KR20230156746A - 궤양성 결장염에서 치료 반응을 예측하는 방법 - Google Patents

궤양성 결장염에서 치료 반응을 예측하는 방법 Download PDF

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KR20230156746A
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시린 리
피페이 양
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얀센 바이오테크 인코포레이티드
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Abstract

질환 상태, 바람직하게는 염증성 장 질환 상태의 검출 또는 진단, 염증성 장 질환에 대한 치료 요법의 확인, 및/또는 대상체에서 염증성 장 질환에 대한 치료 요법에 대한 반응성을 나타내는 데 사용될 수 있는 바이오마커가 기재된다. 또한, 염증성 장 질환 상태를 결정하고/하거나 염증성 장 질환 상태에 대한 치료 요법을 확인하기 위한 바이오마커를 검출할 수 있는 프로브 및 관련 방법 및 키트가 기재된다.

Description

궤양성 결장염에서 치료 반응을 예측하는 방법
전자적으로 제출된 서열 목록에 대한 참조
본 출원은 파일명이 "JBI6452WOPCT1SEQLIST.txt"이고, 작성일이 2022년 2월 10일이며, 크기가 24KB인 ASCII 포맷 서열 목록으로서 EFS-웹을 통해 전자적으로 제출된 서열 목록을 포함한다. EFS-웹을 통해 제출된 서열 목록은 본 명세서의 일부이며, 전체적으로 본 명세서에 참고로 포함된다.
기술분야
본 발명은 일반적으로 질환 상태, 바람직하게는 염증성 장 질환 상태의 검출 또는 진단, 염증성 장 질환에 대한 치료 요법의 확인, 및/또는 대상체에서 염증성 장 질환에 대한 치료 요법에 대한 반응성을 나타내는 것에 관한 것이고, 이러한 목적에 유용한 방법, 시약, 및 키트를 제공한다. 치료 요법을 나타내고/나타내거나, 진단하고/하거나 식별하는데 유용하고/하거나 궤양성 결장염을 포함하는 염증성 장 질환 상태에 대한 치료 요법에 대한 반응성을 나타내는 바이오마커의 패널, 바이오마커의 패널을 검출할 수 있는 프로브 및 이의 관련 방법 및 키트가 본 명세서에서 제공된다.
궤양성 결장염(UC)은 염증성 장 질환(IBD)의 가장 일반적인 형태이다. 이는 결장에 선택적으로 영향을 미치고 암을 비롯한 심각한 합병증과 연관되어 있는 치료가 불가능한 만성 면역 매개 질환이다(1, 2). 아미노살리실레이트 또는 티오퓨린과 같은 1차 약제를 사용한 장기 관해는 대부분의 환자에서 가능성이 낮으며(3, 4), 이는 전-염증성 분자 또는 세포를 표적으로 하는 생물학적 치료법의 출현을 촉진하였다(5 내지 10). 그럼에도 불구하고, 대부분의 환자는, 특히 점막 치유와 같은 강력한 결과 측정치가 반응을 측정하는 데 사용되는 경우, 지속적인 관해를 달성하지 못한다. 결과를 개선하기 위해서는, UC의 면역병리학에 대한 새로운 기계론적 통찰을 제공하여 효과적인 표적화 치료의 개발에 대한 정보를 제공하는 것이 시급하다.
면역 세포, 가장 특히 단핵 세포 및 호중구의 국소적 축적을 갖는 조절되지 않은 점막 면역 반응은 UC 발병의 핵심이며, 이는 조직의 구조적 왜곡, 선와 파괴 및 선와 농양 형성과 연관된다. 사이토카인은 조직 손상의 주요 조절인자로서 면역 및 비-면역 세포의 활성화, 기타 염증 매개체의 생성/증폭, 메탈로프로테이나제 생성 유도 및 숙주 조직을 직접적으로 손상시키는 자유 라디칼 생성을 제어한다. 사이토카인은 또한 식세포작용, 세포내 사멸 메커니즘, 세포사멸, 세포 증식을 조절하고 부착 분자와 케모카인의 발현을 제어함으로써 면역 세포가 염증 부위로 이동하는 것을 조율한다. 따라서, 개별 사이토카인 또는 이를 생산하는 세포를 표적화하는 것이 UC에서 가장 효과적인 치료 전략이다. 가장 최근에 승인된 UC에 대한 생물학적 치료법은 인터루킨(IL) 12 및 IL23 둘 모두에 공통인 p40 서브유닛을 표적으로 하는 단일클론 항체(mAb)인 우스테키누맙(ustekinumab)이다. IL23의 선택적 표적화가 개념적으로 매력적인 또 다른 접근법인데, 그 이유는 IL23이 피부(11), 뇌(12), 관절(13), 및 장(14, 15)의 면역-매개 염증성 질환(IMID)에 강력하게 관련되어 있기 때문이다. IL23 과발현 형질전환 마우스는 장내에서 중증 호중구성 염증을 포함하는 다기관 염증성 질환을 발생시킨다(16). UC의 전임상 모델에서, IL23의 특정 p19 서브유닛의 유전적 결실, 또는 치료적 중화는 결장염을 상당히 약화시킨다(17, 18). IL23은 선천성 및 적응성 림프구의 효과기 기능을 자극하여, IL17A, IL17F, 인터페론-γ(IFNγ) 및 GM-CSF의 생산을 유발하지만, 인간 질환에서의 그의 역할은 잘 정의되어 있지 않다(19). 고도의 임상 개발에서 4개 이상의 상이한 항-IL23p19 서브유닛 단일클론 항체를 사용하여, 선택적 IL23 차단의 효능을 평가하는 여러 임상 시험이 현재 진행 중이다. 그러나, IL23을 표적화하는 것에 대한 우려가 존재하는데, 그 이유는 그것이 조절하는 하류 경로가 또한 조직 회복에 관여하기 때문이다. 예를 들어, IL22는 IL23에 의해 조절되는 주요 사이토카인 중 하나이고, IL22가 장에서 중요한 보호 역할을 한다는 여러 증거가 있다. IL22는 항-미생물 펩타이드의 생성을 유도하고, LGR5+ 장 상피 줄기 세포 증식을 촉진함으로써 급성 손상 후 장 상피 장벽 회복에 관여한다(20). 이러한 데이터는 IBD에서 발생하는 상피 손상의 회복을 촉진하기 위해 IL22를 활용할 가능성에 대한 관심을 자극하였고, 재조합 IL22의 투여를 평가하는 초기 단계 임상 시험이 최근 시작되었다(NCT02749630). 혼란스럽게도, IBD의 몇몇 만성 모델에서, IL22는 병원성인 것으로 나타났다(21).
따라서, 이러한 불일치를 조정하는 데 도움을 주기 위해, 특히 인간 질환에서, IL23/IL22 축 생물학에 대한 새로운 통찰이 이제 필요하다. 염증성 장 질환(IBD), 특히 궤양성 결장염(UC) 환자와 여러 결장염 모델에서, 질병 조직에서의 IL23 및 IL22 반응성 전사 모듈 및 인과 네트워크의 임상적 및 기능적 중요성을 이해하는 것은 궤양성 결장염에 대한 치료 요법의 결과에 대한 더 나은 예측 및/또는 더 우수한 치료 요법으로 이어질 수 있다.
하나의 일반적인 태양에서, 본 발명은 다음으로 이루어진 군으로부터 선택되는 5개 이상의 바이오마커를 포함하는 바이오마커의 패널을 검출할 수 있는 단리된 프로브 세트에 관한 것이다: 재생성 패밀리 멤버 1 베타(REG1B), 지방산 결합 단백질 6(FABP6), 재생성 패밀리 멤버 1 알파(REG1A), 주요 조직적합성 복합체, 클래스 II, DQ 베타 1(HLA-DQB1), 주요 조직적합성 복합체, 클래스 II, DQ 알파 1(HLA-DQA1), 보체 인자 I(CFI), 세르핀 패밀리 A 멤버 1(SERPINA1), 인돌아민 2,3-다이옥시게나제 1(IDO1), 나트륨 채널 상피 1 베타 서브유닛(SCNN1B), 악성 뇌 종양에서의 결실 1(deleted in malignant brain tumors 1; DMBT1), 사이토카인 신호전달 억제제 3(SOCS3), 구아닐레이트 결합 단백질 4(GBP4), C-X-C 모티프 케모카인 리간드 1(CXCL1), CXCL5, CXCL9, CXCL10, CXCL11, 이중 산화효소 2(DUOX2), 아포지질단백질 A1(APOA1), 탄산 탈수효소 4(CA4), 유비퀴틴 D(UBD), 구아닐레이트 결합 단백질 1(GBP1), 테트라트리코펩타이드 반복을 갖는 인터페론 유도 단백질 3(IFIT3), t-박스 3(TBX3), 트랜스글루타미나제 2(TGM2), 바닌 1(VNN1), 펩티다제 억제제 3(PI3), 보체 C3(C3), 사이토크롬 P450 패밀리 2 서브패밀리 B 멤버 7, 유사유전자(CYP2B7P), C-C 모티프 케모카인 리간드 20(CCL20), 리포칼린 2(LCN2), 주요 조직적합성 복합체, 클래스 II, DP 알파 1(HLA-DPA1), 라디칼 S-아데노실 메티오닌 도메인 포함 2(RSAD2), 이중 산화효소 성숙 인자 2(DUOXA2), 후각 수용체 패밀리 2 서브패밀리 A 멤버 7(OR2A7), 구아닐레이트 결합 단백질 5(GBP5), 트립토파닐-tRNA 합성효소(WARS), 클래스 II 주요 조직적합성 복합체 전사활성화인자(CIITA), Wnt 패밀리 멤버 5A(WNT5A), 상피 간질 상호 작용 1(EPSTI1), 혈청 아밀로이드 A2(SAA2), 혈청 아밀로이드 A1(SAA1), C-C 모티프 케모카인 리간드 28(CCL28), 올팩토메딘 4(OLFM4), PDZK1 상호작용 단백질 1(PDZK1IP1), 매트릭스 리모델링 관련 5(MXRA5), C-C 모티프 케모카인 리간드 2(CCL2), 주요 조직적합성 복합체, 클래스 II, DR 알파(HLA-DRA), C-형 렉틴 도메인 패밀리 2 멤버 D(CLEC2D), 인터페론 유도 막관통 단백질 1(IFITM), Spi-B 전사 인자(SPIB), CD74, 세포간 부착 분자 1(ICAM1), 포크헤드 연관 도메인을 갖는 TRAF 상호작용 단백질(TIFA), 염화물 채널 액세서리 1(CLCA1), 주요 조직적합성 복합체, 클래스 II, DO 알파(HLA-DOA), 막관통 단백질 173(TMEM173), 디펜신 베타 1(DEFB1), 카스파제 5(CASP5), 아포지질단백질 C1(APOC1), 섬유아세포 성장 인자 7(FGF7), CD274, 아넥신 A1(ANXA1), 시티딘/유리딘 모노포스페이트 키나제 2(CMPK2), 포스포리파제 A2 그룹 IIA(PLA2G2A), 세르핀 패밀리 A 멤버 3(SERPINA3), 주요 조직적합성 복합체, 클래스 II, DM 베타(HLA-DMB), 온코스타틴 M 수용체(OSMR), 막관통 단백질 119(TMEM119), 사이토카인 신호전달 억제제 1(SOCS1), 바닌 2(VNN2), BCH 도메인을 갖는 프룬 상동체 2(PRUNE2), C-X-C 모티프 케모카인 리간드 8(CXCL8), 티틴(TTN), 카르복시펩티다제 A2(CPA2), 마이크로RNA 146a(MIR146A), 골수 간질 세포 항원 2(BST2), Z-DNA 결합 단백질 1(ZBP1), 코핀 5(CPNE5), 세르핀 패밀리 G 멤버 1(SERPING1), 인터루킨 1 수용체 1형(IL1R1), 메탈로티오네인 1G(MT1G), 림포톡신 베타(LTB), 바이글라이칸(BGN), 인터페론 유도 단백질 44 유사(IFI44L), 주요 조직적합성 복합체, 클래스 II, DP 베타 1(HLA-DPB1), IgG 수용체 Ib의 Fc 단편(FCGR1B), 인터루킨 23 서브유닛 알파(IL23A), FYVE, RhoGEF 및 PH 도메인 포함 5(FYVE, RhoGEF and PH domain containing 5; FGD5), 플라스미노겐 활성화제, 유로키나제(PLAU), 인터페론 유도 막관통 단백질 3(IFITM3), 인터루킨 18 결합 단백질(IL18BP), 데스모글레인 3(DSG3), 분비 및 막관통 1(SECTM1), 유비퀴틴 접합 효소 E2 L6(UBE2L6), 아넥신 A6(ANXA6), 탄수화물 설포트랜스퍼라제 2(CHST2), LY6/PLAUR 도메인 포함 1(LY6/PLAUR domain containing 1; LYPD1), EGF 유사 도메인을 갖는 심장 발달 단백질 1(HEG1), ISG15 유비퀴틴 유사 변형자(ISG15), 징크 핑거 CCCH-형 포함 12A(zinc finger CCCH-type containing 12A; ZC3H12A), C-X-C 모티프 케모카인 리간드 6(CXCL6), 스타스민 3(STMN3), 징크 핑거 CCCH-형 포함 12C(ZC3H12C), cAMP-의존성 단백질 키나제 억제제 감마(PKIG), 인터루킨 13 수용체 서브유닛 알파 2(IL13RA2), 변연계 연관 막 단백질(LSAMP), STEAP4 금속환원효소(STEAP4), 폴리스타틴 유사 1(FSTL1), 세린 펩티다제 억제제, 카잘 1형(SPINK1), C-C 모티프 케모카인 리간드 22(CCL22), 호산구 과립 개체 발생 전사체(EGOT), 쌍-유사 호메오도메인 1(PITX1), 긴 유전자간 비-단백질 코딩 RNA 2099(LINCO2099), V 세트 및 면역글로불린 도메인 포함 1(V-set and immunoglobulin domain containing 1; VSIG1), 갈렉틴 2(LGALS2), C2 칼슘 의존성 도메인 포함 4A(C2 calcium dependent domain containing 4A; C2CD4A), 구아닐레이트 결합 단백질 1 유사유전자 1(GBP1P1), TNF 수용체 수퍼패밀리 멤버 9(TNFRSF9), 매트릭스 메탈로펩티다제 10(MMP10), HtrA 세린 펩티다제 1(HTRA1), 켈치 도메인 포함 7B(kelch domain containing 7B; KLHDC7B), 인터루킨 1 수용체 유사 1(IL1RL1), Rho GTPase 활성화 단백질 31(ARHGAP31), 히알루로난 및 프로테오글리칸 연결 단백질 3(HAPLN3), 용질 담체 패밀리 9 멤버 B2(SLC9B2), G 단백질 서브유닛 알파 15(GNA15), 베타 카테닌의 흐트러진 결합 길항제 2(disheveled binding antagonist of beta catenin 2; DACT2), 플렉스트린 상동체 및 FYVE 도메인 포함 1(PLEKHF1), 골수 세포에 발현된 트리거링 수용체 1(TREM1), 인터루킨 1 알파(IL1A), TNFAIP3 상호작용 단백질 3(TNIP3), 카스파제 동원 도메인 패밀리 멤버 14(CARD14), LY6/PLAUR 도메인 포함 5(LYPD5), C-X3-C 모티프 케모카인 리간드 1(CX3CL1), 인터페론 감마(IFNG), 엔쿠린, TRPC 채널 상호작용 단백질(ENKUR), 종양 괴사 인자(TNF), 시냅스 소포 당단백질 2B(SV2B), 다이나민 3(DNM3), 뉴런 내비게이터 3(NAV3), 백혈구 면역글로불린 유사 수용체 A5(LILRA5), 크로모그라닌 A(CHGA), 징크 핑거 도메인에 인접한 브로모도메인 2B(bromodomain adjacent to zinc finger domain 2B; BAZ2B), 뮤신 16, 세포 표면 관련(MUC16), 안드로겐 의존성 TFPI 조절 단백질(ADTRP), 긴 유전자간 비-단백질 코딩 RNA 1539(LINC01539), 미오신 중쇄 7(MYH7), 링 핑거 단백질 183(RNF183), 온코스타틴 M(OSM), 폰 빌레브란트 인자 A 도메인 포함 5B2(VWA5B2), 멜라토닌 수용체 1A(MTNR1A), 네불린(NEB), MAM 도메인 포함 글리코실포스파티딜이노시톨 앵커 1(MDGA1), 필라민 C(FLNC), 분비된 프리즐드 관련 단백질 4(SFRP4), G 단백질-결합 수용체 관련 분류 단백질 2(GPRASP2), 프롤린 풍부 19(PRR19), 신타필린(SNPH), 용질 운반체 패밀리 5 멤버 2(SLC5A2), 용질 운반체 패밀리 30 멤버 2(SLC30A2), TOB1 안티센스 RNA 1(TOB1-AS1), 매트릭스 메탈로펩티다제 25(MMP25), 매트릭스 메탈로펩티다제 7(MMP7), 스펙신 호르몬(SPX), 세르핀 패밀리 A 멤버 5(SERPINA5), 아라키도네이트 15-리폭시게나제 B형(ALOX115B), WSC 도메인 포함 2(WSCD2), CD7, 보체 성분 4 결합 단백질 알파(C4BPA), SH2 도메인 포함 1B(SH2D1B), Glu/Asp-풍부 카르복시-말단 도메인을 갖는 Cbp/p300 트랜스활성화제 4(CITED4), 콜로니 자극 인자 2(CSF2), 용질 운반체 패밀리 5 멤버 8(SLC5A8), Rho 패밀리 GTPase 1(RND1), Rh 형액형 CcEe 항원(RHCE), 도킹 단백질 5(DOK5), 사이토크롬 P450 패밀리 4 서브패밀리 Z 멤버 1(CYP4Z1), 레이린(LAYN), 케라틴 6A(KRT6A), 인터루킨 17C(IL17C), 칼륨 칼슘-활성화 채널 서브패밀리 N 멤버 2(KCNN2), 막관통 단백질 114(TMEM114), 하이드록시스테로이드 11-베타 탈수소효소 1(HSD11B1), 구아닐레이트 사이클라제 1 가용성 서브유닛 베타 2(유사유전자)(GUCY1B2), 5-하이드록시트립타민 수용체 3A(HTR3A), 섬유아세포 성장 인자 5(FGF5), 글루타메이트 이온성 수용체 NMDA형 서브유닛 3A(GRIN3A), 용질 운반체 패밀리 22 멤버 3(SLC22A3), SPOC 도메인 포함 1(SPOCD1), S100 칼슘 결합 단백질 A3(S100A3), CCM2 유사 스캐폴드 단백질(CCM2L), 나트륨 이뇨 펩타이드 수용체 1(NPR1), 일시적 수용체 전위 양이온 채널 서브패밀리 V 멤버 6(TRPV6), unc-13 상동체 A(UNC13A), 특성화되지 않은 LOC100506071, 코르딘(CHRD), 섬유아세포 성장 인자 17(FGF17), 칼륨 전압-개폐 채널 서브패밀리 E 조절 서브유닛 1(KCNE1), 용질 운반체 패밀리 8 멤버 A3(SLC8A3), 쌍을 이룬 관련 호메오박스 2(PRRX2), 사이토크롬 P450 패밀리 2 서브패밀리 A 멤버 6(CYP2A6), 인테그린 서브유닛 베타 1 결합 단백질 2(ITGBBP2), 인터루킨 22(IL22), 확장된 시냅토태그민 3(ESYT3), 뉴런 펜트락신 1(NPTX1), 세메노겔린 1(SEMG1), 프로-혈소판 기초 단백질(PPBP), 류신 풍부 반복 막관통 뉴런성 1(LRRTM1), 인터루킨 36 베타(IL36B), 림프구 항원 6 패밀리 멤버 K(LY6K), 사이토크롬 P450 패밀리 2 서브패밀리 A 멤버 7(CYP2A7), SH3 및 다중 안키린 반복 도메인 1(SHANK1), ALK 수용체 티로신 키나제(ALK), G 단백질-결합 수용체 37(GPR37), 세르핀 패밀리 B 멤버 4(SERPINB4), 사이토크롬 P450 패밀리 4 서브패밀리 X 멤버 1(CYP4X1), 긴 유전자간 비-단백질 코딩 RNA 471(LINC00471), 세르핀 패밀리 B 멤버 7(SERPINB7), 류신 풍부 반복 포함 63(LRRC63), NCCRP1, HIST3H2BB, LUCAT1, LGALS17A, IL17REL, TAS2R31, MT1A, LINC01353, NCF4-AS1, LOC101930114, LOC645166, RPLP0P2, MS4A18, LOC730183, ALPPL2, DRGX, RMRP, ECEL1P2, 및 RARRES3.
소정 실시 형태에서, 바이오마커의 패널은 다음으로 이루어진 군으로부터 선택되는 6개 이상의 바이오마커, 7개 이상의 바이오마커, 8개 이상의 바이오마커, 9개 이상의 바이오마커, 10개 이상의 바이오마커, 11개 이상의 바이오마커, 12개 이상의 바이오마커, 13개 이상의 바이오마커, 또는 14개 이상의 바이오마커를 포함한다: 재생성 패밀리 멤버 1 베타(REG1B), 지방산 결합 단백질 6(FABP6), 재생성 패밀리 멤버 1 알파(REG1A), 주요 조직적합성 복합체, 클래스 II, DQ 베타 1(HLA-DQB1), 주요 조직적합성 복합체, 클래스 II, DQ 알파 1(HLA-DQA1), 보체 인자 I(CFI), 세르핀 패밀리 A 멤버 1(SERPINA1), 인돌아민 2,3-다이옥시게나제 1(IDO1), 나트륨 채널 상피 1 베타 서브유닛(SCNN1B), 악성 뇌 종양에서의 결실 1(DMBT1), 사이토카인 신호전달 억제제 3(SOCS3), 구아닐레이트 결합 단백질 4(GBP4), C-X-C 모티프 케모카인 리간드 1(CXCL1), CXCL5, CXCL9, CXCL10, CXCL11, 이중 산화효소 2(DUOX2), 아포지질단백질 A1(APOA1), 탄산 탈수효소 4(CA4), 유비퀴틴 D(UBD), 구아닐레이트 결합 단백질 1(GBP1), 테트라트리코펩타이드 반복을 갖는 인터페론 유도 단백질 3(IFIT3), t-박스 3(TBX3), 트랜스글루타미나제 2(TGM2), 바닌 1(VNN1), 펩티다제 억제제 3(PI3), 보체 C3(C3), 사이토크롬 P450 패밀리 2 서브패밀리 B 멤버 7, 유사유전자(CYP2B7P), C-C 모티프 케모카인 리간드 20(CCL20), 리포칼린 2(LCN2), 주요 조직적합성 복합체, 클래스 II, DP 알파 1(HLA-DPA1), 라디칼 S-아데노실 메티오닌 도메인 포함 2(RSAD2), 이중 산화효소 성숙 인자 2(DUOXA2), 후각 수용체 패밀리 2 서브패밀리 A 멤버 7(OR2A7), 구아닐레이트 결합 단백질 5(GBP5), 트립토파닐-tRNA 합성효소(WARS), 클래스 II 주요 조직적합성 복합체 전사활성화인자(CIITA), Wnt 패밀리 멤버 5A(WNT5A), 상피 간질 상호 작용 1(EPSTI1), 혈청 아밀로이드 A2(SAA2), 혈청 아밀로이드 A1(SAA1), C-C 모티프 케모카인 리간드 28(CCL28), 올팩토메딘 4(OLFM4), PDZK1 상호작용 단백질 1(PDZK1IP1), 매트릭스 리모델링 관련 5(MXRA5), C-C 모티프 케모카인 리간드 2(CCL2), 주요 조직적합성 복합체, 클래스 II, DR 알파(HLA-DRA), C-형 렉틴 도메인 패밀리 2 멤버 D(CLEC2D), 인터페론 유도 막관통 단백질 1(IFITM), Spi-B 전사 인자(SPIB), CD74, 세포간 부착 분자 1(ICAM1), 포크헤드 연관 도메인을 갖는 TRAF 상호작용 단백질(TIFA), 염화물 채널 액세서리 1(CLCA1), 주요 조직적합성 복합체, 클래스 II, DO 알파(HLA-DOA), 막관통 단백질 173(TMEM173), 디펜신 베타 1(DEFB1), 카스파제 5(CASP5), 아포지질단백질 C1(APOC1), 섬유아세포 성장 인자 7(FGF7), CD274, 아넥신 A1(ANXA1), 시티딘/유리딘 모노포스페이트 키나제 2(CMPK2), 포스포리파제 A2 그룹 IIA(PLA2G2A), 세르핀 패밀리 A 멤버 3(SERPINA3), 주요 조직적합성 복합체, 클래스 II, DM 베타(HLA-DMB), 온코스타틴 M 수용체(OSMR), 막관통 단백질 119(TMEM119), 사이토카인 신호전달 억제제 1(SOCS1), 바닌 2(VNN2), BCH 도메인을 갖는 프룬 상동체 2(PRUNE2), C-X-C 모티프 케모카인 리간드 8(CXCL8), 티틴(TTN), 카르복시펩티다제 A2(CPA2), 마이크로RNA 146a(MIR146A), 골수 간질 세포 항원 2(BST2), Z-DNA 결합 단백질 1(ZBP1), 코핀 5(CPNE5), 세르핀 패밀리 G 멤버 1(SERPING1), 인터루킨 1 수용체 1형(IL1R1), 메탈로티오네인 1G(MT1G), 림포톡신 베타(LTB), 바이글라이칸(BGN), 인터페론 유도 단백질 44 유사(IFI44L), 주요 조직적합성 복합체, 클래스 II, DP 베타 1(HLA-DPB1), IgG 수용체 Ib의 Fc 단편(FCGR1B), 인터루킨 23 서브유닛 알파(IL23A), FYVE, RhoGEF 및 PH 도메인 포함 5(FGD5), 플라스미노겐 활성화제, 유로키나제(PLAU), 인터페론 유도 막관통 단백질 3(IFITM3), 인터루킨 18 결합 단백질(IL18BP), 데스모글레인 3(DSG3), 분비 및 막관통 1(SECTM1), 유비퀴틴 접합 효소 E2 L6(UBE2L6), 아넥신 A6(ANXA6), 탄수화물 설포트랜스퍼라제 2(CHST2), LY6/PLAUR 도메인 포함 1(LYPD1), EGF 유사 도메인을 갖는 심장 발달 단백질 1(HEG1), ISG15 유비퀴틴 유사 변형자(ISG15), 징크 핑거 CCCH-형 포함 12A(ZC3H12A), C-X-C 모티프 케모카인 리간드 6(CXCL6), 스타스민 3(STMN3), 징크 핑거 CCCH-형 포함 12C(ZC3H12C), cAMP-의존성 단백질 키나제 억제제 감마(PKIG), 인터루킨 13 수용체 서브유닛 알파 2(IL13RA2), 변연계 연관 막 단백질(LSAMP), STEAP4 금속환원효소(STEAP4), 폴리스타틴 유사 1(FSTL1), 세린 펩티다제 억제제, 카잘 1형(SPINK1), C-C 모티프 케모카인 리간드 22(CCL22), 호산구 과립 개체 발생 전사체(EGOT), 쌍-유사 호메오도메인 1(PITX1), 긴 유전자간 비-단백질 코딩 RNA 2099(LINCO2099), V 세트 및 면역글로불린 도메인 포함 1(VSIG1), 갈렉틴 2(LGALS2), C2 칼슘 의존성 도메인 포함 4A(C2CD4A), 구아닐레이트 결합 단백질 1 유사유전자 1(GBP1P1), TNF 수용체 수퍼패밀리 멤버 9(TNFRSF9), 매트릭스 메탈로펩티다제 10(MMP10), HtrA 세린 펩티다제 1(HTRA1), 켈치 도메인 포함 7B(KLHDC7B), 인터루킨 1 수용체 유사 1(IL1RL1), Rho GTPase 활성화 단백질 31(ARHGAP31), 히알루로난 및 프로테오글리칸 연결 단백질 3(HAPLN3), 용질 담체 패밀리 9 멤버 B2(SLC9B2), G 단백질 서브유닛 알파 15(GNA15), 베타 카테닌의 흐트러진 결합 길항제 2(DACT2), 플렉스트린 상동체 및 FYVE 도메인 포함 1(PLEKHF1), 골수 세포에 발현된 트리거링 수용체 1(TREM1), 인터루킨 1 알파(IL1A), TNFAIP3 상호작용 단백질 3(TNIP3), 카스파제 동원 도메인 패밀리 멤버 14(CARD14), LY6/PLAUR 도메인 포함 5(LYPD5), C-X3-C 모티프 케모카인 리간드 1(CX3CL1), 인터페론 감마(IFNG), 엔쿠린, TRPC 채널 상호작용 단백질(ENKUR), 종양 괴사 인자(TNF), 시냅스 소포 당단백질 2B(SV2B), 다이나민 3(DNM3), 뉴런 내비게이터 3(NAV3), 백혈구 면역글로불린 유사 수용체 A5(LILRA5), 크로모그라닌 A(CHGA), 징크 핑거 도메인에 인접한 브로모도메인 2B(BAZ2B), 뮤신 16, 세포 표면 관련(MUC16), 안드로겐 의존성 TFPI 조절 단백질(ADTRP), 긴 유전자간 비-단백질 코딩 RNA 1539(LINC01539), 미오신 중쇄 7(MYH7), 링 핑거 단백질 183(RNF183), 온코스타틴 M(OSM), 폰 빌레브란트 인자 A 도메인 포함 5B2(VWA5B2), 멜라토닌 수용체 1A(MTNR1A), 네불린(NEB), MAM 도메인 포함 글리코실포스파티딜이노시톨 앵커 1(MDGA1), 필라민 C(FLNC), 분비된 프리즐드 관련 단백질 4(SFRP4), G 단백질-결합 수용체 관련 분류 단백질 2(GPRASP2), 프롤린 풍부 19(PRR19), 신타필린(SNPH), 용질 운반체 패밀리 5 멤버 2(SLC5A2), 용질 운반체 패밀리 30 멤버 2(SLC30A2), TOB1 안티센스 RNA 1(TOB1-AS1), 매트릭스 메탈로펩티다제 25(MMP25), 매트릭스 메탈로펩티다제 7(MMP7), 스펙신 호르몬(SPX), 세르핀 패밀리 A 멤버 5(SERPINA5), 아라키도네이트 15-리폭시게나제 B형(ALOX115B), WSC 도메인 포함 2(WSCD2), CD7, 보체 성분 4 결합 단백질 알파(C4BPA), SH2 도메인 포함 1B(SH2D1B), Glu/Asp-풍부 카르복시-말단 도메인을 갖는 Cbp/p300 트랜스활성화제 4(CITED4), 콜로니 자극 인자 2(CSF2), 용질 운반체 패밀리 5 멤버 8(SLC5A8), Rho 패밀리 GTPase 1(RND1), Rh 형액형 CcEe 항원(RHCE), 도킹 단백질 5(DOK5), 사이토크롬 P450 패밀리 4 서브패밀리 Z 멤버 1(CYP4Z1), 레이린(LAYN), 케라틴 6A(KRT6A), 인터루킨 17C(IL17C), 칼륨 칼슘-활성화 채널 서브패밀리 N 멤버 2(KCNN2), 막관통 단백질 114(TMEM114), 하이드록시스테로이드 11-베타 탈수소효소 1(HSD11B1), 구아닐레이트 사이클라제 1 가용성 서브유닛 베타 2(유사유전자)(GUCY1B2), 5-하이드록시트립타민 수용체 3A(HTR3A), 섬유아세포 성장 인자 5(FGF5), 글루타메이트 이온성 수용체 NMDA형 서브유닛 3A(GRIN3A), 용질 운반체 패밀리 22 멤버 3(SLC22A3), SPOC 도메인 포함 1(SPOCD1), S100 칼슘 결합 단백질 A3(S100A3), CCM2 유사 스캐폴드 단백질(CCM2L), 나트륨 이뇨 펩타이드 수용체 1(NPR1), 일시적 수용체 전위 양이온 채널 서브패밀리 V 멤버 6(TRPV6), unc-13 상동체 A(UNC13A), 특성화되지 않은 LOC100506071, 코르딘(CHRD), 섬유아세포 성장 인자 17(FGF17), 칼륨 전압-개폐 채널 서브패밀리 E 조절 서브유닛 1(KCNE1), 용질 운반체 패밀리 8 멤버 A3(SLC8A3), 쌍을 이룬 관련 호메오박스 2(PRRX2), 사이토크롬 P450 패밀리 2 서브패밀리 A 멤버 6(CYP2A6), 인테그린 서브유닛 베타 1 결합 단백질 2(ITGBBP2), 인터루킨 22(IL22), 확장된 시냅토태그민 3(ESYT3), 뉴런 펜트락신 1(NPTX1), 세메노겔린 1(SEMG1), 프로-혈소판 기초 단백질(PPBP), 류신 풍부 반복 막관통 뉴런성 1(LRRTM1), 인터루킨 36 베타(IL36B), 림프구 항원 6 패밀리 멤버 K(LY6K), 사이토크롬 P450 패밀리 2 서브패밀리 A 멤버 7(CYP2A7), SH3 및 다중 안키린 반복 도메인 1(SHANK1), ALK 수용체 티로신 키나제(ALK), G 단백질-결합 수용체 37(GPR37), 세르핀 패밀리 B 멤버 4(SERPINB4), 사이토크롬 P450 패밀리 4 서브패밀리 X 멤버 1(CYP4X1), 긴 유전자간 비-단백질 코딩 RNA 471(LINC00471), 세르핀 패밀리 B 멤버 7(SERPINB7), 류신 풍부 반복 포함 63(LRRC63), NCCRP1, HIST3H2BB, LUCAT1, LGALS17A, IL17REL, TAS2R31, MT1A, LINC01353, NCF4-AS1, LOC101930114, LOC645166, RPLP0P2, MS4A18, LOC730183, ALPPL2, DRGX, RMRP, ECEL1P2, 및 RARRES3.
소정 실시 형태에서, 바이오마커의 패널은 다음으로 이루어진 군으로부터 선택되는 5개 이상의 바이오마커를 포함한다: 인터루킨 13 수용체 서브유닛 알파 2(IL13RA2), 인터루킨 1 수용체 1형(IL1R1), 칼륨 칼슘-활성화 채널 서브패밀리 N 멤버 2(KCNN2), 케라틴 6A(KRT6A), LY6/PLAUR 도메인 포함 1(LYPD1), LY6/PLAUR 도메인 포함 5(LYPD5), 매트릭스 메탈로펩티다제 10(MMP10), 뉴런 내비게이터 3(NAV3), 산화질소 합성효소 2(NOS2), 올팩토메딘 4(OLFM4), 온코스타틴 M 수용체(OSMR), PDZK1 상호작용 단백질 1(PDZK1IP1), 포스포리파제 A2 그룹 IIA(PLA2G2A), 플렉스트린 상동체 및 FYVE 도메인 포함 1(PLEKHF1), BCH 도메인을 갖는 프룬 상동체 2(PRUNE2), 재생성 패밀리 멤버 1 알파(REG1A), 재생성 패밀리 멤버 1 베타(REG1B), 세르핀 패밀리 A 멤버 1(SERPINA1), 세르핀 패밀리 A 멤버 3(SERPINA3), 용질 운반체 패밀리 5 멤버 8(SLC5A8), 용질 담체 패밀리 9 멤버 B2(SLC9B2), 사이토카인 신호전달 억제제 3(SOCS3), STEAP4 금속환원효소(STEAP4), 스타스민 3(STMN3), 트랜스글루타미나제 2(TGM2), 포크헤드 연관 도메인을 갖는 TRAF 상호작용 단백질(TIFA), 막관통 단백질 173(TMEM173), TNFAIP3 상호작용 단백질 3(TNIP3), 일시적 수용체 전위 양이온 채널 서브패밀리 V 멤버 6(TRPV6), 및 Wnt 패밀리 멤버 5A(WNT5A).
