Claims (46)
1. Способ идентификации аналитов, которые дифференциально представлены в первом и втором биологическом образцах, предусматривающий следующие этапы: а) выбор множества различных условий селективности, в которых обрабатываются первый и второй образцы, в ходе которого: i) каждое условие селективности определяется комбинацией адсорбента и элюанта, ii) в каждом отличающемся условии селективности присутствуют другой адсорбент и тот же самый или другой элюант и iii) обработка образца при определенном условии селективности включает приведение образца в контакт с адсорбентом, связанным субстратом, и промывку адсорбента элюантом с целью удержания аналита в образце с помощью адсорбента; б) определение аналитов в первом образце путем: i) параллельной обработки первого образца при каждом из различных условий селективности и ii) определения аналитов, удержанных адсорбентами, с помощью масс-спектрометрии, при этом масс-спектрометрия включает десорбцию и ионизацию аналита из адсорбента с помощью источника энергии и обнаружение десорбированных и ионизированных аналитов с помощью детектора; в) определение аналитов во втором образце путем: i) параллельной обработки второго образца при каждом из различных условий селективности и ii) определения аналитов, удержанных адсорбентами, с помощью масс-спектрометрии, а также г) сравнение аналитов, обнаруженных в первом биологическом образце, с аналитами, обнаруженньми во втором биологическом образце, с целью идентификации аналитов, которые дифференциально представлены в первом и втором биологическом образце. 1. A method for identifying analytes that are differentially represented in the first and second biological samples, comprising the following steps: a) selecting a variety of different selectivity conditions in which the first and second samples are processed, during which: i) each selectivity condition is determined by a combination of adsorbent and eluant , ii) in each different selectivity condition, a different adsorbent and the same or different eluant are present, and iii) processing the sample under a certain selectivity condition includes the sample in contact with the adsorbent bound to the substrate, and washing the adsorbent with an eluant to retain the analyte in the sample using the adsorbent; b) determination of analytes in the first sample by: i) parallel processing of the first sample under each of the various conditions of selectivity; and ii) determination of analytes retained by adsorbents using mass spectrometry, while mass spectrometry includes desorption and ionization of the analyte from the adsorbent using energy source and detection of desorbed and ionized analytes using a detector; c) determination of analytes in the second sample by: i) parallel processing of the second sample under each of the various conditions of selectivity; and ii) determination of analytes retained by adsorbents using mass spectrometry; and d) comparison of analytes found in the first biological sample with analytes found in the second biological sample in order to identify analytes that are differentially represented in the first and second biological sample.
2. Способ по п. 1, отличающийся тем, что первый биологический образец получен от здорового субъекта, а второй биологический образец получен от субъекта, страдающего от патологического процесса. 2. The method according to p. 1, characterized in that the first biological sample is obtained from a healthy subject, and the second biological sample is obtained from a subject suffering from a pathological process.
3. Способ по п. 1, отличающийся тем, что биологический образец включает первый и второй клеточные экстракты. 3. The method according to p. 1, characterized in that the biological sample includes first and second cell extracts.
4. Способ по п. 1, отличающийся тем, что этап сравнения аналитов, обнаруженных в первом и втором образце, производится с помощью программируемого цифрового компьютера. 4. The method according to p. 1, characterized in that the step of comparing the analytes detected in the first and second sample is performed using a programmable digital computer.
5. Способ по п. 1, отличающийся тем, что различные адсорбенты имеют различную основу притяжения, и основы притяжения выбираются из группы, состоящей из адсорбентов гидрофобного взаимодействия, гидрофильного взаимодействия, анионного взаимодействия, катионного взаимодействия, координатного ковалентного взаимодействия, триофильного взаимодействия и гликопротеинового взаимодействия. 5. The method according to p. 1, characterized in that the various adsorbents have a different attraction basis, and the attraction basis is selected from the group consisting of adsorbents of hydrophobic interaction, hydrophilic interaction, anion interaction, cationic interaction, coordinate covalent interaction, triophilic interaction and glycoprotein interaction .
6. Способ по п. 1, отличающийся тем, что различные адсорбенты представляют собой различные биоспецифичные адсорбенты. 6. The method according to p. 1, characterized in that the various adsorbents are different biospecific adsorbents.
