JP6734467B2 - 抗ｐｃｓｋ９モノクローナル抗体 - Google Patents
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Description
本開示は、抗体工学技術の分野に関し、特に完全ヒト抗体の抗ＰＣＳＫ９のモノクローナル抗体、及びその取得方法並びに使用に関する。
ＰＣＳＫ９（プロタンパク質転換酵素サブチリシン９、Ｐｒｏｐｒｏｔｅｉｎ ｃｏｎｖｅｒｔａｓｅ ｓｕｂｔｉｌｉｓｉｎ／ｋｅｘｉｎ ｔｙｐｅ ９）は、プロタンパク質転換酵素ファミリープのプロテアーゼＫサブファミリーに属する。ヒトＰＣＳＫ９遺伝子は、染色体１ｐ３２．３に位置し、長さが約２２ｋｂであり、合計１２個のエクソンを有し、６９２個のアミノ酸残基を含むタンパク質をコードする。ＰＣＳＫ９タンパク質は、シグナルペプチド、プロドメイン、触媒ドメインおよびカルボキシル末端ドメイン（Ｖドメイン）からなり、可溶性の７４ｋＤａの前駆体として合成され、小胞体において自らの接触分解を介して１４ ｋＤａのプロペプチドと６０ ｋＤａの成熟プロテアーゼを生成する。ＰＣＳＫ９は、主に肝臓、腸および腎臓で発現され、皮膚および神経系においても少量発現されるが、肝臓中のＰＣＳＫ９のみが血液循環系に分泌されることができる。
研究により、ＰＣＳＫ９が低密度リポタンパク質受容体（ＬＤＬＲ）の分解を媒介することによって、血漿中のＬＤＬコレステロール（ＬＤＬ−Ｃ）レベルを調節することができる一方、ＬＤＬＲが肝臓内のＬＤＬエンドサイトーシスを媒介することは、ＬＤＬを循環系から除去する主な手段である。ＬＤＬＲはマルチドメインのタンパク質であり、細胞外ドメインが表皮成長因子前駆体のホメオドメインＥＧＦ−Ａ、ＥＧＦ−Ｂ、ＥＧＦ−Ｃと緊密に連結している。ＰＣＳＫ９がＬＤＬＲの分解を媒介することは、まずＬＤＬＲに結合する必要があり、ＬＤＬＲ上の結合部位は主にＥＧＦ−Ａであり、ＰＣＳＫ９とＥＧＦ−Ａとの複合体を形成する。研究により、ＰＣＳＫ９は、超低密度リポタンパク質受容体、アポリポタンパク質Ｂ受容体、およびアポリポタンパク質Ｅ受容体２を介してコレステロール代謝を調節することもできるが、その中の分子メカニズムは明らかではないことが分かった。
基礎研究および臨床試験により、外因性介入を介してＰＣＳＫ９の活性を阻害することによって、血漿中のＬＤＬの除去を加速することによって、血中脂質を減少させることを示している。現在、ＰＣＳＫ９の阻害剤は、主にモノクローナル抗体、アンチセンスヌクレオチド、小分子干渉ＲＮＡ、模倣ペプチドおよび小分子阻害剤などを含む。
モノクローナル抗体医薬品は、今年のバイオ医薬分野における研究開発のホットスポットであり、強いターゲッティング、高特異性、低毒性、低副作用などの特徴を有し、薬物治療分野における最新の開発方向を代表している。ＰＣＳＫ９を標的とするモノクローナル抗体は、ＰＣＳＫ９に特異的に結合することができ、ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとの間の相互作用をブロックし、ＬＤＬＲの分解プロセスを減速させることによって、ＬＤＬ−Ｃレベルを低下させる役割を果たす。臨床実験データは、抗ＰＣＳＫ９モノクローナル抗体薬物の安全性、有効性および特有の臨床適用価値を示した。
完全ヒト抗体は、治療用抗体開発の主な方向である。抗体ライブラリー技術の出現は、ヒト抗体の調製およびスクリーニングのために良好な技術的プラットフォームを提供する。抗体ライブラリー技術は、従来のモノクローナル抗体の開発に必要なハイブリドーマプロセスをバイパスし、ひいては、免疫プロセスを介する必要がなく、様々な抗体遺伝子および抗体分子断片を取得することができる。ファージ抗体ライブラリーは、最も早く現れるものであり、現在最も広く適用されている抗体ライブラリーでもある。ファージ抗体ライブラリーは、抗体遺伝子の由来によって免疫ライブラリーと非免疫ライブラリーに分けられ、非免疫ライブラリーは、天然ライブラリー、半合成ライブラリー、および完全合成ライブラリーをさらに含む。ファージ抗体ライブラリーのスクリーニングは、抗体親和性成熟のプロセスを模倣した。通常は、固相媒体に抗原をコーティングして、スクリーニングしようとするファージ抗体ライブラリーを添加し、高親和性特異的抗体がスクリーニングされるまで、数回の「吸着−洗浄−溶出−増幅」のプロセス（すなわち、パニング）を行う。
現在、多くの製薬会社が、ＰＣＳＫ９に対するモノクローナル抗体を積極的に開発している。安進（Ａｍｇｅｎ）のＲｅｐａｔｈａ（ｅｖｏｌｏｃｕｍａｂ）およびＳａｎｏｆｉ／ＲｅｇｅｎｅｒｏｎのＰｒａｌｕｅｎｔ（ａｌｉｒｏｃｕｍａｂ）は、いずれも完全ヒト抗体であり、原発性高コレステロール血症および家族性高コレステロール血症（ヘテロ接合体およびホモ接合体）の治療に用いられ、そして既に２０１５年に相次いで上場が承認された。スタチンにＥｖｏｌｏｃｕｍａｂを加えることによって、原発性高コレステロール血症患者のＬＤＬ−Ｃを７７％減少させ、ヘテロ接合体家族性高コレステロール血症患者のＬＤＬ−Ｃを６８％減少させ、ホモ接合体家族性高コレステロール血症患者のＬＤＬ−Ｃを３１％減少させることができる。ｅｖｏｌｏｃｕｍａｂは耐性が良好であり、現在のところ、明らかな安全性の問題がない。Ｐｆｉｚｅｒのヒト化モノクローナル抗体ｂｏｃｏｃｉｚｕｍａｂは、第ＩＩＩ相臨床試験中であり、Ｎｏｖａｒｔｉｓのヒト化モノクローナル抗体ｌｏｄｅｌｃｉｚｕｍａｂは、第ＩＩ相臨床試験中である。ＲｏｃｈｅとＭＳＤも臨床試験を実施している。
現在、中国国内の当分野では、依然として独立で研究開発された高親和性を有する抗ＰＣＳＫ９の完全ヒト抗体が欠如している。
本開示は、抗ＰＣＳＫ９のモノクローナル抗体を提供する。本開示は、完全合成抗体ライブラリーから抗ＰＣＳＫ９のモノクローナル抗体をスクリーニングし、そしてコンピュータ支援設計分析を介して小容量合成ファージ抗体軽鎖ライブラリーを構築するという方法で、スクリーニングによる取得された抗ＰＣＳＫ９のモノクローナル抗体の軽鎖のＣＤＲ１、２、３領域について突然変異によってライブラリーを構築する。スクリーニングで、より高い親和性を有するモノクローナル抗体を選択し、さらに、その重鎖ＣＤＲ１、２、３領域について突然変異によってライブラリーを構築してスクリーニングし、最後に高親和性の抗ＰＣＳＫ９のモノクローナル抗体がスクリーニングされた。本開示の抗ＰＣＳＫ９抗体は、新規配列を有し、この抗体はインビトロで、特に細胞レベルで良好な機能を有し、医療適用の見込みが極めて大きい。
軽鎖と重鎖とを備え、前記軽鎖の相補性決定領域ＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３は、それぞれＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２およびＬＣＤＲ３で表示され、また前記重鎖の相補性決定領域ＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３は、それぞれＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２およびＨＣＤＲ３で表示され、ＬＣＤＲ１は、ＲＡＳＱＳＩＤＮＲＬＴ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．２２）、ＲＡＳＱＳＶＲＮＷＬＤ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．２３）、ＲＡＳＱＧＩＮＳＷＬＮ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．２４）、ＲＡＳＱＮＶＮＮＷＬＮ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．２５）、ＲＡＳＱＮＩＮＳＷＬＮ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．２６）、ＲＡＳＱＮＩＮＮＷＬＮ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．２７）、ＲＡＳＱＧＩＨＮＷＬＮ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．２８）、ＲＡＳＱＤＶＤＳＷＬＴ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．２９）、ＲＡＳＱＳＶＲＮＷＬＮ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．３０）、ＲＡＳＱＤＶＲＮＷＬＴ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．３１）またはＲＡＳＱＳＩＲＳＹＬＮ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．３２）中のいずれか１つを含み、ＬＣＤＲ２は、ＤＡＳＳＲＱＳ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．３３）、ＧＡＳＴＬＥＳ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．３４）、ＡＡＳＴＲＥＴ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．３５）、ＧＡＳＳＲＱＳ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．３６）、ＧＡＳＴＲＰＴ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．３７）、ＤＡＳＮＲＱＳ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．３８）、ＧＡＳＮＬＡＳ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．３９）、ＤＡＳＮＬＱＳ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．４０）またはＤＡＳＳＲＰＴ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．４１）中のいずれか１つを含み、ＬＣＤＲ３は、ＱＱＰＥＮＤＰＴＴ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．４２）、ＱＱＤＮＤＩＰＬＴ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．４３）、ＱＱＷＮＮＴＰＮＴ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．４４）、ＱＱＤＮＤＭＰＬＴ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．４５）、ＱＱＷＦＤＶＰＴＴ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．４６）、ＱＱＷＤＤＴＰＮＴ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．４７）、ＱＱＮＳＮＩＰＬＴ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．４８）、ＱＱＤＳＫＩＰＬＴ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．４９）、ＱＱＷＴＤＴＰＬＴ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．５０）、ＱＱＤＤＳＴＰＰＴ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．５１）またはＱＱＧＤＳＭＰＭＴ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．５２）中のいずれか１つを含み、ＨＣＤＲ１は、ＧＧＴＦＴＮＮＡ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．５３）、ＧＹＴＶＴＳＹＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．５４）またはＧＹＳＬＴＳＹＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．５５）中のいずれか１つを含み、ＨＣＤＲ２は、ＲＩＩＰＭＦＧＭＡ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．５６）、ＷＬＳＦＹＮＧＮＴ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．５７）、ＷＶＴＦＹＮＧＮＴ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．５８）、ＷＶＳＦＹＱＧＮＴ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．５９）、ＷＶＳＦＹＮＧＱＴ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．６０）またはＷＶＳＦＹＮＧＮＳ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．６１）中のいずれか１つを含み、ＨＣＤＲ３は、ＡＲＥＧＩＰＭＩ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．６２）、ＡＲＧＹＳＬＤＶ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．６３）、ＡＲＧＹＧＭＳＩ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．６４）、ＡＲＧＦＧＭＤＲ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．６５）、ＡＲＧＹＧＭＴＶ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．６６）またはＡＲＧＦＧＬＳＶ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．６７）中のいずれか１つを含む。
前記軽鎖可変領域のアミノ酸配列は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１１、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１２、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１３、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１４、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１５、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１６、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１７、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１８、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１９、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．２０、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．２１中のいずれか１つが好ましい。
