RU2804433C2 - Set of str-markers of the y-chromosome for determining the ethno-territorial origin of an individual based on a sample of his dna - Google Patents
Set of str-markers of the y-chromosome for determining the ethno-territorial origin of an individual based on a sample of his dna Download PDFInfo
- Publication number
- RU2804433C2 RU2804433C2 RU2021133074A RU2021133074A RU2804433C2 RU 2804433 C2 RU2804433 C2 RU 2804433C2 RU 2021133074 A RU2021133074 A RU 2021133074A RU 2021133074 A RU2021133074 A RU 2021133074A RU 2804433 C2 RU2804433 C2 RU 2804433C2
- Authority
- RU
- Russia
- Prior art keywords
- snp
- locus
- fragments
- alleles
- fluorescent
- Prior art date
Links
Abstract
Description
Изобретение относится к области молекулярной генетики и может быть использовано для выявления генотипов для идентификации личности и определения этнической принадлежности человека по образцу его ДНК с помощью системы микросателлитных ДНК-маркеров Y-хромосомы.The invention relates to the field of molecular genetics and can be used to identify genotypes for personal identification and determination of a person’s ethnicity based on his DNA sample using a system of microsatellite DNA markers of the Y chromosome.
Типирование ДНК является наиболее доказательным методом анализа биологического материала при производстве судебно-медицинской идентификационной экспертизы. Молекулярно-генетический идентификационный анализ позволяет исследовать особые участки ДНК, строго специфичные для каждого индивидуума, и получить, таким образом, уникальный генетический "паспорт" человека, которое нельзя скрыть, изменить или подделать. Индивидуализирующие признаки, определяемые на уровне ДНК, характеризуются почти абсолютной устойчивостью, то есть сохраняются в организме человека неизменными всю его жизнь.DNA typing is the most conclusive method of analyzing biological material in forensic identification examinations. Molecular genetic identification analysis allows you to examine special sections of DNA that are strictly specific to each individual, and thus obtain a unique genetic “passport” of a person that cannot be hidden, changed or faked. Individualizing characteristics, determined at the DNA level, are characterized by almost absolute stability, that is, they remain unchanged in the human body throughout his entire life.
В течение последнего десятилетия для целей генетической идентификации личности широко применяется изучение различных маркерных систем, локализованных на аутосомах, нерекомбинирующем участке Y-хромосомы и в митохондриальном геноме. Преимущество нерекомбинирующих линий Y-хромосомы заключается в том, эти обладая достаточно высокой информативностью и для «общей» ДНК-идентификации, передаются строго от отца к сыну, что позволяет напрямую устанавливать родство [1, 2].Over the last decade, for the purposes of genetic identification of an individual, the study of various marker systems localized on autosomes, the non-recombining region of the Y chromosome and in the mitochondrial genome has been widely used. The advantage of non-recombining Y-chromosome lines is that these, having a sufficiently high information content for “general” DNA identification, are transmitted strictly from father to son, which makes it possible to directly establish kinship [1, 2].
Среди мировых приоритетных направлений в области генетики человека и медицинской генетики в настоящее время на первый план выступают разработки тест-систем, направленных на создание высокотехнологичной услуги по определению генетического происхождения индивида по мужской линии; разработки новых или усовершенствования существующих генетических тест-систем, применяемых в судебной медицине для идентификации личности и определения отцовства [3, 4]Among the world's priority areas in the field of human genetics and medical genetics, the development of test systems aimed at creating a high-tech service for determining the genetic origin of an individual in the male line is currently at the forefront; development of new or improvement of existing genetic test systems used in forensic medicine for personal identification and paternity determination [3, 4]
Полиморфизм, используемый в качестве основной системы генетического маркирования, применяемой в судебно-медицинской практике, возникает в результате изменения числа идентичных ДНК-повторов (STR) в пределах одного локуса. Преимущество STR для идентификации личности и оценки биологического родства заключается в возможности проведения успешного анализа даже при использовании сильно деградировавших образцов ДНК. Развитие технологий генотипирования позволяет легко автоматизировать генетический анализ микросателлитов.Polymorphism, used as the main genetic marking system used in forensic practice, results from changes in the number of identical DNA repeats (STRs) within a single locus. The advantage of STR for personal identification and biological relatedness assessment is that it can perform successful analysis even when using highly degraded DNA samples. Advances in genotyping technologies make it possible to easily automate genetic analysis of microsatellites.
ДНК-идентификация личности основывается на анализе частоты встречаемости маркеров аутосомных локусов, Y-хромосомы и мтДНК [5, 6]. Анализ Y-хромосомы и (или) мтДНК необходим в случаях, когда нужно установить родственные отношения по отцовской или материнской линиям; используется при работе с сильно деградированными образцами ДНК вследствие очень высокой копийности мтДНК; а также может быть альтернативой ДНК-идентификации по аутосомным локусам [7] Ключевым моментом в ДНК-идентификации являются вероятностные расчеты совпадения генотипов, основанные на референтных частотах аллелей в популяции, из которой происходит исследуемый ДНК-профиль.DNA identification of a person is based on an analysis of the frequency of occurrence of markers of autosomal loci, the Y chromosome and mtDNA [5, 6]. Analysis of the Y chromosome and (or) mtDNA is necessary in cases where it is necessary to establish paternal or maternal relationships; used when working with highly degraded DNA samples due to the very high copy number of mtDNA; and can also be an alternative to DNA identification by autosomal loci [7] The key point in DNA identification is probabilistic calculations of genotype matches based on reference allele frequencies in the population from which the DNA profile under study comes.
Преимущество STR для идентификации личности и оценки биологического родства заключается в возможности проведения успешного анализа даже при использовании сильно деградировавших образцов ДНК. Ранее судебно-медицинским стандартом являлся "минимальный гаплотип" из 7 YSTR, который позднее был вытеснен "расширенным гаплотипом" из 9 локусов. На сегодняшний день созданы YSTR-наборы, используемые для различных целей, в том числе и для идентификации личности.The advantage of STR for personal identification and biological relatedness assessment is that it can perform successful analysis even when using highly degraded DNA samples. Previously, the forensic standard was the “minimal haplotype” of 7 YSTRs, which was later replaced by the “extended haplotype” of 9 loci. To date, YSTR sets have been created that are used for various purposes, including for personal identification.
В настоящее время разработаны и выпускаются следующие наборы ДНК-маркеров Y-хромосомы, которые используются для ДНК-идентификации:Currently, the following sets of Y-chromosome DNA markers have been developed and are being produced, which are used for DNA identification:
AmpFlSTR® Yfiler Kit (фирмы Applied Biosystems), позволяющий амплифицировать 17 STR-локусов Y-хромосомы в одной ПЦР-реакции, который состоит из реакционной ПЦР-смеси, смеси праймеров, ДНК-полимер азы, контрольной ДНК и аллельного лэддера.AmpFlSTR® Yfiler Kit (Applied Biosystems), which allows amplification of 17 STR loci of the Y chromosome in one PCR reaction, which consists of a PCR reaction mixture, a mixture of primers, DNA polymerase, control DNA and an allelic ladder.
PowerPlex®Y23 System (фирмы Promega) для исследования коротких тандемных повторов, позволяющий амплифицировать 23 STR-локуса Y-хромосомы в одной ПЦР-реакции, который состоит из реакционной ПЦР-смеси, смеси праймеров, ДНК-полимеразы, контрольной ДНК, аллельного лэддера и деионизованой воды.PowerPlex®Y23 System (from Promega) for the study of short tandem repeats, allowing the amplification of 23 STR loci of the Y chromosome in one PCR reaction, which consists of a PCR reaction mixture, a mixture of primers, DNA polymerase, control DNA, allelic ladder and deionized water.
Investigator Argus Y-12 QS Kit (фирмы Qiagen) для ПЦР-амплификации для исследования коротких тандемных повторов, позволяющий амплифицировать 12 STR-локусов Y-хромосомы в одной ПЦР-реакции, который состоит из реакционной ПЦР-смеси, смеси праймеров, ДНК-полимеразы, контрольной ДНК и аллельного лэддера.Investigator Argus Y-12 QS Kit (Qiagen) for PCR amplification for the study of short tandem repeats, allowing amplification of 12 STR loci of the Y chromosome in one PCR reaction, which consists of a PCR reaction mixture, a mixture of primers, DNA polymerase , control DNA and allelic ladder.
Y-FilerPlus (фирмы Applied Biosystems) для исследования коротких тандемных повторов, позволяющий амплифицировать 25 STR-локусов в одной ПЦР реакции.Y-FilerPlus (Applied Biosystems) for the study of short tandem repeats, allowing amplification of 25 STR loci in one PCR reaction.
Имеющиеся в настоящее время разработки наборов STR-маркеров Y-хромосомы не учитывают специфики популяционной структуры населения России (большое число этнических групп, специфические для различных этнических групп полиморфизмы, не учтенные в иностранных разработках). Для успешного применения Y-STR в криминалистике и судебной медицине необходима разработка методик генотипирования и наборов Y-STR, которая позволит максимально охватить генетическое разнообразие по этим локусам в российских популяциях. Кроме этого, существенным недостатком существующих наборов является их значительная дороговизна. Из-за необходимости использования специальных дорогостоящих расходных материалов (специфических ДНК-полимераз и аллельных лэддеров) существенно ограничиваются возможности широкого применения существующих наборов в диагностических лабораториях. Для устранения указанных недостатков необходимым условием является повышение информативности предлагаемого набора и его экономичности.The currently available developments of sets of Y-chromosome STR markers do not take into account the specifics of the population structure of the Russian population (a large number of ethnic groups, polymorphisms specific to various ethnic groups, not taken into account in foreign developments). For the successful use of Y-STR in criminology and forensic medicine, it is necessary to develop genotyping methods and Y-STR kits, which will maximize the coverage of genetic diversity at these loci in Russian populations. In addition, a significant drawback of existing kits is their significant high cost. Due to the need to use special, expensive consumables (specific DNA polymerases and allelic ladders), the possibilities for widespread use of existing kits in diagnostic laboratories are significantly limited. To eliminate these shortcomings, a necessary condition is to increase the information content of the proposed set and its efficiency.
В реестре изобретений Российской федерации фигурирует 3 сходных патента (RU 2558231, RU 2528742, RU 2740575), при этом только один из трех является дейсвующим (RU 2740575). Ближайшими аналогами патентуемого нами набора STR-маркеров Y-хромосомы являются RU 2528742 (Синтетические олигонуклеотидные праймеры и способ выявления генотипов для идентификации личности с помощью системы микросателлитных ДНК-маркеров Y-хромосомы) и набор Y-FilerPlus.The register of inventions of the Russian Federation contains 3 similar patents (RU 2558231, RU 2528742, RU 2740575), while only one of the three is valid (RU 2740575). The closest analogues of the set of Y-chromosome STR markers we patent are RU 2528742 (Synthetic oligonucleotide primers and a method for identifying genotypes for personal identification using a system of Y-chromosome microsatellite DNA markers) and the Y-FilerPlus set.
Разработанный нами набор STR-маркеров Y-хромосомы, позволяет определять популяционную принадлежность индивида мужского пола по специфичности его YSTR-гаплотипа. В результате специфичности наследования и отсутствия рекомбинации Y-хромосомы популяционная специфичность различных линий (гаплотипов и субгаплогрупп), при выбранном числе используемых STR-маркеров, позволяет достаточно точно проводить определение этно-территориального происхождения индивида мужского пола (по отцовской линии). Выбранные микросателлитные маркеры являются достаточно высокоинформативными для большинства популяционных выборок. Применение этого набора YSTR-маркеров, позволило перейти на более точный новый уровень детализации и дифференциации популяций. Уровень информативности гаплотипов по выбранным маркерам позволяет достичь значений, практически позволяющих идентифицировать различия между популяционными группами. В результате анализа полученных генотипических данных было показано, что гаплотипы, построенные с помощью генотипирования 38 STR-маркеров Y-хромосомы обладает значительной популяционной и территориальной специфичностью. Установлена очень высокая межпопуляционная дифференциация полученных YSTR-гаплотипов, что позволяет эффективно использовать отработанный набор YSTR-маркеров для целей ДНК-идентификации.The set of Y-chromosome STR markers we have developed allows us to determine the population affiliation of a male individual by the specificity of his YSTR haplotype. As a result of the specificity of inheritance and the absence of recombination of the Y chromosome, the population specificity of various lines (haplotypes and subhaplogroups), with a selected number of STR markers used, allows for a fairly accurate determination of the ethno-territorial origin of a male individual (paternal line). The selected microsatellite markers are quite highly informative for most population samples. The use of this set of YSTR markers made it possible to move to a more accurate new level of detail and differentiation of populations. The level of information content of haplotypes for selected markers allows one to achieve values that practically allow one to identify differences between population groups. As a result of the analysis of the obtained genotypic data, it was shown that the haplotypes constructed using genotyping of 38 STR markers of the Y chromosome have significant population and territorial specificity. A very high interpopulation differentiation of the obtained YSTR haplotypes has been established, which makes it possible to effectively use the established set of YSTR markers for DNA identification purposes.
