JP6967214B2 - 新規核酸合成法 - Google Patents
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Description
項1.
以下の(i)逆転写酵素、(ii)逆転写DNAポリメラーゼ、及び(iii)ヘリカーゼを含有する溶液中で、RNAを鋳型としてcDNAを合成する方法。
(i)以下の(i−1)又は(i−2)に記載の逆転写酵素;
(i−1):配列番号1のアミノ酸配列において、69位のグルタミン酸、108位のアスパラギン酸、117位のグルタミン酸、124位のアスパラギン酸、286位のグルタミン酸、302位のグルタミン酸、313位のトリプトファン、435位のロイシン及び454位のアスパラギンからなる群より選ばれた少なくとも1つのアミノ酸が、正電荷アミノ酸に置換されたアミノ酸配列からなる、逆転写酵素
(i−2):(i−1)の逆転写酵素のアミノ酸配列において、前記アミノ酸置換が維持された状態から1又は2以上のアミノ酸が欠失、置換又は付加されたアミノ酸配列からなり、かつ逆転写活性を有する、逆転写酵素
(ii)以下の(ii−1)又は(ii−2)に記載の逆転写DNAポリメラーゼ;
(ii−1):配列番号2のアミノ酸配列において、326番目、329番目、384番目、388番目、408番目、及び438番目のアミノ酸からなる群より選択される少なくとも1つのアミノ酸がアラニンに置換されたアミノ酸配列からなる、逆転写DNAポリメラーゼ
(ii−2):(ii−1)の逆転写DNAポリメラーゼのアミノ酸配列において、前記アミノ酸置換が維持された状態から1又は2以上のアミノ酸が欠失、置換又は付加されたアミノ酸配列からなり、かつ逆転写活性を有する、逆転写DNAポリメラーゼ
(iii)以下の(iii−1)又は(iii−2)に記載のヘリカーゼ;
(iii−1):配列番号3のアミノ酸配列からなる、ヘリカーゼ
(iii−2):(iii−1)のヘリカーゼのアミノ酸配列において、1又は2以上のアミノ酸が欠失、置換又は付加されたアミノ酸配列からなり、かつヘリカーゼ活性を有する、ヘリカーゼ
項2.
項1に記載の方法で得られうるcDNAに対して核酸増幅反応を行う工程を含む、鋳型RNAの存在を確認する方法。
項3.
さらに、前記核酸増幅反応で得られうる増幅された核酸の検出工程を含む、項2に記載の方法。
項4.
前記核酸増幅反応が、RT−PCR又はNASBAである、項2又は3に記載の方法。
項5.
以下の(i)逆転写酵素、(ii)逆転写DNAポリメラーゼ、及び(iii)ヘリカーゼを備える、cDNA合成キット。
(i)以下の(i−1)又は(i−2)に記載の逆転写酵素;
(i−1):配列番号1のアミノ酸配列において、69位のグルタミン酸、108位のアスパラギン酸、117位のグルタミン酸、124位のアスパラギン酸、286位のグルタミン酸、302位のグルタミン酸、313位のトリプトファン、435位のロイシン及び454位のアスパラギンからなる群より選ばれた少なくとも1つのアミノ酸が、正電荷アミノ酸に置換されたアミノ酸配列からなる、逆転写酵素
(i−2):(i−1)の逆転写酵素のアミノ酸配列において、前記アミノ酸置換が維持された状態から1又は2以上のアミノ酸が欠失、置換又は付加されたアミノ酸配列からなり、かつ逆転写活性を有する、逆転写酵素
(ii)以下の(ii−1)又は(ii−2)に記載の逆転写DNAポリメラーゼ;
(ii−1):配列番号2のアミノ酸配列において、326番目、329番目、384番目、388番目、408番目、及び438番目のアミノ酸からなる群より選択される少なくとも1つのアミノ酸がアラニンに置換されたアミノ酸配列からなる、逆転写DNAポリメラーゼ
(ii−2):(ii−1)の逆転写DNAポリメラーゼのアミノ酸配列において、前記アミノ酸置換が維持された状態から1又は2以上のアミノ酸が欠失、置換又は付加されたアミノ酸配列からなり、かつ逆転写活性を有する、逆転写DNAポリメラーゼ
(iii)以下の(iii−1)又は(iii−2)に記載のヘリカーゼ;
(iii−1):配列番号3のアミノ酸配列からなる、ヘリカーゼ
(iii−2):(iii−1)のヘリカーゼのアミノ酸配列において、1又は2以上のアミノ酸が欠失、置換又は付加されたアミノ酸配列からなり、かつヘリカーゼ活性を有する、ヘリカーゼ
項A.