前記重鎖可変領域のアミノ酸配列は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．２、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．３、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．４、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．５、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．６、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．７、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．８、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．９、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１０中のいずれか１つが好ましい。
前記重鎖可変領域ＨＣＤＲ１配列は、ＧＹＴＶＴＳＹＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．５４）またはＧＹＳＬＴＳＹＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．５５）から選択されたアミノ酸配列であり；前記軽鎖可変領域ＬＣＤＲ１配列は、ＲＡＳＱＳＶＲＮＷＬＤ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．２３）、ＲＡＳＱＮＶＮＮＷＬＮ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．２５）、ＲＡＳＱＮＩＮＳＷＬＮ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．２６）、ＲＡＳＱＮＩＮＮＷＬＮ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．２７）またはＲＡＳＱＤＶＤＳＷＬＴ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．２９）中から選択されたいずれか一つのアミノ酸配列であり、前記重鎖可変領域ＨＣＤＲ２配列は、ＷＶＳＦＹＱＧＮＴ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．５９）、ＷＶＳＦＹＮＧＱＴ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．６０）またはＷＶＳＦＹＮＧＮＳ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．６１）中から選択されたいずれか一つのアミノ酸配列であり、前記軽鎖可変領域ＬＣＤＲ２配列は、ＧＡＳＴＬＥＳ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．３４）、ＡＡＳＴＲＥＴ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．３５）、ＧＡＳＳＲＱＳ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．３６）、ＧＡＳＴＲＰＴ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．３７）またはＧＡＳＮＬＡＳ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．３９）中から選択されたいずれか一つのアミノ酸配列であり、前記重鎖可変領域ＨＣＤＲ３配列は、ＡＲＧＹＳＬＤＶ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．６３）、ＡＲＧＹＧＭＳＩ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．６４）、 ＡＲＧＦＧＭＤＲ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．６５）またはＡＲＧＹＧＭＴＶ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．６６）中から選択されたいずれか一つのアミノ酸配列であり、前記軽鎖可変領域ＬＣＤＲ３配列は、ＱＱＤＮＤＩＰＬＴ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．４３）、ＱＱＤＮＤＭＰＬＴ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．４５）、ＱＱＷＦＤＶＰＴＴ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．４６）、ＱＱＷＤＤＴＰＮＴ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．４７）またはＱＱＤＳＫＩＰＬＴ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．４９）中から選択されたいずれか一つのアミノ酸配列である。
本開示は、上記軽鎖または上記重鎖を含む複数の抗体、ポリペプチドまたはタンパク質をさらに提供する。
本開示は、上記軽鎖または上記重鎖を含む複数の抗体をさらに提供し、前記抗体は、ＰＣＳＫ９に特異的に結合し、ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとの結合をブロックし、細胞表面上のＬＤＬＲの数、または血液循環系におけるＬＤＬＲのレベルを向上させ、上血液循環系におけるＬＤＬまたはＬＤＬ−Ｃのレベルを低下させることができる。
本開示は、上記軽鎖または上記重鎖を含む複数のポリヌクレオチド配列または組合せをさらに提供する。
前記抗ＰＣＳＫ９のモノクローナル抗体の重鎖定常領域はＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３およびＩｇＧ４を含む；前記軽鎖定常領域はＣκまたはＣλを含む。
前記重鎖定常領域は、ＩｇＧ４またはＩｇＧ２が好ましい、且つ前記重鎖の真核発現ベクターまたは原核発現ベクターが好ましい。
前記軽鎖定常領域は、Ｃκが好ましい、且つ前記軽鎖の真核発現ベクターまたは原核発現ベクターが好ましい。
本開示は、上記ポリヌクレオチド配列または組合せを含む組換えＤＮＡ発現ベクターをさらに提供する。前記組換えＤＮＡ発現ベクターのＤＮＡ配列は、抗ＰＣＳＫ９抗体の上記重鎖可変領域、重鎖定常領域、軽鎖可変領域および軽鎖定常領域をコードするＤＮＡ酸配列を含む。
本開示は、原核細胞、酵母、昆虫または哺乳動物細胞を含む、上記組換えＤＮＡ発現ベクターでトランスフェクトされた宿主細胞をさらに提供する。
ここでは、前記原核細胞は、大腸菌が好ましい。
ここでは、前記哺乳動物細胞は、ＨＥＫ２９３Ｅ細胞、ＣＨＯ細胞またはＮＳ０細胞が好ましい。
本開示は、上記軽鎖または上記重鎖を含む多種の全長抗体、一本鎖抗体、単一ドメイン抗体、二重特異性抗体、および抗体薬物コンジュゲートをさらに提供する。
本開示は、上記軽鎖または上記重鎖を含む多種のモノクローナル抗体、人工的ベクター、薬剤または医薬組成物をさらに提供する。
ここでは、前記モノクローナル抗体は、全長抗体および抗ＰＣＳＫ９モノクローナル抗体の断片を含む。前記断片は、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、ＦｖまたはＳｃＦｖを含むが、これらに限定されない。
本開示は、上記軽鎖または上記重鎖を含む検出試薬またはキットをさらに提供する。
本開示に係る前記抗体は、ＰＣＳＫ９活性を除去、阻害または低減することによって、疾患を改善、軽減、抑制または予防するように用いることができ、前記疾患には、脂質異常血症、心・脳血管疾患、および血栓閉塞性疾患が含まれる。
ここでは、前記異常脂質血症には、コレステロールの上昇、トリグリセリドの上昇、低密度リポタンパク質の上昇、および高密度リポタンパク質の減少が含まれる。前記心血管疾患には、冠動脈硬化性心疾患、急性心筋梗塞、アテローム性動脈硬化症、脳卒中および末梢動脈閉塞性疾患が含まれる。
本開示に係る抗ＰＣＳＫ９のモノクローナル抗体の取得方法は、以下のステップを備える。
（１）抗ＰＣＳＫ９一本鎖抗体のバイオパニングを行って、３ラウンドの抗体ライブラリーの濃縮スクリーニング（Ｅｎｒｉｃｈｉｎｇ Ｓｃｒｅｅｎｉｎｇ）によって、完全合成のＳｃＦｖファージライブラリーから、親和性のより高い抗体配列ＤＦＳＫ９−１を取得する。その重鎖ＤＦＳＫ９−Ｈ１は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１のアミノ酸配列を有し、その軽鎖ＤＦＳＫ９−Ｌ１は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１１のアミノ酸配列を有する。
（２）ＤＦＳＫ９−１に基づいて、コンピュータ三次構造シミュレーションにより、軽鎖相補性決定領域ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、ＣＤＲ３突然変異抗体ライブラリーを設計し構築し、さらにこの突然変異抗体ライブラリーに対してバイオパニング、陽性クローンのスクリーニング及び同定を行い、異なる軽鎖を含む１０種類の一本鎖抗体配列を取得して、それぞれＤＦＳＫ９−２、ＤＦＳＫ９−３、ＤＦＳＫ９−４、ＤＦＳＫ９−５、ＤＦＳＫ９−６、ＤＦＳＫ９−７、ＤＦＳＫ９−８、ＤＦＳＫ９−９、ＤＦＳＫ９−１０、ＤＦＳＫ９−１１と命名される。対応する軽鎖の可変領域は、それぞれＤＦＳＫ９−Ｌ２、ＤＦＳＫ９−Ｌ３、ＤＦＳＫ９−Ｌ４、ＤＦＳＫ９−Ｌ５、ＤＦＳＫ９−Ｌ６、ＤＦＳＫ９−Ｌ７、ＤＦＳＫ９−Ｌ８、ＤＦＳＫ９−Ｌ９、ＤＦＳＫ９−Ｌ１０、ＤＦＳＫ９−Ｌ１１と命名される。それらに対応するアミノ酸配列は、それぞれＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１２、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１３、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１４、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１５、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１６、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１７、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１８、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１９、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．２０、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．２１に示す。上記一本鎖抗体をファージレベルで親和性を比較する。
（３）５株の親和性のより高いクローンＤＦＳＫ９−２、ＤＦＳＫ９−４、ＤＦＳＫ９−５、ＤＦＳＫ９−６およびＤＦＳＫ９−８を選択し、重鎖相補性決定領域のＣＤＲ１、ＣＤＲ２、ＣＤＲ３突然変異体抗体ライブラリーを設計し構築し、そしてこの重鎖突然変異の抗体ライブラリーに対してバイオパニング、陽性クローンのスクリーニングおよび同定を行い、１０種類の異なる一本鎖抗体配列が取得され、それぞれＤＦＳＫ９−１２、ＤＦＳＫ９−１３、ＤＦＳＫ９−１４、ＤＦＳＫ９−１５、ＤＦＳＫ９−１６、ＤＦＳＫ９−１７、ＤＦＳＫ９−１８、ＤＦＳＫ９−１９、ＤＦＳＫ９−２０およびＤＦＳＫ９−２１と命名される。ここでは、ＤＦＳＫ９−１２、ＤＦＳＫ９−１３、ＤＦＳＫ９−１４、ＤＦＳＫ９−１５、ＤＦＳＫ９−１６、ＤＦＳＫ９−１７、ＤＦＳＫ９−１８、ＤＦＳＫ９−１９、ＤＦＳＫ９−２０およびＤＦＳＫ９−２１の軽鎖可変領域配列は、それぞれＤＦＳＫ９−Ｌ２、ＤＦＳＫ９−Ｌ８、ＤＦＳＫ９−Ｌ５、ＤＦＳＫ９−Ｌ６、ＤＦＳＫ９−Ｌ５、ＤＦＳＫ９−Ｌ６、ＤＦＳＫ９−Ｌ５、ＤＦＳＫ９−Ｌ４、ＤＦＳＫ９−Ｌ６、ＤＦＳＫ９−Ｌ６である。それらに対応するアミノ酸配列は、それぞれＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１２、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１８、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１５、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１６、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１５、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１６、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１５、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１４、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１６、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１６に示す。ＤＦＳＫ９−１２、ＤＦＳＫ９−１３、ＤＦＳＫ９−１４、ＤＦＳＫ９−１５、ＤＦＳＫ９−１６、ＤＦＳＫ９−１７、ＤＦＳＫ９−１８、ＤＦＳＫ９−１９、ＤＦＳＫ９−２０およびＤＦＳＫ９−２１の重鎖可変領域配列は、それぞれＤＦＳＫ９−Ｈ２、ＤＦＳＫ９−Ｈ８、ＤＦＳＫ９−Ｈ７、ＤＦＳＫ９−Ｈ３、ＤＦＳＫ９−Ｈ６、ＤＦＳＫ９−Ｈ４、ＤＦＳＫ９−Ｈ４、ＤＦＳＫ９−Ｈ９、ＤＦＳＫ９−Ｈ５、ＤＦＳＫ９−Ｈ１０である。それらに対応するアミノ酸配列は、それぞれＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．２、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．８、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．７、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．３、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．６、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．４、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．４、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．９、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．５、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１０に示す。上記一本鎖抗体をファージレベルで親和性を比較する；
（４）、（３）に記載の前記モノクローナル重鎖可変領域遺伝子および軽鎖可変遺伝子を真核発現ベクターにクローニングし、宿主細胞にトランスフェクトして抗ＰＣＳＫ９モノクローナル抗体の完全抗体を得る。
