KR20220052987A

KR20220052987A - Ebv 유래 항원에 특이적인 tcr 작제물

Info

Publication number: KR20220052987A
Application number: KR1020227009951A
Authority: KR
Inventors: 펠릭스 로렌즈; 크리스티나 두다니엑; 볼프강 욱커트
Original assignee: 막스-델부뤽-센트럼 퓌어 몰레쿨라레 메디친 인 데어 헬름홀츠-게마인샤프트
Priority date: 2019-08-30
Filing date: 2020-08-28
Publication date: 2022-04-28
Also published as: EP3786178A1; CN114302962A; US20220267407A1; JP2022546106A; EP4021932A1; CA3151106A1; WO2021038031A1

Abstract

본 발명은 면역요법, 특히 엡스타인-바르 바이러스 관련 질병(EBV, 인간 감마헤르페스바이러스 4로도 지정됨), 예를 들면, 암 또는 이식후 림프증식성 질환의 분야, 특히 입양 T 세포 요법 또는 T 세포 수용체(TCR) 유전자 요법에 관한 것이다. 본 발명은 적어도 2개의 TCR 작제물, 또는 각각의 단백질 또는 숙주 세포를 코딩하는 핵산의 조합을 제공하고, 여기서 각각의 TCR 작제물은 각각의 MHC I의 맥락에서 이의 각각의 에피토프에 특이적으로 결합할 수 있고, 에피토프는 동일한 감염성 병원체 또는 암에 의해 발현되는 상이한 항원, 예를 들면, EBV 항원으로부터의 펩티드이다. 본 발명은 또한 인간 MHC I과 복합체를 형성하는 에피토프에 특이적인 TCR 작제물의 TCR 알파 쇄 작제물(TRA) 및/또는 TCR 베타 쇄 작제물(TRB)을 코딩하는 특이적 핵산을 제공하고, 여기서 에피토프는 엡스타인-바르-바이러스 단백질의 에피토프이고, TCR 작제물은 LMP2A, LMP1 또는 EBNA3C로부터의 에피토프에 특이적이다. 상기 핵산에 의해 코딩된 단백질, 상응하는 숙주 세포 및 약제학적 조성물 및 키트도 또한 본 발명의 대상이다.

Description

EBV 유래 항원에 특이적인 TCR 작제물

본 발명은 면역요법, 특히 엡스타인-바르 바이러스(Epstein-Barr-virus) 관련 질환(EBV, 인간 감마헤르페스바이러스 4로도 지정됨), 예를 들면, 암 또는 이식후 림프증식성 질환의 분야, 특히 입양 T 세포 요법 또는 T 세포 수용체(TCR) 유전자 요법에 관한 것이다. 본 발명은 적어도 2개의 TCR 작제물(construct), 또는 각각의 단백질 또는 숙주 세포를 코딩하는(encoding) 핵산의 조합을 제공하고, 여기서 각각의 TCR 작제물은 각각의 MHC I의 맥락에서 이의 각각의 에피토프(epitope)에 특이적으로 결합할 수 있고, 에피토프는 동일한 감염성 병원체 또는 암에 의해 발현되는 상이한 항원, 예를 들면, EBV 항원으로부터의 펩티드이다. 본 발명은 또한 인간 MHC I과 복합체를 형성하는 에피토프에 특이적인 TCR 작제물의 TCR 알파 쇄 작제물(TRA) 및/또는 TCR 베타 쇄 작제물(TRB)을 코딩하는 특이적 핵산을 제공하고, 여기서 에피토프는 엡스타인-바르-바이러스 단백질의 에피토프이고, TCR 작제물은 LMP2A, LMP1 또는 EBNA3C로부터의 에피토프에 특이적이다. 상기 핵산에 의해 코딩된 단백질, 상응하는 숙주 세포 및 약제학적 조성물 및 키트도 또한 본 발명의 대상이다.

TCR은, 신호 전달의 매개에 관여하는 CD3 복합체의 불변 단백질과 관련되어 있는 면역글로불린 슈퍼패밀리의 헤테로이량체 세포 표면 단백질이다. TCR은 αβ 및 γδ의 형태로 존재하고, 이는 구조적으로 유사하지만, 해부학적 위치 및 아마도 기능이 매우 상이하다. 천연 헤테로이량체 αβTCR의 알파 및 베타 쇄는 막관통 단백질이고, 각각 2개의 세포외 도메인, 막-근위 불변 도메인 및 막-원위 가변 도메인을 포함한다. 불변 및 가변 도메인 각각은 쇄내 디설파이드 결합(disulfide bond)을 포함한다.

각 TCR 쇄의 가변 영역은 가변 세그먼트와 연결 세그먼트를 포함하고, 베타 쇄의 경우에는 다양성 세그먼트도 포함한다. 각 가변 영역은, 프레임워크 서열에 매립된 3개의 CDR(상보성 결정 영역), 고도로 다형성 루프를 포함하고, 하나는 CDR3으로 명명된 초가변 영역이다. 몇몇 유형의 알파 쇄 가변(Vα) 및 몇몇 유형의 베타 쇄 가변(Vβ) 영역이 있고, 이들의 프레임워크 영역, CDR1 및 CDR2 서열, 및 부분적으로 정의된 CDR3 서열에 의해 구별된다. 고유한 TRAV 또는 TRBV 번호는 IMGT 명명법에 의해 Vα 또는 Vβ로 부여된다. 인식된 에피토프에 대한 TCR 특이성은 주로 CDR3 영역에 의해 결정된다[참조: Danska et al., 1990; Garcia et al., 2005.].

입양 TCR 유전자 요법을 사용하면, 환자 자신의 T 세포에 목적하는 특이성을 부여하고, 짧은 시간에 충분한 수의 활성화되고 비소모된 T 세포를 생성할 수 있다. TCR은 모든 T 세포 또는 CD8+ T 세포, 중앙 기억 T 세포 또는 줄기 세포 특성을 갖는 T 세포 등의 T 세포 서브세트로 형질도입될 수 있고, 이는 전달시의 영속성과 기능을 향상시킬 수 있다. TCR-조작된 T 세포는, 예를 들면, 화학요법 또는 방사선 조사에 의해 림프구감소증으로 되는 암 환자 등의 환자에게 주입되어 항상성 확장을 유도할 수 있고, 이는 이식된 T 세포의 생착 및 장기간 지속성을 크게 증강시키고, 더 높은 치료율과 연관될 수 있다.

TCR 기반 입양 T 세포 치료는 MHC 분자와 관련하여 제시된 항원의 처리된 에피토프에 대한 고전적 TCR 인식에 의존한다. 따라서, 특정 MHC의 맥락에서 에피토프에 특이적인 특정 TCR을 발현하는 T 세포는 각각의 MHC를 발현하는 환자의 치료에만 사용될 수 있다.

인간 헤르페스 바이러스인 엡스타인-바르 바이러스(EBV)는 세계 인구의 대략 90%를 감염시킨다. 건강한 개인에서, EBV에 의해 유발된 질환은 통상 면역 세포에 의해 제거되고, T 세포가 가장 중요한 역할을 한다.

EBV-관련 질환은 감염성 단핵구증 및, 이식후 림프증식성 장애, 버킷 림프종, 혈구탐식성 림프조직구증식증, 호지킨 및 비호지킨 림프종 등의 다양한 비악성, 전암성 및 악성 EBV-관련 림프증식성 질환; 위암, 폐암, 비인두암 등의 비림프성 악성종양; 및 털이 백반증 및 중추신경계 림프종 등의 인간 면역결핍 바이러스와 관련된 병태이다. 이 바이러스는 또한 이상한 나라의 앨리스 증후군의 소아기 장애 및 급성 소뇌 운동실조증과 관련이 있고, 일부 증거에 기초하여, 특정 자가면역 질환을 발증할 위험이 더 높아진다. 연간 약 200,000건의 암 사례가 EBV(위키피디아)에 기인하는 것으로 생각된다.

대부분의 EBV-관련 암은 잠복 막 단백질(LMP1, LMP2A) 및 핵 단백질(EBNA1, EBNA3C) 등의 제한된 수의 EBV 특이적 항원만을 발현한다. 이러한 항원은 TCR 기반 면역요법, 예를 들면, TCR 유전자 요법 또는 EBV 관련 질환의 양자 T 세포 요법, 예를 들면, 이식후 림프증식성 장애 또는 암의 흥미로운 표적인 것으로 밝혀졌다[참조: Orentas et al., 2001; Jurgens et al., 2006; Hart et al., 2008; Simpson et al., 2011; Yang et al., 2011; Zheng et al., 2015; Cho et al., 2018; WO 2015/022520 A1; WO 2011/039508 A2].

그러나, EBV-관련 악성 종양을 표적화하는 대부분의 T 세포 기반 면역 요법은 제3자 공여자 또는 환자로부터 생성된 천연 EBV 특이적 T 세포를 사용하고 있고, T 세포는 EBV 림프모구 세포주(LCL) 또는 EBV 펩티드 풀을 사용하여 확장되었다. EBV-특이적 TCR-조작된 T 세포를 사용한 입양 T 세포 요법은 임상 시험에서 시험되지 않았다. TCR-조작된 T 세포에는 천연 EBV 특이적 T 세포와 비교하여 몇몇 장점이 있다: 1) 효능: 도입된 TCR은 EBV 양성 종양 세포에 대해 높은 친화성을 갖는 사전 정의된 수용체이다. 환자의 혈액에서 천연 T 세포를 성장시키는 것은 EBV 특이적 T 세포의 존재에 의존하여 성장한다. 그러나, 환자는 확장될 수 있는 효과적 T 세포를 결여할 수 있다. 2) 실현가능성: 조작된 T 세포 제조의 성공율은 95% 이상인 반면, 천연 T 세포를 성장시키는 절차의 성공율은 70% 미만이다. 3) 비용: 천연 T 세포의 확장에 40일 이상 소요되는 것과 비교하여, 조작된 T 세포 프로세스에서 정맥으로부터 정맥까지의 시간이 21일 미만으로 단축된다.

상이한 MHC I(HLA) 대립유전자를 갖는 환자 모집단에 대해 TCR 유전자 치료를 실행하는 것은 상이한 HLA 대립유전자로 제한되어 있는 TCR을 특정할 필요가 있다. 추가로, 상이한 HLA 대립유전자로 제한되어 있는 TCR의 동정(identification)은 동일한 세포에 의해 발현되는 2개의 상이한 HLA 대립유전자를 통해 EBV 에피토프를 표적화하기 위한 전제 조건이다.

본 발명은 이러한 문제의 일부를 해결하고, 암 또는 감염성 병원체의 면역요법에 유용한 신규하고 바람직하게는 유리한 면역요법제를 제공한다. 이 문제는 특허청구범위의 주제에 의해 해결된다.

TCR 작제물을 코딩하는 핵산

일 실시형태에서, 본 발명은 EBV-관련 질환의 치료에 유용한 특정 TCR 작제물, 및 이를 코딩하는 핵산을 제공한다.

본 발명은, 인간 MHC I과 복합체를 형성하는 에피토프에 특이적인 TCR 작제물의 TCR 알파 쇄 작제물(TRA) 및/또는 TCR 베타 쇄 작제물(TRB)을 코딩하는 핵산으로서, 상기 에피토프는 엡스타인-바르(Epstein-Barr)-바이러스(EBV) 단백질의 에피토프이고,

a) 상기 에피토프는 서열번호 1의 서열을 갖고, 상기 MHC I은 HLA-A*02:01이고, 상기 TRA는 서열번호 13에 대해 적어도 90%의 서열 동일성을 갖는 CDR3를 포함하고, 상기 TRB는 서열번호 18에 대해 적어도 90%의 서열 동일성을 갖는 CDR3을 포함하고;

b) 상기 에피토프는 서열번호 2의 서열을 갖고, 상기 MHC I은 HLA-B*57:01이고, 상기 TRA는 서열번호 23에 대해 적어도 90%의 서열 동일성을 갖는 CDR3을 포함하고, 상기 TRB는 서열번호 28에 대해 적어도 90%의 서열 동일성을 갖는 CDR3을 포함하고;

c) 상기 에피토프는 서열번호 3의 서열을 갖고, 상기 MHC I은 HLA-C*15:02이고, 상기 TRA는 서열번호 33에 대해 적어도 90%의 서열 동일성을 갖는 CDR3를 포함하고, 상기 TRB는 서열번호 38에 대해 적어도 90%의 서열 동일성을 갖는 CDR3을 포함하고;

d) 상기 에피토프는 서열번호 4의 서열을 갖고, 상기 MHC I은 HLA-C*06:02이고, 상기 TRA는 서열번호 43에 대해 적어도 90%의 서열 동일성을 갖는 CDR3을 포함하고, 상기 TRB는 서열번호 48에 대해 적어도 90%의 서열 동일성을 갖는 CDR3을 포함하고;

e) 상기 에피토프는 서열번호 5의 서열을 갖고, 상기 MHC I은 HLA-B*44:02이고, 상기 TRA는 서열번호 53에 대해 적어도 90%의 서열 동일성을 갖는 CDR3를 포함하고, 상기 TRB는 서열번호 58에 대해 적어도 90%의 서열 동일성을 갖는 CDR3을 포함하고;

f) 상기 에피토프는 서열번호 5의 서열을 갖고, 상기 MHC I은 HLA-B*44:02이고, 상기 TRA는 서열번호 63에 대해 적어도 90%의 서열 동일성을 갖는 CDR3를 포함하고, 상기 TRB는 서열번호 68에 대해 적어도 90%의 서열 동일성을 갖는 CDR3을 포함하고;

g) 상기 에피토프는 서열번호 6의 서열을 갖고, 상기 MHC I은 HLA-B*07:02이고, 상기 TRA는 서열번호 73에 대해 적어도 90%의 서열 동일성을 갖는 CDR3을 포함하고, 상기 TRB는 서열번호 78에 대해 적어도 90%의 서열 동일성을 갖는 CDR3을 포함하고; 및/또는

h) 상기 에피토프는 서열번호 7의 서열을 갖고, 상기 MHC I은 HLA-B*07:02이고, 상기 TRA는 서열번호 83에 대해 적어도 90%의 서열 동일성을 갖는 CDR3을 포함하고, 상기 TRB는 서열번호 88에 대해 적어도 90%의 서열 동일성을 갖는 CDR3을 포함하는, 핵산을 제공한다.

본 발명의 맥락에서, "a"는 달리 명시적으로 언급되지 않는 한 "하나 이상"을 의미하는 것으로 이해된다. 따라서, 예를 들면, 본 발명의 TCR 작제물이, 본 발명의 전체에 걸쳐 바람직한 바와 같이, 알파 및 베타 쇄 작제물 둘 다를 함유하는 경우, 이는 1 또는 2개의 핵산에 의해 코딩될 수 있다. 알파 및 베타 쇄 작제물은 함께 인간 MHC I과 복합체를 형성하는 EBV 단백질의 에피토프에 특이적으로 결합할 수 있다. 중간 생성물로서, 알파 및 베타 쇄 작제물은 그 자체가 본 발명의 주제이다. 본 발명은 또한, 예를 들면, TCR 알파 및 베타 쇄 작제물이 P2A 요소에 의해 분리된 일본쇄(single chain) 핵산 작제물을 제공한다.

본 발명의 하나의 핵산은 인간 MHC I과 복합체를 형성하는 에피토프에 특이적인 TCR 작제물의 TRA 및/또는 TRB를 코딩하고, 여기서 에피토프는 서열번호 1의 서열을 갖고, MHC I은 HLA-A*02:01이고, TRA는 서열번호 13에 대해 적어도 90%의 서열 동일성을 갖는 CDR3을 포함하고, TRB는 서열번호 18에 대해 적어도 90%의 서열 동일성을 갖는 CDR3을 포함한다. 서열번호 1은 HLA-A2, 예를 들면, HLA-A*02:01의 맥락에서 EBV 관련 암 유형, 즉 매우 일반적 HLA-유형의 암 세포에 의해 제시되는 것으로 당해 기술분야에 공지된 EBV 단백질 LMP2A로부터의 에피토프이다[참조: 예를 들면, Orentas et al., 2001, 상기 참조]. 본원에 개시된 CDR3 서열을 갖는 TCR 작제물은, 당해 기술분야의 TCR과 비교하여, 본 명세서에 제시된 바와 같이, 특히 높은 친화성 또는 펩티드 감수성을 갖고, 따라서 본 발명의 바람직한 TCR 작제물이다.

유리하게는, 상기 TCR은 10^- ⁸ mol/L 이하, 바람직하게는 10^- ⁹ mol/L 이하의 펩티드 농도로 절반 최대 IFN-γ 방출을 수반하는 높은 펩티드 감수성을 갖는다. 분석은, 예를 들면, 도 15 또는 16, 바람직하게는 도 15에 대해 기재된 바와 같이, TCR-조작된 T 세포를 표적 세포(예를 들면, 펩티드, 바람직하게는 서열번호 1의 펩티드가 로딩된 K562-HLA-A*02:01 세포)와 함께 1:1의 이펙터 대 표적 세포 비율로 배양함으로써 수행할 수 있다.

임의로, TRA는 서열번호 11에 대해 적어도 80%의 서열 동일성을 갖는 CDR1, 서열번호 12에 대해 적어도 80%의 서열 동일성을 갖는 CDR2 및 서열번호 13에 대해 적어도 90%, 바람직하게는 100%의 서열 동일성을 갖는 CDR3을 포함한다. 임의로, TRB는 서열번호 16에 대해 적어도 80%의 서열 동일성을 갖는 CDR1, 서열번호 17에 대해 적어도 80%의 서열 동일성을 갖는 CDR2 및 서열번호 18에 대해 적어도 90%, 바람직하게는 100%의 서열 동일성을 갖는 CDR3을 포함한다.

TRA는 서열번호 14에 제시된 접합 아미노산을 포함할 수 있다. TRB는 서열번호 19에 제시된 접합 아미노산을 포함할 수 있다.

TRA는 서열번호 15에 대해 적어도 90%, 임의로, 적어도 95% 또는 100%의 서열 동일성을 갖는 가변 영역을 포함할 수 있다. TRB는 서열번호 20에 대해 적어도 90%, 임의로, 적어도 95% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 가변 영역을 포함할 수 있다.

서열번호 15의 가변 영역을 갖는 TRA 및 서열 20의 가변 영역을 갖는 TRB를 포함하는 TCR 작제물은 본 명세서에서 특히 유리한 특징을 갖는 것으로 밝혀졌다. 이는 또한 TCR06으로 지정된다.

상기 TCR 작제물의 TRA의 가변 영역은 서열번호 91의 서열을 갖는 핵산에 의해 코딩될 수 있고, 상기 TCR 작제물의 TRB의 가변 영역은 서열번호 92의 서열을 갖는 핵산에 의해 코딩될 수 있다.

본 발명의 하나의 핵산은 인간 MHC I과 복합체를 형성하는 에피토프에 특이적인 TCR 작제물의 TRA 및/또는 TRB를 코딩하고, 여기서 에피토프는 서열번호 2의 서열을 갖고, MHC I은 HLA-B*57:01이고, TRA는 서열번호 23에 대해 적어도 90%의 서열 동일성을 갖는 CDR3를 포함하고, TRB는 서열번호 28에 대해 적어도 90%의 서열 동일성을 갖는 CDR3을 포함한다. 서열번호 2는 HLA-B*57:01의 맥락에서 EBV 관련 암 유형의 암 세포에 의해 제시되는 EBV 단백질 LMP1으로부터의 에피토프이다. 본 명세서에 개시된 CDR3 서열을 갖는 TCR 작제물은 본 명세서에 제시된 바와 같이 높은 친화성 또는 펩티드 감수성을 갖는다.

임의로, 상기 TRA는 서열번호 21에 대해 적어도 80%의 서열 동일성을 갖는 CDR1, 서열번호 22에 대해 적어도 80%의 서열 동일성을 갖는 CDR2 및 서열번호 23에 대해 적어도 90%, 바람직하게는 100%의 서열 동일성을 갖는 CDR3을 포함한다. 임의로, 상기 TRB는 서열번호 26에 대해 적어도 80%의 서열 동일성을 갖는 CDR1, 서열번호 27에 대해 적어도 80%의 서열 동일성을 갖는 CDR2 및 서열번호 28에 대해 적어도 90%, 바람직하게는 100%의 서열 동일성을 갖는 CDR3을 포함한다.

TRA는 서열번호 24에 제시된 접합 아미노산을 포함할 수 있다. TRB는 서열번호 29에 제시된 접합 아미노산을 포함할 수 있다.

TRA는 서열번호 25에 대해 적어도 90%, 임의로, 적어도 95% 또는 100%의 서열 동일성을 갖는 가변 영역을 포함할 수 있다. TRB는 서열번호 30에 대해 적어도 90%, 임의로, 적어도 95% 또는 100%의 서열 동일성을 갖는 가변 영역을 포함할 수 있다.

서열번호 25의 가변 영역을 갖는 TRA 및 서열번호 30의 가변 영역을 갖는 TRB를 포함하는 TCR 작제물은 본 명세서에서 유리한 특징을 갖는 것으로 밝혀졌다. 이는 또한 TCR50으로 지정된다.

상기 TCR 작제물의 TRA의 가변 영역은 서열번호 93의 서열을 갖는 핵산에 의해 코딩될 수 있고, 상기 TCR 작제물의 TRB의 가변 영역은 서열번호 94의 서열을 갖는 핵산에 의해 코딩될 수 있다.

본 발명의 하나의 핵산은 인간 MHC I과 복합체를 형성하는 에피토프에 특이적인 TCR 작제물의 TRA 및/또는 TRB를 코딩하고, 여기서 에피토프는 서열번호 3의 서열을 갖고, MHC I은 HLA-C*15:02이고, TRA는 서열번호 33에 대해 적어도 90%의 서열 동일성을 갖는 CDR3을 포함하고, TRB는 서열번호 38에 대해 적어도 90%의 서열 동일성을 갖는 CDR3을 포함한다. 서열번호 3은, 현재 처음으로 EBV 관련 암 유형의 암 세포에 의해 제시되는 것으로 밝혀진 EBV 단백질 LMP1로부터의 에피토프이다. 이는 HLA-C*15:02의 맥락에서 제시된다. 본 명세서에 개시된 CDR3 서열을 갖는 TCR 작제물은 본 명세서에 제시된 바와 같이 높은 친화성 또는 펩티드 감수성을 갖는다.

임의로, 상기 TRA는 서열번호 31에 대해 적어도 80%의 서열 동일성을 갖는 CDR1, 서열번호 32에 대해 적어도 80%의 서열 동일성을 갖는 CDR2 및 서열번호 33에 대해 적어도 90%, 바람직하게는 100%의 서열 동일성을 갖는 CDR3을 포함한다. 임의로, 상기 TRB는 서열번호 36에 대해 적어도 80%의 서열 동일성을 갖는 CDR1, 서열번호 37에 대해 적어도 80%의 서열 동일성을 갖는 CDR2 및 서열번호 38에 대해 적어도 90%, 바람직하게는 100%의 서열 동일성을 갖는 CDR3을 포함한다.