逆転写酵素、RNaseH、T7RNAポリメラーゼ、NTP、dNTP、及びヘリカーゼを含む、標的DNAを鋳型として核酸を増幅させるためのミックス。
項B.
逆転写酵素、RNaseH、T7RNAポリメラーゼ、NTP、及びdNTPからなる群より選択される少なくとも1種、ならびにヘリカーゼを備える、標的DNAを鋳型として核酸を増幅させるためのキット。
項C.
逆転写酵素、RNaseH、T7RNAポリメラーゼ、NTP、dNTP、及びヘリカーゼを含む溶液(好ましくは、ヘリカーゼの濃度が100nM以下である)中で、標的DNAを鋳型として核酸を増幅させる方法。
項D.
鋳型DNAの一部とアニールする塩基配列(好ましくは鋳型DNAの一部の相補配列)からなるDNAの5’端に、さらにT7プロモーター配列からなるDNAが結合した構造を有するプライマーを、さらに含む、項Aに記載のミックスもしくは項Bに記載のキット、あるいは当該プライマーを前記溶液中にさらに含む、項Cに記載の方法。
項E.
ヘリカーゼが、35〜45℃でヘリカーゼ活性を有するヘリカーゼである、項Aに記載のミックスもしくは項Bに記載のキット、又は項Cに記載の方法。
項F.
核酸増幅がNASBA法によるものである、項A、D若しくはEに記載のミックスもしくは項B、D若しくはEに記載のキット、又は項C、D若しくはEに記載の方法。
(i−1):配列番号1のアミノ酸配列において、69位のグルタミン酸、108位のアスパラギン酸、117位のグルタミン酸、124位のアスパラギン酸、286位のグルタミン酸、302位のグルタミン酸、313位のトリプトファン、435位のロイシンおよび454位のアスパラギンからなる群より選ばれた少なくとも1つのアミノ酸が、
正電荷アミノ酸に置換されたアミノ酸配列からなる、逆転写酵素。
(i−2):(i−1)の逆転写酵素のアミノ酸配列において、前記アミノ酸置換が維持された状態から1又は2以上のアミノ酸が欠失、置換又は付加されたアミノ酸配列からなり、かつ逆転写活性を有する、逆転写酵素。
(i−1a)69位のグルタミン酸のアルギニン又はリジンへの置換、
(i−1b)108位のアスパラギン酸のアルギニン又はリジンへの置換、
(i−1c)117位のグルタミン酸のアルギニン又はリジンへの置換、
(i−1d)124位のアスパラギン酸のアルギニン又はリジンへの置換、
(i−1e)286位のグルタミン酸のアルギニン又はリジンへの置換、
(i−1f)302位のグルタミン酸のリジンへの置換、
(i−1g)313位のトリプトファンのアルギニン又はリジンへの置換、
(i−1h)435位のロイシンのアルギニン又はリジンへの置換、及び
(i−1i)454位のアスパラギンのアルギニン又はリジンへの置換
からなる群より選択される少なくとも1つの置換がなされた配列であることが好ましく、(i−1d)、(i−1e)、(i−1f)、及び(i−1h)からなる群より選択される少なくとも1つの置換がなされた配列であることがより好ましく、(i−1e)、(i−1f)、及び(i−1h)からなる群より選択される少なくとも1つの置換がなされた配列であることがさらに好ましく、(i−1e)、(i−1f)、及び(i−1h)の置換がなされた配列であることがよりさらに好ましい。中でも、配列番号1のアミノ酸配列において、286位のグルタミン酸のアルギニンへの置換(E286R)、302位のグルタミン酸のリジンへの置換(E302K)、及び435位のロイシンのアルギニン(L435R)への置換がなされた配列であることが特に好ましい。
また、(i−2)の「1又は2以上のアミノ酸が欠失、置換又は付加」における「1又は2以上」とは、好ましくは1〜30(すなわち、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29又は30)、より好ましくは1〜20、さらに好ましくは1〜10、よりさらに好ましくは1〜5、特に好ましくは1、2又は3をいう。
1)反応液〔組成:25mMトリス塩酸緩衝液(pH8.3)、50mM塩化カリウム、2mMジチオスレイトール、5mM塩化マグネシウム、12.5μMポリ(rA)・p(dT)15(p(dT)15換算濃度)、および0.2mM [メチル−3H]dTTP〕中で逆転写酵素を37℃でインキュベーションするステップ、
2)前記ステップ1)で得られた産物20μLを採取し、ガラスフィルターにスポットするステップ、
