KR20230022833A - 개선된 특이성 및 민감성을 갖는 난소암 평가를 위한 조성물 - Google Patents

개선된 특이성 및 민감성을 갖는 난소암 평가를 위한 조성물 Download PDF

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KR20230022833A
KR20230022833A KR1020227036587A KR20227036587A KR20230022833A KR 20230022833 A KR20230022833 A KR 20230022833A KR 1020227036587 A KR1020227036587 A KR 1020227036587A KR 20227036587 A KR20227036587 A KR 20227036587A KR 20230022833 A KR20230022833 A KR 20230022833A
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cancer
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헤르베르트 프리체
레슬리 노스롭
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아스피라 위민스 헬스 인크.
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Abstract

본 발명은 다양한 난소암 유형 (예를 들어, 낮은 악성 가능성, 중간 악성 가능성, 높은 악성 가능성)을 갖는 다양한 대상체 (예를 들어, 폐경 전후 여성)에서 난소 종양 (예를 들어, 증상성 및 무증상 자궁부속기 종괴)의 수술 전 평가를 위한 개선된 특이성 및 민감성을 갖는 조성물 및 방법을 제공한다.

Description

개선된 특이성 및 민감성을 갖는 난소암 평가를 위한 조성물
관련 출원에 대한 상호-참조
본 출원은 2020년 3월 20일에 출원된 미국 가특허출원 일련번호 62/992,358을 우선권 주장하는 국제 PCT 출원이며, 상기 가특허출원의 전문 내용은 그 전문이 본원에 참조로 포함된다.
난소암은 선진국에서 가장 치명적인 부인과 악성종양 중 하나이다. 매년 미국에서만, 대략 23,000명의 여성이 상기 질환으로 진단되고 거의 14,000명의 여성이 상기 질환으로 사망한다. 암 요법의 진전에도 불구하고, 난소암 사망률은 지난 20년 동안 거의 불변인 채로 있다. 질환이 진단된 단계에 비해 급격한 생존 증감률을 고려할 때, 조기 검출은 난소암 환자의 장기 생존을 개선시키는 데 가장 중요한 인자로 남아 있다. 두 번째로 중요한 인자는 난소암을 갖는 여성이 부인과 종양학을 전문으로 하는 외과의에 의해 치료를 받고 있는지 여부이다.
부인과 종양전문의에 의해 치료를 받아야 하는 여성을 확인하는 것의 중요성은 국립보건원 (NIH)에 의해 발행된 합의 성명서에서 강조표시되어 있다. 1994년에, NIH는 난소암의 상당한 위험을 가질 것으로 수술 전 확인된 여성은 부인과 종양전문의에 의해 그의 수술을 받을 수 있는 선택권을 가져야 함을 명시하였다. 반드시 난소암을 갖는 어떤 여성도 간과되지 않도록, 현재 진단 방법은 특이성을 희생시키면서 민감성을 최적화한다. 현재의 진단 방법은 허용될 수 없을 정도로 높은 위양성률을 갖는다. 인간의 관점에서, 이것은 여성의 50%가 실제로 이들이 양성 종괴를 갖는 경우에 이들이 난소암을 갖는 것으로 믿고 수술을 받는다는 것을 의미한다. 고도의 민감성을 가질 뿐만 아니라 고도의 특이성도 제공하여, 대상체 치료를 보다 효과적으로 관리하는데 사용될 수 있으며 반드시 적절한 환자가 신속하고 적절하게 전문의에게 외뢰되도록 하는, 개선된 진단 방법에 대한 긴급한 필요성이 있다.
본 발명은 다양한 난소암 유형 (예를 들어, 낮은 악성 가능성, 중간 악성 가능성, 높은 악성 가능성)을 갖는 다양한 대상체 (예를 들어, 폐경 전 및 폐경 후 여성)에서 난소 종양 (예를 들어, 증상성 및 무증상 자궁부속기 종괴(adnexal mass))의 수술 전 평가를 위한 개선된 특이성 및 민감성을 갖는 조성물 및 방법을 제공한다.
한 측면에서, 본 발명은 대상체가 난소암을 가질 위험을 수술 전 평가하기 위한 패널로서, 마커 트랜스티레틴/프리알부민 (TT), 아포지질단백질아포지질단백질 A1 (ApoA1), β2-마이크로글로불린 (β2M), 트랜스페린 (Tfr), 암 항원 125 (CA125), 인간 부고환 단백질 4 (HE4), 및 여포 자극 호르몬 (FSH), 및 하기로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 마커: 유방암 1 (BRCA1), 유방암 2 (BRCA2), 모세혈관확장성-운동실조 돌연변이 (ATM), BRCA1 연관 링 도메인(Associated Ring Domain) 1 (BARD1), BRCA1 상호작용 단백질 C-말단 헬리카제 1 (BRIP1), 카데린-1 (CDH1), 체크포인트 키나제 2 (CHEK2), 상피 세포 부착 분자 (EPCAM), MutL 상동체 1 (MLH1), MutS 상동체 2 (MSH2), MutS 상동체 6 (MSH6), 니브린 (NBN), BRCA2의 파트너 및 로컬라이저 (PALB2), 포스파타제 및 텐신 상동체 (PTEN), RAD51 패럴로그(paralog) D (RAD51D), 세린/트레오닌 키나제 11 (STK11), 종양 단백질 p53 (TP53), 키르스텐 래트 육종 바이러스성 종양유전자 상동체 (KRAS), BRCA1 A 복합체 서브유닛 아브라삭스(complex subunit abraxas) 1 (ABRAXAS1 또는 FAM175A), RAC-알파 세린/트레오닌-단백질 키나제 (AKT1 또는 단백질 키나제 B), 결장 선종성 용종증 (APC), 축 억제 단백질 2 (AXIN2), 골 형성 단백질 수용체 유형 1A (BMPR1A), 원-종양유전자 B-Raf (BRAF), 세포 분열 주기 25C (CDC25), 시클린 의존성 키나제 억제제 2A (CDKN2A), 시클린-의존성 키나제 4 (CDK4), 카테닌 베타-1 (CTNNB1), RNase 모티프를 갖는 헬리카제 (DICER1), Erb-B2 수용체 티로신 키나제 2 (ERBB2), 절제 복구 교차-상보 군(Excision Repair Cross-Complementation Group) 6 (ERCC6), 판코니 빈혈 상보 군 M (FANCM), 판코니 빈혈 상보 군 C (FANCC), 감수분열 재조합 11 (MRE11), mutY DNA 글리코실라제 (MUTYH), 뉴로피브로민 1 (NF1), 엔도뉴클레아제 III-유사 단백질 1 (NTHL1), 포스파티딜이노시톨-4,5-비스포스페이트 3-키나제 촉매 서브유닛 알파 (PIK3CA), 감수분열 분리후 증가(Postmeiotic segregation Increased) 2 (PMS2), 단백질 포스파타제 2 조절 서브유닛 A 알파 (PP2R1A), 단백질 키나제 DNA-활성화 촉매 서브유닛 (PRKDC), DNA 폴리머라제 델타 1 촉매 서브유닛 (POLD1), RAD50 상동체 (RAD50), RAD51 패럴로그 C (RAD51C), 링 핑거 단백질(Ring Finger Protein) 43 (RNF43), 숙시네이트 데히드로게나제 복합체 철 황 서브유닛 B (SDHB), 숙시네이트 데히드로게나제 복합체 서브유닛 D (SDHD), 크로마틴 서브패밀리 A 구성원의 SWI/SNF 관련 매트릭스 연관 액틴 의존성 조절인자 4 (SMARCA4), 차이니즈 햄스터 세포의 결함 복구를 보완하는 X선 복구 2 (XRCC2), 베르너(Werner) 증후군 ATP-의존성 헬리카제 (WRN 또는 RECQL), 세포 분열 주기 73 (CDC73), 폴리펩티드 N-아세틸갈락토사미닐트랜스퍼라제 12 (GALNT12), 그렘린 1 (GREM1), 호메오복스 B13 (HOXB13), MutS 상동체 3 (MSH3), DNA 폴리머라제 엡실론 촉매 서브유닛 (POLE), RAD51 레콤비나제 (RAD51), RAD50 인터랙터(Interactor) 1 (RINT1), 40S 리보솜 단백질 S20 (RSP20), SLX4 구조-특이적 엔도뉴클레아제 서브유닛 (SLX4), SMAD 패밀리 구성원 4 (SMAD4), 이중 특이적 단백질 키나제 TTK (TTK), Ras 회합 도메인 패밀리 1 이소형 A (RASSF1A), Runt-관련 전사 인자 3 (RUNX3), 조직 인자 경로 억제제 2 (TFPI2), 분비 프리즐드(Secreted frizzled)-관련 단백질 5 (SFRP5), 오피오이드-결합 단백질/세포 부착 분자 (OPCML), O6-알킬구아닌 DNA 알킬트랜스퍼라제 (MGMT), 카데린 13 (CDH13), 술파타제 1 (SULF1), 호메오복스 A9 (HOXA9), 호메오복스 A11 (HOXAD11), 클라우딘 4 (CLDN4), T-세포 분화 단백질 (MAL), 각인된 부위의 조절인자의 브라더(Brother of Regulator of Imprinted Sites) (BORIS), ATP-결합 카세트 슈퍼-패밀리 G 구성원 2 (ABCG2), 튜불린 베타 3 클래스 III (TUBB3), 메틸화 제어된 DNAJ (MCJ), 시누셀린-γ (SNGG), 대안적 판독 프레임 종양 억제인자 (P14ARF), 시클린-의존성 키나제 억제제 2A (CDKN2A 또는 P16INK4A), 시클린-의존성 키나제 4 억제제 B (CDKN2B 또는 P15), 사망-연관 단백질 키나제 1 (DAPK), 칼슘 채널 전압-의존성 T 유형 알파 1G 서브유닛 (CACNA1G 또는 MINT31), 망막모세포종-상호작용 징크-핑거 단백질 1 (RIZ1), 및 메틸화-유도 침묵의 표적 1 (TMS1)을 포함하고 하거나 그로 이루어진 패널을 제공한다.
한 측면에서, 본 발명은 대상체가 난소암을 가질 위험을 수술 전 평가하기 위한 패널로서, 마커 트랜스티레틴/프리알부민 (TT), 아포지질단백질 A1 (ApoA1), β2-마이크로글로불린 (β2M), 트랜스페린 (Tfr), 암 항원 125 (CA125), 및 하기로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 마커: 유방암 1 (BRCA1), 유방암 2 (BRCA2), 모세혈관확장성-운동실조 돌연변이 (ATM), BRCA1 연관 링 도메인 1 (BARD1), BRCA1 상호작용 단백질 C-말단 헬리카제 1 (BRIP1), 카데린-1 (CDH1), 체크포인트 키나제 2 (CHEK2), 상피 세포 부착 분자 (EPCAM), MutL 상동체 1 (MLH1), MutS 상동체 2 (MSH2), MutS 상동체 6 (MSH6), 니브린 (NBN), BRCA2의 파트너 및 로컬라이저 (PALB2), 포스파타제 및 텐신 상동체 (PTEN), RAD51 패럴로그 D (RAD51D), 세린/트레오닌 키나제 11 (STK11), 종양 단백질 p53 (TP53), 키르스텐 래트 육종 바이러스성 종양유전자 상동체 (KRAS), BRCA1 A 복합체 서브유닛 아브라삭스 1 (ABRAXAS1 또는 FAM175A), RAC-알파 세린/트레오닌-단백질 키나제 (AKT1 또는 단백질 키나제 B), 결장 선종성 용종증 (APC), 축 억제 단백질 2 (AXIN2), 골 형성 단백질 수용체 유형 1A (BMPR1A), 원-종양유전자 B-Raf (BRAF), 세포 분열 주기 25C (CDC25), 시클린 의존성 키나제 억제제 2A (CDKN2A), 시클린-의존성 키나제 4 (CDK4), 카테닌 베타-1 (CTNNB1), RNase 모티프를 갖는 헬리카제 (DICER1), Erb-B2 수용체 티로신 키나제 2 (ERBB2), 절제 복구 교차-상보 군 6 (ERCC6), 판코니 빈혈 상보 군 M (FANCM), 판코니 빈혈 상보 군 C (FANCC), 감수분열 재조합 11 (MRE11), mutY DNA 글리코실라제 (MUTYH), 뉴로피브로민 1 (NF1), 엔도뉴클레아제 III-유사 단백질 1 (NTHL1), 포스파티딜이노시톨-4,5-비스포스페이트 3-키나제 촉매 서브유닛 알파 (PIK3CA), 감수분열 분리후 증가 2 (PMS2), 단백질 포스파타제 2 조절 서브유닛 A 알파 (PP2R1A), 단백질 키나제 DNA-활성화 촉매 서브유닛 (PRKDC), DNA 폴리머라제 델타 1 촉매 서브유닛 (POLD1), RAD50 상동체 (RAD50), RAD51 패럴로그 C (RAD51C), 링 핑거 단백질 43 (RNF43), 숙시네이트 데히드로게나제 복합체 철 황 서브유닛 B (SDHB), 숙시네이트 데히드로게나제 복합체 서브유닛 D (SDHD), 크로마틴 서브패밀리 A 구성원의 SWI/SNF 관련 매트릭스 연관 액틴 의존성 조절인자 4 (SMARCA4), 차이니즈 햄스터 세포의 결함 복구를 보완하는 X선 복구 2 (XRCC2), 베르너 증후군 ATP-의존성 헬리카제 (WRN 또는 RECQL), 세포 분열 주기 73 (CDC73), 폴리펩티드 N-아세틸갈락토사미닐트랜스퍼라제 12 (GALNT12), 그렘린 1 (GREM1), 호메오복스 B13 (HOXB13), MutS 상동체 3 (MSH3), DNA 폴리머라제 엡실론 촉매 서브유닛 (POLE), RAD51 레콤비나제 (RAD51), RAD50 인터랙터 1 (RINT1), 40S 리보솜 단백질 S20 (RSP20), SLX4 구조-특이적 엔도뉴클레아제 서브유닛 (SLX4), SMAD 패밀리 구성원 4 (SMAD4), 이중 특이적 단백질 키나제 TTK (TTK), Ras 회합 도메인 패밀리 1 이소형 A (RASSF1A), Runt-관련 전사 인자 3 (RUNX3), 조직 인자 경로 억제제 2 (TFPI2), 분비 프리즐드-관련 단백질 5 (SFRP5), 오피오이드-결합 단백질/세포 부착 분자 (OPCML), O6-알킬구아닌 DNA 알킬트랜스퍼라제 (MGMT), 카데린 13 (CDH13), 술파타제 1 (SULF1), 호메오복스 A9 (HOXA9), 호메오복스 A11 (HOXAD11), 클라우딘 4 (CLDN4), T-세포 분화 단백질 (MAL), 각인된 부위의 조절인자의 브라더 (BORIS), ATP-결합 카세트 슈퍼-패밀리 G 구성원 2 (ABCG2), 튜불린 베타 3 클래스 III (TUBB3), 메틸화 제어된 DNAJ (MCJ), 시누셀린-γ (SNGG), 대안적 판독 프레임 종양 억제인자 (P14ARF), 시클린-의존성 키나제 억제제 2A (CDKN2A 또는 P16INK4A), 시클린-의존성 키나제 4 억제제 B (CDKN2B 또는 P15), 사망-연관 단백질 키나제 1 (DAPK), 칼슘 채널 전압-의존성 T 유형 알파 1G 서브유닛 (CACNA1G 또는 MINT31), 망막모세포종-상호작용 징크-핑거 단백질 1 (RIZ1), 및 메틸화-유도 침묵의 표적 1 (TMS1)을 포함하거나 그로 이루어진 패널을 제공한다.
한 측면에서, 본 발명은 대상체가 난소암을 가질 위험을 수술 전 평가하기 위한 패널로서, 마커 아포지질단백질 A1 (ApoA1), 트랜스페린 (Tfr), 암 항원 125 (CA125), 인간 부고환 단백질 4 (HE4), 여포 자극 호르몬 (FSH), 및 하기로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 마커: 유방암 1 (BRCA1), 유방암 2 (BRCA2), 모세혈관확장성-운동실조 돌연변이 (ATM), BRCA1 연관 링 도메인 1 (BARD1), BRCA1 상호작용 단백질 C-말단 헬리카제 1 (BRIP1), 카데린-1 (CDH1), 체크포인트 키나제 2 (CHEK2), 상피 세포 부착 분자 (EPCAM), MutL 상동체 1 (MLH1), MutS 상동체 2 (MSH2), MutS 상동체 6 (MSH6), 니브린 (NBN), BRCA2의 파트너 및 로컬라이저 (PALB2), 포스파타제 및 텐신 상동체 (PTEN), RAD51 패럴로그 D (RAD51D), 세린/트레오닌 키나제 11 (STK11), 종양 단백질 p53 (TP53), 키르스텐 래트 육종 바이러스성 종양유전자 상동체 (KRAS), BRCA1 A 복합체 서브유닛 아브라삭스 1 (ABRAXAS1 또는 FAM175A), RAC-알파 세린/트레오닌-단백질 키나제 (AKT1 또는 단백질 키나제 B), 결장 선종성 용종증 (APC), 축 억제 단백질 2 (AXIN2), 골 형성 단백질 수용체 유형 1A (BMPR1A), 원-종양유전자 B-Raf (BRAF), 세포 분열 주기 25C (CDC25), 시클린 의존성 키나제 억제제 2A (CDKN2A), 시클린-의존성 키나제 4 (CDK4), 카테닌 베타-1 (CTNNB1), RNase 모티프를 갖는 헬리카제 (DICER1), Erb-B2 수용체 티로신 키나제 2 (ERBB2), 절제 복구 교차-상보 군 6 (ERCC6), 판코니 빈혈 상보 군 M (FANCM), 판코니 빈혈 상보 군 C (FANCC), 감수분열 재조합 11 (MRE11), mutY DNA 글리코실라제 (MUTYH), 뉴로피브로민 1 (NF1), 엔도뉴클레아제 III-유사 단백질 1 (NTHL1), 포스파티딜이노시톨-4,5-비스포스페이트 3-키나제 촉매 서브유닛 알파 (PIK3CA), 감수분열 분리후 증가 2 (PMS2), 단백질 포스파타제 2 조절 서브유닛 A 알파 (PP2R1A), 단백질 키나제 DNA-활성화 촉매 서브유닛 (PRKDC), DNA 폴리머라제 델타 1 촉매 서브유닛 (POLD1), RAD50 상동체 (RAD50), RAD51 패럴로그 C (RAD51C), 링 핑거 단백질 43 (RNF43), 숙시네이트 데히드로게나제 복합체 철 황 서브유닛 B (SDHB), 숙시네이트 데히드로게나제 복합체 서브유닛 D (SDHD), 크로마틴 서브패밀리 A 구성원의 SWI/SNF 관련 매트릭스 연관 액틴 의존성 조절인자 4 (SMARCA4), 차이니즈 햄스터 세포의 결함 복구를 보완하는 X선 복구 2 (XRCC2), 베르너 증후군 ATP-의존성 헬리카제 (WRN 또는 RECQL), 세포 분열 주기 73 (CDC73), 폴리펩티드 N-아세틸갈락토사미닐트랜스퍼라제 12 (GALNT12), 그렘린 1 (GREM1), 호메오복스 B13 (HOXB13), MutS 상동체 3 (MSH3), DNA 폴리머라제 엡실론 촉매 서브유닛 (POLE), RAD51 레콤비나제 (RAD51), RAD50 인터랙터 1 (RINT1), 40S 리보솜 단백질 S20 (RSP20), SLX4 구조-특이적 엔도뉴클레아제 서브유닛 (SLX4), SMAD 패밀리 구성원 4 (SMAD4), 이중 특이적 단백질 키나제 TTK (TTK), Ras 회합 도메인 패밀리 1 이소형 A (RASSF1A), Runt-관련 전사 인자 3 (RUNX3), 조직 인자 경로 억제제 2 (TFPI2), 분비 프리즐드-관련 단백질 5 (SFRP5), 오피오이드-결합 단백질/세포 부착 분자 (OPCML), O6-알킬구아닌 DNA 알킬트랜스퍼라제 (MGMT), 카데린 13 (CDH13), 술파타제 1 (SULF1), 호메오복스 A9 (HOXA9), 호메오복스 A11 (HOXAD11), 클라우딘 4 (CLDN4), T-세포 분화 단백질 (MAL), 각인된 부위의 조절인자의 브라더 (BORIS), ATP-결합 카세트 슈퍼-패밀리 G 구성원 2 (ABCG2), 튜불린 베타 3 클래스 III (TUBB3), 메틸화 제어된 DNAJ (MCJ), 시누셀린-γ (SNGG), 대안적 판독 프레임 종양 억제인자 (P14ARF), 시클린-의존성 키나제 억제제 2A (CDKN2A 또는 P16INK4A), 시클린-의존성 키나제 4 억제제 B (CDKN2B 또는 P15), 사망-연관 단백질 키나제 1 (DAPK), 칼슘 채널 전압-의존성 T 유형 알파 1G 서브유닛 (CACNA1G 또는 MINT31), 망막모세포종-상호작용 징크-핑거 단백질 1 (RIZ1), 및 메틸화-유도 침묵의 표적 1 (TMS1)을 포함하거나 그로 이루어진 패널을 제공한다.
한 측면에서, 본 발명은 대상체가 난소암을 가질 위험을 수술 전 평가하기 위한 패널로서, 마커 트랜스티레틴/프리알부민 (TT), 아포지질단백질 A1 (ApoA1), β2-마이크로글로불린 (β2M), 트랜스페린 (Tfr), 암 항원 125 (CA125), 및 유방암 1 (BRCA1)을 포함하거나 그로 이루어진 패널을 제공한다.
한 측면에서, 본 발명은 대상체가 난소암을 가질 위험을 수술 전 평가하기 위한 패널로서, 마커 트랜스티레틴/프리알부민 (TT), 아포지질단백질 A1 (ApoA1), β2-마이크로글로불린 (β2M), 트랜스페린 (Tfr), 암 항원 125 (CA125), 및 유방암 2 (BRCA2)를 포함하거나 그로 이루어진 패널을 제공한다.
한 측면에서, 본 발명은 대상체가 난소암을 가질 위험을 수술 전 평가하기 위한 패널로서, 마커 트랜스티레틴/프리알부민 (TT), 아포지질단백질 A1 (ApoA1), β2-마이크로글로불린 (β2M), 트랜스페린 (Tfr), 암 항원 125 (CA125), 유방암 1 (BRCA1) 및 유방암 2 (BRCA2)를 포함하거나 그로 이루어진 패널을 제공한다.
한 측면에서, 본 발명은 대상체가 난소암을 가질 위험을 수술 전 평가하기 위한 패널로서, 마커 아포지질단백질 A1 (ApoA1), 트랜스페린 (Tfr), 암 항원 125 (CA125), HE4, 여포 자극 호르몬 (FSH), 및 유방암 1 (BRCA1)을 포함하거나 그로 이루어진 패널을 제공한다.
한 측면에서, 본 발명은 대상체가 난소암을 가질 위험을 수술 전 평가하기 위한 패널로서, 마커 아포지질단백질 A1 (ApoA1), 트랜스페린 (Tfr), 암 항원 125 (CA125), HE4, 여포 자극 호르몬 (FSH), 및 유방암 2 (BRCA2)를 포함하거나 그로 이루어진 패널을 제공한다.
한 측면에서, 본 발명은 대상체가 난소암을 가질 위험을 수술 전 평가하기 위한 패널로서, 마커 아포지질단백질 A1 (ApoA1), 트랜스페린 (Tfr), 암 항원 125 (CA125), 인간 부고환 단백질 4 (HE4), 여포 자극 호르몬 (FSH), 유방암 1 (BRCA1) 및 유방암 2 (BRCA2)를 포함하거나 그로 이루어진 패널을 제공한다.
한 측면에서, 본 발명은 대상체가 난소암을 가질 위험을 수술 전 평가하기 위한 패널로서, 마커 트랜스티레틴/프리알부민 (TT), 아포지질단백질 A1 (ApoA1), β2-마이크로글로불린 (β2M), 트랜스페린 (Tfr), 암 항원 125 (CA125), 인간 부고환 단백질 4 (HE4), 여포 자극 호르몬 (FSH), 및 유방암 1 (BRCA1)을 포함하거나 그로 이루어진 패널을 제공한다.
한 측면에서, 본 발명은 대상체가 난소암을 가질 위험을 수술 전 평가하기 위한 패널로서, 마커 트랜스티레틴/프리알부민 (TT), 아포지질단백질 A1 (ApoA1), β2-마이크로글로불린 (β2M), 트랜스페린 (Tfr), 암 항원 125 (CA125), 인간 부고환 단백질 4 (HE4), 여포 자극 호르몬 (FSH), 및 유방암 2 (BRCA2)를 포함하거나 그로 이루어진 패널을 제공한다.
한 측면에서, 본 발명은 대상체가 난소암을 가질 위험을 수술 전 평가하기 위한 패널로서, 마커 트랜스티레틴/프리알부민 (TT), 아포지질단백질 A1 (ApoA1), β2-마이크로글로불린 (β2M), 트랜스페린 (Tfr), 암 항원 125 (CA125), 인간 부고환 단백질 4 (HE4), 여포 자극 호르몬 (FSH), 유방암 1 (BRCA1), 및 유방암 2 (BRCA2)를 포함하거나 그로 이루어진 패널을 제공한다.
일부 실시양태에서, 본 발명의 패널은 모세혈관확장성-운동실조 돌연변이 (ATM), BRCA1 연관 링 도메인 1 (BARD1), BRCA1 상호작용 단백질 C-말단 헬리카제 1 (BRIP1), 카데린-1 (CDH1), 체크포인트 키나제 2 (CHEK2), 상피 세포 부착 분자 (EPCAM), MutL 상동체 1 (MLH1), MutS 상동체 2 (MSH2), MutS 상동체 6 (MSH6), 니브린 (NBN), BRCA2의 파트너 및 로컬라이저 (PALB2), 포스파타제 및 텐신 상동체 (PTEN), RAD51 패럴로그 D (RAD51D), 세린/트레오닌 키나제 11 (STK11), 종양 단백질 p53 (TP53), 키르스텐 래트 육종 바이러스성 종양유전자 상동체 (KRAS), BRCA1 A 복합체 서브유닛 아브라삭스 1 (ABRAXAS1 또는 FAM175A), RAC-알파 세린/트레오닌-단백질 키나제 (AKT1 또는 단백질 키나제 B), 결장 선종성 용종증 (APC), 축 억제 단백질 2 (AXIN2), 골 형성 단백질 수용체 유형 1A (BMPR1A), 원-종양유전자 B-Raf (BRAF), 세포 분열 주기 25C (CDC25), 시클린 의존성 키나제 억제제 2A (CDKN2A), 시클린-의존성 키나제 4 (CDK4), 카테닌 베타-1 (CTNNB1), RNase 모티프를 갖는 헬리카제 (DICER1), Erb-B2 수용체 티로신 키나제 2 (ERBB2), 절제 복구 교차-상보 군 6 (ERCC6), 판코니 빈혈 상보 군 M (FANCM), 판코니 빈혈 상보 군 C (FANCC), 감수분열 재조합 11 (MRE11), mutY DNA 글리코실라제 (MUTYH), 뉴로피브로민 1 (NF1), 엔도뉴클레아제 III-유사 단백질 1 (NTHL1), 포스파티딜이노시톨-4,5-비스포스페이트 3-키나제 촉매 서브유닛 알파 (PIK3CA), 감수분열 분리후 증가 2 (PMS2), 단백질 포스파타제 2 조절 서브유닛 A 알파 (PP2R1A), 단백질 키나제 DNA-활성화 촉매 서브유닛 (PRKDC), DNA 폴리머라제 델타 1 촉매 서브유닛 (POLD1), RAD50 상동체 (RAD50), RAD51 패럴로그 C (RAD51C), 링 핑거 단백질 43 (RNF43), 숙시네이트 데히드로게나제 복합체 철 황 서브유닛 B (SDHB), 숙시네이트 데히드로게나제 복합체 서브유닛 D (SDHD), 크로마틴 서브패밀리 A 구성원의 SWI/SNF 관련 매트릭스 연관 액틴 의존성 조절인자 4 (SMARCA4), 차이니즈 햄스터 세포의 결함 복구를 보완하는 X선 복구 2 (XRCC2), 베르너 증후군 ATP-의존성 헬리카제 (WRN 또는 RECQL), 세포 분열 주기 73 (CDC73), 폴리펩티드 N-아세틸갈락토사미닐트랜스퍼라제 12 (GALNT12), 그렘린 1 (GREM1), 호메오복스 B13 (HOXB13), MutS 상동체 3 (MSH3), DNA 폴리머라제 엡실론 촉매 서브유닛 (POLE), RAD51 레콤비나제 (RAD51), RAD50 인터랙터 1 (RINT1), 40S 리보솜 단백질 S20 (RSP20), SLX4 구조-특이적 엔도뉴클레아제 서브유닛 (SLX4), SMAD 패밀리 구성원 4 (SMAD4), 이중 특이적 단백질 키나제 TTK (TTK), Ras 회합 도메인 패밀리 1 이소형 A (RASSF1A), Runt-관련 전사 인자 3 (RUNX3), 조직 인자 경로 억제제 2 (TFPI2), 분비 프리즐드-관련 단백질 5 (SFRP5), 오피오이드-결합 단백질/세포 부착 분자 (OPCML), O6-알킬구아닌 DNA 알킬트랜스퍼라제 (MGMT), 카데린 13 (CDH13), 술파타제 1 (SULF1), 호메오복스 A9 (HOXA9), 호메오복스 A11 (HOXAD11), 클라우딘 4 (CLDN4), T-세포 분화 단백질 (MAL), 각인된 부위의 조절인자의 브라더 (BORIS), ATP-결합 카세트 슈퍼-패밀리 G 구성원 2 (ABCG2), 튜불린 베타 3 클래스 III (TUBB3), 메틸화 제어된 DNAJ (MCJ), 시누셀린-γ (SNGG), 대안적 판독 프레임 종양 억제인자 (P14ARF), 시클린-의존성 키나제 억제제 2A (CDKN2A 또는 P16INK4A), 시클린-의존성 키나제 4 억제제 B (CDKN2B 또는 P15), 사망-연관 단백질 키나제 1 (DAPK), 칼슘 채널 전압-의존성 T 유형 알파 1G 서브유닛 (CACNA1G 또는 MINT31), 망막모세포종-상호작용 징크-핑거 단백질 1 (RIZ1), 및 메틸화-유도 침묵의 표적 1 (TMS1)로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 마커를 추가로 포함한다.
일부 실시양태에서, 마커 각각은 별도의 포획 시약에 결합된다. 한 실시양태에서, 포획 시약은 고체 지지체에 부착된다. 한 실시양태에서, 고체 지지체는 플레이트, 칩, 비드, 미세유체 플랫폼, 멤브레인, 평면 마이크로어레이, 또는 서스펜션 어레이이다. 한 실시양태에서, 포획 시약은 항체, 압타머, 아피바디, 혼성화 프로브 및/또는 그의 단편이다. 한 실시양태에서, 각각의 포획 시약은 마커 중 하나에 특이적으로 결합한다.
일부 측면에서, 본 발명의 패널은 대상체가 난소암을 가질 위험을 수술 전 평가하기 위한 방법에서 사용될 수 있다.
한 측면에서, 본 발명은 본원에 제공된 바와 같은 패널 중 임의의 것을 사용하여 대상체로부터의 생물학적 샘플에서 마커를 특성화하는 것을 포함하는, 대상체가 난소암을 가질 위험을 수술 전 평가하기 위한 방법을 제공한다.
한 측면에서, 본 발명은 (a) 대상체로부터 유래된 생물학적 샘플에서 트랜스티레틴/프리알부민 (TT), 아포지질단백질 A1 (ApoA1), β2-마이크로글로불린 (β2M), 트랜스페린 (Tfr), 암 항원 125 (CA125), 인간 부고환 단백질 4 (HE4), 및 여포 자극 호르몬 (FSH)을 포함하거나 그로 이루어진 마커를 특성화하여 제1 점수를 결정하며, 여기서 제1 점수는 대상체가 높은, 중간 또는 낮은 암 위험을 갖는지 확인하는 것; 및 (b) 제1 점수에 의해 중간 암 위험을 갖는 것으로 확인된 대상체로부터 유래된 생물학적 샘플에서 CA125, β2M, Tfr, TT 및 ApoA1을 포함하거나 그로 이루어진 마커를 특성화하여 제2 점수를 결정하며, 여기서 제2 점수는 대상체가 낮은 또는 높은 암 위험을 갖는지 확인하는 것을 포함하는, 대상체가 난소암의 높은 또는 낮은 위험을 갖는지 수술 전 평가하기 위한 방법을 제공한다.
한 측면에서, 본 발명은 (a) 대상체로부터 유래된 생물학적 샘플에서 트랜스티레틴/프리알부민 (TT), 아포지질단백질 A1 (ApoA1), β2-마이크로글로불린 (β2M), 트랜스페린 (Tfr), 암 항원 125 (CA125), 인간 부고환 단백질 4 (HE4), 및 여포 자극 호르몬 (FSH)을 포함하거나 그로 이루어진 마커를 특성화하여 제1 점수를 결정하며, 여기서 제1 점수는 대상체가 높은, 중간 또는 낮은 암 위험을 갖는지 확인하는 것; 및 (b) 제1 점수에 의해 중간 암 위험을 갖는 것으로 확인된 대상체로부터 유래된 생물학적 샘플에서 FSH, CA125, HE4, Tfr, 및 ApoA1을 포함하거나 그로 이루어진 마커를 특성화하여 제2 점수를 결정하며, 여기서 제2 점수는 대상체가 낮은 또는 높은 암 위험을 갖는지 확인하는 것을 포함하는, 대상체가 난소암의 높은 또는 낮은 위험을 갖는지 수술 전 평가하기 위한 방법을 제공한다.
한 측면에서, 본 발명은 (a) 대상체로부터 유래된 생물학적 샘플에서 트랜스티레틴/프리알부민 (TT), 아포지질단백질 A1 (ApoA1), β2-마이크로글로불린 (β2M), 트랜스페린 (Tfr), 암 항원 125 (CA125), 인간 부고환 단백질 4 (HE4), 및 여포 자극 호르몬 (FSH)을 포함하거나 그로 이루어진 마커를 특성화하여 제1 점수를 결정하며, 여기서 제1 점수는 대상체가 높은, 중간 또는 낮은 암 위험을 갖는지 확인하는 것; (b) 제1 점수에 의해 중간 암 위험을 갖는 것으로 확인된 대상체로부터 유래된 생물학적 샘플에서 CA125, β2M, Tfr, TT 및 ApoA1을 포함하거나 그로 이루어진 마커를 특성화하여 제2 점수를 결정하며, 이 제2 점수는 대상체가 낮은, 중간, 또는 높은 위험을 갖는지 확인하는 것; 및 (c) 제2 점수에 의해 중간 또는 높은 암 위험을 갖는 것으로 확인된 대상체로부터 유래된 생물학적 샘플에서 FSH, CA125, HE4, Tfr, 및 ApoA1을 포함하거나 그로 이루어진 마커를 특성화하여 제3 점수를 결정하며, 여기서 제3 점수는 대상체가 낮은 또는 높은 암 위험을 갖는지 확인하는 것을 포함하는, 대상체가 난소암의 높은 또는 낮은 위험을 갖는지 수술 전 평가하기 위한 방법을 제공한다.
한 측면에서, 본 발명은 무증상 대상체를 수술 전 평가하기 위한 방법으로서, (a) 상기 대상체로부터 유래된 생물학적 샘플에서 트랜스티레틴/프리알부민 (TT), 아포지질단백질 A1 (ApoA1), β2-마이크로글로불린 (β2M), 트랜스페린 (Tfr), 암 항원 125 (CA125), 인간 부고환 단백질 4 (HE4), 및 여포 자극 호르몬 (FSH)을 포함하거나 그로 이루어진 마커를 특성화하여 제1 점수를 결정하며, 여기서 제1 점수는 대상체가 높은, 중간 또는 낮은 암 위험을 갖는지 확인하는 것; 및 (b) 제1 점수에 의해 높은, 중간 또는 낮은 암 위험을 갖는 것으로 확인된 대상체로부터 유래된 생물학적 샘플에서 유방암 1 (BRCA1), 유방암 2 (BRCA2), 모세혈관확장성-운동실조 돌연변이 (ATM), BRCA1 연관 링 도메인 1 (BARD1), BRCA1 상호작용 단백질 C-말단 헬리카제 1 (BRIP1), 카데린-1 (CDH1), 체크포인트 키나제 2 (CHEK2), 상피 세포 부착 분자 (EPCAM), MutL 상동체 1 (MLH1), MutS 상동체 2 (MSH2), MutS 상동체 6 (MSH6), 니브린 (NBN), BRCA2의 파트너 및 로컬라이저 (PALB2), 포스파타제 및 텐신 상동체 (PTEN), RAD51 패럴로그 D (RAD51D), 세린/트레오닌 키나제 11 (STK11), 종양 단백질 p53 (TP53), 키르스텐 래트 육종 바이러스성 종양유전자 상동체 (KRAS), BRCA1 A 복합체 서브유닛 아브라삭스 1 (ABRAXAS1 또는 FAM175A), RAC-알파 세린/트레오닌-단백질 키나제 (AKT1 또는 단백질 키나제 B), 결장 선종성 용종증 (APC), 축 억제 단백질 2 (AXIN2), 골 형성 단백질 수용체 유형 1A (BMPR1A), 원-종양유전자 B-Raf (BRAF), 세포 분열 주기 25C (CDC25), 시클린 의존성 키나제 억제제 2A (CDKN2A), 시클린-의존성 키나제 4 (CDK4), 카테닌 베타-1 (CTNNB1), RNase 모티프를 갖는 헬리카제 (DICER1), Erb-B2 수용체 티로신 키나제 2 (ERBB2), 절제 복구 교차-상보 군 6 (ERCC6), 판코니 빈혈 상보 군 M (FANCM), 판코니 빈혈 상보 군 C (FANCC), 감수분열 재조합 11 (MRE11), mutY DNA 글리코실라제 (MUTYH), 뉴로피브로민 1 (NF1), 엔도뉴클레아제 III-유사 단백질 1 (NTHL1), 포스파티딜이노시톨-4,5-비스포스페이트 3-키나제 촉매 서브유닛 알파 (PIK3CA), 감수분열 분리후 증가 2 (PMS2), 단백질 포스파타제 2 조절 서브유닛 A 알파 (PP2R1A), 단백질 키나제 DNA-활성화 촉매 서브유닛 (PRKDC), DNA 폴리머라제 델타 1 촉매 서브유닛 (POLD1), RAD50 상동체 (RAD50), RAD51 패럴로그 C (RAD51C), 링 핑거 단백질 43 (RNF43), 숙시네이트 데히드로게나제 복합체 철 황 서브유닛 B (SDHB), 숙시네이트 데히드로게나제 복합체 서브유닛 D (SDHD), 크로마틴 서브패밀리 A 구성원의 SWI/SNF 관련 매트릭스 연관 액틴 의존성 조절인자 4 (SMARCA4), 차이니즈 햄스터 세포의 결함 복구를 보완하는 X선 복구 2 (XRCC2), 베르너 증후군 ATP-의존성 헬리카제 (WRN 또는 RECQL), 세포 분열 주기 73 (CDC73), 폴리펩티드 N-아세틸갈락토사미닐트랜스퍼라제 12 (GALNT12), 그렘린 1 (GREM1), 호메오복스 B13 (HOXB13), MutS 상동체 3 (MSH3), DNA 폴리머라제 엡실론 촉매 서브유닛 (POLE), RAD51 레콤비나제 (RAD51), RAD50 인터랙터 1 (RINT1), 40S 리보솜 단백질 S20 (RSP20), SLX4 구조-특이적 엔도뉴클레아제 서브유닛 (SLX4), SMAD 패밀리 구성원 4 (SMAD4), 이중 특이적 단백질 키나제 TTK (TTK), Ras 회합 도메인 패밀리 1 이소형 A (RASSF1A), Runt-관련 전사 인자 3 (RUNX3), 조직 인자 경로 억제제 2 (TFPI2), 분비 프리즐드-관련 단백질 5 (SFRP5), 오피오이드-결합 단백질/세포 부착 분자 (OPCML), O6-알킬구아닌 DNA 알킬트랜스퍼라제 (MGMT), 카데린 13 (CDH13), 술파타제 1 (SULF1), 호메오복스 A9 (HOXA9), 호메오복스 A11 (HOXAD11), 클라우딘 4 (CLDN4), T-세포 분화 단백질 (MAL), 각인된 부위의 조절인자의 브라더 (BORIS), ATP-결합 카세트 슈퍼-패밀리 G 구성원 2 (ABCG2), 튜불린 베타 3 클래스 III (TUBB3), 메틸화 제어된 DNAJ (MCJ), 시누셀린-γ (SNGG), 대안적 판독 프레임 종양 억제인자 (P14ARF), 시클린-의존성 키나제 억제제 2A (CDKN2A 또는 P16INK4A), 시클린-의존성 키나제 4 억제제 B (CDKN2B 또는 P15), 사망-연관 단백질 키나제 1 (DAPK), 칼슘 채널 전압-의존성 T 유형 알파 1G 서브유닛 (CACNA1G 또는 MINT31), 망막모세포종-상호작용 징크-핑거 단백질 1 (RIZ1), 및 메틸화-유도 침묵의 표적 1 (TMS1)로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 마커를 특성화하며, 여기서 하나 이상의 마커에서 하나 이상의 돌연변이의 존재 또는 하나 이상의 마커에서 비정상적인 메틸화의 존재는 상기 대상체가 하나 이상의 마커에서 돌연변이 또는 비정상적인 메틸화를 갖지 않는 대상체에 비해 더 높은 [증가된] 암 위험을 갖는다는 것을 확인하는 것을 포함하는, 무증상 대상체를 수술 전 평가하기 위한 방법을 제공한다. 한 실시양태에서, 하나 이상의 마커에서 하나 이상의 돌연변이의 존재 또는 하나 이상의 마커에서 비정상적인 메틸화의 존재는 대상체가 치료적 개입을 필요로 한다는 것을 확인한다. 한 실시양태에서, 하나 이상의 마커에서 하나 이상의 돌연변이의 존재 또는 하나 이상의 마커에서 비정상적인 메틸화의 존재는 높은 암 위험을 갖는 것으로 확인된 대상체가 치료적 개입을 필요로 한다는 것을 확인한다. 한 실시양태에서, 비정상적인 메틸화는 과메틸화이다. 한 실시양태에서, 비정상적인 메틸화는 저메틸화이다. 한 실시양태에서, 치료적 개입은 수술이다.
일부 실시양태에서, 본 발명의 방법은 제1 점수에 의해 높은, 중간 또는 낮은 암 위험을 갖는 것으로 확인된 대상체로부터 유래된 생물학적 샘플에서 유방암 1 (BRCA1), 유방암 2 (BRCA2), 모세혈관확장성-운동실조 돌연변이 (ATM), BRCA1 연관 링 도메인 1 (BARD1), BRCA1 상호작용 단백질 C-말단 헬리카제 1 (BRIP1), 카데린-1 (CDH1), 체크포인트 키나제 2 (CHEK2), 상피 세포 부착 분자 (EPCAM), MutL 상동체 1 (MLH1), MutS 상동체 2 (MSH2), MutS 상동체 6 (MSH6), 니브린 (NBN), BRCA2의 파트너 및 로컬라이저 (PALB2), 포스파타제 및 텐신 상동체 (PTEN), RAD51 패럴로그 D (RAD51D), 세린/트레오닌 키나제 11 (STK11), 종양 단백질 p53 (TP53), 키르스텐 래트 육종 바이러스성 종양유전자 상동체 (KRAS), BRCA1 A 복합체 서브유닛 아브라삭스 1 (ABRAXAS1 또는 FAM175A), RAC-알파 세린/트레오닌-단백질 키나제 (AKT1 또는 단백질 키나제 B), 결장 선종성 용종증 (APC), 축 억제 단백질 2 (AXIN2), 골 형성 단백질 수용체 유형 1A (BMPR1A), 원-종양유전자 B-Raf (BRAF), 세포 분열 주기 25C (CDC25), 시클린 의존성 키나제 억제제 2A (CDKN2A), 시클린-의존성 키나제 4 (CDK4), 카테닌 베타-1 (CTNNB1), RNase 모티프를 갖는 헬리카제 (DICER1), Erb-B2 수용체 티로신 키나제 2 (ERBB2), 절제 복구 교차-상보 군 6 (ERCC6), 판코니 빈혈 상보 군 M (FANCM), 판코니 빈혈 상보 군 C (FANCC), 감수분열 재조합 11 (MRE11), mutY DNA 글리코실라제 (MUTYH), 뉴로피브로민 1 (NF1), 엔도뉴클레아제 III-유사 단백질 1 (NTHL1), 포스파티딜이노시톨-4,5-비스포스페이트 3-키나제 촉매 서브유닛 알파 (PIK3CA), 감수분열 분리후 증가 2 (PMS2), 단백질 포스파타제 2 조절 서브유닛 A 알파 (PP2R1A), 단백질 키나제 DNA-활성화 촉매 서브유닛 (PRKDC), DNA 폴리머라제 델타 1 촉매 서브유닛 (POLD1), RAD50 상동체 (RAD50), RAD51 패럴로그 C (RAD51C), 링 핑거 단백질 43 (RNF43), 숙시네이트 데히드로게나제 복합체 철 황 서브유닛 B (SDHB), 숙시네이트 데히드로게나제 복합체 서브유닛 D (SDHD), 크로마틴 서브패밀리 A 구성원의 SWI/SNF 관련 매트릭스 연관 액틴 의존성 조절인자 4 (SMARCA4), 차이니즈 햄스터 세포의 결함 복구를 보완하는 X선 복구 2 (XRCC2), 베르너 증후군 ATP-의존성 헬리카제 (WRN 또는 RECQL), 세포 분열 주기 73 (CDC73), 폴리펩티드 N-아세틸갈락토사미닐트랜스퍼라제 12 (GALNT12), 그렘린 1 (GREM1), 호메오복스 B13 (HOXB13), MutS 상동체 3 (MSH3), DNA 폴리머라제 엡실론 촉매 서브유닛 (POLE), RAD51 레콤비나제 (RAD51), RAD50 인터랙터 1 (RINT1), 40S 리보솜 단백질 S20 (RSP20), SLX4 구조-특이적 엔도뉴클레아제 서브유닛 (SLX4), SMAD 패밀리 구성원 4 (SMAD4), 및 이중 특이적 단백질 키나제 TTK (TTK), Ras 회합 도메인 패밀리 1 이소형 A (RASSF1A), Runt-관련 전사 인자 3 (RUNX3), 조직 인자 경로 억제제 2 (TFPI2), 분비 프리즐드-관련 단백질 5 (SFRP5), 오피오이드-결합 단백질/세포 부착 분자 (OPCML), O6-알킬구아닌 DNA 알킬트랜스퍼라제 (MGMT), 카데린 13 (CDH13), 술파타제 1 (SULF1), 호메오복스 A9 (HOXA9), 호메오복스 A11 (HOXAD11), 클라우딘 4 (CLDN4), T-세포 분화 단백질 (MAL), 각인된 부위의 조절인자의 브라더 (BORIS), ATP-결합 카세트 슈퍼-패밀리 G 구성원 2 (ABCG2), 튜불린 베타 3 클래스 III (TUBB3), 메틸화 제어된 DNAJ (MCJ), 시누셀린-γ (SNGG), 대안적 판독 프레임 종양 억제인자 (P14ARF), 시클린-의존성 키나제 억제제 2A (CDKN2A 또는 P16INK4A), 시클린-의존성 키나제 4 억제제 B (CDKN2B 또는 P15), 사망-연관 단백질 키나제 1 (DAPK), 칼슘 채널 전압-의존성 T 유형 알파 1G 서브유닛 (CACNA1G 또는 MINT31), 망막모세포종-상호작용 징크-핑거 단백질 1 (RIZ1), 및 메틸화-유도 침묵의 표적 1 (TMS1)로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 마커를 특성화하며, 여기서 하나 이상의 마커에서 하나 이상의 돌연변이의 존재 또는 하나 이상의 마커에서 비정상적인 메틸화의 존재는 상기 대상체가 하나 이상의 마커에서 하나 이상의 돌연변이 또는 비정상적인 메틸화를 갖지 않는 대상체에 비해 더 높은 [증가된] 암 위험을 갖는다는 것을 확인하는 것을 추가로 포함하는 방법을 제공한다. 한 실시양태에서, 하나 이상의 마커에서 하나 이상의 돌연변이의 존재 또는 하나 이상의 마커에서 비정상적인 메틸화의 존재는 대상체가 치료적 개입을 필요로 한다는 것을 확인한다. 한 실시양태에서, 하나 이상의 마커에서 하나 이상의 돌연변이의 존재 또는 하나 이상의 마커에서 비정상적인 메틸화의 존재는 높은 암 위험을 갖는 것으로 확인된 대상체가 치료적 개입을 필요로 한다는 것을 확인한다. 한 실시양태에서, 비정상적인 메틸화는 과메틸화이다. 한 실시양태에서, 비정상적인 메틸화는 저메틸화이다. 한 실시양태에서, 치료적 개입은 수술이다.
한 측면에서, 본 발명은 하나 이상의 생식세포 및/또는 체세포 마커에서 하나 이상의 돌연변이 또는 비정상적인 메틸화를 갖는 대상체를 수술 전 모니터링하기 위한 방법으로서, (a) 상기 대상체로부터 유래된 제1 생물학적 샘플에서 트랜스티레틴/프리알부민 (TT), 아포지질단백질 A1 (ApoA1), β2-마이크로글로불린 (β2M), 트랜스페린 (Tfr), 암 항원 125 (CA125), 인간 부고환 단백질 4 (HE4), 및 여포 자극 호르몬 (FSH)을 포함하거나 그로 이루어진 마커를 특성화하여 제1 시점에서 제1 점수를 결정하며, 여기서 제1 점수는 대상체가 높은, 중간 또는 낮은 난소암 위험을 갖는지 확인하는 것; 및 (b) 하나 이상의 시점에서 중간 또는 낮은 난소암 위험을 갖는 것으로 확인된 대상체로부터의 하나 이상의 생물학적 샘플에서 단계 (a)를 반복하여, 대상체를 모니터링하는 것을 포함하는, 하나 이상의 생식세포 및/또는 체세포 마커에서 하나 이상의 돌연변이 또는 비정상적인 메틸화를 갖는 대상체를 수술 전 모니터링하기 위한 방법을 제공한다.
한 측면에서, 본 발명은 하나 이상의 생식세포 및/또는 체세포 마커에서 하나 이상의 돌연변이 또는 비정상적인 메틸화를 갖는 대상체를 수술 전 모니터링하기 위한 방법으로서, (a) 상기 대상체로부터 유래된 제1 생물학적 샘플에서 트랜스티레틴/프리알부민 (TT), 아포지질단백질 A1 (ApoA1), β2-마이크로글로불린 (β2M), 트랜스페린 (Tfr), 암 항원 125 (CA125), 인간 부고환 단백질 4 (HE4), 및 여포 자극 호르몬 (FSH)을 포함하거나 그로 이루어진 마커를 특성화하여 제1 시점에서 제1 점수를 결정하며, 여기서 제1 점수는 대상체가 높은, 중간 또는 낮은 난소암 위험을 갖는지 확인하는 것; (b) 제1 점수에 의해 낮은 또는 중간 암 위험을 갖는 것으로 확인된 대상체로부터 유래된 생물학적 샘플에서 CA125, β2M, Tfr, TT 및 ApoA1을 포함하거나 그로 이루어진 마커를 특성화하여 제1 시점에서 제2 점수를 결정하며, 여기서 제2 점수는 대상체가 낮은 또는 높은 암 위험을 갖는지 확인하는 것; 및 (c) 하나 이상의 시점에서 단계 (b)에서 낮은 난소암 위험을 갖는 것으로 확인된 대상체로부터의 하나 이상의 생물학적 샘플에서 단계 (a) 및 (b)를 반복하여, 대상체를 모니터링하는 것을 포함하는, 하나 이상의 생식세포 및/또는 체세포 마커에서 하나 이상의 돌연변이 또는 비정상적인 메틸화를 갖는 대상체를 수술 전 모니터링하기 위한 방법을 제공한다.
한 측면에서, 본 발명은 하나 이상의 생식세포 및/또는 체세포 마커에서 하나 이상의 돌연변이 또는 비정상적인 메틸화를 갖는 대상체를 수술 전 모니터링하기 위한 방법으로서, (a) 상기 대상체로부터 유래된 제1 생물학적 샘플에서 트랜스티레틴/프리알부민 (TT), 아포지질단백질 A1 (ApoA1), β2-마이크로글로불린 (β2M), 트랜스페린 (Tfr), 암 항원 125 (CA125), 인간 부고환 단백질 4 (HE4), 및 여포 자극 호르몬 (FSH)을 포함하거나 그로 이루어진 마커를 특성화하여 제1 시점에서 제1 점수를 결정하며, 여기서 제1 점수는 대상체가 높은, 중간 또는 낮은 난소암 위험을 갖는지 확인하는 것; (b) 제1 점수에 의해 낮은 또는 중간 암 위험을 갖는 것으로 확인된 대상체로부터 유래된 생물학적 샘플에서 FSH, CA125, HE4, Tfr, 및 ApoA1을 포함하거나 그로 이루어진 마커를 특성화하여 제1 시점에서 제2 점수를 결정하며, 여기서 제2 점수는 대상체가 낮은 또는 높은 암 위험을 갖는지 확인하는 것; 및 (c) 하나 이상의 시점에서 단계 (b)에서 낮은 난소암 위험을 갖는 것으로 확인된 대상체로부터의 하나 이상의 생물학적 샘플에서 단계 (a) 및 (b)를 반복하여, 대상체를 모니터링하는 것을 포함하는, 하나 이상의 생식세포 및/또는 체세포 마커에서 하나 이상의 돌연변이 또는 비정상적인 메틸화를 갖는 대상체를 수술 전 모니터링하기 위한 방법을 제공한다.
