- UHDGCWIWMRVCDJ-CCXZUQQUSA-N Cytarabine Chemical compound O=C1N=C(N)C=CN1[C@H]1[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO)O1 UHDGCWIWMRVCDJ-CCXZUQQUSA-N 0.000 claims description 3
- DYDCUQKUCUHJBH-UWTATZPHSA-N D-Cycloserine Chemical compound N[C@@H]1CONC1=O DYDCUQKUCUHJBH-UWTATZPHSA-N 0.000 claims description 3
- DYDCUQKUCUHJBH-UHFFFAOYSA-N D-Cycloserine Natural products NC1CONC1=O DYDCUQKUCUHJBH-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 3
- FMTDIUIBLCQGJB-UHFFFAOYSA-N Demethylchlortetracyclin Natural products C1C2C(O)C3=C(Cl)C=CC(O)=C3C(=O)C2=C(O)C2(O)C1C(N(C)C)C(O)=C(C(N)=O)C2=O FMTDIUIBLCQGJB-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 3
- BXZVVICBKDXVGW-NKWVEPMBSA-N Didanosine Chemical compound O1[C@H](CO)CC[C@@H]1N1C(NC=NC2=O)=C2N=C1 BXZVVICBKDXVGW-NKWVEPMBSA-N 0.000 claims description 3
- XPOQHMRABVBWPR-UHFFFAOYSA-N Efavirenz Natural products O1C(=O)NC2=CC=C(Cl)C=C2C1(C(F)(F)F)C#CC1CC1 XPOQHMRABVBWPR-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 3
- 108010032976 Enfuvirtide Proteins 0.000 claims description 3
- UIOFUWFRIANQPC-JKIFEVAISA-N Floxacillin Chemical compound N([C@@H]1C(N2[C@H](C(C)(C)S[C@@H]21)C(O)=O)=O)C(=O)C1=C(C)ON=C1C1=C(F)C=CC=C1Cl UIOFUWFRIANQPC-JKIFEVAISA-N 0.000 claims description 3
- CEAZRRDELHUEMR-URQXQFDESA-N Gentamicin Chemical compound O1[C@H](C(C)NC)CC[C@@H](N)[C@H]1O[C@H]1[C@H](O)[C@@H](O[C@@H]2[C@@H]([C@@H](NC)[C@@](C)(O)CO2)O)[C@H](N)C[C@@H]1N CEAZRRDELHUEMR-URQXQFDESA-N 0.000 claims description 3
- 229930182566 Gentamicin Natural products 0.000 claims description 3
- AIJTTZAVMXIJGM-UHFFFAOYSA-N Grepafloxacin Chemical compound C1CNC(C)CN1C(C(=C1C)F)=CC2=C1C(=O)C(C(O)=O)=CN2C1CC1 AIJTTZAVMXIJGM-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 3
- 102000006992 Interferon-alpha Human genes 0.000 claims description 3
- 108010047761 Interferon-alpha Proteins 0.000 claims description 3
- JUZNIMUFDBIJCM-ANEDZVCMSA-N Invanz Chemical compound O=C([C@H]1NC[C@H](C1)SC=1[C@H](C)[C@@H]2[C@H](C(N2C=1C(O)=O)=O)[C@H](O)C)NC1=CC=CC(C(O)=O)=C1 JUZNIMUFDBIJCM-ANEDZVCMSA-N 0.000 claims description 3
- KJHKTHWMRKYKJE-SUGCFTRWSA-N Kaletra Chemical compound N1([C@@H](C(C)C)C(=O)N[C@H](C[C@H](O)[C@H](CC=2C=CC=CC=2)NC(=O)COC=2C(=CC=CC=2C)C)CC=2C=CC=CC=2)CCCNC1=O KJHKTHWMRKYKJE-SUGCFTRWSA-N 0.000 claims description 3
- XAGMUUZPGZWTRP-ZETCQYMHSA-N LSM-5745 Chemical compound C([C@@H](N1C2=C(C(C(C(O)=O)=C1)=O)C=C1F)C)OC2=C1C1(N)CC1 XAGMUUZPGZWTRP-ZETCQYMHSA-N 0.000 claims description 3
- GSDSWSVVBLHKDQ-JTQLQIEISA-N Levofloxacin Chemical compound C([C@@H](N1C2=C(C(C(C(O)=O)=C1)=O)C=C1F)C)OC2=C1N1CCN(C)CC1 GSDSWSVVBLHKDQ-JTQLQIEISA-N 0.000 claims description 3
- OJMMVQQUTAEWLP-UHFFFAOYSA-N Lincomycin Natural products CN1CC(CCC)CC1C(=O)NC(C(C)O)C1C(O)C(O)C(O)C(SC)O1 OJMMVQQUTAEWLP-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 3
- YTAOBBFIOAEMLL-REQDGWNSSA-N Luliconazole Chemical compound ClC1=CC(Cl)=CC=C1[C@H](CS\1)SC/1=C(\C#N)N1C=NC=C1 YTAOBBFIOAEMLL-REQDGWNSSA-N 0.000 claims description 3
- 108010021062 Micafungin Proteins 0.000 claims description 3
- BYBLEWFAAKGYCD-UHFFFAOYSA-N Miconazole Chemical compound ClC1=CC(Cl)=CC=C1COC(C=1C(=CC(Cl)=CC=1)Cl)CN1C=NC=C1 BYBLEWFAAKGYCD-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 3
- KJHOZAZQWVKILO-UHFFFAOYSA-N N-(diaminomethylidene)-4-morpholinecarboximidamide Chemical compound NC(N)=NC(=N)N1CCOCC1 KJHOZAZQWVKILO-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 3
- 229930193140 Neomycin Natural products 0.000 claims description 3
- MZBLZLWXUBZHSL-FZNJKFJKSA-N O=C([C@H]1N2C[C@H](OC3=NC4=CC(OC)=CC=C4N=C3C(F)(F)CCCC[C@@H]3C[C@H]3OC(=O)N[C@H](C2=O)C(C)(C)C)[C@H]1CC)N[C@]1(C(=O)NS(=O)(=O)C2(C)CC2)C[C@H]1C(F)F Chemical compound O=C([C@H]1N2C[C@H](OC3=NC4=CC(OC)=CC=C4N=C3C(F)(F)CCCC[C@@H]3C[C@H]3OC(=O)N[C@H](C2=O)C(C)(C)C)[C@H]1CC)N[C@]1(C(=O)NS(=O)(=O)C2(C)CC2)C[C@H]1C(F)F MZBLZLWXUBZHSL-FZNJKFJKSA-N 0.000 claims description 3
- KYGZCKSPAKDVKC-UHFFFAOYSA-N Oxolinic acid Chemical compound C1=C2N(CC)C=C(C(O)=O)C(=O)C2=CC2=C1OCO2 KYGZCKSPAKDVKC-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 3
- 239000004100 Oxytetracycline Substances 0.000 claims description 3
- UOZODPSAJZTQNH-UHFFFAOYSA-N Paromomycin II Natural products NC1C(O)C(O)C(CN)OC1OC1C(O)C(OC2C(C(N)CC(N)C2O)OC2C(C(O)C(O)C(CO)O2)N)OC1CO UOZODPSAJZTQNH-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 3
- JNTOCHDNEULJHD-UHFFFAOYSA-N Penciclovir Chemical compound N1C(N)=NC(=O)C2=C1N(CCC(CO)CO)C=N2 JNTOCHDNEULJHD-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 3
- 229930195708 Penicillin V Natural products 0.000 claims description 3
- 108010093965 Polymyxin B Proteins 0.000 claims description 3
- PWNMXPDKBYZCOO-UHFFFAOYSA-N Prulifloxacin Chemical compound C1=C2N3C(C)SC3=C(C(O)=O)C(=O)C2=CC(F)=C1N(CC1)CCN1CC=1OC(=O)OC=1C PWNMXPDKBYZCOO-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 3
- NJCJBUHJQLFDSW-UHFFFAOYSA-N Rufloxacin Chemical compound C1CN(C)CCN1C1=C(F)C=C2C(=O)C(C(O)=O)=CN3CCSC1=C32 NJCJBUHJQLFDSW-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 3
- MHFMTUBUVQZIRE-WINRQGAFSA-N Sovaprevir Chemical compound C([C@H](C(=O)N1[C@@H](C[C@H](C1)OC=1C2=CC=C(C=C2N=C(C=1)C=1C=CC=CC=1)OC)C(=O)N[C@]1([C@@H](C1)C=C)C(=O)NS(=O)(=O)C1CC1)C(C)(C)C)C(=O)N1CCCCC1 MHFMTUBUVQZIRE-WINRQGAFSA-N 0.000 claims description 3
- XNKLLVCARDGLGL-JGVFFNPUSA-N Stavudine Chemical compound O=C1NC(=O)C(C)=CN1[C@H]1C=C[C@@H](CO)O1 XNKLLVCARDGLGL-JGVFFNPUSA-N 0.000 claims description 3
- NHUHCSRWZMLRLA-UHFFFAOYSA-N Sulfisoxazole Chemical compound CC1=NOC(NS(=O)(=O)C=2C=CC(N)=CC=2)=C1C NHUHCSRWZMLRLA-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 3
- 108010053950 Teicoplanin Proteins 0.000 claims description 3
- 239000004098 Tetracycline Substances 0.000 claims description 3
- WKDDRNSBRWANNC-UHFFFAOYSA-N Thienamycin Natural products C1C(SCCN)=C(C(O)=O)N2C(=O)C(C(O)C)C21 WKDDRNSBRWANNC-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 3
- HJLSLZFTEKNLFI-UHFFFAOYSA-N Tinidazole Chemical compound CCS(=O)(=O)CCN1C(C)=NC=C1[N+]([O-])=O HJLSLZFTEKNLFI-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 3
- SUJUHGSWHZTSEU-UHFFFAOYSA-N Tipranavir Natural products C1C(O)=C(C(CC)C=2C=C(NS(=O)(=O)C=3N=CC(=CC=3)C(F)(F)F)C=CC=2)C(=O)OC1(CCC)CCC1=CC=CC=C1 SUJUHGSWHZTSEU-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 3
- HDOVUKNUBWVHOX-QMMMGPOBSA-N Valacyclovir Chemical compound N1C(N)=NC(=O)C2=C1N(COCCOC(=O)[C@@H](N)C(C)C)C=N2 HDOVUKNUBWVHOX-QMMMGPOBSA-N 0.000 claims description 3
- 108010059993 Vancomycin Proteins 0.000 claims description 3
- OIRDTQYFTABQOQ-UHTZMRCNSA-N Vidarabine Chemical compound C1=NC=2C(N)=NC=NC=2N1[C@@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O)[C@@H]1O OIRDTQYFTABQOQ-UHTZMRCNSA-N 0.000 claims description 3
- 108010015940 Viomycin Proteins 0.000 claims description 3
- OZKXLOZHHUHGNV-UHFFFAOYSA-N Viomycin Natural products NCCCC(N)CC(=O)NC1CNC(=O)C(=CNC(=O)N)NC(=O)C(CO)NC(=O)C(CO)NC(=O)C(NC1=O)C2CC(O)NC(=N)N2 OZKXLOZHHUHGNV-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 3
- WREGKURFCTUGRC-POYBYMJQSA-N Zalcitabine Chemical compound O=C1N=C(N)C=CN1[C@@H]1O[C@H](CO)CC1 WREGKURFCTUGRC-POYBYMJQSA-N 0.000 claims description 3
- MLESJYFEMSJZLZ-MAAOGQSESA-N [(2r,3r,4r,5r)-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)-4-fluoro-4-methyl-3-(2-methylpropanoyloxy)oxolan-2-yl]methyl 2-methylpropanoate Chemical compound C[C@@]1(F)[C@H](OC(=O)C(C)C)[C@@H](COC(=O)C(C)C)O[C@H]1N1C(=O)N=C(N)C=C1 MLESJYFEMSJZLZ-MAAOGQSESA-N 0.000 claims description 3
- RLAHNGKRJJEIJL-RFZPGFLSSA-N [(2r,4r)-4-(2,6-diaminopurin-9-yl)-1,3-dioxolan-2-yl]methanol Chemical compound C12=NC(N)=NC(N)=C2N=CN1[C@H]1CO[C@@H](CO)O1 RLAHNGKRJJEIJL-RFZPGFLSSA-N 0.000 claims description 3
- ZWBTYMGEBZUQTK-PVLSIAFMSA-N [(7S,9E,11S,12R,13S,14R,15R,16R,17S,18S,19E,21Z)-2,15,17,32-tetrahydroxy-11-methoxy-3,7,12,14,16,18,22-heptamethyl-1'-(2-methylpropyl)-6,23-dioxospiro[8,33-dioxa-24,27,29-triazapentacyclo[23.6.1.14,7.05,31.026,30]tritriaconta-1(32),2,4,9,19,21,24,26,30-nonaene-28,4'-piperidine]-13-yl] acetate Chemical compound CO[C@H]1\C=C\O[C@@]2(C)Oc3c(C2=O)c2c4NC5(CCN(CC(C)C)CC5)N=c4c(=NC(=O)\C(C)=C/C=C/[C@H](C)[C@H](O)[C@@H](C)[C@@H](O)[C@@H](C)[C@H](OC(C)=O)[C@@H]1C)c(O)c2c(O)c3C ZWBTYMGEBZUQTK-PVLSIAFMSA-N 0.000 claims description 3
- TYBHXIFFPVFXQW-UHFFFAOYSA-N abafungin Chemical compound CC1=CC(C)=CC=C1OC1=CC=CC=C1C1=CSC(NC=2NCCCN=2)=N1 TYBHXIFFPVFXQW-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 3
- 229950006373 abafungin Drugs 0.000 claims description 3
- 229960004150 aciclovir Drugs 0.000 claims description 3
- MKUXAQIIEYXACX-UHFFFAOYSA-N aciclovir Chemical group N1C(N)=NC(=O)C2=C1N(COCCO)C=N2 MKUXAQIIEYXACX-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 3
- 229960001997 adefovir Drugs 0.000 claims description 3
- WOZSCQDILHKSGG-UHFFFAOYSA-N adefovir depivoxil Chemical compound N1=CN=C2N(CCOCP(=O)(OCOC(=O)C(C)(C)C)OCOC(=O)C(C)(C)C)C=NC2=C1N WOZSCQDILHKSGG-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 3
- UHIXWHUVLCAJQL-MPBGBICISA-N albaconazole Chemical compound C([C@@](O)([C@H](N1C(C2=CC=C(Cl)C=C2N=C1)=O)C)C=1C(=CC(F)=CC=1)F)N1C=NC=N1 UHIXWHUVLCAJQL-MPBGBICISA-N 0.000 claims description 3
- 229950006816 albaconazole Drugs 0.000 claims description 3
- 229960003805 amantadine Drugs 0.000 claims description 3
- DKNWSYNQZKUICI-UHFFFAOYSA-N amantadine Chemical compound C1C(C2)CC3CC2CC1(N)C3 DKNWSYNQZKUICI-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 3
- 229950005846 amdoxovir Drugs 0.000 claims description 3
- 229960004821 amikacin Drugs 0.000 claims description 3
- LKCWBDHBTVXHDL-RMDFUYIESA-N amikacin Chemical compound O([C@@H]1[C@@H](N)C[C@H]([C@@H]([C@H]1O)O[C@@H]1[C@@H]([C@@H](N)[C@H](O)[C@@H](CO)O1)O)NC(=O)[C@@H](O)CCN)[C@H]1O[C@H](CN)[C@@H](O)[C@H](O)[C@H]1O LKCWBDHBTVXHDL-RMDFUYIESA-N 0.000 claims description 3
- 229960003204 amorolfine Drugs 0.000 claims description 3
- 229960003022 amoxicillin Drugs 0.000 claims description 3
- LSQZJLSUYDQPKJ-NJBDSQKTSA-N amoxicillin Chemical compound C1([C@@H](N)C(=O)N[C@H]2[C@H]3SC([C@@H](N3C2=O)C(O)=O)(C)C)=CC=C(O)C=C1 LSQZJLSUYDQPKJ-NJBDSQKTSA-N 0.000 claims description 3
- APKFDSVGJQXUKY-INPOYWNPSA-N amphotericin B Chemical compound O[C@H]1[C@@H](N)[C@H](O)[C@@H](C)O[C@H]1O[C@H]1/C=C/C=C/C=C/C=C/C=C/C=C/C=C/[C@H](C)[C@@H](O)[C@@H](C)[C@H](C)OC(=O)C[C@H](O)C[C@H](O)CC[C@@H](O)[C@H](O)C[C@H](O)C[C@](O)(C[C@H](O)[C@H]2C(O)=O)O[C@H]2C1 APKFDSVGJQXUKY-INPOYWNPSA-N 0.000 claims description 3
- 229960003942 amphotericin b Drugs 0.000 claims description 3
- 229960000723 ampicillin Drugs 0.000 claims description 3
- AVKUERGKIZMTKX-NJBDSQKTSA-N ampicillin Chemical compound C1([C@@H](N)C(=O)N[C@H]2[C@H]3SC([C@@H](N3C2=O)C(O)=O)(C)C)=CC=CC=C1 AVKUERGKIZMTKX-NJBDSQKTSA-N 0.000 claims description 3
- 229960001830 amprenavir Drugs 0.000 claims description 3
- YMARZQAQMVYCKC-OEMFJLHTSA-N amprenavir Chemical compound C([C@@H]([C@H](O)CN(CC(C)C)S(=O)(=O)C=1C=CC(N)=CC=1)NC(=O)O[C@@H]1COCC1)C1=CC=CC=C1 YMARZQAQMVYCKC-OEMFJLHTSA-N 0.000 claims description 3
- 229960003348 anidulafungin Drugs 0.000 claims description 3
- JHVAMHSQVVQIOT-MFAJLEFUSA-N anidulafungin Chemical compound C1=CC(OCCCCC)=CC=C1C1=CC=C(C=2C=CC(=CC=2)C(=O)N[C@@H]2C(N[C@H](C(=O)N3C[C@H](O)C[C@H]3C(=O)N[C@H](C(=O)N[C@H](C(=O)N3C[C@H](C)[C@H](O)[C@H]3C(=O)N[C@H](O)[C@H](O)C2)[C@@H](C)O)[C@H](O)[C@@H](O)C=2C=CC(O)=CC=2)[C@@H](C)O)=O)C=C1 JHVAMHSQVVQIOT-MFAJLEFUSA-N 0.000 claims description 3
- 230000000843 anti-fungal effect Effects 0.000 claims description 3
- RYMCFYKJDVMSIR-RNFRBKRXSA-N apricitabine Chemical compound O=C1N=C(N)C=CN1[C@@H]1S[C@H](CO)OC1 RYMCFYKJDVMSIR-RNFRBKRXSA-N 0.000 claims description 3
- 229950007936 apricitabine Drugs 0.000 claims description 3
- 229960002118 asunaprevir Drugs 0.000 claims description 3
- XRWSZZJLZRKHHD-WVWIJVSJSA-N asunaprevir Chemical compound O=C([C@@H]1C[C@H](CN1C(=O)[C@@H](NC(=O)OC(C)(C)C)C(C)(C)C)OC1=NC=C(C2=CC=C(Cl)C=C21)OC)N[C@]1(C(=O)NS(=O)(=O)C2CC2)C[C@H]1C=C XRWSZZJLZRKHHD-WVWIJVSJSA-N 0.000 claims description 3
- 229960003277 atazanavir Drugs 0.000 claims description 3
- AXRYRYVKAWYZBR-GASGPIRDSA-N atazanavir Chemical compound C([C@H](NC(=O)[C@@H](NC(=O)OC)C(C)(C)C)[C@@H](O)CN(CC=1C=CC(=CC=1)C=1N=CC=CC=1)NC(=O)[C@@H](NC(=O)OC)C(C)(C)C)C1=CC=CC=C1 AXRYRYVKAWYZBR-GASGPIRDSA-N 0.000 claims description 3
- MQTOSJVFKKJCRP-BICOPXKESA-N azithromycin Chemical compound O([C@@H]1[C@@H](C)C(=O)O[C@@H]([C@@]([C@H](O)[C@@H](C)N(C)C[C@H](C)C[C@@](C)(O)[C@H](O[C@H]2[C@@H]([C@H](C[C@@H](C)O2)N(C)C)O)[C@H]1C)(C)O)CC)[C@H]1C[C@@](C)(OC)[C@@H](O)[C@H](C)O1 MQTOSJVFKKJCRP-BICOPXKESA-N 0.000 claims description 3
- 229960003644 aztreonam Drugs 0.000 claims description 3
- WZPBZJONDBGPKJ-VEHQQRBSSA-N aztreonam Chemical compound O=C1N(S([O-])(=O)=O)[C@@H](C)[C@@H]1NC(=O)C(=N/OC(C)(C)C(O)=O)\C1=CSC([NH3+])=N1 WZPBZJONDBGPKJ-VEHQQRBSSA-N 0.000 claims description 3
- 229960002699 bacampicillin Drugs 0.000 claims description 3
- PFOLLRNADZZWEX-FFGRCDKISA-N bacampicillin Chemical compound C1([C@@H](N)C(=O)N[C@H]2[C@@H]3N(C2=O)[C@H](C(S3)(C)C)C(=O)OC(C)OC(=O)OCC)=CC=CC=C1 PFOLLRNADZZWEX-FFGRCDKISA-N 0.000 claims description 3
- 229960003071 bacitracin Drugs 0.000 claims description 3
- 229930184125 bacitracin Natural products 0.000 claims description 3
- CLKOFPXJLQSYAH-ABRJDSQDSA-N bacitracin A Chemical compound C1SC([C@@H](N)[C@@H](C)CC)=N[C@@H]1C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(=O)N[C@@H]1C(=O)N[C@H](CCCN)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(=O)N[C@H](CC=2C=CC=CC=2)C(=O)N[C@@H](CC=2N=CNC=2)C(=O)N[C@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)NCCCC1 CLKOFPXJLQSYAH-ABRJDSQDSA-N 0.000 claims description 3
- 229950000805 balofloxacin Drugs 0.000 claims description 3
- IVZKZONQVYTCKC-UHFFFAOYSA-N bay 57-1293 Chemical compound N=1C(C)=C(S(N)(=O)=O)SC=1N(C)C(=O)CC(C=C1)=CC=C1C1=CC=CC=N1 IVZKZONQVYTCKC-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 3
- 229950010541 beclabuvir Drugs 0.000 claims description 3
- ZTTKEBYSXUCBSE-QDFUAKMASA-N beclabuvir Chemical compound C1([C@@H]2C[C@@]2(CN2C3=CC(=CC=C33)C(=O)NS(=O)(=O)N(C)C)C(=O)N4[C@@H]5CC[C@H]4CN(C)C5)=CC(OC)=CC=C1C2=C3C1CCCCC1 ZTTKEBYSXUCBSE-QDFUAKMASA-N 0.000 claims description 3
- QFFGVLORLPOAEC-SNVBAGLBSA-N besifloxacin Chemical compound C1[C@H](N)CCCCN1C1=C(F)C=C2C(=O)C(C(O)=O)=CN(C3CC3)C2=C1Cl QFFGVLORLPOAEC-SNVBAGLBSA-N 0.000 claims description 3
- 229960004024 besifloxacin Drugs 0.000 claims description 3
- IQFYYKKMVGJFEH-UHFFFAOYSA-N beta-L-thymidine Natural products O=C1NC(=O)C(C)=CN1C1OC(CO)C(O)C1 IQFYYKKMVGJFEH-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 3
- 229950002892 bevirimat Drugs 0.000 claims description 3
- YJEJKUQEXFSVCJ-WRFMNRASSA-N bevirimat Chemical compound C1C[C@H](OC(=O)CC(C)(C)C(O)=O)C(C)(C)[C@@H]2CC[C@@]3(C)[C@]4(C)CC[C@@]5(C(O)=O)CC[C@@H](C(=C)C)[C@@H]5[C@H]4CC[C@@H]3[C@]21C YJEJKUQEXFSVCJ-WRFMNRASSA-N 0.000 claims description 3
- 229960002206 bifonazole Drugs 0.000 claims description 3
- 229960000517 boceprevir Drugs 0.000 claims description 3
- LHHCSNFAOIFYRV-DOVBMPENSA-N boceprevir Chemical compound O=C([C@@H]1[C@@H]2[C@@H](C2(C)C)CN1C(=O)[C@@H](NC(=O)NC(C)(C)C)C(C)(C)C)NC(C(=O)C(N)=O)CC1CCC1 LHHCSNFAOIFYRV-DOVBMPENSA-N 0.000 claims description 3
- 229960001169 brivudine Drugs 0.000 claims description 3
- 229960005074 butoconazole Drugs 0.000 claims description 3
- SWLMUYACZKCSHZ-UHFFFAOYSA-N butoconazole Chemical compound C1=CC(Cl)=CC=C1CCC(SC=1C(=CC=CC=1Cl)Cl)CN1C=NC=C1 SWLMUYACZKCSHZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 3
- 229960004602 capreomycin Drugs 0.000 claims description 3
- 229960003669 carbenicillin Drugs 0.000 claims description 3
- FPPNZSSZRUTDAP-UWFZAAFLSA-N carbenicillin Chemical compound N([C@H]1[C@H]2SC([C@@H](N2C1=O)C(O)=O)(C)C)C(=O)C(C(O)=O)C1=CC=CC=C1 FPPNZSSZRUTDAP-UWFZAAFLSA-N 0.000 claims description 3
- JYIKNQVWKBUSNH-WVDDFWQHSA-N caspofungin Chemical compound C1([C@H](O)[C@@H](O)[C@H]2C(=O)N[C@H](C(=O)N3CC[C@H](O)[C@H]3C(=O)N[C@H](NCCN)[C@H](O)C[C@@H](C(N[C@H](C(=O)N3C[C@H](O)C[C@H]3C(=O)N2)[C@@H](C)O)=O)NC(=O)CCCCCCCC[C@@H](C)C[C@@H](C)CC)[C@H](O)CCN)=CC=C(O)C=C1 JYIKNQVWKBUSNH-WVDDFWQHSA-N 0.000 claims description 3
- 229960003034 caspofungin Drugs 0.000 claims description 3
- RRYMAQUWDLIUPV-BXKDBHETSA-N cefacetrile Chemical compound S1CC(COC(=O)C)=C(C(O)=O)N2C(=O)[C@@H](NC(=O)CC#N)[C@@H]12 RRYMAQUWDLIUPV-BXKDBHETSA-N 0.000 claims description 3
- 229960005361 cefaclor Drugs 0.000 claims description 3
- QYIYFLOTGYLRGG-GPCCPHFNSA-N cefaclor Chemical compound C1([C@H](C(=O)N[C@@H]2C(N3C(=C(Cl)CS[C@@H]32)C(O)=O)=O)N)=CC=CC=C1 QYIYFLOTGYLRGG-GPCCPHFNSA-N 0.000 claims description 3
- 229960004841 cefadroxil Drugs 0.000 claims description 3
- NBFNMSULHIODTC-CYJZLJNKSA-N cefadroxil monohydrate Chemical compound O.C1([C@@H](N)C(=O)N[C@H]2[C@@H]3N(C2=O)C(=C(CS3)C)C(O)=O)=CC=C(O)C=C1 NBFNMSULHIODTC-CYJZLJNKSA-N 0.000 claims description 3
- 229950004030 cefaloglycin Drugs 0.000 claims description 3
- FUBBGQLTSCSAON-PBFPGSCMSA-N cefaloglycin Chemical compound C1([C@@H](N)C(=O)N[C@H]2[C@@H]3N(C2=O)C(=C(CS3)COC(=O)C)C(O)=O)=CC=CC=C1 FUBBGQLTSCSAON-PBFPGSCMSA-N 0.000 claims description 3
- GOFCPYKUMJBHBH-RHSMWYFYSA-N cefaloram Chemical compound N([C@H]1[C@@H]2N(C1=O)C(=C(CS2)COC(=O)C)C(O)=O)C(=O)CC1=CC=CC=C1 GOFCPYKUMJBHBH-RHSMWYFYSA-N 0.000 claims description 3
- 229960003866 cefaloridine Drugs 0.000 claims description 3
- CZTQZXZIADLWOZ-CRAIPNDOSA-N cefaloridine Chemical compound O=C([C@@H](NC(=O)CC=1SC=CC=1)[C@H]1SC2)N1C(C(=O)[O-])=C2C[N+]1=CC=CC=C1 CZTQZXZIADLWOZ-CRAIPNDOSA-N 0.000 claims description 3
- 229960000603 cefalotin Drugs 0.000 claims description 3
- XIURVHNZVLADCM-IUODEOHRSA-N cefalotin Chemical compound N([C@H]1[C@@H]2N(C1=O)C(=C(CS2)COC(=O)C)C(O)=O)C(=O)CC1=CC=CS1 XIURVHNZVLADCM-IUODEOHRSA-N 0.000 claims description 3
- 229960003012 cefamandole Drugs 0.000 claims description 3
- OLVCFLKTBJRLHI-AXAPSJFSSA-N cefamandole Chemical compound CN1N=NN=C1SCC1=C(C(O)=O)N2C(=O)[C@@H](NC(=O)[C@H](O)C=3C=CC=CC=3)[C@H]2SC1 OLVCFLKTBJRLHI-AXAPSJFSSA-N 0.000 claims description 3
- 229960004350 cefapirin Drugs 0.000 claims description 3
- 229950004359 cefazaflur Drugs 0.000 claims description 3
- HGXLJRWXCXSEJO-GMSGAONNSA-N cefazaflur Chemical compound CN1N=NN=C1SCC1=C(C(O)=O)N2C(=O)[C@@H](NC(=O)CSC(F)(F)F)[C@H]2SC1 HGXLJRWXCXSEJO-GMSGAONNSA-N 0.000 claims description 3
- VTLCNEGVSVJLDN-MLGOLLRUSA-N cefazedone Chemical compound S1C(C)=NN=C1SCC1=C(C(O)=O)N2C(=O)[C@@H](NC(=O)CN3C=C(Cl)C(=O)C(Cl)=C3)[C@H]2SC1 VTLCNEGVSVJLDN-MLGOLLRUSA-N 0.000 claims description 3
- 229960001139 cefazolin Drugs 0.000 claims description 3
- MLYYVTUWGNIJIB-BXKDBHETSA-N cefazolin Chemical compound S1C(C)=NN=C1SCC1=C(C(O)=O)N2C(=O)[C@@H](NC(=O)CN3N=NN=C3)[C@H]2SC1 MLYYVTUWGNIJIB-BXKDBHETSA-N 0.000 claims description 3
- 229950002706 cefcanel Drugs 0.000 claims description 3
- JUVHVMCKLDZLGN-TVNFHGJBSA-N cefclidin Chemical compound N([C@@H]1C(N2C(=C(C[N+]34CCC(CC3)(CC4)C(N)=O)CS[C@@H]21)C([O-])=O)=O)C(=O)\C(=N/OC)C1=NSC(N)=N1 JUVHVMCKLDZLGN-TVNFHGJBSA-N 0.000 claims description 3
- 229950006550 cefdaloxime Drugs 0.000 claims description 3
- HOGISBSFFHDTRM-GHXIOONMSA-N cefdaloxime Chemical compound N([C@H]1[C@@H]2N(C1=O)C(=C(CS2)COC)C(O)=O)C(=O)C(=N/O)\C1=CSC(N)=N1 HOGISBSFFHDTRM-GHXIOONMSA-N 0.000 claims description 3
- 229960003719 cefdinir Drugs 0.000 claims description 3
- RTXOFQZKPXMALH-GHXIOONMSA-N cefdinir Chemical compound S1C(N)=NC(C(=N\O)\C(=O)N[C@@H]2C(N3C(=C(C=C)CS[C@@H]32)C(O)=O)=O)=C1 RTXOFQZKPXMALH-GHXIOONMSA-N 0.000 claims description 3
- 229950007281 cefedrolor Drugs 0.000 claims description 3
- 229950009347 cefempidone Drugs 0.000 claims description 3
- 229960004041 cefetamet Drugs 0.000 claims description 3
- MQLRYUCJDNBWMV-GHXIOONMSA-N cefetamet Chemical compound N([C@@H]1C(N2C(=C(C)CS[C@@H]21)C(O)=O)=O)C(=O)\C(=N/OC)C1=CSC(N)=N1 MQLRYUCJDNBWMV-GHXIOONMSA-N 0.000 claims description 3
- 229950003098 cefetrizole Drugs 0.000 claims description 3
- 229950007546 cefivitril Drugs 0.000 claims description 3
- 229960002129 cefixime Drugs 0.000 claims description 3
- OKBVVJOGVLARMR-QSWIMTSFSA-N cefixime Chemical compound S1C(N)=NC(C(=N\OCC(O)=O)\C(=O)N[C@@H]2C(N3C(=C(C=C)CS[C@@H]32)C(O)=O)=O)=C1 OKBVVJOGVLARMR-QSWIMTSFSA-N 0.000 claims description 3
- XAKKNLNAJBNLPC-MAYKBZFQSA-N cefluprenam Chemical compound N([C@H]1[C@@H]2N(C1=O)C(=C(CS2)/C=C/C[N+](C)(CC)CC(N)=O)C([O-])=O)C(=O)C(=N/OCF)\C1=NSC(N)=N1 XAKKNLNAJBNLPC-MAYKBZFQSA-N 0.000 claims description 3
- 229950001334 cefluprenam Drugs 0.000 claims description 3
- 229960003791 cefmenoxime Drugs 0.000 claims description 3
- HJJDBAOLQAWBMH-YCRCPZNHSA-N cefmenoxime Chemical compound S([C@@H]1[C@@H](C(N1C=1C(O)=O)=O)NC(=O)\C(=N/OC)C=2N=C(N)SC=2)CC=1CSC1=NN=NN1C HJJDBAOLQAWBMH-YCRCPZNHSA-N 0.000 claims description 3
- 229960003585 cefmetazole Drugs 0.000 claims description 3
- SNBUBQHDYVFSQF-HIFRSBDPSA-N cefmetazole Chemical compound S([C@@H]1[C@@](C(N1C=1C(O)=O)=O)(NC(=O)CSCC#N)OC)CC=1CSC1=NN=NN1C SNBUBQHDYVFSQF-HIFRSBDPSA-N 0.000 claims description 3
- 229960004682 cefoperazone Drugs 0.000 claims description 3
- GCFBRXLSHGKWDP-XCGNWRKASA-N cefoperazone Chemical compound O=C1C(=O)N(CC)CCN1C(=O)N[C@H](C=1C=CC(O)=CC=1)C(=O)N[C@@H]1C(=O)N2C(C(O)=O)=C(CSC=3N(N=NN=3)C)CS[C@@H]21 GCFBRXLSHGKWDP-XCGNWRKASA-N 0.000 claims description 3
- 229960004261 cefotaxime Drugs 0.000 claims description 3
- GPRBEKHLDVQUJE-VINNURBNSA-N cefotaxime Chemical compound N([C@@H]1C(N2C(=C(COC(C)=O)CS[C@@H]21)C(O)=O)=O)C(=O)/C(=N/OC)C1=CSC(N)=N1 GPRBEKHLDVQUJE-VINNURBNSA-N 0.000 claims description 3
- 229960005495 cefotetan Drugs 0.000 claims description 3
- SRZNHPXWXCNNDU-RHBCBLIFSA-N cefotetan Chemical compound N([C@]1(OC)C(N2C(=C(CSC=3N(N=NN=3)C)CS[C@@H]21)C(O)=O)=O)C(=O)C1SC(=C(C(N)=O)C(O)=O)S1 SRZNHPXWXCNNDU-RHBCBLIFSA-N 0.000 claims description 3
- 229960003391 cefovecin Drugs 0.000 claims description 3
- ZJGQFXVQDVCVOK-MSUXKOGISA-N cefovecin Chemical compound S([C@@H]1[C@@H](C(N1C=1C(O)=O)=O)NC(=O)/C(=N/OC)C=2N=C(N)SC=2)CC=1[C@@H]1CCCO1 ZJGQFXVQDVCVOK-MSUXKOGISA-N 0.000 claims description 3
- 229950002823 cefoxazole Drugs 0.000 claims description 3
- 229960002682 cefoxitin Drugs 0.000 claims description 3
- WZOZEZRFJCJXNZ-ZBFHGGJFSA-N cefoxitin Chemical compound N([C@]1(OC)C(N2C(=C(COC(N)=O)CS[C@@H]21)C(O)=O)=O)C(=O)CC1=CC=CS1 WZOZEZRFJCJXNZ-ZBFHGGJFSA-N 0.000 claims description 3
- 229960002642 cefozopran Drugs 0.000 claims description 3
- QDUIJCOKQCCXQY-WHJQOFBOSA-N cefozopran Chemical compound N([C@@H]1C(N2C(=C(CN3C4=CC=CN=[N+]4C=C3)CS[C@@H]21)C([O-])=O)=O)C(=O)\C(=N/OC)C1=NSC(N)=N1 QDUIJCOKQCCXQY-WHJQOFBOSA-N 0.000 claims description 3
- LNZMRLHZGOBKAN-KAWPREARSA-N cefpimizole Chemical compound N1=CNC(C(=O)N[C@@H](C(=O)N[C@@H]2C(N3C(=C(C[N+]=4C=CC(CCS(O)(=O)=O)=CC=4)CS[C@@H]32)C([O-])=O)=O)C=2C=CC=CC=2)=C1C(=O)O LNZMRLHZGOBKAN-KAWPREARSA-N 0.000 claims description 3
- 229950004036 cefpimizole Drugs 0.000 claims description 3
- 229960005090 cefpodoxime Drugs 0.000 claims description 3
- WYUSVOMTXWRGEK-HBWVYFAYSA-N cefpodoxime Chemical compound N([C@H]1[C@@H]2N(C1=O)C(=C(CS2)COC)C(O)=O)C(=O)C(=N/OC)\C1=CSC(N)=N1 WYUSVOMTXWRGEK-HBWVYFAYSA-N 0.000 claims description 3
- 229960002580 cefprozil Drugs 0.000 claims description 3
- 229960002588 cefradine Drugs 0.000 claims description 3
- 229950003685 cefrotil Drugs 0.000 claims description 3
- 229960003844 cefroxadine Drugs 0.000 claims description 3
- RDMOROXKXONCAL-UEKVPHQBSA-N cefroxadine Chemical compound C1([C@@H](N)C(=O)N[C@H]2[C@@H]3N(C2=O)C(=C(CS3)OC)C(O)=O)=CCC=CC1 RDMOROXKXONCAL-UEKVPHQBSA-N 0.000 claims description 3
- OFKRKCHCYWQZLY-XHBSWPGZSA-N cefsumide Chemical compound C1([C@@H](N)C(=O)N[C@H]2[C@@H]3N(C2=O)C(=C(CS3)C)C(O)=O)=CC=CC(NS(C)(=O)=O)=C1 OFKRKCHCYWQZLY-XHBSWPGZSA-N 0.000 claims description 3
- 229950010594 cefsumide Drugs 0.000 claims description 3
- 229940036735 ceftaroline Drugs 0.000 claims description 3
- ZCCUWMICIWSJIX-NQJJCJBVSA-N ceftaroline fosamil Chemical compound S([C@@H]1[C@@H](C(N1C=1C([O-])=O)=O)NC(=O)\C(=N/OCC)C=2N=C(NP(O)(O)=O)SN=2)CC=1SC(SC=1)=NC=1C1=CC=[N+](C)C=C1 ZCCUWMICIWSJIX-NQJJCJBVSA-N 0.000 claims description 3
- 229960000484 ceftazidime Drugs 0.000 claims description 3
- NMVPEQXCMGEDNH-TZVUEUGBSA-N ceftazidime pentahydrate Chemical compound O.O.O.O.O.S([C@@H]1[C@@H](C(N1C=1C([O-])=O)=O)NC(=O)\C(=N/OC(C)(C)C(O)=O)C=2N=C(N)SC=2)CC=1C[N+]1=CC=CC=C1 NMVPEQXCMGEDNH-TZVUEUGBSA-N 0.000 claims description 3
- 229950000679 cefteram Drugs 0.000 claims description 3
- 229960004366 ceftezole Drugs 0.000 claims description 3
- DZMVCVMFETWNIU-LDYMZIIASA-N ceftezole Chemical compound O=C([C@@H](NC(=O)CN1N=NN=C1)[C@H]1SC2)N1C(C(=O)O)=C2CSC1=NN=CS1 DZMVCVMFETWNIU-LDYMZIIASA-N 0.000 claims description 3
- 229960004086 ceftibuten Drugs 0.000 claims description 3
- UNJFKXSSGBWRBZ-BJCIPQKHSA-N ceftibuten Chemical compound S1C(N)=NC(C(=C\CC(O)=O)\C(=O)N[C@@H]2C(N3C(=CCS[C@@H]32)C(O)=O)=O)=C1 UNJFKXSSGBWRBZ-BJCIPQKHSA-N 0.000 claims description 3
- 229960005229 ceftiofur Drugs 0.000 claims description 3
- ZBHXIWJRIFEVQY-IHMPYVIRSA-N ceftiofur Chemical compound S([C@@H]1[C@@H](C(N1C=1C(O)=O)=O)NC(=O)\C(=N/OC)C=2N=C(N)SC=2)CC=1CSC(=O)C1=CC=CO1 ZBHXIWJRIFEVQY-IHMPYVIRSA-N 0.000 claims description 3
- 229950007152 ceftioxide Drugs 0.000 claims description 3
- 229960001991 ceftizoxime Drugs 0.000 claims description 3
- NNULBSISHYWZJU-LLKWHZGFSA-N ceftizoxime Chemical compound N([C@@H]1C(N2C(=CCS[C@@H]21)C(O)=O)=O)C(=O)\C(=N/OC)C1=CSC(N)=N1 NNULBSISHYWZJU-LLKWHZGFSA-N 0.000 claims description 3
- VOAZJEPQLGBXGO-SDAWRPRTSA-N ceftobiprole Chemical compound S1C(N)=NC(C(=N\O)\C(=O)N[C@@H]2C(N3C(=C(\C=C/4C(N([C@H]5CNCC5)CC\4)=O)CS[C@@H]32)C(O)=O)=O)=N1 VOAZJEPQLGBXGO-SDAWRPRTSA-N 0.000 claims description 3
- 229950004259 ceftobiprole Drugs 0.000 claims description 3
- 229960004755 ceftriaxone Drugs 0.000 claims description 3
- VAAUVRVFOQPIGI-SPQHTLEESA-N ceftriaxone Chemical compound S([C@@H]1[C@@H](C(N1C=1C(O)=O)=O)NC(=O)\C(=N/OC)C=2N=C(N)SC=2)CC=1CSC1=NC(=O)C(=O)NN1C VAAUVRVFOQPIGI-SPQHTLEESA-N 0.000 claims description 3
- 229960001668 cefuroxime Drugs 0.000 claims description 3
- JFPVXVDWJQMJEE-IZRZKJBUSA-N cefuroxime Chemical compound N([C@@H]1C(N2C(=C(COC(N)=O)CS[C@@H]21)C(O)=O)=O)C(=O)\C(=N/OC)C1=CC=CO1 JFPVXVDWJQMJEE-IZRZKJBUSA-N 0.000 claims description 3
- CXHKZHZLDMQGFF-ZSDSSEDPSA-N cefuzonam Chemical compound S([C@@H]1[C@@H](C(N1C=1C(O)=O)=O)NC(=O)\C(=N/OC)C=2N=C(N)SC=2)CC=1CSC1=CN=NS1 CXHKZHZLDMQGFF-ZSDSSEDPSA-N 0.000 claims description 3
- 229950000807 cefuzonam Drugs 0.000 claims description 3
- 229950011033 cenicriviroc Drugs 0.000 claims description 3
- PNDKCRDVVKJPKG-WHERJAGFSA-N cenicriviroc Chemical compound C1=CC(OCCOCCCC)=CC=C1C1=CC=C(N(CC(C)C)CCC\C(=C/2)C(=O)NC=3C=CC(=CC=3)[S@@](=O)CC=3N(C=NC=3)CCC)C\2=C1 PNDKCRDVVKJPKG-WHERJAGFSA-N 0.000 claims description 3
- 229950002672 censavudine Drugs 0.000 claims description 3
- 229940106164 cephalexin Drugs 0.000 claims description 3
- RDLPVSKMFDYCOR-UEKVPHQBSA-N cephradine Chemical compound C1([C@@H](N)C(=O)N[C@H]2[C@@H]3N(C2=O)C(=C(CS3)C)C(O)=O)=CCC=CC1 RDLPVSKMFDYCOR-UEKVPHQBSA-N 0.000 claims description 3
- NPGNOVNWUSPMDP-UTEPHESZSA-N chembl1650818 Chemical compound N(/[C@H]1[C@@H]2N(C1=O)[C@H](C(S2)(C)C)C(=O)OCOC(=O)C(C)(C)C)=C\N1CCCCCC1 NPGNOVNWUSPMDP-UTEPHESZSA-N 0.000 claims description 3
- DDTDNCYHLGRFBM-YZEKDTGTSA-N chembl2367892 Chemical compound CC(=O)N[C@H]1[C@@H](O)[C@H](O)[C@H](CO)O[C@H]1O[C@@H]([C@H]1C(N[C@@H](C2=CC(O)=CC(O[C@@H]3[C@H]([C@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO)O3)O)=C2C=2C(O)=CC=C(C=2)[C@@H](NC(=O)[C@@H]2NC(=O)[C@@H]3C=4C=C(O)C=C(C=4)OC=4C(O)=CC=C(C=4)[C@@H](N)C(=O)N[C@H](CC=4C=C(Cl)C(O5)=CC=4)C(=O)N3)C(=O)N1)C(O)=O)=O)C(C=C1Cl)=CC=C1OC1=C(O[C@H]3[C@H]([C@@H](O)[C@H](O)[C@H](CO)O3)NC(C)=O)C5=CC2=C1 DDTDNCYHLGRFBM-YZEKDTGTSA-N 0.000 claims description 3
- MUICUPWICXUNRS-GDCCIXDYSA-N chembl3121539 Chemical compound C1CC(C)=CC[C@@H]1C(=O)N(C1=C(SC(=C1)C#CC(C)(C)C)C(O)=O)[C@@H]1CC[C@@](O)(CO[C@@H]2COCC2)CC1 MUICUPWICXUNRS-GDCCIXDYSA-N 0.000 claims description 3
- 229960005091 chloramphenicol Drugs 0.000 claims description 3
- WIIZWVCIJKGZOK-RKDXNWHRSA-N chloramphenicol Chemical compound ClC(Cl)C(=O)N[C@H](CO)[C@H](O)C1=CC=C([N+]([O-])=O)C=C1 WIIZWVCIJKGZOK-RKDXNWHRSA-N 0.000 claims description 3
- 229960003749 ciclopirox Drugs 0.000 claims description 3
- SCKYRAXSEDYPSA-UHFFFAOYSA-N ciclopirox Chemical compound ON1C(=O)C=C(C)C=C1C1CCCCC1 SCKYRAXSEDYPSA-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 3
- 229960000724 cidofovir Drugs 0.000 claims description 3
- 229950006631 ciluprevir Drugs 0.000 claims description 3
- PJZPDFUUXKKDNB-KNINVFKUSA-N ciluprevir Chemical compound N([C@@H]1C(=O)N2[C@H](C(N[C@@]3(C[C@H]3\C=C/CCCCC1)C(O)=O)=O)C[C@H](C2)OC=1C2=CC=C(C=C2N=C(C=1)C=1N=C(NC(C)C)SC=1)OC)C(=O)OC1CCCC1 PJZPDFUUXKKDNB-KNINVFKUSA-N 0.000 claims description 3
- 229960003405 ciprofloxacin Drugs 0.000 claims description 3
- 229960002626 clarithromycin Drugs 0.000 claims description 3
- AGOYDEPGAOXOCK-KCBOHYOISA-N clarithromycin Chemical compound O([C@@H]1[C@@H](C)C(=O)O[C@@H]([C@@]([C@H](O)[C@@H](C)C(=O)[C@H](C)C[C@](C)([C@H](O[C@H]2[C@@H]([C@H](C[C@@H](C)O2)N(C)C)O)[C@H]1C)OC)(C)O)CC)[C@H]1C[C@@](C)(OC)[C@@H](O)[C@H](C)O1 AGOYDEPGAOXOCK-KCBOHYOISA-N 0.000 claims description 3
- 229960005338 clevudine Drugs 0.000 claims description 3
- GBBJCSTXCAQSSJ-XQXXSGGOSA-N clevudine Chemical compound O=C1NC(=O)C(C)=CN1[C@@H]1[C@H](F)[C@@H](O)[C@H](CO)O1 GBBJCSTXCAQSSJ-XQXXSGGOSA-N 0.000 claims description 3
- QGPKADBNRMWEQR-UHFFFAOYSA-N clinafloxacin Chemical compound C1C(N)CCN1C1=C(F)C=C2C(=O)C(C(O)=O)=CN(C3CC3)C2=C1Cl QGPKADBNRMWEQR-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 3
- 229950001320 clinafloxacin Drugs 0.000 claims description 3
- 229960002227 clindamycin Drugs 0.000 claims description 3
- KDLRVYVGXIQJDK-AWPVFWJPSA-N clindamycin Chemical compound CN1C[C@H](CCC)C[C@H]1C(=O)N[C@H]([C@H](C)Cl)[C@@H]1[C@H](O)[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H](SC)O1 KDLRVYVGXIQJDK-AWPVFWJPSA-N 0.000 claims description 3
- 229960004022 clotrimazole Drugs 0.000 claims description 3
- VNFPBHJOKIVQEB-UHFFFAOYSA-N clotrimazole Chemical compound ClC1=CC=CC=C1C(N1C=NC=C1)(C=1C=CC=CC=1)C1=CC=CC=C1 VNFPBHJOKIVQEB-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 3
- 229960003326 cloxacillin Drugs 0.000 claims description 3
- LQOLIRLGBULYKD-JKIFEVAISA-N cloxacillin Chemical compound N([C@@H]1C(N2[C@H](C(C)(C)S[C@@H]21)C(O)=O)=O)C(=O)C1=C(C)ON=C1C1=CC=CC=C1Cl LQOLIRLGBULYKD-JKIFEVAISA-N 0.000 claims description 3
- 229940047766 co-trimoxazole Drugs 0.000 claims description 3
- 229960002402 cobicistat Drugs 0.000 claims description 3
- ZCIGNRJZKPOIKD-CQXVEOKZSA-N cobicistat Chemical compound S1C(C(C)C)=NC(CN(C)C(=O)N[C@@H](CCN2CCOCC2)C(=O)N[C@H](CC[C@H](CC=2C=CC=CC=2)NC(=O)OCC=2SC=NC=2)CC=2C=CC=CC=2)=C1 ZCIGNRJZKPOIKD-CQXVEOKZSA-N 0.000 claims description 3
- 238000011109 contamination Methods 0.000 claims description 3
- 229960003077 cycloserine Drugs 0.000 claims description 3
- 229960000684 cytarabine Drugs 0.000 claims description 3
- 229960005449 daclatasvir Drugs 0.000 claims description 3
- FKRSSPOQAMALKA-CUPIEXAXSA-N daclatasvir Chemical compound COC(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)N1CCC[C@H]1C1=NC(C=2C=CC(=CC=2)C=2C=CC(=CC=2)C=2N=C(NC=2)[C@H]2N(CCC2)C(=O)[C@@H](NC(=O)OC)C(C)C)=CN1 FKRSSPOQAMALKA-CUPIEXAXSA-N 0.000 claims description 3
- 229950002891 danoprevir Drugs 0.000 claims description 3
- ZVTDLPBHTSMEJZ-UPZRXNBOSA-N danoprevir Chemical compound O=C([C@@]12C[C@H]1\C=C/CCCCC[C@H](C(N1C[C@@H](C[C@H]1C(=O)N2)OC(=O)N1CC2=C(F)C=CC=C2C1)=O)NC(=O)OC(C)(C)C)NS(=O)(=O)C1CC1 ZVTDLPBHTSMEJZ-UPZRXNBOSA-N 0.000 claims description 3
- 229960005107 darunavir Drugs 0.000 claims description 3
- CJBJHOAVZSMMDJ-HEXNFIEUSA-N darunavir Chemical compound C([C@@H]([C@H](O)CN(CC(C)C)S(=O)(=O)C=1C=CC(N)=CC=1)NC(=O)O[C@@H]1[C@@H]2CCO[C@@H]2OC1)C1=CC=CC=C1 CJBJHOAVZSMMDJ-HEXNFIEUSA-N 0.000 claims description 3
- 229960001418 dasabuvir Drugs 0.000 claims description 3
- NBRBXGKOEOGLOI-UHFFFAOYSA-N dasabuvir Chemical compound C1=C(C(C)(C)C)C(OC)=C(C=2C=C3C=CC(NS(C)(=O)=O)=CC3=CC=2)C=C1N1C=CC(=O)NC1=O NBRBXGKOEOGLOI-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 3
- DYDCPNMLZGFQTM-UHFFFAOYSA-N delafloxacin Chemical compound C1=C(F)C(N)=NC(N2C3=C(Cl)C(N4CC(O)C4)=C(F)C=C3C(=O)C(C(O)=O)=C2)=C1F DYDCPNMLZGFQTM-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 3
- 229950006412 delafloxacin Drugs 0.000 claims description 3
- 229960005319 delavirdine Drugs 0.000 claims description 3
- BMAIGAHXAJEULY-UKTHLTGXSA-N deleobuvir Chemical compound C12=CC=C(C(=O)NC3(CCC3)C=3N(C4=CC(\C=C\C(O)=O)=CC=C4N=3)C)C=C2N(C)C(C=2N=CC(Br)=CN=2)=C1C1CCCC1 BMAIGAHXAJEULY-UKTHLTGXSA-N 0.000 claims description 3
- 229950001516 deleobuvir Drugs 0.000 claims description 3
