KR20200012895A - Prediction of Gastric Cancer Treatment Results - Google Patents

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Abstract

암 환자, 특히 위암 환자가 FOLFIRI 섭생(이리노테칸/5-플루오르우라실/폴린산)의 제1 투여 후, 화합요법제 도세탁셀 및 시스플라틴의 조합의 별도의 순차적 투여를 포함하는 순차적인 치료 전략(FOLFIRI + 도세탁셀/시스플라틴)으로의 치료에 반응성인지의 여부를 동정하는 방법이 제공된다. 특정 TUBB3 및 TYMP 단편 펩타이드는 암 환자로부터 수득된 종양 조직으로부터 수집된 종양 세포, 특히 위암 종양 세포에서 직접 SRM-질량 분석법에 의해 정확하게 검출하여 정량화하고, 암 환자가 FOLFIRI + 도세탁셀/시스플라틴의 순차적 병용 치료에 의한 치료에 양성으로 반응하는지를 결정하기 위해 참조 수준과 비교한다.Sequential treatment strategy (FOLFIRI + docetaxel) in which cancer patients, especially gastric cancer patients, comprise a separate sequential administration of a combination of the chemotherapeutic docetaxel and cisplatin after the first administration of the FOLFIRI regimen (irinotecan / 5-fluorouracil / folic acid) / Cisplatin) is provided to identify whether or not it is responsive to treatment with. Certain TUBB3 and TYMP fragment peptides are accurately detected and quantified by direct SRM-mass spectrometry in tumor cells collected from tumor tissues obtained from cancer patients, especially gastric cancer tumor cells, and cancer patients undergo sequential combination treatment of FOLFIRI + docetaxel / cisplatin Compare with reference level to determine if respond positively to treatment by.

Description

위암 치료 결과의 예측Prediction of Gastric Cancer Treatment Results

환자로부터 외과적으로 제거된 종양 조직을 검정하고, 5-플루오르우라실/폴린산(DeGramont)의 투여를 포함하는 표준 화학요법 전략(치료 1) 대 FOLFIRI 섭생(regimen)(이리노테칸/5-플루오르우라실/폴린산)의 제1 투여 후 도세탁셀/시스플라틴 조합의 순차적 투여를 포함하는 섭생(치료 2)에 의한 치료에 반응할 가능성이 가장 높은 환자들을 동정함으로써 암 환자, 특히 위암(GI) 환자를 치료하기 위한 개선된 방법이 제공된다. 치료 1은 5FU/LV를 포함하는 반면, 치료 2는 FOLFIRI + 도세탁셀/시스플라틴을 포함한다. Standard chemotherapy strategy (treatment 1) vs. FOLFIRI regimen (irinotecan / 5-fluorouracil / To treat cancer patients, especially gastric cancer (GI) patients, by identifying patients most likely to respond to treatment with the regimen (Treatment 2), including the sequential administration of the docetaxel / cisplatin combination after the first administration of phosphonic acid). An improved method is provided. Treatment 1 comprises 5FU / LV, while Treatment 2 comprises FOLFIRI + docetaxel / cisplatin.

보다 구체적으로, SRM 질량 분석법을 사용하여 환자 종양 조직으로부터 유래된 종양 세포에서 TUBB3 및 TYMP 단백질을 측정한 다음, 이러한 측정을 사용하여 FOLFIRI에 이어, 도세탁셀/시스플라틴 화학요법제 조합의 순차적 투여에 의한 치료에 반응할 가능성이 가장 높은 암 환자, 특히 위암(GI) 환자를 동정한다.More specifically, SRM mass spectrometry is used to measure TUBB3 and TYMP proteins in tumor cells derived from patient tumor tissue and then use these measurements to treat FOLFIRI followed by sequential administration of the docetaxel / cisplatin chemotherapeutic combination. Identify cancer patients who are most likely to respond, especially gastric cancer (GI) patients.

클래스 III β-튜불린으로 공지되기도 한 TUBB3은 세포 미소관 어셈블리의 중요한 구성 요소이고, 또한 리간드 결합을 조절하는 데 활성적으로 관여한다. 단백질체 분석은 이들 시스테인 잔기에 결합된 많은 인자가 산화성 스트레스 및 글루코스박탈 반응에 관여하는 것을 밝혔다. TUBB3은 예후적 바이오마커 및 도세탁셀(docetaxel) 및 다른 유사한 탁산 화합물에 대한 내성의 지표 둘 다로서 연구되어 왔고, 여기서 보고서는 불량한 결과의 바이오마커로서 TUBB3의 높은 정량적 수준을 암시한다. 따라서, 환자 암 세포에서 TUBB3 단백질의 정량적 발현 수준을 결정하는 것은 암 세포가 도세탁셀에 의한 치료에 어떻게 반응할 것인지를 결정하는 것을 도울 수 있다.TUBB3, also known as class III β-tubulin, is an important component of cellular microtubule assembly and is also actively involved in regulating ligand binding. Proteomic analysis revealed that many factors bound to these cysteine residues are involved in oxidative stress and glucose deprivation reactions. TUBB3 has been studied both as a prognostic biomarker and as an indicator of resistance to docetaxel and other similar taxane compounds, where the report suggests a high quantitative level of TUBB3 as a biomarker with poor results. Thus, determining the quantitative expression level of TUBB3 protein in patient cancer cells can help determine how cancer cells will respond to treatment with docetaxel.

티미딘 포스포릴라제로서 공지되기도 한 TYMP는 티민으로부터 dTMP를 합성하는 단백질이며, 그 자체가 피리미딘 대사의 일부인 dTMP 생합성 샐비지 경로의 일부이다. TYMP는 생체내에서 혈관신생을 촉진하고 다양한 내피 세포의 시험관내 성장을 자극하는 혈관 신생 인자로서 공지되어 있다. TYMP는 일반적으로 내피 세포에만 작용하는 매우 제한된 표적 세포 특이성을 갖는다. 그러나, 일부 경우에, TYMP는 종양 세포에서 높은 수준으로 비정상적으로 발현될 수 있다. TYMP는 5-dFUR을 5FU로, 5FU를 FdUM,P로 전환시키는 기능을 하고, 이는 TS 단백질을 억제하는 5FU의 기능성을 촉진시켜 DNA의 생성을 차단하고 종양 세포 아폽토시스를 유도한다.TYMP, also known as thymidine phosphorylase, is a protein that synthesizes dTMP from thymine and is part of the dTMP biosynthetic salvage pathway, which itself is part of pyrimidine metabolism. TYMP is known as an angiogenesis factor that promotes angiogenesis in vivo and stimulates in vitro growth of various endothelial cells. TYMP generally has very limited target cell specificities that act only on endothelial cells. In some cases, however, TYMP may be abnormally expressed at high levels in tumor cells. TYMP functions to convert 5-dFUR into 5FU and 5FU into FdUM, P, which promotes the function of 5FU to inhibit TS protein, blocking the production of DNA and inducing tumor cell apoptosis.

TUBB3 및 TYMP는 암 환자의 치료 결과의 예후 예측인자이고, 그 자체로 암의 화학요법 치료 전략에 대한 정보를 제공할 수 있다. 환자 종양 조직으로부터 취득된 환자 종양 세포에서 TUBB3 및 TYMP 단백질 발현의 존재 및/또는 정량적 수준은 SRM 질량 분석법의 방법론을 사용하여 TUBB3 및 TYMP 전장 단백질 각각의 하위서열로부터 유래된 특정 펩타이드를 정량화함으로써 결정된다. 암 환자 내에 존재하는 암 세포에서 SRM 질량 분석법에 의해 검출된 바와 같은 TUBB3 단백질의 특정 정량적 수준은 환자가 도세탁셀을 함유하는 화학요법 섭생에 긍정적인 방식으로 반응할 가능성이 더 높거나 낮음을 나타낸다. 암 환자 내에 존재하는 암 세포에서 SRM 질량 분석법에 의해 검출된 바와 같은 TYMP 단백질의 특정 정량적 수준은 환자가 5-FU를 포함하는 화학요법 섭생에 긍정적인 방식으로 반응할 가능성이 더 높거나 낮음을 나타낸다.TUBB3 and TYMP are prognostic predictors of treatment outcomes for cancer patients and can themselves provide information about chemotherapy treatment strategies for cancer. The presence and / or quantitative levels of TUBB3 and TYMP protein expression in patient tumor cells obtained from patient tumor tissue are determined by quantifying specific peptides derived from subsequences of each of TUBB3 and TYMP full-length proteins using the methodology of SRM mass spectrometry. . Certain quantitative levels of TUBB3 protein as detected by SRM mass spectrometry in cancer cells present in cancer patients indicate that the patient is more or less likely to respond in a positive manner to the chemotherapy regimen containing docetaxel. Certain quantitative levels of TYMP protein as detected by SRM mass spectrometry in cancer cells present in cancer patients indicate that the patient is more or less likely to respond in a positive manner to a chemotherapy regimen comprising 5-FU. .

캠토사르로서 공지되기도 한 이리노테칸(irinotecan)은 삽입에 의해 DNA와 상호작용하여 전사를 위해 DNA의 슈퍼코일을 이완시키는 효소 토포아이소머라제 I(TOPOl)의 진행을 억제하는 암 화학요법제이다. 독소루비신은 복제를 위해 DNA 쇄를 파괴한 후 TOPOl 복합체를 안정화시켜 DNA 이중 나선이 재밀봉되는 것을 막고 복제 과정을 중단시킨다. 이것은 암 세포가 DNA를 합성하는 것을 막고 암 세포 분열 및 종양 성장을 중단시킨다. 그러나, 암 세포에서 TOPOl 효소의 높은 발현 수준은 이리노테칸의 효과를 극복할 수 있고, 암 세포에서 이리노테칸의 효과에 대한 내성을 유발시켜 DNA를 합성하도록 하고 세포 분열 및 종양 성장을 촉진할 수 있다.Irinotecan, also known as camptosar, is a cancer chemotherapeutic agent that inhibits the progression of the enzyme topoisomerase I (TOPOl), which interacts with DNA by insertion and relaxes the supercoil of DNA for transcription. Doxorubicin breaks the DNA chain for replication and then stabilizes the TOPOl complex, preventing the DNA double helix from resealing and stopping the replication process. This prevents cancer cells from synthesizing DNA and stops cancer cell division and tumor growth. However, high expression levels of TOPOl enzymes in cancer cells can overcome the effects of irinotecan and induce resistance to the effects of irinotecan in cancer cells, allowing them to synthesize DNA and promote cell division and tumor growth.

