KR101437588B1 - cellulase cel-KG43 gene from rumen microorganism of black goat and uses thereof - Google Patents
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Abstract
본 발명은 흑염소 반추위 미생물 유래의 섬유소분해효소 cel-KG43 유전자 및 이의 용도에 관한 것으로, 보다 구체적으로 흑염소 반추위 미생물로부터 선별한 신규한 섬유소분해효소 유전자인 cel-KG43 유전자 및 이의 단백질 산물을 제공하고, 이를 이용하여 사료첨가제, 세제 조성물 및 바이오연료를 제조하는 방법에 관한 것이다.
본 발명에 따르면, 흑염소 반추위 미생물로부터 신규한 섬유소분해효소 유전자인 cel-KG43 유전자를 선별할 수 있으며, 이를 통해 섬유소분해효소 cel-KG43 유전자 및 단백질 산물을 제공함으로써 저가의 사료 첨가제 개발에 이용할 수 있고, 섬유 유연제 및 세제 개발뿐만 아니라 풍부한 자원인 섬유소를 분해하여 바이오연료의 생산에도 적극적으로 이용할 수 있다.The present invention relates to a cellulolytic enzyme cel-KG43 gene derived from a black goat rumen microorganism and its use, more specifically, to a novel cellulolytic enzyme gene selected from a black goat rumen microorganism and a cel-KG43 gene and a protein product thereof, To a feed additive, a detergent composition, and a method for producing biofuel.
According to the present invention, a novel cellulolytic enzyme gene, cel-KG43 gene, can be selected from a black goat rumen microorganism, which can be used for the development of a low-cost feed additive by providing a cellulolytic enzyme cel-KG43 gene and a protein product , Fiber softeners and detergents as well as the abundant resources of fiber, which can be used to produce biofuels.
Description
본 발명은 흑염소 반추위 미생물 유래의 섬유소분해효소 cel-KG43 유전자 및 이의 용도에 관한 것으로, 보다 구체적으로 흑염소 반추위 미생물로부터 선별한 신규한 섬유소분해효소 유전자인 cel-KG43 유전자 및 이의 단백질 산물을 제공하고, 이를 이용하여 사료첨가제, 세제 조성물 및 바이오연료를 제조하는 방법에 관한 것이다.The present invention relates to a cellulolytic enzyme cel-KG43 gene derived from a black goat rumen microorganism and its use, more specifically, to a novel cellulolytic enzyme gene selected from a black goat rumen microorganism and a cel-KG43 gene and a protein product thereof, To a feed additive, a detergent composition, and a method for producing biofuel.
식물 세포벽의 주요 구성 요소는 셀룰로오스(cellulose), 헤미-셀룰로오스(hemi-cellulose) 및 펙틴(pectin)이며, 이들은 초식동물의 반추위에서 복잡하고도 효과적인 미생물 분해과정에 의하여 소화된다. 반추위의 미생물은 극도의 혐기성 미생물이며, 곰팡이, 프로토조아 및 박테리아로 이루어져 있으며, 섬유소분해는 주로 박테리아와 곰팡이에서 이루어지는 것으로 알려져 있다. 하지만 이들 미생물은 대부분은 배양이 어려워 잘 알려져 있지 않은 상태다. The main components of plant cell walls are cellulose, hemi-cellulose and pectin, which are digested by complex and effective microbial degradation processes in herbivore rumen. The rumen microorganisms are extreme anaerobic microorganisms, consisting of fungi, protozoa, and bacteria, which are known to be composed mainly of bacteria and fungi. However, most of these microorganisms are difficult to cultivate and are not well known.
현재까지 반추위 박테리아 중에서 식물 세포벽을 소화하는데 주요하게 관여하는 박테리아로는 피브로박터 숙시노게네스(Fibrobacter succinogenes), 루미노코커스 플라베파시엔스(Ruminococcus flavefaciens), 루미노코커스 알부스(Ruminococcus albus), 부티리비브리오 피브리솔벤스(Butyrivibrio fibrisolvens), 유박테리움 셀룰로솔벤스(Eubacterium cellulosolvens), 프레보텔라(Prevotella) 및 일부분의 클로스트리디움(Clostridium) 속에 속하는 박테리아로 밝혀져 있다. To date, among the ruminal bacteria, bacteria that are mainly involved in digesting plant cell walls include Fibrobacter succinogenes , Ruminococcus flavefaciens , Ruminococcus albus , Butyrivibrio fibrisolvens , Eubacterium cellulosolvens , Prevotella , And a portion of Clostridium < RTI ID = 0.0 > It is known as bacteria belonging to the genus.
현재까지 대부분의 반추동물의 섬유소분해효소 유전자를 발굴하기 위하여 소와 토끼, 캥거루의 소화기관의 총 미생물 DNA, 혹은 메타게놈 (metagenome; 환경미생물의 총 DNA를 일컬음)을 연구하였고, 이로부터 다수의 글루카나아제(glucanase), 자일라나아제(xylanase) 및 셀룰로솜 복합체 (cellulosome complex)들이 밝혀진 바가 있다. 하지만 이들은 대부분 연질의 식물 섬유소원을 먹이로 진화한 경우이며, 섬유소분해효소 중에서도 경질의 섬유소원에 대한 분해 능력이 요구된다.To date, we have studied total microbial DNA of the digestive organs of cattle, rabbits, kangaroos, or the metagenome (called the total DNA of environmental microorganisms) in order to identify the most abundant enzymes in the rumen, Glucanase, xylanase, and cellulosome complexes have been identified. However, most of them have evolved from soft fungal fibrinogen to food, and among fibrin degrading enzymes, they are required to have a strong fibrinolytic ability.
흑염소는 일반적으로 나뭇가지, 껍질 및 초목과 같은 조악한 섬유소원의 사료에 잘 적응하고 소화할 수 있도록 현재까지 진화되어온 것으로 알려져 있다. 비록 흑염소의 반추위 미생물에 대한 연구는 소에 비하여 상대적으로 많이 이루어지지 않은 실정이나, 흑염소의 반추위 미생물은 섬유소분해 능력과 관련하여 소와 같은 대가축의 반추위와는 다른 보다 효율적인 환경 미생물로 이루어져 있을 것으로 예상되고 있다. 이는 흑염소의 반추위 미생물군이 다른 초식동물과 다르게 공생되어 진화되었다는 것을 의미한다. Black goats are generally known to have evolved to the point where they can adapt and digest to the feed of coarse fibrinous materials such as twigs, bark, and vegetation. Although the research on the rumen microbes of the black goats is relatively inefficient compared with the cattle, the rumen microbes of the black goats are likely to be more efficient environmental microbes than the rumen rumen like cattle It is expected. This means that the ruminal microbial population of the black goat evolved differently from other herbivores.
난배양성 미생물군에 대한 유전자 탐색을 위하여 포스미드 (fosmid), 코스미드 (cosmid) 및 BAC (bacterial artificial chromosome) 유전자은행을 이용하여 신규 물질을 탐색하는 기술이 널리 사용되고 있다. 본 발명 역시 최근 획기적으로 발전한 메타게놈 유전체 분석 기법을 적용하여 고효율 섬유소분해효소 유전자를 발굴하고자 하였다. 이러한 방법으로 현재까지 많은 섬유소분해효소 유전자가 밝혀졌지만, 본 발명에 따른 흑염소 유래 섬유소분해효소 유전자는 현재까지 밝혀진 어떤 유전자와도 상이한 신규의 것이다.Techniques for searching for novel substances using fosmid, cosmid, and bacterial artificial chromosome (GAC) gene banks have been widely used for gene search for promiscuous microorganisms. The present invention also attempts to identify a high-efficiency fibrinolytic enzyme gene by applying a recently developed metagenomic genome analysis technique. In this way, a large number of fibrinolytic enzyme genes have been found so far, but the gene of the goat-derived fibrinolytic enzyme according to the present invention is novel and different from any genes revealed to date.
한편, 종래기술로서 한국공개특허공보 제2011-0119961호에는 '섬유소분해효소를 생산하는 넥트리아 시나바리나 및 이를 이용한 셀룰로오스의 당화방법'이 개시되어 있으, 한국공개특허공보 제2007-0116881호에는 '셀룰라제, 이것을 암호화하는 핵산 및 이들을 제조 및 사용하는 방법'이 개시되어 있다.In the meantime, Korean Patent Laid-Open Publication No. 2011-0119961 discloses a method of saccharifying saccharin and cellulose using the same, as disclosed in Korean Patent Laid-Open Publication No. 2007-0116881 'Cellulases, nucleic acids encoding them, and methods of making and using them' are disclosed.
이와 같은 기술적 배경 하에서 본 발명자들은 예의 노력한 결과 본 발명을 완성하기에 이르렀다.Under these technical backgrounds, the present inventors have made intensive efforts to accomplish the present invention.
결국, 본 발명의 목적은 흑염소 반추위 미생물 유래의 섬유소분해효소 cel-KG43 유전자 및 이의 용도를 제공하는데 있다.Finally, the object of the present invention is to provide a fibrinolytic enzyme cel-KG43 gene derived from a black goat rumen microorganism and its use.