ここでは、前記ＣＤＲは、相補性決定領域（ｃｏｍｐｌｅｍｅｎｔａｒｉｔｙ−ｄｅｔｅｒｍｉｎｉｎｇ ｒｅｇｉｏｎ）であり；前記ＳｃＦｖは、一本鎖抗体（ｓｉｎｇｌｅ−ｃｈａｉｎ ｆｒａｇｍｅｎｔ ｖａｒｉａｂｌｅ）であり；前記ＡＤＣｓは、抗体−薬物コンジュゲート（ａｎｔｉｂｏｄｙ−ｄｒｕｇ ｃｏｎｊｕｇａｔｅｓ）であり；前記ＬＤＬＲは、低密度リポタンパク質受容体（Ｌｏｗ Ｄｅｎｓｉｔｙ Ｌｉｐｏｐｒｏｔｅｉｎ Ｒｅｃｅｐｔｏｒ）であり；前記ＬＤＬ−Ｃは、低密度リポタンパク質コレステロール（Ｌｏｗ Ｄｅｎｓｉｔｙ Ｌｉｐｏｐｒｏｔｅｉｎ−Ｃｈｏｌｅｓｔｅｒｏｌ）であり；前記ＨＥＫ２９３Ｅ細胞は、ヒト胎児腎２９３Ｅ細胞（ｈｕｍａｎ ｅｍｂｒｙｏｎｉｃ ｋｉｄｎｅｙ ２９３Ｅ ｃｅｌｌ）であり；前記ＣＨＯ細胞は、チャイニーズハムスター卵巣細胞（ｃｈｉｎｅｓｅ ｈａｍｓｔｅｒ ｏｖａｒｙ ｃｅｌｌ）であり；前記ＮＳ０細胞は、マウスＮＳ０胸腺腫細胞である。
（１）抗ＰＣＳＫ９一本鎖抗体のバイオパニングを行って、３ラウンドの抗体ライブラリーの濃縮スクリーニング（Ｅｎｒｉｃｈｉｎｇ Ｓｃｒｅｅｎｉｎｇ）によって、完全合成のＳｃＦｖファージライブラリーから、親和性のより高い抗体配列ＤＦＳＫ９−１を取得する。その重鎖ＤＦＳＫ９−Ｈ１は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１のアミノ酸配列を有し、その軽鎖ＤＦＳＫ９−Ｌ１は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１１のアミノ酸配列を有する。
（２）ＤＦＳＫ９−１に基づいて、コンピュータ三次構造シミュレーションにより、軽鎖相補性決定領域ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、ＣＤＲ３突然変異抗体ライブラリーを設計し構築し、さらにこの突然変異抗体ライブラリーに対してバイオパニング、陽性クローンのスクリーニング及び同定を行い、異なる軽鎖を含む１０種類の一本鎖抗体配列を取得して、それぞれＤＦＳＫ９−２、ＤＦＳＫ９−３、ＤＦＳＫ９−４、ＤＦＳＫ９−５、ＤＦＳＫ９−６、ＤＦＳＫ９−７、ＤＦＳＫ９−８、ＤＦＳＫ９−９、ＤＦＳＫ９−１０、ＤＦＳＫ９−１１と命名される。対応する軽鎖の可変領域は、それぞれＤＦＳＫ９−Ｌ２、ＤＦＳＫ９−Ｌ３、ＤＦＳＫ９−Ｌ４、ＤＦＳＫ９−Ｌ５、ＤＦＳＫ９−Ｌ６、ＤＦＳＫ９−Ｌ７、ＤＦＳＫ９−Ｌ８、ＤＦＳＫ９−Ｌ９、ＤＦＳＫ９−Ｌ１０、ＤＦＳＫ９−Ｌ１１と命名される。それらに対応するアミノ酸配列は、それぞれＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１２、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１３、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１４、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１５、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１６、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１７、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１８、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１９、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．２０、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．２１に示す。上記一本鎖抗体をファージレベルで親和性を比較する。
（３）５株の親和性のより高いクローンＤＦＳＫ９−２、ＤＦＳＫ９−４、ＤＦＳＫ９−５、ＤＦＳＫ９−６およびＤＦＳＫ９−８を選択し、重鎖相補性決定領域のＣＤＲ１、ＣＤＲ２、ＣＤＲ３突然変異体抗体ライブラリーを設計し構築し、そしてこの重鎖突然変異の抗体ライブラリーに対してバイオパニング、陽性クローンのスクリーニングおよび同定を行い、１０種類の異なる一本鎖抗体配列が取得され、それぞれＤＦＳＫ９−１２、ＤＦＳＫ９−１３、ＤＦＳＫ９−１４、ＤＦＳＫ９−１５、ＤＦＳＫ９−１６、ＤＦＳＫ９−１７、ＤＦＳＫ９−１８、ＤＦＳＫ９−１９、ＤＦＳＫ９−２０およびＤＦＳＫ９−２１と命名される。ここでは、ＤＦＳＫ９−１２、ＤＦＳＫ９−１３、ＤＦＳＫ９−１４、ＤＦＳＫ９−１５、ＤＦＳＫ９−１６、ＤＦＳＫ９−１７、ＤＦＳＫ９−１８、ＤＦＳＫ９−１９、ＤＦＳＫ９−２０およびＤＦＳＫ９−２１の軽鎖可変領域配列は、それぞれＤＦＳＫ９−Ｌ２、ＤＦＳＫ９−Ｌ８、ＤＦＳＫ９−Ｌ５、ＤＦＳＫ９−Ｌ６、ＤＦＳＫ９−Ｌ５、ＤＦＳＫ９−Ｌ６、ＤＦＳＫ９−Ｌ５、ＤＦＳＫ９−Ｌ４、ＤＦＳＫ９−Ｌ６、ＤＦＳＫ９−Ｌ６である。それらに対応するアミノ酸配列は、それぞれＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１２、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１８、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１５、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１６、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１５、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１６、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１５、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１４、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１６、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１６に示す。ＤＦＳＫ９−１２、ＤＦＳＫ９−１３、ＤＦＳＫ９−１４、ＤＦＳＫ９−１５、ＤＦＳＫ９−１６、ＤＦＳＫ９−１７、ＤＦＳＫ９−１８、ＤＦＳＫ９−１９、ＤＦＳＫ９−２０およびＤＦＳＫ９−２１の重鎖可変領域配列は、それぞれＤＦＳＫ９−Ｈ２、ＤＦＳＫ９−Ｈ８、ＤＦＳＫ９−Ｈ７、ＤＦＳＫ９−Ｈ３、ＤＦＳＫ９−Ｈ６、ＤＦＳＫ９−Ｈ４、ＤＦＳＫ９−Ｈ４、ＤＦＳＫ９−Ｈ９、ＤＦＳＫ９−Ｈ５、ＤＦＳＫ９−Ｈ１０である。それらに対応するアミノ酸配列は、それぞれＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．２、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．８、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．７、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．３、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．６、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．４、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．４、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．９、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．５、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１０に示す。上記一本鎖抗体をファージレベルで親和性を比較する；
（４）、（３）に記載の前記モノクローナル重鎖可変領域遺伝子および軽鎖可変遺伝子を真核発現ベクターにクローニングし、宿主細胞にトランスフェクトして抗ＰＣＳＫ９モノクローナル抗体の完全抗体を得る。
ここでは、前記ＣＤＲは、相補性決定領域（ｃｏｍｐｌｅｍｅｎｔａｒｉｔｙ−ｄｅｔｅｒｍｉｎｉｎｇ ｒｅｇｉｏｎ）であり；前記ＳｃＦｖは、一本鎖抗体（ｓｉｎｇｌｅ−ｃｈａｉｎ ｆｒａｇｍｅｎｔ ｖａｒｉａｂｌｅ）であり；前記ＡＤＣｓは、抗体−薬物コンジュゲート（ａｎｔｉｂｏｄｙ−ｄｒｕｇ ｃｏｎｊｕｇａｔｅｓ）であり；前記ＬＤＬＲは、低密度リポタンパク質受容体（Ｌｏｗ Ｄｅｎｓｉｔｙ Ｌｉｐｏｐｒｏｔｅｉｎ Ｒｅｃｅｐｔｏｒ）であり；前記ＬＤＬ−Ｃは、低密度リポタンパク質コレステロール（Ｌｏｗ Ｄｅｎｓｉｔｙ Ｌｉｐｏｐｒｏｔｅｉｎ−Ｃｈｏｌｅｓｔｅｒｏｌ）であり；前記ＨＥＫ２９３Ｅ細胞は、ヒト胎児腎２９３Ｅ細胞（ｈｕｍａｎ ｅｍｂｒｙｏｎｉｃ ｋｉｄｎｅｙ ２９３Ｅ ｃｅｌｌ）であり；前記ＣＨＯ細胞は、チャイニーズハムスター卵巣細胞（ｃｈｉｎｅｓｅ ｈａｍｓｔｅｒ ｏｖａｒｙ ｃｅｌｌ）であり；前記ＮＳ０細胞は、マウスＮＳ０胸腺腫細胞である。
先行技術と比較して、本開示は、以下の有益な効果を備える。
本開示には、多種の新規な抗ＰＣＳＫ９抗体が提供されており、基質と結合する親和性が高く、ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとの結合を十分にブロックし、且つ細胞表面上のＬＤＬＲの分布および発現に影響を与えることができ、これにより、細胞表面上のＬＤＬ−ＲとＬＤＬとの結合能力を向上させ、細胞によるＬＤＬの摂取および分解を増加させることによって、細胞外ＬＤＬおよびＬＤＬ−Ｃの含有量を低下させ、ＬＤＬ、ＬＤＬ−Ｃおよび総コレステロールを低下させる目的を達成する。
本開示には、多種の新規な抗ＰＣＳＫ９抗体が提供されており、基質と結合する親和性が高く、ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとの結合を十分にブロックし、且つ細胞表面上のＬＤＬＲの分布および発現に影響を与えることができ、これにより、細胞表面上のＬＤＬ−ＲとＬＤＬとの結合能力を向上させ、細胞によるＬＤＬの摂取および分解を増加させることによって、細胞外ＬＤＬおよびＬＤＬ−Ｃの含有量を低下させ、ＬＤＬ、ＬＤＬ−Ｃおよび総コレステロールを低下させる目的を達成する。
本開示に係るモノクローナル抗体は、ＰＣＳＫ９活性を除去、阻害または低減することによって、疾患を改善、軽減、抑制または予防するように用いることができる。前記疾患は、脂質異常血症、心・脳血管疾患、および血栓閉塞性疾患を含む。脂質異常血症は、コレステロールの上昇、トリグリセリドの上昇、低密度リポタンパク質の上昇、および高密度リポタンパク質の減少などを含む。心血管疾患は、冠動脈硬化性心疾患、急性心筋梗塞、アテローム性動脈硬化症、脳卒中および末梢動脈閉塞性疾患などを含む。
本開示の詳細な実施方法については、実施例を参照し、実施例に記載の前記実験方法および試薬は、特記しない限り、いずれも日常的な実験方法および試薬である。下記の実施例は、単なる本開示を説明および解釈するためのもののみであり、これらによって限定するものではない。
本開示には、ＰＣＳＫ９に特異的に結合するモノクローナル抗体が提供されており、前記重鎖可変領域配列は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１、２、３、４、５、６、７、８、９及び１０中のいずれか１つを含む、前記軽鎖可変領域配列は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０及び２１中のいずれか１つを含む。
好ましくは、前記ＰＣＳＫ９に特異的に結合するモノクローナル抗体の重鎖可変領域配列は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．２、３、４、５、６、７、８、９および１０中のいずれか１つから選択され、前記軽鎖可変領域配列は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１２、１４、１５、１６および１８中のいずれか１つから選択される。
軽鎖ファージライブラリーのスクリーニングによると、前記抗体軽鎖またはその機能的断片の軽鎖相補性決定領域ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２およびＬＣＤＲ３のアミノ酸配列は、以下のアミノ酸配列のいずれか一つの組合せから選択される（表１に示す如き）：
重鎖ファージライブラリーのスクリーニングによると、前記抗体重鎖またはその機能的断片の重鎖相補性決定領域ＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３は、それぞれＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２およびＨＣＤＲ３に表示され、ＨＣＤＲ１は、ＧＧＴＦＴＮＮＡ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．５３）、ＧＹＴＶＴＳＹＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．５４）またはＧＹＳＬＴＳＹＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．５５）中のいずれか一つであり、ＨＣＤＲ２は、ＲＩＩＰＭＦＧＭＡ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．５６）、ＷＬＳＦＹＮＧＮＴ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．５７）、ＷＶＴＦＹＮＧＮＴ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．５８）、ＷＶＳＦＹＱＧＮＴ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．５９）、ＷＶＳＦＹＮＧＱＴ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．６０）またはＷＶＳＦＹＮＧＮＳ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．６１）中のいずれか一つであり、ＨＣＤＲ３は、ＡＲＥＧＩＰＭＩ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．６２）、ＡＲＧＹＳＬＤＶ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．６３）、ＡＲＧＹＧＭＳＩ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．６４）、ＡＲＧＦＧＭＤＲ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．６５）、ＡＲＧＹＧＭＴＶ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．６６）またはＡＲＧＦＧＬＳＶ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．６７）中のいずれか一つである。