한 측면에서, 본 발명은 낮은 또는 중간 난소암 위험을 갖는 것으로 확인된 하나 이상의 생식세포 및/또는 체세포 마커에서 하나 이상의 돌연변이 또는 비정상적인 메틸화를 갖는 대상체를 수술 전 모니터링하기 위한 방법으로서, (a) 상기 대상체로부터 유래된 제1 생물학적 샘플에서 트랜스티레틴/프리알부민 (TT), 아포지질단백질 A1 (ApoA1), β2-마이크로글로불린 (β2M), 트랜스페린 (Tfr), 암 항원 125 (CA125), 인간 부고환 단백질 4 (HE4), 및 여포 자극 호르몬 (FSH)을 포함하거나 그로 이루어진 마커를 특성화하여 제1 시점에서 제1 점수를 결정하며, 여기서 제1 점수는 대상체가 높은, 중간 또는 낮은 난소암 위험을 갖는지 확인하는 것; (b) 제1 점수에 의해 낮은, 중간 암 위험을 갖는 것으로 확인된 대상체로부터 유래된 생물학적 샘플에서 CA125, β2M, Tfr, TT 및 ApoA1을 포함하거나 그로 이루어진 마커를 특성화하여 제1 시점에서 제2 점수를 결정하며, 여기서 제2 점수는 대상체가 낮은, 중간 또는 높은 암 위험을 갖는지 확인하는 것; (c) 제2 점수에 의해 중간 또는 높은 암 위험을 갖는 것으로 확인된 대상체로부터 유래된 생물학적 샘플에서 FSH, CA125, HE4, Tfr, 및 ApoA1을 포함하거나 그로 이루어진 마커를 특성화하여 제1 시점에서 제3 점수를 결정하며, 여기서 제3 점수는 대상체가 낮은 또는 높은 암 위험을 갖는지 확인하는 것; 및 (d) 하나 이상의 시점에서 단계 (b)에서 낮은 또는 중간 위험 또는 단계 (c)에서 낮은 난소암 위험을 갖는 것으로 확인된 대상체로부터의 하나 이상의 생물학적 샘플에서 단계 (a)-(c)를 반복하여, 대상체를 모니터링하는 것을 포함하는, 낮은 또는 중간 난소암 위험을 갖는 것으로 확인된 하나 이상의 생식세포 및/또는 체세포 마커에서 하나 이상의 돌연변이 또는 비정상적인 메틸화를 갖는 대상체를 수술 전 모니터링하기 위한 방법을 제공한다.
일부 실시양태에서, 하나 이상의 생식세포 및/또는 체세포 마커는 유방암 1 (BRCA1), 유방암 2 (BRCA2), 모세혈관확장성-운동실조 돌연변이 (ATM), BRCA1 연관 링 도메인 1 (BARD1), BRCA1 상호작용 단백질 C-말단 헬리카제 1 (BRIP1), 카데린-1 (CDH1), 체크포인트 키나제 2 (CHEK2), 상피 세포 부착 분자 (EPCAM), MutL 상동체 1 (MLH1), MutS 상동체 2 (MSH2), MutS 상동체 6 (MSH6), 니브린 (NBN), BRCA2의 파트너 및 로컬라이저 (PALB2), 포스파타제 및 텐신 상동체 (PTEN), RAD51 패럴로그 D (RAD51D), 세린/트레오닌 키나제 11 (STK11), 종양 단백질 p53 (TP53), 키르스텐 래트 육종 바이러스성 종양유전자 상동체 (KRAS), BRCA1 A 복합체 서브유닛 아브라삭스 1 (ABRAXAS1 또는 FAM175A), RAC-알파 세린/트레오닌-단백질 키나제 (AKT1 또는 단백질 키나제 B), 결장 선종성 용종증 (APC), 축 억제 단백질 2 (AXIN2), 골 형성 단백질 수용체 유형 1A (BMPR1A), 원-종양유전자 B-Raf (BRAF), 세포 분열 주기 25C (CDC25), 시클린 의존성 키나제 억제제 2A (CDKN2A), 시클린-의존성 키나제 4 (CDK4), 카테닌 베타-1 (CTNNB1), RNase 모티프를 갖는 헬리카제 (DICER1), Erb-B2 수용체 티로신 키나제 2 (ERBB2), 절제 복구 교차-상보 군 6 (ERCC6), 판코니 빈혈 상보 군 M (FANCM), 판코니 빈혈 상보 군 C (FANCC), 감수분열 재조합 11 (MRE11), mutY DNA 글리코실라제 (MUTYH), 뉴로피브로민 1 (NF1), 엔도뉴클레아제 III-유사 단백질 1 (NTHL1), 포스파티딜이노시톨-4,5-비스포스페이트 3-키나제 촉매 서브유닛 알파 (PIK3CA), 감수분열 분리후 증가 2 (PMS2), 단백질 포스파타제 2 조절 서브유닛 A 알파 (PP2R1A), 단백질 키나제 DNA-활성화 촉매 서브유닛 (PRKDC), DNA 폴리머라제 델타 1 촉매 서브유닛 (POLD1), RAD50 상동체 (RAD50), RAD51 패럴로그 C (RAD51C), 링 핑거 단백질 43 (RNF43), 숙시네이트 데히드로게나제 복합체 철 황 서브유닛 B (SDHB), 숙시네이트 데히드로게나제 복합체 서브유닛 D (SDHD), 크로마틴 서브패밀리 A 구성원의 SWI/SNF 관련 매트릭스 연관 액틴 의존성 조절인자 4 (SMARCA4), 차이니즈 햄스터 세포의 결함 복구를 보완하는 X선 복구 2 (XRCC2), 베르너 증후군 ATP-의존성 헬리카제 (WRN 또는 RECQL), 세포 분열 주기 73 (CDC73), 폴리펩티드 N-아세틸갈락토사미닐트랜스퍼라제 12 (GALNT12), 그렘린 1 (GREM1), 호메오복스 B13 (HOXB13), MutS 상동체 3 (MSH3), DNA 폴리머라제 엡실론 촉매 서브유닛 (POLE), RAD51 레콤비나제 (RAD51), RAD50 인터랙터 1 (RINT1), 40S 리보솜 단백질 S20 (RSP20), SLX4 구조-특이적 엔도뉴클레아제 서브유닛 (SLX4), SMAD 패밀리 구성원 4 (SMAD4), 및 이중 특이적 단백질 키나제 TTK (TTK), Ras 회합 도메인 패밀리 1 이소형 A (RASSF1A), Runt-관련 전사 인자 3 (RUNX3), 조직 인자 경로 억제제 2 (TFPI2), 분비 프리즐드-관련 단백질 5 (SFRP5), 오피오이드-결합 단백질/세포 부착 분자 (OPCML), O6-알킬구아닌 DNA 알킬트랜스퍼라제 (MGMT), 카데린 13 (CDH13), 술파타제 1 (SULF1), 호메오복스 A9 (HOXA9), 호메오복스 A11 (HOXAD11), 클라우딘 4 (CLDN4), T-세포 분화 단백질 (MAL), 각인된 부위의 조절인자의 브라더 (BORIS), ATP-결합 카세트 슈퍼-패밀리 G 구성원 2 (ABCG2), 튜불린 베타 3 클래스 III (TUBB3), 메틸화 제어된 DNAJ (MCJ), 시누셀린-γ (SNGG), 대안적 판독 프레임 종양 억제인자 (P14ARF), 시클린-의존성 키나제 억제제 2A (CDKN2A 또는 P16INK4A), 시클린-의존성 키나제 4 억제제 B (CDKN2B 또는 P15), 사망-연관 단백질 키나제 1 (DAPK), 칼슘 채널 전압-의존성 T 유형 알파 1G 서브유닛 (CACNA1G 또는 MINT31), 망막모세포종-상호작용 징크-핑거 단백질 1 (RIZ1), 및 메틸화-유도 침묵의 표적 1 (TMS1)로 이루어진 군으로부터 선택된다.
한 측면에서, 본 발명은 자궁부속기 종괴를 갖는 대상체를 수술 전 모니터링하기 위한 방법으로서, (a) 상기 대상체로부터 유래된 생물학적 샘플에서 트랜스티레틴/프리알부민 (TT), 아포지질단백질 A1 (ApoA1), β2-마이크로글로불린 (β2M), 트랜스페린 (Tfr), 암 항원 125 (CA125), 인간 부고환 단백질 4 (HE4), 및 여포 자극 호르몬 (FSH)을 포함하거나 그로 이루어진 마커를 특성화하여 제1 시점에서 제1 점수를 결정하며, 여기서 제1 점수는 대상체가 높은, 중간 또는 낮은 난소암 위험을 갖는지 확인하는 것; (b) 제1 점수에 의해 중간 암 위험을 갖는 것으로 확인된 대상체로부터 유래된 생물학적 샘플에서 CA125, β2M, 트랜스페린, 트랜스티레틴 및 ApoA1을 포함하거나 그로 이루어진 마커를 특성화하여 제1 시점에서 제2 점수를 결정하며, 여기서 제2 점수는 대상체가 낮은 또는 높은 암 위험을 갖는지 확인하는 것; 및 (c) 하나 이상의 시점에서 단계 (b)에서 난소암 위험의 낮은 위험을 갖는 것으로 확인된 대상체로부터의 하나 이상의 생물학적 샘플에서 단계 (a) 및 (b)를 반복하여, 대상체를 모니터링하는 것을 포함하는, 자궁부속기 종괴를 갖는 대상체를 수술 전 모니터링하기 위한 방법을 제공한다.
한 측면에서, 본 발명은 자궁부속기 종괴를 갖는 대상체를 수술 전 모니터링하기 위한 방법으로서, (a) 상기 대상체로부터 유래된 생물학적 샘플에서 트랜스티레틴/프리알부민 (TT), 아포지질단백질 A1 (ApoA1), β2-마이크로글로불린 (β2M), 트랜스페린 (Tfr), 암 항원 125 (CA125), 인간 부고환 단백질 4 (HE4), 및 여포 자극 호르몬 (FSH)을 포함하거나 그로 이루어진 마커를 특성화하여 제1 시점에서 제1 점수를 결정하며, 여기서 제1 점수는 대상체가 높은, 중간 또는 낮은 난소암 위험을 갖는지 확인하는 것; (b) 제1 점수에 의해 중간 암 위험을 갖는 것으로 확인된 대상체로부터 유래된 생물학적 샘플에서 FSH, CA125, HE4, Tfr, 및 ApoA1을 포함하거나 그로 이루어진 마커를 특성화하여 제1 시점에서 제2 점수를 결정하며, 여기서 제2 점수는 대상체가 낮은 또는 높은 난소암 위험을 갖는지 확인하는 것; 및 (c) 하나 이상의 시점에서 단계 (b)에서 난소암 위험의 낮은 위험을 갖는 것으로 확인된 대상체로부터의 하나 이상의 생물학적 샘플에서 단계 (a) 및 (b)를 반복하여, 대상체를 모니터링하는 것을 포함하는, 자궁부속기 종괴를 갖는 대상체를 수술 전 모니터링하기 위한 방법을 제공한다.
한 측면에서, 본 발명은 자궁부속기 종괴를 갖는 대상체를 모니터링하기 위한 방법으로서, (a) 상기 대상체로부터 유래된 제1 생물학적 샘플에서 트랜스티레틴/프리알부민 (TT), 아포지질단백질 A1 (ApoA1), β2-마이크로글로불린 (β2M), 트랜스페린 (Tfr), 암 항원 125 (CA125), 인간 부고환 단백질 4 (HE4), 및 여포 자극 호르몬 (FSH)을 포함하거나 그로 이루어진 마커를 특성화하여 제1 시점에서 제1 점수를 결정하며, 여기서 제1 점수는 대상체가 높은, 중간 또는 낮은 난소암 위험을 갖는지 확인하는 것; (b) 제1 점수에 의해 낮은 또는 중간 암 위험을 갖는 것으로 확인된 대상체로부터 유래된 생물학적 샘플에서 CA125, β2M, Tfr, TT 및 ApoA1을 포함하거나 그로 이루어진 마커를 특성화하여 제1 시점에서 제2 점수를 결정하며, 여기서 제2 점수는 대상체가 낮은, 중간, 또는 높은 난소암 위험을 갖는지 확인하는 것; (c) 제1 점수에 의해 중간 또는 높은 암 위험을 갖는 것으로 확인된 대상체로부터 유래된 생물학적 샘플에서 FSH, CA125, HE4, Tfr, 및 ApoA1을 포함하거나 그로 이루어진 마커를 특성화하여 제1 시점에서 제3 점수를 결정하며, 여기서 제3 점수는 대상체가 낮은 또는 높은 암 위험을 갖는지 확인하는 것; 및 (d) 하나 이상의 시점에서 단계 (b)에서 낮은 또는 중간 위험 또는 단계 (c)에서 난소암 위험의 낮은 위험을 갖는 것으로 확인된 대상체로부터의 하나 이상의 생물학적 샘플에서 단계 (a)-(c)를 반복하는 것을 포함하는, 자궁부속기 종괴를 갖는 대상체를 모니터링하기 위한 방법을 제공한다.
일부 실시양태에서, 하나 이상의 생식세포 마커는 BRCA1 및/또는 BRCA2이다. 한 실시양태에서, BRCA1에서의 하나 이상의 돌연변이는 c. 68_69del 및/또는 c.5266dup를 포함하고/거나, BRCA2에서의 하나 이상의 돌연변이는 c.5946del을 포함한다. 한 실시양태에서, 하나 이상의 마커는 무세포 종양 DNA (cftDNA)를 검출하는 것을 특징으로 한다. 한 실시양태에서, 마커는 면역검정, 염기서열분석 및/또는 핵산 마이크로어레이를 특징으로 한다. 한 실시양태에서, 염기서열분석은 차세대 염기서열분석 (NGS) 또는 생어 염기서열분석(Sanger sequencing)이다. 한 실시양태에서, 면역검정은 친화도 포획 검정, 면역계측 검정, 이종 화학발광 면역계측 검정, 동종 화학발광 면역계측 검정, ELISA, 웨스턴 블롯팅, 방사선면역검정, 자기 면역검정, 실시간 면역정량적 PCR (iqPCR) 및 SERS 무표지(label free) 검정을 포함한다.
일부 실시양태에서, 제1 점수는 0 내지 20의 범위이고, 여기서 5 이하의 제1 점수는 대상체를 낮은 암 위험을 갖는 것으로 확인하고, 폐경 전 대상체에서 5 초과 및 10 미만의 제1 점수 또는 폐경 후 대상체에서 5 초과 및 14 미만의 제1 점수는 대상체를 중간 암 위험을 갖는 것으로 확인하고, 폐경 전 대상체에서 10 이상의 제1 점수 또는 폐경 후 대상체에서 14 이상의 제1 점수는 대상체를 높은 암 위험을 갖는 것으로 확인한다. 일부 실시양태에서, 제2 점수는 0 내지 20의 범위이고, 여기서 5 미만의 제2 점수는 대상체를 낮은 암 위험을 갖는 것으로 확인하고 5 이상의 제1 점수는 대상체를 높은 암 위험을 갖는 것으로 확인한다. 일부 실시양태에서, 제2 점수는 0 내지 20의 범위이고, 여기서 폐경 전 대상체에서 5 이하의 제2 점수 또는 폐경 후 대상체에서 4.4 미만의 제2 점수는 대상체를 낮은 암 위험을 갖는 것으로 확인하고, 폐경 전 대상체에서 5 초과 및 7 미만의 제2 점수 또는 폐경 후 대상체에서 4.4 초과 및 6 미만의 제2 점수는 대상체를 중간 암 위험을 갖는 것으로 확인하고, 폐경 전 대상체에서 7 이하의 제2 점수 또는 폐경 후 대상체에서 6 이상의 제2 점수는 대상체를 높은 암 위험을 갖는 것으로 확인한다. 일부 실시양태에서, 제3 점수는 0 내지 20의 범위이고, 여기서 5 이하의 제3 점수는 대상체를 낮은 암 위험을 갖는 것으로 확인하고 5 초과의 제3 점수는 대상체를 높은 암 위험을 갖는 것으로 확인한다.
일부 실시양태에서, 마커 각각은 별도의 포획 시약에 결합된다. 한 실시양태에서, 포획 시약은 고체 지지체에 부착된다. 한 실시양태에서, 고체 지지체는 플레이트, 칩, 비드, 미세유체 플랫폼, 멤브레인, 평면 마이크로어레이, 또는 서스펜션 어레이이다. 한 실시양태에서, 포획 시약은 항체, 압타머, 아피바디, 혼성화 프로브 및/또는 그의 단편이다. 한 실시양태에서, 각각의 포획 시약은 마커 중 하나에 특이적으로 결합한다.
일부 실시양태에서, 본 발명의 방법은 대상체에서 난소암 위험의 하나 이상의 임상적 바이오마커를 추가로 특성화하고, 여기서 하나 이상의 임상적 바이오마커는 연령, 폐경 전 상태, 폐경 후 상태, 민족성, 병리학, 자궁부속기 종괴 진단, 가족력, 신체 검사, 영상화 결과, 및/또는 흡연 이력으로 이루어진 군으로부터 선택되고, 여기서 하나 이상의 임상적 바이오마커는 대상체가 낮은 또는 높은 암 위험을 갖는지 추가로 확인한다.
한 측면에서, 본 발명은 대상체가 난소암을 가질 위험을 분류하는 방법으로서, 적어도 하나의 프로세서에 의해, 마커 트랜스티레틴/프리알부민 (TT), 아포지질단백질 A1 (ApoA1), β2-마이크로글로불린 (β2M), 트랜스페린 (Tfr), 암 항원 125 (CA125), HE4, 및 여포 자극 호르몬 (FSH), 및 하기로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 마커: 유방암 1 (BRCA1), 유방암 2 (BRCA2), ATM, BARD1, BRIP1, CDH1, CHEK2, EPCAM, MLH1, MSH2, MSH6, NBN, PALB2, PTEN, RAD51D, STK11, TP53, KRAS, ABRAXAS1, AKT1, APC, AXIN2, BMPR1A, BRAF, CDC25, CDKN2A, CDK4, CTNNB1, DICER1, ERBB2, ERCC6, FANCM, FANCC, MRE11, MUTYH, NF1, NTHL1, PIK3CA, PMS2, PP2R1A, PRKDC, POLD1, RAD50, RAD51C, RNF43, SDHB, SDHD, SMARCA4, XRCC2, WRN , CDC73, GALNT12, GREM1, HOXB13, MSH3, POLE, RAD51, RINT1, RSP20, SLX4, SMAD4, TTK, RASSF1A, RUNX3, TFPI2, SFRP5, OPCML, MGMT, CDH13, SULF1, HOXA9, HOXAD11, CLDN4, MAL, BORIS, ABCG2, TUBB3, MCJ, SNGG, P14ARF, P16INK4A, DAPK, P15, MINT31, RIZ1, 및 TMS1을 포함하거나 그로 이루어진 패널의 각각의 마커에 대해 검출된 마커 스펙트럼 피크를 나타내는 제1 패널 신호를 수신하는 것; 적어도 하나의 프로세서에 의해, 제1 단계 암 위험 분류기(first stage cancer risk classifier)를 이용하여, 난소암 발병의 예측된 위험을 나타내는 암 위험 분류 점수를 예측하며, 여기서 암 위험 분류 점수는 학습된 위험 분류 파라미터 및 제1 패널 신호에 기초하는 것; 적어도 하나의 프로세서에 의해, 암 위험 분류 점수와 연관된 암 위험 수준을 결정하며, 여기서 암 위험 수준은 낮은 위험, 중간 위험 및 높은 위험을 포함하는 선택 중 적어도 하나로부터 선택되는 것; 및 적어도 하나의 프로세서에 의해, 대상체의 암 위험 수준을 표시하는 의료 제공자와 연관된 컴퓨팅 장치에서 암 위험 수준 예측을 생성하는 것을 포함하는, 대상체가 난소암을 가질 위험을 분류하는 방법을 제공한다.
일부 실시양태에서, 본 발명의 방법은 적어도 하나의 프로세서에 의해, 암 위험 수준을 중간 위험으로서 결정하는 것; 적어도 하나의 프로세서에 의해, 제2 단계 암 위험 분류기를 이용하여, 제2 단계 학습된 위험 분류 파라미터 및 제1 패널 신호의 서브세트를 포함하는 제2 패널 신호에 기초하여 향상된 암 위험 분류 점수를 예측하는 것; 및 적어도 하나의 프로세서에 의해, 향상된 암 위험 분류 점수와 연관된 향상된 암 위험 수준을 결정하며, 여기서 향상된 암 위험 수준은 낮은 위험 및 높은 위험을 포함하는 선택 중 적어도 하나로부터 선택되는 것을 추가로 포함한다. 한 실시양태에서, 제2 패널 신호는 CA125, β2M, 트랜스페린, 트랜스티레틴 및 ApoA1을 포함하거나 그로 이루어진 마커의 마커 스펙트럼 피크를 나타낸다. 한 실시양태에서, 제2 패널 신호는 FSH, CA125, HE4, 트랜스페린, ApoA1을 포함하거나 그로 이루어진 마커의 마커 스펙트럼 피크를 나타낸다.
일부 실시양태에서, 본 발명의 방법은 적어도 하나의 프로세서에 의해, 암 위험 수준을 중간 위험으로서 결정하는 것; 적어도 하나의 프로세서에 의해, 제2 단계 암 위험 분류기를 이용하여, 제2 단계 학습된 위험 분류 파라미터 및 제1 패널 신호의 상이한 서브세트를 포함하는 제2 패널 신호에 기초하여 향상된 암 위험 분류 점수를 예측하는 것; 적어도 하나의 프로세서에 의해, 제3 단계 암 위험 분류기를 이용하여, 제2 단계 학습된 위험 분류 파라미터 및 제1 패널 신호의 상이한 서브세트를 포함하는 제3 패널 신호에 기초하여 향상된 암 위험 분류 점수를 예측하는 것; 및 적어도 하나의 프로세서에 의해, 향상된 암 위험 분류 점수와 연관된 향상된 암 위험 수준을 결정하며, 여기서 향상된 암 위험 수준은 낮은 위험 및 높은 위험을 포함하는 선택 중 적어도 하나로부터 선택되는 것을 추가로 포함한다. 한 실시양태에서, 제2 패널 신호는 CA125, β2M, 트랜스페린, 트랜스티레틴 및 ApoA1을 포함하거나 그로 이루어진 마커의 마커 스펙트럼 피크를 나타내고 제3 패널 신호는 FSH, CA125, HE4, 트랜스페린, ApoA1을 포함하거나 그로 이루어진 마커의 마커 스펙트럼 피크를 나타낸다.
일부 실시양태에서, 본 발명의 방법은 적어도 하나의 프로세서에 의해, 암 위험 분류 점수가 0.0 내지 5.0인 암 위험 수준의 낮은 위험을 결정하는 것; 적어도 하나의 프로세서에 의해, 암 위험 분류 점수가 5.1 내지 9.9인 암 위험 수준의 중간 위험을 결정하는 것; 및 적어도 하나의 프로세서에 의해, 암 위험 분류 점수가 10.0 내지 20.0인 암 위험 수준의 높은 위험을 결정하는 것을 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서, 제1 단계 암 위험 분류기는, 학습된 위험 분류 파라미터의 폐경 전 위험 분류 파라미터를 학습한 폐경 전 제1 단계 암 위험 예측 모델; 및 학습된 위험 분류 파라미터의 폐경 후 위험 분류 파라미터를 학습한 폐경 후 제1 단계 암 위험 예측 모델을 포함한다.
일부 실시양태에서, 본 발명의 방법은 적어도 하나의 프로세서에 의해, 암 위험 분류 점수가 0.0 내지 5.0인 암 위험 수준의 낮은 위험을 결정하는 것; 적어도 하나의 프로세서에 의해, 암 위험 분류 점수가 폐경 후 대상체의 경우 5.1 내지 13.9인 암 위험 수준의 중간 위험을 결정하는 것; 및 적어도 하나의 프로세서에 의해, 암 위험 분류 점수가 폐경 후 대상체의 경우 14.0 내지 20.0인 암 위험 수준의 낮은 위험을 결정하는 것을 추가로 포함한다.
일부 실시양태에서, 본 발명의 방법은 적어도 하나의 프로세서에 의해, 암 위험 분류 점수가 0.0 내지 5.0인 암 위험 수준의 낮은 위험을 결정하는 것; 적어도 하나의 프로세서에 의해, 암 위험 분류 점수가 폐경 전 대상체의 경우 5.1 내지 9.9인 암 위험 수준의 중간 위험을 결정하는 것; 및 적어도 하나의 프로세서에 의해, 암 위험 분류 점수가 폐경 전 대상체의 경우 10.0 내지 20.0인 암 위험 수준의 높은 위험을 결정하는 것을 추가로 포함한다.
일부 실시양태에서, 본 발명의 방법은 적어도 하나의 프로세서에 의해, 암 위험 수준이 높은 위험인 경우 외과적 개입을 권장하는 컴퓨팅 장치의 디스플레이 상의 권장을 생성하는 것을 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서, 본 발명의 방법은 적어도 하나의 프로세서에 의해, 암 위험 수준이 낮은 위험인 경우 어떤 외과적 개입도 권장하지 않는 컴퓨팅 장치의 디스플레이 상의 권장을 생성하는 것을 추가로 포함한다.
일부 실시양태에서, 본 발명의 방법은 적어도 하나의 프로세서에 의해, 컴퓨팅 장치로부터 암 위험 수준 예측에 대한 수정을 수신하는 것; 및 적어도 하나의 프로세서에 의해, 상기 수정과 암 위험 수준 간의 차이에 기초하여 학습된 위험 분류 파라미터를 재훈련시키는 것을 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서, 제1 패널 신호는 적어도 하나의 프로세서와 통신하는 질량 분석기 또는 바이오칩 또는 둘 다로부터 수신된다. 일부 실시양태에서, 제1 단계 암 위험 분류기는 분류 트리 또는 인공 신경망을 포함한다. 일부 실시양태에서, 제1 단계 암 위험 분류기는 감독된 분류 모델을 포함한다. 일부 실시양태에서, 제1 단계 암 위험 분류기는 비감독된 분류 모델을 포함한다.
일부 실시양태에서, 대상체는 무증상 자궁부속기 종괴로 진단된다. 일부 실시양태에서, 대상체는 증상성 자궁부속기 종괴로 진단된다. 일부 실시양태에서, 대상체는 폐경 전이다. 일부 실시양태에서, 대상체는 폐경 후이다. 일부 실시양태에서, 대상체로부터의 생물학적 샘플은 혈청이다.
한 측면에서, 본 발명은 적어도 하나의 프로세서가 본원에 제공된 바와 같은 방법 중 임의의 것을 수행하게 하는 명령어를 실행하도록 구성된 적어도 하나의 프로세서를 포함하는 시스템을 제공한다. 일부 실시양태에서, 적어도 하나의 프로세서는 그 상에 저장된 명령어를 갖는 메모리와 통신한다. 일부 실시양태에서, 적어도 하나의 프로세서는 암 위험 수준이 높은 위험인 경우 외과적 개입을 권장하는 컴퓨팅 장치의 디스플레이 상의 권장을 생성하는 단계를 수행하기 위한 명령어를 실행하도록 추가로 구성된다. 일부 실시양태에서, 적어도 하나의 프로세서는 암 위험 수준이 낮은 위험인 경우 어떤 외과적 개입도 권장하지 않는 컴퓨팅 장치의 디스플레이 상의 권장을 생성하는 단계를 수행하기 위한 명령어를 실행하도록 추가로 구성된다. 일부 실시양태에서, 적어도 하나의 프로세서는 컴퓨팅 장치로부터 암 위험 수준 예측에 대한 수정을 수신하는 단계; 및 상기 수정과 암 위험 수준 간의 차이에 기초하여 학습된 위험 분류 파라미터를 재훈련시키는 단계를 수행하기 위한 명령어를 실행하도록 추가로 구성된다. 일부 실시양태에서, 적어도 하나의 프로세서와 통신하는 질량 분석기를 포함하는 본원에 제공된 본 발명의 시스템.
한 측면에서, 본 발명은 그 상에 소프트웨어를 저장하는 비일시적 컴퓨터 판독가능 매체로서, 상기 소프트웨어는 적어도 하나의 프로세서가 본원에 제공된 방법 중 임의의 것을 수행하게 하도록 구성된 프로그램 명령어를 포함하는 것인, 비일시적 컴퓨터 판독가능 매체를 제공한다. 일부 실시양태에서, 본원에 제공된 본 발명의 방법은 암 위험 수준이 높은 위험인 경우 외과적 개입을 권장하는 컴퓨팅 장치의 디스플레이 상의 권장을 생성하는 단계를 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서, 본원에 제공된 본 발명의 방법은 암 위험 수준이 낮은 위험인 경우 어떤 외과적 개입도 권장하지 않는 컴퓨팅 장치의 디스플레이 상의 권장을 생성하는 단계를 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서, 본원에 제공된 본 발명의 방법은 컴퓨팅 장치로부터 암 위험 수준 예측에 대한 수정을 수신하는 것; 및 상기 수정과 암 위험 수준 간의 차이에 기초하여 학습된 위험 분류 파라미터를 재훈련시키는 것을 추가로 포함한다.
일부 실시양태에서, 제1 단계 암 위험 분류기는 분류 트리 또는 인공 신경망을 포함한다. 일부 실시양태에서, 제1 단계 암 위험 분류기는 감독된 분류 모델을 포함한다. 일부 실시양태에서, 제1 단계 암 위험 분류기는 비감독된 분류 모델을 포함한다.
한 측면에서 본 발명은 (a) 본원에 제공된 바와 같은 본 발명의 마커의 패널 중 임의의 것; 및 (b) 대상체가 난소암을 가질 위험을 수술 전 평가하기 위해 패널을 사용하기 위한 설명서를 포함하는 키트를 제공한다. 특정한 실시양태에서, 이들 패널의 사용은 예상외로 특이성을 증가시키고, 민감성을 증가시키고/거나, 바이오마커의 통상적인 패널에 의해 확인된 위양성 또는 위음성의 비율을 감소시켰다. 본원에 상세히 기재된 바와 같이, 관련 기술분야에 공지된 임의의 방법을 사용하여 바이오마커의 패널을 측정할 수 있다. 본 발명의 측면에서, 바이오마커의 패널은 관련 기술분야에 널리 공지된 임의의 면역검정을 사용하여 측정된다. 실시양태에서, 면역검정은 ELISA, 웨스턴 블롯팅, 및 방사선면역검정일 수 있으나, 이에 제한되지는 않는다.
본 발명에 의해 정의된 조성물 및 물품은 하기에 제공된 실시예와 관련하여 단리되거나 달리 제조되었다. 본 발명의 다른 특색 및 이점은 상세한 설명 및 청구범위로부터 명백할 것이다
정의
달리 정의되지 않는 한, 본원에 사용된 모든 기술 및 과학 용어는 본 발명이 관계되거나 관련된 기술분야에서 통상의 기술자에 의해 통상적으로 이해되는 의미를 갖는다. 하기 참고문헌은 본 발명에 사용된 많은 용어의 일반적인 정의를 통상의 기술자에게 제공한다: Singleton et al., Dictionary of Microbiology and Molecular Biology (2nd ed. 1994); The Cambridge Dictionary of Science and Technology (Walker ed., 1988); The Glossary of Genetics, 5th Ed., R. Rieger et al. (eds.), Springer Verlag (1991); Benjamin Lewin, Genes V, published by Oxford University Press, 1994 (ISBN 0-19-854287-9); Kendrew et al. (eds.); The Encyclopedia of Molecular Biology, published by Blackwell Science Ltd., 1994 (ISBN 0-632-02182-9); Molecular Biology and Biotechnology: a Comprehensive Desk Reference, Robert A. Meyers (ed.), published by VCH Publishers, Inc., 1995 (ISBN 1-56081-569-8); and Hale & Marham, The Harper Collins Dictionary of Biology (1991). 본원에 사용된 바와 같이, 하기 용어는 달리 특정되지 않는 한, 하기에서 그들에 귀속하는 것으로 생각되는 의미를 갖는다.
"자궁부속기 종괴"란 자궁 근처에서 발생하는 이상 성장을 의미하며, 가장 통상적으로는 난소, 나팔관, 또는 결합 조직에서 발생한다. 덩어리(lump)-유사 종괴는 낭포성 (액체로 채워진) 또는 고체일 수 있다. 자궁부속기 종괴는 양성 (비암성) 또는 악성 (암성)일 수 있다. 자궁부속기 종괴는 증상상 또는 무증상일 수 있다. "증상성 자궁부속기 종괴"란 환자에게 증상을 나타내는 자궁부속기 종괴를 의미한다. 증상은 복부 팽만(abdominal fullness), 복부 부풀음(abdominal bloating), 골반 통증, 배변 곤란, 및 배뇨 빈도 증가, 이상 질 출혈, 또는 골반 압력을 포함할 수 있으나, 이에 제한되지는 않는다. "무증상 자궁부속기 종괴"란 환자에서 어떤 증상도 초래하기 않거나 나타내지 않는 자궁부속기 종괴를 의미한다.
"작용제"란 임의의 소분자 화학적 화합물, 항체, 핵산 분자, 또는 폴리펩티드, 또는 그의 단편을 의미한다.
"변경"이란 본원에 기재된 것들과 같은 표준 기술 공지 방법에 의해 검출되는 바와 같은 유전자 또는 폴리펩티드의 발현 수준 또는 활성의 변화 (증가 또는 감소)를 의미한다. 변경은 최소 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 10%, 20%, 30%, 또는 40%, 50%, 60%, 또는 심지어 최대 70%, 75%, 80%, 90%, 또는 100%일 수 있다.
"생물학적 샘플"이란 유기체로부터 유래한 임의의 조직, 세포, 체액, 또는 기타 물질을 의미한다.
본원에 사용된 바와 같은 "바이오마커" 또는 "마커"는 일반적으로 단백질, 핵산 분자, 임상 지표, 또는 질환과 연관된 기타 분석물을 지칭한다. 한 실시양태에서, 난소암의 마커는 참조에 비해 난소암을 갖거나 발병할 위험에 처한 대상체로부터 수득한 생물학적 샘플에 구별적으로 존재한다. 샘플에 존재하는 바이오마커의 평균 또는 중앙값 수준이 참조에 존재하는 수준과 통계적으로 상이한 경우 마커는 구별적으로 존재한다. 참조 수준은, 예를 들어, 건강한 대조군 대상체로부터 수득한 샘플에 존재하는 수준 또는 더 이른 시점, 즉 치료 이전에 대상체로부터 수득한 수준일 수 있다. 통계적 유의성에 대한 통상의 검사는, 특히, t-검정, ANOVA, 크러스컬-월리스(Kruskal-Wallis), 윌콕슨(Wilcoxon), 만-위트니(Mann-Whitney) 및 승산비를 포함한다. 바이오마커는 단독으로 또는 조합하여 대상체가 관심 표현형 상태에 속할 상대적 가능성의 척도를 제공한다. 대상체 샘플에서 본 발명의 마커의 구별적 존재는 대상체를 난소암을 갖거나 발병할 위험에 처한 것으로 특성화하거나, 대상체의 예후를 결정하거나, 치료 효능을 평가하거나, 또는 치료 요법을 선택하는 (예를 들어, 대상체가 부인종양학을 전문으로 하는 외과의에 의해 평가 및/또는 치료되도록 선택하는) 데에 유용할 수 있다.
본 발명의 패널에 유용한 마커는, 예를 들어, FSH, HE4, CA125, 트랜스티레틴, 트랜스페린, ApoA1, 및 β2 마이크로글로불린 단백질, 뿐만 아니라 이러한 단백질을 코딩하는 핵산 분자를 포함한다. 본 발명의 방법에 유용한 단편은 단편이 유래된 단백질을 특이적으로 인식하는 항체에 결합하기에 충분하다. 본 발명은 하기 서열과 실질적으로 동일한 마커를 포함한다. 바람직하게는, 이러한 서열은 아미노산 수준 또는 핵산에서 비교에 사용된 서열과 적어도 85%, 90%, 95% 또는 심지어 99% 동일하다.
본원에 사용된 바와 같이, 용어 "포함하다", "포함하는", "함유하는", "갖는" 등은 미국 특허법에 귀속되는 것으로 생각되는 의미를 가질 수 있고 "포함한다", "포함한" 등을 의미할 수 있고; "본질적으로 로 이루어진" 또는 "본질적으로 이루어진"은 마찬가지로 미국 특허법에 귀속되는 것으로 생각되는 의미를 가지며 상기 용어는 언급된 것의 기본 또는 신규 특성이 언급된 것 이상의 존재에 의해 변경되지 않으나, 선행 기술분야 실시양태는 제외하는 한 언급된 것 이상의 존재를 허용하는 개방형이다.
"여포-자극 호르몬 (FSH) 폴리펩티드"란 NCBI 수탁 번호 NP_000501에 대해 적어도 약 85%의 아미노산 동일성을 갖는 폴리펩티드 또는 그의 단편을 의미한다.
"인간 부고환 단백질 4 (HE4) 폴리펩티드"란 NCBI 수탁 번호 NP_006094에 대해 적어도 약 85%의 아미노산 동일성을 갖는 폴리펩티드 또는 그의 단편을 의미한다.
"암 항원 125 (CA125) 폴리펩티드"란 스위스-프롯(Swiss-Prot) 수탁번호 Q8WXI7에 대해 적어도 약 85%의 아미노산 동일성을 갖는 폴리펩티드 또는 그의 단편을 의미한다.
"트랜스티레틴 (프리알부민) 폴리펩티드"란 스위스-프롯 수탁번호 P02766에 대해 적어도 약 85%의 아미노산 동일성을 갖는 폴리펩티드 또는 그의 단편을 의미한다.
"트랜스페린 폴리펩티드"란 유니프롯(UniProt)KB/TrEMBL 수탁번호 Q06AH7에 대해 적어도 약 85%의 아미노산 동일성을 갖는 폴리펩티드 또는 그의 단편을 의미한다.
"아포지질단백질 A1 (ApoA1) 폴리펩티드"란 스위스프롯 수탁번호 P02647에 대해 적어도 약 85%의 아미노산 동일성을 갖는 폴리펩티드 또는 그의 단편을 의미한다.
"β-2 마이크로글로불린 폴리펩티드"란 스위스프롯 수탁번호 P61769에 대해 적어도 약 85%의 아미노산 동일성을 갖는 폴리펩티드 또는 그의 단편을 의미한다.
"유방암 1 (BRCA1) 유전자"란 NCBI 수탁 번호 NG_005905.2에 대해 적어도 약 85%의 뉴클레오티드 동일성을 갖는 세포 성장을 억제하는 데 일반적으로 도움이 되는 염색체 17 상의 유전자를 의미한다. BRCA1 유전자의 돌연변이는 유방암, 난소암, 전립선암, 및 기타 유형의 암의 더 높은 위험과 연관이 있다.
"유방암 1 (BRCA1) 폴리펩티드"란 진뱅크(GenBank) 수탁 번호 AAC37594.1에 대해 적어도 약 85%의 아미노산 동일성을 갖는 폴리펩티드 또는 그의 단편을 의미한다.
"유방암 2 (BRCA2) 유전자"란 NCBI 수탁 번호 NG_012772.3에 대해 적어도 약 85%의 뉴클레오티드 동일성을 갖는 세포 성장을 억제하는 데 일반적으로 도움이 되는 염색체 13 상의 유전자를 의미한다. BRCA2 유전자의 돌연변이는 유방암, 난소암, 전립선암, 및 기타 유형의 암의 더 높은 위험과 연관이 있다.
"유방암 2 (BRCA2) 폴리펩티드"란 NCBI 수탁 번호 NP_000050.2에 대해 적어도 약 85%의 아미노산 동일성을 갖는 폴리펩티드 또는 그의 단편을 의미한다.
"모세혈관확장성-운동실조 돌연변이 (ATM) 유전자"란 세포 주기 정지, DNA 복구 또는 아폽토시스를 야기하며, NCBI 참조 서열: NG_009830.1에 대해 적어도 약 85%의 뉴클레오티드 동일성을 갖는, DNA 손상 체크포인트의 활성화를 시작하는 단백질을 인산화하기 위해 DNA 이중-가닥 파단에 의해 동원되고 활성화되는 세린/트레오닌 단백질 키나제를 코딩하는 염색체 11 상의 유전자를 의미한다. ATM 유전자의 돌연변이는 유방암, 난소암, 전립선암, 및 기타 유형의 암의 더 높은 위험과 연관이 있다.
"모세혈관확장성-운동실조 돌연변이 (ATM) 폴리펩티드"란 NCBI 참조 서열: NP_000042.3에 대해 적어도 약 85%의 아미노산 동일성을 갖는 폴리펩티드 또는 그의 단편을 의미한다.
"BRCA1 연관 링 도메인 1 (BARD1) 유전자"는 N-말단 링 핑거 도메인을 통해 BRCA1과 이종이량체화하여 BRCA1을 안정화하고 NCBI 참조 서열: NG_012047.3에 대해 적어도 약 85%의 뉴클레오티드 동일성을 갖는 단백질을 코딩하는 염색체 2 상의 유전자를 의미한다. BARD1의 돌연변이는 유방암, 난소암, 및 자궁암과 연관된 바와 같은 단백질 구조에 영향을 미치며, 이는 돌연변이가 BARD1의 종양 억제인자 기능을 무력화함을 시사한다.
"BRCA1 연관 링 도메인 1 (BARD1) 폴리펩티드"란 NCBI 참조 서열: NP_000456.2에 대해 적어도 약 85%의 아미노산 동일성을 갖는 폴리펩티드 또는 그의 단편을 의미한다.
"BRCA1 상호작용 단백질 C-말단 헬리카제 1 (BRIP1) 유전자"란 BRCA1과 상호작용하고 NCBI 참조 서열: NG_007409.2에 대해 적어도 약 85%의 뉴클레오티드 동일성을 갖는, RecQ DEAH 헬리카제 패밀리의 구성원인 판코니 빈혈 군 J 단백질을 코딩하는 유전자를 의미한다. BRIP1의 돌연변이는 난소암과 연관이 있다.
"BRCA1 상호작용 단백질 C-말단 헬리카제 1 (BRIP1) 폴리펩티드"란 NCBI 참조 서열: NP_114432.2에 대해 적어도 약 85%의 아미노산 동일성을 갖는 폴리펩티드 또는 그의 단편을 의미한다.
"카데린-1 (CDH1) 유전자"는 칼슘-의존성 세포-세포 부착 당단백질을 코딩하고 NCBI 참조 서열: NG_008021.1에 대해 적어도 약 85%의 뉴클레오티드 동일성을 갖는 염색체 16 상의 유전자를 의미한다. CDH1 유전자의 돌연변이는 위암, 유방암, 결장직장암, 갑상선암, 및 난소암과 연관이 있다.
"카데린-1 (CDH1) 폴리펩티드"란 NCBI 참조 서열: NP_004351.1에 대해 적어도 약 85%의 아미노산 동일성을 갖는 폴리펩티드 또는 그의 단편을 의미한다.
"체크포인트 키나제 2 (CHEK2) 유전자"는 세린-트레오닌 키나제를 코딩하는 유전자 pm 염색체 22를 의미하며, 이는 DNA 손상에 대한 반응으로 DNA 복구, 세포 주기 정지 또는 아폽토시스에 관여하고 NCBI 참조 서열: NG_008150.2에 대해 적어도 약 85%의 뉴클레오티드 동일성을 갖는다. CHEK2 유전자의 돌연변이는 유방암, 전립선암, 폐암, 결장암, 신장암, 및 갑상선암과 연관이 있다.
"체크포인트 키나제 2 (CHEK2) 폴리펩티드"란 NCBI 참조 서열: NP_009125.1에 대해 적어도 약 85%의 아미노산 동일성을 갖는 폴리펩티드 또는 그의 단편을 의미한다.
"상피 세포 부착 분자 (EPCAM) 유전자"는 상피, 세포 신호, 이동, 증식, 및 분화에서 Ca2+-독립적 동형 세포-세포 부착을 매개하고 NCBI 참조 서열: NG_012352.2에 대해 적어도 약 85%의 뉴클레오티드 동일성을 갖는, 막횡단 당단백질을 코딩하는 염색체 2 상의 유전자를 의미한다. EPCAM 유전자의 돌연변이는 유방암 및 난소암을 포함한 몇몇 암과 연관이 있다.
"상피 세포 부착 분자 (EPCAM) 폴리펩티드"란 NCBI 참조 서열: NP_002345.2에 대해 적어도 약 85%의 아미노산 동일성을 갖는 폴리펩티드 또는 그의 단편을 의미한다.
"MutL 상동체 1 (MLH1) 유전자"는 DNA 불일치 복구 단백질을 코딩하고 NCBI 참조 서열: NG_007109.2에 대해 적어도 약 85%의 뉴클레오티드 동일성을 갖는 염색체 3 상의 유전자를 의미한다. MLH1 유전자의 돌연변이는 결장암, 자궁내막암, 및 난소암과 연관이 있다.
"MutL 상동체 1 (MLH1) 폴리펩티드"란 NCBI 참조 서열: NP_000240.1에 대해 적어도 약 85%의 아미노산 동일성을 갖는 폴리펩티드 또는 그의 단편을 의미한다.
"MutS 상동체 2 (MSH2) 유전자"란 DNA 불일치 복구 단백질을 코딩하고 NCBI 참조 서열: NG_007110.2에 대해 적어도 약 85%의 뉴클레오티드 동일성을 갖는 염색체 2 상의 유전자를 의미한다. MSH2 유전자의 돌연변이는 결장암, 유방암, 및 난소암과 연관이 있다.
"MutS 상동체 2 (MSH2) 폴리펩티드"란 NCBI 참조 서열: NP_000242.1에 대해 적어도 약 85%의 아미노산 동일성을 갖는 폴리펩티드 또는 그의 단편을 의미한다.
"MutS 상동체 6 (MSH6) 유전자"란 DNA 불일치 복구 단백질을 코딩하고 NCBI 참조 서열: NG_007111.1에 대해 적어도 약 85%의 뉴클레오티드 동일성을 갖는 염색체 2 상의 유전자를 의미한다. MSH6 유전자의 돌연변이는 결장암, 자궁내막암, 유방암 및 난소암과 연관이 있다.
"MutS 상동체 6 (MSH6) 폴리펩티드"란 NCBI 참조 서열: NP_000170.1에 대해 적어도 약 85%의 아미노산 동일성을 갖는 폴리펩티드 또는 그의 단편을 의미한다.
"니브린 (NBN) 유전자"란 DNA 불일치 복구 단백질을 코딩하고 NCBI 참조 서열: NG_008860.1에 대해 적어도 약 85%의 뉴클레오티드 동일성을 갖는 염색체 6 상의 유전자를 의미한다. NBN 유전자의 돌연변이는 유방암, 전립선암 및 난소암과 연관이 있다.
"니브린 (NBN) 폴리펩티드"란 NCBI 참조 서열: NP_002476.2에 대해 적어도 약 85%의 아미노산 동일성을 갖는 폴리펩티드 또는 그의 단편을 의미한다.
"BRCA2의 파트너 및 로컬라이저 (PALB2) 유전자"란 이중 가닥 파단 복구에 관여하는 단백질을 코딩하는 염색체 16 상의 유전자를 의미하고, BRCA 2에 결합하고 함께 공동국소화하며 NCBI 참조 서열: NG_007406.1에 대해 적어도 약 85%의 뉴클레오티드 동일성을 갖는다. PALB2 유전자의 돌연변이는 난소암, 유방암 및 췌장암과 연관이 있다.
"BRCA2의 파트너 및 로컬라이저 (PALB2) 폴리펩티드"란 NCBI 참조 서열: NP_078951.2에 대해 적어도 약 85%의 아미노산 동일성을 갖는 폴리펩티드 또는 그의 단편을 의미한다.
"포스파타제 및 텐신 상동체 (PTEN) 유전자"는 세포 주기 조절에 관여하고 NCBI 참조 서열: NG_007466.2에 대해 적어도 약 85%의 뉴클레오티드 동일성을 갖는 포스파타제 단백질을 코딩하는 염색체 10 상의 유전자를 의미한다. PTEN 유전자의 돌연변이는 전립선암, 유방암 및 난소암과 연관이 있다.
"포스파타제 및 텐신 상동체 (PTEN) 폴리펩티드"란 NCBI 참조 서열: NP_000305.3에 대해 적어도 약 85%의 아미노산 동일성을 갖는 폴리펩티드 또는 그의 단편을 의미한다.
"RAD51 패럴로그 D (RAD51D) 유전자"유전자"란 DNA의 상동 재조합 및 복구에 관여하는 단백질을 코딩하고 NCBI 참조 서열: NG_031858.1에 대해 적어도 약 85%의 뉴클레오티드 동일성을 갖는 염색체 17 상의 유전자를 의미한다. RAD51D 유전자의 돌연변이는 유방암 및 난소암과 연관이 있다.
"RAD51 패럴로그 D (RAD51D) 폴리펩티드"란 NCBI 참조 서열: NP_002869.3에 대해 적어도 약 85%의 아미노산 동일성을 갖는 폴리펩티드 또는 그의 단편을 의미한다.
"세린/트레오닌 키나제 11 (STK11) 유전자"란 세린/트레오닌 단백질 키나제를 코딩하고 NCBI 참조 서열: NG_007460.2에 대해 적어도 약 85%의 뉴클레오티드 동일성을 갖는 염색체 19 상의 유전자를 의미한다. STK11 유전자의 돌연변이는 난소암, 자궁경부암, 유방암, 장암, 고환암, 췌장암 및 피부암과 연관이 있다.
"세린/트레오닌 키나제 11 (STK11) 폴리펩티드"란 NCBI 참조 서열: NP_000446.1에 대해 적어도 약 85%의 아미노산 동일성을 갖는 폴리펩티드 또는 그의 단편을 의미한다.
"종양 단백질 p53 (TP53) 유전자"란 종양 억제인자 단백질을 코딩하고 NCBI 참조 서열: NG_017013.2에 대해 적어도 약 85%의 뉴클레오티드 동일성을 갖는 염색체 17 상의 유전자를 의미한다. TP53 유전자의 돌연변이는 유방암 및 난소암을 포함한, 다양한 암과 연관이 있다.
"종양 단백질 p53 (TP53) 폴리펩티드"란 NCBI 참조 서열: NP_000537.3에 대해 적어도 약 85%의 아미노산 동일성을 갖는 폴리펩티드 또는 그의 단편을 의미한다.
"키르스텐 래트 육종 바이러스성 종양유전자 상동체 (KRAS) 유전자"란 세포 신호전달에 관여하는 GTPase를 코딩하며 NCBI 참조 서열: NG_007524.2에 대해 적어도 약 85%의 뉴클레오티드 동일성을 갖는 염색체 12 상의 유전자를 의미한다. KRAS 유전자의 돌연변이는 결장암, 폐암, 난소암 및 유방암을 포함한, 다양한 암과 연관이 있다.
"키르스텐 래트 육종 바이러스성 종양유전자 상동체 (KRAS) 폴리펩티드"란 NCBI 참조 서열: NP_203524.1에 대해 적어도 약 85%의 아미노산 동일성을 갖는 폴리펩티드 또는 그의 단편을 의미한다.
본원에 기술된 엄선된 예시적인 서열을 도 1에 나타냈다.
"포획 시약"이란 핵산 분자 또는 폴리펩티드를 선택하거나 단리하기 위해 핵산 분자 또는 폴리펩티드에 특이적으로 결합하는 시약을 의미한다.
"임상 공격성"이란 신생물의 중증도를 의미한다. 공격적인 신생물은 덜 공격적인 신생물보다 전이될 가능성이 더 크다. 덜 공격적인 신생물에는 보존적 치료 방법이 적합하지만, 보다 공격적인 신생물은 보다 공격적인 치료 요법을 필요로 한다.
본원에 사용된 바와 같이, 용어 "결정하는", "평가하는", "검정하는", "측정하는" 및 "검출하는"은 분석물의 정량적 및 정성적 결정을 둘 다 지칭하며, 따라서, 용어 "결정하는"은 본원에서 "검정하는", "측정하는" 등과 상호교환적으로 사용된다. 정량적 결정을 의도하는 경우, 어구 분석물 등의 "양을 결정하는"이 사용된다. 정성적 및/또는 정량적 결정이 의도된 경우, 어구 분석물의 "수준을 결정하는" 또는 분석물을 "검출하는"이 사용된다.
"검출가능한 표지"란 관심 분자에 연결될 때 후자를 분광, 광화학적, 생화학적, 면역화학적, 또는 화학적 수단을 통해 검출가능하게 만드는 조성물을 의미한다. 예를 들어, 유용한 표지는 방사성 동위원소, 자기 비드, 금속 비드, 콜로이드 입자, 형광 염료, 전자-치밀 시약, 효소 (예를 들어, ELISA에서 통상적으로 사용되는 바와 같이), 비오틴, 디곡시제닌, 또는 합텐을 포함한다.
"질환"은 세포, 조직, 또는 기관의 정상적인 기능을 손상시키거나 방해하는 모든 병태 또는 장애를 의미한다. 질환의 예는 유방암 및 난소암을 포함한다.
"유효량"이란 치료되지 않은 환자에 비해 질환의 증상을 개선하는 데 필요한 양을 의미한다. 질환의 치료적 치료를 위해 본 발명을 실시하는 데 사용되는 활성 화합물(들)의 유효량은 투여 방식, 대상체의 연령, 체중, 및 일반적인 건강에 따라 달라진다. 궁극적으로 주치의 또는 수의사가 적절한 양 및 투여 요법을 결정할 것이다. 이러한 양은 "유효"량으로 지칭된다.
본 발명은 본원에 기술된 방법을 특징으로 하는 장애 또는 치료를 위한 고도로 특이적 약물의 개발에 유용한 다수의 표적을 제공한다. 게다가, 본 발명의 방법은 대상체에서 사용하기에 안전한 요법을 확인하기 위한 손쉬운 수단을 제공한다. 게다가, 본 발명의 방법은 고용량 처리량, 높은 민감성, 및 낮은 복잡성으로 본원에 기재된 질환에 대한 효과에 대해 사실상 임의의 수의 화합물을 분석하기 위한 경로를 제공한다.
