MX2007000944A

MX2007000944A - Metodo para pronosticar la sensibilidad de un tumor a farmacos del receptor erbb.

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Publication number: MX2007000944A
Application number: MX2007000944A
Authority: MX
Inventors: Kevin Hudson; Marie Caroline South; Gayle Marshall; Mehran Sam
Original assignee: Astrazeneca Ab
Priority date: 2004-07-23
Filing date: 2005-07-20
Publication date: 2007-04-13
Also published as: EP1781815A2; AU2005263972A1; CA2574311A1; IL180333A0; WO2006008526A2; JP2008507264A; NO20070721L; BRPI0513589A; WO2006008526A3; TW200621998A; US20080286771A1

Abstract

La invencion se refiere a un metodo para seleccionar un mamifero que tiene o con sospecha de tener un tumor para tratamiento con un farmaco del receptor erbB, el cual comprende probar una muestra biologica del mamifero para la expresion de cualquiera de los genes listados en el Cuadro 1 o 2, como se define aqui, para poder pronosticar una probabilidad elevada de respuesta al farmaco del receptor erbB. Los genes preferidos incluyen cualquiera de NES, GSPT2, ETR1O1, TAZ, CHST7, DNAJC3, NPAS2, PIN1, TCEA2, VAMP4, DAPK1, DAPK2, MLLT3, TNNC1, KIAA0931, ACOX2, EMP1, SCS20A1, SPRY2 o PGM1.

Description

MÉTODO PARA PRONOSTICAR LA SENSIBILIDAD DE UN TUMOR A FÁRMACOS DEL RECEPTOR ERBB DESCRIPCIÓN DE LA INVENCIÓN La presente invención se refiere a sensibilidad de tumores a agentes terapéuticos que pueden ser pronosticados a partir del perfil de expresión de gen del tumor y de esta manera que la conveniencia de paciente con cáncer para el tratamiento con dichos agentes terapéuticos puede ser determinada midiendo los niveles de expresión relativos de genes particulares en el tejido de tumor. La fosforilación de proteínas en residuos de tirosina es un elemento clave de la transducción de señal dentro de las células. Las enzimas capaces de catalizar tales reacciones son denominadas cinasas de tirosina. Un número de estas enzimas existe como componentes integrales de moléculas de receptor de trasmembrana y se clasifican como cinasa de tirosina de receptor (RTKs). Existen varios miembros de esta familia de RTKs, la clase I de las cuales se incluye la familia erbB, por ejemplo, receptor de factor de crecimiento epidérmico (EGFR), erbB2, erbB3 y erbB4. La unión de una variedad de ligando al dominio externo activa al dominio de cinasa de tirosina de EGFR. La activación hace que el mismo EGFR y un número de sustrato celulares queden fosforilados en los residuos de tirosina. Estas reacciones de fosforilación son un componente principal de la proliferación de células inducidas por factor de crecimiento. La familia de erbB de las cinasas de tirosina de receptor es conocida por estar frecuentemente involucrada en la dirección de la proliferación y supervivencia de células de tumor (revisado por Olayioye et al. EMBO J., 2000, 1_9, 3159). Un mecanismo a través del cual esto puede ocurrir es la sobreexpresión del receptor a nivel de proteína, por ejemplo, como resultado de la amplificación del gen. Esto ha sido observado en muchos cánceres humanos comunes (revisado por Klapper et al., Adv. Cáncer Res.. 2000, 77_, 25), tal como cánceres de pulmón de célula no pequeña (NSCLCs) incluyendo adenocarcinomas (Cerny et al., Brit. J. Cáncer, 1986, 54, 265; Reubi et al. Int. J. Cáncer, 1990, 45_, 269; Rusch et al, Cáncer Research. 1993, 53., 2379; Brabender et al. Clin. Cáncer Res.. 2001, 7, 1850), así como otros cánceres del pulmón (Hendler et al., Cáncer Cells. 1989, 7, 347. Ahora han pasado muchas décadas desde que el estudio de transformación celular mediada retroviral comenzó a revolucionar el entendimiento de transformación maligna. La transformación se muestra que es dependiente de oncogenes llevados por virus y éstos mostraron tener contra partes celulares de mamíferos, proto-oncogenes. En 1984, el EGFR fue descrito como la contraparte de mamífero del oncogén retroviral, v-erbB (Downward et al). Esto acoplado con observaciones anteriores que describen un mecanismo promotor de crecimiento de autocrina de dos componentes en células de cáncer consistiendo del ligando EGF y su receptor EGFR (Sporn & Todaro), reforzó la hipótesis de que la señalización de EGFR es un contribuidor importante a la tumorigénesis. Reportes subsecuentes continuaron proporcionando evidencia de que EGFR es un objetivo atractivo para la intervención terapéutica en Cáncer (ver, Yarden & Sliwkowski para revisión). El EGFR es marcadamente sobre-expresado sobre una gran variedad de Cánceres epiteliales (ver, Salomón y otros) y algunos estudios inmunohistoquímicos han demostrados que la expresión de EGFR está asociado con una pobre prognosis. Además de la sobre-expresión, se reconoce que existe un potencial para la señalización desregulada de EGFR en tumores a través de un número de mecanismos alternativos que incluyen, i) mutaciones de EGFR, ii) expresión del ligando incrementado y lazo de autocrina mejorado, e iii) heterodimerización y cruce con otros miembros de familia del receptor erbB. Además, una amplia y buena información pre-clínica sugiere que la familia de erbB de cinasa de tirosina de receptor está involucrada en la transformación celular. Además de esto, un número de estudios pre-clínicos han demostrado que se pueden inducir efectos antiproliferativos atacando una o más actividades de erbB a través de inhibidores de molécula pequeña, negativos dominantes o anticuerpos inhibidores (revisado por Mendelsohn et al.. Oncoqene. 2000, 1_9., 6550). De esta manera, se ha reconocido que los inhibidores de esta cinasa de tirosina de receptor deben ser de gran valor como un inhibidor selectivo de células de cáncer de mamífero (Yaish et al.

