JP7162600B2 - 免疫療法に対する応答を予測する方法 - Google Patents
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Description
本出願は、2017年2月6日に出願された米国仮特許出願第62/455,337号、および2017年11月27日に出願された米国仮特許出願第62/591,057号の優先権の利益を主張するものであり、どちらも参照によりここにその全体を組み込まれる。
(A)がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料をスコアリングすることであって、
がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料を使用して、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を表す相互作用スコアを決定し、相互作用スコアを記録することであって、少なくとも一対の細胞の第一のメンバーがPD-1を発現し、少なくとも一対の細胞の第二のメンバーがPD-L1を発現することを含むこと、
(B)HLA-DR+IDO-1+を発現する試料の視野にあるすべてのHLA-DR陽性細胞についてバイオマーカー陽性%(PBP)の値を導出し、PBPの値を記録すること、ならびに
(C)相互作用スコアを第一の閾値と比較し、PBPの値を第二の閾値と比較すること、を含み、
(1)相互作用スコアが第一の閾値以上であるか、もしくはPBPの値が第二の閾値以上であるかのどちらかであるか、または(2)相互作用スコアが第一の閾値以上であり、かつPBPの値が第二の閾値以上である場合に、がん患者は、免疫療法に対して陽性に応答する可能性が高い。
いくつかの実施形態では、相互作用スコアが第一の閾値以上であるか、またはPBPの値が第二の閾値以上であるかのどちらかの場合に、がん患者は、免疫療法に対して陽性に応答する可能性が高い。いくつかの実施形態では、相互作用スコアが第一の閾値以上であり、かつPBPの値が第二の閾値以上である場合に、がん患者は、免疫療法に対して陽性に応答する可能性が高い。いくつかの実施形態では、免疫療法は、PD-1および/またはPD-L1系を標的とする。いくつかの実施形態では、免疫療法は、抗PD-1治療、抗PD-L1治療、IDO-1阻害治療、またはそれらの組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、空間的近接は、ピクセルスケールで評価される。いくつかの実施形態では、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接は、約1ピクセルから約100ピクセルまでに及ぶ。いくつかの実施形態では、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接は、約0.5μmから約50μmまでに及ぶ。いくつかの実施形態では、第一の閾値は、約500から約5000までに及ぶ。いくつかの実施形態では、第一の閾値は、約900プラスまたはマイナス100である。いくつかの実施形態では、第二の閾値は、約2%から約10%までに及ぶ。いくつかの実施形態では、第二の閾値は、約5%プラスまたはマイナス1%である。いくつかの実施形態では、がん患者は、黒色腫がん患者または肺がん患者である。いくつかの実施形態では、がん患者は、黒色腫がん患者である。いくつかの実施形態では、がん患者は、非小細胞肺がん患者である。
(A)腫瘍組織を含む試料から利用できる所定の数の視野に存在する複数の細胞の中から選択される、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を表すスコアを決定することであって、試料ががん患者から採取され、本方法は、
がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料から利用できる所定の数の視野を選択することであって、試料が、複数の蛍光タグにより染色され、選択は、他の視野に比べてPD-L1を発現する細胞をさらに数多く含有する視野を選択するように付勢されること、
選択された各視野について、PD-1を発現する近位に位置する細胞を包囲するのに十分なマージンをとって、PD-L1に起因する蛍光シグナルを拡張すること、
選択された各視野に由来するすべての細胞についての第一の総面積を、正規化因子で除算すること、および結果として得られた商を所定の因子によって乗算して、空間近接スコアを得ることであって、すべての細胞が、PD-1を発現し、かつPD-L1を発現する細胞に起因する拡張された蛍光シグナルの中に包囲されること、ならびに
空間的近接スコアを記録すること、を含むこと、
(B)HLA-DR+IDO-1+を発現する視野に存在するすべてのHLA-DR+細胞についてバイオマーカー陽性%(PBP)の値を導出することであって、
視野に存在するすべての細胞の核を表す第一の蛍光シグナルの画像を生成すること、および第一の蛍光シグナルを細胞全体のシグナルの直径に拡張して、視野に存在するすべての細胞の第一のマスクを構築すること、
HLA-DR+を発現する視野に存在するすべての範囲を表す第二の蛍光シグナルの第二のマスクを構築すること、
IDO-1+を発現する視野に存在するすべての範囲を表す第三の蛍光シグナルの第三のマスクを構築すること、
HLA-DR+も発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第四のマスクを提供する方法で、前述の第一のマスクと第二のマスクとを組み合わせること、
IDO-1+も発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第五のマスクを提供する方法で、前述の第一のマスクと第三のマスクとを組み合わせること、
HLA-DR+およびIDO-1+を発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第六のマスクを提供する方法で、前述の第四のマスクと第五のマスクとを組み合わせること、
第六のマスクの総面積を第四のマスクの総面積で除算することによって、HLA-DR+IDO-1+を発現する視野に存在するすべての細胞についてPBPの値を導出すること、ならびに
PBPの値を記録すること、を含むこと、ならびに、
(C)空間的近接スコアを第一の閾値と比較し、PBPの値を第二の閾値と比較すること、を含み、
(1)空間的近接スコアが第一の閾値以上であるか、もしくはPBPの値が第二の閾値以上であるかのどちらかであるか、または(2)空間的近接スコアが第一の閾値以上であり、かつPBPの値が第二の閾値以上である場合に、がん患者は、免疫療法に対して陽性に応答する可能性が高い。
いくつかの実施形態では、空間的近接スコアが第一の値の閾値以上であるか、もしくはPBPの値が第二の閾値以上であるかのどちらかである場合に、がん患者は、免疫療法に対して陽性に応答する可能性が高い。いくつかの実施形態では、空間的近接スコアが第一の閾値以上であり、かつPBPの値が前述の第二の閾値以上である場合に、がん患者は、免疫療法に対して陽性に応答する可能性が高い。いくつかの実施形態では、免疫療法は、PD-1および/またはPD-L1系を標的とする。いくつかの実施形態では、免疫療法は、抗PD-1治療、抗PD-L1治療、抗IDO-1治療、またはそれらの組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、ステップ(B)由来の第四のマスクの総面積および第六のマスクの総面積は、ピクセルで測定される。いくつかの実施形態では、空間的近接は、ピクセルスケールで評価される。いくつかの実施形態では、各蛍光タグは、特定のバイオマーカーに対するものである。いくつかの実施形態では、複数の蛍光タグは、PD-1のための第一の蛍光タグおよびPD-L1の第二の蛍光タグを含む。いくつかの実施形態では、マージンは、約1から約100ピクセルまでに及ぶ。いくつかの実施形態では、PD-L1を発現する近位に位置する細胞は、PD-1を発現する細胞の形質膜の約0.5から約50μm以内にある。いくつかの実施形態では、ステップ(A)由来の選択された各視野由来のすべての細胞についての第一の総面積は、ピクセルで測定される。いくつかの実施形態では、正規化因子とは、選択された各視野由来のすべての非腫瘍細胞についての第二の総面積である。いくつかの実施形態では、所定の因子は104である。いくつかの実施形態では、第一の閾値は、約500から約5000までに及ぶ。いくつかの実施形態では、第一の閾値は、約900プラスまたはマイナス100である。いくつかの実施形態では、空間的近接スコア(SPS)は、以下の式によって決定され、
式中、AIは、総相互作用面積(PD-1を発現し、かつPD-L1を発現する細胞に起因する拡張された蛍光シグナルによって包囲される、細胞の総面積)であり、ACは、PD-1を発現する能力を有する細胞の総面積である。いくつかの実施形態では、第二の閾値は、約2%から約10%までに及ぶ。いくつかの実施形態では、第二の閾値は、約5%プラスまたはマイナス1%である。いくつかの実施形態では、がん患者は、黒色腫がん患者または肺がん患者である。いくつかの実施形態では、がん患者は、黒色腫がん患者である。いくつかの実施形態では、がん患者は、非小細胞肺がん患者である。
(A)腫瘍組織を含む試料から利用できる所定の数の視野に存在する複数の細胞の中から選択される、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を表すスコアを決定することであって、試料ががん患者から採取され、本方法は、
がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料から利用できる所定の数の視野を選択することであって、試料は、複数の蛍光タグにより染色され、選択は、他の視野に比べてPD-L1を発現する細胞をさらに数多く含有する視野を選択するように付勢されること、
選択された各視野について、PD-1を発現する近位に位置する細胞を包含するのに十分なマージンをとって、PD-L1に起因する蛍光シグナルを拡張すること、
選択された各視野に由来するすべての細胞に対する第一の総面積を、正規化因子で除算すること、および結果として得られた商を所定の因子によって乗算して、空間近接スコアを得ることであって、細胞が、PD-L1を発現し、かつPD-1を発現する細胞に起因する拡張された蛍光シグナルの中に包囲されること、ならびに
空間的近接スコアを記録すること、を含むこと、
(B)HLA-DR+IDO-1+を発現する視野に存在するすべてのHLA-DR+細胞についてバイオマーカー陽性%(PBP)の値を導出することであって、
視野に存在するすべての細胞の核を表す第一の蛍光シグナルの画像を生成すること、および第一の蛍光シグナルを細胞全体のシグナルの直径に拡張して、視野に存在するすべての細胞の第一のマスクを構築すること、
HLA-DR+を発現する視野に存在するすべての範囲を表す第二の蛍光シグナルの第二のマスクを構築すること、
IDO-1+を発現する視野に存在するすべての範囲を表す第三の蛍光シグナルの第三のマスクを構築すること、
HLA-DR+も発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第四のマスクを提供する方法で、前述の第一のマスクと第二のマスクとを組み合わせること、
IDO-1+も発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第五のマスクを提供する方法で、前述の第一のマスクと第三のマスクとを組み合わせること、
HLA-DR+およびIDO-1+を発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第六のマスクを提供する方法で、前述の第四のマスクと第五のマスクとを組み合わせること、
第六のマスクの総面積を第四のマスクの総面積で除算することによって、HLA-DR+IDO-1+を発現する視野に存在するすべての細胞についてPBPの値を導出すること、ならびに
PBPの値を記録すること、を含むこと、ならびに、
(C)空間的近接スコアを第一の閾値と比較し、PBPの値を第二の閾値と比較すること、を含み、
(1)空間的近接スコアが第一の値の閾値以上であるか、もしくはPBPの値が第二の閾値以上であるかのどちらかであるか、または(2)空間的近接スコアが第一の閾値以上であり、かつPBPの値が第二の閾値以上である場合に、がん患者は、免疫療法に対して陽性に応答する可能性が高い。
いくつかの実施形態では、空間的近接スコアが第一の値の閾値以上であるか、もしくはPBPの値が第二の閾値以上であるかのどちらかである場合に、がん患者は、免疫療法に対して陽性に応答する可能性が高い。いくつかの実施形態では、空間的近接スコアが第一の閾値以上であり、かつPBPの値が前述の第二の閾値以上である場合に、がん患者は、免疫療法に対して陽性に応答する可能性が高い。いくつかの実施形態では、免疫療法は、PD-1および/またはPD-L1系を標的とする。いくつかの実施形態では、免疫療法は、抗PD-1治療、抗PD-L1治療、抗IDO-1治療、またはそれらの組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、ステップ(B)由来の第四のマスクの総面積および第六のマスクの総面積は、ピクセルで測定される。いくつかの実施形態では、空間的近接は、ピクセルスケールで評価される。いくつかの実施形態では、各蛍光タグは、特定のバイオマーカーに対するものである。いくつかの実施形態では、複数の蛍光タグは、PD-1のための第一の蛍光タグおよびPD-L1の第二の蛍光タグを含む。いくつかの実施形態では、マージンは、約1から約100ピクセルまでに及ぶ。いくつかの実施形態では、PD-L1を発現する近位に位置する細胞は、PD-1を発現する細胞の形質膜の約0.5から約50μm以内にある。いくつかの実施形態では、ステップ(A)由来の選択された各視野由来のすべての細胞についての第一の総面積は、ピクセルで測定される。いくつかの実施形態では、正規化因子とは、選択された各視野由来のすべての非腫瘍細胞についての第二の総面積である。いくつかの実施形態では、所定の因子は104である。いくつかの実施形態では、第一の閾値は、約500から約5000までに及ぶ。いくつかの実施形態では、第一の閾値は、約900プラスまたはマイナス100である。いくつかの実施形態では、空間的近接スコア(SPS)は、以下の式によって決定され、
式中、AIは、総相互作用領域(PD-L1を発現し、かつPD-1を発現する細胞に起因する拡張された蛍光シグナルによって包囲される、細胞の総面積)であり、ACは、PD-L1を発現する能力を有する細胞の総面積である。いくつかの実施形態では、第二の閾値は、約2%から約10%までに及ぶ。いくつかの実施形態では、第二の閾値は、約5%プラスまたはマイナス1%である。いくつかの実施形態では、がん患者は、黒色腫がん患者または肺がん患者である。いくつかの実施形態では、がん患者は、黒色腫がん患者である。いくつかの実施形態では、がん患者は、非小細胞肺がん患者である。
(A)がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料をスコアリングすることであって、
がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料を使用して、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を表す相互作用スコアを決定し、相互作用スコアを記録することであって、少なくとも一対の細胞の第一のメンバーがPD-1を発現し、少なくとも一対の細胞の第二のメンバーがPD-L1を発現することを含むこと、
(B)試料の視野にあるすべてのバイオマーカー陽性細胞についてバイオマーカー陽性%(PBP)の値を導出し、PBPの値を記録すること、および
(C)相互作用スコアを第一の閾値と比較し、PBPの値を第二の閾値と比較すること、を含み、
(1)相互作用スコアが第一の閾値以上であるか、もしくはPBPの値が第二の閾値以上であるかのどちらかであるか、または(2)相互作用スコアが第一の閾値以上であり、かつPBPの値が第二の閾値以上である場合に、がん患者は、免疫療法に対して陽性に応答する可能性が高い。
いくつかの実施形態では、相互作用スコアが第一の閾値以上であるか、またはPBPの値が第二の閾値以上であるかのどちらかの場合に、がん患者は、免疫療法に対して陽性に応答する可能性が高い。いくつかの実施形態では、相互作用スコアが第一の閾値以上であり、かつPBPの値が第二の閾値以上である場合に、がん患者は、免疫療法に対して陽性に応答する可能性が高い。いくつかの実施形態では、免疫療法は、PD-1および/またはPD-L1系を標的とする。いくつかの実施形態では、免疫療法は、抗PD-1治療、抗PD-L1治療、IDO-1阻害治療、またはそれらの組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、空間的近接は、ピクセルスケールで評価される。いくつかの実施形態では、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接は、約1ピクセルから約100ピクセルまでに及ぶ。いくつかの実施形態では、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接は、約0.5μmから約50μmまでに及ぶ。いくつかの実施形態では、第一の閾値は、約500から約5000までに及ぶ。いくつかの実施形態では、第一の閾値は、約900プラスまたはマイナス100である。いくつかの実施形態では、第二の閾値は、約2%から約10%までに及ぶ。いくつかの実施形態では、第二の閾値は、約5%プラスまたはマイナス1%である。いくつかの実施形態では、がん患者は、黒色腫がん患者または肺がん患者である。いくつかの実施形態では、がん患者は、黒色腫がん患者である。いくつかの実施形態では、がん患者は、非小細胞肺がん患者である。いくつかの実施形態では、ステップ(B)のバイオマーカーは、CD11b、HLA-DR、アルギナーゼ1、IDO-1、CD25、Foxp3、グランザイムB、CD56、CD68、CD163、Ki67、Tim3、Lag3、CD4、CD8、およびそれらのうちの二つ以上の組み合わせから選択される。いくつかの実施形態では、ステップ(B)のバイオマーカーは、CD11b、HLA-DR、アルギナーゼ1、IDO-1、CD25、FoxP3、グランザイムB、CD56、CD68、CD163、Ki67、Tim3、Lag3、およびそれらのうちの二つ以上の組み合わせから選択される。
(A)がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料をスコアリングすることであって、
がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料を使用して、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を表す相互作用スコアを決定し、相互作用スコアを記録することであって、少なくとも一対の細胞の第一のメンバーがPD-1を発現し、少なくとも一対の細胞の第二のメンバーがPD-L1を発現することを含むこと、