TRA는 서열번호 34에 제시된 접합 아미노산을 포함할 수 있다. TRB는 서열번호 39에 제시된 접합 아미노산을 포함할 수 있다.

TRA는 서열번호 35에 대해 적어도 90%, 임의로, 적어도 95% 또는 100%의 서열 동일성을 갖는 가변 영역을 포함할 수 있다. TRB는 서열번호 40에 대해 적어도 90%, 임의로, 적어도 95% 또는 100%의 서열 동일성을 갖는 가변 영역을 포함할 수 있다.

서열번호 35의 가변 영역을 갖는 TRA 및 서열번호 40의 가변 영역을 갖는 TRB를 포함하는 TCR 작제물은 본 명세서에서 유리한 특징을 갖는 것으로 밝혀졌다. 이는 또한 TCR83으로 지정된다.

상기 TCR 작제물의 TRA의 가변 영역은 서열번호 95의 서열을 갖는 핵산에 의해 코딩될 수 있고, 상기 TCR 작제물의 TRB의 가변 영역은 서열번호 96의 서열을 갖는 핵산에 의해 코딩될 수 있다.

본 발명의 하나의 핵산은 인간 MHC I과 복합체를 형성하는 에피토프에 특이적인 TCR 작제물의 TRA 및/또는 TRB를 코딩하고, 여기서 에피토프는 서열번호 4의 서열을 갖고, MHC I은 HLA-C*06:02이고, TRA는 서열번호 43에 대해 적어도 90%의 서열 동일성을 갖는 CDR3을 포함하고, TRB는 서열번호 48에 대해 적어도 90%의 서열 동일성을 갖는 CDR3을 포함한다. 서열번호 4는, 현재 처음으로, EBV 관련 암 유형의 암 세포에 의해 제시되는 것으로 밝혀진 EBV 단백질 EBNA3C로부터의 에피토프이다. 이는 HLA-C*06:02의 맥락에서 제시된다.

임의로, 상기 TRA는 서열번호 41에 대해 적어도 80%의 서열 동일성을 갖는 CDR1, 서열번호 42에 대해 적어도 80%의 서열 동일성을 갖는 CDR2 및 서열번호 43에 대해 적어도 90%, 바람직하게는 100%의 서열 동일성을 갖는 CDR3을 포함한다. 임의로, 상기 TRB는 서열번호 46에 대해 적어도 80%의 서열 동일성을 갖는 CDR1, 서열번호 47에 대해 적어도 80%의 서열 동일성을 갖는 CDR2 및 서열번호 48에 대해 적어도 90%, 바람직하게는 100%의 서열 동일성을 갖는 CDR3을 포함한다.

TRA는 서열번호 44에 제시된 접합 아미노산을 포함할 수 있다. TRB는 서열번호 49에 제시된 접합 아미노산을 포함할 수 있다.

바람직하게는, TRA는 서열번호 45에 대해 적어도 90%, 임의로, 적어도 95% 또는 100%의 서열 동일성을 갖는 가변 영역을 포함한다. 바람직하게는, TRB는 서열번호 50에 대해 적어도 90%, 임의로, 적어도 95% 또는 100%의 서열 동일성을 갖는 가변 영역을 포함한다.

서열번호 45의 가변 영역을 갖는 TRA 및 서열번호 50의 가변 영역을 갖는 TRB를 포함하는 TCR 작제물은 본 명세서에서 유리한 특징을 갖는 것으로 밝혀졌다. 이는 또한 TCR64로 지정된다.

상기 TCR 작제물의 TRA의 가변 영역은 서열번호 97의 서열을 갖는 핵산에 의해 코딩될 수 있고, 상기 TCR 작제물의 TRB의 가변 영역은 서열번호 98의 서열을 갖는 핵산에 의해 코딩될 수 있다.

본 발명의 하나의 핵산은 인간 MHC I과 복합체를 형성하는 에피토프에 특이적인 TCR 작제물의 TRA 및/또는 TRB를 코딩하고, 여기서 에피토프는 서열번호 5의 서열을 갖고, MHC I은 HLA-B*44:02이고, TRA는 서열번호 53에 대해 적어도 90%의 서열 동일성을 갖는 CDR3을 포함하고, TRB는 서열번호 58에 대해 적어도 90%의 서열 동일성을 갖는 CDR3을 포함한다. 서열번호 5는, 현재 처음으로, EBV 관련 암 유형의 암 세포에 의해 제시되는 것으로 밝혀진 EBV 단백질 EBNA3C로부터의 에피토프이다. 이는 HLA-B*44:02의 맥락에서 제시된다.

임의로, 상기 TRA는 서열번호 51에 대해 적어도 80%의 서열 동일성을 갖는 CDR1, 서열번호 52에 대해 적어도 80%의 서열 동일성을 갖는 CDR2 및 서열번호 53에 대해 적어도 90%, 바람직하게는 100%의 서열 동일성을 갖는 CDR3을 포함한다. 임의로, 상기 TRB는 서열번호 56에 대해 적어도 80%의 서열 동일성을 갖는 CDR1, 서열번호 57에 대해 적어도 80%의 서열 동일성을 갖는 CDR2 및 서열번호 58에 대해 적어도 90%, 바람직하게는 100%의 서열 동일성을 갖는 CDR3을 포함한다.

TRA는 서열번호 54에 제시된 접합 아미노산을 포함할 수 있다. TRB는 서열번호 59에 제시된 접합 아미노산을 포함할 수 있다.

바람직하게는, TRA는 서열번호 55에 대해 적어도 90%, 임의로, 적어도 95% 또는 100%의 서열 동일성을 갖는 가변 영역을 포함한다. 바람직하게는, TRB는 서열번호 60에 대해 적어도 90%, 임의로, 적어도 95% 또는 100%의 서열 동일성을 갖는 가변 영역을 포함한다.

서열번호 55의 가변 영역을 갖는 TRA 및 서열번호 60의 가변 영역을 갖는 TRB를 포함하는 TCR 작제물은 본 명세서에서 유리한 특징을 갖는 것으로 밝혀졌다. 이는 또한 TCR25로 지정된다.

상기 TCR 작제물의 TRA의 가변 영역은 서열번호 99의 서열을 갖는 핵산에 의해 코딩될 수 있고, 상기 TCR 작제물의 TRB의 가변 영역은 서열번호 100의 서열을 갖는 핵산에 의해 코딩될 수 있다.

본 발명의 하나의 핵산은 인간 MHC I과 복합체를 형성하는 에피토프에 특이적인 TCR 작제물의 TRA 및/또는 TRB를 코딩하고, 여기서 에피토프는 서열번호 5의 서열을 갖고, MHC I은 HLA-B*44:02이고, TRA는 서열번호 63에 대해 적어도 90%의 서열 동일성을 갖는 CDR3을 포함하고, TRB는 서열번호 68에 대해 적어도 90%의 서열 동일성을 갖는 CDR3를 포함한다. 상기에서 언급한 바와 같이, 서열번호 5는, 현재 처음으로, EBV 관련 암 유형의 암 세포에 의해 제시되는 것으로 밝혀진 EBV 단백질 EBNA3C으로부터의 에피토프이다. 이는 HLA-B*44:02의 맥락에서 제시된다.

임의로, 상기 TRA는 서열번호 61에 대해 적어도 80%의 서열 동일성을 갖는 CDR1, 서열번호 62에 대해 적어도 80%의 서열 동일성을 갖는 CDR2 및 서열번호 63에 대해 적어도 90%, 바람직하게는 100%의 서열 동일성을 갖는 CDR3을 포함한다. 임의로, 상기 TRB는 서열번호 66에 대해 적어도 80%의 서열 동일성을 갖는 CDR1, 서열번호 67에 대해 적어도 80%의 서열 동일성을 갖는 CDR2 및 서열번호 68에 대해 적어도 90%, 바람직하게는 100%의 서열 동일성을 갖는 CDR3을 포함한다.

TRA는 서열번호 64에 제시된 접합 아미노산을 포함할 수 있다. TRB는 서열번호 69에 제시된 접합 아미노산을 포함할 수 있다.

바람직하게는, TRA는 서열번호 65에 대해 적어도 90%, 임의로, 적어도 95% 또는 100%의 서열 동일성을 갖는 가변 영역을 포함한다. 바람직하게는, TRB는 서열번호 70에 대해 적어도 90%, 임의로, 적어도 95% 또는 100%의 서열 동일성을 갖는 가변 영역을 포함한다.

서열번호 65의 가변 영역을 갖는 TRA 및 서열번호 70의 가변 영역을 갖는 TRB를 포함하는 TCR 작제물은 본 명세서에서 유리한 특징을 갖는 것으로 밝혀졌다. 이는 또한 TCR58로 지정된다.

상기 TCR 작제물의 TRA의 가변 영역은 서열번호 101의 서열을 갖는 핵산에 의해 코딩될 수 있고, 상기 TCR 작제물의 TRB의 가변 영역은 서열번호 102의 서열을 갖는 핵산에 의해 코딩될 수 있다.

본 발명의 하나의 핵산은 인간 MHC I과 복합체를 형성하는 에피토프에 특이적인 TCR 작제물의 TRA 및/또는 TRB를 코딩하고, 여기서 에피토프는 서열번호 6의 서열을 갖고, MHC I은 HLA-B*07:02이고, TRA는 서열번호 73에 대해 적어도 90%의 서열 동일성을 갖는 CDR3을 포함하고, TRB는 서열번호 78에 대해 적어도 90%의 서열 동일성을 갖는 CDR3를 포함한다. 서열번호 6은 HLA-B*07:02의 맥락에서 EBV 관련 암 유형의 암 세포에 의해 제시되는 EBV 단백질 EBNA3C로부터의 에피토프이다.

임의로, 상기 TRA는 서열번호 71에 대해 적어도 80%의 서열 동일성을 갖는 CDR1, 서열번호 72에 대해 적어도 80%의 서열 동일성을 갖는 CDR2 및 서열번호 73에 대해 적어도 90%, 바람직하게는 100%의 서열 동일성을 갖는 CDR3을 포함한다. 임의로, 상기 TRB는 서열번호 76에 대해 적어도 80%의 서열 동일성을 갖는 CDR1, 서열번호 77에 대해 적어도 80%의 서열 동일성을 갖는 CDR2 및 서열번호 78에 대해 적어도 90%, 바람직하게는 100%의 서열 동일성을 갖는 CDR3을 포함한다.

TRA는 서열번호 74에 제시된 접합 아미노산을 포함할 수 있다. TRB는 서열번호 79에 제시된 접합 아미노산을 포함할 수 있다.

바람직하게는, TRA는 서열번호 75에 대해 적어도 90%, 임의로, 적어도 95% 또는 100%의 서열 동일성을 갖는 가변 영역을 포함한다. 바람직하게는, TRB는 서열번호 80에 대해 적어도 90%, 임의로, 적어도 95% 또는 100%의 서열 동일성을 갖는 가변 영역을 포함한다.

서열번호 75의 가변 영역을 갖는 TRA 및 서열번호 80의 가변 영역을 갖는 TRB를 포함하는 TCR 작제물은 본 명세서에서 유리한 특징을 갖는 것으로 밝혀졌다. 이는 또한 TCR27로 지정된다.

상기 TCR 작제물의 TRA의 가변 영역은 서열번호 103의 서열을 갖는 핵산에 의해 코딩될 수 있고, 상기 TCR 작제물의 TRB의 가변 영역은 서열번호 104의 서열을 갖는 핵산에 의해 코딩될 수 있다.

본 발명의 하나의 핵산은 인간 MHC I과 복합체를 형성하는 에피토프에 특이적인 TCR 작제물의 TRA 및/또는 TRB를 코딩하고, 여기서 에피토프는 서열번호 7의 서열을 갖고, MHC I은 HLA-B*07:02이고, TRA는 서열번호 83에 대해 적어도 90%의 서열 동일성을 갖는 CDR3을 포함하고, TRB는 서열번호 88에 대해 적어도 90%의 서열 동일성을 갖는 CDR3을 포함한다. 서열번호 7은 EBV 단백질 EBNA3C의 에피토프이고, 서열번호 6 및 C-말단 T를 포함한다.

임의로, 상기 TRA는 서열번호 81에 대해 적어도 80%의 서열 동일성을 갖는 CDR1, 서열번호 82에 대해 적어도 80%의 서열 동일성을 갖는 CDR2 및 서열번호 83에 대해 적어도 90%, 바람직하게는 100%의 서열 동일성을 갖는 CDR3을 포함한다. 임의로, 상기 TRB는 서열번호 86에 대해 적어도 80%의 서열 동일성을 갖는 CDR1, 서열번호 87에 대해 적어도 80%의 서열 동일성을 갖는 CDR2 및 서열번호 88에 대해 적어도 90%, 바람직하게는 100%의 서열 동일성을 갖는 CDR3을 포함한다.

TRA는 서열번호 84에 제시된 접합 아미노산을 포함할 수 있다. TRB는 서열번호 89에 제시된 접합 아미노산을 포함할 수 있다.

바람직하게는, TRA는 서열번호 85에 대해 적어도 90%, 임의로, 적어도 95% 또는 100%의 서열 동일성을 갖는 가변 영역을 포함한다. 바람직하게는, TRB는 서열번호 90에 대해 적어도 90%, 임의로, 적어도 95% 또는 100%의 서열 동일성을 갖는 가변 영역을 포함한다.

서열번호 85의 가변 영역을 갖는 TRA 및 서열번호 90의 가변 영역을 갖는 TRB를 포함하는 TCR 작제물은 본 명세서에서 유리한 특징을 갖는 것으로 밝혀졌다. 이는 또한 TCR01로 지정된다.

상기 TCR 작제물의 TRA의 가변 영역은 서열번호 105의 서열을 갖는 핵산에 의해 코딩될 수 있고, 상기 TCR 작제물의 TRB의 가변 영역은 서열번호 106의 서열을 갖는 핵산에 의해 코딩될 수 있다.

본 발명의 임의의 TRA 및/또는 TRB 작제물에서, 독립적으로, CDR1 및 CDR3은 열거된 서열에 대해 적어도 80%, 적어도 90% 또는 100%의 서열 동일성을 가질 수 있다. 바람직하게는, CDR3은 열거된 정의된 CDR3에 대해 100%의 서열 동일성을 갖는다. 통상, 서열이 동일하지 않은 경우, 최대 하나의 아미노산 교환, 결실 또는 삽입이 존재하고, 통상 아미노산 교환이 존재한다. 교환은 보존된 치환일 수 있고, 즉 특정 유형의 하나의 아미노산(예: 극성, 비극성, 산성, 염기성, 방향족)이 동일한 유형의 다른 아미노산에 대해 교환된다. 친화성 성숙의 방법은 당해 기술분야에 공지되어 있고, 하기에 추가로 설명된다.

임의로, 열거된 CDR1 및 CDR2 및 CDR3 영역에 대한 서열 동일성은 본 발명의 TCR 작제물의 TRA 또는 TRB에서, 바람직하게는 TRA 및 TRB 둘 다에서 100%이다.

본 발명의 TCR 알파 및/또는 베타 쇄 작제물은 이의 천연 대응물, 즉 TCR 알파 또는 베타 쇄에 상응하는 모든 특징 또는 도메인을 포함할 수 있지만, 이는 필수적인 것은 아니다. 바람직하게는, TCR 알파 및/또는 베타 쇄 작제물은 적어도 가변 영역, 또는 가변 및 불변 영역, 예를 들면, 인간 가변 또는 불변 TCR 영역에 대해 적어도 60%, 적어도 70%, 적어도 80%, 적어도 90% 또는 적어도 95%의 서열 동일성을 갖는 가변 및/또는 불변 영역을 포함한다.

본 발명의 TCR 알파 쇄 작제물 및/또는 TCR 베타 쇄 작제물은 바람직하게는 불변 영역을 포함한다. 입양 TCR 요법의 경우, TCR 작제물이 막관통 영역을 포함하는 가변 및 불변 영역을 포함하는 전장 TCR 알파 및 베타 쇄를 포함하는 것이 바람직하다. 불변 영역은 인간 불변 영역, 뮤린 불변 영역 또는 최소한의 뮤린 불변 영역 등의 키메라 불변 영역일 수 있다. TCR 작제물은 면역원성을 최소화하기 위해 본질적으로 또는 배타적으로 인간 기원의 것일 수 있다. 그러나, 내인성 TCR 쇄와의 페어링을 방지하기 위해, 본 발명의 작제물은 바람직하게는 인간 서열과 비교하여 하나 이상, 예를 들면, 1 내지 5, 1 내지 10 또는 1 내지 20, 바람직하게는 9개의 아미노산 교환을 함유한다[참조: Sommermeyer and Uckert, 2010]. 이 목적을 위해, TCR 알파 및 베타 쇄 작제물의 불변 영역은 또한 뮤린 불변 영역일 수도 있고/있거나[참조: Cohen et al., 2006], TCR 쇄 사이에 추가 디설파이드 결합의 형성을 가능하게 하기 위해 추가 시스테인이 제공된다[참조: Cohen et al., 2007, Kuball et al., 2007]. 또한, TCR 서열의 코돈 변형을 사용하여 형질전환 TCR의 기능적 발현을 증강시킬 수 있고/있거나[참조: Scholten et al., 2006], 펩티드(예: P2A)를 적용하여 양 TCR 쇄를 연결하고, 양 쇄의 화학양론적 발현을 달성하고[참조: Leisegang et al., 2008], 또한 형질전환 TCR의 기능적 발현을 증강시킨다.

작제물은 또한 키메라 항원 수용체 또는 이의 일부일 수 있고, 예를 들면, 인간 TCR 가변 영역은 상이한 면역글로불린 불변 도메인, 예를 들면, IgG 불변 도메인, 또는 LMP2A 등의 항원에 특이적으로 결합할 수 있는 항체 도메인에 연결될 수 있다.

일본쇄 작제물(scTCR)은 헤테로이량체 TCR 작제물도 또한 포함한다. scTCR은 제1 TCR 쇄 작제물(예를 들면, 알파 쇄) 및 전체(전장) 제2 TCR 쇄(예를 들면, 베타 쇄)의 가변 영역을 포함할 수 있거나, 또는 그 반대의 경우도 마찬가지이다. 추가로, scTCR은 임의로 2개 이상의 폴리펩티드를 함께 연결하는 1개 이상의 링커를 포함할 수 있다. 링커는, 예를 들면, 2개의 일본쇄를 함께 연결하는 펩티드일 수 있다. 또한, 사이토카인, 예를 들면, IL-2, IL-7, IL-12 또는 IL-15 등의 인간 사이토카인에 융합되는 본 발명의 이러한 scTCR이 제공된다.

MHC의 맥락에서, 특히 치료 목적으로 에피토프의 특이적 인식을 가능하게 하기 위해, 본 발명의 핵산은 본 발명의 TCR 작제물, 예를 들면, 본 명세서에 기재된 바와 같이, 서열번호 1의 에피토프에 특이적인 TCR 작제물의 하나의 TCR 알파 및 하나의 베타 쇄 작제물을 코딩한다.

전형적으로, 본 발명에 의해 제공되는 핵산 서열은 인간 세포에서의 발현을 위해 코돈 최적화된다.

본 발명의 맥락에서, 핵산은 DNA 또는 RNA일 수 있다. 바람직하게는, 이는 DNA이다. 핵산은, 예를 들면, 바이러스 벡터, 또는 비-바이러스 벡터, 예를 들면, 트랜스포존, CRISPR/CAS 기반 재조합에 적합한 벡터 또는 시험관내 RNA 전사에 적합한 플라스미드일 수 있다. 본 발명의 핵산은 바람직하게는 벡터이다. 적합한 벡터는 플라스미드 및 바이러스 등의 증식 및 확장, 또는 발현 또는 둘 모두를 위해 설계된 것을 포함한다. 벡터는 인간 T 세포 또는 인간 T 세포 전구체, 바람직하게는 CD8+ T 세포 등의 인간 T 세포를 포함하는 그룹으로부터 선택된 숙주 세포에서 발현에 적합한 발현 벡터일 수 있다. 상기 CD8+ 세포는 중추-기억 T 세포, 이펙터-기억 T 세포, 줄기 세포-유사 T 세포 또는 이펙터 T 세포, 또는 이들의 혼합물일 수 있다. 벡터는 바이러스 벡터, 예를 들면, 레트로바이러스, 특히 감마-레트로바이러스 또는 렌티바이러스 벡터일 수 있다. 적합한 발현 벡터의 예는 레트로바이러스 벡터 MP71을 포함한다[참조: Engels et al., 2003]. 발현 벡터는 전사 및 번역 개시 및 종결 코돈 등의 조절 서열을 포함하고, 이는 벡터가 도입되는 숙주 세포의 유형(예: 박테리아, 진균, 식물 또는 동물)에 특이적이고, 본 발명의 핵산의 발현은 전형적으로 본 발명의 맥락에서 인간 CD8+ T 세포에서 수행되어야 한다. 또한, 본 발명의 벡터는 형질도입 또는 형질감염된 숙주의 선택을 가능하게 하는 하나 이상의 마커 유전자를 포함할 수 있다. 재조합 발현 벡터는, 본 발명의 TCR 작제물을 코딩하는 뉴클레오티드 서열, 또는 본 발명의 작제물을 코딩하는 뉴클레오티드 서열에 상보성이거나 이와 하이브리드화하는 뉴클레오티드 서열에 작동가능하게 연결된 천연 또는 바람직하게는 이종 프로모터를 포함할 수 있다. 프로모터의 선택은, 예를 들면, 강력한, 약한, 유도성, 조직 특이적 및 발달 특이적 프로모터를 포함한다. 프로모터는 비-바이러스 프로모터 또는 바이러스 프로모터일 수 있다. 바람직하게는, 이는 이종 프로모터, 즉 인간 T 세포에서의 발현에 적합한 긴 말단 반복 프로모터 등의 인간 T 세포에서 TCR에 자연적으로 연결되지 않은 프로모터이다. 본 발명의 재조합 발현 벡터는 일시적 발현, 안정한 발현, 또는 이들 둘 모두를 위해 설계될 수 있다. 또한, 재조합 발현 벡터는 구성적 발현 또는 유도성 발현을 위해 제조될 수 있다.

