KR101212039B1 - Primer set for Gibberella zeae producing deoxynivalenol and kit using the same - Google Patents
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Abstract
본 발명은 데옥시니발레놀(DON) 생성 붉은 곰팡이균 검출용 프라이머쌍, 이를 이용한 키트 및 이를 이용하여 붉은 곰팡이균을 검출하는 방법에 관한 것으로서, 구체적으로 상기 프라이머쌍은 서열번호 1과 2로 표시되는 프라이머쌍(프라이머명 : FgmsGT26)이며, 상기 데옥시니발레놀(DON) 생성 붉은 곰팡이균은 Fusarium graminearum(F. graminearum)이다. 본 발명의 프라이머쌍을 이용하면 기존의 독소 분석을 위한 화학적인 방법에 비해 신속하고 정확하게 데옥시니발레놀(DON)을 진단할 수 있는 장점이 있다.The present invention relates to a primer pair for detecting deoxynivalenol (DON) -producing red fungus, a kit using the same, and a method for detecting red fungus using the same. Specifically, the primer pair is represented by SEQ ID NOs: 1 and 2. The primer pair is represented (primer name: FgmsGT26), and the deoxynivalenol (DON) producing red fungus is Fusarium graminearum ( F. graminearum ). Using the primer pair of the present invention has the advantage that can be quickly and accurately diagnose the deoxynivalenol (DON) compared to the conventional chemical methods for toxin analysis.
Description
본 발명은 데옥시니발레놀(DON) 생성 붉은 곰팡이균 검출용 프라이머쌍 및 이를 이용한 키트에 관한 것이다.The present invention relates to a primer pair for detecting deoxynivalenol (DON) -producing red fungus and a kit using the same.
다양한 곰팡이 중에서 붉은 곰팡이균(Gibberella zeae)은 우리가 주식으로 하는 벼, 보리, 밀, 옥수수 등에 병을 일으켜 작물의 수확을 감소시키고, 트라이코쎄신과 지랄레논과 같은 곰팡이 독소를 생성하여 사람과 가축에 큰 위해 요소로 작용하여 전 세계적으로 문제가 되고 있다. 국내의 경우에는 상기 트라이코쎄신 중에서 데옥시니발레놀(DON)과 니발레놀(NIV)이 곡물에서 자주 발견되어 문제가 되고 있다. 따라서 상기 데옥시니발레놀(DON)과 니발레놀(NIV)의 통제를 위하여 이들의 지리적 분포, 우점종 집단 분석 등이 필요한 실정이며, 이러한 분석을 위하여 데옥시니발레놀(DON)을 생성하는 푸사리움 그라미네아룸(Fusarium graminearum : F. graminearum) 등과 니발레놀(NIV)을 생성하는 푸사리움 아시아티쿰(Fusarium asiaticum : F. asiaticum) 등을 신속하게 구별할 수 있는 방법에 관한 개발이 절실하다.Among various fungi, the red fungus ( Gibberella zeae ) causes diseases in rice, barley, wheat, and corn, which we stock, to reduce crop yields, and to produce fungal toxins such as tricosesin and giralenone, which affect humans and livestock. It is a major hazard and has become a problem all over the world. In Korea, deoxynivalenol (DON) and nivalenol (NIV) are frequently found in grains among the tricosesin, which is problematic. Therefore, in order to control the deoxynivalenol (DON) and nivalenol (NIV), it is necessary to analyze their geographic distribution, dominant species, and the like. Fusarium Graminea Room graminearum (F. graminearum ) and Fusarium asiaticum producing nivalenol (NIV) asiaticum : F. asiaticum ) is urgently needed to develop a way to distinguish quickly.
본 발명이 이루고자하는 기술적 과제는 데옥시니발레놀(DON) 생성 붉은 곰팡이균을 신속하고 정확하게 검출할 수 있는 프라이머쌍, 이를 이용한 키트 및 이를 이용하여 데옥시니발레놀(DON) 생성 붉은 곰팡이균을 검출할 수 있는 방법을 제공하는 것이다.The technical problem to be achieved by the present invention is a primer pair that can quickly and accurately detect the deoxynivalenol (DON) produced red fungus, a kit using the same and deoxynivalenol (DON) produced red fungus using the same It is to provide a method that can detect.