소정 실시 형태에서, 바이오마커의 패널은 다음으로 이루어진 군으로부터 선택되는 1개 이상의 바이오마커를 추가로 포함한다: ALK 수용체 티로신 키나제(ALK), 아포지질단백질 C1(APOC1), 징크 핑거 도메인에 인접한 브로모도메인 2B(BAZ2B), 바이글라이칸(BGN), CCM2 유사 스캐폴드 단백질(CCM2L), 사이토크롬 P450 패밀리 2 서브패밀리 A 멤버 6(CYP2A6), 도킹 단백질 5(DOK5), IgG 수용체 Ib의 Fc 단편(FCGR1B), FYVE, RhoGEF 및 PH 도메인 포함 5(FGD5), 섬유아세포 성장 인자 17(FGF17), 섬유아세포 성장 인자 5(FGF5), 섬유아세포 성장 인자 7(FGF7), G 단백질-결합 수용체 관련 분류 단백질 2(GPRASP2), 구아닐레이트 사이클라제 1 가용성 서브유닛 베타 2(유사유전자)(GUCY1B2), 히스톤 H2B형 3-B(HIST3H2BB), 하이드록시스테로이드 11-베타 탈수소효소 1(HSD11B1), 인터페론 감마(IFNG), 인터루킨 22(IL22), 인테그린 서브유닛 베타 1 결합 단백질 2(ITGB1BP2), 백혈구 면역글로불린 유사 수용체 A5(LILRA5), 긴 유전자간 비-단백질 코딩 RNA 471(LINC00471), LINC01353, 긴 유전자간 비-단백질 코딩 RNA 1539(LINC01539), 긴 유전자간 비-단백질 코딩 RNA 2099(LINC02099), 특성화되지 않은 LOC100506071, LOC101930114, LOC645166, LOC730183, 류신 풍부 반복 포함 63(LRRC63), 변연계 연관 막 단백질(LSAMP), 림프구 항원 6 패밀리 멤버 K(LYK6), 메탈로티오네인 1A(MTA1), NCF4 안티센스 RNA 1(NCF4-AS1), 후각 수용체 패밀리 2 서브패밀리 A 멤버 7(OR2A7), 프롤린 풍부 19(PRR19), Rh 형액형 CcEe 항원(RHCE), 미토콘드리아 RNA 처리 엔도리보뉴클레아제의 RNA 구성 요소(RMRP), 리보솜 단백질 측면 줄기 서브유닛 P0 유사유전자 2(RPLP0P2), S100 칼슘 결합 단백질 A3(S100A3), 세르핀 패밀리 B 멤버 4(SERPINB4), 분비된 프리즐드 관련 단백질 4(SFRP4), SH3 및 다중 안키린 반복 도메인 1(SHANK1), 용질 운반체 패밀리 22 멤버 3(SLC22A3), 용질 운반체 패밀리 8 멤버 A3(SLC8A3), 미각 수용체 2형 멤버 31(TAS2R31), T-박스 3(TBX3), 막관통 단백질 114(TMEM114), TOB1 안티센스 RNA 1(TOB1-AS1), 폰 빌레브란트 인자 A 도메인 포함 5B2(VWA5B2), 및 WSC 도메인 포함 2(WSCD2).
소정 실시 형태에서, 바이오마커의 패널은 트랜스글루타미나제 2(TGM2), 포크헤드 연관 도메인을 갖는 TRAF 상호작용 단백질(TIFA), 탄산 탈수효소 4(CA4), 2'-5'-올리고아데닐레이트 합성효소 2(OAS2), 섬유아세포 성장 인자 17(FGF17), 트립토파닐-tRNA 합성효소(WARS), CD274 분자(CD274), 시냅스 소포 당단백질 2B(SV2B), 디펜신 베타 1(DEFB1), 아넥신 A1(ANXA1), 인터페론 유도 단백질 44 유사(IFI44L), 인터루킨 13 수용체 서브유닛 알파 2(IL13RA2), 유비퀴틴 D(UBD), 및 LY6/PLAUR 도메인 포함 5(LYPD5)의 바이오마커를 포함한다.
예를 들어, 프로브는 앱타머, 항체, 애피바디, 펩티드, 및 핵산으로 이루어진 군으로부터 선택될 수 있다.
염증성 장 질환 (IBD)에 대한 치료 요법을 필요로 하는 대상체에서 치료 요법에 대한 반응을 예측하는 방법이 또한 제공된다. 본 방법은 (a) 대상체로부터 샘플을 획득하는 단계; (b) 샘플에서 바이오마커의 패널을 검출할 수 있는 단리된 프로브 세트와 샘플을 접촉시키는 단계 및 (c) 샘플에 대한 농축 점수를 결정하기 위해 바이오마커의 패널의 패턴을 분석하는 단계를 포함하며, 여기서, 0 미만의 농축 점수는 대상체가 0 초과의 농축 점수를 갖는 대상체보다 치료 요법에 반응할 가능성이 더 크다는 것을 나타낸다. 염증성 장 질환은, 예를 들어, 궤양성 결장염 또는 크론병으로부터 선택될 수 있다. 소정 실시 형태에서, 염증성 장 질환은 궤양성 결장염이다. 샘플은, 예를 들어, 조직 샘플 또는 혈액 샘플일 수 있다.
소정 실시 형태에서, 바이오마커의 패널은 트랜스글루타미나제 2, 포크헤드 연관 도메인을 갖는 TRAF 상호작용 단백질, 탄산 탈수효소 4, 2'-5'-올리고아데닐레이트 합성효소 2, 섬유아세포 성장 인자 17, 트립토파닐-tRNA 합성효소, CD274 분자, 시냅스 소포 당단백질 2B, 디펜신 베타 1, 아넥신 A1, 인터페론 유도 단백질 44 유사, 인터루킨 13 수용체 서브유닛 알파 2, 유비퀴틴 D, 및 LY6/PLAUR 도메인 포함 5의 바이오마커를 포함한다.
소정 실시 형태에서, 본 방법은 염증성 장 질환을 치료 또는 예방하기 위해 대상체에게 치료제를 투여하는 단계를 추가로 포함한다. 치료제는 대상체에게 정맥(IV) 및/또는 피하(SC)로 투여되는 항-IL12/23p40 항체일 수 있으며, 여기서 항체는 중쇄 및 경쇄를 포함한다. 일 실시 형태에서, 중쇄 가변 영역은 서열 번호 1의 상보성 결정 영역 중쇄 1(CDRH1) 아미노산 서열; 서열 번호 2의 CDRH2 아미노산 서열; 및 서열 번호 3의 CDRH3 아미노산 서열을 포함하고; 경쇄 가변 영역은 서열 번호 4의 상보성 결정 영역 경쇄 1(CDRL1) 아미노산 서열; 서열 번호 5의 CDRL2 아미노산 서열; 및 서열 번호 6의 CDRL3 아미노산 서열을 포함한다. 다른 실시 형태에서, 중쇄 가변 도메인 아미노산 서열은 서열번호 7을 포함하고, 경쇄 가변 도메인 아미노산 서열은 서열번호 8을 포함한다. 대안적인 실시 형태에서, 중쇄 아미노산 서열은 서열번호 10을 포함하고 경쇄 아미노산 서열은 서열번호 11을 포함한다. 바람직한 실시 형태에서, 치료제는, 예를 들어, 항체 우스테키누맙일 수 있다.
대상체에서 염증성 장 질환에 대한 치료 요법에 대한 반응을 예측하기 위한 키트가 또한 제공된다. 키트는, 예를 들어, (a) 다음으로 이루어진 군으로부터 선택되는 5개 이상, 예컨대, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 또는 그 이상의 바이오마커를 포함하는 바이오마커의 패널을 검출할 수 있는 단리된 프로브 세트: 재생성 패밀리 멤버 1 베타(REG1B), 지방산 결합 단백질 6(FABP6), 재생성 패밀리 멤버 1 알파(REG1A), 주요 조직적합성 복합체, 클래스 II, DQ 베타 1(HLA-DQB1), 주요 조직적합성 복합체, 클래스 II, DQ 알파 1(HLA-DQA1), 보체 인자 I(CFI), 세르핀 패밀리 A 멤버 1(SERPINA1), 인돌아민 2,3-다이옥시게나제 1(IDO1), 나트륨 채널 상피 1 베타 서브유닛(SCNN1B), 악성 뇌 종양에서의 결실 1(DMBT1), 사이토카인 신호전달 억제제 3(SOCS3), 구아닐레이트 결합 단백질 4(GBP4), C-X-C 모티프 케모카인 리간드 1(CXCL1), CXCL5, CXCL9, CXCL10, CXCL11, 이중 산화효소 2(DUOX2), 아포지질단백질 A1(APOA1), 탄산 탈수효소 4(CA4), 유비퀴틴 D(UBD), 구아닐레이트 결합 단백질 1(GBP1), 테트라트리코펩타이드 반복을 갖는 인터페론 유도 단백질 3(IFIT3), t-박스 3(TBX3), 트랜스글루타미나제 2(TGM2), 바닌 1(VNN1), 펩티다제 억제제 3(PI3), 보체 C3(C3), 사이토크롬 P450 패밀리 2 서브패밀리 B 멤버 7, 유사유전자(CYP2B7P), C-C 모티프 케모카인 리간드 20(CCL20), 리포칼린 2(LCN2), 주요 조직적합성 복합체, 클래스 II, DP 알파 1(HLA-DPA1), 라디칼 S-아데노실 메티오닌 도메인 포함 2(RSAD2), 이중 산화효소 성숙 인자 2(DUOXA2), 후각 수용체 패밀리 2 서브패밀리 A 멤버 7(OR2A7), 구아닐레이트 결합 단백질 5(GBP5), 트립토파닐-tRNA 합성효소(WARS), 클래스 II 주요 조직적합성 복합체 전사활성화인자(CIITA), Wnt 패밀리 멤버 5A(WNT5A), 상피 간질 상호 작용 1(EPSTI1), 혈청 아밀로이드 A2(SAA2), 혈청 아밀로이드 A1(SAA1), C-C 모티프 케모카인 리간드 28(CCL28), 올팩토메딘 4(OLFM4), PDZK1 상호작용 단백질 1(PDZK1IP1), 매트릭스 리모델링 관련 5(MXRA5), C-C 모티프 케모카인 리간드 2(CCL2), 주요 조직적합성 복합체, 클래스 II, DR 알파(HLA-DRA), C-형 렉틴 도메인 패밀리 2 멤버 D(CLEC2D), 인터페론 유도 막관통 단백질 1(IFITM), Spi-B 전사 인자(SPIB), CD74, 세포간 부착 분자 1(ICAM1), 포크헤드 연관 도메인을 갖는 TRAF 상호작용 단백질(TIFA), 염화물 채널 액세서리 1(CLCA1), 주요 조직적합성 복합체, 클래스 II, DO 알파(HLA-DOA), 막관통 단백질 173(TMEM173), 디펜신 베타 1(DEFB1), 카스파제 5(CASP5), 아포지질단백질 C1(APOC1), 섬유아세포 성장 인자 7(FGF7), CD274, 아넥신 A1(ANXA1), 시티딘/유리딘 모노포스페이트 키나제 2(CMPK2), 포스포리파제 A2 그룹 IIA(PLA2G2A), 세르핀 패밀리 A 멤버 3(SERPINA3), 주요 조직적합성 복합체, 클래스 II, DM 베타(HLA-DMB), 온코스타틴 M 수용체(OSMR), 막관통 단백질 119(TMEM119), 사이토카인 신호전달 억제제 1(SOCS1), 바닌 2(VNN2), BCH 도메인을 갖는 프룬 상동체 2(PRUNE2), C-X-C 모티프 케모카인 리간드 8(CXCL8), 티틴(TTN), 카르복시펩티다제 A2(CPA2), 마이크로RNA 146a(MIR146A), 골수 간질 세포 항원 2(BST2), Z-DNA 결합 단백질 1(ZBP1), 코핀 5(CPNE5), 세르핀 패밀리 G 멤버 1(SERPING1), 인터루킨 1 수용체 1형(IL1R1), 메탈로티오네인 1G(MT1G), 림포톡신 베타(LTB), 바이글라이칸(BGN), 인터페론 유도 단백질 44 유사(IFI44L), 주요 조직적합성 복합체, 클래스 II, DP 베타 1(HLA-DPB1), IgG 수용체 Ib의 Fc 단편(FCGR1B), 인터루킨 23 서브유닛 알파(IL23A), FYVE, RhoGEF 및 PH 도메인 포함 5(FGD5), 플라스미노겐 활성화제, 유로키나제(PLAU), 인터페론 유도 막관통 단백질 3(IFITM3), 인터루킨 18 결합 단백질(IL18BP), 데스모글레인 3(DSG3), 분비 및 막관통 1(SECTM1), 유비퀴틴 접합 효소 E2 L6(UBE2L6), 아넥신 A6(ANXA6), 탄수화물 설포트랜스퍼라제 2(CHST2), LY6/PLAUR 도메인 포함 1(LYPD1), EGF 유사 도메인을 갖는 심장 발달 단백질 1(HEG1), ISG15 유비퀴틴 유사 변형자(ISG15), 징크 핑거 CCCH-형 포함 12A(ZC3H12A), C-X-C 모티프 케모카인 리간드 6(CXCL6), 스타스민 3(STMN3), 징크 핑거 CCCH-형 포함 12C(ZC3H12C), cAMP-의존성 단백질 키나제 억제제 감마(PKIG), 인터루킨 13 수용체 서브유닛 알파 2(IL13RA2), 변연계 연관 막 단백질(LSAMP), STEAP4 금속환원효소(STEAP4), 폴리스타틴 유사 1(FSTL1), 세린 펩티다제 억제제, 카잘 1형(SPINK1), C-C 모티프 케모카인 리간드 22(CCL22), 호산구 과립 개체 발생 전사체(EGOT), 쌍-유사 호메오도메인 1(PITX1), 긴 유전자간 비-단백질 코딩 RNA 2099(LINCO2099), V 세트 및 면역글로불린 도메인 포함 1(VSIG1), 갈렉틴 2(LGALS2), C2 칼슘 의존성 도메인 포함 4A(C2CD4A), 구아닐레이트 결합 단백질 1 유사유전자 1(GBP1P1), TNF 수용체 수퍼패밀리 멤버 9(TNFRSF9), 매트릭스 메탈로펩티다제 10(MMP10), HtrA 세린 펩티다제 1(HTRA1), 켈치 도메인 포함 7B(KLHDC7B), 인터루킨 1 수용체 유사 1(IL1RL1), Rho GTPase 활성화 단백질 31(ARHGAP31), 히알루로난 및 프로테오글리칸 연결 단백질 3(HAPLN3), 용질 담체 패밀리 9 멤버 B2(SLC9B2), G 단백질 서브유닛 알파 15(GNA15), 베타 카테닌의 흐트러진 결합 길항제 2(DACT2), 플렉스트린 상동체 및 FYVE 도메인 포함 1(PLEKHF1), 골수 세포에 발현된 트리거링 수용체 1(TREM1), 인터루킨 1 알파(IL1A), TNFAIP3 상호작용 단백질 3(TNIP3), 카스파제 동원 도메인 패밀리 멤버 14(CARD14), LY6/PLAUR 도메인 포함 5(LYPD5), C-X3-C 모티프 케모카인 리간드 1(CX3CL1), 인터페론 감마(IFNG), 엔쿠린, TRPC 채널 상호작용 단백질(ENKUR), 종양 괴사 인자(TNF), 시냅스 소포 당단백질 2B(SV2B), 다이나민 3(DNM3), 뉴런 내비게이터 3(NAV3), 백혈구 면역글로불린 유사 수용체 A5(LILRA5), 크로모그라닌 A(CHGA), 징크 핑거 도메인에 인접한 브로모도메인 2B(BAZ2B), 뮤신 16, 세포 표면 관련(MUC16), 안드로겐 의존성 TFPI 조절 단백질(ADTRP), 긴 유전자간 비-단백질 코딩 RNA 1539(LINC01539), 미오신 중쇄 7(MYH7), 링 핑거 단백질 183(RNF183), 온코스타틴 M(OSM), 폰 빌레브란트 인자 A 도메인 포함 5B2(VWA5B2), 멜라토닌 수용체 1A(MTNR1A), 네불린(NEB), MAM 도메인 포함 글리코실포스파티딜이노시톨 앵커 1(MDGA1), 필라민 C(FLNC), 분비된 프리즐드 관련 단백질 4(SFRP4), G 단백질-결합 수용체 관련 분류 단백질 2(GPRASP2), 프롤린 풍부 19(PRR19), 신타필린(SNPH), 용질 운반체 패밀리 5 멤버 2(SLC5A2), 용질 운반체 패밀리 30 멤버 2(SLC30A2), TOB1 안티센스 RNA 1(TOB1-AS1), 매트릭스 메탈로펩티다제 25(MMP25), 매트릭스 메탈로펩티다제 7(MMP7), 스펙신 호르몬(SPX), 세르핀 패밀리 A 멤버 5(SERPINA5), 아라키도네이트 15-리폭시게나제 B형(ALOX115B), WSC 도메인 포함 2(WSCD2), CD7, 보체 성분 4 결합 단백질 알파(C4BPA), SH2 도메인 포함 1B(SH2D1B), Glu/Asp-풍부 카르복시-말단 도메인을 갖는 Cbp/p300 트랜스활성화제 4(CITED4), 콜로니 자극 인자 2(CSF2), 용질 운반체 패밀리 5 멤버 8(SLC5A8), Rho 패밀리 GTPase 1(RND1), Rh 형액형 CcEe 항원(RHCE), 도킹 단백질 5(DOK5), 사이토크롬 P450 패밀리 4 서브패밀리 Z 멤버 1(CYP4Z1), 레이린(LAYN), 케라틴 6A(KRT6A), 인터루킨 17C(IL17C), 칼륨 칼슘-활성화 채널 서브패밀리 N 멤버 2(KCNN2), 막관통 단백질 114(TMEM114), 하이드록시스테로이드 11-베타 탈수소효소 1(HSD11B1), 구아닐레이트 사이클라제 1 가용성 서브유닛 베타 2(유사유전자)(GUCY1B2), 5-하이드록시트립타민 수용체 3A(HTR3A), 섬유아세포 성장 인자 5(FGF5), 글루타메이트 이온성 수용체 NMDA형 서브유닛 3A(GRIN3A), 용질 운반체 패밀리 22 멤버 3(SLC22A3), SPOC 도메인 포함 1(SPOCD1), S100 칼슘 결합 단백질 A3(S100A3), CCM2 유사 스캐폴드 단백질(CCM2L), 나트륨 이뇨 펩타이드 수용체 1(NPR1), 일시적 수용체 전위 양이온 채널 서브패밀리 V 멤버 6(TRPV6), unc-13 상동체 A(UNC13A), 특성화되지 않은 LOC100506071, 코르딘(CHRD), 섬유아세포 성장 인자 17(FGF17), 칼륨 전압-개폐 채널 서브패밀리 E 조절 서브유닛 1(KCNE1), 용질 운반체 패밀리 8 멤버 A3(SLC8A3), 쌍을 이룬 관련 호메오박스 2(PRRX2), 사이토크롬 P450 패밀리 2 서브패밀리 A 멤버 6(CYP2A6), 인테그린 서브유닛 베타 1 결합 단백질 2(ITGBBP2), 인터루킨 22(IL22), 확장된 시냅토태그민 3(ESYT3), 뉴런 펜트락신 1(NPTX1), 세메노겔린 1(SEMG1), 프로-혈소판 기초 단백질(PPBP), 류신 풍부 반복 막관통 뉴런성 1(LRRTM1), 인터루킨 36 베타(IL36B), 림프구 항원 6 패밀리 멤버 K(LY6K), 사이토크롬 P450 패밀리 2 서브패밀리 A 멤버 7(CYP2A7), SH3 및 다중 안키린 반복 도메인 1(SHANK1), ALK 수용체 티로신 키나제(ALK), G 단백질-결합 수용체 37(GPR37), 세르핀 패밀리 B 멤버 4(SERPINB4), 사이토크롬 P450 패밀리 4 서브패밀리 X 멤버 1(CYP4X1), 긴 유전자간 비-단백질 코딩 RNA 471(LINC00471), 세르핀 패밀리 B 멤버 7(SERPINB7), 류신 풍부 반복 포함 63(LRRC63), NCCRP1, HIST3H2BB, LUCAT1, LGALS17A, IL17REL, TAS2R31, MT1A, LINC01353, NCF4-AS1, LOC101930114, LOC645166, RPLP0P2, MS4A18, LOC730183, ALPPL2, DRGX, RMRP, ECEL1P2, 및 RARRES3; 및 (b) 사용 설명서를 포함할 수 있다.
소정 실시 형태에서, 바이오마커의 패널을 검출할 수 있는 단리된 프로브 세트는 다음으로 이루어진 군으로부터 선택되는 5개 이상의 바이오마커를 포함한다: 인터루킨 13 수용체 서브유닛 알파 2(IL13RA2), 인터루킨 1 수용체 1형(IL1R1), 칼륨 칼슘-활성화 채널 서브패밀리 N 멤버 2(KCNN2), 케라틴 6A(KRT6A), LY6/PLAUR 도메인 포함 1(LYPD1), LY6/PLAUR 도메인 포함 5(LYPD5), 매트릭스 메탈로펩티다제 10(MMP10), 뉴런 내비게이터 3(NAV3), 산화질소 합성효소 2(NOS2), 올팩토메딘 4(OLFM4), 온코스타틴 M 수용체(OSMR), PDZK1 상호작용 단백질 1(PDZK1IP1), 포스포리파제 A2 그룹 IIA(PLA2G2A), 플렉스트린 상동체 및 FYVE 도메인 포함 1(PLEKHF1), BCH 도메인을 갖는 프룬 상동체 2(PRUNE2), 재생성 패밀리 멤버 1 알파(REG1A), 재생성 패밀리 멤버 1 베타(REG1B), 세르핀 패밀리 A 멤버 1(SERPINA1), 세르핀 패밀리 A 멤버 3(SERPINA3), 용질 운반체 패밀리 5 멤버 8(SLC5A8), 용질 담체 패밀리 9 멤버 B2(SLC9B2), 사이토카인 신호전달 억제제 3(SOCS3), STEAP4 금속환원효소(STEAP4), 스타스민 3(STMN3), 트랜스글루타미나제 2(TGM2), 포크헤드 연관 도메인을 갖는 TRAF 상호작용 단백질(TIFA), 막관통 단백질 173(TMEM173), TNFAIP3 상호작용 단백질 3(TNIP3), 일시적 수용체 전위 양이온 채널 서브패밀리 V 멤버 6(TRPV6), 및 Wnt 패밀리 멤버 5A(WNT5A).
소정 실시 형태에서, 바이오마커의 패널을 검출할 수 있는 단리된 프로브 세트는 다음으로 이루어진 군으로부터 선택되는 5개 이상의 바이오마커를 포함한다: ALK 수용체 티로신 키나제(ALK), 아포지질단백질 C1(APOC1), 징크 핑거 도메인에 인접한 브로모도메인 2B(BAZ2B), 바이글라이칸(BGN), CCM2 유사 스캐폴드 단백질(CCM2L), 사이토크롬 P450 패밀리 2 서브패밀리 A 멤버 6(CYP2A6), 도킹 단백질 5(DOK5), IgG 수용체 Ib의 Fc 단편(FCGR1B), FYVE, RhoGEF 및 PH 도메인 포함 5(FGD5), 섬유아세포 성장 인자 17(FGF17), 섬유아세포 성장 인자 5(FGF5), 섬유아세포 성장 인자 7(FGF7), G 단백질-결합 수용체 관련 분류 단백질 2(GPRASP2), 구아닐레이트 사이클라제 1 가용성 서브유닛 베타 2(유사유전자)(GUCY1B2), 히스톤 H2B형 3-B(HIST3H2BB), 하이드록시스테로이드 11-베타 탈수소효소 1(HSD11B1), 인터페론 감마(IFNG), 인터루킨 22(IL22), 인테그린 서브유닛 베타 1 결합 단백질 2(ITGB1BP2), 백혈구 면역글로불린 유사 수용체 A5(LILRA5), 긴 유전자간 비-단백질 코딩 RNA 471(LINC00471), LINC01353, 긴 유전자간 비-단백질 코딩 RNA 1539(LINC01539), 긴 유전자간 비-단백질 코딩 RNA 2099(LINC02099), 특성화되지 않은 LOC100506071, LOC101930114, LOC645166, LOC730183, 류신 풍부 반복 포함 63(LRRC63), 변연계 연관 막 단백질(LSAMP), 림프구 항원 6 패밀리 멤버 K(LYK6), 메탈로티오네인 1A(MTA1), NCF4 안티센스 RNA 1(NCF4-AS1), 후각 수용체 패밀리 2 서브패밀리 A 멤버 7(OR2A7), 프롤린 풍부 19(PRR19), Rh 형액형 CcEe 항원(RHCE), 미토콘드리아 RNA 처리 엔도리보뉴클레아제의 RNA 구성 요소(RMRP), 리보솜 단백질 측면 줄기 서브유닛 P0 유사유전자 2(RPLP0P2), S100 칼슘 결합 단백질 A3(S100A3), 세르핀 패밀리 B 멤버 4(SERPINB4), 분비된 프리즐드 관련 단백질 4(SFRP4), SH3 및 다중 안키린 반복 도메인 1(SHANK1), 용질 운반체 패밀리 22 멤버 3(SLC22A3), 용질 운반체 패밀리 8 멤버 A3(SLC8A3), 미각 수용체 2형 멤버 31(TAS2R31), T-박스 3(TBX3), 막관통 단백질 114(TMEM114), TOB1 안티센스 RNA 1(TOB1-AS1), 폰 빌레브란트 인자 A 도메인 포함 5B2(VWA5B2), 및 WSC 도메인 포함 2(WSCD2).
소정 실시 형태에서, 바이오마커의 패널을 검출할 수 있는 단리된 프로브 세트는 트랜스글루타미나제 2, 포크헤드 연관 도메인을 갖는 TRAF 상호작용 단백질, 탄산 탈수효소 4, 2'-5'-올리고아데닐레이트 합성효소 2, 섬유아세포 성장 인자 17, 트립토파닐-tRNA 합성효소, CD274 분자, 시냅스 소포 당단백질 2B, 디펜신 베타 1, 아넥신 A1, 인터페론 유도 단백질 44 유사, 인터루킨 13 수용체 서브유닛 알파 2, 유비퀴틴 D, 및 LY6/PLAUR 도메인 포함 5의 바이오마커를 포함한다.
소정 실시 형태에서, 염증성 장 질환은, 예를 들어, 궤양성 결장염 또는 크론병으로부터 선택될 수 있다.
본 발명의 추가의 태양, 특징 및 이점은 하기의 본 발명의 상세한 설명 및 청구범위를 읽을 때 더 잘 이해될 것이다.
전술한 개요뿐만 아니라, 본 출원의 바람직한 실시형태의 하기의 상세한 설명도 첨부 도면과 함께 읽을 때 더 잘 이해될 것이다. 그러나, 본 출원은 도면에 나타낸 정확한 실시 형태로 제한되지 않음이 이해되어야 한다.
도 1a 및 도 1b: IL23 및 IL22 반응성 전사 환경 탐색. 도 1a: cLPMC의 IL23 자극의 실험 계획. 도 1b: 재조합 IL23으로 처리된 UC 환자(n=5)로부터 단리된 인간 cLPMC에서 차등 발현된 유전자(DEG)의 배수 변화 및 P-값을 입증하는 화산형 플롯.
도 2는 IL23이 궤양성 결장염 환자로부터 단리된 고유판 단핵 세포에 의해 IL22의 발현을 유도함을 보여준다. IL23 처리된 고유판 단핵 세포(LPMC)에서 RNAseq의 결과를 검증하는 실시간 PCR 실험. IL22 전사체의 증가된 발현은 n=7 UC 환자에서 IL23으로 처리된 LPMC에서 볼 수 있다.
도 3a 내지 도 3f는 궤양성 결장염에서 IL23 및 IL22 반응성 전사 네트워크의 임상적 유의성을 보여준다. 도 3a, 도 3b: UC 및 건강한 대조군의 결장 생검에서 IL23 및 IL22 각각의 농축 점수. *P<0.0001. 도 3c: UC 환자로부터의 결장 생검에서 IL22 및 IL23 농축 점수 사이의 상관관계. 도 3d, 도 3e, 도 3f: 우스테키누맙 또는 위약 개시 직전에 샘플링된 기준선 생검에서 IL22 농축 점수에 따라 계층화된 UNIFI 임상 시험 프로그램에 등록된 UC 환자에서 주수 8에서의 임상 관해(총 메이요(Mayo) 점수가 2 이하이고 하위 점수가 1보다 큰 경우로 정의됨) 및 깊은 관해[조직학적 개선(선와의 5% 미만에서 호중구 침윤이 있고, 선와 파괴가 없으며, 미란, 궤양, 또는 육아 조직이 없음으로 정의됨)과 내시경 개선이 모두 필요함]. 도 3e 및 도 3f에서, 그래프에서 가장 왼쪽 막대는 위약 치료를 받은 UC 환자에서의 반응률을 보여준다.
도 4a 및 도 4b는 IL22 반응 전사체가 UC 환자로부터 샘플링된 전체 생검에 풍부하고 활성 및 비활성 질환을 구별할 수 있음을 보여준다. 도 4a: 건강한 대조군(HC) 및 활동성 및 정지성(quiescent) UC를 갖는 환자에서의 IL22 농축 점수(GSVA에 의해 유도됨)(재등록된 데이터 세트 GSE50971 및 GSE16879, 만 휘트니(Mann Whitney) 테스트, *P<0.0001). 도 4b: 재등록된 데이터 세트 GSE50971에서 IL22에 의해 상향 조절된 상위 50개 전사체를 사용한 주성분 분석.
도 5a 내지 도 5d는 결장 생검에서 IL23/IL22 전사 모듈의 발현이 궤양성 결장염에서 우스테키누맙에 대한 반응을 예측한다는 것을 보여준다. 우스테키누맙 또는 위약 개시 직전에 샘플링된 기준선 생검에서 IL22 농축 점수에 따라 계층화된 UNIFI 임상 시험 프로그램에 등록된 UC 환자에서 주수 8에서의 임상 관해(총 메이요 점수가 2 이하이고 하위 점수가 1보다 큰 경우로 정의됨) 및 깊은 관해[조직학적 개선(선와의 5% 미만에서 호중구 침윤이 있고, 선와 파괴가 없으며, 미란, 궤양, 또는 육아 조직이 없음으로 정의됨)과 내시경 개선이 모두 필요함]. 도 5a 내지 도 5d에서, 그래프에서 가장 왼쪽 막대는 위약 치료를 받은 UC 환자에서의 반응률을 보여준다(UNIFI 코호트, n=550).
도 6a 내지 도 6c는 IL23/IL22 축에 의해 조절되는 생물학적 경로를 보여준다. 도 6a: 상류 조절인자 분석은 관찰된 전사 변화의 잠재적인 동인을 식별한다. 도 6b: 전사 인자에 대한 주요 상류 조절인자의 수렴: F-kB, RELA 및 JUN. 도 6c: IL22 전사 프로그램 농축에 의해 계층화된 알려진 IL22 조절인자의 정규화된 발현 강도.
도 7a 내지 도 7h는 인과 네트워크 분석이 결장 상피에서 IL22의 핵심 생물학적 활성으로서 호중구-활성 케모카인의 유도를 식별함을 보여준다. 도 7a: 인간 콜로노이드(colonoid)에서 IL22에 의해 조절된 전사 변화의 경로 분석. 도 7b: 서로 다른 사이토카인에 의해 조절되는 공유 차등 발현 전사체를 보여주는 서코스(Circos) 플롯. 도 7c: IL22와 다른 전-염증성 사이토카인 사이의 공유 표준 경로에 대한 벤 다이어그램(Venn diagram). 도 7d: 인간 콜로노이드에서 IL22 및 기타 전염증성 사이토카인에 의한 케모카인을 코딩하는 전사체의 조절. 도 7e: 호중구 유인 케모카인의 발현에서 IL22 및 IL17A 공동-치료의 누적 효과. 도 7f: UNIFI 연구에 참여하는 UC 환자(n=550) 및 비-IBD 대조군(n=18)의 S자 생검에서 호중구 유인 케모카인의 상대적 발현. 도 7g: 건강한 대조군(HC), 비활성 및 활성 질환을 갖는 UC 환자(GSE50971)의 결장 점막에서 호중구 유인 케모카인의 상대적 발현. 도 7h: IL22 전사 프로그램에 대한 농축 점수와 케모카인 유전자 세트(CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL5, CXCL6, CXCL8) 사이의 비모수적(스피어만(Spearman)) 상관관계.
도 8a 및 도 8b는 인간 콜로노이드에서 생성된 IL22 전사 시그니처가 우스테키누맙에 대한 반응을 예측한다는 것을 보여준다. 도 8a는 82%의 곡선 아래 면적을 갖는 ROC 곡선을 나타내는 그래프를 보여준다. 도 8b는 치료(Ust: 우스테키누맙, Pbo: 위약) 및 주수 8 결과(점막 치유)를 기반으로 우스테키누맙 개시 전에 IBD 환자로부터 수집한 생검에서 IL22 전사 시그니처의 활성화 수준에 대한 그래프를 보여준다.
도 9는 우스테키누맙으로 치료된 IBD 환자의 결과를 예측하기 위해 AI 접근법에 의해 식별된 IL22 전사 시그니처의 멤버인 선택된 전사체의 그래프를 보여준다.
다양한 간행물, 논문, 및 특허가 배경기술에 그리고 본 명세서 전체에 걸쳐 인용되어 있거나 기재되어 있으며; 이들 참고문헌 각각은 전체적으로 본 명세서에 참고로 포함된다. 본 명세서에 포함된 문헌, 행동, 재료, 장치, 물품 등에 대한 논의는 본 발명에 대한 상황을 제공하는 것을 목적으로 한다. 그러한 논의는 이들 대상 중 임의의 것 또는 모든 것이 개시되거나 청구된 임의의 발명에 대하여 종래 기술의 일부를 형성하는 것을 인정하는 것은 아니다.
달리 정의되지 않는 한, 본 명세서에 사용된 모든 기술 및 과학 용어는 본 발명이 속하는 기술 분야의 당업자에 의해 통상적으로 이해되는 것과 동일한 의미를 갖는다. 그렇지 않으면, 본 명세서에 사용되는 소정의 용어는 본 명세서에 제시된 바와 같은 의미를 갖는다.
본 명세서 및 첨부된 청구범위에서 사용되는 바와 같이, 단수 형태(부정 관사 및 정관사)는, 문맥이 명확하게 달리 지시하지 않으면, 복수의 지시 대상을 포함한다는 것에 유의해야 한다.
달리 언급되지 않는 한, 본 명세서에 기재된 농도 또는 농도 범위와 같은 임의의 수치 값은 모든 경우에 용어 "약"에 의해 수식되는 것으로 이해되어야 한다. 따라서, 수치 값은 전형적으로 인용된 값의 ±10%를 포함한다. 예를 들어, 1 mg/mL의 농도는 0.9 mg/mL 내지 1.1 mg/mL를 포함한다. 마찬가지로, 1% 내지 10% (w/v)의 농도 범위는 0.9% (w/v) 내지 11% (w/v)를 포함한다. 본 명세서에 사용되는 바와 같이, 문맥이 명백히 달리 지시하지 않는 한, 수치 범위의 사용은 모든 가능한 하위범위, 그 범위 내의 모든 개별 수치 값, 예를 들어 그러한 범위 내의 정수 및 값의 분율을 명시적으로 포함한다.