단백질

본 발명은 또한 단백질, 즉, 알파 또는 베타 쇄 작제물, 또는 바람직하게는, 본 명세서에 기재된 바와 같이 각각의 MHC I의 맥락에서 전술한 EBV-단백질로부터의 에피토프에 특이적으로 결합할 수 있는 알파 및 베타 쇄 작제물을 모두 포함하는 TCR 작제물, 예를 들면, 본 명세서에 기재된 바와 같은 서열번호 1의 에피토프에 특이적인 TCR 작제물을 제공한다. 단백질은 본 발명의 핵산에 의해 코딩된다.

본 명세서에 사용된 용어 소정 항원에 "특이적으로 결합할 수 있는" 또는 소정 항원을 "인식하는" 또는 소정 항원에 "특이적인"은 동의어이고, TCR 작제물이 바람직하게는 EBV 단백질로부터, 보다 바람직하게는 높은 친화성으로 상기 에피토프에 특이적으로 결합하고 면역학적으로 인식할 수 있음을 의미한다. 예를 들면, TCR은, TCR을 발현하는 T 세포가, 에피토프의 부재하에 또는 무관한 대조군 펩티드 에피토프의 존재하에 낮은 농도의 각 에피토프, 예를 들면, 10^-11mol/L, 10^-10mol/L, 10^-9mol/L, 10^-8mol/L, 10^-7mol/L, 10^-6mol/L, 10^-5mol/L로 펄스된 표적 세포와 공-배양시에 적어도 약 200pg/mL 이상(예: 250pg/mL 이상, 300pg/mL 이상, 400pg/mL 이상, 500pg/mL 이상, 600pg/mL 이상, 700pg/mL 이상, 1000pg/mL 이상, 2,000pg/mL 이상, 2,500pg/mL 이상, 5,000pg/mL 이상)의 인터페론 γ(IFN-γ)를 분비하는 경우에 EBV 단백질로부터의 펩티드에 "특이적으로 결합할 수 있는" 것으로 간주될 수 있다. 바람직하게는, 이것은 10,000개의 TCR+CD8+ T 세포 및 적절한 HLA를 발현하는 20,000 -50,000개, 바람직하게는 50,000개의 표적 세포로, 예를 들면, 실시예에서 하기 기재된 바와 같은 검정으로 시험된다. 대안적으로 또는 추가적으로, TCR을 발현하는 T 세포가 저농도의 적절한 펩티드로 펄스된 표적 세포와 공-배양할 때에 형질도입되지 않은 백그라운드 수준의 IFN-γ의 적어도 2배의 IFN-γ를 분비하는 경우, TCR은 에피토프에 대한 "항원 특이성"을 갖는 것으로 간주될 수 있다. 상기에서 설명한 이러한 "특이성"은, 예를 들면, ELISA로 분석할 수 있다.

높은 친화성은, 본 발명의 TCR에 대해 상기 기재한 바와 같은 높은 펩티드 감수성, 예를 들면, 10^-6mol/L 이하, 바람직하게는 10^-7mol/L 이하, 10^-8mol/L 이하 또는 10^-9 mol/L 이하의 펩티드 농도에서의 절반 최대 IFN-γ 방출과 상관관계가 있다. 대안적으로, 친화성은 당업자에게 공지되어 있는 방법, 예를 들면, 비아코어에 의해 분석할 수 있다. 100μM 이상, 보다 바람직하게는 10μM 이상의 TCR 친화성 또는 T 세포 결합력은 높은 친화성으로 간주된다.

본 발명에 의해 제공된 정의된 CDR3 및 가변 영역 서열에 기초하여, TCR 서열의 친화성 성숙을 수행하는 것이 가능하다[참조: Chervin et al., 2008; Robbins et al., 2008]. CDR3 서열에서 아미노산 교환을 유도하는 비동의성 뉴클레오티드 치환은 표적 항원에 대한 TCR의 친화성의 증강을 유도할 수 있다. 추가로, 가변 TRA 및 TRB 영역의 기타 부분에서 TCR 서열의 변화는 펩티드-MHC I 복합체에 대한 TCR의 친화성을 변화시킬 수 있다. 이것은 펩티드-MHC에 대한 TCR의 전체적 친화성을 증가시킬 수 있지만, 비특이적 인식 및 교차 반응성 증가의 위험이 있다[참조: Linette et al., 2013]. 제공된 특정 서열과 상이한 TCR은 제공된 표적 항원에 대한 배타적 특이성을 유지하는 것이 바람직하고, 즉, 이들은 교차 반응성이 없고, 가장 중요하게는 이들은 인간 자가 펩티드에 대한 교차 반응성을 갖지 않는다. TCR의 잠재적 교차 반응성은 정확한 MHC 대립유전자를 갖는 세포에 로딩된 공지된 자가 펩티드에 대해 시험할 수 있다[참조: Morgan et al., 2013]. 따라서, 본 발명의 TCR 작제물을 발현하는 T 세포의 입양 전달은 건강한 조직에 대해 전혀 또는 유의한 부정적 영향을 갖지 않는 것이 바람직하다.

본 발명에 따른 TCR 작제물은 또한 적어도 2개의 scTCR 분자를 포함하는 다량체 복합체의 형태로 제공될 수 있고, 여기서 상기 scTCR 분자는 각각 적어도 하나의 비오틴 모이어티에 융합되고, 상기 scTCR은 비오틴-스트렙트아비딘 상호작용에 의해 상호연결되어 상기 다량체 복합체의 형성을 가능하게 한다. 또한, 본 발명의 2개 초과, 예를 들면, 4개의 scTCR을 포함하는 고차의 다량체 복합체가 제공된다.

본 발명의 TCR 작제물은, 예를 들면, 방사성 동위원소, 형광단(예를 들면, 플루오레세인 이소티오시아네이트(FITC), 피코에리트린(PE)), HIS-태그 등의 태그, 효소(예: 알칼리성 포스파타제, 서양고추냉이 퍼옥시다제), 또는 입자(예: 금 입자 또는 자성 입자) 등의 검출가능한 표지를 포함하도록 변형시킬 수 있다.

숙주 세포

본 발명은 또한 본 발명의 핵산 및/또는 단백질을 포함하는 숙주 세포를 제공한다. 숙주 세포는 진핵 세포, 예를 들면, 식물, 동물, 진균 또는 조류일 수 있거나, 또는 원핵 세포, 예를 들면, 박테리아 또는 원생동물일 수 있다. 숙주 세포는 배양된 세포 또는 1차 세포, 즉 생물, 예를 들면, 인간으로부터 직접 단리된 세포일 수 있다. 숙주 세포는 부착 세포 또는 현탁 세포, 즉 현탁액에서 성장하는 세포일 수 있다. 재조합 TCR, 폴리펩티드 또는 단백질을 생산하기 위한 목적을 위해, 숙주 세포는 바람직하게는 포유동물 세포이다. 가장 바람직하게는, 숙주 세포는 인간 세포이다. 숙주 세포는 임의의 세포 유형일 수 있고, 임의의 유형의 조직으로부터 유래할 수 있고, 임의의 발달 단계일 수 있지만, 숙주 세포는 바람직하게는 말초 혈액 백혈구(PBL) 또는 말초 혈액 단핵 세포(PBMC)이다. 보다 바람직하게는, 숙주 세포는 T 세포 또는 T 세포 전구체, 특히 PBMC로부터 단리될 수 있는 인간 T 세포이다. T 세포는 배양된 T 세포 등의 임의의 T 세포, 예를 들면, 1차 T 세포, 또는 배양된 T 세포주로부터의 T 세포, 또는 포유동물로부터 수득된 T 세포일 수 있고, 바람직하게는 이는 인간 환자로부터의 T 세포 또는 T 세포 전구체이다. T 세포는 혈액, 골수, 림프절, 흉선 또는 기타 조직이나 체액 등의 다양한 공급원으로부터 수득할 수 있다. T 세포는 또한 농축되거나 정제될 수 있다. 이는, 예를 들면, 종양 침윤 세포(TIL), 이펙터 세포, 중심 이펙터 세포, 기억 T 세포, 나이브 T 세포 등, 바람직하게는 중앙 기억 T 세포일 수 있다. 또는, 숙주 세포는 또 다른 면역 이펙터 세포, 예를 들면, NK 세포 또는 마크로파지일 수 있다.

바람직하게는, 특히, 인간 치료의 맥락에서, T 세포는 인간 T 세포이다. T 세포는 바람직하게는 CD8+ 세포(예를 들면, 세포독성 T 세포)이다. 바람직하게는, T 세포는 인간, 예를 들면, 인간 환자, 특히 치료될 환자로부터 단리된 T 세포이다. 또는, T 세포는 환자와 관련이 있거나, 또는 관련이 없을 수 있는 제3자 공여자로부터 유래할 수 있다. 이러한 T 세포는, 예를 들면, 다양한 방식으로 유전적으로 조작될 수 있다. 예를 들면, 내인성 TCR 및/또는 MHC I의 녹아웃에 의해. T 세포는 또한 자가 또는 제3자 공여자 줄기 세포로부터 생성될 수 있고, 여기서 임의로 줄기 세포는 인간 배아 줄기 세포가 아니다.

바람직하게는, 숙주 세포는 발현 벡터인 본 발명의 핵산을 포함하는 인간 CD8+ T 세포이고, 여기서 TRA 및/또는 TRB를 코딩하는 핵산은 이종 프로모터에 작동가능하게 연결되고, 숙주 세포는 본 발명의 TCR 작제물을 발현한다.

본 발명은 또한, 2개 이상의 상이한 TCR 작제물, 예를 들면, 본 발명의 2개 TCR 작제물을 발현하는 숙주 세포를 제공한다. 바람직하게는, 이러한 맥락에서, TCR 작제물은 일본쇄 TCR 작제물이고, 각각의 TCR의 TCR 알파 및 베타 쇄가 링커에 의해 조합되어 트랜스제닉 TCR 쇄 사이의 미스페어링을 회피한다. 상기 2개의 일본쇄 TCR 작제물은 단일 발현 벡터 상에 코딩될 수 있다.

약제학적 조성물

본 발명은 또한

a) 각각의 MHC I의 맥락에서 이의 각각의 에피토프에 특이적으로 결합할 수 있는 TCR 작제물을 코딩하는 본 발명의 핵산; 또는

b) 각각의 MHC I의 맥락에서 이의 각각의 에피토프에 특이적으로 결합할 수 있는 TCR 작제물을 포함하는 본 발명의 단백질(즉, 본 발명의 TCR 작제물); 또는

c) 각각의 MHC I의 맥락에서 이의 각각의 에피토프에 특이적으로 결합할 수 있는 TCR 작제물을 발현하는 본 발명의 숙주 세포

를 포함하는 약제학적 조성물을 제공한다.

바람직하게는, TCR 작제물은 서열번호 1의 에피토프에 특이적인 TCR 작제물이다.

또 다른 실시형태에서, 본 발명은

a) 각각의 MHC I의 맥락에서 이의 각각의 에피토프에 특이적으로 결합할 수 있는 TCR 작제물을 각각 코딩하는 적어도 2개의 핵산; 또는

b) 각각의 MHC I의 맥락에서 이의 각각의 에피토프에 특이적으로 결합할 수 있는 TCR 작제물을 각각 포함하는 적어도 2개의 단백질; 또는

c) 각각의 MHC I의 맥락에서 이의 각각의 에피토프에 특이적으로 결합할 수 있는 TCR 작제물을 각각 발현하는 적어도 2개의 숙주 세포

를 포함하는 약제학적 조성물, 또는 적어도 2개의 약제학적 조성물을 포함하는 키트를 제공하고,

여기서, 에피토프는 동일한 암 또는 감염성 병원체에 의해 발현되는 상이한 항원으로부터의 펩티드이다. 전형적으로, 면역요법은 암의 치료를 위해 수행될 것이고, 따라서 상이한 항원은 바람직하게는 암에 의해, 즉 동일한 암의 세포에 의해 발현되는 항원이다. 이러한 맥락에서, 항원은 MHC I에 제시될 수 있는 에피토프를 포함하는 단백질이다. 동일한 암 유형의 다른 암 세포가 각각 적어도 하나의 항원을 발현할 수 있고, 따라서 TCR 작제물은 동일한 암의 상이한 암 세포에 지시될 수 있고, 이는, 예를 들면, 암의 병기가 불명인 경우 및/또는 상이한 항원을 발현하는 상이한 병기의 세포를 치료하는 경우에 유용할 수 있다. 그러나, 일반적으로, 상이한 항원이 동일한 암 세포에 의해 발현되는 경우에 유익하다.

본 발명자들은 놀랍게도 입양 T 세포 요법을 위해 T 세포에 의해 발현되는 적어도 2개의 TCR 작제물, 특히 각각의 MHC I의 맥락에서 이의 각각의 에피토프에 특이적으로 결합할 수 있는 TCR 작제물을 각각 발현하는 2개 이상의 T 세포의 조합을 사용하는 것이 유리하다는 것을 발견했다.

이론에 구속되는 것을 의도하지 않고, 2개 이상의 항원의 발현을 기반으로 암(또는 감염성 병원체)을 공격하는 것은, 예를 들면, 돌연변이, 하나의 표적 항원 또는 항원 손실 변이체의 하향조절을 통해 공격을 지속하고 면역 회피를 회피하는 역할을 한다고 생각된다.

3개 이상의 TCR 작제물, 특히 각각의 MHC I의 맥락에서 이의 각각의 에피토프에 특이적으로 결합할 수 있는 TCR 작제물을 코딩하는 핵산을 각각 포함하는 3개 이상의 숙주 세포로 암 또는 감염성 병원체를 표적화하는 것도 가능하고, 여기서 에피토프는 동일한 암 또는 감염성 병원체에 의해 발현되는 상이한 항원으로부터의 펩티드이다.

키트 또는 약제학적 조성물은 TCR 작제물에 의해 표적화된 에피토프가 유래하는 암 또는 감염성 병원체의 치료에 사용하기 위한 것이다.

감염 또는 암은, 예를 들면, EBV와 관련될 수 있다. 이 경우, 상이한 EBV 항원은 LMP2A, LMP1, EBNA1 또는 EBNA3C일 수 있다. 바람직하게는, 본 발명의 하나의 TCR 작제물에 의해 표적화된 EBV 항원 중 하나는 LMP2A이다. 본 발명의 하나의 TCR 작제물에 의해 표적화된 제2 EPV 항원은 LMP1 또는 EBN3C, 바람직하게는 LMP1일 수 있다. 3개의 EBV 항원을 표적으로 하는 경우, 항원은 LMP2A, LMP1 및 EBNA3C일 수 있다. 대체 또는 추가 EBV 항원은 EBNA1이다.

본 발명은 또한,

a) 각각의 MHC I의 맥락에서 이의 각각의 에피토프에 특이적으로 결합할 수 있는 TCR 작제물을 각각 코딩하는 본 발명의 적어도 2개의 핵산; 또는

b) 각각의 MHC I의 맥락에서 이의 각각의 에피토프에 특이적으로 결합할 수 있는 TCR 작제물을 각각 포함하는 본 발명의 적어도 2개의 단백질; 또는

c) 각각의 MHC I의 맥락에서 이의 각각의 에피토프에 특이적으로 결합할 수 있는 TCR 작제물을 각각 발현하는 본 발명의 적어도 2개의 숙주 세포

를 포함하는, 상기 언급된 약제학적 조성물 또는 키트를 제공하고,

여기서, 임의로, 에피토프는 상이한 EBV 단백질로부터 유래한다.

본 발명의 약제학적 조성물 또는 키트의 맥락에서 사용되는 1개 또는 2개 또는 3개의 TCR 작제물은 본 명세서에 개시된 바와 같이 본 발명의 TCR 작제물일 수 있다. 바람직하게는, 사용된 TCR 작제물 중 하나는 HLA-A2의 맥락에서 서열번호 1의 에피토프를 인식하는 본 명세서에 개시된 TCR 작제물이다.

따라서, 키트 또는 약제학적 조성물은, 예를 들면, 본 명세서에 정의된 HLA-A2의 맥락에서 서열번호 1의 에피토프를 인식하는 본 발명의 TCR 작제물을 코딩하는 핵산을 포함하는 인간 CD8+ T 세포를 포함할 수 있다. TCR 작제물은 이종 프로모터의 제어하에 핵산으로부터 발현될 수 있다.

TCR 작제물을 코딩하는 적어도 2개의 핵산, TCR 작제물을 코딩하는 핵산을 각각 포함하는 적어도 2개의 TCR 작제물 또는 적어도 2개의 숙주 세포를 포함하는 본 발명의 키트 또는 약제학적 조성물에서, 상기 TCR 작제물 중 1, 2 또는 3개는 또한 기타 TCR 작제물, 예를 들면, 당해 기술분야에 공지된 TCR 작제물일 수 있다. 예를 들면, 암이 EBV와 관련된 경우, 문헌[참조: Cho et al., 2018; Jurgens et al., 2006; Zheng et al., 2015; Simpson et al., 2011; Yang et al., 2011; Orentase et al., 2001; Hart et al., 2008; WO 2015/022520 A1; or WO 2011/039508]에 개시된 TCR 작제물 중 1개, 2개 또는 3개를, 임의로, 본 명세서에 제공된 TCR 작제물 중 하나와 조합하여 사용할 수 있다.

입양 T 세포 요법(옵션 c)은 본 출원 전체에 걸쳐 바람직하고, 여기서 숙주 세포는 T 세포, 바람직하게는 인간 CD8+ T 세포이다. 상기 숙주 세포는 전형적으로 이종 프로모터의 제어하에 TCR 작제물을 코딩하는 핵산을 포함한다.

그러나, 본 발명의 핵산을 사용한 유전자 요법(옵션 a)도 가능하고, 여기서 예를 들면, 렌티바이러스 벡터를 사용할 수 있다.

단백질 형태의 본 발명의 TCR 작제물(옵션 b)은 또한, 요법에서, 예를 들면, 그것이 암과 관련되는 독소를 표적화하기 위해, 세균 미셀을 암에 표적화하기 위해 사용될 수 있고, 이는 독소 등의 치료제를 포함할 수 있다. 단백질 형태의 본 발명의 TCR 작제물은 또한 진단제를 암에 표적화하기 위해 사용될 수 있다. 따라서, 조성물은 또한 진단 조성물일 수 있다.

각각의 TCR 작제물을 각각 발현하는 T 세포는 키트에 포함될 수 있고, 여기서 개별적으로 각각의 T 세포는, 예를 들면, 약제학적으로 허용되는 완충액에 저장된다. 본 발명의 키트의 성분은 동시 투여를 위해 또는 임의 순서로 투여하기 위해 제형화될 수 있다. 성분은 또한 반복 투여를 위한 것일 수 있다. 문헌[참조: Tran et al., 2014]은 가능한 투여 섭생을 설명한다. 또는, 투여 전에 혼합하여 함께 투여할 수 있다. 또는, 각각의 TCR 작제물을 각각 발현하는 T 세포는 단일 약제학적 조성물에 포함될 수 있다. 본 발명의 핵산 또는 단백질에 대해서도 동일하게 적용된다.

본 발명의 약제학적 조성물 또는 키트는 전형적으로 정맥내 투여를 위한 것이다. 이들은 완충액, 예를 들면, 생리 식염수 또는 PBS 등의 약제학적으로 허용되는 담체를 추가로 포함할 수 있다. 이들은 SPGA 등의 안정화제, 탄수화물(예: 소르비톨, 만니톨, 전분, 수크로즈, 글루코즈, 덱스트란), 알부민 또는 카세인 등의 단백질, 또는 소혈청 또는 탈지유 등의 단백질 함유 제제 등의 부형제를 추가로 포함할 수 있다.

T 세포는 통상 kg당 1 × 10⁵ 내지 1 × 10⁹개 세포의 농도로 환자에게 투여된다. 약 1 × 10⁶ 내지 1 × 10¹¹개 세포가 단일 용량으로 환자에게 투여될 수 있다. 이러한 파라미터는, 예를 들면, 환자의 연령, 성별, 체중 및 의학적 상태에 따라 의료 종사자에 의해 조정될 수 있다. 예를 들면, 문헌[참조: Doran et al., 2019]에 개시된 프로토콜은 본 발명의 숙주 세포를 사용하도록 조정될 수 있다.

본 발명의 약제학적 조성물 또는 약제학적 조성물을 포함하는 키트 또는 본 발명의 키트는, 예를 들면, 본 명세서에 개시된 바와 같이, 각각의 TCR이 각각의 에피토프를 인식하는 맥락에서 MHC를 발현하는 환자의 치료에 사용하기 위한 것일 수 있다. 다양한 모집단에서 평균 HLA(MHC I) 분포는 http://allelefrequencies.net/에서 확인할 수 있다. 환자가 각각의 MHC I을 발현하는 경우에는 치료 전에 시험하는 것이 유리하다.

환자는 암 또는 감염성 질환, 특히 본 명세서에 개시된 특정 TCR 작제물의 맥락에서, 예를 들면, 호지킨 및 비-호지킨 림프종(Hodgkin's and non-Hodgkin lymphoma), 버킷 림프종(Burkitt lymphoma), 혈구탐식성 림프조직구증식증(hemophagocytic lympohistiocytosis), 비인두 암종(nasopharyngeal carcinoma), 두경부암(head and neck cancer), 위암(gastric cancer), 폐암(lung cancer), 털이 백반증(hairy leukoplakia), 이식후 림프증식성 장애 및 중추신경계 림프종을 포함하는 그룹으로부터 선택된 EBV-연관 질환을 가질 수 있다. 바람직하게는, EBV 관련 암은 호지킨 림프종 및 비인두 암종으로 예시되는 유형 II 악성종양 또는 털이 백반증, 이식후 림프증식성 장애 및 중추신경계 림프종으로 예시되는 유형 III 악성종양이고[참조: Orentas et al., 2001], 이는 이러한 암이 통상 높은 수준의 LMP2A 및 LMP1을 발현하기 때문이다. 유형 III 악성종양에서는 EBNA2C가 추가로 발현된다.

표적화된 암 세포는 단백질, 또는 임의로, 인식된 에피토프가 유래하는 단백질, 바람직하게는 대부분의 암 세포를 발현한다.

환자는 통상 포유동물 환자이다. 환자는 마우스일 수 있지만, 바람직하게는 환자는 인간 환자이다.

본 발명은 또한 유효량의 본 발명의 약제학적 조성물 또는 키트를 이를 필요로 하는 환자, 예를 들면, 상기 암 또는 질환을 갖는 환자에게 투여함으로써 암 또는 감염성 질환, 예를 들면, EBV-관련 질환, 바람직하게는 EBV-관련 암을 치료하는 방법을 개시한다.

본 발명의 약제학적 조성물 및 키트는 기타 약제, 특히 기타 항암제와 조합하여 사용될 수 있다. 예를 들면, 기타 항암제는 EBV-양성 종양(예: MAGE, NY-ESO, o.a.)에서 발현되는 기타 항원에 대해 특이적인 TCR을 발현하는 TCR-조작된 T 세포, 체크포인트 억제제 또는 기타 면역요법, 게다가 항체, 소분자 억제제 또는 기타 유형의 시약일 수 있다.