상기 기술적 과제를 달성하기 위하여 본 발명은 데옥시니발레놀(DON)을 생성하는 붉은 곰팡이균만 증폭시킬 수 있는 프라이머를 정방향 및 역방향 프라이머로 포함하는 프라이머쌍을 제공한다. 데옥시니발레놀(DON)을 생성하는 붉은 곰팡이균의 특이 유전자를 인식하는 본 발명의 프라이머쌍을 이용하여 중합효소연쇄반응(Polymerase Chain Reaction : PCR) 방법으로 데옥시니발레놀(DON)을 생성하는 붉은 곰팡이균의 DNA를 증폭하고 전기영동 등의 방법으로 PCR 산물을 확인함으로써 데옥시니발레놀(DON)을 생성하는 붉은 곰팡이균을 검출하는 것이다.In order to achieve the above technical problem, the present invention provides a primer pair including a primer capable of amplifying only red fungus that produces deoxynivalenol (DON) as forward and reverse primers. Deoxynivalenol (DON) was synthesized by a polymerase chain reaction (PCR) method using a primer pair of the present invention that recognizes a specific gene of red fungus that produces deoxynivalenol (DON). By detecting the PCR product by amplifying the DNA of the resulting red mold bacteria and electrophoresis, it is to detect red mold bacteria that produce deoxynivalenol (DON).
바람직하게, 상기 데옥시니발레놀(DON)을 생성하는 붉은 곰팡이균은 Fusarium graminearum(F. graminearum)이다.Preferably, the red fungus that produces deoxynivalenol (DON) is Fusarium graminearum ( F. graminearum ).
구체적으로 데옥시니발레놀(DON)을 생성하는 붉은 곰팡이균만을 선택적으로 증폭할 수 있는 본 발명의 프라이머쌍은 서열번호 1과 2로 표시되는 프라이머쌍(프라이머명 : FgmsGT26)이다. 이러한 프라이머쌍을 이용할 경우 데옥시니발레놀(DON)에 오염된 곡물로부터 데옥시니발레놀(DON)의 생산 균주를 분리하고 확인하는데 하루도 걸리지 않아 유리하다.Specifically, the primer pair of the present invention capable of selectively amplifying only red fungi that produce deoxynivalenol (DON) is a primer pair represented by SEQ ID NOs: 1 and 2 (primer name: FgmsGT26). The use of such primer pairs is advantageous because it takes less than one day to isolate and identify the production strain of deoxynivalenol (DON) from grains contaminated with deoxynivalenol (DON).
상기 서열번호 1과 2로 표시되는 프라이머쌍(프라이머명 : FgmsGT26)은 데옥시니발레놀(DON)을 생성하는 붉은 곰팡이균 중에서도, 특히 Fusarium graminearum 균주만을 특이적으로 증폭할 수 있기 때문에 붉은 곰팡이균의 유전적 다형성의 세밀한 분석이 가능하다.The primer pairs represented by SEQ ID NOs: 1 and 2 (primer name: FgmsGT26) are among the red fungi that produce deoxynivalenol (DON), in particular Fusarium graminearum Because only a strain can be specifically amplified, detailed analysis of the genetic polymorphism of red fungi is possible.
또한, 본 발명은 상기의 프라이머쌍을 포함하여 데옥시니발레놀(DON) 생성 붉은 곰팡이균을 신속하고 정확하게 검출할 수 있는 키트를 제공한다. 구체적으로 본 발명은 서열번호 1과 2로 표시되는 프라이머쌍을 포함하는 데옥시니발레놀(DON) 생성 붉은 곰팡이균 검출용 키트를 제공한다. In addition, the present invention provides a kit capable of quickly and accurately detecting deoxynivalenol (DON) -producing red fungus including the primer pair described above. Specifically, the present invention provides a kit for detecting deoxynivalenol (DON) producing red fungus comprising a primer pair represented by SEQ ID NOs: 1 and 2.
바람직하게, 상기 데옥시니발레놀(DON) 생성 붉은 곰팡이균은 Fusarium graminearum(F. graminearum)이다.Preferably, the deoxynivalenol (DON) producing red fungus is Fusarium graminearum ( F. graminearum ).