아드루실로서 공지되기도 한 플루오로우라실(5-FU)은 DNA를 차단하여 세포 분열을 억제하고 종양 세포의 분열 및 성장을 방지함으로써 작용하는 화학요법제이다. 5-FU는 다수의 방식으로 작용하지만, 주로 티미딜레이트 신타제(TS) 억제제로서 작용한다. TS 활성을 차단하면 DNA 복제에 필요한 뉴클레오사이드인 피리미딘 티미딘의 합성을 차단한다. 티미딜레이트 신타제는 데옥시우리딘 모노포스페이트(dUMP)를 메틸화하여 티미딘 모노포스페이트(dTMP)를 형성한다. 5-FU의 투여는 dTMP의 결핍을 유발하고, 빠르게 분열되는 암성 세포는 이러한 티민 부족으로 인해 세포사를 겪는다. 높은 수준의 티미딜레이트 신타제는 5-FU의 효과를 극복할 수 있는 반면, 높은 수준의 티미딘 포스포릴라제(TYMP) 단백질은 5-FU의 활성을 촉진시킨다.Fluorouracil (5-FU), also known as adresyl, is a chemotherapeutic agent that works by blocking DNA to inhibit cell division and prevent tumor cell division and growth. 5-FU acts in many ways, but primarily as a thymidylate synthase (TS) inhibitor. Blocking TS activity blocks the synthesis of pyrimidine thymidine, the nucleoside required for DNA replication. Thymidylate synthase methylates deoxyuridine monophosphate (dUMP) to form thymidine monophosphate (dTMP). Administration of 5-FU causes a deficiency of dTMP, and rapidly dividing cancerous cells undergo cell death due to this thymine deficiency. High levels of thymidylate synthase can overcome the effects of 5-FU, while high levels of thymidine phosphorylase (TYMP) protein promote 5-FU activity.

탁소티어로서 공지되기도 한 도세탁셀은 파클리탁셀(탁솔)의 반합성 유사체이다. 그것은 탁산의 약물 클래스에 있다. 도세탁셀은 높은 친화도로 미소관에 가역적으로 결합하여 미소관을 안정화시키고 탈중합을 방지함으로써 분열 세포를 사멸시킨다. 세포 미소관 어셈블리의 이러한 안정화는 미소관 형성에 필요한 유리 튜불린(TUBB3)의 현저한 감소를 초래하고, 중기와 후기 사이의 유사분열 세포 분열을 억제하여 추가의 암 세포 분열 및 종양 성장을 방지한다. 암 세포에서 TUBB3 단백질의 높은 발현 수준은 도세탁셀의 효과를 극복할 수 있고, 따라서 세포에서 도세탁셀의 효과에 대한 내성을 제공하여 미소관 어셈블리를 탈중합시키고 따라서 세포 분열 및 종양 성장을 촉진시킬 수 있도록 한다.Docetaxel, also known as taxotere, is a semisynthetic analog of paclitaxel (taxol). It is in the drug class of taxanes. Docetaxel reversibly binds to microtubules with high affinity to stabilize microtubules and kill dividing cells by preventing depolymerization. This stabilization of cell microtubule assembly results in a significant reduction of free tubulin (TUBB3) required for microtubule formation and inhibits mitotic cell division between mid and late, preventing further cancer cell division and tumor growth. High expression levels of TUBB3 protein in cancer cells can overcome the effects of docetaxel and thus provide resistance to the effects of docetaxel in the cells to depolymerize microtubule assemblies and thus promote cell division and tumor growth. .

플라티놀로서 공지되기도 한 시스플라틴은 DNA 복제를 방해하여 세포가 분열되는 것을 방지하고 아폽토시스를 통해 종양 세포사를 유도하는 암 화학요법제이다. 시스플라틴은 유사분열 세포 분열을 방해하는 몇 가지 다른 방식으로 DNA를 비가역적으로 가교결합시킨다. 손상된 DNA는 수복이 불가능한 것으로 밝혀지면 결국 아폽토시스를 활성화시켜 종양 세포를 사멸시키는 DNA 수복 메카니즘을 유발한다.Cisplatin, also known as platinum, is a cancer chemotherapeutic agent that interferes with DNA replication, prevents cell division and induces tumor cell death through apoptosis. Cisplatin irreversibly crosslinks DNA in several different ways that interfere with mitotic cell division. Damaged DNA, if found to be irreparable, eventually triggers a DNA repair mechanism that activates apoptosis and kills tumor cells.

폴린산으로서 공지되기도 한 류코보린 칼슘(LV)은 암과 싸우는 성질은 갖지 않지만 화학요법제의 독성 부작용을 줄이기 위해 사용되는 약물이다. LV는 5,10-메틸렌 테트라하이드로폴레이트(CH2THF)의 세포내 풀을 증가시킴으로써 티미딜레이트 신타제(TS) 억제를 향상시킴으로써 티미딜레이트 신타제에 대한 플루오로데옥시우리딘 모노포스페이트(FdUMP)의 결합을 안정화시킨다. 류코보린은 자체 부작용은 거의 없지만 플루오로우라실과 함께 사용될 경우 그 약물의 부작용의 심각성을 증가시킬 수 있다.Leucovorin calcium (LV), also known as folic acid, is a drug used to reduce the toxic side effects of chemotherapeutic agents, although it does not have cancer fighting properties. LV enhances thymidylate synthase (TS) inhibition by increasing the intracellular pool of 5,10-methylene tetrahydrofolate (CH2THF) to fluorodeoxyuridine monophosphate (FdUMP) for thymidylate synthase. ) To stabilize the binding. Leucovorin has few side effects on its own, but when used with fluorouracil can increase the severity of the drug's side effects.

도 1은 5FU/LV를 포함하는 치료 1 섭생으로 치료된 이 위암 코호트에 대해 TUBB3 ≤ 750amol/㎍ 및 TUBB3 > 750amol/㎍ 컷오프를 사용하는 카플란 마이어(Kaplan Meier) 전체 생존(OS) 곡선을 도시한다. 결과는 통계적 유의성을 계산하기 위한 2개의 상이한 방법(멘텔-콕스 테스트(Mantel-Cox Test) p = 0.4744; 게한-블레슬로우-윌콕슨 테스트(Gehan-Breslow-Wilcoxon Test) p = 0.2179)을 사용하여 이러한 TUBB3 단백질 수준을 기준으로 하는 위암 환자(n = 122)의 전체 생존에 대한 통계적으로 유의한 예측 값이 없음을 나타낸다.
도 2는 5FU/LV를 포함하는 치료 1 섭생으로 치료된 이 위암 코호트에 대해 TYMP ≤ 1335amol/㎍ 및 TYMP > 1335amol/㎍ 컷오프를 사용하는 카플란 마이어 전체 생존(OS) 곡선을 도시한다. 결과는 통계적 유의성을 계산하기 위한 2개의 상이한 방법(멘텔-콕스 테스트 p = 0.0185; 게한-블레슬로우-윌콕슨 테스트 p = 0.0378)을 사용하여 1335amol/㎍의 TYMP 단백질 컷오프 수준을 기준으로 하는 위암 환자(n = 122)의 전체 생존에 대해 작지만 통계적으로 유의한 예측 값을 나타낸다.
도 3은 FOLFIRI에 이어, 후속적으로 도세탁셀/시스플라틴 조합의 투여를 포함하는 치료 2 섭생으로 치료된 이 위암 코호트에 대해 TUBB3 ≤ 750amol/㎍ 및 TUBB3 > 750amol/㎍ 컷오프를 사용하는 카플란 마이어 전체 생존(OS) 곡선을 도시한다. 결과는 통계적 유의성을 계산하기 위한 2개의 상이한 방법(멘텔-콕스 테스트 p = 0.0382; 게한-블레슬로우-윌콕슨 테스트 p = 0.0329)을 사용하여 이러한 TUBB3 단백질 수준을 기준으로 하는 위암 환자(n = 125)의 전체 생존에 대해 작지만 통계적으로 유의한 예측 값을 나타낸다.
도 4는 FOLFIRI에 이어, 후속적으로 도세탁셀/시스플라틴 조합의 투여를 포함하는 치료 2 섭생으로 치료된 이 위암 코호트에 대해 TYMP ≤ 1335amol/㎍ 및 TYMP > 1335amol/㎍ 컷오프를 사용하는 카플란 마이어 전체 생존(OS) 곡선을 도시한다. 결과는 통계적 유의성을 계산하기 위한 2개의 상이한 방법(멘텔-콕스 테스트 p = 0.4200; 게한-블레슬로우-윌콕슨 테스트 p = 0.3448)을 사용하여 1355amol/㎍의 TYMP 단백질 컷오프 수준을 기준으로 하는 위암 환자(n = 125)의 전체 생존에 대해 통계적으로 유의한 예측 값이 없음을 나타낸다.
도 5는 FOLFIRI에 이어, 후속적으로 도세탁셀/시스플라틴 조합의 투여를 포함하지는 치료 2 섭생으로 치료된 이 위암 코호트에 대해 TYMP ≤ 2800amol/㎍ 및 TYMP > 2800amol/㎍ 컷오프를 사용하는 카플란 마이어 전체 생존(OS) 곡선을 도시한다. 결과는 통계적 유의성을 계산하기 위한 2개의 상이한 방법(멘텔-콕스 테스트 p = 0.0344; 게한-블레슬로우-윌콕슨 테스트 p = 0.0211)을 사용하여 2800amol/㎍의 TYMP 단백질 컷오프 수준을 기준으로 하는 위암 환자(n = 125)의 전체 생존에 대해 작지만 통계적으로 유의한 예측 값을 나타낸다.
도 6은 FOLFIRI에 이어, 후속적으로 도세탁셀/시스플라틴 조합의 투여를 포함하는 치료 2 섭생으로 치료된 이 위암 코호트에 대해 750amol/㎍의 TUBB3 컷오프 + 1300amol/㎍의 TYMP 컷오프의 조합을 사용하는 카플란 마이어 전체 생존(OS) 곡선을 도시한다. 결과는 통계적 유의성을 계산하기 위한 2개의 상이한 방법(멘텔-콕스 테스트 p = 0.0539; 게한-블레슬로우-윌콕슨 테스트 p = 0.0561)을 사용하여 위암 환자(n = 58)의 전체 생존에 대해 통계적으로 유의하지 않지만 약간의 예측 값을 나타낸다.
도 7은 FOLFIRI에 이어, 후속적으로 도세탁셀/시스플라틴 조합의 투여를 포함하는 치료 2 섭생으로 치료된 이 위암 코호트에 대해 750amol/㎍의 TUBB3 컷오프 + 2800amol/㎍의 TYMP 컷오프의 조합을 사용하는 카플란 마이어 전체 생존(OS) 곡선을 도시한다. 결과는 통계적 유의성을 계산하기 위한 2개의 상이한 방법(멘텔-콕스 테스트 p = 0.0002; 게한-블레슬로우-윌콕슨 테스트 p = 0.0001)을 사용하여 위암 환자(n = 32)의 전체 생존에 대해 매우 통계적으로 유의한 예측 값을 나타낸다.FIG. 1 shows Kaplan Meier overall survival (OS) curves using TUBB3 ≦ 750amol / μg and TUBB3> 750amol / μg cutoff for this gastric cancer cohort treated with Treatment 1 regimen comprising 5FU / LV. . The results were obtained using two different methods for calculating statistical significance (Mantel-Cox Test p = 0.4744; Gehan-Breslow-Wilcoxon Test p = 0.2179). There is no statistically significant predictive value for overall survival of gastric cancer patients (n = 122) based on these TUBB3 protein levels.
FIG. 2 shows Kaplan Meier overall survival (OS) curves using TYMP ≦ 1335 amol / μg and TYMP> 1335 amol / μg cutoff for this gastric cancer cohort treated with Treatment 1 regimen comprising 5FU / LV. The results were based on gastric cancer patients based on TYMP protein cutoff levels of 1335amol / μg using two different methods to calculate statistical significance (Mentel-Cox test p = 0.0185; Gehan-Bleslow-Wilcoxon test p = 0.0378). A small but statistically significant predictive value for overall survival of (n = 122).
FIG. 3 shows Kaplan Meier overall survival using TUBB3 ≦ 750amol / μg and TUBB3> 750amol / μg cutoff for this gastric cancer cohort treated with FOLFIRI followed by a treatment 2 regimen comprising subsequent administration of docetaxel / cisplatin combination ( OS) curves. The results were based on two different methods for calculating statistical significance (Mentel-Cox test p = 0.0382; Gehan-Bleslow-Wilcoxon test p = 0.0329), and gastric cancer patients based on these TUBB3 protein levels (n = 125). ) Represents a small but statistically significant predictive value for the overall survival.
FIG. 4 shows Kaplan Meier overall survival using TYMP ≦ 1335 amol / μg and TYMP> 1335 amol / μg cutoff for this gastric cancer cohort treated with FOLFIRI followed by a treatment 2 regimen comprising subsequent administration of a docetaxel / cisplatin combination. OS) curves. The results are based on gastric cancer patients based on TYMP protein cutoff levels of 1355amol / μg using two different methods to calculate statistical significance (Mentel-Cox test p = 0.4200; Gehan-Bleslow-Wilcoxon test p = 0.3448). There is no statistically significant predictive value for overall survival of (n = 125).
FIG. 5 shows Kaplan Meier overall survival using TYMP ≦ 2800 amol / μg and TYMP> 2800 amol / μg cutoff for this gastric cancer cohort treated with FOLFIRI followed by a treatment 2 regimen that subsequently comprises administration of the docetaxel / cisplatin combination ( OS) curves. The results were based on gastric cancer patients based on TYMP protein cutoff levels of 2800 amol / μg using two different methods to calculate statistical significance (Mentel-Cox test p = 0.0344; Gehan-Bleslow-Wilcoxon test p = 0.0211). A small but statistically significant predictive value for overall survival of (n = 125).
FIG. 6 shows Kaplan Meier using a combination of 750amol / μg TUBB3 cutoff + 1300amol / μg TYMP cutoff for this gastric cancer cohort treated with FOLFIRI followed by a treatment 2 regimen comprising subsequent administration of a docetaxel / cisplatin combination. The overall survival (OS) curve is shown. The results were statistically analyzed for the overall survival of gastric cancer patients (n = 58) using two different methods for calculating statistical significance (Mentel-Cox test p = 0.0539; Gehan-Bleslow-Wilcoxon test p = 0.0051). Although not significant, some prediction values are shown.
FIG. 7 shows Kaplan Meier using a combination of 750amol / μg TUBB3 cutoff + 2800amol / μg TYMP cutoff for this gastric cancer cohort treated with FOLFIRI followed by a treatment 2 regimen that subsequently comprises administration of a docetaxel / cisplatin combination. The overall survival (OS) curve is shown. The results are very statistical for the overall survival of gastric cancer patients (n = 32) using two different methods for calculating statistical significance (Mentel-Cox test p = 0.0002; Geghan-Bleslow-Wilcoxon test p = 0.0001). It represents a significant prediction value.