Science, 1988, 242, 933, Kolibaba et al, Biochimica et Biophysica Acta, 1997, 133, F217-F248; Al-Obeidi et al, 2000, Oncoqene, 19, 5690-5701; Mendelsohn et al, 2000, Oncoaene, 19. 6550-6565). Un número de inhibidores de molécula pequeña de la familia erbB cinasas de tirosina de receptor es conocido, particularmente inhibidores de EGF y cinasas de tirosina de receptor erbB2. Por ejemplo, la Solicitud de Patente Europea No. 0566226 y las Solicitudes de Patente Internacionales WO 96/33980 y WO 97/30034 describen que ciertos derivados de quinazolina, la cual posee un sustituyente anilino en la posición 4 poseen una actividad inhibidora de actividad de cinasa de tirosina de EGFR y son inhibidores de tejido canceroso. Se ha descrito por J R Woodburn et al., en Proc. Amer. Assoc. Cáncer Research, 1997, 38_, 633 y Pharmacol. Ther.. 1999, 82., 241-250 que el compuesto N.-(3-cloro-4-fluorofenil)-7-metoxi-6-(3-morfolinopropoxi)quinazolin-4-am¡na es un potente de cinasa de tirosina de EGFR. Este compuesto también es conocido como Iressa (marca registrada), gefitinib (Nombre Adoptado en Estados Unidos), a través del número de código ZD1839 y Chemical Abstracts Registry Número 184475-35-2. El compuesto es principalmente identificado de aquí en adelante como gefitinib. Gefitinib se desarrolló como un inhibidor de cinasa de tirosina de receptor de factor de crecimiento epidérmico (EGFR-TK), que bloquea las trayectorias de señalización responsables de la dirección de proliferación, invasión y sobrevivencia de células cancerosas (Wakeling, A.E., et al. Cáncer Res, 2002, 62(20), p5749). Gefitinib ha proporcionado validación clínica de inhibidores de molécula pequeña de EGFR. Los efectos potenciales antitumorales así como las rápidas mejoras en síntomas relacionados con NSCLC y la calidad de vida han sido observados en estudios clínicos que enrolaron pacientes con NSCLC avanzado, quienes no respondieron a una quimioterapia a base de platino. Los ensayos de 'IDEAL' de Fase II demostraron que gefitinib como agente individual dio como resultado una actividad antitumoral objetiva, una mejora asintomática y toxicidad limitada en pacientes con NSCLC avanzado y previamente tratados con quimioterapia citotóxica (Fukuoka et al., Kris et al). La taja de respuesta objetiva (Respuesta Completa + Respuesta Parcial) fue del 18.4% y 11.8% respectivamente en los ensayos de IDEAL 1 e IDEAL 2. Las diferencias en respuestas en estos ensayos clínicos han sido atribuidas a diferentes grupos de población en los dos ensayos, Predominantemente Japoneses en IDEAL 1 y una población derivada predominantemente de Europa en IDEAL 2. Además de las respuestas objetivas, pacientes adicionales experimentaron enfermedad estable y/o una mejora de síntomas representando que alrededor del 50% de los pacientes se beneficiaron a partir de gefitinib. Los datos de respuesta de tumor han sido la base de aprobaciones reguladoras iniciales de gefitinib en NSCLC avanzado en varios mercados. Es importante poder entender la base de respuesta a agentes terapéuticos anti-cáncer, tales como gefitinib ya que esto podría permitir a los médicos incrementar al máximo la relación de beneficio/riesgo para cada paciente, potencialmente a través del desarrollo de pruebas diagnósticas para identificar pacientes con más probabilidad de beneficiarse con un tratamiento con gefitinib. Un marcador candidato obvio de respuesta a gefitinib ha sido el nivel de expresión de EGFR. Sin embargo, la inhibición con gefitinib del crecimiento de algunas líneas de célula derivadas de cáncer y xenoinjertos tumorales no está bien correlacionada con el nivel de expresión EGFR. Además, Algunos estudios también postulan que los ensayos con IDEAL demostraron que la expresión de proteína de EGFR según medido a través de IHC, no fue un pronostico exacto de la respuesta a gefitinib (Bailey et al). Aunque ahora existen varias hipótesis adicionales basándose en estudios de genética, genómicos, proteómicos, bioquímicos y otros más, no hay ningún bio-marcador de pronóstico de pre-tratamiento de respuesta de gefitinib actualmente aprobado por las autoridades reguladoras. Posiblemente, la ruptura más reciente importante en el entendimiento de la respuesta de gefitinib ha venido de datos recientes (Lynch et al, Paez et al) indicando que la mutación en el dominio de cinasa de EGFR pronostica hipersensibilidad de gefitinib en pacientes con NSCLC. La hipersensibilidad es un término vago pero en este campo generalmente se entiende que representa pacientes que expresan respuesta de tumor objetivo (es decir, regresión marcada del tumor, normalmente por arriba del 50%). Así como se demostró el mecanismo para EGFR de acción para gefitinib, esto puede proporcionar una base para investigar otras determinaciones de la enfermedad tales como intervención de cáncer de primera línea, auxiliar y posiblemente temprano con inhibidores de EGFR en la sub-población activada en pacientes con NSCLC y otros tipos de cánceres que llevan la mutación de EGFR. Sin embargo, es muy probable que la prescripción de restricción de gefitinib al sub-grupo de tumor que lleva EGFR mutante privará a muchos pacientes que pudieran tener beneficio del gefitinib. En primer lugar, existen reportes emergentes de pacientes hipersensibles a gefitinib con mutación indetectable de EGFR en su tumor y otros pacientes con mutación de EGFR quienes no responden al gefitinib. En segundo lugar, los datos reportados en ASCO 2004 (Shepherd et al) indicaron que el inhibidor de cinasa de tirosina de molécula pequeña de EGFR (Roche, Genentech, OSI) prolongan la supervivencia en NSCLC avanzado previamente tratado con quimioterapia, en aproximadamente 2 meses a través de la población dando como resultado una reducción del 41% en el riesgo de muerte en un año. De manera más interesante, los beneficios de supervivencia parecen ser derivados de pacientes en la población de respuesta de enfermedad estable así como pacientes hipersensibles. Esto resalta la gran importancia de identificar pacientes sensibles a gefitinib más allá de aquellos que llevan mutación de EGFR. El beneficio de supervivencia definitivo muy probablemente también puede ser demostrado a partir de análisis clínicos que se están realizando con gefitinib.

