JP6989853B2 - 混合物中の核酸を配列決定する方法およびそれに関する組成物 - Google Patents
混合物中の核酸を配列決定する方法およびそれに関する組成物 Download PDFInfo
- Publication number
- JP6989853B2 JP6989853B2 JP2019129167A JP2019129167A JP6989853B2 JP 6989853 B2 JP6989853 B2 JP 6989853B2 JP 2019129167 A JP2019129167 A JP 2019129167A JP 2019129167 A JP2019129167 A JP 2019129167A JP 6989853 B2 JP6989853 B2 JP 6989853B2
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- sequence
- nucleic acid
- marker
- stranded
- primer
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Active
Links
- HDRVNXSRAWBMRY-UHFFFAOYSA-N CC1C(CC2)CC2CCCCCC1 Chemical compound CC1C(CC2)CC2CCCCCC1 HDRVNXSRAWBMRY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
Images
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6869—Methods for sequencing
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/10—Processes for the isolation, preparation or purification of DNA or RNA
- C12N15/1034—Isolating an individual clone by screening libraries
- C12N15/1065—Preparation or screening of tagged libraries, e.g. tagged microorganisms by STM-mutagenesis, tagged polynucleotides, gene tags
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2521/00—Reaction characterised by the enzymatic activity
- C12Q2521/30—Phosphoric diester hydrolysing, i.e. nuclease
- C12Q2521/313—Type II endonucleases, i.e. cutting outside recognition site
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2525/00—Reactions involving modified oligonucleotides, nucleic acids, or nucleotides
- C12Q2525/10—Modifications characterised by
- C12Q2525/173—Modifications characterised by incorporating a polynucleotide run, e.g. polyAs, polyTs
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2525/00—Reactions involving modified oligonucleotides, nucleic acids, or nucleotides
- C12Q2525/10—Modifications characterised by
- C12Q2525/191—Modifications characterised by incorporating an adaptor
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2525/00—Reactions involving modified oligonucleotides, nucleic acids, or nucleotides
- C12Q2525/30—Oligonucleotides characterised by their secondary structure
- C12Q2525/301—Hairpin oligonucleotides
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2531/00—Reactions of nucleic acids characterised by
- C12Q2531/10—Reactions of nucleic acids characterised by the purpose being amplify/increase the copy number of target nucleic acid
- C12Q2531/125—Rolling circle
Landscapes
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Microbiology (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Immunology (AREA)
- Bioinformatics & Computational Biology (AREA)
- Crystallography & Structural Chemistry (AREA)
- Plant Pathology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
Description
本出願は、その全体が参考として本明細書に援用される2013年2月20日に出願された米国仮出願第61/766,841号に対して優先権を主張する。
個々の遺伝子はしばしば、種々の細胞もしくは分化ステージ(生物の生活環の中で通常は遭遇しない細胞、例えば、がん細胞;培養物中の細胞;発生的な神経-解剖学的異常の細胞が挙げられる)において新たなタンパク質を生じ得る。その種々のタンパク質は、発現している細胞におけるタンパク質を定めるメッセンジャーRNA(mRNA)の転写活性化および転写後RNAプロセシングの差次的パターンから生じる。
本開示は、異種混合物中に存在する個々のポリヌクレオチドの全長(端から端までの)配列を得ることに関する。それは、このような分析を可能にする特別な試薬の設計、合成および調製法にさらに関する。ある種の実施形態において、本開示は、高等な多細胞生物の細胞もしくは組織のトランスクリプトーム中のmRNAを完全に配列決定し、定量することに関する。開示される方法は、高等な多細胞生物の細胞および組織の分子表現型を特定する全長mRNAの効率的で、安価な配列決定を可能にする。ある種の実施形態において、本開示は、このような分析を行うための試薬および適用方法を含む商業用のキットに関する。
本発明のある種の実施形態では、例えば以下の項目が提供される:
(項目1)
a)サンプルとタグ付加するポリヌクレオチドの1群とを混合する工程であって、ここで該サンプルは、種々の長さおよび/もしくは種々の配列の核酸の混合物を含み、該タグ付加するポリヌクレオチドは、重複する配列とランダム配列を有する部分とを個々に含み、該混合する工程は、該タグ付加するポリヌクレオチドが該核酸と結合して、ランダム配列で個々にタグ付加された核酸を形成する条件下で行われる、工程;
b)ランダム配列で個々にタグ付加された該核酸混合物を、ホモポリマーの混合物へと複製する工程であって、ここで該ホモポリマーは、反復核酸および反復配列タグを含む、工程;
