KR102350603B1 - Tuba1c 단백질을 과발현하는 엑소좀 기반 암 진단 또는 예후 예측용 마커 조성물 - Google Patents
Tuba1c 단백질을 과발현하는 엑소좀 기반 암 진단 또는 예후 예측용 마커 조성물 Download PDFInfo
- Publication number
- KR102350603B1 KR102350603B1 KR1020200040887A KR20200040887A KR102350603B1 KR 102350603 B1 KR102350603 B1 KR 102350603B1 KR 1020200040887 A KR1020200040887 A KR 1020200040887A KR 20200040887 A KR20200040887 A KR 20200040887A KR 102350603 B1 KR102350603 B1 KR 102350603B1
- Authority
- KR
- South Korea
- Prior art keywords
- cancer
- tuba1c
- protein
- exosome
- prognosis
- Prior art date
Links
Images
Classifications
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/68—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving proteins, peptides or amino acids
- G01N33/6893—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving proteins, peptides or amino acids related to diseases not provided for elsewhere
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
- C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
- G01N33/574—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer
- G01N33/57407—Specifically defined cancers
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
- G01N33/574—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer
- G01N33/57407—Specifically defined cancers
- G01N33/57423—Specifically defined cancers of lung
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
- G01N33/574—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer
- G01N33/57484—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer involving compounds serving as markers for tumor, cancer, neoplasia, e.g. cellular determinants, receptors, heat shock/stress proteins, A-protein, oligosaccharides, metabolites
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/118—Prognosis of disease development
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N2800/00—Detection or diagnosis of diseases
- G01N2800/52—Predicting or monitoring the response to treatment, e.g. for selection of therapy based on assay results in personalised medicine; Prognosis
Landscapes
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Immunology (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Hematology (AREA)
- Urology & Nephrology (AREA)
- Pathology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Cell Biology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Food Science & Technology (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Oncology (AREA)
- Hospice & Palliative Care (AREA)
- General Physics & Mathematics (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Zoology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Investigating Or Analysing Biological Materials (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
본 발명의 일 실시예에 따르면, TUBA1C(Tubulin alpha-1C chain) 단백질 과발현 엑소좀을 포함하는, 암 진단 또는 예후 예측용 마커 조성물이 제공된다.
Description
본 발명은 TUBA1C(Tubulin alpha-1C chain) 단백질 과발현 엑소좀을 포함하는, 암 진단 또는 예후 예측용 마커 조성물에 관한 것이다.
종양(tumor)은 비정상적인 세포의 과잉으로 인하여 발생하는 비제어적이고 무질서한 세포증식의 산물이며, 이와 같은 종양이 파괴적인 증식성, 침윤 및 전이성을 가지면 악성종양(malignant tumor), 즉 암으로 분류하게 된다.
현재 암을 진단하기 위한 검사 수단은 X선 촬영, 내시경 검사, 조직검사 등을 이용하는 방법이 있다. 그러나, 이와 같은 방법들은 검사 과정이 비교적 간단하다는 장점에도 불구하고, 진단 성공률이 높지 않거나 위생상의 문제점 및 검사가 진행되는 과정에서 환자의 고통이 수반되는 문제가 있기 때문에 이를 대체하기 위한 암의 진단 방법이 필요하다.
암을 치료하기 위해서는 치료 이전 단계에서 높은 민감도와 특이도를 가진 암의 진단이 중요하다 할 것이며, 이러한 진단을 통해 초기 단계에서 암이 발견되어야 높은 완치율을 나타낼 수 있다.
따라서, 비침습성이며 고감도 및 고특이성으로 암을 조기에 진단할 수 있는 방법의 개발이 요구되는 실정이나, 현재까지 암 진단에 있어서 초기에 특이적으로 병소를 감지하여 발병 여부를 판단하는 분자적 진단 기술은 미미하고, 더욱이 특정 암에 특이적으로 적용되는 방법은 전무한 상황이다.
이러한 배경 하에, 본 발명자들은 엑소좀 유래의 신규한 암 진단 또는 예후 예측용 마커를 개발하기 위한 연구를 지속한 결과, 암세포 유래 엑소좀에서 특이적으로 발현하고 있는 TUBA1C(Tubulin alpha-1C chain) 단백질을 이용할 경우 정확하고 신속하게 암을 진단하거나 예후를 예측할 수 있음을 확인함으로써 본 발명을 완성하게 되었다.
따라서, 본 발명의 목적은 비침습적인 방법으로 이용할 수 있으면서도 암 진단의 정확도를 향상시킬 수 있는 마커 조성물로서, TUBA1C(Tubulin alpha-1C chain) 단백질 과발현 엑소좀을 포함하는 조성물 및 이를 이용하여 암 진단 또는 예후 예측에 필요한 정보를 제공하는 방법을 제공하는 것이다.
