KR100668338B1 - 신규한 pH 의존성 이온 교환물질, 그가 고정화되어 있는고체 기판, 및 상기 물질 및 고체 기판을 이용하여 핵산을분리하는 방법 - Google Patents
신규한 pH 의존성 이온 교환물질, 그가 고정화되어 있는고체 기판, 및 상기 물질 및 고체 기판을 이용하여 핵산을분리하는 방법 Download PDFInfo
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Abstract
본 발명은 하기 화학식 M0, M1, M2, M3 및 M4로 이루어진 군으로부터 선택된 2 이상의 단량체가 결합되어 있고, M1과 M2로 이루어진 군으로부터 선택된 1 이상의 단량체 및 M3과 M4로 이루어진 군으로부터 선택된 1 이상의 단량체가 포함되어 있는 핵산 분리를 위한 카르복실기, 아민기 및 폴리에틸렌옥사이드 모이어티를 가진 pH 의존성 이온 교환물질, 그가 고정화되어 있는 고체 기판 및 상기 물질 및 고체 기판을 이용하여 핵산을 분리하는 방법을 제공한다.
핵산, 폴리에틸렌옥사이드
Description
도 1은 pH 3과 pH 7에서 결합 및 용출이 수행된 2가지의 기판을 평판에 위치시킨 후 순서대로 스캐닝한 결과를 나타내는 도면이다.
도 2는 pH 3에서 결합 및 용출이 수행된 기판을 평판에 위치시킨 후 스캐닝한 결과를 나타내는 도면이다.
본 발명은 아미노기, 카르복실기 및 폴리에틸렌옥사이드 모이어티를 갖는 pH 의존성 이온 교환물질, 상기 물질이 고정화되어 있는 기판 및 그를 이용하여 핵산을 분리하는 방법에 관한 것이다.
종래 pH 의존성 이온 교환물질 및 그를 이용한 핵산의 분리 방법이 알려져 있었다. 예를 들면, 미국특허공개 제2001/0018513호에는 이온화가능한 기를 가지고 있는 물질로서 이온화가능한 기는 제1 pH에서 양전하를 띠고 있어 핵산과 결합할 수 있고, 상기 제1 pH보다 높은 제2 pH에서는 상기 핵산을 방출시키는 물질을 이용하는 핵산의 분리방법이 개시되어 있다. 이온화가능한 기를 가지고 있는 물질의 예로는, N-2-아세트아미도-2-아미노에탄술폰산 (ACES), N-2-아세트아미도-2-이미도디아세트산 (ADA), N-트리히드록시메틸-메틸-2-아미노에탄술폰산 (TES) 및 트리히드록시메틸아미노에탄(Tris) 등이 포함된다. 또한, 미국특허 제6,310,199호에는 실리카 자성 입자와 방향족 탄화수소 고리, 상기 방향족 탄화수소 고리에 공유적으로 부착되어 있는 스페이서, 및 제1 말단에서 상기 실리카 자성 입자에 부착되어 있고 제2 말단에서 상기 스페이서에 부착되어 있는 링커 알킬 사슬을 포함하는 링커를 포함하는 복수 개의 제1 이온 교환 리간드를 포함하는 pH 의존성 이온 교환물질을 이용하여 핵산을 분리하는 방법이 개시되어 있다.
그러나, 상기한 종래 기술에 의하여 알려진 pH 의존성 이온 교환물질에 의하면, 핵산과 함께 시료 중에 포함되어 있는 단백질에 대하여도 높은 결합력을 보이고 있어 시료로부터 핵산만을 선택적으로 분리하는데 있어서 효율이 낮다는 단점이 있었다. 이에 본 발명자들은 제1 pH에서 핵산에 대한 결합력이 강하고 제2 pH에서 핵산을 높은 비율로 방출시킬 수 있으면서도, 단백질에 대한 결합력은 낮아서 시료로부터 핵산만을 선택적으로 분리하는데 사용할 수 있는 신규한 pH 의존성 이온 교환물질을 탐색하던 중 본 발명의 pH 의존성 이온교환물질을 발견하고 본 발명을 완성하기에 이르렀다.
본 발명의 목적은 제1 pH에서 핵산에 대한 결합력이 강하고 제2 pH에서 핵산을 높은 비율로 방출할 수 있으면서도, 단백질에 대한 결합력은 낮은 pH 의존성 이온 교환물질을 제공하는 것이다.
본 발명의 또 다른 목적은 상기 물질이 고정화되어 있는 기판을 제공하는 것이다.
본 발명의 또 다른 목적은 상기 본 발명의 물질 및 그가 고정화된 기판을 이용하여 핵산을 분리하는 방법을 제공하는 것이다.