또한 본 발명은 상기 프라이머쌍을 이용하여 데옥시니발레놀(DON)을 생성하는 붉은 곰팡이균을 검출하는 방법을 제공한다. 구체적으로, 벼, 보리, 밀 등의 시료에서 RNA를 분리하는 단계, 상기 분리된 RNA를 주형으로 하고 본 발명의 프라이머쌍을 이용하여 RT-PCR을 수행하여 표적 서열을 증폭하는 단계 및 상기 PCR 산물을 검출하는 단계를 포함할 수 있다. 이때 시료에서 RNA를 분리하는 방법은 당업계에 공지된 방법을 이용할 수 있으며, PCR 산물을 검출하는 방법은 DNA 칩, 겔 전기영동, 방사성 측정, 형광 측정 또는 인광 측정 등을 이용할 수 있다.In another aspect, the present invention provides a method for detecting red fungi that produce deoxynivalenol (DON) using the primer pair. Specifically, separating RNA from a sample of rice, barley, wheat, etc., amplifying a target sequence by performing RT-PCR using the isolated RNA as a template and using the primer pair of the present invention, and the PCR product It may include the step of detecting. In this case, the method of separating RNA from a sample may use a method known in the art, and the method of detecting a PCR product may use a DNA chip, gel electrophoresis, radioactivity, fluorescence measurement, or phosphorescence measurement.
바람직하게 상기 방법은 서열번호 1과 2로 표시되는 프라이머쌍(프라이머명 : FgmsGT26)을 이용한다.Preferably, the method uses a pair of primers represented by SEQ ID NOs: 1 and 2 (primer name: FgmsGT26).
바람직하게, 상기 데옥시니발레놀(DON)을 생성하는 붉은 곰팡이균은 Fusarium graminearum(F. graminearum)이다.Preferably, the red fungus that produces deoxynivalenol (DON) is Fusarium graminearum ( F. graminearum ).
본 발명의 프라이머쌍을 이용하면 시간과 비용이 많이 소모되는 기존의 독소 분석을 위한 화학적인 방법에 비해 신속하고 정확하게 데옥시니발레놀(DON)을 진단할 수 있다.Using the primer pair of the present invention, it is possible to diagnose deoxynivalenol (DON) more quickly and accurately than the conventional chemical methods for time and costly toxin analysis.
또한 본 발명의 프라이머쌍을 이용하면 초위성체(microsatellite) 분석시 집단 내 유전적 다형성을 세밀하게 분석할 수 있다.In addition, using the primer pair of the present invention, it is possible to analyze the genetic polymorphism in the population in the microsatellite analysis in detail.
도 1은 실시예 2의 FgmsGT26, FgmsAT25, FgmsAG24의 프라이머쌍이 F. graminearum만을 선택적으로 증폭하였음을 보여주는 전기영동 결과이다.
도 2는 실시예 3의 FgmsGT26가 F. graminearum만을 선택적으로 증폭하였음을 보여주는 전기영동 결과이다.1 is an electrophoresis result showing that the primer pairs of FgmsGT26, FgmsAT25, and FgmsAG24 of Example 2 selectively amplified only F. graminearum .
2 is an electrophoresis result showing that FgmsGT26 of Example 3 selectively amplified only F. graminearum .
이하, 본 발명의 이해를 돕기 위하여 실시예 등을 들어 상세하게 설명하기로 한다. 그러나, 본 발명에 따른 실시예들은 여러 가지 다른 형태로 변형될 수 있으며, 본 발명의 범위가 하기 실시예들에 한정되는 것으로 해석되어서는 안된다. 본 발명의 실시예들은 당업계에서 평균적인 지식을 가진 자에게 본 발명을 보다 완전하게 설명하기 위해 제공되는 것이다.
Hereinafter, embodiments of the present invention will be described in detail to facilitate understanding of the present invention. However, embodiments according to the present invention may be modified in many different forms, and the scope of the present invention should not be construed as being limited to the following examples. Embodiments of the invention are provided to more fully describe the present invention to those skilled in the art.