그러나, 본 발명이 해결하고자 하는 과제는 이상에서 언급한 과제로 제한되지 않으며, 언급되지 않은 또 다른 과제들은 아래의 기재로부터 해당 기술분야의 통상의 지식을 가진 자에게 명확하게 이해될 수 있을 것이다.
본 발명의 일 실시예에 따르면, TUBA1C(Tubulin alpha-1C chain) 단백질 과발현 엑소좀을 포함하는, 암 진단 또는 예후 예측용 마커 조성물이 제공된다.
일 측에 따르면, 상기 엑소좀은 GCC2(GRIP and coiled-coil domain-containing protein) 단백질을 더 포함할 수 있다.
일 측에 따르면, 상기 암은 폐암, 흉선암 또는 식도암일 수 있다.
본 발명의 다른 일 실시예에 따르면, 엑소좀 내 TUBA1C 유전자에 특이적으로 결합하는 프라이머 또는 프로브; 및 엑소좀 내 TUBA1C 단백질에 특이적으로 결합하는 항체; 중 어느 하나 이상을 포함하는, 암 진단 또는 예후 예측용 조성물이 제공된다.
일 측에 따르면, 상기 조성물은, 엑소좀 내 GCC2 유전자에 특이적으로 결합하는 프라이머 또는 프로브; 및 엑소좀 내 GCC2 단백질에 특이적으로 결합하는 항체; 중 어느 하나 이상을 더 포함할 수 있다.
일 측에 따르면, 상기 암은 폐암, 흉선암 또는 식도암일 수 있다.
본 발명의 또 다른 일 실시예에 따르면, 상기 조성물을 포함하는, 암 진단 또는 예후 예측용 키트가 제공된다.
일 측에 따르면, 상기 키트는 RT-PCR 키트, 마이크로어레이 칩 키트, DNA 키트 및 단백질 칩 키트로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상일 수 있다.
본 발명의 또 다른 일 실시예에 따르면, 생물학적 시료로부터 분리된 엑소좀(exosome) 내 TUBA1C 유전자 또는 단백질의 발현 수준을 측정하는 단계를 포함하는, 암의 진단 또는 예후 예측에 필요한 정보를 제공하는 방법이 제공된다.
일 측에 따르면, 상기 엑소좀 내 GCC2 유전자 또는 단백질의 발현 수준을 측정하는 단계를 더 포함할 수 있다.
일 측에 따르면, 상기 생물학적 시료는 전혈, 혈청, 혈장, 타액, 뇨, 객담, 림프액 및 세포로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상일 수 있다.
본 발명의 마커 조성물은 암 환자의 엑소좀에서 특이적으로 높게 발현되는 TUBA1C 단백질을 포함하므로, 이의 발현 수준 측정을 통해 비침습적이면서도 높은 정확도로 암을 진단하거나 예후를 예측할 수 있다.
또한, 본 발명의 마커 조성물은 엑소좀에서 과발현되는 TUBA1C 및 GCC2을 이중 바이오마커로 이용함으로써 암 진단의 민감도와 정확도를 더욱 향상시킬 수 있다.
본 발명의 효과는 상기한 효과로 한정되는 것은 아니며, 본 발명의 상세한 설명 또는 청구범위에 기재된 발명의 구성으로부터 추론 가능한 모든 효과를 포함하는 것으로 이해되어야 한다.
도 1은 폐암 환자와 정상군의 혈액 유래 엑소좀으로부터 GCC2 및 TUBA1C 단백질의 발현 수준을 비교한 ELISA 결과이다.
도 2는 식도암 환자의 혈장 유래 엑소좀 내 TUBA1C단백질의 발현 수준을 정상 대조군과 비교한 ELISA 결과이다.
도 3은 흉선암 환자의 혈장 유래 엑소좀 내 TUBA1C단백질의 발현 수준을 정상 대조군과 비교한 ELISA 결과이다.
도 4는 폐암 환자의 혈액 유래 엑소좀 내 TUBA1C 및 GCC2 단백질의 발현 수준을 기수별로 나누어 측정한 ELISA 결과이다.
도 5는 TUBA1C과 GCC2 단독으로 사용하는 경우 대비, 두 마커를 병용하였을 때 진단 폐암 진단의 민감도 변화를 확인하는 ROC 커브이다.
도 2는 식도암 환자의 혈장 유래 엑소좀 내 TUBA1C단백질의 발현 수준을 정상 대조군과 비교한 ELISA 결과이다.
도 3은 흉선암 환자의 혈장 유래 엑소좀 내 TUBA1C단백질의 발현 수준을 정상 대조군과 비교한 ELISA 결과이다.
도 4는 폐암 환자의 혈액 유래 엑소좀 내 TUBA1C 및 GCC2 단백질의 발현 수준을 기수별로 나누어 측정한 ELISA 결과이다.