본 발명의 일 측면에 따르면, 서열번호 1로 표시되는 염기서열로 이루어진, 흑염소 반추위 미생물 유래의 섬유소분해효소 cel-KG43 유전자가 제공될 수 있다.According to one aspect of the present invention, there can be provided a cellulolytic enzyme cel-KG43 gene derived from a black goat rumen microorganism comprising the nucleotide sequence shown in SEQ ID NO: 1.
본 발명의 다른 측면에 따르면, 상기 유전자로부터 인코딩되며, 서열번호 2로 표시되는 아미노산 서열로 이루어진, 흑염소 반추위 미생물 유래의 GH2C 도메인 계열 섬유소분해효소 단백질이 제공될 수 있다.According to another aspect of the present invention, there is provided a GH2C domain-based fibrinolytic enzyme protein derived from a black goat rumen microorganism, which is encoded by the gene and is composed of the amino acid sequence represented by SEQ ID NO: 2.
본 발명의 또 다른 측면에 따르면, 상기 유전자를 포함하는 재조합 벡터가 제공될 수 있다.According to another aspect of the present invention, a recombinant vector containing the gene may be provided.
본 발명의 또 다른 측면에 따르면, 상기 재조합 벡터로 형질전환된 숙주세포가 제공될 수 있다.According to another aspect of the present invention, a host cell transformed with the recombinant vector may be provided.
본 발명의 또 다른 측면에 따르면, 상기 섬유소분해효소 단백질을 포함하는 섬유소 분해 증진용 사료 첨가제가 제공될 수 있다.According to another aspect of the present invention, there can be provided a feed additive for promoting fibrin degradation comprising the fibrinolytic enzyme protein.
본 발명의 또 다른 측면에 따르면, 상기 섬유소분해효소 단백질을 포함하는 세제 조성물이 제공될 수 있다.According to another aspect of the present invention, a detergent composition comprising the protease protein can be provided.
본 발명의 또 다른 측면에 따르면, 바이오매스 물질에 상기 섬유소분해효소 단백질을 첨가하여 가수분해시키는 단계를 포함하는 바이오연료의 제조방법이 제공될 수 있다.According to another aspect of the present invention, there is provided a method for producing a biofuel comprising the step of hydrolyzing the biodegradable material with the fibrinolytic enzyme protein.
본 발명에 따르면, 흑염소 반추위 미생물로부터 신규한 섬유소분해효소 유전자인 cel-KG43 유전자를 선별할 수 있으며, 이를 통해 섬유소분해효소 cel-KG43 유전자 및 단백질 산물을 제공함으로써 저가의 사료 첨가제 개발에 이용할 수 있고, 섬유 유연제 및 세제 개발뿐만 아니라 풍부한 자원인 섬유소를 분해하여 바이오연료의 생산에도 적극적으로 이용할 수 있다.According to the present invention, a novel cellulolytic enzyme gene, cel-KG43 gene, can be selected from a black goat rumen microorganism, which can be used for the development of a low-cost feed additive by providing a cellulolytic enzyme cel-KG43 gene and a protein product , Fiber softeners and detergents as well as the abundant resources of fiber, which can be used to produce biofuels.
도 1은 포스미드 유전자 은행 구축을 위한 메타게놈 DNA 부분절단 조건 확립 및 삽입 DNA 절단 결과를 나타낸 것이다.
도 2는 Ad (Ad; adherent phase) 분획과 Lq (Lq; liquid phase) 분획에 대한 포스미드 유전자은행 평균 삽입 크기 확인 결과를 나타낸 것이다.
도 3은 CMC-Agar 플레이트 상에 접종 후 CMC 분해 활성을 갖는 포스미드 클론 선발 예(콩고레드/NaCl에 의한 클리어 존 확인)를 나타낸 것이다.
도 4는 뉴클레오티드 블라스트(nucleotide blast) 검색 결과를 나타낸 것이다.
도 5는 단백질 블라스트(protein blast) 검색에 따른 주요 도메인 확인 결과를 나타낸 것이다.
도 6은 단백질 블라스트 검색 결과 중 최상위 상동 단백질에 대한 유사성 검토(phylogenetic tree) 및 상동성과 추정값을 나타낸 것이다.
도 7은 CMC-Agar 플레이트 상에 접종 후 CMC 분해 활성도를 나타낸 것이다.FIG. 1 shows the results of cleavage of the meta genomic DNA fragment and insertion of the inserted DNA fragment for construction of the phosphide gene bank.
Figure 2 shows the results of the average insertion size of the fosmid gene bank for Ad (Ad; adherent phase) fraction and Lq (liquid phase) fraction.
FIG. 3 shows a selection example of a phosphide clone having cleavage activity of CMC after inoculation on a CMC-Agar plate (cleaved zone by Congoled / NaCl).
Figure 4 shows nucleotide blast search results.
FIG. 5 shows a result of identifying a major domain according to a protein blast search.
FIG. 6 shows the phylogenetic tree and homology of the highest-order homologous proteins in the protein blast search results.
Figure 7 shows CMC degradation activity after inoculation on CMC-Agar plates.
이하, 본 발명을 보다 상세하게 설명한다.
Hereinafter, the present invention will be described in more detail.
본 발명의 상세한 설명에서 사용되는 용어, '반추위 미생물(rumen microorganism)'이란, 반추류(Ruminantia)의 동물(소, 염소, 양, 사슴 등)에 있는 반추위에 서식하는 미생물로서, 소화하기 어려운 섬유소 등을 반추위에 대량으로 공생하고 있는 미생물이 휘발성 지방산 등으로 분해한다. 대표적인 예로, 피브로박터 숙시노게네스(Fibrobacter succinogenes), 루미노코커스 플라베파시엔스(Ruminococcus flavefaciens), 루미노코커스 알부스(Ruminococcus albus), 부티리비브리오 피브리솔벤스(Butyrivibrio fibrisolvens), 유박테리움 셀룰로솔벤스(Eubacterium cellulosolvens), 프레보텔라(Prevotella) 및 일부분의 클로스트리디움(Clostridium) 속에 속하는 박테리아 등이 있다.The term "rumen microorganism" as used in the detailed description of the present invention refers to microorganisms in the rumen of ruminantia (cattle, goats, sheep, deer, etc.) And microorganisms that massively coexist in the rumen are decomposed into volatile fatty acids and the like. Representative examples include, but are not limited to, Fibrobacter succinogenes , Ruminococcus flavefaciens , Ruminococcus albus , Butyrivibrio fibrisolvens , Eubacterium cellulosolvens , Prevotella, < RTI ID = 0.0 > And a portion of Clostridium < RTI ID = 0.0 > Bacteria belonging to the genus.
본 발명의 상세한 설명에서 사용되는 용어, '탄수화물 결합 단위(CBM; carbohydrate-binding module)'란, 탄수화물-활성 효소(carbohydrate-active enzyme)에서 발견되는 단백질 도메인으로, 상기 도메인은 탄수화물-결합 활성(carbohydrate-binding activity)을 가지고 있다. 상기 CBM은 주로 셀룰로오즈-결합 도메인(cellulose-binding domain)으로 알려져 있으며, 셀룰로소말 스캐폴딩 단백질(cellulosomal scaffoldin protein)에서 발견되기도 하며, 현재 아미노산 서열의 유사 정도에 따라 64개의 패밀리로 분류되고 있다.The term 'carbohydrate-binding module' (CBM) as used in the detailed description of the present invention is a protein domain found in a carbohydrate-active enzyme, and the domain is a carbohydrate-binding activity carbohydrate-binding activity. The CBM is mainly known as a cellulose-binding domain. It is also found in cellulosomal scaffoldin protein, and is classified into 64 families according to the similarity of the amino acid sequence.
본 발명의 상세한 설명에서 사용되는 용어, '글라이코시드 가수분해효소(GH; glycoside hydrolase) 도메인'이란, 배당체와 올리고당, 다당에 작용하고 글리코시드 결합을 가수분해하는 효소 활성을 가지는 도메인을 의미하며, 현재 아미노산 서열의 유사 정도에 따라 127개의 패밀리로 분류되고 있다.The term "glycoside hydrolase (GH) domain" as used in the detailed description of the present invention means a domain having an enzyme activity that acts on glycosides, oligosaccharides, and polysaccharides and hydrolyzes glycosidic bonds , And are classified into 127 families according to the degree of similarity of the present amino acid sequence.
본 발명의 상세한 설명에서 사용되는 용어, '바이오매스(biomass)'란, 태양광을 사용하여 이산화탄소를 고정하는 탄소동화과정을 하는 식물체와 이를 먹고 살아가는 동물체를 포함하는 생물유기체 전반을 일컫는다. 상기 바이오매스로부터 생산되는 알콜, 디젤, 수소와 같은 각종 연료는 바이오연료(biofuel)라 불리우며 이러한 바이오매스, 특히 섬유소와 같은 식물계 바이오매스는 석유로 부터 얻어지는 화학물질들을 대체할 수 있는 물질로 제안되고 있다. 식물계 바이오매스는 각종 화학제품을 생산하는데 있어 석유를 원료로 하는 것보다 에너지 수지면에서 유리하다. 그 이유는 식물계 바이오매스의 경우는 산소를 포함하는 다양한 기능기가 포함되어 있어 기능기가 첨부된 각종 화학제품들을 생산하는 경우 더 낮은 활성화 에너지로 전환이 가능하기 때문이다.The term " biomass " used in the detailed description of the present invention refers to a whole of an organism including a plant carrying a carbon assimilation process for fixing carbon dioxide by using sunlight and an animal living there. Various fuels such as alcohol, diesel, and hydrogen produced from the biomass are called biofuels, and biomass such as biomass such as fibrin is proposed as a substance capable of replacing chemicals obtained from petroleum have. Plant-based biomass is more advantageous in terms of energy balance than petroleum as raw material in producing various chemical products. The reason for this is that, in the case of the plant-based biomass, various functional groups including oxygen are included, so that it is possible to convert to a lower activation energy when various chemical products with functional groups are produced.
