KR20190020674A - Process for preparing phosphorodiamidate morpholino oligomer - Google Patents
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Abstract
본원에서는 올리고머 (예를 들어, 모르폴리노 올리고머)의 제조 방법이 제공된다. 본원에 기재된 합성 방법은 합성된 올리고머의 전체 수율 및 순도를 유지하면서도 올리고머합성을 확장시키는데 유리할 수 있다.Methods for making oligomers (e.g., morpholino oligomers) are provided herein. The synthetic methods described herein may be advantageous in extending the oligomer synthesis while maintaining the overall yield and purity of the synthesized oligomers.
Description
관련 출원Related application
본 특허 출원은 미국 특허 가출원 일련 번호 62/508,256(2017년 5월 18일 출원), 미국 특허 가출원 일련 번호 62/341,049(2016년 5월 24일 출원), 미국 특허 가출원 일련 번호 62/340,953(2016년 5월 24일 출원), 미국 특허 가출원 일련 번호 62/357,134(2016년 6월 30일 출원), 및 미국 특허 가출원 일련 번호 62/357,153(2016년 6월 30일 출원)의 이점을 주장한다. 상기-언급된 특허 가출원의 전체 내용은 본 명세서에 참고로 편입되어 있다. This patent application is a continuation-in-part of U.S. Provisional Patent Application Serial No. 62 / 508,256 (filed May 18, 2017), U.S. Provisional Patent Application Serial No. 62 / 341,049 (filed May 24, 2016), U.S. Provisional Patent Application Serial No. 62 / 340,953 U.S. Provisional Patent Application Serial No. 62 / 357,134 (filed on June 30, 2016), and U.S. Provisional Patent Serial No. 62 / 357,153 (filed on June 30, 2016). The entire contents of the above-mentioned patent applications are incorporated herein by reference.
안티센스 기술은 대안적인 스플라이스 생성물을 포함하는 하나 이상의 특정 유전자 생성물의 발현을 조절하기 위한 수단을 제공하고, 이는 다수의 치료, 진단 및 연구 적용분야에 있어서 특유적으로 유용하다. 안티센스 기술을 뒷받침하는 원리는 안티센스 화합물, 예를 들어, 표적 핵산을 하이브리드화하는 올리고뉴클레오타이드가 다수의 안티센스 메커니즘 중 임의의 하나를 통한 유전자 발현 활성 예컨대 전사, 스플라이싱 또는 번역을 조절한다는 것이다. 안티센스 화합물의 서열 특이성은 표적 검증 및 유전자 작용화에 대한 도구뿐만 아니라 질환에 관여된 유전자의 발현을 선택적으로 조절하는 치료제로서 이들을 유용하게 만든다.Antisense technology provides a means for modulating the expression of one or more particular gene products, including alternative splice products, which is particularly useful in a multitude of therapeutic, diagnostic, and research applications. The principle underlying the antisense technology is that an antisense compound, e.g., an oligonucleotide that hybridizes to a target nucleic acid, modulates gene expression activity, such as transcription, splicing, or translation, through any one of a number of antisense mechanisms. The sequence specificity of antisense compounds makes them useful as a therapeutic agent for selectively controlling the expression of genes involved in disease as well as a tool for target validation and gene functionalization.
뒤센 근육 이상증 (duchenne muscular dystrophy, DMD)은 단백질 디스트로핀의 발현에서의 결함으로 야기된다. 상기 단백질을 인코딩한 유전자는 DNA의 2 백만개 초과의 뉴클레오타이드 상에 퍼져 있는 79 엑손을 포함한다. 엑손의 해독틀을 변화시키거나 또는 정지 코돈을 주입하거나, 또는 전체 아웃오브프레임 엑손 또는 엑손들의 제거, 또는 하나 이상의 엑손들의 복제를 특징으로 하는 임의의 엑손 돌연변이는 기능적 디스트로핀의 생산을 방해하는 능력을 가지고, 이는 DMD를 야기한다.Duchenne muscular dystrophy (DMD) is caused by defects in the expression of protein dystrophin. The gene encoding the protein comprises a 79 exon that is spread over more than 2 million nucleotides of DNA. Any exon mutation that is characterized by altering the frame of expression of the exon, or injecting a stop codon, or the elimination of the entire out-of-frame exon or exon, or the replication of one or more exons, has the ability to interfere with the production of functional dystrophin , Which causes DMD.
DMD의 치료를 위한 스플라이스 스위칭 올리고뉴클레오타이드 (SSO)의 안전성 및 효능을 시험하는 최근 임상시험은 스플라이오솜의 입체적 차단에 의해 미성숙-mRNA의 대안적인 스플라이싱을 유도하는 SSO 기술에 기초한다 (문헌 [Cirak et al., 2011; Goemans et al., 2011; Kinali et al., 2009; van Deutekom et al., 2007]). 그러나 이러한 성공에도 불구하고, DMD를 치료하기 위해 이용가능한 약리적 선택사항은 제한된다. Recent clinical trials testing the safety and efficacy of splice-switching oligonucleotides (SSO) for the treatment of DMD are based on SSO technology, which leads to alternative splicing of immature-mRNA by steric hindrance of spliceosomes ( Document [Cirak et al, 2011;. Goemans et al, 2011;. Kinali et al, 2009;.. van Deutekom et al, 2007]). However, despite this success, the available pharmacological options for treating DMD are limited.
카시머센은 엑손 45을 스킵핑하게 하여 해독틀을 복원하여, 디스트로핀 단백질의 기능성의 짧은 형태를 생성하는 DMD를 가진 환자에서의 인간 디스트로핀 유전자의 스킵 엑손 45에 대해 설계된 포스포로디아미데이트 모르폴리노 올리고머 (PMO)이다. Kashimersen reconstructs the detoxification frame by skipping the exon 45 to generate a short form of the dystrophin protein, a phosphorodiamidate morpholino designed for the skipped exon 45 of the human dystrophin gene in patients with DMD Oligomer (PMO).
안티센스 기술의 기술분야에서 상당한 진전이 이루어졌지만, 개선된 안티센스 또는 안티젠 성능을 갖는 포스포로디아미데이트 모르폴리노 올리고머를 제조하기 위한 방법에 대한 본 기술분야의 필요성이 존재한다.While considerable progress has been made in the art of antisense technology, there is a need in the art for a method for preparing phosphorodiamidate morpholino oligomers with improved antisense or antisense performance.
요약summary
본원에 포스포로디아미데이트 모르폴리노 올리고머 (PMO)의 제조를 위한 방법이 제공된다. 본원에 기재된 합성 방법은 합성된 PMO의 전체 수율 및 순도를 유지하면서 확장된 PMO 합성을 가능하게 한다.Methods are provided herein for the preparation of phosphorodiamidate morpholino oligomers (PMO). The synthetic methods described herein enable extended PMO synthesis while maintaining the overall yield and purity of the synthesized PMO.
따라서, 일 양태에서, 하기 화학식 (A)의 올리고머성 화합물의 제조 방법이 제공된다:Thus, in one aspect, there is provided a process for preparing an oligomeric compound of formula (A)
특정 구현예에서, 화학식 (C)의 올리고머성 화합물의 제조 방법이 제공된다:In certain embodiments, there is provided a process for preparing an oligomeric compound of formula (C)
또 다른 구현예에서, 예를 들어 화학식 (C)의 올리고머성 화합물의 일부 구현예를 포함하는 본 개시내용의 올리고머성 화합물은 하기 화학식 (XII)의 올리고머성 화합물이다:In another embodiment, the oligomeric compounds of the present disclosure, including, for example, some embodiments of oligomeric compounds of formula (C), are oligomeric compounds of formula (XII)
명백하게 하기 위해, 예를 들어 화학식 (C)의 올리고머성 화합물 및 화학식 (XII)로 도시되는 카시머센을 포함하는 구조식은 5'으로부터 3'까지의 연속 구조식이고, 상기 구조식의 조밀한 형태로 전체 화학식을 도시하는 것의 편의성을 위해, 본 출원인은 "중단 A", 및 "중단 B"로 표지된 다양한 도식 중단표식을 포함시켰다. 숙련가에 의해 이해될 수 있는 바와 같이, 예를 들어, "중단 A"의 각각의 표시는 이 지점에서의 구조식의 도식의 연속을 나타낸다. 숙련가는 상기의 것이 카시머센을 포함하는 상기 구조식에서의 "중단 B"의 각 경우에 적용됨을 이해할 수 있다. 그러나, 도식 중단표식 중 어느 것도 숙련가가 카시머센을 포함하는 상기 구조식의 실제 중단을 의미하는 것을 이해하도록 의도되는 것은 아니다.For the sake of clarity, for example, an oligomeric compound of the formula (C) and a kashimerchen represented by the formula (XII) is a 5 'to 3' continuous structure, , Applicants have included various schematic stop signs labeled " Stop A ", and " Stop B ". As can be appreciated by the skilled person, for example, each designation of " stop A " represents a sequence of schematic diagrams of the structural formula at this point. It will be appreciated by those skilled in the art that the above applies to each case of " break B " in the above formula including kashimercen. However, none of the schematic break markings is intended to be understood by the skilled artisan to mean an actual break of the above formula including kashimansen.
도 1 및 도 2는 합성되고 탈보호된 카시머센 (AVI-4045) 미정제 약물 물질 대표적인 분석적 고성능 액체 크로마토그래피 (HPLC) 크로마토그램을 보여준다 (실시예 4 참조).
도 3 및 도 4는 정제된 카시머센 약물 물질 용액의 대표적인 분석적 HPLC 크로마토그램을 보여준다 (실시예 5 참조).
도 5 및 도 6은 탈염되고 동결건조된 카시머센 약물 물질의 대표적인 분석적 HPLC 크로마토그램을 보여준다 (실시예 5 참조). Figures 1 and 2 show representative analytical high performance liquid chromatograph (HPLC) chromatograms of synthetic and deprotected kashimerchen (AVI-4045) crude drug substance (see Example 4).
Figures 3 and 4 show representative analytical HPLC chromatograms of a purified kashimersen drug substance solution (see Example 5).
Figures 5 and 6 show representative analytical HPLC chromatograms of desalted and lyophilized kashimerchen drug substance (see Example 5).
본원에서는 모르폴리노 올리고머의 제조 방법이 제공된다. 본원에 기재된 모르폴리노 올리고머는 원상태 또는 비변형된 올리고뉴클레오타이드에 비하여 서열 특이성을 저하시키기 않고 DNA 및 RNA에 대한 더 강한 친화성을 나타낸다. 일부 구현예에서, 본 개시내용의 모르폴리노 올리고머는 RNase H에 의한 절단을 최소화하거나 또는 방지한다. 일부 구현예에서, 본 개시내용의 모르폴리노 올리고머는 RNase H를 활성화시키지 않는다.Methods for making the morpholino oligomers are provided herein. The morpholino oligomers described herein exhibit stronger affinity for DNA and RNA without degrading sequence specificity compared to native or unmodified oligonucleotides. In some embodiments, the morpholino oligomers of this disclosure minimize or prevent cleavage by RNase H. In some embodiments, the morpholino oligomers of this disclosure do not activate RNase H.
본원에 기재된 공정은 산업적 규모 공정에서 유리하고, 높은 수율 및 규모 (예를 들어, 약 1 kg, 약 1-10 kg, 약 2-10 kg, 약 5-20 kg, 약 10-20 kg, 또는 약 10-50 kg)로 많은 모르폴리노 올리고머를 제조하기 위해 적용될 수 있다.The processes described herein are advantageous in industrial scale processes and can be used in high yield and scale (e.g., about 1 kg, about 1-10 kg, about 2-10 kg, about 5-20 kg, about 10-20 kg, or About 10-50 kg). ≪ / RTI >
정의Justice
본 개시내용을 기술하기 위해 사용되는 다양한 용어의 정의는 하기에 열거되어 있다. 이러한 정의는 특정 경우에서 달리 제한되지 않는 한, 개별적으로 또는 더 큰 그룹의 일부로서 이들이 본 명세서 및 청구항에 걸처 사용되는 용어에 적용된다.Definitions of the various terms used to describe the disclosure are set forth below. This definition applies to terms used individually and in greater amounts throughout the description and claims, unless otherwise limited in a particular case.
"염기-보호된" 또는 "염기 보호"는 단계적인 올리고머 합성 과정에서의 염기쌍 기의 반응 또는 간섭을 방지하는데 적합한 보호기를 갖는 모르폴리노 서브유닛 상에서의 염기-쌍기, 에그퓨린 또는 피리미딘 염기의 보호를 지칭한다. (염기-보호된 모르폴리노 서브유닛의 일 예는 하기 도시된 시토신 아미노기 상에 CBZ 보호기를 갖는 활성화된 C 서브유닛 화합물 (C)이다).The term " base-protected " or " base protection " refers to the presence of a base-pairing on the morpholino subunit with a protecting group suitable for preventing the reaction or interference of the base pairing during the stepwise oligomer synthesis, Protection. (One example of a base-protected morpholino subunit is the activated C subunit compound (C) having a CBZ protecting group on the cytosine amino group shown below).
"활성화된 포스포르아미데이트기"는 전형적으로 올리고머에서의 최종적인 포스포로디아미데이트 연결에서 바람직한 질소에서의 치환을 갖는 클로로포스포르아미데이트기이다. 일 예는 (디메틸아미노)클로로포스포르아미데이트, 즉 -O-P(=O)(NMe2)Cl이다.An " activated phosphoramidate group " is typically a chlorophosphoramidate group with substitution at the desired nitrogen in the final phosphorodiamidate linkage in the oligomer. An example is (dimethylamino) chlorophosphoramidate, -O-P (= O) (NMe2) Cl.
용어 "지지체-결합된"은 지지체-매체에 공유 결합되는 화학물질 객체를 지칭한다.The term " support-bound " refers to a chemical entity that is covalently bound to a support-medium.
용어 "지지체-매체"는 예를 들어, 올리고머가 그 위에 부착되거나 또는 합성될 수 있거나, 또는 올리고머의 부착 또는 합성을 위해 개질될 수 있는 임의의 입자, 비드, 또는 표면을 포함하는 임의의 물질을 지칭한다. 대표적인 기재는 비제한적으로 무기 지지체 및 유기 지지체 예컨대 유리 및 개질된 또는 작용화된 유리, 플라스틱 (아크릴, 폴리스티렌 및 스티렌 및 다른 물질, 폴리프로필렌, 폴리에틸렌, 폴리부틸렌, 폴리우레탄, TEFLON 등의 코폴리머), 다당류, 나일론 또는 니트로셀룰로스, 세라믹, 수지, 실리카 또는 실리카계 물질 (실리콘 및 개질된 실리콘 포함), 탄소, 금속, 무기 유리, 플라스틱, 광섬유 다발, 및 다수의 다른 폴리머를 포함한다. 일부 구현예의 경우에서 특히 유용한 지지체-매체 및 단단한 표면은 유동 전지 장치 내에 배치된다. 본원에 기재된 방법의 일부 구현예에서, 지지체-매체는 1% 가교결합된 디비닐벤젠을 갖는 폴리스티렌을 포함한다.The term " support-medium " refers to any material, including, for example, any particle, bead, or surface that can be modified or modified for attachment or synthesis of an oligomer, Quot; Representative substrates include, but are not limited to, inorganic and organic supports such as glass and modified or functionalized glass, plastic (such as acrylic, polystyrene and styrene and other materials, polypropylene, polyethylene, polybutylene, polyurethane, copolymers such as TEFLON ), Polysaccharides, nylon or nitrocellulose, ceramics, resins, silica or silica-based materials (including silicon and modified silicon), carbon, metals, inorganic glass, plastics, fiber bundles, and many other polymers. In some embodiments, particularly useful support-media and rigid surfaces are disposed within the flow cell device. In some embodiments of the methods described herein, the support-medium comprises polystyrene with 1% crosslinked divinylbenzene.
일부 구현예에서, 대표적인 지지체-매체는 올리고머의 부착 또는 합성을 위한 적어도 하나의 반응성 부위를 포함한다. 예를 들어, 일부 구현예에서, 본 개시내용의 지지체-매체는 유입된 서브유닛 및 올리고머를 부착하거나 또는 합성하기 위한 다른 활성화된 기와의 화학 결합을 형성할 수 있는 하나 이상의 말단 아미노 또는 하이드록실기를 포함한다. In some embodiments, the exemplary support-medium comprises at least one reactive site for attachment or synthesis of an oligomer. For example, in some embodiments, the support-medium of the present disclosure comprises at least one terminal amino or hydroxyl group capable of forming a chemical bond with an activated subunit and other activated groups for attaching or synthesizing an oligomer .
본원에 기재된 공정에 적합한 일부 대표적인 지지체-매체는 비제한적으로 하기를 포함한다: 조절된 공극 유리; 옥살릴-조절된 기공 유리 (예를 들어 문헌 [Alul, et al., Nucleic Acids Research 1991, 19, 1527] 참조); 예컨대 트리클로로-[3-(4-클로로메틸)페닐]프로필실란과 다공성 유리 비드의 반응에 의해 형성된 다공성 유리 비드 및 실리카겔 (문헌 [Parr and Grohmann, Angew. Chem. Internatl. Ed. 1972, 11, 314, 미국 메사추세츠주 프레이밍햄 소재의 Waters Associates에 의해 상표명 "PORASILE" 하에 시판됨] 참조); 1,4-디하이드록시메틸벤젠 및 실리카의 모노 에스테르 (문헌 [Bayer and Jung, Tetrahedron Lett., 1970, 4503, Waters Associates에 의해 상표명 "BIOPAK" 하에 시판됨] 참조); TENTAGEL (예를 들어, 문헌 [Wright, et al., Tetrahedron Lett. 1993, 34, 3373] 참조); 가교결합된 스티렌/디비닐벤젠 코폴리머 비딩된 매트릭스, 또는 POROS, 폴리스티렌/디비닐벤젠의 코폴리머 (Perseptive Biosystems로부터 이용가능함); 가용성 지지체-매체 예컨대 폴리에틸렌 글리콜 PEG (문헌 [Bonora et al., Organic Process Research & Development, 2000, 4, 225-231] 참조); 펜던트 장쇄 폴리스티렌 (PS) 그라프트를 갖는 폴리에틸렌 (PE) 필름인 PEPS 지지체 (문헌 [Berg, et al., J. Am. Chem. Soc.,1989, 111, 8024] 및 국제특허출원 WO 1990/02749 참조); 공지된 양의 N-tert부톡시카보닐-베타-알라닐-N'-아크릴로일헥사메틸렌디아민을 포함하는 N,N'-비스아크릴로일에틸렌디아민과 가교결합된 디메틸아크릴아미드의 코폴리머 (문헌 [Atherton, et al., J. Am. Chem. Soc., 1975, 97, 6584, Bioorg. Chem. 1979, 8, 351, and J. C. S. Perkin I 538 (1981)] 참조); 소수성 가교결합된 스티렌 폴리머로 코팅된 유리 입자 (문헌 [Scott, et al., J. Chrom. Sci., 1971, 9, 577] 참조); 그 위에 폴리스티렌이 그라프팅된 플루오르화된 에틸렌 폴리머 (문헌 [Kent and Merrifield, Israel J. Chem. 1978, 17, 243] 및 문헌 [van Rietschoten in Peptides 1974, Y. Wolman, Ed., Wiley and Sons, New York, 1975, pp. 113-116] 참조); 하이드록시프로필아크릴레이트-코팅된 폴리프로필렌막 (문헌 [Daniels, et al., Tetrahedron Lett.1989, 4345] 참조); 아크릴산-그라프팅된 폴리에틸렌-로드 (문헌 [Geysen, et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1984, 81, 3998]); 종래에-사용된 폴리머 비드를 포함한 "티 백" (문헌 [Houghten, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1985, 82, 5131]); 및 이들의 조합을 포함한다.Some exemplary support-media suitable for the processes described herein include, but are not limited to: controlled void glass; Oxalyl-regulated pore glass (see, for example, Alul, et al., Nucleic Acids Research 1991, 19, 1527); Porous glass beads and silica gels formed by reaction of, for example, trichloro- [3- (4-chloromethyl) phenyl] propylsilane with porous glass beads and silica gels (Parr and Grohmann, Angew. Chem. Internatl . 314, < / RTI > under the trade designation " PORASILE " by Waters Associates, Framingham, Mass.); 1,4-dihydroxymethylbenzene and a monoester of silica (see Bayer and Jung, Tetrahedron Lett., 1970, 4503, marketed under the trade designation "BIOPAK" by Waters Associates); TENTAGEL (see, for example, Wright, et al., Tetrahedron Lett. 1993, 34, 3373); A crosslinked styrene / divinylbenzene copolymer beaded matrix, or a copolymer of POROS, polystyrene / divinylbenzene (available from Perseptive Biosystems); Soluble support-media such as polyethylene glycol PEG (see Bonora et al., Organic Process Research & Development, 2000, 4, 225-231); PEPS support (Berg, et al., J. Am. Chem. Soc., 1989, 111, 8024), which is a polyethylene (PE) film with pendant long chain polystyrene (PS) grafts and International Patent Application WO 1990/02749 Reference); A copolymer of dimethylacrylamide crosslinked with N, N'-bisacryloylethylenediamine containing a known amount of N-tert-butoxycarbonyl-beta-alanyl-N'-acryloylhexamethylenediamine (See Atherton, et al., J. Am. Chem. Soc., 1975, 97, 6584, Bioorg. Chem., 1979, 8, 351, and JCS Perkin I 538 (1981)); Glass particles coated with a hydrophobic cross-linked styrene polymer (see Scott, et al., J. Chrom. Sci., 1971, 9, 577); On top of this, a polystyrene-grafted fluorinated ethylene polymer (Kent and Merrifield, Israel J. Chem. 1978, 17, 243) and van Rietschoten in Peptides 1974, Y. Wolman, Ed., Wiley and Sons, New York, 1975, pp. 113-116); Hydroxypropyl acrylate-coated polypropylene films (see Daniels, et al., Tetrahedron Lett. 1989, 4345); Acrylic acid-grafted polyethylene rods (Geysen, et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1984, 81, 3998); "Teabags" (Houghten, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1985, 82, 5131) containing conventionally used polymer beads; And combinations thereof.