도 5는 TUBA1C과 GCC2 단독으로 사용하는 경우 대비, 두 마커를 병용하였을 때 진단 폐암 진단의 민감도 변화를 확인하는 ROC 커브이다.
이하에서, 첨부된 도면을 참조하여 실시예들을 상세하게 설명한다. 각 도면에 제시된 동일한 참조 부호는 동일한 부재를 나타낸다.
아래 설명하는 실시예들에는 다양한 변경이 가해질 수 있다. 아래 설명하는 실시예들은 실시 형태에 대해 한정하려는 것이 아니며, 이들에 대한 모든 변경, 균등물 내지 대체물을 포함하는 것으로 이해되어야 한다.
실시예에서 사용한 용어는 단지 특정한 실시예를 설명하기 위해 사용된 것으로, 실시예를 한정하려는 의도가 아니다. 단수의 표현은 문맥상 명백하게 다르게 뜻하지 않는 한, 복수의 표현을 포함한다. 본 명세서에서, "포함하다" 또는 "가지다" 등의 용어는 명세서 상에 기재된 특징, 숫자, 단계, 동작, 구성 요소, 부품 또는 이들을 조합한 것이 존재함을 지정하려는 것이지, 하나 또는 그 이상의 다른 특징들이나 숫자, 단계, 동작, 구성 요소, 부품 또는 이들을 조합한 것들의 존재 또는 부가 가능성을 미리 배제하지 않는 것으로 이해되어야 한다.
다르게 정의되지 않는 한, 기술적이거나 과학적인 용어를 포함해서 여기서 사용되는 모든 용어들은 실시예가 속하는 기술 분야에서 통상의 지식을 가진 자에 의해 일반적으로 이해되는 것과 동일한 의미를 가지고 있다. 일반적으로 사용되는 사전에 정의되어 있는 것과 같은 용어들은 관련 기술의 문맥 상 가지는 의미와 일치하는 의미를 가지는 것으로 해석되어야 하며, 본 출원에서 명백하게 정의하지 않는 한, 이상적이거나 과도하게 형식적인 의미로 해석되지 않는다.
또한, 첨부 도면을 참조하여 설명함에 있어, 도면 부호에 관계없이 동일한 구성 요소는 동일한 참조 부호를 부여하고 이에 대한 중복되는 설명은 생략하기로 한다. 실시예를 설명함에 있어서 관련된 공지 기술에 대한 구체적인 설명이 실시예의 요지를 불필요하게 흐릴 수 있다고 판단되는 경우 그 상세한 설명을 생략한다.
본 발명의 일 실시예에 따르면, TUBA1C(Tubulin alpha-1C chain) 단백질 과발현 엑소좀을 포함하는, 암 진단 또는 예후 예측용 마커 조성물이 제공된다. 또한, 상기 엑소좀은 GCC2(GRIP and coiled-coil domain-containing protein) 단백질을 더 포함할 수 있다.
본 명세서에서 사용된 용어 "TUBA1C 단백질 과발현 엑소좀" 및 "GCC2 단백질 과발현 엑소좀"은 정상 세포 내에 존재하는 엑소좀에 비해 GCC2나 TUBA1C 단백질을 높은 수준으로 발현하는 엑소좀을 의미한다.
엑소좀(exosome)은 대부분의 세포에서 분비되는 나노 크기(30~150㎚)의 작은 소포체이다. 엑소좀 내부 및 인지질 이중측막에는 세포에서 유래된 다양한 종류의 단백질, 유전물질(DNA, mRNA, miRNA), 지질 등이 포함되어 있는 것으로 알려져 있다. 또한, 조직 유래의 엑소좀은 이를 분비한 조직의 상태를 반영하기 때문에, 질병의 진단에 이용될 수 있음이 보고된 바 있다.
이에 본 발명자들은 암 환자의 엑소좀 내 특이적으로 발현하는 TUBA1C 또는 GCC2 단백질을 이용하는 경우 정확하고 신속하게 암을 진단하거나 예후를 예측할 수 있다는 것을 확인함으로써 본 발명을 완성하였다.
여기서, 암은 모든 암을 포함하는 것으로, 폐암, 식도암, 흉선암, 유방암, 간암, 위암, 대장암, 췌장암, 자궁경부암, 피부암, 전립선암, 난소암, 갑상선암, 방광암, 두경부암, 골수암, 담도암 등을 예로 들 수 있으나 이에 한정되는 것은 아니며, 바람직하게는 폐암, 식도암 또는 흉선암 일 수 있다.