(B)試料の視野にあるすべてのバイオマーカー陽性細胞についてバイオマーカー陽性%(PBP)の値を導出し、PBPの値を記録すること、および
(C)相互作用スコアを第一の閾値と比較し、PBPの値を第二の閾値と比較すること、を含み、
(1)相互作用スコアが第一の閾値以上であるか、もしくはPBPの値が第二の閾値以上であるかのどちらかであるか、または(2)相互作用スコアが第一の閾値以上であり、かつPBPの値が第二の閾値以上である場合に、がん患者は、アジュバント化学療法に対して陽性に応答する可能性が高い。
いくつかの実施形態では、相互作用スコアが第一の閾値以上であるか、またはPBPの値が第二の閾値以上であるかのどちらかである場合に、がん患者は、アジュバント化学療法に対して陽性に応答する可能性が高い。いくつかの実施形態では、相互作用スコアが第一の閾値以上であり、かつPBPの値が第二の閾値以上である場合に、がん患者はアジュバント化学療法に対して陽性に応答する可能性が高い。いくつかの実施形態では、アジュバント化学療法は、PD-1および/またはPD-L1系を標的とする。いくつかの実施形態では、アジュバント化学療法は、抗PD-1治療、抗PD-L1治療、IDO-1阻害療法、またはそれらの組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、空間的近接は、ピクセルスケールで評価される。いくつかの実施形態では、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接は、約1ピクセルから約100ピクセルまでに及ぶ。いくつかの実施形態では、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接は、約0.5μmから約50μmまでに及ぶ。いくつかの実施形態では、第一の閾値は、約500から約5000までに及ぶ。いくつかの実施形態では、第一の閾値は、約700プラスまたはマイナス100である。いくつかの実施形態では、第二の閾値は、約2%から約10%までに及ぶ。いくつかの実施形態では、第二の閾値は、約5%プラスまたはマイナス1%である。いくつかの実施形態では、がん患者は、黒色腫がん患者または肺がん患者である。いくつかの実施形態では、がん患者は、黒色腫がん患者である。いくつかの実施形態では、がん患者は、非小細胞肺がん患者である。いくつかの実施形態では、ステップ(B)のバイオマーカーは、CD11b、HLA-DR、アルギナーゼ1、IDO-1、CD25、FoxP3、グランザイムB、CD56、CD68、CD163、Ki67、Tim3、Lag3、CD4、CD8、およびそれらのうちの二つ以上の組み合わせから選択される。いくつかの実施形態では、ステップ(B)のバイオマーカーは、CD11b、HLA-DR、アルギナーゼ1、IDO-1、CD25、FoxP3、グランザイムB、CD56、CD68、CD163、Ki67、Tim3、Lag3、およびそれらのうちの二つ以上の組み合わせから選択される。
(A)本明細書に開示される方法を使用して、患者が免疫療法に対して陽性に応答する可能性を予測すること、および
(B)患者が免疫療法に対して陽性に応答する可能性が高い場合に、免疫療法を患者に投与すること、を含む。
(A)本明細書に開示される方法を使用して、患者がアジュバント化学療法に対して陽性に応答する可能性を予測すること、および
(B)患者がアジュバント化学療法に対して陽性に応答する可能性が高い場合に、アジュバント化学療法を患者に投与すること、を含む。
(A)がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料をスコアリングすることであって、
がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料を使用して、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を表す相互作用スコアを決定し、相互作用スコアを記録することであって、少なくとも一対の細胞の第一のメンバーがPD-1を発現し、少なくとも一対の細胞の第二のメンバーがPD-L1を発現することを含むこと、
(B)HLA-DR+IDO-1+を発現する試料の視野にあるすべてのHLA-DR陽性細胞についてバイオマーカー陽性%(PBP)の値を導出し、PBPの値を記録すること、ならびに
(C)相互作用スコアを第一の閾値と比較し、PBPの値を第二の閾値と比較すること、を含み、
(1)相互作用スコアが第一の閾値以上であるか、もしくはPBPの値が第二の閾値以上であるかのどちらかであるか、または(2)相互作用スコアが第一の閾値以上であり、かつPBPの値が第二の閾値以上である場合に、がん患者は、免疫療法から利益を得る可能性が高い。
いくつかの実施形態では、相互作用スコアが第一の閾値以上であるか、またはPBPの値が第二の閾値以上である場合に、がん患者は、免疫療法から利益を得る可能性が高い。いくつかの実施形態では、相互作用スコアが第一の閾値以上であり、かつPBPの値が第二の閾値より以上である場合に、がん患者は、免疫療法から利益を得る可能性が高い。いくつかの実施形態では、免疫療法は、PD-1および/またはPD-L1系を標的とする。いくつかの実施形態では、免疫療法は、抗PD-1治療、抗PD-L1治療、IDO-1阻害治療、またはそれらの組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、空間的近接は、ピクセルスケールで評価される。いくつかの実施形態では、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接は、約1ピクセルから約100ピクセルまでに及ぶ。いくつかの実施形態では、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接は、約0.5μmから約50μmまでに及ぶ。いくつかの実施形態では、第一の閾値は、約500から約5000までに及ぶ。いくつかの実施形態では、第一の閾値は、約900プラスまたはマイナス100である。いくつかの実施形態では、第二の閾値は、約2%から約10%までに及ぶ。いくつかの実施形態では、第二の閾値は、約5%プラスまたはマイナス1%である。いくつかの実施形態では、がん患者は、黒色腫がん患者または肺がん患者である。いくつかの実施形態では、がん患者は、黒色腫がん患者である。
(A)腫瘍組織を含む試料から利用できる所定の数の視野に存在する複数の細胞の中から選択される、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を表すスコアを決定することであって、試料ががん患者から採取され、本方法は、
がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料から利用できる所定の数の視野を選択することであって、試料が、複数の蛍光タグにより染色され、選択は、他の視野に比べてPD-L1を発現する細胞をさらに数多く含有する視野を選択するように付勢されること、
選択された各視野について、PD-1を発現する近位に位置する細胞を包囲するのに十分なマージンをとって、PD-L1に起因する蛍光シグナルを拡張すること、
選択された各視野に由来するすべての細胞に対する第一の総面積を、正規化因子で除算すること、および結果として得られた商を所定の因子によって乗算して、空間的近接スコアを得ることであって、すべての細胞が、PD-1を発現し、かつPD-L1を発現する細胞に起因する拡張された蛍光シグナルの中に包囲されること、ならびに
空間的近接スコアを記録すること、を含むこと、
(B)HLA-DR+IDO-1+を発現する視野に存在するすべてのHLA-DR+細胞についてバイオマーカー陽性%(PBP)の値を導出することであって、
視野に存在するすべての細胞の核を表す第一の蛍光シグナルの画像を生成すること、および第一の蛍光シグナルを細胞全体のシグナルの直径に拡張して、視野に存在するすべての細胞の第一のマスクを構築すること、
HLA-DR+を発現する視野に存在するすべての範囲を表す第二の蛍光シグナルの第二のマスクを構築すること、
IDO-1+を発現する視野に存在するすべての範囲を表す第三の蛍光シグナルの第三のマスクを構築すること、
HLA-DR+も発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第四のマスクを提供する方法で、前述の第一のマスクと第二のマスクとを組み合わせること、
IDO-1+も発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第五のマスクを提供する方法で、前述の第一のマスクと第三のマスクとを組み合わせること、
HLA-DR+およびIDO-1+を発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第六のマスクを提供する方法で、前述の第四のマスクと第五のマスクとを組み合わせること、
第六のマスクの総面積を第四のマスクの総面積で除算することによって、HLA-DR+IDO-1+を発現する視野に存在するすべての細胞についてPBPの値を導出すること、ならびに
PBPの値を記録すること、を含むこと、ならびに、
(C)空間的近接スコアを第一の閾値と比較し、PBPの値を第二の閾値と比較すること、を含み、
(1)空間的近接スコアが第一の閾値以上であるか、もしくはPBPの値が第二の閾値以上であるかのどちらかであるか、または(2)空間的近接スコアが第一の閾値以上であり、かつPBPの値が第二の閾値以上である場合に、がん患者は、免疫療法から利益を得る可能性が高い。
いくつかの実施形態では、空間的近接スコアが第一の閾値以上であるか、またはPBPの値が第二の閾値以上であるかのどちらかである場合に、がん患者は、免疫療法から利益を得る可能性が高い。いくつかの実施形態では、空間的近接スコアが第一の閾値以上であり、かつPBPの値が第二の閾値以上である場合に、がん患者は、免疫療法から利益を得る可能性が高い。いくつかの実施形態では、免疫療法は、PD-1および/またはPD-L1系を標的とする。いくつかの実施形態では、免疫療法は、抗PD-1治療、抗PD-L1治療、抗IDO-1治療、またはそれらの組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、ステップ(B)由来の第四のマスクの総面積および第六のマスクの総面積は、ピクセルで測定される。いくつかの実施形態では、空間的近接は、ピクセルスケールで評価される。いくつかの実施形態では、各蛍光タグは、特定のバイオマーカーに対するものである。いくつかの実施形態では、複数の蛍光タグは、PD-1のための第一の蛍光タグおよびPD-L1の第二の蛍光タグを含む。いくつかの実施形態では、マージンは、約1から約100ピクセルまでに及ぶ。いくつかの実施形態では、PD-L1を発現する近位に位置する細胞は、PD-1を発現する細胞の形質膜の約0.5から約50μm以内にある。いくつかの実施形態では、ステップ(A)由来の選択された各視野由来のすべての細胞についての第一の総面積は、ピクセルで測定される。いくつかの実施形態では、正規化因子とは、選択された各視野由来のすべての非腫瘍細胞についての第二の総面積である。いくつかの実施形態では、所定の因子は104である。いくつかの実施形態では、第一の閾値は、約500から約5000までに及ぶ。いくつかの実施形態では、第一の閾値は、約900プラスまたはマイナス100である。いくつかの実施形態では、空間的近接スコア(SPS)は、以下の式によって決定され、
式中、AIは、総相互作用面積(PD-1を発現し、かつPD-L1を発現する細胞に起因する拡張された蛍光シグナルによって包囲される、細胞の総面積)であり、AC は、PD-1を発現する能力を有する細胞の総面積である。いくつかの実施形態では、第二の閾値は、約2%から約10%までに及ぶ。いくつかの実施形態では、第二の閾値は、約5%プラスまたはマイナス1%である。いくつかの実施形態では、がん患者は、黒色腫がん患者または肺がん患者である。いくつかの実施形態では、がん患者は、黒色腫がん患者である。
(A)がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料をスコアリングすることであって、
がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料を使用して、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を表す相互作用スコアを決定し、相互作用スコアを記録することであって、少なくとも一対の細胞の第一のメンバーがPD-1を発現し、少なくとも一対の細胞の第二のメンバーがPD-L1を発現することを含むこと、
(B)試料の視野にあるすべてのバイオマーカー陽性細胞についてバイオマーカー陽性%(PBP)の値を導出し、PBPの値を記録すること、および
(C)相互作用スコアを第一の閾値と比較し、PBPの値を第二の閾値と比較すること、を含み、
(1)相互作用スコアが第一の閾値以上であるか、もしくはPBPの値が第二の閾値以上であるかのどちらかであるか、または(2)相互作用スコアが第一の閾値以上であり、かつPBPの値が第二の閾値以上である場合に、がん患者は、アジュバント化学療法から利益を得る可能性が高い。
いくつかの実施形態では、相互作用スコアが第一の閾値以上であるか、またはPBPの値が第二の閾値以上であるかのどちらかである場合に、がん患者は、アジュバント化学療法から利益を得る可能性が高い。いくつかの実施形態では、相互作用スコアが第一の閾値以上であり、かつPBPの値が第二の閾値以上である場合に、がん患者は、アジュバント化学療法から利益を得る可能性が高い。いくつかの実施形態では、アジュバント化学療法は、PD-1および/またはPD-L1系を標的とする。いくつかの実施形態では、アジュバント化学療法は、抗PD-1治療、抗PD-L1治療、IDO-1阻害療法、またはそれらの組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、空間的近接は、ピクセルスケールで評価される。いくつかの実施形態では、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接は、約1ピクセルから約100ピクセルまでに及ぶ。いくつかの実施形態では、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接は、約0.5μmから約50μmまでに及ぶ。いくつかの実施形態では、第一の閾値は、約500から約5000までに及ぶ。いくつかの実施形態では、第一の閾値は、約700プラスまたはマイナス100である。いくつかの実施形態では、第二の閾値は、約2%から約10%までに及ぶ。いくつかの実施形態では、第二の閾値は、約5%プラスまたはマイナス1%である。いくつかの実施形態では、がん患者は、黒色腫がん患者または肺がん患者である。いくつかの実施形態では、がん患者は、黒色腫がん患者である。いくつかの実施形態では、がん患者は、非小細胞肺がん患者である。いくつかの実施形態では、ステップ(B)のバイオマーカーは、CD11b、HLA-DR、アルギナーゼ1、IDO-1、CD25、FoxP3、グランザイムB、CD56、CD68、CD163、Ki67、Tim3、Lag3、CD4、CD8、およびそれらのうちの二つ以上の組み合わせから選択される。いくつかの実施形態では、ステップ(B)のバイオマーカーは、CD11b、HLA-DR、アルギナーゼ1、IDO-1、CD25、FoxP3、グランザイムB、CD56、CD68、CD163、Ki67、Tim3、Lag3、およびそれらのうちの二つ以上の組み合わせから選択される。
(A)がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料をスコアリングすることであって、以下を含むこと:がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料を使用して、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を表す相互作用スコアを決定し、相互作用スコアを記録することであって、少なくとも一対の細胞の第一のメンバーはPD-1を発現し、少なくとも一対の細胞の第二のメンバーはPD-L1を発現すること、
(B)CD25+FoxP3+を発現する試料の視野内のすべてのT細胞(CD4+またはCD8+)についてバイオマーカー陽性%(PBP)の値を導出して、PBPの値を記録すること、および
(C)相互作用スコアを第一の閾値と比較し、PBPの値を第二の閾値と比較すること、を含み、
(1)相互作用スコアが第一の閾値以上であるか、もしくはPBPの値が第二の閾値以上であるかのどちらかであるか、または(2)相互作用スコアが第一の閾値以上であり、かつPBPの値が第二の閾値以上である場合に、がん患者は、アジュバント化学療法に対して陽性に応答する可能性が高い。
(A)がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料をスコアリングすることであって、以下を含むこと:がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料を使用して、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を表す相互作用スコアを決定し、相互作用スコアを記録することであって、少なくとも一対の細胞の第一のメンバーはPD-1を発現し、少なくとも一対の細胞の第二のメンバーはPD-L1を発現すること、
(B)CD25+FoxP3+を発現する試料の視野内のすべてのT細胞(CD4+またはCD8+)についてバイオマーカー陽性%(PBP)の値を導出して、PBPの値を記録すること、および
(C)相互作用スコアを第一の閾値と比較し、PBPの値を第二の閾値と比較すること、を含み、
(1)相互作用スコアが第一の閾値以上であるか、もしくはPBPの値が第二の閾値以上であるかのどちらかであるか、または(2)相互作用スコアが第一の閾値以上であり、かつPBPの値が第二の閾値以上である場合に、がん患者は、アジュバント化学療法から利益を得る可能性が高い。
(A)請求項1~67のいずれか一項に記載の方法を使用して、患者が免疫療法に対して陽性に応答する可能性を予測すること、および
(B)患者が免疫療法に対して陽性に応答する可能性が高い場合に、免疫療法を患者に投与すること、または
(C)患者が免疫療法に対して陽性に応答する可能性が低い場合、(1)BRAF変異が存在する場合には標的療法を、または(2)BRAF変異が存在しない場合には姑息手術および/または放射線療法ならびに最も良い支持ケアを、患者に投与すること、を含む。
いくつかの実施形態では、BRAF変異が存在する場合に、標的療法は、ベムラフェニブ、ダブラフェニブ、またはそれらの組み合わせを含むか、それらからなるか、または本質的にそれらからなる。
(A)請求項68~81のいずれか一項に記載の方法を使用して、患者がアジュバント化学療法に対して陽性に応答する可能性を予測すること、および