용어 "유동 셀 장치"는 하나 이상의 유체 시약 (예를 들어, 액체 또는 가스)이 이를 통해 유동할 수 있는 표면 (예를 들어, 단단한 표면)을 포함하는 챔버를 지칭한다.The term " flow cell device " refers to a chamber that includes a surface (e.g., a rigid surface) through which one or more fluid reagents (e.g., liquid or gas) may flow.
용어 "탈블로킹제"는 보호기를 제거하기 위한 화학적 산 또는 화학적 산의 조합을 포함하는 조성물 (예를 들어, 용액)을 지칭한다. 탈블로킹제에서 사용되는 예시적인 화학적 산은 할로겐화된 산, 예를 들어, 클로로아세트산, 디클로로아세트산, 트리클로로아세트산, 플루오로 아세트산, 디플루오로아세트산, 및 트리플루오로아세트산을 포함한다. 일부 구현예에서, 탈블로킹제는 예를 들어, 올리고머, 지지체-결합된 올리고머, 지지체-결합된 서브유닛, 또는 다른 보호된 질소 또는 산소 모이어티로부터 하나 이상의 트리틸기를 제거한다.The term " deblocking agent " refers to a composition (e.g., a solution) comprising a chemical acid or a combination of chemical acids to remove the protecting group. Exemplary chemical acids used in deblocking agents include halogenated acids such as chloroacetic acid, dichloroacetic acid, trichloroacetic acid, fluoroacetic acid, difluoroacetic acid, and trifluoroacetic acid. In some embodiments, the deblocking agent removes at least one trityl group from, for example, an oligomer, a support-bound oligomer, a support-coupled subunit, or other protected nitrogen or oxygen moiety.
용어 "할로겐" 및 "할로"는 불소, 염소, 브롬, 및 요오드로 이루어진 군으로부터 선택된 원자를 지칭한다.The terms " halogen " and " halo " refer to an atom selected from the group consisting of fluorine, chlorine, bromine, and iodine.
용어 "캡핑제"는 예를 들어, 유입되는 서브유닛 또는 다른 활성화된 기와의 화학 결합을 형성하는 지지체-매체의 반응성 부위를 차단하는데 유용하는 산 무수물 (예를 들어, 벤조산 무수물, 아세트산 무수물, 페녹시아세트산 무수물, 및 기타 동종의 것)을 포함하는 조성물 (예를 들어, 용액)을 지칭한다.The term " capping agent " refers to, for example, a support that forms a chemical bond with an incoming subunit or other activated group, an acid anhydride (e. G., Benzoic anhydride, acetic anhydride, (E. G., A solution) comprising a compound of the formula
용어 "절단제 (cleavage agent)"는 예를 들어, 지지체-매체로부터 지지체-결합된 올리고머를 분리하는데 유용한 화학적 염기 (예를 들어, 암모니아 또는 1,8-디아자바이사이클로운덱-7-엔) 또는 화학적 염기의 조합을 포함하는 조성물 (예를 들어, 액체 용액 또는 기체성 혼합물)을 지칭한다. The term " cleavage agent " includes, for example, a chemical base (e.g., ammonia or 1,8-diazabicylcyclodec-7-ene) useful for separating support-bound oligomers from a support- (E. G., A liquid solution or a gaseous mixture) comprising a combination of two or more chemical bases.
용어 "탈보호제"는 보호기를 제거하는데 유용한 화학적 염기 (예를 들어, 암모니아, 1,8-디아자바이사이클로운덱-7-엔 또는 탄산칼륨) 또는 화학적 염기의 조합을 포함하는 조성물 (예를 들어, 액체 용액 또는 기체성 혼합물)을 지칭한다. 예를 들어, 일부 구현예에서, 탈보호제는 예를 들어, 모르폴리노 서브유닛, 모르폴리노 올리고머의 모르폴리노 서브유닛, 또는 이의 지지체-결합된 형태로부터 염기 보호기를 제거할 수 있다. The term " deprotecting agent " refers to a composition comprising a chemical base useful for removing the protecting group (e.g., ammonia, 1,8-diazabicyclooldodec-7-ene or potassium carbonate) or a combination of chemical bases , Liquid solution or gaseous mixture). For example, in some embodiments, the deprotecting agent can remove base protecting groups from, for example, a morpholino subunit, a morpholino subunit of a morpholino oligomer, or a support-bound form thereof.
용어 "용매"는 용질에 용해된 용액의 용액 또는 혼합물의 일 성분을 지칭한다. 용매는 무기성 또는 유기성 (예를 들어, 아세트산, 아세톤, 아세토니트릴, 아세틸 아세톤, 2-아미노에탄올, 아닐린, 아니솔, 벤젠, 벤조니트릴, 벤질 알코올, 1-부탄올, 2-부탄올, i-부탄올, 2-부탄온, t-부틸 알코올, 이황화탄소, 탄소 테트라염화물, 클로로벤젠, 클로로포름, 사이클로헥산, 사이클로헥산올, 사이클로헥산온, 디-n-부틸프탈레이트, 1,1-디클로로에탄, 1,2-디클로로에탄, 디에틸아민, 디에틸렌 글리콜, 디글라임, 디메톡시에탄 (글라임), N,N-디메틸아닐린, 디메틸포름아미드, 디메틸프탈레이트, 디메틸설폭사이드, 디옥산, 에탄올, 에테르, 에틸 아세테이트, 에틸 아세토아세테이트, 에틸 벤조에이트, 에틸렌 글리콜, 글리세린, 헵탄, 1-헵타놀, 헥산, 1-헥산올, 메탄올, 메틸 아세테이트, 메틸 t-부틸 에테르, 메틸렌 염화물, 1-옥탄올, 펜탄, 1-펜타놀, 2-펜타놀, 3-펜타놀, 2-펜탄온, 3-펜탄온, 1-프로판올, 2-프로판올, 피리딘, 테트라하이드로푸란, 톨루엔, 물, p-자일렌)일 수 있다.The term " solvent " refers to a component of a solution or mixture of solutions dissolved in a solute. The solvent may be an inorganic or organic solvent such as, for example, acetic acid, acetone, acetonitrile, acetylacetone, 2-aminoethanol, aniline, anisole, benzene, benzonitrile, benzyl alcohol, 1-butanol, , 2-butanone, t-butyl alcohol, carbon disulfide, carbon tetrachloride, chlorobenzene, chloroform, cyclohexane, cyclohexanol, cyclohexanone, di-n-butyl phthalate, N, N-dimethylaniline, dimethylformamide, dimethyl phthalate, dimethylsulfoxide, dioxane, ethanol, ether, ethyl (meth) acrylate, Methylene chloride, 1-octanol, pentane, heptane, heptane, hexane, 1-hexanol, methanol, methyl acetate, methyl t-butyl ether, ethyl acetate, ethyl acetate, ethyl benzoate, ethylene glycol, glycerin, 1-pent Play, it may be a 2-pentanol, 3-pentanol, 2-pentanone, 3-pentanone, 1-propanol, 2-propanol, pyridine, tetrahydrofuran, toluene, water, p- xylene).
용어들 "모폴리노", "모폴리노 올리고머", 또는 "PMO" (포스포르아미데이트- 또는 포스포로디아미데이트 모폴리노 올리고머)는 하기 일반적인 구조의 포스포로디아미데이트 모폴리노 올리고머를 지칭한다: The term " morpholino ", " morpholino oligomer ", or " PMO " (phosphoramidate- or phosphorodiamidate moφulono oligomer) has the general structure phosphorodiamidate morpholino oligomer Quot;
B=뉴클레오베이스B = nucleobase
Summerton, J., et al., Antisense & Nucleic Acid Drug Development, 7: 187-195 (1997)의 도 2에서 기재된 바와 같다. 본 명세서에서 기재된 바와 같은 모폴리노는 전술한 일반적인 구조의 모든 입체이성질체 및 배치형태를 포함하는 것으로 의도된다. 모폴리노 올리고머의 합성, 구조, 및 결합 특징은 U.S. 특허 번호 5,698,685, 5,217,866, 5,142,047, 5,034,506, 5,166,315, 5,521,063, 5,506,337, 8,076,476, 및 8,299,206에 상술되어 있고, 이들 모두는 본 명세서에 참고로 편입되어 있다. Summerton, J., et al., Antisense & Nucleic Acid Drug Development , 7: 187-195 (1997). Morpholino as described herein is intended to include all stereoisomers and configurations of the general structures described above. The synthesis, structure, and binding characteristics of the morpholino oligomers are described in US Pat. Nos. 5,698,685, 5,217,866, 5,142,047, 5,034,506, 5,166,315, 5,521,063, 5,506,337, 8,076,476, and 8,299,206, all of which are incorporated herein by reference .
특정 구현예에서, 모폴리노는 그것의 안정성 및/또는 용해도를 증가시키기 위해 "테일" 모이어티를 갖는 상기 올리고머의 5’ 또는 3’ 말단에서 접합된다. 예시적인 테일은 하기를 포함한다:In certain embodiments, the morpholino is conjugated at the 5 ' or 3 ' end of the oligomer with a " tail " moiety to increase its stability and / or solubility. Exemplary tails include:
용어 "EG3 테일"은 예를 들어, 그것의 3'- 또는 5'-말단에서 올리고머에 컨쥬게이션된 트리에틸렌 글리콜 모이어티를 지칭한다. 예를 들어, 일부 구현예에서, 올리고머의 3' 말단에 컨쥬게이션되는 "EG3 테일"은 하기 구조의 것일 수 있다:The term " EG3 tail " refers, for example, to a triethylene glycol moiety conjugated to an oligomer at its 3 ' -or 5 ' -terminal. For example, in some embodiments, an " EG3 tail " conjugated to the 3 ' end of an oligomer may be of the following structure:
용어 "약" 또는 "대략"은 일반적으로 관련 해당 분야에서 당업자에게 이해되나, 특정 경우에서 주어진 값 또는 범위의 ±10% 이내, 또는 ±5% 이내일 수 있다.The term " about " or " about " is generally understood by those skilled in the art to which it relates, but may in certain instances be within ± 10%, or within ± 5% of a given value or range.
모르폴리노 올리고머의 제조 방법Process for preparing morpholino oligomer
합성은 본원에 기재된 바와 같이 지지체-매체 상에서 수행된다. 일반적으로 제1 신톤 (예를 들어 모노머, 예컨대 모르폴리노 서브유닛)은 우선 지지체-매체에 부착되고, 올리고머는 이후 지지체-결합된 신톤에 서브유닛을 순차적으로 결합시킴으로써 합성된다. 이러한 반복적인 신장은 결국 최종 올리고머성 화합물을 야기한다. 적합한 지지체-매체는 가용성 또는 불용성일 수 있거나, 또는 성장하는 지지체-결합된 폴리머가 원하는 대로 용액으로 유입 또는 배출되도록 상이한 용매에서 가변적인 용해도를 가질 수 있다. 종래의 지지체-매체는 대개 불용성이고, 일반적으로 반응 용기에 배치되고, 시약 및 용매는 성장하는 사슬과 올리고머가 목표 길이에 도달될 때까지 반응하고 및/또는 이로 세척되고, 이후 지지체로부터 분리되고, 필요에 따라 추가로 처리되어 최종 폴리머성 화합물을 생성한다. 보다 최근 방법은 합성시 원하는 지점에서 반복적으로 합성된 생성물을 침전시키고 용해시킬 수 있는 가용성 폴리머 지지체를 포함하는 가용성 지지체를 도입하고 있다 (문헌 [Gravert et al., Chem. Rev., 1997, 97,489-510]).The synthesis is carried out on a support-medium as described herein. In general, a first synthon (e. G., A monomer such as a morpholino subunit) is first attached to a support-medium and the oligomer is then synthesized by sequentially attaching the subunit to the support-bound synthon. This repetitive elongation eventually results in the final oligomeric compound. A suitable support-medium can be soluble or insoluble, or it can have a variable solubility in different solvents so that the growing support-bound polymer can be flowed into or out of the solution as desired. Conventional support-media are usually insoluble and are generally placed in a reaction vessel, and the reagents and solvent are reacted and / or washed with the growing chain and oligomer until the target length is reached, then separated from the support, And further processed as necessary to produce the final polymeric compound. More recent methods have introduced soluble scaffolds that include a soluble polymer scaffold that can precipitate and dissolve the repeatedly synthesized products at the point of synthesis (see Gravert et al., Chem. Rev., 1997, 97, 489- 510).
모르폴리노 올리고머의 제조 방법이 본원에 제공된다.Methods for making the morpholino oligomers are provided herein.
따라서, 일 양태에서, 하기 화학식 (II)의 화합물의 제조 방법이 본원에 제공된다:Thus, in one aspect, provided herein are methods of making compounds of formula (II): < EMI ID =
식 중, R1은 지지체-매체이고;Wherein, R 1 is a support-and medium;
여기서, 본 방법은 하기 화학식 (A1)의 화합물을 탈블로킹제와 접촉시켜 화학식 (II)의 화합물을 형성하는 것을 포함한다:Wherein the method comprises contacting a compound of formula (A1) with a deblocking agent to form a compound of formula (II): < EMI ID =
식 중, R1은 지지체-매체이고, R3는 트리틸, 모노메톡시트리틸, 디메톡시트리틸 및 트리메톡시트리틸로 이루어진 군으로부터 선택된다.Wherein R 1 is a support-medium and R 3 is selected from the group consisting of trityl, monomethoxytrityl, dimethoxytrityl and trimethoxytrityl.
또 다른 양태에서, 본원에서는 하기 화학식 (A3)의 화합물의 제조 방법이 제공된다:In another aspect, provided herein are methods of making compounds of formula (A3): < EMI ID =
식 중, R1은 지지체-매체이고, R3는 트리틸, 모노메톡시트리틸, 디메톡시트리틸 및 트리메톡시트리틸로 이루어진 군으로부터 선택되고; Wherein R 1 is a support-medium and R 3 is selected from the group consisting of trityl, monomethoxytrityl, dimethoxytrityl and trimethoxytrityl;
여기서, 본 방법은 하기 화학식 (II)의 화합물을 하기 화학식 (A2)의 화합물과 접촉시켜 화학식 (A3)의 화합물을 형성하는 것을 포함한다:Wherein the method comprises contacting a compound of formula (II): < Desc / Clms Page number 9 > EMI10.1 with a compound of formula (A2)
식 중, R1은 지지체-매체임;Wherein, R 1 is a support-Im medium;
식 중, R3는 트리틸, 모노메톡시트리틸, 디메톡시트리틸 및 트리메톡시트리틸로 이루어진 군으로부터 선택됨.Wherein R 3 is selected from the group consisting of trityl, monomethoxytrityl, dimethoxytrityl and trimethoxytrityl.
또 다른 양태에서, 본원에서는 하기 화학식 (IV)의 화합물의 제조 방법이 제공된다:In another aspect, provided herein are methods of making compounds of formula (IV): < EMI ID =
식 중, R1은 지지체-매체이고;Wherein, R 1 is a support-and medium;
여기서, 본 방법은 하기 화학식 (A3)의 화합물을 탈블로킹제와 접촉시켜 화학식 (IV)의 화합물을 형성하는 것을 포함한다:Wherein the method comprises contacting a compound of formula (A3) with a deblocking agent to form a compound of formula (IV): < EMI ID =
식 중, R1은 지지체-매체이고, R3는 트리틸, 모노메톡시트리틸, 디메톡시트리틸 및 트리메톡시트리틸로 이루어진 군으로부터 선택된다.Wherein R 1 is a support-medium and R 3 is selected from the group consisting of trityl, monomethoxytrityl, dimethoxytrityl and trimethoxytrityl.
