JP6759229B2 - 前立腺癌の診断および処置におけるフィラミンaを含むマーカーの使用 - Google Patents
前立腺癌の診断および処置におけるフィラミンaを含むマーカーの使用 Download PDFInfo
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Description
本出願は、2014年12月8日に出願された米国特許仮出願第62/088,931号;2015年3月18日に出願された米国特許仮出願第62/134,956号;および2015年4月16日に出願された米国特許仮出願第62/148,294号の優先権を主張するものであり、これらの出願はそれぞれその全体が参照により本明細書に組込まれるものとする。
本明細書で引用または参照される全ての文献および本明細書で引用される文献中で引用または参照される全ての文献は、本明細書に記載の任意の製品に関する、または本明細書に参照により組込まれる任意の文献中の、任意の製造業者の説明書、説明、製品仕様書、および製品シートと共に、参照により本明細書に組込まれ、本発明の実施において用いることができる。
本発明は、一般に、前立腺癌を検出およびモニタリングするために用いることができる新規バイオマーカーおよびバイオマーカーの組合せに関する。本発明はまた、一般に、本発明のバイオマーカーの検出を含む、前立腺癌を診断、モニタリング、および処置するための方法にも関する。
前立腺癌は、男性の癌関連死の主因であり、肺癌に次いで2位であり、65歳を超える年齢の男性の9人のうち1人が罹患する。American Cancer Societyによれば、241,000の新しい事例の前立腺癌が、同じ年に約30,000件の前立腺癌関連死と共に報告されている。この疾患は65歳を超える年齢の男性において典型的に診断されるが、前立腺癌で死亡する男性の平均生存期間は平均でほぼ10年減少するという点で、その影響は依然として大きい。しかしながら、前立腺癌が早期発見される場合、90%の事例は外科手術で治癒し得る。腫瘍が前立腺の領域外に広がり、遠隔転移を形成すると、疾患の処置はより困難となる。従って、早期検出が、介入療法の成功にとって、および前立腺癌と関連する死亡率を低下させるために非常に重要である。
を含み、フィラミンAのレベルの変化が、被験体における前立腺癌状態の変化を示す、前記方法を提供する。
(1)被験体に由来する生物試料中のPSA、フィラミンB、LY9、ケラチン4、ケラチン7、ケラチン8、ケラチン15、ケラチン18、ケラチン19、チューブリン-ベータ3、PSM、PSCA、TMPRSS2、PDEF、HPG-1、PCA3、およびPCGEM1からなる群より選択される1種以上のさらなる前立腺癌関連マーカーとフィラミンAとの組み合わせのレベルを決定すること;ならびに
(2)生物試料中のフィラミンAおよび1種以上の前立腺癌関連マーカーのレベルと、正常対照試料中のマーカーのレベルとを比較すること
を含み、対照試料と比較した生物試料中のマーカーのレベルの変化が、被験体において前立腺癌を発症する危険性が高いことを示す、前記方法を提供する。別の実施形態においては、患者の年齢も連続予測変数として用いられる。
前立腺癌と関連する腫瘍マーカーまたは抗原の同定は、前立腺癌のスクリーニング、診断、予後診断(prognosis)、臨床管理および処置可能性、特に、前立腺癌の早期検出のための有望なツールとしてかなりの興味を刺激してきた。実際、早期検出は、癌が転移する危険性を軽減する。転移していない、局所的な前立腺腫瘍は、前立腺全摘出術または放射線療法によって治癒することが多いが、遠く拡散した疾患を有する患者については、治癒的処置は利用できない。これは、正確な早期検出のための機会を改善し得る新しい前立腺(癌)特異的診断ツールの必要性を強調するものである。
別途定義されない限り、本明細書で用いられる全ての技術用語および科学用語は、本発明が属する当業者によって一般的に理解されるものと同じ意味を有する。開示全体が参照により本明細書に組込まれる以下の参考文献は、当業者に、本発明において用いられる多くの用語の一般的な定義(別途本明細書で定義されない限り)を提供する:Singletonら、Dictionary of Microbiology and Molecular Biology (第2版、1994); The Cambridge Dictionary of Science and Technology (Walkerら、1988); The Glossary of Genetics、第5版、R. Riegerら(編)、Springer Verlag (1991); およびHale & Marham、the Harper Collins Dictionary of Biology (1991)。一般に、本明細書に記載の、または本明細書で固有の分子生物学的方法の手順などは、当業界で用いられる一般的な方法である。そのような標準的な技術は、例えば、Sambrookら(2000、Molecular Cloning--A Laboratory Manual、第3版、Cold Spring Harbor Laboratories); およびAusubelら(1994、Current Protocols in Molecular Biology、John Wiley & Sons、New-York)などの参考マニュアルに見出すことができる。
本発明は、少なくとも部分的には、フィラミンAが前立腺癌細胞中で示差的に調節されるという発見に基づく。特に、本発明は、フィラミンAレベルが、前立腺癌を有する患者の血清中で有意に上昇するという驚くべき発見に基づく。従って、本発明は、哺乳動物における、腫瘍疾患状態、例えば、前立腺癌を診断および/またはモニタリング(例えば、疾患進行もしくは処置のモニタリング)および/または予後診断するための方法を提供する。本発明はまた、腫瘍疾患状態、例えば、前立腺癌を有する被験体の血清中のフィラミンAのレベルに関する診断情報に基づいて処置する、または処置レジメンを調整するための方法も提供する。本発明はさらに、本発明の方法を実施するためのパネルおよびキットを提供する。
本発明を、検出可能な疾患バイオマーカー、例えば、ポリペプチドバイオマーカー、核酸バイオマーカー、mRNAバイオマーカー、マイクロRNAバイオマーカーを潜在的に含有する、発現する、含む任意の好適な生物試料を用いて実行することができる。例えば、全血および血清を含む供給源から、疾患を有する、および/または健康な組織、例えば、前立腺腫瘍の生検まで、生物試料を取得することができる。本発明の方法は、任意の前立腺組織試料、すなわち、前立腺の組織または液体、ならびにそのような組織または液体から単離された細胞(またはその子孫)の試料の試験に特に適用することができる。別の実施形態においては、本発明を、新鮮に単離された、または被験体から収集された後、凍結もしくは保存された任意の好適な前立腺組織試料、または例えば、診断、処置および/または結果の履歴が知られた保管組織試料を用いて実行することができる。前立腺組織を、例えば、微細針吸引および針生検などの任意の非侵襲的な手段により、またはあるいは、例えば、外科生検などの侵襲的な方法により収集することができる。
本発明は、本発明のバイオマーカーを検出および/または測定するための任意の好適な手段、技術、および/または手順を企図する。当業者であれば、本発明のバイオマーカーを測定するために用いられる方法は、検出または測定されるバイオマーカーの型(例えば、mRNAバイオマーカーまたはポリペプチドバイオマーカー)および生物試料の供給源(例えば、全血対前立腺生検組織)に少なくとも依存することを理解できる。特定の生物試料はまた、本発明のバイオマーカーを測定する前に、特定の特殊な処理、例えば、mRNAバイオマーカーが測定される場合、生検組織からのmRNAの調製も必要とし得る。
特定の実施形態においては、本発明は、核酸バイオマーカー、例えば、フィラミンAのみ、またはフィラミンB、LY9、ケラチン4、ケラチン7、ケラチン8、ケラチン15、ケラチン18、ケラチン19、チューブリン-ベータ3、PSA、PSM、PSCA、TMPRSS2、PDEF、HPG-1、PCA3、およびPCGEM1からなる群より選択される少なくとも1種の他の前立腺癌関連マーカーと組合わせたフィラミンAのmRNAバイオマーカーの検出を含む。
本発明は、本発明のポリペプチドバイオマーカーを検出するための任意の好適な方法を企図する。特定の実施形態においては、検出方法は、本発明の1種以上のバイオマーカー、例えば、フィラミンAのみ、またはフィラミンB、LY9、ケラチン4、ケラチン7、ケラチン8、ケラチン15、ケラチン18、ケラチン19、チューブリン-ベータ3、PSA、PSM、PSCA、TMPRSS2、PDEF、HPG-1、PCA3、およびPCGEM1からなる群より選択される少なくとも1種の他の前立腺癌関連マーカーと組合わせたフィラミンAに特異的に結合する抗体を含む免疫検出方法である。様々な有用な免疫検出方法のステップが、例えば、参照により本明細書に組込まれるNakamuraら(1987)などの科学文献に記載されている。