La respuesta diferencial de pacientes a tratamiento con quimioterapia indica que existe la necesidad que encontrar métodos para pronosticar qué regímenes de tratamiento son los más adecuados para un paciente particular. Existe un cuerpo de evidencia en aumento que sugiere que las respuestas de pacientes a numerosos fármacos pueden estar relacionadas con un perfil genético, genómico, proteómico, bioquímico de los pacientes y que la determinación de los factores genéticos que tienen influencia por ejemplo, responden a un fármaco particular, pueden ser utilizados para proporcionar a un paciente un régimen de tratamiento personalizado. Dichos regímenes de tratamiento personalizados ofrecen el potencial de incrementar al máximo el beneficio terapéutico para el paciente, mientras se reduce al mínimo, por ejemplo, los efectos laterales que puedan estar asociados con regímenes de tratamientos alternativos y menos afectivos. Por lo tanto, existe la necesidad de métodos que puedan pronosticar la respuesta de un paciente a un fármaco basándose en los estudios de una prueba que indica si el paciente probablemente va a responder al tratamiento o va a ser resistente al tratamiento. La presente invención se basa en el descubrimiento de que la sensibilidad de tumores a agentes terapéuticos puede ser pronosticada a partir del perfil de expresión de gen del tumor y de esta manera que la conveniencia de pacientes con tumor para un tratamiento con tales agentes terapéuticos pueda ser determinada midiendo los niveles de expresión relativos de genes particulares en el tejido tumoral. De acuerdo con una aspecto de la presente invención, se proporciona un método para seleccionar a un mamífero que tenga o con sospecha de tener un tumor para tratarse con un fármaco del receptor erhB, el cual comprende probar una muestra biológica del mamífero para expresión de cualquiera de los genes listados en el Cuadro 1 como se define aquí, para pronosticar una probabilidad elevada de respuesta al fármaco del receptor erbB. De acuerdo con otro aspecto de la presente invención, se proporciona un método para seleccionar un mamífero que tenga o con sospecha de tener un tumor para el tratamiento con un fármaco del receptor erbB, el cual comprende probar una muestra biológica del mamífero para la expresión de cualquiera de los genes listados en el Cuado 1 o DAPK2 para poder pronosticar una probabilidad elevada de respuesta al fármaco del receptor erbB. En una modalidad, el método comprende probar una muestra biológica del mamífero para la expresión de cualquiera de ACOX2, NPAS2, NES, CHST7, GSPT2, DAPK1, DAPK2 o TNNC1. Muy preferiblemente, el método comprende probar una muestra biológica del mamífero para la expresión de cualquiera de NPAS2, NES, CHST7 o DAPK1. Muy preferiblemente, el método comprende probar una muestra biológica del mamífero para la expresión de por lo menos dos de NPAS2, NES, CHST7 o DAPK1. Muy preferiblemente, el método comprende probar una muestra biológica del mamífero para la expresión de por lo menos tres de NPAS2, NES, CHST7 o DAPK1. Muy preferiblemente, aún más el método comprende probar una muestra biológica del mamífero para la expresión de NPAS2, NES, CHST7 y DAPK1. En una modalidad alternativa, el método comprende probar una muestra biológica del mamífero para la expresión de cualquiera de NES, GSPT2, ETR101, TAZ, CHST7, DNAJC3, NPAS2, PIN1, TCEA2, VAMP4, DAPK1, DAPK2, MLLT3, TNNC1 o KIAA0931. Muy preferiblemente, el método comprende probar una muestra biológica del mamífero para la expresión de cualquiera de DAPK1 DAPK2 o NES. Muy preferiblemente, el método comprende probar una muestra biológica del mamífero para la expresión de por los menos dos de DAPK1, DAPK2 o NES. Muy preferiblemente, el método comprende probar una muestra biológica del mamífero para la expresión de DAPK1, DAPK2 y NES. En una modalidad preferida, el método además comprende probar una muestra biológica del mamífero para la expresión de cualquier gen listado en el Cuadro 2 como se define aquí. Muy preferiblemente, el método comprende probar una muestra biológica del mamífero para la expresión de EMP1, SLC20A1, SPRY2 o PGM1. Muy preferiblemente, el método comprende probar una muestra biológica del mamífero para la expresión de EMP1. En una modalidad preferida alternativa, el método además comprende probar una muestra biológica del mamífero para la expresión de cualquier gen listado en el Cuadro 2 como se define aquí. Muy preferiblemente, el método comprende probar una muestra biológica del mamífero para la expresión de EMP1, HCA127, UBL5, ZNF23, UROD, CD44, SPRY1, RAPGEF2, SLC20A1, NRP1, PGM1, SPRY2, PTGER3, SCN10A, KITLG, CDH1, HOP, BCL3 u OLFM1. Muy preferiblemente, el método comprende probar una muestra biológica del mamífero para la expresión de EMP1. De preferencia, el tumor se selecciona del grupo que consiste de leucemia, mieloma múltiple, linfoma, ducto biliar, de huesos, vejiga, cerebro, sistema nervioso central, glioblastoma, mama, colorectal, cervical, endometrial, gástrico, de cabeza, de cuello, hepático, de pulmón, de músculo, neuronal, esofagial, de ovario, pancreático, de membrana pleural, de membrana peritoneal, próstata, renal, piel, testicular, tiroides, útero, y vulva. Muy preferiblemente el tumor se selecciona de uno de pulmón de célula no pequeña, pancreático, cabeza, o cuello. Muy preferiblemente el tumor se selecciona de pulmón de célula no pequeña, cabeza o cuello. De preferencia, el fármaco del receptor erbB se selecciona de cualquiera de gefitinib, erlotinib, PKI-166, EKB-569, HKI-272, lapatinib, canertinib, AEE788, XL647, BMS 5599626, cetuximab, matuzumab, panitumumab, MR1-1, EVIC-11F8 o EGFRL11. Muy preferiblemente el fármaco del receptor erbB es receptor es gefitinib.

En una modalidad preferida adicional del método de la invención, el mamífero es un ser humano y el método comprende probar una muestra biológica del ser humano para la expresión elevada de DAPK1 y la expresión reducida de NPAS2, NES, CHST7 o EMP1, para poder pronosticar una probabilidad elevada de respuesta a gefitinib. En una modalidad preferida alternativa del método de la invención, el mamífero es un ser humano y el método comprende probar una muestra biológica del ser humano para expresión elevada de DAPK1 y DAPK2 y la expresión reducida de NES y EMP1 para poder pronosticar una probabilidad elevada de respuesta a gefitinib.

