KR102336624B1 - Marker for predicting collagen content in pork and use thereof - Google Patents

Abstract

A gene marker of the present invention is a haplotype marker for predicting a collagen content in a pig, and can predict a collagen content in pork in a molecular biological level by analyzing vibration regions of MYH13, MYH1, and MYH3 genes of the pig, thereby being used for fostering and screening pigs having excellent collagen contents.

Description

돈육의 콜라겐 함량 예측용 마커 및 이의용도{Marker for predicting collagen content in pork and use thereof}Marker for predicting collagen content in pork and use thereof

본 발명은 돈육의 콜라겐 함량 예측용 조성물 및 이를 이용한 돈육의 콜라겐 함량 예측 방법에 관한 것이다. The present invention relates to a composition for predicting the collagen content of pork and a method for predicting the collagen content of pork using the same.

약 9000년 전에 인도의 동부 지방에서 사육된 이래로, 돼지는 세계적으로 사람이 필요로 하는 단백질 섭취를 위한 가장 기본적인 가축으로 각각의 시대와 상황 및 사람들의 기호에 따라 사육되어 왔다. 일반적으로 유럽품종과 아시아 품종들은 각 대륙의 야생 멧돼지에서 유래되었으며, 현재까지 존재하고 있는 품종은 200 여종 이며, 최근 FAO(Finance and Accounts Office)에서 발표한 결과에 따르면 아시아품종이 30%, 유럽품종이 33% 정도임이 보고되었다. 이 품종들 사이에 표현형의 차이는 모색, 크기, 체형 등이 있다.Since they were bred in eastern India about 9000 years ago, pigs have been bred according to each era, situation, and people's preferences as the most basic livestock for human protein intake worldwide. In general, European breeds and Asian breeds are derived from wild boars on each continent, and about 200 breeds exist so far. This was reported to be about 33%. The differences in phenotype between these breeds include color, size, and body type.

최근에는, 돈육의 품질을 제고하기 위하여, 돼지를 일정한 규격에서 사육하고 과학적으로 관리하고, 이로부터 얻어진 돈육을 브랜드화하고 있으며, 이미 다양한 브랜드의 돈육이 상업적으로 판매되고 있다. 그러나 이처럼 브랜드화된 돈육과 브랜드화되지 않은 돈육은 일반인이 육안으로 식별하기 어렵기 때문에, 이러한 점을 악용하여 브랜드화되지 않은 돈육을 브랜드화된 돈육으로 속여서 판매하는 방식으로 돈육의 유통질서를 교란시키는 사건이 빈번하게 발생하고 있다. 실제로, 브랜드화된 돼지와 브랜드화되지 않은 돈육을 구별하는 것은 전문가의 수준에서도 매우 어려운 일이기 때문에, 정품 브랜드의 돈육을 판단하는 객관적인 기준을 마련하려는 연구가 활발히 진행되고 있다.Recently, in order to improve the quality of pork, pigs are raised and scientifically managed under a certain standard, and the resulting pork is branded, and various brands of pork are already commercially sold. However, since branded pork and unbranded pork are difficult to identify with the naked eye, incidents that disrupt the distribution of pork are frequent by exploiting this point to deceive and sell unbranded pork as branded pork. it is occurring In fact, since it is very difficult even for a professional level to distinguish branded pork from unbranded pork, research to establish an objective standard for judging genuine brand pork is being actively conducted.

돼지의 육질 또는 육량 형질에 관여하는 원인 유전자 발굴 및 유전적 위치를 탐색하는 연구가 활발히 진행되고 있다. 특히 형질관련 유전자 마커 발굴을 위하여 기능 유전자를 대상으로 단일염기다형성(single nucleotide polymor phism, SNP), 삽입결손(Insert/Deletion, indel) 등 유전자 변이 영역을 발굴 및 형질 관련성 연구가 활발히 진행되고 있으며, 현재까지 다양한 형질관련 SNP, indel 마커들이 발굴되었다.Research to discover the causative genes involved in the meat quality or meat quality traits of pigs and to explore the genetic location is being actively conducted. In particular, for the discovery of trait-related gene markers, gene mutation regions such as single nucleotide polymorphism (SNP) and insertion deletion (insert/deletion, indel) are being actively explored and trait-related research is being actively conducted for functional genes. To date, various trait-related SNP and indel markers have been discovered.

게놈 지도의 완성에 따라 SNP의 존재도 밝혀진 경우가 많으나, 아직 발견되지 않은 SNP 역시 존재하며, 발견된 SNP일지라도 표현형에 미치는 영향에 대해서 연구되지 않은 경우가 아직 많이 존재하고 있다. SNP가 표현형에 영향을 미쳐 돈육의 육질 또는 육량 관련 형질이 달라지는 경우에는 돈육의 육질 또는 육량 관련 형질에 대한 효과가 있는 마커로서 사용될 수 있다.In many cases, the existence of SNPs has been revealed according to the completion of the genome map, but there are still undiscovered SNPs, and there are still many cases where the effects of discovered SNPs on the phenotype have not been studied. When the SNP affects the phenotype and changes the meat quality or meat quantity-related traits of pork, it can be used as a marker having an effect on the pork meat quality or meat quantity-related traits.

대한민국 등록특허 제 10-1418402 호Republic of Korea Patent No. 10-1418402

본 발명의 해결하고자 하는 과제는 돈육의 콜라겐 함량 예측용 일배체형 마커, 상기 마커를 검출 또는 증폭할 수 있는 제제를 포함하는 조성물, 상기 조성물을 포함하는 키트 및 이를 이용한 돈육 콜라겐 함량 예측 방법을 제공하는 것이다The problem to be solved by the present invention is to provide a haplotype marker for predicting the collagen content of pork, a composition comprising an agent capable of detecting or amplifying the marker, a kit comprising the composition, and a method for predicting the collagen content of pork using the same will be

상기의 과제를 해결하기 위해 본 발명은 (a) 서열번호1로 표시되는 MYH13 유전자의 1002번째 염기가 T 또는 A이고, 상기 1002번째 염기를 포함하는 5 내지 100개의 연속적인 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드, (b) 서열번호2로 표시되는 MYH1 유전자 1002번째 염기가 G 또는 T이고, 상기 1002번째 염기를 포함하는 5 내지 100개의 연속적인 염기를 포함하는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드, 및 (c) 서열번호3으로 표시되는 MYH3 유전자의 1524번째 내지 1527번째 염기를 포함하는 4 내지 200개의 연속적인 염기로 포함하는 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 돈육의 콜라겐 함량 예측용 일배체형 마커를 제공한다. In order to solve the above problems, the present invention provides (a) the 1002th base of the MYH13 gene represented by SEQ ID NO: 1 is T or A, and a polynucleotide consisting of 5 to 100 consecutive bases including the 1002th base Or its complementary polynucleotide, (b) MYH1 gene represented by SEQ ID NO: 2, the 1002th base is G or T, and the polynucleotide comprising 5 to 100 consecutive bases including the 1002th base or its complementary Pork collagen comprising a polynucleotide, and (c) a polynucleotide comprising 4 to 200 consecutive bases including bases 1524 to 1527 of the MYH3 gene represented by SEQ ID NO: 3, or a polynucleotide complementary thereto A haplotype marker for content prediction is provided.

또한, 본 발명은 상기 일배체형 마커를 검출 또는 증폭할 수 있는 제제를 포함하는 돈육의 콜라겐 함량 예측용 조성물을 제공한다.In addition, the present invention provides a composition for predicting collagen content of pork, comprising an agent capable of detecting or amplifying the haplotype marker.

상기 제제는 프라이머 또는 프로브일 수 있다.The agent may be a primer or a probe.

또한, 본 발명은 돈육의 콜라겐 함량 예측용 조성물을 제공한다. In addition, the present invention provides a composition for predicting the collagen content of pork.

상기 제제는 MYH13 유전자를 증폭시킬 수 있는 서열번호4 및 5로 표시되는 폴리뉴클레오티드, MYH1 유전자를 증폭시킬 수 있는 서열번호7 및 8로 표시되는 폴리뉴클레오티드, 및 MYH3 유전자를 증폭시킬 수 있는 서열번호10 및 11로 표시되는 폴리뉴클레오티드를 포함하는 것일 수 있다. The agent comprises the polynucleotides represented by SEQ ID NOs: 4 and 5 capable of amplifying the MYH13 gene, the polynucleotides represented by SEQ ID NOs: 7 and 8 capable of amplifying the MYH1 gene, and SEQ ID NO: 10 capable of amplifying the MYH3 gene. and a polynucleotide represented by 11.

또한, 본 발명은 상기 조성물을 포함하는, 돈육의 콜라겐 함량 예측용 키트를 제공한다.In addition, the present invention provides a kit for predicting the collagen content of pork, comprising the composition.

또한, 본 발명은 a) 개체로부터 분리된 시료에서 DNA를 분리하는 단계, b) 상기 DNA에서 상기 일배체형 마커를 증폭하는 단계 및 c) 증폭산물의 유전자형을 분석하여 일배체형을 결정하는 단계를 포함하는, 돈육의 콜라겐 함량 예측 방법을 제공한다.In addition, the present invention includes the steps of a) isolating DNA from a sample isolated from an individual, b) amplifying the haplotype marker from the DNA, and c) determining the haplotype by analyzing the genotype of the amplification product. To provide a method for predicting the collagen content of pork.

상기 단계 c)에서 서열번호1로 표시되는 MYH13 유전자의 1002번째 염기가 T/T이며, 서열번호2로 표시되는 MYH1 유전자의 1002번째 염기가 T/T이고, 서열번호3으로 표시되는 MYH3 유전자의 1524번째 내지 1527번째 염기가 ACGT의 연속된 염기인 경우, 일배체형을 QQ로 결정하고, 서열번호1로 표시되는 MYH13 유전자의 1002번째 염기가 A/A이고, 서열번호2로 표시되는 MYH1 유전자의 1002번째 염기가 G/G이며, 서열번호3으로 표시되는 MYH3 유전자의 1524번째 내지 1527번째 염기가 ACGT의 연속된 염기와 상이한 경우, 일배체형을 qq로 결정하고, QQ 및 qq 형을 제외한 나머지 일배체형을 Qq 또는 qQ로 결정하는 것일 수 있다. In step c), the 1002th base of the MYH13 gene represented by SEQ ID NO: 1 is T/T, the 1002th base of the MYH1 gene represented by SEQ ID NO: 2 is T/T, and the MYH3 gene represented by SEQ ID NO:3 When bases 1524 to 1527 are consecutive bases of ACGT, the haplotype is determined as QQ, base 1002 of the MYH13 gene represented by SEQ ID NO: 1 is A/A, and the MYH1 gene represented by SEQ ID NO: 2 If the 1002th base is G/G and the 1524th to 1527th bases of the MYH3 gene represented by SEQ ID NO: 3 are different from the consecutive bases of ACGT, the haplotype is determined as qq, and the rest of the haplotypes except for QQ and qq types It may be to determine the body type as Qq or qQ.

상기 일배체형을 QQ 결정하는 경우, 콜라겐 함량이 qq 및 QQ와 비교하여 높을 것으로 예측하는 것일 수 있다. When determining the haplotype QQ, the collagen content may be predicted to be high compared to qq and QQ.

본 발명에 따른 콜라겐 함량 예측용 일배체형 마커는 돼지의 MYH13, MYH1 및 MYH3 유전자의 변이영역 분석하여 분자생물학적 수준에서 돈육의 콜라겐 함량을 예측할 수 있으며, 이를 통해 콜라겐 함량이 우수한 돼지 육성 및 선발을 할 수 있다.The haplotype marker for collagen content prediction according to the present invention can predict the collagen content of pork at the molecular biological level by analyzing the mutation regions of the MYH13, MYH1 and MYH3 genes of pigs. can

도 1은 돼지 염색체 12번 내의 육질형질(근내지방함량, 적색육 등) 유전자 영역 유전자군을 나타난 것이다.
도 2는 MYH13 유전자형 패턴을 파이로 시퀀싱(PYRO-SEQUENCER)으로 분석한 결과이다.
도 3은 MYH1 유전자형 패턴을 파이로 시퀀싱(PYRO-SEQUENCER)으로 분석한 결과이다.
도 4는 MYH3 프로모터 영역 변이영역을 전기영동 분석한 결과이다. 1 shows the gene region gene group of the meat trait (intramuscular fat content, red meat, etc.) within pig chromosome 12.
2 is a result of analyzing the MYH13 genotype pattern by pyro-sequencing (PYRO-SEQUENCER).
3 is a result of analyzing the MYH1 genotype pattern by pyro-sequencing (PYRO-SEQUENCER).
4 is a result of electrophoretic analysis of the MYH3 promoter region mutation region.

본 발명은 돈육의 유전자에서 변이를 탐색하고, 이러한 유전자 변이와 돈육의 콜라겐 함량의 연관성을 구명하여 육질이 우수한 돼지를 조기에 선발할 수 있는 분자마커를 개발하고자 한 것이다.The present invention aims to develop a molecular marker capable of early selection of pigs with excellent meat quality by searching for mutations in pork genes and examining the relationship between these genetic mutations and the collagen content of pork.

본 발명은 (a) 서열번호1로 표시되는 MYH13 유전자의 1002번째 염기가 T 또는 A이고, 상기 1002번째 염기를 포함하는 5 내지 100개의 연속적인 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드, (b) 서열번호2로 표시되는 MYH1 유전자의 1002번째 염기가 G 또는 T이고, 상기 1002번째 염기를 포함하는 5 내지 100개의 연속적인 염기를 포함하는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드, 및 (c) 서열번호3으로 표시되는 MYH3 유전자의 1524번째 내지 1527번째 염기를 포함하는 4 내지 200개의 연속적인 염기로 포함하는 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 돈육의 콜라겐 함량 예측용 일배체형 마커를 제공한다.The present invention relates to (a) a polynucleotide consisting of 5 to 100 consecutive bases including the 1002 base, or a complementary polynucleotide thereof, wherein the 1002 base of the MYH13 gene represented by SEQ ID NO: 1 is T or A, (b) a polynucleotide comprising 5 to 100 consecutive bases including the 1002 base, or a complementary polynucleotide thereof, wherein the 1002 base of the MYH1 gene represented by SEQ ID NO: 2 is G or T, and (c) ) Haplotype marker for predicting collagen content of pork comprising a polynucleotide comprising 4 to 200 consecutive bases including bases 1524 to 1527 of the MYH3 gene represented by SEQ ID NO: 3, or a complementary polynucleotide thereof provides

본 발명에서는 MYH13 유전자, MYH1 유전자 및 MYH3 유전자 변이영역에 따라 돼지의 유전자 일배체형 QQ, Qq, qq 형으로 구분하였으며, 상기 일배체형에 따라 돈육의 콜라겐 함량이 상이함을 확인하여 본 발명을 완성하였다. In the present invention, pig gene haplotypes QQ, Qq, and qq types were classified according to the MYH13 gene, MYH1 gene, and MYH3 gene mutation regions. .

본 발명에서 “마커”는 유전자 좌위(locus)에 있는 돌연변이 또는 변형에 의해 일어난 다양성을 식별하기 위해 이용되는 짧은 DNA 서열을 의미한다.In the present invention, "marker" refers to a short DNA sequence used to identify diversity caused by mutations or modifications in a locus.

본 발명의 목적상, 상기 마커는 돈육 내의 콜라겐 함량에 따라 염기 변이(다형성 또는 삽입결손)가 나타나는 유전자를 의미할 수 있다.For the purposes of the present invention, the marker may refer to a gene in which a base mutation (polymorphism or indel) appears depending on the collagen content in pork.