いくつかの実施形態においては、本発明は、本発明の生体分子、例えば、フィラミンAのみ、またはフィラミンB、LY9、ケラチン4、ケラチン7、ケラチン8、ケラチン15、ケラチン18、ケラチン19、チューブリン-ベータ3、PSA、PSM、PSCA、TMPRSS2、PDEF、HPG-1、PCA3、およびPCGEM1からなる群より選択される少なくとも1種の他の前立腺癌関連マーカーと組合わせたフィラミンAの高感度検出および定量のための標識を含む方法および組成物を提供する。当業者であれば、粒子の混合物(例えば、標識された抗フィラミンA抗体もしくは標識された二次抗体、またはフィラミンA mRNAに特異的にハイブリダイズする標識されたオリゴヌクレオチドプローブ)中でのその検出または識別を可能にする標的分子を標識するために多くの戦略を用いることができることを認識できる。標識を、標識と標的との非特異的または特異的相互作用を用いる方法などの、任意の公知の手段によって結合させることができる。標識は、検出可能なシグナルを提供するか、または電界中での粒子の移動性に影響し得る。さらに、直接的に、または結合パートナーを介して、標識化を達成することができる。
1. 単離されたポリペプチドバイオマーカー
本発明の一態様は、単離されたマーカータンパク質およびその生物学的に活性な部分、ならびにマーカータンパク質またはその断片に対する抗体を上昇させるための免疫原としての使用にとって好適なポリペプチド断片に関する。一実施形態においては、天然のマーカータンパク質を、標準的なタンパク質精製技術を用いる適切な精製スキームにより細胞または組織源から単離することができる。別の実施形態においては、マーカータンパク質の全部またはセグメントを含むタンパク質またはペプチドは、組換えDNA技術により生成される。組換え発現とは別に、そのようなタンパク質またはペプチドを標準的なペプチド合成技術を用いて化学的に合成することができる。
本発明の一態様は、マーカータンパク質またはその一部をコードする核酸を含む、単離された核酸分子に関する。本発明の単離された核酸はまた、マーカー核酸分子、およびマーカー核酸分子の断片を同定するためのハイブリダイゼーションプローブとしての使用にとって十分な核酸分子、例えば、特定の生成物の増幅またはマーカー核酸分子の突然変異のためのPCRプライマーとしての使用にとって好適なものも含む。本明細書で用いられる用語「核酸分子」は、DNA分子(例えば、cDNAもしくはゲノムDNA)およびRNA分子(例えば、mRNA)ならびにヌクレオチド類似体を用いて生成されるDNAもしくはRNAの類似体を含むことが意図される。核酸分子は、一本鎖または二本鎖であってもよいが、好ましくは、二本鎖DNAである。
本発明は、被験体における、異常な前立腺状態、例えば、BPHまたは腫瘍疾患状態、例えば、前立腺癌を診断するための方法を提供する。本発明はさらに、異常な前立腺状態、例えば、BPHまたは前立腺癌の進行を予後診断もしくはモニタリングする、または積極的処置もしくは経過観察中の治療的処置に対する異常な前立腺状態、例えば、BPHまたは前立腺癌の応答をモニタリングするための方法を提供する。
1. 診断アッセイ
生物試料中のマーカータンパク質または核酸の発現レベルの存在または非存在または変化を検出するための例示的方法は、試験被験体から生物試料(例えば、腫瘍性障害関連体液)を取得し、生物試料と、ポリペプチドまたは核酸(例えば、mRNA、ゲノムDNA、もしくはcDNA)を検出することができる化合物または薬剤と接触させることを含む。かくして、本発明の検出方法を用いて、例えば、in vitroならびにin vivoで、生物試料中のmRNA、タンパク質、cDNA、またはゲノムDNAを検出することができる。
本発明の特定の実施形態においては、検出しようとするマーカーは、タンパク質である。タンパク質は、例えば、成分の1つが自然に存在する化合物ではないか、または検出のためのマーカーとマーカー特異的結合剤とが同じ生物に由来しない(例えば、マウス、ラット、またはヤギに由来するマーカー特異的結合抗体を用いて検出されるヒトマーカータンパク質)ため、検出しようとするマーカータンパク質と、マーカー特異的結合剤との複合体が自然に存在しないいくつかのアッセイを用いて検出される。本発明の好ましい実施形態においては、検出のためのマーカータンパク質は、ヒトマーカータンパク質である。特定の検出アッセイにおいて、検出のためのヒトマーカーは、マーカー特異的、非ヒト抗体により結合され、かくして、複合体は自然では形成されない。マーカータンパク質の複合体を、例えば、マーカーに直接結合する標識されたマーカー特異的抗体の使用によるか、またはさらなる成分のマーカーへの結合--マーカー特異的抗体の複合体により、直接検出することができる。特定の実施形態においては、さらなる成分は、第1のマーカー特異的抗体と同時にマーカーに結合することができる第2のマーカー特異的抗体である。特定の実施形態においては、さらなる成分は、マーカー特異的抗体に結合する第2の抗体であり、ここで第2の抗体は、好ましくは検出可能な標識(例えば、蛍光標識、酵素標識、ビオチン)に連結される。第2の抗体が酵素的検出標識(例えば、ペルオキシダーゼ、ホスファターゼ、ベータ-ガラクトシダーゼ)に連結される場合、第2の抗体は、酵素検出標識と、適切な基質とを接触させて、比色分析、蛍光、または他の検出可能な、好ましくは定量的に検出可能な生成物を生成させることによって検出される。本発明の方法における使用のための抗体は、ポリクローナルであってもよいが、好ましい実施形態においては、モノクローナル抗体が用いられる。無傷抗体、またはその断片もしくは誘導体(例えば、FabまたはF(ab')2)を、本発明の方法において用いることができる。マーカータンパク質検出のそのような戦略は、例えば、ELISA、RIA、ウェスタンブロット、および免疫蛍光アッセイ方法において用いられる。
本発明の特定の実施形態においては、マーカーは、核酸である。核酸は、例えば、成分の1つが自然に存在する化合物ではないため、検出しようとするマーカー核酸と、マーカー特異的プローブとの複合体が自然に存在しないいくつかのアッセイを用いて検出される。特定の実施形態においては、分析物は核酸を含み、プローブは1種以上の合成一本鎖核酸分子、例えば、DNA分子、DNA-RNAハイブリッド、PNA、または1個以上の人工塩基、糖、もしくは骨格部分を含有する改変された核酸分子を含む。特定の実施形態においては、合成核酸は一本鎖であり、蛍光標識を含むDNA分子である。特定の実施形態においては、合成核酸は、長さ約12〜約50ヌクレオチドの一本鎖オリゴヌクレオチド分子である。特定の実施形態においては、検出しようとする核酸はmRNAであり、形成される複合体はmRNAと相補的である一本鎖DNA分子にハイブリダイズしたmRNAである。特定の実施形態においては、RNAは、最初にプライマー、例えば、ポリA RNAを転写するための一般的なポリTプライマーとしてRNAにハイブリダイズする一本鎖DNAを用いる、RNA鋳型からのDNA分子(すなわち、cDNA分子)の生成により検出される。次いで、cDNAを、マーカー特異的プローブを用いる増幅反応、例えば、PCR、プライマー伸長アッセイのための鋳型として用いることができる。特定の実施形態においては、標識された一本鎖DNAを、蛍光in situハイブリダイゼーション(FISH)によるRNAの検出のため、またはノーザンブロットによるRNAの検出のために試料中に存在するRNAにハイブリダイズさせることができる。
マーカーレベルを、絶対発現レベルまたは正規化もしくは相対発現レベルに基づいて検出することができる。絶対マーカーレベルの検出は、被験体の処置をモニタリングするか、または被験体の前立腺癌状態の変化が存在するかどうかを決定する場合に好ましい。例えば、1種以上のマーカーの発現レベルを、例えば、毎月の間隔などの規則的間隔で、前立腺癌のための処置を受けている被験体においてモニタリングすることができる。1種以上のマーカーのレベルの調節を経時的にモニタリングして、マーカーレベルの変化における傾向を観察することができる。被験体における本発明のバイオマーカー、例えば、フィラミンAのみ、または前立腺特異的抗原(PSA)、フィラミンB、LY9、ケラチン4、ケラチン7、ケラチン8、ケラチン15、ケラチン18、ケラチン19、チューブリン-ベータ3、PSM、PSCA、TMPRSS2、PDEF、HPG-1、PCA3、およびPCGEM1のうちの1種以上と組合わせたフィラミンAの発現レベルは、正常な試料中のこれらのマーカーの発現レベルよりも高くてもよいが、以前の発現レベルより低くてもよく、かくして、被験体のための処置レジメンの利益を示す。同様に、マーカーレベルの変化の速度は、前立腺癌のための積極的な処置を受けていない被験体(例えば、待機療法)において重要であり得る。マーカーレベルの変化があるかないかは、集団中に存在するマーカーレベルよりも被験体のための処置決定とより関連し得る。さもなければ正常な前立腺を有すると考えられる被験体におけるマーカーレベルの急速な変化は、そのマーカーが集団にとって正常な範囲にある場合でも、異常な前立腺状態を示し得る。
本発明は、
(1)被験体に由来する生物試料と、各検出試薬が1つの前立腺癌関連タンパク質に特異的であり、前立腺癌関連タンパク質が、以下のような前立腺癌関連タンパク質:フィラミンAのみ、または前立腺特異的抗原(PSA)、フィラミンB、LY9、ケラチン4、ケラチン7、ケラチン8、ケラチン15、ケラチン18、ケラチン19、チューブリン-ベータ3、PSM、PSCA、TMPRSS2、PDEF、HPG-1、PCA3、およびPCGEM1のうちの1種以上と組合わせたフィラミンAから選択される、1種以上の検出試薬のパネルとを接触させること;