好ましくは、重鎖ファージライブラリーのスクリーニングによると、前記ＰＣＳＫ９に特異的に結合するモノクローナル抗体は、ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２およびＨＣＤＲ３配列の重鎖可変領域と、ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２およびＬＣＤＲ３配列の軽鎖可変領域とを含む。前記重鎖可変領域ＨＣＤＲ１配列は、ＧＹＴＶＴＳＹＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．５４）またはＧＹＳＬＴＳＹＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．５５）から選択されたアミノ酸配列であり；前記軽鎖可変領域ＬＣＤＲ１配列は、ＲＡＳＱＳＶＲＮＷＬＤ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．２３）、ＲＡＳＱＮＶＮＮＷＬＮ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．２５）、ＲＡＳＱＮＩＮＳＷＬＮ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．２６）、ＲＡＳＱＮＩＮＮＷＬＮ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．２７）またはＲＡＳＱＤＶＤＳＷＬＴ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．２９）中から選択されたいずれか一つのアミノ酸配列であり；前記重鎖可変領域ＨＣＤＲ２配列は、ＷＶＳＦＹＱＧＮＴ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．５９）、ＷＶＳＦＹＮＧＱＴ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．６０）またはＷＶＳＦＹＮＧＮＳ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．６１）中から選択されたいずれか一つのアミノ酸配列であり；前記軽鎖可変領域ＬＣＤＲ２配列は、ＧＡＳＴＬＥＳ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．３４）、ＡＡＳＴＲＥＴ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．３５）、ＧＡＳＳＲＱＳ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．３６）、ＧＡＳＴＲＰＴ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．３７）またはＧＡＳＮＬＡＳ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．３９）中から選択されたいずれか一つのアミノ酸配列であり；前記重鎖可変領域ＨＣＤＲ３配列は、ＡＲＧＹＳＬＤＶ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．６３）、ＡＲＧＹＧＭＳＩ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．６４）、 ＡＲＧＦＧＭＤＲ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．６５）またはＡＲＧＹＧＭＴＶ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．６６）中から選択されたいずれか一つのアミノ酸配列であり；前記軽鎖可変領域ＬＣＤＲ３配列は、ＱＱＤＮＤＩＰＬＴ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．４３）、ＱＱＤＮＤＭＰＬＴ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．４５）、ＱＱＷＦＤＶＰＴＴ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．４６）、ＱＱＷＤＤＴＰＮＴ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．４７）またはＱＱＤＳＫＩＰＬＴ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．４９）中から選択されたいずれか一つのアミノ酸配列である。
本開示は、完全合成ＳｃＦｖ一本鎖ファージ抗体ライブラリーによって特異的抗体を得る方法を用い、前記完全ヒト抗体のＰＣＳＫ９に特異的に結合するモノクローナル抗体は、ファージ抗体ライブラリー技術を用いてスクリーニングされることにより得られるものであり、そのステップは以下のようである：
（１）抗ＰＣＳＫ９一本鎖抗体のバイオパニングを行って、３ラウンドの抗体ライブラリーの濃縮スクリーニングによって、親和性のより高い抗体配列ＤＦＳＫ９−１を取得する。
（２）ＤＦＳＫ９−１に基づいて、コンピュータ支援設計により、軽鎖ＣＤＲ１２３突然変異抗体ライブラリーを設計し構築し、さらにこの抗体ライブラリーに対してバイオパニング、陽性クローンのスクリーニング及び同定を行い、１０種類の異なる軽鎖の抗体配列のクローンＤＦＳＫ９−２、ＤＦＳＫ９−３、ＤＦＳＫ９−４、ＤＦＳＫ９−５、ＤＦＳＫ９−６、ＤＦＳＫ９−７、ＤＦＳＫ９−８、ＤＦＳＫ９−９、ＤＦＳＫ９−１０、ＤＦＳＫ９−１１を取得する。上記１０種類の一本鎖抗体をファージレベルで親和性を比較する；
（３）より高い親和性を有する５株のクローンを選択し、重鎖ＣＤＲ１２３ライブラリーを構築し、さらにこのライブラリーに対してバイオパニングおよび陽性クローンのスクリーニングを行い、１０種類の異なる配列の一本鎖抗体ＤＦＳＫ９−１２、ＤＦＳＫ９−１３、ＤＦＳＫ９−１４、ＤＦＳＫ９−１５、ＤＦＳＫ９−１６、ＤＦＳＫ９−１７、ＤＦＳＫ９−１８、ＤＦＳＫ９−１９、ＤＦＳＫ９−２０、ＤＦＳＫ９−２１を取得する。上記一本鎖抗体をファージレベルで親和性を比較する；
（４）、（３）に記載の前記モノクローナル重鎖可変領域遺伝子および軽鎖可変遺伝子を真核発現ベクターにクローニングし、宿主細胞にトランスフェクトして抗ＰＣＳＫ９モノクローナル抗体の完全抗体を得る。
（１）抗ＰＣＳＫ９一本鎖抗体のバイオパニングを行って、３ラウンドの抗体ライブラリーの濃縮スクリーニングによって、親和性のより高い抗体配列ＤＦＳＫ９−１を取得する。
（２）ＤＦＳＫ９−１に基づいて、コンピュータ支援設計により、軽鎖ＣＤＲ１２３突然変異抗体ライブラリーを設計し構築し、さらにこの抗体ライブラリーに対してバイオパニング、陽性クローンのスクリーニング及び同定を行い、１０種類の異なる軽鎖の抗体配列のクローンＤＦＳＫ９−２、ＤＦＳＫ９−３、ＤＦＳＫ９−４、ＤＦＳＫ９−５、ＤＦＳＫ９−６、ＤＦＳＫ９−７、ＤＦＳＫ９−８、ＤＦＳＫ９−９、ＤＦＳＫ９−１０、ＤＦＳＫ９−１１を取得する。上記１０種類の一本鎖抗体をファージレベルで親和性を比較する；
（３）より高い親和性を有する５株のクローンを選択し、重鎖ＣＤＲ１２３ライブラリーを構築し、さらにこのライブラリーに対してバイオパニングおよび陽性クローンのスクリーニングを行い、１０種類の異なる配列の一本鎖抗体ＤＦＳＫ９−１２、ＤＦＳＫ９−１３、ＤＦＳＫ９−１４、ＤＦＳＫ９−１５、ＤＦＳＫ９−１６、ＤＦＳＫ９−１７、ＤＦＳＫ９−１８、ＤＦＳＫ９−１９、ＤＦＳＫ９−２０、ＤＦＳＫ９−２１を取得する。上記一本鎖抗体をファージレベルで親和性を比較する；
（４）、（３）に記載の前記モノクローナル重鎖可変領域遺伝子および軽鎖可変遺伝子を真核発現ベクターにクローニングし、宿主細胞にトランスフェクトして抗ＰＣＳＫ９モノクローナル抗体の完全抗体を得る。
好ましくは、（４）の抗ＰＣＳＫ９モノクローナル抗体の完全抗体を親和性および生物学的活性について試験する。
以下は図面を参照して本開示の技術案を詳細に説明する。
（実施例１）抗ＰＣＳＫ９一本鎖抗体のバイオパニング
ｐＣｏｍ３ベクターを遺伝子クローニングの方法により組換え、組換えされたベクターをｐＳｃＦｖＤｉｓｂ−Ｓ１（図１）と命名された。このベクターに基づいて、完全合成ファージ抗体ライブラリーを構築する。
免疫チューブに抗原ＰＣＳＫ９−Ｈｉｓを１０μｇ／１ｍｌ／チューブでコーティングし、４℃で一晩コーティングする。ＰＢＳＴ−４％ｍｉｌｋを用いて免疫チューブおよびファージ抗体ライブラリー（ファージ投入量は約１０９〜１０１２である）をそれぞれ閉鎖して、３７℃で１時間閉鎖する。閉鎖されたファージ抗体ライブラリーを免疫チューブに入れて抗原−抗体結合を行い、３７℃で１時間反応させる。未結合ファージをＰＢＳＴ−ＰＢＳで洗い流し、０．１Ｍ ｐＨ２．２のＧｌｙｃｉｎｅ−ＨＣｌで溶出し、溶出液を１．５Ｍ ｐＨ８．８のＴｒｉｓ−ＨＣｌでｐＨ７．０付近に中和する。ＯＤ値が約０．５〜０．８まで増殖させた１０ｍｌのＸＬ１−Ｂｌｕｅ菌液を溶出液で感染させ、３７℃で３０分間静置した後、１５０ｒｐｍで１時間振とう培養する。１％菌液を提出して段階希釈を行い、ファージ収率を計算するために２ＹＴＡＴＧ小プレートにコーティングする。残りの菌液を遠心分離した後、２ＹＴＡＴＧの大プレートにコーティングし、３７℃で一晩培養する。一晩培養した菌を２ＹＴＡＴＧ液体培地に移し、対数期まで振盪した後、Ｍ１３Ｋ０７ヘルパーファージを入れて感染させ、ファージを２８℃で一晩増殖させ、ファージを次のスクリーニングに用いるためにＰＥＧ６０００−ＮａＣｌで沈降して純化する。合計３ラウンドのファージライブラリーの濃縮スクリーニングを行う。
（実施例１）抗ＰＣＳＫ９一本鎖抗体のバイオパニング
ｐＣｏｍ３ベクターを遺伝子クローニングの方法により組換え、組換えされたベクターをｐＳｃＦｖＤｉｓｂ−Ｓ１（図１）と命名された。このベクターに基づいて、完全合成ファージ抗体ライブラリーを構築する。
免疫チューブに抗原ＰＣＳＫ９−Ｈｉｓを１０μｇ／１ｍｌ／チューブでコーティングし、４℃で一晩コーティングする。ＰＢＳＴ−４％ｍｉｌｋを用いて免疫チューブおよびファージ抗体ライブラリー（ファージ投入量は約１０９〜１０１２である）をそれぞれ閉鎖して、３７℃で１時間閉鎖する。閉鎖されたファージ抗体ライブラリーを免疫チューブに入れて抗原−抗体結合を行い、３７℃で１時間反応させる。未結合ファージをＰＢＳＴ−ＰＢＳで洗い流し、０．１Ｍ ｐＨ２．２のＧｌｙｃｉｎｅ−ＨＣｌで溶出し、溶出液を１．５Ｍ ｐＨ８．８のＴｒｉｓ−ＨＣｌでｐＨ７．０付近に中和する。ＯＤ値が約０．５〜０．８まで増殖させた１０ｍｌのＸＬ１−Ｂｌｕｅ菌液を溶出液で感染させ、３７℃で３０分間静置した後、１５０ｒｐｍで１時間振とう培養する。１％菌液を提出して段階希釈を行い、ファージ収率を計算するために２ＹＴＡＴＧ小プレートにコーティングする。残りの菌液を遠心分離した後、２ＹＴＡＴＧの大プレートにコーティングし、３７℃で一晩培養する。一晩培養した菌を２ＹＴＡＴＧ液体培地に移し、対数期まで振盪した後、Ｍ１３Ｋ０７ヘルパーファージを入れて感染させ、ファージを２８℃で一晩増殖させ、ファージを次のスクリーニングに用いるためにＰＥＧ６０００−ＮａＣｌで沈降して純化する。合計３ラウンドのファージライブラリーの濃縮スクリーニングを行う。
（実施例２）抗ＰＣＳＫ９一本鎖抗体陽性クローンのスクリーニング
３ラウンドのスクリーニングを行った後、十分に分離したモノクローナルコロニーを拾い、２ＹＴＡＴＧ液体培地が添加された９６ウェルのディープウェルプレートに接種し、３７℃、２２０ｒｐｍで対数増殖期まで約５時間培養し、各ウェルに約１０１０のヘルパーファージＭ１３ＫＯ７を添加し、３７℃で３０分間静置した後、１５０ｒｐｍで１時間振盪培養した。４０００ｒｐｍで１５分間の遠心分離した後、２ＹＴＡＴＫＡ液体培地に沈殿を再懸濁し、２８℃、２２０ｒｐｍで一晩培養する。４０００ｒｐｍ、４℃で１５分間遠心分離した後、ファージを有する上清を、モノクローナルＥＬＩＳＡ同定のために吸引する。親和性のより高い一本鎖抗体ＤＦＳＫ９−１をスクリーニングして取得し、その重鎖可変領域をＤＦＳＫ９−Ｈ１と命名され、そのアミノ酸配列をＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１に示し、その軽鎖可変領域をＤＦＳＫ９−Ｌ１と命名され、アミノ酸配列をＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１１に示す；
３ラウンドのスクリーニングを行った後、十分に分離したモノクローナルコロニーを拾い、２ＹＴＡＴＧ液体培地が添加された９６ウェルのディープウェルプレートに接種し、３７℃、２２０ｒｐｍで対数増殖期まで約５時間培養し、各ウェルに約１０１０のヘルパーファージＭ１３ＫＯ７を添加し、３７℃で３０分間静置した後、１５０ｒｐｍで１時間振盪培養した。４０００ｒｐｍで１５分間の遠心分離した後、２ＹＴＡＴＫＡ液体培地に沈殿を再懸濁し、２８℃、２２０ｒｐｍで一晩培養する。４０００ｒｐｍ、４℃で１５分間遠心分離した後、ファージを有する上清を、モノクローナルＥＬＩＳＡ同定のために吸引する。親和性のより高い一本鎖抗体ＤＦＳＫ９−１をスクリーニングして取得し、その重鎖可変領域をＤＦＳＫ９−Ｈ１と命名され、そのアミノ酸配列をＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１に示し、その軽鎖可変領域をＤＦＳＫ９−Ｌ１と命名され、アミノ酸配列をＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１１に示す；
ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１（ＤＦＳＫ９−Ｈ１重鎖可変領域配列）：
ＱＶＱＬＶＱＳＧＡＥＶＫＲＰＧＡＳＶＫＶＳＣＫＡＳＧＧＴＦＴＮＮＡＩＳＷＶＲＱＡＰＧＱＧＬＥＷＭＧＲＩＩＰＭＦＧＭＡＮＹＡＱＫＬＱＧＲＧＴＭＴＴＤＰＳＴＳＴＡＹＭＥＬＲＳＬＲＳＤＤＴＡＶＹＹＣＡＲＥＧＩＰＭＩＷＧＱＧＴＴＶＴＶＳＳ
ＱＶＱＬＶＱＳＧＡＥＶＫＲＰＧＡＳＶＫＶＳＣＫＡＳＧＧＴＦＴＮＮＡＩＳＷＶＲＱＡＰＧＱＧＬＥＷＭＧＲＩＩＰＭＦＧＭＡＮＹＡＱＫＬＱＧＲＧＴＭＴＴＤＰＳＴＳＴＡＹＭＥＬＲＳＬＲＳＤＤＴＡＶＹＹＣＡＲＥＧＩＰＭＩＷＧＱＧＴＴＶＴＶＳＳ
ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１１（ＤＦＳＫ９−Ｌ１軽鎖可変領域配列）：
ＤＩＱＭＴＱＳＰＳＳＬＳＡＳＶＧＤＲＶＴＩＴＣＲＡＳＱＳＩＤＮＲＬＴＷＹＱＱＫＰＧＫＡＰＫＬＬＩＹＤＡＳＳＲＱＳＧＶＰＳＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＳＬＱＰＥＤＦＡＴＹＹＣＱＱＰＥＮＤＰＴＴＦＧＱＧＴＫＶＥＩＫ
ＤＩＱＭＴＱＳＰＳＳＬＳＡＳＶＧＤＲＶＴＩＴＣＲＡＳＱＳＩＤＮＲＬＴＷＹＱＱＫＰＧＫＡＰＫＬＬＩＹＤＡＳＳＲＱＳＧＶＰＳＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＳＬＱＰＥＤＦＡＴＹＹＣＱＱＰＥＮＤＰＴＴＦＧＱＧＴＫＶＥＩＫ
（実施例３）一本鎖抗体ＤＦＳＫ９−１のインビトロでの親和性成熟
３．１ ＤＦＳＫ９−１軽鎖ＣＤＲ１２３突然変異ライブラリーの構築
ｐＳｃＦｖＤｉｓｂ−ＤＦＳＫ９−１プラスミドをＮｈｅＩおよびＮｏｔＩでダブルダイジェストし、消化された産物をアガロースゲル電気泳動に供した後、５．５ｋｂのバンドをゲルから切り出して回収し、ＮｈｅＩおよびＮｏｔＩを用いて合成軽鎖突然変異ライブラリー遺伝子ＶＬＣＤＲ１２３Ｍをダブルダイジェストして、産物を産物回収ユニバーサルキットで回収する。突然変異ライブラリー遺伝子とベクターとをモル比３：１の割合で、Ｔ４ ＤＮＡリガーゼを用いて１６℃で４時間連結する。連結産物をＸＬ１−Ｂｌｕｅエレクトロポレーションコンピテント状態にエレクトロポレーションする。３７℃、１５０ｒｐｍで振とう培養し、１時間蘇生する。１％菌液をとり、それを希釈して小プレートにコーティングし、ライブラリーの容量を計算する。残りの菌液を４０００ｒｐｍで１５分間遠心分離した後、２ＹＴＡＴＧの大プレートに沈殿をコーティングし、３７℃で一晩上下逆さまに培養する。構築された抗体ライブラリーは約１０８のライブラリー容量を有し、２０個のクローンをランダムに選択して配列分析したところ、配列の正解率と多様性は、いずれも９０％を超えている。
３．１ ＤＦＳＫ９−１軽鎖ＣＤＲ１２３突然変異ライブラリーの構築
