JP6840668B2 - 結合された粒子間の相互作用の抑制 - Google Patents
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Description
いくつかの実施形態は、この決定に基づいて、コンピュータによる2つの粒子間の相互作用の計算を抑制する方法を含む。
別の態様において、本発明は、2つの粒子間のトポロジ距離が閾値未満であると判定することを含む方法を特徴とする。
第2の態様において、本発明は、ペアワイズ点相互作用(pairwise-point-interaction)モジュールアレイへの粒子の流れを管理する方法を特徴とする。このような方法は、第1の粒子セットを第1のキュー内に受け取ることを含む。第1の粒子セットは、現在の期間中にペアワイズ点相互作用モジュールアレイに受け渡される全ての粒子を含む第2の粒子セットのうちの適切なサブセットである。方法は、第2の粒子セットから全ての粒子を受け取る前に、第1の粒子セットの粒子を第1のキューからアレイへと受け渡すことを含む。
別の実施形態において、方法は、第3の粒子セットを第2のキュー内に受け取ることを含む。この第3の粒子セットは、現在の期間中にアレイにのみロードされる全ての粒子を含む。そのような実施形態において、第1の粒子セットの粒子を第1のキューからアレイへと受け渡すことは、第3の粒子セットの全ての粒子がアレイにロードされた後にのみ生じる。
別の態様において、本発明は、本発明の第2の態様に関連する方法のうちのいずれか一つを実行するように構成された分子動力学シミュレーション装置を含む。
相互作用を計算すべきか否かを判定するための1つの試験は、粒子間の距離が計算すべき価値があるほど十分に近いか否かを調べることである。2つの粒子が離れすぎていると、相互作用は計算されない。
トポロジ識別子64は、分子58内の原子60間のトポロジの関係を符号化する。したがって、2つの原子60のトポロジ識別子64を比較することによって、2つの原子60間のトポロジ距離を規定することができる。これにより、通常であれば相互作用が計算される程度に十分に原子同士が近づいている場合であっても、原子60間の相互作用が排除されるべきか否かを高精度に判定することが可能となる。
最後に、第4の要素は、原子が末端原子であるか否かを識別する末端フラグである。末端原子は、一つの共有結合のみによって分子の残りに結合しているものである。本明細書で使用する「共有結合」という用語は、結合に関与する電子軌道の数とは無関係であり、したがって、二重結合や三重結合を含む。
図示された実施形態では、トポロジ識別子は整数四重項(n,m,k,t)である。主鎖原子は(n,0,0,0)として識別される。n番目の主鎖原子から離れた一次側鎖中の原子は(n,m,0,0)として識別され、ここで、mは、その原子と主鎖原子との間の鎖に沿った距離を表す1以上の整数である。二次側鎖の原子は(n,m,k,0)として識別され、ここで、kは、その原子と二次側鎖が一次側と交差する原子(n,m,0,0)との間の距離を表す1以上の整数である。隣接するものが1つのみである末端原子の末端フラグは1に設定される。したがって、隣接する原子が原子(n,m,k,0)である末端原子は、そのトポロジ識別子64として整数四重項(n,m,k,1)を有する。
第1の場合、原子は異なる主鎖原子に結合されており、このため、異なる主鎖識別子を有する。これは、n1≠n2であることを意味する。このような場合、距離は、主鎖識別子間の差の大きさを取って、それを2つの整数四重子の残りの要素全ての合計に加えることによって、
|n1−n2|+m1+m2+k1+k2+t1+t2
として得られる。
|n1−n2|+|m1−m2|+k1+k2+t1+t2
として得られる。
|n1−n2|+|m1−m2|+|k1−k2|+t1+t2
として得られる。
実際の問題として、対象とする分子において、殆どの側鎖は短い。殆どの脂質やタンパク質について、一次側鎖識別子を符号化するには3ビットで十分であり、二次側鎖識別子を符号化するには1ビットで十分である。末端フラグを符号化するには更に1ビット必要となる。したがって、残りのビットを使用して主鎖識別子を符号化することができる。
Claims (20)
- コンピュータにより2つの粒子間のトポロジ関係を示すトポロジ識別子に基づいて2つの粒子間のトポロジ距離を計算すること、
前記コンピュータにより前記トポロジ距離が閾値未満であると判定すること、
前記トポロジ距離が閾値未満である場合に、前記コンピュータによる前記2つの粒子間の相互作用の計算を抑制すること、
前記トポロジ距離が閾値以上である場合に、前記コンピュータによる前記2つの粒子間の相互作用の計算を行うことを備える方法。 - 前記2つの粒子間の関係を表すコンピュータ読み取り可能なグラフを提供することをさらに備え、前記トポロジ距離は、前記グラフ内の前記2つの粒子間のエッジ数に少なくとも部分的に依存する、請求項1に記載の方法。
