MX2008005840A - Plantas que tienen caracteristicas mejoradas de crecimiento y metodo para obtenerlas - Google Patents

Plantas que tienen caracteristicas mejoradas de crecimiento y metodo para obtenerlas

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MX2008005840A MXMX/A/2008/005840A MX2008005840A MX2008005840A MX 2008005840 A MX2008005840 A MX 2008005840A MX 2008005840 A MX2008005840 A MX 2008005840A MX 2008005840 A MX2008005840 A MX 2008005840A
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De Veylder Lieven
Inze Dirk
Isabel Sanz Molinero Ana
Mironov Vladimir
Reuzeau Christophe
Hatzfeld Yves
Boudolf Veronique
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Boudolf Veronique
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De Veylder Lieven
Hatzfeld Yves
Inze Dirk
Mironov Vladimir
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Isabel Sanz Molinero Ana
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Abstract

La presente invención se refiere, en términos generales, al campo de la biología molecular y se refiere a un método para mejorar las características del crecimiento de las plantas en comparación con plantas de tipo silvestre correspondientes. Más específicamente, la presente invención se refiere a un método para mejorar las características del crecimiento de las plantas, dicho método comprende la modulación de la expresión en una planta de unácido nucleico que codifica un polipéptido hox 5 de cierre de leucina de homeodominio de clase 1 (HDZip) o un homólogo del mismo;o bien comprende la modulación de la expresión en una planta de unácidc nucleico que codifica una proteína transportadora de nitrato (NRT) o un homólogo de la misma;o bien comprende la modulación de la expresión en una planta de unácido nucleico que codifica un polipéptido designado Proteína Mejoradora del Rendimiento 16 (se conoce como YEP 16), o bien que comprende la modulación de la expresión en una planta de una glicógeno sintasa kinasa de grupo 1 (kinasa de tipo velludo de grupo 1) o un homólogo de la misma. La presente invención se refiere también a plantas que tienen una expresión modulada de unácido nucleico que codifica un polipéptido hox 5 de cierre de leucina de homeodominio (HDZip) de clase 1 o un homólogo del mismo;o bien que tiene una expresión modulada de unácido nucleico que codifica una proteína transportadora de nitrato (NRT) o un homólogo de la misma;o bien que tiene una expresión modulada de unácido nucleico que codifica un polipéptido designado Proteína Mejoradora del Rendimiento 16 (se conoce a continuación como YEP 16);o bien que tiene una expresión modulada de una glicógino sintasa kinasa de grupo 1 (kinasa de tipo velludo de grupo 1) o un homólogo de la misma, dichas plantas tienen características mejoradas de crecimiento en comparación con plantas de tipo silvestre correspondientes. La invención proporciona también constructosútiles en los métodos de la invención.

Description

PLANTAS QUE TIENEN CARACTERÍSTICAS MEJORADAS DE CRECIMIENTO Y MÉTODO PARA OBTENERLAS La presente invención se refiere, en términos generales, al campo de la biología molecular y se refiere a un método para mejorar las características de crecimiento de las plantas en comparación con plantas de tipo silvestre correspondientes u otras plantas de control. Más específicamente, la presente invención se refiere a un método para mejorar las características de crecimiento de las plantas, que comprende la modulación de la expresión en una planta de un ácido nucleico que codifica un polipéptido hox5 de cierre de leucina de homeodominio [homeodomain leucine zipper] (HDZip) de clase I o un homólogo del mismo; o que comprende la modulación de la expresión de una planta de un ácido nucleico que codifica una proteína transportadora de nitrato (NRT) o un homólogo del mismo; o que comprende la modulación de la expresión de un planta de un ácido nucleico que codifica un polipéptido conocido como Proteína Realzadora de Rendimientos [Yield Enhancing Protein] 16 (se conoce a continuación como YEP16) o un homólogo del mismo; o que comprende la modulación de la expresión en una planta de un ácido nucleico que codifica una glicógeno sintasa quinasa de Grupo I (Quinasa de tipo velludo de Grupo I) o un homólogo del mismo. La presente invención se refiere también a plantas que tienen una expresión modulada de un ácido nucleico que codifica un polipéptido hox5 de HDZip de clase I o un homólogo del mismo; o que tiene una expresión modulada de un ácido nucleico que codifica un polipéptido de NRT o un homólogo del mismo; o que tiene una expresión modulada de un ácido nucleico que codifica una YEP16; o que tiene una expresión modulada de un ácido nucleico que codifica una quinasa de tipo velludo de Grupo I o un homólogo del mismo, dichas plantas tienen características mejoradas de crecimiento en comparación con plantas de tipo silvestre correspondientes u otras plantas de control. La invención ofrece también constructos útiles en los métodos de la invención. La población mundial cada vez mayor y el suministro cada vez menos de tierra cultivable disponibles para la agricultura impulsa la investigación hacia el incremento de la eficiencia de la agricultura. Los medios convencionales para mejorar las cosechas y mejorar la horticultura utilizan técnicas de mejora genética selectiva para identificar plantas que tienen características deseables. Sin embargo, tales técnicas de mejora genética selectiva tienen varios inconvenientes, específicamente que estas técnicas requieren de mucha mano de obra en general y resultan en plantas que contienen frecuentemente componente genéticos heterogéneos que no resultan siempre en la transferencia del rasgo deseable a partir de las plantas progenitoras. Avances en biología molecular han permitido a la humanidad modificar el plasma germinal de animales y plantas. La manipulación genética de plantas incluye el aislamiento y la manipulación de material genético (típicamente en forma de DNA ó RNA) y la introducción subsiguiente de este material genético en una planta. Dicha tecnología tiene la capacidad de proporcionar cosechas o plantas que tienen varios rasgos económicos, agronómicos u horticulturales mejorados. Un rasgo de interés económico particular es el rendimiento. El rendimiento se define normalmente como los productos medibles de valor económico proveniente de una cosecha. Esto puede definirse en términos de cantidad y/o calidad. El rendimiento depende directamente de varios factores, por ejemplo, el número y tamaño de los órganos, arquitectura de la planta (por ejemplo, el número de ramas) , producción de semillas, senescencia de hojas, y más. El desarrollo de las raíces, la absorción de nutrientes y la tolerancia al estrés así como el vigor inicial pueden también ser factores importantes para determinar el rendimiento. La optimización de uno de los factores mencionados arriba puede por consiguiente contribuir a un rendimiento incrementado de la cosecha. El rendimiento de semillas es un rasgo particularmente importante puesto que las semillas de muchas plantas son importantes para la alimentación humana y animal. Cosechas como por ejemplo arroz, maíz, trigo, cánola y soya representan más de la mitad de la ingesta humana total de calorías, ya sea a través de consumo directo de las semillas mismas o bien a través del consumo de productos cárnicos de animales criados con semillas procesadas. Son también una fuente de azucares, aceites y muchos tipos de metabolitos utilizados en procesos industriales. Las semillas contienen un embrión (la fuente de nuevos brotes y raíces) y un endosperma (la fuente de nutrientes para el crecimiento del embrión durante la germinación y durante el crecimiento inicial de las pequeñas plantas) . El desarrollo de una semilla incluye muchos genes y requiere de la transferencia de metabolitos desde las raices, hojas y tallos hacia la semilla en crecimiento. El endosperma en particular asimila los precursores metabólicos de carbohidratos, aceites y proteínas y los sintetiza en macromoléculas de almacenamiento para llenar el grano. Otro rasgo de interés económico particular es el rasgo de la tolerancia mejorada al estrés abiótico. El estrés abiótico es una causa primaria de pérdida de cosechas a escala mundial, reduciendo los rendimientos medios para la mayoría de las plantas de cultivos principales en más del 50% (Wang et al . , Planta (2003) 218: 1-14). Estreses abióticos pueden ser causados por sequía, salinidad, extremos de temperatura, toxicidad química y estrés oxidante. La capacidad de mejorar la tolerancia de las plantas al estrés abiótico seria de gran ventaja económica para los agricultores en todo el mundo y permitiría el cultivo de cosechas durante condiciones adversas y en territorios en donde el cultivo de cosechas puede no ser posible de otra forma. La capacidad de incrementar el rendimiento de las plantas tendría muchas aplicaciones en áreas tales como la agricultura, incluyendo en la producción de plantas de ornato, arboricultura, horticultura y desarrollos forestal. El incremento de los rendimientos puede también ser útil en la producción de algas para uso en bio-reactores (para la producción biotecnológica de sustancias tales como farmacéuticos, anticuerpos o vacunas, o bien para la bio-conversión de residuos orgánicos) y otras áreas de este tipo. ANTECEDENTES DE LA INVENCIÓN Proteínas de cierre de leucina de homeodominio Las proteínas de cierre de leucina de homeodominio [homeodomain leucine zipper] (HDZip) constituyen una familia de factores de trascripción caracterizados por la presencia de dominio de unión con DNA (HD) y un motivo de cierre de leucina (Zip) adyacente. El homeodominio consiste habitualmente de 60 residuos de aminoácidos conservados que forman un hélicel-bucle-hélice2-vuelta-hélice3 que une el DNA. Este sitio de unión de DNA es habitualmente pseudopalindrómico. El cierre de leucina, adyacente al extremo terminal C del homeodominio consiste de varias repeticiones de heptados (por lo menos cuatro) en donde habitualmente aparece una leucina (ocasionalmente una valina o una isoleucina) cada siete aminoácidos. El cierre de leucina es importante para la dimerización de proteína. Esta dimerización es un prerrequisito para la unión de DNA (Sessa et al . (1993) EMBO J 12(9): 3507-3517), y puede proceder entre dos proteínas de HDZip idénticas (homodímero) o entre dos proteínas de HDZip diferentes (heterodímeros) . Genes de homeodominio están presentes en todos los eucariotas, y constituyen una familia de genes de por lo menos 89 miembros en Arabidopsis thaliana . El cierre de leucina se encuentra también per se en eucariotas otros que plantas. Sin embargo, la presencia tanto de un homeodominio como de un cierre de leucina es específico para plantas (se encuentra en por lo menos 47 de las 89 proteínas de Arabidopsis) , y se ha encontrado en musgo además de plantas vasculares (Sakakibara et al . (2001) Mol Biol Evol 18(4): 491-502). El cierre de leucina se localiza entonces en el extremo C-terminal del homeodominio, estas dos características empalmándose por tres aminoácidos. Los genes HDZip de Arabidopsis han sido clasificados en cuatro clases diferentes, HDZip I a IV, con base en criterios de similitud de secuencias (Sessa et al . (1994) en Plant Molec Biol, pp412-426) . Como las proteinas HD-Zip provenientes de las tres otras clases, las proteínas de HDZip de clase I son bastante divergentes en su estructura de amino primario fuera del homeodominio y del cierre de leucina. Dentro tanto del homeodominio como del cierre de leucina, proteínas de HDZip de clase I se caracterizan además por dos características específicas: 1) en el homeodominio, además de los aminoácidos invariantes Leui6Trp48P e49 sn5? rg53, la posición 46 está ocupada por un Ala (A) y la posición 56 por un Try (W) (o bien ocasionalmente por un Phe (F) ) (Sessa et al . (1997) J Mol Biol 274 (3) : 303-309; véase la Figura 1), que se conoce como homeodominio de clase I, y 2) el cierre de leucina comprende seis heptados, excepto en el caso del helécho Cera topteris richardii que presenta siete heptados (dentro de cada heptado, las posiciones son nombradas a, b, c, d, e, f y g, la leucina conservada encontrándose en la posición d; Sakakibara et al. (2001) Mol Biol Evol 18(4): 491-502; véase Figura 2). HDZip II, III y IV presentan un cierre de leucina con cinco heptados solamente. Con relación a sus propiedades de unión de DNA, proteínas de HDZip de clase I se unen preferentemente a medios sitios de 5 pares de bases que se empalman en una posición central, CAA(A/T)ATTG (Sessa et al . (1993) EMBO J 12 ( 9) : 3507-3517 ) . Se ha mostrado que diferentes proteínas de HDZip o bien activan o reprimen la transcripción. En Arabidopsis, se mostró que ATHBl, -5,-6, y -16 actúan como activadores transcripcionales en ensayos de expresión transitoria en hojas de Arabidopsis utilizando un gen reportero (luciferasa; Henriksson et al . (2005) Plant Phys 139:509-518). Dos proteínas de HDZip de clase I de arroz, Oshox4 y 0shox5, actuaron como activadores en ensayos de expresión transitoria en cultivos de suspensión de células de arroz utilizando otro gen reportero (glucuronidasa; Meijer et al . (2000) Mol Gen Genet 263:12-21). En contraste, dos proteinas de HDZip de Clase II de arroz, Oshoxl y Oshox3, actuaron como represores transcripcionales en los mismos experimentos (Meijer et al . (1997) Plant J 11:263-276; Meijer et al . (2000) supra). Varias proteínas de HDZip de clase I participan en la respuesta en la luz en una respuesta relacionada con déficit de ácido abscísico (ABA) /agua (Hjellstróm et al . (2003) Plant Cell Environ 26: 11-27-1136) . Arabidopsis transgénica que sobre expresa ATHBl, -3, -13, -20, y -23 de HDZip de clase I sugieren que estos genes están involucrados en la regulación del desarrollo de cotiledones y hojas (Aoyama et al . (1995) Plant Cell 7:1773-1785; Hanson (2000) En Comprehensive summaries of Uppsala Dissertations from the Faculty of Science and Technology, Uppsala) . Los genes ATHB3, -13, -20, y -23 son similares y forman una clase distinta dentro de HDZip de clase I. Puesto que estos genes provocan alteraciones similares en la forma de cotiledones cuando son expresados constitutivamente, se conocen como Genes de HDZip de cotiledón puntiagudo (POC) [joointed cotyledon] . Hanson llega a la conclusión que proteinas de HDZip de clase I que son estrechamente relacionados filogenéticamente están también funcionalmente relacionadas, en la mayoría de los casos. Proteínas transportadoras de Ni trato (NRT) Las plantas llevan una vida sedentaria y tienen que depender de los recursos en el suelo para su nutrición. El nitrógeno en el suelo está presente principalmente en forma de amonio o nitrato. La absorción de nitrato por las plantas puede ocurrir a través de tres sistemas de absorción de N?3~: un sistema de transporte de baja afinidad que está activo cuando la concentración de ?3~ es superior a 1 mM, un sistema de transporte de alta afinidad constitutivo y un sistema de transporte de alta afinidad inducible, ambos para concentraciones de NO3" entre 1 µM y 1 mM. Los tres sistemas de absorción están regulados de manera compleja. Una vez absorbido, el nitrato es transportado en la vacuola o reducido a nitrito, que a su vez es metabolizado adicionalmente en el cloroplasto. El nitrato puede también ser secretado otra vez en el apoplasma o en el xilema para transporte al brote. Proteinas para absorción de nitrato en células de raíces (NRT, proteína transportadora de nitrato) pertenecen a la que se conoce como Superfamilia de Facilitadores Mayores, que abarca proteinas involucradas en el transporte de pequeños productos y que tienen generalmente una longitud de 450 a 600 aminoácidos con 12 dominios de transmembrana. Las proteínas de NRT caen dentro de dos familias, NRT1 y NTR2 (Crawford & Glass, Trenes Plant Sci. 3, 389-395, 1998) y están codificadas por una familia de multigenes. Las proteínas NRT están altamente conservados en su secuencia, por ejemplo, proteínas NRT2 de musgos comparten una identidad de secuencia del 60% con proteina NRT2 de plantas dicotiledóneas, dentro del grupo de plantas la identidad de secuencias entre proteínas NRT2 es de aproximadamente el 81%, lo que puede llegar hasta 89% en el caso de proteínas NRT2 de monocotiledóneos . La familia NRT2 de proteínas en Arabidopsis fue extensamente estudiada por Orsel et al. (Plant Physiol. 129, 886-896, 2002). La familia comprende 7 miembros, distribuidos en tres cromosomas. La estructura de proteínas es conservada y cinco de las 7 proteínas NRT2 se expresan preferentemente en las raíces de plantas jóvenes. Estructuralmente, proteinas de NRT2 comprenden un dominio MFS_1 que abarca aproximadamente el 90% de la proteína y un dominio de transmembrana C-terminal. Se predice que el dominio MFS_1 en si comprende 10 u 11 dominios de transmembrana. Se considera que las proteínas NRT2 están principalmente involucradas en el sistema de transporte de alta afinidad. En plantas superiores, este sistema de absorción de alta afinidad es postulado para ser controlado por un complejo de dos proteínas, que consiste de NRT2 y NAR, una proteína con una función no aclarada (Zhou et al. FEBS Letters 466, 225-227; Tong et al. Plant J. 41, 442-450, 2005). La sobre-expresión de NRT2 incrementó la capacidad del sistema de absorción de alta afinidad (Fraisier et al. Plant J.23, 489-496) . NRT2 funciona también posiblemente como un sensor de nitrato (Little et al. Nati. Acad. Sci. USA 102, 13693-13698, 2005) . Mori et al. estudiaron plantas de arroz transgénico que sobre-expresan el gen NRT2 de arroz y mostraron que pequeñas plantas con escasez de nitrato presentaban una mejor absorción de N?3~ en comparación con plantas de tipo silvestre. Good et al. (US 20050044585) divulgan plantas transgénicas con niveles elevados de proteínas de utilización de nitrógeno, y en particular aminotransferasas, bajo el control de un promotor específico para raíces que puede o no ser inducible por estrés. Estas plantas mostraron una eficiencia de absorción de nitrógeno mejorada, pero no se reportaron efectos sobre el rendimiento de semillas. Además, este documento divulga también que la sobre-expresión de proteínas de transportadores de nitrato no resultó en propiedades de crecimiento provechosas para estas plantas. Además, proteínas NRT no han sido estudiadas todavía en condiciones de crecimiento normales o bien para un ciclo de vida completo de la planta. Proteína de Mejora de Rendimiento 16 (YEP16) Un polipéptido YEP16 comparte ciertas similitud con el dominio N-terminal de la subunidad delta ,del dominio delta de F1F0-ATP sintasa ATPasa (véase InterPro IPR000711 para detalles de la subunidad delta) . Quinasas de tipo velludo de plantas están codificadas por una familia de multigenes. El genoma de Arabidopsis tiene diez genes codificadores de quinasa de tipo velludo que caen en cuatro subfamilias distintas. Las secuencias de proteína de miembros distintos de familia están altamente conservadas en todo el dominio quinasa, sin embargo, las regiones N- y C-terminales difieren considerablemente lo que indica que varias quinasas de tipo velludo vegetales están involucradas en diversos procesos biológicos como, por ejemplo, señalización hormonal, desarrollo y respuestas a estrés. Con base en la homología de secuencias de proteína, las quinasas de tipo velludo vegetales pueden clasificarse en cuatro grupos (I-IV), con cada uno de los cuatro grupos siendo involucrado en procesos diferentes (véase Figura 13) . Además de las secuencias de cDNA de longitud completa disponibles para quinasas de tipo velludo de Arabidopsis thaliana , secuencias de cDNA de longitud completa están también disponibles en bases de datos públicas para quinasas de tipo velludo de Brassica napus , Medicago sa tiva , Nicotiana tabacum, oryza sa tiva y Petunia hybrida y Zea mays, entre otros. AtGSKl, un gen que codifica una quinasa de tipo velludo de Arabidopsis de grupo II complementa el genotipo sensible a la sal de la levadura mutante calcineurina. En pequeñas plantas, la producción de la misma quinasa de tipo velludo es inducida por NaCl y ácido abscisico. La sobreproducción del gen AtGSKl ha sido reportada como induciendo genes de respuesta a estrés de sal y acumulación de antocianina y alterando los niveles de cationes intracelulares, lo que resulta en una tolerancia mejorada a las sales y a la sequía. Puesto que quinasas de tipo velludo de diferentes grupos son conocidas por estar involucradas en diversos procesos biológicos, fue sorprendente encontrar quinasas de tipo velludo de dos grupos diferentes involucradas en el mismo proceso biológico, es decir, respuestas a estrés. Fue inesperado encontrar que una quinasa de tipo velludo de un grupo diferente del Grupo II pudiera proporcionar una tolerancia incrementada en plantas al estrés abiótico. Se ha encontrado ahora que la modulación de la expresión en una planta de un ácido nucleico que codifica un polipéptido hox5 de HDZip de clase I o un homólogo del mismo; o la modulación de expresión en una planta un ácido nucleico que codifica una proteína de transportador de nitrato (NRT) o un homólogo del mismo; o modulación de la expresión en una planta de un ácido nucleico que codifica un polipéptido YEP16; o modulación de la expresión de una planta de una quinasa de tipo velludo de grupo I o un homólogo del mismo proporciona plantas que tienen características de crecimiento mejoradas en comparación con plantas de tipo silvestre correspondientes u otras plantas de control. La presente invención ofrece por consiguiente un método para mejorar las características de crecimiento de las plantas que comprende la modulación de la expresión en una planta de un ácido nucleico que codifica un polipéptido hox5 de HDZip de clase I o un homólogo del mismo; o que comprende la modulación de la expresión en una planta de un ácido nucleico que codifica un NRT o un homólogo del mismo; o que comprende la modulación de la expresión en una planta de un ácido nucleico que codifica un polipéptido YEP16; o que comprende la modulación de la expresión en una planta de una quinasa de tipo velludo de grupo I o un homólogo de la misma. La elección de plantas de control adecuadas es una parte rutinaria de un entorno experimental y puede incluir plantas de tipo silvestre correspondientes o plantas correspondientes sin el gen de interés. La planta de control es típicamente de la misma especie de plantas o hasta de la misma variedad que la planta a evaluar. La planta de control puede también ser un nulicigoto de la planta a evaluar. Una "planta de control" como se utiliza aquí se refiere no solamente a las plantas enteras, sino también a las partes de plantas, incluyendo semillas y partes de semillas. De manera provechosa, el desempeño de los métodos de conformidad con la presente invención resulta en plantas que tienen características de crecimiento mejoradas, especialmente uno o varios de los siguientes: rendimiento mejorado, crecimiento mejorado, biomasa mejorada, arquitectura mejorada, división celular mejorada y tolerancia mejorada al estrés abiótico con relación al tipo silvestre correspondiente u otras plantas de control. El término "rendimiento incrementado" de conformidad con lo definido aquí, significa un incremento de uno o varios de los siguientes, cada uno de los cuales en comparación con el tipo silvestre correspondiente u otras plantas de control: (i) biomasa (peso) incrementada de una o varias partes de una planta, especialmente partes arriba del suelo (cosechables) o bien biomasa de raíz incrementada, volumen de raiz incrementado, número de raices incrementado, diámetro de raiz incrementado o longitud de raiz incrementada (de raíces gruesas o delgadas) , o bien biomasa incrementada de cualquiera de otras partes cosechables; (ii) rendimiento de semillas total incrementado, lo que incluye un incremento de la biomasa de semillas (peso de semilla) y que puede ser un incremento del peso de semillas por planta o bien en base a semillas individuales y/o por hectárea o acre; y (iii) número incrementado de flores (flósculos) por panículo, que se expresa como la proporción entre el número de semillas llenas y el número de panículos primarios; (iv) tasa de llenado de semilla incrementada (expresada en términos de porcentaje como la proporción entre el número de semillas llenas y el número de flósculos) ; (v) número incrementado de semillas (llenada) ; (vi) tamaño incrementado de semillas, que puede también influenciar la composición de semillas; (vii) volumen incrementado de semillas, que puede también influenciar la composición de semillas (incluyendo el contenido y composición de aceite, proteína y carbohidrato total) ; (viii) área de semilla incrementada (individual o media) ; (ix) longitud de semilla incrementada (individual o media) ; (x) anchura de semilla incrementada (individual o media); (xi) perímetro incrementado de semillas (individual o medio) ; (xii) índice de cosecha (Hl, por sus siglas en inglés) incrementado, que se expresa como la proporción entre el rendimiento de partes cosechables, como por ejemplo semillas, y la biomasa total; y (xiii) peso de mil granos (TKW, por sus siglas en inglés) incrementado, que se extrapola a partir del número de semillas llenas contadas y su peso total. Un TKW incrementado puede resultar de un tamaño incrementado de semillas y/o peso mayor de semillas. Un TKW incrementado puede resultar de un incremento del tamaño de embrión y/o tamaño de endosperma.
Tomando el maíz como ejemplo, un incremento de rendimiento puede» manifestarse como uno o varios de los siguientes: incremento del número de plantas establecidas por hectárea o acre, incremento del número de mazorcas de maíz por planta, un incremento del número de filas, número de núcleos por fila, peso de núcleos, peso por mil granos, longitud/diámetro de mazorca, incremento de la tasa de llenado se semillas (que es el número de semillas llenas dividido entre el número total de semillas y multiplicado por 100), entre otras cosas. Si tomamos el arroz como ejemplo, un incremento de rendimiento puede manifestarse como un incremento de uno o varios de los siguientes: número de plantas por hectárea o acre, número de panículos por planta, número de espinillas por panículo, número de flores (flósculos) por panículo (que se expresa como la proporción entre el número de semillas llenas y el número de panículos primarios) , incremento de la tasa de llenado de semillas (que es el número de semillas llenas dividido entre el número total de semillas y multiplicado por 100) , incremento de peso de mil granos, entre otros. Puesto que las plantas transgénicas de conformidad con la presente invención tienen un rendimiento incrementado, es probable que estas plantas presenten una tasa de crecimiento incrementada (durante por lo menos una parte de su ciclo de vida) , en comparación con la tasa de crecimiento de plantas de control en una etapa correspondiente de su ciclo de vida. La tasa de crecimiento incrementada puede ser específica para una o varias partes de una planta (incluyendo semillas) , o bien puede ser sustancialmente a lo largo de la planta entera. Plantas que tienen una tasa de crecimiento incrementada pueden tener un ciclo de vida más corto. El ciclo de vida de una planta puede tomarse como el tiempo necesario para crecer desde una semilla madura seca hasta la etapa en la cual la planta ha producido semillas maduras secas, similares al material inicial. Este ciclo de vida puede estar influenciado por factores tales como vigor, tasa de crecimiento, índice de verdor, tiempo de floración y velocidad de maduración de semillas. El incremento de la tasa de crecimiento puede efectuarse en una o varias etapas en el ciclo de vida de una planta o bien durante sustancialmente todo el ciclo de vida de la planta. Una tasa de crecimiento incrementada durante las etapas iniciales del ciclo de vida de una planta puede reflejar un vigor incrementado. El incremento de la tasa de crecimiento puede alterar el ciclo de cosecha de una planta permitiendo que las plantas sean sembradas más tarde y/o cosechadas más temprano de lo que seria posible de otra forma (un efecto similar puede obtenerse con un tiempo de floración más temprano) . Si la tasa de crecimiento es suficientemente incrementada, puede permitir el sembrado adicional de semillas de la misma especie de planta (por ejemplo, el sembrado y la cosecha de plantas de arroz seguido por el sembrado y la cosecha de plantas de arroz adicionales todo esto dentro de un período de crecimiento convencional. De manera similar, si la tasa de crecimiento es suficientemente incrementada, puede permitir el sembrado adicional de semillas de especies de plantas diferentes (por ejemplo, el sembrado y la cosecha de plantas de arroz seguido, por ejemplo, por el sembrado y la cosecha opcional de soya, papa o cualquier otra planta adecuada) . Tiempos adicionales de cosecha a partir del mismo rizoma en el caso de ciertas plantas para cosechas pueden también ser posibles. La alteración del ciclo de cosecha de una planta puede producir un incremento de la producción anual de biomasa por acre (debido a un incremento del número de veces (digamos en un año) que una planta particular puede ser cultivada y cosechada) . Un incremento de la tasa de crecimiento puede también permitir el cultivo de plantas transgénicas en un área geográfica más extensa que sus contrapartes de tipo silvestre, puesto que las limitaciones territoriales para cultivar una cosecha son frecuentemente determinadas por condiciones ambientales adversas ya sea al momento de plantar (temporada temprana) o al momento de la cosecha (temporada tardía) . Tales condiciones adversas pueden ser evitadas si se acorta el ciclo de cosecha. La tasa de crecimiento puede ser determinada derivando varios parámetros a partir de curvas de crecimiento, como por ejemplo los puntos T-Mid (el tiempo requerido para que las plantas alcancen el 50% de su tamaño máximo) y T-90 (el tiempo necesario para que las plantas alcancen el 90% de su tamaño máximo (entre otros) . La utilización de los métodos de la presente invención proporciona plantas que tienen una tasa de crecimiento incrementada. Por consiguiente, de conformidad con la presente invención, se proporciona un método para incrementar la tasa de crecimiento de plantas, dicho método comprende la modulación de la expresión en una planta de un ácido nucleico que codifica un polipéptido hox5 de HDZip de clase I o un homólogo del mismo; o que comprende la modulación de la expresión en una planta de un ácido nucleico que codifica un NRT o un homólogo del mismo; o que comprende la modulación de la expresión en una planta de un ácido nucleico que codifica un polipéptido YEP16; o que comprende la modulación de la expresión en una planta de una quinasa de tipo velludo de Grupo I o un homólogo de la misma. Un incremento del rendimiento y/o tasa de crecimiento ocurre qué la planta se encuentre en condiciones de no estrés o qué la planta esté expuesta a varios tipos de estrés en comparación con plantas de control. Las plantas responden típicamente a la exposición al estrés mediante un crecimiento más lento. En condiciones de estrés severo, la planta puede hasta dejar de crecer totalmente. Un estrés leve, por otro lado, se define aquí como cualquier estrés a la cual una planta esté expuesta que no resulta en la suspensión del crecimiento total de la planta sin capacidad de reanudar el crecimiento. Un estrés leve en el sentido de la presente invención conlleva una reducción del crecimiento de las plantas sometidas a estrés de menos que 40%, 35% ó 30% o preferentemente menos que 25%, 20% ó 15%, con mayor preferencia menos que 14%, 13%, 12%, 11% ó 10% o menos en comparación con la planta de control en condiciones de no estrés. Debido a los avances en las prácticas agrícolas (irrigación, fertilización, tratamientos con pesticidas), condiciones de estrés severo no se encuentran frecuentemente en plantas de cosecha cultivadas. Como consecuencia, el crecimiento comprometido inducido por un estrés leve es frecuentemente una característica indeseable para la agricultura. Condiciones de estrés leve son el estrés biótico y/o abiótico (ambiental) diario a las cuales una planta está expuesta. Las condiciones de estrés abiótico pueden deberse a sequía o exceso de agua, estrés anaeróbico, estrés por sal, toxicidad química, estrés oxidante y temperaturas elevadas, bajas o congelación. El estrés abiótico puede ser un estrés osmótico causado por un estrés de agua (especialmente en caso de sequía) , estrés de sal, estrés oxidante o un estrés iónico. Los tipos bióticos de estrés son típicamente los tipos de estrés causados por patógeno, como por ejemplo bacterias, virus, hongos e insectos. La utilización de los métodos de conformidad con la presente invención resulta en plantas que tienen una mayor tolerancia al estrés abiótico. Como se reportó en Wang et al. (Planta (2003) 218: 1-14), el estrés abiótico conlleva una serie de cambios morfológicos, fisiológicos, bioquímicos y moleculares que afectan negativamente el crecimiento y la productividad de las plantas. Sequedad, salinidad, temperaturas extremas y estrés oxidante se conocen por estar interconectados y pueden inducir daño celular y al crecimiento a través de mecanismos similares. Por ejemplo, la sequía y/o salinización se manifiestan primariamente como estrés osmótico, lo que resulta en la perturbación de la homeostasis y de la distribución de iones en la célula. El estrés oxidante, que acompaña frecuentemente una temperatura elevada o una temperatura baja, salinidad o estrés por sequía pueden causar la desnaturalización de proteínas funcionales y estructurales. Como consecuencia, estos diversos estreses ambientales activan frecuentemente vias de señalización de células similares y respuestas celulares similares, como por ejemplo la producción de proteinas de estrés, la regulación ascendente de antioxidantes, la acumulación de solutos compatibles y la suspensión del crecimiento. Puesto que diversos tipos de estrés ambiental activan vias similares, la ejemplificación de la presente invención con estrés por sequía (en la medida en que la invención se refiere al uso de polipéptidos hox5 de HDZip de clase I y sus ácidos nucleicos codificadores) no debe considerarse como una limitación al estrés por sequía, sino como un tamizaje para indicar la participación de polipéptidos hox5 de HDZip de clase I o un homólogo de los mismos en los tipos abióticos de estrés en general. Además, los métodos de la presente invención pueden efectuarse bajo condiciones de no estrés o bien bajo condiciones de sequia leve para proporcionar plantas que tienen características mejoradas de crecimiento (especialmente rendimiento incrementado) en comparación con plantas de tipo silvestre correspondientes u otras plantas de control. El término condiciones de "no estrés", como se utiliza aquí se refiere preferentemente a condiciones ambientales que no van significativamente más allá de las condiciones climática y otras condiciones abióticas habituales que las plantas pueden encontrar, con mayor preferencia las condiciones que permiten un crecimiento óptimo de las plantas. Las personas con conocimientos en la materia están conscientes de condiciones normales de suelo y condiciones climáticas normales para una ubicación dada. Un grado particularmente alto de "interferencia" se reporta entre el estrés por sequia y el estrés por alta salinidad (Rabbani et al. (2003) Plant Physiol 133: 1755-1767). Por consiguiente, sería aparente que un polipéptido hox5 de HDZip de clase I o un homólogo del mismo seria útil también para proteger la planta contra varios otros tipos de estrés abiótico además de su utilidad para proporcionar a las plantas tolerancia a la sequía. De manera similar, sería aparente que una quinasa de tipo velludo Grupo I (como se define aquí) sería también útil para proteger las plantas contra varios tipos de estrés abiótico además de su utilidad para proporcionar a las plantas tolerancia a las sales. Además, Rabbani et al. (2003, Plant Physiol 133: 1755-1767) reportan que mecanismos moleculares similares de tolerancia al estrés y respuestas existen entre dicotiledóneos y monocotiledóneos . Los métodos de la presente invención por consiguiente se pueden aplicar de manera provechosa a cualquier planta. El término "estrés abiótico" de conformidad con lo definido aqui significa cualquiera o varios de los siguientes: estrés de agua (debido a sequedad o exceso de agua) , estrés anaeróbico, estrés de sal, estrés de temperatura (debido a temperaturas elevadas, baja o congelación) , estrés de toxicidad química y estrés oxidante. De conformidad con un aspecto de la presente invención, el estrés abiótico es un estrés osmótico, seleccionado entre estrés de agua, estrés de sal, estrés oxidante y estrés iónico. Preferentemente, el estrés de agua es estrés de sequia. El término estrés de sal no se restringe a sal común (NaCl) , sino que puede ser cualquiera o varios de los siguientes: NaCl, KCl, LiCl, MgCl2, CaCl2, entre otros. La tolerancia incrementada al estrés abiótico se manifiesta mediante un rendimiento vegetal incrementado en condiciones de estrés abiótico. Particularmente en la medida en que la invención se refiere al uso de polipéptidos hox5 de HDZip de clase I y sus ácidos nucleicos codificadores, dicho rendimiento incrementado puede incluir uno o varios de los siguientes: número incrementado de semillas llenas, rendimiento total de semilla incrementado, número incrementado de flores por panículo, tasa de llenado de semillas incrementada, Hl incrementado, TKW incrementado, mayor longitud de raíz o mayor diámetro de raíz, todos los anteriores en comparación con plantas de tipo silvestre correspondientes. La aplicación de los métodos de la presente invención proporciona a las plantas una mayor tolerancia al estrés abiótico. La aplicación de los métodos de la presente invención proporciona a las plantas que crecen en condiciones de no estrés o bien en condiciones de estrés de sequía leve características de crecimiento mejoradas (particularmente rendimiento mejorado) en comparación con plantas de tipo silvestre correspondientes u otras plantas de control cultivadas en condiciones comparables. De conformidad con la presente invención, se proporciona un método para incrementar la tolerancia al estrés abiótico en plantas, dicho método comprende la modulación de la expresión en una planta de un ácido nucleico que codifica un polipéptido hox5 de HDZip de clase I o un homólogo del mismo. De conformidad con un aspecto de la invención, el estrés abiótico es un estrés osmótico, seleccionado entre uno o varios de los siguientes: estrés de agua, estrés de sal, estrés oxidante y estrés iónico. Preferentemente, el estrés de agua es estrés de sequia. La presente invención ofrece también un método para mejorar la tolerancia al estrés abiótico en plantas, que comprende el incremento de la actividad en una planta de una quinasa de tipo velludo Grupo I o un homólogo de la misma, dicha quinasa de tipo velludo Grupo I tiene: (i) una identidad de secuencia de por lo menos el 77% con la secuencia de aminoácidos representada por SEQ ID NO: 174; y (ii) motivo I: R/H/V/N/Q E/G LK G/N y motivo II: K Q/N CXXX G/A/S, en donde X puede ser cualquier aminoácido. La presente invención ofrece también un método para mejorar las características de crecimiento de las plantas (particularmente rendimiento incrementado) en plantas cultivadas bajo condiciones de no estrés o bien bajo condiciones de sequía leve, dicho método comprende la modulación de la expresión (preferentemente el incremento de la expresión) en una planta de un ácido nucleico que codifica un polipéptido NRT o un homólogo del mismo. En una modalidad preferida de la invención, el incremento de rendimiento y/o tasa de crecimiento ocurre de conformidad con los métodos de la presente invención bajo condiciones de no estrés. Particularmente en la medida en que la presente invención se refiere al uso de polipéptidos hox5 de HDZip de clase I y sus ácidos nucleicos codificadores, la práctica de los métodos de la presente invención ofrece un índice de verdor incrementado en comparación con las plantas de tipo silvestre correspondientes. El índice de verdor, de conformidad con lo definido en el presente, es la proporción (expresada como porcentaje) de pixeles amarillos en imágenes de plantas grabadas por una cámara digital. Un Índice de verdor incrementado puede indicar una senescencia reducida o retardada, lo que a su vez permite una prolongación de la actividad fotosintética de una planta, lo que conlleva a su vez varios efectos benéficos bien conocidos en la técnica. La invención ofrece por consiguiente un método para incrementar el índice de verdor en plantas, dicho método comprende la modulación de la expresión en una planta de un ácido nucleico que codifica un polipéptido hox5 de HDZip de clase I o un homólogo del mismo. Preferentemente, el Índice de verdor es incrementado en condiciones de estrés abiótico, con mayor preferencia en condición de estrés de agua, de manera adicionalmente preferible en condiciones de estrés de sequía. Preferentemente, cuando el método de la presente invención comprende la modulación de la expresión en una planta de un ácido nucleico que codifica un polipéptido hox5 de HDZip de clase I o un homólogo del mismo, el rendimiento incrementado incluye uno o varios de los siguientes: número incrementado de semillas llenas, rendimiento total incrementado de semillas, número incrementado de flores por panículo, tasa de llenado de semillas incrementada, Hl incrementado, TKW incrementado, mayor longitud de raíces o mayor diámetro de raíces, todo lo anterior en comparación con plantas de tipo silvestre correspondientes u otras plantas de control. De conformidad con una característica preferida de la presente invención, se proporciona un método para incrementar el rendimiento de las plantas en comparación con plantas de tipos silvestre correspondientes u otras plantas de control, dicho método comprende la modulación de la expresión en una planta de un ácido nucleico que codifica un polipéptido hox5 de HDZip de clase I o un homólogo del mismo. Preferentemente, cuando el método de la presente invención comprende la modulación de la expresión en una planta de un ácido nucleico que codifica un NRT o un homólogo del mismo, las plantas resultantes tienen un rendimiento incrementado y más particularmente, una biomasa incrementada y/o un rendimiento incrementado en semillas. Preferentemente, el rendimiento incrementado en semillas comprende un incremento en uno o varios de los siguientes: número de semillas (llenadas) , peso total de semillas, tamaño de semillas, peso por mil granos e índice de cosecha, todos los anteriores en comparación con plantas de tipo silvestre correspondientes u otras plantas de control. De conformidad con otra característica preferida de la presente invención, se proporciona un método para incrementar el rendimiento de las plantas, dicho método comprende la modulación de la expresión (preferentemente el incremento de la actividad y/o expresión en una planta de un ácido nucleico que codifica un polipéptido de NRT o un homólogo del mismo. Preferentemente, cuando el método de la presente invención comprende la modulación de la expresión en una planta de un ácido nucleico que codifica un polipéptido YEP16, el rendimiento incrementado o mejorado es un rendimiento incrementado en semillas en comparación con el rendimiento en semillas de plantas de tipo silvestre correspondientes. Por consiguiente, de conformidad con otra característica preferida de la presente invención, se proporciona un método para incrementar el rendimiento de semillas en una planta en comparación con unas plantas de tipo silvestre correspondientes u otras plantas de control, que comprende la modulación de la expresión en una planta de un ácido nucleico que codifica un polipéptido YEP16 o un homólogo del mismo.
