KR20140057331A - 유방암의 치료 및 진단을 위한 방법 및 조성물 - Google Patents
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Abstract
본 발명은 유방암을 포함하지만, 이것으로 제한되지 않는 암의 진단, 예후 및 치료방법을 제공한다.
Description
본 출원은 2011년 8월 16일 출원된 미국 가특허 출원 제61/524,170호 및 2011년 10월 31일 출원된 미국 가특허 출원 제61/553,706호에 대해 우선권을 주장하며, 둘 다 전문이 참조로서 포함된다.
본 발명의 기술분야
본 발명의 기술분야는 암 및 암의 진단 및 치료에 관한 것이다.
암의 조기 검출은 치료 결과 및 질병 진행에 영향을 미칠 수 있다. 전형적으로 암 검출은 생검, x-레이, CAT 스캔, NMR 등으로부터 얻은 진단적 정보에 의존한다. 이들 과정은 침습적이며, 시간 소모적이고 비쌀 수 있다. 게다가, 그것들은 민감도 및 특이도에 관해 제한을 가진다. 고도로 특이적이고, 고도로 민감하며, 저렴하고, 상대적으로 비침습적인 암의 진단 방법에 대한 암 진단 분야의 필요가 있다. 이하에 기재된 본 발명의 다양한 실시형태는 암의 진단 및 치료 분야에서 이들뿐만 아니라 다른 필요를 충족시킨다.
본 개시내용의 실시형태는 유방암과 같은 암의 진단, 예후 및 치료방법을 제공한다. 다른 실시형태는 유방암과 같은 암의 진단, 예후 및 치료에 관한 조성물을 제공한다.
특정 실시형태에서, 본 발명은 a) 피험체로부터 샘플을 얻는 단계; b) 피험체로부터 얻은 샘플을 유방암 세포에 의해 발현된 하나 이상의 마커를 검출하는 하나 이상의 작용제(agent)와 접촉시키는 단계 c) 비암성 세포를 단계 b)로부터의 하나 이상의 작용제와 접촉시키는 단계; 및 d) 피험체로부터 얻은 샘플 내 마커의 발현수준을 비암성 세포 내 발현 수준과 비교하는 단계를 포함하는 피험체에서 유방암의 검출방법을 제공하되, 비암성 세포에 비해 샘플 내 마커의 더 높은 발현수준은 피험체가 유방암을 가지는 것을 나타낸다.
특정 실시형태에서, 본 발명은 a) 피험체로부터 샘플을 얻는 단계; b) 피험체로부터 얻은 샘플을 표 1에 열거된 마커 중 적어도 하나의 발현을 검출하는 하나 이상의 작용제와 접촉시키는 단계; c) 비암성 세포, 예를 들어 유방 조직으로부터의 비암성 세포를 단계 b)로부터의 하나 이상의 작용제와 접촉시키는 단계; 및 d) 피험체로부터 얻은 샘플 내 표 1에 열거된 마커 중 하나 이상의 발현 수준을 비암성 세포 내 표 1에 열거된 마커 중 하나 이상의 발현 수준과 비교하는 단계를 포함하는 피험체에서 유방암의 검출방법을 제공하되, 비암성 세포에 비해 샘플 내 표 1에 열거된 마커 중 하나 이상의 더 높은 발현 수준은 피험체가 유방암을 가지는 것을 나타낸다.
다른 실시형태에서, 본 발명은 a) 피험체로부터 샘플을 얻는 단계; b) 피험체로부터 얻은 샘플을 서열번호 1 내지 70 또는 이의 보체에 의해 암호화된 마커 중 적어도 하나의 발현을 검출하는 하나 이상의 작용제와 접촉시키는 단계; c) 비암성 세포, 예를 들어 유방조직으로부터의 비암성 세포를 단계 b)로부터의 하나 이상의 작용제와 접촉시키는 단계; 및 d) 피험체로부터 얻은 샘플 내 서열번호 1 내지 70 또는 이의 보체에 의해 암호화된 마커 중 하나 이상의 발현 수준을 비암성 세포 내 서열번호 1 내지 70 또는 이의 보체에 의해 암호화된 마커 중 하나 이상의 발현 수준과 비교하는 단계를 포함하는 피험체에서 유방암의 검출방법을 제공하되, 비암성 세포에 비해 샘플 내 표 1에 열거된 마커 중 하나 이상의 더 높은 발현 수준은 피험체가 유방암을 가지는 것을 나타낸다.
일부 실시형태에서, 본 발명은 a) 피험체로부터 샘플을 얻는 단계 b) 피험체로부터 얻은 샘플을 C1orf64, LOC338579, LOC648879, HIST1H4H, ASCL1, COL10A1, MMP11, DSCR6, CYP4Z1, HIST2H4B, BX116033, C6orf126, CLEC3A, HIST2H4A, SERHL2, FLJ23152, ABCC11, ANKRD30A, CNTD2, COL11A1, DHRS2, HIST1H3F, HIST1H3H, HIST2H2AB, KCNK15, LOC441376, LOC643637, LOC646360, PTPRT, RUNDC3A, SCGB2A2, SLITRK6, SYP, UBE2C, ZNF552, LOC388743, POTEC, FSIP1, GFRA1, LOC647333, POTEF, POTEE, POTEK, C2orf27A, LOC727941(XR_037440.1), NBPF22P, POTEG, RET, TMEM145, LOC727941(XR_037165.1), NAT1, NXPH1, SERHL2, SYCP2, D59687, CYP4Z1, LOC730024, NOS1AP, UGT2B28, GRM4, FLJ30428, LOC440905, LOC642460, MTL5, GRPR, COL10A1, NMU 또는 이들의 보체로부터 선택된 유전자에 의해 암호화된 마커 중 하나 이상의 발현을 검출하는 하나 이상의 작용제와 접촉시키는 단계; c) 비암성 세포, 예를 들어 유방암으로부터의 비암성 세포를 단계 b)로부터의 하나 이상의 작용제와 접촉시키는 단계; 및 d) 피험체로부터 얻은 샘플 내 C1orf64, LOC338579, LOC648879, HIST1H4H, ASCL1, COL10A1, MMP11, DSCR6, CYP4Z1, HIST2H4B, BX116033, C6orf126, CLEC3A, HIST2H4A, SERHL2, FLJ23152, ABCC11, ANKRD30A, CNTD2, COL11A1, DHRS2, HIST1H3F, HIST1H3H, HIST2H2AB, KCNK15, LOC441376, LOC643637, LOC646360, PTPRT, RUNDC3A, SCGB2A2, SLITRK6, SYP, UBE2C, ZNF552, LOC388743, POTEC, FSIP1, GFRA1, LOC647333, POTEF, POTEE, POTEK, C2orf27A, LOC727941(XR_037440.1), NBPF22P, POTEG, RET, TMEM145, LOC727941(XR_037165.1), NAT1, NXPH1, SERHL2, SYCP2, D59687, CYP4Z1, LOC730024, NOS1AP, UGT2B28, GRM4, FLJ30428, LOC440905, LOC642460, MTL5, GRPR, COL10A1, NMU 또는 이들의 보체로부터 선택된 유전자에 의해 암호화된 마커 중 하나 이상의 발현 수준을 비암성 세포 내 C1orf64, LOC338579, LOC648879, HIST1H4H, ASCL1, COL10A1, MMP11, DSCR6, CYP4Z1, HIST2H4B, BX116033, C6orf126, CLEC3A, HIST2H4A, SERHL2, FLJ23152, ABCC11, ANKRD30A, CNTD2, COL11A1, DHRS2, HIST1H3F, HIST1H3H, HIST2H2AB, KCNK15, LOC441376, LOC643637, LOC646360, PTPRT, RUNDC3A, SCGB2A2, SLITRK6, SYP, UBE2C, ZNF552, LOC388743, POTEC, FSIP1, GFRA1, LOC647333, POTEF, POTEE, POTEK, C2orf27A, LOC727941(XR_037440.1), NBPF22P, POTEG, RET, TMEM145, LOC727941(XR_037165.1), NAT1, NXPH1, SERHL2, SYCP2, D59687, CYP4Z1, LOC730024, NOS1AP, UGT2B28, GRM4, FLJ30428, LOC440905, LOC642460, MTL5, GRPR, COL10A1, NMU 또는 이들의 보체로부터 선택된 유전자에 의해 암호화된 마커 중 하나 이상의 발현 수준과 비교하는 단계를 포함하는 피험체에서 유방암의 검출방법을 제공하되, 비암성 세포에 비해 샘플 내 C1orf64, LOC338579, LOC648879, HIST1H4H, ASCL1, COL10A1, MMP11, DSCR6, CYP4Z1, HIST2H4B, BX116033, C6orf126, CLEC3A, HIST2H4A, SERHL2, FLJ23152, ABCC11, ANKRD30A, CNTD2, COL11A1, DHRS2, HIST1H3F, HIST1H3H, HIST2H2AB, KCNK15, LOC441376, LOC643637, LOC646360, PTPRT, RUNDC3A, SCGB2A2, SLITRK6, SYP, UBE2C, ZNF552, LOC388743, POTEC, FSIP1, GFRA1, LOC647333, POTEF, POTEE, POTEK, C2orf27A, LOC727941(XR_037440.1), NBPF22P, POTEG, RET, TMEM145, LOC727941(XR_037165.1), NAT1, NXPH1, SERHL2, SYCP2, D59687, CYP4Z1, LOC730024, NOS1AP, UGT2B28, GRM4, FLJ30428, LOC440905, LOC642460, MTL5, GRPR, COL10A1, NMU 또는 이들의 보체로부터 선택된 유전자에 의해 암호화된 마커 중 하나 이상의 더 높은 발현 수준은 피험체가 유방암을 가지는 것을 나타낸다.
추가 실시형태에서 본 발명은 a) 샘플을 얻는 단계 b) 단계 a)에서 얻은 샘플을 C1orf64, LOC338579, LOC648879, HIST1H4H, ASCL1, COL10A1, MMP11, DSCR6, CYP4Z1, HIST2H4B, BX116033, C6orf126, CLEC3A, HIST2H4A, SERHL2, FLJ23152, ABCC11, ANKRD30A, CNTD2, COL11A1, DHRS2, HIST1H3F, HIST1H3H, HIST2H2AB, KCNK15, LOC441376, LOC643637, LOC646360, PTPRT, RUNDC3A, SCGB2A2, SLITRK6, SYP, UBE2C, ZNF552, LOC388743, POTEC, FSIP1, GFRA1, LOC647333, POTEF, POTEE, POTEK, C2orf27A, LOC727941(XR_037440.1), NBPF22P, POTEG, RET, TMEM145, LOC727941(XR_037165.1), NAT1, NXPH1, SERHL2, SYCP2, D59687, CYP4Z1, LOC730024, NOS1AP, UGT2B28, GRM4, FLJ30428, LOC440905, LOC642460, MTL5, GRPR, COL10A1, NMU 또는 이들의 보체로부터 선택된 유전자에 의해 암호화된 마커 중 하나 이상의 발현을 검출하는 하나 이상의 작용제와 접촉시키는 단계; c) 비암성 세포, 예를 들어 유방암으로부터의 비암성 세포를 단계 b)로부터의 하나 이상의 작용제와 접촉시키는 단계; 및 d) 단계 a)에서 얻은 샘플 내 C1orf64, LOC338579, LOC648879, HIST1H4H, ASCL1, COL10A1, MMP11, DSCR6, CYP4Z1, HIST2H4B, BX116033, C6orf126, CLEC3A, HIST2H4A, SERHL2, FLJ23152, ABCC11, ANKRD30A, CNTD2, COL11A1, DHRS2, HIST1H3F, HIST1H3H, HIST2H2AB, KCNK15, LOC441376, LOC643637, LOC646360, PTPRT, RUNDC3A, SCGB2A2, SLITRK6, SYP, UBE2C, ZNF552, LOC388743, POTEC, FSIP1, GFRA1, LOC647333, POTEF, POTEE, POTEK, C2orf27A, LOC727941(XR_037440.1), NBPF22P, POTEG, RET, TMEM145, LOC727941(XR_037165.1), NAT1, NXPH1, SERHL2, SYCP2, D59687, CYP4Z1, LOC730024, NOS1AP, UGT2B28, GRM4, FLJ30428, LOC440905, LOC642460, MTL5, GRPR, COL10A1, NMU 또는 이들의 보체로부터 선택된 유전자에 의해 암호화된 마커 중 하나 이상의 발현 수준을 비암성 세포 내 C1orf64, LOC338579, LOC648879, HIST1H4H, ASCL1, COL10A1, MMP11, DSCR6, CYP4Z1, HIST2H4B, BX116033, C6orf126, CLEC3A, HIST2H4A, SERHL2, FLJ23152, ABCC11, ANKRD30A, CNTD2, COL11A1, DHRS2, HIST1H3F, HIST1H3H, HIST2H2AB, KCNK15, LOC441376, LOC643637, LOC646360, PTPRT, RUNDC3A, SCGB2A2, SLITRK6, SYP, UBE2C, ZNF552, LOC388743, POTEC, FSIP1, GFRA1, LOC647333, POTEF, POTEE, POTEK, C2orf27A, LOC727941(XR_037440.1), NBPF22P, POTEG, RET, TMEM145, LOC727941(XR_037165.1), NAT1, NXPH1, SERHL2, SYCP2, D59687, CYP4Z1, LOC730024, NOS1AP, UGT2B28, GRM4, FLJ30428, LOC440905, LOC642460, MTL5, GRPR, COL10A1, NMU 또는 이들의 보체로부터 선택된 유전자에 의해 암호화된 마커 중 하나 이상의 발현 수준과 비교하는 단계를 포함하는 샘플 내 유방암 세포의 검출방법을 제공하되, 비암성 세포에 비해 샘플 내 C1orf64, LOC338579, LOC648879, HIST1H4H, ASCL1, COL10A1, MMP11, DSCR6, CYP4Z1, HIST2H4B, BX116033, C6orf126, CLEC3A, HIST2H4A, SERHL2, FLJ23152, ABCC11, ANKRD30A, CNTD2, COL11A1, DHRS2, HIST1H3F, HIST1H3H, HIST2H2AB, KCNK15, LOC441376, LOC643637, LOC646360, PTPRT, RUNDC3A, SCGB2A2, SLITRK6, SYP, UBE2C, ZNF552, LOC388743, POTEC, FSIP1, GFRA1, LOC647333, POTEF, POTEE, POTEK, C2orf27A, LOC727941(XR_037440.1), NBPF22P, POTEG, RET, TMEM145, LOC727941(XR_037165.1), NAT1, NXPH1, SERHL2, SYCP2, D59687, CYP4Z1, LOC730024, NOS1AP, UGT2B28, GRM4, FLJ30428, LOC440905, LOC642460, MTL5, GRPR, COL10A1, NMU 또는 이들의 보체로부터 선택된 유전자에 의해 암호화된 마커 중 하나 이상의 더 높은 발현 수준은 샘플이 유방암 세포를 함유한다는 것을 나타낸다. 샘플은 시험관내 샘플 또는 생체내 샘플일 수 있거나 또는 생체내 샘플로부터 유래될 수 있다.
앞의 단락에서 기재한 실시형태에 대해, 샘플은 이하에 기재되는 바와 같은 임의의 샘플, 예를 들어 혈액, 혈청 또는 소변과 같은 체액일 수 있다. 샘플은 세포 샘플 또는 세포 샘플의 추출물일 수 있다. 작용제는 암 세포에 의해 발현되는 하나 이상의 단백질 또는 세포에 의해 발현되는 하나 이상의 핵산에 특이적으로 결합되는 하나 이상의 분자일 수 있다. 예를 들어, 작용제는 이하에 확인되는 마커 유전자 중 하나에 의해 발현되는 단백질에 특이적으로 결합되는 항체와 같은 단백질일 수 있다. 작용제는 암 세포에 의해 발현되는 핵산에 혼성화되는 하나 이상의 핵산일 수 있다. 암 세포에 의해 발현되는 핵산은 RNA 분자, 예를 들어 mRNA 분자일 수 있다. 암 세포에 의해 발현된 핵산에 혼성화되는 핵산 분자는 DNA 분자, 예컨대 DNA 프로브일 수 있다.
또 다른 실시형태에서 본 발명은 비암성 세포에 비해 유방암 세포에 대해 더 높은 수준에서 발현된 분자에 특이적으로 결합되는 하나 이상의 분자를 포함하는 비암성 세포와 유방암 세포를 구별하는데 유용한 물질의 조성물을 제공한다. 예로서, 조성물은 비암세포에 비해 더 높은 수준에서 암 세포에 의해 발현된 하나 이상의 분자에 결합되는 단백질을 포함할 수 있다. 다른 예로서, 조성물은 비암세포에 비해 더 높은 수준에서 유방암에 의해 발현된 하나 이상의 분자에 결합되는 핵산을 포함할 수 있다.
일부 실시형태에서, 본 발명은 표 1에 열거된 서열에 의해 암호화된 마커로부터 선택된 유방암 세포에 의해 발현된 분자에 특이적으로 결합되는 항체와 같은 단백질을 포함하는 물질의 조성물을 제공한다. 유방암 세포에 의해 발현되는 분자는 비암성 유방암 조직 세포와 같은 비암성 세포에 의해 발현되는 수준보다 더 높은 수준에서 유방암 세포에 의해 발현될 수 있다.
다른 실시형태에서, 본 발명은 서열번호 1 내지 70에 의해 암호화된 마커로부터 선택된 유방암 세포에 의해 발현되는 분자에 특이적으로 결합되는 항체와 같은 단백질을 포함하는 물질의 조성물을 제공한다. 유방암 세포에 의해 발현되는 분자는 비암성 유방 조직 세포와 같은 비암성 세포에 의해 발현되는 수준보다 더 높은 수준에서 유방암 세포에 의해 발현될 수 있다.
특정 실시형태에서, 본 발명은 C1orf64, LOC338579, LOC648879, HIST1H4H, ASCL1, COL10A1, MMP11, DSCR6, CYP4Z1, HIST2H4B, BX116033, C6orf126, CLEC3A, HIST2H4A, SERHL2, FLJ23152, ABCC11, ANKRD30A, CNTD2, COL11A1, DHRS2, HIST1H3F, HIST1H3H, HIST2H2AB, KCNK15, LOC441376, LOC643637, LOC646360, PTPRT, RUNDC3A, SCGB2A2, SLITRK6, SYP, UBE2C, ZNF552, LOC388743, POTEC, FSIP1, GFRA1, LOC647333, POTEF, POTEE, POTEK, C2orf27A, LOC727941(XR_037440.1), NBPF22P, POTEG, RET, TMEM145, LOC727941(XR_037165.1), NAT1, NXPH1, SERHL2, SYCP2, D59687, CYP4Z1, LOC730024, NOS1AP, UGT2B28, GRM4, FLJ30428, LOC440905, LOC642460, MTL5, GRPR, COL10A1, NMU 또는 이들의 보체로부터 선택된 유전자 중 하나 이상에 의해 암호화된 분자로부터 선택된 유방암 세포에 의해 발현된 분자에 특이적으로 결합된 항체와 같은 단백질을 포함하는 물질의 조성물을 제공한다. 유방암 세포에 의해 발현된 분자는 비암성 유방 조직 세포와 같은 비암성 세포에 의해 발현된 수준보다 더 높은 수준에서 유방암 세포에 의해 발현될 수 있다.
다른 실시형태에서, 본 발명은 유방암 세포에 의해 발현되는 mRNA 분자와 같은 분자에 특이적으로 결합되는 핵산을 포함하는 물질의 조성물을 제공하되, 해당 분자는 표 1에 열거된 유전자에 의해 암호화된 마커로부터 선택된다. 유방암 세포에 의해 발현된 분자는 비암성 유방 조직 세포와 같은 비암성 세포에 의해 발현된 수준보다 더 높은 수준에서 유방암 세포에 의해 발현될 수 있다.
추가 실시형태에서 본 발명은 유방암 세포에 의해 발현되는 mRNA 분자와 같은 분자에 특이적으로 결합되는 핵산을 포함하는 물질의 조성물을 제공하되, 해당 mRNA 분자는 서열번호 1 내지 70에 의해 암호화된 mRNA로부터 선택된다. 유방암 세포에 의해 발현된 분자는 비암성 유방 조직 세포와 같은 비암성 세포에 의해 발현된 수준보다 더 높은 수준에서 유방암 세포에 의해 발현될 수 있다.
다른 실시형태에서, 본 발명은 유방암 세포에 의해 발현되는 mRNA 분자와 같은 분자에 특이적으로 결합되는 핵산을 포함하는 물질의 조성물을 제공하되, 분자는 C1orf64, LOC338579, LOC648879, HIST1H4H, ASCL1, COL10A1, MMP11, DSCR6, CYP4Z1, HIST2H4B, BX116033, C6orf126, CLEC3A, HIST2H4A, SERHL2, FLJ23152, ABCC11, ANKRD30A, CNTD2, COL11A1, DHRS2, HIST1H3F, HIST1H3H, HIST2H2AB, KCNK15, LOC441376, LOC643637, LOC646360, PTPRT, RUNDC3A, SCGB2A2, SLITRK6, SYP, UBE2C, ZNF552, LOC388743, POTEC, FSIP1, GFRA1, LOC647333, POTEF, POTEE, POTEK, C2orf27A, LOC727941(XR_037440.1), NBPF22P, POTEG, RET, TMEM145, LOC727941(XR_037165.1), NAT1, NXPH1, SERHL2, SYCP2, D59687, CYP4Z1, LOC730024, NOS1AP, UGT2B28, GRM4, FLJ30428, LOC440905, LOC642460, MTL5, GRPR, COL10A1, NMU 또는 이들의 보체로부터 선택된 유전자에 의해 암호화된다. 유방암 세포에 의해 발현된 분자는 비암성 유방 조직 세포와 같은 비암성 세포에 의해 발현된 수준보다 더 높은 수준에서 유방암 세포에 의해 발현될 수 있다.
또한 추가 실시형태에서, 본 발명은 a) 제1 시점에 암과 관련된 하나 이상의 마커의 발현 수준을 측정하는 단계; b) 제2 시점에 단계 a)에서 측정된 하나 이상의 마커의 발현 수준을 측정하는 단계; 및 c) 단계 a)와 단계 b)에서 측정된 발현 수준을 비교하는 단계를 포함하는, 피험체에서 암이 진행되는지 여부를 결정하는 방법을 제공하되, 제2 시점은 제1 시점에 후속하며, 단계 a)에 비해 단계 b)에서 하나 이상의 마커의 발현 수준의 증가는 피험체의 암이 진행 중이라는 것을 나타낸다.
일부 실시형태에서, 본 발명은 a) 제1 시점에 표 1에 열거된 하나 이상의 마커의 발현 수준을 측정하는 단계; b) 제2 시점에 단계 a)에서 측정된 하나 이상의 마커의 발현 수준을 측정하는 단계; 및; c) 단계 a)와 단계 b)에서 측정된 발현 수준을 비교하는 단계를 포함하는, 피험체에서 유방암이 진행 중인지 여부를 결정하는 방법을 제공하되, 제2 시점은 제1 시점에 후속하며, 제1 시점에 비해 제2 시점에서 하나 이상의 마커의 발현 수준의 증가는 피험체의 유방암이 진행 중이라는 것을 나타낸다.
추가 실시형태에서 본 발명은 a) 제1 시점에 서열번호 1 내지 70에 의해 암호화된 하나 이상의 마커의 발현 수준을 측정하는 단계; b) 제2 시점에 단계 a)에서 측정된 하나 이상의 마커의 발현 수준을 측정하는 단계, 및 c) 단계 a)와 단계 b)에서 측정된 발현 수준을 비교하는 단계를 포함하는, 피험체에서 유방암이 진행 중인지 여부를 결정하는 방법을 제공하되, 제2 시점은 제1 시점에 후속하며, 제1 시점에 비해 제2 시점에서 하나 이상의 마커의 발현 수준의 증가는 피험체의 유방암이 진행 중이라는 것을 나타낸다.
다른 실시형태에서, 본 발명은 a) 제1 시점에 C1orf64, LOC338579, LOC648879, HIST1H4H, ASCL1, COL10A1, MMP11, DSCR6, CYP4Z1, HIST2H4B, BX116033, C6orf126, CLEC3A, HIST2H4A, SERHL2, FLJ23152, ABCC11, ANKRD30A, CNTD2, COL11A1, DHRS2, HIST1H3F, HIST1H3H, HIST2H2AB, KCNK15, LOC441376, LOC643637, LOC646360, PTPRT, RUNDC3A, SCGB2A2, SLITRK6, SYP, UBE2C, ZNF552, LOC388743, POTEC, FSIP1, GFRA1, LOC647333, POTEF, POTEE, POTEK, C2orf27A, LOC727941(XR_037440.1), NBPF22P, POTEG, RET, TMEM145, LOC727941(XR_037165.1), NAT1, NXPH1, SERHL2, SYCP2, D59687, CYP4Z1, LOC730024, NOS1AP, UGT2B28, GRM4, FLJ30428, LOC440905, LOC642460, MTL5, GRPR, COL10A1, NMU 또는 이들의 보체로부터 선택된 유전자에 의해 암호화된 하나 이상의 마커의 발현 수준을 측정하는 단계; b) 제2 시점에 단계 a)에서 측정된 하나 이상의 마커의 발현 수준을 측정하는 단계; 및 c) 단계 a)와 단계 b)에서 측정된 발현 수준을 비교하는 단계를 포함하는, 피험체에서 유방암이 진행 중인지 여부를 결정하는 방법을 제공하되, 제2 시점은 제1 시점에 후속하며, 제1 시점에 비해 제2 시점에서 하나 이상의 마커의 발현 수준의 증가는 피험체의 유방암이 진행 중이라는 것을 나타낸다.
일부 실시형태에서, 본 발명은 진단적 및/또는 치료적 항체에 대한 표적으로서 유방암과 관련된 항원(즉, 암 관련 폴리펩타이드)을 제공한다. 일부 실시형태에서, 항원은 표 1에 열거된 유전자에 의해 암호화된 단백질, 이의 단편, 또는 표 1에 열거된 유전자에 의해 암호화된 단백질의 조합으로부터 선택될 수 있다.
다른 실시형태에서, 본 발명은 진단적 및/또는 치료적 항체에 대한 표적으로서 유방암과 관련된 항원(즉, 암 관련 폴리펩타이드)을 제공한다. 일부 실시형태에서, 항원은 서열번호 1 내지 70으로부터 선택된 서열에 의해 암호화된 단백질, 이의 단편, 또는 서열번호 1 내지 70으로부터 선택된 서열에 의해 암호화된 단백질의 조합으로부터 선택될 수 있다.
일부 실시형태에서, 본 발명은 진단적 및/또는 치료적 항체에 대한 표적으로서 유방암과 관련된 항원(즉, 암 관련 폴리펩타이드)을 제공한다. 일부 실시형태에서, 항원은 C1orf64, LOC338579, LOC648879, HIST1H4H, ASCL1, COL10A1, MMP11, DSCR6, CYP4Z1, HIST2H4B, BX116033, C6orf126, CLEC3A, HIST2H4A, SERHL2, FLJ23152, ABCC11, ANKRD30A, CNTD2, COL11A1, DHRS2, HIST1H3F, HIST1H3H, HIST2H2AB, KCNK15, LOC441376, LOC643637, LOC646360, PTPRT, RUNDC3A, SCGB2A2, SLITRK6, SYP, UBE2C, ZNF552, LOC388743, POTEC, FSIP1, GFRA1, LOC647333, POTEF, POTEE, POTEK, C2orf27A, LOC727941(XR_037440.1), NBPF22P, POTEG, RET, TMEM145, LOC727941(XR_037165.1), NAT1, NXPH1, SERHL2, SYCP2, D59687, CYP4Z1, LOC730024, NOS1AP, UGT2B28, GRM4, FLJ30428, LOC440905, LOC642460, MTL5, GRPR, COL10A1로부터 선택된 유전자에 의해 암호화된 단백질, 이의 단편, 또는 C1orf64, LOC338579, LOC648879, HIST1H4H, ASCL1, COL10A1, MMP11, DSCR6, CYP4Z1, HIST2H4B, BX116033, C6orf126, CLEC3A, HIST2H4A, SERHL2, FLJ23152, ABCC11, ANKRD30A, CNTD2, COL11A1, DHRS2, HIST1H3F, HIST1H3H, HIST2H2AB, KCNK15, LOC441376, LOC643637, LOC646360, PTPRT, RUNDC3A, SCGB2A2, SLITRK6, SYP, UBE2C, ZNF552, LOC388743, POTEC, FSIP1, GFRA1, LOC647333, POTEF, POTEE, POTEK, C2orf27A, LOC727941(XR_037440.1), NBPF22P, POTEG, RET, TMEM145, LOC727941(XR_037165.1), NAT1, NXPH1, SERHL2, SYCP2, D59687, CYP4Z1, LOC730024, NOS1AP, UGT2B28, GRM4, FLJ30428, LOC440905, LOC642460, MTL5, GRPR, COL10A1, NMU로부터 선택된 유전자(또는 이의 단편)에 의해 암호화된 단백질의 조합으로부터 선택될 수 있다.
또 다른 실시형태에서, 본 발명은 피험체를 유방암 세포에 의해 발현되는 단백질 또는 단백질 단편과 접촉시킴으로써 암 세포에 대해 면역 반응을 유발하는 단계를 포함하는, 유방암 세포에 대해 면역 반응을 유발하는 방법을 제공한다. 예로서, 피험체는 정맥내로 또는 근육내로 접촉될 수 있다.
추가 실시형태에서, 본 발명은 피험체를 표 1에 열거된 유전자로부터 선택된 유전자에 의해 암호화된 하나 이상의 단백질 또는 단백질 단편과 접촉시킴으로써, 유방암 세포에 대해 면역 반응을 유발하는 단계를 포함하는 유방암 세포에 대해 면역 반응을 유발하는 방법을 제공한다. 예로서, 피험체는 정맥내로 또는 근육내로 접촉될 수 있다.
또 다른 실시형태에서 본 발명은 서열번호 1 내지 70에 열거된 서열에 의해 암호화된 하나 이상의 단백질 또는 단백질 단편과 접촉시킴으로써, 유방암 세포에 대해 면역 반응을 유발하는 단계를 포함하는, 유방암 세포에 대해 면역 반응을 유발하는 방법을 제공한다. 예로서, 피험체는 정맥내로 또는 근육내로 접촉될 수 있다.
또 다른 실시형태에서 본 발명은 피험체를 C1orf64, LOC338579, LOC648879, HIST1H4H, ASCL1, COL10A1, MMP11, DSCR6, CYP4Z1, HIST2H4B, BX116033, C6orf126, CLEC3A, HIST2H4A, SERHL2, FLJ23152, ABCC11, ANKRD30A, CNTD2, COL11A1, DHRS2, HIST1H3F, HIST1H3H, HIST2H2AB, KCNK15, LOC441376, LOC643637, LOC646360, PTPRT, RUNDC3A, SCGB2A2, SLITRK6, SYP, UBE2C, ZNF552, LOC388743, POTEC, FSIP1, GFRA1, LOC647333, POTEF, POTEE, POTEK, C2orf27A, LOC727941(XR_037440.1), NBPF22P, POTEG, RET, TMEM145, LOC727941(XR_037165.1), NAT1, NXPH1, SERHL2, SYCP2, D59687, CYP4Z1, LOC730024, NOS1AP, UGT2B28, GRM4, FLJ30428, LOC440905, LOC642460, MTL5, GRPR, COL10A1, NMU로부터 선택된 유전자에 의해 암호화된 하나 이상의 단백질 또는 단백질 단편과 접촉시킴으로써 유방암 세포에 대해 면역 반응을 유발하는 단계를 포함하는, 유방암 세포에 대해 면역 반응을 유발하는 방법을 제공한다. 예로서, 피험체는 정맥내로 또는 근육내로 접촉될 수 있다.
다른 실시형태에서, 본 발명은 피험체로부터 얻은 샘플 내 암의 검출을 위한 키트를 제공한다. 키트는 유방암 세포에 의해 특이적으로 발현된 분자에 특이적으로 결합된 하나 이상의 작용제를 포함할 수 있다. 키트는 샘플이 암에 대해 양성인지 여부를 결정하기 위한 하나 이상의 용기 및 설명서를 포함할 수 있다. 키트는 선택적으로 하나 이상의 멀티웰 플레이트, 염료와 같은 검출가능한 물질, 방사성 표지된 분자, 화학발광적으로 표지된 분자 등을 함유할 수 있다. 키트는 양성 대조군(예를 들어, 하나 이상의 암성 유방 세포; 또는 암 세포에 의해 발현된 분자의 특이적인 공지된 양) 및 음성 대조군(예를 들어, 비암성인 조직 또는 세포 샘플)을 추가로 함유할 수 있다.
일부 실시형태에서, 본 발명은 C1orf64, LOC338579, LOC648879, HIST1H4H, ASCL1, COL10A1, MMP11, DSCR6, CYP4Z1, HIST2H4B, BX116033, C6orf126, CLEC3A, HIST2H4A, SERHL2, FLJ23152, ABCC11, ANKRD30A, CNTD2, COL11A1, DHRS2, HIST1H3F, HIST1H3H, HIST2H2AB, KCNK15, LOC441376, LOC643637, LOC646360, PTPRT, RUNDC3A, SCGB2A2, SLITRK6, SYP, UBE2C, ZNF552, LOC388743, POTEC, FSIP1, GFRA1, LOC647333, POTEF, POTEE, POTEK, C2orf27A, LOC727941(XR_037440.1), NBPF22P, POTEG, RET, TMEM145, LOC727941(XR_037165.1), NAT1, NXPH1, SERHL2, SYCP2, D59687, CYP4Z1, LOC730024, NOS1AP, UGT2B28, GRM4, FLJ30428, LOC440905, LOC642460, MTL5, GRPR, COL10A1, NMU로부터 선택된 유전자에 의해 암호화된 하나 이상의 마커에 특이적으로 결합된 하나 이상의 작용제를 포함하는 유방암의 검출을 위한 키트를 제공한다. 작용제는 항체와 같은 단백질일 수 있다. 대안적으로, 작용제는 DNA 분자 또는 RNA 분자와 같은 핵산일 수 있다. 키트는 샘플이 암에 대해 양성인지 여부를 결정하기 위한 하나 이상의 용기 및 설명서를 포함할 수 있다. 키트는 하나 이상의 멀티웰 플레이트, 염료와 같은 검출가능한 물질, 방사성 표지된 분자, 화학발광적으로 표지된 분자 등을 함유할 수 있다. 키트는 양성 대조군(예를 들어 하나 이상의 암성 세포; 또는 암 세포에 의해 발현된 분자의 특이적인 공지된 양) 및 음성 대조군(예를 들어, 비암성인 조직 또는 세포 샘플)을 추가로 함유할 수 있다. 예로서, 키트는 ELISA 또는 DNA 마이크로어레이의 형태를 취할 수 있다.
일부 실시형태는 피험체에서 유방암의 치료방법에 관한 것이며, 해당 방법은 암 관련 단백질의 활성을 조절하는 치료제를 치료가 필요한 피험체에 투여하는 단계를 포함하되, 암 관련 단백질은 표 1에 열거된 유전자, 이들의 상동체, 이의 조합 또는 이의 단편에 의해 암호화된다. 일부 실시형태에서, 치료적 작용제는 유방암 관련 단백질에 결합된다. 일부 실시형태에서, 치료적 작용제는 항체이다. 일부 실시형태에서, 항체는 단클론성 항체 또는 다클론성 항체일 수 있다. 일부 실시형태에서, 항체는 인간화된 항체 또는 인간 항체이다.
다른 실시형태는 피험체에서 유방암의 치료방법에 관한 것이며, 해당 방법은 암 관련 단백질의 활성을 조절하는 치료적 작용제를 치료가 필요한 피험체에 투여하는 단계를 포함하되, 암 관련 단백질은 서열번호 1 내지 70, 이들의 상동체, 이의 조합 또는 이의 단편으로부터 선택된 하나 이상의 서열에 의해 암호화된다. 일부 실시형태에서, 치료적 작용제는 유방암 관련 단백질에 결합된다. 일부 실시형태에서, 치료적 작용제는 항체이다. 일부 실시형태에서, 항체는 단클론성 항체 또는 다클론성 항체일 수 있다. 일부 실시형태에서, 항체는 인간화된 항체 또는 인간 항체이다. 일부 실시형태에서, 항체는 인간화된 항체 또는 인간 항체이다.
본 명세서의 일부 실시형태는 피험체에서 유방암의 치료방법에 관한 것이며, 해당 방법은 암 관련 단백질의 활성을 조절하는 치료적 작용제를 치료가 필요한 피험체에 투여하는 단계를 포함하되, 암 관련 단백질은 C1orf64, LOC338579, LOC648879, HIST1H4H, ASCL1, COL10A1, MMP11, DSCR6, CYP4Z1, HIST2H4B, BX116033, C6orf126, CLEC3A, HIST2H4A, SERHL2, FLJ23152, ABCC11, ANKRD30A, CNTD2, COL11A1, DHRS2, HIST1H3F, HIST1H3H, HIST2H2AB, KCNK15, LOC441376, LOC643637, LOC646360, PTPRT, RUNDC3A, SCGB2A2, SLITRK6, SYP, UBE2C, ZNF552, LOC388743, POTEC, FSIP1, GFRA1, LOC647333, POTEF, POTEE, POTEK, C2orf27A, LOC727941(XR_037440.1), NBPF22P, POTEG, RET, TMEM145, LOC727941(XR_037165.1), NAT1, NXPH1, SERHL2, SYCP2, D59687, CYP4Z1, LOC730024, NOS1AP, UGT2B28, GRM4, FLJ30428, LOC440905, LOC642460, MTL5, GRPR, COL10A1, NMU로부터 선택된 유전자, 이들의 상동체, 이의 조합 또는 이의 단편에 의해 암호화된다. 일부 실시형태에서, 치료적 작용제는 유방암 관련 단백질에 결합된다. 일부 실시형태에서, 치료적 작용제는 항체이다. 일부 실시형태에서, 항체는 단클론성 항체 또는 다클론성 항체일 수 있다. 일부 실시형태에서, 항체는 인간화된 항체 또는 인간 항체이다.
일부 실시형태에서, 피험체에서 유방암의 치료방법은 표 1에 열거된 것으로부터 선택된 하나 이상의 유전자, 이의 단편, 이의 상동체 및/또는 이의 보체의 발현을 조절하는 치료적 작용제를 치료가 필요한 피험체에 투여하는 단계를 포함할 수 있다.
일부 실시형태에서, 피험체에서 유방암의 치료방법은 서열번호 1 내지 70으로부터 선택된 하나 이상의 유전자, 이의 단편, 이의 상동체 및/또는 이의 보체의 발현을 조절하는 치료적 작용제를 치료가 필요한 피험체에 투여하는 단계를 포함할 수 있다.
일부 실시형태에서, 피험체에서 유방암의 치료방법은 C1orf64, LOC338579, LOC648879, HIST1H4H, ASCL1, COL10A1, MMP11, DSCR6, CYP4Z1, HIST2H4B, BX116033, C6orf126, CLEC3A, HIST2H4A, SERHL2, FLJ23152, ABCC11, ANKRD30A, CNTD2, COL11A1, DHRS2, HIST1H3F, HIST1H3H, HIST2H2AB, KCNK15, LOC441376, LOC643637, LOC646360, PTPRT, RUNDC3A, SCGB2A2, SLITRK6, SYP, UBE2C, ZNF552, LOC388743, POTEC, FSIP1, GFRA1, LOC647333, POTEF, POTEE, POTEK, C2orf27A, LOC727941(XR_037440.1), NBPF22P, POTEG, RET, TMEM145, LOC727941(XR_037165.1), NAT1, NXPH1, SERHL2, SYCP2, D59687, CYP4Z1, LOC730024, NOS1AP, UGT2B28, GRM4, FLJ30428, LOC440905, LOC642460, MTL5, GRPR, COL10A1, NMU로부터 선택된 하나 이상의 유전자, 이의 단편, 이의 상동체 및/또는 이의 보체의 발현을 조절하는 치료적 작용제를 치료가 필요한 피험체에 투여하는 단계를 포함할 수 있다.
추가 실시형태에서, 본 발명은 표 1에 열거된 하나 이상의 유전자, 이의 단편, 이의 상동체 및 또는 이의 보체의 유전자 녹다운을 포함할 수 있다. 일부 실시형태에서, 유방암의 치료방법은 표 1에 열거된 것으로부터 선택된 하나 이상의 mRNA를 암호화하는 유전자, 이의 단편, 이의 상동체 및 이의 보체의 발현을 녹다운시키거나 또는 저해하기 위해 세포를 처리하는 단계를 포함할 수 있다.
다른 실시형태에서, 유방암의 치료방법은 C1orf64, LOC338579, LOC648879, HIST1H4H, ASCL1, COL10A1, MMP11, DSCR6, CYP4Z1, HIST2H4B, BX116033, C6orf126, CLEC3A, HIST2H4A, SERHL2, FLJ23152, ABCC11, ANKRD30A, CNTD2, COL11A1, DHRS2, HIST1H3F, HIST1H3H, HIST2H2AB, KCNK15, LOC441376, LOC643637, LOC646360, PTPRT, RUNDC3A, SCGB2A2, SLITRK6, SYP, UBE2C, ZNF552, LOC388743, POTEC, FSIP1, GFRA1, LOC647333, POTEF, POTEE, POTEK, C2orf27A, LOC727941(XR_037440.1), NBPF22P, POTEG, RET, TMEM145, LOC727941(XR_037165.1), NAT1, NXPH1, SERHL2, SYCP2, D59687, CYP4Z1, LOC730024, NOS1AP, UGT2B28, GRM4, FLJ30428, LOC440905, LOC642460, MTL5, GRPR, COL10A1, NMU로부터 선택된 하나 이상의 유전자의 유전자 녹다운을 포함할 수 있다. 일부 실시형태에서, 유방암의 치료방법은 C1orf64, LOC338579, LOC648879, HIST1H4H, ASCL1, COL10A1, MMP11, DSCR6, CYP4Z1, HIST2H4B, BX116033, C6orf126, CLEC3A, HIST2H4A, SERHL2, FLJ23152, ABCC11, ANKRD30A, CNTD2, COL11A1, DHRS2, HIST1H3F, HIST1H3H, HIST2H2AB, KCNK15, LOC441376, LOC643637, LOC646360, PTPRT, RUNDC3A, SCGB2A2, SLITRK6, SYP, UBE2C, ZNF552, LOC388743, POTEC, FSIP1, GFRA1, LOC647333, POTEF, POTEE, POTEK, C2orf27A, LOC727941(XR_037440.1), NBPF22P, POTEG, RET, TMEM145, LOC727941(XR_037165.1), NAT1, NXPH1, SERHL2, SYCP2, D59687, CYP4Z1, LOC730024, NOS1AP, UGT2B28, GRM4, FLJ30428, LOC440905, LOC642460, MTL5, GRPR, COL10A1, NMU로부터 선택된 하나 이상의 유전자의 mRNA를 암호화하는 유전자의 발현을 녹다운시키거나 또는 저해하기 위해 세포를 처리하는 단계를 포함할 수 있다.
또 다른 실시형태에서, 본 발명은 유방암에 대한 활성에 대해 약물 후보를 스크리닝하는 방법을 제공하며, 해당 방법은: (a) 표 1에 열거된 것으로부터 선택된 하나 이상의 암 관련 유전자를 발현시키는 세포를 약물 후보와 접촉시키는 단계; (b) 단계 a)로부터의 세포 내 하나 이상의 유방암 관련 유전자의 발현에 대해 약물 후보의 효과를 검출하는 단계; 및 (c) 약물 후보의 부재 시 단계 a)에 열거된 유전자 중 하나 이상의 발현 수준을 약물 후보의 존재 시 하나 이상의 유전자의 발현 수준과 비교하는 단계를 포함하되; 약물 후보의 존재 시 유방암 관련 유전자의 발현의 감소는 후보가 유방암에 대해 활성을 가지는 것을 나타낸다.
또 다른 실시형태에서, 본 발명은 유방암에 대한 활성에 대해 약물 후보를 스크리닝 하는 방법을 제공하며, 해당 방법은: (a) 서열번호 1 내지 70에 의해 암호화된 것으로부터 선택된 하나 이상의 암 관련 유전자를 발현시키는 세포를 약물 후보와 접촉시키는 단계; (b) 단계 a)로부터의 세포 내 하나 이상의 유방암 관련 유전자의 발현에 대한 약물 후보의 효과를 검출하는 단계; 및 (c) 약물 후보의 부재 시 단계 a)에 열거된 유전자의 하나 이상의 발현 수준을 약물 후보의 존재 시 하나 이상의 유전자의 발현 수준과 비교하는 단계를 포함하되; 약물 후보의 존재 시 유방암 관련 유전자의 발현의 감소는 후보가 유방암에 대해 활성을 가지는 것을 나타낸다.
추가 실시형태에서, 본 발명은 유방암에 대한 활성에 대해 약물 후보를 스크리닝하는 방법을 제공하며, 해당 방법은: (a) C1orf64, LOC338579, LOC648879, HIST1H4H, ASCL1, COL10A1, MMP11, DSCR6, CYP4Z1, HIST2H4B, BX116033, C6orf126, CLEC3A, HIST2H4A, SERHL2, FLJ23152, ABCC11, ANKRD30A, CNTD2, COL11A1, DHRS2, HIST1H3F, HIST1H3H, HIST2H2AB, KCNK15, LOC441376, LOC643637, LOC646360, PTPRT, RUNDC3A, SCGB2A2, SLITRK6, SYP, UBE2C, ZNF552, LOC388743, POTEC, FSIP1, GFRA1, LOC647333, POTEF, POTEE, POTEK, C2orf27A, LOC727941(XR_037440.1), NBPF22P, POTEG, RET, TMEM145, LOC727941(XR_037165.1), NAT1, NXPH1, SERHL2, SYCP2, D59687, CYP4Z1, LOC730024, NOS1AP, UGT2B28, GRM4, FLJ30428, LOC440905, LOC642460, MTL5, GRPR, COL10A1, NMU로부터 선택된 하나 이상의 유방암 관련 유전자를 발현시키는 세포를 약물 후보와 접촉시키는 단계; (b) 단계 a)로부터의 세포 내 하나 이상의 유방암 관련 유전자의 발현에 대한 약물 후보의 효과를 검출하는 단계; 및 (c) 약물 후보의 부재 시 단계 a)에 열거된 유전자의 하나 이상의 발현 수준을 약물 후보의 존재 시 하나 이상의 유전자의 발현 수준과 비교하는 단계를 포함하되; 약물 후보의 존재 시 유방암 관련 유전자의 발현의 감소는 후보가 유방암에 대해 활성을 가지는 것을 나타낸다.
일부 실시형태에서, 본 발명은 a) 하나 이상의 유방암 관련 단백질을 유방암 종양에 특이적으로 결합되는 표지된 분자로 표적화하는 단계; 및 b) 표지된 분자를 검출하는 단계를 포함하는 피험체에서 유방암 종양을 시각화하는 방법을 제공하되, 암 관련 단백질은 표 1에 열거된 것으로부터 선택된 하나 이상의 유전자에 의해 암호화된 단백질로부터 선택되고, 표지된 분자는 피험체에서 종양을 시각화한다. 시각화는 생체내 또는 시험관내에서 행해질 수 있다.
다른 실시형태에서, 본 발명은 a) 하나 이상의 유방암 관련 단백질을 유방암 종양에 특이적으로 결합되는 표지된 분자로 표적화하는 단계; 및 b) 표지된 분자를 검출하는 단계를 포함하는 피험체에서 유방암 종양을 시각화하는 방법을 제공하되, 암 관련 단백질은 서열번호 1 내지 70으로부터 선택된 하나 이상의 서열에 의해 암호화된 단백질로부터 선택되고, 표지된 분자는 피험체에서 종양을 시각화한다. 시각화는 생체내 또는 시험관내에서 행해질 수 있다.
또 다른 실시형태에서, 본 발명은 a) 하나 이상의 유방암 관련 단백질을 유방암 종양에 특이적으로 결합되는 표지된 분자로 표적화하는 단계; 및 b) 표지된 분자를 검출하는 단계를 포함하는 피험체에서 유방암 종양을 시각화하는 방법을 제공하되, 암 관련 단백질은 C1orf64, LOC338579, LOC648879, HIST1H4H, ASCL1, COL10A1, MMP11, DSCR6, CYP4Z1, HIST2H4B, BX116033, C6orf126, CLEC3A, HIST2H4A, SERHL2, FLJ23152, ABCC11, ANKRD30A, CNTD2, COL11A1, DHRS2, HIST1H3F, HIST1H3H, HIST2H2AB, KCNK15, LOC441376, LOC643637, LOC646360, PTPRT, RUNDC3A, SCGB2A2, SLITRK6, SYP, UBE2C, ZNF552, LOC388743, POTEC, FSIP1, GFRA1, LOC647333, POTEF, POTEE, POTEK, C2orf27A, LOC727941(XR_037440.1), NBPF22P, POTEG, RET, TMEM145, LOC727941(XR_037165.1), NAT1, NXPH1, SERHL2, SYCP2, D59687, CYP4Z1, LOC730024, NOS1AP, UGT2B28, GRM4, FLJ30428, LOC440905, LOC642460, MTL5, GRPR, COL10A1, NMU로부터 선택된 하나 이상의 유전자에 의해 암호화된 단백질로부터 선택되고, 표지된 분자는 피험체에서 종양을 시각화한다. 시각화는 생체내 또는 시험관내에서 행해질 수 있다.
본 발명의 특성 및 이점의 완전한 이해를 위해, 수반되는 도면과 관련하여 취해지는 다음의 상세한 설명이 참고되어야 한다, 여기서:
도 1은 유방 종양 및 정상 조직에서 C1orf64의 발현을 도시한 도면.
도 2는 유방 종양 및 정상 조직에서 LOC648879의 발현을 도시한 도면.
도 3은 유방 종양 및 정상 조직에서 HIST1H4H의 발현을 도시한 도면.
도 4는 유방 종양 및 정상 조직에서 HIST2H4B의 발현을 도시한 도면.
도 5는 유방 종양 및 정상 조직에서 BX116033의 발현을 도시한 도면.
도 6은 유방 종양, 다양한 유형의 악성 종양, 및 정상 조직에서 DSCR6의 발현을 도시한 도면.
도 7은 본래 조직 및 정상 조직의 다양한 조직의 전이 종양에서 DSCR6의 발현을 도시한 도면.
도 8은 유방 종양 대 정상 조직에서 POTEC의 발현을 도시한 도면.
도 9는 유방 종양 대 정상 조직에서 FSIP1의 발현을 도시한 도면.
도 10은 유방 종양 대 정상 조직에서 GFRA1의 발현을 도시한 도면.
도 11은 유방 종양 대 정상 조직에서 POTEF, POTEE 및 POTEK의 발현을 도시한 도면.
도 12는 유방 종양 대 정상 조직에서 C2orf27A의 발현을 도시한 도면.
도 13은 유방 종양 대 정상 조직에서 LOC727941의 발현을 도시한 도면.
도 14는 유방 종양 대 정상 조직에서 NBPF22P의 발현을 도시한 도면.
도 15는 유방 종양 대 정상 조직에서 POTEG의 발현을 도시한 도면.
도 16는 유방 종양 대 정상 조직에서 RET의 발현을 도시한 도면.
도 17은 유방 종양 대 정상 조직에서 TMEM145의 발현을 도시한 도면.
도 18은 유방 종양 대 정상 조직에서 LOC727941의 발현을 도시한 도면.
도 19는 유방 종양 대 정상 조직에서 NAT1의 발현을 도시한 도면.
도 20은 유방 종양 대 정상 조직에서 NXPH1의 발현을 도시한 도면.
도 21은 유방 종양 대 정상 조직에서 SERHL2의 발현을 도시한 도면.
도 22는 유방 종양 대 정상 조직에서 SYCP2의 발현을 도시한 도면.
도 23은 유방 종양 대 정상 조직에서 D59687의 발현을 도시한 도면.
도 24는 유방 종양 대 정상 조직에서 CYP4Z1의 발현을 도시한 도면.
도 25는 유방 종양 대 정상 조직에서 LOC730024의 발현을 도시한 도면.
도 26은 유방 종양 대 정상 조직에서 NOS1AP의 발현을 도시한 도면.
도 27은 유방 종양 대 정상 조직에서 UGT2B28의 발현을 도시한 도면.
도 28은 유방 종양 대 정상 조직에서 GRM4의 발현을 도시한 도면.