본 발명에서 “일배체형(haplotype) 마커”는 1개의 염색체 상에 다형의 유전자자리가 조밀하게 연쇄하여 존재하는 경우, 동일 염색체 상에 연쇄하는 각 유전자자리의 대립유전자 조합을 포함하는 마커를 의미한다. 상기 일배체형을 이용하면 유전자 영역을 식별할 수 있고, 상기 일배체형을 형성하는 대립유전자는 연쇄불평형 관계가 형성될 수 있다. In the present invention, "haplotype marker" refers to a marker comprising a combination of alleles of each locus linked on the same chromosome when polymorphic loci are densely linked on one chromosome. . If the haplotype is used, a gene region can be identified, and a chain imbalance relationship can be formed between alleles forming the haplotype.

본 발명의 목적상 상기 일배체형 마커는 MYH13, MYH1의 유전자의 단일염기다형성(SNP) 부위, 및 MYH3의 삽입결손(indel) 부위를 포함하는 전체 또는 일부 폴리뉴클레오티드일 수 있고, 구체적으로 서열번호1로 구성된 폴리뉴클레오티드(MYH13 유전자)의 전체 또는 일부 폴리뉴클레오티드와 서열번호2로 구성된 폴리뉴클레오티드(MYH1 유전자)의 전체 또는 일부 폴리뉴클레오티드, 서열번호3으로 구성된 폴리뉴클레오티드(MYH3 유전자)의 전체 또는 일부 폴리뉴클레오티드를 포함할 수 있으며, 보다 구체적으로 서열번호1의 MYH13 유전자의 1002번째 염기가 T 또는 A이고, 상기 1002번째 염기를 포함하는 5 내지 100개의 연속적인 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드, 서열번호2로 표시되는 MYH1 유전자의 1002번째 염기가 G 또는 T이고, 상기 1002번째 염기를 포함하는 5 내지 100개의 연속적인 염기를 포함하는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드, 및 서열번호3으로 표시되는 MYH3 유전자의 1524번째 내지 1527번째 염기를 포함하는 4 내지 200개의 연속적인 염기를 포함하는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함할 수 있다. For the purpose of the present invention, the haplotype marker may be all or part of a polynucleotide including a single nucleotide polymorphism (SNP) site of MYH13, a gene of MYH1, and an indel site of MYH3, specifically SEQ ID NO: 1 All or part of a polynucleotide consisting of (MYH13 gene), all or part of a polynucleotide consisting of SEQ ID NO: 2 (MYH1 gene), all or part of a polynucleotide consisting of SEQ ID NO: 3 (MYH3 gene) polynucleotide may include, more specifically, the 1002th base of the MYH13 gene of SEQ ID NO: 1 is T or A, and a polynucleotide consisting of 5 to 100 consecutive bases including the 1002th base or a complementary polynucleotide thereof , the 1002th base of the MYH1 gene represented by SEQ ID NO: 2 is G or T, and a polynucleotide comprising 5 to 100 consecutive bases including the 1002th base or a complementary polynucleotide thereof, and SEQ ID NO:3 It may include a polynucleotide comprising 4 to 200 consecutive bases including bases 1524 to 1527 of the indicated MYH3 gene, or a polynucleotide complementary thereto.

본 발명에서 “MYH13 유전자”는 외적 안구 근육에서 발현되는 마이오신인 MYH13을 코딩하는 유전자를 의미하며, 본 발명에서 상기 MYH13 유전자는 서열번호1로 표시되는 폴리뉴클레오티드를 포함한다.In the present invention, “MYH13 gene” refers to a gene encoding MYH13, which is myosin expressed in the extrinsic ocular muscle, and in the present invention, the MYH13 gene includes the polynucleotide represented by SEQ ID NO: 1.

본 발명에서 “MYH1 유전자”는 동물의 근육을 구성하는 마이오신에 포함된 중쇄단백질의 하나인 myosin heavy chain 1을 코딩하는 유전자를 의미하며, 본 발명에서 상기 MYH1 유전자는 서열번호2로 표시되는 폴리뉴클레오티드를 포함한다.In the present invention, "MYH1 gene" means a gene encoding myosin heavy chain 1, which is one of the heavy chain proteins contained in myosin constituting the muscle of an animal, and in the present invention, the MYH1 gene is a poly represented by SEQ ID NO: 2 contains nucleotides.

본 발명에서 “MYH3 유전자”는 동물의 근육을 구성하는 마이오신에 포함된 중쇄단백질의 하나인 myosin heavy chain 3을 코딩하는 유전자를 의미하며, 본 발명에서 상기 MYH3 유전자는 서열번호3으로 표시되는 폴리뉴클레오티드를 포함한다.In the present invention, "MYH3 gene" means a gene encoding myosin heavy chain 3, which is one of the heavy chain proteins contained in myosin constituting the muscle of an animal, and in the present invention, the MYH3 gene is a poly represented by SEQ ID NO: 3 contains nucleotides.

본 발명에서 "뉴클레오타이드" 또는 "폴리뉴클레오타이드"는 단일가닥 또는 이중가닥 형태로 존재하는 디옥시리보뉴클레오타이드 또는 리보뉴클레오타이드이며, 다르게 특별하게 언급되어 있지 않은 한 자연의 뉴클레오타이드의 유사체를 포함한다.In the present invention, "nucleotide" or "polynucleotide" refers to deoxyribonucleotides or ribonucleotides that exist in single-stranded or double-stranded form, and unless otherwise specified, includes analogs of natural nucleotides.

본 발명의 용어 “다형성(polymorphism)”이란, 하나의 유전자 좌위(locus)에 두 가지 이상의 대립유전자(allele)가 존재하는 경우를 의미하며 다형성 부위 중에서, 사람에 따라 단일 염기만이 다른 것을 단일염기다형성(single nucleotide polymorphism, SNP)이라 한다. 바람직한 다형성 마커는 선택된 집단에서 1% 이상, 더욱 바람직하게는 5% 또는 10% 이상의 발생빈도를 나타내는 두 가지 이상의 대립유전자를 가진다.As used herein, the term “polymorphism” refers to a case in which two or more alleles exist at one locus, and among polymorphic sites, only a single base differs from one person to another as a single base It is called single nucleotide polymorphism (SNP). Preferred polymorphic markers have two or more alleles with an incidence of at least 1%, more preferably at least 5% or 10% in a selected population.

본 발명에서 대립유전자(allele)는 상동염색체의 동일한 유전자 좌위에 존재하는 한 유전자의 여러 타입을 의미한다. 대립유전자는 다형성을 나타내는 데 사용되기도 하며, 예컨대, SNP는 두 종류의 대립인자(biallele)를 가진다.In the present invention, an allele refers to several types of a gene present at the same locus of a homologous chromosome. Alleles are also used to indicate polymorphism, for example, SNPs have two types of alleles.

본 발명의 일 실시예에서 돼지에서 분리한 DNA에서 MYH13, MYH1의 SNP 부위 및 MYH3의 6bp 삽입결손 변이영역의 유전자형을 분석하여 돼지 유전자의 일배체형을 결정하였으며, 일배체형(qq, Qq, QQ)에 따른 부위별(등심, 반막, 대퇴, 상완, 목심)의 콜라겐 함량을 비교하였다. 구체적으로 서열번호1로 표시되는 MYH13 유전자의 1002번째 염기가 T/T이며, 서열번호2로 표시되는 MYH1 유전자의 1002번째 염기가 T/T이고, 서열번호3으로 표시되는 MYH3 유전자의 1524번째 내지 1527번째 염기가 ACGT의 연속된 염기인 경우, 일배체형을 QQ로 정의하였으며, 서열번호1로 표시되는 MYH13 유전자의 1002번째 염기가 A/A이고, 서열번호2로 표시되는 MYH1 유전자의 1002번째 염기가 G/G이며, 서열번호3으로 표시되는 MYH3 유전자의 1524번째 내지 1527번째 염기가 ACGT의 연속된 염기와 상이한 경우, 일배체형을 qq로 정의하였다. 또한, QQ 및 qq 형을 제외한 나머지 일배체형을 Qq 또는 qQ로 정의하였다. In an embodiment of the present invention, the haplotype of the pig gene was determined by analyzing the genotypes of the SNP sites of MYH13 and MYH1 and the 6bp indel mutation region of MYH3 in DNA isolated from pigs, and haplotypes (qq, Qq, QQ) Collagen content of each part (loin, half-mak, thigh, upper arm, and neck) was compared according to the results. Specifically, the 1002th base of the MYH13 gene represented by SEQ ID NO: 1 is T/T, the 1002th base of the MYH1 gene represented by SEQ ID NO: 2 is T/T, and the 1524th to the 1524th to the MYH3 gene represented by SEQ ID NO:3 If the 1527th base is a continuous base of ACGT, the haplotype was defined as QQ, the 1002th base of the MYH13 gene represented by SEQ ID NO: 1 is A/A, and the 1002th base of the MYH1 gene represented by SEQ ID NO:2 is G/G, and when the 1524th to 1527th bases of the MYH3 gene represented by SEQ ID NO: 3 are different from the consecutive bases of ACGT, the haplotype was defined as qq. In addition, the remaining haplotypes except for QQ and qq types were defined as Qq or qQ.

일배체형에 따른 콜라겐 함량 분석결과, 등심, 반막, 대퇴, 상완, 목심에서 qq 유전자형 돈육과 비교하여 QQ 유전자형의 콜라겐 함량이 각각 22.0%, 62.8%, 43.1%, 22.6%, 16.3%로 높게 측정되었으며, 이들이 통계적으로 유의성을 가짐을 확인하였다. 돼지의 일배체 유전자형을 QQ 형으로 고정하는 경우, qq 유전자형과 비교하여 콜라겐 함량을 16.3% 내지 62.8% 증가함을 확인하였다. As a result of analysis of collagen content according to haplotype, the collagen content of the QQ genotype was measured to be 22.0%, 62.8%, 43.1%, 22.6%, and 16.3%, respectively, in sirloin, half-mak, thigh, upper arm, and loin compared to qq genotype pork. , it was confirmed that they were statistically significant. When the pig haplotype genotype was fixed as QQ type, it was confirmed that the collagen content was increased by 16.3% to 62.8% compared to the qq genotype.

즉, QQ 일배체형인 돼지가 qq, Qq(또는 qQ) 일배체형 돼지와 비교하여 돈육의 콜라겐 함량이 우수함을 확인하였다.That is, it was confirmed that pigs with QQ haplotype had superior collagen content in pork compared to pigs with qq and Qq (or qQ) haplotypes.

따라서 본 발명의 일배체형 마커를 이용하여 돈육의 콜라겐 함량을 예측할 수 있다. Therefore, the collagen content of pork can be predicted using the haplotype marker of the present invention.

상기 일배체형 마커는 MYH13, MYH1 및 MYH3 유전자형 분석을 통해 돈육의 콜라겐 함량을 예측하고, 이를 통해 콜라겐 함량이 우수한 돼지 육성 및 선발에 활용 가능하다. The haplotype marker predicts the collagen content of pork through MYH13, MYH1 and MYH3 genotype analysis, and can be utilized for breeding and selection of pigs with excellent collagen content.

또한 본 발명은 상기 일배체형 마커를 검출 또는 증폭할 수 있는 제제를 포함하는, 돈육의 콜라겐 함량 예측용 조성물을 제공한다. The present invention also provides a composition for predicting collagen content in pork, comprising an agent capable of detecting or amplifying the haplotype marker.

본 발명의 콜라겐 함량 예측용 조성물은 단일 일배체형 마커를 분석하여 단일 마커와 비교하여 통계적 유의성, 신뢰도 및 정확성 등의 향상된 것일 수 있다. The composition for predicting collagen content of the present invention may be improved in statistical significance, reliability, accuracy, etc. compared to a single marker by analyzing a single haplotype marker.

본 발명에서 개시된 단일염기다형 이외의 돈육 육질과 통계적으로 유의성이 입증된 다른 단일염기다형 종류를 포함할 수 있으며, 돈육 육질 예측의 통계적 유의성, 신뢰도 및 정확성 등의 향상을 위해 다양한 조합으로 사용될 수 있다Pork meat quality other than the single nucleotide polymorphism disclosed in the present invention may include other single nucleotide polymorphisms that have been statistically significant, and may be used in various combinations to improve the statistical significance, reliability and accuracy of predicting pork meat quality.

본 발명에서 “검출 또는 증폭할 수 있는 제제”란, 본 발명의 마커에 특이적으로 결합하여 인식하거나 마커를 증폭시킬 수 있는 제제로서, 구체적인 상기 유전자 마커에 특이적으로 결합하는 프라이머 또는 프로브일수 있다.In the present invention, “agent capable of detecting or amplifying” refers to an agent capable of specifically binding to and recognizing or amplifying a marker of the present invention, and may be a primer or probe that specifically binds to the specific genetic marker. .

본 발명에서 “프라이머”는 짧은 자유 3' 말단 수산화기(free 3' hydroxyl group)를 가지는 염기 서열로 상보적인 템플레이트(template)와 염기쌍(base pair)을 형성할 수 있고 주형 가닥 복사를 위한 시작 지점으로 기능을 하는 짧은 서열을 의미한다. 프라이머는 적절한 완충용액 및 온도에서 중합반응(즉, DNA 폴리머레이즈 또는 역전사효소)을 위한 시약 및 상이한 4가지 뉴클레오사이드 트리포스페이트의 존재하에서 DNA 합성을 개시할 수 있다. 이때, PCR 조건, 센스 및 안티센스 프라이머의 길이는 당업계에 공지된 것을 기초로 변형할 수 있다.In the present invention, "primer" is a nucleotide sequence having a short free 3' hydroxyl group, which can form a complementary template and base pair, and serves as a starting point for template strand copying. A short sequence that functions. Primers are capable of initiating DNA synthesis in the presence of reagents for polymerization (ie, DNA polymerase or reverse transcriptase) and four different nucleoside triphosphates in appropriate buffers and temperatures. In this case, PCR conditions, the length of the sense and antisense primers can be modified based on what is known in the art.

상기 프라이머는, 적절한 버퍼 중의 적절한 조건(예를 들면, 4개의 다른 뉴클레오시드 트리포스페이트 및 DNA, RNA 폴리머라제 또는 역전사 효소와 같은 중합제) 및 적당한 온도 하에서 주형-지시 DNA 합성의 시작점으로서 작용할 수 있는 단일가닥 올리고뉴클레오티드가 될 수 있는데, 상기 프라이머의 적절한 길이는 사용 목적에 따라 달라질 수 있으나, 통상 15 내지 30 뉴클레오티드이다. 짧은 프라이머 분자는 일반적으로 주형과 안정한 혼성체를 형성하기 위해서는 더 낮은 온도가 필요하다. 상기 프라이머 서열은 상기 마커 염기서열과 완전하게 상보적일 필요는 없으나, 상기 마커 염기서열과 혼성화할 정도로 충분히 상보적이어야 한다.The primer can serve as a starting point for template-directed DNA synthesis under appropriate conditions (e.g., four different nucleoside triphosphates and a polymerase such as DNA, RNA polymerase or reverse transcriptase) in an appropriate buffer and at an appropriate temperature. It may be a single-stranded oligonucleotide with a single-stranded oligonucleotide, and the appropriate length of the primer may vary depending on the intended use, but is usually 15 to 30 nucleotides. Short primer molecules generally require lower temperatures to form stable hybrids with the template. The primer sequence need not be completely complementary to the marker sequence, but must be sufficiently complementary to hybridize with the marker sequence.