<실시예 1> : 프라이머의 제작Example 1 Preparation of Primer
본 발명자들은 프라이머쌍을 제작하기 위하여 Fusarium graminearum 데이터베이스(http://www.broad.mit.edu/annotation/genome/fusarium_graminearum/)와 SciRoKoCo 프로그램을 사용하여 모티프 종류와 모티프 반복수가 높은 순서로 SSR 프라이머쌍을 제작하였다. 상기 SSR 프라이머쌍은 본 발명에 의해 처음으로 제공되는 것이다.The inventors used the Fusarium graminearum database (http://www.broad.mit.edu/annotation/genome/fusarium_graminearum/) and the SciRoKoCo program to fabricate primer pairs. Was produced. The SSR primer pair is provided for the first time by the present invention.
본 발명에서 제공되는 20 mer 길이를 갖는 프라이머명, 서열번호, 염기 서열, 위치, 녹는점(℃) 및 크기(bp)에 대한 정보를 하기 표 1에 기재하였다.Information on the primer name, SEQ ID NO, base sequence, position, melting point (° C.) and size (bp) having a 20 mer length provided in the present invention is described in Table 1 below.
FgmsGT26
FgmsGT26
59
59
192
192
FgmsAT25
FgmsAT25
59
59
250
250
FgmsAG24
FgmsAG24
61
61
243
243
* F : 정방향 프라이머* F: forward primer
* R : 역방향 프라이머
* R: reverse primer
<실시예 2> : F. graminearum과 F. asiaticum에 대한 PCR 증폭Example 2 PCR Amplification for F. graminearum and F. asiaticum
본 발명의 프라이머쌍이 데옥시니발레놀(DON)을 생성하는 F. graminearum과 니발레놀(NIV)을 생성하는 F. asiaticum을 증폭시키는지 알아보기 위하여, 상기 표 1의 3종의 프라이머쌍 및 하기 표 2의 표준균주 29점을 이용하여 다음과 같은 실험을 하였다. 본 발명의 프라이머쌍과의 비교를 위하여 공지된 Fg16 프라이머쌍에 대해서도 동일한 실험을 실시하였다.To determine whether the primer pair of the present invention amplifies F. graminearum producing deoxynivalenol (DON) and F. asiaticum producing nivalenol (NIV), the three primer pairs of Table 1 and The following experiment was carried out using 29 points of the standard strain of Table 2. The same experiment was performed also for the well-known Fg16 primer pair for comparison with the primer pair of this invention.
(마커)One
(Marker)
(염기서열분석결과 F. asiaticum으로 확인된 균주)Strains Isolated in the Laboratory
(Strain identified as F. asiaticum as a result of sequencing)
(염기서열분석결과 F. asiaticum으로 확인된 균주)Strains Isolated in the Laboratory
(Strain identified as F. asiaticum as a result of sequencing)
(염기서열분석결과 F. asiaticum으로 확인된 균주)Strains Isolated in the Laboratory
(Strain identified as F. asiaticum as a result of sequencing)
(염기서열분석결과 F. asiaticum으로 확인된 균주)Strains Isolated in the Laboratory
(Strain identified as F. asiaticum as a result of sequencing)
(염기서열분석결과 F. asiaticum으로 확인된 균주)Strains Isolated in the Laboratory
(Strain identified as F. asiaticum as a result of sequencing)
(염기서열분석결과 F. asiaticum으로 확인된 균주)Strains Isolated in the Laboratory
(Strain identified as F. asiaticum as a result of sequencing)
(염기서열분석결과 F. asiaticum으로 확인된 균주)Strains Isolated in the Laboratory
(Strain identified as F. asiaticum as a result of sequencing)
(염기서열분석결과 F. asiaticum으로 확인된 균주)Strains Isolated in the Laboratory
(Strain identified as F. asiaticum as a result of sequencing)
(염기서열분석결과 F. asiaticum으로 확인된 균주)Strains Isolated in the Laboratory
(Strain identified as F. asiaticum as a result of sequencing)
(염기서열분석결과 F. asiaticum으로 확인된 균주)Strains Isolated in the Laboratory
(Strain identified as F. asiaticum as a result of sequencing)
