KR20180019428A - Composition for Predicting Susceptibility to MET Inhibitor - Google Patents

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Abstract

The present invention relates to a composition for predicting sensitivity to an MET inhibitor. More specifically, the present invention provides a composition for predicting sensitivity to an MET inhibitor, comprising an MET variant as a biomarker for predicting sensitivity to an MET inhibitor. In addition, the present invention provides a kit for predicting sensitivity to an MET inhibitor comprising the composition; and a method for providing information for predicting sensitivity to an MET inhibitor. According to the present invention, when using the biomarker for predicting sensitivity to an MET inhibitor of the present invention, the individual patients′ sensitivity to an MET inhibitor can be definitively determined prior to initiation of treatment, an anticancer drug with high therapeutic effects can be selected. Further, unnecessary side effects can be avoided by avoiding the use of an anticancer drug that is expected to have low therapeutic effects on an individual.

Description

MET 저해제에 대한 감수성 예측용 조성물{Composition for Predicting Susceptibility to MET Inhibitor}{Composition for Predicting Susceptibility to MET Inhibitor}

본 발명은 MET 저해제에 대한 감수성 예측용 조성물에 관한 것이다.The present invention relates to a composition for predicting susceptibility to a MET inhibitor.

일반적으로 항암 요법에서, 항암제를 투여하였을 때의 생체의 반응성은 약제의 표적이 되는 암세포의 이 약제에 대한 감수성에 크게 의존한다. 이러한 암세포의 약제에 대한 감수성은, 암세포마다 크게 상이하다. 이러한 감수성의 차이는, 이 약제의 표적 분자 또는 이에 관련하는 인자의 양적 또는 질적 차이, 또는 약제 내성의 획득 등에 기인한다. 이러한 배경을 근거로, 표적이 되는 암세포가 약제에 대하여 감수성을 나타낼 경우에 특이적으로 나타나는 암세포의 유전적 변화를 확인할 수 있다면, 조기에 약제의 효과 판정, 치료법의 확립, 새로운 치료법의 선택 등이 가능해져 대단히 유익하다. 또한, 치료에 앞서 생체 조직편 등에 의해 취득된 암 조직에서, 통상의 방법에 따라 암세포를 분리한 후 약제 처리를 실시하여, 이 암세포가 약제 감수성인지 여부를 상기 변화에 의해 측정하면, 이 약제에 의한 치료가 유효한지 여부를 미리 예측할 수 있기 때문에 임상적으로 매우 유용하다. Generally, in the chemotherapy, the reactivity of the organism when the anticancer drug is administered is highly dependent on the susceptibility of the cancer cell that is the target of the drug to the drug. The susceptibility of such cancer cells to drugs is greatly different among cancer cells. This difference in sensitivity is due to quantitative or qualitative differences in the target molecule or related factors of the drug, or acquisition of drug resistance. Based on this background, if we can confirm the genetic changes of cancer cells that are specifically expressed when the target cancer cells exhibit sensitivity to the drug, early determination of the efficacy of drugs, establishment of treatment methods, and selection of new treatment methods It is very useful. In the cancer tissue obtained by the biopsy or the like prior to treatment, cancer cells are separated according to a conventional method and subjected to a drug treatment. When the cancer cells are measured for the drug sensitivity by the above change, It is clinically very useful because it can be predicted in advance whether treatment is effective.

즉, 이러한 항암제는 내성과 독성에 관해서 개인차가 크며 동일한 환자에서도 내성을 보이는 문제가 있으므로 적합한 치료반응성 표식자를 이용한 선별은 항암제 치료의 획기적인 진보를 초래할 수 있다. That is, since such an anticancer agent has a problem of showing tolerance in tolerance and toxicity and individual tolerance in the same patient, screening using an appropriate therapeutic reactive marker may lead to a breakthrough of anticancer therapy.

이에, 특정 유전자에 따른 개별 항암제의 치료반응성에 관한 연구가 최근 지속적으로 활발하게 전개되고 있다.Thus, studies on the therapeutic reactivity of individual anticancer agents according to specific genes have been actively and continuously carried out recently.

그러나 특정약제에 대한 생체반응 관련요소의 복합적 작용, 치료제 및 투여방식의 다양성과 방대한 시료확보의 어려움으로 아직 괄목할 만한 성과가 미약한 현실이다.However, due to the complex action of biologic reaction related factors, the diversity of therapeutic agents and dosage regimens, and the difficulty of securing a large amount of samples for specific drugs, the results are still not so satisfactory.

한편, 세포 조절이 실시되는 주요 메커니즘 중 하나는, 세포 내에서 생화학적 경로를 차례로 조정하여 세포밖 신호들을 전달하는 것이다. 그 중 단백질 인산화란, 분자에서 분자까지 세포내 신호들을 전달시켜 최종적으로 세포 반응을 도모하는 하나의 과정을 나타낸다. 이들 신호 전달 연속단계는 다수의 단백질 키나제 뿐만 아니라 인산분해효소의 존재에서 명백히 드러나듯이 고도로 조절되고 종종 중복된다. 인산화는 세포 내에 상당히 편재되어 있는 과정이고, 세포의 표현형은 이러한 경로의 활성도에 의해 크게 영향받기 때문에, 현재, 대다수의 질병 상태 및/또는 질병은 키나제 연속단계의 분자 성분들에서의 비정상 활성화 또는 기능성 돌연변이에 기인한 것으로 여겨지고 있다(Weinstein-Oppenheimer et al. Pharma. &. Therap., 2000, 88, 229-279).On the other hand, one of the main mechanisms by which cell regulation is carried out is the sequential adjustment of the biochemical pathways within the cell to deliver extracellular signals. Among them, protein phosphorylation represents a process of eventually delivering intracellular signals from a molecule to a molecule, thereby promoting cell reaction. These signal transduction steps are highly regulated and often redundant as evidenced by the presence of numerous protein kinases as well as phosphatases. Since phosphorylation is a process that is highly localized within the cell and the phenotype of the cell is heavily influenced by the activity of this pathway, the vast majority of disease states and / or diseases are currently characterized by abnormal activation or functional (Weinstein-Oppenheimer et al. Pharma. & Therap., 2000, 88, 229-279).

그 중 MET(c-MET)은 세포 표면에 존재하는 대표적인 수용체 티로신 키나제(Receptor Tyrosine Kinase; RTK)로써 많은 종류의 암에서 과발현되고 있으며, 특히 MET의 과발현이 있는 환자들은 암의 치료 예후가 나쁜 경우가 대부분이다. MET (c-MET) is a receptor tyrosine kinase (RTK) that is present on the cell surface and is overexpressed in many kinds of cancers. In particular, patients with overexpression of MET have poor prognosis .

암에서의 이러한 MET 신호 전달은 두 가지 방법으로 활성화 될 수 있다: (i) MET 활성화는 그 리간드인 간세포성장인자(Hepatocyte Growth Factor; HGF)와 결합하여 세포 내 신호전달을 촉진하는 HGF-의존적 메커니즘; 또는 (ii) MET 유전자의 증폭 또는 MET 유전자의 돌연변이와 같은 HGF-비의존적 메커니즘에 의해서 매개된다.This MET signal transduction in cancer can be activated in two ways: (i) MET activation activates HGF-dependent mechanisms that promote intracellular signaling by binding to its ligand, the Hepatocyte Growth Factor (HGF) ; Or (ii) by an HGF-independent mechanism such as amplification of the MET gene or mutation of the MET gene.

HGF(hepatocyte growth factor)-MET(mesenchymal-epithelial transition) 수용체 티로신 키나제의 이상(Aberrations)은 고형 악성 종양에서 자주 발견된다. 이러한 이상은 IHC(immunohistochemistry)에 의해 확인된 바와 같이 MET 단백질이 과발현되고, 이는 MET 증폭과 연관될 수 있다. MET 증폭은 1115 명의 종양 환자 중 약 2.6%에서 나타난다. 예를 들어, 위식도/위암에서 MET 증폭의 빈도는 드문 반면, MET 단백질의 과발현은 보다 높은 발생률로 보고된바 있다. 낮은 MET 증폭 및 높은 MET 단백질 발현 사이의 불일치는 MET 과발현으로 이어질 수 있는 다른 잠재적인 메커니즘이 있음을 제시한다. 이러한 메커니즘은, Cbl(Casitas B-lineage lymphoma) E3 리가제-매개 저해를 위한 막투과 영역 및 부위의 일부가 결실되어 MET의 저해가 지연되면서 과발현되는 MET 엑손 14 결실(METex14del)에 의한 것이다.Aberrations of the HGF (hepatocyte growth factor) -MET (mesenchymal-epithelial transition) receptor tyrosine kinase are frequently found in solid malignant tumors. This abnormality is overexpressed by the MET protein as confirmed by IHC (immunohistochemistry), which may be associated with MET amplification. MET amplification appears in approximately 2.6% of 1115 tumor patients. For example, the incidence of MET amplification in gastroesophageal / gastric cancers is rare, while the overexpression of MET protein has been reported with a higher incidence. Discrepancies between low MET amplification and high MET protein expression suggest that there are other potential mechanisms that may lead to MET overexpression. This mechanism is due to the deletion of MET exon 14 ( METEX14del ), which is overexpressed with inhibition of MET inhibition due to deletion of the transmembrane region and part of the site for Cbl (Casitas B-lineage lymphoma) E3 ligase-mediated inhibition.

2006년 비-소세포 폐암(NSCLC)에서 초기에 METex14del은 기술되었고, 이는 인트론 14 내 스플라이스 공여 부위 변이 및 MET 엑손 14 주변의 인트론 서열 결실에 의해 발생되었다. NSCLC에서 METex14del의 존재는 이어서 RNA 시퀀싱 및 전체 게놈에 의해 확인되었다. 또한, METex14del은 위암(GC) 세포주 Hs746T 및 신경 아세포종에 보고된 바 있으며, 이는 이것이 MET 단백질의 유비퀴틴화 및 하향-조절을 지연시켜 그것의 과발현을 초래하는, 다양한 종양에 대한 잠재적인 공통 메커니즘이라는 것을 의미한다.Early in 2006 non-small cell lung cancer (NSCLC) METEX 14del has been described, which was generated by splice donor site mutations in intron 14 and by intron sequence deletion around MET exon 14. The presence of METEX14del in NSCLC was subsequently confirmed by RNA sequencing and whole genomes. In addition, METEX14del has been reported in gastric cancer (GC) cell line Hs746T and neuroblastoma, indicating that this is a potential common mechanism for a variety of tumors, delaying the ubiquitination and down-regulation of MET protein resulting in its overexpression it means.

이러한 상황 하에서, 본 발명자들은 MET 저해제에 대한 감수성을 예측할 수 있는 바이오 마커를 개발하기 위하여 예의 노력하였다. 본 발명자들은 METex14del 변이가 존재하는 전이성 고형 악성 주요 위장관(GI) 및 폐 종양 환자를 조사하여, METex14del 변이인 경우 MET 단백질 발현과 MET 증폭 간의 관련성을 분석하였고, 또한, 환자-유래 종양 세포주를 제작하여 METex14del의 존재에 대하여 스크리닝한 후, 이러한 세포주에서의 MET 억제시 암세포의 생존율, 전이성 및 이동성이 유의하게 감소한 것을 확인함으로써, 본 발명을 완성하였다.Under these circumstances, the present inventors have made an effort to develop a biomarker capable of predicting susceptibility to MET inhibitors. The present inventors examined the relationship between MET protein expression and MET amplification in case of METex14del mutation by investigating metastatic solid tumors of malignant major gastrointestinal tract (GI) and lung tumor in which METex14del mutation was present. In addition, patient-derived tumor cell lines were prepared After confirming the presence of METex14del , the survival rate, metastasis and mobility of cancer cells were significantly reduced upon inhibition of MET in such cell lines, thereby completing the present invention.

따라서, 본 발명의 목적은 MET 저해제에 대한 감수성 예측용 마커 조성물을 제공하는 데 있다.Accordingly, an object of the present invention is to provide a marker composition for predicting susceptibility to a MET inhibitor.

또한, 본 발명의 다른 목적은 MET 저해제에 대한 감수성 예측용 조성물을 제공하는 데 있다.Another object of the present invention is to provide a composition for predicting susceptibility to MET inhibitors.

또한, 본 발명의 또 다른 목적은 MET 저해제에 대한 감수성 예측용 키트를 제공하는 데 있다.It is still another object of the present invention to provide a kit for predicting susceptibility to a MET inhibitor.

또한, 본 발명의 또 다른 목적은 MET 저해제에 대한 감수성 예측을 위한 정보 제공 방법을 제공하는 데 있다.It is still another object of the present invention to provide a method for providing information for predicting susceptibility to a MET inhibitor.

이하, 본 발명에 대하여 보다 상세히 설명한다. Hereinafter, the present invention will be described in more detail.

본 발명의 일 양태에 따르면, 본 발명은 MET 유전자(GenBank accession number NM 000245)의 엑손 14가 결손된 변이체(variant)를 포함하는, MET 저해제에 대한 감수성 예측용 바이오 마커 조성물을 제공한다. According to one aspect of the present invention, there is provided a biomarker composition for predicting susceptibility to a MET inhibitor, comprising a variant in which the exon 14 of the MET gene (GenBank accession number NM 000245) is deleted.

