KR102225645B1 - Senesence specific biomarker - Google Patents
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Abstract
본 발명은 특정 염색체의 특정 부분에 노화 특이적으로 존재하는 염기의 변형의 바이오마커로서의 용도에 관한 것으로, 이들 바이오마커들은 세포의 노화에 특이적으로 특정 염기 서열 내의 염기가 화학적으로 변화하므로, 노화 진단 용도, 노화 억제 물질 스크리닝 용도로 이용할 수 있다.The present invention relates to a use as a biomarker of the modification of a aging-specific base present in a specific part of a specific chromosome, and these biomarkers are chemically changed in a specific nucleotide sequence specifically for aging of cells, so aging It can be used for diagnostic purposes and screening for anti-aging substances.
Description
본 발명은 노화 특이적 바이오마커에 관한 것으로, 구체적으로, 특정 염색체의 특정 부분에 노화 특이적으로 존재하는 염기의 변형에 대한 것이다.The present invention relates to an aging-specific biomarker, and in particular, to a modification of a aging-specific base present in a specific portion of a specific chromosome.
일반적으로 사람의 정상세포는 무한정적으로 증식하는 것이 아니라 일정한 기간 동안만 증식한다. 궁극적인 세포분열의 정지를 복제성 노화(replicative senescence)라 일컬으며 주로 염색체 말단의 텔로미어(telomere) 길이가 분열을 거듭하면서 단축되고 이를 세포가 인식하게 됨으로써 세포노화가 수반된다. 노화(senesence 또는 aging)는 나이가 들면서 일어나는 쇠퇴적인 현상을 말한다. 노화를 지연시켜 퇴행성질환이 발병하지 않고 건강하게 질병 없이 오래 사는 것은 모든 사람의 바람으로 노화를 억제시키는 물질을 찾는 노력은 과거부터 현재까지도 계속해서 진행되고 있다. 노화를 촉진시키는 원인의 하나로 슈퍼옥사이드, 과산화수소, 수산화기 및 일중항산소와 같은 활성산소종들에 의한 산화 작용을 들 수 있다. 활성산소종들의 대사산물로 생성된 자유기(free radical)들이 생체 내에서 단백질, 생체막, DNA 등에 작용하여 산화적 손상을 주는데, 이들 작용을 억제시키기 위해서 항산화 성분에 대해 많은 연구가 이루어졌고, 항산화 작용을 갖는 새로운 소재를 탐색하기 위한 연구가 국내외에서 활발하게 이루어지고 있다. 그러나 노화현상은 산화에 의해서만 이루어지는 것이 아니고 텔로미어, 세포복제능력, 유전자손상 및 회복능력 등 수많은 요인에 의해서 영향을 받는 것으로 알려져 있기 때문에 천연물 및 약제의 항산화 효과가 아닌 노화억제능력을 평가를 위해서는 세포의 노화를 이용하는 방법이 필요하다. In general, normal human cells do not proliferate indefinitely, but only for a certain period of time. The ultimate arrest of cell division is called replicative senescence, and the length of the telomere at the end of the chromosome is shortened as it repeatedly divides, and cell aging is accompanied by cell recognition. Aging (senesence or aging) refers to a declining phenomenon that occurs with age. By delaying aging, degenerative diseases do not develop and live long and healthy without disease is the desire of everyone. Efforts to find substances that suppress aging are continuing from the past to the present. One of the causes of promoting aging is oxidation by reactive oxygen species such as superoxide, hydrogen peroxide, hydroxyl group and singlet oxygen. Free radicals produced as metabolites of reactive oxygen species act on proteins, biological membranes, DNA, etc. in the living body to cause oxidative damage. In order to inhibit these actions, many studies have been conducted on antioxidants. Research to search for new materials with action is being actively conducted both at home and abroad. However, the aging phenomenon is not only caused by oxidation, but is known to be affected by numerous factors such as telomere, cell replication ability, gene damage and recovery ability. We need a way to use aging.
사람의 경우 노화에 따라 생리활성이 저하되기도 하지만 일부 효소 활성이나 호르몬 분비 기능은 증가되기도 한다. 세포의 노화는 세포 분열(cellular division)의 영구적 정지(permanent halt)로서 정의될 수 있다. 복제 노화(replicative senescence) 또는 세포 노화(cellular senescence)는 세포 수준에서 에이징(aging)을 위한 모델로서 관찰되었다. 세포가 연속으로 배양되는 경우, 많은 회수의 분열을 하지만, 노화에 따라 세포는 더 이상 분열할 수 없다. 노화된 세포는 실제로 프로그램된 세포사(programmed cell death)에 저항성이고 일부 노화된 세포는 수년 동안 비증식 상태(nondividing state)로 유지되었다. 세포 노화는 유사분열 세포에서 점차적으로 복제 능력을 상실하고, 결국 세포 분열이 중단되는 세포적 운명이다. 세포 노화는 암, 알츠하이머 질환 및 심혈관 질환을 포함하는 다양한 노화 관련 질환들 뿐만 아니라 노화 자체의 원인에 대해서도 보고되고 있다. 또한, 노화된 세포는 낮은 탄력성을 가진 확대되고 납작해진 세포 형태, 활성산소종(reactive oxygen species; ROS) 발생 증가, 노화-연관 β-갈락토시다제(senescenceassociated β-galactosidase; SA-β-gal) 활성 증가 및 노화-연관 분비 표현형(senescence-associated secretory phenotypes; SASP)을 포함하는 악화된 표현형을 나타낸다. 세포노화는 단순히 개체나 조직의 노화에 기여할 뿐만 아니라, 여러 가지 다양한 질병의 병인에 중요한 역할을 한다. 노화세포는 류마티스성 관절염, 골관절염, 간염, 만성 피부손상 조직, 동맥경화 혈관조직 등과 같은 염증성 병변 조직에서 많이 관찰된다. 또한, 전립샘 증식증과 간염, 간암 등에서도 세포노화 현상이 관찰된다. 이와 같이 노화세포가 축적되면 노화세포는 잘 분열하지 못하므로 손상된 조직이 적절히 복구되지 못할 뿐만 아니라, 주위 조직을 분해하는 효소나 염증성 싸이토카인 등을 분비하므로 조직의 손상을 가속시키므로, 노화와 관련된 질병의 병인에 기여한다. 세포성 노화가 노화의 필수 원인 요소인 것으로 여겨지기 때문에, 세포성 노화를 지연시키는 방법을 개발하려는 노력이 있어왔다. In humans, physiological activity may decrease with aging, but some enzyme activities or hormone secretion functions may increase. Cellular senescence can be defined as a permanent halt of cellular division. Replicative senescence or cellular senescence has been observed as a model for aging at the cellular level. When cells are cultured continuously, they divide a large number of times, but with aging the cells can no longer divide. Aged cells are actually resistant to programmed cell death and some aged cells remain in a nondividing state for many years. Cellular senescence is a cellular fate in which mitotic cells gradually lose their ability to replicate, and eventually cell division ceases. Cellular aging has been reported not only for various aging-related diseases including cancer, Alzheimer's disease and cardiovascular disease, but also for the cause of aging itself. In addition, aged cells are enlarged and flattened cell morphology with low elasticity, increased occurrence of reactive oxygen species (ROS), and senescence-associated β-galactosidase (SA-β-gal). ) Increased activity and deteriorated phenotypes including senescence-associated secretory phenotypes (SASP). Cell aging not only contributes to the aging of individuals or tissues, but also plays an important role in the etiology of various diseases. Senescent cells are frequently observed in inflammatory lesion tissues such as rheumatoid arthritis, osteoarthritis, hepatitis, chronic skin injured tissue, and arteriosclerotic vascular tissue. In addition, cell aging is also observed in prostate hyperplasia, hepatitis, and liver cancer. When senescent cells accumulate in this way, senescent cells do not divide well, so the damaged tissue cannot be properly repaired, and because it secretes enzymes or inflammatory cytokines that degrade surrounding tissues, it accelerates tissue damage, thus preventing aging-related diseases. Contributes to the etiology. Since cellular aging is believed to be an essential cause of aging, efforts have been made to develop methods to delay cellular aging.
노화된 세포의 경우 세포의 크기가 커지고 평평해지며, 특정 pH에서 β-갈락토시다아제(β-galactosidase) 활성을 나타내는 특징이 있다(Proc Natl Acad Sci USA, 92:9363-9367, 1995 및 Cancer Res, 59:3761-3767, 1999 참고) 상기의 특징을 이용하여 노화세포의 판별을 위해 가장 일반적으로 β-갈락토시다아제 염색법을 사용하고 있으나, 이는 효소 활성이 유지되고 있는 살아있는 세포에만 적용해야 하며 조직의 경우 번거로운 동결절편 방법을 이용해 염색해야 한다는 문제점이 있다.In the case of aged cells, the size of the cells becomes large and flat, and it is characterized by exhibiting β-galactosidase activity at a specific pH (Proc Natl Acad Sci USA, 92:9363-9367, 1995 and Cancer. Res, 59:3761-3767, 1999 reference) The β-galactosidase staining method is most commonly used for the identification of senescent cells using the above characteristics, but this should be applied only to living cells in which enzyme activity is maintained. In the case of the tissue, there is a problem that it must be dyed using a cumbersome frozen sectioning method.
따라서, 세포 노화를 쉽게 판별하기 위해 세포 노화의 일반적인 지표가 될 수 있는 바이오마커가 주목을 받았으며, 일반적으로 세포주기 억제에 관여하는 단백질이 사용되었다. 그러나 이는 일시적인 세포주기 억제와 세포 노화에 의한 세포주기 억제를 구분하는데 한계가 있다는 문제점을 가지고 있어, 정확도가 높은 노화 바이오마커의 개발이 필요하다. Therefore, in order to easily discriminate cell senescence, biomarkers that can be general indicators of cell senescence have attracted attention, and proteins involved in cell cycle inhibition have been generally used. However, this has a problem in that there is a limitation in distinguishing between temporary cell cycle suppression and cell cycle suppression caused by cell aging, and thus, it is necessary to develop aging biomarkers with high accuracy.
본 발명의 목적은 노화 수준 진단용 바이오마커를 제공하는 것이다.An object of the present invention is to provide a biomarker for diagnosing aging levels.