- 229960002398 demeclocycline Drugs 0.000 claims description 3
- YFAGHNZHGGCZAX-JKIFEVAISA-N dicloxacillin Chemical compound N([C@@H]1C(N2[C@H](C(C)(C)S[C@@H]21)C(O)=O)=O)C(=O)C1=C(C)ON=C1C1=C(Cl)C=CC=C1Cl YFAGHNZHGGCZAX-JKIFEVAISA-N 0.000 claims description 3
- 229960001585 dicloxacillin Drugs 0.000 claims description 3
- 229960002656 didanosine Drugs 0.000 claims description 3
- 229960004100 dirithromycin Drugs 0.000 claims description 3
- WLOHNSSYAXHWNR-NXPDYKKBSA-N dirithromycin Chemical compound O([C@@H]1[C@@H](C)C(=O)O[C@@H]([C@@]([C@H]2O[C@H](COCCOC)N[C@H]([C@@H]2C)[C@H](C)C[C@@](C)(O)[C@H](O[C@H]2[C@@H]([C@H](C[C@@H](C)O2)N(C)C)O)[C@H]1C)(C)O)CC)[C@H]1C[C@@](C)(OC)[C@@H](O)[C@H](C)O1 WLOHNSSYAXHWNR-NXPDYKKBSA-N 0.000 claims description 3
- 229960000735 docosanol Drugs 0.000 claims description 3
- 229950003141 doravirine Drugs 0.000 claims description 3
- 229960000895 doripenem Drugs 0.000 claims description 3
- AVAACINZEOAHHE-VFZPANTDSA-N doripenem Chemical compound C=1([C@H](C)[C@@H]2[C@H](C(N2C=1C(O)=O)=O)[C@H](O)C)S[C@@H]1CN[C@H](CNS(N)(=O)=O)C1 AVAACINZEOAHHE-VFZPANTDSA-N 0.000 claims description 3
- 229960003722 doxycycline Drugs 0.000 claims description 3
- 229960003913 econazole Drugs 0.000 claims description 3
- XPOQHMRABVBWPR-ZDUSSCGKSA-N efavirenz Chemical compound C([C@]1(C2=CC(Cl)=CC=C2NC(=O)O1)C(F)(F)F)#CC1CC1 XPOQHMRABVBWPR-ZDUSSCGKSA-N 0.000 claims description 3
- 229960003804 efavirenz Drugs 0.000 claims description 3
- 229960003937 efinaconazole Drugs 0.000 claims description 3
- NFEZZTICAUWDHU-RDTXWAMCSA-N efinaconazole Chemical compound N1([C@H](C)[C@](O)(CN2N=CN=C2)C=2C(=CC(F)=CC=2)F)CCC(=C)CC1 NFEZZTICAUWDHU-RDTXWAMCSA-N 0.000 claims description 3
- 229950006528 elvucitabine Drugs 0.000 claims description 3
- 229960000366 emtricitabine Drugs 0.000 claims description 3
- 229960002062 enfuvirtide Drugs 0.000 claims description 3
- PEASPLKKXBYDKL-FXEVSJAOSA-N enfuvirtide Chemical compound C([C@@H](C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CCC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CCC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CCC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CCC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CC=1C2=CC=CC=C2NC=1)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CC=1C2=CC=CC=C2NC=1)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CC=1C2=CC=CC=C2NC=1)C(=O)N[C@@H](CC=1C=CC=CC=1)C(N)=O)NC(=O)[C@@H](NC(=O)[C@H](CC(C)C)NC(=O)[C@H](CO)NC(=O)[C@@H](NC(=O)[C@H](CC=1C=CC(O)=CC=1)NC(C)=O)[C@@H](C)O)[C@@H](C)CC)C1=CN=CN1 PEASPLKKXBYDKL-FXEVSJAOSA-N 0.000 claims description 3
- YJGVMLPVUAXIQN-UHFFFAOYSA-N epipodophyllotoxin Natural products COC1=C(OC)C(OC)=CC(C2C3=CC=4OCOC=4C=C3C(O)C3C2C(OC3)=O)=C1 YJGVMLPVUAXIQN-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 3
- 229960002770 ertapenem Drugs 0.000 claims description 3
- 229960003276 erythromycin Drugs 0.000 claims description 3
- PYGWGZALEOIKDF-UHFFFAOYSA-N etravirine Chemical compound CC1=CC(C#N)=CC(C)=C1OC1=NC(NC=2C=CC(=CC=2)C#N)=NC(N)=C1Br PYGWGZALEOIKDF-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 3
- 229960002049 etravirine Drugs 0.000 claims description 3
- 229960003777 faldaprevir Drugs 0.000 claims description 3
- LLGDPTDZOVKFDU-XUHJSTDZSA-N faldaprevir Chemical compound N([C@H](C(=O)N1[C@@H](C[C@H](C1)OC=1C2=CC=C(C(=C2N=C(C=1)C=1N=C(NC(=O)C(C)C)SC=1)Br)OC)C(=O)N[C@]1([C@@H](C1)C=C)C(O)=O)C(C)(C)C)C(=O)OC1CCCC1 LLGDPTDZOVKFDU-XUHJSTDZSA-N 0.000 claims description 3
- 229960004396 famciclovir Drugs 0.000 claims description 3
- GGXKWVWZWMLJEH-UHFFFAOYSA-N famcyclovir Chemical compound N1=C(N)N=C2N(CCC(COC(=O)C)COC(C)=O)C=NC2=C1 GGXKWVWZWMLJEH-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 3
- ZCGNOVWYSGBHAU-UHFFFAOYSA-N favipiravir Chemical compound NC(=O)C1=NC(F)=CNC1=O ZCGNOVWYSGBHAU-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 3
- 229950008454 favipiravir Drugs 0.000 claims description 3
- 229960001274 fenticonazole Drugs 0.000 claims description 3
- OSYWBJSVKUFFSU-SKDRFNHKSA-N festinavir Chemical compound O=C1NC(=O)C(C)=CN1[C@H]1C=C[C@](CO)(C#C)O1 OSYWBJSVKUFFSU-SKDRFNHKSA-N 0.000 claims description 3
- SLVAPEZTBDBAPI-GDLZYMKVSA-N filibuvir Chemical compound CCC1=NC(CC)=CC(CC[C@]2(OC(=O)C(CC3=NN4C(C)=CC(C)=NC4=N3)=C(O)C2)C2CCCC2)=C1 SLVAPEZTBDBAPI-GDLZYMKVSA-N 0.000 claims description 3
- 229950011045 filibuvir Drugs 0.000 claims description 3
- 229960004273 floxacillin Drugs 0.000 claims description 3
- 229960004884 fluconazole Drugs 0.000 claims description 3
- RFHAOTPXVQNOHP-UHFFFAOYSA-N fluconazole Chemical compound C1=NC=NN1CC(C=1C(=CC(F)=CC=1)F)(O)CN1C=NC=N1 RFHAOTPXVQNOHP-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 3
- 229960004413 flucytosine Drugs 0.000 claims description 3
- XRECTZIEBJDKEO-UHFFFAOYSA-N flucytosine Chemical compound NC1=NC(=O)NC=C1F XRECTZIEBJDKEO-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 3
- 229960000702 flumequine Drugs 0.000 claims description 3
- 229960001447 fomivirsen Drugs 0.000 claims description 3
- XCWFZHPEARLXJI-UHFFFAOYSA-N fomivirsen Chemical compound C1C(N2C3=C(C(NC(N)=N3)=O)N=C2)OC(CO)C1OP(O)(=S)OCC1OC(N(C)C(=O)\N=C(\N)C=C)CC1OP(O)(=S)OCC1OC(N2C3=C(C(NC(N)=N3)=O)N=C2)CC1OP(O)(=S)OCC1OC(N2C(NC(=O)C(C)=C2)=O)CC1OP(O)(=S)OCC1OC(N2C(NC(=O)C(C)=C2)=O)CC1OP(O)(=S)OCC1OC(N2C(NC(=O)C(C)=C2)=O)CC1OP(O)(=S)OCC1OC(N2C3=C(C(NC(N)=N3)=O)N=C2)CC1OP(O)(=S)OCC1OC(N2C(N=C(N)C=C2)=O)CC1OP(O)(=S)OCC(C(C1)OP(S)(=O)OCC2C(CC(O2)N2C(N=C(N)C=C2)=O)OP(O)(=S)OCC2C(CC(O2)N2C(NC(=O)C(C)=C2)=O)OP(O)(=S)OCC2C(CC(O2)N2C(NC(=O)C(C)=C2)=O)OP(O)(=S)OCC2C(CC(O2)N2C(N=C(N)C=C2)=O)OP(O)(=S)OCC2C(CC(O2)N2C(NC(=O)C(C)=C2)=O)OP(O)(=S)OCC2C(CC(O2)N2C(NC(=O)C(C)=C2)=O)OP(O)(=S)OCC2C(CC(O2)N2C(N=C(N)C=C2)=O)OP(O)(=S)OCC2C(CC(O2)N2C(NC(=O)C(C)=C2)=O)OP(O)(=S)OCC2C(CC(O2)N2C(NC(=O)C(C)=C2)=O)OP(O)(=S)OCC2C(CC(O2)N2C3=C(C(NC(N)=N3)=O)N=C2)OP(O)(=S)OCC2C(CC(O2)N2C(N=C(N)C=C2)=O)OP(O)(=S)OCC2C(CC(O2)N2C3=C(C(NC(N)=N3)=O)N=C2)O)OC1N1C=C(C)C(=O)NC1=O XCWFZHPEARLXJI-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 3
- 229960003142 fosamprenavir Drugs 0.000 claims description 3
- MLBVMOWEQCZNCC-OEMFJLHTSA-N fosamprenavir Chemical compound C([C@@H]([C@H](OP(O)(O)=O)CN(CC(C)C)S(=O)(=O)C=1C=CC(N)=CC=1)NC(=O)O[C@@H]1COCC1)C1=CC=CC=C1 MLBVMOWEQCZNCC-OEMFJLHTSA-N 0.000 claims description 3
- 229960005102 foscarnet Drugs 0.000 claims description 3
- 229950010812 fostemsavir Drugs 0.000 claims description 3
- SWMDAPWAQQTBOG-UHFFFAOYSA-N fostemsavir Chemical compound C1=2N(COP(O)(O)=O)C=C(C(=O)C(=O)N3CCN(CC3)C(=O)C=3C=CC=CC=3)C=2C(OC)=CN=C1N1C=NC(C)=N1 SWMDAPWAQQTBOG-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 3
- 229950002031 galidesivir Drugs 0.000 claims description 3
- 229960003923 gatifloxacin Drugs 0.000 claims description 3
- 229960003170 gemifloxacin Drugs 0.000 claims description 3
- ZRCVYEYHRGVLOC-HYARGMPZSA-N gemifloxacin Chemical compound C1C(CN)C(=N/OC)/CN1C(C(=C1)F)=NC2=C1C(=O)C(C(O)=O)=CN2C1CC1 ZRCVYEYHRGVLOC-HYARGMPZSA-N 0.000 claims description 3
- 229960002518 gentamicin Drugs 0.000 claims description 3
- 229950008970 glecaprevir Drugs 0.000 claims description 3
- MLSQGNCUYAMAHD-ITNVBOSISA-N glecaprevir Chemical compound O=C([C@@H]1C[C@H]2OC3=NC4=CC=CC=C4N=C3C(F)(F)/C=C/CO[C@@H]3CCC[C@H]3OC(=O)N[C@H](C(N1C2)=O)C(C)(C)C)N[C@]1(C(=O)NS(=O)(=O)C2(C)CC2)C[C@H]1C(F)F MLSQGNCUYAMAHD-ITNVBOSISA-N 0.000 claims description 3
- 229960002914 grazoprevir Drugs 0.000 claims description 3
- OBMNJSNZOWALQB-NCQNOWPTSA-N grazoprevir Chemical compound O=C([C@@H]1C[C@@H]2CN1C(=O)[C@@H](NC(=O)O[C@@H]1C[C@H]1CCCCCC1=NC3=CC=C(C=C3N=C1O2)OC)C(C)(C)C)N[C@]1(C(=O)NS(=O)(=O)C2CC2)C[C@H]1C=C OBMNJSNZOWALQB-NCQNOWPTSA-N 0.000 claims description 3
- 229960000642 grepafloxacin Drugs 0.000 claims description 3
- ODZBBRURCPAEIQ-PIXDULNESA-N helpin Chemical compound C1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]1N1C(=O)NC(=O)C(\C=C\Br)=C1 ODZBBRURCPAEIQ-PIXDULNESA-N 0.000 claims description 3
- 229950010245 ibalizumab Drugs 0.000 claims description 3
- 229960002182 imipenem Drugs 0.000 claims description 3
- ZSKVGTPCRGIANV-ZXFLCMHBSA-N imipenem Chemical compound C1C(SCC\N=C\N)=C(C(O)=O)N2C(=O)[C@H]([C@H](O)C)[C@H]21 ZSKVGTPCRGIANV-ZXFLCMHBSA-N 0.000 claims description 3
- 229960002751 imiquimod Drugs 0.000 claims description 3
- DOUYETYNHWVLEO-UHFFFAOYSA-N imiquimod Chemical compound C1=CC=CC2=C3N(CC(C)C)C=NC3=C(N)N=C21 DOUYETYNHWVLEO-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 3
- 229960001936 indinavir Drugs 0.000 claims description 3
- CBVCZFGXHXORBI-PXQQMZJSSA-N indinavir Chemical compound C([C@H](N(CC1)C[C@@H](O)C[C@@H](CC=2C=CC=CC=2)C(=O)N[C@H]2C3=CC=CC=C3C[C@H]2O)C(=O)NC(C)(C)C)N1CC1=CC=CN=C1 CBVCZFGXHXORBI-PXQQMZJSSA-N 0.000 claims description 3
- DDFOUSQFMYRUQK-RCDICMHDSA-N isavuconazole Chemical compound C=1SC([C@H](C)[C@](O)(CN2N=CN=C2)C=2C(=CC=C(F)C=2)F)=NC=1C1=CC=C(C#N)C=C1 DDFOUSQFMYRUQK-RCDICMHDSA-N 0.000 claims description 3
- 229960000788 isavuconazole Drugs 0.000 claims description 3
- IKKXOSBHLYMWAE-QRPMWFLTSA-N islatravir Chemical compound C1=NC=2C(N)=NC(F)=NC=2N1[C@H]1C[C@H](O)[C@](CO)(C#C)O1 IKKXOSBHLYMWAE-QRPMWFLTSA-N 0.000 claims description 3
- 229960004849 isoconazole Drugs 0.000 claims description 3
- 229960004130 itraconazole Drugs 0.000 claims description 3
- 229960000318 kanamycin Drugs 0.000 claims description 3
- 229930027917 kanamycin Natural products 0.000 claims description 3
- SBUJHOSQTJFQJX-NOAMYHISSA-N kanamycin Chemical compound O[C@@H]1[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](CN)O[C@@H]1O[C@H]1[C@H](O)[C@@H](O[C@@H]2[C@@H]([C@@H](N)[C@H](O)[C@@H](CO)O2)O)[C@H](N)C[C@@H]1N SBUJHOSQTJFQJX-NOAMYHISSA-N 0.000 claims description 3
- 229930182823 kanamycin A Natural products 0.000 claims description 3
- 229960004125 ketoconazole Drugs 0.000 claims description 3
- 229960002461 ledipasvir Drugs 0.000 claims description 3
- VRTWBAAJJOHBQU-KMWAZVGDSA-N ledipasvir Chemical compound COC(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)N([C@@H](C1)C=2NC(=CN=2)C=2C=C3C(F)(F)C4=CC(=CC=C4C3=CC=2)C=2C=C3NC(=NC3=CC=2)[C@H]2N([C@@H]3CC[C@H]2C3)C(=O)[C@@H](NC(=O)OC)C(C)C)CC21CC2 VRTWBAAJJOHBQU-KMWAZVGDSA-N 0.000 claims description 3
- 229960003376 levofloxacin Drugs 0.000 claims description 3
- 229960005287 lincomycin Drugs 0.000 claims description 3
- OJMMVQQUTAEWLP-KIDUDLJLSA-N lincomycin Chemical compound CN1C[C@H](CCC)C[C@H]1C(=O)N[C@H]([C@@H](C)O)[C@@H]1[C@H](O)[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H](SC)O1 OJMMVQQUTAEWLP-KIDUDLJLSA-N 0.000 claims description 3
- 229960003907 linezolid Drugs 0.000 claims description 3
- TYZROVQLWOKYKF-ZDUSSCGKSA-N linezolid Chemical compound O=C1O[C@@H](CNC(=O)C)CN1C(C=C1F)=CC=C1N1CCOCC1 TYZROVQLWOKYKF-ZDUSSCGKSA-N 0.000 claims description 3
- 229960002422 lomefloxacin Drugs 0.000 claims description 3
- ZEKZLJVOYLTDKK-UHFFFAOYSA-N lomefloxacin Chemical compound FC1=C2N(CC)C=C(C(O)=O)C(=O)C2=CC(F)=C1N1CCNC(C)C1 ZEKZLJVOYLTDKK-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 3
- 229960004525 lopinavir Drugs 0.000 claims description 3
- 229960000570 luliconazole Drugs 0.000 claims description 3
- 229960004710 maraviroc Drugs 0.000 claims description 3
- GSNHKUDZZFZSJB-QYOOZWMWSA-N maraviroc Chemical compound CC(C)C1=NN=C(C)N1[C@@H]1C[C@H](N2CC[C@H](NC(=O)C3CCC(F)(F)CC3)C=3C=CC=CC=3)CC[C@H]2C1 GSNHKUDZZFZSJB-QYOOZWMWSA-N 0.000 claims description 3
- 229950010383 mericitabine Drugs 0.000 claims description 3
- 229960002260 meropenem Drugs 0.000 claims description 3
- DMJNNHOOLUXYBV-PQTSNVLCSA-N meropenem Chemical compound C=1([C@H](C)[C@@H]2[C@H](C(N2C=1C(O)=O)=O)[C@H](O)C)S[C@@H]1CN[C@H](C(=O)N(C)C)C1 DMJNNHOOLUXYBV-PQTSNVLCSA-N 0.000 claims description 3
- VPABMVYNSQRPBD-AOJMVMDXSA-N methyl (2r)-2-[[(4-bromophenoxy)-[[(2s,5r)-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)-2,5-dihydrofuran-2-yl]methoxy]phosphoryl]amino]propanoate Chemical compound N1([C@@H]2O[C@@H](C=C2)COP(=O)(N[C@H](C)C(=O)OC)OC=2C=CC(Br)=CC=2)C=C(C)C(=O)NC1=O VPABMVYNSQRPBD-AOJMVMDXSA-N 0.000 claims description 3
- AXWDHVUJXNOWCC-RAEGKSCOSA-N methyl N-[(2S)-1-[(2S)-2-[5-[(6S)-6-(2-cyclopropyl-1,3-thiazol-5-yl)-1-fluoro-3-[2-[(2S)-1-[(2S)-2-(methoxycarbonylamino)-3-methylbutanoyl]pyrrolidin-2-yl]-1H-imidazol-5-yl]-6H-indolo[1,2-c][1,3]benzoxazin-10-yl]-1H-imidazol-2-yl]pyrrolidin-1-yl]-3-methyl-1-oxobutan-2-yl]carbamate Chemical compound COC(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)N1CCC[C@H]1C1=NC=C(N1)C1=CC=C2N3[C@@H](OC4=C(C3=CC2=C1)C(F)=CC(=C4)C1=CN=C(N1)[C@@H]1CCCN1C(=O)[C@@H](NC(=O)OC)C(C)C)C1=CN=C(S1)C1CC1 AXWDHVUJXNOWCC-RAEGKSCOSA-N 0.000 claims description 3
- ATOLIHZIXHZSBA-BTSKBWHGSA-N methyl n-[(1r)-2-[(2s)-2-[5-[4-[6-[2-[(2s)-1-[(2s)-2-(methoxycarbonylamino)-3-methylbutanoyl]pyrrolidin-2-yl]-3h-benzimidazol-5-yl]thieno[3,2-b]thiophen-3-yl]phenyl]-1h-imidazol-2-yl]pyrrolidin-1-yl]-2-oxo-1-phenylethyl]carbamate Chemical compound COC(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)N1CCC[C@H]1C1=NC2=CC(C=3C=4SC=C(C=4SC=3)C=3C=CC(=CC=3)C=3N=C(NC=3)[C@H]3N(CCC3)C(=O)[C@H](NC(=O)OC)C=3C=CC=CC=3)=CC=C2N1 ATOLIHZIXHZSBA-BTSKBWHGSA-N 0.000 claims description 3
- LCHMHYPWGWYXEL-ZYADHFCISA-N methyl n-[(2s)-1-[(2s)-2-[5-[6-[2-[(2s)-1-[(2s)-2-(methoxycarbonylamino)-3-methylbutanoyl]pyrrolidin-2-yl]-3h-benzimidazol-5-yl]naphthalen-2-yl]-1h-imidazol-2-yl]pyrrolidin-1-yl]-3-methyl-1-oxobutan-2-yl]carbamate Chemical compound COC(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)N1CCC[C@H]1C1=NC=C(C=2C=C3C=CC(=CC3=CC=2)C=2C=C3NC(=NC3=CC=2)[C@H]2N(CCC2)C(=O)[C@@H](NC(=O)OC)C(C)C)N1 LCHMHYPWGWYXEL-ZYADHFCISA-N 0.000 claims description 3
- VJYSBPDEJWLKKJ-NLIMODCCSA-N methyl n-[(2s,3r)-1-[(2s)-2-[6-[(2r,5r)-1-[3,5-difluoro-4-[4-(4-fluorophenyl)piperidin-1-yl]phenyl]-5-[6-fluoro-2-[(2s)-1-[(2s,3r)-3-methoxy-2-(methoxycarbonylamino)butanoyl]pyrrolidin-2-yl]-3h-benzimidazol-5-yl]pyrrolidin-2-yl]-5-fluoro-1h-benzimidazol-2 Chemical compound COC(=O)N[C@@H]([C@@H](C)OC)C(=O)N1CCC[C@H]1C1=NC2=CC(F)=C([C@@H]3N([C@H](CC3)C=3C(=CC=4N=C(NC=4C=3)[C@H]3N(CCC3)C(=O)[C@@H](NC(=O)OC)[C@@H](C)OC)F)C=3C=C(F)C(N4CCC(CC4)C=4C=CC(F)=CC=4)=C(F)C=3)C=C2N1 VJYSBPDEJWLKKJ-NLIMODCCSA-N 0.000 claims description 3
- 229960000282 metronidazole Drugs 0.000 claims description 3
- VAOCPAMSLUNLGC-UHFFFAOYSA-N metronidazole Chemical compound CC1=NC=C([N+]([O-])=O)N1CCO VAOCPAMSLUNLGC-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 3
- 229960000198 mezlocillin Drugs 0.000 claims description 3
- YPBATNHYBCGSSN-VWPFQQQWSA-N mezlocillin Chemical compound N([C@@H](C(=O)N[C@H]1[C@H]2SC([C@@H](N2C1=O)C(O)=O)(C)C)C=1C=CC=CC=1)C(=O)N1CCN(S(C)(=O)=O)C1=O YPBATNHYBCGSSN-VWPFQQQWSA-N 0.000 claims description 3
- 229960002159 micafungin Drugs 0.000 claims description 3
- PIEUQSKUWLMALL-YABMTYFHSA-N micafungin Chemical compound C1=CC(OCCCCC)=CC=C1C1=CC(C=2C=CC(=CC=2)C(=O)N[C@@H]2C(N[C@H](C(=O)N3C[C@H](O)C[C@H]3C(=O)N[C@H](C(=O)N[C@H](C(=O)N3C[C@H](C)[C@H](O)[C@H]3C(=O)N[C@H](O)[C@H](O)C2)[C@H](O)CC(N)=O)[C@H](O)[C@@H](O)C=2C=C(OS(O)(=O)=O)C(O)=CC=2)[C@@H](C)O)=O)=NO1 PIEUQSKUWLMALL-YABMTYFHSA-N 0.000 claims description 3
- 229960002509 miconazole Drugs 0.000 claims description 3
- 229960004023 minocycline Drugs 0.000 claims description 3
- 229960005389 moroxydine Drugs 0.000 claims description 3
- 229960003702 moxifloxacin Drugs 0.000 claims description 3
- FABPRXSRWADJSP-MEDUHNTESA-N moxifloxacin Chemical compound COC1=C(N2C[C@H]3NCCC[C@H]3C2)C(F)=CC(C(C(C(O)=O)=C2)=O)=C1N2C1CC1 FABPRXSRWADJSP-MEDUHNTESA-N 0.000 claims description 3
- 229960003808 nadifloxacin Drugs 0.000 claims description 3
- JYJTVFIEFKZWCJ-UHFFFAOYSA-N nadifloxacin Chemical compound FC1=CC(C(C(C(O)=O)=C2)=O)=C3N2C(C)CCC3=C1N1CCC(O)CC1 JYJTVFIEFKZWCJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 3
- GPXLMGHLHQJAGZ-JTDSTZFVSA-N nafcillin Chemical compound C1=CC=CC2=C(C(=O)N[C@@H]3C(N4[C@H](C(C)(C)S[C@@H]43)C(O)=O)=O)C(OCC)=CC=C21 GPXLMGHLHQJAGZ-JTDSTZFVSA-N 0.000 claims description 3
- 229960000515 nafcillin Drugs 0.000 claims description 3
- 229960004313 naftifine Drugs 0.000 claims description 3
- OZGNYLLQHRPOBR-DHZHZOJOSA-N naftifine Chemical compound C=1C=CC2=CC=CC=C2C=1CN(C)C\C=C\C1=CC=CC=C1 OZGNYLLQHRPOBR-DHZHZOJOSA-N 0.000 claims description 3
- 229960000210 nalidixic acid Drugs 0.000 claims description 3
- MHWLWQUZZRMNGJ-UHFFFAOYSA-N nalidixic acid Chemical compound C1=C(C)N=C2N(CC)C=C(C(O)=O)C(=O)C2=C1 MHWLWQUZZRMNGJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 3
- 229950003504 narlaprevir Drugs 0.000 claims description 3
- RICZEKWVNZFTNZ-LFGITCQGSA-N narlaprevir Chemical compound N([C@H](C(=O)N1C[C@H]2[C@H](C2(C)C)[C@H]1C(=O)N[C@@H](CCCC)C(=O)C(=O)NC1CC1)C(C)(C)C)C(=O)NC1(CS(=O)(=O)C(C)(C)C)CCCCC1 RICZEKWVNZFTNZ-LFGITCQGSA-N 0.000 claims description 3
- 229960003255 natamycin Drugs 0.000 claims description 3
- NCXMLFZGDNKEPB-FFPOYIOWSA-N natamycin Chemical compound O[C@H]1[C@@H](N)[C@H](O)[C@@H](C)O[C@H]1O[C@H]1/C=C/C=C/C=C/C=C/C[C@@H](C)OC(=O)/C=C/[C@H]2O[C@@H]2C[C@H](O)C[C@](O)(C[C@H](O)[C@H]2C(O)=O)O[C@H]2C1 NCXMLFZGDNKEPB-FFPOYIOWSA-N 0.000 claims description 3
- 235000010298 natamycin Nutrition 0.000 claims description 3
- 239000004311 natamycin Substances 0.000 claims description 3
- 229960000884 nelfinavir Drugs 0.000 claims description 3
- QAGYKUNXZHXKMR-HKWSIXNMSA-N nelfinavir Chemical compound CC1=C(O)C=CC=C1C(=O)N[C@H]([C@H](O)CN1[C@@H](C[C@@H]2CCCC[C@@H]2C1)C(=O)NC(C)(C)C)CSC1=CC=CC=C1 QAGYKUNXZHXKMR-HKWSIXNMSA-N 0.000 claims description 3
- 229960004927 neomycin Drugs 0.000 claims description 3
- 229960000808 netilmicin Drugs 0.000 claims description 3
- ZBGPYVZLYBDXKO-HILBYHGXSA-N netilmycin Chemical compound O([C@@H]1[C@@H](N)C[C@H]([C@@H]([C@H]1O)O[C@@H]1[C@]([C@H](NC)[C@@H](O)CO1)(C)O)NCC)[C@H]1OC(CN)=CC[C@H]1N ZBGPYVZLYBDXKO-HILBYHGXSA-N 0.000 claims description 3
- 229960000689 nevirapine Drugs 0.000 claims description 3
- 229960000564 nitrofurantoin Drugs 0.000 claims description 3
- NXFQHRVNIOXGAQ-YCRREMRBSA-N nitrofurantoin Chemical compound O1C([N+](=O)[O-])=CC=C1\C=N\N1C(=O)NC(=O)C1 NXFQHRVNIOXGAQ-YCRREMRBSA-N 0.000 claims description 3
- 229960001180 norfloxacin Drugs 0.000 claims description 3
- OGJPXUAPXNRGGI-UHFFFAOYSA-N norfloxacin Chemical compound C1=C2N(CC)C=C(C(O)=O)C(=O)C2=CC(F)=C1N1CCNCC1 OGJPXUAPXNRGGI-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 3
- 229960000988 nystatin Drugs 0.000 claims description 3
- VQOXZBDYSJBXMA-NQTDYLQESA-N nystatin A1 Chemical compound O[C@H]1[C@@H](N)[C@H](O)[C@@H](C)O[C@H]1O[C@H]1/C=C/C=C/C=C/C=C/CC/C=C/C=C/[C@H](C)[C@@H](O)[C@@H](C)[C@H](C)OC(=O)C[C@H](O)C[C@H](O)C[C@H](O)CC[C@@H](O)[C@H](O)C[C@](O)(C[C@H](O)[C@H]2C(O)=O)O[C@H]2C1 VQOXZBDYSJBXMA-NQTDYLQESA-N 0.000 claims description 3
- 229960001699 ofloxacin Drugs 0.000 claims description 3
- PIDFDZJZLOTZTM-KHVQSSSXSA-N ombitasvir Chemical compound COC(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)N1CCC[C@H]1C(=O)NC1=CC=C([C@H]2N([C@@H](CC2)C=2C=CC(NC(=O)[C@H]3N(CCC3)C(=O)[C@@H](NC(=O)OC)C(C)C)=CC=2)C=2C=CC(=CC=2)C(C)(C)C)C=C1 PIDFDZJZLOTZTM-KHVQSSSXSA-N 0.000 claims description 3
- 229960000518 ombitasvir Drugs 0.000 claims description 3
- 229960004031 omoconazole Drugs 0.000 claims description 3
- JMFOSJNGKJCTMJ-ZHZULCJRSA-N omoconazole Chemical compound C1=CN=CN1C(/C)=C(C=1C(=CC(Cl)=CC=1)Cl)\OCCOC1=CC=C(Cl)C=C1 JMFOSJNGKJCTMJ-ZHZULCJRSA-N 0.000 claims description 3
- 229960003752 oseltamivir Drugs 0.000 claims description 3
- VSZGPKBBMSAYNT-RRFJBIMHSA-N oseltamivir Chemical compound CCOC(=O)C1=C[C@@H](OC(CC)CC)[C@H](NC(C)=O)[C@@H](N)C1 VSZGPKBBMSAYNT-RRFJBIMHSA-N 0.000 claims description 3
- UWYHMGVUTGAWSP-JKIFEVAISA-N oxacillin Chemical compound N([C@@H]1C(N2[C@H](C(C)(C)S[C@@H]21)C(O)=O)=O)C(=O)C1=C(C)ON=C1C1=CC=CC=C1 UWYHMGVUTGAWSP-JKIFEVAISA-N 0.000 claims description 3
- 229960001019 oxacillin Drugs 0.000 claims description 3
- 229960003483 oxiconazole Drugs 0.000 claims description 3
- QRJJEGAJXVEBNE-MOHJPFBDSA-N oxiconazole Chemical compound ClC1=CC(Cl)=CC=C1CO\N=C(C=1C(=CC(Cl)=CC=1)Cl)\CN1C=NC=C1 QRJJEGAJXVEBNE-MOHJPFBDSA-N 0.000 claims description 3
- 229960000321 oxolinic acid Drugs 0.000 claims description 3
- 229960000625 oxytetracycline Drugs 0.000 claims description 3
- IWVCMVBTMGNXQD-PXOLEDIWSA-N oxytetracycline Chemical compound C1=CC=C2[C@](O)(C)[C@H]3[C@H](O)[C@H]4[C@H](N(C)C)C(O)=C(C(N)=O)C(=O)[C@@]4(O)C(O)=C3C(=O)C2=C1O IWVCMVBTMGNXQD-PXOLEDIWSA-N 0.000 claims description 3
- 235000019366 oxytetracycline Nutrition 0.000 claims description 3
- LSQZJLSUYDQPKJ-UHFFFAOYSA-N p-Hydroxyampicillin Natural products O=C1N2C(C(O)=O)C(C)(C)SC2C1NC(=O)C(N)C1=CC=C(O)C=C1 LSQZJLSUYDQPKJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 3
- 229960002754 paritaprevir Drugs 0.000 claims description 3
- UAUIUKWPKRJZJV-MDJGTQRPSA-N paritaprevir Chemical compound C1=NC(C)=CN=C1C(=O)N[C@@H]1C(=O)N2C[C@H](OC=3C4=CC=CC=C4C4=CC=CC=C4N=3)C[C@H]2C(=O)N[C@]2(C(=O)NS(=O)(=O)C3CC3)C[C@@H]2\C=C/CCCCC1 UAUIUKWPKRJZJV-MDJGTQRPSA-N 0.000 claims description 3
- 229960001914 paromomycin Drugs 0.000 claims description 3
- UOZODPSAJZTQNH-LSWIJEOBSA-N paromomycin Chemical compound N[C@@H]1[C@@H](O)[C@H](O)[C@H](CN)O[C@@H]1O[C@H]1[C@@H](O)[C@H](O[C@H]2[C@@H]([C@@H](N)C[C@@H](N)[C@@H]2O)O[C@@H]2[C@@H]([C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO)O2)N)O[C@@H]1CO UOZODPSAJZTQNH-LSWIJEOBSA-N 0.000 claims description 3
- 229960002625 pazufloxacin Drugs 0.000 claims description 3
- 229960004236 pefloxacin Drugs 0.000 claims description 3
- FHFYDNQZQSQIAI-UHFFFAOYSA-N pefloxacin Chemical compound C1=C2N(CC)C=C(C(O)=O)C(=O)C2=CC(F)=C1N1CCN(C)CC1 FHFYDNQZQSQIAI-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 3
- 229960001179 penciclovir Drugs 0.000 claims description 3
- 229940056360 penicillin g Drugs 0.000 claims description 3
- 229940056367 penicillin v Drugs 0.000 claims description 3
- 229960001084 peramivir Drugs 0.000 claims description 3
- XRQDFNLINLXZLB-CKIKVBCHSA-N peramivir Chemical compound CCC(CC)[C@H](NC(C)=O)[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](C(O)=O)C[C@H]1NC(N)=N XRQDFNLINLXZLB-CKIKVBCHSA-N 0.000 claims description 3
- BPLBGHOLXOTWMN-MBNYWOFBSA-N phenoxymethylpenicillin Chemical compound N([C@H]1[C@H]2SC([C@@H](N2C1=O)C(O)=O)(C)C)C(=O)COC1=CC=CC=C1 BPLBGHOLXOTWMN-MBNYWOFBSA-N 0.000 claims description 3
- 229950007513 pibrentasvir Drugs 0.000 claims description 3
- 229960001732 pipemidic acid Drugs 0.000 claims description 3
- JOHZPMXAZQZXHR-UHFFFAOYSA-N pipemidic acid Chemical compound N1=C2N(CC)C=C(C(O)=O)C(=O)C2=CN=C1N1CCNCC1 JOHZPMXAZQZXHR-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 3
- 229960002292 piperacillin Drugs 0.000 claims description 3
- IVBHGBMCVLDMKU-GXNBUGAJSA-N piperacillin Chemical compound O=C1C(=O)N(CC)CCN1C(=O)N[C@H](C=1C=CC=CC=1)C(=O)N[C@@H]1C(=O)N2[C@@H](C(O)=O)C(C)(C)S[C@@H]21 IVBHGBMCVLDMKU-GXNBUGAJSA-N 0.000 claims description 3
- 229960003342 pivampicillin Drugs 0.000 claims description 3
- ZEMIJUDPLILVNQ-ZXFNITATSA-N pivampicillin Chemical compound C1([C@@H](N)C(=O)N[C@H]2[C@@H]3N(C2=O)[C@H](C(S3)(C)C)C(=O)OCOC(=O)C(C)(C)C)=CC=CC=C1 ZEMIJUDPLILVNQ-ZXFNITATSA-N 0.000 claims description 3
- 229960004212 pivmecillinam Drugs 0.000 claims description 3
- 229960000471 pleconaril Drugs 0.000 claims description 3
- KQOXLKOJHVFTRN-UHFFFAOYSA-N pleconaril Chemical compound O1N=C(C)C=C1CCCOC1=C(C)C=C(C=2N=C(ON=2)C(F)(F)F)C=C1C KQOXLKOJHVFTRN-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 3
- 229960001237 podophyllotoxin Drugs 0.000 claims description 3
- YJGVMLPVUAXIQN-XVVDYKMHSA-N podophyllotoxin Chemical compound COC1=C(OC)C(OC)=CC([C@@H]2C3=CC=4OCOC=4C=C3[C@H](O)[C@@H]3[C@@H]2C(OC3)=O)=C1 YJGVMLPVUAXIQN-XVVDYKMHSA-N 0.000 claims description 3
- YVCVYCSAAZQOJI-UHFFFAOYSA-N podophyllotoxin Natural products COC1=C(O)C(OC)=CC(C2C3=CC=4OCOC=4C=C3C(O)C3C2C(OC3)=O)=C1 YVCVYCSAAZQOJI-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 3
- 229920000024 polymyxin B Polymers 0.000 claims description 3
- 229960005266 polymyxin b Drugs 0.000 claims description 3
- 229960001589 posaconazole Drugs 0.000 claims description 3
- RAGOYPUPXAKGKH-XAKZXMRKSA-N posaconazole Chemical compound O=C1N([C@H]([C@H](C)O)CC)N=CN1C1=CC=C(N2CCN(CC2)C=2C=CC(OC[C@H]3C[C@@](CN4N=CN=C4)(OC3)C=3C(=CC(F)=CC=3)F)=CC=2)C=C1 RAGOYPUPXAKGKH-XAKZXMRKSA-N 0.000 claims description 3
- 229950008007 pritelivir Drugs 0.000 claims description 3
- SFPFZQKYPOWCSI-KHFYHRBSSA-N propan-2-yl (2r)-2-[[[(2r,3r,4r,5r)-4-chloro-5-(2,4-dioxopyrimidin-1-yl)-3-hydroxy-4-methyloxolan-2-yl]methoxy-phenoxyphosphoryl]amino]propanoate Chemical compound N1([C@@H]2O[C@@H]([C@H]([C@]2(Cl)C)O)CO[P@](=O)(N[C@H](C)C(=O)OC(C)C)OC=2C=CC=CC=2)C=CC(=O)NC1=O SFPFZQKYPOWCSI-KHFYHRBSSA-N 0.000 claims description 3
- 229960001224 prulifloxacin Drugs 0.000 claims description 3
- 229950008104 radalbuvir Drugs 0.000 claims description 3
- 229950007950 ravidasvir Drugs 0.000 claims description 3
- OPAHEYNNJWPQPX-RCDICMHDSA-N ravuconazole Chemical compound C=1SC([C@H](C)[C@](O)(CN2N=CN=C2)C=2C(=CC(F)=CC=2)F)=NC=1C1=CC=C(C#N)C=C1 OPAHEYNNJWPQPX-RCDICMHDSA-N 0.000 claims description 3
- 229950004154 ravuconazole Drugs 0.000 claims description 3
- RWWYLEGWBNMMLJ-YSOARWBDSA-N remdesivir Chemical compound NC1=NC=NN2C1=CC=C2[C@]1([C@@H]([C@@H]([C@H](O1)CO[P@](=O)(OC1=CC=CC=C1)N[C@H](C(=O)OCC(CC)CC)C)O)O)C#N RWWYLEGWBNMMLJ-YSOARWBDSA-N 0.000 claims description 3
- RWWYLEGWBNMMLJ-MEUHYHILSA-N remdesivir Drugs C([C@@H]1[C@H]([C@@H](O)[C@@](C#N)(O1)C=1N2N=CN=C(N)C2=CC=1)O)OP(=O)(N[C@@H](C)C(=O)OCC(CC)CC)OC1=CC=CC=C1 RWWYLEGWBNMMLJ-MEUHYHILSA-N 0.000 claims description 3
- 229950010550 resiquimod Drugs 0.000 claims description 3
- BXNMTOQRYBFHNZ-UHFFFAOYSA-N resiquimod Chemical compound C1=CC=CC2=C(N(C(COCC)=N3)CC(C)(C)O)C3=C(N)N=C21 BXNMTOQRYBFHNZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 3
- 229960000885 rifabutin Drugs 0.000 claims description 3
- 229950005007 rifalazil Drugs 0.000 claims description 3
- SGHWBDUXKUSFOP-KYALZUAASA-N rifalazil Chemical compound O([C@](C1=O)(C)O/C=C/[C@@H]([C@H]([C@@H](OC(C)=O)[C@H](C)[C@H](O)[C@H](C)[C@@H](O)[C@@H](C)\C=C\C=C(C)/C(=O)N=C2C(=O)C=3C(O)=C4C)C)OC)C4=C1C=3C(NC1=C(O)C=3)=C2OC1=CC=3N1CCN(CC(C)C)CC1 SGHWBDUXKUSFOP-KYALZUAASA-N 0.000 claims description 3
- 229960002599 rifapentine Drugs 0.000 claims description 3
- WDZCUPBHRAEYDL-GZAUEHORSA-N rifapentine Chemical compound O([C@](C1=O)(C)O/C=C/[C@@H]([C@H]([C@@H](OC(C)=O)[C@H](C)[C@H](O)[C@H](C)[C@@H](O)[C@@H](C)\C=C\C=C(C)/C(=O)NC=2C(O)=C3C(O)=C4C)C)OC)C4=C1C3=C(O)C=2\C=N\N(CC1)CCN1C1CCCC1 WDZCUPBHRAEYDL-GZAUEHORSA-N 0.000 claims description 3
- YIBOMRUWOWDFLG-ONEGZZNKSA-N rilpivirine Chemical compound CC1=CC(\C=C\C#N)=CC(C)=C1NC1=CC=NC(NC=2C=CC(=CC=2)C#N)=N1 YIBOMRUWOWDFLG-ONEGZZNKSA-N 0.000 claims description 3
- 229960002814 rilpivirine Drugs 0.000 claims description 3
- 229960000888 rimantadine Drugs 0.000 claims description 3
- XBPZXDSZHPDXQU-UHFFFAOYSA-N rosoxacin Chemical compound C1=C2N(CC)C=C(C(O)=O)C(=O)C2=CC=C1C1=CC=NC=C1 XBPZXDSZHPDXQU-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 3
- 229960003889 rosoxacin Drugs 0.000 claims description 3
- 229960005224 roxithromycin Drugs 0.000 claims description 3
- 229960004062 rufloxacin Drugs 0.000 claims description 3
- 229950001638 ruzasvir Drugs 0.000 claims description 3
- 229950010407 samatasvir Drugs 0.000 claims description 3
- 229960001852 saquinavir Drugs 0.000 claims description 3
- QWAXKHKRTORLEM-UGJKXSETSA-N saquinavir Chemical compound C([C@@H]([C@H](O)CN1C[C@H]2CCCC[C@H]2C[C@H]1C(=O)NC(C)(C)C)NC(=O)[C@H](CC(N)=O)NC(=O)C=1N=C2C=CC=CC2=CC=1)C1=CC=CC=C1 QWAXKHKRTORLEM-UGJKXSETSA-N 0.000 claims description 3
- VIDTVPHHDGRGAF-UHFFFAOYSA-N selenium sulfide Chemical compound [Se]=S VIDTVPHHDGRGAF-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 3
- 229960005265 selenium sulfide Drugs 0.000 claims description 3
- 229960005429 sertaconazole Drugs 0.000 claims description 3
- VPHXUNBMNWOYNQ-XLBCSPGISA-N setrobuvir Chemical compound N1([C@H]2[C@@H]3CC[C@@H](C3)[C@H]2C(=O)/C(C1=O)=C1/NC2=CC=C(C=C2S(=O)(=O)N1)NS(=O)(=O)C)CC1=CC=C(F)C=C1 VPHXUNBMNWOYNQ-XLBCSPGISA-N 0.000 claims description 3
- 229950004113 setrobuvir Drugs 0.000 claims description 3
- 229960002091 simeprevir Drugs 0.000 claims description 3
- JTZZSQYMACOLNN-VDWJNHBNSA-N simeprevir Chemical compound O=C([C@@]12C[C@H]1\C=C/CCCCN(C)C(=O)[C@H]1[C@H](C(N2)=O)C[C@H](C1)OC=1C2=CC=C(C(=C2N=C(C=1)C=1SC=C(N=1)C(C)C)C)OC)NS(=O)(=O)C1CC1 JTZZSQYMACOLNN-VDWJNHBNSA-N 0.000 claims description 3
- 229960003177 sitafloxacin Drugs 0.000 claims description 3
- 229960002063 sofosbuvir Drugs 0.000 claims description 3
- TTZHDVOVKQGIBA-IQWMDFIBSA-N sofosbuvir Chemical compound N1([C@@H]2O[C@@H]([C@H]([C@]2(F)C)O)CO[P@@](=O)(N[C@@H](C)C(=O)OC(C)C)OC=2C=CC=CC=2)C=CC(=O)NC1=O TTZHDVOVKQGIBA-IQWMDFIBSA-N 0.000 claims description 3
- 229950010695 sovaprevir Drugs 0.000 claims description 3
- 229960004954 sparfloxacin Drugs 0.000 claims description 3
- DZZWHBIBMUVIIW-DTORHVGOSA-N sparfloxacin Chemical compound C1[C@@H](C)N[C@@H](C)CN1C1=C(F)C(N)=C2C(=O)C(C(O)=O)=CN(C3CC3)C2=C1F DZZWHBIBMUVIIW-DTORHVGOSA-N 0.000 claims description 3
- 229960001203 stavudine Drugs 0.000 claims description 3
- 229960005322 streptomycin Drugs 0.000 claims description 3
- 229960002607 sulconazole Drugs 0.000 claims description 3
- 229960000654 sulfafurazole Drugs 0.000 claims description 3
- 229960005158 sulfamethizole Drugs 0.000 claims description 3
- VACCAVUAMIDAGB-UHFFFAOYSA-N sulfamethizole Chemical compound S1C(C)=NN=C1NS(=O)(=O)C1=CC=C(N)C=C1 VACCAVUAMIDAGB-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 3
- 229960005404 sulfamethoxazole Drugs 0.000 claims description 3
- JLKIGFTWXXRPMT-UHFFFAOYSA-N sulphamethoxazole Chemical compound O1C(C)=CC(NS(=O)(=O)C=2C=CC(N)=CC=2)=N1 JLKIGFTWXXRPMT-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 3
- 229960001608 teicoplanin Drugs 0.000 claims description 3
- 229960002935 telaprevir Drugs 0.000 claims description 3
- 108010017101 telaprevir Proteins 0.000 claims description 3
- BBAWEDCPNXPBQM-GDEBMMAJSA-N telaprevir Chemical compound N([C@H](C(=O)N[C@H](C(=O)N1C[C@@H]2CCC[C@@H]2[C@H]1C(=O)N[C@@H](CCC)C(=O)C(=O)NC1CC1)C(C)(C)C)C1CCCCC1)C(=O)C1=CN=CC=N1 BBAWEDCPNXPBQM-GDEBMMAJSA-N 0.000 claims description 3
- ONUMZHGUFYIKPM-MXNFEBESSA-N telavancin Chemical compound O1[C@@H](C)[C@@H](O)[C@](NCCNCCCCCCCCCC)(C)C[C@@H]1O[C@H]1[C@H](OC=2C3=CC=4[C@H](C(N[C@H]5C(=O)N[C@H](C(N[C@@H](C6=CC(O)=C(CNCP(O)(O)=O)C(O)=C6C=6C(O)=CC=C5C=6)C(O)=O)=O)[C@H](O)C5=CC=C(C(=C5)Cl)O3)=O)NC(=O)[C@H](CC(N)=O)NC(=O)[C@H](NC(=O)[C@@H](CC(C)C)NC)[C@H](O)C3=CC=C(C(=C3)Cl)OC=2C=4)O[C@H](CO)[C@@H](O)[C@@H]1O ONUMZHGUFYIKPM-MXNFEBESSA-N 0.000 claims description 3
- 229960005240 telavancin Drugs 0.000 claims description 3
- 108010089019 telavancin Proteins 0.000 claims description 3
- 229960005311 telbivudine Drugs 0.000 claims description 3
- IQFYYKKMVGJFEH-CSMHCCOUSA-N telbivudine Chemical compound O=C1NC(=O)C(C)=CN1[C@H]1O[C@@H](CO)[C@H](O)C1 IQFYYKKMVGJFEH-CSMHCCOUSA-N 0.000 claims description 3
- 229960003250 telithromycin Drugs 0.000 claims description 3
- LJVAJPDWBABPEJ-PNUFFHFMSA-N telithromycin Chemical compound O([C@@H]1[C@@H](C)C(=O)[C@@H](C)C(=O)O[C@@H]([C@]2(OC(=O)N(CCCCN3C=C(N=C3)C=3C=NC=CC=3)[C@@H]2[C@@H](C)C(=O)[C@H](C)C[C@@]1(C)OC)C)CC)[C@@H]1O[C@H](C)C[C@H](N(C)C)[C@H]1O LJVAJPDWBABPEJ-PNUFFHFMSA-N 0.000 claims description 3
- 229960004576 temafloxacin Drugs 0.000 claims description 3
- 229960002722 terbinafine Drugs 0.000 claims description 3
- DOMXUEMWDBAQBQ-WEVVVXLNSA-N terbinafine Chemical compound C1=CC=C2C(CN(C\C=C\C#CC(C)(C)C)C)=CC=CC2=C1 DOMXUEMWDBAQBQ-WEVVVXLNSA-N 0.000 claims description 3
- IWVCMVBTMGNXQD-UHFFFAOYSA-N terramycin dehydrate Natural products C1=CC=C2C(O)(C)C3C(O)C4C(N(C)C)C(O)=C(C(N)=O)C(=O)C4(O)C(O)=C3C(=O)C2=C1O IWVCMVBTMGNXQD-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 3
- 229960002180 tetracycline Drugs 0.000 claims description 3
- 229930101283 tetracycline Natural products 0.000 claims description 3
- 235000019364 tetracycline Nutrition 0.000 claims description 3
- 150000003522 tetracyclines Chemical class 0.000 claims description 3
- 229960004659 ticarcillin Drugs 0.000 claims description 3
- OHKOGUYZJXTSFX-KZFFXBSXSA-N ticarcillin Chemical compound C=1([C@@H](C(O)=O)C(=O)N[C@H]2[C@H]3SC([C@@H](N3C2=O)C(O)=O)(C)C)C=CSC=1 OHKOGUYZJXTSFX-KZFFXBSXSA-N 0.000 claims description 3
- 229960005053 tinidazole Drugs 0.000 claims description 3
- 229960004214 tioconazole Drugs 0.000 claims description 3
- 229960000838 tipranavir Drugs 0.000 claims description 3
- SUJUHGSWHZTSEU-FYBSXPHGSA-N tipranavir Chemical compound C([C@@]1(CCC)OC(=O)C([C@H](CC)C=2C=C(NS(=O)(=O)C=3N=CC(=CC=3)C(F)(F)F)C=CC=2)=C(O)C1)CC1=CC=CC=C1 SUJUHGSWHZTSEU-FYBSXPHGSA-N 0.000 claims description 3
- 229960000707 tobramycin Drugs 0.000 claims description 3