본 발명의 한 가지 바람직한 의학적 용도는 면역 요법, 바람직하게는 입양 T 세포 요법이다. 본 발명의 제품 및 방법은 입양 T 세포 요법의 맥락에서 특히 유용하다. 본 발명의 화합물의 투여는, 예를 들면, 본 발명의 T 세포를 상기 환자에게 투여, 예를 들면, 주입하는 것을 포함할 수 있다. 바람직하게는, 이러한 T 세포는 본 발명의 핵산으로 시험관내 형질도입된 환자의 자가 T 세포이다.

또는, 환자는 또한 T 세포의 생체내 형질도입을 위해 본 발명의 핵산, 특히 발현 벡터를 투여받을 수 있다.

본 발명의 단백질 TCR 작제물은 또한, 예를 들면, 대상체가 각각의 단백질을 발현하는지, 특히 MHC I의 맥락에서 TCR 작제물에 의해 인식되는 에피토프가 제시되는지를 조사하기 위한 진단 목적으로 사용될 수 있다. 이를 위해, 이러한 작제물은 바람직하게는 검출을 용이하게 하기 위해 표지된다. 바람직하게는, 각각의 MHC I 상에 이러한 에피토프를 제시하는 환자는 본 발명의 입양 T 세포 요법에 의해 치료된다.

본 발명은 또한, 본 발명의 TCR 작제물을 코딩하는 발현 벡터를 적합한 숙주 세포, 바람직하게는 환자로부터 단리된 인간 CD8+ T 세포에 도입하는 것을 포함하는, 본 발명의 숙주 세포를 제조하는 방법에 관한 것이다.

본 발명은 첨부 도면 및 서열을 참조하여, 그럼에도 불구하고, 이들로 한정되지 않고서, 하기 실시예에서 추가로 설명된다. 본 발명의 목적을 위해, 본 명세서에 인용된 모든 참고문헌은 그 전체가 참조에 의해 도입된다.

백신

일 실시형태에서, 본 발명은 인간 MHC I에 의해 제시될 수 있는 에피토프를 포함하는 펩티드를 포함하는 약제학적 조성물, 특히 백신 조성물을 제공하고, 여기서 에피토프는 본 명세서에서 새롭게 동정되거나, 또는 이러한 펩티드를 코딩하는 핵산(RNA 등)이다. 에피토프는

a) 서열번호 3에 대해 적어도 88%의 서열 동일성을 갖고, 여기서 에피토프는 HLA-C*15:02 상에 제시될 수 있고, 펩티드는 서열번호 120의 LMP1에 존재하는 아미노산의 서열과 동일한 최대 25개, 바람직하게는 최대 11개의 연속 아미노산을 포함하고;

b) 서열번호 4에 대해 적어도 88%의 서열 동일성을 갖고, 여기서 에피토프는 HLA-C*06:02 상에 제시될 수 있고, 펩티드는 서열번호 121의 EBNA3C에 존재하는 아미노산의 서열과 동일한 최대 25개, 바람직하게는 최대 11개의 연속 아미노산을 포함하고;

c) 서열번호 5에 대해 적어도 90%의 서열 동일성을 갖고, 여기서 에피토프는 HLA-B*44:02 상에 제시될 수 있고, 펩티드는 서열번호 121의 EBNA3C에 존재하는 아미노산의 서열과 동일한 최대 25개, 바람직하게는 최대 11개의 연속 아미노산을 포함한다.

바람직하게는, a)의 펩티드는 본 명세서에 정의된 바와 같이 TCR83에 의해 특이적으로 인식될 수 있다. 바람직하게는, b)의 펩티드는 본 명세서에 정의된 바와 같이 TCR64에 의해 특이적으로 인식될 수 있다. 바람직하게는, c)의 펩티드는 본 명세서에 정의된 바와 같이 TCR25 또는 58에 의해 특이적으로 인식될 수 있다.

펩티드 백신접종은 당해 기술분야에 잘 공지되어 있다. 예를 들면, 펩티드 백신은, 알루미늄 염, 예를 들면, 인산알루미늄 또는 수산화알루미늄, 스쿠알렌, 예를 들면, MF59, 리포솜, 예를 들면, QS21 또는 모노포스포릴 지질 A 등의 보조제와 조합하여 대상체에게 투여하는 데 사용할 수 있다.

본 발명의 이러한 약제학적 조성물은 서열번호 3의 에피토프를 포함하는 펩티드를 포함할 수 있고, 여기서 에피토프는 HLA-C*15:02 상에 제시될 수 있고, 펩티드는 서열번호 120의 LMP1에 존재하는 아미노산의 서열과 동일한 최대 25개, 최대 15개, 또는 바람직하게는 최대 11개의 아미노산을 포함한다.

본 발명의 이러한 약제학적 조성물은 서열번호 2의 에피토프를 포함하는 펩티드를 포함할 수 있고, 여기서 에피토프는 HLA-B*57:01 상에 제시될 수 있고, 펩티드는 서열번호 120의 LMP1에 존재하는 아미노산의 서열과 동일한 최대 25개, 최대 15개, 또는 바람직하게는 최대 11개의 연속 아미노산을 포함한다.

본 발명의 이러한 약제학적 조성물은 서열번호 5의 에피토프를 포함하는 펩티드를 포함할 수 있고, 여기서 에피토프는 HLA-B*44:02 상에 제시될 수 있고, 펩티드는 서열번호 121의 EBNA3C에 존재하는 아미노산의 서열과 동일한 최대 25개, 최대 15개, 또는 바람직하게는 최대 11개의 연속 아미노산을 포함한다.

본원에 정의된 바와 같이 에피토프를 포함하는 펩티드를 코딩하는 핵산은 또한, 예를 들면, 리포솜 또는 CpG 뉴클레오티드 등의 적합한 보조제와 조합하여 사용될 수 있다.

본 발명의 이러한 약제학적 조성물은 서열번호 3의 에피토프를 포함하는 펩티드를 코딩하는 핵산을 포함할 수 있고, 여기서 에피토프는 HLA-C*15:02 상에 제시될 수 있고, 펩티드는 서열번호 120의 LMP1에 존재하는 아미노산의 서열과 동일한 최대 25개, 최대 15개, 또는 바람직하게는 최대 11개의 아미노산을 포함한다.

본 발명의 이러한 약제학적 조성물은 서열번호 4의 에피토프를 포함하는 펩티드를 코딩하는 핵산을 포함할 수 있고, 여기서 에피토프는 HLA-C*06:02 상에 제시될 수 있고, 펩티드는 서열번호 121의 EBNA3C에 존재하는 아미노산의 서열과 동일한 최대 25개, 최대 15개, 또는 바람직하게는 최대 11개의 연속 아미노산을 포함한다.

본 발명의 이러한 약제학적 조성물은 서열번호 5의 에피토프를 포함하는 펩티드를 코딩하는 핵산을 포함할 수 있고, 여기서 에피토프는 HLA-B*44:02 상에 제시될 수 있고, 펩티드는 서열번호 121의 EBNA3C에 존재하는 아미노산의 서열과 동일한 최대 25개, 최대 15개, 또는 바람직하게는 최대 11개의 연속 아미노산을 포함한다.

임의의 상기 백신 약제학적 조성물은 호지킨 림프종 및 비호지킨 림프종, 버킷 림프종, 혈구탐식성 림프조직구증식증, 비인두 암종, 두경부암, 위암, 털이 백반증, 이식후 림프증식성 장애 및 중추신경계 림프종을 포함하는 그룹으로부터 선택된 EBV-관련 질환에 대한 백신접종에 사용하기 위한 것일 수 있다. 백신접종은 예방적 백신접종, 즉 EBV 접촉의 경우에 대상체가 질환을 발증할 위험을 감소시키는 것을 목적으로 하여, 아직 질병을 갖지 않거나 또는 EBV 감염을 갖지 않는 대상체에게 제공되는 백신접종일 수 있다. 대상체는 질환의 위험 그룹에 속할 수 있고, 예를 들면, 대상체가 (아직) 질환을 갖지 않는, EBV 접촉을 가졌거나, 또는 현재 EBV 감염을 갖는 것으로 동정된 대상체일 수 있다. 또는, 백신접종은 치료적 백신접종일 수 있다. EBV 관련 질환을 갖는 환자는 치료적 백신접종으로 치료될 수 있다.

유리하게는, 대상체 또는 환자의 HLA가 공지되어 있고, 백신은 MHC I 분자 상에 에피토프를 제시할 수 있는 환자, 예를 들면, a)에 정의된 바와 같은 에피토프의 경우에 HLA-C*15, 특히 HLA-C*15:02를 갖는 환자, b)에 정의된 에피토프의 경우에 HLA-B*57, 특히 HLA-C*57:01를 갖는 환자, c)에 정의된 에피토프의 경우에 HLA-B*44, 특히 HLA-B*44:02를 갖는 환자에게 투여된다.