본 발명의 상세한 설명에서 사용되는 용어, '바이오연료(biofuel)'란, 연료로 살아있는 유기체뿐 아니라 동물의 배성물 등 대사활동에서 나오는 부산물을 모두포함하며, 화석연료와는 다른 신재생에너지로 바이오에탄올과 바이오디젤 등이 포함된다.
The term "biofuel" as used in the detailed description of the present invention includes all the byproducts derived from metabolism activities such as living organisms as well as animal organisms as fuel, Ethanol and biodiesel.
본 발명의 일 측면에 따르면, 서열번호 1로 표시되는 염기서열(2,694bp)로 이루어진, 흑염소 반추위 미생물 유래의 섬유소분해효소 cel-KG43 유전자가 제공될 수 있다.According to one aspect of the present invention, a cellulolytic enzyme cel-KG43 gene derived from a black goat rumen microorganism and consisting of the nucleotide sequence (2,694 bp) shown in SEQ ID NO: 1 can be provided.
본 발명에 따른 섬유소분해효소 cel-KG43 유전자는 섬유소분해효소 단백질을 코딩하는 DNA 또는 RNA 일 수 있다. DNA는 cDNA, 게놈 DNA 또는 인위적인 합성 DNA를 포함한다. DNA는 단일 가닥 또는 이중 가닥일 수 있다. DNA는 코딩(coding) 가닥 또는 넌코딩(non-coding) 가닥일 수 있다.The fibrinolytic enzyme cel-KG43 gene according to the present invention may be DNA or RNA encoding a fibrinolytic enzyme protein. DNA includes cDNA, genomic DNA, or artificial synthetic DNA. The DNA may be single stranded or double stranded. The DNA may be a coding strand or a non-coding strand.
바람직하게는, 본 발명에 따른 섬유소분해효소 cel-KG43 유전자는 서열번호 1로 표시되는 염기서열을 포함할 수 있다. 또한, 상기 염기 서열의 변이체가 본 발명의 범위 내에 포함된다. 보다 구체적으로, 상기 유전자는 서열번호 1의 염기서열로부터 70% 이상, 바람직하게는 80% 이상, 더욱 바람직하게는 90% 이상, 가장 바람직하게는 95% 이상의 서열 상동성을 가지는 염기서열을 포함할 수 있다. Preferably, the fibrinolytic enzyme cel-KG43 gene according to the present invention may include the nucleotide sequence shown in SEQ ID NO: 1. Variants of the above base sequences are also included within the scope of the present invention. More specifically, the gene comprises a nucleotide sequence having a sequence homology of 70% or more, preferably 80% or more, more preferably 90% or more, and most preferably 95% or more, from the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 1 .
폴리뉴클레오티드에 대한 '서열 상동성의 %'는 두 개의 최적으로 배열된 서열과 비교 영역을 비교함으로써 확인되며, 비교 영역에서의 폴리뉴클레오티드 서열의 일부는 두 서열의 최적 배열에 대한 참고 서열(추가 또는 삭제를 포함하지 않음)에 비해 추가 또는 삭제(즉, 갭)를 포함할 수 있다.The 'percentage of sequence homology to polynucleotides' is identified by comparing the comparison region with two optimally aligned sequences, and a portion of the polynucleotide sequence in the comparison region is the reference sequence for the optimal alignment of the two sequences (addition or deletion) (I. E., A gap) relative to the < / RTI >
본 발명의 실시예에 따라, 섬유소분해효소 cel-KG43 유전자는 바람직하게는 흑염소 반추위 미생물 유래일 수 있다. 다만, 반드시 이에 제한될 것은 아니며, 본 발명의 실시예는 섬유소분해효소 cel-KG43 유전자와 높은 상동성(예를 들어, 70% 이상, 바람직하게는 80% 이상, 더욱 바람직하게는 90% 이상, 가장 바람직하게는 95% 이상의 서열 상동성)을 갖고, 흑염소가 아닌 다른 생물의 반추위 미생물로부터 유래한 유전자를 포함할 수 있다. 서열정렬 방법 및 서열 상동성을 결정하기 위한 수단(예를 들어, BLAST 등)은 본 발명이 속하는 기술분야에서 통상의 지식을 가진 자에게 주지되어 있다.
According to an embodiment of the present invention, the fibrinolytic enzyme cel-KG43 gene may preferably be derived from a black goat rumen microorganism. However, the present invention is not necessarily limited thereto. Examples of the present invention include those having high homology with the fibrinolytic enzyme cel-KG43 gene (for example, 70% or more, preferably 80% or more, more preferably 90% Most preferably at least 95% sequence homology) and may comprise a gene derived from a rumen microorganism of another organism other than a black goat. Methods for sequencing and means for determining sequence homology (e.g., BLAST, etc.) are well known to those skilled in the art.
본 발명의 다른 측면에 따르면, 상기 유전자로부터 인코딩되며, 서열번호 2로 표시되는 아미노산 서열(897개의 아미노산)로 이루어진, 흑염소 반추위 미생물 유래의 GH2C 도메인 계열 섬유소분해효소 단백질이 제공될 수 있다.According to another aspect of the present invention, there is provided a GH2C domain-based fibrinolytic enzyme protein derived from a black goat rumen microorganism, which is encoded by the gene and is composed of the amino acid sequence (897 amino acids) represented by SEQ ID NO: 2.
본 발명에 따른 섬유소분해효소 단백질은 농촌진흥청 국립축산과학원 가축유전자원시험장 출생 흑염소 3두(수컷 2두, 암컷 1두)에 대하여 동물유전체과에서 관리 이전 후 볏짚 사료와 미네랄 보충제로만 한 달간 급여한 후 도축하여 얻은 반추위에 공생하는 미생물 시료로부터 얻어졌다.The fibrinolytic enzyme protein according to the present invention was administered to three animal goats (2 males and 1 female) born in the livestock genetic resource test center of the National Livestock Research Institute of RDA and fed with rice straw feed and mineral supplement for one month Were obtained from microbial samples that were symbiotic to rumen obtained from slaughter.
본 발명에 따른 섬유소분해효소 단백질의 범위는 흑염소 반추위 미생물로부터 분리된 서열번호 2로 표시되는 아미노산 서열로 이루어진 GH2C 도메인 계열 단백질 및 상기 단백질의 기능적 동등물을 포함한다. The range of the fibrinolytic enzyme protein according to the present invention includes the GH2C domain family protein consisting of the amino acid sequence shown in SEQ ID NO: 2 isolated from the black goat rumen microorganism and the functional equivalent of the protein.
상기 '기능적 동등물'이란 용어는, 아미노산의 부가, 치환 또는 결실의 결과, 상기 서열번호 2로 표시되는 아미노산 서열과 적어도 70% 이상, 바람직하게는 80% 이상, 더욱 바람직하게는 90% 이상, 가장 바람직하게는 95% 이상의 서열 상동성을 갖는 것으로, 서열번호 2로 표시되는 아미노산 서열로 이루어진 단백질과 실질적으로 동질의 생리활성을 나타내는 단백질을 말한다. 상기 '실질적으로 동질의 생리활성'이란 용어는, 동일한 섬유소분해효소 활성을 의미한다.The term "functional equivalent" means that at least 70% or more, preferably 80% or more, more preferably 90% or more, or more preferably 90% or more, of the amino acid sequence shown in SEQ ID NO: 2 as a result of addition, 2, and most preferably at least 95%, of the amino acid sequence shown in SEQ ID NO: 2, and has substantially the same physiological activity as the protein consisting of the amino acid sequence shown in SEQ ID NO: 2. The term " substantially homogenous physiological activity " means the same enzymatic activity of fibrinolytic enzymes.
본 발명은 또한 섬유소분해효소 단백질의 단편, 유도체 및 유사체(analogues)를 포함한다. 상기 '단편', '유도체' 및 '유사체'란 용어는 본 발명에 따른 섬유소분해효소 단백질과 실질적으로 같은 생물학적 기능 또는 활성을 보유하는 폴리펩티드를 의미한다. The present invention also includes fragments, derivatives and analogues of fibrinolytic enzymes proteins. The terms "fragment", "derivative" and "analog" refer to polypeptides having substantially the same biological function or activity as the protease protein according to the present invention.
