KR100850855B1 - - - a microorganism whose expression level of ydje is enhanced and the process for producing l-threonine using the microorganism - Google Patents
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Abstract
본 발명은 L-쓰레오닌의 생산 미생물 및 이를 이용한 L-쓰레오닌 생산방법에 관한 것이다. 더욱 상세하게는, 본 발명은 대장균의 추정상의 수송 단백질 ydjE 유전자의 발현을 증가시킴으로써 L-쓰레오닌의 생산효율이 증가된 미생물 및 이를 이용한 L-쓰레오닌 생산 방법에 관한 것이다.The present invention relates to a microorganism producing L-threonine and a method for producing L-threonine using the same. More specifically, the present invention relates to a microorganism having an increased production efficiency of L-threonine by increasing the expression of the putative transport protein ydjE gene of Escherichia coli and a method of producing L-threonine using the same.
L-쓰레오닌, 대장균, 유전자 ydjE, 수송 단백질 L-Threonine, Escherichia Coli, Gene ydjE, Transport Protein
Description
도 1은 재조합 벡터 pCL-ParoF-ydjE의 제작과정을 도시한 것이다.Figure 1 illustrates a production process of the recombinant vector pCL-P aroF -ydjE.
본 발명은 생물정보학(bioinformatics)을 이용하여 종래에 기능이 알려지지 않은 대장균내의 ydjE 유전자의 기능을 밝히고, ydjE 유전자의 발현이 증가된 L-쓰레오닌을 생산하는 미생물 및 이를 이용한 L-쓰레오닌 생산방법에 관한 것이다. 보다 상세하게는, 본 발명은 대장균 내에서의 기능이 추정상의 수송 단백질(putative transport protein)로만 밝혀져 있는 ydjE 유전자의 염기 서열을 생물정보학을 이용한 유사성 검색을 수행하여 자일로스 트랜스포터(xylose transporter; xylP), 갈락토스 트랜스포터(galactose transporter; galP) 또는 아라비노스 트랜스포터(arabinose transporter; araE)등과 아미노산 서열이 높은 유사성을 갖는다는 결과로부터 ydjE 유전자의 발현양을 증가시킴으로써 L-쓰레오닌을 고수율로 생산하는 재조합 미생물을 제작하고, 이를 이용하여 L-쓰레오닌을 생산하는 방법에 관한 것이다.The present invention reveals the function of ydjE gene in Escherichia coli, whose function is not known in the past, using bioinformatics, and produces microorganisms producing L-threonine with increased expression of ydjE gene and L-threonine using the same. It relates to a production method. More specifically, the present invention performs a similarity search using bioinformatics for the nucleotide sequence of the ydjE gene whose function in Escherichia coli is found to be a putative transport protein, and thus, xylose transporter (xylP). ), Galactose transporter (galP), or arabinose transporter (araE) and the like have a high degree of expression of the ydjE gene from the result that the amino acid sequence has a high similarity to L-threonine in high yield It relates to a method for producing a recombinant microorganism to produce, and producing L-threonine using the same.
L-쓰레오닌은 필수 아미노산의 일종으로 사료 및 식품 첨가제로서 널리 사용되며 의약용으로 수액제 및 의약품의 합성 원료로도 사용되고 있다. L-쓰레오닌은 미생물 발효법으로 제조되며, 대장균(Escherichia coli), 코리네박테리움(Corynebacterium), 세라티아(Serratia) 속 또는 프로비덴시아(Providencia) 속 미생물의 야생주로부터 유도된 인공변이주 등이 사용되고 있다. 일본국 공개특허 평제2-219582호에는 프로비덴시아(Providencia) 속에 속하며 α-아미노-β-히드록시 발레릭산, L-에티오닌, 티아이소루이신(thiaisoleucine), 옥시티아민(oxythiamine) 및 설파구아니딘(sulfaguanidine) 내성을 지니며, L-루이신 요구성, L-이소루이신 리키(leaky)형 요구성 미생물을 이용하는 방법이 기술되어 있으며, 한국 등록특허 제58286호에는 L-메티오닌 유사체에 대한 내성을 가지며, 메티오닌 영양요구성, L-쓰레오닌 유사체에 대한 내성, 이소루이신 리키형 요구성, L-라이신 유사체에 대한 내성 및 α-아미노 부티르산 내성을 가지며, L-쓰레오닌을 생산할 수 있는 대장균(Escherichia coli)에 속하는 미생물에 대하여 기술되어 있다.L-Threonine is an essential amino acid, widely used as a feed and food additive, and also used as a synthetic raw material for infusion and medicine for medicine. L- threonine is produced by fermentation microorganisms, Escherichia coli (Escherichia coli), Corynebacterium (Corynebacterium), Serratia (Serratia) or in Providencia (Providencia) in the wild, mainly artificial mutants derived from a microorganism such as Is being used. Japanese Patent Application Laid-Open No. 2-219582 belongs to the genus Providencia and includes α-amino-β-hydroxy valeric acid, L-ethionine, thiisoleucine, oxythiamine and sulfaguanidine (sulfaguanidine) resistance, a method using L-leucine-required, L-isoleucine leaky-required microorganisms is described, Korean Patent No. 58286 tolerant to L-methionine analogues Methionine auxotrophic, resistant to L-threonine analogues, isoleucine lycine requirement, resistance to L-lysine analogues and α-aminobutyric acid resistance, and capable of producing L-threonine Microorganisms belonging to Escherichia coli have been described.
