JPH11178576A - Gene encoding classical mhc class i antigen - Google Patents
Gene encoding classical mhc class i antigenInfo
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- JPH11178576A JPH11178576A JP9353754A JP35375497A JPH11178576A JP H11178576 A JPH11178576 A JP H11178576A JP 9353754 A JP9353754 A JP 9353754A JP 35375497 A JP35375497 A JP 35375497A JP H11178576 A JPH11178576 A JP H11178576A
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Abstract
Description
【0001】[0001]
【発明の属する技術分野】本発明は、古典的MHCクラ
スI抗原をコードする遺伝子、及び古典的MHC抗原ク
ラスI抗原、並びに動物の古典的MHC抗原をコードす
る遺伝子の多型性を利用することを特徴とする動物の識
別方法、及びに動物の古典的MHC抗原の多型性を利用
することを特徴とする動物の識別方法に関する。The present invention relates to a gene encoding a classical MHC class I antigen, and a polymorphism in a gene encoding a classical MHC antigen class I antigen and an animal classical MHC antigen. And a method for identifying an animal characterized by utilizing a polymorphism of a classical MHC antigen of the animal.
【0002】[0002]
【従来の技術】MHC抗原は、脊椎動物の免疫反応にお
いて中心的な役割を担う重要な分子であり、クラスIと
クラスIIに大別される。1990年までは、MHC抗原をコ
ードする遺伝子は、哺乳類、鳥類でのみ単離されていた
が、1990年に、本発明者らによりPCR法を用いた魚類
からのMHC抗原をコードする遺伝子の単離方法が確立
された(Hashimoto,K.,Nakanishi,T.,及びKurosawa,Y.,
Proc.Natl.Acad.Sci.USA 87, 6863−6867(1990))。
それ以来これまでに、多くの種類の魚類から、MHC抗
原をコードする遺伝子が単離されてきた(Dixon,B.,Van
Erp,S.H.M.,Rodrigues,P.N.S.,Egberts,E.,及びStet,
R.J.M, Dev.Com.Immunol.19, 109−133 (1995))。2. Description of the Related Art MHC antigens are important molecules that play a central role in the immune response of vertebrates and are roughly classified into class I and class II. Until 1990, the gene encoding the MHC antigen was isolated only in mammals and birds. However, in 1990, the present inventors used the PCR method to simply encode the gene encoding the MHC antigen from fish. Separation methods have been established (Hashimoto, K., Nakanishi, T., and Kurosawa, Y.,
Proc. Natl. Acad. Sci. USA 87, 6863-6687 (1990)).
Since then, genes encoding MHC antigens have been isolated from many types of fish (Dixon, B., Van).
Erp, SHM, Rodrigues, PNS, Egberts, E., and Stet,
RJM, Dev. Com. Immunol. 19, 109-133 (1995)).
【0003】しかし、魚類において、免疫系で中心的な
役割を担っている多型性に富む古典的MHCクラスI抗
原をコードする遺伝子の存在は未だ確認されていない。However, in fish, the presence of a gene encoding a classic polymorphic MHC class I antigen which plays a central role in the immune system has not yet been confirmed.
【0004】我が国は、水産資源に依存している世界的
にも代表的な水産国であるが、天然の水産資源には限り
があり、近年、益々、高度な水産資源管理が要求されて
きている。従来、魚類の集団解析には、ミニサテライト
及びマイクロサテライトDNA領域や反復配列、ミトコ
ンドリアDNA等を応用した解析が行なわれてきた(Ta
kasaki,N.,Murata,S.,Saitoh,M.,Kobayashi,T.,Park,
L.,及びOkada,N.,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 91, 10153−
10157 (1994))が、魚種により顕著な地域差が見られ
ない場合も報告されており、高度な水産資源管理には、
さらに強力な魚類の集団解析手段の開発が望まれてい
る。[0004] Although Japan is one of the world's representative fisheries countries that depends on fishery resources, natural fishery resources are limited, and in recent years, increasingly sophisticated fishery resource management has been required. I have. Conventionally, fish population analysis has been carried out by applying minisatellite and microsatellite DNA regions, repetitive sequences, mitochondrial DNA, and the like (Ta).
kasaki, N., Murata, S., Saitoh, M., Kobayashi, T., Park,
L., and Okada, N., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 91, 10153-
10157 (1994)), there have been reports of cases where there is no significant regional difference among fish species.
The development of more powerful fish population analysis tools is desired.
【0005】このような状況の下、非常に多型性に富む
古典的MHC抗原をコードする遺伝子の系統解析によ
り、人類の個別集団を特徴づけ得るという報告がされて
いる(Parham,P.,及びOhta,T.,Science 272, 67−74(1
996))。従って、魚類においても、魚類の古典的MH
C抗原をコードする遺伝子の多型性を利用して魚類の識
別を行なうことができると考えられる。しかし、上記の
ように魚類における古典的MHC抗原をコードする遺伝
子の存在は確認されておらず、このことが魚類の古典的
MHC抗原をコードする遺伝子の多型性を利用して魚類
を識別する方法を開発する上で、大きな障壁となってい
る。[0005] Under such circumstances, it has been reported that an individual population of humanity can be characterized by phylogenetic analysis of the gene encoding the highly polymorphic classical MHC antigen (Parham, P., And Ohta, T., Science 272, 67-74 (1
996)). Therefore, also in fish, the classic MH of fish
It is considered that fish can be identified by utilizing the polymorphism of the gene encoding the C antigen. However, the presence of a gene encoding a classic MHC antigen in fish has not been confirmed as described above, and this distinguishes fish using polymorphisms in the gene encoding the classic MHC antigen in fish. It is a major barrier to developing methods.
【0006】[0006]
【発明の解決しようとする課題】本発明は、古典的MH
CクラスI抗原をコードする遺伝子、及び古典的MHC
抗原クラスI抗原、並びに動物の古典的MHC抗原をコ
ードする遺伝子の多型性を利用することを特徴とする動
物の識別方法、及び動物の古典的MHC抗原の多型性を
利用することを特徴とする動物の識別方法を提供するこ
とを目的とする。SUMMARY OF THE INVENTION The present invention provides a classic MH
Gene encoding C class I antigen and classical MHC
A method for identifying an animal characterized by utilizing polymorphisms in a gene encoding an antigen class I antigen and a classical MHC antigen of an animal, and utilizing a polymorphism of a classical MHC antigen of an animal An object of the present invention is to provide a method for identifying animals.
【0007】[0007]
【課題を解決するための手段】本発明者らは、上記課題
を解決すべく鋭意研究した結果、サメのゲノムDNAか
ら、古典的MHCクラスI抗原をコードする遺伝子を単
離・同定し、魚類における古典的MHCクラスI抗原を
コードする遺伝子の存在を明らかにするとともに、魚類
の古典的MHC抗原をコードする遺伝子の多型性を利用
して魚類を識別できることを見出し、本発明を完成する
に至った。Means for Solving the Problems The present inventors have conducted intensive studies to solve the above problems, and as a result, isolated and identified a gene encoding a classic MHC class I antigen from shark genomic DNA, and In addition to clarifying the existence of a gene encoding a classical MHC class I antigen in E. coli and finding that fish can be identified by utilizing the polymorphism of the gene encoding a classical MHC antigen in fish, the present invention has been completed. Reached.
【0008】すなわち、本発明は、以下の(a)又は
(b)のタンパク質をコードする遺伝子である。 (a)配列番号1に記載のアミノ酸配列からなるタンパ
ク質 (b)配列番号1に記載のアミノ酸配列において、1若
しくは複数個のアミノ酸が欠失、置換若しくは付加され
たアミノ酸配列からなり、かつMHCクラスI抗原性を
有するタンパク質[0008] That is, the present invention is a gene encoding the following protein (a) or (b). (A) a protein consisting of the amino acid sequence of SEQ ID NO: 1; (b) an amino acid sequence of SEQ ID NO: 1 consisting of an amino acid sequence in which one or more amino acids have been deleted, substituted or added, and Protein with I antigenicity
【0009】また、本発明は、以下の(a)又は(b)
のタンパク質をコードする遺伝子である。 (a)配列番号2に記載のアミノ酸配列からなるタンパ
ク質 (b)配列番号2に記載のアミノ酸配列において、1若
しくは複数個のアミノ酸が欠失、置換若しくは付加され
たアミノ酸配列からなり、かつMHCクラスI抗原性を
有するタンパク質Further, the present invention provides the following (a) or (b)
This is a gene that encodes a protein. (A) a protein consisting of the amino acid sequence of SEQ ID NO: 2; (b) an amino acid sequence of SEQ ID NO: 2 consisting of an amino acid sequence in which one or more amino acids have been deleted, substituted or added; Protein with I antigenicity
【0010】さらに、本発明は、以下の(a)又は
(b)のタンパク質をコードする遺伝子である。 (a)配列番号3に記載のアミノ酸配列からなるタンパ
ク質 (b)配列番号3に記載のアミノ酸配列において、1若
しくは複数個のアミノ酸が欠失、置換若しくは付加され
たアミノ酸配列からなり、かつMHCクラスI抗原性を
有するタンパク質Further, the present invention is a gene encoding the following protein (a) or (b). (A) a protein consisting of the amino acid sequence of SEQ ID NO: 3; (b) an amino acid sequence of SEQ ID NO: 3 consisting of an amino acid sequence in which one or more amino acids have been deleted, substituted or added; Protein with I antigenicity
【0011】さらに、本発明は、以下の(a)又は
(b)に示すタンパク質である。 (a)配列番号1に記載のアミノ酸配列からなるタンパ
ク質 (b)配列番号1に記載のアミノ酸配列において、1若
しくは複数個のアミノ酸が欠失、置換若しくは付加され
たアミノ酸配列からなり、かつMHCクラスI抗原性を
有するタンパク質Further, the present invention relates to a protein represented by the following (a) or (b): (A) a protein consisting of the amino acid sequence of SEQ ID NO: 1; (b) an amino acid sequence of SEQ ID NO: 1 consisting of an amino acid sequence in which one or more amino acids have been deleted, substituted or added, and Protein with I antigenicity
【0012】さらに、本発明は、以下の(a)又は
(b)に示すタンパク質である。 (a)配列番号2に記載のアミノ酸配列からなるタンパ
ク質 (b)配列番号2に記載のアミノ酸配列において、1若
しくは複数個のアミノ酸が欠失、置換若しくは付加され
たアミノ酸配列からなり、かつMHCクラスI抗原性を
有するタンパク質Further, the present invention relates to a protein represented by the following (a) or (b): (A) a protein consisting of the amino acid sequence of SEQ ID NO: 2; (b) an amino acid sequence of SEQ ID NO: 2 consisting of an amino acid sequence in which one or more amino acids have been deleted, substituted or added; Protein with I antigenicity
【0013】さらに、本発明は、以下の(a)又は
(b)に示すタンパク質である。Further, the present invention relates to a protein represented by the following (a) or (b):
【0014】(a)配列番号3に記載のアミノ酸配列か
らなるタンパク質 (b)配列番号3に記載のアミノ酸配列において、1若
しくは複数個のアミノ酸が欠失、置換若しくは付加され
たアミノ酸配列からなり、かつMHCクラスI抗原性を
有するタンパク質(A) a protein comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO: 3; (b) an amino acid sequence of SEQ ID NO: 3 wherein one or more amino acids are deleted, substituted or added; And proteins having MHC class I antigenicity
【0015】さらに、本発明は、動物の古典的MHC抗
原をコードする遺伝子の多型性を利用することを特徴と
する、動物の識別方法である。さらに、本発明は、動物
の古典的MHC抗原の多型性を利用することを特徴とす
る、動物の識別方法である。Further, the present invention is a method for identifying an animal, characterized by utilizing a polymorphism of a gene encoding a classical MHC antigen of the animal. Further, the present invention is a method for identifying an animal, which utilizes a polymorphism of a classic MHC antigen of the animal.
【0016】[0016]
【発明の実施の形態】以下、本発明を詳細に説明する。
本発明の遺伝子は、以下の(a)又は(b)のタンパク
質をコードする。 (a)配列番号1に記載のアミノ酸配列からなるタンパ
ク質 (b)配列番号1に記載のアミノ酸配列において、1若
しくは複数個のアミノ酸が欠失、置換若しくは付加され
たアミノ酸配列からなり、かつMHCクラスI抗原性を
有するタンパク質DESCRIPTION OF THE PREFERRED EMBODIMENTS The present invention will be described below in detail.
The gene of the present invention encodes the following protein (a) or (b). (A) a protein consisting of the amino acid sequence of SEQ ID NO: 1; (b) an amino acid sequence of SEQ ID NO: 1 consisting of an amino acid sequence in which one or more amino acids have been deleted, substituted or added, and Protein with I antigenicity
【0017】ここで、「1若しくは複数個のアミノ酸」
とは、本願の出願時に常用される技術により欠失、置換
若しくは付加することができ、かつMHCクラスI抗原
性を喪失させない限り、その個数は特に限定されない
が、通常は、部位特異的変異誘発法(Zollerら., Nucle
ic Acids Res.10, 6487‐6500, 1982)により欠失、置
換若しくは付加することができる個数、即ち1若しくは
数個を意味する。また、「MHCクラスI抗原性」と
は、MHCクラスI抗原としての機能を意味する。MH
CクラスI抗原の機能としては、例えば、抗原がタンパ
ク質分解酵素により分解されてできたペプチドを結合し
て、これをT細胞に提示する機能(抗原提示機能)が挙
げられる。Here, "one or more amino acids"
The term “deletion, substitution or addition” can be performed by a technique commonly used at the time of filing the present application, and the number thereof is not particularly limited as long as MHC class I antigenicity is not lost. Method (Zoller et al., Nucle
ic Acids Res. 10, 6487-6500, 1982), that is, one or several. “MHC class I antigenicity” means a function as an MHC class I antigen. MH
The function of the C class I antigen includes, for example, a function of binding a peptide formed by decomposing the antigen by a protease and presenting it to T cells (antigen presentation function).
【0018】また、本発明の遺伝子は、以下の(a)又
は(b)のタンパク質をコードする。 (a)配列番号2に記載のアミノ酸配列からなるタンパ
ク質 (b)配列番号2に記載のアミノ酸配列において、1若
しくは複数個のアミノ酸が欠失、置換若しくは付加され
たアミノ酸配列からなり、かつMHCクラスI抗原性を
有するタンパク質 ここで、「1若しくは複数個のアミノ酸」とは、上記と
同様の意味である。また、「MHCクラスI抗原性」と
は、上記と同様の意味である。The gene of the present invention encodes the following protein (a) or (b): (A) a protein consisting of the amino acid sequence of SEQ ID NO: 2; (b) an amino acid sequence of SEQ ID NO: 2 consisting of an amino acid sequence in which one or more amino acids have been deleted, substituted or added; Here, “one or more amino acids” has the same meaning as described above. “MHC class I antigenicity” has the same meaning as described above.