"단편"이란 폴리펩티드 또는 핵산 분자의 일부를 의미한다. 이 부분은, 바람직하게는, 기준 핵산 분자 또는 폴리펩티드의 전체 길이의 적어도 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 또는 90%를 함유한다. 단편은 10, 20, 30, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 또는 100, 200, 300, 400, 500, 600, 700, 800, 900, 또는 1000개의 뉴클레오티드 또는 아미노산을 함유할 수 있다.
"생식세포 마커"란 자손에게 유전될 수 있는 질환 또는 장애와 연관된 발현 수준 또는 활성의 변경을 갖는 생식 세포 내의 임의의 단백질 또는 폴리뉴클레오티드를 의미한다.
"생식세포 돌연변이"는 생식 세포 내에서 유전된 유전적 변경을 의미한다.
"혼성화"는 상보적인 핵염기 간의, 왓슨-크릭(Watson-Crick), 후그스틴(Hoogsteen) 또는 역 후그스틴 수소 결합일 수 있는, 수소 결합을 의미한다. 예를 들어, 아데닌과 티민은 수소 결합의 형성을 통해 쌍을 형성하는 상보적인 핵염기이다.
용어 "단리된", "정제된", 또는 "생물학적으로 순수한"은 그의 천연 상태에서 발견되는 바와 같이 일반적으로 이를 동반하는 성분으로부터 다양한 정도로 자유로운 물질을 지칭한다. "단리하다"는 원래 공급원 또는 주변으로부터의 분리 정도를 나타낸다. "정제하다"는 단리보다 높은 분리 정도를 나타낸다. "정제된" 또는 "생물학적으로 순수한" 단백질은 임의의 불순물이 단백질의 생물학적 특성에 실질적으로 영향을 미치거나 다른 불리한 결과를 유발하지 않도록 다른 물질이 충분히 없다. 즉, 본 발명의 핵산 또는 펩티드는 그것이 재조합 DNA 기술에 의해 생산될 때 세포 물질, 바이러스 물질, 또는 배양 배지가 실질적으로 없는 경우, 또는 화학적으로 합성될 때 화학적 전구체 또는 기타 화학물질이 실질적으로 없는 경우 정제된다. 순도 및 균질성은 전형적으로 분석 화학 기술, 예를 들어, 폴리아크릴아미드 겔 전기영동 또는 고성능 액체 크로마토그래피를 사용하여 결정된다. 용어 "정제된"은 핵산 또는 단백질이 전기영동 겔에서 본질적으로 하나의 밴드를 생성함을 나타낼 수 있다. 예를 들어, 인산화 또는 글리코실화와 같이 변형에 적용될 수 있는 단백질의 경우, 상이한 변형은 개별적으로 정제될 수 있는 상이한 단리된 단백질을 생성할 수 있다.
"단리된 바이오마커" 또는 "정제된 바이오마커"는 적어도 60 중량%가 단백질 및 마커와 자연적으로 회합된 자연-발생 유기 분자가 없는 것을 의미한다. 바람직하게는, 제제는 중량 기준으로 적어도 75%, 보다 바람직하게는 80, 85, 90 또는 95% 순수하거나 적어도 99%의, 정제된 단리된 바이오마커이다.
"단리된 폴리뉴클레오티드"란 본 발명의 핵산 분자가 유래된 유기체의 자연-발생 게놈에서 유전자 측면에 있는 유전자가 없는 핵산 (예를 들어, DNA)을 의미한다. 따라서 상기 용어는, 예를 들어, 벡터에; 자가 복제 플라스미드 또는 바이러스에; 또는 원핵생물 또는 진핵생물의 게놈 DNA에 혼입되는 재조합 DNA; 또는 다른 서열과 독립적인 별도의 분자 (예를 들어, PCR 또는 제한 엔도뉴클레아제 분해에 의해 생성된 cDNA 또는 게놈 또는 cDNA 단편)로 존재하는 재조합 DNA를 포함한다. 게다가, 상기 용어는 DNA 분자로부터 전사된 RNA 분자, 뿐만 아니라 추가 폴리펩티드 서열을 코딩하는 하이브리드 유전자의 일부인 재조합 DNA를 포함한다.
"단리된 폴리펩티드"란 이를 자연적으로 동반하는 성분으로부터 분리된 본 발명의 폴리펩티드를 의미한다. 전형적으로, 폴리펩티드는 중량 기준으로 적어도 60%가 단백질 및 자연적으로 회합되는 자연-발생 유기 분자가 없을 때 단리된다. 바람직하게는, 제제는 중량 기준으로 적어도 75%, 보다 바람직하게는 적어도 90%, 그리고 가장 바람직하게는 적어도 99%의 본 발명의 폴리펩티드이다. 본 발명의 단리된 폴리펩티드는, 예를 들어, 천연 공급원으로부터의 추출, 이러한 폴리펩티드를 코딩하는 재조합 핵산의 발현; 또는 단백질을 화학적으로 합성함으로써 수득될 수 있다. 순도는 임의의 적절한 방법, 예를 들어, 컬럼 크로마토그래피, 폴리아크릴아미드 겔 전기영동, 또는 HPLC 분석에 의해 측정할 수 있다.
"마커"란 질환 또는 장애와 연관된 발현 수준 또는 활성의 변경을 갖는 임의의 단백질 또는 폴리뉴클레오티드를 의미한다.
"마커 프로파일"이란 2개 이상의 폴리펩티드 또는 폴리뉴클레오티드의 발현 또는 발현 수준의 특성화를 의미한다.
"신생물"은 부적절하게 높은 수준의 세포 분열, 부적절하게 낮은 수준의 아폽토시스, 또는 둘 다에 의해 유발되거나 발생되는 임의의 질환을 의미한다. 암의 예는, 제한 없이, 전립선암, 백혈병 (예를 들어, 급성 백혈병, 급성 림프구성 백혈병, 급성 골수구성 백혈병, 급성 골수모구성 백혈병, 급성 전골수구성 백혈병, 급성 골수단구성 백혈병, 급성 단핵구성 백혈병, 급성 적백혈병, 만성 백혈병, 만성 골수구성 백혈병, 만성 림프구성 백혈병), 진성 적혈구증가증, 림프종 (호지킨병, 비호지킨병), 발덴스트롬 거대글로불린혈증(Waldenstrom's macroglobulinemia), 중쇄병, 및 고형 종양 예컨대 육종 및 암종 (예를 들어, 섬유육종, 점액육종, 지방육종, 연골육종, 골형성 육종, 척색종, 혈관육종, 내피육종, 림프관육종, 림프관내피육종, 활액종, 중피종, 유잉 종양(Ewing's tumor), 평활근육종, 횡문근육종, 결장 암종, 췌장암, 유방암, 난소암, 편평세포 암종, 기저세포 암종, 선암종, 한선 암종, 피지선 암종, 유두 암종, 유두 선암종, 낭선암종, 수질 암종, 기관지원성 암종, 신세포 암종, 간세포암종, 담관 암종, 융모막암종, 정상피종, 배아 암, 빌름스 종양(Wilm's tumor), 자궁경부암, 자궁암, 고환암, 폐암종, 소세포 폐암종, 방광암, 상피 암종, 신경교종, 성상세포종, 수모세포종, 두개인두종, 뇌실막세포종, 송과체종, 혈관모세포종, 청각 신경종, 희소돌기아교종, 신경초종, 수막종, 흑색종, 신경모세포종, 및 망막모세포종)을 포함한다. 림프증식성 장애가 또한 증식성 질환으로 간주된다.
본원에 사용된 바와 같이, "작용제를 획득하는 것"에서와 같이 "수득하는 것"은 작용제를 합성, 구매, 또는 달리 획득하는 것을 포함한다.
용어 "난소암"은 원발성 난소 종양뿐만 아니라 신체의 어느 곳에든 정착했을 수 있는 원발성 난소 종양의 전이를 둘 다 지칭한다.
용어 "난소암 상태"는 환자의 질환 상태를 지칭한다. 난소암 상태 유형의 예는 대상체의 암 위험, 질환의 존재 또는 부재, 환자의 질환 단계, 및 질환 치료의 유효성을 포함하나, 이에 제한되지는 않는다. 실시양태에서, 골반 종괴를 갖는 것으로 확인된 대상체는 그의 난소암 상태가 양성인지 악성인지를 확인하기 위해 평가된다.
본 발명의 방법에 유용한 핵산 분자는 본 발명의 폴리펩티드 또는 그의 단편을 코딩하는 임의의 핵산 분자를 포함한다. 이러한 핵산 분자는 내인성 핵산 서열과 100% 동일할 필요는 없으나, 전형적으로 실질적인 동일성을 나타낼 것이다. 내인성 서열에 대해 "실질적인 동일성"을 갖는 폴리뉴클레오티드는 전형적으로 이중-가닥 핵산 분자의 적어도 하나의 가닥과 혼성화할 수 있다. "혼성화하다"란 다양한 엄격성 조건 하에, 상보적 폴리뉴클레오티드 서열 (예를 들어, 본원에 기재된 유전자), 또는 그의 부분 사이에 이중-가닥 분자를 형성하는 쌍을 의미한다. (예를 들어, 문헌 [Wahl, G. M. and S. L. Berger (1987) Methods Enzymol. 152:399; Kimmel, A. R. (1987) Methods Enzymol. 152:507] 참조).
예를 들어, 엄격한 염 농도는 일반적으로 약 750 mM NaCl 및 75 mM 시트르산삼나트륨 미만, 바람직하게는 약 500 mM NaCl 및 50 mM 시트르산삼나트륨 미만, 보다 바람직하게는 약 250 mM NaCl 및 25 mM 시트르산삼나트륨 미만일 것이다. 낮은 엄격성 혼성화는 유기 용매, 예를 들어, 포름아미드의 부재 하에 수득될 수 있으며, 한편 높은 엄격성 혼성화는 적어도 약 35% 포름아미드, 보다 바람직하게는 적어도 약 50% 포름아미드의 존재 하에 수득될 수 있다. 엄격한 온도 조건은 일반적으로 적어도 약 30℃, 보다 바람직하게는 적어도 약 37℃, 가장 바람직하게는 적어도 약 42℃의 온도를 포함할 것이다. 다양한 추가 파라미터, 예컨대 혼성화 시간, 세제, 예를 들어 소듐 도데실 술페이트 (SDS)의 농도, 및 담체 DNA의 포함 또는 배제는 관련 기술분야의 통상의 기술자에게 널리 공지되어 있다. 필요에 따라 이들 다양한 조건을 조합하여 다양한 수준의 엄격성을 완수한다. 바람직한: 실시양태에서, 혼성화는 30℃에서 750 mM NaCl, 75 mM 시트르산삼나트륨, 및 1% SDS에서 일어날 것이다. 보다 바람직한 실시양태에서, 혼성화는 37℃에서 500 mM NaCl, 50 mM 시트르산삼나트륨, 1% SDS, 35% 포름아미드, 및 100 μg/ml 변성 연어 정자 DNA (ssDNA)에서 일어날 것이다. 가장 바람직한 실시양태에서, 혼성화는 42℃에서 250 mM NaCl, 25 mM 시트르산삼나트륨, 1% SDS, 50% 포름아미드, 및 200 μg/ml ssDNA에서 일어날 것이다. 이들 조건에 대한 유용한 변형은 관련 기술분야의 통상의 기술자에게 용이하게 명백할 것이다.
대부분의 적용에서, 혼성화에 뒤이은 세척 단계가 또한 엄격성이 다르다. 세척 엄격성 조건은 염 농도 및 온도에 의해 정의될 수 있다. 상기와 같이, 염 농도를 감소시키거나 온도를 증가시킴으로써 세척 엄격성이 증가될 수 있다. 예를 들어, 세척 단계에 대한 엄격한 염 농도는 바람직하게는 약 30 mM NaCl 및 3 mM 시트르산삼나트륨 미만, 가장 바람직하게는 약 15 mM NaCl 및 1.5 mM 시트르산삼나트륨 미만일 것이다. 세척 단계에 대한 엄격한 온도 조건은 일반적으로 적어도 약 25℃, 보다 바람직하게는 적어도 약 42℃, 훨씬 보다 바람직하게는 적어도 약 68℃의 온도를 포함할 것이다 바람직한 실시양태에서, 세척 단계는 25℃에서 30 mM NaCl, 3 mM 시트르산삼나트륨, 및 0.1% SDS에서 일어날 것이다. 보다 바람직한 실시양태에서, 세척 단계는 42℃에서 15 mM NaCl, 1.5 mM 시트르산삼나트륨, 및 0.1% SDS에서 일어날 것이다. 보다 바람직한 실시양태에서, 세척 단계는 68℃에서 15 mM NaCl, 1.5 mM 시트르산삼나트륨, 및 0.1% SDS에서 일어날 것이다. 이들 조건에 대한 추가 변형은 관련 기술분야의 통상의 기술자에게 용이하게 명백할 것이다. 혼성화 기술은 관련 기술분야의 통상의 기술자에게 널리 공지되어 있으며, 예를 들어, 문헌 [Benton and Davis (Science 196:180, 1977); Grunstein and Hogness (Proc. Natl. Acad. Sci., USA 72:3961, 1975); Ausubel et al. (Current Protocols in Molecular Biology, Wiley Interscience, New York, 2001); Berger and Kimmel (Guide to Molecular Cloning Techniques, 1987, Academic Press, New York)]; 및 [Sambrook et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory Press, New York]에 기재되어 있다.
"감소하다"란 음성적 변경을 의미한다. 일부 실시양태에서, 변경은 적어도 5%, 10%, 25%, 50%, 75%, 또는 100% 감소된다.
"참조"란 비교의 표준 또는 대조군 조건을 의미한다. 예를 들어, 환자 샘플에 존재하는 마커 수준(들)은 상응하는 건강한 세포 또는 조직에서 또는 질환에 걸린 세포 또는 조직 (예를 들어, 난소암을 갖는 대상체로부터 유래된 세포 또는 조직)에서의 마커 수준과 비교할 수 있다. 특정한 실시양태에서, 환자 샘플에 존재하는 IGFBP2, IL6, FSH, HE4, CA125; 트랜스티레틴, 트랜스페린, TAG-72/CA 72-4 폴리펩티드 수준은 더 이른 시점에 (즉, 치료 이전에) 수득된 상응하는 샘플에 존재하는 상기 폴리펩티드의 수준과, 건강한 세포 또는 조직 또는 전이 경향이 없는 신생물 세포 또는 조직과 비교할 수 있다.
"샘플"이란 생물학적 샘플 예컨대 유기체로부터 유래한 임의의 조직, 세포, 체액, 또는 기타 물질을 의미한다.
"서열 동일성"은 서열 간의 유사성의 면에서 표현되는 아미노산 또는 핵산 서열 간의 유사성을 지칭한다. 서열 동일성은 빈번히 백분율 동일성 (또는 유사성 또는 상동성)의 면에서 측정된다; 백분율이 높을수록, 서열이 보다 유사하다. 주어진 유전자 또는 단백질의 상동체 또는 변이체는 표준 방법을 사용하여 정렬될 때 비교적 높은 수준의 서열 동일성을 가질 것이다. 서열 동일성은 전형적으로 서열 분석 소프트웨어 (예를 들어, 위스콘신주 53705, 메디슨, 유니버서티 애비뉴 1710의, 위스콘신대학교 생명공학센터(University of Wisconsin Biotechnology Center), 지네틱스 컴퓨터 그룹(Genetics Computer Group)의 서열 분석 소프트웨어 패키지, BLAST, BESTFIT, GAP, 또는 PILEUP/PRETTYBOX 프로그램)를 사용하여 측정된다. 이러한 소프트웨어는 다양한 치환, 결실, 및/또는 기타 변형에 상동성 정도를 할당하여 동일하거나 유사한 서열을 일치시킨다. 보존적 치환은 전형적으로 하기 군 내의 치환을 포함한다: 글리신, 알라닌; 발린, 이소류신, 류신; 아스파라긴산, 글루탐산, 아스파라긴, 글루타민; 세린, 트레오닌; 리신, 아르기닌; 및 페닐알라닌, 티로신. 동일성의 정도를 결정하기 위한 예시적인 접근법에서, 밀접하게 관련된 서열을 나타내는 e-3과 e-100 사이의 개연성 점수와 함께, BLAST 프로그램이 사용될 수 있다. 게다가, 다른 프로그램 및 정렬 알고리즘은 예를 들어 문헌 [Smith and Waterman, 1981, Adv. Appl. Math. 2:482; Needleman and Wunsch, 1970, J. Mol. Biol. 48:443; Pearson and Lipman, 1988, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 85:2444; Higgins and Sharp, 1988, Gene 73:237-244; Higgins and Sharp, 1989, CABIOS 5:151-153; Corpet et al., 1988, Nucleic Acids Research 16:10881-10890; Pearson and Lipman, 1988, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 85:2444]; 및 [Altschul et al., 1994, Nature Genet. 6:119-129]에 기재되어 있다. NCBI 베이직 로컬 정렬 검색 도구(Basic Local Alignment Search Tool) (BLAST™) (Altschul et al. 1990, J. Mol. Biol. 215:403-410)는 서열 분석 프로그램 blastp, blastn, blastx, tblastn 및 tblastx와 함께 사용하기 위해, 국립 생명공학 정보 센터(National Center for Biotechnology Information) (NCBI, 메릴랜드주 베데스다) 및 인터넷을 포함한 몇몇 공급원으로부터 쉽게 이용가능하다.
"체세포 마커"는 생식 세포를 제외한 임의의 세포 내에서 발생할 수 있고 유전될 수 없는 질환 또는 장애와 연관된 발현 수준 또는 활성의 변경을 갖는 임의의 단백질 또는 폴리뉴클레오티드를 의미한다.
"체세포 돌연변이"는 생식 세포를 제외한 모든 세포 내의 유전적 변경을 의미하며 유전되지 않는다.
"특이적으로 결합한다"란 분자 (예를 들어, 폴리펩티드)를 인식하고 그에 결합하나, 샘플, 예를 들어 생물학적 샘플에서 다른 분자를 실질적으로 인식하고 그에 결합하지는 않는 화합물 (예를 들어, 항체)을 의미한다.
진단 검사의 정확도는 수신자 조작 특성 곡선(Receiver Operating Characteristic curve) ("ROC 곡선")을 포함하나, 이에 제한되지는 않는 관련 기술분야에 널리 공지된 임의의 방법을 사용하여 특성화될 수 있다. ROC 곡선은 민감도와 특이도 간의 관계를 나타낸다. 민감도는 검사에서 양성으로 예측된 진양성의 백분율이며, 한편 특이도는 검사에서 음성으로 예측된 진음성의 백분율이다. ROC는 진단 검사의 상이한 가능한 컷포인트에 대한 위양성률에 대한 진양성률의 플롯이다. 따라서, 민감도의 증가는 특이도의 감소를 동반한다. 곡선이 좌측 축을 따르고 이어서 ROC 공간의 상단 가장자리를 따라갈수록, 검사가 더 정확하다. 반대로, 곡선이 ROC 그래프의 45도 대각선에 가까울수록, 검사의 정확도가 떨어진다. ROC 하 면적은 검사 정확도의 척도이다. 검사의 정확도는 검사가 검사할 군을 해당 질환이 있는 군과 없는 군으로 얼마나 잘 분리하는지에 달려 있다. 1의 곡선하 면적 ("AUC"라고 함)은 완벽한 검사를 나타낸다. 실시양태에서, 본 발명의 바이오마커 및 진단 방법은 0.50 초과, 0.60 초과, 0.70 초과, 0.80 초과, 또는 0.90 초과의 AUC를 갖는다.
검사의 유용성에 대한 다른 유용한 척도는 양성 예측 값 ("PPV") 및 음성 예측 값 ("NPV")이다. PPV는 양성으로 검사된 실제 양성의 백분율이다. NPV는 음성으로 검사된 실제 음성의 백분율이다.
용어 "대상체" 또는 "환자"는 치료, 관찰, 또는 실험의 대상이 되는 동물을 지칭한다. 단지 예로서, 대상체는 인간 또는 인간이 아닌 포유동물, 예컨대 인간이 아닌 영장류, 뮤린, 소, 말, 개, 양, 또는 고양이를 포함하나, 이에 제한되지는 않는 포유동물을 포함하나, 이에 제한되지는 않는다.
"실질적으로 동일한"이란 참조 아미노산 서열 (예를 들어, 본원에 기재된 아미노산 서열 중 어느 하나) 또는 핵산 서열 (예를 들어, 본원에 기재된 핵산 서열 중 어느 하나)과 적어도 50% 동일성을 나타내는 폴리펩티드 또는 핵산 분자를 의미한다. 바람직하게는, 이러한 서열은 비교에 사용된 서열과 아미노산 수준 또는 핵산에서 적어도 60%, 보다 바람직하게는 80% 또는 85%, 그리고 보다 바람직하게는 90%, 95% 또는 심지어 99% 동일하다.
서열 동일성은 전형적으로 서열 분석 소프트웨어 (예를 들어, 위스콘신주 53705, 메디슨, 유니버서티 애비뉴 1710의, 위스콘신대학교 생명공학센터, 지네틱스 컴퓨터 그룹의 서열 분석 소프트웨어 패키지, BLAST, BESTFIT, GAP, 또는 PILEUP/PRETTYBOX 프로그램)를 사용하여 측정된다. 이러한 소프트웨어는 다양한 치환, 결실, 및/또는 기타 변형에 상동성 정도를 할당하여 동일하거나 유사한 서열을 일치시킨다. 보존적 치환은 전형적으로 하기 군 내의 치환을 포함한다: 글리신, 알라닌; 발린, 이소류신, 류신; 아스파라긴산, 글루탐산, 아스파라긴, 글루타민; 세린, 트레오닌; 리신, 아르기닌; 및 페닐알라닌, 티로신. 동일성의 정도를 결정하기 위한 예시적인 접근법에서, 밀접하게 관련된 서열을 나타내는 e-3과 e-100 사이의 개연성 점수와 함께, BLAST 프로그램이 사용될 수 있다.
구체적으로 언급되거나 문맥상 명백하지 않는 한, 본원에 사용된 바와 같이, 용어 "약"은 예를 들어 평균의 2 표준 편차 내에서 관련 기술분야의 정상 허용오차의 범위 내로 이해된다. 약은 언급된 값의 10%, 9%, 8%, 7%, 6%, 5%, 4%, 3%, 2%, 1%, 0.5%, 0.1%, 0.05%, 또는 0.01% 이내로 이해될 수 있다. 문맥상 달리 명백하지 않는 한, 본원에 제공된 모든 수치는 용어 약에 의해 한정된다.
본원에 사용된 바와 같이, 용어 "치료하다", 치료하는", "치료" 등은 장애 및/또는 이와 연관된 증상을 감소 또는 개선하는 것을 지칭한다. 배제되지는 않지만, 장애 또는 병태를 치료하는 것이 그와 연관된 장애, 병태 또는 증상이 완전히 제거될 것을 요구하지는 않는다는 것이 인식될 것이다.
본원에 제공된 범위는 범위 내의 모든 값에 대한 약칭으로 이해된다. 예를 들어, 1 내지 50의 범위는 임의의 숫자, 숫자의 조합 또는 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 또는 50으로 이루어진 군으로부터의 하위-범위를 포함하는 것으로 이해된다.
본원에 제공된 임의의 화합물, 조성물, 또는 방법은 본원에 제공된 임의의 다른 조성물 및 방법 중 임의의 것의 하나 이상과 조합될 수 있다.
본원에 사용된 바와 같이, 단수 형태 "하나"는 문맥이 명백하게 달리 지시하지 않는 한 복수 형태를 포함한다. 따라서, 예를 들어 "바이오마커"에 대한 언급은 하나 초과의 바이오마커에 대한 언급을 포함한다.
구체적으로 언급되거나 문맥상 명백하지 않는 한, 본원에 사용된 바와 같이, 용어 "또는"은 포괄적인 것으로 이해된다.
용어 "포함한"은 본원에서 어구 "포함하나 이에 제한되지는 않는"을 의미하며, 이와 상호교환적으로 사용된다.
본원에 제공된 임의의 조성물 또는 방법은 본원에 제공된 임의의 다른 조성물 및 방법 중 임의의 것의 하나 이상과 조합될 수 있다.
도 1은 여포-자극 호르몬 (FSH); 인간 부고환 단백질 4 (HE4); 암 항원 125 (CA 125); 트랜스티레틴 (프리알부민); 트랜스페린; 아포지질단백질 A-1 (ApoA1), β2-마이크로글로불린 (β2M), BRCA1, 및 BRCA2 폴리펩티드의 예시적인 서열을 제공한다.
도 2는 폐경 단계에 따른 연구 인구통계 및 임상 병리학 정보를 제공한다.
도 3A-3C는 훈련 세트 (OVA1) 및 3개의 검증 세트 (OVA500, FHCRC #7788 및 OVA1-PS1-CO4)에서만 폐경 전 (도 3A, 좌측), 폐경 후 (도 3B, 중간), 및 폐경 전, I/II기 침습성 암 (도 3C, 우측) 환자 및 양성 자궁부속기 종괴에 대해 CA125와 비교한 AMRA의 수신기 작동 특성 (ROC) 곡선을 도시하는 그래프이다 (AUC: 곡선하 면적; ROC: 수신자 조작 특성).
도 4A-4B는 자궁부속기 종괴 위험 평가 (AMRA) 위험군 (HR: 높은 위험, IR: 중간 위험, LR: 더 낮은 위험)에서 양성, 낮은-악성 가능성 종양 I/II기 및 III/IV기 환자의 분포를 도시한다. 도 3A는 5%에서 추정된 사전 검사 유병률에 대해 조정된 폐경 전 환자에서 AMRA와 비교한 악성종양의 위험을 도시하는 막대 차트이다. 도 3B는 10%에서 추정된 사전 검사 유병률에 대해 조정된 폐경 후 환자에서 AMRA와 비교한 악성종양의 위험을 도시하는 막대 차트이다.
도 5는 폐경 전 자궁부속기 종괴 위험 평가 위험군에서 양성, 낮은-악성 가능성 종양/초기, 말기 암의 분포를 제공한다 (추정 유병률에 기초한 실제 및 예상치).
도 6은 폐경 후 자궁부속기 종괴 위험 평가 위험군에서 양성, 낮은-악성 가능성 종양/초기, 말기 암의 분포를 제공한다 (추정 유병률에 기초한 실제 및 예상치).
도 7A-7B는 훈련 세트 (OVA1) 및 조합된 검증 데이터세트 (OVA500, FHCRC #7788 및 OVA1-PS1-CO4)에 기초하여 예상된 자궁부속기 종괴 위험 평가 위험군 (HR: 높은 위험; IR: 중간 위험; LR: 더 낮은 위험)의 유병률 조정된 검사 후 암 개연성을 도시한다. 추정된 암 개연성 막대는 로지스틱 회귀에 의해 보간 곡선과 중첩되었다. 도 7A는 폐경 전 환자의 개연성을 도시하는 막대 차트를 제공한다. 도 7B는 폐경 후 환자의 개연성을 도시하는 막대 차트를 제공한다.
도 8은 자궁부속기 종괴 위험 평가 군의 추정 성능 메트릭을 도시하는 표를 제공한다.
도 9는 자궁부속기 종괴 위험 평가 군의 검증에 사용된 샘플 세트의 분류를 도시하는 흐름도를 제공한다.
본 발명은 바이오마커의 패널 및 대상체의 대상체가 난소암을 가질 위험을 수술 전 평가하기 위한 이러한 패널의 용도를 포함한다. 본 발명은 본 발명의 패널이 특이도 (예를 들어, 평균/중앙값 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%) 및 민감도 (예를 들어, 적어도 75%로)를 유리하게 향상시키며 자궁부속기 종괴 (예를 들어, 증상성 또는 무증상)로 진단된 폐경 전 및 폐경 후 대상체에 대한 바이오마커의 기존 패널에 의해 확인된 위양성 및 위음성을 감소시킨다는 발견에 적어도 부분적으로 기초한다.
특히, 본 발명은 하기 마커 세트를 포함하거나 그로 이루어진 패널을 제공한다:
아포지질단백질 A1 (ApoA1), 암 항원 125 (CA125), β2 마이크로글로불린 (β2M), 트랜스페린 (Tfr), 및 트랜스티레틴/프리알부민 (TT);
여포-자극 호르몬 (FSH), CA125, 인간 부고환 단백질 4 (HE4), ApoA1, 및 트랜스페린;
ApoA1, CA125, β2M, 트랜스페린, TT, FSH, 및 HE4;
ApoA1, CA125, β2M, 트랜스페린, TT, 및 유방암 1 (BRCA1);
FSH, CA125, HE4, ApoA1, 트랜스페린, 및 BRCA1;
ApoA1, CA125, β2M, 트랜스페린, TT, 및 유방암 2 (BRCA2);
FSH, CA125, HE4, ApoA1, 트랜스페린, 및 BRCA2;
ApoA1, CA125, β2M, 트랜스페린, TT, BRCA1, 및 BRCA2;
FSH, CA125, HE4, ApoA1, 트랜스페린, BRCA1, 및 BRCA2;
ApoA1, CA125, β2M, 트랜스페린, TT, FSH, HE4, 및 BRCA1;
ApoA1, CA125, β2M, 트랜스페린, TT, FSH, HE4, 및 BRCA2; 및
ApoA1, CA125, β2M, 트랜스페린, TT, FSH, HE4, BRCA1, 및 BRCA2.
게다가, 본 발명은 다변량 지수 검정 (예를 들어, AMRA, OVA1, 및/또는 OVERA)에 대한 추가 생식세포 및/또는 체세포 돌연변이의 특성화가 특이성 및 민감성을 향상시키고 자궁부속기 종괴로 진단된 폐경 전 및 폐경 후 대상체에 대한 바이오마커의 기존 패널에 의해 확인된 위양성 및 위음성을 감소시킨다는 발견에 적어도 부분적으로 기초한다. 유사하게, 바이오마커의 비정상적인 메틸화 (예를 들어, 과메틸화 또는 저메틸화)의 존재는 특이성 및 민감성을 향상시키고 자궁부속기 종괴로 진단된 폐경 전및 폐경 후 대상체에 대한 바이오마커의 기존 패널에 의해 확인된 위양성 및 위음성을 감소시킨다.
일부 실시양태에서, 상기 마커 세트는 유방암 및/또는 난소암과 연관된 하기 마커 중 하나 이상과 조합될 수 있다: 모세혈관확장성-운동실조 돌연변이 (ATM), BRCA1 연관 링 도메인 1 (BARD1), BRCA1 상호작용 단백질 C-말단 헬리카제 1 (BRIP1), 카데린-1 (CDH1), 체크포인트 키나제 2 (CHEK2), 상피 세포 부착 분자 (EPCAM), MutL 상동체 1 (MLH1), MutS 상동체 2 (MSH2), MutS 상동체 6 (MSH6), 니브린 (NBN), BRCA2의 파트너 및 로컬라이저 (PALB2), 포스파타제 및 텐신 상동체 (PTEN), RAD51 패럴로그 D (RAD51D), 세린/트레오닌 키나제 11 (STK11), 종양 단백질 p53 (TP53), 키르스텐 래트 육종 바이러스성 종양유전자 상동체 (KRAS), BRCA1 A 복합체 서브유닛 아브라삭스 1 (ABRAXAS1 또는 FAM175A), RAC-알파 세린/트레오닌-단백질 키나제 (AKT1 또는 단백질 키나제 B), 결장 선종성 용종증 (APC), 축 억제 단백질 2 (AXIN2), 골 형성 단백질 수용체 유형 1A (BMPR1A), 원-종양유전자 B-Raf (BRAF), 세포 분열 주기 25C (CDC25), 시클린 의존성 키나제 억제제 2A (CDKN2A), 시클린-의존성 키나제 4 (CDK4), 카테닌 베타-1 (CTNNB1), RNase 모티프를 갖는 헬리카제 (DICER1), Erb-B2 수용체 티로신 키나제 2 (ERBB2), 절제 복구 교차-상보 군 6 (ERCC6), 판코니 빈혈 상보 군 M (FANCM), 판코니 빈혈 상보 군 C (FANCC), 감수분열 재조합 11 (MRE11), mutY DNA 글리코실라제 (MUTYH), 뉴로피브로민 1 (NF1), 엔도뉴클레아제 III-유사 단백질 1 (NTHL1), 포스파티딜이노시톨-4,5-비스포스페이트 3-키나제 촉매 서브유닛 알파 (PIK3CA), 감수분열 분리후 증가 2 (PMS2), 단백질 포스파타제 2 조절 서브유닛 A 알파 (PP2R1A), 단백질 키나제 DNA-활성화 촉매 서브유닛 (PRKDC), DNA 폴리머라제 델타 1 촉매 서브유닛 (POLD1), RAD50 상동체 (RAD50), RAD51 패럴로그 C (RAD51C), 링 핑거 단백질 43 (RNF43), 숙시네이트 데히드로게나제 복합체 철 황 서브유닛 B (SDHB), 숙시네이트 데히드로게나제 복합체 서브유닛 D (SDHD), 크로마틴 서브패밀리 A 구성원의 SWI/SNF 관련 매트릭스 연관 액틴 의존성 조절인자 4 (SMARCA4), 차이니즈 햄스터 세포의 결함 복구를 보완하는 X선 복구 2 (XRCC2), 베르너 증후군 ATP-의존성 헬리카제 (WRN 또는 RECQL), 세포 분열 주기 73 (CDC73), 폴리펩티드 N-아세틸갈락토사미닐트랜스퍼라제 12 (GALNT12), 그렘린 1 (GREM1), 호메오복스 B13 (HOXB13), MutS 상동체 3 (MSH3), DNA 폴리머라제 엡실론 촉매 서브유닛 (POLE), RAD51 레콤비나제 (RAD51), RAD50 인터랙터 1 (RINT1), 40S 리보솜 단백질 S20 (RSP20), SLX4 구조-특이적 엔도뉴클레아제 서브유닛 (SLX4), SMAD 패밀리 구성원 4 (SMAD4), 이중 특이적 단백질 키나제 TTK (TTK), Ras 회합 도메인 패밀리 1 이소형 A (RASSF1A), Runt-관련 전사 인자 3 (RUNX3), 조직 인자 경로 억제제 2 (TFPI2), 분비 프리즐드-관련 단백질 5 (SFRP5), 오피오이드-결합 단백질/세포 부착 분자 (OPCML), O6-알킬구아닌 DNA 알킬트랜스퍼라제 (MGMT), 카데린 13 (CDH13), 술파타제 1 (SULF1), 호메오복스 A9 (HOXA9), 호메오복스 A11 (HOXAD11), 클라우딘 4 (CLDN4), T-세포 분화 단백질 (MAL), 각인된 부위의 조절인자의 브라더 (BORIS), ATP-결합 카세트 슈퍼-패밀리 G 구성원 2 (ABCG2), 튜불린 베타 3 클래스 III (TUBB3), 메틸화 제어된 DNAJ (MCJ), 시누셀린-γ (SNGG), 대안적 판독 프레임 종양 억제인자 (P14ARF), 시클린-의존성 키나제 억제제 2A (CDKN2A 또는 P16INK4A), 시클린-의존성 키나제 4 억제제 B (CDKN2B 또는 P15), 사망-연관 단백질 키나제 1 (DAPK), 칼슘 채널 전압-의존성 T 유형 알파 1G 서브유닛 (CACNA1G 또는 MINT31), 망막모세포종-상호작용 징크-핑거 단백질 1 (RIZ1), 및 메틸화-유도 침묵의 표적 1 (TMS1).
본 발명의 방법은 또한 폐경 전 및 폐경 후 대상체에서 수술 전 난소암 평가의 위양성률을 감소시키거나 위음성률을 감소시키는 것을 포함한다. 본 발명은 또한 대상체가 난소암을 가질 위험을 수술 전 평가하기 위한 이러한 패널의 사용을 특색으로 한다. 특히, 이러한 패널의 사용은 자궁부속기 종괴 (예를 들어, 증상성 또는 무증상)로 진단된 대상체 (예를 들어, 폐경 전 또는 폐경 후)를 암의 높은 또는 낮은 위험으로 수술 전 특성화하기 위한 방법을 제공한다.
난소암
난소 종양은 모든 연령대의 여성에서 점점 더 빈번히 검출되고 있지만, 수술 전에 악성을 결정하는 표준화되거나 신뢰할 수 있는 방법은 전혀 없다. 1994년에, NIH는 난소암의 상당한 위험을 가질 것으로 수술 전 확인된 여성은 부인과 종양전문의에 의해 그의 수술을 받을 수 있는 선택권을 가져야 함을 명시하는 합의 성명서를 발표하였다. 현재 구립 종합 암 네트워크 (NCCN), 부인종양학회(Society of Gynecologic Oncologists) (SGO), SOGC 임상 진료 지침, 의료 자문 위원회(Medical Advisory Committee)의 암에 관한 상임 소위원회(Standing Subcommittee) 및 기타 몇몇 발표된 성명서는, 모두 난소암을 갖는 여성은 부인과 종양전문의 (GO)의 관리 하에 있어야 함을 권장한다.
유방암, 방광암, 위장관암, 및 난소암에 대한 최근 간행물은 암 관리에 외과 전문의가 관여할 때 개선된 결과를 보고하였다. 게다가, 최근 18건의 난소암 연구에 대한 메타 분석은 일반 외과의나 일반 부인과 의사보다 부인과 종양전문의의 조기 개입이 환자의 결과를 개선함을 밝혀냈다. 저자들은 다음과 같이 결론지었다: 1) 초기 단계의 질환을 갖는 대상체는 포괄적인 수술 병기결정을 받을 가능성이 더 높아, 적절한 아주반트 화학요법을 용이하게 하고, 2) 진행성 질환을 갖는 대상체는 최적의 종양감퇴 수술을 받을 가능성이 더 높으며, 3) 진행성 질환을 갖는 대상체는 개선된 중앙값 및 전체 5년 생존을 갖는다. 이 중요한 정보의 이용가능성에도 불구하고, 악성 난소 종양을 갖는 여성의 일부만 (추정치 33%)이 1차 수술을 위해 부인과 종양전문의에게 의뢰된다. 난소암 관리에 대한 보고된 치료 패턴에 기초하여, 미국의 대다수 여성이 이 질환에 대한 최적의 치료를 받지 못할 수 있다.
난소 종양의 수술적 제거, 그리고 일반의 또는 전문의가 수술을 해야 하는지 여부의 결정은 신체 검사, 영상화 연구, 실험실 검사, 및 임상적 판단의 해석에 기초하여 결정된다. 골반 검사 단독으로는, 특히 난소암 치료가 가장 성공적인 초기 단계에서 난소 종양을 확실하게 검출하거나 구별하기에는 부적당하다. 전립선암, 폐암, 결장직장암, 난소암 선별 검사 알고리즘으로부터의 검사가 또한 제거되었다. 골반 초음파검사는 임상적으로 유용하고 가장 비용이 적게 드는 영상화 기법이나, 지속적으로 악성종양을 확인하는 데에는 한계가 있다. 일반적으로, 거의 모든 단방낭은 양성이며, 한편 고형 성분 또는 내부 유두 돌기를 갖는 복합 낭성 종양은 악성일 가능성이 더 높다. CA125는 단독으로 사용되거나 악성종양의 위험을 설정하기 위한 다른 검사와 함께 사용되었다. 불행히도, CA125는 초기 단계 난소암에서 낮은 민감도 (50%)를 가지며, 폐경 전 및 폐경 후 여성 둘 다에서 수많은 위양성 결과로 인해 낮은 특이도를 갖는다.
미국 산부인과 학회 (ACOG) 및 SGO는 골반 종괴를 갖는 환자를 위한 의뢰 지침을 발표하였다. 이 지침은 환자 연령, 혈청 CA125 수준, 신체 검사, 영상화 결과, 및 가족력을 포함한다. 이 의뢰 전략은 소급적 및 전향적 둘 다로 평가되었다. 단일 기관 검토에서, 디어킹(Dearking)과 동료들은 지침이 진행성 난소암을 예측하는 데 유용하나, "특히 폐경 전 여성에서, 주로 난소암의 초기 마커 및 징후 부족으로 인해, 초기 단계의 질환을 확인하는 데는 저조하게 수행됨"을 결론지었다.
바이오마커
특정한 실시양태에서, 바이오마커는 또 다른 표현형 상태 (예를 들어, 질환을 갖지 않음)와 비교하여 한 표현형 상태 (예를 들어, 질환을 갖는)의 대상체로부터 채취한 샘플에 구별적으로 존재하는 유기 생체분자이다. 상이한 군에서 바이오마커의 평균 또는 중앙 발현 수준이 통계적으로 유의한 것으로 계산되는 경우 바이오마커는 상이한 표현형 상태 사이에 구별적으로 존재한다. 통계적 유의성에 대한 통상의 검사는, 특히, t-검정, ANOVA, 크러스컬-월리스, 윌콕슨, 만-위트니 및 승산비를 포함한다. 바이오마커는 단독으로 또는 조합하여 대상체가 하나의 표현형 상태 또는 또 다른 상태에 속하는 상대적 위험도의 척도를 제공한다. 따라서 그들은 질환을 특성화하는 마커로서 유용하다.
난소암을 위한 바이오마커
본 발명은 난소암, 특히, 양성 대 악성 골반 종괴를 갖는 대상체에 구별적으로 존재하는 폴리펩티드 또는 폴리뉴클레오티드 바이오마커의 패널을 제공한다. 본 발명의 바이오마커는 난소암을 갖는 대상체 대 난소암을 갖지 않은 대상체를 포함한, 난소암 상태, 또는 폐경 전 또는 폐경 후인 대상체를 포함한, 폐경 상태에 따라 구별적으로 존재한다.
본 발명의 바이오마커 패널은 하기 표 1에 제시된 바이오마커 중 하나 이상을 포함한다.
<표 1>
Figure pct00001
이해되는 바와 같이, 표 1의 바이오마커, 바이오마커의 패널, 또는 다른 유사한 어구에 대한 본원의 언급은 표 1에 제시되거나 본원에 달리 기재된 바이오마커 중 하나 이상을 나타낸다. 표 1의 바이오마커 중 하나 이상의 패널은 표 1의 바이오마커 중 하나 이상의 하나 이상의 패널과 조합하여 사용될 수 있다. 예를 들어, 한 실시양태에서, 바이오마커 ApoA1, CA125, β2M, 트랜스페린, TT, FSH, 및 HE4를 포함하는 패널은 ApoA1, CA125, β2M, 트랜스페린, 및 TT를 포함하는 패널과 조합하여 사용될 수 있다. 한 실시양태에서, 바이오마커 ApoA1, CA125, β2M, 트랜스페린, TT, FSH, 및 HE4를 포함하는 패널은 여포-자극 호르몬 FSH, CA125, HE4, ApoA1, 및 트랜스페린을 포함하는 패널과 조합하여 사용될 수 있다. 한 실시양태에서, 바이오마커 ApoA1, CA125, β2M, 트랜스페린, TT, FSH, 및 HE4를 포함하는 패널은 ApoA1, CA125, β2M, 트랜스페린, 및 TT를 포함하는 패널 및 여포-자극 호르몬 FSH, CA125, HE4, ApoA1, 및 트랜스페린을 포함하는 패널과 조합하여 사용될 수 있다.
본 발명의 바이오마커는 또한 유전성 생식세포 마커 (예를 들어, BRCA1/2) 및/또는 유방암 1 (BRCA1), 유방암 2 (BRCA2), 모세혈관확장성-운동실조 돌연변이 (ATM), BRCA1 연관 링 도메인 1 (BARD1), BRCA1 상호작용 단백질 C-말단 헬리카제 1 (BRIP1), 카데린-1 (CDH1), 체크포인트 키나제 2 (CHEK2), 상피 세포 부착 분자 (EPCAM), MutL 상동체 1 (MLH1), MutS 상동체 2 (MSH2), MutS 상동체 6 (MSH6), 니브린 (NBN), BRCA2의 파트너 및 로컬라이저 (PALB2), 포스파타제 및 텐신 상동체 (PTEN), RAD51 패럴로그 D (RAD51D), 세린/트레오닌 키나제 11 (STK11), 종양 단백질 p53 (TP53), 키르스텐 래트 육종 바이러스성 종양유전자 상동체 (KRAS), BRCA1 A 복합체 서브유닛 아브라삭스 1 (ABRAXAS1 또는 FAM175A), RAC-알파 세린/트레오닌-단백질 키나제 (AKT1 또는 단백질 키나제 B), 결장 선종성 용종증 (APC), 축 억제 단백질 2 (AXIN2), 골 형성 단백질 수용체 유형 1A (BMPR1A), 원-종양유전자 B-Raf (BRAF), 세포 분열 주기 25C (CDC25), 시클린 의존성 키나제 억제제 2A (CDKN2A), 시클린-의존성 키나제 4 (CDK4), 카테닌 베타-1 (CTNNB1), RNase 모티프를 갖는 헬리카제 (DICER1), Erb-B2 수용체 티로신 키나제 2 (ERBB2), 절제 복구 교차-상보 군 6 (ERCC6), 판코니 빈혈 상보 군 M (FANCM), 판코니 빈혈 상보 군 C (FANCC), 감수분열 재조합 11 (MRE11), mutY DNA 글리코실라제 (MUTYH), 뉴로피브로민 1 (NF1), 엔도뉴클레아제 III-유사 단백질 1 (NTHL1), 포스파티딜이노시톨-4,5-비스포스페이트 3-키나제 촉매 서브유닛 알파 (PIK3CA), 감수분열 분리후 증가 2 (PMS2), 단백질 포스파타제 2 조절 서브유닛 A 알파 (PP2R1A), 단백질 키나제 DNA-활성화 촉매 서브유닛 (PRKDC), DNA 폴리머라제 델타 1 촉매 서브유닛 (POLD1), RAD50 상동체 (RAD50), RAD51 패럴로그 C (RAD51C), 링 핑거 단백질 43 (RNF43), 숙시네이트 데히드로게나제 복합체 철 황 서브유닛 B (SDHB), 숙시네이트 데히드로게나제 복합체 서브유닛 D (SDHD), 크로마틴 서브패밀리 A 구성원의 SWI/SNF 관련 매트릭스 연관 액틴 의존성 조절인자 4 (SMARCA4), 차이니즈 햄스터 세포의 결함 복구를 보완하는 X선 복구 2 (XRCC2), 베르너 증후군 ATP-의존성 헬리카제 (WRN 또는 RECQL), 세포 분열 주기 73 (CDC73), 폴리펩티드 N-아세틸갈락토사미닐트랜스퍼라제 12 (GALNT12), 그렘린 1 (GREM1), 호메오복스 B13 (HOXB13), MutS 상동체 3 (MSH3), DNA 폴리머라제 엡실론 촉매 서브유닛 (POLE), RAD51 레콤비나제 (RAD51), RAD50 인터랙터 1 (RINT1), 40S 리보솜 단백질 S20 (RSP20), SLX4 구조-특이적 엔도뉴클레아제 서브유닛 (SLX4), SMAD 패밀리 구성원 4 (SMAD4), 이중 특이적 단백질 키나제 TTK (TTK), Ras 회합 도메인 패밀리 1 이소형 A (RASSF1A), Runt-관련 전사 인자 3 (RUNX3), 조직 인자 경로 억제제 2 (TFPI2), 분비 프리즐드-관련 단백질 5 (SFRP5), 오피오이드-결합 단백질/세포 부착 분자 (OPCML), O6-알킬구아닌 DNA 알킬트랜스퍼라제 (MGMT), 카데린 13 (CDH13), 술파타제 1 (SULF1), 호메오복스 A9 (HOXA9), 호메오복스 A11 (HOXAD11), 클라우딘 4 (CLDN4), T-세포 분화 단백질 (MAL), 각인된 부위의 조절인자의 브라더 (BORIS), ATP-결합 카세트 슈퍼-패밀리 G 구성원 2 (ABCG2), 튜불린 베타 3 클래스 III (TUBB3), 메틸화 제어된 DNAJ (MCJ), 시누셀린-γ (SNGG), 대안적 판독 프레임 종양 억제인자 (P14ARF), 시클린-의존성 키나제 억제제 2A (CDKN2A 또는 P16INK4A), 시클린-의존성 키나제 4 억제제 B (CDKN2B 또는 P15), 사망-연관 단백질 키나제 1 (DAPK), 칼슘 채널 전압-의존성 T 유형 알파 1G 서브유닛 (CACNA1G 또는 MINT31), 망막모세포종-상호작용 징크-핑거 단백질 1 (RIZ1), 및 메틸화-유도 침묵의 표적 1 (TMS1)을 포함하나, 이에 제한되지는 않는 유방암 및/또는 난소암과 연관된 체세포 마커를 포함할 수 있다. 본 발명의 바이오마커는 혈액, 혈청, 혈장, 타액, 소변, 복수, 낭포액을 포함하나 이에 제한되지는 않는, 대상체의 생물학적 샘플 (예를 들어, 조직, 체액), 균질화된 조직 샘플 (예를 들어, 생검 또는 액체 생검에 의해 수득한 조직 샘플), 또는 환자 샘플 등으로부터 단리된 세포에서 검출될 수 있다.
본 발명은 단리된 바이오마커를 포함하는 패널을 제공한다. 바이오마커는 소변 또는 혈청과 같은 생물학적 유체로부터 단리될 수 있다. 이들은 관련 기술분야에 공지된 임의의 방법에 의해 단리될 수 있다. 특정 실시양태에서, 이러한 단리는 마커의 질량 및/또는 결합 특성을 사용하여 달성된다. 예를 들어, 생체분자를 포함하는 샘플은 크로마토그래피 분별에 적용되며 예를 들어 아크릴아미드 겔 전기영동에 의한 추가 분리에 적용될 수 있다. 바이오마커의 정체성에 대한 지식은 또한 면역친화도 크로마토그래피에 의한 그의 단리를 허용한다. "단리된 바이오마커"란 마커가 자연적으로 회합되는 자연-발생 유기 분자 및 단백질이 없는, 적어도 60 중량%를 의미한다. 바람직하게는, 제제는 적어도 75 중량%, 보다 바람직하게는 80, 85, 90 또는 95 중량% 순도 또는 적어도 99 중량%의 정제된 단리된 바이오마커이다.
여포-자극 호르몬 (FSH)
본 발명의 패널에 존재하는 한 예시적인 바이오마커는 FSH이다. FSH는 128 아미노산 단백질 (NCBI 수탁번호 NP_000501)이다. 예시적인 FSH 폴리펩티드의 아미노산 서열은 도 1에 제시되어 있다. FSH에 대한 항체는 관련 기술분야에 널리 공지된 임의의 방법을 사용하여 제조할 수 있거나, 예를 들어, 산타 크루즈 바이오테크놀로지, 인크.(Santa Cruz Biotechnology, Inc.)로부터 구매할 수 있다 (예를 들어 카탈로그 번호 sc-57149) (www.scbt.com, 캘리포니아주 산타 크루즈). 본 발명의 측면에서, FSH는 난소암을 갖지 않은 대상체와 비교하여 난소암을 갖는 대상체에서 상향조절된다.
인간 부고환 단백질 4 (HE4)
본 발명의 패널에 존재하는 한 예시적인 바이오마커는 HE4이다. HE4는 124 아미노산 단백질 (NCBI 수탁번호 NP_006094)이다. 예시적인 HE4 폴리펩티드의 아미노산 서열은 도 1에 제시되어 있다. HE4에 대한 항체는 관련 기술분야에 널리 공지된 임의의 방법을 사용하여 제조할 수 있거나, 예를 들어, 산타 크루즈 바이오테크놀로지, 인크.로부터 구매할 수 있다 (카탈로그 번호 sc-27570) (www.scbt.com, 캘리포니아주 산타 크루즈). 본 발명의 측면에서, HE4는 난소암을 갖지 않은 대상체와 비교하여 난소암을 갖는 대상체에서 상향조절된다.
암 항원 125 (CA125)
본 발명의 패널에 존재하는 한 예시적인 바이오마커는 CA125이다. CA125는 22152 아미노산 단백질 (스위스-프롯 수탁번호 Q8WXI7)이다. 예시적인 CA125 폴리펩티드의 아미노산 서열은 도 1에 제시되어 있다. CA125에 대한 항체는 관련 기술분야에 널리 공지된 임의의 방법을 사용하여 제조할 수 있거나, 예를 들어, 산타 크루즈 바이오테크놀로지, 인크.로부터 구매할 수 있다 (카탈로그 번호 sc-52095) (www.scbt.com, 캘리포니아주 산타 크루즈). 본 발명의 측면에서, CA125는 난소암을 갖지 않은 대상체와 비교하여 난소암을 갖는 대상체에서 상향조절된다.
트랜스티레틴 (프리알부민)
본 발명의 패널에 존재하는 또 다른 예시적인 바이오마커는 본원에서 트랜스티레틴으로도 지칭되는 프리-알부민의 형태이다. 트랜스티레틴은 147 아미노산 단백질 (스위스 프롯 수탁번호 P02766)이다. 예시적인 트랜스티레틴 폴리펩티드의 아미노산 서열은 도 1에 제시되어 있다. 트랜스티레틴에 대한 항체는 관련 기술분야에 널리 공지된 임의의 방법을 사용하여 제조할 수 있거나, 예를 들어, 산타 크루즈 바이오테크놀로지, 인크.로부터 구매할 수 있다 (카탈로그 번호 sc-13098) (www.scbt.com, 캘리포니아주 산타 크루즈). 본 발명의 측면에서, 트랜스티레틴은 난소암을 갖지 않은 대상체와 비교하여 난소암을 갖는 대상체에서 하향조절된다.
트랜스페린
트랜스페린은 본 발명의 바이오마커의 패널의 또 다른 예시적인 바이오마커이다. 트랜스페린은 698 아미노산 단백질 (유니프롯KB/TrEMBL 수탁번호 Q06AH7)이다. 예시적인 트랜스페린 폴리펩티드의 아미노산 서열은 도 1에 제시되어 있다. 트랜스페린에 대한 항체는 관련 기술분야에 널리 공지된 임의의 방법을 사용하여 제조할 수 있거나, 예를 들어, 산타 크루즈 바이오테크놀로지, 인크.로부터 구매할 수 있다 (카탈로그 번호 sc-52256) (www.scbt.com, 캘리포니아주 산타 크루즈). 본 발명의 측면에서, 트랜스페린은 난소암을 갖지 않은 대상체와 비교하여 난소암을 갖는 대상체에서 하향조절된다.