본 명세서에서 사용되는 용어, "변이체(variant)" 해당 유전자가 선택적 스플라이싱(alternative splicing)에 의해 엑손 부위가 삭제되어 생성된 isoform을 의미한다.As used herein, the term "variant" means an isoform produced by deletion of the exon region by alternative splicing of the gene of interest.

본 발명의 바람직한 구현예에 따르면, 상기 MET 변이체는 MET 유전자의 엑손 14가 결손된 스플라이싱 변이체(METex14del)이다.According to a preferred embodiment of the present invention, the MET variant is a splice variant (METEX 14del) in which the exon 14 of the MET gene is deleted.

또한, 본 발명에서 본 발명의 MET 변이체를 언급하면서 사용되는 MET 유전자는 상기 유전자에 관한 특정한 일배체형을 포함하며, 상기 일배체형은 상기 MET 유전자의 인트론 14에 위치한다.Also, in the present invention, the MET gene used in reference to the MET mutant of the present invention includes a specific haplotype related to the gene, and the haplotype is located at the intron 14 of the MET gene.

본 명세서에서 사용되는 용어 "일배체형(haplotype)"은 개체로부터 단일 유전자에 대한 복수의 다형성 및 개체마다 상이한 다수의 다형성 부위에서 변이의 특정 조합을 말한다. 상기 일배체형은 각각의 부위를 포함하는 폴리뉴클레오티드 단편들의 조합 또는 복수의 변이 부위를 포함하는 폴리뉴클레오티드 단편으로 이루어질 수 있다. The term "haplotype " as used herein refers to a specific combination of variants in a plurality of polymorphic sites that differ from one polymorphism to another and from a single polynucleotide to a single gene. The haplotype may consist of a polynucleotide fragment comprising a combination of polynucleotide fragments or a plurality of mutation sites comprising respective sites.

본 발명에 따르면, 본 발명자들은 GI 암 환자(METex14del 환자)-유래 종양 세포주(Patient Derived Tumor Cell Lines, PDC)에서 c.3082+811A TTTTAACA>GGTTTGAT 일배체형을 발견하였고, 이것들과 암 발생 간의 상관관계를 분석한 결과, 7q31.2 부위의 MET 유전자(GenBank accession number NM 000245)의 3082번째 뉴클레오티드 내지 3811번째 뉴클레오티드(스플라이싱되는 인트론 14 부위)에 존재하는 c.3082+811A TTTTAACA>GGTTTGAT가 특이적으로 인간 GI 암 세포와 환자의 조직에서 많이 발견되었고 그 존재 여부에 따라 약물에 대한 감수성이 상이함을 확인하였다.According to the present invention, the present inventors have found c.3082 + 811A TTTTAACA> GGTTTGAT haplotype in Patient Derived Tumor Cell Lines (PDC) from a GI cancer patient ( METEX14del patient) Analysis revealed that c.3082 + 811A TTTTAACA> GGTTTGAT in the 3082th nucleotide to 3811th nucleotide (spliced intron 14 region) of the MET gene (GenBank accession number NM 000245) at the 7q31.2 site was specific And it was found that many of them were found in human GI cancer cells and tissues of patients and the sensitivity to drugs was different depending on their presence.

즉, 스플라이싱 과정에서 엑손은 RNA로 변환되나 인트론은 결실되면서 RNA로 변환되지 않으므로 변이체의 전사체(transcript)에는 TTTTAACA 또는 GGTTTGAT를 포함하지 않게 된다. 그러나, 엑손이 아닌 인트론에 있는 변이 자체의 중요성은 현재의 과학기술로는 정확히 알 수는 없으나 이 인트론 부위는 많은 단백질이 붙는 부위이므로 상기 MET 인트론 14 부위에 존재하는 변이 및 MET 엑손 14 결실 변이체가 암 발생 및 항암제 감수성에 영향을 미친다는 것을 추측할 수 있다,That is, in the splicing process, the exons are converted into RNA, but the introns are not converted into RNA as they are deleted, so transcripts of mutants do not contain TTTTAACA or GGTTTGAT. However, the importance of the mutation itself in the non-exon intron is not clearly known in the present state of the art. However, since this intron site is a site where many proteins are attached, the mutation in the MET intron 14 region and the deletion mutant of the MET exon 14 Cancer susceptibility, and cancer susceptibility,

본 발명의 가장 큰 특징은 이러한 MET 변이체를 바이오 마커로 이용하여 MET 저해제에 대한 감수성을 예측하는 것이다.A major feature of the present invention is to predict susceptibility to MET inhibitors using such MET variants as biomarkers.

본 발명의 바이오 마커는 MET 저해제인 항암제에 대한 감수성의 지표가 될 수 있으며, MET 저해제인 항암제에 대한 감수성 마커로서의 정확성 및 신뢰도도 탁월하므로 암의 발생, 발전 및/또는 전이의 치료에 이용될 수 있다.The biomarker of the present invention can be used as an index of sensitivity to an anticancer drug which is a MET inhibitor and excellent in accuracy and reliability as a sensitivity marker for an anticancer drug which is a MET inhibitor and thus can be used for the treatment of cancer development, have.

본 명세서에서 사용되는 용어 "감수성"은 개개의 환자의 암에 대하여 특정약물이 효과를 나타내는 지 여부를 의미한다.As used herein, the term "susceptibility" means whether a particular drug has an effect on the cancer of an individual patient.

예컨대, 상기 특정약물은 주로 항암제이며, 이들 항암제에는 암의 종류에 따라 효과를 나타내는 경우와 효과를 나타내지 않는 경우가 있으며, 바람직하게는 MET 저해제이다. 또한, 유효한 것으로 인정되고 있는 종류의 암이어도, 개개의 환자에 따라 효과를 나타내는 경우와 효과를 나타내지 않는 경우가 있는 것이 알려져 있다. 이와 같은 개개의 환자의 암에 대해 항암제가 효과를 나타내는 지 여부를 항암제 감수성이라고 한다. 따라서, 본 발명에 따라 치료 개시 전에 효과를 기대할 수 있는 환자(반응자)와, 효과를 기대할 수 없는 환자(무반응자)를 예측할 수 있으면, 유효성과 안전성이 높은 화학 요법이 실현될 수 있다.For example, the above-mentioned specific drugs are mainly anticancer drugs, and these anticancer drugs may not exhibit effects or effects depending on the type of cancer, and preferably MET inhibitors. Further, it is known that, even in the kind of cancer recognized as being effective, there are cases in which effects are exhibited depending on individual patients and cases where effects are not shown. The sensitivity of anticancer drugs to the cancer of individual patients is called anticancer drug susceptibility. Therefore, a chemotherapy with high efficacy and safety can be realized as long as the patient (the responder) whose effect can be expected before the initiation of treatment according to the present invention and the patient (the non-responder) whose effect can not be expected can be predicted.

본 명세서에서 사용되는 용어 "예측"은 본원에서 대상 환자가 약물 또는 약물 세트에 대해 유리하게 또는 불리하게 반응할 가능성을 지칭하는데 사용된다. 한 실시양태에서, 예측은 이러한 반응의 정도에 관한 것이다. 예컨대, 예측은 환자가 처치 후, 예를 들어 특정한 치료제의 처치 및/또는 원발성 종양의 수술적 제거 및/또는 특정 기간 동안의 화학요법 후에 암 재발 없이 생존할 지의 여부 및/또는 그러할 확률에 관한 것이다. 본 발명의 예측은 암 환자에 대한 가장 적절한 치료 방식을 선택함으로써 치료를 결정하는데 임상적으로 사용될 수 있다. 본 발명의 예측은 환자가 치료 처치, 예컨대 주어진 치료적 처치, 예를 들어 주어진 치료제 또는 조합물의 투여, 수술적 개입, 화학요법 등에 유리하게 반응할 것인지 또는 치료적 처치 후에 환자의 장기 생존이 가능한 지의 여부를 예측하는데 있어서 유용한 도구이다.As used herein, the term "prediction" is used herein to refer to the ability of a subject patient to respond favorably or adversely to a drug or set of drugs. In one embodiment, the prediction is about the degree of such response. For example, the prediction relates to the likelihood and / or likelihood that a patient will survive after treatment, for example, without treatment of a particular therapeutic agent and / or after surgical removal of primary tumor and / or chemotherapy for a certain period of time without cancer recurrence . The predictions of the present invention can be used clinically to determine treatment by selecting the most appropriate treatment regime for a cancer patient. The predictions of the present invention can be used to determine whether a patient will be beneficially responsive to a treatment procedure, such as a given therapeutic treatment, such as administration of a given therapeutic or combination, surgical intervention, chemotherapy, It is a useful tool in predicting whether or not

따라서, 본 발명에 따르면, 본 발명의 바이오 마커는 MET 저해제에 대한 감수성을 예측하는 것으로서, 해당 변이체가 존재하는 암세포에 MET 저해제를 처리 시 소망하는 효과를 얻을 수 있다.Therefore, according to the present invention, the biomarker of the present invention predicts susceptibility to a MET inhibitor, and a desired effect can be obtained when a MET inhibitor is treated on a cancer cell in which the mutant exists.

본 발명의 마커에 의한 감수성 예측 대상 질병인 "암(cancer) "은 세포가 정상적인 성장 한계를 무시하고 분열 및 성장하는 공격적(aggressive) 특성, 주위 조직에 침투하는 침투적(invasive) 특성, 및 체내의 다른 부위로 퍼지는 전이적(metastatic) 특성을 갖는 세포에 의한 질병을 총칭하는 의미이다. 본 명세서에서 상기 암은 악성 종양(malignant tumor)과 동일한 의미로도 사용된다."Cancer", a disease susceptible to marker susceptibility by the markers of the present invention, is characterized by aggressive characteristics of cells that divide and grow by ignoring normal growth limits, invasive characteristics that penetrate surrounding tissues, Is a generic term for diseases caused by cells that have metastatic characteristics that spread to other parts of the body. In the present specification, the cancer is also used in the same sense as a malignant tumor.

본 발명의 마커가 적용될 수 있는 암은 유방암(breast cancer), 폐암(lung cancer), 위암(stomach cancer), 간암(liver cancer), 혈액암(blood cancer), 뼈암(bone cancer), 췌장암(pancreatic cancer), 피부암(skin cancer), 머리 또는 목암(head or neck cancer), 피부 또는 안구 흑색종(cutaneous or intraocular melanoma), 자궁육종(uterine sarcoma), 난소암(ovarian cancer), 직장암(rectal cancer), 항문암(anal cancer), 대장암(colon cancer), 난관암(fallopian tube carcinoma), 자궁내막암(endometrial carcinoma), 자궁경부암(cervical cancer), 소장암(small intestine cancer), 내분비암(endocrine cancer), 갑상선암(thyroid cancer), 부갑상선암(parathyroid cancer), 신장암(adrenal cancer), 연조직종양(soft tissue tumor), 요도암(urethral cancer), 전립선암(prostate cancer), 기관지암(bronchogenic cancer), 골수암(bone marrow tumor)등을 포함하나, 이에 한정되는 것은 아니다.Cancers to which the markers of the present invention may be applied include breast cancer, lung cancer, stomach cancer, liver cancer, blood cancer, bone cancer, pancreatic cancer, cancer, skin cancer, head or neck cancer, cutaneous or intraocular melanoma, uterine sarcoma, ovarian cancer, rectal cancer, Cancer, colon cancer, fallopian tube carcinoma, endometrial carcinoma, cervical cancer, small intestine cancer, endocrine cancer, endocrine cancer, cancer, prostate cancer, thyroid cancer, parathyroid cancer, adrenal cancer, soft tissue tumor, urethral cancer, prostate cancer, bronchogenic cancer, ), Bone marrow tumor, and the like.

따라서, 상기 MET 저해제는 유방암(breast cancer), 폐암(lung cancer), 위암(stomach cancer), 간암(liver cancer), 혈액암(blood cancer), 뼈암(bone cancer), 췌장암(pancreatic cancer), 피부암(skin cancer), 머리 또는 목암(head or neck cancer), 피부 또는 안구 흑색종(cutaneous or intraocular melanoma), 자궁육종(uterine sarcoma), 난소암(ovarian cancer), 직장암(rectal cancer), 항문암(anal cancer), 대장암(colon cancer), 난관암(fallopian tube carcinoma), 자궁내막암(endometrial carcinoma), 자궁경부암(cervical cancer), 소장암(small intestine cancer), 내분비암(endocrine cancer), 갑상선암(thyroid cancer), 부갑상선암(parathyroid cancer), 신장암(adrenal cancer), 연조직종양(soft tissue tumor), 요도암(urethral cancer), 전립선암(prostate cancer), 기관지암(bronchogenic cancer) 및 골수암(bone marrow tumor)으로 이루어진 군에서 선택된 1 종 이상의 암에 대한 치료제이다. 가장 바람직하게는 대장암 또는 위암이다.Accordingly, the MET inhibitor may be selected from the group consisting of a breast cancer, a lung cancer, a stomach cancer, a liver cancer, a blood cancer, a bone cancer, a pancreatic cancer, a cancer, a skin cancer, a head or neck cancer, a cutaneous or intraocular melanoma, a uterine sarcoma, an ovarian cancer, a rectal cancer, colon cancer, fallopian tube carcinoma, endometrial carcinoma, cervical cancer, small intestine cancer, endocrine cancer, thyroid cancer, cancer, prostate cancer, bronchogenic cancer, and bone cancer (including, but not limited to, thyroid cancer, parathyroid cancer, adrenal cancer, soft tissue tumor, urethral cancer, bone marrow tumor). < / RTI > Most preferably colon cancer or stomach cancer.