【0019】また、本発明の遺伝子は、以下の(a)又
は(b)のタンパク質をコードする。 (a)配列番号3に記載のアミノ酸配列からなるタンパ
ク質 (b)配列番号3に記載のアミノ酸配列において、1若
しくは複数個のアミノ酸が欠失、置換若しくは付加され
たアミノ酸配列からなり、かつMHCクラスI抗原性を
有するタンパク質 ここで、「1若しくは複数個のアミノ酸」とは、上記と
同様の意味である。また、「MHCクラスI抗原性」と
は、上記と同様の意味である。The gene of the present invention encodes the following protein (a) or (b): (A) a protein consisting of the amino acid sequence of SEQ ID NO: 3; (b) an amino acid sequence of SEQ ID NO: 3 consisting of an amino acid sequence in which one or more amino acids have been deleted, substituted or added; Here, “one or more amino acids” has the same meaning as described above. “MHC class I antigenicity” has the same meaning as described above.
【0020】本発明の遺伝子の単離・同定は、公知の方
法に従って行なうことができる。本発明の遺伝子の単離
は、例えば、次のようにして行なうことができる。すな
わち、サメから抽出した全ゲノムDNAを鋳型とし、哺乳
類や鳥類等の既知のMHCクラスI抗原をコードする遺
伝子に共通に保存されている部分の塩基配列を基にして
作製したオリゴヌクレオチドプライマーを用いてPCRを
行なうことにより、本発明の遺伝子を単離することがで
きる。また、本発明の遺伝子の同定は、例えば、マクサ
ム・ギルバート法、サンガー法、又はこれらの自動化さ
れた変法等を用いて行なうことができる。The gene of the present invention can be isolated and identified according to a known method. The gene of the present invention can be isolated, for example, as follows. That is, using the entire genomic DNA extracted from sharks as a template, an oligonucleotide primer prepared based on the nucleotide sequence of a portion commonly conserved in genes encoding known MHC class I antigens such as mammals and birds is used. By carrying out PCR, the gene of the present invention can be isolated. The identification of the gene of the present invention can be performed using, for example, the Maxam-Gilbert method, the Sanger method, or an automated modification thereof.
【0021】本発明の遺伝子は、動物のMHCクラスI
抗原をコードする遺伝子をスクリーニングするためのプ
ローブとして使用することができる。スクリーニングす
る動物のMHCクラスI抗原をコードする遺伝子は、い
かなる動物由来のMHCクラスI抗原をコードする遺伝
子であってもよいが、魚類のMHCクラスI抗原をコー
ドする遺伝子であるのが好ましく、サメのMHCクラス
I抗原をコードする遺伝子であるのがさらに好ましい。[0021] The gene of the present invention can be used for MHC class I in animals.
It can be used as a probe for screening a gene encoding an antigen. The gene encoding the MHC class I antigen of the animal to be screened may be a gene encoding the MHC class I antigen from any animal, but is preferably a gene encoding the MHC class I antigen of fish. More preferably, it is a gene encoding the MHC class I antigen.
【0022】また、本発明の遺伝子は、以下で説明する
動物の古典的MHC抗原をコードする遺伝子の多型性を
利用することを特徴とする動物の識別方法において、基
準動物の古典的MHC抗原をコードする遺伝子として使
用することもできる。さらに、本発明の遺伝子を適当な
発現ベクターに挿入し、微生物や培養細胞に導入して発
現させることにより、本発明の遺伝子がコードするMH
CクラスI抗原を大量に調製することもできる。In addition, the gene of the present invention is a method for identifying an animal, which utilizes the polymorphism of the gene encoding the classical MHC antigen of an animal described below. Can also be used as a gene encoding Furthermore, the MH encoded by the gene of the present invention can be obtained by inserting the gene of the present invention into an appropriate expression vector, introducing the gene into a microorganism or a cultured cell, and expressing it.
C class I antigens can also be prepared in large quantities.
【0023】本発明のタンパク質は、以下の(a)又は
(b)に示すタンパク質である。 (a)配列番号1に記載のアミノ酸配列からなるタンパ
ク質 (b)配列番号1に記載のアミノ酸配列において、1若
しくは複数個のアミノ酸が欠失、置換若しくは付加され
たアミノ酸配列からなり、かつMHCクラスI抗原性を
有するタンパク質 ここで、「1若しくは複数個のアミノ酸」とは、上記と
同様の意味である。また、「MHCクラスI抗原性」と
は、上記と同様の意味である。The protein of the present invention is a protein shown in the following (a) or (b). (A) a protein consisting of the amino acid sequence of SEQ ID NO: 1; (b) an amino acid sequence of SEQ ID NO: 1 consisting of an amino acid sequence in which one or more amino acids have been deleted, substituted or added, and Here, “one or more amino acids” has the same meaning as described above. “MHC class I antigenicity” has the same meaning as described above.
【0024】また、本発明のタンパク質は、以下の
(a)又は(b)に示すタンパク質である。 (a)配列番号2に記載のアミノ酸配列からなるタンパ
ク質 (b)配列番号2に記載のアミノ酸配列において、1若
しくは複数個のアミノ酸が欠失、置換若しくは付加され
たアミノ酸配列からなり、かつMHCクラスI抗原性を
有するタンパク質 ここで、「1若しくは複数個のアミノ酸」とは、上記と
同様の意味である。また、「MHCクラスI抗原性」と
は、上記と同様の意味である。The protein of the present invention is a protein shown in the following (a) or (b). (A) a protein consisting of the amino acid sequence of SEQ ID NO: 2; (b) an amino acid sequence of SEQ ID NO: 2 consisting of an amino acid sequence in which one or more amino acids have been deleted, substituted or added; Here, “one or more amino acids” has the same meaning as described above. “MHC class I antigenicity” has the same meaning as described above.
【0025】また、本発明のタンパク質は、以下の
(a)又は(b)に示すタンパク質である。 (a)配列番号3に記載のアミノ酸配列からなるタンパ
ク質 (b)配列番号3に記載のアミノ酸配列において、1若
しくは複数個のアミノ酸が欠失、置換若しくは付加され
たアミノ酸配列からなり、かつMHCクラスI抗原性を
有するタンパク質 ここで、「1若しくは複数個のアミノ酸」とは、上記と
同様の意味である。また、「MHCクラスI抗原性」と
は、上記と同様の意味である。The protein of the present invention is a protein shown in the following (a) or (b). (A) a protein consisting of the amino acid sequence of SEQ ID NO: 3; (b) an amino acid sequence of SEQ ID NO: 3 consisting of an amino acid sequence in which one or more amino acids have been deleted, substituted or added; Here, “one or more amino acids” has the same meaning as described above. “MHC class I antigenicity” has the same meaning as described above.
【0026】本発明のタンパク質は、公知の方法に従っ
て得ることができる。例えば、本発明のタンパク質をコ
ードする遺伝子を適当な発現ベクターに挿入し、微生物
や培養細胞に導入して発現させることにより、本発明の
タンパク質を得ることができる。このようにして得られ
たタンパク質を常法に従って精製してもよい。本発明の
タンパク質は、以下で説明する動物の古典的MHC抗原
の多型性を利用することを特徴とする動物の識別方法に
おいて、基準動物の古典的MHC抗原として使用するこ
とができる。本発明の動物の識別方法は、動物の古典的
MHC抗原をコードする遺伝子の多型性を利用すること
を特徴とする。The protein of the present invention can be obtained according to a known method. For example, the protein of the present invention can be obtained by inserting a gene encoding the protein of the present invention into an appropriate expression vector, introducing the gene into a microorganism or a cultured cell, and expressing it. The protein thus obtained may be purified according to a conventional method. The protein of the present invention can be used as a classical MHC antigen of a reference animal in a method for identifying an animal characterized by utilizing a polymorphism of the classical MHC antigen of an animal described below. The animal identification method of the present invention is characterized by utilizing a polymorphism of a gene encoding a classic MHC antigen of the animal.
【0027】本発明の動物の古典的MHC抗原をコード
する遺伝子としては、動物の古典的MHC抗原をコード
する遺伝子である限り特に限定されず、いかなる動物由
来の古典的MHC抗原をコードする遺伝子をも使用する
ことができる。例えば、哺乳類(ウシ、ブタ、ウマ、ヒ
ツジ、ヤギ、ネコ、イヌ、ネズミ、ハムスター、リス、
ウサギ、クジラ、イルカ等)、鳥類(ニワトリ、ウズ
ラ、ダチョウ、カモ、アヒル、ガチョウ等)、爬虫類
(ヘビ、トカゲ、ワニ等)、両生類(カエル、サンショ
ウウオ等)、魚類、原索動物(ホヤ、ナメクジウオ
等)、棘皮動物(ウニ等)、軟体動物(イカ、タコ、ホ
タテ貝、ハマグリ、シジミ、アサリ、カキ等)、節足動
物(エビ、カニ、バッタ、イナゴ等)等の古典的MHC
抗原をコードする遺伝子を使用することができるが、特
に、魚類の古典的MHC抗原をコードする遺伝子を使用
するのが好ましい。魚類の古典的MHC抗原をコードす
る遺伝子としては、例えば、サケ、マス、ニジマス、ヒ
メマス、タラ、ニシン、マグロ、カツオ、ブリ、カジ
キ、アジ、サメ、エイ、イワナ、ハヤ、ナマズ、ウナ
ギ、ドジョウ、コイ、キンギョ等の古典的MHC抗原を
コードする遺伝子を使用することができるが、サメの古
典的MHC抗原をコードする遺伝子を使用することが好
ましい。The gene encoding the classical MHC antigen of an animal of the present invention is not particularly limited as long as it is a gene encoding the classical MHC antigen of an animal. Can also be used. For example, mammals (cows, pigs, horses, sheep, goats, cats, dogs, rats, hamsters, squirrels,
Rabbits, whales, dolphins, etc., birds (chicken, quails, ostriches, ducks, ducks, geese, etc.), reptiles (snake, lizard, crocodile, etc.), amphibians (frogs, salamanders, etc.), fish, protozoa (squirts, Classic MHC such as slugfish, echinoderms (sea urchins, etc.), molluscs (squid, octopus, scallops, clams, clams, clams, oysters, etc.), arthropods (shrimp, crabs, grasshoppers, locusts, etc.)
Although genes encoding antigens can be used, it is particularly preferred to use genes encoding classical MHC antigens in fish. Genes encoding the classic MHC antigens of fish include, for example, salmon, trout, rainbow trout, pike, cod, herring, tuna, bonito, yellowtail, marlin, horse mackerel, shark, ray, char, falcon, catfish, eel, loach , Carp, goldfish and the like can be used, but it is preferable to use a gene coding for a classic shark MHC antigen.
【0028】また、本発明の動物の識別方法における基
準動物の古典的MHC抗原をコードする遺伝子として
は、例えば、配列番号1、2若しくは3に記載のアミノ
酸配列からなるタンパク質をコードする遺伝子、又は配
列番号1、2若しくは3に記載のアミノ酸配列におい
て、1若しくは複数個のアミノ酸が欠失、置換若しくは
付加されたアミノ酸配列からなり、かつMHCクラスI
抗原性を有するタンパク質をコードする遺伝子を用いる
ことができる。より具体的には、配列番号4、5若しく
は6の塩基配列により表される遺伝子を用いることがで
きる。The gene encoding the classic MHC antigen of the reference animal in the animal identification method of the present invention includes, for example, a gene encoding a protein consisting of the amino acid sequence of SEQ ID NO: 1, 2, or 3, or An amino acid sequence represented by SEQ ID NO: 1, 2 or 3 comprising an amino acid sequence in which one or more amino acids have been deleted, substituted or added;
A gene encoding a protein having antigenicity can be used. More specifically, a gene represented by the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 4, 5, or 6 can be used.
【0029】本発明の動物の古典的MHC抗原をコード
する遺伝子は、常法に従って得ることができる。例え
ば、動物から抽出した全ゲノムDNAを鋳型とし、既知の
古典的MHC抗原をコードする遺伝子に共通に保存され
ている部分の塩基配列を基にして作製したオリゴヌクレ
オチドプライマーを用いてPCRを行なうことにより、動
物の古典的MHC抗原をコードする遺伝子を得ることが
できる。PCRに用いることができるプライマーは、既
知のMHC抗原をコードする遺伝子に共通に保存されて
いる部分の塩基配列を基にして作製する限り、その塩基
配列は特に限定されない。このようなプライマーとして
は、例えば、図1に示されるMHCクラスI抗原をコー
ドする遺伝子のα3ドメイン中の塩基配列を基にして作
製したプライマーを用いることができるが、特に、プラ
イマーとして5'−TCAGGATCCTGYT(C/A)NGTGACNGRYTTCT
AYCC−3'(Y=T又はC;R=G又はA;N=A、T、G又はC)、及
び5'−GCAGAATTCNRYYTGR(A/T)ANGTNCCRTC−3'(Y=T又
はC;R=G又はA;N=A、T、G又はC)を用いるのが好まし
い。なお、プライマーの塩基配列中の下線部は、プライ
マーに付加してある制限酵素配列を示す。The gene encoding the classical MHC antigen of the animal of the present invention can be obtained according to a conventional method. For example, performing PCR using oligonucleotide primers prepared based on the nucleotide sequence of a portion commonly conserved in genes encoding known classical MHC antigens using whole genomic DNA extracted from animals as a template Thus, a gene encoding the classical MHC antigen of an animal can be obtained. The primer sequence that can be used for PCR is not particularly limited, as long as it is prepared based on the nucleotide sequence of a portion commonly conserved in a gene encoding a known MHC antigen. As such a primer, for example, a primer prepared based on the base sequence in the α3 domain of the gene encoding the MHC class I antigen shown in FIG. 1 can be used. TCA GGATCC TGYT (C / A) NGTGACNGRYTTCT
AYCC-3 ′ (Y = T or C; R = G or A; N = A, T, G or C), and 5′-GCA GAATTC NRYYTGR (A / T) ANGTNCCRTC-3 ′ (Y = T or C R = G or A; N = A, T, G or C). The underlined portion in the base sequence of the primer indicates the restriction enzyme sequence added to the primer.
【0030】また、公知の古典的MHC抗原をコードす
る遺伝子をプローブとしてサザンハイブリダイゼーショ
ンを行なうことにより、動物の古典的MHC抗原をコー
ドする遺伝子を単離することができる。このようなプロ
ーブとしては、例えば、配列番号1、2若しくは3に記
載のアミノ酸配列からなるタンパク質をコードする遺伝
子、又は配列番号1、2若しくは3に記載のアミノ酸配
列において、1若しくは複数個のアミノ酸が欠失、置換
若しくは付加されたアミノ酸配列からなり、かつMHC
クラスI抗原性を有するタンパク質をコードする遺伝子
を用いることができる。より具体的には、配列番号4、
5若しくは6の塩基配列により表される遺伝子を用いる
ことができる。本発明において、「動物の古典的MHC
抗原をコードする遺伝子の多型性を利用する」とは、動
物の古典的MHC抗原をコードする遺伝子の多型性を利
用する限り、その利用態様は特に限定されず、公知のい
かなる利用態様をも包含する。Further, by performing Southern hybridization using a gene encoding a known classical MHC antigen as a probe, a gene encoding the classical MHC antigen of an animal can be isolated. Examples of such a probe include a gene encoding a protein consisting of the amino acid sequence of SEQ ID NO: 1, 2 or 3, or one or more amino acids in the amino acid sequence of SEQ ID NO: 1, 2 or 3. Consisting of a deleted, substituted or added amino acid sequence, and MHC
A gene encoding a protein having class I antigenicity can be used. More specifically, SEQ ID NO: 4,
A gene represented by the nucleotide sequence of 5 or 6 can be used. In the present invention, "classical MHC of animals"
"Utilizing the polymorphism of the gene encoding the antigen" means that the mode of use is not particularly limited as long as the polymorphism of the gene encoding the classical MHC antigen of an animal is used, and any known modes of use may be used. Is also included.