(2)各検出試薬によって生物試料中で検出された各前立腺癌関連マーカーの量を測定すること;ならびに
(3)被験体から得られた生物試料中の1種以上の前立腺癌関連タンパク質の発現レベルと、対照試料中の1種以上の前立腺癌関連タンパク質の発現レベルとを比較することによって、異常な前立腺状態を検出すること
により、被験体において異常な前立腺状態を検出するための方法を提供する。
(1)被験体に処置レジメンの少なくとも一部を施す前に被験体から得られた第1の生物試料と、検出試薬のパネルとを接触させることであって、ここでそれぞれの検出試薬が1つの前立腺癌関連タンパク質に特異的であり、前立腺癌関連タンパク質が以下の前立腺癌関連タンパク質セット:フィラミンAのみ、または前立腺特異的抗原(PSA)、フィラミンB、LY9、ケラチン4、ケラチン7、ケラチン8、ケラチン15、ケラチン18、ケラチン19、チューブリン-ベータ3、PSM、PSCA、TMPRSS2、PDEF、HPG-1、PCA3、およびPCGEM1のうちの1種以上と組合わせたフィラミンAから選択され;
(2)被験体に処置レジメンの少なくとも一部を施した後に被験体から得られた第2の生物試料と、検出試薬のパネルとを接触させることであって、ここでそれぞれの検出試薬が1つの前立腺癌関連タンパク質に特異的であり、前立腺癌関連タンパク質が以下の前立腺癌関連タンパク質セット:フィラミンAのみ、または前立腺特異的抗原(PSA)、フィラミンB、LY9、ケラチン4、ケラチン7、ケラチン8、ケラチン15、ケラチン18、ケラチン19、チューブリン-ベータ3、PSM、PSCA、TMPRSS2、PDEF、HPG-1、PCA3、およびPCGEM1のうちの1種以上と組合わせたフィラミンAから選択され;
(3)それぞれの検出試薬により、それぞれ第1の生物試料および第2の生物試料中で検出される前立腺癌関連マーカーの量を測定すること;ならびに
(4)第1の試料中の1種以上の前立腺癌関連マーカーの発現のレベルと、第2の試料中の1種以上の前立腺癌関連マーカーの発現レベルとを比較することによって、被験体における前立腺癌の処置をモニタリングすること
により、前立腺癌の処置をモニタリングするための方法を提供する。
(1)被験体に処置レジメンを施す前に被験体から得られた第1の生物試料と、検出試薬のパネルとを接触させることであって、ここでそれぞれの検出試薬が1つの前立腺癌関連タンパク質に特異的であり、前立腺癌関連タンパク質が以下の前立腺癌タンパク質:フィラミンAのみ、または前立腺特異的抗原(PSA)、フィラミンB、LY9、ケラチン4、ケラチン7、ケラチン8、ケラチン15、ケラチン18、ケラチン19、チューブリン-ベータ3、PSM、PSCA、TMPRSS2、PDEF、HPG-1、PCA3、およびPCGEM1の1種以上と組合わせたフィラミンAから選択され;
(2)被験体に処置レジメンを施す前に被験体から得られた第2の生物試料と、それぞれの検出試薬が1つの前立腺癌関連タンパク質に特異的であり、前立腺癌関連タンパク質が以下のようなフィラミンAのみ、または前立腺特異的抗原(PSA)、フィラミンB、LY9、ケラチン4、ケラチン7、ケラチン8、ケラチン15、ケラチン18、ケラチン19、チューブリン-ベータ3、PSM、PSCA、TMPRSS2、PDEF、HPG-1、PCA3、およびPCGEM1のうちの1種以上と組合わせた前立腺癌関連タンパク質セットから選択される1種以上の検出試薬のパネルとを接触させること;
(3)それぞれの検出試薬により、それぞれ第1の生物試料および第2の生物試料中で検出される前立腺癌関連マーカーの量を測定すること;ならびに
(4)第1の試料中の1種以上の前立腺癌関連マーカーの発現のレベルと、第2の試料中の1種以上の前立腺癌関連マーカーの発現レベルとを比較すること
による、被験体における前立腺癌の積極的処置の施行の選択または積極的処置の施行に反対する選択のための方法であって、前立腺癌の積極的処置の施行の選択または積極的処置に反対する選択が、第1の試料と第2の試料との1種以上のマーカーの発現のレベルの変化の存在または非存在に基づくものである、前記方法を提供する。
(1)第1の時点で前立腺癌を有する被験体から得られた第1の試料中のフィラミンB、LY9、ケラチン4、ケラチン7、ケラチン8、ケラチン15、ケラチン18、ケラチン19、およびチューブリン-ベータからなる群より選択される1種以上のマーカーのレベルを検出することであって、ここで被験体は前立腺癌について積極的に処置されておらず;
(2)第2の時点で被験体から得られた第2の試料中のフィラミンB、LY9、ケラチン4、ケラチン7、ケラチン8、ケラチン15、ケラチン18、ケラチン19、およびチューブリン-ベータ3からなる群より選択される1種以上のマーカーのレベルを検出することであって、例えば、ここで被験体は積極的に処置されておらず;
(3)第1の試料中のフィラミンB、LY9、ケラチン4、ケラチン7、ケラチン8、ケラチン15、ケラチン18、ケラチン19、およびチューブリン-ベータ3からなる群より選択される1種以上のマーカーのレベルと、第2の試料中のフィラミンB、LY9、ケラチン4、ケラチン7、ケラチン8、ケラチン15、ケラチン18、ケラチン19、およびチューブリン-ベータ3からなる群より選択される1種以上のマーカーのレベルとを比較すること
を含み、前立腺癌の積極的処置の施行または積極的処置の施行への反対を選択することは、第1の試料と第2の試料との間の1種以上のマーカーの発現のレベルの変化の存在または非存在に基づくものである、前記方法を提供する。
本発明のマーカーの発現のレベルに対する薬剤(例えば、薬物化合物)の影響のモニタリングを、単一の被験体の処置の基礎的薬物スクリーニングまたはモニタリングだけでなく、臨床試験においても適用することができる。例えば、マーカー発現に影響する薬剤の有効性を、腫瘍性障害のための処置を受けている被験体の臨床試験においてモニタリングすることができる。好ましい実施形態においては、本発明は、薬剤(例えば、アゴニスト、アンタゴニスト、ペプチド模倣物質、タンパク質、ペプチド、核酸、低分子、または他の薬物候補)を用いる被験体の処置の有効性をモニタリングするための方法であって、(i)薬剤の投与の前に被験体から投与前試料を取得するステップ;(ii)投与前試料中の本発明の1種以上の選択されたマーカー(例えば、場合によりPSAと組合わせた、フィラミンB、LY9、ケラチン4、ケラチン7、ケラチン8、ケラチン15、ケラチン18、ケラチン19、チューブリン-ベータ3)の発現のレベルを検出するステップ;(iii)被験体から1種以上の投与後試料を取得するステップ;(iv)投与後試料中のマーカーの発現のレベルを検出するステップ;(v)投与前試料中のマーカーの発現のレベルと、投与後試料中のマーカーの発現のレベルとを比較するステップ;ならびに(vi)それに応じて被験体への薬剤の投与を変化させるステップを含む、前記方法を提供する。例えば、処置の経過中のマーカー遺伝子の発現の増加は、用量が無効であること、および用量を増加させることが望ましいことを示してもよい。逆に、マーカー遺伝子の発現の低下は、処置が有効であること、および用量を変化させる必要がないことを示してもよい。
本発明は、被験体、例えば、哺乳動物、例えば、ヒトにおける疾患状態を処置するための、フィラミンA、ケラチン4、ケラチン7、ケラチン8、ケラチン15、ケラチン18、ケラチン19、チューブリン-ベータ3、フィラミンB(FNLB)、およびリンパ球抗原9(LY9)からなる群より選択される1種以上(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、または9種)のマーカーの使用のための方法を提供する。
核酸治療剤は、当業界で周知である。核酸治療剤は、細胞中の標的配列と相補的である一本鎖および二本鎖の両方(すなわち、1つまたは2つの核酸鎖であってもよい少なくとも15ヌクレオチドの長さの相補的領域を有する核酸治療剤)の核酸を含む。核酸治療剤を、例えば、核酸を、培養培地に単独で、または薬剤と一緒に添加して、細胞中への核酸の取込みを促進することにより、培養中の細胞に送達することができる。核酸治療剤を、任意の投与経路により、被験体中の細胞に、すなわち、in vivoで送達することができる。特定の製剤は、投与経路に依存する。
典型的には、約16〜30ヌクレオチド長である、アンチセンス核酸治療剤一本鎖核酸治療剤は、培養物または生物中で、標的細胞中の標的核酸配列と相補的である。
多くの実施形態において、二本鎖領域は、長さ15〜30ヌクレオチド対である。いくつかの実施形態においては、二本鎖領域は、長さ17〜23ヌクレオチド対、長さ17〜25ヌクレオチド対、長さ23〜27ヌクレオチド対、長さ19〜21ヌクレオチド対、または長さ21〜23ヌクレオチド対である。
