JPH09508268A - 核酸の配列決定 - Google Patents
核酸の配列決定Info
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Abstract
Description
Claims (1)
- 【特許請求の範囲】 1.下記工程を含む、二本鎖核酸の集団を配列決定する方法 (a) その認識部位がその切断部位から離されている(転移されている:displa ced)ところの核酸のための所定のヌクレアーゼ認識配列を含む二本鎖オリゴヌ クレオチド配列を含むアダプターを該核酸にリゲートする、ここで該転位は、該 リゲーションの結果として、得られたリゲーション生成物中に切断部位(これは 、そこで切断すると、該核酸の一つの鎖から一又は複数の塩基の除去を結果する )を作るようなものである; (b) (a) からのリゲーション生成物を該ヌクレアーゼで切断して、不等の鎖長 の二本鎖生成物を作る; (c) (b) からの該生成物を、延びる(extending)一本鎖を有する二本鎖オリ ゴヌクレオチド配列を含むアダプターの集団とのリゲーションに付す、ここでア ダプターの該集団は、それらの延びる一本鎖内に、所定の数の塩基を構成する一 又は複数の塩基の順列、任意的に全ての可能な順列を有する分子を含み、かつこ こで各順列は、夫々のユニークなかつ検出可能な標識を備えられており、該集団 中の各アダプターは、その認識部位がその切断部位から離されているヌクレアー ゼのためのヌクレアーゼ認識配列を有し、該転位は、この工程(c) のリゲーショ ンの結果として、そこで開裂すると(b) からの該生成物の一つの鎖からの一又は 複数の塩基の除去を結果する を作るようなものである; (d) (c) からのリゲ ーション生成物を分離する; (e) (c) からの分離されたリゲーション生成物を(c) のヌクレアーゼで開裂し て、(c) のヌクレアーゼの認識部位を有するフラグメントの集団を作る; (f) (d) において分離されたリゲーション生成物により有される標識を分析す るか、又は(e) からのフラグメントにより有される標識を分析する;そして (g) 所望の配列を決定するのに必要な回数、工程(c)〜(f)を繰返す、但し、最 後の繰返しは任意的に工程(e)を省略する。 2.工程(a) の前に、核酸の上記集団を、次の工程で用いられるヌクレアーゼで 処理する、請求項1の方法。 3.各工程(c) で用いられるヌクレアーゼが、工程(a) で用いられるヌクレアー ゼと同じでない、請求項1又は2の方法。 4.上記アダプターがオリゴヌクレオチドである、請求項1〜3のいずれか一つ の方法。 5.上記核酸が固定化される請求項1〜4のいずれか一つの方法。 6.固定化が、工程(f) の分析を走査、任意的に蛍光走査により行うことを許す 平らな基体を用いて行なわれる、請求項5の方法。 7.上記基体がプレート又はフィルムである、請求項6の方法。 8.上記アダプターが、少なくとも二つの異なる上記ヌクレアーゼ認識配列を含 む2本鎖オリゴヌクレオチド配列を有する少なくともいくつかのアダプターであ る、請求項1〜7のいずれか一つの方法。 9.少くとも幾分知られた配列を有する又は備えられた一本鎖核酸を配列決定す る方法であって、下記の工程を含む方法 (a) 該核酸中の決定されるべき未知の配列に極近接した該既知配列にオリゴヌ クレオチドプライマーをアニーリングする; (b) 未知配列に極近接する該オリゴヌクレオチドの末端を、リゲートされるそ の末端に位置するところの所定の数の塩基の全ての可能な順列を含むオリゴヌク レオチド配列を有する標識されたアダプターの集団とのリゲーションに付す、こ こで該集団のアダプターは、所望により、同時に、予め選択された群で、又は一 つづつ用いられる; (c) (b) でリゲートされた該集団から特定のアダプターを検出する; (d) 該一以上の所定の塩基を除き該特定のリゲートされたアダプターの全てを 除去し、それにより、得た生成物の二本鎖領域を延長する;そして (e) 未知配列を決定するために必要な程度に工程 (b)〜(d) を繰返す、但し最 終の繰返しは所望により工程(d) を省略する。 10.上記アダプターがオリゴヌクレオチドである、請求項9の方法。 11.