Preferentemente, cuando el método de la presente invención comprende la modulación de la expresión en una planta de un ácido nucleico que codifica una quinasa de tipo velludo de Grupo I o un homólogo de la misma, la característica de crecimiento mejorada es una tolerancia mejorada al estrés abiótico. De conformidad con otra característica preferida de la presente invención, se proporciona un método para mejorar la tolerancia al estrés abiótico en plantas, que comprende la modulación de la expresión (preferentemente el incremento de la actividad y/o expresión) en una planta de una quinasa de tipo velludo de Grupo I o un homólogo de la misma, dicha quinasa de tipo velludo de Grupo I tiene: (i) por lo menos una identidad de secuencia del 77% con la secuencia de aminoácidos representado por SEQ ID NO: 147; y (ii) motivo I: R/H/V/N/Q E/G LK G/N y motivo II: K Q/N CXXX G/A/S, en donde X puede ser cualquier aminoácido. Los métodos de la presente invención son por consiguiente provechosamente aplicables a cualquier planta. El término "planta" como se utiliza aquí abarca plantas enteras, ancestros y progenie de las plantas y partes de plantas, incluyendo semillas, brotes, tallos, hojas, raices (incluyendo tubérculos), flores y tejidos y órganos, en donde cada uno de los anteriores comprende el gen/ácido nucleico de interés. El término "planta" incluye también células vegetales, cultivos de suspensión, tejido de callo, embriones, regiones meristemáticas, gametofitos, esporofitos, polen y microesporas, otra vez todos los anteriores comprenden el gen/ácido nucleico de interés. Plantas particularmente útiles en los métodos de la presente invención incluyen todas las plantas que pertenecen a la superfamilia de Viridiplantae, en particular plantas monocotiledóneas y dicotiledóneas incluyendo pastura o forraje, plantas de ornado, cosechas alimenticias, árboles o arbustos seleccionados dentro de la lista que incluye Acacia spp., Acer spp., Actinidia spp., Aesculus spp., Aga this australis, Albizia amara , Alsophila tricolor, Andropogon spp., Arachis spp, Areca ca techu, Astelia fragrans, Astragalus cicer, Baikiaea plurij uga , Betula spp., Brassica spp., Bruguiera gymnorrhiza , Burkea africana , Butea frondosa , Cadaba farinosa , Calliandra spp, Camellia sinensis , Canna indica , Capsicum spp., Cassia spp., Centroema pubescens, Chaenomeles spp., Cinnamomum cassia , Coffea arábica , Colophospermum mopane, Coronillia varia , Cotoneaster serótina , Cra taegus spp., Cucumis spp., Cupressus spp., Cya thea dealbata , Cydonia oblonga , Cryptomeria japónica , Cymbopogon spp., Cyn thea dealba ta , Cydonia oblonga , Dalbergia monetaria , Davallia divarica ta , Desmodi um spp., Dicksonia squarosa , Diheteropogon amplectens, Dioclea spp, Dolichos spp., Dorycnium rectum, Echinochloa pyramidalis , Ehrartia spp., Eleusine coracana, Eragrestis spp., Erythrina spp., Eucalyptus spp., Euclea schimperi, Eulalia villosa, Fagopyrum spp., Feijoa sellowiana, Fragaria spp., Flemingia spp, Freycinetia banksii, Geranium thunbergii , Ginkgo biloba, Glycine javanica, Gliricidia spp, Gossypium hirsutum, Grevillea spp., Guibourtia coleosperma, Hedysarum spp., Hemarthia altissima , Heteropogon contortus , Hordeum vulgare, Hyparrhenia rufa, Hypericum erectum, Hyperthelia dissoluta, índigo incarnata, Iris spp., Leptarrhena pyrolifolia, Lespediza spp., Lettuca spp., Leucaena leucocephala, Loudetia simplex, Lotonus bainesii, Lotus spp., Macrotyloma axillare, Malus spp., Manihot esculenta, Medicago sativa, Metasequoia glyptostroboides, Musa sapientum, Nicotianum spp., Onobrychis spp., Ornithopus spp., Oryza spp., Peltophorum africanum, Pennisetum spp., Persea gratissima , Petunia spp., Phaseolus spp., Phoenix canariensis, Phormium cookianum, Photinia spp., Picea glauca, Pinus spp., Pisum sativum, Podocarpus totara, Pogonarthria fleckii, Pogonarthria squarrosa, Populus spp., Prosopis cineraria, Pseudotsuga menziesii , Pterolobium stellatum, Pyrus communis, Quercus spp., Rhaphiolepsis umbellata, Rhopalostylis sápida, Rhus natalensis, Ribes grossularia, Ribes spp., Robinia pseudoacacia, Rosa spp., Rubus spp., Salix spp., Schyzachyrium sanguineum, Sciadopitys verticillata, Sequoia sempervirens, Sequoiadendron giganteum, Sorghum bicolor, Spinacia spp., Sporobolus fimbriatus, Stiburus alopecuroides , Stylosanthos humilis, Tadehagi spp, Taxodium distichum, Themeda triandra , Trifolium spp., Triticum spp., Tsuga heterophylla , Vaccinium spp., Vicia spp., Vitis vinifera , Na tsonia pyramida ta , Zantedeschia aethiopica , Zea mays, amaranto, alcachofas, aspárragos, brócoli, coles de bruselas, coles, cánola, zanahoria, coliflor, apio, col rizada, lino, col, lenteja, colsa de semilla de aceite, quimbombó, cebolla, papa, arroz, soya, fresa, remolacha, caña de azúcar, girasol, jitomate, calabaza, té y algas, entre otros. Según una modalidad preferida de la presente invención, la planta es una planta de cosecha, como por ejemplo soya, girasol, cánola, alfalfa, colsa, algodón, jitomate, papa o tabaco. De manera preferente, la planta es una planta monocotiledónea, como por ejemplo caña de azúcar. Con mayor preferencia, la planta es un cereal, como por ejemplo arroz, maiz, trigo, cebada, mijo, centeno, sorgo o avena. Hox5 de HDZip de clase I y homólogos de los mismos , y ácidos nucleicos/genes hox5 de HDZip de clase I útiles en los métodos de la invención El término "polipéptido hox5 de HDZip de clase I u homólogo del mismo" de conformidad con lo definido aqui, se refiere a un polipéptido que comprende de N-terminal a C-terminal: (i) un cuadro ácido; y (ii) un homeodominio de clase I; y (iii) un cierre de leucina con más de 5 heptados.
Además, el polipéptido hox5 de HDZip de clase I o un homólogo del mismo puede comprender cualquiera de los siguientes o ambos: (a) una cola Trp; y (b) el motivo de aminoácidos RPFF, en donde R es Arg, P es Pro y F es Phe. Dentro de este motivo, se permiten uno o varios cambios conservadores en cualquier posición, y/o uno o dos cambios no conservadores en cualquier posición. El motivo de (b) precede el cuadro ácido, cuando se examina la proteína de N-terminal a C-terminal. Un ejemplo de un polipéptido hox5 de HDZip de clase I de conformidad con lo definido arriba que comprende de N-terminal a C-terminal; y (i) un cuadro ácido; y (ii) un homeodominio de clase I; y (iii) un cierre de leucina con más de 5 heptados; y que comprende además: (a) una cola Trp; y (b) el motivo de aminoácidos RPFF, en donde R es Arg, P es Pro, y F es Phe, es representado como en SEQ ID NO: 2. Ejemplos adicionales de este tipo se proporcionan en la Tabla A del Ejemplo 1 aquí. Un polipéptido hox5 de HDZip de clase I u homólogo del mismo es codificado por un ácido nucleico/gen hox5 de HDZip de clase I. Por consiguiente, el término "ácido nucleico/gen hox5 de HDZip de clase I" de conformidad con lo definido aquí es cualquier ácido nucleico/gen que codifica un polipéptido hox5 de HDZip de clase I o un homólogo del mismo de conformidad con lo definido arriba. Polipéptidos hox5 de HDZip de clase I u homólogos del mismo pueden ser fácilmente identificados utilizando técnicas de rutina bien conocidas en el arte, como por ejemplo mediante alineación de secuencias. Métodos para la alineación de secuencias para comparación son bien conocidos en la técnica, tales métodos incluyen GAP, BESTFIT, BLAST, FASTA y TFASTA. GAP utiliza el algoritmo de Needleman y Wunsch ( (1970) J Mol Biol 48: 443-453) para encontrar la alineación de dos secuencias completas que optimiza el número de correspondencias y minimiza el número de espacios. El algoritmo BLAST (Altschul et al. (1990) J Mol Biol 215: 403-10) calcula el porcentaje de identidad de secuencias y efectúa un análisis estadístico de la similitud entre las dos secuencias. El software para efectuar un análisis BLAST está públicamente disponible a través del National Centre for Biotechnology Information. Homólogos de hox5 de HDZip de clase I que comprende un homeodominio de clase I y un cierre de leucina con más de 5 heptados pueden ser fácilmente identificados utilizando, por ejemplo, el algoritmo de alineación de secuencias múltiples ClustalW (versión 1.83) disponible en http: //clustalw. genome. jp/sit-bin/nph-ClustalW, con los parámetros de alineación por pares por omisión, y un método de calificación en porcentaje. Una edición manual menor puede efectuarse con el objeto de optimizar la alineación entre motivos conservados, como será aparente a una persona con conocimientos en la materia.
Los varios dominios estructurales en una proteina hox5 de HDZip de clase I, como por ejemplo el homeodominio y el cierre de leucina, pueden ser identificados utilizando bases de datos especializadas, como por ejemplo SMART (Schultz et al. (1998) Proc. Nati. Acad. Sci. USA 95, 5857-5864; Letunic et al. (2002) Nucleic Acids Res 30, 242-244; http://smart.embl-heidelberg.de/), InterPro (Mulder et al., (2003) Nucí. Acids. Res. 31, 315-318; http://www.ebi.ac.uk/interpro/), Prosite (Bucher and Bairoch (1994), Una sintaxis de perfil generalizada para motivos de secuencias biomoleculares y su función en interpretación automática de secuencias. (In) ISMB-94; Minutas de la 2a Conferencia Internacional en Materia de Sistemas Inteligentes para Biología Molecular. Altman R. , Brutlag D. , Karp P., Lathrop R. , Searls D. , Eds., pp53-61, AAAI Press, Menlo Park; Hulo et al., Nucí. Acids. Res. 32 : D134-D137 , (2004), http://www.expasy.org/prosite/) o Pfam (Bateman et al., Nucleic Acids Research 30 (1) : 276-280 (2002), http: //www. sanger.ac.uk/Software/Pfam/) . La predicción de cierre de leucina e identificación de heptado pueden efectuarse utilizando un software especializado, como por ejemplo 2ZIP, que combina un algoritmo de predicción de superhélice estándar con una búsqueda aproximada de la repetición de leucina característica (Bornberg-Bauer et al. (1998) Computational Approaches to Identify Leucine Zippers, Nucleic Acids Res., 26(11): 2740-2746, http: //2zip.molgen.mpg.de) . Además, la presencia de un cuadro acida puede también ser fácilmente identificada. Una composición de aminoácidos primarios (en porcentaje) para determinar si un dominio de polipéptido está rico en aminoácidos específicos puede calcularse utilizando programas de software del servidor ExPASy, en particular la herramienta ProtParam (Gasteiger E et al. (2003) ExPASy: el servidor proteómico para conocimiento y análisis de proteína a profundidad. (Nucleic acids Res 31:3784-3788). La composición de la proteina de interés puede entonces compararse con la composición media de aminoácidos (en porcentaje) en 1 banco de datos Swiss-Prot Protein Sequence. En este banco de datos, el contenido medio de Asp (D) y Glu (E) es de 5.3% y 6.6%, respectivamente, la media combinada siendo de 11.9%. A titulo de ejemplo, el cuadro acida de SEQ ID NO: 2 contiene 9.1% de D y 54.5% de E, la media combinada siendo de 63.6%. De conformidad con lo definido aquí, una caja rica en ácido tiene un contenido combinado de Asp (D) y Glu (E) (en términos de porcentaje) arriba de lo encontrado en la composición media de aminoácidos (en términos de porcentaje) de las proteinas de la base de datos de la Swiss-Prot Protein Sequence. Un cuadro ácido puede ser parte de un dominio de activación de transcripción. Dominios de activación de transcripción eucarióticos han sido clasificados de conformidad con su contenido de aminoácidos, y categorías principales incluyen dominios de activación ácidos, ricos en glutamina y ricos en prolina (Rutherford et al. (2005) Plant J. 43 (5) : 769-88, y referencias ahí) . Un número seleccionado de proteínas entre los polipéptidos hox5 de HDZip de clase I u homólogos de los mismos comprende además el motivo de aminoácidos RPFF, en donde R es Arg, P es Pro y F es Phe. Dentro de este motivo, se permiten uno o varios cambios conservadores en cualquier posición, y/o uno o dos cambios no conservadores en cualquier posición. Este motivo precede el cuadro ácido, cuando se examina la proteína de N-terminal a C-terminal (véase Figura 2) . La presencia de RPFF puede ser identificada utilizando métodos para la alineación de secuencias para comparación de conformidad con lo descrito arriba. En algunos casos, los parámetros por omisión pueden ser ajustados para modificar el nivel de estrictez de la búsqueda. Por ejemplo, utilizando BLAST, el umbral de significación estadística (se conoce como valor "esperado") para reportar correspondencias contra secuencias de base de datos puede ser incrementado con el objeto de mostrar correspondencias menos estrictas. De esta manera se pueden identificar correspondencias cortas casi exactas. Un número seleccionado de proteina entre los polipéptidos hox5 de HDZip de clase I u homólogos de los mismos puede comprender además una cola Trp. Una cola Trp de conformidad con lo definido aquí es los últimos 10 aminoácidos de C-terminal de la proteina que comprende por lo menos un residuo Trp (véase Figura 2) . Ejemplos de polipéptidos hox5 de HDZip de clase I u homólogos de los mismos (codificados por la secuencia de polinucleótidos con número de acceso entre paréntesis) se proporcionan en la Tabla A. Se debe entender que las secuencias que caen dentro de la definición de "polipéptidos hox5 de HDZip de clase I u homólogos del mismo" no deben limitarse a las secuencias proporcionadas en la Tabla A, sino que cualquier polipéptido que comprende desde N-terminal hasta C-terminal: (i) un cuadro acida; y (ii) un homeodominio de clase I; y (iii) un cierre de leucina con más de 5 heptados, pueden se adecuado para su uso en la realización de los métodos de la invención. Polipéptidos hox5 de HDZip de clase I u homólogos de los mismos tienen una actividad de unión de DNA, preferentemente a semi-sitios de cinco 5 de bases que se empalman en una posición central, CAA(A/T) ATTG, de conformidad con lo detectado en ensayos de un híbrido de levadura (Meijer et al. (2000) Mol Gen Genet 263:12-21). En ensayos transitorios en suspensiones de células de arroz, el co-bombardeo de un polipéptido hox 5 de HDZip de clase I con el gen reportero GUS resultó en un número incrementado de puntos teñidos, que fueron también más densos en cuanto a su color (Meijer et al, supra) . Este ensayo es útil para demostrar la función activadora de los polipéptidos hox5 de HDZip de clase I u homólogos . Polipéptidos NRT y homólogos de los mismos y sus ácidos nucleicos codificadores útiles en los métodos de la invención El término "NRT u homólogo del mismo" de conformidad con lo definido aquí se refiere a un polipéptido que comprende (i) un dominio MFS_1 (Pfam acceso PF07690, InterPro acceso IPR01 1701) seguido por (ii) un dominio de transmembrana. Un ejemplo se proporciona en las Figuras 6 (a) y (b) . Preferentemente, la proteína NRT u homólogo de la misma tiene una actividad NRT, por ejemplo transporte de nitrato de alta afinidad, y no comprende un dominio PRT2 (Pfam acceso PF00854, InterPro acceso IPR000109) . Preferentemente, la proteína NRT u homólogo de la misma comprende una secuencia de firma 1 (SEQ ID NO: 57) : (N/S) (Y/P) (T/G/S/A)W(I/V/L) (F/L/T) (V/A/F/L) (L/V/M/l) (L/T/l/A/ N)YG(Y/F) (S/C/T) (M/F/Y)G(V/I)E L(T/S) (T/I/V) (D/G/N)N(V/I/N) (I/V) (A/S/H/V) (E/Q/G)Y. De manera adicionalmente preferente, la proteína NRT u homólogo de la misma comprende uno o varios de los siguientes: secuencia de firma 2 (SEQ ID NO: 58) : LG(P/A)RYG(C/T)AF(L/S) ; secuencia de firma 3 (SEQ ID NO: 59) : STFAA(A/R)PL(V/I) (P/V) ( I/L/V) IR (D/E) NL (N/D) (L/P) ; secuencia de firma 4 (SEQ ID NO: 60) : VRF(L/M)IGF(S/C)LA; secuencia de firma 5 (SEQ ID NO: 61) : FVSC(Q/R) YW(M/T)S(T/V) (M/S) (F/M) . Con mayor preferencia, la proteína NRT u homólogo de la misma comprende uno o varios de los siguientes: secuencia de firma 6 (SEQ ID NO: 62) : K(A/Q/S/M/H/T) D(I/V)GNAGVASV(S/T)G(S/A) I (F/L) SR(L/G) ; secuencia de firma 7 (SEQ ID NO: 63) : NG(L/T/C)A(A/G)GWG; secuencia de firma 8 (SE ID NO: 64): G(A/S)G(L/V/Q)TQ(L/P) (L/V/I) ( F/E) F (T/S/D) (S/T) (S/A/T) . Con mayor preferencia, la proteína NRT es de conformidad con lo representado en SEQ ID NO: 53. Dominios de transmembrana tienen aproximadamente 15 a 30 aminoácidos de largo y están conformados habitualmente de residuos hidrofóbicos que forman una hélice alfa. Son habitualmente predichos con base en la hidrofobicidad (por ejemplo, Klein et al., Biochim. Biophys. Acta 815, 468, 1985; o Sonnhammer et al., En J. Glasgow, T. Littlejohn, F. Major, R. Lathrop, D. Sankoff, y C. Sensen, editores, Minutas de la Sexta Conferencia Internacional en Materia de Sistemas Inteligentes para Biología Molecular, página 175-182, Menlo Park, CA, 1998. AAAI Press.).
Alternativamente, el homólogo de una proteína NRT tiene en orden creciente de preferencia una identidad de secuencia global de 50%, 55%, 56%, 57%, 58%, 59%, 60%, 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ó 99% con el aminoácido representado por SEQ ID NO: 53. La identidad de secuencia global es determinada utilizando un algoritmo de alineación global, como por ejemplo el algoritmo Needleman Wunsch en el programa GAP (GCG Wisconsin Package, Accelrys) , preferentemente con parámetros por omisión. Los varios dominios estructurales en una proteína NRT pueden ser identificados utilizando bases de datos especializados, por ejemplo SMART (Schultz et al (1998) Proc. Nati. Acad. Sci. USA 95, 5857-5864; Letunic et al. (2002) Nucleic Acids Res 30, 242-244; http://smart.embl-heidelberg.de/), InterPro (Mulder et al., (2003) Nucí. Acids. Res. 31, 315-318; http://www.ebi.ac.uk/interpro/), Prosite (Bucher and Bairoch (1994), Una sintaxis de perfil generalizada para motivos de secuencias biomoleculares y su función e interpretación de secuencia automática. (En) ISMB-94; Actas de la segunda conferencia internacional en materia de sistemas inteligentes para biología molecular. Altman R., Brutlag D. , Karp P., Lathrop R., Searls D., Eds., pp53-61, AAAI Press, Menlo Park; Hulo et al., Nucí. Acids. Res. 32 : D134-D137, (2004), http://www.expasy.org/prosite/) o Pfam (Bateman et al., Nucleic Acids Research 30 (1) : 276-280 (2002), http: //www. sanger . ac. uk/Software/Pfam/) . Métodos para la búsqueda e identificación de homólogos de NRT están dentro del alcance de las personas con conocimientos en la materia. Tales métodos comprenden la comparación de las secuencias representadas por SEQ ID NO: 1 ó 2, en un formato legible en computadora, consecuencias disponibles en las bases de datos públicas tales como MIPS (http: //mips . gsf . de/) , GenBank (http: //www. ncbi.nlm.nih.gov/Genbank/index. html) o EMBL Nucleotide Sequence Datábase (http : //www . ebi . ac . uk/embl/inde . html) , utilizando algoritmos bien conocidos en la técnica para la alineación o comparación de secuencias, como por ejemplo GAP (Needleman and Wunsch, J. Mol. Biol. 48; 443-453 (1970)), BESTFIT (utilizando el algoritmo de homología local de Smith y Waterman (Advances in Applied Mathematics 2; 482-489 (1981))), BLAST (Altschul, S.F., Gish, W., Miller, W. , Myers, E.W. & Lipman, DJ. , J. Mol. Biol. 215:403-410 (1990)), FASTA y TFASTA (W. R. Pearson y D. J. Lipman Proc. Nati. Acad. Sci. USA 85:2444-2448 (1988)). El software para efectuar un análisis BLAST está públicamente disponible a través del National Centre for Biotechnology Information [Centro Nacional para Información en Materia de Biotecnología] (NCBI) .
Ejemplos de proteinas que están dentro de la definición de "polipéptido de NRT o un homólogo del mismo" incluyen proteínas de arroz y proteínas de otras especies tales como Zea mays , Phragmi tes a ustralis , Hordeum vulgare, Tri ticum aestivum, Brassica napus, Lycopersicon esculen tum , Nicotíana tabacum , Daucus carota , Populus tremul us , Lotus japónica , Prunus pérsica , Glycine max y Arabidopsis thaliana , entre otros. Una lista no limitativa de ejemplos de proteinas de NRT se proporciona en la Tabla 1 del Ejemplo 14 aquí. Se contempla sin embargo que proteínas de NRT de otros taxas de planta, como por ejemplo musgos o heléchos, puedan también ser útiles en los métodos de la presente invención. Por ejemplo, el musgo Physcomi trella pa tens posee por lo menos 5 proteinas NRT (números de acceso GenBank BAD00097, BAD00098, BAD00099, BAD00100, BAD00101) . Se entenderá que el término "polipéptido de NRT o un homólogo del mismo" no se limita a la secuencia representada por SEQ ID NO: 53 o a las secuencias dadas en la Tabla I, sino que cualquier polipéptido que cumple con los criterios de comprender un dominio MFS_1 funcional y una o varias secuencias de firma conservadas de SEQ ID NO: 57 a 64, y un dominio de transmembrana ubicado C-terminalmente del dominio MFS_1 de conformidad con lo definido arriba; o que tiene por lo menos una identidad de secuencia del 50% con la secuencia SEQ ID NO: 53, pueda ser adecuado para uso en los métodos de la invención. Para determinar la actividad transportadora de NRT, se lleva a cabo el ensayo de absorción de nitrato de conformidad con lo descrito por Tong et al. (Plant J. 41, 442-450, 2005). En resumen, la proteína de NRT de interés es expresada en oocitos de Xenopus, y se mide la absorción de nitrato enriquecido con 15N. En caso requerido, se puede co-expresar un gen nar2 para incrementar el transporte de nitrato. Alternativamente, la actividad de una proteina NRT u homólogo de la misma puede ensayarse mediante la expresión de la proteína de NRT u homólogo de la misma bajo el control de un promotor GOS2 en el cultivar Nipponbare de Oryza sa tiva , que resulta en plantas con una biomasa sobre el suelo incrementada y/o un rendimiento incrementado de semillas en comparación con las plantas de tipo silvestre correspondientes. Este incremento en el rendimiento de semillas puede medirse de varias formas (por ejemplo, como un incremento del peso total de semillas, número de semillas llenas o número total de semillas, como un incremento del índice de cosecha o como un incremento de las flores por panículo. Una proteina de NRT u homólogo de la misma está codificada por un ácido nucleico/gen de NRT. Por consiguiente, el término "ácido nucleico/gen de NRT" de conformidad con lo definido aquí es un ácido nucleico/gen que codifica una proteína de NRT o un homólogo de la misma de conformidad con lo definido arriba. Polipéptidos YEP16 y homólogos y sus ácidos nucleicos codificadores útiles en los métodos de la invención El término "polipéptido YEP16" se refiere a la secuencia de SEQ ID NO: 128. Un homólogo de un polipéptido YEP16 se refiere a cualquier secuencia de aminoácidos que comparte, en orden creciente de preferencia, una identidad de secuencia de por lo menos 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95% con la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO.: 128. Referencia aquí a un "ácido nucleico que codifica un polipéptido YEP16 o un homólogo del mismo" se refiere por consiguiente a cualquier secuencia de ácido nucleico que codifica un polipéptido YEP16 o un homólogo del mismo" se refiere por consiguiente a cualquier secuencia de ácido nucleico que codifica un polipéptido YEP16 de conformidad con lo definido arriba o cualquier ácido nucleico que codifica un polipéptido YEP16 de conformidad con lo definido arriba o cualquier ácido nucleico que codifica un homólogo de YEP16 de conformidad con lo definido arriba. Quinasas de tipo velludo de grupo I y homólogos de las mismas y sus ácidos nucleicos codificadores útiles en los métodos de la invención El término "Quinasa de tipo velludo de grupo I u homólogo de la misma" de conformidad con lo definido arriba se refiere a un polipéptido que tiene: (i) una identidad de secuencia de por lo menos 77% con la secuencia de aminoácidos representado por SEQ ID NO: 147; y (ii) motivo I: R/H/V/N/Q E/G LK G/N y motivo II: K Q/N CXXX G/A/S, en donde X puede ser cualquier aminoácido. Un polipéptido que cumple con los requisitos mencionados arriba permite que una quinasa de tipo velludo de grupo I pueda ser distinguida de quinasas de otros grupos. Una "quinasa de tipo velludo de grupo I o un homólogo de la misma" que cae dentro de la definición anterior puede ser fácilmente identificada empleando técnicas rutinarias bien conocidos por parte de las personas con conocimientos en la materia. Por ejemplo, un polipéptido que tiene una identidad de por lo menos el 77% con el aminoácido representado por SEQ ID NO: 174 puede ser fácilmente establecido por alineación de secuencias. Métodos para la alineación de secuencias para comparación son bien conocidos en la técnica, tales métodos incluyen GAP, BESTFIT, BLAST, FASTA y TFASTA. GAP utiliza el algoritmo de Needleman y Wunsch (J. Mol. Biol. 48: 443-453, 1970) para encontrar la alineación de dos secuencias completas que maximiza el número de correspondencias y minimiza el número de espacios. El algoritmo BLAST calcula la identidad porcentual de secuencias y efectúa un análisis estadístico de la similitud entre las dos secuencias. El software para efectuar un análisis BLAST está disponible públicamente a través del National Centre for Biotechnology Information [Centro Nacional de Información en Materia de Biotecnología] . Una quinasa de tipo velludo o un homólogo de la misma que tiene una identidad de por lo menos el 77% con el aminoácido representado por SEQ ID NO: 147 puede ser fácilmente identificada mediante la alineación de una secuencia de aminoácidos de búsqueda con secuencias de quinasa de tipo velludo de grupo I conocidas (véase, por ejemplo, la alineación mostrada en la Figura 14) empleando, por ejemplo el programa de alineación múltiple VNTI AlignX, con base en un algoritmo clustal W modificado (InforMax, Bethesda, MD, http: //www. informaxinc.com) , con ajustes por omisión para penalidad por abertura de espacio de 10 y una extensión de espacio de 0.05. Una persona con experiencia en la materia podrá identificar también fácilmente secuencias que tienen un motivo I: R/H/V/N/Q E/G LK G/N y motivo II: K Q/N CXXX G/A/S, en donde X puede ser cualquier aminoácido. Esto puede lograrse efectuando una alineación y buscando regiones homologas. La Tabla 1 abajo muestra el motivo I: R/H/V/N/Q E/G LK G/N y el motivo II: K Q/N CXXX G/A/S (en donde X puede ser cualquier aminoácido) según lo encontrado en la secuencia de SEQ ID NO: 174 y los motivos correspondientes en secuencias homologas. La identidad porcentual global mostrada en la Tabla 1 es cuando se compara SEQ ID NO: 174 con los números de acceso mostrados en la Tabla (secuencias de longitud completa a secuencia de longitud completa) .