ｐＳｃＦｖＤｉｓｂ−ＤＦＳＫ９−１プラスミドをＮｈｅＩおよびＮｏｔＩでダブルダイジェストし、消化された産物をアガロースゲル電気泳動に供した後、５．５ｋｂのバンドをゲルから切り出して回収し、ＮｈｅＩおよびＮｏｔＩを用いて合成軽鎖突然変異ライブラリー遺伝子ＶＬＣＤＲ１２３Ｍをダブルダイジェストして、産物を産物回収ユニバーサルキットで回収する。突然変異ライブラリー遺伝子とベクターとをモル比３：１の割合で、Ｔ４ ＤＮＡリガーゼを用いて１６℃で４時間連結する。連結産物をＸＬ１−Ｂｌｕｅエレクトロポレーションコンピテント状態にエレクトロポレーションする。３７℃、１５０ｒｐｍで振とう培養し、１時間蘇生する。１％菌液をとり、それを希釈して小プレートにコーティングし、ライブラリーの容量を計算する。残りの菌液を４０００ｒｐｍで１５分間遠心分離した後、２ＹＴＡＴＧの大プレートに沈殿をコーティングし、３７℃で一晩上下逆さまに培養する。構築された抗体ライブラリーは約１０８のライブラリー容量を有し、２０個のクローンをランダムに選択して配列分析したところ、配列の正解率と多様性は、いずれも９０％を超えている。
３．２ファージ抗体ライブラリーのバイオパニングと陽性クローンのスクリーニング
実施例１および実施例２の方法に従って、バイオパニングおよび陽性クローンのスクリーニングを行い、親和性のより高いクローンをシーケンシングして、１０種類の異なる一本鎖抗体配列が得られ、それぞれ ＤＦＳＫ９−２、ＤＦＳＫ９−３、ＤＦＳＫ９−４、ＤＦＳＫ９−５、ＤＦＳＫ９−６、ＤＦＳＫ９−７、ＤＦＳＫ９−８、ＤＦＳＫ９−９、ＤＦＳＫ９−１０、 ＤＦＳＫ９−１１と命名される。対応する軽鎖可変領域は、ＤＦＳＫ９−Ｌ２、ＤＦＳＫ９−Ｌ３、ＤＦＳＫ９−Ｌ４、ＤＦＳＫ９−Ｌ５、ＤＦＳＫ９−Ｌ６、ＤＦＳＫ９−Ｌ７、ＤＦＳＫ９−Ｌ８、ＤＦＳＫ９−Ｌ９、ＤＦＳＫ９−Ｌ１０、ＤＦＳＫ９−Ｌ１１と命名される。それらに対応するアミノ酸配列は、それぞれＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１２、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１３、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１４、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１５、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１６、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１７、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１８、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１９、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．２０およびＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．２１に示す。軽鎖可変領域配列ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１２-ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．２１は、以下の通りである。
ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１２（ＤＦＳＫ９−Ｌ２軽鎖可変領域配列）：
ＤＩＱＭＴＱＳＰＳＳＬＳＡＳＶＧＤＲＶＴＩＴＣＲＡＳＱＳＶＲＮＷＬＤＷＹＱＱＫＰＧＫＡＰＫＬＬＩＹＧＡＳＴＬＥＳＧＶＰＳＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＳＬＱＰＥＤＦＡＴＹＹＣＱＱＤＮＤＩＰＬＴＦＧＱＧＴＫＶＥＩＫ
ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１３（ＤＦＳＫ９−Ｌ３軽鎖可変領域配列）：
ＤＩＱＭＴＱＳＰＳＳＬＳＡＳＶＧＤＲＶＴＩＴＣＲＡＳＱＧＩＮＳＷＬＮＷＹＱＱＫＰＧＫＡＰＫＬＬＩＹＡＡＳＴＲＥＴＧＶＰＳＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＳＬＱＰＥＤＦＡＴＹＹＣＱＱＷＮＮＴＰＮＴＦＧＱＧＴＫＶＥＩＫ
ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１４（ＤＦＳＫ９−Ｌ４軽鎖可変領域配列）：
ＤＩＱＭＴＱＳＰＳＳＬＳＡＳＶＧＤＲＶＴＩＴＣＲＡＳＱＮＶＮＮＷＬＮＷＹＱＱＫＰＧＫＡＰＫＬＬＩＹＡＡＳＴＲＥＴＧＶＰＳＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＳＬＱＰＥＤＦＡＴＹＹＣＱＱＤＮＤＭＰＬＴＦＧＱＧＴＫＶＥＩＫ
ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１５（ＤＦＳＫ９−Ｌ５軽鎖可変領域配列）：
ＤＩＱＭＴＱＳＰＳＳＬＳＡＳＶＧＤＲＶＴＩＴＣＲＡＳＱＮＩＮＳＷＬＮＷＹＱＱＫＰＧＫＡＰＫＬＬＩＹＧＡＳＳＲＱＳＧＶＰＳＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＳＬＱＰＥＤＦＡＴＹＹＣＱＱＷＦＤＶＰＴＴＦＧＱＧＴＫＶＥＩＫ
ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１６（ＤＦＳＫ９−Ｌ６軽鎖可変領域配列）：
ＤＩＱＭＴＱＳＰＳＳＬＳＡＳＶＧＤＲＶＴＩＴＣＲＡＳＱＮＩＮＮＷＬＮＷＹＱＱＫＰＧＫＡＰＫＬＬＩＹＧＡＳＴＲＰＴＧＶＰＳＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＳＬＱＰＥＤＦＡＴＹＹＣＱＱＷＤＤＴＰＮＴＦＧＱＧＴＫＶＥＩＫ
ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１７（ＤＦＳＫ９−Ｌ７軽鎖可変領域配列）：
ＤＩＱＭＴＱＳＰＳＳＬＳＡＳＶＧＤＲＶＴＩＴＣＲＡＳＱＧＩＨＮＷＬＮＷＹＱＱＫＰＧＫＡＰＫＬＬＩＹＤＡＳＮＲＱＳＧＶＰＳＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＳＬＱＰＥＤＦＡＴＹＹＣＱＱＮＳＮＩＰＬＴＦＧＱＧＴＫＶＥＩＫ
ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１８（ＤＦＳＫ９−Ｌ８軽鎖可変領域配列）：
ＤＩＱＭＴＱＳＰＳＳＬＳＡＳＶＧＤＲＶＴＩＴＣＲＡＳＱＤＶＤＳＷＬＴＷＹＱＱＫＰＧＫＡＰＫＬＬＩＹＧＡＳＮＬＡＳＧＶＰＳＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＳＬＱＰＥＤＦＡＴＹＹＣＱＱＤＳＫＩＰＬＴＦＧＱＧＴＫＶＥＩＫ
ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１９（ＤＦＳＫ９−Ｌ９軽鎖可変領域配列）：
ＤＩＱＭＴＱＳＰＳＳＬＳＡＳＶＧＤＲＶＴＩＴＣＲＡＳＱＳＶＲＮＷＬＮＷＹＱＱＫＰＧＫＡＰＫＬＬＩＹＤＡＳＮＬＱＳＧＶＰＳＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＳＬＱＰＥＤＦＡＴＹＹＣＱＱＷＴＤＴＰＬＴＦＧＱＧＴＫＶＥＩＫ
ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．２０（ＤＦＳＫ９−Ｌ１０軽鎖可変領域配列）：
ＤＩＱＭＴＱＳＰＳＳＬＳＡＳＶＧＤＲＶＴＩＴＣＲＡＳＱＤＶＲＮＷＬＴＷＹＱＱＫＰＧＫＡＰＫＬＬＩＹＧＡＳＮＬＡＳＧＶＰＳＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＳＬＱＰＥＤＦＡＴＹＹＣＱＱＤＤＳＴＰＰＴＦＧＱＧＴＫＶＥＩＫ
ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．２１（ＤＦＳＫ９−Ｌ１１軽鎖可変領域配列）：
ＤＩＱＭＴＱＳＰＳＳＬＳＡＳＶＧＤＲＶＴＩＴＣＲＡＳＱＳＩＲＳＹＬＮＷＹＱＱＫＰＧＫＡＰＫＬＬＩＹＤＡＳＳＲＰＴＧＶＰＳＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＳＬＱＰＥＤＦＡＴＹＹＣＱＱＧＤＳＭＰＭＴＦＧＱＧＴＫＶＥＩＫ
実施例１および実施例２の方法に従って、バイオパニングおよび陽性クローンのスクリーニングを行い、親和性のより高いクローンをシーケンシングして、１０種類の異なる一本鎖抗体配列が得られ、それぞれ ＤＦＳＫ９−２、ＤＦＳＫ９−３、ＤＦＳＫ９−４、ＤＦＳＫ９−５、ＤＦＳＫ９−６、ＤＦＳＫ９−７、ＤＦＳＫ９−８、ＤＦＳＫ９−９、ＤＦＳＫ９−１０、 ＤＦＳＫ９−１１と命名される。対応する軽鎖可変領域は、ＤＦＳＫ９−Ｌ２、ＤＦＳＫ９−Ｌ３、ＤＦＳＫ９−Ｌ４、ＤＦＳＫ９−Ｌ５、ＤＦＳＫ９−Ｌ６、ＤＦＳＫ９−Ｌ７、ＤＦＳＫ９−Ｌ８、ＤＦＳＫ９−Ｌ９、ＤＦＳＫ９−Ｌ１０、ＤＦＳＫ９−Ｌ１１と命名される。それらに対応するアミノ酸配列は、それぞれＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１２、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１３、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１４、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１５、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１６、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１７、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１８、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１９、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．２０およびＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．２１に示す。軽鎖可変領域配列ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１２-ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．２１は、以下の通りである。
ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１２（ＤＦＳＫ９−Ｌ２軽鎖可変領域配列）：
ＤＩＱＭＴＱＳＰＳＳＬＳＡＳＶＧＤＲＶＴＩＴＣＲＡＳＱＳＶＲＮＷＬＤＷＹＱＱＫＰＧＫＡＰＫＬＬＩＹＧＡＳＴＬＥＳＧＶＰＳＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＳＬＱＰＥＤＦＡＴＹＹＣＱＱＤＮＤＩＰＬＴＦＧＱＧＴＫＶＥＩＫ
ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１３（ＤＦＳＫ９−Ｌ３軽鎖可変領域配列）：
ＤＩＱＭＴＱＳＰＳＳＬＳＡＳＶＧＤＲＶＴＩＴＣＲＡＳＱＧＩＮＳＷＬＮＷＹＱＱＫＰＧＫＡＰＫＬＬＩＹＡＡＳＴＲＥＴＧＶＰＳＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＳＬＱＰＥＤＦＡＴＹＹＣＱＱＷＮＮＴＰＮＴＦＧＱＧＴＫＶＥＩＫ
ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１４（ＤＦＳＫ９−Ｌ４軽鎖可変領域配列）：
ＤＩＱＭＴＱＳＰＳＳＬＳＡＳＶＧＤＲＶＴＩＴＣＲＡＳＱＮＶＮＮＷＬＮＷＹＱＱＫＰＧＫＡＰＫＬＬＩＹＡＡＳＴＲＥＴＧＶＰＳＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＳＬＱＰＥＤＦＡＴＹＹＣＱＱＤＮＤＭＰＬＴＦＧＱＧＴＫＶＥＩＫ
ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１５（ＤＦＳＫ９−Ｌ５軽鎖可変領域配列）：
ＤＩＱＭＴＱＳＰＳＳＬＳＡＳＶＧＤＲＶＴＩＴＣＲＡＳＱＮＩＮＳＷＬＮＷＹＱＱＫＰＧＫＡＰＫＬＬＩＹＧＡＳＳＲＱＳＧＶＰＳＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＳＬＱＰＥＤＦＡＴＹＹＣＱＱＷＦＤＶＰＴＴＦＧＱＧＴＫＶＥＩＫ
ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１６（ＤＦＳＫ９−Ｌ６軽鎖可変領域配列）：
ＤＩＱＭＴＱＳＰＳＳＬＳＡＳＶＧＤＲＶＴＩＴＣＲＡＳＱＮＩＮＮＷＬＮＷＹＱＱＫＰＧＫＡＰＫＬＬＩＹＧＡＳＴＲＰＴＧＶＰＳＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＳＬＱＰＥＤＦＡＴＹＹＣＱＱＷＤＤＴＰＮＴＦＧＱＧＴＫＶＥＩＫ
ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１７（ＤＦＳＫ９−Ｌ７軽鎖可変領域配列）：
ＤＩＱＭＴＱＳＰＳＳＬＳＡＳＶＧＤＲＶＴＩＴＣＲＡＳＱＧＩＨＮＷＬＮＷＹＱＱＫＰＧＫＡＰＫＬＬＩＹＤＡＳＮＲＱＳＧＶＰＳＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＳＬＱＰＥＤＦＡＴＹＹＣＱＱＮＳＮＩＰＬＴＦＧＱＧＴＫＶＥＩＫ
ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１８（ＤＦＳＫ９−Ｌ８軽鎖可変領域配列）：
ＤＩＱＭＴＱＳＰＳＳＬＳＡＳＶＧＤＲＶＴＩＴＣＲＡＳＱＤＶＤＳＷＬＴＷＹＱＱＫＰＧＫＡＰＫＬＬＩＹＧＡＳＮＬＡＳＧＶＰＳＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＳＬＱＰＥＤＦＡＴＹＹＣＱＱＤＳＫＩＰＬＴＦＧＱＧＴＫＶＥＩＫ
ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１９（ＤＦＳＫ９−Ｌ９軽鎖可変領域配列）：
ＤＩＱＭＴＱＳＰＳＳＬＳＡＳＶＧＤＲＶＴＩＴＣＲＡＳＱＳＶＲＮＷＬＮＷＹＱＱＫＰＧＫＡＰＫＬＬＩＹＤＡＳＮＬＱＳＧＶＰＳＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＳＬＱＰＥＤＦＡＴＹＹＣＱＱＷＴＤＴＰＬＴＦＧＱＧＴＫＶＥＩＫ
ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．２０（ＤＦＳＫ９−Ｌ１０軽鎖可変領域配列）：
ＤＩＱＭＴＱＳＰＳＳＬＳＡＳＶＧＤＲＶＴＩＴＣＲＡＳＱＤＶＲＮＷＬＴＷＹＱＱＫＰＧＫＡＰＫＬＬＩＹＧＡＳＮＬＡＳＧＶＰＳＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＳＬＱＰＥＤＦＡＴＹＹＣＱＱＤＤＳＴＰＰＴＦＧＱＧＴＫＶＥＩＫ
ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．２１（ＤＦＳＫ９−Ｌ１１軽鎖可変領域配列）：
ＤＩＱＭＴＱＳＰＳＳＬＳＡＳＶＧＤＲＶＴＩＴＣＲＡＳＱＳＩＲＳＹＬＮＷＹＱＱＫＰＧＫＡＰＫＬＬＩＹＤＡＳＳＲＰＴＧＶＰＳＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＳＬＱＰＥＤＦＡＴＹＹＣＱＱＧＤＳＭＰＭＴＦＧＱＧＴＫＶＥＩＫ
モノクローナルファージＥＬＩＳＡ同定の結果は、図２に示すようである。
３．３ファージ水平段階希釈ＥＬＩＳＡによる抗ＰＣＳＫ９一本鎖抗体の相対的親和性の同定
この実施例３．２で得られたクローンをモノクローナルファージのディスプレイおよび精製を行い、ファージレベルでの段階希釈ＥＬＩＳＡによって一本鎖抗体の相対親和性を同定する。