본 발명은 하기 화학식 M0, M1, M2, M3 및 M4로 이루어진 군으로부터 선택된 2 이상의 단량체가 결합되어 있고, M1과 M2로 이루어진 군으로부터 선택된 1 이상의 단량체 및 M3과 M4로 이루어진 군으로부터 선택된 1 이상의 단량체가 포함되어 있는 핵산 분리를 위한 카르복실기, 아민기 및 폴리에틸렌옥사이드 모이어티를 가진 pH 의존성 이온 교환물질을 제공한다:
상기 식 중 A는 n이 1 내지 10의 정수인 -NH(CH2)nNH2 및 n이 1 내지 10의 정수이고 Y가 고리 원소 중 하나 이상의 원소가 질소인 방향족 염기인 -NH(CH2)nY로부터 선택되는 염기이고, B는 n이 1 내지 20이고, R2는 탄소 원자수 1 내지 10의 알킬기 또는 보호기인 -(CH2CHO)nOR2이고, R3는 탄소수 1 내지 10의 알킬기이고, 중합도는 2 내지 30,000이다.
본 발명의 pH 의존성 이온 교환물질의 일 예는, 상기 이온 교환물질 중의 카르복실기와 A의 아미노기의 몰비가 1.5∼3.0 : 1.0인 pH 의존성 이온 교환물질이다.
본 발명의 화학식 M1 및 M2 중의 Y는 피리디닐 또는 이미다졸릴 기가 될 수 있으나, 이들 예에 한정되는 것은 아니다.
본 발명의 pH 의존성 이온 교환물질의 또 다른 일 예는, 상기 이온 교환물질 중의 A가 -NH(CH2)2NH2, 4-(아미노메틸)피리디닐 또는 1-(3-아미노프로필)이미다졸릴 기인 pH 의존성 이온 교환물질이다.
본 발병의 pH 의존성 이온 교환물질의 또 다른 일 예는, 상기 이온 교환물질 중의 B가 n이 1 내지 5이고, R2는 메틸, 에틸, 프로필, 부틸 및 메틸기로 이루어진 군으로부터 선택되는 것이다.
본 발명의 pH 의존성 이온 교환물질은 당업계에 알려진 합성 방법에 의하여 합성될 수 있다. 예를 들면, 폴리무수물 (폴리(에틸렌-알트-말레산 무수물) (poly(ethylene-alt-maleic anhydride) (분자량 100,000-500,000)에 메틸화된 폴리에틸렌옥사이드 (CH3O(CH2CH2O)nH)를 적합한 조건하에서 커플링 반응시킨 다음, 에틸렌디아민, 4-(아미노메틸)피리딘 또는 1-(3-아미노프로필)이미다졸과 같은 염기를 적합한 조건하에서 커플링 반응시킴으로써 제조될 수 있다. 상기 폴리무수물, 메틸화된 폴리에틸렌옥사이드 (CH3O(CH2CH2O)nH), 에틸렌디아민, 4-(아미노메틸)피리딘 및 1-(3-아미노프로필)이미다졸은 당업자가 용이하게 합성할 수 있거나 상업적으로 구입한 가능한 물질이다.
본 발명은 또한, 상기한 바와 같은 본 발명에 따른 pH 의존성 이온 교환물질이 표면에 고정화되어 있는 고체 기판을 제공한다.
본 발명의 상기 pH 의존성 이온 교환물질이 표면에 고정화되어 있는 고체 기판은 임의의 형태를 가질 수 있다. 예를 들면, 평판, 구형 또는 마이크로채널의 형태를 가질 수 있으나, 이들 예에 한정되는 것은 아니다. 본 발명의 상기 고체 기판의 바람직한 일 형태는, 미세유동장치 내의 미세채널 (microchannel)의 형태를 갖는 것이다.
본 발명의 상기 pH 의존성 이온 교환물질이 표면에 고정화되어 있는 고체 기판에 있어서, 상기 이온 교환물질이 고정되어질 고체 기판은 실리카, 융합 실리카, 폴리에틸렌, 폴리프로필렌, 슬라이드 글라스 및 실리콘 웨이퍼로 이루어진 군으로부터 선택되는 것일 수 있으나, 이들 재질의 기판에 한정되는 것은 아니다.
본 발명의 상기 고체 기판은, 본 발명의 상기 pH 의존성 이온 교환물질의 사슬의 말단 부분을 알데히드 및 에스테르기와 같은 활성기로 활성화시키고, 활성화된 상기 이온 교환물질을 아민기와 같은 활성기로 코팅되어 있는 고체 기판에 커플링시킴으로써 고정화될 수 있으나, 이에 한정되는 것은 아니다. 상기 이온 교환물질 및 고체 기판의 활성화는 당업계에 알려진 임의의 방법에 의하여 수행될 수 있다. 예를 들면, 상기 이온 교환물질의 활성화는 말단기의 산화 또는 산무수물과 같은 에스테르 화합물과 커플링시킴으로써 활성기를 도입함으로써 활성화될 수 있다. 또한, 상기 고체 기판의 활성화는 고체 기판 상에 아미노기와 같은 활성물질을 스핀 코팅 등과 같은 코팅 방법으로 코팅함으로써 활성화시킬 수 있다. 상기 이온 교환물질을 고체 기판에 고정화하는 방법의 또 다른 예는, 상기한 바와 같은 폴리무수물 (예, 폴리(에틸렌-알트-말레산 무수물) (분자량 100,000-500,000)을 활성화된 기판 상에 코팅하고, 기판 상에 고정화되어 있는 상기 폴리무수물에 한쪽 말단이 보호된 폴리에틸렌옥사이드 (예, 메틸화된 폴리에틸렌옥사이드 (CH3O(CH2CH2O)nH))를 적합한 조건하에서 커플링 반응시킨 다음, 에틸렌디아민, 4-(아미노메틸)피리딘 또는 1-(3-아미노프로필)이미다졸과 같은 염기와 적합한 조건하에서 커플링 반응시킴 으로써 제조하는 것일 수 있다. 상기 폴리무수물, 한쪽 말단이 보호된 폴리에틸렌옥사이드 (예, 메틸화된 폴리에틸렌옥사이드 (CH3O(CH2CH2O)nH)), 에틸렌디아민, 4-(아미노메틸)피리딘 및 1-(3-아미노프로필)이미다졸은 당업자가 용이하게 합성할 수 있거나 상업적으로 구입한 가능한 물질이다.