各工程(d) が、アダプターオリゴヌクレオチド配列にホスホチオネート結合 を編入する(それにより、エキソヌクレアーゼが該アダプターを切断できて、上 記所定の数の塩基を残す)ことによって促進される、請求項9又は10の方法。 12.上記アダプターが固定化され、その際任意的に、走査たとえば蛍光走査によ る工程(c) 検出を可能にする平らな基体を用いる、請求項9〜11のいずれか一つ の方法。 13.核酸の配列決定において、その切断部位から離されている(displaced)認 識部位を有するヌクレアーゼを用いる方法。 14.核酸を配列決定するためのキットにおいて、その切断部位から離されている 認識部位を有する少なくとも一つのヌクレアーゼ、及び/又は、延長する(exte nding)鎖中に1以上の所定の塩基を、及びその切断部位から離されている認識 部位を有するヌクレアーゼのための認識部位を含む二本鎖部分を有する不等長の 鎖がある二本鎖オリゴヌクレオチド集団を含むところのキット。 15.請求項1記載の方法の実施のための指示書をも含む、請求項14のキット。 16.上記オリゴヌクレオチドが少なくとも2つの異なる上記認識部位を有する請 求項14又は15のキット。 17.核酸を配列決定するためのキットにおいて、その末端に所定の数の塩基を含 む1本鎖オリゴヌクレオチド配列を有する標識されたアダプターを含み、ここで 該アダプターの標識は、それらの夫々の所定の塩基に対して特異的であるところ のキット。 18.請求項9の方法の実施のための指示書をも含む請求項17のキット。 19.その認識部位がその切断部位から離されているヌクレアーゼのための所定の ヌクレアーゼ認識部位を含む2本鎖オリゴヌクレオチド配列を含むアダプター分 子であって、請求項1の方法のために用いられるアダプター分子。 20.少なくとも2つの異なる上記認識部位を含む請求項19のアダプター分子。 21.所定の1又は複数の塩基を含む延長する一本鎖を有する2本鎖オリゴヌクレ オチド配列を含むアダプター分子において、該分子が、その認識部位が切断部位 から離されているところのヌクレアーゼのためのヌクレアーゼ認識配列及び各所 定の塩基(1又は複数)に対して特異的な標識をも含み、好ましくは該分子が請 求項の方法のために用いられるものであるところの、アダプター分子。 22.少なくとも2つの異なる上記認識配列を含む、請求項21のアダプター分子。 23.その末端に所定の1又は複数のを含む1本鎖オリゴヌクレオチド配列を含む アダプター分子において、該分子がさらに各所定の塩基(1又は複数)に対して 特異的な標識を含み、該分子が請求項9の方法において用いられるものであるア ダプター分子。 24.一度に所定の数の塩基を核酸の配列から逐次に除去すること(ここで所定の 塩基除去の各工程から残った生成物は、該塩基に対し特異的でありかつオリゴヌ クレオチド配列を含む標識されたアダプターにリゲートされる)、又はプライマ ーを配列決定される核酸にハイブリダイズし、そして該プライマーを一度に所定 の数の塩基だけ逐次延長すること(ここで該加えられる塩基は配列決定される核 酸中の塩基に相補的であり、該塩基付加工程の各々は、該塩基に対し特異的であ りかつ該所定の塩基を含むオリゴヌクレオチド配列を含む標識されたアダプター の使用により達成される)を含み;いずれの場合にも該標識されたアダプターの 標識はその夫々の所定の塩基に対し特異的であるところの、核酸を配列決定する 方法。 25.標識されたアダプターがオリゴヌクレオチドである請求項24の方法。 26.上記アダプターが固定化され、かつ該方法が上記プライマーを逐次延長する ことにより進行する請求項24、又は25の方法。 27.該方法が、配列決定される上記核酸から塩基を逐次除去すること、及び塩基 除去の初めの工程の前に上記核酸が制限エントヌクレアーゼの作用に付される請 求項24又は25の方法。 28.核酸の集団が同時に配列決定される請求項24〜27のいずれか一つの方法。 29.核酸の上記集団が固定化される請求項28の方法。 30.不規則な形状のビーズ又は他の不規則な形状の物理的支持体を用い、これに 核酸を結合させることによる、核酸を整理する方法。
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