3)前記ステップ2)後のガラスフィルターを、冷却された5質量%トリクロロ酢酸水溶液で10分間洗浄した後、冷却された95体積%エタノール水溶液で洗浄して、前記ガラスフィルター上の産物からポリ(rA)・p(dT)15に取り込まれていない[3H]dTTPを除去するステップ、
4)前記ステップ3)後のガラスフィルターを乾燥させた後、前記ガラスフィルターを、液体シンチレーション用試薬2.5mL中に入れ、放射活性をカウントするステップ、
5)前記ステップ4)で得られた放射活性に基づき、ポリ(rA)・p(dT)15に取り込まれた[3H]dTTPの量(以下、「dTTP取り込み量」という)を算出するステップ、および
6)前記ステップ5)で算出されたdTTP取り込み量に基づき、10分間にポリ(rA)・p(dT)15に1nmolのdTTPを取り込ませる逆転写酵素の量を求めるステップ
を行なうことによって測定することができる。
(ii−1):配列番号2のアミノ酸配列において、326番目、329番目、384番目、388番目、408番目、及び438番目のアミノ酸からなる群より選択される少なくとも1つのアミノ酸がアラニンに置換されたアミノ酸配列からなる、逆転写DNAポリメラーゼ。
(ii−2):(ii−1)の逆転写DNAポリメラーゼのアミノ酸配列において、前記アミノ酸置換が維持された状態から1又は2以上のアミノ酸が欠失、置換又は付加されたアミノ酸配列からなり、かつ逆転写活性を有する、逆転写DNAポリメラーゼ。
配列番号2のアミノ酸配列において、326番目のトレオニン(T326)がアラニンに置換されている逆転写DNAポリメラーゼ(T326A);
配列番号2のアミノ酸配列において、329番目のロイシン(L329)がアラニンに置換されている逆転写DNAポリメラーゼ(L329A);
配列番号2のアミノ酸配列において、384番目のグルタミン(Q384)がアラニンに置換されている逆転写DNAポリメラーゼ(Q384A);
配列番号2のアミノ酸配列において、388番目のフェニルアラニン(F388)がアラニンに置換されている逆転写DNAポリメラーゼ(F388A);
配列番号2のアミノ酸配列において、408番目のメチオニン(M408)がアラニンに置換されている逆転写DNAポリメラーゼ(M408A); 及び
配列番号2のアミノ酸配列において、438番目のチロシン(Y438)がアラニンに置換されている逆転写DNAポリメラーゼ(Y438A)。
配列番号2のアミノ酸配列において、L329がアラニンに置換されており、かつT326がアラニンに置換されている逆転写DNAポリメラーゼ;
配列番号2のアミノ酸配列において、L329がアラニンに置換されており、かつF388がアラニンに置換されている逆転写DNAポリメラーゼ;
配列番号2のアミノ酸配列において、L329がアラニンに置換されており、かつM408がアラニンに置換されている逆転写DNAポリメラーゼ;
配列番号2のアミノ酸配列において、L329がアラニンに置換されており、かつY438がアラニンに置換されている逆転写DNAポリメラーゼ;
配列番号2のアミノ酸配列において、Q384がアラニンに置換されており、かつT326がアラニンに置換されている逆転写DNAポリメラーゼ;
配列番号2のアミノ酸配列において、Q384がアラニンに置換されており、かつF388がアラニンに置換されている逆転写DNAポリメラーゼ;及び
配列番号2のアミノ酸配列において、Q384がアラニンに置換されており、かつM408がアラニンに置換されている逆転写DNAポリメラーゼ;
配列番号2のアミノ酸配列において、Q384がアラニンに置換されており、かつY438がアラニンに置換されている逆転写DNAポリメラーゼ。
(iii−1):配列番号3のアミノ酸配列からなる、ヘリカーゼ
(iii−2):(iii−1)のヘリカーゼのアミノ酸配列において、1又は2以上のアミノ酸が欠失、置換又は付加されたアミノ酸配列からなり、かつヘリカーゼ活性を有する、ヘリカーゼ
(IRD700で蛍光標識した54−mer)
5’−d/IRD700/TCACTCCGCATCTGCCGATTCTGGCTGTGGCGTGTTTCTGGTGGTTCCTAGGTC−3’
(70−mer)
5’−dGACCTAGGAACCACCAGAAACACGCCACAGCCAGGAAGCCGATTGCGAGGCCGTCCTACCATCCTGCAGG−3’
(34−mer ( trap DNA ))
5’−dGACCTAGGAACCACCAGAAACACGCCACAGCCAG−3’
5’突出タイプ
(IRD700で蛍光標識した34−mer)
5’−d/IRD700/GACCTAGGAACCACCAGAAACACGCCACAGCCAG−3’