【0031】動物の古典的MHC抗原をコードする遺伝
子の多型性の利用態様としては、例えば、動物の各個体
が有する古典的MHC抗原をコードする遺伝子が、それ
ぞれ異なる塩基配列を有することを利用する方法が挙げ
られる。この利用態様によれば、各個体が有する古典的
MHC抗原をコードする遺伝子の塩基配列の差異によっ
て、動物の個体識別を行なうことができる。また、別の
利用態様としては、基準動物の古典的MHC抗原をコー
ドする遺伝子の塩基配列と検査対象動物の古典的MHC
抗原をコードする遺伝子の塩基配列とを比較し、その塩
基配列の差異を利用する方法が挙げられる。As an embodiment of utilizing the polymorphism of the gene encoding the classical MHC antigen of an animal, for example, the fact that the gene encoding the classical MHC antigen of each individual animal has a different nucleotide sequence is used. Method. According to this utilization mode, individual identification of animals can be performed based on the difference in the nucleotide sequence of the gene encoding the classic MHC antigen possessed by each individual. In another embodiment, the base sequence of the gene encoding the classic MHC antigen of the reference animal and the classic MHC antigen of the test animal are used.
A method of comparing the nucleotide sequence of the gene encoding the antigen and utilizing the difference in the nucleotide sequence is exemplified.
【0032】この利用態様によれば、塩基配列の比較の
結果、基準動物と検査対象動物とが同じ塩基配列の古典
的MHC抗原をコードする遺伝子を有していることが判
明した場合には、基準動物と検査対象動物とが親子関係
にあると識別することができる。また、塩基配列の比較
の結果、基準動物と検査対象動物とが同じ塩基配列の古
典的MHC抗原をコードする遺伝子を有していないこと
が判明した場合には、基準動物と検査対象動物とが親子
関係にないと識別することができる。このような親子関
係の識別により、例えば魚類においては、回遊魚の由来
や誕生地の特定による検査対象魚の帰属の特定をするこ
とができる。この際、基準魚としては、生誕国や生誕河
川を代表する魚類を用いることができる。According to this mode of use, if the result of the nucleotide sequence comparison shows that the reference animal and the test animal have the same MHC antigen-encoding gene as the nucleotide sequence, The reference animal and the test animal can be identified as having a parent-child relationship. When the comparison of the nucleotide sequences reveals that the reference animal and the test animal do not have the gene encoding the classical MHC antigen having the same nucleotide sequence, the reference animal and the test animal are It can be identified that there is no parent-child relationship. By identifying such parent-child relationships, in fish, for example, it is possible to specify the origin of the migratory fish and the attribution of the fish to be tested by specifying the place of birth. At this time, as the reference fish, fishes representing the birth country and the birth river can be used.
【0033】さらに別の利用態様としては、検査対象動
物から抽出した全ゲノムDNAを鋳型とし、基準動物の
古典的MHC抗原をコードする遺伝子の塩基配列に基づ
いて作製したオリゴヌクレオチドプライマーを用いてP
CRを行ない、増幅産物の有無を確認する方法や得られ
た増幅産物を解析する方法が挙げられる。この利用態様
において、検査対象動物から抽出した全ゲノムDNAを
鋳型とする代わりに、検査対象動物から単離した古典的
MHC抗原をコードする遺伝子を鋳型とすることもでき
る。[0033] In another embodiment, the entire genomic DNA extracted from the animal to be tested is used as a template, and a primer is prepared using an oligonucleotide primer prepared based on the base sequence of the gene encoding the classic MHC antigen of the reference animal.
Examples of the method include performing a CR and confirming the presence or absence of an amplification product, and analyzing the obtained amplification product. In this application mode, instead of using the whole genomic DNA extracted from the test animal as a template, a gene encoding a classic MHC antigen isolated from the test animal can be used as a template.
【0034】また、PCRに用いることができるプライ
マーとしては、基準動物の古典的MHC抗原をコードす
る遺伝子の塩基配列に基づいて作製する限り、その塩基
配列は特に限定されない。このようなプライマーとして
は、例えば、図1に示されるMHCクラスI抗原をコー
ドする遺伝子のα3ドメイン中の塩基配列を基にして作
製したプライマーを用いることができるが、特に、プラ
イマーとして5'−TCAGGATCCTGYT(C/A)NGTGACNGRYTTCT
AYCC−3'(Y=T又はC;R=G又はA;N=A、T、G又はC)、及
び5'−GCAGAATTCNRYYTGR(A/T)ANGTNCCRTC−3'(Y=T又
はC;R=G又はA;N=A、T、G又はC)を用いるのが好まし
い。なお、プライマーの塩基配列中の下線部は、プライ
マーに付加してある制限酵素配列を示す。[0034] The primers that can be used for PCR are not particularly limited as long as they are prepared based on the nucleotide sequence of the gene encoding the classic MHC antigen of the reference animal. As such a primer, for example, a primer prepared based on the base sequence in the α3 domain of the gene encoding the MHC class I antigen shown in FIG. 1 can be used. TCA GGATCC TGYT (C / A) NGTGACNGRYTTCT
AYCC-3 ′ (Y = T or C; R = G or A; N = A, T, G or C), and 5′-GCA GAATTC NRYYTGR (A / T) ANGTNCCRTC-3 ′ (Y = T or C R = G or A; N = A, T, G or C). The underlined portion in the base sequence of the primer indicates the restriction enzyme sequence added to the primer.
【0035】また、増幅産物の有無を確認する方法や得
られた増幅産物を解析する方法としては、特に限定され
ず、公知のいかなる方法をも用いることができる。増幅
産物の有無を確認する方法としては、例えば電気泳動が
挙げられる。また、増幅産物を解析する方法としては、
例えば電気泳動により増幅産物のサイズや増幅産物の量
を解析する方法が挙げられる。The method for confirming the presence or absence of an amplification product and the method for analyzing the obtained amplification product are not particularly limited, and any known methods can be used. As a method for confirming the presence or absence of an amplification product, for example, electrophoresis can be mentioned. Also, as a method of analyzing the amplification product,
For example, there is a method of analyzing the size of the amplification product and the amount of the amplification product by electrophoresis.
【0036】この利用態様によれば、増幅産物の有無に
より、検査対象動物の古典的MHC抗原をコードする遺
伝子が基準動物の古典的MHC抗原をコードする遺伝子
と同一の塩基配列部分を有するか否かが判明し、これに
より動物の個体識別をすることができるとともに、親子
関係を識別することができる。また、増幅産物のサイズ
や増幅産物の量により、検査対象動物の古典的MHC抗
原をコードする遺伝子と基準動物の古典的MHC抗原を
コードする遺伝子との差異を解析することができ、これ
により動物の個体識別をすることができるとともに、親
子関係を識別することができる。According to this utilization mode, whether or not the gene encoding the classic MHC antigen of the test animal has the same nucleotide sequence as the gene encoding the classic MHC antigen of the reference animal depends on the presence or absence of the amplification product. This makes it possible to identify an individual animal and to identify a parent-child relationship. In addition, the difference between the gene encoding the classic MHC antigen of the test animal and the gene encoding the classic MHC antigen of the reference animal can be analyzed based on the size of the amplification product and the amount of the amplification product. Can be identified, and the parent-child relationship can be identified.
【0037】さらに別の利用態様としては、動物の古典
的MHC抗原をコードする遺伝子の多型性に基づく動物
の古典的MHC抗原をコードするmRNAの多型性を利
用する方法が挙げられる。このような利用態様として
は、例えば、検査対象動物から抽出したmRNAを鋳型
とし、基準動物の古典的MHC抗原をコードするmRN
Aの塩基配列に基づいて作製したオリゴヌクレオチドプ
ライマーを用いてRT−PCRを行ない、増幅産物の有
無を確認する方法や得られた増幅産物を解析する方法が
挙げられる。[0037] In another embodiment, there is a method utilizing the polymorphism of mRNA encoding the classical MHC antigen of an animal based on the polymorphism of the gene encoding the classical MHC antigen of the animal. As such a mode of use, for example, mRNA extracted from an animal to be tested is used as a template, and mRN encoding the classic MHC antigen of a reference animal is used.
A method of performing RT-PCR using an oligonucleotide primer prepared based on the nucleotide sequence of A to confirm the presence or absence of an amplification product and a method of analyzing the obtained amplification product are exemplified.
【0038】この利用態様によれば、増幅産物の有無に
より、検査対象動物の古典的MHC抗原をコードするm
RNAが基準動物の古典的MHC抗原をコードするmR
NAと同一の塩基配列部分を有するか否かが判明し、こ
れにより動物の個体識別をすることができるとともに、
親子関係を識別することができる。また、増幅産物のサ
イズや増幅産物の量により、検査対象動物の古典的MH
C抗原をコードするmRNAと基準動物の古典的MHC
抗原をコードするmRNAとの差異を解析することがで
き、これにより動物の個体識別をすることができるとと
もに、親子関係を識別することができる。以上のよう
に、本発明の動物の識別方法により、動物の古典的MH
C抗原をコードする遺伝子の多型性を利用して、動物を
識別することができる。本発明の動物の識別方法は、動
物の古典的MHC抗原の多型性を利用することを特徴と
する。According to this mode of use, the presence or absence of the amplification product determines the m-coding of the classical MHC antigen of the test animal.
MRNA whose RNA encodes the classic MHC antigen of a reference animal
Whether or not it has the same nucleotide sequence portion as NA can be determined, thereby enabling the individual identification of animals,
Parent-child relationships can be identified. In addition, depending on the size of the amplification product and the amount of the amplification product, the classic MH
MRNA encoding C antigen and classical MHC of reference animal
The difference from the mRNA encoding the antigen can be analyzed, whereby the individual of the animal can be identified and the parent-child relationship can be identified. As described above, the classical MH of an animal can be obtained by the method for identifying an animal of the present invention.
Animals can be identified using the polymorphism of the gene encoding the C antigen. The method for identifying an animal of the present invention is characterized by utilizing a polymorphism of a classic MHC antigen of the animal.
【0039】本発明の動物の古典的MHC抗原として
は、動物の古典的MHC抗原である限り特に限定され
ず、いかなる動物由来の古典的MHC抗原をも使用する
ことができる。例えば、哺乳類(ウシ、ブタ、ウマ、ヒ
ツジ、ヤギ、ネコ、イヌ、ネズミ、ハムスター、リス、
ウサギ、クジラ、イルカ等)、鳥類(ニワトリ、ウズ
ラ、ダチョウ、カモ、アヒル、ガチョウ等)、爬虫類
(ヘビ、トカゲ、ワニ等)、両生類(カエル、サンショ
ウウオ等)、魚類、原索動物(ホヤ、ナメクジウオ
等)、棘皮動物(ウニ等)、軟体動物(イカ、タコ、ホ
タテ貝、ハマグリ、シジミ、アサリ、カキ等)、節足動
物(エビ、カニ、バッタ、イナゴ等)等の古典的MHC
抗原を使用することができるが、特に、魚類の古典的M
HC抗原を使用するのが好ましい。魚類の古典的MHC
抗原としては、例えば、サケ、マス、ニジマス、ヒメマ
ス、タラ、ニシン、マグロ、カツオ、ブリ、カジキ、ア
ジ、サメ、エイ、イワナ、ハヤ、ナマズ、ウナギ、ドジ
ョウ、コイ、キンギョ等の古典的MHC抗原を使用する
ことができるが、サメの古典的MHC抗原を使用するこ
とが好ましい。The classical MHC antigen of the animal of the present invention is not particularly limited as long as it is an animal classical MHC antigen, and any animal-derived classical MHC antigen can be used. For example, mammals (cows, pigs, horses, sheep, goats, cats, dogs, rats, hamsters, squirrels,
Rabbits, whales, dolphins, etc., birds (chicken, quails, ostriches, ducks, ducks, geese, etc.), reptiles (snake, lizard, crocodile, etc.), amphibians (frogs, salamanders, etc.), fish, protozoa (squirts, Classic MHC such as slugfish, echinoderms (sea urchins, etc.), molluscs (squid, octopus, scallops, clams, clams, clams, oysters, etc.), arthropods (shrimp, crabs, grasshoppers, locusts, etc.)
Antigens can be used, but in particular the classical M
Preferably, the HC antigen is used. Classic MHC for fish
Examples of the antigen include classical MHC such as salmon, trout, rainbow trout, rainbow trout, cod, herring, tuna, skipjack, yellowtail, marlin, horse mackerel, shark, ray, char, falcon, catfish, eel, loach, carp, goldfish, etc. Although antigens can be used, it is preferred to use shark classical MHC antigens.
【0040】また、本発明の動物の識別方法における基
準動物の古典的MHC抗原としては、配列番号1、2若
しくは3に記載のアミノ酸配列からなるタンパク質、又
は配列番号1、2若しくは3に記載のアミノ酸配列にお
いて、1若しくは複数個のアミノ酸が欠失、置換若しく
は付加されたアミノ酸配列からなり、かつMHCクラス
I抗原性を有するタンパク質を用いることができる。本
発明の動物の古典的MHC抗原は、常法に従って得るこ
とができる。例えば、動物の古典的MHC抗原をコード
する遺伝子を適当な発現ベクターに挿入し、微生物や培
養細胞に導入して発現させることにより、動物の古典的
MHC抗原を得ることができる。The classic MHC antigen of the reference animal in the animal identification method of the present invention may be a protein comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO: 1, 2 or 3, or the protein of SEQ ID NO: 1, 2 or 3. In the amino acid sequence, a protein consisting of an amino acid sequence in which one or more amino acids have been deleted, substituted or added, and having MHC class I antigenicity can be used. The classical MHC antigen of the animal of the present invention can be obtained according to a conventional method. For example, a classical MHC antigen of an animal can be obtained by inserting a gene encoding the classical MHC antigen of an animal into an appropriate expression vector, introducing the gene into a microorganism or cultured cells, and expressing it.
