RU2681473C1 - Тест-система для обнаружения генома вируса парагриппа 3 типа у крупного рогатого скота с помощью мультиплексной полимеразной цепной реакции с флуоресцентной детекцией в режиме реального времени - Google Patents
Тест-система для обнаружения генома вируса парагриппа 3 типа у крупного рогатого скота с помощью мультиплексной полимеразной цепной реакции с флуоресцентной детекцией в режиме реального времени Download PDFInfo
- Publication number
- RU2681473C1 RU2681473C1 RU2018101625A RU2018101625A RU2681473C1 RU 2681473 C1 RU2681473 C1 RU 2681473C1 RU 2018101625 A RU2018101625 A RU 2018101625A RU 2018101625 A RU2018101625 A RU 2018101625A RU 2681473 C1 RU2681473 C1 RU 2681473C1
- Authority
- RU
- Russia
- Prior art keywords
- control sample
- genome
- chain reaction
- mixture
- polymerase chain
- Prior art date
Links
- 238000012360 testing method Methods 0.000 title claims abstract description 21
- 241000700605 Viruses Species 0.000 title claims abstract description 8
- 238000007403 mPCR Methods 0.000 title claims abstract description 6
- 208000002606 Paramyxoviridae Infections Diseases 0.000 title claims description 15
- 241000283690 Bos taurus Species 0.000 title claims description 6
- 238000001514 detection method Methods 0.000 title description 3
- 239000000523 sample Substances 0.000 claims abstract description 35
- 239000000203 mixture Substances 0.000 claims abstract description 31
- 241000709744 Enterobacterio phage MS2 Species 0.000 claims abstract description 13
- 239000000872 buffer Substances 0.000 claims abstract description 13
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 claims abstract description 11
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 claims abstract description 11
- 239000012634 fragment Substances 0.000 claims abstract description 11
- 239000013641 positive control Substances 0.000 claims abstract description 11
- 239000013068 control sample Substances 0.000 claims abstract description 10
- 239000013642 negative control Substances 0.000 claims abstract description 10
- 102100034343 Integrase Human genes 0.000 claims abstract description 9
- 108010092799 RNA-directed DNA polymerase Proteins 0.000 claims abstract description 9
- 241000712003 Human respirovirus 3 Species 0.000 claims abstract description 8
- 239000008367 deionised water Substances 0.000 claims abstract description 7
- 229910021641 deionized water Inorganic materials 0.000 claims abstract description 7
- 239000000725 suspension Substances 0.000 claims abstract description 7
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Chemical compound O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims abstract description 7
- 230000000694 effects Effects 0.000 claims abstract description 6
- 238000001917 fluorescence detection Methods 0.000 claims abstract description 6
- 239000007850 fluorescent dye Substances 0.000 claims abstract description 6
- 108010014303 DNA-directed DNA polymerase Proteins 0.000 claims abstract description 5
- 102000016928 DNA-directed DNA polymerase Human genes 0.000 claims abstract description 5
- 241000713869 Moloney murine leukemia virus Species 0.000 claims abstract description 5
- 108010006785 Taq Polymerase Proteins 0.000 claims abstract description 5
- 231100000676 disease causative agent Toxicity 0.000 claims abstract description 5
- 238000003752 polymerase chain reaction Methods 0.000 claims abstract description 5
- 239000013612 plasmid Substances 0.000 claims abstract description 4
- 239000013615 primer Substances 0.000 claims description 19
- 239000002987 primer (paints) Substances 0.000 claims description 19
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 claims description 6
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 claims description 5
- 239000001226 triphosphate Substances 0.000 claims description 4
- 235000011178 triphosphate Nutrition 0.000 claims description 4
- 125000002264 triphosphate group Chemical class [H]OP(=O)(O[H])OP(=O)(O[H])OP(=O)(O[H])O* 0.000 claims description 4
- UDGUGZTYGWUUSG-UHFFFAOYSA-N 4-[4-[[2,5-dimethoxy-4-[(4-nitrophenyl)diazenyl]phenyl]diazenyl]-n-methylanilino]butanoic acid Chemical compound COC=1C=C(N=NC=2C=CC(=CC=2)N(C)CCCC(O)=O)C(OC)=CC=1N=NC1=CC=C([N+]([O-])=O)C=C1 UDGUGZTYGWUUSG-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 2
- 239000013024 dilution buffer Substances 0.000 claims description 2
- 241001465754 Metazoa Species 0.000 abstract description 7
- 230000002401 inhibitory effect Effects 0.000 abstract description 3
- 241001515965 unidentified phage Species 0.000 abstract description 2
- 241000711573 Coronaviridae Species 0.000 abstract 1
- 208000001528 Coronaviridae Infections Diseases 0.000 abstract 1
- 238000007865 diluting Methods 0.000 abstract 1
- 239000000126 substance Substances 0.000 abstract 1
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 9
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 8
- 238000003757 reverse transcription PCR Methods 0.000 description 8