Tabla 1: Motivos conservados encontrados en quinasas de tipo velludo de Grupo I y en homólogos de las mismas Ejemplos de polipéptidos que caen dentro de la definición de una "quinasa de tipo velludo o un homólogo de la misma" incluyen las siguientes secuencias: SEQ ID NO: 147, una gamma quinasa de tipo velludo de arroz (número de acceso NCBI AB059621); SEQ ID NO: 149 (número de acceso NCBI AK058276) una quinasa de tipo velludo de arroz; SEQ ID NO: 151 (número de acceso NCBI AK099599) una quinasa de tipo velludo de arroz; SEQ ID NO: 153, una alfa quinasa de tipo velludo de Arabidopsis thaliana (número de acceso NCBI At5g26750) ; SEQ ID NO: 155, una gamma quinasa de tipo velludo de Arabidopsis thaliana (número de acceso NCBI At3g05840) ; SEQ ID NO: 157, una alfa quinasa de tipo velludo de Arabidopsis thaliana (número de acceso NCBI CAA48538.1); SEQ ID NO: 159, una epsilon quinasa de tipo velludo de Arabidopsis thaliana (número de acceso NCBI At5gl4640); SEQ ID NO: 161, una gamma quinasa de tipo velludo de Arabidopsis thaliana (número de acceso NCBI CAA73247.1); SEQ ID NO: 163 de maíz (número de acceso NCBI AY103545); SEQ ID NO: 165 de maíz (número de acceso NCBI AY108486.1); SEQ ID NO: 167 de Medicago (número de acceso NCBI CAA48472.1); SEQ ID NO: 169 de Medicago (número de acceso NCBI CAA48474.1); SEQ ID NO: 171 de Medicago (número de acceso NCBI CAA48473.1); SEQ ID NO: 173 de tabaco (número de acceso NCBI CAA54803.1); SEQ ID NO: 175 una predicción de proteina de quinasa de tipo velludo de Tri ticum aestivum (número de acceso NCBI AAM77397.1); SEQ ID NO: 177 de Petunia hybrida (número de acceso NCBI CAA58594.1) . El término "quinasa de tipo velludo o un homólogo de la misma, no se limita a las secuencias representadas por SEQ ID NOs mencionados en el párrafo anterior sino que cualquier polipéptido que cumple con los criterios de tener: (i) una identidad de secuencia de por lo menos 77% con una secuencia de aminoácidos representada por SEQ ID NO: 174; y (ii) motivo I: R/H/V/N/Q E/G LK G/N y motivo II: K Q/N CXXX G/A/S, en donde X puede ser cualquier aminoácido, seria adecuada para uso en los métodos de la presente invención. Quinasas de tipo velludo, como lo sugiere su nombre, tienen una actividad quinasa. Un ensayo para glicógeno sintasa quinasa-3 (GSK-3) , el homólogo animal, es reportado en The Biochemical Journal, Vol. 303 (Pt3), nov. 1, 1994, páginas 701-704 (Stambolic y Woodgett) . Secuencias útiles en los métodos de la presente invención no se limitan a los ácidos nucleico hox5 de cierre de leucina de homeodominio (HDZip) de clase I mencionados arriba y polipéptidos; o a los polipéptidos de NRT antes mencionados y sus ácidos nucleicos codificadores; o a los polipéptidos YEP16 mencionados arriba y a sus ácidos nucleicos codificadores; o a las quinasas de tipo velludo de grupo I mencionados arriba y a sus polipéptidos codificadores. Los métodos de conformidad con la presente invención pueden también efectuarse utilizando variantes de polipéptidos hox5 de cierre de leucina de homeodominio (HDZip) de clase I codificadores u homólogos de los mismos; o mediante la utilización de variantes de ácidos nucleicos que codifican polipéptidos de NRT u homólogos de los mismos; o mediante la utilización de variantes de ácidos nucleicos que codifican polipéptidos YEP16 y homólogos de los mismos; o bien mediante la utilización de variantes de ácidos nucleicos que codifican quinasas de tipo velludo de grupo I y homólogos de los mismos . Ejemplos de tales variantes incluyen porciones, secuencias de hibridación, variantes alélicas, variantes de empalme y variantes obtenidas por recombinación génica. Una porción puede ser preparada, por ejemplo, mediante la elaboración de una o varias deleciones a un ácido nucleico. Las porciones pueden ser utilizadas en forma aislada o bien pueden ser fusionadas con otras secuencias codificadoras (o no codificadoras) para producir, por ejemplo, una proteína que combina varias actividades. Cuando se fusiona con otras secuencias codificadoras, el polipéptido resultante producido al efectuarse la traducción puede ser mayor que el predicho para la porción. Cuando la secuencia útil en los métodos de la presente invención es un hox5 de HDZip de clase I, la porción codifica un polipéptido que comprende desde el extremo N hasta el extremo C: (i) un cuadro ácido; (ii) un homeodominio de clase I; y (iii) un cierre de leucina con más de 5 heptados. Preferentemente, la porción es una porción de uno de los ácidos nucleicos proporcionados en la Tabla A. Con mayor preferencia, la porción es una porción de un ácido nucleico de conformidad con lo representado por SEQ ID NO:l. Cuando la secuencia útil en los métodos de la presente invención es un ácido nucleico que codifica una NRT, la porción se refiere a una pieza de DNA que codifica un polipéptido que comprende un dominio MFS_1 y un dominio de transmembrana ubicado C-terminalmente del dominio MFS_1. Preferentemente, la porción comprende una o varias de las secuencias de firma definidas arriba. Preferentemente, la porción es una porción de uno de los ácidos nucleicos proporcionados en la Tabla I. Con mayor preferencia, la porción de un ácido nucleico es de conformidad con lo representado por SEQ ID NO: 52. Cuando la secuencia útil en los métodos de la presente invención es un ácido nucleico que codifica YEP16, la porción se refiere a una parte de DNA que codifica un polipéptido YEP16 o un homólogo del mismo que tiene, en orden creciente de preferencia, por lo menos 100, 125, 150, 175, 200, 225, 250, 275, 300, 325, 350, 375, 400, 425, 450, 475, 500, 525, 550, 575 nucleótidos consecutivos de la secuencia de ácido nucleico representada por SEQ ID NO: 127 o SEQ ID NO: 129 o en donde una porción tiene en orden creciente de preferencia, por lo menos 100, 125, 150, 175, 200, 225, 250, 275, 300, 325, 350, 375, 400, 425, 450, 475, 500, 525, 550, 575 nucleótidos consecutivos de una secuencia de ácido nucleico que codifica un polipéptido YEP16 o un homólogo del mismo. Preferentemente, la porción es una porción de un ácido nucleico de conformidad con lo representado por SEQ ID NO: 127 o SEQ ID NO: 129. Cuando la secuencia útil en los métodos de la presente invención es una quinasa de tipo velludo de grupo I, la porción se refiere a una parte de DNA que codifica quinasa de tipo velludo de por lo menos 1,200 nucleótidos de longitud y dicha porción codifica un polipéptido que tiene: (i) una identidad de secuencia de por lo menos 77% con la secuencia de aminoácidos representada por SEQ ID NO: 147; y (ii) tiene motivo I: R/H/V/N/Q E/G LK G/N y motivo II: K Q/N CXXX G/A/S, en donde X puede ser cualquier aminoácido. Preferentemente, la porción es una porción de un ácido nucleico de conformidad con lo representado por cualquiera de SEQ ID NO: 146, SEQ ID NO: 148, SEQ ID NO: 150, SEQ ID NO: 152, SEQ ID NO: 154, SEQ ID NO: 156, SEQ ID NO: 158, SEQ ID NO: 160, SEQ ID NO: 162, SEQ ID NO: 164, SEQ ID NO: 166, SEQ ID NO: 168, SEQ ID NO: 170, SEQ ID NO: 172, SEQ ID NO: 174 y SEQ ID NO: 176. La invención ofrece por consiguiente un método para mejorar las características de crecimiento de una planta que comprende la modulación de la expresión en una planta de una porción de un ácido nucleico que codifica un polipéptido hox5 de cierre de leucina de homeodominio (HDZip) de clase I o un homólogo del mismo; o que comprende la modulación de la expresión en una planta de una porción de un ácido nucleico que codifica un polipéptido de NRT o un homólogo del mismo; o que comprende la modulación de la expresión en una planta de una porción de un ácido nucleico que codifica un polipéptido YEP16 o un homólogo del mismo; o que comprende la modulación de la expresión en una planta de una porción de un ácido nucleico que codifica una quinasa de tipo velludo de grupo I o un homólogo del mismo. Otra variante de ácido nucleico es un ácido nucleico capaz de hibridarse bajo condiciones de estrictez reducida, preferentemente bajo condiciones estrictas, con un ácido nucleico que codifica un ácido nucleico/gen hox5 de HDZip de clase I o un homólogo del mismo; o con un ácido nucleico que codifica un polipéptido NRT o un homólogo del mismo; o con un ácido nucleico que codifica una proteína YEP16 o un homólogo del mismo; o con un ácido nucleico que codifica una quinasa de tipo velludo de grupo I o un homólogo del mismo. El término "hibridación" de conformidad con lo definido aqui es un proceso en donde secuencias de nucleótidos complementarias sustancialmente homologas se unen entre ellas. El proceso de hibridación puede ocurrir totalmente en solución, es decir, ambos ácidos nucleicos complementarios están en solución. El proceso de hibridación puede también ocurrir con uno o varios de los ácidos nucleicos complementarios inmovilizados en una matriz, por ejemplo perlas magnéticas, perlas Sepharose, o cualquier otra resina. El proceso de hibridación puede ocurrir además con uno o varios de los ácidos nucleicos complementarios inmovilizados en un soporte sólido, como por ejemplo una membrana de nitrocelulosa o nylon o inmovilizados por ejemplo por medio de fotolitografía, por ejemplo sobre un soporte de vidrio silíceo (este último conocido como conjuntos o microconjuntos de ácido nucleico o bien como chips de ácido nucleico) . Con el objeto de permitir la hibridación, las moléculas de ácido nucleico son generalmente desnaturalizadas térmica o químicamente para fundir una cadena doble en dos cadenas individuales y/o para remover pasadores de cabello u otras estructuras secundarias de ácidos nucleicos de una sola cadena. El nivel de estrictez de la hibridación está influenciado por condiciones tales como temperatura, concentración de sal, fuerza iónica y composición de amortiguador de hibridación. "Condiciones estrictas de hibridación" y "condiciones estrictas de lavado de hibridación" en el contexto de experimentos de hibridación de ácido nucleico tales como hibridaciones Southern y Northern son dependientes de secuencias y son diferentes en diferentes parámetros ambientales. La persona con conocimientos en la materia está consciente de varios parámetros que pueden ser alterados durante la hibridación y lavado y que o bien mantendrán o cambiarán las condiciones de estrictez. Tm es la temperatura bajo fuerza iónica definida y pH, en la cual el 50% de las secuencias meta se hibridan en una sonda de correspondencia perfecta. Tm depende de las condiciones de la solución y de la composición de base y de la longitud de la sonda. Por ejemplo, secuencias de mayor longitud se hibridan específicamente a temperaturas más elevadas. La tasa máxima de hibridación se obtiene de aproximadamente 16°C hasta aproximadamente 32°C debajo de Tm. La presencia de cationes monovalentes en la solución de hibridación reduce la repulsión electrostática entre las dos cadenas de ácido nucleico promoviendo por consiguiente la formación de híbridos. Este efecto es visible en el caso de concentraciones de sodio de hasta 0.4 M. La formamida reduce la temperatura de fusión de duplexes DNA-DNA y DNA-RNA con 0.6 a 0.7°C para cada por ciento de formamida, y además de 50% de formamida permite la realización de la hibridación a temperaturas comprendidas entre 30 y 45 °C, aún cuando la tasa de hibridación será reducida. Faltas de correspondencia entre pares de bases reducen la tasa de hibridación y la estabilidad térmica de los duplexes. En promedio y para sondas grandes, la Tm disminuye aproximadamente 1°C por % de falta de correspondencia de bases. La Tm puede calcularse utilizando las ecuaciones siguientes, según los tipos de híbridos: 1. Híbridos DNA-DNA (Meinkoth y Wahl, Anal. Biochem., 138: 267-284, 1984): Tra= 81.5°C + 16.6xlog [Na+] a + 0.41x%[G/Cb] -500x[Lc]_1 - 0.61 x% formamida 2. Híbridos DNA-RNA o RNA-RNA: Tm= 79.8 + 18.5 (log?0[Na+]a) + 0.58 (%G/Cb) + 11.8 (%G/C )2 - 820/Lc 3. Híbridos oligo-DNA u oligo-RNAd: Para <20 nucleótidos: Tm= 2 (/n) Para 20-35 nucleótidos: Tm= 22 + 1.46 (/n ) a o para otro catión monovalente, pero solamente exacto en el rango de 0.01-0.4 M. solamente exacto para %GC en el rango de 30% a 75%. c L = longitud de dúplex en pares de bases. d Oligo, oligonucleótido; /n, longitud efectiva de primer = 2x(no. de G/C)+(no. de A/T) . Nota: para cada 1% de formamida, la Tm es reducida en aproximadamente 0.6 a 0.7°C, mientras que la presencia de urea 6 M reduce la Tm en aproximadamente 30 °C. La especificidad de la hibridación depende típicamente de los lavados post-hibridación. Para remover el fondo que resulta de una hibridación no específica, muestras son lavadas con soluciones salinas diluidas. Factores críticos tales como lavados incluyen la fuerza iónica y la temperatura de la solución de lavado final: entre más baja es la concentración de sal y entre más alta es la temperatura de lavado, mayor es el nivel de estrictez del lavado. Las condiciones de lavado son típicamente efectuadas en o debajo del nivel de estrictez de la hibridación. En general, condiciones estrictas adecuadas para ensayos de hibridación de ácido nucleico o procedimientos de detección de amplificación de gen se establecen de conformidad con lo arriba indicado. Condiciones de mayor o menor estrictez pueden también seleccionarse. En general, condiciones de baja estrictez son seleccionadas para que sean aproximadamente 50 °C por debajo del punto de fusión (Tm) térmico para la secuencia especifica en la fuerza iónica definida y pH establecido. Condiciones de estrictez media son cuando la temperatura es 20°C por debajo de Tm, y condiciones de alto nivel de estrictez son cuando la temperatura es 10°C por debajo de Tm. Por ejemplo, condiciones estrictas son aquellas que son por lo menos tan estrictas que, por ejemplo, las condiciones A-L; y condiciones de estrictez reducidas son por lo menos tan estrictas, por ejemplo, las condiciones M-R. Un enlace no especifico puede ser controlado empleando cualquiera de varias técnicas conocidas como por ejemplo bloqueo de la membrana con soluciones que contienen proteína, adiciones de RNA, DNA, y SDS heterólogo al amortiguador de hibridación, y tratamiento con RNasa. Ejemplos de condiciones de hibridación y lavado se presentan en la Tabla 2 abajo. Tabla 2: Ejemplos de condiciones de hibridación y lavado > o 65°C 4xSSC; o 65°C; igual a 45°C, 4xSSC y 50% G ADN : ADN 50 formamida lxSSC Th* ; H ADN: ADN <50 Th*; 4xSSC 4xSSC > o 67°C 4xSSC; o igual a 45°C, 4xSSC y 50% 67°C, I ADN :ARN 50 formamida lxSSC Tj*; J ADN : ARN <50 Tj*; 4xSSC 4xSSC > o 70°C 4xSSC; o igual a 40°C, 6xSSC y 50% 67 °C; K ARN : ARN 50 formamida lxSSC TI*; L ARN : ARN <50 TI*; 2xSSC 2xSSC > o 50°C 4xSSC; o igual a 40°C, 6xSSC y 50% 50°C; M ADN : ADN 50 formamida 2xSSC Tn*; 6 N ADN : ADN <50 Tn*; 6 xSSC xSSC > o 55°C 4xSSC; o igual a 42°C, 6xSSC y 50% 55°C; 0 ADN : ARN 50 formamida 2xSSC; Tp*; P ADN : ARN <50 Tp*; 6xSSC dxSSC > o 60°C 4xSSC; o igual a 45°C, 6xSSC y 50% 60°C; Q AR : ARN 50 formamida 2xSSC Tr*; R ARN :ARN <50 Tr*; 4 xSSC 4xSSC F La "longitud de híbrido" es la longitud anticipada del ácido nucleico de hibridación. Cuando ácidos nucleicos de secuencia conocida son hibridados, la longitud de híbrido puede ser determinada mediante alineación de las secuencias e identificación de las regiones conservadas descritas aquí, t SSPE (1 x SSPE es NaCl 0.15 M, NaH2P04 10 mM y EDTA 1.25 mM, pH 7.4) puede sustituirse por SSC (lxSSC es NaCl 0.15 M y citrato de sodio 15 mM) en los amortiguadores de lavado e hibridación; los lavados se efectúan durante 15 minutos después de terminada la hibridación. Las hibridaciones y los lavados pueden incluir adicionalmente 5 x reactivo de Denhardt, SDS al 0.5-1.0%, 100 µg/ml DNA de esperma de salmón fragmentado, desnaturalizado, pirofosfato de sodio al 0.5% y hasta formamida al 50%. * Tb-Tr: La temperatura de hibridación para híbridos anticipados por tener menos que 50 pares de bases de longitud debe ser 5-10 °C menos que la temperatura de fusión Tm de los híbridos; la Tm es determinada de conformidad con las ecuaciones mencionadas arriba. ± La presente invención abarca también la sustitución de uno o varios socios de híbrido de DNA o RNA con cualquiera de un PNA o un ácido nucleico modificado. Para los propósitos de definir el nivel de estrictez, se puede hacer referencia a Sambrook et al. (2001) Molecular Cloning: a laboratory manual, 3a edición Cold Spring Harbor Laboratory Press, CSH, New York o a Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley & Sons, N. Y. (1989) . Cuando la secuencia útil en los métodos de la presente invención es un hox5 de HDZip de clase I, la secuencia de hibridación codifica un polipéptido que comprende desde el extremo N hasta el extremo C: (i) un cuadro ácido; y (ii) un homeodominio de clase I; y (iii) un cierre de leucina con más de 5 heptados. Preferentemente, la secuencia de hibridación es capaz de hibridarse bajo condiciones de estrictez reducida, preferentemente bajo condiciones estrictas, con uno de los ácidos nucleicos proporcionados en la Tabla A o una porción del mismo de conformidad con lo definido aqui. Con mayor preferencia, la porción es una porción de un ácido nucleico representado por SEQ ID NO: 1. Cuando la secuencia útil en los métodos de la invención es un ácido nucleico que codifica un polipéptido de NRT u homólogo del mismo, la secuencia de hibridación es un ácido nucleico/gen capaz de hibridarse bajo condiciones de estrictez reducida, preferentemente bajo condiciones estrictas, con un ácido nucleico/gen de NRT codifica un polipéptido que comprende un dominio MFS_1 y un dominio de transmembrana localizado C-terminalmente del dominio MFS_1, y preferentemente también una o varias secuencias de firma definidas arriba. Preferentemente, la secuencia de hibridación es una secuencia que es capaz de hibridarse con un ácido nucleico dado en la Tabla I del Ejemplo 14 o a una porción de cualquiera de los ácidos nucleicos proporcionados en la Tabla I, una porción siendo de conformidad con lo definido arriba. Con mayor preferencia, la secuencia de hibridación es capaz de hibridarse con SEQ ID NO: 52. Cuando la secuencia útil en los métodos de la presente invención es un ácido nucleico que codifica un polipéptido YEP16 u homólogo del mismo, la secuencia de hibridación es una secuencia de ácido nucleico capaz de hibridarse bajo condiciones de estrictez reducida, preferentemente bajo condiciones estrictas, con una secuencia de ácido nucleico que codifica un polipéptido YEP16 o un homólogo del mismo. Preferentemente, la secuencia de hibridación es capaz de hibridarse bajo condiciones de estrictez reducida a un ácido nucleico de conformidad con lo representado por SEQ ID NO: 127 o SEQ ID NO: 129. Cuando el ácido nucleico útil en los métodos de la presente invención es un ácido nucleico que codifica una quinasa de tipo velludo de Grupo I, la secuencia de hibridación es un ácido nucleico capaz de hibridarse bajo condiciones de estrictez reducida, preferentemente bajo condiciones estrictas, con un ácido nucleico/gen codificador de quinasa de tipo velludo de Grupo I de conformidad con lo definido arriba, dicha secuencia de hibridación codifica un polipéptido que tiene: (i) una identidad de secuencia de por lo menos 77% con la secuencia de aminoácidos representada por SEQ ID NO: 147; y (ii) motivo I: R/H/V/N/Q E/G LK G/N y motivo II: K Q/N CXXX G/A/S, en donde X puede ser cualquier aminoácido. La secuencia de hibridación es tiene por lo menos 1,200 nucleótidos de longitud. Preferentemente, la secuencia de hibridación es capaz de hibridarse con un ácido nucleico de conformidad con lo representado por cualquiera de SEQ ID NO: 146, SEQ ID NO: 148, SEQ ID NO: 150, SEQ ID NO: 152, SEQ ID NO: 154, SEQ ID NO: 156, SEQ ID NO: 158, SEQ ID NO: 160, SEQ ID NO: 162, SEQ ID NO: 164, SEQ ID NO: 166, SEQ ID NO: 168, SEQ ID NO: 170, SEQ ID NO: 172, SEQ ID NO: 174 y SEQ ID NO: 176. La invención ofrece por consiguiente un método para mejorar las características de crecimiento de plantas, que comprende la modulación de la expresión en una planta de un ácido nucleico capaz de hibridarse bajo condiciones de estrictez reducida, preferentemente bajo condiciones estrictas con un ácido nucleico que codifica un polipéptido hox5 de cierre de leucina de homeodominio (HDZip) de clase I o un homólogo del mismo; o que comprende la modulación de la expresión en una planta de un ácido nucleico capaz de hibridarse bajo condiciones de estrictez reducida, preferentemente bajo condiciones estrictas con un ácido nucleico que codifica un polipéptido de NRT o un homólogo del mismo; o que comprende la modulación de la expresión en una planta de un ácido nucleico capaz de hibridarse bajo condiciones de estrictez reducida, preferentemente bajo condiciones estrictas con un ácido nucleico que codifica un polipéptido YEP16 u homólogo del mismo; o que comprende la modulación de la expresión en una planta de un ácido nucleico capaz de hibridarse bajo condiciones de estrictez reducida, preferentemente bajo condiciones estrictas a un ácido nucleico que codifica una quinasa de tipo velludo de Grupo I o un homólogo del mismo. Los ácidos nucleicos o variantes de los mismos pueden ser derivados de cualquier fuente natural o artificial. El ácido nucleico/gen o variante del mismo puede ser aislado de una fuente microbiana, como por ejemplo levadura u hongos, o bien de una planta, alga o animal (incluyendo ser humano) . El ácido nucleico puede ser modificado a partir de su forma nativa en composición y/o entorno genómico a través de manipulación humana deliberada. El ácido nucleico es preferentemente de origen vegetal, ya sea de la misma especie de planta (por ejemplo de la misma especie en la cual va a ser introducida) o bien de una especie vegetal diferente. El ácido nucleico puede ser aislado de una especie monocotiledónea, preferentemente de la familia Poaceae, preferentemente del género Oryza , con mayor preferencia de Oryza sa tiva . El ácido nucleico puede ser aislado de una especie dicotiledónea, preferentemente de la familia Brassicaceae, con preferencia adicional de Arabidopsis thaliana . La expresión de un ácido nucleico puede ser modulada mediante la introducción de una modificación genética (preferentemente en el locus del gen en cuestión) . El locus de un gen de conformidad con lo definido aqui significa una región genómica que incluye el gen de interés y 10 kb corriente arriba o corriente abajo de la región codificadora.