Новая техническая задача - повышение чувствительности, точности и информативности способа и создание системы генетических маркеров охватывающей генетическое разнообразие по 38 локусам в российских популяциях.A new technical task is to increase the sensitivity, accuracy and information content of the method and create a system of genetic markers covering genetic diversity at 38 loci in Russian populations.
Для решения поставленной задачи предложены синтетические олигонуклеотидные праймеры (SNP ID NO 1-70), комплементарные соответствующим участкам пятнадцати микросателлитных локусов Y-хромосомы, причем используют пары праймеров, один из которых имеет флуоресцентную метку, а второй является немеченым, при этом, прямые праймеры для каждого из локусов несут на 5'-конце флуоресцентную метку: ТЕТ (4, 7, 2', 7'-тетрахлоро-6-карбоксифлуоресцеин) для DYS385, DYS390, DYS391, DYS426, DYS436 и DYS439; FAM (6-карбоксифлуоресцеин) для DYS392, DYS393, DYS437 и DYS438; и HEX (4, 7, 2', 4',5',7'-гексахлоро-6-карбоксифлуоресцеин) для DYS394, DYS389I, DYS389II DYS388 и DYS434, также, синтетические олигонуклеотидные праймеры имеют следующий нуклеотидный состав:To solve this problem, synthetic oligonucleotide primers (SNP ID NO 1-70) are proposed, complementary to the corresponding sections of fifteen microsatellite loci of the Y chromosome, and pairs of primers are used, one of which has a fluorescent label, and the second is unlabeled, while direct primers for each of the loci carries a fluorescent tag at the 5' end: TET (4, 7, 2', 7'-tetrachloro-6-carboxyfluorescein) for DYS385, DYS390, DYS391, DYS426, DYS436 and DYS439; FAM (6-carboxyfluorescein) for DYS392, DYS393, DYS437 and DYS438; and HEX (4, 7, 2', 4',5',7'-hexachloro-6-carboxyfluorescein) for DYS394, DYS389I, DYS389II DYS388 and DYS434, also synthetic oligonucleotide primers have the following nucleotide composition:
DYS385 (SNP ID NO: 1) F: 5'-TET-AGCATGGGTGACAGAGCTA-3'DYS385 (SNP ID NO: 1) F: 5'-TET-AGCATGGGTGACAGAGCTA-3'
DYS385 (SNP ID NO: 2) R: 5 '-TGGGATGCTAGGTAAAGCTGDYS385 (SNP ID NO: 2) R: 5'-TGGGATGCTAGGTAAAGCTG
DYS389 (SNP ID NO: 3) F: 5'-HEX-CCAACTCTCATCTGTATTATCTATGDYS389 (SNP ID NO: 3) F: 5'-HEX-CCAACTCTCATCTGTATTATCTATG
DYS389 (SNP ID NO: 4) R: 5'-TCTTATCTCCACCCACCAGADYS389 (SNP ID NO: 4) R: 5'-TCTTATCTCCACCCACCAGA
DYS390 (SNP ID NO: 5) F: 5'-TET-TATATTTTACACATTTTTGGGCCDYS390 (SNP ID NO: 5) F: 5'-TET-TATATTTTACACATTTTTGGGCC
DYS390 (SNP ID NO: 6) R: 5'-TGACAGTAAAATGAACACATTGCDYS390 (SNP ID NO: 6) R: 5'-TGACAGTAAAATGAACACATTGC
DYS391 (SNP ID NO: 7) F: 5'-TET-CTATTCATTCAATCATACACCCADYS391 (SNP ID NO: 7) F: 5'-TET-CTATTCATTCAATCATACACCCA
DYS391 (SNP ID NO: 8) R: GATTCTTTGTGGTGGGTCTGDYS391 (SNP ID NO: 8) R: GATTCTTTGTGGTGGGTCTG
DYS392 (SNP ID NO: 9) F: 5'-FAM-TCATTAATCTAGCTTTTAAAAACAADYS392 (SNP ID NO: 9) F: 5'-FAM-TCATTAATCTAGCTTTTAAAAACAA
DYS392 (SNP ID NO: 10) R: 5'-AGACCCAGTTGATGCAATGTDYS392 (SNP ID NO: 10) R: 5'-AGACCCAGTTGATGCAATGT
DYS393 (SNP ID NO: 11) F: 5'-FAM-GTGGTCTTCTACTTGTGTCAATACDYS393 (SNP ID NO: 11) F: 5'-FAM-GTGGTCTTCTACTTGTGTCAATAC
DYS393 (SNP ID NO: 12) R: 5'-AACTCAAGTCCAAAAAATGAGGDYS393 (SNP ID NO: 12) R: 5'-AACTCAAGTCCAAAAATGAGG
DYS394 (SNP ID NO: 13) F: 5'-HEX-CTACTGAGTTTCTGTTATAGTDYS394 (SNP ID NO: 13) F: 5'-HEX-CTACTGAGTTTCTGTTATAGT
DYS394 (SNP ID NO: 14) R: 5'-ATGGCATGTAGTGAGGACADYS394 (SNP ID NO: 14) R: 5'-ATGGCATGTAGTGAGGACA
DYS437 (SNP ID NO: 15) F: 5'-FAM-GACTATGGGCGTGAGTGCAT-3'DYS437 (SNP ID NO: 15) F: 5'-FAM-GACTATGGGCGTGAGTGCAT-3'
DYS437 (SNP ID NO: 16) R: 5'-GAGACCCTGTCATTCACAGATGADYS437 (SNP ID NO: 16) R: 5'-GAGACCCTGTCATTCACAGATGA
DYS438 (SNP ID NO: 17) F: 5'-FAM-CCAAAATTAGTGGGGAATAGTTG-3'DYS438 (SNP ID NO: 17) F: 5'-FAM-CCAAAATTAGTGGGGAATAGTTG-3'
DYS438 (SNP ID NO: 18) R: 5'-GATCACCCAGGGTCTGGAGTT-3'DYS438 (SNP ID NO: 18) R: 5'-GATCACCCAGGGTCTGGAGTT-3'
DYS439 (SNP ID NO: 19) F: 5'-TET-TCGAGTTGTTATGGTTTTAGGTCT-3'DYS439 (SNP ID NO: 19) F: 5'-TET-TCGAGTTGTTATGGTTTTAGGTCT-3'
DYS439 (SNP ID NO: 20) R: 5'-GTGGCTTGGAATTCTTTTACCC-3'DYS439 (SNP ID NO: 20) R: 5'-GTGGCTTGGAATTCTTTTACCC-3'
DYS442 (SNP ID NO: 21) F: 5'-HEX-CCCCAAGTCCCCAAAGTGTGT-3'DYS442 (SNP ID NO: 21) F: 5'-HEX-CCCCAAGTCCCCAAAGTGTGT-3'
DYS442 (SNP ID NO: 22) R: 5'-CACTCATTGATTGATGGGCGTTT-3'DYS442 (SNP ID NO: 22) R: 5'-CACTCATTGATTGATGGGCGTTT-3'
DYS445 (SNP ID NO: 23) F: 5'-FAM-AGTTAAGAGCCCCACCTTCCTG-3'DYS445 (SNP ID NO: 23) F: 5'-FAM-AGTTAAGAGCCCCACCTTCCTG-3'
DYS445 (SNP ID NO: 24) R: 5'-TTTTGGTGGCATAATCTCAGCTC-3'DYS445 (SNP ID NO: 24) R: 5'-TTTTGGTGGCATAATCTCAGCTC-3'
DYS448 (SNP ID NO: 25) F: 5'-FAM-TGGGAGAGGCAAGGATCCAA-3'DYS448 (SNP ID NO: 25) F: 5'-FAM-TGGGAGAGGCAAGGATCCAA-3'
DYS448 (SNP ID NO: 26) R: 5'-CCAGACCGGCCAGAAATATGAC-3'DYS448 (SNP ID NO: 26) R: 5'-CCAGACCGGCCAGAAATATGAC-3'
DYS449 (SNP ID NO: 27) F: 5'-FAM-TTTTCCCTTAACTTGTGTGATTTTT-3'DYS449 (SNP ID NO: 27) F: 5'-FAM-TTTTCCCTTAACTTGTGTGATTTTT-3'
DYS449 (SNP ID NO: 28) R: 5'-AGGTTGGACAACAAGAGTAAGACAG-3'DYS449 (SNP ID NO: 28) R: 5'-AGGTTGGACAACAAGAGTAAGACAG-3'
DYS456 (SNP ID NO: 29) F: 5'-FAM-GGACCTTGTGATAATGTA-3'DYS456 (SNP ID NO: 29) F: 5'-FAM-GGACCTTGTGATAATGTA-3'
DYS456 (SNP ID NO: 30) R: 5'-GTTTTGGGCTGAGTTGATGGG-3'DYS456 (SNP ID NO: 30) R: 5'-GTTTTGGGCTGAGTTGATGGG-3'
DYS458 (SNP ID NO: 31) F: 5'-FAM-AGCAACAGGAATGAAACTCCAAT-3'DYS458 (SNP ID NO: 31) F: 5'-FAM-AGCAACAGGAATGAAACTCCAAT-3'
DYS458 (SNP ID NO: 32) R: 5'-GGAGGGTGGGCGTGGTGG-3'DYS458 (SNP ID NO: 32) R: 5'-GGAGGGTGGGCGTGGTGG-3'
DYS460 (SNP ID NO: 33) F: 5'-ROX-GAGGAATCTGACACCTCTGACA-3'DYS460 (SNP ID NO: 33) F: 5'-ROX-GAGGAATCTGACACCTCTGACA-3'
DYS460 (SNP ID NO: 34) R: 5'-GTCCATATCATCTATCCTCTGCCTA-3'DYS460 (SNP ID NO: 34) R: 5'-GTCCATATCATCTATCCTCTGCCTA-3'
DYS481 (SNP ID NO: 35) F: 5'-JOE-AGGAATGTGGCTAACGCTGT-3'DYS481 (SNP ID NO: 35) F: 5'-JOE-AGGAATGTGGCTAACGCTGT-3'
DYS481 (SNP ID NO: 36) R: 5'-ACAGCTCACCAGAAGGTTGC-3'DYS481 (SNP ID NO: 36) R: 5'-ACAGCTCACCAGAAGGTTGC-3'
DYS504 (SNP ID NO: 37) F: 5'-HEX-TCTACACCACTGTGCCAAGC-3'DYS504 (SNP ID NO: 37) F: 5'-HEX-TCTACACCACTGTGCCAAGC-3'
DYS504 (SNP ID NO: 38) R: 5'-GGCAACAGAGCAACCCTCT-3'DYS504 (SNP ID NO: 38) R: 5'-GGCAACAGAGCAACCCCTCT-3'
DYS505 (SNP ID NO: 39) F: 5'-FAM-TCTGGCGAAGTAACCCAAAC-3'DYS505 (SNP ID NO: 39) F: 5'-FAM-TCTGGCGAAGTAACCCAAAC-3'
DYS505 (SNP ID NO: 40) R: 5'-TCGAGTCAGTTCACCAGAAGG-3'DYS505 (SNP ID NO: 40) R: 5'-TCGAGTCAGTTCACCAGAAGG-3'
DYS518 (SNP ID NO: 41) F: 5'-JOE-GGCAACACAAGTGAAACTGC-3'DYS518 (SNP ID NO: 41) F: 5'-JOE-GGCAACACAAGTGAAACTGC-3'
DYS518 (SNP ID NO: 42) R: 5'-TCAGCTCTTACCATGGGTGAT-3'DYS518 (SNP ID NO: 42) R: 5'-TCAGCTCTTACCATGGGTGAT-3'
DYS525 (SNP ID NO: 43) F: 5'-HEX-ATTCACACCATTGCACTCCA-3'DYS525 (SNP ID NO: 43) F: 5'-HEX-ATTCACACCATTGCACTCCA-3'
DYS525 (SNP ID NO: 44) R: 5'-GAGGCGGAGCTTTTAGTGAG-3'DYS525 (SNP ID NO: 44) R: 5'-GAGGCGGAGCTTTTAGTGAG-3'
DYS531 (SNP ID NO: 45) F: 5'-FAM-GACCCACTGGCATTCAAATC-3'DYS531 (SNP ID NO: 45) F: 5'-FAM-GACCCACTGGCATTCAAATC-3'
DYS531 (SNP ID NO: 46) R: 5'-TGCTCCCTTTCTTTGTAGACG-3'DYS531 (SNP ID NO: 46) R: 5'-TGCTCCCTTTCTTTGTAGACG-3'
DYS533 (SNP ID NO: 47) F: 5'-JOE-CATCTAACATCTTTGTCATCTACC-3'DYS533 (SNP ID NO: 47) F: 5'-JOE-CATCTAACATCTTTGTCATCTACC-3'
DYS533 (SNP ID NO: 48) R: 5'-TGATCAGTTCTTAACTCAACCAA-3'DYS533 (SNP ID NO: 48) R: 5'-TGATCAGTTCTTAACTCAACCAA-3'
DYS537 (SNP ID NO: 49) F: 5'-HEX-GGTCTCCAATTCCATCCAGA-3'DYS537 (SNP ID NO: 49) F: 5'-HEX-GGTCTCCAATTCCATCCAGA-3'
DYS537 (SNP ID NO: 50) R: 5'-TGGAACATGCCCATTAATCA-3'DYS537 (SNP ID NO: 50) R: 5'-TGGAACATGCCCATTAATCA-3'
DYS552 (SNP ID NO: 51) F: 5'-FAM-CCATAGTGCCGAGGTCAAGT-3'DYS552 (SNP ID NO: 51) F: 5'-FAM-CCATAGTGCCGAGGTCAAGT-3'
DYS552 (SNP ID NO: 52) R: 5'-AACACCTG ATGCCTGGTTG- 3'DYS552 (SNP ID NO: 52) R: 5'-AACACCTG ATGCCTGGTTG-3'
DYS570 (SNP ID NO: 53) F: 5'-ROX-GAACTGTCTACAATGGCTCACG-3'DYS570 (SNP ID NO: 53) F: 5'-ROX-GAACTGTCTACAATGGCTCACG-3'
DYS570 (SNP ID NO: 54) R: 5'-TCAGCATAGTCAAGAAACCAGACAAC-3'DYS570 (SNP ID NO: 54) R: 5'-TCAGCATAGTCAAGAAACCAGACAAC-3'
DYS576 (SNP ID NO: 55) F: 5'-ROX-TGGGCTGAGGAGTTCAATC-3'DYS576 (SNP ID NO: 55) F: 5'-ROX-TGGGCTGAGGAGTTCAATC-3'
DYS576 (SNP ID NO: 56) R: 5'-GGCAGTCTCATTTCCTGGAGATGDYS576 (SNP ID NO: 56) R: 5'-GGCAGTCTCATTTCCTGGAGATG
DYS635 (SNP ID NO: 57) F: 5'-FAM-AGTGTCTCACTTCAAGCACCAAGCAC-3'DYS635 (SNP ID NO: 57) F: 5'-FAM-AGTGTCTCACTTCAAGCACCAAGCAC-3'
DYS635 (SNP ID NO: 58) R: 5'-ACATTTTTCCAACTGTGAATTTTGCTGC-3'DYS635 (SNP ID NO: 58) R: 5'-ACATTTTTTCCAACTGTGAATTTTGCTGC-3'
DYS643 (SNP ID NO: 59) F: 5'-FAM-AAGCCATGCCTGGTTAAACT-3'DYS643 (SNP ID NO: 59) F: 5'-FAM-AAGCCATGCCTGGTTAAACT-3'
DYS643 (SNP ID NO: 60) R: 5'-TGTAACCAAACACCACCCATT-3'DYS643 (SNP ID NO: 60) R: 5'-TGTAACCAAACACCACCCATT-3'
YCAII (SNP ID NO: 61) F: 5'-HEX-TGTCAAAATTTAACCCACAATCA-3'YCAII (SNP ID NO: 61) F: 5'-HEX-TGTCAAAATTTAACCCACAATCA-3'
YCAII (SNP ID NO: 62) R: 5'-GCAGTCTTTCACCATAAGGTTAGC-3'YCAII (SNP ID NO: 62) R: 5'-GCAGTCTTTCACCATAAGGTTAGC-3'
GATA H4.1 (SNP ID NO: 63) F: 5'-HEX-ATGCTGAGGAGAATTTCCAA-3'GATA H4.1 (SNP ID NO: 63) F: 5'-HEX-ATGCTGAGGAGAATTTCCAA-3'
GATA H4.1 (SNP ID NO: 64) R: 5'-GCTATTCATCCATCTAATCTATCCATT-3'GATA H4.1 (SNP ID NO: 64) R: 5'-GCTATTCATCCATCTAATCTATCCATT-3'
Y-GATA-A10 (SNP ID NO: 65)Y-GATA-A10 (SNP ID NO: 65)
F: 5'-NED-CCTGCCATCTCTATTTATCTTGCATATA-3'F: 5'-NED-CCTGCCATCTCTATTTATCTTGCATATA-3'
Y-GATA-A10 (SNP ID NO: 66) R: 5'-ATAAATGGAGATAGTGGGTGGATT-3'Y-GATA-A10 (SNP ID NO: 66) R: 5'-ATAAATGGAGATAGTGGGTGGATT-3'