본 발명에 따른 섬유소분해효소 단백질의 단편, 유도체 및 유사체는 (i) 하나 이상의 보존적(conservative) 또는 비보존적 아미노산 잔기(바람직하게는 보존적 아미노산 잔기)가 치환된 폴리펩티드(상기 치환된 아미노산 잔기는 유전암호에 의해 암호화될 수도, 되지 않을 수도 있다) 또는 (ii) 하나 이상의 아미노산 잔기에서 치환기(들)를 가지는 폴리펩티드, 또는 (iii) 또 다른 화합물(폴리펩티드의 반감기를 연장할 수 있는 화합물, 예를 들면 폴리에틸렌 글리콜)과 결합된 성숙 폴리펩티드로부터 유래된 폴리펩티드, 또는 (iv) 부가적인 아미노산 서열(예를 들면, 선도 서열, 분비 서열, 상기 폴리펩티드를 정제하는데 사용된 서열, 프로테이노젠(proteinogen) 서열 또는 융합 단백질)과 결합된 상기 폴리펩티드로부터 유래된 폴리펩티드일 수 있다. 본 발명에 따라 정의된 상기 단편, 유도체 및 유사체는 본 발명이 속하는 기술분야에서 통상의 지식을 가진 자에게 주지되어 있다.Fragments, derivatives and analogs of the fibrinolytic enzyme proteins according to the present invention may be prepared by (i) replacing one or more conservative or non-conservative amino acid residues (preferably conservative amino acid residues) with a substituted polypeptide (Ii) a polypeptide having a substituent (s) at one or more amino acid residues, or (iii) another compound (a compound capable of extending the half-life of the polypeptide, e.g., (Iii) a polypeptide derived from a mature polypeptide conjugated to a poly (ethylene glycol), or (iv) a polypeptide derived from a polypeptide having additional amino acid sequence (e.g., a sequence, sequence, sequence used to purify the polypeptide, ≪ RTI ID = 0.0 > a < / RTI > sequence or fusion protein). The fragments, derivatives and analogs defined in accordance with the present invention are well known to those skilled in the art.
서열번호 2로 표시되는 아미노산 서열, 즉 성숙(mature) 폴리펩티드를 암호화하는 폴리뉴클레오티드는 오직 성숙 폴리펩티드만을 암호화하는 코딩 서열; 성숙 폴리펩티드 및 다양한 부가적인 코딩 서열을 암호화하는 서열; 성숙 폴리펩티드(및 임의의 부가적인 코딩 서열) 및 넌코딩 서열을 암호화하는 서열을 포함한다. The amino acid sequence represented by SEQ ID NO: 2, that is, the polynucleotide encoding the mature polypeptide, is a coding sequence that encodes only the mature polypeptide; Sequences encoding mature polypeptides and various additional coding sequences; Mature polypeptides (and any additional coding sequences) and sequences coding for noncoding sequences.
상기 '폴리펩티드를 암호화하는 폴리뉴클레오티드'란 용어는 폴리펩티드를 암호화하는 폴리뉴클레오티드, 또는 부가적인 코딩 및/또는 넌코딩 서열을 더 포함하는 폴리뉴클레오티드를 말한다. The term " polynucleotide encoding the polypeptide " refers to a polynucleotide encoding a polypeptide, or a polynucleotide further comprising additional coding and / or noncoding sequences.
또한, 본 발명은 상기에 기재된 것과 동일한 아미노산 서열, 또는 이의 단편, 유사체 및 유도체를 포함하는 폴리펩티드를 암호화하는 상기 폴리뉴클레오티드의 변이체에 관한 것이다. 폴리뉴클레오티드 변이체는 자연적으로 발생하는 대립유전자 변이체 또는 비자연적으로 발생하는 변이체일 수 있다. 상기 뉴클레오티드 변이체는 치환 변이체, 결실 변이체, 및 삽입 변이체를 포함한다. The present invention also relates to variants of said polynucleotides encoding polypeptides comprising the same amino acid sequence as described above, or fragments, analogs and derivatives thereof. Polynucleotide variants can be naturally occurring allelic variants or non-naturally occurring variants. The nucleotide mutant includes a substitution mutant, a deletion mutant, and an insertion mutant.
본 발명이 속하는 기술분야에서 통상의 지식을 가진 자에게 주지된 바와 같이, 대립유전자 변이체는 폴리뉴클레오티드의 대안(alternative)이며, 이는 하나 이상의 치환, 결실 또는 삽입된 뉴클레오티드를 포함할 수 있으며, 변이체에 의해 암호화된 폴리펩티드에서 실질적인 기능 변화를 초래하지는 않는다.
As is known to those of ordinary skill in the art, an allelic variant is an alternative to a polynucleotide, which may comprise one or more substituted, deleted or inserted nucleotides, Lt; RTI ID = 0.0 > polypeptide < / RTI >
본 발명의 또 다른 측면에 따르면, 상기 유전자를 포함하는 재조합 벡터가 제공될 수 있다.According to another aspect of the present invention, a recombinant vector containing the gene may be provided.
본 발명에 따른 벡터는 전형적으로 클로닝 또는 발현을 위한 벡터로서 구축될 수 있다. 또한, 본 발명에 따른 벡터는 원핵 세포 또는 진핵 세포를 숙주로 하여 구축될 수 있다. 예를 들어, 본 발명에 따른 벡터가 발현 벡터이고, 원핵 세포를 숙주로 하는 경우에는, 전사를 진행시킬 수 있는 강력한 프로모터 (예컨대, pL프로모터, trp 프로모터, lac 프로모터, T7 프로모터, tac 프로모터 등), 해독의 개시를 위한 리보좀 결합 자리 및 전사/해독 종결 서열을 포함하는 것이 일반적이다. 숙주 세포로서 대장균(E. coli)이 이용되는 경우, E. coli 트립토판 생합성 경로의 프로모터 및 오퍼레이터 부위, 그리고 파아지 의 좌향 프로모터 (pL프로모터)가 조절 부위로서 이용될 수 있다.The vector according to the invention can typically be constructed as a vector for cloning or expression. In addition, the vector according to the present invention can be constructed by using prokaryotic cells or eukaryotic cells as hosts. For example, when the vector according to the present invention is an expression vector and a prokaryotic cell is used as a host, a strong promoter (for example, pL promoter, trp promoter, lac promoter, T7 promoter, tac promoter, etc.) , Ribosome binding sites for initiation of detoxification, and transcription / translation termination sequences. When E. coli is used as a host cell, the promoter and operator site of the E. coli tryptophan biosynthetic pathway and the left promoter of the phage (pL promoter) can be used as the regulatory region.
여기서, 본 발명에 이용될 수 있는 벡터는 본 발명이 속하는 기술분야에서 통상적으로 사용되는 플라스미드 (예: pSC101, ColE1, pBR322, pUC8/9, pHC79, pGEX 시리즈, pET 시리즈 및 pUC19 등), 파지 (예: gt4B, -Charon, z1 및 M13 등) 또는 바이러스 (예: SV40 등)를 조작하여 제작될 수 있다.Herein, the vectors that can be used in the present invention include plasmids commonly used in the technical field of the present invention such as pSC101, ColE1, pBR322, pUC8 / 9, pHC79, pGEX series, pET series and pUC19, For example, gt4B, -Charon, z1 and M13, or viruses such as SV40.
또한, 본 발명에 따른 벡터가 발현 벡터이고, 진핵 세포를 숙주로 하는 경우, 포유동물 세포의 게놈으로부터 유래된 프로모터(예: 메탈로티오닌 프로모터) 또는 포유동물 바이러스로부터 유래된 프로모터(예: 아데노바이러스 후기 프로모터, 백시니아 바이러스 7.5K 프로모터, SV40 프로모터, 사이토메갈로바이러스 프로모터 및 HSV의 tk 프로모터)가 이용될 수 있으며, 전사 종결 서열로서 일반적으로 폴리아데닐화 서열을 갖는다.In addition, when the vector according to the present invention is an expression vector and the eukaryotic cell is a host, a promoter derived from the genome of a mammalian cell (e.g., a metallothionine promoter) or a mammalian virus (e.g., Adeno Virus late promoter, vaccinia virus 7.5K promoter, SV40 promoter, cytomegalovirus promoter, and tk promoter of HSV) can be used, and generally have a polyadenylation sequence as a transcription termination sequence.
본 발명에 따른 벡터는 선택표지(marker)로서, 본 발명이 속하는 기술분야에서 통상적으로 이용되는 항생제 내성 유전자, 예를 들어 암피실린, 겐타마이신, 카베니실린, 클로람페니콜, 스트렙토마이신, 카나마이신, 게네티신, 네오마이신 및 테트라사이클린에 대한 내성 유전자를 더 포함할 수 있다.
The vectors according to the present invention may be used as selectable markers and include antibiotic resistance genes commonly used in the art to which the present invention belongs, for example, ampicillin, gentamycin, carbenicillin, chloramphenicol, streptomycin, kanamycin, , ≪ / RTI > neomycin, and tetracycline.
본 발명의 또 다른 측면에 따르면, 상기 재조합 벡터로 형질전환된 숙주세포가 제공될 수 있다.According to another aspect of the present invention, a host cell transformed with the recombinant vector may be provided.