c)該ホモポリマーを壊して、ホモポリマーフラグメントを提供する工程;ならびに
d)該ホモポリマーフラグメントを配列決定する工程、
を包含する、方法。
(項目2)
前記ホモポリマーフラグメントと、前記タグ付加するポリヌクレオチド上の前記重複配列内の部位を切断する制限ヌクレアーゼとを混合して、切断されたホモポリマーフラグメントを提供する工程、および該切断されたホモポリマーフラグメントを配列決定する工程をさらに包含する、項目1に記載の方法。
(項目3)
前記ホモポリマーフラグメント内のタグ付加された配列を同定する工程、前記ランダム配列の部分の中の同一配列を分離する工程、および前記サンプル中にあった核酸配列を再構成する工程をさらに包含する、項目1に記載の方法。
(項目4)
前記タグ付加するポリヌクレオチドが、2本鎖セグメントへと自己ハイブリダイズするように構成されたパリンドローム配列を含み、ここで該2本鎖セグメントは、制限部位を含む、項目1に記載の方法。
(項目5)
前記制限部位が、稀な制限部位である、項目2に記載の方法。
(項目6)
a)タグ付加する部分および標的部分を含む2本鎖核酸フラグメントを提供する工程であって、ここで該タグ付加する部分は、重複配列のセグメントおよび変化する配列のセグメントを含み、該重複配列は、第1のプライマー部位および制限部位を含む、工程、
b)該2本鎖フラグメントと該制限部位に対する制限酵素とを混合して、切断されたフラグメントを提供する工程;
c)該切断されたフラグメントと酵素とを、該切断されたフラグメントが環状フラグメントを形成するような条件下で混合する工程;
d)該環状フラグメントをランダムな点で壊して、剪断されたフラグメントを提供する工程;
e)該2本鎖核酸の末端にアダプターをライゲーションする工程であって、ここで該アダプターは、第2のプライマー部位を含み、アダプター核酸コンジュゲートを提供する、工程;
f)該アダプター核酸コンジュゲートを、該第1のプライマー部位および該第2のプライマー部位に対するプライマーを用いて増幅する工程であって、ここで該第1のプライマーは、その5’末端に第1の捕捉配列を含み、該第2のプライマーは、に5’末端に第2の捕捉配列を含んで捕捉標的タグ付加コンジュゲートを提供する、工程;ならびに
g)該捕捉標的タグコンジュゲートを配列決定する工程、
を包含する、方法。
(項目7)
前記変化する配列のセグメントが、前記第1のプライマー部位と前記標的部分との間にある、項目6に記載の方法。
(項目8)
前記第1のプライマー部位が、前記変化する配列のセグメントと前記標的部分との間にある、項目6に記載の方法。
(項目9)
前記制限部位が、前記変化する配列のセグメントと前記第1のプライマー部位との間にある、項目6に記載の方法。
(項目10)
前記変化する配列のセグメントが、前記制限部位と前記第1のプライマー部位との間にある、項目6に記載の方法。
(項目11)
前記核酸フラグメントが、変化する配列の2つのセグメントを含み、ここで該変化するセグメントは、同一配列であり、前記制限部位は、該同一配列の間にある、項目6に記載の方法。
(項目12)
a)サンプルとタグ付加するポリヌクレオチドの一群とを混合する工程であって、ここで該サンプルは、種々の長さおよび/もしくは種々の配列の核酸の混合物を含み、ここで該タグ付加するポリヌクレオチドは、重複配列とランダム配列を有する部分とを個々に含み、該タグ付加するポリヌクレオチドは、2本鎖セグメントへと自己ハイブリダイズするように構成されたパリンドローム配列を含み、ここで該2本鎖セグメントは、制限部位を含み、
ここで該ランダム配列を有する部分は、該2本鎖セグメント内にあり、
ここで該混合する工程は、該タグ付加するポリヌクレオチドが該核酸と結合して、ランダム配列で個々にタグ付加された核酸を形成する条件下で行われる、工程;
b)ランダム配列で個々にタグ付加された該核酸混合物を、ホモポリマーの混合物へと複製する工程であって、ここで該ホモポリマーは、反復核酸および反復配列タグを含む、工程;
c)該ホモポリマーフラグメントと、該タグ付加するポリヌクレオチド上の該重複配列に相関した部位を切断する制限ヌクレアーゼとを混合して、切断されたホモポリマーフラグメントを提供する工程;ならびに
d)該切断されたホモポリマーフラグメントを配列決定する工程、
を包含する、方法。
(項目13)
重複配列、ランダム配列を有する部分、ポリ-Tを有する部分、および制限部位を各々が個々に含むポリヌクレオチドの混合物を含む、組成物。
(項目14)
前記ポリ-Tが、3’末端のあたりにあり、前記ランダム配列を有する部分が、該ポリ-Tと制限部位との間にある、項目13に記載の組成物。
(項目15)
ポリヌクレオチドが、2本鎖セグメントへと自己ハイブリダイズするように構成されたパリンドローム配列を含み、ここで該2本鎖セグメントは、制限部位を含む、項目13または14に記載の組成物。
(項目16)
前記ランダム配列を有する部分が、前記2本鎖セグメント内にある、項目13~15のいずれかに記載の組成物。
(項目17)
前記ポリ-Tが、3’末端のあたりにあり、第2のポリ-Tが、5’末端のあたりにある、項目14に記載の組成物。
(項目18)
前記制限部位が、稀な制限部位である、項目13~17のいずれかに記載の組成物。
(項目19)
前記ランダム配列を有する部分が、ランダム塩基部位もしくは重複配列が散在する配列を含む、項目13~18のいずれかに記載の組成物。
(項目20)
重複配列、ランダム配列を有する部分、同じランダム配列を繰り返す第2の部分、ポリ-Tを有する部分、ならびに該ランダム配列を有する部分と該同じランダム配列を繰り返す第2の部分との間の制限部位を各々が個々に含むポリヌクレオチドの混合物を含む、組成物。
(項目21)
核酸を生成する方法であって、該方法は、
a)プライマーおよび複製試薬と、3’ポリ-T、重複配列、ランダム配列を有する部分、およびループを含む出発ヘアピンポリヌクレオチドとを混合して部分的に2本鎖のかつ部分的に1本鎖の核酸を形成する工程であって、ここで該プライマーは、該ループ配列に対するものである、工程;ならびに
b)該部分的に2本鎖のかつ部分的に1本鎖の核酸と、ポリ-Aプライマーおよび複製薬剤とを混合して、全体的に2本鎖の核酸を形成する工程、
を包含する、方法。
(項目22)
前記ポリ-Aプライマーを切断して、ポリ-Tテールを有する2本鎖核酸を提供する工程をさらに包含する、項目21に記載の方法。
(項目23)
前記2本鎖核酸を変性させて、ポリ-Tテールを有するヘアピン核酸および前記出発ヘアピンポリヌクレオチドを形成する工程をさらに包含する、項目22に記載の方法。
(項目24)
前記出発ヘアピンポリヌクレオチドが、固体支持体にコンジュゲート化される、項目21~23のいずれかに記載の方法。
(項目25)
項目13~19に記載のポリヌクレオチドを含む、キット。
本明細書で記載される方法は、RNASeqのある種の制限を克服する。このRNA-Seqの制限、ならびに細胞および組織の表現型を推定もしくは説明するための全ゲノム配列決定もしくは「エクソーム配列決定」ストラテジーの制限は、単一の仮想分断遺伝子から生じ得る2つの選択的トランスクリプトームの図10に示される模式図で捕捉されている。個々の選択的スプライシングされたセグメント(ここでは2つのトランスクリプトームにおいて同一)の発現頻度を定量してさえも、エクソーム配列決定は、全く異なるタンパク質が発現される筋書き(疾患変異が機能に影響を及ぼし得る異なる構造的状況)を区別できないことは、明らかである。
(ここでaijは、エキソンejが欠失されるかもしくは保持される場合に、それぞれ、0もしくは1である保持係数(retention coefficient)である)によって特定されるか、またはより単純に、
si=aig・Xg
(ここでaigは、遺伝子gのi番目のメッセージに関する保持係数のベクトルであり、Xgは、gの保持されたエキソンのセットを指す)によって特定される。
si=aig・Ψg
τ=(p1, ..., pg ... ,pN)、ここでNは、遺伝子数であり;
そしてngは、遺伝子gの全てのバリアントに関するメッセージ分子の総数である。