전술된 바와 같은 선행 기술의 방법들은 무작위로 유전자를 변형시켜 유효한 미생물을 선별하는 것이었다. 그러나 생물 정보학의 발달로 인해 대장균등의 전체 염색체 서열이 확인되고 이후 다양한 생물 정보학 자료들이 축적되면서 이전까지는 알지 못하였던 유전자들의 기능에 관한 연구가 가능해졌으며, 기능이 밝혀진 유전 자의 염기서열이나 모티프(motif)와의 유사성을 이용하여 새로운 단백질의 기능을 예측할 수 있게 되었다. 따라서, 대장균의 전체 염기 서열이 밝혀지면서 여러 추정상의(putative) 유전자들이 새롭게 주석(annotation)되어졌고, ydjE 또한 추정상의 수송 단백질로서 주석되었다. Prior art methods, as described above, have been to randomly modify genes to select effective microorganisms. However, with the development of bioinformatics, the whole chromosome sequence of E. coli has been confirmed, and various bioinformatics data have been accumulated since then, and it is possible to study the functions of genes that have not been known before. Similarity can be used to predict the function of new proteins. Thus, as the entire base sequence of E. coli was revealed, several putative genes were newly annotated, and ydjE was also annotated as putative transport protein.
이에 본 발명자는 L-쓰레오닌 생산성을 증가시키기 위한 연구를 수행한 결과, 대장균에서 기능이 확인되지 못한 ydjE 단백질이 자일로스 트랜스포터, 갈락토스 트랜스포터 및 아라비노스 트랜스포터 등과 높은 아미노산 서열상의 유사성을 갖고 있다는 사실을 확인하고, ydjE 유전자의 발현을 증가시킴으로써 L-쓰레오닌 생산성이 증가한다는 것을 발견하여, 본 발명을 완성하게 되었다.Therefore, the present inventors have conducted studies to increase L-threonine productivity. As a result, the ydjE protein, which has not been identified in E. coli, has high amino acid sequence similarity with xylose transporter, galactose transporter and arabinose transporter. The present invention was completed by finding out that the L-threonine productivity was increased by confirming the fact that the present invention had increased, and increasing the expression of the ydjE gene.
본 발명의 목적은 생물정보학 결과들을 이용하여 대장균에서 기능이 밝혀지지 않은 ydjE 단백질이 자일로스 트랜스포터, 갈락토스 트랜스포터 및 아라비노스 트랜스포터 등과 높은 아미노산 서열상의 유사성을 가짐을 확인하고, 이를 이용하여 ydjE 유전자의 발현이 증가된 L-쓰레오닌 생산 미생물을 제공하는 것이다.An object of the present invention make this ydjE protein that is not a function in E. coli using bioinformatics results found having a high amino acid sequence similarity over as xylose transporter, galactose transporter, and arabinose transporter, and by using this ydjE It is to provide an L-threonine producing microorganism with increased expression of the gene.
본 발명의 또 다른 목적은 상기의 L-쓰레오닌 생산 미생물을 배양하여 L-쓰레오닌을 생산하는 방법을 제공하는 것이다.Still another object of the present invention is to provide a method for producing L-threonine by culturing the L-threonine producing microorganism.