암 환자, 구체적으로 위 환자가 FOLFIRI 섭생(이리노테칸/5-플루오르우라실/폴린산)의 제1 투여 후 화학요법제 도세탁셀 및 시스플라틴의 조합의 별도의 순차적인 투여를 포함하는 치료 전략(FOLFIRI + 도세탁셀/시스플라틴)에 유리한 방식으로 임상적으로 반응할 것인지를 결정하는 방법이 제공된다. 구체적으로, 종양 샘플 또는 환자의 샘플에서 TUBB3 및 TYMP 단백질을 측정하기 위한 진단 방법이 제공된다. 샘플은 유리하게 포르말린 고정된다. 특정 TUBB3 펩타이드 단편 및 특정 TYMP 펩타이드 단편을 동시에 측정하는 SRM/MRM 검정, 및 펩타이드 단편에 대한 특별한 특징을 사용하여 포르말린 고정된 파라핀 포매된(formalin fixed paraffin embedded; FFPE) 조직으로부터 유래된 세포 중 TUBB3 및 TYMP 단백질의 양이 결정된다. 펩타이드 단편은 전장 TUBB3 및 TYMP 단백질로부터 유래되고, 여기서 TUBB3 단백질의 펩타이드 서열은 서열번호 l(ISVYYNEASSHK)인 반면, TYMP 단백질의 펩타이드 서열은 서열번호 2(DGPALSGPQSR)이다. 놀랍게도, 이들 펩타이드는 종양 조직의 FFPE 샘플로부터 제조된 소화물에서 신뢰가능하게 검출되고 동시에 정량화될 수 있는 것으로 밝혀졌다. 미국 특허 제13,993,045호를 참조하고, 이의 내용은 전문이 본원에 참고로 포함된다.Therapeutic strategy (FOLFIRI + docetaxel /) wherein the cancer patient, specifically the stomach patient, comprises a separate sequential administration of the combination of the chemotherapeutic docetaxel and cisplatin after the first administration of the FOLFIRI regimen (irinotecan / 5-fluorouracil / folic acid) Provided are methods for determining whether to respond clinically in a manner favorable to cisplatin). Specifically, diagnostic methods for measuring TUBB3 and TYMP proteins in tumor samples or patient samples are provided. The sample is advantageously formalin fixed. SRM / MRM assay, which simultaneously measures specific TUBB3 peptide fragments and specific TYMP peptide fragments, and TUBB3 and in cells derived from formalin fixed paraffin embedded (FFPE) tissue using special features for peptide fragments. The amount of TYMP protein is determined. Peptide fragments are derived from full length TUBB3 and TYMP proteins, wherein the peptide sequence of the TUBB3 protein is SEQ ID NO: l (ISVYYNEASSHK), while the peptide sequence of the TYMP protein is SEQ ID NO: 2 (DGPALSGPQSR). Surprisingly, it has been found that these peptides can be reliably detected and quantified simultaneously in digests prepared from FFPE samples of tumor tissue. See US Pat. No. 13,993,045, the contents of which are incorporated herein by reference in their entirety.

보다 구체적으로, 이 SRM/MRM 검정은 포르말린 고정된 암 환자 조직과 같은 환자 조직 샘플로부터 취득된 세포로부터 제조된 복합 단백질 용해물 샘플에서 직접 이들 펩타이드를 측정할 수 있다. 포르말린 고정된 조직으로부터 단백질 샘플을 제조하는 방법은 미국 특허 제7,473,532호에 기재되어 있고, 이의 내용은 전문이 본원에 참고로 포함된다. 미국 특허 제7,473,532호에 기재된 방법은 익스프레션 파톨로지 인코포레이티드(Expression Pathology Inc.)(Rockville, Md.)로부터 이용가능한 액체 조직 시약 및 프로토콜을 사용하여 편리하게 수행될 수 있다.More specifically, this SRM / MRM assay can measure these peptides directly in complex protein lysate samples prepared from cells obtained from patient tissue samples, such as formalin fixed cancer patient tissue. Methods for preparing protein samples from formalin fixed tissue are described in US Pat. No. 7,473,532, the contents of which are incorporated herein by reference in their entirety. The method described in US Pat. No. 7,473,532 can be conveniently performed using liquid tissue reagents and protocols available from Expression Pathology Inc. (Rockville, Md.).

암 환자로부터의 가장 광범위하고 유리하게 이용가능한 조직 및 암 조직의 형태는 포르말린 고정된 파라핀 포매된 조직이다. 외과적으로 제거된 조직의 포름알데히드/포르말린 고정은 전세계적으로 암 조직 샘플을 보존하는 가장 일반적인 방식이며, 표준 병리학 관행에서 허용되는 관례이다. 포름알데히드의 수용액은 포르말린으로 지칭된다. "100%" 포르말린은 산화 및 중합도를 제한하기 위해 소량의 안정화제, 일반적으로 메탄올과 함께 물 중 포름알데히드의 포화된 용액(이는 약 40용적% 또는 37질량%이다)으로 구성된다. 조직이 보존되는 가장 일반적인 방법은 일반적으로 10% 중성 완충된 포르말린으로 칭명되는 수성 포름알데히드에 연장된 시간 동안(8시간 내지 48시간) 전체 조직을 침지시킨 후, 실온에서 장기간 저장을 위해 파라핀 왁스에 고정된 전체 조직을 포매시키는 것이다. 따라서, 포르말린 고정된 암 조직을 분석하기 위한 분자 분석 방법은 암 환자 조직의 분석을 위해 가장 허용되고 많이 이용되는 방법일 것이다.The most extensive and advantageously available tissues and forms of cancer tissue from cancer patients are formalin fixed paraffin embedded tissues. Formaldehyde / formalin fixation of surgically removed tissue is the most common way of preserving cancerous tissue samples worldwide and is an acceptable practice in standard pathological practice. An aqueous solution of formaldehyde is called formalin. “100%” formalin consists of a saturated solution of formaldehyde in water (which is about 40% by volume or 37% by mass) with a small amount of stabilizer, usually methanol, to limit the degree of oxidation and polymerization. The most common method of preserving tissue is to immerse the entire tissue in aqueous formaldehyde, generally termed 10% neutral buffered formalin for extended periods of time (8 to 48 hours), and then in paraffin wax for long-term storage at room temperature. It is to embed the entire fixed tissue. Thus, the molecular analysis method for analyzing formalin fixed cancer tissue will be the most acceptable and widely used method for analyzing cancer patient tissue.

SRM/MRM 검정 결과는 위암 조직을 포함하여 조직이 수집되고 보존된 환자의 특정 암 내에서 TUBB3 및 TYMP 단백질의 정확하고 정밀한 정량적 수준을 상관시키는데 사용될 수 있다. 이것은 암에 대한 진단/예후 정보를 제공할 뿐만 아니라 의사 또는 다른 의료 전문가가 환자에 대한 적절한 치료법을 결정할 수 있도록 한다. 이 경우에, 이러한 검정을 사용하면 암 조직에서 동시에 특정 수준의 TUBB3 및 TYMP 단백질 발현에 대한 정보 및 암 조직이 수득된 환자가 FOLFIRI 섭생(이리노테칸/5-플루오르우라실/폴린산)의 투여에 이어, 화학요법제 도세탁셀 및 시스플라틴의 조합의 별도의 순차적 투여를 포함하는 치료 전략(FOLFIRI + 도세탁셀/시스플라틴)에 유리한 방식으로 반응할 지의 여부에 대한 정보를 제공할 수 있다.SRM / MRM assay results can be used to correlate accurate and precise quantitative levels of TUBB3 and TYMP proteins within certain cancers of patients with tissue collected and preserved, including gastric cancer tissue. This not only provides diagnostic / prognostic information for cancer, but also allows the physician or other medical professional to determine the appropriate treatment for the patient. In this case, using this assay, patients with cancer tissue obtained with information on the expression of certain levels of TUBB3 and TYMP protein at the same time in cancer tissues, followed by administration of the FOLFIRI regimen (irinotecan / 5-fluorouracil / folic acid), Information may be provided on whether to respond in a favorable manner to a treatment strategy (FOLFIRI plus docetaxel / cisplatin) comprising separate sequential administration of the combination of the chemotherapeutic docetaxel and cisplatin.