도 1. MHC 클래스 I K562 세포 라이브러리를 사용한 T 세포 반응의 검출. EBV 항원-발현 수지상 세포에서 확장된 T 세포를 MHC 세포 라이브러리의 K562 세포와 공-배양했다. 면역원성 EBV 항원-HLA 조합에 대한 스크리닝은 (A) CD137의 발현을 분석하고, (B) ELISA에 의해 분비된 IFN-γ의 양을 결정함으로써 수행되었다. (C) K562-HLA-B*57:01-양성 세포에 반응하는 CD137-양성 T 세포(11%)의 FACS 선별, 이어서 이를 사용하여 우성 TCRα- 및 TCRβ 쇄를 동정했다. (MIN - 항원 자극 없음, MAX - 비특이적 항원 자극, us - 미염색 T 세포). 이 접근법은 본 명세서에 기재된 모든 추가 TCR의 동정 및 단리에 적용되었다.
도 2. TCR 유전자 분석. (A) EBV 항원 양성(LMP1/LMP2A/EBNA1) K562-HLA-B*57:01 세포에 반응하는 FACS 선별 T 세포의 차세대 서열분석 기반 TCR 레퍼토리 분석. 제시된 것은 각 서열 클러스터에 할당된 합계 판독치의 일부이고, y축에 표시된 서열 대표가 표시된다. 10% 이상의 빈도를 갖는 TCRα- 및 TCRβ 쇄를 사용하여 기능적 TCR을 동정하기 위한 일본쇄 TCR-레트로바이러스를 작제했다. (B) 하나의 TCR(TCR50로 지정)에 대해, 가장 우성 TCRα-(TRAV) 및 TCRβ(TRBV) 쇄의 상이한 V 세그먼트, 이들의 빈도 및 CDR-3 영역의 서열(IMGT 명명법)이 제시되어 있다(AMSDLYAGNNRKLI: 서열번호 122, ALTFLRDDKII: 서열번호 123, VVMATGFQKLV: 서열번호 24, ASSQDARVSGANVLT: 서열번호 124, ASSVTSGSDEQF: 서열번호 125, ASSFSLGHSYEQY: 서열번호 126). 이 접근법은 본 명세서에 설명된 모든 추가 TCR에 적용되었다.
도 3. 기능적 TCRαβ 쇄 조합의 동정. 10% 이상의 빈도를 갖는 TCRα- 및 TCRβ 쇄를 사용하여, 기능적 TCR 동정을 위한 일본쇄 TCR-레트로바이러스를 작제했다. TCR50의 경우, TRAV8-2*01 및 TRBV9*01은 TCR-조작된 T 세포가 하나의 HLA(B*57:01)와 조합하여 하나의 항원(LMP1)을 특이적으로 인식하기 때문에 기능적 TCR을 형성했다. 다른 TCRα- 및 TCRβ 쇄 조합은 비특이적 항원 인식을 초래했다. 본 명세서에서 예시적으로 TCR50에 대해 제시된 바와 같이, 기능적 TCRα- 및 TCRβ 쇄 조합을 동정하기 위한 조합 접근법은 본 명세서에 기재된 모든 추가 TCR에 적용되었다. (MIN - 항원 자극 없음, MAX - 비특이적 자극).
도 4. TCR50에 의해 인식되는 항원성 펩티드를 동정하기 위한 에피토프 맵 핑. (A) 전장 LMP1 항원의 절단된 버전(LMP1/2, LMP1/1)이 생성되었고, K562-HLA-B*57:01 세포에서 발현되었다. (B) 면역원성 에피토프를 함유하는 항원 영역은 상청액에서 ELISA에 의해 분비된 IFN-γ의 양을 측정함으로써 동정되었고, 뉴클레오티드(nt) 316과 624 사이에 위치한다. (MIN - 항원 자극 없음, MAX - 비특이적 항원 자극 , UT - 비형질도입 T 세포).
도 5. LMP1의 면역원성 에피토프의 동정. 에피토프-양성 서열(LMP1/2 nt 316-624)로 동정된 단백질 영역을 사용하여, HLA-B*57:01에 대한 에피토프 예측 알고리즘 NetMHCpan4.0을 적용하여 후보 펩티드를 선택했다. (A) 강력한 결합제(SB) 및 약한 결합제(WB)로 각각 분류된 이들의 펩티드-MHC I 결합 친화성(결합 수준)에 따라 13개의 펩티드를 에피토프의 동정에 사용했다. (B) K562-HLA-B*57:01 세포에 선택된 펩티드를 로딩하고, 2명의 공여자의 TCR50-조작된 T 세포와 공-배양하고, ELISA에 의해 IFN-γ 분비를 측정했다. 하기 아미노산 서열을 갖는 4개의 에피토프(A에서 강조 표시)는 TCR50-조작된 T 세포에 의해 인식되었다: IALYLQQNWW (서열번호 108), IALYLQQNW(서열번호 2), IIALYLQQNW (서열번호 110), ALYLQQNWW (서열번호 116). 분석된 펩티드의 서열번호는 하기 표 1과 같다. (MIN - 항원 자극 없음, MAX - 비특이적 자극, SB - 강력한 결합제, WB - 약한 결합제, UT - 비형질도입 T 세포).
도 6. TCR50 -조작된 T 세포의 펩티드 적정. 2명의 공여자의 비형질도입된(UT) 및 TCR50-형질도입된 T 세포(TCR50)를 적정량의 표시된 펩티드(서열번호 2, 108, 110, 116)가 로딩된 K562-HLA-B*57:01 세포와 공-배양하고, 상청액 중의 분비된 IFN-γ의 양을 ELISA로 측정했다. 펩티드 IALYLQQNW(9mer, 서열번호 2)는 최저 농도에서 인식되었고, 따라서 TCR50의 동족 EBV LMP1 에피토프로 간주될 수 있다. 흥미롭게도 및 언급할 가치가 있는 것으로, TCR50에 의해 인식된 이 에피토프는 NetMHCpan4.0 예측 도구에서 최고로 랭크되지 않았고, 이는 관련 면역우성 에피토프의 예측에서 예측 도구가 정확하지 않음을 나타낸다.
도 7. TCR50 -조작된 T 세포는 LMP1 양성 세포를 인식한다. 각각 K562-HLA-B*57:01 항원 로딩 세포, EBV 관련 암 세포주(L591-B*57:01) 및 림프모구양 세포주를 사용한 2명의 공여자의 LMP1 특이적 TCR50 조작 T 세포의 기능 분석(WIN, DEM). T 세포 반응성은 1:1의 이펙터 대 표적(E:T) 세포 비율에서 ELISA에 의해 분비된 IFN-γ의 양을 측정함으로써 결정되었다. (MIN - 항원 자극 없음, MAX - 비특이적 자극, UT - 비형질도입 T 세포).
도 8. EBNA3C 반응성 TCR01의 기능 분석. (A) EBNA3C-특이적 TCR01-조작된 T 세포는 K562-HLA-B*07:02 항원 펄스 세포 및 EBV 양성 세포주와 공-배양했다. T 세포의 기능성은 1:1의 이펙터 대 표적(E:T) 세포 비율에서 ELISA에 의해 분비된 IFN-γ의 양을 측정함으로써 결정되었다. (B) 전장 EBNA3C 항원의 절단된 버전(EBNA3C/3, EBNA3C/2, EBNA3C/1)이 생성되었고, K562-HLA-B*07:02 세포에서 발현되었다. (C) 면역원성 에피토프를 함유하는 항원 영역은 상청액 중의 ELISA에 의해 분비된 IFN-γ의 양을 측정하여 동정했고, 뉴클레오티드(nt) 2071과 2979 사이에 위치한다. (D) 에피토프 양성 서열(EBNA3C nt 2071-2979)로서 동정된 단백질 영역을 사용하여, HLA-B*07:02에 대한 에피토프 예측 알고리즘 NetMHCpan4.0을 적용하여 후보 펩티드를 선택했다. (E) 강력한 결합제(SB) 및 약한 결합제(WB)로 각각 분류된 이들의 펩티드-MHC I 결합 친화성(결합 수준)에 따라 27개 펩티드를 에피토프의 동정에 이용했다(QPRAPIRPI(서열번호 127), RPIPTRFPPPPM(서열번호 128), RPRVEESSHGPA(서열번호 129), SPQPRAPI(서열번호 130), SPQPRAPIRPI(서열번호 131), SPQPRAPIRPIP(서열번호 132), PQPRAPIRPI(서열번호 133), QPRAPIRPIP(서열번호 134), PRAPIRPI(서열번호 135), APIRPIPTRF(서열번호 136), FPPPPMPL(서열번호 137), HGPARCSQAT(서열번호 138), RPIPTRFPP(서열번호 139), RPIPTRFP(서열번호 140), IPTRFPPPPMP(서열번호 141), PIPTRFPPPPM(서열번호 142), IPTRFPPPPMPL(서열번호 143), GPARCSQATA(서열번호 144), FPPPPMPLQDSM(서열번호 145), PPMPLQDSM(서열번호 146), RPIPTRFPPP(서열번호 147), MPLQDSMAVG(서열번호 148), PIPTRFPPPPMP(서열번호 149), PMPLQDSMAV(서열번호 150), PMPLQDSM(서열번호 151), QPRAPIRPIPT(서열번호 152), QPRAPIRP(서열번호 153)). K562-HLA-B*07:02 세포에 선택된 펩티드를 로딩하고, TCR01-조작된 T 세포와 공-배양하고, ELISA에 의해 IFN-γ 분비를 측정했다. 에피토프(D로 강조 표시됨)는 TCR01-조작된 T 세포에 의해 인식되었다. (F) K562-HLA-B*07:02 세포에 표시된 펩티드의 적정량을 로딩하거나, 대조군으로서 펩티드 없이 로딩하고, TCR01-조작된 T 세포의 펩티드 감수성을 1:1의 E:T 세포 비율에서 ELISA에 의해 분비된 IFN-γ의 양을 측정함으로써 결정했다. (MIN - 항원 자극 없음, MAX - 비특이적 자극, SB - 강력한 결합제, WB - 약한 결합제, UT - 비형질도입 T 세포).
도 9. EBNA3C 반응성 TCR25의 기능 분석. (A) EBNA3C 특이적 TCR25-조작된 T 세포는 K562-HLA-B*44:02 항원 펄스 세포 또는 EBV 관련 암 세포주와 공-배양되었다. T 세포 기능성은 1:1의 이펙터 대 표적(E:T) 세포 비율에서 ELISA에 의해 분비된 IFN-γ의 양을 측정함으로써 결정되었다. (B) 전장 EBNA3C 항원의 절단된 버전(EBNA3C/3, EBNA3C/2, EBNA3C/1)이 생성되었고, K562-HLA-B*44:02 세포에서 발현되었다. (C) 면역원성 에피토프를 함유하는 항원 영역은 상청액에서 ELISA에 의해 분비된 IFN-γ의 양을 측정하여 동정되었고, 뉴클레오티드(nt) 1과 567 사이에 위치한다. (D) 에피토프 양성 서열(EBNA3C nt 1-567)로서 동정된 단백질 영역을 사용하여, HLA-B*44:02에 대한 에피토프 예측 알고리즘 NetMHCpan4.0을 적용하여 후보 펩티드를 선택했다. (E) 강력한 결합제(SB) 및 약한 결합제(WB)로 각각 분류된 이들의 펩티드-MHC 결합 친화성(결합 수준)에 따라 4개의 펩티드를 에피토프의 동정에 이용했다(AEGGVGWRHW(서열번호 5), SERLVPEESY(서열번호 155), WLLTSPSQSW(서열번호 156), LLTSPSQSW(서열번호 157)). K562-HLA-B*44:02 세포에 선택된 펩티드를 로딩하고, TCR25-조작된 T 세포와 공-배양하고, IFN-γ 분비를 ELISA에 의해 결정했다. 아미노산 서열 AEGGVGWRHW를 갖는 하나의 에피토프(D로 강조 표시됨)는 TCR25-조작된 T 세포에 의해 인식되었고, 따라서 TCR25의 동족 EBV EBNA3C 에피토프로 간주될 수 있다. (F) K562-HLA-B*44:02 세포에 적정량의 표시된 펩티드를 로딩하거나, 대조군으로서 펩티드를 로딩하지 않았다. TCR25-조작된 T 세포의 펩티드 감수성은 1:1의 E:T 세포 비율에서 ELISA에 의해 분비된 IFN-γ의 양을 측정함으로써 결정되었다. (MIN - 항원 자극 없음, MAX - 비특이적 자극, SB - 강력한 결합제, WB - 약한 결합제, UT - 비형질도입 T 세포).
도 10. EBNA3C 반응성 TCR27의 기능 분석. (A) EBNA3C-특이적 TCR27-조작된 T 세포는 K562-HLA-B*07:02 항원-펄스 세포 및 EBV-양성 세포주와 공-배양했다. T 세포 기능성은 1:1의 이펙터 대 표적(E:T) 세포 비율에서 ELISA에 의해 분비된 IFN-γ의 양을 측정함으로써 결정되었다. (B) 전장 EBNA3C 항원의 절단된 버전(EBNA3C/3, EBNA3C/2, EBNA3C/1)이 생성되었고, K562-HLA-B*07:02 세포에서 발현되었다. (C) 면역원성 에피토프를 함유하는 항원 영역은 상청액에서 분비된 IFN-γ(ELISA)의 양을 측정함으로써 동정되었고, 뉴클레오티드(nt) 2071과 2979 사이에 위치한다. (D) 에피토프 양성 서열(EBNA3C nt 2071-2979)로서 동정된 단백질 영역을 사용하여, HLA-B*07:02에 대한 에피토프 예측 알고리즘 NetMHCpan4.0을 적용하여 후보 펩티드를 선택했다. (E) 강력한 결합제(SB) 및 약한 결합제(WB)로 각각 분류된 이들의 펩티드-MHC 결합 친화성(결합 수준)에 따라 27개의 펩티드를 에피토프의 동정에 이용했다. K562-HLA-B*07:02 세포에 선택된 펩티드를 로딩하고, TCR27-조작된 T 세포와 공-배양하고, ELISA에 의해 IFN-γ 분비를 측정했다. 에피토프(D로 강조 표시됨)는 TCR27-조작된 T 세포에 의해 인식되었다. (F) K562-HLA-B*07:02 세포에 적정량의 표시된 펩티드를 로딩하거나, 대조군으로서 펩티드를 로딩하지 않고, TCR27-조작된 T 세포의 펩티드 감수성을 1:1의 E:T 세포 비율에서 ELISA에 의해 분비된 IFN-γ의 양을 측정함으로써 결정했다. (MIN - 항원 자극 없음, MAX - 비특이적 자극, SB - 강력한 결합제, WB - 약한 결합제, UT - 비형질도입 T 세포, 서열번호 도 8에 대한 범례 참조).
도 11. EBNA3C 반응성 TCR58의 기능 분석. (A) EBNA3C 특이적 TCR58-조작된 T 세포는 K562-HLA-B*44:02 항원 펄스 세포 또는 EBV 관련 암 세포주와 공-배양되었다. T 세포 기능성은 1:1의 이펙터 대 표적(E:T) 세포 비율에서 ELISA에 의해 분비된 IFN-γ의 양을 측정함으로써 결정되었다. (B) 전장 EBNA3C 항원의 절단된 버전(EBNA3C/3, EBNA3C/2, EBNA3C/1)이 생성되었고, K562-HLA-B*44:02 세포에서 발현되었다. (C) 면역원성 에피토프를 함유하는 항원 영역은 상청액에서 ELISA에 의해 분비된 IFN-γ의 양을 측정함으로써 동정되었고, 뉴클레오티드(nt) 1과 567 사이에 위치한다. (D) 에피토프 양성 서열(EBNA3C nt 1-567)로서 동정된 단백질 영역을 사용하여, HLA-B*44:02에 대한 에피토프 예측 알고리즘 NetMHCpan4.0을 적용하여 후보 펩티드를 선택했다. (E) 강력한 결합제(SB) 및 약한 결합제(WB)로 각각 분류된 이들의 펩티드-MHC 결합 친화성(결합 수준)에 따라 4개의 펩티드를 에피토프의 동정에 이용했다. K562-HLA-B*44:02 세포에 선택된 펩티드를 로딩하고, TCR58-조작된 T 세포와 공-배양하고, ELISA에 의해 IFN-γ 분비를 측정했다. 아미노산 서열 AEGGVGWRHW를 갖는 하나의 에피토프(D로 강조 표시됨)는 TCR58-조작된 T 세포에 의해 인식되었고, 따라서 TCR58의 동족 EBV EBNA3C 에피토프로 간주될 수 있다. (F) K562-HLA-B*44:02 세포에 적정량의 표시된 펩티드를 로딩하거나, 대조군으로서 펩티드를 로딩하지 않았다. TCR58-조작된 T 세포의 펩티드 감수성은 1:1의 E:T 세포 비율에서 ELISA에 의해 분비된 IFN-γ의 양을 측정함으로써 결정되었다. (MIN - 항원 자극 없음, MAX - 비특이적 자극, SB - 강력한 결합제, WB - 약한 결합제, UT - 비형질도입 T 세포, 서열번호 도 9에 대한 범례 참조).
도 12. EBNA3C 반응성 TCR64의 기능 분석. (A) EBNA3C-특이적 TCR64-조작된 T 세포는 K562-HLA-C*06:02 항원 펄스 세포 및 EBV 양성 세포주와 공-배양했다. T 세포 기능성은 1:1의 이펙터 대 표적(E:T) 세포 비율에서 ELISA에 의해 분비된 IFN-γ의 양을 측정함으로써 결정되었다. (B) 전장 EBNA3C 항원의 절단된 버전(EBNA3C/3, EBNA3C/2, EBNA3C/1)이 생성되었고, K562-HLA-C*06:02 세포에서 발현되었다. (C) 면역원성 에피토프를 함유하는 항원 영역은 상청액에서 ELISA에 의해 분비된 IFN-γ의 양을 측정함으로써 동정했고, 뉴클레오티드(nt) 568과 1569 사이에 위치한다. (D) 에피토프 양성 서열로서 동정된 단백질 영역(EBNA3C nt 568-1569)를 사용하여, HLA-C*06:02에 대한 에피토프 예측 알고리즘 NetMHCpan4.0을 적용하여 후보 펩티드를 선택했다. (E) 강력한 결합제(SB) 및 약한 결합제(WB)로서 각각 분류된 이들의 펩티드-MHC 결합 친화성(결합 수준)에 따라 27개의 펩티드를 에피토프의 동정에 이용했다(RRYRRIYDL(서열번호 158), FRKAQIQGL(서열번호 4), AREAEVRFL(서열번호 159), LRGKWQRRY(서열번호 160), ERYAREAEV(서열번호 161), SRRRRGACV(서열번호 162), NLLDFVRFM(서열번호 163), RRIYDLIEL(서열번호 164), RRRRGACVV(서열번호 165), VRFLRGKWQ(서열번호 166), RRRGACVVY(서열번호 167), QRRYRRIYD(서열번호 168), VRFMGVMSS(서열번호 169), YAREAEVRFL(서열번호 170), NRVGADSIM(서열번호 171), LHHIWQNLL(서열번호 172), RRGIKEHVI(서열번호 173), YRRIYDLIE(서열번호 174), RRYRRIYDLI(서열번호 175), ARRGIKEHV(서열번호 176), QRRYRRIYDL(서열번호 177), WQRRYRRIY(서열번호 178), FLRGKWQRRY(서열번호 179), RDRGACVY(서열번호 180), VYDDDVIEV(서열번호 181), YAREAEVRF(서열번호 182), GCQNAARTL(서열번호 183)). K562-HLA-C*06:02 세포에 선택된 펩티드를 로딩하고, TCR64-조작된 T 세포와 공-배양하고, IFN-γ 분비를 ELISA로 측정했다. 아미노산 서열 FRKAQIQGL을 갖는 하나의 에피토프(D로 강조 표시됨)는 TCR64-조작된 T 세포에 의해 인식되었고, 따라서 TCR64의 동족 EBV EBNA3C 에피토프로 간주될 수 있다. (F) K562-HLA-C*06:02 세포에 적정량의 표시된 펩티드를 로딩하거나, 대조군으로서 펩티드를 로딩하지 않고, TCR64-조작된 T 세포의 펩티드 감수성은 1:1의 E:T 세포 비율에서 ELISA에 의해 분비된 IFN-γ의 양을 측정함으로써 결정했다. (MIN - 항원 자극 없음, MAX - 비특이적 자극, SB - 강력한 결합제, WB - 약한 결합제, UT - 비형질도입 T 세포).
도 13. LMP1 반응성 TCR83의 기능 분석. (A) LMP1-특이적 TCR83-조작된 T 세포는 K562-HLA-C*15:02 항원 펄스 세포 또는 EBV 관련 암 세포주와 공-배양되었다. T 세포 기능성은 1:1의 이펙터 대 표적(E:T) 세포 비율에서 ELISA에 의해 분비된 IFN-γ의 양을 측정함으로써 결정되었다. (B) 전장 LMP1 항원의 절단된 버전(LMP1/2, LMP1/1)이 생성되었고, K562-HLA-C*15:02 세포에서 발현되었다. (C) 면역원성 에피토프를 함유하는 항원 영역은 상청액에서 ELISA에 의해 분비된 IFN-γ의 양을 측정함으로써 동정했고, 뉴클레오티드(nt) 316과 624 사이에 위치한다. (D) 에피토프 양성 서열(LMP1 nt 316-624)로 동정된 단백질 영역을 사용하여, HLA-C*15:02에 대한 에피토프 예측 알고리즘 NetMHCpan4.0을 적용하여 후보 펩티드를 선택했다. (E) 약한 결합제(WB)로 분류된 펩티드-MHC 결합 친화성(결합 수준)에 따라 4개의 펩티드를 에피토프의 동정에 이용했다(NSNEGRHHL(서열번호 184), QQNWWTLLV(서열번호 3), DSLPHPQQA(서열번호 185), YLQQNWWTL(서열번호 186)). K562-HLA-C*15:02 세포에 선택된 펩티드를 로딩하고, TCR83-조작된 T 세포와 공-배양하고, ELISA에 의해 IFN-γ 분비를 측정했다. 아미노산 서열 QQNWWTLLV를 갖는 하나의 에피토프(D로 강조 표시됨)는 TCR83-조작된 T 세포에 의해 인식되었고, 따라서 TCR83의 동족 EBV LMP1 에피토프로 간주될 수 있다. (F) K562-HLA-C*15:02 세포에 적정량의 표시된 펩티드를 로딩하거나, 대조군으로서 펩티드를 로딩하지 않았다. TCR83-조작된 T 세포의 펩티드 감수성은 1:1의 E:T 세포 비율에서 ELISA에 의해 분비된 IFN-γ의 양을 측정함으로써 결정되었다(B). (MIN - 항원 자극 없음, MAX - 비특이적 자극, WB - 약한 결합제, UT - 비형질도입 T 세포).
도 14. LMP2A 반응성 TCR06의 기능 분석. (A) LMP2A 특이적 TCR06-조작된 T 세포는 K562-HLA-A*02:01 항원 펄스 세포 또는 EBV 관련 암 세포주와 공-배양되었다. T 세포 기능성은 1:1의 이펙터 대 표적(E:T) 세포 비율에서 ELISA에 의해 분비된 IFN-γ의 양을 측정함으로써 결정되었다. (B) 전장 LMP2A 항원의 절단된 버전(LMP2A/2, LMP2A/1)이 생성되었고, K562-HLA-A*02:01 세포에서 발현되었다. (C) 면역원성 에피토프를 포함하는 항원 영역은 상청액에서 분비된 IFN-γ(ELISA)의 양을 측정함으로써 동정되었고, 뉴클레오티드(nt) 1006과 1494 사이에 위치한다. (D) 에피토프 양성 서열(LMP1 nt 1006-1494)로 동정된 단백질 영역을 사용하여, HLA-A*02:01에 대한 에피토프 예측 알고리즘 NetMHCpan4.0을 적용하여 후보 펩티드를 선택했다. (E) 강력한 결합제(SB) 및 약한 결합제(WB)로서 각각 분류된 이들의 펩티드-MHC 결합 친화성(결합 수준)에 따라 14개의 펩티드를 에피토프의 동정에 이용했다(FMCLGGLLTM(서열번호 187), MLLLIVAGI(서열번호 188), NLFCMLLLI(서열번호 189), LLIVAGILFI(서열번호 190), NLFCMLLLIV(서열번호 191), MCLGGLLTMV(서열번호 192), CLGGLLTMV(서열번호 1), LIVAGILFI(서열번호 193), FIPNLFCML(서열번호 194), IVAGILFIL(서열번호 195), MLLLIVAGIL(서열번호 196), CMLLLIVAGI(서열번호 197), PNLFCMLLLI(서열번호 198), FIPNLFCMLL(서열번호 199)). K562-HLA-A*02:01 세포에 선택된 펩티드를 로딩하고, TCR06-조작된 T 세포와 공-배양하고, ELISA에 의해 IFN-γ 분비를 측정했다. 에피토프(D로 강조 표시됨)는 TCR06-조작된 T 세포에 의해 인식되었고, 따라서 TCR06의 동족 EBV LMP2A 에피토프로 간주될 수 있다. 흥미롭게도 및 언급할 가치가 있는 것으로, TCR06에 의해 인식된 2개의 에피토프는 NetMHCpan4.0 예측 도구에서 최고로 랭크되지 않았고, 이는 관련 면역원성 에피토프의 예측에서 예측 도구가 정확하지 않음을 나타낸다. (F) K562-HLA-A*02:01 세포에 적정량의 표시된 펩티드를 로딩하거나, 대조군으로서 펩티드를 로딩하지 않았다. TCR06-조작된 T 세포의 펩티드 감수성은 1:1(B)의 E:T 세포 비율에서 ELISA에 의해 분비된 IFN-γ의 양을 측정함으로써 결정되었다. (MIN - 항원 자극 없음, MAX - 비특이적 자극, S - 강력한 결합제, WB - 약한 결합제, UT - 비형질도입 T 세포).
도 15. 특허 WO 2015/022520 A1( PUBTCR1 ) 및 WO 2011/039508 A2( PUBTCR2 )에 제공된 LMP2A -특이적 TCR06 및 TCR의 펩티드 감수성의 비교. TRAV12-3*01/TRAJ41*01/TRAC 알파 쇄 아미노산 서열(WO 2015/022520 A1의 서열번호 2) 및 TRBV11-2*01/TRBD1/TRBJ2-7/TRBC 베타 쇄 아미노산 서열(WO 2015/022520 A1의 서열번호 3)(또한 상기 문서의 도 1)을 갖는 이전에 공개된 wt EBV LMP2A TCR은 본 명세서에서 PUBTCR1로 지정된다. 특히, 이의 서열번호 8을 기반으로 하여, WO 2011/039508 A2에 기재된 이전에 공개된 LMP2A TCR은 PUBTCR2로 지정된다. K562-HLA-A*02:01 세포에 적정량의 표시된 펩티드 CLGGLLTMV 및 MCLGGLLTMV를 각각 로딩하고, TCR06- 또는 PUBTCR1- 또는 PUBTCR2-조작된 T 세포와 공-배양하고, 모든 TCR의 펩티드 감수성은, 1:1의 이펙터 대 표적(E:T) 세포 비율에서 ELISA에 의해 분비된 IFN-γ의 양을 측정함으로써 결정되었다. TCR06은 PUBTCR1 및 PUBTCR2와 비교하여 펩티드 감수성이 더 높았다. UT - 비형질도입 T 세포.
도 16. LMP2A 특이적 TCR06의 펩티드 감수성과, 특허 WO 2015/022520 A1(PUBTCR1) 및 WO 2011/039508 A2( PUBTCR2 )에 제공된 TCR 및 출원인에 의해 단리 된 TCR-JC와의 확장 비교.
TRAV12-3*01/TRAJ41*01/TRAC 알파 쇄 아미노산 서열(WO 2015/022520 A1의 서열번호 2) 및 TRBV11-2*01/TRBD1/TRBJ2-7/TRBC 베타 쇄 아미노산 서열(WO 2015/022520 A1의 서열번호 3)(또한 상기 문서의 도 1)을 갖는 이전에 공개된 wt EBV LMP2A TCR은 본 명세서에서 PUBTCR1로 지정된다. 특히 이의 서열번호 8을 기반으로 하여, WO 2011/039508 A2에 기재된 이전에 공개된 LMP2A TCR은 PUBTCR2로 지정된다. 본 명세서에서 TCR-JC로 지정된 또 다른 LMP2A-특이적 TCR은 출원인에 의해 단리되었다. (A) K562-HLA-A*02:01 세포에 적정량의 펩티드 CLGGLLTMV를 로딩하고, TCR06-, PUBTCR1-, PUBTCR2- 또는 TCR-JC-조작된 T 세포와 공-배양하고, 모든 TCR의 펩티드 감수성을 1:10의 이펙터 대 표적(E:T) 세포 비율에서 ELISA에 의해 분비된 IFN-γ의 양을 측정함으로써 결정했다. (B) A로부터의 데이터 포인트에 기반한 S자형 4PL 곡선(제약 모델). S자형 회귀는 TCR06, PUBTCR1 및 PUBTCR2에 대해 매우 양호한 R²(약 0.95)를 나타낸다. TCR-JC로부터의 데이터는 0.81의 모델 적합도(상부 안정기의 결여). (C) B에 제시된 데이터를 기반으로, 4개의 TCR의 펩티드 감수성을 계산하고, 10^-9 M에서 EC50으로 표시했다(EC50 - 최대 IFN-γ 방출의 50%를 달성하는 데 필요한 펩티드의 mol/l, SEM - 표준 오차 평균).
도 17. EBV -특이적 TCR -조작된 T 세포는 암 세포를 사멸시킨다. LMP1-특이적 TCR50-, LMP2A-특이적 TCR06- 및 EBNA3C-특이적 TCR64-조작된 T 세포를 L591 EBV+ 종양 세포와 공-배양했고, 이는 LMP1, LMP2A 및 EBNA3C를 자연적으로 발현하지만, 각각의 MHC I 대립유전자로 형질감염시켰다. 표시된 이펙터:표적(E:T) 세포 비율에서, 3중 웰의 데이터를 평균하고, 비형질도입 T 세포와 공-배양된 샘플로부터 수득된 값과 관련하여 생존 세포의 백분율을 계산했다: % 특이적 생존 = 100 × (시험 값)/(평균 백그라운드). (UT - 비형질도입 T 세포).
도 18. 종양 거부반응의 생체내 마우스 모델. (A) NOG 마우스는 5×10⁶ K562-HLA-A*02:01 종양 세포를 피하 투여하고, 24시간 후에 1×10⁷ TCR06-조작된 T 세포를 정맥내 투여했다. 2명의 공여자로부터 TCR06-조작된 T 세포(n=10)를 투여받은 개별 마우스로부터 수득된 데이터는 비형질도입 T 세포(n=6)와 비교하여 제시된다. (B) NSG 마우스는 5×10⁶ K562-HLA-B*57:01 종양 세포를 피하 투여하고, 9일 후에 5×10⁶ TCR50-조작된 T 세포를 정맥내 투여했다. 양 모델 모두에서, 종양 크기는 캘리퍼스를 사용하여 측정하고 계산했다.

실시예

EBV -특이적 TCR 작제물 및 형질전환 T 세포의 생성 및 에피토프의 동정

본 발명자들은 혁신적인 방법[참조: Lorenz et al., 2018; WO2016/146618 A1]을 사용하여 상이한 MHC 클래스 I 분자에 의해 제시되는 내인적으로 처리된 면역원성 EBV 에피토프를 인식하는 EBV 특이적 TCR을 생성했다.

간단히 말해서, 목적 EBV 항원, 예를 들면, LMP1, LMP2A 또는 EBNA3C를 선택한 후, 하기 실험 단계를 수행했다:

(i) 자가 T 세포를 자극하기 위해 선택된 EBV 항원의 전장 서열을 코딩하는 시험관내 전사된(ivt) RNA에 의한 프로페셔널 항원-제시 세포(바람직하게는 수지상 세포(DC))의 펄스. 이 절차는 완전히 편향되지 않고, DC는 가장 적합한 MHC 클래스 I(MHC I) 분자와 조합하여 세포 표면에서의 발현, 프로세싱 및 제시를 위해 항원의 최상의 에피토프를 선택할 수 있다.

(ii) EBV 항원 반응성 T 세포의 동정. 이 단계는 K562 세포에서 유래하는 단일 MHC I-발현 세포주로 구성된 새롭게 확립된 MHC 클래스 I 세포 라이브러리를 사용하여 수행되었다. 이 부분은, 광범위한 MHC 유연성을 이용하는 것이 기본이기 때문에, TCR 단리 접근법의 중요한 기능이다. 각 TCR을 동정하기 위해, 본 발명자들은 T 세포 공여자의 MHC I 대립유전자에 상응하는 K562 세포 라이브러리로부터 최대 6개의 MHC I을 선택하고, 단계 (i)에서 프라이밍에 사용된 관련 항원으로 세포를 형질감염시켰다. 항원 제시 K562 세포와 항원 자극 T 세포의 공-배양 후, ELISA를 사용한 인터페론-(IFN)γ 방출, 및 유세포 분석에 의해 측정된 T 세포 활성화 마커 CD137의 상향조절에 의해 반응 T 세포를 동정했다. 후속적으로, 반응성 CD8+ T 세포는 FACS 선별에 의해 농후화시켰다.

(iii) FACS-선별된 CD8+ T 세포로부터 합계 RNA의 단리, 및 TCRα 및 TCRβ 쇄 특이적 서열의 PCR 증폭. 차세대 서열분석에 의한 우성 TCRα- 및 TCRβ 서열의 동정.

(iv) 기능적 TCRαβ 쇄 조합을 확인하기 위해, 1차 인간 T 세포에서 γ-레트로바이러스 벡터 MP71[참조: Engels et al., 2003; Leisegang et al., 2008; Sommermeyer and Uckert, 2010]을 사용한 우성(최소 10%) TCRα- 및 TCRβ 쇄 조합의 재발현. 이것은, TCR-조작된 T 세포와, 적절한 MHC I 분자를 운반하고 전장 EBV 항원을 발현하는 K562 세포와의 공-배양에 의해 수행되었다. TCRαβ 쇄 조합을 인식하는 항원은 P2A 요소와 연결하고, TCRβ 유전자-P2A-TCRα 유전자의 구성으로 MP71 벡터에 재클로닝했다. 불변 TCRαβ 쇄 영역은 형질전환 TCR 쇄의 페어링을 증강시키기 위해 이들의 뮤린 대응물로 치환되었다. 후속적으로, 완전한 TCR 도입유전자 카세트가 코돈 최적화되었다.

(v) TCR-조작된 T 세포에 의해 인식되는 EBV의 항원성 펩티드(에피토프)의 동정. 이를 위해, 전장 항원은 C- 또는 N-말단이 절단되었고, 플라스미드 벡터 pcDNA3.1(-)에 클로닝되었고, 적절한 MHC I 분자를 운반하는 K562 세포에서 발현되었다. 이어서, 나머지 단백질 단편은 TCR에 의해 인식되는 에피토프를 추가로 제시하는 능력에 대해 시험되었다. 마지막으로, 상응하는 단백질 영역의 후보 펩티드는 에피토프 예측 알고리즘 NetMHCpan4.0(http://www.cbs.dtu.dk/services/NetMHCpan/)에 의해 확인되었다. 예측된 펩티드가 생성되고, 적절한 MHC I 분자를 운반하는 K562 세포에 로딩되고, TCR-조작된 T 세포에 의해 인식되는 능력에 대해 공-배양 실험에서 조사되었다. 대부분의 IFN-γ 생산을 자극할 수 있는 펩티드는 동족 에피토프로 간주된다.

TCR(TCR50) 중 하나에 대해 시험된 펩티드. 에피토프-양성 서열(LMP1/2 nt 316-624)로 동정된 단백질 영역을 사용하여, HLA-B*57:01에 대한 에피토프 예측 알고리즘 NetMHCpan4.0을 적용하여 후보 펩티드를 선택했다. 강력한 결합제(SB) 및 약한 결합제(WK)로 각각 분류된 펩티드-MHC 결합 친화성에 따라, 13개의 펩티드를 에피토프 동정에 이용했다. 결과는 도 5에 제시되어 있다.