(B)患者がアジュバント化学療法に対して陽性に応答する可能性が高い場合に、患者にアジュバント化学療法を投与すること、または
(C)患者がアジュバント化学療法に対して陽性に応答する可能性が低い場合に、変異試験を進めて、(1)変異試験が陽性であれば標的療法を患者に投与すること、または(2)変異試験が陰性であれば最も良い支持ケアを患者に投与すること、を含む。
いくつかの実施形態では、変異試験が陽性であり、かつ患者がEGFR陽性である場合に、標的療法は、エルロチニブを含むか、それからなるか、または本質的にそれからなる。いくつかの実施形態では、突然変異試験が陽性であり、患者がALK陽性である場合、標的療法は、クリゾチニブを含むか、それからなるか、または本質的にそれらからなる。
(A)HLA-DR+IDO-1+を発現する試料の視野にあるすべてのHLA-DR陽性細胞に対するバイオマーカー陽性%(PBP)の値を導出し、PBPの値を記録すること、および
(B)PBPの値を閾値と比較すること、を含み、
PBPの値が閾値以上である場合に、黒色腫患者は、免疫療法に対して陽性に応答する可能性が高い。
(A)HLA-DR+IDO-1+を発現する視野に存在するすべてのHLA-DR+細胞についてバイオマーカー陽性%(PBP)の値を導出することであって、
視野に存在するすべての細胞の核を表す第一の蛍光シグナルの画像を生成すること、および第一の蛍光シグナルを細胞全体のシグナルの直径に拡張して、視野に存在するすべての細胞の第一のマスクを構築すること、
HLA-DR+を発現する視野に存在するすべての範囲を表す第二の蛍光シグナルの第二のマスクを構築すること、
IDO-1+を発現する視野に存在するすべての範囲を表す第三の蛍光シグナルの第三のマスクを構築すること、
HLA-DR+も発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第四のマスクを提供する方法で、前述の第一のマスクと第二のマスクとを組み合わせること、
IDO-1+も発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第五のマスクを提供する方法で、前述の第一のマスクと第三のマスクとを組み合わせること、
HLA-DR+およびIDO-1+を発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第六のマスクを提供する方法で、前述の第四のマスクと第五のマスクとを組み合わせること、
第六のマスクの総面積を第四のマスクの総面積で除算することによって、HLA-DR+IDO-1+を発現する視野に存在するすべての細胞についてPBPの値を導出すること、ならびに
PBPの値を記録すること、を含むこと、ならびに、
(B)PBPの値を閾値と比較すること、を含み、
PBPの値が閾値以上である場合に、黒色腫患者は、免疫療法に対して陽性に応答する可能性が高い。
(A)CD25+FoxP3+を発現する試料の視野内のすべてのT細胞(CD4+またはCD8+)についてバイオマーカー陽性%(PBP)の値を導出して、PBPの値を記録すること、および
(B)PBPの値を閾値と比較すること、を含み、
PBPの値が閾値以上である場合に、非小細胞肺がん患者は、アジュバント化学療法に対して陽性に応答する可能性が高い。
(A)CD25+FoxP3+を発現する試料の視野内のすべてのT細胞(CD4+またはCD8+)についてバイオマーカー陽性%(PBP)の値を導出して、PBPの値を記録すること、および
(B)PBPの値を閾値と比較すること、を含み、
PBPの値が閾値以上である場合に、非小細胞肺がん患者は、アジュバント化学療法から利益を得る可能性が高い。
(A)Ki67+を発現する試料の視野内のすべてのT細胞(CD4+またはCD8+)についてバイオマーカー陽性%(PBP)の値を導出して、PBPの値を記録すること、および
(B)PBPの値を閾値と比較すること、を含み、
PBPの値が閾値未満である場合、非小細胞肺がん患者は、アジュバント化学療法に対して陽性に応答する可能性が高い。
(A)Ki67+を発現する試料の視野内のすべてのT細胞(CD4+またはCD8+)についてバイオマーカー陽性%(PBP)の値を導出して、PBPの値を記録すること、および
(B)PBPの値を閾値と比較すること、を含み、
PBPの値が閾値未満である場合、非小細胞肺がん患者は、アジュバント化学療法から利益を得る可能性が高い。
(A)がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料をスコアリングすることであって、
がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料を使用して、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を表す相互作用スコアを決定し、相互作用スコアを記録することであって、少なくとも一対の細胞の第一のメンバーがPD-1を発現し、少なくとも一対の細胞の第二のメンバーがPD-L1を発現することを含むこと、
(B)Ki67+を発現する試料の視野内のすべてのT細胞(CD4+またはCD8+)についてバイオマーカー陽性%(PBP)の値を導出して、PBPの値を記録すること、および
(C)相互作用スコアを第一の閾値と比較し、PBPの値を第二の閾値と比較すること、を含み、
(1)相互作用スコアが第一の閾値以上であるか、もしくはPBPの値が第二の閾値未満であるかのどちらかであるか、または(2)相互作用スコアが第一の閾値以上であり、かつPBPの値が第二の閾値未満である場合に、がん患者は、アジュバント化学療法に対して陽性に応答する可能性が高い。
(A)がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料をスコアリングすることであって、
がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料を使用して、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を表す相互作用スコアを決定し、相互作用スコアを記録することであって、少なくとも一対の細胞の第一のメンバーがPD-1を発現し、少なくとも一対の細胞の第二のメンバーがPD-L1を発現することを含むこと、
(B)Ki67+を発現する試料の視野内のすべてのT細胞(CD4+またはCD8+)についてバイオマーカー陽性%(PBP)の値を導出して、PBPの値を記録すること、および
(C)相互作用スコアを第一の閾値と比較し、PBPの値を第二の閾値と比較すること、を含み、
(1)相互作用スコアが第一の閾値以上であるか、もしくはPBPの値が第二の閾値未満であるかのどちらかであるか、または(2)相互作用スコアが第一の閾値以上であり、かつPBPの値が第二の閾値未満である場合に、がん患者は、アジュバント化学療法から利益を得る可能性が高い。
(A)腫瘍組織を含む試料から利用できる所定の数の視野に存在する複数の細胞の中から選択される、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を代表するスコアを決定することであって、試料ががん患者から採取され、本方法は、
がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料から利用できる所定の数の視野を選択することであって、試料が、複数の蛍光タグにより染色され、選択が、他の視野に比べてPD-L1を発現する細胞をさらに数多く含有する視野を選択するように付勢されること、
選択された各視野について、PD-1を発現する近位に位置する細胞を包囲するのに十分なマージンをとって、PD-L1に起因する蛍光シグナルを拡張すること、
選択された各視野に由来するすべての細胞に対する第一の総面積を、正規化因子で除算すること、および結果として得られた商を所定の因子によって乗算して、空間的近接スコアを得ることであって、すべての細胞が、PD-1を発現し、かつPD-L1を発現する細胞に起因する拡張された蛍光シグナルの中に包囲されること、ならびに
空間的近接スコアを記録すること、を含むこと、
(B)HLA-DR+IDO-1+を発現する視野に存在するすべてのHLA-DR+細胞についてのバイオマーカー陽性%(PBP)の値を導出することであって、
視野に存在するすべての細胞の核を表す第一の蛍光シグナルの画像を生成すること、および第一の蛍光シグナルを細胞全体のシグナルの直径に拡張して、視野に存在するすべての細胞の第一のマスクを構築すること、
HLA-DR+を発現する視野に存在するすべての範囲を表す第二の蛍光シグナルの第二のマスクを構築すること、
IDO-1+を発現する視野に存在するすべての範囲を表す第三の蛍光シグナルの第三のマスクを構築すること、
HLA-DR+も発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第四のマスクを提供する方法で、前述の第一のマスクと第二のマスクとを組み合わせること、
IDO-1+も発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第五のマスクを提供する方法で、前述の第一のマスクと第三のマスクとを組み合わせること、
HLA-DR+およびIDO-1+を発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第六のマスクを提供する方法で、前述の第四のマスクと第五のマスクとを組み合わせること、
第六のマスクの総面積を第四のマスクの総面積で除算することによって、HLA-DR+IDO-1+を発現する視野に存在するすべての細胞についてPBPの値を導出すること、ならびに
PBPの値を記録すること、を含むこと、ならびに、
(C)空間的近接スコアを第一の閾値と比較し、PBPの値を第二の閾値と比較すること、を含み、
(1)空間的近接スコアが第一の値の閾値以上であるか、もしくはPBPの値が第二の閾値以上であるかのどちらかであるか、または(2)空間的近接スコアが第一の閾値以上であり、かつPBPの値が第二の閾値以上である場合に、がん患者は、免疫療法に対して陽性に応答する可能性が高い。
(A)腫瘍組織を含む試料から利用できる所定の数の視野に存在する複数の細胞の中から選択される、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を代表するスコアを決定することであって、試料ががん患者から採取され、本方法は、
がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料から利用できる所定の数の視野を選択することであって、試料が、複数の蛍光タグにより染色され、選択が、他の視野に比べてPD-L1を発現する細胞をさらに数多く含有する視野を選択するように付勢されること、
選択された各視野について、PD-1を発現する近位に位置する細胞を包囲するのに十分なマージンをとって、PD-L1に起因する蛍光シグナルを拡張すること、
選択された各視野に由来するすべての細胞に対する第一の総面積を、正規化因子で除算すること、および結果として得られた商を所定の因子によって乗算して、空間的近接スコアを得ることであって、すべての細胞が、PD-1を発現し、かつPD-L1を発現する細胞に起因する拡張された蛍光シグナルの中に包囲されること、ならびに
空間的近接スコアを記録すること、を含むこと、
(B)HLA-DR+IDO-1+を発現する視野に存在するすべてのHLA-DR+細胞についてのバイオマーカー陽性%(PBP)の値を導出することであって、
視野に存在するすべての細胞の核を表す第一の蛍光シグナルの画像を生成すること、および第一の蛍光シグナルを細胞全体のシグナルの直径に拡張して、視野に存在するすべての細胞の第一のマスクを構築すること、
HLA-DR+を発現する視野に存在するすべての範囲を表す第二の蛍光シグナルの第二のマスクを構築すること、
IDO-1+を発現する視野に存在するすべての範囲を表す第三の蛍光シグナルの第三のマスクを構築すること、
HLA-DR+も発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第四のマスクを提供する方法で、前述の第一のマスクと第二のマスクとを組み合わせること、
IDO-1+も発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第五のマスクを提供する方法で、前述の第一のマスクと第三のマスクとを組み合わせること、
HLA-DR+およびIDO-1+を発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第六のマスクを提供する方法で、前述の第四のマスクと第五のマスクとを組み合わせること、
第六のマスクの総面積を第四のマスクの総面積で除算することによって、HLA-DR+IDO-1+を発現する視野に存在するすべての細胞についてPBPの値を導出すること、ならびに
PBPの値を記録すること、を含むこと、ならびに、
(C)空間的近接スコアを第一の閾値と比較し、PBPの値を第二の閾値と比較すること、を含み、
空間的近接スコアが第一の閾値以上であるか、またはPBPの値が第二の閾値以上であるかのどちらかである場合に、がん患者は、免疫療法に対して陽性に応答する可能性が高い。
(A)腫瘍組織を含む試料から利用できる所定の数の視野に存在する複数の細胞の中から選択される、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を代表するスコアを決定することであって、試料ががん患者から採取され、本方法は、
がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料から利用できる所定の数の視野を選択することであって、試料が、複数の蛍光タグにより染色され、選択が、他の視野に比べてPD-L1を発現する細胞をさらに数多く含有する視野を選択するように付勢されること、
選択された各視野について、PD-1を発現する近位に位置する細胞を包囲するのに十分なマージンをとって、PD-L1に起因する蛍光シグナルを拡張すること、
選択された各視野に由来するすべての細胞に対する第一の総面積を、正規化因子で除算すること、および結果として得られた商を所定の因子によって乗算して、空間的近接スコアを得ることであって、すべての細胞が、PD-1を発現し、かつPD-L1を発現する細胞に起因する拡張された蛍光シグナルの中に包囲されること、ならびに
空間的近接スコアを記録すること、を含むこと、
(B)HLA-DR+IDO-1+を発現する視野に存在するすべてのHLA-DR+細胞についてのバイオマーカー陽性%(PBP)の値を導出することであって、
視野に存在するすべての細胞の核を表す第一の蛍光シグナルの画像を生成すること、および第一の蛍光シグナルを細胞全体のシグナルの直径に拡張して、視野に存在するすべての細胞の第一のマスクを構築すること、
HLA-DR+を発現する視野に存在するすべての範囲を表す第二の蛍光シグナルの第二のマスクを構築すること、
IDO-1+を発現する視野に存在するすべての範囲を表す第三の蛍光シグナルの第三のマスクを構築すること、
HLA-DR+も発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第四のマスクを提供する方法で、前述の第一のマスクと第二のマスクとを組み合わせること、
IDO-1+も発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第五のマスクを提供する方法で、前述の第一のマスクと第三のマスクとを組み合わせること、
HLA-DR+およびIDO-1+を発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第六のマスクを提供する方法で、前述の第四のマスクと第五のマスクとを組み合わせること、
第六のマスクの総面積を第四のマスクの総面積で除算することによって、HLA-DR+IDO-1+を発現する視野に存在するすべての細胞についてPBPの値を導出すること、ならびに
PBPの値を記録すること、を含むこと、ならびに、
(C)空間的近接スコアを第一の閾値と比較し、PBPの値を第二の閾値と比較すること、を含み、
空間的近接スコアが第一の閾値以上であり、かつPBPの値が第二の閾値以上である場合に、がん患者は、免疫療法に対して陽性に応答する可能性が高い。
(A)腫瘍組織を含む試料から利用できる所定の数の視野に存在する複数の細胞の中から選択される、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を代表するスコアを決定することであって、試料ががん患者から採取され、本方法は、
がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料から利用できる所定の数の視野を選択することであって、試料が、複数の蛍光タグにより染色され、選択が、他の視野に比べてPD-L1を発現する細胞をさらに数多く含有する視野を選択するように付勢されること、
選択された各視野について、PD-1を発現する近位に位置する細胞を包囲するのに十分なマージンをとって、PD-L1に起因する蛍光シグナルを拡張すること、
選択された各視野に由来するすべての細胞に対する第一の総面積を、正規化因子で除算すること、および結果として得られた商を所定の因子によって乗算して、空間的近接スコアを得ることであって、すべての細胞が、PD-1を発現し、かつPD-L1を発現する細胞に起因する拡張された蛍光シグナルの中に包囲されること、ならびに
空間的近接スコアを記録すること、を含むこと、
(B)HLA-DR+IDO-1+を発現する視野に存在するすべてのHLA-DR+細胞についてのバイオマーカー陽性%(PBP)の値を導出することであって、
視野に存在するすべての細胞の核を表す第一の蛍光シグナルの画像を生成すること、および第一の蛍光シグナルを細胞全体のシグナルの直径に拡張して、視野に存在するすべての細胞の第一のマスクを構築すること、
HLA-DR+を発現する視野に存在するすべての範囲を表す第二の蛍光シグナルの第二のマスクを構築すること、
IDO-1+を発現する視野に存在するすべての範囲を表す第三の蛍光シグナルの第三のマスクを構築すること、
HLA-DR+も発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第四のマスクを提供する方法で、前述の第一のマスクと第二のマスクとを組み合わせること、
IDO-1+も発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第五のマスクを提供する方法で、前述の第一のマスクと第三のマスクとを組み合わせること、
HLA-DR+およびIDO-1+を発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第六のマスクを提供する方法で、前述の第四のマスクと第五のマスクとを組み合わせること、
第六のマスクの総面積を第四のマスクの総面積で除算することによって、HLA-DR+IDO-1+を発現する視野に存在するすべての細胞についてPBPの値を導出すること、ならびに
PBPの値を記録すること、を含むこと、ならびに、