아포지질단백질 A1
본원에서 "ApoA1"로도 지칭되는 아포지질단백질 A1은 본 발명의 바이오마커의 패널에서의 또 다른 예시적인 바이오마커이다. ApoA1은 267 아미노산 단백질 (스위스 프롯 수탁번호 P02647)이다. 예시적인 ApoA1의 아미노산 서열은 도 1에 제시되어 있다. 아포지질단백질 A1에 대한 항체는 관련 기술분야에 널리 공지된 임의의 방법을 사용하여 제조할 수 있거나, 예를 들어, 산타 크루즈 바이오테크놀로지, 인크.로부터 구매할 수 있다 (카탈로그 번호 sc-130503) (www.scbt.com, 캘리포니아주 산타 크루즈). 본 발명의 측면에서, ApoA1은 난소암을 갖지 않은 대상체와 비교하여 난소암을 갖는 대상체에서 하향조절된다.
β2 마이크로글로불린
본 발명의 방법에 유용한 한 예시적인 바이오마커는 β2-마이크로글로불린이다. β2-마이크로글로불린은 2005년 6월 24일에 출원된 미국 가특허공개 60/693,679 (Fung et al.)에서 난소암에 대한 바이오마커로 기재되어 있다. β2-마이크로글로불린의 성숙한 형태는 119 아미노산 전구체로부터 유래된 99 아미노산 단백질 (GI:179318; 스위스프롯 수탁 번호 P61769)이다. 예시적인 β-2-마이크로글로불린 폴리펩티드의 아미노산 서열은 도 1에 제시되어 있다. β-2-마이크로글로불린의 성숙한 형태는 도 1에 제시된 β-2-마이크로글로불린의 잔기 21-119로 이루어진다. β2-마이크로글로불린은 항체에 의해 인식된다. 이러한 항체는 관련 기술분야에 널리 공지된 임의의 방법을 사용하여 제조할 수 있으며, 예를 들어 압캠 (카탈로그 AB759) (www.abcam.com, 매사추세츠주 케임브리지)으로부터 또한 상업적으로 구매할 수 있다. 본 발명의 측면에서, β2-마이크로글로불린은 난소암을 갖지 않은 대상체와 비교하여 난소암을 갖는 대상체에서 상향조절된다.
BRCA1
BRCA1은 본 발명의 바이오마커의 패널에서 사용하기 위한 또 다른 예시적인 마커이다. BRCA1 유전자는 염색체 17 상에 있으며 193,689 bp (NCBI 수탁 번호 NG_005905.2)이다. BRCA1 단백질은 1863개 아미노산 (진뱅크 수탁 번호 AAC37594.1)이며 DNA의 이중-가닥 파단을 복구하고 일반적으로 세포 성장을 억제하는 데 도움이 되는 복합체의 일부이다. 예시적인 BRCA1 단백질의 아미노산 서열은 도 1에 제시되어 있다. BRCA1에 대한 항체는 관련 기술분야에 널리 공지된 임의의 방법을 사용하여 제조할 수 있거나, 예를 들어, 산타 크루즈 바이오테크놀로지, 인크.로부터 구매할 수 있다 (카탈로그 번호 sc-6954) (www.scbt.com, 캘리포니아주 산타 크루즈).
BRCA1 유전자의 생식세포 돌연변이는 유방암, 난소암, 전립선암, 및 기타 유형의 암의 더 높은 위험과 연관이 있다. 본 발명의 일부 측면에서, BRCA1 유전자는 난소암을 갖지 않은 대상체와 비교하여 난소암을 갖는 대상체에서 돌연변이된다. 일부 실시양태에서, BRCA1 유전자의 돌연변이는 아슈케나지 유대인 (Ashkenazi Jewish) (AJ) 돌연변이 (예를 들어, c. 68_69del 및/또는 c.5266dup)이다.
BRCA2
BRCA2는 본 발명의 바이오마커의 패널에서 사용하기 위한 또 다른 예시적인 마커이다. BRCA2 유전자는 염색체 13 상에 있으며 91,193 bp (NCBI 수탁 번호 NG_012772.3) 이다. BRCA2 단백질은 3418 개 아미노산 NCBI 수탁 번호 NP_000050.2) 이며 DNA의 이중-가닥 파단을 복구하는데 관여하며 일반적으로 세포 성장을 억제하는 데 도움이 된다. 예시적인 BRCA2 단백질의 아미노산 서열은 도 1에 제시되어 있다. BRCA2에 대한 항체는 관련 기술분야에 널리 공지된 임의의 방법을 사용하여 제조할 수 있거나, 예를 들어, 산타 크루즈 바이오테크놀로지, 인크.로부터 구매할 수 있다 (카탈로그 번호 sc-293185) (www.scbt.com, 캘리포니아주 산타 크루즈).
BRCA2 유전자의 생식세포 돌연변이는 유방암, 난소암, 전립선암, 및 기타 유형의 암의 더 높은 위험과 연관이 있다. 본 발명의 일부 측면에서, BRCA2 유전자는 난소암을 갖지 않은 대상체와 비교하여 난소암을 갖는 대상체에서 돌연변이된다. 일부 실시양태에서, BRCA2 유전자의 돌연변이는 아슈케나지 유대인 (AJ) 돌연변이 (예를 들어, c.5946del)이다.
바이오마커 및 단백질의 상이한 형태
단백질은 빈번하게 복수개의 상이한 형태로 샘플에 존재한다. 이들 형식은 번역 전 및/또는 번역 후 변형의 결과일 수 있다. 번역 전 변형된 형태는 대립유전자 변이체, 스플라이스 변이체 및 RNA 편집 형태를 포함한다. 번역 후 변형된 형태는 단백질분해 절단 (예를 들어, 모 단백질의 신호 서열 또는 단편의 절단), 글리코실화, 인산화, 지질화, 산화, 메틸화, 시스테닐화, 술폰화 및 아세틸화로 인한 형태를 포함한다. 샘플에서 단백질을 검출하거나 측정할 때, 바이오마커의 수준을 결정하기 위해 임의의 또는 모든 형태가 측정될 수 있거나 관심 형태가 측정될 수 있다. 상이한 형태의 단백질을 구별하는 능력은 차이의 본질 및 단백질을 검출하거나 측정하는 데 사용되는 방법에 따라 다르다. 예를 들어, 단일클론 항체를 사용하는 면역검정은 에피토프를 함유하는 모든 형태의 단백질을 검출하고 이들을 구별하지 않을 것이다. 그러나, 단백질의 상이한 에피토프에 대해 지시된 2개의 항체를 사용하는 샌드위치 면역검정은 두 에피토프를 모두 함유하는 모든 형태의 단백질을 검출하고 에피토프 중 단지 하나를 함유하는 그러한 형태는 검출하지 않을 것이다. 상이한 형태의 분석물을 구별하거나 특정한 형태의 분석물을 구체적으로 검출하는 것은 분석물을 "분석하는 것"으로서 지칭된다.
질량분석법은 상이한 형태가 전형적으로 질량분석법에 의해 분석할 수 있는 상이한 질량을 갖기 때문에 상이한 형태의 단백질을 분석하는 데 특히 강력한 방법론이다. 따라서, 단백질의 한 형태가 또 다른 형태의 바이오마커보다 질환에 대한 우수한 바이오마커인 경우, 질량분석법은 전통적인 면역검정이 형태를 구별하지 못하고 유용한 바이오마커에 대해 특이적으로 검출하지 못하는 유용한 형태를 특이적으로 검출하고 측정할 수 있을 것이다.
한 가지 유용한 방법론은 질량분석법과 면역검정을 조합한다. 예를 들어, 생물특이적 포획 시약 (예를 들어, 바이오마커 및 그의 다른 형태를 인식하는 항체, 압타머, 아피바디 등)이 관심 바이오마커를 포획하기 위해 사용된다. 실시양태에서, 생물특이적 포획 시약은 고체상, 예컨대 비드, 플레이트, 멤브레인 또는 어레이에 결합된다. 결합되지 않은 물질을 씻어낸 후 포획된 분석물을 질량분석법에 의해 검출 및/또는 측정한다. 이 방법은 또한 단백질에 결합되거나 그렇지 않으면 항체에 의해 인식되고 그 자체가 바이오마커일 수 있는 단백질 인터랙터의 포획을 발생시킬 것이다. 다양한 형태의 질량분석법은 전통적인 MALDI 또는 SELDI, 전자분무 이온화 등과 같은 레이저 탈착 접근법을 포함하여, 단백질 형태를 검출하는 데 유용하다.
따라서, 본원에서 특정한 단백질을 검출하거나 특정한 단백질의 양을 측정하는 것을 언급할 때, 이는 다양한 형태의 단백질을 분석하거나 분석하지 않고 단백질을 검출 및 측정하는 것을 의미한다. 예를 들어, "β-2 마이크로글로불린을 검출하는" 단계는 다양한 형태의 단백질 (예를 들어: 특정 면역검정)을 구별하지 않는 수단뿐만 아니라 일부 형태를 다른 형태와 구별하거나 특이적 형태의 단백질을 측정하는 수단에 의해 β-2 마이크로글로불린을 측정하는 것을 포함한다.
난소암을 위한 바이오마커의 검출
본 발명의 바이오마커는 임의의 적합한 방법에 의해 검출될 수 있다. 본원에 기재된 방법은 바이오마커의 보다 정확한 검출을 위해 개별적으로 또는 조합하여 사용될 수 있다 (예를 들어, 질량분석법과 조합된 바이오칩, 질량분석법과 결합된 면역검정 등).
본 발명에 이용될 수 있는 검출 패러다임은 광학적 방법, 전기화학적 방법(전압전류법 및 전류법 기술), 원자력 현미경검사, 및 무선 빈도 방법, 예를 들어, 다극 공명 분광법을 포함하나, 이에 제한되지는 않는다. 공초점 및 비공초점 둘 다에 대한 현미경검사 외에, 광학 방법의 실례는 형광, 발광, 화학발광, 흡광도, 반사율, 투과율, 및 복굴절 또는 굴절률 (예를 들어, 표면 플라즈몬 공명, 타원측정법, 공명 거울 방법, 격자 결합기 도파관 방법(grating coupler waveguide method) 또는 간섭계)의 검출이다.
이들 및 추가 방법은 아래에 기재되어 있다.
면역검정에 의한 검출
특정한 실시양태에서, 본 발명의 바이오마커는 면역검정에 의해 측정된다. 면역검정은 전형적으로 항체 (또는 마커에 특이적으로 결합하는 다른 작용제)를 활용하여 샘플에서 바이오마커의 존재 또는 수준을 검출한다. 항체는 관련 기술분야에 널리 공지된 방법, 예를 들어 동물을 바이오마커로 면역화함으로써 생성될 수 있다. 바이오마커는 그의 결합 특성에 기초하여 샘플로부터 단리할 수 있다. 대안적으로, 폴리펩티드 바이오마커의 아미노산 서열이 공지되어 있다면, 폴리펩티드는 합성되어 관련 기술분야에 널리 공지된 방법에 의해 항체를 생성하는데 사용될 수 있다.
본 발명은, 예를 들어, 웨스턴 블롯, ELISA 및 기타 효소 면역검정을 포함한 샌드위치 면역검정, 형광-기반 면역검정, 화학발광을 포함한 전통적인 면역검정을 고려한다. 네펠로법(Nephelometry)은 항체가 용액에 있는 액상에서 수행되는 검정이다. 항체에 대한 항원의 결합은 측정되는 흡광도의 변화를 발생시킨다. 다른 형태의 면역검정은 자기 면역검정, 방사선면역검정, 및 실시간 면역정량적 PCR (iqPCR)을 포함한다.
면역검정은 고체 기판 (예를 들어, 칩, 비드, 미세유체 플랫폼, 멤브레인) 상에서 또는 항체와 마커의 결합 및 후속 검출을 지원하는 임의의 다른 형태 상에서 수행할 수 있다. 단회 마커를 한 번에 검출할 수 있거나 다중 형식을 사용할 수 있다. 다중 면역분석은 평면 마이크로어레이 (단백질 칩) 및 비드-기반 마이크로어레이 (서스펜션 어레이)를 포함할 수 있다.
SELDI-기반 면역검정에서, 바이오마커에 대한 생물특이적 포획 시약은 사전-활성화된 프로테인칩(ProteinChip) 어레이와 같은 MS 프로브의 표면에 부착된다. 이어서 이 시약을 통해 바이오칩에 바이오마커를 특이적으로 포획하고, 포획된 바이오마커를 질량분석법에 의해 검출한다.
바이오칩에 의한 검출
본 발명의 측면에서, 샘플은 바이오칩 (마이크로어레이로도 공지됨)의 수단에 의해 분석된다. 본 발명의 폴리펩티드 및 핵산 분자는 바이오칩에서 혼성화가능한 어레이 부재로서 유용하다. 바이오칩은 일반적으로 고체 기판을 포함하고 일반적으로 평평한 표면을 가지며, 여기에 포획 시약 (흡착제 또는 친화도 시약이라고도 칭해짐)이 부착된다. 빈번히, 바이오칩의 표면은 복수개의 주소지정가능한 위치를 포함하며, 그 각각에는 포획 시약이 결합되어 있다.
어레이 부재는 각각의 부재가 기판의 특정된 위치에 존재하도록 정렬된 방식으로 조직화된다. 유용한 기판 물질은 종이, 나일론 또는 기타 물질로 구성된 멤브레인, 필터, 칩, 유리 슬라이드, 및 기타 고체 지지체를 포함한다. 어레이 부재의 정렬된 배열은 혼성화 패턴 및 강도가 특정한 유전자 또는 단백질의 발현 수준으로서 해석될 수 있게 한다. 핵산 마이크로어레이의 제조 방법은 관련 기술분야의 통상의 기술자에게 공지되어 있으며, 예를 들어 미국 특허 번호 5,837,832, Lockhart, et al. (Nat. Biotech. 14:1675-1680, 1996), 및 문헌 [Schena, et al. (Proc. Natl. Acad. Sci. 93:10614-10619, 1996)]에 기재되어 있으며, 본원에 참조로 포함된다. 폴리펩티드 마이크로어레이를 제조하는 방법은, 예를 들어, 문헌 [Ge (Nucleic Acids Res. 28: e3. i-e3. vii, 2000), MacBeath et al., (Science 289:1760-1763, 2000), Zhu et al.(Nature Genet. 26:283-289)]에 의해, 및 미국 특허 번호 6,436,665에 기재되어 있으며, 본원에 참조로 포함된다.
단백질 바이오칩에 의한 검출
본 발명의 측면에서, 샘플은 단백질 바이오칩 (단백질 마이크로어레이로도 공지됨)에 의해 분석된다. 이러한 바이오칩은 본 발명의 폴리펩티드, 또는 그의 단편의 발현 또는 번역 후 변형의 변경을 확인하기 위한 고처리량 저비용 스크린에 유용하다. 실시양태에서, 본 발명의 단백질 바이오칩은 대상체 샘플에 존재하는 바이오마커에 결합하고 바이오마커 수준의 변경을 검출한다. 전형적으로, 단백질 바이오칩은 고체 지지체에 결합된 단백질 또는 그의 단편을 특색으로 한다. 적합한 고체 지지체는 멤브레인 (예를 들어 니트로셀룰로스, 종이, 또는 기타 물질로 구성된 멤브레인), 중합체-기반 필름 (예를 들어, 폴리스티렌), 비드, 또는 유리 슬라이드를 포함한다. 일부 적용을 위해, 단백질 (예를 들어, 본 발명의 마커에 결합하는 항체)은 통상의 기술자에게 공지된 임의의 편리한 방법을 사용하여 (예를 들어, 손으로 또는 잉크젯 프린터에 의해) 기판 상에 스폿팅된다.
일부 실시양태에서, 단백질 바이오칩은 검출가능한 프로브와 혼성화된다. 이러한 프로브는 폴리펩티드, 핵산 분자, 항체, 또는 소분자일 수 있다. 일부 적용을 위해, 폴리펩티드 및 핵산 분자 프로브는 환자로부터 채취한 생물학적 샘플, 예컨대 체액 (예컨대 혈액, 혈청, 혈장, 타액, 소변, 복수, 낭포액 등); 균질화된 조직 샘플 (예를 들어, 생검 또는 액체 생검에 의해 수득한 조직 샘플); 또는 환자 샘플로부터 단리된 세포로부터 유래된다. 프로브는 또한 항체, 후보 펩티드, 핵산, 또는 펩티드, 핵산, 또는 화학 라이브러리로부터 유래된 소분자 화합물을 포함할 수 있다. 혼성화 조건 (예를 들어, 온도, pH, 단백질 농도 및 이온 강도)은 특정 상호작용을 촉진하도록 최적화되어 있다. 이러한 조건은 통상의 기술자에게 공지되어 있으며, 예를 들어, 문헌 [Harlow, E. and Lane, D., Using Antibodies : A Laboratory Manual. 1998, New York: Cold Spring Harbor Laboratories]에 기재되어 있다. 비특이적 프로브의 제거 후, 특이적으로 결합된 프로브는, 예를 들어, 형광, 효소 활성 (예를 들어, 효소-연결 열량측정 검정), 직접 면역검정, 방사측정 검정, 또는 통상의 기술자에게 공지된 임의의 다른 적합한 검출가능한 방법에 의해 검출된다.
많은 단백질 바이오칩이 관련 기술분야에 기재되어 있다. 이들은, 예를 들어, 사이퍼젠 바이오시스템즈, 인크.(Ciphergen Biosystems, Inc.) (캘리포니아주 프리몬트), 지오믹스(Zyomyx) (캘리포니아주 Hayward), 팩카드 바이오사이언스 콤파니(Packard BioScience Company) (코네티컷주 메리던), 필로스(Phylos) (매사추세츠주 렉싱턴), 미아코어(Biacore) (스웨덴 웁살라) 및 프로코니아(Procognia) (영국 버크셔)에 의해 생산된 단백질 바이오칩을 포함한다. 이러한 단백질 바이오칩의 예는 하기 특허 또는 공개된 특허 출원에 기재되어 있다: 미국 특허 번호 6,225,047; 6,537,749; 6,329,209; 및 5,242,828; PCT 국제 공개 번호 WO 00/56934; WO 03/048768; 및 WO 99/51773.
핵산 바이오칩에 의한 검출
본 발명의 측면에서, 샘플은 핵산 바이오칩 (또한 핵산 마이크로어레이로도 공지됨)에 의해 분석된다. 핵산 바이오칩을 생산하기 위해, 올리고뉴클레오티드는 PCT 출원 W095/251116 (Baldeschweiler et al.)에 기재된 바와 같이, 화학적 커플링 절차 및 잉크젯 적용 장치를 사용하여 기판의 표면에 결합되거나 합성될 수 있다. 대안적으로, 그리드된 어레이(gridded array)는 진공 시스템, 열적, UV, 기계적 또는 화학적 결합 절차를 사용하여 기판의 표면에 cDNA 단편 또는 올리고뉴클레오티드를 배열하고 연결하는 데 사용될 수 있다.
생물학적 샘플로부터 유래된 핵산 분자 (예를 들어, RNA 또는 DNA)는 본원에 기재된 바와 같은 혼성화 프로브를 생성하기 위해 사용될 수 있다. 생물학적 샘플은 일반적으로 환자로부터, 예를 들어 체액 (혈액, 혈청, 혈장, 타액, 소변, 복수, 낭포액 등); 균질화된 조직 샘플 (예를 들어, 생검 또는 액체 생검에 의해 수득한 조직 샘플); 또는 환자 샘플로부터 단리된 세포로서 유래된다. 일부 적용의 경우, 배양 세포 또는 기타 조직 제제를 사용할 수 있다. 표준 방법에 따라 mRNA를 단리하고, cDNA를 생산하여 주형으로서 사용하여 혼성화에 적합한 상보적 RNA를 제조한다. 이러한 방법은 관련 기술분야에 널리 공지되어 있다. RNA는 형광 뉴클레오티드의 존재 하에 증폭된 다음에, 표지된 프로브를 마이크로어레이와 함께 인큐베이션하하여 프로브 서열이 바이오칩에 결합된 상보적인 올리고뉴클레오티드에 혼성화할 수 있도록 한다.
인큐베이션 조건은 이용되는 엄격성에 따라 정확한 상보적 일치 또는 다양한 정도의 덜 상보성으로 혼성화가 발생하도록 조정된다. 예를 들어, 엄격한 염 농도는 일반적으로 약 750 mM NaCl 및 75 mM 시트르산삼나트륨 미만, 약 500 mM NaCl 및 50 mM 시트르산삼나트륨 미만, 또는 약 250 mM NaCl 및 25 mM 시트르산삼나트륨 미만일 것이다. 낮은 엄격성 혼성화는 유기 용매, 예를 들어, 포름아미드의 부재 하에 수득될 수 있으며, 한편 높은 엄격성 혼성화는 적어도 약 35% 포름아미드, 보다 바람직하게는 적어도 약 50% 포름아미드의 존재 하에 수득될 수 있다. 엄격한 온도 조건은 일반적으로 적어도 약 30℃, 적어도 약 37℃, 또는 적어도 약 42℃의 온도를 포함할 것이다. 다양한 추가 파라미터, 예컨대 혼성화 시간, 세제, 예를 들어 소듐 도데실 술페이트 (SDS)의 농도, 및 담체 DNA의 포함 또는 배제는 관련 기술분야의 통상의 기술자에게 널리 공지되어 있다. 필요에 따라 이들 다양한 조건을 조합하여 다양한 수준의 엄격성을 완수한다. 바람직한 실시양태에서, 혼성화는 30℃에서 750 mM NaCl, 75 mM 시트르산삼나트륨, 및 1% SDS에서 일어날 것이다. 실시양태에서, 혼성화는 37℃에서 500 mM NaCl, 50 mM 시트르산삼나트륨, 1% SDS, 35% 포름아미드, 및 100 μg/ml 변성 연어 정자 DNA (ssDNA)에서 일어날 것이다. 다른 실시양태에서, 혼성화는 42℃에서 250 mM NaCl, 25 mM 시트르산삼나트륨, 1% SDS, 50% 포름아미드, 및 200 μg/ml ssDNA에서 일어날 것이다. 이들 조건에 대한 유용한 변형은 관련 기술분야의 통상의 기술자에게 용이하게 명백할 것이다.
혼성화되지 않은 프로브의 제거는 예를 들어 세척에 의해 완수될 수 있다. 대부분의 적용에서, 혼성화에 뒤이은 세척 단계가 또한 엄격성이 다르다. 세척 엄격성 조건은 염 농도 및 온도에 의해 정의될 수 있다. 상기와 같이, 염 농도를 감소시키거나 온도를 증가시킴으로써 세척 엄격성이 증가될 수 있다. 예를 들어, 세척 단계에 대한 엄격한 염 농도는 바람직하게는 약 30 mM NaCl 및 3 mM 시트르산삼나트륨 미만, 가장 바람직하게는 약 15 mM NaCl 및 1.5 mM 시트르산삼나트륨 미만일 것이다. 세척 단계에 대한 엄격한 온도 조건은 일반적으로 적어도 약 25℃, 적어도 약 42℃, 또는 적어도 약 68℃의 온도를 포함할 것이다. 실시양태에서, 세척 단계는 25℃에서 30 mM NaCl, 3 mM 시트르산삼나트륨, 및 0.1% SDS에서 일어날 것이다. 보다 바람직한 실시양태에서, 세척 단계는 42℃에서 15 mM NaCl, 1.5 mM 시트르산삼나트륨, 및 0.1% SDS에서 일어날 것이다. 다른 실시양태에서, 세척 단계는 68℃에서 15 mM NaCl, 1.5 mM 시트르산삼나트륨, 및 0.1% SDS에서 일어날 것이다. 이들 조건에 대한 추가 변형은 관련 기술분야의 통상의 기술자에게 용이하게 명백할 것이다.
모든 별개의 핵산 서열에 대한 혼성화의 부재, 존재 및 양을 측정하기 위한 검출 시스템은 관련 기술분야에 널리 공지되어 있다. 예를 들어, 동시 검출은 문헌 [Heller et al., Proc. Natl. Acad. Sci. 94:2150-2155, 1997]에 기재되어 있다. 실시양태에서, 스캐너는 형광의 수준 및 패턴을 결정하는 데 사용된다.
질량분석법에 의한 검출
본 발명의 측면에서, 본 발명의 바이오마커는 질량분석법 (MS)에 의해 검출된다. 질량분석법은 기체 상 이온을 검출하기 위해 질량 분석기를 이용하는 화학적 화합물 분석을 위한 널리 공지된 도구이다. 질량 분석기는 관련 기술분야에 널리 공지되어 있으며, 비행 시간(time-of-flight), 자기 섹터, 사중극자 필터, 이온 트랩, 이온 시클로트론 공명, 정전기 섹터 분석기 및 이들의 하이브리드를 포함하나, 이에 제한되지는 않는다. 방법은 자동화 (Villanueva, et al., Nature Protocols (2006) 1(2):880-891) 또는 반자동화 형식으로 수행될 수 있다. 이는, 예를 들어, 액체 크로마토그래피 장치 (LC-MS/MS 또는 LC-MS) 또는 기체 크로마토그래피 장치 (GC-MS 또는 GC-MS/MS)에 작동가능하게 연결된 질량 분석기를 사용하여 수행할 수 있다. 질량분석법을 수행하는 방법은 널리 공지되어 있으며, 예를 들어 미국 특허 출원 공개 번호: 20050023454; 20050035286; 미국 특허 번호 5,800,979 및 거기에 개시된 참고문헌에 개시되어 있다.
레이저 탈착/이온화
실시양태에서, 질량 분석기는 레이저 탈착/이온화 질량 분석기이다. 레이저 탈착/이온화 질량분석법에서, 분석물은 질량 분석기의 프로브 인터페이스와 결합하고 분석물을 이온화 및 질량 분석기로의 도입을 위한 이온화 에너지에 제공하도록 적합화된 장치인 질량분석법 프로브의 표면에 배치된다. 레이저 탈착 질량 분석기는 전형적으로 자외선 레이저뿐만 아니라 적외선 레이저로부터의 레이저 에너지를 이용하여, 표면으로부터 분석물을 탈착하고, 이들을 휘발 및 이온화하여 질량 분석기의 이온 광학장치에 이용할 수 있도록 한다. LDI에 의한 단백질 분석은 MALDI 또는 SELDI의 형태를 취할 수 있다. LDI에 의한 단백질 분석은 MALDI 또는 SELDI의 형태를 취할 수 있다.
단회 비행 기기의 레이저 탈착/이온화는 전형적으로 선형 추출 모드에서 수행된다. 직렬 질량 분석기는 직교 추출 모드를 이용할 수 있다.
매트릭스-보조 레이저 탈착/이온화 (MALDI) 및 전자분무 이온화 (ESI)
실시양태에서, 본 발명에 사용하기 위한 질량 분석 기술은 매트릭스-보조 레이저 탈착/이온화 (MALDI) 및 전자분무 이온화 (ESI)이다. 관련된 실시양태에서, 절차는 MALDI-TOF MS로 공지된 비행 시간 (TOF) 분석을 사용한 MALDI이다. 이것은 이용된 특정한 파장에서 입사광을 강하게 흡수하는 작용제로 멤브레인 상에 매트릭스를 형성하는 것을 포함한다. 샘플은 UV 또는 IR 레이저 광에 의해 MALDI 질량 분석기의 증기상으로 여기된다. 이온은 기화에 의해 생성되어 이온 기둥을 형성한다. 이온은 전기장에서 가속되고 주어진 거리를 따라 이동하는 그의 시간에 따라 분리되어, 매우 정확하고 민감한 질량/전하 (m/z) 판독값을 제공한다. MALDI 분광계는 관련 기술분야에 널리 공지되어 있으며, 예를 들어 퍼셉티브 바이오시스템즈, 인크.(PerSeptive Biosystems, Inc.) (미국 매사추세츠주 프레이밍햄)로부터 상업적으로 입수가능하다.
자기-기반 혈청 처리는 기존 MALDI-TOF와 조합할 수 있다. 이 접근 방식을 통해, 매트릭스 혼합물 및 MALDI 표적 플레이트 상에 샘플을 증착하기 전에 개선된 펩티드 포획이 달성된다. 따라서, 실시양태에서, 펩티드 포획 방법은 유도체화된 자기 비드 기반 샘플 처리의 사용을 통해 증진된다.
MALDI-TOF MS를 사용하면 많은 단백질의 단편을 한 번에 스캔할 수 있게 된다. 따라서, 많은 단백질이 폴리아크릴아미드 겔 상에서 동시에 시행될 수 있고, 수집 멤브레인 상에 스팟 어레이를 생성하기 위해 본 발명의 방법에 적용되고, 어레이가 분석될 수 있다. 후속적으로, 서버 (예를 들어, ExPASy)를 사용하여 결과의 자동 출력이 제공되어 컴퓨터에 적합한 형태로 데이터를 생성한다.
MALDI-TOF MS의 질량 정확도 및 민감도를 개선하기 위한 다른 기술을 사용하여 수집 멤브레인 상에서 수득한 단백질의 단편을 분석할 수 있다. 이들은 지연 이온 추출, 에너지 반사기, 이온-트랩 모듈 등의 사용을 포함하나, 이에 제한되지는 않는다. 게다가, 사후 공급원 붕괴(post source decay) 및 MS-MS 분석은 추가 구조 분석을 제공하는 데 유용하다. ESI를 사용하면, 샘플이 액상이고 분석은 이온-트랩, TOF, 단일 사중극자, 다중-사중극자 질량 분석기 등에 의할 수 있다. 이러한 장치 (단일 사중극자 제외)를 사용하면 MS-MS 또는 MSn 분석을 수행할 수 있게 된다. 직렬 질량 분석을 사용하면 여러 반응을 동시에 모니터링할 수 있게 된다.
모세관 주입은, 예를 들어, 진공을 파괴하지 않고 질량 분석기에 소량의 샘플을 효율적으로 도입할 수 있기 때문에, 원하는 질량 분석기 구현에 마커를 도입하기 위해 이용될 수 있다. 모세관 컬럼은 질량 분석기의 이온화 공급원을 기체 크로마토그래피 (GC) 및 액체 크로마토그래피 (LC)를 포함하나, 이에 제한되지는 않는 다른 분리 기술과 연계하는 데 일상적으로 사용된다. GC 및 LC는 질량 분석 전에 용액을 그의 상이한 구성요소로 분리하는 역할을 할 수 있다. 이러한 기술은 질량분석법과 쉽게 조합된다. 기술의 한 변형은 통합된 샘플 분리/및 질량 분석기 분석을 위해 고성능 액체 크로마토그래피 (HPLC)를 질량 분석기에 커플링하는 것이다.
사중극자 질량 분석기는 또한 본 발명을 실시하기 위해 필요에 따라 이용될 수 있다. 푸리에 변환 이온 시클로트론 공명 (FTMS)은 또한 일부 본 발명의 실시양태에 사용될 수 있다. 이는 높은 분해능 및 직렬 질량분석법 실험의 능력을 제공한다. FTMS는 자기장의 존재 하에 궤도를 도는 하전 입자의 원리에 기초한다. ESI 및 MALDI와 커플링되면, FTMS는 0.001%의 낮은 오류로 높은 정확도를 제공한다.
표면-강화 레이저 탈착/이온화 (SELDI)
실시양태에서, 본 발명에 사용하기 위한 질량 분석 기술은, 예를 들어, 미국 특허 번호 5,719,060 및 6,225,047 (둘 다 허친스(Hutchens) 및 입(Yip)에게)에 기재된 바와 같이, "표면 강화 레이저 탈착 및 이온화" 또는 "SELDI"이다. 이는 분석물 (여기서는, 바이오마커 중 하나 이상)이 SELDI 질량분석법 프로브의 표면 상에 포획되는 탈착/이온화 기상 이온 분석법 (예를 들어, 질량분석법)의 방법을 지칭한다.
SELDI는 "친화도 포획 질량분석법"이라고도 칭해진다. 이는 "표면-강화 친화도 포획" 또는 "SEAC"라고도 한다. 이 버전은 물질과 분석 물질 사이의 비공유 친화도 상호작용 (흡착)을 통해 분석물을 포획하는 프로브 표면 상에 물질을 갖는 프로브의 사용을 포함한다. 물질은 "흡착제", "포획 시약", "친화도 시약" 또는 "결합 모이어티"로 다양하게 칭해진다. 이러한 프로브는 "친화도 포획 프로브"로서 및 "흡착제 표면"을 갖는 것으로 지칭될 수 있다. 포획 시약은 분석물을 결합할 수 있는 임의의 물질일 수 있다. 포획 시약은 물리흡착 또는 화학흡착에 의해 프로브 표면에 부착된다. 특정 실시양태에서 프로브는 이미 표면에 부착된 포획 시약을 갖는다. 다른 실시양태에서, 프로브는 미리 활성화되고, 예를 들어 공유 또는 배위 공유 결합을 형성하는 반응을 통해, 포획 시약에 결합할 수 있는 반응성 모이어티를 포함한다. 에폭시드 및 아실-이미디졸은 폴리펩티드 포획 시약 예컨대 항체 또는 세포 수용체에 공유 결합하는 유용한 반응성 모이어티이다. 니트릴로트리아세트산 및 이미노디아세트산은 히스티딘 함유 펩티드와 비공유적으로 상호작용하는 금속 이온을 결합하기 위한 킬레이트제로서 기능하는 유용한 반응성 모이어티이다. 흡착제는 일반적으로 크로마토그래피 흡착제와 생물특이적 흡착제로 분류된다.
"크로마토그래피 흡착제"는 전형적으로 크로마토그래피에 사용되는 흡착제 물질을 지칭한다. 크로마토그래피 흡착제는, 예를 들어, 이온 교환 물질, 금속 킬레이터 (예를 들어, 니트릴로트리아세트산 또는 이미노디아세트산), 고정화된 금속 킬레이트, 소수성 상호작용 흡착제, 친수성 상호작용 흡착제, 염료, 단순 생체분자 (예를 들어, 뉴클레오티드, 아미노산, 단순 당류 및 지방산) 및 혼합 모드 흡착제(예를 들어, 소수성 인력/정전기 반발 흡착제)를 포함한다.
"생물특이적 흡착제"는 생체분자, 예를 들어 핵산 분자 (예를 들어, 압타머), 폴리펩티드, 폴리사카라이드, 지질, 스테로이드 또는 이들의 접합체 (예를 들어, 당단백질, 지질단백질, 당지질, 핵산 (예를 들어, DNA)-단백질 접합체)을 포함하는 흡착제이다. 특정 예에서, 생물특이적 흡착제는 거대분자 구조 예컨대 다중단백질 복합체, 생물학적 멤브레인 또는 바이러스일 수 있다. 생물특이적 흡착제의 예는 항체, 수용체 단백질 및 핵산이다. 생물특이적 흡착제는 전형적으로 크로마토그래피 흡착제보다 표적 분석물에 대해 더 높은 특이성을 갖는다. SELDI에 사용하기 위한 흡착제의 추가 예는 미국 특허 번호 6,225,047에서 찾을 수 있다. "생체선택적 흡착제"는 적어도 10-8 M의 친화도로 분석물에 결합하는 흡착제를 지칭한다.
사이퍼젠에 의해 생산된 단백질 바이오칩은 주소지정가능한 위치에 부착된 크로마토그래피 또는 생물특이적 흡착제를 갖는 표면을 포함한다. 사이퍼젠의 프로테인칩® 어레이는 NP20 (친수성); H4 및 H50 (소수성); SAX-2, Q-10 및 (음이온 교환); WCX-2 및 CM-10 (양이온 교환); IMAC-3, IMAC-30 및 IMAC-50 (금속 킬레이트); 및 PS-10, PS-20 (아실-이미디졸, 에폭시드와의 반응성 표면) 및 PG-20 (아실-이미디졸을 통해 커플링된 단백질 G)을 포함한다. 소수성 프로테인칩 어레이는 이소프로필 또는 노닐페녹시-폴리(에틸렌 글리콜)메타크릴레이트 관능가를 갖는다. 음이온 교환 프로테인칩 어레이는 4급 암모늄 관능가를 갖는다. 양이온 교환 프로테인칩 어레이는 카르복실레이트 관능가를 갖는다. 고정화된 금속 킬레이트 프로테인칩 어레이는 킬레이트화에 의해, 전이 금속 이온, 예컨대 구리, 니켈, 아연, 및 갈륨을 흡착하는 니트릴로트리아세트산 관능가 (IMAC 3 및 IMAC 30) 또는 O-메타크릴로일-N,N-비스-카르복시메틸 티로신 관능가 (IMAC 50)를 갖는다. 사전 활성화된 프로테인칩 어레이는 공유 결합을 위해 단백질 상에 기와 반응할 수 있는 아실-이미디졸 또는 에폭시드 관능기를 갖는다.
이러한 바이오칩은 미국 특허 번호 6,579,719 (Hutchens and Yip, "Retentate Chromatography," June 17, 2003); 미국 특허 6,897,072 (Rich et al., "Probes for a Gas Phase Ion Spectrometer," May 24, 2005); 미국 특허 번호 6,555,813 (Beecher et al., "Sample Holder with Hydrophobic Coating for Gas Phase Mass Spectrometer," April 29, 2003); 미국 특허 공개 번호 U.S. 2003 -0032043 A1 (Pohl and Papanu, "Latex Based Adsorbent Chip," July 16, 2002); 및 PCT 국제 공개 번호 WO 03/040700 (Um et al., "Hydrophobic Surface Chip," May 15, 2003); 미국 특허 출원 공개 번호 US 2003/-0218130 A1 (Boschetti et al., "Biochips With Surfaces Coated With Polysaccharide-Based Hydrogels," April 14, 2003) 및 미국 특허 7,045,366 (Huang et al., "Photocrosslinked Hydrogel Blend Surface Coatings" May 16, 2006)에 추가로 기재되어 있다.
일반적으로, 흡착제 표면을 갖는 프로브는 샘플에 존재할 수 있는 바이오마커 또는 바이오마커들이 흡착제에 결합할 수 있도록 하기에 충분한 시간 기간 동안 샘플과 접촉된다. 인큐베이션 기간 후, 기판을 세척하여 결합되지 않은 물질을 제거한다. 임의의 적합한 세척 용액을 사용할 수 있으며; 바람직하게는 수용액이 이용된다. 분자가 결합된 상태로 남아 있는 정도는 세척의 엄격성을 조정함으로써 조작할 수 있다. 세척 용액의 용리 특성은, 예를 들어, pH, 이온 강도, 소수성, 카오트로피즘 정도, 세제 강도, 및 온도에 따라 달라질 수 있다. 프로브가 SEAC 및 SEND 특성 (본원에 기재된 바와 같음)을 둘 다 갖지 않는 한, 에너지 흡수 분자는 결합된 바이오마커를 갖는 기판에 적용된다.
또 다른 방법에서, 바이오마커에 결합하는 항체를 갖는 고체상 결합 면역흡착제로 바이오마커를 포획할 수 있다. 흡착제를 세척하여 결합되지 않은 물질을 제거한 후, 고체상으로부터 바이오마커를 용리시키고 바이오마커에 결합하는 SELDI 바이오칩에 적용하여 SELDI에 의해 분석하여 검출한다.
기판에 결합된 바이오마커는 비행 시간 질량 분석기와 같은 기체상 이온 분석기에서 검출된다. 바이오마커는 레이저와 같은 이온화 공급원에 의해 이온화되고, 생성된 이온은 이온 광학 어셈블리에 의해 수집된 다음에, 질량 분석기는 통과하는 이온을 분산 및 분석한다. 이어서 검출기는 검출된 이온의 정보를 질량-대-전하 비로 변역한다. 바이오마커의 검출은 전형적으로 신호 강도의 검출을 포함할 것이다. 따라서, 바이오마커의 정량 및 질량을 둘 다 결정할 수 있다.
돌연변이 확인을 위한 염기서열분석
일부 실시양태에서, 생물학적 샘플로부터 유래된 핵산 분자 (예를 들어, RNA 또는 DNA) (예를 들어, 핵산 바이오칩에 의해 검출됨)는 특정한 돌연변이, 예컨대 난소암과 연관된 생식세포 돌연변이 (예를 들어, BRCA1/2) 또는 체세포 돌연변이를 확인하기 위해 염기서열분석될 수 있다. 일부 실시양태에서, 차세대 염기서열분석 또는 생어 염기서열분석이 사용될 수 있다. 염기서열분석 방법은 관련 기술분야의 통상의 기술자에게 널리 공지되어 있으며 통상의 기술자는 특정한 돌연변이를 분석하기 위해 적절한 염기서열분석 방법을 쉽게 선택하고 사용할 수 있다.
본 발명의 방법
본 발명의 바이오마커를 포함하는 패널은 대상체에서 골반 종괴를 특성화하여 대상체를 일반 외과의가 봐야 하는지 또는 부인과 종양전문의가 평가 및/또는 치료해야 하는지를 결정하는 데 사용된다. 다른 실시양태에서, 본 발명의 패널은 난소암의 분자 프로파일을 결정함으로써 난소암을 진단하거나 병기화하는 데 사용된다. 특정 실시양태에서, 본 발명의 패널은 대상체에 대한 치료 과정을 선택하는 데 사용된다. 어구 "난소암 상태"는 질환이 아닌 것을 포함한, 질환의 임의의 구별가능한 징후를 포함한다. 예를 들어, 난소암 상태는, 제한 없이, 질환의 유무 (예를 들어, 난소암 대 비난소암), 질환 발병 위험, 질환의 단계, 질환의 진행 (예를 들어, 시간이 지남에 따른 질환의 진행 또는 질환의 관해), 예후, 질환 치료에 대한 유효성 또는 반응, 골반 종괴가 양성, 증상 또는 무증상의 악성인지 여부에 대한 결정을 포함한다. 이 상태에 기초하여, 추가 진단 검사 또는 치료 절차 또는 요법을 포함한, 추가 절차가 지시될 수 있다. 본 발명의 측면에서, 본 발명의 바이오마커는 대상체에서 초기 단계의 난소암을 확인하기 위한 진단 검사에 사용될 수 있다.
일부 실시양태에서, 본 발명의 방법은 대상체가 난소암의 높은, 중간 또는 낮은 위험을 갖는지 수술 전 평가한다. 이 방법은 대상체에서 바이오마커의 패널을 측정하거나 특성화하는 것을 포함한다. 질환의 치료 (예를 들어, 수술)는 이 특성화에 기초하여 결정된다.
일부 실시양태에서, 바이오마커의 패널은, 트랜스티레틴/프리알부민 (TT), 아포지질단백질 A1 (ApoA1), β2-마이크로글로불린 (β2M), 트랜스페린 (Tfr), 암 항원 125 (CA125), 인간 부고환 단백질 4 (HE4), 및 여포 자극 호르몬 (FSH)을 포함하나, 이에 제한되지는 않는다. 일부 실시양태에서, 바이오마커의 다수의 패널이 대상체에서 측정되거나 특성화된다. 한 실시양태에서, TT, ApoA1, β2M, Tfr, CA125 HE4 및 FSH를 포함하나, 이에 제한되지는 않는 마커의 제1 패널이 특성화되며, CA125, β2M, Tfr, TT 및 ApoA1을 포함하나, 이에 제한되지는 않는 마커의 제2 패널이 특성화된다. 한 실시양태에서, TT, ApoA1, β2M, Tfr, CA125 HE4 및 FSH를 포함하나, 이에 제한되지는 않는 마커의 제1 패널이 특성화되며, FSH, CA125, HE4, Tfr, 및 ApoA1을 포함하나, 이에 제한되지는 않는 마커의 제2 패널이 특성화된다. 또 다른 실시양태에서, TT, ApoA1, β2M, Tfr, CA125 HE4 및 FSH를 포함하나, 이에 제한되지는 않는 마커의 제1 패널이 특성화되며, FSH, CA125, HE4, Tfr, 및 ApoA1을 포함하나, 이에 제한되지는 않는 마커의 제2 패널이 특성화되며, CA125, β2M, Tfr, TT 및 ApoA1을 포함하나, 이에 제한되지는 않는 마커의 제3 패널이 특성화된다.
일부 실시양태에서, 대상체의 생물학적 샘플에서 바이오마커의 패널의 특성화는 그 대상체를 난소암을 갖거나 발병할 낮은, 중간 또는 높은 위험을 가질 것으로 확인하는 점수를 결정한다. 일부 실시양태에서, 마커의 제1 패널의 특성화가 제1 점수를 결정한다. 일부 실시양태에서, 난소암을 갖거나 발병할 중간 위험을 갖는 제1 점수에 의해 확인된 대상체는 하나 이상의 바이오마커의 패널을 사용하여 추가 특성화를 위해 선택된다. 일부 실시양태에서, 마커의 제2 패널의 특성화가 제2 점수를 결정한다. 일부 실시양태에서, 마커의 제3 패널의 특성화가 제3 점수를 결정한다. 일부 실시양태에서, 제1 점수는 대상체가 난소암 발생의 높은, 중간, 또는 낮은 위험을 갖는지 확인한다. 일부 실시양태에서, 제2 점수는 대상체가 난소암 발생의 높은 또는 낮은 위험을 갖는지 확인한다. 일부 실시양태에서, 제2 점수는 대상체가 난소암 발생의 높은, 중간, 또는 낮은 위험을 갖는지 확인한다. 일부 실시양태에서, 제3 점수는 대상체가 낮은 또는 높은 암 위험을 갖는지 확인한다.
일부 실시양태에서, 제1 점수는 0 내지 20의 범위이다. 일부 실시양태에서, 5 이하의 제1 점수는 대상체를 낮은 암 위험을 갖는 것으로 확인한다. 일부 실시양태에서, 대상체가 폐경 전 상태를 갖는 경우, 5 초과 및 10 미만의 제1 점수는 대상체를 중간 암 위험을 갖는 것으로 확인한다. 일부 실시양태에서, 대상체가 폐경 후 상태를 갖는 경우, 5 초과 및 14 미만의 제1 점수는 대상체를 중간 암 위험을 갖는 것으로 확인한다. 일부 실시양태에서, 5 초과의 제1 점수는 대상체를 높은 암 위험을 갖는 것으로 확인한다. 일부 실시양태에서, 대상체가 폐경 전 상태를 갖는 경우, 10 이상의 제1 점수는 대상체를 높은 암 위험을 갖는 것으로 확인한다. 일부 실시양태에서, 5 초과의 제1 점수는 대상체를 높은 암 위험을 갖는 것으로 확인한다. 일부 실시양태에서, 대상체가 폐경 후 상태를 갖는 경우, 14 이상의 제1 점수는 대상체를 높은 암 위험을 갖는 것으로 확인한다.
일부 실시양태에서, 제2 점수는 0 내지 20의 범위이다. 일부 실시양태에서, 5 이하의 제2 점수는 대상체를 낮은 암 위험을 갖는 것으로 확인한다. 일부 실시양태에서, 대상체가 폐경 전 상태를 갖는 경우, 5 이하의 제2 점수는 대상체를 낮은 암 위험을 갖는 것으로 확인한다. 일부 실시양태에서, 대상체가 폐경 전 상태를 갖는 경우, 5 초과 및 10 미만의 제2 점수는 대상체를 중간 암 위험을 갖는 것으로 확인한다. 일부 실시양태에서, 대상체가 폐경 후 상태를 갖는 경우, 5 초과 및 14 미만의 제2 점수는 대상체를 중간 암 위험을 갖는 것으로 확인한다. 일부 실시양태에서, 대상체가 폐경 전 상태를 갖는 경우, 10 이상의 제2 점수는 대상체를 높은 암 위험을 갖는 것으로 확인한다. 일부 실시양태에서, 대상체가 폐경 후 상태를 갖는 경우, 14 이상의 제2 점수는 대상체를 높은 암 위험을 갖는 것으로 확인한다. 일부 실시양태에서, 대상체가 폐경 후 상태를 갖는 경우, 4.4 미만의 제2 점수는 대상체를 낮은 암 위험을 갖는 것으로 확인한다. 일부 실시양태에서, 대상체가 폐경 전 상태를 갖는 경우, 5 초과 및 7 미만의 제2 점수는 대상체를 중간 암 위험을 갖는 것으로 확인한다. 일부 실시양태에서, 대상체가 폐경 후 상태를 갖는 경우, 4.4 초과 및 6 미만의 제2 점수는 대상체를 중간 암 위험을 갖는 것으로 확인한다. 일부 실시양태에서, 5 초과의 제2 점수는 대상체를 높은 암 위험을 갖는 것으로 확인한다. 일부 실시양태에서, 대상체가 폐경 전 상태를 갖는 경우, 7 이상의 제2 점수는 대상체를 높은 암 위험을 갖는 것으로 확인한다. 일부 실시양태에서, 대상체가 폐경 후 상태를 갖는 경우, 6 이상의 제2 점수는 대상체를 높은 암 위험을 갖는 것으로 확인한다.
일부 실시양태에서, 제3 점수는 0 내지 20의 범위이다. 일부 실시양태에서, 5 이하의 제3 점수는 대상체를 낮은 암 위험을 갖는 것으로 확인한다. 일부 실시양태에서, 5 초과의 제3 점수는 대상체를 높은 암 위험을 갖는 것으로 확인한다.
일부 실시양태에서, 대상체로부터의 생물학적 샘플은 대상체가 하나 이상의 생식세포 및/또는 체세포 마커에서 하나 이상의 돌연변이를 갖고 있는지 여부를 검출함으로써 추가로 특성화된다. 일부 실시양태에서, 생식세포 및 체세포 마커는 유방암 및/또는 난소암과 연관이 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 유방암 및/또는 난소암 마커에서 하나 이상의 돌연변이의 존재는 이들 마커 중 하나를 갖지 않은 대상체에 비해 대상체가 더 높은 [증가된] 암 위험을 갖는 치료 개입을 필요로 한다는 것을 확인한다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 유방암 및/또는 난소암 마커의 비정상적인 메틸화는 이들 마커 중 하나의 비정상적인 메틸화를 갖지 않은 대상체에 비해 대상체가 더 높은 [증가된] 암 위험을 갖는 치료 개입을 필요로 한다는 것을 확인한다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 유방암 및/또는 난소암 마커의 비정상적인 메틸화는 과메틸화이다. 일부 실시양태에서, 상기 유방암 및/또는 난소암 마커 중 하나 이상의 비정상적인 메틸화는 저메틸화이다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 생식세포 및/또는 체세포 마커에서 난소암의 낮은, 중간 또는 높은 위험을 갖는 것으로 그리고 하나 이상의 돌연변이를 갖는 것으로 확인된 대상체는 치료적 개입 (예를 들어, 수술)을 필요로 하는 것으로 추가로 확인된다.
일부 실시양태에서, 유방암 및/또는 난소암과 연관된 하나 이상의 생식세포 및/또는 체세포 마커는, 유방암 1 (BRCA1), 유방암 2 (BRCA2), 모세혈관확장성-운동실조 돌연변이 (ATM), BRCA1 연관 링 도메인 1 (BARD1), BRCA1 상호작용 단백질 C-말단 헬리카제 1 (BRIP1), 카데린-1 (CDH1), 체크포인트 키나제 2 (CHEK2), 상피 세포 부착 분자 (EPCAM), MutL 상동체 1 (MLH1), MutS 상동체 2 (MSH2), MutS 상동체 6 (MSH6), 니브린 (NBN), BRCA2의 파트너 및 로컬라이저 (PALB2), 포스파타제 및 텐신 상동체 (PTEN), RAD51 패럴로그 D (RAD51D), 세린/트레오닌 키나제 11 (STK11), 종양 단백질 p53 (TP53), 키르스텐 래트 육종 바이러스성 종양유전자 상동체 (KRAS), BRCA1 A 복합체 서브유닛 아브라삭스 1 (ABRAXAS1 또는 FAM175A), RAC-알파 세린/트레오닌-단백질 키나제 (AKT1 또는 단백질 키나제 B), 결장 선종성 용종증 (APC), 축 억제 단백질 2 (AXIN2), 골 형성 단백질 수용체 유형 1A (BMPR1A), 원-종양유전자 B-Raf (BRAF), 세포 분열 주기 25C (CDC25), 시클린 의존성 키나제 억제제 2A (CDKN2A), 시클린-의존성 키나제 4 (CDK4), 카테닌 베타-1 (CTNNB1), RNase 모티프를 갖는 헬리카제 (DICER1), Erb-B2 수용체 티로신 키나제 2 (ERBB2), 절제 복구 교차-상보 군 6 (ERCC6), 판코니 빈혈 상보 군 M (FANCM), 판코니 빈혈 상보 군 C (FANCC), 감수분열 재조합 11 (MRE11), mutY DNA 글리코실라제 (MUTYH), 뉴로피브로민 1 (NF1), 엔도뉴클레아제 III-유사 단백질 1 (NTHL1), 포스파티딜이노시톨-4,5-비스포스페이트 3-키나제 촉매 서브유닛 알파 (PIK3CA), 감수분열 분리후 증가 2 (PMS2), 단백질 포스파타제 2 조절 서브유닛 A 알파 (PP2R1A), 단백질 키나제 DNA-활성화 촉매 서브유닛 (PRKDC), DNA 폴리머라제 델타 1 촉매 서브유닛 (POLD1), RAD50 상동체 (RAD50), RAD51 패럴로그 C (RAD51C), 링 핑거 단백질 43 (RNF43), 숙시네이트 데히드로게나제 복합체 철 황 서브유닛 B (SDHB), 숙시네이트 데히드로게나제 복합체 서브유닛 D (SDHD), 크로마틴 서브패밀리 A 구성원의 SWI/SNF 관련 매트릭스 연관 액틴 의존성 조절인자 4 (SMARCA4), 차이니즈 햄스터 세포의 결함 복구를 보완하는 X선 복구 2 (XRCC2), 베르너 증후군 ATP-의존성 헬리카제 (WRN 또는 RECQL), 세포 분열 주기 73 (CDC73), 폴리펩티드 N-아세틸갈락토사미닐트랜스퍼라제 12 (GALNT12), 그렘린 1 (GREM1), 호메오복스 B13 (HOXB13), MutS 상동체 3 (MSH3), DNA 폴리머라제 엡실론 촉매 서브유닛 (POLE), RAD51 레콤비나제 (RAD51), RAD50 인터랙터 1 (RINT1), 40S 리보솜 단백질 S20 (RSP20), SLX4 구조-특이적 엔도뉴클레아제 서브유닛 (SLX4), SMAD 패밀리 구성원 4 (SMAD4), 및 이중 특이적 단백질 키나제 TTK (TTK), Ras 회합 도메인 패밀리 1 이소형 A (RASSF1A), Runt-관련 전사 인자 3 (RUNX3), 조직 인자 경로 억제제 2 (TFPI2), 분비 프리즐드-관련 단백질 5 (SFRP5), 오피오이드-결합 단백질/세포 부착 분자 (OPCML), O6-알킬구아닌 DNA 알킬트랜스퍼라제 (MGMT), 카데린 13 (CDH13), 술파타제 1 (SULF1), 호메오복스 A9 (HOXA9), 호메오복스 A11 (HOXAD11), 클라우딘 4 (CLDN4), T-세포 분화 단백질 (MAL), 각인된 부위의 조절인자의 브라더 (BORIS), ATP-결합 카세트 슈퍼-패밀리 G 구성원 2 (ABCG2), 튜불린 베타 3 클래스 III (TUBB3), 메틸화 제어된 DNAJ (MCJ), 시누셀린-γ (SNGG), 대안적 판독 프레임 종양 억제인자 (P14ARF), 시클린-의존성 키나제 억제제 2A (CDKN2A 또는 P16INK4A), 시클린-의존성 키나제 4 억제제 B (CDKN2B 또는 P15), 사망-연관 단백질 키나제 1 (DAPK), 칼슘 채널 전압-의존성 T 유형 알파 1G 서브유닛 (CACNA1G 또는 MINT31), 망막모세포종-상호작용 징크-핑거 단백질 1 (RIZ1), 및 메틸화-유도 침묵의 표적 1 (TMS1)을 포함하나, 이에 제한되지는 않는다.