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 description 7
- 239000003155 DNA primer Substances 0.000 description 6
- 238000000605 extraction Methods 0.000 description 6
- 208000015181 infectious disease Diseases 0.000 description 6
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 description 6
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 description 6
- 230000003321 amplification Effects 0.000 description 5
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 description 5
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 description 4
- PEDCQBHIVMGVHV-UHFFFAOYSA-N Glycerine Chemical compound OCC(O)CO PEDCQBHIVMGVHV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 239000000463 material Substances 0.000 description 3
- 238000011160 research Methods 0.000 description 3
- 239000000243 solution Substances 0.000 description 3
- -1 100 mM Chemical compound 0.000 description 2
- QKNYBSVHEMOAJP-UHFFFAOYSA-N 2-amino-2-(hydroxymethyl)propane-1,3-diol;hydron;chloride Chemical compound Cl.OCC(N)(CO)CO QKNYBSVHEMOAJP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 101150043508 BPI gene Proteins 0.000 description 2
- 241000712005 Bovine respirovirus 3 Species 0.000 description 2
- TWRXJAOTZQYOKJ-UHFFFAOYSA-L Magnesium chloride Chemical compound [Mg+2].[Cl-].[Cl-] TWRXJAOTZQYOKJ-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 2
- 101710177166 Phosphoprotein Proteins 0.000 description 2
- 102000007982 Phosphoproteins Human genes 0.000 description 2
- 108010089430 Phosphoproteins Proteins 0.000 description 2
- WCUXLLCKKVVCTQ-UHFFFAOYSA-M Potassium chloride Chemical compound [Cl-].[K+] WCUXLLCKKVVCTQ-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 2
- 238000002123 RNA extraction Methods 0.000 description 2
- 241001113283 Respirovirus Species 0.000 description 2
- VYPSYNLAJGMNEJ-UHFFFAOYSA-N Silicium dioxide Chemical compound O=[Si]=O VYPSYNLAJGMNEJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000007984 Tris EDTA buffer Substances 0.000 description 2
- JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N [3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-hydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl [5-(6-aminopurin-9-yl)-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] hydrogen phosphate Polymers Cc1cn(C2CC(OP(O)(=O)OCC3OC(CC3OP(O)(=O)OCC3OC(CC3O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)C(COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3CO)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)O2)c(=O)[nH]c1=O JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000000137 annealing Methods 0.000 description 2
- 239000012620 biological material Substances 0.000 description 2
- 238000004364 calculation method Methods 0.000 description 2
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 description 2
- 238000011109 contamination Methods 0.000 description 2
- 238000010790 dilution Methods 0.000 description 2
- 239000012895 dilution Substances 0.000 description 2
- 239000011541 reaction mixture Substances 0.000 description 2
- 238000003753 real-time PCR Methods 0.000 description 2
- 108700026220 vif Genes Proteins 0.000 description 2
- 208000035473 Communicable disease Diseases 0.000 description 1
- KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N EDTA Chemical compound OC(=O)CN(CC(O)=O)CCN(CC(O)=O)CC(O)=O KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 241000047479 Escherichia virus MS2 Species 0.000 description 1
- PWKSKIMOESPYIA-BYPYZUCNSA-N L-N-acetyl-Cysteine Chemical compound CC(=O)N[C@@H](CS)C(O)=O PWKSKIMOESPYIA-BYPYZUCNSA-N 0.000 description 1
- 102100034574 P protein Human genes 0.000 description 1
- 101710181008 P protein Proteins 0.000 description 1
- 241000711504 Paramyxoviridae Species 0.000 description 1
- 229920001213 Polysorbate 20 Polymers 0.000 description 1
- 206010036790 Productive cough Diseases 0.000 description 1
- 101000933967 Pseudomonas phage KPP25 Major capsid protein Proteins 0.000 description 1
- 239000013614 RNA sample Substances 0.000 description 1
- FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M Sodium chloride Chemical compound [Na+].[Cl-] FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 238000009825 accumulation Methods 0.000 description 1
- 125000000539 amino acid group Chemical group 0.000 description 1
- 238000005119 centrifugation Methods 0.000 description 1
- 238000010835 comparative analysis Methods 0.000 description 1
- 238000003745 diagnosis Methods 0.000 description 1
- 238000002405 diagnostic procedure Methods 0.000 description 1
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 1
- 238000009472 formulation Methods 0.000 description 1
- 239000003112 inhibitor Substances 0.000 description 1
- 238000011835 investigation Methods 0.000 description 1
- 229910001629 magnesium chloride Inorganic materials 0.000 description 1
- 230000035800 maturation Effects 0.000 description 1
- 238000000034 method Methods 0.000 description 1