본 발명의 프라이머는 포스포르아미다이트 고체 지지체 방법, 또는 기타 널리 공지된 방법을 사용하여 화학적으로 합성할 수 있다. 이러한 핵산 서열은 또한 당해 분야에 공지된 많은 수단을 이용하여 변형시킬 수 있다. 이러한 변형의 비-제한적인 예로는 메틸화, "캡화", 천연 뉴클레오타이드 하나 이상의 동족체로의 치환, 및 뉴클레오타이드 간의 변형, 예를 들면, 하전되지 않은 연결체(예: 메틸 포스포네이트, 포스포트리에스테르, 포스포로아미데이트, 카바메이트 등) 또는 하전된 연결체(예: 포스포로티오에이트, 포스포로디티오에이트 등)로의 변형이 있다.The primers of the present invention can be chemically synthesized using the phosphoramidite solid support method, or other well-known methods. Such nucleic acid sequences may also be modified using a number of means known in the art. Non-limiting examples of such modifications include methylation, “encapsulation”, substitution of one or more homologues of natural nucleotides, and modifications between nucleotides, such as uncharged linkages (eg, methyl phosphonates, phosphotriesters, phosphoroamidates, carbamates, etc.) or charged linkages (eg phosphorothioates, phosphorodithioates, etc.).

본 발명에서 상기 프라이머는 MYH13 유전자를 증폭시킬 수 있는 서열번호4 및 5로 표시되는 폴리뉴클레오티드, MYH1 유전자를 증폭시킬 수 있는 서열번호7 및 8로 표시되는 폴리뉴클레오티드 및 MYH3 유전자를 증폭시킬 수 있는 서열번호10 및 11로 표시되는 폴리뉴클레오티드를 포함할 수 있다. In the present invention, the primers are the polynucleotides represented by SEQ ID NOs: 4 and 5 capable of amplifying the MYH13 gene, the polynucleotides represented by SEQ ID NOs: 7 and 8 capable of amplifying the MYH1 gene, and a sequence capable of amplifying the MYH3 gene It may include polynucleotides represented by numbers 10 and 11.

본 발명에서 “프로브”는 특정 뉴클레오타이드 서열에 혼성화될 수 있는 디옥시리보뉴클레오타이드 및 리보뉴클레오타이드를 포함하는 자연 또는 변형되는 모노머 또는 결합을 갖는 선형의 올리고머를 의미한다. 바람직하게는, 프로브는 혼성화에서의 최대 효율을 위하여 단일가닥이다. 프로브는 바람직하게는 디옥시리보뉴클레오타이드이다.In the present invention, “probe” refers to a natural or modified monomer or a linear oligomer including deoxyribonucleotides and ribonucleotides capable of hybridizing to a specific nucleotide sequence. Preferably, the probe is single-stranded for maximum efficiency in hybridization. The probe is preferably a deoxyribonucleotide.

또한 본 발명은 상기 돈육의 콜라겐 함량 예측용 조성물을 포함하는 돈육의 콜라겐 함량 예측용 키트를 제공한다. The present invention also provides a kit for predicting the collagen content of pork comprising the composition for predicting the collagen content of pork.

본 발명의 상기 키트는 PCR(Polymerase Chain Reaction) 키트 또는 DNA 칩 키트일 수 있다.The kit of the present invention may be a PCR (Polymerase Chain Reaction) kit or a DNA chip kit.

본 발명의 키트는 돈육의 콜라겐 함량 예측용 일배체형 마커의 유전자형을 증폭을 통해 확인함으로써 돈육의 콜라겐 함량 수준을 판단할 수 있다. 구체적인 일례로서, 본 발명에서 돈육의 콜라겐 함량 예측용 일배체형 마커의 PCR을 수행하기 위해 필요한 필수 요소를 포함하는 키트일 수 있다. PCR 키트는, 상기 일배체형의 유전자에 대한 특이적인 각각의 프라이머 쌍 외에도 PCR 키트는 테스트 튜브 또는 다른 적절한 컨테이너, 반응 완충액(pH 및 마그네슘 농도는 다양), 데옥시뉴클레오타이드(dNTPs), Taq-폴리머라아제 및 역전사효소와 같은 효소, DNase, RNAse 억제제, DEPC-수(DEPC-water), 멸균수 등을 포함할 수 있다. The kit of the present invention can determine the collagen content level of pork by confirming the genotype of the haplotype marker for predicting the collagen content of pork through amplification. As a specific example, in the present invention, it may be a kit including essential elements necessary for performing PCR of a haplotype marker for predicting collagen content in pork. In addition to each primer pair specific for the gene of the haplotype, the PCR kit includes a test tube or other suitable container, reaction buffer (pH and magnesium concentration vary), deoxynucleotides (dNTPs), and Taq-polymer. enzymes such as enzymes and reverse transcriptase, DNase, RNAse inhibitors, DEPC-water, sterile water, and the like.

또한 바람직하게는, 본 발명의 키트는 DNA 칩을 수행하는 데 필요한 필수 요소를 포함하는 키트일 수 있다. DNA 칩 키트는, 일반적으로 편평한 고체 지지판, 전형적으로는 현미경용 슬라이드보다 크지 않은 유리 표면에 핵산 종을 격자형 배열(gridded array)로 부착한 것으로, 칩 표면에 핵산이 일정하게 배열되어, DNA 칩 상의 핵산과 칩 표면에 처리된 용액 내에 포함된 상보적인 핵산 간에 다중 혼성화(hybridization) 반응이 일어나 대량 병렬 분석이 가능하도록 하는 도구이다.Also preferably, the kit of the present invention may be a kit including essential elements necessary for performing a DNA chip. A DNA chip kit is a method in which nucleic acid species are attached in a gridd array to a generally flat solid support plate, typically a glass surface no larger than a microscope slide, and the nucleic acids are uniformly arranged on the chip surface, and the DNA chip It is a tool that allows multiple hybridization reactions to occur between the nucleic acids on the chip surface and the complementary nucleic acids contained in the solution treated on the chip surface, enabling massively parallel analysis.

또한 본 발명은, a) 개체로부터 분리된 시료에서 DNA를 분리하는 단계, b) 상기 DNA에서 상기 일배체형 마커를 증폭하는 단계 및 c) 증폭산물의 유전자형을 분석하여 일배체형을 결정하는 단계를 포함하는 돈육의 콜라겐 함량 예측 방법을 제공한다. The present invention also includes the steps of a) isolating DNA from a sample isolated from an individual, b) amplifying the haplotype marker from the DNA, and c) determining the haplotype by analyzing the genotype of the amplified product. It provides a method for predicting the collagen content of pork.

본 발명에서 “개체”는 콜라겐 함량 수준을 확인하고자 하는 대상인 돼지를 의미하며, 상기 돼지로부터 얻어진 검체를 이용하여, 상기 일배체형 마커에 포함된 SNP의 다형성 부위 및 indel(삽입결손) 부위의 유전자형을 분석함으로써 상기 돼지의 콜라겐 함량 수준을 판단할 수 있다.In the present invention, “individual” refers to a pig for which the collagen content level is to be confirmed, and the genotype of the polymorphic site and indel (insertion) site of the SNP included in the haplotype marker using the sample obtained from the pig. By analysis, the level of collagen content in the pig can be determined.

본 발명의 “분리된 시료”는 돼지의 개체에서 분리된 시료일 수 있으며, 구체적으로 돼지에서 분리된 근육, 표피, 혈액, 뼈, 분리된 조직, 분리된 세포, 타액, 뇨, 각종 체액, 털일 수 있으나, 이에 특별히 제한되지는 않는다. The “isolated sample” of the present invention may be a sample isolated from a pig, specifically muscle, epidermis, blood, bone, isolated tissue, isolated cells, saliva, urine, various body fluids, and hair isolated from pigs. However, it is not particularly limited thereto.

본 발명의 단계 b)의 증폭은 DNA로부터 본 발명의 마커를 증폭하는 것으로, 당업자에게 알려진 어떠한 방법이든 사용할 수 있다. 구체적인 예로, PCR, 리가제 연쇄 반응(LCR), 전사증폭(transcription amplification), 자가유지 서열 복제, 핵산에 근거한 서열 증폭(NASBA) 등이 사용될 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.The amplification of step b) of the present invention is to amplify the marker of the present invention from DNA, and any method known to those skilled in the art may be used. Specific examples, PCR, ligase chain reaction (LCR), transcription amplification (transcription amplification), self-maintaining sequence replication, nucleic acid-based sequence amplification (NASBA), etc. may be used, but is not limited thereto.

상기 단계 c)에서 유전자형을 분석은 증폭 산물에 포함된 유전자 마커의 염기를 결정하는 단계도 당업자에게 알려진 어떠한 방법이든 사용할 수 있다. 구체적인 예로, 시퀀싱, 미니-시퀀싱, 대립유전자 특이적 PCR(allele specific PCR), 다이나믹 대립유전자 혼성화(dynamic allele-specifichybridization; DASH), PCR 연장 분석(예로, 단일 염기연장(single base extension; SBE), PCR-SSCP, PCR-RFLP 분석 또는 TaqMan 기법, SNPlex 플랫폼(Applied Biosystems), 질량 분석법(예로, Sequenom의 MassARRAY 시스템), Bio-Plex 시스템(BioRad), 제한효소 절단법 등을 이용하여 수행할 수 있다.In the genotype analysis in step c), any method known to those skilled in the art may be used for the step of determining the base of the genetic marker included in the amplification product. Specific examples, sequencing, mini-sequencing, allele specific PCR (allele specific PCR), dynamic allele-specific hybridization (DASH), PCR extension analysis (eg, single base extension (SBE)), PCR-SSCP, PCR-RFLP analysis or TaqMan technique, SNPlex platform (Applied Biosystems), mass spectrometry (eg, Sequenom's MassARRAY system), Bio-Plex system (BioRad), restriction enzyme digestion, etc. can be used. .

전술한 본 발명의 일 실시예에서 서열번호1로 표시되는 MYH13 유전자의 1002번째 염기가 T/T이며, 서열번호2로 표시되는 MYH1 유전자의 1002번째 염기가 T/T이고, 서열번호3으로 표시되는 MYH3 유전자의 1524번째 1527번째 염기가 ACGT의 연속된 염기인 경우, 일배체형을 QQ로 정의하였으며, 서열번호1로 표시되는 MYH13 유전자의 1002번째 염기가 A/A이고, 서열번호2로 표시되는 MYH1 유전자의 1002번째 염기가 G/G이며, 서열번호3으로 표시되는 MYH3 유전자의 1524번째 내지 1527번째 염기가 ACGT의 연속된 염기와 상이한 경우, 일배체형을 qq로 정의하였다. 또한, QQ 및 qq 형을 제외한 나머지 일배체형을 Qq 또는 qQ로 정의하였다. In one embodiment of the present invention described above, the 1002th base of the MYH13 gene represented by SEQ ID NO: 1 is T/T, the 1002th base of the MYH1 gene represented by SEQ ID NO: 2 is T/T, and represented by SEQ ID NO:3 If the 1524th 1527th base of the MYH3 gene is a continuous base of ACGT, the haplotype was defined as QQ, and the 1002th base of the MYH13 gene represented by SEQ ID NO: 1 is A/A, and SEQ ID NO: 2 When the 1002th base of the MYH1 gene is G/G, and the 1524th to 1527th bases of the MYH3 gene represented by SEQ ID NO: 3 are different from the consecutive bases of ACGT, the haplotype was defined as qq. In addition, the remaining haplotypes except for QQ and qq types were defined as Qq or qQ.

따라서 본 발명에서 일배체형 결정은 유전자형 분석결과를 종합하여 일배체형을 QQ, Qq 또는 qq로 결정하는 것이며, 구체적으로 서열번호1로 표시되는 MYH13 유전자의 1002번째 염기가 T/T이며, 서열번호2로 표시되는 MYH1 유전자의 1002번째 염기가 T/T이고, 서열번호3으로 표시되는 MYH3 유전자의 1524번째 내지 1527번째 염기가 ACGT의 연속된 염기인 경우, 일배체형을 QQ로 결정하고, 서열번호1로 표시되는 MYH13 유전자의 1002번째 염기가 A/A이고, 서열번호2로 표시되는 MYH1 유전자의 1002번째 염기가 G/G이며, 서열번호3으로 표시되는 MYH3 유전자의 1524번째 내지 1527번째 염기가 ACGT의 연속된 염기와 상이한 경우, 일배체형을 qq로 결정하고, QQ 및 qq 형을 제외한 나머지 일배체형을 Qq 또는 qQ로 결정하는 것일 수 있다. Therefore, in the present invention, haplotype determination is to determine the haplotype as QQ, Qq or qq by synthesizing the genotype analysis results. Specifically, the 1002th base of the MYH13 gene represented by SEQ ID NO: 1 is T/T, and SEQ ID NO: 2 When the 1002th base of the MYH1 gene represented by is T/T, and the 1524th to 1527th bases of the MYH3 gene represented by SEQ ID NO: 3 are consecutive bases of ACGT, the haplotype is determined as QQ, and SEQ ID NO: 1 The 1002th base of the MYH13 gene represented by is A/A, the 1002th base of the MYH1 gene represented by SEQ ID NO: 2 is G/G, and the 1524th to 1527th bases of the MYH3 gene represented by SEQ ID NO:3 are ACGT If it is different from the consecutive bases of , the haplotype may be determined as qq, and the haplotypes other than QQ and qq types may be determined as Qq or qQ.

본 발명의 일 실시예에서, MYH13 또는 MYH1 유전자의 SNP 변이를 검출하기 위해 각 유전자에 특이적인 프라이머를 제조한 후, 피로시퀀싱(pyrosequencing)으로 유전자형 분석을 수행하였다.In an embodiment of the present invention, primers specific for each gene were prepared to detect SNP mutations in the MYH13 or MYH1 gene, and then genotyping was performed by pyrosequencing.

본 발명에서 “피로시퀀싱(pyrosequencing)”은 표지된 프라이머(labeled primer)가 필요하지 않으며 젤 전기영동 과정이 없이, DNA의 염기 서열을 30~40 염기쌍(bp) 정도만을 염기 서열 분석함으로써 신속하고 정확하게 분석할 수 있는 방법이다. 피로시퀀싱은 프라이머-디렉티드 PCR에서 한번에 하나씩 순차적인 뉴클레오티드의 첨가와 병합에 의해 이루어지고 뉴클레오티드가 병합되면서 방출되는 피로포스페이트는 ATP 설파릴레이즈(sulfurylase) 및 루시퍼레이즈(luciferase) 효소와 짝지어져 빛을 방출시키며, 이 빛을 검출하는 방식으로 이루어진다. 방출된 빛은 순차적으로 들어간 각각의 뉴클레오티드의 반응 순서대로 신호 피크를 나타내고, 이 빛은 병합된 뉴클레오티드의 수와 비례하여 상대적 높이를 갖는 피크로 보여지고, 이를 보고 실시간으로 시퀀스를 결정할 수 있다. 종래의 직접적 DNA 시퀀싱 방법은 서열분석에 요구되는 시간이 많은 단점이 있는 반면, 피로시퀀싱은 염기서열 분석할 PCR 산물만 준비된다면 시퀀싱 프라이머를 가지고 반응시키고, 이는 피로시퀀싱 기기에 의해 대략 10분 내에 염기서열의 분석이 가능하여 분석시간을 단축할 수 있다.In the present invention, "pyrosequencing" does not require a labeled primer and does not require a gel electrophoresis process, and performs a nucleotide sequence analysis of only about 30 to 40 base pairs (bp) of the DNA base sequence, thereby rapidly and accurately way to analyze it. Pyrosequencing is performed by sequential addition and merging of nucleotides one at a time in primer-directed PCR, and the pyrophosphate released as the nucleotides are merged is paired with ATP sulfurylase and luciferase enzymes to emit light. It emits light and detects this light. The emitted light shows a signal peak in the reaction order of each sequentially entered nucleotide, and this light is seen as a peak having a relative height in proportion to the number of merged nucleotides, and by looking at this, the sequence can be determined in real time. While the conventional direct DNA sequencing method has a disadvantage in that it requires a lot of time for sequencing, pyrosequencing reacts with a sequencing primer if only a PCR product to be sequenced is prepared, which is performed by a pyrosequencing device within about 10 minutes. It is possible to analyze the sequence, so that the analysis time can be shortened.