(C)空間的近接スコアを第一の閾値と比較し、PBPの値を第二の閾値と比較すること、を含み、
(1)空間的近接スコアが第一の値の閾値以上であるか、もしくはPBPの値が第二の閾値以上であるかのどちらかであるか、または(2)空間的近接スコアが第一の閾値以上であり、かつPBPの値が第二の閾値以上である場合に、がん患者は、免疫療法に対して陽性に応答する可能性が高い。
(A)腫瘍組織を含む試料から利用できる所定の数の視野に存在する複数の細胞の中から選択される、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を代表するスコアを決定することであって、試料ががん患者から採取され、本方法は、
がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料から利用できる所定の数の視野を選択することであって、試料が、複数の蛍光タグにより染色され、選択が、他の視野に比べてPD-L1を発現する細胞をさらに数多く含有する視野を選択するように付勢されること、
選択された各視野について、PD-1を発現する近位に位置する細胞を包囲するのに十分なマージンをとって、PD-L1に起因する蛍光シグナルを拡張すること、
選択された各視野に由来するすべての細胞に対する第一の総面積を、正規化因子で除算すること、および結果として得られた商を所定の因子によって乗算して、空間的近接スコアを得ることであって、すべての細胞が、PD-1を発現し、かつPD-1を発現する細胞に起因する拡張された蛍光シグナルの中に包囲されること、ならびに
空間的近接スコアを記録すること、を含むこと、
(B)HLA-DR+IDO-1+を発現する視野に存在するすべてのHLA-DR+細胞についてのバイオマーカー陽性%(PBP)の値を導出することであって、
視野に存在するすべての細胞の核を表す第一の蛍光シグナルの画像を生成すること、および第一の蛍光シグナルを細胞全体のシグナルの直径に拡張して、視野に存在するすべての細胞の第一のマスクを構築すること、
HLA-DR+を発現する視野に存在するすべての範囲を表す第二の蛍光シグナルの第二のマスクを構築すること、
IDO-1+を発現する視野に存在するすべての範囲を表す第三の蛍光シグナルの第三のマスクを構築すること、
HLA-DR+も発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第四のマスクを提供する方法で、前述の第一のマスクと第二のマスクとを組み合わせること、
IDO-1+も発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第五のマスクを提供する方法で、前述の第一のマスクと第三のマスクとを組み合わせること、
HLA-DR+およびIDO-1+を発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第六のマスクを提供する方法で、前述の第四のマスクと第五のマスクとを組み合わせること、
第六のマスクの総面積を第四のマスクの総面積で除算することによって、HLA-DR+IDO-1+を発現する視野に存在するすべての細胞についてPBPの値を導出すること、ならびに
PBPの値を記録すること、を含むこと、ならびに、
(C)空間的近接スコアを第一の閾値と比較し、PBPの値を第二の閾値と比較すること、を含み、
空間的近接スコアが第一の閾値以上であるか、またはPBPの値が第二の閾値以上であるかのどちらかである場合に、がん患者は、免疫療法に対して陽性に応答する可能性が高い。
(A)腫瘍組織を含む試料から利用できる所定の数の視野に存在する複数の細胞の中から選択される、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を代表するスコアを決定することであって、試料ががん患者から採取され、本方法は、
がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料から利用できる所定の数の視野を選択することであって、試料が、複数の蛍光タグにより染色され、選択が、他の視野に比べてPD-L1を発現する細胞をさらに数多く含有する視野を選択するように付勢されること、
選択された各視野について、PD-1を発現する近位に位置する細胞を包囲するのに十分なマージンをとって、PD-L1に起因する蛍光シグナルを拡張すること、
選択された各視野に由来するすべての細胞に対する第一の総面積を、正規化因子で除算すること、および結果として得られた商を所定の因子によって乗算して、空間的近接スコアを得ることであって、すべての細胞が、PD-1を発現し、かつPD-1を発現する細胞に起因する拡張された蛍光シグナルの中に包囲されること、ならびに
空間的近接スコアを記録すること、を含むこと、
(B)HLA-DR+IDO-1+を発現する視野に存在するすべてのHLA-DR+細胞についてのバイオマーカー陽性%(PBP)の値を導出することであって、
視野に存在するすべての細胞の核を表す第一の蛍光シグナルの画像を生成すること、および第一の蛍光シグナルを細胞全体のシグナルの直径に拡張して、視野に存在するすべての細胞の第一のマスクを構築すること、
HLA-DR+を発現する視野に存在するすべての範囲を表す第二の蛍光シグナルの第二のマスクを構築すること、
IDO-1+を発現する視野に存在するすべての範囲を表す第三の蛍光シグナルの第三のマスクを構築すること、
HLA-DR+も発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第四のマスクを提供する方法で、前述の第一のマスクと第二のマスクとを組み合わせること、
IDO-1+も発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第五のマスクを提供する方法で、前述の第一のマスクと第三のマスクとを組み合わせること、
HLA-DR+およびIDO-1+を発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第六のマスクを提供する方法で、前述の第四のマスクと第五のマスクとを組み合わせること、
第六のマスクの総面積を第四のマスクの総面積で除算することによって、HLA-DR+IDO-1+を発現する視野に存在するすべての細胞についてPBPの値を導出すること、ならびに
PBPの値を記録すること、を含むこと、ならびに、
(C)空間的近接スコアを第一の閾値と比較し、PBPの値を第二の閾値と比較すること、を含み、
空間的近接スコアが第一の閾値以上であり、かつPBPの値が第二の閾値以上である場合に、がん患者は、免疫療法に対して陽性に応答する可能性が高い。
(A)腫瘍組織を含む試料から利用できる所定の数の視野に存在する複数の細胞の中から選択される、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を代表するスコアを決定することであって、試料ががん患者から採取され、本方法は、
がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料から利用できる所定の数の視野を選択することであって、試料は、複数の蛍光タグにより染色され、選択は、他の視野に比べてPD-L1を発現する細胞をさらに数多く含有する視野を選択するように付勢されること、
選択された各視野について、PD-1を発現する近位に位置する細胞を包含するのに十分なマージンをとって、PD-L1に起因する蛍光シグナルを拡張すること、
選択された各視野に由来するすべての細胞に対する第一の総面積を、正規化因子で除算すること、および結果として得られた商を所定の因子によって乗算して、空間的近接スコアを得ることであって、すべての細胞が、PD-1を発現し、かつPD-1を発現する細胞に起因する拡張された蛍光シグナルの中に包囲されること、ならびに
空間的近接スコアを記録すること、を含むこと、
(B)HLA-DR+IDO-1+を発現する視野に存在するすべてのHLA-DR+細胞についてのバイオマーカー陽性%(PBP)の値を導出することであって、
視野に存在するすべての細胞の核を表す第一の蛍光シグナルの画像を生成すること、および第一の蛍光シグナルを細胞全体のシグナルの直径に拡張して、視野に存在するすべての細胞の第一のマスクを構築すること、
HLA-DR+を発現する視野に存在するすべての範囲を表す第二の蛍光シグナルの第二のマスクを構築すること、
IDO-1+を発現する視野に存在するすべての範囲を表す第三の蛍光シグナルの第三のマスクを構築すること、
HLA-DR+も発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第四のマスクを提供する方法で、前述の第一のマスクと第二のマスクとを組み合わせること、
IDO-1+も発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第五のマスクを提供する方法で、前述の第一のマスクと第三のマスクとを組み合わせること、
HLA-DR+およびIDO-1+を発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第六のマスクを提供する方法で、前述の第四のマスクと第五のマスクとを組み合わせること、
第六のマスクの総面積を第四のマスクの総面積で除算することによって、HLA-DR+IDO-1+を発現する視野に存在するすべての細胞についてPBPの値を導出すること、ならびに
PBPの値を記録すること、を含むこと、ならびに、
(C)空間的近接スコアを第一の閾値と比較し、PBPの値を第二の閾値と比較すること、を含み、
(1)空間的近接スコアが第一の値の閾値以上であるか、もしくはPBPの値が第二の閾値以上であるかのどちらかであるか、または(2)空間的近接スコアが第一の閾値以上であり、かつPBPの値が第二の閾値以上である場合に、がん患者は、免疫療法に対して陽性に応答する可能性が高い。
(A)腫瘍組織を含む試料から利用できる所定の数の視野に存在する複数の細胞の中から選択される、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を代表するスコアを決定することであって、試料ががん患者から採取され、本方法は、
がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料から利用できる所定の数の視野を選択することであって、試料は、複数の蛍光タグにより染色され、選択は、他の視野に比べてPD-L1を発現する細胞をさらに数多く含有する視野を選択するように付勢されること、
選択された各視野について、PD-1を発現する近位に位置する細胞を包含するのに十分なマージンをとって、PD-L1に起因する蛍光シグナルを拡張すること、
選択された各視野に由来するすべての細胞に対する第一の総面積を、正規化因子で除算すること、および結果として得られた商を所定の因子によって乗算して、空間的近接スコアを得ることであって、すべての細胞が、PD-1を発現し、かつPD-1を発現する細胞に起因する拡張された蛍光シグナルの中に包囲されること、ならびに
空間的近接スコアを記録すること、を含むこと、
(B)HLA-DR+IDO-1+を発現する視野に存在するすべてのHLA-DR+細胞についてのバイオマーカー陽性%(PBP)の値を導出することであって、
視野に存在するすべての細胞の核を表す第一の蛍光シグナルの画像を生成すること、および第一の蛍光シグナルを細胞全体のシグナルの直径に拡張して、視野に存在するすべての細胞の第一のマスクを構築すること、
HLA-DR+を発現する視野に存在するすべての範囲を表す第二の蛍光シグナルの第二のマスクを構築すること、
IDO-1+を発現する視野に存在するすべての範囲を表す第三の蛍光シグナルの第三のマスクを構築すること、
HLA-DR+も発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第四のマスクを提供する方法で、前述の第一のマスクと第二のマスクとを組み合わせること、
IDO-1+も発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第五のマスクを提供する方法で、前述の第一のマスクと第三のマスクとを組み合わせること、
HLA-DR+およびIDO-1+を発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第六のマスクを提供する方法で、前述の第四のマスクと第五のマスクとを組み合わせること、
第六のマスクの総面積を第四のマスクの総面積で除算することによって、HLA-DR+IDO-1+を発現する視野に存在するすべての細胞についてPBPの値を導出すること、ならびに
PBPの値を記録すること、を含むこと、ならびに、
(C)空間的近接スコアを第一の閾値と比較し、PBPの値を第二の閾値と比較すること、を含み、
空間的近接スコアが第一の閾値以上であるか、またはPBPの値が第二の閾値以上であるかのどちらかである場合に、がん患者は、免疫療法に対して陽性に応答する可能性が高い。
(A)腫瘍組織を含む試料から利用できる所定の数の視野に存在する複数の細胞の中から選択される、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を代表するスコアを決定することであって、試料ががん患者から採取され、本方法は、
がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料から利用できる所定の数の視野を選択することであって、試料は、複数の蛍光タグにより染色され、選択は、他の視野に比べてPD-L1を発現する細胞をさらに数多く含有する視野を選択するように付勢されること、
選択された各視野について、PD-1を発現する近位に位置する細胞を包含するのに十分なマージンをとって、PD-L1に起因する蛍光シグナルを拡張すること、
選択された各視野に由来するすべての細胞に対する第一の総面積を、正規化因子で除算すること、および結果として得られた商を所定の因子によって乗算して、空間的近接スコアを得ることであって、すべての細胞が、PD-1を発現し、かつPD-1を発現する細胞に起因する拡張された蛍光シグナルの中に包囲されること、ならびに
空間的近接スコアを記録すること、を含むこと、
(B)HLA-DR+IDO-1+を発現する視野に存在するすべてのHLA-DR+細胞についてのバイオマーカー陽性%(PBP)の値を導出することであって、
視野に存在するすべての細胞の核を表す第一の蛍光シグナルの画像を生成すること、および第一の蛍光シグナルを細胞全体のシグナルの直径に拡張して、視野に存在するすべての細胞の第一のマスクを構築すること、
HLA-DR+を発現する視野に存在するすべての範囲を表す第二の蛍光シグナルの第二のマスクを構築すること、
IDO-1+を発現する視野に存在するすべての範囲を表す第三の蛍光シグナルの第三のマスクを構築すること、
HLA-DR+も発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第四のマスクを提供する方法で、前述の第一のマスクと第二のマスクとを組み合わせること、
IDO-1+も発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第五のマスクを提供する方法で、前述の第一のマスクと第三のマスクとを組み合わせること、
HLA-DR+およびIDO-1+を発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第六のマスクを提供する方法で、前述の第四のマスクと第五のマスクとを組み合わせること、
第六のマスクの総面積を第四のマスクの総面積で除算することによって、HLA-DR+IDO-1+を発現する視野に存在するすべての細胞についてPBPの値を導出すること、ならびに
PBPの値を記録すること、を含むこと、ならびに、
(C)空間的近接スコアを第一の閾値と比較し、PBPの値を第二の閾値と比較すること、を含み、
空間的近接スコアが第一の閾値以上であり、かつPBPの値が第二の閾値以上である場合に、がん患者は、免疫療法に対して陽性に応答する可能性が高い。
(A)腫瘍組織を含む試料から利用できる所定の数の視野に存在する複数の細胞の中から選択される、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を代表するスコアを決定することであって、試料ががん患者から採取され、本方法は、
がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料から利用できる所定の数の視野を選択することであって、試料が、複数の蛍光タグにより染色され、選択が、他の視野に比べてPD-L1を発現する細胞をさらに数多く含有する視野を選択するように付勢されること、
選択された各視野について、PD-1を発現する近位に位置する細胞を包囲するのに十分なマージンをとって、PD-L1に起因する蛍光シグナルを拡張すること、
選択された各視野に由来するすべての細胞に対する第一の総面積を、正規化因子で除算すること、および結果として得られた商を所定の因子によって乗算して、空間的近接スコアを得ることであって、すべての細胞が、PD-1を発現し、かつPD-1を発現する細胞に起因する拡張された蛍光シグナルの中に包囲されること、ならびに
空間的近接スコアを記録すること、を含むこと、
(B)HLA-DR+IDO-1+を発現する視野に存在するすべてのHLA-DR+細胞についてのバイオマーカー陽性%(PBP)の値を導出することであって、
視野に存在するすべての細胞の核を表す第一の蛍光シグナルの画像を生成すること、および第一の蛍光シグナルを細胞全体のシグナルの直径に拡張して、視野に存在するすべての細胞の第一のマスクを構築すること、
HLA-DR+を発現する視野に存在するすべての範囲を表す第二の蛍光シグナルの第二のマスクを構築すること、
IDO-1+を発現する視野に存在するすべての範囲を表す第三の蛍光シグナルの第三のマスクを構築すること、
HLA-DR+も発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第四のマスクを提供する方法で、前述の第一のマスクと第二のマスクとを組み合わせること、
IDO-1+も発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第五のマスクを提供する方法で、前述の第一のマスクと第三のマスクとを組み合わせること、
HLA-DR+およびIDO-1+を発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第六のマスクを提供する方法で、前述の第四のマスクと第五のマスクとを組み合わせること、
第六のマスクの総面積を第四のマスクの総面積で除算することによって、HLA-DR+IDO-1+を発現する視野に存在するすべての細胞についてPBPの値を導出すること、ならびに
PBPの値を記録すること、を含むこと、ならびに、
(C)空間的近接スコアを第一の閾値と比較し、PBPの値を第二の閾値と比較すること、を含み、
(1)空間的近接スコアが第一の値の閾値以上であるか、もしくはPBPの値が第二の閾値以上であるかのどちらかであるか、または、(2)空間的近接スコアが第一の閾値以上であり、かつPBPの値が第二の閾値以上である場合に、がん患者は、免疫療法から利益を得る可能性が高い。