そしてngiは、バリアントiに関するメッセージ分子の数である。実際の遺伝子配列エレメントをτgの中に吸い上げると、トランスクリプトームは、バリアント配列の重み付けした目録(例えば、通常所望される情報の形態)として再構成される。この条件では、
である。
Clinical Oncology,(2007) 125, 5815-5824を参照のこと。標的組織に存在するコアクチベーターおよびコインヒビターの相対的レベルを特徴付けることに、最も多くの注意が向けられてきた。比較して、これらレセプターのおよそ24種のスプライスバリアント、またはプロゲステロンおよびアンドロゲンレセプターにおける匹敵するバリエーションの組織特異的発現がこれら差異を説明するという可能性は、ほとんど考慮されてこなかった。本明細書で開示される実施形態を使用するmRNAプロファイリングは、これら可能性のうちの全てに関する情報を捕捉し得る。
ある種の実施形態において、本開示は、染色体DNAのように、任意の長いポリマーの配列決定およびデノボアセンブリのために使用され得る一方で、トランスクリプトミクスへの適用がこの節に記載される。この実施形態は、細胞もしくは組織のトランスクリプトームにおけるメッセージの混合集団から包括的な全長配列決定およびmRNAバリアントの相対量の定量を可能にする。
1)固有の識別子配列「タグ」を、混合物中の各ポリヌクレオチドに取り付ける工程;
2)上記タグ付加したポリヌクレオチド、典型的には(しかし必要ではない)タンデムのタグ付加されたホモポリマーとして複製する工程;
3)上記タグ付加し、複製した生成物を剪断して(例えば、物理的に)、ランダム点で、上記cDNAレプリカを壊す工程;
4)上記識別タグ内の規定された部位で酵素により切断して、上記識別子を各酵素切断生成物の一方の末端に位置づける工程;
5)あらゆるタグ付加されたフラグメントを配列決定して、上記識別子タグおよびランダム剪断点からの関連配列を捕捉する工程;
6)タグ付加された配列対を、識別された供給源分子に従って分離し、単一分子配列アセンブリし、同一配列のポリヌクレオチドを集計し、そして出発mRNA集団の統計的構造を再構成するための工程。
1.SMID検出工程 - 同定するランダム化配列は、隣接する配列エレメント(「ラッパー」)によって、または各ライブラリー鎖の一方の末端もしくは両方の末端での一様の配置によってかのいずれかで配置される。
本開示のある種の実施形態の状況において、以下の用語が企図される。
タグの種々のタイプが企図される:タイプI(単一マーカー)、タイプII-ps(2つのパリンドロームの対称的マーカー)、タイプII-pa(2つのパリンドロームの非対称的マーカー)、およびタイプII-t(タンデムでありパリンドロームでない2つのマーカー)。
5’-[テール]-[マーカー-ブロック]-[介在ループ]-[マーカーブロック]-[テール]-3’
ここでテールとは、このドメインが任意選択であることを示す。1個もしくは2つのテールを有するタグは、下付文字によって示される(例えば、それぞれ、1つもしくは2つのテールの形態の例としてタイプII-pa1もしくはタイプII-ps2)。
タイプIタグ付加試薬は、1回に1個のヌクレオチドの連続的固相合成によって、もしくは別個に生成されたセグメントを繋ぐことによって得られ得る。ランダム塩基部位は、ヌクレオチドの混合物を繋ぐことによって作られ得る。
(1)最終的な分子に所望される3’-1本鎖テールに対する相補体(例えば、5’-WA22(ここでWは、Vに対する相補的塩基である)であるが、これに限定されない)。
(2)マーカー-ブロック(5’-A-[B-SMID-C]-D 3’)(ここで「[B-SMID-C]」は、それ自体マーカーであり(そのエレメントは、最終的な配列決定するライブラリーにおいて複製および保持されている)、AおよびDは、マーカー-ブロックの近位の5’成分および3’成分である)。
(3)介在ループ;このループは、前駆体内に相補性の部位を有さない一方で、反応シリーズで第2鎖中間体の合成をプライミングするために使用され得るポリヌクレオチドに対して相補的な配列を含み得る(「ループプライマー」、LP)。
(4)マーカー-ブロックの3’からSMIDまでの部分に対する(例えば、C-Dのうちの一部もしくは全てに対する)相補体:これは、自己プライミングのための分子内「クランプ」と言及され得る。
(1)最終分子の中で望まれる3’テールに対する相補体を含むドメイン(例えば、限定されないが、5’-WA22)
(2)(必要に応じて)PCRプライマー相補的配列を含むドメイン
(3)DNA合成ブロッキングポリヌクレオチドに相補的な配列を含むドメイン
(4)自己プライミングクランプ配列に相補的な配列(SP-2相補体)を含むドメイン
(5)SMID相補性配列を含むドメイン
(6)自己プライミングクランプ配列に相補的な配列(SP-1相補体)を含むドメイン
(7)ポリヌクレオチドに相補的な配列(「LP-1」)を含むドメイン。LP-1結合部位は、ループプライマーLP-1の適切な結合およびphi 29 DNAポリメラーゼでの結合したプライマーの効率的伸長を可能にするために、ドメイン(5)の3’末端から数塩基だけ離れている。ドメイン(6)はまた、ライブラリー調製において使用されることになる制限エンドヌクレアーゼ(RE-L(図中の線))の稀な認識配列を含む。
(8)クランプ配列SP-2相補体(ドメイン3の反復)を含むドメイン
(9)ポリヌクレオチドに相補的な配列(「LP-2」)を含むドメイン。LP-2結合部位は、ループプライマーLP-2の適切な結合およびphi 29 DNAポリメラーゼでの結合したプライマーの効率的伸長を可能にするために、数塩基だけドメイン(7)の3’末端から離れている。ドメイン(8)はまた、タグ合成において使用されることになる制限エンドヌクレアーゼの認識配列(RE-T:(図中の二本線))を含む。LP-2配列は、望む場合、その3’末端に、ドメイン(8)を超えて次のドメインへと伸長してもよい。配列RE-Tは、LP-2の3’末端へと伸長しなければならないが、制限エンドヌクレアーゼがその末端にLP-2を有する2本鎖基質の両方の鎖を切断するのに十分な数の塩基だけその位置から離れているべきである。
(10)PCRプライマー相補的配列(存在する場合、ドメイン2の反復)を含むドメイン
(11)ドメイン(5)に相補的な自己プライミングクランプ配列1(SP-1)を含むドメイン。
Illumina High Seq機器のメイトペア配列決定モードおよびペアエンド配列決定モードにおいて、それぞれのライブラリーに組み込まれるDNAフラグメントは、末端仕上げ(end-polish)され、A-テール付加され、いくつかの機能的エレメント;PCR部位、捕捉配列、クラスター合成のための配列、コンセンサス切断部位および配列決定プライマー、を有するフォーク型のアダプターにライゲーションされる。
2.0)は、その内部で捕捉されるDNAフラグメントを増幅する。一方の末端にマーカーをおよび他方にcDNA内部配列を専ら有するライブラリーフラグメントを選択的に生成するために、改変されたアダプター、改変されたPCRプライマー。もしくはその両方が使用され得る。
ある種の実施形態において、本開示は、タグ付加するポリヌクレオチドの識別能を最大化するための異種懸濁物中のタグ付加するポリヌクレオチドに関する。ポリヌクレオチドの異種溶液中で、個々の分子は、それらの配列が異なる限りにおいて区別され得るに過ぎない。大規模並行の短い配列リードから定量的集団プロファイルを再構成するために、各分子は、その完全配列に基づいて全ての他の分子から最終的に区別可能であるように最初に改変される。
(式中、Siは、特異的メッセンジャー配列を表し;qgiは、遺伝子gのi番目メッセージの相対的量を表し;そしてpgは、N個の発現された遺伝子の各々の転写物の相対レベルを表す)に関する。この情報は、トランスクリプトームの統計的構造を分析して、ゲノムと発現された細胞分子表現型との間の情報の獲得を左右する複雑な機構を明らかにするための基本を提供する。
k=Ν exp(-NL/rT)
Nについて解くと、以下のようになる:
N=-kA W-1(-1/A)
ここでA=rT/kLであり、W-1は、本発明者らの場合におけるNについての実数値(すなわち、複素数ではない)を戻す、実数値に基づくLambert-W関数の分岐である(Adv, Comparative Mathematics, 5, 329-359, 1996)。