본 발명에서, 상기 MET 저해제는 항암제를 의미하며, 항암 효과를 나타내는 한, 어떠한 MET 저해제도 적용할 수 있으며, 바람직하게는 항-MET 항체, 유인 MET 수용체, MET 펩티드 길항제, 우성 네가티브 MET 돌연변이, MET 특이적 안티센스 올리고뉴클레오티드 및 리보자임, 및 선택적 저분자 MET 키나제 억제제로 이루어진 군에서 선택된 1 종 이상이고, 가장 바람직하게는 선택적 저분자 또는 항-MET 항체이다.In the present invention, the MET inhibitor refers to an anticancer agent. Any MET inhibitor may be used as long as it exhibits an anti-cancer effect, preferably an anti-MET antibody, an attractant MET receptor, a MET peptide antagonist, a dominant negative MET mutation, Specific antisense oligonucleotides and ribozymes, and selective low-molecular-weight MET kinase inhibitors, and is most preferably an optional low-molecular or anti -METH antibody.

본 발명에서, 상기 MET 저해제는 크리조티닙(crizotinib), PHA-665752, 카보잔티닙(cabozantinib, XL184) 등을 포함하며, MET 저해 효과가 있는 모든 약물을 포함하고, 이에 제한되지 않는다. In the present invention, the MET inhibitor includes, but is not limited to, crizotinib, PHA-665752, cabozantinib (XL184), and the like, all medicines with MET inhibitory effect.

본 발명의 일 실시예에서는 상기 MET 억제제의 일례로 크리조티닙(crizotinib), PHA-665752 및 카보잔티닙(cabozantinib, XL184) 등을 이용하였다In one embodiment of the present invention, crizotinib, PHA-665752 and cabozantinib (XL184) were used as an example of the MET inhibitor

본 발명의 다른 양태에 따르면, 본 발명은 상술한 MET 유전자(GenBank accession number NM 000245)의 엑손 14가 결손된 변이체(variant)를 검출하는 제제를 포함하는, MET 저해제에 대한 감수성 예측용 조성물을 제공한다.According to another aspect of the present invention, there is provided a composition for predicting susceptibility to a MET inhibitor, which comprises a preparation for detecting a variant in which the exon 14 of the aforementioned MET gene (GenBank accession number NM 000245) is deleted do.

상기 변이체(variant)를 검출하는 제제는 상기 변이체 또는 유전자의 발현 수준; 또는 이의 단백질의 발현 수준을 측정할 수 있는 한, 어떠한 제제도 이용할 수 있다.The agent for detecting the variant may be an expression level of the mutant or gene; Or an expression level of the protein of the present invention can be measured.

본 명세서에서 특별한 언급이 없는 한, 본 명세서에서 사용되는 표현 "변이체 또는 유전자의 발현 수준; 또는 이의 단백질의 발현 수준 측정"은 해당 시료 내에서 검출하고자 하는 대상을 검출하는 것을 의미한다. 본 발명에서는, 그 검출하고자 하는 대상은 시료 내 해당 변이체 또는 유전자의 mRNA 및/또는 단백질이다. 즉, 타겟의 전사 산물인 RNA 또는 유전자 산물인 단백질을 검출함으로써 상기 변이체 또는 유전자의 발현 여부를 확인 할 수 있다.As used herein, the expression "expression level of a mutant or gene, or measurement of its expression level" as used herein means to detect an object to be detected in the sample. In the present invention, the target to be detected is the mRNA and / or protein of the corresponding mutant or gene in the sample. That is, the expression of the mutant or gene can be confirmed by detecting RNA, which is a transcription product of the target, or protein as a gene product.

RNA 또는 단백질의 검출은 통상적으로는 시료부터 RNA 또는 단백질을 추출하여, 추출물 중의 RNA 또는 단백질을 검출함으로써 실시할 수 있다. 이러한 RNA 또는 단백질의 검출은 면역분석학적 방법, 하이브리드화 반응 및 증폭반응에 의해 측정될 수 있으나, 이에 제한되지 않고 당업계에 공지된 다양한 기술을 이용하여 용이하게 실시될 수 있다.Detection of RNA or protein can usually be performed by extracting RNA or protein from the sample and detecting RNA or protein in the extract. The detection of such RNA or protein can be measured by immunoassay, hybridization and amplification reactions, but is not limited thereto and can be easily carried out using various techniques known in the art.

본 발명에서, 상기 변이체 또는 유전자 발현 수준을 측정하는 제제는 상기 변이체 또는 유전자의 mRNA에 특이적으로 결합하는 안티센스 올리고뉴클레오티드, 프라이머 쌍 또는 프로브를 포함할 수 있다.In the present invention, the agent for measuring the mutant or gene expression level may include an antisense oligonucleotide, a primer pair or a probe that specifically binds to the mRNA of the mutant or gene.

상기 mRNA의 발현 여부를 측정하는 제제는 상기 변이체 또는 유전자에 특이적인 안티센스 올리고뉴클레오티드, 프라이머 쌍, 프로브 및 이들의 조합으로 이루어진 군에서 선택된다. 즉, 핵산의 검출은 유전자를 암호화하는 핵산 분자 또는 상기 핵산 분자의 상보물에 하이브리드화되는 하나 이상의 올리고뉴클레오타이드 프라이머를 사용하는 증폭반응에 의해 수행될 수 있다.The agent for measuring the expression of the mRNA is selected from the group consisting of an antisense oligonucleotide specific to the mutant or gene, a primer pair, a probe, and a combination thereof. That is, the detection of the nucleic acid can be performed by an amplification reaction using a nucleic acid molecule encoding the gene or one or more oligonucleotide primers hybridized to the nucleic acid molecule.

예컨대, 프라이머를 이용한 mRNA의 검출은 PCR과 같은 증폭 방법을 사용하여 유전자 서열을 증폭한 다음 당 분야에 공지된 방법으로 증폭 여부를 확인함으로써 수행될 수 있다.For example, the detection of mRNA using a primer can be performed by amplifying the gene sequence using an amplification method such as PCR, and then confirming amplification by a method known in the art.

상기 "프로브"는 mRNA외 특이적으로 결합을 이룰 수 있는 짧게는 수 염기 내지 길게는 수백 염기에 해당하는RNA 또는 DNA 등의 핵산 단편을 의미하며 라벨링되어 있어서 특정 mRNA의 존재 유무, 발현양을 확인할 수 있다. 프로브는 올리고뉴클레오타이드(oligonucleotide) 프로브, 단쇄 DNA(single strand DNA) 프로브, 이중쇄DNA(double strand DNA) 프로브, RNA 프로브 등의 형태로 제작될 수 있다. 적절한 프로브의 선택 및 혼성화 조건은 당해 기술 분야에 공지된 기술에 따라 적절히 선택할 수 있다.The term "probe" means a nucleic acid fragment such as RNA or DNA corresponding to a few nucleotides or several hundreds of nucleotides that can specifically bind to an mRNA, and is labeled to confirm the presence or expression level of a specific mRNA . The probe may be prepared in the form of an oligonucleotide probe, a single strand DNA probe, a double strand DNA probe, or an RNA probe. Selection of suitable probes and hybridization conditions can be appropriately selected according to techniques known in the art.

상기 "프라이머"는 짧은 자유 3-말단 수산화기(free 3' hydroxyl group)를 가지는 핵산 서열로 상보적인 템플레이트(template)와 염기쌍을 형성할 수 있고 템플레이트 가닥 복사를 위한 시작 지점으로서 작용하는 짧은 핵산서열을 말한다. 프라이머는 적절한 완충용액 및 온도에서 중합반응을 위한 시약(즉, DNA 폴리머라제 또는 역전사효소) 및 상이한 4 가지의 뉴클레오사이드 트리포스페이트의 존재 하에서 DNA 합성을 개시할 수 있다. PCR 조건, 센스 및 안티센스 프라이머의 길이는 당업계에 공지된 기술에 따라 적절히 선택될 수 있다.The term "primer" refers to a nucleic acid sequence having a short free 3 'hydroxyl group and capable of forming a base pair with a complementary template and having a short nucleic acid sequence serving as a starting point for template strand copying It says. Primers can initiate DNA synthesis in the presence of reagents for polymerization (i. E., DNA polymerase or reverse transcriptase) and four different nucleoside triphosphates at appropriate buffer solutions and temperatures. The PCR conditions, the lengths of the sense and antisense primers can be appropriately selected according to techniques known in the art.

본 발명에서, 상기 단백질의 발현 수준을 측정하는 제제는 상기 단백질에 특이적으로 결합하는 항체, 펩타이드 또는 뉴클레오티드를 포함할 수 있다.In the present invention, the agent for measuring the expression level of the protein may comprise an antibody, a peptide or a nucleotide that specifically binds to the protein.

상기 단백질의 발현 수준을 측정하는 제제는 상기 단백질에 대하여 특이적으로 결합하는 항체를 의미하고, 다클론 항체, 단클론 항체, 재조합 항체 및 이들의 조합을 모두 포함한다.The agent for measuring the expression level of the protein refers to an antibody that specifically binds to the protein, and includes both a polyclonal antibody, a monoclonal antibody, a recombinant antibody, and a combination thereof.

상기 항체는 다클론 항체, 단클론 항체, 재조합 항체 및 2개의 전체 길이의 경쇄 및 2개의 전체 길이의 중쇄를 가지는 완전한 형태뿐만 아니라 및 항체 분자의 기능적인 단편, 예를 들어, Fab, F(ab'), F(ab')2및 Fv를 모두 포함한다. 항체 생산은 본 발명이 속하는 분야에 널리 공지된 기술을 이용하여 용이하게 제조할 수 있고, 제조되어 상업적으로 판매되는 항체를 이용할 수 있다.Such antibodies include both full forms with polyclonal antibodies, monoclonal antibodies, recombinant antibodies and two full-length light chains and two full-length heavy chains as well as functional fragments of antibody molecules, such as Fab, F (ab ' ), F (ab ') 2, and Fv. Antibody production can be easily performed using techniques well known in the art to which the present invention is applicable, and commercially produced antibodies can be used.

본 발명의 조성물은 상술한 변이체 또는 유전자의 발현 여부를 측정하는 제제뿐만 아니라, 항원-항체 복합체의 형성을 정량 또는 정성적으로 측정 가능하게 하는 라벨, 면역학적 분석에 사용되는 통상적인 도구, 시약 등을 더 포함할 수 있다. The composition of the present invention can be used not only for the preparation of the aforementioned mutant or agent for measuring the expression of the gene but also for the labeling for quantitatively or qualitatively measuring the formation of the antigen-antibody complex, As shown in FIG.

항원-항체 복합체의 형성을 정성 또는 정량적으로 측정 가능하게 하는 라벨에는 효소, 형광물, 리간드, 발광물, 미소입자(microparticle), 산화환원 분자 및 방사선 동위원소 등이 있으며, 반드시 이로 제한되는 것은 아니다. 검출 라벨로 이용 가능한 효소에는 β-글루쿠로니다제, β-D-글루코시다제, β-D-갈락토시다제, 우레아제, 퍼옥시다아제, 알칼라인포스파타아제, 아세틸콜린에스테라제, 글루코즈옥시다제, 헥소키나제와 GDPase, RNase, 글루코즈옥시다제와루시페라제, 포스포프럭토키나제, 포스포에놀피루베이트카복실라제, 아스파르테이트아미노트랜스페라제, 포스페놀피루베이트데카복실라제, β-라타마제 등이 있으며 이로 제한되지 않는다. 형광물에는 플루오레신, 이소티오시아네이트, 로다민, 피코에리테린, 피코시아닌, 알로피코시아닌, o-프탈데히드, 플루오레스카민 등이 있으며 이로 제한되지 않는다. 리간드에는바이오틴 유도체 등이 있으며 이로 제한되지 않는다. 발광물에는 아크리디늄에스테르, 루시페린, 루시퍼라아제 등이 있으며 이로 제한되지 않는다. 미소입자에는 콜로이드 금, 착색된 라텍스 등이 있으며 이로 제한되지 않는다. 산화환원 분자에는 페로센, 루테늄착화합물, 바이올로젠, 퀴논, Ti 이온, Cs 이온, 디이미드, 1,4-벤조퀴논, 하이드로퀴논, K4 W(CN)8, [Os(bpy)3]2+, [RU(bpy)3]2+, [MO(CN)8]4-등이 있으며 이로 제한되지 않는다. 방사선동위원소에는 3H, 14C, 32P, 35S, 36Cl, 51Cr, 57Co, 58Co, 59Fe, 90Y, 125I, 131I, 186Re 등이 있으며 이로 제한되지 않는다. Labels that enable qualitative or quantitative measurement of the formation of antigen-antibody complexes include, but are not necessarily limited to, enzymes, minerals, ligands, emitters, microparticles, redox molecules, and radioisotopes . Enzymes that can be used as detection labels include, but are not limited to,? -Glucuronidase,? -D-glucosidase,? -D-galactosidase, urease, peroxidase, alkaline phosphatase, acetylcholinesterase, A prodrug thereof, a prodrug thereof, a prodrug, a hexose kinase, a GDPase, an RNase, a glucose oxidase and a luciferase, a phosphofructokutase, a phosphoenolpyruvate carboxylase, an aspartate aminotransferase, a phosphoenolpyruvate decarboxylase, ≪ RTI ID = 0.0 > Ratama < / RTI > The minerals include, but are not limited to, fluorescein, isothiocyanate, rhodamine, picoeriterine, picocyanin, allophycocyanin, o-phthaldehyde, fluororescamine and the like. Ligands include, but are not limited to, biotin derivatives. Emitters include, but are not limited to, acridinium esters, luciferin, luciferase, and the like. Fine particles include, but are not limited to, colloidal gold, colored latex, and the like. Redox molecules include ferrocene, ruthenium complex compounds, Biology hydrogen, quinone, Ti ions, Cs ions, diimide, 1,4-benzoquinone, hydroquinone, K 4 W (CN) 8 , [Os (bpy) 3] 2+ , [RU (bpy) 3 ] 2+ , [MO (CN) 8 ] 4-, and the like. Radioisotopes include include 3 H, 14 C, 32 P , 35 S, 36 Cl, 51 Cr, 57 Co, 58 Co, 59 Fe, 90 Y, 125 I, 13 1I, 186 Re , and without limitation.