또한, 본 발명의 목적은 노화 진단용 바이오마커 조성물을 제공하는 것이다.In addition, an object of the present invention is to provide a biomarker composition for diagnosing aging.
또한, 본 발명의 목적은 노화 진단용 키트를 제공하는 것이다.In addition, an object of the present invention is to provide a kit for diagnosing aging.
또한, 본 발명의 목적은 노화 진단용 DNA 마이크로어레이 칩을 제공하는 것이다.In addition, an object of the present invention is to provide a DNA microarray chip for diagnosing aging.
또한, 본 발명의 목적은 세포 또는 개체의 노화 수준 진단 방법을 제공하는 것이다.In addition, an object of the present invention is to provide a method for diagnosing the level of senescence in cells or individuals.
아울러, 본 발명의 목적은 세포 노화 억제 물질 스크리닝 방법을 제공하는 것이다.In addition, it is an object of the present invention to provide a method for screening a substance that inhibits cellular senescence.
상기 과제를 해결하기 위하여, 본 발명은 노화 수준 진단용 바이오마커를 제공한다.In order to solve the above problems, the present invention provides a biomarker for diagnosing aging levels.
또한, 본 발명은 노화 진단용 바이오마커 조성물을 제공한다.In addition, the present invention provides a biomarker composition for diagnosing aging.
또한, 본 발명은 노화 진단용 키트를 제공한다.In addition, the present invention provides a kit for diagnosing aging.
또한, 본 발명은 노화 진단용 DNA 마이크로어레이 칩을 제공한다.In addition, the present invention provides a DNA microarray chip for aging diagnosis.
또한, 본 발명은 세포 또는 개체의 노화 수준 진단 방법을 제공한다.In addition, the present invention provides a method for diagnosing the level of senescence in cells or individuals.
아울러, 본 발명은 세포 노화 억제 물질 스크리닝 방법을 제공한다.In addition, the present invention provides a method for screening a substance that inhibits cellular senescence.
본 발명에 따르면, 본 발명의 바이오마커들은 세포의 노화에 특이적으로 특정 염기 서열 내의 염기가 화학적으로 변화하므로, 이들을 노화 특이적인 마커로 이용하여, 노화 진단 용도, 노화 억제 물질 스크리닝 용도로 이용할 수 있다.According to the present invention, the biomarkers of the present invention chemically change bases in a specific nucleotide sequence specifically for cell aging, so they can be used as aging-specific markers, and can be used for aging diagnosis and screening for aging inhibitors. have.
도 1은 본 발명의 바이오마커들을 선발한 과정의 전체적인 개략도를 나타낸 도이다.
도 2는 계대 배양 (노화) 횟수 차이에 따라 염기의 변형이 나타난 4번 염색체 상의 특정 염기 서열 부분을 검출한 도이다:
HDF(p6): 계대배양을 6회 수행한 인간 섬유아 세포;
HDF(p50): 계대배양을 50회 수행한 인간 섬유아 세포;
a: 4번 염색체 상의 서열 영역에서 관찰된 염기의 변형 신호; 및
b: 염기의 변형 신호가 관찰된 4번 염색체 상의 서열 영역 동정.
도 3은 계대 배양 (노화) 횟수 차이에 따라 염기의 변형이 나타난 4번 염색체 상의 특정 염기 서열 부분을 검출한 도이다:
HDF(p6): 계대배양을 6회 수행한 인간 섬유아 세포;
HDF(p50): 계대배양을 50회 수행한 인간 섬유아 세포;
a: 4번 염색체 상의 서열 영역에서 관찰된 염기의 변형 신호; 및
b: 염기의 변형 신호가 관찰된 4번 염색체 상의 서열 영역 동정.
도 4는 계대 배양 (노화) 횟수 차이에 따라 염기의 변형이 나타난 12번 염색체 상의 특정 염기 서열 부분을 검출한 도이다:
HDF(p6): 계대배양을 6회 수행한 인간 섬유아 세포;
HDF(p50): 계대배양을 50회 수행한 인간 섬유아 세포;
a: 12번 염색체 상의 서열 영역에서 관찰된 염기의 변형 신호; 및
b: 염기의 변형 신호가 관찰된 12번 염색체 상의 서열 영역 동정.
도 5는 계대 배양 (노화) 횟수 차이에 따라 염기의 변형이 나타난 12번 염색체 상의 특정 염기 서열 부분을 검출한 도이다:
HDF(p6): 계대배양을 6회 수행한 인간 섬유아 세포;
HDF(p50): 계대배양을 50회 수행한 인간 섬유아 세포;
a: 12번 염색체 상의 서열 영역에서 관찰된 염기의 변형 신호; 및
b: 염기의 변형 신호가 관찰된 12번 염색체 상의 서열 영역 동정.
도 6은 계대 배양 (노화) 횟수 차이에 따라 염기의 변형이 나타난 12번 염색체 상의 특정 염기 서열 부분을 검출한 도이다:
HDF(p6): 계대배양을 6회 수행한 인간 섬유아 세포;
HDF(p50): 계대배양을 50회 수행한 인간 섬유아 세포;
a: 12번 염색체 상의 서열 영역에서 관찰된 염기의 변형 신호; 및
b: 염기의 변형 신호가 관찰된 12번 염색체 상의 서열 영역 동정.
도 7은 계대 배양 (노화) 횟수 차이에 따라 염기의 변형이 나타난 15번 염색체 상의 특정 염기 서열 부분을 검출한 도이다:
HDF(p6): 계대배양을 6회 수행한 인간 섬유아 세포;
HDF(p50): 계대배양을 50회 수행한 인간 섬유아 세포;
a: 15번 염색체 상의 서열 영역에서 관찰된 염기의 변형 신호; 및
b: 염기의 변형 신호가 관찰된 15번 염색체 상의 서열 영역 동정.
도 8은 계대 배양 (노화) 횟수 차이에 따라 염기의 변형이 나타난 19번 염색체 상의 특정 염기 서열 부분을 검출한 도이다:
HDF(p6): 계대배양을 6회 수행한 인간 섬유아 세포;
HDF(p50): 계대배양을 50회 수행한 인간 섬유아 세포;
a: 19번 염색체 상의 서열 영역에서 관찰된 염기의 변형 신호; 및
b: 염기의 변형 신호가 관찰된 19번 염색체 상의 서열 영역 동정.
도 9는 계대 배양 (노화) 횟수 차이에 따라 염기의 변형이 나타난 20번 염색체 상의 특정 염기 서열 부분을 검출한 도이다:
HDF(p6): 계대배양을 6회 수행한 인간 섬유아 세포;
HDF(p50): 계대배양을 50회 수행한 인간 섬유아 세포;
a: 20번 염색체 상의 서열 영역에서 관찰된 염기의 변형 신호; 및
b: 염기의 변형 신호가 관찰된 20번 염색체 상의 서열 영역 동정.
도 10은 계대 배양 (노화) 횟수 차이에 따라 염기의 변형이 나타난 21번 염색체 상의 특정 염기 서열 부분을 검출한 도이다:
HDF(p6): 계대배양을 6회 수행한 인간 섬유아 세포;
HDF(p50): 계대배양을 50회 수행한 인간 섬유아 세포;
a: 21번 염색체 상의 서열 영역에서 관찰된 염기의 변형 신호; 및
b: 염기의 변형 신호가 관찰된 21번 염색체 상의 서열 영역 동정.
도 11은 계대 배양 (노화) 횟수 차이에 따라 염기의 변형이 나타난 21번 염색체 상의 특정 염기 서열 부분을 검출한 도이다:
HDF(p6): 계대배양을 6회 수행한 인간 섬유아 세포;
HDF(p50): 계대배양을 50회 수행한 인간 섬유아 세포;
a: 21번 염색체 상의 서열 영역에서 관찰된 염기의 변형 신호; 및
b: 염기의 변형 신호가 관찰된 21번 염색체 상의 서열 영역 동정.1 is a diagram showing an overall schematic diagram of a process of selecting biomarkers of the present invention.
Figure 2 is a diagram for detecting a portion of a specific nucleotide sequence on
HDF(p6): human fibroblasts subjected to
HDF (p50): human fibroblasts subjected to 50 passages;
a: a signal of modification of the base observed in the sequence region on
b: Identification of a sequence region on
Figure 3 is a diagram for detecting a portion of a specific nucleotide sequence on
HDF(p6): human fibroblasts subjected to
HDF (p50): human fibroblasts subjected to 50 passages;
a: a signal of modification of the base observed in the sequence region on
b: Identification of a sequence region on
Figure 4 is a diagram for detecting a portion of a specific nucleotide sequence on
HDF(p6): human fibroblasts subjected to
HDF (p50): human fibroblasts subjected to 50 passages;
a: a signal of modification of the base observed in the sequence region on
b: Identification of a sequence region on
Figure 5 is a diagram for detecting a portion of a specific nucleotide sequence on
HDF(p6): human fibroblasts subjected to
HDF (p50): human fibroblasts subjected to 50 passages;
a: a signal of modification of the base observed in the sequence region on
b: Identification of a sequence region on
6 is a diagram illustrating detection of a portion of a specific nucleotide sequence on
HDF(p6): human fibroblasts subjected to
HDF (p50): human fibroblasts subjected to 50 passages;
a: a signal of modification of the base observed in the sequence region on
b: Identification of a sequence region on
7 is a diagram illustrating detection of a portion of a specific nucleotide sequence on chromosome 15 in which a modification of a base appeared according to a difference in the number of passages (aging):
HDF(p6): human fibroblasts subjected to
HDF (p50): human fibroblasts subjected to 50 passages;
a: a signal of modification of the base observed in the sequence region on chromosome 15; And
b: Identification of a sequence region on chromosome 15 in which a base modification signal was observed.
Figure 8 is a diagram for detecting a portion of a specific nucleotide sequence on chromosome 19 in which the base is modified according to the difference in the number of passages (aging):
HDF(p6): human fibroblasts subjected to
HDF (p50): human fibroblasts subjected to 50 passages;
a: a signal of modification of the base observed in the sequence region on chromosome 19; And
b: Identification of a sequence region on chromosome 19 in which a base modification signal was observed.