본 명세서에서 사용된 용어 "진단"은 병리 상태의 존재 또는 특징, 즉 암의 발병 여부를 확인하는 것을 의미한다. 또한, "예후"는 암 치료 후 해당 개체의 재발, 전이, 약물 반응성, 내성 여부를 판단하는 것을 의미한다. 이는 개체의 시료로부터 분리된 엑소좀 내 TUBA1C 또는 GCC2의 발현 수준을 측정함으로써 해당 개체의 암 발병 여부만이 아니라, 향후 해당 개체의 생존 예후가 좋은 지 여부에 대해서 예측하는 개념까지 포함할 수 있다.
이와 같이, 엑소좀에서 유래한 TUBA1C 또는 GCC2 단백질의 발현 수준 측정을 통해 암을 진단하거나 예후를 예측할 수 있으므로, 이의 유전자에 특이적으로 결합하는 프라이머나 프로브, 또는 단백질에 특이적으로 결합하는 항체를 암 진단 또는 예후 예측용 조성물로 이용할 수 있다.
뿐만 아니라, 본 발명은 TUBA1C또는 GCC2 유전자에 특이적으로 결합하는 프라이머, 프로브, 및 TUBA1C 또는 GCC2 단백질에 특이적으로 결합하는 항체 중 어느 하나 이상을 적용한 암 진단 또는 예후 예측용 키트를 제공할 수 있다.
상기 키트는 RT-PCR 키트, 마이크로어레이 칩 키트, DNA 키트, 단백질 칩 키트 등을 포함할 수 있으나, 이에 한정되는 것은 아니다. 상기 키트는 마커에 해당하는 TUBA1C, GCC2 유전자 또는 단백질의 엑소좀 내 발현 수준을 확인하여 이를 검출함으로써 폐암 진단 또는 예후 예측을 할 수 있다.
상기 키트에는 암의 진단 또는 예후 예측을 위하여 선택적으로 마커를 인지하는 프라이머, 프로브 또는 항체 외에도, 분석 방법에 적합한 한 종류 또는 그 이상의 다른 구성성분 조성물, 용액, 또는 장치를 포함할 수 있다.
예를 들어, 상기 키트는 항체의 면역학적 검출을 위하여 기질, 적당한 완충용액, 발색 효소 또는 형광물질로 표지된 2차 항체, 및 발색 기질 등을 포함할 수 있다. 또한, 상기 기질은 니트로셀룰로오스 막, 폴리비닐 수지로 합성된 96 웰 플레이트, 폴리스티렌 수지로 합성된 96 웰 플레이트 및 유리로 된 슬라이드 글라스 등이 이용될 수 있고, 발색효소는 퍼옥시다아제(peroxidase), 알칼라인 포스파타아제(alkaline phosphatase) 등이 사용될 수 있으며, 형광물질은 FITC, RITC 등이 사용될 수 있고, 발색기질액은 ABTS(2,2'-아지노-비스-(3-에틸벤조티아졸린-6-설폰산)) 또는 OPD(O-페닐렌디아민), TMB(테트라메틸 벤지딘)가 사용될 수 있으나, 이에 한정되는 것은 아니다.
본 발명의 또 다른 일 실시예에 따르면, 생물학적 시료로부터 분리된 엑소좀(exosome) 내 TUBA1C 유전자 또는 단백질의 발현 수준을 측정하는 단계를 포함하는, 암의 진단 또는 예후 예측에 필요한 정보를 제공하는 방법이 제공된다.
본 발명의 방법은 암 진단의 민감도와 정확도를 향상시키기 위해 엑소좀 내 GCC2 유전자 또는 단백질의 발현 수준을 측정하는 단계를 더 포함할 수 있다.
상기 생물학적 시료는 전혈, 혈청, 혈장, 타액, 뇨, 객담, 림프액 및 세포로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상일 수 있으며, 바람직하게는 전혈 또는 세포일 수 있으나 이에 한정되는 것은 아니다.
상기 유전자 발현 수준 측정은 암의 진단 또는 예후 예측을 위해 생물학적 시료로부터 TUBA1C, GCC2 유전자의 mRNA 존재 여부와 발현 정도를 확인하는 과정으로, mRNA 발현량을 측정하는 것을 의미한다.
이를 위한 분석 방법으로는 역전사 중합효소반응(RT-PCR), 경쟁적 역전사 중합효소반응(Competitive RT-PCR), 실시간 역전사 중합효소반응(Real-time RT-PCR), RNase 보호 분석법(RPA; RNase protection assay), 노던 블랏팅(Northern blotting), DNA 칩 등이 있으나, 이에 한정되는 것은 아니다.
또한, 상기 단백질 발현 수준 측정은 암의 진단 또는 예후 예측을 위해 생물학적 시료로부터 TUBA1C, GCC2 단백질의 존재 여부와 발현 정도를 확인하는 과정을 의미한다.
