JPWO2020046985A5

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Publication number: JPWO2020046985A5
Application number: JP2021511621A
Authority: JP
Publication date: 2022-09-05

Claims

１０～５０個の連結ヌクレオチドを含むアンチセンスオリゴマーであって、該アンチセンスオリゴマーがＫｉｔをコードするプレｍＲＮＡのある領域を標的とし、該標的領域がＫｉｔをコードするプレｍＲＮＡのスプライシングに関与する配列を含む、アンチセンスオリゴマー。 An antisense oligomer comprising 10-50 linked nucleotides, wherein the antisense oligomer targets a region of the Kit-encoding pre-mRNA, and the target region is a sequence involved in splicing of the Kit-encoding pre-mRNA. Antisense oligomers, including

前記アンチセンスオリゴマーの前記ＫｉｔをコードするプレｍＲＮＡへのハイブリダイゼーションが、該プレｍＲＮＡのスプライシングを変化させ、該ｃ－Ｋｉｔ転写物が、配列番号８、１０、１２、１４及び１６のいずれか、又はその中に存在するオープンリーディングフレームを含み、該アンチセンスオリゴマーの該ＫｉｔをコードするプレｍＲＮＡへのハイブリダイゼーションが、Ｋｉｔタンパク質の発現を低下させ、該発現が低下させられるＫｉｔタンパク質が、野生型Ｋｉｔタンパク質又は変異型Ｋｉｔタンパク質である、請求項１に記載のアンチセンスオリゴマー。 hybridization of said antisense oligomer to said Kit-encoding pre-mRNA alters splicing of said pre-mRNA, and said c-Kit transcript is any of SEQ ID NOs: 8, 10, 12, 14 and 16; , or an open reading frame present therein, wherein hybridization of the antisense oligomer to the pre-mRNA encoding the Kit reduces expression of the Kit protein, and the Kit protein whose expression is reduced is produced in the wild 2. The antisense oligomer of claim 1 , which is a type Kit protein or a mutant type Kit protein .

前記標的領域が、イントロン配列、エキソン配列、イントロン/エキソンジャンクションを含む配列、スプライスドナー配列、スライスアクセプター配列、スプライスエンハンサー配列、スプライス分岐点配列、又はポリピリミジントラクトから成る群から選択されるポリヌクレオチド配列の少なくとも一部を含み、該ポリヌクレオチド配列が、Ｋｉｔエキソン２～２０から成る群から選択されるＫｉｔエキソンに関連する、請求項１又は２に記載のアンチセンスオリゴマー。 A polynucleotide wherein said target region is selected from the group consisting of intron sequences, exon sequences, sequences containing intron/exon junctions, splice donor sequences, slice acceptor sequences, splice enhancer sequences, splice branch point sequences, or polypyrimidine tracts. 3. The antisense oligomer of claim 1 or 2 , comprising at least part of a sequence, wherein said polynucleotide sequence relates to a Kit exon selected from the group consisting of Kit exons 2-20.

前記ＫｉｔをコードするプレｍＲＮＡが、ｃ－Ｋｉｔ遺伝子から転写され、前記アンチセンスオリゴマーのｃ－ＫｉｔプレｍＲＮＡへのハイブリダイゼーションが、エキソン４の少なくとも一部を欠く成熟ｃ－ＫｉｔｍＲＮＡ分子の生成をもたらす、請求項１～３のいずれか一項に記載のアンチセンスオリゴマー。 The Kit-encoding pre-mRNA is transcribed from the c-Kit gene , and hybridization of the antisense oligomer to the c-Kit pre-mRNA produces a mature c-Kit mRNA molecule lacking at least a portion of exon 4. The antisense oligomer according to any one of claims 1 to 3 , which results in

前記Ｋｉｔタンパク質が、ヒトＫｉｔタンパク質、マウスＫｉｔタンパク質、イヌＫｉｔタンパク質、ネコＫｉｔタンパク質、及びウマＫｉｔタンパク質から成る群から選択され、前記アンチセンスオリゴマーのｃ－ＫｉｔプレｍＲＮＡへのハイブリダイゼーションが、短縮型Ｋｉｔタンパク質をコードするｍＲＮＡ分子の生成をもたらす、請求項１～４のいずれか一項に記載のアンチセンスオリゴマー。 wherein said Kit protein is selected from the group consisting of human Kit protein, mouse Kit protein, canine Kit protein, feline Kit protein, and horse Kit protein , wherein hybridization of said antisense oligomer to c-Kit pre-mRNA is shortened An antisense oligomer according to any one of claims 1 to 4 , which results in the production of mRNA molecules encoding type Kit proteins .