또 다른 양태에서, 본원에서는 하기 화학식 (A5)의 화합물의 제조 방법이 제공된다:In another aspect, provided herein are methods of making compounds of formula (A5): < EMI ID =
식 중, R1은 지지체-매체이고, R3는 트리틸, 모노메톡시트리틸, 디메톡시트리틸 및 트리메톡시트리틸로 이루어진 군으로부터 선택되고,Wherein R 1 is a support-medium and R 3 is selected from the group consisting of trityl, monomethoxytrityl, dimethoxytrityl and trimethoxytrityl,
R4는 하기로 이루어진 군으로부터 선택되며:R 4 is selected from the group consisting of:
여기서, 본 방법은 하기 화학식 (IV)의 화합물을 하기 화학식 (A4)의 화합물과 접촉시켜 화학식 (A5)의 화합물을 형성하는 것을 포함한다:Wherein the method comprises contacting a compound of formula (IV): < Desc / Clms Page number 7 > EMI10.1 with a compound of formula (A4)
식 중, R1은 지지체-매체임;Wherein, R 1 is a support-Im medium;
식 중, R3는 트리틸, 모노메톡시트리틸, 디메톡시트리틸 및 트리메톡시트리틸로 이루어진 군으로부터 선택되고, R4는 하기로 이루어진 군으로부터 선택됨:Wherein R 3 is selected from the group consisting of trityl, monomethoxytrityl, dimethoxytrityl and trimethoxytrityl, and R 4 is selected from the group consisting of:
또 다른 양태에서, 본원에서는 하기 화학식 (A9)의 화합물의 제조 방법이 제공된다:In another aspect, provided herein are methods of making a compound of formula (A9): < EMI ID =
식 중, n은 10 내지 40의 정수이고, R1은 지지체-매체이고, R3는 트리틸, 모노메톡시트리틸, 디메톡시트리틸 및 트리메톡시트리틸로 이루어진 군으로부터 선택되고, R4는 각 경우에 대해 독립적으로 하기로 이루어진 군으로부터 선택되고:Wherein n is an integer from 10 to 40 and R 1 is a support medium and R 3 is selected from the group consisting of trityl, monomethoxytrityl, dimethoxytrityl and trimethoxytrityl, R 4 is independently selected for each occurrence from the group consisting of:
여기서, 본 방법은 하기의 순차적인 단계를 포함한다:Here, the method comprises the following sequential steps:
(a) 하기 화학식 (IV)의 화합물을 하기 화학식 (A4)의 화합물과 접촉시켜 하기 화학식 (A5)의 화합물을 형성하는 단계:(a) contacting a compound of formula (IV) with a compound of formula (A4) to form a compound of formula (A5)
식 중, R1은 지지체-매체임;Wherein, R 1 is a support-Im medium;
식 중, R3는 트리틸, 모노메톡시트리틸, 디메톡시트리틸 및 트리메톡시트리틸로 이루어진 군으로부터 선택되고, R4는 하기로 이루어진 군으로부터 선택됨:Wherein R 3 is selected from the group consisting of trityl, monomethoxytrityl, dimethoxytrityl and trimethoxytrityl, and R 4 is selected from the group consisting of:
식 중, R1은 지지체-매체이고, R3 is 트리틸, 모노메톡시트리틸, 디메톡시트리틸 및 트리메톡시트리틸로 이루어진 군으로부터 선택되고,Wherein R 1 is a support-medium and R 3 is selected from the group consisting of trityl, monomethoxytrityl, dimethoxytrityl and trimethoxytrityl,
R4는 하기로 이루어진 군으로부터 선택됨:R < 4 > is selected from the group consisting of
(b) 하기의 순차적이 단계의 n-1 반복을 수행하여 화학식 (A9)의 화합물을 형성하는 단계:(b) performing an n-1 repetition of the following sequential steps to form a compound of formula (A9):
(b1) 직전 단계에서 형성된 생성물을 탈블로킹제와 접촉시키는 단계; 및 (b1) contacting the product formed in the previous step with a deblocking agent; And
(b2) 직전 단계에서 형성된 화합물을 하기 화학식 (A8)의 화합물과 접촉시키는 단계: (b2) contacting the compound formed in the previous step with a compound of formula (A8)
식 중, R3는 트리틸, 모노메톡시트리틸, 디메톡시트리틸 및 트리메톡시트리틸로 이루어진 군으로부터 선택되고, R4는 하기로 이루어진 군으로부터 선택됨:Wherein R 3 is selected from the group consisting of trityl, monomethoxytrityl, dimethoxytrityl and trimethoxytrityl, and R 4 is selected from the group consisting of:
또 다른 양태에서, 본원에서는 하기 화학식 (A10)의 화합물의 제조 방법이 제공된다:In another aspect, provided herein are methods of making a compound of formula (A10): < EMI ID =
식 중, n은 10 내지 40의 정수이고, R1은 지지체-매체이고, R4는 각 경우에 대해 독립적으로 하기로 이루어진 군으로부터 선택됨: Wherein n is an integer from 10 to 40, R 1 is a support-medium and R 4 is independently selected for each occurrence from the group consisting of:
여기서, 본 방법은 하기 화학식 (A9)의 화합물을 탈블로킹제와 접촉시켜 화학식 (A10)의 화합물을 형성하는 것을 포함한다:Wherein the method comprises contacting a compound of formula (A9) with a deblocking agent to form a compound of formula (A10): < EMI ID =
식 중, n은 10 내지 40의 정수이고, R1은 지지체-매체이고, R3는 트리틸, 모노메톡시트리틸, 디메톡시트리틸 및 트리메톡시트리틸로 이루어진 군으로부터 선택되고, R4는 각 경우에 대해 독립적으로 하기로 이루어진 군으로부터 선택됨:Wherein n is an integer from 10 to 40 and R 1 is a support medium and R 3 is selected from the group consisting of trityl, monomethoxytrityl, dimethoxytrityl and trimethoxytrityl, R 4 is independently selected for each occurrence from the group consisting of:
또 다른 양태에서, 본원에서는 하기 화학식 (A11)의 화합물의 제조 방법이 제공된다:In another aspect, provided herein are methods of preparing compounds of formula (A11): < EMI ID =
식 중, n은 10 내지 40의 정수이고, R4는 각 경우에 대해 독립적으로 하기로 이루어진 군으로부터 선택됨:Wherein n is an integer from 10 to 40 and R < 4 > is independently for each occurrence selected from the group consisting of:
여기서, 본 방법은 하기 화학식 (A10)의 화합물을 절단제와 접촉시켜 화학식 (A11)의 화합물을 형성하는 것을 포함한다:Wherein the method comprises contacting a compound of formula (A10) with a cleaving agent to form a compound of formula (A11): < EMI ID =
식 중, n은 10 내지 40의 정수이고, R1은 지지체-매체이고, R4는 각 경우에 대해 독립적으로 하기로 이루어진 군으로부터 선택됨:Wherein n is an integer from 10 to 40, R 1 is a support-medium and R 4 is independently selected for each occurrence from the group consisting of:
또 다른 양태에서, 본원에서는 하기 화학식 (A)의 올리고머성 화합물의 제조 방법이 제공된다:In another aspect, provided herein are methods for preparing oligomeric compounds of formula (A)
식 중, n은 10 내지 40의 정수이고, 그리고 각각의 R2는 각 경우에 대해 독립적으로 하기로 이루어진 군으로부터 선택됨:Wherein n is an integer from 10 to 40 and each R < 2 > is independently for each occurrence selected from the group consisting of:
여기서, 본 방법은 하기 화학식 (A11)의 화합물을 탈보호제와 접촉시켜 화학식 (A)의 올리고머성 화합물을 형성하는 것을 포함한다:(A11) with a deprotecting agent to form an oligomeric compound of formula (A): < EMI ID =
식 중, n은 10 내지 40의 정수이고, R4는 각 경우에 대해 독립적으로 하기로 이루어진 군으로부터 선택됨:Wherein n is an integer from 10 to 40 and R < 4 > is independently for each occurrence selected from the group consisting of:
또 다른 양태에서, 본원에서는 하기 화학식 (A)의 화합물의 제조 방법이 제공된다:In another aspect, provided herein are methods of making a compound of formula (A)
식 중, n은 10 내지 40의 정수이고, 그리고 각각의 R2는 각 경우에 대해 독립적으로 하기로 이루어진 군으로부터 선택됨:Wherein n is an integer from 10 to 40 and each R < 2 > is independently for each occurrence selected from the group consisting of:
여기에서, 본 방법은 하기의 순차적인 단계를 포함한다:Here, the method includes the following sequential steps:
(a) 하기 화학식 (A1)의 화합물을 탈블로킹제와 접촉시켜 하기 화학식 (II)의 화합물을 형성하는 단계:(a) contacting a compound of formula (A1) with a deblocking agent to form a compound of formula (II): < EMI ID =
식 중, R1은 지지체-매체이고, R3는 트리틸, 모노메톡시트리틸, 디메톡시트리틸 및 트리메톡시트리틸로 이루어진 군으로부터 선택됨;Wherein R 1 is a support-medium and R 3 is selected from the group consisting of trityl, monomethoxytrityl, dimethoxytrityl and trimethoxytrityl;
식 중, R1은 지지체-매체임,Wherein, R 1 is a support-medium of,
(b) 화학식 (II)의 화합물을 하기 화학식 (A2)의 화합물과 접촉시켜 하기 화학식 (A3)의 화합물을 형성하는 단계:(b) contacting a compound of formula (II) with a compound of formula (A2) to form a compound of formula (A3)
식 중, R3는 트리틸, 모노메톡시트리틸, 디메톡시트리틸 및 트리메톡시트리틸로 이루어진 군으로부터 선택됨;Wherein R 3 is selected from the group consisting of trityl, monomethoxytrityl, dimethoxytrityl and trimethoxytrityl;
식 중, R1은 지지체-매체이고, R3는 트리틸, 모노메톡시트리틸, 디메톡시트리틸 및 트리메톡시트리틸로 이루어진 군으로부터 선택됨;Wherein R 1 is a support-medium and R 3 is selected from the group consisting of trityl, monomethoxytrityl, dimethoxytrityl and trimethoxytrityl;
(c) 화학식 (A3)의 화합물을 탈블로킹제와 접촉시켜 하기 화학식 (IV)의 화합물을 형성하는 단계:(c) contacting the compound of formula (A3) with a deblocking agent to form a compound of formula (IV): < EMI ID =
식 중, R1은 지지체-매체임,Wherein, R 1 is a support-medium of,
(d) 화학식 (IV)의 화합물을 하기 화학식 (A4)의 화합물과 접촉시켜 하기 화학식 (A5)의 화합물을 형성하는 단계:(d) contacting a compound of formula (IV) with a compound of formula (A4) to form a compound of formula (A5)
식 중, R3는 트리틸, 모노메톡시트리틸, 디메톡시트리틸 및 트리메톡시트리틸로 이루어진 군으로부터 선택되고, R4는 하기로 이루어진 군으로부터 선택됨:Wherein R 3 is selected from the group consisting of trityl, monomethoxytrityl, dimethoxytrityl and trimethoxytrityl, and R 4 is selected from the group consisting of:
식 중, R1은 지지체-매체이고, R3는 트리틸, 모노메톡시트리틸, 디메톡시트리틸 및 트리메톡시트리틸로 이루어진 군으로부터 선택되고, Wherein R 1 is a support-medium and R 3 is selected from the group consisting of trityl, monomethoxytrityl, dimethoxytrityl and trimethoxytrityl,
R4는 하기로 이루어진 군으로부터 선택됨: R < 4 > is selected from the group consisting of
(e) 하기의 순차적인 단계의 n-1 반복을 수행하여 화학식 (A9)의 화합물을 형성하는 단계:(e) performing an n-1 repetition of the following sequential steps to form a compound of formula (A9):
(e1) 직전 단계에 의해 형성된 생성물을 탈블로킹제와 접촉시키는 단계; 및 (e1) contacting the product formed by the immediately preceding step with a deblocking agent; And
(e2) 직전 단계에 의해 화합물을 하기 화학식 (A8)의 화합물과 접촉시키는 단계: (e2) contacting the compound with a compound of formula (A8)
식 중, R3는 트리틸, 모노메톡시트리틸, 디메톡시트리틸 및 트리메톡시트리틸로 이루어진 군으로부터 선택되고, R4는 화학식 (A8)의 각 화합물에 대해 독립적으로 하기로 이루어진 군으로부터 선택됨: Wherein, R 3 is selected from trityl, mono-methoxy-trityl, dimethoxy trityl and trimethoxysilane the group consisting of trityl, R 4 is the group consisting of independently for each compound of formula (A8) Selected from:
식 중, n은 10 내지 40의 정수이고, R1은 지지체-매체이고, R3는 트리틸, 모노메톡시트리틸, 디메톡시트리틸 및 트리메톡시트리틸로 이루어진 군으로부터 선택되고, R4는 각 경우에 대해 독립적으로 하기로 이루어진 군으로부터 선택됨:Wherein n is an integer from 10 to 40 and R 1 is a support medium and R 3 is selected from the group consisting of trityl, monomethoxytrityl, dimethoxytrityl and trimethoxytrityl, R 4 is independently selected for each occurrence from the group consisting of:
(f) 화학식 (A9)의 화합물을 탈블로킹제와 접촉시켜 하기 화학식 (A10)의 화합물을 형성하는 단계:(f) contacting a compound of formula (A9) with a deblocking agent to form a compound of formula (A10): < EMI ID =
식 중, n은 10 내지 40의 정수이고, R1은 지지체-매체이고, R4는 각 경우에 대해 독립적으로 하기로 이루어진 군으로부터 선택됨:Wherein n is an integer from 10 to 40, R 1 is a support-medium and R 4 is independently selected for each occurrence from the group consisting of:
(g) 화학식 (A10)의 화합물을 절단제와 접촉시켜 하기 화학식 (A11)의 화합물을 형성하는 단계:(g) contacting a compound of formula (A10) with a cleavage agent to form a compound of formula (A11): < EMI ID =
식 중, n은 10 내지 40의 정수이고, R4는 각 경우에 대해 독립적으로 하기로 이루어진 군으로부터 선택됨:Wherein n is an integer from 10 to 40 and R < 4 > is independently for each occurrence selected from the group consisting of:
(h) 화학식 (A11)의 화합물을 탈보호제와 접촉시켜 화학식 (A)의 올리고머성 화합물을 형성하는 단계.(h) contacting the compound of formula (A11) with a deprotecting agent to form an oligomeric compound of formula (A).
일 구현예에서, 단계 (d) 또는 단계 (e2)는 추가로 화학식 (IV)의 화합물 또는 직전 단계에서 형성된 화합물 각각을 캡핑제와 접촉시키는 것을 포함한다.In one embodiment, step (d) or step (e2) further comprises contacting each of the compounds of formula (IV) or each of the compounds formed in the previous step with a capping agent.
또 다른 구현예에서, 각각의 단계는 적어도 하나의 용매의 존재 하에 수행된다.In another embodiment, each step is carried out in the presence of at least one solvent.
또 다른 구현예에서, 각각의 단계에서 사용된 탈블로킹제는 할로겐화된 산을 포함하는 용액이다.In another embodiment, the deblocking agent used in each step is a solution comprising a halogenated acid.
또 다른 구현예에서, 각각의 단계에서 사용된 탈블로킹제는 시아노아세트산이다. In another embodiment, the deblocking agent used in each step is cyanoacetic acid.
또 다른 구현예에서, 할로겐화된 산은 클로로아세트산, 디클로로아세트산, 트리클로로아세트산, 플루오로 아세트산, 디플루오로아세트산, 및 트리플루오로아세트산으로 이루어진 군으로부터 선택된다.In another embodiment, the halogenated acid is selected from the group consisting of chloroacetic acid, dichloroacetic acid, trichloroacetic acid, fluoroacetic acid, difluoroacetic acid, and trifluoroacetic acid.
또 다른 구현예에서, 할로겐화된 산은 트리플루오로아세트산이다.In another embodiment, the halogenated acid is trifluoroacetic acid.
또 다른 구현예에서, 단계 (a), (c), (e1), 및 (f) 중 적어도 하나는 추가로 각각의 단계의 탈블로킹된 화합물을 중화제와 접촉시키는 단계를 포함한다.In another embodiment, at least one of steps (a), (c), (e1), and (f) further comprises contacting each deblocked compound with a neutralizing agent.
또 다른 구현예에서, 각각의 단계 (a), (c), (e1), 및 (f)는 추가로 각각의 단계의 탈블로킹된 화합물을 중화제와 접촉시키는 단계를 포함한다.In yet another embodiment, each of steps (a), (c), (e1), and (f) further comprises contacting the deblocked compound of each step with a neutralizing agent.
또 다른 구현예에서, 중화제는 디클로로메탄 및 이소프로필 알코올을 포함하는 용액 중에 있다.In another embodiment, the neutralizing agent is in a solution comprising dichloromethane and isopropyl alcohol.
또 다른 구현예에서, 중화제는 모노알킬, 디알킬, 또는 트리알킬 아민이다.In another embodiment, the neutralizing agent is a monoalkyl, dialkyl, or trialkylamine.
또 다른 구현예에서, 중화제는 N,N-디이소프로필에틸아민이다.In another embodiment, the neutralizing agent is N, N-diisopropylethylamine.
또 다른 구현예에서, 각각의 단계에서 사용된 탈블로킹제는 4-시아노피리딘, 디클로로메탄, 트리플루오로아세트산, 트리플루오로에탄올, 및 물을 포함하는 용액이다.In another embodiment, the deblocking agent used in each step is a solution comprising 4-cyanopyridine, dichloromethane, trifluoroacetic acid, trifluoroethanol, and water.
또 다른 구현예에서, 캡핑제는 에틸모폴린 및 메틸피롤리디논을 포함하는 용액이다.In another embodiment, the capping agent is a solution comprising ethylmorpholine and methylpyrrolidinone.
또 다른 구현예에서, 캡핑제는 산 무수물이다.In another embodiment, the capping agent is an acid anhydride.
또 다른 구현예에서, 산 무수물은 벤조산 무수물이다.In another embodiment, the acid anhydride is benzoic anhydride.
또 다른 구현예에서, 화학식 (A4) 및 화학식 (A8)의 화합물 각각은 독립적으로 에틸모폴린 및 디메틸이미다졸리디논을 포함하는 용액 중에 있다.In another embodiment, each of the compounds of formulas (A4) and (A8) is independently in a solution comprising ethylmorpholine and dimethylimidazolidinone.
또 다른 구현예에서, 절단제는 디티오트레이톨 및 1,8-디아자바이사이클로[5.4.0]운덱-7-엔을 포함한다.In another embodiment, the cleavage agent comprises dithiothreitol and 1,8-diazabicyclo [5.4.0] undec-7-ene.
또 다른 구현예에서, 절단제는 N-메틸-2-피롤리돈을 포함하는 용액 중에 있다.In another embodiment, the cleavage agent is in a solution comprising N-methyl-2-pyrrolidone.
또 다른 구현예에서, 탈보호제는 NH3를 포함한다.In still further embodiments, the deprotecting agent comprises NH 3.
또 다른 구현예에서, 탈보호제는 수용액 중에 있다.In another embodiment, the deprotecting agent is in an aqueous solution.
또 다른 구현예에서, 지지체-매체는 1% 가교결합된 디비닐벤젠을 갖는 폴리스티렌을 포함한다.In another embodiment, the support-medium comprises polystyrene with 1% crosslinked divinylbenzene.
또 다른 구현예에서, 화학식 (A4)의 화합물은 하기 화학식 (A4a)의 것이다:In another embodiment, the compound of formula (A4) is of the formula (A4a)
식 중:Where:
R3는 트리틸, 모노메톡시트리틸, 디메톡시트리틸 및 트리메톡시트리틸로 이루어진 군으로부터 선택되고,R 3 is selected from the group consisting of trityl, monomethoxytrityl, dimethoxytrityl and trimethoxytrityl,
R4는 하기로부터 선택됨:R 4 is selected from:
또 다른 구현예에서, 화학식 (A5)의 화합물은 하기 화학식 (A5a)의 것이다:In another embodiment, the compound of formula (A5) is of the formula (A5a)
식 중:Where:
R1은 지지체-매체이고,R 1 is a support-medium,
R3는 트리틸, 모노메톡시트리틸, 디메톡시트리틸 및 트리메톡시트리틸로 이루어진 군으로부터 선택되고,R 3 is selected from the group consisting of trityl, monomethoxytrityl, dimethoxytrityl and trimethoxytrityl,
R4는 하기로부터 선택됨:R 4 is selected from:
또 다른 구현예에서, 화학식 (A8)의 화합물은 하기 화학식 (A8a)의 것이다:In another embodiment, the compound of formula (A8) is of the formula (A8a)
식 중:Where:
R3는 트리틸, 모노메톡시트리틸, 디메톡시트리틸 및 트리메톡시트리틸로 이루어진 군으로부터 선택되고,R 3 is selected from the group consisting of trityl, monomethoxytrityl, dimethoxytrityl and trimethoxytrityl,
R4는 화학식 (A8a)의 화합물의 각 경우에 대해 독립적으로 하기로 이루어진 군으로부터 선택됨:R < 4 > is independently selected for each occurrence of the compound of formula (A8a)
또 다른 구현예에서, 화학식 (A9)의 화합물은 하기 화학식 (A9a)의 것이다:In another embodiment, the compound of formula (A9) is of the formula (A9a)
식 중:Where:
n은 10 내지 40의 정수이고,n is an integer of 10 to 40,
R1은 지지체-매체이고,R 1 is a support-medium,
R3는 트리틸, 모노메톡시트리틸, 디메톡시트리틸 및 트리메톡시트리틸로 이루어진 군으로부터 선택되고, R 3 is selected from the group consisting of trityl, monomethoxytrityl, dimethoxytrityl and trimethoxytrityl,
R4는 각 경우에 대해 독립적으로 하기로 이루어진 군으로부터 선택됨:R < 4 > is independently selected for each occurrence from the group consisting of:
또 다른 구현예에서, 화학식 (A10)의 화합물은 하기 화학식 (A10a)의 것이다:In another embodiment, the compound of formula (A10) is of the formula (A10a)
식 중:Where:
n은 10 내지 40의 정수이고,n is an integer of 10 to 40,
R1은 지지체-매체이고,R 1 is a support-medium,
R4는 각 경우에 대해 독립적으로 하기로 이루어진 군으로부터 선택됨:R < 4 > is independently selected for each occurrence from the group consisting of:
또 다른 구현예에서, 화학식 (A11)의 화합물은 하기 화학식 (A11a)의 것이다:In another embodiment, the compound of formula (A11) is of the formula (A11a)
식 중:Where:
n은 10 내지 40의 정수이고,n is an integer of 10 to 40,
R4는 각 경우에 대해 독립적으로 하기로 이루어진 군으로부터 선택됨:R < 4 > is independently selected for each occurrence from the group consisting of:
화학식 (A)의 올리고머성 화합물의 일 구현예에서, n은 30이고, R2는 1 내지 25의 각각의 위치 및 5' 내지 3'에 있다:In one embodiment of the oligomeric compound of formula (A), n is 30 and R 2 is at each position of 1 to 25 and 5 'to 3'
여기서, 화학식 (A)의 올리고머성 화합물은 하기 화학식 (C)의 화합물 또는이의 약제학적으로 허용가능한 염이다:Wherein the oligomeric compound of formula (A) is a compound of formula < RTI ID = 0.0 > (C) < / RTI &
그것의 코드 명칭 "SPR-4045"에 의해 예전에 공지되는 "카시머센"은 염기 서열 5'-CAATGCCATCCTGGAGTTCCTG-3' (서열번호:1)를 갖는 PMO이다. 카시머센은 CAS 등록번호 1422958-19-7 하에 등록되어 있다. 화학명은 하기를 포함한다:The "kashimersen" formerly known by its codename "SPR-4045" is a PMO with the nucleotide sequence 5'-CAATGCCATCCTGGAGTTCCTG-3 '(SEQ ID NO: 1). Kashimansen is registered under CAS registration number 1422958-19-7. Chemical names include:
all-P-ambo-[P,2',3'-트리데옥시-P-(디메틸아미노)-2',3'-이미노-2',3'-seco](2'a5')(C-A-A-T-G-C-C-A-T-C-C-T-G-G-A-G-T-T-C-C-T-G) 5'-[4-({2-[2-(2-하이드록시에톡시)에톡시]에톡시}카보닐)-N,N-디메틸피페라진-1-포스폰아미데이트].3'-seco] (2'a 5 ') (2'-5') - (3'- CAATGCCATCCTGGAGTTCCT-G) 5 '- [4- ({2- [2- (2-hydroxyethoxy) ethoxy] ethoxy} carbonyl) -N, N-dimethylpiperazine- 1 -phosphonamidate] .
카시머센은 하기 화학 구조를 가지며:Kashimansen has the following chemical structure:
그리고 또한 하기 화학 구조로 표시된다:And is also represented by the following chemical structure:
5'에서 3' 말단으로의 염기 서열은 다음과 같다:The nucleotide sequence from the 5 'to the 3' end is as follows:
카시머센은 또한 식 (XII)의 구조로 묘사될 수 있다:Kathimerens can also be depicted in the structure of formula (XII): < RTI ID = 0.0 >
따라서, 상기에 기재된 방법의 일 구현예에서, 식 (A)의 올리고머성 화합물은 식 (C)의 화합물 또는 이의 약제학적으로 허용가능한 염이다:Thus, in one embodiment of the method described above, the oligomeric compound of formula (A) is a compound of formula (C) or a pharmaceutically acceptable salt thereof:
또 다른 구현예에서, 식 (C)의 올리고머성 화합물은 식 (XII)의 올리고머성 화합물 또는 이의 약제학적으로 허용가능한 염이다:In another embodiment, the oligomeric compound of formula (C) is an oligomeric compound of formula (XII) or a pharmaceutically acceptable salt thereof:
카시머센을 제조하는 방법How to make kashimansen
카시머센을 제조하는 방법이 본 명세서에 제공된다.Methods for making kashimelsen are provided herein.