상기 단백질의 발현 수준 측정 또는 비교 분석 방법으로는 단백질 칩 분석, 면역측정법, 리간드 바인딩 어세이, MALDI-TOF(Matrix Assisted Laser Desorption/Ionization Time of Flight Mass Spectrometry) 분석, SELDI-TOF(Sulface Enhanced Laser Desorption/Ionization Time of Flight Mass Spectrometry) 분석, 방사선 면역 분석, 방사 면역 확산법, 오우크테로니 면역 확산법, 로케트 면역전기영동, 조직면역 염색, 보체 고정 분석법, 2차원 전기영동 분석, 액상 크로마토그래피-질량 분석(liquid chromatography-Mass Spectrometry, LC-MS), LC-MS/MS(liquid chromatography-Mass Spectrometry/ Mass Spectrometry), 웨스턴 블랏팅 및 ELISA(enzyme-linked immunosorbentassay) 등이 있으나, 이에 한정되는 것은 아니다.
상기 TUBA1C, GCC2 유전자 또는 단백질 발현 수준을 측정한 뒤 정상 대조군과 비교하여 그 발현 수준이 정상 대조군보다 높은 경우, 암이 발병하였거나 발병 가능성이 높은 것으로 판단할 수 있다.
또한, 본 발명의 일 실시예에 따르면, (a) 암 환자로부터 채취한 생물학적 시료에 암 치료제 후보물질을 처리하는 단계; (b) 상기 생물학적 시료로부터 엑소좀(exosome)을 분리하는 단계; 및 (c) 상기 엑소좀 내 TUBA1C 유전자 또는 단백질의 발현 수준을 측정하는 단계; 를 포함하는, 암 치료제의 스크리닝 방법이 제공된다.
암 진단 또는 예후 예측에 필요한 정보를 제공하는 방법의 연장선에서, 상기 치료제 후보물질 스크리닝이 적용될 수 있다. 즉, 암 치료제 후보물질을 암 환자로부터 분리한 생물학적 시료에 처리한 뒤, 그 내부에 존재하는 엑소좀에서 TUBA1C 유전자 또는 단백질의 발현 수준 감소를 확인하는 경우, 해당 후보물질이 암 치료제로서 효과적으로 기능한다는 것을 확인할 수 있다.
이하, 실시예를 통하여 본 발명을 보다 상세히 설명하기로 한다. 하기 실시예는 본 발명을 예시하기 위한 목적으로 기술된 것으로서, 본 발명의 범위가 이에 한정되는 것은 아니다.
실시예
1:
엑소좀
분리 및
단백체
분석 준비
5종의 폐암 세포주(H522, A549, H1650, PC9, H1299), 흉선암 세포주 및 식도암 세포주를 각각 지름 150㎜의 디쉬에서 배양하였다. 이 때, 초고속원심분리기를 이용하여 120,000g로 4시간 동안 원심분리하여 엑소좀을 제거한 FBS(Fetal Bovine Serum)의 상층액을 배양액으로 사용하였다. 상기 배양액을 이용하여 세포가 70-80% confluency 상태가 되도록 2-3일 동안 연속 배양하였다.
얻어진 배양액을 10,000g에서 30분 동안 원심분리하여 cell debris를 제거하고, 0.45㎛, 0.22㎛ 필터에 순차로 통과시켜 상대적으로 부피가 큰 물질들을 우선적으로 제거하였다. 이후 여과된 세포배양액은 Amicon tube 100K(Millipore, USA)를 이용하여 원하는 크기의 입자만 남기고 농축하였다.
다음으로, 농축된 세포배양액을 column liquid chromatography 방법을 이용하여 엑소좀 크기(50-100㎚)의 입자만을 분리하고, Amicon tube 100K를 이용하여 다시 농축하였다.
농축된 엑소좀은 RIPA lysis buffer(Thermo Fisher Scientific, USA)를 이용하여 단백질을 얻어내고, 한국기초과학지원연구원(KBSI)에 의뢰하여 단백체 분석 결과를 얻었다.
이를 토대로 암 세포주의 엑소좀에서 과발현되는 TUBA1C(Tubulin alpha-1C chain) 및 GCC2(GRIP and coiled-coil domain-containing protein 2)를 최종 선별하였다.
실시예
2: 폐암 환자의
엑소좀
내
GCC2
및
TUBA1C
발현 수준 측정
상기 실시예 1에서 선별한 GCC2 및 TUBA1C 단백질을 포함한 엑소좀이 폐암의 진단 또는 예후 예측용 마커로서 이용 가능성이 있는지 확인하기 위하여, 정상군(n=3)과 폐암 환자군(n=5)의 혈액에서 추출한 엑소좀으로부터 GCC2 및 TUBA1C의 발현 수준을 ELISA(Enzyme linked immunoassay) 분석을 통해 확인하였다.