달리 지시되지 않는 한, 일련의 요소 앞의 용어 "적어도"는 일련 내의 각각의 모든 요소를 지칭하는 것으로 이해되어야 한다. 당업자는 단지 일반적인 실험을 사용하여, 본원에서 설명된 본 발명의 구체적인 실시형태에 대한 많은 균등물을 인식하거나 확인할 수 있을 것이다. 그러한 균등물은 본 발명에 의해 포함되도록 의도된다.
본 명세서에 사용되는 바와 같이, 용어 "포함하다", "포함하는", "구비하다", "구비하는", "갖는다", "갖는", "함유하다" 또는 "함유하는", 또는 이들의 임의의 다른 변형은 언급된 정수 또는 정수들의 군의 포함을 내포하지만 임의의 다른 정수 또는 정수들의 군의 배제를 내포하지 않는 것으로 이해될 것이며, 비배타적 또는 개방형(open-ended)인 것으로 의도된다. 예를 들어, 요소들의 목록을 포함하는 조성물, 혼합물, 공정, 방법, 물품, 또는 장치는 반드시 그러한 요소들만으로 제한되지는 않고, 그러한 조성물, 혼합물, 공정, 방법, 물품, 또는 장치에 고유하거나 명시적으로 열거되어 있지 않은 다른 요소들을 포함할 수 있다. 또한, 명시적으로 반대로 기재되어 있지 않는 한, "또는"은 배타적 '또는'이 아니라 포괄적 '또는'을 지칭한다. 예를 들어, 조건 A 또는 B는 하기 중 어느 하나에 의해 만족된다: A가 참(또는 존재함)이고 B가 거짓(또는 존재하지 않음)임, A가 거짓(또는 존재하지 않음)이고 B가 참(또는 존재함)임, A 및 B 둘 모두가 참(또는 존재함)임.
본 명세서에 사용되는 바와 같이, 다수의 언급된 요소들 사이의 접속 용어 "및/또는"은 개별 선택지 및 조합된 선택지 둘 모두를 포함하는 것으로 이해된다. 예를 들어, 2개의 요소들이 "및/또는"에 의해 결합되는 경우, 제1 선택지는 제2 요소 없이 제1 요소의 적용가능성을 지칭한다. 제2 선택지는 제1 요소 없이 제2 요소의 적용가능성을 지칭한다. 제3 선택지는 제1 요소와 제2 요소가 함께 적용가능함을 지칭한다. 이들 선택지 중 어느 것이든 하나는 이 의미 내에 속하는 것으로 이해되며, 이에 따라 본 명세서에 사용되는 바와 같이 용어 "및/또는"의 요건을 충족시킨다. 이들 선택지 중 하나 초과의 동시 적용가능성 또한 이 의미 내에 속하는 것으로 이해되며, 이에 따라 용어 "및/또는"의 요건을 충족시킨다.
본 명세서에 사용되는 바와 같이, 용어 "~로 이루어진다", 또는 변형, 예컨대 "~로 이루어지다" 또는 "~로 이루어진"은, 본 명세서 및 청구범위 전체에 걸쳐 사용되는 바와 같이, 임의의 언급된 정수 또는 정수들의 군의 포함을 나타내지만, 추가의 정수 또는 정수들의 군이 명시된 방법, 구조, 또는 조성물에 추가될 수 없다.
본 명세서에 사용되는 바와 같이, 용어 "~로 본질적으로 이루어진다", 또는 변형, 예컨대 "~로 본질적으로 이루어지다" 또는 "~로 본질적으로 이루어진"은, 본 명세서 및 청구범위 전체에 걸쳐 사용되는 바와 같이, 임의의 언급된 정수 또는 정수들의 군의 포함, 및 명시된 방법, 구조 또는 조성물의 기본적 또는 신규한 특성을 실질적으로 변화시키지 않는 임의의 언급된 정수 또는 정수들의 군의 선택적인 포함을 나타낸다. M.P.E.P. § 2111.03을 참조한다.
또한, 본원에서 바람직한 발명의 구성요소의 치수 또는 특성을 언급할 때 사용되는 용어 "약", "대략", "대체로", "실질적으로" 및 유사한 용어들은 기재된 치수/특성이 엄격한 경계 또는 파라미터가 아니고, 그로부터 기능적으로 동일하거나 유사한 사소한 변동은 배제하지 않음을 나타낸다는 것이 이해되어야 하며, 이는 당업자에 의해 이해되는 바와 같을 것이다. 최소한으로, 수치 파라미터를 포함하는 그러한 언급은 당업계에서 허용되는 수학적 및 산업적 원리(예를 들어, 반올림, 측정 오차 또는 다른 계통 오차, 제조 공차 등)를 사용하여, 최소 유효 숫자를 변화시키지 않게 될 변형을 포함할 것이다.
본 명세서에 사용되는 바와 같이, "바이오마커"는 샘플 내의 발현 수준 또는 농도가 정상 또는 건강한 샘플의 것에 비교하여 변경되거나 병태를 나타내는 유전자 또는 단백질을 지칭한다. 본 명세서에 개시된 바이오마커는 그의 발현 수준 또는 농도 또는 발현 타이밍 또는 농도가 염증성 장 질환(IBD)(예를 들어, 궤양성 결장염 또는 크론병)에 대한 생물학적 요법에 대상체가 반응적인지 여부를 결정하는 능력과 상관관계가 있는 유전자 및/또는 단백질이다.
본 명세서에 사용되는 바와 같이, "프로브"는 의도된 표적 생체분자에 선택적으로 결합할 수 있는 임의의 분자 또는 제제를 지칭한다. 표적 분자는 바이오마커, 예를 들어, 뉴클레오티드 전사체 또는 바이오마커에 의해 인코딩되거나 이에 상응하는 단백질일 수 있다. 프로브는, 본 개시 내용을 고려하여, 당업자에 의해 합성될 수 있거나, 적절한 생물학적 제제로부터 유래될 수 있다. 프로브는 표지되도록 특이적으로 설계될 수 있다. 프로브로서 이용될 수 있는 분자의 예에는 RNA, DNA, 단백질, 펩티드, 항체, 앱타머, 애피바디, 및 유기 분자가 포함되지만 이로 제한되지 않는다.
본 명세서에 사용되는 바와 같이, "대상체"는 임의의 동물, 바람직하게는 포유동물, 가장 바람직하게는 인간을 의미한다. 본 명세서에 사용되는 바와 같이, 용어 "포유동물"은 임의의 포유동물을 포함한다. 포유동물의 예는 암소, 말, 양, 돼지, 고양이, 개, 마우스, 래트, 토끼, 기니피그, 원숭이, 인간, 등, 더 바람직하게는 인간을 포함하지만 이에 제한되지 않는다.
본 명세서에 사용되는 바와 같이, "샘플"은 바이오마커의 발현이 검출될 수 있는 세포, 조직, 또는 체액의 임의의 샘플링을 포함하는 것으로 의도된다. 그러한 샘플의 예는 생검물, 도말, 혈액, 림프액, 소변, 타액, 또는 임의의 다른 신체 분비물 또는 이들의 유도체를 포함하지만 이로 제한되지 않는다. 혈액은, 예를 들어, 전혈, 혈장, 혈청, 또는 임의의 혈액 유도체를 포함할 수 있다. 샘플은 당업자에게 공지된 다양한 기술에 의해 대상체로부터 얻어질 수 있다.
본 발명의 방법과 관련하여 용어 "투여하는"은, 본 명세서에 기재된 바와 같은 증후군, 장애, 또는 질환(예를 들어, 염증성 장 질환(IBD))을 치료적으로 또는 예방적으로 예방, 치료, 또는 개선하기 위한 방법을 의미한다. 그러한 방법은 유효량의 상기 치료제(예를 들어, IL23/IL22 치료제(예를 들어, 우스테키누맙))를 요법 과정 중의 상이한 시간에 또는 병용 형태로 동시에 투여하는 단계를 포함한다. 본 발명의 방법은 모든 공지된 치료적 처치 계획을 포함하는 것으로 이해되어야 한다.
용어 "유효량"은 각각, 치료 중인 증후군, 장애 또는 질환, 또는 치료 중인 증후군, 장애 또는 질환(예를 들어, IBD)의 증상을 예방, 치료 또는 개선하는 것을 포함하는, 연구원, 수의사, 의사, 또는 기타 임상의가 얻고자 하는, 조직 시스템, 동물 또는 인간에서 생물학적 또는 의학적 반응을 유도하는 활성 화합물 또는 약학적 제제의 양을 의미한다.
바이오마커를 검출하기 위한 바이오마커 패널 및 프로브
본 발명은 일반적으로 대상체에서 염증성 장 질환(IBD, 예를 들어, 궤양성 결장염 또는 크론병)에 대한 치료 요법에 대한 반응성의 예측에 관한 것이며, 이러한 목적에 유용한 방법, 시약, 및 키트를 제공한다. 대상체에서 염증성 장 질환에 대한 치료 요법에 대한 반응성을 예측하는 바이오마커가 본 명세서에 제공되어 있다. 소정 실시 형태에서, 본 발명은 IBD에 대한 치료 요법을 결정하거나 치료 요법에 대한 반응성을 나타내는데 사용될 수 있는 바이오마커(예를 들어, 특정 시점에 대상체에서 발현되는 유전자 또는 단백질)의 패널을 제공한다.
바이오마커의 발현을 검출하기 위해 당업계에서 이용가능한 임의의 방법이 본 명세서에 포함된다. 본 발명의 바이오마커의 발현, 존재, 또는 양은 핵산 수준(예를 들어, RNA 전사체로서) 또는 단백질 수준에서 검출될 수 있다. "바이오마커의 발현을 검출하거나 결정하는 단계"는 본 명세서에 개시된 바이오마커에 대한 단백질 또는 그의 RNA 전사체의 양 또는 존재를 결정하는 단계를 포함하는 것으로 의도된다. 따라서, "발현을 검출하는 단계"는, 바이오마커가 발현되지 않거나, 검출가능하게 발현되지 않거나, 낮은 수준으로 발현되거나, 정상 수준으로 발현되거나, 과발현되는 것으로 결정되는 경우를 포함한다.
소정 실시 형태에서 본 명세서에는, 본 명세서에 기재된 바이오마커를 직접적으로 또는 간접적으로 검출하는 DNA-, RNA-, 및 단백질-기반 진단 방법이 제공된다. 본 발명은 또한 그러한 진단 목적을 위한 조성물, 시약, 및 키트를 제공한다. 본 명세서에 기재된 진단 방법은 정성적이거나 정량적일 수 있다. 정량적 진단 방법은, 예를 들어, 검출된 바이오마커 수준을 컷오프 또는 임계치 수준과 비교하기 위해 사용될 수 있다. 적용가능한 경우, 정성적 또는 정량적 진단 방법은 또한 표적, 신호, 또는 중개물(intermediary)의 증폭을 포함할 수 있다.
소정 실시 형태에서, 정량적 진단 방법을 활용할 때, 농축 점수가 계산된다. 농축 점수는 유전자 세트 변이 분석(GSVA)을 활용하여 계산될 수 있다. GSVA는 유전자 발현 데이터 세트의 샘플을 통한 유전자 세트 농축의 변동을 추정하기 위한 비-파라미터, 비감독 방법이다. GSVA 농축 점수는 두 합계 사이의 차이 또는 0으로부터의 최대 편차이다. 양의(positive) GSVA 점수는 관심 유전자 세트 내의 유전자가 게놈에서 다른 모든 유전자에 비해 양으로(positively) 풍부하다는 것을 나타낸다. 음(negative)의 GSVA 점수는 관심 유전자 세트 내의 유전자가 유전자 세트에 없는 유전자에 비해 음으로(negatively) 풍부하다는 것을 의미한다.
소정 실시 형태에서, 바이오마커는 핵산(예를 들어, RNA) 수준에서 검출된다. 예를 들어, 샘플 내에 존재하는 바이오마커 RNA(예를 들어, mRNA)의 양을 결정한다(예를 들어, 바이오마커 발현의 수준을 결정하기 위함). 바이오마커 핵산(예를 들어, RNA, 증폭된 cDNA 등)은 핵산 혼성화 및 핵산 증폭을 포함하지만 이로 제한되지 않는 당업자에게 공지된 다양한 핵산 기법을 사용하여 검출/정량화될 수 있다.
소정 실시 형태에서는, 마이크로어레이가 바이오마커를 검출하기 위해 사용된다. 마이크로어레이는, 예를 들어, DNA 마이크로어레이; 단백질 마이크로어레이; 조직 마이크로어레이; 세포 마이크로어레이; 화학적 화합물 마이크로어레이; 및 항체 마이크로어레이를 포함할 수 있다. 통상적으로 유전자 칩으로 지칭되는 DNA 마이크로어레이는 동시에 수천개의 유전자의 발현 수준을 모니터링하기 위해 사용될 수 있다. 마이크로어레이는 질환 상태 대 정상 상태에서의 발현을 비교함으로써 질환 유전자를 식별하기 위해 사용될 수 있다. 마이크로어레이는 또한 진단 목적으로 사용될 수 있으며, 즉 질환 진단 전이나 질환(예를 들어, 염증성 장 질환 (IBD))의 진단 후에 샘플에서 유전자 발현 수준의 패턴이 연구될 수 있고, 이들 패턴은 나중에, 질환의 위험이 있거나 질환으로 진단된 대상체에서 질환에 대한 치료 요법을 예측하거나, 또는 질환의 위험이 있거나 질환으로 진단된 대상체에서 질환에 대한 특정 치료 요법에 대한 반응성을 예측하는 데 사용될 수 있다.
소정 실시 형태에서, 발현 생성물은 패널의 바이오마커에 상응하는 단백질이다. 특정 실시 형태에서, 발현 생성물의 수준을 검출하는 단계는 패널의 바이오마커에 상응하는 단백질에 대한 항체에 샘플을 노출시키는 단계를 포함한다. 소정 실시 형태에서, 항체는 고체 표면에 공유적으로 연결된다. 소정 실시 형태에서, 발현 생성물의 수준을 검출하는 단계는 질량 분석 기술(예를 들어, 질량 분석법)에 샘플을 노출시키는 단계를 포함한다.
소정 실시 형태에는, 바이오마커 단백질의 검출 및/또는 정량화를 위한 시약이 제공된다. 시약은 단백질 바이오마커에 결합하는 1차 항체, 1차 항체에 결합하는 2차 항체, 단백질 바이오마커에 결합하는 애피바디, 단백질 또는 핵산 바이오마커(예를 들어, RNA 또는 DNA)에 결합하는 앱타머(예를 들어, SOMAmer), 및/또는 핵산 바이오마커(예를 들어, RNA 또는 DNA)에 결합하는 핵산을 포함할 수 있지만 이로 제한되지 않는다. 검출 시약은 (예를 들어, 형광으로) 표지되거나 표지되지 않을 수 있다. 추가로, 검출 시약은 용액 중에 유리되거나 고정화될 수 있다.
소정 실시 형태에서, 샘플 내에 존재하는 바이오마커(들)의 수준을 정량화할 때, 수준은 절대 기준 또는 상대 기준으로 결정될 수 있다. 상대 기준으로 결정될 때, 동일한 환자로부터의 이력 샘플(예를 들어, 소정 기간에 걸친 일련의 샘플), 질환 또는 장애(예를 들어, IBD)가 없는 대상체 또는 대상체의 집단에서 발견되는 수준(들), 임계치 값, 및 허용가능한 범위를 포함할 수 있지만 이로 제한되지 않는 대조군과 비교될 수 있다.
따라서, 염증성 장 질환(IBD)을 갖는 대상체에 대한 치료 요법에 대한 반응성을 나타내는, 바이오마커의 패널을 검출할 수 있는 프로브의 단리된 세트가 본 명세서에 제공된다. 소정 실시 형태에서, 다음으로 이루어진 군으로부터 선택되는 5개 이상의 바이오마커를 포함하는 바이오마커의 패널을 검출할 수 있는 단리된 프로브 세트가 제공된다: 재생성 패밀리 멤버 1 베타(REG1B), 지방산 결합 단백질 6(FABP6), 재생성 패밀리 멤버 1 알파(REG1A), 주요 조직적합성 복합체, 클래스 II, DQ 베타 1(HLA-DQB1), 주요 조직적합성 복합체, 클래스 II, DQ 알파 1(HLA-DQA1), 보체 인자 I(CFI), 세르핀 패밀리 A 멤버 1(SERPINA1), 인돌아민 2,3-다이옥시게나제 1(IDO1), 나트륨 채널 상피 1 베타 서브유닛(SCNN1B), 악성 뇌 종양에서의 결실 1(deleted in malignant brain tumors 1; DMBT1), 사이토카인 신호전달 억제제 3(SOCS3), 구아닐레이트 결합 단백질 4(GBP4), C-X-C 모티프 케모카인 리간드 1(CXCL1), CXCL5, CXCL9, CXCL10, CXCL11, 이중 산화효소 2(DUOX2), 아포지질단백질 A1(APOA1), 탄산 탈수효소 4(CA4), 유비퀴틴 D(UBD), 구아닐레이트 결합 단백질 1(GBP1), 테트라트리코펩타이드 반복을 갖는 인터페론 유도 단백질 3(IFIT3), t-박스 3(TBX3), 트랜스글루타미나제 2(TGM2), 바닌 1(VNN1), 펩티다제 억제제 3(PI3), 보체 C3(C3), 사이토크롬 P450 패밀리 2 서브패밀리 B 멤버 7, 유사유전자(CYP2B7P), C-C 모티프 케모카인 리간드 20(CCL20), 리포칼린 2(LCN2), 주요 조직적합성 복합체, 클래스 II, DP 알파 1(HLA-DPA1), 라디칼 S-아데노실 메티오닌 도메인 포함 2(RSAD2), 이중 산화효소 성숙 인자 2(DUOXA2), 후각 수용체 패밀리 2 서브패밀리 A 멤버 7(OR2A7), 구아닐레이트 결합 단백질 5(GBP5), 트립토파닐-tRNA 합성효소(WARS), 클래스 II 주요 조직적합성 복합체 전사활성화인자(CIITA), Wnt 패밀리 멤버 5A(WNT5A), 상피 간질 상호 작용 1(EPSTI1), 혈청 아밀로이드 A2(SAA2), 혈청 아밀로이드 A1(SAA1), C-C 모티프 케모카인 리간드 28(CCL28), 올팩토메딘 4(OLFM4), PDZK1 상호작용 단백질 1(PDZK1IP1), 매트릭스 리모델링 관련 5(MXRA5), C-C 모티프 케모카인 리간드 2(CCL2), 주요 조직적합성 복합체, 클래스 II, DR 알파(HLA-DRA), C-형 렉틴 도메인 패밀리 2 멤버 D(CLEC2D), 인터페론 유도 막관통 단백질 1(IFITM), Spi-B 전사 인자(SPIB), CD74, 세포간 부착 분자 1(ICAM1), 포크헤드 연관 도메인을 갖는 TRAF 상호작용 단백질(TIFA), 염화물 채널 액세서리 1(CLCA1), 주요 조직적합성 복합체, 클래스 II, DO 알파(HLA-DOA), 막관통 단백질 173(TMEM173), 디펜신 베타 1(DEFB1), 카스파제 5(CASP5), 아포지질단백질 C1(APOC1), 섬유아세포 성장 인자 7(FGF7), CD274, 아넥신 A1(ANXA1), 시티딘/유리딘 모노포스페이트 키나제 2(CMPK2), 포스포리파제 A2 그룹 IIA(PLA2G2A), 세르핀 패밀리 A 멤버 3(SERPINA3), 주요 조직적합성 복합체, 클래스 II, DM 베타(HLA-DMB), 온코스타틴 M 수용체(OSMR), 막관통 단백질 119(TMEM119), 사이토카인 신호전달 억제제 1(SOCS1), 바닌 2(VNN2), BCH 도메인을 갖는 프룬 상동체 2(PRUNE2), C-X-C 모티프 케모카인 리간드 8(CXCL8), 티틴(TTN), 카르복시펩티다제 A2(CPA2), 마이크로RNA 146a(MIR146A), 골수 간질 세포 항원 2(BST2), Z-DNA 결합 단백질 1(ZBP1), 코핀 5(CPNE5), 세르핀 패밀리 G 멤버 1(SERPING1), 인터루킨 1 수용체 1형(IL1R1), 메탈로티오네인 1G(MT1G), 림포톡신 베타(LTB), 바이글라이칸(BGN), 인터페론 유도 단백질 44 유사(IFI44L), 주요 조직적합성 복합체, 클래스 II, DP 베타 1(HLA-DPB1), IgG 수용체 Ib의 Fc 단편(FCGR1B), 인터루킨 23 서브유닛 알파(IL23A), FYVE, RhoGEF 및 PH 도메인 포함 5(FYVE, RhoGEF and PH domain containing 5; FGD5), 플라스미노겐 활성화제, 유로키나제(PLAU), 인터페론 유도 막관통 단백질 3(IFITM3), 인터루킨 18 결합 단백질(IL18BP), 데스모글레인 3(DSG3), 분비 및 막관통 1(SECTM1), 유비퀴틴 접합 효소 E2 L6(UBE2L6), 아넥신 A6(ANXA6), 탄수화물 설포트랜스퍼라제 2(CHST2), LY6/PLAUR 도메인 포함 1(LY6/PLAUR domain containing 1; LYPD1), EGF 유사 도메인을 갖는 심장 발달 단백질 1(HEG1), ISG15 유비퀴틴 유사 변형자(ISG15), 징크 핑거 CCCH-형 포함 12A(zinc finger CCCH-type containing 12A; ZC3H12A), C-X-C 모티프 케모카인 리간드 6(CXCL6), 스타스민 3(STMN3), 징크 핑거 CCCH-형 포함 12C(ZC3H12C), cAMP-의존성 단백질 키나제 억제제 감마(PKIG), 인터루킨 13 수용체 서브유닛 알파 2(IL13RA2), 변연계 연관 막 단백질(LSAMP), STEAP4 금속환원효소(STEAP4), 폴리스타틴 유사 1(FSTL1), 세린 펩티다제 억제제, 카잘 1형(SPINK1), C-C 모티프 케모카인 리간드 22(CCL22), 호산구 과립 개체 발생 전사체(EGOT), 쌍-유사 호메오도메인 1(PITX1), 긴 유전자간 비-단백질 코딩 RNA 2099(LINCO2099), V 세트 및 면역글로불린 도메인 포함 1(V-set and immunoglobulin domain containing 1; VSIG1), 갈렉틴 2(LGALS2), C2 칼슘 의존성 도메인 포함 4A(C2 calcium dependent domain containing 4A; C2CD4A), 구아닐레이트 결합 단백질 1 유사유전자 1(GBP1P1), TNF 수용체 수퍼패밀리 멤버 9(TNFRSF9), 매트릭스 메탈로펩티다제 10(MMP10), HtrA 세린 펩티다제 1(HTRA1), 켈치 도메인 포함 7B(kelch domain containing 7B; KLHDC7B), 인터루킨 1 수용체 유사 1(IL1RL1), Rho GTPase 활성화 단백질 31(ARHGAP31), 히알루로난 및 프로테오글리칸 연결 단백질 3(HAPLN3), 용질 담체 패밀리 9 멤버 B2(SLC9B2), G 단백질 서브유닛 알파 15(GNA15), 베타 카테닌의 흐트러진 결합 길항제 2(disheveled binding antagonist of beta catenin 2; DACT2), 플렉스트린 상동체 및 FYVE 도메인 포함 1(PLEKHF1), 골수 세포에 발현된 트리거링 수용체 1(TREM1), 인터루킨 1 알파(IL1A), TNFAIP3 상호작용 단백질 3(TNIP3), 카스파제 동원 도메인 패밀리 멤버 14(CARD14), LY6/PLAUR 도메인 포함 5(LYPD5), C-X3-C 모티프 케모카인 리간드 1(CX3CL1), 인터페론 감마(IFNG), 엔쿠린, TRPC 채널 상호작용 단백질(ENKUR), 종양 괴사 인자(TNF), 시냅스 소포 당단백질 2B(SV2B), 다이나민 3(DNM3), 뉴런 내비게이터 3(NAV3), 백혈구 면역글로불린 유사 수용체 A5(LILRA5), 크로모그라닌 A(CHGA), 징크 핑거 도메인에 인접한 브로모도메인 2B(bromodomain adjacent to zinc finger domain 2B; BAZ2B), 뮤신 16, 세포 표면 관련(MUC16), 안드로겐 의존성 TFPI 조절 단백질(ADTRP), 긴 유전자간 비-단백질 코딩 RNA 1539(LINC01539), 미오신 중쇄 7(MYH7), 링 핑거 단백질 183(RNF183), 온코스타틴 M(OSM), 폰 빌레브란트 인자 A 도메인 포함 5B2(VWA5B2), 멜라토닌 수용체 1A(MTNR1A), 네불린(NEB), MAM 도메인 포함 글리코실포스파티딜이노시톨 앵커 1(MDGA1), 필라민 C(FLNC), 분비된 프리즐드 관련 단백질 4(SFRP4), G 단백질-결합 수용체 관련 분류 단백질 2(GPRASP2), 프롤린 풍부 19(PRR19), 신타필린(SNPH), 용질 운반체 패밀리 5 멤버 2(SLC5A2), 용질 운반체 패밀리 30 멤버 2(SLC30A2), TOB1 안티센스 RNA 1(TOB1-AS1), 매트릭스 메탈로펩티다제 25(MMP25), 매트릭스 메탈로펩티다제 7(MMP7), 스펙신 호르몬(SPX), 세르핀 패밀리 A 멤버 5(SERPINA5), 아라키도네이트 15-리폭시게나제 B형(ALOX115B), WSC 도메인 포함 2(WSCD2), CD7, 보체 성분 4 결합 단백질 알파(C4BPA), SH2 도메인 포함 1B(SH2D1B), Glu/Asp-풍부 카르복시-말단 도메인을 갖는 Cbp/p300 트랜스활성화제 4(CITED4), 콜로니 자극 인자 2(CSF2), 용질 운반체 패밀리 5 멤버 8(SLC5A8), Rho 패밀리 GTPase 1(RND1), Rh 형액형 CcEe 항원(RHCE), 도킹 단백질 5(DOK5), 사이토크롬 P450 패밀리 4 서브패밀리 Z 멤버 1(CYP4Z1), 레이린(LAYN), 케라틴 6A(KRT6A), 인터루킨 17C(IL17C), 칼륨 칼슘-활성화 채널 서브패밀리 N 멤버 2(KCNN2), 막관통 단백질 114(TMEM114), 하이드록시스테로이드 11-베타 탈수소효소 1(HSD11B1), 구아닐레이트 사이클라제 1 가용성 서브유닛 베타 2(유사유전자)(GUCY1B2), 5-하이드록시트립타민 수용체 3A(HTR3A), 섬유아세포 성장 인자 5(FGF5), 글루타메이트 이온성 수용체 NMDA형 서브유닛 3A(GRIN3A), 용질 운반체 패밀리 22 멤버 3(SLC22A3), SPOC 도메인 포함 1(SPOCD1), S100 칼슘 결합 단백질 A3(S100A3), CCM2 유사 스캐폴드 단백질(CCM2L), 나트륨 이뇨 펩타이드 수용체 1(NPR1), 일시적 수용체 전위 양이온 채널 서브패밀리 V 멤버 6(TRPV6), unc-13 상동체 A(UNC13A), 특성화되지 않은 LOC100506071, 코르딘(CHRD), 섬유아세포 성장 인자 17(FGF17), 칼륨 전압-개폐 채널 서브패밀리 E 조절 서브유닛 1(KCNE1), 용질 운반체 패밀리 8 멤버 A3(SLC8A3), 쌍을 이룬 관련 호메오박스 2(PRRX2), 사이토크롬 P450 패밀리 2 서브패밀리 A 멤버 6(CYP2A6), 인테그린 서브유닛 베타 1 결합 단백질 2(ITGBBP2), 인터루킨 22(IL22), 확장된 시냅토태그민 3(ESYT3), 뉴런 펜트락신 1(NPTX1), 세메노겔린 1(SEMG1), 프로-혈소판 기초 단백질(PPBP), 류신 풍부 반복 막관통 뉴런성 1(LRRTM1), 인터루킨 36 베타(IL36B), 림프구 항원 6 패밀리 멤버 K(LY6K), 사이토크롬 P450 패밀리 2 서브패밀리 A 멤버 7(CYP2A7), SH3 및 다중 안키린 반복 도메인 1(SHANK1), ALK 수용체 티로신 키나제(ALK), G 단백질-결합 수용체 37(GPR37), 세르핀 패밀리 B 멤버 4(SERPINB4), 사이토크롬 P450 패밀리 4 서브패밀리 X 멤버 1(CYP4X1), 긴 유전자간 비-단백질 코딩 RNA 471(LINC00471), 세르핀 패밀리 B 멤버 7(SERPINB7), 류신 풍부 반복 포함 63(LRRC63), NCCRP1, HIST3H2BB, LUCAT1, LGALS17A, IL17REL, TAS2R31, MT1A, LINC01353, NCF4-AS1, LOC101930114, LOC645166, RPLP0P2, MS4A18, LOC730183, ALPPL2, DRGX, RMRP, ECEL1P2, 및 RARRES3.
소정 실시 형태에서, 단리된 프로브 세트는 5개 이상, 6개 이상, 7개 이상, 8개 이상, 9개 이상, 10개 이상, 11개 이상, 12개 이상, 13개 이상, 14개 이상, 15개 이상, 20개 이상, 25개 이상, 30개 이상, 40개 이상, 50개 이상, 75개 이상, 100개 이상, 150개 이상, 또는 200개 이상의 바이오마커를 포함하는 바이오마커의 패널을 검출할 수 있다.