또 다른 양태에서, 식 (C)의 올리고머성 화합물을 제조하는 방법이 본 명세서에 제공된다:In another embodiment, a method for preparing an oligomeric compound of formula (C) is provided herein:
상기 방법은 하기의 순차적인 단계들을 포함한다:The method includes the following sequential steps:
(a) 식 (I)의 화합물:(a) a compound of formula (I):
(I);(I);
(식 중, R1은 지지체-매체임),(Wherein R < 1 > is a support-medium)
을 탈블록킹제와 접촉시켜 하기 식 (II)의 화합물을 형성하는 단계:With a deblocking agent to form a compound of formula (II): < EMI ID =
(식 중, R1은 지지체-매체임); (Wherein R < 1 > is a support-medium);
(b) 상기 식 (II)의 화합물을 화합물 (B):(b) reacting the compound of formula (II) with a compound (B):
과 접촉시켜 식 (III)의 화합물을 형성하는 단계:To form a compound of formula < RTI ID = 0.0 > (III) < / RTI &
(식 중, R1은 지지체-매체임);(Wherein R < 1 > is a support-medium);
(c) 상기 식 (III)의 화합물을 탈블록킹제와 접촉시켜 식 (IV)의 화합물을 형성하는 단계:(c) contacting the compound of formula (III) with a deblocking agent to form a compound of formula (IV)
(식 중, R1은 지지체-매체임);(Wherein R < 1 > is a support-medium);
(d) 상기 식 (IV)의 화합물을 식 (D)의 화합물:(d) reacting the compound of formula (IV) with a compound of formula (D):
과 접촉시켜 하기 식 (V)의 화합물을 형성하는 단계:To form a compound of formula (V): < EMI ID =
(식 중, R1은 지지체-매체임);(Wherein R < 1 > is a support-medium);
(e) 상기 식 (V)의 화합물을 탈블록킹제와 접촉시켜 식 (VI)의 화합물을 형성하는 단계:(e) contacting the compound of formula (V) with a deblocking agent to form a compound of formula (VI):
(식 중, R1은 지지체-매체임);(Wherein R < 1 > is a support-medium);
(g1) 상기 식 (VI)의 화합물을 식 (g1)의 화합물:(g1) reacting the compound of formula (VI) with a compound of formula (g1)
과 접촉시켜 식 (VII)의 화합물을 형성하는 단계:To form a compound of formula < RTI ID = 0.0 > (VII) < / RTI &
(식 중, R1은 지지체-매체임);(Wherein R < 1 > is a support-medium);
(g) 하기의 순차적인 단계의 20회 반복을 수행하여:(g) Perform 20 iterations of the following sequential steps:
(g1) 직전 단계에 의해 형성된 생성물을 탈블록킹제와 접촉시키는 단계; 및(g1) contacting the product formed by the immediately preceding step with a deblocking agent; And
(g2) 직전 단계에 의해 형성된 생성물을 식 (VIII)의 화합물과 접촉시키는 단계:(g2) contacting the product formed by the immediately preceding step with a compound of formula (VIII)
(식 중, R2는, 식 (VIII)의 각각의 화합물에 대해 독립적으로, 하기로 구성된 군으로부터 선택됨):(Wherein R 2 is independently selected for each compound of formula (VIII), selected from the group consisting of:
(여기서, 1 내지 20의 각각의 반복에 대해, R2는 하기임):(Wherein, for each iteration of 1 to 20, R < 2 > is as follows:
식 (IX)의 화합물을 형성하는 단계:To form a compound of formula < RTI ID = 0.0 > (IX): &
(식 중, R1은 지지체-매체임), (Wherein R < 1 > is a support-medium)
(식 중, R2는, 독립적으로 각 경우에 대해, 하기로 구성된 군으로부터 선택됨):(Wherein R 2 is independently selected from the group consisting of:
(식 중, R2는 각각의 위치 1 내지 22 및 5’에서 3’에서 하기임):(Wherein R 2 is at each position 1 to 22 and 5 'to 3'):
(h) 상기 식 (IX)의 화합물을 탈블록킹제와 접촉시켜 하기 식 (X)의 화합물을 형성하는 단계:(h) contacting the compound of formula (IX) with a deblocking agent to form a compound of formula (X): < EMI ID =
(식 중, R1은 지지체-매체임), (Wherein R < 1 > is a support-medium)
(식 중, R2는, 독립적으로 각 경우에 대해, 하기로 구성된 군으로부터 선택됨):(Wherein R 2 is independently selected from the group consisting of:
(식 중, R2는 각각의 위치 1 내지 22 및 5’에서 3’에서 하기임):(Wherein R 2 is at each position 1 to 22 and 5 'to 3'):
(i) 상기 식 (X)의 화합물을 절단제와 접촉시켜 하기 식 (XI)의 화합물을 형성하는 단계:(i) contacting the compound of formula (X) with a cleaving agent to form a compound of formula (XI)
(식 중, R2는, 독립적으로 각 경우에 대해, 하기로 구성된 군으로부터 선택됨):(Wherein R 2 is independently selected from the group consisting of:
(식 중, R2는 각각의 위치 1 내지 22 및 5’에서 3’에서 하기임):(Wherein R 2 is at each position 1 to 22 and 5 'to 3'):
및And
(j) 상기 식 (XI)의 화합물을 탈보호제와 접촉시켜 식 (C)의 올리고머성 화합물을 형성하는 단계.(j) contacting the compound of formula (XI) with a deprotecting agent to form an oligomeric compound of formula (C).
일 구현예에서, 단계 (d), 단계 (g1), 단계 (g2), 또는 이들의 조합은 추가로 화학식 (IV), 화학식 (VI)의 화합물, 또는 직전 단계에 의해 형성된 화합물 각각을 캡핑제와 접촉시키는 것을 포함한다.In one embodiment, step (d), step (g1), step (g2), or a combination thereof further comprises reacting each of the compounds formed by formula (IV) . ≪ / RTI >
특정 구현예에서, 각각의 단계 (d), 단계 (g1) 및 단계 (g2)는 추가로 화학식 (IV), 화학식 (VI)의 화합물, 또는 직전 단계에 의해 형성된 화합물 각각을 캡핑제와 접촉시키는 것을 포함한다.In certain embodiments, each step (d), step (g1) and step (g2) further comprises contacting each of the compounds formed by formula (IV), formula (VI), or the preceding step with a capping agent .
또 다른 구현예에서, 각각의 단계는 적어도 하나의 용매의 존재 하에 수행된다.In another embodiment, each step is carried out in the presence of at least one solvent.
또 다른 구현예에서, 각각의 단계에서 사용되는 탈블로킹제는 할로겐화된 산을 포함하는 용액이다.In another embodiment, the deblocking agent used in each step is a solution comprising a halogenated acid.
또 다른 구현예에서, 각각의 단계에서 사용되는 탈블로킹제는 시아노아세트산이다. In another embodiment, the deblocking agent used in each step is cyanoacetic acid.
또 다른 구현예에서, 할로겐화된 산은 클로로아세트산, 디클로로아세트산, 트리클로로아세트산, 플루오로 아세트산, 디플루오로아세트산, 및 트리플루오로아세트산으로 이루어진 군으로부터 선택된다.In another embodiment, the halogenated acid is selected from the group consisting of chloroacetic acid, dichloroacetic acid, trichloroacetic acid, fluoroacetic acid, difluoroacetic acid, and trifluoroacetic acid.
또 다른 구현예에서, 할로겐화된 산은 트리플루오로아세트산이다.In another embodiment, the halogenated acid is trifluoroacetic acid.
또 다른 구현예에서, 단계 (c), (e), 및 (g1) 중 적어도 하나는 추가로 각각의 단계의 탈블로킹된 화합물을 중화제와 접촉시키는 단계를 포함한다.In yet another embodiment, at least one of steps (c), (e), and (g1) further comprises contacting each deblocked compound with a neutralizing agent.
또 다른 구현예에서, 각각의 단계 (c), (e), 및 (g1)는 추가로 각각의 단계의 탈블로킹된 화합물을 중화제와 접촉시키는 단계를 포함한다.In yet another embodiment, each of steps (c), (e), and (g1) further comprises contacting each deblocked compound with a neutralizing agent.
또 다른 구현예에서, 중화제는 디클로로메탄 및 이소프로필 알코올을 포함하는 용액이다.In another embodiment, the neutralizing agent is a solution comprising dichloromethane and isopropyl alcohol.
또 다른 구현예에서, 중화제는 모노알킬, 디알킬, 또는 트리알킬 아민이다.In another embodiment, the neutralizing agent is a monoalkyl, dialkyl, or trialkylamine.
또 다른 구현예에서, 중화제는 N,N-디이소프로필에틸아민이다.In another embodiment, the neutralizing agent is N, N-diisopropylethylamine.
또 다른 구현예에서, 각각의 단계에서 사용된 탈블로킹제는 4-시아노피리딘, 디클로로메탄, 트리플루오로아세트산, 트리플루오로에탄올, 및 물을 포함하는 용액이다.In another embodiment, the deblocking agent used in each step is a solution comprising 4-cyanopyridine, dichloromethane, trifluoroacetic acid, trifluoroethanol, and water.
또 다른 구현예에서, 캡핑제는 에틸모폴린 및 메틸피롤리디논을 포함하는 용액이다.In another embodiment, the capping agent is a solution comprising ethylmorpholine and methylpyrrolidinone.
또 다른 구현예에서, 캡핑제는 산 무수물이다.In another embodiment, the capping agent is an acid anhydride.
또 다른 구현예에서, 산 무수물은 벤조산 무수물이다.In another embodiment, the acid anhydride is benzoic anhydride.
또 다른 구현예에서, 화학식 (VIII)의 화합물, 화합물 (D), 및 화합물 각각은 독립적으로 에틸모폴린 및 디메틸이미다졸리디논을 포함하는 용액 중에 있다.In another embodiment, each of the compounds of formula (VIII), compound (D), and compound is independently in a solution comprising ethylmorpholine and dimethylimidazolidinone.
또 다른 구현예에서, 절단제는 디티오트레이톨 및 1,8-디아자바이사이클로[5.4.0]운덱-7-엔을 포함한다.In another embodiment, the cleavage agent comprises dithiothreitol and 1,8-diazabicyclo [5.4.0] undec-7-ene.
또 다른 구현예에서, 절단제는 N-메틸-2-피롤리돈을 포함하는 용액이다.In another embodiment, the cleavage agent is a solution comprising N-methyl-2-pyrrolidone.
또 다른 구현예에서, 탈보호제는 NH3를 포함한다. In still further embodiments, the deprotecting agent comprises NH 3.
또 다른 구현예에서, 탈보호제는 수용액 중에 있다.In another embodiment, the deprotecting agent is in an aqueous solution.
또 다른 구현예에서, 지지체-매체는 1% 가교결합된 디비닐벤젠을 갖는 폴리스티렌을 포함한다. In another embodiment, the support-medium comprises polystyrene with 1% crosslinked divinylbenzene.
또 다른 구현예에서, 상기 식 (D)의 화합물은 식 (D1)의 것이다: In another embodiment, the compound of formula (D) is of formula (D1)
또 다른 구현예에서, 상기 식 (V)의 화합물은 식 (Va)의 것이다: In another embodiment, the compound of formula (V) is of formula (Va)
식 중, R1은 지지체-매체이다.In the formula, R 1 is a support - a medium.
또 다른 구현예에서, 상기 식 (F)의 화합물은 식 (F1)의 것이다: In another embodiment, the compound of formula (F) is of formula (F1)
또 다른 구현예에서, 상기 식 (VII)의 화합물은 식 (VIIa)의 것이다: In another embodiment, the compound of formula (VII) is of formula (VIIa): < EMI ID =
식 중, R1은 지지체-매체이다.In the formula, R 1 is a support - a medium.
또 다른 구현예에서, 상기 식 (VIII)의 화합물은 식 (VIIIa)의 것이다: In another embodiment, the compound of formula (VIII) is of formula (VIIIa): < EMI ID =
식 중, R2는, 식 (VIIIa)의 각각의 화합물에 대해 독립적으로, 하기로 구성된 군으로부터 선택된다:Wherein R < 2 > is independently selected for each compound of formula (VIIIa) from the group consisting of:
또 다른 구현예에서, 상기 식 (IX)의 화합물은 식 (IXa) 또는 이의 약제학적으로 허용가능한 염의 것이다: In another embodiment, the compound of formula (IX) is of formula (IXa) or a pharmaceutically acceptable salt thereof:
식 중,Wherein,
R1은 지지체-매체이고, 그리고R 1 is a support-medium, and
R2는, 독립적으로 각 경우에, 하기로 구성된 군으로부터 선택되고:R < 2 > are independently selected, in each case, from the group consisting of:
식 중, R2는 각각의 위치 1 내지 22 및 5’에서 3’에서 하기이다:Wherein R 2 is at each position 1 to 22 and 5 'to 3':
또 다른 구현예에서, 식 (X)의 화합물은 식 (Xa) 또는 이의 약제학적으로 허용가능한 염의 것이다: In another embodiment, the compound of formula (X) is of formula (Xa) or a pharmaceutically acceptable salt thereof:
(Xa),(Xa),
식 중,Wherein,
R1은 지지체-매체이고, 그리고R 1 is a support-medium, and
R2는, 독립적으로 각 경우에, 하기로 구성된 군으로부터 선택되고:R < 2 > are independently selected, in each case, from the group consisting of:
식 중, R2는 각각의 위치 1 내지 22 및 5’에서 3’에서 하기이다:Wherein R 2 is at each position 1 to 22 and 5 'to 3':
또 다른 구현예에서, 상기 식 (XI)의 화합물은 식 (XIa) 또는 이의 약제학적으로 허용가능한 염의 것이다: In another embodiment, the compound of formula (XI) is of formula (XIa) or a pharmaceutically acceptable salt thereof:
식 중:Where:
R2는, 독립적으로 각 경우에, 하기로 구성된 군으로부터 선택되고:R < 2 > are independently selected, in each case, from the group consisting of:
식 중, R2는 각각의 위치 1 내지 22 및 5’에서 3’에서 하기이다:Wherein R 2 is at each position 1 to 22 and 5 'to 3':
또 다른 구현예에서, 상기 식 (VI)의 화합물은 식 (VIa)의 것이다: In another embodiment, the compound of formula (VI) is of formula (VIa)
식 중, R1은 지지체-매체이다.In the formula, R 1 is a support - a medium.
또 다른 구현예에서, 식 (C)의 올리고머성 화합물은 식 (XII)의 올리고머성 화합물이다:In another embodiment, the oligomeric compound of formula (C) is an oligomeric compound of formula (XII):
또 다른 양태에서, 식 (V)의 화합물 또는 이의 약제학적으로 허용가능한 염이 본 명세서에 제공된다:In another embodiment, a compound of formula (V) or a pharmaceutically acceptable salt thereof is provided herein:
식 중, R1은 지지체-매체다.In the formula, R 1 is a support-the medium.
일 구현예에서, 상기 식 (V)의 화합물은 식 (Va) 또는 이의 약제학적으로 허용가능한 염의 것이다:In one embodiment, the compound of formula (V) above is of formula (Va) or a pharmaceutically acceptable salt thereof:
식 중, R1은 지지체-매체이다.In the formula, R 1 is a support - a medium.
또 다른 양태에서, 식 (A5)의 화합물 또는 이의 약제학적으로 허용가능한 염이 본 명세서에 제공된다:In another embodiment, a compound of formula (A5), or a pharmaceutically acceptable salt thereof, is provided herein:
식 중, R1은 지지체-매체이고, R3는 트리틸, 모노메톡시트리틸, 디메톡시트리틸 및 트리메톡시트리틸로 구성된 군으로부터 선택되고, 그리고 R4는 하기로부터 선택된다:Wherein R 1 is a support-medium and R 3 is selected from the group consisting of trityl, monomethoxytrityl, dimethoxytrityl and trimethoxytrityl, and R 4 is selected from:
일 구현예에서, 상기 식 (A5)의 화합물은 식 (A5a) 또는 이의 약제학적으로 허용가능한 염의 것이다:In one embodiment, the compound of formula (A5) above is of formula (A5a) or a pharmaceutically acceptable salt thereof:
식 중, R1은 지지체-매체이고, R3는 트리틸, 모노메톡시트리틸, 디메톡시트리틸 및 트리메톡시트리틸로 구성된 군으로부터 선택되고, 그리고 R4는 하기로부터 선택된다:Wherein R 1 is a support-medium and R 3 is selected from the group consisting of trityl, monomethoxytrityl, dimethoxytrityl and trimethoxytrityl, and R 4 is selected from:
또 다른 양태에서, 식 (VI)의 화합물 또는 이의 약제학적으로 허용가능한 염이 본 명세서에 제공된다:In another embodiment, a compound of formula (VI) or a pharmaceutically acceptable salt thereof is provided herein:
식 중, R1은 지지체-매체이다.In the formula, R 1 is a support - a medium.
일 구현예에서, 상기 식 (VI)의 화합물은 식 (VIa) 또는 이의 약제학적으로 허용가능한 염의 것이다:In one embodiment, the compound of formula (VI) is of formula (VIa) or a pharmaceutically acceptable salt thereof:
식 중, R1은 지지체-매체이다.In the formula, R 1 is a support - a medium.
또 다른 양태에서, 식 (VII)의 화합물 또는 이의 약제학적으로 허용가능한 염이 본 명세서에 제공된다:In another embodiment, a compound of formula (VII) or a pharmaceutically acceptable salt thereof is provided herein:
식 중, R1은 지지체-매체이다.In the formula, R 1 is a support - a medium.
일 구현예에서, 상기 식 (VII)의 화합물은 식 (VIIa) 또는 이의 약제학적으로 허용가능한 염의 것이다:In one embodiment, the compound of formula (VII) is of formula (VIIa) or a pharmaceutically acceptable salt thereof:
식 중, R1은 지지체-매체이다.In the formula, R 1 is a support - a medium.
또 다른 양태에서, 식 (IX)의 화합물 또는 이의 약제학적으로 허용가능한 염이 본 명세서에 제공된다:In another embodiment, a compound of formula (IX), or a pharmaceutically acceptable salt thereof, is provided herein:
식 중:Where:
R1은 지지체-매체임), 및R < 1 > is a support-medium), and
R2는, 독립적으로 각 경우에, 하기로 구성된 군으로부터 선택되고:R < 2 > are independently selected, in each case, from the group consisting of:
식 중, R2는 각각의 위치 1 내지 22 및 5’에서 3’에서 하기이다:Wherein R 2 is at each position 1 to 22 and 5 'to 3':
일 구현예에서, 상기 식 (IX)의 화합물은 식 (IXa) 또는 이의 약제학적으로 허용가능한 염의 것이다:In one embodiment, the compound of formula (IX) above is of formula (IXa) or a pharmaceutically acceptable salt thereof:
(IXa),(IXa),
식 중,Wherein,
R1은 지지체-매체이고, 그리고R 1 is a support-medium, and
R2는, 독립적으로 각 경우에, 하기로 구성된 군으로부터 선택되고:R < 2 > are independently selected, in each case, from the group consisting of:
식 중, R2는 각각의 위치 1 내지 22 및 5’에서 3’에서 하기이다:Wherein R 2 is at each position 1 to 22 and 5 'to 3':
또 다른 양태에서, 식 (A9)의 화합물 또는 이의 약제학적으로 허용가능한 염이 본 명세서에 제공된다:In another embodiment, a compound of formula (A9), or a pharmaceutically acceptable salt thereof, is provided herein:
식 중:Where:
n은 10 내지 40의 정수이고; n is an integer from 10 to 40;
R1은 지지체-매체이고;R 1 is a support-medium;
R3는 트리틸, 모노메톡시트리틸, 디메톡시트리틸 및 트리메톡시트리틸로 구성된 군으로부터 선택되고; 그리고 R 3 is selected from the group consisting of trityl, monomethoxytrityl, dimethoxytrityl and trimethoxytrityl; And
R4는, 독립적으로 각 경우에, 하기로 구성된 군으로부터 선택된다:R < 4 > are independently selected in each case from the group consisting of:
일 구현예에서, 상기 식 (A9)의 화합물은 식 (A9a) 또는 이의 약제학적으로 허용가능한 염의 것이다:In one embodiment, the compound of formula (A9) is of formula (A9a) or a pharmaceutically acceptable salt thereof:
식 중:Where:
n은 10 내지 40의 정수이고; n is an integer from 10 to 40;
R1은 지지체-매체이고;R 1 is a support-medium;
R3는 트리틸, 모노메톡시트리틸, 디메톡시트리틸 및 트리메톡시트리틸로 구성된 군으로부터 선택되고; 그리고 R 3 is selected from the group consisting of trityl, monomethoxytrityl, dimethoxytrityl and trimethoxytrityl; And
R4는, 독립적으로 각 경우에, 하기로 구성된 군으로부터 선택되고:R < 4 > are independently selected in each case from the group consisting of:
또 다른 양태에서, 식 (X)의 화합물 또는 이의 약제학적으로 허용가능한 염이 본 명세서에 제공된다:In another embodiment, a compound of formula (X), or a pharmaceutically acceptable salt thereof, is provided herein:
(X);(X);
식 중,Wherein,
R1은 지지체-매체이고,그리고R 1 is a support-medium, and
R2는, 독립적으로 각 경우에, 하기로 구성된 군으로부터 선택되고:R < 2 > are independently selected, in each case, from the group consisting of:
식 중, R2는 각각의 위치 1 내지 22 및 5’에서 3’에서 하기이다:Wherein R 2 is at each position 1 to 22 and 5 'to 3':
일 구현예에서, 식 (X)의 화합물은 식 (Xa) 또는 이의 약제학적으로 허용가능한 염의 것이다: In one embodiment, the compound of formula (X) is of formula (Xa) or a pharmaceutically acceptable salt thereof:
식 중,Wherein,
R1은 지지체-매체이고, 그리고R 1 is a support-medium, and
R2는, 독립적으로 각 경우에, 하기로 구성된 군으로부터 선택되고:R < 2 > are independently selected, in each case, from the group consisting of:
식 중, R2는 각각의 위치 1 내지 22 및 5’에서 3’에서 하기이다:Wherein R 2 is at each position 1 to 22 and 5 'to 3':
또 다른 양태에서, 식 (A10)의 화합물 또는 이의 약제학적으로 허용가능한 염이 본 명세서에 제공된다:In another embodiment, a compound of formula (A10), or a pharmaceutically acceptable salt thereof, is provided herein:
식 중:Where:
n은 10 내지 40의 정수이고; n is an integer from 10 to 40;
R1은 지지체-매체이고;R 1 is a support-medium;
R4는, 독립적으로 각 경우에, 하기로 구성된 군으로부터 선택된다:R < 4 > are independently selected in each case from the group consisting of:
일 구현예에서, 식 (A10)의 화합물은 식 (A10a) 또는 이의 약제학적으로 허용가능한 염의 것이다:In one embodiment, the compound of formula (A10) is of formula (A10a) or a pharmaceutically acceptable salt thereof:
식 중:Where:
n은 10 내지 40의 정수이고; n is an integer from 10 to 40;
R1은 지지체-매체이고; 그리고R 1 is a support-medium; And
R4는, 독립적으로 각 경우에, 하기로 구성된 군으로부터 선택된다:R < 4 > are independently selected in each case from the group consisting of:
이들 화합물의 또 다른 구현예에서, 상기 지지체-매체는 1% 가교결합된 디비닐벤젠을 갖는 폴리스티렌을 포함한다.In another embodiment of these compounds, the support-medium comprises polystyrene with 1% crosslinked divinylbenzene.