FOLFIRI 섭생으로 암 환자를 치료하는 것은 암 환자, 특히 위암 환자의 수명을 연장시키는 것으로 나타난 일반적이고 효과적인 전략이다. 병용 요법 FOLFIRI 섭생에서 제제 중 하나는 티미딜레이트 신타제의 작용을 차단하여 DNA의 생성을 중지시킬 뿐만 아니라 RNA의 생성을 차단하여 아폽토시스를 유발함을 포함하는 다수의 방식으로 기능하는 5-플루오르우라실(5FU)이다. TYMP 단백질은 5-dFUR을 활성 5FU로 전환시킬 뿐만 아니라 5FU를 FUDR로 전환시키는 데 관여한다. 이러한 전환 모두는 외생적으로 투여된 5FU의 활성을 촉진시키고, 따라서 5FU에 의한 종양 세포 사멸을 향상시키고, 5FU를 포함하는 섭생으로 암 환자를 치료할 때 더 높은 수준의 TYMP 단백질이 바람직하다.Treating cancer patients with the FOLFIRI regimen is a common and effective strategy that has been shown to extend the lifespan of cancer patients, especially gastric cancer patients. In combination therapy, one of the agents in the FOLFIRI regimen functions in many ways, including blocking the action of thymidylate synthase to stop the production of DNA, as well as blocking the production of RNA to induce apoptosis. (5FU). TYMP protein not only converts 5-dFUR into active 5FU, but is also involved in converting 5FU into FUDR. All of these conversions promote the activity of exogenously administered 5FU, thus enhancing tumor cell death by 5FU, and higher levels of TYMP protein are desirable when treating cancer patients with regimens comprising 5FU.

도세탁셀로 암 환자를 치료하는 것도 또한 환자의 수명을 연장시키기 위한 일반적이고 효과적인 전략이다. TUBB3 단백질은 세포 미소관 어셈블리의 중요한 구성 요소로서 기능하고, 또한 리간드 결합을 조절하는 데 활성적으로 관여한다. 두 기능 모두 세포가 성장하고 분열하는 것을 돕는 데 관여한다. 도세탁셀은 정상적인 미소관 과정 및 리간드 결합을 억제하여 종양 세포의 성장 및 분열을 방지한다. 따라서, 임상의가 환자의 암 세포에서 TUBB3 단백질의 정량적 수준을 아는 것이 유용한데, 이는 이들 세포에서 도세탁셀의 치료 효과가 단순히 TUBB3 단백질의 과발현을 극복할 수 있기 때문이다. 임상의가 암 환자의 종양 세포가 매우 높은 수준의 TUBB3 단백질을 발현한다는 것을 안다면, 환자가 유리하게 반응하지 않을 것 같기 때문에 임상의는 환자에게 도세탁셀을 처방하지 않을 것이다. 마찬가지로, 환자의 종양 세포가 매우 낮은 양의 TUBB3 단백질을 발현하는 경우, 임상의는 약물이 암 세포에서 정상적인 미소관 기능 및 리간드 결합을 억제하여 종양의 성장을 차단하는 데 도움이 될 것이기 때문에 병용 요법 전략에서 화학요법제 중의 하나로서 도세탁셀을 처방할 가능성이 더 높다.Treating cancer patients with docetaxel is also a common and effective strategy for extending the life of patients. TUBB3 protein functions as an important component of cellular microtubule assembly and is also actively involved in regulating ligand binding. Both functions are involved in helping cells grow and divide. Docetaxel inhibits normal microtubule processes and ligand binding to prevent tumor cell growth and division. Thus, it is useful for clinicians to know the quantitative level of TUBB3 protein in cancer cells of patients, since the therapeutic effect of docetaxel in these cells can simply overcome overexpression of TUBB3 protein. If the clinician knows that tumor cells of cancer patients express very high levels of TUBB3 protein, the clinician will not prescribe docetaxel to the patient because the patient is unlikely to respond favorably. Likewise, if a patient's tumor cells express very low amounts of TUBB3 protein, the clinician will use the combination therapy because the drug will help block tumor growth by inhibiting normal microtubule function and ligand binding in cancer cells. The strategy is more likely to prescribe docetaxel as one of the chemotherapeutic agents.

현재, 암 환자 조직, 특히 FFPE 조직에서 단백질 존재를 결정하기 위해 가장 널리 사용되고 적용되는 방법론은 면역조직화학(IHC)이다. IHC 방법론은 목적하는 단백질을 검출하기 위해 항체를 사용한다. IHC 테스트 결과는 대부분 병리학자 또는 조직학자에 의해 해석된다. 이 해석은 주관적이고, TUBB3 및 TYMP 양성 종양 세포 집단에서 5FU 및 도세탁셀 민감성과 같은 특정 종양 단백질 표적을 표적으로 하는 치료제에 대한 민감성을 예측하는 정량적 데이터를 제공하지 않는다.Currently, the most widely used and applied methodology for determining protein presence in cancer patient tissues, particularly FFPE tissues, is immunohistochemistry (IHC). IHC methodology uses antibodies to detect proteins of interest. IHC test results are mostly interpreted by pathologists or histologists. This interpretation is subjective and does not provide quantitative data to predict sensitivity to therapeutic agents targeting specific tumor protein targets such as 5FU and docetaxel sensitivity in TUBB3 and TYMP positive tumor cell populations.

Her2 IHC 테스트와 같은 다른 IHC 검정의 연구는 이러한 테스트로부터 수득된 결과가 잘못될 수 있음을 시사한다. 이는 아마도 다른 실험실이 양성 및 음성 IHC 상태를 분류하기 위해 다른 규칙을 사용하기 때문이다. 테스트를 실시하는 각 병리학자는 또한 결과가 양성인지 음성인지를 결정하기 위해 다른 기준을 사용할 수 있다. 대부분의 경우, 이는 테스트 결과가 경계선일 때, 즉 결과가 강하게 양성이지도 않고 강하게 음성이지도 않음을 의미할 때 발생한다. 다른 경우에, 암 조직의 한 영역의 조직은 양성 반응을 보일 수 있는 반면, 암의 다른 영역의 조직은 음성 반응을 보일 수 있다. 부정확한 IHC 테스트 결과는 암 진단을 받은 환자가 최상의 가능한 치료를 받지 않았음을 의미할 수 있다. 암의 전부 또는 일부가 특정 표적 종양 단백질에 대해 양성이지만 테스트 결과가 음성으로 분류하면, 의사는 환자가 잠재적으로 그 약제로부터 혜택을 받을 수 있더라도 올바른 치료적 치료를 권장하지 않을 것이다. 암이 종양 단백질 표적 음성이지만 테스트 결과가 양성으로 분류하면, 의사는 환자가 임의의 혜택을 받을 가능성이 없고 제제의 2차 위험에 노출될지라도 특정 치료적 치료를 권장할 수 있다.Studies of other IHC assays, such as the Her2 IHC test, suggest that the results obtained from these tests may be misleading. This is probably because other laboratories use different rules to classify positive and negative IHC states. Each pathologist performing the test may also use other criteria to determine whether the result is positive or negative. In most cases this occurs when the test results are borderline, meaning that the results are neither strongly positive nor strongly negative. In other cases, tissue in one area of cancerous tissue may be positive, while tissue in another area of cancer may be negative. Inaccurate IHC test results may mean that a patient diagnosed with cancer has not received the best possible treatment. If all or part of the cancer is positive for a particular target tumor protein but the test results are negative, the doctor will not recommend the correct therapeutic treatment even though the patient may potentially benefit from the drug. If the cancer is negative of the tumor protein target but the test result is classified as positive, the doctor may recommend certain therapeutic treatments even if the patient is unlikely to receive any benefit and is exposed to the secondary risk of the formulation.

따라서, 종양, 특히 위 종양에서 TUBB3 및 TYMP 단백질의 정량적 수준을 정확하게 평가하는 능력에 있어서 임상적으로 큰 가치가 있어서 환자가 가장 최적의 치료를 받을 가장 큰 기회를 갖도록 할 것이다.Thus, it is of great clinical value in the ability to accurately assess the quantitative levels of TUBB3 and TYMP proteins in tumors, particularly in gastric tumors, so that patients have the greatest opportunity to receive the most optimal treatment.

펩타이드의 검출 및 특정 TUBB3 및 TYMP 단편 펩타이드의 정량적 수준의 결정은 SRM/MRM 방법론에 의해 질량 분석기로 결정되며, 이에 의해 각 펩타이드의 SRM/MRM 서명(signature) 크로마토그래피 피크 면적은 액체 조직 용해물(참조: 상기 기재된 바와 같은 미국 특허 제7,473,532호)에 존재하는 복합 펩타이드 혼합물 내에서 결정된다. 이어서, TUBB3 및 TYMP 단백질의 정량적 수준은 SRM/MRM 방법론에 의해 결정되며, 이에 의해 하나의 생물학적 샘플 중 각각의 TUBB3 및 TYMP 단백질로부터 개별적인 특정 펩타이드의 SRM/MRM 서명 크로마토그래피 피크 면적은 각각의 개별적인 특정 TUBB3 및 TYMP 단편 펩타이드에 대한 공지된 양의 "스파이킹된" 내부 표준의 SRM/MRM 서명 크로마토그래피 피크 면적과 비교된다. 하나의 구현예예서, 내부 표준은 동일한 정확한 TUBB3 및 TYMP 단편 펩타이드의 합성 버전이며, 여기서 상기 합성 펩타이드는 하나 이상의 중질 동위원소(heavy isotype)로 표지된 하나 이상의 아미노산 잔기를 함유한다. 이러한 동위원소 표지된 내부 표준은 질량 분석법 분석이 천연 TUBB3 및 TYMP 단편 펩타이드 크로마토그래피 서명 피크와 상이하고 별개이며, 비교기 피크로서 사용될 수 있는 예측가능하고 일관된 SRM/MRM 서명 크로마토그래피 피크를 생성하도록 합성된다. 따라서, 내부 표준이 생물학적 샘플로부터 단백질 또는 펩타이드 제제로 공지된 양으로 스파이킹되고, 질량 분석법에 의해 분석될 경우, 천연 펩타이드의 SRM/MRM 서명 크로마토그래피 피크 면적은 내부 표준 펩타이드의 SRM/MRM 서명 크로마토그래피 피크 면적과 비교되고, 이 수치 비교는 생물학적 샘플로부터의 원래 단백질 제제에 존재하는 천연 펩타이드의 절대 몰 농도 및/또는 절대 중량을 나타낸다. 단편 펩타이드에 대한 정량적 데이터는 샘플당 분석된 단백질의 양에 따라 표시된다.Detection of peptides and determination of quantitative levels of specific TUBB3 and TYMP fragment peptides are determined by mass spectrometry by the SRM / MRM methodology, whereby the SRM / MRM signature chromatography peak area of each peptide is determined by liquid tissue lysate ( Reference: Determined in complex peptide mixtures present in US Pat. No. 7,473,532 as described above. The quantitative level of TUBB3 and TYMP proteins is then determined by the SRM / MRM methodology, whereby the SRM / MRM signature chromatography peak areas of individual specific peptides from each TUBB3 and TYMP protein in one biological sample are determined by each individual specific The SRM / MRM signature chromatography peak areas of known amounts of "spiked" internal standards for TUBB3 and TYMP fragment peptides are compared. In one embodiment, the internal standard is a synthetic version of the same exact TUBB3 and TYMP fragment peptide, wherein the synthetic peptide contains one or more amino acid residues labeled with one or more heavy isotypes. These isotopically labeled internal standards are synthesized so that the mass spectrometry analysis is different from and distinct from the native TUBB3 and TYMP fragment peptide chromatography peaks and produces predictable and consistent SRM / MRM signature chromatography peaks that can be used as comparator peaks. . Thus, if the internal standard is spiked in a known amount from a biological sample into a protein or peptide preparation and analyzed by mass spectrometry, the SRM / MRM signature chromatography peak area of the native peptide is determined by the SRM / MRM signature chromatography of the internal standard peptide. Compared to the graphitic peak area, this numerical comparison indicates the absolute molar concentration and / or absolute weight of the natural peptide present in the original protein preparation from the biological sample. Quantitative data for fragment peptides are displayed according to the amount of protein analyzed per sample.