前記オリゴヌクレオチドが前記標的配列に特異的にハイブリダイズするように、前記１０～５０個の連結ヌクレオチドが、前記ＫｉｔをコードするプレｍＲＮＡ中の標的核酸配列に十分に相補的な、標的に向く核酸配列を含む、請求項１に記載のアンチセンスオリゴマー。 a targeting nucleic acid, wherein said 10-50 linked nucleotides are sufficiently complementary to a target nucleic acid sequence in said Kit-encoding pre-mRNA such that said oligonucleotide specifically hybridizes to said target sequence; 2. The antisense oligomer of claim 1, comprising a sequence.

前記アンチセンスオリゴマーの前記ＫｉｔをコードするプレｍＲＮＡへのハイブリダイゼーションが、該プレｍＲＮＡのスプライシングを変化させ、又は前記アンチセンスオリゴマーの前記ＫｉｔをコードするプレｍＲＮＡへのハイブリダイゼーションが、Ｋｉｔタンパク質の発現を低下させ、該発現が低下させられるＫｉｔタンパク質が、野生型Ｋｉｔタンパク質又は変異型Ｋｉｔタンパク質であり、又は前記標的に向く配列が、前記標的配列中の少なくとも６つの連続する核酸塩基に完全に相補的な少なくとも６つの連続する核酸塩基を含み、又は前記標的に向く配列が、その全長にわたって、前記標的配列中の同様のサイズの連続する核酸塩基のつながりに対して少なくとも８０％相補的である、請求項６に記載のアンチセンスオリゴマー。 Hybridization of said antisense oligomer to said Kit-encoding pre-mRNA alters splicing of said pre-mRNA, or hybridization of said antisense oligomer to said Kit-encoding pre-mRNA results in expression of Kit protein. and the Kit protein whose expression is reduced is a wild-type Kit protein or a mutant Kit protein, or said targeting sequence perfectly complements at least 6 contiguous nucleobases in said target sequence or the target-directed sequence is at least 80% complementary over its entire length to a stretch of similarly sized contiguous nucleobases in the target sequence. Antisense oligomer according to claim 6 .

前記標的領域が、イントロン配列、エキソン配列、イントロン/エキソンジャンクションを含む配列、スプライスドナー配列、スライスアクセプター配列、スプライスエンハンサー配列、スプライス分岐点配列、又はポリピリミジントラクトから成る群から選択されるポリヌクレオチド配列の少なくとも一部を含み、該ポリヌクレオチド配列が、Ｋｉｔエキソン２～２０から成る群から選択されるＫｉｔエキソンに関連する、請求項６又は７に記載のアンチセンスオリゴマー。 A polynucleotide wherein said target region is selected from the group consisting of intron sequences, exon sequences, sequences containing intron/exon junctions, splice donor sequences, slice acceptor sequences, splice enhancer sequences, splice branch point sequences, or polypyrimidine tracts. Antisense oligomer according to claim 6 or 7 , comprising at least part of a sequence, said polynucleotide sequence relating to a Kit exon selected from the group consisting of Kit exons 2-20.

前記ＫｉｔをコードするプレｍＲＮＡが、ｃ－Ｋｉｔ遺伝子から転写される、請求項６～８のいずれか一項に記載のアンチセンスオリゴマー。 The antisense oligomer according to any one of claims 6 to 8 , wherein the Kit-encoding pre-mRNA is transcribed from the c-Kit gene.

前記Ｋｉｔタンパク質が、ヒトＫｉｔタンパク質、マウスＫｉｔタンパク質、イヌＫｉｔタンパク質、ネコＫｉｔタンパク質、及びウマＫｉｔタンパク質から成る群から選択される、請求項６～９のいずれか一項に記載のアンチセンスオリゴマー。 The antisense oligomer according to any one of claims 6 to 9 , wherein said Kit protein is selected from the group consisting of human Kit protein, mouse Kit protein, canine Kit protein, feline Kit protein and equine Kit protein.