【0041】本発明において、「動物の古典的MHC抗
原の多型性を利用する」とは、動物の古典的MHC抗原
の多型性を利用する限り、その利用態様は特に限定され
ず、公知のいかなる利用態様をも包含する。動物の古典
的MHC抗原の多型性の利用態様としては、例えば、動
物の各個体が有する古典的MHC抗原が、それぞれ異な
るアミノ酸配列を有することを利用する方法が挙げられ
る。この利用態様によれば、各個体が有する古典的MH
C抗原のアミノ酸配列の差異によって、動物の個体識別
を行なうことができる。In the present invention, “using the polymorphism of the classical MHC antigen of an animal” is not particularly limited as long as the polymorphism of the classical MHC antigen of an animal is used. And any usage modes of An example of a mode of utilizing the polymorphism of the classical MHC antigen of an animal includes a method utilizing the fact that the classical MHC antigen of each animal has a different amino acid sequence. According to this utilization mode, the classic MH possessed by each individual
Based on the difference in the amino acid sequence of the C antigen, animals can be identified individually.
【0042】また、別の利用態様としては、基準動物の
古典的MHC抗原に特異的な抗体と、検査対象動物の古
典的MHC抗原との結合の有無を確認する方法が挙げら
れる。この利用態様によれば、結合の有無によって、動
物の個体識別を行なうことができる。以上のように、本
発明の動物の識別方法により、動物の古典的MHC抗原
の多型性を利用して、動物を識別することができる。In another embodiment, there is a method for confirming whether or not an antibody specific to the classic MHC antigen of the reference animal is bound to the classic MHC antigen of the test animal. According to this utilization mode, the individual of the animal can be identified based on the presence or absence of the binding. As described above, according to the animal identification method of the present invention, animals can be identified using polymorphisms of classical MHC antigens of animals.
【0043】[0043]
【実施例】[実施例1]サメ由来の古典的MHCクラス
I抗原をコードする遺伝子の単離・同定 哺乳類、鳥類等の既知のMHCクラスI抗原で共通に保
存されているα3ドメインの2箇所のアミノ酸配列を基
に、以下のようなオリゴヌクレオチドプライマーを合成
した。[Example 1] Isolation and identification of a gene encoding a classic shark-derived MHC class I antigen Two sites in the α3 domain that are commonly conserved in known MHC class I antigens such as mammals and birds The following oligonucleotide primers were synthesized based on the amino acid sequence of
【0044】 5'−TCAGGATCCTGYT(C/A)NGTGACNGRYTTCTAYCC−3' (Y=T又はC;R=G又はA;N=A、T、G又はC) 5'−GCAGAATTCNRYYTGR(A/T)ANGTNCCRTC−3' (Y=T又はC;R=G又はA;N=A、T、G又はC) なお、プライマーの塩基配列中の下線部は、プライマー
に付加してある制限酵素配列を示す。5′-TCA GGATCC TGYT (C / A) NTGTACNGRYTTCTAYCC-3 ′ (Y = T or C; R = G or A; N = A, T, G or C) 5′-GCA GAATTC NRYYTGR (A / T) ANGTNCCRTC-3 ′ (Y = T or C; R = G or A; N = A, T, G or C) The underlined part in the base sequence of the primer is a restriction enzyme sequence added to the primer. Is shown.
【0045】サメのゲノムDNAの調製をSambrook,J.,Fri
tsch,E.F.,及びManiatis,T.(1989).Molecular Clonin
g:A Laboratory Manual(Cold Spring Harbor Laborat
oryPress,Cold Spring Harbor,NY)に記載の方法に従っ
て行なった。すなわち、サメ腎臓断片をSDS存在下、pro
teinaseKで処理した後、フェノール、クロロホルム、エ
ーテル処理を行ない透析した。次に、RNase処理を行な
い、再度、proteinaseKで処理した後、フェノール、ク
ロロホルム、エーテル処理を行ない透析し、DNA溶液を
調製した。なお、用いたサメの種類は、ドチザメであ
る。The preparation of shark genomic DNA was performed according to Sambrook, J., Fri.
tsch, EF, and Maniatis, T. (1989). Molecular Clonin
g: A Laboratory Manual (Cold Spring Harbor Laborat
oryPress, Cold Spring Harbor, NY). In other words, shark kidney fragments were converted to pro
After treatment with teinaseK, the mixture was treated with phenol, chloroform and ether and dialyzed. Next, an RNase treatment was carried out, followed by a treatment with proteinase K again, followed by a treatment with phenol, chloroform and ether, followed by dialysis to prepare a DNA solution. In addition, the type of shark used was a shark.
【0046】上記のようにして調製したサメのゲノムDN
Aを鋳型とし、上記のようにして合成したプライマーを
用いてPCRを行なった。PCRは、Hashimoto,K.,Nakanish
i,T.,及びKurosawa,Y. Proc.Natl.Acad.Sci.USA 87, 68
63−6867(1990)に記載の方法に従って行なった。すな
わち、1μgのゲノムDNA、各1μMのプライマー、各200
μMのdNTP、2.5単位のTaq DNApolymerase、10mM Tris・
HCl(pH8.4)/50mM KCl/2.5mM MgCl2、及びgelatin20
0μg/mlを含む反応液100μlを用いて、Thermocycler
(Perkin−Elmer Cetus社)によって、94℃で1分間、55
℃で2分間、及び72℃で2分間の1サイクルを30サイクル
繰り返した。反応終了後、増幅されたDNA断片を含む反
応液を4%アガロースゲルを用いて電気泳動し、常法に
より増幅産物を得た。The shark genome DN prepared as described above
PCR was performed using A as a template and the primers synthesized as described above. PCR was performed by Hashimoto, K., Nakanish
i, T., and Kurosawa, Y. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 87, 68
63-6686 (1990). That is, 1 μg of genomic DNA, 1 μM of each primer, 200 μm of each
μM dNTPs, 2.5 units of Taq DNA polymerase, 10 mM Tris
HCl (pH 8.4) / 50 mM KCl / 2.5 mM MgCl 2 and gelatin 20
Using 100 μl of the reaction solution containing 0 μg / ml,
(Perkin-Elmer Cetus) at 94 ° C. for 1 min.
One cycle of 2 minutes at 72 ° C and 2 minutes at 72 ° C was repeated 30 cycles. After completion of the reaction, the reaction solution containing the amplified DNA fragment was subjected to electrophoresis using a 4% agarose gel, and an amplification product was obtained by a conventional method.
【0047】次に、得られた増幅産物をSambrook,J.,Fr
itsch,E.F.,及びManiatis,T.(1989).Molecular Cloni
ng:A Laboratory Manual(Cold Spring Harbor Labora
toryPress,Cold Spring Harbor,NY)の記載の方法に従
って、ブルースクリプトベクター(Stratagene社)中に
クローニングし、その塩基配列を決定したところ、ヒト
MHCクラスI抗原をコードする遺伝子と類似する塩基
配列であることが判明した。Next, the obtained amplification product was prepared according to Sambrook, J., Fr.
itsch, EF, and Maniatis, T. (1989). Molecular Cloni
ng: A Laboratory Manual (Cold Spring Harbor Labora
According to the method described in ToryPress, Cold Spring Harbor, NY), it was cloned into a Bluescript vector (Stratagene) and its nucleotide sequence was determined. The nucleotide sequence was similar to the gene encoding human MHC class I antigen. It has been found.
【0048】この増幅産物をプローブとして用いて、サ
メcDNAライブラリーを常法に従ってスクリーニングした
ところ、3種類のcDNAクローンが得られた。これらの3
種類のcDNAの塩基配列を決定したところ(配列番号4、
5及び6)、典型的なヒト古典的MHCクラスI抗原を
コードする遺伝子の塩基配列と類似していた。3'非翻
訳領域の塩基配列より、この3種類のcDNAのうちの2つ
は対立遺伝子(Trsc-UAA*101(配列番号4)及びTrsc-U
AA*201(配列番号5))を形成し、残りの1つは別の遺
伝子(Trsc-UBA*201(配列番号6))であることが判明
した(図1)。Using this amplification product as a probe, a shark cDNA library was screened by a conventional method, and three types of cDNA clones were obtained. These three
When the nucleotide sequences of the various cDNAs were determined (SEQ ID NO: 4,
5 and 6), similar to the nucleotide sequence of a gene encoding a typical human classical MHC class I antigen. From the base sequence of the 3 ′ untranslated region, two of the three types of cDNAs are alleles (Trsc-UAA * 101 (SEQ ID NO: 4) and Trsc-U
AA * 201 (SEQ ID NO: 5)) and the other one was found to be another gene (Trsc-UBA * 201 (SEQ ID NO: 6)) (FIG. 1).
【0049】[実施例2]サメ由来の古典的MHC抗原
をコードする遺伝子を利用したサメの識別方法 (1)実施例1で得られた3種類のcDNAの塩基配列に基
づいて、次のようなプライマーを合成した。Example 2 Shark Identification Method Using Gene Encoding Classic MHC Antigen Derived from Shark (1) Based on the base sequences of the three cDNAs obtained in Example 1, Primers were synthesized.
【0050】Trsc-UAA遺伝子増幅用 5'−GACGAATTCAACTCTACATTCAAGGCA−3' 及び 5'−GCAGAATTCTCTCATCAGCTCCATTCA−3' Trsc-UBA遺伝子増幅用 5'−GACGAATTCAACTCTACATTCAAGGCA−3' 及び 5'−GCAGAATTCAGCAGGATACGAGAAACC−3' なお、プライマーの塩基配列中の下線部は、プライマー
に付加してある制限酵素配列を示す。The TRSC-UAA for gene amplification-5'GAC GAATTC AACTCTACATTCAAGGCA-3 'and 5'-GCAGAATTCTCTCATCAGCTCCATTCA-3' Trsc- UBA for gene amplification 5'-GAC GAATTC AACTCTACATTCAAGGCA-3 'and 5'-GCAGAATTCAGCAGGATACGAGAAACC-3' Note The underlined part in the base sequence of the primer indicates the restriction enzyme sequence added to the primer.
【0051】次に、サメ22匹からのmRNAを鋳型とし、
上記プライマーを用いて、RT−PCRを行なった。なお、
用いたサメの種類は、ドチザメである。RT−PCRは、50n
gのmRNAから作製したcDNA(Super Script Preamplifica
tion System(GIBCO BRL)で作製)、各125nMのプライ
マー、各200μMのdNTP、5単位のLA Taq DNApolymerase
(Takara)、及びLA Taq緩衝液(Takara)を含む反応液
100μlを用いて、94℃で1分間、55℃で30秒間、72℃で
2分間の1サイクルを30サイクル繰り返して行なった。Next, using mRNA from 22 sharks as a template,
RT-PCR was performed using the above primers. In addition,
The type of shark used was a shark. RT-PCR is 50n
cDNA prepared from g mRNA (Super Script Preamplifica
Option System (GIBCO BRL), 125 nM each primer, 200 μM each dNTP, 5 units LA Taq DNA polymerase
Reaction solution containing (Takara) and LA Taq buffer (Takara)
Using 100 μl, one cycle of 94 ° C. for 1 minute, 55 ° C. for 30 seconds, and 72 ° C. for 2 minutes was repeated 30 times.
【0052】得られたcDNAに基づくアミノ酸配列を図2
〜図6に示す。図2〜図6中、アミノ酸は1文字記号で
記載してある。また、図2〜図6中の「−」で表される
部分は、Shark Trsc−UAA*101と同一のアミノ酸である
ことを示し、「*」で表される部分は、アミノ酸配列を
整列して比較するために空白を挿入した部位である。図
2〜図6に示されるように、サメは非常に高い多型性を
示す典型的な古典的MHCクラスI抗原をコードする遺
伝子を有することが判明した。The amino acid sequence based on the obtained cDNA is shown in FIG.
6 to FIG. In FIG. 2 to FIG. 6, amino acids are described by single-letter symbols. In FIG. 2 to FIG. 6, the portion represented by "-" indicates that the amino acid is the same as that of Shark Trsc-UAA * 101, and the portion represented by "*" indicates that the amino acid sequence is aligned. This is the part where a blank is inserted for comparison. As shown in FIGS. 2-6, sharks were found to have genes encoding typical classical MHC class I antigens showing very high polymorphism.
【0053】(2)図2〜図6に示された結果に基づい
て、Trsc-UAA locus及びTrsc-UBA locus由来のアミノ酸
配列をサメ22匹の各個体ごとにまとめると、以下の表1
のようになる。(2) Based on the results shown in FIGS. 2 to 6, the amino acid sequences derived from Trsc-UAA locus and Trsc-UBA locus are summarized for each of the 22 sharks.
become that way.
【0054】[0054]
【表1】 [Table 1]
【0055】表1に示されるように、同じアミノ酸配列
が別の個体に現れることはあるが、個体ごとが有する2
つのTrsc-UAA locus由来のアミノ酸配列の組み合わせ
は、22匹のすべてのサメで異なっていた。従って、これ
らの多型性を示すサメのMHC抗原のアミノ酸配列を用
いて魚類の個体識別をすることができることが判明し
た。As shown in Table 1, the same amino acid sequence may appear in other individuals, but the
The combination of amino acid sequences from one Trsc-UAA locus was different in all 22 sharks. Therefore, it was found that fish can be individually identified using the amino acid sequences of the MHC antigens of sharks exhibiting these polymorphisms.
【0056】(3)図2〜図6に示された結果に基づい
て、Trsc-UAA locus及びTrsc-UBA locus由来のアミノ酸
配列を親子関係にあるサメ(母サメと子サメ)ごとにま
とめると、以下の表2のようになる。(3) Based on the results shown in FIGS. 2 to 6, the amino acid sequences derived from Trsc-UAA locus and Trsc-UBA locus are summarized for each parent-child relationship shark (mother shark and offspring shark). Table 2 below.
【0057】[0057]
【表2】 [Table 2]
【0058】表2中、子サメ1は、サメA1グループに
属する5匹の子サメであり、子サメ2は、サメA3グル
ープに属する6匹の子サメであり、子サメ3は、サメA
7グループに属する4匹の子サメであり、子サメ4は、
サメA11グループに属する2匹の子サメである。In Table 2, Shark 1 is five sharks belonging to Shark A1 group, Shark 2 is six sharks belonging to Shark A3 group, and Shark 3 is Shark A
Four sharks belonging to seven groups, shark 4
Two sharks belonging to the shark A11 group.
【0059】表2に示されるように、母サメのもつ2種
類のTrsc-UAA locus由来のアミノ酸配列(Trsc-UAA*108
及びTrsc-UAA*120N)と父サメのもつ2種類のTrsc-UAA l
ocus由来のアミノ酸配列(Trsc-UAA*110及びTrsc-UAA*1
11と推定される)から期待される4種類の組み合わせを
もつ子サメの存在が明らかとなった。このように、古典
的MHC抗原をコードする遺伝子の多型性を利用するこ
とにより、母サメと子サメとの親子関係を判明させるこ
とができた。As shown in Table 2, the amino acid sequences derived from the two types of Trsc-UAA locus of the mother shark (Trsc-UAA * 108)
And Trsc-UAA * 120N) and the two types of father sharks
ocus-derived amino acid sequences (Trsc-UAA * 110 and Trsc-UAA * 1
(Presumed to be 11) revealed the presence of a shark with the four combinations expected. Thus, by utilizing the polymorphism of the gene encoding the classic MHC antigen, the parent-child relationship between the mother shark and the offspring could be determined.