따라서 본 발명의 유전자형을 분석하는 방법은 MYH13 또는 MYH1에 특이적인 프라이머 세트를 제조하고 Pyro-sequencer를 이용하여 유전자형 분석을 분석하는 것일 수 있다. Therefore, the method of analyzing the genotype of the present invention may be to prepare a primer set specific for MYH13 or MYH1 and analyze the genotype using a Pyro-sequencer.

본 발명의 구체적인 일 실시예에서, MYH3 유전자 증폭산물에 HpyCH4IV 제한효소를 이용하여 염기변이의 염기서열 중에서 'A▼CGT' 부분을 절단하여 6bp 삽입결손 유전형을 확인하였다. 구체적으로 MYH3 프로모터의 변이영역이 6bp(+/+)는 경우, 유전자 절단되지 않아 하나의 밴드로 나타나며, 6bp(-/-)의 경우, 유전자가 절단되어 두 개의 밴드로 나타남을 확인하였다. 또한, 6bp(+/-)의 경우, 세 개의 밴드가 나타남을 확인하였다. In a specific embodiment of the present invention, the 'A▼CGT' part of the nucleotide sequence of the nucleotide mutation was cut using the HpyCH4IV restriction enzyme in the MYH3 gene amplification product to confirm the 6bp indel genotype. Specifically, it was confirmed that when the mutation region of the MYH3 promoter was 6bp (+/+), the gene was not cut and appeared as one band, and in the case of 6bp (-/-), the gene was cut and displayed as two bands. In addition, in the case of 6bp (+/-), it was confirmed that three bands appeared.

따라서 본 발명의 유전자형을 분석하는 방법은 MYH3 유전자 증폭산물에 HpyCH4IV 제한효소를 이용하여 염기변이의 염기서열 중에서 'A▼CGT' 부분을 절단하고 유전자의 절단 양상을 분석하는 것일 수 있다. Therefore, the method of analyzing the genotype of the present invention may be to cut the 'A▼CGT' part of the nucleotide sequence of the nucleotide mutation using the HpyCH4IV restriction enzyme in the MYH3 gene amplification product and analyze the cleavage pattern of the gene.

또한 전술한 실시예에서 일배체형이 QQ인 경우, qq 및 Qq에 비해 돈육의 콜라겐 함량이 높음을 확인하였는 바, 본 발명의 예측방법은 돼지의 일배체형을 QQ 결정하는 경우, 콜라겐 함량이 qq 및 Qq와 비교하여 높을 것으로 예측하는 것일 수 있다. In addition, in the above-described embodiment, when the haplotype is QQ, it was confirmed that the collagen content of pork was higher than that of qq and Qq. In the prediction method of the present invention, when determining the haplotype of pig QQ, the collagen content is qq and It may be to predict that it will be high compared to Qq.

이하, 실시예를 통하여 본 발명의 구성 및 효과를 더욱 상세히 설명하고자 한다. 이들 실시예는 오로지 본 발명을 예시하기 위한 것일 뿐, 본 발명의 범위가 이들 실시예에 의해 한정되는 것은 아니다.Hereinafter, the configuration and effects of the present invention will be described in more detail through examples. These examples are only for illustrating the present invention, and the scope of the present invention is not limited by these examples.

1. 돼지의 준비1. Preparation of Pigs

농촌진흥청 국립축산과학원 난지축산연구소에서 사육하고 있는 흑돼지 난축맛돈을 활용하였다. 또한 본 연구의 동물 실험은 국립축산과학원 동물실험윤리위원회의 승인을 받았으며 위원회 규정을 준수하며 수행하였다(No. 2017-241).Nanji Livestock Research Institute, National Institute of Livestock Science, Rural Development Administration, used black pigs raised in Nanji. In addition, animal experiments in this study were approved by the Animal Experiment Ethics Committee of the National Academy of Livestock Science and were performed in compliance with the committee regulations (No. 2017-241).

2. DNA 분리2. DNA Isolation

돼지(시험축)의 경정맥 또는 생산되는 자돈의 꼬리에서 DNA를 추출하여 유전자 분석을 수행하였다. DNA 분리는 sucrose-proteinase K 방법을 변형하여 수행하였다(Sambrook 등, 1989). 분리된 DNA는 NanoDrop ND-1000 분광 광도계(spectrophotometer, NanoDrop Technologies, USA)로 흡광도를 측정한 후 A260/A280 비율이 1.8 이상인 genomic DNA를 중합효소연쇄반응(polymerase chain reaction, PCR)의 주형으로 이용하였다. Genetic analysis was performed by extracting DNA from the jugular vein of pigs (test animals) or tails of piglets produced. DNA isolation was performed by modifying the sucrose-proteinase K method (Sambrook et al., 1989). After measuring the absorbance of the isolated DNA with a NanoDrop ND-1000 spectrophotometer (spectrophotometer, NanoDrop Technologies, USA), genomic DNA with an A260/A280 ratio of 1.8 or higher was used as a template for polymerase chain reaction (PCR). .

3. 돈육의 유전자형 분석3. Genotyping of pork

돼지 육질 형질을 결정하는 유전자는 12번 염색체의 661 kb 영역 내에 존재하며, 상기 영역 내에 존재하는 유전자를 LALD mapping을 통해 확인하였다. 그 결과, 도 1에서 볼 수 있듯이, MYH3, MYH1, MYH2, MYH13, ADPRM, SCO1, TMEM220, ENSSSCG00000029441, ENSSSCG00000018006의 9개 유전자가 상기 육질 형질 유전자 영역 내에 존재함을 확인하였다(도 1). The gene determining the pig meat quality is present in the 661 kb region of chromosome 12, and the gene present in the region was confirmed through LALD mapping. As a result, as shown in FIG. 1 , it was confirmed that nine genes, MYH3, MYH1, MYH2, MYH13, ADPRM, SCO1, TMEM220, ENSSSCG00000029441, and ENSSSCG0000008006, were present in the meat quality gene region (FIG. 1).

이중 돼지 육질형질 연관 유전자를 마우스에 삽입하여 표현형을 분석한 결과, 돼지 MYH1과 MYH13 유전자를 삽입한 마우스에서는 적색육이 많이 침착됨을 확인하였다. 또한, MYH2 유전자는 육질형질과 관련된 유전자 마커가 검출되지 않았다. 따라서 육질형질과 연관 유의성이 높은 유전자 영역은 MYH13에서 MYH3 유전자이다. As a result of analyzing the phenotype by inserting the pig meat trait-related gene into the mouse, it was confirmed that a lot of red meat was deposited in the mice into which the pig MYH1 and MYH13 genes were inserted. In addition, in the MYH2 gene, a genetic marker related to meat quality was not detected. Therefore, the gene region with high association significance with meat quality is MYH13 to MYH3 gene.

이에 육질형질과 연관 유의성이 높은 유전자 영역에 포함된 MYH13, MYH1 및 MYH3 유전자형이 돈육 내의 콜라겐 함량에 미치는 영향을 분석하고자, 각 유전자에 특이적인 프라이머를 제조하고 이들 유전자형을 분석하였다. Accordingly, in order to analyze the effect of the MYH13, MYH1, and MYH3 genotypes included in the gene region having high association with meat quality on the collagen content in pork, primers specific for each gene were prepared and these genotypes were analyzed.

3.1. MYH13 유전자의 유전형 분석3.1. Genotyping of the MYH13 gene

MYH13 유전자의 SNP 변이는 myosin-13 유전자의 프로모터 영역인 염색체 12의 57,934,149번째 염기에 위치하며, T 또는 A이다. 상기 MYH13 유전자 SNP 중심으로 2003개의 뉴클레오티드를 확보하였다(서열번호1). 상기 SNP를 검출하기 위해 표1과 같이 프라이머를 제조하고 Pyro-sequencer를 이용하여 유전자형 분석을 수행하였다. The SNP mutation of the MYH13 gene is located at bases 57,934,149 of chromosome 12, which is the promoter region of the myosin-13 gene, and is T or A. 2003 nucleotides were obtained based on the MYH13 gene SNP (SEQ ID NO: 1). To detect the SNP, primers were prepared as shown in Table 1, and genotyping was performed using Pyro-sequencer.

염기서열base sequence MYH13 유전자MYH13 gene
(서열번호1)(SEQ ID NO: 1) ACAGGCACTGAGATTTGCTCCTATTTGCAAAGTGATGGACACTGTTCTGGACATGGTGGGTGTCCAGGAAGCACTGAACTGAATAGTAATTGCTCTGTAATTCTGGGCATCACACTAGCCATTGCCTCTGGAGCGTCCTATGTAAGTCAGTCTGCGGCCCGGCAAGTTCTATTTGGTATATTCACCCATCTAGCAGGAATCAGCGTCACTCTCTCCTTAGGGGAGAGGGAGTTCAACCCCTTCCACCACCATCTTCCCCTTTCTCTAAAGCAAACATCACAAAAACAAAGCCCAAGCCCTCGGAGAAGGAGACGGGAGCAGGGGTGTGGACCACGGCAGCTTTCACCCGCTGCGTCACTACAGAGCAGAGCAGAGTCTTGTTCTGCCTTCAGGTTCCCACGGAGCAGCATCCACTTTCTAACACTCCAAAGGAAAGTGAGGATGCCCAAGCTGGCAGGGGCATCTGAGCTCAACACTTACCCGGTCATCGAGGGTCTTGACTGTGACCTTGTCGTTCTCCCTGCTCTGGATCATACCCTTCACATACAGTTCCTTATCGTCCACCGCAAAGCAGGCTTTCTTGGAATCGAATGGGCGGTTCTGAGCCTCGATTCTCTCCTTCTCTGATTTCCGCAGGTAGGGAGCTGCCTCTCCAAAGACGGCCATCTCTGCGTCAGAGCTCATGGCTGCAGGGGCTGGGGAGACGGGGGGCTGCTCAGTCTGAAGCCTGGGGAGCGCTCCCGAATCTGGCAGGCCCTGCTCTCTTACTTCCATTCGGACAAGGGGCTGGATTCAGAAGCTCCTGGGATTAACCTAGGTCTTGAGGACTCTAGGACCAGTTCTAGGGGTCTGGCGTGGGCAAGCGGGGATGAGCTAAAGGGAAAATTTTACTCTAAGAAAAACGTTTGAGGGGTCTCTTGAGTGTTGACTTGGAAACATCTTAGTCCAGCTCCAGGTATGGAAGCCAGAAGCTGTGAGAGGAAAGCCAAGCTGAGCCCAAT [T/A] AAGGAGGCCTCGGAAAAGACTTCCTTGATTACACGTCATGTTTGAGCCCCATGGTCTATGTCACTCCCAAATCTTAAATGTGTCTTGGGAGTTCCCATCATGGCTCAGTGGTTGACAAATCCGACTAGGAACCATGAGGTTGTGGGTTCGATCCCTGGCCTCGCTCCGTGGGTTAAGGATCCGGTGTTGCTGTGAGCTGCGGTGTAGGTTGCAGACGTGGCTCGGATCCCACATTGCTGTGGCTCTGCCATAGGCCGGTGGCTACAGCTCCAATTAGACCCCTAGCCTCGGACCCTCCATATATGCAGCAGGTGCAGCCCCAGAACAGACAAAAAGACAGAAAAACAAACAAAAAAAATCTTAAAGCTGTCTGAAAAGAAGTATTGGAATGTTGATAATTCTTAGCAGAAACTTCAGGCAGTCCAGTGAAAAGTGATGACTTGAGTTACAGGTAGCAAGGTGATGGGAGGTGTGATGGTTTAGGGCAGTGGTTCCAAACTTGAACATGCCCCAGAATGAACTGCAGAGATTGTCAAAACACACATGTCTGGGCCCTAACTGCAGAGTTTCTGAATCTGTCGGTGTGGGATGGAGCGTGAGAATATACATTTCTAGCACGTTCCTGGAGATGCTGATGGGGCTGGTCCAGGGACCACACCCTGAGAACGGCTGGGTGTAGGGCCTGCCTGCTCCAAGTGCGGTCCTTGAACAGGTTGCATCAGGAGCTTGTTAGACATTCAGAATCTCAGACCCACCCAGATTACAAAAGCAGCATCTGTATTGTAACAAGCTCTCCAGGTGATTTCTGGGCATATGATAAAATTGACAAGTACTGGGCTGAACGCAGAGGTCTCTGAACTTCAGTTACTGGCAGCATCAGGGGGTGACAAAGAGTGTCTAATTAGATTAACGCCTGCCTAAGAACTCGCTGCCAAATGTGTCTGTTGGATGTGGTGTTTATGTGTCTGTCTGCCTCTCTTTCTCTCTCCCACTCCCTTCTA [T/A] MYH13_5U_FMYH13_5U_F
(서열번호4)(SEQ ID NO: 4) TGA-GGG-GTC-TCT-TGA-GTG-TTGTGA-GGG-GTC-TCT-TGA-GTG-TTG MYH13_5U_RMYH13_5U_R
(서열번호5)(SEQ ID NO: 5) biotin-CAT-GGT-TCC-TAG-TCG-GAT-TTG biotin- CAT-GGT-TCC-TAG-TCG-GAT-TTG MYH13_MINI_seqMYH13_MINI_seq
(서열번호6)(SEQ ID NO: 6) AAA-GCC-AAG-CTG-AGC-CCA-ATAAA-GCC-AAG-CTG-AGC-CCA-AT MYH13 input seqMYH13 input seq
(서열번호12)(SEQ ID NO: 12) [T/A]AAGGAGGCCTCGGAAAA [T/A] AAGGAGGCCTCGGAAAA

상기 프라이머 중, MYH13_5U_R은 그의 5'-말단에 바이오틴이 결합된 형태로 제작하였다. 상기 프라이머를 사용하고 돼지로부터 수득한 게놈 DNA를 주형으로 사용한 PCR을 수행하여 변이된 유전자 시료를 수득하였다. Among the primers, MYH13_5U_R was prepared in a form in which biotin was bound to its 5'-end. A mutated gene sample was obtained by performing PCR using the primer and genomic DNA obtained from a pig as a template.

50ng의 DNA, 10 pmole primer, 10 × buffer 2 ㎕, dNTP 5 mM, 2.5 units의 i-Taq DNA polymerase (Intron Biotechnology, South Korea)를 포함하여 20 ㎕가 되게 첨가하고 Nexus (Eppendorf, Germany)를 이용하여 PCR을 수행하였다. PCR 반응 조건은 95℃에서 3분 간 초기 변성한 후, 94℃에서 30초, 62℃에서 60초, 72℃에서 60초의 반응을 35회 반복하고, 72℃에서 5분간 최종 신장시켰다. 증폭된 PCR 산물은 1.5% 아가로스겔 상에서 확인하였다. Add 50 ng of DNA, 10 pmole primer, 10 × buffer 2 μl, dNTP 5 mM, 2.5 units of i-Taq DNA polymerase (Intron Biotechnology, South Korea) to make 20 μl, and use Nexus (Eppendorf, Germany) and PCR was performed. The PCR reaction conditions were repeated 35 times for 30 seconds at 94°C, 60 seconds at 62°C, and 60 seconds at 72°C after initial denaturation at 95°C for 3 minutes, followed by final extension at 72°C for 5 minutes. The amplified PCR product was confirmed on a 1.5% agarose gel.