일부 실시양태에서, 생식세포 마커는 BRCA1 및/또는 BRCA 2이다. 일부 실시양태에서, BRCA1 돌연변이는 68_69del 및/또는 c.5266dup이다. 일부 실시양태에서, BRCA2 돌연변이는 c.5946del이다.
일부 실시양태에서, 대상체가 난소암의 높은, 중간 또는 낮은 위험을 갖는지 수술 전 평가하기 위한 방법은 대상체에서 난소암 위험의 하나 이상의 임상적 바이오마커를 특성화하는 것을 추가로 포함하고, 여기서 하나 이상의 임상적 바이오마커는 연령, 폐경 전 상태, 폐경 후 상태, 민족성, 병리학, 자궁부속기 종괴 진단, 가족력, 신체 검사, 영상화 결과, 및/또는 흡연 이력으로 이루어진 군으로부터 선택되고, 여기서 하나 이상의 임상적 바이오마커는 대상체가 낮은 또는 높은 암 위험을 갖는지 추가로 확인한다. 일부 실시양태에서, 대상체는 자궁부속기 종괴로 진단된다. 일부 실시양태에서, 대상체는 무증상 자궁부속기 종괴로 진단된다. 일부 실시양태에서, 대상체는 증상성 자궁부속기 종괴로 진단된다. 일부 실시양태에서, 대상체는 폐경 전이다. 일부 실시양태에서, 대상체는 폐경 후이다.
상기 방법은 난소암을 앓고 있거나 걸리기 쉬운 대상체로부터 수득된 생물학적 샘플에서 진단 측정 (예를 들어, 스크리닝 검정 또는 검출 검정)을 포함한다. 일부 실시양태에서, 진단 측정은 생물학적 샘플에서 마커를 특성화한다. 일부 실시양태에서, 생물학적 샘플은 혈청이다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 마커는 무세포 종양 DNA (cftDNA)를 검출함으로써 특성화된다. 일부 실시양태에서, 마커 패널은 별도의 포획 시약에 결합된다. 일부 실시양태에서, 포획 시약은 고체 지지체에 부착된다. 일부 실시양태에서, 고체 지지체는 플레이트, 칩, 비드, 미세유체 플랫폼, 멤브레인, 평면 마이크로어레이, 또는 서스펜션 어레이이다. 일부 실시양태에서, 포획 시약은 항체, 압타머, 아피바디, 혼성화 프로브 및/또는 그의 단편이다. 각각의 포획 시약은 마커 중 하나에 특이적으로 결합한다. 일부 실시양태에서, 마커는 면역검정, 염기서열분석 및/또는 핵산 마이크로어레이를 특징으로 한다. 일부 실시양태에서, 염기서열분석은 차세대 염기서열분석 (NGS) 또는 생어 염기서열분석이다. 일부 실시양태에서, 면역검정은 친화도 포획 검정, 면역계측 검정, 이종 화학발광 면역계측 검정, 동종 화학발광 면역계측 검정, ELISA, 웨스턴 블롯팅, 방사선면역검정, 자기 면역검정, 실시간 면역정량적 PCR (iqPCR) 및 SERS 무표지 검정을 포함한다.
검사 결과와 난소암의 상관관계는 상태를 생성하기 위해 결과에 일종의 분류 알고리즘을 적용하는 것을 포함한다. 분류 알고리즘은 표 1에 열거된 마커 또는 마커의 조합의 양이 특정 컷오프 숫자보다 높거나 낮은지 여부를 결정하는 것처럼 간단할 수 있다. 다수의 바이오마커가 사용되는 경우, 분류 알고리즘은 선형 회귀식일 수 있다. 대안적으로, 분류 알고리즘은 본원에 기재된 다수의 학습 알고리즘 중 임의의 것의 생성물일 수 있다.
복잡한 분류 알고리즘의 경우에, 데이터에 대한 알고리즘을 수행하여, 컴퓨터, 예를 들어 프로그래밍가능한 디지털 컴퓨터를 사용하여 분류를 결정해야 할 수 있다. 어느 경우에나, 이어서 유형 매체 상에, 예를 들어, 컴퓨터 판독가능 형식 예컨대 메모리 드라이브나 디스크 또는 단순히 종이에 인쇄된 형식으로 상태를 기록할 수 있다. 결과는 또한 컴퓨터 화면 상에 보고될 수 있을 것이다.
본 발명의 바이오마커
개별 바이오마커는 유용한 진단 바이오마커이다. 게다가, 실시예에 기재된 바와 같이, 바이오마커의 특정 조합은 임의의 단일 바이오마커 단독, 또는 이전에 확인된 바이오마커의 임의의 다른 조합보다 특정한 상태의 더 큰 예측 가치를 제공하는 것으로 밝혀졌다. 구체적으로, 샘플에서 복수개의 바이오마커의 검출은 검사의 민감성, 정확성 및 특이성을 증가시킬 수 있다.
본원에 기재된 각각의 바이오마커는 난소암에 구별적으로 존재할 수 있고, 따라서, 각각은 난소암 상태의 결정을 돕는 데 개별적으로 유용하다. 이 방법은 먼저 본원에 기재된 방법, 예를 들어, SELDI 바이오칩 상에서 포획한 후 질량 분석기에 의해 검출을 포함하나 이에 제한되지는 않는 관련 기술분야에 널리 공지된 임의의 방법을 사용하여 대상체, 샘플에서 선택된 바이오마커를 측정하는 것 및, 두 번째로, 양성 난소암 상태와 음성 난소암 상태를 구별하는 진단량 또는 컷오프와 상기 측정을 비교하는 것을 포함한다. 진단량은 특정한 난소암 상태를 갖는 것으로 대상체가 그 초과 또는 미만으로 분류되는 바이오마커의 측정된 양을 나타낸다. 예를 들어, 바이오마커가 난소암 동안 정상에 비해 상향-조절된다면, 진단 컷오프 초과로 측정된 양이 난소암의 진단을 제공한다. 대안적으로, 바이오마커가 난소암 동안 하향-조절된다면, 진단 컷오프 미만으로 측정된 양이 난소암의 진단을 제공한다. 관련 기술분야에서 널리 공지된 바와 같이, 검정에 사용되는 특정한 진단 컷오프를 조정함으로써, 진단자의 선호도에 따라 진단 검정의 민감성 또는 특이성을 증가시킬 수 있다. 특정한 진단 컷오프는, 예를 들어, 여기에서 행해진 바와 같이, 상이한 난소암 상태를 갖는 대상체로부터 통계적으로 유의한 수의 샘플에서 바이오마커의 양을 측정하고, 진단자의 원하는 수준의 특이성 및 민감성에 맞게 컷오프를 도출함으로써 결정될 수 있다.
본 발명의 바이오마커 (단독으로 또는 조합하여 사용)는 상이한 난소암 상태에서 적어도 p ≤ 0.05, p ≤ 10-2, p ≤ 10-3, p ≤ 10-4, 또는 p ≤ 10-5의 통계적 차이를 나타낸다. 이들 바이오마커를 단독으로 또는 조합하여 사용하는 진단 검사는 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 또는 약 100%의 민감도 및 특이도를 나타낸다.
질환의 경과 (진행/관해) 결정
한 실시양태에서, 본 발명은 대상체에서 질환의 경과를 모니터링 또는 결정하는 방법을 제공한다. 질환 경과는 질환 진행 (악화) 및 질환 퇴행 (개선)을 포함한, 시간이 지남에 따른 질환 상태의 변화를 지칭한다. 시간이 지남에 따라, 바이오마커의 양 또는 상대적인 양 (예를 들어, 패턴)이 변화된다. 따라서, 이 방법은 적어도 2개의 상이한 시점, 예를 들어, 첫 번째 및 두 번째 시점에서, 대상체로부터의 생물학적 샘플에서 바이오마커의 패널을 측정 또는 특성화하고, 만약에 있다면, 양의 변화를 비교하는 것을 포함한다. 질환의 경과 (예를 들어, 치료 동안)는 이들 비교에 기초하여 결정된다.
일부 실시양태에서, 바이오마커의 패널은 트랜스티레틴/프리알부민 (TT), 아포지질단백질 A1 (ApoA1), β2-마이크로글로불린 (β2M), 트랜스페린 (Tfr), 암 항원 125 (CA125), 인간 부고환 단백질 4 (HE4), 및 여포 자극 호르몬 (FSH)를 포함하나, 이에 제한되지는 않는다. 일부 실시양태에서, 바이오마커의 다수의 패널은 적어도 2개의 상이한 시점 동안 대상체로부터의 생물학적 샘플에서 바이오마커의 패널을 측정 또는 특성화된다. 한 실시양태에서, TT, ApoA1, β2M, Tfr, CA125 HE4 및 FSH를 포함하나, 이에 제한되지는 않는 마커의 제1 패널이 특성화되며 CA125, β2M, Tfr, TT 및 ApoA1을 포함하는 마커의 제2 패널이 특성화된다. 한 실시양태에서, TT, ApoA1, β2M, Tfr, CA125 HE4 및 FSH를 포함하나, 이에 제한되지는 않는 마커의 제1 패널이 특성화되며 FSH, CA125, HE4, Tfr, 및 ApoA1을 포함하는 마커의 제2 패널이 특성화된다. 또 다른 실시양태에서, TT, ApoA1, β2M, Tfr, CA125 HE4 및 FSH를 포함하나, 이에 제한되지는 않는 마커의 제1 패널이 특성화되며, FSH, CA125, HE4, Tfr, 및 ApoA1을 포함하나, 이에 제한되지는 않는 마커의 제2 패널이 특성화되며, CA125, β2M, Tfr, TT 및 ApoA1을 포함하나, 이에 제한되지는 않는 마커의 제3 패널이 특성화된다.
일부 실시양태에서, 바이오마커의 패널의 특성화는 대상체가 난소암 발병의 낮은, 중간 또는 높은 위험을 갖는지 확인하는 점수를 결정하며, 이는 상이한 시점에서 비교되어 질환의 경과를 모니터링할 수 있다. 일부 실시양태에서, 마커의 제1 패널의 특성화는 제1 점수를 결정한다. 일부 실시양태에서, 난소암의 낮은 또는 중간 위험을 갖는 제1 점수에서 확인된 대상체는 바이오마커의 하나 이상의 추가 패널을 사용하여 추가 특성화를 위해 선택된다. 일부 실시양태에서, 마커의 제2 패널의 특성화는 제2 점수를 결정한다. 일부 실시양태에서, 마커의 제3 패널의 특성화는 제3 점수를 결정한다. 일부 실시양태에서, 제1 점수는 대상체가 난소암 발병의 높은, 중간, 또는 낮은 위험을 갖는지 확인한다. 일부 실시양태에서, 제2 점수는 대상체가 난소암 발병의 높은 또는 낮은 위험을 갖는지 확인한다. 일부 실시양태에서, 제2 점수는 대상체가 난소암 발병의 높은, 중간, 또는 낮은 위험을 갖는지 확인한다. 일부 실시양태에서, 제3 점수는 대상체가 낮은 또는 높은 암 위험을 갖는지 확인한다.
일부 실시양태에서, 제1 점수는 0 내지 20의 범위이다. 일부 실시양태에서, 5 이하의 제1 점수는 대상체를 낮은 암 위험을 갖는 것으로 확인한다. 일부 실시양태에서, 대상체가 폐경 전 상태를 갖는 경우, 5 초과 및 10 미만의 제1 점수는 대상체를 중간 암 위험을 갖는 것으로 확인한다. 일부 실시양태에서, 대상체가 폐경 후 상태를 갖는 경우, 5 초과 및 14 미만의 제1 점수는 대상체를 중간 암 위험을 갖는 것으로 확인한다. 일부 실시양태에서, 5 초과의 제1 점수는 대상체를 높은 암 위험을 갖는 것으로 확인한다. 일부 실시양태에서, 대상체가 폐경 전 상태를 갖는 경우, 10 이상의 제1 점수는 대상체를 높은 암 위험을 갖는 것으로 확인한다. 일부 실시양태에서, 5 초과의 제1 점수는 대상체를 높은 암 위험을 갖는 것으로 확인한다. 일부 실시양태에서, 대상체가 폐경 후 상태를 갖는 경우, 14 이상의 제1 점수는 대상체를 높은 암 위험을 갖는 것으로 확인한다.
일부 실시양태에서, 제2 점수는 0 내지 20의 범위이다. 일부 실시양태에서, 5 이하의 제2 점수는 대상체를 낮은 암 위험을 갖는 것으로 확인한다. 일부 실시양태에서, 대상체가 폐경 전 상태를 갖는 경우, 5 이하의 제2 점수는 대상체를 낮은 암 위험을 갖는 것으로 확인한다. 일부 실시양태에서, 대상체가 폐경 전 상태를 갖는 경우, 5 초과 및 10 미만의 제2 점수는 대상체를 중간 암 위험을 갖는 것으로 확인한다. 일부 실시양태에서, 대상체가 폐경 후 상태를 갖는 경우, 5 초과 및 14 미만의 제2 점수는 대상체를 중간 암 위험을 갖는 것으로 확인한다. 일부 실시양태에서, 대상체가 폐경 전 상태를 갖는 경우, 10 이상의 제2 점수는 대상체를 높은 암 위험을 갖는 것으로 확인한다. 일부 실시양태에서, 대상체가 폐경 후 상태를 갖는 경우, 14 이상의 제2 점수는 대상체를 높은 암 위험을 갖는 것으로 확인한다. 일부 실시양태에서, 대상체가 폐경 후 상태를 갖는 경우, 4.4 미만의 제2 점수는 대상체를 낮은 암 위험을 갖는 것으로 확인한다. 일부 실시양태에서, 대상체가 폐경 전 상태를 갖는 경우, 5 초과 및 7 미만의 제2 점수는 대상체를 중간 암 위험을 갖는 것으로 확인한다. 일부 실시양태에서, 대상체가 폐경 후 상태를 갖는 경우, 4.4 초과 및 6 미만의 제2 점수는 대상체를 중간 암 위험을 갖는 것으로 확인한다. 일부 실시양태에서, 5 초과의 제2 점수는 대상체를 높은 암 위험을 갖는 것으로 확인한다. 일부 실시양태에서, 대상체가 폐경 전 상태를 갖는 경우, 7 이상의 제2 점수는 대상체를 높은 암 위험을 갖는 것으로 확인한다. 일부 실시양태에서, 대상체가 폐경 후 상태를 갖는 경우, 6 이상의 제2 점수는 대상체를 높은 암 위험을 갖는 것으로 확인한다.
일부 실시양태에서, 제3 점수는 0 내지 20의 범위이다. 일부 실시양태에서, 5 이하의 제3 점수는 대상체를 낮은 암 위험을 갖는 것으로 확인한다. 일부 실시양태에서, 5 초과의 제3 점수는 대상체를 높은 암 위험을 갖는 것으로 확인한다.
일부 실시양태에서, 난소암 발병의 낮은 또는 중간 위험을 갖는 대상체가 질환 진행 (즉, 높은 위험 상태의 발병)에 대해 모니터링된다. 일부 실시양태에서, 난소암 발병의 낮은 또는 중간 위험을 갖는 하나 이상의 생식세포 및/또는 체세포 마커에서 하나 이상의 돌연변이를 갖는 대상체가 질환 진행 (즉, 높은 위험 상태의 발병)에 대해 모니터링된다. 일부 실시양태에서, 난소암 발병의 낮은 또는 중간 위험을 갖는 하나 이상의 생식세포 및/또는 체세포 마커에서 비정상적인 메틸화를 갖는 대상체가 질환 진행 (즉, 높은 위험 상태의 발병)에 대해 모니터링된다. 일부 실시양태에서, 비정상적인 메틸화는 과메틸화이다. 일부 실시양태에서, 비정상적인 메틸화는 저메틸화이다.
일부 실시양태에서, 하나 이상의 생식세포 및/또는 체세포 마커는, 유방암 1 (BRCA1), 유방암 2 (BRCA2), 모세혈관확장성-운동실조 돌연변이 (ATM), BRCA1 연관 링 도메인 1 (BARD1), BRCA1 상호작용 단백질 C-말단 헬리카제 1 (BRIP1), 카데린-1 (CDH1), 체크포인트 키나제 2 (CHEK2), 상피 세포 부착 분자 (EPCAM), MutL 상동체 1 (MLH1), MutS 상동체 2 (MSH2), MutS 상동체 6 (MSH6), 니브린 (NBN), BRCA2의 파트너 및 로컬라이저 (PALB2), 포스파타제 및 텐신 상동체 (PTEN), RAD51 패럴로그 D (RAD51D), 세린/트레오닌 키나제 11 (STK11), 종양 단백질 p53 (TP53), 키르스텐 래트 육종 바이러스성 종양유전자 상동체 (KRAS) BRCA1 A 복합체 서브유닛 아브라삭스 1 (ABRAXAS1 또는 FAM175A), RAC-알파 세린/트레오닌-단백질 키나제 (AKT1 또는 단백질 키나제 B), 결장 선종성 용종증 (APC), 축 억제 단백질 2 (AXIN2), 골 형성 단백질 수용체 유형 1A (BMPR1A), 원-종양유전자 B-Raf (BRAF), 세포 분열 주기 25C (CDC25), 시클린 의존성 키나제 억제제 2A (CDKN2A), 시클린-의존성 키나제 4 (CDK4), 카테닌 베타-1 (CTNNB1), RNase 모티프를 갖는 헬리카제 (DICER1), Erb-B2 수용체 티로신 키나제 2 (ERBB2), 절제 복구 교차-상보 군 6 (ERCC6), 판코니 빈혈 상보 군 M (FANCM), 판코니 빈혈 상보 군 C (FANCC), 감수분열 재조합 11 (MRE11), mutY DNA 글리코실라제 (MUTYH), 뉴로피브로민 1 (NF1), 엔도뉴클레아제 III-유사 단백질 1 (NTHL1), 포스파티딜이노시톨-4,5-비스포스페이트 3-키나제 촉매 서브유닛 알파 (PIK3CA), 감수분열 분리후 증가 2 (PMS2), 단백질 포스파타제 2 조절 서브유닛 A 알파 (PP2R1A), 단백질 키나제 DNA-활성화 촉매 서브유닛 (PRKDC), DNA 폴리머라제 델타 1 촉매 서브유닛 (POLD1), RAD50 상동체 (RAD50), RAD51 패럴로그 C (RAD51C), 링 핑거 단백질 43 (RNF43), 숙시네이트 데히드로게나제 복합체 철 황 서브유닛 B (SDHB), 숙시네이트 데히드로게나제 복합체 서브유닛 D (SDHD), 크로마틴 서브패밀리 A 구성원의 SWI/SNF 관련 매트릭스 연관 액틴 의존성 조절인자 4 (SMARCA4), 차이니즈 햄스터 세포의 결함 복구를 보완하는 X선 복구 2 (XRCC2), 베르너 증후군 ATP-의존성 헬리카제 (WRN 또는 RECQL), 세포 분열 주기 73 (CDC73), 폴리펩티드 N-아세틸갈락토사미닐트랜스퍼라제 12 (GALNT12), 그렘린 1 (GREM1), 호메오복스 B13 (HOXB13), MutS 상동체 3 (MSH3), DNA 폴리머라제 엡실론 촉매 서브유닛 (POLE), RAD51 레콤비나제 (RAD51), RAD50 인터랙터 1 (RINT1), 40S 리보솜 단백질 S20 (RSP20), SLX4 구조-특이적 엔도뉴클레아제 서브유닛 (SLX4), SMAD 패밀리 구성원 4 (SMAD4), 및 이중 특이적 단백질 키나제 TTK (TTK), Ras 회합 도메인 패밀리 1 이소형 A (RASSF1A), Runt-관련 전사 인자 3 (RUNX3), 조직 인자 경로 억제제 2 (TFPI2), 분비 프리즐드-관련 단백질 5 (SFRP5), 오피오이드-결합 단백질/세포 부착 분자 (OPCML), O6-알킬구아닌 DNA 알킬트랜스퍼라제 (MGMT), 카데린 13 (CDH13), 술파타제 1 (SULF1), 호메오복스 A9 (HOXA9), 호메오복스 A11 (HOXAD11), 클라우딘 4 (CLDN4), T-세포 분화 단백질 (MAL), 각인된 부위의 조절인자의 브라더 (BORIS), ATP-결합 카세트 슈퍼-패밀리 G 구성원 2 (ABCG2), 튜불린 베타 3 클래스 III (TUBB3), 메틸화 제어된 DNAJ (MCJ), 시누셀린-γ (SNGG), 대안적 판독 프레임 종양 억제인자 (P14ARF), 시클린-의존성 키나제 억제제 2A (CDKN2A 또는 P16INK4A), 시클린-의존성 키나제 4 억제제 B (CDKN2B 또는 P15), 사망-연관 단백질 키나제 1 (DAPK), 칼슘 채널 전압-의존성 T 유형 알파 1G 서브유닛 (CACNA1G 또는 MINT31), 망막모세포종-상호작용 징크-핑거 단백질 1 (RIZ1), 및 메틸화-유도 침묵의 표적 1 (TMS1)을 포함하나, 이에 제한되지는 않는다.
일부 실시양태에서, 생식세포 마커는 BRCA1 및/또는 BRCA 2이다. 일부 실시양태에서, BRCA1 돌연변이는 68_69del and/or c.5266dup이다. 일부 실시양태에서, BRCA2 돌연변이는 c.5946del이다.
일부 실시양태에서, 대상체의 질환 경과를 모니터링하거나 결정하는 방법은, 대상체에서 난소암 위험의 하나 이상의 임상적 바이오마커를 추가로 특성화하고, 여기서 하나 이상의 임상적 바이오마커는 연령, 폐경 전 상태, 폐경 후 상태, 민족성, 병리학, 자궁부속기 종괴 진단, 가족력, 신체 검사, 영상화 결과, 및/또는 흡연 이력으로 이루어진 군으로부터 선택되고, 여기서 하나 이상의 임상적 바이오마커는 대상체가 낮은 또는 높은 암 위험을 갖는지 추가로 확인한다. 일부 실시양태에서, 난소암 발병의 낮은 또는 중간 위험을 갖는 자궁부속기 종괴로 진단된 대상체는 질환 진행 (즉 높은 위험 상태)에 대해 모니터링된다. 일부 실시양태에서, 대상체는 무증상 자궁부속기 종괴로 진단된다. 일부 실시양태에서, 대상체는 증상성 자궁부속기 종괴로 진단된다. 일부 실시양태에서, 대상체는 폐경 전이다. 일부 실시양태에서, 대상체는 폐경 후이다.
상기 방법은 난소암을 앓고 있거나 걸리기 쉬운 대상체로부터 수득된 생물학적 샘플에서 진단 측정 (예를 들어, 스크리닝 검정 또는 검출 검정)을 포함한다. 일부 실시양태에서, 진단 측정은 생물학적 샘플에서 마커를 특성화한다. 일부 실시양태에서, 생물학적 샘플은 혈청이다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 마커는 무세포 종양 DNA (cftDNA)를 검출함으로써 특성화된다. 일부 실시양태에서, 마커 패널은 별도의 포획 시약에 결합된다. 일부 실시양태에서, 포획 시약은 고체 지지체에 부착된다. 일부 실시양태에서, 고체 지지체는 플레이트, 칩, 비드, 미세유체 플랫폼, 멤브레인, 평면 마이크로어레이, 또는 서스펜션 어레이이다. 일부 실시양태에서, 포획 시약은 항체, 압타머, 아피바디, 혼성화 프로브 및/또는 그의 단편이다. 각각의 포획 시약은 마커 중 하나에 특이적으로 결합한다. 일부 실시양태에서, 마커는 면역검정, 염기서열분석 및/또는 핵산 마이크로어레이를 특징으로 한다. 일부 실시양태에서, 염기서열분석은 차세대 염기서열분석 (NGS) 또는 생어 염기서열분석이다. 일부 실시양태에서, 면역검정은 친화도 포획 검정, 면역계측 검정, 이종 화학발광 면역계측 검정, 동종 화학발광 면역계측 검정, ELISA, 웨스턴 블롯팅, 방사선면역검정, 자기 면역검정, 실시간 면역정량적 PCR (iqPCR) 및 SERS 무표지 검정을 포함한다.
상기 방법의 진단 측정은 건강하고 정상적인 대조군의 샘플과; 대상체의 질환 전 샘플에서; 또는 다른 고통받는/질환 환자에서 비교하여 치료받은 대상체의 질환 상태를 확립할 수 있다. 모니터링을 위해, 1차 진단 측정의 결정보다 늦은 시점에 대상체로부터 2차 진단 측정을 수득할 수 있고, 두 측정을 비교하여 질환의 경과 또는 요법/치료의 효능을 모니터링할 수 있다. 특정 실시양태에서, 대상체에서의 치료 전 측정 (예를 들어, 대상체로부터 수득한 샘플 또는 생검에서 또는 CT 스캔에서)은 기재된 바와 같이 치료를 시작하기 전에 결정되고; 이어서 이 측정을 치료 시작 후 및/또는 치료 과정 동안 대상체에서의 측정과 비교하여 질환 치료의 효능을 결정(의 효능을 모니터링)할 수 있다. 일부 실시양태에서, 질환 치료의 효능은 항체 마커 분석 및/또는 인터페론-감마 (IFN-γ) ELISPOT 검정으로 수행될 수 있다.
상태 보고
본 발명의 추가 실시양태는 예를 들어 검정 결과 또는 진단 또는 둘 다의 기술자, 의사 또는 환자에게로의 통신에 관한 것이다. 특정 실시양태에서, 컴퓨터는 검정 결과 또는 진단 또는 둘 다를 이해 당사자, 예를 들어 의사 및 그의 환자에게 통신하는 데 사용될 것이다. 일부 실시양태에서, 검정은 결과 또는 진단이 통신된 국가 또는 관할권과 상이한 국가 또는 관할권에서 수행되거나, 검정 결과가 분석될 것이다.
본 발명의 바람직한 실시양태에서, 표 1의 바이오마커 또는 바이오마커의 조합의 검사 대상체에서의 구별적 존재 또는 부재에 기초한 진단은 진단이 수득된 후 가능한 한 빨리 대상체에게 통신된다. 진단은 대상체의 치료 의사에 의해 대상체에게 통신될 수 있다. 대안적으로, 진단을 이메일로 검사 대상체에게 보내거나 전화로 대상체에게 통신할 수 있다. 컴퓨터를 사용하여 이메일 또는 전화에 의해 진단을 통신할 수 있다. 특정 실시양태에서, 진단 검사의 결과를 함유하는 메시지가 생성되어 통신 분야의 통상의 기술자에게 친숙할 컴퓨터 하드웨어 및 소프트웨어의 조합을 사용하여 대상체에게 자동으로 전달될 수 있다. 의료-지향적인 통신 시스템의 한 예가 미국 특허 번호 6,283,761에 기재되어 있으나; 본 발명은 이러한 특정한 통신 시스템을 이용하는 방법으로 제한되지는 않는다. 본 발명의 방법의 특정 실시양태에서, 샘플의 검정, 질환의 진단, 및 검정 결과 또는 진단의 통신을 포함한, 방법 단계의 전부 또는 일부는 다양한 (예를 들어, 외국) 관할권에서 수행될 수 있다.
대상체 관리
특정 실시양태에서, 본 발명의 방법은 상태에 기초하여 대상체 치료를 관리하는 것을 포함한다. 이러한 관리는, 예를 들어, 부인과 종양전문의에게 의뢰하는 것 또는 난소암 상태를 결정한 이후의 의사 또는 임상의의 기타 조치를 포함한다. 예를 들어, 의사가 난소암을 진단한다면, 특정 치료 요법, 예컨대 치료제의 처방 또는 투여가 따를 수 있다. 대안적으로, 비난소암 또는 비난소암의 진단에 이어서 환자가 앓고 있을 수 있는 특정 질환을 결정하기 위해 추가 검사를 실시할 수 있다. 또한 진단 검사가 난소암 상태에 대한 비결정적인 결과를 제공한다면, 추가 검사가 필요할 수 있다.
한 실시양태에서, 진단은 골반 종괴가 양성 또는 악성인지를 결정하는 것일 수 있다. 진단이 악성이면, 부인과 종양전문의를 선택하여 수술을 수행할 수 있다. 그에 반해서, 진단이 양성이면, 일반 외과의사나 부인과 전문의를 선택하여 수술을 수행할 수 있다.
본 발명의 추가 실시양태는 예를 들어 검정 결과 또는 진단 또는 둘 다의 기술자, 의사 또는 환자에게로의 통신에 관한 것이다. 특정 실시양태에서, 컴퓨터는 검정 결과 또는 진단 또는 둘 다를 이해 당사자, 예를 들어 의사 및 그의 환자에게 통신하는 데 사용될 것이다. 일부 실시양태에서, 검정은 결과 또는 진단이 통신된 국가 또는 관할권과 상이한 국가 또는 관할권에서 수행되거나, 검정 결과가 분석될 것이다.
하드웨어 및 소프트웨어
본원에 기재된 방법 중 임의의 방법에서, 바이오마커(들)의 측정을 난소암과 상관시키는 단계는 범용 또는 특별히-프로그래밍된 하드웨어 또는 소프트웨어에서 수행될 수 있다.
측면에서, 분석은 소프트웨어 분류 알고리즘에 의해 수행된다. 본원에 기재된 방법을 포함하나, 이에 제한되지는 않는 관련 기술분야에 널리 공지된 임의의 검출 방법에 의한 분석물의 분석은 데이터 처리에 적용되는 결과를 생성할 것이다. 데이터 처리는 소프트웨어 분류 알고리즘에 의해 수행될 수 있다. 이러한 소프트웨어 분류 알고리즘은 관련 기술분야에 널리 공지되어 있고, 관련 기술분야의 통상의 기술자는 특정 검출 방법으로부터 수득된 결과를 분석하기 위해 적절한 소프트웨어를 쉽게 선택하고 사용할 수 있다.
측면에서, 분석은 컴퓨터-판독가능 매체에 의해 수행된다. 컴퓨터-판독가능 매체는 비일시적 및/또는 유형적일 수 있다. 예를 들어, 컴퓨터 판독가능 매체는 휘발성 메모리 (예를 들어, 랜덤 액세스 메모리 등) 또는 비휘발성 메모리 (예를 들어, 읽기 전용 메모리, 하드 디스크, 플로피 디스크, 자기 테이프, 광 디스크, 종이 테이블, 펀치 카드 등)일 수 있다.
예를 들어, 비행 시간 질량분석법에 의한 분석물질의 분석은 비행 시간 스펙트럼을 생성한다. 궁극적으로 분석되는 비행시간 스펙트럼은 전형적으로 샘플에 대한 단일 펄스의 이온화 에너지로부터의 신호가 아니라 다수의 펄스의 신호 합계를 나타낸다. 이것은 잡음을 감소시키고 다이내믹 레인지를 증가시킨다. 이어서 이 비행시간 데이터를 데이터 처리에 적용한다. 예시적인 소프트웨어는 데이터 처리가 전형적으로 질량 스펙트럼을 생성하기 위한 TOF에서 M/Z로의 변환, 기기 오프셋을 제거하기 위한 기준선 빼기 및 고주파 잡음을 감소시키기 위한 고주파 노이즈 필터링을 포함하는, 사이퍼젠의 프로테인칩® 소프트웨어를 포함하나, 이에 제한되지는 않는다.
바이오마커의 탈착 및 검출에 의해 생성된 데이터는 프로그래밍 가능한 디지털 컴퓨터를 사용하여 분석할 수 있다. 컴퓨터 프로그램은 검출된 바이오마커의 수를 나타내기 위해 데이터를 분석하고, 임의로, 검출된 각각의 바이오마커에 대해 신호 및 결정된 분자 질량의 강도를 나타낸다. 데이터 분석은 바이오마커의 신호 강도를 결정하고 미리 결정된 통계적 분포에서 벗어나는 데이터를 제거하는 단계를 포함할 수 있다. 예를 들어, 일부 참조에 대한 각각의 피크의 높이를 계산함으로써 관찰된 피크를 정규화할 수 있다. 참조는 스케일에서 제로로 설정된 에너지 흡수 분자와 같은 기기 및 화학물질에 의해 생성된 배경 잡음일 수 있다.
컴퓨터는 생성된 데이터를 다양한 형식으로 변환하여 표시할 수 있다. 표준 스펙트럼을 표시할 수 있으나, 하나의 유용한 형식에서는 단지 피크 높이와 질량 정보가 스펙트럼 보기에서 유지되므로, 더 깨끗한 이미지를 산출하고 거의 동일한 분자량을 갖는 바이오마커를 더 쉽게 볼 수 있게 한다. 또 다른 유용한 형식에서, 2개 이상의 스펙트럼을 비교하여, 샘플 간에 상향-또는 하향-조절되는 고유한 바이오마커 및 바이오마커를 편리하게 강조표시한다. 이들 형식 중 임의의 형식을 사용하여, 특정한 바이오마커가 샘플에 존재하는지 여부를 쉽게 결정할 수 있다.
분석은 일반적으로 분석물로부터의 신호를 나타내는 스펙트럼의 피크 확인을 포함한다. 피크 선택은 시각적으로 행할 수 있으나, 예를 들어 피크의 검출을 자동화할 수 있는, 사이퍼젠의 프로테인칩® 소프트웨어 패키지의 일부로서, 소프트웨어가 이용가능하다. 이 소프트웨어는 선택된 임계값을 초과하는 신호 대 잡음비를 갖는 신호를 확인하고 피크 신호의 무게중심에서 피크의 질량을 표지함으로써 기능한다. 실시양태에서, 질량 스펙트럼의 일부 선택된 백분율에 존재하는 동일한 피크를 확인하기 위해 많은 스펙트럼이 비교된다. 이 소프트웨어의 한 버전은 정의된 질량 범위 내의 다양한 스펙트럼에 나타나는 모든 피크를 클러스터링하고 질량 (M/Z) 클러스터의 중간 지점 근처에 있는 모든 피크에 질량 (N/Z)을 할당한다.
측면에서, 데이터를 분석하는 데 사용되는 소프트웨어는 결과 분석에 알고리즘을 적용하는 코드 (예를 들어, 신호가 본 발명에 따른 바이오마커에 상응하는 신호에서 피크를 나타내는지 여부를 결정하기 위한 신호)를 포함할 수 있다. 소프트웨어는 또한 관찰된 바이오마커 피크에 관한 데이터를 분류 트리 또는 ANN 분석에 적용하여, 검사 중인 특정한 임상 파라미터의 상태를 나타내는 바이오마커 피크 또는 바이오마커 피크의 조합이 존재하는지 여부를 결정할 수 있다. 데이터 분석은 샘플의 질량분석적 분석으로부터, 직접 또는 간접적으로 수득한 다양한 파라미터에 "키 지정(keyed)"될 수 있다. 이들 파라미터는 하나 이상의 피크의 존재 또는 부재, 피크 또는 피크 그룹의 형상, 하나 이상의 피크의 높이, 하나 이상의 피크의 높이의 로그, 및 피크 높이 데이터의 기타 산술 조작을 포함하나, 이에 제한되지는 않는다.
난소암 상태를 정성화하기 위한 분류 알고리즘
일부 실시양태에서, 이어서 "공지된 샘플"과 같은 샘플을 사용하여 생성된 검정 (예를 들어, ELISA 검정)으로부터 유래된 데이터를 사용하여 분류 모델을 "훈련"할 수 있다. "공지된 샘플"은 사전 분류된 샘플이다. 스펙트럼으로부터 유래되고 분류 모델을 형성하는 데 사용되는 데이터를 "훈련 데이터 세트"로 지칭할 수 있다. 일단 훈련되면, 분류 모델은 알려지지 않은 샘플을 사용하여 생성된 스펙트럼으로부터 유래된 데이터의 패턴을 인식할 수 있다. 이어서 분류 모델을 사용하여 알려지지 않은 샘플을 클래스로 분류할 수 있다. 이것은, 예를 들어, 특정한 생물학적 샘플이 특정 생물학적 상태 (예를 들어, 질환이 있는 상태 대 질환이 없는 상태)와 연관이 있는지 여부를 예측하는 데 유용할 수 있다.
분류 모델을 형성하는 데 사용되는 훈련 데이터 세트는 원시 데이터 또는 전처리된 데이터를 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 원시 데이터는 비행 시간 스펙트럼 또는 질량 스펙트럼으로부터 직접 수득될 수 있고, 이어서 상기에 기재된 바와 같이 임의로 "전처리"될 수 있다.
분류 모델은 데이터에 존재하는 객관적인 파라미터에 기초하여 데이터의 바디를 클래스로 분리하려고 시도하는 임의의 적합한 통계적 분류 (또는 "학습") 방법을 사용하여 형성할 수 있다. 분류 방법은 감독되거나 감독되지 않을 수 있다. 감독 및 감독되지 않은 분류 프로세스의 예가 문헌 [Jain, "Statistical Pattern Recognition: A Review", IEEE Transactions on Pattern Analysis and Machine Intelligence, Vol. 22, No. 1, January 2000]에 기재되어 있으며, 그 교시내용이 참조로 포함된다.
감독 분류에서, 공지된 범주의 예를 함유하는 훈련 데이터는 공지된 클래스각각을 정의하는 하나 이상의 관계 세트를 학습하는 학습 메커니즘에 제공된다. 이어서 신규 데이터를 학습 메커니즘에 적용한 다음에, 학습된 관계를 사용하여 신규 데이터를 분류한다. 감독 분류 프로세스의 예는 선형 회귀 프로세스 (예를 들어, 다중 선형 회귀 (MLR), 부분 최소 제곱 (PLS) 회귀 및 주성분 회귀 (PCR)), 이진 결정 트리 (예를 들어, 재귀적 분할 프로세스(recursive partitioning processes) CART - 분류 및 회귀 트리), 인공 신경망 예컨대 역전파 네트워크, 판별 분석 (예를 들어, 베이지안 분류기(Bayesian classifier) 또는 피셔(Fischer) 분석), 로지스틱 분류기, 및 서포트 벡터 분류기 (서포트 벡터 머신)를 포함한다.
실시양태에서, 감독 분류 방법은 재귀적 분할 프로세스이다. 재귀적 분할 프로세스는 재귀 분할 트리를 사용하여 알려지지 않은 샘플로부터 유래된 스펙트럼을 분류한다. 재귀적 분할 프로세스에 대한 추가 세부사항은 미국 특허 출원 번호 2002 0138208 A1 (Paulse et al., "Method for analyzing mass spectra")에 제공된다.
다른 실시양태에서, 생성되는 분류 모델은 비감독 학습 방법을 사용하여 형성될 수 있다. 비감독 분류는 훈련 데이터 세트가 유래된 스펙트럼을 사전 분류하지 않고 훈련 데이터 세트의 유사성에 기초하여 분류를 학습하려고 시도한다. 비감독 학습 방법은 클러스터 분석을 포함한다. 클러스터 분석은 데이터를 "클러스터" 또는 이상적으로는 서로 매우 유사하고 다른 클러스터의 구성원과 매우 유사하지 않은 구성원을 가져야 하는 군으로 나누려고 시도한다. 이어서 데이터 항목 간의 거리를 측정하는 일부 거리 측정법을 사용하여 유사성을 측정하고 서로 더 가까운 데이터 항목을 함께 클러스터링한다. 클러스터링 기술은 맥퀸(MacQueen)의 K-평균 알고리즘과 코호넨(Kohonen)의 자기-조직화 맵(Self-Organizing Map) 알고리즘을 포함한다.
생물학적 정보를 분류하는 데 사용하기 위해 주장된 학습 알고리즘은 예를 들어, PCT 국제 공개 번호 WO 01/31580 (Barnhill et al., "Methods and devices for identifying patterns in biological systems and methods of use thereof"), 미국 특허 출원 번호 2002 0193950 A1 (Gavin et al., "Method or analyzing mass spectra"), 미국 특허 출원 번호 2003 0004402 A1 (Hitt et al., "Process for discriminating between biological states based on hidden patterns from biological data"), 및 미국 특허 출원 번호 2003 0055615 A1 (Zhang and Zhang, "Systems and methods for processing biological expression data")에 기재되어 있다.
분류 모델은 적합한 디지털 컴퓨터 상에서 형성되고 사용될 수 있다. 적합한 디지털 컴퓨터는 임의의 표준 또는 특수 운영 체제 예컨대 유닉스(Unix), 윈도우(Windows)™ 또는 리눅스(Linux)™ 기반 운영 체제를 사용하는 마이크로, 미니, 또는 대형 컴퓨터를 포함한다. 사용되는 디지털 컴퓨터는 관심 스펙트럼을 생성하는 데 사용되는 질량 분석기와 물리적으로 분리될 수 있거나, 또는 상기 컴퓨터는 질량 분석기에 커플링될 수 있다.
본 발명의 실시양태에 따른 훈련 데이터 세트 및 분류 모델은 디지털 컴퓨터에 의해 실행되거나 사용되는 컴퓨터 코드에 의해 구현될 수 있다. 컴퓨터 코드는 광 또는 자기 디스크, 스틱, 테이프 등을 포함한 임의의 적합한 컴퓨터 판독가능한 매체에 저장될 수 있으며 C, C++, 비주얼 베이직 등을 포함한 임의의 적합한 컴퓨터 프로그래밍 언어로 쓰여질 수 있다.
상기에 기재된 학습 알고리즘은 이미 발견된 바이오마커에 대한 분류 알고리즘을 개발하거나, 난소암에 대한 신규 바이오마커를 찾는데 둘 다 유용하다. 분류 알고리즘은 차례로 단독으로 또는 조합하여 사용되는 바이오마커에 대한 진단 값 (예를 들어, 컷오프 포인트(cut-off point))을 제공함으로써 진단 검사의 기반을 형성한다.
일부 실시양태에서, 본 발명의 방법은 대상체가 난소암을 가질 위험을 분류하는 것을 포함한다. 일부 실시양태에서, 방법은 적어도 하나의 프로세서에 의해, 패널의 각각의 마커에 대해 검출된 마커 스펙트럼 피크를 나타내는 신호를 수신하는 것을 포함한다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 패널이 사용된다. 일부 실시양태에서, 패널은 마커 트랜스티레틴/프리알부민 (TT), 아포지질단백질 A1 (ApoA1), β2-마이크로글로불린 (β2M), 트랜스페린 (Tfr), 암 항원 125 (CA125), HE4, 및 여포 자극 호르몬 (FSH)을 포함하나, 이에 제한되지는 않는다. 일부 실시양태에서, 패널은 유방암 1 (BRCA1), 유방암 2 (BRCA2), ATM, BARD1, BRIP1, CDH1, CHEK2, EPCAM, MLH1, MSH2, MSH6, NBN, PALB2, PTEN, RAD51D, STK11, TP53, KRAS, ABRAXAS1, AKT1, APC, AXIN2, BMPR1A, BRAF, CDC25, CDKN2A, CDK4, CTNNB1, DICER1, ERBB2, ERCC6, FANCM, FANCC, MRE11, MUTYH, NF1, NTHL1, PIK3CA, PMS2, PP2R1A, PRKDC, POLD1, RAD50, RAD51C, RNF43, SDHB, SDHD, SMARCA4, XRCC2, WRN , CDC73, GALNT12, GREM1, HOXB13, MSH3, POLE, RAD51, RINT1, RSP20, SLX4, SMAD4, TTK, RASSF1A, RUNX3, TFPI2, SFRP5, OPCML, MGMT, CDH13, SULF1, HOXA9, HOXAD11, CLDN4, MAL, BORIS, ABCG2, TUBB3, MCJ, SNGG, P14ARF, P16INK4A, DAPK, P15, MINT31, RIZ1, 및 TMS1로부터 선택된 하나 이상의 마커를 포함하나, 이에 제한되지는 않는다. 일부 실시양태에서, 패널은 CA125, β2M, Tfr, TT 및 ApoA1을 포함하나, 이에 제한되지는 않는다. 일부 실시양태에서, 패널은 FSH, CA125, HE4, 트랜스페린, 및 ApoA1을 포함하나, 이에 제한되지는 않는다.
일부 실시양태에서, 방법은 적어도 하나의 프로세서에 의해, 마커 트랜스티레틴/프리알부민 (TT), 아포지질단백질 A1 (ApoA1), β2-마이크로글로불린 (β2M), 트랜스페린 (Tfr), 암 항원 125 (CA125), HE4, 및 여포 자극 호르몬 (FSH), 및 하기로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 마커: 유방암 1 (BRCA1), 유방암 2 (BRCA2), ATM, BARD1, BRIP1, CDH1, CHEK2, EPCAM, MLH1, MSH2, MSH6, NBN, PALB2, PTEN, RAD51D, STK11, TP53, KRAS, ABRAXAS1, AKT1, APC, AXIN2, BMPR1A, BRAF, CDC25, CDKN2A, CDK4, CTNNB1, DICER1, ERBB2, ERCC6, FANCM, FANCC, MRE11, MUTYH, NF1, NTHL1, PIK3CA, PMS2, PP2R1A, PRKDC, POLD1, RAD50, RAD51C, RNF43, SDHB, SDHD, SMARCA4, XRCC2, WRN , CDC73, GALNT12, GREM1, HOXB13, MSH3, POLE, RAD51, RINT1, RSP20, SLX4, SMAD4, TTK, RASSF1A, RUNX3, TFPI2, SFRP5, OPCML, MGMT, CDH13, SULF1, HOXA9, HOXAD11, CLDN4, MAL, BORIS, ABCG2, TUBB3, MCJ, SNGG, P14ARF, P16INK4A, DAPK, P15, MINT31, RIZ1, 및 TMS1을 포함하는 패널의 각각의 마커에 대해 검출된 마커 스펙트럼 피크를 나타내는 제1 패널 신호를 수신하는 것을 포함한다.
일부 실시양태에서, 방법은 적어도 하나의 프로세서에 의해, 제1 단계 암 위험 분류기를 이용하여, 난소암 발병의 예측된 위험을 나타내는 암 위험 분류 점수를 예측하며, 여기서 암 위험 분류 점수는 학습된 위험 분류 파라미터 및 제1 패널 신호에 기초한다. 일부 실시양태에서, 방법은 적어도 하나의 프로세서에 의해, 암 위험 분류 점수와 연관된 암 위험 수준을 결정하며, 여기서 암 위험 수준은 낮은 위험, 중간 위험 및 높은 위험을 포함하는 선택 중 적어도 하나로부터 선택된다. 일부 실시양태에서, 방법은 적어도 하나의 프로세서에 의해, 대상체의 암 위험 수준을 표시하는 의료 제공자와 연관된 컴퓨팅 장치에서 암 위험 수준 예측을 생성한다.
일부 실시양태에서, 방법은 적어도 하나의 프로세서에 의해, 암 위험 수준을 중간 위험으로서 결정하는 것; 적어도 하나의 프로세서에 의해, 제2 단계 암 위험 분류기를 이용하여, 제2 단계 학습된 위험 분류 파라미터 및 제1 패널 신호의 서브세트를 포함하는 제2 패널 신호에 기초하여 향상된 암 위험 분류 점수를 예측하는 것; 및 적어도 하나의 프로세서에 의해, 향상된 암 위험 분류 점수와 연관된 향상된 암 위험 수준을 결정하며, 여기서 향상된 암 위험 수준은 낮은 위험 및 높은 위험을 포함하는 선택 중 적어도 하나로부터 선택되는 것을 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서, 제2 패널 신호는 CA125, β2M, 트랜스페린, 트랜스티레틴 및 ApoA1을 포함하거나 그로 이루어진 마커의 마커 스펙트럼 피크를 나타낸다. 일부 실시양태에서, 제2 패널 신호는 FSH, CA125, HE4, 트랜스페린, ApoA1을 포함하거나 그로 이루어진 마커의 마커 스펙트럼 피크를 나타낸다.
일부 실시양태에서, 방법은 적어도 하나의 프로세서에 의해, 암 위험 수준을 중간 위험으로서 결정하는 것; 적어도 하나의 프로세서에 의해, 제2 단계 암 위험 분류기 및 제3 단계 암 위험 분류기를 이용하여, 제2 단계 및 제3 단계 학습된 위험 분류 파라미터 및 제1 패널 신호의 상이한 서브세트를 각각 포함하는 제2 및 제3 패널 신호에 기초하여 향상된 암 위험 분류 점수를 예측하는 것; 및 적어도 하나의 프로세서에 의해, 향상된 암 위험 분류 점수와 연관된 향상된 암 위험 수준을 결정하며, 여기서 향상된 암 위험 수준은 낮은 위험 및 높은 위험을 포함하는 선택 중 적어도 하나로부터 선택되는 것을 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서, 제2 패널 신호는 CA125, β2M, 트랜스페린, 트랜스티레틴 및 ApoA1을 포함하거나 그로 이루어진 마커의 마커 스펙트럼 피크를 나타내고 제3 패널 신호는 FSH, CA125, HE4, 트랜스페린, ApoA1을 포함하거나 그로 이루어진 마커의 마커 스펙트럼 피크를 나타낸다.
일부 실시양태에서, 방법은 적어도 하나의 프로세서에 의해, 암 위험 분류 점수가 0.0 내지 4.9인 암 위험 수준의 낮은 위험을 결정하는 것; 적어도 하나의 프로세서에 의해, 암 위험 분류 점수가 5.0 내지 10.0인 암 위험 수준의 중간 위험을 결정하는 것; 및
적어도 하나의 프로세서에 의해, 암 위험 분류 점수가 10.1 내지 20.0인 암 위험 수준의 높은 위험을 결정하는 것을 추가로 포함한다.
일부 실시양태에서, 제1 단계 암 위험 분류기는, 학습된 위험 분류 파라미터의 폐경 전 위험 분류 파라미터를 학습한 폐경 전 제1 단계 암 위험 예측 모델; 및 학습된 위험 분류 파라미터의 폐경 후 위험 분류 파라미터를 학습한 폐경 후 제1 단계 암 위험 예측 모델을 포함한다.
일부 실시양태에서, 방법은 적어도 하나의 프로세서에 의해, 암 위험 분류 점수가 0.0 내지 4.9인 암 위험 수준의 낮은 위험을 결정하는 것; 적어도 하나의 프로세서에 의해, 암 위험 분류 점수가 폐경 후 대상체의 경우 5.0 내지 10.0인 암 위험 수준의 중간 위험을 결정하는 것; 및 적어도 하나의 프로세서에 의해, 암 위험 분류 점수가 폐경 후 대상체의 경우 10.1 내지 20.0인 암 위험 수준의 낮은 위험을 결정하는 것을 추가로 포함한다.
일부 실시양태에서, 방법은 적어도 하나의 프로세서에 의해, 암 위험 분류 점수가 0.0 내지 4.9인 암 위험 수준의 낮은 위험을 결정하는 것; 적어도 하나의 프로세서에 의해, 암 위험 분류 점수가 폐경 전 대상체의 경우 5.0 내지 14.0인 암 위험 수준의 중간 위험을 결정하는 것; 및 적어도 하나의 프로세서에 의해, 암 위험 분류 점수가 폐경 전 대상체의 경우 14.1 내지 20.0인 암 위험 수준의 높은 위험을 결정하는 것을 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서, 대상체는 증상성 또는 무증상 자궁부속기 종괴로 진단된다.
난소암용 바이오마커 검출용 키트
또 다른 측면에서, 본 발명은 난소암의 진단 (예를 들어, 난소암 상태 확인, 난소암 검출, 초기 단계 난소암 확인, 난소암을 가질 위험이 있는 대상체에 대한 치료 방법 선택 등)을 돕기 위한 키트를 제공하며, 이 키트는 본 발명에 따른 바이오마커를 검출하기 위해 사용된다. 한 실시양태에서, 키트는 표 1에서 확인된 바이오마커 또는 바이오마커의 조합을 특이적으로 인식하는 작용제를 포함한다. 일부 실시양태에서, 키트는 표 1에서 확인된 바이오마커 또는 바이오마커의 조합 및 생식세포와 연관된 마커 또는 난소암과 관련하여 확인된 다른 DNA 돌연변이를 특이적으로 인식하는 작용제를 포함한다. 키트는 각각 바이오마커 중 하나를 특이적으로 인식하는 1, 2, 3, 4, 5, 또는 그 초과의 상이한 작용제를 함유할 수 있다. 관련된 실시양태에서, 작용제는 항체, 압타머, 아피바디, 혼성화 프로브 및/또는 그의 단편이다.