TUBB3 및 TYMP 단편 펩타이드에 대한 SRM/MRM 검정을 개발하기 위해, 단순히 팹타이드 서열 이외의 추가 정보가 질량 분석기에 의해 사용될 수 있다. 그 추가 정보는 특정 TUBB3 및 TYMP 단편 펩타이드의 정확하고 집중된 분석을 수행하기 위해 질량 분석기(예: 삼중 사중극자 질량 분석기)를 안내하고 지시하는 데 중요하다. SRM/MRM 검정을 수행할 때 중요한 고려사항은 이러한 검정이 삼중 사중극자 질량 분석기에서 효과적으로 수행될 수 있다는 것이다. 그러한 유형의 질량 분석기는 세포 내에 함유된 모든 단백질로부터의 수십만 내지 수백만 개의 개별 펩타이드로 구성될 수 있는 매우 복잡한 단백질 용해물 내에서 단일 단리된 표적 펩타이드를 분석하기 위한 가장 적합한 도구로 간주될 수 있다. 추가 정보는 삼중 사중극자 질량 분석기에 올바른 지시를 제공하여 세포 내에 함유된 모든 단백질로부터의 수십만 내지 수백만 개의 개별 펩타이드로 구성될 수 있는 매우 복잡한 단백질 용해물 내에서 단일 단리된 표적 펩타이드의 분석을 가능하게 한다.To develop SRM / MRM assays for TUBB3 and TYMP fragment peptides, additional information other than simply fabtide sequences can be used by the mass spectrometer. That additional information is important for guiding and directing mass spectrometers (eg, triple quadrupole mass spectrometers) to perform accurate and focused analysis of specific TUBB3 and TYMP fragment peptides. An important consideration when performing an SRM / MRM assay is that this assay can be performed effectively on a triple quadrupole mass spectrometer. This type of mass spectrometer can be considered as the most suitable tool for analyzing single isolated target peptides in highly complex protein lysates, which may consist of hundreds of thousands to millions of individual peptides from all proteins contained in the cell. The additional information provides correct instructions for triple quadrupole mass spectrometry to allow analysis of single isolated target peptides in highly complex protein lysates, which may consist of hundreds of thousands to millions of individual peptides from all proteins contained in the cell. do.

SRM/MRM 검정은 MALDI, 이온 트랩, 이온 트랩/사중극자 하이브리드 또는 삼중 사중극자를 포함하여 임의의 유형의 질량 분석기 상에서 개발되고 수행될 수 있지만, SRM/MRM 검정을 위한 가장 유리한 기기 플랫폼은 종종 삼중 사중극자 기기 플랫폼인 것으로 간주된다. 일반적으로 표적 펩타이드, 특히 특정 TUBB3 및 TYMP 단편 펩타이드에 대한 추가 정보는 각각의 펩타이드의 하나 이상의 모노 동위원소 질량, 이의 전구체 전하 상태, 전구체 m/z 값, m/z 전이 이온, 및 각 전이 이온의 이온 유형을 포함할 수 있다. 특정 TUBB3 및 TYMP 단편 펩타이드의 펩타이드 서열은 표 1에 제시되어 있다.SRM / MRM assays can be developed and performed on any type of mass spectrometer, including MALDI, ion traps, ion traps / quadrupole hybrids or triple quadrupoles, but the most advantageous instrument platform for SRM / MRM assays is often triple It is considered to be a quadrupole device platform. In general, additional information on the target peptides, in particular specific TUBB3 and TYMP fragment peptides, may be provided by one or more monoisotopic masses of each peptide, its precursor charge state, precursor m / z values, m / z transition ions, and It may include the ion type. Peptide sequences of specific TUBB3 and TYMP fragment peptides are shown in Table 1.

서열번호SEQ ID NO: 단백질protein 펩타이드 서열Peptide sequence 서열번호 1SEQ ID NO: 1 TUBB3TUBB3 ISVYYNEASSHKISVYYNEASSHK 서열번호 2SEQ ID NO: 2 TYMPTYMP DGPALSGPQSRDGPALSGPQSR

TUBB3 및 TYMP 정량화에 적절한 참조 수준을 결정하기 위해, 종양 샘플은 암, 예를 들어, 위암을 앓고 있는 환자의 코호트로부터 수득된다. 종양 샘플은 표준 방법을 사용하여 포르말린 고정되고, 샘플 중 TUBB3 및 TYMP의 수준은 상기한 바와 같은 방법을 사용하여 측정된다. 조직 샘플은 또한 당업계에 익히 공지된 방법을 사용하여 IHC 및 FISH를 사용하여 검사할 수 있다. 코호트의 환자는 1) 5-플루오르우라실/폴린산(DeGramont)의 투여를 포함하는 화학요법 전략(치료 1); 또는 2) FOLFIRI 섭생(이리노테칸/5-플루오르우라실/폴린산)의 제1 투여 후 도세탁셀/시스플라틴 조합의 순차적 투여를 포함하는 화학요법 치료 전략(치료 2)의 조합으로 치료된다. 치료 1은 5FU/LV를 포함하는 반면, 치료 2는 FOLFIRI + 도세탁셀/시스플라틴을 포함한다.To determine the appropriate reference level for TUBB3 and TYMP quantification, tumor samples are obtained from a cohort of patients suffering from cancer, eg, gastric cancer. Tumor samples are formalin fixed using standard methods, and levels of TUBB3 and TYMP in the samples are measured using the method as described above. Tissue samples can also be examined using IHC and FISH using methods well known in the art. Patients in the cohort included 1) a chemotherapy strategy (treatment 1) comprising administration of 5-fluorouracil / folic acid (DeGramont); Or 2) a combination of a chemotherapy treatment strategy (treatment 2) comprising sequential administration of the docetaxel / cisplatin combination following the first administration of the FOLFIRI regimen (irinotecan / 5-fluorouracil / folic acid). Treatment 1 comprises 5FU / LV, while Treatment 2 comprises FOLFIRI + docetaxel / cisplatin.

환자 반응은 당업계에 익히 공지된 방법을 사용하여, 예를 들어, 치료 후 시간 간격으로 환자의 전체 생존을 기록함으로써 측정된다. 적합한 참조 수준은 당업계에 익히 공지된 통계적 방법을 사용하여, 예를 들어, 로그 랭크 테스트의 최저 p 값을 결정함으로써 결정될 수 있다. 참조 수준이 결정되면, 그것을 사용하여 TUBB3 및 TYMP 단백질 발현 수준이 치료 섭생 1 또는 치료 섭생 2의 조합으로부터 혜택을 받을 수 있음을 나타내는 환자들을 동정할 수 있다. 당업자는 이리노테칸 + 5-플루오르우라실 + 폴린산을 포함하는 FOLFIRI 섭생이 위암 환자의 일반적인 치료 섭생임을 인식할 것이다. 환자 종양 샘플에서 TUBB3 및 TYMP 단백질의 수준은 전형적으로 amol/㎍으로 표현되지만, 다른 단위가 사용될 수 있다. 당업자는 참조 수준이 중심 값 주위의 범위, 예를 들어, +/- 250, 150, 100, 50 또는 25 amol/㎍으로 표현될 수 있다는 것을 인식할 것이다.Patient response is measured using methods well known in the art, for example, by recording the patient's overall survival at time intervals after treatment. Suitable reference levels can be determined using statistical methods well known in the art, for example, by determining the lowest p value of a log rank test. Once the reference level is determined, it can be used to identify patients who show that TUBB3 and TYMP protein expression levels can benefit from a combination of Treatment regimen 1 or Treatment regimen 2. Those skilled in the art will recognize that a FOLFIRI regimen comprising irinotecan + 5-fluorouracil + folic acid is a common therapeutic regimen for gastric cancer patients. Levels of TUBB3 and TYMP proteins in patient tumor samples are typically expressed in amol / μg, although other units may be used. Those skilled in the art will appreciate that the reference level can be expressed in a range around the central value, eg, +/− 250, 150, 100, 50 or 25 amol / μg.

핵산 및 단백질이 모두 동일한 액체 조직 생체분자 제제로부터 분석될 수 있기 때문에, 단백질이 분석된 동일한 샘플 내 핵산으로부터 질환 진단 및 약물 치료 결정에 대한 추가 정보를 생성할 수 있다. 예를 들어, TUBB3 및 TYMP 단백질이 증가된 수준으로 특정 세포에 의해 발현되는 경우, SRM에 의해 검정될 때, 데이터는 세포 상태 및 조절되지 않는 성장에 대한 잠재력, 최적 요법의 선택 및 잠재적 약물 내성에 대한 정보를 제공할 수 있다. 동시에, 유전자의 상태 및/또는 그들이 코딩하는 핵산 및 단백질(예: mRNA 분자 및 그들의 발현 수준 또는 스플라이스 변이)에 대한 정보는 동일한 액체 조직 생체분자 제제에 존재하는 핵산으로부터 얻을 수 있다. 핵산은 TUBB3 및 TYMP 단백질을 포함하는 단백질의 SRM 분석과 동시에 평가될 수 있다. 하나의 구현예에서, TUBB3 및 TYMP 단백질 및/또는 하나, 둘, 셋, 넷 또는 그 이상의 추가 단백질에 대한 정보는 이들 단백질을 코딩하는 핵산을 검사함으로써 평가될 수 있다. 이들 핵산은, 예를 들어, 단일 염기쌍 다형성, 전이, 전환 또는 이들의 조합을 포함하지만, 이에 제한되지 않는 서열분석 방법, 폴리머라제 연쇄 반응 방법, 제한 단편 다형성 분석, 결실의 동정, 삽입 및/또는 돌연변이의 존재의 결정 중 하나 이상, 둘 이상 또는 셋 이상에 의해 검사될 수 있다.Since both nucleic acids and proteins can be analyzed from the same liquid tissue biomolecule formulation, additional information can be generated for disease diagnosis and drug treatment decisions from nucleic acids in the same sample from which the protein was analyzed. For example, if TUBB3 and TYMP proteins are expressed by certain cells at increased levels, when assayed by SRM, the data may be indicative of cell status and potential for unregulated growth, selection of optimal therapies, and potential drug resistance. Information can be provided. At the same time, information about the status of genes and / or nucleic acids and proteins they encode (eg mRNA molecules and their expression levels or splice variations) can be obtained from nucleic acids present in the same liquid tissue biomolecule formulation. Nucleic acids can be assessed simultaneously with SRM analysis of proteins including TUBB3 and TYMP proteins. In one embodiment, information about TUBB3 and TYMP proteins and / or one, two, three, four or more additional proteins can be assessed by examining nucleic acids encoding these proteins. These nucleic acids include, for example, but not limited to, single base pair polymorphism, transfer, conversion, or combinations thereof, sequencing methods, polymerase chain reaction methods, restriction fragment polymorphism analysis, identification of deletions, insertions, and / or It can be examined by one or more, two or more or three or more of the determination of the presence of a mutation.