상기 수득한 변이된 유전자 시료를 대상으로 Pyro-sequencer를 이용한 유전자형 분석을 수행하였다(도 2). 도 2은 Pyro-sequencer를 이용한 MYH13 유전자의 유전자형 분석을 수행하여 상기 SNP 변이를 검출한 결과를 나타내는 그래프이다. 도 2에서 보듯이, 상기 MYH13 유전자의 SNP 변이인 T/T 유전자형, T/A 유전자형 및 A/A 유전자형의 경우 각각 서로 다른 결과를 나타냄을 확인하였다.Genotyping was performed using the Pyro-sequencer on the obtained mutated gene sample (FIG. 2). 2 is a graph showing the result of detecting the SNP mutation by performing genotyping of the MYH13 gene using a Pyro-sequencer. As shown in FIG. 2 , it was confirmed that the SNP mutations of the MYH13 gene, T/T genotype, T/A genotype, and A/A genotype, respectively showed different results.

3.2. MYH1 유전자의 유전형 분석3.2. Genotyping of the MYH1 gene

MYH1 유전자의 SNP 변이는 myosin-1 유전자의 프로모터 영역인 염색체 12의 57,964,336번째 염기에 위치하며, G 또는 T이다. 상기 MYH1 유전자 SNP 중심으로 2003개의 뉴클레오티드를 확보하였다(서열번호2). 상기 SNP를 검출하기 위해 표 2와 같이 프라이머를 제조하고 Pyro-sequencer를 이용하여 유전자형 분석을 수행하였다.The SNP mutation of the MYH1 gene is located at base 57,964,336 of chromosome 12, which is the promoter region of the myosin-1 gene, and is either G or T. 2003 nucleotides were obtained based on the MYH1 gene SNP (SEQ ID NO: 2). To detect the SNP, primers were prepared as shown in Table 2, and genotyping was performed using Pyro-sequencer.

염기서열base sequence MYH1 유전자MYH1 gene
(서열번호2)(SEQ ID NO:2) TGGATCTTCTTTAATTTCCTTGATTAATGTTTTATAGTTCTCAGCATATATGTCTTTCACTTCTTTGGTCGAGTTTATTCCTAGGTATTTAATTTTTTGAGGTGTGATTTGAAAAGGTGTATTGTATTTTTATATTCCCTTTCTAATATTTCATTGTTAGTATACAGAAATGCAACCAATTTCTGAATGTTAATCTTGTATCCTGCTACTTTGCTGAATGCTGATCAGTTTGAGTATTTTTTGTGTGGAGTCCTTAGGATTTTCTGTATATAGTGTCATGTCATCTGCATACAGTAACAATTTTACCTTTTCTCTTCCAGTTTGGATACCTTTTATTTTTTTTGTTGTCTGACTGCTATGACTAGGACTTCCAATACTACGTTGAATAAAAGTGGTGGGAGTGGGCATCCTTGTCTTTTTCCAGATTTAGTAGGAAGACTTTTAGCTTTTCTCCATTGAGTATTATATTTGTTCTGGGTTTGTCATAAATGGCTTTTATTATGTTAAGGTATATTCCCTCTATACCCACTTTGGTAAGTGTTTTTATCGTGAATGGATGTTGACTTTGTCAAATGCTTTTTCTGGATCTATTGAGATGATTGTGTGGCTTTCAGTATAACTACTTGGCATTAGTTTTTTTTTTTTTTAATATATATATATGCAGGAAACAAGTTCTTTATCAGGGATATAATTTGCAAATACTTTTTCTCAGTTGGTGGCTTGTTTTTTCCTTCTCTTTAACAGTGTTTCTCAAAGCTCAGAAACTCTGGATTTTGATGAAATCTAATTTATCTTTTTTTTTTTCTTTCTTGGCTTGTGCTTTTGGTGTTGCTAAGACATTTTTGTGTAAACCAAGGTCACAAAAATTTACTCTTATGTTTACTTCTAGGAGTTTTTAGGATTATGTTTTTGGTATCCTCGTCTATCCAAAATTTTGTTTAGGAGCGTGTTTTGAATTTTTTGTTTTAAACTGTTGTTAGTAATTTAATTTTTTTTTTTTT[G/T]GAGACTGTGGCCTGTGTGGTTTATACTGTAAAGGAATGAGGCTGATAGGGGTTTGAGGACAGGAGAGAGTGGATGGTAGGAGGTGGAAGAGGGACACAAGTACACAAAATACATTTATTGTCTACATTGCATTTTGTTCTATTGCCATCTCTCTTTCTAGAAACAAAACTCCTTGTGTTTATACTGCATTGAATCTTGTCTTGTTCTTCCTCTTTTCATAAGTTCTTCCTCTTCTTCCTCTCTTTCTCTGGCCCACTTATCCATCCAATGTATCAGAAAACCCCATGTGGAATTCCTGTTGTGGCTCAGAGGGTTAGGAACCCTACTAGTATCCATGAGGACGCAGGTTTGGTCCCTGGCCTTGCTCAGTGGGTTAAGGAGCTGGTGTTCCTGCAAGCTGTGGTGTAGCTCACAGATGTGGCTTGGATCTGGTGTTGCTGTGGCTGTGGTGTAGATCCAATTCGACCTCTAGCCCACAAACGTCTATATGCCACAGTTGCGGCCCTAAAAAGAAAAAAAGAAAAGAAAACCCCACGTGCACTACCTTCCCAGTACATCTAGAATCCATCCAGTTCTCGTCATCTCCCAATGCCATCTCTCTGGTCCAAGCCACAGGCTTTTTTTTTTTTTTAATCTTTTATTTTGCAGTAAACTCCTAACTGGTCTCCTGGTTTCCACCTCTATCCCCTTTAGTCTGTTCTCAACACAGCAGTAAGAGTGATTCTTTTTAAAAATGTGCTAATATCACTTCTCTGGTCAAAACCTTCTAAAGATTTCACATCTCTTTCTGAGTAAAGACAAAAGTCCTGAGGTGGCCTCAGGCCCTACAGGATCTCTGGGCTCCAGATACCTCTCTTTTGCTGTAACAATCTTGCTCATTCTCCTCTAACCCTGCTAGCCTCCTTCCCAACCTACCAAACTAATCCTGCCTCAGGGCCTTTGCATTTTCTGTTGTTCCTTCCCTTGGAAAGGCTCTGCCTTGTTAATCTCATGGCTTACCC [G/T] MYH1_5U_FMYH1_5U_F
(서열번호7)(SEQ ID NO: 7) TGT-GTA-AAC-CAA-GGT-CAC-AAA-AATGT-GTA-AAC-CAA-GGT-CAC-AAA-AA MYH1_5U_RMYH1_5U_R
(서열번호8)(SEQ ID NO:8) biotin-ATG-GCA-ATA-GAA-CAA-AAT-GCA-A biotin-ATG-GCA-ATA-GAA-CAA-AAT-GCA-A MYH1_MINI_seqMYH1_MINI_seq
(서열번호9)(SEQ ID NO: 9) TAA-TTT-AAT-TTT-TTT-TTT-TTTTAA-TTT-AAT-TTT-TTT-TTT-TTT MYH1 input seqMYH1 input seq
(서열번호13)(SEQ ID NO: 13) [G/T]GAGACTGTGGCCTGTGTGGTT[G/T]GAGACTGTGGCCTGTGTGGGTT

상기 프라이머 중, MYH1_R은 그의 5'-말단에 바이오틴이 결합된 형태로 제작하였다. 상기 프라이머를 사용하고 돼지로부터 수득한 게놈 DNA를 주형으로 사용한 PCR을 수행하여 변이된 유전자 시료를 수득하였다. Among the primers, MYH1_R was prepared in a form in which biotin was bound to its 5'-end. A mutated gene sample was obtained by performing PCR using the primer and genomic DNA obtained from a pig as a template.

50 ng의 DNA, 10 pmole primer, 10 × buffer 2㎕, dNTP 5 mM, 2.5 units의 i-Taq DNA polymerase (Intron Biotechnology, South Korea)를 포함하여 20㎕가 되게 첨가하고 Nexus (Eppendorf, Germany)를 이용하여 PCR을 수행하였다. PCR 반응 조건은 95℃에서 3분 간 초기 변성한 후, 94℃에서 30초, 62℃에서 60초, 72℃에서 60초의 반응을 35회 반복하고, 72℃에서 5분간 최종 신장시켰다. 증폭된 PCR 산물은 1.5% 아가로스겔 상에서 확인하였다. 50 ng of DNA, 10 pmole primer, 10 × buffer 2 μl, dNTP 5 mM, 2.5 units of i-Taq DNA polymerase (Intron Biotechnology, South Korea) was added to make 20 μl, and Nexus (Eppendorf, Germany) was added. PCR was performed using The PCR reaction conditions were repeated 35 times for 30 seconds at 94°C, 60 seconds at 62°C, and 60 seconds at 72°C after initial denaturation at 95°C for 3 minutes, followed by final extension at 72°C for 5 minutes. The amplified PCR product was confirmed on a 1.5% agarose gel.

상기 수득한 변이된 유전자 시료를 대상으로 Pyro-sequencer를 이용한 유전자형 분석을 수행하였다(도 3). 도 3은 Pyro-sequencer를 이용한 MYH1 유전자의 유전자형 분석을 수행하여 SNP 변이를 검출한 결과를 나타내는 그래프이다. 도 3에서 보듯이, 상기 MYH1 유전자의 SNP 변이인 G/G 유전자형, G/T 유전자형 및 T/T 유전자형의 경우 각각 서로 다른 결과를 나타냄을 확인하였다.Genotype analysis using Pyro-sequencer was performed on the obtained mutated gene sample (FIG. 3). 3 is a graph showing the results of detecting SNP mutations by performing genotyping of the MYH1 gene using a Pyro-sequencer. As shown in FIG. 3 , it was confirmed that the G/G genotype, G/T genotype, and T/T genotype, which are SNP mutations of the MYH1 gene, each showed different results.

3.3. MYH3 유전자의 유전형 분석3.3. Genotyping of the MYH3 gene

MYH3 유전자의 유전형을 분석하기 위하여, 돼지 MYH3 유전자의 전사시작지점(transcription start site; TSS)으로부터 5'-UTR 3kb, 및 종결코돈(stop codon)으로부터 3'-UTR 1kb 까지의 염기서열을 해독하였다. To analyze the genotype of the MYH3 gene, 5'-UTR 3kb from the transcription start site (TSS) of the pig MYH3 gene and 3'-UTR 1kb from the stop codon were deciphered. .

그 결과, 육질에 영향을 미치는 MYH3 유전자(서열번호3)의 프로모터 영역에서 6 bp의 indel 변이를 확인하였다. As a result, a 6 bp indel mutation was confirmed in the promoter region of the MYH3 gene (SEQ ID NO: 3) affecting meat quality.

돼지 myh3 프로모터 영역 변이영역(6bp-염기결손)Porcine myh3 promoter region mutation region (6bp-nucleotide deletion)

6bp(-/-) :6bp(-/-) :

GACGATCCTAATGAGACAGCAGGA------CGTGTGTTCCCCACACAAGTTGTACAATCACGACGATCCTAATGAGACAGCAGGA------CGTGTGTTCCCCACACAAGTTGTACAATCAC

6bp(+/+) :6bp(+/+) :

GACGATCCTAATGAGACAGCAGGAGGACTGCTGTTGTTCCCCCACAAGTTGTACAATCACGACGATCCTAATGAGACAGCAGGAGGACTGCTGTTGTTCCCCCACAAGTTGTACAATCAC

돼지 MYH3 프로모터 영역의 염기변이가 돼지 콜라겐 함량에 미치는 영향을 확인하고자, 표 3의 프라이머(서열번호10 및 11)를 이용하여 상기 염기 변이를 포함한 부분을 증폭한 뒤, HpyCH4IV 제한효소를 이용하여 상기 원인 염기 변이의 염기서열 중에서 'A▼CGT' 부분을 절단하였다. 이후, 제한효소에 의한 돼지 MYH3 유전자의 절단 양상을 확인하였다.In order to confirm the effect of the nucleotide mutation of the porcine MYH3 promoter region on the porcine collagen content, the portion including the nucleotide mutation was amplified using the primers (SEQ ID NOs: 10 and 11) in Table 3, and then using the HPyCH4IV restriction enzyme. The 'A▼CGT' part of the nucleotide sequence of the causative base mutation was cut. Thereafter, the cleavage pattern of the pig MYH3 gene by restriction enzymes was confirmed.

구체적으로 PCR 반응은 50 ng의 DNA, 10 pmole primer, 10ⅹ buffer 2㎕, dNTP 5 mM, 2.5 units의 i-Taq DNA polymerase (Intron Biotechnology, South Korea)를 포함하여 20㎕가 되게 첨가하고 Nexus (Eppendorf, Germany)를 이용하여 PCR을 수행하였다. PCR 반응 조건은 95℃에서 3분 간 초기 변성한 후, 94℃에서 30 초, 64℃에서 60 초, 72℃에서 60 초의 반응을 35 회 반복하고, 72℃에서 5 분간 최종 신장시켰다.Specifically, for the PCR reaction, 50 ng of DNA, 10 pmole primer, 2 μl of 10x buffer, 5 mM dNTP, and 2.5 units of i-Taq DNA polymerase (Intron Biotechnology, South Korea) were added to make 20 μl, and Nexus (Eppendorf) , Germany) was used for PCR. PCR reaction conditions were initial denaturation at 95°C for 3 minutes, followed by 35 repetitions of 30 seconds at 94°C, 60 seconds at 64°C, and 60 seconds at 72°C, followed by final extension at 72°C for 5 minutes.

PCR 산물은 제한효소(HpyCH4Ⅳ)를 이용하여 절단하였고, 제한효소반응 조건은 공급자의 매뉴얼에 따라 PCR 산물 3㎕와 10 × 버퍼 1㎕, 제한효소 0.3㎕, 증류수(DW) 5.7㎕를 혼합하여 37℃에서 overnight 반응하였다. 제한효소 절단 양상은 브롬화 에티듐이 함유된 3% 아가로스 겔 상에서 전기영동한 후, UV 하에서 유전자 증폭 여부를 확인하였다. The PCR product was cleaved using restriction enzyme (HpyCH4IV), and the restriction enzyme reaction conditions were 37 μl of the PCR product, 1 μl of 10 × buffer, 0.3 μl of restriction enzyme, and 5.7 μl of distilled water (DW) according to the supplier's manual. The reaction was carried out at ℃ overnight. After the restriction enzyme cleavage pattern was electrophoresed on a 3% agarose gel containing ethidium bromide, it was confirmed whether the gene was amplified under UV.

도 4에서 볼 수 있듯이 돼지 MYH3 프로모터의 변이영역이 6bp(+/+)는 경우 유전자 절단되지 않아 하나의 밴드로 나타나며, 6bp(-/-)의 경우, 유전자가 절단되어 두 개의 밴드로 나타남을 확인하였다. 또한, 6bp(+/-)의 경우, 세 개의 밴드가 나타남을 확인하였다. As can be seen in Figure 4, when the mutant region of the pig MYH3 promoter is 6bp (+/+), the gene is not cut and appears as one band, and in the case of 6bp (-/-), the gene is cut and appears as two bands. Confirmed. In addition, in the case of 6bp (+/-), it was confirmed that three bands appeared.