(염기서열분석결과 F. asiaticum으로 확인된 균주)Strains Isolated in the Laboratory
(Strain identified as F. asiaticum as a result of sequencing)
(염기서열분석결과 F. asiaticum으로 확인된 균주)Strains Isolated in the Laboratory
(Strain identified as F. asiaticum as a result of sequencing)
(염기서열분석결과 F. graminearum으로 확인된 균주)Strains Isolated in the Laboratory
(Strain identified by F. graminearum as a result of sequencing)
(염기서열분석결과 F. graminearum으로 확인된 균주)Strains Isolated in the Laboratory
(Strain identified by F. graminearum as a result of sequencing)
(염기서열분석결과 F. graminearum으로 확인된 균주)Strains Isolated in the Laboratory
(Strain identified by F. graminearum as a result of sequencing)
(염기서열분석결과 F. graminearum으로 확인된 균주)Strains Isolated in the Laboratory
(Strain identified by F. graminearum as a result of sequencing)
(염기서열분석결과 F. graminearum으로 확인된 균주)Strains Isolated in the Laboratory
(Strain identified by F. graminearum as a result of sequencing)
(염기서열분석결과 F. graminearum으로 확인된 균주)Strains Isolated in the Laboratory
(Strain identified by F. graminearum as a result of sequencing)
(염기서열분석결과 F. graminearum으로 확인된 균주)Strains Isolated in the Laboratory
(Strain identified by F. graminearum as a result of sequencing)
(염기서열분석결과 F. graminearum으로 확인된 균주)Strains Isolated in the Laboratory
(Strain identified by F. graminearum as a result of sequencing)
(염기서열분석결과 F. graminearum으로 확인된 균주)Strains Isolated in the Laboratory
(Strain identified by F. graminearum as a result of sequencing)
먼저, 상기 표 2의 표준균주들을 CM 액체배지에 접종하여 25℃ 항온기에서 3일간 현탁배양하였다. 배양된 균사들을 동결건조한 후 마쇄하고 CTAB 버퍼(buffer)를 이용해 게놈 DNA(gDNA)를 추출하였다. 추출된 게놈 DNA(gDNA)는 20 ng/ul 농도로 맞추어 PCR 증폭에 이용하였다.First, the standard strains of Table 2 were inoculated in a CM liquid medium and suspended for 3 days in a 25 ° C thermostat. The cultured mycelia were lyophilized and then ground and extracted with genomic DNA (gDNA) using a CTAB buffer. The extracted genomic DNA (gDNA) was used for PCR amplification at a concentration of 20 ng / ul.
상기 각각의 정방향 프라이머(10 pmol) 1 ul, 역방향 프라이머(10 pmol) 1 ul, gDNA(20 ng/ul) 1 ul, 4dNTP (10 mM) 2 ul, 10X rTag 버퍼 2.5 ul, Takara rTag(5 u/ul) 0.3 ul, 멸균수 17.2 ul가 혼합된 PCR 반응 혼합물을 25 ul을 94℃에서 30초 동안 어닐링(annealing)하고, 58℃에서 30초 동안 변성(denature)시킨 후, 72℃에서 30초 동안 연장(extension)하는 싸이클을 1 싸이클(cycle)로 하여 30 싸이클(cycle)을 실시하였다. PCR 산물을 2% 아가로스 겔에 전기영동하여 확인한 결과, 상기 3종의 프라이머쌍이 F. graminearum만을 선택적으로 증폭하였음을 알 수 있었다.Each of the forward primers (10 pmol) 1 ul, reverse primers (10 pmol) 1 ul, gDNA (20 ng / ul) 1 ul, 4dNTP (10 mM) 2 ul, 10X rTag buffer 2.5 ul, Takara rTag (5 u / ul) PCR reaction mixture mixed with 0.3 ul, sterile water 17.2 ul annealed 25 ul for 30 seconds at 94 ℃, denature for 30 seconds at 58 ℃, then 30 seconds at 72 ℃ Thirty cycles were carried out with one cycle extending for one cycle. As a result of electrophoresis on 2% agarose gel, the PCR product showed that the three primer pairs selectively amplified only F. graminearum .
상기 3종의 프라이머쌍 및 공지의 Fg16 프라이머쌍에 대한 전기영동 결과를 도 1에 나타냈다. 도 1에서 Fa는 F. asiaticum, Fg는 F. graminearum, (N)은 NIV을 생성하는 균주, (D)는 DON을 생성하는 균주를 의미한다.