上述の通り、発現レベルが1種以上の選択された前立腺疾患特徴(例えば、前立腺癌の進行)と相関するバイオマーカーのセットは、これらのバイオマーカー遺伝子および/またはその産物の発現を阻害または増強する化合物または実体を検出するためのスクリーニングによる新しい治療剤の同定のための魅力的な標的である。従って、本発明は、前立腺癌進行を調節するのに潜在的に有用な化合物の同定のための方法を提供する。特に、本発明は、化合物が、フィラミンA、ならびに/または前立腺特異的抗原(PSA)、フィラミンB、LY9、ケラチン4、ケラチン7、ケラチン8、ケラチン15、ケラチン18、ケラチン19、およびチューブリン-ベータ3などの他のバイオマーカーと組合わせたフィラミンAの発現を調節する(例えば、増加させる、または減少させる、好ましくは、減少させる、または阻害する)前立腺癌進行を調節するのに潜在的に有用な化合物の同定のための方法を提供する。
本発明はまた、疾患もしくは障害、障害の再発、または障害(例えば、異常な前立腺状態、BPH、腫瘍障害、例えば、前立腺癌)について処置される被験体の生存を診断、予後診断、またはモニタリングするための組成物およびキットも提供する。これらのキットは、1つ以上の以下のもの:本発明のマーカーに特異的に結合する検出抗体、本発明のマーカーに特異的に結合する検出抗体、染色のための被験体組織試料を取得および/または調製するための試薬、ならびに使用のための説明書を含む。
本発明の様々な実施形態を以下に示す。
1.被験体における前立腺癌の存在を診断するための方法であって、(a)被験体の生物試料中のフィラミンAのレベルを検出すること、および(b)生物試料中のフィラミンAのレベルと、所定の閾値とを比較することを含み、所定の閾値より上のフィラミンAのレベルが、被験体における前立腺癌の存在を示す、前記方法。
2.前立腺癌の1種以上のさらなるマーカーのレベルを検出することをさらに含む、上記1に記載の方法。
3.前立腺癌の1種以上のさらなるマーカーが、フィラミンB、LY9、ケラチン4、ケラチン7、ケラチン8、ケラチン15、ケラチン18、ケラチン19、チューブリン-ベータ3、および前立腺特異的抗原(PSA)からなる群より選択される、上記2に記載の方法。
4.生物試料が血液、血清、尿、臓器組織、生検組織、糞便、皮膚、毛髪、および頬組織からなる群より選択される、上記1に記載の方法。
5.ステップ(a)が、生物試料中のフィラミンAタンパク質の量を決定することを含む、上記1に記載の方法。
6.フィラミンAタンパク質のレベルがイムノアッセイまたはELISAによって決定される、上記5に記載の方法。
7.フィラミンAタンパク質のレベルが質量分析によって決定される、上記5に記載の方法。
8.ステップ(a)が、(i)生物試料と、フィラミンAに選択的に結合する試薬とを接触させて、バイオマーカー複合体を形成させること、および(ii)バイオマーカー複合体を検出することを含む、上記1に記載の方法。
9.試薬が、フィラミンAの少なくとも1つのエピトープに選択的に結合する抗フィラミンA抗体である、上記8に記載の方法。
10.ステップ(a)が、生物試料中のフィラミンA mRNAの量を決定することを含む、上記1に記載の方法。
11.生物試料中のフィラミンA mRNAの量を決定するために増幅反応が用いられる、上記10に記載の方法。
12.増幅反応が(a)ポリメラーゼ連鎖反応(PCR);(b)核酸配列に基づく増幅アッセイ(NASBA);(c)転写媒介性増幅(TMA);(d)リガーゼ連鎖反応(LCR);または(e)鎖置換増幅(SDA)である、上記11に記載の方法。
13.生物試料中のフィラミンA mRNAの量を決定するためにハイブリダイゼーションアッセイが用いられる、上記10に記載の方法。
14.フィラミンA mRNAを検出するためのハイブリダイゼーションアッセイにおいて、フィラミンA mRNAの一部と相補的なオリゴヌクレオチドが用いられる、上記13に記載の方法。
15.被験体における前立腺癌の存在を診断するための方法であって、(a)生物試料と、フィラミンAに選択的に結合する試薬とを接触させること;(b)試薬とフィラミンAとの間で複合体を形成させること;(c)複合体のレベルを検出すること、および(d)複合体のレベルと、所定の閾値とを比較することを含み、所定の閾値より上の複合体のレベルが被験体における前立腺癌の存在を示す、前記方法。
16.試薬が抗フィラミンA抗体である、上記15に記載の方法。
17.抗体が検出可能な標識を含む、上記16に記載の方法。
18.複合体のレベルを検出するステップが、複合体と、検出可能な二次抗体とを接触させること、および二次抗体のレベルを測定することをさらに含む、上記16に記載の方法。
19.前立腺癌の1種以上のさらなるマーカーのレベルを検出することをさらに含む、上記15に記載の方法。
20.前立腺癌の1種以上のさらなるマーカーが、フィラミンB、LY9、ケラチン4、ケラチン7、ケラチン8、ケラチン15、ケラチン18、ケラチン19、チューブリン-ベータ3、および前立腺特異的抗原(PSA)からなる群より選択される、上記19に記載の方法。
21.1種以上のさらなるマーカーのレベルが所定の閾値と比較して増加する、上記20に記載の方法。
22.1種以上のさらなるマーカーのレベルが所定の閾値と比較して低下する、上記20に記載の方法。
23.生物試料が血液、血清、尿、臓器組織、生検組織、糞便、皮膚、毛髪、および頬組織からなる群より選択される、上記15に記載の方法。
24.複合体のレベルがイムノアッセイまたはELISAによって検出される、上記15に記載の方法。
25.前立腺癌がフィラミンAの過剰発現を特徴とする前立腺癌である、上記15に記載の方法。
26.前立腺癌が前立腺上皮内新生物、腺癌、小細胞癌、または扁平上皮癌である、上記1または15に記載の方法。
27.前立腺癌がアンドロゲン依存的前立腺癌である、上記1または15に記載の方法。
28.前立腺癌がアンドロゲン非依存的前立腺癌である、上記1または15に記載の方法。
29.前立腺癌が侵攻性前立腺癌である、上記1または15に記載の方法。
30.前立腺癌が非侵攻性前立腺癌である、上記1または15に記載の方法。
31.診断が被験体における前立腺癌の存在を示す場合、治療的抗癌処置を投与することをさらに含み、抗癌処置が(a)放射線療法、(b)化学療法、(c)外科手術、(d)ホルモン療法、(e)抗体療法、(f)免疫療法、(g)サイトカイン療法、(h)増殖因子療法、および(i)(a)〜(h)の任意の組合せからなる群より選択される、上記1または15に記載の方法。
32.前立腺癌を有すると疑われる、または有する危険性がある被験体を選択することをさらに含む、上記1〜31のいずれかに記載の方法。
33.前立腺癌を有すると疑われる、または有する危険性がある被験体から生物試料を取得することをさらに含む、上記1〜32のいずれかに記載の方法。
34.生物試料中の1種以上の前立腺癌関連マーカーのレベルと、生物試料よりも早い時点で同じ被験体から得られた試料、良性前立腺過形成(BPH)を有する被験体に由来する試料、非転移性前立腺癌を有する被験体に由来する試料、転移性前立腺癌を有する被験体に由来する試料、アンドロゲン感受性前立腺癌を有する被験体に由来する試料、アンドロゲン非感受性前立腺癌を有する被験体に由来する試料、侵攻性前立腺癌を有する被験体に由来する試料、および非侵攻性前立腺癌を有する被験体に由来する試料からなる群より選択される対照試料中の1種以上の前立腺癌関連マーカーのレベルとを比較することをさらに含む、上記1〜33のいずれか1項に記載の方法。
35.正常な前立腺と前立腺癌、良性前立腺過形成と前立腺癌、良性前立腺過形成と正常前立腺、アンドロゲン依存的前立腺癌とアンドロゲン非依存的前立腺癌、侵攻性前立腺癌と非侵攻性前立腺癌、および転移性前立腺癌と非転移性前立腺癌からなる群より選択される2つの前立腺癌状態の間を区別することをさらに含む、上記1〜34のいずれか1項に記載の方法。
36.被験体における前立腺癌をモニタリングする方法であって、
(1)前立腺癌を有する被験体から第1の時間に得られた第1の生物試料中のフィラミンAのレベルを決定すること;
(2)第1の時間より後である第2の時間に被験体から得られた第2の生物試料中のフィラミンAのレベルを決定すること;ならびに
(3)第2の試料中のフィラミンAのレベルと、第1の試料中のフィラミンAのレベルとを比較すること
を含み、フィラミンAのレベルの変化が、被験体における前立腺癌状態の変化を示す、前記方法。
37.決定ステップ(1)および(2)が、フィラミンB、LY9、ケラチン4、ケラチン7、ケラチン8、ケラチン15、ケラチン18、ケラチン19、チューブリン-ベータ3、およびPSAからなる群より選択される1種以上のさらなる前立腺癌関連マーカーのレベルを決定することをさらに含む、上記36に記載の方法。
38.被験体が第2の試料を取得する前に前立腺癌について積極的に処置されている、上記36に記載の方法。
39.被験体が第2の試料を取得する前に前立腺癌について積極的に処置されていない、上記36に記載の方法。
40.第1の生物試料と比較した第2の生物試料中のフィラミンAおよび/または1種以上のさらなる前立腺癌関連マーカーのレベルの増加が、被験体における前立腺癌の進行を示す、上記36または37に記載の方法。
41.第1の生物試料と比較した第2の生物試料中のフィラミンAおよび/または1種以上のさらなる前立腺癌関連マーカーのレベルの低下またはレベルが等しいことが、被験体における前立腺癌の非進行を示す、上記36または37に記載の方法。