ＰＣＳＫ９−Ｈｉｓ（３００ｎｇ／ウェル／１００μｌ）をｐＨ７．２の０．０１Ｍ ＰＢＳ緩衝液でコーティングし、４℃で一晩コーティングする。ＰＢＳＴで３回洗浄し、ＰＢＳＴ−４％ｍｉｌｋで３７℃で１時間閉鎖する。ＰＢＳＴ−４％ｍｉｌｋの５倍段階希釈された精製ファージ試料（１００μｌ／ウェル）を加え、３７℃で１時間静置する。ＰＢＳＴで５回洗浄し、ＰＢＳＴ−４％ｍｉｌｋで１：５０００に希釈したａｎｔｉ−Ｍ１３−ＨＲＰモノクローナル抗体（１００μｌ／ウェル）を加え、３７℃で１時間放置する。ＴＭＢ発色キットで発色させ（１００μｌ／ウェル）、室温で１０分間発色させ、２Ｍ Ｈ２ＳＯ４（５０μｌ／ウェル）を用いて発色を停止させる。マイクロプレートリーダーによって波長４５０ｎｍおよび６３０ｎｍで読み取る。ソフトウェアＧｒａｐｈＰａｄ Ｐｒｉｓｍ ５ Ｄｅｍｏによってデータを分析し、且つプロットし、その結果は図３に示すようである：結果は、スクリーニングされたファージ一本鎖抗体はいずれもＰＣＳＫ９に結合することができ、また、ＤＦＳＫ９−２、ＤＦＳＫ９−４、ＤＦＳＫ９−５、ＤＦＳＫ９−６およびＤＦＳＫ９−８の親和性は、明らかに他のクローンより高いことを示しており、上記５つの一本鎖抗体を選択して次の試験を行う。
この実施例３．２で得られたクローンをモノクローナルファージのディスプレイおよび精製を行い、ファージレベルでの段階希釈ＥＬＩＳＡによって一本鎖抗体の相対親和性を同定する。
ＰＣＳＫ９−Ｈｉｓ（３００ｎｇ／ウェル／１００μｌ）をｐＨ７．２の０．０１Ｍ ＰＢＳ緩衝液でコーティングし、４℃で一晩コーティングする。ＰＢＳＴで３回洗浄し、ＰＢＳＴ−４％ｍｉｌｋで３７℃で１時間閉鎖する。ＰＢＳＴ−４％ｍｉｌｋの５倍段階希釈された精製ファージ試料（１００μｌ／ウェル）を加え、３７℃で１時間静置する。ＰＢＳＴで５回洗浄し、ＰＢＳＴ−４％ｍｉｌｋで１：５０００に希釈したａｎｔｉ−Ｍ１３−ＨＲＰモノクローナル抗体（１００μｌ／ウェル）を加え、３７℃で１時間放置する。ＴＭＢ発色キットで発色させ（１００μｌ／ウェル）、室温で１０分間発色させ、２Ｍ Ｈ２ＳＯ４（５０μｌ／ウェル）を用いて発色を停止させる。マイクロプレートリーダーによって波長４５０ｎｍおよび６３０ｎｍで読み取る。ソフトウェアＧｒａｐｈＰａｄ Ｐｒｉｓｍ ５ Ｄｅｍｏによってデータを分析し、且つプロットし、その結果は図３に示すようである：結果は、スクリーニングされたファージ一本鎖抗体はいずれもＰＣＳＫ９に結合することができ、また、ＤＦＳＫ９−２、ＤＦＳＫ９−４、ＤＦＳＫ９−５、ＤＦＳＫ９−６およびＤＦＳＫ９−８の親和性は、明らかに他のクローンより高いことを示しており、上記５つの一本鎖抗体を選択して次の試験を行う。
（実施例４）スクリーニングされた抗ＰＣＳＫ９の一本鎖抗体に対してインビトロで親和性成熟の再度執行
４．１鎖置換法による重鎖ＣＤＲ１２３突然変異ライブラリーの構築
実施例３．３中のＤＦＳＫ９−２、ＤＦＳＫ９−４、ＤＦＳＫ９−５、ＤＦＳＫ９−６およびＤＦＳＫ９−８などの５種類の一本鎖抗体の混合プラスミドをＮｃｏＩ−ＨＦおよびＫｐｎＩでダブルダイジェストして、ゲルから切り出して大きさが５．５ｋｂのバンドを回収する。合成された重鎖突然変異ライブラリー遺伝子ＶＨＣＤＲ１２３ＭをＮｃｏＩ−ＨＦおよびＫｐｎＩでダブルダイジェストして、ダブルダイジェストされた産物をユニバーサル回収キットで回収する。突然変異ライブラリー遺伝子とベクターとをモル比３：１の割合で、Ｔ４ ＤＮＡリガーゼを用いて１６℃で４時間連結する。連結産物をＸＬ１エレクトロポレーションコンピテント状態にエレクトロポレーションする。３７℃、１５０ｒｐｍで培養し、１時間蘇生する。１％菌液をとり、それを希釈して小プレートにコーティングし、ライブラリーの容量を計算する。残りの菌液を４０００ｒｐｍで１５分間遠心分離した後、２ＹＴＡＴＧの大プレートに沈殿をコーティングし、３７℃で一晩上下逆さまに培養する。構築された抗体ライブラリーは約５＊１０８のライブラリー容量を有し、２０個のクローンをランダムに選択して配列分析したところ、正解率と多様性は、いずれも９０％を超えている。
４．１鎖置換法による重鎖ＣＤＲ１２３突然変異ライブラリーの構築
実施例３．３中のＤＦＳＫ９−２、ＤＦＳＫ９−４、ＤＦＳＫ９−５、ＤＦＳＫ９−６およびＤＦＳＫ９−８などの５種類の一本鎖抗体の混合プラスミドをＮｃｏＩ−ＨＦおよびＫｐｎＩでダブルダイジェストして、ゲルから切り出して大きさが５．５ｋｂのバンドを回収する。合成された重鎖突然変異ライブラリー遺伝子ＶＨＣＤＲ１２３ＭをＮｃｏＩ−ＨＦおよびＫｐｎＩでダブルダイジェストして、ダブルダイジェストされた産物をユニバーサル回収キットで回収する。突然変異ライブラリー遺伝子とベクターとをモル比３：１の割合で、Ｔ４ ＤＮＡリガーゼを用いて１６℃で４時間連結する。連結産物をＸＬ１エレクトロポレーションコンピテント状態にエレクトロポレーションする。３７℃、１５０ｒｐｍで培養し、１時間蘇生する。１％菌液をとり、それを希釈して小プレートにコーティングし、ライブラリーの容量を計算する。残りの菌液を４０００ｒｐｍで１５分間遠心分離した後、２ＹＴＡＴＧの大プレートに沈殿をコーティングし、３７℃で一晩上下逆さまに培養する。構築された抗体ライブラリーは約５＊１０８のライブラリー容量を有し、２０個のクローンをランダムに選択して配列分析したところ、正解率と多様性は、いずれも９０％を超えている。
４．２ファージ抗体ライブラリーのバイオパニングと陽性クローンのスクリーニング
実施例４．１中の抗体ライブラリーをファージディスプレイおよび精製回収を行う。このライブラリーから抗ＰＣＳＫ９の一本鎖抗体をパニングする。ファージ抗体ライブラリーのバイオパニング方法および陽性クローンのスクリーニングは、実施例１および実施例２の場合と同じである。シーケンシングされた後、１０種類の異なる抗ＰＣＳＫ９抗体配列をスクリーニングした、それぞれDFSK９−１２、DFSK９−１３、DFSK９−１４、DFSK９−１５、DFSK９−１６、DFSK９−１７、DFSK９−１８、DFSK９−１９、 DFSK９−２０、DFSK９−２１と命名された。ここでは、DFSK９−１２の軽鎖可変領域配列はDFSK９−Ｌ２であり、対応するアミノ酸配列はＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１２に示される。DFSK９−１３の軽鎖可変領域配列はDFSK９−Ｌ８であり、対応するアミノ酸配列はＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１８に示される。DFSK９−１４、DFSK９−１６およびDFSK９−１８の軽鎖可変領域配列はDFSK９−Ｌ５であり、対応するアミノ酸配列はＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１５に示される。DFSK９−１５、DFSK９−１７、DFSK９−２０およびDFSK９−２１の軽鎖可変領域配列はDFSK９−Ｌ６であり、対応するアミノ酸配列はＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１６に示される。DFSK９−１９の軽鎖可変領域配列はDFSK９−Ｌ４であり、対応するアミノ酸配列はＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１４に示される。DFSK９−１２の重鎖可変領域配列はDFSK９−Ｈ２であり、対応するアミノ酸配列はＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．２に示される。DFSK９−１３の重鎖可変領域配列はDFSK９−Ｈ８であり、対応するアミノ酸配列はＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．８に示される。DFSK９−１４の重鎖可変領域配列はDFSK９−Ｈ７であり、対応するアミノ酸配列はＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．７に示される。DFSK９−１５の重鎖可変領域配列はDFSK９−Ｈ３であり、対応するアミノ酸配列はＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．３に示される。DFSK９−１６の重鎖可変領域配列はDFSK９−Ｈ６であり、対応するアミノ酸配列をＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．６に示される。DFSK９−１７およびDFSK９−１８の重鎖可変領域配列はDFSK９−Ｈ４であり、対応するアミノ酸配列はＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．４に示される。DFSK９−１９の重鎖可変領域はDFSK９−Ｈ９であり、対応するアミノ酸配列はＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．９に示される。DFSK９−２０の重鎖可変領域はDFSK９−Ｈ５であり、対応するアミノ酸配列はＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．５に示される。DFSK９−２１の重鎖可変領域配列はDFSK９−Ｈ１０であり、対応するアミノ酸配列はＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１０に示される。軽鎖可変領域配列は、実施例３．２中のアミノ酸ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１２、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１４、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１５、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１６およびＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１８を参照し、重鎖可変領域アミノ酸配ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．２〜ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１０は以下の通りである：
ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．２（DFSK９−Ｈ２重鎖可変領域配列）：
ＱＶＱＬＶＱＳＧＡＥＶＫＫＰＧＡＳＶＫＶＳＣＫＡＳＧＹＴＶＴＳＹＧＩＳＷＶＲＱＡＰＧＱＧＬＥＷＭＧＷＬＳＦＹＮＧＮＴＮＹＡＱＫＬＱＧＲＧＴＭＴＴＤＰＳＴＳＴＡＹＭＥＬＲＳＬＲＳＤＤＴＡＶＹＹＣＡＲＧＹＳＬＤＶＷＧＱＧＴＴＶＴＶＳＳ
ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．３（DFSK９−Ｈ３重鎖可変領域配列）：
ＱＶＱＬＶＱＳＧＡＥＶＫＫＰＧＡＳＶＫＶＳＣＫＡＳＧＹＴＶＴＳＹＧＩＳＷＶＲＱＡＰＧＱＧＬＥＷＭＧＷＶＳＦＹＮＧＱＴＮＹＡＱＫＬＱＧＲＧＴＭＴＴＤＰＳＴＳＴＡＹＭＥＬＲＳＬＲＳＤＤＴＡＶＹＹＣＡＲＧＹＳＬＤＶＷＧＱＧＴＴＶＴＶＳＳ
ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．４（DFSK９−Ｈ４重鎖可変領域配列）：
ＱＶＱＬＶＱＳＧＡＥＶＫＫＰＧＡＳＶＫＶＳＣＫＡＳＧＹＴＶＴＳＹＧＩＳＷＶＲＱＡＰＧＱＧＬＥＷＭＧＷＶＳＦＹＮＧＮＳＮＹＡＱＫＬＱＧＲＧＴＭＴＴＤＰＳＴＳＴＡＹＭＥＬＲＳＬＲＳＤＤＴＡＶＹＹＣＡＲＧＹＳＬＤＶＷＧＱＧＴＴＶＴＶＳＳ
ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．５（DFSK９−Ｈ５重鎖可変領域配列）：
ＱＶＱＬＶＱＳＧＡＥＶＫＫＰＧＡＳＶＫＶＳＣＫＡＳＧＹＳＬＴＳＹＧＩＳＷＶＲＱＡＰＧＱＧＬＥＷＭＧＷＶＳＦＹＮＧＮＳＮＹＡＱＫＬＱＧＲＧＴＭＴＴＤＰＳＴＳＴＡＹＭＥＬＲＳＬＲＳＤＤＴＡＶＹＹＣＡＲＧＦＧＭＤＲＷＧＱＧＴＴＶＴＶＳＳ
ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．６（DFSK９−Ｈ６重鎖可変領域配列）：
ＱＶＱＬＶＱＳＧＡＥＶＫＫＰＧＡＳＶＫＶＳＣＫＡＳＧＹＴＶＴＳＹＧＩＳＷＶＲＱＡＰＧＱＧＬＥＷＭＧＷＶＳＦＹＱＧＮＴＮＹＡＱＫＬＱＧＲＧＴＭＴＴＤＰＳＴＳＴＡＹＭＥＬＲＳＬＲＳＤＤＴＡＶＹＹＣＡＲＧＦＧＭＤＲＷＧＱＧＴＴＶＴＶＳＳ
ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．７（DFSK９−Ｈ７重鎖可変領域配列）：
ＱＶＱＬＶＱＳＧＡＥＶＫＫＰＧＡＳＶＫＶＳＣＫＡＳＧＹＳＬＴＳＹＧＩＳＷＶＲＱＡＰＧＱＧＬＥＷＭＧＷＶＳＦＹＮＧＱＴＮＹＡＱＫＬＱＧＲＧＴＭＴＴＤＰＳＴＳＴＡＹＭＥＬＲＳＬＲＳＤＤＴＡＶＹＹＣＡＲＧＹＧＭＳＩＷＧＱＧＴＴＶＴＶＳＳ
ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．８（DFSK９−Ｈ８重鎖可変領域配列）：
ＱＶＱＬＶＱＳＧＡＥＶＫＫＰＧＡＳＶＫＶＳＣＫＡＳＧＹＳＬＴＳＹＧＩＳＷＶＲＱＡＰＧＱＧＬＥＷＭＧＷＶＳＦＹＱＧＮＴＮＹＡＱＫＬＱＧＲＧＴＭＴＴＤＰＳＴＳＴＡＹＭＥＬＲＳＬＲＳＤＤＴＡＶＹＹＣＡＲＧＹＧＭＴＶＷＧＱＧＴＴＶＴＶＳＳ
ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．９（DFSK９−Ｈ９重鎖可変領域配列）：
ＱＶＱＬＶＱＳＧＡＥＶＫＫＰＧＡＳＶＫＶＳＣＫＡＳＧＹＳＬＴＳＹＧＩＳＷＶＲＱＡＰＧＱＧＬＥＷＭＧＷＶＴＦＹＮＧＮＴＮＹＡＱＫＬＱＧＲＧＴＭＴＴＤＰＳＴＳＴＡＹＭＥＬＲＳＬＲＳＤＤＴＡＶＹＹＣＡＲＧＦＧＬＳＶＷＧＱＧＴＴＶＴＶＳＳ
ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１０（DFSK９−Ｈ１０重鎖可変領域配列）：
ＱＶＱＬＶＱＳＧＡＥＶＫＫＰＧＡＳＶＫＶＳＣＫＡＳＧＹＳＬＴＳＹＧＩＳＷＶＲＱＡＰＧＱＧＬＥＷＭＧＷＶＳＦＹＮＧＱＴＮＹＡＱＫＬＱＧＲＧＴＭＴＴＤＰＳＴＳＴＡＹＭＥＬＲＳＬＲＳＤＤＴＡＶＹＹＣＡＲＧＦＧＭＤＲＷＧＱＧＴＴＶＴＶＳＳ