用語「ポリヌクレオチド」もしくは「ポリヌクレオチド」とは、2個もしくはそれより多くのデオキシリボヌクレオチドもしくはリボヌクレオチド(好ましくは、3個より多く、通常は、10個より多い)から構成される分子を指す。正確なサイズは、多くの要因に依存し、これは、翻って、ポリヌクレオチドの最終的な機能もしくは使用に依存する。ポリヌクレオチドは、化学合成、DNA複製、逆転写、もしくはこれらの組み合わせを含め、任意の様式で生成され得る。
Acad. Sci. USA 1996, 93, 1156-1160を参照のこと。
細胞もしくは組織から得、ポリ-A mRNAを標準的キットで単離する。ゲノムDNAの残余の除去は、典型的である(DNA-FreeTM, LifeTechnology)。
Salzman, J. et al.は、以下を報告する:circular RNAs Are the Predominant Transcript Isoform from Hundreds of Human Genes in Diverse Cell Types. PloS One, 2012, vol 7, issue 2, e30733。これらは、ポリアデニル化されていない。このクラスのRNA生成物は、本明細書で記載されるとおりに、低化学量論で、ランダム3’終端配列を有するタグ付加試薬を使用し、RNAのコピーを作製し、続いて、環化およびプロセシングを行うこの技術を用いた配列決定に受け入れられる。
Claims (12)
- 複数の核酸マーカーであって、
各核酸マーカーは、単一不変塩基の間に散在した一連のランダム塩基を含む配列識別可能領域と、該配列識別可能領域の5’末端に隣接する不変塩基を含む第1の不変配列、該配列識別可能領域の3’末端に隣接する不変塩基を含む第2の不変配列、またはその両方と、を含み、
各核酸マーカーはさらに、該第1の不変配列または該第2の不変配列に隣接して、ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)プライマー配列またはその相補体を含み、
該単一不変塩基、該第1の不変配列、および該第2の不変配列は、該複数の核酸マーカー内において変化しない、複数の核酸マーカー。 - 各核酸マーカーは、該第1の不変配列または該第2の不変配列に隣接して、1つもしくはそれより多くの制限エンドヌクレアーゼの認識配列をさらに含む、請求項1に記載の複数の核酸マーカー。
- 複数の核酸分子であって、該複数の核酸分子の各々が、請求項1に記載の前記複数の核酸マーカーの核酸マーカーを含み、
該マーカーが5’末端および3’末端を有し、各核酸分子が、a)該マーカーの5’隣接部位に、1つの制限酵素に関する第1の稀なコンセンサス結合および切断部位、および、b)該マーカーの3’隣接部位に、第2の制限酵素に関する第2の稀なコンセンサス結合および切断部位、を含む、複数の核酸分子。 - 各々が3’ポリdTテールをさらに含む、請求項3に記載の複数の核酸分子。
- 5’から3’の順序で、必要に応じた5’ポリdTテールと、請求項1に記載の前記複数の核酸マーカーの第1の核酸マーカーと、介在ループと、請求項1に記載の前記複数の核酸マーカーの第2の核酸マーカーと、必要に応じた3’ポリdAテールと、の連続ドメインを各々が含む複数の1本鎖ポリヌクレオチドであって、ここで、該介在ループは、プライマーまたはその相補体の結合部位を含む、複数の1本鎖ポリヌクレオチド。
- 前記5’ポリdTテールを含む、請求項5に記載の複数の1本鎖ポリヌクレオチド。
- 前記第2の核酸マーカーが、前記第1の核酸マーカーの塩基相補体であり、2本鎖DNAへとコピーされる場合、前記第1のマーカーのブロックと前記第2のマーカーのブロックとが、同じ5’から3’の配向で前記配列識別可能領域の同一のコピーを作り出す、請求項5に記載の複数の1本鎖ポリヌクレオチド。
- 前記第2の核酸マーカーが、前記第1の核酸マーカーの塩基相補体でなく、該第1の核酸マーカーと該第2の核酸マーカーとがハイブリダイズする場合、対形成していないループをともなう二重鎖が形成される、請求項5に記載の複数の1本鎖ポリヌクレオチド。
- 各々が前記ポリAテールと前記ポリTテールとを含む請求項5に記載の複数の1本鎖ポリヌクレオチドであって、前記第1の核酸マーカーと前記第2の核酸マーカーとが、溶液中で二重鎖を形成し、前記配列識別可能領域の3’末端にある不変塩基が、稀な制限酵素に関するコンセンサス配列を形成することにより、2本鎖cDNAへとコピーされる場合、該制限酵素が、該2本鎖DNAから前記介在ループを欠失させるために使用可能である、複数の1本鎖ポリヌクレオチド。
- 各々が前記第1の核酸マーカーの5’側および前記第2の核酸マーカーの3’側にプライミングのための部位を含む、請求項9に記載の複数の1本鎖ポリヌクレオチド。
- 前記第1の核酸マーカーが、前記第2の核酸マーカーの正確な繰り返しである、請求項5に記載の複数の1本鎖ポリヌクレオチド。
- 前記配列識別可能領域が、18個のランダム塩基を含み、該ランダム塩基が、該配列識別可能領域において、単一不変塩基間にトリプレットとして存在する、請求項1に記載の複数の核酸マーカー。
Priority Applications (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
JP2021187623A JP7290228B2 (ja) | 2013-02-20 | 2021-11-18 | 混合物中の核酸を配列決定する方法およびそれに関する組成物 |
Applications Claiming Priority (2)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
US201361766841P | 2013-02-20 | 2013-02-20 | |
US61/766,841 | 2013-02-20 |
Related Parent Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2015558897A Division JP6557151B2 (ja) | 2013-02-20 | 2014-02-17 | 混合物中の核酸を配列決定する方法およびそれに関する組成物 |
Related Child Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2021187623A Division JP7290228B2 (ja) | 2013-02-20 | 2021-11-18 | 混合物中の核酸を配列決定する方法およびそれに関する組成物 |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2019180415A JP2019180415A (ja) | 2019-10-24 |
JP6989853B2 true JP6989853B2 (ja) | 2022-02-03 |
Family
ID=51391726
Family Applications (4)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2015558897A Active JP6557151B2 (ja) | 2013-02-20 | 2014-02-17 | 混合物中の核酸を配列決定する方法およびそれに関する組成物 |
JP2019129167A Active JP6989853B2 (ja) | 2013-02-20 | 2019-07-11 | 混合物中の核酸を配列決定する方法およびそれに関する組成物 |
JP2021187623A Active JP7290228B2 (ja) | 2013-02-20 | 2021-11-18 | 混合物中の核酸を配列決定する方法およびそれに関する組成物 |
JP2023083163A Pending JP2023096155A (ja) | 2013-02-20 | 2023-05-19 | 混合物中の核酸を配列決定する方法およびそれに関する組成物 |