42.第1の生物試料または第2の生物試料中のフィラミンAのレベルおよび/または1種以上の前立腺癌関連マーカーのレベルと、正常対照試料、良性前立腺過形成(BPH)を有する被験体に由来する試料、非転移性前立腺癌を有する被験体に由来する試料、転移性前立腺癌を有する被験体に由来する試料、アンドロゲン感受性前立腺癌を有する被験体に由来する試料、アンドロゲン非感受性前立腺癌を有する被験体に由来する試料、侵攻性前立腺癌を有する被験体に由来する試料、および非侵攻性前立腺癌を有する被験体に由来する試料からなる群より選択される対照試料中のフィラミンAのレベルおよび/または1種以上の前立腺癌関連マーカーのレベルとを比較することをさらに含む、上記36または37に記載の方法。
43.被験体における前立腺癌のサイズを検出することをさらに含む、上記36または37に記載の方法。
44.被験体から第1の試料および第2の試料を取得することをさらに含む、上記36または37に記載の方法。
45.被験体における前立腺癌の進行に基づいて被験体のための異なる処置レジメンを選択することおよび/または施すことをさらに含む、上記40に記載の方法。
46.被験体における前立腺癌の進行に基づいて治療的抗癌処置を投与することをさらに含み、抗癌処置が(a)放射線療法、(b)化学療法、(c)外科手術、(d)ホルモン療法、(e)抗体療法、(f)免疫療法、(g)サイトカイン療法、(h)増殖因子療法、および(i)(a)〜(h)の任意の組合せからなる群より選択される、上記40に記載の方法。
47.被験体における前立腺癌の非進行に基づいて被験体における前立腺癌の積極的処置を保留することをさらに含む、上記41に記載の方法。
48.(a)被験体から生物試料を取得すること、(b)被験体からの生物試料を提出して、フィラミンAのレベルに関する診断情報を取得すること、(c)生物試料中のフィラミンAのレベルが閾値レベルよりも上である場合、治療上有効量の抗癌療法を被験体に投与することを含む、前立腺癌を有すると疑われる被験体における前立腺癌を処置する方法。
49.(a)被験体に由来する生物試料中のフィラミンAのレベルに関する診断情報を取得すること、および(b)生物試料中のフィラミンAのレベルが閾値レベルよりも上である場合、治療上有効量の抗癌療法を被験体に投与することを含む、被験体における前立腺癌を処置する方法。
50.(a)フィラミンAのレベルに関する診断情報を同定するのに使用するために被験体から生物試料を取得すること、(b)被験体に由来する生物試料中のフィラミンAのレベルを測定すること、(c)フィラミンAのレベルが閾値レベルよりも上である場合、抗癌療法を被験体に投与するように医療提供者に推奨することを含む、前立腺癌を有すると疑われる被験体における前立腺癌を処置する方法。
51.前立腺癌の1種以上のさらなるマーカーのレベルに関する診断情報を取得することをさらに含む、上記48または49に記載の方法。
52.前立腺癌の1種以上のさらなるマーカーのレベルを測定することをさらに含む、上記50に記載の方法。
53.前立腺癌の1種以上のさらなるマーカーが、フィラミンB、LY9、ケラチン4、ケラチン7、ケラチン8、ケラチン15、ケラチン18、ケラチン19、チューブリン-ベータ3、および前立腺特異的抗原(PSA)からなる群より選択される、上記51または52に記載の方法。
54.被験体に由来する生物試料中のフィラミンAのレベルおよび前立腺癌の少なくとも1種のさらなるマーカーのレベルが閾値レベルよりも上である場合、治療上有効量の抗癌療法を被験体に投与することをさらに含む、上記51に記載の方法。
55.被験体に由来する生物試料中のフィラミンAのレベルおよび前立腺癌の少なくとも1種のさらなるマーカーのレベルが閾値レベルよりも上である場合、抗癌療法を被験体に投与するように医療提供者に推奨することをさらに含む、上記52に記載の方法。
56.生物試料が血液、血清、尿、臓器組織、生検組織、糞便、皮膚、毛髪、および頬組織からなる群より選択される、上記48〜50のいずれかに記載の方法。
57.フィラミンAのレベルが、生物試料中のフィラミンAタンパク質の量を測定することによって決定される、上記48〜50のいずれかに記載の方法。
58.フィラミンAタンパク質のレベルが、イムノアッセイまたはELISAによって決定される、上記57に記載の方法。
59.フィラミンAタンパク質のレベルが、質量分析によって決定される、上記57に記載の方法。
60.フィラミンAのレベルが、(i)生物試料と、フィラミンAに選択的に結合する試薬とを接触させて、バイオマーカー複合体を形成させること、および(ii)バイオマーカー複合体を検出することによって決定される、上記50に記載の方法。
61.試薬がフィラミンAの少なくとも1つのエピトープに選択的に結合する抗フィラミンA抗体である、上記60に記載の方法。
62.フィラミンAのレベルが、生物試料中のフィラミンA mRNAの量を測定することによって決定される、上記48〜50のいずれかに記載の方法。
63.生物試料中のフィラミンA mRNAの量を測定するために増幅反応が用いられる、上記62に記載の方法。
64.増幅反応が、(a)ポリメラーゼ連鎖反応(PCR);(b)核酸配列に基づく増幅アッセイ(NASBA);(c)転写媒介性増幅(TMA);(d)リガーゼ連鎖反応(LCR);または(e)鎖置換増幅(SDA)である、上記63に記載の方法。
65.生物試料中のフィラミンA mRNAの量を決定するためにハイブリダイゼーションアッセイが用いられる、上記62に記載の方法。
66.フィラミンA mRNAを検出するためのハイブリダイゼーションアッセイにおいて、フィラミンA mRNAの一部と相補的なオリゴヌクレオチドが用いられる、上記62に記載の方法。
67.抗癌療法が、フィラミンA過剰発現を特徴とする前立腺癌を処置するのに好適である、上記48〜50のいずれかに記載の方法。
68.被験体に由来する生物試料中のフィラミンAのレベルを測定するための少なくとも1つの試薬、および被験体に由来する生物試料中のフィラミンAのレベルを測定するための説明書のセットを含む、前立腺癌を有する、有すると疑われる、または有する危険性がある被験体に由来する生物試料中のフィラミンAを検出するためのキット。
69.試薬が抗フィラミンA抗体である、上記68に記載のキット。
70.抗フィラミンA抗体を検出するための手段をさらに含む、上記69に記載のキット。
71.抗フィラミンA抗体を検出するための手段が、検出可能な二次抗体である、上記70に記載のキット。
72.試薬がフィラミンA mRNAと相補的なオリゴヌクレオチドである、上記68に記載のキット。
73.説明書が、生物試料中のフィラミンAレベルを検出するためのイムノアッセイまたはELISAを説明する、上記68に記載のキット。
74.説明書が、生物試料中のフィラミンAレベルを検出するための質量分析アッセイを説明する、上記68に記載のキット。
75.説明書が、生物試料中のフィラミンA mRNAのレベルをアッセイするための増幅反応を説明する、上記68に記載のキット。
76.増幅反応が、生物試料中のフィラミンA mRNAの量を決定するために用いられる、上記75に記載のキット。
77.増幅反応が、(a)ポリメラーゼ連鎖反応(PCR);(b)核酸配列に基づく増幅アッセイ(NASBA);(c)転写媒介性増幅(TMA);(d)リガーゼ連鎖反応(LCR);または(e)鎖置換増幅(SDA)である、上記75に記載のキット。
78.説明書が、生物試料中のフィラミンA mRNAの量を決定するためのハイブリダイゼーションアッセイを説明する、上記75に記載のキット。
79.キットが、フィラミンA mRNAの一部と相補的な少なくとも1つのオリゴヌクレオチドをさらに含む、上記78に記載のキット。
80.説明書が、被験体に由来する生物試料中のフィラミンAのレベルと、フィラミンAの閾値とを比較することをさらに説明する、上記68に記載のキット。
81.説明書が、フィラミンAの閾値と比較した被験体に由来する生物試料中のフィラミンAのレベルに基づいて前立腺癌の診断を行うことをさらに説明する、上記80に記載のキット。
82.前立腺癌に関する少なくとも2種のマーカーを検出する方法における使用のためのパネルであって、パネルが少なくとも2種の検出試薬を含み、それぞれの検出試薬が、マーカーセットの少なくとも1種の前立腺癌マーカーの検出にとって特異的であり、マーカーセットがフィラミンAならびにフィラミンB、LY9、ケラチン4、ケラチン7、ケラチン8、ケラチン15、ケラチン18、ケラチン19、チューブリン-ベータ3およびPSAからなる群より選択される少なくとも1種の他の前立腺癌関連マーカーを含む、前記パネル。
83.前立腺癌を処置する方法における使用のためのパネルであって、パネルが少なくとも2つの検出試薬を含み、それぞれの検出試薬がマーカーセットの少なくとも1種の前立腺癌マーカーの検出にとって特異的であり、マーカーセットがフィラミンAならびにフィラミンB、LY9、ケラチン4、ケラチン7、ケラチン8、ケラチン15、ケラチン18、ケラチン19、チューブリン-ベータ3およびPSAからなる群より選択される少なくとも1種の他の前立腺癌関連マーカーを含む、前記パネル。
84.前立腺癌の処置をモニタリングする方法における使用のためのパネルであって、パネルが少なくとも2つの検出試薬を含み、それぞれの検出試薬がマーカーセットの少なくとも1種の前立腺癌マーカーの検出にとって特異的であり、マーカーセットがフィラミンAならびにフィラミンB、LY9、ケラチン4、ケラチン7、ケラチン8、ケラチン15、ケラチン18、ケラチン19、チューブリン-ベータ3およびPSAからなる群より選択される少なくとも1種の他の前立腺癌関連マーカーを含む、前記パネル。