9 is a diagram illustrating detection of a portion of a specific nucleotide sequence on chromosome 20 in which a modification of a base appeared according to a difference in the number of passages (aging):
HDF(p6): human fibroblasts subjected to
HDF (p50): human fibroblasts subjected to 50 passages;
a: a signal of modification of the base observed in the sequence region on chromosome 20; And
b: Identification of a sequence region on chromosome 20 in which a base modification signal was observed.
FIG. 10 is a diagram illustrating a detection of a specific nucleotide sequence portion on chromosome 21 in which a modification of a base appeared according to a difference in the number of passages (aging):
HDF(p6): human fibroblasts subjected to
HDF (p50): human fibroblasts subjected to 50 passages;
a: a signal of modification of the base observed in the sequence region on chromosome 21; And
b: Identification of a sequence region on chromosome 21 in which a base modification signal was observed.
FIG. 11 is a diagram illustrating a detection of a specific nucleotide sequence portion on chromosome 21 in which a base change appeared according to a difference in the number of passages (aging):
HDF(p6): human fibroblasts subjected to
HDF (p50): human fibroblasts subjected to 50 passages;
a: a signal of modification of the base observed in the sequence region on chromosome 21; And
b: Identification of a sequence region on chromosome 21 in which a base modification signal was observed.
이하, 첨부된 도면을 참조하여 본 발명의 구현예로 본 발명을 상세히 설명하기로 한다. 다만, 하기 구현예는 본 발명에 대한 예시로 제시되는 것으로, 당업자에게 주지 저명한 기술 또는 구성에 대한 구체적인 설명이 본 발명의 요지를 불필요하게 흐릴 수 있다고 판단되는 경우에는 그 상세한 설명을 생략할 수 있고, 이에 의해 본 발명이 제한되지는 않는다. 본 발명은 후술하는 특허청구범위의 기재 및 그로부터 해석되는 균등 범주 내에서 다양한 변형 및 응용이 가능하다. Hereinafter, the present invention will be described in detail as an embodiment of the present invention with reference to the accompanying drawings. However, the following embodiments are presented as examples of the present invention, and if it is determined that a detailed description of a technique or configuration well known to those skilled in the art may unnecessarily obscure the subject matter of the present invention, the detailed description may be omitted. However, the present invention is not limited thereby. The present invention is capable of various modifications and applications within the scope of equality interpreted from the description of the claims to be described later and therefrom.
또한, 본 명세서에서 사용되는 용어(terminology)들은 본 발명의 바람직한 실시예를 적절히 표현하기 위해 사용된 용어들로서, 이는 사용자, 운용자의 의도 또는 본 발명이 속하는 분야의 관례 등에 따라 달라질 수 있다. 따라서, 본 용어들에 대한 정의는 본 명세서 전반에 걸친 내용을 토대로 내려져야 할 것이다. 명세서 전체에서, 어떤 부분이 어떤 구성요소를 "포함"한다고 할 때, 이는 특별히 반대되는 기재가 없는 한 다른 구성요소를 제외하는 것이 아니라 다른 구성 요소를 더 포함할 수 있는 것을 의미한다.In addition, terms used in the present specification are terms used to properly express preferred embodiments of the present invention, which may vary depending on the intention of users or operators, or customs in the field to which the present invention belongs. Therefore, definitions of these terms should be made based on the contents throughout the present specification. Throughout the specification, when a part "includes" a certain component, it means that other components may be further included rather than excluding other components unless specifically stated to the contrary.
달리 정의되지 않는 한, 본원에서 사용된 모든 기술적 및 과학적 용어는 본 발명이 속하는 분야의 당업자가 통상적으로 이해하는 것과 동일한 의미를 갖는다. 본원에 기술된 것들과 유사하거나 등가인 임의의 방법 및 재료가 본 발명을 테스트하기 위한 실행에서 사용될 수 있지만, 바람직한 재료 및 방법이 본원에서 기술된다.Unless otherwise defined, all technical and scientific terms used herein have the same meaning as commonly understood by one of ordinary skill in the art to which this invention belongs. Although any methods and materials similar or equivalent to those described herein can be used in practice to test the present invention, preferred materials and methods are described herein.
본 발명에서 용어, "시료(샘플)"는 대상으로부터 얻은 생물학적 시료를 의미한다. 생물학적 시료의 공급원은 신선한, 동결된 및/또는 보존된 장기 또는 조직 샘플 또는 생검 또는 흡인물로부터의 고형 조직; 혈액 또는 임의의 혈액 구성분; 대상의 세포일 수 있다. In the present invention, the term "sample (sample)" refers to a biological sample obtained from a subject. The source of the biological sample may be a fresh, frozen and/or preserved organ or tissue sample or solid tissue from a biopsy or aspirate; Blood or any blood component; It may be a cell of the subject.
본 발명에서 사용되는 모든 기술용어는, 달리 정의되지 않는 이상, 본 발명의 관련 분야에서 통상의 당업자가 일반적으로 이해하는 바와 같은 의미로 사용된다. 또한 본 명세서에는 바람직한 방법이나 시료가 기재되나, 이와 유사하거나 동등한 것들도 본 발명의 범주에 포함된다. 본 명세서에 참고문헌으로 기재되는 모든 간행물의 내용은 본 발명에 도입된다.All technical terms used in the present invention, unless otherwise defined, are used in the same meaning as those of ordinary skill in the art generally understand in the related field of the present invention. In addition, although preferred methods or samples are described in the present specification, those similar or equivalent are included in the scope of the present invention. The contents of all publications referred to herein by reference are incorporated into the present invention.
일 측면에서, 본 발명은 4번 염색체의 중심체(centromere)의 부수체(satellite), 12번 염색체의 중심체의 부수체, 15번 염색체의 중심체의 부수체, 19번 염색체의 중심체의 부수체, 20번 염색체의 중심체의 부수체, 21번 염색체의 SINE (Short interspersed elements) 또는 21번 염색체의 단순 반복 (simple repeat) 서열에 존재하는 염기 변형을 포함하는 노화 수준 진단용 바이오마커에 관한 것이다.In one aspect, the present invention provides a satellite of a central body of
일 구현예에서, 4번 염색체의 49969424 내지 49969427 위치의 염기 구역, 4번 염색체의 50357424 내지 50357427 위치의 염기 구역, 12번 염색체의 36562486 내지 36562491 위치의 염기 구역, 12번 염색체의 35895308 내지 35895310 위치의 염기 구역, 12번 염색체의 35895317 내지 35895319 위치의 염기 구역, 12번 염색체의 36565388 내지 36565390 위치의 염기 구역, 15번 염색체의 18651202 내지 18651204 위치의 염기 구역, 15번 염색체의 18651208 내지 18651211 위치의 염기 구역, 19번 염색체의 24948445 내지 24948446 위치의 염기 구역, 19번 염색체의 4948448 내지 24948449 위치의 염기 구역, 19번 염색체의 24948452 내지 24948455 위치의 염기 구역, 20번 염색체의 28527510 내지 28527513 위치의 염기 구역, 20번 염색체의 28527515 내지 28527521 위치의 염기 구역, 20번 염색체의 28527527 위치의 염기 구역, 21번 염색체의 8466835 내지 8466836 위치의 염기 구역, 21번 염색체의 8466838 내지 8466839 위치의 염기 구역, 21번 염색체의 8466843 내지 8466854 위치의 염기 구역 및 21번 염색체의 8412407 내지 8412408 위치의 염기 구역로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상의 염기 구역의 염기에 염기 변형이 존재할 수 있으며, 상기 염기 구역 내의 시토신이 시토신이 5-메틸시토신(5-metylcytosine, 5mC), 5-하이드록시메틸시토신(5-hydroxymethylcytosine, 5hmC), 5-포르밀시토신(5-formylcytosine, 5fC) 또는 5-카르복시시토신(5-carboxycytosine, 5caC)으로, 티민이 5-하이드록시메틸우라실(5-hydroxymethyluracil, 5hmU) 또는 5-포르밀우라실(5-formylurail, 5fU)로, 구아닌이 7,8-디하이드로-8-옥소구아닌(7,8-dihydro-8-oxoguanine, 8-oxoG)으로, 또는 아데닌이 6-메틸아데닌(N6-methyladenine, 6mA)으로 변형된 것일 수 있다.In one embodiment, the base region at positions 49969424 to 49969427 of chromosome 4, the base region at positions 50357424 to 50357427 of chromosome 4, the base region at positions 36562486 to 36562491 of chromosome 12, and at positions 35895308 to 35895310 of chromosome 12 The base region, the base region at positions 35895317 to 35895319 of chromosome 12, the base region at positions 36565388 to 36565390 of chromosome 12, the base region at positions 18651202 to 18651204 of chromosome 15, the base region at positions 18651208 to 18651211 of chromosome 15 , A base region at positions 24948445 to 24948446 of chromosome 19, a base region at positions 4948448 to 24948449 of chromosome 19, a base region at positions 24948452 to 24948455 of chromosome 19, a base region at positions 28527510 to 28527513 of chromosome 20, 20 The base region of 28527515 to 28527521 of chromosome, the base region of 28527527 of chromosome 20, the base region of 8466835 to 8466836 of chromosome 21, the base region of 8466838 to 8466839 of chromosome 21, 8466843 of chromosome 21 A base modification may exist in the base of one or more base regions selected from the group consisting of a base region at positions 8466854 and a base region at positions 8412407 to 8412408 of chromosome 21, and the cytosine in the base region is 5-methylcytosine. (5-metylcytosine, 5mC), 5-hydroxymethylcytosine (5hmC), 5-formylcytosine (5fC) or 5-carboxycytosine (5caC), thymine 5-hydroxymethyluracil (5hmU) or 5-po Lumiluracil (5-formylurail, 5fU), guanine as 7,8-dihydro-8-oxoguanine (7,8-dihydro-8-oxoguanine, 8-oxoG), or adenine as 6-methyladenine (N 6 -methyladenine, 6mA).