에피토프 (서열번호)	길이 (aa)	결합 수준	친화성

WTLLVDLLW (107)	9	SB	12.25
IALYLQQNWW (108)	10	SB	14.84
IALYLQQNW (2)	9	SB	16.32
WWTLLVDLLW (109)	10	SB	32.51
IIALYLQQNW (110)	10	SB	57.84
WTLLVDLLWL (111)	10	SB	111.95
LAILIWMYY (112)	9	SB	231.02
LLFLAILIW (113)	9	SB	234.00
LLLFLAILIW (114)	10	WB	749.75
LAILIWMYYH (115)	10	WB	789.96
ALYLQQNWW (116)	9	WB	853.78
FLAILIWMYY (117)	10	WB	1515.23
NSNEGRHHL (118)	9	WB	12828.84

생성된 TCR 작제물은 하기 표 2, 3 및 4에 특성화되어 있다.

TCR 요약.

TCR	절반-최대 IFN-η	EBV-항원	에피토프	서열번호	MHC I	종양 세포의 인식
01	6x10^-8	EBNA3C	QPRAPIRPIPT	7	B*07:02	+
25	6x10^-7	EBNA3C	AEGGVGWRHW	5	B*44:02	+
27	6x10^-8	EBNA3C	QPRAPIRPIP	6	B*07:02	+
58	3x10^-7	EBNA3C	AEGGVGWRHW	5	B*44:02	+
64	7x10^-6	EBNA3C	FRKAQIQGL	4	C*06:02	+

50	3x10^-8	LMP1	IALYLQQNW	2	B*57:01	+
83	2x10^-9	LMP1	QQNWWTLLV	3	C*15:02	+

06	6x10^-9	LMP2A	CLGGLLTMV	1	A*02:01	+

TCR06, TCR50 및 TCR83, 특히 TCR06은 높은 펩티드 감수성(IFN-γ 방출의 절반 최대)를 갖는다.

본 발명의 바람직한 TCR 작제물의 CDR 서열. CDR1 IMGT aa 위치: 27-38. CDR2 IMGT aa 위치: 56-65. CDR3 IMGT aa 위치: 105-117. 괄호 안의 숫자: 서열번호

TCR				CDR -1 aa 서열	CDR -2 aa 서열	CDR -3 aa 서열
TCR 06	TRA		DSAIYN (11)	IQSSQRE (12)	AVLMDSNYQLI (13)
		TRB		WSHSY (16)	SAAADI (17)	ASSEDGMNTEAF (18)
TCR 50		TRA		SSYSPS (21)	YTSAATLV (22)	VVMATGFQKLV (23)
		TRB		SGDLS (26)	YYNGEE (27)	ASSVTSGSDEQF (28)
TCR 83		TRA		TSGFNG (31)	NVLDGL (32)	AAVNNAGNMLT (33)
		TRB		LGHDT (36)	YNNKEL (37)	ASSQGYGGPSTDTQY (38)
TCR 64		TRA		SVFSS (41)	VVTGGEV (42)	AGDVDTGTASKLT (43)
		TRB		MDHEN (46)	SYDVKM (47)	ASSLLGSGALYEQY (48)
TCR 25		TRA		SSYSPS (51)	YTSAATLV (52)	VAWDTGFQKLV (53)
		TRB		SNHLY (56)	FYNNEI (57)	ASKALADTQY (58)
TCR 58		TRA		NSASQS (61)	VYSSGN (62)	VASGDSSYKLI (63)
		TRB		SNHLY (66)	FYNNEI (67)	ASSDPLSTYNEQF (68)
TCR 27		TRA		TISGTDY (71)	GLTSN (72)	ILCGAGGTSYGKLT (73)
		TRB		MNHEY (76)	SMNVEV (77)	ASNVQGANNEQF (78)
TCR 01		TRA		TISGTDY (81)	GLTSN (82)	ILCGAGGTSYGKLT (83)
		TRB		MNHEY (86)	SMNVEV (87)	ASAIQGANNEQF (88)

본 발명의 바람직한 TCR 작제물의 TRAV 및 TRBV 세그먼트 및 접합부 aa(IMGT 위치 104-118). 괄호 안의 숫자: 서열번호

TCR		V 세그먼트	aa 접합부 aa 서열
TCR 06	TRA	TRAV21*01	CAVLMDSNYQLIW (14)
	TRB	TRBV10-2*02	CASSEDGMNTEAFF (19)
TCR 50	TRA	TRAV8-2*01	CVVMATGFQKLVF (24)
	TRB	TRBV9*01	CASSVTSGSDEQFF (29)
TCR 83	TRA	TRAV1-2*01	CAAVNNAGNMLTF (34)
	TRB	TRBV3-1*01	CASSQGYGGPSTDTQYF (39)
TCR 64	TRA	TRAV27*01	CAGDVDTGTASKLTF (44)
	TRB	TRBV28*01	CASSLLGSGALYEQYF (49)
TCR 25	TRA	TRAV8-2*01	CVAWDTGFQKLVF (54)
	TRB	TRBV2*01	CASKALADTQYF (59)
TCR 58	TRA	TRAV12-1*01	CVASGDSSYKLIF (64)
	TRB	TRBV2*01	CASSDPLSTYNEQFF (69)
TCR 27	TRA	TRAV26-2*01	CILCGAGGTSYGKLTF (74)
	TRB	TRBV27*01	CASNVQGANNEQFF (79)
TCR 01	TRA	TRAV26-2*01	CILCGAGGTSYGKLTF (84)
	TRB	TRBV27*01	CASAIQGANNEQFF (89)

기능적 특성화

생성된 TCR-조작된 T 세포는 시험관내 검정을 사용하여 기능적으로 특성화되었다.

먼저, 단리된 TCR의 펩티드 감수성(IFN-γ 방출의 절반 최대)은 펩티드 적정 실험에서 분석했다(도 6 및 문헌[참조: Lorenz et al., 2018] 참조). 간단히 말해서, 펩티드는 10^-5mol/l 내지 10^-13mol/l 범위의 적정량으로 K562 표적 세포에 로딩되었다. 공-배양 검정은 1:1의 이펙터 대 표적(E:T) 세포 비율에서 TCR-조작된 T 세포를 사용하여 수행하고(달리 지시되지 않는 경우), 이는 2.5×10⁴ TCR-조작된 T 세포가 2.5×10⁴ 펩티드 로딩된 K562 세포와 공-배양되었음을 의미한다. TCR-형질도입된 T 세포가 이들의 표적 에피토프를 인식하는 능력은 24시간 후에 IFN-γ ELISA에 의해 평가되었다.

둘째, EBV 항원-발현 표적 세포주(LCL, EBV 에피토프 및 펩티드 로딩된 K562 세포를 내인적으로 처리하고 제시하는 EBV 관련 암 세포주)를 공-배양 실험에 적용하여 TCR-조작된 T 세포에 의해 방출된 IFN-γ의 양을 결정했다(도 7 및 문헌[Lorenz et al., 2018] 참조). 간단히 말해서, TCR-조작된 T 세포와 표적 세포(각각 2×10⁴)를 공-배양했다. 24시간 후, ELISA에 의해 분비된 IFN-γ의 양을 측정함으로써, T 세포 반응성을 결정했다. PMA 및 이오노마이신으로 자극시킨 T 세포를 양성 대조군으로 사용하고, 비형질도입 T 세포를 음성 대조군으로 사용했다.

기재된 단리 및 특성화 절차, 및 TCR-조작된 T 세포에 의해 인식되는 에피토프의 동정에 따라, 합계 8개의 EBV 특이적 TCR과, 이러한 TCR에 의해 인식되는 관련 면역원성 펩티드(에피토프)를 분리했다. 일부 에피토프는 당해 기술분야에 이미 공지되어 있고, 기타 에피토프, 특히 서열번호 3, 4 및 5의 펩티드는 각각의 MHC I 분자에 의해 제시되는 것으로 본 명세서에서 새롭게 동정되었다.

셋째, LMP1, LMP2A 및 EBNA3C의 에피토프를 내인성으로 처리하고 제시하지만 관련 MHC I 대립유전자로 형질감염된 EBV 항원-발현 L591 종양 세포를, TCR-조작된 T 세포와의 공-배양 실험에 적용하여 TCR-조작된 T 세포의 사멸 능력을 결정했다.

추가로, 생성된 TCR-조작된 T 세포는 생체내 검정을 사용하여 기능적으로 특성화되었다. 따라서, 면역부전 마우스의 2개 모델(NOD, NSG)을 적용했다. 관련 EBV 항원 및 MHC I 분자를 모두 발현하는 종양 세포를 동물에 피하 주사하고, TCR-조작된 T 세포를 꼬리 정맥 주사에 의해 마우스에 전달했다.

면역요법을 위한 TCR의 조합

상이한 MHC I 분자에 의해 제시되는 상이한 에피토프를 인식하는 TCR-조작된 T 세포의 조합은 TCR 유전자 요법을 개선하는 흥미로운 옵션이다. 이 접근법은 면역 요법의 2개 문제, (i) 특정 종양 항원의 손실 변이체에 의한 종양 성장 및 (ii) 특정 MHC I 분자의 하향조절에 의한 종양 면역 회피를 극복하고 예방하는 것을 목표로 한다. 이러한 조합 접근법을 사용하면, TCR 유전자 요법의 효율이 증강된다.

이 개념을 증명하기 위해, 상이한 MHC I 분자에 의해 자연적으로 제시되는 내인적으로 처리된 EBV 항원을 인식할 수 있는 2개 또는 3개의 TCR, 예를 들면, TCR06(LMP2A, MHC A*02:01), TCR50(LMP1, MHC B*57:01), 및 임의로 TCR64(EBNA3C, MHC C*06:02)가 선택된다. TCR-조작된 T 세포는 설명된 바와 같이 레트로바이러스 형질도입에 의해 이러한 TCR로 생성된다. TCR에 의해 인식되는 EBV 항원을 자연적으로 발현하고, 각각의 MHC I 분자(A*02:01, B*57:01, C*06:02)를 보유하는 종양 세포는 TCR-조작된 T 세포에 의한 공-배양 실험에 사용된다.

또는, 이러한 세포(예: K562 세포)는 상응하는 EBV 항원 유전자 및 MHC I 유전자의 형질감염에 의해 생성된다.

실험에서, TCR-조작된 T 세포는 개별적으로 또는 조합하여 사용되고, 2:1의 E:T 비율로 종양 세포와 공-배양된다. TCR-조작된 T 세포의 단일 및 조합 적용의 유효성을 평가하기 위해, IFN-γ 분비가 ELISA에 의해 측정된다.

또한, 세포독성 검정은 종양 세포를 사멸시키기 위해 TCR-조작된 T 세포의 단일 및 조합 적용의 능력을 분석하기 위해 사용된다.

추가 실험에서, 생체내 마우스 모델이 확립된다. 종양 세포, 예를 들면, 각각의 EBV 항원 및 MHC I 분자를 발현하는 K562 세포는 NSG 마우스의 옆구리에 피하 주사했다(NOD.Cg-Prkdc^scid Il2rg^tm1 ^Wjl/Sz). 종양이 촉지 가능해진 후, TCR-조작된 T 세포를 개별적으로 또는 조합하여 정맥내 주사하여 종양 거부의 측면에서 TCR 유전자 요법의 효능을 결정한다.

