JP6884810B2 - 情報提供装置、情報提供方法及びmiRNA重要度テーブル生成方法 - Google Patents
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Description
近年、miRNAプロファイルのバランスの乱れががん等の疾病に罹患するリスク(危険度)に関連することが知られている。また、miRNAは、食生活等の生活習慣の改善によって、その発現量をコントロールすることができるため、ユーザがmiRNAの発現量のバランス(miRNAプロファイルのバランス)の乱れを把握することができれば、その改善策を講ずることに寄与することができる。しかしながら、miRNAプロファイルは凡そ2500種類が存在するmiRNAのプロファイルであるために複雑であり、一般のユーザがmiRNAプロファイルを理解することは難しい。また、疾病の種類によっては、疾病に罹患するリスク(疾病罹患リスク)に関連するmiRNAが異なるので、一律にmiRNAプロファイルのバランスの乱れを評価することはできない。
(1)本発明の一態様は、複数のがん種に罹患するリスクを提供する情報提供装置であって、ユーザの各miRNA測定値から構成されるユーザmiRNAプロファイルを受けるmiRNAプロファイル入力部と、前記ユーザmiRNAプロファイル内の各miRNA測定値と、疾病に罹患するリスクに基づいた各miRNA適正値と、未病状態におけるスコア算出対象がん種に罹患するリスクに対して各miRNAがどのくらい重要であるのかを示す各miRNA重要度とに基づいた各個別miRNAスコアを算出する個別miRNAスコア算出部と、前記個別miRNAスコアに基づいた判定結果データを生成して出力する判定結果データ生成部と、を備える情報提供装置である。
(2)本発明の一態様は、疾病に罹患するリスクに基づいた各miRNA適正値から構成される適正miRNAプロファイルを記憶する適正miRNAプロファイル記憶部と、前記ユーザmiRNAプロファイル内の各miRNA測定値と、前記適正miRNAプロファイル内の対応する各miRNA適正値とから、miRNA測定値とmiRNA適正値との乖離量を示す各miRNA乖離値を算出するmiRNA乖離値算出部と、前記複数のがん種に対して、がん種ごとに、未病状態における各がん種に罹患するリスクに対して各miRNAがどのくらい重要であるのかを示す各miRNA重要度を格納するmiRNA重要度テーブルを記憶するmiRNA重要度テーブル記憶部と、をさらに備え、前記個別miRNAスコア算出部は、スコア算出対象がん種の前記miRNA重要度テーブル内の各miRNA重要度と前記各miRNA乖離値とから、各個別miRNAスコアを算出する、上記(1)の情報提供装置である。
(3)本発明の一態様は、前記複数のがん種ごとに、がんに罹患するリスクが一定以上であり且つがん罹患前の情報提供者の各miRNA測定値から構成される高リスクmiRNAプロファイルを取得する高リスクmiRNAプロファイル取得部と、疾病に罹患するリスクに基づいた各miRNA適正値から構成される適正miRNAプロファイルを取得する適正miRNAプロファイル取得部と、前記高リスクmiRNAプロファイル取得部が取得した各がん種の高リスクmiRNAプロファイルと、前記適正miRNAプロファイル取得部が取得した前記適正miRNAプロファイルとを比較し、当該比較の結果に基づいて各がん種に対応する各miRNA重要度を算出するmiRNA重要度算出部と、前記複数のがん種に対して、がん種ごとに、前記miRNA重要度算出部が算出した各がん種に対応する各miRNA重要度をmiRNA重要度テーブルに格納するmiRNA重要度テーブル生成部と、をさらに備える上記(2)の情報提供装置である。