De acuerdo con otro aspecto de la invención, se proporciona un grupo aislado de genes marcadores identificados por tener una expresión diferencial entre células de tumor que son sensibles y resistentes a un fármaco del receptor erbB, dicho grupo de genes, comprendiendo uno o más genes seleccionados de al menos el grupo que consiste de los genes listados en el Cuadro 1 definido aquí o DAPK2, incluyendo el oligonucleótidos específico de gen derivados de dichos genes. Preferiblemente, el grupo comprende por lo menos 2 genes, muy preferiblemente por lo menos 3 genes, muy preferiblemente por lo menos 4 genes. Muy preferiblemente, el grupo comprende por lo menos un gen seleccionado del Cuadro 2 como se define aquí. De acuerdo con otro aspecto de la invención, se proporciona un grupo aislado de genes marcadores identificados por tener una expresión diferencial entre células de tumor que son sensibles y resistentes a un fármaco del receptor erbB, dicho grupo de genes comprendiendo uno o más genes seleccionados de al menos el grupo que consiste de los genes listados en el Cuadro 1 defino aquí, incluyendo oligonucleótidos específicos de gen derivados de dichos genes. De preferencia, el grupo comprende por lo menos 2 genes, muy preferiblemente por lo menos 3 genes. De preferencia, el grupo comprende por lo menos un gen seleccionado del Cuadro 2 como se define aquí. La presente invención permite la selección mejorada de un paciente, teniendo o con sospecha de tener un tumor, para tratamiento con un fármaco del receptor erbB, con el fin de pronosticar una probabilidad elevada de respuesta al fármaco del receptor erbB. En una modalidad, el método comprende probar una muestra biológica del mamífero para la expresión de por lo menos uno o más de los siguientes del Cuadro 1, los cuales se encuentran a niveles más bajos en células sensibles NPAS2, NES, CHST7, ACOX2 o GSPT2 o por lo menos uno o más de los siguientes que se encuentran a niveles más altos en células sensibles. DAPK1 o TNNC1. La secuencia de sonda Affymetrix TD y Affymetrix para estos genes se muestran en el Cuadro 1. En una modalidad preferida, el método además comprende probar una muestra biológica del mamífero para la expresión de DAPK2 que se encuentran niveles más altos de células sensibles, para pronosticar una probabilidad elevada de respuesta al fármaco del receptor erbB. En una modalidad alternativa, el método comprende probar una muestra biológica del mamífero para la expresión de por lo menos uno o más de los siguientes del Cuadro 1, Los cuales se encuentran a niveles más bajos en células sensibles NES, GSPT2, ETR101, TAZ, CHST7, DNAJC3, NPAS2, PIN1, TCEA2 o VAMP4 o por lo menos uno o más de los siguientes que se encuentran a niveles más altos en células sensibles DAPK1, DAPK2, MLLT3, TNNC1 o KIAA0931. La secuencia de sonde de Affymetrix ID y Affymetrix para estos genes se presenta en el Cuadro 1. En una modalidad preferida, el método además comprende probar una muestra biológica del mamífero para la expresión de cualquiera de los genes listados en el Cuadro 2, para poder pronosticar una probabilidad elevada de respuesta al fármaco del receptor erbB. En una modalidad preferida, el método comprende probar una muestra biológica del mamífero para la expresión de cualquiera de los siguientes genes listados en el Cuadro 2, los cuales se encuentran a niveles más bajos en células sensibles EMP1, SLC20A1, SPRY2 o PGM1, para poder pronosticar una probabilidad elevada de respuesta al fármaco del receptor erbB. Muy preferiblemente, el método comprende probar una muestra biológica del mamífero para la expresión de EMP1. En una modalidad preferida alternativa, el método además comprende probar una muestra biológica del mamífero para la expresión de cualquiera de los genes listados en el Cuadro 2, para poder pronosticar una probabilidad elevada de respuesta al fármaco del receptor erbB. En una modalidad preferida, el método comprende probar una muestra biológica del mamífero para la expresión de cualquiera de los siguientes genes listados en el Cuadro 2, los cuales se encuentran en niveles más bajos en células sensibles EMP1, HCA127, UBL5, ZNF23, UROD, CD44, SPRY1, RAPGEF2, SLC20A1, NRP1, PGM1 o SPRY2 o por lo menos uno o más de los siguientes que se encuentran a niveles más altos en células sensibles PTGER3, SCN10A, KITLG, CDH1, HOP, BCL3 o OLFM1, para poder pronosticar una probabilidad elevada de respuesta ai fármaco del receptor erbB. Muy preferiblemente, el método comprende probar una muestra biológica del mamífero para la expresión de EMP1. En una modalidad especialmente preferida, el método comprende probar una muestra biológica del mamífero para la expresión de NPAS2, NES, CHST7, DAPK1 y EMP1. Los altos niveles de NPAS2, NES, CHST7 y EMP1 están asociados con resistencia a gefitinib y los altos niveles de DAPK1 están asociados con sensibilidad a gefitinib. De preferencia, la determinación de expresión comprende la determinación de si los niveles de DAPK1 son elevados y los niveles de NPAS2, NES, CHST7 y EMP1 son reducidos. En una modalidad especialmente preferida, alternativa, el método comprende probar una muestra biológica del mamífero para la expresión de DAPK1, DAPK2, NES y EMP1. Loa altos niveles de EMP1 y NES están asociados con resistencia a gefitinib y los altos niveles de DAPK1 y DAPK2 están asociados con sensibilidad a gefitinib. De preferencia, la determinación de la expresión comprende la determinación de si los niveles de DAPK1 y DAPK2 están elevados y si los niveles de EMP1 y NES están reducidos. En una modalidad muy preferida, la invención comprende determinar el nivel de DAPK1 y EMP1 De acuerdo con otro aspecto de la invención, se proporciona un método para pronosticar el resultado clínico de un tratamiento con una fármaco del receptor erbB para un mamífero, que tiene o con sospecha de tener un tumor, que comprende determinar el nivel de cualquiera de los genes como se describió anteriormente, en una muestra biológica tomada del tumor, o tumor sospechado, en donde se pronostica un pobre resultado sí. a) el nivel de expresión de DAPK1 es reducido, y/o b) el nivel de expresión de NPAS2, NES, CHST7 y EMP1 está elevado. De acuerdo con otro aspecto de la invención se proporciona un método para clasificar cáncer que comprende, determinar el nivel de cualquiera de los genes como se describió aquí anteriormente en una muestra biológica tomada a partir de un tumor, o un tumor sospechado, en donde los tumores elevados que expresan niveles elevados de DAPK1 y/o niveles reducidos de NPAS2, NES, CHST7 o EMP1 se pronostican como sensible al tratamiento con fármaco del receptor erbB De acuerdo con otro aspecto de la invención se proporciona un método para pronosticar el resultado clínico del tratamiento con un fármaco del receptor erbB para un mamífero, que tiene o con sospecha de tener un tumor, que comprende determinar el nivel de cualquiera de los genes como se describió aquí anteriormente en una muestra biológica tomada del tumor, o un tumor sospechado, en donde un resultado pobre se pronostica sí: a) el nivel de expresión de DAPK1 o DAPK2 es reducido; y/o b) el nivel de expresión de EMP1 o NES está elevado. De acuerdo con otro aspecto de la invención, se proporciona un método para clasificar cáncer que comprende, determinar el nivel de cualquiera de los genes como se describió aquí anteriormente en una muestra biológica tomada a partir de un tumor, o un tumor sospechado, en donde los tumores que expresan niveles elevados de DAPK1 o DAPK2 y/o niveles reducidos de EMP1 o NES se pronostican como sensible al tratamiento con fármaco del receptor erbB. De acuerdo con otro aspecto de la invención se proporciona un método para tratar una condición de enfermedad en un mamífero que tiene, o con sospecha de que tiene, un tumor, pronosticado como resistente o que no responde al tratamiento fármaco del receptor erbB basándose en el nivel de cualquiera de los genes como se describió aquí anteriormente, que comprende: proporcionar una cantidad vencedora de resistencia de un fármaco del receptor erbB y administrar la cantidad vencedora de resistencia del fármaco del receptor erbB al mamífero. En una modalidad preferida el mamífero es un primate. En una modalidad muy preferida, el mamífero es un ser humano. En una modalidad preferida el paciente es un primate. En una modalidad muy preferida el paciente es un ser humano. El término "fármaco del receptor erbB" incluye fármacos que actúan sobre la familia erbB de cinasas de tirosina de receptor, las cuales incluyen EGFR, erbB2 (HER), erbB3 y erbB4 como se describen anteriormente en la invención. En una modalidad preferida, el fármaco del receptor erbB es un inhibidor de cinasa de tirosina del receptor erbB. En una modalidad preferida el fármaco del receptor erbB es un inhibidor de cinasa de tirosina EGER. En una modalidad muy preferida el inhibidor de cinasa de tirosina del receptor EGF se selecciona de Gefitinib Erloti it (OSI-774, CP-358774), PKI-166, EKB-569, HKI-272 (WAY-177820), iapatinib (GW2016, GW-572016), canertinib (CI-1033, PD183805), AEE788, XL647, BMS 5599626 o cualquiera de los compuestos descritos en WO03/082831, WO05/012290, WO05/026157, WO05/026150, WO05/026156, WO05/028470, WO05/028469, WO2004/006846, WO03082831, WO03/082290 o PCT/GB2005/000237. En otra modalidad preferida, el fármaco del receptor erbB es una anticuerpo anti-EGFR, tal como, por ejemplo, uno de cetuximab (C225), matuzumab (EMD-72000), panitumumab (ABX-EGF/rHuMAb-EGFr), MR1-1, IMC-11F8 o EGFRL11. Se contempla que los fármacos del receptor erbB pueden ser utilizados como monoterapia o en combinación con otros fármacos de la misma clase o clase diferente. En una modalidad especialmente preferida, el inhibidor de cinasa de tirosina del receptor EGF es gefitinib. En una modalidad preferida, la presente invención es particularmente adecuada para utilizarse para pronosticar la respuesta al fármaco del receptor erbB como se describió anteriormente en aquellos pacientes o población de pacientes con un tumor, el cual sea dependiente, o en parte, en un receptor de cinasa de tirosina erbB. Dichos tumores incluyen, por ejemplo, tumores no sólidos tales como leucemia, mieloma múltiple o linfoma, y también tumores sólidos, por ejemplo, tumores del ducto biliar, de hueso, de vejiga, de cerebro/sistema nervioso central, glioblastoma, de mama, colorectal, cervical, endometrial, gástrico, de cabeza y cuello, hepático, de pulmón, de músculo, neuronal, de esófago, de ovario, pancreático, de membranas pleurales/peritoneales, de próstata, renal, de piel, testicular, de tiroides, de útero, y de vulva. En una modalidad preferida, la presente invención es particularmente adecuada para identificar a un paciente con un tumor de cabeza, de cuello, pancreático, glioblatoma, colorectal o de mama para tratamiento con fármacos. En una modalidad especialmente preferida, la presente invención también es particularmente adecuada para identificar aquellos pacientes con NSCLC, más particularmente, NSCLC avanzado incluyendo adenocarcinoma avanzado que responderán al tratamiento con un fármaco del receptor erbB como se definió anteriormente. La presente invención proporciona una ventaja en el tratamiento de tumores tales como NSCLC, especialmente NSCLC avanzado, identificando "perfiles de cáncer individuales " de NSCLC y determinado así que tumores podrían responder al fármaco del receptor erbB tal como gefitinib.