본 발명에 따른 벡터를 원핵세포에 안정적으로 형질전환시킨 후 발현시키기 위한 숙주세포는 본 발명이 속하는 기술분야에서 통상적으로 이용되는 숙주세포, 예를 들어, E. coli JM109, E. coli BL21, E. coli RR1, E. coli LE392, E. coli B, E. coli X 1776, E. coli W3110, 바실러스 서브틸리스, 바실러스 츄린겐시스와 같은 바실러스 속 균주, 또는 살모넬라 티피무리움, 세라티아 마르세슨스 및 다양한 슈도모나스 종과 같은 장내균과 균주 등을 이용할 수 있다.The host cell for stably transforming the vector according to the present invention into a prokaryotic cell and then expressing the host cell may be a host cell commonly used in the technical field of the present invention, for example, E. coli JM109, E. coli BL21, E Bacillus strains such as E. coli RR1, E. coli LE392, E. coli B, E. coli X1776, E. coli W3110, Bacillus subtilis, and Bacillus tulifene, or Salmonella typhimurium, And various enterococci such as Pseudomonas species and strains.
또한, 본 발명에 따른 벡터를 진핵 세포에 형질전환시키는 경우, 숙주세포로서, 효모(Saccharomyce cerevisiae), 곤충세포, 사람세포 (예컨대, CHO 세포주 (Chinese hamster ovary), W138, BHK, COS-7, 293, HepG2, 3T3, RIN 및 MDCK 세포주) 및 식물세포 등을 이용할 수 있다. When the vector according to the present invention is transformed into eukaryotic cells, yeast ( Saccharomyce cerevisiae ), insect cells, human cells (for example, Chinese hamster ovary, W138, BHK, COS-7, 293, HepG2, 3T3, RIN and MDCK cell lines) and plant cells.
본 발명에 따른 벡터를 숙주세포 내로 운반하는 방법은, 숙주 세포가 원핵 세포인 경우, CaCl2 방법, 하나한 방법 (Hanahan, D., J. Mol. Biol., 166:557-580(1983)) 및 전기천공 방법 등에 의해 실시될 수 있다. 또한, 숙주세포가 진핵세포인 경우, 미세주입법, 칼슘포스페이트 침전법, 전기천공법, 리포좀-매개 형질감염법, DEAE-덱스트란 처리법, 및 유전자 밤바드먼트 등에 의해 벡터를 숙주세포 내로 주입할 수 있다.
The method of delivering a vector according to the present invention into a host cell can be carried out by the CaCl 2 method, Hanahan, D., J. MoI. Biol., 166: 557-580 (1983) ) And electric drilling method. When the host cell is a eukaryotic cell, the vector can be injected into the host cell by microinjection, calcium phosphate precipitation, electroporation, liposome-mediated transfection, DEAE-dextran treatment, gene bombardment, have.
본 발명의 또 다른 측면에 따르면, 상기 섬유소분해효소 단백질을 포함하는 섬유소 분해 증진용 사료 첨가제가 제공될 수 있다.According to another aspect of the present invention, there can be provided a feed additive for promoting fibrin degradation comprising the fibrinolytic enzyme protein.
본 발명에 따른 사료 첨가제는 구연산, 후말산, 아디픽산, 젖산 및 사과산 등과 같은 유기산; 인산나트륨, 인산칼륨, 산성피로인산염, 폴리인산염(중합인산염)등과 같은 인산염; 폴리페놀, 카테킨(catechin), 알파-토코페롤, 로즈메리 추출물(rosemary extract), 비타민 C, 녹차 추출물, 감초 추출물, 키토산, 탄닌산, 피틴산 등과 같은 천연 항산화제;로부터 선택되는 하나 이상을 더 포함할 수 있다. Feed additives according to the present invention include organic acids such as citric acid, fumaric acid, adipic acid, lactic acid and malic acid; Phosphates such as sodium phosphate, potassium phosphate, acid pyrophosphate, polyphosphate (polymerized phosphate) and the like; Natural antioxidants such as polyphenol, catechin, alpha-tocopherol, rosemary extract, vitamin C, green tea extract, licorice extract, chitosan, tannic acid, phytic acid and the like have.
본 발명에 따른 사료 첨가제는 아미노산, 무기염류, 비타민, 항생물질, 항균물질, 항산화, 항곰팡이 효소 및 다른 생균 형태의 미생물 제제 등과 같은 보조제 성분; 곡물, 예를 들어, 분쇄 또는 파쇄된 밀, 귀리, 보리, 옥수수 및 쌀; 식물성 단백질 사료, 예를 들어, 평지, 콩 및 해바라기를 주성분으로 하는 것; 동물성 단백질 사료, 예를 들어, 혈분, 육분, 골분 및 생선분; 당분 및 유제품, 예를 들어, 각종 분유 및 유장 분말로 이루어지는 건조성분; 지질, 예를 들어, 가열에 의해 임의로 액화시킨 동물성 지방 및 식물성 지방 등과 같은 주성분; 영양보충제, 소화 및 흡수향상제, 성장촉진제, 질병예방제 등과 같은 첨가제;로부터 선택되는 하나 이상을 더 포함할 수 있다. The feed additive according to the present invention may include adjuvant components such as amino acids, inorganic salts, vitamins, antibiotics, antimicrobials, antioxidants, antifungal enzymes and other microbial agents in the form of live cells; Grain, for example, ground or crushed wheat, oats, barley, corn and rice; Vegetable protein feedstuffs, for example, based on rapeseed, soybeans and sunflower; Animal protein feeds such as blood, meat, bone meal and fish meal; A dry component consisting of sugar and dairy products, for example various powdered milk and whey powders; Lipids such as animal fat and vegetable fat optionally liquefied by heating; Nutritional supplements, digestion and absorption enhancers, growth promoters, disease prevention agents, and the like.
본 발명에 따른 사료 첨가제는 건조 또는 액체 상태의 제제 형태일 수 있으며, 사료 첨가용 부형제를 포함할 수 있다. 상기 사료 첨가용 부형제로는 예를 들어, 제올라이트, 옥분 또는 미강 등이 있으며, 반드시 상기의 예시에 한정되지 않는다.The feed additive according to the present invention may be in the form of a dry or liquid preparation, and may contain an excipient for feed addition. Examples of the excipient for adding the feed include zeolite, corn or rice bran, and the present invention is not limited to the above examples.
본 발명에 따른 사료 첨가제는 효소 제제, 예를 들어, 리파아제(lipase)와 같은 지방 분해효소, 피틴산(phytic acid)을 분해하여 인산염과 이노시톨인산염을 만드는 파이타제(phytase), 녹말과 글리코겐 등에 포함되어 있는 알파-1,4-글리코시드 결합(-1,4-glycoside bond)을 가수분해하는 효소인 아밀라제, 유기인산에스테르를 가수분해하는 효소인 포스파타제(phosphatase), 말토오스를 두 분자의 글루코스로 가수분해하는 말타제 및 사카로스를 가수분해하여 글루코스-프룩토스 혼합물을 만드는 전환효소 등으로부터 선택되는 하나 이상을 더 포함할 수 있다. The feed additive according to the present invention may be used as an enzyme preparation, for example, a lipase such as lipase, a phytase which decomposes phytic acid to form phosphate and inositol phosphate, starch and glycogen Amylase, which is an enzyme that hydrolyzes the -1,4-glycoside bond, phosphatase, which is an enzyme that hydrolyzes the organic phosphate ester, and hydrolyzes maltose into two molecules of glucose And a conversion enzyme which hydrolyzes maltase and saccharose to produce a glucose-fructose mixture, and the like.
본 발명에 따른 사료 첨가제는 동물에게 단독으로 투여되거나 식용 담체 중에서 다른 사료 첨가제와 조합되어 투여될 수 있다. 또한, 상기 사료 첨가제는 탑 드레싱으로서 또는 이들을 가축 사료에 직접 혼합하거나 또는 사료와 별도로, 별도의 경구 제형으로, 또는 다른 성분과 조합하여 쉽게 투여할 수 있다. The feed additive according to the present invention may be administered to animals alone or in combination with other feed additives in edible carriers. The feed additives can also be administered as top dressing or they can be mixed directly with the livestock feed or separately from the feed, in separate oral formulations, or in combination with other ingredients.
본 발명이 속하는 기술분야에서 통상적으로 알려진 바와 같이 단독 일일 섭취량 또는 분할 일일 섭취량을 사용할 수 있다. A single daily intake or divided daily intake can be used as is commonly known in the art.
본 발명에 따른 사료 첨가제가 사용될 수 있는 동물은 예를 들어 식용우, 젖소, 송아지, 돼지, 돼지새끼, 양, 염소, 말, 토끼, 개, 고양이 등과 같은 가축, 병아리, 알닭, 가정용 닭, 수탉, 오리, 거위, 칠면조, 메추라기, 작은새 등과 같은 가금류를 포함하며, 반드시 상기의 예시에 한정되지 않는다. The animal in which the feed additive according to the present invention can be used can be, for example, an animal such as a cow, a cow, a calf, a pig, a pig, a sheep, a goat, a horse, a rabbit, a dog, , Poultry such as ducks, geese, turkeys, quails, small birds, and the like, and are not necessarily limited to the above examples.