- 210000002850 nasal mucosa Anatomy 0.000 description 1
- 210000001989 nasopharynx Anatomy 0.000 description 1
- 239000002751 oligonucleotide probe Substances 0.000 description 1
- 244000052769 pathogen Species 0.000 description 1
- 230000001717 pathogenic effect Effects 0.000 description 1
- 238000002205 phenol-chloroform extraction Methods 0.000 description 1
- 239000008363 phosphate buffer Substances 0.000 description 1
- 239000000256 polyoxyethylene sorbitan monolaurate Substances 0.000 description 1
- 235000010486 polyoxyethylene sorbitan monolaurate Nutrition 0.000 description 1
- 239000001103 potassium chloride Substances 0.000 description 1
- 235000011164 potassium chloride Nutrition 0.000 description 1
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 description 1
- 238000011897 real-time detection Methods 0.000 description 1
- 238000010839 reverse transcription Methods 0.000 description 1
- 238000005070 sampling Methods 0.000 description 1
- 239000000377 silicon dioxide Substances 0.000 description 1
- 239000011780 sodium chloride Substances 0.000 description 1
- 238000001179 sorption measurement Methods 0.000 description 1
- 238000011895 specific detection Methods 0.000 description 1
- 210000003802 sputum Anatomy 0.000 description 1
- 208000024794 sputum Diseases 0.000 description 1
- 210000003437 trachea Anatomy 0.000 description 1
- 239000006163 transport media Substances 0.000 description 1
- 230000003612 virological effect Effects 0.000 description 1
- 238000005406 washing Methods 0.000 description 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6806—Preparing nucleic acids for analysis, e.g. for polymerase chain reaction [PCR] assay
-
- Y—GENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
- Y02—TECHNOLOGIES OR APPLICATIONS FOR MITIGATION OR ADAPTATION AGAINST CLIMATE CHANGE
- Y02A—TECHNOLOGIES FOR ADAPTATION TO CLIMATE CHANGE
- Y02A50/00—TECHNOLOGIES FOR ADAPTATION TO CLIMATE CHANGE in human health protection, e.g. against extreme weather
- Y02A50/30—Against vector-borne diseases, e.g. mosquito-borne, fly-borne, tick-borne or waterborne diseases whose impact is exacerbated by climate change
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Immunology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
Изобретение относится к биотехнологии, а именно к средствам диагностики вируса парагриппа 3 типа у животных. Предлагается тест-система для обнаружения генома возбудителя коронавирусной инфекции у животных с помощью мультиплексной полимеразной цепной реакции с флуоресцентной детекцией в режиме реального времени. Тест-система включает буфер для проведения полимеразной цепной реакции, праймеры и флуоресцентные зонды, специфичные для коронавируса А и для внутреннего контрольного образца, смесь ферментов из ДНК полимеразы с антителами, ингибирующими активность фермента, TAQ POLYMERASE и обратной транскриптазы MMLV REVERSE TRANSCRIPTASE, буфер для разведения РНК в виде деионизованной воды, внутренний контрольный образец, отрицательный контрольный образец, положительный контрольный образец, для внутреннего контрольного образца - суспензию бактериофага MS2, а для положительного контрольного образца используют смесь рекомбинантных плазмидных ДНК, содержащих фрагмент генома вируса BPI 3 и фрагмент генома бактериофага. Изобретение служит для расширения функциональных возможностей и получения достоверной диагностики. 5 табл., 1 пр.
Description
Изобретение относится к ветеринарной вирусологии, а именно к средствам диагностики инфекции парагриппа 3 типа у животных, как в практике ветеринарной службы, так и для научных исследований.
Известна тест-система для обнаружения РНК вируса инфекционной болезни, путем проведения полимеразной цепной реакции в реальном времени с использованием специфичных для участка генома возбудителя инфекции олигонуклеотидных праймеров, флуоресцентно-меченного зонда и контрольных образцов (патент РФ №2515916, кл. C12N 15/11, 2014).
Также известна тест-система для обнаружения генома возбудителя вируса парагриппа 3 типа с помощью мультиплексной полимеразной цепной реакции с детекцией в режиме реального времени, включающий буфер для проведения полимеразной цепной реакции, смесь для ее проведения состоящая из дезоксинуклеозидтрифосфатов, праймеров и флуоресцентных зондов специфичные для парагриппа 3 типа, смесь ферментов из ДНК полимеразы с антителами, ингибирующих активность фермента, TAQ POLYMERASE и обратной транскриптазы MMLV REVERSE TRANSCRIPTASE; буфер для разведения РНК в виде деионизованной воды, внутренний контрольный образец, отрицательный контрольный образец, положительный контрольный образец, (патент РФ №2506317, C12Q 1/68, 2014 г. - прототип).
Общим недостатком известных технических решений является отсутствие возможности диагностики инфекции вируса парагриппа 3 типа у КРС.
Техническим результатом является расширение функциональных возможностей и получение достоверной диагностики с помощью ОТ - ПЦР в реальном времени.