Family Applications Before (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2015558897A Active JP6557151B2 (ja) | 2013-02-20 | 2014-02-17 | 混合物中の核酸を配列決定する方法およびそれに関する組成物 |
Family Applications After (2)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2021187623A Active JP7290228B2 (ja) | 2013-02-20 | 2021-11-18 | 混合物中の核酸を配列決定する方法およびそれに関する組成物 |
JP2023083163A Pending JP2023096155A (ja) | 2013-02-20 | 2023-05-19 | 混合物中の核酸を配列決定する方法およびそれに関する組成物 |
Country Status (9)
Country | Link |
---|---|
US (3) | US10227584B2 (ja) |
EP (3) | EP2959019B1 (ja) |
JP (4) | JP6557151B2 (ja) |
KR (2) | KR102282863B1 (ja) |
CN (1) | CN105121664B (ja) |
AU (3) | AU2014219180A1 (ja) |
CA (1) | CA2901907C (ja) |
ES (1) | ES2900102T3 (ja) |
WO (1) | WO2014130388A1 (ja) |
Families Citing this family (25)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
EP2959019B1 (en) * | 2013-02-20 | 2019-09-04 | Emory University | Methods of sequencing nucleic acids in mixtures and compositions related thereto |
US11859246B2 (en) | 2013-12-11 | 2024-01-02 | Accuragen Holdings Limited | Methods and compositions for enrichment of amplification products |
EP4245859A3 (en) | 2014-03-11 | 2023-11-08 | President and Fellows of Harvard College | High-throughput and highly multiplexed imaging with programmable nucleic acid probes |
US20160177386A1 (en) * | 2014-12-18 | 2016-06-23 | Life Technologies Corporation | Calibration panels and methods for designing the same |
WO2016123419A1 (en) | 2015-01-30 | 2016-08-04 | President And Fellows Of Harvard College | Microscope-free imaging |
CN107400701A (zh) * | 2016-05-18 | 2017-11-28 | 上海德沛生物科技有限公司 | 环状rna分子的扩增和测序方法 |
EP4108781A1 (en) | 2016-05-27 | 2022-12-28 | President and Fellows of Harvard College | Conditional primer extension for single-molecule detection |
EP3488018A4 (en) | 2016-07-22 | 2020-02-12 | President and Fellows of Harvard College | METHODS AND COMPOSITIONS FOR THE IDENTIFICATION OF PROTEINS |
CA3033749A1 (en) * | 2016-08-15 | 2018-02-22 | Accuragen Holdings Limited | Compositions and methods for detecting rare sequence variants |
EP3516079B1 (en) | 2016-09-20 | 2022-06-22 | President and Fellows of Harvard College | Molecular product authentication systems |
JP2020504600A (ja) | 2016-12-09 | 2020-02-13 | アルティヴュー, インク. | 標識化核酸イメージング剤を使用した多重イメージングのための改善された方法 |
US11492661B2 (en) | 2017-01-10 | 2022-11-08 | President And Fellows Of Harvard College | Multiplexed signal amplification |
CN110382710A (zh) * | 2017-01-24 | 2019-10-25 | 迪米特拉·柴瓦希杜 | 构建核酸分子拷贝的方法 |
WO2019014656A1 (en) | 2017-07-14 | 2019-01-17 | Han Si Ping | METALLIC OLIGONUCLEOTIDE JONCTIONS FOR THE ADMINISTRATION OF THERAPEUTIC AGENTS |
CN111630179B (zh) | 2018-01-26 | 2024-07-19 | 哈佛学院院长及董事 | 邻近检测方法和组合物 |
EP3768852B1 (en) * | 2018-03-22 | 2023-08-30 | President and Fellows of Harvard College | Methods and compositions for molecular authentication |
US11203782B2 (en) | 2018-03-29 | 2021-12-21 | Accuragen Holdings Limited | Compositions and methods comprising asymmetric barcoding |
US12049665B2 (en) | 2018-06-12 | 2024-07-30 | Accuragen Holdings Limited | Methods and compositions for forming ligation products |
CN113166750A (zh) | 2018-08-10 | 2021-07-23 | 希望之城 | 可编程的条件性sirna及其用途 |
JP7332235B2 (ja) * | 2018-11-07 | 2023-08-23 | イージーアイ テック (シェン チェン) カンパニー, リミテッド | ポリヌクレオチドを配列決定する方法 |
CN110060734B (zh) * | 2019-03-29 | 2021-08-13 | 天津大学 | 一种高鲁棒性dna测序用条形码生成和读取方法 |
KR20230035702A (ko) | 2019-07-10 | 2023-03-14 | 울티마 제노믹스, 인크. | Rna 시퀀싱 방법 |
CN112662659B (zh) * | 2019-10-15 | 2022-08-19 | 武汉核圣生物技术有限公司 | 一种普适性的mRNA体外环化方法 |