(A)腫瘍組織を含む試料から利用できる所定の数の視野に存在する複数の細胞の中から選択される、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を代表するスコアを決定することであって、試料ががん患者から採取され、本方法は、
がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料から利用できる所定の数の視野を選択することであって、試料が、複数の蛍光タグにより染色され、選択が、他の視野に比べてPD-L1を発現する細胞をさらに数多く含有する視野を選択するように付勢されること、
選択された各視野について、PD-1を発現する近位に位置する細胞を包囲するのに十分なマージンをとって、PD-L1に起因する蛍光シグナルを拡張すること、
選択された各視野に由来するすべての細胞についての第一の総面積を、正規化因子で除算すること、および結果として得られた商を所定の因子によって乗算して、空間的近接スコアを得ることであって、すべての細胞が、PD-1を発現し、かつPD-1を発現する細胞に起因する拡張された蛍光シグナルの中に包囲されること、ならびに
空間的近接スコアを記録すること、を含むこと、
(B)HLA-DR+IDO-1+を発現する視野に存在するすべてのHLA-DR+細胞についてのバイオマーカー陽性%(PBP)の値を導出することであって、
視野に存在するすべての細胞の核を表す第一の蛍光シグナルの画像を生成すること、および第一の蛍光シグナルを細胞全体のシグナルの直径に拡張して、視野に存在するすべての細胞の第一のマスクを構築すること、
HLA-DR+を発現する視野に存在するすべての範囲を表す第二の蛍光シグナルの第二のマスクを構築すること、
IDO-1+を発現する視野に存在するすべての範囲を表す第三の蛍光シグナルの第三のマスクを構築すること、
HLA-DR+も発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第四のマスクを提供する方法で、前述の第一のマスクと第二のマスクとを組み合わせること、
IDO-1+も発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第五のマスクを提供する方法で、前述の第一のマスクと第三のマスクとを組み合わせること、
HLA-DR+およびIDO-1+を発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第六のマスクを提供する方法で、前述の第四のマスクと第五のマスクとを組み合わせること、
第六のマスクの総面積を第四のマスクの総面積で除算することによって、HLA-DR+IDO-1+を発現する視野に存在するすべての細胞についてPBPの値を導出すること、ならびに
PBPの値を記録すること、を含むこと、ならびに、
(C)空間的近接スコアを第一の閾値と比較し、PBPの値を第二の閾値と比較すること、を含み、
空間的近接スコアが第一の値の閾値以上であるか、またはPBPの値が第二の閾値以上であるかのどちらかである場合に、がん患者は、免疫療法から利益を得る可能性が高い。
(A)腫瘍組織を含む試料から利用できる所定の数の視野に存在する複数の細胞の中から選択される、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を代表するスコアを決定することであって、試料ががん患者から採取され、本方法は、
がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料から利用できる所定の数の視野を選択することであって、試料が、複数の蛍光タグにより染色され、選択が、他の視野に比べてPD-L1を発現する細胞をさらに数多く含有する視野を選択するように付勢されること、
選択された各視野について、PD-1を発現する近位に位置する細胞を包囲するのに十分なマージンをとって、PD-L1に起因する蛍光シグナルを拡張すること、
選択された各視野に由来するすべての細胞についての第一の総面積を、正規化因子で除算すること、および結果として得られた商を所定の因子によって乗算して、空間的近接スコアを得ることであって、すべての細胞が、PD-1を発現し、かつPD-1を発現する細胞に起因する拡張された蛍光シグナルの中に包囲されること、ならびに
空間的近接スコアを記録すること、を含むこと、
(B)HLA-DR+IDO-1+を発現する視野に存在するすべてのHLA-DR+細胞についてのバイオマーカー陽性%(PBP)の値を導出することであって、
視野に存在するすべての細胞の核を表す第一の蛍光シグナルの画像を生成すること、および第一の蛍光シグナルを細胞全体のシグナルの直径に拡張して、視野に存在するすべての細胞の第一のマスクを構築すること、
HLA-DR+を発現する視野に存在するすべての範囲を表す第二の蛍光シグナルの第二のマスクを構築すること、
IDO-1+を発現する視野に存在するすべての範囲を表す第三の蛍光シグナルの第三のマスクを構築すること、
HLA-DR+も発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第四のマスクを提供する方法で、前述の第一のマスクと第二のマスクとを組み合わせること、
IDO-1+も発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第五のマスクを提供する方法で、前述の第一のマスクと第三のマスクとを組み合わせること、
HLA-DR+およびIDO-1+を発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第六のマスクを提供する方法で、前述の第四のマスクと第五のマスクとを組み合わせること、
第六のマスクの総面積を第四のマスクの総面積で除算することによって、HLA-DR+IDO-1+を発現する視野に存在するすべての細胞についてPBPの値を導出すること、ならびに
PBPの値を記録すること、を含むこと、ならびに、
(C)空間的近接スコアを第一の閾値と比較し、PBPの値を第二の閾値と比較すること、を含み、
空間的近接スコアが第一の閾値以上であり、かつPBPの値が第二の閾値以上である場合に、がん患者は、免疫療法から利益を得る可能性が高い。
(i) 視野に存在するすべての細胞の核を表す第一の蛍光シグナルの画像を生成すること、および第一の蛍光シグナルを細胞全体のシグナルの直径に拡張して、視野に存在するすべての細胞の第一のマスクを構築すること、
(ii) サブセットバイオマーカーを発現する視野に存在するすべての範囲を表す第二の蛍光シグナルの第二のマスクを構築すること、
(iii) 任意選択的に、目的の第一のバイオマーカーを発現する視野に存在するすべての範囲を表す第三の蛍光シグナルの第三のマスクを構築すること、
(iv) サブセットバイオマーカーも発現する視野にあるすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第四のマスクを提供する方法で、前述の第一のマスクと第二のマスクとを組み合わせること、
(v) 任意選択的に、目的の第一のバイオマーカーも発現する視野にあるすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第五のマスクを提供する方法で、前述の第一のマスクと第三のマスクとを組み合わせること、
(vi) 第四のマスクの総面積を第一のマスクの総面積で除算することによって、サブセットバイオマーカーを発現するすべての細胞についてPBPの値を得ること、
(vii) 任意選択的に、視野にあるすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第六のマスクを提供する方法で、前述の第四のマスクと第五のマスクとを組み合わせることであって、この視野は、
(a) (a)サブセットバイオマーカーおよび目的の第一のバイオマーカーを発現するか、または
(b) (b)目的の第一のバイオマーカーの非存在下でサブセットバイオマーカーを発現すること、
ならびに
(viii) 任意選択的に、第六のマスクの総面積を第四のマスクの総面積で除算することによって、(a)サブセットバイオマーカーおよび目的の第一のバイオマーカーを発現するかまたは(b)目的の第一のバイオマーカーの非存在下でサブセットバイオマーカーを発現するかのどちらかのすべての細胞の第一のサブセットについて、PBPの値を導出すること、を含む。
いくつかの実施形態では、任意選択的なステップは実施されない。いくつかの実施形態では、総面積は、ピクセルで測定される。いくつかの実施形態では、第四のマスクの総面積および第一のマスクの総面積は、それぞれピクセルで測定される。いくつかの実施形態では、第六のマスクの総面積および第四のマスクの総面積は、それぞれピクセルで測定される。いくつかの実施形態では、第一のマスクの総面積、第四のマスクの総面積、および第六のマスクの総面積は、それぞれピクセルで測定される。いくつかの実施形態では、ピクセルは0.5μm幅である。
(i) 視野に存在するすべての細胞の核を表す第一の蛍光シグナルの画像を生成すること、および第一の蛍光シグナルを細胞全体のシグナルの直径に拡張して、視野に存在するすべての細胞の第一のマスクを構築すること、
(ii) サブセットバイオマーカーを発現する視野に存在するすべての範囲を表す第二の蛍光シグナルの第二のマスクを構築すること、
(iii) 任意選択的に、目的の第一のバイオマーカーを発現する視野に存在するすべての範囲を表す第三の蛍光シグナルの第三のマスクを構築すること、
(iv) サブセットバイオマーカーも発現する視野にあるすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第四のマスクを提供する方法で、前述の第一のマスクと第二のマスクとを組み合わせること、
(v) 任意選択的に、目的の第一のバイオマーカーも発現する視野にあるすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第五のマスクを提供する方法で、前述の第一のマスクと第三のマスクとを組み合わせること、
(vi) 第四のマスクの総面積を第一のマスクの総面積で除算することによって、サブセットバイオマーカーを発現するすべての細胞についてPBPの値を得ること、
(vii) 任意選択的に、サブセットバイオマーカーおよび目的の第一のバイオマーカーを発現する視野にあるすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第六のマスクを提供する方法で、前述の第四のマスクと第五のマスクとを組み合わせること、ならびに
(viii) 任意選択的に、第六のマスクの総面積を第四のマスクの総面積で除算することによって、サブセットバイオマーカーおよび目的の第一のバイオマーカーを発現するすべての細胞の第一のサブセットについてPBPの値を導出すること、を含む。
いくつかの実施形態では、任意選択的なステップは実施されない。いくつかの実施形態では、総面積は、ピクセルで測定される。いくつかの実施形態では、第四のマスクの総面積および第一のマスクの総面積は、それぞれピクセルで測定される。いくつかの実施形態では、第六のマスクの総面積および第四のマスクの総面積は、それぞれピクセルで測定される。いくつかの実施形態では、第一のマスクの総面積、第四のマスクの総面積、および第六のマスクの総面積は、それぞれピクセルで測定される。いくつかの実施形態では、ピクセルは0.5μm幅である。
(i) 視野に存在するすべての細胞の核を表す第一の蛍光シグナルの画像を生成すること、および第一の蛍光シグナルを細胞全体のシグナルの直径に拡張して、視野に存在するすべての細胞の第一のマスクを構築すること、
(ii) サブセットバイオマーカーを発現する視野に存在するすべての範囲を表す第二の蛍光シグナルの第二のマスクを構築すること、
(iii) 目的の第一のバイオマーカーを発現する視野に存在するすべての範囲を表す第三の蛍光シグナルの第三のマスクを構築すること、
(iv) サブセットバイオマーカーも発現する視野にあるすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第四のマスクを提供する方法で、前述の第一のマスクと第二のマスクとを組み合わせること、
(v) 目的の第一のバイオマーカーも発現する視野にあるすべての細胞の第一のサブセットを表す蛍光シグナルを含む第五のマスクを提供する方法で、前述の第一のマスクと第三のマスクとを組み合わせること、
(vi) 第四のマスクの総面積を第一のマスクの総面積で除算することによって、サブセットバイオマーカーを発現するすべての細胞についてPBPの値を得ること、
(vii) サブセットバイオマーカーおよび目的の第一のバイオマーカーを発現する視野にあるすべての細胞の第一のサブセットを表す蛍光シグナルを含む第六のマスクを提供する方法で、前述の第四のマスクと第五のマスクとを組み合わせること、ならびに
(viii) 第六のマスクの総面積を第四のマスクの総面積で除算することによって、サブセットバイオマーカーを発現するすべての細胞の第一のサブセットについてPBPの値を得ること、を含む。
いくつかの実施形態では、総面積は、ピクセルで測定される。いくつかの実施形態では、第四のマスクの総面積および第一のマスクの総面積は、それぞれピクセルで測定される。いくつかの実施形態では、第六のマスクの総面積および第四のマスクの総面積は、それぞれピクセルで測定される。いくつかの実施形態では、第一のマスクの総面積、第四のマスクの総面積、および第六のマスクの総面積は、それぞれピクセルで測定される。いくつかの実施形態では、ピクセルは0.5μm幅である。
(ix) 目的の第二のバイオマーカーを発現する視野に存在するすべての範囲を表す第四の蛍光シグナルの第七のマスクを構築すること、
(x) 目的の第二のバイオマーカーも発現する視野にあるすべての細胞の第二のサブセットを表す蛍光シグナルを含む第八のマスクを提供する方法で、前述の第一のマスクと第七のマスクとを組み合わせること、
(xi) サブセットバイオマーカーおよび目的の第二のバイオマーカーを発現する視野にあるすべての細胞の第二のサブセットを表す蛍光シグナルを含む第九のマスクを提供する方法で、前述の第四のマスクと第八のマスクとを組み合わせること、ならびに
(xii) 第九のマスクの総面積を第四のマスクの総面積で除算することによって、サブセットバイオマーカーおよび目的の第二のバイオマーカーを発現するすべての細胞の第二のサブセットについてPBPの値を導出すること、をさらに含む。
いくつかの実施形態では、総面積は、ピクセルで測定される。いくつかの実施形態では、第九のマスクの総面積および第四のマスクの総面積は、それぞれピクセルで測定される。いくつかの実施形態では、ピクセルは0.5μm幅である。
(ix) 目的の第二のバイオマーカーを発現する視野に存在するすべての範囲を表す第四の蛍光シグナルの第七のマスクを構築すること、
(x) 視野においてサブセットバイオマーカーを発現しないすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第八のマスクを提供する方法で、前述の第二のマスクを前述の第一のマスクから減算すること、
(xi) 視野において目的の第二のバイオマーカーを発現するがサブセットバイオマーカーを発現しないすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第九のマスクを提供する方法で、前述の第七のマスクと第八のマスクとを組み合わせること、ならびに
(xii) 第九のマスクの総面積を第八のマスクの総面積で除算することによって、目的の第二のバイオマーカーを発現するがサブセットバイオマーカーを発現しないすべての細胞についてPBPの値を得ること、をさらに含む。
(ix)目的の第二のバイオマーカーを発現する視野に存在するすべての範囲を表す第四の蛍光シグナルの第七のマスクを構築すること、
(x)
(a)視野において、サブセットバイオマーカー、目的の第一のバイオマーカー、および目的の第二のバイオマーカーを発現するか、
(b)視野において、目的の第二のバイオマーカーの非存在下で、サブセットバイオマーカーおよび目的の第一のバイオマーカーを発現するか、または
(c)視野において、目的の第一のバイオマーカーの非存在下で、サブセットバイオマーカーおよび目的の第二のバイオマーカーを発現する、
すべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第八のマスクを提供する方法で、前述の第六のマスクと第七のマスクとを組み合わせること、ならびに
(xii)第八のマスクの総面積を第四のマスクの総面積で除算することによって、目的の第一のバイオマーカーもしくは目的の第二のバイオマーカー、またはそれらの組合せ、ならびにサブセットバイオマーカーを発現するすべての細胞についてPBPの値を導出すること、をさらに含む。
いくつかの実施形態では、視野に存在するすべての細胞または任意選択的には一つもしくは複数のそのサブセットについてバイオマーカー陽性%(PBP)の値を導出することは、一つまたは複数の追加的な目的のバイオマーカー(例えば、目的の第三のバイオマーカー)に関するステップ(ix)、(x)、および(xii)に類似した追加的なステップのサイクルをさらに含む。
(i) 視野に存在するすべての細胞の核を表す第一の蛍光シグナルの画像を生成し、第一の蛍光シグナルを細胞全体の直径に拡張して、視野に存在するすべての細胞の第一のマスクを構築すること、
(ii) HLA-DR+を発現する視野に存在するすべての範囲を表す第二の蛍光シグナルの第二のマスクを構築すること、
(iii) IDO-1+を発現する視野に存在するすべての範囲を表す第三の蛍光シグナルの第三のマスクを構築すること、
(iv) HLA-DR+も発現する視野にあるすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第四のマスクを提供する方法で、前述の第一のマスクと第二のマスクとを組み合わせること、
(v) IDO-1+も発現する視野にあるすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第五のマスクを提供する方法で、前述の第一のマスクと第三のマスクとを組み合わせること、
(vi) HLA-DR+およびIDO-1+を発現する視野にあるすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第六のマスクを提供する方法で、前述の第四のマスクと第五のマスクとを組み合わせること、ならびに
(vii) 第六のマスクの総面積を第四のマスクの総面積で除算することによって、HLA-DR+IDO-1+を発現する視野に存在するすべての細胞についてPBPの値を導出すること、を含む。
(i) 視野に存在するすべての細胞の核を表す第一の蛍光シグナルの画像を生成すること、および第一の蛍光シグナルを細胞全体のシグナルの直径に拡張して、視野に存在するすべての細胞の第一のマスクを構築すること、
(ii) 腫瘍バイオマーカーを発現する視野に存在するすべての範囲を表す第二の蛍光シグナルの第二のマスクを構築すること、