상기와 같은 목적을 달성하기 위해, 본 발명은 L-쓰레오닌의 생산능을 가진 미생물로서, 기능이 알려져 있지 않은 유전자의 발현을 증가시켜 L-쓰레오닌의 생산효율이 증가된 것을 특징으로 하는 미생물을 제공한다.In order to achieve the above object, the present invention is a microorganism having a production capacity of L-threonine, characterized in that the production efficiency of L-threonine is increased by increasing the expression of a gene whose function is unknown To provide microorganisms.
본 발명의 기능이 알려져 있지 않은 유전자로는 대장균의 ydjE일 수 있다. A gene whose function is not known may be ydjE of E. coli.
상기 기능이 알려져 있지 않은 ydjE 유전자는 대장균 내에서 추정상의 수송 단백질(putative transport protein)으로만 밝혀져 있다. 대장균에서의 전체염색체 서열이 밝혀진 이후 기능이 밝혀져 있지 않은 이론상의 단백질 기능을 예측하기 위한 여러 생물정보학적인 기법들이 개발되었다. 생물정보학은 새로운 미생물 자원을 대량으로 탐색하고 발굴하는 데에서부터 수백만 쌍의 염기서열을 해독하고 각 유전자의 기능을 단 기간 내에 밝히고, 찾아낸 유용 유전자를 대량으로 이용하는 데까지의 자동화 고속화된 과정에서 필수적으로 만들어지는 다량의 데이터를 빠른 시간에 처리, 가공하고 이용할 수 있게 한다. YdjE, the function is unknown The gene has only been identified as putative transport protein in E. coli. Since the whole chromosome sequence in E. coli has been revealed, several bioinformatics techniques have been developed to predict theoretical protein functions that have no known function. Bioinformatics is essential in the automated and accelerated process of exploring and discovering new microbial resources in bulk, deciphering millions of pairs of sequences, identifying the function of each gene in a short period of time, and using the found genes in large quantities. Losing large amounts of data can be processed, processed and made available quickly.
본 발명에서의 생물정보학 분석은 유전자의 염기서열 또는 유전자의 전사 및 번역 과정에 의해 얻어진 단백질의 아미노산 서열을 이용하여 유전자의 기능을 예측하는 기법이다. Bioinformatics analysis in the present invention is a technique for predicting the function of a gene using the nucleotide sequence of the gene or the amino acid sequence of the protein obtained by the gene transcription and translation process.
본 발명은 상기 ydjE 유전자의 염색체 서열(NCBI GI: 16129723)을 이용하여 생물정보학 기법으로 유사성을 갖는 알려진 기능의 효소를 검색하였다. 대장균에 있어서 상기 ydjE 유전자는 공지되어 있으며, 유전자 서열은 미국생물공학정보센터(NCBI) 및 일본의 DNA 데이터 뱅크(DDBJ)와 같은 데이터베이스로부터도 얻을 수 있다. 구체적으로, ydjE 유전자의 상동성 검색을 이용하여 기능이 밝혀진 유전자로부터 ydjE 단백질의 기능을 확인하였다.그 결과 YDJE 단백질은 자일로스 트랜스포터, 아라비노스 트랜스포터, 갈락토스 트랜스포터 등과 높은 아미노산 서열상의 유사성을 갖는 주요 촉진인자 수퍼패밀리(major facilitator superfamily)에 속한 트 랜스포터라는 것이 확인되었다. 따라서, ydjE의 발현량을 증가시킬 경우 L-쓰레오닌의 생산능을 증가시킬 수 있을 것으로 예측되었다. The present invention searched for enzymes of known function having similarities by bioinformatics techniques using the chromosomal sequence (NCBI GI: 16129723) of the ydjE gene. In E. coli, the ydjE gene is known, and the gene sequence can also be obtained from databases such as the American Biotechnology Information Center (NCBI) and the Japanese DNA Data Bank (DDBJ). Specifically, the homology search of the ydjE gene was used to confirm the function of the ydjE protein from the gene whose function was found. As a result, the YDJE protein has high similarity in amino acid sequence such as xylose transporter, arabinose transporter, galactose transporter and the like. It was identified as a transporter belonging to the major facilitator superfamily. Therefore, it was predicted that increasing the expression level of ydjE could increase the production capacity of L-threonine.