CN111560470A (zh) * | 2020-04-09 | 2020-08-21 | 广州医科大学 | 一种流感病毒基因组末端检测方法及其应用 |
CN118202417A (zh) * | 2021-07-06 | 2024-06-14 | 斯威齐治疗公司 | 设计条件可激活小干扰rna传感器的方法 |
Citations (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2006516410A (ja) | 2003-02-03 | 2006-07-06 | ジーイー・ヘルスケア・バイオサイエンス・コーポレイション | 発現プロファイリングのためのcDNA増幅 |
DE102008025656A1 (de) | 2008-05-28 | 2009-12-03 | Genxpro Gmbh | Verfahren zur quantitativen Analyse von Nikleinsäuren, Marker dafür und deren Verwendung |
Family Cites Families (46)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US4795700A (en) | 1985-01-25 | 1989-01-03 | California Institute Of Technology | Nucleic acid probes and methods of using same |
US4683202A (en) | 1985-03-28 | 1987-07-28 | Cetus Corporation | Process for amplifying nucleic acid sequences |
US4683195A (en) | 1986-01-30 | 1987-07-28 | Cetus Corporation | Process for amplifying, detecting, and/or-cloning nucleic acid sequences |
US4965188A (en) | 1986-08-22 | 1990-10-23 | Cetus Corporation | Process for amplifying, detecting, and/or cloning nucleic acid sequences using a thermostable enzyme |
US6582908B2 (en) * | 1990-12-06 | 2003-06-24 | Affymetrix, Inc. | Oligonucleotides |
US5424413A (en) * | 1992-01-22 | 1995-06-13 | Gen-Probe Incorporated | Branched nucleic acid probes |
US5605793A (en) * | 1994-02-17 | 1997-02-25 | Affymax Technologies N.V. | Methods for in vitro recombination |
US6555692B1 (en) | 1996-02-26 | 2003-04-29 | California Institute Of Technology | Preparation and use of bifunctional molecules having DNA sequence binding specificity |
ATE374247T1 (de) * | 1997-10-14 | 2007-10-15 | Darwin Molecular Corp | Thymidinkinase mutanten und fusionproteine mit thymidinkinase und guanylatekinase aktivitäten |
IT1295830B1 (it) * | 1997-10-28 | 1999-05-28 | Angeletti P Ist Richerche Bio | Procedimento per la sintesi di polinucleotidi aventi sequenze nucleotidiche totalmente o parzialmente casuali |
US6235502B1 (en) * | 1998-09-18 | 2001-05-22 | Molecular Staging Inc. | Methods for selectively isolating DNA using rolling circle amplification |
GB2378245A (en) * | 2001-08-03 | 2003-02-05 | Mats Nilsson | Nucleic acid amplification method |
AU2002359436A1 (en) * | 2001-11-13 | 2003-06-23 | Rubicon Genomics Inc. | Dna amplification and sequencing using dna molecules generated by random fragmentation |
US20080003602A1 (en) * | 2004-12-23 | 2008-01-03 | Ge Healthcare Bio-Sciences Corp. | Ligation-Based Rna Amplification |
EP1910537A1 (en) | 2005-06-06 | 2008-04-16 | 454 Life Sciences Corporation | Paired end sequencing |
JP5103398B2 (ja) | 2005-06-06 | 2012-12-19 | 454 ライフ サイエンシーズ コーポレイション | 両末端配列決定(pairedendsequencing) |
WO2007018601A1 (en) * | 2005-08-02 | 2007-02-15 | Rubicon Genomics, Inc. | Compositions and methods for processing and amplification of dna, including using multiple enzymes in a single reaction |
JP2008048648A (ja) * | 2006-08-23 | 2008-03-06 | Institute Of Physical & Chemical Research | 核酸増幅用プライマーセット及び核酸の増幅方法 |
JP5129498B2 (ja) | 2007-04-06 | 2013-01-30 | 学校法人日本大学 | 核酸クローニング法 |
US9540637B2 (en) * | 2008-01-09 | 2017-01-10 | Life Technologies Corporation | Nucleic acid adaptors and uses thereof |
US8236499B2 (en) | 2008-03-28 | 2012-08-07 | Pacific Biosciences Of California, Inc. | Methods and compositions for nucleic acid sample preparation |
US8383345B2 (en) * | 2008-09-12 | 2013-02-26 | University Of Washington | Sequence tag directed subassembly of short sequencing reads into long sequencing reads |
FR2942497B1 (fr) | 2009-02-26 | 2013-04-26 | Saipem Sa | Installation de liaison fond-surface de type tour hybride multi-riser comprenant des modules de flottabilite coulissants |