La presente invención es particularmente útil en el tratamiento de pacientes con NSCLC avanzado, quienes han tenido fallas en quimioterapia previa, tal como quimioterapia a base de platino. La presente invención también es particularmente útil en el tratamiento de pacientes con NSCLC localmente avanzado (etapa IIIB) o con metástasis (etapa IV), quienes recibieron quimioterapia previa, tal como quimioterapia a base de platino. La presente invención también es útil en terapia auxiliar o como una terapia de primera línea. En una modalidad preferida, se proporciona un método para seleccionar un ser humano, que tenga o con sospecha de tener un tumor, para el tratamiento con gefitinib, el cual comprende probar una muestra biológica, del mamífero, para la expresión de NPAS2, NES, CHST7, DAPK1 y EMP1, para poder pronosticar una probabilidad elevada de respuesta a gefitinib. En una modalidad preferida, se proporciona un método para seleccionar a un ser humano, que tenga o con sospecha de tener un tumor, para tratamiento con gefitinib el cual comprende probar una muestra biológica del mamífero para la expresión de DAPK1, DAPK2, NES y EMP1 para poder pronosticar una probabilidad elevada de respuesta a gefitinib. De acuerdo con otro aspecto de la invención, se proporciona un método para pronosticar la sensibilidad de un paciente o población de pacientes con cáncer, por ejemplo, cáncer de pulmón, al tratamiento con agentes quimioterapéuticos, especialmente fármacos de receptor erbB, que comprende comparar la expresión diferencial de cualquiera de los genes descritos aquí. En una modalidad, la determinación de la expresión se realiza a través de perfil de expresión de gen, utilizando arreglos a base de oligonucleótidos o arreglos a base de ADNc de cualquier tipo, particularmente en donde grandes números de genes son analizados simultáneamente. En una modalidad alternativa, se pueden utilizar RT-PCR (Reacción de Cadena de Polimerasa de transcripción inversa), PCR de tiempo real, hibridación in-situ, tinción Northern análisis en Serie de expresión de gen (SAGE) por ejemplo, como se describe por Velculescu et al Science 270 (5235): 484-487, o presentación diferencial o cualquier otro método para medir la expresión de gen a nivel de ARN. Los detalles de éstas y otras técnicas de biología molecular generales se pueden encontrar en Current Protocols in Molecular Biology Volumes 1-3, editado por F M Asubel, R Brent y R E Kingston; publicado por John Wiley, 1998 y Sambrook, J. y Russell, D. W., Molecular Cloning: A Laboratory Manual, the third edition, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, New York, 2001. En otra modalidad, la determinación de la expresión se realiza a través de la medición de niveles proteínicos codificados por lo genes antes mencionados. Por ejemplo, un ensayo a base de inmunohistoquímica o aplicación de una metodología proteómica alternativa. En otra modalidad, la determinación de la expresión se realiza a través de la medición de la actividad de las proteínas codificadas por los genes antes mencionados, por ejemplo, en un bio-ensayo. En una modalidad preferida, la muestra biológica pudo haber sido obtenida utilizando una técnica mínimamente invasiva para obtener una pequeña muestra de tumor o tumor sospechado, a partir del cual se determina el perfil de expresión del gen. Dichas técnicas incluyen, por ejemplo, biopsia de tumor, tal como biopsia trans-bronquial. El perfil de expresión de gen de especímenes con biopsia trans-bronquial cuyo tamaño es de aproximadamente 1 mm puede ser medido, por ejemplo, utilizando un procedimiento de amplificación adecuado. Otro aspecto de la invención proporciona un equipo para utilizarse en un método para pronosticar la sensibilidad de un paciente o población de pacientes con un tumor, al tratamiento con agentes quimioterapéuticos, especialmente fármacos del receptor erbB, que comprende un medio para medir los niveles de cualquiera de los genes como se describió anteriormente. Preferiblemente, los genes están unidos a un material de soporte o membrana tal como nitrocelulosa, o nylon o un película o porta objetos de plástico. En una modalidad preferencia adicional, la presente invención incluye la administración de un fármaco del receptor erbB a un mamífero seleccionado de acuerdo con los métodos descritos anteriormente. De acuerdo con otro aspecto de la invención se proporciona un método para utilizar los resultados de los métodos descritos anteriormente para determinar una dosis apropiada de un fármaco del receptor erbB. En una modalidad preferida la muestra biológica comprende ya sea una muestra individual que pueda ser probada para la expresión de cualquiera de los genes como se describió anteriormente, o muestras múltiples que puedan ser probadas para la expresión de uno o más de los genes como se describió anteriormente. La invención se ilustra a través de los siguientes ejemplos no limitantes en los cuales: La Figura 1 ilustra un xenoingerto (línea de célula A549), el cual cuando se desarrolló como un xenoingerto en ratones a químicos fue sensible a gefitinib. Esto involucró la dosificación oral, una vez al día, a la dosis indicada. El eje Y = volumen de tumor medio en cm3; eje x = días después del tratamiento. La Figura 2 ilustra un xenoingerto (línea de célula MKN45), el cual cuando se desarrolló como un xenoingerto en ratones a químicos fue resistente a gefitinib. Esto involucró dosificación oral, una vez al día, a la dosis indicada. Eje Y = volumen de tumor medio en cm3; eje x = días después del tratamiento. Las Figuras 3, 4, 5 y 6 muestran ejemplos de perfil de expresión de gen específico a través de un panel más amplio de líneas sensibles y resistentes a gefitinib, en donde la definición de sensibilidad se basa en la respuesta a gefitinib cuando se desarrolló como un xenoingerto, para incrementar la confidencia de que el perfil de expresión de cada gen es verdaderamente predictivo. La sensibilidad de Iressa se basa en datos de xenoingerto. Las líneas de células y los tumores a partir de los cuales se derivan son como siguen: KB - cabeza y cuello, HT29 - colon, BT474 - mama, DU145 -próstata, LoVo - colon, MCF7 - mama, GEO - colon, A549 - pulmón, A431 - epidermoide, H322 - pulmón, HX147 - pulmón, RT112 -vejiga, MiaPaCa2 - páncreas, MKN45 - gástrico, MDAMB231 - mama, PC3 - próstata, Calu6 - pulmón, SW620 - colon. La leyenda clave es S = sensible, U = desconocido y R = resistente. La Figura 3 muestra la expresión basal de EMP1 en un Cultivo de Célula - panel de célula más amplio (Taqman RT-PCR). La Figura 4 muestra la expresión basal de DAPK1 en un Cultivo de Célula - panel de célula más amplio (Taqman RT-PCR). La Figura 5 muestra la expresión basal de DAPK2 en un Cultivo de Célula - panel de célula más amplio (Taqman RT-PCR). La Figura 6 muestra la expresión basal de NES en un Cultivo de Célula - panel de célula más amplio (Taqman RT-PCR).