(iii) 視野にあるすべての腫瘍細胞を表す蛍光シグナルを含む第三のマスクを提供する方法で、前述の第一のマスクと第二のマスクとを組み合わせること、
(iv) 目的のバイオマーカーを発現する視野に存在するすべての範囲を表す第三の蛍光シグナルの第四のマスクを構築すること、
(v) 目的のバイオマーカーも発現する視野にあるすべての腫瘍細胞を表す蛍光シグナルを含む第五のマスクを提供する方法で、前述の第三のマスクと第四のマスクとを組み合わせること、ならびに
(vi) 第五のマスクの総面積を第三のマスクの総面積で除算することによって、目的のバイオマーカーを発現するすべての腫瘍細胞についてPBPの値を得ること、を含む。
(i) 視野に存在するすべての細胞の核を表す第一の蛍光シグナルの画像を生成すること、および第一の蛍光シグナルを細胞全体の直径に拡張して、視野に存在するすべての細胞の第一のマスクを構築すること、
(ii) 腫瘍バイオマーカーを発現する視野に存在するすべての範囲を表す第二の蛍光シグナルの第二のマスクを構築すること、
(iii) 視野にあるすべての非腫瘍細胞を表す蛍光シグナルを含む第三のマスクを提供する方法で、前述の第二のマスクを前述の第一のマスクから減算すること、
(iv) 目的のバイオマーカーを発現する視野に存在するすべての範囲を表す蛍光シグナルの第四のマスクを構築すること、
(v) 目的のバイオマーカーも発現する視野にあるすべての非腫瘍細胞を表す蛍光シグナルを含む第五のマスクを提供する方法で、前述の第三のマスクと第四のマスクとを組み合わせること、ならびに
(vi) 第五のマスクの総面積を第三のマスクの総面積で除算することによって、目的のバイオマーカーを発現するすべての非腫瘍細胞についてPBPの値を導出すること、を含む。
であって、式中、APは、(例えば、すべての、腫瘍の、または非腫瘍の)選択されたサブセット細胞のタイプについてのバイオマーカー陽性の面積であり、AAは、(すべての、腫瘍の、非腫瘍の)選択された細胞タイプのすべての細胞の総面積である。同様に、ANは、上記の式においてAPを置換することができ、その場合、ANは、サブセット細胞のタイプについてバイオマーカー陰性のパーセントを表すスコアを決定するための、(例えば、すべての、腫瘍の、または非腫瘍の)選択された細胞のタイプのバイオマーカー陰性の面積である。
式中、AIは、総相互作用面積(第二の特異的バイオマーカーを発現し、かつ第一の特異的バイオマーカーを発現する細胞に起因する拡張された蛍光シグナルによって包囲される細胞の総面積)であり、ANTは、非腫瘍細胞の総面積である。
式中、AIは、総相互作用面積(第二の特異的バイオマーカーを発現し、かつ第一の特異的バイオマーカーを発現する細胞に起因する拡張された蛍光シグナルによって包囲される細胞の総面積)であり、ACは、第二の特異的バイオマーカーを発現する能力を有する細胞の総面積である。
であって、式中、AIは、総相互作用範囲(第二の特異的バイオマーカーを発現し、かつ第一の特異的バイオマーカーを発現する細胞に起因する拡張された蛍光シグナルによって包囲される細胞の総面積)であり、ACは、第二の特異的バイオマーカーを発現する能力を有する細胞の総面積または視野にある全ての細胞の総面積である。
試料の調製。 ホルマリン固定パラフィン包埋(FFPE)組織試料を脱脂した。次いで、スライドを、キシレンからアルコールまでの一連の洗浄により再水和した後、蒸留水中でインキュベーションした。次いで、昇圧及び昇温条件を用いて熱誘導による抗原回復を行い、放冷し、トリス緩衝生理食塩水に移した。次いで、染色を行い、その際に以下のステップを実施した。まず、非特異的抗体染色を減少させるために、内因性ペルオキシダーゼを遮断した後、タンパク質ブロッキング溶液とのインキュベーションを行った。次に、スライドをマウス抗PD-1一次抗体で染色した。次いで、スライドを洗浄した後、抗マウスHRP二次抗体と共にインキュベーションした。スライドを洗浄し、次いで、TSA+Cy(登録商標)3.5(パーキンエルマー)を用いてPD-1染色を検出した。次いで、50mMの過酸化水素を含む新鮮な100mMのベンズヒドラジドで二回洗浄することによって、任意の残留HRPをクエンチした。スライドを再び洗浄した後、ウサギ抗PD-L1一次抗体で染色した。スライドを洗浄し、次いで、抗ウサギHRP二次抗体のカクテルに加えて、488染料により直接的に標識されたマウス抗S100および4’,6-ジアミジノ-2-フェニルインドール(DAPI)と共に、インキュベーションした。スライドを洗浄し、次いで、TSA-Cy(登録商標)5(パーキンエルマー)を用いてPD-L1染色を検出した。スライドを最後にもう一度洗浄した後、封入剤と共にカバースリップで覆い、室温で一晩乾燥させた。図1に抗体および検出試薬の概要を示す。
実施例2.HLA-DRおよびIDO-1についてのヒト患者由来の黒色腫組織試料についての代替的な試料の調製、撮像および撮像の解析
実施例3.ヒト患者由来の非小細胞肺がん(NSCLC)組織試料についての試料の調製、撮像、および撮像の解析
(A)がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料をスコアリングすることであって、
がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料を使用して、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を表す相互作用スコアを決定し、相互作用スコアを記録することであって、少なくとも一対の細胞の第一のメンバーがPD-1を発現し、少なくとも一対の細胞の第二のメンバーがPD-L1を発現することを含むこと、
(B)HLA-DR+IDO-1+を発現する試料の視野にあるすべてのHLA-DR陽性細胞についてバイオマーカー陽性%(PBP)の値を導出し、PBPの値を記録すること、ならびに
(C)相互作用スコアを第一の閾値と比較し、PBPの値を第二の閾値と比較すること、を含み、
相互作用スコアが第一の閾値以上であるか、またはPBPの値が第二の閾値以上であるかのどちらかである場合に、がん患者は、免疫療法に対して陽性に応答する可能性が高い、方法。
(A)がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料をスコアリングすることであって、
がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料を使用して、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を表す相互作用スコアを決定し、相互作用スコアを記録することであって、少なくとも一対の細胞の第一のメンバーがPD-1を発現し、少なくとも一対の細胞の第二のメンバーがPD-L1を発現することを含むこと、
(B)HLA-DR+IDO-1+を発現する試料の視野にあるすべてのHLA-DR陽性細胞についてバイオマーカー陽性%(PBP)の値を導出し、PBPの値を記録すること、ならびに
(C)相互作用スコアを第一の閾値と比較し、PBPの値を第二の閾値と比較すること、を含み、
(1)相互作用スコアが第一の閾値以上であるか、もしくはPBPの値が第二の閾値以上であるか、または(2)相互作用スコアが第一の閾値以上であり、かつPBPの値が前述の第二の閾値以上である場合に、がん患者が免疫療法に陽性に応答する可能性が高い、方法。
(A)腫瘍組織を含む試料から利用できる所定の数の視野に存在する複数の細胞の中から選択される、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を表すスコアを決定することであって、試料ががん患者から採取され、本方法は、
がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料から利用できる所定の数の視野を選択することであって、試料が、複数の蛍光タグにより染色され、選択が、他の視野に比べてPD-L1を発現する細胞をさらに数多く含有する視野を選択するように付勢されること、
選択された各視野について、PD-1を発現する近位に位置する細胞を包囲するのに十分なマージンをとって、PD-L1に起因する蛍光シグナルを拡張すること、
選択された各視野に由来するすべての細胞についての第一の総面積を、正規化因子で除算すること、および結果として得られた商を所定の因子によって乗算して、空間的近接スコアを得ることであって、すべての細胞が、PD-1を発現し、かつPD-1を発現する細胞に起因する拡張された蛍光シグナルの中に包囲されること、ならびに
空間的近接スコアを記録すること、を含むこと、
(B)HLA-DR+IDO-1+を発現する視野に存在するすべてのHLA-DR+細胞についてバイオマーカー陽性%(PBP)の値を導出することであって、
視野に存在するすべての細胞の核を表す第一の蛍光シグナルの画像を生成すること、および第一の蛍光シグナルを細胞全体のシグナルの直径に拡張して、視野に存在するすべての細胞の第一のマスクを構築すること、
HLA-DR+を発現する視野に存在するすべての範囲を表す第二の蛍光シグナルの第二のマスクを構築すること、
IDO-1+を発現する視野に存在するすべての範囲を表す第三の蛍光シグナルの第三のマスクを構築すること、
HLA-DR+も発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第四のマスクを提供する方法で、前述の第一のマスクと第二のマスクとを組み合わせること、
IDO-1+も発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第五のマスクを提供する方法で、前述の第一のマスクと第三のマスクとを組み合わせること、
HLA-DR+およびIDO-1+を発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第六のマスクを提供する方法で、前述の第四のマスクと第五のマスクとを組み合わせること、
第六のマスクの総面積を第四のマスクの総面積で除算することによって、HLA-DR+IDO-1+を発現する視野に存在するすべての細胞についてPBPの値を導出すること、ならびに
PBPの値を記録すること、を含むこと、ならびに、
(C)空間近接スコアを第一の閾値と比較し、PBPの値を第二の閾値と比較すること、を含み、
空間近接スコアが第一の閾値以上であるか、またはPBPの値が第二の閾値以上であるかのどちらかである場合に、がん患者が免疫療法に対して陽性に応答する可能性が高い、方法。
(A)腫瘍組織を含む試料から利用できる所定の数の視野に存在する複数の細胞の中から選択される、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を表すスコアを決定することであって、試料ががん患者から採取され、本方法は、
がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料から利用できる所定の数の視野を選択することであって、試料が、複数の蛍光タグにより染色され、選択が、他の視野に比べてPD-L1を発現する細胞をさらに数多く含有する視野を選択するように付勢されること、
選択された各視野について、PD-1を発現する近位に位置する細胞を包囲するのに十分なマージンをとって、PD-L1に起因する蛍光シグナルを拡張すること、
選択された各視野に由来するすべての細胞についての第一の総面積を、正規化因子で除算すること、および結果として得られた商を所定の因子によって乗算して、空間的近接スコアを得ることであって、すべての細胞が、PD-1を発現し、かつPD-1を発現する細胞に起因する拡張された蛍光シグナルの中に包囲されること、ならびに
空間的近接スコアを記録すること、を含むこと、
(B)HLA-DR+IDO-1+を発現する視野に存在するすべてのHLA-DR+細胞についてバイオマーカー陽性%(PBP)の値を導出することであって、
視野に存在するすべての細胞の核を表す第一の蛍光シグナルの画像を生成すること、および第一の蛍光シグナルを細胞全体のシグナルの直径に拡張して、視野に存在するすべての細胞の第一のマスクを構築すること、
HLA-DR+を発現する視野に存在するすべての範囲を表す第二の蛍光シグナルの第二のマスクを構築すること、
IDO-1+を発現する視野に存在するすべての範囲を表す第三の蛍光シグナルの第三のマスクを構築すること、
HLA-DR+も発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第四のマスクを提供する方法で、前述の第一のマスクと第二のマスクとを組み合わせること、
IDO-1+も発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第五のマスクを提供する方法で、前述の第一のマスクと第三のマスクとを組み合わせること、
HLA-DR+およびIDO-1+を発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第六のマスクを提供する方法で、前述の第四のマスクと第五のマスクとを組み合わせること、
第六のマスクの総面積を第四のマスクの総面積で除算することによって、HLA-DR+IDO-1+を発現する視野に存在するすべての細胞についてPBPの値を導出すること、ならびに
PBPの値を記録すること、を含むこと、ならびに、
(C)空間的近接スコアを第一の閾値と比較し、PBPの値を第二の閾値と比較すること、を含み、
(1)空間的近接スコアが第一の値の閾値以上であるか、もしくはPBPの値が第二の閾値以上であるかのどちらかであるか、または、(2)空間的近接スコアが第二の閾値以上であり、かつPBPの値が第二の閾値以上である場合に、がん患者が免疫療法に対して陽性に応答する可能性が高い、方法。
式中、AIは、総相互作用面積(PD-1を発現し、かつPD-L1を発現する細胞に起因する拡張された蛍光シグナルによって包囲される、細胞の総面積)であり、ACは、PD-1を発現する能力を有する細胞の総面積である、段落O~ACのいずれか一項に記載の方法。
(A)腫瘍組織を含む試料から利用できる所定の数の視野に存在する複数の細胞の中から選択される、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を表すスコアを決定することであって、試料ががん患者から採取され、本方法は、
がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料から利用できる所定の数の視野を選択することであって、試料は、複数の蛍光タグにより染色され、選択は、他の視野に比べてPD-L1を発現する細胞をさらに数多く含有する視野を選択するように付勢されること、
選択された各視野について、PD-1を発現する近位に位置する細胞を包含するのに十分なマージンをとって、PD-L1に起因する蛍光シグナルを拡張すること、
選択された各視野に由来するすべての細胞に対する第一の総面積を、正規化因子で除算すること、および結果として得られた商を所定の因子によって乗算して、空間的近接スコアを得ることであって、すべての細胞が、PD-1を発現し、かつPD-1を発現する細胞に起因する拡張された蛍光シグナルの中に包囲されること、ならびに
空間的近接スコアを記録すること、を含むこと、
(B)HLA-DR+IDO-1+を発現する視野に存在するすべてのHLA-DR+細胞についてバイオマーカー陽性%(PBP)の値を導出することであって、
視野に存在するすべての細胞の核を表す第一の蛍光シグナルの画像を生成すること、および第一の蛍光シグナルを細胞全体のシグナルの直径に拡張して、視野に存在するすべての細胞の第一のマスクを構築すること、
HLA-DR+を発現する視野に存在するすべての範囲を表す第二の蛍光シグナルの第二のマスクを構築すること、
IDO-1+を発現する視野に存在するすべての範囲を表す第三の蛍光シグナルの第三のマスクを構築すること、
HLA-DR+も発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第四のマスクを提供する方法で、前述の第一のマスクと第二のマスクとを組み合わせること、
IDO-1+も発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第五のマスクを提供する方法で、前述の第一のマスクと第三のマスクとを組み合わせること、
HLA-DR+およびIDO-1+を発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第六のマスクを提供する方法で、前述の第四のマスクと第五のマスクとを組み合わせること、
第六のマスクの総面積を第四のマスクの総面積で除算することによって、HLA-DR+IDO-1+を発現する視野に存在するすべての細胞についてPBPの値を導出すること、ならびに
PBPの値を記録すること、を含むこと、ならびに、
(C)空間近接スコアを第一の閾値と比較し、PBPの値を第二の閾値と比較すること、を含み、
空間近接スコアが第一の閾値以上であるか、またはPBPの値が第二の閾値以上であるかのどちらかである場合に、がん患者が免疫療法に対して陽性に応答する可能性が高い、方法。
(A)腫瘍組織を含む試料から利用できる所定の数の視野に存在する複数の細胞の中から選択される、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を表すスコアを決定することであって、試料ががん患者から採取され、本方法は、
がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料から利用できる所定の数の視野を選択することであって、試料は、複数の蛍光タグにより染色され、選択は、他の視野に比べてPD-L1を発現する細胞をさらに数多く含有する視野を選択するように付勢されること、
選択された各視野について、PD-1を発現する近位に位置する細胞を包含するのに十分なマージンをとって、PD-L1に起因する蛍光シグナルを拡張すること、
選択された各視野に由来するすべての細胞に対する第一の総面積を、正規化因子で除算すること、および結果として得られた商を所定の因子によって乗算して、空間的近接スコアを得ることであって、すべての細胞が、PD-1を発現し、かつPD-1を発現する細胞に起因する拡張された蛍光シグナルの中に包囲されること、ならびに
空間的近接スコアを記録すること、を含むこと、
(B)HLA-DR+IDO-1+を発現する視野に存在するすべてのHLA-DR+細胞についてバイオマーカー陽性%(PBP)の値を導出することであって、
視野に存在するすべての細胞の核を表す第一の蛍光シグナルの画像を生成すること、および第一の蛍光シグナルを細胞全体のシグナルの直径に拡張して、視野に存在するすべての細胞の第一のマスクを構築すること、
HLA-DR+を発現する視野に存在するすべての範囲を表す第二の蛍光シグナルの第二のマスクを構築すること、
IDO-1+を発現する視野に存在するすべての範囲を表す第三の蛍光シグナルの第三のマスクを構築すること、
HLA-DR+も発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第四のマスクを提供する方法で、前述の第一のマスクと第二のマスクとを組み合わせること、