JP5785942B2 (ja) * | 2009-06-29 | 2015-09-30 | ルミネックス コーポレーション | ヘアピンコンフォメーションを有するキメラプライマーおよびその使用法 |
US8481699B2 (en) * | 2009-07-14 | 2013-07-09 | Academia Sinica | Multiplex barcoded Paired-End ditag (mbPED) library construction for ultra high throughput sequencing |
US8975019B2 (en) * | 2009-10-19 | 2015-03-10 | University Of Massachusetts | Deducing exon connectivity by RNA-templated DNA ligation/sequencing |
EP2464755B1 (en) * | 2009-11-05 | 2016-03-09 | Epicentre Technologies Corporation | Methods and kits for 3'-end-tagging of rna |
EP2333104A1 (en) * | 2009-12-11 | 2011-06-15 | Lexogen GmbH | RNA analytics method |
US8574832B2 (en) | 2010-02-03 | 2013-11-05 | Massachusetts Institute Of Technology | Methods for preparing sequencing libraries |
WO2011097528A1 (en) * | 2010-02-05 | 2011-08-11 | Institute For Systems Biology | Methods and compositions for profiling rna molecules |
JP5892481B2 (ja) | 2010-10-08 | 2016-03-23 | 住友林業株式会社 | サクラのクローン識別のためのdnaプライマーセット |
AU2011323107B2 (en) * | 2010-11-05 | 2015-09-10 | Illumina, Inc. | Linking sequence reads using paired code tags |
WO2012129363A2 (en) * | 2011-03-24 | 2012-09-27 | President And Fellows Of Harvard College | Single cell nucleic acid detection and analysis |
US8722585B2 (en) | 2011-05-08 | 2014-05-13 | Yan Wang | Methods of making di-tagged DNA libraries from DNA or RNA using double-tagged oligonucleotides |
US10196681B2 (en) * | 2011-10-06 | 2019-02-05 | Sequenom, Inc. | Methods and processes for non-invasive assessment of genetic variations |
US20150329855A1 (en) * | 2011-12-22 | 2015-11-19 | Ibis Biosciences, Inc. | Amplification primers and methods |
AU2013337280B2 (en) * | 2012-11-05 | 2018-11-08 | Takara Bio Usa, Inc. | Barcoding nucleic acids |
CN105531375B (zh) * | 2012-12-10 | 2020-03-03 | 分析生物科学有限公司 | 靶向基因组分析的方法 |
WO2014108850A2 (en) * | 2013-01-09 | 2014-07-17 | Yeda Research And Development Co. Ltd. | High throughput transcriptome analysis |
US10017761B2 (en) * | 2013-01-28 | 2018-07-10 | Yale University | Methods for preparing cDNA from low quantities of cells |
EP2959019B1 (en) * | 2013-02-20 | 2019-09-04 | Emory University | Methods of sequencing nucleic acids in mixtures and compositions related thereto |
WO2014201273A1 (en) * | 2013-06-12 | 2014-12-18 | The Broad Institute, Inc. | High-throughput rna-seq |
US9828600B2 (en) * | 2013-09-20 | 2017-11-28 | University Of Massachusetts | Compositions and methods for constructing cDNA libraries that allow for mapping the 5′ and 3′ ends of RNAs |
US11021502B2 (en) * | 2014-08-04 | 2021-06-01 | The Trustees Of The University Of Pennsylvania | Transcriptome in vivo analysis (TIVA) and transcriptome in situ analysis (TISA) |
WO2016130868A2 (en) * | 2015-02-13 | 2016-08-18 | Vaccine Research Institute Of San Diego | Materials and methods to analyze rna isoforms in transcriptomes |
JP7051677B2 (ja) * | 2015-09-29 | 2022-04-11 | カパ バイオシステムズ, インコーポレイテッド | 次世代シークエンシングのための高分子量dnaサンプル追跡タグ |
-
2014
- 2014-02-17 EP EP14754421.7A patent/EP2959019B1/en active Active
- 2014-02-17 AU AU2014219180A patent/AU2014219180A1/en not_active Abandoned
- 2014-02-17 ES ES19169968T patent/ES2900102T3/es active Active
- 2014-02-17 EP EP21202989.6A patent/EP3988671A1/en active Pending
- 2014-02-17 US US14/768,749 patent/US10227584B2/en active Active
- 2014-02-17 WO PCT/US2014/016673 patent/WO2014130388A1/en active Application Filing
- 2014-02-17 JP JP2015558897A patent/JP6557151B2/ja active Active
- 2014-02-17 CA CA2901907A patent/CA2901907C/en active Active
- 2014-02-17 CN CN201480022532.3A patent/CN105121664B/zh active Active