実施例４．１中の抗体ライブラリーをファージディスプレイおよび精製回収を行う。このライブラリーから抗ＰＣＳＫ９の一本鎖抗体をパニングする。ファージ抗体ライブラリーのバイオパニング方法および陽性クローンのスクリーニングは、実施例１および実施例２の場合と同じである。シーケンシングされた後、１０種類の異なる抗ＰＣＳＫ９抗体配列をスクリーニングした、それぞれDFSK９−１２、DFSK９−１３、DFSK９−１４、DFSK９−１５、DFSK９−１６、DFSK９−１７、DFSK９−１８、DFSK９−１９、 DFSK９−２０、DFSK９−２１と命名された。ここでは、DFSK９−１２の軽鎖可変領域配列はDFSK９−Ｌ２であり、対応するアミノ酸配列はＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１２に示される。DFSK９−１３の軽鎖可変領域配列はDFSK９−Ｌ８であり、対応するアミノ酸配列はＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１８に示される。DFSK９−１４、DFSK９−１６およびDFSK９−１８の軽鎖可変領域配列はDFSK９−Ｌ５であり、対応するアミノ酸配列はＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１５に示される。DFSK９−１５、DFSK９−１７、DFSK９−２０およびDFSK９−２１の軽鎖可変領域配列はDFSK９−Ｌ６であり、対応するアミノ酸配列はＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１６に示される。DFSK９−１９の軽鎖可変領域配列はDFSK９−Ｌ４であり、対応するアミノ酸配列はＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１４に示される。DFSK９−１２の重鎖可変領域配列はDFSK９−Ｈ２であり、対応するアミノ酸配列はＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．２に示される。DFSK９−１３の重鎖可変領域配列はDFSK９−Ｈ８であり、対応するアミノ酸配列はＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．８に示される。DFSK９−１４の重鎖可変領域配列はDFSK９−Ｈ７であり、対応するアミノ酸配列はＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．７に示される。DFSK９−１５の重鎖可変領域配列はDFSK９−Ｈ３であり、対応するアミノ酸配列はＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．３に示される。DFSK９−１６の重鎖可変領域配列はDFSK９−Ｈ６であり、対応するアミノ酸配列をＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．６に示される。DFSK９−１７およびDFSK９−１８の重鎖可変領域配列はDFSK９−Ｈ４であり、対応するアミノ酸配列はＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．４に示される。DFSK９−１９の重鎖可変領域はDFSK９−Ｈ９であり、対応するアミノ酸配列はＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．９に示される。DFSK９−２０の重鎖可変領域はDFSK９−Ｈ５であり、対応するアミノ酸配列はＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．５に示される。DFSK９−２１の重鎖可変領域配列はDFSK９−Ｈ１０であり、対応するアミノ酸配列はＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１０に示される。軽鎖可変領域配列は、実施例３．２中のアミノ酸ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１２、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１４、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１５、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１６およびＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１８を参照し、重鎖可変領域アミノ酸配ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．２〜ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１０は以下の通りである：
ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．２（DFSK９−Ｈ２重鎖可変領域配列）：
ＱＶＱＬＶＱＳＧＡＥＶＫＫＰＧＡＳＶＫＶＳＣＫＡＳＧＹＴＶＴＳＹＧＩＳＷＶＲＱＡＰＧＱＧＬＥＷＭＧＷＬＳＦＹＮＧＮＴＮＹＡＱＫＬＱＧＲＧＴＭＴＴＤＰＳＴＳＴＡＹＭＥＬＲＳＬＲＳＤＤＴＡＶＹＹＣＡＲＧＹＳＬＤＶＷＧＱＧＴＴＶＴＶＳＳ
ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．３（DFSK９−Ｈ３重鎖可変領域配列）：
ＱＶＱＬＶＱＳＧＡＥＶＫＫＰＧＡＳＶＫＶＳＣＫＡＳＧＹＴＶＴＳＹＧＩＳＷＶＲＱＡＰＧＱＧＬＥＷＭＧＷＶＳＦＹＮＧＱＴＮＹＡＱＫＬＱＧＲＧＴＭＴＴＤＰＳＴＳＴＡＹＭＥＬＲＳＬＲＳＤＤＴＡＶＹＹＣＡＲＧＹＳＬＤＶＷＧＱＧＴＴＶＴＶＳＳ
ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．４（DFSK９−Ｈ４重鎖可変領域配列）：
ＱＶＱＬＶＱＳＧＡＥＶＫＫＰＧＡＳＶＫＶＳＣＫＡＳＧＹＴＶＴＳＹＧＩＳＷＶＲＱＡＰＧＱＧＬＥＷＭＧＷＶＳＦＹＮＧＮＳＮＹＡＱＫＬＱＧＲＧＴＭＴＴＤＰＳＴＳＴＡＹＭＥＬＲＳＬＲＳＤＤＴＡＶＹＹＣＡＲＧＹＳＬＤＶＷＧＱＧＴＴＶＴＶＳＳ
ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．５（DFSK９−Ｈ５重鎖可変領域配列）：
ＱＶＱＬＶＱＳＧＡＥＶＫＫＰＧＡＳＶＫＶＳＣＫＡＳＧＹＳＬＴＳＹＧＩＳＷＶＲＱＡＰＧＱＧＬＥＷＭＧＷＶＳＦＹＮＧＮＳＮＹＡＱＫＬＱＧＲＧＴＭＴＴＤＰＳＴＳＴＡＹＭＥＬＲＳＬＲＳＤＤＴＡＶＹＹＣＡＲＧＦＧＭＤＲＷＧＱＧＴＴＶＴＶＳＳ
ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．６（DFSK９−Ｈ６重鎖可変領域配列）：
ＱＶＱＬＶＱＳＧＡＥＶＫＫＰＧＡＳＶＫＶＳＣＫＡＳＧＹＴＶＴＳＹＧＩＳＷＶＲＱＡＰＧＱＧＬＥＷＭＧＷＶＳＦＹＱＧＮＴＮＹＡＱＫＬＱＧＲＧＴＭＴＴＤＰＳＴＳＴＡＹＭＥＬＲＳＬＲＳＤＤＴＡＶＹＹＣＡＲＧＦＧＭＤＲＷＧＱＧＴＴＶＴＶＳＳ
ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．７（DFSK９−Ｈ７重鎖可変領域配列）：
ＱＶＱＬＶＱＳＧＡＥＶＫＫＰＧＡＳＶＫＶＳＣＫＡＳＧＹＳＬＴＳＹＧＩＳＷＶＲＱＡＰＧＱＧＬＥＷＭＧＷＶＳＦＹＮＧＱＴＮＹＡＱＫＬＱＧＲＧＴＭＴＴＤＰＳＴＳＴＡＹＭＥＬＲＳＬＲＳＤＤＴＡＶＹＹＣＡＲＧＹＧＭＳＩＷＧＱＧＴＴＶＴＶＳＳ
ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．８（DFSK９−Ｈ８重鎖可変領域配列）：
ＱＶＱＬＶＱＳＧＡＥＶＫＫＰＧＡＳＶＫＶＳＣＫＡＳＧＹＳＬＴＳＹＧＩＳＷＶＲＱＡＰＧＱＧＬＥＷＭＧＷＶＳＦＹＱＧＮＴＮＹＡＱＫＬＱＧＲＧＴＭＴＴＤＰＳＴＳＴＡＹＭＥＬＲＳＬＲＳＤＤＴＡＶＹＹＣＡＲＧＹＧＭＴＶＷＧＱＧＴＴＶＴＶＳＳ
ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．９（DFSK９−Ｈ９重鎖可変領域配列）：
ＱＶＱＬＶＱＳＧＡＥＶＫＫＰＧＡＳＶＫＶＳＣＫＡＳＧＹＳＬＴＳＹＧＩＳＷＶＲＱＡＰＧＱＧＬＥＷＭＧＷＶＴＦＹＮＧＮＴＮＹＡＱＫＬＱＧＲＧＴＭＴＴＤＰＳＴＳＴＡＹＭＥＬＲＳＬＲＳＤＤＴＡＶＹＹＣＡＲＧＦＧＬＳＶＷＧＱＧＴＴＶＴＶＳＳ
ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１０（DFSK９−Ｈ１０重鎖可変領域配列）：
ＱＶＱＬＶＱＳＧＡＥＶＫＫＰＧＡＳＶＫＶＳＣＫＡＳＧＹＳＬＴＳＹＧＩＳＷＶＲＱＡＰＧＱＧＬＥＷＭＧＷＶＳＦＹＮＧＱＴＮＹＡＱＫＬＱＧＲＧＴＭＴＴＤＰＳＴＳＴＡＹＭＥＬＲＳＬＲＳＤＤＴＡＶＹＹＣＡＲＧＦＧＭＤＲＷＧＱＧＴＴＶＴＶＳＳ
モノクローナルｐｈａｇｅ ＥＬＩＳＡ同定によるｐｈａｇｅ−Ａｂｓの相対的親和性は、図４に示すようである。
４．３．段階希釈ファージＥＬＩＳＡ同定による抗ＰＣＳＫ９一本鎖抗体の親和性
この実施例４．２で得られたクローンをモノクローナルファージのディスプレイおよび精製を行い、ファージレベルでの段階希釈ＥＬＩＳＡ実験によって一本鎖抗体の親和性を同定し、その方法は実施例３の３．３と同じである。結果は図５に示すように、スクリーニングされた１０種類の異なる一本鎖抗体は、いずれもＰＣＳＫ９に良好に結合でき、また親和性がいずれも最初の一本鎖ＤＦＳＫ９−１より高い。
この実施例４．２で得られたクローンをモノクローナルファージのディスプレイおよび精製を行い、ファージレベルでの段階希釈ＥＬＩＳＡ実験によって一本鎖抗体の親和性を同定し、その方法は実施例３の３．３と同じである。結果は図５に示すように、スクリーニングされた１０種類の異なる一本鎖抗体は、いずれもＰＣＳＫ９に良好に結合でき、また親和性がいずれも最初の一本鎖ＤＦＳＫ９−１より高い。
（実施例５）抗ＰＣＳＫ９完全抗体の親和性同定
５．１抗ＰＣＳＫ９完全抗体の調製
実施例４にスクリーニングされた抗体の重鎖ＶＨを、重鎖定常領域遺伝子（γ４）を含むベクターｐＴＳＥＧ４（図６）にクローニングし、軽鎖ＶＫ遺伝子を、軽鎖定常領域遺伝子（κ鎖）を含むベクターｐＴＳＥＫ（図７）にクローニングして、ベクターｐＴＳＥＧ４およびｐＴＳＥＫは、いずれもＰＴＴベクターに基づいて組換えによって得られるものである。ＰＴＴベクターの調製プロセスは、参考文献（Ｙｖｅｓ．Ｄｕｒｏｃｈｅｒ，Ｓｙｌｖｉｅ．Ｐｅｒｒｅｔ ａｎｄ Ａｍｉｎｅ．Ｋａｍｅｎ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，２００２Ｖｏｌ．３０，Ｎｏ．２ｅ９）に詳細に記載されている。ＨＥＫ２９３Ｅ細胞を一過性トランスフェクトして、完全抗体の発現を行う。ＡＫＴＡ機器でｐｒｏｔｅｉｎ Ａアフィニティーカラムを介して、完全抗体タンパク質を精製して取得する。
５．１抗ＰＣＳＫ９完全抗体の調製
実施例４にスクリーニングされた抗体の重鎖ＶＨを、重鎖定常領域遺伝子（γ４）を含むベクターｐＴＳＥＧ４（図６）にクローニングし、軽鎖ＶＫ遺伝子を、軽鎖定常領域遺伝子（κ鎖）を含むベクターｐＴＳＥＫ（図７）にクローニングして、ベクターｐＴＳＥＧ４およびｐＴＳＥＫは、いずれもＰＴＴベクターに基づいて組換えによって得られるものである。ＰＴＴベクターの調製プロセスは、参考文献（Ｙｖｅｓ．Ｄｕｒｏｃｈｅｒ，Ｓｙｌｖｉｅ．Ｐｅｒｒｅｔ ａｎｄ Ａｍｉｎｅ．Ｋａｍｅｎ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，２００２Ｖｏｌ．３０，Ｎｏ．２ｅ９）に詳細に記載されている。ＨＥＫ２９３Ｅ細胞を一過性トランスフェクトして、完全抗体の発現を行う。ＡＫＴＡ機器でｐｒｏｔｅｉｎ Ａアフィニティーカラムを介して、完全抗体タンパク質を精製して取得する。
５．２完全抗体とＰＣＳＫ９との結合実験
ＰＣＳＫ９−Ｈｉｓ（３００ｎｇ／ウェル／１００μｌ）をｐＨ７．２の０．０１Ｍ ＰＢＳ緩衝液でコーティングし、４℃で一晩コーティングする。ＰＢＳＴ（１‰Ｔｗｅｅｎ ２０） ３００μｌ／ウェルで３回洗浄し、ＰＢＳＴ−４％ｍｉｌｋを添加して３７℃で１時間閉鎖する。異なる希釈度の完全抗体ＤＦＳＫ９−１，ＤＦＳＫ９−１２、ＤＦＳＫ９−１３、ＤＦＳＫ９−１４、ＤＦＳＫ９−１５、ＤＦＳＫ９−１６、ＤＦＳＫ９−１７、ＤＦＳＫ９−１８、ＤＦＳＫ９−１９、ＤＦＳＫ９−２０およびＤＦＳＫ９−２１を添加する。１１種類の完全抗体の最高濃度は、５０μｇ／ｍｌであり、５倍段階希釈、各完全抗体に対して８つの階段を作り、３７℃で１時間インキュベートする。ＰＢＳＴ ３００μｌ／ウェルで５回洗浄し、そしてＰＢＳＴ−４％ｍｉｌｋで１：５０００希釈されたヤギ抗ヒトＩｇＧ−ＨＲＰ二次抗体を添加し、３７℃で１時間インキュベートする。ＰＢＳＴ ３００μｌ／ウェルで５回洗浄し、ＴＭＢ発色キット（１００μｌ／ウェル）で発色し、室温で１０分間発色させ、そして２Ｍ Ｈ２ＳＯ４（５０μｌ／ウェル）で発色を停止させた。マイクロプレートリーダーによって波長４５０ｎｍおよび６３０ｎｍで読み取る。ソフトウェアＧｒａｐｈＰａｄ Ｐｒｉｓｍ ５Ｄｅｍｏによってデータを分析し、且つプロットし、実験結果は図８及び表２に示すように、すべての抗体は、いずれもＰＣＳＫ９に結合することができ、ここで、ＤＦＳＫ９−１４、ＤＦＳＫ９−１５、ＤＦＳＫ９−１６、ＤＦＳＫ９−１７、ＤＦＳＫ９−１８、ＤＦＳＫ９−２０およびＤＦＳＫ９−２１は、より高い親和性を有する。
ＰＣＳＫ９−Ｈｉｓ（３００ｎｇ／ウェル／１００μｌ）をｐＨ７．２の０．０１Ｍ ＰＢＳ緩衝液でコーティングし、４℃で一晩コーティングする。ＰＢＳＴ（１‰Ｔｗｅｅｎ ２０） ３００μｌ／ウェルで３回洗浄し、ＰＢＳＴ−４％ｍｉｌｋを添加して３７℃で１時間閉鎖する。異なる希釈度の完全抗体ＤＦＳＫ９−１，ＤＦＳＫ９−１２、ＤＦＳＫ９−１３、ＤＦＳＫ９−１４、ＤＦＳＫ９−１５、ＤＦＳＫ９−１６、ＤＦＳＫ９−１７、ＤＦＳＫ９−１８、ＤＦＳＫ９−１９、ＤＦＳＫ９−２０およびＤＦＳＫ９−２１を添加する。１１種類の完全抗体の最高濃度は、５０μｇ／ｍｌであり、５倍段階希釈、各完全抗体に対して８つの階段を作り、３７℃で１時間インキュベートする。ＰＢＳＴ ３００μｌ／ウェルで５回洗浄し、そしてＰＢＳＴ−４％ｍｉｌｋで１：５０００希釈されたヤギ抗ヒトＩｇＧ−ＨＲＰ二次抗体を添加し、３７℃で１時間インキュベートする。ＰＢＳＴ ３００μｌ／ウェルで５回洗浄し、ＴＭＢ発色キット（１００μｌ／ウェル）で発色し、室温で１０分間発色させ、そして２Ｍ Ｈ２ＳＯ４（５０μｌ／ウェル）で発色を停止させた。マイクロプレートリーダーによって波長４５０ｎｍおよび６３０ｎｍで読み取る。ソフトウェアＧｒａｐｈＰａｄ Ｐｒｉｓｍ ５Ｄｅｍｏによってデータを分析し、且つプロットし、実験結果は図８及び表２に示すように、すべての抗体は、いずれもＰＣＳＫ９に結合することができ、ここで、ＤＦＳＫ９−１４、ＤＦＳＫ９−１５、ＤＦＳＫ９−１６、ＤＦＳＫ９−１７、ＤＦＳＫ９−１８、ＤＦＳＫ９−２０およびＤＦＳＫ９−２１は、より高い親和性を有する。
５．３完全抗体競合阻害によるＬＤＬＲとＰＣＳＫ９との結合実験
ＬＤＬＲ−Ｆｃ（１００ｎｇ／ウェル／１００μｌ）をｐＨ７．２の０．０１Ｍ ＰＢＳでコーティングし、４℃で一晩コーティングする。ＰＢＳＴで３回洗浄し、ＰＢＳＴ−４％ｍｉｌｋを添加して３７℃で１時間閉鎖する。ＰＢＳＴ−４％ｍｉｌｋで希釈された濃度が２μｇ／ｍｌであるＰＣＳＫ９−Ｈｉｓ（１００μｌ／ウェル）を添加し、３７℃で１時間インキュベートする。ＰＢＳＴ−４％ｍｉｌｋを添加して希釈された異なる希釈度の完全抗体ＤＦＳＫ９−１，ＤＦＳＫ９−１２、ＤＦＳＫ９−１３、ＤＦＳＫ９−１４、ＤＦＳＫ９−１５、ＤＦＳＫ９−１６、ＤＦＳＫ９−１７、ＤＦＳＫ９−１８、ＤＦＳＫ９−１９、ＤＦＳＫ９−２０およびＤＦＳＫ９−２１を添加する。１１種類の完全抗体の最高濃度は、１００μｇ／ｍｌであり、５倍段階希釈、各完全抗体に対して８つの階段を作り、３７℃で２時間インキュベートする。ＰＢＳＴで５回洗浄し、ＰＢＳＴ−４％ｍｉｌｋで希釈されたマウス抗Ｈｉｓ ＩｇＧ−ＨＲＰ二次抗体を添加し、３７℃で１時間インキュベートする。ＴＭＢ発色キットで発色させ（１００μｌ／ウェル）、室温で１０分間発色させ、２Ｍ Ｈ２ＳＯ４（５０μｌ／ウェル）を用いて発色を停止させる。マイクロプレートリーダーによって波長４５０ｎｍおよび６３０ｎｍで読み取る。ソフトウェアＧｒａｐｈＰａｄ Ｐｒｉｓｍ ５ Ｄｅｍｏによってプロットし、実験結果は図９及び表３に示すように、すべての抗体は、いずれもＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとの結合を阻害することができ、ここで、ＤＦＳＫ９−１４、ＤＦＳＫ９−１５、ＤＦＳＫ９−１６、ＤＦＳＫ９−１７、ＤＦＳＫ９−１８、ＤＦＳＫ９−２０およびＤＦＳＫ９−２１は、やや強い阻害能力を有する。