(54−mer)
5’−dTCACTCCGCATCTGCCGATTCTGGCTGTGGCGTGTTTCTGGTGGTTCCTAGGTC−3’
(34−mer ( trap DNA ))
5’−dCTGGCTGTGGCGTGTTTCTGGTGGTTCCTAGGTC−3’
3’突出タイプ
(IRD700で蛍光標識した54−mer)
5’−d/IRD700/CTGGCTGTGGCGTGTTTCTGGTGGTTCCTAGGTCTTAGCCGTCTACGCCTCACT−3’
(34−mer)
5’−dGACCTAGGAACCACCAGAAACACGCCACAGCCAG−3’
trap DNAは5’突出と同様
平滑末端タイプ
(IRD700で蛍光標識した54−mer)
5’−d/IRD700/GACCTAGGAACCACCAGAAACACGCCACAGCCAGAATCGGCAGATGCGGAGTGA−3 ’
(54−mer ( trap DNA ))
5’−dTCACTCCGCATCTGCCGATTCTGGCTGTGGCGTGTTTCTGGTGGTTCCTAGGTC−3’
なお、IRD700の励起波長は685nm、蛍光波長は712nmである。
(ii)逆転写DNAポリメラーゼ 50nM
(iii)ヘリカーゼ 20nM
dNTP (each) 0.2mM
KCl 50mM
Tris−HCl (pH 8.3): 25mM
Bicine−KOH (pH 8.2): 50mM
MgCl2: 5mM
Mn(CH3COO)2 1mM
CH3COOK 30mM
Trehalose 0.1M
ATP 1mM
E. coli RNA 10μg/ml
温度 50℃
反応時間 30分
RNA 100〜100万分子
プライマー 1μM
反応液容量 10μl
<(α)について>
(i)逆転写酵素の製造
WO2012/020759パンフレットの「実施例」欄の記載(特に実施例4の記載)に従い、MMLV逆転写酵素(配列番号1のアミノ酸配列からなる)の多重変異逆転写酵素(E286R/E302K/L435R/D524A)を得た。当該多重変異逆転写酵素を逆転写酵素MM4とよぶことがある。当該酵素を、(i)逆転写酵素として以下の検討に用いた。
WO2010/050418パンフレットの「実施例」欄の記載(特に実施例1及び実施例3の記載)に従い、Thermotoga sp. K4株由来のDNAポリメラーゼ(配列番号2のアミノ酸配列からなる)の329番目のロイシンがアラニンに置換された変異逆転写DNAポリメラーゼを得、さらに当該逆転写DNAポリメラーゼが逆転写活性を有することをRT−PCRにより確認した。当該変異逆転写DNAポリメラーゼを、(ii)逆転写DNAポリメラーゼとして、以下の検討に用いた。
T.kodakarensisの総DNAを鋳型にし、プライマー(TK0566EX−F(配列番号5)、TK0566EX−R(配列番号6))を用いてTK0566遺伝子を増幅した。得られたTK0566遺伝子を含むDNA断片はNdeI及びEcoRIを用いて切断しpET28aに挿入した。そして構築された pET−TK0566プラスミドを用いて、E. coli BL21−Codon−Plus(DE3)−RIL を形質転換した。5mLのLB培地(1% tryptone, 0.5% yeast extract, 1% NaCl; adjusted to pH 7.3 with NaOH)で37℃、6時間前々培養を行い、20mLのLB培地で前培養 (1%植菌、37℃、10時間) を行った。さらにジャーファーメンターを用いて、37℃で1L培養を行い、OD660が0.4付近でβ−D−1−thiogalactopyranoside (IPTG) (終濃度1mM)を添加し、誘導した。誘導4時間後に集菌し、SDS−PAGEによりTK0566の発現を確認した。LB培地には20μg/mLカナマイシン及び30μg/mLクロラムフェニコールが含まれている。培養菌体を回収し、10mLのバッファーD:20mM Tris−HCl、500mM NaCl、 0.1% Triton X−100、 pH 7.9で懸濁後、超音波破砕した。破砕液を8000g 10分間遠心し、上清を80℃で15分間熱処理した。そして再び8000g、10分間遠心して上清を回収した。発現したTK0566のN末端側にはHis6tagが付加されているため、Niカラムを使用して精製した。バッファーDでカラムを平衡化し、そこに上清をアプライした。そしてバッファーE:20mM Tris−HCl、500mM NaCl、20mM imidazole、0.1% Triton X−100、pH7.9で洗浄した後、バッファーF:20mM Tris−HCl、500mM NaCl、250mM imidazole、0.1% Triton X−100、pH7.9で溶出させた。溶出画分はバッファーDで透析した。