도 29는 유방 종양 대 정상 조직에서 FLJ30428의 발현을 도시한 도면.
도 30은 유방 종양 대 정상 조직에서 LOC440905의 발현을 도시한 도면.
도 31은 유방 종양 대 정상 조직에서 LOC642460의 발현을 도시한 도면.
도 32는 유방 종양 대 정상 조직에서 MTL5의 발현을 도시한 도면.
도 33은 유방 종양 대 정상 조직에서 GRPR의 발현을 도시한 도면.
도 34는 유방 종양 대 정상 조직에서 COL10A1의 발현을 도시한 도면.
도 35는 유방 종양 대 정상 조직에서 ASCL1의 발현 수준을 도시한 도면.
도 36은 유방 종양 대 정상 조직에서 BX116033의 발현 수준을 도시한 도면.
도 37은 유방 종양 대 정상 조직에서 C1orf64의 발현 수준을 도시한 도면.
도 38은 유방 종양 대 정상 조직에서 COL10A1의 발현 수준을 도시한 도면.
도 39는 유방 종양 대 정상 조직에서 DSCR6의 발현 수준을 도시한 도면.
도 40은 유방 종양 대 정상 조직에서 FLJ23152의 발현 수준을 도시한 도면.
도 41은 유방 종양 대 정상 조직에서 GRM4의 발현 수준을 도시한 도면.
도 42는 유방 종양 대 정상 조직에서 TMEM145의 발현 수준을 도시한 도면.
도 43은 유방 종양 대 정상 조직에서 POTEG의 발현 수준을 도시한 도면.
도 44는 유방 종양 대 정상 조직에서 FSIP1의 발현 수준을 도시한 도면.
도 45는 유방 종양에서 콜라겐 10(COL10A1)의 발현을 도시한 도면.
도 46은 유방 종양에서 MMP11의 발현을 도시한 도면.
도 47은 유방암 환자로부터의 혈청 대 정상 공여체 혈청에서 ANKRD30A의 발현 수준을 도시한 도면.
도 48은 유방암 환자로부터의 혈청 대 정상 공여체 혈청에서 C1orf64의 발현 수준을 도시한 도면.
도 49는 유방암 환자로부터의 혈청 대 정상 공여체 혈청에서 COL10A1의 발현 수준을 도시한 도면.
도 50은 유방암 환자로부터의 혈청 대 정상 공여체 혈청에서 MMP11의 발현 수준을 도시한 도면.
도 51은 유방암 환자로부터의 혈청 대 정상 공여체 혈청에서 COL11A1의 발현 수준을 도시한 도면.
도 52는 유방암 환자로부터의 혈청 대 정상 공여체 혈청에서 POTEG의 발현 수준을 도시한 도면.
도 53은 유방 종양에서 FSIP1의 발현을 도시한 도면.
도 54는 유방암 환자로부터의 혈청 대 정상 공여체 혈청에서 NMU의 발현 수준을 도시한 도면.
도 1은 유방 종양 및 정상 조직에서 C1orf64의 발현을 도시한 도면.
도 2는 유방 종양 및 정상 조직에서 LOC648879의 발현을 도시한 도면.
도 3은 유방 종양 및 정상 조직에서 HIST1H4H의 발현을 도시한 도면.
도 4는 유방 종양 및 정상 조직에서 HIST2H4B의 발현을 도시한 도면.
도 5는 유방 종양 및 정상 조직에서 BX116033의 발현을 도시한 도면.
도 6은 유방 종양, 다양한 유형의 악성 종양, 및 정상 조직에서 DSCR6의 발현을 도시한 도면.
도 7은 본래 조직 및 정상 조직의 다양한 조직의 전이 종양에서 DSCR6의 발현을 도시한 도면.
도 8은 유방 종양 대 정상 조직에서 POTEC의 발현을 도시한 도면.
도 9는 유방 종양 대 정상 조직에서 FSIP1의 발현을 도시한 도면.
도 10은 유방 종양 대 정상 조직에서 GFRA1의 발현을 도시한 도면.
도 11은 유방 종양 대 정상 조직에서 POTEF, POTEE 및 POTEK의 발현을 도시한 도면.
도 12는 유방 종양 대 정상 조직에서 C2orf27A의 발현을 도시한 도면.
도 13은 유방 종양 대 정상 조직에서 LOC727941의 발현을 도시한 도면.
도 14는 유방 종양 대 정상 조직에서 NBPF22P의 발현을 도시한 도면.
도 15는 유방 종양 대 정상 조직에서 POTEG의 발현을 도시한 도면.
도 16는 유방 종양 대 정상 조직에서 RET의 발현을 도시한 도면.
도 17은 유방 종양 대 정상 조직에서 TMEM145의 발현을 도시한 도면.
도 18은 유방 종양 대 정상 조직에서 LOC727941의 발현을 도시한 도면.
도 19는 유방 종양 대 정상 조직에서 NAT1의 발현을 도시한 도면.
도 20은 유방 종양 대 정상 조직에서 NXPH1의 발현을 도시한 도면.
도 21은 유방 종양 대 정상 조직에서 SERHL2의 발현을 도시한 도면.
도 22는 유방 종양 대 정상 조직에서 SYCP2의 발현을 도시한 도면.
도 23은 유방 종양 대 정상 조직에서 D59687의 발현을 도시한 도면.
도 24는 유방 종양 대 정상 조직에서 CYP4Z1의 발현을 도시한 도면.
도 25는 유방 종양 대 정상 조직에서 LOC730024의 발현을 도시한 도면.
도 26은 유방 종양 대 정상 조직에서 NOS1AP의 발현을 도시한 도면.
도 27은 유방 종양 대 정상 조직에서 UGT2B28의 발현을 도시한 도면.
도 28은 유방 종양 대 정상 조직에서 GRM4의 발현을 도시한 도면.
도 29는 유방 종양 대 정상 조직에서 FLJ30428의 발현을 도시한 도면.
도 30은 유방 종양 대 정상 조직에서 LOC440905의 발현을 도시한 도면.
도 31은 유방 종양 대 정상 조직에서 LOC642460의 발현을 도시한 도면.
도 32는 유방 종양 대 정상 조직에서 MTL5의 발현을 도시한 도면.
도 33은 유방 종양 대 정상 조직에서 GRPR의 발현을 도시한 도면.
도 34는 유방 종양 대 정상 조직에서 COL10A1의 발현을 도시한 도면.
도 35는 유방 종양 대 정상 조직에서 ASCL1의 발현 수준을 도시한 도면.
도 36은 유방 종양 대 정상 조직에서 BX116033의 발현 수준을 도시한 도면.
도 37은 유방 종양 대 정상 조직에서 C1orf64의 발현 수준을 도시한 도면.
도 38은 유방 종양 대 정상 조직에서 COL10A1의 발현 수준을 도시한 도면.
도 39는 유방 종양 대 정상 조직에서 DSCR6의 발현 수준을 도시한 도면.
도 40은 유방 종양 대 정상 조직에서 FLJ23152의 발현 수준을 도시한 도면.
도 41은 유방 종양 대 정상 조직에서 GRM4의 발현 수준을 도시한 도면.
도 42는 유방 종양 대 정상 조직에서 TMEM145의 발현 수준을 도시한 도면.
도 43은 유방 종양 대 정상 조직에서 POTEG의 발현 수준을 도시한 도면.
도 44는 유방 종양 대 정상 조직에서 FSIP1의 발현 수준을 도시한 도면.
도 45는 유방 종양에서 콜라겐 10(COL10A1)의 발현을 도시한 도면.
도 46은 유방 종양에서 MMP11의 발현을 도시한 도면.
도 47은 유방암 환자로부터의 혈청 대 정상 공여체 혈청에서 ANKRD30A의 발현 수준을 도시한 도면.
도 48은 유방암 환자로부터의 혈청 대 정상 공여체 혈청에서 C1orf64의 발현 수준을 도시한 도면.
도 49는 유방암 환자로부터의 혈청 대 정상 공여체 혈청에서 COL10A1의 발현 수준을 도시한 도면.
도 50은 유방암 환자로부터의 혈청 대 정상 공여체 혈청에서 MMP11의 발현 수준을 도시한 도면.
도 51은 유방암 환자로부터의 혈청 대 정상 공여체 혈청에서 COL11A1의 발현 수준을 도시한 도면.
도 52는 유방암 환자로부터의 혈청 대 정상 공여체 혈청에서 POTEG의 발현 수준을 도시한 도면.
도 53은 유방 종양에서 FSIP1의 발현을 도시한 도면.
도 54는 유방암 환자로부터의 혈청 대 정상 공여체 혈청에서 NMU의 발현 수준을 도시한 도면.
본 조성물 및 방법이 기재되기 전에, 본 발명은 특정 기재된 과정, 조성물 또는 방법론으로 제한되지 않는다는 것이 이해되어야 하는데, 이들은 변할 수 있기 때문이다. 또한 본 설명에 사용된 용어는 단지 특정 형태 또는 실시형태를 설명하는 목적을 위한 것이며, 첨부되는 특허청구범위로만 제한될 본 발명의 범주를 제한하는 것으로 의도되지 않는다. 달리 정의되지 않는다면, 본 명세서에 사용된 모든 기술적 및 과학적 용어는 당업자에 의해 보통 이해되는 것과 동일한 의미를 가진다. 본 명세서에 기재된 것과 유사하거나 또는 동일한 임의의 방법 및 재료가 본 개시내용의 실시형태의 실행 또는 시험에 사용될 수 있지만, 바람직한 방법, 장치 및 재료가 이제 기재된다. 본 명세서의 어떤 것도 본 발명이 본 발명 때문에 이러한 개시내용보다 선행하는 것으로 자격을 부여한다는 용인으로서 해석되어서는 안 된다.
정의
본 명세서에 사용되는 바와 같은 단수 형태는 문맥에서 달리 명확하게 표시되지 않는다면 복수의 대상을 포함한다. 따라서, 예를 들어 "치료제"에 대한 언급은 당업자에게 공지된 하나 이상의 치료제 및 이의 동등물 등에 대한 언급이다.
본 명세서에 사용되는 바와 같은 용어 "약"은 사용되는 수의 수치 플러스 또는 마이너스 10%를 의미한다. 따라서 약 50%는 45% 내지 55%의 범위를 의미한다.
치료제와 함께 사용될 때 "투여하는"은 표적 조직 내에 또는 표적 조직 상에 직접적으로 치료제를 투여하거나 또는 환자에게 치료제를 투여함으로써 치료제가 표적화되는 조직에 긍정적으로 영양을 미치는 것을 의미한다. 따라서, 본 명세서에 사용되는 바와 같은 용어 "투여하는"은 치료제와 함께 사용될 때, 표적 조직 내에 또는 표적 조직 상에 치료제를 제공하는 것; 예를 들어 정맥내 주사에 의해 환자에 대해 전신에 치료제를 제공함으로써, 치료제가 표적 조직에 도달되게 하는 것; 치료제를 이의 암호화 서열 형태로 표적 조직에 제공하는 것을 포함할 수 있지만(예를 들어, 소위 유전자 치료 기법에 의해), 이들로 제한되지 않는다. 조성물을 "투여하는"은 경구 투여, 정맥내 주사, 복강내 주사, 근육내 주사, 피하 주사, 경피 흡수 또는 전기이동, 국소 주사, 국소로 이식된 지속 방출 장치를 포함하는 지속 방출 전달 장치, 예컨대 생분해성 또는 저장소 기반 이식물, 단백질 치료제로서 또는 유전자 치료 벡터를 통한 핵산 치료제로서, 국소 투여 또는 다른 공지된 기법과 조합된 이들 방법 중 어떤 것에 의해 수행될 수 있다. 이러한 조합 기법은 가열, 방사선 및 초음파를 포함하지만, 이들로 제한되지 않는다.
본 명세서에 사용된 바와 같은 용어 "동물", "환자" 또는 "피험체"는, 인간, 비인간 영장류 및 비인간 척추동물, 예컨대 임의의 포유류, 예컨대 고양이, 개, 소, 양, 돼지, 말, 토끼, 마우스 및 래트와 같은 설치류를 포함하는 야생 동물, 가축 및 농장 동물을 포함한다. 일부 실시형태에서, 용어 "피험체", "환자" 또는 "동물"은 수컷을 지칭한다. 일부 실시형태에서, 용어 "피험체". "환자" 또는 "동물"은 암컷을 지칭한다.
본 명세서에 사용되는 용어 "유방암"은 다음 중 하나 이상을 포함할 수 있다: 유관 상피내암종(ductal carcinoma in situ: DCIS), 침윤성 유관암(invasive ductal carcinoma: IDC), 수질암종, 침윤성 소엽암종(invasive lobular carcinoma: ILC), 관형성 암종, 점액암종, 염증성 유방암(inflammatory breast cancer: IBC), 유방상피내암종(lobular carcinoma in situ: LCIS), 남성 유방암, 파젯병, 유방의 엽상종양, 재발 및 전이 유방암.
용어 "포획 시약"은 시약, 예를 들어 샘플 내에서 검출되는 표적 분자 또는 분석물에 결합될 수 있는 항체 또는 항원 결합 단백질을 지칭한다.
용어 "저해하는"은 증상의 개시를 예방하고, 증상을 완화하거나 또는 질병, 질환 또는 장애를 제거하기 위한 본 개시내용의 화합물의 투여를 포함한다.
만능줄기세포로부터 본 발명의 방법에 의해 만들어진 세포에 대해 사용될 때, 용어 "분화된 세포"는 모 만능줄기세포에 비해 분화하는 것에 감소된 잠재력을 갖는 세포를 지칭한다. 본 발명의 분화된 세포는 추가로 분화될 수 있는 세포를 포함한다(즉, 그것들은 말기에 분화되지 않을 수도 있다).
용어 "유전자 발현 결과"는 유전자 또는 유전자 산물의 발현에 대한 정량적 및/또는 정성적 결과를 지칭한다. 유전자 발현 결과는 유전자의 양 또는 복제수, 유전자에 의해 암호화된 RNA, 유전자에 의해 암호화된 mRNA, 유전자에 의해 암호화된 단백질 산물 또는 이들의 임의의 조합일 수 있다. 유전자 발현 결과는 또한 정규화되거나 또는 표준과 비교될 수 있다. 유전자 발현 결과는, 예를 들어 유전자가 발현되거나, 과발현되거나 또는 2 이상의 샘플에서 차별적으로 발현되는지 여부를 결정하기 위해 사용될 수 있다.
본 명세서에 사용되는 바와 같은 용어 "상동성"은 상보성의 정도를 지칭한다. 부분적 상동성 또는 완전한 상동성일 수 있다. 단어 "동일성"은 단어 "상동성"을 대신할 수 있다. 동일한 서열이 표적 핵산에 혼성화되는 것을 적어도 부분적으로 저해하는 부분적으로 상보적인 핵산 서열은 "실질적으로 상동성"인 것으로 지칭된다. 표적 서열에 대한 완전히 상보적인 핵산 서열의 혼성화의 저해는 감소된 엄격의 조건 하에 혼성화 분석(사우던 또는 노던 블롯, 용액 혼성화 등)을 사용하여 시험될 수 있다. 실질적으로 상동성인 서열 또는 혼성화 프로브는 감소된 엄격의 조건 하에 표적 서열에 대해 완전히 상동성인 서열의 결합과 경쟁하고, 저해할 것이다. 감소된 엄격의 조건은 비특이적 결합이 허용된다는 것은 아닌데, 감소된 엄격 조건은 서로에 대한 두 서열의 결합이 특이적(즉, 선택적) 상호작용을 필요로 하기 때문이다. 비특이적 결합의 부재는 부분적 상보성의 정도(예를 들어, 약 30% 미만의 상동성 또는 동일성)조차도 결여하는 제2 표적 서열의 사용에 의해 시험될 수 있다. 비특이적 결합의 부재에서, 실질적으로 상동성인 서열 또는 프로브는 제2 비상보적 표적 서열에 대해 혼성화되지 않을 것이다.
어구 "상동성 백분율", "상동성%", "동일성 백분율" 또는 "동일성%"는 2 이상의 아미노산 또는 핵산 서열의 비교에서 유사하게 발견된 서열의 백분율을 지칭한다. 동일성 백분율은 전자적으로, 예를 들어 MEGALIGN 프로그램(LASERGENE 소프트웨어 패키지, DNASTAR)를 사용함으로써 결정될 수 있다. MEGALIGN 프로그램은 상이한 방법, 예를 들어 클러스탈 방법(Clustal Method)(Higgins, D. G. and P. M. Sharp (1988) Gene 73:237-244.)에 따른 2 이상의 서열 간에 정렬을 만들 수 있다. 클러스탈 알고리즘 기는 모든 쌍 간의 거리를 시험함으로써 클러스터로 시퀀싱된다. 클러스터는 쌍으로 정렬된 다음 그룹으로 정렬된다. 두 아미노산 서열, 예를 들어 서열 A와 서열 B 간의 유사성 백분율은 서열 A의 길이 - 서열 A 내 갭 잔기의 수 - 서열 B 내 갭 잔기의 수를 서열 A와 서열 B 사이에 매치되는 잔기의 합으로 나누고, 100을 곱함으로써 계산된다. 두 아미노산 서열 간의 낮은 상동성의 갭 또는 상동성이 없는 갭은 백분율 유사성을 결정하는데 포함되지 않는다. 핵산 서열 간의 백분율 동일성은 또한 클러스터 방법에 의해 또는 당업계에 공지된 다른 방법, 예컨대 요튼 하인(Jotun Hein) 방법에 의해 계산될 수 있다(예를 들어, 문헌[Hein, J. (1990) Methods Enzymol. 183:626-645.] 참조). 서열 간의 상동성은 또한 당업계에 공지된 다른 방법에 의해, 예를 들어 혼성화 조건을 달리함으로써 결정될 수 있다.
용어 "표지" 및/또는 검출가능한 물질은 분석 샘플 내 표적 폴리뉴클레오타이드의 존재를 나타내는 검출가능한 신호를 생성할 수 있는 조성물을 지칭한다. 적합한 표지는 방사성 동위원소, 뉴클레오타이드 발색단, 효소, 기질, 형광 분자, 화학발광 모이어티, 자기 입자, 생물발광 모이어티 등을 포함한다. 이와 같이, 표지는 분광기, 광화학, 생화학, 면역화확, 전기, 광학, 화학적 검출 장치 또는 임의의 다른 적절한 장치에 의해 검출될 수 있는 임의의 조성물이다. 일부 실시형태에서, 표지는 장치의 도움 없이 시각적으로 검출가능할 수 있다. 용어 "표지"는 임의의 화학적 기 또는 검출가능한 생리적 특성을 갖는 모이어티 또는 화학적 기를 야기할 수 있는 임의의 화합물 또는 검출가능한 생리적 특성을 나타내는 모이어티, 예컨대 기질의 검출가능한 산물로의 전환을 촉매하는 효소를 지칭하는데 사용된다. 용어 "표지"는 특정 생리적 특성의 발현을 저해하는 화합물을 포함한다. 표지는 또한 염기쌍의 구성원, 검출가능한 생리적 특성을 함유하는 다른 구성원인 화합물일 수 있다.
"마이크로어레이"는, 예를 들어, 별개의 영역의 선형 또는 2차원 어레이이며, 각각 고체 지지체의 표면상에 형성된 한정된 영역을 가진다. 마이크로어레이 상의 별개의 영역의 밀도는 단일 고체상 지지체의 표면 상에서 검출되는 표적 폴리뉴클레오타이드의 전체 수에 의해 결정되며, 바람직하게는 적어도 약 50/㎠, 더 바람직하게는 적어도 약 100/㎠, 훨씬 더 바람직하게는 적어도 약 500/㎠, 및 훨씬 더 바람직하게는 적어도 약 1,000/㎠이다. 본 명세서에 사용되는 바와 같은, DNA 마이크로어레이는 표적 폴리뉴클레오타이드를 확인하거나, 증폭시키거나, 검출하거나 또는 클로닝하기 위해 사용되는 칩 또는 다른 표면 상에 위치된 올리고뉴클레오타이드 프라이머의 어레이이다. 어레이 내 프라이머의 각각의 특정 그룹의 위치가 알려져 있기 때문에, 표적 폴리뉴클레오타이드의 동일성은 마이크로어레이 내 특정 위치에 대한 그것의 결합을 기반으로 결정될 수 있다.
본 명세서에 사용되는 바와 같은, 용어 "자연적으로 생기는"은 천연에서 정상적으로 형성된 형태일 수 있는 서열 또는 구조를 지칭한다. "자연적으로 생기는"은 임의의 동물에서 정상적으로 발견되는 형태로 서열을 포함할 수 있다.
본 명세서의 "핵산", "폴리뉴클레오타이드" 또는 "올리고뉴클레오타이드" 또는 동등물의 사용은 함께 공유적으로 연결된 적어도 2개의 뉴클레오타이드를 의미한다. 일부 실시형태에서, 올리고뉴클레오타이드는 6, 8, 10, 12, 20, 30 또는 100개까지의 뉴클레오타이드의 올리고머이다. 일부 실시형태에서, 올리고뉴클레오타이드는 적어도 6, 8, 10, 12, 20, 30, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 300, 400 또는 500 뉴클레오타이드의 올리고머이다. "폴리뉴클레오타이드" 또는 "올리고뉴클레오타이드"는 DNA, RNA, PNA 또는 포스포다이에스터 및/또는 임의의 대안의 결합에 의해 연결된 뉴클레오타이드의 중합체를 포함할 수 있다.
"약제학적으로 허용가능한"은 담체, 희석제 또는 부형제가 다른 성분의 제형과 양립가능하여야 하고 이것의 수용인에게 유해하지 않아야한다는 것을 의미한다.
본 명세서에 사용되는 바와 같은, 지정된 서열"로부터 유래된" 폴리뉴클레오타이드는 지정된 뉴클레오타이드 서열의 영역에 대응되는 대략 적어도 약 6개 뉴클레오타이드, 바람직하게는 적어도 약 8개 뉴클레오타이드, 더 바람직하게는 적어도 약 10 내지 12개 뉴클레오타이드, 및 훨씬 더 바람직하게는 적어도 약 15 내지 20개 뉴클레오타이드의 서열을 포함하는 폴리뉴클레오타이드를 지칭한다. "대응되는"은 지정된 서열에 대해 상동성 또는 상보적임을 의미한다. 바람직하게는, 폴리뉴클레오타이드가 유래된 서열의 영역은 암 관련 유전자에 독특한 서열에 대해 상동성이거나 또는 상보적이다.
본 명세서에 사용되는 "재조합 단백질"은 재조합 기법을 사용하여, 예를 들어, 이하에 제한되는 것은 아니지만 상기 기재된 바와 같은 재조합 핵산의 발현을 통해 만들어진 단백질을 의미한다. 재조합 단백질은 적어도 하나 이상의 특징에 의해 자연적으로 생기는 단백질과 구별될 수 있다. 예를 들어, 단백질은 그것의 야생형 숙주와 정상적으로 관련된 단백질 및 화합물의 일부 또는 모두로부터 단리되거나 또는 정제될 수 있고, 따라서 실질적으로 순수할 수 있다. 예를 들어, 단리된 단백질은 그것의 천연 상태와 정상적으로 관련된 물질 중 적어도 일부를 수반하지 않으며, 바람직하게는 주어진 샘플 내 전체 단백질의 적어도 약 0.5중량%, 더 바람직하게는 적어도 약 5중량%를 구성한다. 실직적으로 순수한 단백질은 약 50% 내지 75%, 약 80%, 또는 약 90%를 포함한다. 일부 실시형태에서, 실질적으로 순수한 단백질은 전체 단백질의 약 80중량% 내지 99중량%, 85중량% 내지 99중량%, 90중량% 내지 99중량%, 95중량% 내지 99중량% 또는 97중량% 내지 99중량%를 포함한다. 재조합 단백질은 또한 상이한 유기체(예를 들어, 효모, 이콜라이(E. coli) 등) 또는 숙주 세포에서 하나의 유기체(예를 들어, 인간)로부터 암 관련 단백질의 생성을 포함할 수 있다. 대안적으로, 유도성 프로모터 또는 고발현 프로모터의 사용에도 불구하고, 단백질이 정상적으로 보이는 것보다 유의하게 더 높은 농도에서 만들어질 수 있으므로, 단백질은 증가된 농도 수준에서 만들어진다. 대안적으로, 본 명세서에서 논의하는 바와 같은 에피토프 태그의 첨가 또는 아미노산 치환, 삽입 및 결실과 같이 단백질은 천연에서 정상적으로 발견되지 않는 형태일 수 있다.
용어 "특이적 결합", "특이적으로 결합한다" 등은 2 이상의 분자가 생리적 또는 분석 조건 하에 측정가능한 복합체를 형성하고, 선택적인 경우를 지칭한다. 항체 또는 항원 결합 단백질 또는 다른 분자는 적절하게 선택된 조건 하에서, 이러한 결합이 실질적으로 저해되지 않는 한편, 동시에 비특이적 결합이 저해된다면 단백질, 항원 또는 에피토프에 "특이적으로 결합되는" 것으로 언급된다. 특이적 결합은 고친화도를 특징으로하며, 화합물, 단백질, 에피토프 또는 항원에 대해 선택적이다. 비특이적 결합은 보통 낮은 친화도를 가진다.
IgG 항체 내 결합은, 예를 들어 대체로 적어도 약 10-7M 이상, 예컨대 적어도 약 10-8M 이상, 또는 적어도 약 10-9M 이상, 또는 적어도 약 10-10 이상, 또는 적어도 약 10-11M 이상, 또는 적어도 약 10-12M 이상의 친화도를 특징으로 한다. 용어는 또한, 예를 들어 항원-결합 도메인이 수많은 항원에 의해 운반되지 않는 특정 에피토프에 대해 특이적인 경우 적용가능하며, 이 경우에 항원-결합 도메인을 운반하는 항체 또는 항원 결합 단백질은 일반적으로 다른 항원에 결합되지 않을 것이다.
본 명세서에 사용되는 바와 같은, 용어 "샘플"은, 이하에 제한되는 것은 아니지만, 치료제, 약물 또는 후보 작용제와 같은 시약으로 시험되거나 또는 처리되는 조성물을 지칭한다. 일부 실시형태에서, 샘플은 혈액, 혈장, 혈청, 또는 이들의 임의의 조합물일 수 있다. 샘플은 혈액, 혈장, 혈청 또는 이들의 임의의 조합물로부터 유래될 수 있다. 다른 전형적인 샘플은, 포유류 피험체로부터 얻어진 임의의 체액, 조직 생검, 가래, 림프액, 혈액 세포(예를 들어, 말초혈액단핵세포), 조직 또는 미세 바늘 생검 샘플, 소변, 복막액, 초유, 모유, 태수, 배설물질, 눈물, 흉수, 또는 이들로부터의 세포를 포함하지만 이들로 제한되지 않는다. 샘플은 본 명세서에 기재된 방법에서 사용되는 것, 예를 들어 이하에 기재되는 방법 중 어떤 것에 따라 분석되거나 또는 시험되는 특정 성분 전에 어떤 방법으로 처리될 수 있다.
용어 "지지하다"는 통상적인 지지체, 비드, 입자, 딥스틱, 섬유, 필터, 막 및 유리 슬라이드와 같은 실란 또는 실리케이트 지지체를 지칭한다.
본 명세서에 사용되는 바와 같은, 용어 "태그", "서열 태그" 또는 "프라이머 태그 서열"은 그 안에 이러한 태그를 함유하는 폴리뉴클레오타이드의 뱃취(batch)를 확인하는 역할을 하는 특이적 핵산 서열을 지니는 올리고뉴클레오타이드를 지칭한다. 동일한 생물학적 공급원으로부터의 폴리뉴클레오타이드는 특이적 서열 태그로 공유적으로 태그되며, 따라서 후속 분석에서 폴리뉴클레오타이드는 그것의 본래의 공급원에 따라 확인될 수 있다. 서열 태그는 또한 핵산 증폭 반응에 대한 프라이머로서 작용한다.
본 명세서에 사용되는 바와 같은, 용어 "치료제" 또는 "치료적 작용제"는 환자의 원치않는 질환 또는 질병을 치료하거나, 방지하거나, 향상시키거나, 예방하거나 개선하기 위해 사용될 수 있는 작용제를 의미한다. 부분적으로, 본 개시내용의 실시형태는 암의 치료 또는 세포 증식의 감소에 관한 것이다. 일부 실시형태에서, 용어 "치료제" 또는 "치료적 작용제"는 표적 마커, 그것의 발현 또는 그것의 기능에 관련되거나 또는 영향을 미치는 임의의 분자를 지칭할 수 있다. 다양한 실시형태에서, 이러한 치료는, 예를 들어 표적 마커, 그것의 발현 또는 그것의 기능에 관련되거나 또는 영향을 미치는 치료적 세포, 치료적 펩타이드, 치료적 유전자, 치료적 화합물 등과 같은 분자를 포함할 수 있다.
조성물의 "치료적 유효량" 또는 "유효량"은 원하는 효과를 달성하기 위해, 즉, 세포의 활성화, 이동 또는 증식을 저해하거나, 차단하거나 또는 반전시키도록 계산되는 사전결정된 양이다. 일부 실시형태에서, 유효량은 예방적 양이다. 일부 실시형태에서, 유효량은 질병 또는 질환을 의학적으로 치료하기 위해 사용되는 양이다. 치료적 및/또는 예방적 효과를 얻기 위해 본 발명에 따라 투여되는 조성물의 구체적 용량은, 물론, 예를 들어 투여되는 조성물, 투여 경로 및 치료되는 질환을 포함하는 경우를 둘러싸는 특정 상황에 의해 결정될 것이다. 투여되는 유효량은 치료되는 질환, 투여되는 조성물의 선택 및 선택된 투여 경로를 포함하는 적절한 환경에 비추어 의사에 의해 결정될 것으로 이해될 것이다. 본 발명의 조성물의 치료적 유효량은 전형적으로 그것이 생리적으로 용인가능한 부형제 조성물로 투여될 때, 효과적인 전신 농도 또는 표적화된 조직에서의 국소 농도를 달성하는데 효과적인 양이다.
용어 "조직"은 특정 기능의 성능에서 연합된 유사하게 전문화된 세포의 어떤 응집물을 지칭한다.
본 명세서에 사용되는 바와 같은 용어 "치료하다", "치료된" 또는 "치료하는"은 치료적 처치 또는 예방적 또는 방지적 측정을 지칭할 수 있되, 목적은 원치않는 생리적 질환, 장애 또는 질병을 예방하거나 또는 늦추거나(줄이거나) 또는 유리하거나 또는 원치않는 임상적 결과를 얻기 위한 것이다. 일부 실시형태에서, 용어는 치료와 예방을 모두 지칭할 수 있다. 본 개시내용의 목적을 위해, 유리하거나 또는 원하는 임상적 결과는, 증상의 완화; 질환, 장애 또는 질병 정도의 감소; 질환, 장애 또는 질병 상태의 안정화(즉, 악화되지 않음); 질환, 장애 또는 질병 진행의 개시의 지연 또는 늦춤; 질환, 장애 또는 질병 상태의 개선; 및 검출가능하든 검출가능하지 않든 관해(부분적이든 전체적이든), 또는 장애 또는 질병의 향상 또는 증진을 포함하지만, 이들로 제한되지 않는다. 치료는 과도한 부작용의 수준 없이 임상적으로 유의한 반응을 유발하는 것을 포함한다. 치료는 또한 치료를 받지 않는다면 예상되는 생존에 비해 연장된 생존을 포함한다.
특정 실시형태에서, 본 명세서에 기재된 발명은 피험체에서 유방암과 같은 암을 검출하고/하거나 진단하기 위한 빠르고, 상대적으로 비침습적이며, 민감하고 특이적인 방법을 제공한다. 특정 실시형태에서 방법은 피험체가 암, 예를 들어 유방암을 가지는지 여부를 결정하기 위해 본 명세서에 기재된 방법에 따라 피험체로부터 샘플을 단리하는 단계 및 샘플을 분석하는 단계를 포함한다. 본 명세서에 기재된 다른 실시형태는 표적 발현 및 또는 암 세포에 발현된 마커의 활성에 의해 암을 치료하는 방법을 제공한다. 추가적인 실시형태는 본 명세서에 개시된 발현 효과 및/또는 마커의 활성을 포함하는, 암성 세포에 대한 시험 화합물의 효과를 분석함으로써 항암 활성을 지니는 화합물에 대해 스크리닝하는 단계를 포함한다.
암의 진단방법
유방암은, 혈청, 혈액, 조직 등을 포함하지만, 이들로 제한되지 않는 임의의 샘플 유형에서 검출될 수 있다. 샘플은 임의의 피험체로부터 얻은 본 명세서에 기재된 바와 같은 임의의 샘플 유형일 수 있다.
일부 실시형태에서, 암은 유관 상피내암종(DCIS), 침윤성 유관암(IDC), 수질암종, 침윤성 소엽암종(ILC), 관형성 암종, 점액암종, 염증성 유방암(IBC), 유방상피내암종(LCIS), 남성 유방암, 파젯병, 유방의 엽상종양, 재발 및 전이 유방암, 또는 이들의 조합으로부터 선택될 수 있다.
일부 실시형태에서, 유방암의 진단방법은 피험체로부터 샘플을 얻는 단계 및 C1orf64, LOC338579, LOC648879, HIST1H4H, ASCL1, COL10A1, MMP11, DSCR6, CYP4Z1, HIST2H4B, BX116033, C6orf126, CLEC3A, HIST2H4A, SERHL2, FLJ23152, ABCC11, ANKRD30A, CNTD2, COL11A1, DHRS2, HIST1H3F, HIST1H3H, HIST2H2AB, KCNK15, LOC441376, LOC643637, LOC646360, PTPRT, RUNDC3A, SCGB2A2, SLITRK6, SYP, UBE2C, ZNF552, LOC388743, POTEC, FSIP1, GFRA1, LOC647333, POTEF, POTEE, POTEK, C2orf27A, LOC727941(XR_037440.1), NBPF22P, POTEG, RET, TMEM145, LOC727941(XR_037165.1), NAT1, NXPH1, SERHL2, SYCP2, D59687, CYP4Z1, LOC730024, NOS1AP, UGT2B28, GRM4, FLJ30428, LOC440905, LOC642460, MTL5, GRPR, COL10A1, NMU로부터 선택된 하나 이상의 유전자의 샘플 내 발현 수준에 대해 샘플을 분석하는 단계를 포함한다. 정상 비암성 샘플에 비해 증가된 발현 수준은 피험체가 암을 가지는 것을 나타낼 수 있다. 암, 예를 들어 유방암에 대해 양성인 것으로 알려진 샘플에서 발견된 것 이상의 상기 유전자 중 어떤 것의 발현 수준은 또한 피험체가 암을 가지는 것을 나타낼 수 있다.
일부 실시형태에서, 유방암의 진단방법은 피험체에서 암 관련 단백질의 수준을 검출하는 단계를 포함할 수 있다. 일부 실시형태에서, 암에 대한 스크리닝 방법은 피험체로부터 얻은 샘플 내 암 관련 단백질의 수준을 검출하는 단계를 포함할 수 있다. 일부 실시형태에서, 암 관련 단백질은 서열번호 1 내지 70으로부터 선택된 뉴클레오타이드 서열, 이들의 분획 또는 이들의 보체 서열에 의해 암호화된다.
일부 실시형태에서, 서열번호 1 내지 70으로부터 선택된 암 관련 서열의 존재를 검출하는 단계는 피험체로부터 얻은 샘플을 항체 또는 암 관련 서열의 단백질에 특이적으로 결합되는 다른 유형의 포획 시약과 접촉시키는 단계 및 샘플 내 암 관련 서열의 단백질에 대한 결합의 존재 또는 부재를 검출하는 단계를 포함한다. 이하에 기재되는 바와 같은 암 관련 서열에 의해 암호화된 단백질에 대한 결합을 검출하기 위해 사용될 수 있는 분석의 예는 ELISA, 방사면역측정법(radioimmunoassay: RIA), 유세포분석기 등을 포함하지만, 이들로 제한되지 않는다.
일부 실시형태에서, 유방암을 지니는 피험체의 진단방법은 서열번호 1 내지 70으로부터 선택된 암 관련 서열의 존재 및/또는 발현 수준을 검출하는 단계를 포함하되, 암 관련 서열의 존재 및/또는 발현 수준은 피험체가 유방암을 가지는 것을 나타낸다. 암 관련 서열의 발현 수준은 피험체로부터 얻은 샘플로부터 mRNA와 같은 핵산을 단리시킴으로써 분석될 수 있다. 일부 실시형태에서, 해당 방법은 서열번호 1 내지 70으로부터 선택된 암 관련 서열의 존재 또는 부재를 검출하는 단계를 포함하되, 암 관련 서열의 부재는 유방암의 부재를 나타낸다.
일부 실시형태에서, 유방암의 진단방법은 치료가 필요한 피험체의 유전자 발현을 분석하는 단계를 포함할 수 있다. 일부 실시형태에서, 암 관련 서열의 수준을 검출하는 단계는 피험체로부터 얻은 샘플로부터 mRNA 또는 단백질을 단리시키는 단계 및 PCR, 질량 분석법, 마이크로어레이 또는 본 명세서에 기재된 다른 검출 기법 또는 당업계에 공지된 임의의 기법과 같은 기법을 사용하지만, 이들로 제한되지 않는 샘플을 분석하는 단계를 포함할 수 있다.
일부 실시형태에서, 본 개시내용은 피험체에서 유방암, 암 또는 종양성 질환의 진단방법을 제공하며, 해당 방법은 피험체로부터 유래된 샘플로부터 서열번호 1 내지 70으로부터 선택된 암 관련 서열의 암 관련 서열 유전자 발현 결과를 얻는 단계; 및 암 관련 서열 유전자 발현 결과를 기반으로 피험체에서 유방암 또는 종양성 질환을 진단하는 단계를 포함하되, 암 관련 서열이, 예를 들어 유방암을 갖는 것으로 양성으로 진단된 암성인 것으로 알려진 샘플과 같은 양성 대조군에서 발견된 수준에서 과발현되거나 또는 발현된다면, 피험체는 유방암 또는 종양성 질환을 갖는 것으로 진단된다. 양성 진단은 또한 암 관련 서열의 발현 수준을 암을 갖지 않는 대조군 피험체로부터 얻은 정상 샘플을 비교함으로써 만들어질 수 있다. 정상 샘플에서 발견된 것을 초과하는 시험 샘플 내 발현 수준은 시험 피험체가 암을 가지는 것을 나타낼 수 있다.
일부 실시형태에서, 본 개시내용은 (i) 유전자 산물인 적어도 하나의 폴리펩타이드의 활성 수준을 검출하는 단계; 및 (ii) 시험 샘플 내 폴리펩타이드의 활성 수준을 정상 샘플(암을 갖지 않는 피험체로부터 얻음) 내 폴리펩타이드의 활성 수준과 비교하는 단계를 포함하는, 시험 샘플에서 암을 검출하는 방법을 제공하되, 정상 샘플 내 폴리펩타이드 활성 수준에 대해 시험 샘플 내 폴리펩타이드의 변경된 활성 수준은 시험 샘플 내 암의 존재를 나타내며, 상기 유전자 산물은 C1orf64, LOC338579, LOC648879, HIST1H4H, ASCL1, COL10A1, MMP11, DSCR6, CYP4Z1, HIST2H4B, BX116033, C6orf126, CLEC3A, HIST2H4A, SERHL2, FLJ23152, ABCC11, ANKRD30A, CNTD2, COL11A1, DHRS2, HIST1H3F, HIST1H3H, HIST2H2AB, KCNK15, LOC441376, LOC643637, LOC646360, PTPRT, RUNDC3A, SCGB2A2, SLITRK6, SYP, UBE2C, ZNF552, LOC388743, POTEC, FSIP1, GFRA1, LOC647333, POTEF, POTEE, POTEK, C2orf27A, LOC727941(XR_037440.1), NBPF22P, POTEG, RET, TMEM145, LOC727941(XR_037165.1), NAT1, NXPH1, SERHL2, SYCP2, D59687, CYP4Z1, LOC730024, NOS1AP, UGT2B28, GRM4, FLJ30428, LOC440905, LOC642460, MTL5, GRPR, COL10A1, NMU 또는 이들의 조합으로부터 선택된 유전자의 산물이다.
일부 실시형태에서, 암 관련 서열이 과발현되지 않거나 또는 양성 대조군(예를 들어, 암에 대해 양성인 것으로 알려진 샘플)에서 발견된 것 이하의 수준에서 발현된다면, 피험체는 유방암, 암, 또는 종양성 질환을 갖지 않는 것으로 진단된다.
본 발명의 일부 실시형태에서, 이하에 기재된 바와 같이 암 관련 서열 유전자 발현 결과 또는 암 관련 서열 또는 단백질의 부재 또는 존재에 기반하여 진단된 암은 유관 상피내암종(DCIS), 침윤성 유관암(IDC), 수질암종, 침윤성 소엽암종(ILC), 관형성 암종, 점액암종, 염증성 유방암(IBC), 유방상피내암종(LCIS), 남성 유방암, 파젯병, 유방의 엽상종양, 재발 및 전이 유방암, 또는 이들의 임의의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택된 암이다.
일부 실시형태에서, 본 발명은 서열번호 1 내지 66으로부터 선택된 핵산 서열의 발현을 검출하는 단계를 포함하는, 유방암과 같은 암의 검출 또는 진단방법을 제공하되, 샘플은 서열번호 1 내지 70, 이들의 상동체, 이들의 조합 또는 이의 단편으로부터 선택된 서열을 포함하는 바이오칩과 접촉된다. 핵산은 mRNA일 수 있다.
일부 실시형태에서, 본 발명은, 제한 없이, 암 관련 단백질, 또는 이의 단편과 같은 적어도 하나의 폴리펩타이드의 발현 수준을 검출하는 단계를 포함하는, 시험 샘플 내 폴리펩타이드의 발현을 지니는 암 관련 서열의 검출방법을 제공한다. 일부 실시형태에서, 해당 방법은 시험 샘플 내 폴리펩타이드의 발현 수준을 정상 샘플 내 폴리펩타이드의 발현 수준과 비교하는 단계를 포함하되, 정상 샘플 내 폴리펩타이드 발현 수준에 대해 시험 샘플 내 폴리펩타이드의 변경된 발현 수준은 시험 샘플 내 암의 존재를 나타낸다. 일부 실시형태에서, 폴리펩타이드 발현은 암 샘플과 비교되되, 발현 수준은 시험 샘플 내 암의 존재를 나타내는 것과 적어도 돌일하다. 일부 실시형태에서, 샘플은 세포 샘플이다.
일부 실시형태에서, 본 발명은 시험 샘플 내 항체의 존재를 검출함으로써 암을 검출하는 방법을 제공한다. 샘플은, 예를 들어 혈청일 수 있다. 일부 실시형태에서, 항체는 암 관련 서열로서 본 명세서에 개시된 폴리펩타이드 또는 이의 에피토프를 인식한다. 일부 실시형태에서, 항체는 본 명세서에 개시된 핵산 서열에 의해 암호화된 폴리펩타이드 또는 이의 에피토프를 인식한다. 일부 실시형태에서, 해당 방법은, 제한 없이, 암 관련 단백질 또는 이의 항원 단편과 같은 항원 폴리펩타이드에 대해 항체의 수준을 검출하는 단계를 포함한다. 일부 실시형태에서, 해당 방법은 시험 샘플 내 항체 수준을 대조군 샘플 내 항체 수준과 비교하는 단계를 포함하되, 대조군 샘플 내 항체 수준에 비해 상기 시험 샘플 내 변경된 항체 수준은 시험 샘플 내 암의 존재를 나타낸다. 일부 실시형태에서, 대조군 샘플은 정상 세포 또는 비암성 샘플로부터 유래된 샘플이다. 일부 실시형태에서, 대조군은 암 샘플로부터 유래되고, 따라서, 일부 실시형태에서, 해당 방법은 샘플 내 결합 수준 및/또는 항체의 양을 비교하는 단계를 포함한다. 따라서, 대조군이 음성 대조군인 경우, 음성 대조군에 비해 더 큰 양의 항체를 갖는 샘플은 피험체가 암을 가지는 것을 나타낼 수 있다. 대조군이 양성 대조군인 경우, 양성 대조군에서 발견되는 것 이상으로 시험 샘플에 존재하는 항체의 양을 지니는 시험 샘플은 피험체가 암을 가지는 것을 나타낼 수 있다.
또한 암, 예를 들어, 제한 없이, 유관 상피내암종(DCIS), 침윤성 유관암(IDC), 수질암종, 침윤성 소엽암종(ILC), 관형성 암종, 점액암종, 염증성 유방암(IBC), 유방상피내암종(LCIS), 남성 유방암, 파젯병, 유방의 엽상종양, 재발 및 전이 유방암, 또는 이들의 조합에 대한 경향을 진단하거나 또는 결정하기 위한 방법이 본 명세서에 제공된다. 유방암과 같은 암이 진행되는 경향을 결정하는 방법은 본 명세서에 개시된 암 관련 마커의 발현 수준을 측정하는 단계를 포함할 수 있다. 본 명세서에 개시된 암 관련 서열의 상승된 발현 수준은 암이 진행하는 경향을 나타낼 수 있다. 상승된 수준은 피험체로부터 얻은 시험 샘플 내 하나 이상의 본 명세서에 개시된 암 관련 서열의 발현 수준을 암에 대해 음성인 것으로 알려진 샘플 및/또는 암에 대해 양성인 것으로 알려진 샘플과 비교함으로써 결정될 수 있다.
일부 실시형태에서, 암 또는 종양성 질환을 진단하기 위한 방법은 a) 제1 개체의 제1 샘플 유형(예를 들어, 조직)에서 인간 게놈 및 표 1에 기재된 mRNA로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열을 포함하는 하나 이상의 유전자의 발현을 결정하는 단계; 및 b) 상기 제1 개체 또는 제2의 병에 걸리지 않은 개체로부터의 제2의 정상 샘플 유형으로부터의 상기 유전자(들)의 상기 발현을 비교하는 단계를 포함하되; 상기 발현의 차이는 제1 개체가 암을 가지는 것을 나타낸다. 일부 실시형태에서, 발현은 정상 샘플에 비해 증가된다. 일부 실시형태에서, 발현은 정상 샘플에 비해 감소된다.
일부 실시형태에서, 본 발명은 또한 피험체에서 암 세포의 존재 또는 부재를 검출하기 위한 방법을 제공한다. 일부 실시형태에서, 해당 방법은 피험체로부터의 하나 이상의 세포를 본 명세서에 기재된 바와 같은 항체와 접촉시키는 단계를 포함한다. 일부 실시형태에서, 해당 방법은 암 관련 단백질과 항체의 복합체를 검출하는 단계를 포함하되, 복합체의 검출은 피험체에서 암 세포의 존재를 나타낸다.
일부 실시형태에서, 본 개시내용은 피험체에서 암 또는 종양성 질환을 진단하는 방법을 제공하며, 해당 방법은: a) 하나 이상의 유전자 또는 유전자 산물 또는 이의 상동체의 발현을 결정하는 단계; 및 b) 상기 제1 피험체 또는 제2의 병에 걸리지 않은 피험체로부터의 제2의 정상 샘플로부터의 하나 이상의 핵산 서열의 상기 발현을 비교하는 단계를 포함하되, 상기 발현의 차이는 제1 피험체가 암을 가지는 것을 나타내며, 유전자 또는 유전자 산물은 호모 사피엔스 염색체 1 오픈리딩프레임 64(C1orf64), 호모 사피엔스 가설 단백질 LOC338579, 전사 변이체 2(LOC338579), 전립선, 난소, 고환, 및 태반 14 아이소폼 POTE-14A 중에서 발현된 단백질과 유사한 호모 사피엔스(LOC648879), 호모 사피엔스 히스톤 클러스터 1, H4h(HIST1H4H), 호모 사피엔스 아캐트-스큐트 복합체 상동체 1(ASCL1), 호모 사피엔스 콜라겐, X형, 알파 1(COL10A1), 호모 사피엔스 매트릭스 메탈로펩티다제 11(스트로멜리신 3)(MMP11), 호모 사피엔스 다운 증후군 임계 영역 유전자 6(DSCR6), 호모 사피엔스 사이토크롬 P450, 패밀리 4, 서브패밀리 Z, 폴리펩타이드 1(CYP4Z1), 호모 사피엔스 히스톤 클러스터 2, H4b(HIST2H4B), BX116033 NCI_CGAP_Lu24 호모 사피엔스 cDNA 클론 IMAGp998A155622(BX116033), 호모 사피엔스 염색체 6 오픈리딩프레임 126(C6orf126), 호모 사피엔스 C-형 렉틴 도메인 패밀리 3, 구성원 A(CLEC3A), 호모 사피엔스 히스톤 클러스터 2, H4a(HIST2H4A), 호모 사피엔스 세린 하이드롤라제-유사 2(SERHL2), 호모 사피엔스 가설 단백질 LOC401236(FLJ23152), 호모 사피엔스 ATP-결합 카세트, 서브패밀리 C(CFTR/MRP), 구성원 11(ABCC11), 전사 변이체 3, 호모 사피엔스 안키린 반복 도메인 30A(ANKRD30A), 호모 사피엔스 사이클린 N-말단 도메인 함유 2(CNTD2), 호모 사피엔스 콜라겐, XI형, 알파 1(COL11A1), 전사 변이체A, 호모 사피엔스 탈수소효소/환원효소(SDR 패밀리) 구성원 2(DHRS2), 전사 변이체 1, 호모 사피엔스 히스톤 클러스터 1, H3f(HIST1H3F), 호모 사피엔스 히스톤 클러스터 1, H3h(HIST1H3H), 호모 사피엔스 히스톤 클러스터 2, H2ab(HIST2H2AB), 호모 사피엔스 칼륨 채널, 서브패밀리 K, 구성원 15(KCNK15), 호모 사피엔스 AARD 단백질(LOC441376), 글라이신-N-아실트랜스퍼라제-유사 1과 유사한 호모 사피엔스(LOC643637), 호모 사피엔스 hCG25653(LOC646360), 호모 사피엔스 단백질 티로신 포스파타제, 수용체 유형, T(PTPRT), 전사 변이체 2, 호모 사피엔스 RUN 도메인 함유 3A(RUNDC3A), 호모 사피엔스 세크레토글로빈, 패밀리 2A, 구성원 2(SCGB2A2), 호모 사피엔스 SLIT 및 NTRK-유사 패밀리, 구성원 6(SLITRK6), 호모 사피엔스 시냅토파이신(SYP), 호모 사피엔스 유비퀴틴-컨쥬게이팅 효소 E2C(UBE2C), 전사 변이체3, 호모 사피엔스 아연 핑거 단백질 552(ZNF552), 칼페인 8과 유사한 호모 사피엔스, 전사 변이체 4(LOC388743), NMU(NM_006681.1)(호모 사피엔스 뉴로메딘 mRNA) 또는 이들의 조합으로부터 선택된 유전자로서 지칭된다.
암 관련 서열
일부 실시형태에서, 본 개시내용은 본 명세서에서 "암 관련" 또는 "CA" 서열로 지칭되는 암과 관련된 핵산 및 단백질 서열을 제공한다. 암 관련 서열은, 예를 들어 단리된 mRNA 및/또는 단백질일 수 있다. 암 관련 서열은 이하에 기재되는 암 관련 서열 중 어떤 것의 단편일 수 있다. 암 관련 서열은 생물학적 샘플에서 발견된 것에 대해 화학적으로 변형될 수 있다.