일 구현예에서, 5-메틸시토신(5-methylcytosine, 5mC) 하기 화학식 1로 표시될 수 있다:In one embodiment, 5-methylcytosine (5mC) may be represented by Formula 1:
일 구현예에서, 5-하이드록시메틸시토신(5-hydroxymethylcytosine, 5hmC)은 하기 화학식 2로 표시될 수 있다:In one embodiment, 5-hydroxymethylcytosine (5hmC) may be represented by Formula 2:
일 구현예에서, 5-포르밀시토신(5-formylcytosine, 5fC)은 하기 화학식 3으로 표시될 수 있다:In one embodiment, 5-formylcytosine (5fC) may be represented by Formula 3:
일 구현예에서, 5-카르복시시토신(5-carboxycytosine, 5caC)은 하기 화학식 4로 표시될 수 있다:In one embodiment, 5-carboxycytosine (5caC) may be represented by Formula 4:
일 구현예에서, 5-하이드록시메틸우라실(5-hydroxymethyluracil, 5hmU)은 하기 화학식 5로 표시될 수 있다:In one embodiment, 5-hydroxymethyluracil (5hmU) may be represented by Formula 5:
일 구현예에서, 5-포르밀우라실(5-formylurail, 5fU)은 하기 화학식 6으로 표시될 수 있다:In one embodiment, 5-formylurail (5fU) may be represented by Formula 6:
일 구현예에서, 7,8-디하이드로-8-옥소구아닌(7,8-dihydro-8-oxoguanine, 8-oxoG)은 하기 화학식 7로 표시될 수 있다:In one embodiment, 7,8-dihydro-8-oxoguanine (7,8-dihydro-8-oxoguanine, 8-oxoG) may be represented by Formula 7:
일 구현예에서, 6-메틸아데닌(N6-methyladenine, 6mA)은 하기 화학식 8로 표시될 수 있다:In one embodiment, 6-methyladenine (N 6 -methyladenine, 6mA) may be represented by Formula 8 below:
일 구현예에서, 노화 수준은 세포의 노화 수준이며, 노화 수준 진단은 노화 관련 질병의 진단 또는 노화 수준에 관한 정보의 제공이고, 노화 수준에 관한 정보는 생물학적 연령(biological age)일 수 있다.In one embodiment, the aging level is the aging level of cells, the aging level diagnosis is the diagnosis of an aging-related disease or provision of information on the aging level, and the information on the aging level may be a biological age.
일 구현예에서, 노화 관련 질병은 조로증, 인지 질환, 뇌졸중, 당뇨, 관절염, 동맥경화, 심장병, 탈모, 주름, 및 골다공증으로 이루어진 군으로부터 선택된 질병일 수 있다.In one embodiment, the age-related disease may be a disease selected from the group consisting of progeria, cognitive disease, stroke, diabetes, arthritis, arteriosclerosis, heart disease, hair loss, wrinkles, and osteoporosis.
일 구현예에서, 본 발명의 노화 수준 진단용 바이오마커는 FISH (Fluorescent in situ hybridization) 분석용 프로브로 사용될 수 있다.In one embodiment, the biomarker for diagnosing aging level of the present invention may be used as a probe for fluorescence in situ hybridization (FISH) analysis.
일 측면에서, 본 발명은 4번 염색체의 중심체의 부수체, 12번 염색체의 중심체의 부수체, 15번 염색체의 중심체의 부수체, 19번 염색체의 중심체의 부수체, 20번 염색체의 중심체의 부수체, 21번 염색체의 SINE 또는 21번 염색체의 단순 반복 서열의 염기 변형을 검출하는 제제를 포함하는 노화 진단용 바이오마커 조성물에 관한 것이다.In one aspect, the present invention relates to the concomitant of the central body of
일 구현예에서, 4번 염색체의 49969424 내지 49969427 위치의 염기 구역, 4번 염색체의 50357424 내지 50357427 위치의 염기 구역, 12번 염색체의 36562486 내지 36562491 위치의 염기 구역, 12번 염색체의 35895308 내지 35895310 위치의 염기 구역, 12번 염색체의 35895317 내지 35895319 위치의 염기 구역, 12번 염색체의 36565388 내지 36565390 위치의 염기 구역, 15번 염색체의 18651202 내지 18651204 위치의 염기 구역, 15번 염색체의 18651208 내지 18651211 위치의 염기 구역, 19번 염색체의 24948445 내지 24948446 위치의 염기 구역, 19번 염색체의 4948448 내지 24948449 위치의 염기 구역, 19번 염색체의 24948452 내지 24948455 위치의 염기 구역, 20번 염색체의 28527510 내지 28527513 위치의 염기 구역, 20번 염색체의 28527515 내지 28527521 위치의 염기 구역, 20번 염색체의 28527527 위치의 염기 구역, 21번 염색체의 8466835 내지 8466836 위치의 염기 구역, 21번 염색체의 8466838 내지 8466839 위치의 염기 구역, 21번 염색체의 8466843 내지 8466854 위치의 염기 구역 및 21번 염색체의 8412407 내지 8412408 위치의 염기 구역로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상의 염기 구역의 염기에 염기 변형이 존재할 수 있으며, 상기 염기 구역 내의 시토신이 5-메틸시토신, 5-하이드록시메틸시토신, 5-포르밀시토신 또는 5-카르복시시토신으로, 티민이 5-하이드록시메틸우라실 또는 5-포르밀우라실로, 구아닌이 7,8-디하이드로-8-옥소구아닌으로, 또는 아데닌이 6-메틸아데닌으로 변형된 것일 수 있다.In one embodiment, the base region at positions 49969424 to 49969427 of chromosome 4, the base region at positions 50357424 to 50357427 of chromosome 4, the base region at positions 36562486 to 36562491 of chromosome 12, and at positions 35895308 to 35895310 of chromosome 12 The base region, the base region at positions 35895317 to 35895319 of chromosome 12, the base region at positions 36565388 to 36565390 of chromosome 12, the base region at positions 18651202 to 18651204 of chromosome 15, the base region at positions 18651208 to 18651211 of chromosome 15 , A base region at positions 24948445 to 24948446 of chromosome 19, a base region at positions 4948448 to 24948449 of chromosome 19, a base region at positions 24948452 to 24948455 of chromosome 19, a base region at positions 28527510 to 28527513 of chromosome 20, 20 The base region at positions 28527515 to 28527521 of chromosome, the base region at position 28527527 of chromosome 20, the base region at positions 8466835 to 8466836 of chromosome 21, the base region at positions 8466838 to 8466839 of chromosome 21, 8466843 of chromosome 21 A base modification may exist in the base of one or more base regions selected from the group consisting of a base region at positions 8466854 and a base region at positions 8412407 to 8412408 of chromosome 21, and the cytosine in the base region is 5-methylcytosine, 5 -Hydroxymethylcytosine, 5-formylcytosine or 5-carboxytosine, thymine as 5-hydroxymethyluracil or 5-formyluracil, guanine as 7,8-dihydro-8-oxoguanine, or Adenine may be modified into 6-methyladenine.
일 구현예에서, 염기 변형을 검출하는 제제는 메틸화, 5-메틸시토신, 5-하이드록시메틸시토신, 5-포르밀시토신, 5-카르복시시토신, 5-하이드록시메틸우라실, 5-포르밀우라실, 7,8-디하이드로-8-옥소구아닌 또는 6-메틸아데닌 특이적 결합 단백질, 프로브, 항체 또는 압타머일 수 있다.In one embodiment, the agent detecting base modification is methylation, 5-methylcytosine, 5-hydroxymethylcytosine, 5-formylcytosine, 5-carboxytosine, 5-hydroxymethyluracil, 5-formyluracil, 7,8-dihydro-8-oxoguanine or 6-methyladenine specific binding protein, probe, antibody or aptamer.
본 발명에서 용어, "항체"란 당해 분야에서 공지된 용어로서 항원성 부위에 대해서 지시되는 특이적인 단백질 분자를 의미한다. 본 발명의 목적상, 항체는 본 발명의 마커인 모에신 또는 포스포글리세르산인산화효소 단백질에 대해 특이적으로 결합하는 항체를 의미하며, 상기 항체는 당업계에서 통상적으로 실시되는 방법들, 예를 들어, 융합 방법(Kohler et al, European Journal of Immunology, 6:511-519, 1976), 재조합 DNA 방법(미국 특허 제4,816,56호) 또는 파아지 항체 라이브러리 방법(Clackson et al, Nature, 352:624-628, 1991) 등에 의해 제조될 수 있다. 본 발명에 사용되는 항체는 단클론 또는 다클론 항체, 면역학적으로 활성인 단편(예를 들어, Fab 또는 (Fab)2 단편), 항체 중쇄, 인간화 항체, 항체 경쇄, 유전자 조작된 단일쇄 Fν 분자, 키메릭 항체 등일 수 있다. 여기에는 상기 단백질에서 만들어질 수 있는 부분 펩티드도 포함된다. 본 발명의 항체의 형태는 특별히 제한되지 않으며 항원 결합성을 갖는 것이면 그것의 일부도 본 발명의 항체에 포함되고 모든 면역 글로불린 항체가 포함된다. In the present invention, the term "antibody" is a term known in the art and refers to a specific protein molecule directed against an antigenic site. For the purposes of the present invention, an antibody refers to an antibody that specifically binds to moesin or phosphoglycerate kinase protein, which is a marker of the present invention, and the antibody is a method commonly practiced in the art, eg For example, the fusion method (Kohler et al, European Journal of Immunology, 6:511-519, 1976), the recombinant DNA method (U.S. Patent No. 4,816,56) or the phage antibody library method (Clackson et al, Nature, 352: 624-628, 1991) and the like. Antibodies used in the present invention include monoclonal or polyclonal antibodies, immunologically active fragments (e.g., Fab or (Fab)2 fragments), antibody heavy chains, humanized antibodies, antibody light chains, genetically engineered single chain Fv molecules, Chimeric antibodies and the like. This includes partial peptides that can be made from the protein. The form of the antibody of the present invention is not particularly limited, and if it has antigen binding, a part of it is also included in the antibody of the present invention, and all immunoglobulin antibodies are included.
본 발명에서 용어, "검출" 또는 "측정"은 검출 또는 측정 여부 및, 검출 또는 측정된 대상의 수준을 정량하는 것을 의미한다.In the present invention, the term "detection" or "measurement" means whether to detect or measure, and to quantify the level of a detected or measured object.