La modificación genética puede ser introducida, por ejemplo, a través de cualquiera de los métodos siguientes (o varios de ellos) : activación de T-DNA, TILLING, mutagénesis dirigida al sitio, evolución dirigida y recombinación homologa o por introducción y expresión en una planta de un ácido nucleico que codifica un polipéptido hox5 de HDZip de clase I o un homólogo del mismo; o bien mediante la introducción y expresión en una planta de un ácido nucleico que codifica un NRT o un homólogo del mismo; o bien mediante la introducción y expresión en una planta de un ácido nucleico que codifica un YEP16 o un homólogo del mismo; o bien mediante la introducción y expresión en una planta de un ácido nucleico que codifica una quinasa de tipo velludo de Grupo I o un homólogo del mismo. Después de la introducción de la modificación genética, sigue un paso de selección para la expresión modulada del ácido nucleico, dicha modulación en expresión proporciona plantas que tienen características de crecimiento mejoradas, especialmente rendimiento incrementado . El marcado de la activación de T-DNA (Hayashi et al. Science (1992) 1350-1353) incluye la inserción de T-DNA, que contiene habitualmente un promotor (puede ser también un realzador de traducción o un intrón) en la región genómica del gen de interés o 10 kg corriente arriba o corriente abajo de la región codificadora de un gen en una configuración tal que el promotor dirige la expresión del gen enfocado. Típicamente, la regulación de la expresión del gen enfocado por su promotor natural es perturbada y el gen cae bajo el control del promotor recientemente introducido. El promotor está típicamente integrado en un T-DNA. Este T-DNA está insertado aleatoriamente en el genoma vegetal, por ejemplo, a través de infección por Agrobacterium y conlleva la sobreexpresión de genes cerca del T-DNA insertado. Las plantas transgénicas resultantes muestran fenotipos dominantes debido a la sobreexpresión de genes cercanos al promotor introducido. El promotor a introducir puede ser cualquier promotor capaz de dirigir la expresión de un gen en el organismo deseado, en este caso una planta. Por ejemplo, promotores constitutivos, preferidos para tejido, preferidos para tipos celulares e inducibles son todos adecuados para su uso en activación de T-DNA. Una modificación genética puede también ser introducida en el locus del gen en cuestión utilizando la técnica de TILLING (Targeted Induced Local Lesions In Genomes) [Lesiones locales inducidas enfocadas en genomas] . Es una tecnología de mutagénesis útil para generar y/o identificar y aislar variantes mutagenizadas . TILLING permite también la selección de plantas que llevan tales variantes mutantes. Estas variantes mutantes pueden presentar hasta una actividad más elevada que la actividad presentada por el gen en su forma natural. TILLING combina mutagénesis de alta densidad con métodos de tamizaje de alto rendimiento. Los pasos típicamente seguidos en TILLING son los siguientes: (a) mutagénesis de EMS (Redei GP y Koncz C (1992) En Methods in Arabidopsis Research, Koncz C, Chua NH, Schell J, eds. Singapur, World Scientific Publishing Co, pp. 16-82; Feldmann et al., (1994) En Meyerowitz EM, Somerville CR, eds, Arabidopsis. Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, NY, pp 137-172; Lightner J y Caspar T (1998) En J Martinez-Zapater, J Salinas, eds, Methods on Molecular Biology, Vol. 82. Humana Press, Totowa, NJ, pp 91-104); (b) preparación de DNA y combinación de individuos; (c) amplificación por reacción en cadena de polimerasa de una región de interés; (d) desnaturalización y fusión para permitir la formación de heteroduplexes; (e) DHPLC, en donde la presencia de un heteroduplex en un grupo es detectada en forma de un pico extra en el cromatograma; (f) identificación del individuo mutante; y (g) secuenciamiento del producto de reacción en cadena de polimerasa mutante. Métodos para TILLING son bien conocidos en la técnica (McCallum et al., (2000) Nat Biotechnol 18: 455-457; revisado por Stemple (2004) Nat Rev Genet 5(2): 145-50). La mutagénesis dirigida al sitio puede ser utilizada para generar ácidos nucleicos variantes. Varios métodos están disponibles para lograr mutagénesis dirigida a sitio, los más comunes siendo métodos basados en reacción en cadena de polimerasa (Current Protocols in Molecular Biology, Wiley Eds http: //www.4ulr . com/products/currentprotocols/index. html) . La evolución dirigida o recombinación génica puede también ser utilizada para generar variantes de ácido nucleico. Esto consiste en iteraciones de recombinación de DNA seguido por tamizaje apropiado y/o selección para generar variantes que tienen una actividad biológica modificada (Castle et al., (2004) Science 304(5674): 1151-4; patentes norteamericanas Nos. 5,81 1,238 y 6,395,547). La activación de T-DNA, TILLING, mutagénesis dirigida al sitio y evolución dirigida son ejemplos de tecnologías que permiten la generación de alelos novedosos y variantes. La recombinación homologa permite la introducción en un genoma de un ácido nucleico seleccionado en una posición seleccionada definida. Una recombinación homologa es una tecnología estándar utilizada rutinariamente en ciencias biológicas para organismos inferiores tales como levadura y el musgo Physcomi trella . Métodos para efectuar una recombinación homologa en plantas han sido descritos no solamente para plantas de modelo (Offringa et al. (1990) EMBO J 9(10): 3077-84) sino también para plantas de cosecha, por ejemplo arroz (Terada et al. (2002) Nat Biotech 20(10): 1030-4; lida y Terada (2004) Curr Opin Biotech 15(2): 132-8). El ácido nucleico a enfocar no tiene que ser enfocado en el locus del gen en cuestión, sino que puede ser introducido, por ejemplo, en regiones de alta expresión. El ácido nucleico a enfocar puede ser un alelo mejorado utilizado para reemplazar el gen endógeno o bien puede ser introducido además del gen endógeno. Un método preferido para introducir una modificación genética es introducir y expresar en una planta un ácido nucleico que codifica un polipéptido hox5 de HDZip de clase I o un homólogo del mismo; o bien introducir o expresar en una planta un ácido nucleico que codifica un NRT o un homólogo del mismo; o bien introducir y expresar en una planta un ácido nucleico que codifica un YEP16 o un homólogo del mismo; o bien introducir y expresar en una planta un ácido nucleico que codifica una quinasa de tipo velludo de Grupo I o un homólogo del mismo. El ácido nucleico a introducir en una planta puede ser un ácido nucleico de longitud completa o bien puede ser una porción de una secuencia de hibridación de conformidad con lo definido arriba. Cuando la secuencia útil en los métodos de la presente invención es un polipéptido YEP16 o un homólogo del mismo, se prefiere el enfoque en un plástico; métodos para enfocar proteínas a plástidos son bien conocidos en la técnica, como es el uso de péptidos de tránsito para dicho enfoque. La Tabla 3 abajo muestra ejemplos de péptidos de tránsito adecuados para enfocar cualquier polipéptido YEP16 u homólogo del mismo a un plástido, preferentemente un cloroplasto. Se prefiere el uso del péptido de tránsito nativo a la secuencia de polipéptidos YEP16 de SEQ ID NO: 128, dicho péptido de tránsito nativo se muestra en SEQ ID NO: 131. SEQ ID NO: 130 representa el polipéptido YEP16 junto con su péptido de tránsito nativo para enfoque hacia el cloroplasto (SEQ ID NO: 129 representa la secuencia de ácido nucleico que codifica la secuencia de aminoácido de SEQ ID NO: 130) . SE prefiere más especialmente el uso del péptido de tránsito nativo como se muestra en SEQ ID NO: 131 para enfocar un polipéptido YEP16 de conformidad con lo representado por SEQ ID NO: 128, aún cuando cualquier péptido de tránsito puede ser utilizado con cualquier polipéptido YEP16 u homólogo del mismo. Tabla 3: Ejemplos de secuencias de péptido de tránsito útiles en el enfoque de aminoácidos hacia plástidos "Homólogos" de una proteína abarcan péptidos, oligopéptidos, polipéptidos, proteinas y enzimas que tienen sustituciones, deleciones y/o inserciones de aminoácidos con relación a la proteína no modificada en cuestión y que tienen una actividad biológica y funcional similar a la proteína no modificada a partir de la cual se deriva. Para producir tales homólogos, aminoácidos de la proteína pueden ser reemplazados por otros aminoácidos que tienen propiedades similares (tales como una hidrofobicidad, hidrofilicidad, antigenicidad, propensión a formar o romper estructuras de hélice a o estructuras de hoja ß similares) . Tablas de sustituciones conservadoras son bien conocidas en la técnica (véase, por ejemplo Creighton (1984) Proteins. W. H. Freeman and Company y Tabla 4 abajo). Los homólogos útiles en los métodos de conformidad con la presente invención son preferentemente polipéptidos que tienen, en orden creciente de preferencia por lo menos 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% ó 99% o más de identidad de secuencia o similitud (identidad funcional) con las secuencias mencionadas aqui como útiles en los métodos de la presente invención, por ejemplo las secuencias proporcionadas en la Tabla A e I y aquí. El término "homólogo" abarca también dos formas especiales de homología que incluyen secuencias ortólogas y secuencias parálogas que abarcan conceptos evolucionarlos utilizados para describir relaciones ancestrales de genes. El término "parálogo" se refiere a duplicaciones génicas dentro del genoma de una especie que lleva a genes parálogos. El término "ortólogo" se refiere a genes homólogos en organismos diferentes debido a especiación. Los ortólogos, por ejemplo en especies de plantas monocotiledóneas pueden ser fácilmente encontrados efectuando lo que se conoce como una búsqueda BLAST reciproca. Tomando el ejemplo de encontrar un ortólogo o parálogo de un ácido nucleico hox5 de HDZip de clase I o polipéptido hox5 de HDZip de clase I, esto puede efectuarse a través de un primer Blast que incluye el hecho de someter a Blast la secuencia en cuestión (por ejemplo, SEQ ID NO: 1 o SEQ ID NO: 2) contra cualquier base de datos de secuencias, como por ejemplo la base de datos de NCBI públicamente disponible que puede encontrarse en: http://www.ncbi.nlm.nih.gov. BLASTN o TBLASTX pueden utilizarse cuando se inicia a partir de la secuencia de nucleótidos, o bien BLASTP o TBLASTN cuando se empieza a partir de la proteina, con valores por omisión estándares. Los resultados de BLAST pueden ser filtrados. Las secuencias de longitud completa de cualquiera de los resultados filtrados o de los resultados no filtrados son después sometidos de nuevo a BLAST (segundo BLAST) contra las secuencias de del organismo a partir del cual se deriva la secuencia en cuestión. Los resultados del primer BLAST y del segundo BLAST son entonces comparados. Cuando los resultados del segundo BLAST proporciona como resultado con la similitud más elevada un ácido nucleico hox5 de HDZip de clase I o un polipéptido hox5 de HDZip de clase I, entonces se ha encontrado un parálogo, si proviene del mismo organismo que en el caso de la secuencia utilizada en el primer BLAST. Si se origina de un organismo diferente del organismo de la secuencia utilizada en el primer BLAST, entonces se ha encontrado un ortólogo. En el case de familias grandes, se puede utilizar ClustalW, seguido por un árbol de unión vecino para ayudar a visualizar el grupo. El mismo procedimiento puede también ser utilizado para encontrar ortólogos y parálogos de ácidos nucleicos que codifican un NRT y polipéptidos de NRT; y para encontrar ortólogos y parálogos de ácidos nucleicos que codifican YEP16 y polipéptidos YEP16; y para encontrar ortólogos y parálogos de ácidos nucleicos que codifican quinasas de tipo velludo de Grupo I asi como polipéptidos de quinasa de tipo velludo de Grupo I . Un homólogo puede tener la forma de una "variante sustitucional" de una proteína, es decir, en donde por lo menos un residuo en una secuencia de aminoácidos ha sido removido y un residuo diferente ha sido insertado en su lugar. Sustituciones de aminoácidos son típicamente los residuos individuales, pero pueden agruparse según las limitaciones funcionales colocadas en el polipéptido; inserciones serán habitualmente del orden de aproximadamente 1 a 10 residuos de aminoácidos. Preferentemente, sustituciones de aminoácidos comprenden sustituciones conservadoras de aminoácidos. Tablas de sustitución conservadoras son fácilmente disponibles en la técnica. La tabla abajo da ejemplos de sustituciones de aminoácidos conservadas . Tabla 4: Ejemplos de sustituciones de aminoácidos conservadas Un homólogo puede tener también la forma de una "variante insercional" de una proteina, es decir, en donde uno o varios residuos de aminoácidos son introducidos en un sitio predeterminado de una proteína. Inserciones pueden comprender fusiones N-terminales y/o C-terminales asi como inserciones intrasecuencias de aminoácidos simples o múltiples. En general, inserciones dentro de la secuencia de aminoácidos serán más pequeñas que fusiones N-terminales o C-terminales, del orden de aproximadamente 1 a 10 residuos. Ejemplos de proteínas de fusión N-terminales o C-terminales o péptidos incluyen el dominio de unión o el dominio de activación de un activador transcripcional de conformidad con lo utilizado en el sistema de dos híbridos de levadura, proteina de cubierta de fagos, marcador de (histidina) -6, marcador de glutationa S-transferasa, proteina A, proteina de unión con maltosa, dihidrofolato reductasa, epítopo Tag-100, epítopo c-myc, FLAG®-epítopo, lacZ, CMP (péptido de unión de calmodulina) , epítopo de HA, epítopo de proteína C y epítopo VSV. Homólogos en la forma de "variantes de deleción" de una proteína se caracterizan por la remoción de uno o varios aminoácidos de una proteina. Variantes de aminoácidos de una proteina pueden ser elaborados fácilmente utilizando técnicas sintéticas de péptido bien conocidas en el arte, como por ejemplo síntesis de péptido en fase sólida y similares, o bien mediante manipulaciones de DNA recombinante. Métodos para la manipulación de secuencias de DNA para producir variantes de sustitución, inserción o deleción de una proteina son bien conocidos en la técnica. Por ejemplo, técnicas para elaborar mutaciones por sustitución en sitios predeterminados en DNA son bien conocidas por parte de las personas con conocimientos en la materia e incluyen mutagénesis M13, mutagénesis de gen T7 in vitro (USB, Cleveland, OH) , mutagénesis dirigida por sitios QuickChange (Stratagene, San Diego, CA) , mutagénesis dirigida al sitio mediada por reacción en cadena de polimerasa y otros protocolos de mutagénesis dirigida a sitio. El polipéptido hox5 de HDZip de clase I u homólogo del mismo; el ácido nucleico que codifica una proteína transportadora de nitrato (NRT) o un homólogo del mismo; el ácido nucleico que codifica un polipéptido YEP16; y el ácido nucleico que codifica una quinasa de tipo velludo de Grupo I o un homólogo del mismo pueden ser un derivado. Los "derivados" incluyen péptidos, oligopéptidos, polipéptidos, proteínas y enzimas que pueden comprender sustituciones, deleciones o adiciones de residuos de aminoácidos que ocurren naturalmente y no naturalmente en comparación con la secuencia de aminoácidos de una forma que ocurre naturalmente de la proteina. Los derivados pueden comprender residuos de aminoácidos que ocurren naturalmente, alterados, glicosilados, acilados, prenilados o que ocurren no naturalmente en comparación con la secuencia de aminoácidos de una forma que ocurre naturalmente del polipéptidos. Un derivado puede comprender también uno o varios sustituyentes no aminoácido en comparación con la secuencia de aminoácidos a partir de la cual es derivado, por ejemplo, una molécula reportera u otro ligando, unido covalente o no covalentemente a la secuencia de aminoácidos, como por ejemplo una molécula reportera que está unida para facilitar su detección, y residuos de aminoácidos que no ocurren naturalmente en comparación con la secuencia de aminoácidos de una proteína que ocurre naturalmente . El polipéptido hox5 de HDZip de clase I u homólogo del mismo puede estar codificado por una variante de empalme alternativa; el polipéptido NRT u homólogo del mismo puede estar codificado por una variante de empalme alternativa; el polipéptido YEP16 u homólogo del mismo puede estar codificado por una variante de empalme alternativo; y la quinasa de tipo velludo de Grupo I o un homólogo de la misma puede estar codificada por una variante de empalme alternativo. Cuando la secuencia útil en los métodos de la presente invención es un ácido nucleico que codifica un polipéptido hox5 de HDZip de clase I u homólogo del mismo, la variante de empalme codifica un polipéptido que comprende desde el extremo N hasta el extremo C: (i) un cuadro ácido; y (ii) un homeodominio de clase I; y (iii) un cierre de leucina con más de 5 heptados. Además, el polipéptido hox5 de HDZip de clase I o un homólogo del mismo puede comprender uno o ambos de los siguientes: (a) una cola Trp; y (b) el motivo de aminoácidos RPFF, en donde R es Arg, P Pro y F Phe. Dentro de este motivo, se permiten uno o varios cambios conservadores en cualquier posición y/o uno o dos cambios no conservadores en cualquier posición. El motivo de (b) precede el cuadro ácido, cuando se examina la proteína desde el extremo N hacia el extremo C. Se prefieren además variantes de empalme de secuencias de ácido nucleico proporcionadas en la Tabla A. Se prefiere especialmente una variante de empalme de una secuencia de ácido nucleico según lo representado por SEQ ID NO: 1. Cuando la secuencia útil en los métodos de la presente invención es un polipéptido NRT o un homólogo del mismo o un ácido nucleico que codifica dicho polipéptido, la variante de empalme codifica un polipéptido que comprende el dominio MFS_1 y un dominio de transmembrana ubicado C-terminalmente del dominio MFS_1, y preferentemente también una o varias secuencias de firmas conservadas de SEQ ID NO: 57 a SEQ ID NO: 64 de conformidad con lo definido arriba. Se prefieren además variantes de empalme de cualquiera de los ácidos nucleicos proporcionados en la Tabla B. Con mayor preferencia se trata de una variante de empalme del ácido nucleico de SEQ ID NO: 52. Cuando la secuencia útil en los métodos de la presente invención es un ácido nucleico de codificación de YEP16, la variante de empalme es de una secuencia de ácido nucleico representada por SEQ ID NO: 127 o SEQ ID NO: 129. Cuando la secuencia útil en los métodos de la presente invención es un ácido nucleico que codifica una quinasa de tipo velludo de Grupo I u un homólogo del mismo, las variantes de empalme alternativas son variantes de empalme del ácido nucleico representado por cualquiera de SEQ ID NO: 146, SEQ ID NO: 148, SEQ ID NO: 150, SEQ ID NO: 152, SEQ ID NO: 154, SEQ ID NO: 156, SEQ ID NO: 158, SEQ ID NO: 160, SEQ ID NO: 162, SEQ ID NO: 164, SEQ ID NO: 166, SEQ ID NO: 168, SEQ ID NO: 170, SEQ ID NO: 172, SEQ ID NO: 174 y SEQ ID NO: 176. Se prefieren además variantes de empalme que codifican un polipéptido que tiene: (i) por lo menos 77% de identidad de secuencia con la secuencia de aminoácidos representada por SEQ ID NO: 147; y (ii) motivo I: R/H/V/N/Q E/G LK G/N y motivo II: K Q/N CXXX G/A/S, en donde X puede ser cualquier aminoácido. La presente invención ofrece por consiguiente un método para mejorar las características de crecimiento de las plantas, que comprende la modulación de la expresión en una planta de una variante de empalme alternativa de un ácido nucleico que codifica un polipéptido hox5 de cierre de leucina de homeodominio (HDZip) de clase I o un homólogo del mismo; o que comprende la modulación de la expresión en una planta de una variante de empalme alternativa de un ácido nucleico que codifica un polipéptido de NRT o un homólogo del mismo; o que comprende la modulación de la expresión en una planta de una variante de empalme alternativa de un ácido nucleico que codifica un polipéptido YEP16 u un homólogo del mismo; o que comprende la modulación de la expresión en una planta de una variante de empalme alternativa de un ácido nucleico que codifica una glicógeno sintasa quinasa de Grupo I (quinasa de tipo velludo de Grupo I) o un homólogo del mismo. El término "variante de empalme alternativa" como se utiliza aquí abarca variantes de una secuencia de ácido nucleico en donde intrones y/o exones seleccionados han sido cortados, reemplazados, o agregados, o en donde intrones han sido acortados o alargados. Tales variantes serán las variantes en las cuales la actividad biológica de la proteina es conservada, lo que puede lograrse mediante la retención selectiva de segmentos funcionales de la proteina. Tales variantes de empalme pueden encontrarse en la naturaleza o bien pueden ser artificiales. Métodos para elaborar tales variantes de empalme son bien conocidos en la técnica. El homólogo puede también estar codificado por una variante alélica de un ácido nucleico que codifica un polipéptido hox5 de HDZip de clase I o un homólogo del mismo; o bien puede estar codificado por una variante alélica de un ácido nucleico que codifica una proteína transportadora de nitrato (NRT) o un homólogo de la misma; o codificado por una variante alélica de un ácido nucleico que codifica un polipéptido YEP16; o bien codificado por una variante alélica de un ácido nucleico que codifica una quinasa de tipo velludo de Grupo I, o un homólogo del mismo. Cuando la secuencia útil en los métodos de la presente invención es un ácido nucleico que codifica un polipéptido hox5 de HDZip de clase I o un homólogo del mismo, la variante alélica codifica un polipéptido que comprende desde el extremo N hacia el extremo C: (i) un cuadro ácido; y (ii) un homeodominio de clase I; y (iii) un cierre de leucina con más de 5 heptados. Además, el polipéptido hox5 de HDZip de clase I o un homólogo del mismo puede comprender uno o ambos de los siguientes: (a) una cola Trp; y (b) el motivo de aminoácido RPFF, en donde R es Arg, P es Pro y F es Phe. Dentro de este motivo, se permiten uno o varios cambios conservadores en cualquier posición, y/o o uno o dos cambios no conservadores en cualquier posición. El motivo de (b) precede el cuadro ácido, cuando se examina la proteina desde el extremo N hacia el extremo C. Se prefieren además variantes alélicas de secuencias de ácido nucleico en la Tabla A. Con mayor preferencia se trata de una variante alélica de una secuencia de ácido nucleico de conformidad con lo representado por SEQ ID NO: 1. Cuando la secuencia útil en los métodos de la presente invención es un polipéptido NRT u homólogo del mismo o un ácido nucleico que los codifica, la variante alélica codifica un polipéptido que comprende el dominio MFS_1 y un dominio de transmembrana ubicado C-terminalmente del dominio MFS_1, y preferentemente también una o varias de las secuencias de firmas conservadas de SEQ ID NO: 57 a SEQ ID NO: 64 de conformidad con lo definido arriba. Se prefieren además variantes alélicas de cualquiera de los ácidos nucleicos proporcionados en la Tabla I. Se prefiere especialmente una variante alélica del ácido nucleico de SEQ ID NO: 52. Cuando la secuencia útil en los métodos de la presente invención es un ácido nucleico que codifica YEP16, la variante alélica es de una secuencia de ácido nucleico representada por SEQ ID NO: 127 o SEQ ID NO: 129. Cuando la secuencia útil en los métodos de la presente invención es un ácido nucleico que codifica una quinasa de tipo velludo de Grupo I u homólogo de la misma, las variantes alélicas son variantes alélicas del ácido nucleico representado por cualquiera de SEQ ID NO: 146, SEQ ID NO: 148, SEQ ID NO: 150, SEQ ID NO: 152, SEQ ID NO: 154, SEQ ID NO: 156, SEQ ID NO: 158, SEQ ID NO: 160, SEQ ID NO: 162, SEQ ID NO: 164, SEQ ID NO: 166, SEQ ID NO: 168, SEQ ID NO: 170, SEQ ID NO: 172, SEQ ID NO: 174 y SEQ ID NO: 176. Se prefieren adicionalmente las variantes alélicas que codifican un polipéptido que tiene: (i) una identidad de secuencia de por lo menos el 77% con la secuencia de aminoácidos representada por SEQ ID NO: 147; y (ii) motivo I: R/H/V/N/Q E/G LK G/N y motivo II: K Q/N CXXX G/A/S, en donde X puede ser cualquier aminoácido. La presente invención ofrece por consiguiente un método para mejorar las características de crecimiento de las plantas, que comprende la modulación de la expresión en una planta de una variante alélica de un ácido nucleico que codifica un polipéptido hox5 de cierre de leucina de homeodominio de clase I (HDZip) o un homólogo del mismo; o que comprende la modulación de la expresión en una planta de una variante alélica de un ácido nucleico que codifica un polipéptido NRT o un homólogo del mismo; o que comprende la modulación de la expresión en una planta de una variante alélica de un ácido nucleico que codifica un polipéptido YEP16 o un homólogo del mismo; o que comprende la modulación de la expresión en una planta de una variante alélica de un ácido nucleico que codifica una glicógeno sintasa quinasa de Grupo I (quinasa de tipo velludo de Grupo I) o un homólogo del mismo. Variantes alélicas existen en la naturaleza y el uso de estos alelos naturales se contempla dentro de los métodos de la presente invención. Variantes alélicas abarcan Polimorfismos de Nucleótidos Individuales (SNPs), así como Polimorfismos de Inserción/Deleción Pequeños (INDELs) . El tamaño de INDELs es habitualmente inferior a 100 pares de bases. SNPs e INDELs forman el mayor grupo de variantes de secuencias en cepas polimórficas naturales de la mayoría de los organismos. Según la presente invención, la expresión modulada del ácido nucleico o variante del mismo se contempla. Métodos para modular la expresión de genes o productos génicos son bien documentados en la técnica e incluyen, por ejemplo, la sobreexpresión impulsada por promotores apropiados, el uso de realzadores de transcripción o realzadores de traducción. Ácidos nucleicos aislados que sirven como promotores o elementos realzadores pueden ser introducidos en una posición apropiada (típicamente corriente arriba) de una forma no heteróloga de un polinucleótido para regular de manera ascendente la expresión del ácido nucleico o variante del mismo. Por ejemplo, promotores endógenos pueden ser alterados in vivo por mutación, deleción y/o sustitución (véase, Kmiec, patente norteamericana No. 5,565,350; Zarling et al, PCT/US93/03868) , o bien promotores aislados pueden ser introducidos en una célula vegetal en la orientación apropiada y a la distancia correcta de un gen de la presente invención con el objeto de controlar la expresión del gen. Métodos para reducir la expresión de genes o productos génicos con bien documentados en la técnica. Si se desea la expresión de un polipéptido, es generalmente deseable incluir una región de poliadenilación en el extremo 3' de la región codificadora de polinucleótidos. La región de poliadenilación puede ser derivada del gen natural, de una variedad de otros genes vegetales, o bien de T-DNA. La secuencia de extremo 3' a agregar puede ser derivada, por ejemplo, de genes de nopalina sintasa u octopina sintasa, o bien alternativamente de otro gen vegetal, o bien de otro gen eucariótico. Una secuencia de intrón puede también ser agregada a la región 5' no traducida o a la secuencia codificadora de la secuencia codificadora parcial para incrementar la cantidad de mensaje maduro que se acumula en el citosol. La inclusión de intrón que puede empalmarse en la unidad de transcripción en constructos de expresión vegetales y animales incrementan la expresión génica tanto a nivel del mRNA como a nivel de proteína hasta 1000 veces (Buchman y Berg (1988) Mol. Cell biol. 8: 4395-4405; Callis et al. (1987) Genes Dev 1:1183-1200) . Tal incremento de intrón de expresión génica es típicamente mayor cuando se coloca cerca del extremo 5' de la unidad de transcripción. La utilización de intrones de maíz Adhl - S intrón 1, 2, y 6, el intrón Bronze-1 se conocen en la técnica. Véase, en términos generales, The Maize Handbook, Capitulo 1 16, Freeling y Walbot, Eds., Springer, N.Y. (1994) . La invención ofrece también constructos genéticos y vectores para facilitar la introducción y/o expresión de las secuencias de nucleótidos útiles en los métodos de conformidad con la presente invención. Por consiguiente, se proporciona un constructo génico que comprende: (i) un ácido nucleico hox5 de HDZip de clase I o variante del mismo; o un ácido nucleico que codifica NRT o variante del mismo; o un ácido nucleico que codifica YEP16 o variante del mismo; o un ácido nucleico que codifica quinasa de tipo velludo de Grupo I o variante del mismo; (ii) una o varias secuencias de control capaces de impulsar la expresión de la secuencia de ácido nucleico de (i) ; y opcionalmente (iii) una secuencia de terminación de transcripción. Los constructos útiles en los métodos de conformidad con la presente invención pueden ser construidos utilizando tecnología de DNA recombinante bien conocida a las personas con conocimientos en la materia. Los constructos génicos pueden ser insertados en vectores, que pueden estar comercialmente disponibles, adecuados para transformar en plantas y adecuados para expresión del gen de interés en las células transformadas. La invención ofrece por consiguiente el uso de un constructo génico de conformidad con lo definido arriba en los métodos de la invención.
Plantas son transformadas con un vector que comprende la secuencia de interés. La secuencia de interés está enlazada operativamente a una o varias secuencias de control (por lo menos a un promotor) . El termino "elemento regulador", "secuencia de control" y "promotor" se utilizan todos de manera intercambiable aqui y deben considerarse en un contexto amplio para referirse a secuencias de ácido nucleico reguladoras capaces de efectuar la expresión de las secuencias a las cuales están ligadas. Dentro del marco de los términos mencionados arriba se encuentran secuencias reguladoras transcripcionales derivadas de un gen genómico eucariótico clásico (incluyendo el cuadro TATA que es requerido para el inicio de transcripción exacto, con o sin una secuencia de caja CCAAT) y elementos reguladores adicionales (es decir, secuencias de activación corriente arriba, realzadores y silenciadores) que alteran la expresión génica en respuesta a estímulos de desarrollo y/o externos, o de manera específica para tejido. Dentro del término se incluye también una secuencia reguladora de la transcripción de un gen procariótico clásico, en dicho caso puede incluir una secuencia de caja -35 y/o secuencias reguladoras transcripcionales de caja -10. El término "elemento regulador" abarca también una molécula de fusión sintética o derivado que confiere, activa o mejora la expresión de una molécula de ácido nucleico en una célula, tejido u órgano. El término "enlazado de manera operativa" como se utiliza aquí se refiere a un enlace funcional entre la secuencia de promotor y el gen de interés, de tal manera que la secuencia de promotor pueda iniciar la transcripción del gen de interés. De manera provechosa, cualquier tipo de promotor puede ser utilizado para impulsar la expresión de la secuencia de ácido nucleico. El promotor puede ser un promotor inducible, es decir, que tiene un inicio de transcripción inducido o incrementado en respuesta a un estímulo de desarrollo, químico, ambiental o físico. Un ejemplo de un promotor inducible es un promotor inducible por estés, es decir, un promotor activado cuando una planta está expuesta a varias condiciones de estrés. Además o alternativamente, el promotor puede ser un promotor preferido de tejido, es decir, un promotor capaz de iniciar preferentemente la transcripción en ciertos tejidos, como por ejemplo hojas, raices, tejido de semillas, etc. Promotores capaces de iniciar la transcripción en ciertos tejidos solamente se conocen aqui como "específicos para tejido". Preferentemente, el ácido nucleico hox5 de HDZip de clase I o variante del mismo; el ácido nucleico codificador de NRT o variante del mismo; el ácido nucleico codificador de quinasa de tipo velludo de Grupo I o variante del mismo está unido operativamente a un promotor constitutivo. Un promotor constitutivo es transcripcionalmente activo durante la mayoría de las fases de crecimiento y desarrollo pero no necesariamente en todas las fases de crecimiento y desarrollo y es expresado de manera sustancialmente ubicua. El promotor constitutivo es preferentemente un promotor GOS2, con mayor preferencia el promotor constitutivo es un promotor GOS2 de arroz, de preferencia adicional el promotor constitutivo está representado por una secuencia de ácido nucleico sustancialmente similar a SEQ ID NO: 33 o SEQ ID NO: 178, con mayor preferencia el promotor constitutivo es de conformidad con lo representado por SEQ ID NO: 33 o SEQ ID NO: 178. Debe ser claro que la aplicación de la presenta invención no se restringe al ácido nucleico hox5 de HDZip de clase I o variante del mismo; el ácido nucleico codificador de NRT o variante del mismo; o el ácido nucleico codificador de quinasa de tipo velludo de Grupo I o variante del mismo cuando es impulsado por un promotor GOS2. Ejemplos de otros promotores constitutivos que pueden también utilizarse para efectuar los métodos de la presente invención se muestran en la Tabla 5 abajo. Tabla 5: Ejemplos de promotores constitutivos Preferentemente, la secuencia de ácido nucleico que codifica un polipéptido YEP16 u un homólogo del mismo está enlazada operativamente a un promotor específico para semillas. Un promotor específico para semillas es un promotor que es transcripcionalmente activo predominantemente en tejido de semilla. UN promotor especifico para semillas puede también tener una cierta actividad residual en otras partes. Preferentemente, el promotor específico para semillas es un promotor especifico para endosperma y/o un promotor específico para aleurona, lo que significa que el promotor es transcripcionalmente activo predominantemente en tejido de endosperma y/o en las capas de aleurona de una semilla, aún cuando puede observarse una cierta actividad residual o expresión de fuga en otras partes. Preferentemente, el promotor es un promotor de oleosina, como por ejemplo de arroz (SEQ ID NO: 143) . Debe ser claro que la aplicabilidad de la presente invención no se limita a un ácido nucleico que codifica YEP16 representado por SEQ ID NO: 127 o SEQ ID NO: 129, ni la aplicación de la presente invención se limita a la expresión de un ácido nucleico que codifica YEP16 cuando es impulsado por un promotor de oleosina. Ejemplos de otros promotores específicos para semilla que pueden también ser utilizados para impulsar la expresión de un ácido nucleico que codifica un polipéptido YEP16 u homólogo del mismo se muestran en la Tabla 6 abajo. Tabla 6: Ejemplos de promotores específicos para semilla Fuente de gen Patrón de Referencia expresión Para la identificación de promotores funcionalmente equivalentes, la fuerza del promotor y/o el patrón de expresión de un promotor candidato pueden ser analizados por ejemplo mediante el hecho de enlazar de manera operativa el promotor con un gen reportero y ensayar el nivel de expresión y patrón del gen reportero en varios tejidos de la planta.
Genes reporteros bien conocidos adecuados incluyen, por ejemplo, beta-glucuronidasa o beta galactosidasa. La actividad promotora es ensayada mediante la medición de la actividad enzimática de la beta-glucuronidasa o beta-galactosidasa. La fuerza del promotor y/o patrón de expresión pueden entonces compararse con los de un promotor de referencia (como por ejemplo el utilizado en los métodos de la presente invención) . Alternativamente, la fuerza del promotor puede ser ensayada mediante la cuantificación de niveles de mRNA o bien comparando los niveles de mRNA con ácido nucleico utilizado en los métodos de la presente invención, con los niveles de mRNA de genes domésticos tales como 18S rRNA, utilizando métodos conocidos en la técnica, como por ejemplo el método Northern blot con análisis densitométrico de autoradiogramas, reacción en cadena de polimerasa en tiempo real cuantitativa o RT-PCR (Heid et al., 1996 Genome Methods 6: 986-994). En general, por "promotor débil" se entiende un promotor que impulsa la expresión de una secuencia codificadora a un nivel bajo. Por "nivel bajo" se entiende niveles de aproximadamente 1/10,000 transcriptos a aproximadamente 1/100,000 transcriptos, a aproximadamente 1/500,0000 transcriptos por célula. A la inversa, un "promotor fuerte" impulsa la expresión de una secuencia codificadora a un nivel elevado, o a aproximadamente 1/10 transcriptos a aproximadamente 1/100 transcriptos hasta aproximadamente 1/1,000 transcriptos por célula. Opcionalmente, una o varias secuencias de terminador pueden también utilizarse en el constructo introducido en la planta. Un "terminador" abarca una secuencia de control que es una secuencia de DNA al final de una unidad transcripcional que señala el procesamiento 3' y poliadenilación de un transcripto primario y terminación de transcripción. Elementos reguladores adicionales pueden incluir realzadores transcripcionales así como de traducción. Las personas con conocimientos en la materia estarán conscientes de secuencias de terminador y realzador que pueden ser adecuadas para su uso en la realización de la presente invención. Tales secuencias serán conocidas o bien podrán obtenerse fácilmente por una persona con conocimientos en la materia. Los constructos genéticos de la presente invención pueden incluir además una secuencia de origen de replicación que es requerida para mantenimiento y/o replicación en un tipo de célula especifico. Un ejemplo es cuando un constructo genético debe mantenerse en una célula bacteriana como elemento genético episómico (por ejemplo, molécula de plásmido o cósmido) . Orígenes preferidos de replicación incluyen, sin limitarse a estos ejemplos, fl-ori y colEl. El constructo genético puede comprender opcionalmente un gen marcador seleccionable. Como se utiliza aquí, el término "gen marcador seleccionable" incluye cualquier gen que proporciona un fenotipo en una célula en donde es expresado con el objeto de facilitar la identificación y/o selección de células que son transfectadas o transformadas con un constructo de ácido nucleico de la invención. Para la detección de la transferencia exitosa de las secuencias de ácido nucleico como se utiliza en los métodos de la presente invención y/o selección de plantas transgénicas que comprenden estos ácidos nucleicos, es provechoso utilizar genes marcadores (o bien genes reporteros) . Por consiguiente el constructo genético puede comprender opcionalmente un gen marcador seleccionable. Como se utiliza aquí, el término "marcador seleccionable", "gen marcador seleccionable" o "gen reportero" incluye cualquier gen que proporciona un fenotipo en una célula en donde está expresado para facilitar la identificación y/o selección de células que son transfectadas o transformadas con un constructo de ácido nucleico de la invención. Estos genes marcadores permiten la identificación de una transferencia exitosa de las moléculas de ácido nucleico a través de una serie de principios diferentes. Marcadores adecuados pueden ser seleccionados a partir de marcadores que proporcionan resistencia a los antibióticos o herbicidas, que introducen un nuevo rasgo metabólico o que permiten la selección visual. Ejemplos de genes marcadores seleccionables incluyen genes que proporcionan resistencia a los antibióticos (como por ejemplo nptll que fosforila la neomicina y canamicina, o hpt, que fosforila la higromicina, o genes que proporcionan resistencia, por ejemplo, la bleomicina, estreptomicina, tetraciclina, cloranfenicol, ampicilina, gentamicina, geneticina (G418), espectinomicina o blasticidina) , a herbicidas (por ejemplo bar que proporciona resistencia a Basta; aroA o gox que proporcina resistencia contra glifosato, o los genes que proporcionan resistencia como por ejemplo a la imidazolinona, fosfinotricina o sulfonilurea) , o genes que proporcionan un rasgo metabólico (como por ejemplo manA que permite que plantas utilicen mañosa como única fuente de carbono o xilosa isomerasa para la utilización de xilosa, o marcadores anti-nutritivos tales como la resistencia a 2-desoxiglucosa) . La expresión de genes marcadores visuales resulta en la formación de color (por ejemplo, ß-glucuronidasa, GUS o ß-galactosidasa con sus sustratos coloreados, por ejemplo X-Gal) , luminiscencia (como por ejemplo sistema luciferina/luciferasa) o fluorescencia (proteína fluorescente verde, GFP, y derivados de la misma) . Esta lista representa solamente un pequeño número de marcadores posibles. Las personas con conocimientos en la materia estarán familiarizadas con tales marcadores. Marcadores diferentes son preferidos, según el organismo y el método de selección. Se sabe que al efectuarse una integración estable o transitoria de ácidos nucleicos en células vegetales, solamente una minoría de las células absorbe el DNA foráneo y, si se desea, lo integra en su genoma, según el lector de expresión utilizado y la técnica de transfección utilizada. Para identificar y seleccionar estos integrantes, un qen que codifica para un marcador seleccionable (como por ejemplo los descritos arriba) es habitualmente introducido en las células hospederas conjuntamente con el gen de interés. Estos marcadores pueden ser utilizados, por ejemplo, en mutantes en los cuales estos genes no son funcionales por ejemplo, mediante deleción por métodos convencionales. Además, las moléculas de ácido nucleico que codifican un marcador seleccionable pueden ser introducidas en una célula hospedera en el mismo vector que comprende la secuencia y codifica los polipéptidos de la invención o utilizado en los métodos de la invención, o bien en un vector separado. Células que han sido establemente transfectadas con el ácido nucleico introducido pueden ser identificadas por ejemplo mediante selección (por ejemplo, células que integrado el marcador seleccionable sobreviven mientras que las otras células mueren) . Puesto que los genes marcadores, especialmente genes para resistencia a antibióticos y herbicidas, ya no son deseados o no son requeridos en la células hospedera transgénica una vez que los ácidos nucleicos han sido exitosamente introducidos, el proceso de conformidad con la presente invención para introducir los ácidos nucleicos emplea provechosamente técnicas que permiten la remoción o escisión de estos genes marcadores. Un método de este tipo es el método conocido como co-transformación. El método de co-transformación emplea dos vectores simultáneamente para la transformación, un vector que lleva el ácido nucleico de conformidad con la presente invención y un segundo vector que lleva el (los) gene(s) marcador (es) . Una gran proporción de los transformantes recibe, o en el caso de plantas, comprende (hasta 40% o más de los transformantes) ambos vectores. En caso de transformación con Agrobacteria, los transformantes reciben habitualmente solamente una parte del vector, es decir, la secuencia flanqueada por el T-DAN, que representa habitualmente el cassette de expresión. Los genes marcadores pueden ser subsiguientemente cortados de la planta transformada mediante la realización de cruces. En otro métodos, los genes marcadores integrados en un transposón son utilizados para la transformación conjuntamente con el ácido nucleico deseado (se conoce como tecnología Ac/Ds) . Los transformantes pueden ser cruzados con una fuente de transposasa o bien los transformantes son transformados con un constructo de ácido nucleico que confiere expresión de una transposasa, de manera transitoria o estable. En algunos casos, aproximadamente 10%, El transposón salta del genoma de la célula hospedera una vez que la transformación se ha efectuado exitosamente y se pierde. En un número adicional de casos, el trasposón salta hacia una ubicación diferente, en estos casos, el gen marcador debe ser eliminado mediante la realización de cruces. En microbiología, técnicas fueron desarrolladas que hacen posible o facilitan la detección de tales eventos. Un método provechoso adicional se basa en lo que se conoce como sistemas de recombinación. Cuya ventaja es que se puede evitar la eliminación por cruce. El sistema mejor conocido de este tipo es el que se conoce como el sistema Cre/lox. Creí es una recombinasa que remueve las secuencias ubicadas entre las secuencias loxP. Si un gen marcador es integrado entre las secuencias loxP, es removido una vez que la transformación ha sido efectuadas exitosamente, por expresión de la recombinasa. Sistemas de recombinación adicionales son los sistemas HIN/HIX, FLP/FRT y REP/STB (Tribble et al., J. Biol. Chem., 275, 2000: 22255-22267; Vel urugan et al., J. Cell Biol., 149, 2000: 553-566). Una integración específica por sitio en el genoma vegetal de las secuencias de ácido nucleico de conformidad con la presente invención es posible. Naturalmente, estos métodos pueden ser aplicados a microorganismos tales como levadura, hongos o bacterias. En una modalidad preferida, se proporciona un constructo génico que comprende: (i) Un ácido nucleico hox5 de HDZip de clase I o variante del mismo; o un ácido nucleico que codifica NRT o variante del mismo; o un ácido nucleico que codifica quinasa de tipo velludo de Grupo I o variante del mismo; (ii) un promotor constitutivo capaz de impulsar la expresión de la secuencia de ácido nucleico de (i) ; y opcionalmente (iii) Una secuencia de terminación de transcripción. El promotor constitutivo es preferentemente un promotor GOS2, con mayor preferencia el promotor constitutivo es el promotor GOS2 de arroz, con preferencia adicional el promotor constitutivo está representado por una secuencia de ácido nucleico sustancialmente similar a SEQ ID NO: 33 o SEQ ID NO: 178, con mayor preferencia el promotor constitutivo es de conformidad con lo representado por SEQ ID NO: 33 o SEQ ID NO: 178. La invención proporciona además el uso de un constructo de conformidad con lo definido arriba en los métodos de la presente invención. En otra modalidad preferida, se proporciona un constructo génico que comprende: (i) un ácido nucleico que codifica YEP16 o variante del mismo; (ii) un promotor específico para semilla capaz de impulsar la expresión de la secuencia de ácido nucleico de (i) ; y opcionalmente (iii) una secuencia de terminación de transcripción. La presente invención abarca también plantas que pueden obtenerse a través de los métodos de conformidad con la presente invención. La presente invención ofrece por consiguiente plantas, partes de plantas (incluyendo células vegetales) que pueden obtenerse a través de los métodos de la presente invención, dichas plantas o partes de plantas (incluyendo células) comprenden un ácido nucleico hox5 de HDZip de clase I de transgen o variante del mismo; un ácido nucleico que codifica NRT de transgen o variante del mismo; un ácido nucleico que codifica YEP16 de transgen o variante del mismo; o un ácido nucleico que codifica quinasa de tipo velludo de Grupo I de transgen o variante del mismo. La invención ofrece también un método para la producción de plantas transgénicas que tienen características de crecimiento mejoradas, particularmente un mayor rendimiento, en comparación con plantas de tipo silvestre correspondientes u otras plantas de control, que comprende la introducción y expresión de una planta de cualquiera de los ácidos nucleicos descritos aquí como útiles en los métodos de la invención.