소정 실시 형태에서, 바이오마커의 패널은 다음으로 이루어진 군으로부터 선택되는 6개 이상의 바이오마커, 7개 이상의 바이오마커, 8개 이상의 바이오마커, 9개 이상의 바이오마커, 10개 이상의 바이오마커, 11개 이상의 바이오마커, 12개 이상의 바이오마커, 13개 이상의 바이오마커, 또는 14개 이상의 바이오마커를 포함한다: 재생성 패밀리 멤버 1 베타(REG1B), 지방산 결합 단백질 6(FABP6), 재생성 패밀리 멤버 1 알파(REG1A), 주요 조직적합성 복합체, 클래스 II, DQ 베타 1(HLA-DQB1), 주요 조직적합성 복합체, 클래스 II, DQ 알파 1(HLA-DQA1), 보체 인자 I(CFI), 세르핀 패밀리 A 멤버 1(SERPINA1), 인돌아민 2,3-다이옥시게나제 1(IDO1), 나트륨 채널 상피 1 베타 서브유닛(SCNN1B), 악성 뇌 종양에서의 결실 1(DMBT1), 사이토카인 신호전달 억제제 3(SOCS3), 구아닐레이트 결합 단백질 4(GBP4), C-X-C 모티프 케모카인 리간드 1(CXCL1), CXCL5, CXCL9, CXCL10, CXCL11, 이중 산화효소 2(DUOX2), 아포지질단백질 A1(APOA1), 탄산 탈수효소 4(CA4), 유비퀴틴 D(UBD), 구아닐레이트 결합 단백질 1(GBP1), 테트라트리코펩타이드 반복을 갖는 인터페론 유도 단백질 3(IFIT3), t-박스 3(TBX3), 트랜스글루타미나제 2(TGM2), 바닌 1(VNN1), 펩티다제 억제제 3(PI3), 보체 C3(C3), 사이토크롬 P450 패밀리 2 서브패밀리 B 멤버 7, 유사유전자(CYP2B7P), C-C 모티프 케모카인 리간드 20(CCL20), 리포칼린 2(LCN2), 주요 조직적합성 복합체, 클래스 II, DP 알파 1(HLA-DPA1), 라디칼 S-아데노실 메티오닌 도메인 포함 2(RSAD2), 이중 산화효소 성숙 인자 2(DUOXA2), 후각 수용체 패밀리 2 서브패밀리 A 멤버 7(OR2A7), 구아닐레이트 결합 단백질 5(GBP5), 트립토파닐-tRNA 합성효소(WARS), 클래스 II 주요 조직적합성 복합체 전사활성화인자(CIITA), Wnt 패밀리 멤버 5A(WNT5A), 상피 간질 상호 작용 1(EPSTI1), 혈청 아밀로이드 A2(SAA2), 혈청 아밀로이드 A1(SAA1), C-C 모티프 케모카인 리간드 28(CCL28), 올팩토메딘 4(OLFM4), PDZK1 상호작용 단백질 1(PDZK1IP1), 매트릭스 리모델링 관련 5(MXRA5), C-C 모티프 케모카인 리간드 2(CCL2), 주요 조직적합성 복합체, 클래스 II, DR 알파(HLA-DRA), C-형 렉틴 도메인 패밀리 2 멤버 D(CLEC2D), 인터페론 유도 막관통 단백질 1(IFITM), Spi-B 전사 인자(SPIB), CD74, 세포간 부착 분자 1(ICAM1), 포크헤드 연관 도메인을 갖는 TRAF 상호작용 단백질(TIFA), 염화물 채널 액세서리 1(CLCA1), 주요 조직적합성 복합체, 클래스 II, DO 알파(HLA-DOA), 막관통 단백질 173(TMEM173), 디펜신 베타 1(DEFB1), 카스파제 5(CASP5), 아포지질단백질 C1(APOC1), 섬유아세포 성장 인자 7(FGF7), CD274, 아넥신 A1(ANXA1), 시티딘/유리딘 모노포스페이트 키나제 2(CMPK2), 포스포리파제 A2 그룹 IIA(PLA2G2A), 세르핀 패밀리 A 멤버 3(SERPINA3), 주요 조직적합성 복합체, 클래스 II, DM 베타(HLA-DMB), 온코스타틴 M 수용체(OSMR), 막관통 단백질 119(TMEM119), 사이토카인 신호전달 억제제 1(SOCS1), 바닌 2(VNN2), BCH 도메인을 갖는 프룬 상동체 2(PRUNE2), C-X-C 모티프 케모카인 리간드 8(CXCL8), 티틴(TTN), 카르복시펩티다제 A2(CPA2), 마이크로RNA 146a(MIR146A), 골수 간질 세포 항원 2(BST2), Z-DNA 결합 단백질 1(ZBP1), 코핀 5(CPNE5), 세르핀 패밀리 G 멤버 1(SERPING1), 인터루킨 1 수용체 1형(IL1R1), 메탈로티오네인 1G(MT1G), 림포톡신 베타(LTB), 바이글라이칸(BGN), 인터페론 유도 단백질 44 유사(IFI44L), 주요 조직적합성 복합체, 클래스 II, DP 베타 1(HLA-DPB1), IgG 수용체 Ib의 Fc 단편(FCGR1B), 인터루킨 23 서브유닛 알파(IL23A), FYVE, RhoGEF 및 PH 도메인 포함 5(FGD5), 플라스미노겐 활성화제, 유로키나제(PLAU), 인터페론 유도 막관통 단백질 3(IFITM3), 인터루킨 18 결합 단백질(IL18BP), 데스모글레인 3(DSG3), 분비 및 막관통 1(SECTM1), 유비퀴틴 접합 효소 E2 L6(UBE2L6), 아넥신 A6(ANXA6), 탄수화물 설포트랜스퍼라제 2(CHST2), LY6/PLAUR 도메인 포함 1(LYPD1), EGF 유사 도메인을 갖는 심장 발달 단백질 1(HEG1), ISG15 유비퀴틴 유사 변형자(ISG15), 징크 핑거 CCCH-형 포함 12A(ZC3H12A), C-X-C 모티프 케모카인 리간드 6(CXCL6), 스타스민 3(STMN3), 징크 핑거 CCCH-형 포함 12C(ZC3H12C), cAMP-의존성 단백질 키나제 억제제 감마(PKIG), 인터루킨 13 수용체 서브유닛 알파 2(IL13RA2), 변연계 연관 막 단백질(LSAMP), STEAP4 금속환원효소(STEAP4), 폴리스타틴 유사 1(FSTL1), 세린 펩티다제 억제제, 카잘 1형(SPINK1), C-C 모티프 케모카인 리간드 22(CCL22), 호산구 과립 개체 발생 전사체(EGOT), 쌍-유사 호메오도메인 1(PITX1), 긴 유전자간 비-단백질 코딩 RNA 2099(LINCO2099), V 세트 및 면역글로불린 도메인 포함 1(VSIG1), 갈렉틴 2(LGALS2), C2 칼슘 의존성 도메인 포함 4A(C2CD4A), 구아닐레이트 결합 단백질 1 유사유전자 1(GBP1P1), TNF 수용체 수퍼패밀리 멤버 9(TNFRSF9), 매트릭스 메탈로펩티다제 10(MMP10), HtrA 세린 펩티다제 1(HTRA1), 켈치 도메인 포함 7B(KLHDC7B), 인터루킨 1 수용체 유사 1(IL1RL1), Rho GTPase 활성화 단백질 31(ARHGAP31), 히알루로난 및 프로테오글리칸 연결 단백질 3(HAPLN3), 용질 담체 패밀리 9 멤버 B2(SLC9B2), G 단백질 서브유닛 알파 15(GNA15), 베타 카테닌의 흐트러진 결합 길항제 2(DACT2), 플렉스트린 상동체 및 FYVE 도메인 포함 1(PLEKHF1), 골수 세포에 발현된 트리거링 수용체 1(TREM1), 인터루킨 1 알파(IL1A), TNFAIP3 상호작용 단백질 3(TNIP3), 카스파제 동원 도메인 패밀리 멤버 14(CARD14), LY6/PLAUR 도메인 포함 5(LYPD5), C-X3-C 모티프 케모카인 리간드 1(CX3CL1), 인터페론 감마(IFNG), 엔쿠린, TRPC 채널 상호작용 단백질(ENKUR), 종양 괴사 인자(TNF), 시냅스 소포 당단백질 2B(SV2B), 다이나민 3(DNM3), 뉴런 내비게이터 3(NAV3), 백혈구 면역글로불린 유사 수용체 A5(LILRA5), 크로모그라닌 A(CHGA), 징크 핑거 도메인에 인접한 브로모도메인 2B(BAZ2B), 뮤신 16, 세포 표면 관련(MUC16), 안드로겐 의존성 TFPI 조절 단백질(ADTRP), 긴 유전자간 비-단백질 코딩 RNA 1539(LINC01539), 미오신 중쇄 7(MYH7), 링 핑거 단백질 183(RNF183), 온코스타틴 M(OSM), 폰 빌레브란트 인자 A 도메인 포함 5B2(VWA5B2), 멜라토닌 수용체 1A(MTNR1A), 네불린(NEB), MAM 도메인 포함 글리코실포스파티딜이노시톨 앵커 1(MDGA1), 필라민 C(FLNC), 분비된 프리즐드 관련 단백질 4(SFRP4), G 단백질-결합 수용체 관련 분류 단백질 2(GPRASP2), 프롤린 풍부 19(PRR19), 신타필린(SNPH), 용질 운반체 패밀리 5 멤버 2(SLC5A2), 용질 운반체 패밀리 30 멤버 2(SLC30A2), TOB1 안티센스 RNA 1(TOB1-AS1), 매트릭스 메탈로펩티다제 25(MMP25), 매트릭스 메탈로펩티다제 7(MMP7), 스펙신 호르몬(SPX), 세르핀 패밀리 A 멤버 5(SERPINA5), 아라키도네이트 15-리폭시게나제 B형(ALOX115B), WSC 도메인 포함 2(WSCD2), CD7, 보체 성분 4 결합 단백질 알파(C4BPA), SH2 도메인 포함 1B(SH2D1B), Glu/Asp-풍부 카르복시-말단 도메인을 갖는 Cbp/p300 트랜스활성화제 4(CITED4), 콜로니 자극 인자 2(CSF2), 용질 운반체 패밀리 5 멤버 8(SLC5A8), Rho 패밀리 GTPase 1(RND1), Rh 형액형 CcEe 항원(RHCE), 도킹 단백질 5(DOK5), 사이토크롬 P450 패밀리 4 서브패밀리 Z 멤버 1(CYP4Z1), 레이린(LAYN), 케라틴 6A(KRT6A), 인터루킨 17C(IL17C), 칼륨 칼슘-활성화 채널 서브패밀리 N 멤버 2(KCNN2), 막관통 단백질 114(TMEM114), 하이드록시스테로이드 11-베타 탈수소효소 1(HSD11B1), 구아닐레이트 사이클라제 1 가용성 서브유닛 베타 2(유사유전자)(GUCY1B2), 5-하이드록시트립타민 수용체 3A(HTR3A), 섬유아세포 성장 인자 5(FGF5), 글루타메이트 이온성 수용체 NMDA형 서브유닛 3A(GRIN3A), 용질 운반체 패밀리 22 멤버 3(SLC22A3), SPOC 도메인 포함 1(SPOCD1), S100 칼슘 결합 단백질 A3(S100A3), CCM2 유사 스캐폴드 단백질(CCM2L), 나트륨 이뇨 펩타이드 수용체 1(NPR1), 일시적 수용체 전위 양이온 채널 서브패밀리 V 멤버 6(TRPV6), unc-13 상동체 A(UNC13A), 특성화되지 않은 LOC100506071, 코르딘(CHRD), 섬유아세포 성장 인자 17(FGF17), 칼륨 전압-개폐 채널 서브패밀리 E 조절 서브유닛 1(KCNE1), 용질 운반체 패밀리 8 멤버 A3(SLC8A3), 쌍을 이룬 관련 호메오박스 2(PRRX2), 사이토크롬 P450 패밀리 2 서브패밀리 A 멤버 6(CYP2A6), 인테그린 서브유닛 베타 1 결합 단백질 2(ITGBBP2), 인터루킨 22(IL22), 확장된 시냅토태그민 3(ESYT3), 뉴런 펜트락신 1(NPTX1), 세메노겔린 1(SEMG1), 프로-혈소판 기초 단백질(PPBP), 류신 풍부 반복 막관통 뉴런성 1(LRRTM1), 인터루킨 36 베타(IL36B), 림프구 항원 6 패밀리 멤버 K(LY6K), 사이토크롬 P450 패밀리 2 서브패밀리 A 멤버 7(CYP2A7), SH3 및 다중 안키린 반복 도메인 1(SHANK1), ALK 수용체 티로신 키나제(ALK), G 단백질-결합 수용체 37(GPR37), 세르핀 패밀리 B 멤버 4(SERPINB4), 사이토크롬 P450 패밀리 4 서브패밀리 X 멤버 1(CYP4X1), 긴 유전자간 비-단백질 코딩 RNA 471(LINC00471), 세르핀 패밀리 B 멤버 7(SERPINB7), 류신 풍부 반복 포함 63(LRRC63), NCCRP1, HIST3H2BB, LUCAT1, LGALS17A, IL17REL, TAS2R31, MT1A, LINC01353, NCF4-AS1, LOC101930114, LOC645166, RPLP0P2, MS4A18, LOC730183, ALPPL2, DRGX, RMRP, ECEL1P2, 및 RARRES3.
소정 실시 형태에서, 바이오마커의 패널은 다음으로 이루어진 군으로부터 선택되는 5개 이상의 바이오마커를 포함한다: 인터루킨 13 수용체 서브유닛 알파 2(IL13RA2), 인터루킨 1 수용체 1형(IL1R1), 칼륨 칼슘-활성화 채널 서브패밀리 N 멤버 2(KCNN2), 케라틴 6A(KRT6A), LY6/PLAUR 도메인 포함 1(LYPD1), LY6/PLAUR 도메인 포함 5(LYPD5), 매트릭스 메탈로펩티다제 10(MMP10), 뉴런 내비게이터 3(NAV3), 산화질소 합성효소 2(NOS2), 올팩토메딘 4(OLFM4), 온코스타틴 M 수용체(OSMR), PDZK1 상호작용 단백질 1(PDZK1IP1), 포스포리파제 A2 그룹 IIA(PLA2G2A), 플렉스트린 상동체 및 FYVE 도메인 포함 1(PLEKHF1), BCH 도메인을 갖는 프룬 상동체 2(PRUNE2), 재생성 패밀리 멤버 1 알파(REG1A), 재생성 패밀리 멤버 1 베타(REG1B), 세르핀 패밀리 A 멤버 1(SERPINA1), 세르핀 패밀리 A 멤버 3(SERPINA3), 용질 운반체 패밀리 5 멤버 8(SLC5A8), 용질 담체 패밀리 9 멤버 B2(SLC9B2), 사이토카인 신호전달 억제제 3(SOCS3), STEAP4 금속환원효소(STEAP4), 스타스민 3(STMN3), 트랜스글루타미나제 2(TGM2), 포크헤드 연관 도메인을 갖는 TRAF 상호작용 단백질(TIFA), 막관통 단백질 173(TMEM173), TNFAIP3 상호작용 단백질 3(TNIP3), 일시적 수용체 전위 양이온 채널 서브패밀리 V 멤버 6(TRPV6), 및 Wnt 패밀리 멤버 5A(WNT5A).
소정 실시 형태에서, 바이오마커의 패널은 다음으로 이루어진 군으로부터 선택되는 1개 이상의 바이오마커를 추가로 포함한다: ALK 수용체 티로신 키나제(ALK), 아포지질단백질 C1(APOC1), 징크 핑거 도메인에 인접한 브로모도메인 2B(BAZ2B), 바이글라이칸(BGN), CCM2 유사 스캐폴드 단백질(CCM2L), 사이토크롬 P450 패밀리 2 서브패밀리 A 멤버 6(CYP2A6), 도킹 단백질 5(DOK5), IgG 수용체 Ib의 Fc 단편(FCGR1B), FYVE, RhoGEF 및 PH 도메인 포함 5(FGD5), 섬유아세포 성장 인자 17(FGF17), 섬유아세포 성장 인자 5(FGF5), 섬유아세포 성장 인자 7(FGF7), G 단백질-결합 수용체 관련 분류 단백질 2(GPRASP2), 구아닐레이트 사이클라제 1 가용성 서브유닛 베타 2(유사유전자)(GUCY1B2), 히스톤 H2B형 3-B(HIST3H2BB), 하이드록시스테로이드 11-베타 탈수소효소 1(HSD11B1), 인터페론 감마(IFNG), 인터루킨 22(IL22), 인테그린 서브유닛 베타 1 결합 단백질 2(ITGB1BP2), 백혈구 면역글로불린 유사 수용체 A5(LILRA5), 긴 유전자간 비-단백질 코딩 RNA 471(LINC00471), LINC01353, 긴 유전자간 비-단백질 코딩 RNA 1539(LINC01539), 긴 유전자간 비-단백질 코딩 RNA 2099(LINC02099), 특성화되지 않은 LOC100506071, LOC101930114, LOC645166, LOC730183, 류신 풍부 반복 포함 63(LRRC63), 변연계 연관 막 단백질(LSAMP), 림프구 항원 6 패밀리 멤버 K(LYK6), 메탈로티오네인 1A(MTA1), NCF4 안티센스 RNA 1(NCF4-AS1), 후각 수용체 패밀리 2 서브패밀리 A 멤버 7(OR2A7), 프롤린 풍부 19(PRR19), Rh 형액형 CcEe 항원(RHCE), 미토콘드리아 RNA 처리 엔도리보뉴클레아제의 RNA 구성 요소(RMRP), 리보솜 단백질 측면 줄기 서브유닛 P0 유사유전자 2(RPLP0P2), S100 칼슘 결합 단백질 A3(S100A3), 세르핀 패밀리 B 멤버 4(SERPINB4), 분비된 프리즐드 관련 단백질 4(SFRP4), SH3 및 다중 안키린 반복 도메인 1(SHANK1), 용질 운반체 패밀리 22 멤버 3(SLC22A3), 용질 운반체 패밀리 8 멤버 A3(SLC8A3), 미각 수용체 2형 멤버 31(TAS2R31), T-박스 3(TBX3), 막관통 단백질 114(TMEM114), TOB1 안티센스 RNA 1(TOB1-AS1), 폰 빌레브란트 인자 A 도메인 포함 5B2(VWA5B2), 및 WSC 도메인 포함 2(WSCD2).
소정 실시 형태에서, 바이오마커의 패널은 트랜스글루타미나제 2(TGM2), 포크헤드 연관 도메인을 갖는 TRAF 상호작용 단백질(TIFA), 탄산 탈수효소 4(CA4), 2'-5'-올리고아데닐레이트 합성효소 2(OAS2), 섬유아세포 성장 인자 17(FGF17), 트립토파닐-tRNA 합성효소(WARS), CD274 분자(CD274), 시냅스 소포 당단백질 2B(SV2B), 디펜신 베타 1(DEFB1), 아넥신 A1(ANXA1), 인터페론 유도 단백질 44 유사(IFI44L), 인터루킨 13 수용체 서브유닛 알파 2(IL13RA2), 유비퀴틴 D(UBD), 및 LY6/PLAUR 도메인 포함 5(LYPD5)의 바이오마커를 포함한다.
프로브는 바이오마커를 특이적으로 검출하는 임의의 분자 또는 제제일 수 있다. 소정 실시 형태에서, 프로브는 앱타머(예컨대, SOMAmer(slow-off rate modified aptamer)), 항체, 애피바디, 펩티드, 및 핵산(예컨대, 바이오마커의 유전자 또는 mRNA에 혼성화하는 올리고뉴클레오타이드)으로 이루어진 군으로부터 선택된다. 앱타머는 표적 분자에 특이적으로 결합하는 올리고뉴클레오티드 또는 펩티드이다. 앱타머는 보통 큰 무작위 서열 풀로부터의 선택에 의해 생성된다. 본 발명에 유용한 앱타머의 예는 본 발명의 바이오마커에 결합하는 올리고뉴클레오티드, 예컨대 DNA, RNA, 또는 핵산 유사체, 또는 펩티드를 포함한다. 일 실시 형태에서, 앱타머는 단일 가닥 DNA-기반 단백질 친화성 결합 시약, 예컨대 SomaLogic, inc.(미국 콜로라도주 볼더 소재)에 의해 개발된 SOMAmer이다. 정상 조건(예를 들어, 혈청 내 생리학적 조건) 하에서, SOMAmer는 고친화성(nM 이하의 K d)으로 표적 단백질에 결합하는 특정 형상으로 접히지만, SOMAmer가 변성될 때, 이는 표준 DNA 마이크로어레이에 혼성화함으로써 검출 및 정량화될 수 있다. SOMAmer의 이중 특성은 SOMAmer가 특이적으로 결합하는 바이오마커의 검출을 용이하게 한다.
사용 방법
염증성 장 질환 (IBD)에 대한 치료 요법을 필요로 하는 대상체에서 치료 요법에 대한 반응을 예측하는 방법이 제공된다. 본 방법은 (a) 대상체로부터 샘플을 획득하는 단계; (b) 샘플에서 바이오마커의 패널을 검출할 수 있는 단리된 프로브 세트와 샘플을 접촉시키는 단계 및 (c) 샘플에 대한 농축 점수를 결정하기 위해 바이오마커의 패널의 패턴을 분석하는 단계를 포함하며, 여기서, 0 미만의 농축 점수는 대상체가 0 초과의 농축 점수를 갖는 대상체보다 치료 요법에 반응할 가능성이 더 크다는 것을 나타낸다.
염증성 장 질환은, 예를 들어, 궤양성 결장염 또는 크론병으로부터 선택될 수 있다. 소정 실시 형태에서, 염증성 장 질환은 궤양성 결장염이다.
샘플은, 예를 들어, 조직 샘플 또는 혈액 샘플일 수 있다. 바람직하게는, 샘플은 대상체로부터의 혈청 샘플이다.
소정 실시 형태에서, 바이오마커의 패널은 트랜스글루타미나제 2, 포크헤드 연관 도메인을 갖는 TRAF 상호작용 단백질, 탄산 탈수효소 4, 2'-5'-올리고아데닐레이트 합성효소 2, 섬유아세포 성장 인자 17, 트립토파닐-tRNA 합성효소, CD274 분자, 시냅스 소포 당단백질 2B, 디펜신 베타 1, 아넥신 A1, 인터페론 유도 단백질 44 유사, 인터루킨 13 수용체 서브유닛 알파 2, 유비퀴틴 D, 및 LY6/PLAUR 도메인 포함 5의 바이오마커를 포함한다.
소정 실시 형태에서, 본 방법은 염증성 장 질환을 치료 또는 예방하기 위해 대상체에게 치료제를 투여하는 단계를 추가로 포함한다. 치료제는, 예를 들어, 우스테키누맙일 수 있다.
키트
대상체에서 염증성 장 질환에 대한 치료 요법에 대한 반응을 예측하기 위한 키트가 또한 제공된다. 키트는, 예를 들어, (a) 다음으로 이루어진 군으로부터 선택되는 5개 이상, 예컨대, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 또는 그 이상의 바이오마커를 포함하는 바이오마커의 패널을 검출할 수 있는 단리된 프로브 세트: 재생성 패밀리 멤버 1 베타(REG1B), 지방산 결합 단백질 6(FABP6), 재생성 패밀리 멤버 1 알파(REG1A), 주요 조직적합성 복합체, 클래스 II, DQ 베타 1(HLA-DQB1), 주요 조직적합성 복합체, 클래스 II, DQ 알파 1(HLA-DQA1), 보체 인자 I(CFI), 세르핀 패밀리 A 멤버 1(SERPINA1), 인돌아민 2,3-다이옥시게나제 1(IDO1), 나트륨 채널 상피 1 베타 서브유닛(SCNN1B), 악성 뇌 종양에서의 결실 1(DMBT1), 사이토카인 신호전달 억제제 3(SOCS3), 구아닐레이트 결합 단백질 4(GBP4), C-X-C 모티프 케모카인 리간드 1(CXCL1), CXCL5, CXCL9, CXCL10, CXCL11, 이중 산화효소 2(DUOX2), 아포지질단백질 A1(APOA1), 탄산 탈수효소 4(CA4), 유비퀴틴 D(UBD), 구아닐레이트 결합 단백질 1(GBP1), 테트라트리코펩타이드 반복을 갖는 인터페론 유도 단백질 3(IFIT3), t-박스 3(TBX3), 트랜스글루타미나제 2(TGM2), 바닌 1(VNN1), 펩티다제 억제제 3(PI3), 보체 C3(C3), 사이토크롬 P450 패밀리 2 서브패밀리 B 멤버 7, 유사유전자(CYP2B7P), C-C 모티프 케모카인 리간드 20(CCL20), 리포칼린 2(LCN2), 주요 조직적합성 복합체, 클래스 II, DP 알파 1(HLA-DPA1), 라디칼 S-아데노실 메티오닌 도메인 포함 2(RSAD2), 이중 산화효소 성숙 인자 2(DUOXA2), 후각 수용체 패밀리 2 서브패밀리 A 멤버 7(OR2A7), 구아닐레이트 결합 단백질 5(GBP5), 트립토파닐-tRNA 합성효소(WARS), 클래스 II 주요 조직적합성 복합체 전사활성화인자(CIITA), Wnt 패밀리 멤버 5A(WNT5A), 상피 간질 상호 작용 1(EPSTI1), 혈청 아밀로이드 A2(SAA2), 혈청 아밀로이드 A1(SAA1), C-C 모티프 케모카인 리간드 28(CCL28), 올팩토메딘 4(OLFM4), PDZK1 상호작용 단백질 1(PDZK1IP1), 매트릭스 리모델링 관련 5(MXRA5), C-C 모티프 케모카인 리간드 2(CCL2), 주요 조직적합성 복합체, 클래스 II, DR 알파(HLA-DRA), C-형 렉틴 도메인 패밀리 2 멤버 D(CLEC2D), 인터페론 유도 막관통 단백질 1(IFITM), Spi-B 전사 인자(SPIB), CD74, 세포간 부착 분자 1(ICAM1), 포크헤드 연관 도메인을 갖는 TRAF 상호작용 단백질(TIFA), 염화물 채널 액세서리 1(CLCA1), 주요 조직적합성 복합체, 클래스 II, DO 알파(HLA-DOA), 막관통 단백질 173(TMEM173), 디펜신 베타 1(DEFB1), 카스파제 5(CASP5), 아포지질단백질 C1(APOC1), 섬유아세포 성장 인자 7(FGF7), CD274, 아넥신 A1(ANXA1), 시티딘/유리딘 모노포스페이트 키나제 2(CMPK2), 포스포리파제 A2 그룹 IIA(PLA2G2A), 세르핀 패밀리 A 멤버 3(SERPINA3), 주요 조직적합성 복합체, 클래스 II, DM 베타(HLA-DMB), 온코스타틴 M 수용체(OSMR), 막관통 단백질 119(TMEM119), 사이토카인 신호전달 억제제 1(SOCS1), 바닌 2(VNN2), BCH 도메인을 갖는 프룬 상동체 2(PRUNE2), C-X-C 모티프 케모카인 리간드 8(CXCL8), 티틴(TTN), 카르복시펩티다제 A2(CPA2), 마이크로RNA 146a(MIR146A), 골수 간질 세포 항원 2(BST2), Z-DNA 결합 단백질 1(ZBP1), 코핀 5(CPNE5), 세르핀 패밀리 G 멤버 1(SERPING1), 인터루킨 1 수용체 1형(IL1R1), 메탈로티오네인 1G(MT1G), 림포톡신 베타(LTB), 바이글라이칸(BGN), 인터페론 유도 단백질 44 유사(IFI44L), 주요 조직적합성 복합체, 클래스 II, DP 베타 1(HLA-DPB1), IgG 수용체 Ib의 Fc 단편(FCGR1B), 인터루킨 23 서브유닛 알파(IL23A), FYVE, RhoGEF 및 PH 도메인 포함 5(FGD5), 플라스미노겐 활성화제, 유로키나제(PLAU), 인터페론 유도 막관통 단백질 3(IFITM3), 인터루킨 18 결합 단백질(IL18BP), 데스모글레인 3(DSG3), 분비 및 막관통 1(SECTM1), 유비퀴틴 접합 효소 E2 L6(UBE2L6), 아넥신 A6(ANXA6), 탄수화물 설포트랜스퍼라제 2(CHST2), LY6/PLAUR 도메인 포함 1(LYPD1), EGF 유사 도메인을 갖는 심장 발달 단백질 1(HEG1), ISG15 유비퀴틴 유사 변형자(ISG15), 징크 핑거 CCCH-형 포함 12A(ZC3H12A), C-X-C 모티프 케모카인 리간드 6(CXCL6), 스타스민 3(STMN3), 징크 핑거 CCCH-형 포함 12C(ZC3H12C), cAMP-의존성 단백질 키나제 억제제 감마(PKIG), 인터루킨 13 수용체 서브유닛 알파 2(IL13RA2), 변연계 연관 막 단백질(LSAMP), STEAP4 금속환원효소(STEAP4), 폴리스타틴 유사 1(FSTL1), 세린 펩티다제 억제제, 카잘 1형(SPINK1), C-C 모티프 케모카인 리간드 22(CCL22), 호산구 과립 개체 발생 전사체(EGOT), 쌍-유사 호메오도메인 1(PITX1), 긴 유전자간 비-단백질 코딩 RNA 2099(LINCO2099), V 세트 및 면역글로불린 도메인 포함 1(VSIG1), 갈렉틴 2(LGALS2), C2 칼슘 의존성 도메인 포함 4A(C2CD4A), 구아닐레이트 결합 단백질 1 유사유전자 1(GBP1P1), TNF 수용체 수퍼패밀리 멤버 9(TNFRSF9), 매트릭스 메탈로펩티다제 10(MMP10), HtrA 세린 펩티다제 1(HTRA1), 켈치 도메인 포함 7B(KLHDC7B), 인터루킨 1 수용체 유사 1(IL1RL1), Rho GTPase 활성화 단백질 31(ARHGAP31), 히알루로난 및 프로테오글리칸 연결 단백질 3(HAPLN3), 용질 담체 패밀리 9 멤버 B2(SLC9B2), G 단백질 서브유닛 알파 15(GNA15), 베타 카테닌의 흐트러진 결합 길항제 2(DACT2), 플렉스트린 상동체 및 FYVE 도메인 포함 1(PLEKHF1), 골수 세포에 발현된 트리거링 수용체 1(TREM1), 인터루킨 1 알파(IL1A), TNFAIP3 상호작용 단백질 3(TNIP3), 카스파제 동원 도메인 패밀리 멤버 14(CARD14), LY6/PLAUR 도메인 포함 5(LYPD5), C-X3-C 모티프 케모카인 리간드 1(CX3CL1), 인터페론 감마(IFNG), 엔쿠린, TRPC 채널 상호작용 단백질(ENKUR), 종양 괴사 인자(TNF), 시냅스 소포 당단백질 2B(SV2B), 다이나민 3(DNM3), 뉴런 내비게이터 3(NAV3), 백혈구 면역글로불린 유사 수용체 A5(LILRA5), 크로모그라닌 A(CHGA), 징크 핑거 도메인에 인접한 브로모도메인 2B(BAZ2B), 뮤신 16, 세포 표면 관련(MUC16), 안드로겐 의존성 TFPI 조절 단백질(ADTRP), 긴 유전자간 비-단백질 코딩 RNA 1539(LINC01539), 미오신 중쇄 7(MYH7), 링 핑거 단백질 183(RNF183), 온코스타틴 M(OSM), 폰 빌레브란트 인자 A 도메인 포함 5B2(VWA5B2), 멜라토닌 수용체 1A(MTNR1A), 네불린(NEB), MAM 도메인 포함 글리코실포스파티딜이노시톨 앵커 1(MDGA1), 필라민 C(FLNC), 분비된 프리즐드 관련 단백질 4(SFRP4), G 단백질-결합 수용체 관련 분류 단백질 2(GPRASP2), 프롤린 풍부 19(PRR19), 신타필린(SNPH), 용질 운반체 패밀리 5 멤버 2(SLC5A2), 용질 운반체 패밀리 30 멤버 2(SLC30A2), TOB1 안티센스 RNA 1(TOB1-AS1), 매트릭스 메탈로펩티다제 25(MMP25), 매트릭스 메탈로펩티다제 7(MMP7), 스펙신 호르몬(SPX), 세르핀 패밀리 A 멤버 5(SERPINA5), 아라키도네이트 15-리폭시게나제 B형(ALOX115B), WSC 도메인 포함 2(WSCD2), CD7, 보체 성분 4 결합 단백질 알파(C4BPA), SH2 도메인 포함 1B(SH2D1B), Glu/Asp-풍부 카르복시-말단 도메인을 갖는 Cbp/p300 트랜스활성화제 4(CITED4), 콜로니 자극 인자 2(CSF2), 용질 운반체 패밀리 5 멤버 8(SLC5A8), Rho 패밀리 GTPase 1(RND1), Rh 형액형 CcEe 항원(RHCE), 도킹 단백질 5(DOK5), 사이토크롬 P450 패밀리 4 서브패밀리 Z 멤버 1(CYP4Z1), 레이린(LAYN), 케라틴 6A(KRT6A), 인터루킨 17C(IL17C), 칼륨 칼슘-활성화 채널 서브패밀리 N 멤버 2(KCNN2), 막관통 단백질 114(TMEM114), 하이드록시스테로이드 11-베타 탈수소효소 1(HSD11B1), 구아닐레이트 사이클라제 1 가용성 서브유닛 베타 2(유사유전자)(GUCY1B2), 5-하이드록시트립타민 수용체 3A(HTR3A), 섬유아세포 성장 인자 5(FGF5), 글루타메이트 이온성 수용체 NMDA형 서브유닛 3A(GRIN3A), 용질 운반체 패밀리 22 멤버 3(SLC22A3), SPOC 도메인 포함 1(SPOCD1), S100 칼슘 결합 단백질 A3(S100A3), CCM2 유사 스캐폴드 단백질(CCM2L), 나트륨 이뇨 펩타이드 수용체 1(NPR1), 일시적 수용체 전위 양이온 채널 서브패밀리 V 멤버 6(TRPV6), unc-13 상동체 A(UNC13A), 특성화되지 않은 LOC100506071, 코르딘(CHRD), 섬유아세포 성장 인자 17(FGF17), 칼륨 전압-개폐 채널 서브패밀리 E 조절 서브유닛 1(KCNE1), 용질 운반체 패밀리 8 멤버 A3(SLC8A3), 쌍을 이룬 관련 호메오박스 2(PRRX2), 사이토크롬 P450 패밀리 2 서브패밀리 A 멤버 6(CYP2A6), 인테그린 서브유닛 베타 1 결합 단백질 2(ITGBBP2), 인터루킨 22(IL22), 확장된 시냅토태그민 3(ESYT3), 뉴런 펜트락신 1(NPTX1), 세메노겔린 1(SEMG1), 프로-혈소판 기초 단백질(PPBP), 류신 풍부 반복 막관통 뉴런성 1(LRRTM1), 인터루킨 36 베타(IL36B), 림프구 항원 6 패밀리 멤버 K(LY6K), 사이토크롬 P450 패밀리 2 서브패밀리 A 멤버 7(CYP2A7), SH3 및 다중 안키린 반복 도메인 1(SHANK1), ALK 수용체 티로신 키나제(ALK), G 단백질-결합 수용체 37(GPR37), 세르핀 패밀리 B 멤버 4(SERPINB4), 사이토크롬 P450 패밀리 4 서브패밀리 X 멤버 1(CYP4X1), 긴 유전자간 비-단백질 코딩 RNA 471(LINC00471), 세르핀 패밀리 B 멤버 7(SERPINB7), 류신 풍부 반복 포함 63(LRRC63), NCCRP1, HIST3H2BB, LUCAT1, LGALS17A, IL17REL, TAS2R31, MT1A, LINC01353, NCF4-AS1, LOC101930114, LOC645166, RPLP0P2, MS4A18, LOC730183, ALPPL2, DRGX, RMRP, ECEL1P2, 및 RARRES3; 및 (b) 사용 설명서를 포함할 수 있다.
소정 실시 형태에서, 바이오마커의 패널을 검출할 수 있는 단리된 프로브 세트는 다음으로 이루어진 군으로부터 선택되는 5개 이상의 바이오마커를 포함한다: 인터루킨 13 수용체 서브유닛 알파 2(IL13RA2), 인터루킨 1 수용체 1형(IL1R1), 칼륨 칼슘-활성화 채널 서브패밀리 N 멤버 2(KCNN2), 케라틴 6A(KRT6A), LY6/PLAUR 도메인 포함 1(LYPD1), LY6/PLAUR 도메인 포함 5(LYPD5), 매트릭스 메탈로펩티다제 10(MMP10), 뉴런 내비게이터 3(NAV3), 산화질소 합성효소 2(NOS2), 올팩토메딘 4(OLFM4), 온코스타틴 M 수용체(OSMR), PDZK1 상호작용 단백질 1(PDZK1IP1), 포스포리파제 A2 그룹 IIA(PLA2G2A), 플렉스트린 상동체 및 FYVE 도메인 포함 1(PLEKHF1), BCH 도메인을 갖는 프룬 상동체 2(PRUNE2), 재생성 패밀리 멤버 1 알파(REG1A), 재생성 패밀리 멤버 1 베타(REG1B), 세르핀 패밀리 A 멤버 1(SERPINA1), 세르핀 패밀리 A 멤버 3(SERPINA3), 용질 운반체 패밀리 5 멤버 8(SLC5A8), 용질 담체 패밀리 9 멤버 B2(SLC9B2), 사이토카인 신호전달 억제제 3(SOCS3), STEAP4 금속환원효소(STEAP4), 스타스민 3(STMN3), 트랜스글루타미나제 2(TGM2), 포크헤드 연관 도메인을 갖는 TRAF 상호작용 단백질(TIFA), 막관통 단백질 173(TMEM173), TNFAIP3 상호작용 단백질 3(TNIP3), 일시적 수용체 전위 양이온 채널 서브패밀리 V 멤버 6(TRPV6), 및 Wnt 패밀리 멤버 5A(WNT5A).
소정 실시 형태에서, 바이오마커의 패널을 검출할 수 있는 단리된 프로브 세트는 다음으로 이루어진 군으로부터 선택되는 5개 이상의 바이오마커를 포함한다: ALK 수용체 티로신 키나제(ALK), 아포지질단백질 C1(APOC1), 징크 핑거 도메인에 인접한 브로모도메인 2B(BAZ2B), 바이글라이칸(BGN), CCM2 유사 스캐폴드 단백질(CCM2L), 사이토크롬 P450 패밀리 2 서브패밀리 A 멤버 6(CYP2A6), 도킹 단백질 5(DOK5), IgG 수용체 Ib의 Fc 단편(FCGR1B), FYVE, RhoGEF 및 PH 도메인 포함 5(FGD5), 섬유아세포 성장 인자 17(FGF17), 섬유아세포 성장 인자 5(FGF5), 섬유아세포 성장 인자 7(FGF7), G 단백질-결합 수용체 관련 분류 단백질 2(GPRASP2), 구아닐레이트 사이클라제 1 가용성 서브유닛 베타 2(유사유전자)(GUCY1B2), 히스톤 H2B형 3-B(HIST3H2BB), 하이드록시스테로이드 11-베타 탈수소효소 1(HSD11B1), 인터페론 감마(IFNG), 인터루킨 22(IL22), 인테그린 서브유닛 베타 1 결합 단백질 2(ITGB1BP2), 백혈구 면역글로불린 유사 수용체 A5(LILRA5), 긴 유전자간 비-단백질 코딩 RNA 471(LINC00471), LINC01353, 긴 유전자간 비-단백질 코딩 RNA 1539(LINC01539), 긴 유전자간 비-단백질 코딩 RNA 2099(LINC02099), 특성화되지 않은 LOC100506071, LOC101930114, LOC645166, LOC730183, 류신 풍부 반복 포함 63(LRRC63), 변연계 연관 막 단백질(LSAMP), 림프구 항원 6 패밀리 멤버 K(LYK6), 메탈로티오네인 1A(MTA1), NCF4 안티센스 RNA 1(NCF4-AS1), 후각 수용체 패밀리 2 서브패밀리 A 멤버 7(OR2A7), 프롤린 풍부 19(PRR19), Rh 형액형 CcEe 항원(RHCE), 미토콘드리아 RNA 처리 엔도리보뉴클레아제의 RNA 구성 요소(RMRP), 리보솜 단백질 측면 줄기 서브유닛 P0 유사유전자 2(RPLP0P2), S100 칼슘 결합 단백질 A3(S100A3), 세르핀 패밀리 B 멤버 4(SERPINB4), 분비된 프리즐드 관련 단백질 4(SFRP4), SH3 및 다중 안키린 반복 도메인 1(SHANK1), 용질 운반체 패밀리 22 멤버 3(SLC22A3), 용질 운반체 패밀리 8 멤버 A3(SLC8A3), 미각 수용체 2형 멤버 31(TAS2R31), T-박스 3(TBX3), 막관통 단백질 114(TMEM114), TOB1 안티센스 RNA 1(TOB1-AS1), 폰 빌레브란트 인자 A 도메인 포함 5B2(VWA5B2), 및 WSC 도메인 포함 2(WSCD2).
소정 실시 형태에서, 바이오마커의 패널을 검출할 수 있는 단리된 프로브 세트는 트랜스글루타미나제 2(TGM2), 포크헤드 연관 도메인을 갖는 TRAF 상호작용 단백질(TIFA), 탄산 탈수효소 4(CA4), 2'-5'-올리고아데닐레이트 합성효소 2(OAS2), 섬유아세포 성장 인자 17(FGF17), 트립토파닐-tRNA 합성효소(WARS), CD274 분자(CD274), 시냅스 소포 당단백질 2B(SV2B), 디펜신 베타 1(DEFB1), 아넥신 A1(ANXA1), 인터페론 유도 단백질 44 유사(IFI44L), 인터루킨 13 수용체 서브유닛 알파 2(IL13RA2), 유비퀴틴 D(UBD), 및 LY6/PLAUR 도메인 포함-5(LYPD5)의 바이오마커를 포함한다.