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SEQUENCE LISTING <110> Max-Delbrueck-Centrum fuer Molekulare Medizin <120> TCR constructs specific for EBV-derived antigens <130> 12011 P 6581WO <160> 199 <170> BiSSAP 1.3.6 <210> 1 <211> 9 <212> PRT <213> Homo sapiens <220> <223> Epitope from LMP2A presented on A*02:01 <400> 1 Cys Leu Gly Gly Leu Leu Thr Met Val 1 5 <210> 2 <211> 9 <212> PRT <213> Homo sapiens <220> <223> Epitope from LMP1 presented on B*57:01 <400> 2 Ile Ala Leu Tyr Leu Gln Gln Asn Trp 1 5 <210> 3 <211> 9 <212> PRT <213> Homo sapiens <220> <223> Epitope from LMP1 presented on C*15:02 <400> 3 Gln Gln Asn Trp Trp Thr Leu Leu Val 1 5 <210> 4 <211> 9 <212> PRT <213> Homo sapiens <220> <223> Epitope from EBNA3C presented on C*06:02 <400> 4 Phe Arg Lys Ala Gln Ile Gln Gly Leu 1 5 <210> 5 <211> 10 <212> PRT <213> Homo sapiens <220> <223> Epitope from EBNA3C presented on B*44:02 <400> 5 Ala Glu Gly Gly Val Gly Trp Arg His Trp 1 5 10 <210> 6 <211> 10 <212> PRT <213> Homo sapiens <220> <223> Epitope from EBNA3C presented on B*07:02 <400> 6 Gln Pro Arg Ala Pro Ile Arg Pro Ile Pro 1 5 10 <210> 7 <211> 11 <212> PRT <213> Homo sapiens <220> <223> Epitope from EBNA3C presented on B*07:02 <400> 7 Gln Pro Arg Ala Pro Ile Arg Pro Ile Pro Thr 1 5 10 <210> 8 <400> 8 000 <210> 9 <400> 9 000 <210> 10 <400> 10 000 <210> 11 <211> 6 <212> PRT <213> Homo sapiens <220> <223> TCR06 - TRA - CDR1 <400> 11 Asp Ser Ala Ile Tyr Asn 1 5 <210> 12 <211> 7 <212> PRT <213> Homo sapiens <220> <223> TCR06 - TRA - CDR2 <400> 12 Ile Gln Ser Ser Gln Arg Glu 1 5 <210> 13 <211> 11 <212> PRT <213> Homo sapiens <220> <223> TCR06 - TRA- CDR3 <400> 13 Ala Val Leu Met Asp Ser Asn Tyr Gln Leu Ile 1 5 10 <210> 14 <211> 13 <212> PRT <213> Homo sapiens <220> <223> TCR06 - TRA- junction aa <400> 14 Cys Ala Val Leu Met Asp Ser Asn Tyr Gln Leu Ile Trp 1 5 10 <210> 15 <211> 113 <212> PRT <213> Homo sapiens <220> <223> TCR06 - TRA - variable region <400> 15 Lys Gln Glu Val Thr Gln Ile Pro Ala Ala Leu Ser Val Pro Glu Gly 1 5 10 15 Glu Asn Leu Val Leu Asn Cys Ser Phe Thr Asp Ser Ala Ile Tyr Asn 20 25 30 Leu Gln Trp Phe Arg Gln Asp Pro Gly Lys Gly Leu Thr Ser Leu Leu 35 40 45 Leu Ile Gln Ser Ser Gln Arg Glu Gln Thr Ser Gly Arg Leu Asn Ala 50 55 60 Ser Leu Asp Lys Ser Ser Gly Arg Ser Thr Leu Tyr Ile Ala Ala Ser 65 70 75 80 Gln Pro Gly Asp Ser Ala Thr Tyr Leu Cys Ala Val Leu Met Asp Ser 85 90 95 Asn Tyr Gln Leu Ile Trp Gly Ala Gly Thr Lys Leu Ile Ile Lys Pro 100 105 110 Asp <210> 16 <211> 5 <212> PRT <213> Homo sapiens <220> <223> TCR06 - TRB - CDR1 <400> 16 Trp Ser His Ser Tyr 1 5 <210> 17 <211> 6 <212> PRT <213> Homo sapiens <220> <223> TCR06 - TRB - CDR2 <400> 17 Ser Ala Ala Ala Asp Ile 1 5 <210> 18 <211> 12 <212> PRT <213> Homo sapiens <220> <223> TCR06 - TRB - CDR3 <400> 18 Ala Ser Ser Glu Asp Gly Met Asn Thr Glu Ala Phe 1 5 10 <210> 19 <211> 14 <212> PRT <213> Homo sapiens <220> <223> TCR06 - TRB - junction aa <400> 19 Cys Ala Ser Ser Glu Asp Gly Met Asn Thr Glu Ala Phe Phe 1 5 10 <210> 20 <211> 113 <212> PRT <213> Homo sapiens <220> <223> TCR06 - TRB - variable region <400> 20 Asp Ala Gly Ile Thr Gln Ser Pro Arg Tyr Lys Ile Thr Glu Thr Gly 1 5 10 15 Arg Gln Val Thr Leu Met Cys His Gln Thr Trp Ser His Ser Tyr Met 20 25 30 Phe Trp Tyr Arg Gln Asp Leu Gly His Gly Leu Arg Leu Ile Tyr Tyr 35 40 45 Ser Ala Ala Ala Asp Ile Thr Asp Lys Gly Glu Val Pro Asp Gly Tyr 50 55 60 Val Val Ser Arg Ser Lys Thr Glu Asn Phe Pro Leu Thr Leu Glu Ser 65 70 75 80 Ala Thr Arg Ser Gln Thr Ser Val Tyr Phe Cys Ala Ser Ser Glu Asp 85 90 95 Gly Met Asn Thr Glu Ala Phe Phe Gly Gln Gly Thr Arg Leu Thr Val 100 105 110 Val <210> 21 <211> 6 <212> PRT <213> Homo sapiens <220> <223> TCR50 - TRA - CDR1 <400> 21 Ser Ser Tyr Ser Pro Ser 1 5 <210> 22 <211> 8 <212> PRT <213> Homo sapiens <220> <223> TCR50 - TRA - CDR2 <400> 22 Tyr Thr Ser Ala Ala Thr Leu Val 1 5 <210> 23 <211> 11 <212> PRT <213> Homo sapiens <220> <223> TCR50 - TRA - CDR3 <400> 23 Val Val Met Ala Thr Gly Phe Gln Lys Leu Val 1 5 10 <210> 24 <211> 13 <212> PRT <213> Homo sapiens <220> <223> TCR50 - TRA - junction aa <400> 24 Cys Val Val Met Ala Thr Gly Phe Gln Lys Leu Val Phe 1 5 10 <210> 25 <211> 114 <212> PRT <213> Homo sapiens <220> <223> TCR50 - TRA - variable region <400> 25 Ala Gln Ser Val Thr Gln Leu Asp Ser His Val Ser Val Ser Glu Gly 1 5 10 15 Thr Pro Val Leu Leu Arg Cys Asn Tyr Ser Ser Ser Tyr Ser Pro Ser 20 25 30 Leu Phe Trp Tyr Val Gln His Pro Asn Lys Gly Leu Gln Leu Leu Leu 35 40 45 Lys Tyr Thr Ser Ala Ala Thr Leu Val Lys Gly Ile Asn Gly Phe Glu 50 55 60 Ala Glu Phe Lys Lys Ser Glu Thr Ser Phe His Leu Thr Lys Pro Ser 65 70 75 80 Ala His Met Ser Asp Ala Ala Glu Tyr Phe Cys Val Val Met Ala Thr 85 90 95 Gly Phe Gln Lys Leu Val Phe Gly Thr Gly Thr Arg Leu Leu Val Ser 100 105 110 Pro Asn <210> 26 <211> 5 <212> PRT <213> Homo sapiens <220> <223> TCR50 - TRB - CDR1 <400> 26 Ser Gly Asp Leu Ser 1 5 <210> 27 <211> 6 <212> PRT <213> Homo sapiens <220> <223> TCR50 - TRB - CDR2 <400> 27 Tyr Tyr Asn Gly Glu Glu 1 5 <210> 28 <211> 12 <212> PRT <213> Homo sapiens <220> <223> TCR50 - TRB - CDR3 <400> 28 Ala Ser Ser Val Thr Ser Gly Ser Asp Glu Gln Phe 1 5 10 <210> 29 <211> 14 <212> PRT <213> Homo sapiens <220> <223> TCR50 - TRB - junction aa <400> 29 Cys Ala Ser Ser Val Thr Ser Gly Ser Asp Glu Gln Phe Phe 1 5 10 <210> 30 <211> 113 <212> PRT <213> Homo sapiens <220> <223> TCR50 - TRB - variable region <400> 30 Asp Ser Gly Val Thr Gln Thr Pro Lys His Leu Ile Thr Ala Thr Gly 1 5 10 15 Gln Arg Val Thr Leu Arg Cys Ser Pro Arg Ser Gly Asp Leu Ser Val 20 25 30 Tyr Trp Tyr Gln Gln Ser Leu Asp Gln Gly Leu Gln Phe Leu Ile Gln 35 40 45 Tyr Tyr Asn Gly Glu Glu Arg Ala Lys Gly Asn Ile Leu Glu Arg Phe 50 55 60 Ser Ala Gln Gln Phe Pro Asp Leu His Ser Glu Leu Asn Leu Ser Ser 65 70 75 80 Leu Glu Leu Gly Asp Ser Ala Leu Tyr Phe Cys Ala Ser Ser Val Thr 85 90 95 Ser Gly Ser Asp Glu Gln Phe Phe Gly Pro Gly Thr Arg Leu Thr Val 100 105 110 Leu <210> 31 <211> 6 <212> PRT <213> Homo sapiens <220> <223> TCR83 - TRA - CDR1 <400> 31 Thr Ser Gly Phe Asn Gly 1 5 <210> 32 <211> 6 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<210> 36 <211> 5 <212> PRT <213> Homo sapiens <220> <223> TCR83 - TRB - CDR1 <400> 36 Leu Gly His Asp Thr 1 5 <210> 37 <211> 6 <212> PRT <213> Homo sapiens <220> <223> TCR83 - TRB - CDR2 <400> 37 Tyr Asn Asn Lys Glu Leu 1 5 <210> 38 <211> 15 <212> PRT <213> Homo sapiens <220> <223> TCR83 - TRB - CDR3 <400> 38 Ala Ser Ser Gln Gly Tyr Gly Gly Pro Ser Thr Asp Thr Gln Tyr 1 5 10 15 <210> 39 <211> 17 <212> PRT <213> Homo sapiens <220> <223> TCR83 - TRB - junction aa <400> 39 Cys Ala Ser Ser Gln Gly Tyr Gly Gly Pro Ser Thr Asp Thr Gln Tyr 1 5 10 15 Phe <210> 40 <211> 116 <212> PRT <213> Homo sapiens <220> <223> TCR83 - TRB - variable region <400> 40 Asp Thr Ala Val Ser Gln Thr Pro Lys Tyr Leu Val Thr Gln Met Gly 1 5 10 15 Asn Asp Lys Ser Ile Lys Cys Glu Gln Asn Leu Gly His Asp Thr Met 20 25 30 Tyr Trp Tyr Lys Gln Asp Ser Lys Lys Phe Leu Lys Ile Met Phe Ser 35 40 45 Tyr Asn Asn Lys Glu Leu Ile Ile Asn Glu Thr Val Pro Asn Arg Phe 50 55 60 Ser Pro Lys Ser Pro Asp Lys Ala His Leu Asn Leu His Ile Asn Ser 65 70 75 80 Leu Glu Leu Gly Asp Ser Ala Val Tyr Phe Cys Ala Ser Ser Gln Gly 85 90 95 Tyr Gly Gly Pro Ser Thr Asp Thr Gln Tyr Phe Gly Pro Gly Thr Arg 100 105 110 Leu Thr Val Leu 115 <210> 41 <211> 5 <212> PRT <213> Homo sapiens <220> <223> TCR64 - TRA - CDR1 <400> 41 Ser Val Phe Ser Ser 1 5 <210> 42 <211> 7 <212> PRT <213> Homo sapiens <220> <223> TCR64 - TRA - CDR2 <400> 42 Val Val Thr Gly Gly Glu Val 1 5 <210> 43 <211> 13 <212> PRT <213> Homo sapiens <220> <223> TCR64 - TRA - CDR3 <400> 43 Ala Gly Asp Val Asp Thr Gly Thr Ala Ser Lys Leu Thr 1 5 10 <210> 44 <211> 15 <212> PRT <213> Homo sapiens <220> <223> TCR64 - TRA - junction aa <400> 44 Cys Ala Gly Asp Val Asp Thr Gly Thr Ala Ser Lys Leu Thr Phe 1 5 10 15 <210> 45 <211> 114 <212> PRT <213> Homo sapiens <220> <223> TCR64 - TRA - variable region <400> 45 Thr Gln Leu Leu Glu Gln Ser Pro Gln Phe Leu Ser Ile Gln Glu Gly 1 5 10 15 Glu Asn Leu Thr Val Tyr Cys Asn Ser Ser Ser Val Phe Ser Ser Leu 20 25 30 Gln Trp Tyr Arg Gln Glu Pro Gly Glu Gly Pro Val Leu Leu Val Thr 35 40 45 Val Val Thr Gly Gly Glu Val Lys Lys Leu Lys Arg Leu Thr Phe Gln 50 55 60 Phe Gly Asp Ala Arg Lys Asp Ser Ser Leu His Ile Thr Ala Ala Gln 65 70 75 80 Pro Gly Asp Thr Gly Leu Tyr Leu Cys Ala Gly Asp Val Asp Thr Gly 85 90 95 Thr Ala Ser Lys Leu Thr Phe Gly Thr Gly Thr Arg Leu Gln Val Thr 100 105 110 Leu Asp <210> 46 <211> 5 <212> PRT <213> Homo sapiens <220> <223> TCR64 - TRB - CDR1 <400> 46 Met Asp His Glu Asn 1 5 <210> 47 <211> 6 <212> PRT <213> Homo sapiens <220> <223> TCR64 - TRB - CDR2 <400> 47 Ser Tyr Asp Val Lys Met 1 5 <210> 48 <211> 14 <212> PRT <213> Homo sapiens <220> <223> TCR64 - TRB - CDR3 <400> 48 Ala Ser Ser Leu Leu Gly Ser Gly Ala Leu Tyr Glu Gln Tyr 1 5 10 <210> 49 <211> 16 <212> PRT <213> Homo sapiens <220> <223> TCR64 - TRB - junction aa <400> 49 Cys Ala Ser Ser Leu Leu Gly Ser Gly Ala Leu Tyr Glu Gln Tyr Phe 1 5 10 15 <210> 50 <211> 115 <212> PRT <213> Homo sapiens <220> <223> TCR64 - TRB - variable region <400> 50 Asp Val 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Lys Ile Leu Leu 340 345 350 Ala Arg Leu Phe Leu Tyr Ala Leu Ala Leu Leu Leu Leu Ala Ser Ala 355 360 365 Leu Ile Ala Gly Gly Ser Ile Leu Gln Thr Asn Phe Lys Ser Leu Ser 370 375 380 Ser Thr Glu Phe Ile Pro Asn Leu Phe Cys Met Leu Leu Leu Ile Val 385 390 395 400 Ala Gly Ile Leu Phe Ile Leu Ala Ile Leu Thr Glu Trp Gly Ser Gly 405 410 415 Asn Arg Thr Tyr Gly Pro Val Phe Met Cys Leu Gly Gly Leu Leu Thr 420 425 430 Met Val Ala Gly Ala Val Trp Leu Thr Val Met Ser Asn Thr Leu Leu 435 440 445 Ser Ala Trp Ile Leu Thr Ala Gly Phe Leu Ile Phe Leu Ile Gly Phe 450 455 460 Ala Leu Phe Gly Val Ile Arg Cys Cys Arg Tyr Cys Cys Tyr Tyr Cys 465 470 475 480 Leu Thr Leu Glu Ser Glu Glu Arg Pro Pro Thr Pro Tyr Arg Asn Thr 485 490 495 Val <210> 120 <211> 386 <212> PRT <213> Homo sapiens <220> <223> LMP1 <400> 120 Met Glu His Asp Leu Glu Arg Gly Pro Pro Gly Pro Arg Arg Pro Pro 1 5 10 15 Arg Gly Pro Pro Leu Ser Ser Ser Leu Gly Leu Ala Leu Leu Leu Leu 20 25 30 Leu Leu Ala Leu Leu Phe Trp Leu Tyr Ile Val Met Ser 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245 250 255 Asp Asn Thr Asp Asp Asn Gly Pro Gln Asp Pro Asp Asn Thr Asp Asp 260 265 270 Asn Gly Pro His Asp Pro Leu Pro Gln Asp Pro Asp Asn Thr Asp Asp 275 280 285 Asn Gly Pro Gln Asp Pro Asp Asn Thr Asp Asp Asn Gly Pro His Asp 290 295 300 Pro Leu Pro His Ser Pro Ser Asp Ser Ala Gly Asn Asp Gly Gly Pro 305 310 315 320 Pro Gln Leu Thr Glu Glu Val Glu Asn Lys Gly Gly Asp Gln Gly Pro 325 330 335 Pro Leu Met Thr Asp Gly Gly Gly Gly His Ser His Asp Ser Gly His 340 345 350 Gly Gly Gly Asp Pro His Leu Pro Thr Leu Leu Leu Gly Ser Ser Gly 355 360 365 Ser Gly Gly Asp Asp Asp Asp Pro His Gly Pro Val Gln Leu Ser Tyr 370 375 380 Tyr Asp 385 <210> 121 <211> 992 <212> PRT <213> Homo sapiens <220> <223> EBNA3C <400> 121 Met Glu Ser Phe Glu Gly Gln Gly Asp Ser Arg Gln Ser Pro Asp Asn 1 5 10 15 Glu Arg Gly Asp Asn Val Gln Thr Thr Gly Glu His Asp Gln Asp Pro 20 25 30 Gly Pro Gly Pro Pro Ser Ser Gly Ala Ser Glu Arg Leu Val Pro Glu 35 40 45 Glu Ser Tyr Ser Arg Asp Gln Gln Pro Trp Gly Gln Ser Arg Gly Asp 50 55 60 Glu Asn Arg Gly Trp Met Gln Arg Ile Arg Arg Arg Arg Arg Arg Arg 65 70 75 80 Ala Ala Leu Ser Gly His Leu Leu Asp Thr Glu Asp Asn Val Pro Pro 85 90 95 Trp Leu Pro Pro His Asp Ile Thr Pro Tyr Thr Ala Arg Asn Ile Arg 100 105 110 Asp Ala Ala Cys Arg Ala Val Lys Gln Ser His Leu Gln Ala Leu Ser 115 120 125 Asn Leu Ile Leu Asp Ser Gly Leu Asp Thr Gln His Ile Leu Cys Phe 130 135 140 Val Met Ala Ala Arg Gln Arg Leu Gln Asp Ile Arg Arg Gly Pro Leu 145 150 155 160 Val Ala Glu Gly Gly Val Gly Trp Arg His Trp Leu Leu Thr Ser Pro 165 170 175 Ser Gln Ser Trp Pro Met Gly Tyr Arg Thr Ala Thr Leu Arg Thr Leu 180 185 190 Thr Pro Val Pro Asn Arg Val Gly Ala Asp Ser Ile Met Leu Thr Ala 195 200 205 Thr Phe Gly Cys Gln Asn Ala Ala Arg Thr Leu Asn Thr Phe Ser Ala 210 215 220 Thr Val Trp Thr Pro Pro His Ala Gly Pro Arg Glu Gln Glu Arg Tyr 225 230 235 240 Ala Arg Glu Ala Glu Val Arg Phe Leu Arg Gly Lys Trp Gln Arg Arg 245 250 255 Tyr Arg Arg Ile Tyr Asp Leu Ile Glu Leu Cys Gly Ser Leu His His 260 265 270 Ile Trp Gln Asn Leu Leu Gln Thr Glu Glu Asn Leu Leu Asp Phe Val 275 280 285 Arg Phe Met Gly Val Met Ser Ser Cys Asn Asn Pro Ala Val Asn Tyr 290 295 300 Trp Phe His Lys Thr Ile Gly Asn Phe Lys Pro Tyr Tyr Pro Trp Asn 305 310 315 320 Ala Pro Pro Asn Glu Asn Pro Tyr His Ala Arg Arg Gly Ile Lys Glu 325 330 335 His Val Ile Gln Asn Ala Phe Arg Lys Ala Gln Ile Gln Gly Leu Ser 340 345 350 Met Leu Ala Thr Gly Gly Glu Pro Arg Gly Asp Ala Thr Ser Glu Thr 355 360 365 Ser Ser Asp Glu Asp Thr Gly Arg Gln Gly Ser Asp Val Glu Leu Glu 370 375 380 Ser Ser Asp Asp Glu Leu Pro Tyr Ile Asp Pro Asn Met Glu Pro Val 385 390 395 400 Gln Gln Arg Pro Val Met Phe Val Ser Arg Val Pro Ala Lys Lys Pro 405 410 415 Arg Lys Leu Pro Trp Pro Thr Pro Lys Thr His Pro Val Lys Arg Thr 420 425 430 Asn Val Lys Thr Ser Asp Arg Ser Asp Lys Ala Glu Ala Gln Ser Thr 435 440 445 Pro Glu Arg Pro Gly Pro Ser Glu Gln Ser Ser Val Thr Val Glu Pro 450 455 460 Ala His Pro Thr Pro Val Glu Met Pro Met Val Ile Leu His Gln Pro 465 470 475 480 Pro Pro Val Pro Lys Pro Val Pro Val Lys Pro Thr Pro Pro Pro Ser 485 490 495 Arg Arg Arg Arg Gly Ala Cys Val Val Tyr Asp Asp Asp Val Ile Glu 500 505 510 Val Ile Asp Val Glu Thr Thr Glu Asp Ser Ser Ser Val Ser Gln Pro 515 520 525 Asn Lys Pro His Arg Lys His Gln Asp Gly Phe Gln Arg Ser Gly Arg 530 535 540 Arg Gln Lys Arg Ala Ala Pro Pro Thr Val Ser Pro Ser Asp Thr Gly 545 550 555 560 Pro Pro Ala Val Gly Pro Pro Ala Ala Gly Pro Pro Ala Ala Gly Pro 565 570 575 Pro Ala Ala Gly Pro Pro Ala Ala Gly Pro Pro Ala Ala Gly Pro Pro 580 585 590 Ala Ala Gly Pro Arg Ile Leu Ala Pro Leu Ser Ala Gly Pro Pro Ala 595 600 605 Ala Gly Pro His Ile Val Thr Pro Pro Ser Ala Arg Pro Arg Ile Met 610 615 620 Ala Pro Pro Val Val Arg Met Phe Met Arg Glu Arg Gln Leu Pro Gln 625 630 635 640 Ser Thr Gly Arg Lys Pro Gln Cys Phe Trp Glu Met Arg Ala Gly Arg 645 650 655 Glu Ile Thr Gln Met Gln Gln Glu Pro Ser Ser His Leu Gln Ser Ala 660 665 670 Thr Gln Pro Thr Thr Pro Arg Pro Ser Trp Ala Pro Ser Val Cys Ala 675 680 685 Leu Ser Val Met Asp Ala Gly Lys Ala Gln Pro Ile Glu Ser Ser His 690 695 700 Leu Ser Ser Met Ser Pro Thr Gln Pro Ile Ser His Glu Glu Gln Pro 705 710 715 720 Arg Tyr Glu Asp Pro Asp Ala Pro Leu Asp Leu Ser Leu His Pro Asp 725 730 735 Val Ala Ala Gln Pro Ala Pro Gln Ala Pro Tyr Gln Gly Tyr Gln Glu 740 745 750 Pro Pro Ala Pro Gln Ala Pro Tyr Gln Gly Tyr Gln Glu Pro Pro Pro 755 760 765 Pro Gln Ala Pro Tyr Gln Gly Tyr Gln Glu Pro Pro Ala His Gly Leu 770 775 780 Gln Ser Ser Ser Tyr Pro Gly Tyr Ala Gly Pro Trp Thr Pro Arg Ser 785 790 795 800 Gln His Pro Cys Tyr Arg His Pro Trp Ala Pro Trp Ser Gln Asp Pro 805 810 815 Val His Gly His Thr Gln Gly Pro Trp Asp Pro Arg Ala Pro His Leu 820 825 830 Pro Pro Gln Trp Asp Gly Ser Ala Gly His Gly Gln Asp Gln Val Ser 835 840 845 Gln Phe Pro His Leu Gln Ser Glu Thr Gly Pro Pro Arg Leu Gln Leu 850 855 860 Ser Leu Val Pro Leu Val Ser Ser Ser Ala Pro Ser Trp Ser Ser Pro 865 870 875 880 Gln Pro Arg Ala Pro Ile Arg Pro Ile Pro Thr Arg Phe Pro Pro Pro 885 890 895 Pro Met Pro Leu Gln Asp Ser Met Ala Val Gly Cys Asp Ser Ser Gly 900 905 910 Thr Ala Cys Pro Ser Met Pro Phe Ala Ser Asp Tyr Ser Gln Gly Ala 915 920 925 Phe Thr Pro Leu Asp Ile Asn Ala Thr Thr Pro Lys Arg Pro Arg Val 930 935 940 Glu Glu Ser Ser His Gly Pro Ala Arg Cys Ser Gln Ala Thr Ala Glu 945 950 955 960 Ala Gln Glu Ile Leu Ser Asp Asn Ser Glu Ile Ser Val Phe Pro Lys 965 970 975 Asp Ala Lys Gln Thr Asp Tyr Asp Ala Ser Thr Glu Ser Glu Leu Asp 980 985 990 <210> 122 <211> 14 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 122 Ala Met Ser Asp Leu Tyr Ala Gly Asn Asn Arg Lys Leu Ile 1 5 10 <210> 123 <211> 11 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 123 Ala Leu Thr Phe Leu Arg Asp Asp Lys Ile Ile 1 5 10 <210> 124 <211> 15 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 124 Ala Ser Ser Gln Asp Ala Arg Val Ser Gly Ala Asn Val Leu Thr 1 5 10 15 <210> 125 <211> 12 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 125 Ala Ser Ser Val Thr Ser Gly Ser Asp Glu Gln Phe 1 5 10 <210> 126 <211> 13 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 126 Ala Ser Ser Phe Ser Leu Gly His Ser Tyr Glu Gln Tyr 1 5 10 <210> 127 <211> 9 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 127 Gln Pro Arg Ala Pro Ile Arg Pro Ile 1 5 <210> 128 <211> 12 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 128 Arg Pro Ile Pro Thr Arg Phe Pro Pro Pro Pro Met 1 5 10 <210> 129 <211> 12 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 129 Arg Pro Arg Val Glu Glu Ser Ser His Gly Pro Ala 1 5 10 <210> 130 <211> 8 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 130 Ser Pro Gln Pro Arg Ala Pro Ile 1 5 <210> 131 <211> 11 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 131 Ser Pro Gln Pro Arg Ala Pro Ile Arg Pro Ile 1 5 10 <210> 132 <211> 12 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 132 Ser Pro Gln Pro Arg Ala Pro Ile Arg Pro Ile Pro 1 5 10 <210> 133 <211> 10 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 133 Pro Gln Pro Arg Ala Pro Ile Arg Pro Ile 1 5 10 <210> 134 <211> 10 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 134 Gln Pro Arg Ala Pro Ile Arg Pro Ile Pro 1 5 10 <210> 135 <211> 8 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 135 Pro Arg Ala Pro Ile Arg Pro Ile 1 5 <210> 136 <211> 10 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 136 Ala Pro Ile Arg Pro Ile Pro Thr Arg Phe 1 5 10 <210> 137 <211> 8 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 137 Phe Pro Pro Pro Pro Met Pro Leu 1 5 <210> 138 <211> 10 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 138 His Gly Pro Ala Arg Cys Ser Gln Ala Thr 1 5 10 <210> 139 <211> 9 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 139 Arg Pro Ile Pro Thr Arg Phe Pro Pro 1 5 <210> 140 <211> 8 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 140 Arg Pro Ile Pro Thr Arg Phe Pro 1 5 <210> 141 <211> 11 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 141 Ile Pro Thr Arg Phe Pro Pro Pro Pro Met Pro 1 5 10 <210> 142 <211> 11 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 142 Pro Ile Pro Thr Arg Phe Pro Pro Pro Pro Met 1 5 10 <210> 143 <211> 12 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 143 Ile Pro Thr Arg Phe Pro Pro Pro Pro Met Pro Leu 1 5 10 <210> 144 <211> 10 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 144 Gly Pro Ala Arg Cys Ser Gln Ala Thr Ala 1 5 10 <210> 145 <211> 12 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 145 Phe Pro Pro Pro Pro Met Pro Leu Gln Asp Ser Met 1 5 10 <210> 146 <211> 9 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 146 Pro Pro Met Pro Leu Gln Asp Ser Met 1 5 <210> 147 <211> 10 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 147 Arg Pro Ile Pro Thr Arg Phe Pro Pro Pro 1 5 10 <210> 148 <211> 10 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 148 Met Pro Leu Gln Asp Ser Met Ala Val Gly 1 5 10 <210> 149 <211> 12 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 149 Pro Ile Pro Thr Arg Phe Pro Pro Pro Pro Met Pro 1 5 10 <210> 150 <211> 10 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 150 Pro Met Pro Leu Gln Asp Ser Met Ala Val 1 5 10 <210> 151 <211> 8 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 151 Pro Met Pro Leu Gln Asp Ser Met 1 5 <210> 152 <211> 11 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 152 Gln Pro Arg Ala Pro Ile Arg Pro Ile Pro Thr 1 5 10 <210> 153 <211> 8 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 153 Gln Pro Arg Ala Pro Ile Arg Pro 1 5 <210> 154 <211> 9 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 154 Arg Ala Pro Ile Arg Pro Ile Pro Thr 1 5 <210> 155 <211> 10 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 155 Ser Glu Arg Leu Val Pro Glu Glu Ser Tyr 1 5 10 <210> 156 <211> 10 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 156 Trp Leu Leu Thr Ser Pro Ser Gln Ser Trp 1 5 10 <210> 157 <211> 9 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 157 Leu Leu Thr Ser Pro Ser Gln Ser Trp 1 5 <210> 158 <211> 9 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 158 Arg Arg Tyr Arg Arg Ile Tyr Asp Leu 1 5 <210> 159 <211> 9 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 159 Ala Arg Glu Ala Glu Val Arg Phe Leu 1 5 <210> 160 <211> 9 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 160 Leu Arg Gly Lys Trp Gln Arg Arg Tyr 1 5 <210> 161 <211> 9 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 161 Glu Arg Tyr Ala Arg Glu Ala Glu Val 1 5 <210> 162 <211> 9 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 162 Ser Arg Arg Arg Arg Gly Ala Cys Val 1 5 <210> 163 <211> 9 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 163 Asn Leu Leu Asp Phe Val Arg Phe Met 1 5 <210> 164 <211> 9 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 164 Arg Arg Ile Tyr Asp Leu Ile Glu Leu 1 5 <210> 165 <211> 9 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 165 Arg Arg Arg Arg Gly Ala Cys Val Val 1 5 <210> 166 <211> 9 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 166 Val Arg Phe Leu Arg Gly Lys Trp Gln 1 5 <210> 167 <211> 9 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 167 Arg Arg Arg Gly Ala Cys Val Val Tyr 1 5 <210> 168 <211> 9 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 168 Gln Arg Arg Tyr Arg Arg Ile Tyr Asp 1 5 <210> 169 <211> 9 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 169 Val Arg Phe Met Gly Val Met Ser Ser 1 5 <210> 170 <211> 10 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 170 Tyr Ala Arg Glu Ala Glu Val Arg Phe Leu 1 5 10 <210> 171 <211> 9 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 171 Asn Arg Val Gly Ala Asp Ser Ile Met 1 5 <210> 172 <211> 9 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 172 Leu His His Ile Trp Gln Asn Leu Leu 1 5 <210> 173 <211> 9 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 173 Arg Arg Gly Ile Lys Glu His Val Ile 1 5 <210> 174 <211> 9 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 174 Tyr Arg Arg Ile Tyr Asp Leu Ile Glu 1 5 <210> 175 <211> 10 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 175 Arg Arg Tyr Arg Arg Ile Tyr Asp Leu Ile 1 5 10 <210> 176 <211> 9 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 176 Ala Arg Arg Gly Ile Lys Glu His Val 1 5 <210> 177 <211> 10 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 177 Gln Arg Arg Tyr Arg Arg Ile Tyr Asp Leu 1 5 10 <210> 178 <211> 9 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 178 Trp Gln Arg Arg Tyr Arg Arg Ile Tyr 1 5 <210> 179 <211> 10 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 179 Phe Leu Arg Gly Lys Trp Gln Arg Arg Tyr 1 5 10 <210> 180 <211> 9 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 180 Arg Arg Gly Ala Cys Val Val Tyr Asp 1 5 <210> 181 <211> 9 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 181 Val Tyr Asp Asp Asp Val Ile Glu Val 1 5 <210> 182 <211> 9 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 182 Tyr Ala Arg Glu Ala Glu Val Arg Phe 1 5 <210> 183 <211> 9 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 183 Gly Cys Gln Asn Ala Ala Arg Thr Leu 1 5 <210> 184 <211> 9 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 184 Asn Ser Asn Glu Gly Arg His His Leu 1 5 <210> 185 <211> 9 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 185 Asp Ser Leu Pro His Pro Gln Gln Ala 1 5 <210> 186 <211> 9 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 186 Tyr Leu Gln Gln Asn Trp Trp Thr Leu 1 5 <210> 187 <211> 10 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 187 Phe Met Cys Leu Gly Gly Leu Leu Thr Met 1 5 10 <210> 188 <211> 9 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 188 Met Leu Leu Leu Ile Val Ala Gly Ile 1 5 <210> 189 <211> 9 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 189 Asn Leu Phe Cys Met Leu Leu Leu Ile 1 5 <210> 190 <211> 10 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 190 Leu Leu Ile Val Ala Gly Ile Leu Phe Ile 1 5 10 <210> 191 <211> 10 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 191 Asn Leu Phe Cys Met Leu Leu Leu Ile Val 1 5 10 <210> 192 <211> 10 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 192 Met Cys Leu Gly Gly Leu Leu Thr Met Val 1 5 10 <210> 193 <211> 9 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 193 Leu Ile Val Ala Gly Ile Leu Phe Ile 1 5 <210> 194 <211> 9 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 194 Phe Ile Pro Asn Leu Phe Cys Met Leu 1 5 <210> 195 <211> 9 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 195 Ile Val Ala Gly Ile Leu Phe Ile Leu 1 5 <210> 196 <211> 10 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 196 Met Leu Leu Leu Ile Val Ala Gly Ile Leu 1 5 10 <210> 197 <211> 10 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 197 Cys Met Leu Leu Leu Ile Val Ala Gly Ile 1 5 10 <210> 198 <211> 10 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 198 Pro Asn Leu Phe Cys Met Leu Leu Leu Ile 1 5 10 <210> 199 <211> 10 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 199 Phe Ile Pro Asn Leu Phe Cys Met Leu Leu 1 5 10