Para los propósitos de la presente invención, los términos "transgénico", "transgen" o "recombinante" se refieren con relación por ejemplo a una secuencia de ácido nucleico, a un cassettes de expresión, constructo génico o un vector que comprende la secuencia de ácido nucleico o un organismo transformado con las secuencia de ácido nucleico, cassettes de expresión o vectores de conformidad con la presente invención, todas estas construcciones obteniéndose a través de métodos recombinantes en los cuales: a) la secuencias de ácido nucleico que codifican proteínas útiles en los métodos de la presente invención, o b) la(s) secuencia (s) de control genético que está (n) enlazado (s) operativamente con la secuencia de ácido nucleico de conformidad con la presente invención como por ejemplo un promotor, o c) a) y b) no están localizadas en su entorno genético natural o bien han sido modificadas por métodos recombinantes, siendo posible que la modificación asuma la forma, por ejemplo, de una sustitución, adición, deleción, inversión, o inserción de uno o varios residuos de nucleótido. El entorno genético natural se entiende como refiriéndose al locus genómico o cromosómico en la planta original o la presencia en una biblioteca genómica. En el caso de una biblioteca genómica, el entorno genético natural de la secuencia de ácido nucleico es preferentemente conservado, por lo menos parcialmente. El entorno flanquea la secuencia de ácido nucleico por lo menos en un lado y tiene una longitud de secuencia de por lo menos 50 pares de base, preferentemente por lo menos 500 pares de bases, de manera especialmente preferido por lo menos 1,000 pares de bases, y muy especialmente por lo menos 5,000 pares de bases. Un cassette de expresión que ocurre naturalmente -por ejemplo la combinación que ocurre naturalmente del promotor natural de las secuencias de ácido nucleico con la secuencia de ácido nucleico correspondiente que codifica un polipéptido útil en los métodos de la presente invención, de conformidad con lo definido arriba - se vuelve un cassette de expresión transgénico cuando su cassette de expresión es modificado por métodos sintéticos (artificiales), no naturales, por ejemplo, tratamiento mutagénico. Métodos adecuados se describen, por ejemplo, en los documentos US 5,565,350 o WO 00/15815. Más específicamente, la presente invención ofrece un método para la producción de plantas transgénicas que tienen características de crecimiento mejoradas (particularmente rendimiento mejorado), dicho método comprende: (i) la introducción y expresión en una planta, parte de planta o célula de planta de un ácido nucleico hox5 de HDZip de clase I o variante del mismo; un ácido nucleico que codifica NRT o variante del mismo; un ácido nucleico que codifica YEP16 o variante del mismo; un ácido nucleico que codifica quinasa de tipo velludo de Grupo I o variante del mismo; (ii) cultivar la célula vegetal bajo condiciones que promueven el crecimiento de la planta y su desarrollo.
El ácido nucleico puede ser introducido directamente en una célula vegetal o bien en la planta misma (incluyendo la introducción de un tejido, órgano, o cualquier otra parte de la planta) . De conformidad con una característica preferida de la presente invención, el ácido nucleico es preferentemente introducido en una planta por transformación. El término "transformación" como se utiliza aquí abarca la transferencia de un nucleótido exógeno en una célula hospedera, independientemente del método utilizado para la transferencia. Un tejido vegetal capaz de propagación clonal subsiguiente, ya sea por organogénisis o embriogénesis, puede ser transformado con un constructo genético de la presente invención y se puede regenerar una planta entera a partir de ahi. El tejido particular seleccionado variará según los sistemas de propagación clonal disponibles para las especies particulares transformadas y más adecuadas a dichas especies. Blancos de tejido de ejemplo incluyen discos de hoja, polen, embriones, cotiledones, hipocótilos, megagametofitos, tejido de callo, tejido meristemático existente (por ejemplo, meristema apical, brotes axilares, y meristemas de raíz) , tejido de meristema inducido (por ejemplo, meristema de cotiledón y meristema de hipocótilo) . El polinucleótido puede ser introducido de manera transitoria o estable en una célula hospedera y puede mantenerse de manera no integrada, por ejemplo, en forma de un plásmido. Alternativamente, puede integrarse en el genoma del hospedero. La célula vegetal transformada resultante puede entonces utilizarse para regenerar una planta transformada de manera conocida por parte de las personas con conocimientos en la materia. La transformación de especies vegetales es actualmente una técnica relativamente rutinaria. De manera provechosa, se pueden emplear cualquiera de varios métodos de transformación para el gen de interés en una célula ancestro adecuada. Métodos de transformación incluyen el uso de liposomas, electroporación, sustancias químicas que incrementan la absorción de DNA libre, inyección del DNA directamente en la planta, bombardeo con pistola de partículas, transformación utilizando virus o polen y microproyección. Métodos pueden seleccionarse entre el método de calcio/polietilenglicol para protoplastos ( (Krens, F.A. et al . (1982) Nature 296, 72-74; Negrutiu I et al . (1987) Plant Mol Biol 8: 363-373); electroporación de protoplastos (Shillito R.D. et al . (1985) Bio/Technol 3, 1099-1102) ; microinyección en material vegetal (Crossway A et al . (1986) Mol. Gen Genet 202: 179-185); bombardeo de partículas de cubiertas con RNA o DNA (Klein TM et al . (1987) Nature 327: 70); infección con virus (no integrativos) y similares. Plantas de arroz transgénico son preferentemente producidas a través de transformación mediada por Agrobacterium utilizando cualquiera de los métodos bien conocidos para la transformación del arroz como lo descrito en cualquiera de los siguientes: Solicitud de Patente Europea publicada EP 1198985 Al, Aldemita y Hodges (Planta 199: 612-617, 1996); Chan et al . (Plant Mol Biol 22 (3): 491-506, 1993), Hiei el al . (Plant J 6 (2): 271-282, 1994), cuyas divulgaciones se incorporan por referencia aquí como si estuviesen totalmente reproducidas. En el caso de la transformación del maíz, el método preferido es de conformidad con lo descrito en Ishida et al . (Nat. Biotechnol 14(6): 745-50, 1996) o Frame et al . (Plant Physiol 129(1): 13-22, 2002), cuyas divulgaciones se incorporan con referencia aquí como si estuviesen totalmente reproducidas. Generalmente después de una transformación, se seleccionan células vegetales o grupos de células vegetales para determinar la presencia de uno o varios marcadores codificados por genes que pueden expresarse en planta cotransferidos con el gen de interés, después de lo cual el material transformado es regenerado en una planta entera. Después de transferencia de DNA y regeneración, se pueden evaluar plantas transformadas putativamente, por ejemplo utilizando el análisis Southern, para determinar la presencia del gen de interés, número de copias y/u organización genómica. Alternativa o adicionalmente, los niveles de expresión del DNA recientemente introducido pueden ser monitoreados utilizando análisis Northern y/o Western, o bien reacción en cadena de polimerasa cuantitativa, todas estás técnicas son bien conocidas por parte de las personas con conocimientos ordinarios en la técnica. Las plantas transformadas generadas pueden ser propagadas a través de varios medios, como por ejemplo mediante propagación clonal o técnicas clásicas de mejora genética. Por ejemplo, se puede reproducir de manera endogámica una planta transformada de primera generación (o Ti) para proporcionar transformantes de segunda generación (o T2) homocigóticos, y las plantas T2 pueden ser propagadas adicionalmente a través de técnicas clásicas de mejora genética. Los organismos transformados generados pueden asumir varias formas. Por ejemplo, pueden ser quimeras de células transformadas y células no transformadas; transformantes clónales (por ejemplo, todas las células transformadas para contener el cassette de expresión); injertos de tejidos transformados y no transformados (por ejemplo, en plantas, un rizoma transformado injertado en un descendiente no transformado) . La presente invención extiende claramente cualquier célula vegetal o planta producida a través de cualquiera de los métodos descritos aqui, y todas las partes de plantas y propágulos de las mismas. La presente invención abarca además la progenie de una célula, tejido, órgano o planta entera transformada o transfectada primaria que ha sido producida a través de cualquiera de los métodos mencionados arriba, el único requisito siendo que la progenie presente la(s) misma (s) característica (s) genotípica (s) y/o fenotípica (s) que las características producidas por el ancestro en los métodos de conformidad con la presente invención. La invención incluye también células hospederas que comprenden un ácido nucleico hox5 de HDZip de clase I aislado o variante del mismo; células hospederas que comprenden un ácido nucleico que codifica NRT aislado o variante del mismo; células hospederas que comprenden un ácido nucleico que codifica YEP16 aislado o variante del mismo; células hospederas que comprenden un ácido nucleico que codifica quinasa de tipo velluda de Grupo I o variante del mismo. Células hospederas preferidas son células vegetales. La invención abarca también partes cosechables de una planta como por ejemplo, pero sin limitarse a estos ejemplos, semillas, hojas, frutas, flores, tallos, rizosas, tubérculos y bulbos. La invención se refiere además a productos derivados de una parte cosechable de una planta de este tipo, como por ejemplo granulos secos o polvo, aceite, grasa y ácidos grasos, almidón o proteinas. La presente invención abarca también el uso de ácidos nucleicos hox5 de HDZip de clase I y variantes de los mismos y el uso de polipéptidos hox5 de HDZip de clase I y homólogos de los mismos; el uso de ácidos nucleicos que codifican NRT y variantes de los mismos y el uso de polipéptidos de NRT y homólogos de los mismos; el uso de ácidos nucleicos que codifican YEP16 y variantes de los mismos y el uso de polipéptidos YEP16 y homólogos de los mismos; el uso de ácidos nucleicos que codifican quinasa de tipo velludo de Grupo I y variantes de los mismos y el uso de polipéptidos de quinasa de tipo velludo de Grupo I y homólogos de los mismos. Tales usos se refieren a la mejora de cualquiera de las características del crecimiento vegetal de conformidad con lo definido arriba. Ácidos nucleicos hox5 de HDZip de clase I o variante de los mismos, o polipéptidos de HDZip de clase I u homólogos de los mismos; ácidos nucleicos que codifican NRT y variantes de los mismos, o polipéptidos de NRT y homólogos de los mismos; nucleicos que codifican YEP16 y variantes de los mismos o polipéptidos de YEP16 y homólogos de los mismos; ácidos nucleicos que codifican quinasa de tipo velludo de Grupo I y variantes de los mismos, o polipéptidos de quinasa de tipo velludo de Grupo I y homólogos de los mismos pueden utilizarse en programas de mejoramiento en donde un marcador de DNA es identificado que puede estar genéticamente enlazado a uno de los ácidos nucleicos o 'variantes mencionados arriba. Los ácidos nucleicos o variantes, o polipéptidos u homólogos de los mismos pueden utilizarse para definir un marcador molecular. Este marcador de DNA o proteína puede entonces ser utilizado en programas de mejoramiento para seleccionar plantas que tienen características de crecimiento mejoradas (como por ejemplo, rendimiento incrementado) . Los ácidos nucleicos o variantes son de conformidad con lo definido arriba. Variantes alélicas de un ácido nucleico/gen hox5 de HDZip de clase I; un ácido nucleico/gen que codifica NRT; un ácido nucleico/gen que codifica YEP16; un ácido nucleico/gen que codifica quinasa de tipo velludo de Grupo I puede también utilizarse en programas de mejoramiento asistidos con marcador. Tales programas de mejoramiento requieren a veces de la introducción de variación alélica por tratamiento mutagénico de las plantas, la utilización por ejemplo de mutagénesis EMS; alternativamente, el programa puede iniciar con una recolección de variantes alélicas de lo que se conoce como origen "natural" provocada de manera no intencional. La identificación de variantes alélicas se efectúa entonces, por ejemplo, a través de reacción en cadena de polimerasa. Esto es seguido por un paso de selección de variantes alélicas superiores de la secuencia en cuestión que proporcionan características mejoradas de crecimiento, como por ejemplo un mayor rendimiento. La selección se lleva acabo típicamente mediante el monitoreo del desempeño de crecimiento de plantas que contienen variantes alélicas diferentes de la secuencia en cuestión, por ejemplo, variantes alélicas diferentes de cualquiera de los ácidos nucleicos/genes descritos aqui como útiles en los métodos de la presente invención. El desempeño del crecimiento puede ser monitoreado en un invernadero o en campo. Pasos opcionales adicionales incluyen el cruce de las plantas en la cual la variante alélica superior fue identificada con otra planta. Esto puede utilizarse, por ejemplo, para hacer una combinación de características genotipicas interesantes. El ácido nucleico y variantes mencionados arriba pueden también utilizarse como sondas para mapear genética y físicamente los genes de los cuales forman parte, y como marcadores para rasgos relacionados con estos genes. Dicha información puede útil en el mejoramiento de plantas con el objeto de desarrollar lineas con genotipos deseados. Dicho uso de los ácidos nucleicos o variantes requiere solamente de una secuencia de ácido nucleico de por lo menos 156 nucleótidos de longitud. Los ácidos nucleicos o variantes pueden utilizarse como marcadores de polimorfismo de longitud de fragmento de restricción (RFLP) . Southern blots (Sambrook J, Fritsch EF y Maniatis T (1989) Molecular Cloning, A Laboratory Manual) de DNA genómico de plantas digeridas con enzimas de restricción pueden ser sondeados con los ácidos nucleicos o variantes. Los patrones de bandas resultantes pueden entonces ser sometidos a análisis genético utilizando programas de computadora como por ejemplo MapMaker (Lander et al . (1987) Genomics 1: 174-181) con el objeto de construir un mapa genético. Además los ácidos nucleicos pueden ser utilizados para sondear Southern blots que contienen DNAs genómicos tratados con endonucleasa de restricción de un conjunto de individuos que representan ancestro y progenie de un cruce genético definido. La segregación de los polimorfismos de DNA se nota y se utiliza para calcular la posición del ácido nucleico o variante en el mapa genético previamente obtenido utilizando esta población (Botstein et al . (1980) Am. J. Hum. Genet. 32:314-331). La producción y el uso de sondas derivadas de genes de planta para uso en mapeo genético se describe en Bematzky y Tanksley (1986) Plant Mol. Biol. Repórter 4: 37-41. Numerosas publicaciones describen el mapeo genético de clones de cDNA específicos utilizando la metodología presentada arriba o variaciones de la misma. Por ejemplo, poblaciones intercruzadas F2, poblaciones retrocruzadas, poblaciones cruzadas de manera aleatoria, lineas casi isogénicas, y otros grupos de individuos pueden utilizarse para el mapeo. Tales metodologías son bien conocidas por parte de la personas con conocimientos en la materia. Las sondas de ácido nucleico pueden también ser utilizadas para mapeo fisico (es decir, colocación de secuencias en mapas físicos; véase Hoheisel et al. En: Non-mammalian Genomic Analysis: A Practical Guide, Academic press 1996, pp. 319-346, y referencias citadas ahí) . En otra modalidad, las sondas de ácido nucleico pueden ser utilizadas en mapeo de hibridación in si tu de fluorescencia directa (FISH) (Trask (1991) Trends Genet. 7:149-154). Aún cuando los métodos actuales de mapeo FISH favorecen el uso de clones grandes (de varios kb a varios cientos de kb; véase Laan et al. (1995) Genome Res. 5:13-20), mejoras de la sensibilidad pueden permitir el desempeño de mapeo FISH utilizando sondas más cortas. Varios métodos basados en amplificación de ácido nucleico para mapeo genético y físico pueden efectuarse utilizando los ácidos nucleicos. Ejemplos incluyen amplificación especifica por alelo (Kazazian (1989) J. Lab. Clin. Med 11:95-96), polimorfismos de fragmentos amplificados por reacción en cadena de polimerasa (CAPS; Sheffield et al. (1993) Genomics 16:325-332), ligación especifica para alelo (Landegren et al. (1988) Science 241:1077-1080), reacciones de extensión de nucleótidos (Sokolov (1990) Nucleic Acid Res. 18:3671), mapeo de híbrido por radiación (Walter et al. (1997) Nat. Genet. 7:22-28) y Happy Mapping (Dear y Cook (1989) Ácido nucleico Res. 17:6795-6807). Para estos métodos, la secuencia de un ácido nucleico es utilizada para diseñar y producir pares de cebadores para uso en la reacción de amplificación o en reacciones de extensión de cebador. El diseño de tales cebadores es bien conocido por parte de las personas con conocimientos en la materia. En métodos que emplean mapeo genético basado en reacción en cadena de polimerasa, puede ser necesario identificar diferencias de secuencias de DNA entre los ancestros y el cruce de mapeo en la región que corresponde a la secuencia de ácido nucleico de la presente invención. Sin embargo, esto es generalmente innecesario para métodos de mapeo. Los métodos de conformidad con la presente invención resultan en plantas que tienen características mejoradas de crecimiento, de conformidad con lo descrito arriba. Estas características mejoradas de crecimiento pueden también combinarse con otros rasgos económicamente provechosos con el objeto de mejorar adicionalmente estos rasgos que mejoran el rendimiento, tolerancia a otros estrés abióticos y bióticos, rasgos que modifican varias características de la arquitectura y/o características bioquímicas y/o fisiológicas . DESCRIPCIÓN DE LAS FIGURAS La presente invención se describirá a continuación con referencia a las figuras siguientes en las cuales: La Figura 1 muestra una alineación múltiple de homeodominios de HDZip de clase I de diferentes fuentes de plantas, utilizando el programa de alineación múltiple VNTI AlignX, con base en un algoritmo ClustalW modificado (InforMax, Bethesda, MD, http://www.informaxinc.com), con ajustes por omisión para penalidad de abertura de espacio de 10 y una extensión de espacio de 0.05. Los aminoácidos invariantes de homeodominio Lie, W48, F4g, N51 y R53 están encuadrados verticalmente. Los aminoácidos A46 y W56 preferidos de HDZip de clase I se presentan también en cuadros verticales. Las tres hélices necesarias para la unión de DNA están marcadas como cuadros negros arriba de la alineación. Los seis heptados están separados por una linea vertical. La séptima posición dentro de cada heptado se indica como a, b, c, d, e, f y g. Leu ocupa la posición "d" dentro de cada heptado, y se encuentra en un cuadro vertical. La Figura 2 muestra una alineación múltiple de varios polipéptidos hox5 de HDZip de clase I de varias plantas, utilizando el programa de alineación múltiple VNTI AlignX, con base en un algoritmo ClustalW modificado (InforMax, Bethesda, MD, http: //www. informaxinc. com) , con ajustes por omisión para penalidad de abertura de espacio de 10 y una extensión de 0.05. Los tres dominios caracterizados principales, desde el extremo N hasta el extremo C, están en cuadros fuertes e identificados como el cuadro ácido, el homeodominio de clase I, y el cierre de leucina de seis heptados. Además, la cola Trp y el motivo de aminoácidos RPFF están en cuadros ligeros. La Figura 3 muestra un vector binario para expresión en Oryza sa tiva de un hox5 de HDZip de clase I de Oryza sa tiva bajo el control de un promotor G0S2. La Figura 4 presenta ejemplos de secuencias hox5 de cierre de leucina de homeodominio (HDZip) de clase I útiles para llevar a cabo los métodos de conformidad con la presente invención. Varias secuencias resultan de ensambles EST públicos (véase Tabla A), con secuenciamiento de menor calidad. Como consecuencia, se pueden esperar menos sustituciones de ácido nucleico. Los codones de inicio (ATG) y terminación delimitan las secuencias de ácido nucleico. La Figura 5 muestra la estructura de dominio típica de una proteína NRT útil en los métodos de la presente invención, que se ejemplifica aquí con SEQ ID NO: 53. La proteína de SEQ ID NO: 53 comprende un dominio MFS_1 que inicia en S69 y termina con F432, que se indica en negritas. C-terminalmente de este dominio MFS_1 , se encuentra un dominio de transmembrana putativo (T441 a P463, subrayado) . La Figura 6 (a) muestra un árbol filogenético, en donde SEQ ID NO: 126 representa la secuencia de proteína de NRT1 de arroz, que comprende un dominio PTR2 , y figura 6 (b) una alineación múltiple de las secuencias listadas en la Tabla I del Ejemplo 14. Los asteriscos en la alineación múltiple identifican aminoácidos que son idénticos entre las secuencias alineadas, los puntos y comas indican sustituciones conservadoras y los puntos representan sustituciones menos conservadas. La Figura 7 muestra el vector binario para expresión incrementada en Oryza sa tiva de un ácido nucleico que codifica una proteína NRT de arroz bajo el control de un promotor G0S2. La Figura 8 presenta ejemplos de secuencias NRT útiles (a excepción de SEQ ID NO: 125 y SEQ ID NO: 126) para llevar a cabo los métodos de la conformidad con la presente invención. Las secuencias SEQ ID NO: 123 y 124 probablemente no son secuencias de longitud completa. La Figura 9 muestra un vector binario para la expresión en Oryza sa tiva de un ácido nucleico que codifica YEP16 de Arabidopsis thaliana YEP16 bajo el control de un promotor de oleosina . La Figura 10 muestra secuencias YEP16 útiles en los métodos de la invención. La Figura 11 tomada de Planta (2003) 218: 1-14 (Wang et al.), muestra la respuesta de plantas a estrés abiótico. Estrés primarios, como por ejemplo sequía, salinidad, frió, calor y contaminación química están frecuentemente interconectados y provocan daño celular y estrés secundarios, como por ejemplo estrés osmótico y estrés oxidante. Las señales de estrés iniciales (por ejemplo efectos osmóticos y iónicos, o temperatura, cambios de fluidez en la membrana) activan el proceso de señalización corriente abajo y controles de transcripción que activan un mecanismo de respuesta a estrés para reestablecer la homeostasis y proteger y reparar proteínas y membranas dañadas. Una respuesta inadecuada en una o varias etapas en la señalización y activación génica puede resultar finalmente en cambios irreversibles de la hemeostasis celular y en la destrucción de proteínas y membranas funcionales y estructurales, conllevando la muerte celular. La Figura 12, tomada de TRENDS en plant Science Vol. 7, No. 10, oct. 2002 (Claudia Jonak y Heribert Hirt) muestra posibles trayectorias de quinasa de tipo velludo en plantas. AtGSKl es un regulador positivo de la respuesta salina alta. WIG (GSK inducido por herida) participa en la señalización de heridas. AtSKll y AtSK12 participan en un patrón correcto de las flores. Análisis genéticos y biomédicos indican que la señalización de brasinoesteroides (BR) mediada por BIN2 (insensible a brasinosteroide 1) , que controla la acumulación nuclear de BES1 (supresor de BR11-EMS 1) y BRZ1 (resistente a brasinazol 1) . La Figura 13, tomada de TRENDS in plant Science Vol. 7, No. 10, oct. 2002 (Claudia Jonak y Heribert Hirt) muestra: (a) Análisis filogenético de las diez glicógeno sintasa quinasa 3/proteína quinasa de tipo velludo (GSKs) de Arabidopsis . Las GSKs de Arabidopsis pueden clasificarse en cuatro subgrupos, (b) árbol filogenético de cDNAs de GSK de longitud completa de diferentes especies vegetales obtenidas de varias búsquedas BLAST. Brassica napus, BSKT (Y12674); Medicago sa tiva , MSK1 (X6841 1), MSK2 (X68410), MSK3 (X68409) , MSK4 (AF432225), WIG (AJ295939) ; Nicotiana tabacum, NSK6 (Y08607), NSK59 (AJ002315), NSK91 (AJ224163) , NSK111 (AJ002314), NTK-1 (X77763); Oryza sa tiva , OSK? (AB59612), OSK? (Y13437); Petunia hybrida , PSK4 (X83619) , PSK6 (AJ224164), PSK7 (AJ224165), SPK6 (X83620). Alineaciones fueron efectuadas con Clustal X por el método de unión de vecinos utilizando MPK1 de Arabidopsis (Q39021) como un grupo externo; árboles fueron diseñados por el programa TreeView. La Figura 14 muestra una alineación múltiple CLUSTAL de quinasas de tipo velludo de grupo I de planta. Los motivos I y II están encuadrados. La Figura 15 muestra un vector binario para expresión en Oryza sa tiva de una quinasa de tipo velludo de Grupo I a partir de Oryza sa tiva bajo el control de un promotor GOS2.
La Figura 16 presenta ejemplos de secuencias de quinasa de tipo velludo de Grupo I útiles en la realización de los métodos de conformidad con la presente invención. Ejemplos La presente invención se describirá a continuación con referencia a los ejemplos siguientes, que se presentan solamente a título ilustrativo y no pretenden definir completamente ni limitar de otra forma el alcance de la invención . A menos que se indique lo contrario, técnicas de DNA recombinante fueron efectuadas de conformidad con protocolos estándares descritos en (Sambrook (2001) Molecular Cloning: a laboratory manual, 3a Edición Cold Spring Harbor Laboratory Press, CSH, New York) o en los volúmenes 1 y 2 de Ausubel et al. (1994), Current Protocols in Molecular Biology, Current Protocols. Materiales estándares y métodos para trabajo molecular en plantas se describen en Plant Molecular Biology Labfase (1993) by R.D.D. Croy, publicado por BIOS Scientific Publications Ltd (Reino Unido) y Blackwell Scientific Publications (Reino Unido) . EJEMPLOS: Polipéptidos hox5 de HDZip de clase I y secuencias codificadoras Ejemplo 1 : Identificación de secuencias relacionados con SEQ ID NO: 1 y SEQ ID NO: 2 Secuencias (cDNA de longitud completa, ESTs o genómicas) fueron identificadas entre las mantenidas en la base de datos Entrez Nucleotides en el National Center for Biotechnology Information (NCBI) utilizando herramientas de búsqueda de secuencias de base de datos como por ejemplo el Basic Local Alignment Tool (BLAST) (Altschul et al. (1990) J. Mol. Biol. 215:403-410; y Altschul et al. (1997) Nucleic Acids Res. 25:3389-3402). El programa fue utilizado para encontrar regiones de similitud local entre secuencias mediante la comparación de las secuencias de ácido nucleico o polipéptido con base de datos de secuencias y mediante el cálculo de la significación estadística de las correspondencias.' Por ejemplo, el polipéptido codificado por el ácido nucleico de SEQ ID NO: 1 fue utilizado para el algoritmo TBLASTN, con ajustes por omisión y el filtro para ignorar desfase de secuencias de baja complejidad. La salida del análisis fue considerada mediante comparación en pares, y clasificada de conformidad con la calificación de probabilidad (valor E) , en donde el resultado refleja la probabilidad que ocurra una alineación particular aleatoriamente (entre más bajo es el valor E, mayor es la significación del resultado) . Además de valores E, comparaciones fueron también calificadas por identidad porcentual. La identidad porcentual se refiere al número de nucleótidos idénticos (o aminoácidos) entre las dos secuencias de ácido nucleico comparadas (o polipéptido) en un segmento particular. En algunos casos, los parámetros por omisión pueden ser ajustados para modificar la estrictez de la búsqueda. Por ejemplo, el valor E puede ser incrementado para mostrar correspondencias menos estrictas. De esta forma se pueden identificar correspondencias cortas casi exactas. La Tabla A abajo ofrece una lista de secuencias de ácido nucleico relacionadas con la secuencia de ácido nucleico de SEQ ID NO: 1. Tabla A: Ejemplos de secuencias relacionadas con la secuencia de ácido nucleico de SEQ ID NO: 1 Contig compilado a partir de varios accesos EST (se muestran los principales) ; la calidad de secuenciamiento de EST es habitualmente baja por lo que se pueden esperar algunas sustituciones de ácido nucleico. Las secuencias de Daucus carota y Glycine max han sido corregidas en comparación con su número de acceso. Ejemplo 2: Alineación de secuencias de polipéptido hox5 de HDZip de clase I Se utilizó AlignX de Vector NTI (Invitrogen) con base en el algoritmo Clustal popular de alineación progresiva (Thompson et al. (1997) Nucleic Acids Res 25:4876-4882; Chenna et al. (2003). Nucleic Acids Res 31:3497-3500). Un árbol filogenético puede ser construido utilizando un algoritmo de agrupamiento de unión de vecinos. Valores por omisión son de 10 para la penalidad de abertura de espacio, de 0.1 para la penalidad de extensión de espacio y la matriz de ponderación seleccionada es Blosum 62 (si polipéptidos están alineados). El resultado de la alineación de secuencia múltiple se muestra en la Figura 2. Los tres dominios principales caracterizados, desde el extremo N hasta el extremo C, están en cuadros fuertes e identificados como el cuadro ácido, el homeodominio de clase I y el cierre de leucina de seis heptados. El "Dominio Conservado" comprende estos tres dominios. Adicionalmente, la cola Trp y el motivo de aminoácidos RPFF están en cuadros ligeros. Ejemplo 3: Cálculo de la identidad porcentual global entre secuencias de polipéptidos hoxd de HDZIp de clase I Se determinaron porcentajes globales de similitud e identidad entre secuencias de polipéptidos hox5 de HDZip de clase I de longitud completa utilizando el software Matrix Global Alignment Tool (MatGAT) (BMC Bioinformatics . 2003 4:29. MatGAT: una aplicación que genera matrices de similitud/identidad utilizando secuencias de ADN o proteína.
Campanella JJ, Bitincka L, Smalley J; software hospedado por Ledion Bitincka) . El software MatGAT genera matrices de similitud/identidad para secuencias de proteína o DNA sin necesidad de pre-alineación de los datos. El programa efectúa una serie de alineaciones en pares utilizando el algoritmo de alineación global de Myers y Miller (con una penalidad por abertura de espacio de 12, y una penalidad por extensión de espacio de 2), calcula la similitud y la identidad utilizando por ejemplo Blosum 62 (para polipéptidos) , y después coloca los resultados en una matriz de distancia. La similitud de secuencia se muestra en la mitad inferior de la linea divisoria y la identidad de secuencia se muestra en la mitad superior de la línea divisoria diagonal. Los parámetros utilizados en la comparación fueron: Matriz de calificación: Blosum 62 Primer espacio: 12 Extensión de espacio: 2 Los resultados del análisis de software se muestran en la Tabla Bl para la similitud global e identidad sobre toda la longitud de la secuencia de polipéptidos (excluyendo las secuencias de polipéptidos parciales) . La identidad porcentual se proporciona arriba de la diagonal y la similitud porcentual se proporciona debajo de la diagonal. La identidad porcentual entre las secuencias de polipéptido mostradas puede ser tan baja como 29% de identidad de aminoácidos en comparación con SEQ ID NO: 2. Tabla B 1: Resultados de MatGAT para similitud global e identidad a todo lo largo de las secuencias de polipéptidos.
El "Dominio Conservado" de las secuencias de polipéptido hox5 de HDZip de clase I comprende desde el extremo N hasta el extremo C, un cuadro ácido, un homeodominio de clase I y el cierre de leucina de seis heptados (véase Figura 2), de conformidad con lo definido arriba. Cuando se efectúa un análisis de identidad porcentual sobre los dominios conservados en lugar de efectuar dicho análisis sobre las secuencias de polipéptidos de longitud completa, se observa un incremento de la identidad porcentual, como se puede observar en la Tabla B2. Los valores inferiores están ahora arriba de 50% de identidad de aminoácidos en comparación con SEQ ID NO: 2. Tabla B 2: Resultados MatGAT para similitud global e identidad en el "Dominio Conservado" de las secuencias de polipéptido.