상기 도구 또는 시약의 일 예로, 적합한 담체, 용해제, 세정제, 완충제, 안정화제 등이 포함되나 이에 제한되지 않는다. 표지물질이 효소인 경우에는 효소 활성을 측정할 수 있는 기질 및 반응 정지제를 포함할 수 있다. 담체는가용성 담체, 불용성 담체가 있고, 가용성 담체의 일 예로 당 분야에서 공지된 생리학적으로 허용되는 완충액, 예를 들어 PBS가 있고, 불용성 담체의 일 예로 폴리스틸렌, 폴리에틸렌, 폴리프로필렌, 폴리에스테르, 폴리아크릴로니트릴, 불소 수지, 가교 덱스트란, 폴리사카라이드, 기타 종이, 유리, 금속, 아가로오스 및 이들의 조합일 수 있다. Examples of such tools or reagents include, but are not limited to, suitable carriers, solubilizers, cleaning agents, buffers, stabilizers, and the like. When the labeling substance is an enzyme, it may include a substrate capable of measuring enzyme activity and a reaction terminator. Examples of the insoluble carrier include polystyrene, polyethylene, polypropylene, polyester, polyvinylpyrrolidone, polyvinylpyrrolidone, polyvinylpyrrolidone, polyvinylpyrrolidone, polyvinylpyrrolidone, polyvinylpyrrolidone, Acrylonitrile, fluororesin, crosslinked dextran, polysaccharide, other paper, glass, metal, agarose, and combinations thereof.

본 발명의 다른 양태에 따르면, 본 발명은 상기 조성물을 포함하는, MET 저해제에 대한 감수성 예측용 키트를 제공한다.According to another aspect of the present invention, there is provided a kit for predicting susceptibility to a MET inhibitor comprising the composition.

상기 키트는 사용하는 방법에 따라 다양한 형태의 키트일 수 있으며, 예를 들어, PCR 키트, DNA 칩 키트, 마이크로어레이 등을 포함하나 이에 제한되는 것은 아니다.The kit may be various types of kits depending on the method to be used, including, for example, a PCR kit, a DNA chip kit, a microarray, and the like.

상기 키트에는 상기 변이체를 포함하는 유전자의 발현; 또는 상기 이의 단백질의 발현 수준을 측정하는 제제뿐만 아니라, 면역학적 분석에 사용되는 당 분야에서 일반적으로 사용되는 도구, 시약 등이 포함될 수 있다. Wherein said kit comprises the expression of a gene comprising said mutant; Or an agent for measuring the expression level of the protein of the present invention, as well as tools, reagents and the like commonly used in the art used for immunological analysis.

상기 도구 또는 시약의 일 예로, 적합한 담체, 검출 가능한 신호를 생성할 수 있는 표지 물질, 발색단(chromophores), 용해제, 세정제, 완충제, 안정화제 등이 포함되나 이에 제한되지 않는다. 표지물질이 효소인 경우에는 효소 활성을 측정할 수 있는 기질 및 반응 정지제를 포함할 수 있다. 담체는 가용성 담체, 불용성 담체가 있고, 가용성 담체의 일 예로 당 분야에서 공지된 생리학적으로 허용되는 완충액, 예를 들어 PBS가 있고, 불용성 담체의 일 예로 폴리스틸렌, 폴리에틸렌, 폴리프로필렌, 폴리에스테르, 폴리아크릴로니트릴, 불소 수지, 가교 덱스트란, 폴리사카라이드, 라텍스에 금속을 도금한 자성 미립자와 같은 고분자, 기타 종이, 유리, 금속, 아가로오스 및 이들의 조합일 수 있다. Examples of such tools or reagents include, but are not limited to, suitable carriers, markers capable of generating detectable signals, chromophores, solubilizers, buffers, stabilizers, and the like. When the labeling substance is an enzyme, it may include a substrate capable of measuring enzyme activity and a reaction terminator. Examples of the insoluble carrier include polystyrene, polyethylene, polypropylene, polyester, polyvinylpyrrolidone, polyvinylpyrrolidone, polyvinylpyrrolidone, polyvinylpyrrolidone, polyvinylpyrrolidone, polyvinylpyrrolidone, Acrylonitrile, fluorine resin, crosslinked dextran, polysaccharide, polymer such as magnetic fine particles plated with metal on latex, other paper, glass, metal, agarose and combinations thereof.

본 발명의 키트는 상술한 바이오 마커 및 조성물을 구성으로 포함하므로, 중복된 내용은 본 명세서의 과도한 복잡성을 피하기 위하여 그 기재를 생략한다.Since the kit of the present invention includes the above-described biomarkers and compositions as constituent elements, redundant contents are omitted in order to avoid excessive complexity of the present invention.

본 발명의 또 다른 양태에 따르면, 본 발명은 다음 단계를 포함하는 MET 저해제에 대한 감수성 예측을 위한 정보제공 방법을 제공한다: According to another aspect of the present invention, the present invention provides a method for providing information for susceptibility prediction to a MET inhibitor comprising the steps of:

(a) 대상으로부터 생물학적 시료를 준비하는 단계; (a) preparing a biological sample from a subject;

(b) 상기 생물학적 시료 내에 MET 유전자(GenBank accession number NM 000245)의 엑손 14가 결손된 변이체(variant)의 존재를 확인하는 단계; 및(b) confirming the presence of a variant in which the exon 14 of the MET gene (GenBank accession number NM 000245) is deleted in the biological sample; And

(c) 상기 (b) 단계의 결과를 기반으로 하여, 대상의 MET 저해제에 대한 감수성을 판정하는 단계.(c) determining the susceptibility of the subject to the MET inhibitor based on the result of the step (b).

본 발명의 바람직한 구현예에 따르면, 상기 (c) 단계의 판정은 (b) 단계에서 상기 변이체의 존재가 확인된 경우, 대상이 MET 저해제에 대해 감수성을 갖는 것으로 판정하는 것이다.According to a preferred embodiment of the present invention, the determination of step (c) is to determine that the subject is susceptible to the MET inhibitor when the presence of the mutant is confirmed in step (b).

본 명세서에서 특별한 언급이 없는 한, 본 명세서에서 사용되는 용어 "대조군"은 정상인 건강한 사람의 해당 유전자 또는 이의 단백질 발현 수준; 또는 비교 대상인 환자의 해당 유전자 또는 이의 단백질 발현 수준을 의미한다. Unless otherwise specified herein, the term "control" as used herein refers to the level of expression of the gene of interest or its protein in a healthy human being; Or the level of expression of the gene of interest or its protein in the subject to be compared.

본 발명의 예측 방법은, 대상 환자로부터 생물학적 시료를 획득하고, 상기 시료 내에서 엑손 14가 결실된 MET 변이체의 존재 여부를 측정한 후 엑손 14가 결실된 MET 변이체가 확인된 경우에, 당해 시료(환자)가 MET 저해제에 대하여 감수성이 있다라고 판정하게 된다. 따라서, 해당 변이체가 존재하는 대상에게 MET 저해제를 투여 시 소망하는 효과를 얻을 수 있다. The method of the present invention comprises the steps of obtaining a biological sample from a subject patient, measuring the presence or absence of a MET mutant in which the exon 14 is deleted in the sample, and then, when a MET mutant in which the exon 14 has been deleted is identified, Patient) is susceptible to the MET inhibitor. Therefore, a desired effect can be obtained when a MET inhibitor is administered to a subject in which the mutant is present.

또한, 추가적으로 상기 시료 내에서 엑손 14가 결실된 MET 변이체의 존재 여부를 측정한 후 엑손 14가 결실된 MET 변이체가 확인된 경우, 상술한 c.3082+811A TTTTAACA>GGTTTGAT 일배체형을 확인함으로써 당해 시료(환자)가 MET 저해제에 대하여 감수성이 있다라고 판정하게 할 수 있다.In addition, in the case where a MET variant lacking exon 14 was identified after measuring the presence or absence of a MET mutant in which the exon 14 was deleted in the sample, the c.3082 + 811A TTTTAACA> GGTTTGAT haplotype was identified, (Patient) is susceptible to the MET inhibitor.

또한, 상기 유전자들의 발현 수준을 언급하면서 사용되는 용어들은 바이오 마커의 "정상" 발현 수준 혹은 값과 비교해서 "차동(differential) 수준" 혹은 "차동 값"을 지니거나 "상이하게 발현된" 것으로서 지칭될 수 있으며, 발현에 있어서 정량적 차이뿐만 아니라 정성적 차이의 둘 모두를 포함한다.Also, terms used in reference to the expression levels of the genes are referred to as " differential levels "or" differential values "or" differentially expressed " And includes both qualitative as well as quantitative differences in expression.

본 명세서에서 사용되는 용어 "생물학적 시료"란 본 발명의 바이오 마커의 발현이 검출될 수 있는 개체로부터 얻어지는 모든 시료를 의미한다. The term "biological sample" as used herein refers to all samples obtained from an individual from which expression of the biomarker of the present invention can be detected.

본 발명의 바람직한 구현예에 따르면, 상기 생물학적 시료는 타액(saliva), 생검(biopsy), 혈액, 피부 조직, 액체 배양물, 분변 및 소변으로 이루어진 군에서 선택된 어느 하나이며, 특별히 이에 제한되지 않고, 본 발명의 기술분야에서 통상적으로 사용되는 방법으로 처리하여 준비될 수 있다.According to a preferred embodiment of the present invention, the biological sample is any one selected from the group consisting of saliva, biopsy, blood, skin tissue, liquid culture, feces and urine, And can be prepared by treatment with a method commonly used in the technical field of the present invention.

본 발명의 방법은 상술한 바이오 마커 및 조성물을 이용하여 감수성이 있는 것으로 판정하므로, 중복된 내용은 본 명세서의 과도한 복잡성을 피하기 위하여 그 기재를 생략한다.The method of the present invention is determined to be susceptible using the biomarkers and compositions described above, and redundant descriptions are omitted to avoid undue complexity of the present disclosure.

본 발명의 MET 저해제에 대한 감수성 예측용 바이오 마커 조성물을 이용하면, 개개의 환자의 상기 감수성을 치료 개시 전에 확실하게 판정할 수 있어, 치료 효과가 높은 항암제의 선택이 가능해진다. 또한, 개인별로 치료 효과가 낮을 것으로 예상되는 항암제의 사용을 회피할 수 있기 때문에 불필요한 부작용을 회피할 수 있다.By using the biomarker composition for predicting susceptibility to a MET inhibitor of the present invention, it is possible to reliably determine the sensitivity of individual patients before starting treatment, and it becomes possible to select an anticancer agent having a high therapeutic effect. In addition, unnecessary side effects can be avoided because it is possible to avoid the use of an anticancer agent, which is expected to have a low therapeutic effect on an individual basis.