- NLVFBUXFDBBNBW-PBSUHMDJSA-N tobramycin Chemical compound N[C@@H]1C[C@H](O)[C@@H](CN)O[C@@H]1O[C@H]1[C@H](O)[C@@H](O[C@@H]2[C@@H]([C@@H](N)[C@H](O)[C@@H](CO)O2)O)[C@H](N)C[C@@H]1N NLVFBUXFDBBNBW-PBSUHMDJSA-N 0.000 claims description 3
- 229950008187 tosufloxacin Drugs 0.000 claims description 3
- 229930188428 trichomycin Natural products 0.000 claims description 3
- 229960003962 trifluridine Drugs 0.000 claims description 3
- VSQQQLOSPVPRAZ-RRKCRQDMSA-N trifluridine Chemical compound C1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]1N1C(=O)NC(=O)C(C(F)(F)F)=C1 VSQQQLOSPVPRAZ-RRKCRQDMSA-N 0.000 claims description 3
- UXQDWARBDDDTKG-UHFFFAOYSA-N tromantadine Chemical compound C1C(C2)CC3CC2CC1(NC(=O)COCCN(C)C)C3 UXQDWARBDDDTKG-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 3
- 229960000832 tromantadine Drugs 0.000 claims description 3
- 229960000497 trovafloxacin Drugs 0.000 claims description 3
- WVPSKSLAZQPAKQ-CDMJZVDBSA-N trovafloxacin Chemical compound C([C@H]1[C@@H]([C@H]1C1)N)N1C(C(=CC=1C(=O)C(C(O)=O)=C2)F)=NC=1N2C1=CC=C(F)C=C1F WVPSKSLAZQPAKQ-CDMJZVDBSA-N 0.000 claims description 3
- 229950006453 uprifosbuvir Drugs 0.000 claims description 3
- 229940093257 valacyclovir Drugs 0.000 claims description 3
- 229960003165 vancomycin Drugs 0.000 claims description 3
- MYPYJXKWCTUITO-LYRMYLQWSA-N vancomycin Chemical compound O([C@@H]1[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]1OC1=C2C=C3C=C1OC1=CC=C(C=C1Cl)[C@@H](O)[C@H](C(N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@H]3C(=O)N[C@H]1C(=O)N[C@H](C(N[C@@H](C3=CC(O)=CC(O)=C3C=3C(O)=CC=C1C=3)C(O)=O)=O)[C@H](O)C1=CC=C(C(=C1)Cl)O2)=O)NC(=O)[C@@H](CC(C)C)NC)[C@H]1C[C@](C)(N)[C@H](O)[C@H](C)O1 MYPYJXKWCTUITO-LYRMYLQWSA-N 0.000 claims description 3
- MYPYJXKWCTUITO-UHFFFAOYSA-N vancomycin Natural products O1C(C(=C2)Cl)=CC=C2C(O)C(C(NC(C2=CC(O)=CC(O)=C2C=2C(O)=CC=C3C=2)C(O)=O)=O)NC(=O)C3NC(=O)C2NC(=O)C(CC(N)=O)NC(=O)C(NC(=O)C(CC(C)C)NC)C(O)C(C=C3Cl)=CC=C3OC3=CC2=CC1=C3OC1OC(CO)C(O)C(O)C1OC1CC(C)(N)C(O)C(C)O1 MYPYJXKWCTUITO-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 3
- 229950000843 vaniprevir Drugs 0.000 claims description 3
- HPAPGONEMPZXMM-CMWVUSIZSA-N vaniprevir Chemical compound O=C([C@H]1C[C@@H]2OC(=O)N3CC=4C=CC=C(C=4C3)CCCCC(C)(C)COC(=O)N[C@@H](C(N1C2)=O)C(C)(C)C)N[C@]1(C(=O)NS(=O)(=O)C2CC2)C[C@H]1C=C HPAPGONEMPZXMM-CMWVUSIZSA-N 0.000 claims description 3
- 229950003842 vedroprevir Drugs 0.000 claims description 3
- FHCUMDQMBHQXKK-CDIODLITSA-N velpatasvir Chemical compound C1([C@@H](NC(=O)OC)C(=O)N2[C@@H](C[C@@H](C2)COC)C=2NC(=CN=2)C=2C=C3C(C4=CC5=CC=C6NC(=NC6=C5C=C4OC3)[C@H]3N([C@@H](C)CC3)C(=O)[C@@H](NC(=O)OC)C(C)C)=CC=2)=CC=CC=C1 FHCUMDQMBHQXKK-CDIODLITSA-N 0.000 claims description 3
- 229960000863 velpatasvir Drugs 0.000 claims description 3
- 229950009860 vicriviroc Drugs 0.000 claims description 3
- 229960003636 vidarabine Drugs 0.000 claims description 3
- 229950001272 viomycin Drugs 0.000 claims description 3
- GXFAIFRPOKBQRV-GHXCTMGLSA-N viomycin Chemical compound N1C(=O)\C(=C\NC(N)=O)NC(=O)[C@H](CO)NC(=O)[C@H](CO)NC(=O)[C@@H](NC(=O)C[C@@H](N)CCCN)CNC(=O)[C@@H]1[C@@H]1NC(=N)N[C@@H](O)C1 GXFAIFRPOKBQRV-GHXCTMGLSA-N 0.000 claims description 3
- BCEHBSKCWLPMDN-MGPLVRAMSA-N voriconazole Chemical compound C1([C@H](C)[C@](O)(CN2N=CN=C2)C=2C(=CC(F)=CC=2)F)=NC=NC=C1F BCEHBSKCWLPMDN-MGPLVRAMSA-N 0.000 claims description 3
- 229960004740 voriconazole Drugs 0.000 claims description 3
- 229950004638 voxilaprevir Drugs 0.000 claims description 3
- 229960000523 zalcitabine Drugs 0.000 claims description 3
- 229960001028 zanamivir Drugs 0.000 claims description 3
- ARAIBEBZBOPLMB-UFGQHTETSA-N zanamivir Chemical compound CC(=O)N[C@@H]1[C@@H](N=C(N)N)C=C(C(O)=O)O[C@H]1[C@H](O)[C@H](O)CO ARAIBEBZBOPLMB-UFGQHTETSA-N 0.000 claims description 3
- HBOMLICNUCNMMY-XLPZGREQSA-N zidovudine Chemical compound O=C1NC(=O)C(C)=CN1[C@@H]1O[C@H](CO)[C@@H](N=[N+]=[N-])C1 HBOMLICNUCNMMY-XLPZGREQSA-N 0.000 claims description 3
- 229960002555 zidovudine Drugs 0.000 claims description 3
- SOVUOXKZCCAWOJ-HJYUBDRYSA-N (4s,4as,5ar,12ar)-9-[[2-(tert-butylamino)acetyl]amino]-4,7-bis(dimethylamino)-1,10,11,12a-tetrahydroxy-3,12-dioxo-4a,5,5a,6-tetrahydro-4h-tetracene-2-carboxamide Chemical compound C1C2=C(N(C)C)C=C(NC(=O)CNC(C)(C)C)C(O)=C2C(O)=C2[C@@H]1C[C@H]1[C@H](N(C)C)C(=O)C(C(N)=O)=C(O)[C@@]1(O)C2=O SOVUOXKZCCAWOJ-HJYUBDRYSA-N 0.000 claims description 2
- IIUZTXTZRGLYTI-UHFFFAOYSA-N Dihydrogriseofulvin Natural products COC1CC(=O)CC(C)C11C(=O)C(C(OC)=CC(OC)=C2Cl)=C2O1 IIUZTXTZRGLYTI-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 2
- UXWOXTQWVMFRSE-UHFFFAOYSA-N Griseoviridin Natural products O=C1OC(C)CC=C(C(NCC=CC=CC(O)CC(O)C2)=O)SCC1NC(=O)C1=COC2=N1 UXWOXTQWVMFRSE-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 2
- DDUHZTYCFQRHIY-UHFFFAOYSA-N Negwer: 6874 Natural products COC1=CC(=O)CC(C)C11C(=O)C(C(OC)=CC(OC)=C2Cl)=C2O1 DDUHZTYCFQRHIY-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 2
- DRTQHJPVMGBUCF-XVFCMESISA-N Uridine Natural products O[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]1N1C(=O)NC(=O)C=C1 DRTQHJPVMGBUCF-XVFCMESISA-N 0.000 claims description 2
- 230000000840 anti-viral effect Effects 0.000 claims description 2
- 229960004099 azithromycin Drugs 0.000 claims description 2
- DRTQHJPVMGBUCF-PSQAKQOGSA-N beta-L-uridine Natural products O[C@H]1[C@@H](O)[C@H](CO)O[C@@H]1N1C(=O)NC(=O)C=C1 DRTQHJPVMGBUCF-PSQAKQOGSA-N 0.000 claims description 2
- 229960001958 cefodizime Drugs 0.000 claims description 2
- XDZKBRJLTGRPSS-BGZQYGJUSA-N cefodizime Chemical compound S([C@@H]1[C@@H](C(N1C=1C(O)=O)=O)NC(=O)\C(=N/OC)C=2N=C(N)SC=2)CC=1CSC1=NC(C)=C(CC(O)=O)S1 XDZKBRJLTGRPSS-BGZQYGJUSA-N 0.000 claims description 2
- DKOQGJHPHLTOJR-WHRDSVKCSA-N cefpirome Chemical compound N([C@@H]1C(N2C(=C(C[N+]=3C=4CCCC=4C=CC=3)CS[C@@H]21)C([O-])=O)=O)C(=O)\C(=N/OC)C1=CSC(N)=N1 DKOQGJHPHLTOJR-WHRDSVKCSA-N 0.000 claims description 2
- 229960000466 cefpirome Drugs 0.000 claims description 2
- 229960002007 elbasvir Drugs 0.000 claims description 2
- BVAZQCUMNICBAQ-PZHYSIFUSA-N elbasvir Chemical compound COC(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)N1CCC[C@H]1C1=NC(C=2C=C3O[C@H](N4C5=CC=C(C=C5C=C4C3=CC=2)C=2N=C(NC=2)[C@H]2N(CCC2)C(=O)[C@@H](NC(=O)OC)C(C)C)C=2C=CC=CC=2)=CN1 BVAZQCUMNICBAQ-PZHYSIFUSA-N 0.000 claims description 2
- DDUHZTYCFQRHIY-RBHXEPJQSA-N griseofulvin Chemical compound COC1=CC(=O)C[C@@H](C)[C@@]11C(=O)C(C(OC)=CC(OC)=C2Cl)=C2O1 DDUHZTYCFQRHIY-RBHXEPJQSA-N 0.000 claims description 2
- 229960002867 griseofulvin Drugs 0.000 claims description 2
- 238000011176 pooling Methods 0.000 claims description 2
- 229960004089 tigecycline Drugs 0.000 claims description 2
- DRTQHJPVMGBUCF-UHFFFAOYSA-N uracil arabinoside Natural products OC1C(O)C(CO)OC1N1C(=O)NC(=O)C=C1 DRTQHJPVMGBUCF-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 2
- 241000453701 Galactomyces candidum Species 0.000 claims 6
- JQXXHWHPUNPDRT-WLSIYKJHSA-N rifampicin Chemical compound O([C@](C1=O)(C)O/C=C/[C@@H]([C@H]([C@@H](OC(C)=O)[C@H](C)[C@H](O)[C@H](C)[C@@H](O)[C@@H](C)\C=C\C=C(C)/C(=O)NC=2C(O)=C3C([O-])=C4C)C)OC)C4=C1C3=C(O)C=2\C=N\N1CC[NH+](C)CC1 JQXXHWHPUNPDRT-WLSIYKJHSA-N 0.000 claims 2
- 239000000126 substance Substances 0.000 abstract description 13
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 94
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 52
- 239000012634 fragment Substances 0.000 description 49
- 125000000524 functional group Chemical group 0.000 description 40
- 239000000047 product Substances 0.000 description 27
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 26
- 150000001540 azides Chemical class 0.000 description 21
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 description 17
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 description 17
- 102000008579 Transposases Human genes 0.000 description 16
- 108010020764 Transposases Proteins 0.000 description 16
- 229940088710 antibiotic agent Drugs 0.000 description 15
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 description 14
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 description 14
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 14
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 description 13
- 239000008280 blood Substances 0.000 description 13
- 150000001875 compounds Chemical class 0.000 description 13
- 239000000975 dye Substances 0.000 description 13
- 102000044158 nucleic acid binding protein Human genes 0.000 description 13
- 108700020942 nucleic acid binding protein Proteins 0.000 description 13
- ISAKRJDGNUQOIC-UHFFFAOYSA-N Uracil Chemical compound O=C1C=CNC(=O)N1 ISAKRJDGNUQOIC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 12
- CTMZLDSMFCVUNX-VMIOUTBZSA-N cytidylyl-(3'->5')-guanosine Chemical group O=C1N=C(N)C=CN1[C@H]1[C@H](O)[C@H](OP(O)(=O)OC[C@@H]2[C@H]([C@@H](O)[C@@H](O2)N2C3=C(C(N=C(N)N3)=O)N=C2)O)[C@@H](CO)O1 CTMZLDSMFCVUNX-VMIOUTBZSA-N 0.000 description 12
- 239000003112 inhibitor Substances 0.000 description 12
- 108091007494 Nucleic acid- binding domains Proteins 0.000 description 11
- OPTASPLRGRRNAP-UHFFFAOYSA-N cytosine Chemical class NC=1C=CNC(=O)N=1 OPTASPLRGRRNAP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 11
- UYTPUPDQBNUYGX-UHFFFAOYSA-N guanine Chemical class O=C1NC(N)=NC2=C1N=CN2 UYTPUPDQBNUYGX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 11
- VMQMZMRVKUZKQL-UHFFFAOYSA-N Cu+ Chemical compound [Cu+] VMQMZMRVKUZKQL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 9
- 244000168141 Geotrichum candidum Species 0.000 description 9
- 241001465754 Metazoa Species 0.000 description 9
- 238000001514 detection method Methods 0.000 description 9
- 230000008569 process Effects 0.000 description 9
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 description 9
- 238000003786 synthesis reaction Methods 0.000 description 9
- 239000012099 Alexa Fluor family Substances 0.000 description 8
- XYFCBTPGUUZFHI-UHFFFAOYSA-N Phosphine Chemical compound P XYFCBTPGUUZFHI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 8
- 150000001345 alkine derivatives Chemical class 0.000 description 8
- 238000000338 in vitro Methods 0.000 description 8
- 125000003835 nucleoside group Chemical group 0.000 description 8
- 230000017105 transposition Effects 0.000 description 8
- 229930024421 Adenine Natural products 0.000 description 7
- GFFGJBXGBJISGV-UHFFFAOYSA-N Adenine Chemical compound NC1=NC=NC2=C1N=CN2 GFFGJBXGBJISGV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 7
- 102000053602 DNA Human genes 0.000 description 7
- 102100031780 Endonuclease Human genes 0.000 description 7
- 108010042407 Endonucleases Proteins 0.000 description 7
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 description 7
- 238000010958 [3+2] cycloaddition reaction Methods 0.000 description 7
- 229960000643 adenine Drugs 0.000 description 7
- 230000001580 bacterial effect Effects 0.000 description 7
- 230000008901 benefit Effects 0.000 description 7
- JQXXHWHPUNPDRT-BQVAUQFYSA-N chembl1523493 Chemical compound O([C@](C1=O)(C)O\C=C/[C@@H]([C@H]([C@@H](OC(C)=O)[C@H](C)[C@H](O)[C@H](C)[C@@H](O)[C@@H](C)/C=C\C=C(C)/C(=O)NC=2C(O)=C3C(O)=C4C)C)OC)C4=C1C3=C(O)C=2C=NN1CCN(C)CC1 JQXXHWHPUNPDRT-BQVAUQFYSA-N 0.000 description 7
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 7
- 238000007481 next generation sequencing Methods 0.000 description 7
- 229920000642 polymer Polymers 0.000 description 7
- 108091029430 CpG site Proteins 0.000 description 6
- 241000206602 Eukaryota Species 0.000 description 6
- 238000009640 blood culture Methods 0.000 description 6
- 239000003054 catalyst Substances 0.000 description 6
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 6
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 6
- VHJLVAABSRFDPM-QWWZWVQMSA-N dithiothreitol Chemical compound SC[C@@H](O)[C@H](O)CS VHJLVAABSRFDPM-QWWZWVQMSA-N 0.000 description 6
- RWQNBRDOKXIBIV-UHFFFAOYSA-N thymine Chemical compound CC1=CNC(=O)NC1=O RWQNBRDOKXIBIV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- 229940035893 uracil Drugs 0.000 description 6
- 108091029523 CpG island Proteins 0.000 description 5
- 102000004163 DNA-directed RNA polymerases Human genes 0.000 description 5
- 230000006819 RNA synthesis Effects 0.000 description 5
- 230000003321 amplification Effects 0.000 description 5
- 229940104302 cytosine Drugs 0.000 description 5
- 230000006870 function Effects 0.000 description 5
- 238000010348 incorporation Methods 0.000 description 5
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 description 5
- 229940127073 nucleoside analogue Drugs 0.000 description 5
- KDCGOANMDULRCW-UHFFFAOYSA-N 7H-purine Chemical compound N1=CNC2=NC=NC2=C1 KDCGOANMDULRCW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 108010008532 Deoxyribonuclease I Proteins 0.000 description 4
- 102000007260 Deoxyribonuclease I Human genes 0.000 description 4
- 241000282412 Homo Species 0.000 description 4
- 241000124008 Mammalia Species 0.000 description 4
- 238000003800 Staudinger reaction Methods 0.000 description 4
- JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N [3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-hydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl [5-(6-aminopurin-9-yl)-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] hydrogen phosphate Polymers Cc1cn(C2CC(OP(O)(=O)OCC3OC(CC3OP(O)(=O)OCC3OC(CC3O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)C(COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3CO)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)O2)c(=O)[nH]c1=O JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 238000013459 approach Methods 0.000 description 4
- 230000008859 change Effects 0.000 description 4
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 description 4
- 238000012258 culturing Methods 0.000 description 4
- 230000034994 death Effects 0.000 description 4
- 231100000517 death Toxicity 0.000 description 4
- 239000003814 drug Substances 0.000 description 4
- 229940079593 drug Drugs 0.000 description 4
- 239000003446 ligand Substances 0.000 description 4
- 239000000463 material Substances 0.000 description 4
- 230000011987 methylation Effects 0.000 description 4
- 238000007069 methylation reaction Methods 0.000 description 4
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 4
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 4
- 238000001668 nucleic acid synthesis Methods 0.000 description 4
- 244000052769 pathogen Species 0.000 description 4
- 230000002829 reductive effect Effects 0.000 description 4
- 238000010561 standard procedure Methods 0.000 description 4
- 108020004513 Bacterial RNA Proteins 0.000 description 3
- 108090000626 DNA-directed RNA polymerases Proteins 0.000 description 3
- 101000889900 Enterobacteria phage T4 Intron-associated endonuclease 1 Proteins 0.000 description 3
- 102100023696 Histone-lysine N-methyltransferase SETDB1 Human genes 0.000 description 3
- 102000006947 Histones Human genes 0.000 description 3
- 101000615488 Homo sapiens Methyl-CpG-binding domain protein 2 Proteins 0.000 description 3
- 108010001336 Horseradish Peroxidase Proteins 0.000 description 3
- 102100021299 Methyl-CpG-binding domain protein 2 Human genes 0.000 description 3
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 description 3
- 210000000170 cell membrane Anatomy 0.000 description 3
- 239000003638 chemical reducing agent Substances 0.000 description 3
- 238000011161 development Methods 0.000 description 3
- RAXXELZNTBOGNW-UHFFFAOYSA-N imidazole Natural products C1=CNC=N1 RAXXELZNTBOGNW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 230000003993 interaction Effects 0.000 description 3
- 230000000670 limiting effect Effects 0.000 description 3
- 210000004962 mammalian cell Anatomy 0.000 description 3
- 239000013610 patient sample Substances 0.000 description 3
- 125000002467 phosphate group Chemical group [H]OP(=O)(O[H])O[*] 0.000 description 3
- 108091033319 polynucleotide Proteins 0.000 description 3
- 102000040430 polynucleotide Human genes 0.000 description 3
- 239000002157 polynucleotide Substances 0.000 description 3
- 238000000746 purification Methods 0.000 description 3
- 230000010076 replication Effects 0.000 description 3
- 229940113082 thymine Drugs 0.000 description 3
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 description 3
- 230000035899 viability Effects 0.000 description 3
- AUTOLBMXDDTRRT-JGVFFNPUSA-N (4R,5S)-dethiobiotin Chemical compound C[C@@H]1NC(=O)N[C@@H]1CCCCCC(O)=O AUTOLBMXDDTRRT-JGVFFNPUSA-N 0.000 description 2
- ASJSAQIRZKANQN-CRCLSJGQSA-N 2-deoxy-D-ribose Chemical compound OC[C@@H](O)[C@@H](O)CC=O ASJSAQIRZKANQN-CRCLSJGQSA-N 0.000 description 2
- DEQPBRIACBATHE-FXQIFTODSA-N 5-[(3as,4s,6ar)-2-oxo-1,3,3a,4,6,6a-hexahydrothieno[3,4-d]imidazol-4-yl]-2-iminopentanoic acid Chemical compound N1C(=O)N[C@@H]2[C@H](CCCC(=N)C(=O)O)SC[C@@H]21 DEQPBRIACBATHE-FXQIFTODSA-N 0.000 description 2
- CDEURGJCGCHYFH-UHFFFAOYSA-N 5-ethynyl-1-[4-hydroxy-5-(hydroxymethyl)oxolan-2-yl]pyrimidine-2,4-dione Chemical compound C1C(O)C(CO)OC1N1C(=O)NC(=O)C(C#C)=C1 CDEURGJCGCHYFH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 208000000230 African Trypanosomiasis Diseases 0.000 description 2
- 235000001674 Agaricus brunnescens Nutrition 0.000 description 2
- VVJKKWFAADXIJK-UHFFFAOYSA-N Allylamine Chemical compound NCC=C VVJKKWFAADXIJK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 101800002638 Alpha-amanitin Proteins 0.000 description 2
- 101100218322 Arabidopsis thaliana ATXR3 gene Proteins 0.000 description 2
- 208000035143 Bacterial infection Diseases 0.000 description 2
- 241000283690 Bos taurus Species 0.000 description 2
- 208000003174 Brain Neoplasms Diseases 0.000 description 2
- 102100021576 Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2A Human genes 0.000 description 2
- 241000282472 Canis lupus familiaris Species 0.000 description 2
- 241000283707 Capra Species 0.000 description 2
- HMFHBZSHGGEWLO-SOOFDHNKSA-N D-ribofuranose Chemical compound OC[C@H]1OC(O)[C@H](O)[C@@H]1O HMFHBZSHGGEWLO-SOOFDHNKSA-N 0.000 description 2
- 230000030933 DNA methylation on cytosine Effects 0.000 description 2
- 238000001712 DNA sequencing Methods 0.000 description 2
- 241000196324 Embryophyta Species 0.000 description 2
- 241000282326 Felis catus Species 0.000 description 2
- YLQBMQCUIZJEEH-UHFFFAOYSA-N Furan Chemical compound C=1C=COC=1 YLQBMQCUIZJEEH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 102100039869 Histone H2B type F-S Human genes 0.000 description 2
- 102100022846 Histone acetyltransferase KAT2B Human genes 0.000 description 2
- 102100025210 Histone-arginine methyltransferase CARM1 Human genes 0.000 description 2
- 102100022102 Histone-lysine N-methyltransferase 2B Human genes 0.000 description 2
- 102100029768 Histone-lysine N-methyltransferase SETD1A Human genes 0.000 description 2
- 102100032742 Histone-lysine N-methyltransferase SETD2 Human genes 0.000 description 2
- 102100039489 Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-79 specific Human genes 0.000 description 2
- 101001035372 Homo sapiens Histone H2B type F-S Proteins 0.000 description 2
- 101001047006 Homo sapiens Histone acetyltransferase KAT2B Proteins 0.000 description 2
- 101001045848 Homo sapiens Histone-lysine N-methyltransferase 2B Proteins 0.000 description 2
- 101001008894 Homo sapiens Histone-lysine N-methyltransferase 2D Proteins 0.000 description 2
- 101000865038 Homo sapiens Histone-lysine N-methyltransferase SETD1A Proteins 0.000 description 2
- 101000684609 Homo sapiens Histone-lysine N-methyltransferase SETDB1 Proteins 0.000 description 2
- 101000963360 Homo sapiens Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-79 specific Proteins 0.000 description 2
- 101000613625 Homo sapiens Lysine-specific demethylase 4A Proteins 0.000 description 2
- 101001088893 Homo sapiens Lysine-specific demethylase 4C Proteins 0.000 description 2
- 101001050886 Homo sapiens Lysine-specific histone demethylase 1A Proteins 0.000 description 2
- 101100149326 Homo sapiens SETD2 gene Proteins 0.000 description 2
- 108010021625 Immunoglobulin Fragments Proteins 0.000 description 2
- 102000008394 Immunoglobulin Fragments Human genes 0.000 description 2
- SIKJAQJRHWYJAI-UHFFFAOYSA-N Indole Chemical compound C1=CC=C2NC=CC2=C1 SIKJAQJRHWYJAI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- HNDVDQJCIGZPNO-YFKPBYRVSA-N L-histidine Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CC1=CN=CN1 HNDVDQJCIGZPNO-YFKPBYRVSA-N 0.000 description 2
- 102100040863 Lysine-specific demethylase 4A Human genes 0.000 description 2
- 102100033230 Lysine-specific demethylase 4C Human genes 0.000 description 2
- 102100024985 Lysine-specific histone demethylase 1A Human genes 0.000 description 2
- LZHSWRWIMQRTOP-UHFFFAOYSA-N N-(furan-2-ylmethyl)-3-[4-[methyl(propyl)amino]-6-(trifluoromethyl)pyrimidin-2-yl]sulfanylpropanamide Chemical compound CCCN(C)C1=NC(=NC(=C1)C(F)(F)F)SCCC(=O)NCC2=CC=CO2 LZHSWRWIMQRTOP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 241000283973 Oryctolagus cuniculus Species 0.000 description 2
- 238000012408 PCR amplification Methods 0.000 description 2
- 241001494479 Pecora Species 0.000 description 2
- 101100533304 Plasmodium falciparum (isolate 3D7) SETVS gene Proteins 0.000 description 2
- CZPWVGJYEJSRLH-UHFFFAOYSA-N Pyrimidine Chemical compound C1=CN=CN=C1 CZPWVGJYEJSRLH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- PYMYPHUHKUWMLA-LMVFSUKVSA-N Ribose Natural products OC[C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H](O)C=O PYMYPHUHKUWMLA-LMVFSUKVSA-N 0.000 description 2
- 241000283984 Rodentia Species 0.000 description 2
- RXGJTYFDKOHJHK-UHFFFAOYSA-N S-deoxo-amaninamide Natural products CCC(C)C1NC(=O)CNC(=O)C2Cc3c(SCC(NC(=O)CNC1=O)C(=O)NC(CC(=O)N)C(=O)N4CC(O)CC4C(=O)NC(C(C)C(O)CO)C(=O)N2)[nH]c5ccccc35 RXGJTYFDKOHJHK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 206010040070 Septic Shock Diseases 0.000 description 2
- 238000012300 Sequence Analysis Methods 0.000 description 2
- 101150117538 Set2 gene Proteins 0.000 description 2
- 241000282887 Suidae Species 0.000 description 2
- 239000004007 alpha amanitin Substances 0.000 description 2
- HMFHBZSHGGEWLO-UHFFFAOYSA-N alpha-D-Furanose-Ribose Natural products OCC1OC(O)C(O)C1O HMFHBZSHGGEWLO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- CIORWBWIBBPXCG-SXZCQOKQSA-N alpha-amanitin Chemical compound O=C1N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N2C[C@H](O)C[C@H]2C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)[C@@H](O)CO)C(=O)N[C@@H](C2)C(=O)NCC(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(=O)NCC(=O)N[C@H]1C[S@@](=O)C1=C2C2=CC=C(O)C=C2N1 CIORWBWIBBPXCG-SXZCQOKQSA-N 0.000 description 2
- CIORWBWIBBPXCG-UHFFFAOYSA-N alpha-amanitin Natural products O=C1NC(CC(N)=O)C(=O)N2CC(O)CC2C(=O)NC(C(C)C(O)CO)C(=O)NC(C2)C(=O)NCC(=O)NC(C(C)CC)C(=O)NCC(=O)NC1CS(=O)C1=C2C2=CC=C(O)C=C2N1 CIORWBWIBBPXCG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 150000001412 amines Chemical class 0.000 description 2
- 238000003491 array Methods 0.000 description 2
- 238000003556 assay Methods 0.000 description 2
- 208000022362 bacterial infectious disease Diseases 0.000 description 2
- 244000052616 bacterial pathogen Species 0.000 description 2
- 229960004069 cefditoren Drugs 0.000 description 2
- KMIPKYQIOVAHOP-YLGJWRNMSA-N cefditoren Chemical compound S([C@@H]1[C@@H](C(N1C=1C(O)=O)=O)NC(=O)\C(=N/OC)C=2N=C(N)SC=2)CC=1\C=C/C=1SC=NC=1C KMIPKYQIOVAHOP-YLGJWRNMSA-N 0.000 description 2
- 229960002100 cefepime Drugs 0.000 description 2
- HVFLCNVBZFFHBT-ZKDACBOMSA-N cefepime Chemical compound S([C@@H]1[C@@H](C(N1C=1C([O-])=O)=O)NC(=O)\C(=N/OC)C=2N=C(N)SC=2)CC=1C[N+]1(C)CCCC1 HVFLCNVBZFFHBT-ZKDACBOMSA-N 0.000 description 2
- 210000002421 cell wall Anatomy 0.000 description 2
- 238000001311 chemical methods and process Methods 0.000 description 2
- 238000007385 chemical modification Methods 0.000 description 2
- 108010030886 coactivator-associated arginine methyltransferase 1 Proteins 0.000 description 2
- 239000010949 copper Substances 0.000 description 2
- 230000006378 damage Effects 0.000 description 2
- 230000001419 dependent effect Effects 0.000 description 2
- 229940042399 direct acting antivirals protease inhibitors Drugs 0.000 description 2
- 229960002549 enoxacin Drugs 0.000 description 2
- IDYZIJYBMGIQMJ-UHFFFAOYSA-N enoxacin Chemical compound N1=C2N(CC)C=C(C(O)=O)C(=O)C2=CC(F)=C1N1CCNCC1 IDYZIJYBMGIQMJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 125000002534 ethynyl group Chemical group [H]C#C* 0.000 description 2
- 230000005284 excitation Effects 0.000 description 2
- 238000002474 experimental method Methods 0.000 description 2
- 238000010195 expression analysis Methods 0.000 description 2
- 239000000835 fiber Substances 0.000 description 2
- 238000000684 flow cytometry Methods 0.000 description 2
- 238000000799 fluorescence microscopy Methods 0.000 description 2
- 230000002538 fungal effect Effects 0.000 description 2
- 230000004927 fusion Effects 0.000 description 2
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 description 2
- PCHJSUWPFVWCPO-UHFFFAOYSA-N gold Chemical compound [Au] PCHJSUWPFVWCPO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000001963 growth medium Substances 0.000 description 2
- 238000013537 high throughput screening Methods 0.000 description 2
- HNDVDQJCIGZPNO-UHFFFAOYSA-N histidine Natural products OC(=O)C(N)CC1=CN=CN1 HNDVDQJCIGZPNO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 208000029080 human African trypanosomiasis Diseases 0.000 description 2
- 230000007062 hydrolysis Effects 0.000 description 2
- 238000006460 hydrolysis reaction Methods 0.000 description 2
- 238000001727 in vivo Methods 0.000 description 2
- 238000011065 in-situ storage Methods 0.000 description 2
- 238000003780 insertion Methods 0.000 description 2
- 230000037431 insertion Effects 0.000 description 2
- 229940124524 integrase inhibitor Drugs 0.000 description 2
- 239000002850 integrase inhibitor Substances 0.000 description 2
- 238000002955 isolation Methods 0.000 description 2
- 229940121292 leronlimab Drugs 0.000 description 2
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 description 2
- 239000011159 matrix material Substances 0.000 description 2
- 230000035800 maturation Effects 0.000 description 2
- 239000012528 membrane Substances 0.000 description 2
- 230000007939 microbial gene expression Effects 0.000 description 2
- 239000011859 microparticle Substances 0.000 description 2
- 239000003068 molecular probe Substances 0.000 description 2
- 239000002105 nanoparticle Substances 0.000 description 2
- 235000015097 nutrients Nutrition 0.000 description 2
- 210000003463 organelle Anatomy 0.000 description 2
- 239000002245 particle Substances 0.000 description 2
- 239000000137 peptide hydrolase inhibitor Substances 0.000 description 2
- BWCCVIRGUMYIHE-UHFFFAOYSA-N phosphane;azide Chemical compound P.[N-]=[N+]=[N-] BWCCVIRGUMYIHE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 229910000073 phosphorus hydride Inorganic materials 0.000 description 2
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 description 2
- 108091008146 restriction endonucleases Proteins 0.000 description 2
- 238000010839 reverse transcription Methods 0.000 description 2
- 238000012216 screening Methods 0.000 description 2
- 230000036303 septic shock Effects 0.000 description 2
- 201000002612 sleeping sickness Diseases 0.000 description 2
- 239000002689 soil Substances 0.000 description 2
- 230000003595 spectral effect Effects 0.000 description 2
- 239000003826 tablet Substances 0.000 description 2
- LFQDNHWZDQTITF-UHFFFAOYSA-N tavaborole Chemical compound FC1=CC=C2B(O)OCC2=C1 LFQDNHWZDQTITF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 229960002636 tavaborole Drugs 0.000 description 2
- WGTODYJZXSJIAG-UHFFFAOYSA-N tetramethylrhodamine chloride Chemical compound [Cl-].C=12C=CC(N(C)C)=CC2=[O+]C2=CC(N(C)C)=CC=C2C=1C1=CC=CC=C1C(O)=O WGTODYJZXSJIAG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 229960004880 tolnaftate Drugs 0.000 description 2
- FUSNMLFNXJSCDI-UHFFFAOYSA-N tolnaftate Chemical compound C=1C=C2C=CC=CC2=CC=1OC(=S)N(C)C1=CC=CC(C)=C1 FUSNMLFNXJSCDI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 230000032258 transport Effects 0.000 description 2
- RIOQSEWOXXDEQQ-UHFFFAOYSA-N triphenylphosphine Chemical compound C1=CC=CC=C1P(C=1C=CC=CC=1)C1=CC=CC=C1 RIOQSEWOXXDEQQ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 210000002700 urine Anatomy 0.000 description 2
- 239000002699 waste material Substances 0.000 description 2
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Substances O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 229960005502 α-amanitin Drugs 0.000 description 2
- QGKMIGUHVLGJBR-UHFFFAOYSA-M (4z)-1-(3-methylbutyl)-4-[[1-(3-methylbutyl)quinolin-1-ium-4-yl]methylidene]quinoline;iodide Chemical compound [I-].C12=CC=CC=C2N(CCC(C)C)C=CC1=CC1=CC=[N+](CCC(C)C)C2=CC=CC=C12 QGKMIGUHVLGJBR-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- PKYCWFICOKSIHZ-UHFFFAOYSA-N 1-(3,7-dihydroxyphenoxazin-10-yl)ethanone Chemical compound OC1=CC=C2N(C(=O)C)C3=CC=C(O)C=C3OC2=C1 PKYCWFICOKSIHZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- BICGOULMPJLRQV-MYINAIGISA-N 1-[(2s,4s,5r)-2-bromo-4-hydroxy-5-(hydroxymethyl)oxolan-2-yl]pyrimidine-2,4-dione Chemical compound C1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@@]1(Br)N1C(=O)NC(=O)C=C1 BICGOULMPJLRQV-MYINAIGISA-N 0.000 description 1
- IZXIZTKNFFYFOF-UHFFFAOYSA-N 2-Oxazolidone Chemical compound O=C1NCCO1 IZXIZTKNFFYFOF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- YRNWIFYIFSBPAU-UHFFFAOYSA-N 4-[4-(dimethylamino)phenyl]-n,n-dimethylaniline Chemical compound C1=CC(N(C)C)=CC=C1C1=CC=C(N(C)C)C=C1 YRNWIFYIFSBPAU-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- LRSASMSXMSNRBT-UHFFFAOYSA-N 5-methylcytosine Chemical compound CC1=CNC(=O)N=C1N LRSASMSXMSNRBT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- GJCOSYZMQJWQCA-UHFFFAOYSA-N 9H-xanthene Chemical compound C1=CC=C2CC3=CC=CC=C3OC2=C1 GJCOSYZMQJWQCA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 206010060921 Abdominal abscess Diseases 0.000 description 1
- 206010069408 Acanthamoeba keratitis Diseases 0.000 description 1
- 102000011767 Acute-Phase Proteins Human genes 0.000 description 1
- 108010062271 Acute-Phase Proteins Proteins 0.000 description 1
- 241000200031 Alexandrium Species 0.000 description 1
- 241000134916 Amanita Species 0.000 description 1
- 206010001935 American trypanosomiasis Diseases 0.000 description 1
- 206010001986 Amoebic dysentery Diseases 0.000 description 1
- 108091093088 Amplicon Proteins 0.000 description 1
- 208000019901 Anxiety disease Diseases 0.000 description 1
- 101100472733 Arabidopsis thaliana RING1A gene Proteins 0.000 description 1
- 241000206761 Bacillariophyta Species 0.000 description 1
- 108020000946 Bacterial DNA Proteins 0.000 description 1
- WKBOTKDWSSQWDR-UHFFFAOYSA-N Bromine atom Chemical compound [Br] WKBOTKDWSSQWDR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 101710139704 Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2A Proteins 0.000 description 1
- 102100021574 Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2B Human genes 0.000 description 1
- 102000001805 Bromodomains Human genes 0.000 description 1
- 108050009021 Bromodomains Proteins 0.000 description 1
- 108010074051 C-Reactive Protein Proteins 0.000 description 1
- 102100032752 C-reactive protein Human genes 0.000 description 1
- KXDHJXZQYSOELW-UHFFFAOYSA-M Carbamate Chemical compound NC([O-])=O KXDHJXZQYSOELW-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 241000700198 Cavia Species 0.000 description 1
- 229930186147 Cephalosporin Natural products 0.000 description 1
- 208000024699 Chagas disease Diseases 0.000 description 1
- ZAMOUSCENKQFHK-UHFFFAOYSA-N Chlorine atom Chemical compound [Cl] ZAMOUSCENKQFHK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 102000017589 Chromo domains Human genes 0.000 description 1
- 108050005811 Chromo domains Proteins 0.000 description 1
- 208000028399 Critical Illness Diseases 0.000 description 1
- 241000938605 Crocodylia Species 0.000 description 1
- 208000008953 Cryptosporidiosis Diseases 0.000 description 1
- 206010011502 Cryptosporidiosis infection Diseases 0.000 description 1
- 102000004127 Cytokines Human genes 0.000 description 1
- 108090000695 Cytokines Proteins 0.000 description 1
- 102000010719 DNA-(Apurinic or Apyrimidinic Site) Lyase Human genes 0.000 description 1
- 108010063362 DNA-(Apurinic or Apyrimidinic Site) Lyase Proteins 0.000 description 1
- 102000052510 DNA-Binding Proteins Human genes 0.000 description 1
- 108700020911 DNA-Binding Proteins Proteins 0.000 description 1