前記標的配列が、配列番号１８～２２から成る群から選択されるポリヌクレオチド配列の少なくとも一部を含み、該標的配列が、配列番号２３～６０から成る群から選択されるポリヌクレオチド配列の少なくとも一部を含み、該一部が、少なくとも１０個の連続するヌクレオチドであり、又は前記標的配列が、配列番号１８～２２の部分配列と少なくとも９０％同一の配列を含み、該標的配列が、配列番号２３～６０のうちの１つと少なくとも９０％同一の配列を含み、前記標的配列が、配列番号１、２及び２３～６０から成る群から選択される配列に優先的にハイブリダイズする、又は前記標的に向く配列が、その配列中に、配列番号１、２及び配列番号２３～６０のうちの１つの逆相補体から成る群から選択される配列中の少なくとも１０個の連続する核酸塩基と配列が同一である少なくとも１０個の連続する核酸塩基を含み、又は前記標的に向く配列が、配列番号１８～６０の部分配列の少なくとも一部の逆相補体に対して少なくとも８０％相補的な配列を含み、又は前記標的に向く配列が、配列番号１、２及び配列番号２３～６０のうちの１つの逆相補体から成る群から選択される配列の全長にわたって少なくとも８０％同一であり、又は前記標的に向く配列が、配列番号１、２及び配列番号２３～６０のうちの１つの逆相補体から成る群から選択される、請求項１０に記載のアンチセンスオリゴマー。 wherein said target sequence comprises at least a portion of a polynucleotide sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOS: 18-22, and said target sequence comprises at least one polynucleotide sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOS: 23-60; said portion is at least 10 contiguous nucleotides, or said target sequence comprises a sequence that is at least 90% identical to a partial sequence of SEQ ID NOS: 18-22, said target sequence comprises the sequence comprises a sequence that is at least 90% identical to one of numbers 23-60, wherein said target sequence preferentially hybridizes to a sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOs: 1, 2 and 23-60, or said The targeting sequence has at least 10 contiguous nucleobases and sequences in the sequence selected from the group consisting of the reverse complement of one of SEQ ID NOs: 1, 2 and SEQ ID NOs: 23-60. or the target-directed sequence comprises a sequence that is at least 80% complementary to the reverse complement of at least part of a partial sequence of SEQ ID NOS: 18-60. or said target sequence is at least 80% identical over its entire length to a sequence selected from the group consisting of the reverse complement of one of SEQ ID NOs: 1, 2 and SEQ ID NOs: 23-60, or said target 11. The antisense oligomer of claim 10 , wherein the sequence directed to is selected from the group consisting of SEQ ID NOs: 1, 2 and the reverse complement of one of SEQ ID NOs: 23-60.

前記アンチセンスオリゴマーがアンチセンスＲＮＡ分子であり、該アンチセンスＲＮＡ分子が、ヌクレオチド修飾、ヌクレオチド間修飾、糖修飾、糖－ヌクレオチド間結合修飾、及びそれらの組み合わせから成る群から選択される修飾を含む、請求項１～１１のいずれか一項に記載のアンチセンスオリゴマー。 wherein the antisense oligomer is an antisense RNA molecule, and the antisense RNA molecule has modifications selected from the group consisting of nucleotide modifications, internucleotide modifications, sugar modifications, sugar-internucleotide linkage modifications, and combinations thereof. The antisense oligomer of any one of claims 1-11 , comprising:

請求項１～１２のいずれか一項に記載のアンチセンスオリゴマーをコードする発現ベクター。 An expression vector encoding the antisense oligomer according to any one of claims 1-12 .

前記アンチセンスオリゴマーがモルホリノオリゴマーである、請求項１～１２のいずれか一項に記載のアンチセンスオリゴマー。 An antisense oligomer according to any one of claims 1-12 , wherein said antisense oligomer is a morpholino oligomer.

請求項１～１２のいずれか一項に記載のアンチセンスオリゴマー、請求項１３に記載の発現ベクター、又は請求項１４に記載のモルホリノオリゴマーを含む医薬組成物。 A pharmaceutical composition comprising the antisense oligomer of any one of claims 1-12 , the expression vector of claim 13 , or the morpholino oligomer of claim 14 .

個体におけるＫｉｔ発現に関連する疾患、障害又は病状を治療するための方法に使用するための、請求項１～１２のいずれか一項に記載のアンチセンスオリゴマー、請求項１３に記載の発現ベクター、又は請求項１４に記載のアンチセンスオリゴマー。 an antisense oligomer according to any one of claims 1 to 12, an expression vector according to claim 13, for use in a method for treating a disease, disorder or condition associated with Kit expression in an individual; Or the antisense oligomer of claim 14.

前記Ｋｉｔ発現に関連する疾患、障害又は病状が、癌又は肥満細胞症であり、前記癌が胃腸間質腫瘍又は白血病であり、前記個体が、ヒト、マウス、イヌ、ネコ又はウマである、請求項１６に記載の使用のための、アンチセンスオリゴマー、発現ベクター、又はアンチセンスオリゴマー。wherein said disease, disorder or condition associated with Kit expression is cancer or mastocytosis, said cancer is gastrointestinal stromal tumor or leukemia, and said individual is human, mouse, dog, cat or horse. 17. Antisense oligomer, expression vector or antisense oligomer for use according to paragraph 16.