Eiemplo 1 Expresión de Gen en Líneas de Células de Tumor Resistentes o Sensibles a Gefitinib - Cultivo de Célula y Estudios de Xenoingerto Se identificaron genes útiles para pronosticar la respuesta a fármaco del receptor erbB en la clínica. Esto se basó en estudios con gefitinib, pero los hallazgos son aplicables a fármaco del receptor erbB en general. Las listas de gen han sido ensambladas comparando líneas de célula de tumor que han demostrado ser ya sea sensibles a gefitinib o resistente a gefitinib. Esta definición se basa en la respuesta observada cuando la línea de célula de tumor fue implantada en ratones pelones y se desarrolló como un xenoingerto. Esta definición fue utilizada para todos los estudios pre-clínicos descritos aquí. Inicialmente, se ensambló un panel pequeño de seis líneas de células de tumor humanas, tres de las cuales fueron sensibles a gefitinib y tras de las cuales fueron resistentes a gefitinib en la determinación de xenoingerto definido anteriormente. Las líneas de células sensibles fueron; 1. Lovo (ATCC1 No. CCL-229) - línea de célula de tumor de colon 2. KB (ATCC No. CCL-17) - inicialmente reportado como una línea de célula nasofaríngea (aunque más recientemente se reportó como (carcinoma cervical) derivado de Hela) 3. HT29 (ATCC No. HTB-38) - línea de célula de tumor de colon Las líneas de célula resistente fueron: 1. MKN 45 (fuente - Nottingham University, UK) - línea de célula de tumor gástrico 2. Calu 6 (ATCC No. HTB-56) - línea de célula de tumor de pulmón 3. PC3 (ATCC No. CRL-1435) - línea de célula de tumor de próstata 1ATCC = Colección de Cultivo de Tipo Americano. Las líneas de células se desarrollaron tanto en un cultivo de célula como xenoingertos, el ARN se preparó y los perfiles de expresión basal se determinaron midiendo la expresión de ARN en la plataforma de micro-arreglo Affymetrix. Como parte de los estudios, el término 'basal' ha sido utilizado para indicar niveles de expresión de estado constitutivo o estable (en lugar de niveles de expresión que son modulados como una consecuencia de la administración de un ligando de erbB o gefitinib a las células). La Figura 1 ilustra la sensibilidad de xenoingertos A549 (utilizados en el Ejemplo 3 más adelante) al tratamiento con gefitinib. La Figura 2 ilustra la-resistencia de xenoingertos MKN45 a gefitinib. Ver Ejemplo 2 más adelante para análisis de los resultados.

Eiemplo 2 Análisis estadísticos de grupos de datos de cultivo de célula y xenoinjerto Se realizaron los siguientes análisis estadísticos en forma separada para grupos de datos de cultivo de célula y de xenoingertos. Los grupos de sonda se eliminaron si su señal no fue distinguible a partir del ruido de fondo a través de todas las muestras de ARN en el grupo. Se aplicó en forma separada ANOVA Mezclado (ver, por ejemplo, Scheffe, 1959) a cada grupo de sonda restante para generar valores p. Los valores p después fueron utilizados para calcular los valores Q (Storey). Los valores Q indican la proporción esperada de genes en una lista de gen, los cuales verdaderamente no se expresaron en forma diferencial pero falsamente fueron descubiertos (Régimen de Descubrimiento Falso o FDR). Se identificaron y se aplicaron cortes del valor de Q apropiados en diferentes estudios, basándose en el examen gráfico de los resultados del valor de p y el valor de Q, junto con un cambio de veces. Las listas de gen finales para cada estudio fueron generadas utilizando los cortes de valor Q y de cambio de veces (FC). Las diferentes listas de gen después fueron combinadas para presentar una lista completa de genes que mostraron diferencias consistentes en perfiles de expresión entre las líneas de células en los grupos sensibles y resistentes. A continuación se proporcionan más detalles de los procedimientos de análisis. Se calculó el cambio de veces (FC) basándose en la media de células sensibles dividida entre la media de células resistentes. Para generar listas de gen, en todos los casos se utilizó el corte FC de un cambio doble (2X) en cualquier dirección. Además, se utilizaron los valores Q de FDR para estrechar las listas y obtener los cambios de genes más importantes a través de líneas de célula sensibles contra resistentes. En el caso de cultivo de célula, el corte del valor Q es de 0.3. En el caso de xenoingerto, el corte de valor de Q es de 0.6. Los diferentes cortes utilizados reflejan diferentes valores de diseño y variación asociados con cada experimento.

En los estudios de cultivo de célula, las listas se obtuvieron basándose en los criterios anteriores para células desarrolladas ya sea en suero entero conteniendo un medio o en suero dividido de carbón. En el estudio de xenoingerto, se realizó lo mismo que antes para grupos separados de tumores cosechados a intervalos de 18 horas. Las listas de gen contienen alguna redundancia en genes cuando es apropiado para ¡lustrar la consistencia de los resultados obtenidos, por ejemplo, con diferentes grupos de sonda.