또 다른 양태에서, 식 (XI)의 화합물 또는 이의 약제학적으로 허용가능한 염이 본 명세서에 제공된다:In another embodiment, a compound of formula (XI) or a pharmaceutically acceptable salt thereof is provided herein:
식 중:Where:
R2는, 독립적으로 각 경우에, 하기로 구성된 군으로부터 선택되고:R < 2 > are independently selected, in each case, from the group consisting of:
식 중, R2는 각각의 위치 1 내지 22 및 5’에서 3’에서 하기이다:Wherein R 2 is at each position 1 to 22 and 5 'to 3':
일 구현예에서, 상기 식 (XI)의 화합물은 식 (XIa) 또는 이의 약제학적으로 허용가능한 염의 것이다: In one embodiment, the compound of formula (XI) is of formula (XIa) or a pharmaceutically acceptable salt thereof:
식 중, Wherein,
R2는, 독립적으로 각 경우에, 하기로 구성된 군으로부터 선택되고:R < 2 > are independently selected, in each case, from the group consisting of:
식 중, R2는 각각의 위치 1 내지 22 및 5’에서 3’에서 하기이다:Wherein R 2 is at each position 1 to 22 and 5 'to 3':
또 다른 양태에서, 식 (A11)의 화합물 또는 이의 약제학적으로 허용가능한 염이 본 명세서에 제공된다:In another embodiment, a compound of formula (A11), or a pharmaceutically acceptable salt thereof, is provided herein:
식 중:Where:
n은 10 내지 40의 정수이고; 그리고n is an integer from 10 to 40; And
R4는, 독립적으로 각 경우에, 하기로 구성된 군으로부터 선택되고:R < 4 > are independently selected in each case from the group consisting of:
일 구현예에서, 상기 식 (A11)의 화합물은 식 (A11a)의 화합물 또는 이의 약제학적으로 허용가능한 염의 것이다: In one embodiment, the compound of formula (A11) is a compound of formula (A11a) or a pharmaceutically acceptable salt thereof:
식 중:Where:
n은 10 내지 40의 정수이고; 그리고n is an integer from 10 to 40; And
R4는, 독립적으로 각 경우에, 하기로 구성된 군으로부터 선택된다:R < 4 > are independently selected in each case from the group consisting of:
올리고머Oligomer
모르폴리노-기반 서브유닛의 중요한 특징은 하기를 포함한다: 1) 안정한 미하전된 또는 양전하로 하전된 주쇄 연결에 의한 올리고머성 형태로 연결되는 능력; 2) 형성된 폴리머가 표적 RNA를 포함하는 상보적-염기 표적 핵산으로 가수분해될 수 있도록 뉴클레오타이드 염기 (예를 들어 아데닌, 시토신, 구아닌, 티미딘, 우라실, 5-메틸-시토신 및 하이포잔틴)를 지지하는 능력; 3) 포유동물 세포로 활성적으로 또는 능동적으로 이송되는 올리고머의 능력; 및 4) 각각 RNAse 및 RNase H 열화에 저항하는 올리고머 및 올리고머:RNA 헤테로듀플렉스의 능력.Important features of the morpholino-based subunit include: 1) ability to be connected in an oligomeric form by stable uncharged or positively charged backbone linkage; 2) support the nucleotide base (e.g., adenine, cytosine, guanine, thymidine, uracil, 5-methyl-cytosine and hypoxanthine) so that the polymer formed can be hydrolyzed to the complementary-base target nucleic acid containing the target RNA Ability to do; 3) the ability of oligomers to be actively or actively transferred to mammalian cells; And 4) the ability of oligomers and oligomers: RNA heteroduplexes to resist degradation of RNAse and RNase H, respectively.
일부 구현예에서, 안티센스 올리고머는 염기 변형 또는 치환을 함유한다. 예를 들어, 특정 핵-염기는 본원에 기재된 안티센스 올리고머의 결합 친화도를 증가시키도록 선택될 수 있다. 5-메틸시토신 치환은 0.6-1.2℃까지 핵산 듀플렉스 안정성을 증가시키는 것을 나타내었고, 본원에 기재된 안티센스 올리고머로 혼입될 수 있다. 일 구현예에서, 올리고머의 적어도 하나의 피리미딘 염기는 5-치환된 피리미딘 염기를 포함하고, 여기서 피리미딘 염기는 시토신, 티민 및 우라실로 이루어진 군으로부터 선택된다. 일 구현예에서, 5-치환된 피리미딘 염기는 5-메틸시토신이다. 또 다른 구현예에서, 올리고머의 적어도 하나의 퓨린 염기는 하이포잔틴을 포함한다.In some embodiments, the antisense oligomer contains a base modification or substitution. For example, a particular nucleobase can be selected to increase the binding affinity of the antisense oligomers described herein. The 5-methylcytosine substitution has been shown to increase nucleic acid duplex stability to 0.6-1.2 [deg.] C and can be incorporated with the antisense oligomers described herein. In one embodiment, the at least one pyrimidine base of the oligomer comprises a 5-substituted pyrimidine base, wherein the pyrimidine base is selected from the group consisting of cytosine, thymine and uracil. In one embodiment, the 5-substituted pyrimidine base is 5-methyl cytosine. In another embodiment, at least one purine base of the oligomer comprises hypoxanthine.
모르폴리노-기반 올리고머 (안티센스 올리고머 포함)은 예를 들어, 미국특허번호 5,698,685, 5,217,866, 5,142,047, 5,034,506, 5,166,315, 5,185,444, 5,521,063, 5,506,337, 8,299,206, 및 8,076,476, 국제특허출원 공개번호 WO/2009/064471 및 WO/2012/043730, 및 문헌 [Summerton et al. (1997, Antisense and Nucleic Acid Drug Development, 7, 187-195)]에 상술되어 있고, 이들 각각은 그 전문이 본원에 참조로 포함되어 있다.Morpholino-based oligomers (including antisense oligomers) are disclosed in, for example, U.S. Patent Nos. 5,698,685, 5,217,866, 5,142,047, 5,034,506, 5,166,315, 5,185,444, 5,521,063, 5,506,337, 8,299,206, and 8,076,476, And WO / 2012/043730, and Summerton et al. (1997, Antisense and Nucleic Acid Drug Development, 7, 187-195), each of which is incorporated herein by reference in its entirety.
본 개시내용의 올리고머성 화합물은 비대칭 중심, 키랄 축, 및 키랄 면 (예를 들어, 문헌 [E. L. Eliel and S. H. Wilen, Stereo-chemistry of Carbon Compounds, John Wiley & Sons, New York, 1994, pages 1119-1190] 및 문헌 [March, J. , Advanced Organic Chemistry, 3d. Ed., Chap. 4, John Wiley & Sons, New York (1985)]에 기재됨)을 가질 수 있고, 광학 이성질체를 포함하는 모든 가능한 이성질체 및 이들의 혼합물과 함께 라세미체, 라세미 혼합물, 및 별개의 부분입체이성질체로서 생성될 수 있다. 이의 입체 화학의 임의의 표시 없는 본원에 구체적으로 언급된 본 개시내용의 올리고머성 화합물은 모든 가능한 이성질체 및 이들의 혼합물을 나타내는 것으로 의도된다. Oligomeric compounds of the present disclosure may have asymmetric centers, chiral axes, and chiral side (e.g., EL Eliel and SH Wilen, Stereo-chemistry of Carbon Compounds, John Wiley & 4, John Wiley & Sons, New York (1985)), and all possible < RTI ID = 0.0 > May be produced as racemates, racemic mixtures, and separate diastereomers, as well as isomers and mixtures thereof. The oligomeric compounds of the present disclosure specifically mentioned herein without any indication of their stereochemistry are intended to represent all possible isomers and mixtures thereof.
구체적으로, 임의의 특정 이론에 의해 결합됨을 의도함 없이, 본 개시내용의 올리고머성 화합물은 본 명세서에서 논의된 바와 같이 하기 화학식 (VIII)의 화합물과 같은 비제한적인 예를 포함하는 활성화된 모르폴리노 서브유닛으로부터 제조된다:In particular, without intending to be bound by any particular theory, the oligomeric compounds of the present disclosure may be prepared by reacting an activated morpholino, such as a compound of formula (VIII), as discussed herein, Gt; sub-unit < / RTI >
식 중, R2는 독립적으로 화학식 (VIII)의 각각의 화합물에 대해 하기로 이루어진 군으로부터 선택됨:Wherein R 2 is independently selected from the group consisting of for each compound of formula (VIII):
화학식 (VIII)의 상기-언급된 화합물 각각은 예를 들어 하기 도시된 바와 같이 상응하는 베타-D-리보푸라노실로부터 제조될 수 있다:Each of the above-mentioned compounds of formula (VIII) may be prepared from the corresponding beta-D-ribofuranosyl, for example as shown below:
문헌 [Summerton et al., Antisense & Nucleic Acid Drug Dev. 7:187-195 (1997)]을 참조한다. 임의의 특정 이론에 구속됨 없이, 2개의 키랄 탄소의 입체 화학은 각각의 모르폴리노 서브유닛의 다수의 가능한 입체 이성질체가 예를 들어 알파-L- 리보푸라노실, 알파-D- 리보푸라노실, 베타-L-리보푸라노실, 또는 베타-D-리보푸라노실 개시 물질의 선택에 기초하여 생성될 수 있는 합성 조건 하에 유지된다. Summerton et al., Antisense & Nucleic Acid Drug Dev. 7: 187-195 (1997). Without being bound by any particular theory, it is believed that the stereochemistry of the two chiral carbons allows for a number of possible stereoisomers of each morpholino subunit to be substituted by, for example, alpha-L-ribofuranosyl, alpha-D- ribofuranosyl, Beta-L-ribofuranosyl, or beta-D-ribofuranosyl starting material.
예를 들어, 일부 구현예에서, 본 개시내용의 화학식 (VIII)의 화합물은 하기 화학식 (VIIIa)의 것일 수 있다:For example, in some embodiments, the compound of formula (VIII) of the present disclosure may be of the formula (VIIIa)
식 중, R2는 화학식 (VIIIa)의 각각의 화합물에 대해 독립적으로 하기로 이루어진 군으로부터 선택됨:Wherein R < 2 > is independently selected for each compound of formula (VIIIa)
임의의 특정 이론에 구속됨 없이, 예를 들어 본 개시내용의 올리고머성 화합물로의 화학식 (VIII)의 10 내지 40개의 화합물의 혼입은 다수의 가능한 입체 이성질체를 야기할 수 있다.Without being bound by any particular theory, for example, the incorporation of 10 to 40 compounds of formula (VIII) into oligomeric compounds of the present disclosure can result in a number of possible stereoisomers.
임의의 특정 이론에 구속되는 것을 의도함 없이, 본 개시내용의 올리고머성 화합물은 하나 이상의 인-함유 인터서브유닛을 포함하고, 이는 각각의 인에서 키랄 중심을 생성하고, 이의 각각은 본 기술분야에 이해되는 바와 같이 "Sp" 또는 "Rp" 구조로서 표시된다. 임의의 특정 이론에 구속되는 것을 의도함 없이, 이러한 키랄성은 입체이성질체를 생성하고, 이는 동일한 화학조성을 가지지만 그 원자의 상이한 3차원 배열을 가진다.Without intending to be bound by any particular theory, it is believed that the oligomeric compounds of the present disclosure comprise one or more phosphorus-containing interlace units, which in each phosphorus produces a chiral center, each of which is Quot; Sp " or " Rp " structure. Without intending to be bound by any particular theory, such chirality produces stereoisomers, which have the same chemical composition but have different three-dimensional arrangements of their atoms.
임의의 특정 이론에 구속되는 것을 의도함 없이, 각각의 인 인터서브유닛 연결의 구조는 예를 들어 본 개시내용의 올리고머성 화합물의 합성 과정에서 무작위로 발생된다. 임의의 특정 이론에 구속되는 것을 의도함 없이, 합성 공정은 기하급수적으로 많은 수의 본 개시내용의 올리고머성 화합물의 입체이성질체를 생성하고, 이는 본 개시내용의 올리고머성 화합물이 다수의 인 인터서브유닛 연결기를 포함하고 - 각 인 인터서브유닛 연결기는 랜덤 키랄 구조를 갖는다. 구체적으로, 임의의 특정 이론에 구속되는 것을 의도함 없이, 추가의 모르폴리노 서브유닛의 각각의 인터서브유닛 연결기는 생성물의 입체이성질체의 수를 2배가 되게 하고, 이로써 본 개시내용의 올리고머성 화합물의 종래의 제조는 사실상 2N 입체이성질체의 고도의 불균질 혼합물이고, 여기서 N은 인 인터서브유닛 연결기의 수를 나타낸다.Without intending to be bound by any particular theory, the structure of each inter-inter-unit linkage is randomly generated, for example, in the synthesis of oligomeric compounds of the present disclosure. Without intending to be bound by any particular theory, it is believed that the synthesis process exponentially generates a large number of stereoisomers of the oligomeric compounds of the present disclosure, which allows the oligomeric compounds of the present disclosure to be coupled to a plurality of phosphorus inter- Each interleaved unit connector has a random chirality structure. In particular, without intending to be bound to any particular theory, each inter-unit-unit linker of the additional morpholino subunits doubles the number of stereoisomers of the product, thereby reducing the number of stereoisomers of the oligomeric compounds of this disclosure Conventional preparations are in fact highly heterogeneous mixtures of 2 N stereoisomers, where N represents the number of in-interleaved unit connectors.
따라서, 달리 나타내지 않는 한, 예컨대 하나 이상의 입체 중심으로부터의 하나 이상의 결합이 "-" 또는 "~~" 또는 당해분야에서 이해되는 바와 같은 균등기호로 나타내는 경우에 부분입체이성질체 및 거울상이성질체 혼합물, 및 순수한 거울상이성질체 및 부분입체이성질체를 포함하는 모든 이러한 이성질체가 포함된다.Thus, unless otherwise indicated, it is understood that diastereoisomeric and enantiomeric mixtures, for example, when one or more bonds from one or more stereogenic centers are represented by "-" or "~~" or equivalent symbols as understood in the art, Enantiomers and diastereoisomers of these compounds.
표 1은 본원에 기재된 공정에 제공되는 모르폴리노 서브유닛의 다양한 구현예를 도시하고 있다.Table 1 shows various embodiments of the morpholino subunits provided in the process described herein.
[표 1] 모르폴리노 서브유닛의 다양한 구현예[Table 1] Various embodiments of morpholino subunits
실시예Example
실시예는 예시의 목적을 위해 그리고 본 개시내용의 임의의 특정 구현예를 기술하기 위해 하기에 제시되어 있다. 그러나, 특허청구범위는 본원에 제시된 실시예에 의해 임의의 방식으로 제한되지 않는다. 개시된 구현예에 대한 다양한 변화 및 변형은 당해 분야의 숙련가에게 자명할 것이고, 비제한적으로, 화학 구조, 치환체, 유도체, 본 개시내용의 제형 또는 방법과 관련한 것을 포함하는 이러한 변화 및 변형은 첨부된 청구항의 범위 및 개시내용의 사상을 벗어남 없이 이루어질 수 있다. 본원의 반응식에서의 구조의 변수의 정의는 본원에 나타낸 식에서의 상응하는 위치의 것에 상응한다.The embodiments are set forth below for purposes of illustration and to describe any specific implementation of the present disclosure. However, the claims are not limited in any way by the embodiments set forth herein. Various changes and modifications to the disclosed embodiments will be readily apparent to those skilled in the art, and these variations and modifications, including those relating to chemical structures, substituents, derivatives, formulations or methods of the present disclosure, And without departing from the spirit of the present disclosure. The definitions of the variables of the structure in the present reaction equations correspond to those of the corresponding positions in the formulas shown herein.
실시예 1: NCP2 앵커 합성Example 1: Synthesis of NCP2 anchor
1. 메틸 4-플루오로-3-니트로벤조에이트 (1)의 제조1. Preparation of methyl 4-fluoro-3-nitrobenzoate ( 1 )
100L 플라스크에 12.7kg의 4-플루오로-3-니트로벤조산을 충전시키고, 40kg의 메탄올 및 2.82kg의 농축된 황산을 첨가하였다. 혼합물을 36 시간 동안 환류에서 (65℃) 교반하였다. 반응 혼합물을 0℃로 냉각시켰다. 결정은 38℃에서 형성되었다. 혼합물을 4시간 동안 0℃로 유지시키고, 이후 질소 하에 여과시켰다. 100L 플라스크를 세정하고, 필터 케이크를 0℃로 냉각시킨 10kg의 메탄올로 세정하였다. 고체 필터 케이크를 1시간 동안 깔때기 상에서 건조시키고, 트레이로 이송시키고, 실온에서 진공 오븐 내에서 일정 중량의 13.695kg 메틸 4-플루오로-3-니트로벤조에이트로 건조시켰다 (100% 수율; HPLC 99%).A 100 L flask was charged with 12.7 kg of 4-fluoro-3-nitrobenzoic acid and 40 kg of methanol and 2.82 kg of concentrated sulfuric acid were added. The mixture was stirred at reflux (65 [deg.] C) for 36 hours. The reaction mixture was cooled to 0 < 0 > C. Crystals were formed at 38 占 폚. The mixture was maintained at 0 < 0 > C for 4 hours and then filtered under nitrogen. The 100 L flask was washed, and the filter cake was washed with 10 kg of methanol cooled to 0 占 폚. The solid filter cake was dried on a funnel for 1 hour, transferred to a tray and dried in a vacuum oven at room temperature with a constant weight of 13.695 kg methyl 4-fluoro-3-nitrobenzoate (100% yield; HPLC 99% ).