【0060】[0060]
【発明の効果】本発明により、古典的MHCクラスI抗
原をコードする遺伝子が提供される。本発明の遺伝子
は、動物の古典的MHC抗原をコードする遺伝子を単離
する際のプローブとして有用であるとともに、本発明の
動物の識別方法において、基準動物の古典的MHC抗原
をコードする遺伝子としても有用である。さらに、本発
明の遺伝子を適当な発現ベクターに挿入し、微生物や培
養細胞に導入して発現させることにより、本発明の遺伝
子がコードするMHCクラスI抗原を大量に調製するこ
ともできる。According to the present invention, a gene encoding a classic MHC class I antigen is provided. The gene of the present invention is useful as a probe for isolating a gene encoding the classical MHC antigen of an animal, and in the method for identifying an animal of the present invention, the gene encoding the classical MHC antigen of a reference animal. Is also useful. Furthermore, the MHC class I antigen encoded by the gene of the present invention can be prepared in a large amount by inserting the gene of the present invention into an appropriate expression vector, introducing the gene into a microorganism or a cultured cell, and expressing the gene.
【0061】また、本発明により、古典的MHC抗原が
提供される。本発明の古典的MHC抗原は、本発明の動
物の識別方法において、基準動物の古典的MHC抗原と
して有用である。また、本発明により、動物の古典的M
HC抗原をコードする遺伝子の多型性を利用することを
特徴とする動物の識別方法、及び動物の古典的MHC抗
原の多型性を利用することを特徴とする動物の識別方法
が提供される。本発明の動物の識別方法により、例え
ば、動物の個体識別や基準動物と検査対象動物との親子
関係の識別をすることことができ、これにより回遊魚の
由来や誕生地の特定による検査対象魚の帰属の特定をす
ることができる。さらに、本発明の動物の識別方法によ
り、動物のMHC抗原をコードする遺伝子の多型性を把
握することができ、これは動物の疾病に対するワクチン
の設計等につながる。The present invention also provides a classic MHC antigen. The classic MHC antigen of the present invention is useful as a classic MHC antigen of a reference animal in the animal identification method of the present invention. Also, according to the present invention, the classical M
Provided are a method for identifying an animal, which uses a polymorphism of a gene encoding an HC antigen, and a method for identifying an animal, which uses a polymorphism of a classic MHC antigen of an animal. . The animal identification method of the present invention makes it possible, for example, to identify an individual of an animal or a parent-child relationship between a reference animal and an animal to be inspected. Can be specified. Furthermore, the polymorphism of the gene encoding the MHC antigen of the animal can be ascertained by the animal identification method of the present invention, which leads to the design of a vaccine against animal diseases and the like.
【0062】[0062]
配列番号:1 配列の長さ:343 配列の型:アミノ酸 トポロジー:直鎖状 配列の種類:タンパク質 起源 生物名:ドチザメ 配列 Met Leu Arg Phe Ile Leu Leu Thr Leu Leu Tyr Gly Gly Val Ser Ala 1 5 10 15 Gly Ser His Ser Leu Arg Tyr Phe His Thr Ser Met Thr Pro Ile Ser 20 25 30 Gly Leu Pro Glu Phe Val Ile Val Gly Tyr Val Asp Glu Leu Glu Phe 35 40 45 Val His Tyr Asp Ser Asp Met Lys Lys Thr Ile Pro Arg Gln Arg Trp 50 55 60 Met Ala Glu Ser Glu Gly Pro Asp Tyr Trp Glu Arg Asn Thr Gln Lys 65 70 75 80 Ala Arg Gly Trp Glu Gln Trp Gly Lys Val Asn Ile Pro Ile Leu Ser 85 90 95 Glu Arg Thr Asn Gln Ser Gly Gly Ile His Val Leu Gln Arg Met Ser 100 105 110 Gly Cys Glu Leu Arg Glu Asp Gly Ser Thr Gly Gly Phe Phe Gln Phe 115 120 125 Gly Trp Asp Gly Lys Asn Leu Ile Ser Phe Asp Lys Glu Gln Ser Val 130 135 140 Trp Val Thr Pro Val Gln Trp Gly Glu Ile Thr Lys Lys Lys Trp Asp 145 150 155 160 Lys Asp Gln Gly Leu Asn Gln Gln Trp Lys Gly Tyr Leu Glu Gly Ile 165 170 175 Cys Ile Glu Trp Leu Lys Lys Tyr Leu Arg Tyr Gly Glu Arg Gln Leu 180 185 190 Arg Pro Ala Ala Pro Thr Val Ser Phe Thr Arg Leu Gly Asp Ser Lys 195 200 205 Lys Leu Ser Cys Val Ala Thr Gly Phe Tyr Pro Gln Ser Ile Glu Leu 210 215 220 Lys Leu His Arg Asp Gln Ala Ala Ala Asp Val Pro Tyr Ser Ser Gly 225 230 235 240 Val Arg Pro Asn His Asp Gly Thr Tyr Gln Met Glu Lys Gln Thr Asp 245 250 255 Phe Glu Pro Ser Asp Pro Ala Lys Phe Ser Cys Glu Val Asp His Ala 260 265 270 Gly Leu Ser Gln Lys Leu Val Val Phe Tyr Glu Pro Lys Ala Asp Ser 275 280 285 Met Leu Pro Val Ile Ile Gly Ile Val Ile Ala Val Leu Val Leu Val 290 295 300 Ala Leu Ala Val Val Gly Val Val Leu Tyr Arg Lys Lys Ala Gly Gln 305 310 315 320 Lys Thr Gly Tyr Asn Pro Ala Lys Thr Ser Asp Lys Ala Glu Ser Ser 325 330 335 Ser Asn Ser Ser Ala Thr Ala 340 SEQ ID NO: 1 Sequence length: 343 Sequence type: Amino acid Topology: Linear Sequence type: Protein Origin Organism name: Carrot sequence Met Leu Arg Phe Ile Leu Leu Thr Leu Leu Tyr Gly Gly Val Ser Ala 1 5 10 15 Gly Ser His Ser Leu Arg Tyr Phe His Thr Ser Met Thr Pro Ile Ser 20 25 30 Gly Leu Pro Glu Phe Val Ile Val Gly Tyr Val Asp Glu Leu Glu Phe 35 40 45 Val His Tyr Asp Ser Asp Met Lys Lys Thr Ile Pro Arg Gln Arg Trp 50 55 60 Met Ala Glu Ser Glu Gly Pro Asp Tyr Trp Glu Arg Asn Thr Gln Lys 65 70 75 80 Ala Arg Gly Trp Glu Gln Trp Gly Lys Val Asn Ile Pro Ile Leu Ser 85 90 95 Glu Arg Thr Asn Gln Ser Gly Gly Ile His Val Leu Gln Arg Met Ser 100 105 110 Gly Cys Glu Leu Arg Glu Asp Gly Ser Thr Gly Gly Phe Phe Gln Phe 115 120 125 Gly Trp Asp Gly Lys Asn Leu Ile Ser Phe Asp Lys Glu Gln Ser Val 130 135 140 Trp Val Thr Pro Val Gln Trp Gly Glu Ile Thr Lys Lys Lys Trp Asp 145 150 155 160 Lys Asp Gln Gly Leu Asn Gln Gln Trp Lys Gly Tyr Leu Glu Gly Ile 165 170 17 5 Cys Ile Glu Trp Leu Lys Lys Tyr Leu Arg Tyr Gly Glu Arg Gln Leu 180 185 190 Arg Pro Ala Ala Pro Thr Val Ser Phe Thr Arg Leu Gly Asp Ser Lys 195 200 205 Lys Leu Ser Cys Val Ala Thr Gly Phe Tyr Pro Gln Ser Ile Glu Leu 210 215 220 Lys Leu His Arg Asp Gln Ala Ala Ala Asp Val Pro Tyr Ser Ser Gly 225 230 235 240 Val Arg Pro Asn His Asp Gly Thr Tyr Gln Met Glu Lys Gln Thr Asp 245 250 255 Phe Glu Pro Ser Asp Pro Ala Lys Phe Ser Cys Glu Val Asp His Ala 260 265 270 Gly Leu Ser Gln Lys Leu Val Val Phe Tyr Glu Pro Lys Ala Asp Ser 275 280 285 Met Leu Pro Val Ile Ile Gly Ile Val Ile Ala Val Leu Val Leu Val 290 295 300 Ala Leu Ala Val Val Gly Val Val Leu Tyr Arg Lys Lys Ala Gly Gln 305 310 315 320 Lys Thr Gly Tyr Asn Pro Ala Lys Thr Ser Asp Lys Ala Glu Ser Ser 325 330 335 Ser Asn Ser Ser Ala Thr Ala 340
【0063】配列番号:2 配列の長さ:343 配列の型:アミノ酸 トポロジー:直鎖状 配列の種類:タンパク質 起源 生物名:ドチザメ 配列 Met Leu Arg Phe Ile Leu Leu Thr Leu Leu Tyr Gly Gly Ala Ser Ala 1 5 10 15 Gly Ser His Ser Leu Arg Tyr Phe Tyr Thr Ser Met Thr Pro Ile Ser 20 25 30 Gly Leu Pro Glu Phe Val Thr Ile Gly Tyr Val Asp Glu Leu Glu Phe 35 40 45 Val His Tyr Asp Ser Asp Met Lys Lys Thr Ile Pro Arg Gln Arg Trp 50 55 60 Ile Ala Glu Ser Val Gly Pro Asp Tyr Trp Glu Arg Gln Thr Gln Ile 65 70 75 80 Ala Arg Gly Trp Glu Gln Thr Gly Lys Val Asp Ile Gln Thr Leu Met 85 90 95 Thr Arg Thr Asn Gln Ser Gly Gly Ile His Val Leu Gln Arg Met Tyr 100 105 110 Gly Cys Glu Leu Arg Glu Asp Gly Ser Thr Gly Gly Phe Phe Arg Asp 115 120 125 Gly Trp Asp Ala Lys Asp Ser Ile Val Phe Asp Lys Glu His Leu Arg 130 135 140 Trp Ile Ala Val Gly Gln Trp Ala Val Leu Thr Lys Glu Lys Trp Asp 145 150 155 160 Lys Asp Gln Gly Leu Asn Gln Gln Arg Lys Gly Tyr Leu Glu Gly Ile 165 170 175 Cys Ile Glu Trp Leu Lys Lys Tyr Leu Arg Tyr Gly Glu Arg Gln Leu 180 185 190 Arg Pro Ala Ala Pro Thr Val Ser Phe Thr Arg Leu Gly Asp Ser Lys 195 200 205 Lys Leu Ser Cys Val Ala Thr Gly Phe Tyr Pro Gln Ser Ile Glu Leu 210 215 220 Lys Leu His Arg Asp Gln Ala Ala Ala Asp Val Pro Tyr Ser Ser Gly 225 230 235 240 Val Arg Pro Asn His Asp Gly Thr Tyr Gln Met Glu Lys Gln Thr Asp 245 250 255 Phe Glu Pro Ser Asp Pro Ala Lys Phe Ser Cys Glu Val Asp His Ala 260 265 270 Gly Leu Ser Gln Lys Leu Val Met Phe Tyr Glu Pro Lys Ala Asp Ser 275 280 285 Met Leu Pro Val Ile Ile Gly Ile Val Ile Ala Val Leu Val Leu Val 290 295 300 Ala Leu Ala Val Val Gly Val Val Leu Tyr Arg Lys Lys Ala Gly Gln 305 310 315 320 Lys Thr Gly Tyr Asn Pro Ala Lys Thr Ser Asp Lys Ala Glu Ser Ser 325 330 335 Ser Asn Ser Ser Ala Thr Ala 340 SEQ ID NO: 2 Sequence length: 343 Sequence type: amino acid Topology: linear Sequence type: protein Origin Organism name: Carrot Shark Sequence Met Leu Arg Phe Ile Leu Leu Thr Leu Leu Tyr Gly Gly Ala Ser Ala 1 5 10 15 Gly Ser His Ser Leu Arg Tyr Phe Tyr Thr Ser Met Thr Pro Ile Ser 20 25 30 Gly Leu Pro Glu Phe Val Thr Ile Gly Tyr Val Asp Glu Leu Glu Phe 35 40 45 Val His Tyr Asp Ser Asp Met Lys Lys Thr Ile Pro Arg Gln Arg Trp 50 55 60 Ile Ala Glu Ser Val Gly Pro Asp Tyr Trp Glu Arg Gln Thr Gln Ile 65 70 75 80 Ala Arg Gly Trp Glu Gln Thr Gly Lys Val Asp Ile Gln Thr Leu Met 85 90 95 Thr Arg Thr Asn Gln Ser Gly Gly Ile His Val Leu Gln Arg Met Tyr 100 105 110 Gly Cys Glu Leu Arg Glu Asp Gly Ser Thr Gly Gly Phe Phe Arg Asp 115 120 125 Gly Trp Asp Ala Lys Asp Ser Ile Val Phe Asp Lys Glu His Leu Arg 130 135 140 Trp Ile Ala Val Gly Gln Trp Ala Val Leu Thr Lys Glu Lys Trp Asp 145 150 155 160 Lys Asp Gln Gly Leu Asn Gln Gln Arg Lys Gly Tyr Leu Glu Gly Ile 165 170 175 Cys Ile Glu Trp Leu Lys Lys Tyr Leu Arg Tyr Gly Glu Arg Gln Leu 180 185 190 Arg Pro Ala Ala Pro Thr Val Ser Phe Thr Arg Leu Gly Asp Ser Lys 195 200 205 Lys Leu Ser Cys Val Ala Thr Gly Phe Tyr Pro Gln Ser Ile Glu Leu 210 215 220 Lys Leu His Arg Asp Gln Ala Ala Ala Asp Val Pro Tyr Ser Ser Gly 225 230 235 240 Val Arg Pro Asn His Asp Gly Thr Tyr Gln Met Glu Lys Gln Thr Asp 245 250 255 Phe Glu Pro Ser Asp Pro Ala Lys Phe Ser Cys Glu Val Asp His Ala 260 265 270 Gly Leu Ser Gln Lys Leu Val Met Phe Tyr Glu Pro Lys Ala Asp Ser 275 280 285 Met Leu Pro Val Ile Ile Gly Ile Val Ile Ala Val Leu Val Leu Val 290 295 300 Ala Leu Ala Val Val Gly Val Val Leu Tyr Arg Lys Lys Ala Gly Gln 305 310 315 320 Lys Thr Gly Tyr Asn Pro Ala Lys Thr Ser Asp Lys Ala Glu Ser Ser 325 330 335 Ser Asn Ser Ser Ala Thr Ala 340