본 발명은 또한, 핵산을 포함하는 시료를 본 발명에 따른 pH 의존성 이온 교환물질 또는 이들이 고정화되어 있는 고체 기판과 제1 pH에서 접촉시키는 단계; 및 핵산이 결합된 상기 이온 교환물질을 상기 제1 pH 보다 높은 제2 pH를 갖는 용액에 노출시켜 핵산을 방출시키는 단계를 포함하는, 카르복실기, 아민기 및 폴리에틸렌옥사이드 모이어티를 갖는 pH 의존성 이온 교환물질 및 그가 고정화되어 있는 고체 기판을 이용한 핵산의 정제방법을 제공한다.
본 발명의 방법에 있어서, 상기 제1 pH는 상기 pH 의존성 이온 교환물질 중의 A의 아미노기 양전하를 갖고 카르복실 기의 pKa 근처의 pH로서, 바람직하게는, 상기 제1 pH는 2 내지 4이다. 상기 제2 pH는 상기 pH 의존성 이온 교환물질 중의 카르복실기 (-COOH)가 음전하를 갖는 A의 아미노 기의 pKa 근처의 pH로서, 바람직하게는, 상기 제2 pH는 5 내지 10이다.
본 발명의 방법에 있어서, 핵산 시료를 상기 pH 의존성 이온 교환물질 또는 상기 pH 의존성 이온 교환물질이 고정화되어 있는 고체 기판과 접촉시키는 단계는 당업계에서 알려진 임의의 용액 (예, PBS) 중에서 수행될 수 있으며, 당업자라면 용이하게 선택하여 사용할 수 있다. 또한, 핵산이 결합된 상기 pH 의존성 이온 교 환물질 또는 상기 pH 의존성 이온 교환물질이 고정화되어 있는 고체 기판으로부터 핵산을 방출시키는 단계는 당업계에서 알려진 임의의 용액 (예, PBS 등의 버퍼 및 물) 중에서 수행될 수 있으며, 당업자라면 용이하게 선택하여 사용할 수 있다.
이하 본 발명을 실시예를 통하여 보다 상세하게 설명한다. 그러나, 이들 실시예는 본 발명을 예시적으로 설명하기 위한 것으로 본 발명의 범위가 이들 실시예에 한정되는 것은 아니다.
실시예
비교예 1 : 카르복실기와 아미노기를 갖는 중합체가 표면에 고정화된 기판을 이용한 핵산 분리
본 실시예에서는 하기 화학식 M0, M1과 M2의 단량체로 구성된 pH 의존성 이온 교환물질이 고정화된 기판을 제조하고, 제1 pH에서 DNA를 결합시킨 다음, 제2 pH에서 상기 DNA-기판 복합체로부터 핵산을 회수하였다.
상기 식들 중 A는 -NH(CH2)2NH2이고, R3은 -(CH2)3-이다. 기판 상에 상기 화학식 M0, M1과 M2의 단량체로 구성된 pH 의존성 이온 교환물질의 고정화는 다음과 같이 수행되었다. 먼저, 아미노기로 코팅된 유리 (Corning GAPS glass, 코닝사) 기판을 N-메틸-2-피롤리돈 (NMP) 중의 200 mM (반복 단위 기준) 폴리무수물 (폴리(에틸렌-알트-말레산 무수물) (분자량 Mw 100,000-500,000)에 실온에서 1 시간 동안 침지한 다음, 아세톤으로 세척하고, 진공하에서 건조하였다. 얻어진 상기 폴리무수물이 결합된 유리 기판을 트리에틸아민 (TEA) 촉매 존재하에서 N-메틸-2-피롤리돈 (NMP) 중의 에틸렌디아민 (농도는 몰비로서 에틸렌디아민 : H2O = 4 : 6) 중에 실온에서 1 시간 동안 침지한 다음, 에탄올로 세척하고 건조하였다. 상기 에틸렌디아민의 농도는 400 mM 및 물 600 mM이었다.