ATPase活性はATPがADPに変換される際に放出される遊離リン酸量を測ることにより測定した。まず核酸依存性について調べるため、基質としてssRNAである63mer RNA (ssRNA63)を用いた。反応液の総量は10μLとし、5nMの核酸基質、0.2μMの精製タンパク質、1mM ATP、2mM MgCl2、2mM DTT、4unitのRibonuclease inhibitor (Human placenta) (Takara Bio)、50mM HEPES (pH7.6) を含む。これを50℃から110℃で30分反応させ、反応停止のために直ちに氷上へ移した。反応液の遊離リン酸量をBIOMOL GREENTM(BIOMOL)を用いて測定し、Ab530をMultiskan Spectrum(ThermoLab Systems)を用いて測定した。これにより、得られた精製タンパク質(ヘリカーゼ)がATPase活性を有することを確認した。
巻き戻し活性測定は、二本鎖DNAを基質として用いた。当該二本鎖の一方のDNA鎖には蛍光標識したものを用いた。また、当該基質以外に、二本鎖DNAをヘリカーゼが巻き戻し(アンワイド)して遊離した一本鎖をトラップするための一本鎖DNA(トラップDNA)を測定系に加えた。具体的には、以下の3つのタイプの基質及びトラップDNAの組み合わせでの測定を行った(各タイプにおいて、トラップDNA以外の二本のDNAが形成する二本鎖DNAを基質として用いた)。
(IRD700で蛍光標識した54−mer)
5’−d/IRD700/TCACTCCGCATCTGCCGATTCTGGCTGTGGCGTGTTTCTGGTGGTTCCTAGGTC−3’
(70−mer)
5’−dGACCTAGGAACCACCAGAAACACGCCACAGCCAGGAAGCCGATTGCGAGGCCGTCCTACCATCCTGCAGG−3’
(34−mer ( trap DNA ))
5’−dGACCTAGGAACCACCAGAAACACGCCACAGCCAG−3’
5’突出タイプ
(IRD700で蛍光標識した34−mer)
5’−d/IRD700/GACCTAGGAACCACCAGAAACACGCCACAGCCAG−3’
(54−mer)
5’−dTCACTCCGCATCTGCCGATTCTGGCTGTGGCGTGTTTCTGGTGGTTCCTAGGTC−3’
(34−mer ( trap DNA ))
5’−dCTGGCTGTGGCGTGTTTCTGGTGGTTCCTAGGTC−3’
3’突出タイプ
(IRD700で蛍光標識した54−mer)
5’−d/IRD700/CTGGCTGTGGCGTGTTTCTGGTGGTTCCTAGGTCTTAGCCGTCTACGCCTCACT−3’
(34−mer)
5’−dGACCTAGGAACCACCAGAAACACGCCACAGCCAG−3’
trap DNAは5’突出と同様
平滑末端タイプ
(IRD700で蛍光標識した54−mer)
5’−d/IRD700/GACCTAGGAACCACCAGAAACACGCCACAGCCAGAATCGGCAGATGCGGAGTGA−3 ’
(54−mer ( trap DNA ))
5’−dTCACTCCGCATCTGCCGATTCTGGCTGTGGCGTGTTTCTGGTGGTTCCTAGGTC−3’
三種の酵素、すなわち上記(i)逆転写酵素、(ii)逆転写DNAポリメラーゼ、及び(iii)ヘリカーゼの全てを含有した系において良好に機能させ得る条件を見いだすことは難しい。それぞれの酵素が働く最適条件が異なるためである。
1)反応に影響を与える可能性がある要因を13個あげ、各要因に対し、3個の水準(それぞれ水準1、水準2、水準3)を設定した。一例を表13にあげる。表13では、要因A〜Nが条件検討要因であり、各要因の濃度を3個の水準に分けて検討している。
2)各要因から1個の水準を選び、27個の異なる反応条件を決定した。一例を表14にあげる。表14から明らかなように、各要因の1個の水準は9個の反応条件に使われている。