실시예Example

TUBB3은 5FU/LV를 포함하는 치료 1 섭생에 대한 일변량 콕스 모델에서 단백질 수준과 OS 사이의 연관성을 결정함으로써 평가되었다. 연속 TUBB3 데이터를 사용하는 분석 이외에, 콕스 비례 모델링 및 게한-블레슬로우-윌콕슨 유의성 테스트를 사용하여 TUBB3 수준에 의해 환자를 이분화하기 위한 컷오프 임계치가 유래되었다. 환자의 절반은 훈련 세트로서 무작위로 선택하여 OS 이벤트 및 코호트의 수(제1 대 제2)의 균형을 맞추었다. 25번째와 75번째 백분위수 사이의 모든 가능한 값은 훈련 세트를 "고" 대 "저" 그룹으로 이분화하기 위한 잠재적 임계치로서 평가되었고, 2진법 TUBB3 변수에 OS의 일련의 일변량 콕스 모델을 적합화한다. 이어서, 훈련 세트에 최고의 콕스 모델 적합도를 제공한 임계치를 테스트 세트에 적용하였고, 콕스 모델 적합도는 이분화된 테스트 사례에서 평가되었다. 절차는 1000회 반복되었고, 1000개의 테스트 세트에 대한 가능도비 검정(likelihood ratio test; LR) p 값은 로짓 방법을 사용하여 조합되었다. 임계치는 적어도 10회 선택되었고, 최저 조합 p 값이 선택되었다. 2진법 TUBB3 그룹에 의해 계층화된 조합 데이터세트의 카플란 마이어 곡선은 시각화를 위해 작제되었다. 상기한 절차를 사용하여, 750amol/㎍의 임계치를 선택하여 환자 집단 분리 가능성을 시험하였다. 연속 변수로서, 두 환자 집단의 약간의 분리가 있었지만, TUBB3 및 OS 사이의 연관성에 대한 경향은 본질적으로 없었고, 치료 결과에 대한 예측 값도 없었고, 여기서 낮은 TUBB3 수준은 더 낫거나 더 나쁜 OS와 관련되지 않았다. 93명의 환자는 ≤ 750amol/㎍의 TUBB3 수준을 나타내고, 29명의 환자는 > 750amol/㎍의 TUBB3 수준을 나타낸다. 이 위암 코호트에 대해 TUBB3 ≤ 750amol/㎍ 및 TUBB3 > 750amol/㎍ 컷오프를 사용하는 카플란 마이어 전체 생존(OS) 곡선은 통계적 유의성을 계산하기 위한 2개의 상이한 방법(멘텔-콕스 테스트 p = 0.4744; 게한-브레슬로우-윌콕슨 테스트 p = 0.2179)을 사용한 이러한 TUBB3 단백질 수준에 기초한 위암 환자(n= 122)의 전체 생존에 대해 통계적으로 유의한 예측 값을 입증하지 않는다. TUBB3 < 750amol/㎍ 그룹의 평균 OS는 1325일인 반면; TUBB3 > 750amol/㎍ 그룹의 평균 OS는 1991일이다. 결과는 도 1에 제시되어 있다.TUBB3 was assessed by determining the association between protein levels and OS in a univariate Cox model for the Treatment 1 regimen containing 5FU / LV. In addition to analyzes using continuous TUBB3 data, a cutoff threshold for dichotomizing patients by TUBB3 levels was derived using Cox proportional modeling and the Gehan-Bleslow-Wilcoxon significance test. Half of the patients were randomly selected as a training set to balance the number of OS events and number of cohorts (first vs. second). All possible values between the 25th and 75th percentiles were evaluated as potential thresholds for dividing the training set into "high" versus "low" groups, fitting a series of univariate Cox models of the OS to binary TUBB3 variables. Make up. The threshold that gave the best Cox model fit to the training set was then applied to the test set, and the Cox model fit was evaluated in the bisected test case. The procedure was repeated 1000 times, and the likelihood ratio test (LR) p values for 1000 test sets were combined using the logit method. The threshold was selected at least 10 times and the lowest combination p value was chosen. Kaplan Meier curves of combinatorial datasets stratified by binary TUBB3 groups were constructed for visualization. Using the procedure described above, a threshold of 750 amol / μg was selected to test the patient population segregation potential. As a continuous variable, there was some separation of the two patient populations, but there was essentially no trend for association between TUBB3 and OS, and no predictive value for treatment outcome, where lower TUBB3 levels were associated with better or worse OS. It wasn't. 93 patients show TUBB3 levels <750 amol / μg and 29 patients show TUBB3 levels> 750 amol / μg. Kaplan Meier overall survival (OS) curves using TUBB3 <750 amol / μg and TUBB3> 750 amol / μg cutoff for this gastric cancer cohort were obtained from two different methods for calculating statistical significance (Mentel-Cox test p = 0.4744; There is no statistically significant predictive value for overall survival of gastric cancer patients (n = 122) based on these TUBB3 protein levels using the Breslow-Wilcoxon test p = 0.2179). The average OS in the TUBB3 <750amol / μg group was 1325 days; The average OS in the TUBB3> 750 amol / μg group is 1991 days. The results are shown in FIG.

TUBB3에 대해 상기 기재된 바와 동일한 분석적 접근법을 사용하여 5FU/LV를 포함하는 치료 섭생 1로 치료된 동일한 환자 집단에서 TYMP와 OS 사이의 연관성을 평가하였다. 상기 기재된 절차에 따라, 1335amol/㎍의 임계치가 선택되었다. 연속 변수로서, TYMP는 OS(콕스 테스트 p = 0.0185; 게한-브레슬로우-윌콕슨 테스트 p = 0.0378)와 약간 유의하게 관련되어 치료 결과에 대한 일부 예측 값을 제공했다. 57명의 환자는 TYMP 수준이 ≤ 1335amol/㎍이었고, 65명의 환자는 TYMP 수준이 > 1335amol/㎍이었다. TYMP 수준이 > 1335amol/㎍인 환자는 TYMP 수준이 ≤ 1335amol/㎍인 환자보다 유의하게 더 우수한 OS를 가졌다. TYMP 수준 = 1335amol/㎍에서 이분화된 조합 코호트의 카플란 마이어 OS 곡선이 제시되어 있다. TYMP ≤ 1335amol/㎍의 평균 OS는 1062일인 반면; TYMP > 1335amol/㎍ 그룹의 평균 OS는 2362일이었다. 이 결과는 도 2에 제시되어 있다.The same analytical approach as described above for TUBB3 was used to assess the association between TYMP and OS in the same patient population treated with Treatment regimen 1 comprising 5FU / LV. In accordance with the procedure described above, a threshold of 1335 amol / μg was selected. As a continuous variable, TYMP was slightly significantly associated with OS (Cox test p = 0.0185; Gehan-Breslow-Wilcoxon test p = 0.0378) to provide some predictive value for treatment outcomes. 57 patients had TYMP levels ≦ 1335 amol / μg and 65 patients had TYMP levels> 1335 amol / μg. Patients with TYMP levels> 1335 amol / μg had significantly better OS than patients with TYMP levels <1335 amol / μg. Kaplan Meier OS curves of the combination cohort bisected at TYMP level = 1335amol / μg are shown. Mean OS of TYMP ≦ 1335 amol / μg was 1062 days; The mean OS of the TYMP> 1335 amol / μg group was 2362 days. This result is shown in FIG. 2.

상기 기재된 바 와 동일한 분석적 접근법을 사용하여 FOLFIRI(이리노테칸/5-플루오르우라실/폴린산)에 이어, 후속적으로 도세탁셀/시스플라틴 조합의 투여를 포함하는 치료 섭생 2로 치료된 위암 환자 집단에서 TUBB3과 OS 사이의 연관성을 평가하였다. 상기 기재된 절차에 따라, 750amol/㎍의 임계치가 선택되었다. 연속 변수로서, TUBB3은 OS(콕스 테스트 p = 0.0382; 게한-브레슬로우-윌콕슨 테스트 p = 0.0329)와 유의하게 관련되었다. 100명의 환자는 TUBB3 수준이 ≤ 750amol/㎍이었고, 25명의 환자는 TUBB3 수준이 > 750amol/㎍이었다. TUBB3 수준이 < 750amol/㎍인 환자는 TUBB3 수준이 > 750amol/㎍인 환자보다 유의하게 더 우수한 OS를 가졌다. TUBB3 수준 = 750amol/㎍에서 이분화된 조합 코호트의 카플란 마이어 OS 곡선이 제시되어 있다. TUBB3 ≤ 750amol/㎍의 평균 OS는 1563일인 반면; TUBB3 > 750amol/㎍ 그룹의 평균 OS는 886일이었다. 이 결과는 도 3에 제시되어 있다.Using the same analytical approach as described above, TUBB3 and OS in a gastric cancer patient population treated with FOLFIRI (irinotecan / 5-fluorouracil / folic acid) followed by dostaxel / cisplatin combination followed by treatment regimen 2 The association between was evaluated. In accordance with the procedure described above, a threshold of 750 amol / μg was selected. As a continuous variable, TUBB3 was significantly associated with OS (Cox test p = 0.0382; Geghan-Breslow-Wilcoxon test p = 0.0329). 100 patients had TUBB3 levels <750 amol / μg and 25 patients had TUBB3 levels> 750 amol / μg. Patients with TUBB3 levels <750 amol / μg had significantly better OS than patients with TUBB3 levels> 750 amol / μg. The Kaplan Meier OS curves of the combination cohort bisected at TUBB3 level = 750amol / μg are shown. The average OS of TUBB3 ≦ 750 amol / μg was 1563 days; The average OS in the TUBB3> 750 amol / μg group was 886 days. This result is shown in FIG. 3.