본 발명에서 용어, "프로브"란 mRNA와 특이적 결합을 이룰 수 있는 짧게는 수 염기 내지 길게는 수백 염기에 해당하는 RNA 또는 DNA 등의 핵산 단편을 의미하며 라벨링 되어 있어서 특정 mRNA의 존재 유무를 확인할 수 있다. 프로브는 올리고 뉴클레오타이드(oligonucleotide) 프로브, 단쇄 DNA(single stranded DNA) 프로브, 이중쇄 DNA(double stranded DNA) 프로브, RNA 프로브 등의 형태로 제작될 수 있다. 적당한 프로브의 선택 및 혼성화 조건은 통상의 기술분야에 공지된 것을 기초로 변형할 수 있으므로 본 발명에서는 이에 대해 특별히 한정하지 않는다.In the present invention, the term "probe" refers to a nucleic acid fragment such as RNA or DNA corresponding to a few bases or hundreds of bases that can achieve specific binding to an mRNA, and is labeled to confirm the presence or absence of a specific mRNA. I can. The probe may be manufactured in the form of an oligonucleotide probe, a single stranded DNA probe, a double stranded DNA probe, an RNA probe, or the like. Selection and hybridization conditions for suitable probes may be modified based on those known in the art, and thus are not particularly limited in the present invention.
일 측면에서, 본 발명은 본 발명의 조성물을 포함하는 노화 진단용 키트에 관한 것이다.In one aspect, the present invention relates to a kit for diagnosing aging comprising the composition of the present invention.
일 구현예에서, 4번 염색체의 49969424 내지 49969427 위치의 염기 구역, 4번 염색체의 50357424 내지 50357427 위치의 염기 구역, 12번 염색체의 36562486 내지 36562491 위치의 염기 구역, 12번 염색체의 35895308 내지 35895310 위치의 염기 구역, 12번 염색체의 35895317 내지 35895319 위치의 염기 구역, 12번 염색체의 36565388 내지 36565390 위치의 염기 구역, 15번 염색체의 18651202 내지 18651204 위치의 염기 구역, 15번 염색체의 18651208 내지 18651211 위치의 염기 구역, 19번 염색체의 24948445 내지 24948446 위치의 염기 구역, 19번 염색체의 4948448 내지 24948449 위치의 염기 구역, 19번 염색체의 24948452 내지 24948455 위치의 염기 구역, 20번 염색체의 28527510 내지 28527513 위치의 염기 구역, 20번 염색체의 28527515 내지 28527521 위치의 염기 구역, 20번 염색체의 28527527 위치의 염기 구역, 21번 염색체의 8466835 내지 8466836 위치의 염기 구역, 21번 염색체의 8466838 내지 8466839 위치의 염기 구역, 21번 염색체의 8466843 내지 8466854 위치의 염기 구역 및 21번 염색체의 8412407 내지 8412408 위치의 염기 구역로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상의 염기 구역을 포함하는 단편을 증폭할 수 있는 프라이머쌍, 염기 변형을 검출하는 제제를 포함할 수 있다.In one embodiment, the base region at positions 49969424 to 49969427 of
일 구현예에서, 염기 변형을 검출하는 제제는 메틸화 민감성 제한 엔도뉴클라아제, 시퀀싱 프라이머, 시퀀싱 바이 신세시스 프라이머, 시퀀싱 바이 라이게이션 프라이머, 메틸화된 염기 구역과 혼성화할 수 있는 프로브, 메틸화된 염기 구역과 결합할 수 있는 메틸화 특이적 결합 단백질, 메틸화 특이적 결합 항체 또는 압타머, 또는 메틸화, 5-메틸시토신, 5-하이드록시메틸시토신, 5-포르밀시토신, 5-카르복시시토신, 5-하이드록시메틸우라실, 5-포르밀우라실, 7,8-디하이드로-8-옥소구아닌 또는 6-메틸아데닌에 특이적으로 결합하는 단백질, 프로브, 항체 또는 압타머일 수 있다.In one embodiment, the agent detecting the base modification is a methylation sensitive endonuclease, a sequencing primer, a sequencing bi-synthesis primer, a sequencing bi-ligation primer, a probe capable of hybridizing with a methylated base region, a methylated base region and Methylation specific binding protein capable of binding, methylation specific binding antibody or aptamer, or methylation, 5-methylcytosine, 5-hydroxymethylcytosine, 5-formylcytosine, 5-carboxytosine, 5-hydroxymethyl It may be a protein, probe, antibody or aptamer that specifically binds to uracil, 5-formyluracil, 7,8-dihydro-8-oxoguanine or 6-methyladenine.
본 발명에서 용어, "프라이머"는 짧은 자유 3말단 수산화기 (free 3 hydroxyl group)를 가지는 핵산 서열로 상보적인 템플레이트(template)와 염기쌍 (base pair)를 형성할 수 있고 템플레이트 가닥 복사를 위한 시작 지점으로 기능을 하는 짧은 핵산 서열을 의미한다. 프라이머는 적절한 완충용액 및 온도에서 중합반응 (즉, DNA 폴리머레이트 또는 역전사효소)을 위한 시약 및 상이한 4가지 뉴클레오사이드 트리포스페이트의 존재하에서 DNA 합성이 개시할 수 있다. In the present invention, the term "primer" is a nucleic acid sequence having a short free 3 hydroxyl group, which can form a complementary template and a base pair, and serves as a starting point for template strand copying. It refers to a short functional nucleic acid sequence. The primers can initiate DNA synthesis in the presence of a reagent for polymerization (ie, DNA polymerate or reverse transcriptase) and four different nucleoside triphosphates at an appropriate buffer and temperature.
일 측면에서, 본 발명은 4번 염색체의 중심체의 부수체, 12번 염색체의 중심체의 부수체, 15번 염색체의 중심체의 부수체, 19번 염색체의 중심체의 부수체, 20번 염색체의 중심체의 부수체, 21번 염색체의 SINE 또는 21번 염색체의 단순 반복 서열로 이루어진 군으부터 선택되는 하나 이상에 혼성화할 수 있는 프로브를 포함하는, DNA 마이크로어레이 칩에 관한 것이다.In one aspect, the present invention relates to the concomitant of the central body of
본 발명의 프라이머 또는 프로브는 포스포르아미다이트 고체 지지체 방법, 또는 기타 널리 공지된 방법을 사용하여 화학적으로 합성할 수 있다. 이러한 핵산 서열은 또한 당해 분야에 공지된 많은 수단을 이용하여 변형시킬 수 있다. 이러한 변형의 비-제한적인 예로는 메틸화, 캡화, 천연 뉴클레오타이드 하나 이상의 동족체로의 치환및 뉴클레오타이드 간의 변형, 예를 들면, 하전되지 않은 연결체 (예: 메틸 포스포네이트, 포스소트리에스테르, 포스포로아미데이트, 카바메이트 등) 또는 하전된 연결체 (예: 포스포로티오에이트, 포스포로디티오에이트 등)로의 변형이 있다.The primers or probes of the present invention can be chemically synthesized using the phosphoramidite solid support method, or other well known methods. Such nucleic acid sequences can also be modified using a number of means known in the art. Non-limiting examples of such modifications include methylation, encapsulation, substitution of one or more homologs of natural nucleotides, and modifications between nucleotides, such as uncharged linkers (e.g., methyl phosphonate, phosphotriester, phosphoro Amidates, carbamates, etc.) or to charged linkers (eg phosphorothioate, phosphorodithioate, etc.).
본 발명에서, 프로브를 cDNA 분자와 혼성화시키는 적합한 조건은 최적화 절차에 의하여 일련의 과정으로 결정될 수 있다. 이런 절차는 연구실에서 사용을 위한 프로토콜을 수립하기 위하여 당업자에 의하여 일련의 과정으로 실시된다. 예를 들어, 온도, 성분의 농도, 혼성화 및 세척 시간, 완충액 성분 및 이들의 pH 및 이온세기 등의 조건은 프로브의 길이 및 GC 양 및 타깃 뉴클레오타이드 서열 등의 다양한 인자에 의존한다. 혼성화를 위한 상세한 조건은 Joseph Sambrook, et al., Molecular Cloning, A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, N.Y.(2001); 및 M.L.M. Anderson, NucleicAcidHybridization, Springer-Verlag New York Inc. N.Y.(1999)에서 확인할 수 있다. 예를 들어, 상기 엄격조건 중에서 고 엄격조건은 0.5 M NaHPO4, 7% SDS(sodium dodecyl sulfate),1mM EDTA에서 65℃ 조건으로 혼성화하고, 0.1 x SSC(standard saline citrate)/0.1% SDS에서 68℃ 조건으로 세척하는 것을 의미한다. 또는, 고 엄격조건은 6 x SSC/0.05% 소듐 파이로포스페이트에서 48℃ 조건으로 세척하는 것을 의미한다. 저 엄격조건은 예를 들어, 0.2 x SSC/0.1% SDS에서 42℃ 조건으로 세척하는 것을 의미한다.In the present invention, suitable conditions for hybridizing a probe with a cDNA molecule can be determined in a series of procedures by an optimization procedure. This procedure is performed as a series of procedures by a person skilled in the art to establish a protocol for use in the laboratory. For example, conditions such as temperature, concentration of components, hybridization and washing times, buffer components, and their pH and ionic strength depend on various factors such as the length of the probe and the amount of GC and the target nucleotide sequence. Detailed conditions for hybridization include Joseph Sambrook, et al., Molecular Cloning, A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, N.Y. (2001); And M.L.M. Anderson, Nucleic Acid Hybridization, Springer-Verlag New York Inc. It can be found in N.Y. (1999). For example, among the stringent conditions, high stringency conditions were hybridized at 65°C in 0.5 M NaHPO4, 7% sodium dodecyl sulfate (SDS), 1 mM EDTA, and 68°C in 0.1 x SSC (standard saline citrate)/0.1% SDS. It means washing conditions. Alternatively, high stringency conditions mean washing at 48°C in 6 x SSC/0.05% sodium pyrophosphate. Low stringency means, for example, washing at 42° C. in 0.2 x SSC/0.1% SDS.