3)27個の反応条件に対してそれぞれ、初期コピー数が異なる(100個〜100万個)条件でcDNA合成を行い、各反応条件に対して、検出感度が高いものほど高くなるスコアを与えた。さらに、各要因の各水準について、その水準が使われている反応条件のスコアを合計した。一例を表15にあげる。各要因に対して、最もスコアが高い水準が好ましいといえる。
4)さらに、全体を100%にしたときの、スコアに対する各要因の寄与率を求めた。一例を表15にあげる。
5)寄与率の大きい要因は、次の要因解析においては、水準をせまい範囲でとり、さらに詳細な条件を検討した。
以下の反応条件でcDNA合成反応を行った。なお、以下の条件は、上記のようにして三種酵素含有cDNA合成系における最適条件を探索した結果、得られた最適条件である。
逆転写DNAポリメラーゼ(L329A) 50nM
へリカーゼ(TK0566) 20nM
dNTP (each) 0.2mM
KCl 50mM
Tris−HCl (pH 8.3): 25mM
Bicine−KOH (pH 8.2): 50mM
MgCl2: 5mM
Mn(CH3COO)2 1mM
CH3COOK 30mM
Trehalose 0.1M
ATP 1mM
E. coli RNA 10μg/ml
温度 50℃
反応時間 30分
RNA(配列を図2に示す) 100、1000、1万、10万、100万分子
プライマーDR4−4(配列を図2に示す) 1μM
反応液容量 10μl
プライマーDF2−2(配列を図2に示す) 1μM
上記反応液1.5μl
dNTP (each) 0.2mM
MgSO4 1mM
KOD−Plus−Neo(東洋紡)に添付の10×Buffer 2.5μl
10units/ml KOD−Plus−Neo(東洋紡) 0.5μl
温度条件 95℃ 30秒、59℃ 30秒、72℃ 30秒、30サイクル
上記「cDNA合成産物のPCRによる検出」に示す条件(RNAは100万分子、容量20μl)で、cDNA合成を行った。
二次構造をとりやすいことが知られている16S rRNAおよび5塩基のミスマッチを有するプライマーである16S miss Rv2 25−5−5’を用いて、以下の反応条件でcDNA合成反応を行った。
逆転写DNAポリメラーゼ(L329A) 50nM
へリカーゼ(TK0566) 0,2,40,又は130nM
dNTP (each) 0.2mM
KCl 50mM
Tris−HCl (pH 8.3): 25mM
Bicine−KOH (pH 8.2): 50mM
MgCl2: 5mM
Mn(CH3COO)2 1mM
CH3COOK 30mM
Trehalose 0.1M
ATP 1mM
E. coli RNA 10μg/ml
プライマー16SRv(配列は図5に示す) 1.2μM;
プライマー16S miss Rv2 25−5−5’(配列は図5に示す)1.2μM;
反応液容量 20μl
温度 45℃
反応時間 30分
プライマー16S Fw(配列は図5に示す) 1.2μM
プライマー16S Rv(配列は図5に示す) 1.2μM
上記反応液2.0μl
dNTP (each) 0.2mM
MgSO4 1mM
KOD−Plus−Neo(東洋紡)に添付の10×Buffer 2.5μl
10units/ml KOD−Plus−Neo(東洋紡) 0.5μl
温度条件 94℃ 3分
94℃ 15秒、60℃ 30秒、68℃ 120秒、30サイクル
68℃ 5分
以下の反応条件でcDNA合成反応を行った。
逆転写DNAポリメラーゼ(L329A) 0又は1000nM
へリカーゼ(TK0566) 0又は20nM
dNTP (each) 0.2mM
KCl 50mM
Tris−HCl (pH 8.3): 25mM
Bicine−KOH (pH 8.2): 50mM
MgCl2: 5mM
Mn(CH3COO)2 1mM
CH3COOK 30mM
Trehalose 0.1M
ATP 1mM
E. coli RNA 10μg/ml
温度 50℃
反応時間 30分
RNA(cDNA合成産物のPCRによる検出1で用いたものと同じ) 100万分子
プライマーDR4−4 0.5μM
反応液容量 10μl
プライマーDF2−2 0.4μM
上記反応液4.0μl
dNTP (each) 0.12mM
Bicine (pH 8.2) 50mM
Mn(CH3COO)2 1mM
CH3COOK 110mM
Glycerol 8%
温度条件 95℃ 30秒、59℃ 30秒、72℃ 30秒、30サイクル
ヘリカーゼTK0460の調製