(4)本発明の一態様は、前記複数のがん種に対して、がん種ごとに、疾病に罹患するリスクに基づいた各miRNA適正値に対して未病状態における各がん種に罹患するリスクに対して各miRNAがどのくらい重要であるのかを示す各miRNA重要度を加味した各miRNA統合重要度を格納する統合重要テーブルを記憶する統合重要テーブル記憶部をさらに備え、前記個別miRNAスコア算出部は、前記ユーザmiRNAプロファイル内の各miRNA測定値と、スコア算出対象がん種の前記統合重要テーブル内の各miRNA統合重要度とから、各個別miRNAスコアを算出する、上記(1)の情報提供装置である。
(5)本発明の一態様は、前記各個別miRNAスコアを総合したmiRNAスコアを算出するmiRNAスコア算出部をさらに備える、上記(1)から(4)のいずれかの情報提供装置である。
(6)本発明の一態様は、スコア算出対象がん種を示すスコア算出対象疾病指定データの入力を受付けるスコア算出対象疾病指定入力部をさらに備える、上記(1)から(5)のいずれかの情報提供装置である。
(8)本発明の一態様は、上記(7)の情報提供方法に使用されるmiRNA重要度テーブルを生成するmiRNA重要度テーブル生成装置が実行するmiRNA重要度テーブルの生成方法であって、前記miRNA重要度テーブル生成装置が、がん種ごとにがんを抑制又は促進するmiRNAを示すmiRNA疾病情報を取得するmiRNA疾病情報取得ステップと、前記miRNA重要度テーブル生成装置が、前記miRNA疾病情報に基づいて、各がん種に対応する各miRNA重要度を算出するmiRNA重要度算出ステップと、前記miRNA重要度テーブル生成装置が、がん種ごとに算出された各miRNA重要度をmiRNA重要度テーブルに格納するmiRNA重要度格納ステップと、を含むmiRNA重要度テーブル生成方法である。
なお、情報提供装置10は、インターネット等の通信ネットワークに接続されたサーバコンピュータが情報提供装置10の機能を実現させるためのコンピュータプログラムを実行することにより実現されるものであってもよい。また、情報提供装置10の一部の機能が端末装置のブラウザ上で動作するスクリプトや端末装置にインストールされるアプリケーションとして端末装置に提供され、情報提供装置10の一部の機能を備えた端末装置と情報提供装置10の残りの機能を備えたサーバコンピュータとが連携することにより情報提供装置10の全機能が実現されるものであってもよい。
次に本実施形態に係る適正miRNAプロファイル生成方法を説明する。適正miRNAプロファイルは、疾病罹患リスクに基づいた各miRNA適正値から構成されるmiRNAプロファイルのデータである。この適正miRNAプロファイルの生成方法の例を以下に説明する。
次に本実施形態に係るmiRNA重要度テーブル生成方法を説明する。miRNA重要度テーブルは、疾病の種類ごとに生成される。miRNA重要度テーブルは、疾病の種類に対応する各miRNA重要度を格納するテーブル形式のデータである。
図6は、本実施形態に係るmiRNA重要度テーブル生成方法の例1を示すフローチャートである。図6を参照して、本実施形態に係るmiRNA重要度テーブル生成方法の例1を説明する。
図7は、本実施形態に係るmiRNA重要度テーブル生成方法の例2を示すフローチャートである。図7を参照して、本実施形態に係るmiRNA重要度テーブル生成方法の例2を説明する。
図8は、本実施形態に係るmiRNA重要度テーブル生成方法の例3を示すフローチャートである。図8を参照して、本実施形態に係るmiRNA重要度テーブル生成方法の例3を説明する。
なお、上述したmiRNA重要度テーブルの生成方法の例1から例3までは、それぞれ単独に使用されてもよく、又は、いずれか複数が組み合わされて使用されてもよい。例えば、miRNA重要度テーブルの生成方法の例1から例3までのいずれかの方法で、例えばmiRNA重要度テーブルの生成方法の例1で仮のmiRNA重要度テーブルを生成する。次いで、miRNA重要度テーブルの生成方法の例2の疾病患者miRNAプロファイルと適正miRNAプロファイルの情報やmiRNA重要度テーブルの生成方法の例3の高リスクmiRNAプロファイルの情報と適正miRNAプロファイルの情報に基づいて、仮のmiRNA重要度テーブルの数値を調整する。この調整の結果を、最終のmiRNA重要度テーブルに決定する。どの方法で仮のmiRNA重要度テーブルを生成するのかは、疾病の種類や、各方法で得られる情報の量、質に基づいて適宜選択すればよい。