85.上記82に記載のパネルおよび前立腺癌の1種以上のマーカーのレベルに基づいて診断情報を取得するための説明書のセットを含むキット。
86.前立腺癌を診断および/または処置するための方法における前立腺癌のマーカーを検出するのに特異的な複数の検出試薬を含むパネルの使用であって、パネルの少なくとも1つの検出試薬がフィラミンAの検出にとって特異的であり、残りの1つ以上の検出試薬がフィラミンB、LY9、ケラチン4、ケラチン7、ケラチン8、ケラチン15、ケラチン18、ケラチン19、チューブリン-ベータ3およびPSAからなる群より選択される前立腺癌マーカーの検出にとって特異的である、前記使用。
87.被験体の年齢を決定することをさらに含む、上記1〜35のいずれかに記載の方法。
88.対照と比較した被験体の年齢の増加が被験体における前立腺癌の存在をさらに示す、上記87に記載の方法。
89.被験体の年齢を決定することをさらに含む、上記36〜47のいずれかに記載の方法。
90.対照と比較した被験体の年齢の増加が被験体における前立腺癌状態の変化を示す、上記89に記載の方法。
91.被験体の年齢を決定することをさらに含む、上記48〜67のいずれかに記載の方法。
92.被験体の年齢を決定するための説明書をさらに含む、上記68〜81および85のいずれかに記載のキット。
93.説明書が、被験体に由来する生物試料中のフィラミンAのレベルと組合わせて、被験体の年齢に基づいて前立腺癌の診断を行うことをさらに説明する、上記92に記載のキット。
(実施例)
本発明は、限定と解釈されるべきではない以下の実施例によってさらに例示される。本出願を通して引用される全ての参考文献、GenBank受託番号および遺伝子番号ならびに公開された特許および特許出願の内容は、参照により本明細書に組込まれるものとする。当業者であれば、開示された構造、材料、組成物および方法に対する変更を用いて本発明を実行することができ、そのような変更が本発明の範囲内にあると見なされることを認識できる。
細胞外ケラチンは、上皮由来前立腺癌の細胞増殖および転移に影響することが知られている。アンドロゲン不応性前立腺癌は、正常組織と比較した場合、ケラチン8(K8)の示差的発現を示す。次に、ケラチンの調節および分解は、活性酸素種(ROS)のミトコンドリアでの生成により媒介される。これらの進歩にも拘らず、前立腺癌の転移および増殖におけるケラチンおよび他のECタンパク質の理解に対する体系的アプローチは不足している。
疑問システム生物学に基づく探索プラットフォームを用いて(すなわち、Interrogative Platform Technologyまたは別名、Interrogative Biology(商標))、前立腺癌細胞の挙動におけるミトコンドリアの役割の理解における機構的洞察を得た。WO2012119129に詳述されるこのプラットフォーム技術は、in vitroのヒト細胞に基づくモデルおよび前立腺癌患者に由来するヒト血清試料を含むシステムの階層にわたる探索ならびに人工知能(AI)に基づく情報モジュールを用いる下流のデータ統合および数学的モデリングを含む。
プラットフォーム技術を用いて前立腺癌マーカーとしてフィラミンBを同定したら、正常な被験体および前立腺癌を有する被験体から得られたヒト血清試料を用いて、前立腺癌マーカーとしてのフィラミンBを確認した。
実施例3において用いた同じヒト血清試料をさらに試験して、LY9の存在を検出した。LY9のための商業的に入手可能なELISA試験を、商業的供給源から入手した。アッセイを、製造業者の説明書を用いて実施した。アッセイから得られた結果を、図7に示す。この結果は、前立腺癌を有さない対照被験体と比較した、前立腺癌の診断を有する患者におけるLY9のレベルの差異を示す。示されるように、前立腺癌を有する被験体から得られた試料は、正常被験体と比較してより高レベルのLY9を有することがわかった。ヒト血清中のフィラミンBとLY9の両方の発現レベルのアッセイから得られた結果を、タンパク質のng/mlとして表した結果と共に、図8に示す。
フィラミンBのレベルが前立腺癌を有する被験体の血清中で増加することが証明されたら、その結果を同じ試料中のPSAレベルの試験と共に分析して、フィラミンBとPSAの一緒になった予測値が、いずれかのマーカー単独よりも良好であるかを決定した。PSA、フィラミンB、およびPSAとフィラミンBとの組合せの感度および偽陽性率(FPR)の受信者操作特性(ROC)曲線分析を生成した。この曲線と曲線下面積(AUC)値を、図9AおよびBに示す。この分析の目的は、特異的カットオフとは無関係の試験の予測力を測定することであった。ROC分析を用いた場合、正常状態と疾患状態との間の完全な識別または精度をもたらす試験はAUC=1を有するが、無作為な機会より良好でない識別をもたらす非常に弱い試験はAUC=0.5を有する。
それぞれのフィラミンB、LY9、およびPSAが前立腺癌を有する被験体から得られた血清試料中で全て上昇することを証明したら、線形スコアリング関数を用いて、3つのマーカーのそれぞれを個別に3つ全部のマーカーの組合せと比較し、非線形スコアリング関数を用いて、3つ全部のマーカーの組合せに対する、フィラミンBとLY9との組合せ、およびフィラミンBとPSAとの組合せを比較するROC曲線分析を実施して、マーカーの組合せが被験体における前立腺癌の検出のためのそれぞれ単一のマーカーよりも有効であることを決定した。示されるように、3つ全部のマーカーの組合せは、いずれかのマーカー単独よりも予測性が高かった(図10A)。LY9を含むか、または含まない、フィラミンBとPSAとの組合せは、フィラミンBとLY9との組合せよりも予測性が高かった(図10B)。追加の試料を分析して、結果をさらに改良することができる。AUCの結果を、表にまとめる。
それぞれ実施例3および4で示されたように、フィラミンBレベルとLY9レベルとを用いて、前立腺癌に罹患しているか、または罹患していない被験体を識別することができる。さらに、実施例5および6で示されたように、場合によりLY9とさらに組合わせた、フィラミンBとPSAの両方の分析は、いずれかのマーカー単独に基づく分析よりも高感度である。同様に、マーカーであるケラチン4、ケラチン7、ケラチン8、ケラチン15、ケラチン18、ケラチン19、およびチューブリン-ベータ3を、ヒト試料中で、実施例3〜6に記載されたように分析する。
前立腺癌を有するとの診断の時点で、被験体は試験に参加するよう招かれる。被験体試料、例えば、血液を取得する。定期的に、モニタリング、待機療法、または被験体の積極的処置、例えば、化学療法、放射線療法、外科手術、ホルモン療法を通じて、新しい被験体試料を取得する。試験の終わりに、全ての被験体試料を、ケラチン4、ケラチン7、ケラチン8、ケラチン15、ケラチン18、ケラチン19、チューブリン-ベータ3のうちの少なくとも1種、好ましくは、ケラチン7、ケラチン15、およびケラチン19のうちの少なくとも1種;場合によりさらにフィラミンB、LY9、およびPSAのうちの少なくとも1種の発現レベルについて試験する。被験体試料を、被験体の医療記録と一致させて、マーカーレベルを、診断時の前立腺癌状態、疾患の進行速度、1つ以上の介入に対する被験体の応答、およびアンドロゲン依存的と非依存的状態の間の移行と相関させる。前立腺癌に罹患していない被験体から得られた正常試料と比較した、ケラチン19、フィラミンB、LY9、およびPSAのうちの1種以上の発現レベルの増加は、被験体における前立腺癌を示す。ケラチン7、8および15の発現レベルはまた、前立腺癌を有する被験体の診断およびモニタリングにおいて特に有用であり得る。
わずか25〜40%の正の予測値などのその限界にも拘らず、PSAは依然として唯一の一般に受け入れられている前立腺癌のためのバイオマーカーである。さらに、前立腺癌は最も一般には、高齢男性においてゆっくり増殖する腫瘍であるため、この癌の処置は、腫瘍自体よりも被験体にとってより有害である可能性がある。従って、ケラチン4、ケラチン7、ケラチン8、ケラチン15、ケラチン18、ケラチン19、チューブリン-ベータ3のうちの少なくとも1種、好ましくは、ケラチン7、ケラチン15、およびケラチン19のうちの少なくとも1種;場合によりさらにフィラミンB、LY9、およびPSAのうちの少なくとも1種の発現レベルに関する試験を一緒に、前立腺癌の検出およびモニタリングのために用いる。単独の、および様々な組合せのマーカーの発現レベルを、前立腺癌の危険性が高い男性(例えば、高齢、家族歴、民族など)における日常的な、防止的、スクリーニング方法などの検出において、またはさらなる、潜在的により侵襲性の診断試験、例えば、前立腺検査もしくは生検、デジタル直腸検査、またはより積極的な処置を必要とする被験体を良好に同定するのに有用であり得る、処置前もしくは処置中の前立腺癌と診断された被験体のモニタリングにおいて用いる。マーカー、またはその様々な組合せの発現のレベルの検出はまた、他の兆候または症状の変化、例えば、ホルモン療法に対する腫瘍応答の喪失の前に、特定の処置レジメンに対する良好な、または弱い応答を示してもよい。