그 결과, 도 1에 나타낸 바와 같이, 정상군(control)에 비해 폐암 환자군에서 GCC2 및 TUBA1C의 발현이 증가한 것을 확인할 수 있었다.
다음으로, 폐암 환자의 혈장에서 분리한 엑소좀의 특성을 확인하기 위하여, 병원에 내원하는 1 ~ 3기의 폐암 환자 20명으로부터 혈액을 채취하였고, Exoquick(Systembio, USA)를 이용하여 혈장으로부터 엑소좀을 분리하였다. 분리된 혈액 유래 엑소좀에서 유래한 GCC2 및 TUBA1C의 발현 수준은 ELISA 분석을 통해 확인하였다(GCC2: Mybiosource사의 GRIP and coiled-coil domain containing proten 2 ELISA KIT (Cat No. MBS9330667), 2) TUBA1C: Mybiosource사의 TUBA1C ELISA KIT (Cat No. MBS9336377)). 그 결과, 도 4에 나타낸 바와 같이 정상군에 비해 모든 폐암 기수에서 GCC2 및 TUBA1C의 발현량이 유의하게 증가하고, 폐암 기수가 증가함에 따라 GCC2 및 TUBA1C의 발현량도 함께 증가하는 것이 확인되었다.
실시예
3: 식도암 및
흉선암
환자의
엑소좀
내
TUBA1C
발현 수준 측정
먼저, 정상인 5명, 식도암 환자 5명의 혈장(plasma) 시료로부터 엑소좀을 추출한 후, TUBA1C ELISA KIT(Mybiosource사의 TUBA1C ELISA KIT (Cat No. MBS9336377))를 이용하여 시료 내 TUBA1C 단백질 농도를 확인하였다.
그 결과, 도 2에 나타낸 바와 같이, 정상인의 경우 엑소좀 유래 TUBA1C 단백질의 평균 농도가 939.306ng/ml으로 나타난 반면, 식도암 환자에서는 엑소좀 유래 TUBA1C 단백질의 평균 농도가 1236.764ng/ml로 높게 측정되었다. 식도암 환자의 엑소좀 유래 TUBA1C 단백질 농도는 정상인에 비하여 1.36배 증가하였으며, p value는 0.021로 나타나 통계적으로 유의함을 확인할 수 있었다.
다음으로, 정상인 5명, 흉선암 환자 5명의 혈장(plasma) 시료로부터 엑소좀을 추출한 후, TUBA1C ELISA KIT(Mybiosource사의 TUBA1C ELISA KIT (Cat No. MBS9336377))를 이용하여 시료 내 TUBA1C 단백질 농도를 확인하였다.
그 결과, 도 3에 나타낸 바와 같이, 정상인의 경우 엑소좀 유래 TUBA1C 단백질의 평균 농도가 909.306ng/ml으로 나타난 반면, 식도암 환자에서는 엑소좀 유래 TUBA1C 단백질의 평균 농도가 3503.15ng/ml로 매우 높게 측정되었다. 식도암 환자의 엑소좀 유래 TUBA1C 단백질 농도는 정상인에 비하여 3.85배 증가하였으며, p value는 0.005로 나타나 통계적으로 유의함을 확인할 수 있었다.
실시예
4:
TUBA1C
및
GCC2의
이중
바이오마커로서의
진단적 유용성 평가
암 진단을 위해 TUBA1C 및 GCC2를 이중 바이오마커로 이용하는 경우의 유용성을 평가하기 위해, TUBA1C과 GCC2 단독으로 사용하는 경우와 두 마커를 병용하는 경우의 진단 민감도 변화를 ROC 커브로 확인하였다. 구체적으로, 정상인 7명, 폐암 환자 21명의 혈장(plasma)에서 엑소좀을 추출한 후 GCC2 ELISA KIT, TUBA1C ELISA KIT을 이용하여 엑소좀 내 GCC2, TUBA1C 단백질의 농도를 구한 후 통계적으로 ROC 커브를 이용하여 AUC 값을 확인하였으며, 이를 도 5에 나타냈다.
도 5를 참고하면, GCC2 항체 단독으로 사용하는 경우 AUC는 0.905 (p = 0.002) 이고, TUBA1C 항체 단독으로 사용하는 경우의 AUC 값은 0.8787 (p = 0.003)였다. 반면에, GCC2 및 TUBA1C 항체를 동시에 처리한 경우, AUC는 1 (P 0.0000963)으로 확인되어, TUBA1C이나 GCC2를 단독으로 사용하였을 때보다 TUBA1C 및 GCC2를 이중 바이오마커로 사용할 경우 더욱 정밀한 진단이 가능함을 확인할 수 있었다.