3.4. 돼지의 유전자 일배체형(haplotype) 분석3.4. Pig genetic haplotype analysis

MYH13, MYH1, MYH3의 유전자형 분석결과를 바탕으로 돼지의 유전자 일배체형을 qq, Qq(qQ), QQ 형으로 분류하였다(표 4). Based on the genotype analysis results of MYH13, MYH1, and MYH3, pig haplotypes were classified into qq, Qq(qQ), and QQ types (Table 4).

구체적으로, 서열번호1로 표시되는 MYH13 유전자의 1002 번째 염기가 T/T이며, 서열번호2로 표시되는 MYH1 유전자의 1002 번째 염기가 T/T이고, 서열번호3으로 표시되는 MYH3 유전자의 1524번째 내지 1527번째 염기가 ACGT의 연속된 염기인 경우, 일배체형을 QQ로 결정하고, 서열번호1로 표시되는 MYH13 유전자의 1002 번째 염기가 A/A이고, 서열번호2로 표시되는 MYH1 유전자의 1002 번째 염기가 G/G이며, 서열번호3으로 표시되는 MYH3 유전자의 1524번째 내지 1527번째 염기가 ACGT의 연속된 염기와 상이한 경우, 일배체형을 qq로 결정하고, QQ 및 qq 형을 제외한 나머지 일배체형을 Qq 또는 qQ로 결정하였다.Specifically, the 1002th base of the MYH13 gene represented by SEQ ID NO: 1 is T/T, the 1002th base of the MYH1 gene represented by SEQ ID NO: 2 is T/T, and the 1524th base of the MYH3 gene represented by SEQ ID NO:3 When bases 1527 to 1527 are consecutive bases of ACGT, the haplotype is determined as QQ, base 1002 of the MYH13 gene represented by SEQ ID NO: 1 is A/A, and base 1002 of the MYH1 gene represented by SEQ ID NO: 2 If the base is G/G, and the 1524th to 1527th bases of the MYH3 gene represented by SEQ ID NO: 3 are different from the consecutive bases of ACGT, the haplotype is determined as qq, and the other haplotypes except for QQ and qq types It was determined as Qq or qQ.

haplotypehaplotype 유전자gene MYH13MYH13 MYH1MYH1 MYH3MYH3 QQQQ T/TT/T T/TT/T 6bp(-/-)6 bp (-/-) qqqq A/AA/A G/GG/G 6bp(+/+)6 bp (+/+)

4. 돼지 콜라겐 함량 측정 방법4. Method of measuring pig collagen content

콜라겐에는 12.5(질소와 단백질 계수가 6.25일 때)% 또는 14%의 히드록시프롤린(hydroxyproline)이 있다. hydroxyproline을 정량해서 콜라겐의 함량을 추정할 수 있다. 시료를 황산용액으로 가수분해한 후, 여과하고 희석한 다음 클로라민-T(chloramine-T)를 첨가해서 hydroxyproline을 피롤(pyrrole)로 산화시킨다. 그 후 4-dimethylaminobenzaldehyde 첨가하면 pyrrole과 반응하여 적자색으로 발색되는데 이 발색정도를 분광광도계를 이용하여 측정하고, 표준 용액과 비교하여 콜라겐 함량을 측정하였다. Collagen has 12.5% (when nitrogen and protein count is 6.25) or 14% hydroxyproline. Collagen content can be estimated by quantifying hydroxyproline. After hydrolysis of the sample with sulfuric acid solution, filtration and dilution, chloramine-T is added to oxidize hydroxyproline to pyrrole. After that, when 4-dimethylaminobenzaldehyde is added, it reacts with pyrrole to develop a reddish-purple color. The degree of color development was measured using a spectrophotometer, and the collagen content was measured compared to the standard solution.

4.1. 시약의 준비4.1. Preparation of reagents

1) 황산용액의 제조1) Preparation of sulfuric acid solution

2ℓvolumetric flask에 증류수 750㎖를 첨가하고, 황산 375㎖을 천천히 넣으면서 교반하였다. 상온에서 냉각 후 증류수로 최종량(2ℓ)을 맞추어 희석하여 7 N 황산 용액을 제조하였다. 750 ml of distilled water was added to a 2ℓ volumetric flask, and 375 ml of sulfuric acid was slowly added thereto while stirring. After cooling at room temperature, the final amount (2 L) was diluted with distilled water to prepare a 7 N sulfuric acid solution.

2) 버퍼(Buffer) 용액의 제조2) Preparation of Buffer Solution

시트르산 일수화물(Citric acid monohydrate, C6H8O7-H2O) 30g과 NaOH 15g, 아세트산나트륨 삼수하물(sodium acetate trihydrate, CH3COONa-3H2O) 90g, 그리고 증류수 500㎖를 혼합하였다. 상기 용액에 1-propanal 290㎖를 혼합한 후 pH 6.0으로 한 후 증류수로 1ℓ를 맞추었다. 제조된 버퍼는 갈색병 넣어 4℃에서 냉장 보관하였다.Citric acid monohydrate (C6H8O7-H2O) 30g, NaOH 15g, sodium acetate trihydrate (CH3COONa-3H2O) 90g, and distilled water 500ml were mixed. After mixing 290 ml of 1-propanal with the solution, the pH was adjusted to 6.0, followed by 1 liter of distilled water. The prepared buffer was stored in a brown bottle and refrigerated at 4°C.

3) 산화용액 용액의 제조3) Preparation of oxidizing solution solution

상기에서 제조한 버퍼(Buffer) 용액 100㎖에 클로라민-T(chloramine-T) 1.41g을 용해시키고, 갈색병에 넣어 4℃에서 냉장 보관하였다.1.41 g of chloramine-T was dissolved in 100 ml of the buffer solution prepared above, put in a brown bottle, and stored refrigerated at 4°C.

4) 발색시약의 제조4) Preparation of color reagent

과염소산(Perchloric acid, 60%w/w) 35㎖와 4-메틸아미노벤즈알데하이드(4-methylaminobenzaldehyde) 10g을 혼합하고, 2-이소프로필알코올(2-propanol) 65㎖을 첨가하면서 교반하며, 당일 제조하여 사용하였다. 35 ml of perchloric acid (60% w/w) and 10 g of 4-methylaminobenzaldehyde are mixed, and 65 ml of 2-isopropyl alcohol (2-propanol) is added while stirring, and prepared on the same day was used.

5) H 프롤린(H-proline) 표준용액(Hydroxyproline 표준용액)5) H-proline standard solution (Hydroxyproline standard solution)

스탁용액(Stock solution) : H-proline 60㎎을 증류수 100㎖에 용해하여 제조하였으며, 갈색병에 넣어 4℃에서 냉장 보관하였다. Stock solution: It was prepared by dissolving 60 mg of H-proline in 100 ml of distilled water, put in a brown bottle, and refrigerated at 4°C.

중간용액(Intermediate solution) : 상기 스탁용액 5㎖을 500㎖로 희석하여 1㎖당 6㎍ H-proline 함유하도록 제조하였다. Intermediate solution: 5 ml of the stock solution was diluted to 500 ml to prepare to contain 6 μg H-proline per 1 ml.

워킹용액(Working solution) : 상기 중간용액을 10, 20, 30 또는 40㎖을 취하여 총 부피가 100㎖이 되도록 증류수로 희석하였다. 즉, 1㎖당 0.6, 1.2, 또는 2.4 ㎍의 H-proline 함유하는 용액을 제조하였다. Working solution: Take 10, 20, 30 or 40 ml of the intermediate solution and dilute it with distilled water to make a total volume of 100 ml. That is, a solution containing 0.6, 1.2, or 2.4 μg of H-proline per 1 ml was prepared.

4.2. 돈육의 콜라겐 함량 측정4.2. Measurement of collagen content in pork

구체적으로, 분쇄된 돈육 시료 4g을 삼각 플라스크에 넣고, 7N 황산용액 30㎖을 첨가하고 유리덮개로 덮은 후 건조기에서 16시간 가열하였다. 그 후 500㎖의 정용 플라스크에 넣고 증류수로 희석한 다음 100㎖의 삼각플라스크에 일부를 여과지로 여과하였다. 여과된 용액 중 5㎖을 취하여 100㎖ 정량에 희석하여 hydroxyproline의 농도 0.5 내지 2.4㎍/㎖가 되도록 희석하였다.Specifically, 4 g of the ground pork sample was placed in an Erlenmeyer flask, 30 ml of 7N sulfuric acid solution was added, covered with a glass cover, and heated in a dryer for 16 hours. Thereafter, it was placed in a diaphragm flask of 500 ml, diluted with distilled water, and a portion of the flask was filtered with filter paper in an Erlenmeyer flask of 100 ml. Take 5 ml of the filtered solution and dilute to 100 ml of the solution to obtain a concentration of 0.5 to 2.4 μg/ml of hydroxyproline.

최종 희석액 2㎖를 10㎖ 시험관(test tube)에 넣고 산화 용액을 1㎖을 넣고 흔들어 혼합하였다. 이 때 블링크(blank)는 증류수 2㎖에 산화 용액 1㎖ 첨가하여 제조하였다. 실온에서 20±2분간 방치시키고 시험관에 발색제 1㎖을 넣고 혼합한 후 마개를 덮고 곧바로 항온수조에서 60±0.5℃로 정확하게 15분간 가열하고, 흐르는 수돗물에서 적어도 3분 이상 냉각시킨다. 그 후 각 시료를 분광광도계로 550㎚의 파장에서 흡광도를 측정하였다. 시료 준비시 5℃이하의 냉장고에서 보관하고 3일 이상 보관 시 -18℃이하에서 보관해야 한다. 냉동 보관한 시료는 채취한 후 즉시 분쇄하여 분석용 시료로 사용하였다. 2ml of the final dilution was put into a 10ml test tube, 1ml of the oxidizing solution was added, and the mixture was shaken. At this time, the blank (blank) was prepared by adding 1 ml of an oxidizing solution to 2 ml of distilled water. Leave at room temperature for 20±2 minutes, add 1ml of color developer to the test tube, mix, cover, and immediately heat in a constant temperature water bath at 60±0.5°C for exactly 15 minutes, then cool in running tap water for at least 3 minutes. Thereafter, the absorbance of each sample was measured at a wavelength of 550 nm with a spectrophotometer. When preparing samples, they should be stored in a refrigerator at 5℃ or less, and if stored for 3 days or more, they should be stored at -18℃ or less. The samples stored frozen were immediately crushed after collection and used as samples for analysis.

돈육 내 콜라겐 함량은 수학식 1 및 수학식 2을 이용하여 계산하였다. The collagen content in pork was calculated using Equations 1 and 2.

H = 시료 100g중 hydroxyproline 함량H = hydroxyproline content in 100 g of sample

5. 유전자 일배체형에 따른 돈육의 콜라겐 함량5. Collagen content of pork according to genetic haplotype

표 5는 돼지 유전자형(QQ, Qq, qq)에 따른 돈육 부위별 콜라겐 함량을 분석한 결과이다. Table 5 shows the results of analyzing the collagen content of each pork part according to the pig genotype (QQ, Qq, qq).

돈육의 유전자 일배체형(qq, Qq, QQ)에 따른 부위별(등심, 반막, 대퇴, 상완, 목심)의 콜라겐 함량을 비교하였다. 분석결과, 등심, 반막, 대퇴, 상완, 목심에서 qq 유전자형 돈육과 비교하여 QQ 유전자형의 콜라겐 함량이 각각 22.0%, 62.8%, 43.1%, 22.6%, 16.3%를 높게 측정되었으며, 이들이 통계적으로 유의성을 가짐을 확인하였다. 삼겹살 부위는 QQ 형에서 가장 함량이 높았으나 유의성이 나타나지는 않았다. Collagen content of each part (loin, half-mak, thigh, upper arm, and neck) was compared according to the gene haplotypes (qq, Qq, QQ) of pork. As a result of the analysis, the collagen content of the QQ genotype was measured to be 22.0%, 62.8%, 43.1%, 22.6%, and 16.3%, respectively, higher than that of the qq genotype pork in sirloin, half-mak, thigh, upper arm, and loin, respectively. confirmed to have. The portion of pork belly had the highest content in the QQ type, but did not show any significance.

즉, 상기 결과를 통해, 돼지의 일배체 유전자형을 QQ 형으로 고정하는 경우, qq 유전자형과 비교하여 콜라겐 함량을 16.3% 내지 62.8% 증가함을 확인하였는바, MYH13, MYH1 및 MYH3 유전자형 분석을 통해 돈육의 콜라겐 함량을 예측하고, 이를 통해 콜라겐 함량이 우수한 돼지 육성 및 선발에 유용하게 활용할 수 있다. That is, through the above results, when the haplotype genotype of pigs was fixed as QQ type, it was confirmed that the collagen content was increased by 16.3% to 62.8% compared to the qq genotype. predicts the collagen content, and through this, it can be usefully used for breeding and selection of pigs with excellent collagen content.

