RU2021128165A

RU2021128165A - Специфичные связывающие молекулы

Info

Publication number: RU2021128165A
Application number: RU2021128165A
Authority: RU
Inventors: Мэри Маргерит КОННОЛИ; Сара Креспийо ТОРРЕНЬО; Ричард САКЛИНГ; Марсин ДЕМБЕК; Хосэ ДОНОСО; Катрин ВИДЕРХОЛД; Эндрю НОКС
Original assignee: Иммунокор Лимитед
Priority date: 2019-03-28
Filing date: 2020-03-27
Publication date: 2023-04-28

Claims

1. Специфичная связывающая молекула, обладающая свойством связываться с комплексом GLSPTVWLSV (SEQ ID NO: 1) HLA-A*02 и/или комплексом GLSPTVWLSA (SEQ ID No: 17) HLA-A*02 и содержащая вариабельный домен альфа-цепи TCR и/или вариабельный домен бета-цепи TCR, каждый из которых содержит FR1-CDR1-FR2-CDR2-FR3-CDR3-FR4, где FR представляет собой каркасную область, а CDR представляет собой область, определяющую комплементарность, причем

(а) CDR альфа-цепи содержат следующие последовательности:

CDR1 - DRGSQS (SEQ ID NO: 18)

CDR2 - IYSNGD (SEQ ID NO: 19)

CDR3 - CAVRNYNTDKLIF (SEQ ID NO: 20)

необязательно с одной или несколькими мутациями в них,

и/или

(b) CDR бета-цепи содержат следующие последовательности:

CDR1 - MNHEY (SEQ ID NO: 21)

CDR2 - SVGAGI (SEQ ID NO: 22)

CDR3 - CASSYATGGTGELFF (SEQ ID NO: 23)

необязательно с одной или несколькими мутациями в них.

2. Специфичная связывающая молекула по п. 1, характеризующаяся тем, что каркасные области вариабельного домена альфа-цепи содержат следующие последовательности:

FR1 - аминокислоты 1-26 SEQ ID NO: 2

FR2 - аминокислоты 33-49 SEQ ID NO: 2

FR3 - аминокислоты 56-88 SEQ ID NO: 2

FR4 - аминокислоты 102-111 SEQ ID NO: 2

или соответствующие последовательности, характеризующиеся по меньшей мере 90% идентичностью по отношению к указанным последовательностям, и/или

каркасные области вариабельного домена бета-цепи содержат следующие последовательности:

FR1 - аминокислоты 1-26 SEQ ID NO: 3

FR2 - аминокислоты 32-48 SEQ ID NO: 3

FR3 - аминокислоты 55-90 SEQ ID NO: 3

FR4 - аминокислоты 106-114 SEQ ID NO: 3

или соответствующие последовательности, характеризующиеся по меньшей мере 90% идентичностью по отношению к указанным последовательностям.

3. Специфичная связывающая молекула по любому из пп. 1 или 2, характеризующаяся тем, что одна или более из мутаций в CDR альфа-цепи выбраны из (со ссылкой на нумерацию SEQ ID NO: 2):

Дикий тип Мутация N53 D V91 A N95 K K98 L

4. Специфичная связывающая молекула по п. 3, характеризующаяся тем, что CDR альфа-цепи содержат одну из следующих групп мутаций (со ссылкой на нумерацию SEQ ID NO: 2):

1 V91A N95K K98L 2 N53D V91A N95K K98L

5. Специфичная связывающая молекула по п. 2 или 3, характеризующаяся тем, что альфа-цепь содержит последовательности CDR, выбранные из:

CDR1 CDR2 CDR3 DRGSQS (SEQ ID No: 18) IYSNGD (SEQ ID No: 19) CAVRNYNTDKLIF (SEQ ID No: 20) IYSDGD (SEQ ID No: 24) CAARNYKTDLLIF (SEQ ID No: 25)

6. Специфичная связывающая молекула по любому из предыдущих пунктов, характеризующаяся тем, что одна или более из мутаций в CDR бета-цепи выбраны из (со ссылкой на нумерацию SEQ ID NO: 3):

Дикий тип Мутация M27 L N28 S E30 G V50 L E102 V или D или L

7. Специфичная связывающая молекула по п. 6, характеризующаяся тем, что CDR бета-цепи содержат одну из следующих групп мутаций (со ссылкой на нумерацию SEQ ID NO: 3):

1 M27L E30G E102V 2 N28S E30G E102D 3 E102L 4 V50L E102D 5 M27L N28S E30G E102D

8. Специфичная связывающая молекула по п. 6 или 7, характеризующаяся тем, что бета-цепь содержит последовательности CDR, выбранные из:

CDR1 CDR2 CDR3 LNHGY (SEQ ID No: 26) SVGAGI (SEQ ID No: 22) CASSYATGGTGVLFF (SEQ ID No: 30) MSHGY (SEQ ID No: 27) SLGAGI (SEQ ID No: 29) CASSYATGGTGDLFF (SEQ ID No: 31) MNHEY (SEQ ID No: 21) CASSYATGGTGLLFF (SEQ ID No: 32) LSHGY (SEQ ID No: 28) CASSYATGGTGELFF (SEQ ID No: 23)