Electrophoresis results for the three primer pairs and known Fg16 primer pairs are shown in FIG. 1. In Figure 1 Fa is F. asiaticum , Fg is F. graminearum, (N) refers to the strain producing NIV, (D) refers to the strain producing DON.
<실시예 3> : F. graminearum에 대한 PCR 증폭Example 3 PCR Amplification for F. graminearum
본 발명의 프라이머쌍이 데옥시니발레놀(DON)을 생성하는 붉은 곰팡이균에 대해서만 특이적으로 증폭시키는지 알아보기 위하여, 상기 실시예 1의 3종의 프라이머쌍 및 하기 표 3의 Fusarium spp. 표준균주 48점을 이용하여 다음과 같은 실험을 하였다.In order to determine whether the primer pair of the present invention specifically amplifies only red fungi that produce deoxynivalenol (DON), the three primer pairs of Example 1 and the Fusarium of Table 3 below spp . The following experiment was carried out using 48 standard strains.
(F. culmorum으로 동정되었으나
TEF 유전자 염기서열 분석결과 F. asiaticum 으로 확인됨)Korea Agricultural Microbial Resources Center KACC42099
(I was identified as F. culmorum
TEF gene sequence analysis confirmed as F. asiaticum )
먼저, 상기 표 3의 표준균주들을 CM 액체배지에 접종하여 25℃ 항온기에서 3일간 현탁배양하였다. 배양된 균사들을 동결건조 후 마쇄하고 CTAB 버퍼(buffer)를 이용하여 게놈 DNA(gDNA)를 추출하였다. 추출된 게놈 DNA(gDNA)는 20 ng/ul 농도로 맞추어 PCR 증폭에 이용하였다.First, the standard strains of Table 3 were inoculated in a CM liquid medium and suspended for 3 days in a 25 ° C thermostat. The cultured mycelia were lyophilized and ground, and genomic DNA (gDNA) was extracted using a CTAB buffer. The extracted genomic DNA (gDNA) was used for PCR amplification at a concentration of 20 ng / ul.
상기 각각의 정방향 프라이머(10 pmol) 1 ul, 역방향 프라이머(10 pmol) 1 ul, gDNA(20 ng/ul) 1 ul, 4dNTP(10 mM) 2 ul, 10X rTag 버퍼 2.5 ul, Takara rTag(5 u/ul) 0.3 ul 및 멸균수 17.2 ul가 혼합된 PCR 반응 혼합물 25 ul을 94℃에서 30초 동안 어닐링(annealing)하고, 58℃에서 30초 동안 변성(denature)시킨 후, 72℃에서 30초 동안 연장(extension)하는 싸이클을 1 싸이클(cycle)로 하여 30 싸이클(cycle)을 실시하였다. PCR 산물은 2% 아가로스 겔에 전기영동하여 확인하였다.Each forward primer (10 pmol) 1 ul, reverse primer (10 pmol) 1 ul, gDNA (20 ng / ul) 1 ul, 4dNTP (10 mM) 2 ul, 10X rTag buffer 2.5 ul, Takara rTag (5
전기영동 결과 FgmsGT26을 이용한 경우에만 F. graminearum이 선택적으로 증폭되었고, F. asiaticum 등은 증폭되지 않았음을 알 수 있었다. 즉, 본 발명의 FgmsGT26만이 데옥시니발레놀(DON)을 생성하는 F. graminearum 균만 특이적으로 증폭시킨다는 것을 알 수 있었으며, 이러한 전기영동 결과는 도 2에 나타냈다. Electrophoresis revealed that F. graminearum was selectively amplified only when FgmsGT26 was used, but F. asiaticum was not amplified. That is, only FgmsGT26 of the present invention produces F. graminearum that produces deoxynivalenol (DON). It was found that only the bacteria specifically amplify, and these electrophoresis results are shown in FIG. 2.
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Cited By (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
KR101608402B1 (en) * | 2014-11-27 | 2016-04-04 | 순천향대학교 산학협력단 | Diagnosis Marker Composition and Kit for Fusarium Head Blight caused by Fusarium graminearum species complex |
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Brazilian Journal of Microbiology, Vol. 39, pp. 554-560 (2008.) |
Phytopathology, Vol. 86, pp. 515-522 (1996.) |
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