본 발명의 L-쓰레오닌 생성용 미생물은 대장균, 코리네형 세균, 세라티아속 세균, 프로덴시아 세균 등과 같이 L-쓰레오닌을 생산할 수 있는 어떤 미생물도 가능하며, 바람직하게는 대장균이다. 보다 바람직하게는 대장균 TF5015(메치오닌 영양 요구성, 아이소루이신 리키(leaky)형, α-아미노-β-하이드록시발레릭산 내성, 2-아미노에틸-l-시스테인 내성, l-아제티딘-2-카르복실산 내성)을 사용할 수 있다. The microorganisms for producing L-threonine of the present invention may be any microorganism capable of producing L-threonine, such as E. coli, coryneform bacteria, Serratia bacteria, Prodentia bacteria, and preferably E. coli. More preferably, E. coli TF5015 (methionine nutrient requirement, isoleucine leaky type, α-amino-β-hydroxyvaleric acid resistance, 2-aminoethyl-1-cysteine resistance, l-azetidine-2- Carboxylic acid resistance) can be used.
본 발명에서는 대상이 되는 ydjE 유전자의 발현을 증가시키기 위해 유전자를 다복제수의 벡터를 이용하여 숙주세포로 도입하여 발현양을 증가시키는 방법을 사용한다. In the present invention, in order to increase the expression of the target ydjE gene, a method of increasing the expression amount by introducing the gene into the host cell using a vector of multiple copies.
통상 사용되는 벡터의 예로는 천연 상태이거나 재조합된 상태의 플라스미드, 코스미드, 바이러스 및 박테리오파지를 들 수 있다. 바람직하게는, 에세리키아 (Escherichia) 속의 박테리아에서 자율적으로 증식할 수 있는 카피 수가 적은 pCL1920 플라미스미드 벡터를 사용할 수 있다.Examples of commonly used vectors include natural or recombinant plasmids, cosmids, viruses and bacteriophages. Preferably, pCL1920 plasmid vector having a small number of copies that can autonomously proliferate in bacteria of the genus Escherichia may be used.
또한 본 발명의 재조합 벡터는 공지된 통상의 방법에 의하여 제조할 수 있다. 예를 들어, 발현을 위한 프로모터와 터미네이터가 있는 적절한 벡터에 EcoRV, HindIII 등의 제한효소를 사용하여 상기 생물정보학에 의하여 기능이 확인된 유전자를 라이게이션시킴으로써 제조할 수 있다. 발현을 위한 프로모터로는 trc, tac, lac 등 이나 대장균 aroF 유전자의 프로모터 등을 사용할 수 있으며, 또한 효과적인 발현을 위하여 rrnE등의 터미네이터를 사용할 수 있다. 이를 이용하여 본 발명 자들은 재조합 벡터 pCL-ParoF-ydjE를 제작하였다. In addition, the recombinant vector of the present invention can be produced by a known conventional method. For example, it may be prepared by ligation of a gene whose function has been confirmed by bioinformatics using restriction enzymes such as EcoRV, HindIII, etc. in a suitable vector having a promoter and a terminator for expression. As a promoter for expression, a promoter such as trc, tac, lac, or the E. coli aroF gene may be used, and a terminator such as rrnE may be used for effective expression. This invention capital are used to prepare a recombinant vector pCL-P aroF -ydjE.
본 발명의 형질전환된 L-쓰레오닌의 생산능을 가진 미생물은 대장균 CO01-0015(KCCM 10807P)일 수 있다. The microorganism having a production capacity of the transformed L-threonine of the present invention may be E. coli CO01-0015 (KCCM 10807P).
구체적으로, 본 발명의 형질전환 세포는 상기의 재조합 벡터를 사용하여 통상의 방법으로 숙주세포를 형질전환시켜 제조할 수 있다. 숙주세포는 L-쓰레오닌 생산 미생물이며, 바람직하게는 그람음성 박테리아에 속하는 미생물이고, 보다 바람직하게는 에세리키아 (Escherichia) 속에 속하는 미생물일 수 있다. Specifically, the transformed cells of the present invention can be prepared by transforming the host cell by a conventional method using the recombinant vector. The host cell is an L-threonine producing microorganism, preferably a microorganism belonging to Gram-negative bacteria, and more preferably a microorganism belonging to the genus Escherichia .