IDO-1+も発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第五のマスクを提供する方法で、前述の第一のマスクと第三のマスクとを組み合わせること、
HLA-DR+およびIDO-1+を発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第六のマスクを提供する方法で、前述の第四のマスクと第五のマスクとを組み合わせること、
第六のマスクの総面積を第四のマスクの総面積で除算することによって、HLA-DR+IDO-1+を発現する視野に存在するすべての細胞についてPBPの値を導出すること、ならびに
PBPの値を記録すること、を含むこと、ならびに、
(C)空間的近接スコアを第一の閾値と比較し、PBPの値を第二の閾値と比較すること、を含み、
(1)空間的近接スコアが第一の値の閾値以上であるか、もしくはPBPの値が第二の閾値以上であるかのどちらかであるか、または、(2)空間的近接スコアが第二の閾値以上であり、かつPBPの値が第二の閾値以上である場合に、がん患者が免疫療法に対して陽性に応答する可能性が高い、方法。
式中、AIは、総相互作用領域(PD-L1を発現し、かつPD-1を発現する細胞に起因する拡張された蛍光シグナルによって包囲される、細胞の総面積)であり、ACは、PD-L1を発現する能力を有する細胞の総面積である、段落AJ~AXのいずれか一項に記載の方法。
(A)がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料をスコアリングすることであって、
がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料を使用して、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を表す相互作用スコアを決定し、相互作用スコアを記録することであって、少なくとも一対の細胞の第一のメンバーがPD-1を発現し、少なくとも一対の細胞の第二のメンバーがPD-L1を発現することを含むこと、
(B)試料の視野にあるすべてのバイオマーカー陽性細胞についてバイオマーカー陽性%(PBP)の値を導出し、PBPの値を記録すること、および
(C)相互作用スコアを第一の閾値と比較し、PBPの値を第二の閾値と比較すること、を含み、
相互作用スコアが第一の閾値以上であるか、またはPBPの値が第二の閾値以上であるかのどちらかである場合に、がん患者が免疫療法に対して陽性に応答する可能性が高い、方法。
(A)がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料をスコアリングすることであって、
がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料を使用して、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を表す相互作用スコアを決定し、相互作用スコアを記録することであって、少なくとも一対の細胞の第一のメンバーがPD-1を発現し、少なくとも一対の細胞の第二のメンバーがPD-L1を発現することを含むこと、
(B)試料の視野にあるすべてのバイオマーカー陽性細胞についてバイオマーカー陽性%(PBP)の値を導出し、PBPの値を記録すること、および
(C)相互作用スコアを第一の閾値と比較し、PBPの値を第二の閾値と比較すること、を含み、
(1)相互作用スコアが第一の閾値以上であるか、もしくはPBPの値が第二の閾値以上であるかのどちらかであるか、または(2)相互作用スコアが第一の閾値以上であり、かつPBPの値が第二の閾値以上である場合に、がん患者が免疫療法に対して陽性に応答する可能性が高い、方法。
(A)がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料をスコアリングすることであって、
がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料を使用して、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を表す相互作用スコアを決定し、相互作用スコアを記録することであって、少なくとも一対の細胞の第一のメンバーがPD-1を発現し、少なくとも一対の細胞の第二のメンバーがPD-L1を発現することを含むこと、
(B)試料の視野にあるすべてのバイオマーカー陽性細胞についてバイオマーカー陽性%(PBP)の値を導出し、PBPの値を記録すること、および
(C)相互作用スコアを第一の閾値と比較し、PBPの値を第二の閾値と比較すること、を含み、
相互作用スコアが第一の閾値以上であるか、またはPBPの値が第二の閾値以上であるかのどちらかである場合に、がん患者が免疫療法に対して陽性に応答する可能性が高い、方法。
(A)がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料をスコアリングすることであって、
がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料を使用して、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を表す相互作用スコアを決定し、相互作用スコアを記録することであって、少なくとも一対の細胞の第一のメンバーがPD-1を発現し、少なくとも一対の細胞の第二のメンバーがPD-L1を発現することを含むこと、
(B)試料の視野にあるすべてのバイオマーカー陽性細胞についてバイオマーカー陽性%(PBP)の値を導出し、PBPの値を記録すること、および
(C)相互作用スコアを第一の閾値と比較し、PBPの値を第二の閾値と比較すること、を含み、
(1)相互作用スコアが第一の閾値以上であるか、もしくはPBPの値が第二の閾値以上であるかのどちらかであるか、または(2)相互作用スコアが第一の閾値以上であり、かつPBPの値が第二の閾値以上である場合に、がん患者がアジュバント化学療法に対して陽性に応答する可能性が高い、方法。
(A)段落A~BSのいずれか一項に記載の方法を使用して、患者が免疫療法に対して陽性に応答する可能性を予測すること、および
(B)患者が免疫療法に対して陽性に応答する可能性が高い場合に、免疫療法を患者に投与すること、を含む方法。
(A)段落BT~CHのいずれか一項に記載の方法を使用して、患者がアジュバント化学療法に対して陽性に応答する可能性を予測すること、および
(B)患者がアジュバント化学療法に対して陽性に応答する可能性が高い場合に、アジュバント化学療法を患者に投与すること、を含む方法。
(A)がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料をスコアリングすることであって、
がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料を使用して、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を表す相互作用スコアを決定し、相互作用スコアを記録することであって、少なくとも一対の細胞の第一のメンバーがPD-1を発現し、少なくとも一対の細胞の第二のメンバーがPD-L1を発現することを含むこと、
(B)HLA-DR+IDO-1+を発現する試料の視野にあるすべてのHLA-DR陽性細胞についてバイオマーカー陽性%(PBP)の値を導出し、PBPの値を記録すること、ならびに
(C)相互作用スコアを第一の閾値と比較し、PBPの値を第二の閾値と比較すること、を含み、
相互作用スコアが第一の閾値以上であるか、またはPBPの値が第二の閾値以上であるかのどちらかである場合に、がん患者は、免疫療法に対して陽性に応答する可能性が高い、方法。
(A)がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料をスコアリングすることであって、
がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料を使用して、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を表す相互作用スコアを決定し、相互作用スコアを記録することであって、少なくとも一対の細胞の第一のメンバーがPD-1を発現し、少なくとも一対の細胞の第二のメンバーがPD-L1を発現することを含むこと、
(B)HLA-DR+IDO-1+を発現する試料の視野にあるすべてのHLA-DR陽性細胞についてバイオマーカー陽性%(PBP)の値を導出し、PBPの値を記録すること、ならびに
(C)相互作用スコアを第一の閾値と比較し、PBPの値を第二の閾値と比較すること、を含み、
(1)相互作用スコアが第一の閾値以上であるか、もしくはPBPの値が第二の閾値以上であるかのどちらかであるか、または(2)相互作用スコアが第一の閾値以上であり、かつPBPの値が第二の閾値以上である場合に、がん患者が免疫療法から利益を得る可能性が高い、方法。
(A)腫瘍組織を含む試料から利用できる所定の数の視野に存在する複数の細胞の中から選択される、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を表すスコアを決定することであって、試料ががん患者から採取され、本方法は、
がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料から利用できる所定の数の視野を選択することであって、試料が、複数の蛍光タグにより染色され、選択が、他の視野に比べてPD-L1を発現する細胞をさらに数多く含有する視野を選択するように付勢されること、
選択された各視野について、PD-1を発現する近位に位置する細胞を包囲するのに十分なマージンをとって、PD-L1に起因する蛍光シグナルを拡張すること、
選択された各視野に由来するすべての細胞についての第一の総面積を、正規化因子で除算すること、および結果として得られた商を所定の因子によって乗算して、空間的近接スコアを得ることであって、すべての細胞が、PD-1を発現し、かつPD-1を発現する細胞に起因する拡張された蛍光シグナルの中に包囲されること、ならびに
空間的近接スコアを記録すること、を含むこと、
(B)HLA-DR+IDO-1+を発現する視野に存在するすべてのHLA-DR+細胞についてバイオマーカー陽性%(PBP)の値を導出することであって、
視野に存在するすべての細胞の核を表す第一の蛍光シグナルの画像を生成すること、および第一の蛍光シグナルを細胞全体のシグナルの直径に拡張して、視野に存在するすべての細胞の第一のマスクを構築すること、
HLA-DR+を発現する視野に存在するすべての範囲を表す第二の蛍光シグナルの第二のマスクを構築すること、
IDO-1+を発現する視野に存在するすべての範囲を表す第三の蛍光シグナルの第三のマスクを構築すること、
HLA-DR+も発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第四のマスクを提供する方法で、前述の第一のマスクと第二のマスクとを組み合わせること、
IDO-1+も発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第五のマスクを提供する方法で、前述の第一のマスクと第三のマスクとを組み合わせること、
HLA-DR+およびIDO-1+を発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第六のマスクを提供する方法で、前述の第四のマスクと第五のマスクとを組み合わせること、
第六のマスクの総面積を第四のマスクの総面積で除算することによって、HLA-DR+IDO-1+を発現する視野に存在するすべての細胞についてPBPの値を導出すること、ならびに
PBPの値を記録すること、を含むこと、ならびに、
(C)空間近接スコアを第一の閾値と比較し、PBPの値を第二の閾値と比較すること、を含み、
空間的近接スコアが第一の値の閾値以上であるか、またはPBPの値が第二の閾値以上であるかのどちらかである場合に、がん患者が免疫療法から利益を得る可能性が高い、方法。
(A)腫瘍組織を含む試料から利用できる所定の数の視野に存在する複数の細胞の中から選択される、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を表すスコアを決定することであって、試料ががん患者から採取され、本方法は、
がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料から利用できる所定の数の視野を選択することであって、試料が、複数の蛍光タグにより染色され、選択が、他の視野に比べてPD-L1を発現する細胞をさらに数多く含有する視野を選択するように付勢されること、
選択された各視野について、PD-1を発現する近位に位置する細胞を包囲するのに十分なマージンをとって、PD-L1に起因する蛍光シグナルを拡張すること、
選択された各視野に由来するすべての細胞についての第一の総面積を、正規化因子で除算すること、および結果として得られた商を所定の因子によって乗算して、空間的近接スコアを得ることであって、すべての細胞が、PD-1を発現し、かつPD-1を発現する細胞に起因する拡張された蛍光シグナルの中に包囲されること、ならびに
空間的近接スコアを記録すること、を含むこと、
(B)HLA-DR+IDO-1+を発現する視野に存在するすべてのHLA-DR+細胞についてバイオマーカー陽性%(PBP)の値を導出することであって、
視野に存在するすべての細胞の核を表す第一の蛍光シグナルの画像を生成すること、および第一の蛍光シグナルを細胞全体のシグナルの直径に拡張して、視野に存在するすべての細胞の第一のマスクを構築すること、
HLA-DR+を発現する視野に存在するすべての範囲を表す第二の蛍光シグナルの第二のマスクを構築すること、
IDO-1+を発現する視野に存在するすべての範囲を表す第三の蛍光シグナルの第三のマスクを構築すること、
HLA-DR+も発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第四のマスクを提供する方法で、前述の第一のマスクと第二のマスクとを組み合わせること、
IDO-1+も発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第五のマスクを提供する方法で、前述の第一のマスクと第三のマスクとを組み合わせること、
HLA-DR+およびIDO-1+を発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第六のマスクを提供する方法で、前述の第四のマスクと第五のマスクとを組み合わせること、
第六のマスクの総面積を第四のマスクの総面積で除算することによって、HLA-DR+IDO-1+を発現する視野に存在するすべての細胞についてPBPの値を導出すること、ならびに
PBPの値を記録すること、を含むこと、ならびに、
(C)空間的近接スコアを第一の閾値と比較し、PBPの値を第二の閾値と比較すること、を含み、
(1)空間的近接スコアが第一の閾値以上であるか、もしくはPBPの値が第二の閾値以上であるかのどちらかであるか、または(2)空間的近接スコアが第一の閾値以上であり、かつPBPの値が前述の第二の閾値以上である場合に、がん患者が免疫療法に対して陽性に応答する可能性が高い、方法。
式中、AIは、総相互作用面積(PD-1を発現し、かつPD-L1を発現する細胞に起因する拡張された蛍光シグナルによって包囲される、細胞の総面積)であり、ACは、PD-1を発現する能力を有する細胞の総面積である、段落CX~DLのいずれか一項に記載の方法。
(A)がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料をスコアリングすることであって、
がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料を使用して、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を表す相互作用スコアを決定し、相互作用スコアを記録することであって、少なくとも一対の細胞の第一のメンバーがPD-1を発現し、少なくとも一対の細胞の第二のメンバーがPD-L1を発現することを含むこと、
(B)試料の視野にあるすべてのバイオマーカー陽性細胞についてバイオマーカー陽性%(PBP)の値を導出し、PBPの値を記録すること、および
(C)相互作用スコアを第一の閾値と比較し、PBPの値を第二の閾値と比較すること、を含み、
相互作用スコアが第一の閾値以上であるか、またはPBPの値が第二の閾値以上であるかのどちらかである場合に、がん患者がアジュバント化学療法から利益を得る可能性が高い、方法。
(A)がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料をスコアリングすることであって、
がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料を使用して、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を表す相互作用スコアを決定し、相互作用スコアを記録することであって、少なくとも一対の細胞の第一のメンバーがPD-1を発現し、少なくとも一対の細胞の第二のメンバーがPD-L1を発現することを含むこと、
(B)試料の視野にあるすべてのバイオマーカー陽性細胞についてバイオマーカー陽性%(PBP)の値を導出し、PBPの値を記録すること、および
(C)相互作用スコアを第一の閾値と比較し、PBPの値を第二の閾値と比較すること、を含み、
(1)相互作用スコアが第一の閾値以上であるか、もしくはPBPの値が第二の閾値以上であるかのどちらかであるか、または(2)相互作用スコアが第一の閾値以上であり、かつPBPの値が第二の閾値以上である場合に、がん患者がアジュバント化学療法から利益を得る可能性が高い、方法。
(A)がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料をスコアリングすることであって、
がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料を使用して、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を表す相互作用スコアを決定し、相互作用スコアを記録することであって、少なくとも一対の細胞の第一のメンバーがPD-1を発現し、少なくとも一対の細胞の第二のメンバーがPD-L1を発現することを含むこと、
(B)CD25+FoxP3+を発現する試料の視野にあるすべてのT細胞(CD4+またはCD8+)に対するバイオマーカー陽性%(PBP)の値を導出して、PBPの値を記録すること、および
(C)相互作用スコアを第一の閾値と比較し、PBPの値を第二の閾値と比較すること、を含み、
(1)相互作用スコアが第一の閾値以上であるか、もしくはPBPの値が第二の閾値以上であるかのどちらかであるか、または(2)相互作用スコアが第一の閾値以上であり、かつPBPの値が第二の閾値以上である場合に、がん患者がアジュバント化学療法に対して陽性に応答する可能性が高い、方法。