【0064】配列番号:3 配列の長さ:343 配列の型:アミノ酸 トポロジー:直鎖状 配列の種類:タンパク質 起源 生物名:ドチザメ 配列 Met Leu Arg Phe Ile Leu Leu Thr Leu Leu Tyr Gly Gly Ala Ser Ala 1 5 10 15 Gly Ser His Ser Leu Arg Tyr Phe Tyr Thr Ser Met Thr Pro Ile Ser 20 25 30 Gly Leu Pro Glu Phe Val Thr Ile Gly Tyr Val Asp Glu Leu Glu Phe 35 40 45 Val His Tyr Asp Ser Asp Met Lys Lys Met Ile Pro Arg Gln Arg Trp 50 55 60 Ile Ala Glu Ser Val Gly Pro Asp Tyr Trp Glu Arg Glu Thr Gln Asn 65 70 75 80 Leu Arg Gly Ala Glu Gln Met Gly Lys Val Asp Ile Gln Thr Leu Met 85 90 95 Thr Arg Thr Asn Gln Ser Gly Gly Ile His Val Leu Gln Gln Met Tyr 100 105 110 Gly Cys Glu Leu Arg Glu Asp Gly Ser Thr Gly Gly Phe Phe Arg Asp 115 120 125 Gly Trp Asp Gly Lys Asp Ser Ile Val Phe Asp Lys Glu His Leu Arg 130 135 140 Trp Ile Ala Val Gly Gln Trp Ala Val Leu Thr Lys Glu Lys Trp Asp 145 150 155 160 Lys Asp Gln Gly Tyr Asn Gln Gln Trp Lys Gly Tyr Leu Glu Gly Ile 165 170 175 Cys Ile Glu Trp Leu Lys Lys Tyr Leu Arg Tyr Gly Glu Arg Gln Leu 180 185 190 Arg Pro Ala Ala Pro Thr Val Ser Phe Thr Arg Leu Gly Asp Ser Lys 195 200 205 Lys Leu Ser Cys Val Ala Thr Gly Phe Tyr Pro Gln Ser Ile Glu Leu 210 215 220 Lys Leu His Arg Asp Gln Ala Ala Ala Asp Val Pro Tyr Ser Ser Gly 225 230 235 240 Val Arg Pro Asn His Asp Gly Thr Tyr Gln Met Glu Lys Gln Thr Asp 245 250 255 Phe Glu Pro Ser Asp Pro Ala Lys Phe Ser Cys Glu Val Asp His Ala 260 265 270 Gly Leu Ser Gln Lys Leu Val Val Phe Tyr Glu Pro Lys Ala Asp Ser 275 280 285 Met Leu Pro Val Ile Ile Gly Ile Val Ile Ala Val Leu Val Leu Val 290 295 300 Ala Leu Ala Val Val Gly Val Val Leu Tyr Arg Lys Lys Ala Gly Gln 305 310 315 320 Lys Pro Gly Tyr Asn Pro Ala Lys Thr Ser Asp Arg Gly Glu Ser Ser 325 330 335 Ser Thr Ser Ser Ala Asn Ala 340 SEQ ID NO: 3 Sequence length: 343 Sequence type: amino acid Topology: linear Sequence type: protein Origin Organism name: Met Leu Arg Phe Ile Leu Leu Thr Leu Leu Tyr Gly Gly Ala Ser Ala 1 5 10 15 Gly Ser His Ser Leu Arg Tyr Phe Tyr Thr Ser Met Thr Pro Ile Ser 20 25 30 Gly Leu Pro Glu Phe Val Thr Ile Gly Tyr Val Asp Glu Leu Glu Phe 35 40 45 Val His Tyr Asp Ser Asp Met Lys Lys Met Ile Pro Arg Gln Arg Trp 50 55 60 Ile Ala Glu Ser Val Gly Pro Asp Tyr Trp Glu Arg Glu Thr Gln Asn 65 70 75 80 Leu Arg Gly Ala Glu Gln Met Gly Lys Val Asp Ile Gln Thr Leu Met 85 90 95 Thr Arg Thr Asn Gln Ser Gly Gly Ile His Val Leu Gln Gln Met Tyr 100 105 110 Gly Cys Glu Leu Arg Glu Asp Gly Ser Thr Gly Gly Phe Phe Arg Asp 115 120 125 Gly Trp Asp Gly Lys Asp Ser Ile Val Phe Asp Lys Glu His Leu Arg 130 135 140 Trp Ile Ala Val Gly Gln Trp Ala Val Leu Thr Lys Glu Lys Trp Asp 145 150 155 160 Lys Asp Gln Gly Tyr Asn Gln Gln Trp Lys Gly Tyr Leu Glu Gly Ile 165 170 175 Cys Ile Glu Trp Leu Lys Lys Tyr Leu Arg Tyr Gly Glu Arg Gln Leu 180 185 190 Arg Pro Ala Ala Pro Thr Val Ser Phe Thr Arg Leu Gly Asp Ser Lys 195 200 205 Lys Leu Ser Cys Val Ala Thr Gly Phe Tyr Pro Gln Ser Ile Glu Leu 210 215 220 Lys Leu His Arg Asp Gln Ala Ala Ala Asp Val Pro Tyr Ser Ser Gly 225 230 235 240 Val Arg Pro Asn His Asp Gly Thr Tyr Gln Met Glu Lys Gln Thr Asp 245 250 255 Phe Glu Pro Ser Asp Pro Ala Lys Phe Ser Cys Glu Val Asp His Ala 260 265 270 Gly Leu Ser Gln Lys Leu Val Val Phe Tyr Glu Pro Lys Ala Asp Ser 275 280 285 Met Leu Pro Val Ile Ile Gly Ile Val Ile Ala Val Leu Val Leu Val 290 295 300 Ala Leu Ala Val Val Gly Val Val Leu Tyr Arg Lys Lys Ala Gly Gln 305 310 315 320 Lys Pro Gly Tyr Asn Pro Ala Lys Thr Ser Asp Arg Gly Glu Ser Ser 325 330 335 Ser Thr Ser Ser Ala Asn Ala 340
【0065】配列番号:4 配列の長さ:1032 配列の型:核酸 鎖の数:2本鎖 トポロジー:直鎖状 配列の種類:cDNA to mRNA 起源 生物名:ドチザメ 配列 ATG CTG AGG TTT ATT CTA CTG ACC CTC CTC TAT GGA GGG GTC TCT GCA 48 Met Leu Arg Phe Ile Leu Leu Thr Leu Leu Tyr Gly Gly Val Ser Ala 1 5 10 15 GGC TCT CAC TCT CTC CGG TAT TTC CAC ACA TCA ATG ACT CCG ATC TCC 96 Gly Ser His Ser Leu Arg Tyr Phe His Thr Ser Met Thr Pro Ile Ser 20 25 30 GGT CTG CCA GAG TTT GTG ATA GTT GGT TAT GTG GAT GAG CTG GAG TTT 144 Gly Leu Pro Glu Phe Val Ile Val Gly Tyr Val Asp Glu Leu Glu Phe 35 40 45 GTT CAT TAT GAC AGT GAT ATG AAG AAG ACG ATT CCC CGG CAG CGC TGG 192 Val His Tyr Asp Ser Asp Met Lys Lys Thr Ile Pro Arg Gln Arg Trp 50 55 60 ATG GCG GAG AGT GAG GGG CCC GAT TAC TGG GAG CGG AAC ACA CAG AAG 240 Met Ala Glu Ser Glu Gly Pro Asp Tyr Trp Glu Arg Asn Thr Gln Lys 65 70 75 80 GCG CGG GGC TGG GAG CAG TGG GGA AAA GTC AAC ATT CCG ATC CTC TCG 288 Ala Arg Gly Trp Glu Gln Trp Gly Lys Val Asn Ile Pro Ile Leu Ser 85 90 95 GAG CGG ACC AAT CAG AGC GGC GGG ATC CAC GTC CTT CAG CGG ATG TCT 336 Glu Arg Thr Asn Gln Ser Gly Gly Ile His Val Leu Gln Arg Met Ser 100 105 110 GGC TGT GAG CTG CGG GAG GAC GGC AGC ACC GGG GGA TTC TTC CAG TTC 384 Gly Cys Glu Leu Arg Glu Asp Gly Ser Thr Gly Gly Phe Phe Gln Phe 115 120 125 GGC TGG GAC GGG AAA AAT CTG ATC AGC TTC GAT AAG GAG CAG AGC GTG 432 Gly Trp Asp Gly Lys Asn Leu Ile Ser Phe Asp Lys Glu Gln Ser Val 130 135 140 TGG GTG ACC CCG GTA CAA TGG GGG GAG ATC ACC AAG AAG AAG TGG GAT 480 Trp Val Thr Pro Val Gln Trp Gly Glu Ile Thr Lys Lys Lys Trp Asp 145 150 155 160 AAG GAC CAG GGA TTG AAT CAG CAG TGG AAG GGT TAC CTG GAG GGA ATC 528 Lys Asp Gln Gly Leu Asn Gln Gln Trp Lys Gly Tyr Leu Glu Gly Ile 165 170 175 TGC ATC GAG TGG CTG AAA AAA TAC CTG CGG TAT GGA GAG AGA CAA CTG 576 Cys Ile Glu Trp Leu Lys Lys Tyr Leu Arg Tyr Gly Glu Arg Gln Leu 180 185 190 AGA CCC GCT GCT CCC ACC GTC TCC TTT ACC CGG CTG GGT GAC AGT AAG 624 Arg Pro Ala Ala Pro Thr Val Ser Phe Thr Arg Leu Gly Asp Ser Lys 195 200 205 AAG CTC TCC TGT GTG GCC ACT GGC TTC TAC CCT CAG TCT ATC GAG CTG 672 Lys Leu Ser Cys Val Ala Thr Gly Phe Tyr Pro Gln Ser Ile Glu Leu 210 215 220 AAA CTG CAC CGA GAT CAG GCA GCT GCC GAT GTG CCT TAT TCC AGT GGC 720 Lys Leu His Arg Asp Gln Ala Ala Ala Asp Val Pro Tyr Ser Ser Gly 225 230 235 240 GTC CGC CCC AAC CAC GAT GGC ACT TAC CAG ATG GAA AAA CAG ACC GAC 768 Val Arg Pro Asn His Asp Gly Thr Tyr Gln Met Glu Lys Gln Thr Asp 245 250 255 TTT GAA CCG AGC GAC CCG GCC AAG TTC TCC TGT GAG GTG GAT CAT GCC 816 Phe Glu Pro Ser Asp Pro Ala Lys Phe Ser Cys Glu Val Asp His Ala 260 265 270 GGG CTG AGC CAG AAA TTG GTG GTG TTT TAT GAA CCA AAA GCT GAC TCC 864 Gly Leu Ser Gln Lys Leu Val Val Phe Tyr Glu Pro Lys Ala Asp Ser 275 280 285 ATG CTC CCA GTT ATT ATT GGC ATT GTC ATT GCT GTC CTG GTG CTT GTC 912 Met Leu Pro Val Ile Ile Gly Ile Val Ile Ala Val Leu Val Leu Val 290 295 300 GCT CTC GCT GTT GTG GGT GTC GTC CTG TAC AGG AAG AAA GCA GGG CAG 960 Ala Leu Ala Val Val Gly Val Val Leu Tyr Arg Lys Lys Ala Gly Gln 305 310 315 320 AAG ACT GGC TAC AAT CCA GCA AAG ACT TCT GAC AAA GCA GAA TCC TCA 1008 Lys Thr Gly Tyr Asn Pro Ala Lys Thr Ser Asp Lys Ala Glu Ser Ser 325 330 335 TCA AAT TCT TCT GCC ACT GCC TAA 1032 Ser Asn Ser Ser Ala Thr Ala 340 SEQ ID NO: 4 Sequence length: 1032 Sequence type: nucleic acid Number of strands: double-stranded Topology: linear Sequence type: cDNA to mRNA Origin Organism name: Carrot shark Sequence ATG CTG AGG TTT ATT CTA CTG ACC CTC CTC TAT GGA GGG GTC TCT GCA 48 Met Leu Arg Phe Ile Leu Leu Thr Leu Leu Tyr Gly Gly Val Ser Ala 1 5 10 15 GGC TCT CAC TCT CTC CGG TAT TTC CAC ACA TCA ATG ACT CCG ATC TCC 96 Gly Ser His Ser Leu Arg Tyr Phe His Thr Ser Met Thr Pro Ile Ser 20 25 30 GGT CTG CCA GAG TTT GTG ATA GTT GGT TAT GTG GAT GAG CTG GAG TTT 144 Gly Leu Pro Glu Phe Val Ile Val Gly Tyr Val Asp Glu Leu Glu Phe 35 40 45 GTT CAT TAT GAC AGT GAT ATG AAG AAG ACG ATT CCC CGG CAG CGC TGG 192 Val His Tyr Asp Ser Asp Met Lys Lys Thr Ile Pro Arg Gln Arg Trp 50 55 60 ATG GCG GAG AGT GAG GGG CCC GAT TAC TGG GAG CGG AAC ACA CAG AAG 240 Met Ala Glu Ser Glu Gly Pro Asp Tyr Trp Glu Arg Asn Thr Gln Lys 65 70 75 80 GCG CGG GGC TGG GAG CAG TGG GGA AAA GTC AAC ATT CCG ATC CTC TCG 288 Ala Arg Gly Trp Glu Gln Trp Gly Lys Val Asn Ile Pro Ile Leu Ser 85 90 95 GAG CGG ACC AAT CAG AGC GGC GGG ATC CAC GTC CTT CAG CGG ATG TCT 336 Glu Arg Thr Asn Gln Ser Gly Gly Ile His Val Leu Gln Arg Met Ser 100 105 110 GGC TGT GAG CTG CGG GAG GAC GGC AGC ACC GGG GGA TTC TTC CAG TTC 384 Gly Cys Glu Leu Arg Glu Asp Gly Ser Thr Gly Gly Ply Phe Phe Gln Phe 115 120 125 GGC TGG GAC GGG AAA AAT CTG ATC AGC TTC GAT AAG GAG CAG AGC GTG 432 Gly Trp Asp Gly Lys Asn Leu Ile Ser Phe Asp Lys Glu Gln Ser Val 130 135 140 TGG GTG ACC CCG GTA CAA TGG GGG GAG ATC ACC AAG AAG AAG TGG GAT 480 Trp Val Thr Pro Val Gln Trp Gly Glu Ile Thr Lys Lys Lys Trp Asp 145 150 155 160 AAG GAC CAG GGA TTG AAT CAG CAG TGG AAG GGT TAC CTG GAG GGA ATC 528 Lys Asp Gln Gly Leu Asn Gln Gln Trp Lys Gly Tyr Leu Glu Gly Ile 165 170 175 TGC ATC GAG TGG CTG AAA AAA TAC CTG CGG TAT GGA GAG AGA CAA CTG 576 Cys Ile Glu Trp Leu Lys Lys Tyr Leu Arg Tyr Gly Glu Arg Gln Leu 180 185 190 AGA CCC GCT GCT CCC ACC GTC TCC TTT ACC CGG CTG GGT GAC AGT AAG 624 Arg Pr o Ala Ala Pro Thr Val Ser Phe Thr Arg Leu Gly Asp Ser Lys 195 200 205 AAG CTC TCC TGT GTG GCC ACT GGC TTC TAC CCT CAG TCT ATC GAG CTG 672 Lys Leu Ser Cys Val Ala Thr Gly Phe Tyr Pro Gln Ser Ile Glu Leu 210 215 220 AAA CTG CAC CGA GAT CAG GCA GCT GCC GAT GTG CCT TAT TCC AGT GGC 720 Lys Leu His Arg Asp Gln Ala Ala Ala Asp Val Pro Tyr Ser Ser Gly 225 230 235 240 GTC CGC CCC AAC CAC GAT GGC ACT TAC CAG ATG GAA AAA CAG ACC GAC 768 Val Arg Pro Asn His Asp Gly Thr Tyr Gln Met Glu Lys Gln Thr Asp 245 250 255 TTT GAA CCG AGC GAC CCG GCC AAG TTC TCC TGT GAG GTG GAT CAT GCC 816 Phe Glu Pro Ser Asp Pro Ala Lys Phe Ser Cys Glu Val Asp His Ala 260 265 270 GGG CTG AGC CAG AAA TTG GTG GTG TTT TAT GAA CCA AAA GCT GAC TCC 864 Gly Leu Ser Gln Lys Leu Val Val Phe Tyr Glu Pro Lys Ala Asp Ser 275 280 285 ATG CTC CCA GTT ATT ATT GGC ATT GTC ATT GCT GTC CTG GTG CTT GTC 912 Met Leu Pro Val Ile Ile Gly Ile Val Ile Ala Val Leu Val Leu Val 290 295 300 GCT CTC GCT GTT GTG GGT GTC GTC CTG TAC AGG AAG AAA GCA GGG CA G 960 Ala Leu Ala Val Val Gly Val Val Leu Tyr Arg Lys Lys Ala Gly Gln 305 310 315 320 AAG ACT GGC TAC AAT CCA GCA AAG ACT TCT GAC AAA GCA GAA TCC TCA 1008 Lys Thr Gly Tyr Asn Pro Ala Lys Thr Ser Asp Lys Ala Glu Ser Ser 325 330 335 TCA AAT TCT TCT GCC ACT GCC TAA 1032 Ser Asn Ser Ser Ala Thr Ala 340