도 1a는 본 실험 흐름도를, 도 1b는 본 발명의 MET의 구조를 나타낸다. 도 1c는 nCounter 어세이를 이용한 멀티플렉스 융합 전사체 분석을 보여준다. 도 1d는 7 번 염색체 상의 c.3082+811A 부위(빨간 막대)를 갖는 MET 유전자의 엑손 14 및 플랭킹 인트론을 보여준다.
도 2a는 METex14+ GC의 MET 단백질 과발현을 확인한 IHC 결과(상단 패널) 및 어떠한 MET 증폭도 나타나지 않은 FISH 결과(하단 패널)를 보여준다. 도 2b는 METex14+ GC의 MET 단백질 과발현을 확인한 IHC 결과(상단 패널) 및 수반된 MET 증폭을 나타내는 FISH 결과(하단 패널)를 보여준다.
도 3은 METex14 + GC(gastric carcinoma) 및 CRC(colorectal carcinoma) PDC에서의 크리조티닙 및 SAIT301의 항-암 효능을 보여준다. 5 일 동안 지정-농도의 크리조티닙(도 3a) 및 SAIT301(도 3b)을 처리한 후 CTG 분석으로 측정한 METex14 + GC(■) 및 CRC(□) PDC의 생존율을 보여준다. 도 3c는 5 일 동안 다양한 농도의 SAIT301(■) 및 5D5(□)를 처리한 후 CTG 분석으로 측정한 PDC의 생존율을 보여준다. 상대적인 세포 생존율(%)은 대조군(비처리)과 비교하여 % 성장율을 나타낸다. 도 3d는 SAIT301를 24 시간 처리한 GC와 CRC PDC에서의 MET 및 p-Akt의 단백질 수준을 웨스턴 블롯으로 측정한 결과를 보여준다. 도 3e는 SAIT301 및 5D5를 24 시간 처리한 GC PDC에서의 MET 단백질 수준을 웨스턴 블롯으로 측정한 결과를 보여준다.
도 4는 METex14 + GC(gastric carcinoma) 및 CRC(colorectal carcinoma) PDC에서의 PHA-665752, 카보잔티닙(cabozantinib, XL184), 라파티닙(lapatinib) 및 세툭시맙(cetuximab, Erbitux)의 항-암 효능을 보여준다.
도 5는 식도 편평 세포 암종 및 흑색종 PDC에 항-MET 제제 처리시 항-암 효능을 보여준다.FIG. 1A shows a flow chart of the present experiment, and FIG. 1B shows the structure of MET of the present invention. Figure 1c shows multiplex fusion transcript analysis using the nCounter assay. Figure 1d shows the exon 14 and flanking intron of the MET gene with the c.3082 + 811A site (red bar) on chromosome 7.
Figure 2a shows IHC results (top panel) confirming MET protein overexpression of METex14 + GC and FISH results (bottom panel) without any MET amplification. Figure 2b shows the IHC results (top panel) confirming MET protein overexpression of METex 14 + GC and the FISH results (bottom panel) showing the accompanying MET amplification.
Figure 3 shows the anti-cancer efficacy of crytotinib and SAIT301 in METex14 + GC (gastric carcinoma) and CRC (colorectal carcinoma) PDC. Show the survival rates of METEX14 + GC () and CRC () PDC as measured by CTG analysis after treatment of designated-concentrations of crytotinib (FIG. 3a) and SAIT301 (FIG. 3b) for 5 days. Figure 3c shows the survival rates of PDCs measured by CTG analysis after treatment with various concentrations of SAIT301 () and 5D5 () for 5 days. Relative cell viability (%) shows% growth rate as compared to control (untreated). FIG. 3D shows the results of Western blotting the protein levels of MET and p-Akt in the GC treated with SAIT301 for 24 hours and the CRC PDC. FIG. 3E shows the results of Western blotting of MET protein levels in GC PDCs treated with SAIT301 and 5D5 for 24 hours.
Figure 4 shows the anti-cancer efficacy of PHA-665752, cabozantinib (XL184), lapatinib and cetuximab (Erbitux) on METex 14 + GC (gastric carcinoma) and CRC (colorectal carcinoma) Lt; / RTI >
Figure 5 shows the anti-cancer efficacy of the anti -MET agent treatment of esophageal squamous cell carcinoma and melanoma PDC.

이하, 실시예는 오로지 본 발명을 보다 구체적으로 설명하기 위한 것으로서, 본 발명의 요지에 따라 본 발명의 범위가 이들 실시예에 의해 제한되지 않는다는 것은 본 발명이 속하는 기술분야에서 통상의 지식을 가진 자에게 있어서 자명할 것이다.It will be apparent to those skilled in the art that various modifications and variations can be made in the present invention without departing from the spirit or scope of the invention as defined by the appended claims. It will be obvious to you.

실시예Example 1. 실험방법 및 조건 1. Experimental methods and conditions

1-1. 환자 정보1-1. Patient Information

이후 실험 대상으로 선정된 전이성 고형암 환자는 삼성 서울 병원의 NEXT-1 실험[NCT # 02141152]에 등록된 환자로, 이 연구는 삼성 서울 병원의 승인을 받았다. 모든 연구 참가자들은 연구 참여 전에 서면 동의서를 제공하였다. 2013년 11월부터 2014년 8월 동안, 428 명의 환자를 대상으로 하였다. RNA의 추출을 위해 이용 가능한 조직 표본이 있는 428 명 중 230 명 환자 코호트가 본 스크리닝 프로젝트에 포함되었다.Patients with metastatic solid tumors who were subsequently selected for the study were enrolled in the NEXT-1 test [NCT # 02141152] of Samsung Medical Center, and the study was approved by Samsung Medical Center. All study participants provided written consent before participating in the study. From November 2013 to August 2014, 428 patients were enrolled. Of the 428 patients with available tissue samples for RNA extraction, 230 patient cohorts were included in the screening project.

1-2. 나노스트링(1-2. Nanostrings ( NanoStringNanoString )-기반 멀티플렉스 MET 엑손 14 결실 및 ) -Based multiplex METEX exon 14 deletion and ALKALK , ROS1, , ROS1, NTRK1NTRK1 , , NTRK3NTRK3 또는 RET  Or RET 전사체Transcript 분석 analysis

본 발명자들은 제조사의 지시에 따라 nCounter 분석 (NanoString, Seattle, WA)을 중복으로 실시하였다. 신선한 종양 조직(종양 함량> 70%)에서 총 RNA를 추출하거나, 고순도 파라핀 RNA 키트(Roche Diagnostic, Mannheim, Germany)를 이용하여1-4 FFPE 조직 절편(4 ㎛ 두께)에서 총 RNA를 추출하였다. RNA 추출 후 제조사의 프로토콜에 따라, 본 발명자들은 추가적으로 DNase 처리 를 추가하였다. RNA 농도는 Nanodrop 8000 (Thermo-Scientific, Wilmington, DE) 로 측정하였고, 사용 전까지 -80℃에서 보관하였다. 보다 구체적으로, 총 RNA 300 ng을 65℃에서 16 시간 동안 nCounter 프로브 세트와 혼성화시켰다. METex14del 전사체에 대한 타겟 서열은 5'-ATTACTACTTGGGTTTTTCCTGTGGCTGAAAAAGAGAAAGCAAATTAAAGATCAGTTTCCTAATTCATCTCAGAACGGTTCATGCCGACAAGTGCAGTAT-3'(서열번호 1)이다. 대조군으로, 본 발명자들은 GAPDH 엑손 1-2 (accession number NM_002046.3), GUSB 엑손 4-5 (accession number NM_000181.1), OAZ1 (accession number NM_004152.2) 및 POLR2A (accession number NM_000937.2)를 이용하였다. 이전에 기재된 바와 같이(Cancer Res. 2011; 71: 29-39.), 샘플들을 자동 nCounter Sample Prep Station(NanoString Technologies, Inc., Seattle, WA)을 사용하여 처리하였다. 전체 프로브 세트 및 프로브 설계는 이전의 연구에 개시되어 있다(Oncotarget, Vol.6 No.29 28211-28222 Supplementary Table S1, J Mol Diagn. 2014; 16: 229-243. 및 PLoS One. 2014; 9: e90133).The present inventors performed nCounter analysis (NanoString, Seattle, WA) in duplicate in accordance with the manufacturer's instructions. Total RNA was extracted from fresh tumor tissue (tumor content> 70%) or total RNA was extracted from 1-4 FFPE tissue sections (4 μm thickness) using a high purity paraffin RNA kit (Roche Diagnostic, Mannheim, Germany). After RNA extraction, according to the manufacturer's protocol, the present inventors further added DNase treatment. RNA concentration was measured with Nanodrop 8000 (Thermo-Scientific, Wilmington, DE) and stored at -80 ° C until use. More specifically, 300 ng of total RNA was hybridized with the nCounter probe set at 65 DEG C for 16 hours. The target sequence for the METEX14del transcript is 5'-ATTACTACTTGGGTTTTTCCTGTGGCTGAAAAAGAGAAAGCAAATTAAAGATCAGTTTCCTAATTCATCTCAGAACGGTTCATGCCGACAAGTGCAGTAT-3 '(SEQ ID NO: 1). As a control group, the present inventors used GAPDH exon 1-2 (accession number NM_002046.3), GUSB exon 4-5 (accession number NM_000181.1), OAZ1 (accession number NM_004152.2) and POLR2A (accession number NM_000937.2) Respectively. Samples were processed using an automated nCounter Sample Prep Station (NanoString Technologies, Inc., Seattle, Wash.) As previously described (Cancer Res. 2011; 71: 29-39. The entire probe set and probe design has been disclosed in previous studies (Oncotarget, Vol. 6 No.29 28211-28222 Supplementary Table S1, J Mol Diagn. 2014; 16: 229-243 and PLoS One. e90133).

1-3. 정량적 RT-1-3. Quantitative RT- PCRPCR 에 의한 나노스트링 결과의 검증Verification of Nanostring Results by

superscript III first-strand synthesis system(Invitrogen, Carlsbad, CA)을 이용하여 RNA를 역전사시켰다. 나노스트링 결과의 검증을 위해, 본 발명자들은 MET(GenBank accession number NM 000245)의 엑손 13에 대한 정방향 프라이머, GFPT1 F (서열번호 2; 5'-TGGGTTTTTCCTGTGGCTGAA-3'), MET의 엑손 15에 대한 역방향 프라이머(서열번호 3; 5'- GCATGAACCGTTCTGAGATGAATT-3') 및 엑손 13-엑손 15 정션을 오버랩핑하는 프로브(서열번호 4; 5'-AAGCAAATTAAAGATCAGTTTCC-3')를 설계하였다. GAPDH 유전자(ID; Hs99999905_m1)는 내인성 대조군으로 사용하였다. RNA was reverse transcribed using the superscript III first-strand synthesis system (Invitrogen, Carlsbad, Calif.). For the verification of the nanostring results, the present inventors used a forward primer, GFPT1 F (SEQ ID NO: 2; 5'-TGGGTTTTTCCTGTGGCTGAA-3 ') for exon 13 of MET (GenBank accession number NM 000245) 5'-AAGCAAATTAAAGATCAGTTTCC-3 ') was designed to overlap the primer (SEQ ID NO: 3; 5'-GCATGAACCGTTCTGAGATGAATT-3') and the exon 13-exon 15 junction. The GAPDH gene (ID; Hs99999905_ml) was used as an endogenous control.

보다 구체적으로, 5' 말단에 리포터 염료 분자 FAM (6-carboxyfluorescein), 3' 말단에 TaqMan MGB-NFQ(minor groove binder non-fluorescent quencher) 프로브로 표지하고, AmpErase UNG(Applied Biosystems), 900 nm 프라이머(정방향 및 역방향), 250 nm TaqMan 프로브 및 5 ㎕ cDNA 샘플을 포함하는 총 20 ㎕ 반응 부피의 혼합물을 준비하였다. ABI PRISM 7500HT Fast Real-time PCR 기기를 이용하였으며 PCR 조건은 95℃에서 10 분 후, 95℃에서 15 초 및 60℃에서 10 분의 40 사이클을 실시하였다. CT 값 <33은 METex14del +로 간주하였고 =34는 METex14del에 대한 음성으로 간주하였다.More specifically, it was labeled with a reporter dye molecule FAM (6-carboxyfluorescein) at the 5 'end and a TaqMan MGB-NFQ (minor groove binder non-fluorescent quencher) probe at the 3' end. AmpErase UNG (Applied Biosystems) (Forward and reverse), a 250 nm TaqMan probe and a 5 [mu] l cDNA sample. ABI PRISM 7500HT Fast Real-time PCR instrument was used. The PCR conditions were 95 ° C for 10 minutes, 95 ° C for 15 seconds, and 60 ° C for 10 minutes. CT value <33 was considered to be METEX14del + and 34 was considered negative for METEX14del .

1-4. 1-4. CustomDxCustomDx -- Met001Met001 에 의한 나노스트링 결과의 추가 검증Additional verification of nanostring results by

본 결과를 확인하기 위해, 본 발명자들은 MET의 대안적으로 스플라이싱된 변이체(alternatively spliced variant) 검출용 qRT-PCR 기반 키트를 이용하여 METex14del을 검출하였다. 이 키트는 제공된 프로토콜(Custom Diagnostics, Irvine, CA)에 따라 FFPE 절편으로부터의 RNA에서 대안적 스플라이싱된(METex14del) MET 전사체의 존재를 검출하도록 구성된다. MET WT 대조군의 경우, MET WT P/P 혼합으로부터의 Ct는 22와 28 사이의 범위여야 하고, METex14del P/P 혼합으로부터의 Ct는 "미확인(undetermined)"이어야 한다. METex14del 대조군의 경우, MET WT P/P 혼합으로부터의 Ct는 16과 22 사이여야 하고, METex14del P/P 혼합으로부터의 Ct는 26과 32 사이여야 한다. 대조군의 Ct 값이 예상 범위를 벗어나는 경우, 실험 샘플의 평가에 이용될 수 없다.To confirm this result, we detected METEX14del using a qRT-PCR based kit for alternative spliced variant detection of MET. This kit is configured to detect the presence of alternative spliced ( METex14del ) MET transcripts in RNA from FFPE fragments according to the provided protocol (Custom Diagnostics, Irvine, CA). For the MET WT control, the Ct from the MET WT P / P mix should be in the range between 22 and 28, and the Ct from the METex 14del P / P mix should be "undetermined". For the METex 14del control, the Ct from the MET WT P / P mix should be between 16 and 22, and the Ct from the METex 14del P / P mix should be between 26 and 32. If the Ct value of the control is outside the expected range, it can not be used to evaluate the experimental sample.

1-5. MET 면역조직화학1-5. MET Immunohistochemistry

MET 면역조직화학을 위해, 본 발명자들은 이전에 공개된 바와 같이, 제조사의 프로토콜에 따른 Ventana BenchMark XT 자동화 슬라이드 프로세싱 시스템과 항-총 MET (SP44) 래빗 모노클로날 일차 항체(Ventana Medical Systems, Tucson, AZ, USA)를 이용하였다.For MET immunohistochemistry we used the Ventana BenchMark XT automated slide processing system according to the manufacturer's protocol and anti-total MET (SP44) rabbit monoclonal primary antibody (Ventana Medical Systems, Tucson, AZ, USA) was used.