일부 실시형태에서, 본 개시내용은, 제한 없이, 유관 상피내암종(DCIS), 침윤성 유관암(IDC), 수질암종, 침윤성 소엽암종(ILC), 관형성 암종, 점액암종, 염증성 유방암(IBC), 유방상피내암종(LCIS), 남성 유방암, 파젯병, 유방의 엽상종양, 재발 및 전이 유방암, 또는 이들의 임의의 조합과 같은 유방암 또는 암종과 관련된 핵산 및 단백질 서열을 제공한다. 일부 실시형태에서, 본 개시내용은, 제한 없이, 소세포 폐암, 전이 자궁경부 선암종, 방광 암종, 전이 전립선 선암종, 자궁내막 간질성 육종, 위 종양 선암종, 전이 편도 암종, 대장 직장 종양 선암종, 전이 위 종양, 이행상피암으로부터의 전이 신장 종양, 전이 자궁내막 간질성 육종, 가슴막 종양 악성 육종, 직장 선암종, 연골 육종암, 췌장 신경내분비 암종, 폐 편평상피암, 신장 암종, 간 담도암, 뼈 골육종 전이, 위식도 접합부 선암종 전이, 갑상선 암종 전이, 난소 종양, 전립선 선암종, 직장 전이 종양 또는 이들의 조합과 같은 암 또는 암종과 관련된 핵산 및 단백질 서열을 제공한다. 일부 실시형태에서, 용어 "암 관련 서열"은 뉴클레오타이드 또는 단백질 서열이 정상 조직과 비교하여 암에서 차별적으로 발현되거나, 활성화되거나, 비활성화되거나 또는 변경되는 것을 나타낼 수 있다. 암 관련 서열은 암에서 상향조절되는 것(즉, 더 높은 수준에서 발현)뿐만 아니라 하향조절되는 것(즉, 더 낮은 수준에서 발현)을 포함할 수 있다. 암 관련 서열은 또한 변경된(즉, 전좌, 절단된 서열 또는 점 돌연변이를 포함하지만, 이것으로 제한되지 않는 치환, 결실 또는 삽입에 의한 서열) 서열을 포함할 수 있고, 동일한 발현 프로파일 또는 변경된 프로파일을 나타낸다. 일부 실시형태에서, 암 관련 서열은 인간이지만; 당업자에 의해 인식될 것이기 때문에 다른 유기체로부터의 암 관련 서열은 동물 모델 및 약물 평가에서 유용할 것이고; 따라서, 다른 암 관련 서열, 예컨대 제한 없이 설치류(래트, 마우스, 햄스터, 기니아 피그 등), 영장류 및 농장 동물(양, 염소, 돼지, 소, 말 등)을 포함하는 포유류를 포함하는 척추동물로부터의 서열이 유용할 수 있다. 다른 유기체로부터의 암 관련 서열은 본 명세서에 약술된 기법을 사용하여 얻어질 수 있다.
본 명세서의 실시형태의 암 관련 서열은, 예를 들어 표 1에 개시된다. 이들 서열은 이들 서열은 폴딩-변화 및 필터 분석 KC110729.5로부터 추출되었다. 정상 및 유방 종양 조직에서 이들 암 관련 서열의 발현은 표 2에 개시된다. 일단 발현이 결정되면, 유전자 서열 결과는 암 세포주 대 정상 조직에서 폴딩-변화; 일반적 특이도; 분비되거나 또는 분비되지 않음, 암 세포주에서 발현 수준; 및 신호 대 노이즈 비를 고려함으로써 추가로 여과되었다.
암 관련 서열은 폴리펩타이드 및/또는 폴리뉴클레오타이드를 포함할 수 있다. 따라서, 암 관련 서열은 아미노산 서열 및 또는 핵산 서열을 포함할 수 있다. 암 관련 서열은 표 1에 열거된 서열을 포함할 수 있다. 암 관련 서열은 서열번호 1 내지 70을 포함할 수 있다. 암 관련 서열은 C1orf64, LOC338579, LOC648879, HIST1H4H, ASCL1, COL10A1, MMP11, DSCR6, CYP4Z1, HIST2H4B, BX116033, C6orf126, CLEC3A, HIST2H4A, SERHL2, FLJ23152, ABCC11, ANKRD30A, CNTD2, COL11A1, DHRS2, HIST1H3F, HIST1H3H, HIST2H2AB, KCNK15, LOC441376, LOC643637, LOC646360, PTPRT, RUNDC3A, SCGB2A2, SLITRK6, SYP, UBE2C, ZNF552, LOC388743, POTEC, FSIP1, GFRA1, LOC647333, POTEF, POTEE, POTEK, C2orf27A, LOC727941(XR_037440.1), NBPF22P, POTEG, RET, TMEM145, LOC727941(XR_037165.1), NAT1, NXPH1, SERHL2, SYCP2, D59687, CYP4Z1, LOC730024, NOS1AP, UGT2B28, GRM4, FLJ30428, LOC440905, LOC642460, MTL5, GRPR, COL10A1 중 하나 이상을 암호화하는 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시형태에서, 암 관련 서열은 상기 mRNA 또는 암 관련 단백질 또는 상기 mRNA 또는 이의 상동체에 의해 발현된 암 관련 폴리펩타이드를 암호화하는 DNA 서열일 수 있다. 일부 실시형태에서, 암 관련 서열은 상기 개시된 서열의 돌연변이 핵산일 수 있다. 일부 실시형태에서, 상동체는 개시된 폴리펩타이드 서열과 적어도 약 60%, 적어도 약 65%, 적어도 약 70%, 적어도 약 75%, 적어도 약 80%, 적어도 약 85%, 적어도 약 90%, 적어도 약 95%, 적어도 약 97%, 적어도 약 98%, 적어도 약 99%, 적어도 약 99.5% 동일성을 가질 수 있다.
일부 실시형태에서, 암 관련 서열은 핵산과 아미노산 서열을 둘 다 포함할 수 있다. 일부 실시형태에서, 암 관련 서열은 개시된 서열과 적어도 약 60% 상동성을 갖는 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시형태에서, 암 관련 서열은 개시된 서열과 적어도 약 65%, 약 70%, 약 75%, 약 80%, 약 85%, 약 90%, 약 95%, 약 97%, 약 99%, 약 99.8% 상동성을 가질 수 있다. 일부 실시형태에서, 암 관련 서열은 "돌연변이 핵산"일 수 있다. 본 명세서에 사용되는 바와 같은, "돌연변이 핵산"은 결실 돌연변이, 삽입, 점 돌연변이, 치환, 전좌를 지칭한다.
본 개시내용의 핵산은 일부 경우에 이하에 약술하는 바와 같이(예를 들어 안티센스 적용에서 또는 핵산이 후보 약물 작용제일 때) 핵산 유사체가, 예를 들어 포스포르아미데이트(문헌[Beaucage et al., Tetrahedron 49(10):1925 (1993)] 및 이것의 참고문헌; 문헌[Letsinger, J. Org . Chem. 35:3800 (1970); Sprinzl et al., Eur . J. Biochem. 81:579 (1977); Letsinger et al., Nucl . Acids Res. 14:3487 (1986); Sawai et al, Chem . Lett . 805 (1984), Letsinger et al., J. Am . Chem. Soc. 110:4470 (1988)]; 및 문헌[Pauwels et al., Chemica Scripta 26:141 91986)]), 포스포로티오에이트(Mag et al., Nucleic Acids Res. 19:1437 (1991); 및 미국특허 제5,644,048호), 포스포로다이티오에이트(문헌[Briu et al., J. Am. Chem. Soc. 111:2321 (1989)], O-메틸포스포로아미다이트 결합(문헌[Eckstein, Oligonucleotides and Analogues: A Practical Approach, Oxford University Press]), 및 펩타이드 핵산 백본 및 결합(문헌[Egholm, J. Am . Chem . Soc. 114:1895 (1992); Meier et al., Chem . Int . Ed . Engl. 31:1008 (1992); Nielsen, Nature, 365:566 (1993); Carlsson et al., Nature 380:207 (1996)] 참조)을 포함하는 대안의 백본을 가질 수 있지만, 포스포다이에스터 결합을 포함할 수 있다. 다른 유사체 핵산은 양성 백본(Denpcy et al., Proc . Natl . Acad . Sci . USA 92:6097 (1995); 비이온성 백본(미국특허 제5,386,023호, 제5,637,684호, 제5,602,240호, 제5,216,141호 및 제4,469,863호; 문헌[Kiedrowshi et al., Angew. Chem. Intl. Ed. English 30:423 (1991); Letsinger et al., J. Am . Chem . Soc. 110:4470 (1988); Letsinger et al., Nucleoside & Nucleotide 13:1597 (1994); Chapters 2 and 3, ASC Symposium Series 580, "Carbohydrate Modifications in Antisense Research", Ed. Y. S. Sanghui and P. Dan Cook; Mesmaeker et al., Bioorganic & Medicinal Chem. Lett. 4:395 (1994); Jeffs et al., J. Biomolecular NMR 34:17 (1994); Tetrahedron Lett. 37:743 (1996)]) 및 미국특허 제5,235,033호 및 제5,034,506호, 및 문헌[Chapters 6 and 7, ASC Symposium Series 580, "Carbohydrate Modifications in Antisense Research", Ed. Y. S. Sanghui and P. Dan Cook]에 기재된 것을 포함하는 비리보스 백본을 지니는 것을 포함한다. 하나 이상의 카보사이클릭 당을 함유하는 핵산은 또한 핵산의 하나의 정의 내에 포함된다(문헌[Jenkins et al., Chem . Soc . Rev. (1995) pp. 169-176] 참조). 몇몇 핵산 유사체는 문헌[Rawls, C & E News Jun. 2, 1997 페이지 35]에 기재된다. 리보스-포스페이트 백본의 이들 변형은 다양한 이유를 위해, 예를 들어 안티센스 적용에서 사용을 위한 생리학적 환경에서 이러한 분자의 안정성 및 반감기를 증가시키기 위해 또는 바이오 칩 상의 프로브로서 행해질 수 있다.
당업자에 의해 인식될 바와 같이, 이러한 핵산 유사체는 본 개시내용의 일부 실시형태에서 사용될 수 있다. 추가로, 자연적으로 생기는 핵산과 유사체의 혼합물이 만들어질 수 있고; 대안적으로, 상이한 핵산 유사체의 혼합물 및 자연적으로 생기는 핵산과 유사체의 혼합물이 만들어질 수 있다.
일부 실시형태에서, 핵산은 단일 가닥 또는 이중 가닥일 수 있거나 또는 이중가닥 또는 단일 가닥 서열의 부분을 함유할 수 있다. 당업자에 의해 인식될 바와 같이, 단일 가닥의 서술은 또한 다른 가닥의 서열을 한정하며; 따라서, 본 명세서에 기재된 서열은 또한 본 서열의 보체를 포함한다. 핵산은 게놈과 cDNA 둘다인 DNA, RNA 또는 혼성체일 수 있으며, 여기서 핵산은 데옥시리보-와 리보-뉴클레오타이드의 임의의 조합 및 유라실, 아데닌, 티민, 사이토신, 구아닌, 이노신, 잔틴, 하이포잔틴, 아이소사이토신, 아이소구아닌 등을 포함하는 염기의 임의의 조합을 함유한다. 본 명세서에 사용되는 바와 같은, 용어 "뉴클레오사이드"는 뉴클레오타이드 및 뉴클레오사이드 및 뉴클레오타이드 유사체 및 변형된 뉴클레오타이드, 예컨대 아미노 변형된 뉴클레오사이드를 포함한다. 추가로, "뉴클레오사이드"는 비자연적으로 생기는 유사체 구조를 포함한다. 따라서, 예를 들어, 각각 염기를 함유하는 펩타이드 핵산의 대상 단위는 본 명세서에서 뉴클레오사이드로서 지칭된다.
일부 실시형태에서, 암 관련 서열은 재조합 핵산일 수 있다. 본 명세서의 용어 "재조합 핵산"은 일반적으로 폴리머라제 및 엔도뉴클레아제에 의한 핵산의 조작에 의해 천연에서 정상적으로 발현되지 않는 형태로 시험관내에서 본래 형성된 핵산 분자를 지칭한다. 따라서, 재조합 핵산은 또한 선형 형태로 단리된 핵산일 수 있거나 또는 정상적으로 결합되지 않은 DNA 분자를 결찰함으로써 시험관내에 형성된 벡터에서 클로닝될 수 있고, 본 발명의 목적을 위해 재조합으로 고려된다. 일단 재조합 핵산이 만들어지고, 숙주 세포 또는 유기체 내로 재도입된다면, 이는 시험관내 조작보다는 숙주 세포의 생체내 세포 기작을 사용하여 복제될 수 있지만; 이러한 핵산은, 일단 재조합적으로 생성되면, 후속적으로 생체내에서 복제된다 해도, 여전히 재조합체로 고려되거나 또는 본 발명의 목적을 위해 여전히 단리된다는 것이 이해된다. 본 명세서에 사용되는 바와 같은, "폴리뉴클레오타이드" 또는 "핵산"은 임의의 길이의 뉴클레오타이드의 중합체 형태, 즉 리보뉴클레오타이드 또는 데옥시리보뉴클레오타이드 중 하나이다. 이 용어는 이중- 및 단일-가닥 DNA 및 RNA를 포함한다. 또한 공지된 변형의 유형, 예를 들어 당업계에 공지된 표지, 메틸화, "캡", 자연적으로 생기는 뉴클레오타이드 중 하나 이상의 유사체로 치환, 뉴클레오타이드 간의(internucleotide) 변형, 예를 들어 비하전 결합을 지니는 것(예를 들어, 포스포로티오에이트, 포스포로다이티오에이트 등), 현수 모이어티를 함유하는 것, 예를 들어 단백질(예를 들어, 뉴클레아제, 독소, 항체, 신호 펩타이드, 폴리-L-리신 등), 삽입자를 지니는 것(예를 들어, 금속, 방사성 금속 등), 알킬화제를 함유하는 것, 변형된 결합을 지니는 것(예를 들어, 알파 아노머 핵산 등)뿐만 아니라 변형된 형태의 폴리뉴클레오타이드를 포함한다.
일부 실시형태는 또한 진단적 및/또는 치료적 항체에 대한 표적으로서 다양한 암과 관련된 폴리펩타이드 및 항원(예를 들어, 암-관련 폴리펩타이드)를 제공한다. 이들 항원은 또한 약물 발견(예를 들어, 소분자) 및 세포 조절, 성장 및 분화의 추가 특성규명에 대해 유용할 수 있다.
일부 실시형태에서, 본 발명은 표 1 및/또는 서열번호 1 내지 70에 개시된 암 관련 폴리뉴클레오타이드 서열로 이루어진 군으로부터 선택된 서열의 적어도 10, 12, 15, 20 또는 30개의 연속적 뉴클레오타이드를 포함하는 단리된 핵산을 제공한다.
일부 실시형태에서, 폴리뉴클레오타이드, 또는 그것의 보체 또는 이의 단편은 검출가능한 물질 또는 표지를 포함하거나, 고체 지지체에 부착되거나, 화학적 합성에 의해 적어도 부분적으로 제조되거나, 안티센스 단편이거나, 단일 가닥이거나, 이중 가닥이거나 또는 마이크로어레이를 포함한다.
일부 실시형태에서, 본 발명은 서열번호 1 내지 70의 폴리뉴클레오타이드 서열로부터 선택되고/되거나 표 1에 나타낸 암 관련 서열의 오픈리딩프레임 내에 암호화된 단리된 폴리펩타이드를 제공한다. 일부 실시형태에서, 본 발명은 단리된 폴리펩타이드를 제공하되, 상기 폴리펩타이드는 서열번호 1 내지 70으로 이루어진 군으로부터 선택된 폴리뉴클레오타이드에 의해 암호화된 아미노산 서열을 포함한다. 일부 실시형태에서, 본 발명은 단리된 폴리펩타이드를 제공하되, 상기 폴리펩타이드는 암 관련 폴리펩타이드에 의해 암호화된 아미노산 서열을 포함한다.
일부 실시형태에서, 본 발명은 암 관련 폴리펩타이드의 아미노산 서열의 에피토프의 아미노산 서열을 포함하는 단리된 폴리펩타이드를 추가로 제공하되, 폴리펩타이드 또는 이의 단편은 고체 지지체에 부착될 수 있다. 일부 실시형태에서, 본 발명은 이러한 폴리펩타이드에 결합되는 단리된 항체(단클론성 또는 다클론성) 또는 이의 항원 결합 단편을 제공한다. 단리된 항체 또는 이의 항원 결합 단편은 고체 지지체에 부착될 수 있거나, 또는 검출가능한 표지를 추가로 포함할 수 있다.
샘플을 분석하기 위한 검출방법
이하에 개시되는 하나 이상의 마커의 발현 수준의 검출은 당업계에 공지된 임의의 수단에 의할 수 있다. 예를 들어, 마커가 유방암과 관련된 단백질인 경우, ELISA는 마커의 발현수준을 검출하기 위해 사용될 수 있다. 단백질 마커의 존재를 검출하기 위한 다른 적합한 분석은 방사성 면역 측정법, 웨스턴 블롯, 및 면역침강 분석, 예컨대 비드 기반 분석, 예를 들어 자기 비드 기반 분석을 포함한다. 일부 실시형태에서, 마커는 검출 전 샘플로부터 단리될 수 있지만, 다른 실시형태에서, 샘플로부터 단리되지 않는다. 일부 실시형태에서, 단백질 마커는 세포 내용물(즉, 세포의 표면 상에서 또는 세포 내에서) 중에서 발현될 수 있다. 이들 예에서, 면역세포화학은 마커를 검출하기 위해 사용될 수 있다. 대안적으로, 유세포분석기는 마커를 검출하기 위해 사용될 수 있다. 마커가 세포 내에 함유되는 경우, 세포는 검출 시약에 접근가능한 마커를 만들기 위해 세정제로 처리될 수 있다. 적합한 검출 시약은 마커 상의 에피토프에 특이적으로 결합되는 항체와 가은 마커에 특이적으로 결합되는 임의의 분자를 포함한다.
이하에 개시되는 바와 같은 단백질 마커를 검출하기 위한 적합한 작용제는 유방암 마커의 임의의 특이적 결합 상대를 포함한다. 예를 들어, 특이적 결합 상대는 항체와 같은 유방암에 결합되는 단백질일 수 있다. 다른 적합한 특이적 결합 상대는 유방암 마커에 결합되는 수용체 또는 유방암 마커에 특이적으로 결합되는 효소를 포함할 수 있다.
암은 또한 특이적 조직 유형에 대해뿐만 아니라 표지된 분자를 시각화하는 것으로 진단될 수 있다. 분자는, 이하에 제한되는 것은 아니지만, MRI, CAT 스캔, PET 스캔 등과 같은 임의의 방법을 사용하여 시각화되거나 또는 검출될 수 있다. 일부 실시형태에서, 항체는 단백질에 결합될 수 있고, 그 다음에 검출될 수 있다. 일부 실시형태에서, 항체 결합 수준은 단백질이 과발현되는지 여부를 결정하기 위해 정량화될 수 있다. 공지된 방법에 의해 차별적인 발현이 또한 결정될 수 있다. 따라서, 이의 실시형태는 암을 갖는 피험체의 조직 및 세포 내 구조의 영상화를 위한 방법이 암을 가지거나, 암을 갖는 것으로 의심되거나 또는 사람이 암을 갖는지 여부를 결정하기 위한 진단적 절차를 겪은 피험체의 조직 및 세포 내 구조의 영상화를 위한 방법을 제공한다. 영상화는 암 관련 단백질이 과발현되거나 또는 차별적으로 발현된다면, 환자가 암을 가지거나 또는 암을 갖는 것으로 의심되는 것으로 진단된다. 이하로 제한되지 않지만, 확인을 위한 생검 또는 다른 보조, 진단과 같은 다른 시험이 또한 행해질 수 있다.
표지 분자는 또한 PET 또는 SPECT 카메라로 영상화될 수 있는 임의의 방사성 동위원소에 의해 표지될 수 있지만, 이들로 제한되지 않는다. 예를 들어, 다양한 실시형태의 방사성의약품은, 76Br, 123I, 125I, 131I, 99 mTc, 11C, 18F 또는 다른 감마- 또는 양전자 방출 방사성 핵종과 같은 방사성동위원소로 표지될 수 있지만, 이들로 제한되지 않는다. 다른 실시형태에서, 표지 분자는 방사성동위원소의 조합으로 방사성표지될 수 있다.
일부 실시형태에서, 유방암과 관련된 마커는 핵산, 예를 들어 mRNA 분자일 수 있다. 핵산은 샘플로부터 단리될 수 있다. 핵산의 검출은 당업계에 공지된 임의의 수단에 의할 수 있다. 예를 들어, 핵산 분자는 사우던 블롯 또는 노던 블롯 질량 분석법, 마이크로어레이 등에 의해 검출될 수 있다. 예를 들어 핵산이 RNA 분자, 예컨대 mRNA 분자인 경우, 핵산은 PCR을 사용하여 검출될 수 있으며, rtPCR이 사용될 수 있다. PCR은 정량적 PCR(예를 들어 qPCT) 또는 실시간 PCR일 수 있다. 샘플이 유방암 세포를 포함하는 경우 핵산은 인시츄 혼성화에 의해 검출될 수 있다.
상기 기재된 분석은 핵산 마커를 검출하기 위한 프로브의 사용을 포함할 수 있다. 프로브는 이하에 기재된다. 간략하게, 프로브는 5 내지 40, 10 내지 35, 15 내지 30개 뉴클레오타이드 길이의 범위에 있는 핵산 분자일 수 있다. 프로브는 약 5, 약 10, 약 20, 약 25, 약 30, 약 35개 뉴클레오타이드 길이일 수 있다. 프로브는 유방암 마커를 암호화하는 유전자의 부분 또는 유방암 마커를 암호화하는 유전자의 보체를 포함할 수 있다.
유전자 발현 수준은 ADPRT(등록번호 NM_001618.2,), GAPD(등록번호 NM_002046.2,), 또는 당업계에 공지된 다른 하우스키핑 유전자로 정규화된 상대적 발현으로서 표현될 수 있다. mRNA 발현의 마이크로어레이 프로브의 경우에, 유전자 발현 데이터는 또한 중앙값 방법의 중앙값에 의해 정규화될 수 있다. 이 방법에서, 각각의 어레이는 상이한 전체 강도를 제공한다. 중앙값을 사용하는 것은 실험에서 세포주(어레이)를 비교하는 강한 방법이다. 예로서, 중앙값은 각각의 세포주에 대해 발견되었고, 그 다음에 해당 중앙값의 중앙값은 정규화를 위한 값이 된다. 각 세포주로부터의 신호가 각각의 다른 세포주에 대해 만들어졌다.
암 관련 서열의 확인 및 사용
유전자 발현의 마이크로어레이 분석이 유방암과 관련된 서열을 확인하는데 사용될 수 있다. 그 다음에 이들 확인된 서열은 진단, 예후, 조절제(작용물질과 길항물질을 둘 다 포함)에 대한 스크리닝, 항체 생성(면역치료 및 영상화) 등을 포함하는 다수의 상이한 방법으로 사용될 수 있다. 그러나, 당업자에 의해 인식될 바와 같이, 한 유형의 암에서 확인되는 서열은 다른 유형의 암에서도 수반될 강한 가능성을 가질 수 있다. 따라서, 본 명세서에 약술된 서열이 유방암과 관련되는 것과 같이 초기에 확인되지만, 그것들은 또한 다른 유형의 암에서도 발견될 수 있다.
당업자에 의해 인식될 바와 같이, 본 명세서의 실시형태의 암 관련 서열은 피험체에서 핵산 발현 수준을 검출하는데 유용할 수 있다. 그것들은 치료적 적용에서도 사용될 수 있다. 추가로, 본 명세서의 실시형태의 암 관련 서열은 스크리닝 적용; 예를 들어, 암 관련 서열에 대해 핵산 프로브를 포함하는 바이오칩의 생성에서 사용될 수 있다.
암유전자는 암을 야기할 수 있는 유전자이다. 발암은 암유전자를 함유하는 바이러스에 의한 세포 감염, 숙주 게놈 내 원암유전자의 활성화 및 원암유전자의 돌연변이 및 종양 억제 유전자를 포함하는 매우 다양한 메커니즘에 의해 생길 수 있다. 발암은 근본적으로 체세포 진화에 의해 구동된다(즉, 성장 제어의 진행성 손실을 지니는 변이체의 돌연변이 및 자연적 선택). 이들 체세포 돌연변이에 대한 표적으로서 작용하는 유전자는 그것의 돌연변이 표현형이 각각 우성인지 또는 열성인지에 따라서, 원암유전자 또는 종양 억제 유전자로서 분류된다.
본 발명의 일부 실시형태는 암 관련 서열("표적 마커")에 관한 것이다. 일부 실시형태는 암의 진단 및 치료에 유용한 신규한 표적 마커를 확인하는 방법에 관한 것이되, mRNA, miRNA, 단백질의 발현 수준 또는 인산화 및 수모화(sumoylation)를 포함하지만, 이들로 제한되지 않는 번역 후 단백질 변형이 5가지 범주의 세포 유형 간에 비교된다: (1) 중요한 만능 줄기 세포(예컨대 배아 줄기(embryonic stem: ES) 세포, 유도만능 줄기(induced pluripotent stem: iPS) 세포, 및 생식계열 세포, 예컨대 태생성 암종(배축 암종: EC) 세포) 또는 생식선 조직; (2) ES, iPS 또는 EC-유도 클론 배아 전구체(embryonic progenitor: EP) 세포주, (3) CD34+ 세포 및 CD133+ 세포를 포함하지만, 이들로 제한되지 않는 유핵(nucleated) 혈액 세포; (4) 피부 섬유아세포, 혈관내피세포, 정상 비림프구 및 비암성 조직 등을 포함하는 정상 사멸 체세포 성인 유래 조직 및 배양 세포, 및 (5) 배양된 암 세포주 또는 인간 종양 조직을 포함하는 악성 암 세포. 범주 1, 3 및 5 또는 범주 1 및 5에서 대체로 발현되지만(또는 발현되지 않지만) 범주 2 및 4에서 발현되지 않는(또는 발현되는) mRNA, miRNA, 또는 단백질은 암 진단 및 치료를 위한 후보 표적이다. 본 명세서의 일부 실시형태는 인간 용도, 비인간 수의학 용도 또는 이들의 조합에 관한 것이다.
일부 실시형태에서, 표적 마커의 확인 방법은: 1) 불멸만능 줄기 세포(예컨대 배아 줄기(ES) 세포, 유도만능 줄기: iPS) 세포, 및 생식계열 세포, 예컨대 태생성 암종(배축 암종: EC) 세포)의 mRNA, miRNA, 단백질, 또는 단백질 변형의 분자 프로파일을 얻는 단계; 2) 배양된 암 세포주 또는 인간 종양 조직을 포함하는 ES, iPS 또는 EC-유래 클론 배아 전구체(EP) 세포주 악성 암 세포, 해당 분자를 사멸 체세포 유형에 존재하는 것, 예컨대 배양된 클론 인간 배아 전구체, 태아 또는 성인 공급원으로부터의 배양된 체세포 또는 악성 암 세포와 대응되는 정상 조직을 비교하는 단계를 포함한다. hES 세포와 같은 만능 줄기 세포와 악성 세포 간에 공유되지만, 대다수의 체세포 유형에 존재하지 않는 표적 마커는 후보 진단적 마커 및 치료적 표적일 수 있다.
발현 데이터의 분석 방법
발현 데이터를 얻는 다양한 방법 및 발현 데이터의 사용이 있다는 것이 인식될 것이다. 예를 들어, 암을 지니는 피험체를 검출하거나 또는 진단하기 위해 사용될 수 있는 발현 데이터는 실험적으로 얻어질 수 있다. 일부 실시형태에서, 발현 데이터를 얻는 것은 샘플을 얻는 단계 및 발현 데이터를 실험적으로 결정하기 위해 샘플을 처리하는 단계를 포함한다. 발현 데이터는 본 명세서에 기재된 암 관련 서열 중 하나 이상에 대한 발현 데이터를 포함할 수 있다. 발현 데이터는, 예를 들어 이하로 제한되지 않지만, 본 명세서에 기재된 것과 같은 마이크로어레이 또는 정량적 증폭 방법을 사용함으로써 실험적으로 결정될 수 있다. 일부 실시형태에서, 샘플과 관련된 발현 데이터를 얻는 단계는 샘플을 처리한 제3자로부터의 발현 데이터를 수신하여 발현 데이터를 실험적으로 결정하는 단계를 포함한다.
본 명세서에 기재된 발현 또는 유사한 단계의 수준을 검출하는 단계는 실험적으로 행해지거나 또는 본 명세서에 기재된 바와 같이 제3자에 의해 제공될 수 있다. 따라서, 예를 들어, "발현 수준을 검출하는 단계"는 데이터를 실험적으로 측정하는 것 및/또는 샘플을 처리한 다른 제3자에 의해 제공된 데이터를 가져서 발현 데이터의 수준을 결정하고 검출하는 것을 지칭한다. 일부 실시형태에서, 발현 데이터는 실험적으로 검출될 수 있고, 제3자에 의해 제공될 수 있다.
다양한 범주의 세포 유형으로부터 제조된 RNA 프로브 서열(표 1에 나타냄)에 혼성화된 일루미나(Illumina) 유전자 발현 마이크로어레이를 사용하는 mRNA 수준에 대한 유전자 발현의 비교: 1) 인간 배아 줄기(ES) 세포 또는 생식선 조직, 2) ES, iPS 또는 EC-유래 클론 배아 전구체(EP) 세포주, 3) CD34+ 세포 및 CD133+ 세포를 포함하지만, 이들로 제한되지 않는 유핵 혈액 세포; 4) 피부 섬유아세포, 혈관내피세포, 정상 비림프구 및 비암성 조직 등을 포함하는 정상 사멸 체세포 성인 유래 조직 및 배양 세포, 및 5) 배양된 암 세포주 또는 인간 종양 조직 및 필터를 포함하는 악성 암 세포가 범주 1, 3 및 5 또는 범주 1 및 5에서 대체로 발현되지만(또는 발현되지 않지만) 범주 2 및 4에서 발현되지 않는(또는 발현되는) 유전자를 검출하기 위해 수행되었다. 이 관찰에 기반한 이들 암의 치료는 암에서 상향조절된 상기 언급된 전사체의 발현을 감소시키거나 또는 유전자 산물의 발현을 감소시키는 것에 기반한다.
유전자 발현 분석: 유전자 발현 수준의 측정은 정량적 PCR, 또는 마이크로어레이 유전자 발현 분석, 비드 어레이 유전자 발현 분석 및 노던(Northern) 분석을 포함하지만, 이들로 제한되지 않는 어떤 당업계에 공지된 방법에 의해 수행될 수 있다. 유전자 발현 수준은 ADPRT(등록번호 NM_001618.2; 서열번호 37)), GAPD(등록번호 NM_002046.2; 서열번호 38), 또는 다른 당업계에 공지된 하우스키핑 유전자로 정규화된 상대적 발현으로서 표현될 수 있다. mRNA 발현의 마이크로어레이된 프로브의 경우에, 유전자 발현 데이터는 또한 중앙값 방법의 중앙값에 의해 정규화될 수 있다. 이 방법에서, 각각의 어레이는 상이한 전체 강도를 제공한다. 중앙값을 사용하는 것은 실험에서 세포주(어레이)를 비교하는 강한 방법이다. 예로서, 중앙값은 각각의 세포주에 대해 발견되었고, 그 다음에 해당 중앙값의 중앙값은 정규화를 위한 값이 된다. 각 세포주로부터의 신호가 각각의 다른 세포주에 대해 만들어졌다.
피험체로부터 얻은 샘플은 피험체가 암을 가지는지 여부를 결정하기 위해 당업계에 공지된 어떤 방법에 의해 분석될 수 있다. 예를 들어 mRNA는 이하에 기재되는 하나 이상의 암 관련 서열의 발현 수준을 결정하기 위해 분석될 수 있다. RNA 추출: 본 개시내용의 세포는 0.05% 트립신 및 0.5mM EDTA와 함께 인큐베이션시킨 다음, 0.5% BSA와 함께 DMEM(메릴랜드주 게이더스버그에 소재한 깁코(Gibco)) 중에서 수집할 수 있다. 전체 RNA는 RNeasy 미니키트(독일 힐덴에 소재한 퀴아젠(Qiagen))를 사용하여 세포로부터 정제할 수 있다.
마이크로 RNA 및 짧은 RNA는 유전자 발현을 달성할 수 있다. 따라서, 암은 마이크로 RNA(miRNA) 또는 짧은 RNA의 비정상적 발현과 관련될 수 있다. 짧은 RNA 종에 대해 풍부화된 샘플 또는 전체 RNA는 다수의 성숙 조직에서 관찰된 대략의 세포 성장에 대해 RNA를 채취하기 전 혈청 기아를 겪는 세포 배양물로부터 단리될 수 있다. 세포 성장 저지는 5일 동안 0.5% 혈청을 함유하는 배지로 변화시킴으로써 수행될 수 있고, 하나의 배지는 저혈청 배지의 제1 첨가 후 2일 내지 3일에 변화된다. RNA는 전체 RNA를 단리시키기 위한 퀴아젠 RNAeasy 키트 또는 짧은 RNA 종에 대해 풍부한 RNA를 단리시키기 위한 Ambion mirVana 키트에 대한 공급업자의 설명서에 따라 채취될 수 있다. RNA 농도는 분광광도법에 의해 결정될 수 있고, RNA 품질은 28S 및 18S RNA를 시각화하기 위해 아가로스 겔 전기이동을 변성시킴으로써 결정될 수 있다. 분해 징후 없이 그리고 대략 2:1, 28S:18S의 비에서 명확하게 가시적인 28S 및 18S 밴드를 지니는 샘플은 후속 miRNA 분석을 위해 사용될 수 있다.
어플라이드 바이오시스템즈 인코포레이티드(Applied Biosystems, Inc)로부터의 인간 패널 TaqMan MicroRNA 분석을 사용하여 miRNA를 정량화할 수 있다. 이는 역전사(RT) 후 실시간 TaqMan(등록상표)을 위한 줄기-고리(stem-loop) 프라이머를 사용하는 2단계 분석이다. 전체 330 miRNA 분석을 수행하여 H9 인간 배아 줄기 세포주, 미분화 섬유아세포주, 및 인간 배아 줄기 세포로부터 분화된 9개의 세포에서 miRNA의 수준을 정량화한다. 분석은 2단계, 즉 역전사(RT) 및 정량적 PCR을 포함한다. 실시간 PCR은 어플라이드 바이오시스템즈(Applied Biosystems) 7500 실시간 PCR 시스템에 대해 수행될 수 있다. 세포 당 복제수는 합성 mir-16 miRNA의 표준 곡선을 기반으로 추정되고, 대략 15pg/세포의 전체 RNA 질량을 추정할 수 있다.
1x cDNA 기록보관 완충제, 3.35 단위 MMLV 역전사효소, 각각 5mM dNTP, 1.3 단위 AB RNase 저해제, 2.5 nM 330-플렉스 역 프라이머(RP), 5㎕의 최종 용적 중의 3ng의 세포 RNA를 사용하여 역전사 반응이 수행될 수 있다. 역전사 반응은 30초 동안 20℃; 30초 동안 42℃; 1초 동안 50℃, 60주기 후 5분 동안 85℃의 1주기의 주기 프로파일로 바이오래드(BioRad) 또는 MJ 상에서 수행될 수 있다.
실시간 PCR. 2 마이크로리터의 1:400 희석 Pre-PCR 산물이 20ul 반응물에 대해 사용될 수 있다. 모든 반응은 중복해서 할 수 있다. 해당 방법이 매우 강하기 때문에, 중복 샘플은 miRNA 발현 수준에 대한 값을 얻을 만큼 충분히 정확하고, 충분할 수 있다. ABI의 TaqMan 유니버셜 PCR 마스터 믹스는 제조업자의 제안에 따라 사용될 수 있다. 간략하게, 1x TaqMan 유니버셜 마스터 믹스(ABI), 1uM 포워드 프라이머, 1uM 유리버셜 역 프라이머 및 0.2uM TaqMan 프로브는 각각의 실시간 PCR을 위해 사용될 수 있다. 사용된 조건은 다음과 같을 수 있다: 10분 동안 95℃ 다음에, 15초 동안 95℃에서 40주기, 및 1분 동안 60℃. 모든 반응은 ABI 프리즘(Prism) 7000 서열 검출 시스템에서 실행될 수 있다.
마이크로어레이 혼성화 및 데이터 처리. cDNA 샘플 및 세포 전체 RNA(각각 8개의 개개 관에서 5㎍)는 시험관내 전사(IVT)(캘리포니아주 산타 클라라에 소재한 애피메트릭스(Affymetrix))에 의해 또는 일루미나 토탈 프렙 RNA(Illumina Total Prep RNA) 표지 키트를 사용하여 바이오틴 표지를 위한 1-주기 표적 표지 절차가 실시될 수 있다. 애피메트릭스 유전자 칩에 대한 분석을 위해, cRNA를 후속적으로 단편화하였고, 제조업자의 설명서에 따라 휴먼 게놈 U133 플러스 2.0 분석 어레이(Human Genome U133 Plus 2.0 Array)(애피메트릭스)에 혼성화할 수 있다. 마이크로어레이 영상 데이터를 유전자칩 스캐너 3000(애피메트릭스)으로 처리하여 CEL 데이터를 만들 수 있다. 그 다음에 CEL 데이터는 dChip 소프트웨어에 의한 분석이 실시될 수 있는데, 이는 다수의 데이터세트를 동시에 정규화하고, 처리하는 이점을 가진다. 세포로부터 8개의 나노증폭된 대조군으로부터의 데이터, 희석된 세포 RNA로부터의 8개의 독립적으로 증폭된 샘플로부터의 데이터, 및 20개의 단일 세포로부터의 증폭된 cDNA 샘플로부터의 데이터는 프로그램의 디폴트 설정에 따라 각 그룹 내에서 개별적으로 정규화될 수 있다. 모델 기반 발현 지수(model based expression indices: MBEI)는 신호 강도의 log-2 형질전환 및 0까지 낮은 수치의 절단을 지니는 PM/MM 차이 모드를 사용하여 계산될 수 있다. 절대 호출(존재, 부수적 및 부재)은 dChip 디폴트 세팅을 사용하여 애피메트릭스 마이크로어레이 소프트웨어 5.0(MAS 5.0) 알고리즘에 의해 계산될 수 있다. 단지 현재 프로브의 발현 수준은 이하에 기재되는 모든 정량적 분석에 대해 고려될 수 있다. 마이크로어레이 데이터에 대한 GEO 등록 번호는 GSE4309이다. 일루미나 휴먼 HT-12 v4 발현 비드 칩에 대한 분석에 대해, 표지된 cRNA는 제조업자의 설명서에 따라 혼성화될 수 있다.
적용범위 및 정확성의 계산. 진정한 양성은 8개의 미증폭 대조군 중 적어도 6개에서 프레젠트(Present)로 불리는 프로브로서 정의되며, 진정한 발현 수준은 프레젠트 프로브의 로그 평균 발현 수준으로서 정의된다. 적용범위의 정의는 (증폭된 샘플에서 검출된 진정으로 양성인 프로브의 수)/(진정으로 양성인 프로브의 수)이다. 정확성의 정의는 (증폭된 샘플에서 검출된 진정으로 양성인 프로브의 수)/(증폭된 샘플에서 검출된 프로브의 수)이다. 증폭 및 미증폭 샘플의 발현 수준은 20.5(20, 20.5, 21, 21.5...)의 분류 간격으로 나뉘어질 수 있으며, 여기서 정확성 및 적용범위가 계산된다. 이들 발현 수준 용기는 검출된 프로브의 주파수 분포를 분석하기 위해 사용될 수 있다.
세포의 유전자 발현 프로파일의 분석: 세포로부터의 마이크로어레이 데이터의 무감독(unsupervised) 클러스터링 및 분류 근접(class neighbor) 분석은 진패턴(GenePattern)소프트웨어를 사용하여 수행될 수 있는데, 이는 임의의 샘플 가변성의 분포를 제외하는 순열검정과 함께 신호 대 노이즈 비 분석/T-검정을 수행하며, 높은 신뢰도에서 방법 및/또는 생검으로부터의 분석을 포함한다. 20개의 단일 세포 외의 적어도 6개는 프레젠트 호출을 제공하며, 20개의 샘플 중 적어도 1개는 세포 당 >20 복제물의 발현 수준을 제공하는 14,128개의 프로브에 대해 분석이 수행될 수 있다. 부재/부수적 호출을 지니는 프로브에 대해 계산한 발현 수준은 0으로 절단될 수 있다. 상대적 유전자 발현 수준을 계산하기 위해, Q-PCR 분석에 의해 얻은 Ct 값은 유전자 단편을 함유하는 플라스미드 또는 전체 인간 게놈(BD 바이오사이언스(BD Biosciences))으로 정량화된 개개의 프라이머 쌍의 효율을 사용하여 보정될 수 있다. 상대적 발현 수준은 반응 혼합물에 포함된 스파이크 RNA를 사용하여 계산된 캘리브레이션 계통에 의해 복제수로 추가로 전환될 수 있다(log10[발현 수준] = 1.05 x log10[복제수] + 4.65). 독립성에 대한 카이스퀘어 검정은 유전자 발현과 Gata4의 연관을 평가하기 위해 수행될 수 있는데, 이는 무감독 클러스터링에 의해 결정되는 클러스터 1과 클러스터 2 사이의 차이를 나타내고, 후기 단계에서 PE로 제한된다. Q-PCR에 의해 측정된 개개 유전자의 발현 수준은 3가지 범주로 분류될 수 있다: 높음(세포 당 >100개 복제), 중간(세포당 10 내지 100개 복제), 및 낮음(세포당 <10개 복제). Gata4 발현으로부터 독립성에 대한 카이-스퀘어 및 P-값은 이 분류를 기반으로 계산될 수 있다. 카이 스퀘어는 다음과 같이 정의된다: χ2검정 = ΣΣ(n fij - fi fj)2/n fi fj, 여기서 i 및 j는 각각 기준(Gata4) 및 표적 유전자의 발현 수준 범주(높음, 중간 또는 낮음)를 나타내고; fi, fj 및 fij는 각각 범주 i, j 및 ij의 관찰된 빈도를 나타내며; n은 샘플 수를 나타낸다(n = 24). 자유도는 (r - 1) x (c - 1)로서 정의될 수 있는데, 여기서 r 및 c는 각각 Gata4 및 표적 유전자의 발현 수준 범주의 이용가능한 수를 나타낸다.
암 치료제 및 암의 치료방법
일부 실시형태에서, 본 발명은 피험체에서 암세포의 성장을 저해하기 위한 방법을 제공한다. 일부 실시형태에서, 해당 방법은 본 명세서에 기재된 바와 같은 약제학적 조성물의 유효량을 피험체에 투여하는 단계를 포함한다. 일부 실시형태에서, 본 발명은 피험체에서 암 세포에 대해 치료적 작용제를 전달하기 위한 방법을 제공하며, 해당 방법은 본 발명에 따른 약제학적 조성물의 유효량을 피험체에 투여하는 단계를 포함한다.
일부 실시형태에서, 본 발명은 유방암과 같은 암을 치료하는 방법을 제공한다. 일부 실시형태에서, 암은 유관 상피내암종(DCIS), 침윤성 유관암(IDC), 수질암종, 침윤성 소엽암종(ILC), 관형성 암종, 점액암종, 염증성 유방암(IBC), 유방상피내암종(LCIS), 남성 유방암, 파젯병, 유방의 엽상종양, 재발 및 전이 유방암, 또는 이들의 조합으로부터 선택될 수 있다.
일부 실시형태에서, 암 관련 서열 중 하나를 발현시키는 유방암은 암 관련 서열의 활성을 길항함으로써 치료될 수 있다. 일부 실시형태에서, 유방암의 치료방법은, 제한 없이, 암 관련 서열에 결합되는 리간드를 길항하는 항체, 암 관련 서열의 발현 또는 활성을 저해하는 소분자, 암 관련 서열에 대해 관련된 siRNA 등을 투여하는 단계를 포함한다. 일부 실시형태에서, ELISA와 같은 기법뿐만 아니라 본 명세서에 기재된 다른 검출 기법이 유방암에 대한 스크링에 사용될 수 있다.
일부 실시형태에서, 본 개시내용은 피험체에서 암의 치료방법을 제공하며, 해당 방법은 C1orf64, LOC338579, LOC648879, HIST1H4H, ASCL1, COL10A1, MMP11, DSCR6, CYP4Z1, HIST2H4B, BX116033, C6orf126, CLEC3A, HIST2H4A, SERHL2, FLJ23152, ABCC11, ANKRD30A, CNTD2, COL11A1, DHRS2, HIST1H3F, HIST1H3H, HIST2H2AB, KCNK15, LOC441376, LOC643637, LOC646360, PTPRT, RUNDC3A, SCGB2A2, SLITRK6, SYP, UBE2C, ZNF552, LOC388743, POTEC, FSIP1, GFRA1, LOC647333, POTEF, POTEE, POTEK, C2orf27A, LOC727941(XR_037440.1), NBPF22P, POTEG, RET, TMEM145, LOC727941(XR_037165.1), NAT1, NXPH1, SERHL2, SYCP2, D59687, CYP4Z1, LOC730024, NOS1AP, UGT2B28, GRM4, FLJ30428, LOC440905, LOC642460, MTL5, GRPR, COL10A1 또는 이들의 조합으로부터 선택된 암 관련 서열의 활성을 저해하는 작용제를 암을 갖는 피험체에 투여하는 단계를 포함한다. 일부 실시형태에서, 작용제는 C1orf64, LOC338579, LOC648879, HIST1H4H, ASCL1, COL10A1, MMP11, DSCR6, CYP4Z1, HIST2H4B, BX116033, C6orf126, CLEC3A, HIST2H4A, SERHL2, FLJ23152, ABCC11, ANKRD30A, CNTD2, COL11A1, DHRS2, HIST1H3F, HIST1H3H, HIST2H2AB, KCNK15, LOC441376, LOC643637, LOC646360, PTPRT, RUNDC3A, SCGB2A2, SLITRK6, SYP, UBE2C, ZNF552, LOC388743, POTEC, FSIP1, GFRA1, LOC647333, POTEF, POTEE, POTEK, C2orf27A, LOC727941(XR_037440.1), NBPF22P, POTEG, RET, TMEM145, LOC727941(XR_037165.1), NAT1, NXPH1, SERHL2, SYCP2, D59687, CYP4Z1, LOC730024, NOS1AP, UGT2B28, GRM4, FLJ30428, LOC440905, LOC642460, MTL5, GRPR, COL10A1 또는 이들의 조합으로부터 선택된 암 관련 서열에 특이적으로 결합되는 항체를 포함한다.
일부 실시형태에서, 암의 치료방법은 치료가 필요한 피험체에 단백질에 대한 항체를 투여하는 단계를 포함할 수 있다. 일부 실시형태에서, 항체는 단클론성 항체 또는 다클론성 항체일 수 있다. 일부 실시형태에서, 항체는 인간화된 항체 또는 재조합 항체일 수 있다. 항체는 공지된 방법 및 임의의 적합한 방법을 사용하여 이 영역에 특이적으로 결합될 수 있다. 일부 실시형태에서, 항체는 C1orf64, LOC338579, LOC648879, HIST1H4H, ASCL1, COL10A1, MMP11, DSCR6, CYP4Z1, HIST2H4B, BX116033, C6orf126, CLEC3A, HIST2H4A, SERHL2, FLJ23152, ABCC11, ANKRD30A, CNTD2, COL11A1, DHRS2, HIST1H3F, HIST1H3H, HIST2H2AB, KCNK15, LOC441376, LOC643637, LOC646360, PTPRT, RUNDC3A, SCGB2A2, SLITRK6, SYP, UBE2C, ZNF552, LOC388743, POTEC, FSIP1, GFRA1, LOC647333, POTEF, POTEE, POTEK, C2orf27A, LOC727941(XR_037440.1), NBPF22P, POTEG, RET, TMEM145, LOC727941(XR_037165.1), NAT1, NXPH1, SERHL2, SYCP2, D59687, CYP4Z1, LOC730024, NOS1AP, UGT2B28, GRM4, FLJ30428, LOC440905, LOC642460, MTL5, GRPR, COL10A1, 또는 이의 단편에 특이적으로 결합된다. 예를 들어, 항체는 본 명세서에 기재된 암 관련 서열에 대해 암호화된 단백질 중 어떤 것에서 발견된 특이적 에피토프에 결합될 수 있다. 일부 실시형태에서, 에피토프는 암 관련 서열의 약 1 내지 10, 1 내지 20, 1 내지 30, 3 내지 10 또는 3 내지 15를 포함한다. 일부 실시형태에서, 에피토프는 선형이 아니다.
일부 실시형태에서, 항체는 본 명세서에 기재된 영역 또는 펩타이드에 영역에 대해 적어도 90, 95 또는 99% 상동성 또는 동일성으로 결합된다. 일부 실시형태에서, 본 명세서에 기재된 영역의 단편은 길이로 5 내지 10개의 잔기이다. 일부 실시형태에서, 본 명세서에 기재된 영역(예를 들어, 에피토프)의 단편은 길이로 3 내지 5개의 잔기이다. 단편은 제공된 길이를 기준으로 기재된다. 일부 실시형태에서, 에피토프는 길이로 약 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15 또는 20개의 잔기이다.
일부 실시형태에서, 항체에 결합된 서열은 핵산과 아미노산 서열을 둘 다 포함할 수 있다. 일부 실시형태에서, 항체에 결합된 서열은 개시된 서열과 적어도 약 60% 상동성을 갖는 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시형태에서, 항체에 결합된 서열은 개시된 서열과 적어도 약 65%, 약 70%, 약 75%, 약 80%, 약 85%, 약 90%, 약 95%, 약 97%, 약 99%, 약 99.8% 상동성을 가질 수 있다. 일부 실시형태에서, 서열은 "돌연변이 핵산" 또는 "돌연변이 펩타이드 서열"로서 지칭될 수 있다.
일부 실시형태에서, 해당 방법은 추가로 서열번호 1 내지 70으로부터 선택된 암 관련 서열에 결합되고, 유방암의 성장 또는 진행을 저해하는 항체에 의해 유방암으로 진단된 피험체를 치료하는 단계를 포함한다.
수용체의 발현에 관한 정보는 또한 작용물질 또는 길항물질을 사용하여 암 관련 서열을 상향 또는 하향 조절하는 것을 목적으로 하는 치료를 결정하는데 유용할 수 있다.
일부 실시형태에서, 암(예를 들어, 유방암 또는 다른 유형의 암)의 치료 방법은 암 관련 서열 수용체의 존재를 검출하는 단계 및 암 치료를 투여하는 단계를 포함한다. 암 치료는 임의의 암 치료, 예를 들어 암 관련 서열의 작용을 저해하는데 특이적인 것일 수 있다. 예를 들어, 암 치료를 제공하기 전 특이적 분자가 존재하는지 여부를 결정하기 위해 다양한 암이 시험된다. 일부 실시형태에서, 따라서, 샘플은 환자로부터 얻어지고, 암 관련 서열의 존재 또는 본 명세서에 기재된 암 관련 서열의 과발현에 대해 시험된다. 일부 실시형태에서, 암 관련 서열이 과발현되는 것으로 발견된다면, 유방암 치료 또는 치료제가 피험체에 투여된다. 유방암 치료는 화학치료와 같은 통상적인 비특이적 치료일 수 있거나 또는 치료는 단지 암 관련 서열의 활성을 표적화하는 특이적 치료 또는 암 관련 서열이 결합되는 수용체를 포함할 수 있다. 이들 치료는, 예를 들어 암 관련 서열에 특이적으로 결합되고, 그것의 활성을 저해하는 항체일 수 있다.
일부 실시형태에서, 암 치료방법은 합성, 분비, 수용체 결합 또는 암 관련 단백질 또는 그것의 수용체의 수용체 신호처리를 방해하는 작용제를 투여하는 단계를 포함할 수 있다.
일부 실시형태에서, 암 세포는 차별적으로 발현된 유전자 또는 유전자 산물을 기반으로 한 치료제에 의해 특이적으로 표적화될 수 있다. 예를 들어, 일부 실시형태에서, 차별적으로 발현된 유전자 산물은 항암 프로드러그를 그것의 활성 형태로 전환할 수 있는 효소일 수 있다. 따라서, 정상 세포에서, 차별적으로 발현된 유전자 산물이 발현되지 않거나 또는 유의하게 낮은 수준에서 발현되는 경우, 프로드러그는 활성화되지 않거나 또는 더 적은 양으로 활성화될 수 있고, 따라서 정상 세포에 대해 독성이 더 적을 수 있다. 따라서, 암 프로드러그는, 일부 실시형태에서, 더 높은 투약량으로 제공될 수 있으며, 따라서 암 세포는, 예를 들어 암 세포를 사멸시키는 프로드러그를 대사할 수 있고, 정상 세포는 프로드러그를 대사하지 않거나 또는 그렇지 않을 것이며, 따라서 환자에게 독성이 더 적을 것이다. 종양 세포가 메탈로프로테아제를 과발현시키는 예는 본 명세서에 전문이 참조로서 포함된 문헌[Atkinson et al., British Journal of Pharmacology (2008) 153, 1344-1352]에서 암세포를 특이적으로 표적화하는 방법에 대해 기재된다. 표적 암 세포에 프로테아제를 사용하는 것은 본 명세서에 전문이 참조로서 포함된 문헌[Carl et al., PNAS, Vol. 77, No. 4, pp. 2224-2228, April 1980]에서 암세포를 특이적으로 표적화하는 방법에 대해 기재되어 있다. 예를 들어, 독소루비신 또는 다른 유형의 화학치료제는 차별적으로 발현된 유전자 산물에 의해 특이적으로 절단되거나 또는 인식된 펩타이드 서열에 연결될 수 있다. 그 다음에 독소루비신 또는 다른 유형의 화학치료제는 펩타이드 서열로부터 절단되고, 활성화되므로, 암 세포의 성장을 사멸하거나 또는 저해할 수 있는 반면, 정상 세포에서 화학치료제는 결코 세포내로 내재화되거나(internalize) 또는 효율적으로 대사되지 않고, 따라서 독성이 더 적다.