次に本実施形態に係る総合miRNAスコア算出方法を説明する。
本実施形態では、ユーザのユーザmiRNAプロファイルを使用して、疾病の種類ごとに、当該ユーザの総合miRNAスコアを算出する。ある疾病、例えば疾病Aについてのユーザの総合miRNAスコアは、当該ユーザが疾病Aに罹患するリスクの観点において、miRNAプロファイルのバランスの良し悪しを示す情報である。
疾病Aの総合miRNAスコア=[mirnaid_1のmiRNA乖離値「mirna測定値_1−mirna適正値_1」×mirna重要度_1A]+[mirnaid_2のmiRNA乖離値「mirna測定値_2−mirna適正値_2」×mirna重要度_2A]+・・・
上記した疾病Aの総合miRNAスコアの算出式では、miRNA測定値からmiRNA適正値を減じた結果の差をmiRNA乖離値として算出し、miRNA乖離値にmiRNA重要度を乗じた結果の積を個別miRNAスコアとして算出し、各個別miRNAスコアの総和を総合miRNAスコアとして算出している。
また、「コンピュータ読み取り可能な記録媒体」とは、フレキシブルディスク、光磁気ディスク、ROM、フラッシュメモリ等の書き込み可能な不揮発性メモリ、DVD(Digital Versatile Disc)等の可搬媒体、コンピュータシステムに内蔵されるハードディスク等の記憶装置のことをいう。
また、上記プログラムは、このプログラムを記憶装置等に格納したコンピュータシステムから、伝送媒体を介して、あるいは、伝送媒体中の伝送波により他のコンピュータシステムに伝送されてもよい。ここで、プログラムを伝送する「伝送媒体」は、インターネット等のネットワーク(通信網)や電話回線等の通信回線(通信線)のように情報を伝送する機能を有する媒体のことをいう。
また、上記プログラムは、前述した機能の一部を実現するためのものであっても良い。さらに、前述した機能をコンピュータシステムにすでに記録されているプログラムとの組み合わせで実現できるもの、いわゆる差分ファイル(差分プログラム)であっても良い。
11 miRNAプロファイル入力部
12 miRNA乖離値算出部
13 個別miRNAスコア算出部
14 総合miRNAスコア算出部
15 判定結果データ生成部
16 スコア算出対象疾病指定入力部
17 適正miRNAプロファイル記憶部
18 miRNA重要度テーブル記憶部
20 統合重要テーブル記憶部
Claims (11)
- 複数のがん種に罹患するリスクを提供する情報提供装置であって、
ユーザの各miRNA測定値から構成されるユーザmiRNAプロファイルを受けるmiRNAプロファイル入力部と、
前記ユーザmiRNAプロファイル内の各miRNA測定値と、疾病に罹患するリスクに基づいた各miRNA適正値と、未病状態におけるスコア算出対象がん種に罹患するリスクに対して各miRNAがどのくらい重要であるのかを示す各miRNA重要度とに基づいた各個別miRNAスコアを算出する個別miRNAスコア算出部と、
前記個別miRNAスコアに基づいた判定結果データを生成して出力する判定結果データ生成部と、
を備える情報提供装置。 - 疾病に罹患するリスクに基づいた各miRNA適正値から構成される適正miRNAプロファイルを記憶する適正miRNAプロファイル記憶部と、
前記ユーザmiRNAプロファイル内の各miRNA測定値と、前記適正miRNAプロファイル内の対応する各miRNA適正値とから、miRNA測定値とmiRNA適正値との乖離量を示す各miRNA乖離値を算出するmiRNA乖離値算出部と、