막 및 세포질 염색 모두 다음과 같이 점수를 매겼다: 종양 세포의 >10%에서 0, 무반응성 또는 희미한 염색; 1+, 희미하거나 또는 약한 염색; 2+, 중간 염색; 3+, 강한 염색.Both membrane and cytoplasmic staining were scored as follows: 0% in tumor cells, unreactive or faint staining; 1+, faint or weak staining; 2+, intermediate staining; 3+, strong staining.

막 단독 염색은 위암에 대한 HER2 스코어링과 일치하는 권고로 점수를 매겼다: 종양 세포의 >10%에서 0, 무반응성; 1+, 희미한/간신히 보이는 막 반응성; 2+, 중간 정도의 약한 전체 또는 기저 막 반응성; 3+, 강한 중간 정도의 전체 또는 기저 막 반응성. MET 과발현은 막 및 세포질 해석에 의해 2+ 또는 3+로 정의되었고, 3+만 이전에 공개된 바와 같이 막 해석에 의해 정의되었다(Mod Pathol. 2013; 26: 1632-1641 및 Int J Cancer. 2015; 136: 1629-1635).Membrane alone staining was scored as a recommendation consistent with HER2 scoring for stomach cancer: 0 to 10% of tumor cells, unresponsive; 1+, faint / barely visible membrane reactivity; 2+, moderate weak whole or basal membrane reactivity; 3+, strong moderate total or basal membrane reactivity. MET overexpression was defined as 2+ or 3+ by membrane and cytoplasmic analysis, and 3+ was defined by membrane interpretation as previously disclosed (Mod Pathol. 2013; 26: 1632-1641 and Int J Cancer. 2015 ; 136: 1629-1635).

1-6. 형광 및 명-시야 이중 1-6. Fluorescence and light-field dual 인시추Inchu Chu 혼성화Hybridization (In Situ Hybridization)(In Situ Hybridization)

이전에 개시된 바와 같이(J Clin Pathol. 2013; 66: 985-991), FISH는 이중-발색 DNA-특이 MET/CEP7 프로브(Abnova, Walnut, CA, USA)를 사용하여 실시하였다. 두 병리학자(S.A 및 M.H)가 20 세포간기(inter-phase) 종양 세포 핵에서의 MET 및 CEP7(chromosome 7 centromere probe) 시그널들(개별 시그널은 1, 작은 클러스터는 6 및 큰 클러스터는 12)을 계수하였고, 비율에 따라 핵당 MET와 CEP7 카피의 평균 개수를 결정 하였다. 다양한 비-종양 세포에서의 정상 MET/CEP7 시그널(세포당 1 내지 2 카피)을 내부 양성 대조군으로 이용하였다. 본 발명자들은 20 종양 핵에서의 MET/ CEP7 비율> 2.0로 MET 유전자의 증폭을 정의하였고 polysomy-7을 유전자 증폭에 대한 음성으로 간주하였다.FISH was performed using a double-chromogenic DNA-specific MET / CEP7 probe (Abnova, Walnut, CA, USA) as previously disclosed (J Clin Pathol. 2013; 66: 985-991). MET and CEP7 (chromosome 7 centromere probe) signals (1 for individual signals, 6 for small clusters and 12 for large clusters) in 20 inter-phase tumor cell nuclei by both pathologists (SA and MH) , And the average number of copies of the nucleoside MET and CEP7 copies was determined according to the ratio. Normal MET / CEP7 signals (1-2 copies per cell) in a variety of non-tumor cells were used as internal positive controls. We defined amplification of the MET gene at a MET / CEP7 ratio of 2.0 at 20 tumor nuclei and considered polysomy-7 as negative for gene amplification.

1-7. 1-7. 면역블롯Immunoblot 분석 analysis

프로테아제 억제제 칵테일(Roche, Mannheim, Germany) 및 포스파타제 억제제 칵테일(Roche)을 함유하는 RIPA 버퍼(Sigma-Aldrich, St.Louis, MO, USA)를 이용하여 PDC로부터 총 단백질을 분리하였고 브래드포드 방법에 따라 Quick Start Bradford Protein Assay (Bio-Rad, Hercules, CA, USA)를 이용하여 단백질 농도를 확인하였다. 30 ㎍ 단백질로 10% SDS-폴리아크릴아미드 겔 전기 영동을 실시하여 니트로셀룰로오스 막으로 전기-트랜스퍼하였다. 막을 0.1% v/v 트윈 20을 함유하는 TBS(Tris-buffered saline)의 5% 탈지 분유로 블록킹한 후 4℃에서 밤새 다음의 특이 항체들로 탐침하였다: pMET (Tyr 1234/1235), pAkt (Ser473), Akt(C67E7), pERK1/2(Thr202/Tyr204), ERK1/2 (Thr202/Tyr204), GAPDH(Cell Signaling Technology, Beverly, MA, USA), 및 MET(Abcam, Cambridge, UK) 및 MET (C-28)(Santa Cruz biotechnology, Santa Cruz, CA, USA), 및 beta actin (Sigma Aldrich). 호오스래디시 퍼옥시다제-결합 항-래빗 또는 마우스 IgG(Vector, Burlingame, CA, USA)를 이차 항체로서 사용하고, ECL Western Blotting Substrate(Thermo Scientific, Rockford, IL, USA)을 이용하여 화학 발광에 의해 시그널을 검출하여, LAS-4000(Fujifilm, Tokyo, Japan)를 사용함으로써 시각화하였다.Total protein was isolated from PDC using RIPA buffer (Sigma-Aldrich, St. Louis, Mo., USA) containing protease inhibitor cocktail (Roche, Mannheim, Germany) and phosphatase inhibitor cocktail (Roche) and according to the Bradford method Protein concentrations were determined using the Quick Start Bradford Protein Assay (Bio-Rad, Hercules, Calif., USA). Transferred to a nitrocellulose membrane by 10% SDS-polyacrylamide gel electrophoresis in 30 μg protein. The membranes were blocked with 5% skim milk powder in TBS (Tris-buffered saline) containing 0.1% v / v Tween 20 and probed overnight at 4 ° C with the following specific antibodies: pMET (Tyr 1234/1235), pAkt (Thr202 / Tyr204), ERK1 / 2 (Thr202 / Tyr204), GAPDH (Cell Signaling Technology, Beverly, MA, USA) and MET (Abcam, Cambridge, UK) and MET (C-28) (Santa Cruz biotechnology, Santa Cruz, CA, USA), and beta actin (Sigma Aldrich). Horseradish peroxidase-conjugated anti-rabbit or mouse IgG (Vector, Burlingame, CA, USA) was used as the secondary antibody and chemiluminescence was detected using ECL Western Blotting Substrate (Thermo Scientific, Rockford, IL, USA) The signal was detected and visualized by using LAS-4000 (Fujifilm, Tokyo, Japan).

1-8. 시약1-8. reagent

재조합 CHO 안정화된 세포주를 사용하여 SAIT301를 제조하였다. Crizotinib, PHA-665752, XL-184 및 라파티닙은 Selleck Chemicals (Houston, TX, USA)에서 구입하였다.The recombinant CHO stabilized cell line was used to prepare SAIT301. Crizotinib, PHA-665752, XL-184 and lapatinib were purchased from Selleck Chemicals (Houston, TX, USA).

1-9. 환자-유래 종양 세포 배양 및 세포 증식 억제 분석1-9. Patient-derived tumor cell culture and cell proliferation inhibition assay

SMC 발암 바이오마커 연구(NCT#01831609, clinicaltrials.gov)에 동의한 악성 삼출액, 수술 조직 또는 조직 검사로부터 환자 유래의 종양 세포(Patient derived tumor cells, PDCs)를 분리하였다. 프로토콜은 삼성 서울 병원의 임상 시험 심사위원회의 승인을 받았다. Patient-derived tumor cells (PDCs) were isolated from malignant effusion, surgical tissue, or histology in agreement with the SMC carcinoma biomarker study (NCT # 01831609, clinical trials.gov). The protocol was approved by the Samsung Medical Center clinical trial committee.

보다 구체적으로, 10% 소태아 혈청, 0.5 ㎍/㎖ 하이드로코르티손(Sigma Aldrich), 5 ㎍/㎖ 인슐린(PeproTech, Rocky Hill, NJ, USA), 5 ng EGF 및 FGF(PeproTech)가 보충된 RPMI 배지에서 세포들을 배양하였다. 인 비트로 항체 처리에 반응을 위한 세포 증식을 제조사의 지침에 따른 CTG(Promega, Madison, WI, USA) 분석에 의해 평가하였다. FBS 10%(v/v) RPMI 1640 배지에 5 X 105 세포의 밀도로 세포를 96 웰 플레이트 (BD Biosciences, PaloAlto, CA, USA) 상에 플레이팅하였다. 24 시간 배양 후, 10% FBS(v/v) RPMI 배지에 희석한 처리 항체 또는 저분자(하기 실험예에 기재)를 첨가하였다. 5 일 배양 후, 100 ㎕ CTG 시약을 각 웰에 첨가하여 실온에서 30 분 동안 인큐베이션하였다. Envision 2104 Multi-label Reader (Perkin Elmer, Foster City, CA, USA)을 이용하여 발광 시그널을 기록하였다.More specifically, RPMI medium supplemented with 10% fetal bovine serum, 0.5 μg / ml hydrocortisone (Sigma Aldrich), 5 μg / ml insulin (PeproTech, Rocky Hill, NJ, USA), 5 ng EGF and FGF (PeproTech) Cells were cultured. In vitro CTG (Promega, Madison, WI, USA) according to the cell proliferation, for the reaction to the antibody treatment to the manufacturer's instructions it was evaluated by analysis. FBS 10% (v / v) were plated cells at a density of 5 X 10 in RPMI 1640 medium 5 cells on a 96-well plate (BD Biosciences, PaloAlto, CA, USA). After culturing for 24 hours, the treated antibody or low molecular weight (described in Experimental Examples below) diluted in 10% FBS (v / v) RPMI medium was added. After 5 days of culture, 100 占 퐇 CTG reagent was added to each well and incubated at room temperature for 30 minutes. Emission signals were recorded using an Envision 2104 Multi-label Reader (Perkin Elmer, Foster City, Calif., USA).

실험예Experimental Example 1. 환자군에서의  1. In the patient group METex14delMETEX14del 발현 양상 확인  Identification of expression pattern

실시예 1과 같이, 암 환자의 게놈 프로파일을 위한 임상 실험인 NEXT-1 실험(NCT02141152)으로부터의 환자 코호트(cohort)를 이용하였다(도 1). 표 1에 나타낸 등록 및 스크리닝된 428 명 중, 230 명에서 nCounter 분석에 의한 멀티플렉스 융합 전사체 검출(multiplexed fusion transcript) 분석을 하기에 충분한 RNA 샘플을 분리하였다. As in Example 1, a patient cohort from the NEXT-1 experiment (NCT02141152), a clinical trial for the genomic profile of cancer patients, was used (Figure 1). Of the 428 registered and screened as shown in Table 1, 230 RNA samples sufficient to perform multiplexed fusion transcript analysis by nCounter analysis were isolated.

ALK, ROS1, RET, NTRK1 및 NTRK3을 조사하기 위해 멀티플렉스 융합 전사체 분석에 대한 상세한 프로브 설계는 본 발명자의 논문(Oncotarget, Vol.6 No.29 28211-28222 Supplementary Table S1)에 제공된다.A detailed probe design for multiplex fusion transcript analysis to investigate ALK, ROS1, RET, NTRK1 and NTRK3 is provided in the present inventor's paper (Oncotarget, Vol.6 No.29 28211-28222 Supplementary Table S1).

멀티플렉스 융합 분석 중 임의의 141 bp METex14del 전사체(p.982_1028del47, c.2942)(Oncotarget, Vol.6 No.29 28211-28222 Supplementary Table S1)를 검출하는 나노스트링 프로브를 포함하였다. Any of the 141 bp METEX14del And a nanostructure probe that detects transcripts (p.982_1028del47, c.2942) (Oncotarget, Vol.6 No.29 28211-28222 Supplementary Table S1).

스크리닝된 230 개의 종양 검체 중 86 개 검체의 조직을 신선하게 동결하고 나머지 144 개 검체의 조직을 포르말린-고정 파라핀-포매(FFPE)하였다. 동시에, 본 발명자들은 METex14del에 대한 SMC 바이오 마커 연구(NCT01831609)로부터 제작된 50 개의 환자 유래-종양 세포주(patient derived tumor cell, PDC)를 스크리닝하였다. SMC 종양 바이오 마커 연구는 PDC 모델 정립을 위하여 전이성 고형암 환자의 악성 복수(malignant ascites), 악성 늑막 삼출액(malignant pleural effusion), 내시경 검사 조직 또는 수술 조직을 관리하는 지속적인 연구이다(도 1). Of the 230 screened tumor specimens, 86 specimens were frozen freshly and the remaining 144 specimens were formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE). At the same time, we screened 50 patient-derived tumor cells (PDCs) from the SMC biomarker study (NCT01831609) for METex14del. The SMC tumor biomarker study is an ongoing study to manage malignant ascites, malignant pleural effusion, endoscopic tissue, or surgical tissue in patients with metastatic solid tumors to establish a PDC model (Fig. 1).