ＬＤＬＲ−Ｆｃ（１００ｎｇ／ウェル／１００μｌ）をｐＨ７．２の０．０１Ｍ ＰＢＳでコーティングし、４℃で一晩コーティングする。ＰＢＳＴで３回洗浄し、ＰＢＳＴ−４％ｍｉｌｋを添加して３７℃で１時間閉鎖する。ＰＢＳＴ−４％ｍｉｌｋで希釈された濃度が２μｇ／ｍｌであるＰＣＳＫ９−Ｈｉｓ（１００μｌ／ウェル）を添加し、３７℃で１時間インキュベートする。ＰＢＳＴ−４％ｍｉｌｋを添加して希釈された異なる希釈度の完全抗体ＤＦＳＫ９−１，ＤＦＳＫ９−１２、ＤＦＳＫ９−１３、ＤＦＳＫ９−１４、ＤＦＳＫ９−１５、ＤＦＳＫ９−１６、ＤＦＳＫ９−１７、ＤＦＳＫ９−１８、ＤＦＳＫ９−１９、ＤＦＳＫ９−２０およびＤＦＳＫ９−２１を添加する。１１種類の完全抗体の最高濃度は、１００μｇ／ｍｌであり、５倍段階希釈、各完全抗体に対して８つの階段を作り、３７℃で２時間インキュベートする。ＰＢＳＴで５回洗浄し、ＰＢＳＴ−４％ｍｉｌｋで希釈されたマウス抗Ｈｉｓ ＩｇＧ−ＨＲＰ二次抗体を添加し、３７℃で１時間インキュベートする。ＴＭＢ発色キットで発色させ（１００μｌ／ウェル）、室温で１０分間発色させ、２Ｍ Ｈ２ＳＯ４（５０μｌ／ウェル）を用いて発色を停止させる。マイクロプレートリーダーによって波長４５０ｎｍおよび６３０ｎｍで読み取る。ソフトウェアＧｒａｐｈＰａｄ Ｐｒｉｓｍ ５ Ｄｅｍｏによってプロットし、実験結果は図９及び表３に示すように、すべての抗体は、いずれもＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとの結合を阻害することができ、ここで、ＤＦＳＫ９−１４、ＤＦＳＫ９−１５、ＤＦＳＫ９−１６、ＤＦＳＫ９−１７、ＤＦＳＫ９−１８、ＤＦＳＫ９−２０およびＤＦＳＫ９−２１は、やや強い阻害能力を有する。
５．４ＢＩＡｃｏｒｅ Ｘ１００測定による完全抗体の親和性
完全抗体の親和性は、捕獲法によって測定させる。ヤギ抗ヒトＩｇＧをＣＭ５チップの表面にカップリングさせ、ＤＦＳＫ９−１、ＤＦＳＫ９−１２、ＤＦＳＫ９−１３、ＤＦＳＫ９−１４、ＤＦＳＫ９−１５、ＤＦＳＫ９−１６、ＤＦＳＫ９−１７、ＤＦＳＫ９−１８、ＤＦＳＫ９−１９、ＤＦＳＫ９−２０およびＤＦＳＫ９−２１をそれぞれ希釈して、約２００ＲＵの抗体がヤギ抗ヒトＩｇＧによって捕獲されることを確保する。ＰＣＳＫ９を、固定相の表面を流れる一連の濃度階段（２００ｎＭ、１００ｎＭ、５０ｎＭ、２５ｎＭ、１２．５ｎＭ、６．２５ｎＭ、３．１２５ｎＭ、１．５６２５ｎＭ、０．７８１２５ｎＭ）に設置し、抗体の親和性を測定する。その結果は、スクリーニングされた抗体がいずれもより高い親和性を有し（表４をご参照）、最も高い親和性を有する８種類の完全抗体が生物活性実験のために選択されたことを示した。
完全抗体の親和性は、捕獲法によって測定させる。ヤギ抗ヒトＩｇＧをＣＭ５チップの表面にカップリングさせ、ＤＦＳＫ９−１、ＤＦＳＫ９−１２、ＤＦＳＫ９−１３、ＤＦＳＫ９−１４、ＤＦＳＫ９−１５、ＤＦＳＫ９−１６、ＤＦＳＫ９−１７、ＤＦＳＫ９−１８、ＤＦＳＫ９−１９、ＤＦＳＫ９−２０およびＤＦＳＫ９−２１をそれぞれ希釈して、約２００ＲＵの抗体がヤギ抗ヒトＩｇＧによって捕獲されることを確保する。ＰＣＳＫ９を、固定相の表面を流れる一連の濃度階段（２００ｎＭ、１００ｎＭ、５０ｎＭ、２５ｎＭ、１２．５ｎＭ、６．２５ｎＭ、３．１２５ｎＭ、１．５６２５ｎＭ、０．７８１２５ｎＭ）に設置し、抗体の親和性を測定する。その結果は、スクリーニングされた抗体がいずれもより高い親和性を有し（表４をご参照）、最も高い親和性を有する８種類の完全抗体が生物活性実験のために選択されたことを示した。
（実施例６）抗ＰＣＳＫ９完全抗体生物活性実験
ＨｅｐＧ２細胞を９６ウェルに２．５×１０５ｃｅｌｌｓ／ｍｌで播種した。翌日、１０％ＦＢＳのＥＭＥＭ増殖培地を、８０μｌの５％デリポタンパク質ＦＢＳを有する分析培地に変更し、３７℃で２４時間培養する。翌日、アッセイ培地に希釈された異なる希釈度の完全抗体（１０μｌ／ウェル）を、ＨｅｐＧ２細胞を接種した培養プレートに添加する。８種類の完全抗体試料の初期濃度は９００ｎｍｏｌ／Ｌであり、３倍の段階希釈で、各完全抗体を８つの階段を作る。そして、３０ｎｍｏｌ／ＬのＰＣＳＫ９溶液（１０μｌ／ウェル）を添加し、ミックスした後、３７℃、５％ＣＯ２で４時間培養する。１０μｌの０．１ｍｇ／ｍＬのＢＯＤＩＰＹ標識ＬＤＬ溶液を各ウェルに加え、ミックスした後、３７℃、５％ＣＯ２で１５〜２０時間培養する。ＰＢＳ ２００μｌ／ウェルを添加し、２回洗浄することによって各ウェルを洗浄する。ウェル毎に、１００μｌのＰＢＳを添加し、マイクロプレートリーダーによって波長４９０ｎｍおよび５２０ｎｍで相対蛍光単位ＲＦＵ値を読み取った。ソフトウェアＧｒａｐｈＰａｄ Ｐｒｉｓｍ ５ Ｄｅｍｏによってデータを分析し、且つプロットし、結果は図１０に示すように、アイソタイプＩｇＧをネガティブコントロールとし、図によると、８個の抗体は、いずれも用量依存的にＰＣＳＫ９と低密度リポタンパク質レセプターＬＤＬＲとの結合をブロックでき、ＨｅｐＧ２細胞における低密度リポタンパク質ＬＤＬの取り込み率を増加させ、各抗体間の生物学的活性は類似している。
ＨｅｐＧ２細胞を９６ウェルに２．５×１０５ｃｅｌｌｓ／ｍｌで播種した。翌日、１０％ＦＢＳのＥＭＥＭ増殖培地を、８０μｌの５％デリポタンパク質ＦＢＳを有する分析培地に変更し、３７℃で２４時間培養する。翌日、アッセイ培地に希釈された異なる希釈度の完全抗体（１０μｌ／ウェル）を、ＨｅｐＧ２細胞を接種した培養プレートに添加する。８種類の完全抗体試料の初期濃度は９００ｎｍｏｌ／Ｌであり、３倍の段階希釈で、各完全抗体を８つの階段を作る。そして、３０ｎｍｏｌ／ＬのＰＣＳＫ９溶液（１０μｌ／ウェル）を添加し、ミックスした後、３７℃、５％ＣＯ２で４時間培養する。１０μｌの０．１ｍｇ／ｍＬのＢＯＤＩＰＹ標識ＬＤＬ溶液を各ウェルに加え、ミックスした後、３７℃、５％ＣＯ２で１５〜２０時間培養する。ＰＢＳ ２００μｌ／ウェルを添加し、２回洗浄することによって各ウェルを洗浄する。ウェル毎に、１００μｌのＰＢＳを添加し、マイクロプレートリーダーによって波長４９０ｎｍおよび５２０ｎｍで相対蛍光単位ＲＦＵ値を読み取った。ソフトウェアＧｒａｐｈＰａｄ Ｐｒｉｓｍ ５ Ｄｅｍｏによってデータを分析し、且つプロットし、結果は図１０に示すように、アイソタイプＩｇＧをネガティブコントロールとし、図によると、８個の抗体は、いずれも用量依存的にＰＣＳＫ９と低密度リポタンパク質レセプターＬＤＬＲとの結合をブロックでき、ＨｅｐＧ２細胞における低密度リポタンパク質ＬＤＬの取り込み率を増加させ、各抗体間の生物学的活性は類似している。
当業者にとって、具体例は、本開示に対して例示的に説明することのみであり、本発明の具体的な実現は、上記態様に限定されないということが明らかであり、本開示の方法、概念および技術案を用いて様々な非実質的改善を行う限り、または、改善せずに本開示の概念および技術案を他の場面に直接適用することは、いずれも本開示の技術的範囲にある。
Claims (14)
- 軽鎖と重鎖とを備える、モノクローナル抗体であって、前記モノクローナル抗体の配列は、前記重鎖可変領域のアミノ酸配列がＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１であり、前記軽鎖可変領域のアミノ酸配列がＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１１であるＤＦＳＫ９−１、前記重鎖可変領域のアミノ酸配列がＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１であり、前記軽鎖可変領域のアミノ酸配列がＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１２であるＤＦＳＫ９−２、前記重鎖可変領域のアミノ酸配列がＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１であり、前記軽鎖可変領域のアミノ酸配列がＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１３であるＤＦＳＫ９−３、前記重鎖可変領域のアミノ酸配列がＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１であり、前記軽鎖可変領域のアミノ酸配列がＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１４であるＤＦＳＫ９−４、前記重鎖可変領域のアミノ酸配列がＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１であり、前記軽鎖可変領域のアミノ酸配列がＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１５であるＤＦＳＫ９−５、前記重鎖可変領域のアミノ酸配列がＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１であり、前記軽鎖可変領域のアミノ酸配列がＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１６であるＤＦＳＫ９−６、前記重鎖可変領域のアミノ酸配列がＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１であり、前記軽鎖可変領域のアミノ酸配列がＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１７であるＤＦＳＫ９−７、前記重鎖可変領域のアミノ酸配列がＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１であり、前記軽鎖可変領域のアミノ酸配列がＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１８であるＤＦＳＫ９−８、前記重鎖可変領域のアミノ酸配列がＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１であり、前記軽鎖可変領域のアミノ酸配列がＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１９であるＤＦＳＫ９−９、前記重鎖可変領域のアミノ酸配列がＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１であり、前記軽鎖可変領域のアミノ酸配列がＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２０であるＤＦＳＫ９−１０、前記重鎖可変領域のアミノ酸配列がＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１であり、前記軽鎖可変領域のアミノ酸配列がＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２１であるＤＦＳＫ９−１１、 前記重鎖可変領域のアミノ酸配列がＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２であり、前記軽鎖可変領域のアミノ酸配列がＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１２であるＤＦＳＫ９−１２、前記重鎖可変領域のアミノ酸配列がＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８であり、前記軽鎖可変領域のアミノ酸配列がＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１８であるＤＦＳＫ９−１３、前記重鎖可変領域のアミノ酸配列がＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７であり、前記軽鎖可変領域のアミノ酸配列がＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１５であるＤＦＳＫ９−１４、前記重鎖可変領域のアミノ酸配列がＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３であり、前記軽鎖可変領域のアミノ酸配列がＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１６であるＤＦＳＫ９−１５、前記重鎖可変領域のアミノ酸配列がＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６であり、前記軽鎖可変領域のアミノ酸配列がＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１５であるＤＦＳＫ９−１６、前記重鎖可変領域のアミノ酸配列がＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４であり、前記軽鎖可変領域のアミノ酸配列がＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１６であるＤＦＳＫ９−１７、前記重鎖可変領域のアミノ酸配列がＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４であり、前記軽鎖可変領域のアミノ酸配列がＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１５であるＤＦＳＫ９−１８、前記重鎖可変領域のアミノ酸配列がＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：９であり、前記軽鎖可変領域のアミノ酸配列がＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１４であるＤＦＳＫ９−１９、前記重鎖可変領域のアミノ酸配列がＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５であり、前記軽鎖可変領域のアミノ酸配列がＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１６であるＤＦＳＫ９−２０、前記重鎖可変領域のアミノ酸配列がＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１０であり、前記軽鎖可変領域のアミノ酸配列がＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１６であるＤＦＳＫ９−２１から選択されたいずれか一つである、ことを特徴とする抗ＰＣＳＫ９のモノクローナル抗体。
- 請求項１に記載の軽鎖及び重鎖を含む抗体、ポリペプチドまたはタンパク質。
- 請求項１に記載の軽鎖及び重鎖のアミノ酸配列の、全長抗体、一本鎖抗体、二重特異性抗体、または抗体薬物コンジュゲート。
- 請求項１に記載の軽鎖及び重鎖を含む抗体であって、前記抗体はＰＣＳＫ９に特異的に結合することができる抗体。
- 請求項１に記載の軽鎖及び重鎖をコードするポリヌクレオチド。
- 請求項５に記載のポリヌクレオチドを含む組換えＤＮＡ発現ベクター。
- 請求項６に記載の組換えＤＮＡ発現ベクターでトランスフェクトされた宿主細胞であって、前記宿主細胞は原核細胞、酵母、昆虫細胞、または哺乳動物細胞である宿主細胞。
- 前記原核細胞は大腸菌であり、前記哺乳動物細胞はＨＥＫ２９３Ｅ細胞、ＣＨＯ細胞またはＮＳ０細胞である、ことを特徴とする請求項７に記載の宿主細胞。
- 前記抗ＰＣＳＫ９モノクローナル抗体の重鎖の定常領域は、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３またはＩｇＧ４を含み、前記軽鎖の定常領域はＣκまたはＣλを含む、請求項１に記載の抗ＰＣＳＫ９のモノクローナル抗体。
- 前記重鎖の定常領域は、ＩｇＧ４またはＩｇＧ２であり、前記軽鎖の定常領域はＣκ である、ことを特徴とする請求項９に記載の抗ＰＣＳＫ９のモノクローナル抗体。
- 請求項１に記載のモノクローナル抗体を含む、薬物。
- 前記モノクローナル抗体は、全長抗体または抗ＰＣＳＫ９モノクローナル抗体の断片を含み、前記断片はＦａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、ＦｖおよびＳｃＦｖ中の一つまたは複数の組合せである請求項１１に記載の薬物。
- 請求項１に記載のモノクローナル抗体を含む検出試薬またはキット。
- 請求項１に記載のモノクローナル抗体であって、ＰＣＳＫ９活性を除去、阻害または低減することによって、疾患を改善、軽減、抑制または予防するように用い、前記疾患は、脂質異常血症と、心・脳血管疾患と、血栓閉塞性疾患とを含む抗体。
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