Ejemplo 4 : Identificación de dominios que están comprendidos en secuencias de polipéptidos hoxd de HDZip de clase I La base de datos Integrated Resource of Protein Families, Domains y Sites (InterPro) es una interfase integrada para las bases de datos de firma habitualmente utilizadas para búsquedas basadas en texto y búsquedas basadas en secuencia. La base de datos InterPro combina estas bases de datos, que utilizan metodologías diferentes y varios grados de información biológica sobre proteínas bien caracterizadas para derivar firmas de proteína. Las bases de datos que colaboran incluyen SWISS-PROT, PROSITE, TrEMBL, PRINTS, ProDom y Pfam, Smart y TIGRFAMs. Interpro está alojada en el European Bioinformatics Institute en el Reino Unidos. Los resultados del escaneo InterPro de la secuencia de polipéptido representado por SEQ ID NO: 2 se presentan en la Tabla C. Tabla C: Resultados de escaneo InterPro de la secuencia de polipéptido representada por SEQ ID NO: 2 La composición de aminoácidos primarios (en porcentaje) para determinar si un dominio de polipéptido está rico en aminoácidos específicos (por ejemplo, en un cuadro ácido) puede calcularse utilizando programas de software del servidor ExPASy, en particular la herramienta ProtParam (Gasteiger E et al. (2003) ExPASy: el servidor preómico para conocimiento y análisis de proteina a profundidad. Nucleic Acids Res 31:3784-3788). La composición de la secuencia de polipéptido de interés puede entonces compararse con la composición promedio de aminoácidos (en %) en la base de datos de Secuencias de proteínas Swiss-Prot. En la Tabla abajo (Tabla D) , se compara el % Asp (D) , % Glu (E) y su contenido combinado en el cuadro ácido de SEQ ID NO: 2 con la media de la base de datos de secuencias de proteinas Swiss-Prot. Tabla D Un cuadro ácido puede formar parte de un dominio de activación de transcripción. Dominios de activación de transcripción eucarióticos han sido clasificados según su contenido de aminoácidos, y categorías principales incluyen dominios de activación ácidos, ricos en glutamina y ricos en prolina (Rutherford et al. (2005) Plant J. 43(5)769-88, y referencias ahí) . El Gene Ontology (GO) Consortium es una colaboración internacional entre científicos en varias bases de datos biológicas, con una Oficina Editorial basada en el European Bioinformatics Institute. El objetivo de GO es proporcionar un vocabulario controlado para la descripción de la función molecular, proceso biológico y componente celular de los productos génicos. Cuando se efectúa un escaneo InterPro de conformidad con lo descrito arriba, la base de datos de GO es también buscada. Las secuencias de polipéptidos hox5 de HDZip de clase I tienen un factor de transcripción de función molecular y una actividad de unión de DNA específica para secuencia, y se localiza en el núcleo de la célula vegetal (véase Tabla abajo (Tabla E) ) . Tabla E Ejemplo 5: Predicción de Topología de secuencia de polipéptidos hox5 de HDZip de clase I Se efectuó una predicción de cierre de leucina e identificación de heptados utilizando un software especializado como por ejemplo 2ZIP, que combina un algoritmo de predicción super-hélice estándar con una búsqueda aproximada de la repetición de leucina característica (Bornberg-Bauer et al. (1998) Nucleic Acids Res 26(11): 2740- 2746; hospedado en Max Planck Institut, Golm en Alemania) . Un cierre de leucina potencial, una repetición de leucinas o una super-hélice pueden identificarse utilizando este software. Las secuencias de polipéptidos hox5 de HDZip de clase I comprenden una predicción de cierre de leucina con por lo menos cinco haptados preferentemente seis heptados. Cuando el polipéptido de SEQ ID NO: 2 es sometido a este algoritmo, un cierre de leucina potencial se encuentra entre las posiciones 143 y 178, como se muestra en la salida abajo (los números reflejan la posición de aminoácidos, dC la región de super-hélice, y L la leucina dentro del heptado) : MDPGRVVFDSGVARRACPGGAQML FGGGGSANSGGFFRGVPAAVLGMDESRSSSSAAGA 61 71 81 91 101 111 GAKRPFFTTHEELLEEEYYDEQAPEKKRRLTAEQVQMLERSFEEENKLEPERKTELARRL 121 131 141 151 161 171 GMAPRQVAVWFQNRRARWKTKQLEHDFDRLKAAYDALAADHHALLSDNDRLRAQVISLTE CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC LZLZLZLZLZLZLZLZLZLZLZLZLZLZLZLZLZLZ 181 191 201 211 221 231 KLQDKETSPSSATITTAAQEVDQPDEHTEAASTTGFATVDGALAAPPPGHQQPPHKDDLV CCCCCCCC 241 251 261 271 281 291 SSGGTNDDGDGGAAWVFDVTEGANDRLSCESAYFADAAEAYERDCAGHYALSSEEEDGG 301 311 321 331 341 AVSDEGCSFDLPDAAAAAAAMFGAAGWHHDAADDEEAQLGS TAWFWS Ejemplo 6: Ensayo para secuencias de polipéptidos hox5 de HDZip de clase I Polipéptidos hox5 de HDZip de clase I u homólogos de los mismos tienen una actividad de unión de DNA, preferentemente en los semi-sitios de 5 pares de bases que se empalman en una posición central, CAA(A/T) ATTG, de conformidad con lo detectado en ensayos de un híbrido de levadura (Meijer et al. (2000) Mol Gen Genet 263:12-21). En ensayos transitorios en suspensiones de células de arroz, el co-bombardeo de un polipéptido hox5 de HDZip de clase I con el gen reportero GUS resultó supuestamente en un número incrementado de puntos teñidos, que fueron también de color más intenso (Meijer et al, supra) . Este ensayo es útil para demostrar la función de activador de polipéptidos hox5 de HDZip de clase I u homólogos. Ejemplo 7: Clonación de secuencia de ácido nucleico hox5 de HDZip de clase I de Oryza sativa La secuencia de ácido nucleico hox5 de HDZip de clase I de Oryza sa tiva fue amplificada por reacción en cadena de polimerasa utilizando como templado una biblioteca de cDNA de plántulas de Oryza sativa (Invitrogen, Paisley, Reino Unido) . Después de transcripción reversa de RNA extraído de las plántulas, los cDNAs fueron clonados en pCMV Sport 6.0. El tamaño promedio del inserto del banco fue de 1.6 kb y el número original de clones fue del orden de 1.67xl07 ufe. El título original fue determinado en 3.34xl06 ufc/ml después de la primera amplificación de 6xl010 ufc/ml. Después de extracción de plásmido, se utilizaron 200 ng de templado en una mezcla de reacción en cadena de polimerasa de 50 µl. Los cebadores prm06000 (SEQ ID NO: 34; sentido, codón inicial en negrita, sitio AttBl en cursivas: 5'- GGGGACAAGGGGGGACAAAAAAGCAGGCTTAAACAATGGATCCCGGCCG 3') y prmOdOOl (SEQ ID NO: 35; reverso, complementario, sitio AttB2 en cursivas: 5' GGGGACCACGGGGGACAAGAAAGC?GGGTGATCAGCTCCAGAACCAGG 3' ) , que incluyen los sitios AttB para recombinación Gateway, fueron utilizados para amplificación por reacción en cadena de polimerasa. La reacción en cadena de polimerasa fue efectuada utilizando Hifi Taq DNA polimerasa en condiciones estándares. Un fragmento de reacción en cadena de polimerasa de 1116 pares de bases (incluyendo sitios attB; del inicio hasta el final 1050 pares de bases) fue amplificado y purificado también utilizando métodos estándares}. El primero paso de procedimiento Gateway, la reacción BP, fue efectuado después, durante lo cual el fragmento de reacción en cadena de polimerasa recombina in vivo con el plásmido pDONR201 para producir, de conformidad con la terminología Gateway, un "clon de entrada". El plásmido pDONR201 fue adquirido en Invitrogen, como parte de la tecnología Gateway®. Ejemplo 8: Construcción de Vector El clon de entrada que comprende las secuencias de ácido nucleico fue subsiguientemente utilizado en una reacción LR con un vector de "destino" utilizado para la transformación de Oryza sa tiva . Este vector contenía como elementos funcionales dentro de los bordes de T-DNA: un marcador seleccionable de planta; un cassette de expresión de marcador tamizable; y un cassette Gateway contemplado para recombinación in vivo LR con la secuencia de interés ya clonada en el clon de entrada. Un promotor GOS2 de arroz (SEQ ID NO: 33 ó SEQ ID NO: 178) para expresión constitutiva fue localizado corriente arriba de este cassette Gateway. Después del paso de recombinación LR, el vector de expresión resultante (Figura 3) fue transformado en Agrobacterium cepa LBA4044 de conformidad con métodos bien conocidos en la técnica. Ejemplo 9: Transformación de Planta Transformación de Arroz El Agrobacterium que contiene el vector de expresión fue utilizado para transformar plantas Oryza sa tiva . Se removió la cascara de semillas secas maduras de la variedad de arroz japonesa Nipponbare. La esterilización fue efectuada mediante incubación durante 1 minuto en etanol al 70%, seguido por 30 minutes en HgC12 al 0.2%, seguido por lavado 6 veces 15 minutos con agua destilada estéril. Las semillas estériles fueron después germinadas en un medio que contenía 2,4-D (medio de inducción de callo) . Después de la incubación en oscuridad durante cuatro semanas, callos embriogénicos derivados de escutelo fueron cortados y propagados en el mismo medio. Después de dos semanas, los callos fueron multiplicados y propagados por subcultivo en el mismo medio durante 2 semanas adicionales. Piezas de callo embriogénicas fueron subcultivadas en medio fresco 3 días antes del co-cultivo (para reforzar la actividad de división celular) . La cepa LBA4404 de Agrobacterium que contiene el vector de expresión fue utilizada para co-cultivo. Agrobacterium fue inoculado en medio AB con los antibióticos apropiados y cultivado durante 3 días a una temperatura de 28 °C. Las bacterias fueron después recogidas y suspendidas en un medio de co-cultivo líquido a una densidad (OD600) de aproximadamente 1. La suspensión fue después transferida en una caja de Petri y los callos sumergidos en la suspensión durante 15 minutos. Los tejidos de los callos fueron después secados en papel filtro y transferidos a un medio de cocultivo solidificado e incubados durante 3 días en oscuridad a una temperatura de 25°C. Los calos co-cultivados fueron cultivados en medio que contenia 2,4-D durante 4 semanas en la oscuridad a una temperatura de 28 °C en presencia de un agente de selección. Durante este periodo se desarrollaron islas de callo resistentes de crecimiento rápido. Después de la transferencia de este material a un medio de regeneración e incubación en oscuridad, el potencial embriogénico fue liberado y brotes se desarrollaron durante las siguientes cuatro a cinco semanas. Los brotes fueron cortados de los callos e incubados durante 2 a 3 semanas en un medio que contenía auxina a partir del cual fueron transferidos al suelo. Los brotes endurecidos fueron cultivados bajo condición de alta humedad y dias cortos en un invernadero. Aproximadamente 35 transformantes de arroz TO independientes fueron generados para un constructo. Los transformantes primarios fueron transferidos de una cámara de cultivo tisular a un invernadero. Después de un análisis de reacción en cadena de polimerasa cuantitativo para verificar el número de copias de inserto de T-DNA, se conservaron para cosecha de semillas TI solamente las plantas transgénicas de copias individuales que presentaban tolerancia al agente de selección. Las semillas fueron después cosechadas de tres a cinco meses después del trasplante. El método proporcionó transformantes de locus individuales a una tasa de más del 50% (Aldemita y Hodges 1996, Chan et al. 1993, Hiei et al. 1994) . Ejemplo 10: Procedimiento de evaluación fenotípica 10.1 Condiciones de evaluación Se generaron aproximadamente 35 transformantes de arroz TO independientes. Los transformantes primarios fueron transferidos desde una cámara de cultivo tisular a un invernadero para crecimiento y cosecha de semilla TI. Siete eventos fueron conservados, entre los cuales la progenie TI segregada 3:1 para presencia/ausencia del transgen. Para cada uno de estos eventos, se seleccionaron por monitoreo de expresión de marcador visual aproximadamente 10 plántulas TI que contenían el transgen (heterocigotos y homocigotos) y aproximadamente 10 plántulas TI que no tenían el transgen (nulicigotos) . Las plantas transgénicas y los nulicigotos correspondientes fueron cultivados lado a lado en posiciones aleatorias. Las condiciones de invernadero fueron dias cortos (12 horas de luz), temperatura 28°C en la luz y 22°C en la oscuridad, y una humedad relativa del 70%. Todos los eventos TI fueron evaluados adicionalmente y la generación T2 siguió el mismo procedimiento de evaluación que en el caso de la generación Ti. A partir de la etapa de sembradío hasta la etapa de madurez, las plantas pasaron varias veces a través de un gabinete de imágenes digitales. En cada punto de tiempo, se tomaron imágenes digitales (2048x1536 pixeles, 16 millones de colores) de cada planta desde por lo menos seis ángulos diferentes. Tamizaje de estrés de sal Plantas de 4 eventos (semillas T2) fueron cultivadas en un sustrato fabricado de fibras de coco y argex (proporción 3 a 1) . Una solución nutriente normal fue utilizada durante las primeras dos semanas después del trasplante de las pequeñas plantas en el invernadero. Después de las primeras dos semanas, se agregaron 25 mM de sal (NaCl) a la solución de nutriente, hasta la cosecha de las plantas.
Tamizaje de sequía Plantas de cinco eventos (semillas T2) fueron cultivadas en tierra para maceta bajo condiciones normales hasta que se acercaran a la etapa de espigazón. Fueron después transferidas a una sección "seca" en donde se retiró el riego. Sondas de humedad fueron insertadas en macetas seleccionadas aleatoriamente para monitorear el contenido de agua del suelo (SWC) . Cuando el contenido de agua del suelo estuvo por debajo de ciertos limites, las plantas fueron automáticamente regadas de nuevo continuamente hasta alcanzar otra vez un nivel normal. Las plantas fueron después transferidas otra vez a condiciones normales. El resto del cultivo (maduración de planta, cosecha de semillas) fue igual que en el caso de plantas no cultivadas bajo condiciones de estrés abiótico. Una ronda de confirmación fue efectuada la cual consistió de la repetición del tamizaje con semillas T2 no cosechadas de plantas del primer tamizaje de sequía, pero de plantas cultivadas bajo condiciones normales. Tamizaje de disponibilidad de nutriente reducida (nitrógeno) Las plantas de arroz son cultivadas en tierra para maceta bajo condiciones normales excepto en cuanto a la solución de nutriente. Las macetas son regadas desde el trasplante hasta la maduración con una solución de nutriente especifica que contenía un contenido reducido de nitrógeno (N) , habitualmente entre 7 y 8 veces menos. El resto del cultivo (maduración de planta, cosecha de semilla) es igual que para plantas no cultivadas bajo estrés abiótico. Se miden entonces parámetros relacionados con semilla. 10.2 Análisis estadístico: prueba F Se utilizó un ANOVA (análisis de variantes) de factor dos como modelo estadístico para la evaluación global de las características fenotípicas de las plantas. Una prueba F fue efectuada en todos los parámetros medidos de todas las plantas de todos los eventos transformados con el gen de la presenten invención. La prueba F fue efectuada para revisar un efecto del gen sobre la totalidad de los eventos de transformación y para verificar el efecto global del gen que se conoce también como efecto génico global. El umbral de significación para un efecto génico global verdadero fue establecido en un nivel de probabilidad del 5% par la prueba F. Un valor de prueba F significativo indica un efecto génico, lo que significa que es no solamente la simple presencia o posición del gen que está causando las diferencias en fenotipo. 10.3 Parámetros medidos 10.3.1 Medición de parámetros relacionados con la biomasa Desde la etapa de sembradío hasta la etapa de madurez, las plantas fueron pasadas varias veces a través de un gabinete de imágenes digitales. En cada punto de tiempo se tomaron imágenes digitales (2048x1536 pixeles, 16 millones de colores) de cada planta desde por lo menos seis ángulos diferentes. El área arriba del suelo de la planta (o biomasa de hoja) fue determinada contando el número total de pixeles en las imágenes digitales de las partes de plantas arriba del suelo discriminadas del fondo. Este valor fue promediado para la imagen tomada en el mismo punto de tiempo a partir de ángulos diferentes y fue convertido en un valor de superficie física expresado en milímetros cuadrados por calibración. Los experimentos muestran que el área de planta arriba del suelo medida de esta forma se correlaciona con la biomasa de partes de plantas arriba del suelo. El área arriba del suelo es el punto de tiempo en el cual la planta ha alcanzado su biomasa de hoja máxima. El vigor temprano es el área arriba del suelo de la planta (plántula) tres semanas después de la germinación. Un parámetro adicional fue utilizado para medir la tolerancia al estrés abiótico en caso necesario: el Índice de verdor después de sequía que proporciona una indicación de la senescencia de la planta. Es la proporción (expresada como porcentaje) de pixeles de color amarillo en la primera imagen después de la sequia. Para medir parámetros relacionados con raíces, plantas fueron cultivadas en macetas diseñadas especialmente con fondos transparentes para permitir la visualización de las raices.
Una cámara digital grabó imágenes a través del fondo de la maceta durante el crecimiento de la planta. Las características de raíz tales como área proyectada total (que puede correlacionarse con el volumen total de raiz) , diámetro promedio y longitud de raíces arriba de un cierto umbral de espesor (longitud de raíces gruesas, o longitud de raíz gruesa) se dedujeron de la imagen utilizando un software apropiado. El incremento de la biomasa de raíz se expresa en un incremento de la biomasa de raiz total (de conformidad con lo medido como biomasa máxima de raíces que se observa durante la vida de una planta) ; o como incremento del Índice de raíz/brote (de conformidad con lo medido como la proporción entre la masa de raíz y la masa de brote en el período de crecimiento activo de raíz y brote) . 10.3.2 Mediciones de parámetros relacionados con semillas Los panículos primarios maduros fueron cosechados, contados, embolsados, etiquetados con código de barras y después secados durante tres días en un horno a una temperatura de 37 °C. Los panículos fueron después desgranados y todas las semillas fueron recogidas y contadas. Las cascaras llenas fueron separadas de las cascaras vacías utilizando un dispositivo de soplado de aire. Las cascaras vacías fueron desechadas y la fracción restante fue contada otra vez. Las cascaras llenas fueron pesadas en una báscula analítica. El número de semillas llenas fue determinado por conteo del número de cascaras llenas que permanecieron después del paso de separación. Se midió el rendimiento total de semillas mediante el hecho de pesar todas las cascaras llenas cosechadas de una planta. El número total de semillas por planta fue medido mediante el conteo del número de cascaras cosechadas de una planta. Se extrapoló el Peso de Mil Granos (TKW) a partir del número de semillas llenas, contadas y su peso total. El índice de Cosecha (Hl) en la presente invención se define como la proporción entre el rendimiento total de semilla y el área arriba del suelo (mm2) multiplicada por un factor 106. El número total de flores por panículo de conformidad con lo definido en la presente invención es la proporción entre el número total de semillas y el número de panículos primarios maduros. La tasa de llenado de semillas de conformidad con lo definido en la presente invención es la proporción (expresada como porcentaje) entre el número de semillas llenas y el número total de semillas (o flósculos) . Ejemplo 11 : Resultados de plantas de arroz transgénico que expresan un ácido nucleico hox5 de HDZip de clase I bajo condiciones normales de crecimiento Los resultados de la evaluación de plantas de arroz transgénico que expresan el ácido nucleico hox5 de HDZip de clase I bajo condiciones normales de crecimiento se presentan en la Tabla F. La diferencia porcentual entre los transgénicos y los nulicigotos correspondientes se muestra, con un valor P a partir de la prueba F debajo de 0.05. Tabla F: Resultados de la evaluación de plantas de arroz transgénico que expresan un ácido nucleico hox5 de HDZip de clase I bajo condiciones de crecimiento normales Ejemplo 12: Resultados de plantas de arroz transgénico que expresan la secuencia de ácido nucleico útil en la realización de los métodos de la presente invención, bajo condiciones de crecimiento en estrés de sal Los resultados de la evaluación de plantas de arroz transgénico que expresan el ácido nucleico que codifica una secuencia de polipéptido hox5 de HDZip de clase I bajo condiciones de crecimiento de estrés de sal se presentan en la Tabla G. La diferencia porcentual entre los transgénicos y los nulicigotos correspondientes se muestra, con un valor P a partir de la prueba F debajo de 0.05. Tabla G: Resultado de la evaluación de plantas de arroz transgénico que expresan el ácido nucleico de hox5 de HDZip de clase I bajo condiciones de crecimiento de estrés de sal.
Ej mplo 13: Resultados de plantas de arroz transgénico que expresan el ácido nucleico hox5 de HDZip de clase I bajo condiciones de crecimiento de estrés de sequía Los resultados de la evaluación de plantas de arroz transgénico que expresan la secuencia de ácido nucleico útil en la realización de los métodos de la presente invención bajo condiciones de crecimiento de estrés de sequía se presentan en la Tabla H. La diferencia porcentual entre los transgénicos y los nulicigotos correspondientes se muestra, con un valor P a partir de la prueba F inferior a 0.05. Tabla H: Resultados de la evaluación de plantas de arroz transgénico que expresan la secuencia de ácido nucleico útil en la realización de los métodos de la invención, bajo condiciones de crecimiento de estrés de sequía.
EJEMPLOS Polipéptidos de NRT y ácidos nucleicos codificadores Ej mplo 14 : Identificación de secuencias relacionadas con SEQ ID NO: 52 y SEQ ID NO: 53 Secuencias (cDNA de longitud completa, ESTs o genómicas) relacionadas con SEQ ID NO: 52 y/o secuencias de proteínas relacionadas con SEQ ID NO: 53 fueron identificadas entre las mantenidas en la base de datos Entrez Nucleotides en el National Center for Biotechnology Information (NCBI) utilizando las herramientas de búsqueda de secuencias de base de datos, como por ejemplo el Basic Local Alignment Tool (BLAST) (Altschul et al. (1990) J. Mol. Biol. 215:403-410; y Altschul et al. (1997) Nucleic Acids Res. 25:3389- 3402). El programa es utilizado para regiones de similitud local entre secuencias mediante la comparación de secuencias de polipéptidos o ácido nucleico con bases de datos de secuencias y mediante el cálculo de la significación estadística de las correspondencias. El polipéptido codificado por SEQ ID NO: 52 fue utilizado para el algoritmo TBLASTN, con ajustes por omisión y el filtro para ignorar variaciones de secuencias de baja complejidad. La salida del análisis fue considerada mediante comparación en pares, y clasificada de conformidad con el resultado de probabilidad (valor E) , en donde el resultado refleja la probabilidad que ocurra de manera aleatoria una alineación particular (entre menor es el valor E, más significativo es el resultado) . Además de valores E, comparaciones fueron también calificadas por identidad porcentual. La identidad porcentual se refiere al número de nucleótidos idénticos (u aminoácidos) entre las dos secuencias de ácido nucleico comparadas (o polipéptidos) en un segmento particular. En ciertos casos, los parámetros por omisión pueden ser ajustados con el objeto de modificar la estrictez de la búsqueda. Además de las secuencias de ácido nucleico públicamente disponibles que se encuentran en NCBI, bases de datos de secuencias propias son también buscadas siguiendo el mismo procedimiento que el procedimiento descrito arriba. La Tabla I ofrece una lista de secuencias de proteína y ácido nucleico relacionadas con la secuencia de ácido nucleico representada por SEQ ID NO: 1 y la secuencia de proteína representada por SEQ ID NO: 2. Tabla I: Secuencias de ácido nucleico relacionado con la secuencia de ácido nucleico (SEQ ID NO: 1) útil en los métodos de la presente invención, y los polipéptidos deducidos correspondientes.
Ejemplo 15: Alineación de secuencias de polipéptidos relevantes AlignX de Vector NTI (Invitrogen) se basa en el algoritmo Clustal popular de alineación progresiva (Thompson et al. (1997) Nucleic Acids Res 25:4876-4882; Chenna et al. (2003). Nucleic Acids Res 31:3497-3500). Un árbol filogenético puede ser construido utilizando un algoritmo de agrupamiento de unión de vecinos. Valores por omisión son una penalidad de 10 para abertura de espacio, una penalidad de 0.1 para extensión de espacio y la matriz de ponderación seleccionada es Blosum 62 (si polipéptidos están alineados) . El resultado de la alineación de secuencias múltiples utilizando polipéptidos relevantes en la identificación de los útiles para llevar a cabo los métodos de la presente invención se muestra en las Figuras 6 (a) y (b)de la presente solicitud. La alineación múltiple muestra la alta conservación de secuencias entre proteínas NRT de las varias especies. Proteínas que comprenden un dominio PTR2 (e emplificado por SEQ ID NO: 126) claramente no caen dentro del grupo de proteínas NRT de conformidad con lo definido aquí. Ejemplo 16: Cálculo de identidad porcentual global entre secuencias de polipéptidos NRT Porcentajes globales de similitud e identidad entre secuencias de polipéptidos de longitud completa útiles en la realización de los métodos de la presenta invención fueron determinados utilizando el software MatGAT (Matrix Global Alignment Tool) (BMC Bioinformatics . 2003 4:29. MatGAT: una aplicación que genera matrices de similitud/identidad utilizando secuencias de proteína o DNA. Campanella JJ, Bitincka L, Smalley J; software hospedado por Ledion Bitíncka) . El software MatGAT genera matrices de similitud/identidad para secuencias de DNA o proteína sin necesidad de una pre-alineación de los datos. El programa efectúa una serie de alineaciones en pares utilizando el algoritmo de alineación global de Myers y Miller (con una penalidad por abertura de espacio de 12, y una penalidad de extensión de espacio de 2) , calcula la similitud y la identidad utilizando por ejemplo Blosum 62 (para polipéptidos) , y después coloca los resultados en una matriz de distancia. Una similitud de secuencia se muestra en la mitad inferior de la línea divisoria y una identidad de secuencia se muestra en la mitad superior de la línea divisoria diagonal. Parámetros utilizados en la comparación fueron: Matriz de calificación: Blosum62 Primer espacio: 12 Extensión de espacio: 2 Los resultados del análisis de software se presentan en la Tabla 1 para similitud global e identidad a todo lo largo de las secuencias de polipéptidos (excluyendo las secuencias de polipéptidos parciales) . La identidad porcentual se proporciona arriba de la diagonal y la similitud porcentual se proporciona abajo de la diagonal. La identidad porcentual entre las secuencias de polipéptidos útiles para efectuar los métodos de la presente invención es habitualmente superior a una identidad de aminoácidos del 60% en comparación con SEQ ID NO: 53 (aún cuando ocurren excepciones); mientras que proteínas que comprenden un dominio PTR2 (como por ejemplo transportador de nitrato de arroz representado por SEQ ID NO: 126, renglón 31 en la Tabla abajo) muestra solamente una identidad de secuencia muy limitada con las proteinas NRT (17% o menos) .
Tabla J: Resultados MatGAT para similitud global e identidad a todo lo largo de las secuencias de polipéptido en Ejemplo 17: Identificación de dominios comprendidos en secuencias de polipéptido útiles para efectuar los métodos de la invención La base de datos Integrated Resource of Protein Families, Domains and Sites (InterPro) es una interfase integrada para las bases de datos de firmas comúnmente utilizadas para búsquedas basadas en textos y búsquedas basadas en secuencias. La base de datos InterPro combina estas bases de datos que utilizan diferentes metodologías y varios grados de información biológica sobre proteinas bien caracterizadas para derivar firmas de proteina. Las bases de datos de colaboran incluyen SWISS-PROT, PROSITE, TrEMBL, PRINTS, ProDom y Pfam, Smart y TIGRFAMs. Interpro está hospedada en el European Bioinformatics Institute en el Reino Unido. Los resultados del escaneo InterPro de las secuencias polipéptidos de conformidad con lo representado por SEQ ID NO: 53 se presentan en la Tabla K. Tabla K: Resultados de escaneo InterPro de la secuencia de polipéptidos representada por SEQ ID NO: 53 Ejemplo 18: Predicción de topología de los polipéptidos de NRT (localización subcelular, transmembrana . . . ) TargetP 1.1 predice la localización subcelular de proteinas eucarióticas. La asignación de localización se basa en la presencia predicha de cualquiera de las pre-secuencias N-terminales: péptido de tránsito al cloroplasto (cTP) , péptido de enfoque mitocondrial (mTP) o péptido de señal de vía secretoria (SP) . Los resultados en los cuales se basa la predicción final no son realmente probabilidades, y no agregan necesariamente una. Sin embargo, la locación con el resultado más alto es la más probable según TargetP, y la relación entre los resultados (la clase de confiabilidad) puede ser una indicación de la certeza de la predicción. La clase de confiabilidad (RC) está dentro de un rango de 1 a 5, en donde 1 indica la predicción más fuerte. TargetP se mantiene en el servidor del Center for Biological Sequence Analysis, Technical University of Denmar [Universidad Técnica de Dinamarca] . Para las secuencias predichas para contener una pre-secuencia N-terminal, se puede predecir también un sitio de disociación potencial . Numerosos parámetros fueron seleccionados, tales como grupo de organismo (no planta o planta) , ajustes de corte (ninguno, ajuste predefinido de cortes, o ajuste de cortes especificado por el usuario) , y el cálculo de la predicción de sitios de disociación (sí o no) . Los resultados de análisis TargetP 1.1 de la secuencia de polipéptidos representado por SEQ ID NO: 53 se presentan en la Tabla L. El grupo de organismo "planta" ha sido seleccionado, no se ha definido ningún corte, y la longitud predicha del péptido de tránsito requerido. No se pudo predecir ninguna localización sub-celular. Tabla L: Análisis TargetP 1.1 de la secuencia de polipéptidos de conformidad con lo representado por SEQ ID NO: 53 Muchos otros algoritmos pueden ser utilizados para efectuar tales análisis, incluyendo: • ChloroP 1.1 hospedado en el servidor de la Technical University of Denmark [Universidad Técnica de Dinamarca] ; • Protein Prowler Subcellular Localisation Predictor versión 1.2 hospedado en el servidor del Institute for Molecular Bioscience, University of Queensland, Brisbane, Australia; PENCE Proteome Analyst PA-GOSUB 2.5 hospedado en el servidor la University de Alberta, Edmonton, Alberta, Canadá.