7. Способ по п. 1, отличающийся тем, что в нем используются одни и те же элюанты. 7. The method according to p. 1, characterized in that it uses the same eluants.
8. Способ по п. 1, отличающийся тем, что элюанты выбираются из группы, состоящей из элюанта на основе рН, элюанта на основе ионной силы, элюанта на основе структуры воды, элюанта на основе детергентов и элюанта на основе гидрофобности. 8. The method according to p. 1, characterized in that the eluants are selected from the group consisting of eluant based on pH, eluant based on ionic strength, eluant based on the structure of water, eluant based on detergents and eluant based on hydrophobicity.
9. Способ по п. 1, отличающийся тем, что выбираются по меньшей мере четыре различных условия селективности. 9. The method according to p. 1, characterized in that at least four different selectivity conditions are selected.
10. Способ по п. 1, отличающийся тем, что перед этапом (а) осуществляется этап введения агента в первый биологический образец, но не во второй биологический образец. 10. The method according to p. 1, characterized in that before step (a), the step of introducing the agent into the first biological sample, but not into the second biological sample, is carried out.
11. Способ по п. 1, отличающийся повторением этапов б) и в) с параллельным использованием условий селективности, при которых используются те же адсорбенты, что и в этапах б) и в), но различные элюанты. 11. The method according to p. 1, characterized by the repetition of steps b) and c) with parallel use of the selectivity conditions under which the same adsorbents are used as in steps b) and c), but with different eluants.
12. Способ по п. 1, отличающийся тем, что до этапа определения аналитов включает этап конверсии аналита в по меньшей мере один фрагмент, молекулярная масса которого меньше массы аналита. 12. The method according to p. 1, characterized in that prior to the determination of analytes includes the step of converting the analyte into at least one fragment, the molecular weight of which is less than the mass of the analyte.
13. Способ по п. 2, отличающийся тем, что образец выбран из группы, включающей кровь, мочу, сыворотку и ткань. 13. The method according to p. 2, characterized in that the sample is selected from the group comprising blood, urine, serum and tissue.
14. Способ по п. 2, отличающийся тем, что предусматривает идентификацию аналита, присутствующего в большем количестве во втором биологическом образце, чем в первом биологическом образце, при этом аналит идентифицируется как возможный диагностический маркер патологического состояния. 14. The method according to p. 2, characterized in that it provides for the identification of the analyte present in a larger amount in the second biological sample than in the first biological sample, the analyte being identified as a possible diagnostic marker of the pathological condition.
15. Способ по п. 3, отличающийся тем, что первый клеточный экстракт получен из здоровой клетки, а второй клеточный экстракт получен из раковой клетки. 15. The method according to p. 3, characterized in that the first cell extract is obtained from a healthy cell, and the second cell extract is obtained from a cancer cell.
16. Способ по п. 3, отличающийся тем, что первый клеточный экстракт получен из здоровой клетки, а второй клеточный экстракт получен из клетки с патологией. 16. The method according to p. 3, characterized in that the first cell extract is obtained from a healthy cell, and the second cell extract is obtained from a cell with a pathology.
17. Способ по п. 9, отличающийся тем, что по меньшей мере четыре различных условия селективности определяются адсорбентами, имеющими различную основу притяжения, и основы притяжения выбираются из группы, состоящей из адсорбентов гидрофобного взаимодействия, гидрофильного взаимодействия, анионного взаимодействия, катионного взаимодействия, координатного ковалентного взаимодействия, триофильного взаимодействия и гликопротеинового взаимодействия. 17. The method according to p. 9, characterized in that at least four different selectivity conditions are determined by adsorbents having a different attraction basis, and the attraction basis is selected from the group consisting of adsorbents of hydrophobic interaction, hydrophilic interaction, anionic interaction, cationic interaction, coordinate covalent interaction, triophilic interaction and glycoprotein interaction.
18. Способ по любому из пп. 1-17, отличающийся тем, что аналиты включают нуклеиновую кислоту. 18. The method according to any one of paragraphs. 1-17, characterized in that the analytes include nucleic acid.