2. 3-니트로-4-(2-옥소프로필)벤조산의 제조2. Preparation of 3-nitro-4- (2-oxopropyl) benzoic acid
A. (Z)-메틸 4-(3-하이드록시-1-메톡시-1-옥소부트-2-엔-2-일)-3-니트로벤조에이트 (2)A. (Z) - methyl 4- (3-hydroxy-1-methoxy-1-oxo-2-en boot-2-yl) -3-nitrobenzoate (2)
100L 플라스크에 이전 단계로부터의 3.98kg의 메틸 4-플루오로-3-니트로벤조에이트 (1), 9.8kg의 DMF, 2.81kg의 메틸 아세토아세테이트를 충전하였다. 혼합물을 교반하고 0℃로 냉각시켰다. 이에 4시간에 걸쳐 3.66kg의 DBU를 첨가하였고, 한편 온도를 5℃ 이하에서 유지시켰다. 혼합물을 추가의 1시간 동안 교반하였다. 반응 온도를 15℃ 이하에서 유지하면서 반응 플라스크에 37.5kg의 정제수 중의 8.15kg의 시트르산의 용액을 첨가하였다. 첨가 후, 반응 혼합물을 추가의 30분 동안 교반하였고, 이후 질소 하에 여과시켰다. 습윤 필터 케이크를 14.8kg의 정제수와 함께 100L 플라스크로 복귀시켰다. 슬러리를 10분 동안 교반하였고, 이후 여과시켰다. 습윤 케이크를 다시 100L 플라스크로 복귀시켰고, 10분 동안 14.8kg의 정제수로 슬러리화시키고, 조물질 (Z)-메틸 4-(3-하이드록시-1-메톡시-1-옥소부트-2-엔-2-일)-3-니트로벤조에이트로 여과시켰다.A 100 L flask was charged with 3.98 kg of methyl 4-fluoro-3-nitrobenzoate ( 1 ) from the previous step, 9.8 kg of DMF, 2.81 kg of methyl acetoacetate. The mixture was stirred and cooled to 0 < 0 > C. Then, 3.66 kg of DBU was added over 4 hours while the temperature was kept below 5 캜. The mixture was stirred for an additional hour. To the reaction flask was added a solution of 8.15 kg of citric acid in 37.5 kg of purified water while maintaining the reaction temperature below 15 < 0 > C. After the addition, the reaction mixture was stirred for an additional 30 minutes, and then filtered under nitrogen. The wet filter cake was returned to a 100 L flask with 14.8 kg of purified water. The slurry was stirred for 10 minutes and then filtered. The wet cake was again returned to the 100 L flask and slurried with 14.8 kg of purified water for 10 minutes and the crude (Z) -methyl 4- (3-hydroxy-1-methoxy-1-oxobut- Yl) -3-nitrobenzoate. ≪ / RTI >
B. 3-니트로-4-(2-옥소프로필)벤조산B. 3-Nitro-4- (2-oxopropyl) benzoic acid
조물질 (Z)-메틸 4-(3-하이드록시-1-메톡시-1-옥소부트-2-엔-2-일)-3-니트로벤조에이트를 질소 하에 100L 반응 플라스크에 충전하였다. 이에 14.2kg의 1,4-디옥산을 첨가하고 교반하였다. 반응 온도의 온도를 15℃로 유지하면서 상기 혼합물에 16.655kg 농축된 HCl 및 13.33kg 정제수 (6M HCl)의 용액을 2시간에 걸쳐 첨가하였다. 첨가가 완료되는 경우, 반응 혼합물을 24시간 동안 환류 (80℃)하며 가열하였고, 실온으로 냉각시키고, 질소 하에 여과시켰다. 고체 필터 케이크를 14.8kg의 정제수로 분쇄하고, 여과시키고, 14.8kg의 정제수로 다시 분쇄시키고, 여과시켰다. 고형물을 39.9kg의 DCM를 가진 100L 플라스크로 복귀시키고, 1시간 동안 교반하면서 환류시켰다. 1.5kg의 정제수를 첨가하여 잔류 고형물을 용해시켰다. 하부 유기층을 예비-가온된 72L 플라스크로 분리시켰고, 이후 투명한 건조 100L 플라스크로 복귀시켰다. 용액을 0℃로 냉각시키고, 1시간 동안 유지시키고, 이후 여과시켰다. 고체 필터 케이크를 9.8kg DCM 및 5kg 헵탄의 용액으로 각각 2회 세척하고, 이후 깔때기 상에서 건조시켰다. 고형물을 트레이로 이송시키고, 일정 중량의 1.855kg 3-니트로-4-(2-옥소프로필)벤조산으로 건조시켰다. 화합물 1로부터의 전체 수율 42%. HPLC 99.45%.(Z) -methyl 4- (3-hydroxy-1-methoxy-1-oxobut-2-en-2-yl) -3-nitrobenzoate was charged to a 100 L reaction flask under nitrogen. 14.2 kg of 1,4-dioxane was added thereto and stirred. To the mixture was added a solution of 16.655 kg of concentrated HCl and 13.33 kg of purified water (6M HCl) over 2 hours while maintaining the temperature of the reaction temperature at 15 占 폚. When the addition was complete, the reaction mixture was heated to reflux (80 [deg.] C) for 24 hours, cooled to room temperature and filtered under nitrogen. The solid filter cake was pulverized with 14.8 kg of purified water, filtered, again pulverized with 14.8 kg of purified water, and filtered. The solid was returned to a 100 L flask with 39.9 kg of DCM and refluxed with stirring for 1 hour. 1.5 kg of purified water was added to dissolve the remaining solids. The lower organic layer was separated into a pre-warmed 72 L flask and then returned to a clear dry 100 L flask. The solution was cooled to 0 < 0 > C, held for 1 hour, and then filtered. The solid filter cake was washed twice each with a solution of 9.8 kg DCM and 5 kg heptane, and then dried on the funnel. The solids were transferred to trays and dried with a constant weight of 1.855 kg 3-nitro-4- (2-oxopropyl) benzoic acid. Overall yield from compound 1 42%. HPLC 99.45%.
3. N-트리틸피페라진 석시네이트 (NTP)의 제조3. Preparation of N-trityl piperazine succinate (NTP)
72L 재킷형 플라스크에 질소 하에서 1.805kg 트리페닐메틸 염화물 및 8.3kg의 톨루엔 (TPC 용액)을 충전하였다. 혼합물을 고형물이 용해될 때까지 교반하였다. 100L 재킷형 반응 플라스크에 질소 하에서 5.61kg 피페라진, 19.9kg 톨루엔, 및 3.72kg 메탄올을 첨가하였다. 혼합물을 교반하고, 0℃로 냉각시켰다. 반응 온도를 10℃ 이하로 유지시키면서 이에 4 시간에 걸쳐 TPC 용액 나누어서 서서히 첨가하였다. 혼합물을 10℃에서 1.5 시간 동안 교반하였고, 이후 14℃로 가온시켰다. 32.6kg의 정제수를 72L 플라스크에 충전하였고, 이후 내부 배치 온도를 20+/-5℃로 유지시키면서 100L 플라스크에 이송시켰다. 층을 나누어 하부 수성층을 분리하여 저장하였다. 유기층을 32kg의 정제수로 각각 3회 추출하였고, 수성층을 분리하여 저장된 수용액과 조합하였다.A 72 L jacketed flask was charged with 1.805 kg of triphenylmethyl chloride and 8.3 kg of toluene (TPC solution) under nitrogen. The mixture was stirred until the solids dissolved. To a 100 L jacketed reaction flask was added 5.61 kg of piperazine, 19.9 kg of toluene, and 3.72 kg of methanol under nitrogen. The mixture was stirred and cooled to 0 < 0 > C. The TPC solution was gradually added thereto over 4 hours while keeping the reaction temperature at 10 캜 or lower. The mixture was stirred at 10 < 0 > C for 1.5 h, then warmed to 14 < 0 > C. 32.6 kg of purified water was charged to a 72 L flask and then transferred to a 100 L flask maintaining the internal batch temperature at 20 +/- 5 < 0 > C. The lower aqueous layer was separated and stored. The organic layer was extracted three times each with 32 kg of purified water, and the aqueous layer was separated and combined with the stored aqueous solution.
잔류 유기층을 18℃로 냉각시키고, 10.87kg의 정제수 중의 석신산 847g의 용액을 유기층에 나누어 서서히 첨가하였다. 혼합물을 20+/-5℃에서 1.75 시간 동안 교반하였다. 혼합물을 여과시키고, 고형물을 2kg TBME 및 2kg의 아세톤으로 세정하고, 이후 깔때기 상에서 건조시켰다. 필터 케이크를 5.7kg 각각의 아세톤으로 2회 분쇄시키고, 분쇄들 간에 1kg의 아세톤으로 세정시켰다. 고형물을 깔때기 상에서 건조시키고, 이후 트레이로 이송시키고, 진공 오븐에서 실온으로 일정한 중량의 2.32kg의 NTP으로 건조시켰다. 수율 80%.The residual organic layer was cooled to 18 DEG C and a solution of 847 g of succinic acid in 10.87 kg of purified water was added to the organic layer and added slowly. The mixture was stirred at 20 +/- 5 < 0 > C for 1.75 hours. The mixture was filtered and the solids were washed with 2 kg TBME and 2 kg acetone and then dried on a funnel. The filter cake was pulverized twice with 5.7 kg each of acetone and washed with 1 kg of acetone between pulverizations. The solids were dried on the funnel, then transferred to a tray and dried in a vacuum oven to room temperature with a constant weight of 2.32 kg of NTP. Yield 80%.
4. (4-(2-하이드록시프로필)-3-니트로페닐)(4-트리틸피페라진-1-일)메탄온의 제조4. Preparation of (4- (2-hydroxypropyl) -3-nitrophenyl) (4-tritylpiperazin-1-yl) methanone
A. 1-(2-니트로-4(4-트리틸피페라진-1-카보닐)페닐)프로판-2-온의 제조A. Preparation of 1- (2-nitro-4 (4-tritylpiperazine-1-carbonyl) phenyl) propan-
100L 재킷형 플라스크에 질소 하에서 2kg의 3-니트로-4-(2-옥소프로필)벤조산 (3), 18.3 kg DCM, 1.845kg N-(3-디메틸아미노프로필)-N'-에틸카보디이미드 하이드로클로라이드 (EDC.HCl)을 충전하였다. 용액을 균질한 혼합물이 형성될 때까지 교반하였다. 3.048kg의 NTP를 30 분에 걸쳐 실온에서 첨가하였고, 8시간 동안 교반하였다. 5.44kg의 정제수를 반응 혼합물에 첨가하고, 30분에 걸쳐 교반하였다. 층을 분리하고, 생성물을 포함하는 하부 유기층을 배출시켜 저장하였다. 수성층을 5.65kg의 DCM으로 2회 추출하였다. 조합된 유기층을 4.08kg 정제수 중의 1.08kg 염화나트륨의 용액으로 세정하였다. 유기층을 1.068kg의 황산나트륨 상에서 건조시키고, 여과시켰다. 황산나트륨을 1.3kg의 DCM으로 세정하였다. 조합된 유기층을 252g의 실리카겔로 슬러리화시켰고, 252g의 실리카겔의 층을 포함하는 필터 깔때기를 통해 여과시켰다. 실리카겔층은 2kg의 DCM로 세정하였다. 조합된 유기층을 회전증발기로 증발시켰다. 4.8kg의 THF를 잔류물에 첨가하고, 이후 THF 중의 미정제 1-(2-니트로-4(4-트리틸피페라진-1-카보닐)페닐)프로판-2-온의 2.5 볼륨이 도달될 때까지 회전증발기 상에서 증발시켰다.To a 100 L jacketed flask was added 2 kg of 3-nitro-4- (2-oxopropyl) benzoic acid ( 3 ), 18.3 kg of DCM, 1.845 kg N- (3- dimethylaminopropyl) -N'- ethylcarbodiimide Chloride (EDC.HCl). The solution was stirred until a homogeneous mixture was formed. 3.048 kg of NTP was added over 30 minutes at room temperature and stirred for 8 hours. 5.44 kg of purified water was added to the reaction mixture and stirred over 30 minutes. The layers were separated and the lower organic layer containing the product was drained and stored. The aqueous layer was extracted twice with 5.65 kg of DCM. The combined organic layers were washed with a solution of 1.08 kg of sodium chloride in 4.08 kg of purified water. The organic layer was dried over 1.068 kg of sodium sulfate and filtered. Sodium sulfate was washed with 1.3 kg of DCM. The combined organic layers were slurried with 252 g of silica gel and filtered through a filter funnel containing a layer of 252 g of silica gel. The silica gel layer was washed with 2 kg of DCM. The combined organic layers were evaporated on a rotary evaporator. 4.8 kg of THF was added to the residue and then 2.5 volumes of crude 1- (2-nitro-4 (4-tritylpiperazine-1-carbonyl) phenyl) propan- Until evaporation on a rotary evaporator.
B. (4-(2-하이드록시프로필)-3-니트로페닐)(4-트리틸피페라진-1-일)메탄온 (5)의 제조B. Preparation of (4- (2-hydroxypropyl) -3-nitrophenyl) (4-tritylpiperazin-1-yl) methanone ( 5 )
100L 재킷형 플라스크에 질소 하에서 이전의 단계로부터의 3600 g의 4 및 9800g THF를 충전하였다. 교반된 용액을 ≤5℃로 냉각시켰다. 용액을 11525g 에탄올로 희석시키고, 194g의 나트륨 보로하이드라이드를 약 2시간에 걸쳐 ≤5℃에서 첨가하였다. 반응 혼합물을 추가의 2 시간 동안 ≤5℃에서 교반하였다. 반응물을 약 3kg의 물 중의 약 1.1kg 암모늄 염화물의 용액을 서서히 첨가하여 켄칭시켜 ≤10℃로 온도를 유지시켰다. 반응 혼합물을 추가의 30 분 동안 교반하였고, 여과시켜 무기물을 제거하였고, 100L 재킷형 플라스크에 재충전하고, 23kg의 DCM으로 추출하였다. 유기층을 분리하고, 각각 4.7kg의 DCM으로 2회 이상 추출하였다. 조합된 유기층을 약 3kg의 물 중의 약 800 g의 염화나트륨의 용액으로 세정하고, 이후 2.7kg의 황산나트륨 상에서 건조시켰다. 현탁액을 여과시키고, 필터 케이크를 2kg의 DCM으로 세정하였다. 조합된 여과물을 2.0 볼륨으로 농축시키고, 약 360 g의 에틸 아세테이트로 희석시키고, 증발시켰다. 조 생성물을 DCM과 함께 패킹된 4kg의 실리카의 실리카겔 칼럼에 질소 하에 장입하였고, 7.2kg의 DCM 중의 2.3kg 에틸 아세테이트로 용출시켰다. 조합된 분획을 증발시켰고, 잔류물을 11.7kg의 톨루엔에 용해시켰다. 톨루엔 용액을 여과시키고, 필터 케이크를 일정한 중량의 2.275kg의 화합물 5로 건조시켰다 (화합물 3으로부터의 46% 수율) HPLC 96.99%.A 100 L jacketed flask was charged with 3600 g of 4 and 9800 g of THF from the previous step under nitrogen. The stirred solution was cooled to < RTI ID = 0.0 > 5 C. < / RTI > The solution was diluted with 11525 g ethanol and 194 g of sodium borohydride was added over about 2 hours at < RTI ID = 0.0 > 5 C. < / RTI > The reaction mixture was stirred at < RTI ID = 0.0 > 5 C < / RTI > The reaction was quenched by slowly adding a solution of about 1.1 kg of ammonium chloride in about 3 kg of water to maintain the temperature at < RTI ID = 0.0 > 10 C. < / RTI > The reaction mixture was stirred for an additional 30 minutes, filtered to remove the minerals, refilled in a 100 L jacketed flask and extracted with 23 kg of DCM. The organic layer was separated and extracted twice more with 4.7 kg of DCM each. The combined organic layers were washed with a solution of about 800 g of sodium chloride in about 3 kg of water and then dried over 2.7 kg of sodium sulfate. The suspension was filtered and the filter cake was washed with 2 kg of DCM. The combined filtrates were concentrated to 2.0 volumes, diluted with about 360 g of ethyl acetate and evaporated. The crude product was charged to a silica gel column of 4 kg of silica packed with DCM under nitrogen and eluted with 2.3 kg of ethyl acetate in 7.2 kg of DCM. The combined fractions were evaporated and the residue was dissolved in 11.7 kg of toluene. The toluene solution was filtered and the filter cake was dried with a constant weight of 2.275 kg of Compound 5 (46% yield from compound 3) HPLC 96.99%.
5. 2,5-디옥소피롤리딘-1-일(1-(2-니트로-4-(4-트리페닐메틸피페라진-1 카보닐)페닐)프로판-2-일) 카보네이트 (NCP2 앵커)의 제조5. 2,5-dioxide Sophie-1-yl (1- (2-nitro-4- (4-triphenylmethyl piperazine -1-carbonyl) phenyl) propan-2-yl) carbonate (NCP2 Anchor) Manufacturing
100L 재킷형 플라스크에 질소 하에서 4.3kg의 화합물 5 (1H NMR에 의한 잔류 톨루엔에 기초하여 조정된 중량; 이하의 모든 시약을 이에 따라 조정함) 및 12.7kg 피리딘을 충전하였다. 내부 온도를 ≤35℃로 유지시키면서 이에 3.160 kg의 DSC (1H NMR에 의한 78.91 중량%)를 충전하였다. 반응 혼합물을 주위 온도로 약 22 시간 동안 에이징시키고, 이후 여과시켰다. 필터 케이크를 200 g의 피리딘으로 세정하였다. 각각 ½ 여과물 용적을 갖는 2개의 배치에서, 여과 세정물을 약 50 kg의 물 중의 약 11kg의 시트르산의 용액을 포함하는 100L 재킷형 플라스크에 서서히 충전하였고, 30 분 동안 교반시켜 고형물 침전이 이루어지게 하였다. 고형물을 필터 깔때기로 수집하였고, 세정당 4.3kg의 물로 1회 세정하였고, 진공 하에서 필터 깔때기 상에서 건조시켰다.A 100 L jacketed flask was charged with 4.3 kg of Compound 5 (adjusted weight based on residual toluene by 1 H NMR; all reagents below were adjusted accordingly) and 12.7 kg of pyridine under nitrogen. 3.160 kg of DSC (78.91 wt% by < 1 > H NMR) were charged to it while maintaining the internal temperature at < The reaction mixture was aged at ambient temperature for about 22 hours and then filtered. The filter cake was washed with 200 g of pyridine. In two batches each having a filtrate volume, the filtrate was slowly charged to a 100 L jacketed flask containing about 11 kg of a solution of about 11 kg of citric acid in water and stirred for 30 minutes to allow solids precipitation to take place Respectively. The solids were collected on a filter funnel, washed once with 4.3 kg water per wash and dried on a filter funnel under vacuum.
조합된 고형물을 100L 재킷형 플라스크에 충전시켰고, 28kg의 DCM에 용해시키고, 4.3kg의 물 중의 900 g의 탄산칼륨의 용액으로 세정하였다. 1시간 이후, 층을 분리시키고, 수성층을 제거하였다. 유기층을 10kg의 물로 세정하였고, 분리하였고, 3.5kg의 황산나트륨 상에서 건조시켰다. DCM을 여과시키고, 증발시키고, 진공 하에서 6.16kg의 NCP2 앵커로 건조시켰다 (114% 수율). The combined solids were charged to a 100 L jacketed flask, dissolved in 28 kg of DCM and washed with a solution of 900 g of potassium carbonate in 4.3 kg of water. After 1 hour, the layers were separated and the aqueous layer was removed. The organic layer was washed with 10 kg of water, separated, and dried over 3.5 kg of sodium sulfate. The DCM was filtered, evaporated, and purified under vacuum with 6.16 kg of NCP2 anchor Dried (114% yield).
실시예 2: 앵커 장입된 수지 합성Example 2: Synthesis of anchored resin
75L 고상 합성 반응기에 약 52L의 NMP 및 2600 g의 아미노메틸 폴리스티렌 수지를 충전하였다. 수지를 NMP 중에서 교반하여 약 2시간 동안 팽윤시키고, 이후 배출시켰다. 수지를 세정당 약 39L DCM으로 2회 세정하였고, 이후 세정당 39L 중화 용액으로 2회 세정하였고, 이후 세정당 39L의 DCM으로 2회 세정하였다. NCP2 앵커 용액을 교반 수지 용액에 서서히 첨가하였고, 24시간 동안 실온에서 교반하였고, 배출시켰다. 수지를 세정당 39L의 NMP로 4회 세정하였고, 세정당 39L의 DCM로 6회 세정하였다. 수지를 처리하고, 30분 동안 ½ DEDC 캡핑 용액과 함께 교반하였고, 배출시키고, 처리하고, 30 분 동안 2회차 ½의 DEDC 캡핑 용액과 함께 교반하고 배출시켰다. 수지를 세정당 39L의 DCM으로 6회 세정하였고, 이후 오분에서 일정한 중량의 3573.71g의 앵커 장입된 수지로 건조시켰다.A 75 L solid-phase synthesis reactor was charged with about 52 L of NMP and 2600 g of aminomethyl polystyrene resin. The resin was swollen in NMP for about 2 hours and then drained. The resin was washed twice with about 39 L DCM per wash, then twice with 39 L neutralization solution per wash, then twice with 39 L DCM per wash. The NCP2 anchor solution was slowly added to the stirred resin solution, stirred for 24 hours at room temperature and drained. The resin was washed 4 times with 39 L of NMP per wash and washed 6 times with 39 L of DCM per wash. The resin was treated, stirred with a DEDC capping solution for 30 minutes, drained, treated, stirred with DEDC capping solution two times for 30 minutes and discharged. The resin was washed 6 times with 39 L of DCM per wash and then dried at 35 minutes with a constant weight of 3573.71 g of anchor charged resin.