Технический результат достигается тем, что в тест-системе для обнаружения генома возбудителя инфекции вируса парагриппа 3 типа у крупного рогатого скота с помощью мультиплексной полимеразной цепной реакции с флуоресцентной детекцией в режиме реального времени, включающий буфер для проведения полимеразной цепной реакции, смесь для ее проведения состоящая из дезоксинуклеозидтрифосфатов, праймеров и флуоресцентных зондов специфичные для парагриппа 3 типа, смесь ферментов из ДНК полимеразы с антителами, ингибирующих активность фермента, TAQ POLYMERASE и обратной транскриптазы MMLV REVERSE TRANSCRIPTASE; буфер для разведения РНК в виде деионизованной воды, внутренний контрольный образец, отрицательный контрольный образец, положительный контрольный образец, согласно изобретению для внутреннего контрольного образца используют суспензию бактериофага MS2, с концентрацией 5×103/мл, а для положительного контрольного образца используют смесь рекомбинантных плазмидных ДНК, содержащих фрагмент генома вируса парагриппа 3 типа BPI и фрагмент генома бактериофага MS2, взятых в соотношении 1:1, со следующими нуклеотидными последовательностями:
BPIF 5'-TCGACATCATTGAATTCATAC-3' - прямой праймер
BPIR 5'-TCAAGTTGGTAGATTGTCGTGC-3' - обратный праймер
BPI-z 5'-JOE-TGCCGTGTTCTCTTGGGAGTCG-BHQ1 - зонд
MS2F, 5'-TGGCACTACCCCTCTCCGTATTCAC-3' - прямой праймер
MS2R, 5'-GTACGGGCGACCCCACGATGAC-3'- обратный праймер
MS2P, 5'-Cy5-CACATCGATAGATCAAGGTGCCTACAAGC-3' BHQ2 - зонд.
Новизна заявляемого технического решения заключается в том, что для получения достоверной диагностики инфекции вируса парагриппа-3 типа животных используют тест-систему с использованием специфичных для участка генома парагриппа-3 типа олигонуклеотидных праймеров флуоресцентно-меченного зонда и разных видов контроля для которых используют различные формы материала бактериофага MS2: суспензия и фрагмент генома со с специфическими к нему праймерами и зондом.
Признаки, отличающие заявляемое техническое решение от прототипа, направлены на достижение технического результата и не выявлены при изучении данной и смежной областей науки и техники и, следовательно, соответствуют критерию «изобретательский уровень».
Заявляемый тест-система рекомендовано использовать в ветеринарной вирусологии, а именно в качестве средств диагностики парагриппной-3 типа инфекции у животных, как в практике ветеринарной службы, так и для научных исследований, что соответствует критерию «промышленная применимость».
Использование заявляемых олигонуклеотидных праймеров BPIF и BPIR флуоресцентно-меченного зонда BPIP обеспечивает специфическое выявление РНК парагриппа-3 типа у животных.
Использование разных видов контроля для которых используют различные формы материала бактериофага MS2: суспензия и фрагмент генома со специфическими к нему праймерами и зондом, бактериофага MS2 обусловлено тем, что это позволяет контролировать корректное прохождение реакции в каждой пробирки, а также контролируется этап выделения РНК из образцов.
Выбор последовательности и расчет первичной структуры олигонуклеотидных праймеров и зондов.
Проведен сравнительный анализ доступных в базе данных GenBank нуклеотидных последовательностей Р гена BPI, кодирующего один из шести главных структурных белков вирусов (Phosphoprotein Р) парагриппа, относящихся к роду Respirovirus. Как и другие представители этого семейства Paramyxoviridae, геном BPI представлен однонитевой нефрагментированной РНК негативной полярности, размером порядка 15500 оснований. Р белок является фосфопротеином размером 596 аминокимлотных остатков, который взаимодействуя с геномной РНК образует вирусный нуклеокапсид.
С помощью программы «Bio Edit 7.0» выравнены нуклеотидные последовательности Р гена BPI - представителей рода Respirovirus (1-5 типов) нуклеотидной последовательностью гена Р генома парогриппа изолята 910N (Bovine parainfluenza virus 3 DNA, complete genome (код доступа D84095). В результате анализа построенного элайнмента внутри гена белка Р выбран участок между 1800 и 2000 нуклеотидами, содержащий уникальные нуклеотидные последовательности.
С помощью программы «Oligo 6.0» рассчитаны первичные структуры олигонуклеотидных праймеров, фланкирующих выбранный участок генома. Для детекции продуктов амплификации подобран олигонуклеотидный флуоресцентно-меченный зонд BPIP, комплементарный участку нуклеотидной последовательности, ограниченной позициями отжига праймеров BPIF, и BPIR. Используя программу «Oligo 6.0» описаны основные свойства рассчитанных олигонуклеотидов, определившие возможность их использования в ПЦР.