Eiemplo 3 Identificación de genes predictivos Los genes que no fueron previamente identificados como predictivos para sensibilidad de fármaco del receptor erbB se listan en el Cuadro 1. Otros genes que fueron identificados para se utilizados opcionalmente en combinación con los genes del Cuadro 1, se listan en el Cuadro 2. Significados para Cuadros: 'Affymetrix ID' - el identificador de grupo de sonda Affymetrix 'Secuencias' - secuencia objetivo con relación al grupo de sonda Affymetrix indicado por 'Affymetrix ID' "+ si es sensible " significa que el gen es relativa y altamente expresado en células sensibles. (Consecuentemente, la ausencia de " + " representa que el gen es relativa y altamente expresado en células resistentes). 'Título de Gen'- La anotación actual del gen con relación a 'Affymetrix ID' basándose en UniGene 133 'Símbolo de Gen' - sinónimo corto para el título del gen 'Enlace de Sitio' y RefSeq Transcript ID' se proporcionan para propósitos de identificación de gen. La combinación de genes tiene el potencial de general un diagnóstico mejorado sobre los genes utilizados en aislamiento. Los perfiles colectivos de expresión de gen (a nivel de ARN y/o de proteínas) probablemente pueden ser para identificar a pacientes que tengan más beneficio a partir de gefitinib en lugar del nivel de expresión de un gen en aislamiento. Puede ser más práctico cuando se desarrolla un diagnóstico de predicción de respuesta de pre-tratamiento para trabajar con una lista de gen truncada a partir de los cuadros 1 y/o 2. Se ha utilizado un número de criterios para acortar la lista de gen para identificar aquellos genes que son los más predictivos de respuesta. En primer lugar, los valores estadísticos (valores p y valores Q o valores FDR) pueden indicar la importancia estadística de un gen. En segundo lugar, la expresión diferencial (cambio de veces) entre los grupos sensibles y resistentes indican la sensibilidad potencial de un marcador que será utilizado en una prueba de diagnóstico (cambio de veces más alto entre el grupo sensible y el grupo resistente es preferido). En tercer lugar, se realizó el perfil de expresión a base de RT-PCR a través de un amplio panel de líneas de células de tumor humanas sensibles y resistentes a gefitinib para incrementar la confidencia de que el perfil de expresión de cada gen en realidad es predictivo. Las Figuras 3, 4, 5 y 6 muestran ejemplos del perfil de expresión de gen específico a través de un amplio panel de líneas de células como se establece más adelante. Las líneas de células de tumor humana sensibles, cuando la definición de sensibilidad se basa en respuesta a Iressa cuando se desarrollaron como un xenoingerto: a. BT474 (ATCC No. HTB-20) - línea de tumor de mama b. DU145 (ATCC No. HTB-81) - línea de célula de tumor de colon Naples c. MCF7 (ATCC No. HTB-22, cuya fuente es de ICRF (ahora CR-UK), Londres), - línea de célula de tumor de mama d. línea de célula de tumor de colon GEO. ARN obtenido de Fortunato Ciardiello, Cattedra di Oncología Medica, Dipartimento Medico-Chirurgico di Internistíca Clínica e Sperimentale "F. Magrassi e A. Lanzara, " Seconda Universita delgi Studi di Napoli, Via S. Pansini, 5-80131, Ñapóles, Italia. e. A549 (ATCC No. CCL-185) - línea de célula de tumor de pulmón f. A431 (ATCC No. CRL- 155) - línea de célula epidermoide Las líneas de células de tumor humana resistentes, en donde la definición de sensibilidad se basa en la respuesta a Iressa cuando se desarrollaron como un xenoingerto: 1 ) HX147 - (fuente: ICRF (ahora CR-UK), Londres) - línea de célula de tumor de pulmón 2) RT112 - línea de célula de tumor de vejiga (DSMZ No ACC 418) 3) MiaPac2 (ECACC 85062806, ref. no. 001611) línea de célula de tumor pancreático 4) MDAMB231 (ATCC No. HTB-26) - línea de célula de tumor de mama 5) SW620 (ECACC CCL-227) - línea de célula de tumor de colon ATCC = Colección de Cultivo de Tipo Americano DSMZ - Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen GmbH (Colección Alemana de Micro-organismos y Cultivo de Célula) ECACC = Colección Europea de Cultivo de Célula En aislamiento, cada uno de estos genes es razonablemente predictivo de respuesta de gefitinib, pero colectivamente pueden ser aplicados para ser predicciones con un nivel más alto de confidencia.

Los ¡dentificadores de grupo de sonda Affymetrix para los genes en las listas de gen de diagnósticos anteriores se indican en los Cuadros 1 y 2. Las Affy IDs actuales se basan en un grupo de Affy U133. Para evitar cualquier duda, la secuencia objetivo de los grupos de sonda Affymetrix que identificaron los genes listados también se proporcionan en los Cuadros 1 y 2. Sin desear que esté unido a consideraciones teóricas, se contempla que las secuencias específicas utilizadas para detectar genes objetivos en los ejemplos pueden definir variantes de empalme o secuencias específicas en genes homólogos. Por lo tanto, en una modalidad, un gen listado para utilizarse en le método de la invención es definido por la secuencia específica utilizada en dichos ejemplos. En otra modalidad, un gen para utilizarse en el método de la invención no está limitado por la secuencia específica utilizada en estos ejemplos. En realidad, el hecho de que algunos genes en los Cuadros 1 y 2 han sido identificados utilizando diferentes secuencias ("redundancia" de gen) y estudios de RT-PCR de confirmación (ver ejemplo 4) proporciona evidencia de que la utilidad en el método de la invención generalmente no está limitada en hacia las secuencias específicas usadas para medir el gen objetivo. Observar, en el caso de una discrepancia de la secuencia entre los Cuadros 1 y 2 y la lista de secuencias, se prefiere la secuencia según provista en los Cuadros. r ro cn o cn cn CUADRO 1 : como se describió en la solicitud de prioridad US60/619027 presentada el 18/10/2004. ? o rv ro cn o n cn O ro ro Oí O cn cn o cn ro ro cn O cn cn CO ro ro cn o cn cn O 00 ro ro cn O cn cn O o ro ro cn O cn cn O ro ro cn o cn n ro ro cn s n cn ro ro ro cn o cn cn co ro ro cn o cn cn -Ti ro ro cn O n n CUADRO 2: co o se describió enla solicitud de prioridad US60/619027 presentada el 18/10/2004 cn ?o ro cn O n cn ro ro cn o cn n ro ro cn O cn cn 00 ro ro n o cn cn co ro ro cn o cn n n o ro ro n o cn cn cn ro ro cn o cn cn n ro ro ro n O cn cn n co Ni ro n o cn cn cn ro ro cn O cn n cn n ro ro cn o cn n cn O) to ro cn o cn cn cn -j ro ro cn o cn cn cn 8 ro ro cn o n cn n CD ro ro cn o cn cn o ro ro cn o n cn p ro ro cn o cn cn O) ro Eiemplo 4 Estudios de Confirmación de RT-PCR Además, la secuencia de los iniciadores RT-PCR utilizada en los estudios de confirmación como se receta en las Figuras 3, 4, 5 y 6 se listan en el Cuadro 3. Observar que DAPK2 no fue identificado mediante el análisis de Affymetrix, solamente siguiendo la familia del gen DAPK a través de RT-PCR después del descubrimiento de la predicción de DAPK1. Por lo tanto, no se proporciona ni Affymetrix ID ni una secuencia de Affymetrix ID para DAPK2.