GGAAT1B07 (SNP ID NO: 67) F: 5'-NED-CATTAACCATAGCATTTCTTTCC-3'GGAAT1B07 (SNP ID NO: 67) F: 5'-NED-CATTAACCATAGCATTTCTTTCC-3'
GGAAT1B07 (SNP ID NO: 68) R: 5'-GAAGTAGAGTGGAATGGACTGC-3'GGAAT1B07 (SNP ID NO: 68) R: 5'-GAAGTAGAGTGGAATGGACTGC-3'
DYF387S1 (SNP ID NO: 69) F: 5'-FAM-GCCTGGGTGACAGAGCTAGA-3'DYF387S1 (SNP ID NO: 69) F: 5'-FAM-GCCTGGGTGACAGAGCTAGA-3'
DYF387S1 (SNP ID NO: 70) R: 5'-GCCACAGTGTGAGAAGTGTGA-3'DYF387S1 (SNP ID NO: 70) R: 5'-GCCACAGTGTGAGAAGTGTGA-3'
В способе выявления генотипов для идентификации личности с помощью системы микросателлитных ДНК-маркеров Y-хромосомы используют вышеуказанные праймеры, при этом, проводят генотипирование 38 коротких тандемных повторов, локализованных на нерекомбинирующем участке Y-хромосомы (YSTR), на генетическом ДНК-анализаторе с помощью капиллярного гель-электрофореза, с применением метода ПЦР и фрагментного анализа флуоресцентно меченых ДНК-ампликонов, используют образцы ДНК мужчин, выделенную из любого биологического материала в соответствии со стандартными методами, обеспечивающими качественную очистку ДНК от белков и примесей и предотвращающими деградацию материала в ходе выделения, при проведении капиллярного электрофореза фрагменты, синтезированные в ходе ПЦР, имеющие флуоресцентную метку ТЕТ (4, 7, 2', 7'-тетрахлоро-6-карбоксифлуоресцеин) в диапазоне длин 360-420 п.о. соответствуют аллелям 9-23 тандемных повтора в локусе DYS385, фрагменты, имеющие флуоресцентную метку ТЕТ в диапазоне длин 196-224 п.о. соответствуют аллелям 19-26 тандемных повторов в локусе DYS390, фрагменты, имеющие флуоресцентную метку ТЕТ в диапазоне длин 277-289 п.о. соответствуют аллелям 9-12 тандемных повторов в локусе DYS391, фрагменты, имеющие флуоресцентную метку ТЕТ в диапазоне длин 232-260 п.о. соответствуют аллелям 8-15 тандемных повторов в локусе DYS439, фрагменты, имеющие флуоресцентную метку FAM (6-карбоксифлуоресцеин) в диапазоне длин 243-259 п.о. соответствуют аллелям 10-15 тандемных повторов в локусе DYS392, фрагменты, имеющие флуоресцентную метку FAM в диапазоне длин 116-128 п.о. соответствуют аллелям 12-15 тандемных повторов в локусе DYS393, фрагменты, имеющие флуоресцентную метку FAM в диапазоне длин 174-190 п.о. соответствуют аллелям 6-10 тандемных повторов в локусе DYS437, фрагменты, имеющие флуоресцентную метку FAM в диапазоне длин 311-326 п.о. соответствуют аллелям 9-12 тандемных повторов в локусе DYS438, фрагменты, имеющие флуоресцентную метку FAM в диапазоне длин 311-326 п.о. соответствуют аллелям 9-12 тандемных повторов в локусе DYS438, фрагменты, имеющие флуоресцентную метку FAM в диапазоне длин 251-263 п.о. соответствуют аллелям 9-12 тандемных повторов в локусе DYS445, фрагменты, имеющие флуоресцентную метку FAM в диапазоне длин 307-343 п.о. соответствуют аллелям 18-24 тандемных повторов в локусе DYS448, фрагменты, имеющие флуоресцентную метку FAM в диапазоне длин 264-313 п.о. соответствуют аллелям 25-37 тандемных повторов в локусе DYS449, фрагменты, имеющие флуоресцентную метку FAM в диапазоне длин 141-157 п.о. соответствуют аллелям 17-17 тандемных повторов в локусе DYS456, фрагменты, имеющие флуоресцентную метку FAM в диапазоне длин 106-156 п.о. соответствуют аллелям 12-24 тандемных повторов в локусе DYS458, фрагменты, имеющие флуоресцентную метку FAM в диапазоне длин 165-181 п.о. соответствуют аллелям 11-15 тандемных повторов в локусе DYS505, фрагменты, имеющие флуоресцентную метку FAM в диапазоне длин 102-127 п.о. соответствуют аллелям 8-14 тандемных повторов в локусе DYS531, фрагменты, имеющие флуоресцентную метку FAM в диапазоне длин 236-256 п.о. соответствуют аллелям 7-12 тандемных повторов в локусе DYS552, фрагменты, имеющие флуоресцентную метку FAM в диапазоне длин 238-274 п.о. соответствуют аллелям 17-26 тандемных повторов в локусе DYS635, фрагменты, имеющие флуоресцентную метку FAM в диапазоне длин 123-158 п.о. соответствуют аллелям 7-14 тандемных повторов в локусе DYS643, фрагменты, имеющие флуоресцентную метку FAM в диапазоне длин 240-272 п.о. соответствуют аллелям 27-35 тандемных повторов в локусе DYF387, фрагменты, имеющие флуоресцентную метку HEX (4, 7, 2', 4', 5', 7'-гексахлоро-6-карбоксифлуоресцеин) в диапазоне длин 190-206 п.о. соответствуют аллелям 13-17 тандемных повторов в локусе DYS394, фрагменты, имеющие флуоресцентную метку HEX в диапазоне длин 242-262 п.о. соответствуют аллелям 7-12 тандемных повторов в локусе DYS389I, фрагменты, имеющие флуоресцентную метку HEX в диапазоне длин 360-382 п.о. соответствуют локусу DYS389II, аллели локуса DYS389II определяют вычитанием из значения длины фрагмента диапазона 360-382 значения длины фрагмента ВУ83891,получаемый диапазон 110-134 п.о. соответствует 14-20 тандемным повторам, фрагменты, имеющие флуоресцентную метку HEX в диапазоне длин 298-322 п.о. соответствуют аллелям 10-16 тандемных повторов в локусе DYS442, фрагменты, имеющие флуоресцентную метку HEX в диапазоне длин 265-296 п.о. соответствуют аллелям 12-20 тандемных повторов в локусе DYS504, фрагменты, имеющие флуоресцентную метку HEX в диапазоне длин 305-321 п.о. соответствуют аллелям 9-13 тандемных повторов в локусе DYS525, фрагменты, имеющие флуоресцентную метку HEX в диапазоне длин 155-179 п.о. соответствуют аллелям 7-13 тандемных повторов в локусе DYS537, фрагменты, имеющие флуоресцентную метку HEX в диапазоне длин 147-165 п.о. соответствуют аллелям 17-26 тандемных повторов в локусе YCAII, фрагменты, имеющие флуоресцентную метку HEX в диапазоне длин 134-152 п.о. соответствуют аллелям 9-14 тандемных повторов в локусе Y-GATA-H4.1, фрагменты, имеющие флуоресцентную метку ROX (карбокси-Х-родамин) в диапазоне длин 102-122 п.о. соответствуют аллелям 8-13 тандемных повторов в локусе DYS460, фрагменты, имеющие флуоресцентную метку ROX в диапазоне длин 242-282 п.о. соответствуют аллелям 13-23 тандемных повторов в локусе DYS570, фрагменты, имеющие флуоресцентную метку ROX в диапазоне длин 168-204 п.о. соответствуют аллелям 13-22 тандемных повторов в локусе DYS576, фрагменты, имеющие флуоресцентную метку JOE в диапазоне длин 117-157 п.о. соответствуют аллелям 189-32 тандемных повторов в локусе DYS481, фрагменты, имеющие флуоресцентную метку JOE (б-карбокси-4',5'-дихлор-2',7'-диметоксифлуоресцеин) в диапазоне длин 252-296 п.о. соответствуют аллелям 25-36 тандемных повторов в локусе DYS518, фрагменты, имеющие флуоресцентную метку JOE в диапазоне длин 200-224 п.о. соответствуют аллелям 9-15 тандемных повторов в локусе DYS533.In the method of identifying genotypes for personal identification using a system of microsatellite DNA markers of the Y chromosome, the above primers are used, while genotyping of 38 short tandem repeats localized on the non-recombining region of the Y chromosome (YSTR) is carried out on a genetic DNA analyzer using a capillary gel electrophoresis, using the PCR method and fragment analysis of fluorescently labeled DNA amplicons, use male DNA samples isolated from any biological material in accordance with standard methods that ensure high-quality purification of DNA from proteins and impurities and prevent degradation of the material during isolation, with carrying out capillary electrophoresis of fragments synthesized during PCR, having a fluorescent TET label (4, 7, 2', 7'-tetrachloro-6-carboxyfluorescein) in the length range 360-420 bp. correspond to alleles 9-23 tandem repeats in the DYS385 locus, fragments having a TET fluorescent tag in the length range 196-224 bp. correspond to alleles of 19-26 tandem repeats in the DYS390 locus, fragments having a TET fluorescent tag in the length range 277-289 bp. correspond to alleles of 9-12 tandem repeats in the DYS391 locus, fragments having a TET fluorescent tag in the length range 232-260 bp. correspond to alleles of 8-15 tandem repeats in the DYS439 locus, fragments having a fluorescent FAM (6-carboxyfluorescein) label in the length range 243-259 bp. correspond to alleles of 10-15 tandem repeats in the DYS392 locus, fragments having a fluorescent FAM tag in the length range of 116-128 bp. correspond to alleles of 12-15 tandem repeats in the DYS393 locus, fragments having a fluorescent FAM tag in the length range of 174-190 bp. correspond to alleles of 6-10 tandem repeats in the DYS437 locus, fragments having a fluorescent FAM tag in the length range 311-326 bp. correspond to alleles of 9-12 tandem repeats in the DYS438 locus, fragments having a fluorescent FAM tag in the length range 311-326 bp. correspond to alleles of 9-12 tandem repeats in the DYS438 locus, fragments having a fluorescent FAM tag in the length range 251-263 bp. correspond to alleles of 9-12 tandem repeats in the DYS445 locus, fragments having a fluorescent FAM tag in the length range 307-343 bp. correspond to alleles of 18-24 tandem repeats in the DYS448 locus, fragments having a fluorescent FAM tag in the length range 264-313 bp. correspond to alleles of 25-37 tandem repeats in the DYS449 locus, fragments having a fluorescent FAM tag in the length range 141-157 bp. correspond to alleles of 17-17 tandem repeats in the DYS456 locus, fragments having a fluorescent FAM tag in the length range 106-156 bp. correspond to alleles of 12-24 tandem repeats in the DYS458 locus, fragments having a fluorescent FAM tag in the length range of 165-181 bp. correspond to alleles of 11-15 tandem repeats in the DYS505 locus, fragments having a fluorescent FAM tag in the length range 102-127 