본 명세서에 개시된 방법에 사용하기 위한 조성물은 프로브, 항체, 애피바디, 핵산, 및/또는 앱타머를 포함하지만 이로 제한되지 않는다. 바람직한 조성물은 생물학적 샘플로부터 바이오마커의 패널의 발현 수준(예를 들어, mRNA 또는 단백질 수준)을 검출할 수 있다.
조성물 중 임의의 것이 키트 또는 시약 혼합물의 형태로 제공될 수 있다. 예로서, 바이오마커 패널의 검출을 위한 키트에 표지된 프로브가 제공될 수 있다. 키트는 검정에 필요하거나 충분한 모든 성분을 포함할 수 있으며, 이는 검출 시약(예를 들어, 프로브), 완충제, 대조군 시약(예를 들어, 양성 및 음성 대조군), 증폭 시약, 고체 지지체, 표지, 사용 설명서 등을 포함할 수 있지만 이로 제한되지 않는다. 소정 실시 형태에서, 키트는 바이오마커의 패널에 대한 프로브의 세트 및 프로브의 세트를 고정화하기 위한 고체 지지체를 포함한다. 소정 실시 형태에서, 키트는 바이오마커의 패널에 대한 프로브의 세트, 고체 지지체, 및 시험하고자 하는 샘플을 처리하기 위한 시약(예를 들어, 샘플로부터 단백질 또는 핵산을 단리하기 위한 시약)을 포함한다.
항체
일 실시 형태에서, 본 발명에 유용한 항-IL12/23p40 항체는 각각 서열 번호 1, 2, 및 3의 중쇄 상보성 결정 영역(CDR) HCDR1, HCDR2, 및 HCDR3; 및 각각 서열 번호 4, 5, 및 6의 경쇄 CDR LCDR1, LCDR2, 및 LCDR3을 포함하는 단일클론 항체, 바람직하게는 인간 mAb이다.
항-IL12/23p40 항체는 정의된 아미노산 서열을 갖는 중쇄 또는 경쇄 가변 영역 중 적어도 하나를 포함할 수 있다. 예를 들어, 바람직한 실시 형태에서, 항-IL12/23p40 항체는 서열 번호 7과 적어도 85%, 바람직하게는 적어도 90%, 더 바람직하게는 적어도 95%, 그리고 가장 바람직하게는 100% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 가변 영역, 및 서열 번호 8과 적어도 85%, 바람직하게는 적어도 90%, 더 바람직하게는 적어도 95%, 그리고 가장 바람직하게는 100% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄 가변 영역을 갖는 항-IL12/23p40 항체를 포함한다.
항-IL12/23p40 항체는 또한 정의된 아미노산 서열을 갖는 중쇄 또는 경쇄 중 적어도 하나를 포함할 수 있다. 다른 바람직한 실시 형태에서, 항-IL12/23p40 항체는 서열 번호 10과 적어도 85%, 바람직하게는 적어도 90%, 더 바람직하게는 적어도 95%, 그리고 가장 바람직하게는 100% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄, 및 서열 번호 11과 적어도 85%, 바람직하게는 적어도 90%, 더 바람직하게는 적어도 95%, 그리고 가장 바람직하게는 100% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄 가변 영역을 포함한다.
바람직하게는, 항-IL12/23p40 항체는 우스테키누맙(Stelara®)으로서, 이는 서열 번호 10의 아미노산 서열을 갖는 중쇄 및 서열 번호 11의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다.
실시 형태
본 발명은 또한 하기의 비제한적인 실시 형태를 제공한다.
실시 형태 1은 다음으로 이루어진 군으로부터 선택되는 5개 이상의 바이오마커를 포함하는 바이오마커의 패널을 검출할 수 있는 단리된 프로브 세트이다: 재생성 패밀리 멤버 1 베타(REG1B), 지방산 결합 단백질 6(FABP6), 재생성 패밀리 멤버 1 알파(REG1A), 주요 조직적합성 복합체, 클래스 II, DQ 베타 1(HLA-DQB1), 주요 조직적합성 복합체, 클래스 II, DQ 알파 1(HLA-DQA1), 보체 인자 I(CFI), 세르핀 패밀리 A 멤버 1(SERPINA1), 인돌아민 2,3-다이옥시게나제 1(IDO1), 나트륨 채널 상피 1 베타 서브유닛(SCNN1B), 악성 뇌 종양에서의 결실 1(deleted in malignant brain tumors 1; DMBT1), 사이토카인 신호전달 억제제 3(SOCS3), 구아닐레이트 결합 단백질 4(GBP4), C-X-C 모티프 케모카인 리간드 1(CXCL1), CXCL5, CXCL9, CXCL10, CXCL11, 이중 산화효소 2(DUOX2), 아포지질단백질 A1(APOA1), 탄산 탈수효소 4(CA4), 유비퀴틴 D(UBD), 구아닐레이트 결합 단백질 1(GBP1), 트라트리코펩타이드 반복을 갖는 인터페론 유도 단백질 3(IFIT3), t-박스 3(TBX3), 트랜스글루타미나제 2(TGM2), 바닌 1(VNN1), 펩티다제 억제제 3(PI3), 보체 C3(C3), 사이토크롬 P450 패밀리 2 서브패밀리 B 멤버 7, 유사유전자(CYP2B7P), C-C 모티프 케모카인 리간드 20(CCL20), 리포칼린 2(LCN2), 주요 조직적합성 복합체, 클래스 II, DP 알파 1(HLA-DPA1), 라디칼 S-아데노실 메티오닌 도메인 포함 2(RSAD2), 이중 산화효소 성숙 인자 2(DUOXA2), 후각 수용체 패밀리 2 서브패밀리 A 멤버 7(OR2A7), 구아닐레이트 결합 단백질 5(GBP5), 트립토파닐-tRNA 합성효소(WARS), 클래스 II 주요 조직적합성 복합체 전사활성화인자(CIITA), Wnt 패밀리 멤버 5A(WNT5A), 상피 간질 상호 작용 1(EPSTI1), 혈청 아밀로이드 A2(SAA2), 혈청 아밀로이드 A1(SAA1), C-C 모티프 케모카인 리간드 28(CCL28), 올팩토메딘 4(OLFM4), PDZK1 상호작용 단백질 1(PDZK1IP1), 매트릭스 리모델링 관련 5(MXRA5), C-C 모티프 케모카인 리간드 2(CCL2), 주요 조직적합성 복합체, 클래스 II, DR 알파(HLA-DRA), C-형 렉틴 도메인 패밀리 2 멤버 D(CLEC2D), 인터페론 유도 막관통 단백질 1(IFITM), Spi-B 전사 인자(SPIB), CD74, 세포간 부착 분자 1(ICAM1), 포크헤드 연관 도메인을 갖는 TRAF 상호작용 단백질(TIFA), 염화물 채널 액세서리 1(CLCA1), 주요 조직적합성 복합체, 클래스 II, DO 알파(HLA-DOA), 막관통 단백질 173(TMEM173), 디펜신 베타 1(DEFB1), 카스파제 5(CASP5), 아포지질단백질 C1(APOC1), 섬유아세포 성장 인자 7(FGF7), CD274, 아넥신 A1(ANXA1), 시티딘/유리딘 모노포스페이트 키나제 2(CMPK2), 포스포리파제 A2 그룹 IIA(PLA2G2A), 세르핀 패밀리 A 멤버 3(SERPINA3), 주요 조직적합성 복합체, 클래스 II, DM 베타(HLA-DMB), 온코스타틴 M 수용체(OSMR), 막관통 단백질 119(TMEM119), 사이토카인 신호전달 억제제 1(SOCS1), 바닌 2(VNN2), BCH 도메인을 갖는 프룬 상동체 2(PRUNE2), C-X-C 모티프 케모카인 리간드 8(CXCL8), 티틴(TTN), 카르복시펩티다제 A2(CPA2), 마이크로RNA 146a(MIR146A), 골수 간질 세포 항원 2(BST2), Z-DNA 결합 단백질 1(ZBP1), 코핀 5(CPNE5), 세르핀 패밀리 G 멤버 1(SERPING1), 인터루킨 1 수용체 1형(IL1R1), 메탈로티오네인 1G(MT1G), 림포톡신 베타(LTB), 바이글라이칸(BGN), 인터페론 유도 단백질 44 유사(IFI44L), 주요 조직적합성 복합체, 클래스 II, DP 베타 1(HLA-DPB1), IgG 수용체 Ib의 Fc 단편(FCGR1B), 인터루킨 23 서브유닛 알파(IL23A), FYVE, RhoGEF 및 PH 도메인 포함 5(FYVE, RhoGEF and PH domain containing 5; FGD5), 플라스미노겐 활성화제, 유로키나제(PLAU), 인터페론 유도 막관통 단백질 3(IFITM3), 인터루킨 18 결합 단백질(IL18BP), 데스모글레인 3(DSG3), 분비 및 막관통 1(SECTM1), 유비퀴틴 접합 효소 E2 L6(UBE2L6), 아넥신 A6(ANXA6), 탄수화물 설포트랜스퍼라제 2(CHST2), LY6/PLAUR 도메인 포함 1(LY6/PLAUR domain containing 1; LYPD1), EGF 유사 도메인을 갖는 심장 발달 단백질 1(HEG1), ISG15 유비퀴틴 유사 변형자(ISG15), 징크 핑거 CCCH-형 포함 12A(zinc finger CCCH-type containing 12A; ZC3H12A), C-X-C 모티프 케모카인 리간드 6(CXCL6), 스타스민 3(STMN3), 징크 핑거 CCCH-형 포함 12C(ZC3H12C), cAMP-의존성 단백질 키나제 억제제 감마(PKIG), 인터루킨 13 수용체 서브유닛 알파 2(IL13RA2), 변연계 연관 막 단백질(LSAMP), STEAP4 금속환원효소(STEAP4), 폴리스타틴 유사 1(FSTL1), 세린 펩티다제 억제제, 카잘 1형(SPINK1), C-C 모티프 케모카인 리간드 22(CCL22), 호산구 과립 개체 발생 전사체(EGOT), 쌍-유사 호메오도메인 1(PITX1), 긴 유전자간 비-단백질 코딩 RNA 2099(LINCO2099), V 세트 및 면역글로불린 도메인 포함 1(V-set and immunoglobulin domain containing 1; VSIG1), 갈렉틴 2(LGALS2), C2 칼슘 의존성 도메인 포함 4A(C2 calcium dependent domain containing 4A; C2CD4A), 구아닐레이트 결합 단백질 1 유사유전자 1(GBP1P1), TNF 수용체 수퍼패밀리 멤버 9(TNFRSF9), 매트릭스 메탈로펩티다제 10(MMP10), HtrA 세린 펩티다제 1(HTRA1), 켈치 도메인 포함 7B(kelch domain containing 7B; KLHDC7B), 인터루킨 1 수용체 유사 1(IL1RL1), Rho GTPase 활성화 단백질 31(ARHGAP31), 히알루로난 및 프로테오글리칸 연결 단백질 3(HAPLN3), 용질 담체 패밀리 9 멤버 B2(SLC9B2), G 단백질 서브유닛 알파 15(GNA15), 베타 카테닌의 흐트러진 결합 길항제 2(disheveled binding antagonist of beta catenin 2; DACT2), 플렉스트린 상동체 및 FYVE 도메인 포함 1(PLEKHF1), 골수 세포에 발현된 트리거링 수용체 1(TREM1), 인터루킨 1 알파(IL1A), TNFAIP3 상호작용 단백질 3(TNIP3), 카스파제 동원 도메인 패밀리 멤버 14(CARD14), LY6/PLAUR 도메인 포함 5(LYPD5), C-X3-C 모티프 케모카인 리간드 1(CX3CL1), 인터페론 감마(IFNG), 엔쿠린, TRPC 채널 상호작용 단백질(ENKUR), 종양 괴사 인자(TNF), 시냅스 소포 당단백질 2B(SV2B), 다이나민 3(DNM3), 뉴런 내비게이터 3(NAV3), 백혈구 면역글로불린 유사 수용체 A5(LILRA5), 크로모그라닌 A(CHGA), 징크 핑거 도메인에 인접한 브로모도메인 2B(bromodomain adjacent to zinc finger domain 2B; BAZ2B), 뮤신 16, 세포 표면 관련(MUC16), 안드로겐 의존성 TFPI 조절 단백질(ADTRP), 긴 유전자간 비-단백질 코딩 RNA 1539(LINC01539), 미오신 중쇄 7(MYH7), 링 핑거 단백질 183(RNF183), 온코스타틴 M(OSM), 폰 빌레브란트 인자 A 도메인 포함 5B2(VWA5B2), 멜라토닌 수용체 1A(MTNR1A), 네불린(NEB), MAM 도메인 포함 글리코실포스파티딜이노시톨 앵커 1(MDGA1),
필라민 C(FLNC), 분비된 프리즐드 관련 단백질 4(SFRP4), G 단백질-결합 수용체 관련 분류 단백질 2(GPRASP2), 프롤린 풍부 19(PRR19), 신타필린(SNPH), 용질 운반체 패밀리 5 멤버 2(SLC5A2), 용질 운반체 패밀리 30 멤버 2(SLC30A2), TOB1 안티센스 RNA 1(TOB1-AS1), 매트릭스 메탈로펩티다제 25(MMP25), 매트릭스 메탈로펩티다제 7(MMP7), 스펙신 호르몬(SPX), 세르핀 패밀리 A 멤버 5(SERPINA5), 아라키도네이트 15-리폭시게나제 B형(ALOX115B), WSC 도메인 포함 2(WSCD2), CD7, 보체 성분 4 결합 단백질 알파(C4BPA), SH2 도메인 포함 1B(SH2D1B), Glu/Asp-풍부 카르복시-말단 도메인을 갖는 Cbp/p300 트랜스활성화제 4(CITED4), 콜로니 자극 인자 2(CSF2), 용질 운반체 패밀리 5 멤버 8(SLC5A8), Rho 패밀리 GTPase 1(RND1), Rh 형액형 CcEe 항원(RHCE), 도킹 단백질 5(DOK5), 사이토크롬 P450 패밀리 4 서브패밀리 Z 멤버 1(CYP4Z1), 레이린(LAYN), 케라틴 6A(KRT6A), 인터루킨 17C(IL17C), 칼륨 칼슘-활성화 채널 서브패밀리 N 멤버 2(KCNN2), 막관통 단백질 114(TMEM114), 하이드록시스테로이드 11-베타 탈수소효소 1(HSD11B1), 구아닐레이트 사이클라제 1 가용성 서브유닛 베타 2(유사유전자)(GUCY1B2), 5-하이드록시트립타민 수용체 3A(HTR3A), 섬유아세포 성장 인자 5(FGF5), 글루타메이트 이온성 수용체 NMDA형 서브유닛 3A(GRIN3A), 용질 운반체 패밀리 22 멤버 3(SLC22A3), SPOC 도메인 포함 1(SPOCD1), S100 칼슘 결합 단백질 A3(S100A3), CCM2 유사 스캐폴드 단백질(CCM2L), 나트륨 이뇨 펩타이드 수용체 1(NPR1), 일시적 수용체 전위 양이온 채널 서브패밀리 V 멤버 6(TRPV6), unc-13 상동체 A(UNC13A), 특성화되지 않은 LOC100506071, 코르딘(CHRD), 섬유아세포 성장 인자 17(FGF17), 칼륨 전압-개폐 채널 서브패밀리 E 조절 서브유닛 1(KCNE1), 용질 운반체 패밀리 8 멤버 A3(SLC8A3), 쌍을 이룬 관련 호메오박스 2(PRRX2), 사이토크롬 P450 패밀리 2 서브패밀리 A 멤버 6(CYP2A6), 인테그린 서브유닛 베타 1 결합 단백질 2(ITGBBP2), 인터루킨 22(IL22), 확장된 시냅토태그민 3(ESYT3), 뉴런 펜트락신 1(NPTX1), 세메노겔린 1(SEMG1), 프로-혈소판 기초 단백질(PPBP), 류신 풍부 반복 막관통 뉴런성 1(LRRTM1), 인터루킨 36 베타(IL36B), 림프구 항원 6 패밀리 멤버 K(LY6K), 사이토크롬 P450 패밀리 2 서브패밀리 A 멤버 7(CYP2A7), SH3 및 다중 안키린 반복 도메인 1(SHANK1), ALK 수용체 티로신 키나제(ALK), G 단백질-결합 수용체 37(GPR37), 세르핀 패밀리 B 멤버 4(SERPINB4), 사이토크롬 P450 패밀리 4 서브패밀리 X 멤버 1(CYP4X1), 긴 유전자간 비-단백질 코딩 RNA 471(LINC00471), 세르핀 패밀리 B 멤버 7(SERPINB7), 류신 풍부 반복 포함 63(LRRC63), NCCRP1, HIST3H2BB, LUCAT1, LGALS17A, IL17REL, TAS2R31, MT1A, LINC01353, NCF4-AS1, LOC101930114, LOC645166, RPLP0P2, MS4A18, LOC730183, ALPPL2, DRGX, RMRP, ECEL1P2, 및 RARRES3.
실시 형태 2는 실시 형태 1의 단리된 프로브 세트이며, 여기서 바이오마커의 패널은 다음으로 이루어진 군으로부터 선택되는 6개 이상의 바이오마커, 7개 이상의 바이오마커, 8개 이상의 바이오마커, 9개 이상의 바이오마커, 10개 이상의 바이오마커, 11개 이상의 바이오마커, 12개 이상의 바이오마커, 13개 이상의 바이오마커, 또는 14개 이상의 바이오마커를 포함한다: 재생성 패밀리 멤버 1 베타(REG1B), 지방산 결합 단백질 6(FABP6), 재생성 패밀리 멤버 1 알파(REG1A), 주요 조직적합성 복합체, 클래스 II, DQ 베타 1(HLA-DQB1), 주요 조직적합성 복합체, 클래스 II, DQ 알파 1(HLA-DQA1), 보체 인자 I(CFI), 세르핀 패밀리 A 멤버 1(SERPINA1), 인돌아민 2,3-다이옥시게나제 1(IDO1), 나트륨 채널 상피 1 베타 서브유닛(SCNN1B), 악성 뇌 종양에서의 결실 1(DMBT1), 사이토카인 신호전달 억제제 3(SOCS3), 구아닐레이트 결합 단백질 4(GBP4), C-X-C 모티프 케모카인 리간드 1(CXCL1), CXCL5, CXCL9, CXCL10, CXCL11, 이중 산화효소 2(DUOX2), 아포지질단백질 A1(APOA1), 탄산 탈수효소 4(CA4), 유비퀴틴 D(UBD), 구아닐레이트 결합 단백질 1(GBP1), 테트라트리코펩타이드 반복을 갖는 인터페론 유도 단백질 3(IFIT3), t-박스 3(TBX3), 트랜스글루타미나제 2(TGM2), 바닌 1(VNN1), 펩티다제 억제제 3(PI3), 보체 C3(C3), 사이토크롬 P450 패밀리 2 서브패밀리 B 멤버 7, 유사유전자(CYP2B7P), C-C 모티프 케모카인 리간드 20(CCL20), 리포칼린 2(LCN2), 주요 조직적합성 복합체, 클래스 II, DP 알파 1(HLA-DPA1), 라디칼 S-아데노실 메티오닌 도메인 포함 2(RSAD2), 이중 산화효소 성숙 인자 2(DUOXA2), 후각 수용체 패밀리 2 서브패밀리 A 멤버 7(OR2A7), 구아닐레이트 결합 단백질 5(GBP5), 트립토파닐-tRNA 합성효소(WARS), 클래스 II 주요 조직적합성 복합체 전사활성화인자(CIITA), Wnt 패밀리 멤버 5A(WNT5A), 상피 간질 상호 작용 1(EPSTI1), 혈청 아밀로이드 A2(SAA2), 혈청 아밀로이드 A1(SAA1), C-C 모티프 케모카인 리간드 28(CCL28), 올팩토메딘 4(OLFM4), PDZK1 상호작용 단백질 1(PDZK1IP1), 매트릭스 리모델링 관련 5(MXRA5), C-C 모티프 케모카인 리간드 2(CCL2), 주요 조직적합성 복합체, 클래스 II, DR 알파(HLA-DRA), C-형 렉틴 도메인 패밀리 2 멤버 D(CLEC2D), 인터페론 유도 막관통 단백질 1(IFITM), Spi-B 전사 인자(SPIB), CD74, 세포간 부착 분자 1(ICAM1), 포크헤드 연관 도메인을 갖는 TRAF 상호작용 단백질(TIFA), 염화물 채널 액세서리 1(CLCA1), 주요 조직적합성 복합체, 클래스 II, DO 알파(HLA-DOA), 막관통 단백질 173(TMEM173), 디펜신 베타 1(DEFB1), 카스파제 5(CASP5), 아포지질단백질 C1(APOC1), 섬유아세포 성장 인자 7(FGF7), CD274, 아넥신 A1(ANXA1), 시티딘/유리딘 모노포스페이트 키나제 2(CMPK2), 포스포리파제 A2 그룹 IIA(PLA2G2A), 세르핀 패밀리 A 멤버 3(SERPINA3), 주요 조직적합성 복합체, 클래스 II, DM 베타(HLA-DMB), 온코스타틴 M 수용체(OSMR), 막관통 단백질 119(TMEM119), 사이토카인 신호전달 억제제 1(SOCS1), 바닌 2(VNN2), BCH 도메인을 갖는 프룬 상동체 2(PRUNE2), C-X-C 모티프 케모카인 리간드 8(CXCL8), 티틴(TTN), 카르복시펩티다제 A2(CPA2), 마이크로RNA 146a(MIR146A), 골수 간질 세포 항원 2(BST2), Z-DNA 결합 단백질 1(ZBP1), 코핀 5(CPNE5), 세르핀 패밀리 G 멤버 1(SERPING1), 인터루킨 1 수용체 1형(IL1R1), 메탈로티오네인 1G(MT1G), 림포톡신 베타(LTB), 바이글라이칸(BGN), 인터페론 유도 단백질 44 유사(IFI44L), 주요 조직적합성 복합체, 클래스 II, DP 베타 1(HLA-DPB1), IgG 수용체 Ib의 Fc 단편(FCGR1B), 인터루킨 23 서브유닛 알파(IL23A), FYVE, RhoGEF 및 PH 도메인 포함 5(FGD5), 플라스미노겐 활성화제, 유로키나제(PLAU), 인터페론 유도 막관통 단백질 3(IFITM3), 인터루킨 18 결합 단백질(IL18BP), 데스모글레인 3(DSG3), 분비 및 막관통 1(SECTM1), 유비퀴틴 접합 효소 E2 L6(UBE2L6), 아넥신 A6(ANXA6), 탄수화물 설포트랜스퍼라제 2(CHST2), LY6/PLAUR 도메인 포함 1(LYPD1), EGF 유사 도메인을 갖는 심장 발달 단백질 1(HEG1), ISG15 유비퀴틴 유사 변형자(ISG15), 징크 핑거 CCCH-형 포함 12A(ZC3H12A), C-X-C 모티프 케모카인 리간드 6(CXCL6), 스타스민 3(STMN3), 징크 핑거 CCCH-형 포함 12C(ZC3H12C), cAMP-의존성 단백질 키나제 억제제 감마(PKIG), 인터루킨 13 수용체 서브유닛 알파 2(IL13RA2), 변연계 연관 막 단백질(LSAMP), STEAP4 금속환원효소(STEAP4), 폴리스타틴 유사 1(FSTL1), 세린 펩티다제 억제제, 카잘 1형(SPINK1), C-C 모티프 케모카인 리간드 22(CCL22), 호산구 과립 개체 발생 전사체(EGOT), 쌍-유사 호메오도메인 1(PITX1), 긴 유전자간 비-단백질 코딩 RNA 2099(LINCO2099), V 세트 및 면역글로불린 도메인 포함 1(VSIG1), 갈렉틴 2(LGALS2), C2 칼슘 의존성 도메인 포함 4A(C2CD4A), 구아닐레이트 결합 단백질 1 유사유전자 1(GBP1P1), TNF 수용체 수퍼패밀리 멤버 9(TNFRSF9), 매트릭스 메탈로펩티다제 10(MMP10), HtrA 세린 펩티다제 1(HTRA1), 켈치 도메인 포함 7B(KLHDC7B), 인터루킨 1 수용체 유사 1(IL1RL1), Rho GTPase 활성화 단백질 31(ARHGAP31), 히알루로난 및 프로테오글리칸 연결 단백질 3(HAPLN3), 용질 담체 패밀리 9 멤버 B2(SLC9B2), G 단백질 서브유닛 알파 15(GNA15), 베타 카테닌의 흐트러진 결합 길항제 2(DACT2), 플렉스트린 상동체 및 FYVE 도메인 포함 1(PLEKHF1), 골수 세포에 발현된 트리거링 수용체 1(TREM1), 인터루킨 1 알파(IL1A), TNFAIP3 상호작용 단백질 3(TNIP3), 카스파제 동원 도메인 패밀리 멤버 14(CARD14), LY6/PLAUR 도메인 포함 5(LYPD5), C-X3-C 모티프 케모카인 리간드 1(CX3CL1), 인터페론 감마(IFNG), 엔쿠린, TRPC 채널 상호작용 단백질(ENKUR), 종양 괴사 인자(TNF), 시냅스 소포 당단백질 2B(SV2B), 다이나민 3(DNM3), 뉴런 내비게이터 3(NAV3), 백혈구 면역글로불린 유사 수용체 A5(LILRA5), 크로모그라닌 A(CHGA), 징크 핑거 도메인에 인접한 브로모도메인 2B(BAZ2B), 뮤신 16, 세포 표면 관련(MUC16), 안드로겐 의존성 TFPI 조절 단백질(ADTRP), 긴 유전자간 비-단백질 코딩 RNA 1539(LINC01539), 미오신 중쇄 7(MYH7), 링 핑거 단백질 183(RNF183), 온코스타틴 M(OSM), 폰 빌레브란트 인자 A 도메인 포함 5B2(VWA5B2), 멜라토닌 수용체 1A(MTNR1A), 네불린(NEB), MAM 도메인 포함 글리코실포스파티딜이노시톨 앵커 1(MDGA1), 필라민 C(FLNC), 분비된 프리즐드 관련 단백질 4(SFRP4), G 단백질-결합 수용체 관련 분류 단백질 2(GPRASP2), 프롤린 풍부 19(PRR19), 신타필린(SNPH), 용질 운반체 패밀리 5 멤버 2(SLC5A2), 용질 운반체 패밀리 30 멤버 2(SLC30A2), TOB1 안티센스 RNA 1(TOB1-AS1), 매트릭스 메탈로펩티다제 25(MMP25), 매트릭스 메탈로펩티다제 7(MMP7), 스펙신 호르몬(SPX), 세르핀 패밀리 A 멤버 5(SERPINA5), 아라키도네이트 15-리폭시게나제 B형(ALOX115B), WSC 도메인 포함 2(WSCD2), CD7, 보체 성분 4 결합 단백질 알파(C4BPA), SH2 도메인 포함 1B(SH2D1B), Glu/Asp-풍부 카르복시-말단 도메인을 갖는 Cbp/p300 트랜스활성화제 4(CITED4), 콜로니 자극 인자 2(CSF2), 용질 운반체 패밀리 5 멤버 8(SLC5A8), Rho 패밀리 GTPase 1(RND1), Rh 형액형 CcEe 항원(RHCE), 도킹 단백질 5(DOK5), 사이토크롬 P450 패밀리 4 서브패밀리 Z 멤버 1(CYP4Z1), 레이린(LAYN), 케라틴 6A(KRT6A), 인터루킨 17C(IL17C), 칼륨 칼슘-활성화 채널 서브패밀리 N 멤버 2(KCNN2), 막관통 단백질 114(TMEM114), 하이드록시스테로이드 11-베타 탈수소효소 1(HSD11B1), 구아닐레이트 사이클라제 1 가용성 서브유닛 베타 2(유사유전자)(GUCY1B2), 5-하이드록시트립타민 수용체 3A(HTR3A), 섬유아세포 성장 인자 5(FGF5), 글루타메이트 이온성 수용체 NMDA형 서브유닛 3A(GRIN3A), 용질 운반체 패밀리 22 멤버 3(SLC22A3), SPOC 도메인 포함 1(SPOCD1), S100 칼슘 결합 단백질 A3(S100A3), CCM2 유사 스캐폴드 단백질(CCM2L), 나트륨 이뇨 펩타이드 수용체 1(NPR1), 일시적 수용체 전위 양이온 채널 서브패밀리 V 멤버 6(TRPV6), unc-13 상동체 A(UNC13A), 특성화되지 않은 LOC100506071, 코르딘(CHRD), 섬유아세포 성장 인자 17(FGF17), 칼륨 전압-개폐 채널 서브패밀리 E 조절 서브유닛 1(KCNE1), 용질 운반체 패밀리 8 멤버 A3(SLC8A3), 쌍을 이룬 관련 호메오박스 2(PRRX2), 사이토크롬 P450 패밀리 2 서브패밀리 A 멤버 6(CYP2A6), 인테그린 서브유닛 베타 1 결합 단백질 2(ITGBBP2), 인터루킨 22(IL22), 확장된 시냅토태그민 3(ESYT3), 뉴런 펜트락신 1(NPTX1), 세메노겔린 1(SEMG1), 프로-혈소판 기초 단백질(PPBP), 류신 풍부 반복 막관통 뉴런성 1(LRRTM1), 인터루킨 36 베타(IL36B), 림프구 항원 6 패밀리 멤버 K(LY6K), 사이토크롬 P450 패밀리 2 서브패밀리 A 멤버 7(CYP2A7), SH3 및 다중 안키린 반복 도메인 1(SHANK1), ALK 수용체 티로신 키나제(ALK), G 단백질-결합 수용체 37(GPR37), 세르핀 패밀리 B 멤버 4(SERPINB4), 사이토크롬 P450 패밀리 4 서브패밀리 X 멤버 1(CYP4X1), 긴 유전자간 비-단백질 코딩 RNA 471(LINC00471), 세르핀 패밀리 B 멤버 7(SERPINB7), 류신 풍부 반복 포함 63(LRRC63), NCCRP1, HIST3H2BB, LUCAT1, LGALS17A, IL17REL, TAS2R31, MT1A, LINC01353, NCF4-AS1, LOC101930114, LOC645166, RPLP0P2, MS4A18, LOC730183, ALPPL2, DRGX, RMRP, ECEL1P2, 및 RARRES3.
실시 형태 3은 실시 형태 1 또는 2의 단리된 프로브 세트이며, 여기서 바이오마커의 패널은 다음으로 이루어진 군으로부터 선택되는 5개 이상의 바이오마커를 포함한다: 인터루킨 13 수용체 서브유닛 알파 2(IL13RA2), 인터루킨 1 수용체 1형(IL1R1), 칼륨 칼슘-활성화 채널 서브패밀리 N 멤버 2(KCNN2), 케라틴 6A(KRT6A), LY6/PLAUR 도메인 포함 1(LYPD1), LY6/PLAUR 도메인 포함 5(LYPD5), 매트릭스 메탈로펩티다제 10(MMP10), 뉴런 내비게이터 3(NAV3), 산화질소 합성효소 2(NOS2), 올팩토메딘 4(OLFM4), 온코스타틴 M 수용체(OSMR), PDZK1 상호작용 단백질 1(PDZK1IP1), 포스포리파제 A2 그룹 IIA(PLA2G2A), 플렉스트린 상동체 및 FYVE 도메인 포함 1(PLEKHF1), BCH 도메인을 갖는 프룬 상동체 2(PRUNE2), 재생성 패밀리 멤버 1 알파(REG1A), 재생성 패밀리 멤버 1 베타(REG1B), 세르핀 패밀리 A 멤버 1(SERPINA1), 세르핀 패밀리 A 멤버 3(SERPINA3), 용질 운반체 패밀리 5 멤버 8(SLC5A8), 용질 담체 패밀리 9 멤버 B2(SLC9B2), 사이토카인 신호전달 억제제 3(SOCS3), STEAP4 금속환원효소(STEAP4), 스타스민 3(STMN3), 트랜스글루타미나제 2(TGM2), 포크헤드 연관 도메인을 갖는 TRAF 상호작용 단백질(TIFA), 막관통 단백질 173(TMEM173), TNFAIP3 상호작용 단백질 3(TNIP3), 일시적 수용체 전위 양이온 채널 서브패밀리 V 멤버 6(TRPV6), 및 Wnt 패밀리 멤버 5A(WNT5A).
실시 형태 4는 실시 형태 1 내지 3 중 어느 하나의 단리된 프로브 세트이며, 여기서 바이오마커의 패널은 다음으로 이루어진 군으로부터 선택되는 1개 이상의 바이오마커를 추가로 포함한다: ALK 수용체 티로신 키나제(ALK), 아포지질단백질 C1(APOC1), 징크 핑거 도메인에 인접한 브로모도메인 2B(BAZ2B), 바이글라이칸(BGN), CCM2 유사 스캐폴드 단백질(CCM2L), 사이토크롬 P450 패밀리 2 서브패밀리 A 멤버 6(CYP2A6), 도킹 단백질 5(DOK5), IgG 수용체 Ib의 Fc 단편(FCGR1B), FYVE, RhoGEF 및 PH 도메인 포함 5(FGD5), 섬유아세포 성장 인자 17(FGF17), 섬유아세포 성장 인자 5(FGF5), 섬유아세포 성장 인자 7(FGF7), G 단백질-결합 수용체 관련 분류 단백질 2(GPRASP2), 구아닐레이트 사이클라제 1 가용성 서브유닛 베타 2(유사유전자)(GUCY1B2), 히스톤 H2B형 3-B(HIST3H2BB), 하이드록시스테로이드 11-베타 탈수소효소 1(HSD11B1), 인터페론 감마(IFNG), 인터루킨 22(IL22), 인테그린 서브유닛 베타 1 결합 단백질 2(ITGB1BP2), 백혈구 면역글로불린 유사 수용체 A5(LILRA5), 긴 유전자간 비-단백질 코딩 RNA 471(LINC00471), LINC01353, 긴 유전자간 비-단백질 코딩 RNA 1539(LINC01539), 긴 유전자간 비-단백질 코딩 RNA 2099(LINC02099), 특성화되지 않은 LOC100506071, LOC101930114, LOC645166, LOC730183, 류신 풍부 반복 포함 63(LRRC63), 변연계 연관 막 단백질(LSAMP), 림프구 항원 6 패밀리 멤버 K(LYK6), 메탈로티오네인 1A(MTA1), NCF4 안티센스 RNA 1(NCF4-AS1), 후각 수용체 패밀리 2 서브패밀리 A 멤버 7(OR2A7), 프롤린 풍부 19(PRR19), Rh 형액형 CcEe 항원(RHCE), 미토콘드리아 RNA 처리 엔도리보뉴클레아제의 RNA 구성 요소(RMRP), 리보솜 단백질 측면 줄기 서브유닛 P0 유사유전자 2(RPLP0P2), S100 칼슘 결합 단백질 A3(S100A3), 세르핀 패밀리 B 멤버 4(SERPINB4), 분비된 프리즐드 관련 단백질 4(SFRP4), SH3 및 다중 안키린 반복 도메인 1(SHANK1), 용질 운반체 패밀리 22 멤버 3(SLC22A3), 용질 운반체 패밀리 8 멤버 A3(SLC8A3), 미각 수용체 2형 멤버 31(TAS2R31), T-박스 3(TBX3), 막관통 단백질 114(TMEM114), TOB1 안티센스 RNA 1(TOB1-AS1), 폰 빌레브란트 인자 A 도메인 포함 5B2(VWA5B2), 및 WSC 도메인 포함 2(WSCD2).