얻어진 화학식 M0, M1과 M2의 단량체로 구성된 pH 의존성 이온 교환물질이 코팅된 각각 2 장의 유리 기판 상에 pH 3에서, 5′말단이 Cy3로 표지된 서열번호 1의 DNA와 반응시켰다. 반응은 DNA 1 μM을 포함하는 0.15 M 소듐 아세테이트 용액을 기판 상에 첨가하고 두껑을 덮고 실온에서 1 분 동안 방치함으로써 수행되었다. 반응 후 0.15 M 소듐 아세테이트로 각각 pH 7.0에서 세척한 다음, 532nm (PMT 350)에서 Axon scanner (GenePix 사, 미국)를 사용하여 형광 강도를 측정하였다. 그 결과 pH 3.0에서의 형광 강도는 21397이었고, 세척 후 pH 7.0에서의 형광 강도는 11135 (회수율 48 %)이었다.
또한, 상기 화학식 M0, M1과 M2의 단량체로 구성된 pH 의존성 이온 교환물질 이 코팅된 유리 기판 상에 pH 3에서, Alexa 532-표지된 IgG와 반응시켰다. 반응은 상기 Alexa 532-표지된 IgG 1 μM을 포함하는 0.15 M 소듐 아세테이트 용액을 기판 상에 첨가하고 두껑을 덮고 실온에서 1 분 동안 방치함으로써 수행되었다. 반응 후 532nm (PMT 350)에서 Axon scanner (GenePix 사, 미국)를 사용하여 형광 강도를 측정하였다. 그 결과 pH 3.0에서의 형광 강도는 39562이었다.
이상의 결과로부터 폴리에틸렌옥사이드 모이어티가 없는 카르복실기와 아민기만을 포함하는 pH 의존성 이온 교환물질을 사용하는 경우 DNA의 회수율이 낮고, 단백질을 결합으로부터 배제시키는 능력이 낮음을 확인하였다.
비교예 2 : 카르복실기와 방향족 아미노기를 갖는 중합체가 표면에 고정화된 기판을 이용한 핵산 분리
본 실시예에서는 하기 화학식 M0, M1과 M2의 단량체로 구성된 pH 의존성 이온 교환물질이 고정화된 기판을 제조하고, 제1 pH에서 DNA를 결합시킨 다음, 제2 pH에서 상기 DNA-기판 복합체로부터 핵산을 회수하였다.
상기 식들 중 A는 1-(3-아미노프로필)이미다졸릴기이고, R3은 -(CH2)3-이다.기판 상에 상기 화학식 M0, M1과 M2의 단량체로 구성된 pH 의존성 이온 교환물질의 고정화는 다음과 같이 수행되었다. 먼저, 아미노기로 코팅된 유리 (Corning GAPS glass, 코닝사) 기판을 N-메틸-2-피롤리돈 (NMP) 중의 200 mM (반복 단위 기준) 폴리무수물 (폴리(에틸렌-알트-말레산 무수물) (분자량 Mw 100,000-500,000)에 실온에서 1 시간 동안 침지한 다음, 아세톤으로 세척하고, 진공하에서 건조하였다. 얻어진 상기 폴리무수물이 결합된 유리 기판을 트리에틸아민 (TEA) 촉매 존재하에서 N-메틸-2-피롤리돈 (NMP) 중의 1-(3-아미노프로필)이미다졸 (농도는 몰비로서 1-(3-아미노프로필)이미다졸 : H2O = 4 : 6) 중에 실온에서 1 시간 동안 침지한 다음, 에탄올로 세척하고 건조하였다. 상기 1-(3-아미노프로필)이미다졸의 농도는 400 mM 및 물 600 mM이었다.
얻어진 화학식 M0, M1과 M2의 단량체로 구성된 pH 의존성 이온 교환물질이 코팅된 각각 2 장의 유리 기판 상에 pH 3에서, 5′말단이 Cy3로 표지된 서열번호 1의 DNA와 반응시켰다. 반응은 상기 DNA 1 μM을 포함하는 0.15 M 소듐 아세테이트 용액을 기판 상에 첨가하고 두껑을 덮고 실온에서 1 분 동안 방치함으로써 수행되었다. 반응 후 0.15 M 소듐 아세테이트로 각각 pH 7.0에서 세척한 다음, 532nm (PMT 350)에서 Axon scanner (GenePix 사, 미국)를 사용하여 형광 강도를 측정하였다. 그 결과 pH 3.0에서의 형광 강도는 18209이었고, 세척 후 pH 7.0에서의 형광 강도는 1519 (회수율 91 %)이었다. 이는 방향족 아미노기를 사용하는 경우, 핵산의 회수율이 크게 향상된다는 것을 나타내는 것이다.