9. Специфичная связывающая молекула по любому из предыдущих пунктов, содержащая одну из следующих комбинаций CDR альфа-цепи и бета-цепи:

Альфа-цепь Бета-цепь CDR1 CDR2 CDR3 CDR1 CDR2 CDR3 DRGSQS IYSNGD CAARNYKTDLLIF LNHGY SVGAGI CASSYATGGTGVLFF DRGSQS IYSNGD CAARNYKTDLLIF MSHGY SVGAGI CASSYATGGTGDLFF DRGSQS IYSNGD CAARNYKTDLLIF MNHEY SVGAGI CASSYATGGTGLLFF DRGSQS IYSNGD CAARNYKTDLLIF MNHEY SLGAGI CASSYATGGTGDLFF DRGSQS IYSNGD CAARNYKTDLLIF LSHGY SVGAGI CASSYATGGTGDLFF DRGSQS IYSDGD CAARNYKTDLLIF MSHGY SVGAGI CASSYATGGTGDLFF DRGSQS IYSDGD CAARNYKTDLLIF LSHGY SVGAGI CASSYATGGTGDLFF

10. Специфичная связывающая молекула по любому из предыдущих пунктов, характеризующаяся тем, что вариабельный домен альфа-цепи содержит любую из аминокислотных последовательностей SEQ ID NO: 4-6, а вариабельный домен бета-цепи содержит любую из аминокислотных последовательностей SEQ ID NO: 7-11.

11. Специфичная связывающая молекула по любому из предыдущих пунктов, характеризующаяся тем, что вариабельный домен альфа-цепи и вариабельный домен бета-цепи выбраны из аминокислотных последовательностей:

Вариабельный домен альфа-цепи Вариабельный домен бета-цепи SEQ ID No: 4 SEQ ID No: 7 SEQ ID No: 4 SEQ ID No: 8 SEQ ID No: 4 SEQ ID No: 9 SEQ ID No: 4 SEQ ID No: 10 SEQ ID No: 4 SEQ ID No: 11 SEQ ID No: 5 SEQ ID No: 8 SEQ ID No: 5 SEQ ID No: 11 SEQ ID No: 6 SEQ ID No: 8

12. Специфичная связывающая молекула по любому из предыдущих пунктов, представляющая собой альфа-бета-гетеродимер, содержащий последовательность константного домена альфа-цепи TRAC и последовательность константного домена бета-цепи TRBC1 или TRBC2.

13. Специфичная связывающая молекула по п. 12, характеризующаяся тем, что последовательности константных доменов альфа- и бета-цепей модифицированы путем укорачивания или замены с удалением нативной дисульфидной связи между Cys4 экзона 2 TRAC и Cys2 экзона 2 TRBC1 или TRBC2.

14. Специфичная связывающая молекула по п. 12 или 13, характеризующаяся тем, что последовательность(и) константного домена альфа и/или бета-цепи модифицирована(ы) путем замены Thr 48 в TRAC и Ser 57 в TRBC1 или TRBC2 на остатки цистеина, причем указанные остатки цистеина образуют ненативную дисульфидную связь между константными доменами альфа- и бета-цепи TCR.

15. Специфичная связывающая молекула по любому из предыдущих пунктов, представляющая собой одноцепочечный формат типа Vα-L-Vβ, Vβ-L-Vα, Vα-Cα-L-Vβ, Vα-L-Vβ-Cβ, причем Vα и Vβ представляют собой вариабельные области α- и β-цепей TCR, соответственно, Cα и Cβ представляют собой константные области α- и β-цепей TCR, соответственно, а L представляет собой линкерную последовательность.

16. Специфичная связывающая молекула по любому из предыдущих пунктов, связанная с детектируемой меткой, терапевтическим агентом или фрагментом, модифицирующим фармакокинетические (ФК) параметры.

17. Специфичная связывающая молекула по п. 16, характеризующаяся тем, что антитело против CD3 ковалентно связано с C- или N-концом альфа- или бета-цепи TCR, необязательно через линкерную последовательность.

18. Специфичная связывающая молекула по п. 17, характеризующаяся тем, что линкерная последовательность выбрана из группы, состоящей из GGGGS (SEQ ID NO: 33), GGGSG (SEQ ID NO: 34), GGSGG (SEQ ID NO: 35), GSGGG (SEQ ID NO: 36), GSGGGP (SEQ ID NO: 37), GGEPS (SEQ ID NO: 38), GGEGGGP (SEQ ID NO: 39), GGEGGGSEGGGS (SEQ ID NO: 40) и GGGSGGGG (SEQ ID NO:41).

19. Гибридная молекула специфичная связывающая молекула-антитело против CD3, в которой вариабельный домен альфа-цепи содержит аминокислотную последовательность, выбранную из SEQ ID NO: 4-6, и вариабельный домен бета-цепи содержит аминокислотную последовательность, выбранную из SEQ ID NO: 7-11, причем антитело против CD3 ковалентно связано с N-концом или C-концом бета-цепи TCR через линкерную последовательность, выбранную из SEQ ID NO: 33-41.