bp. correspond to alleles of 8-14 tandem repeats in the DYS531 locus, fragments having a fluorescent FAM tag in the length range of 236-256 bp. correspond to alleles of 7-12 tandem repeats in the DYS552 locus, fragments having a fluorescent FAM tag in the length range 238-274 bp. correspond to alleles of 17-26 tandem repeats in the DYS635 locus, fragments having a fluorescent FAM tag in the length range 123-158 bp. correspond to alleles of 7-14 tandem repeats in the DYS643 locus, fragments having a fluorescent FAM tag in the length range of 240-272 bp. correspond to alleles of 27-35 tandem repeats in the DYF387 locus, fragments having a fluorescent HEX tag (4, 7, 2', 4', 5', 7'-hexachloro-6-carboxyfluorescein) in the length range 190-206 bp. correspond to alleles of 13-17 tandem repeats in the DYS394 locus, fragments having a HEX fluorescent tag in the length range 242-262 bp. correspond to alleles of 7-12 tandem repeats in the DYS389I locus, fragments having a fluorescent HEX tag in the length range 360-382 bp. correspond to the DYS389II locus, the alleles of the DYS389II locus are determined by subtracting the length of the fragment VU83891 from the fragment length value of the range 360-382, the resulting range is 110-134 bp. corresponds to 14-20 tandem repeats, fragments having a fluorescent HEX tag in the length range 298-322 bp. correspond to alleles of 10-16 tandem repeats in the DYS442 locus, fragments having a HEX fluorescent tag in the length range of 265-296 bp. correspond to alleles of 12-20 tandem repeats in the DYS504 locus, fragments having a HEX fluorescent tag in the length range 305-321 bp. correspond to alleles of 9-13 tandem repeats in the DYS525 locus, fragments having a fluorescent HEX tag in the length range 155-179 bp. correspond to alleles of 7-13 tandem repeats in the DYS537 locus, fragments having a fluorescent HEX tag in the length range 147-165 bp. correspond to alleles of 17-26 tandem repeats in the YCAII locus, fragments having a fluorescent HEX tag in the length range 134-152 bp. correspond to alleles of 9-14 tandem repeats in the Y-GATA-H4.1 locus, fragments having a fluorescent ROX (carboxy-X-rhodamine) tag in the length range of 102-122 bp. correspond to alleles of 8-13 tandem repeats in the DYS460 locus, fragments having a fluorescent ROX tag in the length range 242-282 bp. correspond to alleles of 13-23 tandem repeats in the DYS570 locus, fragments having a fluorescent ROX tag in the length range 168-204 bp. correspond to alleles of 13-22 tandem repeats in the DYS576 locus, fragments having a JOE fluorescent label in the length range 117-157 bp. correspond to alleles 189-32 tandem repeats in the DYS481 locus, fragments having a fluorescent label JOE (b-carboxy-4',5'-dichloro-2',7'-dimethoxyfluorescein) in the length range 252-296 bp. correspond to alleles of 25-36 tandem repeats in the DYS518 locus, fragments having a JOE fluorescent label in the length range of 200-224 bp. correspond to alleles of 9-15 tandem repeats in the DYS533 locus.
Предлагаемый способ заключается в генотипировании 38 STR-маркеров Y-хромосомы на генетическом ДНК-анализаторе с помощью капиллярного гель-электрофореза, с применением метода ПЦР и фрагментного анализа флуоресцентно меченых ДНК-ампликонов. Разработанная система генетических маркеров Y-хромосомы (YSTR) информативна для ДНК-идентификации в популяциях России и основана на мультиплексном генотипировании методом ПЦР и капиллярного гель-электрофореза.The proposed method consists of genotyping 38 STR markers of the Y chromosome on a genetic DNA analyzer using capillary gel electrophoresis, using the PCR method and fragment analysis of fluorescently labeled DNA amplicons. The developed system of genetic markers of the Y chromosome (YSTR) is informative for DNA identification in Russian populations and is based on multiplex genotyping using PCR and capillary gel electrophoresis.
Способ предназначен:The method is intended:
- для выявления генотипов микросателлитных (STR) локусов Y-хромосомы человека в образцах ДНК, полученных из биологического материала лиц мужского пола для генетической идентификации личности человека в медико-диагностических, судебно-медицинских и криминалистических лабораториях;- to identify genotypes of microsatellite (STR) loci of the human Y chromosome in DNA samples obtained from biological material of males for genetic identification of a person in medical diagnostic, forensic and forensic laboratories;
- для установления этнической принадлежности человека по структуре его гаплотипу YSTR;- to establish a person’s ethnicity based on the structure of his YSTR haplotype;
- для установления родственных связей, в том числе при исследовании случаев спорного отцовства;- to establish family ties, including when investigating cases of disputed paternity;
- для научных исследований в области популяциогнной генетики человека и медицинской генетики.- for scientific research in the field of human population genetics and medical genetics.
Разработанный способ заключается в использовании специально подобранных высокоспецифичных флуоресцентно-меченых олигонуклеотидных праймеров для проведения полимеразной цепной реакции (ПЦР) по амплификации микросателлитных маркеров Y-хромосомы человека.The developed method consists of using specially selected highly specific fluorescently labeled oligonucleotide primers to carry out a polymerase chain reaction (PCR) to amplify microsatellite markers of the human Y chromosome.
Предлагаемый способ позволяет получить комплексный генотип исследуемого образца ДНК человека по 38 микросателлитным маркерам нерекомбинирующей части Y-хромосомы: DYS19, DYS385a, DYS385b, DYS389I, DYS389II, DYS390, DYS391, DYS392, DYS393, DYS437, DYS438, DYS439, DYS442, DYS445, DYS448, DYS449, DYS456, DYS458, DYS460, DYS481, DYS504, DYS505, DYS518, DYS525, DYS533, DYS537, DYS552, DYS570, DYS576, DYS635, DYS 643, YCAIIa, YCAIIb, GATA-H4.1, Y-GATA-A10, GGAAT1B07, DYF387a, DYF387b.The proposed method makes it possible to obtain a complex genotype of the studied human DNA sample using 38 microsatellite markers of the non-recombining part of the Y chromosome: DYS19, DYS385a, DYS385b, DYS389I, DYS389II, DYS390, DYS391, DYS392, DYS393, DYS437, DYS438, DY S439, DYS442, DYS445, DYS448, DYS449, DYS456, DYS458, DYS460, DYS481, DYS504, DYS505, DYS518, DYS525, DYS533, DYS537, DYS552, DYS570, DYS576, DYS635, DYS 643, YCAIIa, YCAIIb , GATA-H4.1, Y-GATA-A10, GGAAT1B07 , DYF387a, DYF387b.
Генотипы представлены в виде размеров длин фрагментов соответствующих ампликонов в нуклеотидах. Именно такой широкий набор YSTR является очень информативным для проведения популяционно-генетических и криминалистических исследований. Оценка информативности выбранных маркеров по доступным литературным данным и генетическим базам данных показала высокий потенциал данного набора микросателлитных маркеров нерекомбинирующей части Y-хромосомы для генетической дифференциации популяций и индивидов и привязки человека к конкретной этнической группе по специфичности его гаплотипа в пределах различных гаплогрупп Y-хромосомы.Genotypes are presented as the size of the fragment lengths of the corresponding amplicons in nucleotides. It is this wide set of YSTRs that is very informative for population genetic and forensic studies. An assessment of the information content of the selected markers using available literature data and genetic databases showed the high potential of this set of microsatellite markers of the non-recombining part of the Y chromosome for genetic differentiation of populations and individuals and linking a person to a specific ethnic group based on the specificity of his haplotype within various haplogroups of the Y chromosome.
Способ осуществляют следующим образомThe method is carried out as follows
Для работы используют образцы ДНК, выделенной из любого биологического материала человека в соответствии со стандартными методами, обеспечивающими качественную очистку ДНК от белков и примесей и предотвращающими деградацию материала в ходе выделения. Концентрация рабочего раствора тотальной недеградированной ДНК для проведения ПЦР должна быть не менее 2 нанограмм на микролитр.For this work, we use DNA samples isolated from any human biological material in accordance with standard methods that ensure high-quality DNA purification from proteins and impurities and prevent degradation of the material during isolation. The concentration of the working solution of total undegraded DNA for PCR must be at least 2 nanograms per microliter.
Генотипирование микросателлитных ДНК-маркеров проводят в несколько этапов, включающих проведение подготовки образцов ДНК, полимеразной цепной реакции (ПЦР), пробоподготовки продуктов амплификации, капиллярный гель-электрофорез на автоматических ДНК-анализаторах, компьютерную программную обработку первичных данных и, собственно, получение итоговых генотипов исследуемых образцов.Genotyping of microsatellite DNA markers is carried out in several stages, including preparation of DNA samples, polymerase chain reaction (PCR), sample preparation of amplification products, capillary gel electrophoresis on automatic DNA analyzers, computer program processing of primary data and, in fact, obtaining the final genotypes of the subjects under study. samples.