Thermococcus kodakarensis KOD1株(Atomi et al. Archaea. 2004, 1(4):263−7.)を20mlのASW−YT−S0培地(Atomi et al. Archaea. 2004, 1(4):263−7.)で85℃、12時間液体培養した。生育した菌体を10000×g、4℃で20分間遠心した。得られた菌体からフェノール−クロロホルム−イソアミルアルコール(ニッポンジーン, Code No. 311−90151)処理及びエタノール沈殿処理でゲノムDNAを抽出した。得られたゲノムDNAとプライマーセットtk−0460−Fw(配列番号20)、tk0460−Rv(配列番号21)及びKOD−plus polymerase(東洋紡, Code No. KOD−201X10)を用いてPCRを行い、TK0460遺伝子を増幅した。増幅したTK0460遺伝子をWizard SV Gel and PCR Clean−Up System(プロメガ, Code No. A9281)で精製した後、NdeI及びNotI(タカラバイオ)で制限酵素処理を行った。得られた制限酵素処理断片をpET−28a(メルクミリポア, Code No. 69864−3CN)のNdeI/NotI部位に導入した。遺伝子導入により得られたTK0460発現ベクターをpET28a−TK0460とした。
ヘリカーゼ添加NASBA法によるDNA増幅の検討には、セレウス用NASBA−核酸クロマト検出試薬キット(株式会社カイノス:スイフトジーン(登録商標)セレウリド産生セレウス「カイノス」)を用いた。当該キットは、NASBA法により、セレウス(Bacillus cereus)のセレウリド合成酵素遺伝子のcesオペロンのcesD配列を増幅し、セレウスの存在の有無を確認するためのものである。当該キットの説明書に記載された「試薬の調製方法」の指示に従って、dNTPs、NTPs、cesD増幅用プライマーセットが含まれた試薬溶液を調製した。フォワードプライマーの塩基配列を配列番号23に、リバースプライマーの塩基配列を配列番号24に示す。リバースプライマーは、cesD配列DNAにアニールする配列からなるDNAの5’端に、さらにRNAポリメラーゼプロモーター配列からなるDNAが結合した構造を有する。
Claims (5)
- 以下の(i)逆転写酵素、(ii)逆転写DNAポリメラーゼ、及び(iii)ヘリカーゼを含有する溶液中で、RNAを鋳型としてcDNAを合成する方法。
(i)以下の(i−1)又は(i−2)に記載の逆転写酵素;
(i−1):配列番号1のアミノ酸配列において、69位のグルタミン酸、108位のアスパラギン酸、117位のグルタミン酸、124位のアスパラギン酸、286位のグルタミン酸、302位のグルタミン酸、313位のトリプトファン、435位のロイシン及び454位のアスパラギンからなる群より選ばれた少なくとも1つのアミノ酸が、正電荷アミノ酸に置換されたアミノ酸配列からなる、逆転写酵素
(i−2):(i−1)の逆転写酵素のアミノ酸配列において、前記アミノ酸置換が維持された状態から1又は2以上のアミノ酸が欠失、置換又は付加されたアミノ酸配列からなり、(i−1)の逆転写酵素のアミノ酸配列と95%以上の同一性を有し、かつ逆転写活性を有する、逆転写酵素
(ii)以下の(ii−1)又は(ii−2)に記載の逆転写DNAポリメラーゼ;
(ii−1):配列番号2のアミノ酸配列において、326番目、329番目、384番目、388番目、408番目、及び438番目のアミノ酸からなる群より選択される少なくとも1つのアミノ酸がアラニンに置換されたアミノ酸配列からなる、逆転写DNAポリメラーゼ
(ii−2):(ii−1)の逆転写DNAポリメラーゼのアミノ酸配列において、前記アミノ酸置換が維持された状態から1又は2以上のアミノ酸が欠失、置換又は付加されたアミノ酸配列からなり、(ii−1)の逆転写DNAポリメラーゼのアミノ酸配列と95%以上の同一性を有し、かつ逆転写活性を有する、逆転写DNAポリメラーゼ
(iii)以下の(iii−1)又は(iii−2)に記載のヘリカーゼ;
(iii−1):配列番号3のアミノ酸配列からなる、ヘリカーゼ
(iii−2):(iii−1)のヘリカーゼのアミノ酸配列において、1又は2以上のアミノ酸が欠失、置換又は付加されたアミノ酸配列からなり、(iii−1)のヘリカーゼのアミノ酸配列と95%以上の同一性を有し、かつヘリカーゼ活性を有する、ヘリカーゼ - 以下の(i)逆転写酵素、(ii)逆転写DNAポリメラーゼ、及び(iii)ヘリカーゼを含有する溶液中で、RNAを鋳型としてcDNAを合成する工程、並びに