19. Способ по любому из пп. 1-17, отличающийся тем, что аналиты включают углеводы. 19. The method according to any one of paragraphs. 1-17, characterized in that the analytes include carbohydrates.
20. Способ по любому из пп. 1-17, отличающийся тем, что аналиты включают полипептиды. 20. The method according to any one of paragraphs. 1-17, characterized in that the analytes include polypeptides.
21. Способ по любому из пп. 1-20, отличающийся тем, что адсорбент выполняется в виде зонда, который вставляется в масс-спектрометр и состоит из субстрата, обладающего внешней поверхностью, а адсорбент прикреплен к этой поверхности в предопределенном месте, на которое направляется источник энергии. 21. The method according to any one of paragraphs. 1-20, characterized in that the adsorbent is made in the form of a probe, which is inserted into the mass spectrometer and consists of a substrate having an external surface, and the adsorbent is attached to this surface in a predetermined location to which the energy source is directed.
22. Способ по любому из пп. 1-20, отличающийся тем, что адсорбент выполняется в виде бусины, имеющей твердую фазу, к которой крепится адсорбент, причем, после того как образец и адсорбент входят в контакт, бусина помещается на поверхность зонда, который вставляется в масс-спектрометр, в предопределенном месте поверхности, на которое направляется источник энергии. 22. The method according to any one of paragraphs. 1-20, characterized in that the adsorbent is in the form of a bead having a solid phase to which the adsorbent is attached, and, after the sample and the adsorbent come into contact, the bead is placed on the surface of the probe, which is inserted into the mass spectrometer, in a predetermined the location of the surface to which the energy source is directed.
23. Способ по любому из пп. 1-22, отличающийся тем, что масс-спектрометр представляет собой лазерный масс-спектрометр с использованием десорбции/ионизации. 23. The method according to any one of paragraphs. 1-22, characterized in that the mass spectrometer is a laser mass spectrometer using desorption / ionization.
24. Способ по п. 23, отличающийся тем, что перед проведением масс-спектрометрии аналит приводится в контакт с молекулой, поглощающей энергию. 24. The method according to p. 23, characterized in that before conducting mass spectrometry, the analyte is brought into contact with a molecule that absorbs energy.
25. Способ идентификации аналитов, которые дифференциально представлены в первом и втором биологическом образцах, предусматривающий следующие этапы:
а) выбор множества различных условий селективности, в которых обрабатываются первый и второй образцы, при котором
i) каждое условие селективности определяется комбинацией адсорбента и элюанта
ii) в каждом отличающемся условии селективности присутствуют тот же самый адсорбент и другой элюант, и
iii) обработка образца при определенном условии селективности включает приведение образца в контакт с адсорбентом, связанным субстратом, и промывку адсорбента элюантом с целью удержания аналита в образце с помощью адсорбента;
б) определение аналитов в первом образце путем:
i) параллельной обработки первого образца при каждом из различных условий селективности, и
ii) определения аналитов, удержанных адсорбентами, с помощью масс-спектрометрии, при этом масс-спектрометрия включает десорбцию и ионизацию аналита из адсорбента с помощью источника энергии и обнаружение десорбированных и ионизированных аналитов с помощью детектора;
в) определение аналитов во втором образце путем:
i) параллельной обработки второго образца при каждом из различных условий селективности, и
ii) определения аналитов, удержанных адсорбентами, с помощью масс-спектрометрии, а также
г) сравнение аналитов, обнаруженных в первом биологическом образце, с аналитами, обнаруженными во втором биологическом образце, с целью идентификации аналитов, которые дифференциально представлены в первом и втором биологическом образце.25. A method for identifying analytes that are differentially represented in the first and second biological samples, comprising the following steps:
a) the choice of many different conditions of selectivity in which the first and second samples are processed, in which
i) each selectivity condition is determined by a combination of adsorbent and eluant
ii) in each different selectivity condition, the same adsorbent and a different eluant are present, and
iii) treating the sample under a certain selectivity condition includes contacting the sample with an adsorbent bound to the substrate and washing the adsorbent with eluant to retain the analyte in the sample using the adsorbent;
b) determination of analytes in the first sample by:
i) parallel processing of the first sample under each of the various conditions of selectivity, and
ii) determining analytes retained by adsorbents using mass spectrometry, wherein mass spectrometry includes desorption and ionization of the analyte from the adsorbent using an energy source and detection of desorbed and ionized analytes using a detector;
c) determination of analytes in the second sample by:
i) parallel processing of the second sample under each of the various conditions of selectivity, and
ii) determination of analytes retained by adsorbents using mass spectrometry, and
d) comparing the analytes found in the first biological sample with the analytes found in the second biological sample in order to identify analytes that are differentially represented in the first and second biological sample.