Cuadro 3 Secuencias importantes para genes seguidos por RT-PCR (ver Figuras 3, 4, 5 y 6) (todas las secuencias se escribieron en 5'-3') Eiemplo 5 Prueba de diagnóstico para Estudios Clínicos Las listas de gen de pronóstico anteriores han sido generadas utilizando los estudios preclínicos descritos. El siguiente aspecto se emplea para desarrollar una prueba de diagnóstico para la determinación clínica basándose en estos datos. a) Identificar pacientes que representan la población de individuos a quienes se podría esperar se derive el beneficio a partir de una prueba de diagnóstico, y para los cuales las muestras de tumor de pre-tratamiento y el resultado del tratamiento con gefitinib son conocidos o estarán disponibles. Para cada muestra, se evaluó el nivel de expresión para los genes de interés, utilizando, por ejemplo, la señal de ARN a partir de RT-PCR. Se aplicaron procedimientos QC para identificar el grupo de muestras y genes para tomar avance hacia el paso b). a) Identificar un subgrupo de los genes que conjuntamente son capaces de distinguirse entre pacientes que muestran diferentes respuestas a gefitinib. Existe una variedad de métodos que son útiles para seleccionar un subgrupo de gene y combinar sus valores de expresión para proporcionar una predicción, posiblemente un valor predictivo y un umbral correspondiente que se distingue entre diferentes grupos de pacientes. Un ejemplo es el Análisis de Discriminación Lineal escalonado, en donde los genes que se distinguen bien entre los grupos de pacientes son sucesivamente agregados a una combinación lineal hasta la que la adición de un gen adicional no proporcione energía predictiva adicional (Mardia et al.). El valor de umbral de la combinación lineal después se selecciona para proporcionar la sensibilidad apropiada y las propiedades de carácter específico. d) La validación de herramienta parcialmente podría realizarse durante el desarrollo en el paso 2, Por ejemplo, utilizando pruebas cruzadas de validación y permutación. Además, el procedimiento de diagnóstico finalmente desarrollado (subgrupo de gen y método de combinación para generar una predicción y una plataforma para análisis biológicos) se probó y se validó en su totalidad utilizando un grupo independiente de muestras no usadas dentro del desarrollo de herramienta en el paso b).

Referencias Bailey et al Lung Cáncer (2003) 41 S2 , S71 Downward et al. (1984) Nature, 307, p521 Fukuoka et al (2003) J. Clin. Oncol., 21, p2237 Kris et al. (2003) JAMA, 290, p2149 Lynch et al. (2004) New England Journal de Medicine, 350(21) p2129 Mardia K.V., Kent J.T., Bibby J.M. (1979) "Multivariate Analysis' London, Academic Press Inc. Ltd. Paez et al. (2004) Science, 304 p Salomón et al. (1995) Crit. Rev. Oncol. Haematol, 19, p183 Scheffe, H. (1959) "The Analysis de Variance" New York, Wiley Sporn & Todaro (1980) New England Journal of Medicine 303, ?878 Storey (2003) "Statistical Significance for Genome Wide Studies" PNAS, vol 100, issue 16, pp 9440 - 9445 Yarden & Sliwkowski (2001) Nature Reviews Molecular Cell Biology, 2, p127

Claims

REIVINDICACIONES

1. Un método para seleccionar un mamífero que tiene o con sospecha de tener un tumor para el tratamiento con un fármaco del receptor erbB, el cual comprende probar una muestra biológica del mamífero para expresión de cualquiera de los genes listados en el Cuadro 1 o DAPK2, para poder pronosticar una probabilidad elevada de respuesta al fármaco del receptor erbB.

2. Un método de acuerdo con la reivindicación 1, que comprende probar una muestra biológica del mamífero para la expresión de cualquiera de NPAS2, NES, CHST7, DAPK1, ACOX2, GSPT2, TNNC1 o DAPK2.

3. Un método de acuerdo con cualquiera de las reivindicaciones precedentes, que comprende probar una muestra biológica del mamífero para la expresión de cualquiera de NPAS2, NES, CHST7 o DAPK1.

4. Un método de acuerdo con cualquiera de las reivindicaciones precedentes, que comprende probar una muestra biológica del mamífero para la expresión de al menos dos de NPAS2, NES, CHST7 o DAPK1.

5. Un método de acuerdo con cualquiera de las reivindicaciones precedentes, que comprende probar una muestra biológica del mamífero para la expresión de al menos tres de NPAS2, NES, CHST7 o DAPK1.

6. Un método de acuerdo con cualquiera de las reivindicaciones precedentes, que comprende probar una muestra biológica del mamífero para la expresión de cualquiera de NPAS2, NES, CHST7 y DAPK1.

7. Un método de acuerdo con cualquiera de las reivindicaciones precedentes, que comprende además probar una muestra biológica del mamífero para la expresión de cualquier gen listado en el Cuadro 2 como se define aquí.

8. Un método de acuerdo con la reivindicación 7, que comprende probar una muestra biológica del mamífero para la expresión de cualquiera de EMP1, SLC20A1, SPRY2 o PGM1.

9. Un método de acuerdo con cualquiera de las reivindicaciones 7-8, que comprende probar una muestra biológica del mamífero para la expresión de EMP1.

10. Un método de acuerdo con cualquiera de las reivindicaciones precedentes, en donde el tumor se selecciona del grupo que consiste de leucemia, mieloma múltiple, linfoma, ducto biliar, de huesos, de vejiga, de cerebro, del sistema nervioso central, glioblastoma, mama, colorectal, cervical, endometríal, gástrico, cabeza, cuello, hepático, pulmón, músculo, neuronal, esófago, ovario, pancreático, membrana pleural, membrana peritoneal, próstata, renal, piel, testicular, tiroides, útero y vulva.

11. Un método de acuerdo con la reivindicación 10, en donde el tumor se selecciona de uno de pulmón de célula no pequeña, pancreático, cabeza o cuello.

12. Un método de acuerdo con cualquiera de las reivindicaciones precedentes, en donde el fármaco del receptor erbB se selecciona de cualquiera de gefitinib, erlotinib, PKI-166, EKB-569, HKI-272, lapatinib, canertinib, AEE788, XL647, BMS 5599626, cetuximab, matuzumab, panitumumab, MR1-1, IMC-11F8 o EGERL11.

13. Un método de acuerdo con la reivindicación 12, en donde el fármaco del receptor erbB es gefitinib.

14. Un método de acuerdo con cualquiera de las reivindicaciones precedentes, en donde el mamífero es un ser humano y en donde el método comprende probar un muestra biológica del humano para la expresión elevada de DAPK1 y la expresión reducida de NPAS2, NES, CHST7 y EMP1 para poder pronosticar una probabilidad elevada de respuesta a gefitinib.