С помощью программы "Oligo 6.0" проанализирована нуклеотидная последовательность бактериофага MS2 (Enterobacteria phage MS2 isolate ST4, complete genome. ACCESSION EF204940). Бактериофаг MS2 содержит однонитевую позитивно ориентрованную РНК размером 3569 оснований. В результате анализа внутри гена белка 'созревания' (maturation protein) выбран участок между 200 и 350 нуклеотидами, содержащий уникальные нуклеотидные последовательности, рассчитаны первичные структуры олигонуклеотидных праймеров, фланкирующих выбранный участок генома. Для детекции продуктов амплификации подобран олигонуклеотидный флуоресцентно-меченный зонд MS2P, комплементарный участку нуклеотидной последовательности, ограниченной позициями отжига праймеров MS2F и MS2R. Используя программу "Oligo 6.0" описаны основные свойства рассчитанных олигонуклеотидов, определившие возможность их использования в ПЦР.
Пример применения тест-системы для выявления генома возбудителя инфекции вируса парагриппа 3 типа у КРС
Для тест-системы используют набор (ТУ 21 10.60-133-51062356-2017), который позволяет специфически амплифицировать фрагмент генома вируса парагриппа-3 и внутреннего положительного контроля (бактериофага MS2) в мультиплексной полимеразной цепной реакции.
Набор (ИНСТРУКЦИЯ по применению «ПЦР-ПАРАГРИПП-3-КРС-ФАКТОР», набора реагентов для выявления РНК вируса парагриппа-3 крупного рогатого скота (Bovine parainfluenza virus 3) в биологическом материале методом обратной транскрипции и полимеразной цепной реакции с флуоресцентной детекцией в режиме реального времени (ОТ-ПЦР-РВ), ТУ 21 10.60-133-51062356-2017, http://www.vetfaktor.ru/), состоит из комплекта реагентов для проведения мультиплексной ОТ-ПЦР РВ, (Таблица 1, Комплект №1) и контрольных образцов (таблица 2, Комплект №2). Набор выпускается в двух вариантах:
1) Для анализа 55 образцов (включая контрольные образцы)
2) Для анализа 110 образцов (включая контрольные образцы).
В набор не входят реактивы для экстракции НК. Выделение РНК может проводиться, например, с помощью наборов на основе сорбционного метода, в состав которых входит силика или микроцентрифужные колонки, наборов на основе фенол-хлороформной экстракции и т.п. Рекомендуется использовать набор «ДНК/РНК-С-ФАКТОР» либо аналогичный.
Для исследования используют следующий биологический материал:
- Выделения из носоглотки и трахеи, мазки со слизистой носовой полости, снимают с помощью стерильного зонда, зонд помещают в пластиковую микропробирку объемом 1,5 мл с 0,5 мл стерильного физиологического раствора/фосфатного буфера/транспортной среды.
- Фарингеальные смывы помещают в стерильный контейнер. Смывы, мазки берут на исследование без предварительной подготовки.
Вязкую по консистенции мокроту обрабатывают реагентами типа муколизин, с целью снижения вязкости.
Далее проводят анализ с помощью набора реагентов «ПЦР-ПАРАГРИПП-3-КРС-ФАКТОР» состоящий из трех этапов:
- экстракция НК;
- проведение реакции ОТ-ПЦР РВ с флуоресцентной детекцией в режиме реального времени;
- учет результатов анализа.
Реакция ОТ-ПЦР РВ проводится в одной пробирке.
Для экстракции (выделения) РНК из исследуемых проб отбирают необходимое количество одноразовых пробирок объемом 1,5 мл, включая отрицательный контроль выделения. Вносят во все пробирки с исследуемыми образцами, включая пробирку для ОКО, по 10 мкл ВКО (внутренний контрольный образец - суспензия бактериофага MS2) BPI.
Далее подготавливают образцы к проведению ПЦР
Общий объем реакционной смеси - 25 мкл, объем РНК-пробы - 10 мкл.
Успешное прохождение реакции контролируют использованием ПКО BPI, ВКО BPI и РНК буфера.
Буфер для проведения ОТ-ПЦР, ПЦР буфер BPI; состав: 2,5(ПЦР-буфер (хлорид калия, 100 мМ, Трис-HCl, рН 8,8 100 мМ, глицерол 1%, Tween-20 0.02%); хлорид магния, 5 мМ; деионизированная вода.
Смесь для проведения ПЦР, ПЦР-смесь BPI состав: эквимолярная смесь дезоксинуклеозидтрифосфатов (дНТФ) в концентрации 0,25 мМ; деионизированная вода, смесь праймеров и флуоресцентного зонда на парагрипп 3 типа (прямой и обратный праймеры BPIF и BPIR в концентрации 0,2 мкМ, зонд BPIP - FAM в концентрации 0,1 мкМ, взятых в соотношении 1:1:0,5), смесь праймеров и флуоресцентного зонда на ПКО (прямой и обратный праймеры MS2F и MS2R в концентрации 0,2 мкМ, зонд MS2P-Cy5 в концентрации 0,1 мкМ, взятых в соотношении 1:1:0,5).