또한, 상기 화학식 M0, M1과 M2의 단량체로 구성된 pH 의존성 이온 교환물질이 코팅된 유리 기판 상에 pH 3에서, Alexa 532-표지된 IgG와 반응시켰다. 반응은 상기 Alexa 532-표지된 IgG 1 μM을 포함하는 0.15 M 소듐 아세테이트 용액을 기판 상에 첨가하고 두껑을 덮고 실온에서 1 분 동안 방치함으로써 수행되었다. 반응 후 532nm (PMT 350)에서 Axon scanner (GenePix 사, 미국)를 사용하여 형광 강도를 측정하였다. 그 결과 pH 3.0에서의 형광 강도는 28608이었다. 이는 비교예1과 같이 에틸렌디아민 기를 갖는 이온 교환물질을 사용한 경우에 비하여 단백질 결합량이 약 30 % 감소한 것이기는 하나, 여전히 단백질의 결합량이 많았다. 따라서, 단백질의 결합을 줄일 수 있고 핵산에 대한 회수율은 높일 수 있는 신규한 pH 의존성 이온 교환물질에 대한 요구가 여전히 남아 있다.
실시예 1 : 메틸화된 폴리에틸렌옥사이드를 갖는 pH 의존성 이온 교환물질의 단백질 결합 저항성 정도의 확인
본 실시예에서는 하기 화학식 M0, M3과 M4의 단량체로 구성된 pH 의존성 이온 교환물질이 고정화된 기판을 제조하고, 제1 pH에서 DNA를 결합시킨 다음, 제2 pH에서 상기 DNA-기판 복합체로부터 핵산을 회수하였다.
상기 식들 중 B는 -O(CH2CH2O)3OMe이고, R3은 -(CH2)3-이다. 기판 상에 상기 화학식 M0, M3과 M4의 단량체로 구성된 pH 의존성 이온 교환물질의 고정화는 다음과 같이 수행되었다. 먼저, 아미노기로 코팅된 유리 (Corning GAPS glass, 코닝사) 기판을 N-메틸-2-피롤리돈 (NMP) 중의 200 mM (반복 단위 기준) 폴리무수물 (폴리(에틸렌-알트-말레산 무수물) (분자량 100,000-500,000)에 실온에서 1 시간 동안 침지한 다음, 아세톤으로 세척하고, 진공하에서 건조하였다. 얻어진 상기 폴리무수물이 결합된 유리 기판을 트리에틸아민 (TEA) 촉매 존재하에서 N-메틸-2-피롤리돈 (NMP) 중의 트리(에틸렌글리콜)모노메틸 에테르 (농도는 몰비로서 트리(에틸렌글리콜)모노메틸 에테르 : H2O = 4 : 6) 중에 실온에서 1 시간 동안 침지한 다음, 에탄올로 세척하고 건조하였다. 상기 트리(에틸렌글리콜)모노메틸 에테르의 농도는 400 mM 및 물 600 mM이었다.
얻어진 화학식 M0, M3과 M4의 단량체로 구성된 pH 의존성 이온 교환물질이 코팅된 각각 2 장의 유리 기판 상에 pH 3 및 pH 7에서, 인간 IgG (Sigma 사, 미국)에 Alexa Fluor 532 Monoclonal Labling Kit (Molecular Probe 사)를 이용하여 Alexa 532로 표지된 Alexa 532-표지된 IgG와 반응시켰다. 반응은 상기 Alexa 532- 표지된 IgG 1 μM을 포함하는 0.15 M 소듐 아세테이트 용액을 기판 상에 첨가하고 두껑을 덮고 실온에서 1 분 동안 방치함으로써 수행되었다. 반응 후 0.15 M 소듐 아세테이트로 각각 pH 3과 pH 7.0에서 세척한 다음, 532nm (PMT 350)에서 Axon scanner (GenePix 사, 미국)를 사용하여 형광 강도를 측정하였다. 도 1은 상기 pH 3과 pH 7에서 결합 및 용출이 수행된 2가지의 기판을 평판에 위치시킨 후 순서대로 스캐닝한 결과를 나타내는 도면이다.
대조군으로서 산화막 (SiO2)을 갖는 유리기판 (대조군 1) 및 트리(에틸렌글리콜)모노메틸 에테르 (HO(CH2CH2O)3Me)의 자기조립단일분자막 (SAM : selfassembled monolayer)를 갖는 유리기판 (대조군 2)에 대하여 동일한 과정에 따라 실험을 수행하였다. 상기 대조군 2의 트리(에틸렌글리콜)모노메틸 에테르의 자기조립단분자막을 갖는 유리기판은 다음과 같이 제조되었다. 먼저, (트리(에틸렌글리콜)모노메틸 에테르 (8.75mmol)와 NaH (17.5mmol)의 존재하에 상온에서 30분 동안 교반시킨 후, 이 용액에 11-브로모-1-운데센 (17.5mmol)을 첨가하여 CH2=CH(CH2)9O(CH2CH2O)3CH3를 얻었다. 이때 얻어진 물질은 1H NMR을 통해 이중결합이 생성되었음을 확인하였다. 얻어진 CH2=CH(CH2)9O(CH2CH2O)3CH3와 HSi(OMe)3 를 H2PtCl6 촉매하에서 3시간 가량 환류하여 (OMe)3Si(CH2)11O(CH2CH2O)3Me를 얻었다. 이는 1H NMR에서 이중결합이 없어짐을 통해 확인하였다. 얻어진 (OMe)3Si(CH2)11O(CH2CH2O)3Me를 유리 기판에 첨가하여, (트리(에틸렌글리콜)모노메틸 에테르의 가지조립단분자 막을 갖는 유리기판을 제조하였다.