도 4는 FOLFIRI(이리노테칸/5-플루오르우라실/폴린산)에 이어, 후속적으로 도세탁셀/시스플라틴 조합의 투여를 포함하는 치료 섭생 2로 치료된 위암 환자 집단에서 TYMP와 OS 사이의 연관성을 도시한다. 이전에 유도된 컷오프 1335amol/㎍은 이전 분석과의 비교를 위해 선택되었다. 연속 변수로서, TUBB3은 OS와 유의하게 연관되지 않았다(콕스 테스트 p = 0.420; 게한-브레슬로우-윌콕슨 테스트 p = 0.3448). 69명의 환자는 TYMP 수준이 ≤ 1335amol/㎍이었고, 56명의 환자는 TYMP 수준이 > 1335amol/㎍이었다. TYMP 수준이 > 1335amol/㎍인 환자는 TYMP 수준이 < 1335amol/㎍인 환자들보다 더 큰 OS를 갖지 않았다. TYMP 수준 = 1335amol/㎍에서 이분화된 조합 코호트의 카플란 마이어 OS 곡선이 제시되어 있다. TYMP ≤ 1335amol/㎍의 평균 OS는 1379일인 반면; TYMP > 1335amol/㎍ 그룹의 평균 OS는 1146일이었다.FIG. 4 shows the association between TYMP and OS in a gastric cancer patient population treated with FOLFIRI (irinotecan / 5-fluorouracil / folic acid) followed by dostaxel / cisplatin combination followed by treatment regimen 2. FIG. The previously induced cutoff 1335amol / μg was selected for comparison with the previous assay. As a continuous variable, TUBB3 was not significantly associated with OS (Cox test p = 0.420; Gehan-Breslow-Wilcoxon test p = 0.3448). 69 patients had TYMP levels ≦ 1335 amol / μg and 56 patients had TYMP levels> 1335 amol / μg. Patients with TYMP levels> 1335 amol / μg did not have greater OS than patients with TYMP levels <1335 amol / μg. Kaplan Meier OS curves of the combination cohort bisected at TYMP level = 1335amol / μg are shown. Mean OS of TYMP ≦ 1335 amol / μg was 1379 days; The mean OS of the TYMP> 1335 amol / μg group was 1146 days.

TYMP 발현과 OS의 편향되지 않은 연관성을 유도하기 위해, 상기한 바와 동일한 분석적 접근법을 사용하여 FOLFIRI(이리노테칸/5-플루오르우라실/폴린산)에 이어, 후속적으로 도세탁셀/시스플라틴 조합의 투여를 포함하는 치료 섭생 2로 치료된 위암 환자 집단에서 TYMP와 OS 사이의 연관성을 평가하였다. 상기 기재된 절차에 따라, 2800amol/㎍의 임계치가 선택되었다. 연속 변수로서, TYMP는 OS(콕스 테스트 p = 0.0344; 게한-브레슬로우-윌콕슨 테스트 p = 0.0211)와 유의하게 관련되었다. 94명의 환자는 TYMP 수준이 ≤ 2800amol/㎍이었고, 31명의 환자는 TYMP 수준이 > 2800amol/㎍이었다. TYMP 수준이 > 2800amol/㎍인 환자는 TYMP 수준이 < 2800amol/㎍인 환자보다 유의하게 더 우수한 OS를 가졌다. TYMP 수준 = 2800amol/㎍에서 이분화된 조합 코호트의 카플란 마이어 OS 곡선이 제시되어 있다. TYMP ≤ 2800amol/㎍의 평균 OS는 1146일인 반면; TYMP > 2800amol/㎍ 그룹의 평균 OS는 평균 OS가 이 환자 그룹(> 2800일)에 의해 도달되지 않았기 때문에 할당될 수 없었다. 이들 결과는 도 5에 제시되어 있다.In order to induce an unbiased association of TYMP expression with the OS, the same analytical approach as described above was followed by administration of FOLFIRI (irinotecan / 5-fluorouracil / folic acid) followed by docetaxel / cisplatin combination. The association between TYMP and OS was evaluated in a population of gastric cancer patients treated with Treatment regimen 2. In accordance with the procedure described above, a threshold of 2800 amol / μg was selected. As a continuous variable, TYMP was significantly associated with OS (Cox test p = 0.0344; Gehan-Breslow-Wilcoxon test p = 0.0211). 94 patients had TYMP levels ≦ 2800 amol / μg and 31 patients had TYMP levels> 2800 amol / μg. Patients with TYMP levels> 2800 amol / μg had significantly better OS than patients with TYMP levels <2800 amol / μg. The Kaplan Meier OS curves of the combination cohort bisected at TYMP level = 2800 amol / μg are shown. Mean OS of TYMP ≦ 2800 amol / μg was 1146 days; The mean OS of the TYMP> 2800 amol / μg group could not be assigned because the mean OS was not reached by this patient group (> 2800 days). These results are shown in FIG. 5.

조합 코호트가 선택된 임계치(TUBB3 < 750amol/㎍; TYMP > 1335amol/㎍)에서 TUBB3 및 TYMP의 조합을 사용하여 계층화된 경우, TUBB3 < 750amol/㎍ 및 TYMP > 1335amol/㎍를 갖는 51명의 환자와 TUBB3 > 750amol/㎍ 및 TOP02A < 1335amol/㎍를 갖는 7명의 환자가 존재했다. 카플란 마이어 OS 곡선은 2개의 별개의 TUBB3/TYMP 그룹으로 계층화되었다. 연속 변수로서, TUBB3 < 750amol/㎍ 및 TYMP > 1335amol/㎍를 갖는 환자는 더 큰 OS를 갖지만 통계적으로 유의한 것으로 간주되지 않았다(콕스 테스트 p = 0.0539; 게한-브레슬로우-윌콕슨 테스트 p = 0.0561). TUBB3 < 750amol/㎍ 및 TYMP > 1335amol/㎍ 환자 그룹의 평균 OS는 1566일인 반면; TUBB3 > 750amol/㎍ 및 TYMP < 1335amol/㎍ 환자 그룹의 평균 OS는 464일이었다. 이들 결과는 도 6에 제시되어 있다.When the combination cohort was stratified using a combination of TUBB3 and TYMP at the selected threshold (TUBB3 <750 amol / μg; TYMP> 1335 amol / μg), 51 patients with TUBB3 <750 amol / μg and TYMP> 1335 amol / μg and TUBB3> There were 7 patients with 750 amol / μg and TOP02A <1335 amol / μg. Kaplan Meier OS curves were layered into two separate TUBB3 / TYMP groups. As a continuous variable, patients with TUBB3 <750 amol / μg and TYMP> 1335 amol / μg had larger OS but were not considered statistically significant (Cox test p = 0.0539; Gehan-Breslow-Wilcoxon test p = 0.0561 ). The mean OS of the TUBB3 <750amol / μg and TYMP> 1335amol / μg patient group was 1566 days; The mean OS of the TUBB3> 750 amol / μg and TYMP <1335 amol / μg patient groups was 464 days. These results are shown in FIG. 6.

조합 코호트가 상이한 선택 임계치(TUBB3 < 750amol/㎍; TYMP > 2800amol/㎍)에서 TUBB3 및 TYMP의 조합을 사용하여 계층화된 경우, TUBB3 < 750amol/㎍ 및 TYMP > 2800amol/㎍를 갖는 19명의 환자와 TUBB3 > 750amol/㎍ 및 TYMP < 2800amol/㎍를 갖는 13명의 환자가 존재했다. 카플란 마이어 OS 곡선은 2개의 별개의 TUBB3/TYMP 그룹으로 계층화되었다. 연속 변수로서, TUBB3 < 750amol/㎍ 및 TYMP > 2800amol/㎍를 갖는 환자는 매우 통계적으로 유의한 훨씬 더 큰 OS를 가졌다(콕스 테스트 p = 0.0002; 게한-브레슬로우-윌콕슨 테스트 p = 0.0001). TUBB3 < 750amol/㎍ 및 TYMP > 2800amol/㎍ 환자 그룹의 평균 OS는 평균 OS가 이 환자 그룹(> 2800일)에 의해 도달되지 않았기 때문에 할당될 수 없었지만; TUBB3 > 750amol/㎍ 및 TYMP < 2800amol/㎍ 환자 그룹의 평균 OS는 408일이었다. 이들 결과는 도 7에 제시되어 있다.When the combination cohort was stratified using a combination of TUBB3 and TYMP at different selection thresholds (TUBB3 <750 amol / μg; TYMP> 2800 amol / μg), 19 patients with TUBB3 <750 amol / μg and TYMP> 2800 amol / μg and TUBB3 There were 13 patients with> 750 amol / μg and TYMP <2800 amol / μg. Kaplan Meier OS curves were layered into two separate TUBB3 / TYMP groups. As a continuous variable, patients with TUBB3 <750amol / μg and TYMP> 2800amol / μg had a much larger OS that was very statistically significant (Cox test p = 0.0002; Geghan-Breslow-Wilcoxon test p = 0.0001). The average OS of the TUBB3 <750amol / μg and TYMP> 2800amol / μg patient groups could not be assigned because the average OS was not reached by this patient group (> 2800 days); The mean OS of the TUBB3> 750 amol / μg and TYMP <2800 amol / μg patient groups was 408 days. These results are shown in FIG.

SEQUENCE LISTING <110> Expression Pathology, Inc. <120> Predicting Gastric Cancer Treatment Outcome <130> IPA191539-US <140> PCT/US2018/035788 <141> 2018-06-04 <150> US 62/514,364 <151> 2017-06-02 <160> 2 <170> PatentIn version 3.5 <210> 1 <211> 12 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 1 Ile Ser Val Tyr Tyr Asn Glu Ala Ser Ser His Lys 1 5 10 <210> 2 <211> 11 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 2 Asp Gly Pro Ala Leu Ser Gly Pro Gln Ser Arg 1 5 10                          SEQUENCE LISTING <110> Expression Pathology, Inc.   <120> Predicting Gastric Cancer Treatment Outcome <130> IPA191539-US <140> PCT / US2018 / 035788 <141> 2018-06-04 <150> US 62 / 514,364 <151> 2017-06-02 <160> 2 <170> PatentIn version 3.5 <210> 1 <211> 12 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 1 Ile Ser Val Tyr Tyr Asn Glu Ala Ser Ser His Lys 1 5 10 <210> 2 <211> 11 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 2 Asp Gly Pro Ala Leu Ser Gly Pro Gln Ser Arg 1 5 10

Claims (19)