실시 형태 5는 실시 형태 1 또는 2의 단리된 프로브 세트이며, 여기서 바이오마커의 패널은 트랜스글루타미나제 2(TGM2), 포크헤드 연관 도메인을 갖는 TRAF 상호작용 단백질(TIFA), 탄산 탈수효소 4(CA4), 2'-5'-올리고아데닐레이트 합성효소 2(OAS2), 섬유아세포 성장 인자 17(FGF17), 트립토파닐-tRNA 합성효소(WARS), CD274 분자(CD274), 시냅스 소포 당단백질 2B(SV2B), 디펜신 베타 1(DEFB1), 아넥신 A1(ANXA1), 인터페론 유도 단백질 44 유사(IFI44L), 인터루킨 13 수용체 서브유닛 알파 2(IL13RA2), 유비퀴틴 D(UBD), 및 LY6/PLAUR 도메인 포함 5(LYPD5)의 바이오마커를 포함한다.
실시 형태 6은 실시 형태 1 내지 5 중 어느 하나의 단리된 프로브 세트이며, 여기서 프로브는 앱타머, 항체, 애피바디, 펩티드, 및 핵산으로 이루어진 군으로부터 선택된다.
실시 형태 7은 염증성 장 질환(IBD)에 대한 치료 요법을 필요로 하는 대상체에서 치료 요법에 대한 반응을 예측하는 방법이며, 본 방법은 하기 단계들을 포함한다:
a. 대상체로부터 샘플을 획득하는 단계;
b. 샘플을 실시 형태 1 내지 6 중 어느 하나의 단리된 프로브 세트와 접촉시켜 샘플에서 바이오마커의 패널을 검출하는 단계;
c. 샘플에 대한 농축 점수를 결정하기 위해 바이오마커의 패널의 패턴을 분석하는 단계로서, 0 미만의 농축 점수는 대상체가 0 초과의 농축 점수를 갖는 대상체보다 치료 요법에 반응할 가능성이 더 크다는 것을 나타내는, 상기 단계; 및
d. 농축에 기초하여 치료 요법으로 대상체를 치료할지 여부를 결정하는 단계로서, 0 미만의 점수는 대상체를 치료함을 나타내고 0 초과의 점수는 대상체의 치료를 자제함을 나타내는, 상기 단계; 및/또는
e. 점수에 따라 대상체를 치료하거나 치료를 자제하는 단계.
실시 형태 8은 실시 형태 7의 방법이며, 여기서 염증성 장 질환은 궤양성 결장염 또는 크론병으로부터 선택된다.
실시 형태 9는 실시 형태 8의 방법이며, 여기서 염증성 장 질환은 궤양성 결장염이다.
실시 형태 10은 실시 형태 7 내지 9 중 어느 하나의 방법이며, 여기서 바이오마커의 패널은 트랜스글루타미나제 2(TGM2), 포크헤드 연관 도메인을 갖는 TRAF 상호작용 단백질(TIFA), 탄산 탈수효소 4(CA4), 2'-5'-올리고아데닐레이트 합성효소 2(OAS2), 섬유아세포 성장 인자 17(FGF17), 트립토파닐-tRNA 합성효소(WARS), CD274 분자(CD274), 시냅스 소포 당단백질 2B(SV2B), 디펜신 베타 1(DEFB1), 아넥신 A1(ANXA1), 인터페론 유도 단백질 44 유사(IFI44L), 인터루킨 13 수용체 서브유닛 알파 2(IL13RA2), 유비퀴틴 D(UBD), 및 LY6/PLAUR 도메인 포함 5(LYPD5)의 바이오마커를 포함한다.
실시 형태 11은 실시 형태 7 내지 10 중 어느 하나의 방법이며, 여기서 샘플은 조직 샘플 또는 혈액 샘플이다.
실시 형태 12는 실시 형태 7 내지 11 중 어느 하나의 방법이며, 여기서 방법은 염증성 장 질환을 치료 또는 예방하기 위해 대상체에게 치료제를 투여하는 단계를 추가로 포함한다.
실시 형태 13은 실시 형태 12의 방법이며, 여기서 치료제는 본 명세서에 개시된 아미노산 서열을 포함하는 IL12/23p40 항체 또는 이의 단편이고 항체가 우스테키누맙이다.
실시 형태 14는 대상체에서 염증성 장 질환에 대한 치료 요법에 대한 반응을 예측하기 위한 키트로서, 본 키트는,
(a) 다음으로 이루어진 군으로부터 선택되는 5개 이상, 예컨대, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 또는 그 이상의 바이오마커를 포함하는 바이오마커의 패널을 검출할 수 있는 단리된 프로브 세트: 재생성 패밀리 멤버 1 베타(REG1B), 지방산 결합 단백질 6(FABP6), 재생성 패밀리 멤버 1 알파(REG1A), 주요 조직적합성 복합체, 클래스 II, DQ 베타 1(HLA-DQB1), 주요 조직적합성 복합체, 클래스 II, DQ 알파 1(HLA-DQA1), 보체 인자 I(CFI), 세르핀 패밀리 A 멤버 1(SERPINA1), 인돌아민 2,3-다이옥시게나제 1(IDO1), 나트륨 채널 상피 1 베타 서브유닛(SCNN1B), 악성 뇌 종양에서의 결실 1(DMBT1), 사이토카인 신호전달 억제제 3(SOCS3), 구아닐레이트 결합 단백질 4(GBP4), C-X-C 모티프 케모카인 리간드 1(CXCL1), CXCL5, CXCL9, CXCL10, CXCL11, 이중 산화효소 2(DUOX2), 아포지질단백질 A1(APOA1), 탄산 탈수효소 4(CA4), 유비퀴틴 D(UBD), 구아닐레이트 결합 단백질 1(GBP1), 테트라트리코펩타이드 반복을 갖는 인터페론 유도 단백질 3(IFIT3), t-박스 3(TBX3), 트랜스글루타미나제 2(TGM2), 바닌 1(VNN1), 펩티다제 억제제 3(PI3), 보체 C3(C3), 사이토크롬 P450 패밀리 2 서브패밀리 B 멤버 7, 유사유전자(CYP2B7P), C-C 모티프 케모카인 리간드 20(CCL20), 리포칼린 2(LCN2), 주요 조직적합성 복합체, 클래스 II, DP 알파 1(HLA-DPA1), 라디칼 S-아데노실 메티오닌 도메인 포함 2(RSAD2), 이중 산화효소 성숙 인자 2(DUOXA2), 후각 수용체 패밀리 2 서브패밀리 A 멤버 7(OR2A7), 구아닐레이트 결합 단백질 5(GBP5), 트립토파닐-tRNA 합성효소(WARS), 클래스 II 주요 조직적합성 복합체 전사활성화인자(CIITA), Wnt 패밀리 멤버 5A(WNT5A), 상피 간질 상호 작용 1(EPSTI1), 혈청 아밀로이드 A2(SAA2), 혈청 아밀로이드 A1(SAA1), C-C 모티프 케모카인 리간드 28(CCL28), 올팩토메딘 4(OLFM4), PDZK1 상호작용 단백질 1(PDZK1IP1), 매트릭스 리모델링 관련 5(MXRA5), C-C 모티프 케모카인 리간드 2(CCL2), 주요 조직적합성 복합체, 클래스 II, DR 알파(HLA-DRA), C-형 렉틴 도메인 패밀리 2 멤버 D(CLEC2D), 인터페론 유도 막관통 단백질 1(IFITM), Spi-B 전사 인자(SPIB), CD74, 세포간 부착 분자 1(ICAM1), 포크헤드 연관 도메인을 갖는 TRAF 상호작용 단백질(TIFA), 염화물 채널 액세서리 1(CLCA1), 주요 조직적합성 복합체, 클래스 II, DO 알파(HLA-DOA), 막관통 단백질 173(TMEM173), 디펜신 베타 1(DEFB1), 카스파제 5(CASP5), 아포지질단백질 C1(APOC1), 섬유아세포 성장 인자 7(FGF7), CD274, 아넥신 A1(ANXA1), 시티딘/유리딘 모노포스페이트 키나제 2(CMPK2), 포스포리파제 A2 그룹 IIA(PLA2G2A), 세르핀 패밀리 A 멤버 3(SERPINA3), 주요 조직적합성 복합체, 클래스 II, DM 베타(HLA-DMB), 온코스타틴 M 수용체(OSMR), 막관통 단백질 119(TMEM119), 사이토카인 신호전달 억제제 1(SOCS1), 바닌 2(VNN2), BCH 도메인을 갖는 프룬 상동체 2(PRUNE2), C-X-C 모티프 케모카인 리간드 8(CXCL8), 티틴(TTN), 카르복시펩티다제 A2(CPA2), 마이크로RNA 146a(MIR146A), 골수 간질 세포 항원 2(BST2), Z-DNA 결합 단백질 1(ZBP1), 코핀 5(CPNE5), 세르핀 패밀리 G 멤버 1(SERPING1), 인터루킨 1 수용체 1형(IL1R1), 메탈로티오네인 1G(MT1G), 림포톡신 베타(LTB), 바이글라이칸(BGN), 인터페론 유도 단백질 44 유사(IFI44L), 주요 조직적합성 복합체, 클래스 II, DP 베타 1(HLA-DPB1), IgG 수용체 Ib의 Fc 단편(FCGR1B), 인터루킨 23 서브유닛 알파(IL23A), FYVE, RhoGEF 및 PH 도메인 포함 5(FGD5), 플라스미노겐 활성화제, 유로키나제(PLAU), 인터페론 유도 막관통 단백질 3(IFITM3), 인터루킨 18 결합 단백질(IL18BP), 데스모글레인 3(DSG3), 분비 및 막관통 1(SECTM1), 유비퀴틴 접합 효소 E2 L6(UBE2L6), 아넥신 A6(ANXA6), 탄수화물 설포트랜스퍼라제 2(CHST2), LY6/PLAUR 도메인 포함 1(LYPD1), EGF 유사 도메인을 갖는 심장 발달 단백질 1(HEG1), ISG15 유비퀴틴 유사 변형자(ISG15), 징크 핑거 CCCH-형 포함 12A(ZC3H12A), C-X-C 모티프 케모카인 리간드 6(CXCL6), 스타스민 3(STMN3), 징크 핑거 CCCH-형 포함 12C(ZC3H12C), cAMP-의존성 단백질 키나제 억제제 감마(PKIG), 인터루킨 13 수용체 서브유닛 알파 2(IL13RA2), 변연계 연관 막 단백질(LSAMP), STEAP4 금속환원효소(STEAP4), 폴리스타틴 유사 1(FSTL1), 세린 펩티다제 억제제, 카잘 1형(SPINK1), C-C 모티프 케모카인 리간드 22(CCL22), 호산구 과립 개체 발생 전사체(EGOT), 쌍-유사 호메오도메인 1(PITX1), 긴 유전자간 비-단백질 코딩 RNA 2099(LINCO2099), V 세트 및 면역글로불린 도메인 포함 1(VSIG1), 갈렉틴 2(LGALS2), C2 칼슘 의존성 도메인 포함 4A(C2CD4A), 구아닐레이트 결합 단백질 1 유사유전자 1(GBP1P1), TNF 수용체 수퍼패밀리 멤버 9(TNFRSF9), 매트릭스 메탈로펩티다제 10(MMP10), HtrA 세린 펩티다제 1(HTRA1), 켈치 도메인 포함 7B(KLHDC7B), 인터루킨 1 수용체 유사 1(IL1RL1), Rho GTPase 활성화 단백질 31(ARHGAP31), 히알루로난 및 프로테오글리칸 연결 단백질 3(HAPLN3), 용질 담체 패밀리 9 멤버 B2(SLC9B2), G 단백질 서브유닛 알파 15(GNA15), 베타 카테닌의 흐트러진 결합 길항제 2(DACT2), 플렉스트린 상동체 및 FYVE 도메인 포함 1(PLEKHF1), 골수 세포에 발현된 트리거링 수용체 1(TREM1), 인터루킨 1 알파(IL1A), TNFAIP3 상호작용 단백질 3(TNIP3), 카스파제 동원 도메인 패밀리 멤버 14(CARD14), LY6/PLAUR 도메인 포함 5(LYPD5), C-X3-C 모티프 케모카인 리간드 1(CX3CL1), 인터페론 감마(IFNG), 엔쿠린, TRPC 채널 상호작용 단백질(ENKUR), 종양 괴사 인자(TNF), 시냅스 소포 당단백질 2B(SV2B), 다이나민 3(DNM3), 뉴런 내비게이터 3(NAV3), 백혈구 면역글로불린 유사 수용체 A5(LILRA5), 크로모그라닌 A(CHGA), 징크 핑거 도메인에 인접한 브로모도메인 2B(BAZ2B), 뮤신 16, 세포 표면 관련(MUC16), 안드로겐 의존성 TFPI 조절 단백질(ADTRP), 긴 유전자간 비-단백질 코딩 RNA 1539(LINC01539), 미오신 중쇄 7(MYH7), 링 핑거 단백질 183(RNF183), 온코스타틴 M(OSM), 폰 빌레브란트 인자 A 도메인 포함 5B2(VWA5B2), 멜라토닌 수용체 1A(MTNR1A), 네불린(NEB), MAM 도메인 포함 글리코실포스파티딜이노시톨 앵커 1(MDGA1), 필라민 C(FLNC), 분비된 프리즐드 관련 단백질 4(SFRP4), G 단백질-결합 수용체 관련 분류 단백질 2(GPRASP2), 프롤린 풍부 19(PRR19), 신타필린(SNPH), 용질 운반체 패밀리 5 멤버 2(SLC5A2), 용질 운반체 패밀리 30 멤버 2(SLC30A2), TOB1 안티센스 RNA 1(TOB1-AS1), 매트릭스 메탈로펩티다제 25(MMP25), 매트릭스 메탈로펩티다제 7(MMP7), 스펙신 호르몬(SPX), 세르핀 패밀리 A 멤버 5(SERPINA5), 아라키도네이트 15-리폭시게나제 B형(ALOX115B), WSC 도메인 포함 2(WSCD2), CD7, 보체 성분 4 결합 단백질 알파(C4BPA), SH2 도메인 포함 1B(SH2D1B), Glu/Asp-풍부 카르복시-말단 도메인을 갖는 Cbp/p300 트랜스활성화제 4(CITED4), 콜로니 자극 인자 2(CSF2), 용질 운반체 패밀리 5 멤버 8(SLC5A8), Rho 패밀리 GTPase 1(RND1), Rh 형액형 CcEe 항원(RHCE), 도킹 단백질 5(DOK5), 사이토크롬 P450 패밀리 4 서브패밀리 Z 멤버 1(CYP4Z1), 레이린(LAYN), 케라틴 6A(KRT6A), 인터루킨 17C(IL17C), 칼륨 칼슘-활성화 채널 서브패밀리 N 멤버 2(KCNN2), 막관통 단백질 114(TMEM114), 하이드록시스테로이드 11-베타 탈수소효소 1(HSD11B1), 구아닐레이트 사이클라제 1 가용성 서브유닛 베타 2(유사유전자)(GUCY1B2), 5-하이드록시트립타민 수용체 3A(HTR3A), 섬유아세포 성장 인자 5(FGF5), 글루타메이트 이온성 수용체 NMDA형 서브유닛 3A(GRIN3A), 용질 운반체 패밀리 22 멤버 3(SLC22A3), SPOC 도메인 포함 1(SPOCD1), S100 칼슘 결합 단백질 A3(S100A3), CCM2 유사 스캐폴드 단백질(CCM2L), 나트륨 이뇨 펩타이드 수용체 1(NPR1), 일시적 수용체 전위 양이온 채널 서브패밀리 V 멤버 6(TRPV6), unc-13 상동체 A(UNC13A), 특성화되지 않은 LOC100506071, 코르딘(CHRD), 섬유아세포 성장 인자 17(FGF17), 칼륨 전압-개폐 채널 서브패밀리 E 조절 서브유닛 1(KCNE1), 용질 운반체 패밀리 8 멤버 A3(SLC8A3), 쌍을 이룬 관련 호메오박스 2(PRRX2), 사이토크롬 P450 패밀리 2 서브패밀리 A 멤버 6(CYP2A6), 인테그린 서브유닛 베타 1 결합 단백질 2(ITGBBP2), 인터루킨 22(IL22), 확장된 시냅토태그민 3(ESYT3), 뉴런 펜트락신 1(NPTX1), 세메노겔린 1(SEMG1), 프로-혈소판 기초 단백질(PPBP), 류신 풍부 반복 막관통 뉴런성 1(LRRTM1), 인터루킨 36 베타(IL36B), 림프구 항원 6 패밀리 멤버 K(LY6K), 사이토크롬 P450 패밀리 2 서브패밀리 A 멤버 7(CYP2A7), SH3 및 다중 안키린 반복 도메인 1(SHANK1), ALK 수용체 티로신 키나제(ALK), G 단백질-결합 수용체 37(GPR37), 세르핀 패밀리 B 멤버 4(SERPINB4), 사이토크롬 P450 패밀리 4 서브패밀리 X 멤버 1(CYP4X1), 긴 유전자간 비-단백질 코딩 RNA 471(LINC00471), 세르핀 패밀리 B 멤버 7(SERPINB7), 류신 풍부 반복 포함 63(LRRC63), NCCRP1, HIST3H2BB, LUCAT1, LGALS17A, IL17REL, TAS2R31, MT1A, LINC01353, NCF4-AS1, LOC101930114, LOC645166, RPLP0P2, MS4A18, LOC730183, ALPPL2, DRGX, RMRP, ECEL1P2, 및 RARRES3; 및
(b) 사용 설명서를 포함한다.
실시 형태 15는 실시 형태 14의 키트이며, 여기서 바이오마커의 패널을 검출할 수 있는 단리된 프로브 세트는 다음으로 이루어진 군으로부터 선택되는 5개 이상의 바이오마커를 포함한다: 인터루킨 13 수용체 서브유닛 알파 2(IL13RA2), 인터루킨 1 수용체 1형(IL1R1), 칼륨 칼슘-활성화 채널 서브패밀리 N 멤버 2(KCNN2), 케라틴 6A(KRT6A), LY6/PLAUR 도메인 포함 1(LYPD1), LY6/PLAUR 도메인 포함 5(LYPD5), 매트릭스 메탈로펩티다제 10(MMP10), 뉴런 내비게이터 3(NAV3), 산화질소 합성효소 2(NOS2), 올팩토메딘 4(OLFM4), 온코스타틴 M 수용체(OSMR), PDZK1 상호작용 단백질 1(PDZK1IP1), 포스포리파제 A2 그룹 IIA(PLA2G2A), 플렉스트린 상동체 및 FYVE 도메인 포함 1(PLEKHF1), BCH 도메인을 갖는 프룬 상동체 2(PRUNE2), 재생성 패밀리 멤버 1 알파(REG1A), 재생성 패밀리 멤버 1 베타(REG1B), 세르핀 패밀리 A 멤버 1(SERPINA1), 세르핀 패밀리 A 멤버 3(SERPINA3), 용질 운반체 패밀리 5 멤버 8(SLC5A8), 용질 담체 패밀리 9 멤버 B2(SLC9B2), 사이토카인 신호전달 억제제 3(SOCS3), STEAP4 금속환원효소(STEAP4), 스타스민 3(STMN3), 트랜스글루타미나제 2(TGM2), 포크헤드 연관 도메인을 갖는 TRAF 상호작용 단백질(TIFA), 막관통 단백질 173(TMEM173), TNFAIP3 상호작용 단백질 3(TNIP3), 일시적 수용체 전위 양이온 채널 서브패밀리 V 멤버 6(TRPV6), 및 Wnt 패밀리 멤버 5A(WNT5A).
실시 형태 16은 실시 형태 14의 키트이며, 여기서 바이오마커의 패널을 검출할 수 있는 단리된 프로브 세트는 다음으로 이루어진 군으로부터 선택되는 5개 이상의 바이오마커를 포함한다: ALK 수용체 티로신 키나제(ALK), 아포지질단백질 C1(APOC1), 징크 핑거 도메인에 인접한 브로모도메인 2B(BAZ2B), 바이글라이칸(BGN), CCM2 유사 스캐폴드 단백질(CCM2L), 사이토크롬 P450 패밀리 2 서브패밀리 A 멤버 6(CYP2A6), 도킹 단백질 5(DOK5), IgG 수용체 Ib의 Fc 단편(FCGR1B), FYVE, RhoGEF 및 PH 도메인 포함 5(FGD5), 섬유아세포 성장 인자 17(FGF17), 섬유아세포 성장 인자 5(FGF5), 섬유아세포 성장 인자 7(FGF7), G 단백질-결합 수용체 관련 분류 단백질 2(GPRASP2), 구아닐레이트 사이클라제 1 가용성 서브유닛 베타 2(유사유전자)(GUCY1B2), 히스톤 H2B형 3-B(HIST3H2BB), 하이드록시스테로이드 11-베타 탈수소효소 1(HSD11B1), 인터페론 감마(IFNG), 인터루킨 22(IL22), 인테그린 서브유닛 베타 1 결합 단백질 2(ITGB1BP2), 백혈구 면역글로불린 유사 수용체 A5(LILRA5), 긴 유전자간 비-단백질 코딩 RNA 471(LINC00471), LINC01353, 긴 유전자간 비-단백질 코딩 RNA 1539(LINC01539), 긴 유전자간 비-단백질 코딩 RNA 2099(LINC02099), 특성화되지 않은 LOC100506071, LOC101930114, LOC645166, LOC730183, 류신 풍부 반복 포함 63(LRRC63), 변연계 연관 막 단백질(LSAMP), 림프구 항원 6 패밀리 멤버 K(LYK6), 메탈로티오네인 1A(MTA1), NCF4 안티센스 RNA 1(NCF4-AS1), 후각 수용체 패밀리 2 서브패밀리 A 멤버 7(OR2A7), 프롤린 풍부 19(PRR19), Rh 형액형 CcEe 항원(RHCE), 미토콘드리아 RNA 처리 엔도리보뉴클레아제의 RNA 구성 요소(RMRP), 리보솜 단백질 측면 줄기 서브유닛 P0 유사유전자 2(RPLP0P2), S100 칼슘 결합 단백질 A3(S100A3), 세르핀 패밀리 B 멤버 4(SERPINB4), 분비된 프리즐드 관련 단백질 4(SFRP4), SH3 및 다중 안키린 반복 도메인 1(SHANK1), 용질 운반체 패밀리 22 멤버 3(SLC22A3), 용질 운반체 패밀리 8 멤버 A3(SLC8A3), 미각 수용체 2형 멤버 31(TAS2R31), T-박스 3(TBX3), 막관통 단백질 114(TMEM114), TOB1 안티센스 RNA 1(TOB1-AS1), 폰 빌레브란트 인자 A 도메인 포함 5B2(VWA5B2), 및 WSC 도메인 포함 2(WSCD2).
실시 형태 17은 실시 형태 14의 키트이며, 여기서 바이오마커의 패널을 검출할 수 있는 단리된 프로브 세트는 트랜스글루타미나제 2(TGM2), 포크헤드 연관 도메인을 갖는 TRAF 상호작용 단백질(TIFA), 탄산 탈수효소 4(CA4), 2'-5'-올리고아데닐레이트 합성효소 2(OAS2), 섬유아세포 성장 인자 17(FGF17), 트립토파닐-tRNA 합성효소(WARS), CD274 분자(CD274), 시냅스 소포 당단백질 2B(SV2B), 디펜신 베타 1(DEFB1), 아넥신 A1(ANXA1), 인터페론 유도 단백질 44 유사(IFI44L), 인터루킨 13 수용체 서브유닛 알파 2(IL13RA2), 유비퀴틴 D(UBD), 및 LY6/PLAUR 도메인 포함 5(LYPD5)의 바이오마커를 포함한다.
실시 형태 18은 실시 형태 14 내지 17 중 어느 하나의 키트이며, 여기서 염증성 장 질환은 궤양성 결장염 또는 크론병으로부터 선택된다.
실시예
물질 및 방법
인간 LPMC 단리: 내시경적으로 활동성인 질환(메이요 내시경 하위점수≥2)을 갖는 UC 환자(n=5)로부터 결장 점막 생검을 얻었다. 이전에 공개된 비-분해 "워크 아웃(walk out)"방법을 사용하여 LPMC를 단리하였다(문헌 [Di Marco Barros et al., 2016, Cell 167, 203-218]). 간단히, 9 mm x 9 mm x 1.5 mm 셀폼 매트릭스(Cytomatrix PTY Ltd; 호주 빅토리아 소재)를 오토클레이브하고 PBS 중의 100 μg/mL 래트 테일 콜라겐 I(BD Biosciences; 미국 캘리포니아주 산 호세 소재)에서 37℃에서 30분 동안 인큐베이션하고 PBS로 2회 세척하였다. 생검을 5 mL 세척 배지(RPMI 1640 10% FCS, β-머캅토에탄올, 페니실린 (500U/ml), 스트렙토마이신 (500 mg/ml), 메트로니다졸 (5 mg/ml), 겐타마이신 (100 mg/ml, 시그마-알드리치) 및 암포테리신 12.5 mg/ml (Thermo Fisher Scientific; 미국 매사추세츠주 월섬 소재)에서 20분 동안 세척하였다. 하나의 내시경 생검을 각각의 매트릭스의 상부에 배치한 다음 이를 뒤집어 생검을 매트릭스 내로 으깨기 위해 압력을 가했다. 매트릭스를 24-웰 플레이트에 넣고(웰당 1개) 2mL RPMI 1640(10% FCS, β-머캅토에탄올, 페니실린(100U/ml), 스트렙토마이신(100 mg/ml), 메트로니다졸(1 mg/ml), 겐타마이신(20 mg/ml), 암포테리신(2.5 mg/ml)으로 보충됨) 및 IL-2(100U/mL, Novartis Pharmaceutical UK; 영국 런던 소재)로 덮었다. 세포를 수거하고 잔류 생검 및 빈 웰을 PBS 0.02 mM HEPES로 세척하였다. 세포 현탁액을 70 mm 나일론 세포 여과기(cell strainer)에 통과시키고, 400 g에서 5분 동안 원심분리하였다.
LPMC 단리 후, 헤모크로모사이토미터(hemochromocytometer)를 사용하여 세포 수를 측정하고, 200,000개의 세포를 공급이 소진될 때까지 96 웰 둥근 바닥 플레이트의 각각의 웰에 두었다. IL23(10ng/ml Biolegend; 캘리포니아주 샌디에고 소재)을 포함하거나 포함하지 않는 완전 배지를 각각의 웰에 총 200μl의 부피로 첨가하고 37℃, 5% CO2에서 4시간 동안 인큐베이션하였다. 이어서, 동일한 조건에서 처리된 웰로부터의 세포를 1.5 ml RNAse 무함유 에펜도르프(Eppendorf)에 합쳤다. 에펜도르프를 1200 g에서 5분 동안 원심분리하고, 상청액을 제거한 다음, 800 μl Qiazol(Qiagen, 독일 소재)을 첨가하고 바늘과 주사기를 사용하여 기계적으로 균질화하였다.
인간 및 마우스 콜로노이드: 인간 결장 선와는 IBD 진단 없이 복부 증상을 고려하여 정기적인 대장 내시경 검사를 받은 과거 병력이나 정기적인 약물 치료가 없고 염증의 육안 또는 현미경적 증거가 없는 4명의 성인 개체(평균 연령: 48, 범위 [33,67], 여성:2)로부터 채취한 일련의 결장 생검(x2 상행 결장, x2 횡행, x2 하행, x2 직장 S자)으로부터 단리되었다. 모든 환자는 사전 동의(NRES/IRAS id:15/LO/1998)를 제공하였다. Sato 등에 의해 이전에 기재된 바와 같이 인간 콜로노이드의 후속 확립을 수행하였다(48). 선와는 다음을 함유하는 성장 배지에서 배양되었다: 고급 둘베코 변형 이글 배지/F12, 페니실린/ 스트렙토마이신 (100 단위/mL), 10 mM HEPES, 2 mM Glutamax, 보충제 N2 (1x) 및 B27 (1x), 50 ng/mL 마우스 표피 성장 인자(모두 Life Technologies로부터 입수; 미국 캘리포니아주 칼스배드 소재), 1 mM N-아세틸시스테인(Sigma-Aldrich; 미국 미주리주 세인트 루이스 소재), 50% v/v Wnt3a 조정 배지, 10% v/v R-스폰딘-1 조정 배지, 100 ng/mL 뮤린 재조합 노긴 단백질(Peprotech; 미국 뉴저지주 록시 힐 소재), 10 nM 가스트린(Sigma-Aldrich), 500 nM A83-01 (Bio-techne; 미국 미네소타주 미니애폴리스 소재), 10 μM SB202190(Sigma-Aldrich) 및 10 mM 니코틴아미드(Sigma-Aldrich). 10 μM Y-27632(Sigma-Aldrich)를 초기 3일 동안 배양 배지에 첨가하였다. 배지를 2일마다 교체하였다. Wnt3a를 15% v/v로 감소시키고 5 내지 7일 동안 SB202190 및 니코틴아미드를 중단함으로써 인간 콜로노이드에서 성숙한 상피로의 분화가 달성되었다. 분화 배지에서 마지막 24시간 동안, 인간 콜로노이드를 인간 재조합 IL22(10ng/mL), IL17A(50ng/mL), TNFα(10ng/mL), IFNγ(20ng/mL), IL13(10 ng/mL) 및 IL22(10ng/mL)/IL17A(50ng/mL) 조합으로 처리하였다.
마우스 콜로노이드를 가스트린 SB202190, 니코틴아미드, A83-01이 없고 3 μM CHIR99021(Cambridge Biosciences; Cambridge, 영국 소재)를 첨가한 상기와 동일한 배지에서 배양하였다. 이를 구별하기 위해, Wnt3a를 3일 동안 중단하였다. 분화 배지에서 마지막 24시간 동안 마우스 콜로노이드를 마우스 재조합 IL22(10 ng/mL) 및 IL17A(50 ng/mL)로 처리하였다.
차세대 서열분석 및 분석:
RNA 추출: 콜로노이드 및 LPMC를 유사한 방식으로 처리하였다. 세포를 용해시키고 RNAeasy 키트(Qiagen; 독일 힐덴 소재)를 사용하여 RNA를 추출하였다. 이 단계는 DNA의 제거의 유효성(Qubit dsDNA HS 검정 키트) 대 RNA 양의 손실(Qubit RNA BR 검정 키트)의 균형을 맞추는데 최적화되었다. 최적의 DNAse I 농도는 x5 표준 농도로 결정되었다. 이어서, Revertaid cDNA 합성 키트(ThermoFisher)를 사용하여 500 ng의 cDNA를 생성하고 6.25ng/μl의 농도로 희석하였다. 수확된 콜로노이드를 Qiazol에 넣은 후, 제조사의 지침에 따라 RNAeasy 키트(Qiagen)로 RNA를 추출하였다. Revertaid cDNA 합성 키트(ThermoFisher)를 사용하여 cDNA를 생성하였다. 생체분석기 분석은 콜로노이드 및 전체 생검으로부터 추출된 RNA에 대한 탁월한 품질을 나타내었다(RIN 점수 >9).
라이브러리 준비 및 서열분석: 샘플당 총 3 μg RNA가 RNA 샘플 제조를 위한 입력 물질로서 사용되었다. 제조사의 권장 사항에 따라 IlluminaR(NEB, 미국 매사추세츠주 입스위치 소재)용 NEBNextR UltraTM RNA 라이브러리 준비 키트를 사용하여 서열분석 라이브러리를 생성하였고 인덱스 코드를 각 샘플의 속성 서열에 추가하였다. 간략하게, 폴리-T 올리고-부착된 자기 비드를 사용하여 총 RNA로부터 mRNA를 정제하였다. NEBNex 제1 가닥 합성 반응 완충액(5X)에서 승온 하에서 2가 양이온을 사용하여 단편화를 수행하였다. 무작위 헥사머 프라이머 및 M-MuLV 역전사효소(RNase H-)를 사용하여 제1 가닥 cDNA를 합성하였다. 이어서, DNA 폴리머라제 I 및 RNase H를 사용하여 제2 가닥 cDNA 합성을 수행하였다. 나머지 오버행을 엑소뉴클레아제/폴리머라제 활성을 통해 블런트 말단으로 전환시켰다. DNA 단편의 3' 말단의 아데닐화한 후, 헤어핀 루프 구조를 갖는 NEBNext 어댑터를 라이게이션하여 혼성화를 준비하였다. 우선적으로 150 내지 200 bp 길이의 cDNA 단편을 선택하기 위해, 라이브러리 단편을 AMPure XP 시스템(Beckman Coulter, 미국 캘리포니아 브레아 소재)으로 정제하였다. 이어서, 3 μl USER 효소(NEB)를 크기-선택된 어댑터-라이게이션된 cDNA와 함께 37℃에서 15분 동안 사용한 후, PCR 전에 95℃에서 5분 동안 사용하였다. 이어서, Phusion High-Fidelity DNA 폴리머라제, 유니버셜 PCR 프라이머 및 인덱스 (X) 프라이머로 PCR을 수행하였다. 마지막으로, PCR 산물을 정제하고(AMPure XP 시스템), Agilent Bioanalyzer 2100 시스템에서 라이브러리 품질을 평가하였다. 인덱스-코딩된 샘플의 클러스터링은 제조사의 지침에 따라 HiSeq PE Cluster 키트 cBot-HS (Illumina; 미국 캘리포니아주 샌디에고 소재)를 사용하여 cBot Cluster Generation 시스템에서 수행되었다. 클러스터 생성 후, 페어링된-말단 라이브러리를 Illumina HiSeq 플랫폼 상에서 서열분석하였다.
유전자 발현 정량화 및 차등 발현 분석: Fastq 파일을 먼저 하우스 Perl 스크립트로 처리하여 어댑터 오염을 갖는 판독물, 또는 불확실한 염기 (N)의 적어도 10%, 또는 Phred 품질 점수가 20 미만인 뉴클레오티드의 최소 50%를 폐기하였다. 판독 쌍을 TopHat v2.0.12를 사용하여 인간 게놈(GRCh37/hg19)에 정렬하였다(49). HTSeq v0.6.1을 사용하여 각각의 유전자에 고유하게 그리고 일치하게 맵핑된 판독 쌍을 계수하였다(50). 모든 샘플에 걸쳐 낮은 발현 수준을 갖는 유전자에 대해 원시 카운트 매트릭스를 스크리닝한 다음(즉, 평균 카운트 3 미만임), 판독 쌍의 평균 수가 3 미만인 경우 Anders 등이 제안한 전략에 따라 정규화하여 필터링하였다(50).
차별적으로 발현된 유전자(DEG)는 R(53) 및 Stan(54)에서 구현된 다양한 절편 계층적 모델링 접근법(51 내지 53)을 통해 확인되었다. 유전자 카운트는 사이토카인 처리에 의존하는 음이항 변수뿐만 아니라, 동일한 기증자의 반복 측정과 PCA 및 계층적 클러스터링에 의해 감지된 추가 샘플 유사성을 설명하는 공변량으로 모델링되었다. 추정된 통계 모델의 품질은 복제된 데이터세트를 실제 데이터와 비교하는 사후 예측 시뮬레이션을 통해 평가되었다. 출력 p-값은 Benjamini 및 Hochberg 방법을 사용한 다중 테스트에 대해 보정되었다(55). DEG 목록의 경로 분석은 Ingenuity Pathway Analysis(IPA, Qiagen)를 사용하여 수행되었다(22).
유전자 세트 변이 분석: 사이토카인 조절된 전사 프로그램 각각의 활성화를 테스트하기 위해, 본 발명자들은 유전자 세트 변이 분석(GSVA)(56)을 사용하여 이전에 재배치된 데이터 세트와 우스테키누맙 및 골리무맙 시험 프로그램의 맥락에서 생성된 데이터 세트의 전체 전사 프로파일을 조사하였다.