Мультиплексное генотипирование включает в себя несколько последовательных шагов:Multiplex genotyping includes several sequential steps:
- получение ПЦР-продуктов, содержащих последовательности с изучаемыми YSTR у исследуемого образца;- obtaining PCR products containing sequences with the studied YSTR in the test sample;
- объединение в общей смеси ПЦР-продуктов всех исследуемых маркеров;- combining all the studied markers in a common mixture of PCR products;
- очистка смеси ампликонов от минерального масла (если ПЦР проводилась с добавлением минерального масла в амплификаторах без нагревающейся крышки);- purification of the amplicon mixture from mineral oil (if PCR was carried out with the addition of mineral oil in amplifiers without a heated lid);
- приготовление смеси продуктов ПЦР с матричным стандартом длины и формамидом;- preparation of a mixture of PCR products with a matrix length standard and formamide;
- денатурация продукта реакции в формамиде;- denaturation of the reaction product in formamide;
- капиллярный электрофорез на автоматическом анализаторе;- capillary electrophoresis on an automatic analyzer;
- программная обработка первичных данных;- software processing of primary data;
- получение итоговых генотипов исследуемых образцов.- obtaining the final genotypes of the studied samples.
Для амплификации выбранных YSTR-маркеров проводят полимеразную цепную реакцию. Для эффективного разделения всех продуктов в соответствии с их физическим размером на капиллярном гель-электрофорезе праймеры подобраны соответствующим образом. Предлагаемые праймеры, выбраны из множества вариантов для наиболее оптимального сочетания длин амплифицированных продуктов, разделения флуоресцентных меток, эффективной дифференциации близких по размеру аллелей разных локусов и сочетания красителей со стандартными наборами реагентов для оптической калибровки автоматических ДНК-анализаторов.To amplify selected YSTR markers, a polymerase chain reaction is performed. To effectively separate all products according to their physical size on capillary gel electrophoresis, primers are selected accordingly. The proposed primers are selected from a variety of options for the most optimal combination of lengths of amplified products, separation of fluorescent labels, effective differentiation of alleles of different loci that are close in size, and combination of dyes with standard sets of reagents for optical calibration of automatic DNA analyzers.
Каждый из используемых красителей имеет свою длину волны максимума флюоресценции (хотя спектры эмиссии перекрываются). Затем компьютерная программа анализирует интенсивность флюоресценции и распознает пики продуктов ПЦР, исходя из того, на какой длине волны имело место максимальное увеличение флюоресценции по сравнению с фоновым уровнем. Результаты в итоге представлены в виде разноцветных пиков (каждый из цветов соответствует определенному флуоресцентному красителю) -электрофоре граммы, с обозначенным размера продуктов, который устанавливается по стандарту длины, добавляемому при пробоподготовке в каждый образец.Each of the dyes used has its own wavelength of maximum fluorescence (although the emission spectra overlap). A computer program then analyzes the fluorescence intensity and identifies the peaks of the PCR products based on which wavelength there was a maximum increase in fluorescence compared to background levels. The results are ultimately presented in the form of multi-colored peaks (each color corresponds to a specific fluorescent dye) - electrophore grams, with the size of the products indicated, which is established by the length standard added during sample preparation to each sample.
Праймеры на локусах DYS385, DYS389, YCAII и DYF387 подобраны таким образом, что одновременно амплифицируется, соответственно, по два микросателлитных повтора DYS385a, DYS385b, DYS389II, дающий фрагмент большей длины (353-385 п.н.), и DYS389I, которому соответствуют фрагменты длиной 239-263 п.н. (Cooper et al., 1996). Число повторов в локусе DYS389II определяют, вычитая из длины большего фрагмента длину меньшего.The primers on the DYS385, DYS389, YCAII and DYF387 loci are selected in such a way that simultaneously amplifying, respectively, two microsatellite repeats DYS385a, DYS385b, DYS389II, which produces a longer fragment (353-385 bp), and DYS389I, to which the fragments correspond 239-263 bp long. (Cooper et al., 1996). The number of repeats in the DYS389II locus is determined by subtracting the length of the smaller fragment from the length of the larger fragment.
ПЦР проводят в пробирках или плашках объемом 0,2 или 0,5 мл. Объем реакционной смеси может варьировать 10 до 50 мкл. Рекомендуемый объем 15 мкл. Реакционная смесь для ПЦР, общим объемом 15 мкл включает в себя по 0,5-1,5 мкл специфических праймеров с концентрацией 1 о.е./мл; 0,2 мМ концентрацию каждого из четырех dNTP (обычно 1 мкл 8 мМ раствора, в том числе 2 мМ каждого dNTP); от 10 до 100 нг исследуемого образца геномной ДНК; буфер для Taq-полимеразы и 0,25-1,0 ед. Taq-ДНК-полимеразы. Реакцию проводят в специализированных термоциклерах (амплификаторах).PCR is carried out in test tubes or plates with a volume of 0.2 or 0.5 ml. The volume of the reaction mixture can vary from 10 to 50 µl. Recommended volume 15 µl. The reaction mixture for PCR, with a total volume of 15 μl, includes 0.5-1.5 μl of specific primers with a concentration of 1 p.u./ml; 0.2 mM concentration of each of the four dNTPs (typically 1 μl of an 8 mM solution, including 2 mM of each dNTP); from 10 to 100 ng of the test sample of genomic DNA; buffer for Taq polymerase and 0.25-1.0 units. Taq DNA polymerases. The reaction is carried out in specialized thermal cyclers (amplifiers).
Подбор условий проведения полимеразной цепной реакции с использованием набора флуоресцентно меченых праймеров включал оценку количества и качества выхода продуктов амплификации всех пятнадцати STR-локусов, наличие неспецифической амплификации, наличие различных аберраций при проведении капиллярного электрофореза, различия в интенсивности высоты детектируемых пиков продуктов, количество праймеров, не включившихся в реакцию. Проведено сравнение различных буферов, различной концентрации ионов Mg++, концентрации смеси праймеров, концентрации dNTP и общего объема ПЦР-смеси. В результате были подобраны оптимальные условия для проведения ПЦР.The selection of conditions for carrying out a polymerase chain reaction using a set of fluorescently labeled primers included an assessment of the quantity and quality of the yield of amplification products of all fifteen STR loci, the presence of nonspecific amplification, the presence of various aberrations during capillary electrophoresis, differences in the intensity of the height of the detected peaks of the products, the number of primers, not included in the reaction. A comparison was made between different buffers, different concentrations of Mg++ ions, primer mixture concentrations, dNTP concentrations, and the total volume of the PCR mixture. As a result, optimal conditions for carrying out PCR were selected.
Рекомендуется использовать современные амплификаторы для 96-луночных тонкостенных плашек: Applied Biosystems, Forster Sity, США; Biometra, ФРГ; I-Cycler, BioRad, США. Схема полимеразной цепной реакции состоит из первичной денатурации ДНК-матрицы (4 минут при 94-95°С), затем 40 циклов, состоящих из денатурации (94°С), отжига праймеров при специфической для каждого полиморфизма температуре (обычно от 58°С до 62°С), элонгации цепи (при 72°С); реакцию завершает финальная элонгация цепи (5-10 минут при 72°С).It is recommended to use modern thermal cyclers for 96-well thin-walled plates: Applied Biosystems, Forster City, USA; Biometra, Germany; I-Cycler, BioRad, USA. The polymerase chain reaction scheme consists of primary denaturation of the DNA template (4 minutes at 94-95°C), then 40 cycles consisting of denaturation (94°C), primer annealing at a temperature specific for each polymorphism (usually from 58°C to 62°C), chain elongation (at 72°C); the reaction is completed by final chain elongation (5-10 minutes at 72°C).
Программа для амплификации локусов DYS19, DYS389I, DYS389II, DYS390, DYS391, DYS392, DYS437, DYS442, DYS445, DYS448, DYS449, DYS481, DYS505, DYS518, DYS525, DYS533, DYS537, DYS552, GATA-H4.1:Program for amplification of loci DYS19, DYS389I, DYS389II, DYS390, DYS391, DYS392, DYS437, DYS442, DYS445, DYS448, DYS449, DYS481, DYS505, DYS518, DYS525, DYS533 , DYS537, DYS552, GATA-H4.1:
Начальная денатурация: 94°С - 4 мин.Initial denaturation: 94°C - 4 min.
40 циклов: 94°С - 30 сек40 cycles: 94°C - 30 sec
58°С - 30 сек58°C - 30 sec
72°С - 45 сек72°C - 45 sec
Заключительная элонгация: 72°С - 4 мин.Final elongation: 72°C - 4 min.
Программа для амплификации локусов DYS385a, DYS385b, DYS393, DYS438, DYS439, DYS456, DYS458, DYS460, DYS481, DYS570, DYS576, DYS635, DYS 643, YCAIIa, YCAIIb, Y-GATA-A10, GGAAT1B07, DYF387a, DYF387b:Program for amplification of loci DYS385a, DYS385b, DYS393, DYS438, DYS439, DYS456, DYS458, DYS460, DYS481, DYS570, DYS576, DYS635, DYS 643, YCAIIa, YCAIIb, Y-GATA-A10 , GGAAT1B07, DYF387a, DYF387b:
Начальная денатурация: 94°C - 4 мин.Initial denaturation: 94°C - 4 min.
40 циклов: 94°C - 30 сек40 cycles: 94°C - 30 sec
60°C - 30 сек60°C - 30 sec
72°C - 45 сек72°C - 45 sec
Заключительная элонгация: 72°С - 4 мин.Final elongation: 72°C - 4 min.
Программа для амплификации локусов DYS437, DYS438:Program for amplification of loci DYS437, DYS438:
Начальная денатурация: 94°С - 4 мин.Initial denaturation: 94°C - 4 min.
40 циклов: 94°С - 30 сек40 cycles: 94°C - 30 sec
62°С - 30 сек62°C - 30 sec
72°С - 45 сек72°C - 45 sec
Заключительная элонгация: 72°С - 4 мин.Final elongation: 72°C - 4 min.
Сравнительное тестирование различных ДНК-полимераз российского производства, рекомендованных производителями для проведения ПЦР. Сравнивались четыре различные ДНК-полимеразы. Самые лучшие результаты, по итогам всех испытаний получены с применением Hot Start Taq ДНК полимеразы компании СибЭнзим (Новосибирск).Comparative testing of various Russian-made DNA polymerases recommended by manufacturers for PCR. Four different DNA polymerases were compared. The best results based on all tests were obtained using Hot Start Taq DNA polymerase from SibEnzyme (Novosibirsk).
Полученные продукты ПЦР отдельных локусов объединяют в денатурирующем буфере. Для этого, в отдельных пробирках (или плашках) смешивают равное количество продуктов ПЦР всех исследуемых YSTR-маркеров (амликонов). Рекомендуемый объем каждого маркера 5 мкл.The resulting PCR products of individual loci are combined in a denaturing buffer. To do this, equal amounts of PCR products of all studied YSTR markers (amlicons) are mixed in separate tubes (or plates). The recommended volume of each marker is 5 µl.
Все ПЦР-продукты разводят деионизованной водой до концентрации 10 пМ/мкл (10 кмкМ раствор). Исходная концентрация зависит от качества и концентрации исходной ДНК-матрицы, оптимизации ПЦР, применяемой полимер азы и расходных материалов. Относительные пропорции смешиваемых продуктов в условиях работы конкретной лаборатории могут потребовать коррекции, проводящейся опытным путем.All PCR products are diluted with deionized water to a concentration of 10 pM/μL (10 kmM solution). The initial concentration depends on the quality and concentration of the initial DNA template, PCR optimization, the polymerase used and consumables. The relative proportions of mixed products under the operating conditions of a particular laboratory may require correction by experiment.
Реакция денатурации ПЦР-продуктов в формамиде ставится в общем объеме 10 мкл. В пробирки или плашки для автоматического анализатора переносят по 2 мкл смеси ПЦР-продуктов, 0,5 мкл маркера молекулярной массы (Gene-Scan-500 ROX size standart), 9 мкл Hi-Di формамида. Размерный стандарт представляет собой смесь искусственно синтезированных олигонуклеотидных фрагментов длиной от 35 до 500 пар оснований (35, 50, 75, 100, 139, 150, 160, 200, 250, 300, 340, 350, 400, 450, 490 и 500) с химически привитой флюорисцентной группой, находящуюся в растворе, при облучении флюорисцирует в спектре красного цвета. Полученную смесь денатурируют 5 мин. при 95°С, затем сразу охлаждают, либо во льду, либо при 4°С (5 минут), после чего коротко центрифугируют.The denaturation reaction of PCR products in formamide is carried out in a total volume of 10 µl. 2 μl of a mixture of PCR products, 0.5 μl of a molecular weight marker (Gene-Scan-500 ROX size standard), and 9 μl of Hi-Di formamide are transferred into test tubes or plates for an automatic analyzer. The size standard is a mixture of artificially synthesized oligonucleotide fragments from 35 to 500 base pairs in length (35, 50, 75, 100, 139, 150, 160, 200, 250, 300, 340, 350, 400, 450, 490 and 500) with chemically grafted with a fluorescent group in solution, when irradiated, fluoresces in the red spectrum. The resulting mixture is denatured for 5 minutes. at 95°C, then immediately cool, either in ice or at 4°C (5 minutes), and then briefly centrifuge.