230 개의 종양 코호트(86 개의 냉동 조직 및 144 개의 포르말린-고정 파라핀-포매 조직) 중, QC(quality control)에 실패한 11 개의 샘플을 제외한 219 개가 최종적으로 포함되었다. 상기 결과는 표 1에 나타내었다.Of the 230 tumor cohorts (86 frozen tissues and 144 formalin-fixed paraffin-embedded tissues), 219 were excluded, except for 11 samples that failed QC (quality control). The results are shown in Table 1.

Figure pat00001
Figure pat00001

* ACUP(Adenocarcinoma of unknown primary)는 met 엑손 14 스킵핑 및 MET 증폭을 갖는다.* ACUP (Adenocarcinoma of unknown primary) has met extension 14 skipping and MET amplification.

** HCC, hepatocellular carcinoma.** HCC, hepatocellular carcinoma.

*** 230 개 중 최종 분석용으로 포함된 219 개. *** Of the 230, 219 included for final analysis.

본 멀티플렉스 nCounter 융합 전사체 분석의 초기 스크리닝으로, 26 개가 높은 융합 전사체 mRNA 발현(도 1c)과 함께 METex14del에 대한 잠재적인 양성 사례로 검출되었고, 정량적 역전사-중합 효소 연쇄 반응(RT-PCR)에 의해 13 명의 환자(5.7%)들이 최종적으로 METex14del +인 것으로 확인되었다: 3 위암(GC), 4 대장암, 5 비소세포폐암(NSCLC) 및 ACUP(Adenocarcinoma of unknown primary).Twenty-six were detected as potential positive cases for METEX14del with high fusion transcript mRNA expression (Fig. 1c) and quantitative RT-PCR (RT-PCR) (GC), 4 colorectal cancer, 5 non-small cell lung cancer (NSCLC), and Adenocarcinoma of unknown primary ( ACUP ) were confirmed to be METEX14del + by 13 patients (5.7%).

또한, 종양 유형에 따른 MET 엑손 14 결실(METex14del) 환자 특성을 확인하였고, 그 결과는 표 2에 나타내었다.In addition, the patient characteristics of the MET exon 14 deletion (METEX 14del) according to the tumor type were confirmed, and the results are shown in Table 2.

Figure pat00002
Figure pat00002

이러한 METex14del + 13 사례 중 11 사례는 MET IHC 3+, 2 사례는 MET IHC 2+였다. METex14del + 13 사례 중 하나만이 MET 증폭을 수반하였다(표 2). 모든 METex14del 사례들은 ALK, ROS1, RET, NTRK1 및 NTRK3 융합에 대해 음성적이었다. Eleven of these METEX14del + 13 cases were MET IHC 3+ and 2 cases were MET IHC 2+. Only one of the METex14del + 13 cases involved MET amplification (Table 2). All METEX14del cases were negative for ALK, ROS1, RET, NTRK1 and NTRK3 fusion.

또한, METex14del인 GI(gastrointestinal)암 및 ACUP(Adenocarcinoma of unknown primary)의 임상병리학적 특징을 확인하였고, 그 결과는 표 3에 나타내었다.In addition, clinicopathological features of GI (gastrointestinal) cancer and ACUP (Adenocarcinoma of unknown primary), which are METEX14del, were confirmed, and the results are shown in Table 3.

Figure pat00003
Figure pat00003

모든 METex14del 13 사례들은 엑손 13-15 정션이 오버랩핑되는 프로브를 이용하는 정량적 RT-PCR에 의해 추가적으로 확인되었고, 융합 전사체가 엑손 14 스킵핑에 의해 발생되었다. 모든 경우에서, 비록 RT-PCR의 절대 Ct(임계주기) 값이 32 가까이 상대적으로 높게 나타나긴 했으나, 타겟 서열의 명확한 증폭이 있었다. GI 암으로부터 획득된 DNA를 이용하는, 인트론을 포함하는 전체 MET 유전자를 타겟팅하는 딥 시퀀싱 결과 인트론에서 많은 돌연변이가 있었다(표 3).All METEX14del 13 cases were additionally identified by quantitative RT-PCR using exon 13-15 junction overlap overlapping probes, and fusion transcripts were generated by exon 14 skipping. In all cases there was a clear amplification of the target sequence, although the absolute Ct (critical cycle) value of RT-PCR was relatively high at about 32. Deep sequencing targeting the entire MET gene, including introns, using DNA obtained from GI cancers resulted in a number of mutations in introns (Table 3).

흥미롭게도, 본 발명의 모든 GI 샘플들은 MET의 인트론 14 부위에서 c.3082+811A TTTTAACA>GGTTTGAT 변이를 포함하였다(도 1d). Interestingly, all the GI samples of the present invention contained the c.3082 + 811A TTTTAACA> GGTTTGAT mutation at the intron 14 site of MET (FIG. 1d).

42 GC 환자 중 총 3 명이 METex14del에 양성이었다(표 3). 모든 GC 사례들은 IHC 3+이었고, 일련의 단 하나의 사례만이 MET 증폭되었다. 일례로 악성으로 분화된 선암 및 대량 복수가 있는 27 세 남자 환자는 진단 후 바로 사망하였다. 그의 종양은 IHC (3+)에서는 강한 MET 과발현을 나타냈으나, FISH에서는 어떠한 MET 증폭도 나타나지 않았다(도 2, 표 3). PDC 세포주를 해당 악성 복수로부터 제작하여 MET 억제제에 의한 항-종양 활성에 대하여 조사하였다.A total of 42 GC patients were positive for METEX14del (Table 3). All GC cases were IHC 3+, and only one series of cases was MET amplified. For example, a 27-year-old male patient with malignantly differentiated adenocarcinoma and massive ascites died immediately after diagnosis. His tumors showed strong MET overexpression in IHC (3+), but no MET amplification in FISH (FIG. 2, Table 3). PDC cell lines were prepared from the malignant ascites and examined for anti-tumor activity by MET inhibitors.

두 번째 METex14del의 사례도 MET 증폭(MET/CEP7 ~12.8) 및 강한 MET 과발현을 수반하는 악성으로 분화된 선암을 갖는 67 세 남자 환자였다The second case of METEX14del was also a 67-year-old male patient with malignantly differentiated adenocarcinoma with MET overexpression (MET / CEP7-12.8 ) and strong MET overexpression

대장암의 경우, 4 명의 환자는 METex14del 양성이었다(표 1). 모든METex14del+(또는 양성) 대장암 환자들은 MET가 증폭되지 않았고, 하나를 제외한 모두는 MET IHC 3+이었다. In colorectal cancer, four patients were METEX14del positive (Table 1). All METex14del + (or benign) colorectal cancer patients were not amplified with MET, and all except one was MET IHC 3+.

KRAS는 모든 4 대장암 환자에서 야생형이었으나 4 사례 중 2 사례에서BRAF V600E가 검출되었다. 흥미롭게도, 모든 4 대장암 METex14 + 사례들은 측면 대장암에서 나타났다. 비소세포폐암의 경우, 51 명 환자 중 5 명(9.8%)의 환자는 METex14del+이었고, 이 중 아무도 MET 증폭이 수반되지 않았다. 5 명 환자의 평균 연령은 49 세였고, 4 명(80 %)의 환자는 비-흡연자였다(표 2). METex14del + 비소세포폐암 환자 중 한 환자는 엑손 19에 EGFR 결실 돌연변이 및 엑손 20 내 T790M 돌연변이를 수반하였다. METex14del + 비소세포폐암 환자 중 아무도 KRAS 돌연변이 또는 MET 증폭을 수반하지 않았다. KRAS was wild-type in all 4 colorectal cancer patients, but BRAF V600E was detected in 2 out of 4 cases. Interestingly, all 4 colorectal cancer cases METEX14 + appeared in the case of colorectal cancer of the side. In non-small cell lung cancer, METEX 14del + was present in 5 of the 51 patients (9.8%), none of which involved MET amplification. The mean age of the five patients was 49 years and four (80%) were non-smokers (Table 2). One patient with METEX14del + non-small cell lung cancer was accompanied by an EGFR deletion mutation in exon 19 and a T790M mutation in exon 20. None of the METEX14del + non-small cell lung cancer patients had KRAS mutations or MET amplification.

실험예Experimental Example 2.  2. METex14delMETEX14del 환자-유래 종양 세포주(Patient Derived Tumor Cell Lines, PDC)에서 MET 억제시 발현 양상 확인 Expression pattern of MET inhibition in Patient Derived Tumor Cell Lines (PDC)

본 발명자들은 METex14del 환자-유래 종양 세포주(Patient Derived Tumor Cell Lines, PDC)를 제작하여 MET 억제시 발현을 양상 확인하고자 하였다.The present inventors constructed a METEX14del patient-derived tumor cell line (PDC) to determine the expression pattern during MET inhibition.

이에, 상기 실험예 1에서 확인한 결과를 기반으로 하여, 본 발명자들은 MET의 인트론 14 부위에서 c.3082+811A TTTTAACA>GGTTTGAT 변이를 포함하는 METex14del+ 환자 유래 종양 조직을 이용하여 METex14del 환자-유래 종양 세포주(Patient Derived Tumor Cell Lines, PDC)를 제작하여 그 중 높은 수준으로 METex14 전사체(transcript)를 발현하는 5 개의 PDC를 선별하였고, 추가적으로 RT-PCR에 의해 확인하였다(도 1c). Based on the results obtained in Experimental Example 1, the inventors of the present invention conducted a METEX14del patient-derived tumor cell line using METEX14del + patient-derived tumor tissue containing the c.3082 + 811A TTTTAACA> GGTTTGAT mutation at the intron 14 site of MET Patient Derived Tumor Cell Lines (PDCs) were constructed, and 5 PDCs expressing METEX14 transcripts at a high level were selected and additionally confirmed by RT-PCR (FIG. 1C).

상기 5 PDC 세포주 중 4 METex14del + GC(gastric carcinoma)(■) 및 CRC(colorectal carcinoma)(□) PDC 세포주를 이용하여 c-MET 억제제인 크리조티닙(crizotinib, 저분자) 및 SAIT301(모노클로날 항체)를 5 일 동안 지정-농도로 처리한 후, CTG 분석으로 METex14 + GC 및 CRC의 생존율을 측정함으로써, 크리조티닙(도 3a) 및 SAIT301(도 3b)의 잠재적인 항-종양 효과에 대해 시험하였다.The c-MET inhibitors crizotinib (low molecular weight) and SAIT301 (monoclonal antibody) were assayed using 4 METEX14del + GC (gastric carcinoma) () and CRC (colorectal carcinoma) ) Was tested for potential anti-tumor effects of crytotenib (Fig. 3a) and SAIT301 (Fig. 3b) by measuring the survival rate of METex14 + GC and CRC by CTG analysis after treatment for 5 days at a specified concentration Respectively.

그 결과, 도 3a 및 도 3b에 나타낸 바와 같이, ALK 뿐만 아니라 MET 타겟팅하는 저분자인 크리조티닙이, GC 및 CRC PDCs 모두에서 용량-의존적 성장 억제를 초래한다는 것을 보여준다. As a result, as shown in Figs. 3A and 3B, it is shown that crytotenib, which is a low targeting molecule for ALK as well as for MET, leads to dose-dependent growth inhibition in both GC and CRC PDCs.

또한, 본 발명자들은 5 일 동안 다양한 농도의 SAIT301(■) 및 다른 종류의 c-MET 억제제인 5D5(□)를 처리한 후 CTG 분석으로 GC 및 CRC PDC의 생존율을 측정하였다. We also measured the survival rates of GC and CRC PDCs by CTG analysis after treatment with various concentrations of SAIT301 () and other c-MET inhibitors 5D5 () for 5 days.

그 결과, 도 3c에 나타낸 바와 같이, SAIT301가 GC 및 CRC PDCs 모두에서 5D5에 비해 탁월한 성장 억제를 초래한다는 것을 보여준다. As a result, as shown in Fig. 3C, SAIT301 shows excellent growth inhibition compared to 5D5 in both GC and CRC PDCs.

또한, 본 발명자들은 GC와 CRC PDC에서의 MET 및 p-Akt의 단백질 수준을 웨스턴 블롯으로 확인하였다.In addition, the present inventors confirmed the protein levels of MET and p-Akt in GC and CRC PDC by Western blotting.

그 결과, 도 3d에 나타낸 바와 같이, SAIT301를 처리한 GC와 CRC PDC에서의 MET 및 p-Akt의 단백질 발현 수준이 감소되었음을 보여준다. 또한, 도 3e에 나타낸 바와 같이, SAIT301가 5D5에 비해 탁월한 MET 단백질 발현 수준 감소를 초래한다는 것을 보여준다.As a result, as shown in FIG. 3D, the level of protein expression of MET and p-Akt in the GC treated with SAIT301 and the CRC PDC was decreased. In addition, as shown in Figure 3E, SAIT301 results in an excellent reduction of MET protein expression levels compared to 5D5.

또한, 본 발명자들은 추가적으로 MET를 특이적으로 타겟팅하는 저분자 억제제인 PHA-665752 및 MET, VEGFR2 및 Ret 키나제를 타겟팅하는 저분자 억제제인 카보잔티닙(cabozantinib, XL184)과 같은 다른 MET 억제제에 대해서도 테스트하였다.We have also tested for other MET inhibitors, such as PHA-665752, a low molecular inhibitor specifically targeting MET, and cabozantinib (XL184), a low molecular inhibitor targeting MET, VEGFR2 and Ret kinase.