Смесь ферментов, RT PCR ENZ, состав: ДНК полимераза с антителами, ингибирующими активность фермента, TAQ POLYMERASE (5 ед/мкл), обратная транскриптаза MMLV REVERSE TRANSCRIPTASE (100 ед/мкл).
Буфер для разведения РНК, РНК буфер, состав: деионизованная вода.
Внутренний контрольный образец, ВКО BPI состав: суспензия бактериофага MS2 (5×103/мл)
- Отрицательный контрольный образец, ОКО (ТЕ буфер); состав: ТЕ буфер (10 мМ Tris-HCl, 0,5 мМ EDTA, рН 8,0)
- Положительный контрольный образец, ПКО BPI; состав: смесь рекомбинантных плазмидных ДНК, содержащих фрагмент генома вируса BPI 3 и фрагмент генома бактериофага MS2, взяты в соотношении 1:1.
В отдельной пробирке смешивают компоненты набора из расчета на каждую реакцию:
5 мкл ПЦР СМЕСЬ BPI;
10 мкл ПЦР БУФЕР BPI;
0,75 мкл смеси ферментов RT PCR ENZ
Перемешивают смесь на вортексе и сбрасывают капли кратковременным центрифугированием. Расчет объемов реагентов на различное количество реакций указан в Таблице 3.
Отбирают необходимое количество пробирок для амплификации НК исследуемых и контрольных проб. Вносят по 15 мкл приготовленной реакционной смеси.
Используя наконечники с фильтром в подготовленные пробирки вносят
а) в пробирку отрицательного контроля ПЦР (К-) 10 мкл РНК буфера;
б) в ряд пробирок для исследуемых проб - в каждую внести по 10 мкл НК соответствующей пробы, включая пробу ВК;
в) в пробирку с положительным контролем ПЦР (К+) 10 мкл ПКО BPI.
Проведение реакции ПЦР с флюоресцентной детекцией
Параметры температурно-временного режима амплификации на приборах «Rotor-Gene Q» и «ДТ-96» указаны в таблице 4.
Интерпретация результатов анализа.
Полученные данные - кривые накопления флуоресцентного сигнала анализируются с помощью программного обеспечения используемого прибора для проведения ПЦР в режиме «реального времени» в соответствии с инструкцией производителя к прибору. Учет результатов ОТ-ПЦР проводится по наличию или отсутствию пересечения кривой флуоресценции с установленной на соответствующем уровне пороговой линией (что соответствует наличию или отсутствию значения порогового цикла «Ct» для исследуемого образца).
Результат считается достоверным в случае корректного прохождения положительных и отрицательных контролей амплификации и экстракции НК в соответствии с таблицей 5.
Появление любого значения Ct в таблице результатов для отрицательного контроля этапа экстракции ВК- на канале JOE (HEX)/Yellow и для отрицательного контроля этапа ОТ-ПЦР К- на любом из каналов свидетельствует о наличии контаминации реактивов или образцов.
В этом случае результаты анализа по всем пробам считаются недействительными. Требуется повторить анализ всех проб, а также предпринять меры по выявлению и ликвидации источника контаминации.
Образцы, для которых по каналу Cy5/Red значение Ct отсутствует или превышает 35 цикл (при этом по каналу JOE (HEX)/Yellow значение Ct также отсутствует) требуют повторного проведения исследования с этапа ПЦР. Задержка в значениях пороговых циклов для исследуемых образцов на канале Cy5/Red указывает на присутствие ингибиторов в пробах или на ошибки при постановке реакции ОТ-ПЦР. Требуется провести исследование, начиная с этапа экстракции НК.
Образец считается положительным, РНК вируса парагриппа 3 типа присутствует, если наблюдается экспоненциальный рост сигнала на канале JOE (HEX)/Yellow, при этом значения Ct контрольных образцов находятся в пределах нормы (см. Табл. 5). Если для исследуемого образца по каналу JOE (HEX)/Yellow значение Ct определяется позднее 37 цикла при корректном прохождении положительных и отрицательных контролей - он считается спорным и исследуется повторно с этапа выделения НК. Если при повторной постановке наблюдается схожий результат (Ct на канале JOE (HEX)/Yellow более 37), требуется повторное взятие материала от того же животного для проведения ОТ-ПЦР-исследования и (или) использование альтернативных методов диагностики. Образец считается отрицательным (РНК вируса парагриппа-3 КРС отсутствует) если не определяется значение Ct (не наблюдается рост специфического сигнала) на канале JOE (HEX)/Yellow, при этом значения Ct по каналу Cy5/Red и Ct контрольных образцов находятся в пределах нормы (Табл. 5).