일 측면에서, 본 발명은 생물학적 시료로부터 핵산을 분리하고; 및 4번 염색체의 중심체의 부수체, 12번 염색체의 중심체의 부수체, 15번 염색체의 중심체의 부수체, 19번 염색체의 중심체의 부수체, 20번 염색체의 중심체의 부수체, 21번 염색체의 SINE 또는 21번 염색체의 단순 반복 서열로 이루어진 군으부터 선택되는 하나 이상에서 염기변형을 검출하는 것을 포함하는, 세포 또는 개체의 노화 수준 진단 방법에 관한 것이다.In one aspect, the present invention provides for isolating a nucleic acid from a biological sample; And the concomitant of the centrosome of
일 구현예에서, 4번 염색체의 49969424 내지 49969427 위치의 염기 구역, 4번 염색체의 50357424 내지 50357427 위치의 염기 구역, 12번 염색체의 36562486 내지 36562491 위치의 염기 구역, 12번 염색체의 35895308 내지 35895310 위치의 염기 구역, 12번 염색체의 35895317 내지 35895319 위치의 염기 구역, 12번 염색체의 36565388 내지 36565390 위치의 염기 구역, 15번 염색체의 18651202 내지 18651204 위치의 염기 구역, 15번 염색체의 18651208 내지 18651211 위치의 염기 구역, 19번 염색체의 24948445 내지 24948446 위치의 염기 구역, 19번 염색체의 4948448 내지 24948449 위치의 염기 구역, 19번 염색체의 24948452 내지 24948455 위치의 염기 구역, 20번 염색체의 28527510 내지 28527513 위치의 염기 구역, 20번 염색체의 28527515 내지 28527521 위치의 염기 구역, 20번 염색체의 28527527 위치의 염기 구역, 21번 염색체의 8466835 내지 8466836 위치의 염기 구역, 21번 염색체의 8466838 내지 8466839 위치의 염기 구역, 21번 염색체의 8466843 내지 8466854 위치의 염기 구역 및 21번 염색체의 8412407 내지 8412408 위치의 염기 구역로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상의 염기 구역에서 염기변형을 검출할 수 있다. In one embodiment, the base region at positions 49969424 to 49969427 of
일 구현예에서, 상기 염기 구역에서 5-메틸시토신, 5-하이드록시메틸시토신, 5-포르밀시토신, 5-카르복시시토신, 5-하이드록시메틸우라실, 5-포르밀우라실, 7,8-디하이드로-8-옥소구아닌 또는 6-메틸아데닌을 검출할 수 있다.In one embodiment, in the base region, 5-methylcytosine, 5-hydroxymethylcytosine, 5-formylcytosine, 5-carboxytosine, 5-hydroxymethyluracil, 5-formyluracil, 7,8-di Hydro-8-oxoguanine or 6-methyladenine can be detected.
일 구현예에서, 염기변형의 검출은 메틸화 특이적 중합효소반응 (methylation-specific polymerase chain reaction), 실시간 메틸화 특이 PCR(Real time methylation specific PCR), 파이로시퀀싱 및 바이설파이트 시퀀싱 또는 옥스포드 나노포어(Oxford Nanopore) 기술로 수행될 수 있다.In one embodiment, detection of the base modification is methylation-specific polymerase chain reaction, real time methylation specific PCR, pyrosequencing and bisulfite sequencing, or Oxford nanopore ( Oxford Nanopore) technology.
일 측면에서, 본 발명은 세포에 후보 물질을 처리하고; 세포의 계대배양을 40회 이상 진행한 뒤 세포의 4번 염색체의 중심체의 부수체, 12번 염색체의 중심체의 부수체, 15번 염색체의 중심체의 부수체, 19번 염색체의 중심체의 부수체, 20번 염색체의 중심체의 부수체, 21번 염색체의 SINE 또는 21번 염색체의 단순 반복 서열에서 염기 변형을 검출하며; 및 같은 계대수의 후보 물질을 처리하지 않은 대조군 세포와 염기 변형 정도를 비교하는 것을 포함하는 세포 노화 억제 물질 스크리닝 방법에 관한 것이다.In one aspect, the present invention provides a cell with a candidate substance; After passage of the cell more than 40 times, the concomitant of the centrosome of
일 구현예에서, 염기 변형의 검출은 4번 염색체의 49969424 내지 49969427 위치의 염기 구역, 4번 염색체의 50357424 내지 50357427 위치의 염기 구역, 12번 염색체의 36562486 내지 36562491 위치의 염기 구역, 12번 염색체의 35895308 내지 35895310 위치의 염기 구역, 12번 염색체의 35895317 내지 35895319 위치의 염기 구역, 12번 염색체의 36565388 내지 36565390 위치의 염기 구역, 15번 염색체의 18651202 내지 18651204 위치의 염기 구역, 15번 염색체의 18651208 내지 18651211 위치의 염기 구역, 19번 염색체의 24948445 내지 24948446 위치의 염기 구역, 19번 염색체의 4948448 내지 24948449 위치의 염기 구역, 19번 염색체의 24948452 내지 24948455 위치의 염기 구역, 20번 염색체의 28527510 내지 28527513 위치의 염기 구역, 20번 염색체의 28527515 내지 28527521 위치의 염기 구역, 20번 염색체의 28527527 위치의 염기 구역, 21번 염색체의 8466835 내지 8466836 위치의 염기 구역, 21번 염색체의 8466838 내지 8466839 위치의 염기 구역, 21번 염색체의 8466843 내지 8466854 위치의 염기 구역 및 21번 염색체의 8412407 내지 8412408 위치의 염기 구역로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상의 염기 구역에서 5-메틸시토신, 5-하이드록시메틸시토신, 5-포르밀시토신, 5-카르복시시토신, 5-하이드록시메틸우라실, 5-포르밀우라실, 7,8-디하이드로-8-옥소구아닌 또는 6-메틸아데닌의 존재 수준을 검출하는 것일 수 있다.In one embodiment, the detection of the base modification is a base region at positions 49969424 to 49969427 of
일 구현예에서, 같은 계대수의 후보 물질을 처리하지 않은 대조군 세포에 비해 염기 변형이 적으면 후보 물질이 항노화 활성을 가지는 것으로 판단하는 것을 추가로 포함할 수 있다.In one embodiment, when the number of base modifications is less than that of the control cells not treated with the candidate substance of the same number of passages, it may further include determining that the candidate substance has anti-aging activity.
하기의 실시예를 통하여 본 발명을 보다 상세하게 설명한다. 그러나 하기 실시예는 본 발명의 내용을 구체화하기 위한 것일 뿐 이에 의해 본 발명이 한정되는 것은 아니다. The present invention will be described in more detail through the following examples. However, the following examples are only for embodiing the contents of the present invention, and the present invention is not limited thereto.
실시예 1. 세포 배양Example 1. Cell culture
인간 섬유아 세포(human diploid fibroblast, HDF) (PCS-201-010; ATCC)를 D-글루코스 4,500 mg/L, L-글루타민 584 mg/L, 소듐 피루베이트(sodium pyruvate) 110 mg/L (LM 001-05; Welgene), 10% 우태아혈청 (S 001-01; Welgene) 및 1 x Anti-Anti (15240-062; ThermoFisher)를 포함하는 DMEM(Dulbecco's modified Eagle's medium)에서 배양하였다. 그 후, 세포들을 초기 계대 동안에는 1:4로 희석하고 후기 계대에는 1:2로 희석하여 계대배양하여 6번 계대 배양하거나 (HDF6), 50번 계대 배양하였다 (HDF50).Human diploid fibroblast (HDF) (PCS-201-010; ATCC) was treated with D-glucose 4,500 mg/L, L-glutamine 584 mg/L, sodium pyruvate 110 mg/L (LM 001-05; Welgene), 10% fetal bovine serum (S 001-01; Welgene) and 1 x Anti-Anti (15240-062; ThermoFisher) containing DMEM (Dulbecco's modified Eagle's medium) was cultured. Thereafter, the cells were diluted 1:4 during the initial passage and 1:2 in the later passage and subcultured and subcultured for passage 6 (HDF6) or passage 50 (HDF50).
실시예 2. 전체 서열 분석Example 2. Full sequence analysis
QIAamp DNA Blood Mini Kit (Qiagen)를 이용하여 상기 실시예 1에서 6회 계대 배양한 세포 (HDF6) 및 50회 계대 배양한 세포 (HDF50)으로부터 각각 약 1.5 ㎍의 유전체 DNA를 추출하였다. 추출한 각각의 gDNA를 제조사의 지시에 따라 Ligation Sequencing 1D Kit (SQK-LSK108, Oxford Nanopore, Oxford, UK)를 이용하여 가공하였다. 제조된 라이브러리를 서로 다른 R9.4 유동 세포(flow cell)로 MinION DNA 서열분석기(sequencer) (Oxford Nanopore, Oxford, UK)를 이용하여 48시간 동안 서열 분석하였다. Nanopore 판독이 염기-콜(base-called)되었고, Oxford Nanopore의 전용 염기-콜러(base-caller) Albacore, version 2.0.1을 이용하여 fastq 파일을 이들의 미가공 FAST5로부터 생성하였다.Using the QIAamp DNA Blood Mini Kit (Qiagen), about 1.5 µg of genomic DNA was extracted from the cells passaged 6 times (HDF6) and the cells passaged 50 times (HDF50) in Example 1 above. Each extracted gDNA was processed using the Ligation Sequencing 1D Kit (SQK-LSK108, Oxford Nanopore, Oxford, UK) according to the manufacturer's instructions. The prepared library was sequenced for 48 hours using a MinION DNA sequencer (Oxford Nanopore, Oxford, UK) with different R9.4 flow cells. Nanopore readouts were base-called, and fastq files were generated from their raw FAST5 using Oxford Nanopore's dedicated base-caller Albacore, version 2.0.1.