Utilizando el programa TMHMM (Center for Biological Sequence Análisis, Technical University de Denmark [Universidad Técnica de Dinamarca]) se predijo que el número de hélices de transmembrana era 11, véase Tabla M abajo. Tabla M: El número esperado de aminoácidos en hélices de transmembrana fue predicho en por lo menos 242 (si es mayor que 18, la proteína es muy probablemente una proteína de transmembrana) . Además, la presencia de una señal de secreción no es muy probable, puesto que no hay hélice de transmembrana predicha dentro de los primeros 60 aminoácidos, ni una secuencia de señal N-terminal (número Exp, primeros 60 AAs : 0.00085). Ejemplo 19: Ensayo para NRT Para determinar la actividad transportadora de NRT, se efectuó el ensayo de absorción de nitrato de conformidad con lo descrito por Tong et al. (Plant J. 41, 442-450, 2005). En resumen, se prepara mRNA a partir de constructos en los cuales el ORF que codifica la proteina NRT de interés es precedido por 5'-UTR de gen de ß-globina de Xenopus y seguido por 3'-UTR del mismo gen. Este mRNA es inyectado en oocitos de etapa V y VI de Xenopus después de lo cual la proteína NRT de interés es expresada. Los oocitos son incubados en una solución con 15N03" durante 3 a 12 horas a una temperatura de 18°C. Después, los oocitos son lavados y secados a 60°C. La absorción de nitrato enriquecido con 15N es medida mediante la medición de la proporción 15N/14N con un espectrómetro de masa. Otros ensayos adecuados para medir la absorción de N03 son reconocidos de las personas con conocimientos en la materia, véase, por ejemplo Filleur et al (absorción de 15N03~ en raíces, FEBS Letters 489, 220-224, 2001), o Zhou et al (medición de corriente provocada por aniones con el método de fijación de voltaje de dos electrodos, J. Biol. Chem. 275, 39894-39899, 2000) . En caso requerido, un gen nar2 puede ser co-expresado con el objeto de incrementar el transporte de nitrato. Alternativamente, la actividad de una proteína NRT u homólogo de la misma puede ser ensayada mediante la expresión de la proteina NRT u homólogo de la misma bajo el control de un promotor G0S2 en la especie de Oryza sa tiva Nipponbare, que resulta en plantas con una biomasa arriba del suelo incrementada y/o un rendimiento incrementado de semillas en comparación con plantas de tipo silvestre correspondientes. Este incremento del rendimiento de semillas puede ser medido de varias formas, como por ejemplo como un incremento del peso total de semillas, número de semillas llenas o número total de semillas, como un incremento del índice de cosecha o como un incremento de flores por panículo. Ejemplo 20: Clonación de secuencia de ácido nucleico de conformidad con lo representado por SEQ ID NO: 52 El gen NRT de Oryza sa tiva fue amplificado por reacción en cadena de polimerasa utilizando como templado una biblioteca de cDNA de plántulas de Oryza sa tiva (Invitrogen, Paisley, Reino Unido) . Después de la transcripción reversa de RNA extraído de plántulas, los cDNAs fueron clonados en pCMV Sport 6.0. El tamaño promedio de los insertos del banco fue de 1.5 kb y el número original de clones fue del orden de 1.59 x 107 ufe. El titulo original fue determinado en 9.6 x 105 ufc/ml después de la primera amplificación de 6 x 1011 ufc/ml. Después de extracción de plásmido, se utilizaron 200 ng de templado en una mezcla de PCR de 50 µl. Se utilizaron para amplificación por reacción en cadena de polimerasa los cebadores prm07061 (SEQ ID NO: 54; sentido, codón inicial en negrita, sitio AttBl en cursivas: 5'-ggggacaagtttgtacaaaaaagcaggcttaaacaatggactcgtcgacggtg-3' ) y prm07062 (SEQ ID NO: 55 reverso, complementario, codón de terminación en negrita, sitio AttB2 en cursivas: 5'-ggggaccactttgtacaagaaagctgggtctcggtcgcagaattgtttac-3' ) , que incluyen los sitios AttB para recombinación Gateway. Se efectuó una reacción en cadena de polimerasa utilizando Hifi Taq DNA polimerasa en condiciones estándares. Un fragmento de reacción en cadena de polimerasa de 1683 pares de bases (incluyendo sitios AttB) fue amplificado y purificado utilizando también métodos estándares. La primera etapa del procedimiento Gateway, la reacción BP, fue efectuado entonces, durante el cual el fragmento de reacción en cadena de polimerasa recombina in vivo con el plásmido pDONR201 para producir, según la terminología Gateway, un "clon de entrada". El plásmido pDONR201 fue adquirido en Invitrogen, como parte de la tecnología Gateway®. Ejemplo 21 : Construcción de vector de expresión utilizando la secuencia de ácido nucleico representado por SEQ ID NO: 52 El clon de entrada fue subsiguientemente utilizado en la reacción LR con un vector de destino utilizado para la transformación de Oryza sa tiva . Este vector contiene como elementos funcionales dentro de los bordes de T-DNA: un marcador seleccionable de planta; un cassette de expresión de marcador tamizable; y un cassette Gateway contemplado para recombinación in vivo de LR con la secuencia de interés ya clonada en el clon de entrada. Un promotor GOS de arroz (nucleótidos 1 a 2188 de SEQ ID NO: 56, la combinación promotor-gen) para la expresión constitutiva fue localizado corriente arriba de este cassette Gateway. Después del paso de recombinación de LR, el vector de expresión resultante para NRT (Figura 7) fue transformado en la cepa LBA4044 de Agrobacterium y subsiguientemente en plantas de Oriza sativa . Ej mplo 22 : Transformación de Plantas El Agrobacterium que contiene el vector de expresión fue utilizado para transformar plantas de Oriza sa tiva . Se removieron las cascaras de las semillas secas maduras de la especie de arroz japonés Nipponbare. La esterilización fue efectuada mediante la incubación durante un minuto en etanol al 70% seguido por 30 minutos en HgCl2 al 0.2%, seguido por seis lavados de 15 minutos con agua destilada estéril. Las semillas estériles fueron entonces germinadas en un medio que contenia 2,4-D (medio de inducción de callos). Después de la incubación en oscuridad durante 4 semanas, callos derivados de escutelo, embriogénicos fueron cortados y propagados en el mismo medio. Después de dos semanas, los callos fueron multiplicados o propagados por subcultivo en el mismo medio durante dos semanas adicionales. Piezas de callos embriogénicas fueron subcultivadas en medio fresco 3 días antes del co-cultivo (para reforzar la actividad de división celular) . La cepa LBA4404 de Agrobacterium que contiene el vector de expresión fue utilizada para co-cultivo. Agrobacterium fue inoculado en medio AB con los antibióticos apropiados y cultivado durante 3 días a una temperatura de 28° C. Las bacterias fueron después recogidas y suspendidas en medio de co-cultivo líquido a una densidad (OD600) de aproximadamente 1. La suspensión fue después transferida a una caja de Petri y los callos fueron sumergidos en la suspensión durante 15 minutos. Los tejidos de los callos fueron después secados en papel filtro y transferidos a un medio de co-cultivo, solidificado, e incubados durante 3 días en la oscuridad a una temperatura de 25° C. Los callos co-cultivados fueron cultivados en un medio que contenia 2,4-D durante 4 semanas en oscuridad a una temperatura de 28° C en presencia de un agente de selección. Durante este periodo, se desarrollaron islas de callos resistentes de crecimiento rápido. Después de la transferencia de este material a un medio de regeneración e incubación en la luz, el potencial embriogénico fue liberado y lotes se desarrollaron en las siguientes 4 a 5 semanas. Los brotes fueron cortados de los callos e incubados durante 2 a 3 semanas en un medio que contenía auxina a partir del cual fueron transferidos al suelo. Brotes endurecidos fueron cultivados bajo alto nivel de humedad y días cortos en un invernadero. Aproximadamente 35 transformantes de arroz TO independientes fueron generados para un constructo. Los transformantes primarios fueron transferidos de una cámara de cultivo tisular a un invernadero. Después de un análisis de reacción en cadena de polimerasa cuantitativa para verificar el número de copias del inserto de T-DNA, solamente plantas transgénicas de copias individuales que presentan tolerancia al agente de selección fueron conservadas para cosecha de semilla TI. Las semillas fueron después cosechadas 3 a 5 meses después del transplante. El método proporcionó transformante de locus único a una tasa de más del 50% (Aldemita and Hodges 1996, Hiei et al . 1994). Ejemplo 23: Procedimiento de Evaluación fenotípico 23.1 Condiciones de Evaluación Aproximadamente 30 transformantes de arroz TO independientes fueron generados. Los transformantes primarios fueron transferidos de una cámara de cultivo tisular a un invernadero para cultivo y cosecha de semillas TI. Cinco elementos, de los cuales la progenie TI se segregó 3:1 para presencia/ausencia de transgen, fueron retenidos. Para cada uno de estos eventos, aproximadamente 10 plántulas TI que contenia el transgen (heterocigotos y homocigotos) y aproximadamente 10 plántulas TI sin el transgen (nulicigotos) fueron seleccionadas por monitoreo de expresión de marcador visual. Las plantas transgénicas y los nulicigotos correspondientes fueron cultivadas lado a lado en posiciones aleatorias bajo las siguientes condiciones ambientales: fotoperiodo = 11.5 horas, intensidad de la luz del dia = 30,000 lux o más, temperatura de la luz del dia = 28° C o más, temperatura nocturna = 22° C, humedad relativa = 60-70%. Cuatro eventos TI fueron evaluados adicionalmente en la generación T2 siguiendo el mismo procedimiento de evaluación que para la generación TI pero con más individuos por evento. A partir de la etapa de sembradío hasta la etapa de madurez, las plantas fueron pasadas varias veces a través de un gabinete de imágenes digitales. En cada punto de tiempo imágenes digitales (2048 x 1536 pixeles, 16 millones de colores) fueron tomadas de cada planta de por lo menos 6 ángulos diferentes. 23.2 Análisis Estadistico Se utilizó un ANOVA (análisis de variante) en los factores como modelo estadistico para la evaluación global de las características fenotípicas de las plantas. Una prueba F fue efectuada en todos los parámetros medidos de todas las plantas de todos los eventos transformados con el gen de la presente invención. La prueba F fue efectuada para revisar un efecto del gen sobre la totalidad de los eventos de transformación para verificar el efecto global del gen, lo que se conoce también como efecto génico global. El umbral de significación para un efecto génico global verdadero fue establecido en un nivel de probabilidad del 5% para la prueba F. Un valor de prueba F significativa apunta a un efecto génico, lo que significa que no es solamente la simple presencia o posición del gen que esta causando las diferencias en fenotipo. Para revisar un efecto de los genes dentro de un evento, es decir, para un efecto especifico para linea, se efectuó una prueba T dentro de cada evento utilizando conjuntos de datos a partir de las plantas transgénicas y las plantas nulas correspondientes. Los términos "plantas nulas" o "segregantes nulos" o "nulicigotos" son las plantas tratadas de la misma manera que la planta transgénica, pero de las cuales el transgen ha sido segregado. Plantas nulas pueden también describirse como las plantas transformadas negativas homocigóticas . El umbral para la significación para la prueba T es establecido a un nivel de probabilidad del 10%. Los resultados para ciertos eventos pueden ser por encima o por abajo de dicho umbral. Esto se basa en la hipótesis que un gen puede tener solamente un efecto en ciertas posiciones en el genoma y que la ocurrencia de este efecto de pendiente de la posición es común. Este tipo de efecto génico se conoce también aquí como "efecto de linea del gen". El valor T es obtenido comparando el valor T con la distribución T o alternativamente, comparando el valor F con la distribución F. El valor P proporciona entonces la probabilidad que la hipótesis nula (es decir, no hay efecto de transgen) sea correcta . Puesto que se efectuaron dos experimentos con eventos que se empalman, se llevó acabo un análisis combinado. Esto es útil para revisar la consistencia de los efectos sobre nuevos experimentos, y si es el caso, para acumular evidencia de ambos experimentos con el objeto de incrementar la confianza en la conclusión. El método utilizado fue un enfoque de modelo mixto que toma en cuenta la estructura multinivel de los datos (es decir, experimento-evento-segregante) . Se obtienen valores P comparando la prueba de la proporción de probabilidad con distribuciones chi cuadrado. 23.3 Parámetros Medidos Medición de parámetros con relación a la biomasa A partir de la etapa de sembradío hasta la etapa de madurez, las plantas pasaron varias veces a través de un gabinete de imágenes digitales. En cada punto de tiempo se tomaron imágenes digitales (2048 x 1536 pixeles, 16 millones de colores) de cada planta a partir de por lo menos 6 ángulos diferentes . El área arriba del suelo de las plantas (o biomasa de hoja) fue determinada contando el número total de pixeles en las imágenes digitales de las partes de la planta arriba del suelo discriminadas del fondo. Este valor fue promediado a partir de las imágenes tomadas en el mismo punto de tiempo desde los diferentes ángulos y fue convertido en un valor de superficie física expresado en mm cuadrado por calibración. Los experimentos muestran que el área de planta arriba del suelo medida de esta forma se correlaciona con la biomasa de partes de planta arriba del suelo. El área arriba del suelo es el punto de tiempo en el cual la planta ha alcanzado su biomasa de hoja máxima. El vigor inicial es el área arriba del suelo de la planta (plántula) 3 semanas después de la germinación. Mediciones de parámetros relacionados con semillas Los panículos primarios maduros fueron cosechados, contados, embolsados, etiquetados con código de barras y después secados durante 3 días en un horno a una temperatura de 37° C. Los panículos fueron después desgranados y todas las semillas fueron recogidas y contadas. Las cascaras llenas fueron separadas de las cascaras vacías utilizando un dispositivo de soplado de aire. Las cascaras vacias fueron desechadas y la fracción restante fue contada otra vez. Las cascaras llenas fueron pesadas en una báscula analítica. El número de semillas llenas fue determinado mediante el conteo del número de cascaras llenas que permanecieron después del paso de separación. El rendimiento total de semillas fue medido pesando todas las cascaras llenas cosechadas de una planta. El número total de semillas por planta fue medido mediante el conteo del número de cascaras cosechadas de una planta. Se extrapolo el peso de mil granos (TKW) a partir del número de semillas llenas contadas y su peso total. El índice de Cosecha (Hl) en la presente invención se define como la proporción entre el rendimiento total de semillas y el área arriba del suelo (mm2) , multiplicado por un factor de 106. El número total de flores por panículo de conformidad con lo definido en la presente invención es la proporción entre el número total de semillas y el número de panículos primarios maduros. La tasa de llenado de semilla se define en la presente invención como la proporción (expresada como porcentaje) del número de semillas llenas y el número total de semillas (o flósculos) . Las flores por panículo es un parámetro que estima el número promedio de flósculos por panículo en una planta, que se deriva del número de semillas totales dividido entre el número de primeros panículos. El panículo más alto y todos los panículos que se empalmaban con el panículo más alto cuando se alinean verticalmente fueron considerados como primeros panículos y fueron contados manualmente . Ejemplo 24 : Resultados de la evaluación genotípica de las plantas transgénicas Al analizar las semillas de conformidad con lo descrito arriba, los inventores encontraron que plantas transformadas con el constructo de gen NRT tenían un rendimiento más elevado en semillas, que se expresa como número de semillas llenas (lo que puede ser por lo menos en parte el resultado de una tasa de relleno incrementada) , pero total de semillas e Índice de cosecha, en comparación con plantas que no tienen el transgen NRT. Los resultados obtenidos para plantas en la generación TI se presentan en forma resumida en la Tabla N. Tabla N Estos resultados positivos con rendimiento de semillas fueron obtenidos otra vez en la generación T2. En Tabla O, datos muestran que los incrementos porcentuales globales para el número de semillas llenas, el peso total de semillas y el índice de cosecha, que se calculan a partir de los datos de las líneas individuales de la generación T2, y los valores P respectivos. Estos datos T2 fueron reevaluados en un análisis combinado con los resultados de la generación TI, y los valores P obtenidos muestran que los efectos observados fueron altamente significativos. Tabla O: Además, las plantas transgénicas mostraron también un incremento de biomas (área max: + 7% en la generación TI y + 4% en T2) que dicho incremento fue significativo (valor P de análisis combinado: 0.0001). Ejemplos polipéptidos YEP16 y ácidos nucleicos codificadores Ej mplo 25: Clonación génica de ácido nucleico que codifica YEP16 de Arabidopsis thaliana El gen codificador de YEP16 de Arabidopsis thaliana fue amplificado por reacción en cadena de polimerasa utilizando como templado una biblioteca de cDNA de plántulas de Cryza sa tiva (Invitrogen, Paisley, UK) . Después de transcripción reversa del RNA extraído de plántula, los cDNAs fueron clonados en pCMV Sport 6.0. El tamaño promedio del inserto del banco fue de 1.6 kb y el número original de clones fue del orden de 1.6 x 107 ufe. El título original fue determinado en 3.34 x 106 ufc/ml después de la primera amplificación de 6 x 1010 ufc/ml. Después de extracción de plásmido, se utilizaron 200 ng de templado en una mezcla de PCR de 50 µl. Para amplificación por reacción en cadena de polimerasa se utilizaron cebadores prm00735 (SEQ ID NO: 144; sentido, codón inicial en negritas, sitio AttBl en cursivas: 5' -ggggacaagtttgtacaaaaaagcaggcttcacaatgga tactctctcagcatcc-3') y prm00736 (SEQ ID NO: 145; reverso, complementario, sitio AttB2 en cursivas: 5'- ggggaccactttgtacaagaaagctgggttgtatca tcaagaaacccaga-3' ) , que incluye los sitios AttB para recombinación Gateway. Se efectuó reacción en cadena de polimerasa utilizando Hifi Taq DNA polimerasa en condiciones estándares. Se amplificó y purificó utilizando también métodos estándares un fragmento de reacción en cadena de polimerasa de 12173 pares de bases (incluyendo sitios AttB; desde el inicio hasta la terminación: 1050 pares de base) . El primer paso del procedimiento Gateway, la reacción BP, fue efectuado entonces, durante el cual el fragmento de reacción en cadena de polimerasa in vivo con el plásmido pDONR201 para producir, según la terminología Gateway, un "clon de entrada". El plásmido pDONR201 fue comprado en Invitrogen, como parte de la tecnología Gateway®. Ejemplo 26: Construcción de Vector El clon de entrada fue subsiguientemente utilizado en una reacción de LR con p00640, un vector de destino utilizado para transformación de Oryza sa tiva . Este vector contiene como elementos funcionales dentro de los límites de T-DNA: un marcador seleccionable de planta; un cassette de expresión de marcador tamizable; y un cassette Gateway contemplado para recombinación in vivo de LR con la secuencia de interés ya clonada en el clon de entrada. Un promotor de oleosina de arroz (SEQ ID NO: 143) para expresión específica para semilla fue localizado corriente arriba de este cassette Gateway.
Después del paso de recombinación, el vector de expresión resultante (Figura 9) fue transformado en la cepa LBA4044 de Agrobacterium y subsiguientemente en plantas de Oriza sa tiva . Se permitió el crecimiento de plantas de arroz transformadas las cuales fueron examinadas para determinarlos parámetros descritos en el Ejemplo 27. Ej mplo 27: Evaluación y resultados de ácido nucleico codificador de YEP16 de Oriza sativa bajo el control del promotor de oleosina de arroz en condiciones normales de crecimi nto Se generaron aproximadamente 15 a 20 transformantes de arroz TO independientes. Los transformantes primarios fueron transferidos de una cámara de cultivo tisular a un invernadero para crecimiento y cosecha de semilla Ti. Siete eventos, de los cuales la progenie TI se segregó 3:1 para presencia/ausencia del transgen, fueron retenidos. Para cada uno de estos eventos, aproximadamente 10 plántulas TI que contenía el transgen (heterocigotos y homocigotos) y aproximadamente 10 plántulas TI que no tenían en el transgen (nulicigotos) fueron seleccionadas por monitoreo de expresión de marcador visual. Cuatro eventos TI fueron evaluados adicionalmente en la generación T2 siguiendo el mismo procedimiento de evaluación que en el caso de la generación TI pero con más individuos por evento. 27.1 Análisis estadistico: Prueba F Se utilizó ANOVA (análisis de variante) de dos factores como modelo estadístico para la evaluación global de las características fenotípicas de las plantas. Una prueba F fue efectuada en todos los parámetros medidos de todas las plantas de todos los eventos transformados con el gen de la presente invención. La prueba F fue efectuada para revisar un efecto del gen sobre todos los eventos de transformación y para efecto global del gen, lo que se conoce también como efecto génico global. El umbral de significación para un efecto génico global verdadero fue establecido en un nivel de probabilidad del 5% para la prueba F. Un valor de prueba F significativa apunta a un efecto génico, lo que significa que no es solamente la presencia o posición del gen que esta causando las diferencias en fenotipo. Mediciones de parámetros relacionados con semillas Los panículos primarios maduros fueron cosechados, contados, embolsados, y etiquetados con código de barras y después secados durante 3 días en un horno a una temperatura de 37° C. Los panículos fueron después desgranados y todas las semillas fueron recogidas y contadas. Las cascaras llenas fueron separadas de las cascaras vacías utilizando un dispositivo de soplado de aire. Las cascaras vacias fueron desechadas y la fracción restante fue contada otra vez. Las cascaras llenas fueron pesadas en una báscula analítica. El número de semillas llenas fue determinado contando el número de cascaras llenas que permanecieron después del paso de separación. El rendimiento total de semillas fue medido pesando todas las cascaras llenas cosechadas de una planta. El número total de semillas por planta fue medido mediante el conteo del número de cascaras cosechadas de una planta. Se extrapolo el peso de mil granos (TKW) a partir del número de semillas llenas contadas y su peso total. El índice de Cosecha (Hl) en la invención se define como la proporción entre el rendimiento total de semillas y el área arriba del suelo (mm2) , multiplicado por un factor 106. El número total de flores por panículo de conformidad con lo definido en la presente invención es la proporción entre el número total de semillas y el número de panículos primarios maduros. El número de semillas llenas, el rendimiento total de semillas (peso total de semillas) , la tasa de llenado de semillas (que es el número de semillas llenas dividido entre el número total de semillas y multiplicado por 100) y el índice de cosecha de plantas transgénicas transformadas con un ácido nucleico que codifica YEP16 se muestra en la Tabla P. Estos parámetros fueron significativamente incrementados en la generación TI en comparación con las plantas de control correspondientes. Incrementos promedios en los mismos parámetros fueron también observados en la generación T: Tabla P: Resultados del número de semillas llenas, peso total de semillas, tasa de llenado e índice de cosecha en la generación Ti de plantas transgénicas transformadas con un ácido nucleico codificador de YEP16.
Ejemplos; quinasa de tipo velludo de grupo I y ácidos nucleicos codificadores Ejemplo 28: Clonación génica El gen que codifica la quinasa de tipo velludo de grupo I de Oriza sa tiva fue amplificado por reacción en cadena de polimerasa utilizando como templado una biblioteca de cDNA de plántulas de Arabidopsis thaliana (Invitrogen, Paisley, UK) . Después de transcripción reversa del RNA extraído de plántulas, los cDNAs fueron clonados en pCMV Sport 6.0. El tamaño promedio de inserto del banco fue de 1.5 kb y el número original de clones fue del orden de 1.59 x 107 ufe. El título original fue determinado en 9.6 x 105 ufc/ml después de la primera amplificación de 6 x 1011 ufc/ml. Después de extracción de plásmido, se utilizaron 200 ng del templado en una mezcla de PCR de 50 µl. Para amplificación por reacción en cadena de polimerasa se utilizaron cebadores prm5797 SEQ ID NO: 179; sentido, codón inicial en negritas, sitio AttBl en cursivas : 5' -ggggacaagtttgtacaaaaaagcaggcttaaacaatgggttcagtaggggttg-3' ) y prm5798 (SEQ ID NO: 180; reverso, complementario, codón de detención en negritas, sitio AttB2 en cursivas: 5'-ggggaccactttgtacaagaaagctgggtgaagctgtctcatactcctgc-3' ) , que incluye los sitios AttB para recombinación Gateway. Se efectuó reacción en cadena de polimerasa utilizando Hifi Taq DNA polimerasa en condiciones estándares. Un fragmento de reacción en cadena de polimerasa de 1328 pares de bases fue amplificado y purificado utilizando también métodos estándares. El primer paso del procedimiento Gateway, la reacción BP, fue efectuado entonces, durante el cual el fragmento de reacción en cadena de polimerasa se recombina in vivo con el plásmido pDONR201 para producir, según la terminología Gateway, un "clon de entrada". El plásmido pDONR201 fue adquirido en Invitrogen, como parte de la tecnología Gateway®. Ejemplo 29: Construcción de Vector El clon de entrada fue subsiguientemente utilizado en una reacción de LR con un vector de destino utilizado para transformación de Oryza sa tiva . Este vector contiene como elementos funcionales dentro de los bordes de T-DNA: un marcador seleccionable de planta; un cassette de expresión de marcador tamizable; y un cassette Gateway contemplado para recombinación in vivo de LR con la secuencia de interés ya clonada en el clon de entrada. Un promotor GOS2 a partir de arroz, para expresión constitutiva, estuvo corriente arriba de este cassette Gateway (De Peter et al . Plant J. 1992 Nov; 2(6) :837-44) . Después del paso de recombinación de RL, el vector de expresión resultante (Figura 15) fue transformado en la cepa LBA4044 de Agrobacterium y subsiguientemente en plantas de Oriza sa tiva de conformidad con lo descrito en el Ejemplo 30. Se permitió el crecimiento de plantas de arroz transformadas las cuales fueron examinadas para determinarlos parámetros descritos en el Ejemplo 27. Ej mplo 30 : Transformación de arroz Se removió la cascara de semillas secas maduras de una variedad de arroz de Japón. La esterilización fue efectuada mediante incubación durante 1 minuto en etanol al 70%, seguido por 30 minutos en HgCl2 al 0.2%, seguido por un lavado de 6 x 15 minutos con agua destilada estéril. Las semillas estériles fueron entonces germinadas en un medio que contenía 2,4-D (medio de inducción de callos). Después de la incubación en oscuridad durante 4 semanas, callos embriogénicos, derivados de escutelo fueron cortados y propagados en el mismo medio. Después de dos semanas, los callos fueron multiplicados o propagados por subcultivo en el mismo medio durante dos semanas adicionales. Piezas de callos embriogénicos fueron subcultivados en medio fresco 3 días antes del co-cultivo (para reforzar la actividad de división celular) . Se utilizó para co-cultivo la cepa LBA4404 de Agrobacterium que contiene vectores T-DNA binarios. Se inoculó Agrobacterium en medio AB con los antibióticos apropiados y se cultivó durante 3 días a una temperatura de 28° C. Las bacterias fueron después recogidas y suspendidas en medio de co-cultivo líquido a una densidad (OD600) de aproximadamente 1. La suspensión fue después transferida a una caja de Petri y los callos fueron sumergidos en la suspensión durante 15 minutos. Los tejidos de los callos fueron después secados en papel filtro y transferidos a un medio de co-cultivo solidificado e incubados durante 3 días en oscuridad a una temperatura de 25° C. Los callos co-cultivados fueron cultivados en un medio que contenia 2,4-D durante 4 semanas en oscuridad a 28° C en presencia de una concentración adecuada del agente selectivo. Durante este periodo, se desarrollaron islas de callos resistentes de crecimiento rápido. Después de la transferencia de este material a un medio de regeneración e incubación en la luz, el potencial embriogénico fue liberado y brotes se desarrollaron en las siguientes 4 a 5 semanas. Brotes fueron cortados de los callos e incubados durante 2 a 3 semanas en un medio que contenía auxina a partir del cual fueron transferidos al suelo. Los brotes endurecidos fueron cultivados bajo alto humedad y dias cortos en un invernadero. Semillas fueron entonces cosechadas 3 a 5 meses después del transplante. El método proporcionó transformantes de locus simple a una tasa de más de 50 (Aldemita and Hodges 199 612-617, 1996, Chan Et al. Plant Mol. Biol. 22(3) 491-506,1993, Hiei et al . Plant J. , 6(2) 271-282, 1994). Ej mplo 31 : Tamizaje de Estrés de Sal Semillas fueron sembradas y plántulas fueron seleccionadas por monitoreo de expresión de marcador visual. Diez días después del sembradío, las plántulas fueron transplantadas a macetas de plástico, de 12 cm de diámetro, llenadas con una mezcla de arena húmeda y vermicudita. Las macetas fueron empapadas con agua fresca antes del transplante. Las plántulas fueron entonces transplantadas de cámaras de cultivo de tejido a un invernadero para crecimiento y cosecha de semillas Pl. Las macetas fueron sometidas a condiciones de sal 1 dias después del transplante. Las macetas fueron regadas 4 veces al día a 8 am, 12 pm, 4 pm y 9 pm con una solución de nutriente de estrés de sal que contenía NaCl 25 mM y los componentes listados abajo.
• Mezcla de nutriente NPK, 20-20-20 Peters professional (Scotts, Marysville, OH, EUA) a una concentración de 1 kg/m3. • Quelato de magnesio, Chelal Mg (BMS, Bornem, Bélgica) a 333.33 ml/m3. • Quelato de hierro, (CIBA, Bradford, UK) a 21.67 g/m3.
• NaCl 1.425 kg/m3. La concentración de sal fue monitoreada semanalmente y se efectuaron adiciones en caso necesario. Plantas fueron cultivadas bajo estas condiciones hasta el inicio del llenado de los granos. Fueron después transferidas a un compartimiento diferente del invernadero en donde fueron irrigadas diariamente con agua fresca hasta la cosecha de las semillas. Los parámetros de crecimiento y rendimiento fueron registrados de conformidad con lo presentado con detalles en el Ejemplo 32. Ejemplo 32: Evaluación y resultados Se generaron aproximadamente 15 a 20 transformantes de arroz T0 independientes. Los transformantes primarios fueron transferidos desde una cámara de cultivo tisular a un invernadero para crecimiento y cosecha de semillas TI. Se retuvieron por lo menos cinco eventos para los cuales la progenie TI segregó 3:1 para presencia/ausencia del transgen. Para cada uno de estos eventos, aproximadamente 10 plántulas Ti que contenían el transgen (heterocigotos y homocigotos) y aproximadamente 10 plántulas Ti que no tenían en el transgen (nulicigotos) fueron seleccionadas por monitoreo de expresión de marcador visual. Se evaluaron adicionalmente cuatro de los eventos TI de mejor desempeño en la generación T2 siguiendo el mismo procedimiento de evaluación que en el caso de la generación TI pero con más individuos por evento. Análisis estadistico: Prueba F Se utilizó un ANOVA (análisis de variante) de dos factores como modelo estadístico para la evaluación global de las características fenotípicas de las plantas. Se llevo a cabo una prueba F en todos los parámetros medidos de todas las plantas de todos los eventos transformados con el gen de la presente invención. La prueba F fue efectuada para revisar un efecto del gen sobre los eventos de transformación y para efecto global del gen, lo que se conoce también como efecto génico global. El umbral de significación para un efecto génico global verdadero fue establecido a un nivel de probabilidad del 5%. Un valor de prueba F significativo apunta a un efecto génico, lo que significa que no es solamente la presencia o posición del gen que esta causando las diferencias de fenotipo. 32.1 Mediciones de parámetros relacionados con semillas Panículos primarios maduros fueron cosechados, embolsados, etiquetados con código de barras y después secados durante 3 dias en EL horno a una temperatura de 37° C. Los panículos fueron después desgranados y todas las semillas fueron recogidas y contadas. Las cascaras llenas fueron separadas de las cascaras vacias utilizando un dispositivo de soplado de aire. Las cascaras vacías fueron desechadas y la fracción restante fue contada otra vez. Se pesaron las cascaras llenas en una báscula analítica. El rendimiento total de semilla fue medido pesando todas las cascaras llenas cosechadas de una planta. El Índice de cosecha en la presente invención es definido como la proporción entre el rendimiento total de semillas y el área sobre el suelo (mm2) , multiplicada por un factor 106. La Tabla de los resultados abajo muestra los valores P a partir de la prueba F para las evaluaciones TI y T2. La diferencia porcentual entre los transgénicos y los nulicigotos correspondientes (o plantas sin el transgen) se muestra también. Por ejemplo, en el caso del peso total de semillas en la generación TI, dos eventos fueron positivos para peso total de semillas (es decir, presentaron un incremento del peso total de semillas (de > 54%, con un valor P a partir de la prueba F de < 0.1938) en comparación con el peso de semilla de plantas nulicigóticas correspondientes en condiciones de estrés de sal) . En la generación T2, un evento fue positivo para el peso total de semillas (es decir, mostró un incremento del peso total de semillas (de 65%, con un valor P a partir de la prueba F de 0.0252) en comparación con el peso de semilla de plantas nulicigóticas correspondientes en condiciones de estrés de sal) . Tabla Q: Plantas transgénicas de quinasa de tipo velludo de generación Ti y T2 y plantas no transgénicas correspondientes bajo estrés de sal Transformación de maiz, trigo, soya, cánola, alfalfa, con secuencias útiles en los métodos de la invención Transformación de maiz La transformación de maíz ( Zea mays) es efectuada con una modificación del método descrito por Ishida et al. (1996) Nature Biotech 14(6): 745-50. La transformación depende del genotipo en el maíz y solamente genotipos específicos se prestan para transformación y regeneración. La línea endogámica A188 (University of Minnesota) de híbridos con A188 como ancestro son buenas fuentes de material donador para transformación, pero estos genotipos pueden ser utilizados exitosamente también. Mazorcas son cosechadas a partir de plantas de maíz aproximadamente 11 dias después de la polimización (DAP) cuando la longitud del embrión inmaduro es de aproximadamente 1 a 1.2 mm. Los embriones maduros son co-cultivados con Agrobacterium tumefaciens que contiene el vector de expresión, y plantas transgénicas son recuperadas a través de organogénesis. Los embriones reportados son cultivados en medio de inducción de callo, después medio de regeneración de maíz, que contiene el agente de selección (por ejemplo imidazolinona pero varios marcadores de selección pueden ser utilizados) . Las cajas de Petri son incubadas a la luz a una temperatura de 25° C durante 2-3 semanas, o hasta el desarrollo de brotes. Los brotes verdes son transferidos de cada embrión a un medio de desarrollo de raíz de maíz y son incubados a una temperatura de 25° C durante 2-3 semanas, o hasta el desarrollo de las raíces. Los brotes arraigados son transplantados al suelo en el invernadero. Semillas TI son producidas a partir de plantas que presentan tolerancia al agente de selección y que contienen una sola copia del inserto de T-DNA. Transformación del trigo La transformación de trigo se efectuada con el método descrito por Ishida et al. (1996) Nature Biotech 14(6): 745-50. La especie Bobwithe (disponible en CIMMYT, México) es habitualmente utilizada en transformación. Embriones inmaduros son co-cultivados con Agrobacterium tumefaciens que contiene el vector de expresión, y plantas transgénicas son recuperadas a través de organogénesis. Después de la incubación con Agrobacterium, los embriones crecen in vi tro en medio de inducción de callos, después medio de regeneración, que contiene el agente de selección (por ejemplo, imidazolinona pero varios marcadores de selección pueden ser utilizados) . Las cajas de Petri son incubadas a la luz a una temperatura de 25° C durante 2-3 semanas, o hasta el desarrollo de brotes. Los brotes verdes son transferidos de cada embrión a un medio para el desarrollo de raices y son incubados a 25° C durante 2-3 semanas, o hasta el desarrollo de las raíces. Los brotes arraigados son transplantados al suelo en el invernadero. Semillas TI son producidas a partir de plantas que presentan tolerancia al agente de selección y que contienen una sola copia del inserto de T-DNA.