이상과 같이 실시예들이 비록 한정된 실시예와 도면에 의해 설명되었으나, 해당 기술분야에서 통상의 지식을 가진 자라면 상기의 기재로부터 다양한 수정 및 변형이 가능하다. 예를 들어, 설명된 기술들이 설명된 방법과 다른 순서로 수행되거나, 및/또는 설명된 구성요소들이 설명된 방법과 다른 형태로 결합 또는 조합되거나, 다른 구성요소 또는 균등물에 의하여 대치되거나 치환되더라도 적절한 결과가 달성될 수 있다.
그러므로, 다른 구현들, 다른 실시예들 및 청구범위와 균등한 것들도 후술하는 청구범위의 범위에 속한다.
Claims (11)
- TUBA1C(Tubulin alpha-1C chain) 단백질 및 GCC2(GRIP and coiled-coil domain-containing protein) 단백질 과발현 엑소좀을 포함하는, 암 진단 또는 예후 예측용 마커 조성물.
- 삭제
- 제1항에 있어서,
상기 암은 폐암, 흉선암 또는 식도암인, 암 진단 또는 예후 예측용 마커 조성물.
- 엑소좀 내 TUBA1C 유전자에 특이적으로 결합하는 프라이머 또는 프로브; 및 엑소좀 내 TUBA1C 단백질에 특이적으로 결합하는 항체; 중 어느 하나 이상 및
엑소좀 내 GCC2 유전자에 특이적으로 결합하는 프라이머 또는 프로브; 및 엑소좀 내 GCC2 단백질에 특이적으로 결합하는 항체; 중 어느 하나 이상을 포함하는, 암 진단 또는 예후 예측용 조성물.
- 삭제
- 제4항에 있어서,
상기 암은 폐암, 흉선암 또는 식도암인, 암 진단 또는 예후 예측용 조성물.
- 제4항의 조성물을 포함하는, 암 진단 또는 예후 예측용 키트.
- 제7항에 있어서,
상기 키트는 RT-PCR 키트, 마이크로어레이 칩 키트, DNA 키트 및 단백질 칩 키트로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상인, 암 진단 또는 예후 예측용 키트.
- 생물학적 시료로부터 분리된 엑소좀(exosome) 내 TUBA1C 유전자 또는 단백질의 발현 수준을 측정하는 단계; 및 상기 엑소좀 내 GCC2 유전자 또는 단백질의 발현 수준을 측정하는 단계;를 포함하는, 암의 진단 또는 예후 예측에 필요한 정보를 제공하는 방법.
- 삭제
- 제9항에 있어서,
상기 생물학적 시료는 전혈, 혈청, 혈장, 타액, 뇨, 객담, 림프액 및 세포로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상인, 암의 진단 또는 예후 예측에 필요한 정보를 제공하는 방법.
Priority Applications (3)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
PCT/KR2020/004589 WO2020204665A1 (ko) | 2019-04-03 | 2020-04-03 | Tuba1c 단백질을 과발현하는 엑소좀 기반 암 진단 또는 예후 예측용 마커 조성물 |
US17/442,012 US20220154283A1 (en) | 2019-04-03 | 2020-04-03 | Marker composition for diagnosing cancer or predicting prognosis on basis of exosome overexpressing tuba1c protein |
JP2021559019A JP7222117B2 (ja) | 2019-04-03 | 2020-04-03 | Tuba1cタンパク質を過発現するエクソソーム基盤の癌の診断又は予後予測用マーカー組成物 |
Applications Claiming Priority (2)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
KR20190039052 | 2019-04-03 | ||
KR1020190039052 | 2019-04-03 |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
KR20200117901A KR20200117901A (ko) | 2020-10-14 |
KR102350603B1 true KR102350603B1 (ko) | 2022-01-14 |
Family
ID=72847283
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
KR1020200040887A KR102350603B1 (ko) | 2019-04-03 | 2020-04-03 | Tuba1c 단백질을 과발현하는 엑소좀 기반 암 진단 또는 예후 예측용 마커 조성물 |
Country Status (2)
Country | Link |
---|---|
KR (1) | KR102350603B1 (ko) |
CN (1) | CN113785200A (ko) |
Citations (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2011127219A1 (en) | 2010-04-06 | 2011-10-13 | Caris Life Sciences Luxembourg Holdings | Circulating biomarkers for disease |
WO2017181183A1 (en) * | 2016-04-15 | 2017-10-19 | Exosome Diagnostics, Inc. | Plasma-based detection of anaplastic lymphoma kinase (alk) nucleic acids and alk fusion transcripts and uses thereof in diagnosis and treatment of cancer |
Family Cites Families (4)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CA2621070A1 (en) * | 2005-09-02 | 2007-03-08 | Toray Industries, Inc. | Composition and method for diagnosing kidney cancer and estimating kidney cancer patient's prognosis |
WO2015050500A1 (en) * | 2013-09-17 | 2015-04-09 | Agency For Science, Technology And Research | Multigene assay for prognosis of renal cancer |