- 2014-02-17 KR KR1020157025850A patent/KR102282863B1/ko active IP Right Grant
- 2014-02-17 EP EP19169968.5A patent/EP3550033B1/en active Active
- 2014-02-17 KR KR1020217022669A patent/KR102458022B1/ko active IP Right Grant
-
2019
- 2019-02-01 US US16/265,880 patent/US11203750B2/en active Active
- 2019-07-11 JP JP2019129167A patent/JP6989853B2/ja active Active
-
2020
- 2020-03-06 AU AU2020201691A patent/AU2020201691B2/en active Active
-
2021
- 2021-11-10 US US17/523,489 patent/US20220106587A1/en active Pending
- 2021-11-18 JP JP2021187623A patent/JP7290228B2/ja active Active
-
2022
- 2022-05-27 AU AU2022203617A patent/AU2022203617A1/en active Pending
-
2023
- 2023-05-19 JP JP2023083163A patent/JP2023096155A/ja active Pending
Patent Citations (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2006516410A (ja) | 2003-02-03 | 2006-07-06 | ジーイー・ヘルスケア・バイオサイエンス・コーポレイション | 発現プロファイリングのためのcDNA増幅 |
DE102008025656A1 (de) | 2008-05-28 | 2009-12-03 | Genxpro Gmbh | Verfahren zur quantitativen Analyse von Nikleinsäuren, Marker dafür und deren Verwendung |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
CA2901907C (en) | 2023-06-20 |
US11203750B2 (en) | 2021-12-21 |
EP3550033A1 (en) | 2019-10-09 |
US20160046930A1 (en) | 2016-02-18 |
KR20210092851A (ko) | 2021-07-26 |
JP2023096155A (ja) | 2023-07-06 |
AU2020201691A1 (en) | 2020-03-26 |
US20190153437A1 (en) | 2019-05-23 |
CN105121664B (zh) | 2018-11-02 |
WO2014130388A1 (en) | 2014-08-28 |
CN105121664A (zh) | 2015-12-02 |
EP2959019B1 (en) | 2019-09-04 |
CA2901907A1 (en) | 2014-08-28 |
EP2959019A4 (en) | 2016-11-02 |
AU2022203617A1 (en) | 2022-06-30 |
ES2900102T3 (es) | 2022-03-15 |
US10227584B2 (en) | 2019-03-12 |
AU2014219180A1 (en) | 2015-10-08 |
KR20150141944A (ko) | 2015-12-21 |
AU2020201691B2 (en) | 2022-03-10 |
EP3550033B1 (en) | 2021-10-20 |
EP2959019A1 (en) | 2015-12-30 |
JP2016507246A (ja) | 2016-03-10 |
JP2019180415A (ja) | 2019-10-24 |
KR102282863B1 (ko) | 2021-07-27 |
EP3988671A1 (en) | 2022-04-27 |
WO2014130388A9 (en) | 2015-10-29 |
JP7290228B2 (ja) | 2023-06-13 |
JP2022031278A (ja) | 2022-02-18 |
KR102458022B1 (ko) | 2022-10-21 |
US20220106587A1 (en) | 2022-04-07 |
JP6557151B2 (ja) | 2019-08-14 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
JP6989853B2 (ja) | 混合物中の核酸を配列決定する方法およびそれに関する組成物 | |
US11795501B2 (en) | Methods for next generation genome walking and related compositions and kits | |
CN105705515B (zh) | 多种用于dna操作的转座酶适体 | |
JP7282692B2 (ja) | ガイド核酸の作製および使用 | |
AU2021204166B2 (en) | Reagents, kits and methods for molecular barcoding | |
WO2018148289A2 (en) | Duplex adapters and duplex sequencing | |
JP2023513606A (ja) | 核酸を評価するための方法および材料 | |
KR20230057395A (ko) | 이중 가닥 파손의 단리 방법 |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20190711 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20200720 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20200930 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20210119 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20210601 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20210831 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20210928 |
|
TRDD | Decision of grant or rejection written | ||
A01 | Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01 Effective date: 20211019 |
|
A61 | First payment of annual fees (during grant procedure) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A61 Effective date: 20211118 |
|
R150 | Certificate of patent or registration of utility model |
Ref document number: 6989853 Country of ref document: JP Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R150 |