또 다른 실시양태에서, 키트는 고체 지지체, 예컨대 포획 시약이 그 상에 부착된 칩, 미세역가 플레이트 또는 비드 또는 수지를 포함하며, 여기서 포획 시약은 본 발명의 바이오마커에 결합한다. 따라서, 예를 들어, 본 발명의 키트는 프로테인칩® 어레이와 같은 SELDI용 질량분석법 프로브를 포함할 수 있다. 생물특이적 포획 시약의 경우에, 키트는 반응성 표면을 갖는 고체 지지체, 및 생물특이적 포획 시약을 포함하는 용기를 포함할 수 있다.
키트는 또한 세척 용액 또는 세척 용액을 제조하기 위한 설명서를 포함할 수 있으며, 여기서 포획 시약과 세척 용액의 조합은 예를 들어 질량분석법에 의한 후속 검출을 위해 고체 지지체 상의 바이오마커 또는 바이오마커들의 포획을 허용한다. 키트는 각각 상이한 고체 지지체 상에 존재하는 흡착제 유형 이상을 포함할 수 있다.
추가 실시양태에서, 이러한 키트는 본원에 기재된 방법 중 임의의 방법에서 사용하기 위한 설명서를 포함할 수 있다. 실시양태에서, 설명서는 라벨 또는 별도의 삽입물의 형태로 적합한 작동 파라미터를 제공한다. 예를 들어, 설명서는 샘플을 수집하는 방법, 프로브를 세척하는 방법 또는 검출할 특정한 바이오마커에 대해 소비자에게 알릴 수 있다.
또 다른 실시양태에서, 키트는 보정을 위한 표준(들)으로 사용될 대조군 (예를 들어, 바이오마커 샘플)을 갖는 하나 이상의 용기를 포함할 수 있다.
본 발명의 실시는 달리 지시되지 않는 한, 통상의 기술자의 범위 내에 있는 분자 생물학 (재조합 기술 포함), 미생물학, 세포 생물학, 생화학 및 면역학의 기존 기술을 사용한다. 이러한 기술은 문헌, 예컨대 "Molecular Cloning: A Laboratory Manual", second edition (Sambrook, 1989); "Oligonucleotide Synthesis" (Gait, 1984); "Animal Cell Culture" (Freshney, 1987); "Methods in Enzymology" "Handbook of Experimental Immunology" (Weir, 1996); "Gene Transfer Vectors for Mammalian Cells" (Miller and Calos, 1987); "Current Protocols in Molecular Biology" (Ausubel, 1987); "PCR: The Polymerase Chain Reaction", (Mullis, 1994); "Current Protocols in Immunology" (Coligan, 1991)에 충분히 설명되어 있다. 이들 기술은 본 발명의 폴리뉴클레오티드 및 폴리펩타이드의 생산에 적용가능하며, 그 자체로, 본 발명을 제조하고 실시하는데 고려될 수 있다. 특정한 실시양태에 대한 유용한 기술은 다음 섹션에서 논의될 것이다.
하기 실시예는 본 발명의 검정, 스크리닝, 및 치료 방법을 제조하고 사용하는 방법에 대한 완전한 개시내용 및 설명을 관련 기술분야의 통상의 기술자에게 제공하기 위해 제시되며, 발명자가 그의 발명으로서 간주하는 범위를 제한하려는 것은 아니다.
실시예
실시예 1: 자궁부속기 종괴 위험 평가: 악성 위험 계층화를 위한 다변량 지수 검정
자궁부속기 종괴는 청소년기 이후 연령으로부터 여성의 일반적인 임상 진단으로, 여성의 일생 동안 5 내지 10%에서 발생한다. 대부분의 경우 종괴는 양성이다 (예를 들어, 문헌 [Demir R, Marchand G. Adnexal masses suspected to be benign treated with laparoscopy. J. Soc. Laparoendosc. Surg. 16(1), 71-84 (2012 ]을 참조한다). 그러나, 악성종양의 잠재적 위험을 고려하여야 한다.
양성 종괴는 크기, 장기와의 근접성 및 통증이나 불편함으로 인해 문제를 일으킬 수 있다. 종괴의 외과적 제거가 권장될 수 있다. 그러나, 일부 양성 종괴 는 대부분 무증상일 수 있으며 모니터링할 수 있다. 이의 이점은 분명하다: 재정적 및 회복 시간 면에서 둘 다 침습적 수술 및 연관 비용을 피할 수 있다 (예를 들어, 문헌 [Farghaly S., Current diagnosis and management of ovarian cysts. Clin. Exp. Obstet. Gynecol. 41(6), 609-612 (2014)]을 참조한다.).
의심되는 자궁부속기 종괴에 대한 현재 치료 표준은 전형적으로 질 초음파검사를 통해 수행되는 영상화이다. 영상화는 종괴의 물리적 특색에 기초하여 양성 또는 악성으로 분명히 나타날 수 있으나, 종괴가 불확실한 많은 경우가 있다 (예를 들어, 문헌 [Sadowski E, et al. Indeterminate adnexal cysts at US: prevalence and characteristics of ovarian cancer. Radiology 287(3), 1041-1049 (2018)]을 참조한다). 이들 경우에, 무증상 환자에서, 종괴가 지속되는지, 안정한지 또는 분해되었는지 확인하기 위해 일정 기간 후 추적 관찰의 영상화가 권장된다. 이 접근법과 연관된 위험은 악성 병변의 검출 및 관리의 지연이다 (예를 들어, 문헌 [Modesitt S, et al. Risk of malignancy in unilocular ovarian cystic tumors less than 10 centimeters in diameter. Obstet. Gynecol. 102(3), 594-599 (2003)]을 참조한다).
자궁부속기 종괴 위험 평가 (AMRA)는 의심되는 자궁부속기 종괴를 갖는 환자를 악성종양 범주의 세 가지 위험으로 분리하여 즉각적인 수술이 권장되는지 여부를 결정하는 데 도움이 되도록 개발된 혈청 바이오마커의 다변량 지수 검정이다. 목표는 하나의 컷오프를 사용하여 높은 위험 환자의 작은 군 내에서 높은 백분율의 전체 암 사례를 포획하여 임상적으로 실행가능한 양성 예측 값을 발생시키고 두 번째 컷오프를 사용하여 나머지 검사 집단의 상당한 부분을 매우 높은 음성 예측 값을 갖는 낮은-위험 (LR) 군에 할당하는 것이다.
혈청 검사를 개발하고 평가하는 능력은 표적 검사 집단을 대표하는 포함/제외 기준과 함께 적절하게 등록된 임상 샘플의 부족과 수술을 받지 않는 이들에 대한 명확한 임상 분류를 놓치는 실제적인 어려움으로 인해 종종 방해를 받는다. AMRA의 개발뿐만 아니라 독립적인 검증을 위해, 자궁부속기 종괴로 진단되고 모두 수술로부터 결정적인 병리학적 분류를 갖는 환자의 전향적으로 수집된 코호트로부터 바이오마커 데이터를 소급적으로 분석하였다. 암 유병률의 명백한 차이를 제외하고, 수술 결정 전에 자궁부속기 종괴를 갖는 환자의 그의 의도된 집단에 대한 AMRA의 성능을 예상하기 위해, 연구에 사용된 환자 코호트의 암 사례와 AMRA의 의도된 집단은 조직학적 아형, 등급, 및 병기의 면에서 유사하며, AMRA의 의도된 집단의 비암 양성 환자는 대조군이었다. AMRA의 의도된 집단에서 전형적으로 관찰되는 추정된 악성 유병률을 조정함으로써 AMRA 높은- 및 낮은-위험군 각각의 양성 및 음성 예측 값과 같은 검사 성능 메트릭을 추정하였다 (예를 들어, 문헌 [Molinaro A., Diagnostic tests: how to estimate the positive predictive value. Neuro Oncol. Practice 2(4), 162-166 (2015)]을 참조한다).
자궁부속기 종괴를 갖는 여성이 즉각적인 수술을 피하는 것이 안전한 경우 그렇게 하고자 하는 이유는 재정적 비용과 수술과 관련된 회복 시간을 포함한, 많은 이유가 있다. 그러나, 현재 이러한 '지켜보고 기다리는' 집단을 구체적으로 목표로 하는 시판되는 검사는 없다. AMRA의 목적은 이러한 필요성을 해결하여, 미래에 자궁부속기 종괴를 갖는 여성이 수술 연기를 고려할 수 있도록 하는 것이다.
실시예 1.1.: 방법
다중 분석 패널
AMRA 개발을 위한 입력으로 7개의 혈청 단백질 분석물이 포함되었다: ApoA1, B2M, CA125, FSH, HE4, TRF 및 TT. 이들 분석물의 서브세트는 다변량 지수 검정 (MIA) 및 다변량 지수 검정 2세대 (MIA2G)에 사용되었다. 모든 데이터세트에 대해, 분석물은 제조업체 제품 패키지 삽입물에 따라 로슈(Roche) 코바스(cobas) 6000 (로슈 다이아그노스틱스 코포레이션(Roche Diagnostics Corp.), 미국 인디애나주)에서 측정되었다.
샘플 세트
4개의 개별 수집에 있는 샘플로부터의 데이터를 이 연구에서 사용하였다. AMRA 알고리즘의 유도를 위해, 훈련 데이터는 원래 MIA 및 MIAG2 IVDMIA (Ueland F, et al. Effectiveness of a multivariate index assay in the preoperative assessment of ovarian tumors. Obstet. Gynecol. 117, 1289-1297 (2011); Bristow R, et al. Ovarian malignancy risk stratification of the adnexal mass using a multivariate index assay. Gynecol. Oncol. 128, 252-259 (2013); Coleman R, et al. Validation of a second-generation multivariate index assay for malignancy risk of adnexal masses. Am. J. Obstet. Gynecol. 215(1), 82.e1-82.e11 (2016)) 검사 ('OVA1 연구')에 대한 유도 및 검증에 이전에 사용된 샘플로부터의 것이었다. 이들 샘플은 원래 미국 전역의 27개 기관 검토 위원회(Institutional Review Board)-승인 사이트에서 전향적으로 수집되었다. 포함 기준은 다음과 같았다: >18세의 여성, 서명된 고지에 입각한 동의서, 정맥절개술에 동의하고 영상화 후 3개월 이내에 외과적 개입이 계획된 문서화된 골반 종괴. 등록 전에 영상화 (컴퓨터 단층촬영, 초음파검사 또는 MRI)에 의해 골반 종괴를 확인하였다. 제외 기준은 지난 5년 내에 악성종양 진단을 포함하였다 (비흑색종 피부암 제외). 부인과 종양전문의가 수술할 높은-위험 (HR) 환자를 의뢰할 때 MIA 및 MIAG2의 유용성을 평가하기 위한 샘플 수집의 원래 사용으로, 수집은 부인과 종양전문의가 처음에 등록한 환자를 제외하였다. 폐경은 >12개월 월경의 부재, 또는 폐경 데이터가 누락된 소수의 대상체에 대해 >50세로서 정의되었다. 인구통계 및 임상병리학 데이터는 사례 보고서 양식에 수집되었다.
원래 전향적으로 수집된 샘플 세트는 자궁부속기 종괴의 수술 전 위험 평가의 실제 검사 집단을 나타냈다. AMRA 알고리즘 개발의 경우, 7개 분석물 모두의 결과를 이용할 수 있는 전체 샘플의 서브세트 (88.36%)이다. 585개 샘플 중, 난소암 사례 54명 및 양성 대조군 230명을 포함한 폐경 전 환자 284명, 및 사례 124명 및 대조군 177명을 갖는 폐경 후 환자 301명이 있었다. 도 2는 샘플 세트의 관련 인구통계학적 및 임상병리학적 설명을 열거한다. 이어서 훈련된 AMRA 알고리즘은 FHCRC#7788, OVA500 연구 및 OVA1-PS1-CO4와 같은 나머지 3개의 독립적인 기관 검토 위원회-승인 표본 코호트로부터의 데이터세트에서 검증되었다.
FHCRC#7788의 경우, 환자는 2012년부터 2015년까지 시애틀 암 케어 얼라이언스(Seattle Cancer Care Alliance) 및 워싱턴 대학 의료 센터(University of Washington Medical Center)의 부인과 종양학 및 양성 부인과 클리닉에 전향적으로 등록되었다. 포함 기준은 >18세의 여성, 서명된 고지에 입각한 동의서 및 수술이 계획된 문서화된 자궁부속기 종괴를 포함하였다. 등록 전에 영상화 (컴퓨터 단층촬영, 초음파검사 또는 MRI)에 의해 자궁부속기 종괴를 확인하였다. 제외 기준은 제시 전 6주 이내의 골반 수술을 포함하였다. 인구통계학적 및 임상적 및 병리학적 정보는 전향적으로 수집되었다. 고지에 입각한 동의서가 모든 등록된 환자에 의해 제공되었다. AMRA의 검증을 위해, FHCRC#7788 코호트의 사례-대조군 세트가 모든 7개의 모든 바이오마커를 갖는 샘플에 기초하여 사용되었다.
OVA1-PS1-CO4가 외과적 개입이 계획되었음에도 부인과 종양전문의에게 아직 의뢰되지 않은 대상체만 포함한 것을 제외하고는, OVA500 연구 및 OVA1-PS1-CO4는 OVA1 연구와 동일한 등록 및 제외 기준을 가졌다. 결과적으로 OVA1-PS1-CO4에서 난소암의 유병률은 OVA500에서보다 낮다.
모든 7개 분석물에 대해 알려진 바이오마커 값을 갖는 각각의 연구의 모든 샘플이 이 분석에 사용되었다. 암 사례 중에서, 난소와 관련이 없는 악성종양을 갖는 15개 샘플 (전체 샘플의 0.074%)을 분석으로부터 제거하였다.
모델 유도
AMRA는 암 사례의 많은 부분을 포획하는 HR 환자의 작은 군과 높은 음성 예측 값을 갖는 LR 환자의 비교적 큰 군을 확인하기 위해 두 개의 컷오프를 사용하는 의도된 유용성을 위해 개발되었다. 모델 유도 동안, 특히, 매우 높은 특이성에서 개선된 민감성을 갖는 원하는 성능 특성이 최종 모델의 유도 및 선택에 영향을 미치기 위해 수적으로 및 계산적으로 변연 및 구현되었다. 결과의 통계적 안정성을 보장하기 위해, 훈련 샘플 세트 내 데이터 포인트의 부트스트랩 샘플링 및 입력 분석물의 서브세트의 무작위 선택과 같은 통계적 재샘플링 접근법을 사용하였다.
폐경 전 및 폐경 후 환자 집단 각각에 대해 두 개의 개별 예측 모델 (알고리즘)이 유도되었다. 각각의 알고리즘에 대해, 훈련 데이터세트는 HR 군을 확인하기 위한 '룰-인(rule-in)' 컷오프와 상대적으로 LR 군을 확인하기 위한 '룰-아웃(rule-out)' 컷오프를 결정하는 데 또한 사용되었다. 두 컷오프 사이의 샘플은 중간 위험 (IR)으로 분류되었다. 컷오프의 선택은 임상의로부터의 합의에 기반한 원하는 성능 특성에 따라 주도되었다. 예를 들어, 민감도와 HR 군에서 더 적은 비율의 환자를 갖는 것 (및 해당하는 양성 예측 값 (PPV)) 사이의 절충(tradeoff)은 룰-인 컷오프를 결정하며; 유사하게, 요구되는 높은 음성 예측 값 (NPV)과 충분히 큰 LR 군을 갖는 것 사이의 균형은 룰-아웃 컷오프를 선택하는 데 사용되었다.
성능 평가
유래된 AMRA 알고리즘과 고정 컷오프는 훈련 세트와 3개의 독립적인 검증 세트에서 개별적으로 평가되고 조합되었다. 수신기-작동 특성 곡선 분석으로부터의 곡선 하 면적을 사용하여 전체 성능을 평가하고 CA125와 비교하였다. 룰-인 컷오프에 대한 민감도 (HR 군에 의해 포획된 총 사례의 비율) 및 룰-아웃 컷오프에 대한 특이도 (LR 군의 전체 양성 비율)가 추정되었다. 게다가, 유병률에 의존하지 않는, 양성 가능도 비(positive likelihood ratio) (LR+)와 음성 가능도 비 (LR-)가 또한 각각 HR 및 LR 군에 대해 추정되었으며, 사전검사 개연성으로부터 암의 사후 검사 개연성의 변화에 대한 근사치 평가를 제공하는 데 사용되었다.
현재 연구에 사용된 샘플은 모두 원래 전향적으로 수집된 코호트로부터의 것이었다. 그의 의도된 집단에서 AMRA 알고리즘의 성능을 예상하기 위해, 폐경 전 및 폐경 후 검사 집단에서 각각 5% 및 10%의 사전 검사 유병률이 사용되었다. 3개의 AMRA 위험 분류 군 간의 양성, 낮은-악성 가능성 종양 (LMP), I기/II기 및 III/IV기 사례의 예상 분포는 추정된 유병률을 조정한 후 추정되었다. 이러한 조정에 기초하여, HR 및 LR 군에 대해 각각 PPV 및 NPV를 포함하여 AMRA 위험군에 대해 전체 검사 집단의 백분율, 검사 후 암 유병률을 추정하였다.
실시예 1.2.: 결과
도 3은 훈련 세트, 및 3개의 검증 세트에서 폐경 전 (도 3A) 및 폐경 후 (도 3B) 환자에 대해 CA125와 비교한 AMRA의 수신기 작동 특성 (ROC) 곡선을 도시한다. CA125와 비교한 AMRA의 성능 특성은 룰-인 (HR) 군의 성능 특성을 결정하는, 매우 높은 특이도 (플롯의 맨 왼쪽)에서 민감도를 나타내는 ROC 곡선으로 표시된다 (도 3). 특히, 도 3은 훈련 세트 (OVA1), 및 3개의 검증 세트 (OVA500, FHCRC#7788 및 OVA1-PS1-CO4에 대해 각각 난소암 (p-값 = 0.01, 0.06, 0.05 및 <0.01)뿐만 아니라 I/II기 침습성 난소암 (p-값 = 0.01, 0.07, <0.01 및 <0.01; 도 3C)에 대한 폐경 전 환자에서 AMRA에 대한 결과를 나타낸다.
AMRA 룰-인 및 룰-아웃 컷오프 값은 폐경 전 모델의 경우 각각 14.0 IU 및 5.0 IU이고, 폐경 후 모델의 경우 10.0 IU 및 5.0 IU이며, 훈련 샘플 세트를 사용하여 확립한 다음에, 검증에서 고정하였다. 룰-인 및 룰-아웃 컷오프를 사용하여, 3개의 검증 세트의 샘플을 조합하여 3개의 AMRA 위험군 간의 유병률 조정 암/양성 분포를 추정하고 플롯팅하였다 (도 4). 각각의 위험군 내의 암 및 양성 환자의 원시 및 유병률-조정 비율이 도 5 및 도 6에 열거되어 있다. 도 8에, 유병률-독립적 성능 메트릭 예컨대 민감도, 특이도, 및 LR+ 및 LR-, 및 유병률-조정 추정치 예컨대 검사 집단의 백분율, PPV 및 NPV 둘 다가 위험군의 개별 및 의미 있는 조합에 대해 제공된다. 도 7은 로지스틱 회귀에 의한 보간 곡선과 중첩된 AMRA 위험군의 유병률-조정된 예상 검사 후 암 개연성을 플롯팅한다.
5%의 유병률에서, 총 7.9%의 높은 위험군은 35.8%의 양성 예측 값에서 침습성 악성종양의 75.9%를 포획하였다. 폐경 전 암과 폐경 후 암에 대해 합해진 높은 위험/중간 위험은 각각 89.7% 및 95.6%의 민감도를 가졌다. 총 67.8%의 낮은 위험군은 99.0%의 음성 예측 값을 가졌다. 폐경 전 집단과 폐경 후 집단 둘 다의 경우, HR 군 (각각 검사 집단의 7.9% 및 10.6%)은 PPV가 각각 42.3% 및 66.1%인 총 암 사례의 2/3 이상을 포획하였다. LMP를 제외하면, HR의 민감도가 둘 다 75% 이상으로 증가하였다. LR 군은 NPV가 99%에 가까운 상당한 부분의 검사 집단 (폐경 전 및 폐경 후 각각 67.8% 및 52.7%)을 확인하였다. 나머지 IR 군 환자의 검사 후 암 유병률은 추정된 검사 전 유병률보다 낮았다 (모든 암의 경우 4.0% 및 6.3%, 폐경 전 및 폐경 후의 경우, LMP를 제외하고, 각각 2.1% 및 4.8%). 도 8은 또한 HR과 IR의 합한 군의 민감도 및 PPV가 폐경 전 환자의 경우 각각 85.9 및 13.3%이고 폐경 후 환자의 경우 각각 93.1 및 19.7%임을 열거한다. 침습성 암의 경우에만 민감도가 더 높았다.
실시예 1.3.: 논의
AMRA는 환자를 매우 구별되는 검사 후 암 개연성으로 세 그룹으로 분리하기 위해 개발되었다. 난소암 사례가 수술 계획 여부에 관계없이 자궁부속기 종괴로 진단된 환자의 조직학적 하위유형, 등급 및 병기의 면에서 유사할 것이라는 가정 하에, 검증 데이터세트를 개별적으로 사용하여 PPV 및 NPV를 추정하였다 (도 4) (Molinaro A. Diagnostic tests: how to estimate the positive predictive value. Neuro Oncol. Practice 2(4), 162-166 (2015)). 추정된 사전 검사 암 유병률을 조정하여, AMRA의 잠재적 성능은 개별 검증 세트에 대해 즉각적인 수술이 권장되는지 여부를 결정할 때 그의 의도된 용도에 대해 평가되었다. 추정된 결과의 통계적 안정성을 개선하기 위해, 전체 검증 결과는 추정된 사전 검사 유병률로 조정된, 조합된 검증 데이터를 사용하여 추가로 추정되었다 (도 5-8).
HR 군의 경우 PPV, 및 LR 군의 경우 NPV와 같은 AMRA 위험군 간의 예상되는 검사 후 암 개연성은 추정된 사전 검사 암 유병률에 따라 달라진다. 그러나 AMRA가 환자를 매우 구별되고 임상적으로 의미 있는 위험군으로 분리하는 능력은 양성 또는 음성 검사 결과가 질환의 개연성을 어떻게 변경할 수 있는지에 대한 유병률-독립적 척도인 추정된 양성 및 음성 가능도 비 (LR+ 및 LR-)에 의해 추가로 뒷받침된다. 예를 들어, 문헌 [Steven McGee (McGee S. Simplifying likelihood ratios. J. Gen. Intern. Med. 17(8), 646-649 (2002))]에 의해 시사된 LR의 단순화된 해석을 사용하여, 조합된 검증 샘플에서 폐경 후 AMRA HR 군의 경우 >10.0의 추정된 LR+는 암 개연성의 대략 45% 포인트의 잠재적 증가를 나타낸다. 유사하게, 폐경 후 AMRA LR 군의 경우 0.5의 추정된 LR-은 대략 15% 포인트의 암 개연성의 검사 후 감소를 시사한다.
다변량 지수 검정으로서, AMRA의 성능은 다수의 조직학적 하위유형에 걸쳐 그리고 LMP 및 I/II기 침습성 난소암을 검출하기 위해 평가되었다. ROC 곡선 분석은 수술 결정에 자주 신중을 기해야 하는 폐경 전 환자의 경우 AMRA와 CA125, 뿐만 아니라 I/II기 난소암을 비교하였다.
불확실한 종괴의 관리에서 임상의를 돕기 위해, AMRA 설계 및 실제 유도 및 구현의 핵심 특색은 그의 룰-아웃 컷오프를 갖는 높은 민감도를 포함하여, LR로 AMRA에 의해 표시된 검사 집단의 많은 부분에 대해 매우 높은 NPV를 발생시켰다. 룰-인 컷오프는 임상적으로 실행가능한 PPV를 제공하는 환자 군을 확인하고 전체 암 사례의 대다수를 포획하였다. 독립적인 검증 결과에 기초하여, 그의 두 개의 컷오프를 갖는 AMRA 알고리즘은 HR 환자의 경우 수술 권장, LR 환자의 경우 초음파 검사를 통한 연속 모니터링, 및 IR 환자의 경우 임상 인상 평가를 포함한, 의심스러운 자궁부속기 종괴로 진단된 환자의 임상 관리의 효율성을 입증하였다.
실시예 2: 다변량 지수 검정은 난소암에 대한 위험 평가를 개선하고 자궁부속기 종괴로 진단된 여성의 임상 관리를 안내하는 데 유용성을 갖는다
실시예 2.1: 배경
그의 외과적 치료 전에 자궁부속기 종괴를 갖는 여성에서 암 위험의 정확한 평가에 대한 필요성이 확고히 확립되었다 확립되었다 (Sanchez-Salcedo MA. Pre-operative assessment of adnexal mass. Obstet Gynecol Int J 2019;10(1):65-69). 난소 종괴를 갖는 사춘기 전 여성의 5-35%, 폐경 전 여성의 10% 및 폐경 후 여성의 30%은 암을 보유할 것이다 (Givens V, et al. Diagnosis and Management of Adnexal Mass. Am Fam Physician 2009; 80(8):815-820; Radhamani S, Akhila MV. Evaluation of Adnexal Masses-Correlation of Clinical, Sonological and Histopathological Findings in Adnexal Mass. Int J Sci Studies 2017; 4(11):88-92). 양성 종괴는 부인과 전문의가 제거할 수 있으나, 암 수술은 외과 전문의가 수행하여야 한다 (3. Radhamani S, Akhila MV. Evaluation of Adnexal Masses-Correlation of Clinical, Sonological and Histopathological Findings in Adnexal Mass. Int J Sci Studies 2017; 4(11):88-92; Vernooij F, et al. The outcomes of ovarian cancer treatment are better when provided by gynecologic oncologists and in specialized hospitals. Gynecol Oncol 2007;105(3)801-812). 수술 전 수술 위험 평가는 환자에게 최상의 예후를 보장한다 (Glanc P, et al. First international consensus report on adnexal masses-Management Recommendations. J Ultrasound Med 2017; 36:849-863).
증상성 자궁부속기 종괴로 진단된 일부 여성의 경우, 즉각적인 수술이 바람직하지 않거나 보증되지 않을 수 있다 (Suh-Bergmann E, et al. Outcomes from ultrasound follow-up of small complex masses in women over 50. Am J Obstet Gynecol 2014; 211: 623.e1-7; Froyman W, et al. Risk of Complications in patients with conservatively managed ovarian tumors (IOTA5): a 2-year interim analysis of a multicenter, prospective, cohort study. Lancet Oncol 2019; 20(3):448-458; May T, Oza A. Conservative management of adnexal mass. Lancet Oncol 2019; 20(3):p326-327). 일상적인 골반 검사 또는 영상화에서 우연히 발견되는 무증상 종괴의 경우에, 수술이 관리의 첫 번째 선택이 아닐 수 있다. "기다리고 지켜보는" 관리 접근법을 위해 낮은 암 위험의 대상체를 확인할 수 있는 암 위험 평가 검사는 임상 정밀검사 및 수술을 받는 여성의 수를 감소시킬 것이다.
자궁부속기 종괴를 갖는 환자의 진단 평가는 영상화, 대개 초음파 검사를, 골반 검사, 및 CA125 혈액 검사와 함께 포함한다. 그러나, 단독으로 사용하거나 패널로서 사용하는 이들 방식의 진단 정확도는 초기 단계 난소암의 검출에 적당하지 않다 (Lennox G, et al. Effectiveness of the risk of malignancy index and the risk of ovarian malignancy algorithm in a cohort of women with ovarian cancer. Int J Gynecol Cancer 25; 2015;25: 809-814). 지난 10년 동안, 난소암 위험이 높은 여성을 확인하는 데 사용하기 위해 다변량 지수 (MIA) 검정이 도입되었다. MIA는 각각 바이오마커의 검사 결과가 단일 점수로 조합된 바이오마커의 패널로 이루어진다. MIA, 예컨대 OVA1 (CA125, β2M, 트랜스페린, 트랜스티레틴 및 ApoA1) 및 OVERA (FSH, CA125, HE4, 트랜스페린, Apo A1) 혈액 검사는 모든 조직학적 세포 유형의 난소암을 검출하는 데, 그리고 초기 단계의 질환에서 매우 효과적인 것으로 나타났다 (Ueland F, et al. Obstet Gynecol 2011; 117(6): 1289-1297; Goodrich S, et al. The effect of ovarian imaging on the clinical interpretation of a multivariate index assay. Am J Obstet Gynecol 2014; 211: 65e1-65e11). CA125 및 HE4 검사로 이루어진 패널인 난소 악성종양의 위험 알고리즘 (Risk of Ovarian Malignancy Algorithm) (ROMA)은 상피성 난소암의 검출에 제한되며, 초기 단계 암의 높은 백분율을 놓치는 것으로 보고된다 (Lennox G, et al. Effectiveness of the risk of malignancy index and the risk of ovarian malignancy algorithm in a cohort of women with ovarian cancer. Int J Gynecol Cancer 25; 2015;25: 809-814). 게다가, CA125 및 ROMA는 비백인 여성의 악성종양의 확인에서 저조하게 수행되는 것으로 나타났다 (Dunton C, et al. Ethnic disparity in clinical performance between multivariate index assay and CA125 in detection of ovarian malignancy. Future Oncol. 2019); Dunton C, et al. Multivariate index assay is superior to CA125 및 HE4 testing in detection of ovarian malignancy in African American women. Biomarkers In Cancer 2019; 11: 1-4)
실시예 1에 기재된 바와 같이, AMRA 알고리즘은 암 위험 평가를 제공하기 위해 7개의 바이오마커의 입력을 사용한다 (Zhang Z, Bullock R, Fritsche H. Adnexal mass risk assessment: a multivariate index assay for malignancy risk stratification. Future Oncol 2019). AMRA 점수는 개별 바이오마커 농도의 단일 점수로의 수학적 조합이다. AMRA 점수의 범위는 0에서 20.0이다. AMRA 점수는 자궁부속기 종괴를 갖는 증상성 여성을 세 가지 암 위험 범주로 계층화할 수 있었다. 높은 양성 예측 값에 의해 높은 암 위험군이 정의되고 높은 음성 예측 값에 의해 낮은 암 위험군이 정의되었다 . 나머지 대상체는 중간 위험군으로 분류되었다. 높은 위험 여성은 전형적으로 즉각적인 수술 의뢰로 고려되며, 낮은 암 위험 여성은 '기다리고 지켜보는 전략으로 고려된다. 그러나, 너무 많은 여성이 중간 위험 범주로 분류되어, 이 하위군의 여성을 가장 잘 관리하는 방법에 대한 문제가 제기되었다.
AMRA 검사는 변형되어 추가 알고리즘, OVA1 (CA125, β2M, 트랜스페린, 트랜스티레틴 및 ApoA1) 및/또는 OVERA (FSH, CA125, HE4, 트랜스페린, Apo A1)를 포함하였으며, 이는 중간 위험군에 포함된 대상체의 향상된 분석을 제공한다. AMRA2 다단계 알고리즘을 사용하면, 낮은 위험 및 높은 위험 환자는 먼저 낮은 위험의 경우 AMRA 점수가 5.0 미만이고 높은 위험 폐경 후 및 폐경 전 여성의 경우 각각 10.0 또는 14.0 초과이다. 중간 위험 샘플은 중간 점수를 낮은 위험 또는 높은 위험으로 재정의하는 추가 알고리즘에 적용된다. 따라서, AMRA2는 난소암 검출에 대한 높은 민감성과 높은 특이성을 둘 다 유지하면서, 모든 대상체를 낮은 위험 또는 높은 위험 중 어느 하나로 분류함으로써 중간 위험군을 제거함으로써 AMRA의 위험 평가를 개선킬 수 있다.
실시예 2.2: 방법
바이오마커 검정: 암 위험을 정의하기 위해 AMRA2 MIA에서 사용되는 7개 바이오마커는 다음을 포함한다: 암 항원 125 (CA125), 인간 부고환 단백질 (HE4), 베타-2 마이크로글로불린 (B2M), 아포지질단백질 A-1 (ApoA1), 트랜스페린, 트랜스티레틴, 및 여포 자극 호르몬 (FSH). 제조업체의 사용 설명서에 따라 로슈 코바스 6000 분석기를 사용하여 바이오마커 검정을 수행하였다.
알고리즘: AMRA2 검사는 AMRA 알고리즘을 사용하여 양성 및 음성 예측 값에 대한 설정된 기준에 기초하여 낮은 위험군 및 높은 위험군에 대한 컷오프 점수를 정의한다 (실시예 1 참조). 중간 위험군에 속하는 샘플은 원래 7개 바이오마커의 고유한 서브세트로부터 유래된 추가 알고리즘인 OVA1 (CA125, β2M, 트랜스페린, 트랜스티레틴 및 ApoA1) OVERA (FSH, CA125, HE4, 트랜스페린, 및 Apo A1)로 재평가되어, 중간 샘플을 낮은 위험 또는 높은 위험 중 어느 하나로 다시 채점하였다.
낮은 위험군과 높은 위험군에 대한 점수를 정의하기 위해 마커 CA125, β2M, 트랜스페린, 트랜스티레틴 및 ApoA1, FSH, 및 HE4를 포함하는 AMRA 알고리즘으로 샘플을 검사하였다. 이어서 중간군 샘플을 마커 CA125, β2M, 트랜스페린, 트랜스티레틴 및 ApoA1을 포함하는 OVA1로 검사하여 낮은 위험 또는 높은 위험 중 어느 하나로 다시 채점하였다. 일부 샘플에서, 중간군을 AMRA 및 OVA1로 검사한 후, 마커 FSH, CA125, HE4, 트랜스페린, 및 Apo A1을 포함하는 OVERA로 샘플을 추가 검사하여 낮은 위험 또는 높은 위험 중 어느 하나로 다시 채점하였다. 일부 검사에서, 샘플을 AMRA로 검사한 후, 중간군 샘플을 OVERA로 검사하였다. 일부 검사에서, 샘플을 AMRA와 OVERA 둘 다로 검사한 후, 중간군 샘플을 OVA1로 추가 검사하였다.
훈련 및 검사 샘플 세트: AMRA 알고리즘에 의해 중간 위험으로 분류된 혈청 샘플은 AMRA2 검사의 훈련 및 검사에 사용되었다. 중간 위험으로 분류된 혈청에 대한 바이오마커 데이터는 5.0의 컷오프 값을 사용하여, 중간 위험 샘플을 낮은 위험 또는 높은 위험으로 재할당하기 위해 추가 알고리즘에 의해 재분석하였다.
검증 샘플 세트: AMRA2 MIA 검증에 사용된 샘플 세트는 IRB 승인 프로토콜에 따라 수집되었다 (실시예 1 참조). 동일한 IRB 승인 요건 하에, 양성 질환을 갖는 128명의 여성으로부터 독립적인 샘플 세트를 수집하여, AMRA2의 높은 특이성을 확인하는 데 사용하였다. 혈청 샘플은 최대 2년의 기간 동안 섭씨 -70도에서 보관되었다. 사내 검사는 보관 기간 동안 7개 바이오마커의 안정성을 확인하였다.
절차: 이전에 검정된 샘플로부터의 바이오마커 데이터를 사용하여 AMRA2 알고리즘을 훈련하고 검사하였다 (Zhang Z, et al. Adnexal Mass Risk Assessment: a multivariate index assay for malignancy risk stratification. Future Oncol 2019). AMRA2 MIA의 검증에 사용된 혈청 샘플을 분석 (아스피라 랩스(ASPiRA Labs))하고, 검사 결과를 AMRA2 점수 계산에 사용하였다. 5.0 미만의 AMRA2 점수는 폐경 전 여성과 폐경 후 여성 둘 다에서 낮은 위험으로 분류되었다. 5.0보다 높은 점수는 높은 위험으로 정의되었다.
실시예 2.3: 결과
도 9는 AMRA2 위험 평가의 검증에 사용된 샘플 세트의 분류를 나타낸다. 총체적으로, 자궁부속기 종괴를 갖는 여성으로부터의 596개 샘플 중, 23개가 난소암을 갖는 것으로 특성화되었다. 첫 번째 단계에서, AMRA2 알고리즘은 컷오프 점수를 사용하여 낮은 위험 (≤ 5), 중간 위험 (5 내지 10 (폐경 전), 5 내지 14 (폐경 후)), 및 높은 위험 (≥10 (폐경 전), ≥14 (폐경 후)) 환자를 확인하였다. 이 단계 동안, AMRA2는 난소암으로 확인된 23명의 환자 중 18명을 확인한 45건 높은 위험 사례를 확인하였다. 391건의 사례는 양성 388건의 사례 및 난소암 3건의 사례로 낮은 위험군으로 확인되었다. 160건의 사례가 중간 위험으로 확인되었다.
두 번째 단계에서, 중간 위험으로 확인된 160건의 사례를 폐경 전 및 폐경 후 상태로 나누었다. 이어서, 중간군은 OVA1 검사에 적용되어 환자를 낮은 위험 (폐경 후 <4.4; 폐경 전 <5), 중간/경계선 위험 (폐경 후 4.4-6; 폐경 전 5-7), 및 높은 위험 (폐경 후 ≥6; 폐경 전 ≥7)으로 분리하였다. 두 번째 단계에서 중간/경계선 위험을 갖는 것으로 확인된 여성은 OVERA 검사로 세 번째 단계에서 추가로 검사되어 폐경 상태에 의해 영향을 받지 않는, 낮은 위험 (≤ 5) 및 높은 위험 (>5) 군으로 환자를 분리하였다. 그 결과, 난소암의 2건의 추가 사례가 확인되었다.
전반적으로, 자궁부속기 종괴를 갖는 596명의 여성 중, 83명이 높은 위험 환자로 확인되었으며, 여기서 총 23명의 환자 중 20명의 환자가 난소암으로 확인되었다. 63건의 사례가 위양성으로 확인되었다. 513명의 여성이 낮은 위험으로 확인되었으며, 여기서 510명의 여성은 양성 종괴를 가지고 있다.
표 2는 훈련 세트의 모든 암 및 양성 사례에 대한 AMRA2 위험 할당을 추가로 나타낸다. 모든 대상체는 낮은 위험 또는 높은 위험 중 어느 하나로 분류된다. 원래 AMRA 알고리즘은 폐경 전 여성의 31%와 폐경 후 여성의 51%를 중간 위험군으로 분류하였다.
<표 2>
AMRA 훈련 세트에서 AMRA2의 임상 성능 .
Figure pct00002
표 3은 AMRA 검사 세트의 AMRA2 알고리즘에 대한 성능 파라미터를 나타낸다. 폐경 후 검사 세트에서 AMRA2의 특이도는 훈련 세트에서보다 훨씬 더 양호하였다 (80.1% 대 57.0%). 불일치를 명확히 하기 위해, 암을 갖지 않은 자궁부속기 종괴를 갖는 128명의 여성으로 구성된 새로운 샘플 세트를 검사하였다. 이들 128명의 비암 여성 중, 18명만이 AMRA2에 의해 높은 위험군으로 잘못 분류되었으므로, 이 집단에서 AMRA2의 민감도는 86%였다.
<표 3>
AMRA 검사 세트에서 AMRA2의 임상 성능.
Figure pct00003
표 4는 검증 세트에서 AMRA2의 성능을 나타낸다. 검증 코호트에서는 높은 민감도와 특이도가 확인되었지만, PPV는 검사 세트에서 제공한 것의 약 절반이다. PPV의 이러한 감소는 검증 세트의 암 유병률 감소로 인한 것이다. 검사 세트에서 폐경 전 및 폐경 후 군의 유병률 5.0% 및 10.0%와 각각 비교하여 폐경 전 군 (N=296)의 암 유병률은 2.0%이었고, 폐경 후 군 (N=300)의 암 유병률은 5.6%였다. 표 5는 AMRA2 검증에 사용된 데이터 세트의 596명의 연구 대상체에 대한 인구통계를 제공한다.
<표 4>
검증 세트에서 AMRA2의 임상 성능.
Figure pct00004
<표 5>
검증 세트 인구통계 및 임상병리학 정보.
Figure pct00005
Figure pct00006
표 6은 연구 대상체를 낮은 위험군과 높은 위험군으로 분류한 것을 요약한 것이다. 폐경 전 군의 6개 암의 경우, 6개 중 5개가 AMRA2에 의해 높은 위험으로 분류되었으며; 암 중 하나는 낮은 위험으로 분류되었다. 폐경 후 군의 17개 암의 경우, 17개 중 15개는 높은 위험으로, 2개는 낮은 위험으로 분류되었다. 따라서, AMRA2의 민감도는 폐경 전 및 폐경 후 여성의 경우 각각 83% 및 88%였다. 모든 대상체를 합한 경우, 민감도는 23명 중 18명 (87%)이었다. 비교를 위해, 이 환자 군에서 CA125의 민감도는 폐경 전 및 폐경 후 여성의 경우 각각 67% 및 71%였다. CA125의 성능 평가에 사용된 컷오프 값은 폐경 후 여성의 경우 35.0 U/ml 그리고 폐경 전 여성의 경우 62.0 U/ml였다.
<표 6>
검증 세트에서 AMRA2 위험 점수 분포.
Figure pct00007
폐경 전 낮은 위험군에 대한 AMRA2 검사 특이도는 90%였다. 폐경 후 낮은 위험군에 대한 검사 특이도는 87%였다. 비교를 위해, 폐경 전 및 폐경 후 여성에 대한 CA125의 특이도는 각각 90% 및 89%였다.
AMRA2 HR 군에 대한 양성 예측 값은 폐경 전 및 폐경 후 여성의 경우 각각 15.62% (5/27) 및 29.41% (15/36)였다.
실시예 2.4: 논의
실시예 1에서 논의된 바와 같이, 자궁부속기 종괴를 갖는 956명의 폐경 전 여성 군에서, 암의 유병률이 5%였으며, AMRA MIA는 여성의 3-계단식(tier) 위험 계층화를 나타냈다: 낮은 위험군 (집단의 67.8%, 난소암 유병률 0.6%); 높은 위험군 (집단의 7.9%, 암 유병률 35.8%); 및 중간 위험군 (집단의 24.3%, 암 유병률 2.1%). 암 유병률이 10%인 562명의 폐경 후 여성으로 구성된 군에서, 낮은 위험군은 암 유병률 0.7%를 갖는 여성의 52.7%를 함유하였다. 높은 위험군 여성의 10.6%의 경우, 암 유병률은 86.6%였다. 중간군은 여성의 36.7% 및 암 유병률은 4.8%를 가졌다 (실시예 1 참조; 또한 문헌 [Zhang et al. Adnexal mass risk assessment: a multivariate index assay for malignancy risk stratification. Future Oncol 2019]을 참조하며, 이 문헌은 그 전문이 본원에 참조로 포함된다).
폐경 전 및 폐경 후 여성의 이들 동일한 두 군에서, AMRA2 2-단계 알고리즘은 중간 위험군을 제거하였다. 그렇게 하는데 있어서, AMRA2 민감도와 특이도가 각각 86.60%와 85.25%로 개선되었다.
암 유병률이 3.8%인 자궁부속기 종괴를 갖는 596명의 여성에 대한 이 현재 연구에서, AMRA2는 86.96%의 민감도와 89.01%의 특이도를 발생시켰다. AMRA2의 민감도는 CA125보다 유의하게 더 양호하였으며, 한편 두 검사의 특이도는 유사하였다.
실시예 3: 높은 위험 여성의 난소암 위험 평가를 위한 다변량 지수 검정
난소암의 조기 검출을 위해 다양한 바이오마커가 제안되어 왔다. 자궁부속기 종괴를 갖는 여성은 평생 악성종양 발병 위험이 10%이며, 한편 생식세포 유전자 돌연변이를 갖는 여성은 훨씬 더 높은 난소암 위험을 갖는다. OVA1 및 OVERA 다변량 지수 검정 (MIA) (아스피라 랩(Aspira Lab))은 자궁부속기 종괴를 갖는 여성의 암 위험을 평가하기 위해 이전에 개발되었다. 이들 종괴는 생검 대상이 아니므로, 종괴의 초음파검사 및 OVA1 바이오마커 검사는 악성종양에 대한 위험 평가를 제공하고 환자의 임상 관리를 안내한다. 불행히도, 무증상 높은 위험 환자에서 난소암을 효과적으로 검출할 수 있는 영상화 또는 바이오마커 검사가 전혀 없다. 따라서 개선된 진단 검사에 대한 필요성이 있다.
실시예 2에서 논의된 바와 같이, AMRA2 MIA는 7개의 바이오마커 (ApoA1, CA125, β2M, 트랜스페린, 트랜스티레틴, FSH, 및 HE4)와 다중 알고리즘을 사용하여 0 내지 20의 범위의 위험 점수를 생성한다. 5.0 미만의 AMRA2 위험 점수를 가여성은 낮은 위험으로서 정의되며, 이는 연속 초음파검사 및 바이오마커 검사를 사용하여 "지켜보고 기다리기" 전략에 이들을 적합하게 한다. 높은 위험 AMRA2 점수 (5.0 이상)는 즉각적인 수술에 대한 고려가 필요한 여성을 정의한다. 점수가 높을수록 암의 개연성이 증가하고, 의사가 적절한 수술 결정을 내리도록 안내할 수 있다.
AMRA2 혈액 검사는 무증상 자궁부속기 종괴를 갖는 여성, 생식 세포 돌연변이 (예를 들어, BRCA1/2)를 갖는 이들 또는 난소암과 연관된 다른 DNA 돌연변이를 갖는 이들로 정의되는, 높은 위험 여성에서 조기 암 검출의 필요성을 충족하기 위해 개발되었다. AMRA2 혈액 검사는 증상성 자궁부속기 종괴를 갖는 높은 위험 여성에서 수술을 연기하거나, 수술을 피할 수 있는 여성 중에서 즉각적인 수술이 필요한 여성을 확인하는 데 사용되었다. 세 가지 주요 영역이 평가되었다: 1) 증상성 자궁부속기 종괴를 갖는 여성에서 암의 조기 검출을 위한 AMRA2의 사용; 2) 새로운 임상적 사용, 즉 증상성 자궁부속기 종괴를 갖는 여성에서 난소암의 조기 검출을 시작하기 위해; 3) AMRA2를 유방암 및/또는 난소암과 연관이 있는 유전자의 생식세포 및/또는 체세포 유전자 돌연변이 및/또는 비정상적인 메틸화 (예를 들어, 과메틸화 또는 저메틸화)를 갖는 여성의 예방적 수술을 안내하는 모니터링 검사로서 설정하기 위해. 유방암 및/또는 난소암 (BOC)과 연관된 몇몇 유전자는, 유방암 1 (BRCA1), 유방암 2 (BRCA2), 모세혈관확장성-운동실조 돌연변이 (ATM), BRCA1 연관 링 도메인 1 (BARD1), BRCA1 상호작용 단백질 C-말단 헬리카제 1 (BRIP1), 카데린-1 (CDH1), 체크포인트 키나제 2 (CHEK2), 상피 세포 부착 분자 (EPCAM), MutL 상동체 1 (MLH1), MutS 상동체 2 (MSH2), MutS 상동체 6 (MSH6), 니브린 (NBN), BRCA2의 파트너 및 로컬라이저 (PALB2), 포스파타제 및 텐신 상동체 (PTEN), RAD51 패럴로그 D (RAD51D), 세린/트레오닌 키나제 11 (STK11), 종양 단백질 p53 (TP53), 키르스텐 래트 육종 바이러스성 종양유전자 상동체 (KRAS) BRCA1 A 복합체 서브유닛 아브라삭스 1 (ABRAXAS1 또는 FAM175A), RAC-알파 세린/트레오닌-단백질 키나제 (AKT1 또는 단백질 키나제 B), 결장 선종성 용종증 (APC), 축 억제 단백질 2 (AXIN2), 골 형성 단백질 수용체 유형 1A (BMPR1A), 원-종양유전자 B-Raf (BRAF), 세포 분열 주기 25C (CDC25), 시클린 의존성 키나제 억제제 2A (CDKN2A), 시클린-의존성 키나제 4 (CDK4), 카테닌 베타-1 (CTNNB1), RNase 모티프를 갖는 헬리카제 (DICER1), Erb-B2 수용체 티로신 키나제 2 (ERBB2), 절제 복구 교차-상보 군 6 (ERCC6), 판코니 빈혈 상보 군 M (FANCM), 판코니 빈혈 상보 군 C (FANCC), 감수분열 재조합 11 (MRE11), mutY DNA 글리코실라제 (MUTYH), 뉴로피브로민 1 (NF1), 엔도뉴클레아제 III-유사 단백질 1 (NTHL1), 포스파티딜이노시톨-4,5-비스포스페이트 3-키나제 촉매 서브유닛 알파 (PIK3CA), 감수분열 분리후 증가 2 (PMS2), 단백질 포스파타제 2 조절 서브유닛 A 알파 (PP2R1A), 단백질 키나제 DNA-활성화 촉매 서브유닛 (PRKDC), DNA 폴리머라제 델타 1 촉매 서브유닛 (POLD1), RAD50 상동체 (RAD50), RAD51 패럴로그 C (RAD51C), 링 핑거 단백질 43 (RNF43), 숙시네이트 데히드로게나제 복합체 철 황 서브유닛 B (SDHB), 숙시네이트 데히드로게나제 복합체 서브유닛 D (SDHD), 크로마틴 서브패밀리 A 구성원의 SWI/SNF 관련 매트릭스 연관 액틴 의존성 조절인자 4 (SMARCA4), 차이니즈 햄스터 세포의 결함 복구를 보완하는 X선 복구 2 (XRCC2), 베르너 증후군 ATP-의존성 헬리카제 (WRN 또는 RECQL), 세포 분열 주기 73 (CDC73), 폴리펩티드 N-아세틸갈락토사미닐트랜스퍼라제 12 (GALNT12), 그렘린 1 (GREM1), 호메오복스 B13 (HOXB13), MutS 상동체 3 (MSH3), DNA 폴리머라제 엡실론 촉매 서브유닛 (POLE), RAD51 레콤비나제 (RAD51), RAD50 인터랙터 1 (RINT1), 40S 리보솜 단백질 S20 (RSP20), SLX4 구조-특이적 엔도뉴클레아제 서브유닛 (SLX4), SMAD 패밀리 구성원 4 (SMAD4), 이중 특이적 단백질 키나제 TTK (TTK), Ras 회합 도메인 패밀리 1 이소형 A (RASSF1A), Runt-관련 전사 인자 3 (RUNX3), 조직 인자 경로 억제제 2 (TFPI2), 분비 프리즐드-관련 단백질 5 (SFRP5), 오피오이드-결합 단백질/세포 부착 분자 (OPCML), O6-알킬구아닌 DNA 알킬트랜스퍼라제 (MGMT), 카데린 13 (CDH13), 술파타제 1 (SULF1), 호메오복스 A9 (HOXA9), 호메오복스 A11 (HOXAD11), 클라우딘 4 (CLDN4), T-세포 분화 단백질 (MAL), 각인된 부위의 조절인자의 브라더 (BORIS), ATP-결합 카세트 슈퍼-패밀리 G 구성원 2 (ABCG2), 튜불린 베타 3 클래스 III (TUBB3), 메틸화 제어된 DNAJ (MCJ), 시누셀린-γ (SNGG), 대안적 판독 프레임 종양 억제인자 (P14ARF), 시클린-의존성 키나제 억제제 2A (CDKN2A 또는 P16INK4A), 시클린-의존성 키나제 4 억제제 B (CDKN2B 또는 P15), 사망-연관 단백질 키나제 1 (DAPK), 칼슘 채널 전압-의존성 T 유형 알파 1G 서브유닛 (CACNA1G 또는 MINT31), 망막모세포종-상호작용 징크-핑거 단백질 1 (RIZ1), 및 메틸화-유도 침묵의 표적 1 (TMS1)을 포함하나, 이에 제한되지는 않는다.
증상성 자궁부속기 종괴로 진단되었으나, 초음파 검사가 악성종양으로 확정되지 않은 여성의 암 위험 분류에 대한 AMRA2 혈액 검사의 민감성, 특이성, 양성 예측 값 및 음성 예측 값을 검증하기 위해 전향적 연구가 수행되었다. 골반 증상을 갖는 여성은 빈번히 초음파 검사에 의해 자궁부속기 종괴를 갖는 것으로 나타난다. 약 10%의 경우에, 종양이 악성으로 밝혀져 즉각적인 부인과 전문의에게 수술을 받는 것이 권장된다. 그러나, 많은 이들 경우에, 초음파 검사가 확정적이지 않고, 종괴가 양성인 경우, 수술이 지연될 수 있다. 일부 경우에, 양성 종괴가 어떤 치료 없이 분해되어 수술을 피할 수 있다. AMRA2는 환자를 높은 및 낮은 위험군으로 분리하도록, 대기 및 감시 군에서 어떤 여성이 예상 관리로 안내될 수 있으며,한편 높은 위험 환자는 즉각적인 수술로 안내될 수 있는지를 확인하기 위한 목표로, 설계되었다.
무증상 자궁부속기 종괴로 진단된 여성에서 암의 조기 검출을 위해 AMRA2를 사용한 연속 검사의 역할을 정의하기 위한 모니터링 연구가 수행되었다. 때때로, 골반 증상이 전혀 없는 여성에서 자궁부속기 종괴가 진단된다. 이 연구에서, 여성은 CA125 및 AMRA2를 사용한 연속 초음파 검사와 바이오마커 검사가 주어졌다. 난소암은 자궁부속기 종괴를 갖는 여성에서 발생할 수 있으므로, 증상의 존재와 상관없이, 이들 여성은 현재 주의 깊게 대기하는 시나리오에서 관리되고, 초음파 검사와 혈청 CA125로 연속 방식으로 모니터링되었다.