- 108010014303 DNA-directed DNA polymerase Proteins 0.000 description 1
- 102000016928 DNA-directed DNA polymerase Human genes 0.000 description 1
- YXHKONLOYHBTNS-UHFFFAOYSA-N Diazomethane Chemical compound C=[N+]=[N-] YXHKONLOYHBTNS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- SHIBSTMRCDJXLN-UHFFFAOYSA-N Digoxigenin Natural products C1CC(C2C(C3(C)CCC(O)CC3CC2)CC2O)(O)C2(C)C1C1=CC(=O)OC1 SHIBSTMRCDJXLN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 241000199914 Dinophyceae Species 0.000 description 1
- 102100021740 E3 ubiquitin-protein ligase BRE1A Human genes 0.000 description 1
- 102100021739 E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B Human genes 0.000 description 1
- 108010049047 Echinocandins Proteins 0.000 description 1
- 101710180995 Endonuclease 1 Proteins 0.000 description 1
- 101710094010 Endonuclease II Proteins 0.000 description 1
- 101000889812 Enterobacteria phage T4 Endonuclease Proteins 0.000 description 1
- 241000283086 Equidae Species 0.000 description 1
- 108060002716 Exonuclease Proteins 0.000 description 1
- 241000192125 Firmicutes Species 0.000 description 1
- 108010040721 Flagellin Proteins 0.000 description 1
- 206010017533 Fungal infection Diseases 0.000 description 1
- 241000287828 Gallus gallus Species 0.000 description 1
- 101150017137 Haspin gene Proteins 0.000 description 1
- 241000224421 Heterolobosea Species 0.000 description 1
- 102100022893 Histone acetyltransferase KAT5 Human genes 0.000 description 1
- 101710116149 Histone acetyltransferase KAT5 Proteins 0.000 description 1
- 102100021467 Histone acetyltransferase type B catalytic subunit Human genes 0.000 description 1
- 102100022103 Histone-lysine N-methyltransferase 2A Human genes 0.000 description 1
- 102100027755 Histone-lysine N-methyltransferase 2C Human genes 0.000 description 1
- 102100026265 Histone-lysine N-methyltransferase ASH1L Human genes 0.000 description 1
- 102100038970 Histone-lysine N-methyltransferase EZH2 Human genes 0.000 description 1
- 102100027788 Histone-lysine N-methyltransferase KMT5C Human genes 0.000 description 1
- 102100030095 Histone-lysine N-methyltransferase SETD1B Human genes 0.000 description 1
- 101710168120 Histone-lysine N-methyltransferase SETDB1 Proteins 0.000 description 1
- 102100023676 Histone-lysine N-methyltransferase SETDB2 Human genes 0.000 description 1
- 102100028998 Histone-lysine N-methyltransferase SUV39H1 Human genes 0.000 description 1
- 102100028988 Histone-lysine N-methyltransferase SUV39H2 Human genes 0.000 description 1
- 102100029239 Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-36 specific Human genes 0.000 description 1
- 102000009331 Homeodomain Proteins Human genes 0.000 description 1
- 108010048671 Homeodomain Proteins Proteins 0.000 description 1
- 241000282418 Hominidae Species 0.000 description 1
- 101000901099 Homo sapiens Achaete-scute homolog 1 Proteins 0.000 description 1
- 101000971147 Homo sapiens Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2A Proteins 0.000 description 1
- 101000971143 Homo sapiens Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2B Proteins 0.000 description 1
- 101000896083 Homo sapiens E3 ubiquitin-protein ligase BRE1A Proteins 0.000 description 1
- 101000896080 Homo sapiens E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B Proteins 0.000 description 1
- 101001046967 Homo sapiens Histone acetyltransferase KAT2A Proteins 0.000 description 1
- 101000898976 Homo sapiens Histone acetyltransferase type B catalytic subunit Proteins 0.000 description 1
- 101001045846 Homo sapiens Histone-lysine N-methyltransferase 2A Proteins 0.000 description 1
- 101001008892 Homo sapiens Histone-lysine N-methyltransferase 2C Proteins 0.000 description 1
- 101000785963 Homo sapiens Histone-lysine N-methyltransferase ASH1L Proteins 0.000 description 1
- 101000882127 Homo sapiens Histone-lysine N-methyltransferase EZH2 Proteins 0.000 description 1
- 101001008824 Homo sapiens Histone-lysine N-methyltransferase KMT5C Proteins 0.000 description 1
- 101000864672 Homo sapiens Histone-lysine N-methyltransferase SETD1B Proteins 0.000 description 1
- 101000684615 Homo sapiens Histone-lysine N-methyltransferase SETDB2 Proteins 0.000 description 1
- 101000696705 Homo sapiens Histone-lysine N-methyltransferase SUV39H1 Proteins 0.000 description 1
- 101000696699 Homo sapiens Histone-lysine N-methyltransferase SUV39H2 Proteins 0.000 description 1
- 101000634050 Homo sapiens Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-36 specific Proteins 0.000 description 1
- 101001008896 Homo sapiens Inactive histone-lysine N-methyltransferase 2E Proteins 0.000 description 1
- 101000613629 Homo sapiens Lysine-specific demethylase 4B Proteins 0.000 description 1
- 101001088895 Homo sapiens Lysine-specific demethylase 4D Proteins 0.000 description 1
- 101000581507 Homo sapiens Methyl-CpG-binding domain protein 1 Proteins 0.000 description 1
- 101000615492 Homo sapiens Methyl-CpG-binding domain protein 4 Proteins 0.000 description 1
- 101000615498 Homo sapiens Methyl-CpG-binding domain protein 5 Proteins 0.000 description 1
- 101000615505 Homo sapiens Methyl-CpG-binding domain protein 6 Proteins 0.000 description 1
- 101000687346 Homo sapiens PR domain zinc finger protein 2 Proteins 0.000 description 1
- 101000945093 Homo sapiens Ribosomal protein S6 kinase alpha-4 Proteins 0.000 description 1
- 101000945096 Homo sapiens Ribosomal protein S6 kinase alpha-5 Proteins 0.000 description 1
- 206010061598 Immunodeficiency Diseases 0.000 description 1
- 102100027767 Inactive histone-lysine N-methyltransferase 2E Human genes 0.000 description 1
- 206010061218 Inflammation Diseases 0.000 description 1
- 102100034343 Integrase Human genes 0.000 description 1
- 108010061833 Integrases Proteins 0.000 description 1
- 102000014150 Interferons Human genes 0.000 description 1
- 108010050904 Interferons Proteins 0.000 description 1
- 241000013759 Karenia <Dinophyceae> Species 0.000 description 1
- 240000008415 Lactuca sativa Species 0.000 description 1
- 235000003228 Lactuca sativa Nutrition 0.000 description 1
- 208000004554 Leishmaniasis Diseases 0.000 description 1
- 241000228456 Leptosphaeria Species 0.000 description 1
- 239000000232 Lipid Bilayer Substances 0.000 description 1
- 108010004718 Lipoglycopeptides Proteins 0.000 description 1
- 239000006137 Luria-Bertani broth Substances 0.000 description 1
- 102100040860 Lysine-specific demethylase 4B Human genes 0.000 description 1
- 102100033231 Lysine-specific demethylase 4D Human genes 0.000 description 1
- 101150083522 MECP2 gene Proteins 0.000 description 1
- 102100027383 Methyl-CpG-binding domain protein 1 Human genes 0.000 description 1
- 102100021290 Methyl-CpG-binding domain protein 4 Human genes 0.000 description 1
- 102100021292 Methyl-CpG-binding domain protein 5 Human genes 0.000 description 1
- 102100021281 Methyl-CpG-binding domain protein 6 Human genes 0.000 description 1
- 102100039124 Methyl-CpG-binding protein 2 Human genes 0.000 description 1
- 108010059724 Micrococcal Nuclease Proteins 0.000 description 1
- 108010086093 Mung Bean Nuclease Proteins 0.000 description 1
- 101100225547 Mus musculus Ehmt2 gene Proteins 0.000 description 1
- 101100302187 Mus musculus Ring1 gene Proteins 0.000 description 1
- 208000031888 Mycoses Diseases 0.000 description 1
- 101800001014 Non-structural protein 5A Proteins 0.000 description 1
- 229910019142 PO4 Inorganic materials 0.000 description 1
- 102100024885 PR domain zinc finger protein 2 Human genes 0.000 description 1
- 229930182555 Penicillin Natural products 0.000 description 1
- 108010013639 Peptidoglycan Proteins 0.000 description 1
- 206010057249 Phagocytosis Diseases 0.000 description 1
- OAICVXFJPJFONN-UHFFFAOYSA-N Phosphorus Chemical compound [P] OAICVXFJPJFONN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 241000224016 Plasmodium Species 0.000 description 1
- 208000002151 Pleural effusion Diseases 0.000 description 1
- 241000288906 Primates Species 0.000 description 1
- 102100034607 Protein arginine N-methyltransferase 5 Human genes 0.000 description 1
- 101710084427 Protein arginine N-methyltransferase 5 Proteins 0.000 description 1
- 240000000095 Pseudonitzschia Species 0.000 description 1
- 206010037660 Pyrexia Diseases 0.000 description 1
- 101800001554 RNA-directed RNA polymerase Proteins 0.000 description 1
- 102100033644 Ribosomal protein S6 kinase alpha-4 Human genes 0.000 description 1
- 102100033645 Ribosomal protein S6 kinase alpha-5 Human genes 0.000 description 1
- 229930189077 Rifamycin Natural products 0.000 description 1
- 240000004808 Saccharomyces cerevisiae Species 0.000 description 1
- 208000004891 Shellfish Poisoning Diseases 0.000 description 1
- 108091027544 Subgenomic mRNA Proteins 0.000 description 1
- 208000033809 Suppuration Diseases 0.000 description 1
- 241000205177 Thermoproteales Species 0.000 description 1
- FZWLAAWBMGSTSO-UHFFFAOYSA-N Thiazole Chemical compound C1=CSC=N1 FZWLAAWBMGSTSO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- GNVMUORYQLCPJZ-UHFFFAOYSA-M Thiocarbamate Chemical compound NC([S-])=O GNVMUORYQLCPJZ-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 201000005485 Toxoplasmosis Diseases 0.000 description 1
- 208000005448 Trichomonas Infections Diseases 0.000 description 1
- 206010044620 Trichomoniasis Diseases 0.000 description 1
- 241000223105 Trypanosoma brucei Species 0.000 description 1
- 241000223109 Trypanosoma cruzi Species 0.000 description 1
- 241000221566 Ustilago Species 0.000 description 1
- 241000251539 Vertebrata <Metazoa> Species 0.000 description 1
- 206010047700 Vomiting Diseases 0.000 description 1
- 102000008710 YEATS Human genes 0.000 description 1
- 108050000586 YEATS Proteins 0.000 description 1
- 230000002159 abnormal effect Effects 0.000 description 1
- 239000005422 algal bloom Substances 0.000 description 1
- 150000001336 alkenes Chemical class 0.000 description 1
- HSFWRNGVRCDJHI-UHFFFAOYSA-N alpha-acetylene Natural products C#C HSFWRNGVRCDJHI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 125000003368 amide group Chemical group 0.000 description 1
- 239000002647 aminoglycoside antibiotic agent Substances 0.000 description 1
- 210000003001 amoeba Anatomy 0.000 description 1
- 239000012491 analyte Substances 0.000 description 1
- 238000010171 animal model Methods 0.000 description 1
- 230000003602 anti-herpes Effects 0.000 description 1
- 230000000340 anti-metabolite Effects 0.000 description 1
- 230000000845 anti-microbial effect Effects 0.000 description 1
- 230000002141 anti-parasite Effects 0.000 description 1
- 239000000427 antigen Substances 0.000 description 1
- 108091007433 antigens Proteins 0.000 description 1
- 102000036639 antigens Human genes 0.000 description 1
- 229940100197 antimetabolite Drugs 0.000 description 1
- 239000002256 antimetabolite Substances 0.000 description 1
- 239000003096 antiparasitic agent Substances 0.000 description 1
- 229940125687 antiparasitic agent Drugs 0.000 description 1
- 229940121357 antivirals Drugs 0.000 description 1
- 230000036506 anxiety Effects 0.000 description 1
- 230000009118 appropriate response Effects 0.000 description 1
- 239000012736 aqueous medium Substances 0.000 description 1
- 125000003118 aryl group Chemical group 0.000 description 1
- 238000010461 azide-alkyne cycloaddition reaction Methods 0.000 description 1
- FBKZHCDISZZXDK-UHFFFAOYSA-N bathocuproine disulfonic acid Chemical compound C=12C=CC3=C(C=4C=CC(=CC=4)S(O)(=O)=O)C=C(C)N=C3C2=NC(C)=CC=1C1=CC=C(S(O)(=O)=O)C=C1 FBKZHCDISZZXDK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 235000015278 beef Nutrition 0.000 description 1
- RFRXIWQYSOIBDI-UHFFFAOYSA-N benzarone Chemical compound CCC=1OC2=CC=CC=C2C=1C(=O)C1=CC=C(O)C=C1 RFRXIWQYSOIBDI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 150000003939 benzylamines Chemical class 0.000 description 1
- 210000000941 bile Anatomy 0.000 description 1
- 238000009534 blood test Methods 0.000 description 1
- 208000027499 body ache Diseases 0.000 description 1
- 235000008429 bread Nutrition 0.000 description 1
- 208000030303 breathing problems Diseases 0.000 description 1
- GDTBXPJZTBHREO-UHFFFAOYSA-N bromine Substances BrBr GDTBXPJZTBHREO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229910052794 bromium Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000000872 buffer Substances 0.000 description 1
- 229940041011 carbapenems Drugs 0.000 description 1
- 229960002420 cefatrizine Drugs 0.000 description 1
- ACXMTAJLYQCRGF-PBFPGSCMSA-N cefatrizine Chemical compound S([C@@H]1[C@@H](C(N1C=1C(O)=O)=O)NC(=O)[C@H](N)C=2C=CC(O)=CC=2)CC=1CSC1=CN=N[N]1 ACXMTAJLYQCRGF-PBFPGSCMSA-N 0.000 description 1
- 229960005312 cefazedone Drugs 0.000 description 1
- ZINFAXPQMLDEEJ-GFVOIPPFSA-N cefoselis Chemical compound S([C@@H]1[C@@H](C(N1C=1C(O)=O)=O)NC(=O)\C(=N/OC)C=2N=C(N)SC=2)CC=1CN1C=CC(=N)N1CCO ZINFAXPQMLDEEJ-GFVOIPPFSA-N 0.000 description 1
- 229950001580 cefoselis Drugs 0.000 description 1
- 238000004113 cell culture Methods 0.000 description 1
- 230000004663 cell proliferation Effects 0.000 description 1
- 230000001413 cellular effect Effects 0.000 description 1
- 230000033077 cellular process Effects 0.000 description 1
- 229940124587 cephalosporin Drugs 0.000 description 1
- 150000001780 cephalosporins Chemical class 0.000 description 1
- 210000001175 cerebrospinal fluid Anatomy 0.000 description 1
- 210000003756 cervix mucus Anatomy 0.000 description 1
- 239000002738 chelating agent Substances 0.000 description 1
- 125000003636 chemical group Chemical group 0.000 description 1
- 235000013330 chicken meat Nutrition 0.000 description 1
- 230000035606 childbirth Effects 0.000 description 1
- 229910052801 chlorine Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000000460 chlorine Substances 0.000 description 1
- ZSNXGAHYQZLTHY-UHFFFAOYSA-N chromen-2-one;azide Chemical compound [N-]=[N+]=[N-].C1=CC=C2OC(=O)C=CC2=C1 ZSNXGAHYQZLTHY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000003593 chromogenic compound Substances 0.000 description 1
- 208000035850 clinical syndrome Diseases 0.000 description 1
- 239000013065 commercial product Substances 0.000 description 1
- 239000000356 contaminant Substances 0.000 description 1
- 238000012937 correction Methods 0.000 description 1
- 230000008878 coupling Effects 0.000 description 1
- 238000010168 coupling process Methods 0.000 description 1
- 238000005859 coupling reaction Methods 0.000 description 1
- 239000013078 crystal Substances 0.000 description 1
- 230000001934 delay Effects 0.000 description 1
- 230000017858 demethylation Effects 0.000 description 1
- 238000010520 demethylation reaction Methods 0.000 description 1
- 230000008021 deposition Effects 0.000 description 1
- 230000014670 detection of bacterium Effects 0.000 description 1
- 238000003745 diagnosis Methods 0.000 description 1
- 230000029087 digestion Effects 0.000 description 1
- QONQRTHLHBTMGP-UHFFFAOYSA-N digitoxigenin Natural products CC12CCC(C3(CCC(O)CC3CC3)C)C3C11OC1CC2C1=CC(=O)OC1 QONQRTHLHBTMGP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- SHIBSTMRCDJXLN-KCZCNTNESA-N digoxigenin Chemical compound C1([C@@H]2[C@@]3([C@@](CC2)(O)[C@H]2[C@@H]([C@@]4(C)CC[C@H](O)C[C@H]4CC2)C[C@H]3O)C)=CC(=O)OC1 SHIBSTMRCDJXLN-KCZCNTNESA-N 0.000 description 1
- 238000006073 displacement reaction Methods 0.000 description 1
- 229940072185 drug for treatment of tuberculosis Drugs 0.000 description 1
- 230000009977 dual effect Effects 0.000 description 1
- 210000000959 ear middle Anatomy 0.000 description 1
- 238000013399 early diagnosis Methods 0.000 description 1
- 239000000839 emulsion Substances 0.000 description 1
- 150000002081 enamines Chemical class 0.000 description 1
- 206010014599 encephalitis Diseases 0.000 description 1
- 108010049705 endonuclease R Proteins 0.000 description 1
- 230000007515 enzymatic degradation Effects 0.000 description 1
- RTZKZFJDLAIYFH-UHFFFAOYSA-N ether Substances CCOCC RTZKZFJDLAIYFH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 210000003527 eukaryotic cell Anatomy 0.000 description 1
- 230000001747 exhibiting effect Effects 0.000 description 1
- 102000013165 exonuclease Human genes 0.000 description 1
- 206010016256 fatigue Diseases 0.000 description 1
- 210000003754 fetus Anatomy 0.000 description 1
- 238000009093 first-line therapy Methods 0.000 description 1
- 235000013312 flour Nutrition 0.000 description 1
- 230000007274 generation of a signal involved in cell-cell signaling Effects 0.000 description 1
- 238000013412 genome amplification Methods 0.000 description 1
- 201000006592 giardiasis Diseases 0.000 description 1
- 239000010931 gold Substances 0.000 description 1
- 229910052737 gold Inorganic materials 0.000 description 1
- 231100001261 hazardous Toxicity 0.000 description 1
- 210000003128 head Anatomy 0.000 description 1
- 231100000283 hepatitis Toxicity 0.000 description 1
- 208000002672 hepatitis B Diseases 0.000 description 1
- 244000000011 human parasite Species 0.000 description 1
- 230000005661 hydrophobic surface Effects 0.000 description 1
- 150000002466 imines Chemical class 0.000 description 1
- 230000003100 immobilizing effect Effects 0.000 description 1
- 230000003116 impacting effect Effects 0.000 description 1
- 230000006872 improvement Effects 0.000 description 1
- PZOUSPYUWWUPPK-UHFFFAOYSA-N indole Natural products CC1=CC=CC2=C1C=CN2 PZOUSPYUWWUPPK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- RKJUIXBNRJVNHR-UHFFFAOYSA-N indolenine Natural products C1=CC=C2CC=NC2=C1 RKJUIXBNRJVNHR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000012678 infectious agent Substances 0.000 description 1
- 230000002458 infectious effect Effects 0.000 description 1
- 208000027866 inflammatory disease Diseases 0.000 description 1
- 230000004054 inflammatory process Effects 0.000 description 1
- 239000004615 ingredient Substances 0.000 description 1
- 230000002401 inhibitory effect Effects 0.000 description 1
- 230000000977 initiatory effect Effects 0.000 description 1
- 238000011081 inoculation Methods 0.000 description 1
- 229940047124 interferons Drugs 0.000 description 1
- 230000000968 intestinal effect Effects 0.000 description 1
- PNDPGZBMCMUPRI-UHFFFAOYSA-N iodine Chemical compound II PNDPGZBMCMUPRI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000002147 killing effect Effects 0.000 description 1
- QDLAGTHXVHQKRE-UHFFFAOYSA-N lichenxanthone Natural products COC1=CC(O)=C2C(=O)C3=C(C)C=C(OC)C=C3OC2=C1 QDLAGTHXVHQKRE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229940041028 lincosamides Drugs 0.000 description 1
- 150000002632 lipids Chemical class 0.000 description 1
- 230000007774 longterm Effects 0.000 description 1
- 239000006166 lysate Substances 0.000 description 1
- 239000003120 macrolide antibiotic agent Substances 0.000 description 1
- 239000002122 magnetic nanoparticle Substances 0.000 description 1
- 206010025482 malaise Diseases 0.000 description 1
- 201000004792 malaria Diseases 0.000 description 1
- 238000004949 mass spectrometry Methods 0.000 description 1
- 230000001404 mediated effect Effects 0.000 description 1
- 239000002609 medium Substances 0.000 description 1
- 201000011475 meningoencephalitis Diseases 0.000 description 1
- 230000003340 mental effect Effects 0.000 description 1
- 230000004060 metabolic process Effects 0.000 description 1
- 239000002207 metabolite Substances 0.000 description 1
- 239000002184 metal Substances 0.000 description 1
- 229910052751 metal Inorganic materials 0.000 description 1
- VWTREAQKLNMBGC-UHFFFAOYSA-N methyl 2-diphenylphosphanylbenzoate Chemical group COC(=O)C1=CC=CC=C1P(C=1C=CC=CC=1)C1=CC=CC=C1 VWTREAQKLNMBGC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 150000004702 methyl esters Chemical class 0.000 description 1
- 102000031635 methyl-CpG binding proteins Human genes 0.000 description 1
- 108091009877 methyl-CpG binding proteins Proteins 0.000 description 1
- 238000010208 microarray analysis Methods 0.000 description 1
- 239000004005 microsphere Substances 0.000 description 1
- 238000012544 monitoring process Methods 0.000 description 1
- 229940041009 monobactams Drugs 0.000 description 1
- 230000035772 mutation Effects 0.000 description 1
- UPSFMJHZUCSEHU-JYGUBCOQSA-N n-[(2s,3r,4r,5s,6r)-2-[(2r,3s,4r,5r,6s)-5-acetamido-4-hydroxy-2-(hydroxymethyl)-6-(4-methyl-2-oxochromen-7-yl)oxyoxan-3-yl]oxy-4,5-dihydroxy-6-(hydroxymethyl)oxan-3-yl]acetamide Chemical compound CC(=O)N[C@@H]1[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]1O[C@H]1[C@H](O)[C@@H](NC(C)=O)[C@H](OC=2C=C3OC(=O)C=C(C)C3=CC=2)O[C@@H]1CO UPSFMJHZUCSEHU-JYGUBCOQSA-N 0.000 description 1
- SQDFHQJTAWCFIB-UHFFFAOYSA-N n-methylidenehydroxylamine Chemical compound ON=C SQDFHQJTAWCFIB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000002159 nanocrystal Substances 0.000 description 1
- 239000006199 nebulizer Substances 0.000 description 1
- 239000013642 negative control Substances 0.000 description 1
- IYRGXJIJGHOCFS-UHFFFAOYSA-N neocuproine Chemical compound C1=C(C)N=C2C3=NC(C)=CC=C3C=CC2=C1 IYRGXJIJGHOCFS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 150000002825 nitriles Chemical class 0.000 description 1
- 150000007855 nitrilimines Chemical class 0.000 description 1
- 238000003499 nucleic acid array Methods 0.000 description 1
- LSYBRGMTRKJATA-IVEWBXRVSA-N odalasvir Chemical compound C1=C2NC([C@H]3N([C@H]4CCCC[C@H]4C3)C(=O)[C@H](C(C)C)NC(=O)OC)=NC2=CC=C1C(C(CC1)=CC=2)=CC=2CCC2=CC=C1C=C2C1=CC=C(N=C(N2)[C@H]3N([C@H]4CCCC[C@H]4C3)C(=O)[C@@H](NC(=O)OC)C(C)C)C2=C1 LSYBRGMTRKJATA-IVEWBXRVSA-N 0.000 description 1
- 229950003679 odalasvir Drugs 0.000 description 1
- 230000004768 organ dysfunction Effects 0.000 description 1
- 239000005416 organic matter Substances 0.000 description 1
- 239000011146 organic particle Substances 0.000 description 1
- 229940042443 other antivirals in atc Drugs 0.000 description 1
- MPQXHAGKBWFSNV-UHFFFAOYSA-N oxidophosphanium Chemical group [PH3]=O MPQXHAGKBWFSNV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- AUONHKJOIZSQGR-UHFFFAOYSA-N oxophosphane Chemical compound P=O AUONHKJOIZSQGR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000003071 parasitic effect Effects 0.000 description 1
- 230000001717 pathogenic effect Effects 0.000 description 1
- 230000001575 pathological effect Effects 0.000 description 1
- 150000002960 penicillins Chemical class 0.000 description 1
- 150000002972 pentoses Chemical class 0.000 description 1
- 230000008782 phagocytosis Effects 0.000 description 1
- NBIIXXVUZAFLBC-UHFFFAOYSA-K phosphate Chemical compound [O-]P([O-])([O-])=O NBIIXXVUZAFLBC-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 1
- 239000010452 phosphate Substances 0.000 description 1
- 125000005328 phosphinyl group Chemical group [PH2](=O)* 0.000 description 1
- PTMHPRAIXMAOOB-UHFFFAOYSA-N phosphoramidic acid Chemical group NP(O)(O)=O PTMHPRAIXMAOOB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- OJMIONKXNSYLSR-UHFFFAOYSA-N phosphorous acid Chemical compound OP(O)O OJMIONKXNSYLSR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 125000004437 phosphorous atom Chemical group 0.000 description 1
- 229910052698 phosphorus Inorganic materials 0.000 description 1
- 230000029553 photosynthesis Effects 0.000 description 1
- 238000010672 photosynthesis Methods 0.000 description 1
- 230000000704 physical effect Effects 0.000 description 1
- 230000004962 physiological condition Effects 0.000 description 1
- 239000000049 pigment Substances 0.000 description 1
- 244000000003 plant pathogen Species 0.000 description 1
- 150000004291 polyenes Chemical class 0.000 description 1
- 102000054765 polymorphisms of proteins Human genes 0.000 description 1
- 229920001184 polypeptide Polymers 0.000 description 1
- 239000003910 polypeptide antibiotic agent Substances 0.000 description 1
- 230000004481 post-translational protein modification Effects 0.000 description 1
- 230000037452 priming Effects 0.000 description 1
- 102000004196 processed proteins & peptides Human genes 0.000 description 1
- 125000005470 propylenyl group Chemical group 0.000 description 1
- 125000002568 propynyl group Chemical group [*]C#CC([H])([H])[H] 0.000 description 1
- 238000000159 protein binding assay Methods 0.000 description 1
- 244000079416 protozoan pathogen Species 0.000 description 1
- 210000001243 pseudopodia Anatomy 0.000 description 1
- 210000004915 pus Anatomy 0.000 description 1
- 239000002096 quantum dot Substances 0.000 description 1
- 238000006862 quantum yield reaction Methods 0.000 description 1
- LISFMEBWQUVKPJ-UHFFFAOYSA-N quinolin-2-ol Chemical compound C1=CC=C2NC(=O)C=CC2=C1 LISFMEBWQUVKPJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108700022487 rRNA Genes Proteins 0.000 description 1
- 230000005855 radiation Effects 0.000 description 1
- 230000002285 radioactive effect Effects 0.000 description 1
- 238000011084 recovery Methods 0.000 description 1
- 230000008439 repair process Effects 0.000 description 1
- 238000011160 research Methods 0.000 description 1
- BTVYFIMKUHNOBZ-QXMMDKDBSA-N rifamycin s Chemical class O=C1C(C(O)=C2C)=C3C(=O)C=C1NC(=O)\C(C)=C/C=C\C(C)C(O)C(C)C(O)C(C)C(OC(C)=O)C(C)C(OC)\C=C/OC1(C)OC2=C3C1=O BTVYFIMKUHNOBZ-QXMMDKDBSA-N 0.000 description 1
- 229940081192 rifamycins Drugs 0.000 description 1
- 239000003419 rna directed dna polymerase inhibitor Substances 0.000 description 1
- 238000005096 rolling process Methods 0.000 description 1
- 210000003296 saliva Anatomy 0.000 description 1
- 238000000926 separation method Methods 0.000 description 1
- 150000003384 small molecules Chemical class 0.000 description 1
- 125000006850 spacer group Chemical group 0.000 description 1
- 239000000021 stimulant Substances 0.000 description 1
- 229940124530 sulfonamide Drugs 0.000 description 1
- 150000003456 sulfonamides Chemical class 0.000 description 1
- 210000001179 synovial fluid Anatomy 0.000 description 1
- 208000006379 syphilis Diseases 0.000 description 1
- 230000008685 targeting Effects 0.000 description 1
- 229940072172 tetracycline antibiotic Drugs 0.000 description 1
- 230000000451 tissue damage Effects 0.000 description 1
- 231100000827 tissue damage Toxicity 0.000 description 1
- 231100000331 toxic Toxicity 0.000 description 1
- 230000002588 toxic effect Effects 0.000 description 1
- 231100000765 toxin Toxicity 0.000 description 1
- 238000001890 transfection Methods 0.000 description 1
- 239000012096 transfection reagent Substances 0.000 description 1
- 150000003852 triazoles Chemical class 0.000 description 1
- 235000011178 triphosphate Nutrition 0.000 description 1
- 239000001226 triphosphate Substances 0.000 description 1
- UNXRWKVEANCORM-UHFFFAOYSA-N triphosphoric acid Chemical compound OP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O UNXRWKVEANCORM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000000814 tuberculostatic agent Substances 0.000 description 1
- 208000019206 urinary tract infection Diseases 0.000 description 1
- 206010046901 vaginal discharge Diseases 0.000 description 1
- 239000003981 vehicle Substances 0.000 description 1
- 210000003462 vein Anatomy 0.000 description 1
- 125000000391 vinyl group Chemical group [H]C([*])=C([H])[H] 0.000 description 1
- 229920002554 vinyl polymer Polymers 0.000 description 1
- 238000012800 visualization Methods 0.000 description 1
Images
Abstract
Изобретение относится к биотехнологии. Предложен способ идентификации пролиферирующих микроорганизмов в образце с использованием нуклеозидных или нуклеотидных аналогов. Также предложен способ определения эффективности противомикробного агента в модуляции роста и пролиферации микроорганизма(ов) в образце с использованием нуклеозидных или нуклеотидных аналогов. Изобретение позволяет эффективно идентифицировать пролиферирующие микроорганизмы в образце, а также определить эффективность противомикробного агента в модуляции роста и пролиферации микроорганизмов. 2 н. и 65 з.п. ф-лы, 2 ил., 2 пр.
Description
ПЕРЕКРЕСТНАЯ ССЫЛКА НА РОДСТВЕННЫЕ ЗАЯВКИ
[0001] Настоящая заявка в соответствии с 35 U.S.C. §119 испрашивает приоритет по предварительной заявке на патент США № 62/840,322, поданной 29 апреля 2019 г., описания которой включены в настоящий документ путем ссылки.
ОБЛАСТЬ ПРИМЕНЕНИЯ ИЗОБРЕТЕНИЯ
[0002] Настоящее описание относится к способам, композициям и наборам для идентификации и анализа микроорганизмов в образце с использованием нуклеозидных или нуклеотидных аналогов.
ПРЕДПОСЫЛКИ СОЗДАНИЯ ИЗОБРЕТЕНИЯ
[0003] Определение наличия у пациента той или иной микробной инфекции является распространенной клинической проблемой. Сепсис относится к наиболее распространенным причинам смерти госпитализированных пациентов, и, по оценкам, в США ежегодно регистрируют 200 000 смертельных случаев. Вместе с тем сепсис не является точным клиническим синдромом и имеет разнообразные клинические проявления. Диагноз обычно основан на подозрении наличия инфекции в сочетании с признаками дисфункции органа. Ранняя диагностика сепсиса и введение антибиотиков имеет жизненно важное значение, поскольку прогрессирование до тяжелого сепсиса или септического шока имеет серьезные последствия. К сожалению, дифференциация между сепсисом и другими воспалительными заболеваниями часто оказывается сложной задачей в случае с тяжелобольными пациентами. Обнаружение бактериальных инфекций в крови является ключевым шагом в диагностике сепсиса и начале лечения противомикробными препаратами. Вместе с тем у от 60 до 70% пациентов с тяжелым сепсисом посев крови оказывается отрицательными, а у > 80% они были отрицательными в ходе проведенного исследования. Кроме того, традиционные способы микробиологии занимают слишком много времени, чтобы оказывать влияние на терапию первой линии против патогенных бактерий. Развитие ПЦР и масс-спектрометрии повысило вероятность идентификации бактерий в образцах крови, но часто опирается на продолжительную по времени предварительную аналитическую обработку, такую как посев крови, для увеличения патогенной нагрузки. К косвенным показателям инфекции относятся повышенные уровни циркулирующих цитокинов и белков острой фазы, таких как C-реактивный белок; однако их концентрации также возрастают при тех или иных физиологических состояниях, таких как роды, или при патологических повреждениях тканей, таких как ожоги. Как правило, при сепсисе проводят тест на посев крови, чтобы попытаться определить, какой тип бактерий или грибов вызвал инфекцию в крови. Пробы для посева крови отбирают отдельно от других анализов крови, и их часто отбирают более одного раза из разных вен. Для результатов посева крови может потребоваться несколько дней. Из-за условий культивирования in vitro положительные результаты посева крови будут наблюдаться только у от трети до половины пациентов с сепсисом, что фактически подразумевает рост и пролиферацию бактерий в условиях in vitro.
ИЗЛОЖЕНИЕ СУЩНОСТИ ИЗОБРЕТЕНИЯ
[0004] В настоящее время для обнаружения бактерий часто требуется культивирование, чтобы (1) выделить бактерии для анализа и (2) уменьшить загрязнение от любых фоновых клеток или другого материала, который может затруднить анализ или сделать его невозможным. Например, у пациентов с сепсисом необходимо культивировать кровь, чтобы выделить патогенные бактерии. Аналогичным образом при мониторинге пищи образцы необходимо культивировать, чтобы выделить загрязняющие микроорганизмы. К сожалению, стандартный процесс культивирования может занимать несколько дней. В случае сепсиса такое время задержки может привести к ненужному введению антибиотиков или к неправильной диагностике, которые приводят к осложнениям или смерти пациента. В пищевой промышленности такое время задержки задерживает информацию, которая может привести к отзывам продукции или повлечь за собой другие профилактические меры. Таким образом, быстрая идентификация активных инфекций может обеспечить меры, которые могут снизить уровень проблем и спасти жизни людей.
[0005] Несмотря на то, что способы обнаружения с использованием ПЦР могут и не требовать длительного культивирования, в отличие от подходов к секвенированию без заранее известных результатов ПЦР нуждается в предварительной информации о геномной последовательности интересующих организмов. То есть исследователь должен знать, что он ищет, и это, скорее всего, будет невозможно в случае редких или еще неизвестных организмов. Кроме того, зависимые от ПЦР способы позволяют обнаруживать только наличие генетического материала в образце и не в состоянии различить, происходит ли этот материал из живого или мертвого организма. Во многих случаях идентификация активных инфекций, вызванных живыми микроорганизмами, является наиболее важным фактором для подходов к лечению или даже для идентификации загрязняющих веществ в продуктах питания или окружающей среде.