본 발명의 상기 재조합 벡터(pCL-ParoF-ydjE)로 대장균 (Escherichia coli) TF5015 (Global Analyses of Transcriptomes and Proteomes of a Parent Strain and an L-Threonine-Overproducing Mutant Strain, Jin-Ho Lee, Dong-Eun Lee, Bheong-Uk Lee, and Hak-Sung Kim, JOURNAL OF BACTERIOLOGY, Sept. 2003, p. 5442-5451)를 형질전환시켜 대장균 CO01-0015를 제조하였다.The recombinant vector (pCL-P aroF -ydjE) of the present invention in E. coli (Escherichia coli) TF5015 (Global Analyses of Transcriptomes and Proteomes of a Parent Strain and an L-Threonine-Overproducing Mutant Strain, Jin-Ho Lee, Dong-Eun E. coli CO01-0015 was prepared by transforming Lee, Bheong-Uk Lee, and Hak-Sung Kim, JOURNAL OF BACTERIOLOGY, Sept. 2003, p. 5442-5451.
상기와 같은 L-쓰레오닌 생산 재조합 미생물은 생물정보학에 의하여 기능이 확인된 대장균 ydjE 유전자의 발현양을 증가시킴으로써 L-쓰레오닌의 생산 농도가 변이 전의 L-쓰레오닌 생산 농도보다 증가함으로써 L-쓰레오닌을 고수율로 생산할 수 있다.The L-threonine-producing recombinant microorganism as described above increases the expression level of the E. coli ydjE gene whose function has been confirmed by bioinformatics, thereby increasing the production concentration of L-threonine than the L-threonine production concentration before mutation. L-threonine can be produced in high yield.
본 발명은 또한, 대장균 ydjE 유전자의 발현량이 증가된 L-쓰레오닌 생산 재조합 미생물로부터 L-쓰레오닌을 생산하는 방법에 관한 것이다. The present invention also relates to a method for producing L-threonine from an L-threonine producing recombinant microorganism with an increased expression level of E. coli ydjE gene.
본 발명의 재조합 미생물로부터 L-쓰레오닌을 대량 생산하기 위해 그 미생물 을 배양하고, 그 배양물로부터 목적하는 L-쓰레오닌을 분리하는 모든 공정은 본 분야에 잘 알려져 있다.All processes for culturing the microorganism for mass production of L-threonine from the recombinant microorganism of the present invention and for separating the desired L-threonine from the culture are well known in the art.
이하 본 발명을 실시예를 통하여 보다 상세하게 설명한다. 그러나, 이들 실시예는 본 발명을 예시적으로 설명하기 위한 것으로 본 발명의 범위가 이들 실시예에 국한되는 것은 아니다.Hereinafter, the present invention will be described in more detail with reference to Examples. However, these examples are for illustrative purposes only and the scope of the present invention is not limited to these examples.
실시예 1 : 생물정보학을 이용한 대장균 Example 1 E. coli using bioinformatics ydjEydjE 의 기능 확인Check the features of
본 실시예에서는 대장균에서 기능이 밝혀지지 않은 ydjE(NCBI GI : 16129729) 유전자(서열번호 5)의 염색체 서열을 이용하여 생물정보학 기법으로 유사성을 갖는 알려진 기능의 효소를 검색하였다. In this example, the chromosomal sequence of the ydjE (NCBI GI: 16129729) gene (SEQ ID NO: 5), whose function is not found in E. coli, was searched for enzymes of known function having similarities by bioinformatics techniques.
구체적으로는 ydjE 유전자의 상동성 검색을 이용하여 기능이 밝혀진 유전자로부터 기능을 다음과 같이 확인하였다. Specifically, using the homology search of the ydjE gene, the function was confirmed as follows from the gene whose function was found.
따라서, 상기와 같이 ydjE 단백질은 자일로스 트랜스포터, 갈락토스 트랜스포터 및 아라비노스 트랜스포터 등과 아미노산 서열 상에서 높은 유사성을 갖는다는 것이 확인되었따. Thus, ydjE as above The protein was confirmed to have high similarity in amino acid sequence with xylose transporter, galactose transporter and arabinose transporter.