26. Способ по п. 25, отличающийся тем, что первый биологический образец получен от здорового субъекта, а второй биологический образец получен от субъекта, страдающего от патологии. 26. The method according to p. 25, wherein the first biological sample is obtained from a healthy subject, and the second biological sample is obtained from a subject suffering from pathology.
27. Способ по п. 25, отличающийся тем, что биологические образцы включают первый и второй клеточные экстракты
28. Способ по п. 25, отличающийся тем, что этап сравнения аналитов, обнаруженных в первом и втором образце, производится с помощью программируемого цифрового компьютера.27. The method according to p. 25, wherein the biological samples include first and second cell extracts
28. The method according to p. 25, characterized in that the step of comparing the analytes found in the first and second sample is performed using a programmable digital computer.
29. Способ по п. 25, отличающийся тем, что адсорбент имеет основу притяжения, выбранную из группы, состоящей из адсорбентов гидрофобного взаимодействия, гидрофильного взаимодействия, анионного взаимодействия, катионного взаимодействия, координатного ковалентного взаимодействия, триофильного взаимодействия и гликопротеинового взаимодействия. 29. The method according to p. 25, characterized in that the adsorbent has an attraction base selected from the group consisting of adsorbents of hydrophobic interaction, hydrophilic interaction, anionic interaction, cationic interaction, coordinate covalent interaction, triophilic interaction and glycoprotein interaction.
30. Способ по п. 25, отличающийся тем, что адсорбент представляет собой биоспецифичный адсорбент. 30. The method according to p. 25, wherein the adsorbent is a biospecific adsorbent.
31. Способ по п. 25, отличающийся тем, что различные элюанты имеют различные показатели элюции, и показатели элюции выбираются из группы, состоящей из элюанта на основе рН, элюанта на основе ионной силы, элюанта на основе структуры воды, элюанта на основе детергентов и элюанта на основе гидрофобности. 31. The method according to p. 25, characterized in that the various eluants have different elution indicators, and the elution indicators are selected from the group consisting of eluant based on pH, eluant based on ionic strength, eluant based on water structure, eluant based on detergents and hydrophobic eluant.
32. Способ по п. 25, отличающийся тем, что выбираются по крайней мере четыре различных условия селективности. 32. The method according to p. 25, characterized in that at least four different selectivity conditions are selected.
33. Способ по п. 25, отличающийся тем, что перед этапом (а) осуществляется этап введения агента в первый биологический образец, но не во второй биологический образец. 33. The method according to p. 25, characterized in that before step (a), the step of introducing the agent into the first biological sample, but not into the second biological sample, is carried out.
34. Способ по п. 25, отличающийся повторением этапов б) и в) с параллельным использованием условий селективности, при которых используются те же адсорбенты, что и в этапах б) и в), но различные элюанты. 34. The method according to p. 25, characterized by the repetition of steps b) and c) with parallel use of the selectivity conditions under which the same adsorbents are used as in steps b) and c), but different eluants.
35. Способ по п. 25, отличающийся тем, что до этапа определения аналитов включает этап конверсии аналита в по меньшей мере один фрагмент, молекулярная масса которого меньше массы аналита. 35. The method according to p. 25, characterized in that prior to the step of determining the analytes includes the step of converting the analyte into at least one fragment, the molecular weight of which is less than the mass of the analyte.
36. Способ по п. 26, отличающийся тем, что образец выбран из группы, включающей кровь, мочу, сыворотку и ткань. 36. The method according to p. 26, wherein the sample is selected from the group comprising blood, urine, serum and tissue.