Генотипирование микросателлитных локусов Y-хромосомы проводят с помощью капиллярного гель-электрофореза. Продукты ПЦР отдельных локусов объединяют в денатурирующем буфере и разделяют на генетических анализаторах Applied Biosystems (Applied Biosystems Genetic Analyzers). Автоматические ДНК-анализаторы представляют собой автоматизированную систему приборов, предназначенную для определения нуклеотидной последовательности, или размера и количества фрагментов ДНК. Генетический анализатор представляет собой систему капиллярного электрофореза с индуцированной лазером флуоресценцией. Образцы ДНК, меченные с использованием до 4 различных флуоресцентных красителей, собирают и помещают в автодозатор прибора. Электрофорез фрагментов ДНК, меченных красителем, происходит в полимере, в котором они разделяются в соответствии с их размерами. В процессе прохождения через капилляр меченные образцы проходят через специальное окно в капилляре и облучаются. Флуоресцентные красители, связанные с фрагментами ДНК, возбуждаются с помощью лазера и излучают свет при разных длинах волн, характерных для каждого красителя, разделяются в соответствии с длинами волн с помощью спектрографа. Они накапливаются в камере прибора с зарядовой связью (CCD), таким образом, все 4 типа флуоресцентного излучения можно детектировать одновременно. С помощью программного обеспечения световые сигналы накапливаются по интенсивности с использованием фильтров, выбираемых программой (спектральные или волновые фильтры), и хранятся в виде электрических сигналов для последующей обработки данных.Genotyping of microsatellite loci of the Y chromosome is carried out using capillary gel electrophoresis. PCR products of individual loci are combined in denaturing buffer and separated on Applied Biosystems Genetic Analyzers. Automatic DNA analyzers are an automated system of instruments designed to determine the nucleotide sequence, or the size and number of DNA fragments. The genetic analyzer is a capillary electrophoresis system with laser-induced fluorescence. DNA samples labeled with up to 4 different fluorescent dyes are collected and placed into the instrument's autosampler. Electrophoresis of dye-labeled DNA fragments occurs in a polymer in which they are separated according to their size. As they pass through the capillary, the labeled samples pass through a special window in the capillary and are irradiated. Fluorescent dyes bound to DNA fragments are excited using a laser and emit light at different wavelengths characteristic of each dye, separated according to wavelengths using a spectrograph. They are stored in a charge-coupled device (CCD) chamber so that all 4 types of fluorescent emission can be detected simultaneously. Using software, light signals are accumulated in intensity using filters selected by the program (spectral or wavelength filters) and stored as electrical signals for subsequent data processing.
Результаты в итоге представлены в виде разноцветных пиков (каждый из цветов соответствует определенному флуоресцентному красителю) - электрофореграммы, с обозначенным размера продуктов, который устанавливается по стандарту длины, добавляемому при пробоподготовке в каждый образец. Поскольку генотипирование проводится только с использованием образцов ДНК мужчин то наблюдаемые сочетания генотипов разных YSTR отражают их физическое расположение на Y-хромосоме конкретного индивида.The results are ultimately presented in the form of multi-colored peaks (each color corresponds to a specific fluorescent dye) - an electropherogram, with the size of the products indicated, which is established according to the length standard added during sample preparation to each sample. Since genotyping is carried out only using DNA samples from men, the observed combinations of genotypes of different YSTRs reflect their physical location on the Y chromosome of a particular individual.
На фигуре 1 приведена электрофореграмма разделения стандарта длины ДНК (GeneScan500-ROX) - красные пики. На фигуре 2 приведена электрофореграмма разделения микросателлитных маркеров Y-хромосомы методом капиллярного гель-электрофореза у одного из индивидов.Figure 1 shows the separation electropherogram of the DNA length standard (GeneScan500-ROX) - red peaks. Figure 2 shows an electropherogram of the separation of microsatellite markers of the Y chromosome by capillary gel electrophoresis in one of the individuals.
Разрабатанный способ обеспечивает возможность получения амплификатов ДНК, содержащих не менее 90% объема специфичных фрагментов ДНК. Неспецифичные фрагменты ДНК допускаются в объеме не превышающем 10% объема (оцениваемого как площадь под пиком соответствующих специфичных фрагментов ДНК). Точность генотипирования не менее 99%. Погрешность измерений длины фрагмента ДНК не более 1 пары нуклеотидов. Воспроизводимость результатов должна обеспечиваться точным соблюдением всех условий геотипирования.The developed method makes it possible to obtain DNA amplifiers containing at least 90% of the volume of specific DNA fragments. Non-specific DNA fragments are allowed in a volume not exceeding 10% of the volume (estimated as the area under the peak of the corresponding specific DNA fragments). Genotyping accuracy is at least 99%. The error in measuring the length of a DNA fragment is no more than 1 pair of nucleotides. Reproducibility of results must be ensured by strict compliance with all geotyping conditions.
Таким образом, в результате использования предложенного способа генотипирования YSTR-маркеров путем проведения ПЦР и фрагментного анализа исследуемых образцов ДНК, возможно установить комплексный генотип исследуемого образца ДНК человека по 38 микросателлитным маркерам нерекомбинирующей части Y-хромосомы: DYS19, DYS385a, DYS385b, DYS389I, DYS389II, DYS390, DYS391, DYS392, DYS393, DYS437, DYS438, DYS439, DYS442, DYS445, DYS448, DYS449, DYS456, DYS458, DYS460, DYS481, DYS504, DYS505, DYS518, DYS525, DYS533, DYS537, DYS552, DYS570, DYS576, DYS635, DYS 643, YCAIIa, YCAIIb, GATA-H4.1, Y-GATA-A10, GGAAT1B07, DYF387a, DYF387b.Thus, as a result of using the proposed method for genotyping YSTR markers by performing PCR and fragment analysis of the DNA samples under study, it is possible to establish the complex genotype of the human DNA sample under study using 38 microsatellite markers of the non-recombining part of the Y chromosome: DYS19, DYS385a, DYS385b, DYS389I, DYS389II, DYS390, DYS391, DYS392, DYS393, DYS437, DYS438, DYS439, DYS442, DYS445, DYS448, DYS449, DYS456, DYS458, DYS460, DYS481, DYS504, DYS505, DYS 518, DYS525, DYS533, DYS537, DYS552, DYS570, DYS576, DYS635, DYS 643, YCAIIa, YCAIIb, GATA-H4.1, Y-GATA-A10, GGAAT1B07, DYF387a, DYF387b.
Предлагаемый способ отличается высокой чувствительностью, специфичностью, высокой точностью, обладает высоким дискриминирующим потенциалом и является более экономичным.The proposed method is characterized by high sensitivity, specificity, high accuracy, has a high discriminatory potential and is more economical.
Краткое описание чертежейBrief description of drawings
Фиг. 1 - Электрофореграмма разделения стандарта длины ДНК (GeneScan500-ROX) красные пики.Fig. 1 - Electropherogram of DNA length standard separation (GeneScan500-ROX) red peaks.
На фигуре изображена электрофореграмма разделения стандарта длинны для определения размеров продуктов STR-маркеров методом капиллярного электрофореза, проведенного на секвенаторе. Электрофореграмма содержит изображение только стандарт длинны, без добавления исмледуемых образцов ДНК.The figure shows an electropherogram of the separation of the length standard for determining the sizes of STR marker products by capillary electrophoresis carried out on a sequencer. The electropherogram contains an image of only the length standard, without the addition of the DNA samples being studied.
Фиг. 2 - Электрофореграмма разделения микросателлитных маркеров Y-хромосомы методом капиллярного гель-электрофореза у одного из индивидов.Fig. 2 - Electropherogram of separation of Y-chromosome microsatellite markers using capillary gel electrophoresis in one of the individuals.
На фигуре изображена электрофореграмма разделения продуктов ПЦР исследуемых STR-маркеров входящих в набор, с различными флуоресцентными метками. Электрофореграмма включает продукты ПЦР YSTR-маркеров одного образца принадлежащего мужчине и линейный стандарт длины для определения размеров фрагментов исследуемых маркеров.The figure shows an electropherogram of the separation of PCR products of the studied STR markers included in the set, with various fluorescent labels. The electropherogram includes PCR products of YSTR markers from one sample belonging to a man and a linear length standard to determine the size of the fragments of the markers under study.
Источники информацииInformation sources
1. Jobling М.А. and Tyler-Smith С.New uses for new haplotypes the human Y chromosome, disease and selection // Trends in Genetics. 2000. V. 16. P. 356-362.1. Jobling M.A. and Tyler-Smith S.New uses for new haplotypes the human Y chromosome, disease and selection // Trends in Genetics. 2000. V. 16. P. 356-362.
2. Jobling M.A., Tyler-Smith C. Fathers and sons: the Y chromosome and human evolution // Trends in Genetics. 1995. V. 11. P. 449 456.2. Jobling M.A., Tyler-Smith C. Fathers and sons: the Y chromosome and human evolution // Trends in Genetics. 1995. V. 11. P. 449 456.
3. Carracedo A., Bar W., Lincoln P., Mayr W., Morling N., Olaisen В., Schneider P., Budowle В., Brinkmann В., Gil P., Holland M., Tully G, Wilson M., DNA Commission of the hiternational Society for Forensic Genetics: guidelines for mitochondrial DNA typing// Forensic Sci. Int. 2000. Vol.110. - P. 79-85.3. Carracedo A., Bar W., Lincoln P., Mayr W., Morling N., Olaisen V., Schneider P., Budowle V., Brinkmann V., Gil P., Holland M., Tully G, Wilson M., DNA Commission of the hiternational Society for Forensic Genetics: guidelines for mitochondrial DNA typing // Forensic Sci. Int. 2000. Vol.110. - P. 79-85.
4. Sanchez, JJ, Phillips, C, Borsting, С et al. (2006) A multiplex assay with 52 single nucleotide polymorphisms for human identification. Electrophoresis/ 2006. V. 27, (9). P. 1713-1724.4. Sanchez, JJ, Phillips, C, Borsting, C et al. (2006) A multiplex assay with 52 single nucleotide polymorphisms for human identification. Electrophoresis/ 2006. V. 27, (9). P. 1713-1724.
5. Butler J.M., Schoske R., Vallone P.M. et al. A novel multiplex for simultaneous amplification of 20 Y chromosome STR markers // Forensic Sci Int. 2002. V.129. P. 10-24.5. Butler J.M., Schoske R., Vallone P.M. et al. A novel multiplex for simultaneous amplification of 20 Y chromosome STR markers // Forensic Sci Int. 2002. V.129. P. 10-24.
6. Zhivotovsky L.A., Akhmetova V.L., Fedorova S.A., Zhirkova V.V., Khusnutdininova E.K. Developing STR databases on structured populations: the native South Siberian population versus the Russian population.Forensic Sci Int; Genetics. 2009. V.3. P. 111-116.6. Zhivotovsky L.A., Akhmetova V.L., Fedorova S.A., Zhirkova V.V., Khusnutdininova E.K. Developing STR databases on structured populations: the native South Siberian population versus the Russian population.Forensic Sci Int; Genetics. 2009. V.3. P. 111-116.
7. Степанов B.A., Балановский О.П., Мельников A.B., Лаш-Завада А.Ю., Харьков В.Н., Тяжелова Т.В., Ахметова В.Л., Жукова О.В., Шнейдер Ю.В., Шильникова Н.Н., Боринская С.А., Марусин А.В., Спиридонова М.Г., Симонова К.В., Хитринская И.Ю., Раджабов М.О., Романов А.Г., Штыгашева О.В., Кошель С.М., Балановская Е.В., Рыбакова А.В., Хуснутдинова Э.К., Пузырев В.П., Янковский Н.К. Характеристика популяций Российской Федерации по панели пятнадцати локусов, используемых для ДНК-идентификации и в судебно-медицинской экспертизе // Acta Naturae. 2011. Т. 3. №2. С. 59-71.7. Stepanov B.A., Balanovsky O.P., Melnikov A.B., Lash-Zavada A.Yu., Kharkov V.N., Tyazhelova T.V., Akhmetova V.L., Zhukova O.V., Shneider Yu.V. ., Shilnikova N.N., Borinskaya S.A., Marusin A.V., Spiridonova M.G., Simonova K.V., Khitrinskaya I.Yu., Radzhabov M.O., Romanov A.G., Shtygasheva O.V., Koshel S.M., Balanovskaya E.V., Rybakova A.V., Khusnutdinova E.K., Puzyrev V.P., Yankovsky N.K. Characteristics of the populations of the Russian Federation based on a panel of fifteen loci used for DNA identification and forensic examination // Acta Naturae. 2011. T. 3. No. 2. pp. 59-71.