前記複数のがん種に対して、がん種ごとに、未病状態における各がん種に罹患するリスクに対して各miRNAがどのくらい重要であるのかを示す各miRNA重要度を格納するmiRNA重要度テーブルを記憶するmiRNA重要度テーブル記憶部と、をさらに備え、
前記個別miRNAスコア算出部は、スコア算出対象がん種の前記miRNA重要度テーブル内の各miRNA重要度と前記各miRNA乖離値とから、各個別miRNAスコアを算出する、
請求項1に記載の情報提供装置。 - 前記複数のがん種ごとに、がんに罹患するリスクが一定以上であり且つがん罹患前の情報提供者の各miRNA測定値から構成される高リスクmiRNAプロファイルを取得する高リスクmiRNAプロファイル取得部と、
疾病に罹患するリスクに基づいた各miRNA適正値から構成される適正miRNAプロファイルを取得する適正miRNAプロファイル取得部と、
前記高リスクmiRNAプロファイル取得部が取得した各がん種の高リスクmiRNAプロファイルと、前記適正miRNAプロファイル取得部が取得した前記適正miRNAプロファイルとを比較し、当該比較の結果に基づいて各がん種に対応する各miRNA重要度を算出するmiRNA重要度算出部と、
前記複数のがん種に対して、がん種ごとに、前記miRNA重要度算出部が算出した各がん種に対応する各miRNA重要度をmiRNA重要度テーブルに格納するmiRNA重要度テーブル生成部と、
をさらに備える請求項2に記載の情報提供装置。 - 前記複数のがん種に対して、がん種ごとに、疾病に罹患するリスクに基づいた各miRNA適正値に対して未病状態における各がん種に罹患するリスクに対して各miRNAがどのくらい重要であるのかを示す各miRNA重要度を加味した各miRNA統合重要度を格納する統合重要テーブルを記憶する統合重要テーブル記憶部をさらに備え、
前記個別miRNAスコア算出部は、前記ユーザmiRNAプロファイル内の各miRNA測定値と、スコア算出対象がん種の前記統合重要テーブル内の各miRNA統合重要度とから、各個別miRNAスコアを算出する、
請求項1に記載の情報提供装置。 - 前記各個別miRNAスコアを総合したmiRNAスコアを算出するmiRNAスコア算出部をさらに備える、
請求項1から4のいずれか1項に記載の情報提供装置。 - スコア算出対象がん種を示すスコア算出対象疾病指定データの入力を受付けるスコア算出対象疾病指定入力部をさらに備える、
請求項1から5のいずれか1項に記載の情報提供装置。 - 複数のがん種に罹患するリスクを提供する情報提供装置が実行する情報提供方法であって、
前記情報提供装置が備えるmiRNAプロファイル入力部が、ユーザの各miRNA測定値から構成されるユーザmiRNAプロファイルを受けるmiRNAプロファイル入力ステップと、
前記情報提供装置が備える適正miRNAプロファイル記憶部が、疾病に罹患するリスクに基づいた各miRNA適正値から構成される適正miRNAプロファイルを記憶する適正miRNAプロファイル記憶ステップと、
前記情報提供装置が備えるmiRNA乖離値算出部が、前記ユーザmiRNAプロファイル内の各miRNA測定値と、前記適正miRNAプロファイル内の対応する各miRNA適正値とから、miRNA測定値とmiRNA適正値との乖離量を示す各miRNA乖離値を算出するmiRNA乖離値算出ステップと、
前記情報提供装置が備えるmiRNA重要度テーブル記憶部が、前記複数のがん種に対して、がん種ごとに、未病状態における各がん種に罹患するリスクに対して各miRNAがどのくらい重要であるのかを示す各miRNA重要度を格納するmiRNA重要度テーブルを記憶するmiRNA重要度テーブル記憶ステップと、
前記情報提供装置が備える個別miRNAスコア算出部が、スコア算出対象がん種の前記miRNA重要度テーブル内の各miRNA重要度と前記各miRNA乖離値とから、各個別miRNAスコアを算出する個別miRNAスコア算出ステップと、