Claims (7)
- Тест-система для обнаружения генома возбудителя инфекции вируса парагриппа 3 типа у крупного рогатого скота с помощью мультиплексной полимеразной цепной реакции с флуоресцентной детекцией в режиме реального времени, включающая буфер для проведения полимеразной цепной реакции, смесь для ее проведения, состоящую из дезоксинуклеозидтрифосфатов, праймеров и флуоресцентных зондов, специфичных для парагриппа 3 типа, смесь ферментов из ДНК полимеразы с антителами, ингибирующими активность фермента, TAQ POLYMERASE и обратной транскриптазы MMLV REVERSE TRANSCRIPTASE; буфер для разведения РНК в виде деионизованной воды, внутренний контрольный образец, отрицательный контрольный образец, положительный контрольный образец, отличающаяся тем, что для внутреннего контрольного образца используют суспензию бактериофага MS2 с концентрацией 5×103 /мл, а для положительного контрольного образца используют смесь рекомбинантных плазмидных ДНК, содержащих фрагмент генома вируса парагриппа 3 типа BPI и фрагмент генома бактериофага MS2, взятых в соотношении 1:1, со следующими нуклеотидными последовательностями:
- BPIF 5'-TCGACATCATTGAATTCATAC-3' - прямой праймер
- BPIR 5'-ТСAAGTTGGTAGATTGTCGTGC-3' - обратный праймер
- BPI-z 5'-JOE-TGCCGTGTTCTCTTGGGAGTCG-BHQ1-зонд
- MS2F, 5'-TGGCACTACCCCTCTCCGTATTCAC-3' - прямой праймер
- MS2R, 5'-GTACGGGCGACCCCACGATGАС-3'- обратный праймер
- MS2P, 5'-Су5-СACATCGATAGATCAAGGTGCCTACAAGC-3' ВНQ2-зонд.
Priority Applications (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
RU2018101625A RU2681473C1 (ru) | 2018-01-16 | 2018-01-16 | Тест-система для обнаружения генома вируса парагриппа 3 типа у крупного рогатого скота с помощью мультиплексной полимеразной цепной реакции с флуоресцентной детекцией в режиме реального времени |
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
RU2018101625A RU2681473C1 (ru) | 2018-01-16 | 2018-01-16 | Тест-система для обнаружения генома вируса парагриппа 3 типа у крупного рогатого скота с помощью мультиплексной полимеразной цепной реакции с флуоресцентной детекцией в режиме реального времени |
Publications (1)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
RU2681473C1 true RU2681473C1 (ru) | 2019-03-06 |
Family
ID=65632837
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
RU2018101625A RU2681473C1 (ru) | 2018-01-16 | 2018-01-16 | Тест-система для обнаружения генома вируса парагриппа 3 типа у крупного рогатого скота с помощью мультиплексной полимеразной цепной реакции с флуоресцентной детекцией в режиме реального времени |
Country Status (1)
Country | Link |
---|---|
RU (1) | RU2681473C1 (ru) |
Cited By (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
RU2740097C1 (ru) * | 2020-08-11 | 2021-01-11 | Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования "Кубанский государственный аграрный университет имени И.Т. Трубилина" | Способ выявления генома возбудителя коронавирусной инфекции нового типа (nCov19) у приматов |
RU2741887C1 (ru) * | 2020-08-11 | 2021-01-29 | Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования "Кубанский государственный аграрный университет имени И.Т. Трубилина" | Тест-система для выявления генома возбудителя коронавирусной инфекции нового типа (nCov19) у приматов |
CN112592905A (zh) * | 2020-12-28 | 2021-04-02 | 中山大学达安基因股份有限公司 | 用于新型冠状病毒检测的dna聚合酶混合物 |
Citations (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
RU2421731C2 (ru) * | 2008-07-03 | 2011-06-20 | Государственное научное учреждение Всероссийский научно-исследовательский и технологический институт биологической промышленности РАСХН | Способ выявления специфических антител к вирусным респираторным инфекциям крупного рогатого скота |
US9505807B2 (en) * | 2012-01-24 | 2016-11-29 | University Of Georgia Research Foundation, Inc. | Parainfluenza virus 5 based vaccines |
WO2017080500A1 (en) * | 2015-11-12 | 2017-05-18 | Coyote Bioscience Co., Ltd. | Methods and systems for disease monitoring and assessment |
-
2018
- 2018-01-16 RU RU2018101625A patent/RU2681473C1/ru not_active IP Right Cessation
Patent Citations (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
RU2421731C2 (ru) * | 2008-07-03 | 2011-06-20 | Государственное научное учреждение Всероссийский научно-исследовательский и технологический институт биологической промышленности РАСХН | Способ выявления специфических антител к вирусным респираторным инфекциям крупного рогатого скота |