유방암 및/또는 난소암 발병과 연관된 생식세포 돌연변이 (예를 들어, BRCA1/2) 또는 체세포 돌연변이 및/또는 유방암 및/또는 난소암 유전자의 비정상적인 메틸화 (예를 들어, 과메틸화 또는 저메틸화)를 갖는 여성에서 암의 조기 검출을 위해 AMRA2를 사용한 연속 검사의 역할을 정의하기 위해 두 번째 모니터링 연구가 수행되었다. 주요 생식세포 또는 체세포 유전자 돌연변이 또는 비정상적인 메틸화 (예를 들어, 과메틸화 또는 저메틸화)를 갖는 여성은 유방암 및 난소암의 매우 높은 위험을 갖는다. 난소암의 경우, CA125는 현재 여성의 난소암 발병을 모니터링하는 데 사용되는 유일한 혈액 검사이다. 유방암 및/또는 난소암과 관련된 유전자는 비침습적 진단 도구로 무세포 순환 종양 DNA (cftDNA)를 사용하여 스크리닝되었다. 대상체로부터 수득된 혈청으로부터 CfTDNA를 단리하고 표적 차세대 염기서열분석 (NGS)을 사용하여 단일-뉴클레오티드 변이 (SNV) 또는 카피 수 변경을 점검하고, 여기서 동일한 유전자 변형에 대한 NGS 또는 PCR을 사용하여 각각의 포르말린-고정 파라핀-포매 종양 조직을 점검함으로써 결과의 추가로 검증하였다.
상기 연구를 위해, 증상성 자궁부속기 종괴를 갖는 대략 100명의 여성과 무증상 자궁부속기 종괴를 갖는 100명의 여성을 평가하였다. BRCA 돌연변이를 갖는 여성은 50명의 여성이 수술 결과 평가를 받을 때까지 모니터링되었다.
AMRA2 검증 연구와 두 가지 모니터링 연구에 사용된 혈청 샘플은 18세 이상이고 난소 자궁부속기 종괴로 진단되었거나, BRCA1/2 및 기타 DNA 돌연변이 및/또는 비정상적인 메틸화 (예를 들어, 과메틸화 또는 저메틸화)의 존재로 인한 추적 관찰에서 전향적으로 수집되었다. IRB 승인 환자 모니터링 연구에서 수득되고 혈청 저장소에 보관된 후향적으로 수집된 혈청 샘플이 이 연구에서 사용되었다.
환자 샘플을 코딩하고 검사할 때까지 -70℃에서 보관하였다. 검사할 때, 샘플을 해동하고 분석기의 코딩된 분취물에 배치하였다. 혈청 샘플을 검정하여 AMRA2 점수를 결정하였다. AMRA2 점수는 환자를 즉각적인 수술 또는 예상되는 관리로 안내하기 위해 의사에게 보고되었다. 감시 및 대기 군으로 안내된 여성은 1년 동안 초음파, CA125 및 AMRA2를 사용하여 연속 방식으로 검사되었다. 수술 결과 (예를 들어, 암 검출에 대해 양성 또는 음성)를 갖는 모든 여성을 사용하여 진양성율, 위양성률, 진음성율 및 위음성율을 정의하였다. 이 연구로부터의 성능 데이터는 자궁부속기 종괴를 갖는 여성의 임상 관리를 안내하기 위한 AMRA2의 임상적 유용성을 검증하는 데 사용되었다.
무증상 골반 종괴를 갖는 여성과 주요 생식세포 및/또는 체세포 유전자 돌연변이 및/또는 비정상적인 메틸화 (예를 들어, 과메틸화 또는 저메틸화)를 갖는 여성을 초음파, AMRA2 및 CA125를 사용하여 연속 방식으로 검사하였다. 의사와 환자가 정의한 모니터링 기간의 종료시, 자궁부속기 종괴를 제거하기 위해 수술을 시행하거나, 생식세포 및/또는 체세포 돌연변이 및/또는 비정상적인 메틸화 (예를 들어, 과메틸화 또는 저메틸화)를 갖는 여성의 경우 난소와 나팔관을 제거하기 위해 예방적 수술을 수행하였다.
실시예 4: 유방암 및 난소암 위험 검출을 위한 다인자 위험 평가
실시예 4.1: 배경
유전자 검사를 받을 자격이 있는 유방암 또는 난소암을 갖는 미국의 추정 120만에서 130만 여성이 검사를 받지 못하였으며; 유방암 환자의 85% 초과 및 난소암 환자의 80%는 그의 의사와 유전자 검사에 대해 결코 논의한 적도 없다 (Christopher P. Childers, et al., National Estimates of Genetic Testing in Women With a History of Breast or Ovarian Cancer, J. Clin Oncol., August 18, 2017). 유방암 및/또는 난소암으로 진단된 여성의 약 10%가 유전적 원인에 기인한다.
2017년에, NCI 연구는 유방암을 갖는 여성의 25%와 난소암 여성의 33%가 유방암 및 난소암 감수성 유전자의 알려진 유해한 변이에 대한 유전자 검사를 받았다고 보고하였다. 유전자 검사를 받은 환자에서, 유방암 환자의 8%와 난소암 환자의 15%는 "실행가능한" 유전자 변이체, 즉 치료, 스크리닝 및 위험 감소-전략의 변화를 보증할 수 있는 변이체를 가지고 있었다 　(Allison W. Kurian, et al., Genetic Testing and Results in a Population-Based Cohort of Breast Cancer Patients and Ovarian Cancer Patients, J. Clin Oncol., April 9, 2019). 이들 유전자 중 12개만이 '치료'로 간주되는 위험-감소 수술 방법을 설명한다 (난소암에 대한 NCCN 가이드라인 1.2019). 이는 유방암 및 난소암 (BOC)과 연관된 알려진 유해한 변이체를 사용하여 나머지 24+ 유전자를 정제하고 더 양호한 치료 계획을 수립하기 위한 노력을 계속할 필요가 있음을 확인한다. 이들 12개의 유전자 중, BRCA는 가장 일반적으로 연관된 유전자이며 유전성 암의 ~15-20%만을 차지한다. 나머지 낮은 우세 유전자가 ~18%를 차지하며, 한편 대략적인 추정치는 60%를 운에 맡긴다 (Thomas Paul Slavin, et al., Clinical application of multigene panels: challenges of next-generation counseling and cancer risk management, Front. Oncol., 29 September 2015). 말기 BOC로 진단된 여성의 경우, 유전자 검사는 일반적으로 작은 유전자 패널로 인해 음성 결과가 나오는 이차적이거나, 전혀 제공되지 않는다.
난소암은 침묵의 질환으로 간주되기 때문에 진단하기가 어렵다. 종양의 침습적 제거 및 병리학적 평가 없이 체세포 검출을 측정할 수 있는 어떤 공지된 비침습적 진단 검사도 없다. 현재 진단에 사용되는 방법은 경질 초음파 (TVUS)로, 증상이 난소 종괴를 배제하기 위해 영상을 필요로 할 때 사용되는 가장 일반적인 유형의 U/S는 증상이 정당화하는 경우에만 진단 검사로서 사용된다.　
다변량 지수 검정 (예를 들어, OVA1 및 OVERA)은 자궁부속기 종괴를 제시하는 여성의 암 위험을 평가하기 위해 개발되었다. 이들 종괴는 생검 대상이 아니므로, 종괴의 초음파 검사 및 바이오마커 검사는 악성종양에 대한 위험 평가를 제공하고 환자의 임상 관리를 안내한다. 불행히도, 무증상 높은 위험 환자에서 난소암을 효과적으로 검출할 수 있는 영상화 또는 바이오마커 검사가 전혀 없다.
도전과제 중 하나는 악성종양의 공급원에서 이질적이라는 것이다. 난소의 악성종양은 다수의 공급원 (예를 들어, 생식 세포, 기질 세포, 상피 세포 또는 중간엽 조직)으로부터 발생할 수 있다. 일부 사례는 산발적이며 난소암의 일부 사례는 HBOC 또는 희귀 유전 돌연변이 (예를 들어, 린치 증후군)를 갖는 가족에서 유전될 수 있다. 난소암에 대한 관리 및 치료 접근법은 종양의 병리에 달려 있다. 난소암을 진단하고 질환을 관리하는 최선의 방법에 대한 단일 검사 방법은 전혀 없다. 현재 증상이 있는 여성은 부인과 종양전문의로부터 외과적 평가를 받기 전에 다양한 전문가를 만나 광범위한 정밀 검사를 거치며, 이는 암이 생존 가능성이 거의 또는 전혀 없는 상태로 말기 단계로 진행될 수 있게 한다. 여성의 초기에 난소암을 검출하고 생식세포 및 종양 발생으로 인한 산발적 위험 둘 다를 확인하는 덜 침습적인 진단 검사에 대한 필요성이 있다.
난소암 위험이 높은 환자를 진단하기 위한 검사를 개발하고 유전자 감수성 패널을 개발하고 혈액에서 검사한 바와 같은 세포 종양 DNA (ctDNA)로부터 조기-스크리닝 측정을 개발하기 위해, 1) 증상성 자궁부속기 종괴, 2) 골반 검사에서 우연히 발견된 무증상 종괴, 3) HBOC에 대한 유전자 검사를 받았으며 자궁부속기 종괴의 어떤 징후도 무증상 및/또는 4) 난소암과 연관된 가족력 또는 유전적 이상 (생식 세포 및 체세포 DNA 돌연변이)을 갖는 여성으로부터 종양 프로파일을 수득하였다.
실시예 4.2: 방법 및 절차
샘플 수집
세포의 생물학적 본성으로 인해, 난소암 환자의 혈액 샘플을, 높은-무결성 수집을 보장하기 위해 상이한 배지를 사용하여 3개의 개별 수집 튜브에 수집하였다: (1) 표준 EDTA (라벤더 상단), (1) PAX (cffDNA) 및 (1) 타이거 탑(Tiger top) (혈청) 튜브.
EDTA 튜브는 DNA를 함유하는 세포를 보유하는, 세포 요소인 림프구의 형태를 보존하기 위한 항응고제 수집 장치이다. 이는 유전자 검사에 사용되는 표준 튜브이다.
PAX 혈액 ccfDNA 튜브: 혈장에서 순환하는 무세포 DNA의 농도를 안정화시키는 전혈을 수집하도록 특별히 설계되어 있다. 이 유형의 튜브는 높은-무결성 ccfDNA를 수집하는 데 중요하다.
타이거 탑 튜브는 항응고제를 함유하나, 혈전 활성인자 및 혈청 분리인자 겔을 함유한다. 이를 통해 OVA1 및/또는 OVERA 검정으로 검사된 단백질과 같은 큰 세포 서브유닛을 보유하는 혈청을 분리하기 위해 전혈의 응고를 가속화할 수 있다.
이어서 수집된 혈액 샘플을 HBOC, OVERA, 및/또는 OVA1 검정을 사용하여 검사하였다.
전혈 수집
전혈은 튜브당 ~5 mL의 1개의 EDTA 튜브 및 1개의 PAX 튜브에 수집한다.
혈청 수집
혈청 분리 튜브(타이거 탑)를 사용하는 표준 정맥 천자 절차에 의해 환자 혈액의 8.5 mL 정맥 채혈로부터 혈청을 수집한다.
FFPE 조직 수집
자궁부속기 종괴를 외과적으로 제거하는 동안 수집된 조직은 종양 함량이 최소 20%인 포르말린 고정 파라핀 포매 (FFPE) 슬라이드로 제공받는다. 종양 함량을 평가하기 위해 하나의 H&E 슬라이드를 또한 수집한다.
임상 샘플
모든 샘플은 표준 운영 절차 (SOP)에 따라 관심 생물학적 물질을 수득하기 위해 적절하게 처리된다. OVA 검사 오퍼링(offering)을 위해 수집된 혈청 샘플로부터의 추가 물질은 상업적 검사를 거쳐 추가 검사가 있을 때까지 -20℃에서 보관된다.
HBOC의 생식세포 및/또는 체세포 검사를 위한 EDTA 혈액 수집 튜브를 완전히 혼합하고 1 mL 분취량을 제거하고 튜브에 넣고 추가 검사가 있을 때까지 4℃에서 보관한다. 나머지 혈액은 실험실 SOP에 따라 처리된다.
혈장 처리 및 무세포 DNA 수집을 위해 추가 EDTA 혈액 튜브가 제공된다. 이들 샘플은 실험실 SOP 직후 처리하고 추가 처리가 있을 때까지 -20℃에서 보관한다.
다른 실시양태
전술한 설명으로부터, 다양한 용법 및 조건에 채택하기 위해 본원에 기재된 발명에 변형 및 수정이 이루어질 수 있음이 명백할 것이다. 이러한 실시양태는 또한 다음 청구범위의 범위 내에 있다.
본원에 변수의 임의의 정의에서 요소 목록의 언급은 그 변수의 정의를 열거된 요소의 임의의 단일 요소 또는 조합 (또는 하위조합)으로서 포함한다. 본원에서 실시양태의 언급은 그 실시양태를 임의의 단일 실시양태로서 또는 임의의 다른 실시양태 또는 그의 부분과 조합하여 포함한다.
문헌 [Zhang Z, et al. Adnexal mass risk assessment: a multivariate index assay for malignancy risk stratification, Future Oncol 2019]을 포함하나, 이에 제한되지는 않는, 본 명세서에 언급된 모든 특허, 간행물, 및 수탁 번호는 각각의 독립 특허, 간행물, 및 수탁 번호가 참조로 포함되는 것으로 구체적이고 개별적으로 표시된 것처럼 동일한 정도로 참조로 본원에 포함된다.
SEQUENCE LISTING <110> ASPIRA WOMEN'S HEALTH INC. <120> COMPOSITIONS FOR OVARIAN CANCER ASSESSMENT HAVING IMPROVED SPECIFICITY AND SENSITIVITY <130> 168109.012801/PCT <140> PCT/US2021/023091 <141> 2021-03-19 <150> 62/992,358 <151> 2020-03-20 <160> 26 <170> PatentIn version 3.5 <210> 1 <211> 4 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 1 Asp Glu Ala His 1 <210> 2 <211> 129 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 2 Met Lys Thr Leu Gln Phe Phe Phe Leu Phe Cys Cys Trp Lys Ala Ile 1 5 10 15 Cys Cys Asn Ser Cys Glu Leu Thr Asn Ile Thr Ile Ala Ile Glu Lys 20 25 30 Glu Glu Cys Arg Phe Cys Ile Ser Ile Asn Thr Thr Trp Cys Ala Gly 35 40 45 Tyr Cys Tyr Thr Arg Asp Leu Val Tyr Lys Asp Pro Ala Arg Pro Lys 50 55 60 Ile Gln Lys Thr Cys Thr Phe Lys Glu Leu Val Tyr Glu Thr Val Arg 65 70 75 80 Val Pro Gly Cys Ala His His Ala Asp Ser Leu Tyr Thr Tyr Pro Val 85 90 95 Ala Thr Gln Cys His Cys Gly Lys Cys Asp Ser Asp Ser Thr Asp Cys 100 105 110 Thr Val Arg Gly Leu Gly Pro Ser Tyr Cys Ser Phe Gly Glu Met Lys 115 120 125 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Glu Ile Val Ser Arg Asn Lys Arg Arg Tyr 1 5 10 15 Gln Glu Asp Gly Phe Asp Leu Asp Leu Thr Tyr Ile Tyr Pro Asn Ile 20 25 30 Ile Ala Met Gly Phe Pro Ala Glu Arg Leu Glu Gly Val Tyr Arg Asn 35 40 45 Asn Ile Asp Asp Val Val Arg Phe Leu Asp Ser Lys His Lys Asn His 50 55 60 Tyr Lys Ile Tyr Asn Leu Cys Ala Glu Arg His Tyr Asp Thr Ala Lys 65 70 75 80 Phe Asn Cys Arg Val Ala Gln Tyr Pro Phe Glu Asp His Asn Pro Pro 85 90 95 Gln Leu Glu Leu Ile Lys Pro Phe Cys Glu Asp Leu Asp Gln Trp Leu 100 105 110 Ser Glu Asp Asp Asn His Val Ala Ala Ile His Cys Lys Ala Gly Lys 115 120 125 Gly Arg Thr Gly Val Met Ile Cys Ala Tyr Leu Leu His Arg Gly Lys 130 135 140 Phe Leu Lys Ala Gln Glu Ala Leu Asp Phe Tyr Gly Glu Val Arg Thr 145 150 155 160 Arg Asp Lys Lys Gly Val Thr Ile Pro Ser Gln Arg Arg Tyr Val Tyr 165 170 175 Tyr Tyr Ser Tyr Leu Leu Lys Asn His Leu Asp Tyr Arg Pro Val Ala 180 185 190 Leu Leu Phe His Lys Met Met Phe Glu Thr Ile Pro Met Phe Ser Gly 195 200 205 Gly Thr Cys Asn Pro Gln Phe Val Val Cys Gln Leu Lys Val Lys Ile 210 215 220 Tyr Ser Ser Asn Ser Gly Pro Thr Arg Arg Glu Asp Lys Phe Met Tyr 225 230 235 240 Phe Glu Phe Pro Gln Pro Leu Pro Val Cys Gly Asp Ile Lys Val Glu 245 250 255 Phe Phe His Lys Gln Asn Lys Met Leu Lys Lys Asp Lys Met Phe His 260 265 270 Phe Trp Val Asn Thr Phe Phe Ile Pro Gly Pro Glu Glu Thr Ser Glu 275 280 285 Lys Val Glu Asn Gly Ser Leu Cys Asp Gln Glu Ile Asp Ser Ile Cys 290 295 300 Ser Ile Glu Arg Ala Asp Asn Asp Lys Glu Tyr Leu Val Leu Thr Leu 305 310 315 320 Thr Lys Asn Asp Leu Asp Lys Ala Asn Lys Asp Lys Ala Asn Arg Tyr 325 330 335 Phe Ser Pro Asn Phe Lys Val Lys Leu Tyr Phe Thr Lys Thr Val Glu 340 345 350 Glu Pro Ser Asn Pro Glu Ala Ser Ser Ser Thr Ser Val Thr Pro Asp 355 360 365 Val Ser Asp Asn Glu Pro Asp His Tyr Arg Tyr Ser Asp Thr Thr Asp 370 375 380 Ser Asp Pro Glu Asn Glu Pro Phe Asp Glu Asp Gln His Thr Gln Ile 385 390 395 400 Thr Lys Val <210> 23 <211> 328 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 23 Met Gly Val Leu Arg Val Gly Leu Cys Pro Gly Leu Thr Glu Glu Met 1 5 10 15 Ile Gln Leu Leu Arg Ser His Arg Ile Lys Thr Val Val Asp Leu Val 20 25 30 Ser Ala Asp Leu Glu Glu Val Ala Gln Lys Cys Gly Leu Ser Tyr Lys 35 40 45 Ala Leu Val Ala Leu Arg Arg Val Leu Leu Ala Gln Phe Ser Ala Phe 50 55 60 Pro Val Asn Gly Ala Asp Leu Tyr Glu Glu Leu Lys Thr Ser Thr Ala 65 70 75 80 Ile Leu Ser Thr Gly Ile Gly Ser Leu Asp Lys Leu Leu Asp Ala Gly 85 90 95 Leu Tyr Thr Gly Glu Val Thr Glu Ile Val Gly Gly Pro Gly Ser Gly 100 105 110 Lys Thr Gln Val Cys Leu Cys Met Ala Ala Asn Val Ala His Gly Leu 115 120 125 Gln Gln Asn Val Leu Tyr Val Asp Ser Asn Gly Gly Leu Thr Ala Ser 130 135 140 Arg Leu Leu Gln Leu Leu Gln Ala Lys Thr Gln Asp Glu Glu Glu Gln 145 150 155 160 Ala Glu Ala Leu Arg Arg Ile Gln Val Val His Ala Phe Asp Ile Phe 165 170 175 Gln Met Leu Asp Val Leu Gln Glu Leu Arg Gly Thr Val Ala Gln Gln 180 185 190 Val Thr Gly Ser Ser Gly Thr Val Lys Val Val Val Val Asp Ser Val 195 200 205 Thr Ala Val Val Ser Pro Leu Leu Gly Gly Gln Gln Arg Glu Gly Leu 210 215 220 Ala Leu Met Met Gln Leu Ala Arg Glu Leu Lys Thr Leu Ala Arg Asp 225 230 235 240 Leu Gly Met Ala Val Val Val Thr Asn His Ile Thr Arg Asp Arg Asp 245 250 255 Ser Gly Arg Leu Lys Pro Ala Leu Gly Arg Ser Trp Ser Phe Val Pro 260 265 270 Ser Thr Arg Ile Leu Leu Asp Thr Ile Glu Gly Ala Gly Ala Ser Gly 275 280 285 Gly Arg Arg Met Ala Cys Leu Ala Lys Ser Ser Arg Gln Pro Thr Gly 290 295 300 Phe Gln Glu Met Val Asp Ile Gly Thr Trp Gly Thr Ser Glu Gln Ser 305 310 315 320 Ala Thr Leu Gln Gly Asp Gln Thr 325 <210> 24 <211> 433 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 24 Met Glu Val Val Asp Pro Gln Gln Leu Gly Met Phe Thr Glu Gly Glu 1 5 10 15 Leu Met Ser Val Gly Met Asp Thr Phe Ile His Arg Ile Asp Ser Thr 20 25 30 Glu Val Ile Tyr Gln Pro Arg Arg Lys Arg Ala Lys Leu Ile Gly Lys 35 40 45 Tyr Leu Met Gly Asp Leu Leu Gly Glu Gly Ser Tyr Gly Lys Val Lys 50 55 60 Glu Val Leu Asp Ser Glu Thr Leu Cys Arg Arg Ala Val Lys Ile Leu 65 70 75 80 Lys Lys Lys Lys Leu Arg Arg Ile Pro Asn Gly Glu Ala Asn Val Lys 85 90 95 Lys Glu Ile Gln Leu Leu Arg Arg Leu Arg His Lys Asn Val Ile Gln 100 105 110 Leu Val Asp Val Leu Tyr Asn Glu Glu Lys Gln Lys Met Tyr Met Val 115 120 125 Met Glu Tyr Cys Val Cys Gly Met Gln Glu Met Leu Asp Ser Val Pro 130 135 140 Glu Lys Arg Phe Pro Val Cys Gln Ala His Gly Tyr Phe Cys Gln Leu 145 150 155 160 Ile Asp Gly Leu Glu Tyr Leu His Ser Gln Gly Ile Val His Lys Asp 165 170 175 Ile Lys Pro Gly Asn Leu Leu Leu Thr Thr Gly Gly Thr Leu Lys Ile 180 185 190 Ser Asp Leu Gly Val Ala Glu Ala Leu His Pro Phe Ala Ala Asp Asp 195 200 205 Thr Cys Arg Thr Ser Gln Gly Ser Pro Ala Phe Gln Pro Pro Glu Ile 210 215 220 Ala Asn Gly Leu Asp Thr Phe Ser Gly Phe Lys Val Asp Ile Trp Ser 225 230 235 240 Ala Gly Val Thr Leu Tyr Asn Ile Thr Thr Gly Leu Tyr Pro Phe Glu 245 250 255 Gly Asp Asn Ile Tyr Lys Leu Phe Glu Asn Ile Gly Lys Gly Ser Tyr 260 265 270 Ala Ile Pro Gly Asp Cys Gly Pro Pro Leu Ser Asp Leu Leu Lys Gly 275 280 285 Met Leu Glu Tyr Glu Pro Ala Lys Arg Phe Ser Ile Arg Gln Ile Arg 290 295 300 Gln His Ser Trp Phe Arg Lys Lys His Pro Pro Ala Glu Ala Pro Val 305 310 315 320 Pro Ile Pro Pro Ser Pro Asp Thr Lys Asp Arg Trp Arg Ser Met Thr 325 330 335 Val Val Pro Tyr Leu Glu Asp Leu His Gly Ala Asp Glu Asp Glu Asp 340 345 350 Leu Phe Asp Ile Glu Asp Asp Ile Ile Tyr Thr Gln Asp Phe Thr Val 355 360 365 Pro Gly Gln Val Pro Glu Glu Glu Ala Ser His Asn Gly Gln Arg Arg 370 375 380 Gly Leu Pro Lys Ala Val Cys Met Asn Gly Thr Glu Ala Ala Gln Leu 385 390 395 400 Ser Thr Lys Ser Arg Ala Glu Gly Arg Ala Pro Asn Pro Ala Arg Lys 405 410 415 Ala Cys Ser Ala Ser Ser Lys Ile Arg Arg Leu Ser Ala Cys Lys Gln 420 425 430 Gln <210> 25 <211> 393 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 25 Met Glu Glu Pro Gln Ser Asp Pro Ser Val Glu Pro Pro Leu Ser Gln 1 5 10 15 Glu Thr Phe Ser Asp Leu Trp Lys Leu Leu Pro Glu Asn Asn Val Leu 20 25 30 Ser Pro Leu Pro Ser Gln Ala Met Asp Asp Leu Met Leu Ser Pro Asp 35 40 45 Asp Ile Glu Gln Trp Phe Thr Glu Asp Pro Gly Pro Asp Glu Ala Pro 50 55 60 Arg Met Pro Glu Ala Ala Pro Pro Val Ala Pro Ala Pro Ala Ala Pro 65 70 75 80 Thr Pro Ala Ala Pro Ala Pro Ala Pro Ser Trp Pro Leu Ser Ser Ser 85 90 95 Val Pro Ser Gln Lys Thr Tyr Gln Gly Ser Tyr Gly Phe Arg Leu Gly 100 105 110 Phe Leu His Ser Gly Thr Ala Lys Ser Val Thr Cys Thr Tyr Ser Pro 115 120 125 Ala Leu Asn Lys Met Phe Cys Gln Leu Ala Lys Thr Cys Pro Val Gln 130 135 140 Leu Trp Val Asp Ser Thr Pro Pro Pro Gly Thr Arg Val Arg Ala Met 145 150 155 160 Ala Ile Tyr Lys Gln Ser Gln His Met Thr Glu Val Val Arg Arg Cys 165 170 175 Pro His His Glu Arg Cys Ser Asp Ser Asp Gly Leu Ala Pro Pro Gln 180 185 190 His Leu Ile Arg Val Glu Gly Asn Leu Arg Val Glu Tyr Leu Asp Asp 195 200 205 Arg Asn Thr Phe Arg His Ser Val Val Val Pro Tyr Glu Pro Pro Glu 210 215 220 Val Gly Ser Asp Cys Thr Thr Ile His Tyr Asn Tyr Met Cys Asn Ser 225 230 235 240 Ser Cys Met Gly Gly Met Asn Arg Arg Pro Ile Leu Thr Ile Ile Thr 245 250 255 Leu Glu Asp Ser Ser Gly Asn Leu Leu Gly Arg Asn Ser Phe Glu Val 260 265 270 Arg Val Cys Ala Cys Pro Gly Arg Asp Arg Arg Thr Glu Glu Glu Asn 275 280 285 Leu Arg Lys Lys Gly Glu Pro His His Glu Leu Pro Pro Gly Ser Thr 290 295 300 Lys Arg Ala Leu Pro Asn Asn Thr Ser Ser Ser Pro Gln Pro Lys Lys 305 310 315 320 Lys Pro Leu Asp Gly Glu Tyr Phe Thr Leu Gln Ile Arg Gly Arg Glu 325 330 335 Arg Phe Glu Met Phe Arg Glu Leu Asn Glu Ala Leu Glu Leu Lys Asp 340 345 350 Ala Gln Ala Gly Lys Glu Pro Gly Gly Ser Arg Ala His Ser Ser His 355 360 365 Leu Lys Ser Lys Lys Gly Gln Ser Thr Ser Arg His Lys Lys Leu Met 370 375 380 Phe Lys Thr Glu Gly Pro Asp Ser Asp 385 390 <210> 26 <211> 189 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 26 Met Thr Glu Tyr Lys Leu Val Val Val Gly Ala Gly Gly Val Gly Lys 1 5 10 15 Ser Ala Leu Thr Ile Gln Leu Ile Gln Asn His Phe Val Asp Glu Tyr 20 25 30 Asp Pro Thr Ile Glu Asp Ser Tyr Arg Lys Gln Val Val Ile Asp Gly 35 40 45 Glu Thr Cys Leu Leu Asp Ile Leu Asp Thr Ala Gly Gln Glu Glu Tyr 50 55 60 Ser Ala Met Arg Asp Gln Tyr Met Arg Thr Gly Glu Gly Phe Leu Cys 65 70 75 80 Val Phe Ala Ile Asn Asn Thr Lys Ser Phe Glu Asp Ile His His Tyr 85 90 95 Arg Glu Gln Ile Lys Arg Val Lys Asp Ser Glu Asp Val Pro Met Val 100 105 110 Leu Val Gly Asn Lys Cys Asp Leu Pro Ser Arg Thr Val Asp Thr Lys 115 120 125 Gln Ala Gln Asp Leu Ala Arg Ser Tyr Gly Ile Pro Phe Ile Glu Thr 130 135 140 Ser Ala Lys Thr Arg Gln Arg Val Glu Asp Ala Phe Tyr Thr Leu Val 145 150 155 160 Arg Glu Ile Arg Gln Tyr Arg Leu Lys Lys Ile Ser Lys Glu Glu Lys 165 170 175 Thr Pro Gly Cys Val Lys Ile Lys Lys Cys Ile Ile Met 180 185

Claims (84)

  1. 대상체가 난소암을 가질 위험을 수술 전 평가하기 위한 패널로서, 마커 트랜스티레틴/프리알부민 (TT), 아포지질단백질 A1 (ApoA1), β2-마이크로글로불린 (β2M), 트랜스페린 (Tfr), 암 항원 125 (CA125), 인간 부고환 단백질 4 (HE4), 및 여포 자극 호르몬 (FSH), 및 하기로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 마커: 유방암 1 (BRCA1), 유방암 2 (BRCA2), 모세혈관확장성-운동실조 돌연변이 (ATM), BRCA1 연관 링 도메인 1 (BARD1), BRCA1 상호작용 단백질 C-말단 헬리카제 1 (BRIP1), 카데린-1 (CDH1), 체크포인트 키나제 2 (CHEK2), 상피 세포 부착 분자 (EPCAM), MutL 상동체 1 (MLH1), MutS 상동체 2 (MSH2), MutS 상동체 6 (MSH6), 니브린 (NBN), BRCA2의 파트너 및 로컬라이저 (PALB2), 포스파타제 및 텐신 상동체 (PTEN), RAD51 패럴로그 D (RAD51D), 세린/트레오닌 키나제 11 (STK11), 종양 단백질 p53 (TP53), 키르스텐 래트 육종 바이러스성 종양유전자 상동체 (KRAS), BRCA1 A 복합체 서브유닛 아브라삭스 1 (ABRAXAS1 또는 FAM175A), RAC-알파 세린/트레오닌-단백질 키나제 (AKT1 또는 단백질 키나제 B), 결장 선종성 용종증 (APC), 축 억제 단백질 2 (AXIN2), 골 형성 단백질 수용체 유형 1A (BMPR1A), 원-종양유전자 B-Raf (BRAF), 세포 분열 주기 25C (CDC25), 시클린 의존성 키나제 억제제 2A (CDKN2A), 시클린-의존성 키나제 4 (CDK4), 카테닌 베타-1 (CTNNB1), RNase 모티프를 갖는 헬리카제 (DICER1), Erb-B2 수용체 티로신 키나제 2 (ERBB2), 절제 복구 교차-상보 군 6 (ERCC6), 판코니 빈혈 상보 군 M (FANCM), 판코니 빈혈 상보 군 C (FANCC), 감수분열 재조합 11 (MRE11), mutY DNA 글리코실라제 (MUTYH), 뉴로피브로민 1 (NF1), 엔도뉴클레아제 III-유사 단백질 1 (NTHL1), 포스파티딜이노시톨-4,5-비스포스페이트 3-키나제 촉매 서브유닛 알파 (PIK3CA), 감수분열 분리후 증가 2 (PMS2), 단백질 포스파타제 2 조절 서브유닛 A 알파 (PP2R1A), 단백질 키나제 DNA-활성화 촉매 서브유닛 (PRKDC), DNA 폴리머라제 델타 1 촉매 서브유닛 (POLD1), RAD50 상동체 (RAD50), RAD51 패럴로그 C (RAD51C), 링 핑거 단백질 43 (RNF43), 숙시네이트 데히드로게나제 복합체 철 황 서브유닛 B (SDHB), 숙시네이트 데히드로게나제 복합체 서브유닛 D (SDHD), 크로마틴 서브패밀리 A 구성원의 SWI/SNF 관련 매트릭스 연관 액틴 의존성 조절인자 4 (SMARCA4), 차이니즈 햄스터 세포의 결함 복구를 보완하는 X선 복구 2 (XRCC2), 베르너 증후군 ATP-의존성 헬리카제 (WRN 또는 RECQL), 세포 분열 주기 73 (CDC73), 폴리펩티드 N-아세틸갈락토사미닐트랜스퍼라제 12 (GALNT12), 그렘린 1 (GREM1), 호메오복스 B13 (HOXB13), MutS 상동체 3 (MSH3), DNA 폴리머라제 엡실론 촉매 서브유닛 (POLE), RAD51 레콤비나제 (RAD51), RAD50 인터랙터 1 (RINT1), 40S 리보솜 단백질 S20 (RSP20), SLX4 구조-특이적 엔도뉴클레아제 서브유닛 (SLX4), SMAD 패밀리 구성원 4 (SMAD4), 이중 특이적 단백질 키나제 TTK (TTK), Ras 회합 도메인 패밀리 1 이소형 A (RASSF1A), Runt-관련 전사 인자 3 (RUNX3), 조직 인자 경로 억제제 2 (TFPI2), 분비 프리즐드-관련 단백질 5 (SFRP5), 오피오이드-결합 단백질/세포 부착 분자 (OPCML), O6-알킬구아닌 DNA 알킬트랜스퍼라제 (MGMT), 카데린 13 (CDH13), 술파타제 1 (SULF1), 호메오복스 A9 (HOXA9), 호메오복스 A11 (HOXAD11), 클라우딘 4 (CLDN4), T-세포 분화 단백질 (MAL), 각인된 부위의 조절인자의 브라더 (BORIS), ATP-결합 카세트 슈퍼-패밀리 G 구성원 2 (ABCG2), 튜불린 베타 3 클래스 III (TUBB3), 메틸화 제어된 DNAJ (MCJ), 시누셀린-γ (SNGG), 대안적 판독 프레임 종양 억제인자 (P14ARF), 시클린-의존성 키나제 억제제 2A (CDKN2A 또는 P16INK4A), 시클린-의존성 키나제 4 억제제 B (CDKN2B 또는 P15), 사망-연관 단백질 키나제 1 (DAPK), 칼슘 채널 전압-의존성 T 유형 알파 1G 서브유닛 (CACNA1G 또는 MINT31), 망막모세포종-상호작용 징크-핑거 단백질 1 (RIZ1), 및 메틸화-유도 침묵의 표적 1 (TMS1)을 포함하고 하거나 그로 이루어진 패널.
  2. 대상체가 난소암을 가질 위험을 수술 전 평가하기 위한 패널로서, 마커 트랜스티레틴/프리알부민 (TT), 아포지질단백질 A1 (ApoA1), β2-마이크로글로불린 (β2M), 트랜스페린 (Tfr), 암 항원 125 (CA125), 및 하기로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 마커: 유방암 1 (BRCA1), 유방암 2 (BRCA2), 모세혈관확장성-운동실조 돌연변이 (ATM), BRCA1 연관 링 도메인 1 (BARD1), BRCA1 상호작용 단백질 C-말단 헬리카제 1 (BRIP1), 카데린-1 (CDH1), 체크포인트 키나제 2 (CHEK2), 상피 세포 부착 분자 (EPCAM), MutL 상동체 1 (MLH1), MutS 상동체 2 (MSH2), MutS 상동체 6 (MSH6), 니브린 (NBN), BRCA2의 파트너 및 로컬라이저 (PALB2), 포스파타제 및 텐신 상동체 (PTEN), RAD51 패럴로그 D (RAD51D), 세린/트레오닌 키나제 11 (STK11), 종양 단백질 p53 (TP53), 키르스텐 래트 육종 바이러스성 종양유전자 상동체 (KRAS), BRCA1 A 복합체 서브유닛 아브라삭스 1 (ABRAXAS1 또는 FAM175A), RAC-알파 세린/트레오닌-단백질 키나제 (AKT1 또는 단백질 키나제 B), 결장 선종성 용종증 (APC), 축 억제 단백질 2 (AXIN2), 골 형성 단백질 수용체 유형 1A (BMPR1A), 원-종양유전자 B-Raf (BRAF), 세포 분열 주기 25C (CDC25), 시클린 의존성 키나제 억제제 2A (CDKN2A), 시클린-의존성 키나제 4 (CDK4), 카테닌 베타-1 (CTNNB1), RNase 모티프를 갖는 헬리카제 (DICER1), Erb-B2 수용체 티로신 키나제 2 (ERBB2), 절제 복구 교차-상보 군 6 (ERCC6), 판코니 빈혈 상보 군 M (FANCM), 판코니 빈혈 상보 군 C (FANCC), 감수분열 재조합 11 (MRE11), mutY DNA 글리코실라제 (MUTYH), 뉴로피브로민 1 (NF1), 엔도뉴클레아제 III-유사 단백질 1 (NTHL1), 포스파티딜이노시톨-4,5-비스포스페이트 3-키나제 촉매 서브유닛 알파 (PIK3CA), 감수분열 분리후 증가 2 (PMS2), 단백질 포스파타제 2 조절 서브유닛 A 알파 (PP2R1A), 단백질 키나제 DNA-활성화 촉매 서브유닛 (PRKDC), DNA 폴리머라제 델타 1 촉매 서브유닛 (POLD1), RAD50 상동체 (RAD50), RAD51 패럴로그 C (RAD51C), 링 핑거 단백질 43 (RNF43), 숙시네이트 데히드로게나제 복합체 철 황 서브유닛 B (SDHB), 숙시네이트 데히드로게나제 복합체 서브유닛 D (SDHD), 크로마틴 서브패밀리 A 구성원의 SWI/SNF 관련 매트릭스 연관 액틴 의존성 조절인자 4 (SMARCA4), 차이니즈 햄스터 세포의 결함 복구를 보완하는 X선 복구 2 (XRCC2), 베르너 증후군 ATP-의존성 헬리카제 (WRN 또는 RECQL), 세포 분열 주기 73 (CDC73), 폴리펩티드 N-아세틸갈락토사미닐트랜스퍼라제 12 (GALNT12), 그렘린 1 (GREM1), 호메오복스 B13 (HOXB13), MutS 상동체 3 (MSH3), DNA 폴리머라제 엡실론 촉매 서브유닛 (POLE), RAD51 레콤비나제 (RAD51), RAD50 인터랙터 1 (RINT1), 40S 리보솜 단백질 S20 (RSP20), SLX4 구조-특이적 엔도뉴클레아제 서브유닛 (SLX4), SMAD 패밀리 구성원 4 (SMAD4), 이중 특이적 단백질 키나제 TTK (TTK), Ras 회합 도메인 패밀리 1 이소형 A (RASSF1A), Runt-관련 전사 인자 3 (RUNX3), 조직 인자 경로 억제제 2 (TFPI2), 분비 프리즐드-관련 단백질 5 (SFRP5), 오피오이드-결합 단백질/세포 부착 분자 (OPCML), O6-알킬구아닌 DNA 알킬트랜스퍼라제 (MGMT), 카데린 13 (CDH13), 술파타제 1 (SULF1), 호메오복스 A9 (HOXA9), 호메오복스 A11 (HOXAD11), 클라우딘 4 (CLDN4), T-세포 분화 단백질 (MAL), 각인된 부위의 조절인자의 브라더 (BORIS), ATP-결합 카세트 슈퍼-패밀리 G 구성원 2 (ABCG2), 튜불린 베타 3 클래스 III (TUBB3), 메틸화 제어된 DNAJ (MCJ), 시누셀린-γ (SNGG), 대안적 판독 프레임 종양 억제인자 (P14ARF), 시클린-의존성 키나제 억제제 2A (CDKN2A 또는 P16INK4A), 시클린-의존성 키나제 4 억제제 B (CDKN2B 또는 P15), 사망-연관 단백질 키나제 1 (DAPK), 칼슘 채널 전압-의존성 T 유형 알파 1G 서브유닛 (CACNA1G 또는 MINT31), 망막모세포종-상호작용 징크-핑거 단백질 1 (RIZ1), 및 메틸화-유도 침묵의 표적 1 (TMS1)을 포함하거나 그로 이루어진 패널.
  3. 대상체가 난소암을 가질 위험을 수술 전 평가하기 위한 패널로서, 마커 아포지질단백질 A1 (ApoA1), 트랜스페린 (Tfr), 암 항원 125 (CA125), 인간 부고환 단백질 4 (HE4), 여포 자극 호르몬 (FSH), 및 하기로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 마커: 유방암 1 (BRCA1), 유방암 2 (BRCA2), 모세혈관확장성-운동실조 돌연변이 (ATM), BRCA1 연관 링 도메인 1 (BARD1), BRCA1 상호작용 단백질 C-말단 헬리카제 1 (BRIP1), 카데린-1 (CDH1), 체크포인트 키나제 2 (CHEK2), 상피 세포 부착 분자 (EPCAM), MutL 상동체 1 (MLH1), MutS 상동체 2 (MSH2), MutS 상동체 6 (MSH6), 니브린 (NBN), BRCA2의 파트너 및 로컬라이저 (PALB2), 포스파타제 및 텐신 상동체 (PTEN), RAD51 패럴로그 D (RAD51D), 세린/트레오닌 키나제 11 (STK11), 종양 단백질 p53 (TP53), 키르스텐 래트 육종 바이러스성 종양유전자 상동체 (KRAS), BRCA1 A 복합체 서브유닛 아브라삭스 1 (ABRAXAS1 또는 FAM175A), RAC-알파 세린/트레오닌-단백질 키나제 (AKT1 또는 단백질 키나제 B), 결장 선종성 용종증 (APC), 축 억제 단백질 2 (AXIN2), 골 형성 단백질 수용체 유형 1A (BMPR1A), 원-종양유전자 B-Raf (BRAF), 세포 분열 주기 25C (CDC25), 시클린 의존성 키나제 억제제 2A (CDKN2A), 시클린-의존성 키나제 4 (CDK4), 카테닌 베타-1 (CTNNB1), RNase 모티프를 갖는 헬리카제 (DICER1), Erb-B2 수용체 티로신 키나제 2 (ERBB2), 절제 복구 교차-상보 군 6 (ERCC6), 판코니 빈혈 상보 군 M (FANCM), 판코니 빈혈 상보 군 C (FANCC), 감수분열 재조합 11 (MRE11), mutY DNA 글리코실라제 (MUTYH), 뉴로피브로민 1 (NF1), 엔도뉴클레아제 III-유사 단백질 1 (NTHL1), 포스파티딜이노시톨-4,5-비스포스페이트 3-키나제 촉매 서브유닛 알파 (PIK3CA), 감수분열 분리후 증가 2 (PMS2), 단백질 포스파타제 2 조절 서브유닛 A 알파 (PP2R1A), 단백질 키나제 DNA-활성화 촉매 서브유닛 (PRKDC), DNA 폴리머라제 델타 1 촉매 서브유닛 (POLD1), RAD50 상동체 (RAD50), RAD51 패럴로그 C (RAD51C), 링 핑거 단백질 43 (RNF43), 숙시네이트 데히드로게나제 복합체 철 황 서브유닛 B (SDHB), 숙시네이트 데히드로게나제 복합체 서브유닛 D (SDHD), 크로마틴 서브패밀리 A 구성원의 SWI/SNF 관련 매트릭스 연관 액틴 의존성 조절인자 4 (SMARCA4), 차이니즈 햄스터 세포의 결함 복구를 보완하는 X선 복구 2 (XRCC2), 베르너 증후군 ATP-의존성 헬리카제 (WRN 또는 RECQL), 세포 분열 주기 73 (CDC73), 폴리펩티드 N-아세틸갈락토사미닐트랜스퍼라제 12 (GALNT12), 그렘린 1 (GREM1), 호메오복스 B13 (HOXB13), MutS 상동체 3 (MSH3), DNA 폴리머라제 엡실론 촉매 서브유닛 (POLE), RAD51 레콤비나제 (RAD51), RAD50 인터랙터 1 (RINT1), 40S 리보솜 단백질 S20 (RSP20), SLX4 구조-특이적 엔도뉴클레아제 서브유닛 (SLX4), SMAD 패밀리 구성원 4 (SMAD4), 이중 특이적 단백질 키나제 TTK (TTK), Ras 회합 도메인 패밀리 1 이소형 A (RASSF1A), Runt-관련 전사 인자 3 (RUNX3), 조직 인자 경로 억제제 2 (TFPI2), 분비 프리즐드-관련 단백질 5 (SFRP5), 오피오이드-결합 단백질/세포 부착 분자 (OPCML), O6-알킬구아닌 DNA 알킬트랜스퍼라제 (MGMT), 카데린 13 (CDH13), 술파타제 1 (SULF1), 호메오복스 A9 (HOXA9), 호메오복스 A11 (HOXAD11), 클라우딘 4 (CLDN4), T-세포 분화 단백질 (MAL), 각인된 부위의 조절인자의 브라더 (BORIS), ATP-결합 카세트 슈퍼-패밀리 G 구성원 2 (ABCG2), 튜불린 베타 3 클래스 III (TUBB3), 메틸화 제어된 DNAJ (MCJ), 시누셀린-γ (SNGG), 대안적 판독 프레임 종양 억제인자 (P14ARF), 시클린-의존성 키나제 억제제 2A (CDKN2A 또는 P16INK4A), 시클린-의존성 키나제 4 억제제 B (CDKN2B 또는 P15), 사망-연관 단백질 키나제 1 (DAPK), 칼슘 채널 전압-의존성 T 유형 알파 1G 서브유닛 (CACNA1G 또는 MINT31), 망막모세포종-상호작용 징크-핑거 단백질 1 (RIZ1), 및 메틸화-유도 침묵의 표적 1 (TMS1)을 포함하거나 그로 이루어진 패널.
  4. 대상체가 난소암을 가질 위험을 수술 전 평가하기 위한 패널로서, 마커 트랜스티레틴/프리알부민 (TT), 아포지질단백질 A1 (ApoA1), β2-마이크로글로불린 (β2M), 트랜스페린 (Tfr), 암 항원 125 (CA125), 및 유방암 1 (BRCA1)을 포함하거나 그로 이루어진 패널.
  5. 대상체가 난소암을 가질 위험을 수술 전 평가하기 위한 패널로서, 마커 트랜스티레틴/프리알부민 (TT), 아포지질단백질 A1 (ApoA1), β2-마이크로글로불린 (β2M), 트랜스페린 (Tfr), 암 항원 125 (CA125), 및 유방암 2 (BRCA2)를 포함하거나 그로 이루어진 패널.
  6. 대상체가 난소암을 가질 위험을 수술 전 평가하기 위한 패널로서, 마커 트랜스티레틴/프리알부민 (TT), 아포지질단백질 A1 (ApoA1), β2-마이크로글로불린 (β2M), 트랜스페린 (Tfr), 암 항원 125 (CA125), 유방암 1 (BRCA1) 및 유방암 2 (BRCA2)를 포함하거나 그로 이루어진 패널.
  7. 대상체가 난소암을 가질 위험을 수술 전 평가하기 위한 패널로서, 마커 아포지질단백질 A1 (ApoA1), 트랜스페린 (Tfr), 암 항원 125 (CA125), HE4, 여포 자극 호르몬 (FSH), 및 유방암 1 (BRCA1)을 포함하거나 그로 이루어진 패널.
  8. 대상체가 난소암을 가질 위험을 수술 전 평가하기 위한 패널로서, 마커 아포지질단백질 A1 (ApoA1), 트랜스페린 (Tfr), 암 항원 125 (CA125), HE4, 여포 자극 호르몬 (FSH), 및 유방암 2 (BRCA2)를 포함하거나 그로 이루어진 패널.
  9. 대상체가 난소암을 가질 위험을 수술 전 평가하기 위한 패널로서, 마커 아포지질단백질 A1 (ApoA1), 트랜스페린 (Tfr), 암 항원 125 (CA125), 인간 부고환 단백질 4 (HE4), 여포 자극 호르몬 (FSH), 유방암 1 (BRCA1) 및 유방암 2 (BRCA2)를 포함하거나 그로 이루어진 패널.
  10. 대상체가 난소암을 가질 위험을 수술 전 평가하기 위한 패널로서, 마커 트랜스티레틴/프리알부민 (TT), 아포지질단백질 A1 (ApoA1), β2-마이크로글로불린 (β2M), 트랜스페린 (Tfr), 암 항원 125 (CA125), 인간 부고환 단백질 4 (HE4), 여포 자극 호르몬 (FSH), 및 유방암 1 (BRCA1)을 포함하거나 그로 이루어진 패널.
  11. 대상체가 난소암을 가질 위험을 수술 전 평가하기 위한 패널로서, 마커 트랜스티레틴/프리알부민 (TT), 아포지질단백질 A1 (ApoA1), β2-마이크로글로불린 (β2M), 트랜스페린 (Tfr), 암 항원 125 (CA125), 인간 부고환 단백질 4 (HE4), 여포 자극 호르몬 (FSH), 및 유방암 2 (BRCA2)를 포함하거나 그로 이루어진 패널.
  12. 대상체가 난소암을 가질 위험을 수술 전 평가하기 위한 패널로서, 마커 트랜스티레틴/프리알부민 (TT), 아포지질단백질 A1 (ApoA1), β2-마이크로글로불린 (β2M), 트랜스페린 (Tfr), 암 항원 125 (CA125), 인간 부고환 단백질 4 (HE4), 여포 자극 호르몬 (FSH), 유방암 1 (BRCA1), 및 유방암 2 (BRCA2)를 포함하거나 그로 이루어진 패널.
  13. 제4항 내지 제12항 중 어느 한 항에 있어서, 하기로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 마커: 모세혈관확장성-운동실조 돌연변이 (ATM), BRCA1 연관 링 도메인 1 (BARD1), BRCA1 상호작용 단백질 C-말단 헬리카제 1 (BRIP1), 카데린-1 (CDH1), 체크포인트 키나제 2 (CHEK2), 상피 세포 부착 분자 (EPCAM), MutL 상동체 1 (MLH1), MutS 상동체 2 (MSH2), MutS 상동체 6 (MSH6), 니브린 (NBN), BRCA2의 파트너 및 로컬라이저 (PALB2), 포스파타제 및 텐신 상동체 (PTEN), RAD51 패럴로그 D (RAD51D), 세린/트레오닌 키나제 11 (STK11), 종양 단백질 p53 (TP53), 키르스텐 래트 육종 바이러스성 종양유전자 상동체 (KRAS), BRCA1 A 복합체 서브유닛 아브라삭스 1 (ABRAXAS1 또는 FAM175A), RAC-알파 세린/트레오닌-단백질 키나제 (AKT1 또는 단백질 키나제 B), 결장 선종성 용종증 (APC), 축 억제 단백질 2 (AXIN2), 골 형성 단백질 수용체 유형 1A (BMPR1A), 원-종양유전자 B-Raf (BRAF), 세포 분열 주기 25C (CDC25), 시클린 의존성 키나제 억제제 2A (CDKN2A), 시클린-의존성 키나제 4 (CDK4), 카테닌 베타-1 (CTNNB1), RNase 모티프를 갖는 헬리카제 (DICER1), Erb-B2 수용체 티로신 키나제 2 (ERBB2), 절제 복구 교차-상보 군 6 (ERCC6), 판코니 빈혈 상보 군 M (FANCM), 판코니 빈혈 상보 군 C (FANCC), 감수분열 재조합 11 (MRE11), mutY DNA 글리코실라제 (MUTYH), 뉴로피브로민 1 (NF1), 엔도뉴클레아제 III-유사 단백질 1 (NTHL1), 포스파티딜이노시톨-4,5-비스포스페이트 3-키나제 촉매 서브유닛 알파 (PIK3CA), 감수분열 분리후 증가 2 (PMS2), 단백질 포스파타제 2 조절 서브유닛 A 알파 (PP2R1A), 단백질 키나제 DNA-활성화 촉매 서브유닛 (PRKDC), DNA 폴리머라제 델타 1 촉매 서브유닛 (POLD1), RAD50 상동체 (RAD50), RAD51 패럴로그 C (RAD51C), 링 핑거 단백질 43 (RNF43), 숙시네이트 데히드로게나제 복합체 철 황 서브유닛 B (SDHB), 숙시네이트 데히드로게나제 복합체 서브유닛 D (SDHD), 크로마틴 서브패밀리 A 구성원의 SWI/SNF 관련 매트릭스 연관 액틴 의존성 조절인자 4 (SMARCA4), 차이니즈 햄스터 세포의 결함 복구를 보완하는 X선 복구 2 (XRCC2), 베르너 증후군 ATP-의존성 헬리카제 (WRN 또는 RECQL), 세포 분열 주기 73 (CDC73), 폴리펩티드 N-아세틸갈락토사미닐트랜스퍼라제 12 (GALNT12), 그렘린 1 (GREM1), 호메오복스 B13 (HOXB13), MutS 상동체 3 (MSH3), DNA 폴리머라제 엡실론 촉매 서브유닛 (POLE), RAD51 레콤비나제 (RAD51), RAD50 인터랙터 1 (RINT1), 40S 리보솜 단백질 S20 (RSP20), SLX4 구조-특이적 엔도뉴클레아제 서브유닛 (SLX4), SMAD 패밀리 구성원 4 (SMAD4), 이중 특이적 단백질 키나제 TTK (TTK), Ras 회합 도메인 패밀리 1 이소형 A (RASSF1A), Runt-관련 전사 인자 3 (RUNX3), 조직 인자 경로 억제제 2 (TFPI2), 분비 프리즐드-관련 단백질 5 (SFRP5), 오피오이드-결합 단백질/세포 부착 분자 (OPCML), O6-알킬구아닌 DNA 알킬트랜스퍼라제 (MGMT), 카데린 13 (CDH13), 술파타제 1 (SULF1), 호메오복스 A9 (HOXA9), 호메오복스 A11 (HOXAD11), 클라우딘 4 (CLDN4), T-세포 분화 단백질 (MAL), 각인된 부위의 조절인자의 브라더 (BORIS), ATP-결합 카세트 슈퍼-패밀리 G 구성원 2 (ABCG2), 튜불린 베타 3 클래스 III (TUBB3), 메틸화 제어된 DNAJ (MCJ), 시누셀린-γ (SNGG), 대안적 판독 프레임 종양 억제인자 (P14ARF), 시클린-의존성 키나제 억제제 2A (CDKN2A 또는 P16INK4A), 시클린-의존성 키나제 4 억제제 B (CDKN2B 또는 P15), 사망-연관 단백질 키나제 1 (DAPK), 칼슘 채널 전압-의존성 T 유형 알파 1G 서브유닛 (CACNA1G 또는 MINT31), 망막모세포종-상호작용 징크-핑거 단백질 1 (RIZ1), 및 메틸화-유도 침묵의 표적 1 (TMS1)을 추가로 포함하는 패널.