실시예Example 2 : 2 : ydjEydjE 유전자를 포함하는 재조합 벡터의 제조 Preparation of Recombinant Vectors Containing Genes
생물정보학을 이용하여 그 기능이 예측된 ydjE 유전자의 발현양 증가에 의한 L-쓰레오닌 생산능의 향상을 확인하기 위하여 ydjE 유전자를 대장균에서 다복제수를 갖는 플라즈미드를 이용하여 과다 발현시키는 방법을 사용하였다.In order to confirm the improvement of L-threonine production ability by increasing the expression amount of ydjE gene whose function is predicted by using bioinformatics, the ydjE gene is overexpressed using plasmid having multiple copies in E. coli. It was.
먼저 발현에 필요한 프로모터를 벡터인 플라즈미드 pCL1920 (Nucleic Acids Res. 18, 4631 (1990))에 삽입하였다. 대장균의 염색체에 존재하는 aroF 유전자의 프로모터를 사용하기 위하여 각각 서열번호 1 및 2를 갖는 하기의 프라이머 1과 2 를 제작하였다(표 1). 대장균 야생주 W3110의 염색체 DNA를 주형으로 하여 중합효소 연쇄반응법(PCR법) [Sambrook et al, Molecular Cloning, a Laboratory Manual (1989), Cold Spring Harbor Laboratories](PCR 조건: Denaturing=95℃, 30초/Annealing=53℃, 30초/Polymerization=72℃, 1분, 30회)에 의해 약 700 쌍의 aroF 유전자의 프로모터 부분을 증폭하였다. 얻어진 DNA 단편을 KpnI 과 EcoRV의 제한 효소로 절단하고 같은 제한 효소로 절단된 pCL-플라즈미드를 T4 DNA 라이게이즈를 이용하여 라이게이션하여 pCL-ParoF를 제작하였다.First, the promoter required for expression was inserted into the vector, plasmid pCL1920 (Nucleic Acids Res. 18, 4631 (1990)). In order to use the promoter of the aroF gene present in the chromosome of E. coli, primers 1 and 2 having SEQ ID NOs 1 and 2, respectively, were prepared (Table 1). Polymerase chain reaction method (PCR method) using chromosomal DNA of E. coli wild strain W3110 [Sambrook et al, Molecular Cloning, a Laboratory Manual (1989), Cold Spring Harbor Laboratories] (PCR condition: Denaturing = 95 ° C, 30 Seconds / Annealing = 53 ° C., 30 seconds / Polymerization = 72 ° C., 1 minute, 30 times) to amplify the promoter portion of about 700 pairs of aroF genes. The resulting DNA fragment was cut with restriction enzymes KpnI and EcoRV and the plasmid using the T4 DNA pCL- la this rise in cutting, such a restriction enzyme to prepare a pCL-P aroF ligated.
또한, 대장균 야생주 W3110으로부터 ydjE 를 클로닝하기 위하여 각각 서열번호 3 및 4를 갖는 프라이머3과 4를 제작하였다(표 2). ydjE 유전자(NCBI GI: 16130254)의 염기 서열은 이미 문헌에 보고되어있다. 대장균 야생주 W3110의 염색체 DNA를 주형으로 하여 중합효소 연쇄반응법(PCR법) [Sambrook et al, Molecular Cloning, a Laboratory Manual (1989), Cold Spring Harbor Laboratories](PCR 조건: Denaturing=95℃, 30초/Annealing=53℃, 30초/Polymerization=72℃, 1분, 30회)에 의해 약 1360 염기쌍의 ydjE 유전자를 증폭하였다. 얻어진 DNA 단편을 SmaI 과 PstI의 제한 효소로 절단하고 EcoRV 과 PstI 제한 효소로 절단된 pCL-ParoF 플라즈미드를 T4 DNA 라이게이즈를 이용하여 라이게이션하여 도1과 같은 재조합 벡터 pCL-ParoF-ydjE를 제조하였다.In addition, primers 3 and 4 having SEQ ID NOs 3 and 4, respectively, were prepared for cloning ydjE from E. coli wild line W3110 (Table 2). The base sequence of the ydjE gene (NCBI GI: 16130254) has already been reported in the literature. Polymerase chain reaction method (PCR method) using chromosomal DNA of E. coli wild strain W3110 [Sambrook et al, Molecular Cloning, a Laboratory Manual (1989), Cold Spring Harbor Laboratories] (PCR condition: Denaturing = 95 ° C, 30 YdjE gene of about 1360 base pairs was amplified by seconds / Annealing = 53 ° C., 30 seconds / Polymerization = 72 ° C., 1 minute, 30 times). Cutting the resulting DNA fragment with restriction enzymes SmaI and PstI and the recombinant vector, such as PstI and EcoRV the pCL-P aroF plasmid with T4 DNA this is also referred to ligation using the rise 1 digested with restriction enzymes pCL-P aroF -ydjE Was prepared.