일부 실시형태에서, 유방암의 치료방법은 본 명세서에 기재된 하나 이상의 암 관련 서열의 유전자 녹다운을 포함할 수 있다. 유전자 녹다운은 유기체 유전자의 하나 이상의 발현이 유전적 변형(제한 없이, 염색체 암호화 암 관련 서열과 같은 유기체의 염색체 중 하나의 DNA의 변화)을 통해 또는 mRNA 전사체 또는 유전자에 대해 상보적인 서열을 지니는 짧은 DNA 또는 RNA 올리고뉴클레오타이드와 같은 시약으로 처리에 의해 감소되는 기법을 지칭한다. 일부 실시형태에서, 사용되는 올리고뉴클레오타이드는, RNase-H 적격(competent) 안티센스, 예컨대, 제한 없이, ssDNA 올리고뉴클레오타이드, ssRNA 올리고뉴클레오타이드, 포스포로티오에이트 올리고뉴클레오타이드, 또는 키메라 올리고뉴클레오타이드; RNase-독립 안티센스, 예컨대 모폴리노 올리고뉴클레오타이드, 2'-O-메틸 포스포로티오에이트 올리고뉴클레오타이드, 잠금 핵산 올리고뉴클레오타이드, 또는 펩타이드 핵산 올리고뉴클레오타이드; RNAi 올리고뉴클레오타이드, 예컨대, 제한 없이, siRNA 듀플렉스 올리고뉴클레오타이드, 또는 shRNA 올리고뉴클레오타이드; 또는 이들의 임의의 조합으로부터 선택될 수 있다. 일부 실시형태에서, 플라스미드는 세포 내로 도입될 수 있되, 플라스미드는 안티센스 RNA 전사체 또는 shRNA 전사체 중 하나를 발현시킨다. 도입된 올리고 또는 발현된 전사체는 상보적 염기 짝짓기(센스-안티센스 상호작용)에 의해 표적 mRNA(예를 들어, 서열번호 1 내지 70)와 상호작용할 수 있다.
특이적 침묵 메커니즘은 올리고 화학에 의해 변할 수 있다. 일부 실시형태에서, 활성 유전자 또는 그의 전사체에 대한 본 명세서에 기재된 올리고뉴클레오타이드의 결합은 전사의 차단, mRNA 전사체의 분해(예를 들어, 짧은 간섭 RNA(siRNA) 또는 RNase-H 독립적 안티센스에 의함) 또는 mRNA 번역, 프레-mRNA 스플라이싱 부위 또는 miRNA와 같은 다른 기능적 RNA의 성숙을 위해 사용된 뉴클레아제 절단 부위(예를 들어, 모폴리노 올리고뉴클레오타이드 또는 다른 RNase-H 독립적 안티센스)의 차단을 통한 감소된 발현을 야기할 수 있다. 예를 들어, RNase-H 적격 안티센스 올리고뉴클레오타이드(및 안티센스 RNA 전사체)는 RNA 가닥을 절단하는 효소 RNase-H에 의해 인식되는 RNA와 함께 듀플렉스를 형성할 수 있다. 다른 예로서, RNase-독립적 올리고뉴클레오타이드는 mRNA에 결합되고, 번역 과정을 차단할 수 있다. 일부 실시형태에서, 올리고뉴클레오타이드는 5'-UTR에서 결합될 수 있고, 5'-캡으로부터 출발 코돈까지 이동함에 따라 개시 복합체를 멈추게 하여, 리보솜 조립을 방지한다. RNAi 올리고뉴클레오타이드의 단일 가닥은 RISC 복합체 내로 부하될 수 있는데, 이는 상보적 서열을 촉매적으로 절단하며, 부분적으로 상보적 서열을 함유하는 일부 mRNA의 번역을 저해한다. 올리고뉴클레오타이드는, 전기천공법, 미세주입법, 예를 들어 CaCl2 충격과 같은 염-충격 방법; 예를 들어, 리포펙타민과 같은 양이온성 지질에 의한 음이온성 올리고의 형질감염; 예를 들어 엔도-포터(Endo-Porter)와 같은 엔도솜 방출제에 의한 비하전 올리고뉴클레오타이드의 형질감염; 또는 이들의 어떤 조합을 포함하지만, 이들로 제한되지 않는 어떤 기법에 의해 세포 내로 도입될 수 있다. 일부 실시형태에서, 올리고뉴클레오타이드는 나노입자 복합체, 바이러스-매개 형질감염, 옥타구아니디늄 덴드리머에 연결된 올리고뉴클레오타이드(모폴리노 올리고뉴클레오타이드) 또는 이들의 임의의 조합으로부터 선택된 기법을 사용하여 혈액으로부터 세포기질까지 전달될 수 있다.
일부 실시형태에서, 유방암의 치료방법은 서열번호 1 내지 70에 개시된 mRNA를 암호화하는 유전자의 발현을 녹다운시키거나 또는 저해하는 세포의 처리 단계를 포함할 수 있다. 해당 방법은 암-관련 서열과 관련된 레트로바이러스 발현 침묵 RNA와 함께 hES 세포-유래 클론성 배아 전구세포주 CM02 및 EN13을 배양하는 단계를 포함한다(미국 특허 공개 제2008/0070303호, 발명의 명칭: Methods to accelerate the isolation of novel cell strains from pluripotent stem cells and cells obtained thereby; 및 2009년 7월 16일 출원된 미국 특허 출원 제12/504,630호 및 발명의 명칭: Methods to Accelerate the Isolation of Novel Cell Strains from Pluripotent Stem Cells and Cells Obtained Thereby). 일부 실시형태에서, 해당 방법은 qPCR에 의해 하향 조절을 확인하는 단계를 추가로 포함할 수 있다. 일부 실시형태에서, 해당 방법은 세포를 냉동보존하는 단계를 추가로 포함한다. 일부 실시형태에서, 해당 방법은 세포를 재프로그래밍하는 단계를 추가로 포함한다. 일부 실시형태에서, 해당 방법은 세포를 OCT4, MYC, KLF4, 및 SOX2의 내인성 투여에 의해(문헌[Takahashi and Yamanaka 2006 Aug 25;126(4):663-76]; US2009/0068742로서 공개된 미국특허 출원 제12/086,479호 참조, 발명의 명칭: Nuclear Reprogramming Factor) 그리고 WO/2007/019398로서 공개된 PCT/US06/30632(발명의 명칭: Improved Methods of Reprogramming Animal Somatic Cells)에 의해 2일 내에 세포를 냉동보존하거나 또는 재프로그래밍하는 단계를 포함한다. 일부 실시형태에서, 해당 방법은 ES 세포의 증식을 촉진하는 조건 하에 포유류 분화 세포를 배양하는 단계를 포함할 수 있다. 일부 실시형태에서, ES 세포를 증식시킬 수 있는 피더(feeder) 배지 또는 피더가 없는 배지 상에서 임의의 편리한 ES 세포 증식 조건이 사용될 수 있다. 일부 실시형태에서, 해당 방법은 배양물 내 ES 콜로니로부터 세포를 식별하는 방법을 포함한다. 식별된 ES 콜로니로부터의 세포는 그 다음에 ES 마커, 예를 들어, Oct4, TRA 1-60, TRA 1-81, SSEA4에 대해 평가될 수 있고, ES 세포 표현형을 갖는 것은 확장될 수 있다. 녹다운에 의해 사전조건화되지 않은 대조군 계열은 사전조건화의 유효성을 입증하는 것과 동시에 재프로그래밍될 수 있다. 일부 실시형태에서, 암의 치료방법은 암 관련 단백질의 활성을 조절하는 치료적 작용제를 치료가 필요한 피험체에 투여하는 단계를 포함하되, 암 관련 단백질은 표 1의 인간 핵산 서열로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열을 포함하는 핵산에 의해 암호화되며, 추가로 치료적 작용제는 암 관련 단백질에 결합된다.
일부 실시형태에서, 암의 치료 방법은 세포 표면 상에서 발현되는 암 관련 단백질에 특이적으로 결합되는 항체(예를 들어, 단클론성 항체, 인간 항체, 인간화된 항체, 재조합 항체, 키메라 항체, 등)를 투여하는 단계를 포함한다. 일부 실시형태에서, 항체는 암 관련 단백질의 세포밖 도메인에 결합된다. 일부 실시형태에서, 항체는 정상 세포 표면에 대해, 또는 일부 실시형태에서, 적어도 하나의 인간 암 세포주에 대해 암 세포 표면 상에서 차별적으로 발현된 암 관련 단백질에 결합된다. 일부 실시형태에서, 항체는 치료적 작용제에 연결된다.
항암제에 대한 스크리닝
일부 실시형태에서, 항암제를 확인하는 방법이 제공되되, 해당 방법은 후보 작용제를 샘플에 접촉시키는 단계; 및 샘플 내 암 관련 서열의 활성을 결정하는 단계를 포함한다. 일부 실시형태에서, 암 관련 서열의 활성이 접촉 후 샘플 내에서 감소된다면, 후보 작용제는 항암제로서 확인된다. 일부 실시형태에서, 후보 작용제는 후보 항체이다. 일부 실시형태에서, 해당 방법은 암 관련 서열에 결합된 후보 항체를 샘플과 접촉시키는 단계 및 암 관련 서열의 활성에 대해 분석하는 단계를 포함하되, 암 관련 서열 활성이 접촉 후 샘플 내에서 감소된다면, 후보 항체는 항암제로서 확인된다. 암 관련 서열의 활성은 암 관련 서열의 임의의 활성일 수 있다.
일부 실시형태에서, 본 발명은 항암(예를 들어, 유방암) 작용제를 확인하는 방법을 제공하며, 해당 방법은 후보 작용제를 세포 샘플과 접촉시키는 단계; 및 세포 샘플 내 C1orf64, LOC338579, LOC648879, HIST1H4H, ASCL1, COL10A1, MMP11, DSCR6, CYP4Z1, HIST2H4B, BX116033, C6orf126, CLEC3A, HIST2H4A, SERHL2, FLJ23152, ABCC11, ANKRD30A, CNTD2, COL11A1, DHRS2, HIST1H3F, HIST1H3H, HIST2H2AB, KCNK15, LOC441376, LOC643637, LOC646360, PTPRT, RUNDC3A, SCGB2A2, SLITRK6, SYP, UBE2C, ZNF552, LOC388743, POTEC, FSIP1, GFRA1, LOC647333, POTEF, POTEE, POTEK, C2orf27A, LOC727941(XR_037440.1), NBPF22P, POTEG, RET, TMEM145, LOC727941(XR_037165.1), NAT1, NXPH1, SERHL2, SYCP2, D59687, CYP4Z1, LOC730024, NOS1AP, UGT2B28, GRM4, FLJ30428, LOC440905, LOC642460, MTL5, GRPR, COL10A1 또는 이들의 조합으로부터 선택된 암 관련 서열의 활성을 결정하는 단계를 포함하되, 접촉 후 암 관련 서열의 활성이 세포 샘플 내에서 감소된다면, 후보 작용제는 항암제로서 확인된다.
일부 실시형태에서, 본 개시내용은 항암제를 확인하는 방법을 제공하며, 해당 방법은 C1orf64, LOC338579, LOC648879, HIST1H4H, ASCL1, COL10A1, MMP11, DSCR6, CYP4Z1, HIST2H4B, BX116033, C6orf126, CLEC3A, HIST2H4A, SERHL2, FLJ23152, ABCC11, ANKRD30A, CNTD2, COL11A1, DHRS2, HIST1H3F, HIST1H3H, HIST2H2AB, KCNK15, LOC441376, LOC643637, LOC646360, PTPRT, RUNDC3A, SCGB2A2, SLITRK6, SYP, UBE2C, ZNF552, LOC388743, POTEC, FSIP1, GFRA1, LOC647333, POTEF, POTEE, POTEK, C2orf27A, LOC727941(XR_037440.1), NBPF22P, POTEG, RET, TMEM145, LOC727941(XR_037165.1), NAT1, NXPH1, SERHL2, SYCP2, D59687, CYP4Z1, LOC730024, NOS1AP, UGT2B28, GRM4, FLJ30428, LOC440905, LOC642460, MTL5, GRPR, COL10A1 또는 이들의 조합으로부터 선택된 암 관련 서열에 결합된 후보 항체를 세포 샘플과 접촉시키는 단계, 및 암 관련 서열의 활성을 분석하는 단계를 포함하되, 접촉 후 암 관련 서열의 활성이 세포 샘플에서 감소된다면, 후보 항체는 항암제로서 확인된다.
일부 실시형태에서, 약물 후보의 스크리닝 방법은 약물 후보의 부재 시 암 관련 서열의 발현 수준을 약물 후보의 존재 시 발현 수준과 비교하는 단계를 포함한다. 발현 수준은, 예를 들어 이하에 개시되는 하나 이상의 암 관련 서열의 mRNA 수준을 측정함으로써 결정될 수 있다. 대안적으로 발현 수준은 이하에 개시되는 암 서열에 의해 암호화되는 하나 이상의 단백질의 발현수준을 측정함으로써 결정될 수 있다.
일부 실시형태는 암 관련 서열(핵산 또는 단백질)에 결합될 수 있는 치료적 작용제에 대한 스크리닝 방법에 관한 것이며, 해당 방법은 암 관련 서열과 후보 치료적 작용제를 조합하는 단계 및 암-관련 서열에 대한 후보 작용제의 결합을 결정하는 단계를 포함한다.
암-관련 서열의 활성을 조절할 수 있는 치료적 작용제에 대한 스크리닝에 대한 방법이 추가로 제공된다. 일부 실시형태에서, 해당 방법은 암-관련 서열을 후보 치료적 작용제와 조합하는 단계 및 암 관련 서열의 생체활성에 대한 후보 작용제의 효과를 결정하는 단계를 포함한다. 암 관련 서열의 생체활성을 조절하는 작용제는 암 관련 서열의 활성을 조절할 수 있는 치료적 작용제로서 사용될 수 있다.
항암 활성에 대한 스크리닝 방법으로서, 해당 방법은 (a) 서열번호 1 내지 70으로부터 선택된 암 관련 서열, 이들의 상동체, 이들의 조합, 또는 이들의 단편을 전사하는 암 관련 유전자를 발현시키는 세포를 항암 약물 후보와 접촉시키는 단계; (b) 세포 내 암 관련 폴리뉴클레오타이드의 발현에 대한 항암 약물 후보의 효과를 검출하는 단계; 및 (c) 약물 후보의 부재 시 발현 수준을 약물 후보의 존재 시 발현 수준과 비교하는 단계를 포함하되, 암 관련 폴리뉴클레오타이드의 발현에 대한 효과는 후보가 항암 활성을 가지는 것을 나타낸다.
일부 실시형태에서, 후보 암 약물의 효과를 평가하는 방법은 환자에 약물을 투여하는 단계 및 환자로부터 세포 샘플을 제거하는 단계를 포함할 수 있다. 그 다음에, 세포의 발현 프로파일이 결정된다. 일부 실시형태에서, 해당 방법은 환자의 발현 프로파일을 건강한 개체의 발현 프로파일과 비교하는 단계를 추가로 포함할 수 있다. 일부 실시형태에서, 발현 프로파일은 본 명세서에 개시된 서열의 하나 이상의 또는 이들의 임의의 조합의 발현을 측정하는 단계를 포함한다. 일부 실시형태에서, 본 명세서에 개시된 서열의 하나 이상의 또는 이들의 임의의 조합의 발현 프로파일이 변형(증가 또는 감소)되는 경우, 후보 암 약물은 효과적인 것으로 언급된다.
특정 살아있는 세포 내 유전자 발현 패턴은 그것의 현존하는 상태의 특징일 수 있다. 세포의 상태 또는 유형에서 거의 모든 차이는 하나 이상의 유전자의 RNA 수준의 차이에 반영된다. 특성규명되지 않은 유전자의 발현 패턴을 비교하는 단계는 그것의 기능에 대한 실마리를 제공할 수 있다. 수백 또는 수천개 유전자의 고속대량 분석은 (a) 복합 유전자 질병의 확인, (b) 조직과 질병 상태 간의 시간에 따른 차별적인 유전자 발현 분석, 및 (c) 약물 개발 및 독성 연구에 도움을 줄 수 있다. 특정 유전자의 발현 수준에서 증가 또는 감소는 암 생물학과 관련된다. 예를 들어, 암유전자는 종양 형성의 양성 조절자인 반면, 종양 억제 유전자는 종양 형성의 음성 조절자이다. (Marshall, Cell, 64: 313-326 (1991); Weinberg, Science, 254: 1138-1146 (1991)). 따라서, 본 발명의 일부 실시형태는 암 및 특히, 종양 형성에 수반된 폴리뉴클레오타이드 및 폴리펩타이드 서열을 제공한다.
일부 실시형태에서, 해당 방법은 정상 체세포 조직과 비교하여 유방암 조직에서 비정상적 수준으로 발현된 마커를 표적화하는 단계를 포함한다. 일부 실시형태에서, 마커는 서열번호 1 내지 70 또는 이들의 임의의 조합을 포함할 수 있다.
일부 실시형태에서, 본 발명은: (a) 표 1에 나타낸 암 관련 서열(서열번호 1 내지 70) 또는 이의 단편으로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열을 암호화하는 암 관련 유전자를 발현시키는 세포를 제공하는 단계, (b) 암 세포로부터 유래될 수 있는 세포를 항암 약물 후보와 접촉시키는 단계; (c) 세포 샘플 내 암 관련 서열의 발현에 대해 항암 약물 후보의 효과를 모니터링하는 단계, 및 선택적으로 (d) 상기 약물 후보의 부재 시 발현 수준을 약물 후보의 존재 시 발현 수준과 비교하는 단계를 포함하는, 항암 활성에 대한 스크리닝 방법을 제공한다. 약물 후보는 전사의 저해제, G-단백질 결합 수용체 길항물질, 성장인자 길항물질, 세린-트레오닌 키나제 길항물질, 티로신 키나제 길항물질일 수 있다. 일부 실시형태에서, 후보가 암 관련 서열의 발현을 조절하는 경우, 후보는 항암 활성을 갖는 것으로 언급된다. 일부 실시형태에서, 항암 활성은 세포 성장을 측정함으로써 결정된다. 일부 실시형태에서, 후보는 세포 성장을 저해하거나 또는 지연시키며, 항암 활성을 갖는 것으로 언급된다. 일부 실시형태에서, 후보는 세포사를 야기하고, 따라서, 후보는 항암 활성을 갖는 것으로 언급된다.
일부 실시형태에서, 본 발명은 유방암에 대한 활성에 대한 스크리닝 방법을 제공한다. 일부 실시형태에서, 해당 방법은 서열번호 1 내지 70으로부터 선택된 암 관련 서열, 이들의 상동체, 이들의 조합, 또는 이들의 단편에 상보적인 암 관련 유전자를 과발현시키는 세포를 유방암 약물 후보와 접촉시키는 단계를 포함한다. 일부 실시형태에서, 해당 방법은 세포 내 암 관련 폴리뉴클레오타이드에 대한 유방암 약물 후보의 효과 또는 세포 성장 또는 세포 성장 또는 생존도에 대한 효과를 검출하는 단계를 포함한다. 일부 실시형태에서, 해당 방법은 약물 후보의 부재 시 발현 수준, 세포 성장 또는 생존도를 약물 후보의 존재 시 발현 수준, 세포 성장 또는 생존도와 비교하는 단계를 포함하되; 암 관련 폴리뉴클레오타이드, 세포 성장, 또는 생존도와 관련된 암의 발현에 대한 효과는 후보가 암 관련 유전자를 과발현시키는 결장직장암 세포에 대한 활성을 가지는 것을 나타내되, 상기 유전자는 서열번호 1 내지 70에 개시된 서열로부터 선택된 서열, 또는 이에 대한 보체, 이의 상동체, 이의 조합, 또는 이의 단편인 서열을 포함한다. 일부 실시형태에서, 약물 후보는 전사 저해제, G-단백질 결합 수용체 길항물질, 성장 인자 길항물질, 세린-트레오닌 키나제 길항물질 또는 티로신 키나제 길항물질로부터 선택된다.
일부 실시형태에서, 본 발명은 암 관련 서열의 활성을 조절할 수 있는 치료제에 대한 스크리닝 방법을 제공하되, 상기 서열은 서열번호 1 내지 70 및/또는 표 1에 나타내는 폴리뉴클레오타이드 서열로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열을 포함하는 핵산에 의해 암호화될 수 있으며, 상기 방법은: a) 상기 암 관련 서열과 후보 치료제를 조합하는 단계; 및 b) 상기 암 관련 서열의 생체활성에 대한 후보 작용제의 효과를 결정하는 단계를 포함한다. 일부 실시형태에서, 치료제는 암 관련 서열의 발현에 영향을 미치며; 암 관련 서열의 활성에 영향을 미친다. 일부 실시형태에서, 암 관련 서열은 암 관련 단백질이다. 일부 실시형태에서, 암 관련 서열은 암 관련 핵산 분자이다.
암에 대한 면역 반응
이하에 개시되는 암 관련 서열은 피험체에서 면역반응을 자극하기 위한 항원으로서 사용될 수 있다.
일부 실시형태에서, 항원 제시 세포(antigen presenting cell: APC)는 생체내 또는 생체밖에서 T 림프구를 활성화시키고, 암 관련 서열을 발현시키는 세포에 대해 면역반응을 유발하기 위해 사용될 수 있다. APC는 고도로 전문화된 세포이며, 제한 없이, 대식세포, 단핵구 및 수지상 세포(dendritic cell: DC)를 포함할 수 있다. APC는 항원을 처리할 수 있으며, 림프구 활성화에 필요한 분자와 함께 세포 표면 상에서 그것의 펩타이드 단편을 나타낸다. 일부 실시형태에서, APC는 수지상 세포일 수 있다. DC는, 예를 들어 여포 수지상 세포, 랑게르한스 수지상 세포, 및 상피 수지상 세포를 포함하는 하위그룹으로 분류될 수 있다.
일부 실시형태는, 제한 없이, 피험체에서 암 세포와 같은 암-관련 폴리펩타이드 서열을 발현시키는 세포에 대해 면역 반응을 유발하기 위해 암 관련 서열을 암호화하는 암 관련 폴리펩타이드 및 폴리뉴클레오타이드, 이의 단편, 또는 이의 돌연변이체, 및 항원 제시 세포(예컨대, 제한 없이, 수지상 세포)에 관한 것이다. 일부 실시형태에서, 암 관련 서열을 발현시키는 세포에 대해 면역반응을 유발하는 방법은 (1) 조혈 줄기 세포를 단리시키는 단계, (2) 암 관련 서열을 발현시키기 위해 세포를 유전적으로 변형시키는 단계, (3) 세포를 DC로 분화시키는 단계; 및 (4) DC를 피험체(예를 들어, 인간 환자)에 투여하는 단계를 포함한다. 일부 실시형태에서, 면역 반응의 유발방법은 (1) DC를 단리시키는 단계(또는 DC 전구체 세포의 단리 및 분화), (2) 세포를 암 관련 서열로 펄싱하는 단계, 및; (3) 피험체에게 DC를 투여하는 단계를 포함한다. 이들 접근은 이하에서 더욱 상세하게 논의된다. 일부 실시형태에서, 펄싱되거나 또는 발현된 DC는 생체밖에서 T 림프구를 활성화시키기 위해 사용될 수 있다. 이들 일반적 기법 및 이의 변형은 당업자의 기술 내에 있을 수 있고(예를 들어, WO97/29182호; WO 97/04802호; WO 97/22349호; WO 96/23060호; WO 98/01538호; 문헌[Hsu et al., 1996, Nature Med. 2:52-58] 참조), 또 다른 변형은 장래에 발견될 수 있다. 일부 실시형태에서, 암 관련 서열은 면역 반응을 자극하기 위해 피험체와 접촉된다. 일부 실시형태에서, 면역 반응은 치료적 면역 반응이다. 일부 실시형태에서, 면역 반응은 예방적 면역 반응이다. 예를 들어, 암 관련 서열은 면역 반응을 자극하는데 효과적인 조건 하에 피험체와 접촉될 수 있다. 암 관련 서열은, 예를 들어 DNA 분자(예를 들어, DNA 백신), RNA 분자, 또는 폴리펩타이드, 또는 이들의 임의의 조합으로서 투여될 수 있다. 면역 반응을 자극하기 위해 서열을 투여하는 것은 알려져 있지만, 사용을 위한 이들 서열의 동일성은 본 개시내용에 이전에 알려지지 않았다. 본 명세서에 개시된 어떤 서열 또는 서열의 조합 또는 이들의 상동체는 면역 반응을 자극하기 위해 피험체에 투여될 수 있다.
일부 실시형태에서, 수지상 세포 전구체 세포는 암 관련 서열에 의한 형질 도입을 위해 단리되며, 수지상 세포 내로 분화되도록 유도된다. 유전적으로 변형된 DC는 암 관련 서열을 발현시키며, 세포 표면 상에 펩타이드 단편을 나타낼 수 있다.
일부 실시형태에서, 발현된 암 관련 서열은 자연적으로 생기는 단백질의 서열을 포함한다. 일부 실시형태에서, 암 관련 서열은 자연적으로 생기는 서열을 포함하지 않는다. 이미 주목한 바와 같이, 자연적으로 생기는 단백질의 단편이 사용될 수 있고; 추가로, 적어도 하나의 펩타이드 에피토프가 DC에 의해 처리되고, MHC 클래스 I 또는 II 표면 분자 상에 제시될 수 있다면, 발현된 폴리펩타이드는 자연적으로 생기는 폴리펩타이드와 비교할 때, 결실, 삽입 또는 아미노산 치환와 같은 돌연변이를 포함할 수 있다. 일부 실시형태에서, 예를 들어 펩타이드의 항원성을 증가시키기 위해 또는 펩타이드 발현 수준을 증가시키기 위해 "야생형" 이외의 서열을 사용하는 것이 바람직할 수 있다. 일부 실시형태에서, 도입된 암 관련 서열은 다형성 변이체(예를 들어, 특정 인간 환자에 의해 발현되는 변이체) 또는 특정 암(예를 들어, 특정 피험체에서의 암)의 특징적 변이체와 같은 변이체를 암호화할 수 있다.
일부 실시형태에서, 암 관련 발현 서열은 형질감염, 재조합 백신 바이러스, 아데노-관련 바이러스(AAV), 레트로바이러스 등을 포함하는 다양한 표준 방법 중 어떤 것에서 DC 또는 줄기 세포에 도입(형질도입)될 수 있다.
일부 실시형태에서, DC가 면역반응을 유발할 수 있는 경우 본 발명의 형질전환된 DC는 피험체(예를 들어, 제한 없이, 인간 환자)에 도입될 수 있다. 전형적으로, 면역 반응은 항원 펩타이드를 함유하는 표적 세포에 대해(예를 들어, MHC 분류 I/펩타이드 복합체) 세포독성 T-림프구(cytotoxic T-lymphocyte: CTL) 반응을 포함한다. 이들 표적 세포는 전형적으로 암 세포이다.
일부 실시형태에서, DC가 피험체에 투여되어야 할 때, 그것들은 바람직하게는 해당 피험체로부터 단리되거나 또는 해당 피험체로부터의 전구체 세포로부터 유래될 수 있다(즉, DC는 자가 피험체에 투여될 수 있다). 그러나, 세포는 HLA-매칭 동종이계 또는 HLA-미스매칭 동종이계 피험체에 주입될 수 있다. 후자의 경우에, 면역억제 약물이 피험체에 투여될 수 있다.
일부 실시형태에서, 세포는 임의의 적합한 방식으로 투여될 수 있다. 일부 실시형태에서, 세포는 약제학적으로 허용가능한 담체(예를 들어, 식염수)와 함께 투여될 수 있다. 일부 실시형태에서, 세포는 정맥내, 관절내, 근육내, 피내, 복강내 또는 피하 경로를 통해 투여될 수 있다. 투여(즉, 면역화)는 시간 간격으로 반복될 수 있다. DC의 주입은 DC 수 및 활성을 유지하는 작용을 하는 사이토카인(예를 들어, GM-CSF, IL-12)의 투여와 조합될 수 있다.
일부 실시형태에서, 피험체에 투여된 용량은 T 세포 증식, T 림프구 세포독성, 및/또는 시간에 따라 환자에서 유리한 치료적 반응의 효과를 측정하는 분석에 의해 검출되는 바와 같이 면역 반응을 유발하는데, 예를 들어 암 세포의 성장을 저해하거나 또는 암 세포의 수 또는 종양 크기의 감소를 야기하는데 충분한 용량일 수 있다.
일부 실시형태에서, DC가 얻어지고(환자로부터 또는 전구체 세포의 시험관내 분화에 의해), 암 관련 서열을 갖는 항원 펩타이드에 의해 펄싱된다. 펄싱은 세포의 표면 MHC 분자 상에 펩타이드의 제시를 야기한다. 세포 표면에 나타난 펩타이드/MHC 복합체는 암 관련 폴리펩타이드를 발현시키는 표적 세포(예를 들어, 제한 없이, 암 세포)에 대해 MHC-제한 세포독성 T-림프구 반응을 유발할 수 있다.
일부 실시형태에서, 펄싱을 위해 사용된 암 관련 서열은 길이로 적어도 약 6 또는 8개 아미노산 및 약 30개 미만의 아미노산 또는 약 50개 미만의 아미노산 잔기를 가질 수 있다. 일부 실시형태에서, 면역원성 펩타이드 서열은 약 8개 내지 약 12개의 아미노산을 가질 수 있다. 일부 실시형태에서, 인간 단백질 단편의 혼합물이 사용될 수 있으며; 대안적으로 정해진 서열의 특정 펩타이드가 사용될 수 있다. 펩타이드 항원은 드노보(de novo) 펩타이드 합성, 정제된 또는 재조합 인간 펩타이드의 효소 분해, 천연 공급원(예를 들어, 피험체 또는 피험체로부터의 종양 세포)으로부터 펩타이드 서열의 정제에 의해, 또는 인간 펩타이드 단편을 암호화하는 재조합 폴리뉴클레오타이드의 발현에 의해 생성될 수 있다.
일부 실시형태에서, DC를 펄싱하기 위해 사용되는 펩타이드의 양은 펩타이드 또는 폴리펩타이드의 특성, 크기 및 순도에 의존할 수 있다. 일부 실시형태에서, 펩타이드의 약 0.05 ug/㎖ 내지 약 1 ㎎/㎖, 약 0.05 ug/㎖ 내지 약 500 ug/㎖, 약 0.05 ug/㎖ 내지 약 250 ug/㎖, 약 0.5 ug/㎖ 내지 약 1 ㎎/㎖, 약 0.5 ug/㎖ 내지 약 500 ug/㎖, 약 0.5 ug/㎖ 내지 약 250 ug/㎖, 또는 약 1 ug/㎖ 내지 약 100 ug/㎖의 양이 사용될 수 있다. 배양된 DC에 펩타이드 항원(들)을 첨가한 후, 그 다음에 세포는 충분한 시간에 취해지며, 항원을 처리하고, 클래스 I 또는 클래스 II MHC과 관련된 세포 표면 상의 항원 펩타이드를 발현시킬 수 있다. 일부 실시형태에서, 항원을 취하고, 처리한 시간은 약 18 내지 약 30 시간, 약 20 내지 약 30 시간, 또는 약 24 시간일 수 있다.
상이한 MHC 클래스 I 및 II 분자에 대해 펩타이드 결합을 예측하기 위한 시스템 및 방법의 수많은 예가 기재되었다. 이러한 예측은 원하는 MHC 클래스 I 또는 II 분자에 결합될 펩타이드 모티프를 예측하기 위해 사용될 수 있었다. 당업자가 이러한 목적을 위해 찾아본 이러한 방법, 시스템 및 데이터베이스의 예는 하기를 포함한다: MHC 클래스 I 및 II 분자에 대한 펩타이드 결합 모티프; 문헌[William E. Biddison, Roland Martin, Current Protocols in Immunology, Unit 1I (DOI: 10.1002/0471142735.ima01is36; Online Posting Date: May, 2001)].
Biddison은 특이적 MHC 클래스 I 또는 II 대립유전자와 상호작용을 예측하기 위한 펩타이드-결합 모티프의 사용의 개요를 제공하며, T-세포 인식을 예측하기 위한 MHC 결합 모티프의 사용을 위한 예를 제공한다.
표 3은 정보 기술을 위한 NIH 센터 웹사이트, 생물정보학 및 분자 분석 부문에서 HLA 펩타이드 모티프 검색에 대한 예시적인 결과를 제공한다.(http://www-bimas.cit.nih.gov/cgi-bin/molbio/ken_parker_comboform). 전장 HIST1H4H 펩타이드 서열(서열번호 39)이 검색 질의로서 사용되었다.
펩타이드 기반 백신 접종의 당업자는 어떤 펩타이드가 그것의 HLA 대립유전자에 기반한 개체에서 가장 잘 작용하는지를 결정할 수 있다(예를 들어, "MHC 제한"에 기인). 상이한 HLA 대립유전자는 해리 속도로서 이론적으로 예측되거나 측정될 수 있는 상이한 에너지에 의해 특정 펩타이드 모티프에 결합될 것이다(보통 2 또는 3으로, 8 내지 10 범위 밖의 고도로 보존된 위치). 따라서, 당업자는 피험체의 HLA 프로파일에 펩타이드를 맞출 수 있다.
일부 실시형태에서, 본 개시내용은 피험체에서 면역반응을을 유발하는데 효과적인 조건 하에 피험체를 암 관련 서열과 접촉시키는 단계를 포함하는 암 관련 서열을 발현시키는 세포에 대해 면역반응을 유발하는 방법을 제공하되, 상기 암 관련 서열은 C1orf64, LOC338579, LOC648879, HIST1H4H, ASCL1, COL10A1, MMP11, DSCR6, CYP4Z1, HIST2H4B, BX116033, C6orf126, CLEC3A, HIST2H4A, SERHL2, FLJ23152, ABCC11, ANKRD30A, CNTD2, COL11A1, DHRS2, HIST1H3F, HIST1H3H, HIST2H2AB, KCNK15, LOC441376, LOC643637, LOC646360, PTPRT, RUNDC3A, SCGB2A2, SLITRK6, SYP, UBE2C, ZNF552, LOC388743, POTEC, FSIP1, GFRA1, LOC647333, POTEF, POTEE, POTEK, C2orf27A, LOC727941(XR_037440.1), NBPF22P, POTEG, RET, TMEM145, LOC727941(XR_037165.1), NAT1, NXPH1, SERHL2, SYCP2, D59687, CYP4Z1, LOC730024, NOS1AP, UGT2B28, GRM4, FLJ30428, LOC440905, LOC642460, MTL5, GRPR, COL10A1, 또는 이들의 조합으로부터 선택된 유전자의 서열 또는 이의 단편을 포함한다.
일부 실시형태에서, 암 또는 신생물을 치료하거나, 이들의 증상을 감소시키거나 또는 이들을 예방하기 위한 면역치료 전략의 실행(예를 들어, 백신)은 당업자에게 이용가능한 다수의 상이한 기법을 사용하여 달성될 수 있다.
치료적 목적을 위한 면역치료 또는 항체의 사용은 최근 수년간 암을 치료하는데 사용되었다. 수동 면역치료는 암 치료에서 단클론성 항체의 사용을 수반한다. 예를 들어, 문헌[Cancer: Principles and Practice of Oncology, 6 th Edition (2001) Chapt. 20 pp. 495-508] 참조. 이들 항체의 내재하는 치료적 생물학적 활성은 종양 세포 성장 또는 생존의 직접 저해 및 신체 면역계의 활성을 사멸시키는 천연 세포를 채택하는 능력을 포함한다. 이들 작용제는 단독으로 또는 방사선 또는 화학치료제와 함께 투여될 수 있다. 대안적으로, 항체가 독성 작용제에 연결되고, 종양에 특이적으로 결합됨으로써 종양에 해당 작용제를 향하게 하는 경우, 항체 컨쥬게이트를 만들기 위해 항체가 사용될 수 있다.
DSCR6을 표적화하는 것에 의한 암 치료
본 명세서의 일부 실시형태는 피험체에서 암의 치료방법에 관한 것이며, 해당 방법은 암 관련 단백질의 활성을 조절하는 치료적 작용제를 치료가 필요한 피험체에 투여하는 단계를 포함하되, 암 관련 단백질은 DSCR6(서열번호 2)로부터 선택된 핵산 서열, 이들의 상동체, 이들의 조합 또는 이의 단편을 포함하는 핵산에 의해 암호화된다. 일부 실시형태에서, 치료적 작용제는 암 관련 단백질에 결합된다. 일부 실시형태에서, 치료적 작용제는 항체이다. 일부 실시형태에서, 항체는 단클론성 항체 또는 다클론성 항체일 수 있다. 일부 실시형태에서, 항체는 인간화된 항체 또는 인간 항체이다. 일부 실시형태에서, 암의 치료방법은 DSCR6(서열번호 2)의 유전자 녹다운을 포함할 수 있다. 일부 실시형태에서, 암의 치료방법은 서열번호 2에 개시된 mRNA를 암호화하는 유전자의 발현을 녹다운시키거나 또는 저해하는 세포를 처리하는 단계를 포함할 수 있다. 일부 실시형태에서, 암은 소세포 폐암, 전이 자궁경부 선암종, 방광 암종, 전이 전립선 선암종, 자궁내막 간질성 육종, 위 종양 선암종, 전이 편도 암종, 대장 직장 종양 선암종, 전이 위 종양, 이행상피암으로부터의 전이 신장 종양, 전이 자궁내막 간질성 육종, 가슴막 종양 악성 육종, 직장 선암종, 연골 육종암, 췌장 신경내분비 암종, 폐 편평상피암, 신장 암종, 간 담도암, 뼈 골육종 전이, 위식도 접합부 선암종 전이, 갑상선 암종 전이, 난소 종양, 전립선 선암종, 직장 전이 종양 또는 이들의 조합으로부터 선택된다.
일부 실시형태에서, DSCR6 또는 이의 유전자 산물의 활성 또는 발현을 조절함으로써 치료되는 암은 부위에 의해 또는 조직학적 유형에 의해 분류되는 암이다. 부위에 의해 분류되는 암은, 구강 및 인두(입술, 혀, 침샘, 구강저부, 잇몸 및 다른 경구, 비인두, 편도, 구강인두, 하인두, 다른 구강/인두)의 암; 소화계(식도; 위; 소장; 결장 및 직장; 항문, 항문관, 및 항문직장; 간; 간내담도; 쓸개; 다른 담관; 췌장; 후복강; 복막, 장막, 및 장간막; 다른 소화기관)의 암; 호흡계(비강, 중이, 및 부비강; 후두; 폐 및 기관지; 가슴막; 기관, 종격, 및 다른 호흡기관)의 암; 중피종 암; 뼈 및 관절; 및 심장을 포함하는 연조직; 흑색종 및 다른 비상피성 피부암을 포함하는 피부암; 카포시 육종 및 유방암; 여성 생식 계통(자궁경; 자궁체; 자궁, 노스(nos); 난소; 질; 외음부; 및 다른 여성 생식기관)의 암; 남성 생식계(전립샘; 고환; 음경; 및 다른 남성 생식기관)의 암; 비뇨계(방광; 신장 및 신우; 요관; 및 다른 비뇨기)의 암; 눈 및 안와의 암; 뇌 및 신경계(뇌; 및 다른 신경계)의 암; 내분비계(갑상선 및 흉선을 포함하는 다른 내분비계)의 암; 림프종(호지킨병 및 비호지킨 림프종), 다발성 골수종, 및 백혈병(림프성 백혈병; 골수성 백혈병; 단구성 백혈병; 및 다른 백혈병)을 포함하지만, 이들로 제한되지 않는다.
DSCR6과 관련될 수 있는 조직학적 유형에 의해 분류되는 다른 유형의 암은 신생물, 악성종양; 암종, NOS; 암종, 미분화, NOS; 거대 세포 및 방추상 세포 암종; 소세포 암종, NOS; 유두 암종, NOS; 편평세포 암종, NOS; 림프상피 암종; 기저세포 암종, NOS; 모기질 암종; 이행상피 암종, NOS; 유두 이행상피암; 선암종, NOS; 가스트린종, 악성종양; 담관암종; 간세포 암종, NOS; 조합된 간세포 암종 및 담관암종; 기둥 선암종; 선양낭성암종; 종성폴립 내 선암종; 선암종, 가족성 대장용종증; 고형 암종, NOS; 직장유암종, 악성종양; 기관지 폐포 선암종; 유두 선암종, NOS; 뇌하수체 전엽 암종; 호산성 암종; 호산 선암종; 호염구 암종; 클리어 세포 선암종, NOS; 과립세포 암종; 소포선암종, NOS; 유두 및 소포선암종; 비캡슐화 경화성 암종; 부신피질 암종; 자궁내막양 암종; 피부 부속기관 암종; 아포크린 선암종; 피지선 선암종; 귀지샘 선암종; 점액표피양암종; 낭종암, NOS; 유두 낭종암, NOS; 유두 장액 낭종암; 점액 낭선종, NOS; 점액선암종; 인환세포 암종; 침윤성 관암종; 수질암종, NOS; 소엽암종; 염증성 암종; 파제트병, 유선; 선방세포 암종; 선상피암종 암종; 선암종 편평상피 화생; 흉선종, 악성종양; 난소 기질 종양, 악성종양; 난포막종, 악성종양; 과립막세포종양, 악성종양; 남성아세포종, 악성종양; 세르톨리세포 암종; 간질세포종, 악성종양; 지질 세포 종양, 악성종양; 부신경절종, 악성종양; 유방외 부신경절종, 악성종양; 갈색세포종; 사구맥관육종; 악성 흑색종, NOS; 무색소성 흑색종; 표재 확장성 흑색종; 거대색소 모반 내 말리그(Malig) 흑색종; 유상피 세포 흑색종; 청색모반, 악성종양; 육종, NOS; 섬유육종, NOS; 섬유성 조직구종, 악성종양; 점액육종; 지방육종, NOS; 평활근육종, NOS; 횡문근육종, NOS; 배축 횡문근육종; 치경음 횡문근육종; 간질성 육종, NOS; 혼합종양, 악성종양, NOS; 뮐러 혼합종양; 신아세포종; 간모세포종; 암육종, NOS; 간엽종, 악성종양; 브레너 종양, 악성종양; 엽상종양, 악성종양; 활막 육종, NOS; 중피종, 악성종양; 미분화배세포종; 배축 암종, NOS; 기형종, 악성종양, NOS; 난소 갑상선종, 악성종양; 융모막암종; 중신종, 악성종양; 혈관육종; 혈관내피세포종, 악성종양; 카포시 육종; 혈관주위세포종, 악성종양; 림프관 육종; 골육종, NOS; 측피질 골육종; 연골육종, NOS; 연골 모세포종, 악성종양; 간충직 연골육종; 뼈의 거대세포 종양; 유잉 육종; 치원성종양, 악성종양; 법랑아세포치아종; 에나멜상피종, 악성종양; 에나멜 아세포 섬유육종; 송과체종, 악성종양; 척색종; 신경교종, 악성종양; 상의세포종, NOS; 성상세포종, NOS; 원형질 성상세포종; 섬유질 성상세포종; 성모 세포증; 교모세포종, NOS; 핍돌기신경교종, NOS; 희돌기교아세포종; 원시신경외배역종양; 소뇌 육종, NOS; 신경절아세포종; 신경아세포종, NOS; 망막아세포종, NOS; 후각 신경성 종양; 뇌수막종, 악성종양; 신경섬유육종; 신경초종, 악성종양; 과립세포 종양, 악성종양; 악성 림프종, NOS; 호지킨병, NOS; 호지킨; 파라육아종, NOS; 악성 림프종, 소림프구성 림프종; 악성 림프종, 대세포, 만성; 악성 림프종, 여포성, NOS; 균상식육종; 다른 특이화된 비호지킨 림프종; 악성조직구증; 다발성 골수종; 비만세포 육종; 면역증식성 소장 질병; 백혈병, NOS; 림프조직 백혈병, NOS; 형질세포 백혈병; 적백혈병; 림프육종 세포 백혈병; 골수성 백혈병, NOS; 호염구성 백혈병; 호산구성 백혈병; 단구성 백혈병, NOS; 비만세포 백혈병; 거대핵세포성 백혈병; 골수성 육종; 및 모발세포 백혈병을 포함하지만, 이들로 제한되지 않는다. 다른 유형의 암이 또한 본 명세서에 기재되며, 본 발명의 실시형태에 의해 포함된다. DSCR6 발현은 일반적으로 암 또는 실시예 부문에 기재된 암을 포함하지만, 이들로 제한되지 않는 본 명세서에 기재된 바와 같은 특이적 암에 대해 진단하거나 또는 치료하는데 사용될 수 있다.
일부 실시형태에서, 암을 지니는 피험체의 진단방법은 샘플을 얻는 단계 및 서열번호 2로부터 선택된 암 관련 서열의 존재를 검출하는 단계를 포함하되, 암 관련 서열의 존재는 피험체가 암을 가지는 것을 나타낸다. 일부 실시형태에서, 서열번호 2로부터 선택된 암 관련 서열의 존재를 검출하는 단계는 샘플을 항체 또는 암 관련 서열의 단백질에 특이적으로 결합되는 다른 유형의 포획 시약과 접촉시키는 단계 및 샘플 내 암 관련 서열의 단백질에 대한 결합의 존재 또는 부재를 검출하는 단계를 포함한다. 일부 실시형태에서, 암은 유방암이다. 일부 실시형태에서, 암은 소세포 폐암, 전이 자궁경부 선암종, 방광 암종, 전이 전립선 선암종, 자궁내막 간질성 육종, 위 종양 선암종, 전이 편도 암종, 대장 직장 종양 선암종, 전이 위 종양, 이행상피암으로부터의 전이 신장 종양, 전이 자궁내막 간질성 육종, 가슴막 종양 악성 육종, 직장 선암종, 연골 육종암, 췌장 신경내분비 암종, 폐 편평상피암, 신장 암종, 간 담도암, 뼈 골육종 전이, 위식도 접합부 선암종 전이, 갑상선 암종 전이, 난소 종양, 전립선 선암종, 직장 전이 종양 또는 이들의 조합으로부터 선택된다.
DSCR6의 검출은, 일부 실시형태에서, 조직학적 유형에 의해 분류되는 암을 검출하거나 또는 진단하는데 사용될 수 있다. 일부 실시형태에서, 암은 신생물, 악성종양; 암종, NOS; 암종, 미분화, NOS; 거대 세포 및 방추상 세포 암종; 소세포 암종, NOS; 유두 암종, NOS; 편평세포 암종, NOS; 림프상피 암종; 기저세포 암종, NOS; 모기질 암종; 이행상피 암종, NOS; 유두 이행상피암; 선암종, NOS; 가스트린종, 악성종양; 담관암종; 간세포 암종, NOS; 조합된 간세포 암종 및 담관암종; 기둥 선암종; 선양낭성암종; 선암종 in 종성폴립; 선암종, 가족성 대장용종증; 고형 암종, NOS; 직장유암종, 악성종양; 기관지 폐포 선암종; 유두 선암종, NOS; 뇌하수체 전엽 암종; 호산성 암종; 호산 선암종; 호염구 암종; 클리어 세포 선암종, NOS; 과립세포 암종; 소포선암종, NOS; 유두 및 소포선암종; 비캡슐화 경화성 암종; 부신피질 암종; 자궁내막양 암종; 피부 부속기관 암종; 아포크린 선암종; 피지선 선암종; 귀지샘 선암종; 점액표피양암종; 낭종암, NOS; 유두 낭종암, NOS; 유두 장액 낭종암; 점액 낭선종, NOS; 점액선암종; 인환세포 암종; 침윤성 관암종; 수질암종, NOS; 소엽암종; 염증성 암종; 파제트병, 유선; 선방세포 암종; 선상피암종 암종; 선암종 편평상피 화생; 흉선종, 악성종양; 난소 기질 종양, 악성종양; 난포막종, 악성종양; 과립막세포종양, 악성종양; 남성아세포종, 악성종양; 세르톨리세포 암종; 간질세포종, 악성종양; 지질 세포 종양, 악성종양; 부신경절종, 악성종양; 유방외 부신경절종, 악성종양; 갈색세포종; 사구맥관육종; 악성 흑색종, NOS; 무색소성 흑색종; 표재 확장성 흑색종; 거대색소 모반 내 말리그 흑색종; 유상피 세포 흑색종; 청색모반, 악성종양; 육종, NOS; 섬유육종, NOS; 섬유성 조직구종, 악성종양; 점액육종; 지방육종, NOS; 평활근육종, NOS; 횡문근육종, NOS; 배축 횡문근육종; 치경음 횡문근육종; 간질성 육종, NOS; 혼합종양, 악성종양, NOS; 뮐러 혼합종양; 신아세포종; 간모세포종; 암육종, NOS; 간엽종, 악성종양; 브레너 종양, 악성종양; 엽상종양, 악성종양; 활막 육종, NOS; 중피종, 악성종양; 미분화배세포종; 배축 암종, NOS; 기형종, 악성종양, NOS; 난소 갑상선종, 악성종양; 융모막암종; 중신종, 악성종양; 혈관육종; 혈관내피세포종, 악성종양; 카포시 육종; 혈관주위세포종, 악성종양; 림프관 육종; 골육종, NOS; 측피질 골육종; 연골육종, NOS; 연골 모세포종, 악성종양; 간충직 연골육종; 뼈의 거대세포 종양; 유잉 육종; 치원성종양, 악성종양; 법랑아세포치아종; 에나멜상피종, 악성종양; 에나멜 아세포 섬유육종; 송과체종, 악성종양; 척색종; 신경교종, 악성종양; 상의세포종, NOS; 성상세포종, NOS; 원형질 성상세포종; 섬유질 성상세포종; 성모 세포증; 교모세포종, NOS; 핍돌기신경교종, NOS; 희돌기교아세포종; 원시신경외배역종양; 소뇌 육종, NOS; 신경절아세포종; 신경아세포종, NOS; 망막아세포종, NOS; 후각 신경성 종양; 뇌수막종, 악성종양; 신경섬유육종; 신경초종, 악성종양; 과립세포 종양, 악성종양; 악성 림프종, NOS; 호지킨병, NOS; 호지킨; 파라육아종, NOS; 악성 림프종, 소림프구성 림프종; 악성 림프종, 대세포, 만성; 악성 림프종, 여포성, NOS; 균상식육종; 다른 특이화된 비호지킨 림프종; 악성조직구증; 다발성 골수종; 비만세포 육종; 면역증식성 소장 질병; 백혈병, NOS; 림프조직 백혈병, NOS; 형질세포 백혈병; 적백혈병; 림프육종 세포 백혈병; 골수성 백혈병, NOS; 호염구ic 백혈병; 호산구성 백혈병; 단구성 백혈병, NOS; 비만세포 백혈병; 거대핵세포성 백혈병; 골수성 육종; 및 모발세포 백혈병이다. 다른 유형의 암이 또한 본 명세서에 기재되며, 본 발명의 실시형태에 의해 포함된다.
세포 내 암 관련 서열의 발현
본 명세서에 개시된 암 관련 서열은 암 치료제를 개발하거나 또는 발암현상에 수반된 세포 메커니즘을 연구하기 위한 연구에서 사용될 수 있다. RNA 수준 또는 단백질 수준에서 암 관련 서열의 발현은 표적 세포 내로 서열을 형질감염시킴으로써 달성될 수 있다. 대안적으로, 암 관련 서열에 의해 암호화된 단백질은 이하에 기재되는 바와 같은 세포 내로 직접적으로 이송될 수 있다.