- 前記2つの粒子は第1の原子と第2の原子であり、前記2つの粒子間の相互作用の計算を抑制することは、計算が抑制されない場合に、分子動力学シミュレーションシステムによって実行される計算を抑制することを含む、請求項1に記載の方法。
- 前記2つの粒子間のトポロジ距離が閾値未満であると判定することは、前記2つの粒子のうちの第1の粒子と、その一部が前記第1の粒子である粒子セットとの間のトポロジの関係を示す第1のトポロジ識別子により前記第1の粒子をタグ付けすることを含む、請求項1に記載の方法。
- 前記第1の粒子が原子であり、前記粒子セットが粒子対間の共有結合よりなる分子である、請求項4に記載の方法。
- 前記2つの粒子のうちの第2の粒子を第2のトポロジ識別子によりタグ付けすること、
前記第1および第2のトポロジ識別子に基づいて前記第1および第2の粒子間のトポロジ距離を決定すること、をさらに備える請求項4に記載の方法。 - 前記第1および第2のトポロジ識別子の各々が主鎖識別子を含む、請求項6に記載の方法。
- 前記第1および第2のトポロジ識別子の各々が少なくとも1つの側鎖識別子を含む、請求項6に記載の方法。
- 前記第1および第2のトポロジ識別子の各々が末端フラグを含む、請求項6に記載の方法。
- 前記第1および第2のトポロジ識別子の各々が、主鎖識別子、一次側鎖識別子、二次側鎖識別子、および末端フラグのうちの少なくとも1つを含む、請求項6に記載の方法。
- 前記第1および第2のトポロジ識別子に基づいてトポロジ距離を計算することをさらに備え、前記トポロジ距離を計算することは、前記第1および第2のトポロジ識別子の主鎖識別子間の差の大きさと、前記第1および第2のトポロジ識別子の一次側鎖識別子間の差の大きさと、前記第1および第2のトポロジ識別子の二次側鎖識別子間の差の大きさと、前記第1および第2のトポロジ識別子の末端識別子間の差の大きさとを合計することを含む、請求項6に記載の方法。
- 前記第1および第2のトポロジ識別子に基づいてトポロジ距離を計算することをさらに備え、前記トポロジ距離を計算することは、前記第1および第2のトポロジ識別子の一次側鎖識別子間の差の大きさと、前記第1および第2のトポロジ識別子の二次側鎖識別子間の差の大きさと、前記第1および第2のトポロジ識別子の末端識別子間の差の大きさとを合計することを含む、請求項6に記載の方法。
- 前記第1および第2のトポロジ識別子に基づいてトポロジ距離を計算することをさらに備え、前記トポロジ距離を計算することは、前記第1および第2のトポロジ識別子の二次側鎖識別子間の差の大きさと、前記第1および第2のトポロジ識別子の末端識別子間の差の大きさとを合計することを含む、請求項6に記載の方法。
- 前記グラフが環状部分を有すると判定すること、
前記グラフ内に表された粒子にトポロジ識別子を割り当てる前に前記環状部分を除去するように前記グラフを修正すること、をさらに備える請求項2に記載の方法。 - 分子動力学シミュレーション装置において、相互作用コントローラからペアワイズ点相互作用モジュールのアレイへの粒子の流れを管理する方法であって、
前記相互作用コントローラが、第1の粒子セットを第1のキュー内に受け取ることであって、前記第1の粒子セットは、現在の期間中にペアワイズ点相互作用モジュールのアレイに受け渡される全ての粒子を含む第2の粒子セットのうちの適切なサブセットである、前記第1の粒子セットを第1のキュー内に受け取ること、
前記相互作用コントローラが、前記第2の粒子セットから全ての粒子を受け取る前に、前記第1の粒子セットの粒子を前記第1のキューから前記アレイへと受け渡すこと、を備える方法。 - 前記第2の粒子セットからの追加の粒子が前記第1のキュー内に受け取られるときに前記第1の粒子セットの粒子を前記アレイにロードし続けることをさらに備える請求項15に記載の方法。
- 第3の粒子セットを第2のキュー内に受け取ることをさらに備え、前記第3の粒子セットは前記現在の期間中に前記アレイにのみロードされる全ての粒子を含み、
前記第1の粒子セットの粒子を前記第1のキューから前記アレイへと受け渡すことは、前記第3の粒子セットの全ての粒子が前記アレイにロードされた後にのみ生じる、請求項15に記載の方法。 - 第3の粒子セットを第2および第3のキュー内に受け取ることをさらに備え、前記第3の粒子セットは前記現在の期間中に前記アレイにロードされる全ての粒子を含み、
前記第1の粒子セットの粒子を前記第1のキューから前記アレイへと受け渡すことは、前記第3の粒子セットの全ての粒子が前記アレイにロードされた後にのみ生じる、請求項15に記載の方法。 - 第4の粒子セットを第3のキュー内に受け取ることをさらに備え、前記第4の粒子セットは、前記アレイにロードされるとともにストリーミングされ、前記第4の粒子セットの粒子のストリーミングは、前記第4の粒子セットの粒子のロードが完了した後にのみ開始される、請求項15に記載の方法。
- 前記第1のキューが論理キューであり、複数の選択された物理キューから前記第1および第2の粒子セットを選択することを含む、請求項15に記載の方法。
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