Transformación de soya La soya es transformada de conformidad con una modificación del método descrito en la Patente US 5,164,310 de Texas A&M. Varias variedades comerciales de soya se prestan para transformación con este método. La variedad Jack (disponible en la fundación Illinois Seed) es comúnmente utilizada para transformación. Semillas de soya son esterilizadas para sembradío in vi tro . El hipocótilo, el radículo y un cotiledón son cortados de plántulas jóvenes de 7 días de edad. El epicótilo y el cotiledón restante son cultivados adicionalmente para desarrollar nodos axilares. Estos nodos axilares son cortados e incubados con Agrobacterium tumefaciens que contiene el vector de expresión. Después del tratamiento de co-cultivo, las explantas son lavadas y transferidas a medio de selección. Los brotes regenerados son cortados y colocados en un medio de elongación de brote. Los brotes no mayores de 1 cm son colocados en medio para el desarrollo de raíces hasta el desarrollo de las raíces. Los brotes con raíces son transplantados al suelo en el invernadero. Semillas TI son producidas a partir de plantas que presentan tolerancia al agente de selección y que contienen una sola copia del inserto de T-DNA. Transformación de colza/ cánola Peciolos cotiledonarios e hipocótilos de plántulas de 5-6 días de edad son utilizados como explantas para cultivo tisular y transformados de conformidad con Babic et al. (1998, Plant Cell Rep 17: 183-188). La variedad comercial Westar (Agriculture Canadá) es la variedad estándar utilizada para transformación, pero otras variedades pueden también utilizarse. Semillas de cánula son esterilizadas en la superficie para sembradío in vi tro . Las plantas de pecíolos de cotiledón con el cotiledón adjunto son removidas de las plántulas in vitro, e inoculadas con Agrobacterium (que contiene el vector de expresión) mediante el hecho de sumergir el extremo cortado de la explanta de peciolo en la suspensión bacteriana. Las explantas son después cultivadas durante 2 dias en un medio MSBAP-3 que contiene 3 mg/ml de BAP, sucrosa al 3%, Phytagar al 0.7% a una temperatura de 23° C, 16 horas de luz. Después de 2 dias de co-cultivo con Agrobacterium, las explantas de peciolos son transferidas a un medio MSBAP que contiene 3 mg/ml de BAP, cefotaxima, carbenicilina, o timentina (300 mg/l) durante 7 días, y después cultivadas en medio MSBAP-3 con cefotaxima, carbenicilina, o timentina y agente de selección hasta la regeneración de brotes. Cuando los brotes tienen 5-10 mm de longitud, son cortados y transferidos a un medio de elongación de brotes (MSBAP-0.5, que contiene 0.5 mg/l de BAP) . Brotes de aproximadamente 2 cm de longitud son transferidos al medio de desarrollo de raices (MS0) para inducción de raíces. Los brotes con raíces son transplantados al suelo en el invernadero. Semillas Ti son producidas a partir de plantas que presentan tolerancia al agente de selección y que contienen una sola copia del inserto de T-DNA. Transformación de alfalfa Un clon de regeneración de alfalfa (Medicago sa tiva ) es transformado utilizando el método de (McKersie et al., 1999 Plant Physiol 119: 839-847). La regeneración y transformación de alfa es dependiente del genotipo y por consiguiente se requiere de una planta de regeneración. Métodos para obtener plantas de regeneración han sido descritos. Por ejemplo, pueden seleccionarse entre la variedad Rangelander (Agriculture Canadá) o cualquier otra variedad comercial de alfalfa según lo descrito por Brown DCW y A Atanassov (1985. Plant Cell Tissue Organ Culture 4: 111-112). Alternativamente, la variedad RA3 ( (University of Wisconsin) ha sido seleccionada para uso en cultivo tisular (Waiker et al., 1978 Am J Bot 65:654-659). Explantas de peciolos son co-cultivadas con un cultivo durante la noche de Agrobacterium tumefaciens C58C1 pMP90 (McKersie et al., 1999 Plant Physiol 119: 839-847) ó LBA4404 que contiene el vector de expresión. Las explantas son co-cultivadas durante 3 días en la oscuridad en medio de inducción SH que contiene un 288 mg/L de Pro, 53 mg/L de tioprolina, 4.35 g/L de K2S04, y 100 µm de acetosiringinona. Las explantas son lavadas en medio Murashige-Skoog (Murashige y Skoog, 1962) de semiconcentración y colocadas en placas en el mismo medio de inducción SH sin acetosiringinona pero con un agente de selección adecuado y un antibiótico adecuado para inhibir el crecimiento de Agrobacterium. Después de varias semanas, embriones somáticos son transferidos a un medio de desarrollo B0Í2Y que no contiene reguladores de crecimiento, no contiene antibióticos y 50 g/L de sucrosa. Embriones somáticos son subsiguientemente germinados en un medio Murashige-Skoog de semiconcentración. Plántulas arraigadas fueron transferidas a macetas y cultivadas en un invernadero. Semillas TI son producidas de plantas que presentan tolerancia al agente de selección y que contienen una sola copia del inserto de T-DNA.

Claims (114)

  1. REIVINDICACIONES 1. Un método para incrementar el rendimiento de plantas en comparación con plantas correspondientes de tipo silvestre, que comprende la modulación de la expresión en una planta de un polipéptido hox5 de cierre de leucina de homeodominio (HDZip) de clase I u homólogo del mismo, y opcionalmente la selección de plantas que tienen un rendimiento incrementado, en donde dicho polipéptido hox5 de HDZip de clase I u homólogo del mismo comprende desde N-terminal hasta C-terminal: (i) un cuadro ácido; y (ii) un homeodominio de clase I; y (iii) un cierre de leucina con más de 5 heptados.
  2. 2. Un método de conformidad con la reivindicación 1, en donde dicho polipéptido hox5 de HDZip de clase I u homólogo del mismo comprende además uno o ambos de los siguientes: (i) una cola Trp; y (ii) un motivo de aminoácidos de RPFF, en donde R es Arg, P es Pro y F es Phe, y dentro de este motivo, permitiendo uno o varios cambios conservadores en cualquier posición, y/o uno o dos cambios no conservadores en cualquier posición.
  3. 3. Un método de conformidad con la reivindicación 1 ó 2, en donde dicha expresión modulada es efectuada mediante la introducción de una modificación genética preferentemente en el locus de un gen que codifica un polipéptido hox5 de HDZip de clase I u homólogo del mismo.
  4. 4. Un método de conformidad con la reivindicación 3, en donde dicha modificación genética es efectuada por uno de los siguientes: activación de T-DNA, TILLING, mutagénesis dirigida a sitio o evolución dirigida.
  5. 5. Un método para incrementar el rendimiento de las plantas en comparación con plantas de tipo silvestre que comprende la introducción y expresión en una planta de un ácido nucleico hox5 de HDZip de clase I o una variante del mismo.
  6. 6. Un método de conformidad con la reivindicación 5, en donde dicha variante es una porción de un ácido nucleico hox5 de HDZip de clase I, dicha porción codifica un polipéptido comprende desde N-terminal hasta C-terminal: (i) un cuadro ácido; y (ii) un homeodominio de clase I; y (iii) un cierre de leucina con más de 5 heptados.
  7. 7. Un método de conformidad con la reivindicación 5, en donde dicha variante es una secuencia capaz de hibridarse con un ácido nucleico hox5 de HDZip de clase I, dicha secuencia de hibridación codifica un polipéptido que comprende desde N-terminal hasta C-terminal: (i) un cuadro ácido; y (ii) un homeodominio de clase I; y (iii) un cierre de leucina con más de 5 heptados.
  8. 8. Un método de conformidad con las reivindicaciones 5 a 7, en donde dicho ácido nucleico hox5 de HDZip de clase I o variante del mismo es sobre expresado en una planta.
  9. 9. Un método de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 5 a 8, en donde dicho ácido nucleico hox5 de HDZip de clase I o variante del mismo es de origen vegetal, preferentemente de una planta monocotiledónea, con preferencia adicional de la familia Poaceae, con mayor preferencia del género Oryza , especialmente de Oryza sa tiva .
  10. 10. Un método de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 5 a 9, en donde dicha variante codifica un ortólogo o parálogo de la proteína hox5 de HDZip de clase I de SEQ ID NO: 2.
  11. 11. Un método de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 5 a 10, en donde dicho ácido nucleico hox5 de HDZip de clase I o variante del mismo está enlazado operativamente a un promotor constitutivo.
  12. 12. Un método de conformidad con la reivindicación 11, en donde dicho promotor constitutivo es un promotor GOS2, con mayor preferencia, el promotor constitutivo es un promotor GOS2 de arroz, con preferencia adicional es promotor constitutivo está representado por una secuencia de ácido nucleico sustancialmente similar a SEQ ID NO: 33 o SEQ ID NO: 178, con mayor preferencia el promotor constitutivo es de conformidad con lo representado por SEQ ID NO: 33 ó SEQ ID NO: 178.
  13. 13. Un método de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 1 a 12, en donde dicho rendimiento incrementado se selecciona entre uno o varios de los siguientes: número incrementado de semillas llenas, rendimiento total de semilla incrementado, número incrementado de flores por panículo, tasa de llenado incrementado de semillas, índice de cosecha incrementado (Hl), peso de mil granos (TKW) incrementado, longitud de raíz incrementada o diámetro de raíz incrementado, todos en comparación con plantas de tipo silvestre correspondientes.
  14. 14. Un método de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 1 a 13, en donde dicho rendimiento incrementado ocurre bajo estrés abiótico.
  15. 15. Un método de conformidad con la reivindicación 14, en donde dicho estrés abiótico es un estrés osmótico, seleccionado entre uno o varios de los siguientes: estrés de agua, estrés de sal, estrés oxidante y estrés iónico, preferentemente en donde dicho estrés de agua es estrés de sequia.
  16. 16. Un método de conformidad con la reivindicación 14 ó 15, en donde dicha tolerancia al estrés abiótico se manifiesta en forma de un rendimiento incrementado seleccionado entre uno o varios de los siguientes: número incrementado de semillas llenas, rendimiento total de semilla incrementado, número incrementado de flores por panículo, tasa incrementada de llenado de semillas, Hl incrementado, TKW incrementado, longitud incrementada de raíz o diámetro incrementado de raíz, todos estos en comparación con plantas de tipo silvestre.
  17. 17. Un método de conformidad con las reivindicaciones 13 a 16, en donde dicho rendimiento incrementado comprende un índice de verdor incrementado.
  18. 18. Planta, parte de planta, o célula de planta que puede obtenerse a través de un método de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 1 a 17.
  19. 19. Uso de un constructo que comprende: (i) un ácido nucleico hox5 de HDZip de clase I o variante del mismo; (ü) una o varias secuencias de control capaces de impulsar la expresión de la secuencia de ácido nucleico de (i); y opcionalmente (iii) una secuencia de terminación de transcripción, en un método de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 5 a 17.
  20. 20. Constructo de conformidad con la reivindicación 19, en donde dicha secuencia de control es un promotor constitutivo.
  21. 21. Constructo de conformidad con la reivindicación 20, en donde dicho promotor constitutivo es un promotor GOS2, preferentemente el promotor GOS2 de arroz, con preferencia adicional el promotor constitutivo es representado por una secuencia de ácido nucleico sustancialmente similar a SEQ ID NO: 33 o SEQ ID NO: 178, con mayor preferencia el promotor constitutivo es de conformidad con lo representado por SEQ ID NO: 33 ó SEQ ID NO: 178.
  22. 22. Planta, parte de planta, o célula de planta transformada con un constructo que comprende un ácido nucleico hox5 de HDZip de clase I o una variante del mismo bajo el control de un promotor GOS2.
  23. 23. Un método para la producción de una planta transgénica que tiene un rendimiento incrementado en comparación con una planta de tipo silvestre correspondiente, dicho método comprende: (i) introducir y expresar en una planta o célula vegetal un ácido nucleico hox5 de HDZip de clase I o variante del mismo; (ii) (ii) cultivar la célula de planta bajo condiciones que promueven el crecimiento y desarrollo de la planta .
  24. 24. Un método de conformidad con la reivindicación 23, en donde dicho rendimiento incrementado ocurre bajo estrés abiótico incrementado.
  25. 25. Planta transgénica que tiene un rendimiento incrementado en comparación con una planta de tipo silvestre correspondiente, dicho crecimiento incrementado es el resultado de un ácido nucleico hox5 de HDZip de clase I o una variante del mismo introducido en dicha planta.
  26. 26. Planta transgénica de conformidad con la reivindicación 18, 22 ó 25, en donde dicha planta es una planta monocotiledónea como por ejemplo caña de azúcar, o en donde la planta es un cereal, como por ejemplo arroz, maíz, trigo, cebada, mijo, centeno, avena o sorgo.
  27. 27. Partes cosechables de una planta de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 18, 22, 25 ó 26.
  28. 28. Partes cosechables de una planta de conformidad con la reivindicación 27, en donde dichas partes cosechable son semillas .
  29. 29. Productos derivados de una planta de conformidad con la reivindicación 26 y/o de partes cosechables de una planta de conformidad con las reivindicaciones 27 ó 28.
  30. 30. El uso de ácido nucleico/gen hox5 de HDZip de clase I o variante del mismo, o el uso de un polipéptido de hox5 de HDZip de clase I u homólogo del mismo, en el incremento de rendimiento de plantas en comparación con plantas de tipo silvestre correspondientes.
  31. 31. El uso de conformidad con la reivindicación 30, en donde dicho rendimiento incrementado se selecciona entre uno o varios de los siguientes: número incrementado de semillas llenas, rendimiento total de semillas incrementado, número incrementado de flores por panículo, tasa de llenado de semillas incrementada, Hl incrementado, TKW incrementado, longitud incrementada de raíz o diámetro incrementado de raíz, todo lo anterior en comparación con plantas de tipo silvestre.
  32. 32. El uso de conformidad con las reivindicaciones 30 ó 31, en donde dicho rendimiento incrementado ocurre bajo estrés abiótico incrementado.
  33. 33. El uso de conformidad con la reivindicación 32, en donde dicho rendimiento incrementado comprende índice de verdor incrementado.
  34. 34. El uso de un ácido nucleico/gen hox5 de HDZip de clase I o variante del mismo, o uso de un polipéptido hox5 de HDZip de clase I u homólogo del mismo, como marcador molecular.
  35. 35. Un método para mejorar las características de crecimiento de plantas en comparación con plantas de tipo silvestre correspondientes, que comprende la modulación de la expresión en una planta de un ácido nucleico que codifica un polipéptido NRT o un homólogo del mismo, y seleccionar opcionalmente plantas que tienen características mejoradas de crecimiento.
  36. 36. Un método de conformidad con la reivindicación 35, en donde dicha expresión modulada es efectuada mediante la introducción de una modificación genética preferentemente en el locus de un gen de conformidad con un polipéptido NRT o un homólogo del mismo.
  37. 37. Un método de conformidad con la reivindicación 36, en donde dicha modificación genética es efectuada por uno de los siguientes: activación de T-DNA, TILLING, mutagénesis dirigida al sitio, recombinación homologa o evolución dirigida.
  38. 38. Un método para mejorar las características de crecimiento en comparación con plantas correspondientes de tipo silvestre, que comprende la introducción y expresión en una planta de un ácido nucleico NRP o una variante del mismo.
  39. 39. Un método de conformidad con la reivindicación 38, en donde dicho ácido nucleico codifica un homólogo de la proteína NRT de SEQ ID NO: 53, preferentemente dicho ácido nucleico codifica un ortólogo o un parálogo de la proteína NRT de SEQ ID NO: 53.
  40. 40. Un método de conformidad con la reivindicación 38, en donde dicha variante es una porción de un ácido nucleico NRT o una secuencia capaz de hibridarse con ácido nucleico NRT, dicha porción o secuencia de hibridación codifica un polipéptido que comprende: (i) un dominio MFS_1, (ii) un dominio de transmembrana localizado C-terminalmente del dominio MFS_1 y preferentemente que tiene también una actividad NRT.
  41. 41. Un método de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 38 a 40, en donde dicho ácido nucleico NRT o variante del mismo es sobre expresado en una planta.
  42. 42. Un método de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 38 a 41, en donde dicho ácido nucleico NRT o variante del mismo es de origen vegetal, preferentemente de una planta monocotiledónea, con mayor preferencia de la familia Poaceae, con mayor preferencia el ácido nucleico es de Oryza sa tiva .
  43. 43. Un método de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 38 a 42, en donde dicho ácido nucleico NRT o variante del mismo esta enlazado operativamente a un promotor constitutivo.
  44. 44. Un método de conformidad con la reivindicación 43, en donde dicho promotor constitutivo es un promotor GOS2.
  45. 45. Un método de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 35 a 44, en donde dicha característica de crecimiento mejorado es rendimiento incrementado.
  46. 46. Un método de conformidad con la reivindicación 45, en donde dicho rendimiento incrementado es rendimiento incrementado de semillas.
  47. 47. Un método de conformidad con la reivindicación 46, en donde dicho rendimiento incrementado de semillas se selecciona entre: peso total incrementado de semillas, número total incrementado de semillas, número incrementado de semillas llenas, número incrementado de flores por panículo o índice de cosecha incrementada.
  48. 48. Planta o célula de planta que puede obtenerse a través de un método de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 35 a 47.
  49. 49. Constructo que comprende: (i) un ácido nucleico NRT o una variante del mismo; (ii) una o varias secuencias de control capaces de impulsar la expresión de la secuencia de ácido nucleico de (i) ; y opcionalmente (iii) una secuencia de terminación de transcripción.
  50. 50. Constructo de conformidad con la reivindicación 49, en donde dicha secuencia de control es un promotor constitutivo.
  51. 51. Constructo de conformidad de conformidad con la reivindicación 50, en donde dicho promotor constitutivo es un promotor GOS2.
  52. 52. Constructo de conformidad de conformidad con la reivindicación 51, en donde dicho promotor GOS2 es de conformidad con lo representado por los nucleótidos 1 a 2193 de SEQ ID NO: 56.
  53. 53. Planta o célula de planta transformada con un constructo de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 49 a 52.
  54. 54. Un método para la producción de una planta transgénica que tiene un rendimiento incrementado en comparación con plantas de tipo silvestre correspondientes, dicho método comprende : (i) introducción y expresión en una planta o célula de planta de un ácido nucleico NRT o variante del mismo; (ii) cultivo de la célula de planta bajo condiciones que promueven el crecimiento de la planta y su desarrollo.
  55. 55. Planta transgénica o célula de planta que tiene características de crecimiento mejorado que resultan de un ácido nucleico NRT o una variante del mismo introducido en dicha planta.
  56. 56. Planta transgénica o célula de planta de conformidad con la reivindicación 48, 53 ó 55, en donde dicha planta es una planta monocotiledónea, como por ejemplo caña de azúcar, o en donde la planta es un cereal, como por ejemplo arroz, maíz, trigo, cebada, mijo, centeno, avena o sorgo, o en donde dicha célula de planta transgénica es derivada de una planta monocotiledónea, como por ejemplo caña de azúcar o en donde la planta es un cereal, como por ejemplo arroz, maiz, trigo, cebada, mijo, centeno, avena o sorgo.
  57. 57. Partes cosechables de una planta de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 48, 53, 55 ó 56.
  58. 58. Partes cosechables de una planta de conformidad con la reivindicación 57, en donde dichas partes cosechable son semillas .
  59. 59. Productos directamente derivados de una planta de conformidad con la reivindicación 56 y/o de partes cosechables de una planta de conformidad con las reivindicaciones 57 ó 58.
  60. 60. El uso de ácido nucleico/gen de NRT o variante del mismo, o uso de un polipéptido de NRT o un homólogo del mismo, en la mejora de las características de crecimiento de plantas, preferentemente en una mejora de rendimiento, especialmente del rendimiento de semillas, en comparación con plantas correspondientes de tipo silvestre.
  61. 61. El uso de conformidad con la reivindicación 60, en donde dicho rendimiento de semilla es uno o varios de los siguientes: peso total incrementado de semillas, número total incrementado de semillas, número incrementado de semillas llenas, número incrementado de flores por panículo o índice de cosecha incrementado.
  62. 62. Uso de un ácido nucleico/gen de NRT o variante del mismo, o uso de un polipéptido NRT o un homólogo del mismo, como marcador molecular.
  63. 63. Un método para mejorar el rendimiento de plantas en comparación con plantas de tipo silvestre correspondientes, que comprende la modulación de la expresión en una planta de un ácido nucleico que codifica un polipéptido YEP16 o un homólogo del mismo, en donde dicho polipéptido YEP16 o un homólogo del mismo comprende, en orden creciente de preferencia, una identidad de secuencia de por lo menos 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95% con la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 128.
  64. 64. Un método de conformidad con la reivindicación 63, en donde dicha expresión modulada es una expresión incrementada.
  65. 65. Un método de conformidad con la reivindicación 63 ó 64, en donde dicha expresión modulada es efectuado por medio de la introducción de una modificación genética preferentemente en el locus de ungen que codifica un polipéptido YEP16 o un homólogo del mismo.
  66. 66. Un método de conformidad con la reivindicación 65, en donde dicha modificación genética es efectuada por uno de los siguientes: activación de T-DNA, TILLING, mutagénesis dirigida a sitio, o evolución dirigida.
  67. 67. Un método para mejorar el rendimiento de plantas en comparación con plantas de tipo silvestre correspondientes, que comprende la introducción y expresión en una planta de un ácido nucleico que codifica un polipéptido YEP16 o un homólogo del mismo, en donde dicho polipéptido YEP16 o un homólogo del mismo comprende, en orden creciente de preferencia, una identidad de secuencia de por lo menos 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95% con la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 128.
  68. 68. Un método de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 63 a 67, en donde dicho polipéptido YEP16 u homólogo del mismo es enfocado a un plástido.
  69. 69. Un método de conformidad con la reivindicación 68, en donde dicho plástido es un cloroplasto.
  70. 70. Un método de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 67 a 69, en donde dicho ácido nucleico que codifica un polipéptido YEP16 o un homólogo del mismo es una secuencia de ácido nucleico capaz de hibridarse bajo condiciones de estrictez reducidas a un ácido nucleico de conformidad con lo representado en por SEQ ID NO: 127 o SEQ ID NO: 129.
  71. 71. Un método de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 67 a 70, en donde dicho ácido nucleico que codifica un polipéptido YEP16 o un homólogo del mismo es una secuencia de ácido nucleico que tiene, en orden creciente de preferencia, por lo menos 100, 125, 150. 175, 200, 225, 250, 275, 300, 325, 350, 375, 400, 425, 450, 475, 500, 525, 550, 575 nucleótidos consecutivos de un ácido nucleico de conformidad con lo representado por SEQ ID NO: 127 ó SEQ ID NO: 129.
  72. 72. Un método de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 67 a 71, en donde dicho ácido nucleico que codifica un polipéptido YEP16 o un homólogo del mismo codifica un ortólogo o parálogo del polipéptido YEP16 De SEQ ID NO: 128 o SEQ ID NO: 130.
  73. 73. Un método de conformidad con las reivindicaciones 67 a 72, en donde dicho ácido nucleico que codifica un polipéptido YEP16 o un homólogo del mismo es sobre expresado en una planta .
  74. 74. Un método de conformidad con las reivindicaciones 67 a 73, en donde dicho ácido nucleico que codifica un polipéptido YEP16 o un homólogo del mismo es de origen vegetal, preferentemente de una especie dicotiledónea, con preferencia adicional de la familia Brassicaceae, con mayor preferencia de Arabidopsis thaliana .
  75. 75. Un método de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 67 a 74, en donde dicho ácido nucleico que codifica un polipéptido YEP16 o un homólogo del mismo está enlazado operativamente a un promotor especifico de semilla.
  76. 76. Un método de conformidad con la reivindicación 75, en donde dicho promotor específico de semilla es un promotor de oleosina, preferentemente el promotor de oleosina de arroz, con preferencia además de conformidad con lo representado por SEQ ID NO: 143.
  77. 77. Un método de conformidad con las reivindicaciones 63 a 76, en donde dicho rendimiento mejorado es el rendimiento mejorado de semillas en comparación con plantas de tipo silvestre correspondientes.
  78. 78. Un método de conformidad con la reivindicación 77, en donde dicho rendimiento mejorado de semilla se selecciona entre uno o varios de los siguientes: peso incrementado de semilla, número incrementado de semillas llenas, tasa incrementada de llenado de semillas, e índice de cosecha incrementada.
  79. 79. Planta o célula de planta que puede obtenerse a través del método de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 63 a 78.
  80. 80. Constructo que comprende: (i) un ácido nucleico que codifica un polipéptido YEP16 o un homólogo del mismo, en donde dicho polipéptido YEP16 o un homólogo del mismo comprende en orden creciente de preferencia una identidad de secuencia de por lo menos 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95% con la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 128; (ii) una o varias secuencias de control capaces de impulsar la expresión de la secuencia de ácido nucleico de (i) ; y opcionalmente (iii) una secuencia de terminación de transcripción.
  81. 81. Un constructo de conformidad con la reivindicación 80, en donde dicha secuencia de control es un promotor especifico de semilla.
  82. 82. Un constructo de conformidad con la reivindicación 81, en donde dicho promotor específico de semilla es un promotor de oleosina, preferentemente el promotor de oleosina de arroz.
  83. 83. Planta, parte de planta, o célula de planta transformada con un constructo de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 80 a 82.
  84. 84. Un método para la producción de una planta transgénica que tiene un rendimiento mejorado en comparación con una planta de tipo silvestre correspondiente, dicho método comprende: (i) introducir y expresar en una planta o célula de planta un ácido nucleico que codifica un polipéptido YEP16 o un homólogo del mismo, en donde dicho polipéptido YEP16 o un homólogo del mismo comprende, en orden creciente de preferencia, una identidad de secuencia de por lo menos 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95% con la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 128, (ii) cultivar la célula de planta bajo condiciones que promueven el crecimiento de la planta y su desarrollo.
  85. 85. Planta transgénica que tiene un rendimiento mejorado en comparación con una planta de tipo silvestre correspondiente que resulta de un ácido nucleico que codifica un polipéptido YEP16 o un homólogo del mismo, en donde dicho polipéptido YEP16 o un homólogo del mismo comprende en orden creciente de preferencia una identidad de secuencia de por lo menos 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95% con la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 128.
  86. 86. Planta transgénica de conformidad con la reivindicación 79, 83 u 85, en donde dicha planta es una planta monocotiledónea, como por ejemplo caña de azúcar, o en donde la planta es un cereal, como por ejemplo arroz, maiz, trigo, cebada, mijo, centeno, avena o sorgo.
  87. 87. Partes cosechables de una planta de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 79, 83, 85 u 86.
  88. 88. Partes cosechables de una planta de conformidad con la reivindicación 87, en donde dichas partes cosechables son semillas.
  89. 89. Productos directamente derivados de una planta de conformidad con la reivindicación 86 y/o de partes cosechables de una planta de conformidad con las reivindicaciones 87 u 88.
  90. 90. El uso de un ácido nucleico que codifica un polipéptido YEP16 o un homólogo del mismo, en donde dicho polipéptido YEP16 o un homólogo del mismo comprende, en orden creciente de preferencia, una identidad de secuencia de por lo menos 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95% con la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 128 en mejora de rendimiento de planta en comparación con las plantas de tipo silvestre correspondientes.
  91. 91. El uso de conformidad con la reivindicación 90, en donde dicho rendimiento mejorado se selecciona entre uno o varios de los siguientes: peso incrementado de semilla, número incrementado de semillas llenas, tasa incrementada de llenado e Índice incrementado de cosecha.
  92. 92. El uso de un ácido nucleico que codifica un polipéptido YEP16 o un homólogo del mismo como marcador molecular, en donde dicho polipéptido YEP16 o un homólogo del mismo comprende, en orden creciente de preferencia, una identidad de secuencia de por lo menos 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95% con la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 128.
  93. 93. Un método para mejorar la tolerancia al estrés abiótico en plantas, que comprende el incremento de la actividad en una planta de una quinasa de tipo velludo de grupo I o un homólogo de la misma, dicha quinasa de tipo velludo de grupo I es una quinasa que tiene: (i) una identidad de secuencia de por lo menos 77% con la secuencia de aminoácidos representado por SEQ ID NO: 147; y (ii) motivo I: R/H/V/N/Q E/G LK G/N y motivo II: K Q/N CXXX G/A/S, en donde X puede ser cualquier aminoácido.
  94. 94. Un método de conformidad con la reivindicación 93, en donde dicha actividad incrementada es efectuada mediante la introducción de una modificación genética, preferentemente en el locus de un gen que codifica una quinasa de tipo velludo de grupo I, dicho locus es una región genómica que incluye el gen de interés y 10 kb corriente arriba o corriente abajo de la región codificadora.
  95. 95. Un método de conformidad con la reivindicación 94, en donde dicha modificación genética es efectuada por cualquiera de los siguientes: mutagénesis dirigida a sitio, recombinación homologa, TILLING, activación de T-DNA y mediante introducción y expresión en una planta de un ácido nucleico que codifica una quinaza de tipo velludo de grupo I u homólogo de la misma.
  96. 96. Un método para mejorar la tolerancia al estrés abiótico en plantas, que comprende la introducción y expresión en una planta de un ácido nucleico/gen que codifica una quinasa de tipo velludo de Grupo I o variante del mismo.
  97. 97. Un método de conformidad con la reivindicación 96, en donde dicha variante es una porción de un ácido nucleico/gen que codifica una quinasa de tipo velludo de Grupo I y/o un ácido nucleico capaz de hibridarse con un ácido nucleico/gen que codifica una quinasa de tipo velludo de Grupo I, dicha porción o secuencia de hibridación tiene una longitud de por lo menos 1,200 nucleótidos, y dicha porción o secuencia de hibridación codifica un polipéptido que tiene: (i) una identidad de secuencia de por lo menos 77% con la secuencia de aminoácidos representado por SEQ ID NO: 147; y (ii) motivo I: R/H/V/N/Q E/G LK G/N y motivo II: K Q/N CXXX G/A/S, en donde X puede ser cualquier aminoácido.
  98. 98. Un método de conformidad con la reivindicación 96 ó 97, en donde dicho ácido nucleico/gen que codifica una quinasa de tipo velludo de Grupo I o variante del mismo es sobre expresado en una planta.
  99. 99. Un método de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 96 ó 98, en donde dicho ácido nucleico/gen que codifica una quinasa de tipo velludo de Grupo I o variante del mismo es de origen vegetal, preferentemente de una planta monocotiledónea, con preferencia adicional de la familia Poaceae, con mayor preferencia del género Oryza , y muy especialmente de Oriza sa tiva .
  100. 100. Un método de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 96 a 99, en donde dicho ácido nucleico/gen que codifica una quinasa de tipo velludo de Grupo I o variante del mismo está enlazado operativamente a un promotor constitutivo, preferentemente un promotor GOS2.0
  101. 101. Un método de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 93 a 100, en donde dicho estrés abiótico es uno o varios de los siguientes: estrés de agua, estrés anaeróbico, estrés de sal, estrés de temperatura, estrés de toxicidad química y estrés oxidante.
  102. 102. Un método de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 93 a 101, en donde dicho estrés abiótico es un estrés osmótico seleccionado entre estrés de sal, estrés de agua, estrés oxidante, estrés iónico.
  103. 103. Planta o célula vegetal que puede obtenerse a través de un método de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 93 a 102, en donde la planta o célula vegetal tiene una actividad incrementada de una quinasa de tipo velludo de Grupo I y/o expresión incrementada de un ácido nucleico que codifica una quinasa de tipo velludo de Grupo I.
  104. 104. Constructo que comprende: (i) un ácido nucleico que modifica una quinasa de tipo velludo de Grupo I o variante del mismo; (ii) una o varias secuencias de control capaces de impulsar la expresión de la secuencia de ácido nucleico de (i) ; y opcionalmente (iii) una secuencia de terminación de transcripción.
  105. 105. Constructo de conformidad con la reivindicación 104, en donde dicha secuencia de control comprende un promotor constitutivo, preferentemente el promotor GOS2, como por ejemplo el promotor GOS2 de arroz.
  106. 106. Planta o célula vegetal transformada con un constructo de conformidad con la reivindicación 104 ó 105.
  107. 107. Un método para la producción de plantas transgénicas que tienen una tolerancia mejorada al estrés abiótico, dicho método comprende: (i) introducción en una planta o célula vegetal de un ácido nucleico que codifica una quinasa de tipo velludo de Grupo I o variante del mismo; (ii) cultivo de la célula vegetal bajo condiciones que promueven el crecimiento de la planta y su desarrollo.
  108. 108. Un método de conformidad con la reivindicación 107, en donde dicho estrés abiótico es un estrés osmótico, seleccionado entre estrés de sal, estrés de agua, estrés oxidante, estrés iónico.
  109. 109. Planta transgénica que tiene una tolerancia mejorada al estrés abiótico en comparación con plantas de tipo silvestre correspondientes, dicha planta transgénica tiene una actividad incrementada de una quinasa de tipo velludo de Grupo I y/o una expresión incrementada de un ácido nucleico que codifica una quinasa de tipo velludo de Grupo I.
  110. 110. Planta transgénica de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 103, 106 y 109, dicha planta transgénica es una planta de cosecha, por ejemplo soya, girasol, cánola, alfalfa, colza, algodón, jitomate, papa o tabaco, de preferencia adicional esta planta es una planta monocotiledónea como por ejemplo caña de azúcar, con mayor preferencia es un cereal, como por ejemplo arroz, maíz, trigo, cebada, mijo, centeno, sorgo o avena.
  111. 111. Partes cosechables, incluyendo semillas, de planta transgénica de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 103, 106, 109 a 110.
  112. 112. El uso de un ácido nucleico que codifica una quinasa de tipo velludo del Grupo I o variante del mismo o uso de una quinasa de tipo velludo de Grupo I u homólogo de la misma en el incremento de la tolerancia de la planta al estrés abiótico.
  113. 113. El uso de conformidad con la reivindicación 112, en donde dicho estrés abiótico es un estrés osmótico, seleccionado entre estrés de sal, estrés de agua, estrés oxidante, estrés iónico.
  114. 114. El uso de un ácido nucleico que codifica una quinasa de tipo velludo de Grupo I o variante del mismo o el uso de una quinasa de tipo velludo de Grupo I u homólogo de la misma como marcador molecular. RESUMEN DE LA INVENCIÓN La presente invención se refiere, en términos generales, al campo de la biología molecular y se refiere a un método para mejorar las características del crecimiento de las plantas en comparación con plantas de tipo silvestre correspondientes. Más específicamente, la presente invención se refiere a un método para mejorar las características del crecimiento de las plantas, dicho método comprende la modulación de la expresión en una planta de un ácido nucleico que codifica un polipéptido hox5 de cierre de leucina de homeodominio de clase I (HDZip) o un homólogo del mismo; o bien comprende la modulación de la expresión en una planta de un ácido nucleico que codifica una proteína transportadora de nitrato (NRT) o un homólogo de la misma; o bien comprende la modulación de la expresión en una planta de un ácido nucleico que codifica un polipéptido designado Proteína Realzadora del Rendimiento 16 (se conoce como YEP 16) , o bien que comprende la modulación de la expresión en una planta de una glicógeno sintasa quinasa de grupo I (quinasa de tipo velludo de grupo I) o un homólogo de la misma. La presente invención se refiere también a plantas que tienen una expresión modulada de un ácido nucleico que codifica un polipéptido hox5 de cierre de leucina de homeodominio (HDZip) de clase I o un homólogo del mismo; o bien que tiene una expresión modulada de un ácido nucleico que codifica una proteina transportadora de nitrato (NRT) o un homólogo de la misma; o bien que tiene una expresión modulada de un ácido nucleico que codifica un polipéptido designado Proteína Realzadora del Rendimiento 16 (se conoce a continuación como YEP 16) ; o bien que tiene una expresión modulada de una glicógeno sintasa quinasa de grupo I (quinasa de tipo velludo de grupo I) o un homólogo de la misma, dichas plantas tienen características mejoradas de crecimiento en comparación con plantas de tipo silvestre correspondientes. La invención proporciona también constructos útiles en los métodos de la invención.
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