도 1에 나타낸 바와 같이, 트리(에틸렌글리콜)모노메틸 에테르가 고정되어 있는 기판은 산화막 (SiO2)을 갖는 유리기판 (대조군 1) 및 트리(에틸렌글리콜)모노메틸 에테르의 자기조립단일분자막 (SAM)을 갖는 유리기판 (대조군 2)에 비하여 단백질의 결합이 현저하게 감소하였음을 알 수 있다.
실시예 2 : 메틸화된 폴리에틸렌옥사이드를 갖는 pH 의존성 이온 교환물질의 단백질 결합 저항성의 기작
본 실시예에서는 하기 화학식 M0, M3과 M4의 단량체로 구성된 pH 의존성 이온 교환물질이 고정화된 기판을 제조하고, 제1 pH에서 DNA를 결합시킨 다음, 제2 pH에서 상기 DNA-기판 복합체로부터 핵산을 회수하였다.
상기 식들 중 B는 -O(CH2CH2O)3Me이고, R3은 -(CH2)3-이다. 기판 상에 상기 화학식 M0, M3과 M4의 단량체로 구성된 pH 의존성 이온 교환물질의 고정화는 다음과 같이 수행되었다. 먼저, 아미노기로 코팅된 유리 (Corning GAPS glass, 코닝사) 기판을 N-메틸-2-피롤리돈 (NMP) 중의 200 mM (반복 단위 기준) 폴리무수물 (폴리(에틸렌-알트-말레산 무수물) (분자량 Mw 100,000-500,000)에 실온에서 1 시간 동안 침지한 다음, 아세톤으로 세척하고, 진공하에서 건조하였다. 얻어진 상기 폴리무수물이 결합된 유리 기판을 트리에틸아민 (TEA) 촉매 존재하에서 N-메틸-2-피롤리돈 (NMP) 중의 트리(에틸렌글리콜)모노메틸 에테르 농도는 몰비로서 트리(에틸렌글리콜)모노메틸 에테르 : H2O = 4 : 6) 중에 실온에서 1 시간 동안 침지한 다음, 에탄올로 세척하고 건조하였다 (실험군). 상기 트리(에틸렌글리콜)모노메틸 에테르의 농도는 400 mM 및 물 600 mM이었다.
대조군으로는 얻어진 상기 폴리무수물이 결합된 유리 기판을 N-메틸-2-피롤리돈 (NMP) 중의 에틸렌디아민 (농도는 몰비로서 에틸렌디아민 : H2O = 4 : 6) (대조군 1) 또는 물 (대조군 2)에 실온에서 1 시간 동안 침지한 다음, 에탄올로 세척하고 건조하였다. 상기 에틸렌디아민의 농도는 400 mM 및 물 600 mM이었다.
얻어진 화학식 M0, M3과 M4의 단량체로 구성된 pH 의존성 이온 교환물질이 코팅된 각각 2 장의 유리 기판 상에 pH 3 및 pH 7에서, Alexa 532-표지된 IgG 와 반응시켰다. 반응은 상기 Alexa 532-표지된 IgG 1 μM을 포함하는 0.15 M 소듐 아세테이트 용액을 기판 상에 첨가하고 두껑을 덮고 실온에서 1 분 동안 방치함으로써 수행되었다. 반응 후 0.15 M 소듐 아세테이트로 각각 pH 3과 pH 7.0에서 세척한 다음, 532nm (PMT 350)에서 Axon scanner (GenePix 사, 미국)를 사용하여 형광 강 도를 측정하였다. 도 2는 pH 3에서 결합 및 용출이 수행된 기판을 평판에 위치시킨 후 스캐닝한 결과를 나타내는 도면이다.
도 2에 나타낸 바와 같이, 트리(에틸렌글리콜)모노메틸 에테르 및 카르복실기를 갖는 기판은 에틸렌디아민과 카르복실기를 갖는 유리기판 (대조군 1) 및 단순히 카르복실기를 갖는 유리기판 (대조군 2)에 비하여 단백질의 결합이 현저하게 감소하였음을 알 수 있다. 이는 실시예1의 트리(에틸렌글리콜)모노메틸 에테르 및 카르복실기를 갖는 기판이 단백질 결합에 대하여 저항성을 보이는 것은 카르복실기에 의한 것이기 보다는 트리(에틸렌글리콜)모노메틸 에테르에 의하여 이루어진다는 것을 나타내는 것이다.
실시예 3 : 카르복실기, 아민기 및 메틸화된 폴리에틸렌옥사이드를 갖는 pH 의존성 이온 교환물질을 이용한 핵산 및 단백질의 결합 및 용출 효율
본 실시예에서는 하기 화학식 M0, M1, M2, M3과 M4의 단량체로 이루어진 군으로부터 선택된 2 이상의 단량체가 결합되어 있고, M1과 M2로 이루어진 군으로부터 선택된 1 이상의 단량체 및 M3과 M4로 이루어진 군으로부터 선택된 1 이상의 단량체가 포함되어 있는 핵산 분리를 위한 카르복실기, 아민기 및 폴리에틸렌옥사이드 모이어티를 가진 pH 의존성 이온 교환물질이 고정화된 기판을 제조하고, 제1 pH에서 DNA 또는 단백질을 결합시킨 다음, 제2 pH에서 상기 DNA 또는 단백질-기판 복합체로부터 핵산 또는 단백질을 회수하였다.