실시예 3. Tombo 알고리즘을 이용한 염기 변형 분석Example 3. Base modification analysis using Tombo algorithm
상기 실시예 2에서 얻은 Nanopre 기본 결과인 fast5를 DNA와 RNA를 구분하여 진행하는 'tombo resquiggle' 명령어를 사용하여 표준유전체 hg38에 re-squiggle 알고리즘으로 정렬시켰으며, 결과의 품질이 나쁜 경우는 제외하여 진행하였다. hg38에 fast5 결과를 정렬시킨 후, 명령어를 'tombo detect_modificiations'를 사용하여 실험군(Sample, 노화세포, HDF50)과 대조군(control, 젊은 세포, HDF6)을 비교함으로써 이 둘 사이에서 유의적으로 차이를 나타내는 수정된 염기 서열을 검색 및 분석하였다. 수정된 염기서열을 분석한 결과를 토대로 hg38에서의 위치 별로 수정된 염기서열을 가진 reads에 대한 값을 구하는 작업을 명령어 'tombo text_output'으로 진행하였다. 또한, 수정된 염기서열에 대한 신호를 시각화하기 위해 'tombo plot most_significat' (가장 결과 값이 뚜렷한 부분을 그림으로 도출) 및 'tombo plot genome_location' (알고 싶은 hg38 위치에서의 결과를 도출)을 이용하여 두 세포 군에 대해서 가장 뚜렷한 차이가 있는 부분을 그림으로 도출하였으며, 이를 통해 6번째 계대 배양 세포와 50번째 계대 배양 세포에서 0.9 이상으로 20 bp 유지되는 부분 (5mC 또는 6mA와 같은 변형된 염기)들을 4번 염색체에서 2 곳, 12번 염색체에서 3곳, 15번 염색체에서 1 곳, 19번 염색체에서 1곳, 20번 염색체에서 1곳 및 21번 염색체에서 2 곳에서 확인할 수 있었다. 구체적으로, 젊은 세포 (HDF6)에 비해 노화 세포 (HDF50)에서 4번 염색체의 49969424 내지 49969427번째 5'-TATG (3'-CATC) 염기가 화학적 변형으로 인해 신호에서 유의한 차이가 나타났으며 (도 2a), 이의 위치가 포함된 서열을 UCSC 브라우저 (UCSC Genome Browser, https://genome.ucsc.edu/)에 정렬하여(align) 확인한 결과, 변형된 염기 서열은 4번 염색체의 중심체(centromere)의 부수체(satellite)로 확인되었다 (도 2b). 또한, 4번 염색체의 50357424 내지 50357427 위치의 3'-GTGT 부위 (5'-ACAC)에서 염기 변형으로 인해 신호에서 유의한 차이가 나타났으며 (도 3a), 이 서열을 UCSC 브라우저에서 검색한 결과, 변형된 염기 서열은 4번 염색체의 중심체의 부수체로 확인되었다 (도 3b). 또한, 12번 염색체의 36562486 내지 36562491 위치의 5'-AGTCTT (3'-AAGACT)에서 염기 변형으로 인해 신호에서 유의한 차이가 나타났으며 (도 4a), 이 서열을 UCSC 브라우저에서 검색한 결과, 변형된 서열은 12번 염색체의 중심체의 부수체로 확인되었다 (도 4b). 또한, 12번 염색체의 35895308 내지 35895310 위치의 3'-AAG (5'-CTT)에서, 35895317 내지 35895319위치의 3'-TGT (5'-ACA)에서 염기 변형으로 인해 신호에서 유의한 차이가 나타났으며 (도 5a), 이 서열을 UCSC 브라우저에서 검색한 결과, 변형된 서열은 12번 염색체의 중심체의 부수체로 확인되었다 (도 5b). 또한, 12번 염색체의 36565388 내지 36565390 위치의 5'-ACA (3'-TGT)에서 염기 변형으로 인해 신호에서 유의한 차이가 나타났으며 (도 6a), 이 서열을 UCSC 브라우저에서 검색한 결과, 변형된 서열은 12번 염색체의 중심체의 부수체로 확인되었다 (도 6b). 또한, 15번 염색체의 18651202 내지 18651204 위치의 3'-GTA (5'-TAC)와 18651208 내지 18651211 위치의 3'-GTAA (5'-TTAC)에서 염기 변형으로 인해 신호에서 유의한 차이가 나타났으며 (도 7a), 이 서열을 UCSC 브라우저에서 검색한 결과, 변형된 서열은 15번 염색체의 중심체의 부수체로 확인되었다 (도 7b). 또한, 19번 염색체의 24948445 내지 24948446 위치의 3'-TT (5'-AA), 4948448 내지 24948449 위치의 3'-CC (5'-GG) 및 24948452 내지 24948455 위치의 3'-TTTA (5'-TAAA)에서 염기 변형으로 인해 신호에서 유의한 차이가 나타났으며 (도 8a), 이 서열을 UCSC 브라우저에서 검색한 결과, 변형된 서열은 19번 염색체의 중심체의 부수체로 확인되었다 (도 8b). 또한, 20번 염색체의 28527510 내지 28527513 위치의 3'-AAA (5'-TTT), 28527515 내지 28527521 위치의 3'-TTGTGTG (5'-CACACAA), 및 28527527 위치의 3'-G (5'-C)에서 염기 변형 (6mA 및 5mC)으로 인해 신호에서 유의한 차이가 나타났으며 (도 9a), 이 서열을 UCSC 브라우저에서 검색한 결과, 변형된 서열은 20번 염색체의 중심체의 부수체로 확인되었다 (도 9b). 또한, 21번 염색체의 8466835 내지 8466836 위치의 3'-CC (5'-GG), 8466838 내지 8466839 위치의 3'-AG (5'-CT), 8466843 내지 8466854 위치의 3'-AAAAAAAAAAAA (5'-TTTTTTTTTTTT)에서 신호가 유의하게 차이를 나타내, 염기변형이 존재하는 것으로 나타났으며 (도 10a), 이의 서열을 검색한 결과 21번 염색체의 SINE (Short interspersed elements)인 것으로 확인되었다 (도 10b). 아울러, 21번 염색체의 8412407 내지 8412408 위치의 5'-GG (3'-CC)에서 염기변형으로 인해 유의한 신호 차이를 나타냈으며 (도 11a), 이의 서열을 검색한 결과 21번 염색체의 simple repeat에 해당하는 것으로 확인되었다 (도 11b).The Nanopre basic result fast5 obtained in Example 2 was sorted on the standard genome hg38 by a re-squiggle algorithm using the'tombo resquiggle' command that separates DNA and RNA, except for the case of poor quality of the result. Proceeded. After sorting the fast5 results in hg38, the command'tombo detect_modificiations' was used to compare the experimental group (Sample, senescent cells, HDF50) and the control group (control, young cells, HDF6) to show a significant difference between the two. The modified base sequence was searched and analyzed. Based on the result of analyzing the modified nucleotide sequence, the task of obtaining the value for the reads with the modified nucleotide sequence for each position in hg38 was performed with the command'tombo text_output'. In addition, in order to visualize the signal for the modified sequence,'tombo plot most_significat' (derived the part with the most obvious result value as a picture) and'tombo plot genome_location' (derived the result at the desired hg38 position) were used. The part with the most pronounced difference between the two cell groups was derived as a picture, and through this, the parts (modified bases such as 5mC or 6mA) maintained at 20 bp above 0.9 in the 6th and 50th passages were identified. It was found in 2 locations on
Claims (22)
상기 염기 변형은 4번 염색체의 49969424 내지 49969427 위치의 염기 구역, 4번 염색체의 50357424 내지 50357427 위치의 염기 구역, 12번 염색체의 36562486 내지 36562491 위치의 염기 구역, 12번 염색체의 35895308 내지 35895310 위치의 염기 구역, 12번 염색체의 35895317 내지 35895319 위치의 염기 구역, 12번 염색체의 36565388 내지 36565390 위치의 염기 구역, 15번 염색체의 18651202 내지 18651204 위치의 염기 구역, 15번 염색체의 18651208 내지 18651211 위치의 염기 구역, 19번 염색체의 24948445 내지 24948446 위치의 염기 구역, 19번 염색체의 4948448 내지 24948449 위치의 염기 구역, 19번 염색체의 24948452 내지 24948455 위치의 염기 구역, 20번 염색체의 28527510 내지 28527513 위치의 염기 구역, 20번 염색체의 28527515 내지 28527521 위치의 염기 구역, 20번 염색체의 28527527 위치의 염기 구역, 21번 염색체의 8466835 내지 8466836 위치의 염기 구역, 21번 염색체의 8466838 내지 8466839 위치의 염기 구역, 21번 염색체의 8466843 내지 8466854 위치의 염기 구역 및 21번 염색체의 8412407 내지 8412408 위치의 염기 구역로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상의 염기 구역의 염기에 염기 변형이 존재하는 것이며,
상기 염기 변형은 시토신이 5-메틸시토신(5-metylcytosine, 5mC), 5-하이드록시메틸시토신(5-hydroxymethylcytosine, 5hmC), 5-포르밀시토신(5-formylcytosine, 5fC) 또는 5-카르복시시토신(5-carboxycytosine, 5caC)으로, 티민이 5-하이드록시메틸우라실(5-hydroxymethyluracil, 5hmU) 또는 5-포르밀우라실(5-formylurail, 5fU)로, 구아닌이 7,8-디하이드로-8-옥소구아닌(7,8-dihydro-8-oxoguanine, 8-oxoG)으로, 또는 아데닌이 6-메틸아데닌(N6-methyladenine, 6mA)으로 변형된 것이며,
상기 노화 수준은 섬유아세포의 노화 수준인, 노화 수준 진단용 바이오마커.The satellite of the centromere of chromosome 4, the satellite of the central body of chromosome 12, the satellite of the central body of chromosome 15, the satellite of the central body of chromosome 19, the satellite of the central body of chromosome 20 , As a biomarker for diagnosing the level of aging, including base modifications present in the SINE (Short interspersed elements) of chromosome 21 and the simple repeat sequence of chromosome 21,
The base modification is a base region at positions 49969424 to 49969427 of chromosome 4, a base region at positions 50357424 to 50357427 of chromosome 4, a base region at positions 36562486 to 36562491 of chromosome 12, and a base at positions 35895308 to 35895310 of chromosome 12 A region, a base region at positions 35895317 to 35895319 of chromosome 12, a base region at positions 36565388 to 36565390 of chromosome 12, a base region at positions 18651202 to 18651204 of chromosome 15, a base region at positions 18651208 to 18651211 of chromosome 15, The base region at positions 24948445 to 24948446 of chromosome 19, the base region at positions 4948448 to 24948449 of chromosome 19, the base region at positions 24948452 to 24948455 of chromosome 19, the base region at positions 28527510 to 28527513 of chromosome 20, 20 The base region at positions 28527515 to 28527521 of chromosome, the base region at position 28527527 of chromosome 20, the base region at positions 8466835 to 8466836 of chromosome 21, the base region at positions 8466838 to 8466839 of chromosome 21, 8466843 to 8466843 of chromosome 21 A base modification exists in the base of one or more base regions selected from the group consisting of the base region at position 8466854 and the base region at positions 8412407 to 8412408 of chromosome 21,
The base modification is cytosine is 5-methylcytosine (5-metylcytosine, 5mC), 5-hydroxymethylcytosine (5-hydroxymethylcytosine, 5hmC), 5-formylcytosine (5-formylcytosine, 5fC) or 5-carboxycytosine ( 5-carboxycytosine, 5caC), thymine as 5-hydroxymethyluracil (5hmU) or 5-formylurail (5fU), guanine as 7,8-dihydro-8-oxo Guanine (7,8-dihydro-8-oxoguanine, 8-oxoG) or adenine is modified to 6-methyladenine (N 6 -methyladenine, 6mA),
The aging level is the aging level of fibroblasts, a biomarker for diagnosing aging level.