전기천공법은 포유류 세포(Neumann, E. et al. (1982) EMBO J. 1, 841-845), 식물 및 박테리아 세포에 본 명세서에 기재된 암 관련 핵산을 도입하기 위해 사용될 수 있고, 또한 단백질을 도입하기 위해 사용될 수 있다(Marrero, M.B. et al. (1995) J. Biol . Chem . 270, 15734-15738; Nolkrantz, K. et al. (2002) Anal . Chem. 74, 4300-4305; Rui, M. et al. (2002) Life Sci. 71, 1771-1778). 관심 대상의 정제된 단백질의 완충된 용액 중에서 현탁된 세포(예컨대 본 발명의 세포)는 펄싱된 전기장에 위치된다. 간략하게, 고전압 전기 펄스는 세포막 내 작은(나노미터-크기) 기공의 형성을 야기한다. 기공이 폐쇄되고 세포가 그것의 정상 상태로 되돌아감에 따라, 단백질은 이들 작은 기공을 통해 또는 막 재조직화 과정 동안 유입된다. 전달 효율은 적용된 전기장의 강도, 펄스의 길이, 완충된 배지의 온도 및 조성에 의존할 수 있다. 전기천공법은 전반적인 효율이 종종 상당히 낮지만, 다양한 세포 유형에 의해, 심지어 다른 전달 방법에 저항성인 일부 세포주조차 성공적이다. 일부 세포주는 부분적으로 활성화되지 않는다면, 전기천공법에 대해서조차 다루기 힘든 것으로 남을 수 있다.
미세주입법은 숙주 세포 게놈 내로 직접 통합될 수 있는 경우, 세포의 핵 내로 직접 펨토리터 용적의 DNA를 도입하는데 사용될 수 있으며(Capecchi, M.R. (1980) Cell 22, 470-488), 따라서 관심 대상의 서열을 함유하는 확립된 세포주를 만든다. 단백질, 예컨대 항체(Abarzua, P. et al. (1995) Cancer Res. 55, 3490-3494; Theiss, C. and Meller, K. (2002) Exp . Cell Res. 281, 197-204) 및 돌연변이 단백질(Naryanan, A. et al. (2003) J. Cell Sci. 116, 177-186)은 또한 직접 세포 처리에 대한 그것의 효과를 결정하기 위해 미세주입법을 통해 세포 내로 직접적으로 전달될 수 있다. 미세주입법은 세포 내로 직접 거대분자를 도입하는 이점을 가지며, 이에 의해 낮은 pH 엔도솜과 같은 잠재적으로 원치않는 세포 구획에 대한 노출을 우회한다.
몇몇 단백질 및 작은 펩타이드는 고전적인 수용체-매개 또는 엔도사이토시스-매개 경로와 독립적인 생물학적 막을 통해 형질도입되거나 또는 이동되는 능력을 가진다. 이러한 단백질의 예는 HIV-1 TAT 단백질, 단순 포진 바이러스 1(HSV-1) DNA-결합 단백질 VP22, 및 초파리 안테나페디아(Antennapedia: Antp) 호메오틱(homeotic) 전사 인자를 포함한다. 일부 실시형태에서, 이들 단백질로부터의 단백질 형질도입 도메인(protein transduction domain: PTD)은 다른 거대분자, 펩타이드 또는 단백질, 예컨대, 제한 없이, 세포 내로 폴리펩타이드를 성공적으로 수송하기 위한 암 관련 폴리펩타이드에 융합될 수 있다(Schwarze, S.R. et al. (2000) Trends Cell Biol. 10, 290-295). 이들 형질도입 도메인의 융합을 사용하는 예시적인 이점은 단백질 유입이 빠르며, 농도-의존적이고, 상이한 세포 유형과의 작업을 나타낸다는 것이다(Fenton, M. et al. (1998) J. Immunol. Methods 212, 41-48).
일부 실시형태에서, 리포좀은 올리고뉴클레오타이드, DNA(유전자) 작제물 및 소 약물 분자를 세포 내로 전달하기 위한 비히클로서 사용될 수 있다(Zabner, J. et al. (1995) J. Biol. Chem. 270, 18997-19007; Felgner, P.L. et al. (1987) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 84, 7413-7417). 수용액 중에 위치되고, 초음파처리될 때 특정 지질은 수성 구획을 둘러싸는 원형으로 된 지질 이중층으로 이루어진 폐쇄된 소포를 형성한다. 본 명세서의 소포 또는 리포좀은 전달되어야 하는 분자를 함유하는 용액 중에서 형성될 수 있다. 수용액 중에서 DNA를 캡슐화하는 것에 추가로, 양이온성 리포좀은 자발적이고, 효율적으로 DNA와 복합체를 형성할 수 있고, 지질 상에서 양으로 하전된 헤드(head) 기는 DNA의 음으로 하전된 백본과 상호작용한다. 추출 조성물 및/또는 사용된 양이온성 지질의 혼합물은 관심 대상의 거대분자 및 사용된 세포 유형에 따라서 변경될 수 있다(Felgner, J.H. et al. (1994) J. Biol. Chem. 269, 2550-2561). 양이온성 리포좀 전략이 또한 단백질 전달에 성공적으로 적용되었다(Zelphati, O. et al. (2001) J. Biol. Chem. 276, 35103-35110). 단백질이 DNA보다 더 이질적이기 때문에, 단백질의 생리적 특징, 예컨대 그것의 하전 및 소수성은 양이온성 지질과의 그것의 상호작용 정도에 영향을 미칠 수 있다.
포획 시약 및 항체
일부 실시형태에서, 본 발명은 항체와 같은 포획 시약을 제공한다. 포획 시약은 진단적 용도, 치료적 용도, 연구 용도 또는 약물 스크리닝 용도 등에 사용될 수 있다.
일부 실시형태에서, 포획 시약은 그것의 결합 상대(예를 들어, 항원)에 대해 10-9M, 10-10M 또는 10-11M 이하의 KD를 가진다. 일부 실시형태에서, 포획 시약은 그것의 결합 상대에 대해 109 M-1 이상의 Ka를 가진다. 포획 시약은, 예를 들어 항체를 지칭할 수 있다. 면역글로뷸린으로도 알려진 무결함 항체는 전형적으로 각각 대략 25kDa의 2개의 경(L)쇄 및 각각 대략 50kDa의 2개의 중(H)쇄로 구성된 테트라머 글라이코실화된 단백질이다. 람다 및 카파로 칭해지는 두 유형의 경쇄가 항체 내에 존재한다. 중쇄의 불변 도메인의 아미노산 서열에 따라서, 면역글로뷸린은 5가지 주요 분류로 부여된다: A, D, E, G 및 M, 및 이들 중 몇몇은 하위분류(아이소타입), 예를 들어, IgG1, IgG2, IgG3, IgG4, IgA1 및 IgA2로 추가로 나뉘어질 수 있다. 각각의 경쇄는 N-말단 가변(V) 도메인(VL) 및 불변(C) 도메인(CL)으로 구성된다. 각각의 중쇄는 N-말단 V 도메인(VH), 3 또는 4개의 C 도메인(CH) 및 힌지 영역으로 구성된다. VH에 대해 가장 근위인 CH 도메인은 CH1으로 지정된다. VH 및 VL 도메인은 프레임워크 영역(FR1, FR2, FR3 및 FR4)으로 칭해지는 상대적으로 보존된 서열의 4개 영역으로 이루어지는데, 이는 초가변 서열(상보성 결정 영역, CDR)의 3개 영역에 대한 스캐폴드를 형성한다. CDR은 항체 또는 항원 결합 단백질과 항원의 특이적 상호작용을 초래하는 대부분의 잔기를 함유한다. CDR은 CDR1, CDR2 및 CDR3으로 지칭된다. 따라서, 중쇄에 대한 CDR 구성성분은 H1, H2 및 H3으로서 지칭되는 한편, 경쇄에 대한 CDR 구성성분은 L1, L2 및 L3으로서 지칭된다. CDR3은 항체 또는 항원 결합 단백질-결합 부위 내에서 분자 다양성의 가장 큰 공급원이다. 예를 들어, H3은 2개의 아미노산 잔기만큼 짧거나 또는 26개 초과의 아미노산일 수 있다. 상이한 분류의 면역글로뷸린의 서브유닛 구조 및 3차원 구성은 당업계에 잘 공지되어 있다. 항체 구조의 검토를 위해, 문헌[Antibodies: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory, Eds. Harlow et al., 1988]을 참조한다. 당업자는 각각의 서브유닛 구조, 예를 들어 CH, VH, CL, VL, CDR 및/또는 FR 구조가 활성 단편을 포함한다는 것을 인식할 것이다. 예를 들어, 활성 단편은 항원에 결합되는 VH, VL 또는 CDR 서브유닛의 일부, 즉, 항원-결합 단편 또는 Fc 수용체 및/또는 보체에 결합하고/하거나 활성화하는 CH 서브유닛의 일부로 이루어질 수 있다.
본 명세서에 사용된 용어 "항원-특이적 항체" 내에 포함된 결합 단편의 비제한적 예는 하기를 포함한다: (i) Fab 단편, VL, VH, CL 및 CH1 도메인으로 이루어진 1가 단편; (ii) F(ab')2 단편, 힌지 영역에서 이황화 브릿지에 의해 연결된 2개의 Fab 단편을 포함하는 2가 단편; (iii) VH 및 CH1 도메인으로 이루어진 Fd 단편; (iv) 항체의 단일 암(arm)의 VL 및 VH 도메인으로 이루어진 Fv 단편, (v) VH 도메인으로 이루어진 dAb 단편; 및 (vi) 단리된 CDR. 더 나아가, Fv 단편, VL 및 VH 중 2개의 도메인이 별개의 유전자에 의해 암호화되지만, 그것들은 합성 링커에 의해 재조합적으로 결합될 수 있고, 단일 단백질 쇄를 만드는데, 이때 VL 및 VH 도메인 쌍은 1가 분자를 형성한다(단일 쇄 Fv(single chain Fv: scFv)로서 알려짐). 가장 흔히 사용되는 링커는 15-잔기(Gly4Ser)3 펩타이드이지만, 다른 링커가 또한 당업계에 공지되어 있다. 단일 쇄 항체는 또한 용어 "항체 또는 항원 결합 단백질" 또는 항체의 "항원-결합 단편" 내에 포함되는 것으로 의도된다. 항체는 또한 다클론성 항체, 단클론성 항체, 키메라 항체, 항원-결합 단편, Fc 단편, 단일 쇄 항체 또는 이들의 임의의 유도체일 수 있다.
항체는 당업자에게 공지된 통상적인 기법을 사용하여 얻어질 수 있으며, 단편은 무결함 항체와 동일한 방법에서 이용성에 대해 스크리닝된다. 항체 다양성은 가변 도메인을 암호화하는 다양한 생식계열 유전자 및 다양한 체세포 사건에 의해 만들어진다. 체세포 사건은 완전한 VH 도메인을 만들기 위한 가변 유전자 세그먼트와 다양성(diversity: D) 및 결합(joining: J) 유전자 세그먼트의 재조합, 및 완전한 VL 도메인을 만들기 위한 가변과 결합 유전자 세그먼트의 재조합을 포함한다. 재조합 과정 그 자체는 부정확한데, 이는 V(D) J 접합에서 아미노산의 손실 또는 첨가를 야기한다. 이들 다양성의 메커니즘은 항원 노출 전 발생된 B 세포에서 일어난다. 항원 자극 후, B 세포 내의 발현된 항체 유전자는 체세포 돌연변이를 겪는다. 생식계열 유전자 세그먼트의 측정된 수에 기반하여, 이들 세그먼트의 무작위 재조합 및 무작위 VH-VL 짝짓기, 1.6X107개 까지의 상이한 항체가 생성될 수 있다(Fundamental Immunology, 3rd ed. (1993), ed. Paul, Raven Press, New York, N.Y.). 항체 다양성에 기여하는 다른 과정(예컨대, 체세포 돌연변이)이 고려될 때, 1X1010개 이상의 상이한 항체가 만들어질 수 있는 것으로 생각된다(Immunoglobulin Genes, 2nd ed. (1995), eds. Jonio et al., Academic Press, San Diego, Calif.). 만들어진 항체 다양성에 수반된 다수의 과정 때문에, 동일 항원 특이도를 지니는 독립적으로 유도된 단클론성 항체가 동일한 아미노산 서열을 가질 가능성이 없다.
본 명세서에 기재된 항원, 에피토프 또는 다른 분자와 특이적으로 상호작용할 수 있는 항체 또는 항원 결합 단백질은 당업자에게 잘 공지된 방법에 의해 생성될 수 있다. 예를 들어, 단클론성 항체는 공지된 방법에 따른 하이브리도마의 발생에 의해 생성될 수 있다. 이 방법으로 형성된 하이브리도마는 그 다음에 표준 방법, 예컨대 효소-결합 면역흡착 분석(enzyme-linked immunosorbent assay: ELISA) 및 비아코어(Biacore) 분석을 사용하여 스크리닝되어 관심 대상의 분자 또는 화합물과 특이적으로 상호작용하는 항체를 생성하는 하나 이상의 하이브리도마를 확인한다. 단클론성 항체-분비 하이브리도마를 제조하기 위한 대안으로서, 본 개시내용의 폴리펩타이드에 대한 단클론성 항체는 본 개시내용의 폴리펩타이드를 지니는 재조합 조합적 면역글로뷸린 라이브러리(예를 들어, 항체 파지 디스플레이 라이브러리)를 스크리닝함으로써 확인되고, 단리되며, 이에 의해 폴리펩타이드에 결합된 면역글로뷸린 라이브러리 구성원을 단리할 수 있다. 파지 디스플레이 라이브러리의 발생 및 스크리닝을 위한 기법 및 상업적으로 이용가능한 키트는 당업자에게 잘 공지되어 있다. 추가적으로, 항체 또는 항원 결합 단백질 디스플레이 라이브러리의 발생 및 스크리닝에서 사용을 위해 특히 잘 받아들여지는 방법 및 시약의 예는 문헌에서 찾을 수 있다.
키메라 항체의 예는 인간화된 항체를 포함하지만, 이것으로 제한되지 않는다. 본 명세서에 기재된 항체는 또한 인간 항체일 수 있다. 일부 실시형태에서, 포획 시약은 검출 시약을 포함한다. 검출 시약은 포획 시약의 특이적 결합 상대에 결합되는 포획 시약의 존재를 검출하기 위해 사용될 수 있는 어떤 시약일 수 있다. 포획 시약은 직접적으로 검출 시약을 포함할 수 있거나 또는 포획 시약은 검출 시약을 포함하는 입자를 포함할 수 있다. 일부 실시형태에서, 포획 시약 및/또는 입자는 색, 금콜로이드, 방사성 태그, 형광 태그 또는 화학발광 기질을 포함한다. 입자는, 예를 들어 바이러스 입자, 라텍스 입자, 지질 입자 또는 형광 입자일 수 있다.
본 개시내용의 포획 시약(예를 들어, 항체)은 또한 항-항체, 즉 다른 항체를 인식하지만 항원에 특이적이지 않은 항체, 예컨대 이하에 제한되는 것은 아니지만, 항-IgG, 항-IgM, 또는 항-IgE 항체를 포함할 수 있다. 이런 비특이적 항체는 항원 특이적 항체가 샘플 내에 존재하는지 여부를 겸출하기 위해 양성 대조군으로서 사용될 수 있다.
치료제 및 약제학적 조성물의 투여
치료를 위한 투여방식(단독으로 또는 다른 약제와의 조합으로)은 혀밑, 주사가능(단시간 작용성, 데포, 이식물 및 피하 또는 근육내로 주사된 펠렛 형태), 또는 질 크림, 좌약, 페서리, 질내고리, 직장 좌약, 자궁내 장치 및 패치 및 크림과 같은 경피 형태의 사용에 의할 수 있지만, 이들로 제한되지 않는다.
구체적 투여방식은 지시에 의존할 것이다. 구체적 투여경로의 선택 및 투약요법은 최적의 임상적 반응을 얻기 위해서 임상의에게 알려진 방법에 따라 임상의에 의해 조절되거나 또는 적정되어야 한다. 투여되는 치료제의 양은 치료적으로 유효한 양이다. 투여되는 투약량은 치료되는 피험체의 특징, 예를 들어 치료되는 특정 동물, 연령, 체중, 건강상태, 만약에 있다면 동시 치료의 유형 및 치료 빈도에 의존할 것이며, 당업자에 의해(예를 들어, 임상의에 의해) 용이하게 결정될 수 있다.
본 개시내용의 치료제 및 적합한 담체를 함유하는 약제학적 제형은 정제, 캡슐, 사쉐, 펠렛, 알약, 분말 및 과립을 포함하지만, 이들로 제한되지 않는 고체 투약 형태; 용액, 분말, 유체 에멀젼, 유체 현탁액, 반고체, 연고, 페이스트, 크림, 겔 및 젤리 및 폼(foam)을 포함하지만, 이들로 제한되지 않는 국소 투약 형태; 및 용액, 현탁액, 에멀젼 및 건조 분말을 포함하지만, 이들로 제한되지 않는 비경구 투약 형태일 수 있으며; 본 개시내용의 중합체 또는 공중합체의 유효량을 포함한다. 또한 활성 성분은 약제학적으로 허용가능한 희석제, 충전제, 붕해제, 결합제, 윤활제, 계면활성제, 소수성 비히클, 수용성 비히클, 유화제, 완충제, 습윤제, 보습제, 가용화제, 보존제 등과 함께 이러한 제형 중에 함유될 수 있다는 것이 당업계에 공지되어 있다. 투여를 위한 수단 및 방법은 당업계에 공지되어 있고, 당업자는 안내를 위한 다양한 약리학적 기준을 언급할 수 있다. 예를 들어, 문헌[Modern Pharmaceutics, Banker & Rhodes, Marcel Dekker, Inc. (1979); 및 Goodman & Gilman's The Pharmaceutical Basis of Therapeutics, 6th Edition, MacMillan Publishing Co., New York (1980)]을 참고할 수 있다.
본 개시내용의 조성물은, 예를 들어 볼루스 주사 또는 연속적 주입에 의해 주사에 의한 비경구 투여용으로 제형화될 수 있다. 조성물은 약 15분 내지 약 24시간의 기간에 걸쳐 피하에 연속적 주입에 의해 투여될 수 있다. 주사를 위한 제형은 단위 투약 형태로, 예를 들어 앰플 또는 다회용량 용기로, 첨가된 보존제와 함께 제공될 수 있다. 조성물은 유성 또는 수성 비히클 중에서 현탁액, 용액 또는 에멀전으로서 이러한 형태를 취할 수 있고, 현탁제, 안정제 및/또는 분산제와 같은 제형화제를 함유할 수 있다.
경구 투여를 위해, 조성물은 치료제를 당업계에 잘 공지된 약제학적으로 허용가능한 담체와 조합함으로써 용이하게 제형화될 수 있다. 이러한 담체는 본 발명의 치료제가 치료되는 환자에 의한 경구 섭취를 위한 정제, 알약, 드라제, 캡슐, 액체, 겔, 시럽, 슬러리, 현탁액 등으로서 제형화되게 할 수 있다. 경구 용도를 위한 약제학적 제제는 정제 또는 드라제 코어를 얻기 위해 고체 부형제를 첨가하고, 선택적으로 얻어진 혼합물을 그라인딩하며, 원한다면 적합한 보조제를 첨가한 후 과립 혼합물을 처리함으로써 얻어질 수 있다. 적합한 부형제는, 충전제, 예컨대 락토스, 수크로스, 만니톨 및 솔비톨을 포함하지만 이들로 제한되지 않는 당; 셀룰로스 제제, 예컨대 이하로 제한되는 것은 아니지만, 옥수수 전분, 밀 전분, 쌀 전분, 감자 전분, 젤라틴, 트래거캔스검, 메틸 셀룰로스, 하이드록시프로필메틸-셀룰로스, 카복시메틸셀룰로스 및 폴리비닐피롤리돈(polyvinylpyrrolidone: PVP)을 포함하지만, 이들로 제한되지 않는다. 원한다면, 가교 폴리비닐 피롤리돈, 한천 또는 알긴산 또는 그의 염, 예컨대 알긴산나트륨과 같은 붕해제가 첨가될 수 있다.
드라제 코어는 적합한 코팅을 구비할 수 있다. 이 목적을 위해, 농축된 당 용액이 사용될 수 있는데, 이는 선택적으로 아라비아검, 탈크, 폴리비닐 피롤리돈, 카보폴 겔, 폴리에틸렌 글라이콜 및/또는 이산화티타늄, 라커 용액 및 적합한 유기 용매 또는 용매 혼합물일 수 있다. 식별을 위해 또는 활성 치료 용량의 상이한 조합을 특성규명하기 위해 염료 또는 색소가 정제 또는 드라제 코팅에 첨가될 수 있다.
경구로 사용될 수 있는 약제학적 제제는 젤라틴으로 만들어진 푸쉬-핏(push-fit) 캡슐뿐만 아니라 젤라틴 및 글라이세롤 또는 솔비톨과 같은 가소제로 만들어진 연질의 밀봉 캡슐을 포함하지만, 이들로 제한되지 않는다. 푸쉬-핏 캡슐은, 예를 들어 락토스와 같은 충전제, 예를 들어 전분과 같은 결합제 및/또는 예를 들어 탈크 또는 마그네슘 스테아레이트와 같은 윤활제 및 선택적으로 안정제와 혼합으로 활성 성분을 함유할 수 있다. 연질 캡슐에서, 활성 치료제는 적합한 액체, 예컨대 지방 오일, 액체 파라핀 또는 액체 폴리에틸렌 글라이콜 중에 용해되거나 또는 현탁될 수 있다. 추가로, 안정제가 첨가될 수 있다. 경구 투여를 위한 모든 제형은 이러한 투여에 적합한 투약량이어야 한다.
구강 투여를 위해, 약제학적 조성물은, 예를 들어 통상적인 방식으로 제형화된 정제 또는 로젠지의 형태를 취할 수 있다.
흡입에 의한 투여를 위해, 본 개시내용에 따라 사용을 위한 치료제는 적합한 추진제, 예를 들어 다이클로로다이플루오로메탄, 트라이클로로플루오로메탄, 다이클로로테트라플루오로에탄, 이산화탄소 또는 다른 적합한 가스의 사용과 함께 가압 포장 또는 네뷸라이저로부터의 에어로졸 분무 제공 형태로 편리하게 전달된다. 가압 에어로졸의 경우에, 투약량 단위는 정량을 전달하기 위한 밸브를 제공함으로써 결정될 수 있다. 예를 들어, 흡입기 또는 취입기에서 사용을 위한 젤라틴의 캡슐 및 카트리지는 치료제와 적합한 분말 베이스, 예컨대 락토스 또는 전분의 분말 혼합물을 함유하여 제형화될 수 있다.
본 개시내용의 조성물은 또한, 예를 들어 코코아 버터 또는 다른 글라이세라이드와 같은 통상적인 좌약 염기를 함유하여 좌약 또는 정체 관장과 같은 직장 조성물로 제형화될 수 있다.
앞서 기재한 제형에 추가로, 본 개시내용의 치료제는 또한 데포 제제로서 제형화될 수 있다. 이러한 지속성 제형은 이식(예를 들어, 피하 또는 근육내로)에 의해 또는 근육내 주사에 의해 투여될 수 있다.
데포 주사는 약 1개월 내지 약 6개월 또는 더 긴 간격으로 투여될 수 있다. 따라서, 예를 들어, 조성물은 적합한 중합체 또는 소수성 물질(예를 들어 허용가능한 오일 중의 에멀젼으로서) 또는 이온 교환 수지 또는 난용성 유도체로서, 예를 들어 난용성 염과 함께 제형화될 수 있다.
경피 투여에서, 본 개시내용의 조성물은, 예를 들어 플라스터에 적용될 수 있거나, 또는 유기체에 결과적으로 공급되는 경피, 치료 시스템에 의해 적용될 수 있다.
약제학적 조성물은 적합한 고체 또는 겔 상 담체 또는 부형제를 포함할 수 있다. 이러한 담체 또는 부형제의 예는 탄산칼슘, 인산칼슘, 다양한 당, 전분, 셀룰로스 유도체, 젤라틴 및, 예를 들어 폴리에틸렌 글라이콜과 같은 중합체를 포함하지만, 이들로 제한되지 않는다.
본 개시내용의 조성물은 또한, 예를 들어, 애주번트, 프로테아제 저해제와 같은 다른 활성 성분, 또는 다른 양립가능한 약물 또는 화합물과 조합되어 투여될 수 있으며, 이러한 조합은 본 명세서에 기재된 방법의 원하는 효과를 달성하는데 바람직하거나 또는 유리하다는 것을 알게 된다.
일부 실시형태에서, 붕해 성분은 크로스카멜로스 나트륨, 카멜로스 칼슘, 크로스포비돈, 알긴산, 알긴산나트륨, 알긴산칼륨, 알긴산 칼슘, 이온 교환 수지, 식품 산에 기반한 발포 시스템 및 알칼리성 탄산 성분, 점토, 탈크, 전분, 사전젤라틴화된 전분, 전분글라이콜산나트륨, 셀룰로스 플록, 카복시메틸셀룰로스, 하이드록시프로필셀룰로스, 규산칼슘, 탄산금속, 중탄산나트륨, 시트르산칼슘 또는 인산칼슘 중 하나 이상을 포함한다.
일부 실시형태에서, 희석제는 만니톨, 락토스, 수크로스, 말토덱스트린, 솔비톨, 자일리톨, 분말 셀룰로스, 미정질 셀룰로스, 카복시메틸셀룰로스, 카복시에틸셀룰로스, 메틸셀룰로스, 에틸셀룰로스, 하이드록시에틸셀룰로스, 메틸하이드록시에틸셀룰로스, 전분, 전분글라이콜산나트륨, 사전젤라틴화된 전분, 인산칼슘, 탄산금속, 산화금속 또는 알루미노규산염금속 중 하나 이상을 포함할 수 있다.
일부 실시형태에서, 선택적 윤활 성분은, 존재한다면, 스테아르산, 금속 스테아레이트, 스테아릴푸마레이트나트륨, 지방산, 지방 알코올, 지방산 에스터, 글라이세릴베헤네이트, 미네랄 오일, 식물성 오일, 파라핀, 류신, 실리카, 규산, 탈크, 프로필렌 글라이콜 지방산 에스터, 폴리에톡실화된 피마자 오일, 폴리에틸렌 글라이콜, 폴리프로필렌 글라이콜, 폴리알킬렌 글라이콜, 폴리옥시에틸렌-글라이콜 지방산 에스터, 폴리옥시에틸렌 지방 알코올 에터, 폴리에톡실화된 스테롤, 폴리에톡실화된 피마자 오일, 폴리에톡실화된 식물성 오일 또는 염화나트륨을 포함한다.
키트
또한 피험체에서 암을 진단하거나, 피험체에서 암을 치료하거나 또는 암 세포(예를 들어, 피험체로부터 직접 유래되거나, 시험관내 또는 생체밖에서 성장되거나 또는 암의 동물모델로부터 유래됨)에 대해 기본적 연구 실험을 수행하도록 구성된 이러한 성분을 상기 기재한 바와 같은 대상 방법을 실행하기 위한 키트 및 시스템이 대상 발명에 의해 제공된다. 키트의 다양한 구성성분은 별개의 용기에 존재할 수 있거나 또는 원한다면 특정의 호환가능한 구성성분이 단일 용기 내로 사전조합될 수 있다.
대상 시스템 및 키트는 또한 대상 방법 중 어떤 것을 수행하기 위한 하나 이상의 다른 시약을 포함할 수 있다. 시약은 하나 이상의 매트릭스, 용매, 샘플 제조 시약, 완충제, 탈염 시약, 효소 시약, 변성 시약, 프로브, 폴리뉴클레오타이드, 벡터(예를 들어, 플라스미드 또는 바이러스 벡터) 등을 포함할 수 있으며, 양성 및 음성 대조군과 같은 캘리브레이션 표준이 마찬가지로 제공될 수 있다. 이와 같이, 키트는 하나 이상의 용기, 예컨대 바이알 또는 보틀을 포함할 수 있으며, 각각의 용기는 샘플 처리 또는 제조 단계를 수행하고/하거나 본 개시내용에 따라 정규화된 샘플을 생성하기 위한 하나 이상의 단계를 수행하기 위해 별개의 구성성분을 함유한다.
일부 실시형태에서, 본 발명은 시험 샘플 내 암의 존재를 진단하기 위한 키트를 제공하며, 상기 키트는 표 1에 나타낸 암 관련 폴리뉴클레오타이드 서열, 또는 그의 보체에 선택적으로 혼성화된 적어도 하나의 폴리뉴클레오타이드를 포함한다. 다른 실시형태에서, 본 발명은 표 1에 나타나는 암 관련 폴리뉴클레오타이드, 암 관련 폴리펩타이드, 또는 이의 단편을 포함하는 전자적 라이브러리를 제공한다. 키트는 이하에 개시되는 암 관련 서열에 의해 암호화되는 하나 이상의 단백질에 특이적으로 결합되는 항체를 포함할 수 있다.
상기 언급된 구성성분에 추가로, 대상 키트는 전형적으로 대상 방법을 실행하기 위해 키트의 구성성분을 사용하기 위한 설명서를 추가로 포함한다. 대상 방법을 실행하기 위한 설명서는 일반적으로 적합한 기록매체에 기록되어 있다. 예를 들어, 설명서는 종이 또는 플라스틱 등과 같은 기판 상에 인쇄될 수 있다. 이와 같이, 설명서는 키트 또는 이의 구성성분(즉, 포장 또는 내부포장과 관련됨) 등의 용기의 라벨링에서 패키지 삽입물로서 키트 내에 제공될 수 있다. 다른 실시형태에서, 설명서는 적합한 컴퓨터 판독가능 저장 매체, 예를 들어 CD-ROM, 디스켓 등에 제공되는 전자적 저장 데이터 파일로서 제공된다. 또 다른 실시형태에서, 실제 설명서는 키트 내에 존재하지 않지만, 예를 들어 인터넷을 통해 원거리 공급원으로부터 설명서를 얻기 위한 수단이 제공된다. 이 실시형태의 예는 설명서를 볼 수 있고/있거나 설명서를 다운로드할 수 있는 웹 주소를 포함하는 키트이다. 설명서와 마찬가지로, 설명서를 얻기 위한 이런 수단은 적합한 기재 상에 기록된다.
일부 실시형태는 암 관련 단백질을 암호화하는 핵산 세그먼트를 포함하는 바이오칩에 관한 것이다. 일부 실시형태에서, 바이오칩은 암 관련 단백질의 적어도 일부를 암호화하는 핵산 분자를 포함한다. 일부 실시형태에서, 암 관련 단백질은 서열번호 1 내지 70으로부터 선택된 서열, 이의 상동체, 이의 조합물 또는 이의 단편에 의해 암호화된다. 일부 실시형태에서, 핵산 분자는 서열번호 1 내지 70에 개시된 서열로부터 선택된 핵산 서열과 특이적으로 혼성화된다. 일부 실시형태에서, 바이오칩은 제1 및 제2 핵산 분자를 포함하되, 제1 핵산 분자는 서열번호 1 내지 70에 개시된 서열로부터 선택된 제1 서열과 특이적으로 혼성화하고, 제2 핵산 분자는 서열번호 1 내지 70에 개시된 서열로부터 선택된 제2 서열과 특이적으로 혼성화하되, 제1 및 제2 서열은 동일한 서열이 아니다.
대상 데이터베이스, 프로그래밍 및 설명서에 추가로, 키트는 또한 하나 이상의 대조군 샘플 및 시약, 예를 들어 키트를 시험하는데 사용을 위한 2 이상의 대조군 샘플을 포함할 수 있다.
본 발명의 추가적인 실시형태
개시내용의 실시형태는 유방암을 포함하지만, 이것으로 제한되지 않는 암의 진단, 예후 및 치료방법에 관한 것이다. 해당 방법은, 예를 들어, 유관 상피내암종(DCIS), 침윤성 유관암(IDC), 수질암종, 침윤성 소엽암종(ILC), 관형성 암종, 점액암종, 염증성 유방암(IBC), 유방상피내암종(LCIS), 남성 유방암, 파젯병, 유방의 엽상종양, 재발 및 전이 유방암, 또는 이들의 조합을 진단하고/하거나 치료하기 위해 사용될 수 있다.
일부 실시형태에서, 정상 체세포 조직에 비해 유방 종양 조직에서 비정상적 수준에서 발현되는 마커를 표적화하는 단계를 포함한다. 일부 실시형태에서, 마커는 서열번호 1 내지 70로부터 선택된 서열, 이들의 보체, 또는 이들의 조합으로부터 선택된 서열을 포함한다. 일부 실시형태에서, 암의 치료 방법 및 관련된 약제학적 제제 및 키트가 제공된다. 일부 실시형태는 표적 마커의 발현, 존재도 또는 활성에 영향을 미치는 치료제를 포함하는 조성물을 투여하는 단계를 포함하는, 유방암의 치료방법에 관한 것이다. 일부 실시형태에서, 표적 마커는 서열번호 1 내지 70 또는 이들의 임의의 조합에 개시된 서열 또는 이들의 임의의 조합을 포함할 수 있다.
일부 실시형태는 유방암과 관련된 표적 마커의 수준을 검출하는 단계를 포함하는, 유방암의 검출방법에 관한 것이다. 일부 실시형태에서, 표적 마커는 서열번호 1 내지 70, 이의 보체 또는 이들의 임의의 조합을 포함할 수 있다.
본 명세서의 일부 실시형태는 진단적 및/또는 치료적 항체에 대한 표적으로서 결장직장암과 관련된 항원(즉, 암 관련 폴리펩타이드)을 제공한다. 일부 실시형태에서, 이들 항원은 약물 발견(예를 들어, 소분자) 및 세포 조절, 성장 및 분화의 특성규명에 유용할 수 있다.
일부 실시형태는 피험체에서 유방암의 진단방법을 기재하며, 해당 방법은: (a) 피험체로부터 샘플을 얻는 단계; (b) 샘플 내 하나 이상의 유전자 또는 유전자 산물 또는 이의 상동체의 발현을 결정하는 단계; 및 (c) 상기 제1 피험체 또는 제2의 암에 걸리지 않은 피험체로부터의 제2의 정상 샘플로부터의 하나 이상의 핵산 서열의 상기 발현을 비교하는 단계를 포함하되,발현의 차이는 제1 피험체가 유방암을 가지는 것을 나타내며, 유전자 또는 유전자 산물은 C1orf64, LOC338579, LOC648879, HIST1H4H, ASCL1, COL10A1, MMP11, DSCR6, CYP4Z1, HIST2H4B, BX116033, C6orf126, CLEC3A, HIST2H4A, SERHL2, FLJ23152, ABCC11, ANKRD30A, CNTD2, COL11A1, DHRS2, HIST1H3F, HIST1H3H, HIST2H2AB, KCNK15, LOC441376, LOC643637, LOC646360, PTPRT, RUNDC3A, SCGB2A2, SLITRK6, SYP, UBE2C, ZNF552, LOC388743, POTEC, FSIP1, GFRA1, LOC647333, POTEF, POTEE, POTEK, C2orf27A, LOC727941(XR_037440.1), NBPF22P, POTEG, RET, TMEM145, LOC727941(XR_037165.1), NAT1, NXPH1, SERHL2, SYCP2, D59687, CYP4Z1, LOC730024, NOS1AP, UGT2B28, GRM4, FLJ30428, LOC440905, LOC642460, MTL5, GRPR, COL10A1 또는 이들의 조합으로부터 선택된 유전자로서 지칭된다.
일부 실시형태는 피험체에서 면역 반응을 유발하는데 효과적인 조건 하에 피험체를 암 관련 서열과 접촉시키는 단계를 포함하는 암 관련 서열을 발현하는 세포에 대해 면역 반응을 유발하는 방법을 기재하되, 암 관련 서열은 C1orf64, LOC338579, LOC648879, HIST1H4H, ASCL1, COL10A1, MMP11, DSCR6, CYP4Z1, HIST2H4B, BX116033, C6orf126, CLEC3A, HIST2H4A, SERHL2, FLJ23152, ABCC11, ANKRD30A, CNTD2, COL11A1, DHRS2, HIST1H3F, HIST1H3H, HIST2H2AB, KCNK15, LOC441376, LOC643637, LOC646360, PTPRT, RUNDC3A, SCGB2A2, SLITRK6, SYP, UBE2C, ZNF552, LOC388743, POTEC, FSIP1, GFRA1, LOC647333, POTEF, POTEE, POTEK, C2orf27A, LOC727941(XR_037440.1), NBPF22P, POTEG, RET, TMEM145, LOC727941(XR_037165.1), NAT1, NXPH1, SERHL2, SYCP2, D59687, CYP4Z1, LOC730024, NOS1AP, UGT2B28, GRM4, FLJ30428, LOC440905, LOC642460, MTL5, GRPR, COL10A1, 또는 이들의 조합으로부터 선택된 유전자의 서열 또는 이의 단편을 포함한다.
일부 실시형태는 (i) 피험체로부터 샘플을 얻는 단계; (ii) 샘플 내 유전자 산물인 적어도 하나의 폴리펩타이드의 활성 수준을 검출하는 단계; 및 (iii) 시험 샘플 내 폴리펩타이드의 활성 수준을 정상 샘플(예를 들어, 암을 갖지 않는 피험체로부터 얻은 샘플) 내 폴리펩타이드의 활성 수준과 비교하는 단계를 포함하되, 정상 샘플 내 폴리펩타이드 활성 수준에 대해 시험 샘플 내 폴리펩타이드의 변경된 활성 수준은 시험 샘플 내 암의 존재를 나타내고, 유전자 산물은 C1orf64, LOC338579, LOC648879, HIST1H4H, ASCL1, COL10A1, MMP11, DSCR6, CYP4Z1, HIST2H4B, BX116033, C6orf126, CLEC3A, HIST2H4A, SERHL2, FLJ23152, ABCC11, ANKRD30A, CNTD2, COL11A1, DHRS2, HIST1H3F, HIST1H3H, HIST2H2AB, KCNK15, LOC441376, LOC643637, LOC646360, PTPRT, RUNDC3A, SCGB2A2, SLITRK6, SYP, UBE2C, ZNF552, LOC388743, POTEC, FSIP1, GFRA1, LOC647333, POTEF, POTEE, POTEK, C2orf27A, LOC727941(XR_037440.1), NBPF22P, POTEG, RET, TMEM145, LOC727941(XR_037165.1), NAT1, NXPH1, SERHL2, SYCP2, D59687, CYP4Z1, LOC730024, NOS1AP, UGT2B28, GRM4, FLJ30428, LOC440905, LOC642460, MTL5, GRPR, COL10A1, 또는 이들의 조합으로부터 선택된 유전자의 산물이다.
본 명세서의 일부 실시형태는 피험체에서 암의 치료방법에 관한 것이며, s해당 방법은 암 관련 단백질의 활성을 조절하는 치료적 작용제를 치료가 필요한 피험체에게 투여하는 단계를 포함하되, 암 관련 단백질은 DSCR6(서열번호 2), 이들의 상동체, 이들의 조합 또는 이의 단편으로부터 선택된 핵산 서열을 포함하는 핵산에 의해 암호화된다. 일부 실시형태에서, 치료적 작용제는 암 관련 단백질에 결합된다. 일부 실시형태에서, 치료적 작용제는 항체이다. 일부 실시형태에서, 항체는 단클론성 항체 또는 다클론성 항체일 수 있다. 일부 실시형태에서, 항체는 인간화된 항체 또는 인간 항체이다. 일부 실시형태에서, 암의 치료방법은 DSCR6(서열번호 2)의 유전자 녹다운을 포함할 수 있다. 일부 실시형태에서, 암의 치료방법은 서열번호 2에 개시된 mRNA를 암호화하는 유전자의 발현을 녹다운시키거나 또는 저해하는 세포를 처리하는 단계를 포함할 수 있다. 일부 실시형태에서, 암은 소세포 폐암, 전이 자궁경부 선암종, 방광 암종, 전이 전립선 선암종, 자궁내막 간질성 육종, 위 종양 선암종, 전이 편도 암종, 대장 직장 종양 선암종, 전이 위 종양, 이행상피암으로부터의 전이 신장 종양, 전이 자궁내막 간질성 육종, 가슴막 종양 악성 육종, 직장 선암종, 연골 육종암, 췌장 신경내분비 암종, 폐 편평상피암, 신장 암종, 간 담도암, 뼈 골육종 전이, 위식도 접합부 선암종 전이, 갑상선 암종 전이, 난소 종양, 전립선 선암종, 직장 전이 종양 또는 이들의 조합으로부터 선택된다.
일부 실시형태에서, 암을 지니는 피험체의 진단 방법은 샘플을 얻는 단계 및 서열번호 2로부터 선택된 암 관련 서열의 존재를 검출하는 단계를 포함하되, 암 관련 서열의 존재는 피험체가 유방암을 가지는 것을 나타낸다. 일부 실시형태에서, 서열번호 2로부터 선택된 암 관련 서열의 존재를 검출하는 단계는 샘플을 항체 또는 암 관련 서열의 단백질에 특이적으로 결합되는 다른 유형의 포획 시약과 접촉시키는 단계 및 샘플 내 암 관련 서열의 단백질에 대한 결합의 존재 또는 부재를 검출하는 단계를 포함한다. 일부 실시형태에서, 암은 소세포 폐암, 전이 자궁경부 선암종, 방광 암종, 전이 전립선 선암종, 자궁내막 간질성 육종, 위 종양 선암종, 전이 편도 암종, 대장 직장 종양 선암종, 전이 위 종양, 이행상피암으로부터의 전이 신장 종양, 전이 자궁내막 간질성 육종, 가슴막 종양 악성 육종, 직장 선암종, 연골 육종암, 췌장 신경내분비 암종, 폐 편평상피암, 신장 암종, 간 담도암, 뼈 골육종 전이, 위식도 접합부 선암종 전이, 갑상선 암종 전이, 난소 종양, 전립선 선암종, 직장 전이 종양 또는 이들의 조합으로부터 선택된다.
일부 실시형태에서, 본 발명은 피험체에서 암의 치료방법을 제공하며, 해당 방법은 DSCR6 또는 이의 상동체의 활성을 조절하는 치료적 작용제를 치료가 필요한 피험체에 투여하는 단계를 포함하되, 치료적 작용제는 피험체에서 암을 치료한다.
일부 실시형태에서, 본 발명은 피험체에서 암을 진단하는 방법을 제공하며, 해당 방법은 샘플로부터 DSCR6(서열번호 2)의 발현을 결정하는 단계; 및 DSCR6의 발현을 기반으로 피험체로부터 암을 진단하는 단계를 포함하되, DSCR6이 과발현된다면 피험체는 암을 갖는 것으로 진단된다.
일부 실시형태에서, 본 발명은 시험 샘플 내 암의 검출방법을 제공하며, 해당 방법은: (i) 항체의 수준을 검출하는 단계; 및 (ii) 시험 샘플 내 항체 수준을 대조군 샘플 내 항체 수준과 비교하는 단계를 포함하되, 항체는 서열번호 2, 이들의 상동체, 이들의 조합 또는 이의 단편을 포함하는 핵산 서열에 의해 암호화된 항원성 폴리펩타이드에 결합되고, 대조군 샘플 내 항체 수준에 대해 시험 샘플 내 항체의 변경된 수준은 시험 샘플 내 암의 존재를 나타낸다.
일부 실시형태에서, 본 발명은 시험 샘플 내 암의 검출 방법을 제공하며: (i) 서열번호 2의 핵산 서열, 이들의 상동체, 이들의 조합 또는 이의 단편을 포함하는 핵산에 의해 암호화된 적어도 하나의 폴리펩타이드의 활성 수준을 검출하는 단계; 및 (ii) 시험 샘플 내 폴리펩타이드의 활성 수준을 정상 샘플 내 폴리펩타이드의 활성 수준과 비교하는 단계를 포함하되, 정상 샘플 내 폴리펩타이드 활성에 대해 시험 샘플 내 폴리펩타이드의 변경된 활성 수준은 시험 샘플 내 암의 존재를 나타낸다.
일부 실시형태에서, 본 발명은 시험 샘플 내 암의 검출 방법을 제공하며, 해당 방법은: (i) 서열번호 2의 핵산 서열, 이들의 상동체, 이들의 조합, 또는 이의 단편을 포함하는 핵산에 의해 암호화된 적어도 하나의 폴리펩타이드의 발현 수준을 검출하는 단계; 및 (ii) 시험 샘플 내 폴리펩타이드의 발현 수준을 정상 샘플 내 폴리펩타이드의 발현 수준과 비교하는 단계를 포함하되, 정상 샘플 내 폴리펩타이드 발현 수준에 대해 시험 샘플 내 폴리펩타이드의 변경된 발현 수준은 시험 샘플 내 암의 존재를 나타낸다.
일부 실시형태에서, 본 발명은 시험 샘플 내 암의 검출 방법을 제공하며, 해당 방법은: (i) 서열번호 2, 이들의 상동체, 이의 돌연변이 핵산, 이들의 조합 또는 이의 단편을 포함하는 핵산 서열의 발현 수준을 검출하는 단계; 및 (ii) 시험 샘플 내 핵산 서열의 발현 수준을 정상 샘플 내 핵산 서열의 발현 수준과 비교하는 단계를 포함하되, 정상 샘플 내 핵산 서열 발현 수준에 대해 시험 샘플 내 핵산 서열의 변경된 발현 수준은 시험 샘플 내 암의 존재를 나타낸다.
일부 실시형태에서, 본 발명은 암에 대한 활성에 대해 스크리닝하는 방법을 제공하며, 해당 방법은: (a) 서열번호 2의 서열, 이의 보체, 이들의 상동체, 이들의 조합, 또는 이들의 단편을 포함하는 암 관련 유전자를 발현시키는 세포를 암 약물 후보와 접촉시키는 단계; (b) 세포 내 암 관련 폴리뉴클레오타이드의 발현에 대한 암 약물 후보의 효과를 검출하는 단계; 및 (c) 약물 후보의 부재 시 발현 수준을 약물 후보의 존재 시 발현 수준과 비교하는 단계를 포함하되; 암 관련 폴리뉴클레오타이드의 발현에 대한 효과는 후보가 암에 대해 활성을 가지는 것을 나타낸다.
일부 실시형태에서, 본 발명은 암에 대한 활성에 대해 스크리닝하는 방법을 제공하며, 해당 방법은: (a) 서열번호 2의 서열, 이의 보체, 이들의 상동체, 이들의 조합, 또는 이들의 단편을 포함하는 암 관련 유전자를 과발현시키는 세포를 암 약물 후보와 접촉시키는 단계; (b) 세포 내 암 관련 폴리뉴클레오타이드의 발현에 대한 암 약물 후보의 효과 또는 세포 성장 또는 생존능력의 효과를 검출하는 단계; 및 (c) 약물 후보의 부재 시 발현 수준, 세포 성장 또는 생존능력을 약물 후보의 존재 시 발현 수준, 세포 성장 또는 생존도와 비교하는 단계를 포함하되; 암 관련 폴리뉴클레오타이드의 발현, 세포 성장 또는 생존도에 대한 효과는 후보가 서열번호 2의 서열, 이의 보체, 이들의 상동체, 이들의 조합, 또는 이들의 단편을 포함하는 암 관련 유전자를 과발현시키는 암 세포에 대한 활성을 가지는 것을 나타낸다.
일부 실시형태에서, 본 발명은 피험체에서 암의 진단 방법을 제공하며, 해당 방법은: a) 하나 이상의 핵산 서열의 발현을 결정하는 단계; 및 b) 제1 피험체 또는 제2의 병에 걸리지 않은 피험체로부터의 제2의 정상 샘플로부터 하나 이상의 핵산 서열의 발현을 비교하는 단계를 포함하되, 하나 이상의 핵산 서열은 제1 피험체의 제1 샘플 내 서열번호 2의 서열, 이들의 상동체, 이들의 조합, 또는 이들의 단편을 포함하고, 서열번호 2의 발현에서 차이는 제1 피험체가 암을 가지는 것을 나타낸다.
일부 실시형태에서, 본 발명은 피험체에서 암의 진단 방법을 제공하며, 해당 방법은: a) 피험체에서 하나 이상의 유전자 또는 유전자 산물 또는 이의 상동체의 발현을 결정하는 단계; 및 b) 피험체에서 하나 이상의 유전자 또는 이의 유전자 산물 또는 상동체의 발현을 피험체로부터의 정상 샘플 또는 병에 걸리지 않은 피험체로부터의 정상샘플과 비교하는 단계를 포함하되, 발현에서 차이는 피험체가 유방암을 가지는 것을 나타내며, 하나 이상의 유전자 또는 유전자 산물은 DSCR6을 포함한다.
일부 실시형태에서, 본 발명은 시험 샘플 내 암의 검출 방법을 제공하며: (i) 적어도 하나의 폴리펩타이드의 활성 수준을 검출하는 단계; 및 (ii) 시험 샘플 내 폴리펩타이드의 활성 수준을 정상 샘플 내 폴리펩타이드의 활성 수준과 비교하는 단계를 포함하되, 정상 샘플 내 폴리펩타이드 활성 수준에 대해 시험 샘플 내 폴리펩타이드의 변경된 활성 수준은 시험 샘플 내 암의 존재를 나타내고, 폴리펩타이드는 DSCR6의 유전자 산물이다.
일부 실시형태에서, 본 발명은 피험체에서 암의 진단 방법을 제공하며, 해당 방법은: 하나 이상의 서열에 대해 하나 이상의 유전자 발현 결과를 얻는 단계; 및 하나 이상의 유전자 발현 결과를 기반으로 피험체에서 암을 진단하는 단계를 포함하되, 피험체로부터 유래된 샘플로부터의 하나 이상의 서열은 서열번호 2를 포함하고, 하나 이상의 유전자가 과발현된다면 피험체는 암을 갖는 것으로 진단된다.
다른 실시형태는 a) 피험체로부터 샘플을 얻는 단계 b) 피험체로부터 얻은 샘플을 유전자 MMP11, Col10A, C10rf64, Col11A, POTEG 및 FSIP1 또는 이들의 보체에 의해 암호화된 마커의 발현을 검출하는 하나 이상의 작용제와 접촉시키는 단계; c) 비암성 세포를 단계 b)로부터의 하나 이상의 작용제와 접촉시키는 단계; 및 d) 피험체로부터 얻은 샘플 내 유전자 MMP11, Col10A, C10rf64, Col11A, POTEG 및 FSIP1 또는 이들의 보체를 비암성 세포 내 유전자 MMP11, Col10A, C10rf64, Col11A, POTEG, 및 FSIP1에 의해 암호화된 마커 중 하나의 발현 수준과 비교하는 단계를 포함하는, 피험체에서 유방암의 검출 방법을 제공하되, 비암성 세포 비교한 샘플 내 유전자 MMP11, Col10A, C10rf64, Col11A, POTEG, 및 FSIP1에 의해 암호화된 마커 중 적어도 하나의 더 높은 발현은 피험체가 유방암을 가지는 것을 나타낸다.
또 다른 실시형태는 피험체에서 유방암의 검출 방법을 제공하며, a) 피험체로부터 샘플을 얻는 단계 b) 피험체로부터 얻은 샘플을 유전자 FSIP1, Col10A, MMP11, NMU, 및 C1orf64, 또는 이들의 보체에 의해 암호화된 마커의 발현을 검출하는 하나 이상의 작용제와 접촉시키는 단계; c) 비암성 세포를 단계 b)로부터의 하나 이상의 작용제와 접촉시키는 단계; 및 d) 피험체로부터 얻은 샘플 내 유전자 FSIP1, Col10A, MMP11, NMU, 및 C1orf64 또는 이들의 보체에 의해 암호화된 마커의 발현 수준을 비암성 세포 내 유전자 FSIP1, Col10A, MMP11, NMU, 및 C1orf64에 의해 암호화된 마커 중 하나의 발현 수준과 비교하는 단계를 포함하되, 비암성 세포 비교한 샘플 내 유전자 FSIP1, Col10A, MMP11, NMU, 및 C1orf64에 의해 암호화된 마커 중 적어도 하나의 더 높은 발현은 피험체가 유방암을 가지는 것을 나타낸다.
사용된 방법 및 재료를 예시하는 실시형태는 다음의 비제한적 실시예를 참조로 하여 추가로 이해될 수 있다.