[0006] Настоящее описание относится к способу идентификации и анализа жизнеспособных и/или пролиферирующих микроорганизмов в образце, включающему: (a) получение образца, содержащего или предположительно содержащего один или несколько видов микроорганизмов; (b) инкубирование образца в присутствии нуклеозидных или нуклеотидных аналогов одного или более типов, причем нуклеозидные или нуклеотидные аналоги одного или более типов включены в свежесинтезированные микробные нуклеиновые кислоты; (c) введение метки в свежесинтезированные микробные нуклеиновые кислоты путем приведения свежесинтезированных микробных нуклеиновых кислот в контакт с реагентом метки, который селективно связывается с нуклеозидными или нуклеотидными аналогами одного или более типов; (d) выделение или очистку меченых свежесинтезированных микробных нуклеиновых кислот; и (e) определение идентичности жизнеспособных и/или пролиферирующих микроорганизмов в образце по результатам секвенирования или определение идентичности выделенных или очищенных свежесинтезированных микробных нуклеиновых кислот. В другом варианте осуществления образец получают от субъекта с подозрением на наличие или наличием микробной инфекции. В еще одном варианте осуществления у субъекта диагностирован или подозревается сепсис. В дополнительном варианте осуществления на стадии (a) полученный образец перед стадией (b) обрабатывают с использованием способа удаления нуклеиновых кислот хозяина, чтобы селективно удалить немикробные нуклеиновые кислоты. В еще одном дополнительном варианте осуществления способ удаления нуклеиновых кислот хозяина включает: (i) селективное расщепление немикробной ДНК путем приведения полученного образца в контакт с рекомбинантным белком, содержащим: связывающийся домен, который селективно связывается с немикробными нуклеиновыми кислотами, связанными гистоном (-ами), или с немикробными нуклеиновыми кислотами, содержащими метилированные CpG остатки, и нуклеазный домен, обладающий активностью при расщеплении нуклеиновых кислот; или (ii) использование афинного агента, связанного с твердой подложкой, который селективно связывается с нуклеиновыми кислотами, связанными гистоном (-ами), или селективно связывается с метилированными CpG остатками немикробных нуклеиновых кислот. В определенном варианте осуществления образец представляет собой образец окружающей среды, взятый с природоохранного испытательного участка. В другом варианте осуществления проводят тестирование природоохранного участка на предмет загрязнения микроорганизмами. В еще одном варианте осуществления образец представляет собой образец продукта питания с подозрением на загрязнение микроорганизмами. В дополнительном варианте осуществления к одному или более видов микроорганизмов относятся бактерии, грибы, вирусы, водоросли, археи и/или простейшие. В еще одном дополнительном варианте осуществления бактерии выбраны из Actinomyces israelii, Bacillus anthracis, Bacillus cereus, Bartonella henselae, Bartonella quintana, Bordetella pertussis, Borrelia burgdorferi, Borrelia garinii, Borrelia afzelii, Borrelia recurrentis, Brucella abortus, Brucella canis, Brucella melitensis, Brucella suis, Campylobacter jejuni, Chlamydia pneumoniae, Chlamydia trachomatis, Chlamydophila psittaci, Clostridium botulinum, Clostridium difficile, Clostridium perfringens, Clostridium tetani, Corynebacterium diphtheriae, Enterococcus faecalis, Enterococcus faecium, Escherichia coli, Francisella tularensis, Haemophilus influenzae, Helicobacter pylori, Legionella pneumophila, Leptospira interrogans, Leptospira santarosai, Leptospira weilii, Leptospira noguchii, Listeria monocytogenes, Mycobacterium leprae, Mycobacterium tuberculosis, Mycobacterium ulcerans, Mycoplasma pneumoniae, Neisseria gonorrhoeae, Neisseria meningitidis, Pseudomonas aeruginosa, Rickettsia rickettsia, Salmonella typhi, Salmonella typhimurium, Shigella sonnei, Staphylococcus aureus, Staphylococcus epidermidis, Staphylococcus saprophyticus, Streptococcus agalactiae, Streptococcus pneumoniae, Streptococcus pyogenes, Treponema pallidum, Ureaplasma urealyticum, Vibrio cholerae, Yersinia pestis, Yersinia enterocolitica и/или Yersinia pseudotuberculosis. В другом варианте осуществления грибы выбраны из Absidia corymbifera, Absidia ramose, Achorion gallinae, Actinomadura spp., Ajellomyces dermatididis, Aleurisma brasiliensis, Allersheria boydii, Arthroderma spp., Aspergillus flavus, Aspergillus fumigatu, Basidiobolus spp, Blastomyces spp., Cadophora spp., Candida albicans, Cercospora apii, Chrysosporium spp., Cladosporium spp., Cladothrix asteroids, Coccidioides immitis, Cryptococcus albidus, Cryptococcus gattii, Cryptococcus laurentii, Cryptococcus neoformans, Cunninghamella elegans, Dematium wernecke, Discomyces israelii, Emmonsia spp., Emmonsiella capsulate, Endomyces geotrichum, Entomophthora coronate, Epidermophyton floccosum, Filobasidiella neoformans, Fonsecaea spp., Geotrichum candidum, Glenospora khartoumensis, Gymnoascus gypseus, Haplosporangium parvum, Histoplasma, Histoplasma capsulatum, Hormiscium dermatididis, Hormodendrum spp., Keratinomyces spp, Langeronia soudanense, Leptosphaeria senegalensis, Lichtheimia corymbifera, Lobmyces loboi, Loboa loboi, Lobomycosis, Madurella spp., Malassezia furfur, Micrococcus pelletieri, Microsporum spp., Monilia spp., Mucor spp., Mycobacterium tuberculosis, Nannizzia spp., Neotestudina rosatii, Nocardia spp., Oidium albicans, Oospora lactis, Paracoccidioides brasiliensis, Petriellidium boydii, Phialophora spp., Piedraia hortae, Pityrosporum furfur, Pneumocystis jirovecii (или Pneumocystis carinii), Pullularia gougerotii, Pyrenochaeta romeroi, Rhinosporidium seeberi, Sabouraudites (Microsporum), Sartorya fumigate, Sepedonium, Sporotrichum spp., Stachybotrys, Stachybotrys chartarum, Streptomyce spp., Tinea spp., Torula spp., Trichophyton spp., Trichosporon spp. и/или Zopfia rosatii. В еще одном варианте осуществления вирусы выбраны из симплексвируса, вируса ветряной оспы, цитомегаловируса, розеоловируса, лимфокриптовируса, радиновируса, мастаденовируса, α-папилломавируса, β-папилломавируса, Χ-папилломавируса, γ-папилломавируса, мю-папилломавируса, ню-папилломавируса, альфа-полиомавируса, бета-полиомавируса, γ-полиомавируса, дельта-полиомавируса, поксвируса моллюсков, ортопоксвируса, парапоксвируса, α-вируса гепатита TTV, β-вируса гепатита TTV, γ-вируса гепатита TTV, цикловируса, гемициркулярного вируса, гемикибивируса, гемивонгвируса, эритровируса, депендовируса, бокавируса, ортогепаднавируса, гамма-ретровируса, дельта-ретровируса, лентивируса, вируса пенистости обезьян, вируса колорадской клещевой лихорадки, ротавируса, сидорнавируса, α-коронавируса, β-коронавируса, торовируса, мамастровируса, норовируса, саповируса, флавивируса, вируса гепатита С, пегивируса, ортогепевируса, кардиовируса, козавируса, энтеровируса, вируса гепатита А, кобувируса, парэховируса, розавируса, саливируса, альфавируса, вируса краснухи, вируса Эбола, вируса Марбурга, хенипавируса, вируса кори, вируса респираторных заболеваний, вируса паротита, метапневмовируса, ортопневмовируса, ледантевируса, лиссавируса, везикуловируса, маммаренавируса, ортохантавируса, ортонайровируса, ортобуньявируса, флебовируса, α-вируса гриппа, β-вируса гриппа, γ-вируса гриппа, куараньявируса, тоготовируса и/или дельтавируса. В дополнительном варианте осуществления один или более типов нуклеозидных или нуклеотидных аналогов выбраны из 2-этиниладенозина, N6-пропаргиладенозина, 2'-(O-пропаргил)-аденозина, 3'-(O-пропаргил)-аденозина, 5-этинил-цитидина, 5-этинил-2'-дезоксицитидина, 2'-(O-пропаргил)-цитидина, 3'-(O-пропаргил)-цитидина, 2'-(O-пропаргил)-гуанозина, 3'-(O-пропаргил)-гуанозина, 5-этинил-уридина, 5-этинил-2'-дезоксиуридина, 2'-(O-пропаргил)-уридина, 3'-(O-пропаргил)-уридина, (2'S)-2'-дезокси-2'-фтор-5-этинилуридина, (2'S)-2'-фтор-5-этинилуридина, 2'(S)-2'-дезокси-2'-фтор-5-этинилуридина, (2'S)-2'-фтор-5-этинилуридина, 8-азидоаденозина, N6-(6-азидо)гексил-2'-дезоксиаденозина, 2'-азидо-2'-дезоксиаденозина, 5-азидометилуридина, 5-(15-азидо-4, 7, 10, 13-тетраоксапентадеканоиламиноаллил)-2'-дезоксиуридина, 5-(3-азидопропил)-уридина, 5-азидо-PEG4-уридина, 5-азидо-PEG4-цитидина, 5-азидо-PEG4-2'-дезоксицитидина, 5-бром-2'-дезоксиуридина, 5-бромуридина, 5-иод-2'-дезоксиуридина и 5-иодуридина. В еще одном дополнительном варианте осуществления один или более типов нуклеозидных или нуклеотидных аналогов выбраны из 2-этиниладенозина, N6-пропаргиладенозина, 2'-(O-пропаргил)-аденозина, 3'-(O-пропаргил)-аденозина, 5-этинилцитидина, 5-этинил-2'-дезоксицитидина, 2'-(O-пропаргил)-цитидина, 3'-(O-пропаргил)-цитидина, 2'-(O-пропаргил)-гуанозина, 3'-(O-пропаргил)-гуанозина, 5-этинилуридина, 5-этинил-2'-дезоксиуридина, 2'-(O-пропаргил)-уридина, 3'-(O-пропаргил)-уридина, (2'S)-2'-дезокси-2'-фтор-5-этинилуридина, (2'S)-2'-фтор-5-этинилуридина, 2'(S)-2'-дезокси-2'-фтор-5-этинилуридина и (2'S)-2'-фтор-5-этинилуридина. В еще одном варианте осуществления один или более типов нуклеозидных или нуклеотидных аналогов выбраны из 8-азидоаденозина, N6-(6-азидо)гексил-2'-дезоксиаденозина, причем один или более типов нуклеозидных или нуклеотидных аналогов выбраны из 2'-азидо-2'-дезоксиаденозина, 5-азидометилуридина, 5-(15-азидо-4, 7, 10, 13-тетраоксапентадеканоиламиноаллил)-2'-дезоксиуридина, 5-(3-азидопропил)-уридина, 5-азидо-PEG4-уридина, 5-азидо-PEG4-цитидина и 5-азидо-PEG4-2'-дезоксицитидина. В дополнительном варианте осуществления один или более типов нуклеозидных или нуклеотидных аналогов выбраны из 5-бром-2'-дезоксиуридина, 5-бромуридина, 5-иод-2'-дезоксиуридина и 5-иодуридина. В еще одном дополнительном варианте осуществления образец инкубируют в присутствии нуклеозидных или нуклеотидных аналогов одного или более типов от 5 мин до 180 мин. В другом варианте осуществления образец инкубируют в присутствии нуклеозидных или нуклеотидных аналогов одного или более типов от 30 мин до 120 мин. В еще одном варианте осуществления реагент метки представляет собой антитело, которое связывается с высокой специфичностью с нуклеозидным или нуклеотидным аналогом одного или более типов. В конкретном варианте осуществления антитело связывается с высокой специфичностью с 5-бром-2'-дезоксиуридином или иоддезоксиуридином. В другом варианте осуществления реагент метки связывается с нуклеозидными или нуклеотидными аналогами одного или более типов посредством клик-химической реакции, реакции напряженного [3+2] циклоприсоединения или лигирования Штаудингера. В еще одном варианте осуществления реагент метки содержит азидную группу, которая связывается с нуклеозидными или нуклеотидными аналогами, содержащими алкинильную группу, посредством клик-химической реакции. В дополнительном варианте осуществления реагент метки содержит алкинильную группу, которая связывается с нуклеозидными или нуклеотидными аналогами, содержащими азидную группу, посредством клик-химической реакции. В определенном варианте осуществления реагент метки содержит биотиновую группу. В дополнительном варианте осуществления реагент метки, содержащий биотиновую группу, выбран из:
, , ,
и .
В дополнительном варианте осуществления реагент метки дополнительно содержит химически расщепляемый линкер или ферментативно расщепляемый линкер. В еще одном дополнительном варианте осуществления расщепляемый линкер представляет собой кислотно-неустойчивый линкер или дисульфидный линкер. В определенном варианте осуществления кислотно-неустойчивый линкер содержит гидразоновые или цис-аконитильные группы. В другом варианте осуществления ферментативно расщепляемый линкер содержит пептидный линкер или β-глюкуронидоновый линкер. В еще одном варианте осуществления для выделения или очистки меченых свежесинтезированных микробных нуклеиновых кислот используют аффинный адсорбент. В дополнительном варианте осуществления аффинный адсорбент представляет собой антитело, иммобилизированное на твердой подложке, причем такое антитело связывается с высокой специфичностью с реагентом метки или с высокой специфичностью с нуклеозидными или нуклеотидными аналогами одного или более типов. В еще одном дополнительном варианте осуществления аффинным адсорбентом является стрептавидин или авидин, иммобилизованный на твердой подложке, и при этом реагент метки содержит биотиновую группу. В определенном варианте осуществления твердая подложка выполнена из нано- или микроматериалов, гранул или представляет собой планшет. В другом варианте осуществления реагент метки или метку удаляют или отщепляют от выделенных или очищенных свежесинтезированных микробных нуклеиновых кислот до описанной выше стадии (e). В еще одном варианте осуществления идентичность выделенных или очищенных свежесинтезированных микробных нуклеиновых кислот определяют с помощью микроматрицы с зондами для нуклеиновых кислот различных микроорганизмов. В дополнительном варианте осуществления идентичность выделенных или очищенных свежесинтезированных микробных нуклеиновых кислот определяют посредством: (i) амплификации выделенных или очищенных свежесинтезированных микробных нуклеиновых кислот с применением способа, основанного на первой ПЦР, с использованием праймеров, содержащих флуоресцентный краситель, с образованием меченых продуктов, причем такие праймеры содержат последовательность, специфичную к консервативному участку гена 16S микробной рРНК; (ii) нанесения меченых продуктов на микроматрицу с зондами, которые содержат уникальные последовательности 16S рРНК вариабельной области 20 или более микроорганизмов; (iii) определения идентичности жизнеспособных и/или пролиферирующих микроорганизмов на основе визуализации микроматрицы для флуоресцентных продуктов гибридизации и определения идентичности микроорганизма на основании последовательности зонда микроматрицы. В другом варианте осуществления идентичность выделенных или очищенных свежесинтезированных микробных нуклеиновых кислот определяют или подтверждают посредством секвенирования выделенных или очищенных свежесинтезированных микробных нуклеиновых кислот. В еще одном варианте осуществления выделенные или очищенные свежесинтезированные микробные нуклеиновые кислоты секвенируют с помощью метода секвенирования на основе транспосом. В дополнительном варианте осуществления секвенирование свежесинтезированных микробных нуклеиновых кислот проводят посредством: (a) нанесения выделенных или очищенных свежесинтезированных микробных нуклеиновых кислот на связанные с гранулами транспосомы, причем транспосомы, связанные с гранулами, опосредуют одновременную фрагментацию микробных нуклеиновых кислот и добавление праймеров для секвенирования; (b) амплификации фрагментов микробной нуклеиновой кислоты с праймерами, которые содержат индексные и адапторные последовательности, с образованием библиотеки амплифицированных продуктов; (c) промывки и объединения библиотеки амплифицированных продуктов; (d) секвенирования библиотеки амплифицированных продуктов; и (e) определения идентичности жизнеспособных и/или пролиферирующих микроорганизмов на основании корреляции последовательностей, полученных из библиотеки амплифицированных продуктов, с базами данных известных последовательностей микроорганизмов с помощью биоинформатического анализа. В другом варианте осуществления свежесинтезированные микробные нуклеиновые кислоты представляют собой РНК, причем микробная РНК проходит обратную транскрипцию в кДНК до описанной выше стадии (e), и при этом экспрессию генов жизнеспособных и/или пролиферирующих микроорганизмов можно установить на основании анализа уровня экспрессии генных продуктов из свежесинтезированной микробной РНК с помощью микроматрицы и/или секвенирования.
[0007] В конкретном варианте осуществления в описании также предложен способ определения эффективности противомикробного агента в модуляции роста и пролиферации микроорганизма (-ов) в образце, включающий: (a) отбор образца, содержащего или предположительно содержащего один или более видов микроорганизмов; (b) разделение образца на два образца - контрольный образец и обработанный образец; (с) инкубирование контрольного образца в присутствии нуклеозидных или нуклеотидных аналогов одного или более типов, причем нуклеозидные или нуклеотидные аналоги одного или более типов включаются в свежесинтезированные микробные нуклеиновые кислоты; (c’) инкубирование обработанного образца в присутствии нуклеозидных или нуклеотидных аналогов одного или более типов и противомикробного агента, причем нуклеозидные или нуклеотидные аналоги одного или более типов включаются в свежесинтезированные микробные нуклеиновые кислоты; (d) введение метки в свежесинтезированные микробные нуклеиновые кислоты контрольного образца и обработанного образца путем приведения свежесинтезированных микробных нуклеиновых кислот в контакт с реагентом метки, который селективно связывается с нуклеозидными или нуклеотидными аналогами одного или более типов; (e) выделение или очистку меченых свежесинтезированных микробных нуклеиновых кислот из контрольного образца и обработанного образца; (f) определение уровня экспрессии генов, и/или количества, или идентичности выделенных или очищенных свежесинтезированных микробных нуклеиновых кислот в контрольном образце; (f’) определение уровня экспрессии генов, и/или количества, и идентичности выделенных или очищенных свежесинтезированных микробных нуклеиновых кислот в обработанном образце; (g) сравнение и определение любых изменений в уровне экспрессии генов, и/или количествах, и/или идентичности выделенных или очищенных свежесинтезированных микробных нуклеиновых кислот в контрольном образце с уровнем экспрессии генов, и/или количествами, или идентичностью выделенных или очищенных свежесинтезированных микробных нуклеиновых кислот в обработанном образце, причем снижение уровня экспрессии генов свежесинтезированных микробных нуклеиновых кислот в обработанном образце по сравнению с контрольным образцом или уменьшение количества и/или идентичности свежесинтезированных микробных нуклеиновых кислот в обработанном образце по сравнению с контрольным образцом указывает на то, что противомикробный агент эффективно модулирует рост и пролиферацию микроорганизма (-ов). В другом варианте осуществления противомикробный агент выбран из антибиотика, противогрибкового и противовирусного средства. В дополнительном варианте осуществления антибиотик выбран из амоксициллина, ампициллина, бакампициллина, карбенициллина, клоксациллина, диклоксациллина, флуклоксациллина, мезлоциллина, нафциллина, оксациллина, пенициллина G, пенициллина V, пиперациллина, пивампициллина, пивмециллинама, тикарциллина, цефацетрила, цефадроксила, цефалексина, цефалоглицина, цефалония, цефалоридина, цефалотина, цефапирина, цефатризина, цефазафлура, цефазедона, цефазолина, цефрадина, цефроксадина, цефтезола, цефаклора, цефамандола, цефметазола, цефоницида, цефотетана, цефокситина, цефпрозила, цефуроксима, цефузонама, цефкапена, цефдалоксима, цефдинира, цефдиторена, цефетамета, цефиксима, цефменоксима, цефодизима, цефотаксима, цефпимизола, цефподоксима, цефтерама, цефтибутена, цефтиофура, цефтиолена, цефтизоксима, цефтриаксона, цефоперазона, цефтазидима, цефклидина, цефепима, цефлупренама, цефоселиса, цефозопрана, цефпирома, цефкинома, цефтобипрола, цефтаролина, цефакломезина, цефалорама, цефапарола, цефканела, цефедролора, цефемпидона, цефетризола, цефивитрила, цефматилена, цефмепидиума, цефовецина, цефоксазола, цефротила, цефсумида, цефурацетима, цефтиоксида, азтреонама, имипенема, дорипенема, эртапенема, меропенема, азитромицина, эритромицина, кларитромицина, диритромицина, рокситромицина, телитромицина, клиндамицина, линкомицина, амикацина, гентамицина, канамицина, неомицина, нетилмицина, паромомицина, стрептомицина, тобрамицина, флумекина, налидиксиновой кислоты, оксолиновой кислоты, пиромидиновой кислоты, пипемидиновой кислоты, розоксацина, ципрофлоксацина, эноксацина, ломефлоксацина, надифлоксацина, норфлоксацина, офлоксацина, пефлоксацина, руфлоксацина, балофлоксацина, гатифлоксацина, грепафлоксацина, левофлоксацина, моксифлоксацина, пазуфлоксацина, спарфлоксацина, темафлоксацина, тосуфлоксацина, безифлоксацина, делафлоксацина, клинафлоксацина, гемифлоксацина, прулифлоксацина, ситафлоксацина, тровафлоксацина, сульфаметизола, сульфаметоксазола, сульфизоксазола, триметоприм-сульфаметоксазола, демеклоциклина, доксициклина, миноциклина, окситетрациклина, тетрациклина, тигециклина, ванкомицина, тейкопланина, телаванцина, линезолида, циклосерина, рифампицина, рифабутина, рифапентина, рифалазила, виомицина, капреомицина, бацитрацина, полимиксина В, хлорамфеникола, метронидазола, тинидазола и нитрофурантоина. В еще одном дополнительном варианте осуществления противогрибковый препарат выбран из аморолфина, бутенафина, нафтифина, тербинафина, бифоназола, бутоконазола, клотримазола, эконазола, фентиконазола, кетоконазола, изоконазола, люликоназола, миконазола, омоконазола, оксиконазола, сертаконазола, сульконазола, тиоконазола, терконазола, албаконазола, эфинаконазола, флуконазола, изавуконазола, итраконазола, позаконазола, равуконазола, терконазола, вориконазола, абафунгина, амфотерицина B, нистатина, натамицина, трихомицина, анидулафунгина, каспофунгина, микафунгина, толнафтата, флуцитозина, бутенафина, гризеофульвина, циклопирокса, сульфида селена, таваборола. В другом варианте осуществления противовирусное средство выбрано из ацикловира, бривудина, докозанола, фамцикловира, фоскарнета, идоксуридина, пенцикловира, трифлуридина, видарабина, цитарабина, валацикловира, троматандина, прителивира, амантадина, римантадина, осельтамивира, перамивира, занамивира, асунапревира, боцепревира, цилупревира, данопревира, фалдапревира, глекапревира, гразопревира, нарлапревира, паритапревира, симепревира, совапревира, телапревира, ванипревира, ведропревира, воксилапревира, даклатасвира, элбасвира, ледипасвира, одаласвира, омбитасвира, пибрентасвира, равидасвира, рузасвира, саматасвира, велпатасвира, беклабувира, дасабувира, делеобувира, филибувира, сетробувира, софосбувира, радалбувира, уприфосбувира, ламивудина, телбивудина, клевудина, адефовира, дизопроксилтенофовира, алафенамидтенофовира, энфувиртида, маравирока, викривирока, ценикривирока, PRO 140, ибализумаба, фостемсавира, диданозина, эмтрицитабина, ламивудина, ставудина, зидовудина, амдоксовира, априцитабина, цензавудина, элвуцитабина, рацивира, стампидина, 4′-этинил-2-фтор-2′-дезоксиаденозина, залцитабина, эфавиренза, невирапина, делавирдина, этравирина, рилпивирина, доравирина, долутегравира, элвитегравира, ралтегравира, BI 224436, каботегравира, биктегравира, MK-2048, бевиримата, BMS-955176, ампренавира, фосампренавира, индинавира, лопинавира, нелфинавира, ритонавира, саквинавира, атазанавира, дарунавира, типранавира, долутегравира, элвитегравира, ралтегравира, BI 224436, каботегравира, биктегравира, MK-2048, кобицистата, ритонавира, интерферона-α, пегинтерферона-α, метизазона, рифампицина, имиквимода, ресиквимода, подофиллотоксина, фомивирсена, цидофовира, плеконарила, фавипиравира, галидезивира, ремдезивира, мерицитабина, MK-608, NITD008, мороксидина, тромантадина и триазавирина. В еще одном дополнительном варианте осуществления образец получают у субъекта с подозрением на наличие или наличием микробной инфекции. В конкретном варианте осуществления у субъекта диагностирован или подозревается сепсис. В другом варианте осуществления
к одному или более видов микроорганизмов относятся бактерии, грибы и/или вирусы. В еще одном варианте осуществления бактерии выбраны из Actinomyces israelii, Bacillus anthracis, Bacillus cereus, Bartonella henselae, Bartonella quintana, Bordetella pertussis, Borrelia burgdorferi, Borrelia garinii, Borrelia afzelii, Borrelia recurrentis, Brucella abortus, Brucella canis, Brucella melitensis, Brucella suis, Campylobacter jejuni, Chlamydia pneumoniae, Chlamydia trachomatis, Chlamydophila psittaci, Clostridium botulinum, Clostridium difficile, Clostridium perfringens, Clostridium tetani, Corynebacterium diphtheriae, Enterococcus faecalis, Enterococcus faecium, Escherichia coli, Francisella tularensis, Haemophilus influenzae, Helicobacter pylori, Legionella pneumophila, Leptospira interrogans, Leptospira santarosai, Leptospira weilii, Leptospira noguchii, Listeria monocytogenes, Mycobacterium leprae, Mycobacterium tuberculosis, Mycobacterium ulcerans, Mycoplasma pneumoniae, Neisseria gonorrhoeae, Neisseria meningitidis, Pseudomonas aeruginosa, Rickettsia rickettsia, Salmonella typhi, Salmonella typhimurium, Shigella sonnei, Staphylococcus aureus, Staphylococcus epidermidis, Staphylococcus saprophyticus, Streptococcus agalactiae, Streptococcus pneumoniae, Streptococcus pyogenes, Treponema pallidum, Ureaplasma urealyticum, Vibrio cholerae, Yersinia pestis, Yersinia enterocolitica и/или Yersinia pseudotuberculosis. В дополнительном варианте осуществления грибы выбраны из Absidia corymbifera, Absidia ramose, Achorion gallinae, Actinomadura spp., Ajellomyces dermatididis, Aleurisma brasiliensis, Allersheria boydii, Arthroderma spp., Aspergillus flavus, Aspergillus fumigatu, Basidiobolus spp., Blastomyces spp., Cadophora spp., Candida albicans, Cercospora apii, Chrysosporium spp., Cladosporium spp., Cladothrix asteroids, Coccidioides immitis, Cryptococcus albidus, Cryptococcus gattii, Cryptococcus laurentii, Cryptococcus neoformans, Cunninghamella elegans, Dematium wernecke, Discomyces israelii, Emmonsia spp., Emmonsiella capsulate, Endomyces geotrichum, Entomophthora coronate, Epidermophyton floccosum, Filobasidiella neoformans, Fonsecaea spp., Geotrichum candidum, Glenospora khartoumensis, Gymnoascus gypseus, Haplosporangium parvum, Histoplasma, Histoplasma capsulatum, Hormiscium dermatididis, Hormodendrum spp., Keratinomyces spp., Langeronia soudanense, Leptosphaeria senegalensis, Lichtheimia corymbifera, Lobmyces loboi, Loboa loboi, Lobomycosis, Madurella spp., Malassezia furfur, Micrococcus pelletieri, Microsporum spp., Monilia spp., Mucor spp., Mycobacterium tuberculosis, Nannizzia spp., Neotestudina rosatii, Nocardia spp., Oidium albicans, Oospora lactis, Paracoccidioides brasiliensis, Petriellidium boydii, Phialophora spp., Piedraia hortae, Pityrosporum furfur, Pneumocystis jirovecii (или Pneumocystis carinii), Pullularia gougerotii, Pyrenochaeta romeroi, Rhinosporidium seeberi, Sabouraudites (Microsporum), Sartorya fumigate, Sepedonium, Sporotrichum spp., Stachybotrys, Stachybotrys chartarum, Streptomyce spp., Tinea spp., Torula spp., Trichophyton spp., Trichosporon spp. и/или Zopfia rosatii. В еще одном дополнительном варианте осуществления вирусы выбраны из симплексвируса, вируса ветряной оспы, цитомегаловируса, розеоловируса, лимфокриптовируса, радиновируса, мастаденовируса, α-папилломавируса, β-папилломавируса, Χ-папилломавируса, γ-папилломавируса, мю-папилломавируса, ню-папилломавируса, альфа-полиомавируса, бета-полиомавируса, γ-полиомавируса, дельта-полиомавируса, поксвируса моллюсков, ортопоксвируса, парапоксвируса, α-вируса гепатита TTV, β-вируса гепатита TTV, γ-вируса гепатита TTV, цикловируса, гемициркулярного вируса, гемикибивируса, гемивонгвируса, эритровируса, депендовируса, бокавируса, ортогепаднавируса, гамма-ретровируса, дельта-ретровируса, лентивируса, вируса пенистости обезьян, вируса колорадской клещевой лихорадки, ротавируса, сидорнавируса, α-коронавируса, β-коронавируса, торовируса, мамастровируса, норовируса, саповируса, флавивируса, вируса гепатита С, пегивируса, ортогепевируса, кардиовируса, козавируса, энтеровируса, вируса гепатита А, кобувируса, парэховируса, розавируса, саливируса, альфавируса, вируса краснухи, вируса Эбола, вируса Марбурга, хенипавируса, вируса кори, вируса респираторных заболеваний, вируса паротита, метапневмовируса, ортопневмовируса, ледантевируса, лиссавируса, везикуловируса, маммаренавируса, ортохантавируса, ортонайровируса, ортобуньявируса, флебовируса, α-вируса гриппа, β-вируса гриппа, γ-вируса гриппа, куараньявируса, тоготовируса и/или дельтавируса. В определенном варианте осуществления один или более типов нуклеозидных или нуклеотидных аналогов выбраны из 2-этиниладенозина, N6-пропаргиладенозина, 2'-(O-пропаргил)-аденозина, 3'-(O-пропаргил)-аденозина, 5-этинил-цитидина, 5-этинил-2'-дезоксицитидина, 2'-(O-пропаргил)-цитидина, 3'-(O-пропаргил)-цитидина, 2'-(O-пропаргил)-гуанозина, 3'-(O-пропаргил)-гуанозина, 5-этинил-уридина, 5-этинил-2'-дезоксиуридина, 2'-(O-пропаргил)-уридина, 3'-(O-пропаргил)-уридина, (2'S)-2'-дезокси-2'-фтор-5-этинилуридина, (2'S)-2'-фтор-5-этинилуридина, 2'(S)-2'-дезокси-2'-фтор-5-этинилуридина, (2'S)-2'-фтор-5-этинилуридина, 8-азидоаденозина, N6-(6-азидо)гексил-2'-дезоксиаденозина, 2'-азидо-2'-дезоксиаденозина, 5-азидометилуридина, 5-(15-азидо-4, 7, 10, 13-тетраоксапентадеканоиламиноаллил)-2'-дезоксиуридина, 5-(3-азидопропил)-уридина, 5-азидо-PEG4-уридина, 5-азидо-PEG4-цитидина, 5-азидо-PEG4-2'-дезоксицитидина, 5-бром-2'-дезоксиуридина, 5-бромуридина, 5-иод-2'-дезоксиуридина и 5-иодуридина. В другом варианте осуществления один или более типов нуклеозидных или нуклеотидных аналогов выбраны из 2-этиниладенозина, N6-пропаргиладенозина, 2'-(O-пропаргил)-аденозина, 3'-(O-пропаргил)-аденозина, 5-этинилцитидина, 5-этинил-2'-дезоксицитидина, 2'-(O-пропаргил)-цитидина, 3'-(O-пропаргил)-цитидина, 2'-(O-пропаргил)-гуанозина, 3'-(O-пропаргил)-гуанозина, 5-этинилуридина, 5-этинил-2'-дезоксиуридина, 2'-(O-пропаргил)-уридина, 3'-(O-пропаргил)-уридина, (2'S)-2'-дезокси-2'-фтор-5-этинилуридина, (2'S)-2'-фтор-5-этинилуридина, 2'(S)-2'-дезокси-2'-фтор-5-этинилуридина и (2'S)-2'-фтор-5-этинилуридина. В еще одном варианте осуществления один или более типов нуклеозидных или нуклеотидных аналогов выбраны из 8-азидоаденозина, N6-(6-азидо)гексил-2'-дезоксиаденозина, причем один или более типов нуклеозидных или нуклеотидных аналогов выбраны из 2'-азидо-2'-дезоксиаденозина, 5-азидометилуридина, 5-(15-азидо-4, 7, 10, 13-тетраоксапентадеканоиламиноаллил)-2'-дезоксиуридина, 5-(3-азидопропил)-уридина, 5-азидо-PEG4-уридина, 5-азидо-PEG4-цитидина и 5-азидо-PEG4-2'-дезоксицитидина. В конкретном варианте осуществления один или более типов нуклеозидных или нуклеотидных аналогов выбраны из 5-бром-2'-дезоксиуридина, 5-бромуридина, 5-иод-2'-дезоксиуридина и 5-иодуридина. В другом варианте осуществления контрольный образец и обработанный образец инкубируют в течение одинакового периода времени в присутствии нуклеозидных или нуклеотидных аналогов одного или более типов от 5 мин до 180 мин. В еще одном варианте осуществления контрольный образец и обработанный образец инкубируют в течение одинакового периода времени в присутствии нуклеозидных или нуклеотидных аналогов одного или более типов от 30 мин до 120 мин. В дополнительном варианте осуществления реагент метки представляет собой антитело, которое связывается с высокой специфичностью с нуклеозидными или нуклеотидными аналогами одного или более типов. В еще одном дополнительном варианте осуществления антитело связывается с высокой специфичностью с 5-бром-2'-дезоксиуридином или иоддезоксиуридином. В определенном варианте осуществления реагент метки связывается с нуклеозидными или нуклеотидными аналогами одного или более типов посредством клик-химической реакции, реакции напряженного [3+2] циклоприсоединения или лигирования Штаудингера. В другом варианте осуществления реагент метки содержит азидную группу, которая связывается с нуклеозидными или нуклеотидными аналогами, содержащими алкинильную группу, посредством клик-химической реакции. В еще одном варианте осуществления реагент метки содержит алкинильную группу, которая связывается с нуклеозидными или нуклеотидными аналогами, содержащими азидную группу, посредством клик-химической реакции. В дополнительном варианте осуществления реагент метки содержит биотиновую группу. В конкретном варианте осуществления реагент метки, содержащий биотиновую группу, выбран из:
, , , и .
В другом варианте осуществления реагент метки дополнительно содержит химически расщепляемый линкер или ферментативно расщепляемый линкер. В еще одном варианте осуществления расщепляемый линкер представляет собой кислотно-неустойчивый линкер или дисульфидный линкер. В дополнительном варианте осуществления кислотно-неустойчивый линкер содержит гидразоновые или цис-аконитильные группы. В еще одном дополнительном варианте осуществления ферментативно расщепляемый линкер содержит пептидный линкер или β-глюкуронидоновый линкер. В конкретном варианте осуществления для выделения или очистки меченых свежесинтезированных микробных нуклеиновых кислот используют аффинный адсорбент. В другом варианте осуществления аффинный адсорбент представляет собой антитело, иммобилизированное на твердой подложке, причем антитело связывается с высокой специфичностью с реагентом метки или с высокой специфичностью с нуклеозидными или нуклеотидными аналогами одного или более типов. В еще одном варианте осуществления аффинным адсорбентом является стрептавидин или авидин, иммобилизованный на твердой подложке, и при этом реагент метки содержит биотиновую группу. В другом варианте осуществления твердая подложка выполнена из нано- или микроматериалов, гранул или представляет собой планшет. В еще одном варианте осуществления реагент метки или метку удаляют или отщепляют от выделенных или очищенных свежесинтезированных микробных нуклеиновых кислот до описанных выше стадий (f), (f’) и (g). В дополнительном варианте осуществления определение уровня экспрессии генов, и/или количества, и/или идентичности выделенных или очищенных свежесинтезированных микробных нуклеиновых кислот в контрольном образце и обработанном образце определяют с помощью микроматрицы с зондами для нуклеиновых кислот различных микроорганизмов. В еще одном дополнительном варианте уровень экспрессии генов, и/или количество, и/или идентичность выделенных или очищенных свежесинтезированных микробных нуклеиновых кислот в контрольном образце и обработанном образце определяют посредством: (i) амплификации выделенных или очищенных свежесинтезированных микробных нуклеиновых кислот из контрольного образца с применением способа, основанного на первой ПЦР, с использованием праймеров, содержащих флуоресцентный краситель, с образованием меченых продуктов, причем такие праймеры содержат последовательность, специфичную к консервативному участку гена 16S микробной рРНК; (i’) амплификации выделенных или очищенных свежесинтезированных микробных нуклеиновых кислот из обработанного образца с применением способа, основанного на первой ПЦР, с использованием праймеров, содержащих флуоресцентный краситель, с образованием меченых продуктов, причем такие праймеры содержат последовательность, специфичную к консервативному участку гена 16S микробной рРНК; (ii) нанесения меченых продуктов из контрольного образца на первую микроматрицу с зондами, которые содержат уникальные последовательности 16S рРНК вариабельной области 20 или более микроорганизмов; (ii’) нанесения меченых продуктов из обработанного образца на вторую микроматрицу, причем вторая микроматрица является дубликатом первой микроматрицы; и (iii) определения эффективности противомикробного агента в модуляции роста и пролиферации микроорганизма (-ов) в образце по результатам визуализации первой микроматрицы и визуализации второй микроматрицы для флуоресцентных продуктов гибридизации и определения каких-либо изменений в интенсивности, месте расположения или отсутствия флуоресцентных продуктов гибридизации при сравнении микроматриц, причем снижение интенсивности флуоресцентных продуктов гибридизации при сравнении первой и второй микроматриц, или изменения в месте расположения, или отсутствие флуоресцентных продуктов гибридизации при сравнении первой и второй микроматриц указывают на то, что противомикробный агент эффективно модулирует рост и пролиферацию микроорганизма (-ов). В другом варианте осуществления эффективность противомикробного агента в модуляции роста и пролиферации микроорганизма (-ов) в образце определяют или подтверждают секвенированием выделенных или очищенных свежесинтезированных микробных нуклеиновых кислот из контрольного образца и из обработанного образца, причем снижение уровня экспрессии генов свежесинтезированных микробных нуклеиновых кислот в обработанном образце по сравнению с контрольным образцом или уменьшение количества и/или идентичности свежесинтезированных микробных нуклеиновых кислот в обработанном образце по сравнению с контрольным образцом указывает на то, что противомикробный агент эффективно модулирует рост и пролиферацию микроорганизма (-ов). В еще одном варианте осуществления выделенные или очищенные свежесинтезированные микробные нуклеиновые кислоты из контрольного и обработанного образцов секвенируют с помощью метода секвенирования на основе транспосом. В дополнительном варианте осуществления секвенирование свежесинтезированных микробных нуклеиновых кислот из контрольного и обработанного образцов проводят посредством: (a) нанесения выделенных или очищенных свежесинтезированных микробных нуклеиновых кислот из контрольного и обработанного образцов на связанные с гранулами транспосомы, причем транспосомы, связанные с гранулами, опосредуют одновременную фрагментацию микробных нуклеиновых кислот и добавление праймеров для секвенирования; (b) амплификации фрагментов микробной нуклеиновой кислоты с праймерами, которые содержат индексные и адапторные последовательности, с образованием библиотеки амплифицированных продуктов; (c) промывки и объединения библиотеки амплифицированных продуктов из контрольного образца; (c’) промывки и объединения библиотеки амплифицированных продуктов из обработанного образца; (d) секвенирования библиотек амплифицированных продуктов из контрольного образца; (d’) секвенирования библиотек амплифицированных продуктов из обработанного образца; и (е) определения любых изменений в уровне экспрессии генов, и/или количествах, и/или идентичности выделенных или очищенных свежесинтезированных микробных нуклеиновых кислот в контрольном и обработанном образцах с помощью биоинформатического анализа. В еще одном дополнительном варианте осуществления свежесинтезированные микробные нуклеиновые кислоты представляют собой РНК, причем микробная РНК проходит обратную транскрипцию в кДНК до описанных выше стадий (f), (f ') и (g), и при этом эффективность противомикробного агента в модуляции роста и пролиферации микроорганизма (-ов) можно установить по результатам определения изменений в уровнях экспрессии генов свежесинтезированных микробных нуклеиновых кислот из контрольного и обработанного образцов с помощью микроматрицы и/или секвенирования.
ОПИСАНИЕ ГРАФИЧЕСКИХ МАТЕРИАЛОВ
[0008] На Фиг. 1 представлен пример осуществления порядка действий для обогащения свежесинтезированной ДНК из экспресс-культуры бактерий. Обогащение свежесинтезированной ДНК позволяет проводить генетическую идентификацию живых бактерий в образцах от пациента.
[0009] На Фиг. 2 представлен пример осуществления порядка действий для обогащения свежесинтезированной РНК из экспресс-культуры бактерий. Обогащение свежесинтезированной РНК позволяет оценить экспрессию генов живыми бактериями в образцах от пациента.
ПОДРОБНОЕ ОПИСАНИЕ
[0010] В настоящем документе и прилагаемой формуле изобретения формы единственного числа допускают использование форм множественного числа, если контекстом явно не предусмотрено иное. Так, например, использование слова «микроорганизм» подразумевает множество таких микроорганизмов, а использование термина «нуклеозидный аналог» подразумевает ссылку на один или более нуклеозидных аналогов или их эквивалентов, известных специалистам в данной области, и т. д.
[0011] Кроме того, если не указано иное, использование «или» означает «и/или». Аналогичным образом, термины «содержать», «содержит», «содержащий», «включает» и «включающий» являются взаимозаменяемыми и не подразумевают ограничительного характера.
[0012] Следует также понимать, что в тех случаях, когда в описаниях различных вариантов осуществления используется термин «содержащий», специалистам в данной области будет очевидно, что в некоторых конкретных случаях тот или иной вариант осуществления может альтернативно описываться с использованием формулировок «состоящий по существу из» или «состоящий из».
[0013] Все технические и научные термины, используемые в настоящем документе, если не дано иное их определение, имеют общепринятое значение, понятное любому специалисту в области, к которой относится настоящее изобретение. Несмотря на то, что многие способы и реагенты аналогичны или эквивалентны описанным в настоящем документе, в настоящем документе приводятся примеры таких способов и материалов.
[0014] Все публикации, упомянутые в настоящем документе, полностью включаются в настоящий документ путем ссылки с целью описания и раскрытия методологий, которые могут использоваться в связи с описанием, приведенным в настоящем документе. Более того, в отношении любого термина, содержащегося в одной или более публикациях, аналогичного или идентичного термину, в прямой форме определенному в настоящем описании, определение термина, в прямой форме приведенное в настоящем описании, будет иметь приоритет во всех отношениях.
[0015] Следует понимать, что настоящее описание не ограничивается конкретной методологией, протоколами и реагентами и т. п., описанными в настоящем документе, а потому может изменяться. Используемая в настоящем документе терминология служит только для цели описания конкретных вариантов осуществления и не должна рассматриваться как ограничивающая объем изобретения, который определяется исключительно пунктами формулы изобретения.
[0016] За исключением рабочих примеров или в специально оговоренных случаях все числа, отражающие количества ингредиентов или условия реакции, используемые в настоящем документе, следует понимать как дополненные во всех случаях термином «около». Термин «около» при использовании для описания настоящего изобретения в отношении процентных величин означает ± 1%.
[0017] В настоящем документе термин «клик-химия» относится к реакции циклоприсоединения [3+2], проводимой в присутствии катализатора, содержащего медь (I). Катализатор, содержащий медь (I), может содержать ионы меди (I) или функциональную группу, хелатирующую медь(I). Функциональной группой, хелатирующей медь (I), может быть «любая структура, характеризующаяся наличием двух или более полярных групп, которые могут участвовать в образовании комплекса (включающего более одной координационной связи) с ионами меди (I)» (например, см. Salic et al., заявка на патент США № 20070207476 (выше)). К примерам агентов, хелатирующих медь (I), относятся без ограничений, неокупроин- и батокупроиндисульфонат (например, см. Salic et al., заявка на патент США № 20070207476 и Sharpless et al., публикация заявки на патент США № 2003000516671). Реакции циклоприсоединения [3+2] также называют 1,3-диполярными циклоприсоединениями, и они могут происходить между 1,3-диполями и диполярофилами. Примерами 1,3-диполей являются азиды. Примерами диполярофилов являются алкины.
[0018] В настоящем документе термин «краситель» относится к соединению, которое испускает свет, обеспечивая наблюдаемый и регистрируемый сигнал.
[0019] В настоящем документе термин «введение двойной метки» относится к процессу введения метки, в ходе которого в нуклеиновую кислоту вводят метки с использованием двух регистрируемых агентов, которые являются источниками различимых сигналов. Считается, что нуклеиновая кислота, полученная в результате такого процесса введения метки, содержит двойную метку.
[0020] Используемый в настоящем документе термин «алкин с меткой красителя» относится к алкину, который был дополнительно модифицирован для введения в его структуру метки красителя.
[0021] В настоящем документе термины «азид с меткой красителя» и «молекула азида-красителя» относятся к соединению или молекуле с реакционноспособной азидной группой, в которую также введена метка красителя. К примерам относятся, без ограничений: родамин-азид, Alexa Fluor® 350-азид (Molecular Probes™/Invitrogen™, г. Карлсбад, штат Калифорния), Alexa Fluor® 488-азид (Molecular Probes™/Invitrogen™, г. Карлсбад, штат Калифорния), Alexa Fluor® 555-азид (Molecular Probes™/Invitrogen™, г. Карлсбад, штат Калифорния), Alexa Fluor® 568-азид (Molecular Probes™/Invitrogen™, г. Карлсбад, штат Калифорния), Alexa Fluor® 568-азид (Molecular Probes™/Invitrogen™, г. Карлсбад, штат Калифорния), Alexa Fluor® 594-азид, Alexa Fluor® 633-азид (Molecular Probes™/Invitrogen™, г. Карлсбад, штат Калифорния), Alexa Fluor® 647-азид (Molecular Probes™/Invitrogen™, г. Карлсбад, штат Калифорния), Cascade Blue® азид (Molecular Probes™/Invitrogen™, г. Карлсбад, штат Калифорния), флуоресцеин-азид, кумарин-азид, BODIPY-азид, цианин-азид или тетраметилродамин (TMR)-азид.
[0022] В настоящем документе термин «циклоалкин с меткой красителя» относится к циклоалкину, который был дополнительно модифицирован для введения в его структуру метки красителя. Термин «циклоалкин» относится к соединениям или молекулам, которые могут вступать в реакции напряженного [3+2] циклоприсоединения для введения метки в ДНК. В данном контексте к примерам циклоалкинов относятся, без ограничений: циклооктины, дифторциклооктины, гетероциклоалкины, дихлорциклооктины, дибромциклооктины или дииодциклооктины.
[0023] В настоящем документе термин «эффективное количество» относится к количеству вещества, соединения, молекулы, агента или композиции, которое вызывает соответствующий ответ в клетке, ткани или микроорганизме. Например, в случае обработки микроорганизмов нуклеозидным аналогом эффективное количество представляет собой количество нуклеозида, которое включается в ДНК микроорганизмов.
[0024] В настоящем документе термин «флуорофор» или «флуорогенный» относится к композиции, которая демонстрирует изменение флуоресценции при связывании с интересующим биологическим соединением или аналитом. К предпочтительным флуорофорам настоящего описания относятся флуоресцентные красители с высоким квантовым выходом в водной среде. К примерам флуорофоров, среди прочих, относятся ксантен, индол, бораполиазаиндацен, фуран и бензофуран, цианин. Флуорофоры настоящего изобретения можно заменять, чтобы варьировать растворимость, спектральные свойства или физические свойства флуорофора.