본 발명에 따른 사료 첨가제에 포함되는 본 발명에 따른 섬유소분해효소의 양은 특별히 한정되지 않으나, 본 발명이 속하는 기술분야에서 통상적으로 알려진 바와 같이 가축의 소화관에서 장기간 생존하면서 섬유질계 및 반섬유질계 물질을 분해하기에 적합한 양으로 포함된다.
The amount of the fibrotic degrading enzyme according to the present invention contained in the feed additive according to the present invention is not particularly limited. However, as is commonly known in the art to which the present invention pertains, long-term survival in the digestive tract of livestock, And is included in an amount suitable for decomposition.
본 발명의 또 다른 측면에 따르면, 상기 섬유소분해효소 단백질을 포함하는 세제 조성물이 제공될 수 있다.According to another aspect of the present invention, a detergent composition comprising the protease protein can be provided.
본 발명에 따른 세제 조성물은 1부 및 2부 수성 세제 조성물, 비수성 액체 세제 조성물, 성형 고체(cast solid), 과립 형태, 입자 형태, 압축 정제, 겔, 페이스트 또는 슬러리 형태일 수 있다. 상기 세제 조성물을 사용하여 음식물의 찌든 때, 음식물 잔류막 및 기타 소량의 식품 조성물을 신속하게 제거할 수 있다. The detergent composition according to the present invention may be in the form of a part and a part of an aqueous detergent composition, a non-aqueous liquid detergent composition, a cast solid, a granular form, a granular form, a compressed tablet, a gel, a paste or a slurry. The detergent composition can be used to quickly remove food stains, food residue films, and other small amounts of food compositions.
본 발명에 따른 세제 조성물은 전분 다당류의 촉매-매개 가수분해를 통한 말라붙은 얼룩 제거에 효과적일 수 있다.The detergent compositions according to the present invention may be effective in removing dried stains through the catalytic-mediated hydrolysis of starch polysaccharides.
본 발명에 따른 세제 조성물은 단단한 표면을 세정하는 세제 조성물, 직물을 세정하는 세제 조성물, 설거지용 세제 조성물, 구강 세정용 세제 조성물, 의치 세정용 세제 또는 콘택트 렌즈 세정 용액과 같은 형태로 제공될 수 있다.
The detergent composition according to the present invention may be provided in the form of a detergent composition for cleaning hard surfaces, a detergent composition for cleaning fabrics, a detergent composition for washing dishes, a detergent composition for oral cleaning, a detergent for cleaning denture or a contact lens cleaning solution .
본 발명의 또 다른 측면에 따르면, 바이오매스 물질에 상기 섬유소분해효소 단백질을 첨가하여 가수분해시키는 단계를 포함하는 바이오연료의 제조방법이 제공될 수 있다.According to another aspect of the present invention, there is provided a method for producing a biofuel comprising the step of hydrolyzing the biodegradable material with the fibrinolytic enzyme protein.
본 발명에 따른 바이오매스 물질은 고분자량의 탄수화물을 포함하는 바이오매스 물질이며, 본 발명에 따른 바이오연료의 제조방법은 고분자량의 탄수화물을 포함하는 바이오매스 물질을 전처리하는 단계; 전처리한 바이오매스를 효소로 가수분해시키는 단계; 및 가수분해된 바이오매스 물질을 발효시키는 단계;로 이루어지며, 상기 바이오연료의 제조방법은 본 발명이 속하는 기술분야에서 통상적으로 알려진 바이오연료(Biofuel)의 제조방법을 통해 수행될 수 있다.The biomass material according to the present invention is a biomass material containing a high molecular weight carbohydrate. The method for preparing a biofuel according to the present invention comprises: pre-treating a biomass material containing a high molecular weight carbohydrate; Hydrolyzing the pretreated biomass with an enzyme; And a step of fermenting the hydrolyzed biomass material. The method of manufacturing the biofuel may be performed by a method of manufacturing a biofuel commonly known in the art.
본 발명에 따른 바이오연료의 제조방법에 있어서, 상기 바이오매스는 전분질계(곡물, 감자류 등), 셀룰로오스계(초본, 임목, 왕겨 등), 당질계(사탕수수, 사탕무 등) 또는 단백질계(가축분뇨, 사체, 미생물 균체 및 이들로부터 유래하는 종이와 음식물찌꺼기 등 유기성 자원)등의 고분자량의 탄수화물일 수 있으며, 반드시 상기의 예시에 한정되지 않는다.
In the method for producing a biofuel according to the present invention, the biomass may be selected from the group consisting of starchy (cereals, potatoes), cellulose (herb, wood, chaff) Organic material such as manure, carcass, microbial cells and paper and food waste derived therefrom), and the like, and the present invention is not limited to the above examples.
이하, 실시예를 통해 본 발명을 더욱 상세히 설명하고자 한다. 단, 하기 실시예는 본 발명을 예시하는 것일 뿐 본 발명의 내용이 하기의 실시예에 한정되지 않는다.
Hereinafter, the present invention will be described in more detail by way of examples. However, the following examples are illustrative of the present invention and the contents of the present invention are not limited to the following examples.
실시예 1. 흑염소 반추위 미생물 분리 및 DNA 추출Example 1. Isolation and DNA extraction of black goat rumen microorganism
수컷 2마리와 암컷 1마리 흑염소에 대하여 1개월간 볏짚 사료와 미네랄 보충제만으로 사육한 후, 도축을 실시하였고 이로부터 4개의 위 중에서 첫 번째 위인 반추위를 취하여 그 내용물을 확보하였다. 확보된 내용물은 먼저 거즈를 이용하여 위액상(Lq; liquid phase)과 사료 소화상(Ad; adherent phase)으로 구분하여 시료를 준비하였다. 사료 소화상 Ad는 거즈로 거른 후의 찌꺼기를 다시 0.15%(volume/volume) Tween-80, PBS 용액에 현탁하여 볏짚 소화물에 부착된 미생물을 회수한 것이다. 이들에 대해 각각 5g의 침전 시료를 마련하고 이를 CTAB (hexadecylmethylammonium bromide)와 SDS (sodium dodecyl sulfate)를 이용하여 총 DNA를 추출하였다.
Two males and one female black goat were raised for only one month with rice straw and mineral supplements, and then slaughtered. The rumen was obtained from the four rumen, and the contents were obtained. The obtained contents were first separated into a liquid phase (Lq) and an adherent phase (Ad) by using gauze. Feed scoop Ad was obtained by suspending the residue after filtering with gauze in 0.15% (volume / volume) Tween-80, PBS solution, and recovering the microorganisms attached to rice straw. A total of 5 g of the precipitated sample was prepared and extracted with CTAB (hexadecylmethylammonium bromide) and SDS (sodium dodecyl sulfate).
실시예 2. 흑염소 반추위 미생물 포스미드 유전자은행 구축Example 2. Construction of a black goat rumen microbial phosphide gene bank
Ad와 Lq에서 추출된 DNA에 대하여 포스미드 유전자은행을 구축하기 위한 적절한 크기로 임의 부분절단 조건을 위해 여러 HindIII 제한효소의 양을 조절하였다. Ad는 HindIII 5단위 그리고 Lq는 2.5단위를 사용하도록 결정하였다(도 1). 부분절단된 DNA 절편들은 펄스장 겔(Pulse-Field Gel) 전기영동 방법을 사용하여 10kb 내지 50kb 사이의 영역을 오려내어 이로부터 다시 삽입 DNA 단편을 마련하였다. 마련된 DNA는 말단 평활화 반응을 수행하고 이를 pCC1FOS 벡터에 ligation 반응으로 연결하였다. Ligation 연결 반응 후, 이를 DH5α 대장균에 전기적 충격법으로 형질전환하여 유전자은행을 구축하였다. For the DNA extracted from Ad and Lq, the amount of various HindIII restriction enzymes was adjusted for arbitrary fragmentation conditions at an appropriate size to construct the phosphide gene bank. Ad was determined to use HindIII 5 units and Lq 2.5 units (Fig. 1). The partially cleaved DNA fragments were clipped in a region between 10 kb and 50 kb using a Pulse-Field Gel electrophoresis method to prepare an insert DNA fragment therefrom. The prepared DNA was subjected to terminal smoothing reaction and ligated to the pCC1FOS vector by ligation reaction. After the ligation reaction, the gene was transformed into E. coli DH5α by an electric shock method to construct a gene bank.
구축된 포스미드 유전자은행에 대하여 평균 삽입크기를 확인하기 위하여 NotI 효소 처리를 하여 이를 전기영동으로 확인한 결과, Ad의 경우 30 kb, Lq의 경우는 31 kb로 판명되었다(도 2). 이들에 대해서 각각 384 웰 플레이트의 총 150 플레이트에 냉동보존 가능 배지에 접종하여 초저온냉동고(-70℃)에 보관하였다.
In order to confirm the average insertion size of the constructed phosphide gene bank, NotI enzyme treatment was carried out and it was confirmed by electrophoresis that 30 kb for Ad and 31 kb for Lq (FIG. 2). To each of them, 150 plates of 384 well plates were inoculated into a cryopreservation medium and stored in a cryogenic freezer (-70 ° C).