<110> CRONEX.CO.,LTD REPUBLIC OF KOREA(MANAGEMENT : RURAL DEVELOPMENT ADMINISTRATION) <120> Marker for predicting collagen content in pork and use thereof <130> DP20200082 <160> 13 <170> KoPatentIn 3.0 <210> 1 <211> 2003 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> MYH13 gene <400> 1 acaggcactg agatttgctc ctatttgcaa agtgatggac actgttctgg acatggtggg 60 tgtccaggaa gcactgaact gaatagtaat tgctctgtaa ttctgggcat cacactagcc 120 attgcctctg gagcgtccta tgtaagtcag tctgcggccc ggcaagttct atttggtata 180 ttcacccatc tagcaggaat cagcgtcact ctctccttag gggagaggga gttcaacccc 240 ttccaccacc atcttcccct ttctctaaag caaacatcac aaaaacaaag cccaagccct 300 cggagaagga gacgggagca ggggtgtgga ccacggcagc tttcacccgc tgcgtcacta 360 cagagcagag cagagtcttg ttctgccttc aggttcccac ggagcagcat ccactttcta 420 acactccaaa ggaaagtgag gatgcccaag ctggcagggg catctgagct caacacttac 480 ccggtcatcg agggtcttga ctgtgacctt gtcgttctcc ctgctctgga tcataccctt 540 cacatacagt tccttatcgt ccaccgcaaa gcaggctttc ttggaatcga atgggcggtt 600 ctgagcctcg attctctcct tctctgattt ccgcaggtag ggagctgcct ctccaaagac 660 ggccatctct gcgtcagagc tcatggctgc aggggctggg gagacggggg gctgctcagt 720 ctgaagcctg gggagcgctc ccgaatctgg caggccctgc tctcttactt ccattcggac 780 aaggggctgg attcagaagc tcctgggatt aacctaggtc ttgaggactc taggaccagt 840 tctaggggtc tggcgtgggc aagcggggat gagctaaagg gaaaatttta ctctaagaaa 900 aacgtttgag gggtctcttg agtgttgact tggaaacatc ttagtccagc tccaggtatg 960 gaagccagaa gctgtgagag gaaagccaag ctgagcccaa twaaggaggc ctcggaaaag 1020 acttccttga ttacacgtca tgtttgagcc ccatggtcta tgtcactccc aaatcttaaa 1080 tgtgtcttgg gagttcccat catggctcag tggttgacaa atccgactag gaaccatgag 1140 gttgtgggtt cgatccctgg cctcgctccg tgggttaagg atccggtgtt gctgtgagct 1200 gcggtgtagg ttgcagacgt ggctcggatc ccacattgct gtggctctgc cataggccgg 1260 tggctacagc tccaattaga cccctagcct cggaccctcc atatatgcag caggtgcagc 1320 cccagaacag acaaaaagac agaaaaacaa acaaaaaaaa tcttaaagct gtctgaaaag 1380 aagtattgga atgttgataa ttcttagcag aaacttcagg cagtccagtg aaaagtgatg 1440 acttgagtta caggtagcaa ggtgatggga ggtgtgatgg tttagggcag tggttccaaa 1500 cttgaacatg ccccagaatg aactgcagag attgtcaaaa cacacatgtc tgggccctaa 1560 ctgcagagtt tctgaatctg tcggtgtggg atggagcgtg agaatataca tttctagcac 1620 gttcctggag atgctgatgg ggctggtcca gggaccacac cctgagaacg gctgggtgta 1680 gggcctgcct gctccaagtg cggtccttga acaggttgca tcaggagctt gttagacatt 1740 cagaatctca gacccaccca gattacaaaa gcagcatctg tattgtaaca agctctccag 1800 gtgatttctg ggcatatgat aaaattgaca agtactgggc tgaacgcaga ggtctctgaa 1860 cttcagttac tggcagcatc agggggtgac aaagagtgtc taattagatt aacgcctgcc 1920 taagaactcg ctgccaaatg tgtctgttgg atgtggtgtt tatgtgtctg tctgcctctc 1980 tttctctctc ccactccctt cta 2003 <210> 2 <211> 2003 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> MYH1 gene <400> 2 tggatcttct ttaatttcct tgattaatgt tttatagttc tcagcatata tgtctttcac 60 ttctttggtc gagtttattc ctaggtattt aattttttga ggtgtgattt gaaaaggtgt 120 attgtatttt tatattccct ttctaatatt tcattgttag tatacagaaa tgcaaccaat 180 ttctgaatgt taatcttgta tcctgctact ttgctgaatg ctgatcagtt 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ggaggtggaa gagggacaca agtacacaaa atacatttat tgtctacatt gcattttgtt 1140 ctattgccat ctctctttct agaaacaaaa ctccttgtgt ttatactgca ttgaatcttg 1200 tcttgttctt cctcttttca taagttcttc ctcttcttcc tctctttctc tggcccactt 1260 atccatccaa tgtatcagaa aaccccatgt ggaattcctg ttgtggctca gagggttagg 1320 aaccctacta gtatccatga ggacgcaggt ttggtccctg gccttgctca gtgggttaag 1380 gagctggtgt tcctgcaagc tgtggtgtag ctcacagatg tggcttggat ctggtgttgc 1440 tgtggctgtg gtgtagatcc aattcgacct ctagcccaca aacgtctata tgccacagtt 1500 gcggccctaa aaagaaaaaa agaaaagaaa accccacgtg cactaccttc ccagtacatc 1560 tagaatccat ccagttctcg tcatctccca atgccatctc tctggtccaa gccacaggct 1620 tttttttttt tttaatcttt tattttgcag taaactccta actggtctcc tggtttccac 1680 ctctatcccc tttagtctgt tctcaacaca gcagtaagag tgattctttt taaaaatgtg 1740 ctaatatcac ttctctggtc aaaaccttct aaagatttca catctctttc tgagtaaaga 1800 caaaagtcct gaggtggcct caggccctac aggatctctg ggctccagat acctctcttt 1860 tgctgtaaca atcttgctca ttctcctcta accctgctag cctccttccc aacctaccaa 1920 actaatcctg cctcagggcc tttgcatttt ctgttgttcc ttcccttgga aaggctctgc 1980 cttgttaatc tcatggctta ccc 2003 <210> 3 <211> 3400 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> MYH3 gene <400> 3 tggtggttat tgccgctgct tccaccctca gggttctcct ggcgagcgga gctccctgcc 60 tacctcggac cctcgttcca tggcccgggc aggcttcttc ccctcgtgcc ttccagcccc 120 tcatgtgcag aagcaggccg tcaggcagat gacccgagac ctcccagccg agcctctgtg 180 ctcgtggagg acgtgtgacg gagagaagga agacaggccg gctgacgggg gaaaagctgg 240 ggtgggaggc cgtcagcctt gagctcgcct tgggctcagg gatgcgacgt ggcttcacgc 300 ttgacaagaa gctcaaagaa atcctgtgtg gaaaacgtcc tctcggtgtc ccggaggtgg 360 gatggatgtg gttgtgcaga ggtgggtgaa ccggcgccaa ctaaaggtca aaagcaagcc 420 ggccccaacc gcggcccctg gtgtttaaga agggaccgcc agcacccttc ccctgaccac 480 ccagcacacg tcacagcctg agacgtagcc agggcccctg cactgtccct cagccccagg 540 gggcttgcta acacctctgc ttccaggtga catgcacctg tcctcaccag gcctcccagg 600 atggctggcc aatggcgcag agagtcaggc cggcgcgtcc ctgggcaggg agaccacgcc 660 ccttcaggac cggagggtcc ttgaggaggg tcgagctctc ttcttggacg aggaggattt 720 ctgggggagg gggtttcagt cccagcggcg gggggtgggc ggtggggcgt gacatgtagc 780 atggcaggtc catgcttcct gactttcctc ctgatggcca cttgcctacc tgctttgatc 840 taaaaatcac caaaatctca gacataatcg agtcaccatt tatccaagaa accatcgagg 900 gtaaagccgc agcttccatt tctttcgatt cttcttccag ggttctgcct tgggcccagc 960 atgcagtggg tgtttaatta atgcccctgc ccctcgggga ctgcagcccc actccccctg 1020 ccccaccccc agcccttaga gtggcctcct ggcccgcgct gcgtgtggct atgctgggag 1080 ggggccgttc ttattctcca gtggggacag ctgacaccag aatgaacgac aacgggttac 1140 ccacaggcca cgctcccaac ggtctgtcag ggaaaaaaag ggaaaaacag acataaagtg 1200 gaataagaat gggcaaacgc ttcagccata cccctctgtg ctcctaaggc tttatttttc 1260 taaccctgat ttagaaacag ccatgctcgt tagacgcccc ctcacccccc tttctctgca 1320 ggccctgcca tccccccacc cccgccccgg ccagcagctg gtctttccta attggtgaca 1380 tgtcttaata actacaggtc cttgagcagc tgtcactgtg gctcctggct ggtgggctac 1440 ctccctctca gtcatttact cgttggtcct actggcgctt aagacagagg tttagttaat 1500 gacgatccta atgagacagc aggacgtgtg ttccccacac aagttgtaca atcacacatt 1560 cctgccacaa ccctgtgttg taacaaaagc cttgctcaaa actccaagag ggtttaaact 1620 tttccgtcct tggcttcatc cctttgccca caggccgaga ttctaggtcc ccgctgtccc 1680 agagaccagg ctcatctcca gccgtgtggc gcctgtggga tggagcgagg gcccccggca 1740 aggctgtccc atcactgagc cgccggttca gagaaaggca tcccaaactt ccagctttct 1800 ccagctagga tcctgtcatt tctatatata cctctctctt ggcagcggca aaaaaaagcg 1860 aggaaggagc tggtcctcac ttgtggtgtc ggtcactctc tttccaaata tagagaagga 1920 atgagtggcg ggggttagca ggggctataa aagcccgcgg ggagcgcccc ttgtagctgc 1980 tctgtgggcg gaggagagtc acagtgcccc ttgtgcgggt ccttcccatc tgaggctcag 2040 aggctcgtgt ggccctgccc ggctttggta aggaccagac gtgcggctga ttctcagccc 2100 ctccccgcct ccagcatccc gcttccttca cctgttctcc cctgccctca tcctccagag 2160 ccttcccggg cagggtccct tcggatgctc tgtggaccac tgccgtcacc ccggcccatg 2220 aacgctgcca cctctctgac ttgtgcagag gccagtgggc ctggccgcct ccccacctgc 2280 gctgcgggcc tgcggtgtct gtcctctcaa ggccacgctg gctgtgcatc cgttggcttg 2340 tctgagactt cgccctgcct gcccacagaa gacagggggc ctggccctgg cttggaggca 2400 caggcttttc aaacagagct tctgtcctga ctgctcacat ctgaggagga ggcatggcag 2460 acagagggtg gtgccacccg ggcaggaggg agccaggtct ggggcggctg ggggctctcc 2520 tgccttcagg gctcacctgt gggccaggtc ccatttgctc ctccagcttg tctctgggcc 2580 aaggctcttt taaagttatt cgtcctttct cttcatttgg ttaattgatt aaggcccatt 2640 cagaactgaa ccagacactc ccacgtctcc tgaccttttg tgtatttatt gcaggtctga 2700 tttctcacgg ctgctgctgt ctgctgtcct cctgcgggtg tgactctcag gtgagaaagc 2760 aggtcaggtc ccctggctca gccatctcca gggtactggt tcccccccgg ccacggcctt 2820 gcggcgagca ggacaggtta ggctggagag gagccccagg gaaggctgcc aagcagatgc 2880 tgatgtgaga agccgcttgt ttgtagaagg gactgaagcc ggtttccagg tgggggatgg 2940 agccaccctg aatccgagcg gttccaaaac tccttagcta tttgcccttt aacacgctct 3000 ttgaagaatg tttgcttttg agagtgttta cctttacgtc ttccctcagc aacccctggc 3060 ttttacagaa gaggaaagcg gggtcccaag agctgcaccc acctctgggc gctctgcccg 3120 ccccagcccc ggctaacggg ggagcttgga ttgcgtgcat cccgtgtcct ctgcacagag 3180 gagctgctca atgaaatgca cccatttgat cccggggggc tggatggcgg cggccttgct 3240 cctgggctcc gcctggaggg cgcctgtggg gtcagggctg gagtctggcc cggggactca 3300 ctggggggtc ccttccagcc gacaccatga gcagcgacac tgaaatggaa gtgttcggca 3360 tagccgctcc cttcctccgc aagtcggaaa aggagaggat 3400 <210> 4 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> MYH13_5U_F <400> 4 tgaggggtct cttgagtgtt g 21 <210> 5 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> MYH13_5U_R <400> 5 catggttcct agtcggattt g 21 <210> 6 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> MYH13_MINI_seq <400> 6 aaagccaagc tgagcccaat 20 <210> 7 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> MYH1_5U_F <400> 7 tgtgtaaacc aaggtcacaa aaa 23 <210> 8 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> MYH1_5U_R <400> 8 atggcaatag aacaaaatgc aa 22 <210> 9 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> MYH1_MINI_seq <400> 9 taatttaatt tttttttttt t 21 <210> 10 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> MYH3_F <400> 10 tgtgtaaacc aaggtcacaa aaa 23 <210> 11 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> MYH3_R <400> 11 atggcaatag aacaaaatgc aa 22 <210> 12 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> MYH13 input seq <400> 12 waaggaggcc tcggaaaa 18 <210> 13 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> MYH1 input seq <400> 13 kgagactgtg gcctgtgtgg tt 22 <110> CRONEX.CO.,LTD REPUBLIC OF KOREA(MANAGEMENT : RURAL DEVELOPMENT ADMINISTRATION) <120> Marker for predicting collagen content in pork and use thereof <130> DP20200082 <160> 13 <170> KoPatentIn 3.0 <210> 1 <211> 2003 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> MYH13 gene <400> 1 acaggcactg agatttgctc ctatttgcaa agtgatggac actgttctgg acatggtggg 60 tgtccaggaa gcactgaact gaatagtaat tgctctgtaa ttctgggcat cacactagcc 120 attgcctctg gagcgtccta tgtaagtcag tctgcggccc ggcaagttct atttggtata 180 ttcacccatc tagcaggaat cagcgtcact ctctccttag gggagaggga gttcaacccc 240 ttccaccacc atcttcccct ttctctaaag caaacatcac aaaaacaaag cccaagccct 300 cggagaagga gacgggagca ggggtgtgga ccacggcagc tttcacccgc tgcgtcacta 360 cagagcagag cagagtcttg ttctgccttc aggttcccac ggagcagcat ccactttcta 420 acactccaaa ggaaagtgag gatgcccaag ctggcagggg catctgagct caacacttac 480 ccggtcatcg agggtcttga ctgtgacctt gtcgttctcc ctgctctgga tcataccctt 540 cacatacagt tccttatcgt ccaccgcaaa gcaggctttc ttggaatcga atgggcggtt 600 ctgagcctcg attctctcct tctctgattt ccgcaggtag ggagctgcct ctccaaagac 660 ggccatctct gcgtcagagc tcatggctgc aggggctggg gagacggggg gctgctcagt 720 ctgaagcctg gggagcgctc ccgaatctgg caggccctgc tctcttactt ccattcggac 780 aaggggctgg attcagaagc tcctgggatt aacctaggtc ttgaggactc taggaccagt 840 tctaggggtc tggcgtgggc aagcggggat gagctaaagg gaaaatttta ctctaagaaa 900 aacgtttgag gggtctcttg agtgttgact tggaaacatc ttagtccagc tccaggtatg 960 gaagccagaa gctgtgagag gaaagccaag ctgagcccaa twaaggaggc ctcggaaaag 1020 acttccttga ttacacgtca tgtttgagcc ccatggtcta tgtcactccc aaatcttaaa 1080 tgtgtcttgg gagttcccat catggctcag tggttgacaa atccgactag gaaccatgag 1140 gttgtgggtt cgatccctgg cctcgctccg tgggttaagg atccggtgtt gctgtgagct 1200 gcggtgtagg ttgcagacgt ggctcggatc ccacattgct gtggctctgc cataggccgg 1260 tggctacagc tccaattaga cccctagcct cggaccctcc atatatgcag caggtgcagc 1320 cccagaacag acaaaaagac agaaaaacaa acaaaaaaaa tcttaaagct gtctgaaaag 1380 aagtattgga atgttgataa ttcttagcag aaacttcagg cagtccagtg aaaagtgatg 1440 acttgagtta caggtagcaa ggtgatggga ggtgtgatgg tttagggcag tggttccaaa 1500 cttgaacatg ccccagaatg aactgcagag attgtcaaaa cacacatgtc tgggccctaa 1560 ctgcagagtt tctgaatctg tcggtgtggg atggagcgtg agaatataca tttctagcac 1620 gttcctggag atgctgatgg ggctggtcca gggaccacac cctgagaacg gctgggtgta 1680 gggcctgcct gctccaagtg cggtccttga acaggttgca tcaggagctt gttagacatt 1740 cagaatctca gacccaccca gattacaaaa gcagcatctg tattgtaaca agctctccag 1800 gtgatttctg ggcatatgat aaaattgaca agtactgggc tgaacgcaga ggtctctgaa 1860 cttcagttac tggcagcatc agggggtgac aaagagtgtc taattagatt aacgcctgcc 1920 taagaactcg ctgccaaatg tgtctgttgg atgtggtgtt tatgtgtctg tctgcctctc 1980 tttctctctc ccactccctt cta 2003 <210> 2 <211> 2003 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> MYH1 gene <400> 2 tggatcttct ttaatttcct tgattaatgt tttatagttc tcagcatata tgtctttcac 60 ttctttggtc gagtttattc ctaggtattt aattttttga ggtgtgattt gaaaaggtgt 120 attgtatttt tatattccct ttctaatatt tcattgttag tatacagaaa tgcaaccaat 180 ttctgaatgt taatcttgta tcctgctact ttgctgaatg ctgatcagtt tgagtatttt 240 ttgtgtggag tccttaggat tttctgtata tagtgtcatg tcatctgcat acagtaacaa 300 ttttaccttt tctcttccag tttggatacc ttttattttt tttgttgtct gactgctatg 360 actaggactt ccaatactac gttgaataaa agtggtggga gtgggcatcc ttgtcttttt 420 ccagatttag taggaagact tttagctttt ctccattgag tattatattt gttctgggtt 480 tgtcataaat ggcttttatt atgttaaggt atattccctc tatacccact ttggtaagtg 540 tttttatcgt gaatggatgt tgactttgtc aaatgctttt tctggatcta ttgagatgat 600 tgtgtggctt tcagtataac tacttggcat tagttttttt tttttttaat atatatatat 660 gcaggaaaca agttctttat cagggatata atttgcaaat actttttctc agttggtggc 720 ttgttttttc cttctcttta acagtgtttc tcaaagctca gaaactctgg attttgatga 780 aatctaattt atcttttttt ttttctttct tggcttgtgc ttttggtgtt gctaagacat 840 ttttgtgtaa accaaggtca caaaaattta ctcttatgtt tacttctagg agtttttagg 900 attatgtttt tggtatcctc gtctatccaa aattttgttt aggagcgtgt tttgaatttt 960 ttgttttaaa ctgttgttag taatttaatt tttttttttt tkgagactgt ggcctgtgtg 1020 gtttatactg taaaggaatg aggctgatag gggtttgagg acaggagaga gtggatggta 1080 ggaggtggaa gagggacaca agtacacaaa atacatttat tgtctacatt gcattttgtt 1140 ctattgccat ctctctttct agaaacaaaa ctccttgtgt ttatactgca ttgaatcttg 1200 tcttgttctt cctcttttca taagttcttc ctcttcttcc tctctttctc tggcccactt 1260 atccatccaa tgtatcagaa aaccccatgt ggaattcctg ttgtggctca gagggttagg 1320 aaccctacta gtatccatga ggacgcaggt ttggtccctg gccttgctca gtgggttaag 1380 gagctggtgt tcctgcaagc tgtggtgtag ctcacagatg tggcttggat ctggtgttgc 1440 tgtggctgtg gtgtagatcc aattcgacct ctagcccaca aacgtctata tgccacagtt 1500 gcggccctaa aaagaaaaaa agaaaagaaa accccacgtg cactaccttc ccagtacatc 1560 tagaatccat ccagttctcg tcatctccca atgccatctc tctggtccaa gccacaggct 1620 tttttttttt tttaatcttt tattttgcag taaactccta actggtctcc tggtttccac 1680 ctctatcccc tttagtctgt tctcaacaca gcagtaagag tgattctttt taaaaatgtg 1740 ctaatatcac ttctctggtc aaaaccttct aaagatttca catctctttc tgagtaaaga 1800 caaaagtcct gaggtggcct caggccctac aggatctctg ggctccagat acctctcttt 1860 tgctgtaaca atcttgctca ttctcctcta accctgctag cctccttccc aacctaccaa 1920 actaatcctg cctcagggcc tttgcatttt ctgttgttcc ttcccttgga aaggctctgc 1980 cttgttaatc tcatggctta ccc 2003 <210> 3 <211> 3400 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> MYH3 gene <400> 3 tggtggttat tgccgctgct tccaccctca gggttctcct ggcgagcgga gctccctgcc 60 tacctcggac cctcgttcca tggcccgggc aggcttcttc ccctcgtgcc ttccagcccc 120 tcatgtgcag aagcaggccg tcaggcagat gacccgagac ctcccagccg agcctctgtg 180 ctcgtggagg acgtgtgacg gagagaagga agacaggccg gctgacgggg gaaaagctgg 240 ggtgggaggc cgtcagcctt gagctcgcct tgggctcagg gatgcgacgt ggcttcacgc 300 ttgacaagaa gctcaaagaa atcctgtgtg gaaaacgtcc tctcggtgtc ccggaggtgg 360 gatggatgtg gttgtgcaga ggtgggtgaa ccggcgccaa ctaaaggtca aaagcaagcc 420 ggccccaacc gcggcccctg gtgtttaaga agggaccgcc agcacccttc ccctgaccac 480 ccagcacacg tcacagcctg agacgtagcc agggcccctg cactgtccct cagccccagg 540 gggcttgcta acacctctgc ttccaggtga catgcacctg tcctcaccag gcctcccagg 600 atggctggcc aatggcgcag agagtcaggc cggcgcgtcc ctgggcaggg agaccacgcc 660 ccttcaggac cggagggtcc ttgaggaggg tcgagctctc ttcttggacg aggaggattt 720 ctgggggagg gggtttcagt cccagcggcg gggggtgggc ggtggggcgt gcatgtagc 780 atggcaggtc catgcttcct gactttcctc ctgatggcca cttgcctacc tgctttgatc 840 taaaaatcac caaaatctca gacataatcg agtcaccatt tatccaagaa accatcgagg 900 gtaaagccgc agcttccatt tctttcgatt cttcttccag ggttctgcct tgggcccagc 960 atgcagtggg tgtttaatta atgcccctgc ccctcgggga ctgcagcccc actccccctg 1020 ccccaccccc agcccttaga gtggcctcct ggcccgcgct gcgtgtggct atgctgggag 1080 ggggccgttc ttattctcca gtggggacag ctgacaccag aatgaacgac aacgggttac 1140 ccacaggcca cgctcccaac ggtctgtcag ggaaaaaaag ggaaaaacag acataaagtg 1200 gaataagaat gggcaaacgc ttcagccata cccctctgtg ctcctaaggc tttatttttc 1260 taaccctgat ttagaaacag ccatgctcgt tagacgcccc ctcacccccc tttctctgca 1320 ggccctgcca tccccccacc cccgccccgg ccagcagctg gtctttccta attggtgaca 1380 tgtcttaata actacaggtc cttgagcagc tgtcactgtg gctcctggct ggtgggctac 1440 ctccctctca gtcatttact cgttggtcct actggcgctt aagacagagg tttagttaat 1500 gacgatccta atgagacagc aggacgtgtg ttccccacac aagttgtaca atcacacatt 1560 cctgccacaa ccctgtgttg taacaaaagc cttgctcaaa actccaagag ggtttaaact 1620 tttccgtcct tggcttcatc cctttgccca caggccgaga ttctaggtcc ccgctgtccc 1680 agagaccagg ctcatctcca gccgtgtggc gcctgtggga tggagcgagg gccccccggca 1740 aggctgtccc atcactgagc cgccggttca gagaaaggca tcccaaactt ccagctttct 1800 ccagctagga tcctgtcatt tctatatata cctctctctt ggcagcggca aaaaaaagcg 1860 aggaaggagc tggtcctcac ttgtggtgtc ggtcactctc tttccaaata tagagaagga 1920 atgagtggcg ggggttagca ggggctataa aagcccgcgg ggagcgcccc ttgtagctgc 1980 tctgtgggcg gaggagagtc acagtgcccc ttgtgcgggt ccttcccatc tgaggctcag 2040 aggctcgtgt ggccctgccc ggctttggta aggaccagac gtgcggctga ttctcagccc 2100 ctccccgcct ccagcatccc gcttccttca cctgttctcc cctgccctca tcctccagag 2160 ccttcccggg cagggtccct tcggatgctc tgtggaccac tgccgtcacc ccggcccatg 2220 aacgctgcca cctctctgac ttgtgcagag gccagtgggc ctggccgcct ccccacctgc 2280 gctgcgggcc tgcggtgtct gtcctctcaa ggccacgctg gctgtgcatc cgttggcttg 2340 tctgagactt cgccctgcct gccccacagaa gacagggggc ctggccctgg cttggaggca 2400 caggcttttc aaacagagct tctgtcctga ctgctcacat ctgaggagga ggcatggcag 2460 acagagggtg gtgccacccg ggcaggaggg agccaggtct ggggcggctg ggggctctcc 2520 tgccttcagg gctcacctgt gggccaggtc ccatttgctc ctccagcttg tctctgggcc 2580 aaggctcttt taaagttatt cgtcctttct cttcatttgg ttaattgatt aaggcccatt 2640 cagaactgaa ccagacactc ccacgtctcc tgaccttttg tgtatttatt gcaggtctga 2700 tttctcacgg ctgctgctgt ctgctgtcct cctgcgggtg tgactctcag gtgagaaagc 2760 aggtcaggtc ccctggctca gccatctcca gggtactggt tcccccccgg ccacggcctt 2820 gcggcgagca ggacaggtta ggctggagag gagccccagg gaaggctgcc aagcagatgc 2880 tgatgtgaga agccgcttgt ttgtagaagg gactgaagcc ggtttccagg tgggggatgg 2940 agccaccctg aatccgagcg gttccaaaac tccttagcta tttgcccttt aacacgctct 3000 ttgaagaatg tttgcttttg agagtgttta cctttacgtc ttccctcagc aacccctggc 3060 ttttacagaa gaggaaagcg gggtcccaag agctgcaccc acctctgggc gctctgcccg 3120 ccccagcccc ggctaacggg ggagcttgga ttgcgtgcat cccgtgtcct ctgcacagag 3180 gagctgctca atgaaatgca cccatttgat cccggggggc tggatggcgg cggccttgct 3240 cctgggctcc gcctggaggg cgcctgtggg gtcagggctg gagtctggcc cggggactca 3300 ctggggggtc ccttccagcc gacaccatga gcagcgacac tgaaatggaa gtgttcggca 3360 tagccgctcc cttcctccgc aagtcggaaa aggagaggat 3400 <210> 4 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> MYH13_5U_F <400> 4 tgaggggtct cttgagtgtt g 21 <210> 5 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> MYH13_5U_R <400> 5 catggttcct agtcggattt g 21 <210> 6 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> MYH13_MINI_seq <400> 6 aaagccaagc tgagcccaat 20 <210> 7 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> MYH1_5U_F <400> 7 tgtgtaaacc aaggtcacaa aaa 23 <210> 8 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> MYH1_5U_R <400> 8 atggcaatag aacaaaatgc aa 22 <210> 9 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> MYH1_MINI_seq <400> 9 taatttaatt ttttttttt t 21 <210> 10 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> MYH3_F <400> 10 tgtgtaaacc aaggtcacaa aaa 23 <210> 11 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> MYH3_R <400> 11 atggcaatag aacaaaatgc aa 22 <210> 12 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> MYH13 input seq <400> 12 waaggaggcc tcggaaaa 18 <210> 13 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> MYH1 input seq <400> 13 kgagactgtg gcctgtgtgg tt 22