  14. 제1항 내지 제13항 중 어느 한 항에 있어서, 마커 각각이 별도의 포획 시약에 결합되는 것인 패널.
  15. 제14항에 있어서, 포획 시약이 고체 지지체에 부착되는 것인 패널.
  16. 제15항에 있어서, 고체 지지체가 플레이트, 칩, 비드, 미세유체 플랫폼, 멤브레인, 평면 마이크로어레이, 또는 서스펜션 어레이인 패널.
  17. 제14항 내지 제16항 중 어느 한 항에 있어서, 포획 시약이 항체, 압타머, 아피바디, 혼성화 프로브 및/또는 그의 단편인 패널.
  18. 제14항 내지 제17항 중 어느 한 항에 있어서, 각각의 포획 시약이 마커 중 하나에 특이적으로 결합하는 것인 패널.
  19. 제1항 내지 제18항 중 어느 한 항에 있어서, 대상체가 난소암을 가질 위험을 수술 전 평가하기 위한 방법에서 사용하기 위한 패널.
  20. 제1항 내지 제18항 중 어느 한 항의 패널을 사용하여 대상체로부터의 생물학적 샘플에서 마커를 특성화하는 것을 포함하는, 대상체가 난소암을 가질 위험을 수술 전 평가하기 위한 방법.
  21. (a) 대상체로부터 유래된 생물학적 샘플에서 트랜스티레틴/프리알부민 (TT), 아포지질단백질 A1 (ApoA1), β2-마이크로글로불린 (β2M), 트랜스페린 (Tfr), 암 항원 125 (CA125), 인간 부고환 단백질 4 (HE4), 및 여포 자극 호르몬 (FSH)을 포함하거나 그로 이루어진 마커를 특성화하여 제1 점수를 결정하며, 여기서 제1 점수는 대상체가 높은, 중간 또는 낮은 암 위험을 갖는지 확인하는 것; 및
    (b) 제1 점수에 의해 중간 암 위험을 갖는 것으로 확인된 대상체로부터 유래된 생물학적 샘플에서 CA125, β2M, Tfr, TT 및 ApoA1을 포함하거나 그로 이루어진 마커를 특성화하여 제2 점수를 결정하며, 여기서 제2 점수는 대상체가 낮은 또는 높은 암 위험을 갖는지 확인하는 것
    을 포함하는, 대상체가 난소암의 높은 또는 낮은 위험을 갖는지 수술 전 평가하기 위한 방법.
  22. (a) 대상체로부터 유래된 생물학적 샘플에서 트랜스티레틴/프리알부민 (TT), 아포지질단백질 A1 (ApoA1), β2-마이크로글로불린 (β2M), 트랜스페린 (Tfr), 암 항원 125 (CA125), 인간 부고환 단백질 4 (HE4), 및 여포 자극 호르몬 (FSH)을 포함하거나 그로 이루어진 마커를 특성화하여 제1 점수를 결정하며, 여기서 제1 점수는 대상체가 높은, 중간 또는 낮은 암 위험을 갖는지 확인하는 것; 및
    (b) 제1 점수에 의해 중간 암 위험을 갖는 것으로 확인된 대상체로부터 유래된 생물학적 샘플에서 FSH, CA125, HE4, Tfr, 및 ApoA1을 포함하거나 그로 이루어진 마커를 특성화하여 제2 점수를 결정하며, 여기서 제2 점수는 대상체가 낮은 또는 높은 암 위험을 갖는지 확인하는 것
    을 포함하는, 대상체가 난소암의 높은 또는 낮은 위험을 갖는지 수술 전 평가하기 위한 방법.
  23. (a) 대상체로부터 유래된 생물학적 샘플에서 트랜스티레틴/프리알부민 (TT), 아포지질단백질 A1 (ApoA1), β2-마이크로글로불린 (β2M), 트랜스페린 (Tfr), 암 항원 125 (CA125), 인간 부고환 단백질 4 (HE4), 및 여포 자극 호르몬 (FSH)을 포함하거나 그로 이루어진 마커를 특성화하여 제1 점수를 결정하며, 여기서 제1 점수는 대상체가 높은, 중간 또는 낮은 암 위험을 갖는지 확인하는 것;
    (b) 제1 점수에 의해 중간 암 위험을 갖는 것으로 확인된 대상체로부터 유래된 생물학적 샘플에서 CA125, β2M, Tfr, TT 및 ApoA1을 포함하거나 그로 이루어진 마커를 특성화하여 제2 점수를 결정하며, 이 제2 점수는 대상체가 낮은, 중간, 또는 높은 위험을 갖는지 확인하는 것; 및
    (c) 제2 점수에 의해 중간 또는 높은 암 위험을 갖는 것으로 확인된 대상체로부터 유래된 생물학적 샘플에서 FSH, CA125, HE4, Tfr, 및 ApoA1을 포함하거나 그로 이루어진 마커를 특성화하여 제3 점수를 결정하며, 여기서 제3 점수는 대상체가 낮은 또는 높은 암 위험을 갖는지 확인하는 것
    을 포함하는, 대상체가 난소암의 높은 또는 낮은 위험을 갖는지 수술 전 평가하기 위한 방법.
  24. 무증상 대상체를 수술 전 평가하기 위한 방법으로서,
    (a) 대상체로부터 유래된 생물학적 샘플에서 트랜스티레틴/프리알부민 (TT), 아포지질단백질 A1 (ApoA1), β2-마이크로글로불린 (β2M), 트랜스페린 (Tfr), 암 항원 125 (CA125), 인간 부고환 단백질 4 (HE4), 및 여포 자극 호르몬 (FSH)을 포함하거나 그로 이루어진 마커를 특성화하여 제1 점수를 결정하며, 여기서 제1 점수는 대상체가 높은, 중간 또는 낮은 암 위험을 갖는지 확인하는 것; 및
    (b) 제1 점수에 의해 높은, 중간 또는 낮은 암 위험을 갖는 것으로 확인된 대상체로부터 유래된 생물학적 샘플에서 하기 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 마커: 유방암 1 (BRCA1), 유방암 2 (BRCA2), 모세혈관확장성-운동실조 돌연변이 (ATM), BRCA1 연관 링 도메인 1 (BARD1), BRCA1 상호작용 단백질 C-말단 헬리카제 1 (BRIP1), 카데린-1 (CDH1), 체크포인트 키나제 2 (CHEK2), 상피 세포 부착 분자 (EPCAM), MutL 상동체 1 (MLH1), MutS 상동체 2 (MSH2), MutS 상동체 6 (MSH6), 니브린 (NBN), BRCA2의 파트너 및 로컬라이저 (PALB2), 포스파타제 및 텐신 상동체 (PTEN), RAD51 패럴로그 D (RAD51D), 세린/트레오닌 키나제 11 (STK11), 종양 단백질 p53 (TP53), 키르스텐 래트 육종 바이러스성 종양유전자 상동체 (KRAS), BRCA1 A 복합체 서브유닛 아브라삭스 1 (ABRAXAS1 또는 FAM175A), RAC-알파 세린/트레오닌-단백질 키나제 (AKT1 또는 단백질 키나제 B), 결장 선종성 용종증 (APC), 축 억제 단백질 2 (AXIN2), 골 형성 단백질 수용체 유형 1A (BMPR1A), 원-종양유전자 B-Raf (BRAF), 세포 분열 주기 25C (CDC25), 시클린 의존성 키나제 억제제 2A (CDKN2A), 시클린-의존성 키나제 4 (CDK4), 카테닌 베타-1 (CTNNB1), RNase 모티프를 갖는 헬리카제 (DICER1), Erb-B2 수용체 티로신 키나제 2 (ERBB2), 절제 복구 교차-상보 군 6 (ERCC6), 판코니 빈혈 상보 군 M (FANCM), 판코니 빈혈 상보 군 C (FANCC), 감수분열 재조합 11 (MRE11), mutY DNA 글리코실라제 (MUTYH), 뉴로피브로민 1 (NF1), 엔도뉴클레아제 III-유사 단백질 1 (NTHL1), 포스파티딜이노시톨-4,5-비스포스페이트 3-키나제 촉매 서브유닛 알파 (PIK3CA), 감수분열 분리후 증가 2 (PMS2), 단백질 포스파타제 2 조절 서브유닛 A 알파 (PP2R1A), 단백질 키나제 DNA-활성화 촉매 서브유닛 (PRKDC), DNA 폴리머라제 델타 1 촉매 서브유닛 (POLD1), RAD50 상동체 (RAD50), RAD51 패럴로그 C (RAD51C), 링 핑거 단백질 43 (RNF43), 숙시네이트 데히드로게나제 복합체 철 황 서브유닛 B (SDHB), 숙시네이트 데히드로게나제 복합체 서브유닛 D (SDHD), 크로마틴 서브패밀리 A 구성원의 SWI/SNF 관련 매트릭스 연관 액틴 의존성 조절인자 4 (SMARCA4), 차이니즈 햄스터 세포의 결함 복구를 보완하는 X선 복구 2 (XRCC2), 베르너 증후군 ATP-의존성 헬리카제 (WRN 또는 RECQL), 세포 분열 주기 73 (CDC73), 폴리펩티드 N-아세틸갈락토사미닐트랜스퍼라제 12 (GALNT12), 그렘린 1 (GREM1), 호메오복스 B13 (HOXB13), MutS 상동체 3 (MSH3), DNA 폴리머라제 엡실론 촉매 서브유닛 (POLE), RAD51 레콤비나제 (RAD51), RAD50 인터랙터 1 (RINT1), 40S 리보솜 단백질 S20 (RSP20), SLX4 구조-특이적 엔도뉴클레아제 서브유닛 (SLX4), SMAD 패밀리 구성원 4 (SMAD4), 이중 특이적 단백질 키나제 TTK (TTK), Ras 회합 도메인 패밀리 1 이소형 A (RASSF1A), Runt-관련 전사 인자 3 (RUNX3), 조직 인자 경로 억제제 2 (TFPI2), 분비 프리즐드-관련 단백질 5 (SFRP5), 오피오이드-결합 단백질/세포 부착 분자 (OPCML), O6-알킬구아닌 DNA 알킬트랜스퍼라제 (MGMT), 카데린 13 (CDH13), 술파타제 1 (SULF1), 호메오복스 A9 (HOXA9), 호메오복스 A11 (HOXAD11), 클라우딘 4 (CLDN4), T-세포 분화 단백질 (MAL), 각인된 부위의 조절인자의 브라더 (BORIS), ATP-결합 카세트 슈퍼-패밀리 G 구성원 2 (ABCG2), 튜불린 베타 3 클래스 III (TUBB3), 메틸화 제어된 DNAJ (MCJ), 시누셀린-γ (SNGG), 대안적 판독 프레임 종양 억제인자 (P14ARF), 시클린-의존성 키나제 억제제 2A (CDKN2A 또는 P16INK4A), 시클린-의존성 키나제 4 억제제 B (CDKN2B 또는 P15), 사망-연관 단백질 키나제 1 (DAPK), 칼슘 채널 전압-의존성 T 유형 알파 1G 서브유닛 (CACNA1G 또는 MINT31), 망막모세포종-상호작용 징크-핑거 단백질 1 (RIZ1), 및 메틸화-유도 침묵의 표적 1 (TMS1)을 특성화하며, 여기서 하나 이상의 마커에서 하나 이상의 돌연변이의 존재 또는 하나 이상의 마커에서 비정상적인 메틸화의 존재는 대상체가 하나 이상의 마커에서 돌연변이 또는 비정상적인 메틸화를 갖지 않는 대상체에 비해 더 높은 [증가된] 암 위험을 갖는다는 것을 확인하는 것
    을 포함하는 방법.
  25. 제19항 내지 제23항 중 어느 한 항에 있어서, 제1 점수에 의해 높은, 중간 또는 낮은 암 위험을 갖는 것으로 확인된 대상체로부터 유래된 생물학적 샘플에서 하기로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 마커: 유방암 1 (BRCA1), 유방암 2 (BRCA2), 모세혈관확장성-운동실조 돌연변이 (ATM), BRCA1 연관 링 도메인 1 (BARD1), BRCA1 상호작용 단백질 C-말단 헬리카제 1 (BRIP1), 카데린-1 (CDH1), 체크포인트 키나제 2 (CHEK2), 상피 세포 부착 분자 (EPCAM), MutL 상동체 1 (MLH1), MutS 상동체 2 (MSH2), MutS 상동체 6 (MSH6), 니브린 (NBN), BRCA2의 파트너 및 로컬라이저 (PALB2), 포스파타제 및 텐신 상동체 (PTEN), RAD51 패럴로그 D (RAD51D), 세린/트레오닌 키나제 11 (STK11), 종양 단백질 p53 (TP53), 키르스텐 래트 육종 바이러스성 종양유전자 상동체 (KRAS), BRCA1 A 복합체 서브유닛 아브라삭스 1 (ABRAXAS1 또는 FAM175A), RAC-알파 세린/트레오닌-단백질 키나제 (AKT1 또는 단백질 키나제 B), 결장 선종성 용종증 (APC), 축 억제 단백질 2 (AXIN2), 골 형성 단백질 수용체 유형 1A (BMPR1A), 원-종양유전자 B-Raf (BRAF), 세포 분열 주기 25C (CDC25), 시클린 의존성 키나제 억제제 2A (CDKN2A), 시클린-의존성 키나제 4 (CDK4), 카테닌 베타-1 (CTNNB1), RNase 모티프를 갖는 헬리카제 (DICER1), Erb-B2 수용체 티로신 키나제 2 (ERBB2), 절제 복구 교차-상보 군 6 (ERCC6), 판코니 빈혈 상보 군 M (FANCM), 판코니 빈혈 상보 군 C (FANCC), 감수분열 재조합 11 (MRE11), mutY DNA 글리코실라제 (MUTYH), 뉴로피브로민 1 (NF1), 엔도뉴클레아제 III-유사 단백질 1 (NTHL1), 포스파티딜이노시톨-4,5-비스포스페이트 3-키나제 촉매 서브유닛 알파 (PIK3CA), 감수분열 분리후 증가 2 (PMS2), 단백질 포스파타제 2 조절 서브유닛 A 알파 (PP2R1A), 단백질 키나제 DNA-활성화 촉매 서브유닛 (PRKDC), DNA 폴리머라제 델타 1 촉매 서브유닛 (POLD1), RAD50 상동체 (RAD50), RAD51 패럴로그 C (RAD51C), 링 핑거 단백질 43 (RNF43), 숙시네이트 데히드로게나제 복합체 철 황 서브유닛 B (SDHB), 숙시네이트 데히드로게나제 복합체 서브유닛 D (SDHD), 크로마틴 서브패밀리 A 구성원의 SWI/SNF 관련 매트릭스 연관 액틴 의존성 조절인자 4 (SMARCA4), 차이니즈 햄스터 세포의 결함 복구를 보완하는 X선 복구 2 (XRCC2), 베르너 증후군 ATP-의존성 헬리카제 (WRN 또는 RECQL), 세포 분열 주기 73 (CDC73), 폴리펩티드 N-아세틸갈락토사미닐트랜스퍼라제 12 (GALNT12), 그렘린 1 (GREM1), 호메오복스 B13 (HOXB13), MutS 상동체 3 (MSH3), DNA 폴리머라제 엡실론 촉매 서브유닛 (POLE), RAD51 레콤비나제 (RAD51), RAD50 인터랙터 1 (RINT1), 40S 리보솜 단백질 S20 (RSP20), SLX4 구조-특이적 엔도뉴클레아제 서브유닛 (SLX4), SMAD 패밀리 구성원 4 (SMAD4), 및 이중 특이적 단백질 키나제 TTK (TTK), Ras 회합 도메인 패밀리 1 이소형 A (RASSF1A), Runt-관련 전사 인자 3 (RUNX3), 조직 인자 경로 억제제 2 (TFPI2), 분비 프리즐드-관련 단백질 5 (SFRP5), 오피오이드-결합 단백질/세포 부착 분자 (OPCML), O6-알킬구아닌 DNA 알킬트랜스퍼라제 (MGMT), 카데린 13 (CDH13), 술파타제 1 (SULF1), 호메오복스 A9 (HOXA9), 호메오복스 A11 (HOXAD11), 클라우딘 4 (CLDN4), T-세포 분화 단백질 (MAL), 각인된 부위의 조절인자의 브라더 (BORIS), ATP-결합 카세트 슈퍼-패밀리 G 구성원 2 (ABCG2), 튜불린 베타 3 클래스 III (TUBB3), 메틸화 제어된 DNAJ (MCJ), 시누셀린-γ (SNGG), 대안적 판독 프레임 종양 억제인자 (P14ARF), 시클린-의존성 키나제 억제제 2A (CDKN2A 또는 P16INK4A), 시클린-의존성 키나제 4 억제제 B (CDKN2B 또는 P15), 사망-연관 단백질 키나제 1 (DAPK), 칼슘 채널 전압-의존성 T 유형 알파 1G 서브유닛 (CACNA1G 또는 MINT31), 망막모세포종-상호작용 징크-핑거 단백질 1 (RIZ1), 및 메틸화-유도 침묵의 표적 1 (TMS1)을 특성화하며, 여기서 하나 이상의 마커에서 하나 이상의 돌연변이의 존재 또는 하나 이상의 마커에서 비정상적인 메틸화의 존재는 대상체가 하나 이상의 마커에서 하나 이상의 돌연변이 또는 비정상적인 메틸화를 갖지 않는 대상체에 비해 더 높은 [증가된] 암 위험을 갖는다는 것을 확인하는 것을 추가로 포함하는 방법.
  26. 하나 이상의 생식세포 및/또는 체세포 마커에서 하나 이상의 돌연변이 또는 비정상적인 메틸화를 갖는 대상체를 수술 전 모니터링하기 위한 방법으로서,
    (a) 대상체로부터 유래된 제1 생물학적 샘플에서 트랜스티레틴/프리알부민 (TT), 아포지질단백질 A1 (ApoA1), β2-마이크로글로불린 (β2M), 트랜스페린 (Tfr), 암 항원 125 (CA125), 인간 부고환 단백질 4 (HE4), 및 여포 자극 호르몬 (FSH)을 포함하거나 그로 이루어진 마커를 특성화하여 제1 시점에서 제1 점수를 결정하며, 여기서 제1 점수는 대상체가 높은, 중간 또는 낮은 난소암 위험을 갖는지 확인하는 것; 및
    (b) 하나 이상의 시점에서 중간 또는 낮은 난소암 위험을 갖는 것으로 확인된 대상체로부터의 하나 이상의 생물학적 샘플에서 단계 (a)를 반복하여, 대상체를 모니터링하는 것
    을 포함하는 방법.
  27. 하나 이상의 생식세포 및/또는 체세포 마커에서 하나 이상의 돌연변이 또는 비정상적인 메틸화를 갖는 대상체를 수술 전 모니터링하기 위한 방법으로서,
    (a) 대상체로부터 유래된 제1 생물학적 샘플에서 트랜스티레틴/프리알부민 (TT), 아포지질단백질 A1 (ApoA1), β2-마이크로글로불린 (β2M), 트랜스페린 (Tfr), 암 항원 125 (CA125), 인간 부고환 단백질 4 (HE4), 및 여포 자극 호르몬 (FSH)을 포함하거나 그로 이루어진 마커를 특성화하여 제1 시점에서 제1 점수를 결정하며, 여기서 제1 점수는 대상체가 높은, 중간 또는 낮은 난소암 위험을 갖는지 확인하는 것;
    (b) 제1 점수에 의해 낮은 또는 중간 암 위험을 갖는 것으로 확인된 대상체로부터 유래된 생물학적 샘플에서 CA125, β2M, Tfr, TT 및 ApoA1을 포함하거나 그로 이루어진 마커를 특성화하여 제1 시점에서 제2 점수를 결정하며, 여기서 제2 점수는 대상체가 낮은 또는 높은 암 위험을 갖는지 확인하는 것; 및
    (c) 하나 이상의 시점에서 단계 (b)에서 낮은 난소암 위험을 갖는 것으로 확인된 대상체로부터의 하나 이상의 생물학적 샘플에서 단계 (a) 및 (b)를 반복하여, 대상체를 모니터링하는 것
    을 포함하는 방법.
  28. 하나 이상의 생식세포 및/또는 체세포 마커에서 하나 이상의 돌연변이 또는 비정상적인 메틸화를 갖는 대상체를 수술 전 모니터링하기 위한 방법으로서,
    (a) 대상체로부터 유래된 제1 생물학적 샘플에서 트랜스티레틴/프리알부민 (TT), 아포지질단백질 A1 (ApoA1), β2-마이크로글로불린 (β2M), 트랜스페린 (Tfr), 암 항원 125 (CA125), 인간 부고환 단백질 4 (HE4), 및 여포 자극 호르몬 (FSH)을 포함하거나 그로 이루어진 마커를 특성화하여 제1 시점에서 제1 점수를 결정하며, 여기서 제1 점수는 대상체가 높은, 중간 또는 낮은 난소암 위험을 갖는지 확인하는 것;
    (b) 제1 점수에 의해 낮은 또는 중간 암 위험을 갖는 것으로 확인된 대상체로부터 유래된 생물학적 샘플에서 FSH, CA125, HE4, Tfr, 및 ApoA1을 포함하거나 그로 이루어진 마커를 특성화하여 제1 시점에서 제2 점수를 결정하며, 여기서 제2 점수는 대상체가 낮은 또는 높은 암 위험을 갖는지 확인하는 것; 및
    (c) 하나 이상의 시점에서 단계 (b)에서 낮은 난소암 위험을 갖는 것으로 확인된 대상체로부터의 하나 이상의 생물학적 샘플에서 단계 (a) 및 (b)를 반복하여, 대상체를 모니터링하는 것
    을 포함하는 방법.
  29. 낮은 또는 중간 난소암 위험을 갖는 것으로 확인된 하나 이상의 생식세포 및/또는 체세포 마커에서 하나 이상의 돌연변이 또는 비정상적인 메틸화를 갖는 대상체를 수술 전 모니터링하기 위한 방법으로서,
    (a) 대상체로부터 유래된 제1 생물학적 샘플에서 트랜스티레틴/프리알부민 (TT), 아포지질단백질 A1 (ApoA1), β2-마이크로글로불린 (β2M), 트랜스페린 (Tfr), 암 항원 125 (CA125), 인간 부고환 단백질 4 (HE4), 및 여포 자극 호르몬 (FSH)을 포함하거나 그로 이루어진 마커를 특성화하여 제1 시점에서 제1 점수를 결정하며, 여기서 제1 점수는 대상체가 높은, 중간 또는 낮은 난소암 위험을 갖는지 확인하는 것;
    (b) 제1 점수에 의해 낮은, 중간 암 위험을 갖는 것으로 확인된 대상체로부터 유래된 생물학적 샘플에서 CA125, β2M, Tfr, TT 및 ApoA1을 포함하거나 그로 이루어진 마커를 특성화하여 제1 시점에서 제2 점수를 결정하며, 여기서 제2 점수는 대상체가 낮은, 중간 또는 높은 암 위험을 갖는지 확인하는 것;
    (c) 제2 점수에 의해 중간 또는 높은 암 위험을 갖는 것으로 확인된 대상체로부터 유래된 생물학적 샘플에서 FSH, CA125, HE4, Tfr, 및 ApoA1을 포함하거나 그로 이루어진 마커를 특성화하여 제1 시점에서 제3 점수를 결정하며, 여기서 제3 점수는 대상체가 낮은 또는 높은 암 위험을 갖는지 확인하는 것; 및
    (d) 하나 이상의 시점에서 단계 (b)에서 낮은 또는 중간 위험 또는 단계 (c)에서 낮은 난소암 위험을 갖는 것으로 확인된 대상체로부터의 하나 이상의 생물학적 샘플에서 단계 (a)-(c)를 반복하여, 대상체를 모니터링하는 것
    을 포함하는 방법.
  30. 제26항 내지 제29항 중 어느 한 항에 있어서, 하나 이상의 생식세포 및/또는 체세포 마커가 유방암 1 (BRCA1), 유방암 2 (BRCA2), 모세혈관확장성-운동실조 돌연변이 (ATM), BRCA1 연관 링 도메인 1 (BARD1), BRCA1 상호작용 단백질 C-말단 헬리카제 1 (BRIP1), 카데린-1 (CDH1), 체크포인트 키나제 2 (CHEK2), 상피 세포 부착 분자 (EPCAM), MutL 상동체 1 (MLH1), MutS 상동체 2 (MSH2), MutS 상동체 6 (MSH6), 니브린 (NBN), BRCA2의 파트너 및 로컬라이저 (PALB2), 포스파타제 및 텐신 상동체 (PTEN), RAD51 패럴로그 D (RAD51D), 세린/트레오닌 키나제 11 (STK11), 종양 단백질 p53 (TP53), 키르스텐 래트 육종 바이러스성 종양유전자 상동체 (KRAS), BRCA1 A 복합체 서브유닛 아브라삭스 1 (ABRAXAS1 또는 FAM175A), RAC-알파 세린/트레오닌-단백질 키나제 (AKT1 또는 단백질 키나제 B), 결장 선종성 용종증 (APC), 축 억제 단백질 2 (AXIN2), 골 형성 단백질 수용체 유형 1A (BMPR1A), 원-종양유전자 B-Raf (BRAF), 세포 분열 주기 25C (CDC25), 시클린 의존성 키나제 억제제 2A (CDKN2A), 시클린-의존성 키나제 4 (CDK4), 카테닌 베타-1 (CTNNB1), RNase 모티프를 갖는 헬리카제 (DICER1), Erb-B2 수용체 티로신 키나제 2 (ERBB2), 절제 복구 교차-상보 군 6 (ERCC6), 판코니 빈혈 상보 군 M (FANCM), 판코니 빈혈 상보 군 C (FANCC), 감수분열 재조합 11 (MRE11), mutY DNA 글리코실라제 (MUTYH), 뉴로피브로민 1 (NF1), 엔도뉴클레아제 III-유사 단백질 1 (NTHL1), 포스파티딜이노시톨-4,5-비스포스페이트 3-키나제 촉매 서브유닛 알파 (PIK3CA), 감수분열 분리후 증가 2 (PMS2), 단백질 포스파타제 2 조절 서브유닛 A 알파 (PP2R1A), 단백질 키나제 DNA-활성화 촉매 서브유닛 (PRKDC), DNA 폴리머라제 델타 1 촉매 서브유닛 (POLD1), RAD50 상동체 (RAD50), RAD51 패럴로그 C (RAD51C), 링 핑거 단백질 43 (RNF43), 숙시네이트 데히드로게나제 복합체 철 황 서브유닛 B (SDHB), 숙시네이트 데히드로게나제 복합체 서브유닛 D (SDHD), 크로마틴 서브패밀리 A 구성원의 SWI/SNF 관련 매트릭스 연관 액틴 의존성 조절인자 4 (SMARCA4), 차이니즈 햄스터 세포의 결함 복구를 보완하는 X선 복구 2 (XRCC2), 베르너 증후군 ATP-의존성 헬리카제 (WRN 또는 RECQL), 세포 분열 주기 73 (CDC73), 폴리펩티드 N-아세틸갈락토사미닐트랜스퍼라제 12 (GALNT12), 그렘린 1 (GREM1), 호메오복스 B13 (HOXB13), MutS 상동체 3 (MSH3), DNA 폴리머라제 엡실론 촉매 서브유닛 (POLE), RAD51 레콤비나제 (RAD51), RAD50 인터랙터 1 (RINT1), 40S 리보솜 단백질 S20 (RSP20), SLX4 구조-특이적 엔도뉴클레아제 서브유닛 (SLX4), SMAD 패밀리 구성원 4 (SMAD4), 및 이중 특이적 단백질 키나제 TTK (TTK), Ras 회합 도메인 패밀리 1 이소형 A (RASSF1A), Runt-관련 전사 인자 3 (RUNX3), 조직 인자 경로 억제제 2 (TFPI2), 분비 프리즐드-관련 단백질 5 (SFRP5), 오피오이드-결합 단백질/세포 부착 분자 (OPCML), O6-알킬구아닌 DNA 알킬트랜스퍼라제 (MGMT), 카데린 13 (CDH13), 술파타제 1 (SULF1), 호메오복스 A9 (HOXA9), 호메오복스 A11 (HOXAD11), 클라우딘 4 (CLDN4), T-세포 분화 단백질 (MAL), 각인된 부위의 조절인자의 브라더 (BORIS), ATP-결합 카세트 슈퍼-패밀리 G 구성원 2 (ABCG2), 튜불린 베타 3 클래스 III (TUBB3), 메틸화 제어된 DNAJ (MCJ), 시누셀린-γ (SNGG), 대안적 판독 프레임 종양 억제인자 (P14ARF), 시클린-의존성 키나제 억제제 2A (CDKN2A 또는 P16INK4A), 시클린-의존성 키나제 4 억제제 B (CDKN2B 또는 P15), 사망-연관 단백질 키나제 1 (DAPK), 칼슘 채널 전압-의존성 T 유형 알파 1G 서브유닛 (CACNA1G 또는 MINT31), 망막모세포종-상호작용 징크-핑거 단백질 1 (RIZ1), 및 메틸화-유도 침묵의 표적 1 (TMS1)로 이루어진 군으로부터 선택되는 것인 방법.
  31. 자궁부속기 종괴를 갖는 대상체를 수술 전 모니터링하기 위한 방법으로서,
    (a) 대상체로부터 유래된 생물학적 샘플에서 트랜스티레틴/프리알부민 (TT), 아포지질단백질 A1 (ApoA1), β2-마이크로글로불린 (β2M), 트랜스페린 (Tfr), 암 항원 125 (CA125), 인간 부고환 단백질 4 (HE4), 및 여포 자극 호르몬 (FSH)을 포함하거나 그로 이루어진 마커를 특성화하여 제1 시점에서 제1 점수를 결정하며, 여기서 제1 점수는 대상체가 높은, 중간 또는 낮은 난소암 위험을 갖는지 확인하는 것;
    (b) 제1 점수에 의해 중간 암 위험을 갖는 것으로 확인된 대상체로부터 유래된 생물학적 샘플에서 CA125, β2M, 트랜스페린, 트랜스티레틴 및 ApoA1을 포함하거나 그로 이루어진 마커를 특성화하여 제1 시점에서 제2 점수를 결정하며, 여기서 제2 점수는 대상체가 낮은 또는 높은 암 위험을 갖는지 확인하는 것; 및
    (c) 하나 이상의 시점에서 단계 (b)에서 난소암 위험의 낮은 위험을 갖는 것으로 확인된 대상체로부터의 하나 이상의 생물학적 샘플에서 단계 (a) 및 (b)를 반복하여, 대상체를 모니터링하는 것
    을 포함하는 방법.
  32. 자궁부속기 종괴를 갖는 대상체를 수술 전 모니터링하기 위한 방법으로서,
    (a) 대상체로부터 유래된 생물학적 샘플에서 트랜스티레틴/프리알부민 (TT), 아포지질단백질 A1 (ApoA1), β2-마이크로글로불린 (β2M), 트랜스페린 (Tfr), 암 항원 125 (CA125), 인간 부고환 단백질 4 (HE4), 및 여포 자극 호르몬 (FSH)을 포함하거나 그로 이루어진 마커를 특성화하여 제1 시점에서 제1 점수를 결정하며, 여기서 제1 점수는 대상체가 높은, 중간 또는 낮은 난소암 위험을 갖는지 확인하는 것;
    (b) 제1 점수에 의해 중간 암 위험을 갖는 것으로 확인된 대상체로부터 유래된 생물학적 샘플에서 FSH, CA125, HE4, Tfr, 및 ApoA1을 포함하거나 그로 이루어진 마커를 특성화하여 제1 시점에서 제2 점수를 결정하며, 여기서 제2 점수는 대상체가 낮은 또는 높은 난소암 위험을 갖는지 확인하는 것; 및
    (c) 하나 이상의 시점에서 단계 (b)에서 난소암 위험의 낮은 위험을 갖는 것으로 확인된 대상체로부터의 하나 이상의 생물학적 샘플에서 단계 (a) 및 (b)를 반복하여, 대상체를 모니터링하는 것
    을 포함하는 방법.
  33. 자궁부속기 종괴를 갖는 대상체를 모니터링하기 위한 방법으로서,
    (a) 대상체로부터 유래된 제1 생물학적 샘플에서 트랜스티레틴/프리알부민 (TT), 아포지질단백질 A1 (ApoA1), β2-마이크로글로불린 (β2M), 트랜스페린 (Tfr), 암 항원 125 (CA125), 인간 부고환 단백질 4 (HE4), 및 여포 자극 호르몬 (FSH)을 포함하거나 그로 이루어진 마커를 특성화하여 제1 시점에서 제1 점수를 결정하며, 여기서 제1 점수는 대상체가 높은, 중간 또는 낮은 난소암 위험을 갖는지 확인하는 것;
    (b) 제1 점수에 의해 낮은 또는 중간 암 위험을 갖는 것으로 확인된 대상체로부터 유래된 생물학적 샘플에서 CA125, β2M, Tfr, TT 및 ApoA1을 포함하거나 그로 이루어진 마커를 특성화하여 제1 시점에서 제2 점수를 결정하며, 여기서 제2 점수는 대상체가 낮은, 중간, 또는 높은 난소암 위험을 갖는지 확인하는 것;
    (c) 제1 점수에 의해 중간 또는 높은 암 위험을 갖는 것으로 확인된 대상체로부터 유래된 생물학적 샘플에서 FSH, CA125, HE4, Tfr, 및 ApoA1을 포함하거나 그로 이루어진 마커를 특성화하여 제1 시점에서 제3 점수를 결정하며, 여기서 제3 점수는 대상체가 낮은 또는 높은 암 위험을 갖는지 확인하는 것; 및
    (d) 하나 이상의 시점에서 단계 (b)에서 낮은 또는 중간 위험 또는 단계 (c)에서 난소암 위험의 낮은 위험을 갖는 것으로 확인된 대상체로부터의 하나 이상의 생물학적 샘플에서 단계 (a)-(c)를 반복하는 것
    을 포함하는 방법.
  34. 제24항 내지 제30항 중 어느 한 항에 있어서, 하나 이상의 생식세포 마커가 BRCA1 및/또는 BRCA2인 방법.
  35. 제34항에 있어서, BRCA1에서의 하나 이상의 돌연변이가 c. 68_69del 및/또는 c.5266dup를 포함하고/거나, BRCA2에서의 하나 이상의 돌연변이가 c.5946del을 포함하는 것인 방법.
  36. 제19항 내지 제35항 중 어느 한 항에 있어서, 하나 이상의 마커가 무세포 종양 DNA (cftDNA)를 검출하는 것을 특징으로 하는 것인 방법.
  37. 제21항 내지 제36항 중 어느 한 항에 있어서, 제1 점수는 0 내지 20의 범위이고, 여기서 5 이하의 제1 점수는 대상체를 낮은 암 위험을 갖는 것으로 확인하고, 폐경 전 대상체에서 5 초과 및 10 미만의 제1 점수 또는 폐경 후 대상체에서 5 초과 및 14 미만의 제1 점수는 대상체를 중간 암 위험을 갖는 것으로 확인하고, 폐경 전 대상체에서 10 이상의 제1 점수 또는 폐경 후 대상체에서 14 이상의 제1 점수는 대상체를 높은 암 위험을 갖는 것으로 확인하는 것인 방법.
  38. 제21항, 제22항, 제25항, 제27항, 제28항, 제30항 내지 제32항 및 제34항 내지 제37항 중 어느 한 항에 있어서, 제2 점수는 0 내지 20의 범위이고, 여기서 5 미만의 제2 점수는 대상체를 낮은 암 위험을 갖는 것으로 확인하고 5 이상의 제1 점수는 대상체를 높은 암 위험을 갖는 것으로 확인하는 것인 방법.
  39. 제23항, 제29항, 제30항 및 제33항 내지 제38항 중 어느 한 항에 있어서, 제2 점수는 0 내지 20의 범위이고, 여기서 폐경 전 대상체에서 5 이하의 제2 점수 또는 폐경 후 대상체에서 4.4 미만의 제2 점수는 대상체를 낮은 암 위험을 갖는 것으로 확인하고, 폐경 전 대상체에서 5 초과 및 7 미만의 제2 점수 또는 폐경 후 대상체에서 4.4 초과 및 6 미만의 제2 점수는 대상체를 중간 암 위험을 갖는 것으로 확인하고, 폐경 전 대상체에서 7 이하의 제2 점수 또는 폐경 후 대상체에서 6 이상의 제2 점수는 대상체를 높은 암 위험을 갖는 것으로 확인하고;
    여기서 제3 점수는 0 내지 20의 범위이고, 여기서 5 이하의 제3 점수는 대상체를 낮은 암 위험을 갖는 것으로 확인하고 5 초과의 제3 점수는 대상체를 높은 암 위험을 갖는 것으로 확인하는 것인 방법.
  40. 제19항 내지 제39항 중 어느 한 항에 있어서, 마커 각각이 별도의 포획 시약에 결합되는 것인 방법.
  41. 제40항에 있어서, 포획 시약이 고체 지지체에 부착되는 것인 방법.
  42. 제41항에 있어서, 고체 지지체가 플레이트, 칩, 비드, 미세유체 플랫폼, 멤브레인, 평면 마이크로어레이, 또는 서스펜션 어레이인 방법.
  43. 제40항 내지 제42항 중 어느 한 항에 있어서, 포획 시약이 항체, 압타머, 아피바디, 혼성화 프로브 및/또는 그의 단편인 방법.
  44. 제40항 내지 제43항 중 어느 한 항에 있어서, 각각의 포획 시약이 마커 중 하나에 특이적으로 결합하는 것인 방법.
  45. 제19항 내지 제44항 중 어느 한 항에 있어서, 마커가 면역검정, 염기서열분석 및/또는 핵산 마이크로어레이를 특징으로 하는 것인 방법.
  46. 제45항에 있어서, 염기서열분석이 차세대 염기서열분석 (NGS) 또는 생어 염기서열분석인 방법.
  47. 제45항에 있어서, 면역검정이 친화도 포획 검정, 면역계측 검정, 이종 화학발광 면역계측 검정, 동종 화학발광 면역계측 검정, ELISA, 웨스턴 블롯팅, 방사선면역검정, 자기 면역검정, 실시간 면역정량적 PCR (iqPCR) 및 SERS 무표지 검정을 포함하는 것인 방법.
  48. 제19항 내지 제47항 중 어느 한 항에 있어서, 대상체에서 난소암 위험의 하나 이상의 임상적 바이오마커를 추가로 특성화하고, 여기서 하나 이상의 임상적 바이오마커는 연령, 폐경 전 상태, 폐경 후 상태, 민족성, 병리학, 자궁부속기 종괴 진단, 가족력, 신체 검사, 영상화 결과, 및/또는 흡연 이력으로 이루어진 군으로부터 선택되고, 여기서 하나 이상의 임상적 바이오마커는 대상체가 낮은 또는 높은 암 위험을 갖는지 추가로 확인하는 것인 방법.
  49. 대상체가 난소암을 가질 위험을 분류하는 방법으로서,
    적어도 하나의 프로세서에 의해, 마커 트랜스티레틴/프리알부민 (TT), 아포지질단백질 A1 (ApoA1), β2-마이크로글로불린 (β2M), 트랜스페린 (Tfr), 암 항원 125 (CA125), HE4, 및 여포 자극 호르몬 (FSH), 및 하기로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 마커: 유방암 1 (BRCA1), 유방암 2 (BRCA2), ATM, BARD1, BRIP1, CDH1, CHEK2, EPCAM, MLH1, MSH2, MSH6, NBN, PALB2, PTEN, RAD51D, STK11, TP53, KRAS, ABRAXAS1, AKT1, APC, AXIN2, BMPR1A, BRAF, CDC25, CDKN2A, CDK4, CTNNB1, DICER1, ERBB2, ERCC6, FANCM, FANCC, MRE11, MUTYH, NF1, NTHL1, PIK3CA, PMS2, PP2R1A, PRKDC, POLD1, RAD50, RAD51C, RNF43, SDHB, SDHD, SMARCA4, XRCC2, WRN , CDC73, GALNT12, GREM1, HOXB13, MSH3, POLE, RAD51, RINT1, RSP20, SLX4, SMAD4, TTK, RASSF1A, RUNX3, TFPI2, SFRP5, OPCML, MGMT, CDH13, SULF1, HOXA9, HOXAD11, CLDN4, MAL, BORIS, ABCG2, TUBB3, MCJ, SNGG, P14ARF, P16INK4A, DAPK, P15, MINT31, RIZ1, 및 TMS1을 포함하거나 그로 이루어진 패널의 각각의 마커에 대해 검출된 마커 스펙트럼 피크를 나타내는 제1 패널 신호를 수신하는 것;
    적어도 하나의 프로세서에 의해, 제1 단계 암 위험 분류기를 이용하여, 난소암 발병의 예측된 위험을 나타내는 암 위험 분류 점수를 예측하며, 여기서 암 위험 분류 점수는 학습된 위험 분류 파라미터 및 제1 패널 신호에 기초하는 것;
    적어도 하나의 프로세서에 의해, 암 위험 분류 점수와 연관된 암 위험 수준을 결정하며, 여기서 암 위험 수준은 낮은 위험, 중간 위험 및 높은 위험을 포함하는 선택 중 적어도 하나로부터 선택되는 것; 및
    및 적어도 하나의 프로세서에 의해, 대상체의 암 위험 수준을 표시하는 의료 제공자와 연관된 컴퓨팅 장치에서 암 위험 수준 예측을 생성하는 것
    을 포함하는 방법.
  50. 제49항에 있어서,
    적어도 하나의 프로세서에 의해, 암 위험 수준을 중간 위험으로서 결정하는 것;
    적어도 하나의 프로세서에 의해, 제2 단계 암 위험 분류기를 이용하여, 제2 단계 학습된 위험 분류 파라미터 및 제1 패널 신호의 서브세트를 포함하는 제2 패널 신호에 기초하여 향상된 암 위험 분류 점수를 예측하는 것; 및
    적어도 하나의 프로세서에 의해, 향상된 암 위험 분류 점수와 연관된 향상된 암 위험 수준을 결정하며, 여기서 향상된 암 위험 수준은 낮은 위험 및 높은 위험을 포함하는 선택 중 적어도 하나로부터 선택되는 것
    을 추가로 포함하는 방법.
  51. 제50항에 있어서, 제2 패널 신호가 CA125, β2M, 트랜스페린, 트랜스티레틴 및 ApoA1을 포함하거나 그로 이루어진 마커의 마커 스펙트럼 피크를 나타내는 것인 방법.
  52. 제50항에 있어서, 제2 패널 신호가 FSH, CA125, HE4, 트랜스페린, ApoA1을 포함하거나 그로 이루어진 마커의 마커 스펙트럼 피크를 나타내는 것인 방법.
  53. 제49항에 있어서,
    적어도 하나의 프로세서에 의해, 암 위험 수준을 중간 위험으로서 결정하는 것;
    적어도 하나의 프로세서에 의해, 제2 단계 암 위험 분류기를 이용하여, 제2 단계 학습된 위험 분류 파라미터 및 제1 패널 신호의 상이한 서브세트를 포함하는 제2 패널 신호에 기초하여 향상된 암 위험 분류 점수를 예측하는 것;
    적어도 하나의 프로세서에 의해, 제3 단계 암 위험 분류기를 이용하여, 제2 단계 학습된 위험 분류 파라미터 및 제1 패널 신호의 상이한 서브세트를 포함하는 제3 패널 신호에 기초하여 향상된 암 위험 분류 점수를 예측하는 것; 및
    적어도 하나의 프로세서에 의해, 향상된 암 위험 분류 점수와 연관된 향상된 암 위험 수준을 결정하며, 여기서 향상된 암 위험 수준은 낮은 위험 및 높은 위험을 포함하는 선택 중 적어도 하나로부터 선택되는 것
    을 추가로 포함하는 방법.
  54. 제53항에 있어서, 제2 패널 신호가 CA125, β2M, 트랜스페린, 트랜스티레틴 및 ApoA1을 포함하거나 그로 이루어진 마커의 마커 스펙트럼 피크를 나타내고 제3 패널 신호가 FSH, CA125, HE4, 트랜스페린, ApoA1을 포함하거나 그로 이루어진 마커의 마커 스펙트럼 피크를 나타내는 것인 방법.
  55. 제49항 내지 제54항 중 어느 한 항에 있어서,
    적어도 하나의 프로세서에 의해, 암 위험 분류 점수가 0.0 내지 5.0인 암 위험 수준의 낮은 위험을 결정하는 것;
    적어도 하나의 프로세서에 의해, 암 위험 분류 점수가 5.1 내지 9.9인 암 위험 수준의 중간 위험을 결정하는 것; 및
    적어도 하나의 프로세서에 의해, 암 위험 분류 점수가 10.0 내지 20.0인 암 위험 수준의 높은 위험을 결정하는 것
    을 추가로 포함하는 방법.
  56. 제49항 내지 제54항 중 어느 한 항에 있어서, 제1 단계 암 위험 분류기가,
    학습된 위험 분류 파라미터의 폐경 전 위험 분류 파라미터를 학습한 폐경 전 제1 단계 암 위험 예측 모델; 및
    학습된 위험 분류 파라미터의 폐경 후 위험 분류 파라미터를 학습한 폐경 후 제1 단계 암 위험 예측 모델
    을 포함하는 것인 방법.
  57. 제56항에 있어서,
    적어도 하나의 프로세서에 의해, 암 위험 분류 점수가 0.0 내지 5.0인 암 위험 수준의 낮은 위험을 결정하는 것;
    적어도 하나의 프로세서에 의해, 암 위험 분류 점수가 폐경 후 대상체의 경우 5.1 내지 13.9인 암 위험 수준의 중간 위험을 결정하는 것; 및
    적어도 하나의 프로세서에 의해, 암 위험 분류 점수가 폐경 후 대상체의 경우 14.0 내지 20.0인 암 위험 수준의 낮은 위험을 결정하는 것
    을 추가로 포함하는 방법.
  58. 제56항에 있어서,
    적어도 하나의 프로세서에 의해, 암 위험 분류 점수가 0.0 내지 5.0인 암 위험 수준의 낮은 위험을 결정하는 것;
    적어도 하나의 프로세서에 의해, 암 위험 분류 점수가 폐경 전 대상체의 경우 5.1 내지 9.9인 암 위험 수준의 중간 위험을 결정하는 것; 및
    적어도 하나의 프로세서에 의해, 암 위험 분류 점수가 폐경 전 대상체의 경우 10.0 내지 20.0인 암 위험 수준의 높은 위험을 결정하는 것
    을 추가로 포함하는 방법.
  59. 제49항 내지 제58항 중 어느 한 항에 있어서, 적어도 하나의 프로세서에 의해, 암 위험 수준이 높은 위험인 경우 외과적 개입을 권장하는 컴퓨팅 장치의 디스플레이 상의 권장을 생성하는 것을 추가로 포함하는 방법.
  60. 제49항 내지 제58항 중 어느 한 항에 있어서, 적어도 하나의 프로세서에 의해, 암 위험 수준이 낮은 위험인 경우 어떤 외과적 개입도 권장하지 않는 컴퓨팅 장치의 디스플레이 상의 권장을 생성하는 것을 추가로 포함하는 방법.
  61. 제49항 내지 제60항 중 어느 한 항에 있어서,
    적어도 하나의 프로세서에 의해, 컴퓨팅 장치로부터 암 위험 수준 예측에 대한 수정을 수신하는 것; 및
    적어도 하나의 프로세서에 의해, 수정과 암 위험 수준 간의 차이에 기초하여 학습된 위험 분류 파라미터를 재훈련시키는 것
    을 추가로 포함하는 방법.
  62. 제49항 내지 제61항 중 어느 한 항에 있어서, 제1 패널 신호가 적어도 하나의 프로세서와 통신하는 질량 분석기 또는 바이오칩 또는 둘 다로부터 수신되는 것인 방법.
  63. 제49항 내지 제62항 중 어느 한 항에 있어서, 제1 단계 암 위험 분류기가 분류 트리 또는 인공 신경망을 포함하는 것인 방법.
  64. 제49항 내지 제63항 중 어느 한 항에 있어서, 제1 단계 암 위험 분류기가 감독된 분류 모델을 포함하는 것인 방법.
  65. 제49항 내지 제63항 중 어느 한 항에 있어서, 제1 단계 암 위험 분류기가 비감독된 분류 모델을 포함하는 것인 방법.
  66. 제19항 내지 제65항 중 어느 한 항에 있어서, 대상체가 무증상 자궁부속기 종괴로 진단되는 것인 방법.
  67. 제19항 내지 제65항 중 어느 한 항에 있어서, 대상체가 증상성 자궁부속기 종괴로 진단되는 것인 방법.
  68. 제19항 내지 제56항 및 제58항 내지 제67항 중 어느 한 항에 있어서, 대상체가 폐경 전인 방법.
  69. 제19항 내지 제57항 및 제59항 내지 제67항 중 어느 한 항에 있어서, 대상체는 폐경 후인 방법.
  70. 제20항 내지 제48항 및 제67항 내지 제69항 중 어느 한 항에 있어서, 생물학적 샘플이 혈청인 방법.
  71. 적어도 하나의 프로세서가 제49항 내지 제70항 중 어느 한 항의 방법을 수행하게 하는 명령어를 실행하도록 구성된 적어도 하나의 프로세서를 포함하는 시스템.
  72. 제71항에 있어서, 적어도 하나의 프로세서가 그 상에 저장된 명령어를 갖는 메모리와 통신하는 것인 시스템.
  73. 제71항 또는 제72항에 있어서, 적어도 하나의 프로세서가 암 위험 수준이 높은 위험인 경우 외과적 개입을 권장하는 컴퓨팅 장치의 디스플레이 상의 권장을 생성하는 단계를 수행하기 위한 명령어를 실행하도록 추가로 구성되는 것인 시스템.
  74. 제71항 내지 제73항 중 어느 한 항에 있어서, 적어도 하나의 프로세서가 암 위험 수준이 낮은 위험인 경우 어떤 외과적 개입도 권장하지 않는 컴퓨팅 장치의 디스플레이 상의 권장을 생성하는 단계를 수행하기 위한 명령어를 실행하도록 추가로 구성되는 것인 시스템.
  75. 제71항 내지 제74항 중 어느 한 항에 있어서, 적어도 하나의 프로세서가
    컴퓨팅 장치로부터 암 위험 수준 예측에 대한 수정을 수신하는 단계; 및
    수정과 암 위험 수준 간의 차이에 기초하여 학습된 위험 분류 파라미터를 재훈련시키는 단계
    를 수행하기 위한 명령어를 실행하도록 추가로 구성되는 것인 시스템.
  76. 제71항 내지 제75항 중 어느 한 항에 있어서, 적어도 하나의 프로세서와 통신하는 질량 분석기를 추가로 포함하는 시스템.
  77. 그 상에 소프트웨어를 저장하는 비일시적 컴퓨터 판독가능 매체로서, 소프트웨어는 적어도 하나의 프로세서가 제49항 내지 제70항 중 어느 한 항의 방법을 수행하게 하도록 구성된 프로그램 명령어를 포함하는 것인, 비일시적 컴퓨터 판독가능 매체.
  78. 제77항에 있어서, 방법이 암 위험 수준이 높은 위험인 경우 외과적 개입을 권장하는 컴퓨팅 장치의 디스플레이 상의 권장을 생성하는 단계를 추가로 포함하는 것인 비일시적 컴퓨터 판독가능 매체.
  79. 제77항 또는 제78항에 있어서, 방법이 암 위험 수준이 낮은 위험인 경우 어떤 외과적 개입도 권장하지 않는 컴퓨팅 장치의 디스플레이 상의 권장을 생성하는 단계를 추가로 포함하는 것인 비일시적 컴퓨터 판독가능 매체.
  80. 제77항 내지 제79항 중 어느 한 항에 있어서, 방법이
    컴퓨팅 장치로부터 암 위험 수준 예측에 대한 수정을 수신하는 단계; 및
    수정과 암 위험 수준 간의 차이에 기초하여 학습된 위험 분류 파라미터를 재훈련시키는 단계
    를 포함하는 것인 비일시적 컴퓨터 판독가능 매체.
  81. 제77항 내지 제80항 중 어느 한 항에 있어서, 제1 단계 암 위험 분류기가 분류 트리 또는 인공 신경망을 포함하는 것인 비일시적 컴퓨터 판독가능 매체.
  82. 제77항 내지 제81항 중 어느 한 항에 있어서, 제1 단계 암 위험 분류기가 감독된 분류 모델을 포함하는 것인 비일시적 컴퓨터 판독가능 매체.
  83. 제77항 내지 제81항 중 어느 한 항에 있어서, 제1 단계 암 위험 분류기가 비감독된 분류 모델을 포함하는 것인 비일시적 컴퓨터 판독가능 매체.
  84. (a) 제1항 내지 제18항 중 어느 한 항의 마커의 패널; 및
    (b) 대상체가 난소암을 가질 위험을 수술 전 평가하기 위해 패널을 사용하기 위한 설명서
    를 포함하는 키트.
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