실시예 1
C1orf64: C1orf64(등록번호 NM_178840.2; 서열번호 1)는 169개 아미노산의 추정적 비특성규명 단백질을 암호화하는 비특성규명 오픈리딩프레임이다. 본 발명자는 C1orf64가 유방 침윤성 유관암, 유방 소엽암종 및 전이 유방 종양을 포함하지만, 이들로 제한되지 않는 유방 종양에 대한 신규한 마커라는 것을 개시한다. 도 1에 나타내는 바와 같이, C1orf64 발현을 일루미나(Illumina) 마이크로어레이에 의해 분석하며, C1orf64(프로브 서열 GATCCGCTAAGGGGCATCTGAAACATCCGTCGAG TGGCAGAGGCAGGATA(서열 번호 89); 일루미나(Illumina) 프로브 ID ILMN_2066088)에 대해 특이적인 프로브가 유방 침윤성 유관암, 유방 소엽암종 및 전이 유방 종양에서 강한 유전자 발현(>500 RFU)을 검출하는 반면, 정상 조직 및 비악성 유방 선암종에서 발현은 낮다(각각 151 및 84 RFU). 결장, 자궁경부, 자궁내막, 자궁근층, 난소, 나팔관, 뼈, 골격근, 피부, 지방조직, 연조직, 폐, 신장, 식도, 림프절, 갑상선, 방광, 췌장, 전립선, 직장, 간, 비장, 위, 척수, 뇌, 고환, 갑상선, 부신피질, 배근 신경절, 침샘 및 다양한 유핵 혈액 세포를 포함하는 매우 다양한 정상 조직에서 C1orf64의 발현은 대체로 낮다(대부분의 정상 조직에서 <100 RFU, 모든 정상 조직에서 <400 RFU). 도 1에 나타내는 바와 같이, C1orf64의 발현은 또한 유방 상피세포, 뉴런, 관절 연골세포, 유방 섬유아세포 및 간충직 줄기세포를 포함하지만, 이들로 제한되지 않는 매우 다양한 정상 1차 인간 세포 배양물에서 낮다. 본 명세서에 나타낸 유방의 악성 종양에서 상승된 C1orf64 발현의 특이도는 C1orf64가 유방암의 진단을 위한 유용한 마커이고, 유방암 치료에서 치료적 개입을 위한 표적이라는 것을 보여준다.
실시예 2
LOC648879: LOC648879(등록번호 XM_937958.1; 서열번호 4)는 비특성규명된 오픈리딩프레임이다. 본 발명자들은 LOC648879가 유방 침윤성 유관암, 유방 소엽암종 및 전이 유방 종양을 포함하지만, 이들로 제한되지 않는 유방 종양에 대한 신규한 마커라는 것을 개시한다. 도 2에 나타내는 바와 같이, LOC648879 발현을 일루미나(Illumina) 마이크로어레이에 의해 분석하며, LOC648879(프로브 서열 GCGCCATCTTGCCCTGTAGATCATTTTGGGGACACCTCCAGTATTTCATG (서열 번호 90); 일루미나(Illumina) 프로브 ID ILMN_1739233)에 대해 특이적인 프로브가 유방 침윤성 유관암, 유방 소엽암종 및 전이 유방 종양을 포함하지만, 이들로 제한되지 않는 다양한 악성 유방 종양에서 강한 유전자 발현을 검출하는 반면(>1000 RFU), 정상 유방 조직 및 비악성 유방 선암종에서 발현은 낮다(각각 평균 151 및 71 RFU). 결장, 자궁경부, 자궁내막, 자궁근층, 난소, 나팔관, 뼈, 골격근, 피부, 지방조직, 연조직, 폐, 신장, 식도, 림프절, 갑상선, 방광, 췌장, 전립선, 직장, 간, 비장, 위, 척수, 뇌, 갑상선, 부신피질, 배근 신경절, 침샘 및 다양한 유핵 혈액 세포를 포함하는 매우 다양한 정상 조직에서 LOC648879의 발현은 낮으며(<100 RFU), 정상 고환은 112 RFU에서 발현을 약간 더 나타낸다. 도 2에 나타내는 바와 같이, LOC648879의 발현은 또한 유방 상피세포, 뉴런, 관절 연골세포, 유방 섬유아세포 및 간충직 줄기세포를 포함하지만, 이들로 제한되지 않는 매우 다양한 정상 1차 인간 세포에서 낮다(<100 RFU). 본 명세서에 나타낸 유방의 악성 종양에서 상승된 LOC648879 발현의 특이도는 LOC648879가 유방암의 진단을 위한 마커이며, 유방암 치료에서 치료적 개입을 위한 표적이라는 것을 보여준다.
실시예 3
HIST1H4H: HIST1H4H(등록번호 NM_003543.3; 서열번호 5)는 히스톤 H4 패밀리의 구성원을 암호화한다. 히스톤 단백질은 진핵생물에서 염색질 구조를 초래한다. 예상치 못하게, 본 발명자는 본 명세서에서 HIST1H4H가 대부분의 정상 인간 세포 및 정상 1차 인간 세포 배양물에서 낮은 발현 수준을 가지는 반면, 놀랍게도 악성 유방종양 및 유방 종양 세포주에서 특이적으로 상승된다. 도 3에 나타내는 바와 같이, 발현을 일루미나(Illumina) 마이크로어레이에 의해 분석하고, HIST1H4H (프로브 서열 CGCACTCTTTACGGCTTCGGTGGCTAAGGCTCCTGCTTGCTGCACTC TTA(서열 번호 91); 일루미나(Illumina) 프로브 ID ILMN_1751120)에 특이적인 프로브는 유방 종양 유방 침윤성 유관암, 유방 소엽암종 및 전이 유방 종양을 포함하지만, 이들로 제한되지 않는 다양한 악성 유방 종양에서 강한 유전자 발현을 검출하는 반면(>400 RFU), 정상 유방 조직 및 비악성 유방 선암종에서 발현은 낮다(각각 <75 및 78 RFU). 결장, 자궁경부, 자궁내막, 자궁근층, 난소, 나팔관, 뼈, 골격근, 피부, 지방조직, 연조직, 폐, 신장, 식도, 림프절, 갑상선, 방광, 췌장, 전립선, 직장, 간, 비장, 위, 척수, 뇌, 갑상선, 고환, 부신피질, 배근 신경절, 침샘 및 다양한 유핵 혈액 세포를 포함하는 매우 다양한 정상 조직에서 HIST1H4H의 발현은 낮으며(<100 RFU), 정상 골격근 및 전립선은 각각 125 및 264 RFU에서 발현을 약간 더 나타낸다. 도 3에 나타내는 바와 같이, HIST1H4H의 발현은 또한 유방 상피세포, 뉴런, 관절 연골세포, 유방 섬유아세포 및 간충직 줄기세포를 포함하지만, 이들로 제한되지 않는 매우 다양한 정상 1차 인간 세포 배양물에서 낮다(<100 RFU). 본 명세서에 나타낸 유방의 악성 종양에서 상승된 HIST1H4H 발현의 특이도는 HIST1H4H가 유방암의 진단을 위한 마커이며, 유방암 치료에서 치료적 개입을 위한 표적이라는 것을 보여준다.
실시예 4
HIST2H4B: HIST2H4B(등록번호 NM_001034077.4; 서열번호 10)는 다수의 히스톤 H4 패밀리를 암호화한다. 히스톤 단백질은 진핵생물에서 염색질을 초래한다. 예상치 못하게, 본 발명자는 HIST2H4B가 대부분의 정상 인간 세포 및 정상 1차 인간 세포 배양물에서 낮은 발현 수준을 가지는 반면, 놀랍게도 악성 유방종양 및 유방 종양 세포주에서 특이적으로 상승된다. 도 4에 나타내는 바와 같이, 발현을 일루미나(Illumina) 마이크로어레이에 의해 분석하고, HIST2H4B(프로브 서열 GTGTTCCTGGAGAATGTGATTCGGGACGCAGTCACCTACACCGAGCACGC (서열 번호 92); 일루미나(Illumina) 프로브 ID ILMN_3238233)에 특이적인 프로브는 유방 침윤성 유관암, 및 전이 유방 종양을 포함하지만, 이들로 제한되지 않는 다양한 악성 유방 종양에서 강한 유전자 발현을 검출하는 반면(>100 RFU), 정상 유방 조직 및 비악성 유방 선암종에서 발현은 낮다(각각 <79 및 86 RFU). 결장, 자궁경부, 자궁내막, 자궁근층, 난소, 나팔관, 뼈, 골격근, 피부, 지방조직, 연조직, 폐, 신장, 식도, 골격근, 림프절, 갑상선, 방광, 췌장, 전립선, 직장, 간, 비장, 위, 척수, 뇌, 갑상선, 고환, 부신피질, 배근 신경절, 침샘 및 다양한 유핵 혈액 세포를 포함하는 매우 다양한 정상 조직에서 HIST2H4B의 발현은 낮으며(<100 RFU), 정상 전립선은 104 RFU에서 발현을 약간 더 나타낸다. 도 4에 나타내는 바와 같이, HIST2H4B의 발현은 또한 유방 상피세포, 뉴런, 관절 연골세포, 유방 섬유아세포 및 간충직 줄기세포를 포함하지만, 이들로 제한되지 않는 매우 다양한 정상 1차 인간 세포 배양물에서 낮다(<100 RFU). 유방의 악성 종양에서 상승된 HIST2H4B 발현의 특이도는 HIST2H4B가 유방암의 진단을 위한 마커이며, 유방암 치료에서 치료적 개입을 위한 표적이라는 것을 보여준다.
실시예 5
BX116033 : BX116033(등록번호 BX116033; 서열번호 11)는 비특성규명 전사체를 암호화한다. 본 발명자는 BX116033이 대부분의 정상 인간 조직 및 정상 1차 인간 세포 배양물에서 낮은 발현 수준을 가지는 반면, 놀랍게도, 악성 유방 종양 및 유방 종양 세포주에서 특이적으로 상승된다는 것을 나타낸다. 도 5에 나타내는 바와 같이, 발현을 일루미나(Illumina) 마이크로어레이에 의해 분석하고, BX116033(프로브 서열 TGCCGTATTCTTGGTGTCTGGAGCAGTGCCTGACCTGTGGCGGGTGC TTA; (서열 번호 93) 일루미나(Illumina) 프로브 ID ILMN_1863962)에 특이적인 프로브는 유방 침윤성 유관암, 및 전이 유방 종양을 포함하지만, 이들로 제한되지 않는 다양한 악성 유방 종양에서 강한 유전자 발현을 검출하는 반면(>100 RFU), 정상 유방 조직 및 비악성 유방 선암종에서 발현은 낮다(<70 RFU). 결장, 자궁경부, 자궁내막, 자궁근층, 난소, 나팔관, 뼈, 골격근, 피부, 지방조직, 연조직, 폐, 신장, 식도, 골격근, 림프절, 갑상선, 전립선, 췌장, 전립선, 직장, 간, 비장, 위, 척수, 뇌, 갑상선, 고환, 부신피질, 배근 신경절, 침샘 및 다양한 유핵 혈액 세포를 포함하는 매우 다양한 정상 조직에서 BX116033의 발현은 낮으며(<80 RFU), 방광은 118 RFU에서 발현을 약간 더 나타낸다. 도 5에 나타내는 바와 같이, BX116033의 발현은 또한 유방 상피세포, 뉴런, 관절 연골세포, 유방 섬유아세포 및 간충직 줄기세포를 포함하지만, 이들로 제한되지 않는 매우 다양한 정상 1차 인간 세포 배양물에서 낮다(<80 RFU). 유방의 악성 종양에서 상승된 BX116033 발현의 특이도는 BX116033이 유방암의 진단을 위한 마커이며, 유방암 치료에서 치료적 개입을 위한 표적이라는 것을 보여준다.
실시예 6
DSCR6 : DSCR6, 다운 증후군 임계 영역 유전자 6(등록번호 NM_018962.1; 서열번호 2)은 낮은 수준에서 제한된 조직에서만 발현되는 알려지지 않은 기능의 단백질을 암호화한다(Shibuya K, et al., PMID 10814524). 본 발명자는 DSCR6이 유방 종양 및 유방 침윤성 유관암, 유방 소엽암종 및 전이 유방 종양을 포함하지만, 이들로 제한되지 않는 다양한 유래의 조직의 악성 종양에 대해 신규한 마커라는 것을 개시한다. 도 6에 나타내는 바와 같이, DSCR6 발현을 일루미나(Illumina) 마이크로어레이에 의해 분석하며, DSCR6(프로브 서열 TAGGGAGTAGAACCGTCTCTCTTCTTAGTTGG TGACTGTTTGGGGCCTGG(서열 번호 94); 일루미나(Illumina) 프로브 ID ILMN_1709257)에 특이적인 프로브는 유방 침윤성 유관암 및 유방 소엽암종에서 유전자 발현을 검출하는 반면(>185 RFU), 정상 유방 조직 및 비악성 유방 선암종에서 발현은 낮다(<80 RFU). 결장, 자궁경부, 자궁내막, 자궁근층, 난소, 나팔관, 뼈, 골격근, 피부, 지방조직, 연조직, 폐, 신장, 식도, 림프절, 갑상선, 방광, 췌장, 전립선, 직장, 간, 비장, 위, 척수, 뇌, 고환, 갑상선, 부신피질, 배근 신경절, 침샘 및 다양한 유핵 혈액 세포를 포함하는 매우 다양한 정상 조직에서 DSCR6의 발현은 대체로 낮다(정상 조직에서 <100 RFU). 본 명세서에 나타낸 유방의 악성 종양에서 상승된 DSCR6 발현의 특이도는 DSCR6이 유방암의 진단을 위한 마커이며, 유방암 치료에서 치료적 개입을 위한 표적이라는 것을 보여준다.
DSCR6 발현은 또한 소세포 폐암, 전이 자궁경부 선암종, 방광 암종, 전이 전립선 선암종, 자궁내막 간질성 육종, 위 종양 선암종, 전이 편도 암종, 대장 직장 종양 선암종, 전이 위 종양, 이행상피암으로부터의 전이 신장 종양, 전이 자궁내막 간질성 육종, 가슴막 종양 악성 육종, 직장 선암종, 연골 육종암, 췌장 신경내분비 암종, 폐 편평상피암, 신장 암종, 간 담도암, 뼈 골육종 전이, 위식도 접합부 선암종 전이, 갑상선 암종 전이, 난소 종양, 전립선 선암종 및 직장 전이 종양(>100 RFU)을 포함하지만, 이들로 제한되지 않는 다양한 유래의 악성 종양에서 상승된다. 정상 조직에서 제한된 낮은 발현만을 지니는 다양한 악성 종양에서 DSCR6의 상승된 발현은 DSCR6이 악성 종양의 진단에 대해 유용한 마커이며, 악성 종양의 치료에서 치료적 개입을 위한 표적이라는 것을 나타낸다.
도 7에 나타내는 바와 같이, DSCR6 발현은 자궁경부, 전립선, 편도, 위, 신장, 자궁내막, 뼈, 위식도 접합부, 갑상선, 및 직장을 포함하지만, 이들로 제한되지 않는 다양한 유래의 조직의 전이 종양에서 상승되는 반면(모두 >100 RFU, 도 7), 정상 자궁경부, 전립선, 편도, 위, 신장, 자궁내막, 뼈, 식도, 갑상선 및 직장에서 DSCR6 의 발현 수준은 낮다(<100 RFU, 도 7). 다양한 전이 종양에서 DSCR6의 상승된 발현은 DSCR6이 대체로 전이 종양의 진단을 위한 유용한 마커이고, 전이 질병에 대한 치료적 개입을 위한 표적이라는 것을 나타낸다.
실시예
7POTEC: POTEC(등록번호 NM_001137671.1)는 POTE 안키린 도메인 패밀리 구성원 C를 암호화한다. POTEC은 유방 종양에 대한 신규한 마커라는 것을 개시한다. 도 1에 나타내는 바와 같이, POTEC 발현을 일루미나(Illumina) 마이크로어레이에 의해 분석하였고, POTEC(프로브 서열 CTGCCTGGTGGGGTAAGGTCCCCAGAAAGGATCTCATCGTCAT GCTCAGG (서열번호 95); 일루미나(Illumina) 프로브 ID ILMN_1753868)에 특이적인 프로브는 유방 종양 소엽암종, 유방 침윤성 유관암 및 전이 유방 종양에서 강한 유전자 발현(>140 RFU)을 검출하였다. 대조적으로, 정상 유방, 결장, 직장, 자궁경부, 자궁내막, 자궁근층, 난소, 나팔관, 뼈, 골격근, 피부, 지방조직, 연조직, 폐, 신장, 식도, 림프절, 갑상선, 방광, 췌장, 전립선, 직장, 간, 비장, 위, 척수, 뇌, 갑상선, 및 침샘을 포함하는 매우 다양한 정상 조직에서 POTEC의 발현은 대체로 낮았으며(<140 RFU), 고환을 제외한다(218 RFU). 본 명세서에 나타낸 유방 유래의 악성 종양에서 상승된 POTEC 발현의 특이도는 POTEC이 유방암(예를 들어, 유방 종양 소엽암종, 유방 침윤성 유관암 및 전이 유방 종양을 포함하지만, 이들로 제한되지 않음)의 진단을 위한 마커이며, 유방암에서 치료적 개입을 위한 표적이라는 것을 보여준다.
POTEC를 표적화하는 치료제를 본 명세서에 기재된 방법을 사용하여 확인할 수 있고, POTEC을 표적화하는 치료제는 POTEC의 활성을 조절하는 항체를 포함하지만, 이것으로 제한되지 않는다. 항체의 제조 및 사용이 본 명세서에 기재된다.
실시예 8
FSIP1: FSIP1(등록번호 NM_152597.4)은 호모 사피엔스 섬유초 상호작용 단백질 1을 암호화한다. 놀랍게도, FSIP1은 유방 종양에 대한 신규한 마커라는 것을 본 명세서에 개시한다. 도 2에 나타내는 바와 같이, FSIP1 발현을 일루미나(Illumina) 마이크로어레이에 의해 분석하였고, FSIP1(프로브 서열 GGTGGTCACTGGGAATTTTTGCTGTGGCCCTGCT TTTCCTTCTTCCCACT(서열번호 96); 일루미나(Illumina) 프로브 ID ILMN_1716925)에 특이적인 프로브는 유방 종양 소엽암종, 유방 침윤성 유관암 및 전이 유방 종양에서 강한 유전자 발현을 검출하였다(>125 RFU). 대조적으로, 정상 유방, 결장, 직장, 자궁경부, 자궁내막, 자궁근층, 난소, 나팔관, 뼈, 골격근, 피부, 지방조직, 연조직, 폐, 신장, 식도, 림프절, 갑상선, 방광, 췌장, 전립선, 직장, 비장, 위, 척수, 뇌, 고환, 갑상선, 및 침샘을 포함하는 매우 다양한 정상 조직에서 FSIP1의 발현은 대체로 낮았으며(<125 RFU), 간을 제외한다(191 RFU). 본 명세서에 나타낸 유방 유래의 악성 종양에서 상승된 FSIP1 발현의 특이도는 FSIP1이 유방암(예를 들어, 유방 종양 소엽암종, 유방 침윤성 유관암 및 전이 유방 종양을 포함하지만, 이들로 제한되지 않음)의 진단을 위한 마커이며, 유방암에서 치료적 개입을 위한 표적이라는 것을 보여준다.
FSIP1을 표적화하는 치료제는 본 명세서에 기재된 방법을 사용하여 확인할 수 있고, FSIP1을 표적화하는 치료제는 FSIP1의 활성을 조절하는 항체를 포함하지만, 이것으로 제한되지 않는다. 항체의 제조 및 사용은 본 명세서에 기재된다.
실시예 9
GFRA1: GFRA1(등록번호 NM_005264.3)은 호모 사피엔스 GDNF 패밀리 수용체 알파 1을 암호화한다. 놀랍게도, GFRA1은 유방 종양에 대한 신규한 마커라는 것을 본 명세서에 개시한다. 도 3에 나타내는 바와 같이, GFRA1 발현을 일루미나(Illumina) 마이크로어레이에 의해 분석하였고, GFRA1(프로브 서열 TCCCTGAACGACACTCTCCTAATCCTAAGCCTTACCTGAGTGAGAAGCCC (서열번호 97); 일루미나(Illumina) 프로브 ID ILMN_2334359)에 특이적인 프로브는 유방 종양 소엽암종, 유방 침윤성 유관암 및 전이 유방 종양에서 강한 유전자 발현(>215 RFU)을 검출하였다. 대조적으로, 정상 유방, 결장, 직장, 자궁경부, 자궁내막, 자궁근층, 난소, 나팔관, 뼈, 골격근, 피부, 지방조직, 연조직, 폐, 신장, 식도, 림프절, 갑상선, 방광, 췌장, 전립선, 직장, 비장, 위, 척수, 뇌, 고환, 간, 갑상선, 및 침샘을 포함하는 매우 다양한 정상 조직에서 GFRA1의 발현은 대체로 낮았다(<215 RFU). 본 명세서에 나타낸 유방 유래의 악성 종양에서 상승된 GFRA1 발현의 특이도는 GFRA1이 유방암(예를 들어, 유방 종양 소엽암종, 유방 침윤성 유관암 및 전이 유방 종양을 포함하지만, 이들로 제한되지 않음)의 진단을 위한 마커이며, 유방암에서 치료적 개입을 위한 표적이라는 것을 보여준다.
GFRA1을 표적화하는 치료제는 본 명세서에 기재된 방법을 사용하여 확인할 수 있고, GFRA1을 표적화하는 치료제는 GFRA1의 활성을 조절하는 항체를 포함하지만, 이것으로 제한되지 않는다. 항체의 제조 및 사용은 본 명세서에 기재된다.
실시예 10
LOC647333(POTEF, POTEE 및 POTEK): POTE 유전자 패밀리는 안키린 반복체를 지니는 다수의 상동성 단백질을 암호화한다. 놀랍게도, POTEF, POTEE 및 POTEK(등록번호 NM_001099771.2, NM_001083538.1 및 NR_033885.1)는 유방 종양에 대한 신규한 마커라는 것을 본 명세서에서 개시한다. 도 4에 나타내는 바와 같이, POTEF, POTEE 및 POTEK 발현을 일루미나(Illumina) 마이크로어레이에 의해 분석하였고, 3가지 POTE 패밀리 구성원: POTEF, POTEE 및 POTEK(프로브 서열 ATGGTGGTTGAGGTTGATTCCATGCCGGCTGCCTCTTCTGTGAAGAAGCC(서열번호 98); 일루미나(Illumina) 프로브 ID ILMN_1814643)간의 보존 영역(LOC647333; XM_936396.1)에 대해 특이적인 프로브는 유방 종양 소엽암종, 유방 침윤성 유관암 및 전이 유방 종양에서 강한 유전자 발현을 검출하였다(>200 RFU). 대조적으로, 정상 유방, 결장, 직장, 자궁경부, 자궁내막, 자궁근층, 난소, 나팔관, 뼈, 골격근, 피부, 지방조직, 연조직, 폐, 신장, 식도, 림프절, 갑상선, 방광, 췌장, 전립선, 직장, 비장, 위, 척수, 뇌, 고환, 간, 갑상선, 및 침샘을 포함하는 매우 다양한 정상 조직에서 POTEF, POTEE 및 POTEK의 발현은 대체로 낮았다(<200 RFU). 본 명세서에 나타낸 유방의 악성 종양에서 상승된 POTEF, POTEE 및 POTEK 발현의 특이도는 POTEF, POTEE 및 POTEK가 유방암(예를 들어, 유방 종양 소엽암종, 유방 침윤성 유관암 및 전이 유방 종양을 포함하지만, 이들로 제한되지 않음)의 진단을 위한 마커이며, 유방암에서 치료적 개입을 위한 표적이라는 것을 보여준다.
POTEF, POTEE 및 POTEK를 표적화하는 치료제는 본 명세서에 기재된 방법을 사용하여 확인할 수 있고, POTEF, POTEE 및 POTEK를 표적화하는 치료제는 POTEF, POTEE 및 POTEK의 활성을 조절하는 항체를 포함하지만, 이들로 제한되지 않는다. 항체의 제조 및 사용을 본 명세서에 기재한다.
실시예 11
C2orf27A: C2ORF27A(등록번호NM_013310.3) 호모 사피엔스 염색체 2 오픈리딩프레임 27A를 암호화한다. 놀랍게도, C2ORF27A가 유방 종양에 대한 신규한 마커라는 것을 개시한다. 도 5에 나타내는 바와 같이, C2ORF27A 발현을 일루미나(Illumina) 마이크로어레이에 의해 분석하였고, C2ORF27A(프로브 서열 CCAACATGCTCTAATGCTTCAGATTCAAGTGCTTTTTCCACTGTTT CCCC (서열번호 99); 일루미나(Illumina) 프로브 ID ILMN_1684726)에 특이적인 프로브는 유방 종양 소엽암종, 유방 침윤성 유관암 및 전이 유방 종양에서 강한 유전자 발현을 검출하였다(>300 RFU). 대조적으로, 정상 유방, 결장, 직장, 자궁경부, 자궁내막, 자궁근층, 난소, 나팔관, 뼈, 골격근, 피부, 지방조직, 연조직, 폐, 신장, 식도, 림프절, 갑상선, 방광, 췌장, 전립선, 직장, 비장, 위, 척수, 뇌, 고환, 간, 갑상선, 및 침샘을 포함하는 매우 다양한 정상 조직에서 C2ORF27A의 발현은 대체로 낮았다(<70 RFU). 본 명세서에 나타낸 유방 유래의 악성 종양에서 상승된 C2ORF27A 발현의 특이도는 C2ORF27A가 유방암(예를 들어, 유방 종양 소엽암종, 유방 침윤성 유관암 및 전이 유방 종양을 포함하지만, 이들로 제한되지 않음)의 진단을 위한 마커이며, 유방암에서 치료적 개입을 위한 표적이라는 것을 보여준다.
C2ORF27A를 표적화하는 치료제는 본 명세서에 기재된 방법을 사용하여 확인할 수 있고, C2ORF27A를 표적화하는 치료제는 C2ORF27A의 활성을 조절하는 항체를 포함하지만, 이들로 제한되지 않는다. 항체의 제조 및 사용을 본 명세서에 기재한다.
실시예 12
LOC727941: LOC727941(등록번호 XR_037440.1)은 비특성규명 단백질을 암호화한다. 놀랍게도, LOC727941은 유방 종양에 대한 신규한 마커라는 것을 본 명세서에 개시한다. 도 6에 나타내는 바와 같이, LOC727941 발현을 일루미나(Illumina) 마이크로어레이에 의해 분석하였고, LOC727941(프로브 서열 GGGGTTTCACCTCAAACATCATAAAGGTGCTTCCTGCAGTAGGCGTTGGC (서열번호 100); 일루미나(Illumina) 프로브 ID ILMN_3283936)에 특이적인 프로브는 유방 종양 소엽암종 및 유방 침윤성 유관암에서 강한 유전자 발현을 검출하였다(>130 RFU). 대조적으로, 정상 유방, 결장, 직장, 자궁경부, 자궁내막, 자궁근층, 난소, 나팔관, 뼈, 골격근, 피부, 지방조직, 연조직, 폐, 신장, 식도, 림프절, 갑상선, 방광, 췌장, 전립선, 직장, 비장, 위, 척수, 뇌, 고환, 간, 갑상선 및 침샘을 포함하는 매우 다양한 정상 조직에서 LOC727941의 발현은 대체로 낮았다(<80 RFU). 본 명세서에 나타낸 유방 유래의 악성 종양에서 상승된 LOC727941 발현의 특이도는 LOC727941이 유방암(예를 들어, 유방 종양 소엽암종, 유방 침윤성 유관암 및 전이 유방 종양을 포함하지만, 이들로 제한되지 않음)의 진단을 위한 마커이며, 유방암에서 치료적 개입을 위한 표적이라는 것을 보여준다.
LOC727941을 표적화하는 치료제는 본 명세서에 기재된 방법을 사용하여 확인할 수 있고, LOC727941을 표적화하는 치료제는 LOC727941의 활성을 조절하는 항체를 포함하지만, 이들로 제한되지 않는다. 항체의 제조 및 사용을 본 명세서에 기재한다.
실시예 13
NBPF22P: NBPF22P(등록번호 NR_003719.1)는 호모 사피엔스 신경아세포종 중단점 패밀리, 구성원 22(위유전자)를 암호화한다. 놀랍게도, NBPF22P는 유방 종양에 대한 신규한 마커라는 것을 본 명세서에 개시한다. 도 7에 나타내는 바와 같이, NBPF22P 발현을 일루미나(Illumina) 마이크로어레이에 의해 분석하였고, NBPF22P(프로브 서열 GCAGGCAGAGAAGGCCCAGTGTGTCCATCCCCAATGCGGTGATACTAGGA(서열번호 101); 일루미나(Illumina) 프로브 ID ILMN_3241634)에 특이적인 프로브는 유방 종양 소엽암종, 유방 침윤성 유관암 및 전이 유방 종양에서 강한 유전자 발현을 검출하였다(>100 RFU). 대조적으로, 정상 유방, 결장, 직장, 자궁경부, 자궁내막, 자궁근층, 난소, 나팔관, 뼈, 골격근, 피부, 지방조직, 연조직, 폐, 신장, 식도, 림프절, 갑상선, 방광, 췌장, 전립선, 직장, 비장, 위, 척수, 뇌, 간, 갑상선, 및 침샘을 포함하는 매우 다양한 정상 조직에서 NBPF22P의 발현을 대체로 낮았으며(<80 RFU), 고환을 제외한다(189 RFU). 본 명세서에 나타낸 유방 유래의 악성 종양에서 상승된 NBPF22P 발현의 특이도는 NBPF22P가 유방암(예를 들어, 유방 종양 소엽암종, 유방 침윤성 유관암 및 전이 유방 종양을 포함하지만, 이들로 제한되지 않음)의 진단을 위한 마커이며, 유방암에서 치료적 개입을 위한 표적이라는 것을 보여준다.
NBPF22P를 표적화하는 치료제는 본 명세서에 기재된 방법을 사용하여 확인할 수 있고, NBPF22P를 표적화하는 치료제는 NBPF22P의 활성을 조절하는 항체를 포함하지만, 이들로 제한되지 않는다. 항체의 제조 및 사용을 본 명세서에 기재한다.
실시예 14
POTEG : POTEG(등록번호 NM_001005356.2)는 POTE 안키린 도메인 패밀리 구성원 G를 암호화한다. 놀랍게도, POTEG가 유방 종양에 대한 신규한 마커라는 것을 본 명세서에 개시한다. 도 8에 나타내는 바와 같이, POTEG 발현을 일루미나(Illumina) 마이크로어레이에 의해 분석하였고, POTEG (프로브 서열 AGAGGACAGCTCTGACAAAGGCCGTACAATGCCGGGAAGATG AATGTGCG (서열번호 102); 일루미나(Illumina) 프로브 ID ILMN_3242191)에 특이적인 프로브는 유방 종양 소엽암종, 유방 침윤성 유관암 및 전이 유방 종양에서 강한 유전자 발현을 검출하였다(>200 RFU). 대조적으로, 정상 유방, 결장, 직장, 자궁경부, 자궁내막, 자궁근층, 난소, 나팔관, 뼈, 골격근, 피부, 지방조직, 연조직, 폐, 신장, 식도, 림프절, 갑상선, 방광, 췌장, 전립선, 직장, 비장, 위, 척수, 뇌, 고환, 간, 갑상선 및 침샘을 포함하는 매우 다양한 정상 조직에서 POTEG의 발현은 대체로 낮았고(<120 RFU), 전립선을 제외한다(228 RFU). 본 명세서에 나타낸 유방 유래의 악성 종양에서 상승된 POTEG 발현의 특이도는 POTEG가 유방암(예를 들어, 유방 종양 소엽암종, 유방 침윤성 유관암 및 전이 유방 종양을 포함하지만, 이들로 제한되지 않음)의 진단을 위한 마커이며, 유방암에서 치료적 개입을 위한 표적이라는 것을 보여준다.
POTEG를 표적화하는 치료제는 본 명세서에 기재된 방법을 사용하여 확인할 수 있고, POTEG를 표적화하는 치료제는 POTEG의 활성을 조절하는 항체를 포함하지만, 이들로 제한되지 않는다. 항체의 제조 및 사용을 본 명세서에 기재한다.
실시예 15
RET: RET(등록번호 NM_020630.4)는 호모 사피엔스 ret 원암유전자를 암호화한다. 놀랍게도, RET는 유방 종양에 대한 신규한 마커라는 것을 본 명세서에서 개시한다. 도 9에 나타내는 바와 같이, RET 발현을 일루미나(Illumina) 마이크로어레이에 의해 분석하였고, RET(프로브 서열 GGGAGGACGCACCCCCACTGCTGTTTTCACATCCTTTCCCTTACCCACC T (서열번호 103); 일루미나(Illumina) 프로브 ID ILMN_1655610)에 특이적인 프로브는 유방 종양 소엽암종 및 유방 침윤성 유관암에서 강한 유전자 발현을 검출하였다(>105 RFU). 대조적으로, 정상 유방, 결장, 직장, 자궁경부, 자궁내막, 자궁근층, 난소, 나팔관, 뼈, 골격근, 피부, 지방조직, 연조직, 폐, 신장, 식도, 림프절, 갑상선, 방광, 췌장, 전립선, 직장, 비장, 위, 척수, 뇌, 고환, 간, 갑상선 및 침샘을 포함하는 매우 다양한 정상 조직에서 RET의 발현은 대체로 낮았다(<105 RFU). 본 명세서에 나타낸 유방 유래의 악성 종양에서 상승된 RET 발현의 특이도는 RET가 유방암(예를 들어, 유방 종양 소엽암종, 유방 침윤성 유관암 및 전이 유방 종양을 포함하지만, 이들로 제한되지 않음)의 진단을 위한 마커이며, 유방암에서 치료적 개입을 위한 표적이라는 것을 보여준다.
RET를 표적화하는 치료제는 본 명세서에 기재된 방법을 사용하여 확인할 수 있고, RET를 표적화하는 치료제는 RET의 활성을 조절하는 항체를 포함하지만, 이들로 제한되지 않는다. 항체의 제조 및 사용을 본 명세서에 기재한다.
실시예 16
TMEM145: TMEM145(등록번호 NM_173633.2)는 호모 사피엔스 막관통 단백질 145를 암호화한다. 놀랍게도, TMEM145는 유방 종양에 대한 신규한 마커라는 것을 본 명세서에 개시한다. 도 10에 나타내는 바와 같이, TMEM145 발현을 일루미나(Illumina) 마이크로어레이에 의해 분석하였고, TMEM145(프로브 서열 CGGGGGCCTTCCCTCGGGTCCCTGGCAGAAAGACATTTTACCCCTTCTTG (서열번호 104); 일루미나(Illumina) 프로브 ID ILMN_1789112)에 특이적인 프로브는 유방 종양 소엽암종 및 유방 침윤성 유관암에서 강한 유전자 발현을 검출하였다(>170 RFU). 대조적으로, 정상 유방, 결장, 직장, 자궁경부, 자궁내막, 자궁근층, 난소, 나팔관, 뼈, 골격근, 피부, 지방조직, 연조직, 폐, 신장, 식도, 림프절, 갑상선, 방광, 췌장, 전립선, 직장, 비장, 위, 고환, 간, 갑상선, 및 침샘을 포함하는 매우 다양한 정상 조직에서 TMEM145의 발현은 대체로 낮았고(<170 RFU), 뇌 및 척수를 제외한다(각각 1051 및 245 RFU). 본 명세서에 나타낸 유방 유래의 악성 종양에서 상승된 TMEM145 발현의 특이도는 TMEM145가 유방암(예를 들어, 유방 종양 소엽암종, 유방 침윤성 유관암 및 전이 유방 종양을 포함하지만, 이들로 제한되지 않음)의 진단을 위한 마커이며, 유방암에서 치료적 개입을 위한 표적이라는 것을 보여준다.
TMEM145를 표적화하는 치료제는 본 명세서에 기재된 방법을 사용하여 확인할 수 있고, TMEM145를 표적화하는 치료제는 TMEM145의 활성을 조절하는 항체를 포함하지만, 이들로 제한되지 않는다. 항체의 제조 및 사용을 본 명세서에 기재한다.
실시예 17
LOC727941 : LOC727941(등록번호 XR_037165.1)은 미토콘드리아 Ca2+-의존적 용질 운반체와 유사한 비특성규명 전사체를 암호화한다. 놀랍게도, LOC727941은 유방 종양에 대한 신규한 마커라는 것을 본 명세서에 개시한다. 도 11에 나타내는 바와 같이, LOC727941 발현을 일루미나(Illumina) 마이크로어레이에 의해 분석하였고, LOC727941(프로브 서열GTGAACCTTATTAGAACTCGCATGCAGGCTTCAGCCCCAGTGGAAAAAGG (서열번호 105); 일루미나(Illumina) 프로브 ID ILMN_3201563)에 특이적인 프로브는 유방 종양 소엽암종 및 유방 침윤성 유관암에서 강한 유전자 발현을 검출하였다(>150 RFU). 대조적으로, 정상 유방, 결장, 직장, 자궁경부, 자궁내막, 자궁근층, 난소, 나팔관, 뼈, 골격근, 피부, 지방조직, 연조직, 폐, 신장, 식도, 림프절, 갑상선, 방광, 췌장, 전립선, 직장, 비장, 위, 척수, 뇌, 고환, 간, 갑상선 및 침샘을 포함하는 매우 다양한 정상 조직에서 LOC727941의 발현은 대체로 낮았다(<100 RFU). 본 명세서에 나타낸 유방 유래의 악성 종양에서 상승된 LOC727941 발현의 특이도는 LOC727941가 유방암(예를 들어, 유방 종양 소엽암종, 유방 침윤성 유관암 및 전이 유방 종양을 포함하지만, 이들로 제한되지 않음)의 진단을 위한 마커이며, 유방암에서 치료적 개입을 위한 표적이라는 것을 보여준다.
LOC727941을 표적화하는 치료제는 본 명세서에 기재된 방법을 사용하여 확인할 수 있고, LOC727941을 표적화하는 치료제는 LOC727941의 활성을 조절하는 항체를 포함하지만, 이들로 제한되지 않는다. 항체의 제조 및 사용을 본 명세서에 기재한다.
실시예 18
NAT1: NAT1(등록번호 NM_000662.4)은 호모 사피엔스 N-아세틸트랜스퍼라제 1(아릴아민 N-아세틸트랜스퍼라제)를 암호화한다. 놀랍게도, NAT1은 유방 종양에 대한 신규한 마커라는 것을 본 명세서에 개시한다. 도 12에 나타내는 바와 같이, NAT1 발현을 일루미나(Illumina) 마이크로어레이에 의해 분석하였고, NAT1(프로브 서열 GCCGGCTGAAATAACCTGAATTCAAGCCAGGAAGAAGCAGCAATCTGTCT(서열번호 106); 일루미나(Illumina) 프로브 ID ILMN_1743055)에 특이적인 프로브는 유방 종양 소엽암종 및 유방 침윤성 유관암에서 강한 유전자 발현을 검출하였다(>70 RFU). 대조적으로, 정상 유방, 결장, 직장, 자궁경부, 자궁내막, 자궁근층, 난소, 나팔관, 뼈, 골격근, 피부, 지방조직, 연조직, 폐, 신장, 식도, 림프절, 갑상선, 방광, 췌장, 전립선, 직장, 비장, 위, 척수, 뇌, 고환, 간, 갑상선 및 침샘을 포함하는 매우 다양한 정상 조직에서 NAT1의 발현은 대체로 낮았다(<70 RFU). 본 명세서에 나타낸 유방 유래의 악성 종양에서 상승된 NAT1 발현의 특이도는 NAT1이 유방암(예를 들어, 유방 종양 소엽암종, 유방 침윤성 유관암 및 전이 유방 종양을 포함하지만, 이들로 제한되지 않음)의 진단을 위한 마커이며, 유방암에서 치료적 개입을 위한 표적이라는 것을 보여준다.
NAT1을 표적화하는 치료제는 본 명세서에 기재된 방법을 사용하여 확인할 수 있고, NAT1을 표적화하는 치료제는 NAT1의 활성을 조절하는 항체를 포함하지만, 이들로 제한되지 않는다. 항체의 제조 및 사용을 본 명세서에 기재한다.
실시예 19
NXPH1: NXPH1(등록번호 NM_152745.2)은 호모 사피엔스 뉴렉소필린 1을 암호화한다. 놀랍게도, NXPH1은 유방 종양에 대한 신규한 마커라는 것을 본 명세서에 개시한다. 도 13에 나타내는 바와 같이, NXPH1 발현을 일루미나(Illumina) 마이크로어레이에 의해 분석하였고, NXPH1(프로브 서열 CAAAGTGGTCCAAGATGGCTCTTTTTTCTTTGAAAGGGGCCTGTTCTCAG (서열번호 107); 일루미나(Illumina) 프로브 ID ILMN_1764271)에 특이적인 프로브는 유방 종양 소엽암종 및 유방 침윤성 유관암에서 강한 유전자 발현을 검출하였다(>299 RFU). 대조적으로, 정상 유방, 결장, 직장, 자궁경부, 자궁내막, 자궁근층, 난소, 나팔관, 뼈, 골격근, 피부, 지방조직, 연조직, 폐, 신장, 식도, 림프절, 갑상선, 방광, 췌장, 전립선, 직장, 비장, 위, 척수, 뇌, 고환, 간, 갑상선 및 침샘을 포함하는 매우 다양한 정상 조직에서 NXPH1의 발현은 대체로 낮았다(<299 RFU). 본 명세서에 나타낸 유방 유래의 악성 종양에서 상승된 NXPH1 발현의 특이도는 NXPH1이 유방암(예를 들어, 유방 종양 소엽암종, 유방 침윤성 유관암 및 전이 유방 종양을 포함하지만, 이들로 제한되지 않음)의 진단을 위한 마커이며, 유방암에서 치료적 개입을 위한 표적이라는 것을 보여준다.
NXPH1을 표적화하는 치료제는 본 명세서에 기재된 방법을 사용하여 확인할 수 있고, NXPH1을 표적화하는 치료제는 NXPH1의 활성을 조절하는 항체를 포함하지만, 이들로 제한되지 않는다. 항체의 제조 및 사용을 본 명세서에 기재한다.
실시예 20
SERHL2: SERHL2(등록번호 NM_014509.3)는 호모 사피엔스 세린 하이드롤라제-유사 2를 암호화한다. 놀랍게도, SERHL2는 유방 종양에 대한 신규한 마커라는 것을 본 명세서에 개시한다. 도 14에 나타내는 바와 같이, SERHL2 발현을 일루미나(Illumina) 마이크로어레이에 의해 분석하였고, SERHL2(프로브 서열 CATGATAGACACGATGAAATCCACCCTCAAAGAG CAGTTCCAGTTTGTGG (서열번호 108); 일루미나(Illumina) 프로브 ID ILMN_2231299)에 특이적인 프로브는 유방 종양 소엽암종, 유방 침윤성 유관암 및 전이 유방 종양에서 강한 유전자 발현을 검출하였다(>145 RFU). 대조적으로, 정상 유방, 결장, 직장, 자궁경부, 자궁내막, 자궁근층, 난소, 나팔관, 뼈, 골격근, 피부, 지방조직, 연조직, 폐, 신장, 식도, 림프절, 갑상선, 방광, 췌장, 전립선, 직장, 비장, 위, 척수, 뇌, 고환, 간, 갑상선 및 침샘을 포함하는 매우 다양한 정상 조직에서 SERHL2의 발현은 대체로 낮았다(<145 RFU). 본 명세서에 나타낸 유방 유래의 악성 종양에서 상승된 SERHL2 발현의 특이도는 SERHL2가 유방암(예를 들어, 유방 종양 소엽암종, 유방 침윤성 유관암 및 전이 유방 종양을 포함하지만, 이들로 제한되지 않음)의 진단을 위한 마커이며, 유방암에서 치료적 개입을 위한 표적이라는 것을 보여준다.
SERHL2를 표적화하는 치료제는 본 명세서에 기재된 방법을 사용하여 확인할 수 있고, SERHL2를 표적화하는 치료제는 SERHL2의 활성을 조절하는 항체를 포함하지만, 이들로 제한되지 않는다. 항체의 제조 및 사용을 본 명세서에 기재한다.
실시예 21
SYCP2 : SYCP2(등록번호 NM_014258.2)는 호모 사피엔스 접합복합체 단백질 2를 암호화한다. 놀랍게도, SYCP2는 유방 종양에 대한 신규한 마커라는 것을 본 명세서에 개시한다. 도 15에 나타내는 바와 같이, SYCP2 발현을 일루미나(Illumina) 마이크로어레이에 의해 분석하였고, SYCP2(프로브 서열 GGATGAGAGGGAACCACTATAACATGAGTCCAAGCCCAGAAGACTTCTGT (서열번호 109); 일루미나(Illumina) 프로브 ID ILMN_2095704)에 특이적인 프로브는 유방 종양 소엽암종, 유방 침윤성 유관암 및 전이 유방 종양에서 강한 유전자 발현을 검출하였다(>154 RFU). 대조적으로, 정상 유방, 결장, 직장, 자궁경부, 자궁내막, 자궁근층, 난소, 나팔관, 뼈, 골격근, 피부, 지방조직, 연조직, 폐, 신장, 식도, 림프절, 갑상선, 방광, 췌장, 전립선, 직장, 비장, 위, 척수, 뇌, 고환, 간, 갑상선 및 침샘을 포함하는 매우 다양한 정상 조직에서 SYCP2의 발현은 대체로 낮았다(<154 RFU). 본 명세서에 나타낸 유방 유래의 악성 종양에서 상승된 SYCP2 발현의 특이도는 SYCP2가 유방암(예를 들어, 유방 종양 소엽암종, 유방 침윤성 유관암 및 전이 유방 종양을 포함하지만, 이들로 제한되지 않음)의 진단을 위한 마커이며, 유방암에서 치료적 개입을 위한 표적이라는 것을 보여준다.
SYCP2를 표적화하는 치료제는 본 명세서에 기재된 방법을 사용하여 확인할 수 있고, SYCP2를 표적화하는 치료제는 SYCP2의 활성을 조절하는 항체를 포함하지만, 이들로 제한되지 않는다. 항체의 제조 및 사용을 본 명세서에 기재한다.
실시예 22
DS9687: 등록번호 DS9687은 D59687 클론테크(Clontech) 인간 태아 뇌 폴리A+ mRNA(#6535) 호모 사피엔스 cDNA 클론 GEN-056E10 5, mRNA 서열을 암호화한다. 놀랍게도, DS9687은 유방 종양에 대한 신규한 마커라는 것을 본 명세서에 개시한다. 도 16에 나타내는 바와 같이, DS9687 발현을 일루미나(Illumina) 마이크로어레이에 의해 분석하였고, DS9687 (프로브 서열 CCTCCACCCTACAAGGTGTGTGCTTGTAACTCAAATTTCCATTTGAGTAA(서열번호 109); 일루미나(Illumina) 프로브 ID ILMN_1840294)에 특이적인 프로브는 유방 종양 소엽암종, 유방 1차 종양(침윤성 유관암) 및 전이 유방 종양에서 강한 유전자 발현을 검출하였다(>100 RFU). 대조적으로, 정상 유방, 결장, 직장, 자궁경부, 자궁내막, 자궁근층, 난소, 나팔관, 뼈, 골격근, 피부, 지방조직, 연조직, 폐, 신장, 식도, 림프절, 갑상선, 방광, 췌장, 전립선, 직장, 비장, 위, 척수, 뇌, 고환, 간, 갑상선 및 침샘을 포함하는 매우 다양한 정상 조직에서 DS9687의 발현은 대체로 낮았다(<100 RFU). 본 명세서에 나타낸 유방 유래의 악성 종양에서 상승된 DS9687 발현의 특이도는 DS9687가 유방암(예를 들어, 유방 종양 소엽암종, 유방 침윤성 유관암 및 전이 유방 종양을 포함하지만, 이들로 제한되지 않음)의 진단을 위한 마커이며, 유방암에서 치료적 개입을 위한 표적이라는 것을 보여준다.
DS9687을 표적화하는 치료제는 본 명세서에 기재된 방법을 사용하여 확인할 수 있고, DS9687을 표적화하는 치료제는 DS9687의 활성을 조절하는 항체를 포함하지만, 이들로 제한되지 않는다. 항체의 제조 및 사용을 본 명세서에 기재한다.
실시예 23
CYP4Z1: CYP4Z1(등록번호 NM_178134.2)은 호모 사피엔스 사이토크롬 P450, 패밀리 4, 서브패밀리 Z, 폴리펩타이드 1을 암호화한다. 놀랍게도, CYP4Z1은 유방 종양에 대한 신규한 마커라는 것을 본 명세서에 개시한다. 도 17에 나타내는 바와 같이, CYP4Z1 발현을 일루미나(Illumina) 마이크로어레이에 의해 분석하였고, CYP4Z1(프로브 서열 CACCACGATGT GCATCAAGGAATGCCTCCGCCTCTACGCACCGGTAGTAA(서열번호 110); 일루미나(Illumina) 프로브 ID ILMN_2359698)에 특이적인 프로브는 유방 종양 소엽암종, 유방 침윤성 유관암 및 전이 유방 종양에서 강한 유전자 발현을 검출하였다(>100 RFU). 대조적으로, 정상 유방, 결장, 직장, 자궁경부, 자궁내막, 자궁근층, 난소, 나팔관, 뼈, 골격근, 피부, 지방조직, 연조직, 폐, 신장, 식도, 림프절, 갑상선, 방광, 췌장, 전립선, 직장, 비장, 위, 척수, 뇌, 고환, 간, 갑상선 및 침샘을 포함하는 매우 다양한 정상 조직에서 CYP4Z1의 발현은 대체로 낮았다(<100 RFU). 본 명세서에 나타낸 유방 유래의 악성 종양에서 상승된 CYP4Z1 발현의 특이도는 CYP4Z1가 유방암(예를 들어, 유방 종양 소엽암종, 유방 침윤성 유관암 및 전이 유방 종양을 포함하지만, 이들로 제한되지 않음)의 진단을 위한 마커이며, 유방암에서 치료적 개입을 위한 표적이라는 것을 보여준다.
CYP4Z1을 표적화하는 치료제는 본 명세서에 기재된 방법을 사용하여 확인할 수 있고, CYP4Z1을 표적화하는 치료제는 CYP4Z1의 활성을 조절하는 항체를 포함하지만, 이들로 제한되지 않는다. 항체의 제조 및 사용을 본 명세서에 기재한다.
실시예 24
LOC730024: LOC730024(등록번호 XR_015755.1)는 남성 불임 도메인 함유 1과 유사한 호모 사피엔스를 암호화한다. 놀랍게도, LOC730024는 유방 종양에 대한 신규한 마커라는 것을 본 명세서에 개시한다. 도 18에 나타내는 바와 같이, LOC730024 발현을 일루미나(Illumina) 마이크로어레이에 의해 분석하였고, LOC730024(프로브 서열 GCTGAGT CAATGGCTTTGAGAATGTCACTGCATATGGGAGATTGAGGCCC (서열번호 111); 일루미나(Illumina) 프로브 ID ILMN_1674747)에 특이적인 프로브는 유방 종양 소엽암종에서 강한 유전자 발현을 검출하였다(>105 RFU). 대조적으로, 정상 유방, 결장, 직장, 자궁경부, 자궁내막, 자궁근층, 난소, 나팔관, 뼈, 골격근, 피부, 지방조직, 연조직, 폐, 신장, 식도, 림프절, 갑상선, 방광, 췌장, 전립선, 직장, 비장, 위, 척수, 뇌, 고환, 간, 갑상선 및 침샘을 포함하는 매우 다양한 정상 조직에서 LOC730024의 발현은 대체로 낮았다(<105 RFU). 본 명세서에 나타낸 유방 유래의 악성 종양에서 상승된 LOC730024 발현의 특이도는 LOC730024가 유방암(예를 들어, 유방 종양 소엽암종, 유방 침윤성 유관암 및 전이 유방 종양을 포함하지만, 이들로 제한되지 않음)의 진단을 위한 마커이며, 유방암에서 치료적 개입을 위한 표적이라는 것을 보여준다.
LOC730024를 표적화하는 치료제는 본 명세서에 기재된 방법을 사용하여 확인할 수 있고, LOC730024를 표적화하는 치료제는 LOC730024의 활성을 조절하는 항체를 포함하지만, 이들로 제한되지 않는다. 항체의 제조 및 사용을 본 명세서에 기재한다.