상기 식 중 A는 -NH(CH2)2NH2 (실험군 1) 또는 -1-(3-아미노프로필)이미다졸릴기 (실험군 2)이고, B는 -(CH2CHO)3OCH3이고, R3는 -(CH2)3-이다.
기판 상에 상기 화학식 M0, M1, M2, M3과 M4의 단량체로 구성된 pH 의존성 이온 교환물질의 고정화는 다음과 같이 수행되었다. 먼저, 아미노기로 코팅된 유리 (Corning GAPS glass, 코닝사) 기판을 N-메틸-2-피롤리돈 (NMP) 중의 200 mM (반복 단위 기준) 폴리무수물 (폴리(에틸렌-알트-말레산 무수물) (분자량 Mw 100,000-500,000)에 실온에서 1 시간 동안 침지한 다음, 아세톤으로 세척하고, 진공하에서 건조하였다. 얻어진 상기 폴리무수물이 결합된 유리 기판을 트리에틸아민 (TEA) 촉 매 존재하에서 N-메틸-2-피롤리돈 (NMP) 중의 트리(에틸렌글리콜)모노메틸 에테르 농도는 몰비로서 트리(에틸렌글리콜)모노메틸 에테르 : H2O = 4 : 6) 중에 실온에서 1 시간 동안 침지한 다음, 에탄올로 세척하고 건조하였다 (실험군). 상기 트리(에틸렌글리콜)모노메틸 에테르의 농도는 20 mM 및 물 30 mM이었다.
얻어진 상기 트리(에틸렌글리콜)모노메틸 에테르화된 폴리무수물 유도체가 결합된 유리 기판을 트리에틸아민 촉매 존재하에서 N-메틸-2-피롤리돈 (NMP) 중의 에틸렌디아민 (대조군 1) 또는 1-(3-아미노프로필)이미다졸 (대조군 2) (농도는 몰비로서 에틸렌디아민 또는 1-(3-아미노프로필)이미다졸 : H2O = 4 : 6) 중에 실온에서 1 시간 동안 침지한 다음, 에탄올로 세척하고 건조하였다. 에틸렌디아민 또는 1-(3-아미노프로필)이미다졸의 농도는 2 mM 및 물 3 mM이었다.
얻어진 상기 pH 의존성 이온 교환물질이 코팅된 각각 2 장의 유리 기판 상에 pH 3에서, 5′말단이 Cy3로 표지된 서열번호 1의 DNA와 반응시켰다. 반응은 상기 DNA 1 μM을 포함하는 0.15 M 소듐 아세테이트 용액을 기판 상에 첨가하고 두껑을 덮고 실온에서 1 분 동안 방치함으로써 수행되었다. 반응 후 0.15 M 소듐 아세테이트로 각각 pH 7.0에서 세척한 다음, 532nm (PMT 350)에서 Axon scanner (GenePix 사, 미국)를 사용하여 형광 강도를 측정하였다. pH 3.0과 pH 7.0에서 측정된 형광 강도는 하기 표 1과 같다.
표 1.
대조군 1 | 대조군 2 | 실험군 1 | 실험군 2 | |
결합 (pH 3.0) | 44566 | 41066 | 38904 | 38640 |
용출 (pH 7.0) | 14809 | 14608 | 6011 | 3939 |
회수율(%) | 66.8 | 64 | 85 | 90 |
단위 : 형광 강도
표 1에 나타낸 바와 같이, 본 발명의 pH 의존성 이온 교환물질을 사용함으로서 핵산의 회수율이 크게 향상됨을 알 수 있다.
또한, 얻어진 상기 pH 의존성 이온 교환물질이 코팅된 유리 기판 (대조군 1, 실험군 1 및 2) 상에 pH 3에서, Alexa 532-표지된 IgG와 반응시켰다. 반응은 상기 Alexa 532-표지된 IgG 1 μM을 포함하는 0.15 M 소듐 아세테이트 용액을 기판 상에 첨가하고 두껑을 덮고 실온에서 1 분 동안 방치함으로써 수행되었다. 반응 후 532nm (PMT 350)에서 Axon scanner (GenePix 사, 미국)를 사용하여 형광 강도를 측정하였다. pH 3.0에서 측정된 결합된 단백질에 대한 형광 강도는 표 2와 같다.
표 2.
대조군 2 | 실험군 1 | 실험군 2 | |
결합 (pH 3.0) | 7247 | 5572 | 3625 |
상대적 비율(%) | 100 | 76.9 | 50 |
단위 : 형광 강도
표 2에 나타낸 바와 같이, 단백질의 결합은 현저하게 감소하였음을 알 수 있다.