8. RU 2558231 «Способ, тест-система и праймеры для определения гаплогрупп Y-хромосомы человека».8. RU 2558231 “Method, test system and primers for determining haplogroups of the human Y chromosome.”
9. RU 2528742 «Синтетические олигонуклеотидные праймеры и способ выявления генотипов для идентификации личности с помощью системы микросателлитных ДНК-маркеров Y-хромосомы».9. RU 2528742 “Synthetic oligonucleotide primers and a method for identifying genotypes for personal identification using a system of microsatellite DNA markers of the Y chromosome.”
10. RU 2740575 «Набор синтетических олигонуклеотидов для одновременного генотипирования 63 ДНК-маркеров, ассоциированных с группой крови АВО, основными гаплогруппами Y-хромосомы, цветом радужной оболочки глаза, волос, кожи и половой принадлежностью, методом ПЦР с последующей гибридизацией».10. RU 2740575 “A set of synthetic oligonucleotides for simultaneous genotyping of 63 DNA markers associated with the ABO blood group, the main haplogroups of the Y chromosome, the color of the iris, hair, skin and gender, using the PCR method with subsequent hybridization.”
--->--->
ПЕРЕЧЕНЬ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ LIST OF SEQUENCES
<110> Научно-исследовательский институт медицинской генетики Федерального <110> Research Institute of Medical Genetics of the Federal
государственного бюджетного научного учреждения Томский национальный State budgetary scientific institution Tomsk National
исследовательский медицинский центр Российской академии наук (Research research medical center of the Russian Academy of Sciences (Research
Institute of Medical Genetics, Tomsk NRMC) Institute of Medical Genetics, Tomsk NRMC)
Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Институт общей Federal State Budgetary Institution of Science Institute of General
генетики им. Н.И. Вавилова Российской академии наук (Vavilov Institute of genetics named after N.I. Vavilov Institute of Russian Academy of Sciences (Vavilov Institute of
General Genetics Russian Academy of Sciences) General Genetics Russian Academy of Sciences)
<120> Набор STR-маркеров Y-хромосомы для определения этно-территориального<120> Set of STR markers of the Y chromosome for determining ethno-territorial
происхождения индивида по образцу его ДНК origin of an individual based on his DNA
<130> <130>
<160> 70 <160> 70
<210> 1 <210> 1
<211> 19 <211> 19
<212> DNA <212> DNA
<213> Homo sapiens <213> Homo sapiens
<400> 1 <400> 1
agcatgggtg acagagcta agcatgggtg acagagcta
<210> 2 <210> 2
<211> 20 <211> 20
<212> DNA <212> DNA
<213> Homo sapiens <213> Homo sapiens
<400> 2 <400> 2
tgggatgcta ggtaaagctg tgggatgcta ggtaaagctg
<210> 3 <210> 3
<211> 25 <211> 25
<212> DNA <212> DNA
<213> Homo sapiens <213> Homo sapiens
<400> 3 26 <400> 3 26
ccaactctca tctgtattat ctatg ccaactctca tctgtattat ctatg
<210> 4 <210> 4
<211> 20 <211> 20
<212> DNA <212> DNA
<213> Homo sapiens <213> Homo sapiens
<400> 4 <400> 4
tcttatctcc acccaccaga tcttatctcc acccaccaga
<210> 5 <210> 5
<211> 23 <211> 23
<212> DNA <212> DNA
<213> Homo sapiens <213> Homo sapiens
<400> 5 <400> 5
tatattttac acatttttgg gcc tatattttac acatttttgg gcc
<210> 6 <210> 6
<211> 23 <211> 23
<212> DNA <212> DNA
<213> Homo sapiens <213> Homo sapiens
<400> 6 <400> 6
tgacagtaaa atgaacacat tgc tgacagtaaa atgaacacat tgc
<210> 7 <210> 7
<211> 23 <211> 23
<212> DNA <212> DNA
<213> Homo sapiens <213> Homo sapiens
<400> 7 <400> 7
ctattcattc aatcatacac cca ctattcattc aatcatacac cca
<210> 8 <210> 8
<211> 20 27 <211> 20 27
<212> DNA <212> DNA
<213> Homo sapiens <213> Homo sapiens
<400> 8 <400> 8
gattctttgt ggtgggtctg gattctttgt ggtgggtctg
<210> 9 <210> 9
<211> 25 <211> 25
<212> DNA <212> DNA
<213> Homo sapiens <213> Homo sapiens
<400> 9 <400> 9
tcattaatct agcttttaaa aacaa tcattaatct agcttttaaa aacaa
<210> 10 <210> 10
<211> 20 <211> 20
<212> DNA <212> DNA
<213> Homo sapiens <213> Homo sapiens
<400> 10 <400> 10
agacccagtt gatgcaatgt agacccagtt gatgcaatgt
<210> 11 <210> 11
<211> 24 <211> 24
<212> DNA <212> DNA
<213> Homo sapiens <213> Homo sapiens
<400> 11 <400> 11
gtggtcttct acttgtgtca atac gtggtcttct acttgtgtca atac
<210> 12 <210> 12
<211> 22 <211> 22
<212> DNA <212> DNA
<213> Homo sapiens <213> Homo sapiens
<400> 12 28 <400> 12 28
aactcaagtc caaaaaatga gg aactcaagtc caaaaaatga gg
<210> 13 <210> 13
<211> 21 <211> 21
<212> DNA <212> DNA
<213> Homo sapiens <213> Homo sapiens
<400> 13 <400> 13
ctactgagtt tctgttatag t ctactgagtt tctgttatag t
<210> 14 <210> 14
<211> 19 <211> 19
<212> DNA <212> DNA
<213> Homo sapiens <213> Homo sapiens
<400> 14 <400> 14
atggcatgta gtgaggaca atggcatgta gtgaggaca
<210> 15 <210> 15
<211> 20 <211> 20
<212> DNA <212> DNA
<213> Homo sapiens <213> Homo sapiens
<400> 15 <400> 15
gactatgggc gtgagtgcat gactatgggc gtgagtgcat
<210> 16 <210> 16
<211> 23 <211> 23
<212> DNA <212> DNA
<213> Homo sapiens <213> Homo sapiens
<400> 16 <400> 16
gagaccctgt cattcacaga tga gagaccctgt cattcacaga tga
<210> 17 <210> 17
<211> 23 29 <211> 23 29
<212> DNA <212> DNA
<213> Homo sapiens <213> Homo sapiens
<400> 17 <400> 17
ccaaaattag tggggaatag ttg ccaaaattag tggggaatag ttg
<210> 18 <210> 18
<211> 21 <211> 21
<212> DNA <212> DNA
<213> Homo sapiens <213> Homo sapiens
<400> 18 <400> 18
gatcacccag ggtctggagt t gatcaccag ggtctggagt t
<210> 19 <210> 19
<211> 24 <211> 24
<212> DNA <212> DNA
<213> Homo sapiens <213> Homo sapiens
<400> 19 <400> 19
tcgagttgtt atggttttag gtct tcgagttgtt atggttttag gtct
<210> 20 <210> 20
<211> 22 <211> 22
<212> DNA <212> DNA
<213> Homo sapiens <213> Homo sapiens
<400> 20 <400> 20
gtggcttgga attcttttac cc gtggcttgga attcttttac cc
<210> 21 <210> 21
<211> 21 <211> 21
<212> DNA <212> DNA
<213> Homo sapiens <213> Homo sapiens
<400> 21 30 <400> 21 30
ccccaagtcc ccaaagtgtg t ccccaagtcc ccaaagtgtg t
<210> 22 <210> 22
<211> 23 <211> 23
<212> DNA <212> DNA
<213> Homo sapiens <213> Homo sapiens
<400> 22 <400> 22
cactcattga ttgatgggcg ttt cactcattga ttgatgggcg ttt
<210> 23 <210> 23
<211> 22 <211> 22
<212> DNA <212> DNA
<213> Homo sapiens <213> Homo sapiens
<400> 23 <400> 23
agttaagagc cccaccttcc tg agttaagagc cccaccttcc tg
<210> 24 <210> 24
<211> 23 <211> 23
<212> DNA <212> DNA
<213> Homo sapiens <213> Homo sapiens
<400> 24 <400> 24
ttttggtggc ataatctcag ctc ttttggtggc ataatctcag ctc
<210> 25 <210> 25
<211> 20 <211> 20
<212> DNA <212> DNA
<213> Homo sapiens <213> Homo sapiens
<400> 25 <400> 25
tgggagaggc aaggatccaa tggggagaggc aaggatccaa
<210> 26 <210> 26
<211> 22 31 <211> 22 31
<212> DNA <212> DNA
<213> Homo sapiens <213> Homo sapiens
<400> 26 <400> 26
ccagaccggc cagaaatatg ac ccagaccggc cagaaatatg ac
<210> 27 <210> 27
<211> 25 <211> 25
<212> DNA <212> DNA
<213> Homo sapiens <213> Homo sapiens
<400> 27 <400> 27
ttttccctta acttgtgtga ttttt ttttccctta acttgtgtga ttttt
<210> 28 <210> 28
<211> 25 <211> 25
<212> DNA <212> DNA
<213> Homo sapiens <213> Homo sapiens
<400> 28 <400> 28
aggttggaca acaagagtaa gacag aggttggaca acaagagtaa gacag
<210> 29 <210> 29
<211> 18 <211> 18
<212> DNA <212> DNA
<213> Homo sapiens <213> Homo sapiens
<400> 29 <400> 29
ggaccttgtg ataatgta ggaccttgtg ataatgta
<210> 30 <210> 30
<211> 21 <211> 21
<212> DNA <212> DNA
<213> Homo sapiens <213> Homo sapiens
<400> 30 32 <400> 30 32
gttttgggct gagttgatgg g gttttgggct gagttgatgg g
<210> 31 <210> 31
<211> 23 <211> 23
<212> DNA <212> DNA
<213> Homo sapiens <213> Homo sapiens
<400> 31 <400> 31
agcaacagga atgaaactcc aat agcaacagga atgaaactcc aat
<210> 32 <210> 32
<211> 18 <211> 18
<212> DNA <212> DNA
<213> Homo sapiens <213> Homo sapiens
<400> 32 <400> 32
ggagggtggg cgtggtgg ggagggtggg cgtggtgg
<210> 33 <210> 33
<211> 22 <211> 22
<212> DNA <212> DNA
<213> Homo sapiens <213> Homo sapiens
<400> 33 <400> 33
gaggaatctg acacctctga ca gaggaatctg acacctctga ca
<210> 34 <210> 34
<211> 25 <211> 25
<212> DNA <212> DNA
<213> Homo sapiens <213> Homo sapiens
<400> 34 <400> 34
gtccatatca tctatcctct gccta gtccatatca tctatcctct gccta
<210> 35 <210> 35
<211> 20 33 <211> 20 33
<212> DNA <212> DNA
<213> Homo sapiens <213> Homo sapiens
<400> 35 <400> 35
aggaatgtgg ctaacgctgt aggaatgtgg ctaacgctgt
<210> 36 <210> 36
<211> 20 <211> 20
<212> DNA <212> DNA
<213> Homo sapiens <213> Homo sapiens
<400> 36 <400> 36
acagctcacc agaaggttgc acagctcacc agaaggttgc
<210> 37 <210> 37
<211> 20 <211> 20
<212> DNA <212> DNA
<213> Homo sapiens <213> Homo sapiens
<400> 37 <400> 37
tctacaccac tgtgccaagc tctacaccac tgtgccaagc
<210> 38 <210> 38
<211> 19 <211> 19
<212> DNA <212> DNA
<213> Homo sapiens <213> Homo sapiens
<400> 38 <400> 38
ggcaacagag caaccctct ggcaacagag caaccctct
<210> 39 <210> 39
<211> 20 <211> 20
<212> DNA <212> DNA
<213> Homo sapiens <213> Homo sapiens
<400> 39 34 <400> 39 34
tctggcgaag taacccaaac tctggcgaag taacccaaac
<210> 40 <210> 40
<211> 21 <211> 21
<212> DNA <212> DNA
<213> Homo sapiens <213> Homo sapiens
<400> 40 <400> 40
tcgagtcagt tcaccagaag g tcgagtcagt tcaccagaag g
<210> 41 <210> 41
<211> 20 <211> 20
<212> DNA <212> DNA
<213> Homo sapiens <213> Homo sapiens
<400> 41 <400> 41
ggcaacacaa gtgaaactgc ggcaacacaa gtgaaactgc
<210> 42 <210> 42
<211> 21 <211> 21
<212> DNA <212> DNA
<213> Homo sapiens <213> Homo sapiens
<400> 42 <400> 42
tcagctctta ccatgggtga t tcagctctta ccatggggtga t