(A)がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料をスコアリングすることであって、
がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料を使用して、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を表す相互作用スコアを決定し、相互作用スコアを記録することであって、少なくとも一対の細胞の第一のメンバーがPD-1を発現し、少なくとも一対の細胞の第二のメンバーがPD-L1を発現することを含むこと、
(B)CD25+FoxP3+を発現する試料の視野にあるすべてのT細胞(CD4+またはCD8+)に対するバイオマーカー陽性%(PBP)の値を導出して、PBPの値を記録すること、および
(C)相互作用スコアを第一の閾値と比較し、PBPの値を第二の閾値と比較すること、を含み、
(1)相互作用スコアが第一の閾値以上であるか、もしくはPBPの値が第二の閾値以上であるかのどちらかであるか、または(2)相互作用スコアが第一の閾値以上であり、かつPBPの値が第二の閾値以上である場合に、がん患者がアジュバント化学療法から利益を得る可能性が高い、方法。
(A)段落のいずれか一項に記載の方法を使用して、患者が免疫療法に対して陽性に応答する可能性を予測すること、および
(B)患者が免疫療法に対して陽性に応答する可能性が高い場合に、免疫療法を患者に投与すること、または
(C)患者が免疫療法に対して陽性に応答する可能性が低い場合、(1)BRAF変異が存在する場合には標的療法を、または(2)BRAF変異が存在しない場合には姑息手術および/または放射線療法ならびに最も良い支持ケアを、患者に投与すること、を含む方法。
(A)段落BT~CHのいずれか一項に記載の方法を使用して、患者がアジュバント化学療法に対して陽性に応答する可能性を予測すること、および
(B)患者がアジュバント化学療法に対して陽性に応答する可能性が高い場合に、患者にアジュバント化学療法を投与すること、または
(C)患者がアジュバント化学療法に対して陽性に応答する可能性が低い場合に、変異試験を進めて、(1)変異試験が陽性であれば標的療法を患者に投与すること、または(2)変異試験が陰性であれば最も良い支持ケアを患者に投与すること、を含む方法。
(A)HLA-DR+IDO-1+を発現する試料の視野におけるすべてのHLA-DR陽性細胞についてバイオマーカー陽性%(PBP)の値を導出し、PBPの値を記録すること、および
(B)PBPの値を閾値と比較すること、を含み、
PBPの値が閾値以上である場合に、黒色腫患者が免疫療法に対して陽性に応答する可能性が高い、方法。
(A)HLA-DR+IDO-1+を発現する視野に存在するすべてのHLA-DR+細胞についてバイオマーカー陽性%(PBP)の値を導出することであって、
視野に存在するすべての細胞の核を表す第一の蛍光シグナルの画像を生成すること、および第一の蛍光シグナルを細胞全体のシグナルの直径に拡張して、視野に存在するすべての細胞の第一のマスクを構築すること、
HLA-DR+を発現する視野に存在するすべての範囲を表す第二の蛍光シグナルの第二のマスクを構築すること、
IDO-1+を発現する視野に存在するすべての範囲を表す第三の蛍光シグナルの第三のマスクを構築すること、
HLA-DR+も発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第四のマスクを提供する方法で、前述の第一のマスクと第二のマスクとを組み合わせること、
IDO-1+も発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第五のマスクを提供する方法で、前述の第一のマスクと第三のマスクとを組み合わせること、
HLA-DR+およびIDO-1+を発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第六のマスクを提供する方法で、前述の第四のマスクと第五のマスクとを組み合わせること、
第六のマスクの総面積を第四のマスクの総面積で除算することによって、HLA-DR+IDO-1+を発現する視野に存在するすべての細胞についてPBPの値を導出すること、ならびに
PBPの値を記録すること、を含むこと、ならびに、
(B)PBPの値を閾値と比較すること、を含み、
PBPの値が閾値以上である場合に、黒色腫患者が免疫療法に対して陽性に応答する可能性が高い、方法。
(A)CD25+FoxP3+を発現する試料の視野内のすべてのT細胞(CD4+またはCD8+)についてバイオマーカー陽性%(PBP)の値を導出して、PBPの値を記録すること、および
(B)PBPの値を閾値と比較すること、を含み、
PBPの値が閾値以上である場合に、非小細胞肺がん患者がアジュバント化学療法に対して陽性に応答する可能性が高い、方法。
(A)CD25+FoxP3+を発現する試料の視野内のすべてのT細胞(CD4+またはCD8+)についてバイオマーカー陽性%(PBP)の値を導出して、PBPの値を記録すること、および
(B)PBPの値を閾値と比較すること、を含み、
PBPの値が閾値以上である場合に、非小細胞肺がん患者がアジュバント化学療法から利益を得る可能性が高い、方法。
(A)Ki67+を発現する試料の視野内のすべてのT細胞(CD4+またはCD8+)についてバイオマーカー陽性%(PBP)の値を導出して、PBPの値を記録すること、および
(B)PBPの値を閾値と比較すること、を含み、
PBPの値が閾値未満である場合、非小細胞肺がん患者がアジュバント化学療法に対して陽性に応答する可能性が高い、方法。
(A)Ki67+を発現する試料の視野内のすべてのT細胞(CD4+またはCD8+)についてバイオマーカー陽性%(PBP)の値を導出して、PBPの値を記録すること、および
(B)PBPの値を閾値と比較すること、を含み、
PBPの値が閾値未満である場合に、非小細胞肺がん患者がアジュバント化学療法から利益を得る可能性が高い、方法。
(A)がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料をスコアリングすることであって、
がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料を使用して、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を表す相互作用スコアを決定し、相互作用スコアを記録することであって、少なくとも一対の細胞の第一のメンバーがPD-1を発現し、少なくとも一対の細胞の第二のメンバーがPD-L1を発現することを含むこと、
(B)Ki67+を発現する試料の視野内のすべてのT細胞(CD4+またはCD8+)についてバイオマーカー陽性%(PBP)の値を導出して、PBPの値を記録すること、および
(C)相互作用スコアを第一の閾値と比較し、PBPの値を第二の閾値と比較すること、を含み、
(1)相互作用スコアが第一の閾値以上であるか、もしくはPBPの値が第二の閾値未満であるかのどちらかであるか、または(2)相互作用スコアが第一の閾値以上であり、かつPBPの値が第二の閾値未満である場合に、がん患者がアジュバント化学療法に対して陽性に応答する可能性が高い、方法。
(A)がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料をスコアリングすることであって、
がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料を使用して、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を表す相互作用スコアを決定し、相互作用スコアを記録することであって、少なくとも一対の細胞の第一のメンバーがPD-1を発現し、少なくとも一対の細胞の第二のメンバーがPD-L1を発現することを含むこと、
(B)Ki67+を発現する試料の視野内のすべてのT細胞(CD4+またはCD8+)についてバイオマーカー陽性%(PBP)の値を導出して、PBPの値を記録すること、および
(C)相互作用スコアを第一の閾値と比較し、PBPの値を第二の閾値と比較すること、を含み、
(1)相互作用スコアが第一の閾値以上であるか、もしくはPBPの値が第二の閾値未満であるかのどちらかであるか、または(2)相互作用スコアが第一の閾値以上であり、かつPBPの値が第二の閾値未満である場合に、がん患者がアジュバント化学療法から利益を得る可能性が高い、方法。
Claims (21)
- がん患者に対する免疫療法の有効性を決定するための方法であって、
(A)前記がん患者から事前に採取された腫瘍組織を含む試料をスコアリングすることであって、
前記がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料を使用して、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を表す相互作用スコアを決定し、前記相互作用スコアを記録することであって、前記少なくとも一対の細胞の第一のメンバーがPD-1を発現し、前記少なくとも一対の細胞の第二のメンバーがPD-L1を発現することを含むこと、
(B)HLA-DR+IDO-1+を発現する前記試料の視野にあるすべてのHLA-DR陽性細胞についてバイオマーカー陽性%(PBP)の値を導出し、前記PBPの値を記録すること、ならびに
(C)前記相互作用スコアを第一の閾値と比較し、前記PBPの値を第二の閾値と比較すること、ここで前記第一の閾値は約500から約5000までに及ぶ、を含み、
(1)前記相互作用スコアが前記第一の閾値以上であるか、もしくは前記PBPの値が前記第二の閾値以上であるかのどちらかであるか、または(2)前記相互作用スコアが前記第一の閾値以上であり、かつ前記PBPの値が前記第二の閾値以上である場合に、前記がん患者に対して前記免疫療法が有効であることを示す、方法。 - 前記免疫療法が、PD-1および/またはPD-L1系を標的とする、請求項1に記載の方法。
- 前記免疫療法が、抗PD-1治療、抗PD-L1治療、IDO-1阻害治療、またはそれらの組み合わせを含む、請求項1に記載の方法。
- 前記少なくとも一対の細胞の間の前記空間的近接が、約1ピクセルから約100ピクセルまでに及ぶ、または、約0.5μmから約50μmまでに及ぶ、請求項1-3のいずれか一項に記載の方法。
- 前記第一の閾値が、約900プラスまたはマイナス100である、請求項1-4のいずれか一項に記載の方法。
- 前記第二の閾値が、約2%から約10%までに及ぶ、請求項1-5のいずれか一項に記載の方法。
- 前記第二の閾値が、約5%プラスまたはマイナス1%である、請求項1-5のいずれか一項に記載の方法。
- 前記がん患者が、黒色腫がん患者または肺がん患者である、請求項1-7のいずれか一項に記載の方法。
- 前記がん患者が、非小細胞肺がん患者である、請求項1-7のいずれか一項に記載の方法。
- がん患者に対する免疫療法の有効性を決定するための方法であって、
(A)腫瘍組織を含む試料から利用できる所定の数の視野に存在する複数の細胞の中から選択される、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を表すスコアを決定することであって、試料が前記がん患者から事前に採取され、前記方法は、
前記がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料から利用できる所定の数の視野を選択することであって、試料が、複数の蛍光タグにより染色され、選択が、他の視野に比べてPD-L1を発現する細胞をさらに数多く含有する視野を選択するように付勢されること、
前記選択された各視野について、PD-1を発現する近位に位置する細胞を包囲するのに十分なマージンをとって、PD-L1に起因する蛍光シグナルを拡張すること、
前記選択された各視野に由来するすべての細胞についての第一の総面積を、正規化因子で除算すること、および結果として得られた商を所定の因子によって乗算して、空間的近接スコアを得ることであって、すべての細胞が、PD-1を発現し、かつPD-1を発現する細胞に起因する前記拡張された蛍光シグナルの中に包囲されること、ならびに
前記空間的近接スコアを記録すること、を含むこと、
(B)HLA-DR+IDO-1+を発現する視野に存在するすべてのHLA-DR+細胞についてバイオマーカー陽性%(PBP)の値を導出することであって、
視野に存在するすべての細胞の核を表す第一の蛍光シグナルの画像を生成すること、および前記第一の蛍光シグナルを細胞全体のシグナルの直径に拡張して、前記視野に存在するすべての細胞の第一のマスクを構築すること、
HLA-DR+を発現する前記視野に存在するすべての範囲を表す第二の蛍光シグナルの第二のマスクを構築すること、
IDO-1+を発現する前記視野に存在するすべての範囲を表す第三の蛍光シグナルの第三のマスクを構築すること、
HLA-DR+も発現する前記視野にあるすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第四のマスクを提供する方法で、前記第一のマスクと第二のマスクとを組み合わせること、
IDO-1+も発現する前記視野にあるすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第五のマスクを提供する方法で、前記第一のマスクと第三のマスクとを組み合わせること、
HLA-DR+およびIDO-1+を発現する前記視野にあるすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第六のマスクを提供する方法で、前記第四のマスクと第五のマスクとを組み合わせること、
前記第六のマスクの総面積を前記第四のマスクの総面積で除算することによって、HLA-DR+IDO-1+を発現する前記視野に存在するすべての細胞についてPBPの値を導出すること、ならびに
前記PBPの値を記録すること、を含むこと、ならびに、
(C)前記空間的近接スコアを第一の閾値と比較し、前記PBPの値を第二の閾値と比較すること、を含み、
(1)前記空間的近接スコアが前記第一の値の閾値以上であるか、もしくは前記PBPの値が前記第二の閾値以上であるかのどちらかであるか、または、(2)前記空間的近接スコアが前記第二の閾値以上であり、かつ前記PBPの値が前記第二の閾値以上である場合に、前記がん患者に対して前記免疫療法が有効であることを示す、方法。 - 前記所定因子が104である、請求項10に記載の方法。
- 前記第一の閾値が、約500から約5000までに及ぶ、請求項10または請求項11に記載の方法。
- 前記第一の閾値が、約900プラスまたはマイナス100である、請求項10または請求項11に記載の方法。
- 前記第二の閾値が、約2%から約10%までに及ぶ、請求項10-13のいずれか一項に記載の方法。
- 前記第二の閾値が、約5%プラスまたはマイナス1%である、請求項10-13のいずれか一項に記載の方法。
- がん患者に対する免疫療法の有効性を決定するための方法であって、
(A)腫瘍組織を含む試料から利用できる所定の数の視野に存在する複数の細胞の中から選択される、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を表すスコアを決定することであって、試料が事前に前記がん患者から採取され、前記方法は、
前記がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料から利用できる所定の数の視野を選択することであって、試料は、複数の蛍光タグにより染色され、選択は、他の視野に比べてPD-L1を発現する細胞をさらに数多く含有する視野を選択するように付勢されること、
前記選択された各視野について、PD-1を発現する近位に位置する細胞を包囲するのに十分なマージンをとって、PD-L1に起因する蛍光シグナルを拡張すること、
前記選択された各視野に由来するすべての細胞についての第一の総面積を、正規化因子で除算すること、および結果として得られた商を所定の因子によって乗算して、空間的近接スコアを得ることであって、すべての細胞が、PD-1を発現し、かつPD-1を発現する細胞に起因する前記拡張された蛍光シグナルの中に包囲されること、ならびに
前記空間的近接スコアを記録すること、を含むこと、
(B)HLA-DR+IDO-1+を発現する視野に存在するすべてのHLA-DR+細胞についてバイオマーカー陽性%(PBP)の値を導出することであって、
視野に存在するすべての細胞の核を表す第一の蛍光シグナルの画像を生成すること、および前記第一の蛍光シグナルを細胞全体のシグナルの直径に拡張して、前記視野に存在するすべての細胞の第一のマスクを構築すること、
HLA-DR+を発現する前記視野に存在するすべての範囲を表す第二の蛍光シグナルの第二のマスクを構築すること、
IDO-1+を発現する前記視野に存在するすべての範囲を表す第三の蛍光シグナルの第三のマスクを構築すること、
HLA-DR+も発現する前記視野にあるすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第四のマスクを提供する方法で、前記第一のマスクと第二のマスクとを組み合わせること、
IDO-1+も発現する前記視野にあるすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第五のマスクを提供する方法で、前記第一のマスクと第三のマスクとを組み合わせること、
HLA-DR+およびIDO-1+を発現する前記視野にあるすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第六のマスクを提供する方法で、前記第四のマスクと第五のマスクとを組み合わせること、
前記第六のマスクの総面積を前記第四のマスクの総面積で除算することによって、HLA-DR+IDO-1+を発現する前記視野に存在するすべての細胞についてPBPの値を導出すること、ならびに
前記PBPの値を記録すること、を含むこと、ならびに、
(C)前記空間的近接スコアを第一の閾値と比較し、前記PBPの値を第二の閾値と比較すること、を含み、
(1)前記空間的近接スコアが前記第一の値の閾値以上であるか、もしくは前記PBPの値が前記第二の閾値以上であるかのどちらかであるか、または、(2)前記空間的近接スコアが前記第二の閾値以上であり、かつ前記PBPの値が前記第二の閾値以上である場合に、前記がん患者に対して前記免疫療法が有効であることを示す、方法。 - 前記所定の因子が104である、請求項16に記載の方法。
- 前記第一の閾値が、約500から約5000までに及ぶ、請求項16または請求項17に記載の方法。
- 前記第一の閾値が、約900プラスまたはマイナス100である、請求項16または請求項17に記載の方法。
- 前記第二の閾値が、約2%から約10%までに及ぶ、請求項16-19のいずれか一項に記載の方法。
- 前記第二の閾値が、約5%プラスまたはマイナス1%である、請求項16-19のいずれか一項に記載の方法。
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