[0025] В настоящем документе термин «метка» относится к химической функциональной группе или белку, которые сохраняют свои исходные свойства (например, спектральные свойства, конформацию и активность) в составе реагента метки настоящего описания и при использовании в способах настоящего описания. Примеры молекул «метки» могут быть напрямую обнаруживаемыми (флуорофор), косвенно обнаруживаемыми (гаптен или фермент) или могут быть использованы для обнаружения и очистки нуклеиновых кислот с введенными нуклеозидами (например, анализ со связыванием биотин-стрептавидин). К таким молекулам «метки» без ограничений относятся полученные путем клик-химической реакции метки биотина, содержащие метки иминобиотин или дестиобиотин, например
, ,
,
и ;
радиоактивные репортерные молекулы, которые можно регистрировать с помощью устройств, измеряющих уровень радиации; пигменты, красители или другие хромогены, которые можно визуально наблюдать или регистрировать с помощью спектрофотометра; спиновые метки, которые можно регистрировать с помощью прибора, анализирующего спиновые метки; флуоресцентные функциональные группы, в которых выходной сигнал генерируется при возбуждении подходящего молекулярного аддукта и которые можно визуализировать при возбуждении светом, поглощаемым красителем, или которые можно регистрировать, например, стандартными флуориметрами или системами визуализации. Молекула «метки» может представлять собой люминесцентное вещество, например люминофор или флуороген; биолюминесцентное вещество; хемилюминесцентное вещество, в котором выходной сигнал генерируется за счет химической модификации сигнального соединения; металлсодержащее вещество; или фермент, в котором происходит зависимая от фермента вторичная генерация сигнала, например образование окрашенного продукта из бесцветного субстрата. «Метка» также может принимать форму химического или биохимического соединения или инертной частицы, включая, без ограничений, коллоидное золото, микросферы, квантовые точки или неорганические кристаллы, например нанокристаллы или люминофоры (например, см. Beverloo et al., Anal. Biochem. 203, 326-34 (1992)). Молекула «метки» также может представлять собой «тагментационную метку» или гаптен, которые используют для «тагментации» нуклеозидного аналога. Затем «тагментационная метка» может связываться с другим реагентом, который селективно связывается с «тагментационной меткой». Например, можно использовать биотин, иминобиотин или дезтиобиотин в качестве «тагментационной метки», а затем использовать авидин или стрептавидин, конъюгированный с субстратом (например, гранулами), меткой или ферментом (например, пероксидазой хрена) для связывания с биотинилированной «тагментационной меткой». В последнем случае можно использовать хромогенный субстрат (например, тетраметилбензидин) или флуорогенный субстрат, такой как Amplex Red или Amplex Gold (Molecular Probes, Inc.). Аналогичным образом тагментационная метка может представлять собой гаптен или антиген (например, дигоксигенин), а для связывания с тагментационной меткой можно использовать ферментативно, флуоресцентно или радиоактивно меченное антитело. Специалистам в данной области известно множество репортерных молекул, и к таковым относятся, без ограничений, частицы, флуоресцентные красители, гаптены, ферменты и их хромогенные, флуорогенные и хемилюминесцентные субстраты и другие репортерные молекулы, описанные в MOLECULAR PROBES HANDBOOK OF FLUORESCENT PROBES AND RESEARCH CHEMICALS by Richard P. Haugland, 10th Ed., (2005).
[0026] В настоящем документе термины «микроорганизм» или «микроб» используются взаимозаменяемо и относятся к микроскопическому организму, который может существовать одноклеточной форме или в колонии клеток. Для целей настоящего описания термин «микроорганизм», используемый в настоящем документе, включает в себя бактерии, грибы, вирусы, водоросли, археи и простейшие.
[0027] Используемый в настоящем документе термин «пролиферация микроорганизмов» относится к размножению и/или росту микроорганизма (-ов).
[0028] Термины «нуклеозидный аналог» и «нуклеотидный аналог» используются взаимозаменяемо и в настоящем документе относятся к молекуле или соединению, подобным по своей структуре природному нуклеозиду или нуклеотиду, которые включаются в свежесинтезированную микробную нуклеиновую кислоту. Что касается нуклеозидов, то оказываясь внутри клеток, они фосфорилируются до нуклеотидов, а затем встраиваются в образующиеся полимеры нуклеиновых кислот. Нуклеотидам сложно проходить сквозь клеточную мембрану по причине их зарядов, и они более неустойчивы по сравнению с нуклеозидами, а потому для их применения обычно требуется дополнительная стадия и реагенты для трансфекции, чтобы обеспечивать транспорт нуклеотидов через двойной липидный слой. Рассматриваемые нуклеозидные аналоги встраиваются в нуклеиновую кислоту (ДНК или РНК) подобно природному нуклеотиду, причем соответствующий полимеразный фермент распознает аналоги как природные нуклеотиды, и синтез проходит без нарушений. Такие аналоги содержат ряд различных функциональных групп, которые, в конечном счете, используются для регистрации, например галогенированные аналоги (бром, хлор, иод и т. п.), а также аналоги, содержащие биоортогональную функциональную группу, например азидную, алкинильную или фосфиновую.
[0029] В настоящем документе термин «аффиный адсорбент» относится к реагенту, который используют для очистки или выделения образующегося полимера нуклеиновой кислоты, который содержит один или более меченых нуклеотидных аналогов, описанных в настоящем документе. «Аффинный адсорбент», как правило, фиксируется на твердой подложке, такой как гранулы, и селективно связывается с описанной в настоящем документе меткой. Как правило, такая метка выполняет функцию «тагментационной метки», как описано выше. В одном примере осуществления аффинный адсорбент представляет собой стрептавидин, конъюгированный с твердой подложкой, такой как гранулы, суперпарамагнитные микро- или наночастицы, планшет и т. д. В другом варианте осуществления аффиный адсорбент представляет собой антитело или аффинный лиганд другого рода, специфичные к метке или «тагментационной метке», иммобилизованные на твердой подложке, такой как гранулы, суперпарамагнитные микро-или наночастицы, планшет и т. д.
[0030] В настоящем документе термин «лигирование Штаудингера» означает химическую реакцию, разработанную Saxon и Bertozzi (E. Saxon and C. Bertozzi, Science, 2000, 287: 2007-2010), которая представляет собой модификацию классической реакции Штаудингера. Классическая реакция Штаудингера представляет собой химическую реакцию, в ходе которой в комбинации азида с фосфином или фосфитом образуется азаилидное промежуточное соединение, которое при гидролизе дает на выходе фосфиноксид и амин. Реакция Штаудингера представляет собой способ восстановления азида до амина в мягких условиях; и в качестве восстановителя обычно используют трифенилфосфин. В процессе лигирования Штаудингера электрофильная ловушка (как правило, сложный метиловый эфир) соответствующим образом внедряется в триарилфосфиновую арильную группу (как правило, в орто-положении к атому фосфора) и вступает в реакцию с азидом с образованием азаилидного промежуточного соединения, которое в водной среде перестраивается в соединение с амидной группой и фосфиноксидной функциональной группой. Лигирование Штаудингера получило такое название, поскольку в этом процессе происходит лигирование (соединяет/ковалентно связывает) двух исходных молекул вместе, тогда как в классической реакции Штаудингера два продукта после гидролиза не связаны ковалентно.
[0031] Термины «субъект», «пациент» и «отдельное лицо» в настоящем документе используются взаимозаменяемо и относятся к животному, в частности к человеку, у которого может быть взят образец. Сюда относятся человек и не относящиеся к человеку животные. Термины «не относящиеся к человеку животные» и «не относящиеся к человеку млекопитающие» в настоящем документе используются взаимозаменяемо и включают в себя всех позвоночных, например млекопитающих, таких как не относящиеся к человеку приматы (в частности, высшие приматы), овцы, собаки, грызуны (например, мышь или крыса), морские свинки, козы, свиньи, кошки, кролики, коровы, и не относящиеся к млекопитающим животные, например куры, земноводные, рептилии и т. д. В одном варианте осуществления субъектом является человек. В другом варианте осуществления субъектом является экспериментальное животное или замена животным в качестве модели заболевания. Термин «млекопитающее» относится к любому животному, отнесенному к классу млекопитающих, включая людей, не относящихся к человеку приматов, домашних и сельскохозяйственных животных и зоопарковых, спортивных или ручных животных, таких как собаки, кошки, крупный рогатый скот, лошади, овцы, свиньи, козы, кролики и т. д. Понятие пациент или субъект включает в себя любое подмножество из перечисленных, например все вышеуказанные, но за исключением одной или более групп или видов, таких как люди, приматы или грызуны. Субъект может быть мужского или женского пола. Субъект может быть полностью развитым субъектом (например, взрослый), или субъектом, проходящим процесс развития (например, ребенок, младенец или плод).
[0032] Живые, пролиферирующие микроорганизмы (например, бактерии водоросли, археи, простейшие и грибы) непрерывно синтезируют новую ДНК. В полную противоположность этому микроорганизмы, которые больше не являются жизнеспособными, больше не будут синтезировать ДНК. Несмотря на возможность того, что живые, непролиферирующие микроорганизмы будут синтезировать новую ДНК для восстановления и сохранения своих геномов, скорость синтеза новой ДНК будет гораздо ниже, чем скорость синтеза у живых, пролиферирующих микроорганизмов. В настоящем описании предложены методологии и технологии, в которых используют указанные выше различия в синтезе ДНК, чтобы быстро и эффективно идентифицировать живые, пролиферирующие микроорганизмы в образце, например в образце крови пациента или образце из окружающей среды; или в образце продукта питания с подозрением на загрязнение. В частности, методологии и технологии, представленные в настоящем документе, позволяют идентифицировать живые, пролиферирующие микроорганизмы в образце независимо от того, содержит ли он дополнительно или загрязнен нежизнеспособными или непролиферирующими микроорганизмами. Более конкретно методологии и технологии, представленные в настоящем документе, позволяют селективно обогащать и секвенировать свежесинтезированную микробную ДНК, полученную от одного или более микроорганизмов в образце, что позволяет идентифицировать живые, пролиферирующие микроорганизмы, содержащиеся в образце.
[0033] В описании также приводятся способы и композиции, которые можно использовать для селективного обогащения ДНК и РНК конкретного организма или аналогичной группы организмов в смешанной популяции. Например, для приложений, связанных с удалением нуклеиновых кислот хозяина, необходимо проводить обогащение ДНК или РНК инфицирующего организма, отделяя их от фона ДНК или РНК инфицированного хозяина. Способы позволяют быстро обогащать ДНК и/или РНК целевых организмов (например, бактерий) из смешанной популяции для идентификации целевого организма. Обогащение требует таких условий, которые позволяли бы синтезировать ДНК и/или РНК только целевым организмам. Например, для селективного ингибирования целевой популяции или субпопуляции в образце можно использовать условия среды, температуру и/или специфические ингибиторы.
[0034] В качестве примера, можно взять образец крови пациента с сепсисом или с подозрением на сепсис и культивировать в условиях, при которых происходит ингибирование синтеза ДНК и/или РНК клетками млекопитающих в образце крови, тогда как бактериальные клетки в образце могут продолжать синтезировать ДНК и/или РНК. За счет этого происходит селективное введение метки в бактериальную ДНК и/или РНК. В одном варианте осуществления образец крови можно выделить и нанести на планшет или культивировать в бульоне Лурия - Бертани или в других бактериальных средах так, чтобы клетки млекопитающих прекратили синтез ДНК и/или РНК (или чтобы синтез ДНК и/или РНК в них существенно снизился), в то же время популяция микроорганизмов будет продолжать синтезировать ДНК и РНК, что приведет к селективному встраиванию, например, EdU. В другом варианте осуществления температура посева крови может быть снижена, причем репликация и синтез в клетках млекопитающих будут ингибироваться, в то время как при возврате к более высокой температуре будет продолжаться или возобновляться только репликация и синтез в микроорганизмах. Температура может быть снижена в течение периода времени от нескольких минут до нескольких часов. В другом варианте осуществления можно использовать низкомолекулярный ингибитор синтеза ДНК и/или РНК, селективно нацеленный на механизмы синтеза ДНК и/или РНК млекопитающих. Например, из гриба Amanita получают один из ингибиторов, называемый альфа-аманитином, и из-за него ежегодно погибают около ста неразборчивых грибников. Ингибиторы РНК-полимеразы могут быть специфичными к отдельному классу организмов. Альфа-аманитин, например, влияет на высшие эукариоты, но не оказывает никакого эффекта на бактерии. И наоборот, некоторые лекарственные средства оказывают специфическое воздействие на бактериальную РНК-полимеразу. Наиболее известным из них является рифампин, который вырабатывается грибами и в настоящее время используется в качестве противотуберкулезного лекарственного средства в форме производного рифампина - рифампицина (Rif). Rif проявляет специфичность к бактериальным РНК-полимеразам. Подобная специфичность ингибиторов проявляется по двум причинам. Во-первых, ингибиторы часто вырабатываются одним организмом для уничтожения другого, и продуцирующий организм должен вырабатывать ингибитор, который не приводит к его собственной гибели. Во-вторых, ингибиторы, как правило, связываются с менее консервативными участками фермента, где вариации последовательности могут препятствовать их воздействию на все РНК-полимеразы.
[0035] В описании также представлены варианты осуществления, относящиеся к удалению нуклеиновых кислот хозяина из образца до идентификации продолжающегося синтеза микробных нуклеиновых кислот с использованием способов настоящего описания. Такие методики и композиции для удаления нуклеиновых кислот хозяина относятся, например, к селективному расщеплению немикробных нуклеиновых кислот в образце, содержащем как микробные нуклеиновые кислоты, так и немикробные нуклеиновые кислоты, так что образец значительно обогащается микробными нуклеиновыми кислотами. К примерам способов удаления нуклеиновых кислот хозяина относятся описанные в Feehery et al., PLoS ONE 8:e76096 (2013); Sachse et al., Journal of Clinical Microbiology 47:1050-1057 (2009); Barnes et al., PLoS ONE 9(10):e109061 (2014); Leichty et al., Genetics 198(2):473-81 (2014)); Hasan et al., J Clin Microbiol 54(4):919-27 (2016); и Liu et al., PLoS ONE 11(1):e0146064 (2016); описания которых полностью включены в настоящий документ путем ссылки. Кроме того, доступны также имеющиеся на рынке наборы для удаления нуклеиновых кислот хозяина, в том числе NEBNext Microbiome DNA Enrichment™ Kit, Molzym MolYsis Basic™ kit и MICROBEEnrich™ Kit.
[0036] В некоторых вариантах осуществления в способах и композициях для удаления нуклеиновых кислот хозяина, описанных в настоящем документе, используются преимущества свойств, связанных с немикробными нуклеиновыми кислотами, включая метилирование по остаткам CpG и взаимодействие со связывающими ДНК белками, такими как гистоны. Например, в конкретном варианте осуществления в способах и композициях для удаления нуклеиновых кислот хозяина можно использовать белок, связывающийся с нуклеиновой кислотой, который селективно связывается с немикробными нуклеиновыми кислотами (например, гистоны, рестрикционные ферменты). В дополнительном варианте осуществления способы и композиции для удаления нуклеиновых кислот хозяина могут включать рекомбинантный белок, который селективно связывается с немикробными нуклеиновыми кислотами, и который также селективно разлагает немикробные нуклеиновые кислоты, то есть такой рекомбинантный белок содержит как домен, связывающий немикробную нуклеиновую кислоту, так и домен нуклеазы. В конкретном варианте осуществления белок, связывающийся с нуклеиновой кислотой, представляет собой гистон. Гистоны обнаруживаются в ядрах эукариотических клеток, а также в некоторых археях, а именно Thermoproteales и Euryarchaea, но не в бактериях или вирусах. В дополнительном варианте осуществления связанные с гистоном немикробные нуклеиновые кислоты можно затем удалять из образца с использованием субстрата, содержащего аффинный агент, селективно связывающийся с гистонным белком, то есть с гистон-связывающим доменом. К примерам аффинных агентов, которые могут связываться с гистонным белком, относятся, без ограничений, хромодомен, Tudor, злокачественная опухоль головного мозга (MBT), гомеодомен растений (PHD), бромодомен, SANT, YEATS, пролин-триптофан-триптофан-пролин (PWWP), соседний с бромодоменом гомологичный домен (BAH), повторы анкриина, повторы WD40, ATRX-DNMT3A-DNMT3L (ADD) или zn-CW. В другом варианте осуществления гистон-связывающий домен может включать в себя домен, который специфически связывается с гистоном из такого белка, как HAT1, CBP/P300, PCAF/GCN5, TIP60, HB01 (ScESA1, SpMST1), ScSAS3, ScSAS2 (SpMST2), ScRTT109, SirT2 (ScSir2), SUV39H1, SUV39H2, G9a, ESET/SETDB1, EuHMTase/GLP, CLL8, SpClr4, MLL1, MLL2, MLL3, MLL4, MLL5, SET1A, SET1B, ASH1, Sc/Sp SET1, SET2 (Sc/Sp SET2), NSD1, SYMD2, DOT1, Sc/Sp DOT1, Pr-SET 7/8, SUV4 20H1, SUV420H2, SpSet 9, EZH2, RIZ1, LSD1/BHC110, JHDM1a, JHDM1b, JHDM2a, JHDM2b, JMJD2A/JHDM3A, JMJD2B, JMJD2C/GASC1, JMJD2D, CARM1, PRMT4, PRMT5, Haspin, MSK1, MSK2, CKII, Mst1, Bmi/Ring1A, RNF20/RNF40 или ScFPR4, или их гистон-связывающего фрагмента.
[0037] В дополнительном варианте осуществления в описании также предложен белок, связывающийся с нуклеиновой кислотой, или домен, связывающийся с нуклеиновой кислотой, которые селективно связываются с ДНК, содержащей метилированный CpG. Динуклеотидный мотив CG («сайты CpG» или «сайты CG») присутствует в участках ДНК, где за цитозиновым нуклеотидом следует гуаниновый нуклеотид в линейной последовательности оснований вдоль направления от ее 5′ до 3′. Островки CpG (или островки CG) представляют собой области с высокой частотой сайтов CpG. Сокращение CpG означает 5′-C-фосфат-G-3′, то есть цитозин и гуанин, разделенные одним фосфатом. Цитозины в CpG-динуклеотидах могут быть метилированы до 5-метилцитозина. Метилирование цитозина встречается по всему геному человека на многих сайтах CpG. Метилирование цитозина на сайтах CG также встречается по всему геному других эукариотов. У млекопитающих, например, от 70% до 80% цитозинов в CpG могут быть метилированными. У интересующих микроорганизмов, таких как бактерии и вирусы, такое метилирование CpG не происходит, или его уровень значительно ниже, чем метилирование CpG в геноме человека. Поэтому удаления нуклеиновых кислот хозяина можно достичь за счет селективного расщепления ДНК с метилированными CpG.
[0038] В некоторых вариантах осуществления в описании предложен способ удаления нуклеиновых кислот хозяина, в котором используют белок, связывающийся с нуклеиновой кислотой, или связывающийся домен, который связывается с островками CpG или сайтами CpG. В другом варианте осуществления связывающийся домен содержит белок или его фрагмент, который связывается с островками метилированных CpG. В еще одном варианте осуществления связывающийся домен белка, связывающегося с нуклеиновой кислотой, содержит домен связывающий метил-CpG (MBD). Примером MBD является полипептид, содержащий около 70 остатков, фолдинг которого приводит к сэндвичевой альфа/бета-структуре, содержащей слой скрученного бета-листа с наложенным другим слоем, образованным альфа1-спиралью и шпилькой на С-конце. Оба этих слоя обладают амфипатическими свойствами, причем альфа1-спираль и бета-лист проходят параллельно, а гидрофобные поверхности плотно прилегают друг к другу. Бета-лист состоит из двух длинных внутренних цепочек (бета2 и бета3), расположенных между двумя более короткими наружными цепочками (бета1 и бета4). В дополнительном варианте осуществления белок, связывающийся с нуклеиновой кислотой, или связывающийся домен содержат белок, который выбран из группы, состоящей из MECP2, MBD1, MBD2 и MBD4 или их фрагмента. В еще одном дополнительном варианте осуществления белок, связывающийся с нуклеиновой кислотой, или связывающийся домен содержат MBD2. В определенном варианте осуществления белок, связывающийся с нуклеиновой кислотой, или связывающийся домен содержат фрагмент MBD2. В другом варианте осуществления белок, связывающийся с нуклеиновой кислотой, или связывающийся домен содержат MBD5, MBD6, SETDB1, SETDB2, TIP5/BAZ2A или BAZ2B, или их фрагмент. В еще одном варианте осуществления белок, связывающийся с нуклеиновой кислотой, или связывающийся домен содержат белок метилирования или деметилирования CpG или его фрагмент. В дополнительном варианте осуществления связанные с CpG немикробные нуклеиновые кислоты можно затем удалять из образца с использованием субстрата, содержащего аффинный агент, селективно связывающийся с белком, связывающимся с нуклеиновой кислотой, или связывающимся доменом, которые связываются с островками CpG или сайтами CpG. Примеры аффинных агентов включают антитела или фрагменты антител, которые селективно связываются с белком, связывающимся с нуклеиновой кислотой, или связывающимся доменом, которые связываются с островками CpG или сайтами CpG. Аффинные агенты, содержащие антитела или фрагменты антител, могут быть связаны с субстратом или в альтернативном варианте осуществления сами по себе могут быть связаны со вторым антителом, которое связано с субстратом, тем самым обеспечивая возможность для разделения и удаления не относящихся к микроорганизмам нуклеиновых кислот из образца.
[0039] В другом варианте осуществления в описании предложен способ удаления нуклеиновых кислот хозяина, в котором используют нуклеазу или рекомбинантный белок, содержащий домен нуклеазы, причем нуклеаза расщепляет на фрагменты немикробные нуклеиновые кислоты. В последнем случае рекомбинантный белок может также содержать домен, связывающийся с нуклеиновой кислотой, проявляющий активность белков, связывающихся с нуклеиновой кислотой (например, гистонов, связывающих метил-CpG белков). Нуклеаза или домен нуклеазы могут включать в себя, без ограничений, неспецифическую нуклеазу, эндонуклеазу, неспецифическую эндонуклеазу, неспецифическую экзонуклеазу, хоуминг-эндонуклеазу и рестрикционную эндонуклеазу. В другом варианте осуществления домен нуклеазы получают из любой нуклеазы, причем нуклеаза или домен нуклеазы сами по себе не имеют своей собственной уникальной мишени. В еще одном варианте осуществления домен нуклеазы обладает активностью при слиянии с другими белками. К примерам неспецифических нуклеаз относятся FokI и I-TevI. В некоторых вариантах осуществления доменом нуклеазы является FokI или ее фрагмент. В дополнительном варианте осуществления доменом нуклеазы является I-TevI или ее фрагмент. В еще одном дополнительном варианте осуществления FokI, или I-TevI, или их фрагмент не включает в себя мутаций и/или относится к дикому типу. К дополнительным примерам нуклеаз относятся, без ограничений, дезоксирибонуклеаза I (ДНКаза I), RecBCD эндонуклеаза, T7 эндонуклеаза, T4 эндонуклеаза IV, Bal 31 эндонуклеаза, эндонуклеаза I (эндо I), микрококковая нуклеаза, эндонуклеаза II (эндо VI, экзо III), нейроспоровая эндонуклеаза, S1-нуклеаза, P1-нуклеаза, нуклеаза бобов мунг I, нуклеаза грибов Ustilago (ДНКаза I), AP эндо нуклеаза и эндо R.
[0040] Интересующие микроорганизмы можно идентифицировать в различных образцах, включая, без ограничений, образцы, взятые у пациентов (например, кровь, моча и спинномозговая жидкость), образцы продуктов питания (например, мука, говядина и салат) или образцы окружающей среды (например, почвенные воды и мазки, взятые в здании больницы). Основное преимущество способов, композиций и наборов, описанных в настоящем документе, заключается в том, что жизнеспособный (-е) и/или пролиферирующий (-е) микроорганизм (-ы) в пробе можно идентифицировать без необходимости продолжительного культивирования микроорганизма перед идентификацией. Поэтому микроорганизмы, подобные Treponema pallidum (сифилис), и бактерии из окружающей среды, которые не могут быть культивированы in vitro в обычной культуральной среде или в культуре тканей, можно с легкостью идентифицировать с помощью способов, композиций и наборов настоящего описания.
[0041] Кроме того, в настоящем документе описаны способы введения метки, очистки и секвенирования свежесинтезированных нуклеиновых кислот для идентификации и анализа жизнеспособных микроорганизмов в организме пациента, пище, окружающей среде или другом образце. Способы настоящего описания можно дополнительно использовать для скрининга исследуемых соединений (например, антибиотиков) для определения их воздействия на жизнеспособные микроорганизмы, идентифицированные в образце. В способах, описанных в настоящем документе, используют нуклеозидные аналоги, которые «скармливают» микроорганизмам и вводят в свежесинтезированные или образующиеся нуклеиновые кислоты. Что касается микроорганизмов, любой вид микроорганизмов можно обнаруживать с помощью способов, описанных в настоящем документе, включая бактерии, грибы, вирусы, водоросли, археи и простейшие.
[0042] Бактерии являются прокариотами, и в них нет ядра и отсутствуют органеллы. В семействе бактерий существует два класса: грамположительные бактерии с более толстой клеточной стенкой, и грамотрицательные с более тонким слоем между внутренней и наружной мембранами. Бактерии чрезвычайно разнообразны, и с точки зрения их численности несомненно являются самым успешным организмом на Земле. Бактерии являются единственными микроорганизмами, которые, не причиняя ущерба, могут жить в организме человека, часто способствуя таким функциям организма, как пищеварение. Не считая вирусов, бактерии вызывают наиболее серьезные проблемы, связанные с заболеваниями человека, например сепсисом. К примерам бактерий, которые можно идентифицировать и анализировать с использованием способов, композиций и наборов, описанных в настоящем документе, относятся, без ограничений, Actinomyces israelii, Bacillus anthracis, Bacillus cereus, Bartonella henselae, Bartonella quintana, Bordetella pertussis, Borrelia burgdorferi, Borrelia garinii, Borrelia afzelii, Borrelia recurrentis, Brucella abortus, Brucella canis, Brucella melitensis, Brucella suis, Campylobacter jejuni, Chlamydia pneumoniae, Chlamydia trachomatis, Chlamydophila psittaci, Clostridium botulinum, Clostridium difficile, Clostridium perfringens, Clostridium tetani, Corynebacterium diphtheriae, Enterococcus faecalis, Enterococcus faecium, Escherichia coli, Francisella tularensis, Haemophilus influenzae, Helicobacter pylori, Legionella pneumophila, Leptospira interrogans, Leptospira santarosai, Leptospira weilii, Leptospira noguchii, Listeria monocytogenes, Mycobacterium leprae, Mycobacterium tuberculosis, Mycobacterium ulcerans, Mycoplasma pneumoniae, Neisseria gonorrhoeae, Neisseria meningitidis, Pseudomonas aeruginosa, Rickettsia rickettsia, Salmonella typhi, Salmonella typhimurium, Shigella sonnei, Staphylococcus aureus, Staphylococcus epidermidis, Staphylococcus saprophyticus, Streptococcus agalactiae, Streptococcus pneumoniae, Streptococcus pyogenes, Treponema pallidum, Ureaplasma urealyticum, Vibrio cholerae, Yersinia pestis, Yersinia enterocolitica и Yersinia pseudotuberculosis.
[0043] Грибы относятся к эукариотам, а значит, имеют четко различимые ядро и органеллы. Клетки крупнее, чем у прокариот, таких как бактерии. После достижения определенного уровня роста колонии грибов могут быть видны невооруженным глазом, например плесень на хлебе. Грибы можно разделить на три основные группы: (1) плесневые грибы с ростом нитей (волокон) и образованием многоклеточных структур, (2) дрожжи, которые обычно не образуют волокон и могут быть одноклеточными, и (3) шляпочные грибы с плодовым телом для образования спор. Грибы могут создавать проблемы для иммунодефицитных пациентов и могут быть опасными патогенами для растений. К примерам грибов, которые можно идентифицировать и анализировать с использованием способов, композиций и наборов, описанных в настоящем документе, относятся, без ограничений, Absidia corymbifera, Absidia ramose, Achorion gallinae, Actinomadura spp., Ajellomyces dermatididis, Aleurisma brasiliensis, Allersheria boydii, Arthroderma spp., Aspergillus flavus, Aspergillus fumigatu, Basidiobolus spp., Blastomyces spp., Cadophora spp, Candida albicans, Cercospora apii, Chrysosporium spp., Cladosporium spp., Cladothrix asteroids, Coccidioides immitis, Cryptococcus albidus, Cryptococcus gattii, Cryptococcus laurentii, Cryptococcus neoformans, Cunninghamella elegans, Dematium wernecke, Discomyces israelii, Emmonsia spp., Emmonsiella capsulate, Endomyces geotrichum, Entomophthora coronate, Epidermophyton floccosum, Filobasidiella neoformans, Fonsecaea spp., Geotrichum candidum, Glenospora khartoumensis, Gymnoascus gypseus, Haplosporangium parvum, Histoplasma, Histoplasma capsulatum, Hormiscium dermatididis, Hormodendrum spp., Keratinomyces spp, Langeronia soudanense, Leptosphaeria senegalensis, Lichtheimia corymbifera, Lobmyces loboi, Loboa loboi, Lobomycosis, Madurella spp., Malassezia furfur, Micrococcus pelletieri, Microsporum spp., Monilia spp., Mucor spp., Mycobacterium tuberculosis, Nannizzia spp., Neotestudina rosatii, Nocardia spp., Oidium albicans, Oospora lactis, Paracoccidioides brasiliensis, Petriellidium boydii, Phialophora spp., Piedraia hortae, Pityrosporum furfur, Pneumocystis jirovecii (или Pneumocystis carinii), Pullularia gougerotii, Pyrenochaeta romeroi, Rhinosporidium seeberi, Sabouraudites (Microsporum), Sartorya fumigate, Sepedonium, Sporotrichum spp., Stachybotrys, Stachybotrys chartarum, Streptomyce spp., Tinea spp., Torula spp, Trichophyton spp, Trichosporon spp и Zopfia rosatii.
[0044] Вирусы представляют собой большую группу субмикроскопических инфекционных агентов, которые обычно считаются неживыми чрезвычайно сложными молекулами, которые, как правило, содержат белковую оболочку, окружающую ядро генетического материала с РНК или ДНК, но без полупроницаемой мембраны, которые способны расти и размножаться только в живых клетках и вызывают различные серьезные заболевания у людей, животных и растений. К примерам вирусов, которые могут идентифицироваться и анализироваться с использованием способов, композиций и наборов, раскрываемых в настоящем документе, без ограничений относятся симплексвирус, вирус ветряной оспы, цитомегаловирус, розеоловирус, лимфокриптовирус, радиновирус, мастаденовирус, α-папилломавирус, β-папилломавирус, Χ-папилломавирус, γ-папилломавирус, мю-папилломавирус, ню-папилломавирус, альфа-полиомавирус, бета-полиомавирус, γ-полиомавирус, дельта-полиомавирус, поксвирус моллюсков, ортопоксвирус, парапоксвирус, α-вирус гепатита TTV, β-вирус гепатита TTV, γ-вирус гепатита TTV, цикловирус, гемициркулярный вирус, гемикибивирус, гемивонгвирус, эритровирус, депендовирус, бокавирус, ортогепаднавирус, гамма-ретровирус, дельта-ретровирус, лентивирус, вирус пенистости обезьян, вирус колорадской клещевой лихорадки, ротавирус, сидорнавирус, α-коронавирус, β-коронавирус, торовирус, мамастровирус, норовирус, саповирус, флавивирус, вирус гепатита С, пегивирус, ортогепевирус, кардиовирус, козавирус, энтеровирус, вирус гепатита А, кобувирус, парэховирус, розавирус, саливирус, альфавирус, вирус краснухи, вирус Эбола, вирус Марбурга, хенипавирус, вирус кори, вирус респираторных заболеваний, вирус паротита, метапневмовирус, ортопневмовирус, ледантевирус, лиссавирус, везикуловирус, маммаренавирус, ортохантавирус, ортонайровирус, ортобуньявирус, флебовирус, α-вирус гриппа, β-вирус гриппа, γ-вирус гриппа, куараньявирус, тоготовирус и дельтавирус.
[0045] Водоросли представляют собой более сложную для определения группу организмов, которая, по некоторым определениям, включает как прокариоты, так и эукариоты. В отличие от других микроорганизмов водоросли, как правило, осуществляют фотосинтез и, как правило, присутствуют водной среде. Опасное цветение водорослей (HAB) представляет собой цветение водорослей, которое оказывает негативное воздействие на другие организмы из-за выработки природных токсинов, механического повреждения других организмов или по другим причинам. HAB часто ассоциируется с масштабной гибелью обитателей водной среды и связывается с различными формами отравления моллюсками. HAB присуще токсичным или иным вредным фитопланктонам, таким как динофлагелляты рода Alexandrium и Karenia, или диатомы рода Pseudo-nitzschia. Подобное цветение часто отличается красным или коричневым оттенком, и его обычно называют красными приливами. Способы, композиции и наборы настоящего описания позволяют идентифицировать такие водоросли из образцов, например, образцов окружающей среды.
[0046] Археи относятся к прокариотам с морфологией, сходной с бактериями. Археи отличаются от эукариотов и бактерий своими генетическими, биохимическими и структурными особенностями. Например, археи содержат уникальные флагеллины и липиды, связанные простой эфирной связью, и в их клеточных стенках отсутствует муреин. Археям присущи некоторые общие характеристики с известными патогенами, которые могут отражать способность вызывать заболевание. К таким характеристикам относятся неограниченный доступ в организм хозяина (то есть возможность) и способности продолжительной колонизации и совместного существования с эндогенной флорой в организме хозяина. Выявление анаэробных архей в кишечной, вагинальной и оральной микробной флоре человека демонстрирует их способность колонизировать человеческий организм-хозяин. Способы, композиции и наборы настоящего описания позволяют идентифицировать такие археи из образцов, например образцов окружающей среды, образцов, взятых у субъекта и т. д.
[0047] Термин «простейшие» относится к одноклеточным эукариотам как к свободноживущим, так и к паразитирующим, которые питаются органическими веществами, такими как другие микроорганизмы или органические ткани и отходы. В соответствии с традиционным определением диапазон размеров простейших составляет от всего 1 микрометра до нескольких миллиметров или более. Все простейшие являются гетеротрофами, получающими питательные вещества из других организмов либо за счет их поглощения целиком, либо за счет потребления их органических остатков и отходов жизнедеятельности. Некоторые простейшие питаются посредством фагоцитоза, захвата органических частиц псевдоподиями (как это делают амебы) или поступления пищи через специальное ротоподобное отверстие, называемое цитостомой. Другие питаются посредством осмотрофиии, поглощая растворенные питательные вещества через клеточные мембраны. Многие простейшие патогены являются паразитами человека, вызывающими такие заболевания, как малярия (Plasmodium), амебиоз, лямблиоз, токсоплазмоз, криптоспоридиоз, трихомониаз, болезнь Шагаса, лейшманиоз, африканский трипаносомоз (сонная болезнь), амебную дизентерию, акантамебный кератит и первичный амебный менингоэнцефалит (неглериаз). Способы, композиции и наборы настоящего описания позволяют идентифицировать таких простейших из образцов, например образцов окружающей среды, образцов, взятых у субъекта и т. д.
[0048] Способы настоящего описания обеспечивают идентификацию и анализ перечисленных выше микроорганизмов из образца, в частности, жизнеспособных и/или пролиферирующих микроорганизмов. Как указано выше, образец может происходить из самых различных источников, в том числе от субъектов, из окружающей среды, из продуктов питания и т. д. С композициями, способами и наборами настоящего описания можно использовать любой набор типов образцов, включая, без ограничений, кровь, мочу, слюну, аспират среднего уха, желчь, вагинальные выделения, гной, плевральные выпоты, синовиальную жидкость и абсцессы брюшной полости. Таким образом, способы, композиции и наборы настоящего описания не подразумевают конкретных ограничений по типу и месту отбора образца, взятого у субъекта. Более того, способы, наборы и композиции, описанные в настоящем документе, обеспечивают улучшение по сравнению со стандартными методологиями при идентификации микроорганизмов, вызывающих сепсис у пациента или вызывающих инфекцию мочевыводящих путей у пациента, поскольку способы, наборы и композиции, описанные в настоящем документе, в состоянии значительно быстрее стандартных методологий идентифицировать провоцирующие микроорганизмы. В связи с этим, противомикробный (-е) препарат (-ы) для идентифицированного (-ых) микроорганизма (-ов) можно вводить гораздо раньше, тем самым противодействуя микробной инфекции и устраняя ее более эффективным образом и, по возможности, предотвращая или купируя побочные эффекты, связанные с микробной инфекцией, такие как септический шок, озноб, повышенная температура, боли в теле, изменения умственной способности, утомляемость, недомогание, проблемы с дыханием, аномальные инфекции сердца, воспаление, тошнота и рвота, состояние тревоги и т. д. Кроме того, способы, наборы и композиции, описанные в настоящем документе, могут также определять эффективность противомикробного агента в ингибировании или уничтожении того или иного микроорганизма. Таким образом, если микроорганизм устойчив к конкретному противомикробному агенту, способы, наборы и композиции, описанные в настоящем документе, могут позволить быстро установить этот факт, чтобы можно было попытаться использовать другой противомикробный агент.
[0049] В способах, композициях и наборах настоящего описания могут использоваться нуклеозидные и нуклеотидные аналоги для идентификации синтеза растущей микробной нуклеиновой кислоты. Как более подробно описано ниже, в способах, композициях и наборах настоящего описания может использоваться множество типов нуклеозидных и нуклеотидных аналогов, преимуществом применения которых может быть установление исходного уровня синтеза нуклеиновых кислот и определение изменений скорости синтеза нуклеиновых кислот, например, при добавлении противомикробного агента. Нуклеозиды обычно используют в экспериментах, в ходе которых аналоги добавляют в клеточную культуру или вводят животным, поскольку нуклеозидные аналоги легко захватываются живыми клетками, где они фосфорилируются до нуклеотида, а затем встраиваются в растущий полимер нуклеиновой кислоты. Напротив, нуклеотиды более неустойчивы и более подвержены расщеплению ферментами до или после встраивания в клетки и, как правило, менее стабильны, чем нуклеозиды. Кроме того, из-за дополнительных зарядов фосфатных групп транспорт нуклеотидов в живые клетки осложняется, и для этого обычно требуется стадия трансфекции, чтобы обеспечить достаточную концентрацию нуклеотидов, проходящих через клеточную мембрану. Такой подход не является идеальным для экспериментов in vivo или ex vivo/in vivo, в ходе которых для точной интерпретации результатов воздействие на клетки должно быть сведено к минимуму. По этим причинам приведенное ниже описание по существу относится к нуклеозидам, как к аналогу, добавляемому к клеткам или вводимому животным, однако это ни в коей мере не подразумевает ограничительного характера, и при этом нуклеотиды являются в равной мере важными.
[0050] Нуклеозидные и нуклеотидные аналоги могут представлять собой аналог любого из четырех оснований ДНК (аденин (A), цитозин (C), гуанин (G) или тимин (T)) или любого из четырех оснований РНК (аденин (A), цитозин (C), гуанин (G) или урацил (U)) и включать в себя их трифосфатные и фосфорамидатные формы. Нуклеозидные и нуклеотидные аналоги встраиваются в свежесинтезированную нуклеиновую кислоту посредством полимераз, присутствующими в микроорганизмах. Нуклеозидные и нуклеотидные аналоги отличаются от нуклеозидов природного происхождения изменениями в фосфатном остове, пентозном сахаре и/или рибозе или дезоксирибозе, которые вводят с использованием методик синтетической химии, например нуклеотид или нуклеозид могут быть изменены таким образом, чтобы содержать регистрируемую метку (например, краситель, флуорофор), биоортогональную функциональную группу (например, функциональную группу, которая участвует в определенных химических реакциях, таких как клик-химические реакции), биомолекулу (например, фермент, антитело, биотин) и т. д., любой из которых может быть использован в способах, композициях и наборах настоящего описания для идентификации растущих полимеров микробных нуклеиновых кислот. В одном варианте осуществления нуклеозидный аналог представляет собой галогенированный аналог, включая, без ограничений, бромированную, хлорированную и иодированную функционалюную группу. Примерами галогенированных аналогов являются, без ограничений, 2’(S)-2’-дезокси-2’-фтор-5-этинилуридин, (2’S)-2’-фтор-5-этинилуридин, 5-бром-2’-дезоксиуридин, 5-бромуридин, 5-иод-2’-дезоксиуридин и 5-иодуридин. Что касается галогенированных аналогов, для связывания с такими аналогами были специально разработаны антитела, которые связываются с ними с высокой аффинностью, например бром-2’-дезоксиуридин и иоддезоксиуридин (см. Dako, г. Карпинтерия, штат Калифорния; BD Bioscience, г. Сан-Диего, штат Калифорния; EMD Biosciences, г. Мэдисон, штат Висконсин). В другом варианте осуществления нуклеозидный или нуклеотидный аналог содержит биоортогональную функциональную группу, включая, без ограничений, азидную, алкинильную или фосфинильную функциональную группу. К примерам нуклеозидных или нуклеотидных аналогов, содержащих биоортогональную функциональную группу относятся, без ограничений, 2-этиниладенозин, N6-пропаргиладенозин, 2'-(O-пропаргил)-аденозин, 3'-(O-пропаргил)-аденозин, 5-этинил-цитидин, 5-этинил-2'-дезоксицитидин, 2'-(O-пропаргил)-цитидин, 3'-(O-пропаргил)-цитидин, 2'-(O-пропаргил)-гуанозин, 3'-(O-пропаргил)-гуанозин, 5-этинил-уридин, 5-этинил-2'-дезоксиуридин, 2'-(O-пропаргил)-уридин, 3'-(O-пропаргил)-уридин, (2'S)-2'-дезокси-2'-фтор-5-этинилуридин, (2'S)-2'-фтор-5-этинилуридин, 8-азидоаденозин, N6-(6-азидо)гексил-2'-дезоксиаденозин, 2'-азидо-2'-дезоксиаденозин, 5-азидометилуридин, 5-(15-азидо-4, 7, 10, 13-тетраоксапентадеканоиламиноаллил)-2'-дезоксиуридин, 5-(3-азидопропил)-уридин, 5-азидо-PEG4-уридин, 5-азидо-PEG4-цитидин и 5-азидо-PEG4-2'-дезоксицитидин.
[0051] В конкретном варианте осуществления нуклеозидный аналог содержит биоортогональную функциональную группу, которая может участвовать либо в клик-химической реакции, реакции напряженного [3+2] циклоприсоединения, либо в лигировании Штаудингера с функциональной группой реагента метки. В некоторых вариантах осуществления реакционноспособную биоортогональную функциональную группу вводят в основание нуклеозида. Основанием, содержащим реакционноспособную биоортогональную функциональную группу, может быть пурин (например, аденин или гуанин) или пиримидин (например, цитозин, урацил или тимин). В некоторых вариантах осуществления основанием является урацил; в некоторых таких вариантах осуществления урацил содержит реакционноспособную биоортогональную функциональную группу в 5-положении. В некоторых вариантах осуществления основанием является аденин; в некоторых таких вариантах осуществления аденин содержит реакционноспособную биоортогональную функциональную группу. В определенных вариантах осуществления биоортогональная функциональная группа не связана с основанием напрямую, тогда как в других вариантах осуществления биоортогональная функциональная группа непосредственно ковалентно связана с основанием. В определенных вариантах осуществления реакционноспособная биоортогональная функциональная группа введена в сахар (рибозу и дезоксирибозу) нуклеозида. В определенных вариантах осуществления биоортогональная функциональная группа не связана с сахаром напрямую, тогда как в других вариантах осуществления биоортогональная функциональная группа непосредственно ковалентно связана с сахаром. В определенных вариантах осуществления реакционноспособная биоортогональная функциональная группа связана с фосфатной группой нуклеозида. Сахар, содержащий реакционноспособную биоортогональную функциональную группу, может быть ковалентно связан с пурином (например, аденином или гуанином) или пиримидином (например, цитозином, урацилом или тимином). В определенных вариантах осуществления основанием является урацил, в то время как в других вариантах осуществления основанием является аденин.
[0052] Реакционноспособная биоортогональная функциональная группа может представлять собой 1,3-диполь, например нитрилоксид, азид, диазометан, нитрон или нитрилимин. В определенных вариантах осуществления 1,3-диполем является азид. В альтернативном варианте осуществления реакционноспособная биоортогональная функциональная группа может представлять собой диполярофил, например алкен (например, винил, пропиленил и т. п.) или алкин (например, этинил, пропинил и т. п.). В определенных вариантах осуществления диполярофил представляет собой алкин, такой как, например, этинильная группа.
[0053] Описанные выше биоортогональные функциональные группы не являются природными, но относятся к не оказывающим воздействия биоортогональным химическим функциональным группам, обладающим уникальными химическими функциями, которые могут быть модифицированы в ходе высокоселективных реакций. В частности, в такие встроенные нуклеозиды вводят метку с использованием реагентов метки, содержащих химическую группу, которая селективно образует ковалентную связь с нуклеозидом в среде клетки.
[0054] Для исследования сложных клеточных процессов, включая пролиферацию микроорганизмов, необходима способность отслеживать биомолекулы по мере выполнения ими своих функций в их естественной среде. В последние годы биоортогональные функциональные группы применяли в качестве дополнительного способа мечения биомолекулы. Было описано применение биоортогональных функциональных групп для обнаружения метаболитов и посттрансляционных модификаций с использованием азидной функциональной группы в качестве биоортогональной функциональной группы. После встраивания в целевые биомолекулы, в ходе метаболических процессов или посредством химических модификаций, в азид можно вводить зонды, для чего используют три высокоселективных реакции: лигирование Штаудингера, катализируемое Cu(I) циклоприсоединение азид-алкин или напряженное [3+2] циклоприсоединение (например, см. Agard et al., J Am Chem Soc. 2004 Nov 24;1 26(46):1 5046-7).