20. Гибридная молекула специфичная связывающая молекула-антитело против CD3 по п. 19, содержащая

аминокислотную последовательность альфа-цепи, выбранную из SEQ ID NO: 12, 14 и 15, или аминокислотную последовательность альфа-цепи, характеризующуюся по меньшей мере 90% идентичностью, например, по меньшей мере 90%, по меньшей мере 91%, по меньшей мере 92%, по меньшей мере 93%, по меньшей мере 94%, по меньшей мере 95%, по меньшей мере 96%, по меньшей мере 97%, по меньшей мере 98%, по меньшей мере 99% или 100% идентичностью по отношению к аминокислотным последовательностям, представленным в SEQ ID NO: 12, 14 и 16,

и аминокислотную последовательность бета-цепи, выбранную из SEQ ID NO: 13 и 16, или аминокислотную последовательность бета-цепи, характеризующуюся по меньшей мере 90% идентичностью, например, по меньшей мере 90%, по меньшей мере 91%, по меньшей мере 92%, по меньшей мере 93%, по меньшей мере 94%, по меньшей мере 95%, по меньшей мере 96%, по меньшей мере 97%, по меньшей мере 98%, по меньшей мере 99% или 100% идентичностью по отношению к аминокислотным последовательностям, представленным в SEQ ID No: 13 и 16.

21. Гибридная молекула специфичная связывающая молекула-антитело против CD3 по п. 20, содержащая

(a) аминокислотную последовательность альфа-цепи, соответствующую SEQ ID NO: 12, и аминокислотную последовательность бета-цепи, соответствующую SEQ ID NO: 13;

(b) аминокислотную последовательность альфа-цепи, соответствующую SEQ ID NO: 14, и аминокислотную последовательность бета-цепи, соответствующую SEQ ID NO: 13; или

(c) аминокислотную последовательность альфа-цепи, соответствующую SEQ ID NO: 15, и аминокислотную последовательность бета-цепи, соответствующую SEQ ID NO: 13.

(d) аминокислотную последовательность альфа-цепи, соответствующую SEQ ID NO: 14, и аминокислотную последовательность бета-цепи, соответствующую SEQ ID NO: 16.

22. Нуклеиновая кислота, кодирующая альфа-цепь TCR и/или бета-цепь TCR по любому из предыдущих пунктов.

23. Экспрессирующий вектор, содержащий нуклеиновую кислоту по п. 22.

24. Клетка, несущая

(a) экспрессирующий вектор по п. 23, кодирующий альфа- и бета-вариабельные цепи TCR по любому из пп. 1-21, в одной открытой рамке считывания или в двух отдельных открытых рамках считывания; или

(b) первый экспрессирующий вектор, содержащий нуклеиновую кислоту, кодирующую альфа-вариабельную цепь TCR по любому из пп. 1-21, и второй экспрессирующий вектор, содержащий нуклеиновую кислоту, кодирующую бета-вариабельную цепь TCR по любому из пп. 1-21.

25. Неприродная и/или очищенная и/или сконструированная клетка, в частности, Т-клетка, презентирующая специфичную связывающую молекулу по любому из пп. 1-18.

26. Фармацевтическая композиция, содержащая специфичную связывающую молекулу по любому из пп. 1-18 или гибридную молекулу специфичная связывающая молекула-антитело против CD3 по любому из пп. 19-21, или клетку по п. 24 или 25 вместе с одним или более фармацевтически приемлемыми носителями или вспомогательными веществами.

27. Специфичная связывающая молекула по любому из пп. 1-18 или гибридная молекула специфичная связывающая молекула-антитело против CD3 по любому из пп. 19-21, или нуклеиновая кислота по п. 22, фармацевтическая композиция по п. 26 или клетка по п. 24 или 25 для применения в медицине, предпочтительно у субъекта-человека.

28. Специфичная связывающая молекула по любому из пп. 1-18 или гибридная молекула специфичная связывающая молекула-антитело против CD3 по любому из пп. 19-21 или нуклеиновая кислота по п. 22, фармацевтическая композиция по п. 26 или клетка по п. 24 или 25 для применения в способе лечения хронической инфекции ВГВ или рака или опухоли, возникшей в результате хронической инфекции ВГВ, предпочтительно у субъекта-человека.

29. Способ лечения субъекта-человека с хронической инфекцией ВГВ или раком или опухолью, возникшей в результате хронической инфекции ВГВ, включающий введение указанному субъекту, нуждающемуся в этом, фармацевтически эффективной дозы фармацевтической композиции по п. 26.

30. Способ получения специфичной связывающей молекулы по любому из пп. 1-18 или гибридной молекулы специфичная связывающая молекула-антитело против CD3 по любому из пп. 19-21, включающий a) поддержание клетки по п. 24 или 25 в оптимальных условиях для экспрессии цепей специфичной связывающей молекулы и b) выделение цепей специфичной связывающей молекулы.