【0066】配列番号:5 配列の長さ:1032 配列の型:核酸 鎖の数:2本鎖 トポロジー:直鎖状 配列の種類:cDNA to mRNA 起源 生物名:ドチザメ 配列 ATG CTG AGG TTT ATT CTA CTG ACC CTC CTC TAT GGA GGG GCC TCT GCA 48 Met Leu Arg Phe Ile Leu Leu Thr Leu Leu Tyr Gly Gly Ala Ser Ala 1 5 10 15 GGC TCT CAC TCT CTC CGG TAT TTC TAC ACA TCA ATG ACT CCG ATC TCC 96 Gly Ser His Ser Leu Arg Tyr Phe Tyr Thr Ser Met Thr Pro Ile Ser 20 25 30 GGT CTG CCA GAG TTT GTG ACA ATT GGT TAT GTG GAT GAG CTG GAG TTT 144 Gly Leu Pro Glu Phe Val Thr Ile Gly Tyr Val Asp Glu Leu Glu Phe 35 40 45 GTT CAT TAT GAC AGT GAT ATG AAG AAG ACG ATT CCC CGG CAG CGC TGG 192 Val His Tyr Asp Ser Asp Met Lys Lys Thr Ile Pro Arg Gln Arg Trp 50 55 60 ATA GCG GAG AGT GTG GGG CCC GAT TAC TGG GAG CGG CAG ACA CAG ATC 240 Ile Ala Glu Ser Val Gly Pro Asp Tyr Trp Glu Arg Gln Thr Gln Ile 65 70 75 80 GCG CGG GGC TGG GAG CAG ACG GGA AAA GTC GAC ATT CAG ACT CTG ATG 288 Ala Arg Gly Trp Glu Gln Thr Gly Lys Val Asp Ile Gln Thr Leu Met 85 90 95 ACG CGG ACC AAT CAG AGC GGC GGG ATC CAC GTC CTT CAG CGG ATG TAT 336 Thr Arg Thr Asn Gln Ser Gly Gly Ile His Val Leu Gln Arg Met Tyr 100 105 110 GGC TGT GAG CTG CGG GAG GAC GGC AGC ACC GGG GGA TTC TTT CGG GAC 384 Gly Cys Glu Leu Arg Glu Asp Gly Ser Thr Gly Gly Phe Phe Arg Asp 115 120 125 GGC TGG GAC GCG AAA GAC AGC ATC GTG TTC GAT AAG GAG CAC TTG AGG 432 Gly Trp Asp Ala Lys Asp Ser Ile Val Phe Asp Lys Glu His Leu Arg 130 135 140 TGG ATC GCA GTG GGA CAA TGG GCA GTG CTG ACC AAG GAG AAG TGG GAT 480 Trp Ile Ala Val Gly Gln Trp Ala Val Leu Thr Lys Glu Lys Trp Asp 145 150 155 160 AAG GAC CAG GGA TTG AAT CAG CAG AGG AAG GGT TAC CTG GAG GGA ATC 528 Lys Asp Gln Gly Leu Asn Gln Gln Arg Lys Gly Tyr Leu Glu Gly Ile 165 170 175 TGC ATC GAG TGG CTG AAA AAA TAC CTG CGG TAT GGA GAG AGA CAA CTG 576 Cys Ile Glu Trp Leu Lys Lys Tyr Leu Arg Tyr Gly Glu Arg Gln Leu 180 185 190 AGA CCC GCT GCT CCC ACC GTC TCC TTT ACC CGG CTG GGT GAC AGT AAG 624 Arg Pro Ala Ala Pro Thr Val Ser Phe Thr Arg Leu Gly Asp Ser Lys 195 200 205 AAG CTC TCC TGT GTG GCC ACT GGC TTC TAC CCT CAG TCT ATC 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GAC AAA GCA GAA TCC TCA 1008 Lys Thr Gly Tyr Asn Pro Ala Lys Thr Ser Asp Lys Ala Glu Ser Ser 325 330 335 TCA AAT TCT TCT GCC ACT GCC TAA 1032 Ser Asn Ser Ser Ala Thr Ala 340 SEQ ID NO: 5 Sequence length: 1032 Sequence type: nucleic acid Number of strands: double-stranded Topology: linear Sequence type: cDNA to mRNA Origin Organism: Dog shark Sequence ATG CTG AGG TTT ATT CTA CTG ACC CTC CTC TAT GGA GGG GCC TCT GCA 48 Met Leu Arg Phe Ile Leu Leu Thr Leu Leu Tyr Gly Gly Ala Ser Ala 1 5 10 15 GGC TCT CAC TCT CTC CGG TAT TTC TAC ACA TCA ATG ACT CCG ATC TCC 96 Gly Ser His Ser Leu Arg Tyr Phe Tyr Thr Ser Met Thr Pro Ile Ser 20 25 30 GGT CTG CCA GAG TTT GTG ACA ATT GGT TAT GTG GAT GAG CTG GAG TTT 144 Gly Leu Pro Glu Phe Val Thr Ile Gly Tyr Val Asp Glu Leu Glu Phe 35 40 45 GTT CAT TAT GAC AGT GAT ATG AAG AAG ACG ATT CCC CGG CAG CGC TGG 192 Val His Tyr Asp Ser Asp Met Lys Lys Thr Ile Pro Arg Gln Arg Trp 50 55 60 ATA GCG GAG AGT GTG GGG CCC GAT TAC TGG GAG CGG CAG ACA CAG ATC 240 Ile Ala Glu Ser Val Gly Pro Asp Tyr Trp Glu Arg Gln Thr Gln Ile 65 70 75 80 GCG CGG GGC TGG GAG CAG ACG GGA AAA GTC GAC ATT CAG ACT CTG ATG 288 Ala Arg Gly Trp Glu Gln Thr Gly Lys Val Asp Ile Gln Thr Leu Met 85 90 95 ACG CGG ACC AAT CAG AGC GGC GGG ATC CAC GTC CTT CAG CGG ATG TAT 336 Thr Arg Thr Asn Gln Ser Gly Gly Ile His Val Leu Gln Arg Met Tyr 100 105 110 GGC TGT GAG CTG CGG GAG GAC GGC AGC ACC GGG GGA TTC TTT CGG GAC 384 Gly Cys Glu Leu Arg Glu Asp Gly Ser Thr Gly Gly Phe Phe Arhe Asg 115 120 125 GGC TGG GAC GCG AAA GAC AGC ATC GTG TTC GAT AAG GAG CAC TTG AGG 432 Gly Trp Asp Ala Lys Asp Ser Ile Val Phe Asp Lys Glu His Leu Arg 130 135 140 TGG ATC GCA GTG GGA CAA TGG GCA GTG CTG ACC AAG GAG AAG TGG GAT 480 Trp Ile Ala Val Gly Gln Trp Ala Val Leu Thr Lys Glu Lys Trp Asp 145 150 155 160 AAG GAC CAG GGA TTG AAT CAG CAG AGG AAG GGT TAC CTG GAG GGA ATC 528 Lys Asp Gln Gly Leu Asn Gln Gln Arg Lys Gly Tyr Leu Glu Gly Ile 165 170 175 TGC ATC GAG TGG CTG AAA AAA TAC CTG CGG TAT GGA GAG AGA CAA CTG 576 Cys Ile Glu Trp Leu Lys Lys Tyr Leu Arg Tyr Gly Glu Arg Gln Leu 180 185 190 AGA CCC GCT GCT CCC ACC GTC TCC TTT ACC CGG CTG GGT GAC AGT AAG 624 Arg Pr o Ala Ala Pro Thr Val Ser Phe Thr Arg Leu Gly Asp Ser Lys 195 200 205 AAG CTC TCC TGT GTG GCC ACT GGC TTC TAC CCT CAG TCT ATC GAG CTG 672 Lys Leu Ser Cys Val Ala Thr Gly Phe Tyr Pro Gln Ser Ile Glu Leu 210 215 220 AAA CTG CAC CGA GAT CAG GCA GCT GCC GAT GTG CCT TAT TCC AGT GGC 720 Lys Leu His Arg Asp Gln Ala Ala Ala Asp Val Pro Tyr Ser Ser Gly 225 230 235 240 GTC CGC CCC AAC CAC GAT GGC ACT TAC CAG ATG GAA AAA CAG ACC GAC 768 Val Arg Pro Asn His Asp Gly Thr Tyr Gln Met Glu Lys Gln Thr Asp 245 250 255 TTT GAA CCG AGC GAC CCG GCC AAG TTC TCC TGT GAG GTG GAT CAT GCC 816 Phe Glu Pro Ser Asp Pro Ala Lys Phe Ser Cys Glu Val Asp His Ala 260 265 270 270 GGG CTG AGC CAG AAA TTG GTG ATG TTT TAT GAA CCA AAA GCT GAC TCC 864 Gly Leu Ser Gln Lys Leu Val Met Phe Tyr Glu Pro Lys Ala Asp Ser 275 280 285 ATG CTC CCA GTT ATT ATT GGC ATT GTC ATT GCT GTC CTG GTG CTT GTC 912 Met Leu Pro Val Ile Ile Gly Ile Val Ile Ala Val Leu Val Leu Val 290 295 300 GCT CTC GCT GTT GTG GGT GTC GTC CTG TAC AGG AAG AAA GCA GGG CA G 960 Ala Leu Ala Val Val Gly Val Val Leu Tyr Arg Lys Lys Ala Gly Gln 305 310 315 320 AAG ACT GGC TAC AAT CCA GCA AAG ACT TCT GAC AAA GCA GAA TCC TCA 1008 Lys Thr Gly Tyr Asn Pro Ala Lys Thr Ser Asp Lys Ala Glu Ser Ser 325 330 335 TCA AAT TCT TCT GCC ACT GCC TAA 1032 Ser Asn Ser Ser Ala Thr Ala 340
【0067】配列番号:6 配列の長さ:1032 配列の型:核酸 鎖の数:2本鎖 トポロジー:直鎖状 配列の種類:cDNA to mRNA 起源 生物名:ドチザメ 配列 ATG CTG AGG TTT ATT CTA CTG ACC CTC CTC TAT GGA GGG GCC TCT GCA 48 Met Leu Arg Phe Ile Leu Leu Thr Leu Leu Tyr Gly Gly Ala Ser Ala 1 5 10 15 GGC TCT CAC TCT CTC CGG TAT TTC TAC ACA TCA ATG ACT CCG ATC TCC 96 Gly Ser His Ser Leu Arg Tyr Phe Tyr Thr Ser Met Thr Pro Ile Ser 20 25 30 GGT CTG CCA GAG TTT GTG ACA ATT GGT TAT GTG GAT GAG CTG GAG TTT 144 Gly Leu Pro Glu Phe Val Thr Ile Gly Tyr Val Asp Glu Leu Glu Phe 35 40 45 GTT CAT TAT GAC AGT GAT ATG AAG AAG ATG ATT CCC CGG CAG CGC TGG 192 Val His Tyr Asp Ser Asp Met Lys Lys Met Ile Pro Arg Gln Arg Trp 50 55 60 ATA GCG GAG AGT GTG GGG CCC GAT TAC TGG GAG CGG GAG ACA CAG AAC 240 Ile Ala Glu Ser Val Gly Pro Asp Tyr Trp Glu Arg Glu Thr Gln Asn 65 70 75 80 CTG CGG GGC GCG GAG CAG ATG GGA AAA GTC GAC ATT CAG ACT CTG ATG 288 Leu Arg Gly Ala Glu Gln Met Gly Lys Val Asp Ile Gln Thr Leu Met 85 90 95 ACG CGG ACC AAT CAG AGC GGC GGG ATC CAC GTC CTT CAG CAG ATG TAT 336 Thr Arg Thr Asn Gln Ser Gly Gly Ile His Val Leu Gln Gln Met Tyr 100 105 110 GGC TGT GAG CTG CGG GAG GAC GGC AGC ACC GGG GGA TTC TTT CGG GAC 384 Gly Cys Glu Leu Arg Glu Asp Gly Ser Thr Gly Gly Phe Phe Arg Asp 115 120 125 GGC TGG GAC GGG AAA GAC AGC ATC GTG TTC GAT AAG GAG CAC TTG AGG 432 Gly Trp Asp Gly Lys Asp Ser Ile Val Phe Asp Lys Glu His Leu Arg 130 135 140 TGG ATC GCA GTG GGA CAA TGG GCA GTG CTG ACC AAG GAG AAG TGG GAT 480 Trp Ile Ala Val Gly Gln Trp Ala Val Leu Thr Lys Glu Lys Trp Asp 145 150 155 160 AAG GAC CAG GGA TAC AAT CAG CAG TGG AAG GGT TAC CTG GAG GGA ATC 528 Lys Asp Gln Gly Tyr Asn Gln Gln Trp Lys Gly Tyr Leu Glu Gly Ile 165 170 175 TGC ATC GAG TGG CTG AAA AAA TAC CTG CGG TAT GGA GAG AGA CAA CTG 576 Cys Ile Glu Trp Leu Lys Lys Tyr Leu Arg Tyr Gly Glu Arg Gln Leu 180 185 190 AGA CCC GCT GCT CCC ACC GTC TCC TTT ACC CGG CTG GGT GAC AGT AAG 624 Arg Pro Ala Ala Pro Thr Val Ser Phe Thr Arg Leu Gly Asp Ser Lys 195 200 205 AAG CTC TCC TGT GTG GCC ACT GGC TTC TAC CCT CAG TCT ATC GAG CTC 672 Lys Leu Ser Cys Val Ala Thr Gly Phe Tyr Pro Gln Ser Ile Glu Leu 210 215 220 AAA CTG CAC CGA GAT CAG GCA GCT GCC GAT GTG CCT TAT TCC AGT GGC 720 Lys Leu His Arg Asp Gln Ala Ala Ala Asp Val Pro Tyr Ser Ser Gly 225 230 235 240 GTC CGC CCC AAC CAC GAT GGC ACT TAC CAG ATG GAA AAA CAG ACC GAC 768 Val Arg Pro Asn His Asp Gly Thr Tyr Gln Met Glu Lys Gln Thr Asp 245 250 255 TTT GAA CCG AGC GAC CCG GCC AAG TTC TCC TGT GAG GTG GAT CAT GCC 816 Phe Glu Pro Ser Asp Pro Ala Lys Phe Ser Cys Glu Val Asp His Ala 260 265 270 GGG CTG AGC CAG AAA TTG GTG GTG TTT TAT GAA CCA AAA GCT GAC TCC 864 Gly Leu Ser Gln Lys Leu Val Val Phe Tyr Glu Pro Lys Ala Asp Ser 275 280 285 ATG CTC CCA GTT ATT ATT GGC ATT GTC ATT GCT GTC CTG GTG CTT GTC 912 Met Leu Pro Val Ile Ile Gly Ile Val Ile Ala Val Leu