실시예 25
NOS1AP: NOS1AP(등록번호 NM_014697.1)는 호모 사피엔스 일산화질소 신타제 1(neuronal) 어댑터 단백질을 암호화한다. 놀랍게도, NOS1AP는 유방 종양에 대한 신규한 마커라는 것을 본 명세서에 개시한다. 도 19에 나타내는 바와 같이, NOS1AP 발현을 일루미나(Illumina) 마이크로어레이에 의해 분석하였고, NOS1AP(프로브 서열 CTTTTGCAGCACTTTACCTCTCTGAAAGCCCCAGAGGACCAGAGCCCCC (서열번호 112); 일루미나(Illumina) 프로브 ID ILMN_1710315)에 특이적인 프로브는 유방 종양 소엽암종, 유방 침윤성 유관암 및 전이 유방 종양에서 강한 유전자 발현을 검출하였다(>100 RFU). 대조적으로, 정상 유방, 결장, 직장, 자궁경부, 자궁내막, 자궁근층, 난소, 나팔관, 뼈, 골격근, 피부, 지방조직, 연조직, 폐, 신장, 식도, 림프절, 갑상선, 방광, 췌장, 전립선, 직장, 비장, 위, 척수, 고환, 간, 갑상선 및 침샘을 포함하는 매우 다양한 정상 조직에서 NOS1AP의 발현은 대체로 낮았으며(<100 RFU), 뇌를 제외한다(165 RFU). 본 명세서에 나타낸 유방 유래의 악성 종양에서 상승된 NOS1AP 발현의 특이도는 NOS1AP가 유방암(예를 들어, 유방 종양 소엽암종, 유방 침윤성 유관암 및 전이 유방 종양을 포함하지만, 이들로 제한되지 않음)의 진단을 위한 마커이며, 유방암에서 치료적 개입을 위한 표적이라는 것을 보여준다.
NOS1AP를 표적화하는 치료제는 본 명세서에 기재된 방법을 사용하여 확인할 수 있고, NOS1AP 표적화하는 치료제는 NOS1AP의 활성을 조절하는 항체를 포함하지만, 이들로 제한되지 않는다. 항체의 제조 및 사용을 본 명세서에 기재한다.
실시예 26
UGT2B28: UGT2B28(등록번호 NM_053039.1)은 호모 사피엔스 UDP 글루쿠로노실트랜스퍼라제 2 패밀리, 폴리펩타이드 B28을 암호화한다. 놀랍게도, 본 명세서에서 UGT2B28은 유방 종양에 대한 신규한 마커라는 것을 본 명세서에 개시한다. 도 20에서 나타내는 바와 같이, UGT2B28 발현을 일루미나(Illumina) 마이크로어레이에 의해 분석하였고, UGT2B28(프로브 서열 GTGATGTGCCACAAAGGAGCCAAACACCTTCGAGTTGC AGCCCGTGACCT (서열번호 113); 일루미나(Illumina) 프로브 ID ILMN_1781859)에 특이적인 프로브는 유방 종양 소엽암종, 유방 침윤성 유관암 및 전이 유방 종양에서 강한 유전자 발현을 검출하였다(>220 RFU). 대조적으로, 정상 유방, 결장, 직장, 자궁경부, 자궁내막, 자궁근층, 난소, 나팔관, 뼈, 골격근, 피부, 지방조직, 연조직, 폐, 신장, 식도, 림프절, 갑상선, 방광, 췌장, 전립선, 직장, 비장, 위, 척수, 뇌, 고환, 간, 갑상선 및 침샘을 포함하는 매우 다양한 정상 세포에서 UGT2B28의 발현은 대체로 낮았다(<220 RFU). 본 명세서에 나타낸 유방 유래의 악성 종양에서 상승된 UGT2B28 발현의 특이도는 UGT2B28가 유방암(예를 들어, 유방 종양 소엽암종, 유방 침윤성 유관암 및 전이 유방 종양을 포함하지만, 이들로 제한되지 않음)의 진단을 위한 마커이며, 유방암에서 치료적 개입을 위한 표적이라는 것을 보여준다.
UGT2B28을 표적화하는 치료제는 본 명세서에 기재된 방법을 사용하여 확인할 수 있고, UGT2B28을 표적화하는 치료제는 UGT2B28의 활성을 조절하는 항체를 포함하지만, 이들로 제한되지 않는다. 항체의 제조 및 사용을 본 명세서에 기재한다.
실시예 27
GRM4: GRM4(등록번호 NM_000841.1)는 호모 사피엔스 글루타메이트 수용체, 대사성 4를 암호화한다. 놀랍게도, GRM4는 유방 종양에 대한 신규한 마커라는 것을 본 명세서에 개시한다. 도 21에서 나타내는 바와 같이, GRM4 발현을 일루미나(Illumina) 마이크로어레이에 의해 분석하였고, GRM4(프로브 서열 TCGAGTGTGTTGCCAAGTGCTGCGTCCTCCTG GTGGCCTCTGTGTGTGTC (서열번호 114); 일루미나(Illumina) 프로브 ID ILMN_1752843)에 특이적인 프로브는 유방 종양 소엽암종, 유방 침윤성 유관암 및 전이 유방 종양에서 강한 유전자 발현을 검출하였다(>100 RFU). 대조적으로, 정상 유방, 결장, 직장, 자궁경부, 자궁내막, 자궁근층, 난소, 나팔관, 뼈, 골격근, 피부, 지방조직, 연조직, 폐, 신장, 식도, 림프절, 갑상선, 방광, 췌장, 전립선, 직장, 비장, 위, 척수, 뇌, 고환, 간, 갑상선 및 침샘을 포함하는 매우 다양한 정상 조직에서 GRM4의 발현은 대체로 낮았다(<100 RFU). 본 명세서에 나타낸 유방 유래의 악성 종양에서 상승된 GRM4 발현의 특이도는 GRM4가 유방암(예를 들어, 유방 종양 소엽암종, 유방 침윤성 유관암 및 전이 유방 종양을 포함하지만, 이들로 제한되지 않음)의 진단을 위한 마커이며, 유방암에서 치료적 개입을 위한 표적이라는 것을 보여준다.
GRM4를 표적화하는 치료제는 본 명세서에 기재된 방법을 사용하여 확인할 수 있고, GRM4를 표적화하는 치료제는 GRM4의 활성을 조절하는 항체를 포함하지만, 이들로 제한되지 않는다. 항체의 제조 및 사용을 본 명세서에 기재한다.
실시예 28
FLJ30428: FLJ30428(등록번호 XM_496597.4)은 가설 단백질 A230046P18에 유사한 호모사피엔스; cDNA 서열 BC055759를 암호화한다. 놀랍게도, FLJ30428는 유방 종양에 대한 신규한 마커라는 것을 본 명세서에 개시한다. 도 22에서 나타내는 바와 같이, FLJ30428 발현을 일루미나(Illumina) 마이크로어레이에 의해 분석하였고, FLJ30428 (프로브 서열 TTGGGACACTAACCATCCAGGTCAAGAAAAGTCACATGCCATAGCCATGG (서열번호 115); 일루미나(Illumina) 프로브 ID ILMN_3184067)에 대해 특이적인 프로브는 유방 종양 소엽암종 및 유방 침윤성 유관암에서 강한 유전자 발현을 검출하였다(>305 RFU). 대조적으로, 정상 유방, 결장, 직장, 자궁경부, 자궁내막, 자궁근층, 난소, 나팔관, 뼈, 골격근, 피부, 지방조직, 연조직, 폐, 신장, 식도, 림프절, 갑상선, 방광, 췌장, 전립선, 직장, 비장, 위, 척수, 뇌, 고환, 간, 갑상선 및 침샘을 포함하는 매우 다양한 정상 조직에서 FLJ30428의 발현은 대체로 낮았다(<305 RFU). 본 명세서에 나타낸 유방 유래의 악성 종양에서 상승된 FLJ30428 발현의 특이도는 FLJ30428가 유방암(예를 들어, 유방 종양 소엽암종, 유방 침윤성 유관암 및 전이 유방 종양을 포함하지만, 이들로 제한되지 않음)의 진단을 위한 마커이며, 유방암에서 치료적 개입을 위한 표적이라는 것을 보여준다.
FLJ30428을 표적화하는 치료제는 본 명세서에 기재된 방법을 사용하여 확인할 수 있고, FLJ30428을 표적화하는 치료제는 FLJ30428의 활성을 조절하는 항체를 포함하지만, 이들로 제한되지 않는다. 항체의 제조 및 사용을 본 명세서에 기재한다.
실시예 29
LOC440905: LOC440905(등록번호 NM_001013711.1)는 호모 사피엔스 가설 단백질 LOC440905를 암호화한다. 놀랍게도, LOC440905는 유방 종양에 대한 신규한 마커라는 것을 본 명세서에 개시한다. 도 23에서 나타내는 바와 같이, LOC440905 발현을 일루미나(Illumina) 마이크로어레이에 의해 분석하였고, LOC440905(프로브 서열 TGTGATC AAGACTCAGAAGCACGAACAGTATTGCCCTCTGTGTTAGCCCC (서열번호 116); 일루미나(Illumina) 프로브 ID ILMN_1677764)에 특이적인 프로브는 유방 종양 소엽암종에서 강한 유전자 발현을 검출하였다(>200 RFU). 대조적으로, 정상 유방, 결장, 직장, 자궁경부, 자궁내막, 자궁근층, 난소, 나팔관, 뼈, 골격근, 피부, 지방조직, 연조직, 폐, 신장, 식도, 림프절, 갑상선, 방광, 췌장, 전립선, 직장, 비장, 위, 척수, 뇌, 간, 갑상선 및 침샘을 포함하는 매우 다양한 정상 조직에서 LOC440905의 발현은 대체로 낮았고(<200 RFU), 고환을 제외한다(238 RFU). 본 명세서에 나타낸 유방 유래의 악성 종양에서 상승된 LOC440905 발현의 특이도는 LOC440905가 유방암(예를 들어, 유방 종양 소엽암종, 유방 침윤성 유관암 및 전이 유방 종양을 포함하지만, 이들로 제한되지 않음)의 진단을 위한 마커이며, 유방암에서 치료적 개입을 위한 표적이라는 것을 보여준다.
LOC440905를 표적화하는 치료제는 본 명세서에 기재된 방법을 사용하여 확인할 수 있고, LOC440905를 표적화하는 치료제는 LOC440905의 활성을 조절하는 항체를 포함하지만, 이들로 제한되지 않는다. 항체의 제조 및 사용을 본 명세서에 기재한다.
실시예 30
LOC642460 : LOC642460(등록번호 XR_016169.1)은 안키린 반복 도메인 30A와 유사한 호모 사피엔스를 암호화한다. 놀랍게도, LOC642460은 유방 종양에 대한 신규한 마커라는 것을 본 명세서에 개시한다. 도 24에서 나타내는 바와 같이, LOC642460 발현을 일루미나(Illumina) 마이크로어레이에 의해 분석하였고, LOC642460(프로브 서열 AAGCCTACCTGTGGAAGGAAAGTTTCTCTTCCAAATAAAGCCTTA GAATT (서열번호 117); 일루미나(Illumina) 프로브 ID ILMN_1672000)에 특이적인 프로브는 유방 종양 소엽암종, 유방 침윤성 유관암 및 전이 유방 종양에서 강한 유전자 발현을 검출하였다(>120 RFU). 대조적으로, 정상 유방, 결장, 직장, 자궁경부, 자궁내막, 자궁근층, 난소, 나팔관, 뼈, 골격근, 피부, 지방조직, 연조직, 폐, 신장, 식도, 림프절, 갑상선, 방광, 췌장, 전립선, 직장, 비장, 위, 척수, 뇌, 고환, 간, 갑상선 및 침샘을 포함하는 매우 다양한 정상 조직에서 LOC642460의 발현은 대체로 낮았다(<120 RFU). 본 명세서에 나타낸 유방 유래의 악성 종양에서 상승된 LOC642460 발현의 특이도는 LOC642460가 유방암(예를 들어, 유방 종양 소엽암종, 유방 침윤성 유관암 및 전이 유방 종양을 포함하지만, 이들로 제한되지 않음)의 진단을 위한 마커이며, 유방암에서 치료적 개입을 위한 표적이라는 것을 보여준다.
LOC642460을 표적화하는 치료제는 본 명세서에 기재된 방법을 사용하여 확인할 수 있고, LOC642460을 표적화하는 치료제는 LOC642460의 활성을 조절하는 항체를 포함하지만, 이들로 제한되지 않는다. 항체의 제조 및 사용을 본 명세서에 기재한다.
실시예 31
MTL5 : MTL5(등록번호 NM_004923.3)은 호모 사피엔스 메탈로티오네인-유사 5, 고환-특이적(테스민)을 암호화한다. 놀랍게도, MTL5는 유방 종양에 대한 신규한 마커라는 것을 본 명세서에 개시한다. 도 25에서 나타내는 바와 같이, MTL5 발현을 일루미나(Illumina) 마이크로어레이에 의해 분석하였고, MTL5(프로브 서열 AGATATTTCCCCAGAGGCACGCGAACTGTCAGTCTTTCCTAAGGCCCCCG (서열번호 118); 일루미나(Illumina) 프로브 ID ILMN_1661778)에 특이적인 프로브는 유방 종양 소엽암종, 유방 침윤성 유관암 및 전이 유방 종양에서 강한 유전자 발현을 검출하였다(>100 RFU). 대조적으로, 정상 유방, 결장, 직장, 자궁경부, 자궁내막, 자궁근층, 난소, 나팔관, 뼈, 골격근, 피부, 지방조직, 연조직, 폐, 신장, 식도, 림프절, 갑상선, 방광, 췌장, 전립선, 직장, 비장, 위, 척수, 뇌, 간, 갑상선 및 침샘을 포함하는 매우 다양한 정상 조직에서 MTL5의 발현은 대체로 낮았고(<100 RFU), 고환을 제외한다(569 RFU). 본 명세서에 나타낸 유방 유래의 악성 종양에서 상승된 MTL5 발현의 특이도는 MTL5가 유방암(예를 들어, 유방 종양 소엽암종, 유방 침윤성 유관암 및 전이 유방 종양을 포함하지만, 이들로 제한되지 않음)의 진단을 위한 마커이며, 유방암에서 치료적 개입을 위한 표적이라는 것을 보여준다.
MTL5를 표적화하는 치료제는 본 명세서에 기재된 방법을 사용하여 확인할 수 있고, MTL5를 표적화하는 치료제는 MTL5의 활성을 조절하는 항체를 포함하지만, 이들로 제한되지 않는다. 항체의 제조 및 사용을 본 명세서에 기재한다.
실시예 32
GRPR: GRPR(등록번호 NM_005314.2)을 호모 사피엔스 가스트린-방출 펩타이드 수용체를 암호화한다. 놀랍게도, GRPR은 유방 종양에 대한 신규한 마커라는 것을 본 명세서에 개시한다. 도 26에서 나타내는 바와 같이, GRPR 발현을 일루미나(Illumina) 마이크로어레이에 의해 분석하였고, GRPR(프로브 서열 GGAGGTTTTGTTTGCTGCTACGGTTTTAATCAT CCAGGGTGCCATTCCAC (서열번호 119); 일루미나(Illumina) 프로브 ID ILMN_2119123)에 특이적인 프로브는 유방 종양 소엽암종, 유방 1차 종양(침윤성 유관암) 및 전이 유방 종양에서 강한 유전자 발현을 검출하였다(>140 RFU). 대조적으로, 정상 유방, 결장, 직장, 자궁경부, 자궁내막, 자궁근층, 난소, 나팔관, 뼈, 골격근, 피부, 지방조직, 연조직, 폐, 신장, 식도, 림프절, 갑상선, 방광, 전립선, 직장, 비장, 위, 척수, 뇌, 고환, 간, 갑상선 및 침샘을 포함하는 매우 다양한 정상 조직에서 GRPR의 발현은 대체로 낮았고(<140 RFU), 췌장을 제외한다(396 RFU). 본 명세서에 나타낸 유방 유래의 악성 종양에서 상승된 GRPR 발현의 특이도는 GRPR이 유방암(예를 들어, 유방 종양 소엽암종, 유방 침윤성 유관암 및 전이 유방 종양을 포함하지만, 이들로 제한되지 않음)의 진단을 위한 마커이며, 유방암에서 치료적 개입을 위한 표적이라는 것을 보여준다.
GRPR을 표적화하는 치료제는 본 명세서에 기재된 방법을 사용하여 확인할 수 있고, GRPR을 표적화하는 치료제는 GRPR의 활성을 조절하는 항체를 포함하지만, 이들로 제한되지 않는다. 항체의 제조 및 사용을 본 명세서에 기재한다.
실시예 33
COL10A1 : COL10A1(등록번호 NM_000493.3)은 호모 사피엔스 콜라겐, X형, 알파 1을 암호화한다. 놀랍게도, COL10A1은 유방 종양에 대한 신규한 마커라는 것을 본 명세서에 개시한다. 도 27에서 나타내는 바와 같이, COL10A1 발현을 일루미나(Illumina) 마이크로어레이에 의해 분석하였고, COL10A1(프로브 서열 CCCCTAAAATATTTCTGATGGTGCACTACTCTGAGGCCTGTATGGCCCCT (서열번호 120); 일루미나(Illumina) 프로브 IDILMN_1672776)에 특이적인 프로브는 유방 종양 소엽암종, 유방 침윤성 유관암 및 전이 유방 종양에서 강한 유전자 발현을 검출하였다(>100 RFU). 대조적으로, 정상 유방, 결장, 직장, 자궁경부, 자궁내막, 자궁근층, 난소, 나팔관, 뼈, 골격근, 피부, 지방조직, 연조직, 폐, 신장, 식도, 림프절, 갑상선, 방광, 췌장, 전립선, 직장, 비장, 위, 척수, 뇌, 고환, 간, 갑상선 및 침샘을 포함하는 매우 다양한 정상 조직에서 COL10A1의 발현은 대체로 낮았고(<100 RFU), 췌장을 제외한다(487 RFU). 본 명세서에 나타낸 유방 유래의 악성 종양에서 상승된 COL10A1 발현의 특이도는 COL10A1이 유방암(예를 들어, 유방 종양 소엽암종, 유방 침윤성 유관암 및 전이 유방 종양을 포함하지만, 이들로 제한되지 않음)의 진단을 위한 마커이며, 유방암에서 치료적 개입을 위한 표적이라는 것을 보여준다.
COL10A1을 표적화하는 치료제는 본 명세서에 기재된 방법을 사용하여 확인할 수 있고, COL10A1을 표적화하는 치료제는 COL10A1의 활성을 조절하는 항체를 포함하지만, 이들로 제한되지 않는다. 항체의 제조 및 사용을 본 명세서에 기재한다.
실시예
34: 암
마커에
대한 조직 샘플의
qPCR
분석
qPCR을 상이한 단계의 유방 종양 상에서 수행하였다. 정상 유방 조직은 음성 대조군으로서 작용하였다. 양성 대조군은 마이크로어레이에 의해 이전에 분석한 특이적인 것으로 알려진 종양이었다. 추가적으로, 환자에서 종양 부위에 인접한 조직을 또한 분석하였다. 다음의 유전자의 발현을 조사하였다: ASCL1, BX116033, C1orf64; COL10A1; DSCR6; FLJ23152; GRM4; TMEM145_1101; POTEG; 및 FSIP.
전체 RNA를 RNeasy 미니키트(퀴아젠(Qiagen))로 추출하였고, 무작위 헥사머 프라이머 단독과 조합으로 또는 올리고-dT 프라이머와 조합으로 슈퍼스크립트(SuperScript) III 역전사효소(모두 인비트로젠(Invitrogen)/라이프 테크놀로지즈(Life Technologies))제의 역전사 성분)를 사용하여 cDNA를 만들었다. SYBR 그린 또는 TaqMan 화학적 성질을 사용하여 7900HT 서열 검출 시스템 또는 7500 실시간 PCR 시스템(어플라이드 바이오시스템즈(Applied Biosystems)/라이프 테크놀로지즈(Life Technologies)) 상에서 PCR을 수행하였다. PCR 반응에 대해 사용한 프라이머를 표 7 및 8에 열거한다. PCR 변수는: 2분 동안 50℃에서 활성화; 10분 동안 95℃에서 변성; 그 다음에 15초 동안 95℃의 40 내지 42주기 및 1분 동안 60℃(> 120bp의 앰플리콘에 대해 72℃) 후에 15초 동안 95℃에서 해리; 15초 동안 60℃ 및 15초 동안 95℃.
이하의 표에서 프라이머를 제공한다:
결과를 도 35 내지 44에 제시하며, ASCL1, BX116033, C1orf64; COL10A1; DSCR6; FLJ23152; GRM4; TMEM145_1101; POTEG; 및 FSIP의 발현은 모두 정상 유방 조직에 비해 유방암 환자로부터 얻은 조직 샘플에서 상승되는 것으로 나타났다.
실시예
36:
면역형광
세포화학에 의한 유방 종양 내 콜라겐 X의 검출
정상 유방 조직(암 이력이 없는 공여체)의 파라핀 포매 조직 절편을 애스터랜드(Asterand)(미시간주 디트로이트에 소재)로부터 얻었다. 유방암의 포매 조직 절편을 오리겐(OriGene)(메릴랜드주 록빌에 소재)으로부터 얻었다. 절편을 자일렌 중에서 탈왁싱하였고, 에탄올(100%, 95%, 70%)의 주기에서 재수화시킨 다음에 증류수 중에서 세척하였다. IHC-스티머 세트(Steamer Set)(IHC 월드 #IW-1102)를 사용하여 95℃ 40분에서 슬라이드를 인큐베이션시킴으로써 에피토프 회수 완충제(IHC 월드 #IW-1100) 중에서 항원 회수를 수행하였다. 1:50 희석에서 단클론성 마우스 항인간 콜라겐 X 항체(시그마 알드리치(Sigma Aldrich) #C7974)를 1:50 희석에서 토끼 항인간 CD31 다클론성 항체(Abcam #32457)와 조합으로 사용하여 면역염색을 수행하였다. 알렉사 플루오르(Alexa Fluor) 488 당나귀 항토끼 IgG(라이프 사이언스(Life Sciences) #21206) 및 알렉사 플루오르 594 항마우스 IgM(라이프 사이언스 #21044)을 1:200 희석에서 사용하여 1차 항체를 검출하였다.
DAPI를 지니는 벡타쉴드(Vectashield) 봉입제를 사용하여 염색 샘플(벡터 래버러토리즈(Vector Laboratories) #H-1200)를 보존하였다. 10,000의 배율에서 니콘 이클립스(Nikon Eclipse) TE2000-U 및 X-사이트(X-Cite) 120 형광 발광 시스템(루멘 다이나믹스(Lumen Dynamics))를 사용하여 200 밀리초의 노출시간으로 영상을 촬영하였다.
결과를 도 45에 나타내며, 이는 콜라겐X 단백질이 ICC에 의해 유방 종양에서 검출되었지만, 정상 유방 조직에서 검출되지 않았다는 것을 보여준다.
실시예
37:
면역형광
세포화학에 의한 유방 종양 내
MMP11
의 검출
파라핀 포매 조직 절편을 애스터랜드(Asterand)(미시간주 디트로이트에 소재)로부터 얻었다. 이들 표본은 정상 유방 조직(암의 이력이 없는 공여체), 유방의 섬유선종 및 유방 유관 세포 암종을 포함하였다. 항체로 염색하기 전, 절편을 자일렌 중에서 탈왁싱시켰고, 에탄올(100%, 95%, 70%)의 주기로 재수화시킨 다음, 증류수로 세척하였다. IHC-스티머 세트(IHC 월드 #IW-1102)를 사용하여 95℃ 40분에서 슬라이드를 인큐베이션시킴으로써 에피토프 회수 완충제(IHC 월드 #IW-1100) 중에서 항원 회수를 수행하였다. 1:100 희석에서 다클론성 토끼 항인간 MMP11 항체(Abcam #ab52904)를 사용하여 면역염색을 수행하였다. 1:200 희석에서 알렉사 플루오르 594 당나귀 항 토끼 IgG(라이프 사이언스 #A21207)를 사용하여 1차 항체를 검출하였다.
DAPI를 지니는 벡타쉴드(Vectashield) 봉입제를 사용하여 염색 샘플(벡터 래버러토리즈(Vector Laboratories) #H-1200)를 보존하였다. 10,000의 배율에서 니콘 이클립스(Nikon Eclipse) TE2000-U 및 X-사이트 120 형광 발광 시스템(루멘 다이나믹스(Lumen Dynamics))를 사용하여 400 밀리초의 노출시간으로 영상을 촬영하였다.
결과를 도 46에 나타내며, 이는 MMP11 단백질이 ICC에 의해 유방 종양 샘플에서 검출되지만, 정상 유방 조직에서 검출되지 않는다는 것을 보여준다.
실시예
38: 유방암
환자에서
ANKRD30A
,
C1ORF64
,
COL10A1
,
MMP11
,
COL11A1
및
POTEG
의 혈청 검출 수준
제조업자의 설명서에 따라 USCN ELISA 키트(USCN)를 사용하여 유방암 환자로부터 얻은 혈청 중에서 단백질 ANKRD30A, C1ORF64, COL10A1, MMP11, COL11A1 및 POTEG의 수준을 분석하였다. 간략하게, 100㎕의 블랭크(blank), 표준 및 샘플을 96 웰 플레이트의 적절한 웰에 첨가한 후 37℃에서 2시간 인큐베이션시켰다. 액체를 제거한 후, 100ul의 검출 시약 A를 각 웰에 첨가하였고, 1시간 동안 37℃에서 인큐베이션시켰다. 시약 A의 제거 후, 각 웰을 3회 350uL의 세척 용액으로 세척하였다. 100uL의 검출 시약 B를 각 웰에 첨가한 다음, 37℃에서 30분 동안 인큐베이션시켰다. 시약 B의 제거 후, 각 웰을 350uL의 세척 용액으로 5회 세척하였다. 90uL의 기질 용액을 각 웰에 첨가하였고, 37℃에서 15 내지 25분 동안 인큐베이션시켰다. 50uL의 중단 용액을 각 웰에 첨가하였다. 플레이트를 몰레큘러 디바이스 스펙트라맥스250(Molecular Devices SpectraMax250) 또는 바이테크 시너지(BioTek Synergy) H1 플레이트 판독기 상에서 450㎚에서 판독하였다. 표준 곡선을 키트에 적용된 표준으로부터 유도하였고, 샘플 값을 이 곡선으로부터 추론하였다.
도 47 내지 52에서 나타낸 결과는 정상 공여체 혈청에 비해 유방암 환자의 혈청에서 ANKRD30A, C1ORF64, COL10A1, MMP11, COL11A1 및 POTEG의 상승된 수준이 검출되었다는 것을 나타내었다.
실시예
39: 유방암 조직 내
FSIP1
의 검출
진정한 정상 유방(종양에 인접한 정상이 아님), 유방의 섬유선종 및 유방 종양(유관암)의 파라핀 포매 조직 절편을 애스터랜드(Asterand)로부터 얻었다. 절편을 자일렌 중에서 탈왁싱하였고, 에탄올(100%, 95%, 70%)의 주기로 재수화시킨 다음, 증류수로 세척하였다. IHC-스티머 세트(IHC 월드 #IW-1102)를 사용하여 95℃ 40분에서 슬라이드를 인큐베이션시킴으로써 에피토프 회수 완충제(IHC 월드 #IW-1100) 중에서 항원 회수를 수행하였다. IHC-Tek 항체 희석 완충제(IHC 월드 #IW-1001) 중의 1:100 희석에서 다클론성 토끼 항인간 FSIP1 항체(노부스 바이올로지컬스(Novus Biologicals) #NBP1-56460)로 4℃에서 밤새 면역염색을 수행하였다. IHC-Tek 세척 완충제(IHC 월드 #IW-1201) 중의 슬라이드를 30분 동안 인큐베이션시킴으로써 항체를 세척하였고, 10분 마다 완충제를 변화시켰다. 후속적으로, 항체 희석 완충제 중에서 1:200 희석에서 알렉사 플루오르 594 염소 항 토끼 IgG(라이프 사이언스 #21207)와 함께 1시간 동안 슬라이드를 인큐베이션시켰다. 이 인큐베이션 시간 후, 슬라이드를 상기 기재한 바와 같이 세척하였고, DAPI를 지니는 벡타쉴드(Vectashield) 봉입제를 사용하여 염색 샘플(벡터 래버러토리즈(Vector Laboratories) #H-1200)를 보존하였다. 10,000의 배율에서 니콘 이클립스(Nikon Eclipse) TE2000-U 및 X-사이트 120 형광 발광 시스템(루멘 다이나믹스(Lumen Dynamics))를 사용하여 200 밀리초의 노출시간으로 영상을 촬영하였다.
결과를 도 53에 나타내며, 이는 FSIP1이 유방 종양 조직에서 발현되었지만, 정상 유방 조직에서 발현되지 않는다는 것을 보여준다.
실시예
12: 암에서
NMU
의 혈청 검출 수준
단백질 NMU의 수준을 제조업자의 설명서에 따라 USCN ELISA 키트(USCN)를 사용하여 혈청 중에서 분석하였다. 간략하게, 구체화된 희석으로 100㎕의 블랭크, 표준, 및 샘플을 96 웰 플레이트의 적절한 웰에 첨가한 후 37℃에서 2시간 인큐베이션시켰다. 액체를 제거한 후, 100ul의 검출 시약 A를 각 웰에 첨가하였고, 1시간 동안 37℃에서 인큐베이션시켰다. 시약 A의 제거 후, 각 웰을 3회 350uL의 세척 용액으로 세척하였다. 100uL의 검출 시약 B를 각 웰에 첨가한 다음, 37℃에서 30분 동안 인큐베이션시켰다. 시약 B의 제거 후, 각 웰을 350uL의 세척 용액으로 5회 세척하였다. 90uL의 기질 용액을 각 웰에 첨가하였고, 37℃에서 15 내지 25분 동안 인큐베이션시켰다. 50uL의 중단 용액을 각 웰에 첨가하였다. 플레이트를 몰레큘러 디바이스 스펙트라맥스250(Molecular Devices SpectraMax250) 또는 바이테크 시너지(BioTek Synergy) H1 플레이트 판독기 상에서 450㎚에서 판독하였다. 표준 곡선을 키트에 적용된 표준으로부터 유도하였고, 샘플 값을 이 곡선으로부터 추론하였다.
도 54에 나타낸 결과는 NMU가 정상 피험체에 비해 피험체 유방암으로부터 얻은 혈청 중에서 상승되었다는 것을 나타내었다.
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<150> US 61/553,706
<151> 2011-10-31
<160> 142
<170> PatentIn version 2.0
<210> 1
<211> 948
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 1
acatcctgga agagtggcct aggacagctc ctctcctgcc agagctaggc aggcgccgaa 60
gtagccgcat ggccccgtca gaagatccca gggactggag agccaacctc aaaggcacca 120
tccgtgagac aggcctggag accagctccg gtgggaagct ggctggccat cagaagaccg 180
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cagcaaccgc atcaccaccc caagccccca gtcccaatcg agggcttgtc accccaccaa 300
tgaagactta catcgtgttc tgtggggaaa actggcccca tctgactcgg gtgaccccca 360
tgggtggggg atgccttgcc caggccaggg ccaccctgcc gctctgcaga gggtctgtgg 420
cctcagcttc cttcccagtc agcccgctct gcccccagga ggttcccgag gctaagggga 480
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<212> DNA
<213> Homo sapiens
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atgtaaaatt attttgagtt tttaatattt tgataaacgt gtattcctga aactttttga 2160
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aaataaatat tttgaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aa 2262
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<212> DNA
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<212> DNA
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cttctggcca gggaacgtgg aaggcgcacc gacagggatc cggccaggga gggcgagtga 60
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attgagtgta aagtggcagt ggcattaact ctgctccgct tcaagctggc tccagaccac 1440
tcaaggcctc cccagcctgt tcgtcaagtt gtcctcaagt ccaagaatgg aatccatgtg 1500
tttgcaaaaa aagtttgcta attttaagtc ctttcgtata agaattaatg agacaatttt 1560
cctaccaaag gaagaacaaa aggataaata taatacaaaa tatatgtata tggttgtttg 1620
acaaattata taacttagga tacttctgac tggttttgac atccattaac agtaatttta 1680
atttctttgc tgtatctggt gaaacccaca aaaacacctg aaaaaactca agctgacttc 1740
cactgcgaag ggaaattatt ggtttgtgta actagtggta gagtggcttt caagcatagt 1800
ttgatcaaaa ctccactcag tatctgcatt acttttatct ctgcaaatat ctgcatgata 1860
gctttattct cagttatctt tccccataat aaaaaatatc tgccacc 1907
<210> 10
<211> 396
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 10
agaagctgtc tatcgggctc cagcggtcat gtccggcaga ggaaagggcg gaaaaggctt 60
aggcaaaggg ggcgctaagc gccaccgcaa ggtcttgaga gacaacattc agggcatcac 120
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cgtttcgatc ccaaaggccc tttttagggc cgacca 396
<210> 11
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<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 11
tttttttttt ttttaaacaa acttcagctt cttagacggg ctttcagggc tacagaaatc 60
gctcacgttt tacacccgct tatgtaagtg tgtgtgcgct ggagcgggtg tacacaggca 120
tgttcactgc acctgtatac aggtgcaggc gtttcagggg ggcattagct acacagcatt 180
tctcaacctt ttggaagctg gggtaatttg gctctgaaac ctgttccctg ggtcgtgccc 240
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<210> 12
<211> 488
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 12
gcccatggcc gcagccctgg cgctcgtggc gggggtcctg tcgggggcgg tgctgcccct 60
ctggagcgcg cttccgcaat ataaaaagaa aatcacagac aggtgcttcc accactctga 120
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ttcctgtc 488
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<211> 1915
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 13
ggcaacatgg ctcagcaggc ttgccccaga gccatggcaa agaatggact tgtaatttgc 60
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ataataaagc ctgaattctg atcaataaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaa 1915
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<211> 396
<212> DNA
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agaagctgtc tatcgggctc cagcggtcat gtccggcaga ggaaagggcg gaaaaggctt 60
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<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 15
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<210> 16
<211> 2085
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 16
gtttaacatt acagatatcc ttaacatata tatgtgcaga gtagatatct gggaagacac 60
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<210> 17
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<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 17
aggagagcct cccggtgtat ttgaataaac caggttggca aatcatacta tagctgaaag 60
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tactgacttt gtaaaatata aaactaagga aaactc 4476
<210> 18
<211> 4338
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 18
atgttttggg acagtggact aaactttgcc aaaaagtcct ctcactctcg taggactgct 60
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catcaggagg cttgtgcaaa tattctgata gattctggtg ccgatataaa tctcgtagat 240
gtgtatggca acacggctct ccattatgct gtttatagtg agattttgtc agtggtggca 300
aaactgctgt cccatggtgc agtcatcgaa gtgcacaaca aggctagcct cacaccactt 360
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<212> DNA
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<213> Homo sapiens
<400> 23
ctctgaaggc atggcgcgta cgaagcagac tgctcgcaag tccaccggcg gcaaggctcc 60
gcgcaagcag ctggccacca aggcggctcg gaagagcgct ccggccaccg gcggtgtcaa 120
gaagccccat cgctatcggc ctggtacagt ggctctccgc gagattcgcc gctaccagaa 180
gtccaccgag ctgctgatca gaaagctgcc ttttcagcgt ctggtgcgtg agatcgcgca 240
ggacttcaag accgacttgc gcttccagag ctccgcggtg atggcgctgc aagaggcatg 300
cgaggcctac ctggtggggc tctttgagga caccaacctg tgcgccatcc acgccaagcg 360
ggtgactatc atgcccaagg acatccagct cgcacgtcgt atccgcggcg agagggcttg 420
agtctcaagg actcactgat tacataccca aaggctcttt tcagagccac cca 473
<210> 24
<211> 448
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 24
atgtcaggac gcggaaagca gggaggcaag gcccgcgcta aggccaagtc gcgctcgtcc 60
cgcgctggtc tccagttccc ggtggggcga gtgcaccgct tgctgcgcaa aggcaactac 120
gcggagcggg tcggggcagg cgccccggtg tacctggcgg cggtcctcga gtacctgacc 180
gcggaaattc tggagctggc gggcaacgcg gctcgggaca acaagaagac gcgcatcatc 240
cctcgccatc tgcaactagc cgtgaggaat gacgaagagc tcaacaagtt actcgggggt 300
gtcaccattg cccagggcgg cgtcttgccc aatatccagg ctgtcctgtt gcccaagaaa 360
acggagagtc acaagcctgg caagaacaag taattaagag gcttgacacc atactcattc 420
accccaaagg ctcttttaag agccacca 448
<210> 25
<211> 1286
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 25
ggagcgcgcg gtccgggcac acggagcagg ttgggaccgc ggcgggtacc ggggccgggg 60
cgccatgcgg aggccgagcg tgcgcgcggc cgggctggtc ctgtgcaccc tgtgttacct 120
gctggtgggc gctgctgtct tcgacgcgct cgagtccgag gcggaaagcg gccgccagcg 180
actgctggtc cagaagcggg gcgctctccg gaggaagttc ggcttctcgg ccgaggacta 240
ccgcgagctg gagcgcctgg cgctccaggc tgagccccac cgcgccggcc gccagtggaa 300
gttccccggc tccttctact tcgccatcac cgtcatcact accatcgggt acggccacgc 360
cgcgccgggt acggactccg gcaaggtctt ctgcatgttc tacgcgctcc tgggcatccc 420
gctgacgctg gtcactttcc agagcctggg cgaacggctg aacgcggtgg tgcggcgcct 480
cctgttggcg gccaagtgct gcctgggcct gcggtggacg tgcgtgtcca cggagaacct 540
ggtggtggcc gggctgctgg cgtgtgccgc caccctggcc ctcggggccg tcgccttctc 600
gcacttcgag ggctggacct tcttccacgc ctactactac tgcttcatca ccctcaccac 660
catcggcttc ggcgacttcg tggcactgca gagcggcgag gcgctgcaga ggaagctccc 720
ctacgtggcc ttcagcttcc tctacatcct cctggggctc acggtcattg gcgccttcct 780
caacctggtg gtcctgcgct tcctcgttgc cagcgccgac tggcccgagc gcgctgcccg 840
cccccccagc ccgcgccccc cgggggcgcc cgagagccgt ggcctctggc tgccccgccg 900
cccggcccgc tccgtgggct ccgcctctgt cttctgccac gtgcacaagc tggagaggtg 960
cgcccgcgac aacctgggct tttcgccccc ctcgagcccg ggggtcgtgc gtggcgggca 1020
ggctcccagg cctggggccc ggtggaagtc catctgacaa ccccacccag gccagggtcg 1080
aatctggaat gggagggtct ggcttcagct atcagggcac cctccccagg gattggaaac 1140
ggatgacggg cctctaggcg gtcttctgcc acgagcagtt tctcattact gtctgtggct 1200
aagtcccctc cctcctttcc aaaaatatat tacagtcaca ccataaaaaa aaaaaaaaaa 1260
aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaa 1286
<210> 26
<211> 751
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 26
atgggccccg gggacttccg ccgctgcaga gagagaattt cccaggggct ccagggactc 60
ccaggtagag cggagctttg gttcccacct cgtcccgcgt gcgacttctt cggggacggc 120
aggagcacgg acatccagga ggaggccctc gccgccagcc cgctgctgga ggacctcaga 180
cgacggctga cgcgcgcctt ccagtgggcg gtgcagcgcg cgatctcgag gcgcgtgcag 240
gaggcggcgg cggcggcggc ggcgcgggag gagcagagct ggacgggcgt tgaggccacc 300
ctggccaggc tgcgggcgga gctggtggaa atgcatttcc aaaaccacca gctggctaga 360
actttactgg acctaaacat gaaagtgcag caattgaaaa aggagtatga actggaaatt 420
acatcagact cccaaagccc aaaagatgat gctgcgaatc cggaataaag aaatgcacac 480
gcaagggctg ggcgcggtgg ctcacgcctg taatcccagc actttgggag gccgaggcgg 540
gcggatcaag acgtcaggag attgagacca tcctggctaa cactgtgaaa ccctgcctct 600
actaaaaata caaaaaatta gccagacgtg gtggcaggca cctgtagtcc ctgctactca 660
ggagtctgag gcaggagaat ggcgtgaacc caggagacag agcttgcagt gagccgaaat 720
cctgccactg cactccagcc ctgggtgaca g 751
<210> 27
<211> 1568
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 27
cttaatattc acttttaatt cattccacca gagaggaaat gcatgggttt tggataggac 60
tctgtcattt atccctgtaa gaacttgaga aatttattta gtctctctaa gctttggcgt 120
attcaaaatg aagacgatac taacagtacc tacatcatga gtgttacttg aatggagatg 180
tgtaaagtgc attttaattt catctggtcc tttaacattt tcccttcact tctcttcaga 240
gttttttctt gaagggctcg aggactgaag catcccacaa aatgattcta ttgaataatt 300
ctgagcagct gctggcccta ttcaaatctt tagcaaggag cattcctgag tccctgaagg 360
tgtatggctc tctgtttcac atcaatcacg ggaacccctt caacatggag gtgttggtgg 420
actcctggcc cgggtatcag atggttatta tccgacctca aaaacaggag atgactgatg 480
acatggattc atacactaat gtatatcgta tattctccaa agaccctcaa aaatcacaag 540
aagttttgaa aaattctgag atcataaact ggaaacagaa actccaaatc caaggttttc 600
aagaaagttt aggtgagggg ataaaagcag ctgcattttc aaattcagtg aaggtagagc 660
attcgagagc actcctcttt gttacggaag atatcctgaa gctctatgcc accaataaaa 720
gcaagcttgg aagctgggct gagacaggcc acccagatga cgaattggag agcgagactc 780
ccaattttaa gtatgcccag ctgaatgtgt cttattctgg gctggtaaat gacaactgga 840
agctagggat gaataagagg agcctgcatt acatcaagcg ctgcctagga gccctgccag 900
cagtctgtat gctgggccca gagggggtcc cggtctcatg ggtaaccatg gacccttctt 960
gtgaaatagg aatgggctac agtgtggaaa aataccgaag gagaggcaac gcgacacgga 1020
tgatggtgcg atacatgaag tatctgtgtc agaagaatat tccattttac ggctctgtgc 1080
tggaagaaaa tcaaggcgcc atcagaatga ataaggcact aggtttcctt gaggcctcct 1140
gtcagtggca ccaatggacc tgctacccac agaatcttgt tccgttgtag acaatgaagc 1200
tgcttagcaa tcttgggcaa gccatctctt aatattaaag cagacaccac agaatagctt 1260
tcttcactta caaatgttga ttgggcattt atgatatggc aggaactcct tctcacatgg 1320
agacctgatg ttaaaggaca cagccatgct cttgaggagc ttacaatcca agctggaggc 1380
aggggagggt atagtcttta aatatgctta agtgttgtag ggaaggacag agttaccaat 1440
aaacatgtaa ctagaaagcc aggctcagtt cttacctctg ggaatcagaa ctctttatga 1500
aacttgattg atagaatcta ctatctggaa gataattgaa gaactttaat aaaattgtca 1560
atagaata 1568
<210> 28
<211> 653
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 28
gttgaagaga tgagtgcggg gctcatctat ccctggaatt gtctttccca caatccctga 60
cacagaatat gagccataca ggaattctga agaaatgggt ctcttgccac ctcccagtaa 120
aagattattt tttaaaaaaa aaaggctctg ctttgacctg aagtatttta tctatcctca 180
gtctcaggac actgttgatg gaattaaggc caagcacatc tgcaaaaaag acattgctgg 240
aggaggtgca aagagctgga aaccaagtct ccagtcctgg gaaaagcagt ggtatggaaa 300
agcaatggaa agagcatttt gaaaatgcca ttccactgtt ttctggcctt tatgatttct 360
gctgagaaat ccactgttag tctgatgggg tctccttcat agcaccaatg acctgaagag 420
ccttgttgaa ggaagactcc atctgatgac tcagagcaag tattttttag tgtgttattg 480
ttattagcag aaagagggcc ataaaataca tggggcaagc tgaatatatc ttaggcaaaa 540
gaagaaaata ttcaaattct tatgttattt tatctaatta ttttatctct ttttgtgtgt 600
gacttataat gtgtgtattg tattaataaa agtatataaa catgtagttt aca 653
<210> 29
<211> 12644
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 29
cctcccgcct cagttcgcgc cgcgcctcgg cttggaacgc aggagcgccg gctccgggag 60
cccgagcgga gccagccgcg cgcacagcca gcggccgcgc cggcgatgcg gggccacccc 120
gcgcccgccc cagtcccggc cccggccccc gcgggaaggg gctgagctgc ccgccgccgc 180
ccggatggcg agcctcgccg cgctcgccct cagcctgctc ctgaggctgc agctgccgcc 240
actgcccggc gcccgggctc agagcgccgc aggtggctgt tcctttgatg agcactacag 300
caactgtggt tatagtgtgg ctctagggac caatgggttc acctgggagc agattaacac 360
atgggagaaa ccaatgctgg accaggcagt gcccacagga tctttcatga tggtgaacag 420
ctctgggaga gcctctggcc agaaggccca ccttctcctg ccaaccctga aggagaatga 480
cacccactgc atcgacttcc attactactt ctccagccgt gacaggtcca gcccaggggc 540
cttgaacgtc tacgtgaagg tgaatggtgg cccccaaggg aaccctgtgt ggaatgtgtc 600
cggggtcgtc actgagggct gggtgaaggc agagctcgcc atcagcactt tctggccaca 660
tttctatcag gtgatatttg aatccgtctc attgaagggt catcctggct acatcgccgt 720
ggacgaggtc cgggtccttg ctcatccatg cagaaaagca cctcattttc tgcgactcca 780
aaacgtggag gtgaatgtgg ggcagaatgc cacatttcag tgcattgctg gtgggaagtg 840
gtctcagcat gacaagcttt ggctccagca atggaatggc agggacacgg ccctgatggt 900
cacccgtgtg gtcaaccaca ggcgcttctc agccacagtc agtgtggcag acactgccca 960
gcggagcgtc agcaagtacc gctgtgtgat ccgctctgat ggtgggtctg gtgtgtccaa 1020
ctacgcggag ctgatcgtga aagagcctcc cacgcccatt gctcccccag agctgctggc 1080
tgtgggggcc acatacctgt ggatcaagcc aaatgccaac tccatcatcg gggatggccc 1140
catcatcctg aaggaagtgg aatatcgcac caccacaggc acgtgggcag agacccacat 1200
agtcgactct cccaactata agctgtggca tctggacccc gatgttgagt atgagatccg 1260
agtgctcctc acacgaccag gtgagggggg tacgggaccg ccagggcctc ccctcaccac 1320
caggaccaag tgtgcagatc cggtacatgg cccacagaac gtggaaatcg tagacatcag 1380
agcccggcag ctgaccctgc agtgggagcc cttcggctac gcggtgaccc gctgccatag 1440
ctacaacctc accgtgcagt accagtatgt gttcaaccag cagcagtacg aggccgagga 1500
ggtcatccag acctcctccc actacaccct gcgaggcctg cgccccttca tgaccatccg 1560
gctgcgactc ttgctgtcta accccgaggg ccgaatggag agcgaggagc tggtggtgca 1620
gactgaggaa gacgttccag gagctgttcc tctagaatcc atccaagggg ggccctttga 1680
ggagaagatc tacatccagt ggaaacctcc caatgagacc aatggggtca tcacgctcta 1740
cgagatcaac tacaaggctg tcggctcgct ggacccaagt gctgacctct cgagccagag 1800
ggggaaagtg ttcaagctcc ggaatgaaac ccaccacctc tttgtgggtc tgtacccagg 1860
gaccacctat tccttcacca tcaaggccag cacagcaaag ggctttgggc cccctgtcac 1920
cactcggatt gccaccaaaa tttcagctcc atccatgcct gagtacgaca cagacacccc 1980
attgaatgag acagacacga ccatcacagt gatgctgaaa cccgctcagt cccggggagc 2040
tcctgtcagt gtttatcagc tggttgtcaa ggaggagcga cttcagaagt cacggagggc 2100
agctgacatt attgagtgct tttcggtgcc cgtgagctat cggaatgcct ccagcctcga 2160
ttctctacac tactttgctg ctgagttgaa gcctgccaac ctgcctgtca cccagccatt 2220
tacagtgggt gacaataaga catacaatgg ctactggaac cctcctctct ctcccctgaa 2280
aagctacagc atctacttcc aggcactcag caaagccaat ggagagacca aaatcaactg 2340
tgttcgtctg gctacaaaag gtgcctccac ccagaattct aacactgtgg agccagagaa 2400
gcaggtggac aacaccgtga agatggctgg cgtgatcgct ggcctcctca tgttcatcat 2460
cattctcctg ggcgtgatgc tcaccatcaa aaggagaaga aatgcttatt cctactccta 2520
ttacttgaag ctggccaaga agcagaagga gacccagagt ggagcccaga gggagatggg 2580
gcctgtggcc tctgccgaca aacccaccac caagctcagc gccagccgca atgatgaagg 2640
cttctcttct agttctcagg acgtcaacgg attcacagat ggcagccgcg gggagctttc 2700
ccagcccacc ctcacgatcc agactcatcc ctaccgcacc tgtgaccctg tggagatgag 2760
ctacccccgg gaccagttcc aacccgccat ccgggtggct gacttgctgc agcacatcac 2820
gcagatgaag agaggccagg gctacgggtt caaggaggaa tacgaggcct taccagaggg 2880
gcagacagct tcgtgggaca cagccaagga ggatgaaaac cgcaataaga atcgatatgg 2940
gaacatcata tcctacgacc attcccgggt gaggctgctg gtgctggatg gagacccgca 3000
ctctgactac atcaatgcca actacattga cggataccat cgacctcggc actacattgc 3060
gactcaaggt ccgatgcagg agactgtaaa ggacttttgg agaatgatct ggcaggagaa 3120
ctccgccagc atcgtcatgg tcacaaacct ggtggaagtg ggcagggtga aatgtgtgcg 3180
atactggcca gatgacacgg aggtctacgg agacattaaa gtcaccctga ttgaaacaga 3240
gcccctggca gaatacgtca tacgcacctt cacagtccag aagaaaggct accatgagat 3300
ccgggagctc cgcctcttcc acttcaccag ctggcctgac cacggcgttc cctgctatgc 3360
cactggcctt ctgggcttcg tccgccaggt caagttcctc aaccccccgg aagctgggcc 3420
catagtggtc cactgcagtg ctggggctgg gcggactggc tgcttcattg ccattgacac 3480
catgcttgac atggccgaga atgaaggggt ggtggacatc ttcaactgcg tgcgtgagct 3540
ccgggcccaa agggtcaacc tggtacagac agaggagcaa tatgtgtttg tgcacgatgc 3600
catcctggaa gcgtgcctct gtggcaacac tgccatccct gtgtgtgagt tccgttctct 3660
ctactacaat atcagcaggc tggaccccca gacaaactcc agccaaatca aagatgaatt 3720
tcagaccctc aacattgtga caccccgtgt gcggcccgag gactgcagca ttgggctcct 3780
gccccggaac catgataaga atcgaagtat ggacgtgctg cctctggacc gctgcctgcc 3840
cttccttatc tcagtggacg gagaatccag caattacatc aacgcagcac tgatggatag 3900
ccacaagcag cctgccgcct tcgtggtcac ccagcaccct ctacccaaca ccgtggcaga 3960
cttctggagg ctggtgttcg attacaactg ctcctctgtg gtgatgctga atgagatgga 4020
cactgcccag ttctgtatgc agtactggcc tgagaagacc tccgggtgct atgggcccat 4080
ccaggtggag ttcgtctccg cagacatcga cgaggacatc atccacagaa tattccgcat 4140
ctgtaacatg gcccggccac aggatggtta tcgtatagtc cagcacctcc agtacattgg 4200
ctggcctgcc taccgggaca cgcccccctc caagcgctct ctgctcaaag tggtccgacg 4260
actggagaag tggcaggagc agtatgacgg gagggaggga cgtactgtgg tccactgcct 4320
aaatggggga ggccgtagtg gaaccttctg tgccatctgc agtgtgtgtg agatgatcca 4380
gcagcaaaac atcattgacg tgttccacat cgtgaaaaca ctgcgtaaca acaaatccaa 4440
catggtggag accctggaac agtataaatt tgtatacgag gtggcactgg aatatttaag 4500
ctccttttag ctcaatggga tggggaacct gccggagtcc agaggctgct gtgaccaagc 4560
ccccttttgt gtgaatggca gtaactgggc tcaggagctc tgaggtggca ccctgcctga 4620
ctccaaggag aagactggtg gccctgtgtt ccacgggggg ctctgcacct tctgaggggt 4680
ctcctgttgc cgtgggagat gctgctccaa aaggcccagg cttccttttc aacctaacca 4740
gccacagcca agggcccaag cagaagtaca cccacaagca aggccttgga tttctggctc 4800
ccagaccacc tgcttttgtt ctgagtttgt ggatctcttg gcaagccaac tgtgcaggtg 4860
ctggggagtg ggaggctccc ctgccctcct tctccttagg agtggaggag atgtgtgttc 4920
tgctcctcta cgtcatggaa aagattgagg ctcttggggg tcactgctct gctgccccct 4980
gcaacctcct tcaggggcct ctggcaccag acatttgcag tctggaccag tgtgacctta 5040
cgatgttccc taggccacaa gagaggcccc ccatcctcac acctaacctg catggggctt 5100
cgcccacaac cattctgtac cccttcccca gcctgggcct tgaccgtcca gcattcactg 5160
gccggccagc tgtgtccaca gcagtttttg ataaaggtgt tctttgcttt tttgtgtggt 5220
cagtgggagg gggtggaact gcagggaact tctctgctcc tccttgtctt tgtaaaaagg 5280
gaccacctcc ctggggcagg gcttgggctg acctgtagga tgtaacccct gtgtttcttt 5340
ggtggtagct ttctttggaa gagacaaaca agataagatt tgattatttt ccaaagtgta 5400
tgtgaaaaga aactttcttt tggagggtgt aaaatcttag tctcttatgt caaaaagaag 5460
ggggcggggg agtttgagta tgtacctcta agacaaatct ctcgggcctt ttattttttc 5520
ctggcaatgt ccttaaaagc tcccaccctg ggacagcatg ccactgagca aggagagatg 5580
ggtgagcctg aagatggtcc ctttggtttc tggggcaaat agagcaccag ctttgtgcat 5640
aatttggatg tccaaatttg aactccttcc taaagaaacc cagcagccac cttgaaaaag 5700
gccattgtgg agcccattat actttgattt aaaataggcc aagagaatca ggcctggaga 5760
tctagggtct tgtccaaagt gtgagtgagt caatgagagg gaaccaacat ttgctaagtc 5820
tctactgtat gccagggatc atgcttggca ctttccatag gacatttcac acagtcctta 5880
gaacccccag gagagagcta ctgacttgtt atcatctcca tttgatcatc tcctccaatg 5940
aggaaaccca cgcaccttcc ttagtaatga aatcctgggt tccaaagggg caggtaatgg 6000
caatgagact tctccgtgct gttttcttca tcttctctaa gccaagcaat tattttatgg 6060
agggaaaata aggccagaaa cttctgagca gataactcca caaatggaaa tttagtactt 6120
tcttcctgat gccagttctt ctgggaagcg cagaatttca gatatatttt agtaacacat 6180
tcccagctcc ccaggaaagc cagtctcatc taatttctta gtcagtaaaa acaattccct 6240
gttccttcag gctatgaatg gaccagccag ggaaactctc gaccttgatc tctagccagt 6300
gcttaggccc aatatctgac agcctcaggt gggctgggac ctaggaagct ccatcttgaa 6360
ggctggtcta gccccagaca gggcatgagg ggcagagaat tcaagaaggt acagctttgg 6420
ccctcaagag cccactgtat gctggggaaa tggaaccatg gtgcagtagt gtggagtgga 6480
tgagtgttcc atgagcctag gagcaagaaa gtctcttcgg cctcgggctt cctggagaag 6540
gggacgtcca ttcctgctgg gtcttaacaa gcataaaaag gaaaaaaagg aaactcaggc 6600
aaagggatcc atatgtgcaa tggcaaagaa atgtgaaaag gcattgggag aagcagtctg 6660
ggggaggcca gcccagtgcg ggcacagcac aacacgggga gcagcaagag atgagccagg 6720
gtccaggaga cagatgccca tcgcgagtac agactttgtc ctattggcaa caaggagtcc 6780
atggagcttt agagagatgc actcagcttc gtgttggcca agactccttc tgggccaatg 6840
gggctgcctc ttttcctttc atcagacact gtgaaaacat tcccttaagc gtgcactttt 6900
taatatcaca tctatttgtc tgtctgctca ttgttttgtt gctggaacta aatatgcaat 6960
ggatcatgag actcagattc tatgagaaac ccagggtctc tgctttacca cggagcaggg 7020
tcaccaaccc agatctccag gcccatgagg atggaacatg aaaggagccg acaaaagttg 7080
cttccattgg catgggctct ggagctgtcc agaagtccag ggacaccaga cttgatcaag 7140
gaagggctgt cactttagag gttcaaaagg aagtgcctca aagcaaaggc aagcaaagga 7200
accccacgat gaacttgctc ttttcctttg atgagcctct ccccaggtgt atttcagcag 7260
accccgggga cccaccccca ctgggcctgc tggcctccct cggctccagc ccaatgcccc 7320
agctggcctt ccccagcctg caaggagcct gtagcatggc aaatctgcct gctgtatgct 7380
attttcttag atcttggtac atccagacag gatgagggtg gagggagagc tatttaacac 7440
aaatcctaag atttttttct gctcaggaag gggtgaaata gctggcagat acaaaagaca 7500
gtggctttta tcattttaaa tggtaggaat ttaaggtgtg acttcaggga gaaacaaact 7560
tgcaaaaaaa aaaaatctca ggccatgttg gggtaaccca gcaagggcca gtgatgattt 7620
cccccagctc atccccttat tttcccacaa cccaaccatt ctctaaagca ggacagtgaa 7680
taggtcttag gccagtgcac acaggaagaa attgaggctt atggatgggg atgacttccc 7740
taagatccca tgggacaagg atgtggcaag gcttggatga gatggggcac cagtgcccag 7800
gaatttgaac attttccttt acccaggaaa tctccggagc caacaccacc acccccaggg 7860
ggtctcccca ccccacccca tttacagggt gagctcagcc tgtcatgagc agaggaaaat 7920
attattaatg ctctctgagt ctttacaaca ggagctctta cctcatagat gtgggctctg 7980
tttggggaag atgcaaggaa gtaatgagaa gcccaggaaa tttctccacc tgtgtttatg 8040
gcctaaatag cttcaggatg tatcttagct gcactccaac attgcatcct ttctggggtg 8100
aagaatctgg gccaaccagg ggtccttggg cctctagaag gccacagtag gcctctcttt 8160
gtgggaatgg aaggggacag tttgctttta gtgctggccc tctctgtggg tgtggcctgc 8220
aaaggaacca acagacccta tgctggggac tctaacatgt gagctcatta aattcttcca 8280
gcattctaaa ggagggtttg tgattgtcac catttactga tgaggaaact aaggctccta 8340
ggggagaaat cacttgccca cagttccaca gctagtgagt gaatgaacca ggatttaaac 8400
cggttttttc tcactacaga gacaatattt ttccaccatt gtatctcaca tttttcccag 8460
gaggttaccc ataacagaag agactagagt ggaacagata cgtcagtgga taaagctcaa 8520
agcaaacaac agtaagctta aaattccttc atagtctcat gttttacgtt cacaattcat 8580
gcaaaatttg cattccactt tctgatttag ccttgttggt tttaatatga ctctatgaat 8640