UNIFI 시험 프로그램: UNIFI 시험은 우스테키누맙(NCT02407236)의 효능 및 안전성을 평가하는 무작위 배정된 위약-대조군 3상 임상 시험으로 이미 보고된 바 있다(43). 이 연구에서, 최초로, UNIFI 코호트에서 이용가능한 임상, 내시경 및 바이오마커 데이터와 상관관계가 있는 생검으로부터의 전사 데이터가 보고되었다. 결장 생검은 환자의 서브세트에서 치료를 시작한 후 정의된 시점에 샘플링되었으며 즉시 RNALater(Qiagen)로 옮겨져 RNA 추출 전에 -80℃에 저장되었다. 전체 게놈 전사체학은 Affymetrix HG U133 PM 어레이에서 수행되었다. 임상 데이터는 시험 프로토콜에 따라 전향적으로 기록되었다. 보고된 결과는 다음과 같다: 주수 8에 임상적 관해(총 메이요 점수가 2 이하이고 1 초과의 하위 점수 없는 경우로 정의됨) 및 깊은 관해[조직학적 개선(선와의 5% 미만에서 호중구 침윤이 있고, 선와 파괴가 없으며, 미란, 궤양 또는 육아 조직이 없음으로 정의됨)과 내시경 개선이 모두 필요함]. 제시된 분석은 용량(130 mg 및 6 mg/kg)에 관계없이 우스테키누맙을 투여받는 모든 환자를 기반으로 한다.
생체내 치료: 중화 항-IL-22 mAb(클론 IL22-01) 및 재조합 IL-22(rIL-22)가 Pfizer에 의해 개발되고 제공되었다. 200 μg의 IL22-01(마우스 당)을 3 내지 4일마다 i.p. 투여하였다. 100 μg의 rIL-22(마우스당)를 일수 0, 4, 8 및 12에 i.p. 투여하였고, 일수 14에 마우스를 도살하였다. 항-CXCR2(클론 242216, R&D Systems)를 마우스당 100 μg의 용량으로 일수 0, 3, 7, 10 및 14에 i.p. 투여하였고 일수 15에 마우스를 도살하였다.
결장 LP 백혈구(cLPMC) 단리: 마우스를 경추 탈구 또는 이산화탄소 가스의 농도 증가로 안락사시킨 후, 무균 조건 하에서 층류 캐비닛에서 해부하였다. 결장을 세로 방향으로 열고 빙냉 PBS로 철저히 세척한 후 1 내지 2mm 조각으로 절단하고 HBSS(Gibco; 미국 메릴랜드주 가이더스버그 소재) 중의 5 mM EDTA, 1 mM Hepes 10 ml로, 진탕 수조(300rpm)에서 37oC에서 20분 동안 세척하였다. 이어서, 조직을 10초 동안 격렬하게 볼텍싱하고 100μM 세포 여과기를 통과시킨 후, 10% 소 태아 혈청, 0.25mg/ml 콜라게나제 D(Roche; 스위스 바젤 소재), 1.5mg/ml 디스파제 II(Roche) 및 0.01 ㎍/ml DNase(Roche)를 함유하는 완전 RPMI(Gibco) 중에서 C튜브(Miltenyi; 독일 베르기쉬 글래드바흐 소재)에 수집하고 진탕 수조(300rpm)에서 37oC에서 40분 동안 두었다. 40분 인큐베이션 전 후에 C-튜브를 30초 동안 격렬하게 진탕하였다. 이어서, 용액을 100 μM 세포 여과기에 통과시키고, 빙냉 PBS로 세척하였다. 세포를 40:80 Percoll(GE Headcater; 미국 일리노이주 시카고 소재) 구배의 40% 분획 10ml에 재현탁시키고 15ml 튜브에 있는 80% 분획 5ml의 상부에 조심스럽게 놓았다. 중단 없이 실온에서 2600rpm으로 20분간 원심분리하여 Percoll 구배 분리를 수행하였다. LP 세포를 구배의 중간층(interphase)으로부터 수집하고 빙냉 PBS로 세척하였다. 세포를 1 ml PBS에 재현탁하고, 계수한 후, 즉시 추가 실험에 사용하였다.
세포 배양: TRUC 또는 TRUCIl22-/- 마우스의 결장에서 단리된, 분류된 NCR-ILC3을, 달리 명시하지 않는 한, 10 ng/ml IL-23 및 10 ng/ml IL-1β의 존재 또는 부재 하에 10% FCS를 함유하는 완전 RPMI(Gibco)에서 24시간 동안 배양하였다. 공-배양 실험의 경우, TRUC 또는 TRUCIl22-/- 마우스의 결장으로부터 단리된 NCR- ILC3을 콜로노이드와 함께 공-배양되기 전에 20ng/ml IL-2, 50ng/ml IL-7, 10ng/ml IL-23 및 10ng/ml IL-1β로 48시간 동안 활성화하였다.
유전자 발현 분석: 전체 조직 결장 단편 또는 분류된 세포를 1 ml TRIscore(Bioline)에 용해시키고 추가 처리가 진행될 때까지 -80oC에서 보관하였다. 샘플을 RT에서 해동되도록 방치하고 10초 동안 볼텍스로 균질화하였다. RNA를 추출하기 위해, 200 μl의 클로로포름을 각각의 샘플에 첨가한 후 10초 동안 볼텍싱하고 RT에서 15분 동안 인큐베이션하였다. 샘플을 4oC에서 15분 동안 최대 속도로 원심분리하고 투명한 S/N 상(RNA 포함)을 새로운 1.5ml 에펜도르프 튜브로 옮긴 다음 동일한 부피의 이소프로판올과 혼합하였다. 샘플을 볼텍싱하고, 10분 동안 Rt에서 방치한 후, 4oC에서 최대 속도로 8분 동안 원심분리하였다. RNA 펠렛을 0.5ml의 75% EtOH로 헹구고 RT에서 공기-건조되도록 두었다. 펠릿 크기에 따라; RNA를 10 내지 100 μl의 RNase/DNase 무함유 H2O에 용해시키고 추가 분석을 기다리는 동안 -80oC에서 보관하였다. 각각의 샘플에서 RNA의 농도를 NanoDrop을 사용하여 측정하였다. RNA가 항상 4 μg 미만인 RNA 샘플 11μl(동일한 실험의 모든 샘플에는 항상 동일한 양의 RNA가 포함되어 있음)를 1μl 올리고 dT와 혼합하고 65oC에서 5분 동안 인큐베이션하였다. 인큐베이션의 종료 시에, RNA 샘플을 5x 완충액 4μl, 20U/μl의 RNase 억제제 (RI) 1μl, dNTP 2μl 및 역전사효소(RT) 1μl를 함유하는 역전사 믹스 8μl와 혼합하였다. 이어서, RNA 샘플을 42oC 에서 1시간 동안 인큐베이션한 후 65oC에서 5분간, 그 다음에는 계속 4oC에서 배양함으로써 역전사를 달성하였다. cDNA 샘플(20μl)을 추가 사용 전까지 -20oC에서 보관하였다. LightCycler 480(Roche)에서 QuantiTect 프라이머(Qiagen) 및 Quantitect SybrGreen MasterMix(Qiagen)를 사용하여 정량적 PCR을 수행하였다. 샘플을 3회 분석하고 하우스키핑 유전자 베타-2-마이크로글로불린(B2M)에 대해 정규화한 후 mRNA의 상대적 발현을 결정하였다.
마이크로어레이 분석: 상기에 언급된 바와 같이, TRISEZ(Bioline)를 사용하여, 분류된 세포로부터의 또는 결장 조직 단편(원위 영역)으로부터의 RNA를 추출하였다. 제조사의 프로토콜에 따라 RNase-무함유 DNase 세트(Qiagen)로 오염된 DNA를 제거하였다. 제조사의 프로토콜에 따라 Ovation PicoSL WTA 시스템 V2(Nugen; 미국 캘리포니아주 레드우드 시티 소재)를 사용하여 cDNA를 합성하고 제조사의 프로토콜에 따라 Encore BiotinIL 모듈(Nugen)을 사용하여 표지하였다. 제조사의 프로토콜에 따라 Agilent RNA 6000 나노 키트 또는 Agilent RNA 6000 피코 키트(RNA 양에 따라 다름)(Agilent Technologies; 미국 캘리포니아주 산타 클라라 소재)를 사용하여 RNA 및 cDNA의 양과 품질을 평가하였다. 표지된 cDNA를 MouseWG-6 v2.0 발현 BeadChip(Illumina; 미국 캘리포니아주 산 호세 소재) 상에 혼성화하였다.
통계 분석: 모든 그래프는 GraphPad Prism 8 소프트웨어를 사용하여 생성 및 분석되었다. 달리 언급되지 않는 한, 데이터는 평균 또는 SD를 갖는 평균을 나타낸다. 달리 언급되지 않는 한, 통계학적 분석은 비-모수 만-휘트니 테스트 또는 일원 ANOVA를 사용하여 수행되었다. 달리 언급되지 않는 한, 통계학적 유의성은 p 값이 0.05 미만인 경우 *, p 값이 0.01 미만인 경우 **, p 값이 0.001 미만인 경우 ***를 사용하여 표시되었다.
윤리적 승인: 모든 환자 및 건강한 대조군은 샘플 수집 전에 지정된 동의를 제공하였다. 이 연구에 대한 윤리적 승인은 가이스 앤 성 토마스 NHS 재단 신탁 연구 개발 부서(Guy's and St Thomas' NHS Foundation Trust Research and Development department) 및 국립연구윤리서비스(National Research Ethics Service, REC id: 15/LO/1998)에 의해 승인되었다.
실시예 1: IL23 및 IL22 반응성 전사 네트워크는 궤양성 결장염(UC)에서 우스테키누맙에 대한 반응을 예측한다.
UC 환자의 결장에서 IL23에 의해 조절되는 분자 경로를 조사하기 위해, 활동성 UC를 갖는 환자의 결장으로부터 고유판 단핵 세포(LPMC)를 단리하였다. LPMC를 재조합 IL23으로 처리하고, IL23-반응성 전사체를 고처리량(high throughput) 차세대 mRNA-서열분석(RNA-seq)을 사용하여 맵핑하였다(도 1a). 하류 효과기 반응보다는 IL23에 의해 개시된 초기 전사 변화를 포착하기 위해, IL23 노출의 단지 4시간 후에 LPMC를 수확하였다. IL23에 대한 상대적으로 제한된 노출 시간으로 유지하는 경우, 차등 발현된 유전자(DEG)의 배수 변화 차이는 미미하였다; 그러나, IL23은 사이토카인, 케모카인, 성장 인자, 막관통 수용체, 전사 인자, 이온 채널 및 효소를 인코딩하는 222개 전사체(112개 상향 조절됨 및 110개 하향 조절됨, P<0.01에서 필터링됨)의 차등 발현을 유도하였다(도 1b). 특히, 전체 전사체에 걸쳐, IL22는 가장 유의하게 상향 조절된 유전자 중에 하나였으며(배수 변화 = 1.69, P=3x10-12), 이는 실시간 PCR로 검증된 발견이다(도 2). 통계적 유의성(FDR<0.01)을 갖는 다른 상향 조절된 전사체는 IFNG(배수 변화: 1.77, P=4x10-14) 및 GZMB(배수 변화: 1.40, P=3x10-6)를 포함하였다. Th17/ILC3 반응에 관여하는 전사체의 증가된 발현도 유의하게 상향 조절되었으며, 이는 L17A(배수 변화: 1.24, P=7x10-3), IL17F(배수 변화: 1.70, P=2x10-4) 및 TNFRSF8(배수 변화: 1.41, P=5x10-6)를 포함한다(도 1b). IL23은 또한 면역조절 분자 및 막관통 수용체(CTLA4, TNFRSF8, SOCS3), 성장 인자(특히 FGF 패밀리 멤버), 전사 조절 인자(BATF, TBX3, HOXA5) 및 이온 채널의 발현을 조절하였으며, 이들 중 다수는 하향 조절되었다(CLCA4, TRPC3, CACNA1F).
주로 면역 세포를 표적으로 하는 IL23과 달리, IL22는 선택적으로 장 상피를 선택적으로 표적으로 한다. 따라서, IL22에 의해 조절되는 분자 경로를 조사하기 위해, 인간 미니-장 결장 상피 오르가노이드 시스템을 생성하였다. 결장 오르가노이드를 인간 재조합 IL22 유무에 관계없이 처리하고, IL22-반응성 전사체를 RNA-seq로 맵핑하였다. IL22는 1251개 전사체의 차등 발현을 유도하였다(상향 조절됨: 579개, 하향 조절됨: 672개, FDR<0.01). 유의하게 상향 조절된 전사체는 항균 펩타이드(REG1A, REG1B), 뮤신(MUC1, MUC4, MUC12), 케모카인(CXCL1, CXCL2, CXCL5, CXCL8), 사이토카인(TNF, IL1, IL18, IL33), 카스파제 패밀리 멤버(CASP1, CASP4, CASP5, CASP10), 매트릭스 메탈로프로테이나제(MMP1,MMP7, MMP10), 반응성 산소종 생성에 관여하는 효소(DUOXA2, NOS2,SOD2), 및 면역조절 분자, 예컨대 SOCS1, SOCS2, SOCS3 및 IDO를 암호화하였다.
다음으로, IL23/IL22 축에 의해 조절되는 코어 전사체가 UC 환자의 질병 조직에서 차별적으로 발현되는지 여부를 결정하였다. 유전자 세트 변이 분석(GSVA)은 전체 전사 프로그램이 복잡하고 이질적인 샘플이 풍부한지 여부를 테스트하는 알고리즘이다. IL23 또는 IL22에 의해 유도된 가장 고도로 상향 조절된 차별적으로 발현된 상위 50개 유전자를 사용하여, 이들 사이토카인의 "전사 발자국"이 UC에서 풍부한지 여부를 평가하였다. 인간 IL-12 및 IL-23 사이토카인이 공유하는 p40 서브유닛을 차단하는 단일클론 항체 (mAb)인 우스테키누맙의 효능을 평가하는 무작위 배정, 위약 대조 시험인 UNIFI 제3상 임상 시험에 등록된 중등도 내지 중증 UC를 갖는 환자 (n=550)의 S자 결장으로부터 결장 생검을 내시경을 통해 획득하였다. 분석은 IL23(P<0.0001, 도 3a) 또는 IL22(P<0.0001, 도 3b)에 의해 조절되는 전사 프로그램이 둘 다 비-IBD 대조군 대상체와 비교하여 UC에서 상당히 풍부하다는 것을 입증하였다. 이러한 결과는 전사체 데이터가 공개적으로 접근가능한 저장소에서 이용가능한 UC 환자의 2개의 추가적인 독립적인 코호트에서 반복되었다(GSE50971 및 GSE16879, 도 4a). 주성분 분석은 IL22 반응성 전사체의 발현이 활동성 UC를 갖는 환자를 정지성 UC를 갖는 환자 및 대조군 대상체로부터 구별할 수 있음을 입증하였다(도 4b). IL23이 IL22의 중요한 동인이라는 사실과 일관되게 결장 생검에서 IL23과 IL22의 농축 점수 사이에는 유의한 상관관계가 있었다.
IL23 및 IL22 반응성 전사 프로그램은 UC 환자에서 집단 수준에서 농축되었지만, 농축의 크기에는 상당한 변화가 있었다. 이러한 변화가 질환 중증도의 차이에 의해 유발될 가능성은 낮기 때문에(UNIFI 시험 프로그램에 참여한 모든 환자는 중등도 내지 중증의 UC를 앓고 있었으며 메이요 내시경 검사 하위 점수는 2 또는 3이었음), 이러한 분자 이질성이 기저 질환 면역생물학에서 중요한 차이를 나타낼 가능성이 고려되었다. IL23/IL22 반응성 전사체 농축의 크기에 따른 UC 환자의 분자 계층화가 생물학적 및/또는 임상적으로 의미가 있다면, 농축 정도가 상이한 UC 환자는 상이한 결과를 경험하고 상이한 궤적을 따를 것이라고 추론된다. 이 가설을 테스트하기 위해, (우스테키누맙으로 개시 직전에 샘플링된 결장 생검에서) UNIFI 시험 프로그램의 환자를 IL23 또는 IL22 농축 점수에 따라 계층화하고, 분자 표현형의 이러한 차이가 치료 반응에 영향을 미치는지 여부를 평가하였다. 사이토카인 둘 모두에 대한 결장 조직에서의 농축 점수는 우스테키누맙 유도 요법(130mg 및 6mg/kg 용량의 환자 포함)에 대한 반응자와 비반응자를 구별할 수 있지만, IL22-반응 전사 프로그램은 특히 구별되었다(도 3d 내지 도 3f 및 도 5a 내지 도 5d). 놀랍게도, 계층화되지 않은 환자와 비교하여, IL22 농축 점수가 낮은(ES<0) 환자의 관해율은 임상적 관해(13.4% 대 26.6% 대), 점막 치유(15.6% 대 25.9%) 및 깊은 관해(임상적, 내시경적, 조직학적 관해의 조합, 11.7% 대 22.7%)를 포함하여 대략 두 배 증가하였다. 반대로, 높은 IL22 농축 점수를 갖는 UC 환자의 결과는 위약 치료 환자와 대체로 유사하였다. 즉, 치료 전 기준선에서 샘플링된 기준선 생검에서 IL22 반응성 전사 모듈의 농축 크기에 따른 UC 환자의 계층화는 이들이 우스테키누맙 유도 요법에 반응하거나 반응하지 않는지 여부를 예측한다.
실시예 2: IL22-조절된 전사 프로그램의 농축의 정도에 따른 환자 계층화는 치료 저항성의 면역학적 기전을 식별한다.
IL22-조절된 전사체가 더 많이 농축된 환자는 우스테키누맙에 대한 반응 부족을 경험할 가능성이 더 높기 때문에, 이러한 환자를 IL22 농축이 낮은 환자와 구별하는 면역학적 경로가 치료 저항의 메커니즘에 대한 새로운 통찰력을 제공할 수 있다고 추론되었다. 반응자와 비-반응자의 분자 프로필의 차이를 조사하기 위해, UNIFI 프로그램에서 UC 환자로부터 샘플링된 생검의 게놈 전체 전사체 발현 변화를 분석하고 하류 효과 분석(22)(IPA, Ingenuity)을 수행하여 IL22 농축 점수가 낮은 환자(IL22<0.25)와 비교하여 IL22 농축 점수가 높은 환자(IL22≥0.25)에서 유의하게 활성화된 인과 효과 및 생물학적 과정을 예측하였다. 전반적으로, 상이한 생물학적 및 염증 과정을 포괄하는 높은 IL22 농축 점수를 갖는 환자에서 유의하게 활성화된 245개의 질환 또는 기능적 주석이 있었다. 이들 중에서, 면역 세포 트래피킹(trafficking)에 관여하는 경로를 특히 활성화하고, 가장 많은 수의 기록된 기능적 주석을 포함하였다. 높은 IL22 농축 점수를 갖는 환자에서, 세포 이동과 연관된 최고 순위의 인과 네트워크는, 호중구 화학주성, 매트릭스 메탈로프로테이나제, 항-미생물 펩티드, 면역글로불린 Fc 수용체 및 IL1 및 IL6을 포함한 선천적 면역 반응 단백질, 및 또한 이전에 생물학적 요법에 대한 저항성과 관련이 있던 분자, 예컨대 TREM1 및 온코스타틴 M에 관련된 전사체를 인코딩하는, 84개의 노드로 연결되었다.
우스테키누맙 저항성을 갖는 환자에서 관찰된 전사 변화를 잠재적으로 구동하였던 매개체가 무엇인지를 프로브하기 위해, 상류 조절인자 분석(IPA, ingenuity)을 수행하였다. 이 알고리즘은 대규모 인과 네트워크를 사용하여 사용자 정의된 데이터 세트에서 전사체의 발현을 조절하는 것으로 예측된 상류 매개체를 식별한다. 높은 IL22 농축 점수를 갖는 환자의 결장 생검에서 관찰된 유전자 발현 변화의 예측된 상위 3개 상류 조절인자는 지질다당류(z-점수 = 8.2, P 값 = 1x10-54), TNFα(z-점수 = 7.2, P 값 = 6x10-41) 및 IL1β(z-점수 = 6.9, P 값 = 5x10-38)이었다(도 6a). 이러한 예측된 매개체의 생물학적 영향을 측정하기 위해, 활성화된 조절인자를 데이터세트에서 차등적으로 발현된 하류 유전자와 연결하는 알고리즘인 조절자 효과 분석(Ingenuity IPA)을 수행하였다. 상위 예측된 상류 조절인자 3개 모두 IL1β의 활성화 및 전사 인자 NFKB1, JUN 및 RELA의 유도를 중심으로 수렴하고 서로 밀접하게 관련되어 중복되는 기작론적 네트워크를 가졌다(도 6b 및 도 6c).
이러한 데이터는 또한 데이터 세트에서 예상치 못한 관찰에 대한 신규한 통찰력을 제공한다. 처음에는 IL22 반응성 전사체에 대한 최고 농축 점수를 갖는 환자는 이들 환자가 IL23/IL22 축 활성을 증가시켰고 따라서 IL23 차단에 더 잘 적응할 가능성이 높다는 개념에 기초하여 우스테키누맙에 호의적으로 반응할 것으로 예상되었다. 그러나, IL23은 IL22 생산의 유일한 동인은 아니며; IL1, IL6 및 TL1A와 같은 다른 사이토카인도 IL22 생산을 촉발할 수 있다(23 내지 26). 결정적으로, IL22 농축 점수가 높은 환자에서 IL23의 두 서브유닛(IL23A 및 IL123B; Affymetrix 마이크로어레이에 포함된 프로브의 감도를 기반으로 한 예상 결과)을 인코딩하는 전사체의 발현에는 거의 차이가 없었지만, IL22의 다른 동인, 특히 IL1B의 발현이 상당히 증가하였다(도 6c). 이러한 관찰에 대한 한 가지 가능한 설명은 우스테키누맙을 이용한 IL23 차단이 IL23 독립적인 방식으로 IL22 조절 경로의 활성화를 촉발함으로써 IL1β과 같은 IL22 생산의 대체 동인의 발현이 증가된 환자에게는 효과적이지 않을 가능성이 높으며, IL1β가 우스테키누맙 저항성의 중요한 동인일 가능성과 일치한다는 것이다.
실시예 3: IL22는 백혈구 동원, 미생물 감지 및 선천성 및 적응성 면역의 유도에 관여하는 전-염증성 전사 모듈을 조절한다.
데이터는 IL22가 결장 상피 세포에서 유해한 전사 프로그램을 매개하는 데 잠재적으로 관여하고 IL22 반응성 전사체의 발현의 가장 큰 규모를 갖는 환자는 우스테키누맙 요법에 저항성이 있을 가능성이 있음을 암시한다. IL22에 의해 매개되는 잠재적인 병원성 메커니즘을 추가로 이해하기 위해, 전사체 및 경로 수준 둘 모두에서 결장 오르가노이드의 IL22 유도 전사 변화에 대한 보다 심층적인 분석이 수행되었다. 인터페론-γ(IFNγ), IL17A, IL13 및 TNFα를 포함하여 UC 점막에서 상승된 다른 사이토카인에 의해 유도된 변화와 함께 IL22 매개 상피 조절도 비교하였다. IL22 조절된 전사 프로그램의 표준 경로 분석은 IL22 신호 전달의 활성화를 확인하였으며 골수 세포에 발현된 트리거링 수용체 1(TREM1) 신호전달, 급성 상 반응, 인플라마좀 활성화, 톨-유사 수용체 신호전달, Th17 경로 활성화 및 노치(notch) 신호전달을 포함하는 다른 생물학적 경로의 강력한 활성화를 보여주었다(도 7a). 이러한 경로는 대부분 전-염증성이었다. 예를 들어, TREM1은 자가포식 및 소포체(ER) 스트레스를 조절하고 전임상 IBD 모델에서 기능적으로 중요한 역할을 하는 전염증성 매개체이다(27). 인터루킨 22는 또한 다른 주요 전염증성 사이토카인, 특히 IFNγ, 온코스타틴 M 및 TNFα의 전사 프로그램에 연관된 핵심 전사체의 조절 제어를 공유할 것으로 예측되었다(도 7a).
결장 상피에서 염증 경로의 교차 조절을 추가로 조사하기 위해, 다른 질환 관련 사이토카인(즉, 종양 괴사 알파-TNFα, IL13, 인터페론 감마-IFNγ 및 인터루킨 17A-IL17A)에 의해 조절되는 전사 프로그램과 비교하여 IL22에 의해 유도된 전사 변화를 평가하였다. IL22에 의해 조절되는 1251개 전사체 중, 322개(26%)는 IL22에 의해 고유하게 조절되는 반면, 1573개(74%)는 다른 사이토카인에 의해 추가로 조절되었다. 전사체 수준에서, IL22와 IFNγ 사이에서 최대 중첩도가 관찰되었다(도 7b). IL22 조절된 전사체와 TNF 및 IL17A에 의해 조절된 전사체 사이에는 상당한 중첩이 있었다. 반대로, IL22 및 IL13에 의해 유도된 전사체의 공동 조절은 상대적으로 낮았다. 생물학적 경로 수준에서 유사한 패턴이 관찰되었다. IL22에 의해 조절되는 대부분의 표준 경로는 IFNγ 및 TNFα에 의해서도 조절되는 반면, IL13 조절된 생물학적 경로와 중첩이 거의 없었다(도 7c).
이전 네트워크 분석은 IL22 처리된 오르가노이드에서, 가장 특히 호중구 동원 주위에서, 세포 트래피킹 경로의 현저한 활성화를 확인하였다. IL22에 의해 유도된 유전자 발현 변화의 상위 분자 및 세포 기능의 분석은 세포 이동과 매우 유의한 연관성을 확인하였으며, 이는 가장 유의하게 연관된 주석이었다. 다른 것들은 분자 수송 및 지질 대사를 포함하였다.
결장 상피 세포에 의해 만들어진 세포 트래피킹 분자의 사이토카인 매개 조절의 메커니즘을 추가로 조사하기 위해, 상이한 IBD-관련 사이토카인이 상이한 케모카인 모듈의 발현에 어떻게 영향을 미치는지에 대한 통합 분석이 수행되었다. 연구된 각각의 사이토카인은 케모카인 발현의 독특한 패턴을 조절하였다(도 7d). IL22는 IL17A와 밀접하게 공유되는 기능인 호중구-활성 CXC 패밀리 케모카인 CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL4, CXCL5, CXCL6 및 CXCL8을 우선적으로 상향 조절하였다. IFNγ은 CXCL9 및 CXCL10을 강력하게 상향 조절한 반면, IL13은 호산구-활성 케모카인 CCL24 및 CCL26을 모두 강력하게 상향 조절하는 유일한 사이토카인이었다. IL22 및 IL17A에 의한 호중구-활성 케모카인의 공유된 조절을 고려하여, IL17A 및 IL22의 조합으로 처리된 결장 오르가노이드에서 발생하는 유전자 발현 변화를 평가함으로써 이들 2개의 사이토카인이 어떻게 상호작용할 수 있는지를 추가로 조사하였다. IL17A 및 IL22는 함께 CXC 패밀리 호중구-활성 케모카인의 유도에 대한 시너지 효과를 생성하였다(도 7e).
상피-유래 IL22 조절된 호중구-활성 케모카인이 UC 발병에서 기능적으로 중요하다는 가설을 추가로 확인하기 위해, 2개의 독립적인 대규모 데이터 세트에서 건강한 대조군 피험자와 비교하여 UC 환자의 결장에서 CXC-패밀리 케모카인의 유의미한 상향 조절이 관찰되었다(도 7f 및 도 7g). 더욱이, IL22 농축 점수와 CXC 패밀리 호중구-활성 케모카인의 농축 사이에서 유의한 양의 상관관계가 관찰되었다(도 7h).
실시예 4: 결장 상피 전사체의 IL22 매개 리모델링은 유전자 및 경로 수준에서 종에 걸쳐 보존된다.
다음으로, 호중구-활성 케모카인 발현의 IL22 매개 조절이 결장염에서 기능적으로 중요하였는지 여부를 조사하였다. 먼저, 인간 결장 상피 기능의 IL22 매개 조절이 종에 걸쳐 보존되었는지 여부를 평가하였다. 인간과 마우스 콜로노이드에서 IL22에 의해 유도된 차등적으로 발현된 유전자와 생물학적 경로의 비교는 전사체(r2=0.67, P<0.0001)와 경로(r2=0.674 및 P<0.0001) 수준 모두에서 유의미한 상관관계를 입증하였다. 마우스 결장 오르가노이드에서 IL22는 다른 CXC 패밀리 케모카인의 발현에 영향을 주지 않으면서 호중구-활성 케모카인 Cxcl1, Cxcl3 및 Cxcl5의 발현을 선택적으로 유도하였다. 케모카인의 CC 패밀리에서, 다른 CC 패밀리 멤버에 거의 또는 전혀 영향을 미치지 않으면서 IL22에 의한 Ccl7의 유도 및 Ccl2의 약한 유도가 관찰되었다. 이러한 발견은 실시간 PCR을 사용하여 검증되었으며, 이는 CXC-패밀리 케모카인 전사체의 시간 및 용량 의존적 유도를 확인하였다. 인간 콜로노이드에서 관찰된 바와 같이, IL22는 Cxcl1 및 Cxcl5의 발현을 유도하고 IL17A에 의해 상승적으로 증가되었다. 이러한 관찰은 재조합 마우스 사이토카인과 함께 배양된 뮤린 결장 오르가노이드의 상층액에서 케모카인 생산을 측정함으로써 단백질 수준에서 확인되었다.
IL22 반응성 전사체가 결장염의 뮤린 모델에서 결장에서 농축되었는지 여부를 또한 조사하였다. GSVA는 6개의 상이한 결장염 모델에 걸쳐 뮤린 IL22 반응성 전사 모듈의 유의한 농축을 나타냈다. 인간 UC에서의 관찰과 유사하게, 테스트된 모든 결장염 모델에서 호중구-활성 케모카인 Cxcl1, Cxcl2, Cxcl3 및 Cxcl5가 유의하게 상향 조절되었으며, 이는 이러한 코어 케모카인 모듈이 종 전반에 걸쳐 결장염 발달에서 보존된다는 것을 나타낸다.
실시예 5: IL22는 만성 결장염에서 호중구 동원의 기능적으로 중요한 조절인자이다.
다음으로, 생체 내에서 호중구 활성 케모카인의 IL22 유도된 조절의 기능적 유의성을 테스트하였다. Tbx21 -/- Rag2 -/- 궤양성 결장염(TRUC) 마우스는 인간 UC와 중요한 유사점을 갖는 만성 미생물군-의존성 결장염을 발생시킨다. 이들 마우스는 IL23 및 TNF에 의존하는 만성, 원위성 결장염을 발생시킨다(28, 29). 호중구-활성 케모카인은 TRUC 마우스의 결장에서 가장 높은 전사체 중에 있었다(전체 게놈에 걸쳐 Cxcl5는 2번째로, Cxcl1은 11번째로 가장 많이 발현된 전사체였다). 호중구 활성 케모카인 조절에서 IL22의 기능적 역할을 테스트하기 위해, TRUC 마우스를 중화하거나 유전적으로 파괴하거나 재조합 IL22를 투여하였다. 결장에서 호중구 화학주성의 중요한 조절제인 IL22를 유지하는 경우, 중화 항-IL22 단일클론 항체(mAb)를 투여하거나 IL22의 유전적 결실로 인해 Cxcl1 및 Cxcl5 발현이 크게 손실되고 결장에 축적되는 호중구 수가 크게 감소하였다. 더욱이, 재조합 (r)IL22의 투여는 Cxcl1 및 Cxcl5 발현을 회복시키고 TRUC Il22 -/- 마우스의 결장에서 과도한 호중구 동원을 회복시켰다. 이러한 축의 기능적 영향은 또한 질환 활성을 평가함으로써 조사되었다. IL22 중화 또는 Il22의 생식세포계열 결실은 결장염 점수 감소 및 결장 질량 감소를 포함하여 질환 특징의 상당한 감소와 관련이 있는 반면, rIL22의 투여는 다른 방식으로 질환이 없는 TRUC Il22 -/- 마우스에서 결장염을 회복시켰다.
3형 선천성 림프구 세포는 TRUC 질환에서 IL17 및 IL22의 주요 생산자이다. 따라서, TRUC 및 TRUC Il22 -/- 마우스의 결장으로부터의 3형 ILC를 정제하고 뮤린 결장 오르가노이드와 공-배양하였다. 결장 오르가노이드에서 Cxcl1 및 Cxcl5 발현을 유도한 IL22 충분한 ILC3과는 달리, 이러한 케모카인 전사체의 유도는 IL22 결핍 ILC3과 공-배양된 결장 오르가노이드에서 유의하게 감소되었다.
호중구 동원의 기능적 중요성은 CXCL1 및 CXCL5를 포함한 CXC 패밀리 호중구-활성 케모카인에 대한 호중구에 의해 발현되는 공통 수용체인 CXCR2를 차단함으로써 추가로 조사되었다. TRUC 마우스에 항-CXCR2 mAb의 생체 내 투여는 결장에서 호중구 축적을 유의하게 감소시켰고 TRUC 질환을 유의하게 약화시켰다. 종합하면, 이러한 데이터는 CXCL1 및 CXCL5를 포함한 호중구-활성 케모카인의 IL22 매개 유도가 CXCR2+ 호중구의 동원에 기능적으로 중요하며, 이 경로가 결장염에서 중요한 병원성 역할을 한다는 개념을 뒷받침한다.
실시예 6: 결장 상피 세포에서 호중구 활성 케모카인의 IL22 매개 유도는 STAT3 신호전달에 의존한다.
다음으로, 호중구-활성 케모카인 발현의 IL22 매개 유도에 대한 신호전달 요건을 정의하고자 하였다. 장 상피에서, IL22와 그의 특정 수용체의 라이게이션은 STAT3, STAT1 및 MAP 키나제, 예컨대 MAP3K8을 포함한 상이한 신호전달 경로의 활성화를 촉발한다(30 내지 33). 실제로, 결장 오르가노이드에서의 IL22 유도 전사 변화의 인과 네트워크 분석에서, 호중구-활성 케모카인의 확인 외에, "식세포의 동원" 경로는 네트워크에서 STAT3 및 MAP3K8과도 관련이 있다. 면역염색은 활성 UC를 갖는 환자의 결장 상피에서 IL22RA1에 대한 면역반응성을 확인하였다. STAT3 및 MAP3K8이 UC에서 상피 신호전달에 중요한 역할을 한다는 것과 일치하게, 활동성 UC를 갖는 환자의 상피 구획 및 고유판 면역 세포에서 pSTAT3 및 MAP3K8에 대한 실질적인 면역염색도 관찰되었다.
결장 오르가노이드에서 CXC 패밀리 케모카인의 IL22 조절 유도에 대한 STAT3 및 MAP3K8 신호전달 경로의 요건을 조사하기 위해, Stat3(Villin-Cre x Stat3 fl/fl 마우스 - 이후 Stat3ΔIEL로 명명됨)의 상피-특이적 결실을 갖는 마우스와 MAP3K8에 생식세포계열 결실을 갖는 마우스로부터 콜로노이드를 생성하였다. Cxcl5의 IL22 유도가 유지된 대조군 마우스(Stat3fl/fl)로부터의 결장 오르가노이드와는 달리, Stat3ΔIEL 오르가노이드에서는 Cxcl5의 유도가 없었다. 대조적으로, Cxcl5의 IL22 유도는 Map3k8 -/- 콜로노이드에서 유지되었다. 유사한 결과가 STAT3의 약리학적 억제를 사용하여 관찰되었으며, 이는 결장 오르가노이드에서 Cxcl1의 기저(44% 억제됨) 및 IL22 유도(40% 억제됨) 발현을 둘 모두 유의하게 억제하였다.