Val Leu Val 290 295 300 GCT CTC GCT GTT GTG GGT GTC GTC CTG TAC AGG AAG AAA GCA GGG CAA 960 Ala Leu Ala Val Val Gly Val Val Leu Tyr Arg Lys Lys Ala Gly Gln 305 310 315 320 AAG CCT GGC TAC AAT CCA GCA AAG ACT TCT GAT AGA GGG GAA TCC TCA 1008 Lys Pro Gly Tyr Asn Pro Ala Lys Thr Ser Asp Arg Gly Glu Ser Ser 325 330 335 TCA ACC TCT TCT GCC AAT GCC TAA 1032 Ser Thr Ser Ser Ala Asn Ala 340SEQ ID NO: 6 Sequence length: 1032 Sequence type: nucleic acid Number of strands: double-stranded Topology: linear Sequence type: cDNA to mRNA Origin Organism: Dog shark Sequence ATG CTG AGG TTT ATT CTA CTG ACC CTC CTC TAT GGA GGG GCC TCT GCA 48 Met Leu Arg Phe Ile Leu Leu Thr Leu Leu Tyr Gly Gly Ala Ser Ala 1 5 10 15 GGC TCT CAC TCT CTC CGG TAT TTC TAC ACA TCA ATG ACT CCG ATC TCC 96 Gly Ser His Ser Leu Arg Tyr Phe Tyr Thr Ser Met Thr Pro Ile Ser 20 25 30 GGT CTG CCA GAG TTT GTG ACA ATT GGT TAT GTG GAT GAG CTG GAG TTT 144 Gly Leu Pro Glu Phe Val Thr Ile Gly Tyr Val Asp Glu Leu Glu Phe 35 40 45 GTT CAT TAT GAC AGT GAT ATG AAG AAG ATG ATT CCC CGG CAG CGC TGG 192 Val His Tyr Asp Ser Asp Met Lys Lys Met Ile Pro Arg Gln Arg Trp 50 55 60 ATA GCG GAG AGT GTG GGG CCC GAT TAC TGG GAG CGG GAG ACA CAG AAC 240 Ile Ala Glu Ser Val Gly Pro Asp Tyr Trp Glu Arg Glu Thr Gln Asn 65 70 75 80 CTG CGG GGC GCG GAG CAG ATG GGA AAA GTC GAC ATT CAG ACT CTG ATG 288 Leu Arg Gly Ala Glu Gln Met Gly Lys Val Asp Ile Gln Thr Leu Met 85 90 95 ACG CGG ACC AAT CAG AGC GGC GGG ATC CAC GTC CTT CAG CAG ATG TAT 336 Thr Arg Thr Asn Gln Ser Gly Gly Ile His Val Leu Gln Gln Met Tyr 100 105 110 GGC TGT GAG CTG CGG GAG GAC GGC AGC ACC GGG GGA TTC TTT CGG GAC 384 Gly Cys Glu Leu Arg Glu Asp Gly Ser Thr Gly Gly Phe Phe Arg Asp 115 120 125 GGC TGG GAC GGG AAA GAC AGC ATC GTG TTC GAT AAG GAG CAC TTG AGG 432 Gly Trp Asp Gly Lys Asp Ser Ile Val Phe Asp Lys Glu His Leu Arg 130 135 140 TGG ATC GCA GTG GGA CAA TGG GCA GTG CTG ACC AAG GAG AAG TGG GAT 480 Trp Ile Ala Val Gly Gln Trp Ala Val Leu Thr Lys Glu Lys Trp Asp 145 150 155 160 AAG GAC CAG GGA TAC AAT CAG CAG TGG AAG GGT TAC CTG GAG GGA ATC 528 Lys Asp Gln Gly Tyr Asn Gln Gln Trp Lys Gly Tyr Leu Glu Gly Ile 165 170 175 TGC ATC GAG TGG CTG AAA AAA TAC CTG CGG TAT GGA GAG AGA CAA CTG 576 Cys Ile Glu Trp Leu Lys Lys Tyr Leu Arg Tyr Gly Glu Arg Gln Leu 180 185 190 AGA CCC GCT GCT CCC ACC GTC TCC TTT ACC CGG CTG GGT GAC AGT AAG 624 Arg Pr o Ala Ala Pro Thr Val Ser Phe Thr Arg Leu Gly Asp Ser Lys 195 200 205 AAG CTC TCC TGT GTG GCC ACT GGC TTC TAC CCT CAG TCT ATC GAG CTC 672 Lys Leu Ser Cys Val Ala Thr Gly Phe Tyr Pro Gln Ser Ile Glu Leu 210 215 220 AAA CTG CAC CGA GAT CAG GCA GCT GCC GAT GTG CCT TAT TCC AGT GGC 720 Lys Leu His Arg Asp Gln Ala Ala Ala Asp Val Pro Tyr Ser Ser Gly 225 230 235 240 GTC CGC CCC AAC CAC GAT GGC ACT TAC CAG ATG GAA AAA CAG ACC GAC 768 Val Arg Pro Asn His Asp Gly Thr Tyr Gln Met Glu Lys Gln Thr Asp 245 250 255 TTT GAA CCG AGC GAC CCG GCC AAG TTC TCC TGT GAG GTG GAT CAT GCC 816 Phe Glu Pro Ser Asp Pro Ala Lys Phe Ser Cys Glu Val Asp His Ala 260 265 270 GGG CTG AGC CAG AAA TTG GTG GTG TTT TAT GAA CCA AAA GCT GAC TCC 864 Gly Leu Ser Gln Lys Leu Val Val Phe Tyr Glu Pro Lys Ala Asp Ser 275 280 285 ATG CTC CCA GTT ATT ATT GGC ATT GTC ATT GCT GTC CTG GTG CTT GTC 912 Met Leu Pro Val Ile Ile Gly Ile Val Ile Ala Val Leu Val Leu Val 290 295 300 GCT CTC GCT GTT GTG GGT GTC GTC CTG TAC AGG AAG AAA GCA GGG C AA 960 Ala Leu Ala Val Val Gly Val Val Leu Tyr Arg Lys Lys Ala Gly Gln 305 310 315 320 AAG CCT GGC TAC AAT CCA GCA AAG ACT TCT GAT AGA GGG GAA TCC TCA 1008 Lys Pro Gly Tyr Asn Pro Ala Lys Thr Ser Asp Arg Gly Glu Ser Ser 325 330 335 TCA ACC TCT TCT GCC AAT GCC TAA 1032 Ser Thr Ser Ser Ala Asn Ala 340
【図1】サメのMHCクラスI抗原をコードする遺伝子
の塩基配列を表す図である。FIG. 1 is a view showing the nucleotide sequence of a gene encoding a shark MHC class I antigen.
【図2】サメ及び代表的な脊椎動物のおけるMHCクラ
スI抗原のアミノ酸配列を表す図である。FIG. 2 shows the amino acid sequences of MHC class I antigens in sharks and representative vertebrates.
【図3】サメ及び代表的な脊椎動物のおけるMHCクラ
スI抗原のアミノ酸配列を表す図である。FIG. 3 shows the amino acid sequences of MHC class I antigens in sharks and representative vertebrates.
【図4】サメ及び代表的な脊椎動物のおけるMHCクラ
スI抗原のアミノ酸配列を表す図である。FIG. 4 shows the amino acid sequences of MHC class I antigens in sharks and representative vertebrates.
【図5】サメ及び代表的な脊椎動物のおけるMHCクラ
スI抗原のアミノ酸配列を表す図である。FIG. 5 shows the amino acid sequence of MHC class I antigen in sharks and representative vertebrates.
【図6】サメ及び代表的な脊椎動物のおけるMHCクラ
スI抗原のアミノ酸配列を表す図である。FIG. 6 shows the amino acid sequence of MHC class I antigen in sharks and representative vertebrates.
───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (51)Int.Cl.6 識別記号 FI (C12N 15/09 ZNA C12R 1:91) ──────────────────────────────────────────────────の Continued on front page (51) Int.Cl. 6 Identification code FI (C12N 15/09 ZNA C12R 1:91)
Claims (12)
コードする遺伝子。 (a)配列番号1に記載のアミノ酸配列からなるタンパ
ク質 (b)配列番号1に記載のアミノ酸配列において、1若
しくは複数個のアミノ酸が欠失、置換若しくは付加され
たアミノ酸配列からなり、かつMHCクラスI抗原性を
有するタンパク質1. A gene encoding the following protein (a) or (b): (A) a protein consisting of the amino acid sequence of SEQ ID NO: 1; (b) an amino acid sequence of SEQ ID NO: 1 consisting of an amino acid sequence in which one or more amino acids have been deleted, substituted or added, and Protein with I antigenicity
コードする遺伝子。 (a)配列番号2に記載のアミノ酸配列からなるタンパ
ク質 (b)配列番号2に記載のアミノ酸配列において、1若
しくは複数個のアミノ酸が欠失、置換若しくは付加され
たアミノ酸配列からなり、かつMHCクラスI抗原性を
有するタンパク質2. A gene encoding the following protein (a) or (b): (A) a protein consisting of the amino acid sequence of SEQ ID NO: 2; (b) an amino acid sequence of SEQ ID NO: 2 consisting of an amino acid sequence in which one or more amino acids have been deleted, substituted or added; Protein with I antigenicity
コードする遺伝子。 (a)配列番号3に記載のアミノ酸配列からなるタンパ
ク質 (b)配列番号3に記載のアミノ酸配列において、1若
しくは複数個のアミノ酸が欠失、置換若しくは付加され
たアミノ酸配列からなり、かつMHCクラスI抗原性を
有するタンパク質3. A gene encoding the following protein (a) or (b): (A) a protein consisting of the amino acid sequence of SEQ ID NO: 3; (b) an amino acid sequence of SEQ ID NO: 3 consisting of an amino acid sequence in which one or more amino acids have been deleted, substituted or added, and Protein with I antigenicity
質。 (a)配列番号1に記載のアミノ酸配列からなるタンパ
ク質 (b)配列番号1に記載のアミノ酸配列において、1若
しくは複数個のアミノ酸が欠失、置換若しくは付加され
たアミノ酸配列からなり、かつMHCクラスI抗原性を
有するタンパク質4. A protein represented by the following (a) or (b): (A) a protein consisting of the amino acid sequence of SEQ ID NO: 1; (b) an amino acid sequence of SEQ ID NO: 1 consisting of an amino acid sequence in which one or more amino acids have been deleted, substituted or added, and Protein with I antigenicity
質。 (a)配列番号2に記載のアミノ酸配列からなるタンパ
ク質 (b)配列番号2に記載のアミノ酸配列において、1若
しくは複数個のアミノ酸が欠失、置換若しくは付加され
たアミノ酸配列からなり、かつMHCクラスI抗原性を
有するタンパク質5. A protein represented by the following (a) or (b): (A) a protein consisting of the amino acid sequence of SEQ ID NO: 2; (b) an amino acid sequence of SEQ ID NO: 2 consisting of an amino acid sequence in which one or more amino acids have been deleted, substituted or added; Protein with I antigenicity
質。 (a)配列番号3に記載のアミノ酸配列からなるタンパ
ク質 (b)配列番号3に記載のアミノ酸配列において、1若
しくは複数個のアミノ酸が欠失、置換若しくは付加され
たアミノ酸配列からなり、かつMHCクラスI抗原性を
有するタンパク質6. A protein represented by the following (a) or (b): (A) a protein consisting of the amino acid sequence of SEQ ID NO: 3; (b) an amino acid sequence of SEQ ID NO: 3 consisting of an amino acid sequence in which one or more amino acids have been deleted, substituted or added; Protein with I antigenicity
伝子の多型性を利用することを特徴とする、動物の識別
方法。7. A method for identifying an animal, comprising utilizing a polymorphism in a gene encoding a classic MHC antigen of the animal.
る、請求項7記載の識別方法。8. The identification method according to claim 7, wherein the animal is a fish.
いることを特徴とする、請求項8記載の識別方法。9. The identification method according to claim 8, wherein the gene according to claim 1, 2, or 3 is used.
用することを特徴とする、動物の識別方法。10. A method for identifying an animal, comprising utilizing a polymorphism of a classic MHC antigen of the animal.
る、請求項10記載の識別方法。11. The identification method according to claim 10, wherein the animal is a fish.
質を用いることを特徴とする請求項11記載の識別方
法。12. The identification method according to claim 11, wherein the protein according to claim 4, 5 or 6 is used.
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JP35375497A JP3448632B2 (en) | 1997-12-22 | 1997-12-22 | Gene encoding classical MHC class I antigen |
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JP35375497A Expired - Lifetime JP3448632B2 (en) | 1997-12-22 | 1997-12-22 | Gene encoding classical MHC class I antigen |
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Cited By (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN112813171A (en) * | 2020-12-17 | 2021-05-18 | 水利部中国科学院水工程生态研究所 | MHC gene primer for cupreous rotundifolia fish and application thereof |
-
1997
- 1997-12-22 JP JP35375497A patent/JP3448632B2/en not_active Expired - Lifetime
Cited By (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN112813171A (en) * | 2020-12-17 | 2021-05-18 | 水利部中国科学院水工程生态研究所 | MHC gene primer for cupreous rotundifolia fish and application thereof |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
JP3448632B2 (en) | 2003-09-22 |
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