암을 앓고 있는 환자를 치료하는 방법으로서,
(a) 환자로부터 수득된 종양 조직 샘플로부터 제조된 단백질 소화물(protein digest)에서 특정 TUBB3 단편 펩타이드의 수준을 정량화(quantifying)하고, 특정 TYMP 단편 펩타이드의 수준을 정량화하고, 질량 분석법을 사용하여 선택된 반응 모니터링에 의해 상기 샘플에서 TUBB3 및 TYMP 펩타이드의 수준을 계산하는 단계;
(b) 상기 TUBB3의 단편 펩타이드의 수준을 TUBB3 참조 수준과 비교하고, 상기 TYMP 단편 펩타이드의 수준을 TYMP 참조 수준과 비교하는 단계; 및
(c) TUBB3 단편 펩타이드의 수준이 상기 TUBB3 참조 수준 미만일 때, FOLFIRI 섭생(regimen)(이리노테칸/5-플루오르우라실/폴린산)의 제1 투여에 이어, 화학요법제 도세탁셀과 시스플라틴의 조합의 개별적인 순차적 투여를 포함하는 치료 섭생(FOLFIRI + 도세탁셀/시스플라틴)으로 환자를 치료하는 단계, 또는
(d) TUBB3 단편 펩타이드의 수준이 상기 TUBB3 참조 수준 이상일 때, FOLFIRI 섭생(이리노테칸/5-플루오르우라실/폴린산)의 제1 투여에 이어, 화학요법제 도세탁셀과 시스플라틴의 조합의 개별적인 순차적 투여를 포함하는 치료 전략(FOLFIRI + 도세탁셀/시스플라틴) 이외의 상이한 치료제를 포함하는 상이한 치료 섭생으로 환자를 치료하는 단계, 또는
(e) TYMP 단편 펩타이드의 수준이 상기 TYMP 참조 수준 이상일 때, FOLFIRI 섭생(이리노테칸/5-플루오르우라실/폴린산)의 제1 투여에 이어, 화학요법제 도세탁셀과 시스플라틴의 조합의 개별적인 순차적 투여를 포함하는 치료 섭생(FOLFIRI + 도세탁셀/시스플라틴)으로 환자를 치료하는 단계, 또는
(f) TUBB3 단편 펩타이드의 수준이 상기 TYMP 참조 수준 미만일 때, FOLFIRI 섭생(이리노테칸/5-플루오르우라실/폴린산)의 제1 투여에 이어, 화학요법제 도세탁셀과 시스플라틴의 조합의 개별적인 순차적 투여(FOLFIRI + 도세탁셀/시스플라틴) 이외의 상이한 치료제를 포함하는 상이한 치료 섭생으로 환자를 치료하는 단계를 포함하는, 방법.As a method of treating a patient suffering from cancer,
(a) Quantifying the levels of specific TUBB3 fragment peptides in protein digests prepared from tumor tissue samples obtained from patients, quantifying the levels of specific TYMP fragment peptides, and using mass spectrometry to select selected responses. Calculating the levels of TUBB3 and TYMP peptides in the sample by monitoring;
(b) comparing the level of the fragment peptide of TUBB3 with a TUBB3 reference level and comparing the level of the TYMP fragment peptide with a TYMP reference level; And
(c) individual sequential, following first administration of FOLFIRI regimen (irinotecan / 5-fluorouracil / folic acid), when the level of the TUBB3 fragment peptide is below the TUBB3 reference level, followed by a combination of the chemotherapeutic docetaxel and cisplatin Treating the patient with a treatment regimen (FOLFIRI + docetaxel / cisplatin) comprising administration, or
(d) when the level of the TUBB3 fragment peptide is above the TUBB3 reference level, following the first administration of the FOLFIRI regimen (irinotecan / 5-fluorouracil / folic acid), followed by individual sequential administration of the combination of the chemotherapeutic docetaxel and cisplatin Treating the patient with a different treatment regimen comprising different therapeutic agents other than a treatment strategy (FOLFIRI + docetaxel / cisplatin), or
(e) a first sequential administration of the FOLFIRI regimen (irinotecan / 5-fluorouracil / folic acid) when the level of the TYMP fragment peptide is above the TYMP reference level, followed by individual sequential administration of the combination of the chemotherapeutic docetaxel and cisplatin Treating the patient with a treatment regimen (FOLFIRI + docetaxel / cisplatin), or
(f) Individual sequential administration of the combination of the chemotherapeutic docetaxel and cisplatin following FOLFIRI regimen (irinotecan / 5-fluorouracil / folic acid) when the level of the TUBB3 fragment peptide is below the TYMP reference level (FOLFIRI) + Treating the patient with a different therapeutic regimen comprising different therapeutic agents than docetaxel / cisplatin). 제1항에 있어서, 상기 암이 위암인, 방법.The method of claim 1, wherein the cancer is gastric cancer. 제1항 또는 제2항에 있어서, 상기 단백질 소화물이 프로테아제 소화물을 포함하는, 방법.The method of claim 1 or 2, wherein the protein digest comprises a protease digest. 제3항에 있어서, 상기 단백질 소화물이 트립신 소화물을 포함하는, 방법.The method of claim 3, wherein the protein digest comprises trypsin digest. 제1항 내지 제4항 중 어느 한 항에 있어서, 질량 분석법이 탠덤(tandem) 질량 분석법, 이온 트랩 질량 분석법, 삼중 사중극자 질량 분석법, MALDI-TOF 질량 분석법, MALDI 질량 분석법, 하이브리드 이온 트랩/사중극자 질량 분석법 및/또는 비행 시간 질량 분석법(time of flight mass spectrometry)을 포함하는, 방법.The mass spectrometry of claim 1, wherein the mass spectrometry is a tandem mass spectrometer, an ion trap mass spectrometer, a triple quadrupole mass spectrometer, a MALDI-TOF mass spectrometer, a MALDI mass spectrometer, a hybrid ion trap / quadrant. Method comprising maximal mass spectrometry and / or time of flight mass spectrometry. 제5항에 있어서, 사용된 질량 분석법 모드가 선택 반응 모니터링(SRM), 다중 반응 모니터링(MRM), 병렬 반응 모니터링(PRM), 지능형 선택 반응 모니터링(iSRM) 및/또는 다중 선택 반응 모니터링(mSRM)인, 방법.The method of claim 5, wherein the mass spectrometry mode used is selected response monitoring (SRM), multiple response monitoring (MRM), parallel reaction monitoring (PRM), intelligent selective reaction monitoring (iSRM) and / or multiple selection reaction monitoring (mSRM). That's how. 제1항 내지 제6항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 특정 TUBB3 펩타이드가 서열번호 1로서 제시된 아미노산 서열을 갖는, 방법.7. The method of claim 1, wherein the specific TUBB3 peptide has an amino acid sequence set forth as SEQ ID NO: 1. 8. 제1항 내지 제7항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 특정 TYMP 펩타이드가 서열번호 2로서 제시된 아미노산 서열을 갖는, 방법.8. The method of claim 1, wherein the specific TYMP peptide has an amino acid sequence set forth as SEQ ID NO: 2. 9. 제1항 내지 제8항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 종양 샘플이 세포, 세포의 수집 또는 고형 조직인, 방법.9. The method of claim 1, wherein the tumor sample is a cell, a collection of cells, or a solid tissue. 제9항에 있어서, 상기 종양 샘플이 포르말린 고정된 고형 조직인, 방법.The method of claim 9, wherein the tumor sample is formalin fixed solid tissue. 제10항에 있어서, 상기 조직이 파라핀 포매된 조직(paraffin embedded tissue)인, 방법.The method of claim 10, wherein the tissue is paraffin embedded tissue. 제1항 내지 제11항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 특정 TUBB3 단편 펩타이드를 정량화하는 단계가 공지된 양의 스파이킹된 내부 표준 펩타이드(spiked internal standard peptide)와 비교함으로써 상기 샘플에서 TUBB3 펩타이드의 양을 결정하는 단계를 포함하고, 여기서 상기 생물학적 샘플 중 천연 펩타이드 및 상기 내부 표준 펩타이드가 모두 서열번호 1에 제시된 바와 같은 TUBB3 단편 펩타이드의 동일한 아미노산 서열에 상응하는, 방법. The amount of TUBB3 peptide in the sample of claim 1, wherein quantifying the specific TUBB3 fragment peptide is compared to a known amount of spiked internal standard peptide. And determining that both the natural peptide and the internal standard peptide in the biological sample correspond to the same amino acid sequence of the TUBB3 fragment peptide as set forth in SEQ ID NO: 1. 제1항 내지 제12항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 특정 TYMP 단편 펩타이드를 정량화하는 단계가 공지된 양의 스파이킹된 내부 표준 펩타이드와 비교함으로써 상기 샘플에서 TYMP 펩타이드의 양을 결정하는 단계를 포함하고, 여기서 상기 생물학적 샘플 중 천연 펩타이드 및 상기 내부 표준 펩타이드가 모두 서열번호 2에 제시된 바와 같은 TYMP 단편 펩타이드의 동일한 아미노산 서열에 상응하는, 방법. The method of claim 1, wherein quantifying the particular TYMP fragment peptide comprises determining the amount of TYMP peptide in the sample by comparing it with a known amount of spiked internal standard peptide. And wherein both the natural peptide and the internal standard peptide in the biological sample correspond to the same amino acid sequence of the TYMP fragment peptide as set forth in SEQ ID NO: 2. 제1항 내지 제13항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 내부 표준 펩타이드가 동위원소 표지된 펩타이드인, 방법.The method according to any one of claims 1 to 13, wherein the internal standard peptide is an isotopically labeled peptide. 제1항 내지 제14항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 동위원소 표지된 내부 표준 펩타이드가 180,　170,　15N,　13C,　2H 또는 이들의 조합으로부터 선택된 하나 이상의 중질의 안정한 동위원소(heavy stable isotope)를 포함하는, 방법.The method of claim 1, wherein the isotopically labeled internal standard peptide is one or more heavy stable isotopes selected from 18 0, 17 0, 15 N, 13 C, 2 H, or a combination thereof. method, including (heavy stable isotope). 제1항에 있어서, 상기 TUBB3 펩타이드 단편의 특정 수준이 분석된 약 750 amol/㎍ 단백질인, 방법.The method of claim 1, wherein the particular level of the TUBB3 peptide fragment is about 750 amol / μg protein analyzed. 제1항에 있어서, 상기 TYMP 펩타이드 단편의 특정 수준이 분석된 약 2800 amol/㎍ 단백질인, 방법.The method of claim 1, wherein the specific level of the TYMP peptide fragment is about 2800 amol / μg protein analyzed. 제12항에 있어서, 상기 특정 TUBB3 단편 펩타이드를 검출하고 정량화하는 단계가 다중 포맷으로 다른 단백질로부터의 다른 펩타이드를 검출하고 정량화하는 단계와 조합되어 치료에 사용된 제제에 대한 치료 결정이 생물학적 샘플에서 다른 펩타이드/단백질과 함께 특정 TUBB3 단편 펩타이드의 특정 수준에 기초하도록 하는, 방법.13. The method of claim 12, wherein detecting and quantifying the specific TUBB3 fragment peptide is combined with detecting and quantifying another peptide from another protein in multiple formats to determine a therapeutic decision for the agent used for treatment in a biological sample. In combination with a peptide / protein, based on a particular level of a particular TUBB3 fragment peptide. 제13항에 있어서, 상기 특정 TYMP 단편 펩타이드를 검출하고 정량화하는 단계가 다중으로 다른 단백질로부터의 다른 펩타이드를 검출하고 정량화하는 단계와 조합되어 치료에 사용된 제제에 대한 치료 결정이 생물학적 샘플에서 다른 펩타이드/단백질과 함께 특정 TYMP 단편 펩타이드의 특정 수준에 기초하도록 하는, 방법.The method of claim 13, wherein the detecting and quantifying the specific TYMP fragment peptide is combined with detecting and quantifying another peptide from another protein in multiple combinations to determine a therapeutic decision for the agent used for treatment in another peptide in the biological sample. / Based on a particular level of a particular TYMP fragment peptide in combination with the protein.
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