KR20160133740A (ko) * | 2015-05-13 | 2016-11-23 | 경북대학교 산학협력단 | 파이브로넥틴 단백질 양성 엑소좀을 포함하는 암 진단 또는 예후 예측용 조성물 |
KR102080887B1 (ko) | 2017-11-07 | 2020-02-24 | 고려대학교 산학협력단 | Gcc2 유전자 또는 단백질을 과발현하는 엑소좀 기반 폐암 진단 또는 예후 예측용 마커 조성물 |
-
2020
- 2020-04-03 CN CN202080024586.9A patent/CN113785200A/zh active Pending
- 2020-04-03 KR KR1020200040887A patent/KR102350603B1/ko active IP Right Grant
Patent Citations (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2011127219A1 (en) | 2010-04-06 | 2011-10-13 | Caris Life Sciences Luxembourg Holdings | Circulating biomarkers for disease |
WO2017181183A1 (en) * | 2016-04-15 | 2017-10-19 | Exosome Diagnostics, Inc. | Plasma-based detection of anaplastic lymphoma kinase (alk) nucleic acids and alk fusion transcripts and uses thereof in diagnosis and treatment of cancer |
Non-Patent Citations (1)
Title |
---|
STEPHANIE HURWITZ et al., 'Proteomics profiling of NCI-60 extracellular vesicles uncovers common protein cargo and cancer type-specific biomarkers’, Oncotarget, 2016, Vol. 7, pp 86999-87015. 1부.* |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
CN113785200A (zh) | 2021-12-10 |
KR20200117901A (ko) | 2020-10-14 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
JP5704570B2 (ja) | 肝内胆管がんの検出、判別方法 | |
KR101788414B1 (ko) | 간암 조기 진단용 바이오마커 및 그 용도 | |
JP6908785B2 (ja) | Gcc2遺伝子又はタンパク質を過発現するエクソソーム基盤肺癌診断又は予後予測用マーカー組成物 | |
US20150338412A1 (en) | Composition for diagnosis of lung cancer and diagnosis kit for lung cancer | |
JP5568807B2 (ja) | プロテオミクス解析を用いたメラノーママーカーの同定 | |
US11408886B2 (en) | Method of screening for novel therapeutic targets to develop therapeutic agents for colon cancer and prognostic biomarkers for colon cancer treatment screened using the same | |
KR101995189B1 (ko) | 비침습적 체외진단을 위한 간암 진단용 바이오마커 조성물 및 이를 포함하는 키트 | |
JP6639408B2 (ja) | デオキシハイプシン・シンターゼ遺伝子を指標として用いる動脈硬化及びがんの検出方法 | |
KR20200145783A (ko) | 신장이식 후 항체 매개성 거부반응의 진단 또는 예측을 위한 소변 엑소좀 바이오마커 | |
KR102350603B1 (ko) | Tuba1c 단백질을 과발현하는 엑소좀 기반 암 진단 또는 예후 예측용 마커 조성물 | |
KR101849699B1 (ko) | 파이브로넥틴 단백질 양성 엑소좀을 포함하는 암 진단 또는 예후 예측용 조성물 | |
US20220154283A1 (en) | Marker composition for diagnosing cancer or predicting prognosis on basis of exosome overexpressing tuba1c protein | |
EP2581745B1 (en) | Composition for diagnosis of lung cancer and diagnosis kit of lung cancer | |
JP7432578B2 (ja) | がんマーカーおよびその用途 | |
EP4043881A1 (en) | Cancer test method | |
KR102318328B1 (ko) | Gcc2 단백질을 과발현하는 엑소좀 기반 암 진단 또는 예후 예측용 마커 조성물 | |
EP2772759B1 (en) | Composition for diagnosis of lung cancer | |
US20230045066A1 (en) | Biomarkers for diagnosing breast cancer and uses thereof | |
KR101403019B1 (ko) | 폐암 진단용 마커 | |
KR20240113407A (ko) | 엑소좀을 이용한 편평상피세포 폐암 진단 또는 예후 예측용 바이오마커 및 이의 용도 | |
KR101859812B1 (ko) | 간암 화학 색전술 치료 예후 예측을 위한 바이오마커 및 그 용도 | |
CN117677715A (zh) | 一种骨髓瘤生物标志物serpinf2及其应用 | |
CN117858965A (zh) | 一种骨髓瘤生物标志物lgals3bp及其应用 | |
JP2016224013A (ja) | 早期診断用肺癌診断薬及びその利用 | |
KR20130052923A (ko) | 나노 물질에 의한 세포 독성 검출용 조성물, 키트 및 나노물질에 의한 세포 독성 검출방법 |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
E902 | Notification of reason for refusal | ||
E701 | Decision to grant or registration of patent right |