결장염의 맥락에서 CXC 패밀리 케모카인 유도에 대한 결장 상피 STAT3 활성화의 의존성을 추가로 조사하기 위해, 이전에 발표된 연구에서 이용가능한 마이크로어레이 데이터를 활용하여 DSS 결장염의 상피 구획의 게놈 전체 변화를 분석하였다(30). 이 연구에서, 결장염의 유발 후 Stat3DIEL 및 대조군 마우스로부터의 정제된 결장 상피 세포에서 유전자 발현 프로파일링을 수행하였다. STAT3 반응성 유전자는 STAT3의 상피 특이적 유전자 파괴가 있는 마우스의 결장 상피에서 상향 조절에 실패한 대조군 마우스로부터의 상피 세포에서 상향 조절된 전사체로서 정의되었다. Stat3ΔIEL 마우스에서, Reg3b, Reg3g, Fut2 및 Socs3과 같은 여러 표준 IL22-조절 유전자의 상향 조절이 실패했으며, 이는 상피에서 이러한 전사체의 유도에 STAT3이 필요하다는 것과 일치한다. 또한, 시험관 내 관찰과 일치하여, Stat3ΔIEL 마우스로부터의 Cxcl1 및 Cxcl5 결장 상피의 상향 조절도 실패하였다. 종합하면, 이러한 데이터는 호중구-활성 CXC 패밀리 케모카인의 유도를 위해 생체 내에서 STAT3이 필요함을 나타낸다.
실시예 7: 조직 특이적 방식으로 사이토카인-반응성 전사 네트워크를 정의하는 것: IL22 및 인간 콜로노이드
우스테키누맙은 IL12p40으로 불리는 사이토카인 IL12/IL23의 공유된 서브유닛을 표적으로 하는 단일클론 항체이다. 이것은 크론병 및 궤양성 결장염 둘 모두에서 효과적인 것으로 나타났다. 이의 효능은 IL12, IL23 및 이들의 하류 사이토카인, 즉 인터페론 감마(IFNγ), IL17A, 및 IL22의 효과를 차단함으로써 매개되는 것으로 여겨진다. IFNγ와 IL17A는 다발성 사이토카인인 반면, IL22는 인간 장에서 상피만을 표적으로 하는 것으로 생각된다.
IBD에서 우스테키누맙의 반응은 인간 결장 조직에서 IL22의 효과를 측정함으로써 예측될 수 있다는 가설이 세워졌다. 이를 해결하기 위해, KCL의 GB 실험실에서 건강한 대조군(n=5)으로부터의 인간 결장 오르가노이드를 생성하였다. 인간 결장 오르가노이드를 IL22로 처리한 후, 오르가노이드로부터 RNA를 추출하였다. 차세대 서열분석을 이용한 전체 전사체 서열분석을 후속적으로 RNA를 이용하여 수행하였다. 비-처리(대조군) 오르가노이드와 비교하여, PP 및 NP는 인간 결장 상피 세포에서 IL22 전사체 시그니처를 정의하였다. 우스테키누맙에 대한 반응을 예측하는 데 있어서 IL22 서명의 예후 값을 테스트한 결과, 약물 시작 전 IBD 환자의 조직에서 IL22 전사 시그니처가 고도로 풍부하지(활성화되지) 않은 경우, 환자는 우스테키누맙에 대해 훨씬 더 나은 반응을 보인 것으로 밝혀졌다(도 8a 및 도 8b).
알고리즘 및 우스테키누맙 임상 시험 데이터를 활용하여, 14개의 전사 마커가 우스테키누맙에 대한 반응을 예측하는 데 충분한 것으로 입증되었다(도 9).
당업자는 광범위한 본 발명의 개념으로부터 벗어나지 않고서 전술된 실시 형태에 변경이 이루어질 수 있음을 인식할 것이다. 따라서, 본 발명은 개시된 특정 실시 형태로 제한되는 것이 아니라, 본 명세서에 의해 한정되는 바와 같은 본 발명의 사상 및 범주 내의 변형들을 포함하도록 의도됨이 이해된다.
본 명세서에 인용된 모든 문헌은 참고로 포함된다.
서열 목록
<210> 1
<211> 5
<212> PRT
<213> 인공 서열
<220>
<223> 항-IL-12/IL-23p40 항체 상보성 결정 영역
중쇄 1
<400> 1
Thr Tyr Trp Leu Gly
1 5
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<211> 17
<212> PRT
<213> 인공 서열
<220>
<223> 항-IL-12/IL-23p40 항체 상보성 결정 영역
중쇄 2
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Ile Met Ser Pro Val Asp Ser Asp Ile Arg Tyr Ser Pro Ser Phe Gln
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<213> 인공 서열
<220>
<223> 항-IL-12/IL-23p40 항체 상보성 결정 영역
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<400> 3
Arg Arg Pro Gly Gln Gly Tyr Phe Asp Phe
1 5 10
<210> 4
<211> 11
<212> PRT
<213> 인공 서열
<220>
<223> 항-IL-12/IL-23p40 항체 상보성 결정 영역
경쇄 1
<400> 4
Arg Ala Ser Gln Gly Ile Ser Ser Trp Leu Ala
1 5 10
<210> 5
<211> 7
<212> PRT
<213> 인공 서열
<220>
<223> 항-IL-12/IL-23p40 항체 상보성 결정 영역
경쇄 2
<400> 5
Ala Ala Ser Ser Leu Gln Ser
1 5
<210> 6
<211> 9
<212> PRT
<213> 인공 서열
<220>
<223> 항-IL-12/IL-23p40 항체 상보성 결정 영역
경쇄 3
<400> 6
Gln Gln Tyr Asn Ile Tyr Pro Tyr Thr
1 5
<210> 7
<211> 119
<212> PRT
<213> 인공 서열
<220>
<223> 항-IL-12/IL-23p40 항체 가변 중쇄 영역
<400> 7
Glu Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Lys Lys Pro Gly Glu
1 5 10 15
Ser Leu Lys Ile Ser Cys Lys Gly Ser Gly Tyr Ser Phe Thr Thr Tyr
20 25 30
Trp Leu Gly Trp Val Arg Gln Met Pro Gly Lys Gly Leu Asp Trp Ile
35 40 45
Gly Ile Met Ser Pro Val Asp Ser Asp Ile Arg Tyr Ser Pro Ser Phe
50 55 60
Gln Gly Gln Val Thr Met Ser Val Asp Lys Ser Ile Thr Thr Ala Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Trp Asn Ser Leu Lys Ala Ser Asp Thr Ala Met Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Arg Arg Arg Pro Gly Gln Gly Tyr Phe Asp Phe Trp Gly Gln Gly
100 105 110
Thr Leu Val Thr Val Ser Ser
115
<210> 8
<211> 108
<212> PRT
<213> 인공 서열
<220>
<223> 항-IL-12/IL-23p40 항체 가변 경쇄 영역
<400> 8
Asp Ile Gln Met Thr Gln Ser Pro Ser Ser Leu Ser Ala Ser Val Gly
1 5 10 15
Asp Arg Val Thr Ile Thr Cys Arg Ala Ser Gln Gly Ile Ser Ser Trp
20 25 30
Leu Ala Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Glu Lys Ala Pro Lys Ser Leu Ile
35 40 45
Tyr Ala Ala Ser Ser Leu Gln Ser Gly Val Pro Ser Arg Phe Ser Gly
50 55 60
Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Ser Ser Leu Gln Pro
65 70 75 80
Glu Asp Phe Ala Thr Tyr Tyr Cys Gln Gln Tyr Asn Ile Tyr Pro Tyr
85 90 95
Thr Phe Gly Gln Gly Thr Lys Leu Glu Ile Lys Arg
100 105
<210> 9
<211> 503
<212> PRT
<213> 인공 서열
<220>
<223> 알파 및 베타 하위단위를 갖는 인간 IL-12
<400> 9
Arg Asn Leu Pro Val Ala Thr Pro Asp Pro Gly Met Phe Pro Cys Leu
1 5 10 15
His His Ser Gln Asn Leu Leu Arg Ala Val Ser Asn Met Leu Gln Lys
20 25 30
Ala Arg Gln Thr Leu Glu Phe Tyr Pro Cys Thr Ser Glu Glu Ile Asp
35 40 45
His Glu Asp Ile Thr Lys Asp Lys Thr Ser Thr Val Glu Ala Cys Leu
50 55 60
Pro Leu Glu Leu Thr Lys Asn Glu Ser Cys Leu Asn Ser Arg Glu Thr
65 70 75 80
Ser Phe Ile Thr Asn Gly Ser Cys Leu Ala Ser Arg Lys Thr Ser Phe
85 90 95
Met Met Ala Leu Cys Leu Ser Ser Ile Tyr Glu Asp Leu Lys Met Tyr
100 105 110
Gln Val Glu Phe Lys Thr Met Asn Ala Lys Leu Leu Met Asp Pro Lys
115 120 125
Arg Gln Ile Phe Leu Asp Gln Asn Met Leu Ala Val Ile Asp Glu Leu
130 135 140
Met Gln Ala Leu Asn Phe Asn Ser Glu Thr Val Pro Gln Lys Ser Ser
145 150 155 160
Leu Glu Glu Pro Asp Phe Tyr Lys Thr Lys Ile Lys Leu Cys Ile Leu
165 170 175
Leu His Ala Phe Arg Ile Arg Ala Val Thr Ile Asp Arg Val Met Ser
180 185 190
Tyr Leu Asn Ala Ser Ile Trp Glu Leu Lys Lys Asp Val Tyr Val Val
195 200 205
Glu Leu Asp Trp Tyr Pro Asp Ala Pro Gly Glu Met Val Val Leu Thr
210 215 220
Cys Asp Thr Pro Glu Glu Asp Gly Ile Thr Trp Thr Leu Asp Gln Ser
225 230 235 240
Ser Glu Val Leu Gly Ser Gly Lys Thr Leu Thr Ile Gln Val Lys Glu
245 250 255
Phe Gly Asp Ala Gly Gln Tyr Thr Cys His Lys Gly Gly Glu Val Leu
260 265 270
Ser His Ser Leu Leu Leu Leu His Lys Lys Glu Asp Gly Ile Trp Ser
275 280 285
Thr Asp Ile Leu Lys Asp Gln Lys Glu Pro Lys Asn Lys Thr Phe Leu
290 295 300
Arg Cys Glu Ala Lys Asn Tyr Ser Gly Arg Phe Thr Cys Trp Trp Leu
305 310 315 320
Thr Thr Ile Ser Thr Asp Leu Thr Phe Ser Val Lys Ser Ser Arg Gly
325 330 335
Ser Ser Asp Pro Gln Gly Val Thr Cys Gly Ala Ala Thr Leu Ser Ala
340 345 350
Glu Arg Val Arg Gly Asp Asn Lys Glu Tyr Glu Tyr Ser Val Glu Cys
355 360 365
Gln Glu Asp Ser Ala Cys Pro Ala Ala Glu Glu Ser Leu Pro Ile Glu
370 375 380
Val Met Val Asp Ala Val His Lys Leu Lys Tyr Glu Asn Tyr Thr Ser
385 390 395 400
Ser Phe Phe Ile Arg Asp Ile Ile Lys Pro Asp Pro Pro Lys Asn Leu
405 410 415
Gln Leu Lys Pro Leu Lys Asn Ser Arg Gln Val Glu Val Ser Trp Glu
420 425 430
Tyr Pro Asp Thr Trp Ser Thr Pro His Ser Tyr Phe Ser Leu Thr Phe
435 440 445
Cys Val Gln Val Gln Gly Lys Ser Lys Arg Glu Lys Lys Asp Arg Val
450 455 460
Phe Thr Asp Lys Thr Ser Ala Thr Val Ile Cys Arg Lys Asn Ala Ser
465 470 475 480
Ile Ser Val Arg Ala Gln Asp Arg Tyr Tyr Ser Ser Ser Trp Ser Glu
485 490 495
Trp Ala Ser Val Pro Cys Ser
500
<210> 10
<211> 449
<212> PRT
<213> 인공 서열
<220>
<223> 항-IL-12/IL-23p40 항체 중쇄
<400> 10
Glu Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Lys Lys Pro Gly Glu
1 5 10 15
Ser Leu Lys Ile Ser Cys Lys Gly Ser Gly Tyr Ser Phe Thr Thr Tyr
20 25 30
Trp Leu Gly Trp Val Arg Gln Met Pro Gly Lys Gly Leu Asp Trp Ile
35 40 45
Gly Ile Met Ser Pro Val Asp Ser Asp Ile Arg Tyr Ser Pro Ser Phe
50 55 60
Gln Gly Gln Val Thr Met Ser Val Asp Lys Ser Ile Thr Thr Ala Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Trp Asn Ser Leu Lys Ala Ser Asp Thr Ala Met Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Arg Arg Arg Pro Gly Gln Gly Tyr Phe Asp Phe Trp Gly Gln Gly
100 105 110
Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Ser Ser Thr Lys Gly Pro Ser Val Phe
115 120 125
Pro Leu Ala Pro Ser Ser Lys Ser Thr Ser Gly Gly Thr Ala Ala Leu
130 135 140
Gly Cys Leu Val Lys Asp Tyr Phe Pro Glu Pro Val Thr Val Ser Trp
145 150 155 160
Asn Ser Gly Ala Leu Thr Ser Gly Val His Thr Phe Pro Ala Val Leu
165 170 175
Gln Ser Ser Gly Leu Tyr Ser Leu Ser Ser Val Val Thr Val Pro Ser
180 185 190
Ser Ser Leu Gly Thr Gln Thr Tyr Ile Cys Asn Val Asn His Lys Pro
195 200 205
Ser Asn Thr Lys Val Asp Lys Arg Val Glu Pro Lys Ser Cys Asp Lys
210 215 220
Thr His Thr Cys Pro Pro Cys Pro Ala Pro Glu Leu Leu Gly Gly Pro
225 230 235 240
Ser Val Phe Leu Phe Pro Pro Lys Pro Lys Asp Thr Leu Met Ile Ser
245 250 255
Arg Thr Pro Glu Val Thr Cys Val Val Val Asp Val Ser His Glu Asp
260 265 270
Pro Glu Val Lys Phe Asn Trp Tyr Val Asp Gly Val Glu Val His Asn
275 280 285
Ala Lys Thr Lys Pro Arg Glu Glu Gln Tyr Asn Ser Thr Tyr Arg Val
290 295 300
Val Ser Val Leu Thr Val Leu His Gln Asp Trp Leu Asn Gly Lys Glu
305 310 315 320
Tyr Lys Cys Lys Val Ser Asn Lys Ala Leu Pro Ala Pro Ile Glu Lys
325 330 335
Thr Ile Ser Lys Ala Lys Gly Gln Pro Arg Glu Pro Gln Val Tyr Thr
340 345 350
Leu Pro Pro Ser Arg Asp Glu Leu Thr Lys Asn Gln Val Ser Leu Thr
355 360 365
Cys Leu Val Lys Gly Phe Tyr Pro Ser Asp Ile Ala Val Glu Trp Glu
370 375 380
Ser Asn Gly Gln Pro Glu Asn Asn Tyr Lys Thr Thr Pro Pro Val Leu
385 390 395 400
Asp Ser Asp Gly Ser Phe Phe Leu Tyr Ser Lys Leu Thr Val Asp Lys
405 410 415
Ser Arg Trp Gln Gln Gly Asn Val Phe Ser Cys Ser Val Met His Glu
420 425 430
Ala Leu His Asn His Tyr Thr Gln Lys Ser Leu Ser Leu Ser Pro Gly
435 440 445
Lys
<210> 11
<211> 214
<212> PRT
<213> 인공 서열
<220>
<223> 항-IL-12/IL-23p40 항체 경쇄
<400> 11
Asp Ile Gln Met Thr Gln Ser Pro Ser Ser Leu Ser Ala Ser Val Gly
1 5 10 15
Asp Arg Val Thr Ile Thr Cys Arg Ala Ser Gln Gly Ile Ser Ser Trp
20 25 30
Leu Ala Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Glu Lys Ala Pro Lys Ser Leu Ile
35 40 45
Tyr Ala Ala Ser Ser Leu Gln Ser Gly Val Pro Ser Arg Phe Ser Gly
50 55 60
Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Ser Ser Leu Gln Pro
65 70 75 80
Glu Asp Phe Ala Thr Tyr Tyr Cys Gln Gln Tyr Asn Ile Tyr Pro Tyr
85 90 95
Thr Phe Gly Gln Gly Thr Lys Leu Glu Ile Lys Arg Thr Val Ala Ala
100 105 110
Pro Ser Val Phe Ile Phe Pro Pro Ser Asp Glu Gln Leu Lys Ser Gly
115 120 125
Thr Ala Ser Val Val Cys Leu Leu Asn Asn Phe Tyr Pro Arg Glu Ala
130 135 140
Lys Val Gln Trp Lys Val Asp Asn Ala Leu Gln Ser Gly Asn Ser Gln
145 150 155 160
Glu Ser Val Thr Glu Gln Asp Ser Lys Asp Ser Thr Tyr Ser Leu Ser
165 170 175
Ser Thr Leu Thr Leu Ser Lys Ala Asp Tyr Glu Lys His Lys Val Tyr
180 185 190
Ala Cys Glu Val Thr His Gln Gly Leu Ser Ser Pro Val Thr Lys Ser
195 200 205
Phe Asn Arg Gly Glu Cys
210
SEQUENCE LISTING <110> Janssen Biotech, Inc. Li, Xilin Yang, Feifei <120> Methods for Predicting Treatment Response in Ulcerative Colitis <130> JBI6452WOPCT1 <140> To Be Assigned <141> 2022-02-09 <150> 63/160199 <151> 2021-03-12 <160> 11 <170> PatentIn version 3.5 <210> 1 <211> 5 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Anti-IL-12/IL-23p40 antibody complementarity determining regions heavy chain 1 <400> 1 Thr Tyr Trp Leu Gly 1 5 <210> 2 <211> 17 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Anti-IL-12/IL-23p40 antibody complementarity determing region heavy chain 2 <400> 2 Ile Met Ser Pro Val Asp Ser Asp Ile Arg Tyr Ser Pro Ser Phe Gln 1 5 10 15 Gly <210> 3 <211> 10 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Anti-IL-12/IL-23p40 antibody complementarity determining region heavy chain 3 <400> 3 Arg Arg Pro Gly Gln Gly Tyr Phe Asp Phe 1 5 10 <210> 4 <211> 11 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Anti-IL-12/IL-23p40 antibody complementarity determining region light chain 1 <400> 4 Arg Ala Ser Gln Gly Ile Ser 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Tyr Phe Asp Phe Trp Gly Gln Gly 100 105 110 Thr Leu Val Thr Val Ser Ser 115 <210> 8 <211> 108 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Anti-IL-12/IL-23p40 antibody variable light chain region <400> 8 Asp Ile Gln Met Thr Gln Ser Pro Ser Ser Leu Ser Ala Ser Val Gly 1 5 10 15 Asp Arg Val Thr Ile Thr Cys Arg Ala Ser Gln Gly Ile Ser Ser Trp 20 25 30 Leu Ala Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Glu Lys Ala Pro Lys Ser Leu Ile 35 40 45 Tyr Ala Ala Ser Ser Leu Gln Ser Gly Val Pro Ser Arg Phe Ser Gly 50 55 60 Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Ser Ser Leu Gln Pro 65 70 75 80 Glu Asp Phe Ala Thr Tyr Tyr Cys Gln Gln Tyr Asn Ile Tyr Pro Tyr 85 90 95 Thr Phe Gly Gln Gly Thr Lys Leu Glu Ile Lys Arg 100 105 <210> 9 <211> 503 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Human IL-12 with alpha and beta subunits <400> 9 Arg Asn Leu Pro Val Ala Thr Pro Asp Pro Gly Met Phe Pro Cys Leu 1 5 10 15 His His Ser Gln Asn Leu Leu Arg Ala Val Ser Asn Met Leu Gln Lys 20 25 30 Ala Arg Gln Thr Leu Glu Phe Tyr Pro Cys Thr Ser Glu Glu Ile Asp 35 40 45 His Glu Asp Ile Thr Lys Asp Lys Thr Ser Thr Val Glu Ala Cys Leu 50 55 60 Pro Leu Glu Leu Thr Lys Asn Glu Ser Cys Leu Asn Ser Arg Glu Thr 65 70 75 80 Ser Phe Ile Thr Asn Gly Ser Cys Leu Ala Ser Arg Lys Thr Ser Phe 85 90 95 Met Met Ala Leu Cys Leu Ser Ser Ile Tyr Glu Asp Leu Lys Met Tyr 100 105 110 Gln Val Glu Phe Lys Thr Met Asn Ala Lys Leu Leu Met Asp Pro Lys 115 120 125 Arg Gln Ile Phe Leu Asp Gln Asn Met Leu Ala Val Ile Asp Glu Leu 130 135 140 Met Gln Ala Leu Asn Phe Asn Ser Glu Thr Val Pro Gln Lys Ser Ser 145 150 155 160 Leu Glu Glu Pro Asp Phe Tyr Lys Thr Lys Ile Lys Leu Cys Ile Leu 165 170 175 Leu His Ala Phe Arg Ile Arg Ala Val Thr Ile Asp Arg Val Met Ser 180 185 190 Tyr Leu Asn Ala Ser Ile Trp Glu Leu Lys Lys Asp Val Tyr Val Val 195 200 205 Glu Leu Asp Trp Tyr Pro Asp Ala Pro Gly Glu Met Val Val Leu Thr 210 215 220 Cys Asp Thr Pro Glu Glu Asp Gly Ile Thr Trp Thr Leu Asp Gln Ser 225 230 235 240 Ser Glu Val Leu Gly Ser Gly Lys Thr Leu Thr Ile Gln Val Lys Glu 245 250 255 Phe Gly Asp Ala Gly Gln Tyr Thr Cys His Lys Gly Gly Glu Val Leu 260 265 270 Ser His Ser Leu Leu Leu Leu His Lys Lys Glu Asp Gly Ile Trp Ser 275 280 285 Thr Asp Ile Leu Lys Asp Gln Lys Glu Pro Lys Asn Lys Thr Phe Leu 290 295 300 Arg Cys Glu Ala Lys Asn Tyr Ser Gly Arg Phe Thr Cys Trp Trp Leu 305 310 315 320 Thr Thr Ile Ser Thr Asp Leu Thr Phe Ser Val Lys Ser Ser Arg Gly 325 330 335 Ser Ser Asp Pro Gln Gly Val Thr Cys Gly Ala Ala Thr Leu Ser Ala 340 345 350 Glu Arg Val Arg Gly Asp Asn Lys Glu Tyr Glu Tyr Ser Val Glu Cys 355 360 365 Gln Glu Asp Ser Ala Cys Pro Ala Ala Glu Glu Ser Leu Pro Ile Glu 370 375 380 Val Met Val Asp Ala Val His Lys Leu Lys Tyr Glu Asn Tyr Thr Ser 385 390 395 400 Ser Phe Phe Ile Arg Asp Ile Ile Lys Pro Asp Pro Pro Lys Asn Leu 405 410 415 Gln Leu Lys Pro Leu Lys Asn Ser Arg Gln Val Glu Val Ser Trp Glu 420 425 430 Tyr Pro Asp Thr Trp Ser Thr Pro His Ser Tyr Phe Ser Leu Thr Phe 435 440 445 Cys Val Gln Val Gln Gly Lys Ser Lys Arg Glu Lys Lys Asp Arg Val 450 455 460 Phe Thr Asp Lys Thr Ser Ala Thr Val Ile Cys Arg Lys Asn Ala Ser 465 470 475 480 Ile Ser Val Arg Ala Gln Asp Arg Tyr Tyr Ser Ser Ser Trp Ser Glu 485 490 495 Trp Ala Ser Val Pro Cys Ser 500 <210> 10 <211> 449 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Anti-IL-12/IL-23p40 antibody heavy chain <400> 10 Glu Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Lys Lys Pro Gly Glu 1 5 10 15 Ser Leu Lys Ile Ser Cys Lys Gly Ser Gly Tyr Ser Phe Thr Thr Tyr 20 25 30 Trp Leu Gly Trp Val Arg Gln Met Pro Gly Lys Gly Leu Asp Trp Ile 35 40 45 Gly Ile Met Ser Pro Val Asp Ser Asp Ile Arg Tyr Ser Pro Ser Phe 50 55 60 Gln Gly Gln Val Thr Met Ser Val Asp Lys Ser Ile Thr Thr Ala Tyr 65 70 75 80 Leu Gln Trp Asn Ser Leu Lys Ala Ser Asp Thr Ala Met Tyr Tyr Cys 85 90 95 Ala Arg Arg Arg Pro Gly Gln Gly Tyr Phe Asp Phe Trp Gly Gln Gly 100 105 110 Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Ser Ser Thr Lys Gly Pro Ser Val Phe 115 120 125 Pro Leu Ala Pro Ser Ser Lys Ser Thr Ser Gly Gly Thr Ala Ala Leu 130 135 140 Gly Cys Leu Val Lys Asp Tyr Phe Pro Glu Pro Val Thr Val Ser Trp 145 150 155 160 Asn Ser Gly Ala Leu Thr Ser Gly Val His Thr Phe Pro Ala Val Leu 165 170 175 Gln Ser Ser Gly Leu Tyr Ser Leu Ser Ser Val Val Thr Val Pro Ser 180 185 190 Ser Ser Leu Gly Thr Gln Thr Tyr Ile Cys Asn Val Asn His Lys Pro 195 200 205 Ser Asn Thr Lys Val Asp Lys Arg Val Glu Pro Lys Ser Cys Asp Lys 210 215 220 Thr His Thr Cys Pro Pro Cys Pro Ala Pro Glu Leu Leu Gly Gly Pro 225 230 235 240 Ser Val Phe Leu Phe Pro Pro Lys Pro Lys Asp Thr Leu Met Ile Ser 245 250 255 Arg Thr Pro Glu Val Thr Cys Val Val Val Asp Val Ser His Glu Asp 260 265 270 Pro Glu Val Lys Phe Asn Trp Tyr Val Asp Gly Val Glu Val His Asn 275 280 285 Ala Lys Thr Lys Pro Arg Glu Glu Gln Tyr Asn Ser Thr Tyr Arg Val 290 295 300 Val Ser Val Leu Thr Val Leu His Gln Asp Trp Leu Asn Gly Lys Glu 305 310 315 320 Tyr Lys Cys Lys Val Ser Asn Lys Ala Leu Pro Ala Pro Ile Glu Lys 325 330 335 Thr Ile Ser Lys Ala Lys Gly Gln Pro Arg Glu Pro Gln Val Tyr Thr 340 345 350 Leu Pro Pro Ser Arg Asp Glu Leu Thr Lys Asn Gln Val Ser Leu Thr 355 360 365 Cys Leu Val Lys Gly Phe Tyr Pro Ser Asp Ile Ala Val Glu Trp Glu 370 375 380 Ser Asn Gly Gln Pro Glu Asn Asn Tyr Lys Thr Thr Pro Pro Val Leu 385 390 395 400 Asp Ser Asp Gly Ser Phe Phe Leu Tyr Ser Lys Leu Thr Val Asp Lys 405 410 415 Ser Arg Trp Gln Gln Gly Asn Val Phe Ser Cys Ser Val Met His Glu 420 425 430 Ala Leu His Asn His Tyr Thr Gln Lys Ser Leu Ser Leu Ser Pro Gly 435 440 445 Lys <210> 11 <211> 214 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Anti-IL-12/IL-23p40 antibody light chain <400> 11 Asp Ile Gln Met Thr Gln Ser Pro Ser Ser Leu Ser Ala Ser Val Gly 1 5 10 15 Asp Arg Val Thr Ile Thr Cys Arg Ala Ser Gln Gly Ile Ser Ser Trp 20 25 30 Leu Ala Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Glu Lys Ala Pro Lys Ser Leu Ile 35 40 45 Tyr Ala Ala Ser Ser Leu Gln Ser Gly Val Pro Ser Arg Phe Ser Gly 50 55 60 Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Ser Ser Leu Gln Pro 65 70 75 80 Glu Asp Phe Ala Thr Tyr Tyr Cys Gln Gln Tyr Asn Ile Tyr Pro Tyr 85 90 95 Thr Phe Gly Gln Gly Thr Lys Leu Glu Ile Lys Arg Thr Val Ala Ala 100 105 110 Pro Ser Val Phe Ile Phe Pro Pro Ser Asp Glu Gln Leu Lys Ser Gly 115 120 125 Thr Ala Ser Val Val Cys Leu Leu Asn Asn Phe Tyr Pro Arg Glu Ala 130 135 140 Lys Val Gln Trp Lys Val Asp Asn Ala Leu Gln Ser Gly Asn Ser Gln 145 150 155 160 Glu Ser Val Thr Glu Gln Asp Ser Lys Asp Ser Thr Tyr Ser Leu Ser 165 170 175 Ser Thr Leu Thr Leu Ser Lys Ala Asp Tyr Glu Lys His Lys Val Tyr 180 185 190 Ala Cys Glu Val Thr His Gln Gly Leu Ser Ser Pro Val Thr Lys Ser 195 200 205 Phe Asn Arg Gly Glu Cys 210

Claims (12)

  1. 염증성 장 질환(IBD)에 대한 치료 요법을 필요로 하는 대상체에서 상기 치료 요법에 대한 반응을 예측하는 방법으로서,
    a. 상기 대상체로부터 샘플을 획득하는 단계;
    b. 상기 샘플을 트랜스글루타미나제 2(TGM2), 포크헤드 연관 도메인을 갖는 TRAF 상호작용 단백질(TIFA), 탄산 탈수효소 4(CA4), 2'-5'-올리고아데닐레이트 합성효소 2(OAS2), 섬유아세포 성장 인자 17(FGF17), 트립토파닐-tRNA 합성효소(WARS), CD274 분자(CD274), 시냅스 소포 당단백질 2B(SV2B), 디펜신 베타 1(DEFB1), 아넥신 A1(ANXA1), 인터페론 유도 단백질 44 유사(IFI44L), 인터루킨 13 수용체 서브유닛 알파 2(IL13RA2), 유비퀴틴 D(UBD), 및 LY6/PLAUR 도메인 포함 5(LY6/PLAUR domain containing 5; LYPD5)로 이루어진 군으로부터 선택되는 바이오마커의 패널과 접촉시키는 단계;
    c. 상기 샘플에 대한 농축 점수를 결정하기 위해 상기 바이오마커의 패널의 패턴을 분석하는 단계로서, 0 미만의 농축 점수는 상기 대상체가 0 초과의 농축 점수를 갖는 대상체보다 상기 치료 요법에 반응할 가능성이 더 크다는 것을 나타내는, 상기 단계;
    d. 상기 농축에 기초하여 상기 치료 요법으로 상기 대상체를 치료할지 여부를 결정하는 단계로서, 0 미만의 점수는 상기 대상체를 치료함을 나타내고 0 초과의 점수는 상기 대상체의 치료를 자제함을 나타내는, 상기 단계; 및
    e. 상기 점수에 따라 상기 대상체를 치료하거나 치료를 자제하는 단계를 포함하는, 방법.
  2. 제1항에 있어서, 상기 염증성 장 질환은 궤양성 결장염 또는 크론병으로부터 선택되는, 방법.
  3. 제2항에 있어서, 상기 염증성 장 질환은 궤양성 결장염인, 방법.
  4. 제1항에 있어서, 상기 접촉시키는 단계는 상기 샘플을 트랜스글루타미나제 2(TGM2), 포크헤드 연관 도메인을 갖는 TRAF 상호작용 단백질(TIFA), 탄산 탈수효소 4(CA4), 2'-5'-올리고아데닐레이트 합성효소 2(OAS2), 섬유아세포 성장 인자 17(FGF17), 트립토파닐-tRNA 합성효소(WARS), CD274 분자(CD274), 시냅스 소포 당단백질 2B(SV2B), 디펜신 베타 1(DEFB1), 아넥신 A1(ANXA1), 인터페론 유도 단백질 44 유사(IFI44L), 인터루킨 13 수용체 서브유닛 알파 2(IL13RA2), 유비퀴틴 D(UBD), 및 LY6/PLAUR 도메인 포함 5(LYPD5)로 이루어진 군으로부터 선택되는 상기 바이오마커의 패널에 상응하는 단리된 프로브 세트와 접촉시키는 단계를 포함하는, 방법.
  5. 제1항에 있어서, 상기 바이오마커의 패널은 트랜스글루타미나제 2(TGM2), 포크헤드 연관 도메인을 갖는 TRAF 상호작용 단백질(TIFA), 탄산 탈수효소 4(CA4), 2'-5'-올리고아데닐레이트 합성효소 2(OAS2), 섬유아세포 성장 인자 17(FGF17), 트립토파닐-tRNA 합성효소(WARS), CD274 분자(CD274), 시냅스 소포 당단백질 2B(SV2B), 디펜신 베타 1(DEFB1), 아넥신 A1(ANXA1), 인터페론 유도 단백질 44 유사(IFI44L), 인터루킨 13 수용체 서브유닛 알파 2(IL13RA2), 유비퀴틴 D(UBD), 및 LY6/PLAUR 도메인 포함 5(LYPD5)의 바이오마커를 포함하는, 방법.
  6. 제5항에 있어서, 상기 샘플은 조직 샘플 또는 혈액 샘플인, 방법.
  7. 제6항에 있어서, 상기 방법은 상기 염증성 장 질환을 치료 또는 예방하기 위해 상기 대상체에게 치료제를 투여하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
  8. 제7항에 있어서, 상기 치료제는 다음으로 이루어진 군으로부터 선택되는 항-IL12/23p40 항체 또는 이의 단편인, 방법: (a) 중쇄 가변 영역 및 경쇄 가변 영역을 포함하는 항체로서, 상기 항체 중쇄 가변 영역은 서열번호 1의 상보성 결정 영역 중쇄 1(CDRH1) 아미노산 서열, 서열번호 2의 CDRH2 아미노산 서열, 및 서열번호 3의 CDRH3 아미노산 서열을 포함하고, 상기 경쇄 가변 영역은 서열번호 4의 상보성 결정 영역 경쇄 1(CDRL1) 아미노산 서열, 서열번호 5의 CDRL2 아미노산 서열, 및 서열번호 6의 CDRL3 아미노산 서열을 포함하는, 상기 항체; (b) 서열 번호 7의 중쇄 가변 도메인 아미노산 서열 및 서열 번호 8의 경쇄 가변 도메인 아미노산 서열을 포함하는 항체; 및 (c) 서열 번호 10의 중쇄 아미노산 서열 및 서열 번호 11의 경쇄 아미노산 서열을 포함하는 항체.
  9. 제8항에 있어서, 상기 항-IL12/IL-23p40 항체는 우스테키누맙(ustekinumab)인, 방법.
  10. 대상체에서 염증성 장 질환에 대한 치료 요법에 대한 반응을 예측하기 위한 키트로서,
    a) 트랜스글루타미나제 2(TGM2), 포크헤드 연관 도메인을 갖는 TRAF 상호작용 단백질(TIFA), 탄산 탈수효소 4(CA4), 2'-5'-올리고아데닐레이트 합성효소 2(OAS2), 섬유아세포 성장 인자 17(FGF17), 트립토파닐-tRNA 합성효소(WARS), CD274 분자(CD274), 시냅스 소포 당단백질 2B(SV2B), 디펜신 베타 1(DEFB1), 아넥신 A1(ANXA1), 인터페론 유도 단백질 44 유사(IFI44L), 인터루킨 13 수용체 서브유닛 알파 2(IL13RA2), 유비퀴틴 D(UBD), 및 LY6/PLAUR 도메인 포함 5(LYPD5)로 이루어진 군으로부터 선택되는 5개 이상, 예컨대 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 또는 그 이상의 바이오마커를 포함하는 바이오마커의 패널을 검출할 수 있는 단리된 프로브 세트; 및
    b) 사용 설명서를 포함하는, 키트.
  11. 제10항에 있어서, 상기 염증성 장 질환은 궤양성 결장염 또는 크론병으로부터 선택되는, 키트.
  12. 제11항에 있어서, 상기 염증성 장 질환은 궤양성 결장염인, 키트.
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