[0055] Биоортогональные функциональные группы можно использовать для введения метки в нуклеиновую кислоту посредством встраивания нуклеозидных или нуклеотидных аналогов. Таким образом, можно ввести метку в нуклеиновые кислоты с помощью биоортогонального мечения, такого как лигирование Штаудингера, катализируемое Cu(I) [3+2] циклоприсоединение азидов и алкинов («клик-химическая реакция») или клик-химическая реакция «без меди», и такие процессы независимым образом описаны в работах Barry Sharpless и Carolyn Bertozzi (например, см. Sharpless et al., Angew Chem Int Ed Engl. 2002 Mar 15;41 (6):1 053-7; Meldal et al., J. Org. Chem. 2002, 67, 3057; Agard et al., J Am Chem Soc. 2004 Nov 24;1 26(46):1 5046-7; патент США № 7,122,703; публикация заявки на патент США № 2003000516671). Клик-химическая реакция и лигирование Штаудингера были модифицированы для измерения пролиферации клеток при прямой регистрации встраивания нуклеотидов. См. Salic, et al., Methods and Compositions for Labeling Nucleic Acids, публикации заявок на патент США № 20070207476 и 20070099222 (поданы 27 октября 2006 г.).
[0056] Методики проведения клик-химических реакций для введения метки в нуклеиновые кислоты включают обработку клетки первым нуклеозидным или нуклеотидным аналогом, содержащим реакционноспособную ненасыщенную группу, так что первый нуклеозидный аналог встраивается в свежесинтезированные микробные нуклеиновые кислоты. Затем на клетку воздействуют реагентом метки, содержащим вторую реакционноспособную ненасыщенную группу, связанную с меткой, так что между первой и второй реакционноспособными ненасыщенными группами происходит [3+2] циклоприсоединение.
[0057] Приведенные ниже описания реакций [3+2] циклоприсоединения для введения метки в микробные нуклеиновые кислоты представлены только в качестве примеров и не подразумевают ограничения объема настоящего изобретения.
[0058] В одном примере мечения микробной ДНК с помощью клик-химической реакции образцы обрабатывают эффективным количеством модифицированного алкином нуклеозидного аналога, например 5-этинил-2'-дезоксиуридином (EdU), в течение определенного периода времени, так чтобы обеспечить встраивание EdU в свежесинтезированную ДНК. После введения метки EdU меченая микробная ДНК реагирует в присутствии катализатора, содержащего медь (I), с линкером азид-дисульфид-биотин. Между азидом и встроенным нуклеозидным аналогом образуется ковалентная связь в ходе реакции [3+2] циклоприсоединения, и полученный комплекс затем может быть зафиксирован на субстрате, конъюгированном со стрептавидином (например, гранулы). После промывки субстрата микробную ДНК отделяют от субстрата путем добавления восстановителей, таких как дитиотреитол (DTT). Затем можно определять последовательность микробной ДНК стандартными способами (например, Illumina Nextera DNA Flex с амплификацией библиотеки ПЦР).
[0059] В другом примере мечения микробной ДНК с помощью клик-химической реакции образцы обрабатывают эффективным количеством модифицированного азидом аналога нуклеозида, например 5-азидо-2'-дезоксиурацилом (AzdU), в течение определенного периода времени, так чтобы обеспечить встраивание AzdU в свежесинтезированную ДНК. После мечения AzdU меченая микробная ДНК реагирует в присутствии катализатора, содержащего медь (I), с меченным красителем алкином. В результате реакции [3+2] циклоприсоединения между азидными и алкиновыми функциональными группами образуется ковалентная связь. Затем метку красителя можно регистрировать стандартными способами, включая, без ограничений, проточную цитометрию, флуоресцентную микроскопию, визуализацию, анализы на многолуночном планшете или многопараметрический скрининг.
[0060] В одном примере мечения РНК с помощью клик-химической реакции образцы инкубируют в присутствии эффективного количества модифицированного алкином нуклеозидного аналога, например 5-этинилуридином (EU), в течение определенного периода времени, так чтобы обеспечить встраивание EU в свежесинтезированную микробную РНК. После мечения EU микроорганизмы лизируют и проводят реакцию в присутствии катализатора, содержащего медь (I), с линкером азид-дисульфид-биотин. Между азидом и встроенным нуклеозидным аналогом образуется ковалентная связь в ходе реакции [3+2] циклоприсоединения, и полученный комплекс затем может быть зафиксирован на субстрате, конъюгированном со стрептавидином (например, гранулы). После промывки субстрата РНК отделяют от субстрата путем добавления восстановителей, таких как дитиотреитол (DTT). Проводят обратную транскрипцию РНК в кДНК. Из кДНК можно получать библиотеки секвенирования.
[0061] Один из альтернативных вариантов осуществления клик-химической реакции, преимуществом которого является проведение реакции напряженного [3+2] циклоприсоединения без катализатора, содержащего медь (I), был описан в работе Bertozzi et al. и представляет собой клик-химическую реакцию «без меди». Bertozzi et al., Compositions and methods for modification of biomolecules, заявка на патент США № 20060110782.
[0062] Например, микроорганизмы можно сначала обрабатывать эффективным количеством модифицированного азидом нуклеозидного аналога, например AzdU, в течение заданного периода времени, так что модифицированный азидом нуклеозидный аналог встраивается в свежесинтезированную микробную ДНК. После добавления AzdU клетки обрабатывают эффективным количеством соединения или молекулы с реакционноспособной циклоалкинильной функциональной группой, так что реакция напряженного [3+2] циклоприсоединения проходит между азидной и циклоалкинильной функциональными группами. Циклоалкин может быть модифицирован таким образом, чтобы дополнительно содержать метку красителя, которую затем можно регистрировать стандартными способами, включая, без ограничений, проточную цитометрию, флуоресцентную микроскопию, визуализацию, анализы на многолуночном планшете или многопараметрический скрининг; биотиновую метку, которую можно использовать с аффинным адсорбентом; фермент пероксидазы хрена (HRP); и т. д. К циклоалкинам, которые можно использовать в реакциях напряженного [3+2] циклоприсоединения для введения метки в ДНК, относятся, без ограничений: циклооктины, дифторциклооктины, гетероциклоалкины, дихлорциклооктины, дибромциклооктины или дииодциклооктины. Для мечения микробной ДНК можно применять другие химические реакции, известные в данной области. Например, азид-фосфиновую химическую реакцию, описанную Bertozzi et al., также известную как лигирование Штаудингера, можно использовать для регистрации встраивания модифицированного азидом нуклеозидного аналога, например AzdU, в свежесинтезированную микробную ДНК. См. Bertozzi et al., Chemoselective ligation, заявка на патент США № 20070037964. Микроорганизмы сначала обрабатывают эффективным количеством модифицированного азидом нуклеозидного аналога, например AzdU, в течение определенного периода времени. Затем на микроорганизмы воздействуют специально сконструированной фосфиновой функциональной группой. Одним примером специально сконструированной фосфиновой функциональной группы является сложный метиловый эфир 2-дифенилфосфанилбензойной кислоты. При использовании азид-фосфиновой химической реакции для введения метки в микробную ДНК специально сконструированная фосфиновая функциональная группа будет дополнительно содержать молекулу красителя, биотиновую функциональную группу, фермент и т. д. После проведения реакции между азидными и фосфиновыми функциональными группами молекулу биотина можно использовать для анализа с аффинным адсорбентом; и т. п.
[0063] Для оценки как исходного уровня пролиферации микроорганизмов, так и последующего изменения пролиферации микроорганизмов в описании дополнительно предложено использовать второй нуклеозидный или нуклеотидный аналог с меткой, которая отличается от введенной в первый использованный нуклеозидный или нуклеотидный аналог. Дополнительно предусмотрена возможность использования третьего и/или четвертого нуклеозидного или нуклеотидного аналогов для оценки эффективности воздействия противомикробного агента (например, антибиотика) на пролиферацию микроорганизмов или экспрессию генов микроорганизмами. Исходный уровень скорости синтеза можно регистрировать путем мечения нуклеиновой кислоты с использованием первого нуклеозидного или нуклеотидного аналога. Нет необходимости удалять первый нуклеозидный или нуклеотидный аналог перед введением второго нуклеозидного или нуклеотидного аналога. Более того, предварительное удаление первого нуклеозидного или нуклеотидного аналога перед введением второго нуклеозидного или нуклеотидного аналога может затруднять точное определение скорости пролиферации микроорганизмов. Кроме того, отсутствие стадии промывки обеспечивает совместимость способа с приложениями высокопроизводительного скрининга (HTS).
[0064] Одно из основных преимуществ композиций, способов и наборов, описанных в настоящем документе, заключается в том, что в отличие от стандартных протоколов для идентификации микроорганизма (-ов) в пробе не требуется продолжительная стадия культивирования. Поскольку в жизнеспособных, пролиферирующих организмах идет постоянное образование ДНК, композиции, способы и наборы настоящего описания могут идентифицировать микроорганизм без применения стадии культивирования для роста микроорганизмов. Напротив, в композициях, способах и наборах настоящего описания используют стадию инкубирования, в ходе которой образец инкубируют в присутствии нуклеозидных или нуклеотидных аналогов одного или более типов в течение минимального периода времени, так чтобы нуклеозидные или нуклеотидные аналоги встраивались в образующиеся микробные нуклеиновые кислоты. Соответственно, после получения образца его можно инкубировать в присутствии нуклеозидных или нуклеотидных аналогов одного или более типов в течение около 5 мин, 10 мин, 15 мин, 20 мин, 25 мин, 30 мин, 35 мин, 40 мин, 45 мин, 50 мин, 55 мин, 60 мин, 65 мин, 70 мин, 75 мин, 80 мин, 85 мин, 90 мин, 95 мин, 100 мин, 105 мин, 110 мин, 115 мин, 120 мин, 125 мин, 130 мин, 145 мин, 150 мин, 155 мин, 160 мин, 165 мин, 170 мин, 175 мин, 180 мин, 190 мин, 200 мин, 220 мин, 330 мин, 240 мин, 260 мин, 280 мин, 300 мин, 350 мин, 400 мин, 500 мин, 600 мин или в любом диапазоне, который включает в себя или находится между любыми двумя из вышеуказанных моментов времени, включая их дробные приращения.
[0065] В описании дополнительно предложено метить образующиеся микробные нуклеиновые кислоты меткой, содержащей нуклеозидные или нуклеотидные аналоги с реагентами метки одного или более типов. Описанные в настоящем документе реагенты метки специфически связываются с нуклеозидными или нуклеотидными аналогами. Например, реагентом метки может быть первое антитело, которое может быть конъюгировано с меткой или связано вторым антителом, ковалентно связанным с меткой, причем первое антитело связывается со встроенным нуклеозидным или нуклеотидным аналогом. Примеры таких первых антител могут включать в себя анти-BrdU антитела, анти-ldU антитела и анти-CldU антитела, и все они доступны на рынке от различных поставщиков. Вместе с тем, предусмотрено использование и других антител, которые могут селективно связываться со встроенными нуклеозидными или нуклеотидными аналогами (как описано выше). Что касается второго антитела, такое второе антитело может быть закреплено на субстрате, таком как гранулы или планшет. Поэтому второе антитело может функционировать в качестве аффинного адсорбента, который позволяет выделять или очищать свежесинтезированные микробные нуклеиновые кислоты. В альтернативном варианте осуществления реагентами метки могут быть соединения, содержащие функциональные группы (например, азиды), которые сконструированы так, чтобы вступать в химическую реакцию с нуклеозидными или нуклеотидными аналогами с комплементарными биоортогональными функциональными группами (например, алкинильными группами) и с меткой, такой как функциональная группа красителя, функциональная группа флуорофора, аффинный лиганд (например, GST, биотин, гистидин и т. д.), фермент (например, пероксидаза хрена) и т. п. К примерам реагентов метки, содержащих биотиновую метку, относятся следующие соединения:
, ,
,
и .
[0066] Как уже упоминалось выше, роль метки состоит в возможности визуализации или обнаружения полимера нуклеиновой кислоты, например свежесинтезированной микробной ДНК, после мечения. Как правило, метку (или регистрируемый агент или функциональную группу) выбирают таким образом, чтобы она могла селективно связываться с аффинным адсорбентом, или в альтернативном варианте осуществления могла бы быть источником сигнала, интенсивность которого связана (например, пропорциональна) с количеством меченого полимера нуклеиновой кислоты, например, в анализируемом образце. Соответственно, подразумевается, что для обнаружения, идентификации и количественного определения свежесинтезированных микробных нуклеиновых кислот можно использовать несколько меток, например первая метка может быть связана с аффинным адсорбентом, чтобы обеспечивать выделение свежесинтезированных микробных нуклеиновых кислот, а вторую, третью или более меток можно использовать в качестве источника сигналов, которые могут быть измерены и интенсивность которых соотносится с количеством меченого полимера нуклеиновой кислоты в анализируемой пробе. Особым преимуществом такого использования множества меток является возможность определения скорости пролиферации или синтеза новых нуклеиновых кислот; или тестирования эффективности введенного агента, например антибиотиков. Более того, реагенты метки могут дополнительно содержать химически расщепляемый линкер или ферментативно расщепляемый линкер, так что при необходимости метку можно удалять. Можно использовать любое число химически расщепляемых линкеров, но таковым обычно должен быть линкер, который может расщепляться в мягких условиях проведения реакции, такой как кислотно-неустойчивые линкеры, линкеры, неустойчивые в основной среде, диазолинкеры или дисульфидные линкеры. К примерам кислотно-неустойчивых линкеров относятся линкеры, содержащие гидразоновую, енаминовую, енольноэфирную, иминную или цис-аконитильную группы. К примерам линкеров, неустойчивых в основной среде, относятся карбаматные и сложноэфирные линкеры. В альтернативном варианте осуществления расщепляемым линкером может быть ферментативно расщепляемый линкер. К примерам ферментативно расщепляемых линкеров относятся пептидные линкеры или β-глюкуронидоновые линкеры.
[0067] Как описано в настоящем документе, способ идентификации и анализа микроорганизмов в образце дополнительно предусматривает выделение или очистку меченых микробных нуклеиновых кислот. В конкретном варианте осуществления меченые микробные нуклеиновые кислоты можно очищать или выделять с использованием аффинного адсорбента. В таком случае в свежесинтезированные микробные нуклеиновые кислоты вводят метку с использованием реагента метки, который, как описано в настоящем документе, связывается со встроенным нуклеозидным аналогом и который включает в себя метку, которая может селективно связываться иммобилизованным аффинным адсорбентом. В качестве реагента метки можно использовать антитело или другой тип аффинного лиганда (например, GST, биотин, гистидин и т. д.). В качестве аффинного адсорбента можно использовать второе антитело, специфичное к реагенту метки, или можно использовать другой тип агента или соединения с высокой и селективной аффинностью к реагенту метки. Например, реагентом метки может быть биотинилированная молекула, которая связывается с нуклеозидным аналогом посредством клик-химической реакции, и которая сама по себе может селективно связываться аффинным адсорбентом, содержащим авидин или стрептавидин. Поэтому взаимодействие между биотинилированным реагентом метки и стрептавидиновым аффинным адсорбентом позволяет выделять или очищать «меченые» микробные нуклеиновые кислоты из микробных нуклеиновых кислот «без метки» и других компонентов микроорганизмов. Как правило, аффинный адсорбент иммобилизован на твердой подложке, такой как планшет, гранулы, нано- или микроматериалы (например, магнитные наночастицы).
[0068] В описании также предусмотрено, что композиции, способы и наборы настоящего описания могут обнаруживать эффективность воздействия агента на жизнеспособность, рост и пролиферацию микроорганизмов. Например, противомикробный агент можно добавлять непосредственно в образец, и итоговое воздействие на жизнеспособность, рост и/или пролиферацию микроорганизмов можно устанавливать с использованием способов, описанных в настоящем документе, на основании обнаружения или отсутствия свежесинтезированных нуклеиновых кислот. Для большего контроля результатов образец можно разделять на два образца, «контрольный» образец и «обработанный» образец, причем противомикробный агент добавляют к «обработанному» образцу, а к «контрольному» образцу добавляют контрольную несущую среду, а затем определяют любые различия в образовании свежесинтезированных микробных нуклеиновых кислот между двумя образцами, причем, если в «обработанном» образце оказывается меньше свежесинтезированных микробных нуклеиновых кислот по сравнению с «контрольным» образцом, или они вовсе отсутствуют, такой результат будет указывать на эффективность противомикробного агента. В альтернативном варианте осуществления эффект противомикробного агента в тестируемой системе можно определять при заборе первого образца до введения противомикробного агента и заборе второго, третьего или более образцов в один или более моментов времени после введения противомикробного агента. Например, образец крови можно получать у пациента-человека с сепсисом до и после введения антибиотиков, причем сниженная скорость синтеза или отсутствие свежесинтезированных нуклеиновых кислот указывает на эффективность воздействия антибиотиков на жизнеспособность, рост и/или пролиферацию бактерий, вызывающих сепсис. К примерам противомикробных агентов, которые можно использовать с композициями, способами и наборами настоящего описания без ограничений относятся антибиотики, противогрибковые, противовирусные и противопаразитарные средства. Антибиотики представляют собой класс противомикробных средств, проявляющих активность против бактерий, и относятся к наиболее важному классу противомикробных агентов для борьбы с бактериальными инфекциями. Антибиотики широко применяют для лечения и профилактики таких инфекций. Они могут либо уничтожать бактерии, либо подавлять их рост. К примерам антибиотиков, которые можно использовать с композициями, способами и наборами, описанными в настоящем документе, без ограничений относятся пенициллины, например амоксициллин, ампициллин, бакампициллин, карбенициллин, клоксациллин, диклоксациллин, флуклоксациллин, мезлоциллин, нафциллин, оксациллин, пенициллин G, пенициллин V, пиперациллин, пивампициллин, пивмециллинам, тикарциллин; цефалоспорины, такие как цефацетрил, цефадроксил, цефалексин, цефалоглицин, цефалоний, цефалоридин, цефалотин, цефапирин, цефатризин, цефазафлур, цефазедон, цефазолин, цефрадин, цефроксадин, цефтезол, цефаклор, цефамандол, цефметазол, цефоницид, цефотетан, цефокситин, цефпрозил, цефуроксим, цефузонам, цефкапен, цефдалоксим, цефдинир, цефдиторен, цефетамет, цефиксим, цефменоксим, цефодизим, цефотаксим, цефпимизол, цефподоксим, цефтерам, цефтибутен, цефтиофур, цефтиолен, цефтизоксим, цефтриаксон, цефоперазон, цефтазидим, цефклидин, цефепим, цефлупренам, цефоселис, цефозопран, цефпиром, цефкином, цефтобипрол, цефтаролин, цефакломезин, цефалорам, цефапарол, цефканел, цефедролор, цефемпидон, цефетризол, цефивитрил, цефматилен, цефмепидиум, цефовецин, цефоксазол, цефротил, цефсумид, цефурацетим, цефтиоксид; монобактамы, такие как азтреонам; карбапенемы, такие как имипенем, дорипенем, эртапенем и меропенем; макролидные антибиотики, такие как азитромицин, эритромицин, кларитромицин, диритромицин, рокситромицин и телитромицин; линкозамиды, такие как клиндамицин и линкомицин; аминогликозидные антибиотики, такие как амикацин, гентамицин, канамицин, неомицин, нетилмицин, паромомицин, стрептомицин и тобрамицин; хинолоновые антибиотики, такие как флумекин, налидиксиновая кислота, оксолиновая кислота, пиромидиновая кислота, пипемидиновая кислота, розоксацин, ципрофлоксацин, эноксацин, ломефлоксацин, надифлоксацин, норфлоксацин, офлоксацин, пефлоксацин, руфлоксацин, балофлоксацин, гатифлоксацин, грепафлоксацин, левофлоксацин, моксифлоксацин, пазуфлоксацин, спарфлоксацин, темафлоксацин, тосуфлоксацин, безифлоксацин, делафлоксацин, клинафлоксацин, гемифлоксацин, прулифлоксацин, ситафлоксацин, тровафлоксацин; сульфаниламиды, такие как сульфаметизол, сульфаметоксазол, сульфизоксазол, триметоприм-сульфаметоксазол; тетрациклиновые антибиотики, такие как демеклоциклин, доксициклин, миноциклин, окситетрациклин, тетрациклин и тигексициклин; гликопептидные антибиотики, такие как ванкомицин и тейкопланин; липогликопептидные антибиотики, такие как телаванцин; оксазолидиноновые антибиотики, такие как линезолид и циклосерин; рифамицины, такие как рифампин, рифабутин, рифапентин и рифалазил; туберактиномицины, такие как виомицин и капреомицин; другие антибиотики, такие как бацитрацин, полимиксин В, хлорамфеникол, метронидазол, тинидазол и нитрофурантоин. Противогрибковые агенты представляют собой класс противомикробных средств, проявляющих активность против грибов, и относятся к наиболее важному классу противогрибковых агентов для борьбы с грибковыми инфекциями. Противогрибковые лекарственные средства широко применяют для лечения и профилактики таких инфекций. Они могут либо уничтожать грибы, либо подавлять их рост. К примерам противогрибковых средств, которые можно использовать с композициями, способами и наборами, описанными в настоящем документе, относятся, без ограничений, аллиламиновые противогрибковые средства, такие как аморолфин, бутенафин, нафтифин и тербинафин; имидазольные противогрибковые средства, такие как бифоназол, бутоконазол, клотримазол, эконазол, фентиконазол, кетоконазол, изоконазол, люликоназол, миконазол, омоконазол, оксиконазол, сертаконазол, сульконазол, тиоконазол и терконазол; триазольные противогрибковые средства, такие как албаконазол, эфинаконазол, флуконазол, изавуконазол, итраконазол, посаконазол, равуконазол, терконазол и вориконазол; и тиазольные противогрибковые средства, такие как абафунгин; полиеновые противогрибковые средства, такие как амфотерицин B, нистатин, натамицин и трихомицин; эхинокандины, такие как анидулафунгин, каспофунгин и микафунгин; тиокарбаматные противогрибковые средства, такие как толнафтат; антиметаболитные противогрибковые средства, такие как флуцитозин; бензиламины, такие как бутенафин; другие противогрибковые средства, такие как гризеофульвин, циклопирокс, сульфид селена и таваборол. К противовирусным относятся лекарственные средства, которые предотвращают проникновение, репликацию, распространение и/или созревание вирусов. К примерам противовирусных средств, которые можно использовать с композициями, способами и наборами, описанными в настоящем документе, относятся, без ограничений, противогерпетические средства, такие как ацикловир, бривудин, докозанол, фамцикловир, фоскарнет, идоксуридин, пенцикловир, трифлуридин, видарабин, цитарабин, валацикловир, троматидин и прителивир; противогриппозные агенты, такие как амантадин, римантадин, осельтамивир, перамивир и занамивир; ингибиторы протеазы NS3/4A, такие как асунапревир, боцепревир, цилупревир, данопревир, фалдапревир, глекапревир, гразопревир, нарлапревир, паритапревир, симепревир, совапревир, телапревир, ванипревир, ведропревир и воксилапревир; ингибиторы NS5A, такие как даклатасвир, элбазовир, ледипасвир, одаласвир, омбитасвир, пибрентасвир, равидасвир, рузасвир, саматасвир и велпатасвир; ингибиторы РНК-полимеразы NS5B, такие как беклабувир, дасабувир, делеобувир, филибувир, сетробувир, софосбувир, радалбувир и уприфосбувир; средства против гепатита В, такие как ламивудин, телбивудин, клевудин, адефовир, дизопроксилтенофовир и алафенамидтенофовир; ингибиторы проникновения/слияния, такие как энфувиртид, маравирок, викривирок, ценикривирок, PRO 140, ибализумаб и фостемсавир; ингибиторы обратной транскриптазы, такие как диданозин, эмтрицитабин, ламивудин, ставудин, зидовудин, амдоксовир, априцитабин, цензавудин, элвуцитабин, рацивир, стампидин, 4′-этинил-2-фтор-2′-дезоксиаденозин, зальцитабин, эфавиренз, невирапин, делавирдин, этравирин, рилпивирин и доравирин; ингибиторы интегразы, такие как долутегравир, элвигравир, ралтегравир, BI 224436, каботегравир, биктегравир и MK-2048; ингибиторы созревания, такие как бевиримат и BMS-955176; ингибиторы протеазы, такие как ампренавир, фосампренавир, индинавир, лопинавир, нелфинавир, ритонавир, саквинавир, атазанавир, дарунавир и типранавир; ингибиторы интегразы, такие как долутегравир, элвигравир, ралтегравир, BI 224436, каботегравир, биктегравир и MK-2048; нуклеотидные аналоги/NtRTI, такие как дизопроксилтенофовир, алафенамидтенофовир (TAF); стимуляторы фармакокинетики, такие как кобицистат и ритонавир; и интерфероны, такие как интерферон-α и пегинтерферон-α; другие противовирусные средства, такие как метизазон, рифампицин, имиквимод, ресиквимод, подофиллотоксин, фомивирсен, цидофовир, плеконарил, фавипиравир, галидезивир, ремдезивир, мерицитабин, MK-608, NITD008, мороксидин, тромантадин и триазавирин.
[0069] Композиции, способы и наборы, описанные в настоящем документе, также позволяют идентифицировать микроорганизмы в образце за счет идентификации свежесинтезированных микробных нуклеиновых кислот с использованием микроматрицы, содержащей зонды для нуклеиновых кислот множества разных микроорганизмов. Как правило, на микроматрице будут размещены зонды для нуклеиновых кислот 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 55,60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95, 100, 110, 120, 130, 140, 150, 160, 180, 190, 200, 300, 400, 500, 600, 700, 800, 900, 1000, 5000, 10 000, 15 000, 20 000, 30 000, 40 000, 50 000, 100 000 различных микроорганизмов или в любом диапазоне численности, который включает или находится между любыми двумя приведенными выше значениями, включая их дробные приращения. Зонды, как правило, выполнены таким образом, чтобы их последовательности были комплементарны сегментам одного или более геномов целевого организма (например, 16S рРНК). Олигонуклеотиды можно наносить на матрицу механическим осаждением, распылять через модифицированную головку струйного принтера или синтезировать in situ в ходе последовательности фотокатализируемых реакций. Зонды размещают на матрице в форме прямоугольной решетки «элементов», каждый из которых содержит множество копий одного и того же олигонуклеотида. Плотность элементов на матрице меняется в зависимости от платформы, от 20 000 точек на планшете для стандартной точечной матрицы до нескольких миллионов для таких платформ, как NimbleGen и Affymetrix, где используются олигонуклеотиды синтезированные in situ. Матрицы могут быть разграничены прокладкой на подсекции, что позволяет тестировать сразу несколько образцов на одном планшете. Дублирующиеся элементы, рассредоточенные случайным образом по матрице, можно использовать для коррекции несоответствий, вызванных царапинами и пространственными эффектами. В некоторые матрицы включают зонды отрицательного контроля со случайными последовательностями для формирования порогового уровня коррекции фонового шума. В предшествующем уровне техники были описаны матрицы для обнаружения любого числа патогенов, в том числе ViroChip (Wang D. et al., PLoS Biol. 2003; 1:E2); микроматрицы для повторного секвенирования патогенов (Leski T. et al. PLoS ONE. 2009; 4:e6569); универсальная микроматрица для обнаружения (Belosludtsev Y. et al., BioTechniques. 2004; 37:654-8,66); GreeneChip (Quan et al., J Clin Microbiol. 2007; 45:2359-64); и матрица Lawrence Livermore для обнаружения микроорганизмов (Gardner S. et al. BMC Genomics. 2010; 11:668). Например, матрица Lawrence Livermore для обнаружения микроорганизмов содержит зонды для почти 6000 вирусов и 15 000 бактерий, а также для грибов и простейших организмов. После нанесения свежесинтезированной микробной ДНК на микроматрицу будет наблюдаться флуоресценция любого зонда, который регистрирует свою специфическую последовательность, и она будет считываться сканером. Необработанные данные сканера затем анализируют с помощью алгоритмов. Для идентификации большого числа нуклеотидных последовательностей или зондов, являющихся отличительными признаками микробов, используют методы биоинформатики.
[0070] Композиции, способы и наборы, описанные в настоящем документе, также позволяют идентифицировать микроорганизмы в образце за счет секвенирования свежесинтезированных микробных нуклеиновых кислот со встроенными нуклеозидными или нуклеотидными аналогами настоящего описания. Для секвенирования свежесинтезированной микробной ДНК или микробной РНК, которая прошла обратную транскрипцию в кДНК, можно использовать множество методологий секвенирования, в том числе методики секвенирования, основанные на методе секвенирования путем обрыва дидезокси-цепи по Сэнгеру, in vitro транспозиция, платформы секвенирования следующего поколения, включая приборы 454 FLX™ или 454 TITANIUM™ (Roche), анализатор генома SOLEXA™ (Illumina), одномолекулярный секвенатор HELISCOPE™ (Helicos Biosciences) и секвенатор ДНК SOLID™ (Life Technologies/Applied Biosystems), а также другие платформы по-прежнему находящиеся в стадии разработки такими компаниями, как Intelligent Biosystems и Pacific Biosystems. Несмотря на то, что химические реакции, на основании которых формируется информация о последовательности, разнятся для различных платформ секвенирования следующего поколения, для них всех характерна общая особенность построения данных последовательности из очень большого числа матриц секвенирования, на которых реакции секвенирования проходят одновременно. Как правило, данные всех таких реакций секвенирования собирают с помощью сканера, а затем группируют и анализируют с помощью компьютеров и мощного программного обеспечения биоинформатики. Реакции секвенирования проводят, считывают, группируют и анализируют в «массово-параллельном» или «мультиплексном» режиме. В свете массово-параллельного характера работы таких приборов потребовалось изменение представлений о том, какие матрицы секвенирования необходимы, и каким образом их формировать, чтобы получать максимально возможные объемы данных секвенирования от этих мощных приборов. Поэтому вместо потребности в геномных библиотеках клонов ДНК в E. coli в настоящее время важно мыслить в категориях систем in vitro для построения библиотек фрагментов ДНК, содержащих набор или популяцию фрагментов ДНК, полученных из целевой ДНК в образце, причем комбинация всех фрагментов ДНК в наборе или популяции демонстрирует последовательности, качественно и/или количественно представляющие последовательность целевой ДНК, из которой были получены фрагменты ДНК. Действительно, в некоторых случаях необходимо мыслить в категориях построения библиотек фрагментов ДНК, состоящих из множества библиотек фрагментов геномной ДНК, в каждый из которых вводят различные адресные метки или штрихкоды, чтобы обеспечивать идентификацию источника каждого секвенированного фрагмента.
[0071] Как правило, такие способы секвенирования следующего поколения требуют фрагментации геномной ДНК или двухцепочечной кДНК (полученной из РНК) на более мелкие фрагменты оцДНК и введения меток в по меньшей мере одну цепочку или предпочтительно в обе цепочки фрагментов оцДНК. В некоторых способах метки формируют сайты праймирования для секвенирования ДНК с использованием ДНК-полимеразы. В некоторых способах метки также формируют сайты для захвата фрагментов на поверхности, например на грануле (например, для некоторых из этих способов перед эмульсионной ПЦР-амплификацией; например, с использованием способов, описанных в патенте США № 7,323,305). В большинстве случаев библиотеки фрагмента ДНК, используемые в качестве матриц для секвенирования следующего поколения, содержат фрагменты ДНК с 5′- и 3′-меткой или «фрагменты ДНК с двойной меткой». Как правило, современные способы получения библиотек фрагмента ДНК для секвенирования следующего поколения включают фрагментацию целевой ДНК, которую требуется секвенировать (например, целевую ДНК, содержащую геномную ДНК или двухцепочечную кДНК после обратной транскрипции РНК) с использованием ультразвукового диспергатора, распылителя или нуклеазы и связывание (например, посредством лигирования) олигонуклеотидов, состоящих из адапторов или меток с 5′- и 3′-концами фрагментов. В некоторых способах секвенирования следующего поколения в процессе секвенирования используют субстраты кольцевой оцДНК. Например, в заявках на патент США № 20090011943; 20090005252; 20080318796; 20080234136; 20080213771; 20070099208; и 20070072208, поданных Drmanac et al., описано формирование матриц кольцевых оцДНК для массово-параллельного секвенирования ДНК. В заявке на патент США № 20080242560, поданной Gunderson и Steemers, описаны способы, включающие: получение цифровых гранул ДНК (см., например, ФИГ. 8 в заявке на патент США № 20080242560); и/или локус-специфические расщепление и амплификацию ДНК, например геномной ДНК, включая амплификацию с множественным замещением или амплификацию полного генома (например, ФИГ. 17 в упомянутом документе), или гиперразветвленную амплификацию по типу катящегося кольца (RCA) (например, ФИГ. 18 в упомянутом документе) для построения матриц амплифицированной нуклеиновой кислоты (например, ILLUMINA BeadArrays™; ILLUMINA, г. Сан-Диего, штат Калифорния, США).
[0072] В конкретном варианте осуществления в описании предложено использовать методы секвенирования на основе транспосом для идентификации микроорганизмов в образце. Такие методы секвенирования на основе транспосом описаны в US2014/0162897; US2015/0368638; US2018/0245069; US2018/0023119; WO20122103545; WO20150160895; WO2016130704; WO2019028047; US9574226; EP3161152; описания которых полностью включены в настоящий документ путем ссылки. Количество стадий, необходимых для трансформации целевой нуклеиновой кислоты, такой как ДНК, в модифицированные адапторные матрицы, готовые к секвенированию следующего поколения, можно свести к минимуму за счет использования фрагментации и тагментации, опосредованных транспозазой. Такой процесс, называемый в настоящем документе «тагментацией», часто включает модификацию целевой нуклеиновой кислоты транспосомным комплексом, содержащим фермент транспозазу в комплексе с парой транспозонов, содержащей одноцепочечную адапторную последовательность и участок двухцепочечной концевой последовательности транспозона, с необязательными дополнительными последовательностями, сконструированными для той или иной конкретной цели. Тагментация приводит к одновременной фрагментации целевой нуклеиновой кислоты и лигированию адаптеров к 5′-концам обеих цепей дуплексных фрагментов нуклеиновой кислоты. Если транспосомные комплексы фиксированы на подложке, после реакции тагментации полученные фрагменты связываются с твердой подложкой (либо непосредственно в случае связанных с 5′-концом транспосомных комплексов, либо посредством гибридизации в случае связанных с 3′-концом транспосомных комплексов). В частности, за счет использования транспозазы и концевых композиций транспозона, описанных в настоящем документе, можно получать библиотеки линейных фрагментов оцДНК с двойной меткой или меченых кольцевых фрагментов оцДНК (и продуктов их амплификации) из целевой микробной ДНК (включая двухцепочечную кДНК, полученную из микробной РНК) для геномного, субгеномного, транскриптомного или метагеномного анализа или анализа экспрессии микробной РНК (например, для использования при получении меченой целевой молекулы для анализа на микроматрице; например для анализа изменения числа копий, для обнаружения и анализа однонуклеотидных полиморфизмов и для обнаружения генов из образцов окружающей среды, например из почвенных или водных источников).
[0073] В конкретном варианте осуществления в методе секвенирования на основе транспосом, описанном в настоящем документе, используют реакцию транспозиции in vitro для одновременного расщепления свежесинтезированной микробной ДНК на фрагменты и введения метки на 5′-конце каждого фрагмента. Реакцию транспозиции in vitro можно проводить посредством сборки с использованием либо отдельно взятой транспозазы и концевых композиций транспозона, либо единичной композиции транспосомы, содержащей стабильный комплекс, образованный транспозазой и концевой композицией транспозона. Таким образом, следует понимать, что в любом методе секвенирования на основе транспосом, в котором описано применение транспозазы и концевой композиции транспозона, также можно использовать транспосомную композицию, полученную из транспозазы и концевой композиции транспозона, и в любом методе секвенирования на основе транспосом, в котором описано применение транспосомной композиции, также можно использовать отдельно взятую транспозазу и концевые композиции транспозона, из которых состоит транспосомная композиция.
[0074] Метод секвенирования на основе транспосом, описанный в настоящем документе, можно использовать для получения библиотеки фрагментов ДНК с меткой из свежесинтезированной микробной ДНК, причем такой метод секвенирования на основе транспосом включает: инкубирование свежесинтезированной микробной ДНК в реакции транспозиции in vitro с по меньшей мере одной транспозазой и концевой композицией транспозона, с которой транспозаза образует комплекс транспозиции, причем концевая композиция транспозона содержит (i) перенесенную цепочку с перенесенной концевой последовательностью транспозона и необязательно дополнительной последовательностью 5′-перенесенной концевой последовательности транспозона, и (ii) цепочку без переноса с последовательностью, комплементарной перенесенной концевой последовательности транспозона, в таких условиях и в течение достаточного времени, при которых может происходить множество вставок в свежесинтезированную микробную ДНК, каждая из которых приводит к соединению первой метки, содержащей перенесенную цепочку или состоящей из нее, с 5′-концом нуклеотида в целевой ДНК, тем самым приводя к фрагментации целевой ДНК и получая популяцию отожженых 5′-меченых фрагментов ДНК, каждый из которых содержит первую метку на 5′-конце; и затем присоединение 3′-концов 5′-меченых фрагментов ДНК к первой метке или ко второй метке, тем самым создавая библиотеку фрагментов ДНК с меткой (например, содержащую либо кольцевые фрагменты оцДНК с меткой, либо 5′- и 3′-меченые фрагменты ДНК (или «фрагменты ДНК с двойной меткой»)). В дополнительном варианте осуществления в вышеописанном методе секвенирования на основе транспосом используют отдельно взятую транспозазу и концевую композицию транспозона, тогда как в других вариантах осуществления метод секвенирования на основе транспосом проводят с использованием транспосомной композиции, содержащей комплекс, образованный между транспозазой и концевой композицией транспозона.
[0075] В описании дополнительно предложена идентификация микроорганизмов с помощью метода секвенирования на основе транспосом, в котором транспосомные комплексы закреплены на твердой подложке. Примером коммерческого продукта, использующего связанные с гранулами транспосомы для секвенирования, является система Nextera™ DNA Flex, поставляемая компанией Illumina®. Систему Nextera™ DNA Flex можно использовать для идентификации микроорганизмов с применением способов, описанных в настоящем документе. Библиотеки фрагментов нуклеиновых кислот могут быть получены способом на основе транспосом, в котором две концевые последовательности транспозона, одна из которых связана с последовательностью метки, и транспозаза образуют транспосомный комплекс. Транспосомные комплексы используют для фрагментации и введения метки в целевые нуклеиновые кислоты в растворе для создания меченой библиотеки, готовой для использования в секвенаторе. Транспосомные комплексы можно иммобилизовать на твердой поверхности, например, за счет биотина, связанного с 5′-концом одной из двух концевых последовательностей. Использование иммобилизованных транспосом обеспечивает существенные преимущества по сравнению с подходами с растворенной фазой за счет уменьшения времени работы и общего времени на подготовку библиотеки, стоимости и потребностей в реагентах, снижения уровня требований к вводимым образцам и обеспечения возможности использования неочищенных или разложившихся образцов в качестве отправной точки для получения библиотеки. Примеры процедур транспозиции и систем для иммобилизации транспосом на твердой поверхности, позволяющих получать однородные по размерам фрагменты и стабильный выход библиотеки, подробно описаны в WO2014/108810 и WO2016/189331, каждая из которых полностью включена в настоящий документ путем ссылки. В некоторых способах тагментации с использованием гранул, описанных в публикации PCT № WO2016/189331 и US 2014/093916A1, транспосомы связаны с магнитными гранулами за счет взаимодействия биотин-стрептавидин.
[0076] Как правило, транспосома иммобилизуется на субстрате, например планшете или грануле, за счет ковалентных или нековалентных партнеров по связыванию, например аффинного элемента и аффино связывающегося партнера. Например, транспосомный комплекс иммобилизуют на покрытой стрептавидином грануле за счет биотинилированного линкера, связанного с транспосомным комплексом. Свежесинтезированные микробные нуклеиновые кислоты захватываются иммобилизованным транспосомным комплексом, после чего проводят фрагментацию нуклеиновых кислот и введение метки («тагментация»). Меченые фрагменты амплифицируют, интересующие ампликоны необязательно захватываются (например, посредством зондов гибридизации), и меченые фрагменты секвенируют.
[0077] Использование связанных с твердой подложкой транспосомных комплексов для получения библиотеки снижает потребность в нормализации входных данных образцов, используемых в процессе формирования библиотеки, и в нормализации выходных данных библиотеки перед стадиями обогащения или секвенирования. Использование этих комплексов также позволяет получать библиотеки с более унифицированными размерами вставок по сравнению со способами с растворенной фазой даже при использовании различных исходных концентраций образцов. В некоторых вариантах осуществления транспосомные комплексы иммобилизуют на подложке посредством одного или более полинуклеотидов (например, олигонуклеотидов), таких как полинуклеотид (олигонуклеотид), содержащий концевую последовательность транспозона. В некоторых вариантах осуществления транспосомный комплекс можно иммобилизовать с помощью линкера, добавленного к концу последовательности транспозона, например, связывая фермент транспозазу с твердой подложкой. В некоторых вариантах осуществления фермент транспозаза и полинуклеотид транспозона (например, олигонуклеотид) иммобилизованы на твердой подложке. Когда речь идет о иммобилизации молекул (например, нуклеиновых кислот, ферментов) на твердой подложке, термины «иммобилизованный», «фиксированный» и «закрепленный» используются в настоящем документе взаимозаменяемо, и предполагается, что, если прямо или косвенно из контекста не следует иное, оба термина охватывают прямое или опосредованное, ковалентное или нековалентное присоединение. В определенных вариантах осуществления настоящего описания ковалентное присоединение может быть предпочтительным, но по существу все, что требуется, это чтобы молекулы (например, нуклеиновые кислоты, ферменты) оставались бы иммобилизованными на подложке или связанным с ней в условиях, в которых предполагается использовать подложку, например в приложениях, требующих амплификации и/или секвенирования нуклеиновых кислот. В некоторых случаях при тагментации гранул транспосомы могут быть связаны с поверхностью гранулы за счет пары лигандов, например аффинного элемента и аффинно связывающегося партнера.
[0078] Технологию на основе транспозонов можно применять для фрагментации ДНК, например, как показано в примере рабочего процесса для наборов подготовки образцов NEXTERA™ XT и FLEX DNA (Illumina, Inc.), в которых свежесинтезированные микробные нуклеиновые кислоты обрабатывают транспосомными комплексами, которые одновременно фрагментируют и метят («тагментация») мишень, таким образом создавая популяцию фрагментированных молекул нуклеиновой кислоты, меченных уникальными адапторными последовательностями на концах фрагментов.
[0079] Реакция транспозиции представляет собой реакцию, в которой один или более транспозонов вставляются в целевые нуклеиновые кислоты в случайных сайтах или почти случайных сайтах. Компоненты реакции транспозиции включают в себя транспозазу (или другой фермент, способный к фрагментированию и мечению нуклеиновой кислоты, как описано в настоящем документе, такой как интеграза) и транспозонный элемент, который включает в себя двухцепочечную концевую последовательность транспозона, связывающуюся с ферментом, и адапторную последовательность, присоединенную к одной из двух концевых последовательностей транспозона. Одна цепь двухцепочечной концевой последовательности транспозона переносится в одну цепь целевой нуклеиновой кислоты, а комплементарная цепь концевой последовательности транспозона не переносится (непереносимая последовательность транспозона). При необходимости или по желанию адапторная последовательность может содержать одну или более функциональных последовательностей (например, последовательности праймеров).
[0080] Поэтому в дополнительном варианте осуществления идентификация и анализ микроорганизмов в образце дополнительно включает стадии получения библиотеки меченых фрагментов нуклеиновых кислот, включающие: обеспечение твердой подложки, содержащей иммобилизованный на ней транспосомный комплекс, описанный в настоящем документе; и приведение твердой подложки в контакт с выделенными или очищенными свежесинтезированными микробными нуклеиновыми кислотами в условиях, достаточных для фрагментации целевой нуклеиновой кислоты на множество целевых фрагментов и для соединения 3′-конца первого транспозона с 5′-концом целевых фрагментов, чтобы получить множество целевых фрагментов с 5′-меткой. В дополнительном варианте осуществления способ дополнительно включает амплификацию целевых 5′-меченых фрагментов. В еще одном дополнительном варианте осуществления способы дополнительно включают секвенирование одного или более из целевых 5′-меченых фрагментов или амплификацию их продуктов.В некоторых аспектах в настоящем описании предложена библиотека 5′-меченых фрагментов свежесинтезированных микробных нуклеиновых кислот, полученных способами, описанными в настоящем документе.
[0081] В другом аспекте в настоящем изобретении предложены наборы, которые включают по меньшей мере один нуклеозидный аналог и реагент метки настоящего изобретения. Такой набор, как правило, будет также включать в себя инструкции по применению нуклеозидного аналога и реагента метки в одном или нескольких способах, обычно для обнаружения или измерения изменения в синтезе микробной нуклеиновой кислоты.
[0082] В одном примере осуществления набор включает в себя нуклеозидный или нуклеотидный аналог, который содержит биоортогональную функциональную группу, и первый реагент метки, который может участвовать в клик-химической реакции с биоортогональной функциональной группой. К дополнительным компонентам набора относятся аффинные адсорбенты, буферы и другие реагенты для обнаружения и стандарты.
[0083] Приведенные ниже примеры призваны проиллюстрировать, а не ограничивать описание. Несмотря на то, что все они являются характерными примерами возможного использования, в альтернативном варианте осуществления можно применять другие процедуры, известные специалистам в данной области.