실시예 3: 활성화된 EG3 테일의 제조Example 3: Preparation of activated EG3 tail
1. 트리틸 피페라진 페닐 카바메이트 (35)의 제조1. Preparation of trityl piperazine phenylcarbamate (35)
디클로로메탄 (6 mL/g NTP) 중의 NTP의 냉각된 현탁액에 물 중의 탄산칼륨 (3.2 eq)의 용액 (4 mL/g 탄산칼륨)을 첨가하였다. 이러한 2상 혼합물에 디클로로메탄 중의 페닐 클로로포르메이트 (1.03 eq)의 용액 (2 g/g 페닐 클로로포르메이트)을 서서히 첨가하였다. 반응 혼합물을 20℃로 가온시켰다. 반응 완료시 (1-2 hr), 층을 분리하였다. 유기층을 물로 세정하고, 무수탄산칼륨 상에서 건조시켰다. 생성물 35를 아세토니트릴로부터의 결정화에 의해 분리하였다. 수율=80%.To a cooled suspension of NTP in dichloromethane (6 mL / g NTP) was added a solution of potassium carbonate (3.2 eq) in water (4 mL / g potassium carbonate). To this biphasic mixture was slowly added a solution of phenyl chloroformate (1.03 eq) in dichloromethane (2 g / g phenyl chloroformate). The reaction mixture was allowed to warm to 20 < 0 > C. Upon completion of the reaction (1-2 hr), the layers were separated. The organic layer was washed with water and dried over anhydrous potassium carbonate. The product 35 was isolated by crystallization from acetonitrile. Yield = 80%.
2. 카바메이트 알코올 (36)의 제조2. Preparation of carbamate alcohol (36)
수소화나트륨 (1.2 eq)을 1-메틸-2-피롤리디논 (32 mL/g 수소화나트륨)에 현탁시켰다. 이러한 현탁액에 트리에틸렌 글리콜 (10.0 eq) 및 화합물 35 (1.0 eq)을 첨가하였다. 수득한 슬러리를 95℃로 가열하였다. 반응 완료시 (1-2 hr), 혼합물을 20℃로 냉각시켰다. 이러한 혼합물에 30% 디클로로메탄/메틸 tert-부틸 에테르 (v:v) 및 물을 첨가하였다. 생성물-함유 유기층을 연속적으로 수성 NaOH, 수성 석신산, 및 포화된 수성 염화나트륨으로 세정하였다. 디클로로메탄/메틸 tert-부틸 에테르/헵탄으로부터의 결정화에 의해 생성물 36을 분리하였다. 수율=90%.Sodium hydride (1.2 eq) was suspended in 1-methyl-2-pyrrolidinone (32 mL / g sodium hydride). Triethyleneglycol (10.0 eq) and Compound 35 (1.0 eq) were added to this suspension. The obtained slurry was heated to 95 캜. Upon completion of the reaction (1-2 hr), the mixture was cooled to 20 占 폚. To this mixture was added 30% dichloromethane / methyl tert-butyl ether (v: v) and water. The product-containing organic layer was washed successively with aqueous NaOH, aqueous succinic acid, and saturated aqueous sodium chloride. The product 36 was isolated by crystallization from dichloromethane / methyl tert-butyl ether / heptane. Yield = 90%.
3. EG3 테일 산 (37)의 제조3. Preparation of EG3 tail acid (37)
테트라하이드로푸란 (7 mL/g 36) 중의 화합물 36의 용액에 석신산 무수물 (2.0 eq) 및 DMAP (0.5 eq)를 첨가하였다. 혼합물을 50℃로 가열하였다. 반응 완료시 (5 hr), 혼합물을 20℃로 냉각시키고, 수성 NaHCO3로 pH 8.5로 조정하였다. 메틸 tert-부틸 에테르를 첨가하였고, 생성물을 수성층에서 추출하였다. 디클로로메탄을 첨가하고, 혼합물을 수성 시트르산으로 pH 3으로 조정하였다. 생성물-함유 유기층을 pH=3 시트레이트 완충액 및 포화된 수성 염화나트륨의 혼합물로 세정하였다. 37의 이러한 디클로로메탄 용액을 화합물 38의 제조시 분리 없이 사용하였다.To the solution of 36 in tetrahydrofuran (7 mL / g 36) was added succinic anhydride (2.0 eq) and DMAP (0.5 eq). The mixture was heated to 50 < 0 > C. Upon completion of the reaction (5 hr), the mixture was cooled to 20 < 0 > C and adjusted to pH 8.5 with aqueous NaHCO3. Methyl tert-butyl ether was added and the product was extracted from the aqueous layer. Dichloromethane was added and the mixture was adjusted to pH 3 with aqueous citric acid. The product-containing organic layer was washed with a mixture of pH = 3 citrate buffer and saturated aqueous sodium chloride. This dichloromethane solution of 37 was used without isolation in the preparation of compound 38.
4. 활성화된 EG3 테일 (38)의 제조4. Production of activated EG3 tail (38)
화합물 37의 용액에 N-하이드록시-5-노르보르넨-2,3-디카복실산 이미드 (HONB) (1.02 eq), 4-디메틸아미노피리딘 (DMAP) (0.34 eq), 그 다음 1-(3-디메틸아미노프로필)-N'-에틸카보디이미드 하이드로클로라이드 (EDC) (1.1 eq)를 첨가하였다. 혼합물을 55℃로 가열하였다. 반응 완료시 (4-5 hr), 혼합물을 20℃로 냉각시키고, 연속적으로 1:1 0.2 M 시트르산/염수 및 염수로 세정하였다. 디클로로메탄 용액을 아세톤, 그 다음 N,N-디메틸포름아미드으로 용매 교환시키고, 생성물을 포화된 수성 염화나트륨으로의 아세톤/N,N-디메틸포름아미드으로부터의 침전에 의해 분리하였다. 조 생성물을 수중에서 수회 재슬러리화시켜 잔류 N,N-디메틸포름아미드 및 염을 제거하였다. 화합물 36으로부터의 활성화된 EG3 테일 38의 수율=70%.To a solution of compound 37 was added N-hydroxy-5-norbornene-2,3-dicarboxylic acid imide (HONB) (1.02 eq), 4- dimethylaminopyridine (DMAP) (0.34 eq) 3-dimethylaminopropyl) -N'-ethylcarbodiimide hydrochloride (EDC) (1.1 eq) was added. The mixture was heated to 55 < 0 > C. Upon completion of the reaction (4-5 hr), the mixture was cooled to 20 ° C and washed successively with 1: 1 0.2 M citric acid / brine and brine. The dichloromethane solution was solvent exchanged with acetone, then N, N-dimethylformamide and the product was separated by precipitation from acetone / N, N-dimethylformamide with saturated aqueous sodium chloride. The crude product was reslurried a few times in water to remove residual N, N-dimethylformamide and salts. Yield of activated EG3 tail 38 from compound 36 = 70%.
실시예 4: 카시머센 [올리고머성 화합물 (XII)] 미정제 약물 물질의 50L 고체상 합성Example 4: Kashimermene [oligomeric compound (XII)] 50 L solid phase synthesis of crude drug substance
1. 물질1. Substance
[표 2] 개시 물질[ Table 2 ] Starting material
개시 물질의 화학 구조:Chemical structure of starting material:
A. 활성화된 EG3 테일A. Activated EG3 tail
B. 활성화된 C 서브유닛 (제조용, 미국 특허 번호 8,067,571 참조)B. Activated C subunit (for manufacture, see U.S. Pat. No. 8,067,571)
화합물 (D1) Compound (D1)
C. 활성화된 A 서브유닛 (제조용, 미국 특허 번호 8,067,571 참조)C. Activated A subunit (for manufacture, see U.S. Patent No. 8,067,571)
화합물 (F1) Compound (F1)
D. 활성화된 DPG 서브유닛 (제조용, WO 2009/064471 참조)D. Activated DPG subunit (for preparation, WO 2009/064471)
화합물 (E1) Compound (E1)
E. 활성화된 T 서브유닛 (제조용, WO 2013/082551 참조)E. Activated T subunit (for preparation, see WO 2013/082551)
화합물 (G1) The compound (G1)
F. 앵커 장입된 수지F. Anchored resin
화학식 (I) (I)
식 중, R1은 지지체-매체이다.In the formula, R 1 is a support - a medium.
[표 3] 카시머센 미정제 약물 물질의 고상 올리고머합성용 용액의 설명[ Table 3 ] Description of Solution for Synthesis of Solid Oligomer of Kashimerchen crude drug substance
약물 물질Drug substance
2. 카시머센 미정제 약물 물질의 합성2. Synthesis of Kashimersen crude drug substance
A. 수지 팽윤A. Resin swelling
750 g의 앵커 장입된 수지 및 10.5 L의 NMP를 50L 실란화 반응기에 충전하였고, 3시간 동안 교반하였다. NMP를 배출시키고, 앵커 장입된 수지를 각각 5.5L DCM로 2회 세정하고, 각각 5.5L 30% TFE/DCM로 2회 세정하였다.750 g of anchor charged resin and 10.5 L of NMP were charged to a 50 L silanation reactor and stirred for 3 hours. The NMP was drained and the anchored resin was washed twice with 5.5 L DCM each time and twice with 5.5 L 30% TFE / DCM.
B. 사이클 0: EG3 테일 커플링B. Cycle 0: EG3 tail coupling
앵커 장입된 수지를 각각 5.5L 30% TFE/DCM으로 3회 세정하였고, 배출시키고, 15분 동안 5.5L의 CYFTA 용액으로 세정하였고, 다시 배출하지 않고 15 분 동안 5.5L의 CYTFA 용액으로 세정하고, 이에 122 mL의 1:1 NEM/DCM를 충전하였고, 현탁액을 2분 동안 교반하고, 배출시켰다. 수지를 5.5L 중화 용액으로 10분 동안 1회 세정하고 5.5 L의 중화 용액으로 5분 동안 2회 배출하고 그 다음 5.5 L 각각의 DCM으로 2회 배출하고 배출했다. 3 L의 DMI 중 706.2 g의 활성화된 EG3 테일 (MW 765.85) 및 234 mL의 NEM의 용액을 수지에 충전하고 3시간 동안 rt에서 교반하고 배출했다. 수지를 5.5 L의 중화 용액으로 10분 동안 1회 세정하고 5.5 L의 중화 용액으로 5분 동안 1회 배출하고 5.5 L의 DCM으로 1회 배출하고 배출했다. 2680 mL NMP 중 374.8 g의 벤조산 무수물 및 195 mL NEM의 용액을 충전하고 15분 동안 교반하고 배출했다. 수지를 5.5 L의 중화 용액으로 10분 동안 1회 세정하고 5.5 L의 중화 용액으로 5분 동안 1회 배출하고 5.5 L의 DCM으로 1회 배출하고 5.5 L 각각의 30% TFE/DCM으로 2회 배출했다. 수지를 5.5 L의 30% TFE/DCM 에 현탁시키고 14시간 동안 유지했다.The anchor charged resin was washed three times with 5.5 L of 30% TFE / DCM each time, drained, washed with 5.5 L of CYFTA solution for 15 minutes, washed with 5.5 L of CYTFA solution for 15 minutes without draining again, To this was charged 122 mL of 1: 1 NEM / DCM and the suspension was stirred for 2 minutes and drained. The resin was washed once with a 5.5 L neutralization solution for 10 minutes and then twice with 5.5 L of neutralizing solution for 5 minutes, then twice with 5.5 L each of DCM and discharged. A solution of 706.2 g of activated EG3 tail (MW 765.85) and 234 mL of NEM in 3 L of DMI was charged to the resin and stirred at rt for 3 hours and drained. The resin was washed once with 5.5 L of neutralizing solution for 10 minutes, once with 5.5 L of neutralizing solution for 5 minutes, once with 5.5 L of DCM and then drained. A solution of 374.8 g of benzoic anhydride and 195 mL of NEM in 2680 mL NMP was charged and stirred and discharged for 15 minutes. The resin was washed once with 5.5 L of neutralizing solution for 10 minutes, once with 5.5 L of neutralizing solution for 5 minutes, once with 5.5 L of DCM and twice with 5.5 L of 30% TFE / DCM did. The resin was suspended in 5.5 L of 30% TFE / DCM and held for 14 hours.
C. 서브유닛 커플링 사이클 1-22C. Subunit Coupling Cycle 1-22
i. 예비-커플링 처리i. Pre-coupling treatment
표 4에 기재된 바와 같은 각각의 커플링 사이클 이전에 수지를 1) 30% TFE/DCM으로 세정하고; 2) a) 15분 동안 CYTFA 용액으로 처리하고 배출시키고, b) 15분 동안 CYTFA 용액으로 처리하고, 이에 1:1 NEM/DCM을 첨가하고, 교반하고, 배출시키고; 3) 중화 용액으로 3회 교반하였고; 4) DCM으로 2회 세정하였다. 표 4 참조.Prior to each coupling cycle as described in Table 4, the resin was washed 1) with 30% TFE / DCM; 2) a) treat and discharge with CYTFA solution for 15 minutes, b) treat with CYTFA solution for 15 minutes, add 1: 1 NEM / DCM thereto, stir, drain; 3) stirred three times with a neutralizing solution; 4) Two times with DCM. See Table 4.
ii. 커플링후 처리ii. Coupling Post Treatment
표 4에 기재된 바와 같이 각각의 서브유닛 용액을 배출시킨 이후, 수지를 1) DCM으로 세정하고; 2) 30% TFE/DCM으로 3회 세정하였다. 수지를 다음 커플링 사이클 이전에 일정 기간 동안 유지시켰고, 제3 TFE/DCM 세정물을 배출시키지 않고, 수지를 상기 TFE/DCM 세정액에서 유지시켰다. 표 4 참조.After draining each subunit solution as described in Table 4, the resin was washed with 1) DCM; 2) 3 times with 30% TFE / DCM. The resin was held for a period of time before the next coupling cycle and the resin was retained in the TFE / DCM scrubbing liquid without draining the third TFE / DCM scrubbing. See Table 4.
iii. 활성화된 서브유닛 커플링 사이클iii. Activated subunit coupling cycle
커플링 사이클을 표 4에 기재된 바와 같이 수행하였다.Coupling cycles were performed as described in Table 4.
iv. 최종 IPA 세정iv. Final IPA cleaning
표 4에 기재된 바와 같이 최종 커플링 단계를 수행한 이후, 수지를 각각 19.5L IPA로 8회 세정하였고, 진공 하에 약 63.5 시간 동안 실온에서 4523 g의 건조 중량으로 건조시켰다.After performing the final coupling step as described in Table 4, the resin was each washed eight times with 19.5 L IPA and dried under vacuum at about 63.5 hours at room temperature and at a dry weight of 4523 g.
D. 절단D. Cutting
상기 수지 결합된 카시머센 미정제 약물 물질을 2개의 로트(lot)로 분리하였고, 각 로트를 하기와 같이 처리하였다. 2개의 2261.5g 로트의 수지를 1) 2시간 동안 10L의 NMP와 함께 교반시키고, 이후 NMP를 배출시키고; 2) 각각 10L의 30% TFE/DCM으로 3회 세정하였고; 3) 15분 동안 10L CYTFA 용액으로 처리하였고; 4) 15 분 동안 10L의 CYTFA 용액으로 처리하였고, 이에 130ml 1:1 NEM/DCM을 첨가하였고, 2분 동안 교반하고, 배출시켰다. 수지를 각각 10L 중화 용액으로 3회 처리하고, 10L의 DCM으로 6회 세정하였고, 각각 10L NMP로 8회 세정하였다. 수지를 2시간 동안 6.96L NMP 중의 1530.4g DTT 및 2980 DBU의 절단 용액으로 처리하여 카시머센 미정제 약물 물질을 수지로부터 탈착시켰다. 절단 용액을 배출시키고, 별개의 용기에서 유지시켰다. 반응기 및 수지를 4.97L의 NMP로 세정하고, 이를 절단 용액과 함께 조합시켰다.The resin-bound kashimenosine crude drug substance was separated into two lots and each lot was treated as follows. Two 2261.5 g lots of resin were stirred 1) with 10 L of NMP for 2 hours, after which the NMP was drained; 2) washed three times with 10 L each of 30% TFE / DCM; 3) treated with 10 L CYTFA solution for 15 min; 4) treated with 10 L of CYTFA solution for 15 min, then 130 ml 1: 1 NEM / DCM was added, stirred for 2 min and drained. The resin was treated 3 times with 10 L each of neutralizing solution, 6 times with 10 L of DCM and 8 times with 10 L of NMP each. The resin was treated with a cleavage solution of 1530.4 g DTT and 2980 DBU in 6.96 L NMP for 2 hours to desorb the kashimercan crude drug substance from the resin. The cutting solution was drained and kept in a separate vessel. The reactor and resin were washed with 4.97 L of NMP and combined with the cleavage solution.
E. 탈보호E. Deprotection
조합된 절단 용액 및 NMP 세정물을 압력 용기로 이송시켰고, 이에 냉동고에서 -10℃ 내지 -25℃의 온도로 냉각된 39.8L의 NH4OH (NH3·H2O)를 첨가하였다. 압력 용기를 밀봉하고, 16시간 동안 45℃로 가열시키고, 이후 25℃로 냉각시켰다. 카시머센 미정제 약물 서브스턴스를 함유하는 상기 탈호보 용액을 용매 제거 전에 정제수로 3:1로 희석했다. 용매 제거 동안에, 탈보호 용액의 pH를 2M 인산으로 3.0 으로, 그 다음 NH4OH로 pH 8.03로 조정했다. HPLC: C18 80.93% (도 1) 및 SCX-10 84.4% (도 2).The combined cleavage solution and NMP scrubbing was transferred to a pressure vessel where 39.8 L of NH 4 OH (NH 3 .H 2 O) cooled to -10 ° C to -25 ° C in the freezer was added. The pressure vessel was sealed, heated to 45 占 폚 for 16 hours, and then cooled to 25 占 폚. The dehoboka solution containing the kashimerchen crude drug substance was diluted to 3: 1 with purified water before removing the solvent. During solvent removal, to 3.0 the pH of the solution was de-protected with 2M phosphoric acid, and then was adjusted to a pH 8.03 NH 4 OH. HPLC: C18 80.93% ( FIG. 1 ) and SCX-10 84.4% ( FIG. 2) .
실시예 5: 카시머센 미정제 약물 물질의 정제Example 5: Purification of kashimerchen crude drug substance
카시머센 미정제 약물 물질을 포함하는 실시예 4, E 부분으로부터의 탈보호 용액을 ToyoPearl Super-Q 650S 음이온교환수지 (Tosoh Bioscience)의 칼럼 상에 장입하였고, 17 칼럼 볼륨 (완충액 A: 10 mM 수산화나트륨; 완충액 B: 10 mM 수산화나트륨 중의 1M 염화나트륨)에 걸쳐 0-35% B의 구배로 용출시켰고, 허용가능한 순도 (C18 및 SCX HPLC)의 분획을 정제된 약물 생성물 용액으로 모집하였다. HPLC: 97.74% (C18; 도 3) 94.58% (SCX; 도 4).The deprotection solution from Example 4, Part E, containing the kashimerchen crude drug substance, was loaded onto a column of ToyoPearl Super-Q 650S anion exchange resin (Tosoh Bioscience) and eluted at 17 column volumes (Buffer A: (Buffer B: 1 M sodium chloride in 10 mM sodium hydroxide), and fractions of acceptable purity (C18 and SCX HPLC) were collected into the purified drug product solution. HPLC: 97.74% (C18; Figure 3) 94.58% (SCX; Figure 4).
정제된 약물 서브스턴스 용액을 탈염하고 1477.82 g 정제된 카시머센 약물 서브스턴스로 동결건조시켰다. 수율 63.37%; HPLC: 96.045% (도 5; C18) 96.346% (도 6; SCX).The purified drug substance solution was desalted and lyophilized with 1477.82 g purified kashimersin drug substance. Yield 63.37%; HPLC: 96.045% ( Figure 5 ; C18) 96.346% ( Figure 6 ; SCX).
[표 5] 두문자어[ Table 5 ] acronyms
참조로의 편입Transfer to Reference
본 출원 전반에 인용된 모든 참조문헌 (문헌 참조, 공표된 특허, 공개된 특허 출원, 및 동시계류 중인 특허 출원 포함)은 그 전문이 본원에 명백하게 편입되어 있다. 달리 정의되지 않는 한, 본원에 사용되는 모든 기술 및 과학 용어는 당해 분야의 숙련가에게 일반적으로 알려진 의미를 따른다.All references (including literature references, published patents, published patent applications, and co-pending patent applications) cited throughout this application are expressly incorporated herein by reference. Unless otherwise defined, all technical and scientific terms used herein have the same meaning as commonly known to those skilled in the art.
균등물Equalization
당해 분야의 숙련가는 단지 일상적인 실험과정을 사용하여 본원에 기재된 개시내용의 특정 구현예의 다수의 균등물을 인지하거나 또는 확인할 수 있다. 이러한 균등물은 하기 청구항에 의해 포함되는 것으로 의도된다.Skilled artisans may recognize or ascertain to many equivalents of the specific embodiments of the disclosure described herein using only routine experimentation. Such equivalents are intended to be encompassed by the following claims.