前記情報提供装置が備える判定結果データ生成部が、前記個別miRNAスコアに基づいた判定結果データを生成して出力する判定結果データ生成ステップと、
を含む情報提供方法。 - 請求項7に記載の情報提供方法に使用されるmiRNA重要度テーブルを生成するmiRNA重要度テーブル生成装置が実行するmiRNA重要度テーブルの生成方法であって、
前記miRNA重要度テーブル生成装置が、がん種ごとにがんを抑制又は促進するmiRNAを示すmiRNA疾病情報を取得するmiRNA疾病情報取得ステップと、
前記miRNA重要度テーブル生成装置が、前記miRNA疾病情報に基づいて、各がん種に対応する各miRNA重要度を算出するmiRNA重要度算出ステップと、
前記miRNA重要度テーブル生成装置が、がん種ごとに算出された各miRNA重要度をmiRNA重要度テーブルに格納するmiRNA重要度格納ステップと、
を含むmiRNA重要度テーブル生成方法。 - 請求項7に記載の情報提供方法に使用されるmiRNA重要度テーブルを生成するmiRNA重要度テーブル生成装置が実行するmiRNA重要度テーブルの生成方法であって、
前記miRNA重要度テーブル生成装置が、がん種ごとに、疾病患者の各miRNA測定値から構成される疾病患者miRNAプロファイルを取得する疾病患者miRNAプロファイル取得ステップと、
前記miRNA重要度テーブル生成装置が、疾病に罹患するリスクに基づいた各miRNA適正値から構成される適正miRNAプロファイルを取得する適正miRNAプロファイル取得ステップと、
前記miRNA重要度テーブル生成装置が、がん種ごとに取得された疾病患者miRNAプロファイルと前記適正miRNAプロファイルとを比較し、当該比較の結果に基づいて各がん種に対応する各miRNA重要度を算出するmiRNA重要度算出ステップと、
前記miRNA重要度テーブル生成装置が、がん種ごとに算出された各miRNA重要度をmiRNA重要度テーブルに格納するmiRNA重要度格納ステップと、
を含むmiRNA重要度テーブル生成方法。 - 請求項7に記載の情報提供方法に使用されるmiRNA重要度テーブルを生成するmiRNA重要度テーブル生成装置が実行するmiRNA重要度テーブルの生成方法であって、
前記miRNA重要度テーブル生成装置が、がん種ごとに、がんに罹患するリスクが一定以上であり且つがん罹患前の情報提供者の各miRNA測定値から構成される高リスクmiRNAプロファイルを取得する高リスクmiRNAプロファイル取得ステップと、
前記miRNA重要度テーブル生成装置が、疾病に罹患するリスクに基づいた各miRNA適正値から構成される適正miRNAプロファイルを取得する適正miRNAプロファイル取得ステップと、
前記miRNA重要度テーブル生成装置が、がん種ごとに取得された高リスクmiRNAプロファイルと前記適正miRNAプロファイルとを比較し、当該比較の結果に基づいて各がん種に対応する各miRNA重要度を算出するmiRNA重要度算出ステップと、
前記miRNA重要度テーブル生成装置が、がん種ごとに算出された各miRNA重要度をmiRNA重要度テーブルに格納するmiRNA重要度格納ステップと、
を含むmiRNA重要度テーブル生成方法。 - 前記miRNA重要度テーブル生成装置が、情報提供者のmiRNA属性、生化学データ及びmiRNAプロファイルを取得する情報取得ステップを含み、
前記miRNA重要度テーブル生成装置が、取得された情報提供者のmiRNA属性、生化学データ及びmiRNAプロファイルを更に使用して、各がん種に対応する各miRNA重要度を算出する、
請求項8から10のいずれか1項に記載のmiRNA重要度テーブル生成方法。
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