ПРИМЕРЫ
[0084] Пример способа обнаружения и идентификации бактерий в образце, полученном от пациента с сепсисом. Методологии и технологии настоящего описания позволяют обнаруживать бактерии у пациента с сепсисом. Как показано на Фиг. 1, образец крови культивируют в среде, содержащей нуклеозидный реагент метки 5-этинил-2'-дезоксиуридин (EdU). После короткого периода культивирования (от нескольких минут до нескольких часов) живые клетки, осуществляющие синтез ДНК, встраивают EdU в свои геномы. В данном случае, если необходимо установить резистентность к антибиотикам, в культуральную среду можно включить представляющие интерес антибиотики. После быстрого культивирования клетки затем лизируют, и при необходимости может быть проведена очистка ДНК из лизата. В свежесинтезированную ДНК, содержащую EdU, затем вводят метку биотина, путем клик-реакции с линкером азид-дисульфид-биотин. После введения метки биотина свежесинтезированную ДНК захватывают на гранулы, конъюгированные со стрептавидином. После промывки гранул ДНК отделяют от гранул путем добавления дитиотреитола (DTT). Для идентификации бактерии, продуцирующей ДНК, получают библиотеки секвенирования с использованием стандартных способов (например, Illumina Nextera DNA Flex с ПЦР-амплификацией библиотеки), а затем секвенируют. Биоинформатический анализ последовательностей позволяет идентифицировать бактерии, вызывающие сепсис.
[0085] Пример способа быстрого анализа экспрессии микробных генов в образцах, содержащих живые микроорганизмы. Методологии и технологии настоящего описания также можно использовать для быстрого анализа экспрессии микробных генов в образцах, содержащих живые микроорганизмы (Фиг. 2). Вместо культивирования с EdU образцы культивируют с 5-этинил-уридином (EU), который затем встраивается в свежесинтезированную микробную РНК. После введения метки биотина и очистки РНК с помощью стрептавидина проводят обратную транскрипцию РНК в кДНК. Из кДНК получают библиотеки секвенирования. Проводимое затем секвенирование и биоинформатический анализ обнаруживают экспрессию генов живых микроорганизмов в пробе. Такой анализ экспрессии генов можно использовать, чтобы идентифицировать гены, вызывающие фенотип заболевания, или чтобы определить, отвечает ли микроорганизм на антибиотики. В дополнение к информации об экспрессии генов для идентификации штаммов также можно использовать анализ последовательности РНК. Поскольку РНК синтезируется в живых непролиферирующих микроорганизмах, анализ РНК может позволить идентифицировать загрязняющие или инфекционные микроорганизмы, которые являются жизнеспособными, но не размножаются в культуре.
[0086] Будет очевидно, что возможны различные модификации без отклонения от сущности и объема настоящего описания. Соответственно, нижеследующая формула изобретения охватывает другие варианты осуществления.
Claims (111)
1. Способ идентификации пролиферирующих микроорганизмов в образце, включающий:
(a) отбор образца, содержащего или предположительно содержащего один или более видов микроорганизмов;
(b) инкубирование образца в присутствии нуклеозидных или нуклеотидных аналогов одного или более типов, причем нуклеозидные или нуклеотидные аналоги одного или более типов включены в микробные нуклеиновые кислоты внутри одного или нескольких типов микроорганизмов во время синтеза ДНК;
(c) введение метки в микробные нуклеиновые кислоты путем приведения микробных нуклеиновых кислот в контакт с реагентом метки азид-линкер-биотин, который селективно связывается с нуклеозидными или нуклеотидными аналогами одного или более типов, включенными в микробные нуклеиновые кислоты;
(d) выделение или очистку меченых микробных нуклеиновых кислот с использованием аффинного адсорбента стрептавидина или авидина, иммобилизованного на твердой подложке;
(e) расщепление линкера для получения выделенных или очищенных микробных нуклеиновых кислот из аффинного адсорбента; и
(f) определение идентичности пролиферирующих микроорганизмов в образце по результатам секвенирования выделенных или очищенных микробных нуклеиновых кислот.
2. Способ по п. 1, в котором образец получают от субъекта с подозрением на наличие или наличием микробной инфекции.
3. Способ по п. 2, в котором у субъекта диагностирован или подозревается сепсис.
4. Способ по любому из пп. 1-3, в котором для стадии (a) полученный образец перед стадией (b) обрабатывают с использованием способа удаления нуклеиновых кислот хозяина, чтобы селективно удалить немикробные нуклеиновые кислоты.
5. Способ по п. 4, в котором способ удаления нуклеиновых кислот хозяина включает:
удаление немикробных нуклеиновых кислот путем:
(а) селективного расщепления немикробной ДНК путем приведения полученного образца в контакт с рекомбинантным белком, содержащим: связывающийся домен, который селективно связывается с немикробными нуклеиновыми кислотами, связанными гистоном(ами), или с немикробными нуклеиновыми кислотами, содержащими метилированные CpG остатки, и нуклеазный домен, обладающий активностью при расщеплении нуклеиновых кислот; или
(b) использования аффинного агента, связанного с твердой подложкой, который селективно связывается с нуклеиновыми кислотами, связанными гистоном(ами), или селективно связывается с метилированными CpG остатками немикробных нуклеиновых кислот.
6. Способ по п. 1, в котором образец представляет собой образец окружающей среды, взятый с природоохранного испытательного участка.
7. Способ по п. 6, в котором проводят тестирование природоохранного участка на предмет загрязнения микроорганизмами.
8. Способ по п. 1, в котором образец представляет собой образец продукта питания с подозрением на загрязнение микроорганизмами.
9. Способ по любому из предшествующих пунктов, в котором к одному или более видов микроорганизмов относятся бактерии, грибы, вирусы, водоросли, археи и/или простейшие.
10. Способ по п. 9, в котором бактерии выбраны из Actinomyces israelii, Bacillus anthracis, Bacillus cereus, Bartonella henselae, Bartonella quintana, Bordetella pertussis, Borrelia burgdorferi, Borrelia garinii, Borrelia afzelii, Borrelia recurrentis, Brucella abortus, Brucella canis, Brucella melitensis, Brucella suis, Campylobacter jejuni, Chlamydia pneumoniae, Chlamydia trachomatis, Chlamydophila psittaci, Clostridium botulinum, Clostridium difficile, Clostridium perfringens, Clostridium tetani, Corynebacterium diphtheriae, Enterococcus faecalis, Enterococcus faecium, Escherichia coli, Francisella tularensis, Haemophilus influenzae, Helicobacter pylori, Legionella pneumophila, Leptospira interrogans, Leptospira santarosai, Leptospira weilii, Leptospira noguchii, Listeria monocytogenes, Mycobacterium leprae, Mycobacterium tuberculosis, Mycobacterium ulcerans, Mycoplasma pneumoniae, Neisseria gonorrhoeae, Neisseria meningitidis, Pseudomonas aeruginosa, Rickettsia rickettsia, Salmonella typhi, Salmonella typhimurium, Shigella sonnei, Staphylococcus aureus, Staphylococcus epidermidis, Staphylococcus saprophyticus, Streptococcus agalactiae, Streptococcus pneumoniae, Streptococcus pyogenes, Treponema pallidum, Ureaplasma urealyticum, Vibrio cholerae, Yersinia pestis, Yersinia enterocolitica и/или Yersinia pseudotuberculosis.
11. Способ по п. 9, в котором грибы выбраны из Absidia corymbifera, Absidia ramose, Achorion gallinae, Actinomadura spp., Ajellomyces dermatididis, Aleurisma brasiliensis, Allersheria boydii, Arthroderma spp., Aspergillus flavus, Aspergillus fumigatu, Basidiobolus spp., Blastomyces spp., Cadophora spp., Candida albicans, Cercospora apii, Chrysosporium spp., Cladosporium spp., Cladothrix asteroids, Coccidioides immitis, Cryptococcus albidus, Cryptococcus gattii, Cryptococcus laurentii, Cryptococcus neoformans, Cunninghamella elegans, Dematium wernecke, Discomyces israelii, Emmonsia spp., Emmonsiella capsulate, Endomyces geotrichum, Entomophthora coronate, Epidermophyton floccosum, Filobasidiella neoformans, Fonsecaea spp., Geotrichum candidum, Glenospora khartoumensis, Gymnoascus gypseus, Haplosporangium parvum, Histoplasma, Histoplasma capsulatum, Hormiscium dermatididis, Hormodendrum spp., Keratinomyces spp., Langeronia soudanense, Leptosphaeria senegalensis, Lichtheimia corymbifera, Lobmyces loboi., Loboa loboi, Lobomycosis, Madurella spp., Malassezia furfur, Micrococcus pelletieri, Microsporum spp., Monilia spp., Mucor spp., Mycobacterium tuberculosis, Nannizzia spp., Neotestudina rosatii, Nocardia spp., Oidium albicans, Oospora lactis, Paracoccidioides brasiliensis, Petriellidium boydii, Phialophora spp., Piedraia hortae, Pityrosporum furfur, Pneumocystis jirovecii (или Pneumocystis carinii), Pullularia gougerotii, Pyrenochaeta romeroi, Rhinosporidium seeberi, Sabouraudites (Microsporum), Sartorya fumigate, Sepedonium, Sporotrichum spp., Stachybotrys, Stachybotrys chartarum, Streptomyce spp., Tinea spp., Torula spp., Trichophyton spp., Trichosporon spp. и/или Zopfia rosatii.
12. Способ по п. 9, в котором вирусы выбраны из симплексвируса, вируса ветряной оспы, цитомегаловируса, розеоловируса, лимфокриптовируса, радиновируса, мастаденовируса, α-папилломавируса, β-папилломавируса, Х-папилломавируса, γ-папилломавируса, мю-папилломавируса, ню-папилломавируса, альфа-полиомавируса, бета-полиомавируса, γ-полиомавируса, дельта-полиомавируса, поксвируса моллюсков, ортопоксвируса, парапоксвируса, α-вируса гепатита TTV, β-вируса гепатита TTV, γ-вируса гепатита TTV, цикловируса, гемициркулярного вируса, гемикибивируса, гемивонгвируса, эритровируса, депендовируса, бокавируса, ортогепаднавируса, гамма-ретровируса, дельта-ретровируса, лентивируса, вируса пенистости обезьян, вируса колорадской клещевой лихорадки, ротавируса, сидорнавируса, α-коронавируса, β-коронавируса, торовируса, мамастровируса, норовируса, саповируса, флавивируса, вируса гепатита С, пегивируса, ортогепевируса, кардиовируса, козавируса, энтеровируса, вируса гепатита А, кобувируса, парэховируса, розавируса, саливируса, альфавируса, вируса краснухи, вируса Эбола, вируса Марбурга, хенипавируса, вируса кори, вируса респираторных заболеваний, вируса паротита, метапневмовируса, ортопневмовируса, ледантевируса, лиссавируса, везикуловируса, маммаренавируса, ортохантавируса, ортонайровируса, ортобуньявируса, флебовируса, α-вируса гриппа, β-вируса гриппа, γ-вируса гриппа, куараньявируса, тоготовируса и/или дельтавируса.
13. Способ по любому из предшествующих пунктов, в котором один или более типов нуклеозидных или нуклеотидных аналогов выбраны из 2-этиниладенозина, N6-пропаргиладенозина, 2'-(O-пропаргил)-аденозина, 3'-(O-пропаргил)-аденозина, 5-этинил-цитидина, 5-этинил-2'-дезоксицитидина, 2'-(O-пропаргил)-цитидина, 3'-(O-пропаргил)-цитидина, 2'-(O-пропаргил)-гуанозина, 3'-(O-пропаргил)-гуанозина, 5-этинил-уридина, 5-этинил-2'-дезоксиуридина, 2'-(O-пропаргил)-уридина, 3'-(O-пропаргил)-уридина, (2'S)-2'-дезокси-2'-фтор-5-этинилуридина, (2'S)-2'-фтор-5-этинилуридина, 2'(S)-2'-дезокси-2'-фтор-5-этинилуридина, (2'S)-2'-фтор-5-этинилуридина, 8-азидоаденозина, N6-(6-азидо)гексил-2'-дезоксиаденозина, 2'-азидо-2'-дезоксиаденозина, 5-азидометилуридина, 5-(15-азидо-4,7,10,13-тетраоксапентадеканоиламиноаллил)-2'-дезоксиуридина, 5-(3-азидопропил)-уридина, 5-азидо-PEG4-уридина, 5-азидо-PEG4-цитидина, 5-азидо-PEG4-2'-дезоксицитидина, 5-бром-2'-дезоксиуридина, 5-бромуридина, 5-иод-2'-дезоксиуридина и 5-иодуридина.
14. Способ по любому из предшествующих пунктов, в котором один или более типов нуклеозидных или нуклеотидных аналогов выбраны из 2-этиниладенозина, N6-пропаргиладенозина, 2'-(O-пропаргил)-аденозина, 3'-(O-пропаргил)-аденозина, 5-этинилцитидина, 5-этинил-2'-дезоксицитидина, 2'-(O-пропаргил)-цитидина, 3'-(O-пропаргил)-цитидина, 2'-(O-пропаргил)-гуанозина, 3'-(O-пропаргил)-гуанозина, 5-этинилуридина, 5-этинил-2'-дезоксиуридина, 2'-(O-пропаргил)-уридина, 3'-(O-пропаргил)-уридина, (2'S)-2'-дезокси-2'-фтор-5-этинилуридина, (2'S)-2'-фтор-5-этинилуридина, 2'(S)-2'-дезокси-2'-фтор-5-этинилуридина и (2'S)-2'-фтор-5-этинилуридина.
15. Способ по любому из предшествующих пунктов, в котором один или более типов нуклеозидных или нуклеотидных аналогов выбраны из 8-азидоаденозина, N6-(6-азидо)гексил-2'-дезоксиаденозина, причем один или более типов нуклеозидных или нуклеотидных аналогов выбраны из 2'-азидо-2'-дезоксиаденозина, 5-азидометилуридина, 5-(15-азидо-4,7,10,13-тетраоксапентадеканоиламиноаллил)-2'-дезоксиуридина, 5-(3-азидопропил)-уридина, 5-азидо-PEG4-уридина, 5-азидо-PEG4-цитидина и 5-азидо-PEG4-2'-дезоксицитидина.
16. Способ по любому из предшествующих пунктов, в котором один или более типов нуклеозидных или нуклеотидных аналогов выбраны из 5-бром-2'-дезоксиуридина, 5-бромуридина, 5-иод-2'-дезоксиуридина и 5-иодуридина.
17. Способ по любому из предшествующих пунктов, в котором образец инкубируют в присутствии нуклеозидных или нуклеотидных аналогов одного или более типов от 5 мин до 180 мин.
18. Способ по п. 17, в котором образец инкубируют в присутствии нуклеозидных или нуклеотидных аналогов одного или более типов от 30 до 120 мин.
19. Способ по любому из предшествующих пунктов, в котором реагент метки связывается с нуклеозидными или нуклеотидными аналогами одного или более типов посредством клик-химической реакции, реакции напряженного [3+2] циклоприсоединения или лигирования Штаудингера.
20. Способ по п. 1, в котором реагент метки, содержащий биотиновую группу, выбран из:
, ,
,
и .
21. Способ по любому из предшествующих пунктов, в котором реагент метки содержит химически расщепляемый линкер или ферментативно расщепляемый линкер.
22. Способ по п. 21, в котором расщепляемый линкер представляет собой кислотно-неустойчивый линкер или дисульфидный линкер.
23. Способ по п. 22, в котором кислотно-неустойчивый линкер содержит гидразоновые или цис-аконитильные группы.
24. Способ по п. 21, в котором ферментативно расщепляемый линкер содержит пептидный линкер или β-глюкуронидоновый линкер.
25. Способ по п. 1, в котором твердая подложка аффинного адсорбента выполнена из нано- или микроматериалов, гранул или представляет собой планшет.
26. Способ по п. 1, в котором выделенные или очищенные свежесинтезированные микробные нуклеиновые кислоты секвенируют с помощью метода секвенирования на основе транспосом.
27. Способ по п. 26, в котором секвенирование свежесинтезированных микробных нуклеиновых кислот проводят посредством:
(a) нанесения выделенных или очищенных свежесинтезированных микробных нуклеиновых кислот на связанные с гранулами транспосомы, причем транспосомы, связанные с гранулами, опосредуют одновременную фрагментацию микробных нуклеиновых кислот и добавление праймеров для секвенирования;
(b) амплификации фрагментов микробной нуклеиновой кислоты с праймерами, которые содержат индексные и адапторные последовательности, с образованием библиотеки амплифицированных продуктов;
(c) промывки и объединения библиотеки амплифицированных продуктов;
(d) секвенирования библиотеки амплифицированных продуктов; и
(e) определения идентичности пролиферирующих микроорганизмов на основании корреляции последовательностей, полученных из библиотеки амплифицированных продуктов, с базами данных известных последовательностей микроорганизмов с помощью биоинформатического анализа.
28. Способ по любому из предшествующих пунктов, в котором свежесинтезированные микробные нуклеиновые кислоты представляют собой РНК, причем микробная РНК проходит обратную транскрипцию в кДНК до стадии (f) по п. 1, и при этом экспрессию генов пролиферирующих микроорганизмов можно установить на основании анализа уровня экспрессии генных продуктов из свежесинтезированной микробной РНК с помощью микроматрицы и/или секвенирования.
29. Способ определения эффективности противомикробного агента в модуляции роста и пролиферации микроорганизма(ов) в образце, включающий:
(a) отбор образца, содержащего или предположительно содержащего один или более видов микроорганизмов;
(b) разделение образца на два образца - контрольный образец и обработанный образец;
(с) инкубирование контрольного образца в присутствии нуклеозидных или нуклеотидных аналогов одного или более типов, причем нуклеозидные или нуклеотидные аналоги одного или более типов включаются в микробные нуклеиновые кислоты внутри одного или нескольких типов микроорганизмов во время синтеза ДНК;
(c’) инкубирование обработанного образца в присутствии нуклеозидных или нуклеотидных аналогов одного или более типов и противомикробного агента, причем нуклеозидные или нуклеотидные аналоги одного или более типов включаются в микробные нуклеиновые кислоты внутри одного или нескольких типов микроорганизмов во время синтеза ДНК;
(d) введение метки в микробные нуклеиновые кислоты контрольного образца и обработанного образца путем приведения микробных нуклеиновых кислот в контакт с реагентом метки, который селективно связывается с нуклеозидными или нуклеотидными аналогами одного или более типов;
(e) выделение или очистку меченых микробных нуклеиновых кислот из контрольного образца и обработанного образца;
(f) определение уровня экспрессии генов, и/или количества, или идентичности выделенных или очищенных меченых микробных нуклеиновых кислот путем секвенирования в контрольном образце;
(f’) определение уровня экспрессии генов, и/или количества, и идентичности выделенных или очищенных меченых микробных нуклеиновых кислот путем секвенирования в обработанном образце; и
(g) сравнение и определение изменений в уровне экспрессии генов, и/или количествах, и/или идентичности выделенных или очищенных меченых микробных нуклеиновых кислот в контрольном образце с уровнем экспрессии генов, и/или количествами, или идентичностью выделенных или очищенных меченых микробных нуклеиновых кислот в обработанном образце,
причем снижение уровня экспрессии генов микробных нуклеиновых кислот в обработанном образце по сравнению с контрольным образцом или уменьшение количества и/или идентичности микробных нуклеиновых кислот в обработанном образце по сравнению с контрольным образцом указывает на то, что противомикробный агент эффективно модулирует рост и пролиферацию микроорганизма(ов).
30. Способ по п. 29, в котором противомикробный агент выбран из антибиотика, противогрибкового и противовирусного средства.
31. Способ по п. 30, в котором антибиотик выбран из амоксициллина, ампициллина, бакампициллина, карбенициллина, клоксациллина, диклоксациллина, флуклоксациллина, мезлоциллина, нафциллина, оксациллина, пенициллина G, пенициллина V, пиперациллина, пивампициллина, пивмециллинама, тикарциллина, цефацетрила, цефадроксила, цефалексина, цефалоглицина, цефалония, цефалоридина, цефалотина, цефапирина, цефатризина, цефазафлура, цефазедона, цефазолина, цефрадина, цефроксадина, цефтезола, цефаклора, цефамандола, цефметазола, цефоницида, цефотетана, цефокситина, цефпрозила, цефуроксима, цефузонама, цефкапена, цефдалоксима, цефдинира, цефдиторена, цефетамета, цефиксима, цефменоксима, цефодизима, цефотаксима, цефпимизола, цефподоксима, цефтерама, цефтибутена, цефтиофура, цефтиолена, цефтизоксима, цефтриаксона, цефоперазона, цефтазидима, цефклидина, цефепима, цефлупренама, цефоселиса, цефозопрана, цефпирома, цефкинома, цефтобипрола, цефтаролина, цефакломезина, цефалорама, цефапарола, цефканела, цефедролора, цефемпидона, цефетризола, цефивитрила, цефматилена, цефмепидиума, цефовецина, цефоксазола, цефротила, цефсумида, цефурацетима, цефтиоксида, азтреонама, имипенема, дорипенема, эртапенема, меропенема, азитромицина, эритромицина, кларитромицина, диритромицина, рокситромицина, телитромицина, клиндамицина, линкомицина, амикацина, гентамицина, канамицина, неомицина, нетилмицина, паромомицина, стрептомицина, тобрамицина, флумекина, налидиксиновой кислоты, оксолиновой кислоты, пиромидиновой кислоты, пипемидиновой кислоты, розоксацина, ципрофлоксацина, эноксацина, ломефлоксацина, надифлоксацина, норфлоксацина, офлоксацина, пефлоксацина, руфлоксацина, балофлоксацина, гатифлоксацина, грепафлоксацина, левофлоксацина, моксифлоксацина, пазуфлоксацина, спарфлоксацина, темафлоксацина, тосуфлоксацина, безифлоксацина, делафлоксацина, клинафлоксацина, гемифлоксацина, прулифлоксацина, ситафлоксацина, тровафлоксацина, сульфаметизола, сульфаметоксазола, сульфизоксазола, триметоприм-сульфаметоксазола, демеклоциклина, доксициклина, миноциклина, окситетрациклина, тетрациклина, тигециклина, ванкомицина, тейкопланина, телаванцина, линезолида, циклосерина, рифампицина, рифабутина, рифапентина, рифалазила, виомицина, капреомицина, бацитрацина, полимиксина В, хлорамфеникола, метронидазола, тинидазола и нитрофурантоина.
32. Способ по п. 30, в котором противогрибковый препарат выбран из аморолфина, бутенафина, нафтифина, тербинафина, бифоназола, бутоконазола, клотримазола, эконазола, фентиконазола, кетоконазола, изоконазола, люликоназола, миконазола, омоконазола, оксиконазола, сертаконазола, сульконазола, тиоконазола, терконазола, албаконазола, эфинаконазола, флуконазола, изавуконазола, итраконазола, позаконазола, равуконазола, терконазола, вориконазола, абафунгина, амфотерицина B, нистатина, натамицина, трихомицина, анидулафунгина, каспофунгина, микафунгина, толнафтата, флуцитозина, бутенафина, гризеофульвина, циклопирокса, сульфида селена, таваборола.
33. Способ по п. 30, в котором противовирусное средство выбрано из ацикловира, бривудина, докозанола, фамцикловира, фоскарнета, идоксуридина, пенцикловира, трифлуридина, видарабина, цитарабина, валацикловира, троматандина, прителивира, амантадина, римантадина, осельтамивира, перамивира, занамивира, асунапревира, боцепревира, цилупревира, данопревира, фалдапревира, глекапревира, гразопревира, нарлапревира, паритапревира, симепревира, совапревира, телапревира, ванипревира, ведропревира, воксилапревира, даклатасвира, элбасвира, ледипасвира, одаласвира, омбитасвира, пибрентасвира, равидасвира, рузасвира, саматасвира, велпатасвира, беклабувира, дасабувира, делеобувира, филибувира, сетробувира, софосбувира, радалбувира, уприфосбувира, ламивудина, телбивудина, клевудина, адефовира, дизопроксилтенофовира, алафенамидтенофовира, энфувиртида, маравирока, викривирока, ценикривирока, PRO 140, ибализумаба, фостемсавира, диданозина, эмтрицитабина, ламивудина, ставудина, зидовудина, амдоксовира, априцитабина, цензавудина, элвуцитабина, рацивира, стампидина, 4′-этинил-2-фтор-2′-дезоксиаденозина, залцитабина, эфавиренза, невирапина, делавирдина, этравирина, рилпивирина, доравирина, долутегравира, элвитегравира, ралтегравира, BI 224436, каботегравира, биктегравира, MK-2048, бевиримата, BMS-955176, ампренавира, фосампренавира, индинавира, лопинавира, нелфинавира, ритонавира, саквинавира, атазанавира, дарунавира, типранавира, долутегравира, элвитегравира, ралтегравира, BI 224436, каботегравира, биктегравира, MK-2048, кобицистата, ритонавира, интерферона-α, пегинтерферона-α, метизазона, рифампицина, имиквимода, ресиквимода, подофиллотоксина, фомивирсена, цидофовира, плеконарила, фавипиравира, галидезивира, ремдезивира, мерицитабина, MK-608, NITD008, мороксидина, тромантадина и триазавирина.
34. Способ по любому из пп. 29-33, в котором образец получают от субъекта с подозрением на наличие или наличием микробной инфекции.
35. Способ по п. 34, в котором у субъекта диагностирован или подозревается сепсис.
36. Способ по любому из пп. 29-35, в котором к одному или более видов микроорганизмов относятся бактерии, грибы и/или вирусы.
37. Способ по п. 36, в котором бактерии выбраны из Actinomyces israelii, Bacillus anthracis, Bacillus cereus, Bartonella henselae, Bartonella quintana, Bordetella pertussis, Borrelia burgdorferi, Borrelia garinii, Borrelia afzelii, Borrelia recurrentis, Brucella abortus, Brucella canis, Brucella melitensis, Brucella suis, Campylobacter jejuni, Chlamydia pneumoniae, Chlamydia trachomatis, Chlamydophila psittaci, Clostridium botulinum, Clostridium difficile, Clostridium perfringens, Clostridium tetani, Corynebacterium diphtheriae, Enterococcus faecalis, Enterococcus faecium, Escherichia coli, Francisella tularensis, Haemophilus influenzae, Helicobacter pylori, Legionella pneumophila, Leptospira interrogans, Leptospira santarosai, Leptospira weilii, Leptospira noguchii, Listeria monocytogenes, Mycobacterium leprae, Mycobacterium tuberculosis, Mycobacterium ulcerans, Mycoplasma pneumoniae, Neisseria gonorrhoeae, Neisseria meningitidis, Pseudomonas aeruginosa, Rickettsia rickettsia, Salmonella typhi, Salmonella typhimurium, Shigella sonnei, Staphylococcus aureus, Staphylococcus epidermidis, Staphylococcus saprophyticus, Streptococcus agalactiae, Streptococcus pneumoniae, Streptococcus pyogenes, Treponema pallidum, Ureaplasma urealyticum, Vibrio cholerae, Yersinia pestis, Yersinia enterocolitica и/или Yersinia pseudotuberculosis.
38. Способ по п. 36, в котором грибы выбраны из Absidia corymbifera, Absidia ramose, Achorion gallinae, Actinomadura spp., Ajellomyces dermatididis, Aleurisma brasiliensis, Allersheria boydii, Arthroderma spp., Aspergillus flavus, Aspergillus fumigatu, Basidiobolus spp., Blastomyces spp., Cadophora spp., Candida albicans, Cercospora apii, Chrysosporium spp., Cladosporium spp., Cladothrix asteroids, Coccidioides immitis, Cryptococcus albidus, Cryptococcus gattii, Cryptococcus laurentii, Cryptococcus neoformans, Cunninghamella elegans, Dematium wernecke, Discomyces israelii, Emmonsia spp., Emmonsiella capsulate, Endomyces geotrichum, Entomophthora coronate, Epidermophyton floccosum, Filobasidiella neoformans, Fonsecaea spp., Geotrichum candidum, Glenospora khartoumensis, Gymnoascus gypseus, Haplosporangium parvum, Histoplasma, Histoplasma capsulatum, Hormiscium dermatididis, Hormodendrum spp., Keratinomyces spp., Langeronia soudanense, Leptosphaeria senegalensis, Lichtheimia corymbifera, Lobmyces loboi., Loboa loboi, Lobomycosis, Madurella spp., Malassezia furfur, Micrococcus pelletieri, Microsporum spp., Monilia spp., Mucor spp., Mycobacterium tuberculosis, Nannizzia spp., Neotestudina rosatii, Nocardia spp., Oidium albicans, Oospora lactis, Paracoccidioides brasiliensis, Petriellidium boydii, Phialophora spp., Piedraia hortae, Pityrosporum furfur, Pneumocystis jirovecii (или Pneumocystis carinii), Pullularia gougerotii, Pyrenochaeta romeroi, Rhinosporidium seeberi, Sabouraudites (Microsporum), Sartorya fumigate, Sepedonium, Sporotrichum spp., Stachybotrys, Stachybotrys chartarum, Streptomyce spp., Tinea spp., Torula spp., Trichophyton spp., Trichosporon spp. и/или Zopfia rosatii.
39. Способ по п. 36, в котором вирусы выбраны из симплексвируса, вируса ветряной оспы, цитомегаловируса, розеоловируса, лимфокриптовируса, радиновируса, мастаденовируса, α-папилломавируса, β-папилломавируса, Х-папилломавируса, γ-папилломавируса, мю-папилломавируса, ню-папилломавируса, альфа-полиомавируса, бета-полиомавируса, γ-полиомавируса, дельта-полиомавируса, поксвируса моллюсков, ортопоксвируса, парапоксвируса, α-вируса гепатита TTV, β-вируса гепатита TTV, γ-вируса гепатита TTV, цикловируса, гемициркулярного вируса, гемикибивируса, гемивонгвируса, эритровируса, депендовируса, бокавируса, ортогепаднавируса, гамма-ретровируса, дельта-ретровируса, лентивируса, вируса пенистости обезьян, вируса колорадской клещевой лихорадки, ротавируса, сидорнавируса, α-коронавируса, β-коронавируса, торовируса, мамастровируса, норовируса, саповируса, флавивируса, вируса гепатита С, пегивируса, ортогепевируса, кардиовируса, козавируса, энтеровируса, вируса гепатита А, кобувируса, парэховируса, розавируса, саливируса, альфавируса, вируса краснухи, вируса Эбола, вируса Марбурга, хенипавируса, вируса кори, вируса респираторных заболеваний, вируса паротита, метапневмовируса, ортопневмовируса, ледантевируса, лиссавируса, везикуловируса, маммаренавируса, ортохантавируса, ортонайровируса, ортобуньявируса, флебовируса, α-вируса гриппа, β-вируса гриппа, γ-вируса гриппа, куараньявируса, тоготовируса и/или дельтавируса.
40. Способ по любому из пп. 29-39, в котором один или более типов нуклеозидных или нуклеотидных аналогов выбраны из 2-этиниладенозина, N6-пропаргиладенозина, 2'-(O-пропаргил)-аденозина, 3'-(O-пропаргил)-аденозина, 5-этинил-цитидина, 5-этинил-2'-дезоксицитидина, 2'-(O-пропаргил)-цитидина, 3'-(O-пропаргил)-цитидина, 2'-(O-пропаргил)-гуанозина, 3'-(O-пропаргил)-гуанозина, 5-этинил-уридина, 5-этинил-2'-дезоксиуридина, 2'-(O-пропаргил)-уридина, 3'-(O-пропаргил)-уридина, (2'S)-2'-дезокси-2'-фтор-5-этинилуридина, (2'S)-2'-фтор-5-этинилуридина, 2'(S)-2'-дезокси-2'-фтор-5-этинилуридина, (2'S)-2'-фтор-5-этинилуридина, 8-азидоаденозина, N6-(6-азидо)гексил-2'-дезоксиаденозина, 2'-азидо-2'-дезоксиаденозина, 5-азидометилуридина, 5-(15-азидо-4,7,10,13-тетраоксапентадеканоиламиноаллил)-2'-дезоксиуридина, 5-(3-азидопропил)-уридина, 5-азидо-PEG4-уридина, 5-азидо-PEG4-цитидина, 5-азидо-PEG4-2'-дезоксицитидина, 5-бром-2'-дезоксиуридина, 5-бромуридина, 5-иод-2'-дезоксиуридина и 5-иодуридина.
41. Способ по любому из пп. 29-40, в котором один или более типов нуклеозидных или нуклеотидных аналогов выбраны из 2-этиниладенозина, N6-пропаргиладенозина, 2'-(O-пропаргил)-аденозина, 3'-(O-пропаргил)-аденозина, 5-этинилцитидина, 5-этинил-2'-дезоксицитидина, 2'-(O-пропаргил)-цитидина, 3'-(O-пропаргил)-цитидина, 2'-(O-пропаргил)-гуанозина, 3'-(O-пропаргил)-гуанозина, 5-этинилуридина, 5-этинил-2'-дезоксиуридина, 2'-(O-пропаргил)-уридина, 3'-(O-пропаргил)-уридина, (2'S)-2'-дезокси-2'-фтор-5-этинилуридина, (2'S)-2'-фтор-5-этинилуридина, 2'(S)-2'-дезокси-2'-фтор-5-этинилуридина и (2'S)-2'-фтор-5-этинилуридина.
42. Способ по любому из пп. 29-41, в котором один или более типов нуклеозидных или нуклеотидных аналогов выбраны из 8-азидоаденозина, N6-(6-азидо)гексил-2'-дезоксиаденозина, причем один или более типов нуклеозидных или нуклеотидных аналогов выбраны из 2'-азидо-2'-дезоксиаденозина, 5-азидометилуридина, 5-(15-азидо-4,7,10,13-тетраоксапентадеканоиламиноаллил)-2'-дезоксиуридина, 5-(3-азидопропил)-уридина, 5-азидо-PEG4-уридина, 5-азидо-PEG4-цитидина и 5-азидо-PEG4-2'-дезоксицитидина.
43. Способ по любому из пп. 29-42, в котором один или более типов нуклеозидных или нуклеотидных аналогов выбраны из 5-бром-2'-дезоксиуридина, 5-бромуридина, 5-иод-2'-дезоксиуридина и 5-иодуридина.
44. Способ по любому из пп. 29-43, в котором контрольный образец и обработанный образец инкубируют в течение одинакового периода времени в присутствии нуклеозидных или нуклеотидных аналогов одного или более типов от 5 до 180 мин.
45. Способ по п. 44, в котором контрольный образец и обработанный образец инкубируют в течение одинакового периода времени в присутствии нуклеозидных или нуклеотидных аналогов одного или более типов от 30 до 120 мин.
46. Способ по любому из пп. 29-45, в котором реагент метки представляет собой антитело, которое связывается с высокой специфичностью с нуклеозидными или нуклеотидными аналогами одного или более типов.
47. Способ по п. 46, в котором антитело связывается с высокой специфичностью с 5-бром-2'-дезоксиуридином или иоддезоксиуридином.
48. Способ по любому из пп. 29-47, в котором реагент метки связывается с нуклеозидными или нуклеотидными аналогами одного или более типов посредством клик-химической реакции, реакции напряженного [3+2] циклоприсоединения или лигирования Штаудингера.
49. Способ по п. 48, в котором реагент метки содержит азидную группу, которая связывается с нуклеозидными или нуклеотидными аналогами, содержащими алкинильную группу, посредством клик-химической реакции.
50. Способ по п. 48, в котором реагент метки содержит алкинильную группу, которая связывается с нуклеозидными или нуклеотидными аналогами, содержащими азидную группу, посредством клик-химической реакции.
51. Способ по любому из пп. 29-50, в котором реагент метки содержит биотиновую группу.
52. Способ по п. 51, в котором реагент метки, содержащий биотиновую группу, выбран из:
, ,
,
и .
53. Способ по любому из пп. 29-52, в котором реагент метки дополнительно содержит химически расщепляемый линкер или ферментативно расщепляемый линкер.
54. Способ по п. 53, в котором расщепляемый линкер представляет собой кислотно-неустойчивый линкер или дисульфидный линкер.
55. Способ по п. 54, в котором кислотно-неустойчивый линкер содержит гидразоновые или цис-аконитильные группы.
56. Способ по п. 53, в котором ферментативно расщепляемый линкер содержит пептидный линкер или β-глюкуронидоновый линкер.
57. Способ по любому из пп. 29-56, в котором для выделения или очистки меченых свежесинтезированных микробных нуклеиновых кислот используют аффинный адсорбент.
58. Способ по п. 57, в котором аффинный адсорбент представляет собой антитело, иммобилизированное на твердой подложке, причем антитело связывается с высокой специфичностью с реагентом метки или с высокой специфичностью с нуклеозидными или нуклеотидными аналогами одного или более типов.
59. Способ по п. 57, в котором аффинным адсорбентом является стрептавидин или авидин, иммобилизованный на твердой подложке, и при этом реагент метки содержит биотиновую группу.
60. Способ по п. 58 или 59, в котором твердая подложка выполнена из нано- или микроматериалов, гранул или представляет собой планшет.
61. Способ по любому из пп. 29-60, в котором реагент метки или метку удаляют или отщепляют от выделенных или очищенных свежесинтезированных микробных нуклеиновых кислот до стадий (f), (f’) и (g) по п. 29.
62. Способ по любому из пп. 29-61, в котором определение уровня экспрессии генов, и/или количества, и/или идентичности выделенных или очищенных свежесинтезированных микробных нуклеиновых кислот в контрольном образце и обработанном образце определяют с помощью микроматрицы с зондами для нуклеиновых кислот различных микроорганизмов.
63. Способ по п. 62, в котором уровень экспрессии генов, и/или количество, и/или идентичность выделенных или очищенных свежесинтезированных микробных нуклеиновых кислот в контрольном образце и обработанном образце определяют посредством:
(i) амплификации выделенных или очищенных свежесинтезированных микробных нуклеиновых кислот из контрольного образца с применением способа, основанного на первой ПЦР, с использованием праймеров, содержащих флуоресцентный краситель, с образованием меченых продуктов, причем такие праймеры содержат последовательность, специфичную к консервативному участку гена 16S микробной рРНК;
(i’) амплификации выделенных или очищенных свежесинтезированных микробных нуклеиновых кислот из обработанного образца с применением способа, основанного на первой ПЦР, с использованием праймеров, содержащих флуоресцентный краситель, с образованием меченых продуктов, причем такие праймеры содержат последовательность, специфичную к консервативному участку гена 16S микробной рРНК;
(ii) нанесения меченых продуктов из контрольного образца на первую микроматрицу с зондами, которые содержат уникальные последовательности 16S рРНК вариабельной области 20 или более микроорганизмов;
(ii’) нанесения меченых продуктов из обработанного образца на вторую микроматрицу, причем вторая микроматрица является дубликатом первой микроматрицы; и
(iii) определения эффективности противомикробного агента в модуляции роста и пролиферации микроорганизма(ов) в образце по результатам визуализации первой микроматрицы и визуализации второй микроматрицы для флуоресцентных продуктов гибридизации и определения каких-либо изменений в интенсивности, месте расположения или отсутствия флуоресцентных продуктов гибридизации при сравнении микроматриц,
причем снижение интенсивности флуоресцентных продуктов гибридизации при сравнении первой и второй микроматриц, или изменения в месте расположения, или отсутствие флуоресцентных продуктов гибридизации при сравнении первой и второй микроматриц указывают на то, что противомикробный агент эффективно модулирует рост и пролиферацию микроорганизма(ов).
64. Способ по любому из пп. 29-63, в котором эффективность противомикробного агента в модуляции роста и пролиферации микроорганизма(ов) в образце определяют или подтверждают секвенированием выделенных или очищенных свежесинтезированных микробных нуклеиновых кислот из контрольного образца и из обработанного образца,
причем снижение уровня экспрессии генов свежесинтезированных микробных нуклеиновых кислот в обработанном образце по сравнению с контрольным образцом или уменьшение количества и/или идентичности свежесинтезированных микробных нуклеиновых кислот в обработанном образце по сравнению с контрольным образцом указывает на то, что противомикробный агент эффективно модулирует рост и пролиферацию микроорганизма(ов).
65. Способ по п. 64, в котором выделенные или очищенные свежесинтезированные микробные нуклеиновые кислоты из контрольного и обработанного образцов секвенируют с помощью метода секвенирования на основе транспосом.
66. Способ по п. 65, в котором секвенирование свежесинтезированных микробных нуклеиновых кислот из контрольного и обработанного образцов проводят посредством:
(a) нанесения выделенных или очищенных свежесинтезированных микробных нуклеиновых кислот из контрольного и обработанного образцов на связанные с гранулами транспосомы, причем транспосомы, связанные с гранулами, опосредуют одновременную фрагментацию микробных нуклеиновых кислот и добавление праймеров для секвенирования;
(b) амплификации фрагментов микробной нуклеиновой кислоты с праймерами, которые содержат индексные и адапторные последовательности, с образованием библиотеки амплифицированных продуктов;
(c) промывки и объединения библиотеки амплифицированных продуктов из контрольного образца;
(c’) промывки и объединения библиотеки амплифицированных продуктов из обработанного образца;
(d) секвенирования библиотек амплифицированных продуктов из контрольного образца;
(d’) секвенирования библиотек амплифицированных продуктов из обработанного образца; и
(е) определения любых изменений в уровне экспрессии генов, и/или количествах, и/или идентичности выделенных или очищенных свежесинтезированных микробных нуклеиновых кислот в контрольном и обработанном образцах с помощью биоинформатического анализа.
67. Способ по любому из пп. 29-66, в котором свежесинтезированные микробные нуклеиновые кислоты представляют собой РНК, причем микробная РНК проходит обратную транскрипцию в кДНК до стадий (f), (f') и (g) по п. 29, и при этом эффективность противомикробного агента в модуляции роста и пролиферации микроорганизма(ов) можно установить по результатам определения изменений в уровнях экспрессии генов свежесинтезированных микробных нуклеиновых кислот из контрольного и обработанного образцов с помощью микроматрицы и/или секвенирования.
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
US62/840,322 | 2019-04-29 |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
RU2021108235A RU2021108235A (ru) | 2023-01-27 |
RU2809853C2 true RU2809853C2 (ru) | 2023-12-19 |
Family
ID=
Citations (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
RU2595421C2 (ru) * | 2011-04-26 | 2016-08-27 | ЛОНГХОРН ВЭКСИНС ЭНД ДИАГНОСТИКС, ЭлЭлСи | Композиции и способы для обнаружения и идентификации последовательностей нуклеиновых кислот в биологических образцах |
Patent Citations (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
RU2595421C2 (ru) * | 2011-04-26 | 2016-08-27 | ЛОНГХОРН ВЭКСИНС ЭНД ДИАГНОСТИКС, ЭлЭлСи | Композиции и способы для обнаружения и идентификации последовательностей нуклеиновых кислот в биологических образцах |
Non-Patent Citations (1)
Title |
---|
FITTIPALDI M. ET AL. Progress in understanding preferential detection of live cells using viability dyes in combination with DNA amplification. Journal of Microbiological Methods, Volume 91, Issue 2, November 2012, Pages 276-289. doi.org/10.1016/j.mimet.2012.08.007 Найдено онлайн: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0167701212002667 Дата обращения 20.04.2022. DEMBOWSKI J.A., DELUCA N.A. Purification of Viral DNA for the Identification of Associated Viral and Cellular Proteins. J Vis Exp. 2017 Aug 31;(126):56374. doi: 10.3791/56374. Найдено онлайн: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5614390/ Дата обращения 15.03.2023. SMRIGA S. ET AL. Individual cell DNA synthesis within natural marine bacterial assemblages as detected by ‘click’ chemistry. Aquat Microb Ecol, Vol. 72: 269-280, 2014, doi: 10.3354/ame01698 Найдено онлайн: https://www.int-res.com/articles/ame_oa/a072p269.pdf Дата обращения 20.04.2022. SALIC A., MITCHISON T.J. A chemical method for fast and sensitiv * |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
JP6977014B2 (ja) | 個別的エピゲノミクスのための天然クロマチンへの転移 | |
Gupta et al. | Next-generation sequencing and its application: empowering in public health beyond reality | |
EP2861787B1 (en) | Compositions and methods for negative selection of non-desired nucleic acid sequences | |
EP2935613B1 (en) | Target capture system | |
US20180155768A1 (en) | Nucleic acid detection | |
KR20200138183A (ko) | 핵산 증폭을 위한 방법 | |
JP2023155473A (ja) | 複数種の核酸試料を処理または分析するための組成物、方法およびシステム | |
CN104169438B (zh) | 非对称发夹靶标捕获低聚物 | |
JP5091856B2 (ja) | 生存能力関連分子の改善された検出方法 | |
JP2011019505A (ja) | 特定遺伝子を検出する方法 | |
US20220042078A1 (en) | Identification and analysis of microbial samples by rapid incubation and nucleic acid enrichment | |
Lu et al. | Rapid screening of antimicrobial probiotics using CRISPR cascade | |
RU2809853C2 (ru) | Идентификация и анализ образцов микроорганизмов путем быстрого инкубирования и обогащения нуклеиновых кислот | |
US20220195485A1 (en) | Selective detection, counting, and genomic analysis of living bacterium-derived nucleic acid on single-organism basis | |
Singh et al. | Crispr-cas based biosensing: A fast-expanding molecular diagnostic tool | |
RU2021108235A (ru) | Идентификация и анализ образцов микроорганизмов путем быстрого инкубирования и обогащения нуклеиновых кислот | |
US20230167510A1 (en) | Universal primers for detection of bacteria, fungi and eukaryotic microorganisms | |
WO2023122508A2 (en) | Programmable nuclease-based assay improvements | |
EP4326297A1 (en) | Methods to analyze host-microbiome interactions at single-cell and associated gene signatures in cancer | |
WO2023004419A1 (en) | Systems and methods for capture of circulating free dna | |
GB2497480A (en) | Nucleic acid libraries depleted in unwanted nucleic acid sequences |