Claims (22)
식 중, n은 10 내지 40의 정수이고, 그리고 각각의 R2는 각 경우에 대해 독립적으로 하기로 이루어진 군으로부터 선택됨:
여기서 상기 방법은 하기의 순차적인 단계를 포함하는 화학식 (A)의 올리고머성 화합물의 제조 방법:
(a) 하기 화학식 (A1)의 화합물을 탈블로킹제와 접촉시켜 하기 화학식 (II)의 화합물을 형성하는 단계:
식 중, R1은 지지체-매체이고, R3는 트리틸, 모노메톡시트리틸, 디메톡시트리틸 및 트리메톡시트리틸로 이루어진 군으로부터 선택됨;
식 중, R1은 지지체-매체임,
(b) 화학식 (II)의 화합물을 하기 화학식 (A2)의 화합물과 접촉시켜 하기 화학식 (A3)의 화합물을 형성하는 단계:
식 중, R3는 트리틸, 모노메톡시트리틸, 디메톡시트리틸 및 트리메톡시트리틸로 이루어진 군으로부터 선택됨;
식 중, R1은 지지체-매체이고, R3는 트리틸, 모노메톡시트리틸, 디메톡시트리틸 및 트리메톡시트리틸로 이루어진 군으로부터 선택됨;
(c) 화학식 (A3)의 화합물을 탈블로킹제와 접촉시켜 하기 화학식 (IV)의 화합물을 형성하는 단계:
식 중, R1은 지지체-매체임,
(d) 화학식 (IV)의 화합물을 하기 화학식 (A4)의 화합물과 접촉시켜 하기 화학식 (A5)의 화합물을 형성하는 단계:
식 중, R3는 트리틸, 모노메톡시트리틸, 디메톡시트리틸 및 트리메톡시트리틸로 이루어진 군으로부터 선택되고, R4는 하기로 이루어진 군으로부터 선택됨:
식 중, R1은 지지체-매체이고, R3는 트리틸, 모노메톡시트리틸, 디메톡시트리틸 및 트리메톡시트리틸로 이루어진 군으로부터 선택되고,
R4는 하기로 이루어진 군으로부터 선택됨:
(e) 하기의 순차적인 단계의 n-1 반복을 수행하여 화학식 (A9)의 화합물을 형성하는 단계:
(e1) 직전 단계에 의해 형성된 생성물을 탈블로킹제와 접촉시키는 단계; 및
(e2) 직전 단계에 의해 화합물을 하기 화학식 (A8)의 화합물과 접촉시키는 단계:
식 중, R3는 트리틸, 모노메톡시트리틸, 디메톡시트리틸 및 트리메톡시트리틸로 이루어진 군으로부터 선택되고, R4는 각 경우에 대해 독립적으로 하기로 이루어진 군으로부터 선택되는 화학식 (A8)의 화합물임:
식 중, n은 10 내지 40의 정수이고, R1은 지지체-매체이고, R3는 트리틸, 모노메톡시트리틸, 디메톡시트리틸 및 트리메톡시트리틸로 이루어진 군으로부터 선택되고, R4는 각 경우에 대해 독립적으로 하기로 이루어진 군으로부터 선택됨:
(f) 화학식 (A9)의 화합물을 탈블로킹제와 접촉시켜 하기 화학식 (A10)의 화합물을 형성하는 단계:
식 중, n은 10 내지 40의 정수이고, R1은 지지체-매체이고, R4는 각 경우에 대해 독립적으로 하기로 이루어진 군으로부터 선택됨:
(g) 화학식 (A10)의 화합물을 절단제와 접촉시켜 하기 화학식 (A11)의 화합물을 형성하는 단계:
식 중, n은 10 내지 40의 정수이고, R4는 각 경우에 대해 독립적으로 하기로 이루어진 군으로부터 선택됨:
(h) 화학식 (A11)의 화합물을 탈보호제와 접촉시켜 화학식 (A)의 올리고머성 화합물을 형성하는 단계.A process for preparing an oligomeric compound of the formula (A)
Wherein n is an integer from 10 to 40 and each R < 2 > is independently for each occurrence selected from the group consisting of:
Wherein the process comprises the following sequential steps of preparing an oligomeric compound of formula (A):
(a) contacting a compound of formula (A1) with a deblocking agent to form a compound of formula (II): < EMI ID =
Wherein R 1 is a support-medium and R 3 is selected from the group consisting of trityl, monomethoxytrityl, dimethoxytrityl and trimethoxytrityl;
Wherein, R 1 is a support-medium of,
(b) contacting a compound of formula (II) with a compound of formula (A2) to form a compound of formula (A3)
Wherein R 3 is selected from the group consisting of trityl, monomethoxytrityl, dimethoxytrityl and trimethoxytrityl;
Wherein R 1 is a support-medium and R 3 is selected from the group consisting of trityl, monomethoxytrityl, dimethoxytrityl and trimethoxytrityl;
(c) contacting the compound of formula (A3) with a deblocking agent to form a compound of formula (IV): < EMI ID =
Wherein, R 1 is a support-medium of,
(d) contacting a compound of formula (IV) with a compound of formula (A4) to form a compound of formula (A5)
Wherein R 3 is selected from the group consisting of trityl, monomethoxytrityl, dimethoxytrityl and trimethoxytrityl, and R 4 is selected from the group consisting of:
Wherein R 1 is a support-medium and R 3 is selected from the group consisting of trityl, monomethoxytrityl, dimethoxytrityl and trimethoxytrityl,
R < 4 > is selected from the group consisting of
(e) performing an n-1 repetition of the following sequential steps to form a compound of formula (A9):
(e1) contacting the product formed by the immediately preceding step with a deblocking agent; And
(e2) contacting the compound with a compound of formula (A8)
Wherein R 3 is selected from the group consisting of trityl, monomethoxytrityl, dimethoxytrityl and trimethoxytrityl, and R 4 is independently for each occurrence a group selected from the group consisting of: A8) < / RTI >
Wherein n is an integer from 10 to 40 and R 1 is a support medium and R 3 is selected from the group consisting of trityl, monomethoxytrityl, dimethoxytrityl and trimethoxytrityl, R 4 is independently selected for each occurrence from the group consisting of:
(f) contacting a compound of formula (A9) with a deblocking agent to form a compound of formula (A10): < EMI ID =
Wherein n is an integer from 10 to 40, R 1 is a support-medium and R 4 is independently selected for each occurrence from the group consisting of:
(g) contacting a compound of formula (A10) with a cleavage agent to form a compound of formula (A11): < EMI ID =
Wherein n is an integer from 10 to 40 and R < 4 > is independently for each occurrence selected from the group consisting of:
(h) contacting the compound of formula (A11) with a deprotecting agent to form an oligomeric compound of formula (A).
식 중, R3는 트리틸, 모노메톡시트리틸, 디메톡시트리틸 및 트리메톡시트리틸로 이루어진 군으로부터 선택되고,
R4는 하기로부터 선택됨:
Wherein R 3 is selected from the group consisting of trityl, monomethoxytrityl, dimethoxytrityl and trimethoxytrityl,
R 4 is selected from:
식 중, R1은 지지체-매체이고,
R3는 트리틸, 모노메톡시트리틸, 디메톡시트리틸 및 트리메톡시트리틸로 이루어진 군으로부터 선택되고,
R4는 하기로부터 선택됨:
Wherein R < 1 > is a support-medium,
R 3 is selected from the group consisting of trityl, monomethoxytrityl, dimethoxytrityl and trimethoxytrityl,
R 4 is selected from:
식 중, R3는 트리틸, 모노메톡시트리틸, 디메톡시트리틸 및 트리메톡시트리틸로 이루어진 군으로부터 선택되고,
R4는 화학식 (A8a)의 화합물의 각 경우에 대해 독립적으로 하기로 이루어진 군으로부터 선택됨:
Wherein R 3 is selected from the group consisting of trityl, monomethoxytrityl, dimethoxytrityl and trimethoxytrityl,
R < 4 > is independently selected for each occurrence of the compound of formula (A8a)
식 중, n은 10 내지 40의 정수이고,
R1은 지지체-매체이고,
R3는 트리틸, 모노메톡시트리틸, 디메톡시트리틸 및 트리메톡시트리틸로 이루어진 군으로부터 선택되고,
R4는 각 경우에 대해 독립적으로 하기로 이루어진 군으로부터 선택됨:
Wherein n is an integer of 10 to 40,
R 1 is a support-medium,
R 3 is selected from the group consisting of trityl, monomethoxytrityl, dimethoxytrityl and trimethoxytrityl,
R < 4 > is independently selected for each occurrence from the group consisting of:
식 중, n은 10 내지 40의 정수이고,
R1은 지지체-매체이고,
R4는 각 경우에 대해 독립적으로 하기로 이루어진 군으로부터 선택됨:
Wherein n is an integer of 10 to 40,
R 1 is a support-medium,
R < 4 > is independently selected for each occurrence from the group consisting of:
식 중, n은 10 내지 40의 정수이고,
R4는 각 경우에 대해 독립적으로 하기로 이루어진 군으로부터 선택됨:
Wherein n is an integer of 10 to 40,
R < 4 > is independently selected for each occurrence from the group consisting of:
상기 화학식 (A)의 올리고머성 화합물은 하기 화학식 (C)의 화합물 또는 이의 약제학적으로 허용가능한 염인 방법:
Wherein the oligomeric compound of formula (A) is a compound of formula < RTI ID = 0.0 > (C) < / RTI &
하기의 순차적인 단계를 포함하는 방법:
(a) 하기 화학식 (I)의 화합물을 탈블로킹제와 접촉시켜 하기 화학식 (II)의 화합물을 형성하는 단계:
식 중, R1은 지지체-매체임,
식 중, R1은 지지체-매체임,
(b) 상기 화학식 (II)의 화합물을 하기 화합물 (B)와 접촉시켜 하기 화학식 (III)의 화합물을 형성하는 단계:
식 중, R1은 지지체-매체임,
(c) 상기 화학식 (III)의 화합물을 탈블로킹제와 접촉시켜 하기 화학식 (IV)의 화합물을 형성하는 단계:
식 중, R1은 지지체-매체임,
(d) 상기 화학식 (IV)의 화합물을 하기 화학식 (D)의 화합물과 접촉시켜 하기 화학식 (V)의 화합물을 형성하는 단계:
식 중, R1은 지지체-매체임,
(e) 상기 화학식 (V)의 화합물을 탈블로킹제와 접촉시켜 하기 화학식 (VI)의 화합물을 형성하는 단계:
식 중, R1은 지지체-매체임,
(f) 상기 화학식 (VI)의 화합물을 하기 화학식 (g1)의 화합물과 접촉시켜 하기 화학식 (VII)의 화합물을 형성하는 단계:
식 중, R1은 지지체-매체임,
(g) 하기의 순차적인 단계의 20회 반복을 수행하여 하기 화학식 (IX)의 화합물을 형성하는 단계:
(g1) 직전 단계에 의해 형성된 생성물을 탈블로킹제와 접촉시키는 단계; 및
(g2) 직전 단계에 의해 형성된 화합물을 하기 화학식 (VIII)의 화합물과 접촉시키는 단계:
식 중, R2는 화학식 (VIII)의 각각의 화합물에 대해 독립적으로 하기로 이루어진 군으로부터 선택됨:
여기서, 1 내지 20의 각각의 반복의 경우, R2는 하기의 것임:
식 중, R1은 지지체-매체이고,
R2는 각 경우에 대해 독립적으로 하기로 이루어진 군으로부터 선택됨:
여기서, R2는 5'에서 3'으로 각각의 위치 1 내지 22에서 하기의 것임:
(h) 화학식 (IX)의 화합물을 탈블로킹제와 접촉시켜 하기 화학식 (X)의 화합물을 형성하는 단계:
식 중, R1은 지지체-매체임,
R2는 각 경우에 대해 독립적으로 하기로 이루어진 군으로부터 선택됨:
R2는 5'에서 3'으로 각각의 위치 1 내지 22에서 하기의 것이다:
(i) 상기 화학식 (X)의 화합물을 절단제와 접촉시켜 하기 화학식 (XI)의 화합물을 형성하는 단계:
식 중, R2는 각 경우에 대해 독립적으로 하기로 이루어진 군으로부터 선택됨:
R2는 5'에서 3'으로 각각의 위치 1 내지 22에서 하기의 것임: 및
(j) 상기 화학식 (XI)의 화합물을 탈보호제와 접촉시켜 화학식 (C)의 올리고머성 화합물을 형성하는 단계.The process according to claim 1, wherein for the preparation of the oligomeric compounds of formula (C)
A method comprising the following sequential steps:
(a) contacting a compound of formula (I) with a deblocking agent to form a compound of formula (II): < EMI ID =
Wherein, R 1 is a support-medium of,
Wherein, R 1 is a support-medium of,
(b) contacting the compound of formula (II) with the following compound (B) to form a compound of formula (III)
Wherein, R 1 is a support-medium of,
(c) contacting the compound of formula (III) with a deblocking agent to form a compound of formula (IV): < EMI ID =
Wherein, R 1 is a support-medium of,
(d) contacting the compound of formula (IV) with a compound of formula (D) to form a compound of formula (V)
Wherein, R 1 is a support-medium of,
(e) contacting the compound of formula (V) with a deblocking agent to form a compound of formula (VI): < EMI ID =
Wherein, R 1 is a support-medium of,
(f) contacting said compound of formula (VI) with a compound of formula (g1) to form a compound of formula (VII)
Wherein, R 1 is a support-medium of,
(g) performing 20 iterations of the following sequential steps to form a compound of formula (IX)
(g1) contacting the product formed by the immediately preceding step with a deblocking agent; And
(g2) contacting the compound formed by the preceding step with a compound of formula (VIII)
Wherein R < 2 > is independently selected for each compound of formula (VIII) from the group consisting of:
Wherein for each iteration of 1 to 20, R < 2 > is < EMI ID =
Wherein R < 1 > is a support-medium,
R 2 is independently selected for each occurrence from the group consisting of:
Wherein R < 2 > is 5 'to 3 ' at each of positions 1-22,
(h) contacting a compound of formula (IX) with a deblocking agent to form a compound of formula (X): < EMI ID =
Wherein, R 1 is a support-medium of,
R 2 is independently selected for each occurrence from the group consisting of:
R < 2 > is 5 ' to 3 ' at each of positions 1-22:
(i) contacting the compound of formula (X) with a cleaving agent to form a compound of formula (XI)
Wherein R < 2 > is independently for each occurrence selected from the group consisting of:
R 2 is from 5 'to 3' at each of positions 1 to 22: and
(j) contacting the compound of formula (XI) with a deprotecting agent to form an oligomeric compound of formula (C).
(IX),
식 중:
R1은 지지체-매체이고, 그리고
R2는, 독립적으로 각 경우에, 하기로 구성된 군으로부터 선택되고:
(식 중, R2는 5’에서 3’으로 각각의 위치 1 내지 22에 있다):
(IX),
Where:
R 1 is a support-medium, and
R < 2 > are independently selected, in each case, from the group consisting of:
(Wherein R < 2 > is at each position 1 to 22 from 5 'to 3'):
식 중,
R1은 지지체-매체이고, 그리고
R2는, 독립적으로 각 경우에, 하기로 구성된 군으로부터 선택되고:
(식 중, R2는 5’에서 3’으로 각각의 위치 1 내지 22에 있다):
Wherein,
R 1 is a support-medium, and
R < 2 > are independently selected, in each case, from the group consisting of:
(Wherein R < 2 > is at each position 1 to 22 from 5 'to 3'):
(X);
식 중,
R1은 지지체-매체이고, 그리고
R2는, 독립적으로 각 경우에, 하기로 구성된 군으로부터 선택되고:
(식 중, R2는 5’에서 3’으로 각각의 위치 1 내지 22에 있다):
(X);
Wherein,
R 1 is a support-medium, and
R < 2 > are independently selected, in each case, from the group consisting of:
(Wherein R < 2 > is at each position 1 to 22 from 5 'to 3'):
식 중,
R1은 지지체-매체이고, 그리고
R2는, 독립적으로 각 경우에, 하기로 구성된 군으로부터 선택되고:
(식 중, R2는 5’에서 3’으로 각각의 위치 1 내지 22에 있다):
Wherein,
R 1 is a support-medium, and
R < 2 > are independently selected, in each case, from the group consisting of:
(Wherein R < 2 > is at each position 1 to 22 from 5 'to 3'):
식 중:
R2는, 독립적으로 각 경우에, 하기로 구성된 군으로부터 선택되고:
(식 중, R2는 5’에서 3’으로 각각의 위치 1 내지 22에 있다):
Where:
R < 2 > are independently selected, in each case, from the group consisting of:
(Wherein R < 2 > is at each position 1 to 22 from 5 'to 3'):
식 중,
R2는, 독립적으로 각 경우에, 하기로 구성된 군으로부터 선택되고:
(식 중, R2는 5’에서 3’으로 각각의 위치 1 내지 22에 있다):
Wherein,
R < 2 > are independently selected, in each case, from the group consisting of:
(Wherein R < 2 > is at each position 1 to 22 from 5 'to 3'):
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Cited By (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| KR20190017805A (en) * | 2016-06-30 | 2019-02-20 | 사렙타 쎄러퓨틱스 인코퍼레이티드 | Process for preparing phosphorodiamidate morpholino oligomer |
Families Citing this family (3)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
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| EP4230196A1 (en) | 2022-02-21 | 2023-08-23 | Som Innovation Biotech, S.A. | Compounds for use in the treatment of dystrophinopathies |
Citations (3)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| KR20190013844A (en) * | 2016-05-24 | 2019-02-11 | 사렙타 쎄러퓨틱스 인코퍼레이티드 | Process for preparing phosphorodiamidate morpholino oligomer |
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| KR20190017805A (en) * | 2016-06-30 | 2019-02-20 | 사렙타 쎄러퓨틱스 인코퍼레이티드 | Process for preparing phosphorodiamidate morpholino oligomer |
Family Cites Families (23)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US5521063A (en) | 1985-03-15 | 1996-05-28 | Antivirals Inc. | Polynucleotide reagent containing chiral subunits and methods of use |
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| US5506337A (en) | 1985-03-15 | 1996-04-09 | Antivirals Inc. | Morpholino-subunit combinatorial library and method |
| US5034506A (en) | 1985-03-15 | 1991-07-23 | Anti-Gene Development Group | Uncharged morpholino-based polymers having achiral intersubunit linkages |
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| US5166315A (en) | 1989-12-20 | 1992-11-24 | Anti-Gene Development Group | Sequence-specific binding polymers for duplex nucleic acids |
| DE68914843T2 (en) | 1988-09-01 | 1994-11-10 | Risoe Forskningscenter | PEPTID SYNTHESIS AND SOLID SUPPORT FOR USE WITH IT. |
| HUT76280A (en) * | 1993-12-29 | 1997-07-28 | Fujisawa Pharmaceutical Co | Pyrazolopyridine derivatives, pharmaceutical compositions containing them, process for proiducing them and their use |
| US8067571B2 (en) | 2005-07-13 | 2011-11-29 | Avi Biopharma, Inc. | Antibacterial antisense oligonucleotide and method |
| US8299206B2 (en) | 2007-11-15 | 2012-10-30 | Avi Biopharma, Inc. | Method of synthesis of morpholino oligomers |
| CN101861318A (en) * | 2007-11-15 | 2010-10-13 | Avi生物制药公司 | Method of synthesis of morpholino oligomers |
| US8076476B2 (en) * | 2007-11-15 | 2011-12-13 | Avi Biopharma, Inc. | Synthesis of morpholino oligomers using doubly protected guanine morpholino subunits |
| US9050373B2 (en) * | 2010-05-13 | 2015-06-09 | The Charlotte-Mecklenburg Hospital Authority | Pharmaceutical compositions comprising antisense oligonucleotides and methods of using same |
| NZ603606A (en) * | 2010-05-28 | 2015-06-26 | Sarepta Therapeutics Inc | Oligonucleotide analogues having modified intersubunit linkages and/or terminal groups |
| TWI541024B (en) * | 2010-09-01 | 2016-07-11 | 日本新藥股份有限公司 | Antisense nucleic acid |
| ES2607603T3 (en) | 2010-09-30 | 2017-04-03 | Nippon Shinyaku Co., Ltd. | Morpholino nucleic acid derivative |
| CN103619356B (en) * | 2011-05-05 | 2017-09-12 | 萨勒普塔医疗公司 | Peptide oligonucleotide conjugates |
| EP2785840B8 (en) | 2011-11-30 | 2019-05-22 | Sarepta Therapeutics, Inc. | Induced exon inclusion in spinal muscle atrophy |
| LT2970964T (en) * | 2013-03-14 | 2019-04-25 | Sarepta Therapeutics, Inc. | Exon skipping compositions for treating muscular dystrophy |
| WO2014153220A2 (en) * | 2013-03-14 | 2014-09-25 | Sarepta Therapeutics, Inc. | Exon skipping compositions for treating muscular dystrophy |
| EP3015467A4 (en) * | 2013-05-24 | 2016-11-02 | Ajinomoto Kk | Morpholino oligonucleotide manufacturing method |
| CA3025575A1 (en) * | 2016-06-30 | 2018-01-04 | Sarepta Therapeutics, Inc. | Exon skipping oligomers for muscular dystrophy |
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-
2018
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Patent Citations (3)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| KR20190013844A (en) * | 2016-05-24 | 2019-02-11 | 사렙타 쎄러퓨틱스 인코퍼레이티드 | Process for preparing phosphorodiamidate morpholino oligomer |
| KR20190015311A (en) * | 2016-05-24 | 2019-02-13 | 사렙타 쎄러퓨틱스 인코퍼레이티드 | Process for the preparation of oligomers |
| KR20190017805A (en) * | 2016-06-30 | 2019-02-20 | 사렙타 쎄러퓨틱스 인코퍼레이티드 | Process for preparing phosphorodiamidate morpholino oligomer |
Cited By (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| KR20190017805A (en) * | 2016-06-30 | 2019-02-20 | 사렙타 쎄러퓨틱스 인코퍼레이티드 | Process for preparing phosphorodiamidate morpholino oligomer |
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