それぞれ実施例3および4に示されたように、フィラミンBレベルおよびLY9レベルを用いて、前立腺癌に罹患しているか、または罹患していない被験体を識別することができる。さらに、実施例5および6に示されたように、場合によりさらにLY9と組合わせた、フィラミンBとPSAの両方の分析は、いずれかのマーカー単独に基づく分析よりも高感度である。
前立腺癌を有するとの診断の時点で、被験体は試験に参加するよう招かれる。被験体試料、例えば、血液を取得する。定期的に、モニタリング、待機療法、または被験体の積極的処置、例えば、化学療法、放射線療法、外科手術、ホルモン療法を通じて、新しい被験体試料を取得する。試験の終わりに、全ての被験体試料を、フィラミンB、PSAのレベルについて、場合によりさらにLY9、ケラチン4、ケラチン7、ケラチン8、ケラチン15、ケラチン18、ケラチン19、およびチューブリン-ベータ3の1種以上と組合わせて試験する。被験体試料を、被験体の医療記録と一致させて、必要に応じて、フィラミンB、PSA、LY9、ケラチン4、ケラチン7、ケラチン8、ケラチン15、ケラチン18、ケラチン19、またはチューブリン-ベータ3のレベルを、診断時の前立腺癌状態、疾患の進行速度、1つ以上の介入に対する被験体の応答、およびアンドロゲン依存的と非依存的状態の間の移行と相関させる。
わずか25〜40%の正の予測値などのその限界にも拘らず、PSAは依然として唯一の一般に受け入れられている前立腺癌のためのバイオマーカーである。さらに、前立腺癌は最も一般には、高齢男性においてゆっくり増殖する腫瘍であるため、この癌の処置は、腫瘍自体よりも被験体にとってより有害である可能性がある。本明細書に示されるように、前立腺癌を有する被験体においては、フィラミンBとPSAのレベルの上昇には低い相関がある。さらに、LY9のレベルの上昇は、前立腺癌と関連することが示された。従って、前立腺癌の危険性が高い男性(例えば、高齢、家族歴、民族など)における日常的な、防止的、スクリーニング方法などの検出における、または処置前もしくは処置中の前立腺癌と診断された被験体のモニタリングにおける、場合によりLY9、ケラチン4、ケラチン7、ケラチン8、ケラチン15、ケラチン18、ケラチン19、およびチューブリン-ベータ3の1種以上、特に、ケラチン19と組合わせた、特に、フィラミンBとPSAと一緒の試験は、さらなる、潜在的により侵襲性の診断試験、例えば、前立腺検査もしくは生検、デジタル直腸検査、またはより積極的な処置を必要とする被験体を良好に同定するのに有用であり得る。フィラミンB、PSA、LY9、ケラチン4、ケラチン7、ケラチン8、ケラチン15、ケラチン18、ケラチン19、およびチューブリン-ベータ3、特に、ケラチン19の発現のレベルの検出はまた、他の兆候または症状の変化、例えば、ホルモン療法に対する腫瘍応答の喪失の前に、特定の処置レジメンに対する良好な、または弱い応答を示してもよい。
ELISAアッセイを市販のヒト血清試料上で行って、前立腺癌を有する、および有さない患者に由来する試料中のフィラミンAおよびケラチン19のレベルを検出した。
本発明者らは、アンドロゲン非依存的PC3およびアンドロゲン依存的LNCaP前立腺癌細胞系などのいくつかの癌および正常細胞系に基づいて前立腺癌のin vitroモデルを開発した。Berg Interrogative Biology(商標)により推測された重要な調節結節点を、前立腺癌のバイオマーカーとしてヒト血清中での概念実証の検証のために選択した。
正常な個体および前立腺癌を有する個体に由来するヒト血清試料を、実施例13に従って、商業的供給源から獲得した。バイオマーカーのパネルを、実施例13に従って、市販のELISAキットによって測定した。
正常な個体および前立腺癌を有する個体に由来するヒト血清試料を、実施例13に従って、2つの商業的供給源から獲得した。バイオマーカーのパネルを、実施例13に従って、市販のELISAキットによって測定した。
この概念実証試験の結果に基づいて、KRT19およびFLNAは、前立腺癌を有する患者と正常な個体とを区別する能力を有する。これらの2つのバイオマーカーを、市販の、または社内で開発されたELISAアッセイによって、より大きい臨床検証試験において評価することができる。上記の結果は、FLNaおよびKRT19が前立腺癌の統計的に有意なバイオマーカーであり、従って、現在のスクリーニングツールを超える有意な改良であり得ることを示している。
前立腺癌パネル試験が、前立腺癌のためのスクリーニングにおけるPSAと同等である、それより良好である、またはそれより弱いかどうかを試験するために、本発明者らは、4つの異なるMVI(多変量指標)モデルを用いる上記の4つの比較を試験して、パネルの有用性を最良に試験した。
1)フィラミンA
2)フィラミンB
3)ケラチン19
4)連続予測変数として用いられる年齢
である。
1)前立腺癌を有する、および有さない患者に由来する試料間を区別するバイオマーカーパネルの予測力および有用性を決定する、
2)高いグリソンスコア(8〜10)、中間のグリソンスコア(7)、および低いグリソンスコア(6)の前立腺癌を有する患者に由来する試料間を区別するバイオマーカーパネルの予測力を決定する、
3)前立腺癌を有するが、PSA濃度は低い(4ng/ml未満)患者に由来する試料を同定するバイオマーカーパネルの予測力を決定する、
4)前立腺癌を有する患者および良性前立腺過形成を有する患者に由来する試料間を区別するバイオマーカーパネルの予測力を決定する
ことであった。
非常に高い=グリソンスコア8以上、
高=グリソンスコア7以上、
低=グリソンスコア6、
その他=特定のカテゴリーを残りの試料と比較する場合の他の全ての試料
である。
Mt. Sinai Hospital、Toronto、Canadaから、回顧的および臨床的に注釈された試料セットを取得した。試料マトリックスは血清であり、その収集およびプロセッシング以来凍結されている。
血清試料を、662人の男性患者から収集した。全患者を、前立腺生検のために前立腺センターに照会した。これらの患者は、臨床症状、デジタル直腸検査に基づいて、または、より頻繁には、血清PSA上昇(3ng/mlを超える)のため、前立腺癌について疑わしかった。患者は、個人面接によってこの研究に参加することに同意し、臨床操作または前立腺生検の前に採血した。
・静脈血を、BDからの5mLのSSTチューブ中に収集した。
・チューブを1/2〜1時間、室温で垂直に保持し、血液を凝固させた。
・試料を、4℃で10分間、2000RCFで遠心分離した。
・上清血清を収集し、0.5mlの滅菌スクリューキャップチューブにアリコートし、適切な識別番号で標識した。
・試料を-80℃ですぐに保存した。
・訓練データセット中には332個の試料および検証データセット中には171個の試料がある。試料を、2群を作るために無作為化した。
・全試料数=332。
・8を超えるグリソン数=19。
・グリソン 6を有する試料数=103。
・癌を有さない試料数=159。
・BPH試料数=23。
試料をドライアイス上に移し、CLIA認証研究室に-80℃で保存した。
・PSA試験値
・診断
・患者年齢
・生検の理由
・総生検スコア、ステージ評価、および等級評価(グリソンスコア)
・陽性コア数
・腫瘍の位置。
・PSA試験は、パネルの結果を比較した参照標準である。
・この回顧的試料セットは、データ分析において用いられた文書化されたPSA値を有する。
・このセットもまた、グリソンスコアと共に文書化された生検の結果を有していた。
全試料を、以下に記載のアッセイを用いて試験した:
・FLN-A ELISA:3.125〜200ng/mlの範囲でELISAにより血清および血漿中のFLN-Aを測定する。
・FLN-B ELISA:0.156〜10pMの範囲でELISAによりヒト血清および血漿中のFLN-Bの濃度を測定する。
・ケラチン19 ELISA:ヒト血清中の可溶性サイトケラチン19断片を測定する。
・FLN-A IP MRM:P2については125pg/ml〜2000pg/ml、P3については250pg/ml〜6000pg/mlおよびP4については1125pg/ml〜36000pg/mlの範囲で免疫沈降およびLC-MS/MSを用いてヒト血清に由来するFLN Aペプチドの濃度を測定する。
・PSAを、ng/mlの単位で報告する。値を、試料セットの注釈から取る。
・フィラミンA ELISA: ng/ml。
・フィラミンAペプチドIP-MRM: pg/ml。
・ケラチン19断片ELISA:ng/ml。
・フィラミンB ELISA:ピコモル、pM。
検定セット試料から生成されたモデルは、表1中の以下のAUCデータおよび表2中の予測力データを生成した。
このモデルを訓練してPSA=4カットオフの感度に一致させ、PSA試験と比較した上記で同定されたバイオマーカーパネルの特異度を試験した。図18は、PCA対その他:0.4455のカットオフを有する感度一致PSAを示す。
予測確率および正確性分析の箱ひげ図を、それぞれ、図19および図20に示す。
モデルを訓練して、0.95以上の感度を得た。このモデルにより、生成されたカットオフは0.01997であった。図21を参照されたい。
予測確率および正確性分析の箱ひげ図を、それぞれ、図22および図23に示す。
モデルを訓練して、0.8以上の感度を得た。結果は、0.1603を有するバイオマーカーパネルのカットオフ値であった。図24を参照されたい。