실시예 3. CMCase 활성을 지닌 포스미드 클론 선발Example 3. Fosmid clone selection with CMCase activity
Ad와 Lq의 포스미드 클론 전부인 115,200개 클론에 대하여 MultiMek 96 기기를 사용하여 384 클론 단위로 2.5% CMC LB 클로람페니콜 아가(chloramphenicol agar) 배지에 접종을 하고 37℃에서 18시간 배양하였다. 배양된 플레이트는 0.2%의 콩고 레드(Congo Red) 용액을 붓고 30분간 방치를 한 후, 이를 1차 증류수로 3회 이상 세척을 실시하고 여기에 다시 1M NaCl 용액을 넣고 5분 정도 방치하였다. 이 단계가 끝나면 라이트 박스(light box)에 플레이트를 올려 놓고 클리어 영역(clear zone)이 확인된 클론의 주소를 알아내었다(도 3).
For the 115,200 clones of Ad and Lq all of the phosphide clones, 384 clones were inoculated into 2.5% CMC LB chloramphenicol agar medium using MultiMek 96 instrument and incubated at 37 ° C for 18 hours. The cultured plate was poured 0.2% Congo Red solution and allowed to stand for 30 minutes. Then, it was washed with primary distilled water more than 3 times, 1M NaCl solution was added thereto, and left for 5 minutes. At the end of this step, the plate was placed in a light box and the address of the clone identified for the clear zone was determined (FIG. 3).
실시예 4. CMCase 활성 포스미드 클론에 대한 염기서열 해독Example 4. Detection of base sequence for CMCase-activated phosmid clone
실시예 3에서 확인된 포스미드 클론 Ad_143A19에 대하여 포스미드 플라스미드 추출을 Qiagen plasmid midi prep kit을 사용하여 수행하였으며, 추출된 플라스미드 DNA는 Sanger shotgun 염기서열 해독 방법과 한 방향 파이로염기서열해독 기법을 병행하여 해당 클론의 플라스미드에 삽입된 DNA의 서열 정보를 확보하였다.For the plasmid clone Ad_143A19 identified in Example 3, a plasmid plasmid extraction was performed using Qiagen plasmid midi prep kit. The extracted plasmid DNA was used in combination with the Sanger shotgun DNA sequencing method and the uni-directional DNA sequencing method To obtain the sequence information of the DNA inserted into the plasmid of the clone.
Sanger shotgun 염기서열 해독은 추출된 플라스미드 DNA를 임의 절단하여 말단 평활화를 하고 이를 SmaI 제한효소로 마련된 탈인산화된 pUC19 벡터와 ligation 반응을 한 후, 이를 DH5α 대장균에 형질전환하여 이로부터 생성된 단일 클론 192개에 대한 플라스미드 DNA를 추출하여 양방향으로 M13_정방향 프라이머 (GTAAAACGACGGCCAGT)와 M13_역방향 프라이머 (AACAGCTATGACCATG)를 사용하여 Dye termination sequencing kit을 사용하여 염기서열 해독 반응을 하였고, 반응물은 에탄올 정제를 거친 후, ABI사의 Genome Analyzer 3730XL 기종을 사용하여 해독 작업을 진행하였다. Sanger shotgun DNA sequencing was performed by arbitrarily truncating the extracted plasmid DNA and ligating it with a dephosphorylated pUC19 vector prepared by SmaI restriction enzyme and then transforming it into DH5? E. coli to produce a single clone 192 The plasmid DNA was extracted in both directions and sequenced using a Dye termination sequencing kit using M13_ forward primer (GTAAAACGACGGCCAGT) and M13_ reverse primer (AACAGCTATGACCATG). The reaction products were purified through ethanol purification, We used the ABI Genome Analyzer 3730XL to decode.
해독된 염기서열 데이터는 phredphrap 프로그램을 이용하여 조합작업(assembly)를 진행하여 공통서열 정보를 일차 확보하였다. 또한 같은 클론의 DNA에 대하여 네블라이저를 이용하여 임의 절단한 조각에 대하여 파이로염기서열 해독 기법을 이용하여 GS Junior 기종을 사용하여 총 7200개 서열을 확보하고 이를 Newbler2.5 de novo assembler 프로그램을 이용하여 조합작업을 진행하였다. Sanger 염기서열 해독 데이터와 파이로 염기서열 해독 데이터는 Lasergene의 Seqman 프로그램을 이용하여 통합하여 최장 긴 서열을 확보하였다.
The decoded nucleotide sequence data were assembled using the phredphrap program to secure the common sequence information. In addition, for the same clone DNA, 7200 sequences were obtained using a GS Junior model using a Pyrosequencing Detection technique for randomly digested fragments using a navelizer, and using the Newbler2.5 de novo assembler program And the combination work was carried out. Sanger sequencing data and pyrosequencing data were integrated using Lasergene's Seqman program to ensure the longest sequence.
실시예 5. 유전자 탐색 및 유사성 조사Example 5. Genetic search and similarity investigation
확보된 포스미드 클론의 삽입 DNA 염기서열 정보에 대해서는 MetaGeneMark 프로그램을 이용하여 유전자 영역을 탐색하였다. 탐색된 유전자 정보에 대해서는 일차적으로 자체 pfam 도메인 데이터베이스에서 글라이코시드 하이드롤라아제(GH; glycoside hydrolase) 도메인과 탄수화물 결합 단위(CBM; carbohydrate binding module) 도메인을 갖는 유전자를 탐색한 결과, cel-KG43 유전자에서 섬유소분해효소 도메인을 확인하였고, 다음으로 NCBI에서 운영하는 nucleotide blast와 protein blast를 이용하여 동일 서열이 존재하는지 여부를 확인하였다. For the inserted DNA sequence information of the acquired phosphodiester clones, the gene region was searched using the MetaGeneMark program. As a result of searching for a gene having a glycoside hydrolase (GH) domain and a carbohydrate binding module (CBM) domain in its pfam domain database, cel-KG43 gene And the nucleotide blast and protein blast run by NCBI were used to confirm the presence of the same sequence.
2012년 9월 현재 nucleotide blast 결과 기본 검색 조건에서 어떠한 유사 DNA 서열을 찾을 수 없었다(도 4). 또한 protein blast 결과 일반적인 섬유소분해효소 도메인을 갖고 있음을 확인할 수 있었으며(도 5), 가장 유사한 유전자는 피브로박터 숙시노게네스(Fibrobacter succinogenes subsp. succinogenes S85)에서 GH2C 도메인을 지닌 섬유소분해효소 유전자(Accession No. YP_003250432)로서 총 897개 아미노산 중에서 525개만이 서로 상동성(57%)을 보였다. 이로써 본 발명에서 밝혀 낸 cel-KG43 유전자 및 그의 산물은 신규 섬유소분해효소라고 할 수 있다(도 6).
As of September 2012, the nucleotide blast results showed no similar DNA sequences in the basic search conditions (FIG. 4). In addition, the protein blast results showed that it had a common fibrinolytic enzyme domain (Fig. 5). The most similar gene was the Fibrobacter succinogenes subsp. Succinogenes S85 , a fibrinolytic enzyme gene having the GH2C domain Accession No. YP_003250432), only 525 out of 897 amino acids showed homology (57%) with each other. Thus, the cel-KG43 gene and its product revealed in the present invention can be said to be a novel cellulolytic enzyme (FIG. 6).
상기에서 살펴본 바와 같이, 본 발명에 따르면, 흑염소 반추위 미생물로부터 신규한 섬유소분해효소 유전자인 cel-KG43 유전자를 선별할 수 있으며, 이를 통해 섬유소분해효소 cel-KG43 유전자 및 단백질 산물을 제공함으로써 저가의 사료 첨가제 개발에 이용할 수 있고, 섬유 유연제 및 세제 개발뿐만 아니라 풍부한 자원인 섬유소를 분해하여 바이오연료의 생산에도 적극적으로 이용할 수 있다.
As described above, according to the present invention, a novel cellulolytic enzyme gene, cel-KG43 gene, can be selected from a black goat rumen microorganism. By providing a cel-KG43 gene and a protein product, It can be used for the development of additives, as well as developing textile softeners and detergents, as well as decomposing the abundant resources of cellulose, and actively utilizing biofuels.
이상으로 본 발명 내용의 특정한 부분을 상세히 기술하였는 바, 당업계의 통상의 지식을 가진 자에게 있어서, 이러한 구체적 기술은 단지 바람직한 실시 양태일 뿐이며, 이에 의해 본 발명의 범위가 제한되는 것이 아닌 점은 명백할 것이다. 따라서 본 발명의 실질적인 범위는 첨부된 청구항 들과 그것들의 등가물에 의하여 정의된다고 할 것이다.While the present invention has been particularly shown and described with reference to specific embodiments thereof, those skilled in the art will appreciate that such specific embodiments are merely preferred embodiments and that the scope of the present invention is not limited thereby. something to do. It is therefore intended that the scope of the invention be defined by the claims appended hereto and their equivalents.