Claims

인간 MHC I과 복합체를 형성하는 에피토프(epitope)에 특이적인 TCR 작제물의 TCR 알파 쇄 작제물(TRA) 및/또는 TCR 베타 쇄 작제물(TRB)을 코딩하는(encoding) 핵산으로서, 상기 에피토프는 엡스타인-바르-바이러스(Epstein-Barr-virus; EBV) 단백질의 에피토프이고,
a) 상기 에피토프는 서열번호 1의 서열을 갖고, 상기 MHC I은 HLA-A*02:01이고, 상기 TRA는 서열번호 13에 대해 적어도 90%의 서열 동일성을 갖는 CDR3를 포함하고, 상기 TRB는 서열번호 18에 대해 적어도 90%의 서열 동일성을 갖는 CDR3을 포함하고;
b) 상기 에피토프는 서열번호 2의 서열을 갖고, 상기 MHC I은 HLA-B*57:01이고, 상기 TRA는 서열번호 23에 대해 적어도 90%의 서열 동일성을 갖는 CDR3을 포함하고, 상기 TRB는 서열번호 28에 대해 적어도 90%의 서열 동일성을 갖는 CDR3을 포함하고;
c) 상기 에피토프는 서열번호 3의 서열을 갖고, 상기 MHC I은 HLA-C*15:02이고, 상기 TRA는 서열번호 33에 대해 적어도 90%의 서열 동일성을 갖는 CDR3를 포함하고, 상기 TRB는 서열번호 38에 대해 적어도 90%의 서열 동일성을 갖는 CDR3을 포함하고;
d) 상기 에피토프는 서열번호 4의 서열을 갖고, 상기 MHC I은 HLA-C*06:02이고, 상기 TRA는 서열번호 43에 대해 적어도 90%의 서열 동일성을 갖는 CDR3을 포함하고, 상기 TRB는 서열번호 48에 대해 적어도 90%의 서열 동일성을 갖는 CDR3을 포함하고;
e) 상기 에피토프는 서열번호 5의 서열을 갖고, 상기 MHC I은 HLA-B*44:02이고, 상기 TRA는 서열번호 53에 대해 적어도 90%의 서열 동일성을 갖는 CDR3를 포함하고, 상기 TRB는 서열번호 58에 대해 적어도 90%의 서열 동일성을 갖는 CDR3을 포함하고;
f) 상기 에피토프는 서열번호 5의 서열을 갖고, 상기 MHC I은 HLA-B*44:02이고, 상기 TRA는 서열번호 63에 대해 적어도 90%의 서열 동일성을 갖는 CDR3를 포함하고, 상기 TRB는 서열번호 68에 대해 적어도 90%의 서열 동일성을 갖는 CDR3을 포함하고;
g) 상기 에피토프는 서열번호 6의 서열을 갖고, 상기 MHC I은 HLA-B*07:02이고, 상기 TRA는 서열번호 73에 대해 적어도 90%의 서열 동일성을 갖는 CDR3을 포함하고, 상기 TRB는 서열번호 78에 대해 적어도 90%의 서열 동일성을 갖는 CDR3을 포함하고; 및/또는
h) 상기 에피토프는 서열번호 6의 서열을 갖고, 상기 MHC I은 HLA-B*07:02이고, 상기 TRA는 서열번호 83에 대해 적어도 90%의 서열 동일성을 갖는 CDR3을 포함하고, 상기 TRB는 서열번호 88에 대해 적어도 90%의 서열 동일성을 갖는 CDR3을 포함하는, 핵산.
제1항에 있어서, 상기 에피토프가 서열번호 1의 서열을 갖고, 상기 MHC I이 HLA-A*02:01이고, 상기 TRA가 서열번호 13에 대해 적어도 90%의 서열 동일성을 갖는 CDR3을 포함하고, 상기 TRB가 서열번호 18에 대해 적어도 90%의 서열 동일성을 갖는 CDR3을 포함하고;
여기서, 임의로, 상기 TRA는 서열번호 11에 대해 적어도 80%의 서열 동일성을 갖는 CDR1, 서열번호 12에 대해 적어도 80%의 서열 동일성을 갖는 CDR2 및 서열번호 13에 대해 적어도 90%, 바람직하게는 100%의 서열 동일성을 갖는 CDR3을 포함하고, 상기 TRB는 서열번호 16에 대해 적어도 80%의 서열 동일성을 갖는 CDR1, 서열번호 17에 대해 적어도 80%의 서열 동일성을 갖는 CDR2 및 서열번호 18에 대해 적어도 90%, 바람직하게는 100%의 서열 동일성을 갖는 CDR3을 포함하고;
여기서, 가장 바람직하게는, 상기 TRA는 서열번호 15에 대해 적어도 90%의 서열 동일성을 갖는 가변 영역을 포함하고, 상기 TRB는 서열번호 20에 대해 적어도 90%의 서열 동일성을 갖는 가변 영역을 포함하는, 핵산.
제1항에 있어서, 상기 에피토프가 서열번호 2의 서열을 갖고, 상기 MHC I가 HLA-B*57:01이고, 상기 TRA가 서열번호 23에 대해 적어도 90%의 서열 동일성을 갖는 CDR3를 포함하고, 상기 TRB가 서열번호 28에 대해 적어도 90%의 서열 동일성을 갖는 CDR3을 포함하고;
여기서, 임의로, 상기 TRA는 서열번호 21에 대해 적어도 80%의 서열 동일성을 갖는 CDR1, 서열번호 22에 대해 적어도 80%의 서열 동일성을 갖는 CDR2 및 서열번호 23에 대해 적어도 90%, 바람직하게는 100%의 서열 동일성을 갖는 CDR3을 포함하고, 상기 TRB는 서열번호 26에 대해 적어도 80%의 서열 동일성을 갖는 CDR1, 서열번호 27에 대해 적어도 80%의 서열 동일성을 갖는 CDR2 및 서열번호 28에 대해 적어도 90%, 바람직하게는 100%의 서열 동일성을 갖는 CDR3을 포함하고;
여기서, 가장 바람직하게는, 상기 TRA는 서열번호 25에 대해 적어도 90%의 서열 동일성을 갖는 가변 영역을 포함하고, 상기 TRB는 서열번호 30에 대해 적어도 90%의 서열 동일성을 갖는 가변 영역을 포함하는, 핵산.
제1항에 있어서, 상기 에피토프가 서열번호 3의 서열을 갖고, 상기 MHC I가 HLA-C*15:02이고, 상기 TRA가 서열번호 33에 대해 적어도 90%의 서열 동일성을 갖는 CDR3를 포함하고, 상기 TRB가 서열번호 38에 대해 적어도 90%의 서열 동일성을 갖는 CDR3을 포함하고;
여기서, 임의로, 상기 TRA는 서열번호 31에 대해 적어도 80%의 서열 동일성을 갖는 CDR1, 서열번호 32에 대해 적어도 80%의 서열 동일성을 갖는 CDR2 및 서열번호 33에 대해 적어도 90%, 바람직하게는 100%의 서열 동일성을 갖는 CDR3을 포함하고, 상기 TRB는 서열번호 36에 대해 적어도 80%의 서열 동일성을 갖는 CDR1, 서열번호 37에 대해 적어도 80%의 서열 동일성을 갖는 CDR2 및 서열번호 38에 대해 적어도 90%, 바람직하게는 100%의 서열 동일성을 갖는 CDR3을 포함하고;
여기서, 가장 바람직하게는, 상기 TRA는 서열번호 35에 대해 적어도 90%의 서열 동일성을 갖는 가변 영역을 포함하고, 상기 TRB는 서열번호 40에 대해 적어도 90%의 서열 동일성을 갖는 가변 영역을 포함하는, 핵산.
제1항에 있어서, 상기 에피토프가 서열번호 4의 서열을 갖고, 상기 MHC I가 HLA-C*06:02이고, 상기 TRA가 서열번호 43에 대해 적어도 90%의 서열 동일성을 갖는 CDR3을 포함하고, 상기 TRB가 서열번호 48에 대해 적어도 90%의 서열 동일성을 갖는 CDR3을 포함하고;
여기서, 임의로, 상기 TRA는 서열번호 41에 대해 적어도 80%의 서열 동일성을 갖는 CDR1, 서열번호 42에 대해 적어도 80%의 서열 동일성을 갖는 CDR2 및 서열번호 43에 대해 적어도 90%, 바람직하게는 100%의 서열 동일성을 갖는 CDR3을 포함하고, 상기 TRB는 서열번호 46에 대해 적어도 80%의 서열 동일성을 갖는 CDR1, 서열번호 47에 대해 적어도 80%의 서열 동일성을 갖는 CDR2 및 서열번호 48에 대해 적어도 90%, 바람직하게는 100%의 서열 동일성을 갖는 CDR3을 포함하고;
여기서, 가장 바람직하게는, 상기 TRA는 서열번호 45에 대해 적어도 90%의 서열 동일성을 갖는 가변 영역을 포함하고, 상기 TRB는 서열번호 50에 대해 적어도 90%의 서열 동일성을 갖는 가변 영역을 포함하는, 핵산.
제1항에 있어서, 상기 에피토프가 서열번호 5의 서열을 갖고, 상기 MHC I가 HLA-B*44:02이고, 상기 TRA가 서열번호 53에 대해 적어도 90%의 서열 동일성을 갖는 CDR3을 포함하고, 상기 TRB가 서열번호 58에 대해 적어도 90%의 서열 동일성을 갖는 CDR3을 포함하고;
여기서, 임의로, 상기 TRA는 서열번호 51에 대해 적어도 80%의 서열 동일성을 갖는 CDR1, 서열번호 52에 대해 적어도 80%의 서열 동일성을 갖는 CDR2 및 서열번호 53에 대해 적어도 90%, 바람직하게는 100%의 서열 동일성을 갖는 CDR3을 포함하고, 상기 TRB는 서열번호 56에 대해 적어도 80%의 서열 동일성을 갖는 CDR1, 서열번호 57에 대해 적어도 80%의 서열 동일성을 갖는 CDR2 및 서열번호 58에 대해 적어도 90%, 바람직하게는 100%의 서열 동일성을 갖는 CDR3을 포함하고;
여기서, 가장 바람직하게는, 상기 TRA는 서열번호 55에 대해 적어도 90%의 서열 동일성을 갖는 가변 영역을 포함하고, 상기 TRB는 서열번호 60에 대해 적어도 90%의 서열 동일성을 갖는 가변 영역을 포함하는, 핵산.
제1항에 있어서, 상기 에피토프가 서열번호 5의 서열을 갖고, 상기 MHC I가 HLA-B*44:02이고, 상기 TRA가 서열번호 63에 대해 적어도 90%의 서열 동일성을 갖는 CDR3을 포함하고, 상기 TRB가 서열번호 68에 대해 적어도 90%의 서열 동일성을 갖는 CDR3을 포함하고;
여기서, 임의로, 상기 TRA는 서열번호 61에 대해 적어도 80%의 서열 동일성을 갖는 CDR1, 서열번호 62에 대해 적어도 80%의 서열 동일성을 갖는 CDR2 및 서열번호 63에 대해 적어도 90%, 바람직하게는 100%의 서열 동일성을 갖는 CDR3을 포함하고, 상기 TRB는 서열번호 66에 대해 적어도 80%의 서열 동일성을 갖는 CDR1, 서열번호 67에 대해 적어도 80%의 서열 동일성을 갖는 CDR2 및 서열번호 68에 대해 적어도 90%, 바람직하게는 100%의 서열 동일성을 갖는 CDR3을 포함하고;
여기서, 가장 바람직하게는, 상기 TRA는 서열번호 65에 대해 적어도 90%의 서열 동일성을 갖는 가변 영역을 포함하고, 상기 TRB는 서열번호 70에 대해 적어도 90%의 서열 동일성을 갖는 가변 영역을 포함하는, 핵산.
제1항에 있어서, 상기 에피토프가 서열번호 6의 서열을 갖고, MHC I가 HLA-B*07:02이고, 상기 TRA가 서열번호 73에 대해 적어도 90% 이상의 서열 동일성을 갖는 CDR3을 포함하고, 상기 TRB가 서열번호 78에 대해 적어도 90%의 서열 동일성을 갖는 CDR3을 포함하고;
여기서, 임의로, 상기 TRA는 서열번호 71에 대해 적어도 80%의 서열 동일성을 갖는 CDR1, 서열번호 72에 대해 적어도 80%의 서열 동일성을 갖는 CDR2 및 서열번호 73에 대해 적어도 90%, 바람직하게는 100%의 서열 동일성을 갖는 CDR3을 포함하고, 상기 TRB는 서열번호 76에 대해 적어도 80%의 서열 동일성을 갖는 CDR1, 서열번호 77에 대해 적어도 80%의 서열 동일성을 갖는 CDR2 및 서열번호 78에 대해 적어도 90%, 바람직하게는 100%의 서열 동일성을 갖는 CDR3을 포함하고;
여기서, 가장 바람직하게는, 상기 TRA는 서열번호 75에 대해 적어도 90%의 서열 동일성을 갖는 가변 영역을 포함하고, 상기 TRB는 서열번호 80에 대해 적어도 90%의 서열 동일성을 갖는 가변 영역을 포함하는, 핵산.
제1항에 있어서, 상기 에피토프가 서열번호 6의 서열을 갖고, 상기 MHC I가 HLA-B*07:02이고, 상기 TRA가 서열번호 83에 대해 적어도 90%의 서열 동일성을 갖는 CDR3을 포함하고, 상기 TRB가 서열번호 88에 대해 적어도 90%의 서열 동일성을 갖는 CDR3을 포함하고;
여기서, 임의로, 상기 TRA는 서열번호 81에 대해 적어도 80%의 서열 동일성을 갖는 CDR1, 서열번호 82에 대해 적어도 80%의 서열 동일성을 갖는 CDR2 및 서열번호 83에 대해 적어도 90%, 바람직하게는 100%의 서열 동일성을 갖는 CDR3을 포함하고, 상기 TRB는 서열번호 86에 대해 적어도 80%의 서열 동일성을 갖는 CDR1, 서열번호 87에 대해 적어도 80%의 서열 동일성을 갖는 CDR2 및 서열번호 88에 대해 적어도 90%, 바람직하게는 100%의 서열 동일성을 갖는 CDR3을 포함하고;
여기서, 가장 바람직하게는, 상기 TRA는 서열번호 85에 대해 적어도 90%의 서열 동일성을 갖는 가변 영역을 포함하고, 상기 TRB는 서열번호 90에 대해 적어도 90%의 서열 동일성을 갖는 가변 영역을 포함하는, 핵산.
제1항 내지 제9항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 기재된 CDR1, CDR2 및 CDR3 영역에 대한 서열 동일성이 100%인, 핵산.
제1항 내지 제10항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 TCR 작제물의 적어도 하나의 TCR 알파 및 베타 쇄 작제물을 코딩하고,
여기서, 상기 핵산은 바이러스 벡터, 트랜스포존, CRISPR/CAS 기반 재조합에 적합한 벡터 또는 시험관내 RNA 전사에 적합한 플라스미드를 포함하는 그룹으로부터 선택되고,
여기서, 바람직하게는, 상기 TCR 알파 쇄 작제물 및/또는 상기 TCR 베타 쇄 작제물은 인간 불변 영역, 뮤린(murine) 불변 영역 또는 키메라 불변 영역을 포함하는 그룹으로부터 선택되는 불변 영역을 추가로 포함하는, 핵산.
제1항 내지 제11항 중 어느 한 항의 핵산에 의해 코딩되는 단백질.
제1항 내지 제12항 중 어느 한 항의 핵산 및/또는 단백질을 포함하는 숙주 세포로서,
상기 숙주 세포는 바람직하게는 인간 CD8+ T 세포인, 숙주 세포.
a) 상기 MHC I의 맥락에서 상기 에피토프에 특이적으로 결합할 수 있는 TCR 작제물을 코딩하는, 제1항 내지 제11항 중 어느 한 항의 핵산; 또는
b) 상기 MHC I의 맥락에서 상기 에피토프에 특이적으로 결합할 수 있는 TCR 작제물을 포함하는 제12항의 단백질; 또는
c) 상기 MHC I의 맥락에서 상기 에피토프에 특이적으로 결합할 수 있는 TCR 작제물을 발현하는 제13항의 숙주 세포
를 포함하는 약제학적 조성물로서,
상기 TCR 작제물은 바람직하게는 제2항의 TCR 작제물인, 약제학적 조성물.
a) 각각의 MHC I의 맥락에서 이의 각각의 에피토프에 특이적으로 결합할 수 있는 TCR 작제물을 각각 코딩하는 적어도 2개의 핵산; 또는
b) 각각의 MHC I의 맥락에서 이의 각각의 에피토프에 특이적으로 결합할 수 있는 TCR 작제물을 각각 포함하는 적어도 2개의 단백질; 또는
c) 각각의 MHC I의 맥락에서 이의 각각의 에피토프에 특이적으로 결합할 수 있는 TCR 작제물을 각각 발현하는 적어도 2개의 숙주 세포
를 포함하는, 약제학적 조성물, 또는 적어도 2개의 약제학적 조성물을 포함하는 키트(kit)로서,
여기서, 상기 에피토프는 동일한 암 또는 감염체(infectious agent)에 의해 발현되는 상이한 항원으로부터의 펩티드이고, 임의로, 상기 암은 EBV와 연관되고, 상기 상이한 EBV 항원은 LMP2A, LMP1, EBNA1 및 EBNA3C를 포함하는 그룹으로부터 선택되고,
여기서, 바람직하게는, 상기 약제학적 조성물의 키트는 상기 암 또는 감염체의 치료에 사용하기 위한 것인, 약제학적 조성물 또는 키트.
a) 각각의 MHC I의 맥락에서 이의 각각의 에피토프에 특이적으로 결합할 수 있는 TCR 작제물을 각각 코딩하는, 제1항 내지 제11항 중 어느 한 항의 적어도 2개의 핵산; 또는
b) 각각의 MHC I의 맥락에서 이의 각각의 에피토프에 특이적으로 결합할 수 있는 TCR 작제물을 각각 포함하는, 제12항의 적어도 2개의 단백질; 또는
c) 각각의 MHC I의 맥락에서 이의 각각의 에피토프에 특이적으로 결합할 수 있는 TCR 작제물을 각각 발현하는, 제13항의 적어도 2개의 숙주 세포
를 포함하는, 제14항 또는 제15항의 약제학적 조성물, 또는 제14항 또는 제15항의 약제학적 조성물을 포함하는 키트, 또는 키트로서,
여기서, 상기 TCR 작제물 중 하나는 바람직하게는 제2항의 TCR 작제물인, 약제학적 조성물 또는 키트.
제4항 내지 제16항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 MHC I을 발현하고 호지킨(Hodgkin's) 및 비호지킨 림프종(non-Hodgkin lymphoma), 버킷 림프종(Burkitt lymphoma), 혈구탐식성 림프조직구증식증(hemophagocytic lympohistiocytosis), 비인두 암종(nasopharyngeal carcinoma), 두경부암(head and neck cancer), 폐암(lung cancer), 위암(gastric cancer), 털이 백반증(hairy leukoplakia), 이식후 림프증식성 장애(post transplant lymphoproliferative disorder) 및 중추신경계 림프종(central nervous system lymphoma)을 포함하는 그룹으로부터 선택된 EBV-연관 질환을 갖는 환자의 치료에 사용하기 위한, 제14항 내지 제16항 중 어느 한 항의 약제학적 조성물 또는 제14항 내지 제16항 중 어느 한 항의 약제학적 조성물을 포함하는 키트, 또는 키트로서,
여기서, 상기 치료는 바람직하게는 입양(adoptive) T 세포 요법 및 TCR 유전자 요법의 그룹으로부터 선택되는 면역요법인, 약제학적 조성물 또는 이러한 약제학적 조성물을 포함하는 키트, 또는 키트.
인간 MHC I에 의해 제시될 수 있는 에피토프를 포함하는 펩티드를 포함하는 약제학적 조성물로서, 상기 에피토프가
a) 서열번호 3에 대해 적어도 88%의 서열 동일성을 갖는 에피토프로서, 상기 에피토프는 HLA-C*15:02에 제시될 수 있고, 상기 펩티드는 서열번호 120의 LMP1에서 발생하는 아미노산의 서열과 동일한 최대 11개의 연속 아미노산을 포함하는, 에피토프;
b) 서열번호 4에 대해 적어도 88%의 서열 동일성을 갖는 에피토프로서, 상기 에피토프는 HLA-C*06:02에 제시될 수 있고, 상기 펩티드는 서열번호 121의 EBNA3C에서 발생하는 아미노산의 서열과 동일한 최대 11개의 연속 아미노산을 포함하는, 에피토프; 및
c) 서열번호 5에 대해 적어도 90%의 서열 동일성을 갖는 에피토프로서, 상기 에피토프는 HLA-B*44:02에 제시될 수 있고, 상기 펩티드는 서열번호 121의 EBNA3C에서 발생하는 아미노산의 서열과 동일한 최대 11개의 연속 아미노산을 포함하는, 에피토프를 포함하는 그룹으로부터 선택되거나, 또는
상기 펩티드를 코딩하는 핵산을 포함하고,
여기서, 상기 약제학적 조성물은 바람직하게는 호지킨 림프종 및 비호지킨 림프종, 버킷 림프종, 혈구탐식성 림프조직구증식증, 비인두 암종, 두경부암, 폐암, 위암, 털이 백반증, 이식후 림프증식성 장애 및 중추신경계 림프종을 포함하는 그룹으로부터 선택되는 EBV 관련 질병에 대한 백신 접종에 사용하기 위한 것인, 약제학적 조성물.