<210> 43 <210> 43
<211> 20 <211> 20
<212> DNA <212> DNA
<213> Homo sapiens <213> Homo sapiens
<400> 43 <400> 43
attcacacca ttgcactcca attcacacca ttgcactcca
<210> 44 <210> 44
<211> 20 35 <211> 20 35
<212> DNA <212> DNA
<213> Homo sapiens <213> Homo sapiens
<400> 44 <400> 44
gaggcggagc ttttagtgag gaggcggagc ttttagtgag
<210> 45 <210> 45
<211> 20 <211> 20
<212> DNA <212> DNA
<213> Homo sapiens <213> Homo sapiens
<400> 45 <400> 45
gacccactgg cattcaaatc gacccactgg cattcaaatc
<210> 46 <210> 46
<211> 21 <211> 21
<212> DNA <212> DNA
<213> Homo sapiens <213> Homo sapiens
<400> 46 <400> 46
tgctcccttt ctttgtagac g tgctcccttt ctttgtagac g
<210> 47 <210> 47
<211> 24 <211> 24
<212> DNA <212> DNA
<213> Homo sapiens <213> Homo sapiens
<400> 47 <400> 47
catctaacat ctttgtcatc tacc catctaacat ctttgtcatc tacc
<210> 48 <210> 48
<211> 23 <211> 23
<212> DNA <212> DNA
<213> Homo sapiens <213> Homo sapiens
<400> 48 36 <400> 48 36
tgatcagttc ttaactcaac caa tgatcagttc ttaactcaac caa
<210> 49 <210> 49
<211> 20 <211> 20
<212> DNA <212> DNA
<213> Homo sapiens <213> Homo sapiens
<400> 49 <400> 49
ggtctccaat tccatccaga ggtctccaat tccatccaga
<210> 50 <210> 50
<211> 20 <211> 20
<212> DNA <212> DNA
<213> Homo sapiens <213> Homo sapiens
<400> 50 <400> 50
tggaacatgc ccattaatca tggaacatgc ccattaatca
<210> 51 <210> 51
<211> 20 <211> 20
<212> DNA <212> DNA
<213> Homo sapiens <213> Homo sapiens
<400> 51 <400> 51
ccatagtgcc gaggtcaagt ccatagtgcc gaggtcaagt
<210> 52 <210> 52
<211> 19 <211> 19
<212> DNA <212> DNA
<213> Homo sapiens <213> Homo sapiens
<400> 52 <400> 52
aacacctgat gcctggttg aacacctgat gcctggttg
<210> 53 <210> 53
<211> 22 37 <211> 22 37
<212> DNA <212> DNA
<213> Homo sapiens <213> Homo sapiens
<400> 53 <400> 53
gaactgtcta caatggctca cg gaactgtcta caatggctca cg
<210> 54 <210> 54
<211> 26 <211> 26
<212> DNA <212> DNA
<213> Homo sapiens <213> Homo sapiens
<400> 54 <400> 54
tcagcatagt caagaaacca gacaac tcagcatagt caagaaacca gacaac
<210> 55 <210> 55
<211> 19 <211> 19
<212> DNA <212> DNA
<213> Homo sapiens <213> Homo sapiens
<400> 55 <400> 55
tgggctgagg agttcaatc tgggctgagg agttcaatc
<210> 56 <210> 56
<211> 23 <211> 23
<212> DNA <212> DNA
<213> Homo sapiens <213> Homo sapiens
<400> 56 <400> 56
ggcagtctca tttcctggag atg ggcagtctca tttcctggag atg
<210> 57 <210> 57
<211> 26 <211> 26
<212> DNA <212> DNA
<213> Homo sapiens <213> Homo sapiens
<400> 57 38 <400> 57 38
agtgtctcac ttcaagcacc aagcac agtgtctcac ttcaagcacc aagcac
<210> 58 <210> 58
<211> 28 <211> 28
<212> DNA <212> DNA
<213> Homo sapiens <213> Homo sapiens
<400> 58 <400> 58
acatttttcc aactgtgaat tttgctgc acatttttcc aactgtgaat tttgctgc
<210> 59 <210> 59
<211> 20 <211> 20
<212> DNA <212> DNA
<213> Homo sapiens <213> Homo sapiens
<400> 59 <400> 59
aagccatgcc tggttaaact aagccatgcc tggttaaact
<210> 60 <210> 60
<211> 21 <211> 21
<212> DNA <212> DNA
<213> Homo sapiens <213> Homo sapiens
<400> 60 <400> 60
tgtaaccaaa caccacccat t tgtaaccaaa caccacccat t
<210> 61 <210> 61
<211> 23 <211> 23
<212> DNA <212> DNA
<213> Homo sapiens <213> Homo sapiens
<400> 61 <400> 61
tgtcaaaatt taacccacaa tca tgtcaaaatt taacccacaa tca
<210> 62 <210> 62
<211> 24 39 <211> 24 39
<212> DNA <212> DNA
<213> Homo sapiens <213> Homo sapiens
<400> 62 <400> 62
gcagtctttc accataaggt tagc gcagtctttc accataaggt tagc
<210> 63 <210> 63
<211> 20 <211> 20
<212> DNA <212> DNA
<213> Homo sapiens <213> Homo sapiens
<400> 63 <400> 63
atgctgagga gaatttccaa atgctgaggagaatttccaa
<210> 64 <210> 64
<211> 27 <211> 27
<212> DNA <212> DNA
<213> Homo sapiens <213> Homo sapiens
<400> 64 <400> 64
gctattcatc catctaatct atccatt gctattcatc catctaatct atccatt
<210> 65 <210> 65
<211> 28 <211> 28
<212> DNA <212> DNA
<213> Homo sapiens <213> Homo sapiens
<400> 65 <400> 65
cctgccatct ctatttatct tgcatata cctgccatct ctatttatct tgcatata
<210> 66 <210> 66
<211> 24 <211> 24
<212> DNA <212> DNA
<213> Homo sapiens <213> Homo sapiens
<400> 66 40 <400> 66 40
ataaatggag atagtgggtg gatt ataaatggag atagtgggtg gatt
<210> 67 <210> 67
<211> 23 <211> 23
<212> DNA <212> DNA
<213> Homo sapiens <213> Homo sapiens
<400> 67 <400> 67
cattaaccat agcatttctt tcc cattaaccat agcatttctt tcc
<210> 68 <210> 68
<211> 22 <211> 22
<212> DNA <212> DNA
<213> Homo sapiens <213> Homo sapiens
<400> 68 <400> 68
gaagtagagt ggaatggact gc gaagtagagt ggaatggact gc
<210> 69 <210> 69
<211> 20 <211> 20
<212> DNA <212> DNA
<213> Homo sapiens <213> Homo sapiens
<400> 69 <400> 69
gcctgggtga cagagctaga gcctgggtga cagagctaga
<210> 70 <210> 70
<211> 21 <211> 21
<212> DNA <212> DNA
<213> Homo sapiens <213> Homo sapiens
<400> 70 <400> 70
gccacagtgt gagaagtgtg a 41 gccacagtgt gagaagtgtg a 41
<---<---
Claims (72)
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
RU2021133074A RU2021133074A (en) | 2023-05-15 |
RU2804433C2 true RU2804433C2 (en) | 2023-09-29 |
Family
ID=
Citations (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
RU2528742C2 (en) * | 2012-11-06 | 2014-09-20 | Общество с ограниченной ответственностью "Геномная диагностика" (ООО "Геномная диагностика") | Synthetic oligonucleotide primers and method for genetic typing for personal identification by y-chromosome microsatellite dna markers system |
Patent Citations (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
RU2528742C2 (en) * | 2012-11-06 | 2014-09-20 | Общество с ограниченной ответственностью "Геномная диагностика" (ООО "Геномная диагностика") | Synthetic oligonucleotide primers and method for genetic typing for personal identification by y-chromosome microsatellite dna markers system |
Non-Patent Citations (1)
Title |
---|
СТЕПАНОВ В.А. и др., Характеристика популяций Российской Федерации по панели пятнадцати локусов, используемых для ДНК-идентификации и в судебномедицинской экспертизе, том 3 N, 2 (9) 2011, Acta naturae, с. 59-71 http://www.medgenetics.ru/UserFile/File/Doc/Evolution%20Doc/Stepanov-ActaNaturae-2011-2-59-71-STR-rus.pdf. BUTLER J.M., et al. A novel multiplex for simultaneous amplification of 20 Y chromosome STR markers, Forensic Sci Int. 2002. V.129. P. 10-24. * |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
AU2016256786B2 (en) | Methods and compositions for rapid multiplex amplification of str loci | |
US8962820B2 (en) | Combination of fluorescent dyes for the detection of nucleic acids | |
US20080286773A1 (en) | Method for Typing an Individual Using Short Tandem Repeat (Str) Loci of the Genomic Dna | |
CN109880911A (en) | The composite amplification reagent kit of 25 human chromosomal locus and its application | |
CN108913757B (en) | Primer group and detection kit for chromosome aneuploid number abnormality and application thereof | |
RU2804433C2 (en) | Set of str-markers of the y-chromosome for determining the ethno-territorial origin of an individual based on a sample of his dna | |
EP2024508A2 (en) | Allele detection | |
WO2011148715A1 (en) | Normal-tension glaucoma susceptibility gene and method for using the same | |
JP4336877B2 (en) | Method for detecting β3 adrenergic receptor mutant gene and nucleic acid probe and kit therefor | |
RU2528742C2 (en) | Synthetic oligonucleotide primers and method for genetic typing for personal identification by y-chromosome microsatellite dna markers system | |
KR20170049806A (en) | Method and kit for genotyping HLA-DRB1 and HLA-DRB3/4/5 using real-time PCR | |
RU2807808C1 (en) | Set of primers and probes for genotyping of rs12566098 (cg) polymorphic locus of serbp1 gene in human using real-time pcr | |
RU2821925C1 (en) | METHOD FOR GENOTYPING POLYMORPHIC LOCUS rs67579710 (G>A) OF THBS3 GENE IN HUMAN BY REAL-TIME PCR USING ALLELE-SPECIFIC FLUORESCENT PROBES | |
RU2821081C1 (en) | Method for genotyping polymorphic locus rs12585036 (c>t) of atp11a gene in humans by real-time pcr using allele-specific fluorescent probes | |
RU2820349C1 (en) | METHOD FOR GENOTYPING POLYMORPHIC LOCUS rs10766342 (GA) OF C11orf58 GENE IN HUMAN BY REAL-TIME PCR USING ALLELE-SPECIFIC FLUORESCENT PROBES | |
US20220017963A1 (en) | Methods, Compositions and Systems for Detecting PNPLA3 Allelic Variants | |
RU2808826C2 (en) | Method of simultaneous determination of person's genotype based on polymorphisms in three genes involved in regulation of behavior | |
KR102167792B1 (en) | Composition for early predicting or diagnosing hypercalcemia in dog | |
RU2822044C1 (en) | METHOD FOR GENOTYPING POLYMORPHIC LOCUS rs143334143 (G>A) OF CCHCR1 GENE IN HUMAN BY REAL-TIME PCR USING ALLELE-SPECIFIC FLUORESCENT PROBES | |
RU2819835C1 (en) | METHOD FOR GENOTYPING POLYMORPHIC LOCUS rs7951676 (GT) OF C11orf58 GENE IN PERSON BY REAL-TIME PCR USING ALLELE-SPECIFIC FLUORESCENT PROBES | |
RU2810472C1 (en) | METHOD OF GENOTYPING rs11666524 (G>A) POLYMORPHIC LOCUS OF C19orf53 GENE IN HUMANS BY REAL-TIME PCR USING ALLELE-SPECIFIC FLUORESCENT PROBES | |
RU2432398C1 (en) | Method of determination of haplotypic polymorphism of individual autosomal dna site | |
JP4437206B2 (en) | CYP2C9 mutation detection method and nucleic acid probe and kit therefor | |
JP4276874B2 (en) | Method for detecting mitochondrial DNA 3243 mutation and nucleic acid probe and kit therefor | |
JP4454365B2 (en) | CYP2D6 * 2 mutation detection method and nucleic acid probe and kit therefor |