<110> RURAL DEVELOPMENT ADMINISTRATION <120> cellulase cel-KG43 gene from rumen microorganism of black goat and uses thereof <130> NPF-22669 <160> 2 <170> PatentIn version 3.2 <210> 1 <211> 2694 <212> DNA <213> unidentified bacterium <400> 1 atgaaaaaaa ttttagcaac aatgatgctt gcggccgtgt ctgccatggc catcagtgca 60 agccgaatcg gccctgtgag cacgtacggt gagctcaagg caaacggcgg taagctctcc 120 ggcacttgcc cgcaatacca gaattctgcc gtgcaggtga agggcatgag ccttttctgg 180 agttccgctg cagatagtgc cacggcattc tataccgaaa aggctgtgaa cctcatggtg 240 aaggacatgg gtatcgaagt tatccgcttt gctatgggcg tgagcaatga ctttgacaag 300 ggccgtggct acatcaccgg tggcgaggat ttgcagaaag cctacctcaa gaacgtggtg 360 aacgccgcta tcgataacga catctacgtg attatcgact ggcacatcga aagtgggaac 420 ggctacacta gcgatgctgt caagttcttt gaatacgccg cccagcagta cggcgagtac 480 aacaacgtta ttttcgaagt gtggaatgag cctaaggatg gcgcaagcat gggcacggtc 540 gcttcccatg ctaataccgt gattaacgct atccgtaaat actctgacaa cctggtgctt 600 gtaggtagcc cggaatggtc cagccatccc gagcagtgtg caacaggtgg 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<400> 1 atgaaaaaaa ttttagcaac aatgatgctt gcggccgtgt ctgccatggc catcagtgca 60 agccgaatcg gccctgtgag cacgtacggt gagctcaagg caaacggcgg taagctctcc 120 ggcacttgcc cgcaatacca gaattctgcc gtgcaggtga agggcatgag ccttttctgg 180 agttccgctg cagatagtgc cacggcattc tataccgaaa aggctgtgaa cctcatggtg 240 aaggacatgg gtatcgaagt tatccgcttt gctatgggcg tgagcaatga ctttgacaag 300 ggccgtggct acatcaccgg tggcgaggat ttgcagaaag cctacctcaa gaacgtggtg 360 aacgccgcta tcgataacga catctacgtg attatcgact ggcacatcga aagtgggaac 420 ggctacacta gcgatgctgt caagttcttt gaatacgccg cccagcagta cggcgagtac 480 aacaacgtta ttttcgaagt gtggaatgag cctaaggatg gcgcaagcat gggcacggtc 540 gcttcccatg ctaataccgt gattaacgct atccgtaaat actctgacaa cctggtgctt 600 gtaggtagcc cggaatggtc cagccatccc gagcagtgtg caacaggtgg catcagtgac 660 agcaaaaaga atttcgcttg tacgctccat ttctatgccg attcacattc agcgagcggc 720 gattactcta gccgtgcaaa ccaagccatg agcaataacg ttcccgtgtt cgcttccgaa 780 tggggaactg tcaacgccaa tggtaacggt ggtgctaacc agagtgctag ccaggcctgg 840 atagactgga 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ccggtacgca tcaggtttcc ctcgaaagcc tgacccgcgg caactacgtt 2640 gtccgcgtga tgatgggtag cgccgccaag actgctcgca tcagcatccg ctag 2694 <210> 2 <211> 897 <212> PRT <213> unidentified bacterium <400> 2 Met Lys Lys Ile Leu Ala Thr Met Met Leu Ala Ala Val Ser Ala Met 1 5 10 15 Ala Ile Ser Ala Ser Arg Ile Gly Pro Val Ser Thr Tyr Gly Glu Leu 20 25 30 Lys Ala Asn Gly Gly Lys Leu Ser Gly Thr Cys Pro Gln Tyr Gln Asn 35 40 45 Ser Ala Val Gln Val Lys Gly Met Ser Leu Phe Trp Ser Ser Ala Ala 50 55 60 Asp Ser Ala Thr Ala Phe Tyr Thr Glu Lys Ala Val Asn Leu Met Val 65 70 75 80 Lys Asp Met Gly Ile Glu Val Ile Arg Phe Ala Met Gly Val Ser Asn 85 90 95 Asp Phe Asp Lys Gly Arg Gly Tyr Ile Thr Gly Gly Glu Asp Leu Gln 100 105 110 Lys Ala Tyr Leu Lys Asn Val Val Asn Ala Ala Ile Asp Asn Asp Ile 115 120 125 Tyr Val Ile Ile Asp Trp His Ile Glu Ser Gly Asn Gly Tyr Thr Ser 130 135 140 Asp Ala Val Lys Phe Phe Glu Tyr Ala Gln Gln Tyr Gly Glu Tyr 145 150 155 160 Asn Asn Val Ile Phe Glu Val Trp Asn Glu Pro Lys Asp Gly Ala Ser 165 170 175 Met Gly Thr Val Ala Ser His Ala Asn Thr Val Ile Asn Ala Ile Arg 180 185 190 Lys Tyr Ser Asp Asn Leu Val Leu Val Gly Ser Pro Glu Trp Ser Ser 195 200 205 His Pro Glu Gln Cys Ala Thr Gly Gly Ile Ser Asp Ser Lys Lys Asn 210 215 220 Phe Ala Cys Thr Leu His Phe Tyr Ala Asp Ser His Ser Ala Ser Gly 225 230 235 240 Asp Tyr Ser Ser Arg Ala Asn Gln Ala Met Ser Asn Asn Val Pro Val 245 250 255 Phe Ala Ser Glu Trp Gly Thr Val Asn Ala Asn Gly Asn Gly Gly Ala 260 265 270 Asn Gln Ser Ala Ser Gln Ala Trp Ile Asp Trp Met Asn Gln Asn Lys 275 280 285 Val Ser Trp Ala Asn Trp Ser Ala Ser Gly Val Asn Glu Gly Ser Ala 290 295 300 Ala Phe Asn Lys Ile Asn Ile Asp Ala Gly Leu Ser Tyr Ser Ala Ser 305 310 315 320 Gly Ser Met Val Lys Gly Trp Met Asn Lys Asn Ala Ser Tyr Lys Asp 325 330 335 Cys Gly Leu Gln Asn Gly Asn Ser Ser Ser Ala Ser Gly Tyr Ser Gln 340 345 350 Gly Val Ala Asn Gly Ala Lys Thr Asp Met Ile Asp Asp Leu Glu Asp 355 360 365 Asn Asp Arg Tyr Ala Tyr Thr Gly Gly Phe Trp Ser Ala Trp Thr Asp 370 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585 590 Ser Val Val Thr Ser Ser Ser Val Thr Pro Thr Ser Ser Val 595 600 605 Ile Ile Thr Asp Ile Leu Val Ile Asp Asp Val Glu Asp Gly Asp Glu 610 615 620 Val Leu Asn Thr Thr Gly Thr Trp Tyr Ala Tyr Thr Asp Thr Ser Ser 625 630 635 640 Gly Gly Leu Ser Ser Ile Thr Asn Val Tyr Asp Pro Thr Leu Pro Gly 645 650 655 Tyr Val Val Leu Pro Gly Thr Thr Asp Pro Thr Asn Gly Ser Ala 660 665 670 Asn Phe Val Gly Leu Gln Gly Met Val Trp Gly Glu Gly Thr Tyr Glu 675 680 685 Tyr Asp Pro Phe Val Ala Leu Gly Leu Asn Met Asn Ala Asp Thr Ser 690 695 700 Leu Gly Val Asp Leu Ser Asn Cys Pro Val Leu Ser Tyr Arg Tyr Lys 705 710 715 720 Gly Ala Ala His Gln Ile Lys Ile Gln Asp Gly Gln Val Thr Asp Phe 725 730 735 Ala Tyr His Tyr Arg Lys Leu Val Asp Ala Ala Asp Trp Thr Leu Val 740 745 750 Thr Phe Ala Gln Glu Glu Phe Lys Gln Pro Ser Trp Thr Gln Asp Pro 755 760 765 Lys Val Leu Asn Trp Ala Asn Ile Lys Lys Ile Ala Trp Glu Val Ile 770 775 780 Gly Ala Lys Gly Tyr Thr Asp Thr Tyr Gln Pro Thr Tyr Asn Tyr Leu 785 790 795 800 Tyr Val Asp Asp Leu Lys Cys Val Asp Gln Val Val Ser Ile Pro Phe 805 810 815 Ala Ala Arg Ala Ala Ser Gly Leu Lys Leu Gly Val Gln Gly Ser Ser 820 825 830 Leu Asn Ile Ser Val Ala Lys Ser Gly Asn Val Lys Val Gln Val Phe 835 840 845 Asp Leu Met Gly Asn Leu Val Lys Ser Val Ser Glu Ser Met Thr Ser 850 855 860 Gly Thr His Gln Val Ser Leu Glu Ser Leu Thr Arg Gly Asn Tyr Val 865 870 875 880 Val Arg Val Met Met Gly Ser Ala Ala Lys Thr Ala Arg Ile Ser Ile 885 890 895 Arg
Claims (7)
The cellulolytic enzyme cel-KG43 gene derived from a black goat rumen microorganism and consisting of the nucleotide sequence shown in SEQ ID NO: 1.
A GH2C domain-based fibrinolytic protein derived from a black goat rumen microorganism, which is encoded from the gene according to claim 1 and consists of the amino acid sequence shown in SEQ ID NO: 2.
A recombinant vector comprising the gene according to claim 1.
A host cell transformed with the recombinant vector according to claim 3.
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