실시예Example 3 : 3: ydjEydjE 유전자가 과발현된 재조합 미생물의 Of recombinant microorganisms overexpressed genes 쓰레오닌Threonine 생산 농도 비교 Production concentration comparison
본 실시예에서는 실시예 2에서 제작된 재조합 벡터(pCL-ParoF-ydjE)로 쓰레오닌 생산 대장균(Escherichia coli) TF5015를 형질전환시켰다. 얻어진 재조합 균주를 대장균 CO01-0015로 명명하였으며, 2006년 11월 28일자로 대한민국 서울특별시 서대문구 홍제 1동 361-221번지에 소재하는 국제기탁기관인 한국종균협회 부설 한국미생물보존센터에 수탁번호 KCCM 10807P로 기탁하였다.In this embodiment, it was transformed with the recombinant vector used in (pCL-P aroF -ydjE) Leo non-producing Escherichia coli (Escherichia coli) TF5015 manufactured in Example 2. The resulting recombinant strain was named Escherichia coli CO01-0015, and the accession number KCCM 10807P was assigned to the Korea Microbial Conservation Center, an international depository organization located at 361-221, Hongje 1-dong, Seodaemun-gu, Seoul, Korea, on November 28, 2006. Deposited.
상기 재조합 균주를 하기 표 3과 같은 조성을 갖는 플라스크 역가 배지를 이용하여 배양하고, 그로부터 얻어진 쓰레오닌 농도와 TF5015에서 얻어진 쓰레오닌 농도를 비교하였다. 얻어진 L-쓰레오닌 농도는 3개의 플라스크 결과의 평균값을 사용하였다. L-쓰레오닌의 농도 측정 방법은 통상적으로 알려진 HPLC를 이용한 분석 방법을 사용하였다.The recombinant strain was cultured using a flask titer medium having a composition as shown in Table 3 below, and the threonine concentration obtained therefrom was compared with the threonine concentration obtained from TF5015. The obtained L-threonine concentration used the average value of three flask results. As a method for measuring the concentration of L-threonine, an analysis method using commonly known HPLC was used.
그 결과, 수득된 L-쓰레오닌의 농도는 하기 표 4와 같이 형질전환체 CO01-0015(KCCM 10807P)의 L-쓰레오닌 농도가 대장균 TF5015에서보다 20% 증가되었음을 확인하였다.As a result, the obtained L- threonine concentration was confirmed that the L- threonine concentration of transformant CO01-0015 (KCCM 10807P) 20% increased than in E. coli TF5015 as shown in Table 4.
이상에서 상세히 설명하였듯이, 본 발명에 따라 생물정보학 기법을 이용하여 대장균에서 기능이 알려져 있지 않은 ydjE 유전자의 기능을 예측한 결과, 자일로스 트랜스포터, 갈락토스 트랜스포터 및 아라비노스 트랜스포터 등과 높은 아미노산 서열상의 유사성을 갖는다는 것을 확인할 수 있었으며, ydjE의 발현양을 증가시킴으로써 L-쓰레오닌 생산성을 증가시킬 수 있음을 확인하였다. 구체적으로는 L-쓰레오닌 생산능 대장균 TF5015를 형질전환시켜 ydjE 유전자의 발현이 증가된 재조합 대장균 CO01-0015를 제조하고, 이의 배양을 통하여 L-쓰레오닌을 고농도로 생산하여 그 생산성을 증가시킬 수 있다.As described in detail above, using the bioinformatics technique according to the present invention predicted the function of ydjE gene of unknown function in Escherichia coli, as a result of high amino acid sequence such as xylose transporter, galactose transporter and arabinose transporter It was confirmed that it has similarities, and it was confirmed that L-threonine productivity could be increased by increasing the expression amount of ydjE . Specifically, L-threonine-producing E. coli TF5015 was transformed to produce recombinant E. coli CO01-0015 with increased expression of the ydjE gene, and the production of L-threonine at a high concentration through its culture increased its productivity. You can.
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