当該cDNAに対して核酸増幅反応を行う工程
を含む、鋳型RNAの存在を確認する方法。
(i)以下の(i−1)又は(i−2)に記載の逆転写酵素;
(i−1):配列番号1のアミノ酸配列において、69位のグルタミン酸、108位のアスパラギン酸、117位のグルタミン酸、124位のアスパラギン酸、286位のグルタミン酸、302位のグルタミン酸、313位のトリプトファン、435位のロイシン及び454位のアスパラギンからなる群より選ばれた少なくとも1つのアミノ酸が、正電荷アミノ酸に置換されたアミノ酸配列からなる、逆転写酵素
(i−2):(i−1)の逆転写酵素のアミノ酸配列において、前記アミノ酸置換が維持された状態から1又は2以上のアミノ酸が欠失、置換又は付加されたアミノ酸配列からなり、(i−1)の逆転写酵素のアミノ酸配列と95%以上の同一性を有し、かつ逆転写活性を有する、逆転写酵素
(ii)以下の(ii−1)又は(ii−2)に記載の逆転写DNAポリメラーゼ;
(ii−1):配列番号2のアミノ酸配列において、326番目、329番目、384番目、388番目、408番目、及び438番目のアミノ酸からなる群より選択される少なくとも1つのアミノ酸がアラニンに置換されたアミノ酸配列からなる、逆転写DNAポリメラーゼ
(ii−2):(ii−1)の逆転写DNAポリメラーゼのアミノ酸配列において、前記アミノ酸置換が維持された状態から1又は2以上のアミノ酸が欠失、置換又は付加されたアミノ酸配列からなり、(ii−1)の逆転写DNAポリメラーゼのアミノ酸配列と95%以上の同一性を有し、かつ逆転写活性を有する、逆転写DNAポリメラーゼ
(iii)以下の(iii−1)又は(iii−2)に記載のヘリカーゼ;
(iii−1):配列番号3のアミノ酸配列からなる、ヘリカーゼ
(iii−2):(iii−1)のヘリカーゼのアミノ酸配列において、1又は2以上のアミノ酸が欠失、置換又は付加されたアミノ酸配列からなり、(iii−1)のヘリカーゼのアミノ酸配列と95%以上の同一性を有し、かつヘリカーゼ活性を有する、ヘリカーゼ - さらに、前記核酸増幅反応で得られうる増幅された核酸の検出工程を含む、請求項2に記載の方法。
- 前記核酸増幅反応が、RT−PCR又はNASBAである、請求項2又は3に記載の方法。
- 以下の(i)逆転写酵素、(ii)逆転写DNAポリメラーゼ、及び(iii)ヘリカーゼを備える、cDNA合成キット。
(i)以下の(i−1)又は(i−2)に記載の逆転写酵素;
(i−1):配列番号1のアミノ酸配列において、69位のグルタミン酸、108位のアスパラギン酸、117位のグルタミン酸、124位のアスパラギン酸、286位のグルタミン酸、302位のグルタミン酸、313位のトリプトファン、435位のロイシン及び454位のアスパラギンからなる群より選ばれた少なくとも1つのアミノ酸が、正電荷アミノ酸に置換されたアミノ酸配列からなる、逆転写酵素
(i−2):(i−1)の逆転写酵素のアミノ酸配列において、前記アミノ酸置換が維持された状態から1又は2以上のアミノ酸が欠失、置換又は付加されたアミノ酸配列からなり、(i−1)の逆転写酵素のアミノ酸配列と95%以上の同一性を有し、かつ逆転写活性を有する、逆転写酵素
(ii)以下の(ii−1)又は(ii−2)に記載の逆転写DNAポリメラーゼ;
(ii−1):配列番号2のアミノ酸配列において、326番目、329番目、384番目、388番目、408番目、及び438番目のアミノ酸からなる群より選択される少なくとも1つのアミノ酸がアラニンに置換されたアミノ酸配列からなる、逆転写DNAポリメラーゼ
(ii−2):(ii−1)の逆転写DNAポリメラーゼのアミノ酸配列において、前記アミノ酸置換が維持された状態から1又は2以上のアミノ酸が欠失、置換又は付加されたアミノ酸配列からなり、(ii−1)の逆転写DNAポリメラーゼのアミノ酸配列と95%以上の同一性を有し、かつ逆転写活性を有する、逆転写DNAポリメラーゼ
(iii)以下の(iii−1)又は(iii−2)に記載のヘリカーゼ;
(iii−1):配列番号3のアミノ酸配列からなる、ヘリカーゼ
(iii−2):(iii−1)のヘリカーゼのアミノ酸配列において、1又は2以上のアミノ酸が欠失、置換又は付加されたアミノ酸配列からなり、(iii−1)のヘリカーゼのアミノ酸配列と95%以上の同一性を有し、かつヘリカーゼ活性を有する、ヘリカーゼ
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