予測確率および正確性分析の箱ひげ図を、それぞれ、図25および図26に示す。
バイオマーカーパネルを、0.8以上の感度を得るように設定した。このモデルにより生成されたカットオフは0.8758であった。図27を参照されたい。
予測確率および正確性分析の箱ひげ図を、それぞれ、図28および図29に示す。
検定および検証試験は、PCAパネルの4つの臨床適用における有用性を示す。開発されたモデルは、侵攻性の低い形態を侵攻性の高い形態から識別する能力を有意に改善した。グリソンスコア8以上を有する患者から採取した試料を識別するためのAUCは0.8であった(PSA単独に関する0.67に対する)。患者値がモデルのカットオフより低い場合、負の予測値はこのモデルについて非常に高く、患者が疾患を有さない確率は95%であった。
前立腺癌は、男性の間で最も多い癌診断であり、癌関連死の第2位の主因である。前立腺癌スクリーニングのためのデジタル直腸検査(DRE)および前立腺特異的抗原(PSA)の血液に基づくスクリーニングの幅広い使用にもかかわらず、その特異性および予後診断値における有意な制限がある。i)良性前立腺過形成(BPH)からPSAが低い前立腺癌を識別する、およびii)遅発性と侵攻性の疾患経過を識別するバイオマーカーは、満たされない臨床必要性の代表である。実験的に、前立腺癌細胞系および非腫瘍性ヒト一次細胞のパネルを、酸素供給不足、低pH、栄養微小環境の縮小、および代謝摂動(24〜48h)を刺激するように設計されたin vitro条件に曝露した後、細胞溶解物のiTRAQプロテオミック分析を行った。次いで、疑問生物学プラットフォームを用いて、プロテオミックデータをベイジアンネットワーク学習にかけて、分子相互作用をマッピングし、細胞骨格および足場タンパク質フィラミンA(FLNA)、フィラミンB(FLNB)、およびケラチン19(KRT19)を候補前立腺癌バイオマーカーとして同定した。
当業者であれば、日常的なものに過ぎない実験を用いて、本明細書に記載の特定の実施形態および方法に対する多くの等価物を認識するか、または確認することができる。そのような等価物は、以下の特許請求の範囲によって包含されることが意図される。
Claims (22)
- 被験体における前立腺癌の存在を診断するための方法であって、前記被験体は増大した前立腺特異的抗原(PSA)レベルを示す被験体であり、(a) 前記被験体の生物試料中のフィラミンAのレベルを検出すること、および(b)生物試料中のフィラミンAのレベルと、正常な対照試料中のフィラミンAのレベルとを比較することを含み、正常な対照試料中のフィラミンAのレベルより上のフィラミンAのレベルが、被験体における前立腺癌の存在を示す、前記方法。
- 前立腺癌の1種以上のさらなるマーカーのレベルを検出することをさらに含む、請求項1に記載の方法。
- 前立腺癌の1種以上のさらなるマーカーが、フィラミンB、LY9、ケラチン4、ケラチン7、ケラチン8、ケラチン15、ケラチン18、ケラチン19、チューブリン-ベータ3、および前立腺特異的抗原(PSA)からなる群より選択される、請求項2に記載の方法。
- ステップ(a)が、生物試料中のフィラミンAタンパク質のレベルを決定することを含む、請求項1に記載の方法。
- フィラミンAタンパク質のレベルがイムノアッセイ、ELISAまたは質量分析によって決定される、請求項4に記載の方法。
- 被験体における前立腺癌の存在を診断するための方法であって、前記被験体は増大した前立腺特異的抗原(PSA)レベルを示す被験体であり、(a)生物試料と、フィラミンAに選択的に結合する試薬とを接触させること;(b)試薬とフィラミンAとの間で複合体を形成させること;(c)複合体のレベルを検出すること、および(d)複合体のレベルと、正常な対照試料中のフィラミンAのレベルとを比較することを含み、正常な対照試料中のフィラミンAのレベルより上の複合体のレベルが被験体における前立腺癌の存在を示す、前記方法。
- 前立腺癌の1種以上のさらなるマーカーのレベルを検出することをさらに含む、請求項6に記載の方法。
- 前立腺癌の1種以上のさらなるマーカーが、フィラミンB、LY9、ケラチン4、ケラチン7、ケラチン8、ケラチン15、ケラチン18、ケラチン19、チューブリン-ベータ3、および前立腺特異的抗原(PSA)からなる群より選択される、請求項7に記載の方法。
- 1種以上のさらなるマーカーのレベルが所定の閾値と比較して増加するか、または1種以上のさらなるマーカーのレベルが所定の閾値と比較して低下する、請求項7または8に記載の方法。
- 生物試料が血液、血清、尿、臓器組織、生検組織、糞便、皮膚、毛髪、および頬組織からなる群より選択される、請求項1または6に記載の方法。
- 前立腺癌が前立腺上皮内新生物、腺癌、小細胞癌、または扁平上皮癌であるか、または前立腺癌がアンドロゲン依存的前立腺癌、アンドロゲン非依存的前立腺癌、侵攻性前立腺癌、または非侵攻性前立腺癌である、請求項1または6に記載の方法。
- 被験体の治療的抗癌処置のための組成物であって、該被験体は、請求項1〜6のいずれか1項に記載の方法により被験体における前立腺癌の存在が示される被験体であり、前記組成物は、化学療法物質、ホルモン、抗体、サイトカイン、増殖因子、およびそのいずれかの組合せからなる群より選択される物質を含む、前記組成物。
- 前立腺癌を有すると疑われる、または有する危険性がある被験体を選択することをさらに含む、請求項1〜11のいずれか1項に記載の方法。
- 請求項1〜6のいずれか1項に記載の方法が、前立腺癌を有すると疑われる、または有する危険性がある被験体を選択することをさらに含む、請求項12に記載の組成物。
- 生物試料中の1種以上の前立腺癌関連マーカーのレベルと、生物試料よりも早い時点で同じ被験体から得られた試料、良性前立腺過形成(BPH)を有する被験体に由来する試料、非転移性前立腺癌を有する被験体に由来する試料、転移性前立腺癌を有する被験体に由来する試料、アンドロゲン感受性前立腺癌を有する被験体に由来する試料、アンドロゲン非感受性前立腺癌を有する被験体に由来する試料、侵攻性前立腺癌を有する被験体に由来する試料、および非侵攻性前立腺癌を有する被験体に由来する試料からなる群より選択される対照試料中の1種以上の前立腺癌関連マーカーのレベルとを比較することをさらに含むか、または
正常な前立腺と前立腺癌、良性前立腺過形成と前立腺癌、良性前立腺過形成と正常前立腺、アンドロゲン依存的前立腺癌とアンドロゲン非依存的前立腺癌、侵攻性前立腺癌と非侵攻性前立腺癌、および転移性前立腺癌と非転移性前立腺癌からなる群より選択される2つの前立腺癌状態の間を区別することをさらに含む、請求項1〜11及び13のいずれか1項に記載の方法。 - 請求項1〜11のいずれか1項に記載の方法、又は請求項13に記載されている方法が、生物試料中の1種以上の前立腺癌関連マーカーのレベルと、生物試料よりも早い時点で同じ被験体から得られた試料、良性前立腺過形成(BPH)を有する被験体に由来する試料、非転移性前立腺癌を有する被験体に由来する試料、転移性前立腺癌を有する被験体に由来する試料、アンドロゲン感受性前立腺癌を有する被験体に由来する試料、アンドロゲン非感受性前立腺癌を有する被験体に由来する試料、侵攻性前立腺癌を有する被験体に由来する試料、および非侵攻性前立腺癌を有する被験体に由来する試料からなる群より選択される対照試料中の1種以上の前立腺癌関連マーカーのレベルとを比較することをさらに含むか、または
正常な前立腺と前立腺癌、良性前立腺過形成と前立腺癌、良性前立腺過形成と正常前立腺、アンドロゲン依存的前立腺癌とアンドロゲン非依存的前立腺癌、侵攻性前立腺癌と非侵攻性前立腺癌、および転移性前立腺癌と非転移性前立腺癌からなる群より選択される2つの前立腺癌状態の間を区別することをさらに含む、請求項12または14に記載の組成物。 - 被験体に由来する生物試料中のフィラミンAのレベルを測定するための少なくとも1つの試薬、および被験体に由来する生物試料中のフィラミンAのレベルを測定するための説明書のセットを含む、請求項1〜11、13及び15のいずれか1項に記載の方法に使用するためのキット。
- 説明書が、生物試料中のフィラミンA mRNAの量を決定するためのハイブリダイゼーションアッセイを説明する、請求項17に記載のキット。
- キットが、フィラミンA mRNAの一部と相補的な少なくとも1つのオリゴヌクレオチドをさらに含み、かつ場合により説明書が、被験体に由来する生物試料中のフィラミンAのレベルと、フィラミンAの閾値とを比較することをさらに説明する、請求項18に記載のキット。
- 説明書が、生物試料中のフィラミンA mRNAまたはタンパク質の量を決定するためのハイブリダイゼーションアッセイを説明する、請求項17に記載のキット。
- キットが、フィラミンA mRNAの一部と相補的な少なくとも1つのオリゴヌクレオチド、またはフィラミンAタンパク質またはその断片と結合する少なくとも1つの抗体をさらに含み、かつ場合により説明書が、被験体に由来する生物試料中のフィラミンAのレベルと、フィラミンAの閾値とを比較することをさらに説明する、請求項20に記載のキット。
- 被験体の年齢を決定するための説明書をさらに含む、請求項17〜21のいずれか1項に記載のキット。
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