37. Способ по п. 26, отличающийся тем, что предусматривает идентификацию аналита, присутствующего в большем количестве во втором биологическом образце, чем в первом биологическом образце, в результате чего аналит идентифицируется как возможный диагностический маркер патологического состояния. 37. The method according to p. 26, characterized in that it provides for the identification of the analyte present in a larger amount in the second biological sample than in the first biological sample, as a result of which the analyte is identified as a possible diagnostic marker of the pathological condition.
38. Способ по п. 27, отличающийся тем, что первый клеточный экстракт получен из здоровой клетки, а второй клеточный экстракт получен из раковой клетки. 38. The method according to p. 27, wherein the first cell extract is obtained from a healthy cell, and the second cell extract is obtained from a cancer cell.
39. Способ по п. 27, отличающийся тем, что первый клеточный экстракт получен из здоровой клетки, а второй клеточный экстракт получен из клетки с патологией. 39. The method according to p. 27, wherein the first cell extract is obtained from a healthy cell, and the second cell extract is obtained from a cell with a pathology.
40. Способ по п. 32, отличающийся тем, что по крайней мере четыре условия селективности определяются элюантами с различными показателями элюции, и показатели элюции выбираются из группы, состоящей из элюанта на основе рН, элюанта на основе ионной силы, элюанта на основе структуры воды, элюанта на основе детергентов и элюанта на основе гидрофобности. 40. The method according to p. 32, characterized in that at least four conditions of selectivity are determined by eluants with different elution indices, and the elution indices are selected from the group consisting of eluant based on pH, eluant based on ionic strength, eluant based on water structure , an eluant based on detergents and an eluant based on hydrophobicity.
41. Способ по любому из пп. 25-40, отличающийся тем, что аналиты включают нуклеиновую кислоту. 41. The method according to any one of paragraphs. 25-40, characterized in that the analytes include nucleic acid.
42. Способ по любому из пп. 25-40, отличающийся тем, что аналиты включают углеводы. 42. The method according to any one of paragraphs. 25-40, characterized in that the analytes include carbohydrates.
43. Способ по любому из пп. 25-40, отличающийся тем, что аналиты включают полипептиды. 43. The method according to any one of paragraphs. 25-40, characterized in that the analytes include polypeptides.
44. Способ по любому из пп. 25-43, отличающийся тем, что адсорбент выполняется в виде зонда, который вставляется в масс-спектрометр и состоит из субстрата, обладающего внешней поверхностью, а адсорбент прикреплен к этой поверхности в предопределенном месте, на которое направляется источник энергии. 44. The method according to any one of paragraphs. 25-43, characterized in that the adsorbent is in the form of a probe, which is inserted into the mass spectrometer and consists of a substrate having an external surface, and the adsorbent is attached to this surface in a predetermined location to which the energy source is directed.
45. Способ по любому из пп. 25-43, отличающийся тем, что адсорбент выполняется в виде бусины, имеющей твердую фазу, к которой крепится адсорбент, причем после того как образец и адсорбент вошли в контакт, бусина помещается на поверхность зонда, который вставляется в масс-спектрометр, в предопределенном месте поверхности, на которое направляется источник энергии. 45. The method according to any one of paragraphs. 25-43, characterized in that the adsorbent is in the form of a bead having a solid phase to which the adsorbent is attached, and after the sample and the adsorbent have come into contact, the bead is placed on the surface of the probe, which is inserted into the mass spectrometer, at a predetermined location the surface onto which the energy source is directed.
46. Способ по любому из пп. 25-43, отличающийся тем, что масс-спектрометр представляет собой лазерный масс-спектрометр с использованием десорбции/ионизации. 46. The method according to any one of paragraphs. 25-43, characterized in that the mass spectrometer is a laser mass spectrometer using desorption / ionization.
47. Способ по п. 46, далее отличающийся тем, что перед проведением масс-спектрометрии аналит приводится в контакт с молекулой, поглощающей энергию. 47. The method according to p. 46, further characterized in that before conducting mass spectrometry, the analyte is brought into contact with a molecule that absorbs energy.