상기 염기변형은 4번 염색체의 49969424 내지 49969427 위치의 염기 구역, 4번 염색체의 50357424 내지 50357427 위치의 염기 구역, 12번 염색체의 36562486 내지 36562491 위치의 염기 구역, 12번 염색체의 35895308 내지 35895310 위치의 염기 구역, 12번 염색체의 35895317 내지 35895319 위치의 염기 구역, 12번 염색체의 36565388 내지 36565390 위치의 염기 구역, 15번 염색체의 18651202 내지 18651204 위치의 염기 구역, 15번 염색체의 18651208 내지 18651211 위치의 염기 구역, 19번 염색체의 24948445 내지 24948446 위치의 염기 구역, 19번 염색체의 4948448 내지 24948449 위치의 염기 구역, 19번 염색체의 24948452 내지 24948455 위치의 염기 구역, 20번 염색체의 28527510 내지 28527513 위치의 염기 구역, 20번 염색체의 28527515 내지 28527521 위치의 염기 구역, 20번 염색체의 28527527 위치의 염기 구역, 21번 염색체의 8466835 내지 8466836 위치의 염기 구역, 21번 염색체의 8466838 내지 8466839 위치의 염기 구역, 21번 염색체의 8466843 내지 8466854 위치의 염기 구역 및 21번 염색체의 8412407 내지 8412408 위치의 염기 구역로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상의 염기 구역의 염기에 염기 변형이 존재하는 것이며,
상기 염기 변형은 시토신이 5-메틸시토신(5-metylcytosine, 5mC), 5-하이드록시메틸시토신(5-hydroxymethylcytosine, 5hmC), 5-포르밀시토신(5-formylcytosine, 5fC) 또는 5-카르복시시토신(5-carboxycytosine, 5caC)으로, 티민이 5-하이드록시메틸우라실(5-hydroxymethyluracil, 5hmU) 또는 5-포르밀우라실(5-formylurail, 5fU)로, 구아닌이 7,8-디하이드로-8-옥소구아닌(7,8-dihydro-8-oxoguanine, 8-oxoG)으로, 또는 아데닌이 6-메틸아데닌(N6-methyladenine, 6mA)으로 변형된 것이며,
상기 노화 수준은 섬유아세포의 노화 수준인, 노화 수준 진단용 바이오마커 조성물.Central body of chromosome 4, chromosome 12, chromosome 12, chromosome 15, chromosome 15, chromosome 19, chromosome 19, chromosome 20, chromosome 21 And As a biomarker composition for aging level diagnosis comprising an agent for detecting the base modification of the simple repeat sequence of chromosome 21
The base modification is a base region at positions 49969424 to 49969427 of chromosome 4, a base region at positions 50357424 to 50357427 of chromosome 4, a base region at positions 36562486 to 36562491 of chromosome 12, and a base at positions 35895308 to 35895310 of chromosome 12 A region, a base region at positions 35895317 to 35895319 of chromosome 12, a base region at positions 36565388 to 36565390 of chromosome 12, a base region at positions 18651202 to 18651204 of chromosome 15, a base region at positions 18651208 to 18651211 of chromosome 15, The base region at positions 24948445 to 24948446 of chromosome 19, the base region at positions 4948448 to 24948449 of chromosome 19, the base region at positions 24948452 to 24948455 of chromosome 19, the base region at positions 28527510 to 28527513 of chromosome 20, 20 The base region at positions 28527515 to 28527521 of chromosome, the base region at position 28527527 of chromosome 20, the base region at positions 8466835 to 8466836 of chromosome 21, the base region at positions 8466838 to 8466839 of chromosome 21, 8466843 to 8466843 of chromosome 21 A base modification exists in the base of one or more base regions selected from the group consisting of the base region at position 8466854 and the base region at positions 8412407 to 8412408 of chromosome 21,
The base modification is cytosine is 5-methylcytosine (5-metylcytosine, 5mC), 5-hydroxymethylcytosine (5-hydroxymethylcytosine, 5hmC), 5-formylcytosine (5-formylcytosine, 5fC) or 5-carboxycytosine ( 5-carboxycytosine, 5caC), thymine as 5-hydroxymethyluracil (5hmU) or 5-formylurail (5fU), guanine as 7,8-dihydro-8-oxo Guanine (7,8-dihydro-8-oxoguanine, 8-oxoG) or adenine is modified to 6-methyladenine (N 6 -methyladenine, 6mA),
The aging level is the aging level of fibroblasts, a biomarker composition for diagnosing aging level.
4번 염색체의 중심체의 부수체, 12번 염색체의 중심체의 부수체, 15번 염색체의 중심체의 부수체, 19번 염색체의 중심체의 부수체, 20번 염색체의 중심체의 부수체, 21번 염색체의 SINE 및 21번 염색체의 단순 반복 서열로 이루어진 군으부터 선택되는 하나 이상에서 염기변형을 검출하는 것을 포함하는, 섬유아세포의 노화 수준 진단을 위한 정보제공방법으로서,
상기 염기변형은 4번 염색체의 49969424 내지 49969427 위치의 염기 구역, 4번 염색체의 50357424 내지 50357427 위치의 염기 구역, 12번 염색체의 36562486 내지 36562491 위치의 염기 구역, 12번 염색체의 35895308 내지 35895310 위치의 염기 구역, 12번 염색체의 35895317 내지 35895319 위치의 염기 구역, 12번 염색체의 36565388 내지 36565390 위치의 염기 구역, 15번 염색체의 18651202 내지 18651204 위치의 염기 구역, 15번 염색체의 18651208 내지 18651211 위치의 염기 구역, 19번 염색체의 24948445 내지 24948446 위치의 염기 구역, 19번 염색체의 4948448 내지 24948449 위치의 염기 구역, 19번 염색체의 24948452 내지 24948455 위치의 염기 구역, 20번 염색체의 28527510 내지 28527513 위치의 염기 구역, 20번 염색체의 28527515 내지 28527521 위치의 염기 구역, 20번 염색체의 28527527 위치의 염기 구역, 21번 염색체의 8466835 내지 8466836 위치의 염기 구역, 21번 염색체의 8466838 내지 8466839 위치의 염기 구역, 21번 염색체의 8466843 내지 8466854 위치의 염기 구역 및 21번 염색체의 8412407 내지 8412408 위치의 염기 구역로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상의 염기 구역의 염기에 염기 변형이 존재하는 것이며,
상기 염기 변형은 시토신이 5-메틸시토신(5-metylcytosine, 5mC), 5-하이드록시메틸시토신(5-hydroxymethylcytosine, 5hmC), 5-포르밀시토신(5-formylcytosine, 5fC) 또는 5-카르복시시토신(5-carboxycytosine, 5caC)으로, 티민이 5-하이드록시메틸우라실(5-hydroxymethyluracil, 5hmU) 또는 5-포르밀우라실(5-formylurail, 5fU)로, 구아닌이 7,8-디하이드로-8-옥소구아닌(7,8-dihydro-8-oxoguanine, 8-oxoG)으로, 또는 아데닌이 6-메틸아데닌(N6-methyladenine, 6mA)으로 변형된 것인, 섬유아세포의 노화 수준 진단을 위한 정보제공방법.Isolating the nucleic acid from the biological sample; And
Central body of chromosome 4, chromosome 12, chromosome 12, chromosome 15, chromosome 15, chromosome 19, chromosome 19, chromosome 20, chromosome 21 And As a method for providing information for diagnosing the aging level of fibroblasts comprising detecting a base modification in one or more selected from the group consisting of a simple repeat sequence of chromosome 21,
The base modification is a base region at positions 49969424 to 49969427 of chromosome 4, a base region at positions 50357424 to 50357427 of chromosome 4, a base region at positions 36562486 to 36562491 of chromosome 12, and a base at positions 35895308 to 35895310 of chromosome 12 A region, a base region at positions 35895317 to 35895319 of chromosome 12, a base region at positions 36565388 to 36565390 of chromosome 12, a base region at positions 18651202 to 18651204 of chromosome 15, a base region at positions 18651208 to 18651211 of chromosome 15, The base region at positions 24948445 to 24948446 of chromosome 19, the base region at positions 4948448 to 24948449 of chromosome 19, the base region at positions 24948452 to 24948455 of chromosome 19, the base region at positions 28527510 to 28527513 of chromosome 20, 20 The base region at positions 28527515 to 28527521 of chromosome, the base region at position 28527527 of chromosome 20, the base region at positions 8466835 to 8466836 of chromosome 21, the base region at positions 8466838 to 8466839 of chromosome 21, 8466843 to 8466843 of chromosome 21 A base modification exists in the base of one or more base regions selected from the group consisting of the base region at position 8466854 and the base region at positions 8412407 to 8412408 of chromosome 21,
The base modification is cytosine is 5-methylcytosine (5-metylcytosine, 5mC), 5-hydroxymethylcytosine (5-hydroxymethylcytosine, 5hmC), 5-formylcytosine (5-formylcytosine, 5fC) or 5-carboxycytosine ( 5-carboxycytosine, 5caC), thymine as 5-hydroxymethyluracil (5hmU) or 5-formylurail (5fU), guanine as 7,8-dihydro-8-oxo Guanine (7,8-dihydro-8-oxoguanine, 8-oxoG) or adenine is modified with 6-methyladenine (N 6 -methyladenine, 6mA), information providing method for diagnosing the aging level of fibroblasts .
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