이상과 같은 실시예의 결과로부터, 본 발명의 pH 의존성 이온 교환물질을 이용함으로써 핵산의 회수율은 높으면서도 단백질의 비특이적인 결합을 현저하게 감소시킬 수 있음을 확인하였다. 상기 실시예에서 확인된 본 발명의 pH 의존성 이온 교환물질은 핵산을 분리하는데 유용하게 사용될 수 있다.
본 발명에 따른 pH 의존성 이온 교환물질 및 상기 물질이 고정화된 기판에 의하면, 제1 pH에서 핵산을 결합시키고 제2 pH에서 핵산을 회수하는 효율은 높으면서도 단백질의 비특이적인 결합을 현저하게 감소시킬 수 있다.
본 발명에 따른 핵산의 분리방법에 의하면, 단백질의 결합에 대하여 저항성을 갖는 본 발명에 따른 pH 의존성 이온 교환물질을 사용함으로써 핵산을 효율적으로 분리할 수 있다.
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Claims (12)
- 하기 화학식 M0, M1, M2, M3 및 M4로 이루어진 군으로부터 선택된 2 이상의 단량체가 결합되어 있고, M1과 M2로 이루어진 군으로부터 선택된 1 이상의 단량체 및 M3과 M4로 이루어진 군으로부터 선택된 1 이상의 단량체가 포함되어 있는 핵산 분리를 위한 카르복실기, 아민기 및 폴리에틸렌옥사이드 모이어티를 가진 pH 의존성 이온 교환물질로서,상기 식 중 A는 n이 1 내지 10의 정수인 -NH(CH2)nNH2 및 n이 1 내지 10의 정수이고 Y가 고리 원소 중 하나 이상의 원소가 질소인 방향족 염기인 -NH(CH2)nY로부터 선택되는 염기이고, B는 n이 1 내지 20이고, R2는 탄소 원자수 1 내지 10의 알킬기 또는 보호기인 -(CH2CHO)nOR2이고, R3는 탄소수 1 내지 10의 알킬기이고, 중합도는 2 내지 30,000인 이온 교환물질.
- 제1항에 있어서, 상기 이온 교환물질 중의 카르복실기와 A의 아미노기의 몰비는 1.5∼3.0 : 1.0인 것을 특징으로 하는 pH 의존성 이온 교환물질.
- 제1항에 있어서, A는 -NH(CH2)2NH2, 4-(아미노메틸)피리디닐 또는 1-(3-아미노프로필)이미다졸릴 기인 pH 의존성 이온 교환물질.
- 제1항 내지 제3항 중 어느 한 항의 pH 의존성 이온 교환물질이 표면에 고정화되어 있는 고체 기판.
- 제4항에 있어서, 상기 고체 기판은 미세유동장치 내의 미세채널 (microchannel)의 형태를 갖는 것인 고체 기판.
- 제4항에 있어서, 상기 이온 교환물질이 고정되어질 고체 기판은 실리카, 융합 실리카, 폴리에틸렌, 폴리프로필렌, 슬라이드 글라스 및 실리콘 웨이퍼로 이루 어진 군으로부터 선택되는 것인 고체 기판.
- 핵산을 포함하는 시료를 제1항 내지 제3항 중 어느 한 항에 따른 pH 의존성 이온 교환물질과 제1 pH에서 접촉시키는 단계; 및핵산이 결합된 상기 이온 교환물질을 상기 제1 pH 보다 높은 제2 pH를 갖는 용액에 노출시켜 핵산을 방출시키는 단계를 포함하는, 카르복실기, 아민기 및 폴리에틸렌옥사이드 모이어티를 갖는 pH 의존성 이온 교환물질을 이용한 핵산의 정제방법.
- 제7항에 있어서, 상기 제1 pH는 2 내지 4이고, 상기 제2 pH는 5 내지 10인 핵산의 정제방법.
- 핵산을 포함하는 시료를 제4항에 따른 pH 의존성 이온 교환물질이 표면에 고정화되어 있는 고체 기판과 제1 pH에서 접촉시키는 단계; 및핵산이 결합된 상기 고체 기판을 상기 제1 pH 보다 높은 제2 pH를 갖는 용액에 노출시켜 핵산을 방출시키는 단계를 포함하는, pH 의존성 이온 교환물질이 표면에 고정화되어 있는 고체 기판을 이용한 핵산의 정제방법.
- 제9항에 있어서, 상기 제1 pH는 2 내지 4이고, 상기 제2 pH는 5 내지 10인 핵산의 정제방법.
- 제9항에 있어서, 상기 고체 기판은 미세유동장치 내의 미세채널 (microchannel)의 형태를 갖는 것인 고체 기판을 이용한 핵산의 정제방법.
- 제9항에 있어서, 상기 이온 교환물질이 고정되어질 고체 기판은 실리카, 융합 실리카, 폴리에틸렌, 폴리프로필렌, 슬라이드 글라스 및 실리콘 웨이퍼로 이루어진 군으로부터 선택되는 것인 고체 기판을 이용한 핵산의 정제방법.
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