US9505807B2 (en) * | 2012-01-24 | 2016-11-29 | University Of Georgia Research Foundation, Inc. | Parainfluenza virus 5 based vaccines |
WO2017080500A1 (en) * | 2015-11-12 | 2017-05-18 | Coyote Bioscience Co., Ltd. | Methods and systems for disease monitoring and assessment |
Cited By (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
RU2740097C1 (ru) * | 2020-08-11 | 2021-01-11 | Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования "Кубанский государственный аграрный университет имени И.Т. Трубилина" | Способ выявления генома возбудителя коронавирусной инфекции нового типа (nCov19) у приматов |
RU2741887C1 (ru) * | 2020-08-11 | 2021-01-29 | Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования "Кубанский государственный аграрный университет имени И.Т. Трубилина" | Тест-система для выявления генома возбудителя коронавирусной инфекции нового типа (nCov19) у приматов |
CN112592905A (zh) * | 2020-12-28 | 2021-04-02 | 中山大学达安基因股份有限公司 | 用于新型冠状病毒检测的dna聚合酶混合物 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
RU2680094C1 (ru) | Тест-система для выявления ДНК возбудителя лептоспироза (Leptospira spp.) у сельскохозяйственных животных | |
CN108192996B (zh) | 一种用于甲型流感病毒检测及h1和h3分型的多重rt-rpa引物组合及其应用 | |
RU2681473C1 (ru) | Тест-система для обнаружения генома вируса парагриппа 3 типа у крупного рогатого скота с помощью мультиплексной полимеразной цепной реакции с флуоресцентной детекцией в режиме реального времени | |
RU2700480C1 (ru) | Тест-система для определения видовой принадлежности тканей кур и свиней в продовольственном сырье, кормах и пищевых продуктах | |
CN112739833A (zh) | 利用巢式RPA技术检测SARS-CoV-2的引物对、探针、试剂盒及其应用 | |
RU2694558C1 (ru) | Способ выявления генома возбудителя коронавирусной инфекции у крупного рогатого скота | |
RU2703401C1 (ru) | Тест-система для выявления и генотипирования РНК вируса репродуктивно-респираторного синдрома свиней | |
RU2703394C1 (ru) | Способ выявления и генотипирования РНК вируса репродуктивно-респираторного синдрома свиней | |
RU2694499C1 (ru) | Тест-система для обнаружения генома возбудителя коронавирусной инфекции у крупного рогатого скота с помощью мультиплексной полимеразной цепной реакции с флуоресцентной детекцией в режиме реального времени | |
RU2698662C1 (ru) | Тест-система для выявления РНК возбудителя вируса артериита у лошадей | |
RU2726242C1 (ru) | Тест-система для выявления ДНК вируса нодулярного дерматита (LSDV) в биологическом материале животных с помощью полимеразной цепной реакции в режиме реального времени | |
RU2696069C2 (ru) | Способ выявления генома возбудителя вируса парагриппа 3 типа у крупного рогатого скота | |
RU2694501C1 (ru) | Тест-система для обнаружения генома возбудителя ротовируса типа А у сельскохозяйственных животных с помощью мультиплексной полимеразной цепной реакции с флуоресцентной детекцией в режиме реального времени | |
RU2700481C1 (ru) | Способ выявления РНК возбудителя вируса артериита у лошадей | |
RU2689718C1 (ru) | Способ выявления генома возбудителя ротовирусной инфекции у сельскохозяйственных животных | |
RU2703400C1 (ru) | Способ выявления генома возбудителя бруцеллезной инфекции (Brucella spp.) у сельскохозяйственных животных | |
RU2694719C1 (ru) | Тест-система для выявления РНК вируса болезни Шмалленберга у сельскохозяйственных животных | |
RU2700254C1 (ru) | Тест-система для выявления ДНК вируса ринотрахеита (bovine herpes virus 1, BoHV-1) у крупного рогатого скота | |
RU2700450C1 (ru) | Тест-система для выявления ДНК провируса лейкоза крупного рогатого скота (Bovine leukosis virus, BLV) | |
CN111778343A (zh) | 一种检测布鲁氏菌s2疫苗株的引物对、试剂盒及其应用 | |
RU2696306C1 (ru) | Способ выявления РНК вируса болезни Шмалленберга у сельскохозяйственных животных | |
CN113549709A (zh) | 利用巢式RPA技术检测SARS-CoV-2的引物对、探针、试剂盒及其应用 | |
RU2700449C1 (ru) | Способ выявления ДНК вируса ринотрахеита (bovine herpes virus 1, BoHV-1) у крупного рогатого скота | |
RU2741887C1 (ru) | Тест-система для выявления генома возбудителя коронавирусной инфекции нового типа (nCov19) у приматов | |
RU2700245C1 (ru) | Способ выявления ДНК провируса лейкоза крупного рогатого скота (Bovine leukosis virus, BLV) |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
MM4A | The patent is invalid due to non-payment of fees |
Effective date: 20210117 |