그 결과, 도 4에 나타낸 바와 같이, PHA-665752(도 4A) 및 카보잔티닙(도 4B)은 METex14 + GC 및 CRC PDC에서 강력한 성장 억제를 보여준 반면, EGFR 및 HER2 억제제인 라파티닙(lapatinib) 및 EGFR을 타겟팅하는 모노크로날 항체인 세툭시맙(cetuximab, Erbitux)은 어떠한 효과도 나타내지 않았다(도 4C). As a result, PHA-665752 (Fig. 4A) and carbojantinib (Fig. 4B) showed strong growth inhibition in METex 14 + GC and CRC PDC, while EGFR and HER2 inhibitors lapatinib and Cetuximab (Erbitux), a monoclonal antibody targeting EGFR, showed no effect (Figure 4C).

또한, 본 발명자들은 흑색종 및 식도 편평 세포 암종과 같은 다른 PDC 세포주 데이터에서의 항-MET 제제인 SAIT301의 항암 효과를 확인하였다.In addition, the inventors have confirmed the anti-cancer effect of SAIT301, an anti -MET agent in other PDC cell line data such as melanoma and esophageal squamous cell carcinoma.

그 결과, 도 5에 나타낸 바와 같이, 식도 편평 세포 암종 및 흑색종 PDC에서는 GC 및 CRC PDC에 비해 다소 미미한 세포 생존율 억제 및 단백질 수준 감소를 확인하였다.As a result, as shown in Fig. 5, the esophageal squamous cell carcinoma and the melanoma PDC showed a slightly less inhibitory effect on the cell survival rate and a decrease in the protein level compared to GC and CRC PDC.

종합하면, 이러한 실험 결과는 METex14del + 환자 유래 세포주의 항-MET 약물 특이 억제를 제시한다.Taken together, these experimental results suggest an anti -MET drug-specific inhibition of METex14del + patient-derived cell lines.

이전에 보고된 항-MET 항체인 SAIT301는 Cbl-독립적 MET 저해 신호전달 및 유비퀴틴화 없이 MET의 내재화를 촉진한다. 엑손 14의 스플라이스 돌연변이는 막근접(juxtamembrane) 도메인의 결실과 연관이 있고, 이는 유비퀴틴화를 통한 Cbl-의존적 MET 저해와의 상호작용의 손실을 야기한다. 본 발명자들은 METex14 + GC 및 CRC PDC에서의 SAIT301를 테스트하여 추가적으로 상기 Cbl-독립적 MET 저해 메커니즘을 확인하였다. 도 3b 및 3c에 나타낸 바와 같이, SAIT301은, GC 및 CRC 모두에서 강력한 성장 억제를 나타낸 반면, 다른 이가(bivalent) Met 타겟팅 항체인 5D5는 어떠한 증식 억제 효과도 나타내지 않았다. MET의 하향-조절을 매개하는 항체를 확인하기 위하여, 본 발명자들은 SAIT301 처리 후 METex14 + GC 및 CRC PDC에서의 총 MET 수준을 측정하였고(도 3D), SAIT301 항체는 효과적으로 MET 단백질 수준을 감소시켰다. 또한, MET RTK의 주요 신호 전달 매개체 중 하나인 Akt의 인산화가 SAIT301 처리에 의해 현저하게 억제되었다. The previously reported anti-MET antibody, SAIT301, promotes the internalization of MET without Cbl-independent MET inhibition signaling and ubiquitination. Splice mutations in exon 14 are associated with deletion of the juxtamembrane domain, which results in loss of interaction with Cbl-dependent MET inhibition via ubiquitination. We tested SAIT301 in METex14 + GC and CRC PDC to further confirm the Cbl-independent MET inhibition mechanism. As shown in Figures 3b and 3c, SAIT301 exhibited strong growth inhibition in both GC and CRC, while the other bivalent Met targeting antibody 5D5 did not exhibit any proliferation inhibitory effect. To identify antibodies mediating down-regulation of MET, we measured total MET levels in METex 14 + GC and CRC PDCs after SAIT301 treatment (FIG. 3D) and the SAIT301 antibody effectively reduced MET protein levels. In addition, the phosphorylation of Akt, one of the major signaling mediators of MET RTK, was significantly inhibited by SAIT301 treatment.

결론적으로, 이러한 결과들은 SAIT301가, Cbl-독립적 방식으로 MET를 하향-조절하여 METex14 + PDC에서 MET의 저해를 유도하고 이에 따라 종양 세포 성장의 억제된다는 것을 보여준다. In conclusion, these results demonstrate that SAIT301 induces inhibition of MET in METex14 + PDC by down-regulating MET in a Cbl-independent manner, thereby inhibiting tumor cell growth.

따라서, 본 발명의 MET 저해제에 대한 감수성 예측용 바이오 마커로서 MET의 인트론 14 부위에서 c.3082+811A TTTTAACA>GGTTTGAT 변이 및 METex14 +를 이용하면, 개개의 환자의 상기 감수성을 치료 개시 전에 확실하게 판정할 수 있어, 치료 효과가 높은 항암제의 선택이 가능해진다. 또한, 개인별로 치료 효과가 낮을 것으로 예상되는 항암제의 사용을 회피할 수 있기 때문에 불필요한 부작용을 회피할 수 있다.Therefore, when c.3082 + 811A TTTTAACA> GGTTTGAT mutation and METEX14 + are used at the intron 14 site of MET as a biomarker for predicting susceptibility to the MET inhibitor of the present invention, the sensitivity of each patient can be determined Therefore, it is possible to select an anticancer agent having a high therapeutic effect. In addition, unnecessary side effects can be avoided because it is possible to avoid the use of an anticancer agent, which is expected to have a low therapeutic effect on an individual basis.

<110> SAMSUNG LIFE PUBLIC WELFARE FOUNDATION <120> Composition for Predicting Susceptibility to MET Inhibitor <130> SS1-34p <160> 4 <170> KoPatentIn 3.0 <210> 1 <211> 100 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> METex14del <400> 1 attactactt gggtttttcc tgtggctgaa aaagagaaag caaattaaag atcagtttcc 60 taattcatct cagaacggtt catgccgaca agtgcagtat 100 <210> 2 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> forward primer for exon 13 of MET, GFPT1 F <400> 2 tgggtttttc ctgtggctga a 21 <210> 3 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> reverse primer for exon 15 of MET <400> 3 gcatgaaccg ttctgagatg aatt 24 <210> 4 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> probes overlapping an exon 13-exon <400> 4 aagcaaatta aagatcagtt tcc 23 <110> SAMSUNG LIFE PUBLIC WELFARE FOUNDATION <120> Composition for Predicting Susceptibility to MET Inhibitor <130> SS1-34p <160> 4 <170> KoPatentin 3.0 <210> 1 <211> 100 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> METEX14del <400> 1 attactactt gggtttttcc tgtggctgaa aaagagaaag caaattaaag atcagtttcc 60 taattcatct cagaacggtt catgccgaca agtgcagtat 100 <210> 2 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> forward primer for exon 13 of MET, GFPT1 F <400> 2 tgggtttttc ctgtggctga a 21 <210> 3 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> reverse primer for exon 15 of MET <400> 3 gcatgaaccg ttctgagatg aatt 24 <210> 4 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> probes overlapping an exon 13-exon <400> 4 aagcaaatta aagatcagtt tcc 23

Claims (9)

MET 유전자(GenBank accession number NM 000245)의 엑손 14가 결손된 변이체(variant)를 포함하는, MET 저해제에 대한 감수성 예측용 바이오 마커 조성물.
A biomarker composition for predicting susceptibility to a MET inhibitor, comprising a variant in which the exon 14 of the MET gene (GenBank accession number NM 000245) is deleted.
제1항에 있어서, 상기 MET 저해제는 유방암(breast cancer), 폐암(lung cancer), 위암(stomach cancer), 간암(liver cancer), 혈액암(blood cancer), 뼈암(bone cancer), 췌장암(pancreatic cancer), 피부암(skin cancer), 머리 또는 목암(head or neck cancer), 피부 또는 안구 흑색종(cutaneous or intraocular melanoma), 자궁육종(uterine sarcoma), 난소암(ovarian cancer), 직장암(rectal cancer), 항문암(anal cancer), 대장암(colon cancer), 난관암(fallopian tube carcinoma), 자궁내막암(endometrial carcinoma), 자궁경부암(cervical cancer), 소장암(small intestine cancer), 내분비암(endocrine cancer), 갑상선암(thyroid cancer), 부갑상선암(parathyroid cancer), 신장암(adrenal cancer), 연조직종양(soft tissue tumor), 요도암(urethral cancer), 전립선암(prostate cancer), 기관지암(bronchogenic cancer) 및 골수암(bone marrow tumor)으로 이루어진 군에서 선택된 1 종 이상의 암에 대한 치료제인 것을 특징으로 하는, MET 저해제에 대한 감수성 예측용 바이오 마커 조성물.
The method of claim 1, wherein the MET inhibitor is selected from the group consisting of breast cancer, lung cancer, stomach cancer, liver cancer, blood cancer, bone cancer, pancreatic cancer, cancer, skin cancer, head or neck cancer, cutaneous or intraocular melanoma, uterine sarcoma, ovarian cancer, rectal cancer, Cancer, colon cancer, fallopian tube carcinoma, endometrial carcinoma, cervical cancer, small intestine cancer, endocrine cancer, endocrine cancer, cancer, prostate cancer, thyroid cancer, parathyroid cancer, adrenal cancer, soft tissue tumor, urethral cancer, prostate cancer, bronchogenic cancer, ) And bone marrow tumor, which is a therapeutic agent for at least one cancer selected from the group consisting of Characterized in that the, predicting susceptibility biomarker composition for MET inhibitor.
제1항에 있어서, 상기 MET 저해제는 항-MET 항체, 유인 MET 수용체, MET 펩티드 길항제, 우성 네가티브 MET 돌연변이, MET 특이적 안티센스 올리고뉴클레오티드 및 리보자임, 및 선택적 저분자 MET 키나제 억제제로 이루어진 군에서 선택된 1 종 이상인 것을 특징으로 하는, MET 저해제에 대한 감수성 예측용 바이오마커 조성물.
2. The method of claim 1 wherein the MET inhibitor is selected from the group consisting of an anti-MET antibody, an attractor MET receptor, a MET peptide antagonist, a dominant negative MET mutation, a MET specific antisense oligonucleotide and a ribozyme, and an optional low molecular MET kinase inhibitor. Or more of the total amount of the biomarker of the present invention.
제3항에 있어서, 상기 MET 저해제는 크리조티닙(crizotinib), PHA-665752 및 카보잔티닙(cabozantinib, XL184)으로 이루어진 군으로부터 선택된 1 종 이상인 것을 특징으로 하는, MET 저해제에 대한 감수성 예측용 바이오 마커 조성물.
4. The MET inhibitor as claimed in claim 3, wherein the MET inhibitor is at least one selected from the group consisting of crizotinib, PHA-665752 and cabozantinib (XL184). Marker composition.
MET 유전자(GenBank accession number NM 000245)의 엑손 14가 결손된 변이체(variant)를 검출하는 제제를 포함하는, MET 저해제에 대한 감수성 예측용 조성물.
A composition for predicting a susceptibility to a MET inhibitor, comprising a preparation for detecting a variant in which the exon 14 of the MET gene (GenBank accession number NM 000245) is deleted.
제5항의 조성물을 포함하는, MET 저해제에 대한 감수성 예측용 키트.
A kit for predicting susceptibility to a MET inhibitor comprising the composition of claim 5.
다음 단계를 포함하는 MET 저해제에 대한 감수성 예측을 위한 정보 제공 방법:
(a) 대상으로부터 생물학적 시료를 준비하는 단계;
(b) 상기 생물학적 시료 내에 MET 유전자(GenBank accession number NM 000245)의 엑손 14가 결손된 변이체(variant)의 존재를 확인하는 단계; 및
(c) 상기 (b) 단계의 결과를 기반으로 하여, 대상의 MET 저해제에 대한 감수성을 판정하는 단계.
Methods for providing information for predicting susceptibility to MET inhibitors including the following steps:
(a) preparing a biological sample from a subject;
(b) confirming the presence of a variant in which the exon 14 of the MET gene (GenBank accession number NM 000245) is deleted in the biological sample; And
(c) determining the susceptibility of the subject to the MET inhibitor based on the result of the step (b).
제7항에 있어서, 상기 (c) 단계의 판정은 (b) 단계에서 상기 변이체의 존재가 확인된 경우, 대상이 MET 저해제에 대해 감수성을 갖는 것으로 판정하는 것을 특징으로 하는 방법.
8. The method according to claim 7, wherein the determination of step (c) determines that the subject is susceptible to the MET inhibitor when the presence of the mutant is confirmed in step (b).
제7항에 있어서, 상기 (a) 단계의 생물학적 시료는 타액(saliva), 생검(biopsy), 혈액, 피부 조직, 액체 배양물, 분변 및 소변으로 이루어진 군에서 선택된 1 종 이상인 것을 특징으로 하는 방법.The method according to claim 7, wherein the biological sample of step (a) is at least one selected from the group consisting of saliva, biopsy, blood, skin tissue, liquid culture, feces and urine .
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Ann. Oncol., Vol. 27, Suppl. 2, ii11, P-038 (2016.06.21.)* *
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