atttcaaaaa aaaatgtgct ctgttcctca tgttgttctg ttctgttcac cccgctatga 8700
cggaccctag gtcagctggt cttcagcttg accctagaat tgactctagg agcagtgacc 8760
ctgctgcctc ccagagccag ttataggctc aagatcaaga ccaactgacc ttctcctagg 8820
cagctccttt ggtgtgtggg tgctctgacc tcactgttca tgaggggacc tcaactaagg 8880
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ctcatctggc gtggagaagg atgagcccac aaaaccctaa agggaaaaga gaagctggac 9000
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<210> 30
<211> 1842
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 30
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<212> DNA
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<210> 32
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<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 32
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cccaggagga atggaatctc cttagtgagg ctcagagatg cctgtaccgt gatgtgacgc 300
tggagaacct ggcacttatg tcctccctgg gttgttggtg tggagtggaa gatgaggcgg 360
caccttctaa gcagagtatt tatatacaaa gagagactca ggtcaggact cctatggcag 420
gtgtgtctcc caagaaggcc cacccctgtg agatgtgtgg cccgatcttg ggagacattt 480
tgcatgtggc agatcatcag ggaacacatc acaagcagaa actgcacagg tgtgaggcct 540
gggggaataa attgtatgac agtggaaact ttcatcagca ccagaatgag cacattggag 600
agaaacccta cagagggagt gttgaggagg cgttgtttgc gaagaggtgt aagttgcatg 660
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tactccagca agaggccact cacactggga agtcaaacag caaaactgag tgtgtgtctc 780
tgtttcatgg gggaaaaagc cattacagct gtggaggatg catgaaacat tttagcacca 840
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ttgtacacca gagaattcac actggagaga agccatatga gtgtgaggtt tgtcagaaat 1080
tttttaggca caagtaccac ctcattgcac accagagagt tcacactgga gaaaggccat 1140
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aatgtgaaaa aaaatttagg caaatctctt cacttcgtca tcatcagaga gttcacaaaa 1380
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gagccgagat tgcaacactg cagtccagtc tggaccacag agtgagaccc tgtttcaaaa 1800
ataaaatata taaatgacat ccaataaagt atgcatattt gagctgtagg ataagtcttg 1860
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gcataatctc ggctcactgc aagccctgcc tcctgggttc atgccattct cctgcctcag 1980
cctccctaat agctgggact acaggcaacc accaccactc ctaccttttt tgtattttta 2040
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attttcttat aatcccatga aaccatcatc agagtcacaa taatgaattt atctaatcta 2220
tcacctttgt attcacctgg agcctttata aagtttttct ctatgcagac aaccattgat 2280
ttactctgct gtataatact ttccattttc tagaattttc tgactgatgt aataaagtgt 2340
ttcctcttat aa 2352
<210> 36
<211> 2429
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 36
gtgccttata gctcccctcc cagtggagca ggtgtctgag agtacagtgc agccctgccc 60
ttctgtccac cctacagagc ccacggccat ggcagcccag gcagctggtg tatctaggca 120
gcgggcagcc actcaaggtc ttggctccaa ccaaaacgct ttgaagtact tgggccagga 180
tttcaagacc ctgaggcaac agtgcttgga ctcaggggtc ctatttaagg accctgagtt 240
cccagcatgt ccatcagctt tgggctacaa ggatcttgga ccaggctctc cgcaaactca 300
aggcatcatc tggaagcggc ccacggagtt gtgtcccagc cctcagttta tcgttggtgg 360
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ggtggtcatt gacgacaggc tgcccaccaa gaatggacag ctgctcttcc tacactcgga 600
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cctctgtgcg gggtctctgc tgggctgctc cattgatgtc tccagtgcag ccgaagccga 840
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cctggagacc ctcttcaaac tattcagcct tctggacgaa gacaaggatg gcatggttca 2160
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<210> 37
<211> 3859
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 37
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gagtacattg tctatgatat tgctcaggta aatctgaagt atctgctgaa actgaaattc 3180
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gaaacaaaaa gagctttcct tctccaggaa tactgaacat gggagctctt gaaatatgta 3840
gtattaaaag ttgcatttg 3859
<210> 38
<211> 1283
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 38
ctctctgctc ctcctgttcg acagtcagcc gcatcttctt ttgcgtcgcc agccgagcca 60
catcgctcag acaccatggg gaaggtgaag gtcggagtca acggatttgg tcgtattggg 120
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<210> 39
<211> 103
<212> PRT
<213> Homo sapiens
<400> 39
Met Ser Gly Arg Gly Lys Gly Gly Lys Gly Leu Gly Lys Gly Gly Ala
1 5 10 15
Lys Arg His Arg Lys Val Leu Arg Asp Asn Ile Gln Gly Ile Thr Lys
20 25 30
Pro Ala Ile Arg Arg Leu Ala Arg Arg Gly Gly Val Lys Arg Ile Ser
35 40 45
Gly Leu Ile Tyr Glu Glu Thr Arg Gly Val Leu Lys Val Phe Leu Glu
50 55 60
Asn Val Ile Arg Asp Ala Val Thr Tyr Thr Glu His Ala Lys Arg Lys
65 70 75 80
Thr Val Thr Ala Met Asp Val Val Tyr Ala Leu Lys Arg Gln Gly Arg
85 90 95
Thr Leu Tyr Gly Phe Gly Gly
100
<210> 40
<211> 2236
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 40
ataacggctt ggcttacctg taacgggtac gcttcgcttt gcgttcctcg cttggccttg 60
cgttcctagc ttggcttggc gttagtcgct ttgcctggtg tttcttgctt ggattggcgt 120
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catacttgct gtatgttgtg gatcagcaag tatagtcaat cttctccttg agcaaaatgt 1440
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accagaaaac ctgactaatg gtgccagtgc tggcaatggt gatgatggat taattccaca 1800
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cagtgacgaa caaaatgata cccggaaaca actttctgaa gaacagaaca ctggaatatc 1920
acaagatgag attctgacta ataaacaaaa gcagatagaa gtggctgaaa agaaaatgaa 1980
ttctgagctt tctcttagtc ataagaaaga agaagatctc ttgcgtgaaa acagcatgtt 2040
gcaggaagaa attgccatgc taatttctgg agactggaac tagatgaaac aaaacatcag 2100
aaccagctaa gggaaaataa aattttggag gaaattgaaa gtgtgaaaga aaagactgat 2160
aaacttctaa gggctatgca attgaatgaa gaagcattaa cgaaaaccaa tatttaagta 2220
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<210> 41
<211> 2813
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 41
gcgcatctgg ttgccaggga aacagcggtc ccacaggcag gagggatctg gaccggcggc 60
ttcttccact accagagagg ctgaggtggc gggagagacc cctctcctct gggggtaagt 120
ggctggcgcg gcgagtgtct gcggcgcgct tctgcggcca tctgcgccct gactgacggc 180
ggccagttcc tcgaggaggc ccggcgggaa ggatttcaat ggatattata aagggaaacc 240
tagatggaat ttcaaaacca gcttcaaatt caagaatacg ccctgggagc agaagttcaa 300
atgcttcttt ggaggtgctc tcaacagaac caggatcctt caaggtcgat actgcaagca 360
acttgaactc tggtaaagag gaccactccg aaagcagtaa tacagagaac agaagaacta 420
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agatggaaaa tacaaaaaaa tttttatctt tgactgctgt ttctgaagaa actgttggtc 780
cttctcatga ggaggaagac accttttcct cagtgtttca tactcaaatc cctccagaag 840
aatatgaaat gcagatgcag aaactcaata aagattttac ctgtgatgtg gaaagaaatg 900
agtcattgat caaatcagga aagaaacctt tctcgaatac agaaaagatt gagctcaggg 960
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aaggatatga acttgcagtc acccagcatc agcagcttgc tgaaattgat ataaaactcc 1200
aagaactctc tgcagcctcc cctacaattt ccagtttttc tccaagactt gaaaatcgga 1260
ataatcagaa acctgaccgt gatggtgaaa gaaatatgga agtaactcca ggagaaaaga 1320
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aaagaaaaaa ggaagacatt gaggacgtaa cacctgtgtt cccccagctt tccaggtcca 1560
tcatctctaa attgctaaat gaatcagaaa caaaggtcca gaaaactgag gtagaagatg 1620
cagatatgct tgagagtgaa gaatgtgaag cttctaaagg ctactatctc actaaagcct 1680
tgactggaca taacatgtca gaagctcttg tcactgaagc agagaatatg aaatgccttc 1740
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<210> 42
<211> 2919
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 42
ggccagaaga aatctggcct cggaacacgc cattctccgc gccgcttcca ataaccacta 60
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<210> 43
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<212> DNA
<213> Homo sapiens
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ggaagaagtt gccatgctaa gactggagct agacataatg aaacatcaga gccagctaag 1560
agaaaagaaa tatttggagg aaattgaaag tgtggaaaaa aagaatgata atcttttaaa 1620
ggctctacaa ttgaatgagc tcaccatgga tgatgatacc gctgtgctcg tcattgacaa 1680
cggctctggc atgtgcaagg ccggctttgc gggcgacgat gccccccagg ctgtcttccc 1740
ttctatcgtg gggcgcccca ggcaccaggg catgatggag ggcatgcatc agaaggagtc 1800
ctatgtgggc aaagaggccc agagcaagag aggcatgctg accctgaagt accccatgga 1860
gcatggcatc atcaccaact gggacgacat ggagaagatc tggcaccaca ccttctacaa 1920
tgagctgcgt gtggctcctg aggagcaccc catcctgctg actgaggccc ccctgaaccc 1980
caaggccaac cgtgagaaga tgacccagat catgtttgag accttcaaca ccccagccat 2040
gtacgtggcc atccaggccg tgctgtccct atacacctct ggccgtacta ctggcatcgt 2100
gatggactct ggtgatgggt tcacccacac tgtgcccatc tatgagggga atgccctccc 2160
ccatgccacc ctgcgcctag acctggctgg gcgggaactg actgactacc tcatgaagat 2220
cctcaccgag cgtggctata ggttcaccac cacggccgag caggaaattg tgcgtgacat 2280
caaagagaag ctgtgctatg ttgccctgga ctccgagcag gagatggcca tggcagcctc 2340
cagctcctcc gtagagaaga gctacgagct gcccgatggt caggtcatca ccatcggcaa 2400
cgagcggttc cgctgccccg aggcgctctt ccagccttgc ttcctgggca tggaatcctg 2460
tggcatccac aaaactacct tcaactccat agtgaagtct gatgtggaca tccgcaaaga 2520
cctgtacacc aacacagtgc tgtctggcgg caccaccatg taccctggca tcgcccacag 2580
gatgcagaag gagatcactg ccctggcgcc tagcattatg aagatcaaga tcattgctcc 2640
tcccaagcgc aagtactccg tgtgggtcgg tggctccatc ctggcctcgc tgtccacctt 2700
ccagcagatg tggatcagca agcaggagta tgatgagtca ggcccctcca ttgtccaccg 2760
caaatgcttc taggtggact ctgacttagt tgcgttacac cctttcttga caaaaccaaa 2820
cttctcagaa aacaacatga gattggcgtg gctttatttg ttttcttgtt tcattttttg 2880
ttttgttttt tattggcttg actcaggatt tgaaaaccgg aacggcgaag gtg 2933
<210> 47
<211> 1222
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 47
gcttttagag cactgtgatg taacatgtca agcagaaata gggagcatgt ttacagccat 60
tctatgaaaa agtgttcgga atgtacagac tagcacagaa gctggactaa ttgaacaagt 120
attgctgaaa atgagtgctg tagatgacat gatagcagag taccttcaag tttaaatctg 180
agagtgatat tcatttggca gaacatcata aacaggtttt gtatgatggg aaacttgcaa 240
gtagcattac ctttacatat actgctaagg ccactgatgc tcaactctgc ctggaatcat 300
caccaaaaga gaatgcatca atttttgtgc attcccaaca tgctctaatg cttcagattc 360
aagtgctttt tccactgttt ccccaattgg ataatcggca gctcaatgac agtcaagtgg 420
aaacaactgt ctgctcctgc ttcaggtgca gaaatacagc gatttccagt gccagctgtt 480
gagccagtgc cagcaccagg ggcagattcc cctccaggga cagcgctgga gctagaggaa 540
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cctgacttca tggcacctcc tgtagagcca ccggcctcag ccctggagct gaaagtgtgg 660
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caagaaaagg agcctgtgag caggggttcc agcaggtcct cctgctccca gaggcgacct 960
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caaggattta ttcatagctt acctaagaat ttcaaatttc taccataaca ctgaataaag 1200
tttgactttt tgaaacttca aa 1222
<210> 48
<211> 1408
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 48
atgatcactg aaaataaatt aattgatata ggagagagta tagctattcc agatgaattt 60
accgaacaag aaaagcagtc tggagattgg tggaagcgtt tggtgtcagc aggaatagct 120
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catagtttaa agtcaaggaa aatgagattg attagtggcc ttgagcagtt ggtgaaagaa 240
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acagcactca aggttggggc ctatgaacag tataagaaat tgcttagttt tgatggtgtt 360
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tcagggatta ttgattgtgg caagaagctt ctaaaacaag aaggtgtcag atcctttttc 540
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tatgagattt tgaagaattt ttggctagaa aattatgcag gaaactctgt gaatcctggg 660
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acttctatga ttcagctcat tcaagaaata tataccaaag aaggaaaatt gggattttac 840
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atttgaaaac ttattttaaa aaagctgagc ttgaaaatgc tttatacact aacagaaaaa 1320
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caaaatggaa aattggtttc taattcct 1408
<210> 49
<211> 2633
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 49
accttctaat tctgttattg caactgcaga ccgttacctg gcatgctggc tgctacctcg 60
ctcactcttg tcagagtcgg agctacagtc agtgccttca gctctgagct caggcatacc 120
ggtccctgtt tttgcagtta aggactctaa agtgttgtga cgtgttcatc aagtttttct 180
caaccataag ttaacaattc cagtaattgt catctctcag tcctgattaa acctaattga 240
tttcactagt ttttgaccca tcatgtgttt gggtttcttc tccccagtcc ctggctctac 300
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caaaattaaa aaggatcaag aggaggtaga agaccaaagc ccaccatgcc ccaggctcag 780
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gtcctcattg gaggatcagc ttgcctgctc tgctctggat gtagcctccc ccaccgaggc 960
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ttcacaggca cagctggaac caagcaccct ggtgcccaat tgtctgcgac tacagctgga 1080
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gtggtgtgaa atagtataaa tatcctgtat tctaatgatc ttcttcagaa cattttatca 2340
ccaattaatc accccgcctg tgtcagttat tatatttatg tttgcacaat gaaaattttc 2400
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atcagttaaa attttaagtt ttaaatctgt ttaattaaaa catttcttgc ctc 2633
<210> 50
<211> 1926
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 50
ggtagacgcg atctgttcgc tactaccggc ctcccctggc tgttaaaagc agatggtggc 60
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<210> 51
<211> 4174
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 51
agtcccgcga ccgaagcagg gcgcgcagca gcgctgagtg ccccggaacg tgcgtcgcgc 60
ccccagtgtc cgtcgcgtcc gccgcgcccc gggcggggat ggggcggcca gactgagcgc 120
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gctgtggtct tacaatggac agtaaatatg gttcttgcca aaactccttc ttttgtcttt 4140
gattaaatac tagaaattta aaaaaaaaaa aaaa 4174
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<211> 1779
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 52
attgccgggc cagtgcggga gccggagcgg agccggggcc ggagcgggcg gaatggagcc 60
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gcccccccgc gcccgggcca agtacgtgcg gggcaacctc agttccaagg aggactgggt 180
gttcctgaca agattttgtt tcctctcgga ttacggccga ctggacttcc gtttccgcta 240
ccctgaggcc aagtgctgtc agaacatcct cctctatttt gatgacccat cccagtggcc 300
agccgtgtac aaggcagggg acaaggactg cctggccaag gagtcagtga tccggccgga 360
gaacaaccag gtcatcaacc tcaccaccca gtatgcctgg tccggctgtc aggtggtatc 420
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catctactgg ggtcaatatg ccaccgatgg cattggcaac gagagtgtga agatcttggc 780
caagctgctc ttctcctcca gcttcctcat cttcctgctg atgcttatcc tcctggggaa 840
gggattcacg gtgacacggg gccgcatcag ccacgcgggc tccgtgaagt tgtctgtcta 900
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tgtcatggcc ctgattgcca atttcggcat ccccaagtgg gcccgggaga agattgtcaa 1200
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gttcccttgt gggttggacc ctttacgatg ttcttcagtg tccatgaccc agactatgcc 300
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tgggttggtc gaggacttgt gaccctggat ggttctaaat ggaaaaagca ccgccagatt 420
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<210> 60
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<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 60
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<210> 61
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<212> DNA
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<400> 61
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<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 64
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gacttctatc tgtggctcac tggaaggaaa cccagctacc gaaggaagat accctcatca 780
acccaatttt acaaatggag aaatagaagc taagggaaga atctgaagta gtctcaaagg 840
cagtgacagg aaggatgtgg agaaagctga gtgtcaaagt cagtattcat gactagattt 900
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<210> 65
<211> 3680
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 65
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<210> 66
<211> 2250
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 66
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<212> DNA
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acccacttta aacctccaga ttctaaatat caggaaagac gctgtgggaa aatagcaggc 300
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attgaattta gagttgtatt gcactggtca tgtgaaagcc agagcagcac cagtgtcaaa 480
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<213> Homo sapiens
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gggtacccag gaaaaccagg tctcgatggt cctaagggta acccagggtt accaggtcca 1320
aaaggtgatc ctggagttgg aggacctcct ggtctcccag gccctgtggg cccagcagga 1380
gcaaagggaa tgcccggaca caatggagag gctggcccaa gaggtgcccc tggaatacca 1440
ggtactagag gccctattgg gccaccaggc attccaggat tccctgggtc taaaggggat 1500
ccaggaagtc ccggtcctcc tggcccagct ggcatagcaa ctaagggcct caatggaccc 1560
accgggccac cagggcctcc aggtccaaga ggccactctg gagagcctgg tcttccaggg 1620
ccccctgggc ctccaggccc accaggtcaa gcagtcatgc ctgagggttt tataaaggca 1680
ggccaaaggc ccagtctttc tgggacccct cttgttagtg ccaaccaggg ggtaacagga 1740
atgcctgtgt ctgcttttac tgttattctc tccaaagctt acccagcaat aggaactccc 1800
ataccatttg ataaaatttt gtataacagg caacagcatt atgacccaag gactggaatc 1860
tttacttgtc agataccagg aatatactat ttttcatacc acgtgcatgt gaaagggact 1920
catgtttggg taggcctgta taagaatggc acccctgtaa tgtacaccta tgatgaatac 1980
accaaaggct acctggatca ggcttcaggg agtgccatca tcgatctcac agaaaatgac 2040
caggtgtggc tccagcttcc caatgccgag tcaaatggcc tatactcctc tgagtatgtc 2100
cactcctctt tctcaggatt cctagtggct ccaatgtgag tacacacaga gctaatctaa 2160
atcttgtgct agaaaaagca ttctctaact ctaccccacc ctacaaaatg catatggagg 2220
taggctgaaa agaatgtaat ttttattttc tgaaatacag atttgagcta tcagaccaac 2280
aaaccttccc cctgaaaagt gagcagcaac gtaaaaacgt atgtgaagcc tctcttgaat 2340
ttctagttag caatcttaag gctctttaag gttttctcca atattaaaaa atatcaccaa 2400
agaagtcctg ctatgttaaa aacaaacaac aaaaaacaaa caacaaaaaa aaaattaaaa 2460
aaaaaaacag aaatagagct ctaagttatg tgaaatttga tttgagaaac tcggcatttc 2520
ctttttaaaa aagcctgttt ctaactatga atatgagaac ttctaggaaa catccaggag 2580
gtatcatata actttgtaga acttaaatac ttgaatattc aaatttaaaa gacactgtat 2640
cccctaaaat atttctgatg gtgcactact ctgaggcctg tatggcccct ttcatcaata 2700
tctattcaaa tatacaggtg catatatact tgttaaagct cttatataaa aaagccccaa 2760
aatattgaag ttcatctgaa atgcaaggtg ctttcatcaa tgaacctttt caaacttttc 2820
tatgattgca gagaagcttt ttatataccc agcataactt ggaaacaggt atctgaccta 2880
ttcttattta gttaacacaa gtgtgattaa tttgatttct ttaattcctt attgaatctt 2940
atgtgatatg attttctgga tttacagaac attagcacat gtaccttgtg cctcccattc 3000
aagtgaagtt ataatttaca ctgagggttt caaaattcga ctagaagtgg agatatatta 3060
tttatttatg cactgtactg tatttttata ttgctgttta aaacttttaa gctgtgcctc 3120
acttattaaa gcacaaaatg ttttacctac tccttattta cgacgcaata aaataacatc 3180
aatagatttt taggctgaat taatttgaaa gcagcaattt gctgttctca accattcttt 3240
caaggctttt cattgttcaa agttaataaa aaagtaggac aataaagtga aaaaaaaaaa 3300
aaaaaaa 3307
<210> 70
<211> 581
<212> PRT
<213> Homo sapiens
<400> 70
Met Asp Ile Ile Lys Gly Asn Leu Asp Gly Ile Ser Lys Pro Ala Ser
1 5 10 15
Asn Ser Arg Ile Arg Pro Gly Ser Arg Ser Ser Asn Ala Ser Leu Glu
20 25 30
Val Leu Ser Thr Glu Pro Gly Ser Phe Lys Val Asp Thr Ala Ser Asn
35 40 45
Leu Asn Ser Gly Lys Glu Asp His Ser Glu Ser Ser Asn Thr Glu Asn
50 55 60
Arg Arg Thr Ser Asn Asp Asp Lys Gln Glu Ser Cys Ser Glu Lys Ile
65 70 75 80
Lys Leu Ala Glu Glu Gly Ser Asp Glu Asp Leu Asp Leu Val Gln His
85 90 95
Gln Ile Ile Ser Glu Cys Ser Asp Glu Pro Lys Leu Lys Glu Leu Asp
100 105 110
Ser Gln Leu Gln Asp Ala Ile Gln Lys Met Lys Lys Leu Asp Lys Ile
115 120 125
Leu Ala Lys Lys Gln Arg Arg Glu Lys Glu Ile Lys Lys Gln Gly Leu
130 135 140
Glu Met Arg Ile Lys Leu Trp Glu Glu Ile Lys Ser Ala Lys Tyr Ser
145 150 155 160
Glu Ala Trp Gln Ser Lys Glu Glu Met Glu Asn Thr Lys Lys Phe Leu
165 170 175
Ser Leu Thr Ala Val Ser Glu Glu Thr Val Gly Pro Ser His Glu Glu
180 185 190
Glu Asp Thr Phe Ser Ser Val Phe His Thr Gln Ile Pro Pro Glu Glu
195 200 205
Tyr Glu Met Gln Met Gln Lys Leu Asn Lys Asp Phe Thr Cys Asp Val
210 215 220
Glu Arg Asn Glu Ser Leu Ile Lys Ser Gly Lys Lys Pro Phe Ser Asn
225 230 235 240
Thr Glu Lys Ile Glu Leu Arg Gly Lys His Asn Gln Asp Phe Ile Lys
245 250 255
Arg Asn Ile Glu Leu Ala Lys Glu Ser Arg Asn Pro Val Val Met Val
260 265 270
Asp Arg Glu Lys Lys Arg Leu Val Glu Leu Leu Lys Asp Leu Asp Glu
275 280 285
Lys Asp Ser Gly Leu Ser Ser Ser Glu Gly Asp Gln Ser Gly Trp Val
290 295 300
Val Pro Val Lys Gly Tyr Glu Leu Ala Val Thr Gln His Gln Gln Leu
305 310 315 320
Ala Glu Ile Asp Ile Lys Leu Gln Glu Leu Ser Ala Ala Ser Pro Thr
325 330 335
Ile Ser Ser Phe Ser Pro Arg Leu Glu Asn Arg Asn Asn Gln Lys Pro
340 345 350
Asp Arg Asp Gly Glu Arg Asn Met Glu Val Thr Pro Gly Glu Lys Ile
355 360 365
Leu Arg Asn Thr Lys Glu Gln Arg Asp Leu His Asn Arg Leu Arg Glu
370 375 380
Ile Asp Glu Lys Leu Lys Met Met Lys Glu Asn Val Leu Glu Ser Thr
385 390 395 400
Ser Cys Leu Ser Glu Glu Gln Leu Lys Cys Leu Leu Asp Glu Cys Ile
405 410 415
Leu Lys Gln Lys Ser Ile Ile Lys Leu Ser Ser Glu Arg Lys Lys Glu
420 425 430
Asp Ile Glu Asp Val Thr Pro Val Phe Pro Gln Leu Ser Arg Ser Ile
435 440 445
Ile Ser Lys Leu Leu Asn Glu Ser Glu Thr Lys Val Gln Lys Thr Glu
450 455 460
Val Glu Asp Ala Asp Met Leu Glu Ser Glu Glu Cys Glu Ala Ser Lys
465 470 475 480
Gly Tyr Tyr Leu Thr Lys Ala Leu Thr Gly His Asn Met Ser Glu Ala
485 490 495
Leu Val Thr Glu Ala Glu Asn Met Lys Cys Leu Gln Phe Ser Lys Asp
500 505 510
Val Ile Ile Ser Asp Thr Lys Asp Tyr Phe Met Ser Lys Thr Leu Gly
515 520 525
Ile Gly Arg Leu Lys Arg Pro Ser Phe Leu Asp Asp Pro Leu Tyr Gly
530 535 540
Ile Ser Val Ser Leu Ser Ser Glu Asp Gln His Leu Lys Leu Ser Ser
545 550 555 560
Pro Glu Asn Thr Ile Ala Asp Glu Gln Glu Thr Lys Asp Ala Ala Glu
565 570 575
Glu Cys Lys Glu Pro
580
<210> 71
<211> 9
<212> PRT
<213> Homo sapiens
<400> 71
Ser Leu Leu Lys Phe Leu Ala Lys Val
1 5
<210> 72
<211> 9
<212> PRT
<213> Homo sapiens
<400> 72
Met Leu Leu Val Phe Gly Ile Asp Val
1 5
<210> 73
<211> 9
<212> PRT
<213> Homo sapiens
<400> 73
Lys Val Thr Asp Leu Val Gln Phe Leu
1 5
<210> 74
<211> 10
<212> PRT
<213> Homo sapiens
<400> 74
Gly Leu Tyr Asp Gly Met Met Glu His Leu
1 5 10
<210> 75
<211> 9
<212> PRT
<213> Homo sapiens
<400> 75
Phe Leu Trp Gly Pro Arg Ala His Ala
1 5
<210> 76
<211> 9
<212> PRT
<213> Homo sapiens
<400> 76
Val Ile Trp Glu Ala Leu Asn Met Met
1 5
<210> 77
<211> 9
<212> PRT
<213> Homo sapiens
<400> 77
Lys Met Ser Ile Leu Lys Phe Leu Ala
1 5
<210> 78
<211> 9
<212> PRT
<213> Homo sapiens
<400> 78
Lys Asn Tyr Glu Asp His Phe Pro Leu
1 5
<210> 79
<211> 9
<212> PRT
<213> Homo sapiens
<400> 79
Phe Val Leu Val Thr Ser Leu Gly Leu
1 5
<210> 80
<211> 9
<212> PRT
<213> Homo sapiens
<400> 80
Ile Leu Phe Ser Glu Ala Ser Glu Cys
1 5
<210> 81
<211> 9
<212> PRT
<213> Homo sapiens
<400> 81
Gly Met Leu Ser Asp Val Gln Ser Met
1 5
<210> 82
<211> 9
<212> PRT
<213> Homo sapiens
<400> 82
Ile Leu Ile Leu Ile Leu Ser Ile Ile
1 5
<210> 83
<211> 9
<212> PRT
<213> Homo sapiens
<400> 83
Gly Ile Leu Ile Leu Ile Leu Ser Ile
1 5
<210> 84
<211> 9
<212> PRT
<213> Homo sapiens
<400> 84
Asn Met Met Gly Leu Tyr Asp Gly Met
1 5
<210> 85
<211> 9
<212> PRT
<213> Homo sapiens
<400> 85
Gln Ile Ala Cys Ser Ser Pro Ser Val
1 5
<210> 86
<211> 9
<212> PRT
<213> Homo sapiens
<400> 86
Leu Ile Pro Ser Thr Pro Glu Glu Val
1 5
<210> 87
<211> 9
<212> PRT
<213> Homo sapiens
<400> 87
Ile Ile Phe Ile Glu Gly Tyr Cys Thr
1 5
<210> 88
<211> 8
<212> PRT
<213> Homo sapiens
<400> 88
Trp Glu Ala Leu Asn Met Gly Leu
1 5
<210> 89
<211> 50
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 89
gatccgctaa ggggcatctg aaacatccgt cgagtggcag aggcaggata 50
<210> 90
<211> 50
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 90
gcgccatctt gccctgtaga tcattttggg gacacctcca gtatttcatg 50
<210> 91
<211> 50
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 91
cgcactcttt acggcttcgg tggctaaggc tcctgcttgc tgcactctta 50
<210> 92
<211> 50
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 92
gtgttcctgg agaatgtgat tcgggacgca gtcacctaca ccgagcacgc 50
<210> 93
<211> 50
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 93
tgccgtattc ttggtgtctg gagcagtgcc tgacctgtgg cgggtgctta 50
<210> 94
<211> 50
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 94
tagggagtag aaccgtctct cttcttagtt ggtgactgtt tggggcctgg 50
<210> 95
<211> 50
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 95
ctgcctggtg gggtaaggtc cccagaaagg atctcatcgt catgctcagg 50
<210> 96
<211> 50
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 96
ggtggtcact gggaattttt gctgtggccc tgcttttcct tcttcccact 50
<210> 97
<211> 50
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 97
tccctgaacg acactctcct aatcctaagc cttacctgag tgagaagccc 50
<210> 98
<211> 50
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 98
atggtggttg aggttgattc catgccggct gcctcttctg tgaagaagcc 50
<210> 99
<211> 50
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 99
ccaacatgct ctaatgcttc agattcaagt gctttttcca ctgtttcccc 50
<210> 100
<211> 50
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 100
ggggtttcac ctcaaacatc ataaaggtgc ttcctgcagt aggcgttggc 50
<210> 101
<211> 50
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 101
gcaggcagag aaggcccagt gtgtccatcc ccaatgcggt gatactagga 50
<210> 102
<211> 50
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 102
agaggacagc tctgacaaag gccgtacaat gccgggaaga tgaatgtgcg 50
<210> 103
<211> 50
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 103
gggaggacgc acccccactg ctgttttcac atcctttccc ttacccacct 50
<210> 104
<211> 50
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 104
cgggggcctt ccctcgggtc cctggcagaa agacatttta ccccttcttg 50
<210> 105
<211> 50
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 105
gtgaacctta ttagaactcg catgcaggct tcagccccag tggaaaaagg 50
<210> 106
<211> 50
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 106
gccggctgaa ataacctgaa ttcaagccag gaagaagcag caatctgtct 50
<210> 107
<211> 50
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 107
caaagtggtc caagatggct cttttttctt tgaaaggggc ctgttctcag 50
<210> 108
<211> 50
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 108
catgatagac acgatgaaat ccaccctcaa agagcagttc cagtttgtgg 50
<210> 109
<211> 50
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 109
ggatgagagg gaaccactat aacatgagtc caagcccaga agacttctgt 50
<210> 110
<211> 50
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 110
caccacgatg tgcatcaagg aatgcctccg cctctacgca ccggtagtaa 50
<210> 111
<211> 50
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 111
gctgagtcaa tggctttgag aatgtcactg catatgggag attgaggccc 50
<210> 112
<211> 49
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 112
cttttgcagc actttacctc tctgaaagcc ccagaggacc agagccccc 49
<210> 113
<211> 50
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 113
gtgatgtgcc acaaaggagc caaacacctt cgagttgcag cccgtgacct 50
<210> 114
<211> 50
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 114
tcgagtgtgt tgccaagtgc tgcgtcctcc tggtggcctc tgtgtgtgtc 50
<210> 115
<211> 50
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 115
ttgggacact aaccatccag gtcaagaaaa gtcacatgcc atagccatgg 50
<210> 116
<211> 50
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 116
tgtgatcaag actcagaagc acgaacagta ttgccctctg tgttagcccc 50
<210> 117
<211> 50
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 117
tgtgatcaag actcagaagc acgaacagta ttgccctctg tgttagcccc 50
<210> 118
<211> 50
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 118
agatatttcc ccagaggcac gcgaactgtc agtctttcct aaggcccccg 50
<210> 119
<211> 50
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 119
ggaggttttg tttgctgcta cggttttaat catccagggt gccattccac 50
<210> 120
<211> 50
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 120
cccctaaaat atttctgatg gtgcactact ctgaggcctg tatggcccct 50
<210> 121
<211> 25
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 121
aatggacttt ggaagcaggg tgatc 25
<210> 122
<211> 31
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 122
gaaataattt ttccctctca agctctaagt c 31
<210> 123
<211> 21
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 123
agaccagctc cggtgggaag c 21
<210> 124
<211> 20
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 124
gggcctcaat ggacccaccg 20
<210> 125
<211> 22
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 125
atccagacac ctggagatgc tg 22
<210> 126
<211> 25
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 126
tcacgttgac tacgactgag aagcc 25
<210> 127
<211> 22
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 127
tgctctacat ctggcctctg cc 22
<210> 128
<211> 26
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 128
tctttgctgc ctataccctc tggttc 26
<210> 129
<211> 24
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 129
aagaggatgt ccgtacgagg cttc 24
<210> 130
<211> 25
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 130
cagatgagca ggagactaaa gatgc 25
<210> 131
<211> 24
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 131
tagttggcga tggggttggt tgac 24
<210> 132
<211> 24
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 132
tgccgtattc ttggtgtctg gagc 24
<210> 133
<211> 25
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 133
cccacagaac acgatgtaag tcttc 25
<210> 134
<211> 20
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 134
ctgggccttt ggcctgcctt 20
<210> 135
<211> 22
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 135
actccgcagg tattcttgac gc 22
<210> 136
<211> 20
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 136
gtcttcctgc gctcctcggc 20
<210> 137
<211> 28
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 137
agcaacatta acgcacattc atcttccc 28
<210> 138
<211> 21
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 138
gtgctgcggg aaggccttgt c 21
<210> 139
<211> 22
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 139
ccaattcgct cacggttggt gc 22
<210> 140
<211> 26
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 140
cactgaacaa ttacacccca agtctc 26
<210> 141
<211> 9
<212> PRT
<213> Homo sapiens
<400> 141
Ile Leu Ile Leu Ser Ile Ile Phe Ile
1 5
<210> 142
<211> 9
<212> PRT
<213> Homo sapiens
<400> 142
Ser Met Pro Lys Thr Gly Ile Leu Ile
1 5
Claims (18)
- 피험체 내 유방암을 검출하는 방법으로서, a) 피험체로부터 샘플을 얻는 단계 b) 상기 피험체로부터 얻은 상기 샘플을 유전자 FSIP1, Col10A, MMP11, NMU, 및 C1orf64, 또는 이들의 보체에 의해 암호화된 마커의 발현을 검출하는 하나 이상의 작용제(agent)와 접촉시키는 단계; c) 비암성 세포를 단계 b)로부터의 상기 하나 이상의 작용제와 접촉시키는 단계; 및 d) 상기 피험체로부터 얻은 상기 샘플 내 유전자 FSIP1, Col10A, MMP11, NMU, 및 C1orf64 또는 이들의 보체에 의해 암호화된 상기 마커의 상기 발현 수준을 상기 비암성 세포 내 유전자 FSIP1, Col10A, MMP11, NMU 및 C1orf64에 의해 암호화된 상기 마커 중 하나의 상기 발현 수준과 비교하는 단계를 포함하되, 상기 비암성 세포에 비해 상기 샘플 내 유전자 FSIP1, Col10A, MMP11, NMU 및 C1orf64에 대해 암호화된 상기 마커 중 적어도 하나의 더 높은 발현은 상기 피험체가 유방암을 가지는 것을 나타내는 것인, 피험체 내 유방암의 검출방법.
- 피험체 내 유방암을 검출하는 방법으로서, a) 피험체로부터 샘플을 얻는 단계 b) 상기 피험체로부터 얻은 상기 샘플을 C1orf64, LOC338579, LOC648879, HIST1H4H, ASCL1, COL10A1, MMP11, DSCR6, CYP4Z1, HIST2H4B, BX116033, C6orf126, CLEC3A, HIST2H4A, SERHL2, FLJ23152, ABCC11, ANKRD30A, CNTD2, COL11A1, DHRS2, HIST1H3F, HIST1H3H, HIST2H2AB, KCNK15, LOC441376, LOC643637, LOC646360, PTPRT, RUNDC3A, SCGB2A2, SLITRK6, SYP, UBE2C, ZNF552, LOC388743, POTEC, FSIP1, GFRA1, LOC647333, POTEF, POTEE, POTEK, C2orf27A, LOC727941(XR_037440.1), NBPF22P, POTEG, RET, TMEM145, LOC727941(XR_037165.1), NAT1, NXPH1, SERHL2, SYCP2, D59687, CYP4Z1, LOC730024, NOS1AP, UGT2B28, GRM4, FLJ30428, LOC440905, LOC642460, MTL5, GRPR, COL10A1, 또는 이들의 보체로부터 선택된 유전자에 의해 암호화된 상기 마커 중 하나 이상의 발현을 검출하는 하나 이상의 작용제와 접촉시키는 단계; c) 비암성 세포, 예를 들어 유방암으로부터의 비암성 세포를 단계 b)로부터의 상기 하나 이상의 작용제와 접촉시키는 단계; 및 d) 상기 피험체로부터 얻은 상기 샘플 내 C1orf64, LOC338579, LOC648879, HIST1H4H, ASCL1, COL10A1, MMP11, DSCR6, CYP4Z1, HIST2H4B, BX116033, C6orf126, CLEC3A, HIST2H4A, SERHL2, FLJ23152, ABCC11, ANKRD30A, CNTD2, COL11A1, DHRS2, HIST1H3F, HIST1H3H, HIST2H2AB, KCNK15, LOC441376, LOC643637, LOC646360, PTPRT, RUNDC3A, SCGB2A2, SLITRK6, SYP, UBE2C, ZNF552, LOC388743, POTEC, FSIP1, GFRA1, LOC647333, POTEF, POTEE, POTEK, C2orf27A, LOC727941(XR_037440.1), NBPF22P, POTEG, RET, TMEM145, LOC727941(XR_037165.1), NAT1, NXPH1, SERHL2, SYCP2, D59687, CYP4Z1, LOC730024, NOS1AP, UGT2B28, GRM4, FLJ30428, LOC440905, LOC642460, MTL5, GRPR, COL10A1, 또는 이들의 보체로부터 선택된 유전자에 의해 암호화된 상기 마커 중 하나 이상의 상기 발현 수준을 상기 비암성 세포 내 C1orf64, LOC338579, LOC648879, HIST1H4H, ASCL1, COL10A1, MMP11, DSCR6, CYP4Z1, HIST2H4B, BX116033, C6orf126, CLEC3A, HIST2H4A, SERHL2, FLJ23152, ABCC11, ANKRD30A, CNTD2, COL11A1, DHRS2, HIST1H3F, HIST1H3H, HIST2H2AB, KCNK15, LOC441376, LOC643637, LOC646360, PTPRT, RUNDC3A, SCGB2A2, SLITRK6, SYP, UBE2C, ZNF552, LOC388743, POTEC, FSIP1, GFRA1, LOC647333, POTEF, POTEE, POTEK, C2orf27A, LOC727941(XR_037440.1), NBPF22P, POTEG, RET, TMEM145, LOC727941(XR_037165.1), NAT1, NXPH1, SERHL2, SYCP2, D59687, CYP4Z1, LOC730024, NOS1AP, UGT2B28, GRM4, FLJ30428, LOC440905, LOC642460, MTL5, GRPR, COL10A1, 또는 이들의 보체로부터 선택된 유전자에 의해 암호화된 상기 마커 중 하나 이상의 상기 발현 수준과 비교하는 단계를 포함하되, 상기 비암성 세포에 비해 상기 샘플 내 C1orf64, LOC338579, LOC648879, HIST1H4H, ASCL1, COL10A1, MMP11, DSCR6, CYP4Z1, HIST2H4B, BX116033, C6orf126, CLEC3A, HIST2H4A, SERHL2, FLJ23152, ABCC11, ANKRD30A, CNTD2, COL11A1, DHRS2, HIST1H3F, HIST1H3H, HIST2H2AB, KCNK15, LOC441376, LOC643637, LOC646360, PTPRT, RUNDC3A, SCGB2A2, SLITRK6, SYP, UBE2C, ZNF552, LOC388743, POTEC, FSIP1, GFRA1, LOC647333, POTEF, POTEE, POTEK, C2orf27A, LOC727941(XR_037440.1), NBPF22P, POTEG, RET, TMEM145, LOC727941(XR_037165.1), NAT1, NXPH1, SERHL2, SYCP2, D59687, CYP4Z1, LOC730024, NOS1AP, UGT2B28, GRM4, FLJ30428, LOC440905, LOC642460, MTL5, GRPR, COL10A1, 또는 이들의 보체로부터 선택된 유전자에 의해 암호화된 상기 마커 중 하나 이상의 더 높은 발현 수준은 상기 피험체가 유방암을 가지는 것을 나타내는 것인, 피험체 내 유방암의 검출방법.
- 제2항에 있어서, 상기 피험체는 인간인 것인, 피험체 내 유방암의 검출방법.
- 제2항에 있어서, 상기 샘플은 체액인 것인, 피험체 내 유방암의 검출방법.
- 제4항에 있어서, 상기 체액은 혈청인 것인, 피험체 내 유방암의 검출방법.
- 제2항에 있어서, 상기 작용제는 상기 마커 중 하나에 결합되는 것인, 피험체 내 유방암의 검출방법.
- 제2항에 있어서, 작용제는 핵산인 것인, 피험체 내 유방암의 검출방법.
- 제7항에 있어서, 상기 핵산은 DNA 및 RNA로부터 선택된 것인, 피험체 내 유방암의 검출방법.
- 제2항에 있어서, 상기 작용제는 단백질인 것인, 피험체 내 유방암의 검출방법.
- 제2항에 있어서, 상기 단백질은 항체인 것인, 피험체 내 유방암의 검출방법.
- 제2항에 있어서, 상기 샘플은 조직 샘플인 것인, 피험체 내 유방암의 검출방법.
- 제2항에 있어서, 적어도 상기 샘플로부터의 분자 상에서 단리하는 단계를 더 포함하는 것인, 피험체 내 유방암의 검출방법.
- 제12항에 있어서, 상기 분자는 상기 마커 중 하나를 암호화하는 핵산인 것인, 피험체 내 유방암의 검출방법.
- 제11항에 있어서, 상기 분자는 C1orf64, LOC338579, LOC648879, HIST1H4H, ASCL1, COL10A1, MMP11, DSCR6, CYP4Z1, HIST2H4B, BX116033, C6orf126, CLEC3A, HIST2H4A, SERHL2, FLJ23152, ABCC11, ANKRD30A, CNTD2, COL11A1, DHRS2, HIST1H3F, HIST1H3H, HIST2H2AB, KCNK15, LOC441376, LOC643637, LOC646360, PTPRT, RUNDC3A, SCGB2A2, SLITRK6, SYP, UBE2C, ZNF552, LOC388743, POTEC, FSIP1, GFRA1, LOC647333, POTEF, POTEE, POTEK, C2orf27A, LOC727941(XR_037440.1), NBPF22P, POTEG, RET, TMEM145, LOC727941(XR_037165.1), NAT1, NXPH1, SERHL2, SYCP2, D59687, CYP4Z1, LOC730024, NOS1AP, UGT2B28, GRM4, FLJ30428, LOC440905, LOC642460, MTL5, GRPR, COL10A1로부터 선택된 상기 유전자 중 하나 이상에 의해 암호화된 단백질인 것인, 피험체 내 유방암의 검출방법.
- 피험체 내 유방암을 검출하는 방법으로서, a) 피험체로부터 샘플을 얻는 단계 b) 상기 피험체로부터 얻은 상기 샘플을 유전자 MMP11, Col10A, C10rf64, Col11A, POTEG, 및 FSIP1 또는 이들의 보체에 의해 암호화된 상기 마커의 발현을 검출하는 하나 이상의 작용제와 접촉시키는 단계; c) 비암성 세포를 단계 b)로부터의 상기 하나 이상의 작용제와 접촉시키는 단계; 및 d) 상기 피험체로부터 얻은 상기 샘플 내 유전자 MMP11, Col10A, C10rf64, Col11A, POTEG, 및 FSIP1 또는 이들의 보체에 의해 암호화된 상기 마커의 상기 발현 수준을 상기 비암성 세포 내 유전자 MMP11, Col10A, C10rf64, Col11A, POTEG, 및 FSIP1에 의해 암호화된 상기 마커 중 하나의 상기 발현 수준과 비교하는 단계를 포함하되, 상기 비암성 세포에 비해 상기 샘플 내 유전자 MMP11, Col10A, C10rf64, Col11A, POTEG 및 FSIP1에 의해 암호화된 상기 마커 중 적어도 하나의 더 높은 발현은 상기 피험체가 유방암을 가지는 것을 나타내는 것인, 피험체 내 유방암의 검출방법.
- 제15항에 있어서, 상기 피험체는 인간인 것인, 피험체 내 유방암의 검출방법.
- 제15항에 있어서, 상기 샘플은 체액인 것인, 피험체 내 유방암의 검출방법.
- 제17항에 있어서, 상기 체액은 혈청인 것인, 피험체 내 유방암의 검출방법.
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