Claims (8)

(a) 서열번호1로 표시되는 MYH13 유전자의 1002번째 염기가 T 또는 A이고, 상기 1002번째 염기를 포함하는 5 내지 100개의 연속적인 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드,
(b) 서열번호2로 표시되는 MYH1 유전자의 1002번째 염기가 G 또는 T이고, 상기 1002번째 염기를 포함하는 5 내지 100개의 연속적인 염기를 포함하는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드, 및
(c) 서열번호3으로 표시되는 MYH3 유전자의 1524번째 내지 1527번째 염기를 포함하는 4 내지 200개의 연속적인 염기로 포함하는 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는,
돈육의 콜라겐 함량 예측용 일배체형 마커.(a) the 1002th base of the MYH13 gene represented by SEQ ID NO: 1 is T or A, and a polynucleotide consisting of 5 to 100 consecutive bases including the 1002th base or a complementary polynucleotide thereof;
(b) a polynucleotide comprising 5 to 100 consecutive bases including the 1002 base, or a complementary polynucleotide thereof, in which the 1002 base of the MYH1 gene represented by SEQ ID NO: 2 is G or T, and
(c) comprising a polynucleotide comprising 4 to 200 consecutive bases including bases 1524 to 1527 of the MYH3 gene represented by SEQ ID NO: 3, or a polynucleotide complementary thereto,
Haplotype marker for prediction of collagen content in pork. 제 1항의 일배체형 마커를 검출 또는 증폭할 수 있는 제제를 포함하는,
돈육의 콜라겐 함량 예측용 조성물.Including an agent capable of detecting or amplifying the haplotype marker of claim 1,
A composition for predicting the collagen content of pork. 삭제delete 제 2항에 있어서,
상기 제제는 MYH13 유전자를 증폭시킬 수 있는 서열번호4 및 5로 표시되는 폴리뉴클레오티드, MYH1 유전자를 증폭시킬 수 있는 서열번호7 및 8로 표시되는 폴리뉴클레오티드, 및 MYH3 유전자를 증폭시킬 수 있는 서열번호10 및 11로 표시되는 폴리뉴클레오티드를 포함하는 것인,
돈육의 콜라겐 함량 예측용 조성물.3. The method of claim 2,
The agent comprises the polynucleotides represented by SEQ ID NOs: 4 and 5 capable of amplifying the MYH13 gene, the polynucleotides represented by SEQ ID NOs: 7 and 8 capable of amplifying the MYH1 gene, and SEQ ID NO: 10 capable of amplifying the MYH3 gene and a polynucleotide represented by 11,
A composition for predicting the collagen content of pork. 제 2항의 조성물을 포함하는, 돈육의 콜라겐 함량 예측용 키트.A kit for predicting collagen content of pork, comprising the composition of claim 2. a) 개체로부터 분리된 시료에서 DNA를 분리하는 단계,
b) 상기 DNA에서 제1항의 일배체형 마커를 증폭하는 단계 및
c) 증폭산물의 유전자형을 분석하여 일배체형을 결정하는 단계를 포함하는,
돈육의 콜라겐 함량 예측 방법. a) isolating DNA from a sample isolated from a subject;
b) amplifying the haplotype marker of claim 1 in the DNA; and
c) analyzing the genotype of the amplification product to determine the haplotype,
A method for predicting collagen content in pork. 제 6항에 있어서,
단계 c)에서 서열번호1로 표시되는 MYH13 유전자의 1002번째 염기가 T/T이며, 서열번호2로 표시되는 MYH1 유전자의 1002번째 염기가 T/T이고, 서열번호3으로 표시되는 MYH3 유전자의 1524번째 내지 1527번째 염기가 ACGT의 연속된 염기인 경우, 일배체형을 QQ로 결정하고,
서열번호1로 표시되는 MYH13 유전자의 1002번째 염기가 A/A이고, 서열번호2로 표시되는 MYH1 유전자의 1002번째 염기가 G/G이며, 서열번호3으로 표시되는 MYH3 유전자의 1524번째 내지 1527번째 염기가 ACGT의 연속된 염기와 상이한 경우, 일배체형을 qq로 결정하고,
QQ 및 qq 형을 제외한 나머지 일배체형을 Qq로 결정하는 것인,
돈육의 콜라겐 함량 예측 방법.7. The method of claim 6,
In step c), the 1002th base of the MYH13 gene represented by SEQ ID NO: 1 is T/T, the 1002th base of the MYH1 gene represented by SEQ ID NO: 2 is T/T, and 1524 of the MYH3 gene represented by SEQ ID NO:3 If the th to 1527th bases are consecutive bases of ACGT, the haplotype is determined as QQ,
The 1002th base of the MYH13 gene represented by SEQ ID NO: 1 is A/A, the 1002th base of the MYH1 gene represented by SEQ ID NO: 2 is G/G, 1524th to 1527th of the MYH3 gene represented by SEQ ID NO:3 If the base is different from the consecutive bases of ACGT, the haplotype is determined as qq,
To determine the remaining haplotypes except for QQ and qq types as Qq,
A method for predicting collagen content in pork. 제 7항에 있어서,
상기 일배체형을 QQ 결정하는 경우, 콜라겐 함량이 qq 및 Qq와 비교하여 높을 것으로 예측하는 것인,
돈육의 콜라겐 함량 예측 방법.8. The method of claim 7,
When determining the haplotype QQ, the collagen content is predicted to be high compared to qq and Qq,
A method for predicting collagen content in pork.

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